Новые подходы к культивированию и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, выделенных из клинического материала тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, доктор наук Лямин Артем Викторович

• Лямин Артем Викторович
• доктор наук
• 2020

Оглавление диссертации доктор наук Лямин Артем Викторович

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫЕ ПРЕДСТАВИТЕЛИ ПОРЯДКА ЛСГШОМУСЕГЛЬЕЗ: КУЛЬТИВИРОВАНИЕ, ИДЕНТИФИКАЦИЯ И КЛИНИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕ (обзор литературы)

1.1. Общая характеристика и современная классификация представителей порядка Actinomycetales

1.2. Особенности культивирования отдельных представителей порядка Actinomycetales

1.3. Методы идентификации представителей семейств Mycobacteriaceae, Nocardiaceae, Gordoniaceae, Tsukamurellaceae, Brevibacteriaceae, Promicromonosporaceae, Streptomycetaceae

1.4. Эпидемиологические особенности и клиническое значение представителей семейств Mycobacteriaceae, Nocardiaceae, Gordoniaceae, Tsukamurellaceae, Brevibacteriaceae, Promicromonosporaceae, Streptomycetaceae 38 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Дизайн исследования

2.2. Характеристика исследуемых микроорганизмов

2.3. Методы выделения и первичной идентификации микроорганизмов при первичном посеве клинического материала

2.3.1. Методика первичного посева материала при обследовании на туберкулез

2.3.2. Методика определения роста контаминирующей микрофлоры

2.3.3. Методика определения роста микобактерий на плотных яичных средах

2.3.4. Методика определения роста микобактерий на жидкой среде

2.3.5. Метод ДНК-гибридизации для первичной идентификации нетуберкулезных микобактерий

2.4. Методика определения видового разнообразия микрофлоры, выделенной при обследовании на туберкулез

2.4.1. Методы выделения контаминирующей микрофлоры и нетуберкулезных микобактерий для последующей идентификации

2.4.2. Метод МЛЬБ^ТоБ масс-спектрометрии для идентификации микроорганизмов

2.5. Молекулярно-генетические методы идентификации микобактерий

2.6. Методы оценки культивирования кислотоустойчивых представителей порядка Лсипотусе1а1в8 на агаризованных средах

2.6.1. Метод количественных испытаний агаризованных сред и испытаний

на селективность

2.6.2. Метод предварительной идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Лctinomycetales при использовании универсальной хромогенной среды

2.6.3. Метод использования универсальной хромогенной среды с селективной добавкой для культивирования кислотоустойчивых представителей порядка Лctinomycetales

2.6.4. Методы оценки возможности выделения кислотоустойчивых актиномицет из клинического материала

2.7. Методы определения состава питательных сред

2.8. Методы математической обработки полученных данных

2.8.1. Методы анализа белковых профилей, полученных с помощью МЛЬБ1-ТоБ масс-спектрометрии

2.8.2. Методы статистической обработки полученных результатов 62 ГЛАВА 3. СТРУКТУРА И РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ЛСТШОИУСЕТЛЬЕЗ В КОНТАМИНИРУЮЩЕЙ МИКРОФЛОРЕ, ВЫДЕЛЕННОЙ ИЗ КЛИНИЧЕСКГО МАТЕРИАЛА ПРИ ОБСЛЕДОВАНИИ НА ТУБЕРКУЛЕЗ 63 3.1. Структура контаминирующей микрофлоры при обследовании на туберкулез

3.2. Контаминирующая микрофлора, выделенная при исследовании мочи и мокроты

3.3. Кислотоустойчивые представители порядка Actinomycetales в структуре контаминирующей микрофлоры

3.4. Оценка влияния питательной среды для первичного посева на выделение представителей порядка Actinomycetales из клинического материала

3.5. Резюме 82 ГЛАВА 4. СТРУКТУРА КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES, ПРЕДВАРИТЕЛЬНО ИДЕНТИФИЦИРОВАННЫХ КАК НЕТУБЕРКУЛЕЗНЫЕ МИКОБАКТЕРИИ

4.1. Анализ результатов первичной идентификации микрофлоры с использованием метода ДНК-гибридизации

4.2. Структура микроорганизмов, предварительно идентифицированных как нетуберкулезные микобактерии по результатам MALDI-ToF масс-спектрометрии

4.3. Сравнительный анализ результатов идентификации выделенных микроорганизмов используемыми методами

4.4. Частота выделения и структура кислотоустойчивых актиномицет в клиническом материале в зависимости от пола и возраста пациентов

4.5. Резюме 106 ГЛАВА 5. ОЦЕНКА ВОЗМОЖНОСТИ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES НА АГАРИЗОВАННЫХ СРЕДАХ

5.1. Оценка культуральных свойств анализируемых микроорганизмов при посеве на плотные и жидкие питательные среды для культивирования микобактерий

5.2. Особенности культуральных свойств представителей порядка Actinomycetales на агаризованных средах

5.2.1. Оценка возможности культивирования нетуберкулезных микобактерий на универсальной хромогенной среде и кровяном агаре

5.2.2. Влияние температуры культивирования на скорость роста нетуберкулезных микобактерий на агаризованных средах

5.2.3. Оценка возможности использования новых вариантов лабораторной посуды для культивирования нетуберкулезных микобактерий на 122 универсальной хромогенной среде

5.3. Оценка возможности предварительной идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales при использовании универсальной хромогенной среды

5.4. Оценка использования универсальной хромогенной среды с селективной добавкой для культивирования кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales

5.5. Резюме 133 ГЛАВА 6. ОСОБЕННОСТИ ИДЕНТИФИКАЦИИ КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES МЕТОДОМ MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ

6.1. Сравнение методов идентификации представителей семейства Mycobacteriaceae с использованием методов ДНК-гибридизации, MALDI-ToF масс-спектрометрии, секвенирования по Сэнгеру

6.2. Особенности проведения идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales в зависимости от среды для культивирования с использованием метода MALDI-ToF масс-спектрометрии 143 6.2.1. Оценка влияния среды культивирования на результат идентификации нетуберкулезных микобактерий методом MALDI-ToF масс-спектрометрии

6.2.2. Оценка влияния среды культивирования на результат идентификации других микроорганизмов из группы кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales методом MALDI-ToF масс-спектрометрии

6.3. Сравнение белковых профилей, полученных методом MALDI-ToF масс-спектрометрии у представителей семейства Mycobacteriaceae, выращенных

на различных питательных средах

6.4. Резюме 153 ГЛАВА 7. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ И ПРИКЛАДНЫЕ АСПЕКТЫ ОБОСНОВАНИЯ НОВЫХ ПОДХОДОВ К КУЛЬТИВИРОВАНИЮ И ИДЕНТИФИКАЦИИ КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ

ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES

7.1. Выбор питательной среды для первичного посева как определяющий фактор выделения и идентификации медленно и быстро растущих кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales в клинической практике

7.2. Возможности продленной инкубации для выделения и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales в рутинной микробиологической практике

7.2.1. Влияние продленной инкубации на агаризованных средах на возможность выделения кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales из клинического материала

7.2.2. Особенности идентификации выделенных из клинического материала культур с использованием метода MALDI-ToF масс-спектрометрии

7.3. Протеомный анализ белковых спектров кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales как элемент субтипирования штаммов, выделенных от одного пациента

7.4. Резюме 176 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 180 ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новые подходы к культивированию и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, выделенных из клинического материала»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Микробиологическая диагностика инфекционных заболеваний, обусловленных условно-патогенными микроорганизмами, в последние десятилетия получила значительное развитие благодаря внедрению новых методов идентификации и культивирования [32, 65, 91]. Описание новых видов микроорганизмов, имеющих клиническое значение, и выявление групп риска по развитию оппортунистических инфекций затронуло практически все направления классической микробиологии [96]. Необходимо отдельно отметить роль времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (МЛЬВ1-ТоЕ), благодаря широкому внедрению которой стала возможной идентификация значительного разнообразия условно-патогенной микрофлоры, выделенной из клинического материала [183, 270, 288, 291].

Тем не менее, несмотря на значительные успехи в проводимых исследованиях за последние годы, в клинической микробиологии нерешенными остаются научные и прикладные вопросы, связанные с выделением, идентификацией, оценкой клинического значения и эпидемиологическими аспектами в отношении значительного ряда микроорганизмов. К одной из проблемных групп относятся кислотоустойчивые представители порядка Лctinomycetales (КУППА), в состав которого входят как облигатно, так и условно-патогенные микроорганизмы, характеризующиеся разнообразными биологическими свойствами.

С середины двадцатого века особенно активно идет изучение представителей семейства Mycobacteriaceae, что обусловлено широким распространением возбудителя туберкулеза и проблемами его резистентности к антимикробным химиопрепаратам [16, 196]. Значительные социальные и экономические проблемы в обществе, связанные с заболеваемостью туберкулезом среди населения, сместили

вектор изучения с нетуберкулезных микобактерий (НТМ) и других микроорганизмов из группы КУППА. Количество публикаций, выполненных на территории Российской Федерации посвященных M.tuberculosis complex (MTBc) значительно превышает число работ, в которых приведены данные об особенностях выделения и идентификации НТМ и других представителей порядка Actinomycetales. Публикации, в которых приводятся данные о гордониях, нокардиях и других кислотоустойчивых бактериях в отечественной научной литературе по медицине практически отсутствуют, или ограничиваются другими областями науки (ветеринария, сельское хозяйство, биотехнология) [1, 37, 41, 42, 43, 44, 67].

Наиболее активно изучение КУППА стало развиваться с девяностых годов прошлого века, в связи с эпидемией инфекции, вызванной вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) и обусловленным ей синдромом приобретенного иммунодефицита (СПИД) [74, 197]. Рост заболеваемости микобактериозами среди ВИЧ-инфицированных пациентов стал причиной значительного увеличения количества работ, посвященных этой проблеме во многих европейских странах [190, 227, 275, 282].

Параллельно с парадигмой изучения оппортунистических инфекций, как элемента развития ВИЧ-ассоциированного СПИДа, среди клиницистов различных специальностей все чаще встает вопрос о росте этиологического значения условно-патогенных микроорганизмов при иммунодефицитах различной этиологии [10, 222]. Важным доказательством возрастающей роли данной группы микроорганизмов является четкое обозначение факторов риска по развитию определенных оппортунистических инфекций у пациентов с первичными иммунодефицитами (ПИД) и другими врожденными аномалиями; онкологическими заболеваниями; получающих иммуносупрессивную терапию по поводу основного заболевания; пациентов после трансплантации органов и тканей; имеющих хроническую соматическую патологию различного генеза [208]. Увеличение числа пациентов из групп риска значительно расширяет перечень микроорганизмов, имеющих клиническое значение в той или иной ситуации.

На наш взгляд, именно по этой причине в научной литературе все чаще стали приводится клинические примеры, в которых этиологическим агентом выступают различные представители порядка Лctinomycetales [47]. Условно-патогенные бактерии из семейств Mycobacteriaceae, Nocardiaceae, Gordoniaceae, Tsukamurellaceae, Promicromonosporaceae, Brevibacteriaceae, Streptomycetaceae являются широко распространенными в окружающей среде микроорганизмами, которые могут входить в состав микробиоты различных органов и систем человека и животных, имеют ряд особенностей метаболизма, обеспечивающих их устойчивость к неблагоприятным факторам, которые при определенных обстоятельствах могут иметь важное патогенетическое значение в случае развития заболевания с их участием [63, 128, 299, 307, 318].

В дополнение к росту числа пациентов из групп риска немаловажную роль в диагностике осложнений, связанных с кислотоустойчивыми аэробными актиномицетами, имеют новые методы идентификации микроорганизмов. Внедрение в практическую микробиологию МЛЬВ1-ТоБ масс-спектрометрии создает необходимые условия для идентификации редких и нетривиальных микроорганизмов, в том числе и представителей порядкаЛctinomycetales, имеющих потенциальное клиническое значение [13, 106].

Однако, на наш взгляд, данный факт является причиной определенного микробиологического парадокса - современные методы идентификации значительно опередили методы культивирования некоторых микроорганизмов, что привело к отсутствию единых схем их выделения из клинического материала, ограниченности данных об их структуре в зависимости от проявлений патологических процессов, возраста и пола пациентов, отсутствия единого подхода к практическим аспектам применения новых методов идентификации с учетом условий культивирования «проблемных» микроорганизмов.

Описанный выше парадокс ставит задачи не только перед микробиологами, но и перед клиницистами. Именно по причине отсутствия практических рекомендаций по выделению и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Лctinomycetales в Российской Федерации практически нет

статистических данных о распространенности микобактериозов, до конца не ясна ситуация с критериями верификации клинического диагноза, методами диагностики и терапии инфекций, вызванных НТМ, нокардиями и другими актиномицетами. На сегодняшний день ситуация с терапией данной группы пациентов находится в сфере практической деятельности врачей-пульмонологов и врачей-фтизиатров с тенденцией выхода из фтизиатрической службы, а микробиологическая диагностика остается прерогативой лабораторий противотуберкулезных учреждений в ограниченном микобактериями поле.

Классическая видовая идентификация КУППА в микробиологической практике долгое время имела значительные ограничения, связанные с метаболическими, генетическими, культуральными и широким рядом других особенностей. В современной лабораторной диагностике микобактериозов используется метод ДНК-гибридизации, предложенный Hain Lifescience GmbH (Германия) и рекомендованный Всемирной Организацией Здравоохранения в 2008 году как основной метод идентификации НТМ [106]. Важным недостатком этого метода исследования является ограничение видового разнообразия НТМ и отсутствие возможности идентификации других КУППА, которые могут быть причиной патологических состояний, схожих по клинической картине с туберкулезом и микобактериозами [73].

Таким образом, необходим анализ существующих и разработка новых подходов к культивированию и идентификации КУППА, выделенных из клинического материала, что позволит получить данные о распространенности, структуре, эпидемиологических и клинических особенностях инфекционных процессов, обусловленных условно-патогенными кислотоустойчивыми аэробными актиномицетами.

Цель исследования

Разработка новых методов культивирования и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, выделенных из клинического материала для улучшения диагностики вызванных ими заболеваний.

Задачи исследования

1. Изучить структуру контаминирующей микрофлоры при исследовании клинического материала на туберкулез и оценить в ней долю кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales.

2. Определить видовой состав кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, первоначально идентифицированных как нетуберкулезные микобактерии.

3. Провести оценку возможности культивирования кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales на агаризованных средах и описать их свойства в зависимости от условий культивирования.

4. Разработать и внедрить в практическую деятельность микробиологической лаборатории методы предварительной идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales при культивировании на универсальных хромогенных средах.

5. Определить особенности проведения идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales в зависимости от среды первичного посева с использованием метода МЛЬВ1-ТоЕ масс-спектрометрии

6. Оценить возможность видовой идентификации методом МЛЬВ1-ТоБ масс-спектрометрии нетуберкулезных микобактерий, выросших на универсальной хромогенной среде.

7. Провести протеомный анализ белковых спектров кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales для оценки возможного субтипирования штаммов, выделенных от одного пациента.

Методология и методы диссертационного исследования

Исследования по оценке культуральных свойств микроорганизмов, идентификации с использованием МЛЬВ1-ТоБ масс-спектрометрии, протеомный анализ полученных белковых спектров проводились на базе кафедры общей и клинической микробиологии, иммунологии и аллергологии ФГБОУ ВО «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (зав. каф. - з.д.н. РФ, д.м.н., проф. А.В. Жестков). Методологический принцип исследовательской работы заключался в комплексном подходе по оценке распространенности, структуры, особенностей культивирования и идентификации, разработке методов предварительной идентификации и анализе белковых профилей кислотоустойчивых аэробных актиномицет, выделенных из клинического материала.

Первичный посев клинического материала, отбор культур для включения в исследование и их идентификация с использованием метода ДНК-гибридизации проводились на базе бактериологической лаборатории ГБУЗ «Самарский областной клинический противотуберкулезный диспансер им. Н.В. Постникова» (зав. - врач-бактериолог высшей категории Т.П. Персиянцева). Проведение процедур обнаружения ДНК МТВс, их видовое определение методом ПЦР, а также секвенирования фрагментов ДНК, выделенной из культур, - на базе отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребназдора (зав. - к.б.н. Г.А. Шипулин). Определение состава питательных сред проводилось на базе КДЛ Клиник ФГБОУ ВО «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (зав. - д.м.н., доцент О.А. Гусякова).

Материал, включенный в работу собран в период с 2016 по 2019 годы и был разделен на две части в соответствии с задачами исследования.

В первой части работы исследована микрофлора, полученная из 865 посевов проб различного клинического материала от 779 пациентов при обследовании на туберкулез с признаками роста контаминирующей микрофлоры и при условии

отсутствия в пробах представителей МТВс. Общее количество штаммов микроорганизмов, выделенных в первой части исследования составило 1093.

Во второй части работы было проанализировано 316 посевов проб материала с признаками роста НТМ от 246 пациентов. В исследовании было выделено и идентифицировано 345 штаммов микроорганизмов.

Все культуры выделенных микроорганизмов были идентифицированы с использованием метода MALDI-ToF масс-спектрометрии. Штаммы, имеющие культуральные признаки, характерные для НТМ, были предварительно идентифицированы с использованием метода ДНК гибридизации.

Всего в исследовании было выделено 402 штамма КУППА. Для всех представителей кислотоустойчивых актиномицет проведена оценка возможности культивирования на агаризованных средах (кровяной агар и универсальная хромогенная среда). Общее количество посевов первичного материала составило 3543. У всех штаммов НТМ был проведен анализ белковых спектров, полученных при MALDI-ToF масс-спектрометрии с использованием программ flexAnalysis 3.0 и MALDI Biotyper 3.0 Offline Classification (Bruker Daltonik GmbH, Германия).

Дополнительно в исследование было включено 74 образца посевов клинического материала с признаками роста НТМ, для которых было проведено сравнение результатов идентификации методами ДНК-гибридизации, MALDI-ToF масс-спектрометрии и прямого секвенирования по Сэнгеру.

Проведена статистическая обработка полученных результатов с учетом распространенности отдельных групп микроорганизмов в зависимости от вида клинического материала, сред для первичного посева, возраста и пола пациентов. Группировка первичных данных и вычисления проводилась с использованием пакета программ Microsoft Excel® 2013.

Описание количественных признаков, отличающихся от нормального распределения представлено в виде медианы. Качественные признаки представлены в виде долей процентов, абсолютного числа. Оценка структуры микрофлоры включала в себя расчет частоты встречаемости таксона в отдельных видах клинического материала и относительного среднего для каждого

идентифицированного рода микроорганизмов (доля микроорганизма в исследуемой совокупности представителей родов, в зависимости от клинического материала с учетом других факторов). Для оценки силы связи между анализируемыми факторами, использовали критерий Х2 и степень закономерности события (р), используемые при анализе сопряженности таблиц. Связь между признаками статистически расценивали как значимую при уровне значимости р <0,01 или р <0,05 в зависимости от статистики теста.

Для оценки различий между двумя независимыми выборками по уровню определенного признака, измеренного количественно применяли критерий Манна-Уитни. При проверке равенства медиан нескольких выборок использовали критерий Краскела-Уоллиса.

В работе проводился биоинформационный анализ белковых спектров выделенных культур с использованием программных пакетов flexAnalysis 3.0 и MALDI Biotyper 3.0 Offline Classification на базе MALDI-ToF масс-спектрометра Microflex LT (Bruker Daltonik GmbH, Германия).

Степень достоверности, апробация результатов, личное участие автора

Достоверность полученных результатов достигнута за счет применения в качестве методологической и теоретической базы фундаментальных трудов в области микробиологии; соответствия результатов современному уровню методик проведения исследований.

Основные положения диссертации обсуждены на Национальном конгрессе по болезням органов дыхания (Москва, 2016; Москва, 2018), Окружной научно-практической конференции с международным участием «Современные технологии комплексной медицинской помощи больным туберкулезом и ВИЧ-инфекцией: реализация, развитие, резервы» (Екатеринбург, 2017), Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Туберкулез и сочетанные инфекции: вызовы и перспективы» (Москва, 2017), XIX Международном конгрессе

МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии (Москва, 2017), Российско-Китайском конгрессе по медицинской микробиологии, эпидемиологии и клинической микологии (XX Кашкинские чтения) (Санкт-Петербург, 2017), 38-м Ежегодном конгрессе Европейского общества микобактериологии (Шибенки, 2017), III Российском конгрессе лабораторной медицины (Москва, 2017), Окружной научно-практической образовательной конференции «Туберкулез, ВИЧ и сочетанные инфекции: профилактика, диагностика, лечение» (Екатеринбург, 2018), Международной научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2018» (Минск, 2018), Научно-практической конференции по хирургии «Инфекция в хирургии: международные рекомендации и реальная клиническая практика» (Самара, 2018), Самарском форуме лабораторной медицины: современные подходы к организации лабораторной службы, повышению качества и доступности клинических лабораторных исследований (Самара, 2018), XI Ежегодном Всероссийском конгрессе по инфекционным болезням с международным участием «Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие угрозы» (Москва, 2019), 29-м Европейском конгрессе по клинической микробиологии и инфекционным заболеваниям (Амстердам, 2019), Российско-Китайском конгрессе по медицинской микробиологии, эпидемиологии, клинической микологии и иммунологии (XXII Кашкинские чтения) (Санкт-Петербург, 2019), 5-м Юбилейном Российском конгрессе лабораторной медицины (Москва, 2019), Евразийском конгрессе по антимикробной терапии и клинической микробиологии (Уфа, 2019), Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Россия на пути ликвидации туберкулеза: реалии и перспективы» (Москва, 2019), Российской научно-практической конференции с международным участием «Казанская педиатрическая школа. Булатовские чтения» «Актуальные вопросы пульмонологии» (Казань, 2020), Форуме специалистов лабораторной медицины Республики Татарстан «Современные подходы к организации лабораторной службы, профессиональные стандарты и образование, перспективные технологии в медицинской практике (Казань, 2020), Научно-

практической конференции «Периоперационная антибиотикопрофилактика и терапия: основные принципы назначения и проблемы» в рамках тридцать восьмой образовательной недели (Самара, 2020).

Личный вклад автора состоит в непосредственном участии на всех этапах диссертационного исследования. Основная идея, планирование научной работы, включая формулировку научной гипотезы, определение методологии и общей концепции диссертационного исследования, формулировка цели и задач, разработка дизайна исследования проводились совместно с научным консультантом з.д.н. РФ, д.м.н., профессором А.В. Жестковым. Экспериментальные исследования, анализ полученных данных, их интерпретация, представление результатов работы в научных публикациях и в виде докладов на конференциях и конгрессах проводились совместно с сотрудниками кафедры общей и клинической микробиологии, иммунологии и аллергологии ФГБОУ ВО «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (зав. каф. - з.д.н. РФ, д.м.н., профессор А.В. Жестков), бактериологической лаборатории ГБУЗ «Самарский областной клинический противотуберкулезный диспансер им. Н.В. Постникова» (зав. - врач-бактериолог высшей категории Т.П. Персиянцева), отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребназдора (зав. - к.б.н. Г.А. Шипулин).

Анализ современной отечественной и зарубежной литературы по изучаемой проблеме, статистическая обработка первичных данных, написание и оформление рукописи диссертации проведены лично диссертантом.

Положения, выносимые на защиту:

1. В структуре контаминирующей микрофлоры при обследовании на туберкулез выявлены разнообразные представители порядка Лctinomycetales, в том числе нетуберкулезные микобактерии с атипичными культуральными свойствами.

Использование жидкой питательной среды Миддлбрук 7Н9 с селективной добавкой позволяет более эффективно выделять кислотоустойчивые актиномицеты.

2. ДНК-гибридизация может быть использована в качестве предварительной идентификации микробных культур с характерными для нетуберкулезных микобактерий свойствами. Для окончательной идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales целесообразно использовать дополнительные методы, в частности МЛЬВ1-ТоБ масс-спектрометрию.

3. Универсальные хромогенные среды могут быть использованы как для первичного посева клинического материала с целью выделения кислотоустойчивых аэробных актиномицет, так и для проведения предварительной идентификации нетуберкулезных микобактерий.

4. Некоторые универсальные хромогенные среды позволяют проводить идентификацию нетуберкулезных микобактерий с использованием метода МЛЬВ1-ТоЕ масс-спектрометрии также эффективно, как и при использовании среды Левенштейна-Йенсена.

5. При выборе сред для первичного посева кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales необходимо учитывать не только лимитирующие компоненты роста, но и возможности создания условий для продленной инкубации с последующей идентификацией с использованием метода МЛЬВ1-ТоЕ масс-спектрометрии.

Научная новизна

Впервые проведена оценка распространенности представителей кислотоустойчивых актиномицет в структуре контаминирующей микрофлоры, выделенной из клинического материала при обследовании на туберкулез с использованием метода МЛЬВ1-ТоЕ масс-спектрометрии. Установлено, что при обследовании на туберкулез возможно выделение вариантов нетуберкулезных

микобактерий с атипичными культуральными свойствами и других представителей порядка Лctinomycetales.

Впервые проведено исследование возможности использования универсальной хромогенной среды как для первичного выделения нетуберкулезных микобактерий, так и для их предварительной идентификации. Впервые разработаны варианты лабораторной посуды, замедляющей процесс дегидратации питательной среды для культивирования медленнорастущих представителей кислотоустойчивых актиномицет.

Впервые разработаны новые инструменты, позволяющие получать необходимое количество микробной биомассы для проведения идентификации культур медленно и быстрорастущих микроорганизмов с использованием метода МЛЬВ1-ТоБ масс-спектрометрии. Установлено, что универсальные хромогенные среды могут быть использованы для улучшения результатов идентификации нетуберкулезных микобактерий при использовании метода МЛЬВ1-ТоБ масс-спектрометрии.

Впервые установлено значение использования универсальной хромогенной среды для выявления гетерогенности популяции нетуберкулезных микобактерий, выделенных от одного пациента.

Теоретическая и практическая значимость

Теоретическая значимость исследования определяется разработкой новых подходов к культивированию и идентификации кислотоустойчивых бактерий из порядка Лctinomycetales, представленных как сапрофитной, так и условно-патогенной микрофлорой, которые могут влиять на результаты проведения микробиологического исследования клинического материала на туберкулез. При оценке только культуральных свойств микрофлоры, выделенной при первичных посевах есть вероятность получения как ложноотрицательных результатов в отношении нетуберкулезных микобактерий с атипичными формами колоний, так и

ложноположительных результатов в отношении других кислотоустойчивых микроорганизмов при идентификации их методом ДНК-гибридизации. Определено значение использования жидкой питательной среды Миддлбрук 7Н9 с селективной добавкой для выделения кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, что требует пересмотра алгоритма работы с положительными культурами в случае определения признаков роста микроорганизмов на ранних сроках культивирования.

Практическое значение состоит в том, что некоторые универсальные хромогенные среды являются оптимальными для первичного выделения и предварительной идентификации значительного количества кислотоустойчивых актиномицет и могут быть использованы в практической работе микробиологических лабораторий для улучшения результатов выделения нетуберкулезных микобактерий и других представителей порядка Actinomycetales (Патент РФ № 2711954, Патент РФ № 2711957). Пролонгация сроков инкубации первичных посевов в рутинной микробиологической практике позволяет выделять представителей порядка Actinomycetales из клинического материала (Патент РФ № 2659155, Патент РФ № 2668406). Для предотвращения дегидратации сред при пролонгированном инкубировании посевов необходимо использовать специальную лабораторную посуду, которую можно применять для культивирования медленно и быстрорастущих аэробных и факультативно-анаэробных микроорганизмов (Патент РФ № 173302, Патент РФ № 175134, Патент РФ № 175863).

Для улучшения результатов идентификации микроорганизмов из группы кислотоустойчивых актиномицет, имеющих особенности культуральных свойств, необходимо использовать дополнительные инструменты, которые позволяют получать количество биологической массы достаточное для определения их видовой принадлежности методом МЛЬВ1-ТоЕ масс-спектрометрии (Патент РФ № 187404, Патент РФ № 187421). При выборе сред для работы с микобактериями необходимо учитывать количество железа и его форму, как лимитирующего компонента питательной среды, определяющего возможность выделения не только

микобактерий туберкулезного комплекса, но и нетуберкулезных микобактерий (Патент РФ № 2613366).

Внедрение результатов исследования в практику

Результаты исследования внедрены в учебный процесс и используются в научно-исследовательской деятельности кафедр общей и клинической микробиологии, иммунологии и аллергологии; инфекционных болезней с эпидемиологией; фундаментальной и клинической биохимии с лабораторной диагностикой ФГБОУ ВО «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Лямин Артем Викторович, 2020 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Агаева, А. А. Влияние кислотности и растворимого алюминия на развитие штаммов рода NосагШа, выделенных из Баиловских нефтезагрязненных почв / А. А. Агаева // Успехи современного естествознания. - 2010. - № 4. - С. 912.

2. Алгоритм микропроцессорного управления параметрами культивирования автотрофных микроорганизмов / А. А. Шевцов, А. В. Дранников, Л. В. Пономарев [и др.] // Автоматизация и современные технологии. - 2011. - № 8. - С. 33-35.

3. Алгоритм ускоренного бактериологического исследования с использованием хромогенных питательных сред / О. В. Полухина, Т. Н. Суборова, С. А. Егорова [и др.] // Справочник заведующего КДЛ. -2015. - № 1. - С. 3-8.

4. Альховик, О. И. Распространенность нетуберкулезных микобактерий в Сибири / О. И. Альховик, М. А. Дымова, А. Г. Чередниченко // Проблемы медицинской микологии. - 2016. - Т. 18, № 2. - С. 37.

5. Аникин, В. А. Проблемы микробиологической диагностики туберкулеза / В. А. Аникин, В. К. Гришин // Военно-медицинский журнал. - 2012. - Т. 333, № 3. - С. 33-36.

6. Антибиотикорезистентность биопленочных бактерий / И. В. Чеботарь, А. Н. Маянский, Е. Д. Кончакова [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2012. - Т. 14, № 1. - С. 51-58.

7. Беляков, Н. А. Коморбидные и тяжелые формы ВИЧ-инфекции в России / Н. А. Беляков // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. - 2016. - Т. 8, № 3. -С. 9-25.

8. Беляков, Н. А. Противодействие ВИЧ-инфекции и рост заболеваемости в России / Н. А. Беляков, В. В. Рассохин, А. С. Бобрешова // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. - 2017. - Т. 9, № 2. - С. 82-90.

9. Бердников, Р. Б. Летальный случай генерализованного микобактериоза у больного с терминальной стадией ВИЧ-инфекции / Р. Б. Бердников, Л. М. Гринберг, А. Ю. Евсеев // Туберкулез и болезни легких. - 2016. - № 94(4). -С. 57-62.

10. Видовая идентификация микобактерий нетуберкулезного комплекса методом амплификации и секвенирования генов 16S рРНК / А. А. Майорова, В. Н. Степаншина, О. В. Коробова [и др.] // Журнал молекулярной генетики, микробиологии, вирусологии. - 2004. - № 3. - С. 11-20.

11. Возможности и перспективы бактериологической диагностики микобактериоза / Т. Ф. Оттен, И. В. Мокроусов, О. В. Нарвская [и др.] // Проблемы туберкулеза. - 2004. - № 5. - С. 32-35.

12. Волков, Д. В. Источники микобактерий и распространение микобактериозов свиней в Новосибирской области / Д. В. Волков, К. В. Авдеенко, П. В. Бушмелева // Сибирский вестник сельскохозяйственной науки. - 2009. - № 4.

- С. 45-49.

13. Выделение и идентификация нетуберкулезных микобактерий /

B. И. Литвинов, М. В. Макарова, М. А. Краснова [и др.] // Вестник РАМН. - 2010.

- № 3. - С. 7-11.

14. Выявление нетуберкулезных микобактерий в республике Марий Эл / Л. В. Петрова, Е. И. Мельникова, Ю. А. Соловьева [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2018. - Т. 96, № 2. - С. 41-46.

15. Выявление нетуберкулезных микобактерий, циркулирующих в разных регионах Сибири, и анализ их лекарственной устойчивости / О. И. Альховик, И. О. Мешков, Т. И. Петренко [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2019. - Т. 97, № 10. - С. 5-11.

16. Генетическое маркирование полирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных на Северо-Западе России / О. В. Нарвская, И. В. Мокроусов, Т. Ф. Оттен [и др.] // Проблемы туберкулеза. - 1999. - № 3. -

C. 39-41.

17. Гунтупова, Л. Д. Микобактериозы во фтизиопульмонологической практике: обзор литературы и собственный опыт / Л. Д. Гунтупова, С. Е. Борисов, И. П. Соловьева // Практическая медицина. - 2011. - № 3(51). - С. 39-50.

18. Диагностика микобактериоза у больных ВИЧ-инфекцией / В. Н. Зимина, М. В. Альварес Фигероа, С. Ю. Дегтярева [и др.] // Инфекционные болезни. - 2016. - Т. 14, № 4. - С. 63-70.

19. Диагностика сочетания туберкулеза и микобактериоза при ВИЧ-инфекции / М. В. Альварес Фигероа, Ю. Р. Зюзя, А. В. Прокопенко [и др.] // Туберкулез и социально значимые заболевания. - 2015. - № 4. - С. 50-57.

20. Диагностика туберкулеза микробиологическими методами в учреждениях противотуберкулезной службы и общей лечебной сети / Л. И. Русакова, В. В. Пунга, Л. П. Капков [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2011. - Т. 88, № 5. - С. 139-140.

21. Диализное культивирование микроорганизмов как адекватная модель контроля популяции при исследовании экосистем / А. Ф. Лебедева, Е. Л. Барский, Я. В. Саванина [и др.] // Вестник Моск. ун-та. Сер. Биология. - 2010. - № 2. - С. 1520.

22. Дифференциальная диагностика туберкулеза и микобактериоза у больных ВИЧ-инфек-цией / А. М. Пантелеев, О. В. Никулина, А. С. Христусев [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2017. - Т. 95, № 10. - С. 47-54.

23. Добин, В. Л. Обмен железа у микобактерий / В. Л. Добин, В. Г. Демихов, М. П. Жарикова // Туберкулез и болезни легких. - 2016. - Т. 94, № 7. -С. 6-10.

24. Елисеев, П. И. Роль молекулярно-генетических методов в повышении эффективности диагностики туберкулеза с лекарственной устойчивостью микобактерий и микобактериозов : специальность 14.01.16 «Фтизиатрия» : автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук / Елисеев Платон Иванович ; ГБУВ ВПО «Северный государственный медицинский университет» МЗ РФ. - Санкт-Петербург, 2013. - 23 с.

25. Железо как эссенциальный фактор роста микобактерий / А. В. Лямин, А. В. Халиулин, Д. Д. Исматуллин [и др.] // Известия Самарского научного центра РАН. - 2016. - Т. 18, № 5(2). - С. 320-327.

26. Зорина, А. С. Биопленкообразование моно- и смешанных культур штаммов Alcaligenes faecalis 2 и Rhodococcus ruber gt / А. С. Зорина, Ю. Г. Максимова, В. А. Демаков // Микробиология. - 2019. - Т. 88, № 2. - С. 175183.

27. Иммобилизация клеток штамма Rhodococcus wratislaviensis кт112-7 как способ повышения эффективности биодеструкции модифицированных полихлорбифенилов / Д. О. Егорова, М. Г. Первова, Т. И. Горбунова [и др.] // Биотехнология. - 2019. - Т. 35, № 2. - С. 58-70.

28. Исаева, Г. Ш. Отечественная хромогенная среда для выделения Helicobacter pylori / Г. Ш. Исаева, О. К. Поздеев // Клиническая лабораторная диагностика. - 2009. - № 8. - С. 35-37.

29. Использование времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-^F MS) для идентификации бактериальных и грибковых возбудителей III-IV групп патогенности / И. В. Чеботарь, С. В. Поликарпова, Ю. А. Бочарова [и др.] // Лабораторная служба. - 2018. - Т. 7, № 2. - С. 78-86.

30. Использование методов MALDI-ToF масс-спектрометрии и количественной ПЦР для быстрой диагностики септических состояний / Т. В. Припутневич, А. Р. Мелкумян, О. В. Бурменская [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2014. - Т. 16, № 1. - С. 4-9.

31. Кимайкина, О. В. Результаты эксперимента: использование Chromagar Staphyloccocus с добавлением цефокситина для раннего выявления метициллинрезистентности стафилококков, возбудителей имплантассоциированных инфекций (ИАИ) в травматологии-ортопедии / О. В. Кимайкина, Л. Г. Григоричева, Е. А. Супрун // Клиническая микробиология и антимикробная терапия. - 2017. - № 19(51). - С. 20.

32. Клиническая лабораторная диагностика: национальное руководство : в 2 томах. Т. 2 / под ред. проф. В. В. Долгова, проф. В. В. Меньшикова. - Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2013. - 805 с.

33. Кокиева, Г. Е. Исследование аппарата для культивирования микроорганизмов / Г. Е. Кокиева // Научно-технический вестник Поволжья. - 2014. - № 4. - С. 123-125.

34. Контаминирующая микрофлора при обследовании на туберкулез: сапрофиты или потенциальные патогены? / А. В. Лямин, Д. Д. Исматуллин, А. В. Жестков [и др.] // Иммунопатология, аллергология, инфектология. - 2019. - № 3. -С. 63-70.

35. Коробова, А. Г. Выявление продукции бета-лактамаз расширенного спектра у энтеробактерий с помощью селективных сред / А. Г. Коробова, Г. А. Клясова // Медиаль. - 2014. - Т. 13, № 3. - С. 116.

36. Коробова, А. Г. Использование селективной хромогенной среды для детекции энтеробактерий с продукцией бета-лактамаз / А. Г. Коробова, И. Н. Фролова, Г. А. Клясова // Клиническая лабораторная диагностика. -2015. - Т. 60, № 11. - С. 53-57.

37. Костина, Л. В. Извлечение ионов тяжелых металлов клетками Rhodococcus ruber ИЭГМ 231 / Л. В. Костина, М. С. Куюкина, И. Б. Ившина // Вестник Пермского гос. ун-та. Серия Биология. - 2013. - Вып. 2. - С. 42-48.

38. Лабораторная диагностика микобактериозов у пациентов с муковисцидозом (обзор литературы) / А. В. Лямин, Д. Д. Исматуллин, А. В. Жестков [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2018. - Т. 63, № 5. - С. 315-320.

39. Ларионова, Е. Е. Инфицирование микобактериями больных с кистозным фиброзом / Е. Е. Ларионова // Вестник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза. - 2019. - № S1. - С. 191-199.

40. Лаушкина, Ж. А. Случаи диагностики микобактериоза легких у больного диссеминированным туберкулезом / Ж. А. Лаушкина, О. И. Ольховик // Туберкулез и болезни легких. - 2018. - № (1). - С. 47-50.

41. Лискова, Е. А. Метод деконтаминации патологического материала от мышей, заражённых rhodococcus equi / Е. А. Лискова, К. Н. Слинина // Евразийский союз ученых. - 2015. - № 5-5(14). - С. 168-169.

42. Лискова, Е. А. Новый подход к выделению микобактерий, нокардиоформных актиномицетов и коринебактерий / Е. А. Лискова, К. Н. Слинина // Вестник Алтайского государственного аграрного университета. -2016. - № 9(143). - С. 128-131.

43. Лискова, Е. А. Профилактика актиномицетных инфекций у телят / Е. А. Лискова, К. Н. Слинина, А. А. Блохин // Вестник АГАУ. - 2017. - № 6(152). - С. 144-149.

44. Литвиненко, Л. В. Способность актинобактерий родов Dietzia, Gordonia и Rhodococcus аккумулировать ионы никеля / Л. В. Литвиненко // Микробиология. - 2019. - Т. 88, № 2. - С. 207-216.

45. Литвинов, В. И. Нетуберкулезные микобактерии / В. И. Литвинов, М. В. Макарова, М. А. Краснова. - Москва : МНПЦБТ, 2008. - 256 с.

46. Лямин, А. В. Лабораторная диагностика микобактериозов : учебное пособие для студентов / А. В. Лямин, А. В. Жестков, Д. Д. Исматуллин. - Самара : Право, 2019. - 72 с.

47. Лямин, А. В. Редкие виды в структуре кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, выделенных из клинического материала / А. В. Лямин // Клиническая лабораторная диагностики. - 2020. - № 65(2). - С. 111— 115.

48. Майрова, А. А. Индентификация нетуберкулезных микобактерий и выбор оптимальной комбинации методов для их видовой дифференциации : специальность 03.00.07 «Микробиология» : автореферат диссертации на соискание учетной степени кандидата биологических наук / Майорова Ангелина Александровна ; ФГУЗ «Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского» Роспотребнадзора РФ. -Москва, 2007. - 26 с.

49. Макарова, М. В. Изучение чувствительности нетуберкулезных микобактерий, выделенных на плотных и жидких питательных средах к противотуберкулезным препаратам / М. В. Макарова, Г. Е. Фрейман // Проблемы туберкулеза. - 2009. - № 9. - С. 49-51.

50. МАLDI-ToF масс-спектрометрический анализ клеточных белков в идентификации представителей рода Leptospira / Н. В. Бренева, М. В. Афанасьев, М. Б. Шаракшанов [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2014. - № 4. - С. 36-43.

51. МАLDI-TOF масс-спектрометрия в рутинной работе микробиологической лаборатории / Н. А. Маянский, А. Н. Калакуцкая, О. В. Мотузова [и др.] // Вопросы диагностики в педиатрии. - 2011. - № 3(5). - С. 20-25.

52. Масс-спектрометрическая оценка карбапенемазной активности Pseudomonas aeruginosa / Ю. А. Бочарова, И. В. Чеботарь, О. А. Крыжановская [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. -2018. - Т. 63, № 2. - С. 99-105.

53. Маянский, А. Н. Патогенетическая микробиология : руководство / А. Н. Маянский. - Н. Новгород : Изд-во Нижегородской государственной медицинской академии, 2006. - 520 с.

54. Микобактериозы легких: критерии диагностики в современных условиях / Л. К. Суркова, Е. М. Скрягина, О. М. Залуцкая [и др.] // Смоленский медицинский альманах. - 2015. - № 3. - С. 145-151.

55. Микобактериозы органов дыхания: эпидемиология, микробиологические и клинические аспекты диагностики / Л. Д. Гунтупова, С. Е. Борисов, М. В. Макарова [и др.] // Эпидемиология и инфекционные болезни. -2012. - № (2). - С. 8-14.

56. Микобактериозы: современное состояние проблемы / В. Н. Зимина, С. Ю. Дегтярева, Е. Н. Белобородова [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2017. - Т. 19, № 4. - С. 276-282.

57. Микробиологические методы диагностики туберкулеза: теоретическое учебное пособие для проведения курсов обучения: «Выявление туберкулеза методом микроскопии» и «Культуральные методы диагностики туберкулеза» / Центр. НИИ туберкулеза РАМН [и др.]. - Москва ; Тверь : Триада, 2008. - 39 с. : цв. ил.

58. Мониторинг видового разнообразия нетуберкулезных микобактерий в ряде областей РФ с использованием ДНК-стрипов Genotype Mycobacterium CM/AS (HAINLIFESCIENCE, Германия) / Т. Г. Смирнова, С. Н. Андреевская, Е. Е. Ларионова [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2017. - Т. 95, № 5. - С. 54-59.

59. Морфологическая верификация ВИЧ-ассоциированного микобактериоза, вызванного нетуберкулезными микобактериями Myc. avium complex / Ю. Р. Зюзя, Ю. Г. Пархоменко, В. Н. Зимина [и др.] // Клиническая и экспериментальная морфология. - 2015. - № 3(1). - С. 11-21.

60. МУК 4.2.2316-08 «Методы контроля бактериологических питательных сред». - Текст : электронный // Техэксперт. Консорциум Кодекс. - URL: http://docs.cntd.ru/document/1200067870 (дата обращения: 23.04.2020).

61. Неизвестные условно-патогенные бактерии представители микрофлоры человека как возможные возбудители пневмонии / Г. В. Тец, Д. С. Викина, М. Ф. Вечерковская [и др.] // Атмосфера. Пульмонология и аллергология. - 2013. - № 1. - С. 32-34.

62. Нестерильность мочи здорового человека - новая парадигма в медицине / В. И. Коган, Ю. Л. Набока, Х. С. Ибмиев [и др.] // Урология. - 2014. -№ 5. - С. 48-52.

63. Нетуберкулезные микобактерии у пациентов с заболеваниями органов дыхания (клинико-лабораторное исследование) / А. Э. Эргешов, Е. И. Шмелев, М. Н. Ковалевская [и др.] // Пульмонология. - 2016. - Т. 26, № 3. - C. 303-308.

64. Нетуберкулезные микобактерии: современные возможности видовой идентификации / А. В. Лямин, А. М. Ковалёв, А. В. Жестков [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2017. - Т. 19, № 1. - С. 11-14.

65. NGS: высокопроизводительное секвенирование / Д. В. Ребриков, Д. О. Коростин, Е. С. Шубина [и др.]. - Москва : БИНОМ. Лаборатория знаний, 2014. - 235 с.

66. Новые возбудители заболеваний респираторного тракта у иммунокопрометированных пациентов (обзор литературы) / Д. Д. Исматуллин, М. О. Золотов, А. В. Лямин [и др.] // Наука и инновации в медицине. - 2019. - Т. 4, № 3. - С. 19-24.

67. Норовсурэн, Ж. Актиномицеты редких родов в каштановых почвах и их антагонистические свойства / Ж. Норовсурэн, Д. Дарам, Б. Цэцэг // Известия АНМ. - 2003. - Т. 170, № 4. - С. 25-29.

68. Общая характеристика и клиническое значение представителей родов ^сагё1а и Gordonia / А. В. Лямин, А. В. Жестков, Т. Р. Никитина [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2019. - Т. 9, № 3-4. - С. 429-436.

69. Определитель бактерий Берджи : 2 томах. Т. 2 : пер. с англ. / под ред. Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита [и др.]. - Москва : Мир, 1997. - 386 с.

70. Оптимизация лабораторной диагностики туберкулеза с использованием современных бактериологических и молекулярно-биологических методов / Я. М. Балабанова, Ф. Дробниевский, И. М. Федорин [и др.] // Проблемы туберкулеза и болезней легких. - 2011. - № 2. - С. 36-42.

71. Опыт применения микробиологических методов исследований при инфекционных осложнениях тяжелых травм / С. А. Свистунов, А. А. Кузин, Т. Н. Суборова [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2016. - Т. 6, № 4. - С. 373-378.

72. Отечественная хромогенная среда для дифференциации клебсиелл / Р. Ю. Юнусова, В. Г. Горелова, Э. Д. Степанова [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2010. - № 3. - С. 49-51.

73. Оттен, Т. Ф. Микобактериоз / Т. Ф. Оттен, А. В. Васильев. - Санкт-Петербург, 2005. - 218 с. : ил.

74. Оттен, Т. Ф. Генерализованный микобактериоз у пациента с ВИЧ-инфекцией на стадии СПИДа / Т. Ф. Оттен, Н. В. Фоменкова, М. Ю. Майская // Туберкулез и болезни легких. - 2015. - № 8. - С. 57-62.

75. Оттен, Т. Ф. Характеристика нетуберкулезных микобактерий -потенциальных возбудителей заболеваний человека / Т. Ф. Оттен // Проблемы туберкулеза. - 1994. - № 3. - С. 56-59.

76. Оценка диагностической эффективности алгоритма выделения и ускоренной идентификации условно-патогенных энтеробактерий с использованием отечественных хромогенных питательных сред / М. М. Меджидов, Э. Д. Степанова, Р. Ю. Юнусова [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2012. - № 5. - С. 51-54.

77. Патент RU 173302 Ш Российская Федерация, МПК С12М 1/22 (2006.01). Чашка для культивирования микроорганизмов с двухпозиционной резьбой : заявка № 2017108813, 16.03.2017 : опубл. 21.08.2017 / А. В. Лямин, И. Р. Тонеев, А. В. Козлов [и др.]. - Бюл. № 24. - 7 с.

78. Патент RШ 175134 Ш1 Российская Федерация, МПК С12М 1/22 (2006.01). Флакон для культивирования микроорганизмов : заявка № 2017116263, 10.05.2017 : опубл. 22.11.2017 / А. В. Лямин, И. Р. Тонеев, А. В. Козлов [и др.]. -Бюл. №33. - 5 с.

79. Патент RШ 175863 Ш1 Российская Федерация, МПК С12М 1/22 (2006.01). Флакон для культивирования микроорганизмов со съемной крышкой : заявка № 2017116235, 10.05.2017 : опубл. 21.12.2017 / А. В. Лямин, И. Р. Тонеев, А. В. Козлов [и др.]. - Бюл. №36. - 6 с.

80. Патент RШ 2659155 С1 Российская Федерация, МПК G01N 33/487 (2006.01). Способ сбора и первичного посева жидкости назального лаважа от пациентов с муковисцидозом для микробиологического исследования : заявка № 2017122649, 27.06.2017 : опубл. 28.06.2018 / О. В. Кондратенко, А. В. Лямин, Е. Д. Медведева, А. В. Ермолаева. - Бюл. № 19. - 6 с.

81. Патент RШ 2668406 С1 Российская Федерация, МПК С^ 1/04 (2006.01), С^ 1/20 (2006.01), СЖ 1/01 (2006.01). Способ первичного посева биоматериала, выделенного из нижних дыхательных путей пациентов с муковисцидозом : заявка № 2017122657, 27.06.2017 : опубл. 28.09.2018 / О. В. Кондратенко, А. В. Лямин, Д. Д. Исматуллин. - Бюл. № 28. - 9 с.

82. Патент RU 2689800 C1 Российская Федерация, МПК G01N 33/569 (2006.01), C12Q 1/6876 (2018.01). Способ детекции изолятов Mycobacterium tuberculosis Beijing 94-32-кластера в формате реального времени : заявка № 2017142885, 07.12.2017 : опубл. 29.05.2019 / И. В. Мокроусов, А. А. Вязовая, Е. Н. Черняева [и др.]. - Бюл. № 16. - 11 с.

83. Патент RU 2711954 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/20 (2006.01), C12R 1/01 (2006.01). Способ предварительной идентификации нетуберкулезных микобактерий с использованием универсальной хромогенной среды : заявка № 2019114859, 14.05.2019 : опубл. 23.01.2019 / А. В. Лямин, Д. Д. Исматуллин, О. В. Кондратенко [и др.]. - Бюл. № 3. - 6 с.

84. Патент RU 2711957 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/20 (2006.01), C12R 1/01 (2006.01). Способ первичного посева клинического материала для выделения нетуберкулезных микобактерий : заявка № 2019114858, 14.05.2019 : опубл. 23.01.2020 / А. В. Лямин, Д. Д. Исматуллин, О. В. Кондратенко [и др.]. -Бюл. № 3. - 5 с.

85. Першикова, Н. Л. Использование пцр-тест-систем для диагностики туберкулеза и микобактериозов / Н. Л. Першикова // Сибирский вестник сельскохозяйственной науки. - 2009. - № 2(194). - С. 59-62.

86. Питательная среда для выделения Neisseria meningitidis / Л. С. Черкасова, И. С. Королева, И. М. Грубер [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2008. - № 1. - С. 69-71.

87. Пневмоцистная и цитомегаловирусная пневмония как проявление синдрома восстановления иммунной системы / С. Ю. Дегтярева, В. Н. Зимина, Е. Н. Белобородова [и др.] // Трудный пациент. - 2019. - Т. 17, № 11-12. - С. 40-43.

88. Подбор оптимальных параметров культивирования штаммов молочнокислых бактерий, перспективных в качестве стартерных культур при разработке закваски прямого внесения / Э. Нагызбеккызы, Н. Б. Молдагулова [и др.] // Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований. -2019. - № 7. - С. 14-18.

89. Приказ № 109 МЗ РФ от 21 марта 2003 года «О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации / Министерство здравоохранения российской федерации. - Текст : электронный // Техэксперт. Консорциум Кодекс. - URL: http://docs.cntd.ru/document/901868614 (дата обращения: 23.04.2020).

90. Применение MALDI-TOF масс-спектрометрии для идентификации микроорганизмов в гемокультурах пациентов с подозрением на сепсис / Г. Г. Ломинадзе, Е. А. Семенова, О. В. Мотузова [и др.] // Вопросы диагностики в педиатрии. - 2013. - № 5(2). - С. 28-32.

91. Припутневич, Т. В. Масс-спектрометрия - новое слово в клинической микробиологии / Т. В. Припутневич, А. Р. Мелкумян // Клиническая лабораторная диагностика. - 2016. - Т. 61, № 12. - С. 842-848.

92. Пушкарева, Е. Ю. Диагностика микобактериоза легких, вызванного m. abscessus (случай из практики) / Е. Ю. Пушкарева, О. И. Альховик // Туберкулез и болезни легких. - 2014. - Т. 91, № 1. - С. 47-50.

93. Разработка тест-системы для количественной детекции ДНК бактерий Escherichia coli, Streptococcus agalactia, а также представителей рода Klebsiella методом ПЦР-РВ в экспресс-диагностике перинатальных инфекций / Н. Н. Володин, Л. А. Дегтярева, А. Н. Шкопоров [и др.] // Инфекционные болезни. -2010. - № 2. - С. 42-46.

94. Распространенность нетуберкулезных микобактерий, проблемы диагностики и лечения микобактериозов / Л. К. Суркова, Е. Р. Сагальчик, Т. Д. Борисенко [и др.] // Известия национальной академии наук Беларуси. Серия медицинских наук. - 2011. - № 2. - С. 12-18.

95. Руководство по медицинской микробиологии : в 3 томах. Т. 2. Оппортунистические инфекции: клинико-эпидемиологические аспекты / под ред. А. С. Лабинской, Н. Н. Костюкова [и др.]. - Москва : Бином, 2014. - 880 с.

96. Руководство по медицинской микробиологии : в 3 томах. Т. 1. Оппортунистические инфекции: возбудители и этиологическая диагностика / под ред. А. С. Лабинская, Н. Н. Костюкова. - Москва : Бином, 2013. - 752 с.

97. Руководство по медицинской микробиологии. Общая и санитарная микробиология / под ред. А. С. Лабинской, Е. Г. Волиной. - Москва : БИНОМ, 2008. - 1080 с.

98. Руководство по медицинской микробиологии. Частная медицинская микробиология и этиологическая диагностика инфекций / под ред. А. С. Лабинской, Н. Н. Костюковой, С. М. Ивановой. - Москва : БИНОМ, 2010. -1152 с.

99. Руководство по микробиологической диагностике инфекций дыхательных путей у пациентов с муковисцидозом / С. В. Поликарпова, С. В. Жилина, О. В. Кондратенко [и др.]. - Москва ; Тверь : Триада, 2019. - 128 с.

100. Санитарные правила СП 1.3.2322-08 Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных инфекций : постановление от 28 янв. 2008 г. № 4 / Главный государственный санитарный врач РФ. - Текст : электронный // Техэксперт. Консорциум Кодекс. - URL: http://docs.cntd.ru/document/902091086 (дата обращения: 23.04.2020).

101. Сачивкина, Н. П. Дифференциально-диагностические аспекты кандидоза свиней / Н. П. Сачивкина, Е. М. Ленченко, А. В. Лисейцев // Ветеринария. - 2018. - № 11. - С. 26-30.

102. Сбойчаков, В. Б. Санитарная микробиология / В. Б. Сбойчаков. -Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2007. - 192 с.

103. Севастьянова, Э. В. Современные алгоритмы микробиологической диагностики туберкулеза / Э. В. Севастьянова, Л. Н. Черноусова // Туберкулез и болезни легких. - 2018. - Т. 96, № 7. - С. 11-17.

104. Случай микобактериоза органов дыхания, вызванный M. kansasii / Л. Д. Гунтупова, С. Е. Борисов, Т. П. Гришина [и др.] // Инфекционные болезни. -2016. - № 2(15). - С. 65-72.

105. Современная микробиология. Прокариоты : в 2 томах. Т. 1 : пер. с англ. / под ред. Й. Ленгелера, Г. Древса, Г. Шлегеля. - Москва : Мир, 2005. - 656 с.

106. Сравнительный анализ методов идентификации нетуберкулезных микобактерий, выделенных из клинического материала / А. В. Лямин, Д. Д. Исматуллин, А. В. Жестков [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2017. - № 7(3). - С. 285-291.

107. Тец, В. В. Споробиота: свойства и роль в патологии человека / В. В. Тец, М. Ф. Вечерковская, Г. В. Тец // Лечебное дело. - 2018. - № 4. - С. 9096.

108. Фёдорова, А. В. Использование селективной хромогенной среды для детекции ванкомицинорезистентных энтерококков / А. В. Фёдорова, Г. А. Клясова // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2018. - Т. 20, № 1. - С. 55-61.

109. Фирсов, Н. Н. Микробиология: словарь терминов / Н. Н. Фирсов. -Москва : Дрофа, 2006. - 52 с.

110. Частота обнаружения разных видов нетуберкулезных микобактерий в Москве / М. В. Макарова, М. А. Краснова, Г. Е. Фрейман [и др.] // Туберкулез и болезни легких. - 2009. - № 9. - С. 29-32.

111. Чункаева, Д. Д. К вопросу о микробиологической диагностике туберкулеза и лекарственной устойчивости. обзор литературы / Д. Д. Чункаева, А. А. Мансурова // Наука и здравоохранение. - 2017. - № 6. - С. 116-130.

112. Чучалин, А. Г. Респираторная медицина / А. Г. Чучалин. - Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2007. - 800 с.

113. Шабунова, А. А. Обзор мировых и региональных тенденций заболеваемости ВИЧ-инфекцией и обусловленной ей смертности / А. А. Шабунова, О. Н. Калачикова, А. В. Короленко. - Текст : электронный // Социальные аспекты здоровья населения. - 2017. - № 2. - URL: http://vestnik.mednet.ru/content/view/824/30/lang,ru_RU.CP1251/ (дата обращения: 23.04.2020).

114. Шепелин, А. П. Питательные среды для энтеробактерий / А. П. Шепелин, И. А. Дятлов. - Оболенск : Династия, 2017. - 230 с.

115. Экспрессдиагностика микроорганизмов, поражающих дыхательные пути больных муковисцидозом / О. Л. Воронина, М. С. Кунда, Е. И. Аксенова [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2013. - № 11. - С. 53-58.

116. Экспресс-диагностика острого стрептококкового тонзиллита / А. С. Дарманян, А. Е. Малахова, Е. В. Старовойтова [и др.] // Вопросы диагностики в педиатрии. - 2012. - № 4(1). - С. 53-56.

117. Этиологическая структура и антибиотикочувствительность уропатогенов при хронической рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей / Ю. Л. Набока, И. А. Гудима, Х. С. Ибишев [и др.] // Урология. - 2011. - № 6. - С. 12-15.

118. A comparative study for the detection of Mycobacteria by BACTEC MGIT 960, Lowenstein Jensen media and direct AFB smear examination / S. Rishi, P. Sinha, B. Malhotra [et al.] // Indian J. Med. Microbiol. - 2007. - Oct., Vol. 25(4). - P. 383-386.

119. A definition of the Mycobacterium avium complex for taxonomical and clinical purposes, a review / J. van Ingen, C. Y. Turenne, E. Tortoli [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2018. - Nov., Vol. 68(11). - P. 3666-3677.

120. A novel culture medium for isolation of rapidly-growing mycobacteria from the sputum of patients with cystic fibrosis / C. L. Preece, A. Perry, B. Gray [et al.] // J. Cyst. Fibros. - 2016. - Vol. 15. - P. 186-191.

121. Accurate differentiation of Mycobacterium chimaera from Mycobacterium intracellular by MALDI-TOF MS analysis / A. B. Pranada, E. Witt, M. Bienia [et al.] // J. Med. Microbiol. - 2017. - May, Vol. 66(5). - P. 670-677.

122. Actinomyces Species Isolated from Breast Infections / A. U. Bing, S. F. Loh, T. Morris [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2015. - Oct., Vol. 53(10). - P. 3247-3255.

123. Actinomycosis: etiology, clinical features, diagnosis, treatment, and management / F. Valour, A. Sénéchal, C. Dupieux [et al.] // Infect. Drug. Resist. - 2014. - Jul. 5, Vol. 7. - P. 183-197.

124. Adelman, M. H. Management of nontuberculous mycobacterial pulmonary disease / M. H. Adelman, D. J. Addrizzo-Harris // Curr. Opin. Pulm. Med. - 2018. - May, Vol. 24(3). - P. 212-219.

125. Advances in Rapid Identification and Susceptibility Testing of Bacteria in the Clinical Microbiology Laboratory: Implications for Patient Care and Antimicrobial Stewardship Programs / F. P. Maurer, M. Christner, M. Hentschke // Infect. Dis. Rep. -2017. - Mar. 30, Vol. 9(1). - P. 6839.

126. American Thoracic Society/Centers for Disease Control and Prevention/Infectious Diseases Society of America: controlling tuberculosis in the United States / American Thoracic Society [et al.] // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2005. -Vol. 172. - P. 1169-1227.

127. An evaluation of methods for the isolation of nontuberculous mycobacteria from patients with cystic fibrosis, bronchiectasis and patients assessed for lung transplantation / D. Stephenson, A. Perry, M. R. Appleby [et al.] // BMC Pulm. Med. -2019. - Jan. 21, Vol. 19(1). - P. 19.

128. An official ATS/IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases / D. E. Griffith, T. Aksamit, B. A. Brown-Elliott [et al.] // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2007. - Feb. 15, Vol. 175(4). - P. 367-416.

129. Anderson, A. S. The taxonomy of Streptomyces and related genera / A. S. Anderson, E. M. H. Wellington // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2001. - Vol. 51. -P. 797-814.

130. Antimicrobial susceptibility of clinical isolates of Actinomyces and related genera reveals an unusual clindamycin resistance among Actinomyces urogenitalis strains / C. Barberis, M. Budia, S. Palombarani [et al.] // J. Glob. Antimicrob. Resist. - 2017. -Mar., Vol. 8. - P. 115-120.

131. Arenskotter, M. Biology of the metabolically diverse genus Gordonia / M. Arenskotter, D. Broker, A. Steinbuchel // Appl. Environ Microbiol. - 2004. - Vol. 70, N 3. - P. 195-204.

132. Assignment of Brevibacterium stationis (ZoBell and Upham 1944) Breed 1953 to the genus Corynebacterium, as Corynebacterium stationis comb. nov., and emended description of the genus Corynebacterium to include isolates that can alkalinize citrate / K. A. Bernard, D. Wiebe, T. Burdz [et al.] // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2010. - Vol. 60 (Pt 4, number 4). - P. 874-879.

133. Bacteremia and endocarditis caused by a Gordonia species in a patient with a central venous catheter / O. Lesens, Y. Hansmann, P. Riegel [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2000. - Vol. 6, N 4. - P. 382-385.

134. Bacteremia caused by Gordonia bronchialis in a patient with sequestrated lung / L. H. Sng, T. H. Koh, S. R. Toney [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2004. - Vol. 42, N 6. - P. 2870-2871.

135. Balada-Llasat, J. M. Identification of mycobacteria from solid and liquid media by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry in the clinical laboratory / J. M. Balada-Llasat, K. Kamboj, P. Pancholi // J. Clin. Microbiol. - 2013. - Sep., Vol. 51(9). - P. 2875-2879.

136. Beaman, B. L. Interaction of Nocardia asteroides at different phases of growth with in vitro-maintained macrophages obtained from lungs of normal and immunized rabbits / B. L. Beaman // Infect. Immun. - 1979. - Vol. 26. - P. 355-361.

137. Bensi, E. P. Incidence of tuberculous and non-tuberculous mycobacteria, differentiated by multiplex PCR, in clinical specimens of a large general hospital / E. P. Bensi, P. C. Panunto, M. C. Ramos // Clinics (Sao Paulo). -2013. - Vol. 68(2). - P. 179-184.

138. Bergey's manual of determinative bacteriology / D. H. Bergey, J. G. Holt. -9th ed. - Baltimore : Williams & Wilkins, 1994.

139. Brown, J. M. Nocardia, Rhodococcus, Gordonia, Actinomadura, Streptomyces, and other aerobic actinomycetes / J. M. Brown, M. M. McNeil // Manual of clinical microbiology / ed. P. R. Murray, E. J. Baron, M. A. Pfaller [et al.]. - 8th ed. -Washington : American Society for Microbiology, 2003. - P. 502-531.

140. Brown-Elliott, B. A. Clinical and taxonomic status of pathogenic nonpigmented or late-pigmenting rapidly growing mycobacteria / B. A. Brown-Elliott, R. J. Jr. Wallace // Clin. Microbiol. Rev. - 2002. - Vol. 15. - P. 716-746.

141. Bruker biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system for identification of Nocardia, Rhodococcus, Kocuria, Gordonia, Tsukamurella, and Listeria species / P. R. Hsueh, T. F. Lee, S. H. Du [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2014. - Jul., Vol. 52(7). - P. 2371-2379.

142. Central venous catheter-associated Nocardia bacteremia in cancer patients / F. Akhrass, R. Hachem, J. A. Mohamed [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2011. - Vol. 17, N 9. - P. 1651-1658.

143. Chater, K. F. Recent advances in understanding Streptomyces / K. F. Chater. - Text : electronic // F1000 Res. - 2016. - Nov. 30, Vol. 5. - 2795. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5133688/ (date of access: 09.03.2020).

144. Chen, C. H. Tsukamurella tyrosinosolvens bacteremia with coinfection of Mycobacterium bovis pneumonia: case report and literature review / C. H. Chen, C. T. Lee, T. C. Chang // Springer Plus. - 2016. - Vol. 5(1). - P. 2033.

145. Chou, M. P. A spatial epidemiological analysis of nontuberculous mycobacterial infections in Queensland, Australia / M. P. Chou, A. C. Clements, R. M. Thomson // BMC Infect. Dis. - 2014. - May 21, Vol. 14. - P. 279.

146. Clinical and microbiological profile of non-tuberculous mycobacterial endophthalmitis-experience in a tertiary eye care centre in Southern India / R. M. Paulose, J. Joseph, R. Narayanan [et al.] // J. Ophthalmic. Inflamm. Infect. - 2016. - Dec., Vol. 6(1). - P. 27.

147. Coban, A. Y. Evaluation of blood agar medium for the growth of mycobacteria / A. Y. Coban, A. Akgüne§, B. Durupmar // Mikrobiyol. Bul. - 2011. -Oct., Vol. 45(4). - P. 617-622.

148. Comparison of culture methods for isolation of nontuberculous mycobacteria from surface waters / N. Radomski, E. Cambau, L. Moulin [et al.] // Appl. Environ Microbiol. - 2010. - Jun., Vol. 76(11). - P. 3514-3520.

149. Comparison of in-house and commercial 16S rRNA sequencing with highperformance liquid chromatography and genotype AS and CM for identification of nontuberculous mycobacteria / P. Daley, A. Petrich, K. May [et al.] // Diagn Microbiol. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 61. - P. 284-293.

150. Comparison of LED and conventional fluorescence microscopy for detection of acid fast bacilli in a lowincidence setting / J. Minion, M. Pai, A. Ramsay [et al.]. - Text : electronic // PLoSONE. - 2011. - Vol. 6. - e22495. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21811622 (date of access: 09.03.2020).

151. Comparison of MALDI-TOF MS with HPLC and nucleic acid sequencing for the identification of Mycobacterium species in cultures using solid medium and broth / B. W. Buchan, K. M. Riebe, M. Timke [et al.] // Am. J. Clin. Pathol. - 2014. -Vol. 141(1). - P. 25-34.

152. Comparison of the performance of TK system with LJ and MGIT methods in the diagnosis of tuberculosis / B. Feyzioglu, M. Dogan, O.O. Sanli [et al.] // Int. J. Clin. Exp. Med. - 2014. - Apr. 15, Vol. 7(4). - P. 1084-1088.

153. Comparison of the RGM medium and the mycobacterial growth indicator tube automated system for isolation of non-tuberculous mycobacteria from sputum samples of cystic fibrosis patients in Belgium / A. Scohy, S. Gohy, V. Mathys [et al.] // J. Clin. Tuberc. Other Mycobact. Dis. - 2018. - Aug. 1, Vol. 13. - P. 1-4.

154. Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles / Y. Matsumoto, T. Kinjo, D. Motooka [et al.] // Emerg. Microbes Infect. - 2019. - Vol. 8(1). - P. 1043-1053.

155. Conville, P. S. Nocardia and other aerobic actinomycetes / P. S. Conville, F. G. Witebsky // Microbiology and Microbial Infections, Bacteriology / ed. S. P. Boriello, P. R. Murray, G. Funke. - 10th ed. - London : United Kingdom, 2005. -Vol. 2. - P. 1137-1180.

156. Conville, P. S. Nocardia, Rhodococcus, Gordonia, Actinomadura, Streptomyces, and other aerobic actinomycetes / P. S. Conville, F. G. Witebsky // Manual of Clinical Microbiology / ed. P. R. Murray, E. J. Baron, J. H. Jorgensen. - 9th ed. -Washington : DC, 2007. - Vol. 1. - P. 515-542.

157. Cummins, C. S. Chemical composition and antigenic structure of cell walls of Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia, Actinomyces and Arthrobacter / C. S. Cummins // J. Gen. Microbiol. - 1962. - Vol. 28. - P. 35-50.

158. Current methods in the molecular typing of Mycobacterium tuberculosis and other mycobacteria / T. Jagielski, J. van Ingen, N. Rastogi [et al.]. - Text : electronic // Biomed. Res. Int. - 2014. - 645802. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24527454 (date of access: 09.03.2020).

159. Davis-Scibienski, C. Interaction of Nocardia asteroides with rabbit alveolar macrophages: association of virulence, viability, ultrastructural damage and phagosome-lysosome fusion / C. Davis-Scibienski, B. L. Beaman // Infect. Immun. - 1980. - Vol. 28. - P. 610-661.

160. De Zwaan, R. Utility of rpoB gene sequencing for identification of nontuberculous mycobacteria in the Netherlands / R. de Zwaan, J. van Ingen, D. van Soolingen // J. Clin. Microbiol. - 2014. - Jul., Vol. 52(7). - P. 2544-2551.

161. Description of Bogoriellaceaefam. nov., Dermacoccaceae fam. nov., Rarobacteraceae fam. nov. and Sanguibacteraceae fam. nov. and emendation of some families of the suborder Micrococcineae / E. Stackebrandt, P. Schumann // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 1997. - Vol. 50(Part 3). - P. 1279-1285.

162. Detection and characterization of nocardia from patients diagnosed as tuberculosis in Egypt / Z. H. Helal, M. I. Khan, M. S. Ashour [et al.] // Int. J. Biomed. Sci. - 2008. - Sep., Vol. 4(3). - P. 179-184.

163. Detection and differentiation of Mycobacterium tuberculosis and nontuberculous mycobacterial isolates by real-time PCR / N. K. Shrestha, M. J. Tuohy, G. S. Hall [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Nov., Vol. 41(11). - P. 5121-5126.

164. Determination of antibiotic resistance and high-performance liquid chromatography profiles for Mycobacterium species / T. Toka Özer, E. Yula, M. Dogan [et al.]. - Text : electronic // J. Clin. Lab. Anal. - 2018. - Sep., Vol. 32(7). - e22459. -URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/ full/10.1002/jcla.22459 (date of access: 09.03.2020).

165. Differences in time to detection and recovery of Mycobacterium spp. between the MGIT 960 and the BacT/ALERT MB automated culture systems / N. Parrish, K. Dionne, A. Sweeney [et al.] // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2009. - Vol. 63. - P. 342-345.

166. Distribution of Nocardia species in clinical samples and their routine rapid identification in the laboratory / G. Wauters, W. Avesani, J. Charlier [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol. 43. - P. 2624-2628.

167. Drancourt, M. Cost-effectiveness of blood agar for isolation of mycobacteria / M. Drancourt, D. Raoult. - Text : electronic // PLoS Negl. Trop. Dis. - 2007. - Nov. 28, Vol. 1(2). - e83. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ pubmed/18060087 (date of access: 09.03.2020).

168. Effect of human neutrophils and monocytes on Nocardia asteroides: failure of killing despite occurrence of the oxidative metabolic burst / G. A. Filice, B. L. Beaman, J. A. Krick [et al.] // J. Infect. Dis. - 1980. - Vol. 142. - P. 432-438.

169. Effects of decontamination, DNA extraction, and amplification procedures on the molecular diagnosis of Mycobacterium ulcerans disease (Buruli ulcer) / D. Affolabi, N. Sanoussi, M. Odoun [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 1195-1198.

170. Elborn, J. S. Identification and management of unusual pathogens in cystic fibrosis / J. S. Elborn // J. R. Soc. Med. - 2008. - Jul., Vol. 101, (Suppl 1). - P. S2-S5.

171. Epidemiology of and risk factors for extrapulmonary nontuberculous mycobacterial infections in Northeast Thailand / I. Kham-Ngam, P. Chetchotisakd, P. Ananta [et al.]. - Text : electronic // PeerJ. - 2018. - Aug. 16, Vol. 6. - e5479. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30128214 (date of access: 09.03.2020).

172. Epidemiology of Nontuberculous Mycobacteria in French Polynesia / M. Phelippeau, D. A. Osman, D. Musso // J. Clin. Microbiol. - 2015. - Dec., Vol. 53(12). - P.3798-3804.

173. Epidemiology of Nontuberculous Mycobacteria Infection in Children and Young People With Cystic Fibrosis: Analysis of UK Cystic Fibrosis Registry / A. I. Gardner, E. McClenaghan, G. Saint [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2019. - Feb. 15, Vol. 68(5). - P. 731-737.

174. Epidemiology of nontuberculous mycobacterial infections in the U.S. Veterans Health Administration / M. M. Jones, K. L. Winthrop, S. D. Nelson [et al.]. -Text : electronic // PLoS One. - 2018. - Jun. 13, Vol. 13(6). - e0197976. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5999224/ (date of access: 09.03.2020).

175. Epidemiology of Nontuberculous Mycobacterial Lung Disease and Tuberculosis, Hawaii, USA / J. Adjemian, T. B. Frankland, Y. G. Daida [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2017. - Mar., Vol. 23(3). - P. 439-447.

176. Epidemiology of Pulmonary Nontuberculous Mycobacterial Disease, Japan / H. Namkoong, A. Kurashima, K. Morimoto [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2016. - Jun., Vol. 22(6). - P. 1116-1117.

177. Etiological misidentification by routine biochemical tests of bacteremia caused by Gordonia terrae infection in the course of an episode of acute cholecystitis / E. Gil-Sande, M. Brun-Otero, F. Campo-Cerecedo [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2006. -Jul., Vol. 44(7). - P. 2645-2647.

178. Evaluating the clinical significance of nontuberculous mycobacteria isolated from respiratory samples in Iran: an often-overlooked disease / Z. Mortazavi, A. Bahrmand, F. Sakhaee // Infect. Drug Resist. - 2019. - Jul. 3, N 12. - P. 1917-1927.

179. Evaluation of a new chromogenic medium, Uriselect 4, for the isolation and identification of urinary tract pathogens / J. D. Perry, L. A. Butterworth, A. Nicholson [et al.] // J. Clin. Pathol. - 2003. - Jul., Vol. 56(7). - P. 528-531.

180. Evaluation of a Novel MALDI Biotyper Algorithm to Distinguish Mycobacterium intracellulare From Mycobacterium chimaera / L. E. Epperson, M. Timke, N. A. Hasan [et al.] // Front Microbiol. - 2018. - Dec. 18, Vol. 9. - P. 3140.

181. Evaluation of isolation procedures and chromogenic agar media for the detection of MRSA in nasal swabs from pigs and veal calves / H. Graveland, E. van Duijkeren, A. van Nes [et al.] // Veterinary Microbiology. - 2009. -Vol. 139, N 1/2. - P. 121-125.

182. Evaluation of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for identification of Nocardia species / A. Verroken, M. Janssens, C. Berhin [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Nov., Vol. 48(11). - P. 4015-4021.

183. Evaluation of matrixassisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry in comparison to 16S rRNA gene sequencing for species identification of nonfermenting bacteria / A. Mellmann, J. Cloud, T. Maier [et al.] // J. Clin. Microbiol. -2008. - Vol. 46. - P. 1946-1954.

184. Evaluation of RGM Medium for Isolation of Nontuberculous Mycobacteria from Respiratory Samples from Patients with Cystic Fibrosis in the United States / R. Plongla, C. L. Preece, J. D. Perry [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2017. - May, Vol. 55(5). - P.1469-1477.

185. Evaluation of the MicroSeq system for identification of mycobacteria by 16S ribosomal DNA sequencing and its integration into a routine clinical mycobacteriology laboratory / L. Hall, K. A. Doerr, S. L. Wohlfiel [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2003. -Apr., Vol. 41(4). - P. 1447-1453.

186. Evaluation of the performance of MALDI-TOF MS and DNA sequence analysis in the identification of mycobacteria species / I. Akyar, C. Qavu§oglu, M. Aya§ [et al.] // Turk J. Med. Sci. - 2018. - Dec. 12, Vol. 48(6). - P. 1351-1357.

187. Evaluation of Various Culture Media for Detection of Rapidly Growing Mycobacteria from Patients with Cystic Fibrosis / Clair L. Preece, Thomas A. Wichelhaus, Audrey Perry [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2016. - Jun., Vol. 54(7). - P. 1797-1803.

188. Extensive cerebral nocardiosis cured with antibiotic therapy alone / N. Kirmani, C. U. Tuazon, J. A. Ocuin [et al.] // Case report. J. Neurosurg. -1978. - Vol. 49, N 6. - P. 924-928.

189. Factors Associated with Missed Detection of Mycobacterium tuberculosis by Automated BACTEC MGIT 960 System / Y. Pang, B. Su, H. Zheng [et al.]. - Text : electronic // Biomed. Res. Int. - 2016. - 5972021. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28078294 (date of access: 09.03.2020).

190. Falkinham, J. O. Epidemiology of infection by nontuberculous mycobacteria / J. O. Falkinham // Clin. Microbiol. Rev. - 1996. - Vol. 9. - P. 178-215.

191. Falkinham, J. O. Mycobacterial aerosols and respiratory disease / J. O. Falkinham // Emerg. Infect. Dis. - 2003. - Jul., Vol. 9(7). - P. 763-767.

192. First identification of Gordonia sputi in a post-traumatic endophthalmitis patient - a case report and literatures review / W. Fang, J. Li, H. S. Cui [et al.] // BMC Ophthalmol. - 2017. - Vol. 17, N 1. - P. 190.

193. First isolation of Mycobacterium kyorinense from clinical specimens in Brazil / C. E. Dias Campos, P. C. de Souza Caldas, H. Ohnishi [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 2477-2478.

194. Gao, B. Phylogenetic Framework and Molecular Signatures for the Main Clades of the Phylum Actinobacteria / B. Gao, R. S. Gupta // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2012. - Vol. 76(1). - P. 66-112.

195. Genetic diversity and population structure of Mycobacterium marinum: new insights into host and environmental specificities / V. Broutin, A. L. Banuls, A. Aubry [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 3627-3634.

196. Global incidence of multidrug-resistant tuberculosis / M. Zignol, M. S. Hosseini, A. Wright [et al.] // Infect. Dis. - 2006. - Vol. 194. - P. 479-485.

197. Global tuberculosis report 2012 / World Health Organization. - Switzerland, Geneva, 2012. - 98 p. - URL: http://www.who/int/tb/publications /global_report/en/ (date of access: 09.03.2020). - Text : electronic.

198. Gordonia araii infection associated with an orthopedic device and review of the literature on medical device-associated Gordonia infections / D. P. Jannat-Khah, E. S. Halsey, B. A. Lasker [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol. 47, N. 2. - P. 499-502.

199. Gordonia bronchialis Bacteremia and pleural Infection: case report and review of the literature / J. A. Johnson, A. B. Onderdonk, L. A. Cosimi [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N. 4. - P. 1662-1666.

200. Gordonia otitidis sp. nov., isolated from a patient with external otitis / S. Iida, H. Taniguchi, A. Kageyama [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2005. -Vol. 55, N 5. - P. 1871-1876.

201. Gordonia species: emerging pathogens in pediatric patients that are identified by 16S ribosomal RNA gene sequencing / A. J. Blaschke, J. Bender, C. L. Byington [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2007. - Vol. 45. - P. 483-486.

202. Gordonia terrae: a difficult-to diagnose emerging pathogen? / V. Blanc, M. Dalle, A. Markarian [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol. 45, N 3. - P. 10761077.

203. Growth detection failures by the non-radiometric Bactec MGIT 960 mycobacterial culture system / J. A. Pena, M. J. Ferraro, C. G. Hoffmann [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. - P. 2092-2095.

204. Gupta, R. S. Phylogenomics and Comparative Genomic Studies Robustly Support Division of the Genus Mycobacterium into an Emended Genus Mycobacterium and Four Novel Genera / R. S. Gupta, B. Lo, J. Son // Front Microbiol. - 2018. - Feb. 13, Vol. 9. - P. 67.

205. Handbook of media for clinical microbiology / by J. W. Snyder, R. M. Atlas. - 2-nd ed. - CRC Press, 2006. - 544 p.

206. Hillemann, D. Use of the BACTEC Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 automated system for recovery of Mycobacteria from 9,558 extrapulmonary specimens, including urine samples / D. Hillemann, E. Richter, S. Rüsch-Gerdes // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Nov., Vol. 44(11). - P. 4014-4017.

207. How we determined the most reliable solid medium for studying treatment of tuberculosis / C. M. Heilig, P. J. Feng, M. L. Joloba [et al.] // Tuberculosis (Edinb). -2014. - May, Vol. 94(3). - P. 317-322.

208. Huitt, G. A. Nontuberculous mycobacteria / G. A. Huitt, C. L. Daley // Clin. Chest. Med. - 2015. - Vol. 36(1). - P. 11-12.

209. Identification and Differentiation of Clinically Relevant Mycobacterium Species Directly from Acid-Fast Bacillus-Positive Culture Broth / Haijing Li, Vedat Turhan, Laxmi Chokhani [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2009. - Nov., Vol. 47(12). - P. 3814-3820.

210. Identification of Mycobacteria Species by HPLC and Species Distribution during Five Years at Ulsan University Hospital / J. Jeong, S. R. Kim, C. L. Chang [et al.] // Korean J. Lab. Med. - 2008. - Feb., Vol. 28(1). - P. 24-33.

211. Identification of mycobacterium spp. and nocardia spp. from solid and liquid cultures by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) / V. Girard, S. Mailler, M. Welker [et al.] // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2016. - Nov., Vol. 86(3). - P. 277-283.

212. Identification of Nocardia Species by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry / P. D. Khot, B. A. Bird, R. J. Durrant [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2015. - Oct., Vol. 53(10). - P. 3366-3369.

213. Identification of Nocardia species using matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight mass spectrometry / S. Segawa, M. Nishimura, K. Sogawa [et al.] // Clin. Proteomics. - 2015. - Mar. 7, Vol. 12(1). - P. 6.

214. Identification of nontuberculous mycobacteria by partial gene sequencing and public databases / Ines Joao, Paula Cristovao, Liliana Antunes [et al.] // International Journal of Mycobacteriology. - 2014. - Vol. 3, Issue 2. - P. 144-151.

215. Identification of non-tuberculous mycobacteria: utility of the GenoType Mycobacterium CM/AS assay compared with HPLC and 16S rRNA gene sequencing / A. S. Lee, P. Jelfs, V. Sintchenko // Journal of medical microbiology. - 2009. - Vol. 58, Issue 7. - P. 900-904.

216. Identification of pathogenic Nocardia species by reverse line blot hybridization targeting the 16S rRNA and 16S-23S rRNA gene spacer regions / M. Xiao, F. R. Kong, T. C. Sorrell [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - P. 503-511.

217. Impact of genotypic studies in mycobacterial taxonomy: the new mycobacteria of the 1990s / E. Tortoli // Clin. Microbiol. Rev. - 2003. - Vol. 16. -P. 319-354.

218. Increasing Prevalence of Nontuberculous Mycobacteria in Respiratory Specimens from US-Affiliated Pacific Island Jurisdictions! / C. Lin, C. Russell, B. Soll [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2018. - Mar., Vol. 24(3). - P. 485-491.

219. Insights from the Genome Sequence of Mycobacterium paragordonae, a Potential Novel Live Vaccine for Preventing Mycobacterial Infections: The Putative Role of Type VII Secretion Systems for an Intracellular Lifestyle Within Free-Living Environmental Predators / B. J. Kim, G. Y. Cha, B. R. Kim [et al.] // Front Microbiol. -2019. - Jul. 3, Vol. 10. - P. 1524.

220. Intrathoracic Mycobacterium avium complex infection in immunocompetent children: case report and review / J. E. Fergie, T. W. Milligan, B. M. Henderson [et al.] // J. Infect. Dis. - 1997. - Vol. 24. - P. 250-253.

221. Isolation and phenotypic identification of non-tuberculous mycobacteria existing in Isfahan different water samples / N. E. Bahram, S. Ensieh, M. Shrareh [et al.]. - Text : electronic // Adv. Biomed. Res. - 2012. - Vol. 1, N 18. -URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3507016/ (date of access: 09.03.2020).

222. Isolation of nontuberculous mycobacteria (NTM) from household water and shower aerosols in patients with pulmonary disease caused by NTM / R. Thomson, C. Tolson, R. Carter [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2013. - Sep., Vol. 51(9). - P. 3006-3011.

223. Isolation of Nontuberculous Mycobacteria from the Environment of Ghanian Communities Where Buruli Ulcer Is Endemic / S. Y. Aboagye, E. Danso, K. A. Ampah [et al.] // Appl. Environ Microbiol. - 2016. - Jun. 30, Vol. 82(14). - P. 4320-4329.

224. Isolation, biochemical and molecular identification of Nocardia species among TB suspects in northeastern, Tanzania; a forgotten or neglected threat? / A. S. Hoza, S. G. S. Mfinanga, I. Moser [et al.] // BMC Infect. Dis. - 2017. - Jun. 8, Vol. 17(1). - P. 407.

225. Jeffery-Smith, A. Is the Presence of Actinomyces spp. in Blood Culture Always Significant? / A. Jeffery-Smith, C. Nic-Fhogartaigh, M. Millar // J. Clin. Microbiol. - 2016. - Apr., Vol. 54(4). - P. 1137-1139.

226. Jeon, D. Infection Source and Epidemiology of Nontuberculous Mycobacterial Lung Disease / D. Jeon // Tuberc. Respir. Dis. (Seoul). - 2019. - Apr., Vol. 82(2). - P. 94-101.

227. Kendall, B. A. Update on the epidemiologyof pulmonary nontuberculous mycobacterial infections / B. A. Kendall, K. L. Winthrop // Semin. Respir. Crit. Care Med. - 2013. - Vol. 34. - P. 87-94.

228. Kim, J. U. Multiplex real-time PCR assay and melting curve analysis for identifying Mycobacterium tuberculosis complex and nontuberculous mycobacteria / J. U. Kim, C. H. Cha, H. K. An // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Feb., Vol. 50(2). - P. 483487.

229. Kim, S. H. Identification of nontuberculous mycobacteria using multilocous sequence analysis of 16S rRNA, hsp65, and rpoB / S. H. Kim, J. H. Shin. - Text : electronic // J. Clin. Lab. Anal. - 2018. - Jan., Vol. 32(1). - e22184. - URL: http://www.scicombinator.com/articles/3097641 (date of access: 09.03.2020).

230. Koh, W. J. Nontuberculous mycobacterial pulmonary diseases in immunocompetent patients / W. J. Koh, O. J. Kwon, K. S. Lee // Korean J. Radiol. -2002. - Jul.-Sep., Vol. 3(3). - P. 145-157.

231. Könönen, E. Actinomyces and related organisms in human infections / E. Könönen, W. G. Wade // Clin. Microbiol. Rev. - 2015. - Apr., Vol. 28(2). - P. 419442.

232. Kozel, T. R. Point-of-Care Testing for Infectious Diseases: Past, Present, and Future / T. R. Kozel, A. R. Burnham-Marusich // J. Clin. Microbiol. - 2017. - Aug., Vol. 55(8). - P. 2313-2320.

233. Kremer, L. A waxy tale, by Mycobacterium tuberculosis / L. Kremer, G. S. Besra // Tuberculosis and the TubercleBacillus / S. T. Cole, K. D. Eisenach, D. N. McMur ray [et al.]. - Washington : ASM Press, 2005. - P. 287-305.

234. LED fluorescence microscopy for thediagnosis of pulmonary tuberculosis: a multi-country cross-sectional evaluation / L. E. Cuevas, A. Al-Sonboli, L. Lawson [et al.]. - Text : electronic // PLoS Med. - 2011. - Jul., Vol. 8(7). - e1001057. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21765809 (date of access: 09.03.2020).

235. Long, P. F. A retrospective study of Nocardia infections associated with the acquired immune deficiency syndrome (AIDS) / P. F. Long // Infection. - 1994. Vol. 2.

- P.362-364.

236. LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) provides comprehensive information on the nomenclature of prokaryotes and much more.

- Website section «Order Actinomycetales». - URL: https://lpsn.dsmz.de/order/ actinomycetales (date of access: 09.03.2020).

237. Manual of clinical microbiology / ed. J. H. Jorgensen, M. A. Pfaller, K. C. Carroll. - 11th ed. - Washington : ASM Press, 2015. - Vol. 1. - 2730 p. - URL: https://b-ok.cc/book/2606391/f27334 (date of access: 09.03.2020). - Text : electronic.

238. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF) score algorithm for identification of Gordonia species / M. Ercibengoa Arana, M. Alonso, P. Idigoras [et al.] // AMB Express. - 2018. - Jul. 23, Vol. 8(1). - P. 121.

239. McNeil, M. M. The medically important aerobic actinomycetes: epidemiology and microbiology / M. M. McNeil, J. M. Brown // Clin. Microbiol. Rev. -1994. - Vol. 7, N 3. - P. 357-417.

240. Methods of phenotypic identification of non-tuberculous mycobacteria / G. S. Bhalla, M. S. Sarao, D. Kalra [et al.]. - Text : electronic // Pract. Lab. Med. - 2018. - Jul. 18, Vol. 12. - e00107. - URL : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles /PMC6074605/ (date of access: 09.03.2020).

241. Microcalorimetric investigation of the toxic action of ammonium ferric (III) sulfate on the metabolic activity of pure microbes / F. Wang, J. Yao, L. Tian [et al.] // Environmental toxicology and pharmacology. - 2008. - Vol. 25. - P. 351-357.

242. Molecular Identification of Nontuberculous Mycobacteria in Humans in Zimbabwe Using 16S Ribosequencing / N. Chin'ombe, B. Muzividzi, E. Munemo [et al.] // Open Microbiol. J. - 2016. - May 26, Vol. 10. - P. 113-123.

243. Multicenter study of prevalence of nontuberculous mycobacteria in patients with cystic fibrosis in France / A. L. Roux, E. Catherinot, F. Ripoll [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Dec., Vol. 47(12). - P. 4124-4128.

244. Multicentre evaluation of Ziehl-Neelsen and light-emitting diode fluorescence microscopy in China / H. Xia, Y. Y. Song, B. Zhao [et al.] // Int. J. Tuberc. Lung. Dis. - 2013. - Vol. 17. - P. 107-112.

245. Mycobacterium and aerobic actinomycete culture: are two medium types and extended incubation times necessary? / P. J. Simner, K. A. Doerr, L. K. Steinmetz [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2016. - Vol. 54, N 4. - P. 1089-1093.

246. Mycobacterium arosiense sp. nov., a slowly growing, scotochromogenic species causing osteomyelitis in an immunocompromised child / D. Bang, T. Herlin, M. Stegger [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2008. - Vol. 58. - P. 2398-2402.

247. Mycobacterium avium and Mycobacterium abscessus complex target distinct cystic fibrosis patient subpopulations / E. Catherinot, A. L. Roux, M. A. Vibet [et al.] // J. Cyst. Fibros. - 2013. - Vol. 12. - P. 74-80.

248. Mycobacterium europaeum sp. nov., a scotochromogenic species related to the Mycobacterium simiae complex / E. Tortoli, E. Böttger, A. Fabio [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2011. - Vol. 61. - P. 1606-1611.

249. Mycobacterium fragaesp. nov., anon-chromogenicspecies isolated from human respiratory specimens / J. P. Ramos, C. E. Campos, P. C. Caldas [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2013. - Vol. 63. - P. 2583-2587.

250. Mycobacterium haemophilum and lymphadenitis in children / L. E. Bruijnesteijn van Coppenraet, E. J. Kuijper, J. A. Lindeboom [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2005. - Jan., Vol. 11(1). - P. 62-68.

251. Mycobacterium kansasii pericarditis in a kidney transplant recipient: a case report and comprehensive review of the literature / J. H. Cho, C. H. Yu, M. K. Jin [et al.] // Transpl. Infect. Dis. - 2012. - Vol. 14. - P. E50-E55.

252. Mycobacterium paraseoulense sp. nov., a slowly growing, scotochromogenic species related genetically to Mycobacterium seoulense / H. K. Lee, S. A. Lee, I. K. Lee [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2010. - Vol. 60. - P. 439443.

253. Mycobacterium riyadhense pulmonary infection, France and Britain / S. Godreuil, H. Marchandin, A. L. Michon [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2012. - Vol. 18. - P. 176-178.

254. Mycobacterium xenopi and related organisms isolated from stream waters in Finland and description of Mycobacterium botniense sp. nov / P. Torkko, S. Suomalainen, E. Iivanainen [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2000. - Jan., Vol. 50 Pt. 1. - P. 283-289.

255. Mycobacterium yongonense sp. nov., a slow-growing non-chromogenic species closely related to Mycobacterium intracellulare / B. J. Kim, R. K. Math, C. O. Jeon [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2013. - Vol. 63. - P. 192-199.

256. Native valve endocarditis due to Gordonia polyisoprenivorans: case report and review of literature of bloodstream infections caused by Gordonia species / P. Verma, J. M. Brown, V. H. Nunez [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44, N 5. - P. 19051908.

257. Naveen, G. Comparison of the Lowenstein-Jensen Medium, the Middlebrook 7H10 Medium and MB/BacT for the Isolation of Mycobacterium tuberculosis (MTB) from Clinical Specimens / G. Naveen, B. V. Peerapur // J. Clin. Diagn. Res. - 2012. - Dec., Vol. 6(10). - P. 1704-1709.

258. Nocardia aurea sp. nov., a novel actinobacterium isolated from a karstic subterranean environment / B. Z. Fang, M. X. Han, L. Y. Zhang [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2018. - Vol. 69, N 1. - P. 159-164.

259. Nocardiosis in immune disorder disease / M. F. Bafghi, S. S. Eshraghi, P. Heidarieh [et al.] // Malays J. Med. Sci. - 2014. - Jan., Vol. 21(1). - P. 75-76.

260. Nontuberculous mycobacteria in non-HIV patients: epidemiology, treatment and response / M. T. Henry, L. Inamdar, D. O'Riordain [et al.] // European Respiratory Journal. - 2004. - Vol. 23. - P. 741-746.

261. Nontuberculous mycobacteria in respiratory tract infections, eastern Asia / S. Simons, J. van Ingen, P. R. Hsueh [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2011. - Mar., Vol. 17(3). - P. 343-349.

262. Nontuberculous mycobacteria isolated from specimens of pulmonary tuberculosis suspects, Northern Tunisia: 2002-2016 / R. Gharbi, B. Mhenni, S. Ben Fraj [et al.] // BMC Infect. Dis. - 2019. - Sep. 18, Vol. 19(1). - P. 819.

263. Non-tuberculous mycobacterial lung disease prevalence at four integrated health care delivery systems / D. R. Prevots, P. A. Shaw, D. Strickland [et al.] // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2010. - Vol. 182. - P. 970-976.

264. Non-tuberculous mycobacterial pulmonary infections / J. D. Chalmers, T. Aksamit, A. C. C. Carvalho [et al.] // Pulmonology. - 2018. - Vol. 24, Issue 2. - P. 120-131.

265. Novel mycolic acid-containing bacteria in the family Segniliparaceae fam. nov., including the genus Segniliparus gen. nov., with descriptions of Segniliparus rotundus sp. nov. and Segniliparus rugosus sp. nov / R. W. Butler, M. M. Floyd, J. M. Brown [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2005. - Vol. 55. - P. 1615-1624.

266. Optimizing diagnosis and management of Nocardia keratitis, scleritis, and endophtalmatis: 11-year microbial and clinical overview / F. C. DeCroos, P. Garg, A. K. Reddy [et al.] // Ophthalmology. - 2011. - Vol. 118. - P. 1193-1200.

267. Outbreak of Tsukamurella species bloodstream infection among patients at an oncology clinic, West Virginia, 2011-2012 / I. See, D. B. Nguyen, S. Chatterjee [et al.] // Infect. Control Hosp Epidemiol. - 2014. - Mar., Vol. 35(3). - P. 300-306.

268. Ovotransferrin Plays a Major Role in the Strong Bactericidal Effect of Egg White against the Bacillus cereus Group / F. Baron, S. Jan, F. Gonnet [et al.] // Journal of food protection. - 2014. - Vol. 77. - P. 955-962.

269. Parte, A. C. LPSN--list of prokaryotic names with standing in nomenclature / A. C. Parte // Nucleic Acids Res. - 2014. - Jan. 42(Database issue). - P. D613-D616.

270. Performance of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for identification of bacterial strains routinely isolated in a clinical microbiology laboratory / A. Bizzini, C. Durussel, J. Bille [et al.] // J. Clin. Microbiol. -2010. - Vol. 48. - P. 1549-1554.

271. Performance of RGM Medium for Isolation of Nontuberculous Mycobacteria from Respiratory Specimens from Non-Cystic Fibrosis Patients / S. Rotcheewaphan, O. E. Odusanya, C. M. Henderson [et al.]. - Text : electronic // J. Clin. Microbiol. - 2019. - Jan. 30, Vol. 57(2). - e01519-18. - URL: https://jcm.asm.org/content/57/2/e01519-18 (date of access: 09.03.2020).

272. Phenotypic identification of Actinomyces and related species isolated from human sources / N. Sarkonen, E. Kónónen, P. Summanen [et al.] // J. Clin. Microbiol. -2001. - Nov., Vol. 39(11). - P. 3955-3961.

273. Phylogeny of mycolic acid-containing actinomycetes / J. Chun, S. O. Kang, Y. C. Hah [et al.] // J. Ind. Microbiol. - 1996. - Vol. 17. - P. 205-213.

274. Physiological roles of ovotransferrin / Francesco Giansanti, Loris Leboffe, Giuseppina Pitari [et al.] // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects. -2012. - Vol. 1820, Issue 3. - P. 218-225.

275. Polyclonal Mycobacterium avium complex infections in patients with nodular bronchiectasis / R. J. Wallace, Y. Jr. Zhang, B. A. Brown [et al.] // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 1998. - Vol. 158. - P. 1235-1244.

276. Prescottia equi gen. nov., comb. nov.: a new home for an old pathogen / A. L. Jones, I. C. Sutcliffe, M. Goodfellow // Antonie Van Leeuwenhoek. - 2013. -Vol. 103. - P. 655-671.

277. Prevalence and risk factors of pulmonary nontuberculous mycobacterial infections in the Zhejiang Province of China / J. Xu, P. Li, S. Zheng [et al.]. - Text : electronic // Epidemiol. Infect. - 2019. - Sep. 11, Vol. 147. - e269. - URL: https://www.pubfacts.com/detail/31506134/ (date of access: 09.03.2020).

278. Prevalence of nontuberculous mycobacterial lung disease in U.S. Medicare beneficiaries / J. Adjemian, K. N. Olivier, A. E. Seitz [et al.] // American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. - 2012. - Vol. 185. - P. 881-886.

279. Prevalence of Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease, Germany, 2009-2014 / F. C. Ringshausen, D. Wagner, A. de Roux [et al.] // Emerg. Infect. Dis. -2016. - Jun., Vol. 22(6). - P. 1102-1105.

280. Prevention of aerosol isolation of nontuberculous mycobacterium from the patient's bathroom / K. Morimoto, A. Aono, Y. Murase [et al.]. - Text : electronic // ERJ Open Res. - 2018. - Jul. 3, Vol. 4(3). - 00150-2017. - URL: https://openres.ersjournals.com/content/4Z3/00150-2017 (date of access: 09.03.2020).

281. Prevots, D. R. Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria: a review / D. R. Prevots, T. K. Marras // Clin. Chest. Med. - 2015. - Mar., Vol. 36(1). - P. 13-34.

282. Prognostic value of American Thoracic Society criteria for non-tuberculous mycobacterial disease: a retrospective analysis of 120 cases with four years of follow-up / H. Kotilainen, V. Valtonen, P. Tukiainen [et al.] // Scand. J. Infect. Dis. - 2013. -Vol. 45. - P. 194-202.

283. Promicromonospora kroppenstedtii sp. nov., isolated from sandy soil / P. Alonso-Vega, R. I. Santamaría, E. Martínez-Molina [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2008. - Vol. 58. - P. 1476-1481.

284. Proposal for a new hierarchic classification system, Actinobacteria classis nov / E. Stackebrandt, F. A. Rainey, N. L. WardRainey // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1997. - Vol. 47. - P. 479-491.

285. Pseudo-outbreak of Mycobacterium gordonae associated with water from refrigerated fountains / V. Lalande, F. Barbut, A. Vernerot [et al.] // J. Hosp. Infect. -2001. - Vol. 48. - P. 76-79.

286. Pulmonary nocardiosis revisited: a case series / D. Aggarwal, K. Garg, J. Chander [et al.] // Lung India. - 2015. - Vol. 32, N 2. - P. 165-168.

287. Pulmonary nontuberculous mycobacterial disease Ontario, Canada, 19982010 / T. K. Marras, D. Mendelson, A. Marchand-Austin [et al.] // Emerg. Infect. Dis. -2013. - Nov., Vol. 19(11). - P. 1889-1891.

288. Rapid identification and typing of listeria species by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / S. B. Barbuddhe, T. Maier, G. Schwarz [et al.] // Appl. Environ Microbiol. - 2008. - Vol. 74. - P. 5402-5407.

289. Recurrent breast abscess caused by Gordonia bronchialis in an immunocompetent patient / A. M. Werno, T. P. Anderson, S. T. Chambers [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol. 43, N 6. - P. 3009-3010.

290. Réhault-Godbert, S. The Golden Egg: Nutritional Value, Bioactivities, and Emerging Benefits for Human Health / S. Réhault-Godbert, N. Guyot, Y. Nys // Nutrients. - 2019. - Mar 22, Vol. 11(3). - P. 684.

291. Revisited distribution of nonfermenting Gramnegative bacilli clinical isolates / E. Carbonnelle, J. L. Beretti, S. Cottyn [et al.] // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2011. - Dec., Vol. 30(12). - P. 1579-1586.

292. Rhodococcusfascians infection after haematopoietic cell transplantation: not just a plant pathogen? / M. C. Austin, T. S. Hallstrand, D. R. Hoogestraat [et al.]. - Text : electronic // JMM Case Rep. - 2016. - Mar. 3, Vol. 3(2). - e005025. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5330220/ (date of access: 09.03.2020).

293. Risk for Mycobacterial Disease among Patients with Rheumatoid Arthritis, Taiwan, 2001-2011 / T. L. Liao, C. H. Lin, G. H. Shen [et al.] // Emerg. Infect. Dis. -2015. - Aug., Vol. 21(8). - P. 1387-1395.

294. Safaei, S. Role of Tsukamurella species in human infections: first literature review / S. Safaei, M. Fatahi-Bafghi, O. Pouresmaeil // New Microbes New Infect. -2017. - Oct. 10, Vol. 22. - P. 6-12.

295. Sakatani, M. Treatment of non-tuberculous pulmonary mycobacteriosis / M. Sakatani, Y. Nakajima // Kekkaku: [Tuberculosis]. - 2006. - Vol. 81, N 1. - P. 3550.

296. Saleeb, P. Pulmonary nontuberculous mycobacterial disease: new insights into risk factors for susceptibility, epidemiology, and approaches to management in immunocompetent and immunocompromised patients / P. Saleeb, K. N. Olivier // Curr. Infect. Dis. Rep. - 2010. - May, Vol. 12(3). - P. 198-203.

297. Saubolle, M. A. Nocardiosis review of clinical and laboratory experience / M. A. Saubolle, D. Sussland // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41, N 10. - P. 44974501.

298. Seven isolates of Actinomyces turicensis from patients with surgical infections of the anogenital area in a Czech hospital / E. Chudácková, L. Geigerová, J. Hrabák [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Jul., Vol. 48(7). - P. 2660-2661.

299. Shaer, A. Tsukamurella peritonitis associated with continuous ambulatory peritoneal dialysis / A. Shaer, C. Gadegbeku // Clin. Nephrol. - 2001. - Vol. 56. - P. 241246.

300. Shourian, M. Resistance and Tolerance to Cryptococcal Infection: An Intricate Balance That Controls the Development of Disease / M. Shourian, S. T. Qureshi // Front Immunol. - 2019. - Jan. 29, Vol. 10. - P. 66.

301. Spatial clusters of nontuberculous mycobacterial lung disease in the United States / J. Adjemian, K. N. Olivier, A. E. Seitz [et al.] // Am. J. Respir. Crit. Care Med. -2012. - Sep. 15, Vol. 186(6). - P. 553-558.

302. Species-Specific Risk Factors, Treatment Decisions, and Clinical Outcomes for Laboratory Isolates of Less Common Nontuberculous Mycobacteria in Washington State / E. S. Ford, D. J. Horne, J. A. Shah [et al.] // Ann. Am. Thorac. Soc. - 2017. - Jul., Vol. 14(7). - P. 1129-1138.

303. Sporulation in mycobacteria / J. Ghosh, P. Larsson, B. Singh [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci U S A. - 2009. - Vol. 106. - P. 10781-10786.

304. Staneck, J. L. Simplified approach to identification of aerobic actinomycetes by thin-layer chromatography / J. L. Staneck, G. D. Roberts // Appl. Microbiol. - 1974. - Vol. 28, N 2. - P. 226-231.

305. Sternal wound infection caused by Gordonia bronchialis: identification by MALDI-TOF MS / J. Rodriguez-Lozano, E. Perez-Llantada, J. Agüero [et al.]. - Text : electronic // JMM Case Rep. - 2016. - Oct. 31, Vol. 3(5). - e005067. - URL: https://www.pubfacts.com/detail/28348789/Sternal-wound-infection-caused-by-identification-by-MALDI-TOF-MS (date of access: 09.03.2020).

306. Survey of 150 strains belonging to the Mycobacterium terrae complex and description of Mycobacterium engbaekiisp. nov., Mycobacterium heraklionense sp. nov. and Mycobacterium longobardum sp. nov / E. Tortoli, Z. Gitti, H. P. Klenk [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2013. - Vol. 63. - P. 401-411.

307. Ten year review of pulmonary nocardiosis: a series of 55 cases / K. Zia, T. Nafees, M. Faizan [et al.] // Cureus. - 2019. - Vol. 11(5). - P. 4759.

308. The anti-bacterial iron-restriction defence mechanisms of egg white; the potential role of three lipocalin-like proteins in resistance against Salmonella / L. A. Julien, F. Baron, S. Bonnassie [et al.] // Biometals. - 2019. - Vol. 32. - P. 453-467.

309. The emergence of non-albicans candidemia and evaluation of HiChrome Candida differential agar and VITEK2 YST® platform for differentiation of Candida bloodstream isolates in teaching hospital Kandy, Sri Lanka / M. Kothalawala, J. A. A. S. Jayaweera, S. Arunan [et al.] // BMC Microbiol. -2019. - Jun. 21, Vol. 19(1). - P. 136.

310. The influence of culture conditions on the identification of Mycobacterium species by MALDI-TOF MS profiling / T. Balazova, J. Makovcova, O. Sedo [et al.] // FEMS Microbiol. Lett. - 2014. - Apr. 17, Vol. 353(1). - P. 77-84.

311. The Nutraceutical Properties of Ovotransferrin and Its Potential Utilization as a Functional Food / F. Giansanti, L. Leboffe, F. Angelucci [et al.] // Nutrients. - 2015.

- Nov. 4, Vol. 7(11). - P. 9105-9115.

312. The Rise of Non-Tuberculosis Mycobacterial Lung Disease / C. N. Ratnatunga, V. P. Lutzky, A. Kupz [et al.]. - Text : electronic // Front Immunol. - 2020.

- Mar. 3. - URL: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu. 2020.00303/full (date of access: 09.03.2020).

313. The Role of MGIT 960 Culture Medium in Resolving the Diagnostic Dilemma for Genital Tuberculosis Patients Presenting with Infertility / N. Jindal, S. Gainder, L. K. Dhaliwal [et al.] // J. Obstet. Gynaecol. India. - 2018. - Apr., Vol. 68(2).

- P. 123-128.

314. The salicylate-derived mycobactin siderophores of Mycobacterium tuberculosis are essential for growth in macrophages / J. J. De Voss, K. Rutter, B. G. Schroeder [et al.] // Proc. Natl. AcadSci U S A. - 2000. - Feb. 1, Vol. 97(3). - P. 12521257.

315. The struggle for iron a metal at the host-pathogen interface / M. Nairz, A. Schroll, T. Sonnweber [et al.] // Cellular Microbiology. - 2010. - Vol. 12, N 12. - P. 1691-1702.

316. Tsukamurella catheter-related bloodstream infection in a pediatric patient with pulmonary hypertension / K. A. Wendorf, C. M. Espinosa, W. D. Lebar [et al.]. -Text : electronic // Infect. Dis. Rep. - 2010. - Mar. 17, Vol. 2(1). - e5. - URL: https://www.pagepress.org/journals/index.php/idr/article/view/1649 (date of access: 09.03.2020).

317. Uesaka, I. On the morphology of Nocardia, especially on its acid-fastness / I. Uesaka, N. M. McClung // Jpn. J. Tuberc. - 1961. - Vol. 8. - P. 116-117.

318. Vazquez-Boland, J. A. Rhodococcus equi: the many facets of a pathogenic actinomycete / J. A. Vazquez-Boland // Vet. Microbiol. - 2013. - Vol. 167(1/2). - P. 933.

319. Vilcheze, C. Acid-fast positive and acid-fast negative Mycobacterium tuberculosis: The koch paradox / C. Vilcheze, L. Kremer // Tuberculosis and the Tubercle Bacillus / Jr. W. Jacobs, H. McShane, V. Mizrahi [et al.]. - Washington : ASM Press, 2017. - P. 519-532.

320. Wayne, L. G. Mycobacteria / L. G. Wayne, G. P. Kubica // Bergey's Manual of Systemic Bacteriology / ed. P. H. A. Sneath. - Baltimore : William's & Wilkins, 1986. - Vol. 2. - P. 1435-1457.

321. Wheeler, P. R. General metabolism and biochemical pathways of tubercle bacilli / P. R. Wheeler, J. S. Blanchard // Tuberculosis and the Tubercle Bacillus / ed. S. T. Cole, K. D. Eisenach, D. N. McMurray. - Washington : ASM Press, 2005. - P. 309339.

322. Williams, M. D. Effect of Cetylpyridinium Chloride (CPC) on Colony Formation of Common Nontuberculous Mycobacteria / M. D. Williams, J. O. Falkinham // Pathogens. - 2018. - Oct. 5, Vol. 7(4). - P. 79.

323. Willis, M. S. Nocardia meningitis / M. S. Willis, D. Cavuoti, R. Gander // Lab. Med. - 2001. - Vol. 32, N 11. - P. 695-699.

324. Wilson, J. W. Nocardiosis: updates and clinical overview / J. W. Wilson // Mayo. Clin. Proc. - 2012. - Vol. 87, N 4. - P. 403-407.

325. Zink, M. C. Experimental infection of piglets by aerosols of Rhodococcus equi / M. C. Zink, J. A. Yager // Can. J. Vet. Res. - 1987. - Jul., Vol. 51(3). - P. 290296.