Новая секретируемая рибонуклеаза bacillus licheniformis: характеристика и биологические свойства тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Сурченко Юлия Владимировна

• Сурченко Юлия Владимировна
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Сурченко Юлия Владимировна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Рибонуклеазы - перспективные препараты таргетного действия

1.2 Эукариотические цитотоксичные РНКазы

1.2.1 Онконаза

1.2.2 BS-РНКаза

1.2.3 а-Сарцин

1.3 Секретируемые РНКазы бацилл

1.3.1 Общие свойства и механизм деградации РНК

1.3.2 Биназа

1.3.3 Барназа

1.3.4 РНКаза Sa

1.3.5 Bacillus licheniformis - продуцент низкомолекулярной гуанил-предпочитающей РНКазы

1.3.6 Внеклеточные высокомолекулярные рибонуклеазы бацилл

1.4 Механизмы и молекулярные детерминанты, определяющие цитотоксичность РНКаз

1.5 Методы выделения бациллярных РНКаз

1.6 Олигомеризация белков

1.6.1 Роль олигомеризации белков в их биологической активности

1.6.2 Димеризация РНКаз

1.7 Циклические нуклеотиды

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Штаммы бактерий и условия культивирования

2.2 Векторы для клонирования

2.3 Линии клеток и условия культивирования

2.4 Лабораторные животные

2.5 Определение рибонуклеазной активности

2.6 Хроматографические методы

2.6.1 Подготовка ионитов для ионообменной хроматографии

2.6.2 Ионообменная хроматография

2.6.3 Гель-фильтрация

2.6.4 Очистка рекомбинантных белков

2.7 Электрофоретические методы

2.7.1 ДСН-электрофорез в ПААГ

2.7.2 Зимография

2.7.3 Электрофорез в нативных условиях

2.7.4 Вестерн-блоттинг

2.7.5 Электрофорез ДНК

2.8 Масс-спектрометрия

2.9 Генная инженерия

2.9.1 Получение геномной ДНК

2.9.2 Создание экспрессионных конструкций

2.9.3 Трансформация и анализ рекомбинантной ДНК

2.9.4 Подбор оптимальных условий экспресии

2.9.5 Получение периплазматической фракции

2.10 Определение цитотоксичности

2.11 Определение 2',3'-цГМФ

2.11.1 Подготовка образцов

2.11.2 БОБЛ-тест

2.12 ЯМР-спектроскопия

2.13 Активность неспецифических фосфодиэстераз (ФДЭ) мозга крыс

2.14 Цитофлуориметрический анализ

2.15 Биоинформатический анализ

2.16 Статистическая обработка результатов

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1 Поиск гена внеклеточной низкомолекулярной РНКазы и изучение его генетического окружения в геноме В. licheniformis

3.2 Сравнительный анализ физико-химических свойств РНКаз В. Иchemformis, B. amyloliquefaciens и В. ритНш, выделение и очистка РНКазы B. licheniformis

3.3 Анализ пространственной структуры РНКазы В. licheniformis и определение паттерна формирования олигомерных структур

3.4 Создание генетических конструкций, получение и анализ рекомбинантных белков

3.5 Оценка цитотоксических свойств полученных препаратов аутентичной и рекомбинантной РНКазы В. licheniformis

3.6 Идентификация 2',3'-цГМФ при расщеплении РНК биназой и его

действие на клетки карциномы легких человека А549

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1 Генетический контекст генов внеклеточных низкомолекулярных РНКаз

4.2 Сравнительный анализ физико-химических свойств биназы, барназы и балифазы, выделение и очистка балифазы

4.3 Анализ пространственной структуры РНКазы В. licheniformis и определение паттерна формирования олигомерных структур

4.4 Создание генетических конструкций, получение и анализ рекомбинантных белков

4.5 Оценка цитотоксических свойств полученных препаратов аутентичной и рекомбинантной РНКазы В. licheniformis

4.6 Идентификация 2',3'-ЦГМФ при расщеплении РНК биназой и его

действие на клетки карциномы легких человека А549

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новая секретируемая рибонуклеаза bacillus licheniformis: характеристика и биологические свойства»

ВВЕДЕНИЕ

В связи со сложившейся ситуацией, когда второй из основных причин смертности в мире являются онкологические заболевания, актуальными становятся исследования, касающиеся разработки новых противоопухолевых препаратов, отличающихся не только избирательным действием, но и низкой токсичностью по отношению к здоровым клеткам. К настоящему времени накоплено немало данных, подтверждающих перспективность рибонуклеаз (РНКаз) в качестве препаратов таргетного действия. РНКазы - класс гидролитических ферментов нуклеинового обмена, играющих ключевую роль в метаболизме РНК. Они регулируют процессы генной экспрессии, рост клеток и их дифференциацию, задействованы в возникновении иммунного ответа, а также вовлечены в сигнальные каскады, ведущие к апоптозу [Arraiano et al., 2010; Takahashi et al., 1982; Chakrabarti et al., 2011; Rosenberg et al, 2008].

Исследования цитотоксического действия РНКаз млекопитающих в отношении опухолевых клеток, в частности, панкреатической РНКазы А [Lee et al., 1989] показали, что вследствие блокирующего действия цитозольного ингибитора РНКаз (РИ) данные ферменты оказались малоэффективны, в то время как РНКазы микробного происхождения нечувствительны к действию РИ [Sevcik et al., 2002; Cho, Joshi, 1989].

РНКазы бактерий, относящиеся к семейству N1/T1 (EC 3.1.27.3) обладают не только противоопухолевым, но и противовирусным действием [Makarov et al., 2008; Shah Mahmud et al., 2013; Shah Mahmud et al., 2017; Shah Mahmud et al., 2018]. Самыми изученными представителями данного семейства являются РНКазы Bacillus pumilus (биназа) и В. amyloliquefaciens (барназа). Это небольшие катионные белки, ферменты, расщепляющие РНК преимущественно после гуаниловых остатков, расщепляя 3',5'-фосфодиэфирную связь между гуанозин-3'-фосфатом и 5'-OH группой соседнего нуклеотида с образованием 2',3'-циклических

гуанозинмонофосфатов на первом этапе реакции, который является обратимым и гораздо более быстрым, чем второй, когда производные с циклической структурой гидролизуются до соответствующих З'-фосфатов [Yoshida, 2001]. Данные РНКазы, биназа и барназа, состоят из 109 и 110 аминокислотных остатков, соответственно, на 85% схожи по первичной структуре, термостабильны в широком диапазоне pH (PH 3-9), однако имеют оптимум действия при pH 8.5 [Ulyanova et al., 2011].

Механизм действия РНКаз, а также природа их селективности до сих пор до конца не изучены. В настоящее время считают, что цитотоксическое действие РНКаз не обязательно связано с их каталитической активностью, кроме того, механизм их действия не обязательно включает проникновение фермента внутрь клетки. Известно, что биназа проявляет избирательность действия по отношению к линиям опухолевых клеток, экспрессирующих онкогены ras, kit, AML/ETO и FLT3 [Ilinskaya et al., 2001; Mitkevich et al., 2011; Митькевич с соавт., 2013]. В связи с этим, вероятно, ключевую роль играет первичное взаимодействие фермента с белками сигнальных путей на поверхности клетки, которое прежде всего связано не с каталитическим действием, а со взаимодействием молекулярных и надмолекулярных структур. Именно поэтому изучение молекулярной организации экзогенных РНКаз представляет особый интерес.

Несомненно, поиск новых видов РНКаз, изучение их структурных особенностей, а также выявление их цитотоксических свойств и избирательности действия существенно расширит спектр потенциальных терапевтических препаратов, обладающих таргетным действием в отношении определенных видов рака, для которых характерна экспрессия онкогенов, обуславливающих чувствительность клеток к цитотоксическому действию микробных РНКаз.

В связи с вышеизложенным целью настоящей работы стали выделение и очистка экстрацеллюлярной гуанил-предпочитающей рибонуклеазы B. licheniformis ATCC 14580 с последующей характеристикой

структурных особенностей и биологического действия нового фермента. В работе решали следующие задачи:

1. В геноме B. licheniformis ATCC 14580 провести поиск гена, кодирующего секретируемую РНКазу, гомологичную гуанил-предпочитающим РНКазам B. pumilus 7Р и B. amyloliquefaciens H2, и исследовать его генетическое окружение;

2. Сравнить физико-химические свойства РНКазы B. licheniformis ATCC 14580 с таковыми для РНКаз B. pumilus 7Р и B. amyloliquefaciens Н2, выделить РНКазу из природного штамма-продуцента B. licheniformis ATCC 14580, оценить чистоту полученного препарата белка;

3. Построить молекулярные модели РНКазы B. licheniformis ATCC 14580, выбрать наиболее вероятную структуру и сопоставить ее с пространственными структурами биназы и барназы, определив паттерн формирования олигомерных структур;

4. Создать генетические конструкции на основе рекомбинантного штамма E. coli Lemo21 (DE3) содержащие ген РНКазы B. licheniformis с гистидиновыми метками на N- и C-концах, провести очистку рекомбинантных белков;

5. Оценить дифференциальные цитотоксические свойства новой РНКазы B. licheniformis по отношению к клеткам аденокарциномы легких в сравнении с клетками нормального легочного эпителия, выявить вклад структурных элементов молекулы в ее противоопухолевую активность.

6. Оценить вклад промежуточного продукта каталитической реакции расщепления внутриклеточной РНК - 2',3'-цГМФ в проявление цитотоксических свойств низкомолекулярных гуанил-предпочитающих РНКаз бацилл, а также определить факторы, влияющие на его образование.

Научная новизна работы. В ходе анализа генома B. licheniformis ATCC 14580, была обнаружена нуклеотидная последовательность секретируемой низкомолекулярной гуанил-предпочитающей РНКазы, гомологичной РНКазам B. pumilus и B. amyloliquefaciens на 73 и 74%,

соответственно. Кодируемый ею белок был выделен в гомогенном состоянии в процессе модифицированного трехэтапного метода очистки низкомолекулярных бациллярных РНКаз. В соответствии с видом продуцента (B. licheniformis) новый фермент назван нами балифазой по аналогии с принятыми названиями бациллярных РНКаз (биназа из штамма, ранее называвшегося B. intermedius 7Р и переопределенного нами как B. pumilus 7Р [Ulyanova et al., 2016]; барназа - из B. amyloliquefaciens H2). Гомогенный препарат балифазы с удельной активностью 1.5х106 ед/мг был получен из культуральной жидкости аутентичного продуцента, а также из рекомбинантных штаммов E. coli. Впервые были охарактеризованы физико-химические свойства нативной балифазы, по ряду параметров обладающей значительным сходством с барназой, при этом генная организация и активность промотора балифазы более близки к биназе. В то же время исследуемый фермент обладал уникальной особенностью, заключающейся в том, что гены балифазы и ее ингибитора YrdF расположены в одном опероне.

Впервые доказана возможность димеризации балифазы, а также формирования ею олигомерных структур более высокого порядка. Впервые был оценен цитотоксический потенциал новой РНКазы по отношению к нормальным и онкотрансформированным клеткам: цитотоксичность балифазы по отношению к клеткам аденокарциномы легких в 5 раз превышала ее токсическое действие на нормальные эпителиальные клетки. Вклад структурных элементов молекулы в ее противоопухолевую активность был выявлен с помощью рекомбинантных белков с гистидиновыми метками на N- и C-концах: белок с С-концевой гистидиновой меткой по отношению к клеткам линии А549 оказался на 45% токсичнее в сравнении с аутентичным белком и белком с N-концевой гистидиновой меткой. Таким образом, впервые установлено влияние измененного С-концевого домена на надмолекулярную организацию и цитотоксические свойства фермента. Полученные характеристики препарата балифазы имеют фундаментальный характер и вносят вклад в понимание ранее малоизученных механизмов

димеризации бактериальных РНКаз, а также обосновывают вклад процесса димеризации в проявление каталитических и биологических эффектов РНКаз.

Методология и методы исследования. Для решения задач исследования применяли комплекс микробиологических, биохимических и молекулярно-биологических методов исследования, включая различные биоинформатические методики и компьютерное моделирование белковых структур. Использованы современные приемы создания генетических конструкций, трансформации штаммов бактерий, методы выделения и очистки белков, а также физико-химические методы, позволяющие получить стандартные характеристики белка. Для оценки потенциального противоопухолевого действия аутентичного и рекомбинантных препаратов балифазы применен анализ активности митохондриальных дегидрогеназ в культурах раковых и нормальных эпителиальных клеток.

Достоверность результатов. Исследования проводились с использованием современной высокотехнологичной экспериментальной базы, в основу которой легли многократные эксперименты, выполненные на современном высокоточном оборудовании. Полученные данные представлены в виде статистически достоверных результатов, полученных с помощью стандартного пакета MS Excel.

Практическая значимость результатов. Новая РНКаза - балифаза является перспективным противоопухолевым агентом, поскольку проявляет селективное противоопухолевое действие по отношению к клеткам аденокарциномы легких человека. Показано, что нативный фермент, представленный в растворе исключительно димерными формами, достаточно стабилен и сохраняет противоопухолевую активность в течение 48-72ч после обработки клеток. Полученные данные по уровню избирательной цитотоксичности фермента сопоставимы с данными по действию биназы, известного противоопухолевого агента. Получение и характеристика полезных свойств балифазы позволяют существенно расширить спектр

терапевтических препаратов на основе ферментов - РНКаз, обладающих таргетным действием в отношении определенных видов рака.

Впервые созданы генетические конструкции на основе рекомбинантного штамма E. coli Lemo21 (DE3) содержащие ген РНКазы B. licheniformis с гистидиновыми метками на N- и C-концах, что обеспечивает высокий выход рекомбинантных белков, аккумулирующихся в периплазматическом пространстве. Разработанный подход позволяет получать препараты, свободные от протеаз и других нецелевых белков, что является необходимым условием промышленного производства терапевтических средств.

Положения, выносимые на защиту:

1. Впервые получен высокоочищенный гомогенный препарат новой секретируемой РНКазы B. licheniformis - низкомолекулярного катионного белка (Мм 12421.9 Кда, pI = 8.91) с удельной активностью 1 .5х106 ед/мг, способного к образованию надмолекулярной третичной структуры в виде димеров и олигомеров более высокого порядка.

2. С использованием методов биоинформатики и генетической инженерии созданы конструкции для экспрессии рекомбинантных белков с гистидиновыми метками на N (N-6His-tag) и C-концах (C-6His-tag) молекулы мономера, установлены отличия в способе димеризации балифазы (электростатическое взаимодействие) и биназы (swapping-механизм).

3. Установлена селективная цитотоксичность балифазы по отношению к клеткам аденокарциномы легких, в 5 раз превышающая ее токсическое действие на нормальные эпителиальные клетки; балифаза с N-6His-tag не отличалась по уровню токсичности от аутентичного фермента, C-6His-tag оказался цитотоксичным как для опухолевых, так и для нормальных клеток, подавляя 85 и 75 % популяции через 48 ч, соответственно.

4. Промежуточный продукт каталитической реакции расщепления внутриклеточной РНК, 2',3'-цГМФ, сохраняется в клетке в течение как минимум 1 ч и вносит вклад в противоопухолевое действие бациллярных

РНКаз, при этом ионы переходных металлов снижают его образование, а непереходных - повышают за счет взаимодействия с субстратом - РНК.

Апробация работы. Основные положения диссертации представлены на 7-ой Республиканской конференции молодых ученых «Молодежь и инновации Татарстана» (Казань, 2014), I Международной школе-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Биомедицина, материалы и технологии XXI века» (Казань, 2015), II Всероссийской школе-конференции молодых ученых «Современные проблемы микробиологии, иммунологии и биотехнологии» (Пермь, 2015), 20-ой Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2016), Международной научной конференции «Трансляционная медицина, настоящее и будущее» (Казань, 2016), 21-ой Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2017), Российско-китайском конгрессе по медицинской микробиологии, эпидемиологии и клинической микологии «Кашкинские чтения» (Санкт-Петербург, 2017), 42-ом Конгрессе Федерации европейских биохимических обществ 2017 (FEBS) «От молекул к клеткам и обратно» (Иерусалим, Израиль, 2017), I Российском Микробиологическом конгрессе (Пущино, 2017), Международном молодежном научном форуме «Ломоносов-2017» (Москва, 2017), а также на международном семинаре «Прицел на мир РНК» (Санкт-Петербург, 2018).

Место выполнения работы и личный вклад соискателя. Работа выполнена на кафедре микробиологии Института фундаментальной медицины и биологии Казанского (Приволжского) федерального университета. Научным руководителем совместно с диссертантом была поставлена основная цель исследования, определены задачи, сформулированы выводы. Автором диссертации лично проанализированы и обработаны данные литературы, выполнены лабораторные исследования, проведены анализ и статистическая обработка полученных результатов, подготовлены публикации. Масс-спектрометрические исследования

проведены на базе междисциплинарного центра геномных и протеомных исследований Казанского федерального университета. Иммуноферментный анализ продуктов промежуточной стадии каталитической реакции РНКаз проведен совместно с коллегами из лаборатории доктора Д. Мюллера (университет им. Юстуса Либига, Гиссен, Германия).

Связь работы с научными программами. Исследования выполнены в рамках Российской Правительственной Программы повышения конкурентоспособности Казанского федерального университета среди ведущих мировых научно-исследовательских центров и поддержаны грантом Российского Научного Фонда № 14-14-00522 «Природные димеры микробных рибонуклеаз: выявление и свойства» (исполнитель), грантами РФФИ № 15-04-07864 А "Секретируемые рибонуклеазы как фактор конкурентоспособности бацилл" (исполнитель), РФФИ № 16-34-00448 мол_а "Сравнительный анализ геномов бацилл для определения генетических детерминант, обусловливающих сверхсинтез внеклеточных гуанилпредпочитающих РНКаз" (исполнитель), и грантом РФФИ № 17-0000060 КОМФИ "Блокирование экзогенными рибонуклеазами Ras-сигналинга в опухолевых клетках" (исполнитель). Часть работы поддержана индивидуальным грантом немецкой службы академических обменов (DAAD) на стажировку в Германии, а также Программой обмена между КФУ и ЮЛУ (Гиссен, Германия).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 15 работ, среди которых 5 статей в рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК Российской Федерации и входящих в перечень базы данных WOS/Scopus, а также 10 тезисов и материалов конференций, среди которых 2 опубликованы в журналах, рекомендованных ВАК, и 1 - в журнале, входящем в базы данных WOS/Scopus.

Благодарности. Автор выражает глубокую признательность своему научному руководителю д.б.н., профессору кафедры микробиологии О.Н. Ильинской за постановку проблемы и внимательное отношение к работе;

к.б.н., с.н.с. В.В. Ульяновой и к.б.н., м.н.с. Е.В. Дудкиной за постоянные консультации и обсуждение результатов, а также сотруднику междисциплинарного центра протеомных исследований КФУ А.В. Лайкову за проведение масс-спектрометрического анализа. Автор признателен немецким коллегам лаборатории доктора Д. Мюллера университета Гиссена за проведение экспериментов по определению активности фосфодиэстераз, а также за возможность проведения иммуноферментного анализа. Автор выражает искреннюю благодарность всем сотрудникам кафедры микробиологии Казанского федерального университета, сотрудникам и студентам лаборатории НИЛ «Биосинтез и биоинженерия ферментов» за всестороннюю помощь и доброжелательную рабочую атмосферу.

Структура и объем диссертации. Диссертационная работа изложена на 149 страницах машинописного текста, содержит 10 таблиц и 29 рисунков, включает следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты исследований, обсуждение результатов, выводы и список литературы (263 наименований).

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Рибонуклеазы - перспективные препараты таргетного действия

По данным ВОЗ, второй из основных причин смертности в мире являются онкологические заболевания, и в 2018 году от рака умерли 9.6 млн. человек. Сложившаяся ситуация указывает на отсутствие эффективной пропаганды программ ранней диагностики онкологических заболеваний, а также на низкую эффективность применяемых методов терапии. Кроме того, традиционные методы лечения оказывают комплексное негативное действие на организм, в связи с чем актуальными становятся исследования, касающиеся разработки новых противоопухолевых препаратов, отличающихся не только избирательным действием, но и низкой токсичностью по отношению к здоровым клеткам.

Перспективной альтернативой классическим химиопрепаратам являются рибонуклеазы (РНКазы). РНКазы - класс гидролитических ферментов нуклеинового обмена, играющих ключевую роль в метаболизме РНК. Их основные функции заключаются в деградации мРНК, модификации РНК-предшественников до зрелых форм, продукции малых регуляторных РНК, расщеплении определенных типов РНК. Известно, что клетка может содержать до 20 видов экзо- и эндорибонуклеаз, входящих в состав надмолекулярных комплексов и проявляющих высокую специфичность к определенным нуклеотидным последовательностям и структурам [Deutscher, Li, 2001]. Таким образом, РНКазы регулируют процессы генной экспрессии, рост клеток и их дифференциацию, участвуют в возникновении иммунного ответа, а также способны запускать сигнальные каскады, приводящие к физиологической клеточной гибели [Arraiano et al., 2010; Takahashi et al., 1982; Chakrabarti et al., 2011; Rosenberg et al., 2008]. Несмотря на то, что в основном РНКазы известны своей способностью расщеплять РНК, все большее число ферментов этого класса демонстрирует ряд необычных типов

биологической активности.

Различные РНКазы про- и эукариот имеют отличия как по каталитическим, физико-химическим свойствам, так и по своей структурной организации и специфичности в отношении субстрата [Дементьев и др., 1993]. В ходе изучения цитотоксического действия РНКаз млекопитающих в отношении различных опухолевых клеточных линий была продемонстрирована их неэффективность в связи с тем, что они, подвергаясь блокирующему действию цитозольного ингибитора РНКаз (РИ), теряли свою активность.

РИ - кислый белок с молекулярной массой 50 кДа, имеющий в своей последовательности необычно высокий процент аминокислотных остатков лейцина и цистеина. Он присутствует в цитозоле всех клеток млекопитающих [Hartley, Rogerson, 1972] и способен образовывать прочные комплексы с подавляющим большинством РНКаз животного происхождения, тем самым ингибируя их каталитическую активность [Leland, Raines, 2001].

В период с 1960 по 1970 годы активно изучалась бычья панкреатическая РНКаза (или РНКаза А; EC 3.1.27.5), в связи с доступностью, достаточно простым методом очистки и небольшим размером. Именно на модели РНКазы А были сделаны некоторые открытия, связанные с изучением структуры белков. Интерес к РНКазам возобновился после того, как был открыт ангиогенин - фермент плазмы человека, имеющий более 65% гомологии с РНКазой А, способствующий росту кровеносных сосудов, обладающий иммуносупрессорной, эмбриотоксической и противоопухолевой активностью [Saxena et al., 1992; Riordan, 1997; D'Alessio, 1997]. РИ обладает необычайно высоким сродством к белкам суперсемейства панкреатических РНКаз млекопитающих, с которыми образует комплекс 1:1. Комплекс, который РИ образует с РНКазой А, считается одним из самых прочных, известных в биологии (М =2.9х 10-16M) [Johnson et al., 2007].

В отличие от РНКаз животного происхождения, микробные РНКазы нечувствительны к действию РИ [Leland et al., 2001]. РНКазы бактерий,

относящиеся к семейству N1/T1 (EC 3.1.27.3) обладают не только противоопухолевым, но и противовирусным действием [Makarov et al., 2008; Shah Mahmud et al., 2013]. Самыми изученными представителями данного семейства являются РНКазы Bacillus pumilus (биназа) и В. amyloliquefaciens (барназа).

1.2 Эукариотические цитотоксичные РНКазы

1.2.1 Онконаза

Онконаза - РНКаза ооцитов леопардовой лягушки Rana pipiens -наиболее изученный представитель РНКаз животного происхождения. Она является гомологом РНКазы А (30% гомологии) и самым маленьким (основной белок, одна полипептидная цепь из 104 аминокислот с молекулярной массой 11.820 кДа, pI = 9.7) представителем суперсемейства РНКазы А. N-концевой остаток в молекуле онконазы необходим для ее ферментативной и биологической активности и представлен пироглутаминовой кислотой, являющейся частью активного центра фермента, куда также входят пять аминокислотных остатков: His10, Lys31, His97, Thr35 и Phe98 [Ardelt et al., 1991]. Онконаза устойчива к действию РИ, ведь в ее первичной последовательности нет аминокислот, ответственных за взаимодействие с РИ [Sevcik et al., 2002]. Кроме нечувствительности к РИ, цитотоксической активности онконазы также способствует компактная третичная структура, способствующая высокой конформационной стабильности и устойчивость к протеолизу [Saxena et al., 2003]. Высокая термодинамическая стабильность онконазы, по-видимому, обусловлена наличием дисульфидной связи на С-конце и водородным связям на N-конце, взаимодействующим с гидрофобным кластером [Arnold et al., 2006].

Онконаза электростатически взаимодействует с цитоплазматической мембраной [Johnson et al., 2007], после чего происходит ее проникновение внутрь путем энергозависимого эндоцитоза [Haigis, Raines, 2003], который осуществляется благодаря АР-2/клатрину [Rodriguez et al., 2007]. Попадая в цитозоль, она расщепляет тРНК между двумя гуаниновыми основаниями,

находящимися в D-плече молекулы, и ингибирует процесс транскрипции, что в конечном итоге приводит к активации пути апоптоза [Wu et al., 1993; Saxena et al., 2002].

Онконаза проявляет цитотоксичность по отношению к большому ряду линий опухолевых клеток in vitro, таких как: аденокарцинома толстой кишки человека Colo 320 СМ, клетки глиомы крыс 9L, клетки лейкемии человека К-562 и HL-60, клетки рака предстательной железы человека LNCaP и JCA-1, ободочной кишки человека НТ-29 и клетки лимфомы человека U937 [Ardelt et al., 2009]. В настоящее время онконаза совместно с доксорубицином находится в III фазе клинических испытаний по отношению к клеточной мезотелиоме легких [Mutti, Gaudino, 2008]. 1.2.2 BS-РНКаза

Рибонуклеаза семенников быка - BS-РНКаза - природный димер, молекулярная масса молекулы мономера фермента - 27.2 кДа. Известно, что BS-РНКаза существует в виде димеров двух типов: первый образован ковалентными взаимодействями между аминокислотными остатками Cys31 и Cys32, а второй - путем обмена N-концов а-спиралей фермента [Gotte et al., 2012]. Показано, что только димеры второго типа, образованные путем своппинг-взаимодействий, обладают цитотоксичностью [Gotte et al., 2013].

Некоторые исследования сообщают, что BS-РНКаза проникает в клетки посредством адсорбционно-опосредованного эндоцитоза, кроме того, взаимодействие BS-РНКазы с клеточной мембраной облегчается реакциями сульфгидрилдисульфидного обмена между сульфгидрилами клеточной поверхности и межсубъединичными дисульфидами, связывающими две субъединицы [Bracale et al., 2003].

BS-РНКаза вызывает апоптоз клеток некоторых линий карцином путем активации каспаз-8 и -9 и подавлением экспрессии Bcl-2 в [Kotchetkov et al., 2001]. Также показана цитотоксичность BS-РНКазы по отношению к миелоидным клеткам ML-2 и NB-1, NB-2 нейробластомы [Marinov, Soucek, 2000].

1.2.3 а-Сарцин

а-Сарцин представляет собой секретируемую грибную РНКазу, токсин гриба Aspergillus giganteus MDH 18894 и относится к группе 1 рибосом-инактивирующих белков, при этом он чрезвычайно специфичен и ведет расщепление только одной фосфодиэфирной связи большой субъединицы рРНК. Белковая последовательность риботоксина состоит из 150 аминокислотных остатков [Olson et al., 1965]. а-Сарцин представляет собой циклизующую РНКазу, при этом в катализе участвуют аминокислотные остатки: His50, Glu96 и His137 [Lacadena et al., 1999].

а-Сарцин особенно активен в отношении вирус-зараженных [Fernández-Puentes, Carrasco, 1980] и трансформированных эукариотических клеток [Turnay et al., 1993]. Такая селективность, вероятно, опосредована дестабилизизацией бислоя, включающего отрицательно заряженные фосфолипиды. Взаимодействие приводит к слиянию мембраны и транслокации белка через бислой посредством эедоцитоза [Oñaderra et al., 1998]. Попав в клетку, а-сарцин ингибирует биосинтез белка, расщепляя фосфодиэфирную связь в 28S рРНК, образуя при этом а-фрагмент, размером 0.4 кБ [Correll et al., 2004]. Показано, что а-сарцин вызывает апоптоз клеток рабдомиосаркомы человека, приводя к фрагментации ДНК, активации каспазы-3 и расщеплению поли(АДФ-рибозы)-полимеразы [Olmo et al., 2001].

1.3 Секретируемые РНКазы бацилл

1.3.1 Общие свойства и механизм деградации РНК

Одна клетка может содержать до 20 различных видов РНКаз с различными или дублирующими друг друга видами специфичности. РНКазы могут существовать в виде компонентов надмолекулярных комплексов, либо могут функционировать совместно с другими ферментами [Makarov, 2003].

РНКазы, которые на первом этапе деградации РНК образуют 2',3'-циклические нуклеозидмонофосфаты, делятся на 3 семейства: РНКазы А, РНКазы N1/T1 и РНКазы Т2 [Deshpande, Shankar, 2002]. Распространение

РНКаз семейства А ограничено позвоночными животными, РНКазы семейства N1/T1 встречаются у бактерий и грибов, РНКазы семейства Т2 представлены у очень широкого спектра организмов, включая вирусы, бактерии, грибы, растения и животных [Hillwig et al., 2008; Macintosh et al., 2010]. Секретируемые рибонуклеазы играют важную роль в метаболизме бактериальной клетки. Они извлекают рибонуклеотиды из внеклеточного пространства, используя их как источник фосфора, в отличие от внутриклеточных РНКаз, которые в основном утилизируют выполнившие свои функции внутриклеточные РНК, осуществляя специфические реакции деградации.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Сурченко Юлия Владимировна, 2019 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Алексеева, И.И. Сравнительное изучение противовирусной активности панкреатической и микробной РНКаз [Текст] / И.И. Алексеева, Б.М. Куриненко, Г.И. Клейнер, А.Ж. Скуя, Г.А. Пензикова, М.Г.Орешина // Антибиот. и мед. технол. - 1981. - Т. 26. - С. 527-532.

2. Грибенча, С.В. Защитная активность РНКазы Bacillus intermedius у морских свинок и кроликов, зараженных уличным вирусом бешенства [Текст] / С.В. Грибенча, Л.А. Поцелуева, И.Ф. Баринский, Т.Г. Баландин, С.М. Деев, И.Б. Лещинская // Вопросы вирусологии. - 2004. - Т. 49. - С. 383. Дементьев, А.А. Полная первичная структура рибонуклеазы

бактерии Bacillus thuringiensis [Текст] / А. А. Дементьев, В. М. Орлов, С. В. Шляпников // Биоорганическая химия. - 1993. - T.55. - C. 449-454.

4. Дементьев, А.А. Внеклеточная щелочная РНКаза Bacillus thuringiensis var Subtoxicus [Текст] / А.А. Дементьев, Н.Ф. Рябченко, И.И. Протасевич, П.Н. Голышин, А.И. Степанов, В.Н. Орлов, В.Н. Пустобаев, А.А. Макаров, Г.И. Моисеев, М.Я. Карпейский, С.В. Шляпников, М.П. Кирпичников // Мол. биол. - 1992. - Т. 26. - С. 1338-1348.

5. Дудкина, Е.В. Получение новой секретируемой рибонуклеазы Bacillus sp. на основе рекомбинантного штамма Bacillus megaterium [Текст] / Е. В. Дудкина, В. В. Ульянова, Р. Шах Махмуд, А. К. Гальцова, Е. В. Никитина, В. И. Вершинина, О. Н. Ильинская // Вестник Казанского технологического университета. - 2013. - T. 16(10). - С. 186-190.

6. Зеленихин, П.В. Цитофлуориметрическая характеристика влияния РНКаз на клетки про- и эукариот [Текст] / П.В. Зеленихин, К.Р. Мамедзаде, О.Н. Ильинская // Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. - 2012. - Т.7. - C. 62-65.

7. Знаменская, Л.В. Биосинтез внеклеточной рибонуклеазы Bacillus pumilus [Текст] / Л. В. Знаменская, В. Л. Ивайловская, Е. И. Иванов // Микробиология. - 1994. - T.63. - №6. - C. 986-992.

8. Ильинская, О.Н. Рибонуклеолитическая активность микоплазм [Текст] / О.Н. Ильинская, Ю.В. Сокуренко, В.В. Ульянова, В.И. Вершинина, П.В. Зеленихин, А.И. Колпаков, Е.С. Медведева, Н.Б. Баранова, М.Н. Давыдова, А.А. Музыкантов, О.А. Чернова, В.М. Чернов // Микробиология. -2014. - Т. 83. - № 3. - С. 320-327.

9. Кабрера-Фуентес, Э.А. РНКаза с противоопухолевым действием (биназа) вызывает изменение клеточной проницаемости [Текст] / Э. А. Кабрера-Фуентес, П. В. Зеленихин, А. И. Колпаков, О. Н. Ильинская // Клеточная трансплантология и тканевая инженерия. - 2012. - T.7. - №5. - C. 74-76.

10. Харитонова, М.А. Высокомолекулярные рибонуклеазы спорообразующих бактерий [Текст]: Автореф. дис.... канд. биол. наук 03.00.07. / М. А. Харитонова; Казанский. гос. ун-т. - Казань, 2003. - 23 с.

11. Aftab, M.N. Systematic mutagenesis method for enhanced production of bacitracin by Bacillus licheniformis Mutant Strain UV-MN-HN-6 [Text] / M.N. Aftab, Ikram-Ul-Haq, S. Baig // Braz J Microbiol - 2012. - V.43. - P. 78-88.

12. Agre, P. Aquaporin water channels: molecular mechanisms for human diseases [Text] / P. Agre, D. Kozono // FEBS Letters. - 2003. - V. 555. - P. 72-78.

13. Allenby, N.E. Genome-wide transcriptional analysis of the phosphate starvation stimulon of Bacillus subtilis [Text] / N. E. Allenby, N. E. O'Connor, Z. Pragai, A. Ward, A. Wipat, C.R. Harwood // J. Bacteriol. - 2005. - V. 187. - P. 8063-8080.

14. Anfinsen, C.B. Studies of cross structure, cross-linkage and terminal sequences in ribonuclease / C.B. Anfinsen, R.R. Redfield, W.I. Choate Page, W.R. Carrol // J. Biol. Chem. - 1954. -V. 207. - P. 201-210.

15. Aphanasenko, G. A. Primary structure of ribonuclease from Bacillus intermedius 7P [Text] / G. A. Aphanasenko, S. M. Dudkin, L. B. Kaminir, I. B. Leshchinskaya, E. S. Severin // Microb.Cell.Fact. - 1979. - V.97. - P. 77-80.

16. Aravind, L. A natural classification of ribonucleases [Text] / L. Aravind, E. Koonin // Methods Enzymol. - 2001. - V.341. - P. 3-28.

17. Ardelt, B. Cytotoxic ribonucleases and RNA interference (RNAi) [Text] / B. Ardelt, W. Ardelt, Z. Darzynkiewicz // Cell Cycle. - 2003. - V. 2. - P. 22-24.

18. Ardelt, W. Amino acid sequence of an anti-tumor protein from Rana pipiens oocytes and early embryos. Homology to pancreatic ribonucleases / W. Ardelt, S.M. Mikulski, K. Shogen // J Biol Chem. - 1991. - V. 26. - P. 245-251.

19. Ardelt, W. Ribonucleases as potential modalities in anticancer therapy / W. Ardelt, B. Ardelt, Z. Darzynkiewicz // Eur J Pharmacol. - 2009. - V. 625. - P. 181-189.

20. Arnold, U. Contribution of structural peculiarities of Onconase to its high stability and folding kinetics [Text] / U. Arnold, C. Schulenburg, D. Schmidt, H.R. Ulbrich // Biochem. - 2006. - V. 45. - P. 3580-3587.

21. Arraiano, C. M. The critical role of RNA processing and degradation in the control of gene expression [Text] / C. M. Arraiano, J. M. Andrade, S. Domingues, I. B. Guinote, M. Malecki, R. G. Matos, R. N. Moreira, V. Pobre, F. P. Reis, M. Saramago // FEMS Microbiology Reviews. - 2010. - V. 34. - I. 5. - P. 883-923.

22. Ausmees, N. Genetic data indicate that proteins containing the GGDEF domain possess diguanylate cyclase activity [Text] / N. Ausmees, R. Mayer, H. Weinhouse, G. Volman, D. Amikam, M. Benziman, M. Lindberg // FEMS Microbiol. Lett. - 2001. - V.204. - P. 163-167.

23. Azarashvili, T. Ca2+-dependent permeability transition regulation in rat brain mitochondria by 2',3'-cyclic nucleotides and 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase [Text] / T. Azarashvili,O. Krestinina, A. Galvita, D. Grachev,

Y. Baburina, R. Stricker, Y. Evtodienko, G. Reiser // Am. J. Physiol. Cell. Physiol.

- 2009. - V.296. - P. C1428-C1439.

24. Babu, C. R. Direct access to the cooperative substructure of pro- teins and the protein ensemble via cold denaturation [Text] / C.R. Babu, V.J. Hilser, A.J. Wand // Nature Structural & Molecular Biology. - 2004. - V. 11. - P. 352-357.

25. Balandin, T.G. Antitumor activity and toxicity of anti-HER2 immunoRNase scFv 4D5-dibarnase in mice bearing human breast cancer xenografts [Text] / T.G. Balandin, E. Edelweiss, N.V. Andronova, E.M. Treshalina, A.M. Sapozhnikov, S.M. Deyev // Invest. New Drugs. - 2011. - V. 29.

- P. 22-32.

26. Bennett, M J. 3D domain swapping: A mechanism for oligomer assembly [Text] / M.J. Bennett, M.P. Schlunegger, D. Eisenberg // Prot. Sci. -1995. - V. 4. - P. 2455-2468.

27. Bennett, M.J. Domain swapping: entangling alliances between proteins [Text] / M.J. Bennett, S. Choe, D. Eisenberg // Proc.Nat.Acad Sci. USA. -1994. - V. 91. - P. 3127-3131.

28. Bernlohr, U. Cyclic guanosine 3',5'-monophosphate in Escherichia coli and Bacillus lichenformis [Text] / R. W. Bernlohr, M. K. Haddox, N. D. Goldberg // J. Biol. Chem. - 1974. - V.249. - P. 4329-4331.

29. Boix, E. Nucleotide binding architecture for secreted cytotoxic endoribonucleases [Text] / E. Boix, J.A. Blanco, M.V. Nogues, M. Moussaoui // Biochimie. - 2013. - V. 95. - P. 1087-1097.

30. Bracale, A. A role for the intersubunit disulfides of seminal RNase in the mechanism of its antitumor action [Text] / A. Bracale, F. Castaldi, L. Nitsch, G. D'Alessio // Eur.J.Biochm. - 2003. - V. 270. - P. 1980-1987.

31. Bracale, A. Essential stations in the intracellular pathways of cytotoxic bovine seminal ribonuclease [Text] / A. Bracale, C.D. Spalletti, M.R. Mastronicola // Biochem.J. - 2002. - V. 362. - P. 553-560.

32. Breitwieser, G. E. G protein-coupled receptor oligomerization: implications for G protein activation and cell signaling [Text] / G.E. Breitwieser // Circ Res. - 2004. - V. 94. - P. 17-27.

33. Bryan, N. S. Discovery of the nitric oxide signaling pathway and targets for drug development [Text] / N. S. Bryan, K. Bian, F. Murad // Front. Biosci. - 2009. - V.14. - P. 1-18.

34. Buckle, A. M. Protein-protein recognition: crystal structural analysis of a barnase-barstar complex at 2.0-A° resolution / A.M. Buckle, G. Schreiber, A.R. Fersht // Biochemistry. - 1994. - V. 33. - P. 8878-8889.

35. Budworth, J. Tissue distribution of the human soluble guanylate cyclases [Text] / J. Budworth, S. Meillerais, I. Charles, K. Powell // Biochem. Biophys. Res. - 1999. - V.263. - P. 696-701.

36. Burhenne, H. Identification and quantitation of 2',3'-cGMP in murine tissues [Text] / H. Burhenne, S. Tschirner, R. Seifert, V. Kaever // BMC Pharmacol. Toxicol. - 2013. - V.14. - P. 12.

37. Bycroft, M. Determination of the three-dimensional solution structure of barnase using nuclear magnetic resonance spectroscopy [Text] / M. Bycroft, S. Ludvigsen, A.R. Fersht, F.M. Poulsen // Biochemistry. - 1991. - V. 30. - P. 86978701.

38. Cabrera-Fuentes, H. A. Comparative toxicity of binase towards tumor and normal cells [Text] / H.A. Cabrera-Fuentes, P.V. Zelenikhin, A.I. Kolpakov, K.T. Preissner, O.N. Ilinskaya // Uch. Zap. Kaz. Univ. Natural Sciences Series. - 2010. - V. 152. - P. 143-148.

39. Cabrera-Fuentes, H.A. Binase Penetration into Alveolar Epithelial Cells Does not Induce Cell Death [Text] / H.A. Cabrera-Fuentes, N.V. Kalacheva, R.T. Mukhametshina, P.V. Zelenichin, A.I. Kolpakov, G. Barreto, K.T. Praissner, O.N. Ilinskaya // Biomed Khim. - 2012. - V. 58. - P. 272-280.

40. Cabrera-Fuentes, H.A. Internalization of Bacillus intermedius ribonuclease (BINASE) induces human alveolar adenocarcinoma cell death [Text]

/ H.A. Cabrera-Fuentes, M. Aslam, M. Saffarzadeh, A. Kolpakov, P. Zelenikhin, K.T. Praissner, O.N. Ilinskaya // Toxicon. - 2013. - V. 69. - P. 219-226.

41. Camilli, A. Bacterial small-molecule signaling pathways [Text] / A. Camilli, B. Bassler // Science. - 2006. - V.311. - P. 1113-1119.

42. Cannistraro, V. J. RNase I*, a form of RNase I, and mRNA degradation in Escherichia coli [Text] / V.J. Cannistraro, D. Kennell // J. Bacteriol.

- 1991. - V.173. - P. 4653-4659.

43. Carson, M. His-tag impact on structure [Text] / M. Carson, D.H. Johnson, H. McDonald, C. Brouillette, L.J. DeLucas // ActaCrystallographica SectionD BiologicalCrystallography. - 2007. - V. 63. - P. 295-301.

44. Chakrabarti, A. New insights into the role of RNase L in innate immunity [Text] / A. Chakrabarti, B. K. Jha, R. H. Silverman // Journal of Interferon & Cytokine Research. - 2011. - V. 31. - P. 49-57.

45. Chen, M. The roles of signal peptide and mature protein in RNase (barnase) export from Bacillus subtilis [Text] / M. Chen, V. Nagarajan // Mol.GenGenet. - 1993. - V. 239. -P. 409-415.

46. Cheng, D. Multidrug resistance protein 4 mediates cAMP efflux from rat preglomerular vascular smooth muscle cells [Text] / D. Cheng, J. Ren, E. K. Jackson // Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. - 2010. - V.37. - P. 205-207.

47. Cho, S. Ribonuclease inhibitor from pig brain: purification, characterization, and direct spectrophotometric assay [Text] / S. Cho, J.G. Joshi // Anal.Biochem. - 1989. - V. 176. - P. 175-179.

48. Choudhary, D.K. Interactions of Bacillus spp. and plants with special reference to induced systemic resistance (ISR) [Text] / D.K. Choudhary, B.N. Johri // Microbiol. Res. - 2009.- V. 164. - P. 493-513.

49. Christen, M. Identification and characterization of a cyclic di-GMP-specific phosphodiesterase and its allosteric control by GTP [Text] / M. Christen, B. Christen, M. Folcher, A. Schauerte, U. Jenal // J. Biol. Chem. - 2005. - V.280.

- P. 30829 -30837.

50. Clements, L. Comparative growth analysis of the facultative anaerobes Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis, and Escherichia coli [Text] / L. Clements, B. Miller, U. Streips // Syst.Appl.Microbiol. - 2010. - V.25. - P. 28451. Cockerill, P. N. Structure and function of active chromatin and DNase I hypersensitive sites [Text] / P.N. Cockerill // FEBS Journal. - 2011. - V. 278. - P. 2182-2210.

52. Condon, C. Identification of the gene encoding the 5S ribosomal RNA maturase in Bacillus subtilis: mature 5S rRNA is dispensable for ribosome function [Text] / C. Condon, D. Brechmier-Baey, B. Beltchev, M. Grunberg-Manago, H. Putzer // RNA. - 2001. - V.7. - P. 242-253.

53. Condon, C. Ribonuclease M5 has few, if any, mRNA substrates in Bacillus subtilis [Text] / C. Condon, J. Rourera, D. Brechemier-Baey, H. Putzer // J Bacteriol. - 2002. - V. 184. - P. 2845-2849.

54. Condon, C. RNA processing and degradation in Bacillus subtilis [Text] / C. Condon // Microbiol.Mol.Biol.Rev. - 2003. - V.67. - P. 157-174.

55. Conti, M. Phosphodiesterases and cyclic nucleotide signaling in endocrine cells [Text] / M. Conti // Mol. endocrinol. - 2000. - V.14. - P. 13171327.

56. Craven, M. G. Identification of the rph (RNase PH) gene of Bacillus subtilis: evidence for suppression of cold-sensitive mutations in Escherichia coli [Text] / M. Craven, D. J. Henner, D. Alessi, A. T. Schauer, K. A. Ost, M. P. Deutscher, D. I. Friedman // J.Bacteriol. - 1992. - V.174. - P. 4727-4735.

57. Crestfield, A. M. On the aggregation of bovine pancreatic ribonuclease [Text] / A.M. Crestfield, W.H. Stein, S. Moore // Arch. Biochem. Biophys. - 1962. - V. 1. - P. 217-222.

58. D'Alessio, G. Seminal ribonuclease: the importance of diversity [Text] / G. D'Alessio // Ribonucleases: Structures and Functions / G. D'Alessio, J.F. Riordan, A. Di Donato, L. Mazzarella, R. Piccoli [Eds.]; - 1 edition. - New York: Academic Press. - 1997. - P. 383-423.

59. Del Prete, M. J. Degradation of cellular mRNA is a general early apoptosis-induced event [Text] / M. J. Del Prete, M. S. Robles, A. Guao, A. C. Martinez, M. Izquierdo, J. A. Garcia-Sanz // FASEB J. - 2002. - V.16. - P. 20032005.

60. delCardayre, S. B. The extent to which ribonucleases cleave ribonucleic acid [Text] / S. B. delCardayre, R. T. Raines // Anal. Biochem. -1995. - V.225. - P. 176-178.

61. Dementiev, A.A. A novel guanyl-preferable ribonuclease of Bacillus polymyxa: isolation and characterization of the enzyme [Text] / A.A. Dementiev, O.A. Mirgorodskaya, G.P. Moiseyev, G.I. Yakovlev, S.V. Shlyapnikov, M.P. Kirpichnikov // Biochemistry and molecular biology international. - 1996. - V.39.

- P.159-170.

62. Denatale, G. Su alcune attivita farmacologiche del 2' AMP, del 3' AMP e del 2'-3' AMP in confront con il 5' AMP [Text] / G. Denatale, P. Causa, L. Coscia // Arch. Ital. Sci. Farmacol. - 1963.

63. Deshpande, R. A. Ribonucleases from T2 family [Text] / R. A. Deshpande, V. Shankar // Crit.Rev.Microbiol. - 2002. - V.28. - P. 79-122.

64. Deutscher, M.P. Exoribonucleases and their multiple rolesin RNA metabolism [Text] / M.P. Deutscher, Z. Li // Prog.Nuc.Acid Res.Mol.Biol. - 2001.

- V.66. - P. 67-105.

65. Diamantstein, T. Effect of cyclic nucleotides on DNA synthesis in mouse lymphoid cells [Text] / T. Diamantstein, A. Ulmer // Immunol. Commun. -1975. - V.4. - P. 51-62.

66. Draper, D.E. A guide to ions and RNA structure [Text] / D.E. Draper // RNA. - 2004. - V. 10. - P. 335-343.

67. Draper, D.E. Ions andRNAfolding [Text] / D.E. Draper, D. Grilley, A.M. Soto // Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. - 2005. -V.34 - P. 221-243.

68. Drummond, G. I. Enzymatic hydrolysis of adenosine 3', 5'-phosphoric acid [Text] / G. I. Drummond, S. Perrott-Yee // J. Biol. Chem. - 1961. - V.236. - P. 1126-1129.

69. Dudkina, E. New insight into secreted ribonuclease structure: binase is a natural dimer [Text] / E. Dudkina, A. Kayumov, V. Ulyanova, O. Ilinskaya // PLoS ONE. - 2014. - V. 9. - e115818.

70. Dudkina, E. Three-step procedure for preparation of pure Bacillus altitudinis ribonuclease [Text] / V.V. Ulyanova, R. Shah Mahmud, V. Khodzhaeva, L. Dao, V. I. Vershinina, A. Kolpakov O. N. Ilinskaya // FEBS open bio. - 2016. - V. 6(1). - P. 24-32.

71. Economou, A. Following the leader: bacterial protein export through the Sec pathway [Text] / A. Economou // Trends in microbiology. - 1999. - V. 7(8). - P. 315-320.

72. Edelweiss, E. Barnase as a new therapeutic agent triggering apoptosis in human cancer cells [Text] / E. Edelweiss, T. G. Balandin, J. L. Ivanova, G.V. Lutsenko, O.G. Leonova, V.I. Popenko, A.M. Sapozhnikov, S.M. Deyev // PLoS ONE. - 2008. - V. 3. - P. e2434.

73. Eisenstein, E. Determining the roles of subunits in protein function / E. Eisenstein, E, H.K. Schachman / T.E. Creighton [Ed.]; - Protein Function. -Oxford: IRL Press. - 1989.

74. Engelberg-Kulka, H. Bacterial programmed cell death and multicellular behavior in bacteria [Text] / H. Engelberg-Kulka, S. Amitai, I. Kolodkin-Gal, R. Hazan // PLoS Genet. - 2006. - V. 2. - P. e135.

75. Erickson, R. J. Industrial applications of the bacilli: a review and prospectus. [Text] / R. J. Erickson // Microbiology. - 1976. - P. 406-419.

76. Ermakova, E. Brownian dynamics simulation of the competitive reactions: binase dimerization and the association of binase and barstar [Text] / E. Ermakova // Biophys. Chem. - 2007. - V. 130. - P. 26-31.

77. Eveleigh, D. E. The microbial production of industrial chemicals. [Text] / D. E Eveleigh // Sci.Am. - 1981. - V.245. - P. 155-178.

78. Fang, X. W. The Bacillus subtilis RNase P holoenzyme contains two RNase P RNA and two RNase P protein subunits [Text] / X. W. Fang, X. J. Yang, K. Littrell, S. Niranjanakumari, P. Thiyagarajan, C.A Fierke, T.R Sosnick, T. Pan // RNA. - 2001. - V. 7. - P. 233-241.

79. Feig, A.L. The role of metal ions in RNA biochemistry [Text] / A.L. Feig, O.C. Uhlenbeck // in The RNA World / R.F. Gesteland, T.R.Cech, J.F. Atkins [Eds.]; - 2nd Ed.: The Nature of Modern RNA Suggests a Prebiotic RNA World. - New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. - 1999. - P. 287-319.

80. Fernández-Puentes, C. Viral infection permeabilizes mammalian cells to protein toxins [Text] / C. Fernández-Puentes, L. Carrasco // Cell. - 1980. -V. 20. - P. 769-775.

81. Fleming, W. A. Cellular responsiveness to stimulation in vitro: increased responsiveness to colony stimulating factor of bone marrow colony-forming cells treated with surface-active agents and cyclic 3'5' AMP [Text] / W. A. Fleming, T. A. McNeill // J. Cell. Physiol. - 1976. - V.88. - P. 323-329.

82. Francis, S. H. Cyclic nucleotide-dependent protein kinases: intracellular receptors for cAMP and cGMP action [Text] / S. H. Francis, J. D. Corbin // Crit. Rev. Clin. Lab. Sci. - 1999. - V.36. - P. 275-328.

83. Freisinger, E. From nucleotides to ribozymes - a comparison of their metal ion binding properties [Text] / E. Freisinger, R.K.O. Sigel // Coordination Chemistry Reviews. - 2007. - V. 251. - P. 1834-1851.

84. Frisch, C. Experimental assignment of the structure of the transition state for the association of barnase and barstar [Text] / C. Frisch, A.R. Fersht, G. Schreiber // J.Mol.Biol. - 2001. - V. 308. - P. 69-77.

85. Fruchter, R. G. Preparation and properties of two active forms of ribonuclease dimer [Text] / R.G. Frachter, A.M. Crestfield // J. Biol. Chem. -1965. - V. 240. - P. 3868-3874.

86. Fuhr, J. E. Inhibitory effect of cyclic adenosine 2',3'-monophosphate on leucine incorporation by L5178Y cells [Text] / J. E. Fuhr, J. D. Stidham // J. Cell. Physiol. - 1980. - V.103. - P. 71-75.

87. Fujita, M. Evidence that entry into sporulation in Bacillus subtilis is governed by a gradual increase in the level and activity of the master regulator SpoOA [Text] / M. Fujita, R. Losick // Genes.Dev. - 2005. - V. 19. - P. 22362244.

88. Gardner, N. Production of male- and female-sterile plants through reproductive tissue ablation [Text] / N. Gardner, R. Felsheim, A.G. Smith // J.Plant Physiol. - 2009. - V. 166. - P. 871-881.

89. Garrison, J. C. The hormonal control of gluconeogenesis by regulation of mitochondrial pyruvate carboxylation in isolated rat liver cells [Text] / J. C. Garrison, R. C. Haynes // J. Biol. Chem. - 1975. - V.250. - P. 2769-2777.

90. Giraldo, R. A conformational switch between transcriptional repression and replication initiation in the RepA dimerization domain [Text] / R. Giraldo, C. Fernandez-Tornero, P.R. Evans, R. Diaz-Orejas, A. Romero / Nat. Struct. Biol. - 2003. - V. 10. - P. 565-571.

91. Gomelsky, M. cAMP, c-di-GMP, c-di-AMP and now cGMP: bacteria use them all! [Text] / M. Gomelsky // Mol. Microbiol. - 2011. - V.79. - P. 562565.

92. Gonzalez-Pastor, J. E. Cannibalism by Sporulating Bacteria [Text] / J. E. Gonzalez-Pastor, E. C. Hobbs, R. Losick // Science. - 2003. - V.301. - P. 510-513.

93. Goodsell, D. S. Structural symmetry and protein function [Text] / D.S. Goodsell, A.J. Olson // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. - 2000. - P. 2905-153.

94. Gotte, G. Double domain swapping in bovine seminal RNase: formation of distinct N- and C-swapped tetramers and multimers with increasing biological activities [Text] / G. Gotte, A. Mahmoud Helmy, C. Ercole, R. Spadaccini, D.V. Laurents, M. Donadelli, D. Picone // PloS One. - 2012. - V. 7. doi: 10.1371/journal.pone.0046804.

95. Gotte, G. Oligomerization of ribonuclease A: two novel three-dimensional domain-swapped tetramers [Text] / G. Gotte, M. Libonati // J. Biol. Chem. - 2004. - V. 279. - P. 36670-36679.

96. Gotte, G. Structural and functional relationships of natural and artificial dimeric bovine ribonucleases: new scaffolds for potential antitumor drugs [Text] / G. Gotte, D.V. Laurents, A. Merlino, D. Picone, R. Spadaccini // FEBS Lett. - 2013. - V. 587. - P. 3601-3608.

97. Gotte, G. Three-dimensional domain-swapped oligomers of ribonuclease A: identification of a fifth tetramer, pentamers and hexamers, and detection of trace heptameric, octameric and nonameric species [Text] / G. Gotte, D.V. Laurents, M. Libonati // Biochim. Biophys. Acta. - 2006. - V. 1764. - P. 4454.

98. Gragasin, F.S. The neurovascular mechanism of clitoral erection: nitric oxide and cGMP-stimulated activation of BKCa channels [Text] / F.S. Gragasin, E.D. Michelakis, A. Hogan, R. Moudgil, K. Hashimoto, X.C. Wu, S. Bonnet, A. Haromy, S.L. Archer // FASEB J. - 2004. - V.18. - P. 1382-1391.

99. Guruprasad, K. Correlation between stability of a protein and its dipeptide composition: a novel approach for predicting in vivo stability of a protein from its primary sequence [Text] / K. Guruprasad, B.V.B. Reddy, M.W. Pandit // Protein Eng. - 1990. - V. 4. - P. 155-161.

100. Hahnen, E. Novel secreted ribonuclease from Bacillus intermedius: genetic structure and regulatory control [Text] / E. Hahnen, L. Znamenskaya, D. Koczan, I. Leshchinskaya, G. Hobom // Molec.Gen.Genet. - 2000. - V.263. - P. 571-580.

101. Haigis, M. C. Secretory ribonucleases are internalized by a dynamin-independent endocytic pathway [Text] / M.C. Haigis, R.T. Raines // J. Cell Sci. -2003. - V. 116. - P. 313-324.

102. Hartley, R. Amino acid sequence of extracellular ribonuclease (barnase) of Bacillus amyloliquefasciens [Text] / R. Hartley, E. Barker // Nature New Biology. - 1972. - V.235. - P. 15-16.

103. Hartley, R. W. Barnase and barstar: two small proteins to fold and fit together [Text] / R. W. Hartley // Trends Biochem.Sci. - 1989. - Vol. 14. - P. 450104. Hartley, R. W. Production and purification of the extracellular ribonuclease of Bacillus amyloquefaciens (barnase) and its inhibitor (barstar) [Text] / R. W. Hartley, D. L. Rogerson // Preparatine Biochem. - 1972. - V. 2. - P. 229-242.

105. Hebert, T. E. Structural and functional aspects of G protein-coupled receptor oligomerization [Text] / T.E. Hebert, M. Bouvier / Biochem. Cell Biol. -1998. - V. 76. - P. 1-11.

106. Heinzel, F. P. In vivo production and function of IL-12 p40 homodimers [Text] / F.P. Heinzel, A.M. Hujer, F.N. Ahmed, R.M. Rerko // J. Immunol. - 1997. - V. 158. - P. 4381-4388.

107. Hengge, R. Principles of c-di-GMP signalling in bacteria [Text] / R. Hengge // Nat. Rev. Microbiol. - 2009. - V.7. - P. 263-273.

108. Hillwig, M. S. Zebrafish RNase T2 genes and the evolution of secretory ribonucleases in animals [Text] / M. S. Hillwig, L. Rizhsky, Y. Wang, A. Umanskaya, J. J. Essner, G. C. Macintosh // BMC Evolutionary Biology [Electronic resource]. - 2009. - Access mode: http ://www.biomedcentral.com/1471-2148/9/170.

109. Hoi le T. The phosphate- 358 starvation response of Bacillus licheniformis [Text] / Hoi le T, B. Voigt, B. Jürgen, A. Ehrenreich, G. Gottschalk, S. Evers // Proteomics. - 2006. - V.6. - P.3582-601.

110. Hulett, F. M. The signal-transduction network for Pho regulation in Bacillus subtilis [Text] / F.M. Hulett // Mol. Microbiol. - 1996. - V. 19. - P. 933939.

111. Ilinskaya, O. N. Effect of exogenous RNase on the cell of lower eukaryotes [Text] / O.N. Ilinskaya, N.I. Krylova // PriU bioWim mikrobiol. -1993. - V. 29. - P. 280-285.

112. Ilinskaya, O. Bacillus intermedius ribonuclease as inhibitor of cell proliferation and membrane current [Text] / O. Ilinskaya, K. Decker, A. Koschinski, F. Dreyer, H. Repp // Toxicology. - 2001. - V. 156. - P. 101-107.

113. Ilinskaya, O. N. Binase induces apoptosis of transformed myeloid cells and does not induce T-cell immune response [Text] / O. N. Ilinskaya, P. V. Zelenikhin, I. Yu. Petrushanko, V.A. Mitkevich, V.S. Prassolov, A.A. Makarov // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 2007. - V. 361. - P. 1000-1005.

114. Ilinskaya, O. N. Nephrotoxic effects of bacterial ribonucleases in the isolated perfused rat kidney [Text] / O.N. Ilinskaya, S. Vamvakas // Toxicology. -1997. - V. 120. - P. 55-63.

115. Ilinskaya, O. N. RNase-induced apoptosis: Fate of calcium-activated potassium channels [Text] / O. N. Ilinskayaa, A. Koschinski, H. Repp, V.A. Mitkevich, F. Dreyer, J.M. Scholtz, C.N. Pace, A.A. Makarov // Biochimie. -2008. - V. 90. - P. 717-725.

116. Ilinskaya, O. N. SOS-inducing ability of native and mutant microbial ribonucleases [Text] / O.N. Ilinskaya, N.S. Karamova, O.B. Ivanchenko, L.V. Kipenskaya // Mutat.Res. - 1996. - V. 354. - P. 203-209.

117. Ilinskaya, O.N. Bacterial ribonuclease: mutagenic effect in microbial test-systems [Text] / O.N. Ilinskaya, O.B. Ivanchenko, N.S. Karamova // Mutagenesis. - 1995. - V. 10. - P.165-170.

118. Ilinskaya, O.N. Changing the net charge from negative to positive makes ribonuclease Sa cytotoxic [Text] / O.N. Ilinskaya, F. Dreyer, V.A. Mitkevich, K.L. Shaw, C.N. Pace, A.A. Makarov // Protein Sci. - 2002. - V.11. -N.10. - P. 2522-2525.

119. Ilinskaya, O.N. Cytotoxicity of RNases is increased by cationization and counteracted by KCa channels [Text] / O.N. Ilinskaya, A. Koschinski, V. Mitkevich, H. Repp, F. Dreyer, C.N. Pace, A.A. Makarov // Biochem Biophys Res Commun. - 2004. - V. 314. - P. 550-554.

120. Ilinskaya, O.N. Direct inhibition of oncogenic KRAS by Bacillus pumilus ribonuclease (binase) [Text] /O. N. Ilinskaya, I. Singh, E. Dudkina, V. Ulyanova, A. Kayumov, G. Barreto // Biochim Biophys Acta. - 2016. - V. 1863. -I. 7. - P. 1559-1567.

121. Irie, M. Structures and functions of ribonucleases [Text] / M. Irie // Yakugaku Zasshi. - 1997. - V.117. - P. 561-582.

122. Jackson, E. K. The 2',3'-cAMP-adenosine pathway [Text] / E. K. Jackson // J. Physiol. Renal. Physiol. - 2011. - V.301. - P. F1160-F1167.

123. Jiang, G. Receptor-like protein tyrosine phosphatase a homodimerizes on the cell surface [Text] / G. Jiang, J. den Hertog, T. Hunter // Mol. Cell Biol. - 2000. - V. 20. - P. 5917-5929.

124. Johnson, R. J. Cytotoxic ribonucleases: the dichotomy of Coulombic forces [Text] / R.J. Johnson, T.Y. Chao, L.D. Lavis, R.T. Raines // Biochemistry. -2007. - V. 46. - P. 1030-10316.

125. Johnson, R. J. Inhibition of human pancreatic ribonuclease by the human ribonuclease inhibitor protein [Text] / R.J. Johnson, J.G. McCoy, C.A. Bingman, G.N. Phillips, R.T. Raines // J. Mol. Biol. - 2007. - V. 367. - P. 434449.

126. Kerjan, P. Intracellular ribonuclease activity in stationary phase cells of Bacillus subtilis [Text] / P. Kerjan, J. Szulmajster // Biochem.Biophys.Res.Commun. - 1974. - V.59. - P. 1079-1081.

127. Kharitonova, M. A. New secretory high-molecular-weight ribonucleases from Bacillus [Text] / M. A Kharitonova, L. V Znamenskaya // Bacillus Satellite Symposium at FEMS Congress 29th June-3rd July. - Ljubljana, Slovenia. - 2003. - P. 29.

128. Kim, B.M. Glycosylation of onconase increases its conformational stability and toxicity for cancer cells [Text] / B.M. Kim, H. Kim, R. Raines, Y. Lee // Biochem.Biophys.Res.Commun. - 2004. - V. 315. - P. 976983.

129. Kim, J.S. Catalytic activity of bovine seminal ribonuclease is essential for its immunosuppressive and other biological activities [Text] / J.S.

Kim, J. Soucek, J. Matousek, R.T. Raines // Biochem. J. - 1995. - V. 308. - P. 547-550.

130. Kim, Y.R. Essential role of an adenylate cyclase in regulating Vibrio vulnificus virulence [Text] / Y. R. Kim, S. K. Kim, C. M. Kim, S. E. Lee, J. H. Rhee // FEMS Microbiol. Let. - 2005. - V.243. - P. 497-503.

131. Klink, T.A. Conformational stability is a determinant of ribonuclease A cytotoxicity [Text] / T.A. Klink, R.T. Raines // J. Biol. Chem. - 2000. - V. 275.

- P. 17463-17467.

132. Kogoma, T. Function of ribonuclease H in initiation of DNA replication in Escherichia coli [Text] / T. Kogoma, N.L. Subia, K. von Meyenburg // Mol Gen Genet. - 1985. - V. 200. - P. 103-109.

133. Kotchetkov, R. Selective activity of BS-RNase against anaplastic thyroid cancer [Text] / R. Kotchetkov, J. Cinatl, A.A. Krivtchik, J.U. Vogel, J. Matousek, P. Pouckova, B. Kornhuber, D. Schwabe, J. Cinatl Jr. // Anticancer Res.

- 2001. - V. 21. - P. 1035-1042.

134. Kroemer, G. Mitochondrial membrane permeabilization in cell death [Text] / G. Kroemer, L. Galluzzi, C. Brenner // Physiol. Rev. - 2007. - V.87. - P. 99-163.

135. Kuo, T.-C. Unusual metal specificity and structure of the group I ribozyme from Chlamydomonas reinhardtii 23S rRNA [Text] / T.-C. Kuo, O.W. Odom, D.L. Herrin // FEBS Journal. - 2006. - V. 273. - P. 2631-2644.

136. Kuriyama, Y. Digestion of chemically synthesized polyguanylic acids by ribonuclease T1 and spleen phosphodiesterase [Text] / Y. Kuriyama, J. Koyama, F. Egami // Seikagaku. - 1964. - V.36. - P. 135-139.

137. Lacadena, J. Fungal ribotoxins: molecular dissection of a family of natural killers [Text] / J. Lacadena, E. Alvarez-Garcia, N. Carreras-Sangra, E. Herrero-Galan, J. Alegre-Cebollada, L. Garcia-Ortega, M. Onaderra, J. G. Gavilanes, A. Martinez del Pozo // FEMS Microbiol. Rev. - 2007. - V.31. - P. 212-237.

138. Lacadena, J. Role of histidine-50, glutamic acid-96 and histidine-137 in the ribonucleolytic mechanism of the ribotoxin a-sarcin [Text] / J. Lacadena, A. Martinez del Pozo, A. Martinez -Ruiz, J.M. PeÄrez-CanÄadillas, M. Bruix, J.M. ManchenÄo, M. Onaderra, J.G. Gavilanes // Proteins. - 1999. - V. 37. - P. 474484.

139. Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 [Text] / U.K. Laemmli // Nature. - 1970. - V. 227. - P. 680-685.

140. Laurents, D. Solution structure and dynamics of ribonuclease Sa [Text] / D. Laurents, J. M. Perez-Canadillas, J. Santoro, M. Rico, D. Schell, C. N. Pace, M. Bruix // Proteins. - 2001. - V.44. - P. 200-211.

141. Lee, F.S. Tight-binding inhibition of angiogenin and ribonuclease A by placental ribonuclease inhibitor [Text] / F.S. Lee, R. Shapiro, B.L. Vallee // Biochemistry. - 1989. - V. 28. - P. 225-230.

142. Leland, P. Cancer chemotherapy ribonucleases to the rescue [Text] / P. Leland, R. Raines // Chim. Biol. - 2001. - V.8(5). - P. 405-413.

143. Leland, P.A. A synamorphic disulfide bond is critical for the conformational stability and cytotoxicity of an amphibian ribonuclease [Text] / P.A. Leland, K.E. Staniszewski, B.M. Kim, R. Raines // FEBS Lett. - 2000. - V. 477. - P. 203-207.

144. Leroy, J.-L. Role of divalent ions in folding of tRNA [Text] / J.-L. Leroy, M. Gu'eron, G.Thomas, A. Favre // European Journal of Biochemistry. -1977. - V. 74. - P. 567-574.

145. Leschinskaia, I. B. Preparative production of highly purified Bac. intermedius ribonuclease [Text] / I. B. Leshinskaia, R. Sh. Bulgakova, N. P. Balaban, G. S. Egorova //Prikladnaia biokhimiia i mikrobiologiia. - 1973. - V. 10(2). - P. 242-247.

146. Leshchinskaia, I. B. Molecular mechanisms of growth stimulating effects of Bacillus intermedius RNase [Text] / I.B. Leshchinskaia, F.G.

Kupriyanova, G.I. Yakovlev, L.V. Kipenskaya, O.N. Ilinskaya // Karadeniz J. Med. Sci. - 1995. - V. 8. - P. 218-219.

147. Levine, R. A. Metabolism of cyclic adenosine-3',5'-monophosphate-8-14C by isolated, perfused rat liver [Text] / R. A. Levine, S. E. Lewis, J. Shulman, A. Washingt // J. Biol. Chem. - 1969. - V.244. - P.4017-4022.

148. Liang, S. L. RNase L: its biological roles and regulation [Text] / S.L. Liang, D. Quirk, A. Zhou // IUBMB Life. - 2006. - V. 58. - P. 508-514.

149. Linder, J. U. cGMP production in bacteria [Text] / J. U. Linder // Mol. Cell. Biochem. - 2010. - V.334. - P. 215-219.

150. Liu, Y. A domain-swapped RNase A dimer with implications for amyloid formation [Text] / Y. Liu, G. Gotte, M. Libonati, D. Eisenberg // Nat Struct Biol. - 2001. - V. 8. - P. 211-214.

151. Liu, Y. Structures of the two 3D domain-swapped RNase A trimers [Text] / Y. Liu, G. Gotte, M. Libonati // Protein Sci. - 2002. - V. 11. - P. 371-380.

152. Lucas, K. A. Guanylyl cyclases and signaling by cyclic GMP [Text] / K. A. Lucas, G. M. Pitari, S. Kazerounian, I. Ruiz-Stewart, J. Park, S. Schulz, K. P. Chepenik, S. A. Waldman // Pharmacol. Rev. - 2000. - V.52. - P. 375-414.

153. MacIntosh, G. C. RNase T2 genes from rice and the evolution of secretory ribonucleases in plants [Text] / G. C. MacIntosh, M. S. Hillwig, A. Meyer, L. Flagel // Mol.Genet.Genomics. - 2010. - V.283. - P. 381-396.

154. Makarov, A. A. Binase and other microbial RNases as potential anticancer agents / A.A. Makarov, A. Kolchinsky, O.N. Ilinskaya // Bioessays. -2008. - V. 8. - P. 781-790.

155. Makarov, A. Cytotoxic ribonucleases: molecular weapons and their targets [Text] / A. Makarov, O. Ilinskaya // FEBS Lett. - 2003. - V.510. - P. 15156. Makarov, A.A. Comparative Study of Thermostability and Structure

of Close Homologues - Barnase and Binase [Text] / A. A. Makarov, I. I. Protasevich, N. V. Kuznetsova, B. B. Fedorov, S.V. Korolev, N. K. Struminskay, N. P. Bashulina, I. B. Leschinskaya, R.W. Hartley, G.I. Yakovlev, N.G. Esipova //

J. Biomol. Struct. Dvnamics. - 1993. - V. 10. - P. 1047-1065.

157. Marianayagam, N. J. The power of two: protein dimerization in biology [Text] / N.J. Marianayagam, M. Sunde, J.M. Matthews // Trends Biochem. Sci. - 2004. - V. 29. - P. 618-625.

158. Marinov, I. Bovine seminal ribonuclease induces in vitro concentration dependent apoptosis in stimulated human lymphocytes and cells from human tumor cell lines [Text] / I. Marinov, J. Soucek // Neoplasma. - 2000. -V. 47. - P. 294-298.

159. Martin, T. J. Hormone receptors and cyclic nucleotide metabolism in cancer cells [Text] / T. J. Martin, N. H. Hunt, H. Boyd, M. Ellison, V. P. Michelangeli, D. Atkins // Clin. Endocrinol. - 1976. - V.5. - P. 373S-386S.

160. Mason, A.B. Differential effect of a His tag at the N- and C-termini: functional studies with recombinant human serum transferrin [Text] / A.B. Mason, Qing-Yu He, P.J. Halbrooks, S.J. Everse, D.R. Gumerov, I.A. Kaltashov, V.C. Smith, J. Hewitt, R.T.A. MacGillivray // Biochemistry. - 2002. - V. 41. - P. 94489454.

161. Matousek, J. Effect of hyaluronidase and PEG chain conjugation on the biologic and antitumor activity of RNase A [Text] / J. Matousek, P. Pouckova, D. Hlouskova, M. Zadvinova, J. Soucek, J. Skvor // J. Contr. Release. - 2004. - V. 94. - P. 401-410.

162. Merlino, A. The buried diversity of bovine seminal ribonuclease: shape and cytotoxicity of the swapped non-covalent form of the enzyme [Text] / A. Merlino, C. Ercole, D. Picone, E. Pizzo, L. Mazzarella, F. Sica // J. Mol. Biol. -2008. - V. 376. - P. 427-437.

163. Misaka, T. Taste buds have a cyclic nucleotide-activated channel [Text] / T. Misaka, Y. Kusakabe, Y. Emori, T. Gonoi, S. Arai, K. Abe // CNGgust. J. Biol. Chem. - 1997. - V.272. - P. 22623-22629.

164. Mitkevich, V. A. Cell targets of antitumor ribonucleases [Text] / V.A. Mitkevich, A.A. Makarov, O.N Ilinskaya // Molecular Biology. - 2014. - V. 48(2). - P. 181-188.

165. Mitkevich, V. A. Cellular targets of antitumor ribonucleases [Text] / V.A. Mitkevich, A.A. Makarov, O.N. Ilinskaya // Mol. Biol. - 2014. - V. 48. - P. 181-188.

166. Mitkevich, V. A. Structure and functional studies of the ribonuclease binase Glu43Ala/Phe81 Ala mutant [Text] / V.A. Mitkevich, A.A. Schulga, A.A. Trofimov, P.V. Dorovatovskii, D.A. Goncharuk // Acta Cryst. D Biol. Crystallogr. - 2013. - V. 69. - P. 991-996.

167. Mitkevich, V. A. Thermodynamics of denaturation of complexes of barnase and binase with barstar [Text] / V.A. Mitkevich, A.A. Schulga, Y.S. Ermolyuk, V.M. Lobachov, V.O. Chekhov, G.I. Yakovlev, R.W. Hartley, C. Nick Pace, M.P. Kirpichnikov, A.A. Makarov // Biophys Chem. - 2003. - V. 105. - P. 383-390.

168. Moir, A. How do spores germinate? [Text] / A. Moir // J.Appl.Microbiol. - 2006. - V.101. - P. 526-530.

169. Molokanova, E. Modulation of rod photoreceptor cyclic nucleotide-gated channels by tyrosine phosphorylation [Text] / E. Molokanova, B. Trivedi, A. Savchenko, R. H. Kramer // J. Neurosci. - 1997. - V.17. - P. 9068-9076.

170. Montminy, M. Transcriptional regulation by cyclic AMP [Text] / M. Montminy // Annu. Rev. Biochem. - 1997. - V.66. - P. 807-822.

171. Muller, D. Expression of Guanylyl Cyclase (GC)-A and GC-B during Brain Development: Evidence for a Role of GC-B in Perinatal Neurogenesis [Text] / D. Muller, B. Hida, G. Guidone, R.C. Speth, T.V. Michurina, G.N. Enikolopov, R. Middendorff // Endocrinology. - 2009. - V. 150. - P. 5520-5529.

172. Mutti, L. The therapeutic potential of the novel ribonuclease ranpirnase (Onconase®) in the treatment of malignant mesothelioma [Text] / L. Mutti, G. Gaudino // Onc. Rew. - 2008. - V. 2(1). - P. 61-65.

173. Nakamura, A. Gene cloning and characterization of a novel extracellular ribonuclease of Bacillus subtilis [Text] / A. Nakamura, Y. Koide, H. Miyazaki, A. Kitamura, H. Masaki, T. Beppu, T. Uozumi // Eur. J. Biochem. -1992.- V. 209. - P. 121-127.

174. Nakane, T. Pharmacological analysis of vasodilation induced by extracellular adenosine 3',5'-cyclic monophosphate in the isolated and perfused canine coronary artery [Text] / T. Nakane, S. Chiba // J. Pharmacol. Exp. Ther. -1993. - V.264. - P. 1253-1261.

175. Navarro, S. The cytotoxicity of eosinophil cationic protein/ribonuclease 3 on eukaryotic cell lines takes place through its aggregation on the cell membrane [Text] / S. Navarro, J. Aleu, M. Jimenez, E. Boix, C.M. Cuchillo, M.V. Nogues // Cellular and Molecular Life Sciences: CMLS. - 2008. -V. 65. - P. 324-337.

176. Neyra, C. Novel microbial technologies for the enhancement of plant growth and biocontrol of fungal diseases in crops [Text] / C. Neyra, L.A. Atkinson, O. Olubayi, L. Sadasivan, D. Zaurov, E. Zappi // Cahiers Opt Med. - 1996. - V. 31. - P. 447-456.

177. Nicholson, A. Function, mechanism and regulation of bacterial ribonucleases [Text] / A. Nicholson // FEMS Microbiol.Rev. - 1999. - V.23. - P. 371-390.

178. Niemann, H. H. Barnase fusion as a tool to determine the crystal structure of the small disulfide-rich protein McoEeTI [Text] / H.H. Niemann, H.U. Schmoldt, A. Wentzel, H. Kolmar, D.W. Heinz // J.Mol.Biol. - 2006. - V. 356. -P. 1-8.

179. Nishimura, S. Ribonuclease of Bacillus subtilis [Text] / S. Nishimura, M. Nomura // Biochim Biophys Acta. - 1958. - V. 30. - P. 430-431.

180. Notomista, E. Contribution of chain termini to the conformational stability and biological activity of onconase [Text] / E. Notomista, F. Catanzano, G. Graziano, S. Di Gaetano, G. Barone, A. Di Donato // Biochemistry. - 2001. -V. 40. - P. 9097-9103.

181. Okorokov, A. L. RNA cleavage without hydrolysis. Splitting the catalytic activities of binase with Asn101 and Thr101 mutations [Text] / A. L. Okorokov, K. I. Panov, W. A. Offen, V. G. Mukhortov, A. A. Antson, M. Ya.

Karpeisky, A. J. Wilkinson, G. G. Dodson // ProteinEng. - 1997. - V.10. - P. 273182. Olmo, N. Cytotoxic mechanism of the ribotoxin a-sarcin [Text] / N. Olmo, J. Turnay, G. Gonzalez de Buitrago, I. Lopez de Silanes, J. G. Gavilanes, M.A. Lizarbe // Eur. J. Biochem. - 2001. - V. 268. - P. 2113-2123.

183. Olson, B.H. a-Sarcin, a new antitumor agent. II. Fermentation and antitumor spectrum [Text] / B.H. Olson, J.C. Jennings, V. Roga, A.J. Junek, D.M. Schurmans // Appl. Microbiol. - 1965. - V. 13. - P. 322-326.

184. Onaderra, M. Oligomerization of the cytotoxin alpha-sarcin associated with phospholipid membranes [Text] / M. Onaderra, J.M. Mancheno, J. Lacadena, V. de los Rios, A. Martinez del Pozo, J.G. Gavilanes // Mol.Membr.Biol. - 1998. - V. 15. - P. 141-144.

185. Osman, D. Bacterial metal-sensing proteins exemplified by ArsR-SmtB family repressors [Text] / D. I. Osman, J. S. Cavet // Nat Prod Rep. - 2010. -V.27. - P. 668-680.

186. Oussenko, I. Bacillus subtilis YhaM, a member of a new family of 3'-to-5' exoribonucleases in gram-positive bacteria [Text] / I. Oussenko, R. Sanchez, D. Bechhofer // J.Bacteriol. - 2002. - V.184. - P. 6250-6259.

187. Pace, B. The catalytic element of a ribosomal RNA-processing complex [Text] / B. Pace, D. Stahl, N. Pace // J.Biol.Chem. - 1984. - V.259. - P. 11454-11458.

188. Pan, T. Divalent metal ions in RNA folding and catalysis [Text] / T. Pan, D.M. Long, O.C. Uhlenbeck // in The RNA World / R.F. Gesteland, J.F. Atkins [Eds.]; - New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. - 1993. - P. 271-302.

189. Panganiban, A. Purification and properties of a new Bacillus subtilis RNA processing enzyme [Text] / A. Panganiban, H. Whiteley // J.Biol.Chem. -1983. - V.258. - P. 12487-12493.

190. Piccoli, R. Relationships between nonhyperbolic kinetics and dimeric structure in ribonucleases [Text] / R. Piccoli, G. D'Alessio // J. Biol. Chem. - 1984.

- V. 259. - P. 693-695.

191. Pingoud, A. Structure and function of type II restriction endonucleases [Text] / A. Pingoud, A. Jeltsch // Nucleic Acids Res. - 2001. - V. 29. - P. 3705-3727.

192. Polyakov, K. M. The structure of substrate-free microbial ribonuclease binase and of its complexes with 3'-GMP and sulfate ions [Text] / K.M. Polyakov, A.A. Lebedev, A.L. Okorokov, K.I. Panov, A.A. Shulga // Acta Cryst. D Biol. Crystallogr. - 2002. - V. 58. - P. 744-750.

193. Potter, L. R. Natriuretic peptides: their structures, receptors, physiologic functions and therapeutic applications [Text] / L. R. Potter, A. R. Yoder, D. R. Flora, L. K. Antos, D. M. Dickey // Handb. Exp. Pharmacol. - 2009.

- V.191. - P. 341-366.

194. Price, T.D. Organophosphates of urine, including adenosine 3', 5'-monophosphate and guanosine 3', 5'-monophosphate [Text] / T. D. Price, D. F. Ashman, M. M. Melicow // Biochim. Biophys. Acta. - 1967. - V.138. - P. 452195. Raines, R. T. Ribonuclease A: From model system to cancer

chemotherapeutic [Text] / R. J. Youle, G. D'Alessio // Enzymatic Mechanisms / P.A. Frey, D.B. Northrop [Eds.]; - Washington, DC: IOS Press. - 1999. - P. 235196. Rall, T. W. Formation of a cyclic adenine ribonucleotide by tissue particles [Text] / T. W. Rall, E. W. Sutherland // J. Biol. Chem. - 1958. - V.232. -P. 1065-1076.

197. Ran, S. Increased exposure of anionic phospholipids on the surface of tumor blood vessels [Text] / S. Ran, A. Downes, P.E. Thorpe // Cancer Res. -2002. - V.62. - P. 6132-6140.

198. Ran, S. Phosphatidylserine is a marker of tumor vasculature and potential target for cancer imaging and therapy [Text] / S. Ran, P.E. Thorpe // Inter. J. Radiat. Oncol. Biol. Phys. - 2002. - V.54. - P. 1479-1484.

199. Reibarkh, M.Ya. Three-dimensional structure of binase in solution [Text] / M.Ya. Reibarkh, D.E. Nolde, L.I. Vasilieva, E.V. Bocharov, A.A. Shulga, M.P. Kirpichnikov, A.S. Arseniev // FEBS Lett. - 1998. - V. 431. - P. 250-254.

200. Renatus, M. Dimer formation drives the activation of the cell death protease caspase 9 [Text] / M. Renatus, H.R. Stennicke, F.L. Scott, R.C. Liddington, G.S. Salvesen // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2001. - V. 98. - P. 1425014255.

201. Rey, M. W. Complete genome sequence of the industrial bacterium Bacillus licheniformis and comparisons with closely related Bacillus species [Text] / M. W Rey, P. Ramaiya, B. Nelson, S. Brody-Karpin, E. Zaretsky, M. Tang, A. Lopez de Leon, H. Xiang, V. Gusti, I. Clausen, P. Olsen, M. Rasmussen, J. Andersen, P. J0rgensen, T. Larsen, A. Sorokin, A. Bolotin, A. Lapidus, N. Galleron, D. Ehrlich, R. Berka // Genome Biology. - 2004. - V.5 - P. 7.

202. Rickman, L. A member of the cAMP receptor protein family of transcription regulators in Mycobacterium tuberculosis is required for virulence in mice and controls transcription of the rpfA gene coding for a resuscitation promoting factor [Text] / L. Rickman, C. Scott, D. M. Hunt, T. Hutchinson, M. C. Menendez, R. Whalan, J. Hinds, M. J. Colston, J. Green, R. S. Buxton // Mol. Microbiol. - 2005. - V.56. - P. 1274-1286.

203. Riordan, J. F. Structure and function of angiogenin [Text] / J. F. Riordan // Ribonucleases: Structures and Functions / G. D'Alessio, J.F. Riordan, A. Di Donato, L. Mazzarella, R. Piccoli [Eds.]; - 1 edition. - New York: Academic Press. - 1997. - P. 445-489.

204. Rios, C. D. G-protein-coupled receptor dimerization: modulation of receptor function [Text] / C.D. Rios, B.A. Jordan, I. Gomes, L.A. Devi // Pharmacol. Ther. - 2001. - V. 92. - P. 71-87.

205. Rodriguez, M. Intracellular pathway of Onconase that enables its delivery to the cytosol [Text] / M. Rodriguez, G. Torrent, M. Bosch, J.F. Dubremetz, M. Ribo, A. Benito, M. Vilanova, B. Beaumelle // J. Cell Sci. - 2007. - V. 120. - P. 1405-1411.

206. Rosenberg, H. F. Recombinant human eosinophil cationic protein. Ribonuclease activity is not essential for cytotoxicity [Text] / H.F. Rosenberg // J. Biol. Chem. - 1995. - V. 270. - P. 7876-7881.

207. Ross, P. Regulation of cellulose synthesis in Acetobacter xylinum by cyclic diguanylic acid [Text] / P. Ross, H. Weinhouse, Y. Aloni, D. Michaeli, P. Weinberger-Ohana, R. Mayer // Nature. - 1987. - V.325. - P. 279-281.

208. Rulisek, L. Outer-shell and inner-shell coordination of phosphate group to hydrated metal ions (Mg2+, Cu2+, Zn2+, Cd2+) in the presence and absence of nucleobase.The role of nonelectrostatic effects [Text] / L. Rulisek, J. Sponer // The Journal of Physical Chemistry. - 2003. - V. 107. - P. 1913-1923.

209. Russwurm, M. Functional properties of a naturally occurring isoform of soluble guanylyl cyclase [Text] / M. Russwurm, S. Behrends, C. Harteneck, D. Koesling // The Biochemical journal. - 1998. - V.335. - P. 125-130.

210. Ryan, R.P.C. Cyclic di-GMP signalling in the virulence and environmental adaptation of Xanthomonas campestris [Text] / R. P. Ryan, Y. Fouhy, J. F. Lucey, B. L. Jiang, Y. Q. He, J. X. Feng, J. L. Tang, J. M. Dow // Mol. Microbiol. - 2007. - V.63. - P. 429-442.

211. Saunders, A.M. Beyond Mg2+: functional interactions between RNA and transition metals [Text] / A.M. Saunders, V.J. DeRose // Current Opinion in Chemical Biology. - 2016. - V. 31. - P. 153-159.

212. Saxena, S. K. Angiogenin is a cytotoxic, tRNA-specific ribonuclease in the RNase A superfamily [Text] / S. K. Saxena, S. M. Rybak, R. T. Jr Davey, R. J. Youle, E. J. Ackerman // J.Biol.Chem. - 1992. - V.267. - P. 21982-21986.

213. Saxena, S. K. Entry into cells and selective degradation of tRNA by a cytotoxic member of the RNase A family [Text] / S.K. Saxena, R. Sirdeshmukh,

W. Ardelt, S.M. Mikulski, K. Shogen, R.J. Youle // J.Biol.Chem. - 2002. - V. 277.

- P. 15142-15146.

214. Saxena, S. K. ONCONASE and its therapeutic potential [Text] / S. K. Saxena, K. Shogen, W. Ardelt // Lab.Med. - 2003. - V.3. - P. 380-387.

215. Schirrmann, T. Targeted therapeutic RNases (ImmunoRNases) [Text] / T. Schirrmann, J. Krauss, M.A. Arndt, S.M. Rybak, S. Dubel // Expert Opin. Biol. Ther. - 2009. - V. 9. - P. 79-95.

216. Schlunegger, M. P. Oligomer formation by 3D domain swap- ping: a model for protein assembly and misassembly [Text] / M.P. Schlunegger, M.J. Bennett, D. Eisenberg // Adv. Protein. Chem. - 1997. - V. 50. - P. 61-122.

217. Schroeder, E. Mode of degradation of precursor-specific ribonucleic acid fragments by Bacillus subtilis [Text] / E. Schroeder, J. McKibbin, M. L. Sogin, N. R. Pace // J Bacteriol. - 1977. V. 130. - P. 1000-1009.

218. Schweisguth, D. C. Structural characterization of a ribonuclease III processing signal [Text] / D.C. Schweisguth, B.S. Chelladurai, A.W. Nicholson, P.B. Moore // Nucleic Acids Res. - 1994. - V. 22. - P. 604-612.

219. Semenyuk, E. G. Expression of single-chain antibody-barstar fusion in plants [Text] / E.G. Semenyuk, O.A. Stremovskiy, E.F. Edelweiss, O.V. Shirshikova, T.G. Balandin, Y.I. Buryanov, S.M. Deyev SM // Biochimie. - 2007.

- V. 89. - P. 31-38.

220. Sevcik, J. Atomic resolution data reveal flexibility in the structure of RNase Sa [Text] / J. Sevcik, V. S. Lamzin, Z. Dauter, K. S. Wilson // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. - 2002. - V. 58. - P. 1307-1313.

221. Sevcik, J. Comparison of active sites of some microbial ribonucleases: structural basis for guanylic specificity [Text] / J. Sevcik, R.G. Sanishvili, A.G. Pavlovsky, K. M. Polyakov // Trends Biochem. Sci. - 1990. - V. 15. - P. 158-162.

222. Sevcik, J. X-Ray structure of two crystalline forms of a Streptomycete ribonuclease with cytotoxic activity [Text] / J. Sevcik, L. Urbanikova, P.A. Leland, R.T. Raines // J.Biol.Chem. - 2002. - V. 277. - P. 47325-47330.

223. Shah Mahmud, R. Antiviral activity of binase against the pandemic influenza A (H1N1) virus [Text] / R. Shah Mahmud, O.N. Ilinskaya //Acta Naturae. - 2013. - V. 5. - P. 44-51.

224. Shah Mahmud, R. Bacterial ribonuclease binase exerts an intra-cellular anti-viral mode of action targeting viral RNAs in influenza a virus-infected MDCK-II cells [Text] / R. Shah Mahmud, A. Mostafa, C. Müller, P. Kanrai, V. Ulyanova, Y. Sokurenko, J. Dzieciolowski, I. Kuznetsova, O. Ilinskaya, S. Pleschka // - 2018. - V. 15. - I. 1. - P. 1-12.

225. Shah Mahmud, R. Ribonuclease from bacillus acts as an antiviral agent against negative- and positive-sense single stranded human respiratory RNA viruses [Text] / R. Shah Mahmud, C. Muller, Y. Romanova // BioMed Research International. - 2017. - V. 2017. - Art. № 5279065.

226. Sharipova, M. R. Some secretion characteristics of bacterial ribonucleases [Text] / M.R. Sharipova, L.V. Lopukhov, O.A. Vershinina, I.B. Leshchinskaya // Microbiology. - 2005. - V. 74. - P. 27-31.

227. Shen, V. RNases I, II and IV of Escherichia coli [Text] / V. Shen, D. Schlessinger // The Enzymes. - 1982. - P. 501-515.

228. Shi, Y. Genetic analysis of riboswitch-mediated transcriptional regulation responding to Mn2+ in Salmonella [Text] / Y. Shi, G. Zhao, W. Kong // The Journal of Biological Chemistry. - 2014. - V. 289. - P. 11353-11366.

229. Sj'ogren, A.-S. Metal ion interaction with cosubstrate in self-splicing of group I introns [Text] / A.-S. Sj'ogren, E. Pettersson, B.-M. Sj'oberg, R. Stromberg // Nucleic Acids Research. - 1997. - V. 25. - P. 648-653.

230. Smith, M. Ribonucleoside 3', 5'-cyclic phosphates. A general method of synthesis and some properties [Text] / M. Smith, G. I. Drummond, H. G. Khorana // J. Am. Chem. Soc. - 1961. - V.83. - P. 698-706.

231. Smith, M.R. Cell cycle-related differences in susceptibility of NIH/3T3 cells to ribonucleases [Text] / M.R. Smith, D.L. Newton, S.M. Mikulski, S.M. Rybak // Exper. Cell Res. - 1999. - V. 247. - P. 220-232.

232. Stefan, L.R. MeRNA: a database of metal ion binding sites in RNA structures [Text] / L.R. Stefan, R. Zhang, A.G. Levitan, D.K. Hendrix, S.E. Brenner, S.R. Holbrook // Nucleic Acids Research. - 2006. - V. 34. - P. D131-D134.

233. Su'sstrunk, U. Pleiotropic effects of cAMP on germination, antibiotic biosynthesis and morphological development in Streptomyces coelicolor [Text] / U. Su' sstrunk, J. Pidoux, S. Taubert, A. Ullmann, C. J. Thompson // Mol. Microbiol. - 1998. - V.30. - P. 33-46.

234. Summers, J.S. Displacement of Mn2+ from RNA by K+, Mg2+, neomycin B, and an arginine-rich peptide: indirect detection of nucleic acid/ligand interactions using phosphorus relaxation enhancement [Text] / J.S. Summers, J. Shimko, F.L. Freedman, C.T. Badger, M. Sturgess // Journal of the American Chemical Society. - 2002. - V. 124. - P. 14934-14939.

235. Sun, L.-Q. Catalytic nucleic acids: from lab to applications [Text] / L.-Q. Sun, M.J. Cairns, E.G. Saravolac, A. Baker, W.L. Gerlach // Pharmacological Reviews. - 2000. - V. 52. - P. 325-347.

236. Sutherland, E. W. Fractionation and characterization of a cyclic adenine ribonucleotide formed by tissue particles [Text] / E. W. Sutherland, T. W. Rall // J. Biol. Chem. - 1958. - V.232. - P. 1077-1091.

237. Takahashi, K. The enzymes [Text] / K. Takahashi, S. Moore // New York: Academic press, vol. 15, Nucleic acids, part B. - 1982. - P. 435-467.

238. Tamayo, R. Role of cyclic Di-GMP during El Tor biotype Vibrio cholerae Infection: characterization of the in vivo-induced cyclic di-GMP phosphodiesterase CdpA [Text] / R. Tamayo, S. Schild, J. T. Pratt, A. Camilli // Infect. Immun. - 2008. - V.76. - P. 1617-1627.

239. Tamura, K. "MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0" [Text] / K. Tamura, G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski, S. Kumar // Mol. Biol. Ev. - 2013. - V. 30(12). - P. 2725-2729.

240. Uhlen, M. Fusion proteins in biotechnology [Text] / M. Uhlen, G. Forsberg, T. Moks, M. Hartmanis, B. Nilsson // Curr.Opin.Biotechnol. - 1992. -V. 3. - 363-369.

241. Ulyanova, V. Barnase and binase: twins with distinct fates [Text] / V. Ulyanova, V. Vershinina, O. Ilinskaya // FEBS Journal. - 2011. - V.278. - P. 3633-3643.

242. Ulyanova, V. V. Binase-like guanyl-preferring ribonucleases are new members of Bacillus PhoP regulon [Text] / V. V. Ulyanova, V. Vershinina, O. Ilinskaya, Colin R. Harwood // Microbiological research. - 2015. - V.170. - P. 131-138.

243. Van Damme, T. Determination of cyclic guanosine- and cyclic adenosine monophosphate (cGMP and cAMP) in human plasma and animal tissues by solid phase extraction on silica and liquid chromatography-triple quadrupole mass spectrometry [Text] / T. Van Damme, Y. Zhang, F. Lynen, P. Sandra // J. Chromatogr. - 2012. - V.909. - P. 14-21.

244. Verhamme, D. T. DegU and Spo0A jointly control transcription of two loci required for complex colony development by Bacillus subtilis [Text] / Verhamme, E.J. Murray, N.R. Stanley-Wall // J.Bacteriol. - 2009. - V. 191. - P. 100-108.

245. Voss, C. Production of recombinant RNase Ba and its application in downstream processing of plasmid DNA for pharmaceutical use [Text] / C. Voss, D. Lindau, E. Flaschel // Biotechnol.Prog. - 2006. - V. 22. - P. 737-744.

246. Wahn, H. L. Induction of neural differentiation in cultures of amphibian undetermined presumptive epidermis by cyclic AMP derivatives [Text] / H. L. Wahn, L. E. Lightbody, T. T. Tchen, J. D. Taylor // Science. - 1975. -V.188. - P. 366-369.- V.13. - P. 169-172.

247. Wang, L. Downhill binding energy surface of the barnase-barstar complex / L. Wang, S.W. Siu, W. Gu, V. Helms // Biopolymers. - 2010. - V. 93. -P. 977-985.

248. Wang, W. Bacillus subtilis RNase III gene: cloning, function of the gene in Escherichia coli, and construction of Bacillus subtilis strains with altered rnc loci [Text] / W. Wang, D.H Bechhofer // J Bacteriol. - 1997. - V. 179. - P. 7379-7385.

249. Wedel, B. J. Guanylyl cyclases: approaching year thirty [Text] / B. J. Wedel, D. L. Garbers // Trends. Endocrinol. Metab. - 1998. - V.9. - P. 213-219.

250. Witte, G. Structural biochemistry of a bacterial checkpoint protein reveals diadenylate cyclase activity regulated by DNA recombination intermediates [Text] / G. Witte, S. Härtung, K. Büttner, K. P. Hopfner // Mol. Cell. - 2008. - V.30. - P. 167-178.

251. Woodson, S.A. Metal ions and RNA folding: a highly charged topic with a dynamic future [Text] / S.A. Woodson // Current Opinion in Chemical Biology. - 2005. - V. 9. - P. 104-109.

252. Woodward, J.J. c-di-AMP secreted by intracellular Listeria monocytogenes activates a host type I interferon response [Text] / J. J. Woodward, A. T. Iavarone, D. A. and Portnoy // Science. - 2010. - V.328. - P. 1703-1705.

253. Wu, Y. A cytotoxic ribonuclease: Study of the mechanism of onconase cytotoxicity [Text] / Y. Wu, S.M. Mikulski, W. Ardelt, S.M. Rybak, R.J. Youle // J Biol Chem. - 1993. - V.268. - P. 10686-10693.

254. Xu, D. Phylogenetic relationships between Bacillus species and related genera inferred from comparison of 3' end 16S rDNA and 5' end 16S-23S ITS nucleotide sequences [Text] / D. Xu, J.C. Côté // Int.J.Syst. Evol.Microbiol. -2003. - V. 53. - P. 695-704.

255. Yoshida, H. The ribonuclease T1 family [Text] / H. Yoshida // Methods Enzymol. - 2001. - V.341. - P. 28-41.

256. You, L. A novel vector for direct cloning PCR fragments by positive selection based on the lethal barnase [Text] / L. You, H. Weng, Z. Chen, A. Wang, W. Xu, M. Wang, Z. Dong // Mol.Biol.Rep. - 2009. - V. 36. - P. 1793-1798.

257. Youle, R. J. Antitumor RNases [Text] / R. J. Youle, G. D'Alessio // Ribonucleases: Structures and Functions / G. D'Alessio, J.F. Riordan, A. Di

Donato, L. Mazzarella, R. Piccoli [Eds.]; - 1 edition. - New York: Academic Press. - 1997. - P. 491-514.

258. Yu, X. Ligand-independent dimer formation of epidermal growth factor receptor (EGFR) is a step separable from ligand-induced EGFR signaling [Text] / X. Yu, K.D. Sharma, T. Takahashi, R. Iwamoto, E. Mekada // Mol. Biol. Cell. - 2002. - V. 13. - P. 2547-2557.

259. Zhu, H. Restoring Soluble Guanylyl Cyclase Expression and Function Blocks the Aggressive Course of Glioma [Text] / H. Zhu, J. T. Li, F. Zheng, E. Martin, A. Y. Kots, J. S. Krumenacker, B. K. Choi, I. E. McCutcheon, N. Weisbrodt, O. Bögler, F. Murad, K. Bian // Mol. Pharmacol. - 2011. - V.80. - P. 1076-1084.

260. Znamenskaia, L.V. Biosynthesis of extracellular ribonuclease by Bacillus pumilus [Text] / L.V. Znamenskaia, V.L. Ivailovskii, E.I. Ivanova, S.I. Krasnov, I.B. Leshchinskaia // Microbiology. - 1994. - V 63. - P. 986-992.

261. Znamenskaya, L. V. Expression of the genes for guanyl-specific ribonucleases from Bacillus intermedius and Bacillus subtilis is regulated by the two component signal transduction system PhoP-PhoR in B. subtilis [Text] / L. V. Znamenskaya, O. A. Vershinina, V. I. Vershinina, I. B. Leshchinskaia // FEMS Microbiol. Lett. - 1999. - V.173. - P. 217-222.

262. Znamenskaya, L. V. Phosphate regulation of biosynthesis of extracellular RNases of endospore-forming bacteria [Text] / L. V. Znamenskaya, L. A. Gabdrakhmanova, E. B. Chernokalskaya, I.B. Leshchinskaya, R.W. Hartley // FEBS Letters. - 1995. - V. 375. - P. 16-18.

263. Zuo, Y. Mechanism of action of RNase T. II. A structural and functional model of the enzyme [Text] / Y. Zuo, M.P. Deutscher // J. Biol. Chem. -2002. - V. 277. - P. 50160-50164.