Непатогенный штамм энтеровируса человека, родственный вирусу Коксаки В5 как модель для изучения вирусного онколиза тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Липатова Анастасия Валерьевна

• Липатова Анастасия Валерьевна
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Липатова Анастасия Валерьевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

АКТУАЛЬНОСТЬ

ЦЕЛЬ РАБОТЫ

ЗАДАЧИ

НАУЧНАЯ НОВИЗНА

ПРАКТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ

СТРУКТУРА И ОБЪЕМ ДИССЕРТАЦИИ

ВКЛАД АВТОРА

АПРОБАЦИЯ РАБОТЫ

ПУБЛИКАЦИИ

ОСНОВНЫЕ ПОЛОЖЕНИЯ, ВЫНОСИМЫЕ НА ЗАЩИТУ

ВНЕДРЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Общие сведения о вирусном онколизе и онколитических вирусах

1.2 Классификация и свойства энтеровирусов человека

1.3 Механизмы проникновения энтеровирусов в клетки

1.4 Системы противовирусной защиты клетки и значение их поломок для приобретения чувствительности к онколитическим вирусам

1.5 Онколитические свойства энтеровирусов

1.6 Перспективы использования энтеровирусов в качестве онколитических средств

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Материалы и реагенты, использованные в работе

2.2 Препараты энтеровирусных штаммов, использованных в работе

2.3 Наработка плазмидной ДНК в Echerichia Coli, штамм 10-beta

2.4 Разрезание ДНК эндонуклеазами рестрикции

2.5 Фракционирование ДНК электрофорезом в агарозном геле

2.6 Элюция фрагментов ДНК из агарозного геля

2.7 Лигирование векторной плазмиды с фрагментами ДНК

2.8 Проведение ПЦР

2.9 Определение чувствительности линий опухолевых клеток к штаммам энтеровирусов

2.10 Определение продуктивности вирусной инфекции в линиях опухолевых клеток путем титрования методом Рида и Менча

2.11 Получение ксенографтов опухолей модельных линий клеток в иммунодефицитных мышах

2.12 Введение энтеровирусов в организм иммунодефицитных мышей с целью индукции вирусного онколиза

2.13 Волюмометрия ксенографтов модельных и первичных линий опухолевых клеток

2.14 Получение моноклональных сублиний клеток после трансфекции плазмиды pCas-Guide-2A-RFP

2.15 Выделение геномной ДНК

2.16 Получение первичных культур опухолевых клеток из клинических образцов

2.17 Криоконсервация культур опухолевых клеток

2.18 Трансфекция клеток плазмидной ДНК

2.19 Клонирование энтеровирусных штаммов методом бляшек

2.20 Наработка препаратов энтеровирусов

2.21 Выделение плазмидной ДНК

2.22 Проведение ПЦР в реальном времени

2.23 Детекция белков вирусных рецепторов методом Вестерн блоттинга

2.24 Математический анализ взаимосвязи дифференциальной экспрессии генов и чувствительности клеточных линий к вирусам и статистическая обработка данных

2.25 Проведение высокопроизводительного секвенирования транскриптомов клеточных линий

2.26 Создание плазмид pCas-Guide-2A-RFP для выключения генов

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Анализ структуры генома непатогенного штамма Коксаки В5/ЖЭВ14

3.2 Получение первичных культур опухолевых клеток аденокарциномы простаты от пациентов

3.3 Оценка онколитических свойств штаммов энтеровирусов на моделях in vitro

3.4 Онколитическая активность вирусного штамма ЖЭВ14 на модели подкожных ксенографтов клеток рака предстательной железы в иммунодефицитных мышах

3.5 Исследование влияния поверхностного рецептора CXADR на заражения вирусом ЖЭВ14

3.6 Изучение влияния состояния клеточной системы врожденного противовирусного иммунитета на чувствительность клеток к действию онколитических энтеровирусов

3.7 Выявление генов клетки-хозяина, экспрессия которых связана с эффективностью продукции онколитического энтеровируса ЖЭВ14

3.8 Исследование влияния нокаута гена STAT2 на чувствительность клеток к онколитическим вирусам

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ADAR1 (adenosine deaminase, RNA specific, ADAR) - аденозин-дезаминаза РНК CXADR (coxsackievirus and adenovirus receptor, CAR) - Коксаки-аденовирусный рецептор

DAF (decay accelerating factor, CD55) - фактор, ускоряющий инактивацию комплемента

dNTPs - дезоксинуклеозидтрифосфаты

DMEM (Dulbecco modified Eagle's medium) - модифицированная по способу Дульбекко среда Игла

ECHO (enteric cytopathic human orphan) - эховирусы, РНК-содержащие вирусы, принадлежащие к роду Enterovirus EV (enterovirus) - энетровирус

FBS (fetal bovine serum) - эмбриональная телячья сыворотка

FDA (Food and Drug Administration) - центр по исследованию безопасности

продуктов питания и лекарств США

HRV2 (human rhinovirus 2) - риновирус 2-го типа человека

IC50 (the half maximal inhibitory concentration) - концентрация полумаксимального ингибирования

ICAM-1 (inter-cellular adhesion molecule 1, CD54) - молекула межклеточной адгезии 1 типа

IRES (internal ribosome entry site) - участок внутренней посадки рибосом

ISG (interferon-stimulated gene) - гены, стимулируемые интерфероном

LIMP-II (lysosomal integral membrane protein II, SCARB2 (scavenger receptor class B

member 2), CD36) - лизосомный мембранный сиалогликопротеин II типа

MOI (multiplicity of infection)- множественность заражения

PBS (phosphate buffered saline) - фосфатно-солевой буфер

PDGF (Platelet-derived growth factor) - тромбоцитарный фактор роста

PTEN (phosphatase and tensin homolog) - гомолог фосфатазы и тензина

PVR (Poliovirus Receptor, CD155) - полиовирусный рецептор TCID50 (50% tissue culture infective dose) - 50%-тканевая цитопатическая доза TICAM1 (toll like receptor adaptor molecule 1) - адапторная молекула toll-подобного рецептора молекула

UTR (untranslated region) - нетранслируемая область

VLA-2 (Very Late Antigen-2) - интегрин a2ß1

VP - вирионный белок

БОЕ - бляшкообразующая единица

БСА - бычий сывороточный альбумин

ВОЗ (WHO) - Всемирная организация здравоохранения

в.ч. - вирусная частица

ГТФазы - семейство ферментов гидролаз, которые связывают и гидролизуют

гуанозинтрифосфат

ДМСО -диметилсульфоксид

е.а. - единица активности

ЖЭВ (LEV) - живая энтеровирусная вакцина-

ИФН - интерферон

и.е. - инфекционная единица

ОРВИ - острая респираторная вирусная инфекция

ОРТ - открытая рамка трансляции

ПААГ - полиакриламидный гель

п.н. - пара нуклеотидов

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РФ - Российская Федерация

ТБС - трис-буфер

т.н. - тысяча нуклеотидов

т.п.н. - тысяча пар нуклеотидов

ЦНС - центральная нервная система

ЦПД - цитопатическое действие

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Непатогенный штамм энтеровируса человека, родственный вирусу Коксаки В5 как модель для изучения вирусного онколиза»

АКТУАЛЬНОСТЬ

Метастатический рак по-прежнему остается неизлечимым заболеванием. Когда раковые клетки начинают распространяться в виде метастазов необходимо назначение системной терапии, избирательно убивающей злокачественные клетки. На протяжении более полувека основными средствами для системной терапии рака были цитотоксические и цитостатические химиопрепараты, которые действовали преимущественно на быстрорастущие и активно метаболизирующие клетки. Хотя такие препараты способны уничтожать значительную часть опухолевых клеток, зачастую возникают рецидивы заболевания. Суммарный вклад химиотерапевтических препаратов в пятилетнюю выживаемость пациентов метастатическим раком составляет не более 10-15% [1]. Химиотерапия также часто сопровождается многочисленными побочными эффектами, ухудшающими качество жизни пациента, подавляет естественный противоопухолевый иммунитет и способствует селекции устойчивых к терапии вариантов опухолевых клеток [26]. Возникающие в результате рецидивы заболевания оказываются устойчивыми к терапии [7-13]. Химиотерапия также малоэффективна в отношении стволовых клеток опухоли [14-19].

Достижения в области фундаментальной биологии, расшифровка геномов живого царства и генома человека, углубление знаний о биологии раковой клетки позволили перейти к созданию многочисленных таргетных противоопухолевых препаратов, направленных на отдельные специфические мишени раковых клеток. Однако, и такие высокотехнологичные и дорогостоящие препараты вносят незначительный вклад в долговременную выживаемость пациентов, поскольку гетерогенность популяций и высокая изменчивость раковых клеток позволяет вырабатывать устойчивость и к таргетным препаратам, обуславливая быстро прогрессирующие рецидивы заболевания.

В последние годы появились предпосылки для разработки подходов к биотерапии онкологических заболеваний, основанных на модулировании природных механизмов выбраковки и уничтожения патологических и злокачественных клеток. К ним относятся многочисленные иммунотерапевтические подходы, использующие как механизмы врожденного противоопухолевого иммунитета, так и нацеливание иммунной системы на специфические мишени раковых клеток, вовлечение адаптивных механизмов иммунитета (раковые вакцины), либо создание искусственных иммунных клеток, несущих гибридные Т-клеточные рецепторы, созданные с учетом предполагаемой антигенной мишени на поверхности раковой клетки. Активно развиваются и подходы с использованием биоинженерии, создания рекомбинантных векторов, несущих определенные особенности, специфически направленные против опухолевых клеток. Однако, особое место в последнее время занимают попытки использования живых вирусов для терапии рака [20], а также онколитических штаммов бактерий [21, 22]. Онколитические вирусы способны преимущественно размножаться в опухолевых клетках, вызывая их гибель. Но, в дополнении к прямому цитолитическому действию, вирусы обладают способностью существенно усиливать противоопухолевый иммунитет. Они привлекают компоненты иммунной системы для распознавания и уничтожения раковых клеток. Онколитические бактерии способны преимущественно заселять опухоль, вызывать локальное воспаление и оказывать иммуностимулирующее воздействие. Эксперименты на животных, моделях, а также многочисленные клинические испытания указывают на высокую перспективность этих методов, особенно в применении к метастатическим формам заболевания. В отличии от химиотерапевтических препаратов подобная терапия отличается практическим отсутствием токсичности и минимальными нежелательными побочными эффектами.

В основе методов онколитической биотерапии лежит приобретение клетками чувствительности к бактериальным и вирусным патогенам, а также присущие злокачественным клеткам нарушения нормальных механизмов адаптации к

стрессам. Вирусы являются внутриклеточными паразитами, использующими клетки для собственной репликации. Размножение вирусов обычно сопровождается гибелью клетки. Однако, нормальные клетки в организме в значительной мере защищены он вирусной инвазии, благодаря существованию сложных систем врожденного иммунитета, в частности - интерфероновой системы [23, 24]. Существуют также тканевые барьеры, которые препятствуют распространению вируса от клетки к клетке. Наконец, исход вирусной инфекции может зависеть от систем адаптивного иммунитета, выработки иммунного ответа на вирус и зараженные клетки, что в итоге приводит к избавлению организма от инфекционного вируса. Злокачественная трансформация клеток приводит к тому, что измененные клетки перестают быть частью организма и начинают эволюционировать как отдельные организмы-паразиты [25]. При этом раковая опухоль стремится к экспансии, утрачивая ставшие ей ненужными и обременительными функции, к которым относятся и системы защиты от патогенов. Следует подчеркнуть, что по мере опухолевой прогрессии восприимчивость клеток к вирусным патогенам только повышается, что позволяет использовать это свойство для борьбы с наиболее злокачественными метастатическими формами заболеваний.

Вирусы являются естественными убийцами клеток, и поэтому они могут стать мощнейшим инструментом для уничтожения раковых клеток. На протяжении последних двадцати лет во многих лаборатория мира проводится разработка непатогенных онколитических штаммов вирусов, а в последнее время и онколитических бактерий.

Онколитическими свойствами обладают многие вирусные семейства, причем противоопухолевая активность может быть искусственно усилена методами генетической инженерии или направленной биоселекции [26-30]. Каждое из вирусных семейств имеет свои специфические особенности и использует различные механизмы заражения, распространения в организме, репликации в клетке, по-разному реагирует на системы противовирусной защиты, индуцирует индивидуальные для каждого семейства типы клеточной смерти.

Многие из разработанных штаммов прошли доклинические испытания, часть находится на разных фазах клинических испытаний [31-36], и только три штамма в настоящее время полностью внедрены в клиническую практику (онколитический вирус герпеса Т-УЕС в США [37-40], онколитический аденовирус в Китае [41-43] и онколитический энтеровирус в Латвии [44-46]).

Для широкомасштабного внедрения онколитической биотерапии в клинике требуется решить две основополагающие проблемы:

1. Проблема безопасности онколитических микроорганизмов для пациента, а также для окружающих (эпидемиологическая безопасность) [47]. Имеются опасения, что широкое применение исходно безвредных вирусов может создавать условия для приобретения патогенности в результате мутаций. Поэтому новые онколитические вирусы предпочтительнее создавать на основе исходно непатогенных или слабопатогенных для человека вирусов, в том числе вирусов животных. Вопросу безопасности уделяется наибольшее внимание. Это достигается, в частности, путем искусственных модификаций или полного удаления вирусных генов, ответственных за преодоление противовирусной защиты клеток. В результате такие штаммы вирусов сохраняют способность реплицироваться в опухолевых клетках, утративших противовирусные механизмы, но значительно хуже реплицируются в нормальных клетках, и, следовательно, являются аттенуированными. Однако, опасения в отношении безопасности также могут быть успешно преодолены путем создания в онкологических клиниках инфекционных боксов, которые смогут изолировать пациентов от контактов с окружающими на все время вирусной терапии.

2. Проблема непредсказуемости терапевтического действия и, как следствие, пока еще мало впечатляющие результаты клинических испытаний. Это действительно серьезная проблема. С одной стороны, у части пациентов наблюдается заметный терапевтический эффект вплоть до полного выздоровления, а с другой - у многих пациентов применяемый штамм онколитического вируса может вообще не оказывать действия, хотя при лечении опухоли другого пациента он может демонстрировать неплохие результаты. Причина таких различий может

объясняться особенностями опухолей разных пациентов, когда раковые клетки могут либо содержать все необходимые для вирусного цикла клеточные компоненты (например, рецепторы для проникновения вируса, или факторы, способствующие образованию и выходу из клетки инфекционных вирионов, тем самым обеспечивая дальнейшие циклы заражения опухолевых клеток до их полного уничтожения), либо - нет, и в этом случае опухоль оказывается к данному штамму нечувствительна.

Восприимчивость опухолевых клеток к вирусам обусловлена также подавлением механизмов врожденного противовирусного иммунитета, в частности интерфероновой системы [48-55]. В основе утраты этих механизмов возможно лежит, тот факт, что при утрате функции гена р53, которая происходит в большинстве опухолей, наблюдается активация экспрессии транспозонов, синтез самокомплементарных транскриптов, что приводит к индукции интерферона, который способен тормозить рост злокачественных клеток [56]. Преодоление этого блока достигается инактивацией систем индукции интерферона и/или интерферонового ответа, что делает клетки чувствительными к вирусной инфекции. Врожденный противовирусный иммунитет обеспечивается функцией нескольких многокомпонентных сигнальных путей, которые в клетках разного тканевого происхождения функционируют в различающихся режимах [23, 24, 57]. Поэтому и генетические повреждения, приводящие к их утрате, могут проявляться во множестве звеньев этих сигнальных путей. Очевидно, что в зависимости от характера этих повреждений чувствительность данной опухоли к вирусам может сильно различаться, что сказывается на эффективности терапии.

Поиск генетических детерминант чувствительности к тем или иным вирусным и бактериальным штаммам, является новой актуальнейшей задачей персонифицированной медицины [2, 58-61]. Важно также установление генетических детерминант, обуславливающий реакцию опухолевых клеток на стрессовые воздействия, вызывающие защитные реакции клетки, повышающие их устойчивость к прочим воздействиям. Важно понимание состояния сигнальных путей, ведущих к суицидальным реакциям клетки - индукции программированной

клеточной смерти, поскольку от этого также может зависеть исход онколитической терапии.

Идентификация новых биомаркеров, сопряженных с реакцией опухолевых клеток на биотерапию - новая зарождающаяся область биомедицинских исследований, которая создает основу для персонифицированной медицины [6268]. На смену цитотоксической химиотерапии, использующей малые молекулы, которые по определению действуют с низкой специфичностью и вызывают многочисленные побочные эффекты, приходят новые биотерапевтические подходы, для которым ключевым является знание молекулярных особенностей повреждений в опухоли конкретного пациента. Это указывает на очевидную актуальность поставленных задач по созданию методов диагностики, позволяющих выявлять индивидуальные особенности повреждений у конкретного пациента, чтобы на основании полученной информации назначать соответствующий курс биотерапии. Поставленные задачи находятся в русле современных тенденций в развитии методов биотерапии рака.

Следует подчеркнуть, что, несмотря на очевидную востребованность поиска биомаркеров чувствительности опухолевых клеток пациента к действию онколитических вирусов, ранее такие задачи не ставились. Исследования в области вирусного онколиза сосредотачивались в основном на разработке отдельных штаммов онколитических вирусов, испытании их эффективности и механизмов действия. При этом исследователи не пытались спрогнозировать терапевтическое действие испытываемого вируса в зависимости от индивидуальных особенностей опухоли пациента. Несомненно, что выдвинутая в диссертационном проекте постановка задачи является инновационной, поскольку она направлена на выявление характерных детерминант, определяющих чувствительность опухолевых клеток пациента к штамму онколитического энтеровируса.

После расшифровки структуры генома человека и разработки методов секвенирования транскриптома стало возможным проведение объективного анализа и сравнения интенсивности экспрессии отдельных генов. Секвенирование транскриптома является мощнейшим инструментом для характеристики состояния

сигнальных путей клетки, выявления молекулярных повреждений внутриклеточных процессов [67, 69, 70]. Подробная аннотация многих генов, а также прогнозирование функции ранее неизвестных генов на основе выявления гомологичных доменов, позволяет находить повреждения не только в ранее изученных сигнальных путях, но и выявлять новые компоненты, определяющие физиологию клетки.

ЦЕЛЬ РАБОТЫ

Оценка онколитической активности непатогенного штамма энтеровируса человека ЖЭВ14.

ЗАДАЧИ

1. Клонирование и определение первичной структуры вирусного штамма.

2. Определение онколитических свойств выделенного штамма на моделях in vitro

3. Поиск и верификация важнейших маркеров чувствительности опухолевых клеток к исследованному штамму

4. Проверка эффективности онколитических свойств штамма на модели подкожных ксенографтов в иммунодефицитных мышах

5. Проведение биоинформатического анализа исследуемого штамма

НАУЧНАЯ НОВИЗНА

1. Впервые выделен и охарактеризован новый непатогенный штамм энтеровируса человека, родственный вирусу Коксаки В5

2. Продемонстрированы онколитические свойства выделенного штамма в отношении широкого круга модельных и первичных линий опухолевых клеток.

ПРАКТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ

Получен новый непатогенный штамм энтеровируса человека, родственный вирусу Коксаки В5. Данный штамм продемонстрировал высокий онколитический потенциал в тестах in vitro на различных культурах модельных перевиваемых опухолевых линий и in vivo на модели подкожных ксенографтов в иммунодефицитных мышах.

СТРУКТУРА И ОБЪЕМ ДИССЕРТАЦИИ

Диссертационная работа изложена на 149 страницах машинописного текста и включает введение, обзор литературы, собственные исследования, заключение, выводы и список используемой литературы (230 источников). Работа содержит 11 таблиц и 34 рисунка.

ВКЛАД АВТОРА

Автор непосредственно участвовал в разработке и корректировке выполненного исследования. Самостоятельно проведен анализ специальной современной отечественной и зарубежной литературы в области заявленной проблемы. Участвовал в проведении всех экспериментальных исследований in vitro и in vivo. Лично проводил биоинформатический анализ первичной структуры генома, а также математическую обработку результатов. По результатам проведенной работы был сделан анализ полученных данных и сформулированы достоверные обоснованные выводы. Высокопроизводительное секвенирование транскриптома на платформе Illumina выполнено на оборудовании ЦКП «Геном» ИМБ РАН (http://www.eimb.ru/rus/ckp/ccu_genome_c.php).

АПРОБАЦИЯ РАБОТЫ

Основные положения диссертации были доложены на межлабораторном коллоквиуме ИМБ имени Энгельгардта РАН (2016 г) и на следующих конференциях:

1) FEBS EMBO 2014 Conference (Paris, France, 30 August-4 September, 2014)

2) Наука будущего (Санкт-Петербург, 17-20 сентября, 2014)

3) 8th World Congress on Virology (San Antonio, USA, November 28-30, 2016)

4) FEBS Congress 2015 (Berlin, Germany, July 4-9, 2015)

ПУБЛИКАЦИИ

По теме научного исследования было опубликовано 1 3 научных работ в том числе 4 тезиса и 7 статей. Получено 2 свидетельства о государственной регистрации программ для ЭВМ.

Список работ, опубликованных по теме диссертации:

Статьи в рецензируемых журналах и патенты:

1. Kudryavtseva A. V., Lipatova A. V., Zaretsky A.R., Moskalev A. A., Fedorova M. S., Rasskazova A. S., Shibukhova G. A., Snezhkina A. V., Kaprin A. D., Alekseev B. Y., Dmitriev A. A., Krasnov G. S. Important molecular genetic markers of colorectal cancer //Oncotarget. - 2016. - Т. 7. - №. 33. - С. 53959.

2. Sosnovtseva A. O., Lipatova, A. V., Grinenko, N. F., Baklaushev, V. P., Chumakov, P. M., Chekhonin, V. P. Sensitivity of C6 Glioma Cells Carrying the Human Poliovirus Receptor to Oncolytic Polioviruses //Bulletin of experimental biology and medicine. - 2016. - Т. 161. - №. 6. - С. 821-825.

3. Sosnovtceva A. O., Grinenko N. F., Lipatova A. V., Chumakov P. M., Chekhonin V. P. Oncolytic viruses for therapy of malignant glioma //Biomeditsinskaia khimiia. - 2016. - Т. 62. - №. 4. - С. 376-390.

4. Belova A. A, Sosnovtseva, A. O., Lipatova, A. V., Njushko, K. M., Volchenko, N. N., Belyakov, M. M., Sudalenko O.V., Krasheninnikov A.A., Shegai P.V., Sadritdinova A.F., Fedorova, M. S., Vorobjov N.V., Alekseev B.Y., Kaprin A.D.,

Kudryavtseva A.V. Biomarkers of prostate cancer sensitivity to the Sendai virus //Molecular Biology. - 2017. - Т. 51. - №. 1. - С. 80-88.

5. Snezhkina A. V., Krasnov G. S., Lipatova A. V., Sadritdinova A. F., Kardymon O. L., Fedorova M. S., Melnikova N.V., Stepanov O.A., Zaretsky A.R., Kaprin A.D., Alekseev B. Y., Dmitriev A.A., Kudryavtseva A.V. (2016). The Dysregulation of Polyamine Metabolism in Colorectal Cancer Is Associated with Overexpression of c-Myc and C/EBPP rather than Enterotoxigenic Bacteroides fragilis Infection //Oxidative medicine and cellular longevity. - 2016. - Т. 2016.

6. Kudryavtseva A., Krasnov G., Lipatova A., Alekseev B., Maganova F., Shaposhnikov M., Fedorova M., Snezhkina A., Moskalev A.. Effects of Abies sibirica terpenes on cancer-and aging-associated pathways in human cells // Oncotarget. - 2016. - Т. 7. - №. 50. - С. 83744.

7. Krasnov G. S., Dmitriev, A. A., Sadritdinova A. F., Fedorova M. S., Snezhkina A. V., Melnikova N. V., Poteryakhina A. V., Nyushko K. M., Belyakov M. M., Kaprin A. D., Zaretsky A. R.. Evaluation of hexokinase gene expression in colorectal cancer using bioinformatics tools //Biophysics. - 2015. - Т. 60. - №. 6. - С. 870-875.

8. Потеряхина А.В., Кочетков Д.В., Чумаков П.М. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ №2015662052 от 16 ноября 2015 г. «Программный комплекс для анализа данных транскриптомного секвенирования образцов тканей злокачественных опухолей различного гистогенезиса с учетом наличия примесей нормальных фибробластов»

9. Липатова А.В., Кочетков Д.В., Чумаков П.М. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2016663885 от 16 декабря 2015 г. «Программный комплекс для выявления и валидации молекулярно-генетических маркеров чувствительности опухолевых клеток к онколитическим вирусам на основании данных транскриптомного секвенирования».

Тезисы:

10. Poteryakhina A.V., Kochetkov D.V., Zheltukhin A.O. Potential role of NLRX1 as a tumor suppressor and a predictor of sensitivity to oncolytic viruses.// FEBS Congress 2015, Berlin, Germany, July 4-9, 2015

11. Poteryakhina A.V., Kochetkov D.V., Chumakova A.P. Differential sensitivity of human gliomas to nonpathogenic oncolytic enteroviruses// FEBS EMBO 2014 Conference, Paris, France, 30 August-4 September, 2014

12. Lipatova A.V., Sosnovtseva A.O., Kochetkov D.V., Zheltukhin A.O., Creation of a heterogeneous cell system capable of increasing the genetic variety of the viral population.// 8th World Congress on Virology, San Antonio, USA, November 2830, 2016

13. Poteryakhina A.V. Potential role of NLRX1 as a tumor suppressor.// Science of future, Saint Petersburg, Russia, September 17-20, 2014

ОСНОВНЫЕ ПОЛОЖЕНИЯ, ВЫНОСИМЫЕ НА ЗАЩИТУ

1. Проведено определение нуклеотидной последовательности генома штамма энтеровируса ЖЭВ14. Этот штамм оказался наиболее близок к вирусу Коксаки В5 - (нуклеотидная гомология 83%, аминокислотная - 97%) и вирусу везикулярной болезни свиней (нуклеотидная 86%, аминокислотная - 96%).

2. Проведено испытание способности штамма ЖЭВ14 заражать и размножаться на панели нормальных и опухолевых клеток человека. Установлены значительные различия в продукции вируса, не зависящие от тканевой принадлежности опухолевых клеток.

3. С помощью системы генного нокаута CRISPR/Cas9 получены линии клеток НЕК293Т с инактивированными генами рецепторов PVR и CXADR. Установлена потребность вируса ЖЭВ14 в экспрессии гена CXADR. Однако, при отсутствии экспрессии этого гена клетки поддерживали персистирующую инфекцию на протяжении многих пассажей без признаков цитопатического действия вируса

4. С помощью нокаута гена MAVS проведена инактивация сигнального пути индукции интерферона в ответ на инфекцию энтеровирусами, а нокаута гена IFNAR1 - инактивация пути реакции клеток на обработку интерферонами I типа.

Установлено, что инактивация каждого из сигнальных путей приводит к существенному повышению репликативной способности ЖЭВ14.

5. Проведен транскриптомный анализ РНК из нескольких линий опухолевых клеток человека и первичных культур клеток опухолей простаты. Проведен анализ с установлением корреляций между способностью клеток реплицировать ЖЭВ14 и уровнем экспрессии отдельных генов. Отобрано 2353 гена, экспрессия которых достоверно коррелирует с репликативными способностями клеток, из числа которых проводится поиск предсказательных биомаркеров чувствительности к вирусной терапии.

ВНЕДРЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ

Материалы диссертации послужили основанием для создания двух программных комплексов для ЭВМ: «Программный комплекс для выявления и валидации молекулярно-генетических маркеров чувствительности опухолевых клеток к онколитическим вирусам на основании данных транскриптомного секвенирования». (свидетельство о государственной регистрации №2 2016663885 от 16 декабря 2015 г.) и «Программный комплекс для анализа данных транскриптомного секвенирования образцов тканей злокачественных опухолей различного гистогенезиса с учетом наличия примесей нормальных фибробластов» (свидетельство о государственной регистрации .№2015662052 от 16 ноября 2015 г.).

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Общие сведения о вирусном онколизе и онколитических вирусах

Термин «вирусный онколиз» означает процесс уничтожения опухолевых (злокачественных) клеток посредством вирусов. Многие вирусы обладают способностью в процессе репликации вызывать лизис (гибель) клетки. Это происходит либо в результате запрограммированного процесса, вызванного необходимостью новообразованным вирусным частицам выйти из зараженной клетки, либо в результате истощения ресурсов клетки в процессе вирусной репликации. Третий механизм вирусного онколиза связан с иммунной смертью, вызванной распознаванием зараженных клеток компонентами иммунной системы. Так или иначе, но внутри организма зараженная вирусом клетка обычно подвергается уничтожению. Еще в начале прошлого века стали появляться сообщения о ремиссиях онкологических заболеваний после перенесенных вирусных инфекций [71, 72]. Дальнейшие исследования показали, что вирусы способны эффективно размножаться в опухолях и вызывать уничтожение опухолевых клеток [73-75]. В связи с этим появились предположения, что вирусы могут быть использованы для лечения рака [76-79]. В середине 20 века были предприняты попытки экспериментальной терапии рака рядом известных на то время вирусов [80-85]. Однако в связи с тем, что использовавшиеся вирусы обладали патогенностью, при достаточно скромном терапевтическом эффекте у пациентов наблюдались серьезные осложнения, что привело к прекращению на долгое время попыток использовать вирусный онколиз для лечения онкологических больных.

Дальнейшее исследование онколитических свойств вирусов продолжалось параллельно с изучением биологии вирусов и механизмов злокачественной трансформации клеток. Прогресс в понимании процессов, лежащих в основе вирусного онколиза, в настоящее время позволяет эффективно решать многие практические проблемы, стоящие на пути использования вирусов в

онкологической практике. Установлены основные причины преимущественной чувствительности опухолевых клеток к вирусам. При опухолевой трансформации клетки перестают выполнять свои специфические функции в организме и начинают эволюционировать в сторону все более быстрой пролиферации и экспансии. Это достигается за счет поломки контролирующих механизмов и утраты всех лишних функций. Лишними оказываются присутствующие в каждой клетке механизмы неспецифической противовирусной защиты, система индукции интерферона в ответ на вирусную инфекцию, а также механизмы реакции клеток на обработку интерфероном, которые в нормальных клетках обеспечивают невосприимчивость к вирусной инфекции [54, 86-88]. Кроме этого, опухолевые клетки обладают усиленным метаболизмом, их энергетический статус обеспечивает вирусам более благоприятные условия для репликации. Нарушенная система выбраковки дефектных клеток посредством р53-зависимых механизмов и дефекты индукции апоптоза позволяют избежать преждевременной гибели зараженной клетки, ограничивающей процесс вирусной репликации [25, 89]. Существенным фактором является большая доступность клеток опухоли к проникновению вирусов. Это дезорганизованная опухолевая структура, нарушения межклеточных контактов с экспонированием поверхностных рецепторов для проникновения вирусов, неполноценность быстро растущих капилляров, имеющих нарушения целостности эндотелия, проницаемые для вирусов [90, 91].

Исследования в области фундаментальной вирусологии позволили установить молекулярно-биологические основы патогенности вирусов, определить гены вирусов, отвечающие за противодействие защитным системам организма. Развитие технологий биоинженерии на вирусных геномах позволяет произвольно модифицировать гены вирусов, в том числе проводить направленное аттенуирование вирусов, делая их безопасными для человека [92, 93]. Такие вирусы обладают ограниченными способностями к репликации в нормальных клетках, но свободно размножаются в опухолевых клетках, благодаря описанным выше дефектам [94].

Онколитическими свойствами обладают представители самых разных семейств вирусов, от мелких ДНК-содержащих парвовирусов до очень крупных поксвирусов, представителем которых является вирус осповакцины [29, 94, 95]. Многие представители семейств РНК-содержащих вирусов также могут использоваться в качестве основы для создания онколитических штаммов. Это и вирусы с негативной одноцепочечной РНК (парамиксовирусы, рабдовирусы, альфавирусы, тогавирусы и др.), вирусы с двуцепочечным сегментированным геном (реовирусы), а также многие представители пикорнавирусов, среди которых особое место занимают энтеровирусы человека.

Типичным представителями энтеровирусов являются полиовирусы. Еще в конце 1950-х годов была установлена потенциальная онколитическая активность полиовирусов [96, 97], а после разработки живых непатогенных вакцинных штаммов полиовирусов появились наблюдения о ремиссиях онкологических заболеваний после вакцинации [98]. Тогда же в ходе наблюдений за формированием иммунитета против полиомиелита после вакцинации от здоровых детей были выделены штаммы родственных полиовирусу энтеровирусов, которые также обладали онколитическими свойствами [99-101]. Энтеровирусы человека представляют обширное семейство вирусов. Многие представители энтеровирусов обладают патогенностью и вызывают вспышки заболеваний. Однако кроме патогенных существуют и непатогенные штаммы, которые могут быть использованы в качестве онколитических препаратов. Привлекательность энтеровирусов связана с тем, что они обладают способностью проникать в клетки с использованием разных рецепторных белков на поверхности клетки. Известно, что различные клеточные линии обладают дифференциальной чувствительностью к энтеровирусам. Однако, линия, которая малочувствительна к одному вирусу может оказаться высокочувствительной к другому. Из этого следует вывод, что для эффективной терапии следует иметь набор вирусов, использующих разные механизмы проникновения в клетку, а также обладающие различающимися требованиями к клетке-хозяину. Комбинируя эти штаммы, можно надеяться на большую вероятность позитивного ответа на лечение, и иметь возможность

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Липатова Анастасия Валерьевна, 2017 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1 Miller K.D., Siegel R.L., Lin C.C., Mariotto A.B., Kramer J.L., Rowland J.H., Stein K.D., Alteri R. Jemal A. Cancer treatment and survivorship statistics.// CA: a cancer journal for clinicians. - 2016. -V. 66. -P. 271-289.

2 Unger F.T., Witte I., David K.A. Prediction of individual response to anticancer therapy: historical and future perspectives.// Cellular and molecular life sciences : CMLS. - 2014. -V. -P.

3 Siddiqui F., Liu A.K., Watkins-Bruner D., Movsas B. Patient-reported outcomes and survivorship in radiation oncology: overcoming the cons.// J Clin Oncol. -2014. -V. 32. -P. 2920-2927.

4 Seretis C.,Youssef H. Quality of life after cytoreductive surgery and intraoperative hyperthermic intraperitoneal chemotherapy for peritoneal surface malignancies: A systematic review.// European journal of surgical oncology : the journal of the European Society of Surgical Oncology and the British Association of Surgical Oncology. - 2014. -V. 40. -P. 1605-1613.

5 Mols F., Beijers T., Vreugdenhil G., van de Poll-Franse L. Chemotherapy-induced peripheral neuropathy and its association with quality of life: a systematic review.// Supportive care in cancer : official journal of the Multinational Association of Supportive Care in Cancer. - 2014. -V. 22. -P. 2261-2269.

6 Miltenburg N.C.,Boogerd W. Chemotherapy-induced neuropathy: A comprehensive survey.// Cancer Treat Rev. - 2014. -V. 40. -P. 872-882.

7 Peeper D.S. Cancer drug resistance: old concept, novel solutions required.// Molecular oncology. - 2014. -V. 8. -P. 1064-1066.

8 Kumar R., Chaudhary K., Gupta S., Singh H., Kumar S., Gautam A., Kapoor P., Raghava G.P. CancerDR: cancer drug resistance database.// Scientific reports. - 2013. -V. 3. -P. 1445.

9 Holohan C., Van Schaeybroeck S., Longley D.B., Johnston P.G. Cancer drug resistance: an evolving paradigm.// Nat Rev Cancer. - 2013. -V. 13. -P. 714-726.

10 Turner N.C.,Reis-Filho J.S. Genetic heterogeneity and cancer drug resistance.// Lancet Oncol. - 2012. -V. 13. -P. e178-185.

11 Saunders N.A., Simpson F., Thompson E.W., Hill M.M., Endo-Munoz L., Leggatt G., Minchin R.F., Guminski A. Role of intratumoural heterogeneity in cancer drug resistance: molecular and clinical perspectives.// EMBO molecular medicine. -2012. -V. 4. -P. 675-684.

12 Houthuijzen J.M., Daenen L.G., Roodhart J.M., Voest E.E. The role of mesenchymal stem cells in anti-cancer drug resistance and tumour progression.// British journal of cancer. - 2012. -V. 106. -P. 1901-1906.

13 Garraway L.A.,Janne P.A. Circumventing cancer drug resistance in the era of personalized medicine.// Cancer discovery. - 2012. -V. 2. -P. 214-226.

14 Chhabra R. Cervical cancer stem cells: opportunities and challenges.// J Cancer Res Clin Oncol. - 2015. -V. -P.

15 Zhan H., Xu J., Wu D., Zhang T., Hu S. Pancreatic cancer stem cells: New insight into a stubborn disease.// Cancer Lett. - 2014. -V. -P.

16 McCubrey J.A., Abrams S.L., Fitzgerald T.L., Cocco L., Martelli A.M., Montalto G., Cervello M., Scalisi A., Candido S., Libra M., Steelman L.S. Roles of signaling pathways in drug resistance, cancer initiating cells and cancer progression and metastasis.// Advances in biological regulation. - 2014. -V. -P.

17 Kozovska Z., Gabrisova V., Kucerova L. Colon cancer: Cancer stem cells markers, drug resistance and treatment.// Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie. - 2014. -V. 68. -P. 911-916.

18 Filipova A., Seifrtova M., Mokry J., Dvorak J., Rezacova M., Filip S., Diaz-Garcia D. Breast cancer and cancer stem cells: a mini-review.// Tumori. - 2014. -V. 100. -P. 363-369.

19 Dawood S., Austin L., Cristofanilli M. Cancer Stem Cells: Implications for Cancer Therapy.// Oncology (Williston Park, N.Y.). - 2014. -V. 28. -P.

20 Sze D.Y., Reid T.R., Rose S.C. Oncolytic virotherapy.// Journal of vascular and interventional radiology : JVIR. - 2013. -V. 24. -P. 1115-1122.

21 Chang A.H.,Parsonnet J. Role of bacteria in oncogenesis.// Clin Microbiol Rev. - 2010. -V. 23. -P. 837-857.

22 Hoffman R.M. The preclinical discovery of bacterial therapy for the treatment of metastatic cancer with unique advantages.// Expert Opin Drug Discov. -2012. -V. 7. -P. 73-83.

23 Ivashkiv L.B.,Donlin L.T. Regulation of type I interferon responses.// Nat Rev Immunol. - 2014. -V. 14. -P. 36-49.

24 Kawai T.,Akira S. Toll-like receptor and RIG-I-like receptor signaling.// Ann N Y Acad Sci. - 2008. -V. 1143. -P. 1-20.

25 Chumakov P.M. Versatile functions of p53 protein in multicellular organisms.// Biochemistry (Mosc). - 2007. -V. 72. -P. 1399-1421.

26 Boisgerault N., Tangy F., Gregoire M. New perspectives in cancer virotherapy: bringing the immune system into play.// Immunotherapy. - 2010. -V. 2. -P. 185-199.

27 Cattaneo R., Miest T., Shashkova E.V., Barry M.A. Reprogrammed viruses as cancer therapeutics: targeted, armed and shielded.// Nat Rev Microbiol. - 2008. -V. 6. -P. 529-540.

28 Cervantes-Garcia D., Ortiz-Lopez R., Mayek-Perez N., Rojas-Martinez A. Oncolytic virotherapy.// Ann Hepatol. - 2008. -V. 7. -P. 34-45.

29 Chiocca E.A. Oncolytic viruses.// Nat Rev Cancer. - 2002. -V. 2. -P. 938950.

30 Donnelly O., Harrington K., Melcher A., Pandha H. Live viruses to treat cancer.// Journal of the Royal Society of Medicine. - 2013. -V. 106. -P. 310-314.

31 Kaufman H.L., Kim D.W., Kim-Schulze S., DeRaffele G., Jagoda M.C., Broucek J.R., Zloza A. Results of a randomized phase I gene therapy clinical trial of nononcolytic fowlpox viruses encoding T cell costimulatory molecules.// Hum Gene Ther. - 2014. -V. 25. -P. 452-460.

32 Heo J., Reid T., Ruo L., Breitbach C.J., Rose S., Bloomston M., Cho M., Lim H.Y., Chung H.C., Kim C.W., Burke J., Lencioni R., Hickman T., Moon A., Lee Y.S., Kim M.K., Daneshmand M., Dubois K., Longpre L., Ngo M., Rooney C., Bell J.C., Rhee B.G., Patt R., Hwang T.H., Kirn D.H. Randomized dose-finding clinical trial of oncolytic immunotherapeutic vaccinia JX-594 in liver cancer.// Nat Med. - 2013. -V. 19. -P. 329-336.

33 Hwang T.H., Moon A., Burke J., Ribas A., Stephenson J., Breitbach C.J., Daneshmand M., De Silva N., Parato K., Diallo J.S., Lee Y.S., Liu T.C., Bell J.C., Kirn D.H. A mechanistic proof-of-concept clinical trial with JX-594, a targeted multi-mechanistic oncolytic poxvirus, in patients with metastatic melanoma.// Mol Ther. - 2011. -V. 19. -P. 1913-1922.

34 Hunter P. The fourth front against cancer. The first clinical trials to test engineered viruses that attack tumour cells have yielded promising results for future cancer therapies.// EMBO Rep. - 2011. -V. 12. -P. 769-771.

35 Rowan K. Oncolytic viruses move forward in clinical trials.// J Natl Cancer Inst. - 2010. -V. 102. -P. 590-595.

36 Harrington K.J., Vile R.G., Melcher A., Chester J., Pandha H.S. Clinical trials with oncolytic reovirus: moving beyond phase I into combinations with standard therapeutics.// Cytokine Growth Factor Rev. - 2010. -V. 21. -P. 91-98.

37 Gangi A.,Zager J.S. The safety of talimogene laherparepvec for the treatment of advanced melanoma.// Expert opinion on drug safety. - 2017. -V. 16. -P. 265-269.

38 Foreman P.M., Friedman G.K., Cassady K.A., Markert J.M. Oncolytic Virotherapy for the Treatment of Malignant Glioma.// Neurotherapeutics. - 2017. -V. 14. -P. 333-344.

39 Johnson D.B., Puzanov I., Kelley M.C. Talimogene laherparepvec (T-VEC) for the treatment of advanced melanoma.// Immunotherapy. - 2015. -V. 7. -P. 611-619.

40 Andtbacka R.H., Kaufman H.L., Collichio F., Amatruda T., Senzer N., Chesney J., Delman K.A., Spitler L.E., Puzanov I., Agarwala S.S., Milhem M., Cranmer L., Curti B., Lewis K., Ross M., Guthrie T., Linette G.P., Daniels G.A., Harrington K., Middleton M.R., Miller W.H., Jr., Zager J.S., Ye Y., Yao B., Li A., Doleman S., VanderWalde A., Gansert J., Coffin R.S. Talimogene Laherparepvec Improves Durable Response Rate in Patients With Advanced Melanoma.// J Clin Oncol. - 2015. -V. 33. -P. 2780-2788.

41 Liang M. Clinical development of oncolytic viruses in China.// Curr Pharm Biotechnol. - 2012. -V. 13. -P. 1852-1857.

42 Yu W.,Fang H. Clinical trials with oncolytic adenovirus in China.// Curr Cancer Drug Targets. - 2007. -V. 7. -P. 141-148.

43 Garber K. China approves world's first oncolytic virus therapy for cancer treatment.// J Natl Cancer Inst. - 2006. -V. 98. -P. 298-300.

44 Glinkina L.S., Hejsele O.G., Garklava R.R., Muceniece A.J. The humoral immunity indices of patients with malignant skin melanoma using the viral immunomodulator rigvir.// Vopr Onkol. - 1992. -V. 38. -P. 534-540.

45 Yla-Pelto J., Tripathi L., Susi P. Therapeutic Use of Native and Recombinant Enteroviruses.// Viruses. - 2016. -V. 8. -P. 57.

46 Donina S., Strele I., Proboka G., Auzins J., Alberts P., Jonsson B., Venskus D., Muceniece A. Adapted ECHO-7 virus Rigvir immunotherapy (oncolytic virotherapy) prolongs survival in melanoma patients after surgical excision of the tumour in a retrospective study.// Melanoma research. - 2015. -V. -P.

47 Lam H.Y., Yeap S.K., Rasoli M., Omar A.R., Yusoff K., Suraini A.A., Alitheen N.B. Safety and clinical usage of newcastle disease virus in cancer therapy.// Journal of biomedicine & biotechnology. - 2011. -V. 718710. -P. 26.

48 Heiber J.F.,Barber G.N. Evaluation of innate immune signaling pathways in transformed cells.// Methods Mol Biol. - 2012. -V. 797. -P. 217-238.

49 Li Q.,Tainsky M.A. Epigenetic silencing of IRF7 and/or IRF5 in lung cancer cells leads to increased sensitivity to oncolytic viruses.// PLoS One. - 2011. -V. 6. -P. e28683.

50 Naik S.,Russell S.J. Engineering oncolytic viruses to exploit tumor specific defects in innate immune signaling pathways.// Expert Opin Biol Ther. - 2009. -V. 9. -P. 1163-1176.

51 Zhu H., Nelson D.R., Crawford J.M., Liu C. Defective Jak-Stat activation in hepatoma cells is associated with hepatitis C viral IFN-alpha resistance.// J Interferon Cytokine Res. - 2005. -V. 25. -P. 528-539.

52 Balachandran S.,Barber G.N. Defective translational control facilitates vesicular stomatitis virus oncolysis.// Cancer cell. - 2004. -V. 5. -P. 51-65.

53 Cascallo M., Capella G., Mazo A., Alemany R. Ras-dependent oncolysis with an adenovirus VAI mutant.// Cancer Res. - 2003. -V. 63. -P. 5544-5550.

54 Stojdl D.F., Lichty B., Knowles S., Marius R., Atkins H., Sonenberg N., Bell J.C. Exploiting tumor-specific defects in the interferon pathway with a previously unknown oncolytic virus.// Nat Med. - 2000. -V. 6. -P. 821-825.

55 Grander D.,Einhorn S. Interferon and malignant disease--how does it work and why doesn't it always?// Acta oncologica (Stockholm, Sweden). - 1998. -V. 37. -P. 331-338.

56 Leonova K.I., Brodsky L., Lipchick B., Pal M., Novototskaya L., Chenchik A.A., Sen G.C., Komarova E.A., Gudkov A.V. p53 cooperates with DNA methylation and a suicidal interferon response to maintain epigenetic silencing of repeats and noncoding RNAs.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 2013. -V. 110. -P. 10.

57 Yoneyama M.,Fujita T. Function of RIG-I-like receptors in antiviral innate immunity.// J Biol Chem. - 2007. -V. 282. -P. 15315-15318.

58 Gonzalez de Castro D., Clarke P.A., Al-Lazikani B., Workman P. Personalized cancer medicine: molecular diagnostics, predictive biomarkers, and drug resistance.// Clin Pharmacol Ther. - 2013. -V. 93. -P. 252-259.

59 Kalia M. Personalized oncology: recent advances and future challenges.// Metabolism: clinical and experimental. - 2013. -V. 62 Suppl 1. -P. S11-14.

60 Beelen K., Zwart W., Linn S.C. Can predictive biomarkers in breast cancer guide adjuvant endocrine therapy?// Nat Rev Clin Oncol. - 2012. -V. 9. -P. 529-541.

61 Brinton L.T., Brentnall T.A., Smith J.A., Kelly K.A. Metastatic biomarker discovery through proteomics.// Cancer genomics & proteomics. - 2012. -V. 9. -P. 345355.

62 Bravata V., Cammarata F.P., Forte G.I., Minafra L. "Omics" of HER2-positive breast cancer.// Omics : a journal of integrative biology. - 2013. -V. 17. -P. 119129.

63 Chen H.Y., Yu S.L., Li K.C., Yang P.C. Biomarkers and transcriptome profiling of lung cancer.// Respirology (Carlton, Vic.). - 2012. -V. 17. -P. 620-626.

64 Honda K., Ono M., Shitashige M., Masuda M., Kamita M., Miura N., Yamada T. Proteomic approaches to the discovery of cancer biomarkers for early detection and personalized medicine.// Japanese journal of clinical oncology. - 2013. -V. 43. -P. 103-109.

65 Jiang W.Q., Fu F.F., Li Y.X., Wang W.B., Wang H.H., Jiang H.P., Teng L.S. Molecular biomarkers of colorectal cancer: prognostic and predictive tools for clinical practice.// Journal of Zhejiang University. Science. B. - 2012. -V. 13. -P. 663675.

66 Ma C.X., Luo J., Ellis M.J. Molecular profiling of triple negative breast cancer.// Breast disease. - 2010. -V. 32. -P. 73-84.

67 Mitra S., Das S., Chakrabarti J. Systems biology of cancer biomarker detection.// Cancer biomarkers : section A of Disease markers. - 2013. -V. 13. -P. 201213.

68 Moschos S.A. Genomic biomarkers for patient selection and stratification: the cancer paradigm.// Bioanalysis. - 2012. -V. 4. -P. 2499-2511.

69 Gustincich S., Sandelin A., Plessy C., Katayama S., Simone R., Lazarevic D., Hayashizaki Y., Carninci P. The complexity of the mammalian transcriptome.// J Physiol. - 2006. -V. 575. -P. 321-332.

70 Nguyen D.M.,Schrump D.S. Lung cancer staging in the genomics era.// Thoracic surgery clinics. - 2006. -V. 16. -P. 329-337.

71 Dock G. The influence of complicating diseases upon leukemia.// Am J Med Sci. - 1904. -V. 127. -P. 563-592.

72 De Pace N.G. Sulla scomparsa di un enorme cancro vegetante del callo dell'utero senza cura chirurgica.// Ginecologia. - 1912. -V. 9. -P. 82-86.

73 Levaditi C.,Nicolau S. Vaccine et neoplasmes // Ann Inst Pasteur -1923. -V. 37 -P. 443-447.

74 Levaditi C.,Nicolau S. Sur la culture de virus vaccinal dans les neoplasmes epitheliaux. .// CR Soc Biol -1922. -V. 85. -P. 928.

75 Levaditi C.,Nicolau S. Affinite du virus herpetique pour les neoplasmes epitheliaux. .// CR Soc Biol. - 1922. -V. 87. -P. 498-500.

76 Farber S.,Diamond L.K. Temporary remissions in acute leukemia in children produced by folic acid antagonist, 4-aminopteroyl-glutamic acid.// N Engl J Med. - 1948. -V. 238. -P. 787-793.

77 Duran-Reynals F. Neoplastic infection and cancer.// Am J Med. - 1950. -V. 8. -P. 490-511.

78 Svejda J. Viruses and tumors.// Lek List. - 1950. -V. 5. -P. 688-689.

79 Arnesen K. Virus and malign tumors.// Tidsskr Nor Laegeforen. - 1951. -V. 71. -P. 232-235.

80 Higgins G.K.,Pack G.T. Virus therapy in the treatment of tumors.// Bull Hosp Joint Dis. - 1951. -V. 12. -P. 379-382.

81 Moore A.E. Inhibition of growth of five transplantable mouse tumors by the virus of Russian Far East encephalitis.

.// Cancer. - 1951. -V. 4. -P. 375-382.

82 Moore A.E. Effects of viruses on tumors.// Annu Rev Microbiol. - 1954. -V. 8. -P. 393-410.

83 Nishioka K., Fujii A., Nishikawa M., Yamamoto T. Studies on anti-tumor viruses.// Gan. - 1955. -V. 46. -P. 514-516.

84 Huebner R.J., Rowe W.P., Schatten W.E., Smith R.R., Thomas L.B. Studies on the use of viruses in the treatment of carcinoma of the cervix.// Cancer. - 1956. -V. 9. -P. 1211-1218.

85 Newman W.,Southam C.M. Virus treatment in advanced cancer; a pathological study of fifty-seven cases.// Cancer. - 1954. -V. 7. -P. 106-118.

86 Takaoka A., Hayakawa S., Yanai H., Stoiber D., Negishi H., Kikuchi H., Sasaki S., Imai K., Shibue T., Honda K., Taniguchi T. Integration of interferon-alpha/beta signalling to p53 responses in tumour suppression and antiviral defence.// Nature. - 2003. -V. 424. -P. 516-523.

87 Pikor L.A., Bell J.C., Diallo J.-S. Oncolytic viruses: exploiting cancer's deal with the Devil.// Trends in Cancer. - 2015. -V. 1. -P. 266-277.

88 Zitvogel L., Galluzzi L., Kepp O., Smyth M.J., Kroemer G. Type I interferons in anticancer immunity.// Nat Rev Immunol. - 2015. -V. 15. -P. 405-414.

89 Чумаков П.М. Белок р53 и его универсальные функции в многоклеточном организме.// Биохимия. - 2007. -V. 72. -P. 1399-1421.

90 Matveeva O.V., Guo Z.-S., Shabalina S.V., Chumakov P.M. Oncolysis by paramyxoviruses: multiple mechanisms contribute to therapeutic efficacy // Molecular Therapy - oncolytics. - 2015. -V. 2. -P. 15011.

91 Tseng J.C., Granot T., DiGiacomo V., Levin B., Meruelo D. Enhanced specific delivery and targeting of oncolytic Sindbis viral vectors by modulating vascular leakiness in tumor.// Cancer Gene Ther. - 2010. -V. 17. -P. 244-255.

92 Martuza R.L., Malick A., Markert J.M., Ruffner K.L., Coen D.M. Experimental therapy of human glioma by means of a genetically engineered virus mutant.// Science. - 1991. -V. 252. -P. 854-856.

93 Bischoff J.R., Kirn D.H., Williams A., Heise C., Horn S., Muna M., Ng L., Nye J.A., Sampson-Johannes A., Fattaey A., McCormick F. An adenovirus mutant that replicates selectively in p53-deficient human tumor cells.// Science. - 1996. -V. 274. -P. 373-376.

94 Russell S.J., Peng K.W., Bell J.C. Oncolytic virotherapy.// Nat Biotechnol. - 2012. -V. 30. -P. 658-670.

95 Lin E.,Nemunaitis J. Oncolytic viral therapies.// Cancer Gene Ther. - 2004. -V. 11. -P. 643-664.

96 Love R. Cytopathology of virus-infected tumor cells.// Ann N Y Acad Sci. -1959. -V. 81. -P. 101-117.

97 Kunin C.M. Cellular Susceptibility to Enteroviruses.// Bacteriol Rev. - 1964. -V. 28. -P. 382-390.

98 Tsypkin L.B., Voroshilova M.K., Goryunova A.G., Lavrova I.K., Koroleva G.A. The morphology of tumors of the human gastrointestinal tract in short-term organ culture and the reaction of these tumors to infection with poliovirus.// Cancer. - 1976. -V. 38. -P. 1796-1806.

99 Voroshilova M.K. Interferon-producing enterovirus vaccines. (Live enterovirus vaccines, their interfering and interferonogenic activity and their use for prophylaxis

of enteroviral and respiratory infections).// Crit Rev Clin Lab Sci. - 1970. -V. -P. 117-118.

100 Voroshilova M.K. Potential use of nonpathogenic enteroviruses for control of human disease.// Prog Med Virol. - 1989. -V. 36. -P. 191-202.

101 Chumakov M.P., Voroshilova M.K., Antsupova A.S., Boiko V.M., Blinova M.I., Priimyagi L.S., Rodin V.I., Seibil V.B., Sinyak K.M., Smorodintsev A.A., Stepanchuk V.A., Terekhov S.N., Trofimova L.I., Chumakov P.M. Live enterovirus vaccines for the urgent nonspecific prevention of mass respiratory diseases during autumn and winter epidemics of influenza and acute respiratory diseses.// Journal of microbiology, epidemiology and immunology (Rus.). - 1992. -V. 11-12. -P. 37-40.

102 Hogle J.M., Chow M., Filman D.J. Three-dimensional structure of poliovirus at 2.9 A resolution.// Science (New York, N.Y.). - 1985. -V. 229. -P. 13581365.

103 Bergelson J.M.,Coyne C.B. Picornavirus entry.// Viral entry

into host cells, Springer, New York. 2013. -P. 24-41.

104 Spector D.H.,Baltimore D. Requirement of 3'-terminal poly(adenylic acid) for the infectivity of poliovirus RNA.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 1974. -V. 71. -P. 2983-2987.

105 Pallansch M.,Roos R. Enteroviruses: Polioviruses, Coxsackieviruses, Echoviruses, and Newer Enteroviruses.// Fields Virology, eds. Knipe D. M.,Howley P. M. Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia. 2007. -P. 840-893.

106 Ворошилова М.К. Энтеровирусные инфекции человека.// 1979. (Медицина, Москва).

107 Lashkevich V.A., Koroleva G.A., Lukashev A.N., Denisova E.V., Katargina L.A. Enterovirus uveitis.// Rev Med Virol. - 2004. -V. 14. -P. 241-254.

108 Lukashev A.N., Lashkevich V.A., Koroleva G.A., Ilonen J., Karganova G.G., Reznik V.I., Hinkkanen A.E. Molecular epidemiology of enteroviruses causing uveitis and multisystem hemorrhagic disease of infants.// Virology. - 2003. -V. 307. -P. 45-53.

109 Ворошилова М.К. Эволюция энетровирусных инфекций.// Вестник АМН СССР. - 1977. -V. -P. 42-50.

110 Ворошилова М.К., Магазаник С.С., Чумаков П.М. Полезные вирусы человека.// Актуальные вопросы эпидемиологии, микробиологии и инфекционных заболеваний, Медицина, Ташкент. 1980. -P. 227-229.

111 Shafren D.R. Viral cell entry induced by cross-linked decay-accelerating factor.// J Virol. - 1998. -V. 72. -P. 9407-9412.

112 Shafren D.R., Bates R.C., Agrez M.V., Herd R.L., Burns G.F., Barry R.D. Coxsackieviruses B1, B3, and B5 use decay accelerating factor as a receptor for cell attachment.// J Virol. - 1995. -V. 69. -P. 3873-3877.

113 Shafren D.R., Dorahy D.J., Ingham R.A., Burns G.F., Barry R.D. Coxsackievirus A21 binds to decay-accelerating factor but requires intercellular adhesion molecule 1 for cell entry.// Journal of Virology. - 1997. -V. 71. -P. 4736-4743.

114 Ward T., Powell R.M., Pipkin P.A., Evans D.J., Minor P.D., Almond J.W. Role for beta2-microglobulin in echovirus infection of rhabdomyosarcoma cells.// J Virol. - 1998. -V. 72. -P. 5360-5365.

115 Hsiung G.D.,Wang J.R. Enterovirus infections with special reference to enterovirus 71.// Journal of microbiology, immunology, and infection = Wei mian yu gan ran za zhi. - 2000. -V. 33. -P. 1-8.

116 Martino T.A., Petric M., Brown M., Aitken K., Gauntt C.J., Richardson C.D., Chow L.H., Liu P.P. Cardiovirulent coxsackieviruses and the decay-accelerating factor (CD55) receptor.// Virology. - 1998. -V. 244. -P. 302-314.

117 Solecki D., Wimmer E., Lipp M., Bernhardt G. Identification and characterization of the cis-acting elements of the human CD155 gene core promoter.// J Biol Chem. - 1999. -V. 274. -P. 1791-1800.

118 Rossmann M.G., Bella J., Kolatkar P.R., He Y., Wimmer E., Kuhn R.J., Baker T.S. Cell recognition and entry by rhino- and enteroviruses.// Virology. - 2000. -V. 269. -P. 239-247.

119 Yang B., Chuang H., Yang K.D. Sialylated glycans as receptor and inhibitor of enterovirus 71 infection to DLD-1 intestinal cells.// Virol J. - 2009. -V. 6. -P. 141.

120 Nishimura Y.,Shimizu H. Cellular receptors for human enterovirus species a.// Front Microbiol. - 2012. -V. 3. -P. 105.

121 Inal J.M.,Jorfi S. Coxsackievirus B transmission and possible new roles for extracellular vesicles.// Biochemical Society transactions. - 2013. -V. 41. -P. 299-302.

122 Milstone A.M., Petrella J., Sanchez M.D., Mahmud M., Whitbeck J.C., Bergelson J.M. Interaction with coxsackievirus and adenovirus receptor, but not with decay-accelerating factor (DAF), induces A-particle formation in a DAF-binding coxsackievirus B3 isolate.// J Virol. - 2005. -V. 79. -P. 655-660.

123 Tosteson M.T.,Chow M. Characterization of the ion channels formed by poliovirus in planar lipid membranes.// J Virol. - 1997. -V. 71. -P. 507-511.

124 Tosteson M.T., Wang H., Naumov A., Chow M. Poliovirus binding to its receptor in lipid bilayers results in particle-specific, temperature-sensitive channels.// J Gen Virol. - 2004. -V. 85. -P. 1581-1589.

125 Belnap D.M., Filman D.J., Trus B.L., Cheng N., Booy F.P., Conway J.F., Curry S., Hiremath C.N., Tsang S.K., Steven A.C., Hogle J.M. Molecular tectonic model

of virus structural transitions: the putative cell entry states of poliovirus.// J Virol. - 2000. -V. 74. -P. 1342-1354.

126 Conner S.D.,Schmid S.L. Regulated portals of entry into the cell.// Nature. -2003. -V. 422. -P. 37-44.

127 Pelkmans L., Burli T., Zerial M., Helenius A. Caveolin-stabilized membrane domains as multifunctional transport and sorting devices in endocytic membrane traffic.// Cell. - 2004. -V. 118. -P. 767-780.

128 Bergelson J.M.,Coyne C.B. Picornavirus entry.// Adv Exp Med Biol. - 2013. -V. 790. -P. 24-41.

129 Xing L., Tjarnlund K., Lindqvist B., Kaplan G.G., Feigelstock D., Cheng R.H., Casasnovas J.M. Distinct cellular receptor interactions in poliovirus and rhinoviruses.// Embo j. - 2000. -V. 19. -P. 1207-1216.

130 Zeichhardt H., Wetz K., Willingmann P., Habermehl K.O. Entry of poliovirus type 1 and Mouse Elberfeld (ME) virus into HEp-2 cells: receptor-mediated endocytosis and endosomal or lysosomal uncoating.// J Gen Virol. - 1985. -V. 66 ( Pt 3). -P. 483-492.

131 Perez L.,Carrasco L. Entry of poliovirus into cells does not require a low-pH step.// J Virol. - 1993. -V. 67. -P. 4543-4548.

132 DeTulleo L.,Kirchhausen T. The clathrin endocytic pathway in viral infection.// Embo j. - 1998. -V. 17. -P. 4585-4593.

133 Brandenburg B., Lee L.Y., Lakadamyali M., Rust M.J., Zhuang X., Hogle J.M. Imaging poliovirus entry in live cells.// PLoS Biol. - 2007. -V. 5. -P. e183.

134 Coyne C.B., Kim K.S., Bergelson J.M. Poliovirus entry into human brain microvascular cells requires receptor-induced activation of SHP-2.// Embo j. - 2007. -V. 26. -P. 4016-4028.

135 Bergelson J.M., Shepley M.P., Chan B.M., Hemler M.E., Finberg R.W. Identification of the integrin VLA-2 as a receptor for echovirus 1.// Science (New York, N.Y.). - 1992. -V. 255. -P. 1718-1720.

136 King S.L., Kamata T., Cunningham J.A., Emsley J., Liddington R.C., Takada Y., Bergelson J.M. Echovirus 1 interaction with the human very late antigen-2 (integrin alpha2beta1) I domain. Identification of two independent virus contact sites distinct from the metal ion-dependent adhesion site.// J Biol Chem. - 1997. -V. 272. -P. 28518-28522.

137 Xing L., Huhtala M., Pietiainen V., Kapyla J., Vuorinen K., Marjomaki V., Heino J., Johnson M.S., Hyypia T., Cheng R.H. Structural and functional analysis of integrin alpha2I domain interaction with echovirus 1.// J Biol Chem. - 2004. -V. 279. -P. 11632-11638.

138 Upla P., Marjomaki V., Kankaanpaa P., Ivaska J., Hyypia T., Van Der Goot F.G., Heino J. Clustering induces a lateral redistribution of alpha 2 beta 1 integrin from membrane rafts to caveolae and subsequent protein kinase C-dependent internalization.// Mol Biol Cell. - 2004. -V. 15. -P. 625-636.

139 Marjomaki V., Pietiainen V., Matilainen H., Upla P., Ivaska J., Nissinen L., Reunanen H., Huttunen P., Hyypia T., Heino J. Internalization of echovirus 1 in caveolae.// J Virol. - 2002. -V. 76. -P. 1856-1865.

140 Pietiainen V., Marjomaki V., Upla P., Pelkmans L., Helenius A., Hyypia T. Echovirus 1 endocytosis into caveosomes requires lipid rafts, dynamin II, and signaling events.// Mol Biol Cell. - 2004. -V. 15. -P. 4911-4925.

141 Bergelson J.M., Cunningham J.A., Droguett G., Kurt-Jones E.A., Krithivas A., Hong J.S., Horwitz M.S., Crowell R.L., Finberg R.W. Isolation of a common receptor for Coxsackie B viruses and adenoviruses 2 and 5.// Science. - 1997. -V. 275. -P. 13201323.

142 Tomko R.P., Xu R., Philipson L. HCAR and MCAR: the human and mouse cellular receptors for subgroup C adenoviruses and group B coxsackieviruses.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 1997. -V. 94. -P. 3352-3356.

143 Martino T.A., Petric M., Weingartl H., Bergelson J.M., Opavsky M.A., Richardson C.D., Modlin J.F., Finberg R.W., Kain K.C., Willis N., Gauntt C.J., Liu P.P. The coxsackie-adenovirus receptor (CAR) is used by reference strains and clinical isolates representing all six serotypes of coxsackievirus group B and by swine vesicular disease virus.// Virology. - 2000. -V. 271. -P. 99-108.

144 Bergelson J.M., Mohanty J.G., Crowell R.L., St John N.F., Lublin D.M., Finberg R.W. Coxsackievirus B3 adapted to growth in RD cells binds to decay-accelerating factor (CD55).// J Virol. - 1995. -V. 69. -P. 1903-1906.

145 He Y., Lin F., Chipman P.R., Bator C.M., Baker T.S., Shoham M., Kuhn R.J., Medof M.E., Rossmann M.G. Structure of decay-accelerating factor bound to echovirus 7: a virus-receptor complex.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 2002. -V. 99. -P. 10325-10329.

146 Triantafilou K.,Triantafilou M. Lipid-raft-dependent Coxsackievirus B4 internalization and rapid targeting to the Golgi.// Virology. - 2004. -V. 326. -P. 6-19.

147 Chung S.K., Kim J.Y., Kim I.B., Park S.I., Paek K.H., Nam J.H. Internalization and trafficking mechanisms of coxsackievirus B3 in HeLa cells.// Virology. - 2005. -V. 333. -P. 31-40.

148 Stuart A.D., Eustace H.E., McKee T.A., Brown T.D. A novel cell entry pathway for a DAF-using human enterovirus is dependent on lipid rafts.// J Virol. - 2002. -V. 76. -P. 9307-9322.

149 Coyne C.B.,Bergelson J.M. Virus-induced Abl and Fyn kinase signals permit coxsackievirus entry through epithelial tight junctions.// Cell. - 2006. -V. 124. -P. 119-131.

150 Coyne C.B., Shen L., Turner J.R., Bergelson J.M. Coxsackievirus entry across epithelial tight junctions requires occludin and the small GTPases Rab34 and Rab5.// Cell host & microbe. - 2007. -V. 2. -P. 181-192.

151 Schulz K.S.,Mossman K.L. Viral Evasion Strategies in Type I IFN Signaling - A Summary of Recent Developments.// Frontiers in immunology. - 2016. -V. 7. -P. 498.

152 Ohka S., Igarashi H., Nagata N., Sakai M., Koike S., Nochi T., Kiyono H., Nomoto A. Establishment of a poliovirus oral infection system in human poliovirus receptor-expressing transgenic mice that are deficient in alpha/beta interferon receptor.// J Virol. - 2007. -V. 81. -P. 7902-7912.

153 Li S., Zhu M., Pan R., Fang T., Cao Y.Y., Chen S., Zhao X., Lei C.Q., Guo L., Chen Y., Li C.M., Jokitalo E., Yin Y., Shu H.B., Guo D. The tumor suppressor PTEN

has a critical role in antiviral innate immunity.// Nat Immunol. - 2016. -V. 17. -P. 241249.

154 Lin L., Su Z., Lebedeva I.V., Gupta P., Boukerche H., Rai T., Barber G.N., Dent P., Sarkar D., Fisher P.B. Activation of Ras/Raf protects cells from melanoma differentiation-associated gene-5-induced apoptosis.// Cell Death Differ. - 2006. -V. 13. -P. 1982-1993.

155 Noser J.A., Mael A.A., Sakuma R., Ohmine S., Marcato P., Lee P.W., Ikeda Y. The RAS/Raf1/MEK/ERK signaling pathway facilitates VSV-mediated oncolysis: implication for the defective interferon response in cancer cells.// Mol Ther. - 2007. -V. 15. -P. 1531-1536.

156 Blackham A.U., Northrup S.A., Willingham M., Sirintrapun J., Russell G.B., Lyles D.S., Stewart J.H.t. Molecular determinants of susceptibility to oncolytic vesicular stomatitis virus in pancreatic adenocarcinoma.// The Journal of surgical research. - 2014. -V. 187. -P. 412-426.

157 Hornung V., Ellegast J., Kim S., Brzozka K., Jung A., Kato H., Poeck H., Akira S., Conzelmann K.K., Schlee M., Endres S., Hartmann G. 5'-Triphosphate RNA is the ligand for RIG-I.// Science. - 2006. -V. 314. -P. 994-997.

158 Goubau D., Deddouche S., Reis e Sousa C. Cytosolic sensing of viruses.// Immunity. - 2013. -V. 38. -P. 855-869.

159 Wu B., Peisley A., Richards C., Yao H., Zeng X., Lin C., Chu F., Walz T., Hur S. Structural basis for dsRNA recognition, filament formation, and antiviral signal activation by MDA5.// Cell. - 2013. -V. 152. -P. 276-289.

160 Corby M.J., Stoneman M.R., Biener G., Paprocki J.D., Kolli R., Raicu V., Frick D.N. Quantitative microspectroscopic imaging reveals viral and cellular RNA helicase interactions in live cells.// J Biol Chem. - 2017. -V. 292. -P. 11165-11177.

161 Takeuchi O.,Akira S. Pattern recognition receptors and inflammation.// Cell. - 2010. -V. 140. -P. 805-820.

162 Hou F., Sun L., Zheng H., Skaug B., Jiang Q.X., Chen Z.J. MAVS forms functional prion-like aggregates to activate and propagate antiviral innate immune response.// Cell. - 2011. -V. 146. -P. 448-461.

163 Eisenacher K.,Krug A. Regulation of RLR-mediated innate immune signaling--it is all about keeping the balance.// Eur J Cell Biol. - 2012. -V. 91. -P. 36-47.

164 Foy E., Li K., Sumpter R., Jr., Loo Y.M., Johnson C.L., Wang C., Fish P.M., Yoneyama M., Fujita T., Lemon S.M., Gale M., Jr. Control of antiviral defenses through hepatitis C virus disruption of retinoic acid-inducible gene-I signaling.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 2005. -V. 102. -P. 2986-2991.

165 Barral P.M., Morrison J.M., Drahos J., Gupta P., Sarkar D., Fisher P.B., Racaniello V.R. MDA-5 is cleaved in poliovirus-infected cells.// J Virol. - 2007. -V. 81. -P. 3677-3684.

166 Barral P.M., Sarkar D., Fisher P.B., Racaniello V.R. RIG-I is cleaved during picornavirus infection.// Virology. - 2009. -V. 391. -P. 171-176.

167 Mukherjee A., Morosky S.A., Delorme-Axford E., Dybdahl-Sissoko N., Oberste M.S., Wang T., Coyne C.B. The coxsackievirus B 3C protease cleaves MAVS

and TRIF to attenuate host type I interferon and apoptotic signaling.// PLoS Pathog. -2011. -V. 7. -P. e1001311.

168 Neznanov N., Chumakov K.M., Neznanova L., Almasan A., Banerjee A.K., Gudkov A.V. Proteolytic cleavage of the p65-RelA subunit of NF-kappaB during poliovirus infection.// J Biol Chem. - 2005. -V. 280. -P. 24153-24158.

169 de Los Santos T., de Avila Botton S., Weiblen R., Grubman M.J. The leader proteinase of foot-and-mouth disease virus inhibits the induction of beta interferon mRNA and blocks the host innate immune response.// J Virol. - 2006. -V. 80. -P. 19061914.

170 de Los Santos T., Diaz-San Segundo F., Grubman M.J. Degradation of nuclear factor kappa B during foot-and-mouth disease virus infection.// J Virol. - 2007. -V. 81. -P. 12803-12815.

171 Kubo M., Hanada T., Yoshimura A. Suppressors of cytokine signaling and immunity.// Nat Immunol. - 2003. -V. 4. -P. 1169-1176.

172 Shuai K.,Liu B. Regulation of gene-activation pathways by PIAS proteins in the immune system.// Nat Rev Immunol. - 2005. -V. 5. -P. 593-605.

173 Haller O., Kochs G., Weber F. The interferon response circuit: induction and suppression by pathogenic viruses.// Virology. - 2006. -V. 344. -P. 119-130.

174 Black T.L., Safer B., Hovanessian A., Katze M.G. The cellular 68,000-Mr protein kinase is highly autophosphorylated and activated yet significantly degraded during poliovirus infection: implications for translational regulation.// J Virol. - 1989. -V. 63. -P. 2244-2251.

175 Au G.G., Beagley L.G., Haley E.S., Barry R.D., Shafren D.R. Oncolysis of malignant human melanoma tumors by Coxsackieviruses A13, A15 and A18.// Virol J. -2011. -V. 8. -P. 22.

176 Taylor M.W., Cordell B., Souhrada M., Prather S. Viruses as an aid to cancer therapy: regression of solid and ascites tumors in rodents after treatment with bovine enterovirus.// Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1971. -V. 68. -P. 836-840.

177 Berry L.J., Au G.G., Barry R.D., Shafren D.R. Potent oncolytic activity of human enteroviruses against human prostate cancer.// The Prostate. - 2008. -V. 68. -P. 577-587.

178 Haley E.S., Au G.G., Carlton B.R., Barry R.D., Shafren D.R. Regional administration of oncolytic Echovirus 1 as a novel therapy for the peritoneal dissemination of gastric cancer.// J Mol Med. - 2009. -V. 87. -P. 385-399.

179 Ворошилова М.К. Вирусологические и иммунологические аспекты применения ЖЭВ при онкологических заболеваниях.// Полезные для огранизма непатогенные штаммы энтеровирусов: профилактическое и лечебное их применение, Москва. 1988. -P. 24-29.

180 Муцениеце А.Я. Изучение чувствительности меланом человека к энтеровирусам, адаптированным к этим опухолям.// Вирусы в терапии опухолей, Зинатне, Рига. 1978. -P. 175-189.

181 Dobrikova E.Y., Broadt T., Poiley-Nelson J., Yang X., Soman G., Giardina S., Harris R., Gromeier M. Recombinant oncolytic poliovirus eliminates glioma in vivo

without genetic adaptation to a pathogenic phenotype.// Mol Ther. - 2008. -V. 16. -P. 1865-1872.

182 Gromeier M., Lachmann S., Rosenfeld M.R., Gutin P.H., Wimmer E. Intergeneric poliovirus recombinants for the treatment of malignant glioma.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 2000. -V. 97. -P. 6803-6808.

183 Toyoda H., Ido M., Hayashi T., Gabazza E.C., Suzuki K., Kisenge R.R., Kang J., Hori H., Komada Y. Experimental treatment of human neuroblastoma using live-attenuated poliovirus.// International Journal of Oncology. - 2004. -V. 24. -P. 49-58.

184 Toyoda H., Wimmer E., Cello J. Oncolytic poliovirus therapy and immunization with poliovirus-infected cell lysate induces potent antitumor immunity against neuroblastoma in vivo.// International Journal of Oncology. - 2011. -V. 38. -P. 81-87.

185 Au G.G., Lincz L.F., Enno A., Shafren D.R. Oncolytic Coxsackievirus A21 as a novel therapy for multiple myeloma.// Br J Haematol. - 2007. -V. 137. -P. 133-141.

186 Au G.G., Lindberg A.M., Barry R.D., Shafren D.R. Oncolysis of vascular malignant human melanoma tumors by Coxsackievirus A21.// Int J Oncol. - 2005. -V. 26. -P. 1471-1476.

187 Skelding K.A., Barry R.D., Shafren D.R. Systemic targeting of metastatic human breast tumor xenografts by Coxsackievirus A21.// Breast Cancer Res Treat. -2009. -V. 113. -P. 21-30.

188 Чумаков М.П., Ворошилова М.К., Анцупова А.С., Бойко В.М., Блинова М.И., Приймяги Л.С., Родин В.И., Сейбиль В.Б., Синяк К.М., Смородинцев А.А., Степанчук В.А., Терехов С.Н., Трофимова Л.И., Чумаков П.М. Живые энтеровирусные вакцины для экстренной профилактики массовых респираторных заболеваний во время осенне-зимних эпидемий гриппа и острых респираторных заболеваний.// Журнал микробиологии, эпидемиологии и инфекционных заболеваний. - 1992. -V. -P. 37-40.

189 Ворошилова М.К. 1970. in Материалы 13 Всесоюзного съезда эпидемиологов, микробиологов и инфекционистов (Тбилиси), p. 355.

190 Ворошилова М.К., Горюнова А.Г., Горбачкова Е.А., Чумаков П.М., Оганян Г.Р., Кодкинд Г.Х. Изучение клеточного иммунитета у онкологических больных в процессе бессимптомной энтеровирусной инфекции. .// В кн.: Виротерапия и искусственная гетерогеннзацпя опухолей., Зинатне, Рига. 1977. -P. 17-19.

191 Shafren D.R., Sylvester D., Johansson E.S., Campbell I.G., Barry R.D. Oncolysis of human ovarian cancers by echovirus type 1.// Int J Cancer -2005. -V. 115. -P. 320-328.

192 Moser T.L., Pizzo S.V., Bafetti L.M., Fishman D.A., Stack M.S. Evidence for preferential adhesion of ovarian epithelial carcinoma cells to type I collagen mediated by the alpha2beta1 integrin.// Int J Cancer. - 1996. -V. 67. -P. 695-701.

193 Suskind R.G., Huebner R.J., Rowe W.P., Love R. Viral agents oncolytic for human tumors in heterologous host; oncolytic effect of Coxsackie B viruses.// Proceedings of the Society for Experimental Biology and Medicine. Society for Experimental Biology and Medicine (New York, N.Y.). - 1957. -V. 94. -P. 309-318.

194 Shafren D.R., Au G.G., Nguyen T., Newcombe N.G., Haley E.S., Beagley L., Johansson E.S., Hersey P., Barry R.D. Systemic therapy of malignant human melanoma tumors by a common cold-producing enterovirus, coxsackievirus a21.// Clin Cancer Res. - 2004. -V. 10. -P. 53-60.

195 Skelding K.A., Barry R.D., Shafren D.R. Enhanced oncolysis mediated by Coxsackievirus A21 in combination with doxorubicin hydrochloride.// Invest New Drugs. - 2010. -V. 21. -P. 21.

196 Wodarz D. Viruses as antitumor weapons: defining conditions for tumor remission.// Cancer Res. - 2001. -V. 61. -P. 3501-3507.

197 Bais S., Bartee E., Rahman M.M., McFadden G., Cogle C.R. Oncolytic virotherapy for hematological malignancies.// Adv Virol. - 2012. -V. 186512. -P. 29.

198 Bradley S., Jakes A.D., Harrington K., Pandha H., Melcher A., ErringtonMais F. Applications of coxsackievirus A21 in oncology.// Oncolytic virotherapy. - 2014. -V. 3. -P. 47-55.

199 Dobrikova E., Florez P., Bradrick S., Gromeier M. Activity of a type 1 picornavirus internal ribosomal entry site is determined by sequences within the 3' nontranslated region.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 2003. -V. 100. -P. 15125-15130.

200 Toyoda H., Yin J., Mueller S., Wimmer E., Cello J. Oncolytic treatment and cure of neuroblastoma by a novel attenuated poliovirus in a novel poliovirus-susceptible animal model.// Cancer Research. - 2007. -V. 67. -P. 2857-2864.

201 Mendelsohn C.L., Wimmer E., Racaniello V.R. Cellular receptor for poliovirus: molecular cloning, nucleotide sequence, and expression of a new member of the immunoglobulin superfamily.// Cell. - 1989. -V. 56. -P. 855-865.

202 Gromeier M., Solecki D., Patel D.D., Wimmer E. Expression of the human poliovirus receptor/CD155 gene during development of the central nervous system: implications for the pathogenesis of poliomyelitis.// Virology. - 2000. -V. 273. -P. 248257.

203 Solecki D., Bernhardt G., Lipp M., Wimmer E. Identification of a nuclear respiratory factor-1 binding site within the core promoter of the human polio virus receptor/CD155 gene.// J Biol Chem. - 2000. -V. 275. -P. 12453-12462.

204 Enloe B.M.,Jay D.G. Inhibition of Necl-5 (CD155/PVR) reduces glioblastoma dispersal and decreases MMP-2 expression and activity.// J Neurooncol. -2011. -V. 102. -P. 225-235.

205 Solecki D.J., Gromeier M., Mueller S., Bernhardt G., Wimmer E. Expression of the human poliovirus receptor/CD155 gene is activated by sonic hedgehog.// J Biol Chem. - 2002. -V. 277. -P. 25697-25702.

206 Ansardi D.C., Porter D.C., Jackson C.A., Gillespie G.Y., Morrow C.D. RNA replicons derived from poliovirus are directly oncolytic for human tumor cells of diverse origins.// Cancer Research. - 2001. -V. 61. -P. 8470-8479.

207 Goetz C.,Gromeier M. Preparing an oncolytic poliovirus recombinant for clinical application against glioblastoma multiforme.// Cytokine Growth Factor Rev. -2010. -V. 21. -P. 197-203.

208 Ochiai H., Moore S.A., Archer G.E., Okamura T., Chewning T.A., Marks J.R., Sampson J.H., Gromeier M. Treatment of intracerebral neoplasia and neoplastic

meningitis with regional delivery of oncolytic recombinant poliovirus.// Clin Cancer Res. - 2004. -V. 10. -P. 4831-4838.

209 Ochiai H., Campbell S.A., Archer G.E., Chewning T.A., Dragunsky E., Ivanov A., Gromeier M., Sampson J.H. Targeted therapy for glioblastoma multiforme neoplastic meningitis with intrathecal delivery of an oncolytic recombinant poliovirus.// Clin Cancer Res. - 2006. -V. 12. -P. 1349-1354.

210 Королева Г.А., Ворошилова M.K., Грачев В.П. Биологические свойства энтеровирусных вакцинных штаммов ЖЭВ-4, ЖЭВ-7, ЖЭВ11 и ЖЭВ-13.// Материалы 16 научной сессии института полиомиелита и вирусных энцефалитов, Москва. 1969. -P. 185.

211 Чумаков П.М., Морозова В.В., Бабкин И.В., Байков И.К., Нетесов С.В., Тикунова Н.В. Онколитические энтеровирусы.// Молекулярная биология. - 2012. -V. 46. -P. 712-725.

212 Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets //Molecular biology and evolution. -2016. - Т. 33. - №. 7. - С. 1870-1874.

213 Yip C.C., Lau S.K., Woo P.C., Chan K.H., Yuen K.Y. Complete genome sequence of a coxsackievirus A22 strain in Hong Kong reveals a natural intratypic recombination event.// J Virol. - 2011. -V. 85. -P. 12098-12099.

214 McIntyre C.L., McWilliam Leitch E.C., Savolainen-Kopra C., Hovi T., Simmonds P. Analysis of genetic diversity and sites of recombination in human rhinovirus species C.// J Virol. - 2010. -V. 84. -P. 10297-10310.

215 Farley D.C., Iqball S., Smith J.C., Miskin J.E., Kingsman S.M., Mitrophanous K.A. Factors that influence VSV-G pseudotyping and transduction efficiency of lentiviral vectors-in vitro and in vivo implications.// J Gene Med. - 2007. -V. 9. -P. 345-356.

216 Cronin J., Zhang X.Y., Reiser J. Altering the tropism of lentiviral vectors through pseudotyping.// Curr Gene Ther. - 2005. -V. 5. -P. 387-398.

217 Bergelson J.M., Chan M., Solomon K.R., St John N.F., Lin H., Finberg R.W. Decay-accelerating factor (CD55), a glycosylphosphatidylinositol-anchored complement regulatory protein, is a receptor for several echoviruses.// Proc Natl Acad Sci U S A. -1994. -v. 91. -P. 6245-6248.

218 Yamayoshi S., Iizuka S., Yamashita T., Minagawa H., Mizuta K., Okamoto M., Nishimura H., Sanjoh K., Katsushima N., Itagaki T., Nagai Y., Fujii K., Koike S. Human SCARB2-dependent infection by coxsackievirus A7, A14, and A16 and enterovirus 71.// J Virol. - 2012. -V. 86. -P. 5686-5696.

219 Desmyter J., Melnick J.L., Rawls W.E. Defectiveness of interferon production and of rubella virus interference in a line of African green monkey kidney cells (Vero).// J Virol. - 1968. -V. 2. -P. 955-961.

220 Emeny J.M.,Morgan M.J. Regulation of the interferon system: evidence that Vero cells have a genetic defect in interferon production.// J Gen Virol. - 1979. -V. 43. -P. 247-252.

221 Diaz M.O., Ziemin S., Le Beau M.M., Pitha P., Smith S.D., Chilcote R.R., Rowley J.D. Homozygous deletion of the alpha- and beta 1-interferon genes in human

leukemia and derived cell lines.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 1988. -V. 85. -P. 52595263.

222 Peng K.W., Frenzke M., Myers R., Soeffker D., Harvey M., Greiner S., Galanis E., Cattaneo R., Federspiel M.J., Russell S.J. Biodistribution of oncolytic measles virus after intraperitoneal administration into Ifnar-CD46Ge transgenic mice.// Hum Gene Ther. - 2003. -V. 14. -P. 1565-1577.

223 Huang da W., Sherman B.T., Lempicki R.A. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources.// Nat Protoc. - 2009. -V. 4. -P. 44-57.

224 Kanehisa M., Furumichi M., Tanabe M., Sato Y., Morishima K. KEGG: new perspectives on genomes, pathways, diseases and drugs.// Nucleic Acids Res. - 2017. -V. 45. -P. D353-d361.

225 Tanabe M.,Kanehisa M. Using the KEGG database resource.// Current protocols in bioinformatics. - 2012. -V. Chapter 1. -P. Unit1.12.

226 Aoki-Kinoshita K.F.,Kanehisa M. Gene annotation and pathway mapping in KEGG.// Methods Mol Biol. - 2007. -V. 396. -P. 71-91.

227 Kanehisa M.,Goto S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes.// Nucleic Acids Res. - 2000. -V. 28. -P. 27-30.

228 Reed L.J., Muench H. A simple method of estimating fifty per cent endpoints // The American Journal of Hygiene. - 1938. -V. 27. -P. 493-497.

229 Betancourt D. M. Vesicular Stomatitis Virus is a Malleable Oncolytic Vector for the Treatment of Various Malignancies : guc. - University of Miami, 2017.

230 Bolger A. M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data //Bioinformatics. - 2014. - T. 30. - №. 15. - C. 2114-2120.