Некоторые биологические характеристики бактерий рода Hafnia alvei тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Идиатуллина Гульнур Азатовна

• Идиатуллина Гульнур Азатовна
• кандидат наук
• 2020

Оглавление диссертации кандидат наук Идиатуллина Гульнур Азатовна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Этиологическая роль бактерий Hafnia alvei в инфекционной патологии

1.2. Факторы патогенности бактерий Hafnia alvei

1.3. Спектр лекарственной устойчивости Hafnia alvei

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Микробиологические методы исследования. Методы тестирования патогенности и персистентных свойств бактерий Hafnia alvei in vitro

2.1.1. Изучение питательных потребностей штаммов Hafnia alvei

2.1.2. Адгезивная активность Hafnia alvei

2.1.3. Количественная оценка адгезивной акивности штаммов Hafnia alvei

2.1.4. a-гемолитическая активность штаммов Hafnia alvei

2.1.5. Тиолзависмый гемолизин штаммов Hafnia alvei

2.1.6. Изучеие энтерогемолитической активности штаммов Hafnia alvei

2.1.7. ДНК-азная активность штаммов Hafnia alvei

2.1.8. Определение лецитиназной активности штаммов Hafnia alvei

2.2. Персистирующие свойства бактерий Hafnia alvei

2.2.1. Изучение антилизоцимной активности штаммов Hafnia alvei

2.2.2. Антиинтерфероновая активность штаммов Hafnia alvei

2.2.3. Изучение антикомплементарной активности штаммов Hafnia alvei

2.3. Патогеннсть штаммов Hafnia alvei in vivo

2.3.1. Метод интраназального заражения мышей массой 16-18 г. «Легочная модель»

2.3.2. Тест «Отек лап»

2.3.3. Определение токсигенности культур Hafnia alvei

2.3.4. Кожно-некротическая проба

2.3.5. Изучение вирулентности штаммов Hafnia alvei. Протистоцидный

тест

2.4. Молекулярно-генетические методы исследования

2.4.1. Выделение плазмидной ДНК Найта а1уе1

2.4.2. Элиминация плазмид Найта а1уе1

2.4.3. Выявление коньюгативных плазмид у клинических штаммов Найта а1уе1

2.4.4. Компьютерный анализ электрофореграмм

2.5. Лекарственная устойчивость. Бактериофаги

2.5.1. Определение чувствительности Найта а1уе1 к антибиотикам (диско-диффузный метод)

2.5.2. Выделение и контроль бактериофагов, получение собственного видо-специфического бактериофага

2.6. Статистическая обработка результатов

ГЛАВА 3. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

3.1. Фенотипическая характеристика штаммов Найта а1уей Морфологические и культуральные характеристики штаммов Найта а1уе1

3.1.1. Питательная потребность бактерий Найта а1уе1 (ауксо - и прототроф-ность)

3.1.2. Адгезивные свойства бактерий Найта а1уе1

3.1.3. Количественная оценка адгезивной активности штаммов

Найта а1уе1

3.1.4. Факторы, коррелирующие с патогенностью бактерий Найта а1уей а-гемолитическая активность

3.1.5. Изучение тиолзависимой гемолитической активности Найта а1уе1

3.1.6. Изучение энтерогемолитической активности штаммов Найта а1уей

3.1.7. ДНК-азная активность штаммов Найта а1уе1

3.1.8. Лецитиназная активность штаммов Найта а1уе1

3.2. Персистирующие свойства бактерий Найта а1уе1

3.2.1. Антилизоцимная активность штаммов Найта а1уе1

3.2.2. Антиинтерфероновая активность штаммов Найта а1уе1

3.2.3. Антикомплементарная активность штаммов Hafnia alvei

3.3. Тестирование токсигенности и вирулентности Hafnia alvei на биологических моделях

3.3.1. Легочная модель

3.3.2. Тест «Отек лап»

3.3.3. Изучеие токсигенности штаммов Hafnia alvei на модели «Изолированная петля тонкого кишечника кролика»

3.3.4. Изучение кожно-некротической способности штаммов

Hafnia alvei

3.3.5. Изучение протистоцидной активности штаммов

Hafnia alvei

3.4. Генотипическая характеристика штаммов Hafnia alvei

3.4.1. Профиль плазмидной ДНК клинических штаммов Hafnia alvei

3.5. Лекарственная устойчивость

3.5.1. Определение антибиотикорезистентности штаммов

Hafnia alvei

3.5.2. Выделение вирулентного бактериофага к Hafnia alvei

ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Некоторые биологические характеристики бактерий рода Hafnia alvei»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

В микробиологии основным фундаментальным направлением является изучение патогенности микроорганизмов. В настоящее время известно, что патогенные бактерии вырабатывают широкий спектр веществ, непосредственно повреждающих или убивающих клетки макрорганизма, а так же способствующих проникновению бактерий в организм хозяина, путем преодоления его защитных механизмов [20,48].

В последние годы была установлена этиологическая значимость целого ряда условно-патогенных бактерий в возникновении инфекционных процессов различной локализации. Одной из основных проблем практической медицины является решение вопросов профилактики, диагностики и лечения заболеваний, вызванных грамотрицательными условно-патогенными микроорганизмами семейства Enterobacteriaceae, к которым так же относятся и бактерии Найша а1уег Представители Найша a1vei широко распространены в окружающей среде [39,40,115]. Некоторые исследователи относят их к естественным обитателям кишечника [53,108], они так же могут быть причиной внутрибольничных инфекций, тяжелых заболеваний у детей первого года жизни [82], у пациентов с иммунодефицитом [133,137], послеоперационных осложнений [128], уросепсиса [137], пневмоний [112], осложнений после трансплантации органов [137]. Проблемы заболеваемости связываемых с Найша а1уе^ во многом определяются множественной антибиотикоустойчи-востью культур и соответственно внутрибольничным характером распространения инфекции [33].

Исходя из вышеизложенного, возникает настоятельная необходимость проведения комплексных исследований, направленных на диагностику, профилактику и лечение гафниозных инфекций, на основе изучения некоторых биологических характеристик условно-патогенных энтеробактерий, а в частности бактерий Найша а1уег

Цель исследования

Дать комплексную оценку некоторым биологическим свойствам бактерий рода Найиа а1уе1.

Задачи исследования

1. Выделить от больных различными инфекциями штаммы Найша а1уе1 и провести изучение их культуральных, морфологических свойств и ультраструктуры.

2. Изучить некоторые биологические свойства штаммов Найша а1уе1, ассоциированных с их факторами патогенности и персистенции.

3. Определить способность клинических изолятов Найша а1уе1 продуцировать термолабильный энтеротоксин.

4. Изучить профиль плазмидной дезоксирибонуклеиновой кислоты и обнаружить хромосомные и внехромосомные элементы детерминирующие факторы патогенности Найша а1уе1.

5. Изучить спектр лекарственной устойчивости штаммов Найша а1уе1 к широко применяемым в практике антибиотикам и провести поиск перспективных противомикробных биологических препаратов на примере бактериофагов.

Методология и методы исследования

Материалом для исследований послужили 125 штаммов НаАша а1уе1, среди которых 109 штаммов были выделенны от больных, страдающих гнойно-воспалительными процессами, урологическими и кишечными инфекциями и 16 штаммов от здоровых людей за период с 2009 по 2019 годы. Чистые культуры бактерий были нам любезно предоставлены бактериологическими лабораториями Государственного бюджетного учреждения здравоохранения РБ «Республиканская детская клиническая больница», Государственного бюджетного учреждения здравоохранения РБ «Республиканская клиническая больница им. Г.Г. Куватова», Государственного бюджетного учреждения здравоохранения РБ Ишимбайская центральная районная больница в период с 2009 по 2019 годы.

Все выделенные культуры идентифицировали по биохимическим свойствам при использовании среды Гисса с помощью планшет ПБДЭ /Горьковский НИИЭМ/, на «Энтеротест» фирмы «Lachema» (Чехия) и на компьютерной тест - системе типа API фирмы «BioMeruiox». Изучение подвижности проводили по общепринятым методам «висячая капля» и «раздавленная капля». Дополнительно использовали столбики с полужидким агаром. Изучение клеточной поверхности и особенностей морфологической структуры клеток бактерии Hafnia alvei проводили с помощью оптического («Биолам», Россия) и электронного («JEM-100B», Япония) микроскопов. Электронно-микроскопические исследования проводили на базе лаборатории физических методов исследования уфимского филиала «Иммунопрепа-рат» АО «НПО «Микроген». Культуры для исследования в электронном микроскопе наносили платиновой петлей и размещали на пленках-подложках, опорой для которых служили специальные медные сетки. Сначала их просматривали под оптическим микроскопом для установления густоты микробных тел и высушивали при комнатной температуре. Затем оттеняли в специальных вакуумных установках типа «JEE-40». Напыление препаратов проводили платиной и углем. Препараты просматривали в электронном микроскопе («JEM-100B», Япония) с ускоряющим напряжением 15, 80 кв. Съемку проводили при инструментальном увеличении в пределах 1030 тысяч раз. Для фотографирования объектов применяли фотопластинки для ядерных исследований типа «МК» и «МР».

Адгезивную активность микроорганизмов определяли в реакции ге-магглютинации с эритроцитами цыпленка по методу Габидуллина З.Г. [25], а так же по методу Бриллиса [14]. Продукцию а- и тиолзависимого гемолизина

определяли по рекомендациям Габидуллина З.Г.| и Albesa J. et al. (1985)

[26,68]. ДНК-азную активность определяли по методу Jeffries C.D. (1957) [100]. Определение лецитиназной активности проводили на желточном агаре по Чистовича Ю.Н., антилизоцимную активность (АЛА) - по методу Бухарина О.В. и др. [15], антиинтерфероновую активность (АИА) - по методу Соко-

лова В.Ю. и др. [17,59], антикомплементарную активность (АКА) - по методу Бухарина О.В и др. [18]. Изучение антибиотикорезистентности проводили по методическим указаниям МУК 4.2. 1890-04 [56], дополнительно использовали питательные среды с определенной концентрацией антибиотиков по Миллеру Дж. (1976) [35]. Фагочувствительность определяли посевом 0,2 мл суточной бульонной культуры на 1,5% МПА. После инкубации в течение 10-15 мин при температуре 37 0С, сверху наносили 0,2 мл исследуемого фага. Учет результатов производили через 18-24 часа инкубирования по наличию стерильных пятен. В опытах использовался бактериофаг, выделенный лично автором из сточных вод. Для выделения и изучения основных свойств бактериофагов так же использовали методы, описанные Адамсом М. Н.,1961г.[3], Гольдфарбом Д.М.,1961г.[32], Габриловичем И.М., 1973г. [29], Аслановым Б.И., с соавт. 2014г. [5].

Компьютерный анализ электрофореграмм осуществляли при использовании пакета програм TotalLab from Phoretix (Великобритания).

Степень достоверности, апробация результатов, личное участие автора

Оценка достоверности результатов исследования выявила, что результаты получены на сертифицированном оборудовании: все выделенные культуры идентифицировали по биохимическим свойствам при использовании среды Гисса с помощью планшет ПБДЭ /Горьковский НИИЭМ/, на «Энтеро-тест» фирмы «Lachema» (Чехия) и на компьютерной тест - системе типа API фирмы «ВюМегшох».Изучение клеточной поверхности и особенностей морфологической структуры штаммов Hafnia alvei проводили с помощью электронного микроскопа, съемку проводили при инструментальном увеличении в пределах 10-30 тысяч раз, для фотографирования применяли фотопластинки для ядерных исследований типа «МК», «МР»; оптическую плотность цен-трифугата измеряли на ФЭК-56 М при длине волны 600 нм, с использованием кювет толщиной стенки 5,17; микроскопические исследования проводили

на биологическом микроскопе «Мотик», с увеличением до х1350; фиксацию результатов микробиологических исследований проводили фотокамерой «Olympus»; компьютерный анализ электрофореграмм осуществляли при использовании пакета программ «TotalLab from Phoretix» (Великобритания); бактериальный фильтр (0,22 мкм, «Millipore»); теория построена на известных, проверенных фактах, согласуется с опубликованными в литературе

данными [Габидуллина З.Г.| [25,26], Габидуллина Ю.З. [27], Ахтариевой А.А. [7], Билалова Ф.С. [9], Губайдуллина А.Г. [34], Изикаева В.М. [45], Мамбе-товой Э.Ф. [49] и многих других отечественных и зарубежных авторов. Полученные результаты не противоречат данным, представленным в независимых источниках по данной тематике. В работе использованы современные методики сбора и обработки исходной информации с использованием пакета прикладных компьютерных программ Statistica 10 [51,61].

Личный вклад соискателя состоит в непосредственном участии на всех этапах диссертационного исследования.

Воплощение основной идеи, планирование научной работы, включая формулировку рабочей гипотезы, определение методологии и общей концепции диссертационного исследования проводились совместно с научным руководителем, заведующим кафедрой микробиологии, вирусологии ФГБОУ ВО БГМУ Минздрава России, д.м.н., профессором Туйгуновым М.М.

Цель и задачи сформулированы непосредственно с научным руководителем. Дизайн исследования разработан лично диссертантом. Анализ совре-менной,отечественной и зарубежной литературы по изучаемой проблеме,а так же интерпретация результатов исследования проведены лично диссертантом. Лабораторные исследования осуществлялись лично диссертантом при непосредственном участии сотрудников кафедры микробиологии, вирусологии ФГБОУ ВО БГМУ Минздрава России. Результаты диссертационного исследования были представлены на различных республиканских, всероссийских и международных конференциях: Республиканской Научной конференции студентов и молодых ученых БГМУ «Вопросы теоретической и

практической медицины» (г. Уфа, 2010, 2011); 82-й Всероссийской научной конференции студентов и молодых ученых «Вопросы теоретической и практической медицины» (Уфа, 24 апреля 2017); 2 доклада на Всероссийской конференции с международным участием «Микробиология: вопросы экологии, физиологии, биотехнологии», г. Москва, МГУ имени М.В.Ломоносова, 24 декабря 2019 г.: «Некоторые биологические свойства бактерий рода На1-та а1уе1, выделенных при инфекционных процессах», «Результаты использования собственного видоспецифического бактериофага НаАша а1уе1».

Положения, выносимые на защиту:

1. Бактерии На1ша а1уе1, выделенные при различных инфекциях обладают комплексом морфологических, культуральных, ультраструктурных, патогенных, вирулентных, токсигенных особенностей.

2. У штаммов На1ша а1уе1, выделенных при инфекционных процессах различной локализации генетической детерминантой токсигенности (продукции термолабильного энтеротоксина) является плазмида с молекулярной массой 60 мегадальтон; генетической детерминантой вирулентности (продукции а-гемолизина) является плазмида с молекулярной массой 120 мегадальтон и структурные элементы хромосомной природы,а генетической детерминантой адгезивной активности бактерий На1ша а1уе1 являются структурные элементы хромосомной природы.

3. Штаммы На1ша а1уе1, выделенные при различных инфекциях устойчивы к широкому спектру антибактериальных препаратов.

4. Бактериофаг На1ша а1уе1, который был выделен лично автором, депонирован и является приоритетным для использования. как спецефическое биологическое активное средство при лечении гафниозных инфекций.

Научная новизна Представлена комплексная характеристика патогенного потенциала бактерий НаАша а1уе1, выделенных из клинического материала при инфекционных процессах различной локализации. Установлено, что клинические штаммы НаАша а1уе1 обладают набором факторов персистенции (антилизо-

цимная, антиинтерфероновая и антикомплементарная активность), вирулентности (ДНК-азная, протистоцидная и гемолитическая активность, LT - энте-ротоксигенность) и антибиотикорезистентностью. Впервые с помощью электронно-микроскопического исследования изучены и описаны морфологические особенности бактериальных клеток Hafnia alvei. Впервые изучен профиль плазмидной ДНК штаммов Hafnia alvei.

Обнаружение среди клинических штаммов Hafnia alvei культур, характеризующихся наличием факторов патогенности, персистенции, и LT-энтеротоксигености, а так же фрагментов участков ДНК, контролирующих адгезивную, гемолитическую активность LT-энтеротоксигенность, свидетельствует об их возможной роли в инфекционной этиологии инфекционных заболеваний человека. Среди клинических штаммов Hafnia alvei был выделен штамм, синтезирующий высокоактивный термолабильный энтеротоксин, который одновременно проявлял выраженную энтерогемолитическую активность. Данный штамм депонирован в Государственной коллекции патогенных микроорганизмов, III и IV групп патогенности ФГБУ «Научный центр экспертизы средств медицинского применения» Минздравсоцразвития России под № 294, патент № 2514656. Установлена множественная лекарственная устойчивость всех выделенных клинических штаммов Hafnia alvei к двум и более широко применяемым антибактериальным препаратам. Впервые лично автором был выделен штамм бактериофага Hafnia alvei и изучена его литическая активность (свидетельство № 341/2019 от 03.12.2019г. «О депонировании штамма бактериофага Hafnia alvei № IG1», депонирован под номером 500335 ФГБОУ «НЦЭСМП» Минздрава России).

Теоретическая и практическая значимость работы

Данные о наличии у штаммов Hafnia alvei адгезивной, гемолитической, лецитиназной, антилизоцимной, антиинтерфероновой, антикомплементарной активности и вирулентных свойств (простистоцидный тест, интраназальное заражение и отек лап мышей, кожно-некротическая проба), расширяют пред-

ставление о роли этих бактерий в инфекционной патологии человека, что в дальнейшем может позволить провести целенаправленную профилактику неблагоприятного течения инфекций и правильный подбор антимикробных препаратов при лечении гафниозных инфекций.

В качестве лечебно-профилактического препарата, при лечении инфекционных процессов различной локализации, вызванных бактериями На1ша а1уе1, может быть рекомендован специфический бактериофаг, который был выделен лично автором и запатентован, и может быть использован в виде лечебно-профилактического препарата для лечения и профилактики инфекционных процессов различной локализации, вызванных бактериями На1ша а1уе1. Внедрение результатов исследования в теоретическую и практическую медицину может способствовать разработке оптимальных вариантов этиопа-тогенетического подхода профилактики, диагностики, лечения инфекционных процессов, связанных с патогенным действием бактерий На1ша а1уе1 в целом.

Внедрение результатов исследования в практику

Результаты исследований используются в бактериологических лабораториях ГБУЗ РБ Республиканская Клиническая больница им. Г.Г. Кувато-ва, ГБУЗ РБ Ишимбайская ЦРБ. Данные результатов исследования диссертации широко используются в учебном процессе при преподовании различных дисциплин медико-биологического профиля со студентами факультетов лечебного дела, педиатрии, на кафедрах микробиологии, вирусологии; биологии, гигиены с курсом медико-профилактического дела ИДПО ФГБОУ ВО БГМУ Минздрава России.

Структура и объем диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, глав собственных исследований, заключения, выводов, указателя литературы. Работа изложена на 136 страницах машинописного текста, содержит 16 таблиц и 35 рисунка. Список литературы включает 144 источника (65 отечественных и 79 зарубежных авторов).

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Этиологическая роль бактерий Hafnia alvei в инфекционной патологии

Название рода Hafnia произошло от латинского названия города Копенгаген и от латинского существительного alveus, что означает улей . История изучения Hafnia alvei насчитывает более 100 лет. Первые исследования свойств этих микроорганизмов провели S. Stuart и R. Rustigain (1943), официально зарегистрировали их как Paracoli биотип 32011. Исследования ДНК-родства показали, что эти бактерии представляют собой уникальный таксон. Род Hafnia alvei был включен в семейство Enterobacteriaceae в 1958 г. [99,130].В 2010 году исследованы 22 изолят, Hafnia alvei с помощью секве-нирования гена 16S рРНК. Была проведена переоценка таксономического статуса Hafnia alvei HGs 1 и 2, определены два (GTG)5-nUP кластера в полном соответствии с соответствующими обозначениями. В совокупности, таксономические данные этого исследования подтверждают, что Hafnia alvei включает, по меньшей мере, два таксона на видовом уровне, из которых HG 1 соответствует Hafnia alvei sensu stricto, включает штамм типа ATCC 13337T. Штаммы, ранее классифицированные как члены Hafnia alvei HG 2, представляют собой новый вид - Hafnia paralvei ATCC 29927T (=CDC 4510-73T =LMG 24706T). По современным данным первый из них предлагается считать видом Hafnia alvei; для второго предложено собственное видовое название -Hafnia paralvei [95].

В 2015 году в Тибете была выделена психротолерантная бактерия на 5170 м. над уровнем моря из озерной воды, и предложена в качестве представителя нового вида рода Hafnia [91]. В настоящее время род включают 3 вида: Hafnia alvei (Meller V.,1954), Hafnia paralvei (Huys G., et al., 2010), Hafnia psychrotolerans [Gu et al.,2015].

Hafnia alvei - это грамотрицательные микроорганизмы не образующие спор и капсул, хемоорганотрофы, факультативные анаэробы. Эти бактерии хорошо растут на простых питательных средах при температуре 22-37°C,

рН 7,2-7,4. На средах для энтеробактерий (Эндо, Левина) образуют бесцветные колонии S-типа, напоминающие колонии шигелл. На среде Плоскирева растут скудно, на висмут-сульфит-агаре не растут. Могут использовать цитрат и ацетат в качестве единственного источника углерода. Ферментируют глюкозу с образованием кислоты и газа; кислоты - маннит, арабинозу, рамно-зу, трегалозу, ксилозу. Не ферментируют лактозу, инозит, дульцит, желатину, мочевину, не образуют сероводород и индол, пробы на лизин - и орни-тиндекарбоксилазу положительные. При 22 °C подвижны, дают положительную реакцию ФП, отрицательную - с МР, при 37 °C часто неподвижны, проба с МР положительна, с ФП отрицательна. Hafnia alvei по различиям в специфичности О-Аг дифференцируют на 29 серогрупп, Н-Аг - на 49 сероваров [40,87,97-99,115]. Главной отличительной фенотипической особенностью Hafnia аlvei является отрицательная реакция с индолом, положительная с лизином декарбоксилазой. Гафнии - облигатные представители микрофлоры человека. Типичным биотопом для этих бактерий является толстый кишечник и илеоцекальная область подвздошной кишки, где они пребывают в постоянном взаимодействии с другими индигенными микроорганизмами, формируя в их совокупности динамическую систему - микробиоценоз кишечника [39,63]. Последнее обновление биохимического теста Hafnia alvei по Sagar Aryal опубликовано 12.01. 2020 г. [76]. Температура может играть видную роль в выражении фенотипа в Hafnia аlvei [40.41,43,118]. Кроме того, Hafnia alvei сходен с Escherichia coli O157 и является D-сорбитоотрицательным. Hafnia alvei является положительным для лизин- и орнитин-декарбоксилазы и в тесте Фогеса - Проскауэра [39,40,96,130].

Hafnia alvei является одним из наиболее частым представителем семейства Enterobacteriaceae в желудочно-кишечном тракте человека и животных. На обычных средах, таких как мясопептонный агар или агар Хоттингера растут в виде бесцветных колоний, похожих по внешнему виду на сальмонеллы или шигеллы [130].

Эти микроорганизмы широко распространены в природе, обитают во внешней среде (почва, вода, пищевые продукты). Штаммы Hafnia alvei выделяют, как из окружающей среды, так и из клинических образцов [99,115]. В последние годы значительно возросло количество заболеваний животных и человека, возбудителями которых являются Hafnia alvei или протекающих с их участием [38,39,40,63,99]. Hafhia alvei широко распространен в природе, встречается в фекалиях человека, животных, в том числе птиц, сточных водах, почве, воде, на растениях, в молочных продуктах, в организме насекомых [8]. Признанными естественными хозяевами Hafnia alvei являются человек и теплокровные животные (домашние и дикие млекопитающие, птицы), может обусловливать у животных не только бессимптомное носительство и спорадические случаи болезни, но и эпизоотические вспышки [55,122]. Hafnia alvei является весьма распространенной грамотрицательной бактерией, встречающейся в окружающей среде на растениях и овощах, а также в продуктах питания [69,99,113]. S. Okada и D.M. Gordon (2003) доказали, что существует связь между распределением генотипов Hafnia alvei и специфическими экологическими нишами [115]. Некоторые исследователи относят Hafnia alvei к представителям нормальной микрофлоры кишечника, поскольку они выделяются так же и от здоровых людей [99].

Этиологическая роль Hafnia alvei в инициации ряда инфекционно -воспалительных заболеваний у человека доказана многими учеными прошлого столетия [99]. Особенно важно то, что развитие воспалительных процессов обусловлено не только патогенными свойствами бактерий, но и наличием ряда факторов, способствующих развитию инфекционного процесса [69,99,110,137]. Бактерии Hafnia alvei известны как маловирулентные представители нормальной микрофлоры слизистых оболочек и кожи человека и животных, так и как патогены, являющиеся причиной менингита, гастоэнте-роколита [99], пневмонии [112,114], диареи [38,39,,99], геморрагического колита и гемолитико-уремического синдрома [129],инфекции мочевыводящих путей [69,84], сепсиса у иммунокомпрементированных больных

[75,81,92,123]. На1ша а1уе1 рассматривается как потенциальный патоген развития остеомиелита у детей с осложненными переломами [109]. На1ша а1уе1 является причиной постоперационного эндофтальмита [128]. Распространенность и способность бактерий НаИша а1уе1 колонизировать металлоконструкции при оперативном лечении переломов костного скелета [110], интубаци-онные трубки [112], катетеры [69,84,137,144], способность контаминировать растворы для внутривенных вливаний определяют значимость их как частых возбудителей госпитальных инфекций [81]. Клинически госпитальные инфекции протекают в виде сепсиса [75], уросепсиса [137,144], поражения ге-патобилиарной системы [123]. Бактериемия и сепсис, обусловленные На1ша а1уе1, являются вторичной инфекцией у больных со сниженным иммунитетом [99]. В литературе имеются сообщения о позднем неонатальном сепсисе у новорождённого с нормальным иммунным статусом и без сопутствующих заболеваний. Симптомы, сопровождающие гафниозный сепсис, типичны для грамотрицательной септицемии и обычно включают лихорадку (38,6°С-40°С) [82]. НаИша а1уе1 вызывает инфекцию при проникающем повреждении мягких тканей [110], внутрибольничную инфекцию у хозяев с ослабленным иммунитетом [75,92,81,133], инфекции при открытых переломах [109]. Интерес к этим бактериям обусловлен их важным значением как в нормальной жизнедеятельности макроорганизма [53,69,70,113], так и ролью в развитии ряда гнойно-воспалительных заболеваний у человека [99]. НаИша а1уе1 может вызвать тяжелую инфекцию у пациентов с трансплантацией органов [133]. В 2015г. опубликовано сообщение о случае развития пиелонефрита и уросепси-са, обусловленного На1ша а^е^ у больного после пересадки почки. На1ша а1-уе1 может вызывать тяжелую инфекцию у пациентов, перенесших трансплантацию, без предрасполагающих факторов, таких как госпитализация, инва-зивные процедуры или лечение антибиотиками [137]. Клинико-эпидемиологические проявления гафниоза человека мало изучены; доступные публикации относятся преимущественно к нозокомиальным и сопутствующим инфекциям, обусловленным НаИша а1уе1 [39]. НаИша а1уе1 является

необычным патогеном человека, несмотря на повышенное внимание со стороны медицинского сообщества в течении последнего десятилетия из-за его возможного сочетания с гастроэнтеритом [63,66,86,96,130].

В исследованиях различных отечественных и зарубежных авторов у детей первого года жизни чаще, чем в других возрастных группах встречались острые кишечные инфекции, обусловленные условно-патогенной флорой, где выделяли - Hafnia, E.coli , Enterobacter,Citrobacter, Klebsiella, Staphylococcus spp.[37,39,46]. Известно, что микробиота кишечника у клинически здоровых людей, проживающих в разных регионах, может значительно различаться. В сравнительном изучении в отношении Staphylococcus aureus и Hafnia alvei выявлены достоверные отличия микробиоты кишечника [80]. Гафнии обладают достаточным комплексом факторов патогенности для того, чтобы обусловливать инфекционные заболевания у человека [86]. По результатам, проведенных исследований последних лет предложено гафниоз человека выделить в отдельную нозологическую единицу [38,39]. Удельный вес случаев га-строинтестинальной патологии, обусловленных Hafnia alvei, в общей этиологической структуре острых кишечных инфекций, вызванных УПЭ, составил 11,81%.Как возбудитель кишечных инфекций, гафнии занимают 4-е место среди других представителей условно-патогенной микрофлоры после Entero-bacter, Staphylococcus и Citrobacter [38,39].

Основной группой риска развития здорового носительства и стёртой формы гастроинтестинального гафниоза являются дети первого года жизни. Дисбактериоз тяжёлой степени, обусловленный Hafnia alvei представляет собой стёртую форму гафниоза [39]. Hafnia alvei обнаруживаются при диарее [94,99,122]. По данным некоторых исследований [1,46,63], от детей с острыми кишечными инфекциями, вызванными условно-патогенными бактериями, в ассоциации с ротавирусами, так же могут выделяться Hafnia alvei [33].

Успех борьбы с любым инфекционным заболеванием зависит от своевременной диагностики болезни, основой которого является лабораторные исследования. Методы микробиологической диагностики заболеваний, вы-

зываемых На1ша а1уе1, основаны на выделении чистой культуры возбудителя и изучении их ферментативных свойств. Имеющиеся на вооружении бактериологов современные методы идентификации микроорганизмов (ИФА, ПЦР, масс-спектрометрия, МЛЬВ1, У1ТЕК) [39,40,41,88] хотя и являются высокочувствительными и специфичными, но они не всегда доступны рядовым бактериологическим лабораториям из-за высокой стоимости оборудования и расходных материалов, что является предпосылкой для всестороннего изучения На1ша а1уе1, выделенных при инфекционных процессах различной локализации.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Идиатуллина Гульнур Азатовна, 2020 год

ЛИТЕРАТУРА

1. Абдуллаев А.О. Удельный вес условно-патогенных энтеробактерий, выделенных в Узбекистане при ОКИ за 10 лет г. Ташкент, Республика Узбекистан./ Абдуллаев А.О., Алматов Б.И., Ли Л.Т. // Журнал инфектологии .2019. - № 4 - т.11- С.3

2. Анганова Е.В. Определение патогенности (вирулентности) условно-патогенных энтеробактерий. / Е.В. Анганова, Е.Д. Савилов, В.А. Астафьев. // Методические рекомендации. - Иркутск: РИО ГБОУ ДПО ИГМАПО.- 2015. -28 с.

3. Адамс М. Н. Бактериофаги. Москва: Издательство иностранной литературы- 1961- С.527

4. Асланов, Б.И. Бактериофаги эффективные антибактериальные средства в условиях глобальной устойчивости к антибиотикам. // Журнал Медицинский совет.- 2016 .- С.3-7.Специальный выпуск.

5. Асланов Б.И. Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике. /Асланов Б.И., Зуева Л.П, Кафтырева Л.А., Бойцов А.Г., Акимкин В.Г., Долгий А.А., Брусина Е.Б., Дроздова О.М. // Федеральные клинические рекомендации. М.:[б.и.].- 2014. -39 с.

6. Асланов Б.И. Бактериофаги для предотвращения формирования биопленок Pseudomonas aeruginosa. // «Бактериофаги: теоретические и практические аспекты применения в медицине, ветеринарии и пищевой промышленности»: материалы Третьей науч.-практ. конф. - М.- 2016. - С. 58.

7. Ахтариева А.А. Иммунобиологические свойства термолабильного эн-теротоксина бактерий рода Enterobacter в системе взаимодействия "патоген -хозяин" : дисс. ... д. м.н.: 03.02.03, 14.03.09 / Ахтариева Айгуль Атласовна. -Челябинск, 2010. - 227 с.

8. Бессарабов Б. Ф. Инфекционные болезни животных. /Бессарабов Б. Ф., Вашутин А. А., Воронин Е. С., Сидорчук А. А. // Руководство по инфекционным болезням животных под ред. Сидорчука А. А. - М. - Колос. - 2007. С. 525-527.

9. Билалов Ф.С. Особенности некоторых биологических свойств штаммов Escherichia coli, выделенных от онкологических больных с инфекционными осложнениями: дисс. ... к. м.н.: 03.00.07 / Билалов Фаниль Салимович. - Челябинск, 2007.- 127 с.

10. Бондаренко В.М. Генетические маркеры вирулентности условно-патогенных бактерий // Журн. микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. - 2011. - N 3. - С. 94-99

11. Бондаренко В.М. Адгезивная активность клинических штаммов клебси-елл. /В.М.Бондаренко, Gang Wu, Barcus М.М. // Журн. микробиол. эпидемиологии, иммунологии.-1996. -№2.-С.104.-109.

12. Бондаренко В.М. «Острова» патогенности бактерий / В.М. Бондаренко // Журн. микробиол. -2001. -№4. -С.67-74.

13. Бондаренко В.М.Секретируемые факторы патогенности энтеробактерий / В.М. Бондаренко, А.Р.Мавзютов, Е. Голкочева // Журн. Микробиол,- 2002, №1-С.84-90.

14. Бойко О.В. Синтез лизоцима и его инактивация микроорганизмами, выделенными от больных с различными нозологическими формами. / Бойко О.В., Ахминеева А.Х., Гудинская Н.И., Бендюг В.А. // Научное обозрение. Медицинские науки. - 2015. - № 1. - С. 82-82

15. Брилис В.И. Методика изучения адгезивного процесса. / В.И. Брилис, Т.А.Брилис, Х.П. Ленцнер, А.А. Ленцнер //Лаб.дело.-1986.- № 4.-С. 210-212.

16. Бухарин O.B. Метод определения антилизоцимной активности микроорганизмов /О.В. Бухарин // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии.- 1984,- N 2,- С. 27-28.

17. Бухарин О.В. Способ определения антиинтерфероновой активности микроорганизмов. /Бухарин О.В., Соколов В.Ю. // Авторское свидетельство

1564191 СССР № 18. - 1990.

18. Бухарин, О.В. Изучение антикомплементарной активности стафилококков / О.В. Бухарин, Ю.А. Брудастов, Д.Т. Дерябин // Клин. лаб. диагн. -1992. - № 11. - С. 68-70.

19. Бухарин О.В. Персистенция бактериальных патогенов как физиологический феномен. // Вестник московского университета. Сер. 16. Биология. -2008. - № 1. - С. 6-13.

20. Бухарин О.В. Структурно-функциональная характеристика микросим-биоциноза человека. / О.В. Бухарин, Б.Я.Усвяцов, Ю.А. Хлопко // Журнал микробиологии, эпидимиологии и иммунобиологии. - 2009. - № 4. - С. 4-8.

21. Вартанян Ю.П. Отек лап белых мышей-тест для оценки активности энте-ротоксинов / Ю.П. Вартанян, М.К. Северцева, О.И. Введенская, Е.С. Станиславский. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. -1978. -№2. -С.150-152.

22. Вертиев, Ю.В. Бактериальные токсины: биологическая сущность и происхождение. // Журнал микробиол.- 1993.- №3.-С.43-46.

23. Войно-Ясенецкая М.К. Опыт изучения дизентерейной инфекции у лабораторных животных / М.К. Войно-Ясенецкая // Журн. Микробиол. -1957. -№4. - С.65-69.

24. Ворошилова H.H. Сравнительное изучение антибактериальной и клинической эффективности препаратов бактериофагов и антибиотиков при лечении энтеральных заболеваний, вызванных условно-патогенными бактериями. / Н.Н.Ворошилова, Т.Б.Казакова, Г.Г.Боговазова, С.С.Усманова, Э.В. Алферова. // Материалы 12 Международного Славяно-Балтийского научного форума «Санкт-Петербург-Гастро-2010». Гастроэнтерология Санкт-Петербурга.- 2010.- №2 (3).-С. 18 - 19.

25. Габидуллин З.Г. Авторское свидетельство № 1312098 от 22.01.87. «Определение адгезивной активности в реакции гемагглютинации с эритроцитами птиц.

26. Габидуллин З.Г. Биологическая характеристика штаммов бактерий рода

Proteus, выделенных при инфекционных процессах различной локализации: дисс.... д. м. н.: 03.02.03 / Габидуллин Зайнулла Гайнуллинович. - Саратов, 1989. - 205с.

27. Габидуллин Ю.З. Особенности некоторых свойств, определяющих патогенный потенциал сокультивируемых вариаций бактерий Enterobacter, Citrobacter, Serratia, E.Coli, Proteus: дисс. ... д. м. н. 03.02.03 / Габидуллин Юлай Зайнуллович. - Челябинск, 2015.- 206 с.

28. Габрикова И.М. Тиолзависимый гемолизин у условнопатогенных энте-робактерий. / И.М. Габрикова, В.Б. Базиев, Р.Х. Байрабеков // 2-Всесоюзная конференция "Бактериальные токсины ". №6.-1989.-С.13-17.

29. Габрилович И. М. Общая характеристика бактериофагов / И.М. Габрилович // Основы бактериофагии. - Минск. - 1973. - С. 5-24.

30. Гайрабеков Р.Х. Антилизоцимная, антиинтерфероновая и антикомплементарная активность некоторых бактерий семейства Enterobacteriaceae / Р.Х. Гайрабеков, Р.Х. Гайрабекова, С.А. Губханова, Ф.С. Турлова, З.Э.Умиева // Современные проблемы науки и образования. - 2016. - № 5.- С. 43-46.

31. Галикеев X. Л. Изучение вирулентности дизентерийных бактерий с использованием инфузорий туфелек. / X. Л.Галикеев, И. И. Потатурина-Нестерова // Здравоохранение Казахстана. -1987. - №. 1. -С. 34-36.

32. Гольдфарб, Д.М. Бактериофагия / Д.М. Гольдфарб; под ред. и с предисл. В.Д. Тимакова. - М.: Медгиз, 1961. - 297 с.

33. Грачева Н. M. Клинико-морфологические особенности острой кишечной микст-инфекции, вызванной бактериями Hafnia alvei и ротавирусом. НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г. Н. Габричевского (М.), НИИ эпидемиологии и микробиологии им Н. Ф. Гамалеи (М.) / Н. M. Грачева, Н.И. Леонтьева, В.М.Бондаренко, С.В.Фиалкина, Г.Н. Коновалова, О.С. Партин, И.Т. Щербаков, А.И. Соловьева, Т.А. Блохина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии: Двухмесячный научно-практический журнал. - 2003. - N2. - С. 62-65.

34. Губайдуллин А. Г. Сравнительная характеристика биологических

свойств РогрИугошотв gingiva1is и Aggregatibacter actinomycetemcomitans возбудителей пародонтита: дисс. ... к.м.н.: 03.02.03/ Губайдуллин Азат Гир-фанович. - Челябинск, 2017., 126с

35. Дж. Миллер. Эксперименты в молекулярной генетике / Дж. Миллер. - М.: Мир, 1976. - 325 с.

36. Долгушин, И.И. Нейтрофильные внеклеточные ловушки и методы оценки функционального статуса нейтрофилов / И.И. Долгушин, Ю.С. Андреева, А.Ю. Савочкина. - М.: РАМН, 2009. - 208 с.

37. Жеребцова Н.Ю. Генетические маркеры патогенности условно-патогенных энтеробактери. / Н.Ю.Жеребцова, А.Х.Баймиев, Д.А.Валишин А.Р. Мавзютов // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 2007. - № 4. - С. 65-69.

38. Жумагельдина З.Т. Распространение биотипов Шй^ a1vei в различных клинических группах. / З.Т. Жумагельдина, М.С.Сыздыков, А.Н. Кузнецов, Г.И. Денисов и др. // Астана медициналы журналы. - 2007. - №4(40). - С. 28.

39. Жумагельдина З.Т. Клинико-эпидемиологические аспекты гафниоза человека (обзор литературы и данные собственных исследований). / З.Т.Жумагельдина, М.С. Сыздыков, А.Н. Кузнецов, Г.И. Денисов и др. // Гигиена, эпидемиология жне иммунобиология. 2008. - №4. - С. 11-19.

40. Золотухин Д.С. Энтеробактерии рода Hafnia. / Д.С. Золотухин, Д.А. Васильев // Настоящее и будущее биотехнологии в решении проблем экологии, медицины, сельского, лесного хозяйства и промышленности: научно-практический семинар с международным участием. Ульяновск, 2011. С. 2932.

41. Золотухин С.Н. Идентификация возбудителя гафниоза методом МАЬБ1. / С.Н. Золотухин, Д.А. Васильев, Д.С. Золотухин // Вестник Ульяновской ГСХА. Ульяновск, 2011. - № 4. С. 44-47.

42. Золотухин Д.С. О специфичности бактериофагов Hafnia a1vei. /Д.С. Золотухин, Д.А.Васильев, А.М. Семенов и др.// Бактериофаги: Теоретические и практические аспекты применения в медицине, ветеринарии и пищевой про-

мышленности: Материалы международной научно-практической конференции. - Ульяновск: Ульяновская ГСХА. -2013. - Т.1. С. 63-66.

43. Золотухин Д.С. Выделение, селекция и изучение биологических свойств бактериофагов Hafnia alvei. / Д.С Золотухин., Д.А. Васильев, А.М. Семенов и др. // Вестник ветеринарии. 2013. № 1. С. 68-70.

44. Зуева Л.П. Современный взгляд на роль бактериофагов в эволюции госпитальных штаммов и профилактике инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи. / Л.П. Зуева, Б.И.Асланов, В.Г. Акимкин // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2014. - № 3. - С. 100107.

45. Изикаев В.М. Некоторые биологические свойства монокультур и со-культивируемых вариаций бактерий рода enterobacter и staphylococcus aureus и особенности их действия на перитонеальные макрофаги мышей: дисс. к.м.н. : 03.02.03, 14.03.09 /Изикаев Венер Миниварисович.- Челябинск, 2013.128 с.

46. Куттыкужанова Г.Г. Этиология и эпидемиология острых кишечных инфекций (ОКИ) у детей в Республике Казахстан. / Г.Г. Куттыкужанова, Ж.Р. Ешибекова // Журн. инфектологии. Приложение. - 2014- Том 6.- № 1.-С.48.

47. Мавзютов А.Р. «Острова патогенности» условно-патогенных энте-робактерий / А.Р. Мавзютов, С.В. Фиалкина, В.М. Бондаренко // Журн. мик-робиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 2002. - № 6. - С. 5-9.

48. Мавзютов А.Р.Факторы патогенности оппортунистических энтеробак-терий и их роль в развитии диареи. /А.Р. Мавзютов, В.М.Бондаренко, Н.Ю.Жеребцова, Д.А. Валишин // Журн. микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2007. - № 1. - С. 89-97 .

49. Мамбетова Э.Ф. Сравнительная характеристика некоторых биологических свойств монокультур и сокультивируемых вариаций бактерий рода Serratia и Staphylococcus aureus: дисс. ... к.м.н.: 03.00.07 / Мамбетова Эльмира Факиловна.- Челябинск, 2007.- 155 с.

50. Мамонтова Т.Н. Методические рекомендации по обнаружению и клас-

сификации R - плазмид у шигелл / Т.Н. Мамонтова, С.С. Белокрысенко, Е.Д.Тихомиров, Ю.П. Солодовников, М.В. Турчинская // М. - 1983. - МЗ СССР.

51. Методология и технологии современного анализа данных. STATISTICA Neural Networks. / Под редакцией В.П. Боровикова. — 2-е изд., перераб. и доп. — М.: Горячая линия - Телеком, 2008. — 288 с. — ISBN 9785-9912-0015-8.

52. Мубаракшина О.А. Применение препаратов бактериофагов для лечения и профилактики бактериальных ЛОР-инфекций / О.А.Мубаракшина. // Фарматека.- 2011. -№ 1-11. С. 10-14.

53. Попова А.Ю. Сравнительная характеристика особенностей микробио-ты кишечника жителей Гвинейской Республики и России. / А.Ю. Попова, Л.А. Кафтырева, Л.В.Сужаева, Е.В. Войтенкова, А.В. Забровская и др. // Журнал «Инфекция и иммунитет». - 2017.- Т.7. - № 4. С. 375-382.

54. Раменкова Н.И. Нейтрализация термолабильного энтеротоксина кишечной палочки в тесте отек лап белых мышей. / Н.И. Раменкова, Ю.П. Вар-танян //Острые кишечные инфекции .- Л. - 1980. - Вып. 4.- С.104-108.

55. Речкин А.И. Поиск новых резервуаров для персистенции и участников циркуляции энтеробактерий в естественных экосистемах. / Речкин А.И., Ев-теева Н.И. // Вестник Нижегородского университета им. Н.И. Лобачевского. -2007. - № 6.- С. 99-103

56. Семина Н.А. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаритам. / Н.А. Семина, С.В.Сидоренкоидр. // Методические указания МУК 4.2.1890-04. МЗ РСФСР.- Смоленск- 2004.

57. Сидоренко С.В. Антибиотикограмма: Диско-диффузнный метод. Интерпретация результатов. / С.В. Сидоренко, В.Е. Колупаев // Клиническая фармакология и терапия, 2004. № 2.

58. Сидоренко С.В. Бета-лактамазы расширенного спектра и место современный ß-лактамных антибиотиков в терапии тяжелых нозокомиальных инфекций. / С.В. Сидоренко. // Журнал «Гематология и трансфузиология».-

2007- Т. 52 - №4.- С. 39-42.

59. Соколов В.Ю. Антиинтерфероновая активность микроорганизмов / В.Ю.Соколов // Персистенция микроорганизмов. - Куйбышев, 1990. - С.83-93.

60. Справочник по микробиологическим и вирусологическим методам исследования / под ред. М.О. Берге. - М., 1982. - 462 с.

61. Статистические программы для биометрической науки. Программа MedCalc Statistical http://rapidshare.com/files/211983408/MC.

62. Сухорукова М.В. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования. МАРАФОН 2013-2014. / Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Микотина А.В., Дехнич А.В., Козлов Р.С. //Клиническая Микробиология и Антимикробная Химиотерапия. - 2017.- Т. 19 - № 1 - С. 49-56.

63. Сыздыков М.С. Основные характеристики эпидемического процесса внебольничного гастро-интестинального гафниоза человека. /Сыздыков М.С., Кузнецов А.Н., Жумагельдина З.Т., Степанов В.М., Сыздыков М.М. // Гигиена, эпидемиология и иммунобиология. - 2009. - №3. -С. 50-55

64. Тикунова Н. В. Генетическая характеристика и спектр антибактериальной активности бактериофагов, входящих в состав промышленных серий лекарственного препарата Пиобактериофаг поливалентный очищенный. / Н. В.Тикунова, Н. Н. Ворошилова, Н. В. Тикунова, В. В. Морозова, А. Ю. Тику-нов, А. М. Курильщиков. // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика.- 2016.-№ 2.- Т.87 - С. 93-100.

65. Филатов А. В. Установление строения О-специфических полисахаридов энтеробактерий Enterobacter cloacae и Escherichia coli. Сольволиз трифто-руксусной кислотой как удобный метод избирательного расщепления глико-зидных связей. / Филатов Андрей Викторович // дисс.... к.х.н. М.- 2017.-139 с.

66. Abbott, S.L., et al. (2011). Clinical and laboratory diagnostic characteristics and cytotoxigenic potential of Hafnia alvei and Hafnia paralvei strains. /Abbott,

S.L, Moler, S., Green, N., Tran, R.K, Wainwright K., Janda, J.M. //J Clin Microbiol. -49 (9) : 3122-3126.

67. Akcam, F. Z., et al. (2005). Spontaneous bacterial peritonitis due to Hafnia al-vei in a patient with peritoneal mesothelioma./Akcam, F. Z., M. Isler, O. R. Tarhan, and H. E. Eroglu. //Saudi Med. J. -V.26. - P.151-153.

68. Albesa, J. , et al.(1985). A tiol-activated hemolysin in gram-negative bacteria / J. Albesa, L.J. Barberis, M.C. Pajaro // Can. J. Microbiol. - Vol. 31. - P. 297-300.

69. Al-Grawi, J.G.A. (2008). Hafnia alvei urinary tract infection. The Iraqi Postgraduate / Al-Grawi, J.G.A. // Medical. Journal, 7(1):71-75.

70. Almand, E.A., et al. (2017). Human norovirus binding to select bacteria representative of the human gut microbiota. /Almand, E.A., Moore, M., Outlaw J., Jaykus L.A. // Plos One .- Vol. 12 (3).- pp. 0173124.

71. Appelbaum, H.C., et al. (1973). Transductional analysis of nonmotile mutans in Proteus mirabilis / H.C. Appelbaum, O.W. Prozecky // J. Gen. Microbiol. - Vol. 77, N 1. - P. 89-97.

72. Bayer, M.E. (1975). Membrane biogenesis/M .E. Bayer. - N.Y., 1975. - 427 p.

73. Brüssow , H. (2007).Phage therapy: the western perspective. In: Mc Grath S, van Sinderen D, editors. Bacteriophage: Genetics and Microbiology.Norfolk. UK: Caister Academic Press. -P. 159-192.

74. Beutin, L., et al. (1988). Enterohemolysin, a new type hemolysin produced by some strains of enteropathogenic E.coli (EPEC) / L. Beutin, J. Prada, S. Za-mermann et al. // Zbl. Bakt. Hyg. A. - Bd. 267. -P.576-88.

75. Benito, M. , et al. (2008). Sepsis induced by Hafnia alvei in a kidney transplant patient. / Benito M., Sánchez H., Hernández R., Fernández-Reyes, Luis, M. J., Hernando S. // Nefrologia 28:470-471.

76. Biochemical Test of Hafnia alvei // Last Updated on: January 12, 2020 by Sagar Aryal. "Biosafety Level". www. lgcstandards-atcc. org. Retrieved 2018-0625.

77. Borowski, J., et al. (2008). Is phage therapy acceptable in the immunocom-

phomaised host /Borowski J., Gorski A. // Int J. Infect. Dis. -Vol. 12.- P. 466-471.

78. British Society for Antimicrobial Chemotherapy. (2010). BSAC methods for antimicrobial susceptibility testing, version 9.1. British Society for Antimicrobial Chemotherapy, Birmingham, United Kingdom.

79. Bruhn, J.B., et al.(2004). Presence of acylated homoserine lactoes (AHLs) and AHL-producing bacteria inmeat an d potential role of AHL in spoilage of meat./ Bruhn J.B., Christensen A.B., L.R. Flodgaard et al. // Appl. Environ. Microbiol. - V. 70, №7. - P. 4293-4302.

80. Burgos, Y., et al. (2010). Common origin of plasmid encoded alpha-hemolysin genes in Escherichia coli /Y. Burgos., L. Beu // BMC Microbiology.-10:193 doi: 10.1186/1471-2180-10-193.

81. Candoni, A., et al. (2004). Abdominal abscess and Hafnia alvei septicemia occurring during the aplastic phase after autologous stem-cell transplantation in a patient with diffuse large B-cell lymphoma. / Candoni A., Trevisan R., Fili C., Tribelli M.,Fanin R. // J.Infect. Chemother. -V.10.-P.303-306.

82. Cassanova-Roman, M., et al. (2004) Late-onset neonatal sepsis due to Hafnia alvei. Scand. /Cassanova-Roman, M., Sanchez-Porto A., Casanova-Bellido M. // J. Infect. Dis.- V. 36. P.70-71.

83. Coetzee, J.N., et al. (1962). Fimbriae and Haemaglutining properties in strains of Proteus/ Coetzee J.N. Perhet G., Nheron J.J. //Nature(London)-1962.-V.196.-P.-497-498.

84. Crandall C., et al. (2006). Isolation of toxigenic Hafnia alvei from a probable case of hemolytic uremic syndrome. / C.Crandall , S.L.Abbott , Y.Q. Zhao, W.Probert , J. M. Janda.//J. Infection 34:227-229

85. David G., et al. (1998). The PapC usher forms an oligomeric channel: Implications for pilus biogenesis across the outer membrane. /David G., Thannasi, Evan T. Saulino, Mary-Jane Lombardo, Robyn- Roth, John Heuser, Scott J.Hultgren. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA - V 95 - p. 3146-3151.

86. Donato, K. A., et al. (2008). Escherichia albertii and Hafnia alvei are candidate enteric pathogens with divergent effects on intracellular tight junctions. / Do-

nato K.A., Zareie M., Jassem A.N., Jandu N., Alingary N., Carusone S.C., Johnson-Henry K.C., Sherman P.M. //.Microb. Pathog. 45:377-385.

87. Farmer, J. J., et al. ( 2003). Enterobacteriaceae: introduction and identification, p. 636-653. /J. J. Farmer, P. R. Murray, E. J. Baron, J. H. Jorgensen, M. A. Pfaller, and R. H. Tolken (ed.), Manual of clinical microbiology, 8th ed. ASM Press, Washington, D.C.: American Society for Microbiology.

88. Funke, G., et al. (2004). Evaluation of the new VITEK 2 card for identification of clinically relevant gram-negative rods. / G. Funke, and P. Funke-Kissling. // J. Clin. Microbiol. 42:4067-4071.

89. Girlich, D., et al. (2000). Biochemical-genetic characterization and regulation of expression of an ACC-1-like chromosome-borne cephalosporinase from Hafnia alvei. / D. Girlich, T. Naas, S. Bellais, L. Poirel, A. Karim, and P. Nordmann. // Antimicrob. Agents Chemother. 44:1470-1478.

90. Girlich, D., et al. (2000). Heterogeneity of AmpC cephalosporinases of Hafnia alvei clinical isolates expressing inducible or constitutive ceftazidime resistance phenotypes. // D. Girlich, T. Naas, S.Bellais, L. Poirel,, A. Karim, P.Nordmann // Antimicrob. Agents Chemother. 44:3220-3223.

91. Gu, Z., et al. (2015). Hafnia psychrotolerans. /Gu , Z., Liu, Y., Shen, L., Liu, X., Xiao, N., Jiao, N., Liu, H., Zhou, Y. and Zhang, S. //Evol Microbiol. 2015. 65, 971-974. Int J System 2015 Mar 6;65 (Pt 3): 971-4. Epub 2015 Jan 6.

92. Guichenez, P. E., et al. (2000). Septicémie à Hafnia alvei rélélant un pyocholécyste compliqué d'abcès hépatique chez immunocompetent. /Guichenez, P. E., Oziol, Z. Joomaye, J. Marcciano, G. Guichenez, and J. Y. Ygout. //Presse Méd. 29:1704. (In French.)

93. Hidalgo T. C., et al. (2002). Bilateral lung tubercu losis and over-infection by Hafnia alvei. / T.C. Hidalgo, L.J. Pasquau // An. Med. Interna. - 2002. - V. 19, No10. - P. 547-548.

94. Huys, G, et al. ( 2003). Escherichia alberti sp. nov., a diarrhoeagenic species isolated from specimens of Bangladeshi children. /Huys, G, Cnokaert, M, Janda, JM and Swing, J. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbi-

ology, 53: 807-810.

95. Huys, G., et al. (2010). Hafnia paralvei sp. nov., formerly known as Hafnia alvei hybridization group 2. / G.Huys, M. Cnockaert, L.Sharon, J.Abbott, M. Jan-da, P. Vandamme. //Int J. Syst Evol Microbiol l 60.2010 Aug 4;60 (Pt 8): 1725— 1728.

96. Hyma K.E., Lacher D.W., Nelson A.M. Bumbaugh AC, Janda J. M, Strock-bine NA, Young VB, Whittam TS. Evolutionary genetics of a new pathogenic Escherichia species: Escherichia albertii and related Shigella boydii strains. // J. Bacteriol. - 2005. - V. 187, №1-2. - P. 619-628.

97. Janda, J. M., et al. (2002). Phenotypic and genotypic properties of the genus Hafnia. / J. M.Janda, S. L. Abbott, S. Khashe, and W.Probert // J. Med. Microbi-ol.51:575-580.

98. Janda, J. M., et al. (2005). The genus Hafnia: identification of two distinct hybridization groups based upon 16S rRNA gene sequencing and phenotypic methods. / J. M.Janda, S. L. Abbott, S. Bystrom, and W. S. Probert. // J. Clin. Mi-crobiol.43:3320-3323.

99. Janda, J. M., et al. (2006). The genus Hafnia: from soup to nuts. / J. M. Janda, S. L. Abbott. //Clin. Microbiol. Rev. 19:12-18.

100. Jeffries, C.D., et al. (1957). Rapid method for determining the activity of microorganisms on nuclear acids. / C.D. Jeffries, D.F. Holtman , D.G, H. Gus. // J. Bacteriol. - 1957. - Vol. 73, N 4. - P. 590-591.

101. Johnson J., et al. (2003). Identification of Urovirulence Traits in Escherichia coli by Comparison of Urinary and Rectal E. coli Isolates from Dogs with Urinary Tract Infection./Johnson J., Kaster N, Kuskowski M, Ling G.// J. of Clin. Microbi-ol.- 2003.- Vol. 41, No. 1.- p. 337-345

102. Kado C.T., et al. (1981). Rapid procedure for detection and isolation of large and small. / C.T.Kado, S. T. Liu. //Journal of Bacteriology. 1981. V. 145. P. 13651373.

103. Katzenellenbogen, E., et al. (2008). Immunochemical studies of the lipopol-ysaccharides of Hafnia alvei PCM 1219 and other strains with the O-antigens con-

taining D-glucose 1-phosphate and 2-deoxy-2-[(R)-3-hydroxybutyramido]-D-glucose. / Katzenellenbogen E., Kocharova N.A., Korzeniowska A,Kowal A., Bo-gulska M., Szostko B., Shashkov A. and Knirel Y. // Arch. Immunol. Ther. Exp., 2008, 56, 347-352.

104. Katzenellenbogen, E., et al. (2013). Studies on the O-antigen of Hafnia alvei PCM 1224 structurally and serologically related to the O-antigen of H. alvei 481-L. / Katzenellenbogen E., Kocharova N.A., Pietkiewicz J., Gamian A., Shashkov A.S., Knirel Y.A. // Carbohydr. Res., 2013, 367, 5-9.

105. Knirel, Y.A., et al. (2011). Structure and serology of O-antigens as the basis for classification of Proteus strains. / Knirel Y.A., Perepelov A.V., Kondakova A.N., Senchenkova S.N., Sidorczyk Z., Rozalski A., Kaca W. // Innate Immun., 2011, 17, 70-96.

106. Klose, K.E. The suckling mouse model of cholera / K.E. Klose // Trends Microbiol. -2000. -Vol.8. -P.189-91.

107. Lancelevee, J., et al. (2007). Antibiotic resistance and adherence properties of Hafnia alvei clinical isolates: a 19-month study in the hospital of Orleans, France. /J. Lancelevee, L. Bret, K. David, P. Di Martino. // J.Chemother.- 19:677681.

108. Lázaro-Díez, M. (2016). Whole-genome sequence of Hafnia alvei HUMV-5920, a human isolate. / M. Lázaro-Díez, S. Redondo-Salvo, A.Arboleya-Agudo, J. Gonzalo Ocejo-Vinyals, I. Chapartegui-González, A.A. Ocampo-Sosa, F. Acosta, L.Martínez-Martínez, J. Ramos-Vivas. // Journal: Genome announcements DOI: 10.1128 / genomeA.00556-16. 2016.

109. Litrenta, J., et al., (2017). Hafnia alvei: A new pathogen in open fractures./ J. Litrenta, M. Oetgen. //Trauma Case Rep.- 2017 - Vol. 8.- P. 41-45.

110. Lutz, B., et al. (2001). Septic arthritis following anterior cruciate ligament reconstruction using tendon allografts—Florida and Louisiana. /Lutz, B., R. Ratard, D. Dodson, J. M. Malecki, A. C. Morse, S. Wiersma, and D. Perrotta. 2001. // Morb. Mortal. Wkly. Rep. 50:1081-1083.

111. May, A.K., et al., (2000). All Rights Reserved. Contribution of Escherichia

coli Alpha-Hemolysin to Bacterial Virulence and to Intraperitoneal Alterations in Peritonitis. / A.K. May, T.H. Gleason, R.G. Sawyer, T.L. Pruet // Infect. And Immun. - 2000. - Vol. 68, No. 1.-p. 176-183.

112. Millán Rodríguez, M.R., et al., (2003). Nosocomial pneumonia caused by Hafnia alvei. / M.R .Millán Rodríguez , P. M.A. Muñoz , M.D.Meseguer Frutos, A. Cano Sánchez, L. A. F. Román, J. Soriano Palao. // An. Med. Interna. - 2003. - V. 20, No11. - P. 595-596.

113. Morales, P., et al., (2003). Volatile compounds produced in cheese by Enter-obacteriaceae strains of dairy origin. / P. Morales, I. Feliu, E. Fernández-Garcia, M. Nuñez. // J. Food. Prot. -2004. - V. 67, N3. - P. 567-573.

114. Nadjar, D., et al., (2000). Outbreak of Klebsiella pneumoniae producing transferable AmpC-type beta-lactamase (ACC-1) originating from Hafnia alvei. /Nadjar D, Rouveau M, Verdet C, Donay L, Herrmann J, Lagrange PH, Philippon A, Arlet G 2000, 187: 35-40.

115. Okada, S., et al., (2003). Genetic and ecological structure of Hafnia alvei in Australia. / S.Okada, D. M. Gordon. // Syst. Appl. Microbiol. 2003. 26:585-594.

116. Padilla D., et al., (2005). Virulence factors and pathogenicity of Hafnia alvei for gilthead seabream, Sparus aurata L./ D. Padilla, F. Real, V. Gomezetal. // J. Fish Dis. - 2005. - V. 28, №7.-P. 411-417.

117. Padilla, D., et al., (2008). Invasion and intracellular survival of Hafnia alvei strains in human epithelial cells. / D. Padilla , F. Acosta , J.Bravo , V. Grasso , F. Real , J. Vivas // J Appl Microbiol. 105:1614-1622.

118. Padilla, D., et al., (2009). Temperature influences the expression of fimbriae and flagella in Hafnia alveistrains: an immunofluorescence study. / D. Padilla. , F. Acosta, J.A. García, F. Real, J.R .Vivas // Archives Of Microbiology. 2009 Mar; Vol. 191 (3), P. 191-198.

119. Park, J.E., et al. (2003). Conjugative plasmid mediated inducible nickel resistance in Hafnia alvei 5-5. /Jeong Eun Park , Kho Eun Young , Hans -Günter Schlegel, Ho Gun Rhie, Ho Sa Lee.// Int. Microbiol.- 2003. - 13; 6 (1): 57-64.

120. Philippon, A., et al. (2006). Beta-lactamases of Gram negative bacteria: nev-

er-ending clockwork. / A. Philippon , G. Arlet // Ann.Biol. Clin. (Paris). - 2006. -V.64, №1. - P. 37-51

121. Podschun, R., et al. (2001). Characterisation of Hafnia alvei isolates from human clinical extra-intestinal specimens: haemagglutinins, serum resistance and siderophore synthesis. /Podschun, R., A. Fischer, U. Ullmann. // J. Med. Microbiol. 50:208-214.

122. Proietti, P.C., et al. (2004). Hafnia alvei infection in pullets in Italy. /P. C. Proietti, F. Passamonti, M. P. Franciosini, G. Asdrubali. //Avian Pathology. - 2004. - V. 33, № 2.-P.200-204.

123. Puicini, C., et al. (2003). Bactériémie à Hafnia alvei avec abcès hepatique et musculaire. /C.Puicini, , S. Roth, E. Bernard, F. Vandenbos, J.L. Bernard, P. Del-lamonica. //Presse Méd. 2003. 32:1026-1027.

124. Queenan, A. M., et al. (2007). Carbapenemases: the versatile ß-lactamases. / A. M.Queenan, K. Bush // Clin Microbiol. Rev. 2007. 20: 440-458.

125. Ramos, A., et al. (2000). Extraintestinal infection due to Hafnia alvei./ A. Ramos, D. Damaso. // European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 19: 708-710.

126. Roier, S., et al. (2016). Bacterial outer membrane vesicle biogenesis: a new mechanism and is implications / S. Roier, F.G. Zingl, F. Cakar, S. Schild. // Microbial Cell, 2016.Vol. 3, №. 6.P. 257 - 259 .

127. Romanowska, E. (2000). Immunochemical aspects of Hafnia alvei O antigens. // FEMS Immunol. Med. Microbiol. 27:219-225.

128. Ruiz-Moreno, J. M., et al. (2001). Delayed-onset postoperative endophthalmitis caused by Hafnia alvei. / J. M. Ruiz-Moreno, J. L. Alió, F. de la Hoz. // Eur. J. Ophthalmol. 2001.11:189-192.

129. Sahar, H.A., et al. (2017). Prevalence of Hafnia alvei (H. alvei) in hemorrhagic colitis (HC) and hemolytic uremic syndrome (HUS) patients and food samples in Iraq. / H. Ali Sahar, M.Kamil AL-Jobori, M. T. AL-Musawi, H. S. Kareem. // Journal by Innovative Scientific Information & Services Network. Bioscience Research. 2017. 14(4): 852-859.

130. Sakazaki, R., et al. (2005). Genus Hafnia M0ller 1954, Bergey's manual of systematic bacteriology, 2nd ed. Springer. / R.Sakazaki, D. Brenner, N. Krieg, J. T. Staley, G. Garrity. // J. Med. Sci. Biol. New York, N.Y. 2005. P. 681-685.

131. Savini, V., et al. (2009). Isolation of colistin-resistant Hafnia alvei. / V. Sav-ini , C. Catavitello, M. Talia, A. Balbinot, F. Febbo, A. Pompilio, G. Di Bonaventura, R .Piccolomini, D. D'Antonio. // J. Med. Microbiol. 58:278-280.

132. Savini, V., et al. (2008). An unexpected isolate of Hafnia alvei with reduced susceptibility to cefoxitin. / V. Savini , G. Di Bonaventura, C. Catavitello, R.Piccolomini, D. D'Antonio. //J. Infect. 57:165-166.

133. Savini, V., et al. (2008). Graft versus host-related Hafnia alvei colonization and probable infection. / V. Savini , E. Di Bartolomeo, C. Catavitello, M. Talia, A. Manna, F. Febbo, A. Balbinot, G. Di Bonaventura, P. Di Bartolomeo, R. Piccolomini, D. D' Antonio. // J. Med. Microbiol. 57:1167-1169.

134. Seon H. Song, et al. (2017). Complete genome sequence of a commensal bacterium, Hafnia alvei CBA7124, isolated from human feces./Seon H.Song, J. Yong Kim, Y. Bee Kim, M. Seon Jeong, J. Kang, J.-K. Rhee, J. Kwon, J. Suk Kim, J.-S. Choi, H.-J. Choi, Y.-D. Nam, S. Woon Roh. //Author information Article notes Copyright and License information Disclaimer.Gut Pathog. 2017; 9: 41. Published online 2017 Jul 27. doi: 10.1186/s13099-017-0190-0.PMCID: PMC5530468.PMID: 28770009.

135. Seral, J.C., et al. (2001). The eae A gene is not found in Hafnia alvei from patients with diarrhea in Aragón, Spain. / J.C. Seral, F. Castillo, M. T. Llorente, M. Varea, A. Clavel, M. C. Rubio, R. Gómez-Lus. //Int. Microbiol. 4:81-82.

136. Sherley M., et al., (2003). Species differences in plasmid carriage in the En-terobacteriaceae. / M.Sherley, D.M. Gordon, P.J.Collignon. // Elsevier BV. Plasmid. 49:79-85.

137. Stanic, M., et al., (2015). Hafnia alvei Urosepsis in a Kidney Transplant Patient. /M. Stanic, E. Meusburger, G.Hartmann, K.Lhotta. //Case Reports in Transplantation, 2015:1-3.

138. Stock, I., et al., (2005). Natural antimicrobial susceptibility patterns and bio-

chemical identification of Escherichia albertii and Hafnia alvei strains. / I.Stock, M. Rahman, K. J. Sherwood, B.Wiedemann. //Diagn. Microbiol. Infect. Dis., 51: 151-163.

139. Tamura, K., et al., (2007). MEGA 4 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. / K. Tamura, J. Dudley, M Nei, S. Kumar. //Mol. Biol. Evol. 24:1596-1599.

140. Viana, E.S., et al., (2009). Biofilm formation and acyl homoserine lactone production in Hafnia alvei isolated from raw milk./ E.S. Viana, M.E. Campos, A.R. Ponce, H.C. Mantovani, M.C.Vanetti. // Biol Res. 2009; 42:427-436.

141. Vivas, J., et al., (2008). Influence of environmental conditions on biofilm formation by Hafnia alvei strains. / J. Vivas, D. Padilla, F. Real, J. Bravo, V. Grasso, F.Acosta. // Vet Microbiol. 2008; 129:150-155.

142. West N. P., et al., (2005). Optimization of virulence functions through glu-cosylation of Shigella LPS. / N. P.West, P.Sansonetti, J.Mounier, R.M. Exley, C. Parsot, S. Guadagnini, C. M. Tang. // Science. -2005.- 307: 1313-1317.

143. Wertz J.E., et al., (2004). Chimeric Nature of Two Plasmids of Hafnia alvei Encoding the Bacteriocins Alveicins A and B. /Wertz J.E., Riley M.A. // J. Bacte-riol. - 2004. - V. 186, №6. - P. 1598-1605.

144. Yarlagadda K., et al., (2019). Catheter-associated Hafnia alvei induced Urosepsis./K.Yarlagadda , I.Shrimanker, V.K. Nookala //DOI: 10.7759/cureus.6471.