Научное обоснование и разработка комплексной системы молекулярно-генетической дифференциации штаммов Yersinia pestis тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Никифоров Константин Алексеевич

• Никифоров Константин Алексеевич
• доктор наук
• 2023

Оглавление диссертации доктор наук Никифоров Константин Алексеевич

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Внутривидовое и генетическое разнообразие штаммов Yersinia pestis

1.2 Исторические данные по распространению чумы в мире

1.3 Актуальность чумы в настоящее время

1.4 Современные молекулярно-генетические методы диагностики инфекционных болезней

Заключение по обзору литературы

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Материалы

2.1.1 Штаммы микроорганизмов и условия культивирования

2.1.2 Реактивы и оборудование

2.2 Методы

2.2.1 Обеззараживание материала

2.2.2 Изучение биохимических свойств штаммов Y. pestis

2.2.3 Определение признака пигментации и зависимости роста от ионов кальция

2.2.4 Выделение нуклеиновых кислот

2.2.5 Проведение ПЦР и ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов

2.2.6 Фрагментное и полногеномное секвенирование

2.2.7 Гибридизация в системе мультиплексных ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов на твёрдой подложке

2.2.8 Биоинформационный анализ

2.2.9 Методы статистического анализа

ГЛАВА 3 ИЗУЧЕНИЕ ПОПУЛЯЦИОННОЙ СТРУКТУРЫ

ШТАММОВ КАВКАЗСКОГО, УЛЕГЕЙСКОГО, ЦЕНТРАЛЬНОАЗИАТСКОГО ПОДВИДОВ YERSINIA PESTIS, РАСПРОСТРАНЁННЫХ В ПРИРОДНЫХ ОЧАГАХ РОССИИ И СОПРЕДЕЛЬНЫХ СТРАН

3.1 Филогеография штаммов кавказского подвида Y. pestis

3.2 Анализ популяционной структуры штаммов улегейского подвида Y. pestis

3.3 Филогения штаммов центральноазиатского подвида Y. pestis

3.4 Анализ филогенетической структуры алтайского биовара центральноазиатского подвида Y. pestis

Заключение по Главе

ГЛАВА 4 РАЗРАБОТКА СПОСОБА ДЕТЕКЦИИ И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ ЧУМЫ ОСНОВНОГО И НЕОСНОВНЫХ ПОДВИДОВ (ОТДЕЛЬНО АЛТАЙСКОГО БИОВАРА ЦЕНТРАЛЬНОАЗИАТСКОГО ПОДВИДА) МЕТОДОМ ПЦР-РВ

4.1 Подбор ДНК-мишеней, праймеров, зондов и оптимальной программы амплификации ПЦР-РВ

4.2 Сравнительный анализ эффективности разработанного способа

и набора реагентов «ГенПест-индикация-РГФ»

4.3 Проведение клинических испытаний «ГенПест-подвид/алтай-РГФ» с определением диагностической чувствительности и специфичности

Заключение по Главе

ГЛАВА 5 ИЗУЧЕНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННО-ВРЕМЕННЫХ ЗАКОНОМЕРНОСТЕЙ РАСПРОСТРАНЕНИЯ И ГЕНЕТИЧЕСКИХ ОСОБЕННОСТЕЙ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS ЛИНИИ

ЭВОЛЮЦИИ 1.0Ш

5.1 Изучение биохимических свойств и плазмидного профиля штаммов из природных очагов Вьетнама

5.2 Филогенетический анализ штаммов Y. рвзИя, выделенных в Социалистической Республике Вьетнам

5.3 Определение внутривидовой принадлежности штамма Y. рвзИя

из Илийского межгорного очага

Заключение по Главе

ГЛАВА 6 СОЗДАНИЕ СПОСОБА ИНДИКАЦИИ И ИДЕНТИФИКАЦИИ ШТАММОВ ПО ИХ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ К ВИДУ YERSINIA PESTIS, ПОДВИДАМ, БИОВАРАМ, ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИМ ВЕТВЯМ, А ТАКЖЕ ПО НАЛИЧИЮ ОСНОВНЫХ ГЕНОВ ПАТОГЕННОСТИ С ПОМОЩЬЮ СИСТЕМЫ МУЛЬТИПЛЕКСНЫХ ПЦР С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЁТОМ

РЕЗУЛЬТАТОВ НА ТВЁРДОЙ ПОДЛОЖКЕ

6.1 Подбор ДНК-мишеней, расчёт праймеров и зондов для индикации и идентификации штаммов по их принадлежности к виду Y. рв8И8, подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям, а также по наличию основных генов факторов патогенности

6.2 Структура и схема интерпретации результатов разработанного способа индикации и идентификации штаммов по их принадлежности к виду Y. подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям, а также

по наличию основных генов факторов патогенности

6.3 Конструирование набора реагентов для выявления и внутривидовой дифференциации штаммов Y. рвзИя методом мультилокусной ПЦР в формате биочипа «Пест-МЛ ПЦР-биочип»

Заключение по Главе

ГЛАВА 7 РАЗРАБОТКА СПОСОБА ВНУТРИВИДОВОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ОСНОВНЫХ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ВЕТВЕЙ YERSINIA PESTIS МЕТОДОМ АЛЛЕЛЬ-СПЕЦИФИЧЕСКОЙ ПЦР-РВ

7.1 Поиск ДНК мишеней и конструирование праймеров для проведения внутривидовой дифференциации основных филогенетических ветвей Y. pestis

7.2 Подбор условий амплификации и оценка специфичности разработанного комплекса аллель-специфических ПЦР-РВ

Заключение по Главе

ГЛАВА 8 СОЗДАНИЕ КОМПЛЕКСНОЙ СИСТЕМЫ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ

ШТАММОВ YERSINIA PESTIS

Заключение по Главе

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СЛОВАРЬ ТЕРМИНОВ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Приложение А. Номера доступа депонированных в базе данных NCBI GenBank геномов Y. pestis

Приложение Б. Регистрационное удостоверение на медицинское изделие для in vitro диагностики «Набор реагентов для выявления и дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов (отдельно алтайского биовара центральноазиатского подвида) методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов в режиме реального времени (ГенПест-подвид/алтай-РГФ)»

Приложение В. Акт внедрения МИ «ГенПест-подвид/алтай-РГФ» от

ФКУЗ Иркутский НИПЧИ Роспотребнадзора

Приложение Г. Акт внедрения МИ «ГенПест-подвид/алтай-РГФ» от ФКУЗ Противочумный центр Роспотребнадзора

Приложение Д. Акт использования изобретения «Способ индикации и идентификации штаммов возбудителя чумы по их принадлежности к виду Y. pestis, к подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям и по наличию генов основных факторов патогенности методом ДНК-чипа» от ФКУН Российский

противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора

Приложение Е. Регистрационное удостоверение на медицинское изделие для in vitro диагностики «Набор реагентов для выявления и внутривидовой дифференциации штаммов чумного микроба методом мультилокусной ПЦР в формате биочипа (Пест-МЛ ПЦР-

биочип)»

Приложение Ж. Акт внедрения МИ «Пест-МЛ ПЦР-биочип» от

ФКУЗ Волгоградский НИПЧИ Роспотребнадзора

Приложение З. Акт внедрения МИ «Пест-МЛ ПЦР-биочип» от ФКУЗ Ставропольский НИПЧИ Роспотребнадзора

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Научное обоснование и разработка комплексной системы молекулярно-генетической дифференциации штаммов Yersinia pestis»

Актуальность темы исследования

В современных социально-экономических и эпидемиологических условиях наблюдается тенденция к росту случаев появления новых опасных инфекционных нозологий, а также вновь возвращающихся заболеваний. Интенсивные миграционные и туристические потоки населения между государствами являются причиной перманентной угрозы глобального распространения инфекционных болезней, что диктует необходимость разработки новой стратегии противодействия чрезвычайным эпидемическим ситуациям, в основе которой должны лежать современные достижения по контролю над инфекционными болезнями и новейшие методы индикации, дифференциации и профилактики [Онищенко и др., 2006; Кутырев и др., 2006, 2022; Щуковская и др., 2009, 2011; WHO guidelines for plague management, 2021]. В 2022 году ВОЗ объявила о новой 10-летней стратегии глобального геномного надзора за патогенами, обладающими пандемическим и эпидемическим потенциалом, что подчёркивает важность изучения геномов возбудителей опасных инфекций [Carter et al., 2022].

К основным направлениям развития лабораторной диагностики особо опасных инфекций относятся разработка и использование методов, имеющих в своей основе современные успехи в геномном, протеомном, биоинформационном анализах; повышение специфичности и чувствительности диагностических методик; стандартизация лабораторных исследований; подготовка квалифицированных кадров в областях диагностики, эпидемиологии и профилактики особо опасных инфекций [Онищенко и др., 2009].

В частности, к особо опасным инфекциям, обладающим способностью вызывать чрезвычайные ситуации в сфере общественного здравоохранения и не теряющим свою актуальность и в настоящее время, относится чума, возбудителем которой является бактерия Yersinia pestis [Онищенко и др., 2004; Кутырев и др., 2006, 2022]. Чума представляет собой системную болезнь в основном с трансмиссивным путём передачи [Wren, 2003; Brubaker, 2004]. Вирулентность Y. pestis -

полидетерминантный признак, определяемый комплексом факторов патогенно-сти, которые кодируются генами хромосомной и плазмидной локализации [Попов и др., 1980; Проценко и др., 1983; Kutyrev et al., 1992; Gao et al., 2020; Dewitte et al., 2020]. За всю историю человечества достоверно описано три пандемии чумы, унёсшие сотни миллионов жизней. Чума продолжает представлять угрозу мировому сообществу и в настоящее время. Крупная вспышка лёгочной чумы была в 2017 г. на Мадагаскаре, когда было зарегистрировано 2417 больных с 209 летальными исходами [URL: https://www.afro.who.int/health-topics/plague/plague-outbreak-situation-reports]. В 2021 году на территории Демократической Республики Конго (ДРК), Республики Мадагаскар, Соединённых Штатов Америки (США), Китайской Народной Республики (КНР) и Монголии было зарегистрировано 244 случая чумы человека, из них 29 летальных [Попов и др., 2022]. В 2022 году в ДРК было зарегистрировано 638 случаев с подозрением на бубонную чуму с 14 смертельными исходами [URL: https://acpcongo.com/index.php/2023/03/06/638-cas-de-peste-repertories-en-2022-en-ituri/ (дата обращения 14.03.2023)]; в США - 1 случай [URL: https: //www.cdc .gov/mmwr/volumes/71 /wr/mm7124a5.htm? s_cid= mm7124a5_w (дата обращения 7.09.2022)]; в Китае - 3 случая чумы человека (два летальных) [URL: https://thebl.com/china/black-death-case-reported-in-chinas-inner-mongolia.html (дата обращения 7.09.2022)]; в Монголии - 1 случай чумы человека [URL: https://m.nbd.com.cn/articles/2022-09-14/2464259.html (дата обращения 20.09.2022)]; в Республике Мадагаскар - 8 случаев (5 летальных) [URL: https://www.madagascar-tribune.com/5-deces-dus-a-la-peste-a-Ampanotokana-Ambohidratrimo.html (дата обращения 30.12.2022)]. В марте 2023 года в Республике Мадагаскар округе Амбуситра было зарегистрировано 8 случаев подозрительных на чуму случая с 2 летальными исходами [URL: https://lexpress.mg/23/03/2023/ambositra-un-troisieme-deces-qui-serait-du-a-la-peste-signale/ (дата обращения 29.03.2023)], а в ДРК за первое полугодие 2023 г. - 29 случаев с 4 летальными исходами [URL: https://promedmail.org/promed-posts/?kwby 1=summary&search=plague&date1=&date2=&feed_id= 1 &submit=Search (дата обращения 16.06.2023)], а в Монголии - 1 случай [URL:

https://m.akipress.com/news:717312]. В настоящее время остаётся реальной опасностью угроза применения возбудителя чумы в качестве агента в биотерроризме [Воробьёв и др., 2002; Yang, 2017; Rotem et al., 2021].

В ряде природных очагов Российской Федерации постоянно регистрируется эпизоотическая активность, которая может привести к заболеванию чумой. Так, в Горно-Алтайском природном очаге в 2014-2016 гг. произошло три случая заражения чумой человека. Штаммы возбудителя чумы были выделены от животных в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге в 2012-2022 гг., в Тувинском горном - в 2012-2016 и 2018-2022 гг., в Прикаспийском песчаном - в 2013-2015 гг., в Восточно-Кавказском высокогорном - в 2010-2013 гг., в Центрально-Кавказском высокогорном - в 2021 г., что свидетельствует о потенциальном риске эпидемических проявлений данного заболевания [Попов и др., 2020].

На территории России и сопредельных государств циркулируют штаммы возбудителя чумы различных подвидов, биоваров и филогенетических ветвей [Онищенко и др., 2004; Попов и др., 2022; Anisimov et al., 2004; Cui et al., 2013; Kutyrev et al., 2018]. Постоянно регистрируется эпизоотическая активность в природных очагах Республики Казахстан, Киргизской Республики [Ерубаев и др., 2022; Мека-Меченко и др., 2022; Бердиев и др., 2022]. Тесные социокультурные и торгово-экономические связи с другими странами СНГ, со странами ближнего и дальнего зарубежья создают опасность заносов штаммов Y. pestis на территорию России. Кроме того, в Российской Федерации существуют природные очаги соче-танного типа, в которых циркулируют штаммы подвидов, обдадающих разной эпидемической значимостью и степенью вирулентности. Распространение в таких очагах различных популяций чумного микроба осложняет дифференциацию и ти-пирование Y. pestis в рамках проводимого эпидемиологического мониторинга.

Степень разработанности темы исследования

Диагноз чумы ставится на основании эпидемиологических данных, характерной клинической картины и результатов лабораторного исследования. В РФ лабораторная диагностика чумы выполняется с использованием следующих методов: бактериоскопические, иммунологические, бактериологические и молекуляр-

но-генетические [Практическое руководство «Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней», 2013]. Молекулярно-генетические методы характеризуются высокой чувствительностью, информативностью и объективностью получаемых результатов, что крайне важно при проведении противоэпидемических мероприятий. Среди этих методов чаще всего применяется полимеразная цепная реакция с учётом результатов в режиме реального времени (ПЦР-РВ). В качестве медицинских изделий для индикации и идентификации возбудителя чумы в РФ зарегистрированы следующие наборы реагентов: «Ген Y. pestis индикация-РГФ», «Ген Y. pestis идентификация-РГФ» (ФКУН Российский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, Саратов) [Куклев, 2007], «ОМ-Скрин-Чума-РВ» («Синтол», Москва) и «АмплиСенс Y. pestis-FL» (ФБУН ЦНИИ эпидемиологии, Москва). Кроме того, разработаны экспериментальные комплекты праймеров и зондов для внутривидовой дифференциации подвидов, биоваров и филогенетических ветвей вида Y. pestis: основной подвид, средневековый биовар основного подвида (его ветви 2.MED0-2.MED3), восточный биовар основного подвида, кавказский, улегейский подвиды, алтайский, гиссарский и microtus биовары цен-тральноазиатского подвида [Одиноков и др., 2011, 2013; Никифоров и др., 2017; Носов и др., 2019; Motin et al., 2002]. Однако нерешёнными остаются вопросы по дифференциации многих других филогеографических популяций Y. pestis, таких как 0.ANT1, 0.ANT2, 0.АОТ3, 0.АОТ5 и 3.АОТ античного биовара основного подвида; 2.MED4 средневекового биовара; 1.ORI1, 1.ORI2, 1.ORI3 восточного биовара; 1.IN1, 1.IN2, 1.IN3 биовара intermedium; а кроме того ангольского (ветвь 0.PE3) и тибетского (ветвь 0.PE7) подвидов.

В связи с вышеизложенным актуальными являются исследования, посвящён-ные созданию комплексной системы молекулярно-генетической дифференциации штаммов Y. pestis согласно их принадлежности к конкретным подвидам, биоварам и филогенетическим ветвям. Создание такой системы необходимо для повышения оперативности осуществления внутривидовой дифференциации штаммов Y. pestis при выполнении эпидемиологического расследования вспышек и заносов чумы, а также при реализации молекулярно-генетической паспортизации очаговых терри-

торий, при осуществлении паспортизации штаммов, проводимой в рамках коллекционной деятельности, что совокупно послужит оптимизации эпидемиологического надзора за чумой в Российской Федерации.

Помимо прикладной научной составляющей, значительный интерес для фундаментальной науки представляет изучение филогенетического разнообразия штаммов возбудителя чумы. Y. pestis является примером быстрой эволюции одной из ветвей возбудителя псевдотуберкулёза - Yersinia pseudotuberculosis, получившей распространение по всему миру [Perry, Fetherston, 1997; Achtman et al., 1999].

В научной литературе представлены работы как по изучению общего филогенетического разнообразия штаммов чумного микроба [Anisimov et al., 2004; Li et al., 2009; Morelli et al., 2010; Cui et al., 2013; Kutyrev et al., 2018; Eaton et al., 2023 A; Eroshenko et al., 2023], так и по исследованию отдельных филогеографических популяций штаммов с определённых территорий [Платонов и др., 2012, 2015; Куклева и др., 2015; Носов и др., 2016; Кисличкина и др., 2017; Ерошенко и др.,

2018, 2019; Балыкова и др., 2022; Ярыгина и др., 2022, 2023; Riehm et al., 2012, 2015; Vogler et al., 2011, 2013, 2019; Ramasindrazana et al., 2022; Valtuena et al., 2022; Esquivel Gomez et al., 2023]. Быстрыми темпами развивается направление микробиологии - палеомикробиология, по реконструкции древних геномов из различных частей Евразии [Bos et al., 2011, 2016; Rasmussen et al., 2015; Feldman et al., 2016 А, Б; Valtuena et al., 2017; Keller et al., 2019; Spyrou et al., 2016, 2018,

2019, 2022; Rascovan et al., 2019; Giffin et al., 2020; Immel et al., 2021; Eaton et al., 2023 Б].

Однако, популяционные структуры некоторых филогеографических групп Y. pestis к настоящему времени остаются исследованы недостаточно. К ним относятся центральноазиатский (центральноазиатская зона природной очаговости чумы), кавказский (природный очаги Кавказа), улегейский (природные очаги Монголии) подвиды Y. pestis и популяция штаммов из природных очагов Социалистической Республики Вьетнам (СРВ). Исследование генетических особенностей штаммов рано дивергировавших неосновных подвидов Y. pestis - центральноазиатского, кавказского, улегейского подвидов необходимо для установления путей форми-

рования и направлений эволюции возбудителя чумы, а поиск генетических причин их избирательной вирулентности имеет существенное значение для выяснения молекулярно-генетических основ патогенности Y. pestis.

Многие аспекты распространения чумы во время прошедших пандемий чумы и особенно третьей пандемии, вызванной штаммами восточного биовара, остаются не выясненными. В международных базах данных отсутствуют полногеномные последовательности штаммов, выделенных во время третей пандемии чумы на территории СРВ, и их молекулярно-генетические свойства остаются неисследованными. Поэтому изучение популяционной структуры и поиск генетических особенностей штаммов из СРВ, как представителей одной из наиболее эволюци-онно молодых ветвей Y. pestis - восточного биовара, представляет собой значительный интерес для понимания путей распространения и сопутствующих изменений генома возбудителя чумы.

На основании приведённых выше фактов актуальны исследования, направленные на молекулярно-генетический анализ популяционной структуры цен-тральноазиатского и других неосновных подвидов Y. pestis, получивших распространение на территории природных очагов России и её сопредельных государств, а также изучение филогенетического разнообразия штаммов Y. pestis восточного биовара основного подвида из СРВ. В связи с вышеизложенным, свидетельствующим об актуальности обозначенных научных направлений, сформулированы цель и задачи настоящего исследования.

Цель исследования: на основании данных филогенетического анализа штаммов возбудителя чумы провести научно-методическое обоснование и разработать комплексную систему молекулярно-генетической дифференциации штаммов Yersinia pestis для повышения эффективности микробиологического мониторинга в очагах чумы.

Задачи исследования: 1. Провести филогеографический анализ популяционной структуры кавказского, улегейского и центральноазиатского подвидов Y. pestis, распространённых в природных очагах России и сопредельных государств. Усовершенствовать под-

видовую классификацию Y. pestis с разделением подвидов по эпидемической значимости.

2. Обосновать необходимость расширения применения методов молекулярно-генетического анализа для выявления и дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов (отдельно алтайского биовара централь-ноазиатского подвида) и предложить методологию решения вопроса.

3. Охарактеризовать филогенетическое разнообразие штаммов Y. pestis восточного биовара основного подвида из природных очагов чумы СРВ. Определить методологию подбора праймеров для БМР-типирования штаммов методом фраг-ментного секвенирования, позволяющую установить ареалы БМР-генотипов и направления распространения Y. pestis восточного биовара в СРВ в период третьей пандемии чумы.

4. Научно обосновать возможность и необходимость одновременной индикации, идентификации и внутривидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы и методологию выбора молекулярно-генетических методов для системного анализа патогена.

5. На основании данных глобального филогеографического разнообразия Y. pestis теоретически обобщить и предложить комплекс молекулярно-генетических методов на основе аллель-специфических ПЦР с учётом результатов в режиме реального времени для внутривидовой дифференциации штаммов основных филогенетических ветвей возбудителя чумы.

6. Научно обосновать и разработать комплексную систему молекулярно-генетической дифференциации штаммов Y. pestis с использованием методов ПЦР-РВ, аллель-специфической ПЦР-РВ и мультиплексных ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов на твёрдой подложке на основе разработанного алгоритма их применения в рамках микробиологического мониторинга, проводимого в природных очагах чумы.

Научная новизна

Получены новые данные о глобальном генетическом разнообразии Y. pestis с учётом филогеографических популяций из природных очагов РФ и её сопредель-

ных государств. Определена популяционная структура центральноазиатского подвида возбудителя чумы ssp. central asiatica, который объединяет штаммы четырёх биоваров: алтайского (0.PE4a), гиссарского (0.PE4h), таласского (0.PE4t) и microtus (0.PE4m) из центральноазиатской зоны природной очаговости чумы в России, Монголии и Китае. Разработан эффективный способ дифференциации штаммов возбудителя чумы центральноазиатского подвида методом ПЦР-РВ. Впервые штаммы из провинции Цинхай (Китай) определены в отдельный цинхай-ский подвид ssp. qinghaica и новую филогенетическую линию 0.PE10. На основе этого проведено уточнение внутривидовой классификации Y. pestis, в соответствии с которой вид Y. pestis включает семь отдельных подвидов, отличающихся по эпидемической значимости: основной, кавказский (0.PE2), ангольский (0.PE3), центральноазиатский (0.PE4), улегейский (0.PE5), тибетский (0.PE7) и цинхай-ский (0.PE10). Впервые обнаружена уникальная для штаммов центральноазиат-ского подвида мутация в гене ybtS, которая может быть связана с их избирательной вирулентностью.

Получены новые данные о филогеографическом разнообразии штаммов кавказского подвида природных очагов Кавказа и Закавказья в России, Азербайджане, Армении и Грузии. Установлено наличие нескольких обособленных филогенетических ветвей Y. pestis ssp. caucasica, соотносящихся с распространением штаммов на территории природных очагов вышеупомянутых стран. Первая (I) из них образована штаммами Восточно-Кавказского высокогорного природного очага; вторая (II) представлена штаммами Присеванского горного, Зангезуро-Карабахского горного и Приараксинского низкогорного очагов; а третья (III) -штаммами северо-западной части Кавказского нагорья (Гюмрийский и Джавахет-ско-Ахалкалакский очаги). Предложен способ установления принадлежности штаммов Y. pestis к филогенетическим ветвям I, II (отдельно IIa, IIb, IIc) и III кавказского подвида методом фрагментного секвенирования. Обнаружены специфические мутации в генах astD, fyuA, hmsF, hmsT, yopH, yopT, yscG, yscU, которые приводят к заменам кодируемых аминокислот и, как следствие, могут быть причиной избирательной вирулентности штаммов кавказского подвида.

Получены приоритетные данные по популяционной структуре штаммов Y. pestis ББр. ulegeica филогенетической линии 0.РЕ5, образованной из двух ветвей эволюции: 0.РЕ5-1 из южных и центральных районов Монголии и 0.РЕ5-2 - из западных районов. Найдена специфическая замена единичного нуклеотида в гене фактора патогенности yscQ, которая может лежать в основе избирательной вирулентности штаммов этого подвида. Создан способ установления принадлежности штаммов возбудителя чумы к отдельным филогенетическим ветвям (0.РЕ5/1, 0.РЕ5/2-1, 0.РЕ5/2-2) улегейского подвида методом фрагментного секвенирова-ния.

Научно обоснована методология и разработан способ установления принадлежности штаммов возбудителя чумы к отдельным подветвям и кластерам алтайского биовара центральноазиатского подвида методом фрагментного секвениро-вания.

Впервые проведён молекулярно-генетический анализ популяционной структуры восточного биовара основного подвида Y. pestis (филогенетическая линия 1.0М) из очагов чумы СРВ согласно данным полногеномного секвенирования. Установлено наличие специфической ветви 1.ORI2v, к которой относится большинство штаммов чумы из Вьетнама. Два штамма составили отдельную ветвь 1.0М2у1 со штаммом из Индии в структуре ветви 1.0М2, а один штамм находился обособленно в составе ветви 1.0М1. Ветвь 1.0М2у образуют 10 подветвей (1.0М2у1-10), различных по месту и времени выделения сформировавших их штаммов. Впервые представлена научно обоснованная теория циркуляции штаммов Y. pestis разных генетических ветвей в СРВ и проведено районирование территории Вьетнама по распространению БМР-генотипов. Разработан комплекс праймеров для дифференциации штаммов из СРВ по их принадлежности к генетическим подветвям 1.0М2у, 1.0М2у1, 1.0М2у1-10, основанный на детекции маркерных Б^Рб методом фрагментного секвенирования.

На основании выполненного сравнительного анализа полногеномных последовательностей штаммов возбудителя чумы найдены ДНК-мишени - единичные нуклеотидные полиморфизмы (SNPs), уникальные для различных филогенетиче-

ских ветвей Y. pestis (а именно: 0.АОТ1, 0.ANT2, 0.ANT3, 0.АОТ5, 3.АNT, 4.ANT античного биовара; 2.MED0, 2.MED1, 2.MED2, 2.МЕD3, 2.МЕD4 средневекового биовара; 1.ORI1, 1.0RI2, 1.0RI3 восточного биовара; 1.IN1, 1.IN2, 1.IN3 биовара intermedium основного подвида; ангольского (0.PE3), тибетского (0.PE7) и цин-хайского (0.PE10) подвидов), и разработан комплекс аллель-специфических ПЦР-РВ, позволяющих проводить внутривидовую дифференциацию всех основных филогенетических групп Y. pestis. Приоритетность исследований подтверждена выдачей патента на изобретение «Способ определения филогенетической принадлежности штаммов Yersinia pestis основного подвида методом аллель-специфической ПЦР с учётом результатов в режиме реального времени» № RU 2799415 C1.

По результатам анализа 18 ДНК-мишеней на примере использования 114 штаммов Y. pestis, относящихся к разным подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям впервые научно обоснован и разработан способ индикации и идентификации штаммов согласно их принадлежности к виду Y. pestis, отдельным подвидам, биоварам, филогенетическим линиям, а кроме того по наличию основных генов патогенности на основе использования системы мультиплексных ПЦР с гибриди-зационно-флуоресцентным учётом результатов на твёрдой подложке. Разработан алгоритм автоматического анализа результатов, полученных с помощью системы мультиплексных ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов на твёрдой подложке, для индикации и идентификации штаммов согласно их принадлежности к виду Y. pestis, подвидам, биоварам и отдельным филогенетическим линиям, реализуемый при использовании специально разработанной программы по учёту результатов мультиплексного анализа на биологическом микрочипе для выявления и дифференциации штаммов чумного микроба (патент № 2021612722 RU). Научно обоснована возможность индикации и идентификации штаммов возбудителя чумы согласно их принадлежности к виду Y. pestis, к отдельным подвидам, биоварам, филогенетическим ветвям и по наличиюу них генов основных факторов патогенности методом ДНК-чипа (патент RU 2734636 C1).

Научно обоснована и разработана комплексная система молекулярно-генетической внутривидовой дифференциации штаммов Y. pestis, которая основана на применении методов ПЦР-РВ, АС-ПЦР-РВ и мультиплексных ПЦР с гибри-дизационно-флуоресцентным учётом результатов на твёрдой подложке для проведения быстрого и надёжного анализа в рамках проведения микробиологического мониторинга.

Теоретическая и практическая значимость Теоретическая значимость исследований обоснована тем, что: Проведено усовершенствование классификации штаммов Y. pestis, согласно которой выделяется семь подвидов, отличающихся по своей эпидемической значимости: основной, ssp. pestis; ангольский, ssp. angolica; кавказский, ssp. caucasica; тибетский, ssp. tibetica; улегейский, ssp. ulegeica; центральноазиатский, ssp. central asiatica; цинхайский, ssp. qinghaica. На основе данных полногеномного секвенирования определена популяционная структура древних подвидов Y. pestis - кавказского, центральноазиатского, улегейского; выявлены отличия в генах факторов патогенности, что может применяться для проведения анализа направлений эволюции и молекулярных основ отличий в вирулентности по сравнению с высоковирулентным основным подвидом возбудителя чумы. Сформулирована гипотеза о том, что штаммы алтайского биовара центральноазиатского подвида из Уландрыкского мезоочага представляют собой наиболее эволюционно раннюю ветвь эволюции Y. pestis этого биовара.

Получены новые данные о генетических характеристиках штаммов цен-тральноазиатского подвида и найдены мутации в ряде генов, кодирующих факторы патогенности. Сделано предположение о том, что эти мутации могут быть причиной авирулентности штаммов филогенетической ветви 0.PE4 для человека.

Полученные данные вносят значительный вклад в определение закономерностей пространственно-временной циркуляции и эволюции возбудителя чумы в природных очагах РФ, стран ближнего и стран дальнего зарубежья; выявление филогеографического разнообразия Y. pestis основного и неосновных подвидов; уточнение ареалов различных филогеографических популяций возбудителя.

Филогенетический анализ штаммов, выделенных на территории СРВ, позволил получить новые данные по распространению и направлению эволюции Y. pestis восточного биовара в период третьей пандемии чумы. Предложена научно обоснованная теория циркуляции и распространения штаммов Y. pestis разных генетических ветвей восточного биовара основного подвида в СРВ. Разработан комплекс праймеров для дифференциации штаммов из СРВ по их принадлежности к основным генетическим ветвям и подветвям (1.0М2у, 1.0М2у1, 1.0М2у1-10), основанный на детекции маркерных Б^Рб методом фрагментного секвениро-вания. Анализ полученных данных послужил основанием для выдвижения предположения о том, что занос чумы в СРВ происходил несколько раз и обусловлен передачей инфекции синантропными крысами на кораблях преимущественно из Китая, а также сухопутным путём с территории близлежащего природного очага чумы в провинции Юньнань.

Изучение популяционной структуры и поиск детерминированности избирательной вирулентности неосновных подвидов, распространённых на территории стран СНГ, расширили представления о структурно-функциональной организации геномов древних подвидов чумы. Полногеномное секвенирование с последующим анализом полиморфизма единичных нуклеотидов (SNPs) центральноазиат-ского и других неосновных подвидов возбудителя чумы позволили установить популяционную структуру этих рано дивергировавших групп Y. pestis и уточнить ареалы их распространения в очагах Восточной Европы и Центральной Азии.

Практический аспект диссертации обусловлен тем, что:

Теоретические разработки и обоснования реализованы в виде подобранных комплектов праймеров для дифференциации основных ветвей эволюции Y. pestis с использованием метода аллель-специфической ПЦР-РВ, востребованных для проведения молекулярно-генетической идентификации штаммов, выделенных из природных очагов чумы, с установлением их принадлежности к отдельным филогенетическим ветвям, а также оценки их вирулентности. Применение данного методического подхода способствует повышению эффективности оперативного расследования случаев чумы в рамках проведения микробиологического мониторин-

га на территории природных очагов Российской Федерации и её сопредельных государств.

Ряд научно-методических разработок в области расширения возможностей дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов, в том числе отдельно алтайского биовара центральноазиатского подвида, был реализован в виде регистрации Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения Российской Федерации медицинских изделий для in vitro диагностики:

- «Набор реагентов для выявления и дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов (отдельно алтайского биовара центральноазиатского подвида) методом полимеразной цепной реакции с гибридизацион-но-флуоресцентным учётом результатов в режиме реального времени (ГенПест-подвид/алтай-РГФ)» для детекции ДНК штаммов Y. pestis в пробах биологического, клинического материала, объектов окружающей среды с одновременным определением принадлежности к основному и неосновным подвидам и с отдельной дифференциацией алтайского биовара центральноазиатского подвида методом ПЦР-РВ (Регистрационное удостоверение № РЗН 2018/7338 от 19.09.2022) (Приложение Б).

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Никифоров Константин Алексеевич, 2023 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Акиев, А.К. Природная очаговость чумы в Юго-Восточной Азии (Вьетнам) / А.К. Акиев, С.Н. Варшавский, В.П. Козакевич // Эпидемиология и профилактика чумы и холеры. - Саратов, 1983. - С. 43-52. - Текст: непосредственный.

2. Афанасьев, М.В. Анализ нуклеотидной последовательности критической плазмиды pTP33 Yersiniapestis из Тувинского природного очага чумы / М.В. Афанасьев, С.В. Балахонов, Е.Г. Токмакова, и др. // Генетика. - 2016. - № 9. -С.1012-1020. - Текст: непосредственный.

3. Ашмарин, И.П. Статистические методы в микробиологических исследованиях / И.П. Ашмарин, А.А. Воробьёв. - Л.: Медгиз., 1962. - 180 с. - Текст: непосредственный.

4. Балахонов, С.В. Результаты VNTR-анализа по локусу (5'-CAAA-3')n штаммов Yersinia pestis из активных природных очагов чумы Сибири / С.В. Балахонов, М.Ю. Шестопалов, И.Ф. Романова // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2009. - № 3. - С. 14-16. - Текст: непосредственный.

5. Балахонов, С.В. Первый случай выделения Yersinia pestis subsp. pestis в Алтайском горном природном очаге чумы. Сообщение I. Микробиологическая характеристика, молекулярно-генетическая и масс-спектрометрическая идентификация изолята / С.В. Балахонов, М.В. Афанасьев, М.Ю. Шестопалов, А.С. Остяк и др. // Проблемы особо опасных инфекций. - 2013. - Вып. 1. - С. 12-16. -Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2013-1-60-65.

6. Балахонов, С.В. Горно-Алтайский природный очаг чумы: ретроспективный анализ, эпизоотологический мониторинг, современное состояние / под редакцией Балахонова С.В., Корзун В.М. - Новосибирск: Наука-Центр, 2014. - 272 с. - Текст: непосредственный.

7. Балахонов, С.В. Случай заболевания человека чумой в Кош-Агачском районе Республики Алтай в 2015 г. Сообщение 2. Микробиологическая и молеку-лярно-генетическая характеристика изолированных штаммов / С.В. Балахонов,

М.Б. Ярыгина, Е.Н. Рождественский [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2016. - № 4. - С. 51-55. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-4-51-55.

8. Балыкова, А.Н. SNP-профили штаммов Yersinia pestis средневекового биовара из очагов чумы Прикаспия / А.Н. Балыкова, Л.М. Куклева, П.А. Горюно-ва [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - № 4. - С. 41-49. -Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-41-49.

9. Безсонова, A.A. О двух разновидностях Y. pestis, обнаруживаемых при росте на глицериновых средах / A.A. Безсонова // Вестник микробиологии, эпидемиологии и паразитологии. - 1928. - Т. 7. - Вып. 3. - С. 325-326. - Текст: непосредственный.

10. Бердиев, С.К. Международная интеграция и сотрудничество на современном этапе в борьбе с чумой и другими опасными инфекциями в Кыргызской Республике / С.К. Бердиев, А.К. Джапарова, Г.А. Ерошенко [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - № 4. - С. 7-13. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-7-13.

11. Берлин, А.Л. Рамнозо-позитивные варианты Y. pestis и дифференциально-диагностическое значение среды с рамнозой / А.Л. Берлин, А.К. Борзенков // Вестник микробиологии, эпидемиологии и паразитологии. - 1938. - Т. 17. -Вып. 3. - С. 238-246. - Текст: непосредственный.

12. Бобров, А.Г. Распространённость IS2&5 и IS100 в геномах Yersinia pestis и Yersinia pseudotuberculosis / А.Г. Бобров, А.А. Филиппов // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 1997. - № 2. - С. 36-40. - Текст: непосредственный.

13. Булгакова, Е.Г. Особенности проявления признака пигментации и структурные различия генов hms-оперона у штаммов Y. pestis и Y. pseudotuberculosis разного происхождения / Е.Г. Булгакова, Я.М. Краснов, А.В. Гаева, И.Ю. Сухоносов [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2011. - № 2. - С. 30-35. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2011-2(108)-30-35.

14. Воробьёв, А.А. Проблема биотерроризма с современных условиях / А.А. Воробьёв, Б.В. Боев, В.М. Бондаренко, А.Л. Гинцбург // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 2002. - № 3. - С. 3-12. - Текст: непосредственный.

15. Грановский И.Э. Патент № 2509804 Российская Федерация, МПК C12N15/11, C12Q1/68. Набор дифференцирующих и специфических олигонуклео-тидов для идентификации ДНК возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации ОКИ, микрочип и диагностическая система для осуществления способа: N 2010112461/10; заявл. 31.03.2010; опубл. 20.03.2014 / И.Э. Грановский, С.Р. Айвазян, О.В. Прусакова, Г.В. Афанасьева, В.А. Малов, И.П. Белецкий; заявитель и патентообладатель Закрытое акционерное общество «Молекулярно-медицинские технологии». - Текст: непосредственный.

16. Гржибовский, А.М. Доверительные интервалы для частот и долей / А.М. Гржибовский // Экология человека. - 2008. - N 5. - С. 57-60. - Текст: непосредственный.

17. Грядунов Д.А. Патент № 2562866 Российская Федерация, МПК C12Q1/68. Способ обнаружения ДНК возбудителя туберкулёза с одновременным установлением его генотипа и определением генетических детерминант множественной и широкой лекарственной устойчивости, олигонуклеотидный микрочип, набор праймеров и набор олигонуклеотидных зондов, используемые в способе: N 2014145245/10; заявл. 11.11.2014; опубл. 10.09.2015 / Д.А. Грядунов, Д.В. Зимен-ков; заявитель и патентообладатель Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук (ИМБ РАН). - Текст: непосредственный.

18. Егоров, А.А. Систематика, принцип работы и области применения датчиков / А.А. Егоров // Журнал радиоэлектроники. - 2009. - № 3. - С. 1-22. -Текст: непосредственный.

19. Ерошенко, Г.А. Совершенствование подвидовой классификации Yersinia pestis на основе полногеномного секвенирования штаммов из России и сопредельных государств / Г.А. Ерошенко, Я.М. Краснов, Н.Ю. Носов [и др.] // Про-

блемы особо опасных инфекций. - 2015. - № 4. - С. 58-64. - Текст: непосредственный. - doi:10.21055/0370-1069-2015-4-58-64.

20. Ерошенко, Г.А. Природный мегаочаг основного подвида Yersinia pestis античного биовара филогенетической ветви 4.ANT в Горном Алтае / Ерошенко Г.А., Попов Н.В., Краснов Я.М. // Проблемы особо опасных инфекций. -2018. - № 2. - С. 49-56. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-2-49-56.

21. Ерошенко, Г.А. Пространственно-временной анализ циркуляции Yersinia pestis в Волго-Уральском песчаном очаге / Г.А. Ерошенко, Н.В Попов, Ж.В Альхова [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2019. - №3. - С. 51-57. -Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-3-51-57.

22. Ерубаев, Т.К. Международное сотрудничество Казахстана в профилактике особо опасных инфекций / Т.К. Ерубаев, Г.Г Ковалева, Т.В. Мека-Меченко [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - № 4. - С. 63-68. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-63-68.

23. Жирнов, И.В. Прототип олигонуклеотидного микрочипа для определения патогенов I группы, относящихся к семействам Arena- и Filoviridae / И.В. Жирнов, В.А. Рябинин, А.Н. Синяков [и др.] // Биоорган. химия. - 2015. - Т. 41, № 1. - С. 54. - Текст: непосредственный.

24. Залесских, Н.В. Система внешнего и внутреннего контроля качества в иммуноферментном анализе. Информационные материалы [Электронный ресурс] / Н.В. Залесских, И.Ф. Голубева, М.Н. Кокорева [и др.] // URL: http: //www.npods .ru/data/pages/science/files/5_Sistema_vneshnego_i_vnutrennego_ko ntrolya_kachestva.pdf (дата обращения 28.02.2017 г.).

25. Кадастр эпидемических и эпизоотических проявлений чумы на территории Российской Федерации и стран ближнего зарубежья (с 1876 по 2016 год) / Под ред. акад. РАМН В.В. Кутырева и проф. А.Ю. Поповой - Саратов: ООО «Амирит», 2016. - 248 с. - Текст: непосредственный.

26. Касьян, А.Ф. Характеристика некоторых биологических свойств штаммов возбудителя чумы, циркулирующих во Вьетнаме / А.Ф. Касьян, Дао Су-

ан Винь, А.Г. Бобров // Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. - М.; Хошимин; Буонматхуот, 2003. - С. 96-98. - Текст: непосредственный.

27. Кисличкина, А.А. В полёвочьих природных очагах чумы на Кавказе циркулируют три генетически различные линии штаммов Yersinia pestis subsp. microtus bv. caucasica (0.PE2) / А. А. Кисличкина, В.И. Соломенцев, С.А. Благо-датских [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2017. -№ 4. - С. 140-144. - Текст: непосредственный. - doi 10.18821/0208-0613-2017-354-140-144.

28. Кисличкина, А.А. Рациональная таксономия Yersinia pestis / А.А. Кисличкина, М.Е. Платонов, А.С. Вагайская // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2019. - № 2 - С. 76-82. - Текст: непосредственный.

29. Кишкун, А.А. Руководство по лабораторным методам диагностики / А.А. Кишкун. - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2007. - 822 с. - Текст: непосредственный.

30. Коновалова, С.Ф. Нитрозная реакция с культурами B. Pestis и B. pseudotuberculosis rodentium (Pfeiffer) / С.Ф. Коновалова // Вестник микробиологии, эпидемиологии и паразитологии. - 1930. - Т. 9, № 2. - С. 513-516. - Текст: непосредственный.

31. Копылов, А. М. Комбинаторная химия нуклеиновых кислот: SELEX / А. М. Копылов, В. А. Спиридонова // Молекулярная биология. - 2000. - № 6. - С. 1097-1113. - Текст: непосредственный.

32. Корзун, В.М. Изменение ареала Yersinia pestis в Горно-Алтайском природном очаге чумы / В.М. Корзун, Е.В. Чипанин, С.В. Балахонов // Мед. паразитология и паразитарные болезни. - 2014. - № 4. - С. 11-19. - Текст: непосредственный.

33. Корзун, В.М. Интродукция возбудителя чумы основного подвида в поселения серого сурка в Юго-Восточном Алтае / В.М. Корзун, С.В. Балахонов, А.В. Денисов // Мед. паразитология и паразитарные болезни - 2017. - № 4. - С. 20-29. - Текст: непосредственный.

34. Кривенчук Н.А. Патент № 2538168 Российская Федерация, МПК СВД1/68, С12Ш5/11, C12Q1/04, C12N7/00. Наборы олигонуклеотидов-праймеров и зондов, биологический микрочип и тест-система для идентификации и типирования вируса гриппа А и В с их использованием: N 2013113187/10; заявл. 25.03.2013; опубл. 10.01.2015 / Н.А. Кривенчук, Н.А. Антонов, В.Г. Майданюк, А.М. Шестопалов, А.Ю. Алексеев, И.М. Суслопаров, М.А. Гуляева; заявитель и патентообладатель Закрытое акционерное общество «ИмДи». - Текст: непосредственный.

35. Куклев, В.Е. Конструирование тест-систем для выявления ДНК возбудителей чумы, туляремии и сибирской язвы методом мультилокусной ПЦР: специальность 03.07.07 «Микробиология»; 03.00.15 «Генетика»: автореферат диссертации на соискание учёной степени кандидата медицинских наук. / Куклев Василий Евгеньевич; ФГУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора. - Саратов, 2007. - 20 с. - Текст: непосредственный.

36. Куклев В.Е. Патент № 2473701 Российская Федерация, МПК С12Р 1/68 Набор и способ для ускоренной идентификации чумного микроба с одновременной дифференциацией вирулентных и авирулентных штаммов Y. pestis, определением их плазмидного профиля: N 2011130134/10: заявл. 19.07.2011: опубл. 27.01.2013 / В.Е. Куклев, Н.А. Осина, Т.В. Бугоркова, В.В. Кутырев, заявитель и патентообладатель ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора. - Текст: непосредственный.

37. Куклева, Л.М. Современные представления о родстве возбудителей чумы и псевдотуберкулёза / Л.М. Куклева, О.А. Проценко, В.В. Кутырев // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2002. - № 1. - С. 3-7. - Текст: непосредственный.

38. Куклева, Л. М. Анализ разнообразия и определение геновариантов штаммов возбудителя чумы из очагов Монголии / Л. М. Куклева, Н.Ю. Шавина, Г.Н. Одиноков [и др.] // Генетика. - 2015. - № 1. - С. 298-305. - Текст: непосредственный.

39. Кулагина, Е.В. Гидрогелевый биочип для молекулярно-генетического профилирования возбудителей туберкулёза с множественной и широкой лекарственной устойчивостью / Е.В. Кулагина, Д.В. Зименков, В.Ю. Журавлев [и др.] // Туберкулёз и болезни лёгких. - 2015. - № 6. - С. 84-85. - Текст: непосредственный.

40. Куличенко, А.Н. Оптимизация способа детекции штаммов чумного микроба при помощи полимеразной цепной реакции / А.Н. Куличенко, О.В. Нор-кина, A.JI. Гинцбург [и др.] // Генетика. - 1994. - № 2. - С. 167-171. - Текст: непосредственный.

41. Кутырев, В.В. Плазмиды патогенности чумного микроба / В.В. Куты-рев, Ю.А. Попов, О.А. Проценко // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 1986. - № 6. - С. 3-11. - Текст: непосредственный.

42. Кутырев, В.В. Современное состояние научных исследований в области профилактики особо опасных инфекционных бактериальных инфекций /

B.В. Кутырев, З.Л. Девдариани, Л.В. Саяпина // Проблемы особо опасных инфекций. - 2006. - №. 2. - С. 18-24. - Текст: непосредственный.

43. Кутырев, В.В. Молекулярные механизмы взаимодействия возбудителя чумы с беспозвоночными животными / В.В. Кутырев, Г.А. Ерошенко, Н.В. Попов, [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2009. - № 4. -

C. 7-12. - Текст: непосредственный.

44. Кутырев, В.В. Система мониторинга и реагирования на чрезвычайные ситуации в области общественного здравоохранения санитарно-эпидемиологического характера в странах СНГ / В.В. Кутырев, С.А. Щербакова, И.Г. Карнаухов [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - № 3. - С. 95-106. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-3-95-106

45. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней: практическое руководство / Под ред. акад. РАМН Г.Г. Онищенко, акад. РАМН В.В. Ку-тырева. - 2-е изд., перераб. и доп. - М.: ЗАО «Шико», 2013. - 560 с. - Текст: непосредственный.

46. Лакин, Г.Ф. Биометрия / Г.Ф. Лакин. - М.: Высшая школа, 1990. - 350 с. - Текст: непосредственный.

47. Леви, М.И. Классификация разновидностей возбудителя чумы / М.И. Леви // Тез. докл.науч. конф. по природной очаговости и профил. чумы и туляремии. - Ростов-на-Дону, 1962. - С. 72-74. - Текст: непосредственный.

48. Мартиневский, И.Л. Таксономия рода Yersinia / И.Л. Мартиневский // II Мат. 4-ой науч. конф. по прир. очаг, и проф. чумы. - Алма-Ата, 1965. - С. 142-148. - Текст: непосредственный.

49. Мека-Меченко, Т.В. Многоуровневая система изучения свойств штаммов чумного микроба в Республике Казахстан / Т.В. Мека-Меченко, Т.К. Ерубаев, Э.Ж. Бегимбаева [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. -№ 4. - С. 23-28. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-23-28.

50. Мирзабеков, А.Д. Биочипы в биологии и медицине XXI века / А.Д. Мирзабеков // Вестн. Рос. Акад. Наук. - 2003. - Т. 73, № 5. - С. 412-422. - Текст: непосредственный.

51. Михайлова, P.C. Таксономия чумного микроба, циркулирующего среди полёвок в Закавказском нагорье / P.C. Михайлова // Материалы к конф., по-свящ. 50 летию института «Микроб». - Саратов, 1968. - С. 67-68. - Текст: непосредственный.

52. Михайлович, В.М. Идентификация инфекционных агентов, генетических детерминант патогенности и лекарственной устойчивости микроорганизмов и вирусов на биологических микрочипах: автореферат диссертации на соискание учёной степени доктора биологических наук : специальность 03.00.03; 03.00.07 / Михайлович Владимир Михайлович. - М., 2009. - 53 с. - Текст: непосредственный.

53. Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности: методические указания МУ 1.3.2569-09. - М., 2010. -Текст: непосредственный.

54. Мызникова, А.И. Олигонуклеотидный микрочип для одновременной идентификации шести возбудителей различной природы / А.И. Мызникова, H.B. Захарова, Д.А. Грядунов [и др.] // Вопросы практической педиатрии. - 2009. - Т. 4, № 1. - С. 35-38. - Текст: непосредственный.

55. Никифоров, К.А. Внутривидовая дифференциация штаммов Yersinia pestis: специальность 03.02.03 «Микробиология»: автореферат диссертации на соискание учёной степени кандидата медицинских наук / Никифоров Константин Алексеевич; ФГУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора. - Саратов, 2016. -22 с. - Текст непосредственный.

56. Никифоров, К.А. Подвидовая дифференциация штаммов Yersinia pestis методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов / К.А. Никифоров, Е.Г. Оглодин, Л.М. Куклева // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 2017. - № 2. - С. 22-27. - Текст: непосредственный -https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-2-22-27.

57. Носов, Н.Ю. Филогенетический анализ штаммов Yersinia pestis средневекового биовара из природных очагов чумы Российской Федерации и сопредельных стран / Н.Ю. Носов, Е.Г. Оглодин, Я.М. Краснов [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2016. - № 2. - С. 75-78. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-2-75-78.

58. Носов, Н.Ю. Патент № 2621869 Российская Федерация МПК C12N 1/00, C12Q 1/68. Способ идентификации штаммов Y. pestis средневекового биовара с последующей дифференциацией по филогенетической принадлежности методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов: N 2016145161; заявл. 17.11.2016: опубл. 07.06.2017 / Н.Ю. Носов, К.А. Никифоров, Е.Г. Оглодин [и др.]; заявитель ФКУЗ РосНИПЧИ Микроб Рос-потребнадзора. - Текст: непосредственный.

59. Носов Н.Ю. Патент № 2705813 Российская Федерация, МПК G01N 33/58, C12Q 1/6876. Способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентным учётом результатов в режиме реального времени: N 2018139857:

заявл. 12.11.2018: опубл. 12.11.2019 / Н.Ю. Носов, К.А. Никифоров, Г.А. Ерошен-ко, В.В. Кутырев; заявитель ФГУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора. -Текст: непосредственный.

60. Овасапян, О.В. Случаи заболевания бубонной чумой в высокогорном природном очаге Армении / О.В. Овасапян. М.Т. Шехикян // Эпидемиология, микробиология и иммунология бактериальных и вирусных инфекций. - Ростов-н/Д, 1989. - С. 193-195. - Текст: непосредственный.

61. Оглодин, Е.Г. Структурно-функциональный анализ криптических плазмид штаммов Yersinia pestis из двух природных очагов чумы России / Е.Г. Оглодин, Г.А. Ерошенко, Л.М. Куклева [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2015. - № 4. - С. 82-85. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-4-82-85.

62. Одиноков, Г.Н. Патент № 2425891 Российская Федерация, МПК C12Q 1/68. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулёза методом полимеразной цепной реакции: N 2010119796/10: заявл. 17.05.2010: опубл. 10.08.2011 / Г.Н. Одиноков, А.И. Павлова, Л.В. Анисимова; заявитель ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора. - Текст: непосредственный.

63. Одиноков, Г.Н. Патент № 2496882 Российская Федерация, МПК C12Q 1/68. Способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного подвида средневекового и античного биоваров методом полимеразной цепной реакции: N 2012139717/10: заявл. 17.09.2012: опубл. 20.03.2013 / Г.Н. Одиноков, А.И. Павлова, Г.А. Ерошенко, В.В. Кутырев; заявитель ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора. - Текст: непосредственный.

64. Онищенко, Г.Г. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири / Под ред. Г.Г. Онищенко, В.В. Кутырева. - М.: ОАО Изд-во «Медицина», 2004. - 192 с. - Текст: непосредственный.

65. Онищенко, Г.Г. Стратегия борьбы с инфекционными болезнями и санитарная охрана территорий в современных условиях / Г.Г. Онищенко, В.В. Ку-

тырев, С.Д. Кривуля [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2006. - № 2.

- С. 5-9. - Текст: непосредственный.

66. Онищенко, Г.Г. Актуальные направления совершенствования лабораторной диагностики особо опасных инфекционных болезней / Г.Г. Онищенко, Б.П. Кузькин, В.В. Кутырев [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2009.

- № 1. - С. 5-10. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2009-1(99)-5-10.

67. Онищенко, Г.Г. Биологическая безопасность: термины и определения / Под ред. Г.Г. Онищенко, В.В. Кутырева. - Изд. 2-е, испр. и доп. - М.: ОАО Изд-во «Медицина», 2011. - 152 с.: ил. - Текст: непосредственный.

68. Павлова, А.И. Молекулярное типирование штаммов Yersinia pestis основного и неосновных подвидов: автореферат диссертации на соискание учёной степени кандидата биологических наук: специальность 03.02.03 «Микробиология» / Павлова Алла Ивановна. - Саратов, 2011. - 24 с. - Текст: непосредственный.

69. Пейсахис, Л.А. Внутривидовая классификация возбудителя чумы по принципу географического районирования / Л.А. Пейсахис, В.М. Степанов // Проблемы особо опасных инфекций. - 1975. - № 2. - С. 5-9. - Текст: непосредственный.

70. Платонов, М.Е. Молекулярно-генетическое изучение разнообразия и микроэволюции Yersinia pestis: специальность 03.02.03; 03.01.03: автореферат диссертации на соискание учёной степени кандидата медицинских наук / Платонов Михаил Евгеньевич. - Оболенск, 2010. - 24с. - Текст: непосредственный.

71. Платонов, М.Е. Филогеография полёвочьих штаммов из природных очагов Кавказа и Закавказья / М.Е. Платонов, В.В. Евсеева, Т.Э. Светоч [и др.] // Молекул. генетика, микробиология и вирусология. - 2012. - № 3. - С. 18-21. -Текст: непосредственный.

72. Платонов, М. Е. Молекулярное типирование Yersinia pestis / М. Е. Платонов, В. В. Евсеева, С. В. Дентовская, А. П. Анисимов // Молекулярная гене-

тика, микробиология и вирусология. - 2013. - № 2. - С. 3-12. - Текст: непосредственный.

73. Платонов, М.Е. Внутривидовая принадлежность рамнозопозитивных штаммов Yersinia pestis из природных очагов чумы Монголии / М.Е. Платонов, В.В. Евсеева, Д.В. Ефременко [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2015. - № 1. - С. 23-28. - Текст: непосредственный.

74. Плохинский, Н.А. Биометрия. - М.: Изд-во МГУ, 1970, - 367 с. -Текст: непосредственный.

75. Подладчикова, О.Н. Современные представления о молекулярных механизмах патогенеза чумы / О.Н. Подладчикова // Проблемы особо опасных инфекций. - 2017. - № 3. - С. 33-40. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2017-3-33-40.

76. Попова, А.Ю. Актуальные направления и перспективы российско-вьетнамского сотрудничества в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия / А.Ю. Попова, В.Ю. Смоленский, Е.Б. Ежло-ва [и др.]; под ред. А. Ю. Поповой, А. В. Топоркова - Волгоград: ОАО Издательство «Волга-Пресс», 2019. - 397 с. - Текст: непосредственный.

77. Попов, Н.В. Оценка современной эпидемиологической обстановки в природных очагах чумы мира. Повышение эффективности эпидемиологического надзора в природных очагах чумы Российской Федерации и прогноз их эпизоотической активности на 2019 г. / Н.В. Попов, И.Г. Карнаухов, Н.Д. Пакскина [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2019. - № 1. - С. 81-88. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-1-81-88.

78. Попов, Н.В. Эпидемиологическая и эпизоотическая обстановка по чуме в Российской Федерации и прогноз её развития на 2020-2025 гг. / Н.В. Попов, Г.А. Ерошенко, И.Г. Карнаухов [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. -2020. - № 1. - С. 43-50. - Текст: непосредственный. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-43-50.

79. Попов, Н.В. Совершенствование эпидемиологического надзора в природных очагах чумы Российской Федерации и прогноз их эпизоотической актив-

ности на 2022 г. / Н.В. Попов, И.Г. Карнаухов, А.А. Кузнецов // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - № 1. - С. 35-42. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-1-35-42.

80. Попов, Ю.А. Обнаружение плазмид пестициногенности чумного микроба методом электрофореза в агарозном геле / Ю.А. Попов, О.А. Проценко, П.И. Анисимов, А.М. Кокушкин, О.Т. Можаров // Профилактика особо опасных инфекций. - 1980. - С. 20-25. - Текст: непосредственный.

81. Проценко, О.А. Выявление и характеристика плазмид чумного микроба, детерминирующих синтез пестицина I, антигена фракция I и экзотоксина «мышиного» токсина / О.А. Проценко, П.И. Анисимов, О.Т. Можаров [и др.] // Генетика. - 1983. - Т. 19, № 7. - С. 1081-1090. - Текст: непосредственный.

82. Проценко, С.Л. Выявление новой плазмиды у пролинзависимых штаммов возбудителя чумы из Центрально-Кавказского природного очага и гетерогенность циркулирующих в нем штаммов по плазмидному составу / С.Л. Проценко, Т.В. Сердюкова, Г.Н. Розанова // Особо опасные инфекции на Кавказе. -Ставрополь, 1987. - С. 265-267. - Текст: непосредственный.

83. Словарь нанотехнологических и связанных с нанотехнологиями терминов / Под ред. С.В. Калюжного. - М.: Физматлит, 2010. - 528 с. - ISBN 978-59221-1266-6. - Текст: непосредственный.

84. Слудский, А.А. Современная эпидемическая активность антропогенных очагов чумы на плато Тайнгуен / А.А. Слудский, Ли Тхи Ви Хыонг, А.Ф. Касьян [и др.] // Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. - М.: Хошимин-Буонматхуот, 2003. - С. 10-12. - Текст: непосредственный.

85. Слудский, А.А. Рамнозопозитивные штаммы возбудителя чумы: вирулентность и эпидемиологическое значение / А.А. Слудский, З.Л. Девдариани // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - №3. - С. 38-44. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-3-38-44.

86. Сунцов, В.В. Антропоургические очаги чумы во Вьетнаме: прошлое и настоящее / В.В. Сунцов, Н.И. Сунцова, А.Н. Матросов [и др.] // Проблемы особо

опасных инфекций. - 2014. - № 4. - С. 29-35. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2014-4-29-35.

87. Супотницкий М.В. Очерки истории чумы: в 2 т. - Т. 1. Чума добакте-риологического периода / М.В. Супотницкий, Н.С. Супотницкая; - Москва: «Вузовская книга», 2006. - 376 с. - Текст: непосредственный.

88. Сучков, И.Ю. VNTR-генотипы в коллекции природных штаммов Yersinia pestis из республики Вьетнам / И.Ю. Сучков, А.С. Водопьянов, С.О. Водопьянов [и др.] // Современные технологии в диагностике особо опасных инфекционных болезней. - Саратов. - 2003. - С. 177-180. - Текст: непосредственный.

89. Терновой, В.А. Высокоэффективное xMAP-мультиплексирование для обнаружения и идентификации геморрагических лихорадок, включая Эбола / В.А. Терновой, А.В. Семенцова, Е.В. Чуб [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2015. - Вып. 3. - С. 94-97. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-3-94-97.

90. Тертон, М. Новые методы иммуноанализа / М. Тертон, Д.Р. Бангхем, К.А. Колкотт [и др.]; под ред. У.П. Коллинз; пер. с англ. С.А. Ерёмина, В.И. Тиш-кова; под ред. А.М. Егорова. - М.: Мир, 1991. - 280 с. - Текст: непосредственный.

91. Тимофеева, Л.А. О таксономии чумного микроба / Л.А. Тимофеева // Проблемы особо опасных инфекций. - 1972. - № 1. - С. 15-22. - Текст: непосредственный.

92. Туманский, В.М. О классификации разновидностей чумного микроба / В.М. Туманский // ЖМЭИ. - 1957. - №6. - С. 3-7. - Текст: непосредственный.

93. Филиппов, А.А. Изучение плазмидного состава штаммов возбудителя чумы из разных природных очагов / А.А. Филиппов, Н.С. Солодовников, Л.М. Куклева, О.А. Проценко // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 1992. -№3. - С. 10-13. - Текст: непосредственный.

94. Чеканова, Т.А. Патент РФ № 133313 Российская Федерация, МПК G01N33/543, G01N33/569, G01N33/58, G01N33/68. Диагностическая тест-система в формате иммуночипа и способ серологической диагностики иксодового клещевого боррелиоза: N 2012102782/10: заявл. 27.01.2012; опубл. 10.10.2013 / Т.А. Че-

канова, М.Л. Маркелов, Л.С. Карань, Г.А. Шипулин; заявитель ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора). - Текст: непосредственный.

95. Чемисова, О.С. Сравнительный анализ методов изотермической амплификации нуклеиновых кислот / О.С. Чемисова, О.А. Цырулина, А.Л. Трубачёв, А.К. Носков // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2017. -№ 99(1). - С. 69-76. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.36233/0372-9311-176.

96. Черкасский, Б. Л. Инфекционные и паразитарные болезни человека / Б. Л. Черкасский. - М.: Изд-во «Медицинская газета». - 1994. - 617 с. - Текст: непосредственный.

97. Щит, И.Ю. Использование петлевой изотермической амплификации ДНК для выявления и идентификации сибиреязвенного микроба / И.Ю. Щит, К.Б. Игнатов, Т.Ю. Кудрявцева [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2017. - № 35(2). - С. 69-76. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.18821/0208-0613-2017-35-2-69-76.

98. Щуковская, Т.Н. Вакцинопрофилактика холеры: современное состояние вопроса / Т.Н. Щуковская, Л.В. Саяпина, В.В. Кутырев // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2009. - № 2. - С. 62-67. - Текст: непосредственный.

99. Щуковская, Т.Н., Специфическая профилактика холеры на современном этапе / Т.Н. Щуковская, А.К. Никифоров, В.В.Кутырев // Холера и патогенные для человека вибрионы: матер. пробл. комиссии 04 Координационного научного совета по сан.-эпид. охране территории Российской Федерации. - Ростов-н/Д, 2011. - Вып. 24. - С. 163-166. - Текст: непосредственный.

100. Ярыгина, М.Б. Генотипическая структурированность Yersinia pestis ssp. altaica в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге чумы / М.Б. Ярыгина, В.М. Корзун, С.В. Балахонов // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. - 2019. - № 37. - С. 86-87. - Текст: непосредственный.

101. Ярыгина, М.Б. Генотипическая структура Yersinia pestis ssp. central asiatica biovar altaica в Горно-Алтайском высокогорном природном очаге чумы при МЬУА25-типировании / М.Б. Ярыгина, В.М. Корзун, С.В. Балахонов [и др.] //

Проблемы особо опасных инфекций - 2021. - №2. - С. 138-147. - Текст: непосредственный. - https://doi.org/10.21055/0370-1069-2021-2-138-147.

102. Ярыгина, М.Б. Пространственная МЬУА25-генотипическая структура Yersinia pestis ssp. pestis в трансграничном Сайлюгемском природном очаге чумы / М.Б. Ярыгина, С.А. Витязева, М.В. Корзун [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - № 4. - С. 110-116. - Текст: непосредственный. -https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-4-110-116.

103. Abasiyanik, M.F. Sensitive detection and quantification of SARS-CoV-2 in saliva / M.F. Abasiyanik, B. Flood, J. Lin [et al.] // Sci. Rep. - 2021. - V. 11, № 1.-P. 124-125. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41598-021-91835-7.

104. Achtman, M. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis / M. Achtman, K. Zurth, G. Morelli [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1999 - V. 96, № 24. - P. 14043-14048. - Text: unmediated. -doi: 10.1073/pnas.96.24.14043.

105. Achtman, M. Microevolution and history of the plague bacillus, Yersinia pestis / M. Achtman, G. Morelli, P. Zhu [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. -№ 101. - P. 17837-17842. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.0408026101.

106. Adessi, C. Solid phase DNA amplification: characterisation of primer attachment and amplification mechanisms / C. Adessi, G. Matton, G. Ayala [et al.] // Nucleic Acids Res. - 2000. - V. 28, № 20:E87. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/nar/28.20.e87.

107. Adeolu, M. Genome-based phylogeny and taxonomy of the 'Enterobacteriales': proposal for Enterobacterales ord. nov. divided into the families Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. nov., Pectobacteriaceae fam. nov., Yersiniaceae fam. nov., Hafniaceae fam. nov., Morganellaceae fam. nov., and Budviciaceae fam. nov. / M. Adeolu, S. Alnajar, S. Naushad, R. Gupta // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. -2016. - V. 66, № 12. - P. 5575-5599. - Text: unmediated. - doi: 10.1099/ijsem.0.001485.

108. Adler, M. A real-time immuno-PCR assay for routine ultrasensitive quantification of proteins / M. Adler, R. Wacker, C.M. Niemeyer // Biochem. Biophys. Res.

Commun. - 2003. - V. 308, № 2. - P. 240-250. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/s0006-291x(03)01364-0.

109. Aggarwal, N. FELICX: A robust nucleic acid detection method using flap endonuclease and CRISPR-Cas12 / N. Aggarwal, Y. Liang, J.L. Foo [et al.] // Biosens. Bioelectron. - 2023. - №. 222:115002. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bios.2022.115002.

110. Alexander, J.T. Reconsiderations on plague in early modern Russia, 15001800 / J.T. Alexander // Jahrb. Gesch. Osteur. - 1986. - V. 34, № 2. - P. 244-254. -Text: unmediated.

111. Alhadrami, H.A. Peptide substrate screening for the diagnosis of SARS-CoV-2 using fluorescence resonance energy transfer (FRET) assay / H.A. Alhadrami, A.M. Hassan, R. Chinnappan [et al.] // Mikrochim Acta. - 2021. - V. 188, № 4:137. -Text: unmediated. - doi: 10.1007/s00604-021-04766-5.

112. Alhassan, A. Expanding the MDx toolbox for filarial diagnosis and surveillance / A. Alhassan, Z. Li, C.B. Poole // Trends Parasitol. - 2015. - V. 31, №8. - P. 391-400. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.pt.2015.04.006.

113. Alshammari, M.M. Mammography image-based diagnosis of breast cancer using machine learning: a pilot study / M.M. Alshammari, A. Almuhanna, J. Alhiyafi // Sensors (Basel). - 2021. - V. 22, № 1:203. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/s22010203.

114. Altan-Bonnet, G. Bubble dynamics in double-stranded DNA / G. AltanBonnet, A. Libchaber, O. Krichevsky // Phys. Rev. Lett. - 2003. - V. 90, № 13:138101. - Text: unmediated. - doi: 10.1103/PhysRevLett.90.138101.

115. Altun, M. Monkeypox Detection Using CNN with Transfer Learning / M. Altun, H. Gürüler, O. Özkaraca [et al.] // Sensors (Basel). - 2023. - V. 23, № 4:1783. -Text: unmediated. - doi: 10.3390/s23041783.

116. An, L. Characterization of a thermostable UvrD helicase and its participation in helicase-dependent amplification / L. An, W. Tang, T.A. Ranalli [et al.] // J. Biol. Chem. - 2005. - V. 280, №. 32. - P. 28952-28958. - Text: unmediated. - doi: 10.1074/jbc.M503096200.

117. Anisimov, A.P. Intraspecific diversity of Yersinia pestis / A.P. Anisimov, L.E. Lindler, G.B. Pier // Clin. Microbiol. Rev. - 2004. - V. 17, №. 2. - P. 434-464. -Text: unmediated. - doi: 10.1128/CMR.17.2.434-464.2004.

118. Arroyo-Curras, N. An electrochemical biosensor exploiting binding-induced changes in electron transfer of electrode-attached DNA origami to detect hundred nanometer-scale targets / N. Arroyo-Curras, M. Sadeia, A.K. Ng [et al.] // Nanoscale. - 2020. - V. 12, №. 26. - P. 13907-13911. - Text: unmediated. - doi: 10.1039/d0nr00952k.

119. Asari, M. Single nucleotide polymorphism genotyping by mini-primer al-lele-specific amplification with universal reporter primers for identification of degraded DNA / M. Asari, S. Watanabe, K. Matsubara [et al.] // Anal. Biochem. - 2009. - V. 386, № 1. - P. 85-90. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.ab.2008.11.023.

120. Babu, K.N. Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) and derived techniques / K.N. Babu, M.K. Rajesh, K. Samsudeen [et al.] // Methods Mol. Biol. -2014. - № 1115. - P. 191-209. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-1-62703-767-9_10.

121. Babu, B. A field based detection method for Rose rosette virus using isothermal probe-based reverse transcription-recombinase polymerase amplification assay / B. Babu, B.K. Washburn, T.S. Ertek [et al.] // J. Virol. Methods. - 2017. - V. 7. - P. 81-90. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.jviromet.2017.05.019.

122. Bai, Y. Pentaplex real-time PCR for differential detection of Yersinia pestis and Y. pseudotuberculosis and application for testing fleas collected during plague epizootics / Y. Bai, V. Motin, R. Enscore [et al.] // Microbiology open. - 2020. - № 9:e1105. - Text: unmediated. - doi: 10.1002/mbo3.1105.

123. Balderas, D. Genome scale analysis reveals IscR directly and indirectly regulates virulence factor genes in pathogenic Yersinia / D. Balderas, E. Mettert, H.N. Lam [et al.] // mBio. - 2021. - V. 12, № 3:e0063321. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/mBio.00633-21.

124. Banér, J. Signal amplification of padlock probes by rolling circle replication / J. Banér, M. Nilsson, M. Mendel-Hartvig, U. Landegren // Nucleic Acids Res. -

1998. - V. 26, № 22. - P. 5073-5078. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/nar/26.22.5073.

125. Barnes, A.M. Plague / A.M. Barnes, T.J. Quan. // Infectious diseases. -Philadelphia, Pa: The W. B. Saunders Co. - 1992. - P. 1285-1291. - Text: unmediated.

126. Barreda-García, S. Solid-phase helicase dependent amplification and electrochemical detection of Salmonella on highly stable oligonucleotide-modified ITO electrodes / S. Barreda-García, R. Miranda-Castro, N. de-Los-Santos-Álvarez [et al.] // Chem. Commun (Camb). - 2017. - V. 53, №. 70. - P. 9721-9724. - Text: unmediated.

- doi: 10.1039/c7cc05128j.

127. Barrile, G.M. A big data-model integration approach for predicting epizootics and population recovery in a keystone species / G.M. Barrile, D.J. Augustine, L.M. Porensky [et al.] // Ecol. Appl. - 2023. - V. 33, № 4:e2827. - Text: unmediated. - doi: 10.1002/eap.2827.

128. Barros, M.P. Subtyping Brazilian Yersinia pestis strains by pulsed-field gel electrophoresis / M.P. Barros, V.M. Silveira-Filho, R.H. Lins [et al.] // Genet. Mol. Res.

- 2013. - №12. - P. 1294-1302. - Text: unmediated. - doi: 10.4238/2013.January.4.23.

129. Barros, M.P. Dynamics of CRISPR loci in microevolutionary process of Yersinia pestis strains / M.P. Barros, C.T. Franfa, R.H. Lins [et al.] // PLoS One. -2014. - V. 9, № 9:e108353. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0108353.

130. Bartoszewicz, J.M. Detecting DNA of novel fungal pathogens using ResNets and a curated fungi-hosts data collection / J.M. Bartoszewicz, F. Nasri, M. Nowicka, B.Y. Renard // Bioinformatics. - 2022. - № 38. - P. 168-174. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/bioinformatics/btac495.

131. Bath, J. DNA nanomachines / J. Bath, A.J. Turberfield // Nature Nanotech.

- 2007. - V. 2. - № 5. - P. 275-284. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/nnano.2007.104.

132. Becherer, L. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) - review and classification of methods for sequence-specific detection / L. Becherer, N. Borst, M. Bakheit [et al.] // Anal. Methods. - 2020. - № 12. - P. 717-746. - Text: unmediated. -doi: 10.1039/C9AY02246E.

133. Benedictow, O.J. The Black Death, 1346-1353: The Complete History / O.J. Benedictow // Woodbridge, Suffolk, UK: Boydell & Brewer. - V. 383. - 2004. -P.10-15. - Text: unmediated.

134. Biraben, J.N. Alimentation et démographie historique / J.N. Biraben // Ann Demogr. Hist (Paris). - 1976. - V. 1. - P. 23-40. - Text: unmediated.

135. Bobrov, A.G. Insight into Yersinia pestis biofilm development: topology and co-interaction of Hms inner membrane proteins involved in exopolisaccharide production / A.G. Bobrov, O.A. Kirillina, S. Forman [et al.] // Environ. microbiol. - 2008. - V. 10, № 6. - P. 1419-1432. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/j.1462-2920.2007.01554.x.

136. Bock, L.C. Selection of single-stranded DNA molecules that bind and inhibit human thrombin / L.C. Bock, L.C. Griffin, J.A. Latham [et al.] // Nature. - 1992. -V. 355, № 6360. - P. 564-566. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/355564a0.

137. Boix-Palop, L. Improvement of pneumococcal pneumonia diagnosis using quantitative real-time PCR targeting lytA in adult patients: a prospective cohort study / L. Boix-Palop, M. Obradors, M. Xercavins [et al.] // Clin. Microbiol. Infect. - 2022. -V. 28, № 1:138.e1-138.e7. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.cmi.2021.05.049.

138. Born, F. Specific detection of Yersinia pestis based on receptor binding proteins of phages / F. Born, P. Braun, H.C. Scholz, G. Grass // Pathogens. - 2020. - V. 9, № 8:611. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/pathogens9080611.

139. Bos, K.I. A draft genome of Yersinia pestis from victims of the Black Death / K.I. Bos, V.J. Schuenemann, G.B. Golding [et al.] // Nature. - 2011. - V. 478, № 7370. - P. 506-510. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/nature10549.

140. Bos, K.I. Yersinia pestis: new evidence for an old infection [Text] / K.I. Bos, P. Stevens, K. Nieselt // PLoS One. - 2012. - V. 7, № 11:e49803. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/j ournal .pone.0049803.

141. Bos, K.I. Parallel detection of ancient pathogens via array-based DNA capture / K.I. Bos, G. Jäger, V.J. Schuenemann [et al.] // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. - 2015. - V. 370, № 1660:20130375. - Text: unmediated. - doi: 10.1098/rstb.2013.0375.

142. Bos, K.I. Eighteenth century Yersinia pestis genomes reveal the long-term persistence of an historical plague focus / K.I. Bos, A. Herbig, J. Sahl [et al.] // Elife. -2016. - № 5:e12994. - Text: unmediated. - doi: 10.7554/eLife.12994.

143. Bramanti, B. Assessing the origins of the European plagues following the Black Death: A synthesis of genomic, historical, and ecological information / B. Bramanti, Y. Wu, R. Yang [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2021. - V. 118, № 36:e2101940118. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.2101940118.

144. Breaker, R.R. A DNA enzyme that cleaves RNA / R.R. Breaker, G.F. Joyce // Chem. Biol. - 1994. - V. 1, № 4. - P. 223-229. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/1074-5521(94)90014-0.

145. Brubaker, R.R. The recent emergence of plague: a process of felonious evolution / R.R. Brubaker // Microbial ecology. - 2004. - V. 47. - P. 293-299. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/s00248-003-1022-y.

146. Brubaker, R.R. Physiology of Yersinia pestis / R.R. Brubaker // Adv. Exp. Med. Biol. - 2016. - № 918. - P. 79-99. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-94-024-0890-4_4.

147. Bruno, J.G. In vitro antibacterial effects of antilipopolysaccharide DNA aptamer-C1qrs complexes / J.G. Bruno, M.P. Carrillo, T. Phillips [et al.] // Folia Microbiol. (Praha). - 2008. - V. 53, № 4. - P. 295-302. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/s12223-008-0046-6.

148. Büntgen, U. Digitizing historical plague / U. Büntgen, C. Ginzler, J. Esper [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2012. - V. 55, № 11. - P. 1586-1588. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/cid/cis723.

149. Butler, T. Plague and other Yersinia infections / T. Butler. - New York, N.Y.: Plenum Press, 1983. - P. 12-15. - Text: unmediated.

150. Byrne, J.P. Encyclopedia of the Black Death / J.P. Byrne. - Santa Barbara: ABC-CLIO, 2012. - 429 p. - ISBN-13:978-1598842531. - Text: unmediated.

151. Cai, L. Rolling circle amplification and multiplex allele-specific PCR for rapid detection of katG and inhA gene mutations in Mycobacterium tuberculosis / L.

Cai, F. Kong, P. Jelfs [et al.] // Int. J. Med. Microbiol. - 2009. - V. 299, № 8. - P. 574581. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.ijmm.2009.05.006.

152. Cai, R. Self-assembled DNA nanoflowers triggered by a DNA walker for highly sensitive electrochemical detection of Staphylococcus aureus / R. Cai, S. Zhang, L. Chen [et al.] // ACS Appl. Mater. Interfaces. - 2021. - V. 13, № 4. - P. 4905-4914. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/acsami.0c22062.

153. Cammann, K. Biosensors based on ion-selective electrodes / K. Cammann // Fresenius J. Anal. Chem. - 1977. - V. 287. - P. 1-9. - Text: unmediated.

154. Cao, B. A new oligonucleotide microarray for detection of pathogenic and non-pathogenic Legionella spp. / B. Cao, X. Liu, X. Yu [et al.] // PLoS One. - 2014. -V. 9, № 12. - P. 1-17. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0113863.

155. Carter, L.L. Global genomic surveillance strategy for pathogens with pandemic and epidemic potential 2022-2032 / L.L. Carter, M.A. Yu, J.A. Sacks [et al.] // Bull World Health Organ. - 2022. - V.100, №4. - P. 239-239. - Text: unmediated. -doi: 10.2471/BLT.22.288220.

156. Carters, R. Design and use of scorpions fluorescent signaling molecules / R. Carters, J. Ferguson, R. Gaut [et al.] // Methods Mol. Biol. - 2008. - № 429. - P. 99115. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-1-60327-040-3_8.

157. Cerchia, L. Neutralizing aptamers from whole-cell SELEX inhibit the RET receptor tyrosine kinase / L. Cerchia, F. Duconge, C. Pestourie [et al.] // PLoS Biol. -2005. - V. 3, № 4:e123. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pbio.0030123.

158. Cervantes-Salguero, K. Single-molecule DNA origami aptasensors for realtime biomarker detection / K. Cervantes-Salguero, M. Freeley, J.L. Chavez, M. Palma // J. Mater. Chem. B. - 2020. - V. 8, № 30. - P. 6352-6356. - Text: unmediated. - doi: 10.1039/d0tb01291b.

159. Chaaban, T. Overview of Yersinia pestis Metallophores: Yersiniabactin and Yersinopine / T. Chaaban, Y. Mohsen, Z. Ezzeddine, G. Ghssein // Biology (Basel). -2023. - V. 12, № 4:598. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/biology12040598.

160. Chain, P.S. Insights into the evolution of Yersinia pestis through whole genome comparison with Yersinia pseudotuberculosis / P.S. Chain, E. Carniel,

F.W.Larimer [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - V.191, № 38. - P.13826-13831. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.0404012101.

161. Chen, F. Aptamer from whole-bacterium SELEX as new therapeutic reagent against virulent Mycobacterium tuberculosis / F. Chen, J. Zhou, F. Luo [et al.] // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2007. - V. 357, № 3. - P. 743-748. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bbrc.2007.04.007.

162. Chen, J.S. CRISPR-Cas12a target binding unleashes indiscriminate single-stranded DNase activity / J.S. Chen, E. Ma, L.B. Harrington [et al.] // Science. - 2018. -V. 360, № 6387. - P. 436-439. - Text: unmediated. - doi: 10.1126/science.aar6245.

163. Chen, F. (A) Knockout of a highly GC-rich gene in Burkholderia pyrrocinia by recombineering with freeze-thawing transformation [/ F. Chen, J. Ye, W. Liu [et al.] // Mol. Plant Pathol. - 2021. - V. 22, № 7. - P. 843-857. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/mpp.13058.

164. Chen, H. (E) An ultrasensitive biosensor for dual-specific DNA based on deposition of polyaniline on a self-assembled multi-functional DNA hexahedral-nanostructure / H. Chen, Y. Xiang, R. Cai [et al.] // Biosens Bioelectron. - 2021. - № 179:e113066. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bios.2021.113066.

165. Chen, J. Development of a RPA-CRISPR-Cas12a Assay for rapid, simple, and sensitive detection of Mycoplasma hominis / J. Chen, Y. Huang, B. Xiao [et al.] // Front Microbiol. - 2022. - № 13:e842415. - Text: unmediated. - doi: 10.3389/fmicb.2022. 842415.

166. Chen, C.W. Designable Poly(methacrylic Acid)/Silver Cluster Ring Arrays as Reflectance Spectroscopy-Based Biosensors for Label-Free Plague Diagnosis / C.W. Chen, S.H. Chen, C.F. Huang, J.K. Chen // Polymers (Basel). - 2023. - V. 15, № 8:1919. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/polym15081919.

167. Chernin, E. Richard Pearson Strong and the Manchurian epidemic of pneumonic plague, 1910-1911 / E. Chernin // J. Hist. Med. Allied Sci. - 1989. - V. 44, №3. - P. 296-319. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/jhmas/44.3.296.

168. Chow, W.H. Application of isothermal helicase-dependent amplification with a disposable detection device in a simple sensitive stool test for toxigenic Clostrid-

ium difficile / W.H. Chow, C. McCloskey, Y. Tong [et al.] // J. Mol. Diagn. - 2008. -V. 10, № 5 - P. 452-458. - Text: unmediated. - doi: 10.2353/jmoldx.2008.080008.

169. Chrysostomou, A.C. Development of a new comprehensive HIV-1 geno-typic drug resistance assay for all commercially available reverse transcriptase, protease and integrase inhibitors in patients infected with group M HIV-1 strains [Text] / A.C. Chrysostomou, C. Topcu, D.C. Stylianou [et al.] // Infect. Genet. Evol. - 2020. - № 81:e104243. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.meegid.2020.104243.

170. Cody, A.J. Real-time genomic epidemiological evaluation of human Campylobacter isolates by use of whole-genome multilocus sequence typing / A.J. Cody, N.D. McCarthy, M. Jansen van Rensburg [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2013. - V. 51, № 8. - P. 2526-2534. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/JCM.00066-13.

171. Compton, J. Nucleic acid sequence-based amplification / J. Compton // Nature. - 1991. - V. 350, № 6313. - P. 91-92. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/350091a0.

172. Cong, L. Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems / L. Cong, F.A. Ran, D. Cox [et al.] // Science. - 2013. - V. 339, № 6121. - P. 819-823. -Text: unmediated. - doi: 10.1126/science.1231143.

173. Conrad, R.C. In vitro selection of nucleic acid aptamers that bind proteins / R.C. Conrad, L. Giver, Y. Tian, A.D. Ellington // Methods Enzymol. - 1996. - № 267. - P. 336-367. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/s0076-6879(96)67022-0.

174. Cornelis, G.R. The virulence plasmid of Yersinia, an antihost genome / G.R. Cornelis, A. Boland, A.P. Boyd [et al.] // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 1998. - V. 62, №4. - P. 1315-1352. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/MMBR.62.4.1315-1352.1998.

175. Cox, A.J. DNA nanotechnology for nucleic acid analysis: multifunctional molecular DNA machine for RNA detection / A.J. Cox, H.N. Bengtson, K.H. Rohde [et al.] // Chem. Commun (Camb). - 2016. - V. 52, № 99. - P. 14318-14321. - Text: unmediated. - doi: 10.1039/c6cc06889h.

176. Cui, Y. Insight into microevolution of Yersinia pestis by clustered regularly interspaced palindromic repeats / Y. Cui, Y. Li, O. Gorge [et al.] // PLoS ONE. - 2008.

- V.3, № 7:e2652. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0002652.

177. Cui, Y. Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis / Y. Cui, C. Yu, Y. Yan [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2013. - V. 110, №.2. - P. 577-582. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.1205750110 PMID: 23271803.

178. Cunningham, C.H. A novel CRISPR-based malaria diagnostic capable of Plasmodium detection, species differentiation, and drug-resistance genotyping / C.H. Cunningham, C.M. Hennelly, J.T. Lin [et al.] // EBioMedicine. - 2021. - № 68:e103415. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.ebiom.2021.103415.

179. Dahiya, B. Diagnosis of tuberculosis by nanoparticle-based immuno-PCR assay based on mycobacterial MPT64 and CFP-10 detection / B. Dahiya, T. Prasad, V. Singh [et al.] // Nanomedicine (Lond). - 2020. - V. 15, № 26. P. 2609-2624. - Text: unmediated. - doi: 10.2217/nnm-2020-0258.

180. Dai, E. Identification of different regions among strains of Yersinia pestis by suppression subtractive hybridization / E. Dai, Z. Tong, X. Wang, [et al.] // Res. Microbiol. - 2005. - № 156. - P. 785-789. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.resmic.2005.02.012.

181. Dale, C. Type III secretion systems and the evolution of mutualistic endo-symbiosis / C. Dale, G.R. Plague, B. Wang [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2002. - V. 99, №. 19. - P. 12397-12402. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.182213299.

182. Davidson, E.A. Engineering regulatory RNAs / E.A. Davidson, A.D. Ellington. // Trends Biotechnol. - 2005. - V. 23, № 3. - P. 109-112. - Text: unmediated.

- doi: 10.1016/j .tibtech.2005.01.006.

183. Del Rio, A. Informe sobre la epidemia de peste bubonica [Text] / A. Del Rio, R. Zegers, R.D. Boza, L. Montero // La Chilena di Hijiene. - 1904. - № IX. - P. 17. - Text: unmediated.

184. Del Río, J.S. Electrochemical detection of Piscirickettsia salmonis genomic DNA from salmon samples using solid-phase recombinase polymerase amplification / J.S. Del Río, M. Svobodova, P. Bustos [et al.] // Anal. Bioanal. Chem. - 2016. - V. 408, № 30. - P. 8611-8620. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/s00216-016-9639-0.

185. Demeure, C.E. Yersinia pestis and plague: an updated view on evolution, virulence determinants, immune subversion, vaccination, and diagnostics / C.E. Demeure, O. Dussurget, G. Mas Fiol [et al.] // Genes Immun. - 2019. - V. 20, № 5. - P. 357-370. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41435-019-0065-0.

186. Deng, W. Genome sequence of Yersinia pestis KIM / W. Deng, V. Burland, G. Plunkett [et al.] // J. Bacteriol. - 2002. - V.184 - P. 4601-4611. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/JB.184.16.4601-4611.2002.

187. Deng, Z. Ultrasensitive, specific, and rapid detection of Mycoplasma pneumoniae using the ERA/CRISPR-Cas12a dual system / Z. Deng, H. Hu, D. Tang [et al.] // Front Microbiol. - 2022. - № 13:811768. - Text: unmediated. - doi: 10.3389/fmicb.2022.811768.

188. Devignat, R. Variétés de l'espèce Pasteurella pestis / R. Devignat // Bull. WHO. - 1951. - V. 4. - P. 247-263. - Text: unmediated.

189. Dewitte, A. A refined model of how Yersinia pestis produces a transmissible infection in its flea vector / A. Dewitte, T. Bouvenot, F. Pierre [et al.] // PLoS Pathog. - 2020. - V. 16, № 4:e1008440. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.ppat.1008440.

190. Diamond, J. Guns. Germs and Steel / J. Diamond //, London, UK: Jonathan Cape, 1997. - 480 p. - Text: unmediated.

191. Ding, H. MAMnet: detecting and genotyping deletions and insertions based on long reads and a deep learning approach / H. Ding, J. Luo // Brief Bioinform. - 2022.

- V. 23, №5:bbac195. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/bib/bbac195.

192. Domljanovic, I. DNA origami book biosensor for multiplex detection of cancer-associated nucleic acids / I. Domljanovic, M. Loretan, S. Kempter // Nanoscale.

- 2022. - V. 14, № 41. - P. 15432-15441. - Text: unmediated. - doi: 10.1039/d2nr03985k.

193. Dong, X.Q. Complete DNA sequence and analysis of an emerging cryptic plasmid isolated from Yersinia pestis / X.Q. Dong, L.E. Lindler, M. C. Chu // Plasmid. - 2000. - V.43. - P. 144-148. - Text: unmediated. - doi: 10.1006/plas.1999.1432.

194. Dong, Q. A signal-flexible gene diagnostic strategy coupling loopmediated isothermal amplification with hybridization chain reaction / Q. Dong, Q. Liu, L. Guo [et al.] // Anal. Chim. Acta. - 2019. - V. 1079. - P. 171-179. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.aca.2019.06.048.

195. Doussineau, T. On the design of fluorescent ratiometric nanosensors / T. Doussineau, A. Schulz, A. Lapresta-Fernandez [et al.] // Chemistry. - 2010. - V. 16, № 34. - P. 10290-10299. - Text: unmediated. - doi: 10.1002/chem.201000829.

196. Downs, A.M. Nanoporous gold for the miniaturization of in vivo electrochemical aptamer-based sensors / A.M. Downs, J. Gerson, M.N. Hossain [et al.] // ACS Sens. - 2021. - V. 6, № 6. - P. 2299-2306. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/acssensors.1c00354.

197. Drabovich, A. Selection of smart aptamers by equilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures (ECEEM) / A. Drabovich, M. Berezovski, S.N. Krylov // J. Am. Chem. Soc. - 2005. - V. 127, № 32. - P. 11224-11225. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/ja0530016.

198. Drancourt, M. Detection of 400-year-old Yersinia pestis DNA in human dental pulp: an approach to the diagnosis of ancient septicemia / M. Drancourt, G. Abuadharam, M. Signoli [et al.] // Proc. Nat., Acad. Sci. USA. - 1998. - V. 95. - P. 12637-12640. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.95.21.12637.

199. Drancourt, M. Yersinia pestis Orientalis in remains of ancient plague patients / M. Drancourt, M. Signoli, L.V. Dang [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2007. -V. 13, № 2. - P. 332-333. - Text: unmediated. - doi: 10.3201/eid1302.060197.

200. Du, Y. Coupling sensitive nucleic acid amplification with commercial pregnancy test strips / Y. Du, A. Pothukuchy, J.D. Gollihar [et al.] // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. - 2017. - V. 56, № 4. - P. 992-996. - Text: unmediated. - doi: 10.1002/anie.201609108.

201. Du, X.J. Recombinase polymerase amplification combined with lateral flow strip for Listeria monocytogenes detection in food / X.J. Du, Y.X. Zang, H.B. Liu [et al.] // J. Food Sci. - 2018. - V. 83, №. 4. - P. 1041-1047. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/1750-3841.14078.

202. Duanghathaipornsuk, S. Adsorption kinetics of glycated hemoglobin on aptamer microarrays with antifouling surface modification / S. Duanghathaipornsuk, N.G.F. Reaver, B.D. Cameron [et al.] // Langmuir. - 2021 - V. 37, № 15. - P. 46474657. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/acs.langmuir.1c00446.

203. Duncan, C.J. What caused the Black Death? / C.J. Duncan, S. Scott // Postgrad. Med. J. - 2005 - V. 81, № 955. - P. 315-320. - Text: unmediated. - doi: 10.1136/pgmj.2004.024075.

204. Duplaix, N. Fleas—the lethal leapers / N. Duplaix // Natl. Geogr. - 1988. -№ 173. - P. 672-694. - Text: unmediated.

205. Dupont, M.E. DNA quality evaluation of formalin-fixed paraffin-embedded heart tissue for DNA methylation array analysis / M.E. Dupont, S.N. Christiansen, S.B. Jacobsen [et al.] // Sci Rep. - 2023. - V. 13, №1:2004. - Text: unmediated.

- doi: 10.1038/s41598-023-29120-y.

206. Eaton, B.E. The joys of in vitro selection: chemically dressing oligonucleotides to satiate protein targets / B.E. Eaton // Curr. Opin. Chem. Biol. - 1997. - V. 1, № 1. - P. 10-16. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/s1367-5931(97)80103-2.

207. Eaton, K. (A) Plagued by a cryptic clock: insight and issues from the global phylogeny of Yersiniapestis / K. Eaton, L. Featherstone, S. Duchene [et al.] // Commun Biol. - 2023. - V. 6, № 1:23. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s42003-022-04394-6.

208. Eaton, K. (E) Emergence, continuity, and evolution of Yersinia pestis throughout medieval and early modern Denmark / K. Eaton, R.K. Sidhu, J. Klunk [et al.] // J. Curr. Biol. - 2023. - V. 33, № 6. - P. 1147-1152. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.cub.2023.01.064.

209. Ellington, A.D. In vitro selection of RNA molecules that bind specifi c lig-ands / A.D. Ellington, J.W. Szostak // Nature. - 1990. - V. 346, № 6287. - P. 818-822.

- Text: unmediated. - doi: 10.1038/346818a0.

210. Enscore, R.E. Modeling relationships between climate and the frequency of human plague cases in the southwestern United States, 1960-1997 / R.E. Enscore, B.J. Biggerstaff, T.L. Brown [et al.] // The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. - 2002. - № 66. - P. 186-196. - Text: unmediated. - doi: 10.4269/ajtmh.2002.66.186.

211. Eppinger, M. Novel plasmids and resistance phenotypes in Yersinia pestis: unique plasmid inventory of strain Java 9 mediates high levels of arsenic resistance / M. Eppinger, L. Radnedge, G. Andersen [et al.] // PLoS One. - 2012. - V.7, №3:e32911. -Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0032911.

212. Eroshenko, G.A. Evolution and circulation of Yersinia pestis in the Northern Caspian and Northern Aral Sea regions in the 20th-21st centuries / G.A. Eroshenko, N.V. Popov, Z.V. Al'khova [et al.] // PLoS One. - 2021. - V. 16, № 2:e0244615. -Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0244615.

213. Eroshenko, G.A. Retrospective analysis of dissemination of the 2.MED1 phylogenetic branch of Yersinia pestis in the Caucasus / G.A. Eroshenko, A.N. Balykova, K.A. Nikiforov [et al.] // PLoS One. - 2023. - V. 18, № 3:e0283670. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0283670.

214. Escosura-Muniz, A. Magnetic bead/gold nanoparticle double-labeled primers for electrochemical detection of isothermal amplified Leishmania DNA / A. Escosura-Muniz, L. Baptista-Pires, L. Serrano [et al.] // Small. - 2016. - V. 12, №. 2. -P. 205-213. - Text: unmediated. - doi: 10.1002/smll.201502350.

215. Esquivel Gomez, L.R. Phylogenetic analysis of the origin and spread of plague in Madagascar / L.R. Esquivel Gomez, C. Savin, V. Andrianaivoarimanana [et al.] // PLoS Negl Trop. Dis. - 2023. - V. 17, № 5:e0010362. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pntd.0010362.

216. Fahy, E. Self-sustained sequence replication (3SR): an isothermal transcription-based amplification system alternative to PCR / E. Fahy, D.Y. Kwoh, T.R. Gingeras // PCR Methods Appl. - 1991. - V. 1, №. 1. - P. 25-33. - Text: unmediated. -doi: 10.1101/gr.1.1.25.

217. Fan, D. Propelling DNA computing with materials' power: recent advancements in innovative DNA logic computing systems and smart bio-applications / D. Fan, J. Wang, E. Wang, S. Dong // Adv. Sci (Weinh). - 2020. - V. 7, № 24:2001766.

- Text: unmediated. - doi: 10.1002/advs.202001766.

218. Famulok, M. Allosteric aptamers and aptazymes as probes for screening approaches / M. Famulok // Curr. Opin. Mol. Ther. - 2005. - V. 7, №. 2. - P. 137-143.

- Text: unmediated.

219. Fang, R. Cross-priming amplification for rapid detection of Mycobacterium tuberculosis in sputum specimens / R. Fang, X. Li, L. Hu [et al.] // J. Clin. Microbiol. -2009. - V. 47, № 3. - P. 845-847. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/JCM.01528-08.

220. Fapohunda, F.O. CRISPR Cas system: A strategic approach in detection of nucleic acids / F.O. Fapohunda, S. Qiao, Y. Pan [et al.] // Microbiol. Res. - 2022. - № 259:e127000. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.micres.2022.127000.

221. Farokhzad, O.C. Nanoparticle-aptamer bioconjugates: a new approach for targeting prostate cancer cells / O.C. Farokhzad, S. Jon, A. Khademhosseini [et al.] // Cancer Res. - 2004. - V. 64, № 21. - P. 7668-7672. - Text: unmediated. - doi: 10.1158/0008-5472.CAN-04-2550.

222. Farokhzad, O.C. Targeted nanoparticle-aptamer bioconjugates for cancer chemotherapy in vivo / O.C. Farokhzad, J. Cheng, B.A. Teply [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2006. - V. 103, № 16. - P. 6315-6320. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.0601755103.

223. Fei, J. Watching DNA breath one molecule at a time / J. Fei, T. Ha // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2013. - V. 110, № 43. - P. 17173-17174. - Text: unmediated.

- doi: 10.1073/pnas.1316493110.

224. Feldman, M. High-Coverage Yersinia pestis genome from a sixth-century Justinianic plague victim / M. Feldman, M. Harbeck, M. Keller, [et al.] // Mol. Biol. Evol. - 2016. - V. 33, №. 11. - P. 2911-2923. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/molbev/msw170.

225. Fenollar, F. Molecular genetic methods for the diagnosis of fastidious microorganisms / F. Fenollar, D. Raoult // APMIS. - 2004. - V. 112, № 11. - P. 785-807.

- Text: unmediated. - doi: 10.1111/j.1600-0463.2004.apm11211-1206.x.

226. Fields, K.A. A low-Ca2+ response (LCR) secretion (ysc) locus lies within the lcrB region of the LCR plasmid in Yersinia pestis / K.A. Fields, G.V. Plano, S.C. Straley // J. Bacteriol. - 1994. - V. 176, № 3. - P. 569-579. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/jb.176.3.569-579.1994.

227. Fotin, A.V. Parallel thermodynamic analysis of duplexes on oligodeoxyribonucleotide microchips / A.V. Fotin, A.L. Drobyshev, D.Y. Proudnikov [et al.] // Nucleic Acids Res. - 1998. - V. 26, № 6. - P. 1515-1521. - Text: unmediated.

- doi: 10.1093/nar/26.6.1515.

228. Fraga, M.F. DNA methylation: a profile of methods and applications / M.F. Fraga, M. Esteller // Biotechniques. - 2002. - V. 33, № 3. - P. 632, 634, 636-649. -Text: unmediated. - doi: 10.2144/02333rv01.

229. Frazao, M.R. Genotypic diversity and pathogenic potential of Yersinia enterocolitica biotype 2 strains isolated in Brazil / M.R. Frazao, J.P. Falcao // J. Appl. Microbiol. - 2015. - V. 118, № 4. - P. 1058-1067. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/jam.12751.

230. Frye, J.G. Development of a DNA microarray to detect antimicrobial resistance genes identified in the National Center for Biotechnology Information database / J.G. Frye, R.L. Lindsey, G. Rondeau [et al.] // Microb. Drug Resist. - 2010. - V. 16, № 1. - P. 9-19. - Text: unmediated. - doi: 10.1089/mdr.2009.0082.

231. Fu, X. A SERS-based lateral flow assay biosensor for highly sensitive detection of HIV-1 DNA / X. Fu, Z. Cheng, J. Yu [et al.] // Biosens Bioelectron. - 2016. -№ 78. - P. 530-537. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bios.2015.11.099.

232. Fu, X. Entropy-driven dynamic self-assembled DNA dendrimers for color-imetric detection of African swine fever virus / X. Fu, Z. Chen, W. Ma [et al.] // Anal. Bioanal. Chem. - 2023. - V. 415, № 9. - P. 1675-1685. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/s00216-023-04562-5.

233. Furihata, C. Short-term in vivo testing to discriminate genotoxic carcinogens from non-genotoxic carcinogens and non-carcinogens using next-generation RNA sequencing, DNA microarray, and qPCR / C. Furihata, T. Suzuki // Genes Environ. -2023. - V. 45. - № 1:7. - Text: unmediated. - doi: 10.1186/s41021-023-00262-9.

234. Fyfe, J.A.M. Detection of Mycobacterium ulcerans DNA using Real-Time PCR / J.A.M. Fyfe, C.J. Lavender // Methods Mol. Biol. - 2022 - № 2387. - P. 71-80.

- Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-1-0716-1779-3_8.

235. Gaballah, A. Simultaneous detection of Mycobacterium tuberculosis and atypical mycobacteria by DNA-microarray in Egypt / A. Gaballah, A. Ghazal, R. Almiry [et al.] // Med. Princ. Pract. - 2022. - № 12. - Text: unmediated. - doi: 10.1159/000524209.

236. Gabitzsch, E.S. Development of a real-time quantitative PCR assay to enumerate Yersiniapestis in fleas / E.S. Gabitzsch, R. Vera-Tudela, R.J. Eisen [et al.] // Am. J. Trop. Med. Hyg. - 2008. - V. 79, №1. - P. 99-101. - Text: unmediated.

237. Galimand, M. Multidrug resistance in Yersinia pestis mediated by a transferable plasmid / M. Galimand, A. Guiyoule, G. Gerbaud [et al.] // N. Engl. J. Med. -1997. - V. 337. - P. 677-680. - Text: unmediated. - doi: 10.1056/NEJM199709043371004.

238. Ganzinelli, S. International interlaboratory validation of a nested PCR for molecular detection of Babesia bovis and Babesia bigemina, causative agents of bovine babesiosis / S. Ganzinelli, C. Byaruhanga, M.E. Primo [et al.] // Vet. Parasitol. - 2022.

- № 304:e109686. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.vetpar.2022.109686.

239. Garcia, E. Pestoides F, an atypical Yersinia pestis strain from the former Soviet Union / E. Garcia, P. Worsham, S. Bearden [et al.] // Adv. Exp. Med. Biol. -2007. - V. 603. - P. 17-22. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-0-387-72124-8_2.

240. Gao, X. Altered Yersinia pestis virulence is associated with the small regulatory RNA HmsA encoded on the plasmid pPCP1 [Text] / X. Gao, M. Wang, Z. Liu [et al.] // Future Microbiol. - 2020. - № 15. - P. 1207-1215. - Text: unmediated. - doi: 10.2217/fmb-2019-0319.

241. Gao, J. Poly-l-Lysine-modified graphene field-effect transistor biosensors for ultrasensitive breast cancer miRNAs and SARS-CoV-2 RNA detection / J. Gao, C. Wang, C. Wang [et al.] // Anal. Chem. - 2022. - № 13. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/acs.analchem.1c03786.

242. Gao, R. INSnet: a method for detecting insertions based on deep learning network / R. Gao, J. Luo, H. Ding, H. Zhai // BMC Bioinformatics. - 2023. - V. 24, № 1:80. - Text: unmediated. - doi: 10.1186/s12859-023-05216-0.

243. Gavrilov, M. Engineered helicase replaces thermocycler in DNA amplification while retaining desired PCR characteristics / M. Gavrilov, J.Y.C. Yang, R.S. Zou [et al.] // Nat. Commun. - 2022. - V. 13, №1:e6312. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41467-022-34076-0.

244. Geeleher, P. Gene-set analysis is severely biased when applied to genome-wide methylation data / P. Geeleher, L. Hartnett, L.J. Egan [et al.] // Bioinformatics. -2013. - V. 29, № 15. - P. 1851-1857. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/bioinformatics/btt311.

245. Gergeroglu, H. Nano-carbons in biosensor applications: an overview of carbon nanotubes (CNTs) and fullerenes (C60) / H. Gergeroglu, S. Yildirim, M.F. Ebeoglugil // SN Applied Sciences. - 2020. - № 2:603. - Text: unmediated. -doi: 10.1007/s42452-020-2404-1.

246. Giffin, K. A treponemal genome from an historic plague victim supports a recent emergence of yaws and its presence in 15th century Europe / K. Giffin, A.K. Lankapalli, S.Sabin [et al.] // Sci. Rep. - 2020. - V. 10. - № 1:9499. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41598-020-66012-x.

247. Glembockyte, V. DNA Origami nanoantennas for fluorescence enhancement / V. Glembockyte, L. Grabenhorst, K. Trofymchuk, P. Tinnefeld [et al.] // Acc. Chem. Res. - 2021. - V. 54, № 17. - P. 3338-3348. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/acs.accounts.1c00307.

248. Gold, L. Diversity of oligonucleotide functions [Text] / L. Gold, B. Polisky, O. Uhlenbeck, M. Yarus // Annu. Rev. Biochem. - 1995. - № 64. - P. 763797. - Text: unmediated. - doi: 10.1146/annurev.bi.64.070195.003555.

249. Gootenberg, J.S. Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2 / J.S. Gootenberg, O.O. Abudayyeh, J.W. Lee [et al.] // Science. - 2017. - V. 356, № 6336. -P. 438-442. - Text: unmediated. - doi: 10.1126/science.aam9321.

250. Gootenberg, J.S. Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with Cas13, Cas12a, and Csm6 / J.S. Gootenberg, O.O. Abudayyeh, M.J. Kellner [et al.] // Science. - 2018. - V. 360, № 6387. - P. 439-444. - Text: unmediated. - doi: 10.1126/science.aaq0179.

251. Gowland, R. A Lambda-Exonuclease SELEX Method for Generating Aptamers to Bacterial Targets / R. Gowland, D.M. Gowers // Methods Mol. Biol. -2023. -№ 2633. - P. 145-161. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-1-0716-3004-4_12.

252. Green, M. Placer l'Afrique sur la carte de la peste noire: apports de la génétique et de l'histoire / M. Green // Africas. - 2018. - № 9:e2125. - Text: unmediated. - https://doi.org/10.4000/afriques.2125.

253. Green, M.R. Inverse Polymerase Chain Reaction (PCR) / M.R. Green, J. Sambrook // Cold Spring Harb Protoc. - 2019. - № 2. - Text: unmediated. - doi: 10.1101/pdb.prot095166.

254. Grissa, I. Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) for the genotyping of bacterial pathogens [Text] / I. Grissa, G. Vergnaud, C. Pourcel // Methods Mol. Biol. - 2009. - № 551. - P. 105-116. - Text: unmediated. -doi: 10.1007/978-1-60327-999-4_9.

255. Grünzweil, O.M. Presence of ß-lactamase-producing Enterobacterales and Salmonella isolates in marine mammals / O.M. Grünzweil, L. Palmer, A. Cabal [et al.] // Int. J. Mol. Sci. - 2021. - V. 22, № 11:e5905. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/ijms22115905.

256. Guellil, M. A genomic and historical synthesis of plague in 18th century Eurasia / M. Guellil, O. Kersten, A. Namouchi [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2020. - V. 117, № 45. - P. - 28328-28335. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.2009677117.

257. Guellil, M. Bioarchaeological insights into the last plague of Imola (16301632) / M. Guellil, N. Rinaldo, N. Zedda [et al.] // Sci. Rep. - 2021. - V. 11. - № 1:e22253. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41598-021-98214-2.

258. Guindon, S. New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies: assessing the performance of PhyML 3.0 / S. Guindon, J.F. Dufayard, V. Lefort [et al.] // Syst. Biol. - 2010. - V. 59, № 3. - P. 307-321. - Text: unmediated. -doi: 10.1093/sysbio/syq010.

259. Guiyoule, A. Plague pandemics ivestigated by ribotyping of Yersinia pestis strains / A. Guiyoule, F. Grimont, I. Iteman [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 1994. - V. 32, № 3. - Р. 634-641. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/jcm.32.3.634-641.1994.

260. Guiyoule, A. Transferable plasmid-mediated resistance to streptomycin in a clinical isolate of Yersinia pestis / A. Guiyoule, G. Gerbaud, C. Buchrieser [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2001. - V. 7, №1. - P. 43-48. - Text: unmediated. - doi: 10.3201/eid0701.010106.

261. Guo, L. Identification of nucleic acid aptamers against lactate dehydrogenase via SELEX and high-throughput sequencing / L. Guo, Y. Song, Y. Yuan [et al.] // Anal. Bioanal. Chem. - 2021. - V. 413, №. 17. - P. 4427-4439. - Text: unmediated. -doi: 10.1007/s00216-021-03397-2.

262. Guo, S. Using CIVT-SELEX to Select Aptamers as Genetic Parts to Regulate Gene Circuits in a Cell-Free System / S. Guo, Z. Xu, L. Lin [et al.] // Int. J. Mol. Sci. - 2023. - V. 24, № 3:2833. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/ijms24032833.

263. Haensch, S. Distinct clones of Yersinia pestis caused the black death / S. Haensch, R. Bianucci, M. Signoli [et al.] // PLoS Pathog. - 2010. - V. 6, № 10:e1001134. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.ppat.1001134.

264. Hacia, J.G. Resequencing and mutational analysis using oligonucleotide microarrays / J.G. Hacia // Nat. Genet. - 1999. - № 21. - P. 42-47. doi: 10.1038/4469. - Text: unmediated.

265. Harbeck, M. Yersinia pestis DNA from skeletal remains from the 6(th) century AD reveals insights into Justinianic Plague [Text] / M. Harbeck, L. Seifert, S.

Hänsch [et al.] // PLoS Pathog. - 2013. - V. 9, № 5:e1003349. - Text: unmediated. -doi: 10.1371/journal.ppat.1003349.

266. Hardinge, P. Molecular Beacons - Loop-Mediated Amplification (MB-LAMP) / P. Hardinge // Methods Mol. Biol. - 2023. - № 2638. - P. 289-299. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-1-0716-3024-2_20.

267. Hare, J.M. High-frequency RecA-dependent and -independent mechanisms of Congo red binding mutations in Yersinia pestis / J.M. Hare, K.A. McDonough // J. Bacteriol. - 1999. - V. 181, № 16. - P. 4896-4904. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/JB.181.16.4896-4904.1999.

268. Hasegawa, M. Dating of the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA / M. Hasegawa, H. Kishino, T. Yano // J. Mol. Evol. - 1985. - V. 22, № 2. - P. 160-174. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/BF02101694.

269. Heid, C.A. Real time quantitative PCR [Text] / C.A. Heid, J. Stevens, K.J. Livak, P.M. Williams // Genome Res. - 1996. - V. 6, № 10. - P. 986-994. - Text: unmediated. - doi: 10.1101/gr.6.10.986.

270. Hennebique, A. Evaluation of the biotoxis qPCR detection kit for Francisella tularensis detection in clinical and environmental samples / A. Hennebique, F. Gas, H. Batina [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2020. - V. 59, № 1:e01434-20. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/JCM.01434-20.

271. Hesselberth, J. In vitro selection of nucleic acids for diagnostic applications / J. Hesselberth, M.P. Robertson, S. Jhaveri, A.D. Ellington // J. Biotechnol. - 2000. -V. 74, № 1. - P. 15-25. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/s1389-0352(99)00005-7.

272. Hiett, K.L. Campylobacter spp. subtype analysis using gel-based repetitive extragenic palindromic-PCR discriminates in parallel fashion to flaA short variable region DNA sequence analysis / K.L. Hiett, B.S. Seal, G.R. Siragusa. // J. Appl. Microbiol. - 2006. - V. 101, № 6. - P. 1249-1258. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/j.1365-2672.2006.03026.x.

273. Higuchi, R. PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions / R. Higuchi, C. Fockler, G. Dollinger, R. Watson. // Biotechnology (NY). -1993. - V. 11, № 9. - P. 1026-1030. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/nbt0993-1026.

274. Hindson, B.J. High-throughput droplet digital PCR system for absolute quantitation of DNA copy number / B.J. Hindson, K.D. Ness, D.A. Masquelier [et al.] // Anal. Chem. - 2011. - V. 83, №. 22. - P. 8604-8610. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/ac202028g.

275. Hinnebusch, B.J. High-frequency conjugative transfer of antibiotic resistance genes to Yersinia pestis in the flea midgut / B.J. Hinnebusch, M.L. Rosso, J.L. Schwan, E. Carniel // Mol. Microbiol. - 2002. - V. 2 - P. 349-354. - Text: unmediated. - doi: 10.1046/j.1365-2958.2002.03159.x.

276. Hinnebusch, B.J. The evolution of flea-borne transmission in Yersinia pestis / B.J. Hinnebusch // Curr. Issues Mol. Biol. - 2005. - V. 7, №. 2. - P. 197-212. -Text: unmediated.

277. Hong, C.A. Short DNA-catalyzed formation of quantum dot-DNA hydro-gel for enzyme-free femtomolar specific DNA assay / C.A. Hong, J.C. Park, H. Na [et al.] // Biosens Bioelectron. - 2021. - № 182:e113110. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bios.2021.113110.

278. Hoser, M.J. Strand Invasion Based Amplification (SIBA®): a novel isothermal DNA amplification technology demonstrating high specificity and sensitivity for a single molecule of target analyte / M.J. Hoser, H.K. Mansukoski, S.W. Morrical, K.E. Eboigbodin // PLoS One. - 2014. - V.9, № 11:e112656. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0112656.

279. Hossain, S.I. Exploring convolutional neural networks with transfer learning for diagnosing Lyme disease from skin lesion images / S.I. Hossain, J. de Goer de Herve, M.S. Hassan [et al.] // Comput. Methods Programs Biomed. - 2022. - № 215:e106624. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.cmpb.2022.106624.

280. Hsu, H.L. (A) Rapid and sensitive detection of Yersinia pestis by lateral-flow assay in simulated clinical samples [Text] / H.L. Hsu, C.C. Chuang, C.C. Liang [et al.] // BMC Infect. Dis. - 2018. - V. 18, № 1:e402. - Text: unmediated. - doi: 10.1186/s12879-018-3315-2.

281. Hsu, C.C. (E) Quantitative competitive allele-specific TaqMan duplex PCR (qCAST-Duplex PCR) assay: a refined method for highly sensitive and specific detec-

tion of JAK2V617F mutant allele burdens / C.C. Hsu, C.E. Huang, Y.Y. Wu [et al.] // Haematologica. - 2018. - V. 103, № 10. - P. 450-454. - Text: unmediated. - doi: 10.3324/haematol .2018.187989.

282. Hu, Y.J. Enhanced discrimination of single nucleotide polymorphism in genotyping by phosphorothioate proofreading allele-specific amplification / Y.J. Hu, Z.F. Li, A.M. Diamond [et al.] // Anal. Biochem. - 2007. - V. 369, № 1. - P. 54-59. -Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.ab.2007.04.042.

283. Hui, W. A novel lateral flow assay based on GoldMag nanoparticles and its clinical applications for genotyping of MTHFR C677T polymorphisms / W. Hui, S. Zhang, C. Zhang [et al.] // Nanoscale. - 2016. - V. 8, № 6. - P. 3579-3587. - Text: unmediated. - doi: 10.1039/c5nr07547e.

284. Hulton, C.S. ERIC sequences: a novel family of repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and other enterobacteria [Text] / C.S. Hulton, C.F. Higgins, P.M. Sharp. // Mol. Microbiol. - 1991. - V. 5, № 4. - P. 825-834. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/j.1365-2958.1991.tb00755.x.

285. Ibrahim, A. The phylogeny of the genus Yersinia based on 16s rDNA sequences / A. Ibrahim, B.M. Goebel, W. Liesack [et al.] // FEMS Microbiol. Lett. -1993. - V. 114. - № 2. - P. 173-177. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/j.1574-6968.1993.tb06569.x.

286. Ichzan, A.M. Solid-phase recombinase polymerase amplification using an extremely low concentration of a solution primer for sensitive electrochemical detection of hepatitis B viral DNA / A.M. Ichzan, S.H. Hwang, H. Cho [et al.] // Biosens Bioelectron. - 2021. - № 179:113065. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bios.2021.113065.

287. Immel, A. Analysis of genomic DNA from medieval plague victims suggests long-term effect of Yersinia pestis on human immunity genes / A. Immel, F.M. Key, A. Szolek [et al.] // Mol. Biol. Evol. - 2021. - V. 38, № 10. - P. 4059-4076. -Text: unmediated. - doi: 10.1093/molbev/msab147.

288. Irmak, E. COVID-19 disease diagnosis from paper-based ECG trace image data using a novel convolutional neural network model / E. Irmak // Phys. Eng. Sci.

Med. - 2022. - V. 45, №. 1. - P. 167-179. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/s13246-022-01102-w.

289. Ishida, S. Reactive Real-Time RT-PCR assay for the detection of Hepatitis E virus and simultaneous genotyping by single nucleotide polymorphism analysis / S. Ishida, S. Yoshizumi, H. Sakata [et al.] // Microbiol. Spectr. - 2022. - V. 10, № 1:e0191221. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/spectrum.01912-2.

290. Iwano, T. High-performance collective biomarker from liquid biopsy for diagnosis of pancreatic cancer based on mass spectrometry and machine learning / T. Iwano, K. Yoshimura, G. Watanabe [et al.] // J. Cancer. - 2021. - V. 12, № 24. - P. 7477-7487. - Text: unmediated. - doi: 10.7150/jca.63244.

291. Jackson, S. The virulence-enhancing effect of iron on non-pigmented mutants of virulent strains of Pasteurella pestis / S. Jackson, T.W. Burrows // Br. J. Exp. Pathol. - 1956. - V. 37. - P. 577-583. - Text: unmediated.

292. Jackson, M.W. Interactions between type III secretion apparatus components from Yersinia pestis detected using the yeast two-hybrid system / M.W. Jackson, G.V. Plano // FEMS Microbiol. Lett. - 2000. - V. 186, №. 1. - P. 85-90. - Text: unmediated. - doi: 10.1111/j.1574-6968.2000.tb09086.x.

293. Jalali, T. Aptamer based diagnosis of crimean-congo hemorrhagic fever from clinical specimens / T. Jalali, M. Salehi-Vaziri, M.H. Pouriayevali, S.L.M. Gargari // Sci. Rep. - 2021. - V. 11, № 1:12639. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41598-021-91826-8.

294. Jansen, R. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes / R. Jansen, J.D. Embden, W. Gaastra, L.M. Schouls // Mol. Microbiol. -2002. - V. 43, № 6. - P. 1565-1575. - Text: unmediated. - doi: 10.1046/j.1365-2958.2002.02839.x.

295. Jarett, C.O. Transmission of Yersinia pestis from an infectious biofilm in the flea vector / C.O. Jarett, E. Deak, K.E. Isherwood [et al.] // J. Infect. Dis. - 2004. -V. 190. - P. 783-792. - Text: unmediated. - doi: 10.1086/422695.

296. Jayathilake, C. cDNA display-mediated immuno-PCR (cD-IPCR): an ultrasensitive immunoassay for biomolecular detection / C. Jayathilake, N. Nemoto // Meth-

ods Mol. Biol. - 2021. - № 2261. - P. 307-321. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/978-1-0716-1186-9_19.

297. Jeddi, I. Computational design of single-stranded DNA hairpin aptamers immobilized on a biosensor substrate / I. Jeddi, L. Saiz // Sci. Rep. - 2021. - V. 11, № 1:10984. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41598-021-88796-2.

298. Jeong, Y.J. Isothermal DNA amplification in vitro: the helicase-dependent amplification system / Y.J. Jeong, K. Park, D.E. Kim // Cell Mol. Life Sci. - 2009. - V. 66, №. 20. - P. 3325-3336. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/s00018-009-0094-3.

299. Jia, N. A CRISPR-Cas12a-Based platform for ultrasensitive, rapid, and highly specific detection of Mycoplasma pneumoniae in clinical application / N. Jia, J. Zhou, F. Xiao [et al.] // Front. Bioeng. Biotechnol. - 2023. - V. 11:1022066. - Text: unmediated. - doi: 10.3389/fbioe.2023.1022066.

300. Jiang, D. One-step fast and label-free imaging array for multiplexed detection of trace avian influenza viruses / D. Jiang, Y. Tian, Y. Zhang [et al.] // Anal. Chim. Acta. - 2021. - № 1171:338645. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.aca.2021.338645.

301. Jin, D.Z. Detection and identification of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 and Vibrio cholerae O139 using oligonucleotide microarray / D.Z. Jin, X.J. Xu, S.H. Chen [et al.] // Infect. Agent Cancer. - 2007. - № 2:e23. - Text: unmediated. - doi: 10.1186/1750-9378-2-23.

302. Jin, J. A real-time LAMP-based dual-sample microfluidic chip for rapid and simultaneous detection of multiple waterborne pathogenic bacteria from coastal waters / J. Jin, L. Duan, J. Fu [et al.] // Anal. Methods. - 2021. - V. 13, № 24. - P. 27102721. - Text: unmediated. - doi: 10.1039/d1ay00492a.

303. Jolley, K.A. Resolution of a meningococcal disease outbreak from whole-genome sequence data with rapid Web-based analysis methods / K.A. Jolley, D.M. Hill, H.B. Bratcher [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2012. - V. 50, № 9. - P. 3046-3053. -Text: unmediated. - doi: 10.1128/JCM.01312-12.

304. Jolley, K.A. Automated extraction of typing information for bacterial pathogens from whole genome sequence data: Neisseria meningitidis as an exemplar / K.A.

Jolley, M.C. Maiden // Euro Surveill. - 2013. - V. 18, № 4:20379. - Text: unmediated.

- doi: 10.2807/ese.18.04.20379-en.

305. Jolley, K.A. Using multilocus sequence typing to study bacterial variation: prospects in the genomic era / K.A. Jolley, M.C. Maiden // Future Microbiol. - 2014. -V. 9, № 5. - P. 623-630. - Text: unmediated. - doi: 10.2217/fmb.14.24.

306. Juscamayta-Lopez, E. A pangenome approach-based loop-mediated isothermal amplification assay for the specific and early detection of Bordetella pertussis / E. Juscamayta-Lopez, F. Valdivia, M.P. Soto [et al.] // Sci. Rep. - 2023. - V. 13, № 1:4356. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41598-023-29773-9.

307. Kampeera, J. Point-of-care rapid detection of Vibrio parahaemolyticus in seafood using loop-mediated isothermal amplification and graphene-based screen-printed electrochemical sensor / J. Kampeera, P. Pasakon, C. Karuwan [et al.] // Biosens Bioelectron. - 2019. - №. 132. - P. 271-278. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bios.2019.02.060.

308. Kamra, E. Current updates in diagnosis of male urogenital tuberculosis / E. Kamra, P.K. Mehta // Expert. Rev. Anti Infect. Ther. - 2021. - V. 19, № 10. - P. 11751190. - Text: unmediated. - doi: 10.1080/14787210.2021.1902305.

309. Kane, S. Development of a rapid viability polymerase chain reaction method for detection of Yersinia pestis / S. Kane, S. Shah, T. Alfaro // J. Microbiol. Methods. - 2019. - № 162. - P. 21-27. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.mimet.2019.05.005.

310. Kaur, V. Origami-templated bimetallic nanostar assemblies for ultrasensitive detection of dopamine / V. Kaur, M. Sharma, T. Sen // Front Chem. - 2021. -№ 9:772267. - Text: unmediated. - doi: 10.3389/fchem.2021.772267.

311. Ke, Y. Self-assembled water-soluble nucleic acid probe tiles for label-free RNA hybridization assays / Y. Ke, S. Lindsay, Y. Chang [et al.] // Science. - 2008. - V. 319, № 5860. - P. 180-183. - Text: unmediated. - doi: 10.1126/science. 1150082.

312. Keim, P. Molecular diversity in Bacillus anthracis / P. Keim, A.M. Klevytska, L.B. Price [et al.] // J. Appl. Microbiol. - 1999. - V. 87, № 2. - P. 215-217.

- Text: unmediated. - doi: 10.1046/j.1365-2672.1999.00873.x.

313. Keim, P. Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis reveals genetic relationships within Bacillus anthracis / P. Keim, L.B. Price, A.M. Klevytska [et al.] // J. Bacteriol. - 2000. - V. 182, № 10. - P. 2928-2936. - Text: unmediated. -doi: 10.1128/JB.182.10.2928-2936.2000.

314. Keller, M. Ancient Yersinia pestis genomes from across Western Europe reveal early diversification during the First Pandemic (541-750) / M. Keller, M.A. Spyrou, C.L [et al.] // Scheib, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2019. - V. 116, №. 25. - P. 12363-12372. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.1820447116.

315. Kellner, M.J. SHERLOCK: nucleic acid detection with CRISPR nucleases / M.J. Kellner, J.G. Koob, J.S. Gootenberg [et al.] // Nat. Protoc. - 2019. - V. 14, № 10.

- P. 2986-3012. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41596-019-0210-2.

316. Kershner, R.J. Placement and orientation of individual DNA shapes on lithographically patterned surfaces / R.J. Kershner, L.D. Bozano, C.M. Micheel [et al.] // Nat. Nanotechnol. - 2009. - V. 4, № 9. - P. 557-561. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/nnano.2009.220.

317. Khachigian, L.M. Deoxyribozymes as Catalytic Nanotherapeutic Agents / L.M. Khachigian // Cancer Res. - 2019. - V. 79, № 5. - P. 879-888. - Text: unmediated. - doi: 10.1158/0008-5472.CAN-18-2474.

318. Kiefer, D. Phenotypical characterization of mongolian Yersinia pestis strains / D. Kiefer, G. Dalantai, T. Damdindorj [et al.] // Vector Borne Zoonotic Dis. -2012. - V. 12, № 3. - P. 183-188. - Text: unmediated. - doi: 10.1089/vbz.2011.0748.

319. Kim, H.R. Specific detection of Cronobacter sakazakii in powdered infant formula using ssDNA aptamer / H.R. Kim, M. Kim, B.C. Kim // Analyst. - 2021. - V. 146, № 11. - P. 3534-3542. - Text: unmediated. - doi: 10.1039/d1an00118c.

320. Kim, Y. Caco-2 cell-derived biomimetic electrochemical biosensor for cholera toxin detection / Y. Kim, D. Lee, Y. Seo [et al.] // Biosens. Bioelectron. - 2023.

- № 226:115105. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.bios.2023.115105.

321. Kingston, J.J. Genotyping of indian Yersinia pestis strains by MLVA and repetitive DNA sequence based PCRs / J.J. Kingston, U. Tuteja, M. Kapil [et al.] //

Antonie Van Leeuwenhoek. - 2009. - V. 96, № 3. - P. 303-312. - Text: unmediated. -doi: 10.1007/s10482-009-9347-2.

322. Kirichenko, A. A Novel DNAzyme-Based Fluorescent Biosensor for Detection of RNA-Containing Nipah Henipavirus / A. Kirichenko, E. Bryushkova, V. Dedkov, A. Dolgova // Biosensors (Basel). - 2023. - V. 13, № 2:252. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/bios13020252.

323. Kislichkina, A.A. Nineteen whole-genome assemblies of Yersinia pestis subsp. microtus, including representatives of biovars caucasica, talassica, hissarica, altaica, xilingolensis, and ulegeica / A.A. Kislichkina, A.G. Bogun, L.A. Kadnikova [et al.] // Genome An-nounc. - 2015. - V. 3, № 6:e01342-15. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/genomeA.01342-15.

324. Kislichkina, A.A. Six whole genome assemblies of Yersinia pestis subsp. microtus bv. ulegeica (Phylogroup 0.PE5) strains isolated from mongolian natural plague foci / A.A. Kislichkina, A.G. Bogun, L.A. Kadnikova [et al.] // Genome Announc. - 2018. - V. 6, № 25:e00536-18. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/genomeA.00536-18.

325. Klevytska, A.M. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome / A.M. Klevytska, L.B. Price, J.M. Schupp [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2001. - V. 39, № 9. - P. 3179-3185. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/JCM.39.9.3179-3185.2001.

326. Kortli, S. Yersinia pestis detection using biotinylated dNTPs for signal enhancement in lateral flow assays / S. Kortli, M. Jauset-Rubio, H. Tomaso [et al.] // Anal. Chim. Acta. - 2020. - № 1112. - P. 54-61. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.aca.2020.03.059.

327. Kotetishvili, M. Multilocus sequence typing for studying genetic relationships among Yersinia species / M. Kotetishvili, A. Kreger, G. Wauters [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2005. - V. 43, № 6. - P. 2674-2684. - Text: unmediated. - doi: 10.1128/JCM.43.6.2674-2684.2005.

328. Kristensen, L.S. Sensitive melting analysis after Real Time- Methylation specific PCR (SMART-MSP): high-throughput and probe-free quantitative DNA meth-

ylation detection / L.S. Kristensen, T. Mikeska, M. Krypuy, A. Dobrovic // Nucleic Acids Res. - 2008. - V. 36, № 7:e42. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/nar/gkn113.

329. Kristian, S.A. Retargeting pre-existing human antibodies to a bacterial pathogen with an alpha-Gal conjugated aptamer / S.A. Kristian, J.H. Hwang, B. Hall [et al.] // J. Mol. Med. (Berl). - 2015. - V. 93, № 6. - P. 619-631. - Text: unmediated. -doi: 10.1007/s00109-015-1280-4.

330. Kruspe, S. Aptamer-siRNA Chimeras: Discovery, Progress, and Future Prospects / S. Kruspe, P.H.Giangrande // Biomedicines. - 2017. - V. 5, № 3:45. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/biomedicines5030045.

331. Kumar, S. Magnetic multiplex Loop Mediated Isothermal Amplification (MM-LAMP) technique for simultaneous detection of dengue and chikungunya virus / S. Kumar, S. Sharma, S. Kumari [et al.] // J. Virol. Methods. - 2022. - № 300:114407.

- Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.jviromet.2021.114407.

332. Kusnezow, W. Solid supports for microarray immunoassays / W. Kusnezow, J.D. Hoheisel // J. Mol. Recognit. - 2003. - V. 16. - P. 165-176. - Text: unmediated. - doi: 10.1002/jmr.625.

333. Kusser, W. Chemically modified nucleic acid aptamers for in vitro selections: evolving evolution / W. Kusser // J. Biotechnol. - 2000. - V. 74, № 1. - P. 27-38.

- Text: unmediated. - doi: 10.1016/s1389-0352(99)00002-1.

334. Kutyavin, I.V. New approach to real-time nucleic acids detection: folding polymerase chain reaction amplicons into a secondary structure to improve cleavage of Forster resonance energy transfer probes in 5'-nuclease assays / I.V. Kutyavin // Nucleic Acids Res. - 2010. - V. 38, № 5:e29. - Text: unmediated. - doi: 10.1093/nar/gkp1138.

335. Kutyrev, V.V. Analisis of Yersinia pestis chromosomal determinants Pgm+ and Psts associated with virulence / V.V. Kutyrev, A.A. Filippov, O.S. Oparina, O.A. Protsenko // Microb. Pathog. - 1992. - V.12. - P. 177-186. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/0882-4010(92)90051-o.

336. Kutyrev, V.V. Phylogeny and classification of Yersinia pestis through the lens of strains from the plague foci of Commonwealth of Independent States / V.V.

Kutyrev, G.A. Eroshenko, V.L. Motin [et al.] // Front. Microbiol. - 2018. - № 9:1106. -Text: unmediated. - doi: 10.3389/fmicb.2018.01106.

337. Kurn, N. Novel isothermal, linear nucleic acid amplification systems for highly multiplexed applications / N. Kurn, P. Chen, J.D. Heath [et al.] // Clin. Chem. -2005. - V. 51, № 10. - P. 1973-1981. - Text: unmediated. - doi: 10.1373/clinchem.2005.053694.

338. Kwoh, D.Y. Transcription-based amplification system and detection of amplified human immunodeficiency virus type 1 with a bead-based sandwich hybridization format / D.Y. Kwoh, G.R. Davis, K.M. Whitfield [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1989. - V. 86, № 4. - P. 1173-1177. - Text: unmediated. - doi: 10.1073/pnas.86.4.1173.

339. Latorra, D. Enhanced allele-specific PCR discrimination in SNP genotyp-ing using 3' locked nucleic acid (LNA) primers / D. Latorra, K. Campbell, A. Wolter [et al.] // Hum Mutat. - 2003. - V. - 22, № 1. - P. 79-85. - Text: unmediated. - doi: 10.1002/humu.10228.

340. Lau, H.Y. Specific and sensitive isothermal electrochemical biosensor for plant pathogen dna detection with colloidal gold nanoparticles as probes / H.Y. Lau, H. Wu, E.J. Wee [et al.] // Sci. Rep. - 2017. - № 7:38896. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/srep38896.

341. Lavu, P.S. Selection and characterization of cell surface specific aptamer and development of fluorescence assay for detection of Shigella flexneri from water samples / P.S. Lavu, B. Mondal, S. Ramlal // J. Fluoresc. - 2021. - V. 31, № 3. - P. 685-693. - Text: unmediated. - doi: 10.1007/s10895-021-02691-7.

342. Lefever, S. Cost-effective and robust genotyping using double-mismatch allele-specific quantitative PCR / S. Lefever, A. Rihani, J. Van der Meulen [et al.] // Sci. Rep. - 2019. - V. 9, № 1:2150. - Text: unmediated. - doi: 10.1038/s41598-019-38581-z.

343. Leitner, M. Single-molecule AFM characterization of individual chemically tagged DNA tetrahedra / M. Leitner, N. Mitchell, M. Kastner [et al.] // ACS Nano. -2011. - V. 5, № 9. - P. 7048-7054. - Text: unmediated. - doi: 10.1021/nn201705p.

344. Leonardo, S. Biosensors based on isothermal DNA amplification for bacterial detection in food safety and environmental monitoring / S. Leonardo, A. Toldra, M. Campas // Sensors (Basel). - 2021. - V. 21, № 2:602. - Text: unmediated. - doi: 10.3390/s21020602.

345. Lewin, A.S. Multiplex droplet digital PCR assay for detection of Flavobacterium psychrophilum and Yersinia ruckeri in norwegian aquaculture / A.S. Lewin, T. Haugen, R. Netzer [et al.] // J. Microbiol. Methods. - 2020. - № 177:106044. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.mimet.2020.106044.

346. Li, B. Genotyping with TaqMAMA / B. Li, I. Kadura, D.J. Fu, D.E. Watson // Genomics. - 2004. - V. 83, № 2. - P. 311-320. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.ygeno.2003.08.005.

347. Li, Y. Different region analysis for genotyping Yersinia pestis isolates from China / Y. Li, E. Dai, Y. Cui [et al.] // PLoS One. - 2008. - May V. 3, № 5:e2166. -Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0002166.

348. Li, Y. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci / Y. Li, Y. Cui, Y. Hauck [et al.] // PLoS One. - 2009. - V. 4, № 6:e6000. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0006000.

349. Li, X. A fast and sensitive immunoassay of avian influenza virus based on label-free quantum dot probe and lateral flow test strip / X. Li, D. Lu, Z. Sheng [et al.] // Talanta. - 2012. - № 100. - P. 1-6. - Text: unmediated. - doi: 10.1016/j.talanta.2012.08.041.

350. Li, Y. Features of Variable Number of Tandem Repeats in Yersinia pestis and the development of a hierarchical genotyping scheme / Y. Li, Y. Cui, B. Cui [et al.] // PLoS One. - 2013. - V. 8, № 6:e66567. - Text: unmediated. - doi: 10.1371/journal.pone.0066567.