Наследственные и соматические мутации как молекулярные маркеры для диагностики и лечения рака молочной железы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.07, кандидат наук Коваленко, Сергей Петрович

• Коваленко, Сергей Петрович
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Коваленко, Сергей Петрович

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

1.1. Белки ВЯСА1 и ВЛСА2

1.1.1. История открытия

1.1.2. Структурно-функциональная организация белка, кодируемого геном ВЯСА1

1.1.3. Структурно-функциональная организация белка, кодируемого геном ВЯСА2

1.2. Наследственные формы РМЖ, не связанные с мутациями в генах ВЯСА1 и ВЯСА2

1.2.1. Вклад мутаций в гене СНЕК2 в формирование наследственных форм РМЖ

1.2.2. Наследственные формы РМЖ, не связанные с мутациями в генах ВЯСА1, ВВ.СА2, СНЕК2

1.3. Методы анализа мутаций в генах ВЯСА1 и ВЯСА2

1.4. Необходимость анализа мутаций в генах ВЯСА1 и ВЯСА2 для ранней диагностики и выбора корректного лечения

1.5. Молекулярно-генетический анализ в онкологии с использованием массового параллельного секвенирования

1.6. «Молекулярные портреты» опухолей при РМЖ

1.7. Амплификация генов при РМЖ

1.8. Воздействие химиотерапевтических препаратов на опухоли с гиперэкспрессией НЕЯ2/пеи

1.9. Новые препараты, используемые для лечения пациентов с Н1Ж2-позитивным РМЖ

1.9.1. Лапатиниб

1.9.2. Разработка новых препаратов, направленных на лечение НЕ112-позитивного РМЖ

1.10. Технологии анализа HER2 статуса опухоли

1.10.1. Метод иммуногистохимического анализа (IHC)

1.10.2. Метод флуоресцентной гибридизации (FISH)

1.10.3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ

2.1. Образцы, используемые в исследовании

2.1.1. Популяционная выборка

2.1.2. Выборка пациентов с диагнозом «РМЖ»

2.1.3. Образцы опухолей

2.2. Реактивы

2.3. Плазмидные ДНК, штаммы Е. coli

ГЛАВА 3. Методы

3.1. Выделение геномной ДНК

3.2. Выделение ДНК из архивных и свежезамороженных образцов ткани опухоли РМЖ

3.3. Приготовление пулов ДНК

3.4. ПЦР в режиме реального времени

3.5. Определение концентрации растворов ДНК с помощью калибровочной прямой с использованием ПЦР в режиме реального времени

3.6. Обработка результатов

3.7. Компьютерный анализ нуклеотидной последовательности

3.8. Аллель-специфичная ПЦР в режиме реального времени

3.9. Вставка чужеродных фрагментов ДНК в ген щелочной фосфатазы

Е. coli между кодонами Gln253 и Lys254

3.10. Вставка чужеродных фрагментов ДНК в ген щелочной фосфатазы Е. coli между кодонами А1а218 и Gly219

3.11. Конструирование плазмиды pPhoA-frame

3.12. Трансформация и анализ рекомбинантных плазмидных ДНК

3.13. Трансформация, выделение и анализ плазмидных ДНК

3.14. Амплификация фрагментов гена BRCA1

3.15. Клонирование амплифицированных фрагментов гена BRCA1

3.16. Определение бета-галактозидазной активности

3.17. Определение активности щелочной фосфатазы in situ

3.18. Статистическая обработка данных

Глава 4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

4.1. Разработка методов анализа мутаций в генах BRCA1 и BRCA2

4.1.1. Разработка метода анализа целостности рамки трансляции с использованием клонирования исследуемого фрагмента в рамку с геном-репортером LacZ'

4.1.2. Анализ возможности встройки чужеродных полипептидов

в молекулу щелочной фосфатазы Е. coli

4.1.2.1. Встройка чужеродных пептидов после А1а218 щелочной фосфатазы

4.1.2.2. Оценка ферментативной активности модифицированных щелочных фосфатаз

4.1.3. Конструирование плазмиды pPhoA-frame

4.2. Разработка метода анализа мутаций с использованием пулированных образцов

4.3. Частоты встречаемости мутаций в популяции и среди больных РМЖ

4.4. Молекулярно-генетический анализ опухолевых клеток при РМЖ

4.4.1. Разработка метода анализа амплификации гена HER2/neu с использованием ПЦР в режиме реального времени

4.4.2. Сравнение результатов определения дозы гена HER2/neu предложенным протоколом TaqMan ПЦР в реальном времени с результатами ИГХ и FISH определения НЕ112-статуса опухолей РМЖ

4.4.3. Выявление вариантов НЕК2/пеи-содержащих ампликонов в клетках опухолей при РМЖ методом ПЦР в реальном времени

4.4.4. Анализ флексибильности ДНК в районе

MEDI - HER2/neu - ТОР2А

4.4.5. Флексибильные последовательности в генах IKZF3 и RARA, способные формировать устойчивые вторичные структуры

4.4.6. Различный уровень амплификации вокруг сайтов высокой флексибильности РЫКЖ-КШ и Р1ех1К2РЗ-225 и Р1ехБШ1А

4.4.7. Обсуждение результатов анализа амплификации фрагмента ДНК,

содержащего ген HER2/neu

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ. Анализ мутаций в гене BRCА1 среди больных с диагнозом «рак молочной железы» и «рак яичников». Специфика лечения, рекомендации по выявлению мутаций у родственников больных (Методические рекомендации)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Наследственные и соматические мутации как молекулярные маркеры для диагностики и лечения рака молочной железы»

ВВЕДЕНИЕ

Рак молочной железы (РМЖ) - наиболее частое онкологическое заболевание у женщин. Каждая десятая женщина в течение жизни заболевает этим видом рака. Несмотря на явные успехи последних десятилетий в диагностике и лечении, в целом заболеваемость в развитых странах растет.

Молекулярно-генетический анализ — сравнительно новый инструмент в онкологии, однако именно он, единственный, позволяет выявлять наследственную предрасположенность к заболеванию, что обеспечивает возможность ранней диагностики для группы генетически отягощенных пациентов. Более того, именно молекулярно-генетический анализ становится инструментом, используя который практический онколог уже сегодня имеет возможность выбрать наиболее эффективное лечение для больного.

Эти два аспекта - выявление наследственных форм онкологических заболеваний и выбор эффективной лекарственной терапии на основе молекулярно-генетических исследований — становятся востребованными в современной онкологической практике. Использование молекулярно-генетического анализа для формирования групп высокого риска заболевания РМЖ, а также для выбора наиболее корректной лекарственной терапии - основной фокус настоящей работы.

Многочисленные исследования, посвященные анализу мутаций, связанных с формированием наследственных форм рака, создают иллюзию полной решенности проблемы и возможности непосредственного перенесения в российскую практику наработок онкологов западных стран. При ближайшем рассмотрении проблемы оказывается, что возможности прямого перенесения разработанных в США и Западной Европе алгоритмов

выявления мутаций в практику российской онкологии крайне ограничены. Для этого нет ни финансовых, ни организационных возможностей современного российского здравоохранения.

Действительно, ориентация на выявление семейных форм заболевания наталкивается на отсутствие генетиков в большинстве онкологических клиник России и недостаток знаний по медицинской генетике у практикующих онкологов. Но даже при выявлении семейной истории онкологического заболевания проведение обычного в практике развитых стран полного секвенирования кодирующих частей генов BRCA1 и BRCA2 нереально в онкологической практике современной России по причинам финансового и технологического характера.

С другой стороны, более чем 10-летний зарубежный опыт проведения исследований по выявлению мутаций, связанных с наследственными формами рака, явно поставил вопросы о необходимости модификации как организационных, так и технологических вопросов, связанных с выявлением носителей таких мутаций [Couch F.J., 2014]. Так, принятый в ряде стран алгоритм исчерпывающего анализа генов BRCA1 и BRCA2 только у пациентов с семейной историей заболевания не позволяет выявить более 30% больных - носителей мутаций в этих генах [Shkedi-Rafid S., 2012; Kwon J.S., 2010].

Таким образом, вопрос о технологиях и организации подобного рода исследований становится актуальным, решение такого рода вопросов можно рассматривать как с учетом международного опыта, так и с учетом российской специфики.

Генетически обусловленная предрасположенность к РМЖ и раку яичников среди всех предрасположенностей к онкологическим заболеваниям — наиболее часто встречающаяся наследственная патология. Если принять во внимание еще и крайне высокую (до 90%) вероятность возникновения злокачественных новообразований у носителей мутаций, связанных с формированием наследственных форм РМЖ (прежде всего у

носителей мутаций в генах BRCA1 и BRCA2), то станет очевидным необходимость выявления таких мутаций для выделения групп высокого риска заболевания. Более того, недавние работы ряда авторов убедительно продемонстрировали возможность использования специфического лечения для больных РМЖ - носителей мутаций в гене BRCA1 [Byrski Т., 2008].

На сегодняшний день не остается сомнений в необходимости выявления мутаций в генах, связанных с высочайшей предрасположенностью к РМЖ. В ряде стран приняты национальные стандарты, предопределяющие необходимость такого анализа у больных и их родственников, рекомендованы даже методы выявления мутаций [National Collaborating Centre.., 2006].

Рекомендации определяют пациентов, которым следует пройти исчерпывающий анализ (полное секвенирование) кодирующих частей генов BRCA1 и BRCA2, причем стоимость такого анализа в случае соответствия пациентов принятым критериям в развитых странах покрывается медицинской страховкой. Исходно подобная логика казалась обоснованной, так как в генах BRCA1 и BRCA2 было выявлено множество мутаций, «горячие точки» мутаций выражены слабо [OffitK., 2006].

В то же время исследования на отдельных популяциях позволили обнаружить достаточно ярко выраженные «эффекты основателей» в целом ряде стран. Так, мутации BRCA1 185delAG, BRCA1 5382insC, BRCA2 6174delT встречаются с повышенной частотой среди евреев Ашкенази — у данной группы населения на эти три мутации приходится 98-99% всех обнаруженных в генах BRCA1 и BRCA2 мутаций [Friedman L.S., 1995; Tonin P., 1996; Neuhausen S., 1996; Phelan C., 2002].

В Италии, в области Тоскана, более 73% всех обнаруженных мутаций в гене BRCA1 - это мутации BRCA1 3347delAG, BRCA1 3404delA, BRCA1 1499insA, BRCA1 5181delGTT [Papi L., 2009].

Свыше 68% всех обнаруженных мутаций в одном из регионов Норвегии - мутации 1675delA, 3347delAG, 816delGT, 1135insA [Maller P., 2001].

13 мутаций в Финляндии обнаруживаются в 84% случаев [Syrjäkoski К., 2000; Pääkkönen К., 2001; Eerola H., 2001].

В Исландии практически во всех случаях выявления мутаций была обнаружена единственная мутация BRCA2 999del5 [Rafnar T., 2004].

В ряде странах Восточной Европы (Польша, Россия, Латвия, Литва, Белоруссия) ярко выражен «эффект основателя» - более, чем в 70% случаев среди всех обнаруженных мутаций выявляются мутации BRCA1 5382insC, BRCA1 4154delA, BRCA1 T300G [Görski В., 2004; Tikhomirova L., 2005; Janavicius R., 2009; Sokolenko A.P., 2007; Oszurek O., 2001; Карпухин A.B., 2002; Логинова A.H., 2003].

Есть данные о наличии часто встречающихся мутаций в Испании, Португалии, Бельгии, Дании, Чехии, Венгрии, Греции, Швеции, Ирландии и ряде других стран [Ferla R., 2007; Janavicius R., 2010].

Выявление часто встречающихся мутаций поставило вопрос об обоснованности дорогостоящей процедуры полного секвенирования кодирующей части генов BRCA1 и BRCA2 даже в случае соответствия пациента критериям принадлежности к группе «высокого риска наследственного типа рака». Действительно, стоит ли проводить полный анализ кодирующей части генов BRCAJ и BRCA2, если известно, что в большинстве случаев будут найдены всего несколько заранее определенных мутаций? Простая логика и экономические соображения подсказывают необходимость анализа именно этих мутаций на первом этапе и только при отсутствии таких мутаций у пациента проводить дополнительный анализ. Именно так поступают сегодня во многих онкологических клиниках Израиля, Польши, Исландии и ряда других стран.

Более того, все чаще ставятся под сомнение выработанные изначально рекомендации по выявлению мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 только в

случае наличия родственников с онкологическими заболеваниями. Так, практические онкологи достаточно часто встречают ситуации, когда больной просто не знает истории жизни ближайших родственников [Saunders К.Н., 2011].

С другой стороны, специфика заболевания (увеличенный процент заболевания в раннем возрасте) и в подавляющем большинстве случаев формирование трижды негативного РМЖ (ER-, PR-, HER2/neu-) у носителей мутаций в гене BRCAJ, позволили обосновать необходимость тестирования на наличие мутаций в гене BRCA1 всех пациенток до 50 лет с диагнозом «рак молочной железы» с иммунногистохимически подтвержденным «трижды негативным РМЖ» [Hartman A.R., 2012; Robertson L., 2012].

Таким образом, полученные в последние годы знания о специфике распространенности мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 (прежде всего -«эффекты основателей» выявленные во многих популяциях), понимание сложности, а часто и невозможности прослеживания семейной истории больного, установленный факт доминирования специфического гистологического типа опухолей у носителей мутаций в гене BRCA1 (трижды негативный тип опухоли) — все это позволяет ставить вопрос о новых подходах к выбору тактики выявления мутаций в генах BRCA1 и BRCA2.

Если исходно анализ всех возможных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 с помощью секвенирования был рекомендован исключительно пациентам, имеющих родственников с диагнозом «РМЖ», то сегодня возникает понимание рациональности анализа наиболее частых мутаций для данной популяции у группы пациентов, отобранной на основе клинических (возраст, билатеральность) и/или морфологических характеристик опухоли (трижды негативный рак). Более того, все большую популярность приобретает точка зрения о необходимости тестирования частых мутаций у

всех больных РМЖ без учета семейной истории [Shkedi-Rafid S., 2012; Wang G.,2011].

Все проведенные ранее исследования по распространенности мутаций в гене BRCA1 в России наглядно демонстрируют ярко выраженный «эффект основателя» с частотой встречаемости мутации BRCA1 5382insC 70-90% от всех мутаций в генах BRCA1 uBRCA2 [Iyevleva A.G.,2010; SokolenkoA.P., 2007; Карпухин A.B., 2002; Логинова A.H., 2003].

Учитывая, что на сегодняшний день в России нет национальных рекомендаций по выделению групп пациентов, для которых необходимо проведение анализа мутаций, вполне обоснованно формирование таких рекомендаций с учетом ярко выраженного в России «эффекта основателя». В рекомендациях по выделению групп пациентов, которым необходимо проходить тестирование на наличие мутации в гене BRCA1 должны быть учтены и возможности модификации терапии для больных с диагнозом РМЖ - носителей мутации в генах BRCA1 и BRCA2 [Byrski Т., 2008; Narod S.A., 2010; Rehman F.L., 2010].

Если рассматривать детально стоимость анализа небольшого количества мутаций, то сразу же встают вопросы о разнообразии методов анализа, их точности и корректности применения, необходимости специального оборудования для исследования, наличии квалифицированных кадров для выполнения анализа. Систематический обзор методов, используемых при выявлении мутаций в генах BRCA1/2, был сделан в 2007 г. [Gerhardus А.,2007].

В обзоре рассмотрены 12 наиболее часто встречающихся методов анализа мутаций в генах BRCA1 vtBRCA2, проведена оценка их точности. Несмотря на то, что экономических оценок сделано не было, очевидно следующее: стоимость анализа с использованием рассмотренных автором методов значительно варьирует. В качестве наиболее точных и перспективных автора отмечает достаточно дорогие методы РТТ (ProteinTruncationTest) и DHPLC (денатурирующая высокоэффективная

жидкостная хроматография). Вряд ли можно ожидать, что эти методы будут использованы в лабораториях практической медицины - они дороги, трудоемки, требуют высокой квалификации персонала и дорогостоящего оборудования (в случае с БНРЬС). Стоит отметить, что оба метода сориентированы на выявление множественных мутаций, в случае с РТТ -это анализ преждевременной терминации трансляции, в случае БНРЬС — анализ нуклеотидных замен в исследуемом фрагменте ДНК.

Разнообразие методов анализа, отсутствие ориентации на экономичность исследования - серьезный сдерживающий фактор практической организации анализа мутации в генах, связанных с предрасположенностью к РМЖ. Среди множества существующих методов анализа мутаций можно выделить такие, с помощью которых анализируются конкретные мутации - это либо методы на основе ПЦР, либо методы на основе гибридизации со специфическими олигонуклеотидами.

В этой связи, безусловно, актуальной будет работа, сориентированная на разработку надежных, чувствительных и недорогих методов анализа мутаций в генах ВЯСА1 и ВЯСА2. Именно разработке таких методов и посвящена первая часть настоящей работы.

Многочисленные исследования распространенности мутаций в генах ВЯСА1 иВЯСА2 в различных популяциях, субпопуляциях, этнических группах, географически изолированных группах населения [1апау1сшз К., 2010] продемонстрировали необходимость подобного анализа — картина распространенности мутаций, их встречаемости значительно варьирует. В этой связи, с учетом этнического разнообразия населения России, задача организации мониторинга наследственных форм РМЖ в Российской Федерации с неизбежностью требует отдельного анализа встречаемости мутаций как минимум в нескольких регионах России.

Подобного рода исследования часто ограничиваются анализом распространенности мутаций только среди больных РМЖ.

Распространенность мутаций в генах ВЯСА1 и ВКСА2 в целом в популяциях не только в России, но и в мире изучена слабо. Дело в том, что даже самые распространенные мутации встречаются в популяции с частотами не более 1:200, в большинстве случаев - не более 1:1000, работа по анализу мутаций в популяции - затратное и трудоемкое исследование.

Для оценок частот встречаемости этих мутаций необходим анализ как минимум нескольких тысяч образцов ДНК. В то же время подобного рода исследование напрямую связано с выбором метода анализа частот встречаемости мутаций. Возможность исследования с пулированием образцов (исследование смеси нескольких образцов) определяется выбранным методом. Настоящее исследование ориентировано на использование именно методов с возможностью пулирования образцов с тем, чтобы с минимизацией затрат можно было проанализировать несколько тысяч образцов популяционной выборки.

Анализ мутаций в генах ВЯСА1 и ВЯСА2 - полностью созревшее направление молекулярно-генетического анализа, которое должно быть использовано современной онкологией. Есть ли другие молекулярно-генетические технологии, которые были бы столь близки к практическому использованию?

Несмотря на многочисленные работы, сориентированные на выявление новых, практически значимых молекулярно-генетических маркеров при РМЖ, в реальной онкологической практике востребованы лишь незначительное количество аналитических процедур, связанных с молекулярной генетикой. Достаточно много надежд возлагалось на типирование опухолей с помощью анализа экспрессии генов. Однако, несмотря на появившуюся новую классификацию опухолей молочной железы, базирующуюся на экспрессии генов [БогНе Т.,2001], выбор лекарственной терапии на основе профилей экспрессии генов до сих пор остаются крайне ограниченным.

Вполне возможно, что появившиеся недавно технологии массового параллельного секвенирования фрагментов ДНК (Next Generation Sequencing), позволят в будущем выявить молекулярно-генетические детерминанты, предопределяющие выбор эффективного лечения пациента. Недавние эксперименты по полногеномному секвенированию ДНК из 2000 опухолей при РМЖ позволили предложить новую классификацию опухолей на основе молекулярно-генетических особенностей опухолевых клеток, выделено 10 основных типов опухолей [Curtis С., 2012].

В то же время возможность использования такой классификации в онкологической практике остается пока под вопросом. Пожалуй, единственным на сегодня примером реального использования полногеномного секвенирования для персонифицированного мониторинга развития опухоли и реакции опухоли на лекарственные препараты можно считать подход, разработанный Леари с соавторами [Leary R.J., 2010].

Авторы продемонстрировали возможность выявления транслокаций с помощью полногеномного секвенирования ДНК клеток опухолей молочной железы, достаточную простоту персонифицированного мониторинга опухоль-специфичных фрагментов ДНК в крови пациента, на основе которого можно делать заключение об эффективности лечения пациента. Подобного рода подход, безусловно, заслуживает внимания, но в то же время на сегодняшний день вряд ли может получить широкое применение в клиниках - в основном из-за высокой стоимости, отсутствия стандартизации использования подхода и отсутствия соответствующего высококвалифицированного персонала в клиниках. Очевидно, что подобная технология требует дополнительной валидации до широкого введения в клиническую практику. Эта технология еще не готова для использования в разумно консервативной практической медицине.

Попытки ввести в практическую онкологию «экспрессионные портреты» опухолей вряд ли можно назвать удачными, хотя трудно не признать и определенные успехи в этом направлении. Так, в 2011 г.

Американская Ассоциации Клинических онкологов (ASCO) впервые рекомендовала к использованию в клинической практике анализ экспрессии генов в клетках опухолей при РМЖ для выбора оптимальной химиотерапии [St.Gallen International Breast Cancer..,2011].

Рекомендации в основном связаны с использованием для типирования опухолей на основе экспрессии генов наиболее известной коммерчески доступной системы анализа OncotypeDX (http://www.oncotypedx.com).

В то же время при более внимательном анализе спектра исследуемых генов становится ясно, что наиболее значимые для принятия решения элементы диагностической системы - это известные ранее общепризнанные маркеры (ER, PR, HER2/neu), анализируемые в течение последних лет с помощью методов иммунногистохимии. В предлагаемой системе OncotypeDX анализ этих же маркеров проходит на уровне экспрессии мРНК. По сути, в неявном виде, онкологам предложена смена метода анализа экспрессии рецепторов в клетках опухоли.

Принятие идеи смены методического подхода обозначает для учреждений практической онкологии необходимость смены парка оборудования, обучение специалистов новым методам, принятие новых форм результатов исследований, необходимость валидации методов, и, самое главное, необходимость отчасти игнорировать рекомендации производителей медицинских препаратов, которые по-прежнему рекомендуют методы иммунногистохимии. Для подобных изменений нужны действительно серьезные основания. Среди трех общепризнанных маркеров (ER, PR, HER2/neu), анализ которых проводится у больных РМЖ, ситуация достаточно специфична для HER2/neu - в большинстве стандартов предписан анализ гиперэкспрессии рецептора HER2/neu иммунногистохимически на первом этапе и с помощью FISH-анализа в случае «промежуточного» результата (2+) - иммунногистохимического анализа.

В российской действительности Р18Н-анализ в онкологической практике - скорее исключение, чем правило. Это связано как с высокой стоимостью анализа, так и с необходимостью специализированного оборудования и высокопрофессиональных специалистов для проведения подобного рода анализа. На практике, в большинстве случаев такого рода анализ просто не проводится. Несмотря на то, Р18Н-анализ традиционно относят к цитологическим методам исследования, этот метод можно вполне отнести и к методам молекулярной генетики - ведь с помощью этого метода либо измеряется количество молекул ДНК, соответствующих определенному гену, либо проводится анализ изменения структуры ДНК, хотя этот анализ и проводится на уровне крупных фрагментов хромосом. Неудивительно, что именно БШН-анализ в целом ряде случаев все чаще заменяют анализом с использованием ПЦР в режиме реального времени.

Б^Н-анализ при исследовании гиперэкспрессии рецептора ШЖ2/пеи используют для выявления амплификации гена НЕ112/пеи, так как именно амплификация лежит в основе гиперэкспрессии рецептора на поверхности клеток опухоли. ПЦР в режиме реального времени позволяет достаточно точно проводить анализ дозы гена, более того, появляется возможность более точной локализации границ амплификации, что, вполне возможно, связано с более детальным типированием опухоли. Более детальное типирование клеток опухоли может быть, в свою очередь, основой для выбора специфической терапии. Так, коамплификация гена Т0Р02, который кодирует топоизомеразу 2 и находится на расстоянии примерно 600кЬ от гена НЕК2/пеи, вполне может быть связана с повышенной чувствительностью клеток опухоли к ингибиторам топоизомеразы 2 [Миг% Б.К., 2005].

Есть и еще один аспект, позволяющий рассматривать использование ПЦР в режиме реального времени как корректный инструмент исследования амплификации гена НЕК2/пеи в клетках опухоли. Дело в том, что до

сегодняшнего дня внутрихромосомная амплификация остается слабо изученным процессом.

Значимость процесса внутрихромосомной амплификации в канцерогенезе общепризнана [Zhang F., 2009; Hyman Е., 2002]. В то же время, сам механизм амплификации фрагментов ДНК остается до сих пор загадочным, предлагаемые схемы амплификации используют часто умозрительные построения, в большинстве современных обзоров до сих пор приводятся ссылки на самые первые работы по амплификации генов у кукурузы 80-летней давности [McClintockB., 1941].

В то же время высочайшая распространенность амплификации в клетках опухоли, неоднократно подтвержденная значимость амплификации в процессах канцерогенеза наводят на мысль о рассмотрении элементов механизма внутрихромосомной амплификации как новой потенциальной мишени для противораковых препаратов. Действительно, можно предполагать, что блокирование процессов амплификации, процессов, которые специфичны для раковых клеток, в комбинации с препаратами, направленными на элиминацию уже существующие раковых клеток возможно станет принципиально новым подходом к лечению онкологических заболеваний.

Использование ПЦР в режиме реального времени для детальной характеризации амплификации в опухолевых клетках позволяет достаточно точно картировать границы амплификации, попытаться обнаружить какие-то специфические последовательности на границах амплификации, что в свою очередь может послужить отправной точкой для поиска белков, опознающих такие границы и участвующих в процессах внутрихромосомной амплификации.

Используемые на сегодняшний день методы анализа амплификации традиционно опираются на гибридизационные подходы, в которых в качестве зондов применяются крупные фрагменты ДНК (50 kb и более). Соответственно и точность полученных данных определяется в десятках

тысяч пар оснований, т. е. речь не может идти о локализации последовательностей ДНК, находящихся на границах ампликонов [Arrióla Е., 2008; Vanden Bempt I., 2007].

Использование ПЦР в режиме реального времени позволяет выявить границы ампликона с точностью до нескольких десятков пар нуклеотидов, в последовательностях такого размера вполне можно надеяться найти специфичные для границ внутрихромосомной амплификации последовательности ДНК. Несмотря на то, что задача по поиску последовательностей не связана с непосредственным практическим использованием, в рамках настоящей работы такое исследование было проведено - его результаты вполне могут послужить исходной точкой как для описания детальных механизмов внутрихромосомной амплификации, так и для более практически ориентированной задачи по поиску новых препаратов, ориентированных на блокирование процессов амплификации в раковых клетках.

В целом, практическое использование методов молекулярной генетики для профилактики и выбора лечения при РМЖ только начинается как в России, так и за рубежом. В свою очередь начало практического использования методов молекулярно-генетической диагностики с неизбежностью ставит новые задачи перед исследователями. Так, спектр мутаций в генах BRCA1 и BRCA2, связанных с формированием наследственных форм РМЖ, оказался зависим от популяции. Оказалось, что в целом ряде случаев «эффект основателя», т.е. преобладание какой-либо мутации в генах BRCA1 и BRCA2 в конкретной популяции выражен достаточно ярко. Соответственно, методы выявления мутаций в этих генах обязательно должны учитывать регион, в котором такое тестирование проводится.

Значительно различаются от региона к региону и данные по значимости мутаций в других генах, связанных с предрасположенностью к РМЖ. Так, в различных регионах получены противоречащие друг другу

данные по значимости мутаций в генах PALB2, NBS1 в формировании наследственных форм РМЖ.

Таким образом, задача, которую ставят практические онкологи перед исследователями - оценка распространенности мутаций в каждом конкретном регионе и значимости этих мутаций в формировании наследственных форм РМЖ, формирование рекомендаций по выбору максимально адекватных методов для анализа соответствующих мутаций.

Что касается молекулярно-генетического анализа собственно опухолевых клеток, то использование в онкологической практике анализа генетических изменений в клетках опухоли при РМЖ на сегодняшний день ограничивается анализом амплификации гена HER2/neu. Анализ базируется на иммунногистохимическом исследовании с дальнейшим уточнением анализа (в 15—20% случаев) с помощью FISH. Учитывая высокую стоимость FISH-анализа, его ограниченную доступность, ПЦР в реальном времени можно вполне рассматривать как корректную замену FISH-анализу для анализа амплификации гена HER2/neu в клетках опухоли.

Таким образом, на сегодняшний день можно выделить как минимум четыре группы молекулярно-генетических исследований, которые в той или иной степени используются в практической онкологии для профилактики и определения тактики лечения пациента при РМЖ:

1. Анализ наследственных мутаций, связанных с формированием наследственных форм РМЖ (анализ мутаций в генах BRCA1, BRCA2, СНЕК2).

2. Анализ генетических изменений в клетках опухоли для выбора корректной лекарственной терапии (прежде всего - анализ амплификации гена HER2/nen).

3. Анализ экспрессии генов для выбора оптимальной лекарственной терапии.

4. Мониторинг реакции опухолевых клеток на лекарственные препараты с использованием персонифицированного полногеномного

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Коваленко, Сергей Петрович, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Белохвостова A.C., Смирнова И.А., Енилеева A.A. Таргетная терапия в лечении НЕК2-позитивного рака молочной железы. // Сибирский онкологический журнал. - 2013. № 2. - С. 84-88.

2. Будик Ю.А., Крохина О.В., Соболевский В.А., Любченко Л.Н. Генетически обусловленный рак молочной железы: особенности, хирургическая профилактика. // Вестник РОНЦ им. Н. Н. Блохина РАМН. - 2012. - т. 23, № 2. - С. 14-20.

3. Воевода М.И., Куликов И.В., Шахтшнейдер Е.В. и др. Популяционное исследование спектра мутаций гена рецептора липопротеинов низкой плотности в российской популяции. // Генетика - 2008. - №10. - С. 1191-1194.

4. Завалишина Л.Э., Андреева Ю.Ю., Рязанцева A.A. и др. Сравнительное исследование определения НЕ112-статуса рака молочной железы методами иммуногистохимии и in situ гибридизации // Современная онкология. - 2009. - № 2. - С. 6-9.

5. Карпухин A.B., Поспехова Н.И., Любченко Л.Н. и др. Частоты однонуклеотидных полиморфизмов и мутаций в гене BRCA1 при наследственно обусловленном раке молочной железы и яичников // Доклады Академии наук - 2002. т. 383. № 5. С. 1.

6. Личиницер М.Р., Степанова Е.В., Перевощиков A.A. и др. Избыточная экспрессия HER-2/neu и новые лечебные возможности герцептина // Международный журнал медицинской практики. — 2000,-№9.-С. 52-57.

7. Логинова А.Н., Поспехова Н.И., Любченко Л.Н. и др. Спектр мутаций в гене BRCA1 при наследственных формах рака молочной железы и яичников в российских семьях // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2003. - № 9, т. 136. — С. 315-317

8. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. - М. : Мир, 1984.-479 с.

9. Миллер Дж., Эксперименты в молекулярной генетике. - М. : Мир, 1976.-436 с.

Ю.Ряженов В.В., Горохова С.Г. Анализ заболеваемости раком молочной железы с учетом статуса HER2 на территории Российской Федерации // Современная онкология. 2011. - № 3. - С. 19-22.

11.Семиглазов В.Ф., Божок A.A., Семиглазова Т.Ю. и др. HER2 -позитивный рак молочной железы: стандартное и двойное таргетное лечение // Вопросы онкологии. - 2013. - Т. 59. № 3. - С. 341-346.

12.Соболевский В.А., Любченко Л.Н., Стрельцова Ю.А. Профилактическая мастэктомия с одномоментной реконструкцией (медицинская технология), РОНЦ, Москва, 2010.

13.Соколенко А.П., Иевлева А.Г., Митюшкина Н.В. и др. Синдром наследственного рака молочной железы и яичников в российской федерации // Acta Naturae (русскоязычная версия). - 2010. - Т. 2. -№ 4. - С. 35-39.

М.Сытенкова К.В., Гузиева Ж.М., Казаков М.П. и др. Аллельные варианты в генах BRCA1, BRCA2, ТР53 ассоциированные с развитием рака молочной железы // Современная онкология. - 2011. -№ 3. - С. 22-26.

15.Франк Г.А., Андреева Ю.Ю., Виноградов И.Ю. и др. 10 лет тестирования НЕ112-статуса рака молочной железы в России // Архив патологии. - 2012. - Т. 74. - № 5.- С. 3-6.

16.Франк Г.А., Поддубная И.В., Ягудина Р.И., Борисов Д.А. Результаты «эпидемиологической программы скрининга HER2-статуса у больных раком молочной железы» в Российской Федерации. // Современная онкология. - 2013. - Т. 15. - № 3. - С. 41-48.

17.Ahn J.Y., Li X., Davis H.L. et al. Phosphorylation of threonine 68 promotes oligomerization and autophosphorylation of the Chk2 protein kinase via the forkhead-associated domain // J. Biol. Chem. - 2002. - V. 277 (22).-P. 19389-19395.

18.Albertson D.G. Gene amplification in cancer // Trends Genet. - 2006. -V. 22.-P. 447-455.

19.Allred D.C., Clark G.M., Tandon A.K. et al. HER-2/neu in node-negative breast cancer: prognostic significance of overexpression influenced by the presence of in situ carcinoma // J. Clin. Oncol. - 1992. -V. 10 (4).-P. 599-605.

20.Andrulis I.L., Anton-Culver H., Beck J. et al. Comparison of DNA and RNA-based methods for detection of truncating BRCA1 mutations // Hum.Mutat. - 2002. - V. 20. - P. 65-73.

21.Antoniou A.C., Kartsonaki C., Sinilnikova O.M. et al. Common alleles at 6q25.1 and lpl 1.2 are associated with breast cancer risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers // Hum. Mol. Genet. - 2011. - V. 20 (16). -P. 3304-3321.

22.Antoniou A.C., Kuchenbaecker K.B., Soucy P. et al. Common variants at 12pl 1, 12q24, 9p21, 9q31.2 and in ZNF365 are associated with breast cancer risk for BRCA1 and/or BRCA2 mutation carriers // Breast Cancer Res.-2012.-V. 14(1).-R33.

23.Arnold N., Gross E., Schwarz-Boeger U. et al: A highly sensitive, fast, and economical technique for mutation analysis in hereditarybreast and ovarian cancers // Hum. Mutat. - 1999. - V. 14. - P. 333-339.

24.Arriola E., Marchio C., Tan D.S. et al. Genomic analysis of the HER2/TOP2A amplicon in breast cancer and breast cancer cell lines // Lab. Invest. -2008. -V. 88 (5). - P. 491-503.

25.Arteaga C.L., Sliwkowski M.X., Osborne C.K. et al. Treatment of HER2-positive breast cancer: current status and future perspectives // Nat. Rev. Clin. Oncol. - 2011. - V. 9 (1). - P. 16-32.

26.Aubele M., Auer G, Braselmann H, et al. Chromosomal imbalances are associated with metastasis-free survival in breast cancer patients // Anal Cell Pathol. - 2002. - V.24(2-3). - P. 77-87.

27.Banerji S., Cibulskis K., Rangel-Escareno C. et al. Sequence analysis of mutations and translocations across breast cancer subtypes // Nature. -2012. - V. 486 (7403). - P. 405-409.

28.Bartek J., Falck J., Lukas J. CHK2 kinase - a busy messenger // Nat. Rev. Mol. Cell.Biol. - 2001. - V. 2 (12). - P. 877-886.

29.Bartek J., Lukas J.Chkl and Chk2 kinases in checkpoint control and cancer // Cancer Cell. - 2003. - V. 3 (5). - P. 421-429.

30.Baselga J., Bradburry I., Eidtmann H. et al. First results of the NeoALTTO trial (BIG 01-06/EGF 106903): a phase III, randomized, open label, neoadjuvant study of lapatinib, trastuzumab, and their combination plus paclitaxel in women with HER2-positive primary breast cancer [abstract S3-3] // Cancer Res. - 2010. - V. 70 (Suppl. 24). -82 s.

31 .Baselga J., Seidman A.D., Rosen P.P. et al. HER2 overexpression and paclitaxel sensitivity in breast cancer: therapeutic implications // Oncology (Williston Park). - 1997. - V. 11 (3 Suppl 2). - P. 43-48.

32.Bhattacharyya A., Ear U.S., Koller B.H. et al. The breast cancer susceptibility gene BRCA1 is required for subnuclear assembly of

Rad51 and survival following treatment with the DNA cross-linking agent cisplatin // J. Biol. Chem. - 2000. - V. 275(31). - P. 23899-23903.

33.Bignell G.R., Santarius T., Pole J.C. et al. Architectures of somatic genomic rearrangement in human cancer amplicons at sequence-level resolution // Genome Res. - 2007. -V. 17 (9). - P. 1296-1303.

34.Blackwell K.L., Burstein H.J., Storniolo A.M. et al. Randomized study of Lapatinib alone or in combination with trastuzumab in women with HER2/neu-positive, trastuzumab-refractory metastatic breast cancer // J. Clin. Oncol. - 2010. - V. 28 (7). - P. 1124-1130.

35.Blackwell K.L., Pegram M.D., Tan-Chiu E. et al. Single-agent lapatinib for HER2-overexpressing advanced or metastatic breast cancer that progressed on first- or second-line trastuzumab-containing regimens // Ann. Oncol. - 2009. - V. 20 (6). - P. 1026-1031.

36.Bochar D.A., Wang L., Beniya H. et al. BRCA1 is associated with a human SWI/SNF-related complex: linking chromatin remodeling to breast cancer // Cell. - 2000. - V. 102 (2). - P. 257-265.

37.Bogdanova N., Feshchenko S., Schumann P. et al. Nijmegen Breakage Syndrome mutations and risk of breast cancer // Int. J. Cancer. - 2008. — V. 122 (4).-P. 802-806.

38.Borg A., Baldetorp B., Ferno M. et al. HER2/NEU amplification is associated with tamoxifen resistance in steroid-receptor positive breast cancer// Cancer Lett. - 1994. -V. 81 (2). - P. 137-144.

39.Bork P., Blomberg N., Nilges M.Internal repeats in the BRCA2 protein sequence // Nat. Genet. - 1996. -V. 13 (1). - P. 22-23.

40.Bosse K., Graeser M., Gofimann A. et al. Supplemental screening ultrasound increases cancer detection yield in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. // Arch Gynecol Obstet. - 2014. -V.289. - P.663-670.

41.Boulton S.J., Martin J.S., Polanowska J. et al. BRCA1/BARD1 orthologs required for Breen G., Harold D., Ralston S. et al.

Determining SNP allele frequencies in DNA pools // Biotechniques. -2000.-V. 28.-P. 464-470.

42.Brennan C.A., Christianson K., La Fleur M.A. et al. A molecular sensor system based on genetically engineered alkaline phosphatase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1995. -V. 92. - P. 5783-5787.

43.Brodeur G.M., Seeger R.C., Schwab M. et al .Amplification of N-myc in untreated human neuroblastomas correlates with advanced disease stage // Science. - 1984. - V. 224 (4653). - P. 1121-1124.

44.Brzovic P.S., Keeffe J.R., Nishikawa H. et al. Binding and recognition in the assembly of an active BRCA1/BARD1 ubiquitin-ligase complex //Proc. Natl. Acad. Sci. USA.-2003.-V. 100 (10).-P. 5646-5651.

45.Brzovic P.S., Rajagopal P., Hoyt D.W. et al.Structure of a BRCA1-BARD1 heterodimeric RING-RING complex // Nat.Struct.Biol. - 2001. -V. 8 (10).-P. 833-837.

46.Burris H.A. 3rd, Rugo H.S., Vukelja S.J. et all Phase II study of the antibody drug conjugate trastuzumab-DMl for the treatment of human epidermal growth factor receptor 2 (HER2)-positive breast cancer after prior HER2-directed therapy // J. Clin. Oncol. - 2011. - V. 29 (4). - P. 398-405.

47.Burstein H.J., Sun Y., Dirix L.Y. et al. Neratinib, an irreversible ErbB receptor tyrosine kinase inhibitor, in patients with advanced HER2/neu-positive breast cancer // J. Clin. Oncol. - 2010. - V. 28 (8). - P. 13011307.

48.Byrski T., Dent R., Blecharz P. et al. Results of a phase II open-label, non-randomized trial of cisplatin chemotherapy in patients with BRCA1 -positive metastatic breast cancer // Breast Cancer Res. - 2012. -V. 14 (4). -R110.

49.Byrski T., Gronwald J., Huzarski T. et al. Pathologic complete response rates in young women with BRCA1 -positive breast cancers after

neoadjuvant chemotherapy // J.Clin.Oncol. - 2010. - V. 28. - P. 375-379.

50.Byrski T., Gronwald J., Huzarski T. et al. Polish Hereditary Breast Cancer Consortium .Response to neo-adjuvant chemotherapy in women with BRCA1 -positive breast cancers // Breast Cancer Res. Treat. -2008. -V. 108 (2). - P. 289-296.

51.Byrski T., Gronwald J., Huzarski T. et al. Response to neoadjuvant chemotherapy in women with BRCA1-positive breast cancers // Breast Cancer Res. Treat. - 2008. - V. 108 (2). - P. 289-296.

52.Byrski T., Huzarski T., Dent R. et al. Response to neoadjuvant therapy with cisplatin in BRCA1-positive breast cancer patients // Breast Cancer Res. Treat - 2009. - V. 115 (2). - P. 359-363.

53.Calin G.A., Trapasso F., Shimizu M. et al. Familial cancer associated with a polymorphism in ARLTS1 // N. Engl. J. Med. - 2005. -V. 352 (16).-P. 1667-1676.

54.Cameron D., Casey M., Press M. et al. A phase III randomized comparison of lapatinib plus capecitabine versus capecitabine alone in women with advanced breast cancer that has progressed on trastuzumab: updated efficacy and biomarker analyses // Breast Cancer Res. Treat. — 2008.-V. 112(3).-P. 533-543.

55.Campbell P.J., Stephens P.J., Pleasance E.D. et al Identification of somatically acquired rearrangements in cancer using genome-wide massively parallel paired-end sequencing // Nat. Genet. - 2008. - V. 40 (6).-P. 722-729.

56.Cantor S.B., Bell D.W., Ganesan S. et al. BACH1, a novel helicase-like protein, interacts directly with BRCA1 and contributes to its DNA repair function //Cell.- 2001. -V. 105(1).-P. 149-160.

57.Cao W., Hashibe M., Rao J.Y. et al. Comparison of methods for DNA extraction from paraffin-embedded tissues and buccal cells // Cancer Detect. Prev. - 2003. - V. 27 (5). - P. 397-404.

58.Carter P., Presta L., Gorman C.M. et al. Humanization of an anti-pi 85HER2 antibody for human cancer therapy // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1992. - V. 89 (10). - P. 4285-4289.

59.Chan M., Ji S.M., Yeo Z.X. et al. Development of a next-generation sequencing method for BRCA mutation screening: a comparison between a high-throughput and a benchtop platform // J. Mol.Diagn. -2012. - V. 14 (6). - P. 602-612.

60.Chen P.L., Chen C.F., Chen Y. et al. The BRC repeats in BRCA2 are critical for RAD51 binding and resistance to methyl methanesulfonate treatment // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1998. - V. 95 (9). - P. 5287-5292.

61.Chin K., DeVries S., Fridlyand J. et al. Genomic and transcriptional aberrations linked to breast cancer pathophysiologies // Cancer Cell. -2006.-V. 10.-P. 529-541.

62.Concolino P., Mello E., Minucci A. et al. Advanced tools for BRCA1/2 mutational screening: comparison between two methods for large genomic rearrangements (LGRs) detection. // Clin Chem Lab Med. -2014. - doi: 10.1515/cclm-2013-1114. [Epub ahead of print]

63.Coquelle A., Pipiras E., Toledo F. et al. Expression of fragile sites triggers intrachromosomal mammalian gene amplification and sets boundaries to early amplicons // Cell. - 1997. - V. 89 (2). - P. 215-225.

64.Couch F.J., Gaudet M.M., Antoniou A.C. et al. Common variants at the 19pl3.1 and ZNF365 loci are associated with ER subtypes of breast cancer and ovarian cancer risk in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers // Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev. - 2012. - V. 21 (4). - P. 645-657.

65.Couch F.J., Nathanson K.L., Offit K. Two decades after BRCA: setting paradigms in personalized cancer care and prevention. // Science.-2014.- V.343.- P. 1466-1470.

66.Coulet F., Pires F., Rouleau E. et al. A one-step prescreening for point mutations and large rearrangement in BRCA1 and BRCA2 genes using quantitative polymerase chain reaction and high-resolution melting curve analysis // Genet. Test Mol. Biomarkers. - 2010. - V. 14 (5). - P. 677-690.

67.Courtney K.D., Corcoran R.B., Engelman J.A. The PI3K pathway as drug target in human cancer // J. Clin. Oncol. - 2010. - V. 28 (6). - P. 1075-1083.

68.Couturier J., Nicolas A., Beuzeboc P. et al. High correlation between HER2/neu amplification detected by FISH and gene overexpression // Modern Pathology.- 1999.-V. 12.-P. 186-199.

69.Cox A., Dunning A.M., Garcia-Closas M. et al.A common coding variant in CASP8 is associated with breast cancer risk // Nat. Genet. -2007. - V. 39 (3). - P. 352-358.

70.Cuadros M., Talavera P., Lopez F.J. et al. Real-time RT-PCR analysis for evaluating the HER2/neu status in breast cancer // Pathobiology. -2010.-V. 77 (1). - P. 38-45.

71.Curtis C., Shah S.P., Chin S.F. et al The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups // Nature. - 2012. - 486 (7403). - P. 346-352.

72.De Placido S., Carlomagno C., De Laurentiis M. et al. C-HER2/neu expression predicts tamoxifen efficacy in breast cancer patients // Breast Cancer Res. Treat. - 1998. - V. 52 (1-3). - P. 55-64.

73.De Placido S., De Laurentiis M„ Carlomagno C. et al. Twenty-year results of the Naples GUN randomized trial: predictive factors of adjuvant tamoxifen efficacy in early breast cancer // Clin. Cancer Res. -2003. -V. 9 (3). - P. 1039-1046.

74.Deng C.X. BRCA1: cell cycle checkpoint, genetic instability, DNA damage response and cancer evolution // Nucleic Acids Res. — 2006. -V. 34 (5).-P. 1416-1426.

75.Deng C.X. Tumorigenesis as a consequence of genetic instability in Brcal mutant mice // Mutat.Res. - 2001. -V. 477(1-2).-P. 183-189.

76.Deng C.X., Brodie S.G. Roles of BRCA1 and its interacting proteins // Bioessays. - 2000. V. 22 (8). - P. 728-737.

77.Desmedt C., Voet T., Sotiriou C. et al. Next-generation sequencing in breast cancer: first take home messages // Curr.Opin.Oncol - 2012. - V. 24 (6).-P. 597-604.

78.Desrichard A., Bidet Y., Uhrhammer N. et al. CHEK2 contribution to hereditary breast cancer in non-BRCA families // Breast Cancer Res. -2011.-V. 13 (6).-P. 1-11.

79.Ding Y.C., McGuffog L., Healey S. et al. A nonsynonymous polymorphism in IRS1 modifies risk of developing breast and ovarian cancers in BRCA1 and ovarian cancer in BRCA2 mutation carriers // Cancer Epidemiol.Biomarkers Prev. - 2012. - V. 21 (8). - P. 1362-1370.

80.Dong Y., Hakimi M.A., Chen X. et al. Regulation of BRCC, a holoenzyme complex containing BRCA1 and BRCA2, by a signalosome-like subunit and its role in DNA repair // Mol. Cell. -2003.-V. 12 (5).-P. 1087-1099.

81.Dowsett M., Cooke T., Ellis I. Assessment of HER2 status in breast cancer: why, when and how? // European Journal of Cancer. - 2000. -V. 36.-P. 170-176.

82.Eakin C.M., Maccoss M.J., Finney G.L. et al. Estrogen receptor alpha is a putative substrate for the BRCA1 ubiquitin ligase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2007. - V. 104 (14). - P. 5794-5799.

83.Easton D.F., Pooley K.A., Dunning A.M.et al. Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility loci // Nature. - 2007. -V. 447 (7148). - P. 1087-1093.

84.Eerola H., Pukkala E., Pyrhonen S. et al. Risk of cancer in BRCA1 and BRCA2 mutation-positive and -negative breast cancer families (Finland) // Cancer Causes Control. - 2001. - V. 12 (8). - P. 739-746.

85.Egervari K., Toth J., Nemes Z. Szollosi Z. An alternative and reliable real-time quantitative PCR method to determine HER2/neu amplification in breast cancer // Appl. Immunohistochem Mol. Morphol. -2009. -V. 17 (3). - P. 247-254.

86.Ellard S.L., demons M., Gelmon K.A. et al. Randomized phase II study comparing two schedules of everolimus in patients with recurrent/metastatic breast cancer: NCIC Clinical Trials Group IND. 163 // J. Clin. Oncol. - 2009. - V. 27. - P. 4536-4541.

87.Ellis M.J., Ding L., Shen D. et al. Whole-genome analysis informs breast cancer response to aromatase inhibition // Nature. - 2012. -V. 486 (7403).-P. 353-360.

88.Esashi F., Christ N., Gannon J., Liu Y. et al. CDK-dependent phosphorylation of BRCA2 as a regulatory mechanism for recombinational repair // Nature. - 2005. - V. 434(7033). - P. 598-604.

89.Esteva F.J., Hortobagyi G.N. Prognostic molecular markers in early breast cancer // Breast Cancer Res. - 2004. - V. 6 (3). - P. 109-118.

90.Farmer H., McCabe N., Lord C.J. et al. Targeting the DNA repair defect in BRCA mutant cells as a therapeutic strategy // Nature. - 2005. - V. 434 (7035).-P. 917-921.

91.Ferla R., Calo V., Cascio S. et al. Founder mutations in BRCA1 and BRCA2 genes // Ann. Oncol. - 2007. - V. 18. (Suppl 6) - P. 93-98.

92.Frankenberg-Schwager M., Gregus A.Chromosomal instability induced by mammography X-rays in primary human fibroblasts from BRCA1 and BRCA2 mutation carriers // Int. J.Radiat.Biol. - 2012. - V. 88 (11). -P. 846-857.

93.Franklin M.C., Carey K.D., Vajdos F.F. et al. Insights into ErbB signaling from the structure of the HER2/neu-pertuzumab complex // Cancer Cell. - 2004. - V. 5 (4). - P. 317-328.

94.Friedrich K. Weber T, Scheithauer J, et al. Chromosomal genotype in breast cancer progression: comparison of primary and secondary manifestations // Cell Oncol. - 2008. - V. 30 (1). P. 39-50.

95.Freimuth P.I., Steinman R.M. 1990. Insertion of myoglobin T-cell epitopes intothe Escherichia coli alkaline phosphatase // Res. Microbiol. -1990b.-V. 141.-P. 995-1001.

96.Freimuth P.I., Taylor J.W., Kaiser E.T. Introduction of guest peptides into Escherichia coli alkaline phosphatase. Excision and purification of a dynorphin analogue from an active chimeric protein // J. Biol. Chem. -1990a.-V. 265.-P. 896-901.

97.Friedman L.S., Szabo C.I., Ostermeyer E.A. et al. Novel inherited mutations and variable expressivity of BRCA1 alleles, including the founder mutation 185delAG in Ashkenazi Jewish families // Am. J. Hum. Genet. - 1995. - V. - 57 (6). - P. 1284-1297.

98.Gabrovska P.N., Smith R.A., Haupt L.M. et al. Gene expression profiling in human breast cancer - toward personalized therapeutics? // The Open Breast Cancer Journal. - 2010. - V. 2. - P. 46-59.

99.Ganguly T., Dhulipala R., Godmilow L. et al. High throughput fluorescence-based conformation-sensitive gel electrophoresis (F-CSGE) identifies six unique BRCA2 mutations and an overall low incidence of BRCA2 mutations in high-risk BRCA1-negative breast cancer families // Hum Genet. - 1998. - V. 102. - P. 549-556.

100. Ganley A.R., Ide S., Saka K. et al. The effect of replication initiation on gene amplification in the rDNA and its relationship to aging // Mol. Cell. -2009. -V. 35. - P. 683-693.

101. Garnock-Jones K.P., Keating G.M., Scott L.J. Trastuzumab: A review of its use as adjuvant treatment in human epidermal growth

factor receptor 2 (HER2)-positive early breast cancer // Drugs. - 2010. -V. 70 (2).-P. 215-239.

102. Gayther S.A., Harrington P., Russell P. et al. Frequently occurring germ-line mutations of the BRCA1 gene in ovarian cancer families from Russia // Am. J. Hum. Genet. - 1997. - V. 60 (5). - P. 1239-1242.

103. Gerhardus A., Schleberger H., Schlegelberger B. et al. Diagnostic accuracy of methods for the detection of BRCA1 and BRCA2 mutations: a systematic review // Eur. J. Hum.Genet - 2007. - V. 15(6). -P. 619-627.

104. Gianni L., Llado A., Bianchi G. et al. Open-label, phase II, multicenter, randomized study of the efficacy and safety of two dose levels of Pertuzumab, a human epidermal growth factor receptor 2 dimerization inhibitor, in patients with human epidermal growth factor receptor 2-negative metastatic breast cancer // J. Clin. Oncol. - 2010. -V. 28 (7). - P. 1131-1137.

105. Gilliland G., Perrin S., Blanchard K. et al. Analysis of cytokine mRNA and DNA: detection and quantitation by competitive polymerase chain reaction // Proc. National Academy of Science. USA. - 1990. - V. 87.-P. 2725-2729.

106. Gisselsson D., Pettersson L., Hoglund M. et al. Chromosomal breakage-fusion-bridge events cause genetic intratumor heterogeneity // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2000. - V. 97. - P. 5357-5362.

107. Goldhirsch A., Wood W.C., Coates A.S. et al. Strategies for subtypes - dealing with the diversity of breast cancer: highlights of the St. Gallen International Expert Consensus on the Primary Therapy of Early Breast Cancer 2011 // Ann. Oncol. - 2011. - V. 22 (8). - P. 1736-1747.

108. Gorski B., Jakubowska A., Huzarski T. et al. A high proportion of founder BRCA1 mutations in Polish breast cancer families // Int. J. Cancer. - 2004. - V. 110 (5). - P. 683-686.

109. Graziano C. HER-2 breast assay, linked to Herceptin, wins FDA's okay//CAP Today.- 1998.-V. 12.-P. 13-16.

110. Green B.M., Finn K.J., Li J.J. Loss of DNA replication control is a potent inducer of gene amplification // Science. - 2010. - V. 329. - P. 943-946.

111. Gross E., Arnold N., Goette J. et al. A comparison of BRCA1 mutation analysis by direct sequencing, S S CP and DHPLC // Hum.Genet. - 1999. -V. 105. - P. 72-78.

112. Gudmundsdottir K., Ashworth A.The roles of BRCA1 and BRCA2 and associated proteins in the maintenance of genomic stability // Oncogene. -2006. -V. 25 (43). - P. 5864-5874.

113. Gusterson B.A., Gelber R.D., Goldhirsch A. et al. Prognostic importance of c-erbB-2 expression in breast cancer. International (Ludwig) Breast Cancer Study Group // J. Clin. Oncol. - 1992. - V. 10 (7).-P. 1049-1056.

114. Gutkina N., Varlakhanova N.V., Lysova M.V. et al. Limitations on the recombinant plasmid selection by Lac(+)/Lac(-) colony phenotype detection // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2002. - V. 298 (1). - P. 37-40.

115. Guzman C.A., Piatti G., Walker M.J. et al. A novel Escherichia coli expression-export vector containing alkaline phosphatase as an insertional inactivation screening system // Gene. -1994. -V. 148 (1). -P. 171-172.

116. Hall J.M., Lee M.K., Newman B. et al. Linkage of early-onset familial breast cancer to chromosome 17q21 // Science. - 1990. — V. 250 (4988).-P. 1684-1689.

117. Hartman A.R., Kaldate R.R., Sailer L.M. et al. Prevalence of BRCA mutations in an unselected population of triple-negative breast cancer // Cancer. - 2012. - V. 118 (11). - P. 2787-2795.

118. Hartmann C., John A.L., Klaes R. et al. Large BRCA1 gene deletions are found in 3% of German high-risk breast cancer families // Hum. Mutat. - 2004. - V. 24. - P. 534.

119. Hastings P.J., Lupski J.R., Rosenberg S.M. et al. Mechanisms of change in gene copy number // Nat. Rev. Genet. - 2009. - V. 10. - P. 551-564.

120. Heemskerk-Gerritsen B.A., Brekelmans C.T., Menke-Pluymers M.B. et al. Prophylactic mastectomy in BRCA1/2 mutation carriers and women at risk of hereditary breast cancer: long-term experiences at the Rotterdam Family Cancer Clinic // Ann. Surg. Oncol. - 2007. - V. 14 (12).-P. 3335-3344.

121. Hernan I., Borras E., de Sousa Dias M. et al. Detection of genomic variations in BRCA1 and BRCA2 genes by long-range PCR and next-generation sequencing // J. Mol. Diagn. — 2012. -V. 14 (3). - P. 286-293.

122. Hicks D.G., Yoder B.J., Pettay J. The incidence of topoisomerase II-alpha genomic alterations in adenocarcinoma of the breast and their relationship to human epidermal growth factor receptor-2 gene amplification: a fluorescence in situ hybridization study // Hum. Pathol. -2005. - V. 36.-P. 348-356.

123. Hofmann W., Gorgens H., John A. et al. Screening for largerearrangements of the BRCA1 gene in German breast or ovarian cancer families using semi-quantitative multiplex PCR method // Hum. Mutat.-2003.-V. 22.-P. 103-104.

124. Hogervorst F.B., Nederlof P.M., Gille J.J. et al. Large Genomic Deletions and Duplications in the BRCA1 Gene Identified by a Novel Quantitative Method // Cancer Res. - 2003. - V. 63 (7). - P. 1449-1453.

125. Holm C., Goto T., Wang J.C. et al. DNA topoisomerase II is required at the time of mitosis in yeast//Cell. - 1985.-V. 41.-P. 553-563.

126. Hudziak R.M., Lewis G.D., Winget M. et al. P185HER2 monoclonal antibody has antiproliferative effects in vitro and sensitizes human breast tumor cells to tumor necrosis factor // Mol. Cell. Biol. - 1989. -V. 9(3).-P. 1165-1172.

127. Hutchinson L.Screening: BRCA testing in women younger than 50 with triple-negative breast cancer is cost effective // Nat. Rev. Clin. Oncol. - 2010. - V. 7(11). - P. 611.

128. Hyman E., Kauraniemi P., Hautaniemi S. et al. Impact of DNA amplification on gene expression patterns in breast cancer // Cancer Res. - 2002. - V. 62 (21). - P. 6240-6245.

129. Iyevleva A.G., Suspitsin E.N., Kroeze K. et al. Non-founder BRCA1 mutations in Russian breast cancer patients // Cancer Lett. - 2010. - V. 298 (2). -P. 258-263.

130. Izumi Y., Xu L., di Tomaso E. et al. Tumour biology: herceptin acts as an anti-angiogenic cocktail // Nature. - 2002. - V. 416 (6878). - P. 279-280.

131. Jackson S .P., Bartek J. The DNA-damage response in human biology and disease//Nature 2009. -V. 461.-P. 1071-1078.

132. Jacobs T.W., Barnes M.J., Yaziji H. et al. Comparison of fluorescence in situ hybridization (FISH) and immunohistochemistry (IHC) for the evaluation of HER-2/neu in breast cancer // Modern Pathology. - 1999. -V. 12. - P. 230-244.

133. Jahanzeb M., Mortimer J.E., Yunus F. et al. Phase II trial of weekly vinorelbine and trastuzumab as first-line therapy in patients with HER2(+) metastatic breast cancer // Oncologist. - 2002. - V. 7 (5). - P. 410-417.

134. Jakubowska A., Gorski B., Byrski T. et al: Detection of germline mutations in the BRCA1 gene by RNA-based sequencing // Hum.Mutat - 2001. - V. 18.-P. 149-156.

135. Janavicius R. Founder BRCA1/2 mutations in the Europe: implications for hereditary breast-ovarian cancer prevention and control // EPMA J. - 2010. - V. 1 (3).-P. 397-412.

136. Janavicius R., Pepalyte I., Kucinskas V. Novel and common BRCA1 mutations in familial breast/ovarian cancer patients from Lithuania // Breast Cancer Res. Treat. - 2009. - V. 117 (2). - P. 467-469.

137. Jarvinen T.A., Kononen J., Pelto-Huikko M. et al. Expression of topoisomerase Ilalpha is associated with rapid cell proliferation, aneuploidy, and c-HER2/neu overexpression in breast cancer // Am. J. Pathol. - 1996. - V. 148 (6). - P. 2073-2082.

138. Jarvinen T.A., Tanner M., Rantanen V. et al. Amplification and deletion of topoisomerase II alpha associate with ErbB-2 amplification and affect sensitivity to topoisomerase II inhibitor doxorubicin in breast cancer // Am. J. Pathol. - 2000. - V. 156. - P. 839-847.

139. Jasin M. Homologous repair of DNA damage and tumorigenesis: the BRCA connection // Oncogene. - 2002. - V. 21 (58). - P. 8981-8993.

140. Jensen R.B., Carreira A., Kowalczykowski S.C. Purified human BRCA2 stimulates RAD51-mediated recombination //Nature. - 2010. -V. 467 (7316).-P. 678-683.

141. Jones S., Hruban R.H., Kamiyama M. et al. Exomic sequencing identifies PALB2 as a pancreatic cancer susceptibility gene // Science. -2009. - V. 324 (5924). - P. 217.

142. Kadota M., Sato M., Duncan B. et al. Identification of novel gene amplifications in breast cancer and coexistence of gene amplification with an activating mutation of PIK3CA // Cancer Res. - 2009. - V. 69 (18).-P. 7357-7365.

143. Kakar S., Puangsuvan N., Stevens J.M. et al. HER-2/neu assessment in breast cancer by immunohistochemistry and fluorescence in situ hybridization: comparison of results and correlation with survival // Molecular Diagnostics. - 2000. - V. 5 (3). - P. 199-207.

144. Kallioniemi O.P., Kallioniemi A., Kurisu W. et al. HER2/NEU amplification in breast cancer analyzed by fluorescence in situ hybridization // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1992. - V. 89 (12). - P. 5321-5325.

145. Kaptain S., Lee K., Chen B. Her-2/neu and Breast Cancer // Diagnostic Molecular Pathology.-2001.-V. 10.-P. 139-152.

146. Kastan M.B., Bartek J. Cell-cycle checkpoints and cancer // Nature. -2004. -V. 432. - P. 316-323.

147. Kiewe P., Thiel E. Ertumaxomab: a trifunctional antibody for breast cancer treatment // Expert Opin. Investig.Drugs. — 2008. — V. 17(10).— P. 1553-1558.

148. Kinzler K.W., Vogelstein B. Cancer-susceptibility genes. Gatekeepers and caretakers // Nature. - 1997. - V. 386 (6627). - P. 761, 763.

149. Klijn J.G., Berns E.M., Bontenbal M. et al. , Foekens J. Cell biological factors associated with the response of breast cancer to systemic treatment // Cancer Treat. Rev. - 1993. - V. 19 Suppl B. - P. 45-63.

150. Koboldt D.C., Fulton R.S., McLellan M.D. et alComprehensive molecular portraits of human breast tumours // Nature. - 2012. - V. 490. -P. 61-70.

151. Konecny G.E., Pegram M.D., Venkatesan N. et al. Activity of the dual kinase inhibitor lapatinib (GW572016) against HER-2-overexpressing and trastuzumab-treated breast cancer cells // Cancer Res. - 2006. - V. 66 (3). - P. 1630-1639.

152. Koskenvuo L., Svarvar C., Suominen S. et al. The frequency and outcome of breast cancer risk-reducing surgery in Finnish BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. // Scand J Surg. - 2014.-V.103.- P.34-40.

153. Kriege M., Brekelmans C.T., Boetes C. et al. Efficacy of MRI and mammography for breast-cancer screening in women with a familial or

genetic predisposition // N. Engl. J. Med. - 2004. - V. 351 (5). - P. 427-437.

154. Kringen P., Egedal S., Pedersen J.C. et al. BRCA1 mutation screening using restriction endonuclease fingerprinting-single-strand conformation polymorphism in an automated capillary electrophoresis system // Electrophoresis. - 2002. - V. 23. - P. 4085-4091.

155. Kwon J.S., Gutierrez-Barrera A. M., Young D. et al. Expanding the criteria for BRCA mutation testing in breast cancer survivors // J. Clin. Oncol. - 2010. - V. 28 (27). - P. 4214-4220.

156. Lahti-Domenici J., Rapakko K., Paakkonen K. et al. Exclusion of large deletions and other rearrangements in BRCA1 and BRCA2 in Finnish breast and ovarian cancer families // Cancer Genet.Cytogenet. -2001.-V. 129.-P. 120-123.

157. Lamy P.J., Fina F., Bascoul-Mollevi C. et al. Quantification and clinical relevance of gene amplification at chromosome 17ql2-q21 in human epidermal growth factor receptor 2-amplified breast cancers // Breast Cancer Res. - 2011. - V. 13. - R15.

158. Leary R.J, Lin J.C, Cummins J. et al. Integrated analysis of homozygous deletions, focal amplifications, and sequence alterations in breast and colorectal cancers. - Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2008. -V. 105.-P. 16224-16229.

159. Leary R.J., Kinde I., Diehl F. et al. Development of personalized tumor biomarkers using massively parallel sequencing // Sci. Transl. Med.-2010.-V. 2.-P. 1-7.

160. Ledford H. Drug candidates derailed in case of mistaken identity // Nature.-2012.-V. 483 (7391).-P. 519.

161. Lee J.M., Ledermann J.A., Kohn E.C. PARP Inhibitors for BRCA 1/2 mutation-associated and BRCA-like malignancies. //Ann Oncol. - 2014. - V.25. - P.32-40.

162. Leung C.C., Glover J.N. BRCT domains: easy as one, two, three // Cell Cycle. -2011. -V. 10 (15). - P. 2461-2470.

163. Li J., Wang F., Mamon H. et al. Antiprimer quenching-based realtime PCR and its application to the analysis of clinical cancer samples // Clin. Chem. - 2006. - V. 52 (4). - P. 624-633.

164. Li M.L., Greenberg R.A. Links between genome integrity and BRCA1 tumor suppression // Trends. Biochem.Sci. — 2012. - V. 37 (10).-P. 418-424.

165. Liu C., Wang Y., Wang Q.S. et al. The CHEK2 I157T variant and breast cancer susceptibility: a systematic review and meta-analysis // Asian Pac. J. CancerPrev. -2012. -V. 13 (4).-P. 1355-1360.

166. Lo A.W., Sabatier L., Fouladi B. et al. DNA amplification by breakage/fusion/bridge cycles initiated by spontaneous telomere loss in a human cancer cell line // Neoplasia. - 2002. - V. 4. - P. 531-538.

167. Lyon E., Millson A., Lowery C. et al. Quantification of HER2/neu Gene Amplification by Competitive PCR Using Fluorescent Melting Curve Analysis // Clinical Chemistry. - 2001. - V. 47. - P. 844-851.

168. Machado P.M., Brandao R.D., Cavaco B.M. et al. Screening for a BRCA2 rearrangement in high-risk breast/ovarian cancer families: evidence for a founder effect and analysis of the associated phenotypes //J. Clin. Oncol. -2007. -V. 25(15). - P. 2027-2034.

169. Mallery D.L., Vandenberg C.J., Hiom K.Activation of the E3 ligase function of the BRCA1/BARD1 complex by polyubiquitin chains // EMBO J. - 2002. -V. 21 (24). - P. 6755-6762.

170. Manke I.A., Lowery D.M., Nguyen A. et al. BRCT repeats as phosphopeptide-binding modules involved in protein targeting // Science. - 2003. - V. 302 (5645). - P. 636-639.

171. Marotta M., Chen X., Inoshita A. et al A common copy-number breakpoint of HER2/NEU amplification in breast cancer colocalizes

with a complex block of segmental duplications // Breast Cancer Res. -2012.-V. 14 (6). — R150.

172. Marston N.J., Richards W.J., Hughes D. et al. Interaction between the product of the breast cancer susceptibility gene BRCA2 and DSS1, a protein functionally conserved from yeast to mammals // Mol. Cell. Biol. - 1999. -V. 19 (7). - P. 4633-4642.

173. Mass R.D., Press M., Anderson S. et al. Improved survival benefit from Herceptin (trastuzumab) in patients selected by fluorescence in situ hybridization (FISH) // Proc. Am. Soc. Clin. Oncol. - 2001. - V. 20, abstract 22.

174. Matsuoka S., Ballif B.A., Smogorzewska A. et al. ATM and ATR substrate analysis reveals extensive protein networks responsive to DNA damage // Science. - 2007.- V. 316 (5828). - P. 1160-1166.

175. Matsuoka S., Huang M., Elledge S J. Linkage of ATM to cell cycle regulation by the Chk2 protein kinase // Science. - 1998. -V. 282 (5395).-P. 1893-1897.

176. Mavaddat N., Antoniou A.C., Easton D.F. et al. Genetic susceptibility to breast cancer // Mol. Oncol. - 2010. -V. 4 (3). - P. 174-191.

177. McCarthy E.E., Celebi J.T., Baer R. et al. Loss of Bardl, the heterodimeric partner of the Brcal tumor suppressor, results in early embryonic lethality and chromosomal instability // Mol. Cell. Biol. -2003.-V. 23 (14).-P. 5056-5063.

178. McClintock B. The Stability of Broken Ends of Chromosomes in Zea Mays // Genetics. - 1941. -V. 26 (2). - P. 234-282.

179. Meindl A., Ditsch N., Kast K. et al. Hereditary breast and ovarian cancer: new genes, new treatments, new concepts // Dtsch. Arztebl. Int. - 2011. -V. 108(19).-P. 323-330.

180. Meindl A., Hellebrand H., Wiek C. et al. Germline mutations in breast and ovarian cancer pedigrees establish RAD51C as a human

cancer susceptibility gene // Nat. Genet. - 2010. -V. 42 (5). - P. 410-414.

181. Metcalfe K.A., Birenbaum-Carmeli D., Lubinski J. et al. International variation in rates of uptake of preventive options in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers // Int. J. Cancer. - 2008. - V. 122 (9).-P. 2017-2022.

182. Meza J.E., Brzovic P.S., King M.C. et al. Mapping the functional domains of BRCA1. Interaction of the ring finger domains of BRCA1 and BARD1 // J. Biol. Chem. - 1999. - V. 274 (9). - P. 5659-5665.

183. Miki Y., Swensen J., Shattuck-Eidens D. et al. A strong candidate for the breast and ovarian cancer susceptibility gene BRCA1 // Science. -1994. - V. 266 (5182). - P. 66-71.

184. Mitelman F., Johansson B., Mertens F. The impact of translocations and gene fusions on cancer causation //Nat. Rev. Cancer. - 2007. -V. 7. -P. 233-245.

185. Moisan A.M., Fortin J., Dumont M. et al. No evidence of BRCA1/2 genomic rearrangements in high-risk French-Canadian breast/ovarian cancer families // Genet. Test. -2006. - V. 10.-P. 104-115.

186. Moller P., Heimdal K., Apold J. et al. Genetic epidemiology of BRCA1 mutations in Norway // Eur. J. Cancer. - 2001. - V. 37 (18). -P. 2428-2434.

187. Mondal N., Parvin J.D. DNA topoisomerase Ilalpha is required for RNA polymerase II transcription on chromatin templates // Nature. -2001.-413.-P. 435-438.

188. Montagna M., Dalla P.M., Menin C. et al. Genomic rearrangements account for more than one-third of the BRCA1 mutations in northern Italian breast/ovarian cancer families // Hum. Mol. Genet - 2003. - V. 12.-P. 1055-1061.

189. Mook S., Schmidt M.K., Rutgers E.J. et al. Calibration and discriminatory accuracy of prognosis calculation for breast cancer with

the online Adjuvant! program: a hospital-based retrospective cohort study //Lancet Oncol. -2009.- 10 (11). -P. 1070-1076.

190. Morris J.R., Solomon E.BRCA1: BARD1 induces the formation of conjugated ubiquitin structures, dependent on K6 of ubiquitin, in cells during DNA replication and repair // Hum. Mol. Genet. - 2004. - V. 13 (8).-P. 807-817.

191. Muleris M., Almeida A., Gerbault-Seureau M. et al. Identification of amplified DNA sequences in breast cancer and their organization within homogeneously staining regions // Genes Chromosomes Cancer. -1995.-V. 14.-P. 155-163.

192. Murthy S.K., Magliocco A.M., Demetrick D.J. Copy number analysis of c-erb-B2 (HER-2/neu) and topoisomerase Ilalpha genes in breast carcinoma by quantitative real-time polymerase chain reaction using hybridization probes and fluorescence in situ hybridization // Arch. Pathol. Lab. Med. - 2005. - V. 129 (1). - P. 39-46.

193. Muss H.B., Thor A.D., Berry D.A. et al. C-erbB-2 expression and response to adjuvant therapy in women with node-positive early breast cancer//N. Engl. J. Med. - 1994. -V. 330 (18). - P. 1260-1266.

194. Narod S.A. BRCA mutations in the management of breast cancer: the state of the art // Nat. Rev. Clin. Oncol. - 2010. - V. 7 (12). - P. 702-707.

195. Narod S.A., Brunet J.S., Ghadirian P. et al. Tamoxifen and risk of contralateral breast cancer in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers: a case-control study. Hereditary Breast Cancer Clinical Study Group // Lancet.-2000.-V. 356 (9245).-P. 1876-1881.

196. National Collaborating Centre for Primary Care, «Familial breast cancer: the classification and care of women at risk of familial breast cancer in primary, secondary and tertiary care». - National Institute for Health and Clinical Excellence. — London, UK, 2006.

197. Neuhausen S., Gilewski T., Norton L. et al. Recurrent BRCA2 6174delT mutations in Ashkenazi Jewish women affected by breast cancer // Nat. Genet. - 1996. - V. 13 (1). - P. 126-128.

198. Nielsen K.V., Muller S., Moller S. et al. Aberrations of HER2/NEU and TOP2A genes in breast cancer // Mol. Oncol. - 2010. - V. 4. - P. 161-168.

199. Obdeijn I.M., Winter-Warnars G.A., Mann R.M. et al. Should we screen BRCA1 mutation carriers only with MRI? A multicenter study. // Breast Cancer Res Treat. 2014. - V.144. - P.577-582.

200. O'Donovan N., Byrne A.T., O'Connor A.E. et al. Synergistic interaction between trastuzumab and EGFR/HER-2 tyrosine kinase inhibitors in HER-2 positive breast cancer cells // Invest. New Drugs. -2011. -V. 29 (5).-P. 752-759.

201. Offit K. BRCA mutation frequency and penetrance: new data, old debate // J. Natl. Cancer Inst. - 2006 - V. - 98 (23). - P. 1675-1677.

202. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. et al. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. - 2012. - V. 28 (8). - P. 1166-1167.

203. Olaya W., Esquivel P., Wong J.H. et al Disparities in BRCA testing: when insurance coverage is not a barrier // Am. J. Surg. - 2009. - V. 198 (4).-P. 562-525.

204. Oszurek O., Gorski B., Gronwald J. et al. Founder mutations in the BRCA1 gene in west Belarusian breast-ovarian cancer families // Clin. Genet. - 2001. - V. 60 (6). - P. 470-471.

205. Ozcelik H., Shi X., Chang M.C. et al. Long-Range PCR and Next-Generation Sequencing of BRCA1 and BRCA2 in Breast Cancer // J. MolJDiagn. - 2012. - V. 14 (5). - P. 467-475.

206. Paakkonen K., Sauramo S., Sarantaus L. et al. Involvement of BRCA1 and BRCA2 in breast cancer in a western Finnish subpopulation // Genet. Epidemiol. - 2001. - V. 20 (2). - P. 239-246.

207. Pagliarulo V., George B., Beil S. et al. Sensitivity and reproducibility of standardized-competitive RT-PCR for transcript quantification and its comparison with real time RT-PCR // Mol. Cancer. - 2004. - V. 3. - P. 5-13.

208. Paik S., Shak S., Tang G. et al. A multigene assay to predict recurrence of tamoxifen-treated, node-negative breast cancer // N. Engl. J. Med. - 2004. - V. 351 (27). - P. 2817-2826.

209. Pals G., Pindolia K., Worsham M.J. A rapid and sensitive approach to mutation detection using real-time polymerase chain reaction and melting curve analyses, using BRCA1 as an example // Mol.Diagn. — 1999. - V. 4 (3). - P. 241-246.

210. Papi L., Putignano A.L, Congregati C. et al. Founder mutations account for the majority of BRCA1-attributable hereditary breast/ovarian cancer cases in a population from Tuscany, Central Italy // Breast Cancer Res. Treat. - 2009. - V. 117 (3). - P. 497-504.

211. Parker J.S., Mullins M., Cheang M.C.et al. Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes // J. Clin. Oncol - 2009. -V. 27.-P. 1160-1167.

212. Pauletti G., Godolphin W., Press M.F. et al. Detection and quantitation of HER-2/neu gene amplification in human breast cancer archival material using fluorescence in situ hybridization // Oncogene. -1996.-V. 13.-P. 63-72.

213. Pegram M.D., Pienkowski T., Northfelt D.W. et al. Results of two open-label, multicenter phase II studies of docetaxel, platinum salts, and trastuzumab in HER2-positive advanced breast cancer // J. Natl. Cancer Inst. - 2004. - V. 96 (10). - P. 759-769.

214. Pellegrini L., Yu D.S., Lo T. et al. Insights into DNA recombination from the structure of a RAD51 -BRCA2 complex // Nature. - 2002. - V. 420 (6913).-P. 287-293.

215. Perez E.A., Suman V.J., Davidson N.E, et al. HER2 testing by local, central, and reference laboratories in specimens from the North Central Cancer Treatment Group N9831 intergroup adjuvant trial // J. Clin. Oncol. - 2006. - V. 24. - P. 3032-3038.

216. Perou C.M., Sorlie T., Eisen M.B. et al. Molecular portraits of human breast tumours // Nature. - 2000. - V. 406. - P. 747-752.

217. Persons D.L., Borelli K., Hsu P.H. Quantitation of HER-2/neu and c-myc gene amplification in breast carcinoma using fluorescence in situ hybridization // Modern Pathology. - 1997. - V. 10. - P. 720-727.

218. Peshkin B.N., Isaacs C., Finch C. et al. Tamoxifenas chemoprevention in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers with breast cancer: a pilot survey of physicians // J. Clin. Oncol.— 2003. - V. 21. — P. 4322-4328.

219. Petrij-Bosch A., Peelen T., van Vliet M. et al. BRCA1 genomic deletions are major founder mutations in Dutch breast cancer patients // Nat. Genet. - 1997. -V. 17. -P. 341-345.

220. Pfaffl M.W., Horgan G.W., Dempfle L. Relative expression software tool (REST) for group-wise comparison and statistical analysis of relative expression results in real-time PCR // Nucleic Acids Res. -2002.-V. 30 (9). - e36.

221. Phelan C.M, Kwan E., Jack E. et al. A low frequency of non-founder BRCA1 mutations in Ashkenazi Jewish breast-ovarian cancer families // Hum. Mutat. - 2002. - V. 20 (5). - P. 352-357.

222. Pierce L.J., Strawderman M., Narod S.A. et al. Effect of radiotherapy after breast-conserving treatment in women with breast cancer and germline BRCA1/2 mutations // J. Clin. Oncol. - 2000. - V. 18 (19). -P. 3360-3369.

223. Plummer R. Poly (ADP-ribose) polymerase inhibition: a new direction for BRCA and triple-negative breast cancer? // Breast Cancer Res.-2011.-V. 13 (4).-P. 218.

224. Polanowska J., Martin J.S., Garcia-Muse T. et al. A conserved pathway to activate BRCA1-dependent ubiquitylation at DNA damage sites//EMBO J.-2006.-V. 25 (10).-P. 2178-2188.

225. Preisler-Adams S., Schonbuchner I, Fiebig B.et al. Gross rearrangementsin BRCA1 but not BRCA2 play a notable role in predisposition to breast and ovarian cancer in high-risk families of German origin // Cancer Genet. Cytogenet. - 2006. -V. 168. -P. 44-49.

226. Press M.F., Bernstein L., Thomas P.A. et al. HER-2/neu gene amplification characterized by fluorescence in situ hybridization: poor prognosis in node negative breast carcinomas // Clinical Oncology. — 1997. - V. 15. - P. 2894-2904.

227. Price M., Monteiro A.N.Fine tuning chemotherapy to match BRCA1 status // Biochem.Phannacol.- 2010. - V. 80(5). - P. 647-653.

228. Rafnar T., Benediktsdottir K.R., Eldon B.J. et al. BRCA2, but not BRCA1, mutations account for familial ovarian cancer in Iceland: a population-based study // Eur. J. Cancer. - 2004. - V. 40 (18). - P. 2788-2793.

229. Rahman N., Seal S., Thompson D. et al. PALB2, which encodes a BRCA2-interacting protein, is a breast cancer susceptibility gene // Nat. Genet. - 2007. - V. 39 (2). - P. 165-167.

230. Rakha E.A., Reis-Filho J.S., Ellis I.O.Basal-like breast cancer: a critical review // J. Clin. Oncol. - 2008. -V. 26 (15). - P. 2568-2581.

231. Rehman F.L., Lord C.J., Ashworth A. Synthetic lethal approaches to breast cancer therapy // Nat. Rev. Clin. Oncol. - 2010. - V. 7 (12). - P. 718-724.

232. Reshmi S.C., Roychoudhury S., Yu Z. et al. Inverted duplication pattern in anaphase bridges confirms the breakage-fusion-bridge (BFB) cycle model for llql3 amplification // Cytogenet. Genome Res. - 2007. -V. 116.-P. 46-52.

233. Revillion F., Hornez L., Peyrat J.F. et al. Quantification of c-erbB-2 gene expression in breast cancer by competitive RT-PCR // Clinical Chemistry. - 1997. -V. 43. - P. 2114-2120.

234. Robertson L., Hanson H., Seal S. et al. BRCA1 testing should be offered to individuals with triple-negative breast cancer diagnosed below 50 years // Br. J. Cancer. -2012. -V. 106 (6). - P. 1234-1238.

235. Rogalla P., Helbig R., Drieschner N. et al. Molecular-cytogenetic analysis of fragmentation of chromosome 17 in the breast cancer cell line EFM-19 // Anticancer Res. - 2002. -V. 22. - P. 1987-1992.

236. Romero A., Martin M., Cheang M.C. et al. Assessment of Topoisomerase II a status in breast cancer by quantitative PCR, gene expression microarrays, immunohistochemistry, and fluorescence in situ hybridization//Am. J. Pathol.-2011.-V. 178 (4).-P. 1453-1460.

237. Rouzier R., Perou C.M., Symmans W.F. et al. Breast cancer molecular subtypes respond differently to preoperative chemotherapy // Clin. Cancer Res. - 2005. - V. 11. - P. 5678-5685.

238. Roy R., Chun J., Powell S.N. BRCA1 and BRCA2: different roles in a common pathway of genome protection // Nat. Rev. Cancer. - 2012. — V. 12.-P. 68-78.

239. Sakayori M., Kawahara M., Shiraishi K. et al: Evaluation of the diagnostic accuracy of the stop codon (SC) assay for identifying protein-truncating mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes in familial breast cancer // J. Hum. Genet. - 2003. - V. 48. - P. 130-137.

240. Samphao S., Wheeler A.J., Rafferty E. et al. Diagnosis of breast cancer in women age 40 and younger: delays in diagnosis result from underuse of genetic testing and breast imaging // Am. J. Surg. - 2009. -V. 198(4).-P. 538-543.

241. Sanger F. Determination of nucleotide sequences in DNA // Science. - 1981. -V. 214 (4526). - P. 1205-1210.

242. Santarius T., Shipley J., Brewer D., Stratton M.R. et al. A census of amplified and overexpressed human cancer genes // Nat. Rev. Cancer. -2010.-V. 10.-P. 59-64.

243. Santinelli A., Baccarini M., Colanzi P. et al. Immunohistochemical evaluation of HER-2/neu expression in infiltrating breast carcinoma: a study of reproducibility. Anal. Quant. Cytol. Histol. - 2002. - V. 24. -P. 54-62.

244. Saunders K.H., Nazareth S., Pressman P.I. Case report: BRCA in the Ashkenazi population: are current testing guidelines too exclusive? // Hered. Cancer Clin.Pract. - 2011. - V. 9 (1). - P. 3.

245. Scandinavian Breast Group Trial 9401, Tanner M., Isola J., Wiklund T. et al. Topoisomerase Ilalpha gene amplification predicts favorable treatment response to tailored and dose-escalated anthracycline-based adjuvant chemotherapy in HER-2/neu-amplified breast cancer: Scandinavian Breast Group Trial 9401 // J. Clin. Oncol. - 2006. - V. 24 (16).-P. 2428-2436.

246. Scheuer W., Friess T., Burtscher H. et al. Strongly enhanced antitumor activity of trastuzumab and pertuzumab combination treatment on HER2-positive human xenograft tumor models // Cancer Res. - 2009. - V. 69 (24). - 9330-9336.

247. Schneider B.P., Gray R.J., Radovich M. et al. Prognostic and predictive value of tumor vascular endothelial growth factor gene amplification in metastatic breast cancer treated with paclitaxel with and without bevacizumab; results from ECOG 2100 trial // Clin. Cancer Res.-2013.-V. 19 (5).-P. 1281-1289.

248. Schwab M. Oncogene amplification in solid tumors // Semin. Cancer Biol. - 1999. - P. 9(4). - P. 319-325.

249. Scully R, Chen J., Ochs R.L. et al. Dynamic changes of BRCA1 subnuclear location and phosphorylation state are initiated by DNA damage // Cell. - 1997. - V. 90 (3). - P. 425-435.

250. Sevilla C., Julian-Reynier C., Eisinger F. et al: Impact of gene patents on the cost-effective delivery of care: the case of BRCA1 genetic testing // Int. J. Technol. Assess Health Care. - 2003. - V. 19. -P. 287-300.

251. Sevilla C., Moatti J.P., Julian-Reynier C. et al. Testing for BRCA1 mutations: a cost-effectiveness analysis // Eur. J. Hum.Genet - 2002. -10 (10).-P. 599-606.

252. Shah S.P., Roth A., Goya R. et al. The clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers // Nature. -2012. -V. 486 (7403). - P. 395-399.

253. Shanley S., McReynoIds K., Ardern-Jones A. et al. Late toxicity is not increased in BRCA1/BRCA2 mutation carriers undergoing breast radiotherapy in the United Kingdom // Clin. Cancer Res - 2006. - V. 12.-7025-7032.

254. Shen S.X., Weaver Z., Xu X. et al. A targeted disruption of the murine Brcal gene causes gamma-irradiation hypersensitivity and genetic instability // Oncogene. - 1998. - 17 (24). - P. 3115-3124.

255. Shine J., Dalgarno L. The 3'-terminal sequence of Escherichia coli 16S ribosomal RNA: complementarity to nonsense triplets and ribosome binding sites // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1974. - V. 71(4).-P. 1342-1346.

256. Shkedi-Rafid S., Gabai-Kapara E., Grinshpun-Cohen J. et al. BRCA genetic testing of individuals from families with low prevalence of cancer: experiences of carriers and implications for population screening // Genet. Med. - 2012. - V. 14 (7). - P. 688-694.

257. Shuster M.I., Han L., Le Beau M.M. et al. A consistent pattern of RIN1 rearrangements in oral squamous cell carcinoma cell lines supports a breakage-fusion-bridge cycle model for llql3 amplification // Genes Chromosomes Cancer. - 2000. - V. 28 (2). - P. 153-163.

258. Slamon D.J., Clark G.M., Wong S.G. et al. Human breast cancer: correlation of relapse and survival with amplification of the HER-2/neu oncogene//Science. - 1987.-V. 235.-P. 177-182.

259. Smid M., Wang Y., Klijn J.G. et al. Genes associated with breast cancer metastatic to bone // J. Clin. Oncol. - 2006. -V. 24 (15). - P. 2261-2267.

260. Smith D.K., Radivojac P., Obradovic Z. et al. Improved amino acid flexibility parameters // Protein Sci. - 2003. - V. 5. - P. 1060-1072.

261. Sokolenko A.P., Iyevleva A.G., Preobrazhenskaya E.V. et al. High prevalence and breast cancer predisposing role of the BLM c.1642 C>T (Q548X) mutation in Russia // Int. J. Cancer. - 2012. - V. 130 (12). - P. 2867-2873.

262. Sokolenko A.P., Mitiushkina N.V., Buslov K.G. et al. High frequency of BRCA1 5382insC mutation in Russian breast cancer patients // Eur. J. Cancer. - 2006. - V. 42 (10). - P. 1380-1384.

263. Sokolenko A.P., Rozanov M.E., Mitiushkina N.V. et al. Founder mutations in early-onset, familial and bilateral breast cancer patients from Russia // Fam. Cancer. - 2007. - V. 6 (3). - P. 281-286.

264. Sorlie Т., Perou C.M., Tibshirani R. et al. Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2001. -V. 98 (19). - P. 10869-10874.

265. St. Gallen International Breast Cancer Expert Panel Guidelines Include Oncotype DX (R) as Predictor of Chemotherapy, 2011 [Электронный ресурс]. - URL: http://www.reuters.com/article/2011/07/25/idUSl 11500+25-Jul-

2011+MW20110725 [дата обращения: 23.07.2013]

266. Stark G.R., Debatisse M., Giulotto E. Recent progress in understanding mechanisms of mammalian DNA amplification // Cell. -1989. - V. 57 (6). - P. 901-908.

267. Stec B., Holtz K.M., Kantrowitz E.R. A revised mechanism for the alkaline phosphatase reaction involving three metal ions // J. Mol. Biol. - 2000. - V. 299. - P. 1303-1311.

268. Stephens P.J., McBride D.J., Lin M.L. et al. Complex landscapes of somatic rearrangement in human breast cancer genomes // Nature. -2009. - V. 462 (7276). - P. 1005-1010.

269. Stephens P.J., Tarpey P.S., Davies H. et al. The landscape of cancer genes and mutational processes in breast cancer // Nature. - 2012. -V. 486 (7403).-P. 400-404.

270. Storlazzi C.T., Fioretos T., Surace C. et al. MYC-containing double minutes in hematologic malignancies: evidence in favor of the episome model and exclusion of MYC as the target gene // Hum. Mol. Genet. -2006.-V. 15.-P. 933-942.

271. Stratton M.R., Campbell P.J., Futreal P.A. et al. The cancer genome // Nature. - 2009. - V. 458. - P. 719-724.

272. Stratton M.R., Ford D., Neuhasen S. et al.Familial male breast cancer is not linked to the BRCA1 locus on chromosome 17q // Nat. Genet. -1994.-V. 7(1).-P. 103-107.

273. Stredrick D.L., Garcia-Closas M., Pineda M.A. et al.The ATM missense mutation p.Ser49Cys (c.146C>G) and the risk of breast cancer // Hum.Mutat - 2006. - V. 27 (6). - P. 538-544.

274. Suspitsin E.N., Sherina N.Y., Ponomariova D.N. et al. High frequency of BRCA1, but not CHEK2 or NBS1 (NBN), founder mutations in Russian ovarian cancer patients // Hered. Cancer.Clin.Pract. -2009. - V. 7 (1). - P. 5.

275. Sy S.M., Huen M.S., Chen J.PALB2 is an integral component of the BRCA complex required for homologous recombination repair // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009.- V. 106 (17). - P. 7155-7160.

276. Syrjakoski K., Vahteristo P., Eerola H. et al. Population-based study of BRCA1 and BRCA2 mutations in 1035 unselected Finnish breast

cancer patients // J. Nati. Cancer Inst. - 2000. - V. - 92 (18). - P. 1529-1531.

277. Tamoxifen for early breast cancer: an overview of the randomised trials. Early Breast Cancer Trialists' Collaborative Group // Lancet. -1998.-V. 351 (9114).-P. 1451-1467.

278. Tanner M., Jarvinen P., Isola J. Amplification of HER-2/neu and topoisomerase Ilalpha in primary and metastatic breast cancer // Cancer Res. - 2001. - V. 61. - P. 5345-5348.

279. Tanskanen M., Jahkola T., Asko-Seljavaara S., et al. HER2 oncogene amplification in extramammary Paget's disease // Histopathology. -2003.-V. 42.-P. 575-579.

280. Tereschenko I.V., Basham V.M., Ponder B.A. et al. BRCA1 and BRCA2 mutations in Russian familial breast cancer // Hum. Mutat. -2002.-V. 19 (2).-P. 184.

281. Thomassen M., Gerdes A.M., Cruger D. et al. Low frequency of large genomic rearrangements of BRCA1 and BRCA2 in western Denmark//Cancer Genet. Cytogenet. - 2006. - V. 168.-P. 168-171.

282. Thor A.D., Berry D.A., Budman D.R. et al. ErbB-2, p53, and efficacy of adjuvant therapy in lymph node-positive breast cancer // J. Natl. Cancer Inst. - 1998. - V. 90 (18). - P. 1346-1360.

283. Tikhomirova L., Sinicka O., Smite D. et al. High prevalence of two BRCA1 mutations, 4154delA and 5382insC, in Latvia // Fam. Cancer. -2005.-V. 4 (2).-P. 77-84.

284. Tirkkonen M., Johannsson O., Agnarsson BA. et al. Distinct somatic genetic changes associated with tumor progression in carriers of BRCA1 and BRCA2 germ-line mutations // Cancer Res. - 1997. - V. 57 (7).-P. 1222-1227.

285. Tkocz D., Crawford N.T., Buckley N.E. et al. BRCA1 and GATA3 corepress FOXC1 to inhibit the pathogenesis of basal-like breast cancers // Oncogene. - 2012. - V. 31 (32). - P. 3667-3678.

286. Tlsty T.D. Normal diploid human and rodent cells lack a detectable frequency of gene amplification // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1990. -V. 87.-P. 3132-3136.

287. Tlsty T.D., White A., Sanchez J. Suppression of gene amplification in human cell hybrids // Science. - 1992. -V. 255. - P. 1425-1427.

288. Tonin P., Weber B., Offit K. et al. Frequency of recurrent BRCA1 and BRCA2 mutations in Ashkenazi Jewish breast cancer families // Nat. Med. - 1996. -V. 2 (11). - P. 1179-1183.

289. Turnbull C., Rahman N.Genetic predisposition to breast cancer: past, present, and future // Annu. Rev. Genomics Hum.Genet - 2008. - V. 9. -P. 321-345.

290. Turner N.C., Reis-Filho, J.S., Russell, A.M. et al. BRCA1 dysfunction in sporadic basal-like breast cancer // Oncogene. - 2007. -V. 26.-P. 2126-2132.

291. Uemura T., Ohkura H., Adachi Y. et al. DNA topoisomerase II is required for condensation and separation of mitotic chromosomes in S. pombe // Cell. - 1987. -V. 50 (6). - P. 917-925.

292. Van Poznak C., Tan L., Panageas K.S. et al. Assessment of molecular markers of clinical sensitivity to single-agent taxane therapy for metastatic breast cancer // J. Clin. Oncol. - 2002. - V. 20 (9). - P. 2319-2326.

293. Vanden Bempt I., Drijkoningen M., De Wolf-Peeters C. The complexity of genotypic alterations underlying HER2-positive breast cancer: an explanation for its clinical heterogeneity // Curr. Opin.Oncol. - 2007. - V. 19 (6). - P. 552-557.

294. Van't Veer L.J., Dai H., van de Vijver M.J. et al. Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer // Nature. - 2002. -V. 415 (6871).-P. 530-536.

295. Vasickova P., Machackova E., Lukesova M. et al. High occurrence of BRCA1 intragenic rearrangements in hereditary breast and ovarian

cancer syndrome in the Czech Republic // BMC Med. Genet. - 2007. -V. 8. -P. 32.

296. Venkitaraman A.R.Cancer susceptibility and the functions of BRCA1 and BRCA2 // Cell. - 2002. - V. 108 (2). - P. 171-182.

297. Vogel C.L., Cobleigh M.A., Tripathy D. et al. Efficacy and safety of trastuzumab as a single agent in first-line treatment of HER2-overexpressing metastatic breast cancer // J. Clin. Oncol. - 2002. - V. 20.-P. 719-726.

298. Wagner A. J., Von Hoff D.H., LoRusso P.M. et al. A first-in-human Phase I study to evaluate the pan-PI3K inhibitor GDC0941 administered QD or BID in patients with advanced solid tumours // J. Clin. Oncol. -2009. -V. 27 (suppl. 15), abstract 3501.

299. Walsh T., Casadei S., Coats K.H. et al. Spectrum of mutations in BRCA1, BRCA2, CHEK2, and TP53 in families at high risk of breast cancer // JAMA. - 2006. - V. 295. - P. 1379-1388.

300. Walsh T., Casadei S., Lee M.K. et al. Mutations in 12 genes for inherited ovarian, fallopian tube, and peritoneal carcinoma identified by massively parallel sequencing // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2011. -V. 108 (44).-P. 18032-18037.

301. Wang G., Beattie M.S., Ponce N.A. et al. Eligibility criteria in private and public coverage policies for BRCA genetic testing and genetic counseling//Genet. Med.-201 l.-V. 13 (12).-P. 1045-1050.

302. Weigelt B., Baehne F.L., Reis-Filho J.S. The contribution of gene expression profiling to breast cancer classification, prognostication and prediction: a retrospective of the last decade // J. Pathol. - 2010. - 220 (2).-P. 263-280.

303. Weigelt B., Pusztai L., Ashworth A. et al. Challenges translating breast cancer gene signatures into the clinic // Nat. Rev. Clin. Oncol. -2011.-V. 9(1).-P. 58-64.

304. Weischer M., Bojesen S.E., Ellervik C. et al CHEK2*1100delC genotyping for clinical assessment of breast cancer risk: meta-analyses of 26,000 patient cases and 27,000 controls // J. Clin. Oncol. - 2008. -26 (4). - 542-548.

305. Williams R.S., Green R., Glover J.N. Crystal structure of the BRCT repeat region from the breast cancer-associated protein BRCA1 // Nat. Struct. Biol.-2001.-V. 8(10).-P. 838-842.

306. Wirapati P., Sotiriou C., Kunkel S. et al. Meta-analysis of gene expression profiles in breast cancer: toward a unified understanding of breast cancer subtyping and prognosis signatures // Breast Cancer Res. -2008.-V. 10.-R65.

307. Wong A.K., Pero R., Ormonde P.A. et al. RAD51 interacts with the evolutionarily conserved BRC motifs in the human breast cancer susceptibility gene brca2 // J. Biol. Chem. - 1997. -V. 272 (51). - P. 31941-31944.

308. Wooster R., Bignell G., Lancaster J. et al. Identification of the breast cancer susceptibility gene BRCA2 // Nature. - 1995. -V. 378 (6559). -P. 789-792.

309. Wooster R., Neuhausen S.L., Mangion J. et al.Localization of a breast cancer susceptibility gene, BRCA2, to chromosome 13ql2-13 // Science. - 1994. - V. 265 (5181). - P. 2088-2090.

310. Wu L.C., Wang Z.W., Tsan J.T. et al. Identification of a RING protein that can interact in vivo with the BRCA1 gene product // Nat. Genet. - 1996. -V. 14 (4). - P. 430-440.

311. Xia B., Sheng Q., Nakanishi K. et al. Control of BRCA2 cellular and clinical functions by a nuclear partner, PALB2 // Mol. Cell. - 2006. - V. 22 (6).-P. 719-729.

312. Xia W., Gerard C.M., Liu L. et al. Combining lapatinib (GW572016), a small molecule inhibitor of ErbBl and HER2/neu tyrosine kinases, with therapeutic anti-HER2/neu antibodies enhances

apoptosis of HER2/neu-overexpressing breast cancer cells // Oncogene. - 2005. - V. 24 (41 ). - P. 6213-6221.

313. Xia Y., Pao G.M., Chen H.W. et al. Enhancement of BRCA1 E3 ubiquitin ligase activity through direct interaction with the BARD1 protein // J. Biol. Chem. - 2003. -V. 278 (7). - P. 5255-5263.

314. Xu X., Wagner K.U., Larson D. et al. Conditional mutation of Brcal in mammary epithelial cells results in blunted ductal morphogenesis and tumour formation //Nat. Genet. - 1999. -V. 22 (1). - P. 37-43.

315. Yang H., Jeffrey P.D., Miller J. et al. BRCA2 function in DNA binding and recombination from a BRCA2-DSSl-ssDNA structure // Science. - 2002. - V. 297 (5588). - P. 1837-1848.

316. Yang Y., Zhang F., Wang Y. et al. CHEK2 IlOOdelC variant and breast cancer risk in Caucasians: a meta-analysis based on 25 studies with 29,154 cases and 37,064 controls // Asian Pac. J. Cancer Prev. -2012. -V. 13(7). - P. 3501-3505.

317. Yao E., Zhou W., Lee-Hoeflich S.T. et al. Suppression of HER2/HER3-mediated growth of breast cancer cells with combinations of GDC-0941 PI3K inhibitor, trastuzumab, and pertuzumab // Clin. Cancer Res. - 2009. - 15 (12). - P. 4147-4156.

318. Yardley D.A., Seiler M., Ray-Coquard I. et al. Ridaforolimus (AP23573; MK-8669) in combination with trastuzumab for patients with HER2-positive trastuzumab-refractory metastatic breast cancer: a multicenter phase 2 clinical trial // Cancer Res. - 2009. - V. 69 (suppl. 3), abstract 3091.

319. Yu X., Chini C.C., He M. et al. The BRCT domain is aphospho-protein binding domain // Science. - 2003. - V. 302 (5645). - P. 639-642.

320. Zhang F., Gu W., Hurles M.E. et al. Copy number variation in human health, disease, and evolution // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet.-2009.-V. 10.-P. 451-481.

321. Zhu Q., Pao G.M., Huynh A.M. et al. BRCA1 tumour suppression occurs via heterochromatin-mediated silencing // Nature. - 2011. -V. 477 (7363).-P. 179-184.

322. Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction // Nucleic Acids Res. - 2003. - 31 (13). -3406-3415.