Мягкая рентгеновская синхротронная спектроскопия биоорганических материалов, воды и водных растворов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 01.04.01, доктор физико-математических наук Зубавичус, Ян Витаутасович

• Зубавичус, Ян Витаутасович
• доктор физико-математических наук
• 2012

Оглавление диссертации доктор физико-математических наук Зубавичус, Ян Витаутасович

Список принятых сокращений и условных обозначений.

Введение.

1. Литературный обзор.

1.1. Статус синхротронных центров в мире.

1.2. Общая классификация рентгеноспектральных методов.

1.3. Основные направления прикладных исследований с использованием мягкой рентгеновской синхротронной спектроскопии.

1.4. МРСС-исследования биоорганических материалов.

1.6. МРСС-исследования самоорганизованных монослоев.

1.6. МРСС-исследования воды и льда.

1.7. Проблемы радиационной чувствительности и радиационных повреждений биоорганических материалов.

1.8. Подходы к анализу экспериментальных данных мягкой рентгеновской спектроскопии.

1.9. Теоретическое моделирование мягких рентгеновских спектров.

2. Исследование аминокислот и более сложных классов биоорганических материалов в виде порошков.

2.1. Методические аспекты рентгеноспектральных исследований биоорганических материалов.

2.1.1. Исследование механизмов и кинетики радиационного разложения аминокислот.

2.1.2. Алифатические аминокислоты: Ala, Ser, Cys, Asp, Asn.

2.1.3. Ароматические аминокислоты: Phe и Туг.

2.1.4. Методические рекомендации по избежанию проблем, связанных с радиационными повреждениями.

2.2. Спектры NEXAFS аминокислот и их простейших производных.

2.2.1. Спектры NEXAFS глицина и его ионных солей.

2.2.2. Интерпретация спектров NEXAFS глицина и его зарядовых форм на основе теоретических расчетов.

2.2.3. Эффекты функциональных групп в аминокислотах.

2.2.4. Эффекты зарядового состояния в ионных солях крупных аминокислот.

2.2.5. Подход строительных блоков к интерпретации спектров NEXAFS аминокислот

2.3. От аминокислот к пептидам. Спектральные проявления пептидной связи в NEXAFS

2.3.1. Олигопептиды глицина.

2.3.2. Спектры олигопептидов из разных аминокислотных остатков.

2.4. Спектроскопия NEXAFS гомополипептидов.

2.5. Спектроскопия NEXAFS функциональных белков.

2.6. Метод "строительных блоков" в интерпретации спектров биоорганических макромолекул.

2.7. Спектроскопия NEXAFS нуклеиновых оснований.

2.8. Рентгеноэмиссионная спектроскопия аминокислот.

3. Исследование тонкопленочных биоорганических структур методами МРСС.

3.1. Дополнительные возможности МРСС при исследовании тонких пленок, получаемых вакуумным напылением.

3.2. Гистидин на Аи(111).

3.3. Пленки аминокислота-лед, получаемые совместным напылением.

3.4. Исследование адсорбции воды на самоорганизованных монослоях с варьируемыми интерфейсными свойствами.

3.4.1. Исследование СОМ 4-(4-меркаптофенил)пиридина на Au(l 11).

3.4.2. Особенности начальных этапов формирования пленок льда на СОМ с ОН- и СНзтерминальными группами.

3.5. NEXAFS -исследование макроскопически толстых пленок льда, выращенных на различных поверхностях.

3.6. EXAFS-спектроскопия на K-крае кислорода для пленок льда.

3.6.1. EXAFS-исследование модельных объектов: ZnO и 2,5-дикетопиперазин.

3.6.2. Анализ радиационной стабильности пленок льда.

3.6.3. Анализ спектров EXAFS на K-крае кислорода для пленок льда.

4. Использование методов МРСС для исследования жидкой воды и водных растворов

5. Приборы и методы.

5.1. Исследование радиационного разложения аминокислот в виде поликристаллических порошков под излучением рентгеновской трубки.

5.2. Спектроскопия NEXAFS в режиме регистрации выхода флуоресценции на ондуляторном источнике (ALS, 8.0).

5.3. Спектроскопия NEXAFS в режиме регистрации частичного фототока на поворотном магните (BESSY II, HE-SGM).

5.4. Исследование тонкопленочных образцов аминокислот, СОМ и пленок льда (BESSY II, UE52 PGM).

5.5. Спектральные измерения в жидкостной ячейке.

5.6. Спектральное моделирование с помощью программы FEFF8.

6. Выводы.

7. Благодарности.

8. Публикации по материалам диссертации.

9. Цитируемая литература.

Список принятых сокращений и условных обозначений

ВЗМО высшая занятая молекулярная орбиталь (англ. эквивалент HOMO, highest occupied molecular orbital)

ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота

МРСС мягкая рентгеновская синхротронная спектроскопия

НСМО низшая свободная молекулярная орбиталь (англ. эквивалент LUMO, lowest unoccupied molecular orbital)

ПМ поворотный магнит

РНК рибонуклеиновая кислота

СВВ сверхвысокий вакуум

СИ синхротронное излучение

СОМ самоорганизованный монослой (англ. эквивалент SAM, self-assembled monolayer) ФТ Фурье-трансформанта (результат Фурье-преобразования осциллирующей части спектра EXAFS)

AEY Auger Electron Yield, квантовый выход Оже-электронов (режим регистрации спектра NEXAFS/EXAFS)

Ев Binding energy, энергия связи (в XPS)

ESCA Electron Spectroscopy for Chemical Analysis, рентгеновская фотоэлектронная спектроскопия, син. XPS

EXAFS Extended X-ray Absorption Fine Structure, протяженная тонкая структура рентгеновских спектров поглощения

F1Y Fluorescence Yield, квантовый выход рентгеновской флуоресценции (режим регистрации спектра NEXAFS/EXAFS)

FMS Full multiple scattering, полный учет многократного рассеяния (теоретическое приближение для расчета спектров, реализованное в программе FEFF) GI Grazing incidence, скользящее падение (геометрия для наблюдения эффектов линейного дихроизма в NEXAFS)

GTO Grazing take-off, сбор электронов под скользящим углом к поверхности (максимально поверхностно-чувствительная геометрия для измерения спектров XPS или NEXAFS по выходу электронов

ISEELS Inner-shell Electron Energy-Loss Spectroscopy, спектроскопия характеристических потерь энергии электронов на внутриостовные возбуждения IXS Inelastic X-ray Scattering, неупругое рентгеновское рассеяние LDA low-density amorphous ice, аморфный лед низкой плотности NEXAFS Near-Edge X-ray Absorption Fine Structure, околокраевая тонкая структура рентгеновских спектров поглощения (в мягкой рентгеновской области) N1 Normal incidence, нормальное падение (геометрия для наблюдения эффектов линейного дихроизма в NEXAFS)

NTO Normal take-off, сбор электронов перпендикулярно поверхности (геометрия для измерения спектров XPS или NEXAFS по выходу электронов

PES Photoemission Spectroscopy, рентгеновская фотоэмиссионная спектроскопия, син. XPS

PEY Partial Electron Yield, частичный фототок (режим регистрации спектра NEXAFS/EXAFS)

RIXS Resonant Inelastic X-ray Scattering, резонансное неупругое рентгеновское рассеяние RXES Resonant X-ray Emission Spectroscopy, резонансная рентгеноэмиссионная спектроскопия

TEY Total Electron Yield, полный фототок (режим регистрации спектра NEXAFS/EXAFS)

XES X-ray Emission Spectroscopy, рентгеноэмиссионная спектроскопия

XMCD X-ray Magnetic Circular dichroism, рентгеновский магнитный круговой дихроизм

XRS X-ray Raman Scattering, рентгеновское рамановское рассеяние

XPS X-ray Photoelectron Spectroscopy, рентгеновская фотоэлектронная спектроскопия

В тексте диссертации ссылки на литературные источники даются в виде надстрочных индексов, а на работы с участием автора - в квадратных скобках. Списки соответствующих публикаций приводятся в конце диссертации в разделах Цитируемая литература и Публикации по материалам диссертации.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Мягкая рентгеновская синхротронная спектроскопия биоорганических материалов, воды и водных растворов»

Данная диссертационная работа посвящена разработке методических основ применения методов мягкой рентгеновской спектроскопии, использующих высокоинтенсивное синхротронное излучение, к биоорганическим объектам. Рентгеновская абсорбционная, эмиссионная и фотоэлектронная спектроскопия относятся к классическому арсеналу инструментальных методов наук о поверхности. Таким образом, тема данной диссертации объединяет биологию и науки о поверхности. Об актуальности такого объединения можно судить по тому факту, что в последние несколько лет появился целый ряд обзоров и даже специализированных выпусков научных журналов, посвященных данной тематике. Например, в 2010 году в британском журнале Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP) вышел тематический номер под названием «Химия интерфейсных систем: из вакуума через жидкость в клетку».1 В специальном выпуске журнала Surface Science, приуроченному к началу третьего тысячелетия,2 было опубликовано сразу три обзора с похожими друг на друга названиями, посвященных роли наук о поверхности в биологии, биомедицине и исследовании биоинженерных материалов.3'4,5

Все возможные биоорганические материалы - потенциальные объекты исследования рентгеноспектральными методами - можно расположить в следующий ряд в порядке возрастания сложности и одновременно значимости для биологии:

• Низкомолекулярные соединения, являющиеся строительныеми блоками биомакромолекул: аминокислоты, пуриновые и пиримидиновые основания, углеводы, нуклеозиды, жирные кислоты и др.

• Высокомолекулярные биополимеры: белки, нуклеиновые кислоты, полисахариды, липиды и др.

• Супрамолекулярные комплексы: липопротеины, рибосомы

• Органеллы: мембраны, клеточные ядра, митохондрии

• Клетки

• Ткани/клеточные культуры

В отдельную группу данного списка стоит выделить искусственные биоподобные наноструктурированные материалы и устройства на их основе (сенсоры, биочипы и др.), часто интересные для бионанотехнологии, а не чисто биологии.

Методически нецелесообразно начинать исследование новым методом с самых сложных объектов: необходимо двигаться по пути поэтапного повышения сложности исследуемых объектов. Наша работа строилась именно в рамках такой парадигмы (Рис. 0.1). Объектами исследования последовательно становились элементарные строительные блоки белков - аминокислоты, затем чуть более сложные молекулы, содержащие несколько аминокислотных остатков, олигопептиды, и лишь затем высокомолекулярные вещества белковой природы. ехчрчзспмз езггроек

Рис. 0.1. Блок-схема работ по адаптации методов МРСС к исследованию биоорганических материалов

В ходе выполнения работы решались многочисленные методические вопросы, наиболее сложным из которых оказалась «борьба» с проявлением эффектов радиационного разложения деликатных биоорганических материалов под высокоинтенсивными пучками синхротронных источников.

Поскольку изначально ставилась задача проверки технической реализуемости рентгеноспектральных исследований в приложении к водным растворам биоорганических материалов в условиях, близких к нативным (физиологические растворы), параллельно исследовались модельные системы, содержащие воду. В частности, объектом исследования становились тонкие пленки льда, а также двухкомпонентные пленки из упорядоченных массивов органических молекул в контакте с водой. Данные системы совместимы с условиями сверхвысокого вакуума, по крайней мере, в области низких температур, поэтому в этих исследованиях использовались достаточно стандартные для наук о поверхности подходы к постановке эксперимента и анализу экспериментальных данных.

Для непосредственного исследования жидкостей методами МРСС может использоваться два подхода. Первый подход заключается в создании микроструи, движущейся с большой скоростью в ограниченном объеме сверхвысоковакуумной камеры спектрометра в сочетании с мощной системой дифференциальной откачки. Такой подход достаточно универсален и позволяет исследовать воду, органические растворители, различные растворы и жидкие смеси. При этом для исследования жидкостей могут использоваться практически все разновидности мягкой рентгеновской спектроскопии, включая ХРБ, ЫЕХАРБ в различных режимах детектирования полезного сигнала и ХЕБ/БИХЭ, поскольку под рентгеновский пучок попадает постоянно обновляемая жидкая поверхность. Пожалуй, единственным недостатком такого подхода является очень неравновесное состояние жидкой струи, существование значительного градиента плотности от собственно жидкой фазы в центре струи к сильно разреженной паровой фазе по ее периферии и сложность точного определения/контроля температуры жидкости в струе. В такой неравновесной струе может наблюдаться сложное распределение компонентов раствора или структурная реорганизация.

Второй подход основан на использовании проточной жидкостной ячейки с исключительно тонким, но механически прочным окном-мембраной, полупрозрачной для рентгеновского излучения. В такой конфигурации доступными остаются только чисто фотонные (рЬоШп^п/р^оп-ои!) спектральные методики, такие как ХЕБ и НЕХАГБ с регистрацией выхода флуоресценции. Кроме того, любой материал окна будет, во-первых, сильно ослаблять синхротронный пучок и понижать эффективную светосилу прибора, а во-вторых, накладывать определенные ограничения на химический состав исследуемых систем. По крайней мере, элементы, входящие в состав окна, становятся недоступными для исследования, поскольку они дают сильный паразитный вклад в измеряемые спектры.

Несмотря на указанные ограничения и недостатки, именно второй подход был использован нами в рамках данной работы. Значительных усилий потребовала разработка и оптимизация конструкции проточной жидкостной ячейки, а также всего спектрометра. Синхротронный спектрометр с такой жидкостной ячейкой должен быть оборудован мощной системой откачки, а также системой вакуумных затворов сверхбыстрого срабатывания, позволяющих не допустить резкого ухудшения вакуумных условий в случае мгновенного испарения объема ячейки при поломке окна. В качестве компромиссных материалов окна, обеспечивающих вакуумную плотность и не слишком сильное поглощение в рабочем интервале энергий фотонов, были выбраны и БЮ с толщинами 50-100 нм.

В ходе методической отработки подобных измерений были получены совершенно неожиданные и интересные результаты по жидкой воде, потребовавшие серьезной многократной проверки и глубокого анализа.

Диссертация состоит из пяти разделов. В первой главе, являющейся Литературным обзором, проводится анализ современных тенденций развития прикладных исследований с использованием синхротронного излучения. В исторической ретроспективе обсуждаются приложения рентгеноспектральных методов к различным классам биоорганических материалов, а также жидким системам на основе воды.

Обсуждение экспериментальных результатов, полученных в рамках данной работы, проводится в главах 2-4. Во второй главе описываются результаты исследований биоорганических материалов в виде порошков. Начало данного раздела полностью посвящено вопросам контроля радиационных повреждений. Затем приводятся экспериментальные результаты для аминокислот, их ионных солей, олигопептидов, гомополипетидов, нескольких функциональных белков, а также пуриновых и пиримидиновых азотистых оснований - компонентов ДНК и РНК. На основе качественного сопоставления спектров в рядах родственных соединений с привлечением теоретических расчетов дается классификация спектральных проявлений различных функциональных групп, зарядовых форм и пр. Особое внимание уделено возможностям и ограничениям подхода строительных блоков к интепретации спектральных данных для сложных молекул.

В третьей главе обсуждаются результаты для тонкопленочных биоорганических структур - тонких пленок аминокислот, получаемых вакуумным напылением, а также самоорганизованных монослоев (СОМ) органических молекул на золоте с сера-содержащей группой, отвечающей за связывание с поверхностью металла, и различными терминальными функциональными группами, определяющими интерфейсные свойства. Помимо экспериментальных данных для исходных органических пленок, обсуждаются эффекты их структурной реорганизации при взаимодействии с молекулами воды в условиях сверхвысокого вакуума при низкой температуре (начальные этапы формирования пленок льда). В конце данного раздела проводится анализ влияния интерфейсных свойств органических слоев на морфологию формирующихся на них макроскопически толстых пленок льда. Для этого, в том числе, привлекаются результаты, полученные методом ЕХАРБ на К-крае кислорода.

Четвертая глава посвящена исследованию методами мягкой рентгеновской спектроскопии жидкой воды и водных растворов с использованием техники проточной жидкостной ячейки с мембраной. Основное внимание уделяется анализу эффектов изотопного замещения (Н2ОЛЗ2О) в серии резонансных эмиссионных спектров жидкой воды для разных энергий возбуждения. В то же время приводятся спектры водных растворов аминокислоты глицина и дипептида глицилглицина, что позволяет считать заявленную выше цель (демонстрация технической реализуемости измерений для водных растворов биоорганических молекул) достигнутой.

В пятой главе, Приборы и методы, подробно описываются использованные методики и процедуры получения экспериментальных результатов.

Выводы, сделанные на основе полученных результатов, сформулированы в шестой главе. Диссертация завершается разделом Благодарности, а также списками публикаций по материалам диссертации и цитируемой литературы.

1. Литературный обзор

Заключение диссертации по теме «Приборы и методы экспериментальной физики», Зубавичус, Ян Витаутасович

6. Выводы

1. Разработаны методические основы применения методов мягкой рентгеновской спектроскопии (ЫЕХАРБ, ХРБ, ХЕ8) к исследованию биоорганических материалов в виде порошков и тонких пленок в стандартных высоковакуумных условиях, а также водных растворов с использованием техники проточной жидкостной ячейки. Определены основные направления и экспериментальные проявления радиационно-индуцированного разложения; отработаны режимы приготовления образцов и проведения спектральных измерений, минимизирующие эффекты радиолиза; составлена база данных спектров ИЕХАРБ, включающая ключевые классы биологически значимых органических соединений; проведена классификация спектральных вкладов отдельных функциональных групп.

2. Показано, что на качественном уровне спектр сложной молекулы можно представить в виде взвешенной суммы спектральных вкладов отдельных составных частей, хотя применимость данного подхода ограниченна. В случае низкомолекулярных соединений и отдельных функциональных групп в качестве строительных блоков невозможно учесть многоцентровые делокализованные связи и межмолекулярные взаимодействия. Попытки теоретического построения спектров белков на базе экспериментальных спектров аминокислот и аминокислотной последовательности белка не учитывают сильной реорганизации электронной структуры при образовании пептидных связей.

3. Экспериментально продемонстрирована чувствительность спектроскопии ИЕХАРБ к процессам однопротонного переноса в биоорганических материалах на примере зарядовых форм аминокислот цвиттер-ион/нейтральная молекула/катион/анион и прототропных таутомеров азотистых оснований.

4. Разработан алгоритм комплексного анализа экспериментальных рентгеноспектральных данных для тонких (био)органических пленок с целью определения широкого набора структурных параметров, таких как толщина пленки, характер взаимодействия с подложкой или модифицирующим компонентом (вода/лед), участвующие в связывании с подложкой функциональные группы, ориентационная упорядоченность молекул в пленке и др.

5. На базе экспериментальных результатов ИЕХАРБ и ЕХАРБ на К-крае кислорода показано, что локальная структура вакумно-напыленных пленок льда характеризуется значительными угловыми отклонениями в тетраэдрической сетке водородных связей, аналогичными кристаллическим фазам льда высокой плотности.

6. Предложено объяснение аномально сильного изотопного эффекта в резонансных эмиссионных спектрах линии О Ка жидкой воды и льда с привлечением концепции сверхбыстрой релаксационной динамики, связанной с переносом протона с остовно-возбужденного атома кислорода на атом кислорода соседней молекулы воды вдоль водородной связи.

7. Теоретический метод функций Грина с полным учетом многократного рассеяния, реализованный в прграмме РЕБР, адаптирован для моделирования спектров ЫЕХАРБ молекулярных кристаллов (био)органических соединений и льда. Предложен алгоритм идентификации спектральных вкладов отдельных химических связей и дифференциации вкладов ст*- и л*-характера. Продемонстрирована критическая важность учета межмолекулярных взаимодействий (конфигурации водородных связей и пр.) для воспроизведения экспериментальных спектров в расчетах.

7. Благодарности

Автор искренне признателен научному консультанту М.В. Ковальчуку, а также В.В. Квардакову и В.Г. Станкевичу за постоянный интерес и активную поддержку работы в НИЦ «Курчатовский институт». У истоков тематики данной диссертационной работы стояли Ю.Л. Словохотов и А.И. Перцин (ИНЭОС РАН). Автор глубоко благодарен руководителю постдоковской стажировки в Институте прикладной физической химии Гейдельбергского университета Майклу Грунце. Автор искренне признателен своим коллегам-соавторам, внесшим огромный вклад в экспериментальную реализацию данной работы: Оливеру Фуксу, Лотару Вайнхардту, Клеменсу Хеске, Бенедетте Казу и Эберхарду Умбаху (на момент начала работы представлявшим Институт экспериментальной физики Вюрцбургского университета, Германия), Георгию Цветкову и Фалько Нетцеру из университета Граца (Австрия), а также Абрахаму Ульману из Политехнического университета Нью-Йорка (США). Неоценимую помощь в проведении синхротронных измерений на BESSY II и ALS оказали Томас Шмидт и Джонатан Денлингер. Особую благодарность автор хотел бы выразить Михаилу Жарникову, принимавшему самое активное участие на всех этапах работы и неизменно поддерживавшему автора в техническом воплощении идей проведения нестандартных измерений.

8. Публикации по материалам диссертации

1] Зубавичус Я.В., Словохотов Ю.Л. Рентгеновское синхротронное излучение в физико-химических исследованиях // Усп. хим. 2001. Т. 70. № 5. С. 429-463.

2] Fuchs О., Weinhardt L., Heske С., Umbach Е., Zubavichus Y., Grunze M., Denlinger J.D. X-ray absorption study of selected amino acids // Advanced Light Source Compendium of User Abstrcts and Technical Reports. 2002.

3] Weinhardt L., Fuchs О., Gleim Th., Heske С., Umbach E., Bär M., Muffler H.-J., Fischer Ch.-H., Lux-Steiner M.C., Zubavichus Y., Niesen T.P., Karg F. CdS and Cd(OH)2 formation during Cd treatment of Cu(In,' Ga)(S,Se)2 thin film solar cell absorbers // Advanced Light Source Compendium of User Abstrcts and Technical Reports. 2002.

4] Tzvetkov G., Zubavichus Y., Koller G., Fuchs О., Heske С., Umbach E., Grunze M., Ramsey M.G., Netzer F.P. Photon-induced processes in co-condensed glycine/water thin films // BESSY Jahresbericht. 2002. P. 183.

5] Fuchs О., Weinhardt L., Heske С., Umbach E., Zubavichus Y., Grunze M. Angle-dependent resonant x-ray emission spectroscopy of PTCDA molecules on Ag(lll) // BESSY Jahresbericht. 2002. P. 168.

6] Tzvetkov G., Zubavichus Y., Schmidt Th., Fuchs О., Heske С., Umbach E., Grunze M., Ramsey M.G., Netzer F.P. Growth of H20 layers on an ultra-thin AI2O3 film: from monomeric species to ice // BESSY Jahresbericht. 2002. P. 235.

7] Weinhardt L., Gleim Th., Fuchs О., Heske С., Umbach E., Bär M., Muffler H.-J., Fischer Ch.-H., Lux-Steiner M.C., Zubavichus Y., Niesen T.P., Karg F. CdS and Cd(OH)2 formation during Cd treatment of Cu(In, Ga)(S,Se)2 thin film solar cell absorbers // Appl. Phys. Lett. 2003. V. 82. P. 571573.

8] Tzvetkov G., Zubavichus Y., Koller G., Schmidt Th., Heske C., Umbach E., Grunze M., Ramsey M.G., Netzer F.P. Growth of H20 layers on an ultra-thin А120з film: from monomeric species to ice // Surf. Sei. 2003. V. 543. P. 131-140.

9] Fuchs О., Weinhardt L., Heske С., Umbach E., Zubavichus Y., Grunze M., Denlinger J.D., Hussain Z., Follath R. Resonant inelastic x-ray scattering (RIXS) and NEXAFS investigations on organic materials // DPG-Tagungen. Dresden, Germany. March 24-28 2003. Vortrag 04.5.

10] Heske C., Fuchs О., Zubavicus Y., Umbach E. Soft x-ray spectroscopy of amino acids and liquids // Workshop "Supramolecular biostructures: challenges in optical nanoscopy, X-ray microsopy and spectroscopy". April 27-28 2003. Berlin, Germany.

11] Zubavichus Y., Fuchs О., Weinhardt L., Heske С., Umbach E., Denlinger J.D., Grunze M. Soft X-ray induced decomposition of amino acids: an XPS, mass-spectrometry, and NEXAFS study // Rad. Res. 2004. V. 161. P. 346-358.

12] Zubavichus Y., Zharnikov M., Shaporenko A., Fuchs О., Weinhardt L., Heske С., Umbach E., Denlinger J.D., Grunze M. Soft X-ray induced decomposition of phenylalanine and tyrosine: a comparative study // J. Phys. Chem. A. 2004. V. 108. P. 4557-4565.

13] Zubavichus Y., Zharnikov M., Schaporenko A., Grunze M. NEXAFS study of glycine and glycine-based oligopeptides // J. Electron Spectr. Relat. Phenom. 2004. V. 134. P. 25-33.

14] Tzvetkov G., Koller G., Zubavichus Y., Fuchs О., Casu M.B., Heske C., Umbach E., Grunze M., Ramsey M.C., Netzer F.P. Bonding and structure of glycine on ordered А120з film surfaces // Langmuir. 2004. V. 20. P. 10551-10559.

15] Zubavichus Y., Zharnikov M., Yang Y.-J., Fuchs О., Umbach E., Heske C., Ulman A., Grunze M. X-ray photoelectron spectroscopy and near-edge X-ray absorption fine structure study of water adsorption on pyridine-terminated thiolate self-assembled monolayers // Langmuir. 2004. V. 20. P. 11022-11029.

16] Zubavichus Y., Yang Y.-J., Zharnikov M., Fuchs О., Schmidt Т., Heske С., Umbach E., Tzvetkov G., Netzer F.P., Grunze M. Local structure of amorphous ice as revealed by О K-edge EXAFS // ChemPhysChem. 2004. V. 5. P. 509-514.

17] Zubavicus Y., Grunze M. New insights into the structure of water with ultrafast probes // Science. 2004. V. 304. P. 974-976.

18] Fuchs О., Weinhardt L., Maier F., Heske С., Umbach E., Zubavichus Y., Grunze M., Odelius M., Pettersson L.G.M., Nilsson A., Denlinger J.D., Hussain Z., Follath R. An X-ray absorption (NEXAFS) and resonant inelastic X-ray scattering (RIXS) study of liquid water and aqueous solutions // DPG-Tagungen. Regensburg, Germany. March 8-12. 2004. Vortrag 044.8.

19] Zubavichus Y., Shaporenko A., Grunze M., Zharnikov M. Innershell absorption spectroscopy of amino acids at all relevant absorption edges // J. Phys. Chem. A. 2005. V. 109. P. 6998-7000.

20], Zubavichus Y., Zharnikov M., Yang Y., Fuchs О., Heske С., Umbach E., Tzvetkov G., Netzer F.P., Grunze M. Surface chemistry of ultrathin films of histidine on gold as probed by highresolution synchrotron photoemission // J. Phys. Chem. B. 2005. V. 109. P. 884-891.

21] Odelius M., Ogasawara H., Nordlund D., Fuchs О., Weinhardt L., Maier F., Umbach E., Heske C., Zubavichus Y., Grunze M., Denlinger J.D., Pettersson L.G.M., Nilsson A. Ultrafast Core-Hole-Induced Dynamics in Water Probed by X-Ray Emission Spectroscopy // Phys. Rev. Lett. 2005. V. 94. P. 227401-1-4.

22] Zubavichus Y., Shaporenko A., Grunze M., Zharnikov M. Innershell absorption spectroscopy of proteinogenic amino acids at all relevant absorption edges // BESSY Annual Report. 2005. P. 413.

23] Odelius M., Nordlund D., Pettersson L.G.M., Ogasawara H., Fuchs О., Weinhardt L., Maier F., Umbach E., Heske C., Zubavichus Y., Grunze M., Denlinger J.D., Nilsson A. Ultrafast Dynamics in Water // ALS Activity Report 2005. LBNL-55917. P. 35.

24] Зубавичус Я.В., Жарников M., Грунце М. Структурные особенности тонких пленок льда по данным ультрамягкой рентгеновской спектроскопии на СИ // V Национальная конференция по применению рентгеновского, синхротронного излучений, нейтронов и электронов для исследования наноматериалов и наносистем (РСНЭ). 14-19 ноября 2005. Москва, Россия. С. 357.

25] Zubavichus Y., Shaporenko А., Grunze М., Zharnikov М. Solid-state NEXAFS spectra of glycine in various charge states // J. Phys. Chem. B. 2006. V. 110. P. 3420-3427.

26] Zubavichus Y., Zharnikov M., Yang Y., Grunze M., Fuchs О., Umbach E., Heske C. Oxygen K-edge XAFS studies of vacuum-deposited ice films // Langmuir. 2006. V. 22. P. 7241-7247.

27] Zubavichus Y., Shaporenko A., Grunze M., Zharnikov M. Innershell absorption spectroscopy of amino acids at all relevant absorption edges // 26th Spring Meeting of the German Physical Society DPG-Verhandlungen. Dresden, Germany. March 27-31 2006. Vortrag 014.69.

28] Авдошенко C.M., Зубавичус Я.В. Ab initio моделирование спектров NEXAFS молекулярных кристаллов на K-краях поглощения углерода, азота и кислорода // III Школа конференция молодых ученых по химической синергетике. 3-4 июля 2006. Москва. Сборник тезисов докладов. С. 177.

29] Zubavichus Y., Shaporenko А., Grunze М., Zharnikov М. NEXAFS spectroscopy of homopolypeptides at all relevant absorption edges: polyisoleucine, polytyrosine, and polyhistidine // J. Phys. Chem. B. 2007. V. 111 P. 9803-9807. [Erratum J. Phys. Chem. B. 2007. V. 111. P. 11866].

30] Zubavichus Y., Shaporenko A., Grunze M., Zharnikov M. NEXAFS spectroscopy of homopolypeptides at all relevant absorption edges: polyisoleucine, polytyrosine, and polyhistidine // BESSY Annual Report. 2007. P. 442.

31] Blum M., Fuchs О., Grunze M., Denlinger J., Weigand M., Maier F., Umbach E., Weinhardt L., Bar M., Heske C., Zharnikov M., Zubavichus Y. The electronic structure of liquids studied by x-ray emission and x-ray absorption spectroscopy in the soft X-ray range // 15th International Conference on Vacuum Ultraviolet Radiation Physics. Berlin, Germany. July 29-August 3, 2007. Conference Program and Abstracts. P. 50.

32] Y.Zubavichus, A.Shaporenko, M.Grunze, M.Zharnikov Is X-ray absorption spectroscopy sensitive to the amino acid composition of functional proteins? // J. Phys. Chem. B. 2008. V. 112. P. 4478-4480.

33] Zubavichus Y., Shaporenko A., Korolkov V., Grunze M., Zharnikov M. X-ray absorption spectroscopy of the nucleotide bases at the carbon, nitrogen, and oxygen K-edges // J. Phys. Chem. B. 2008. V. 112. P. 13711-13716.

34] Fuchs О., Zharnikov M., Weinhardt L., Blum M., Weigand M., Zubavichus Y., Bär M., Maier F., Denlinger J.D., Heske C., Grunze M., Umbach E. Isotope and temperature effects in liquid water probed by X-ray absorption and resonant X-ray emission spectroscopy // Phys. Rev. Lett. 2008. V. 100. P. 027801-1-4.

35] Fuchs О., Zharnikov M., Weinhardt L., Blum M., Weigand M., Zubavichus Y., Bär M., Maier F., Denlinger J.D., Heske C., Grunze M., Umbach E. Isotope and temperature effects in liquid water probed by X-ray absorption and resonant X-ray emission spectroscopy. Reply to Comment // Phys. Rev. Lett. 2008. V. 100. P. 249802-1.

36] Fuchs О., Zharnikov M., Weinhardt L., Blum M., Weigand M., Zubavichus Y., Bär M., Maier F., Yang W., Denlinger J.D., Heske C., Grunze M., Umbach E. Isotope and Temperature Effects in Liquid Water // Advanced Light Source Science Highlight, ALSNews. 2008. P. 291.

37] Zubavichus Y., Shaporenko A., Grunze M., Zharnikov M. NEXAFS spectroscopy of biological molecules: from amino acids to functional proteins // XVII International synchrotron radiation conference. June 15-20 2008. Novosibirsk, Russia. Digest Reports. P. 7-10.

38] Blum M„ Fuchs О., Weigand M., Maier F., Umbach E., Weinhardt L., Bar M., Heske C., Zharnikov M., Zubavichus Y., Grunze M., Denlinger J.D. The structure of liquids studied by soft x-ray emission (XES) and absorption (XAS) spectroscopy // DPG-Verhandlungen. Berlin. February 25-29. 2008. Vortrag CPP33.1.

39] Blum M., Fuchs О., Weinhardt L., Weigand M., Umbach E., Bär M., Heske C., Zharnikov M., Zubavichus Y., Grunze M., Yang W., Denlinger J.D. The electronic structure of liquid water studied by soft x-ray emission and absorption spectroscopy // International Workshop on Resonant Inelastic Soft X-Ray Scattering RIXS08. Uppsala. June 13-14. 2008. Poster P9.

40] Zubavichus Y., Shaporenko A., Grunze M., Zharnikov M. NEXAFS spectroscopy of biological molecules: from amino acids to functional proteins //Nucl. Instr. Meth. Phys. Res. A. 2009. V. 603. P.111-114.

41] Зубавичус Я.В., Жарников M., Грунце M. Исследование систем «биоорганика-вода» методами мягкой рентгеновской спектроскопии на синхротронном излучении // VII Национальная конференция «Рентгеновское, синхротронное излучение, нейтроны и электроны для исследования наносистем и материалов» РСНЭ НБИК 2009. Москва. 16-21 ноября 2009. Тезисы докладов. С. 33.

42] Fuchs О., Weinhardt L., Blum M., Bär M., Weigand M., Denlinger J.D., Zubavichus Y., Zharnikov M., Grunze M., Heske C., Umbach E. Resonant x-ray emission spectroscopy of liquid water: novel instrumentation, high resolution, and the "map" approach // J. Electron Spectr. Rel. Phenom. 2010 V. 177. P. 206-211.

Список литературы диссертационного исследования доктор физико-математических наук Зубавичус, Ян Витаутасович, 2012 год

1., Wöll Ch. (Eds.). Themed 1.sue Interfacial Systems Chemistry: Out of the Vacuum, Through the Liquid, Into the cell // Phys. Chem. Chem. Phys. 2010. V. 12. P. 42574524.

2. Duke C.B., Plummer E.W. (Eds.). Frontiers in Surface and Interface Science // Surf. Sei. 2002. V. 500. № 1-3. P. 1-1051.

3. Castner D.G., Ratner B.D. Biomedical surface science: Foundations to frontiers // Surf. Sei. 2002. V. 500. P. 28-60.

4. Tirrel M., Kokkoli E., Biesalski M. The role of surface science in bioengineered materials // Surf. Sei. 2002. V. 500. P. 61-83.

5. Kasemo B. Biological surface science // Surf. Sei. 2002. V. 500. P. 656-677.

6. SESAME, Synchrotron-light for Experimental Science and Applications in the Middle East. Электронный ресурс. http://www.sesame.org.jo.

7. Polish Synchrotron Radiation Source. Электронный ресурс. http://www.synchrotron.org.pl.

8. Central European Synchrotron Laboratory (CESLAB). Электронный ресурс.http://www.synchrotron.cz/synchrotron/CentralEuropeanlSynchrotronLaboratoryEN.html

9. CANDLE, Centre for the Advancement of Natural Discoveries using Light Emission. Электронный ресурс. http://www.candle.am.

10. ALBA Synchrotron Light Facility. Электронный ресурс. http://www.cells.es.

11. Soleil Synchrotron. Электронный ресурс. http://www.synchrotron-soleil.fr.

12. Diamond Synchrotron. Электронный ресурс. http://www.diamond.ac.uk/Home.html.

13. AS Australian Synchrotron. Электронный ресурс. http://www.synchrotron.org.au/

14. SSRF Shanghai Synchrotron Radiation Facility. Электронный ресурс. http://ssrf.sinap.ac.cn/english/index.htm.

15. PETRA III. Электронный ресурс. http://hasylab.desy.de/facilities/petraiii/indexeng.html.

16. NSLS II. Электронный ресурс. http://www.bnl.gov/nsls2.

17. Stöhr, J. NEXAFS Spectroscopy // Springer-Verlag. Berlin. 1992.

18. Urquhart S.G., Ade H. Trends in the Carbonyl Core (C IS, О IS) ->7t*c=o Transition in the Near-Edge X-ray Absorption Fine Structure Spectra of Organic Molecules // J. Phys. Chem. В 2002. V. 106. P. 8531-8538.

19. Ade H., Stoll H. Near-edge X-ray absorption fine-structure microscopy of organic and magnetic materials //Nature Materials. 2009. V. 8. P. 281-290.

20. Hähner G. Near edge X-ray absorption fine structure spectroscopy as a tool to probe electronic and structural properties of thin organic films and liquids // Chem. Soc. Rev. 2006. V. 35. P. 1244-1255.

21. Nilsson A. Applications of core level spectroscopy to adsorbates // J. Electron Spectrosc. Relat Phenom. 2002. V. 126. P. 3-42.

22. Hitchcock A.P. Soft X-ray spectromicroscopy of polymers and biopolymer interfaces // J. Synchrotron Rad. 2001. V. 8. P. 66-71.

23. Dhez O., Ade H., Urquhart S.G., Calibrated NEXAFS spectra of some common polymers // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2003. V. 128. P. 85-96.

24. Ade H., Hitchcock A.P. NEXAFS microscopy and resonant scattering: Composition and orientation probed in real and reciprocal space // Polymer. 2008. V. 49. P. 643-675.

25. Coffman F.L., Cao R., Pianetta P.A., Kapoor S., Kelly M., Terminello L.J. Near-edge X-ray2 3absorption of carbon materials for determining bond hybridization in mixed sp /sp bonded materials // Appl. Phys. Lett. 1996. V. 69. P. 568-1-3.

26. Guo J. Synchrotron radiation, soft-X-ray spectroscopy and nanomaterials // Int. J. Nanotech. 2004. V. l.P. 193-225.

27. Hemraj-Benny Т., Banerjee S., Sambasivan S., Balasubramanian M., Fischer D.A., Eres G., Puretzky A.A., Geohegan D.B., Lowndes D.H., Han W., Misewich J.A., Wong S.S. Near-Edge

28. X-ray Absorption Fine Structure Spectroscopy as a Tool for Investigating Nanomaterials // Small. 2006. V. 2. P. 26-35.

29. Vairavamurthy A., Wang S. Organic Nitrogen in Geomacromolecules: Insights on Speciation and Transformation with K-edge XANES Spectroscopy // Environ. Sci. Technol. 2002. V. 36. P. 3050-3056.

30. Templeton A., Knowles E. Microbial Transformations of Minerals and Metals: Recent Advances in Geomicrobiology Derived from Synchrotron-Based X-Ray Spectroscopy and X-Ray Microscopy // Ann. Rev. Earth Planet. Sci. 2009. V. 37. P. 367-391.

31. Kurmaev E.Z. X-ray Fluorescence Spectroscopy of Novel Materials // Inorg. Mater. 2005. V. 41. № Suppl. l.P. S1-S23.

32. Boese, J. M. X-ray Absorption Near Edge Structure of Amino Acids and Peptides. Master thesis. State University of New York, Stony Brook. 1996.

33. Boese J., Osanna A., Jacobsen C., Kirz J. Carbon edge XANES spectroscopy of amino acids and peptides // J. Electron Spectrosc. 1997. V. 85. P. 9-15.

34. Carravetta, Y., Plashkevych, O., Ágren, H. A theoretical study of the near-edge X-ray absorption spectra of some larger amino acids // J. Chem. Phys. 1998. V. 109. P. 1456-1464.

35. Kaznacheyev K., Osanna A., Jacobsen C., Plashkevych O., Vahtras O., Ágren H., Carravetta V., Hitchcock A.P. Innershell Absorption Spectroscopy of Amino Acids // J. Phys. Chem. A. 2002. V. 106. P. 3153-3168.

36. Tanaka M., Nakagawa K., Koketsu T., Agui A., Yaokoya A. Oxygen K-edge X-ray absorption near edge structures (XANES) of sublimed films of amino acids // J. Synchrotron Rad. 2001. V. 8. P. 1009-1011.

37. Cooper G., Gordon M., Tulumello D., Turci C., Kaznatcheev K., Hitchcock A.P. Inner shell excitation of glycine, glycyl-glycine, alanine and phenylalanine // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2004. V. 137-140. P. 795-799.

38. Otero E., Urquhart S.G. Nitrogen Is Near-Edge X-ray Absorption Fine Structure Spectroscopy of Amino Acids: Resolving Zwitterionic Effects // J. Phys. Chem. A. 2006. V. 110. P.12121-12128.

39. Hernández Cruz D., Rousseau M.-E., West M.M., Pézolet M., Hitchcock A.P. Quantitative Mapping of the Orientation of Fibroin /^-Sheets in B. mori Cocoon Fibers by Scanning Transmission X-ray Microscopy // Biomacromolecules. 2006. V. 7. P. 836-843.

40. Rousseau M.-E., Hernández Cruz D., West M.M., Hitchcock A.P., Pézolet M. Nephila clavipes Spider Dragline Silk Microstructure Studied by Scanning Transmission X-ray Microscopy // J. Am. Chem. Soc. 2007. V. 129. P. 3897-3905.

41. Wilks R.G., MacNaughton J.B., Kraatz H.-B., Regier T., Moewes A. Combined X-ray Absorption Spectroscopy and Density Functional Theory Examination of Ferrocene-Labeled Peptides // J. Phys. Chem. B. 2006. V. 110. P. 5955-5965.

42. Kirtley S.M., Mullins O.C., Chen J., van Elp J., George S.J., Chen C.T., O'Halloran Th., Cramer S.P. Nitrogen chemical structure in DNA and related molecules by X-ray absorption spectroscopy // Biochim. Biophys. Acta. 1992. V. 1132. P. 249-254.

43. Zhang X., Balhorn R., Mazrimas J., Kirz J. Mapping and Measuring DNA to Protein Ratios in Mammalian Sperm Head by XANES Imaging // J. Struct. Biol. 1996. V. 116. P. 335-344.

44. Mochizuki Y., Koide H., Imamura T., Takemiya H. HF-STEX and RASSCF calculations on nitrogen K-shell X-ray absorption of purine base and its derivative // J. Synchrotron Rad. 2001. V. 8. P. 1003-1005.

45. Fujii K., Akamatsu K., Muramatsu Y., Yokoya A. X-ray absorption near edge structure of DNA bases around oxygen and nitrogen K-edge // Nucl. Instr. Meth. Phys. Res. B. 2003. V. 199. P. 249-254.

46. Moewes A, MacNaughton J., Wilks R., Lee J.S., Wettig S.D., Kraatz H.-B, Kurmaev E.Z. Soft X-ray spectroscopy of nucleobases, B-DNA and ferrocene-proline conjugates // J. Electron Spectrosc. 2004. V. 137-140. P. 817-822.

47. Fujii K., Akamatsu K., Yokoya A. Near-Edge X-ray Absorption Fine Structure of DNA Nucleobases Thin Film in the Nitrogen and Oxygen K-edge Region // J. Phys. Chem. B. 2004. V. 108. P. 8031-8035.

48. MacNaughton J., Moewes A., Kurmaev E.Z. Electronic Structure of the Nucleobases // J. Phys. Chem. B. 2005. V. 109. P. 7749-7757.

49. Harada Y., Takeuchi T., Kino H., Fukushima A., Takakura K., Hieda K., Nakao A., Shin S., Fukuyama H. Electronic structure of DNA nucleobases and their dinucleotides explored by soft X-ray spectroscopy//J. Phys. Chem. A. 2006. V. 110. P. 13227-13231.

50. Clark D.T., Peeling J., Colling L. An experimental and theoretical investigation of the core level spectra of a series of amino acids, dipeptides and polypeptides // Biochim. Biophys. Acta 1076. V. 453. P. 533-545.

51. Peeling J., Hruska F.E., Mclntyre N.S. ESCA spectra and molecular charge distributions for some pyrimidine and purine bases // Canad. J. Chem. 1978. V. 56. P. 1555-1561.

52. Debies T.P., Rabalais J.W. Electronic structure of amino acids and ureas // J. Ectron Specrosc. Relat. Phenom. 1974. V. 3. P. 315-322.

53. Kiasinc L. Application of photoelectron spectroscopy to biologically active molecules and their constituent parts: III. Amino acids // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1976. V. 8. P. 161-164.

54. Cannington P.H., Ham N.S. The photoelectron spectra of amino-acids : A survey // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1979. V. 15. P. 79-82.

55. Cannington P.H., Ham N.S. He(I) and He(II) photoelectron spectra of glycine and related molecules // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1983. V. 32. P. 139-151.

56. Lundstroem I., Salaneck W.R. Categories of amino acid adsorption on surface // J. Colloid Interface Sci. 1985. V. 108. P. 288-291.

57. Colton R.J., Murday J.S., Wyatt J.R., DeCorpo J.J. Combined XPS and SIMS study of amino acid overlayers // Surf. Sci. 1979. V. 84. P. 235-248.

58. Schmidt M., Steinemann S.G. XPS studies of amino acids adsorbed on titanium dioxide surfaces//J. Anal. Chem. 1991. V. 341. P. 412-415.

59. Ihs A., Liedberg B., Uvdal K., Toernkvist C., Bodoe P., Lundstroem I. Infrared and photoelectron spectroscopy of amino acids on copper: Glycine, L-alanine and P-alanine // J. Colloid Interface Sci. 1990. V. 140. P. 192-206.

60. Salaneck W.R., Lundstroem I., Liedberg B. Photoelectron spectroscopy of amino acids adsorbed upon surfaces: glycine on graphite // Progr. Colloid Polym. Sci. 1985. V. 70. P. 83-88.

61. Uvdal K., Bodoe P., Liedberg B. L-cysteine adsorbed on gold and copper: an x-ray photoelectron spectroscopy study // J. Colloid Interface Sci. 1992. V. 149. P. 162-173.

62. Krozer A., Aronsson B.-O., Lofgren P., Lausmaa J., Kasemo B. Glycine Adsorption on Pt(l 11) in the Monolayer and Multilayer Regime // Surf. Sci. Spectra 1997. V. 4. P. 33-41.

63. Löfgren P., Krozer A., Lausmaa J., Kasemo B. Glycine on Pt(l 11): a TDS and XPS study // Surf. Sei. 1997. V. 370. P. 277-292.

64. Bomben K.D., Dev S.B. Investigation of poly(L-amino acids) by X-ray photoelectron spectroscopy // Anal. Chem. 1988. V. 60. P. 1393-1397.

65. Lhoest J.-B., Bartiaux S., Gerin P.A., Genet M.J., Bertrand P., Rouxhet P.J. Poly(amino acids) by XPS: analysis of poly-L-leucine // Surf. Sei. Spectra. 1997. V. 3. P. 348-356.

66. Bartiaux S., Lhoest J.-B., Genet M.J., Bertrand P., Rouxhet P.J. Poly(amino acids) by XPS: analysis of poly(L-serine) // Surf. Sei. Spectra. 1997. V. 3. P. 342-347.

67. Nyberg M., Hasselström J., Karis O., Wassdahl N., Weinelt M., Nilsson A., Pettersson L.G.M. The electronic structure and surface chemistry of glycine adsorbed on Cu(l 10) // J. Chem. Phys. 2000. V. 112. P. 5420-1-8.

68. Nyberg M., Odelius M., Nilsson A., Pettersson L.G.M. Hydrogen bonding between adsorbed deprotonated glycine molecules on Cu(l 10) // J. Chem. Phys. 2003. V. 119. P. 12577-12585.

69. Feyer V., Plekan O., Richter R., Coreno M., Prince K.C., Carravetta V. Core Level Study of Alanine and Threonine // J. Phys. Chem. A. 2008. V. 112. P. 7806-7815.

70. Petoral R.M. Jr., Uvdal K. XPS and NEXAFS study of tyrosine-terminated propanethiol assembled on gold // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2003. V. 128. P. 159-164.

71. Polzonetti G., Battocchio C„ Lucci G., Dettin M., Gambaretto R., Di Bello C., Carravetta V. Thin films of a self-assembling peptide on Ti02 and Au studied by NEXAFS, XPS and IR spectroscopies // Mater. Sei. Eng. C. 2006. V. 26. P. 929-934.

72. Liu X., Zheng F., Jürgensen A., Perez-Dieste V., Petrovykh D.Y., Abbott N.L., Himpsel F.J. Self-assembly of biomolecules at surfaces characterized by NEXAFS // Can. J. Chem. 2007. V. 85. P. 793-800.

73. Vyalikh D.V., Danzenbächer S., Mertig M., Kirchner A., Pompe W., Dedkov Yu.S., Molodtsov S.L. Electronic Structure of Regular Bacterial Surface Layers // Phys. Rev. Lett. 2004. V. 93. P. 238103-1-4.

74. Samuel N.T., Lee C.Y., Gamble L.J., Fischer D.A., Castner D.G. NEXAFS characterization of DNA components and molecular-orientation of surface-bound DNA oligomers // J. Electron Spectrosc. 2006. V. 152. P. 134-142.

75. Lee Ch.-Y., Nguyen Ph.-C.T., Grainger D.W., Gamble L.J., Castner D.G. Structure and DNA Hybridization Properties of Mixed Nucleic Acid/Maleimide-Ethylene Glycol Monolayers // Anal. Chem. 2007. V. 79. P. 4390-4400.

76. Seifert S., Gavrila G.N., Zahn D.R.T., Braun W. The molecular orientation of DNA bases on H-passivated Si(l 11) surfaces investigated by means of near edge X-ray absorption fine structure spectroscopy // Surf. Sci. 2007. V. 601. P. 2291-2296.

77. Ballav N., Koelsch P., Zharnikov M. Orientation and Ordering in Monomolecular Films of Sulfur-Modified Homo-oligonucleotides on Gold // J. Phys. Chem. C. 2009. V. 113. P. 1831218320.

78. Howell C., Jeyachandran Y.L., Koelsch P., Zharnikov M. Orientation and Ordering in Sequence- and Length-Mismatched Surface-Bound DNA Hybrids // J. Phys. Chem. C. 2012. V, 116. P. 11133-11140.

79. Mrksich M., Whitesides G.M. Using self-assembled monolayers to understand the interactions of man-made surfaces with proteins and cells // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996. V. 25. P. 55-78.

80. Ulman A. // An Introduction to Ultrathin Organic Films: Langmuir-Blodgett to Self-Assembly. Academic Press. New York. 1991.

81. Ulman A. Formation and Structure of Self-Assembled Monolayers // Chem. Rev. 1996. V. 96. P. 1533-1554.

82. Schreiber F. Structure and growth of self-assembling monolayers // Progr. Surf. Sci. 2000. V. 65. P. 151-256.

83. Nuzzo R.G., Allara D.L. Adsorption of bifunctional organic disulfides on gold surfaces // J. Am. Chem. Soc. 1983. V. 105. P. 4481-4483.

84. Nuzzo R.G., Fuscoa F.A., Allara D.A. Spontaneously Organized Molecular Assemblies. 3. Preparation and Properties of Solution Adsorbed Monolayers of Organic Disulfides on Gold Surfaces // J. Am. Chem. Soc. 1987. V. 109. P. 2358-2368.

85. Bain C.D., Troughton E.B., Tao Y.T., Evall J., Whitesides G.M., Nuzzo R.G. Formation of monolayer films by the spontaneous assembly of organic thiols from solution onto gold // J. Am. Chem. Soc. 1989. V. 111. P. 321-335.

86. Heister K., Zharnikov M., Grunze M., Johansson L.S.O., Ulman A. Characterization of X-ray Induced Damage in Alkanethiolate Monolayers by High-Resolution Photoelectron Spectroscopy //Langmuir. 2001. V. 17. P. 8-11.

87. Zharnikov M., Grunze M. Modification of thiol-derived self-assembling monolayers by electron and x-ray irradiation: scientific and lithographic aspects // J. Vac. Sci. Technol. B. 2002. V. 20. P. 1793-1807.

88. Zharnikov M., Grunze M. Spectroscopic characterization of thiol-derived self-assembling monolayers //J. Phys.: Condens. Matter. 2001. V. 13. P. 11333-11365.

89. Love J.C., Estroff L.A., Kriebel J.K., Nuzzo R.G., Whitesides G.M. Self-Assembled Monolayers of Thiolates on Metals as a Form of Nanotechnology // Chem. Rev. 2005. V. 105. P. 1103-1169.

90. Engquist I., Liedberg B. D2O Ice on Controlled Wettability Self-Assembled Alkanethiolate Monolayers: Cluster Formation and Substrate-Adsorbate Interaction // J. Phys. Chem. 1996. V. 100. P. 20089-20096.

91. Lee T.R., Carey R.I., Biebuyck H.A., Whitesides G.M. The Wetting of Monolayer Films Exposing Ionizable Acids and Bases // Langmuir. 1994. V. 10. P. 741-749.

92. Ketteler G., Ashby P., Mun B.S., Ratera I., Bluhm H., Kasemo B., Salmeron M. In situ photoelectron spectroscopy study of water adsorption on model biomaterial surfaces // J. Phys.: Condens. Matter. 2008. V. 20. P. 184024-1-7.

93. Dubois L.H., Zegarski B.R., Nuzzo R.G. Fundamental studies of microscopic wetting on organic surfaces. 2. Interaction of secondary adsorbates with chemically textured organic monolayers //J. Am. Chem. Soc. 1990. V. 112. P. 570-579.

94. Liedberg B., Tengvall P. Molecular Gradients of co-Substituted Alkanethiols on Gold: Preparation and Characterization // Langmuir. 1995. V. 11. P. 3821-3827.

95. Акимов В.Н., Виноградов А.С., Зимкина Т.М. Рентгеновские спектры поглощения воды и аммиака // Опт. Спектр. 1982. Т. 53. С. 476-479.

96. Chaplin M. // Water structure and behaviour. Электронный ресурс. http://www.lsbu.ac.uk/water/index.html.

97. Debenedetti P.G. Supercooled and glassy water // J. Phys.: Condens. Matter. 2003. V. 15. P. R1669-R1726.

98. Mishima O., Stanley H.E. The relationship between liquid, supercooled and glassy water // Nature. 1998. V. 396. P. 329-335.

99. Peterson S.W., Levy H.A. A single-crystal neutron diffraction study of heavy ice // Acta Crystallogr. 1957, 10, 70-76.

100. Shallcross F.V., Carpenter G.B. X-ray diffraction study of the cubic phase of ice // J. Chem. Phys. 1957. V. 26. P. 782-784.

101. Kamb В., Hamilton W.C., La Placa S.J., Prakash A. Ordered Proton Configuration in Ice II, from Single-Crystal Neutron Diffraction // J. Chem. Phys. 1971. V. 55. P. 1934-1945.

102. Kamb В., Prakash A. Structure of ice III // Acta Crystallogr. 1968. V. B24. P. 1317-1327.

103. La Placa S.J., Hamilton W.C., Camb В., Prakash A. On a nearly proton-ordered structure for ice IX // J. Chem. Phys. 1972. V. 58. P. 567-580.

104. Palinkas G., Kalman E., Kovacs P. Liquid water II. Experimental atom pair-correlation functions of liquid D20 // Mol. Phys. 1977. V. 34. P. 525-537.

105. Finney J.L., Hallbrucker A., Kohl I., Soper A.K., Bowron D.T. Structures of high and low density amorphous ice by neutron diffraction // Phys. Rev. Lett. 2002. V. 88. P. 225503-1-4.

106. Botti A., Bruni F., Isopo A., Ricci M.A., Soper A.K. Experimental determination of the sitesite radial distribution functions of supercooled ultrapure bulk water // J. Chem. Phys. 2002. V. 117. P. 6196-6199.

107. Finney J.L., Bowron D.T., Soper A.K., Loerting Т., Mayer E., Hallbrucker A. Structure of a New Dense Amorphous Ice // Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 205503-1-4.

108. Kalman E., Palinkas G., Kovacs P. Liquid water I. Electron scattering // Mol. Phys. 1977. V. 34. P. 505-524.

109. Kalman E., Lengyel S., Haklik L., Eke A. A new experimental technique for the study of liquid structure // J. Appl. Cryst. 1974. V. 7. P. 442-444.

110. Svishchev M., Kusalik P.G. Structure in liquid water: A study of spatial distribution functions // J. Chem. Phys. 1993. V. 99. P. 3049-3058.

111. Rosenberg R.A., LaRoc P.R., Rehn V., Stohr J., Jaeger R., Parks C.C. K-shell excitation of D20 and H20 ice: Photoion and photoelectron yields // Phys. Rev. B. 1983. V. 28. P. 30263030.

112. Teo B.-K., Lee P.A. Ab initio calculations of amplitude and phase functions for extended x-ray absorption fine structure spectroscopy // J. Am. Chem. Soc. 1979. V. 101. P. 2815-2832.

113. Yang B.X., Kirz J. Extended x-ray-absorption fine structure of liquid water // Phys. Rev. B. 1987. V. 36. P. 1361-1363.

114. Wilson K.R., Tobin J.G., Ankudinov A.L., Rehr J.J., Saykally R.J. Extended X-Ray Absorption Fine Structure from Hydrogen Atoms in Water // Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 42894292.

115. Wilson K.R., Rude B.S., Catalano Т., Schaller R.D., Tobin J.G., Co D.T., Saykally R.J. X-ray Spectroscopy of Liquid Water Microjets // J. Phys. Chem. B. 2001. V. 105. P. 3346-3349.

116. Jenniskens P., Blake D.F. Structural transitions in amorphous water ice and astrophysical implications // Science. 1994. V. 265. P. 753-756.

117. Parent Ph., Laffon C., Mangeney C., Bournel F., Tronc M. Structure of the water ice surface studied by x-ray absorption spectroscopy at the O K-edge // J. Chem. Phys. 2002. V. 117. P. 10842-10851.

118. Kolesnikov A.I., Li J., Parker S.F., Eccleston R.S., Loong C.-K. Vibrational dynamics of amorphous ice // Phys. Rev. B. 1999. V. 59. P. 3569-3578.

119. Braun J., Glebov A., Graham A.P., Menzel A., Toennies J.P. Structure and Phonons of the Ice Surface // Phys. Rev. Lett. 1998. V. 80. P. 2638-2641.

120. Glebov A., Graham A.P., Menzel A., Toennies J.P., Senet P. A helium atom scattering study of the structure and phonon dynamics of the ice surface // J. Chem. Phys. 112, 11011-11022 (2000).

121. Materer N., Starke U., Barbieri A., Van Hove M.A., Somorjai G.A.,, Kroes G.-J., Minot C. Molecular Surface Structure of a Low-Temperature Ice Ih(0001) Crystal // J. Phys. Chem. 1995, V. 99. P. 6267-6269.

122. Nordlund D., Ogasawara H., Wernet Ph., Nyberg M., Odelius M., Pettersson L.G.M., Nilsson A. Surface structure of thin ice films // Chem. Phys. Lett. 2004. V. 395. P. 161-165.

123. Siegbahn H. Electron Spectroscopy for Chemical Analysis of Liquids and Solutions // J. Phys. Chem. 1985. V. 89. P. 897-909.

124. Siegbahn H., Siegbahn K. ESCA applied to liquids // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1973. V. 2. P. 319-325.

125. Siegbahn H., Asplund L., Kelfve P., Hamrin K., Karlsson L., Siegbahn K. ESCA applied to liquids. II. Valence and core electron spectra of formamide // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1974. V. 5. P. 1059-1079.

126. Siegbahn H., Asplund L., Kelfre P., Siegbahn K. ESCA applied to liquids III. ESCA phase shifts in pure and mixed organic solvents // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1975. V. 7. P. 411-419.

127. Fellner-Feldegg H., Siegbahn H., Asplund L., Kelfve P., Siegbahn K. ESCA applied to liquids1.. A wire system for ESCA measurements on liquids // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1975. V. 7. P. 421-428.

128. Lindberg B., Asplund L., Fellner-Feldegg H., Kelfve P., Siegbahn H„ Siegbahn K. ESCA applied to liquids. ESCA spectra from molecular ions in solution // Chem. Phys. Lett. 1976. V. 39. P. 8-10.

129. Siegbahn H., Svensson S., Lundholm M. A new method for ESCA studies of liquid-phase samples // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1981. V. 24. P. 205-213.

130. Faubel M., Steiner B., Toennies J.P., Photoelectron spectroscopy of liquid water, some alcohols, and pure nonane in free micro jets // J. Chem. Phys. 1997. V. 106. P. 9013-9031.

131. Winter B., Weber R., Widdra W.,. Dittmar M, Faubel M., Hertel I.V. Full Valence Band Photoemission from Liquid Water Using EUV Synchrotron Radiation // J. Phys. Chem. A. 2004.1. V. 108. P.2625-2632.

132. Winter B., Faubel M. Photoemission from Liquid Aqueous Solutions // Chem. Rev. 2006. V. 106. P. 1176-1211.

133. Brown M.A., Faubel M., Winter B. X-Ray photo- and resonant Auger-electron spectroscopy studies of liquid water and aqueous solutions // Ann. Rep. Progr. Chem., Sect. C. 2009. V. 105. P.174-212.

134. Nolting D., Ottosson N., Faubel M., Hertel I.V., Winter B. Pseudoequivalent Nitrogen Atoms in Aqueous Imidazole Distinguished by Chemical Shifts in Photoelectron Spectroscopy // J. Am. Chem. Soc. 2008. V. 130. P. 8150-8151.

135. Nolting D., Aziz E.F., Ottosson N., Faubel M., Hertel I.V., Winter B. pH-Induced protonation of lysine in aqueous solution causes chemical shifts in X-ray photoelectron spectroscopy // J. Am. Chem. Soc. 2007. V. 129. P. 14068-14073.

136. Jungwirth P., Winter B. Ions at Aqueous Interfaces: FromWater Surface to Hydrated Proteins // Ann. Rev. Phys. Chem. 2008. V. 59. P. 343-366.

137. Slavicek P., Winter B., Faubel M., Bradforth S.E., Jungwirth P. Ionization Energies of Aqueous Nucleic Acids: Photoelectron Spectroscopy of Pyrimidine Nucleosides and ab Initio Calculations // J. Am. Chem. Soc. 2009. V. 131. P. 6460-6467.

138. Wilson K.R., Rude B.S., Smith J., Cappa C., Co D.T., Schaller R.D., Larsson M., Catalano T., Saykally R.J. Investigation of volatile liquid surfaces by synchrotron x-ray spectroscopy of liquid microjets // Rev. Sci. Instrum. 2004. V. 75. P. 725-736.

139. Cappa C.D., Smith J.D., Messer B.M., Cohen R.C., Saykally R.J. The Electronic Structure of the Hydrated Proton: A Comparative X-ray Absorption Study of Aqueous HC1 and NaCl Solutions//J. Phys. Chem. B. 2006. V. 110. P. 1166-1171.

140. Messer B.M., Cappa C.D., Smith J.D., Wilson K.R., Gilles M.K., Cohen R.C., Saykally R.J. pH Dependence of the Electronic Structure of Glycine // J. Phys. Chem. B. 2005. V. 109. P. 5375-5382.

141. Kelly D.N., Schwartz C.P., Uejio J.S., Duffin A.M., England A.H., Saykally R.J. Near edge X-ray absorption fine structure spectroscopy of aqueous adenosine triphosphate at the carbon and nitrogen K-edges//J. Chem. Phys. 2010. V. 133. P. 101103-1-4.

142. Naslund L.-A., Liming J., Ufuktepe Y., Ogasawara H., Wernet Ph., Bergmann U., Pettersson L.G.M., Nilsson A. X-ray Absorption Spectroscopy Measurements of Liquid Water // J. Phys. Chem. B. 2005. V. 109. P. 13835-13839.

143. Guo J.-H., Luo Y., Augustsson A., Rubensson J.-E., Sathe C., Agren H., Siegbahn H., Nordgren J. X-Ray Emission Spectroscopy of Hydrogen Bonding and Electronic Structure of Liquid Water // Phys. Rev. Lett. 2002. V. 89. P. 137402-1-4.

144. Wernet Ph., Nordlund D., Bergmann U., Cavalleri M., Odelius M., Ogasawara H., Naslund L.A., Hirsch T.K., Ojamae L., Glatzel P., Pettersson L.G.M., Nilsson A. // Science. 2004. V. 304. P. 995-999.

145. Hetenyi B., De Angelis F., Giannozzi P., Car R. Calculation of near-edge x-ray-absorption fine structure at finite temperatures: Spectral signatures of hydrogen bond breaking in liquid water // J. Chem. Phys. 2004. V. 120. P. 8632-8637.

146. Smith J.D., Cappa C.D., Wilson K.R., Messer B.M., Cohen R.C., Saykally R.J. Energetics of Hydrogen Bond Network Rearrangements in Liquid Water // Science. 2004. V. 306. P. 851-853.

147. Smith J.D., Cappa Ch.D,, Messer B.M., Cohen R.C., Saykally R.J. Response to Comment on Energetics of Hydrogen Bond Network Rearrangements in Liquid Water // Science. 2005. V. 308. P. 793b.

148. Cavalleri M., Odelius M., Nilsson A., Pettersson L.G.M. X-ray absorption spectra of water within a plane-wave Car-Parrinello molecular dynamics framework // J. Chem. Phys. 2004. V. 121. P. 10065-10075.

149. Naslund L.A., Luning J., Ufuktepe Y., Ogasawara H., Wernet P., Bergmann U., Pettersson L.G.M., Nilsson A. X-ray absorption spectroscopy measurements of liquid water // J. Phys. Chem. B. 2005. V. 109. P. 13835-13839.

150. Smith J.D., Cappa Ch.D., Messer B.M., Drisdell W.S., Cohen R.C., Saykally R.J. Probing the Local Structure of Liquid Water by X-ray Absorption Spectroscopy // J. Phys. Chem. B. 2006. V. 110. P. 20038-20045.

151. Clark G.N.I., Cappa C.D., Smith J.D., Saykally R.J., Head-Gordon T. The structure of ambient water//Mol. Phys. 2010. V. 108. P. 1415-1433.

152. Rontgen W.C. Ueber die constitution des fliissigen wassers // Ann. Phys. Chem. 1892. V. 45. P. 91-97.

153. Kashtanov S., Augustsson A., Luo Y., Guo J.-H., Sathe C., Rubensson J.-E., Siegbahn H., Nordgren J., Agren H. Local structures of liquid water studied by X-ray emission spectroscopy // Phys. Rev. B. 2004. V. 69. P. 024201-1-8.

154. Tokushima T., Harada Y., Takahashi O., Senba Y., Ohashi H., Pettersson L.G.M., Nilsson A., Shin S. High resolution X-ray emission spectroscopy of liquid water: The observation of two structural motifs // Chem. Phys. Lett. 2008. V. 460. P. 387-400.

155. Pettersson L.G.M., Tokushima T., Harada Y., Takahashi O., Shin S., Nilsson A. Comment on "Isotope and Temperature Effects in Liquid Water Probed by X-Ray Absorption and Resonant X-Ray Emission Spectroscopy" // Phys. Rev. Lett. 2008. V. 100. P. 249801.

156. Lange K.M., Soldatov M., Golnak R., Gotz M., Engel N., Konnecke R., Rubensson J.E., Aziz E.F. X-ray emission from pure and dilute H2O and D2O in a liquid microjet: Hydrogen bonds and nuclear dynamics // Phys. Rev. B. 2012. V. 85. P. 155104-1-6.

157. Nilsson A., Pettersson L.G.M. Perspective on the structure of liquid water // Chem. Phys. 2011. V. 389. P. 1-34.

158. Wade R.H. The temperature dependence of radiation damage in organic and biological materials. //Ultramicroscopy. 1984. V. 14. P. 265-270.

159. Elspeth F., Garman A., Schneider T.R. Macromolecular Cryocrystallography // J. Appl. Cryst. 1997. V. 30. P. 211-237.

160. Cherezov V., Riedl K.M., Caffrey M. Too hot to handle? Synchrotron X-ray damage of lipid membranes and mesophases // J. Synchr. Rad. 2002. V. 9. P. 333-341.

161. Box H.C. Radiation Damage Mechanisms as Revealed Through Electron Spin Resonance Spectroscopy // Ann. Rev. Nucl. Sci. 1972. V. 22. P. 355-382.

162. Box H.C., Freund H.G., Lilga K.T., Budzinski E.E. Magnetic resonance studies of the oxidation and reduction of organic molecules by ionizing radiations // J. Phys. Chem. 1970. V. 74. P. 40-52.

163. Adams S.M., Budzinski E.E., Box H.C. Primary oxidation and reduction products in x-irradiated aspartic acid // J. Chem. Phys. 1976. V. 65. P. 998-1001.

164. Lee J.Y. Box H.C. ESR and ENDOR electron nuclear double resonance. studies of DL-serine irradiated at 4.2.deg.K // J. Chem. Phys. 1973. V. 59. P. 2509-2512.

165. Lin S.D. Electron radiation damage of thin films of glycine, diglycine, and aromatic amino acids // Radiat. Res. 1974. V. 59. P. 521-536.

166. Stenn K.S., Bahr G.F., Mass loss and product formation after irradiation of some dry amino acids, peptides, polypeptides, and proteins with an electron beam of low-current density // J. Histochem. Cytochem. 1970. V. 18. P. 574-580.

167. Sanche L. Secondary electrons in radiation chemistry and biology // J. Chim. Phys. Phys.-Chim. Biol. 1997. V. 94. P. 216-225.

168. Tolk N.H., Traum M.M., Tully J.C., Madey T.E. (Eds.) Desorption induced by electronic transitions, DIET-I // Springer Series in Chemical Physics. Springer. Berlin. 1983. V. 24.

169. Brenig W., Menzel D. (Eds.) DIET-II // Springer Series in Surface Science. Springer. Berlin. 1985.V. 4

170. Stulen R.H., Knotek M.L. (Eds.) DIET-III // Springer Series in Surface Science. Springer. Berlin. 1988. V. 13.

171. Betz G., Varga P. (Eds.) DIET-IV // Springer Series in Surface Science. Springer. Berlin. 1990. V. 19.

172. Burns A., Jennison D., Stechel E.B. (Eds.) DIET-V // Springer Series in Surface Science. Springer. Berlin. 1993. V. 31.

173. Crippa P.R., Tedeschi R.A., Vecli A. Radical Yield in X-irradiated Biological Molecules: II. Naturally-occurring Amino-acids // Int. J. Rad. Biol. Relat. Stud. Phys. Chem. Medic. 1974. V. 25. P. 497-504.

174. Shields H., Gordy W. Electron Spin Resonance Studies of Radiation Damage to Amino Acids // J. Phys. Chem. 1958. V. 62. P. 789-798.

175. Fasanella E.L., Gordy W. Electron spin resonance of an irradiated single crystal of L-tyrosine-HC1 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1969. V. 62. 299-304.

176. McCormick G. Gordy W. Electron Spin Resonance Studies of Radiation Damage to Peptides // J. Phys. Chem. 1958. V. 62. P. 783-789.

177. Fasanella E.L., Gordy W. Electron spin resonance of irradiated single crystals of L-phenylalanine-HCl // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1969, 64, 1-7.

178. Box H.C., Budzinski E.E., Freund H.G. Effects of ionizing radiation on tyrosine // J. Chem. Phys. 1974,61,2222-1-5.

179. Box H.C., Budzinski E.E. Oxidation and Reduction of Amino Acids by Ionizing Radiation // J. Chem. Phys. 1971. V. 55. P. 2446-1-4.

180. Strunskus T., Hahn C., Grunze M. Mechanism of X-ray-induced degradation of pyromellitic dianhydride //J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1993. V. 61. P. 193-216.

181. Bozack M.J., Zhou Y., Worley S.D. Structural modifications in the amino acid lysine induced by soft x-ray irradiation // J. Chem. Phys. 1994. V. 100. P. 8392-8398.

182. Coffey T., Urquhart S.G., Ade H. Characterization of the effects of soft X-ray irradiation on polymers // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2002. V. 122. P. 65-78.

183. Junk G., Svec H. The Mass Spectra of the oc-Amino Acids // J. Am.Chem. Soc. 1963. V. 85. P. 839-845.

184. Milne G.W.A., Axenrod Т., Fales H.M. Chemical Ionization Mass Spectrometry of Complex Molecules. IV. Amino Acids // J. Am.Chem. Soc. 1970. V. 92. P. 5170-5175.

185. Tsang C.W., Harrison A.G. Chemical Ionization of Amino Acids // J. Am. Chem. Soc. 1976. V. 98. P. 1301-1308.

186. Benninghoven A., Sichtermann W.K. Detection, identification, and structural investigation of biologically important compounds by secondary ion mass spectrometry // Anal. Chem. 1978. V. 50. P. 1180-1184.

187. Benninghoven A., Lange W., Jirikowsky M., Holtkamp D. Investigations on the mechanism of secondary ion formation from organic compounds: amino acids // Surf. Sci. 1982. V. 123. P. L721-L727.

188. Benninghoven A. Some aspects of secondary ion mass spectrometry of organic compounds // Int. J. Mass Spectr. Ion Phys. 1983. V. 53. P. 85-99.

189. Benninghoven A., Jaspers D., Sichtermann W. Secondary-ion emission of amino acids // Appl. Phys. 1976. V. 11. P. 35-39.

190. Lange W., Jirikowsky M., Benninghoven A. Secondary ion emission from UHV-deposited amino acid overlayers on metals // Surf. Sci. 1984. V. 136. P. 419-436.

191. Gohlke S., Rosa A., Illenberger E., Huels M. Formation of anion fragments from gas-phase glycine by low energy (0-15 eV) electron impact // J. Chem. Phys. 2002. V. 116. P. 1016410169.

192. Hitchcock A.P., Mancini D.C. Bibliography and Database of Inner-shell Excitation Spectra of Gas Phase Atoms and Molecules // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1994. V. 67. P. 1-123.

193. Gas Phase Core Excitation Database. Электронный ресурс. http://unicorn.mcmaster.ca/corex/cedb-title.html.

194. Core Excitation Bibliography. Электронный ресурс. http://unicorn.mcmaster.ca/corex/coreexcitbib.html.

195. Wagner Ch.D., Naumkin A.V., Kraut-Vass A., Allison J.W., Powell C.J., Rumble J.R., Jr. NIST X-ray Photoelectron Spectroscopy Database. Электронный ресурс. http://srdata.nist.gov/xps.

196. Car R., Parrinello M. Unified Approach for Molecular Dynamics and Density-Functional Theory // Phys. Rev. Lett. 1985. V. 55. P. 2471-2474.

197. Hunt W.J., Goddard W.A. Ill Excited States of H20 using improved virtual orbitals // Chem. Phys. Lett. 1969. V. 3. P. 414-418.

198. Agren H., Carravetta V., Vahtras O., Pettersson L.G.M. Direct atomic orbital static exchange calculations of photoabsorption spectra of large molecules and clusters // Chem. Phys. Lett. 1994. V. 222. P. 75-81.

199. Agren H., Carravetta V., Pettersson L.G.M., Vahtras O. Static exchange calculations of X-ray absorption fine structures in polymers and surface adsorbates // Physica B. 1997. V. 208&209. P. 477-480.

200. Agren H., Carravetta V., Vahtras O., Pettersson L.G.M. Direct SCF direct static-exchange calculations of electronic spectra// Theor. Chem. Acc. 1997. V. 97. P. 14-40.

201. Carravetta V., Plashkevych O., Agren H. A screened static-exchange potential for core electron excitations // Chem. Phys. 2001. V. 263. P. 231-242.

202. Kosugi N., Kuroda H. Efficient methods for solving the open-shell scf problem and for obtaining an initial guess. The "one-hamiltonian" and the "partial scf' methods // Chem. Phys. Lett. 1980. V. 74. P. 490-493.

203. Kosugi N., Kuroda H. Equivalent-core basis functions to study core-ionized and -excited states // Chem. Phys. Lett. 1983. V. 94. P. 377-382.

204. Kosugi N. Strategies to vectorize conventional SCF-CI algorithms // Theor. Chim. Acta. 1987. V. 72. P. 149-173.

205. Hermann K., Pettersson L.G.M., Casida M.E., Daul C., Goursot A., Koester A., Proynov E., St-Amant A., Salahub D.R. StoBe-deMon version 3.1. 2011. Электронный ресурс. http://www.fhi-berlin.mpg.de/KHsoftware/StoBe.

206. Rosen A., Ellis D.E., Adachi H., Averill F.W. Calculations of molecular ionization energies using a self-consistent-charge Hartree-Fock-Slater method // J. Chem. Phys. 1976. V. 65. P. 3629-3634.

207. Adachi H., Tsukada M., Satoko C. Discrete Variational Xa cluster calculations. I. Application to metal clusters // J. Phys. Soc. Jpn. 1978. V. 45. P. 875-883.

208. Adachi H., Shiokawa S., Tsukada M., Satoko C., Sugano S. Discrete Variational Xa cluster calculations. III. Application to transition metal complexes // J. Phys. Soc. Jpn. 1979. V. 47. P. 1528-1537.

209. Rehr J.J., Albers R.C. Theoretical Approaches to X-ray Absorption Fine Structure // Rev. Mod. Phys. 2000. V. 72. P. 621-654.

210. Rehr J.J. Theory and calculations of X-ray spectra: XAS, XES, XRS, and NRIXS // Rad. Phys. Chem. 2006. V. 75. P. 1547-1558.

211. Rehr J.J., Kas J.J., Prange M.P., Sorini A.P., Takimoto Y., Vila F.D. Ab initio theory and calculations of X-ray spectra// Compt. Rend. Phys. 2009. V. 10. P. 548-559.

212. Rehr J. J., Kas J. J., Vila F.D., Prange M.P., Jorissen K. Parameter-free calculations of x-ray spectra with FEFF9 // Phys. Chem. Chem. Phys. 2010. V. 12. P. 5503-5513.

213. Wilks R.G., MacNaughton J.B., Kraatz H.B., Regier Т., Blyth R.I.R., Moewes A. Comparative Theoretical and Experimental Study of the Radiation-Induced Decomposition of Glycine // J. Phys. Chem. A. 2009. V. 113. P. 5360-5366.

214. Gamble L.J., Ravel В., Fischer D.A., Castner D.G. Surface Structure and Orientation of PTFE Films Determined by Experimental and FEFF8-Calculated NEXAFS Spectra // Langmuir. 2002. V. 18. P. 2183-2189.

215. Nagasaka M., Nakai I., Kondoh H., Ohta Т., Carravetta V. Oxygen K-edge near edge X-ray absorption fine structures of О and OH overlayers on Pt(l 11) // Chem. Phys. Lett. 2003. V. 375. P. 419^24.

216. Li Z., Zhang L., Resasco D.E., Mun B.S., Requejo F.G. Angle-resolved x-ray absorption near edge structure study of vertically aligned single-walled carbon nanotubes // Appl. Phys. Lett. 2007. V. 90. P. 103115-1-3.

217. Metzler R.A., Olabisi R.M., Abrecht M., Ariosa D., Johnson C.J., Gilbert В., Frazer B.H., Coppersmith S.N.,. Gilbert P.U.P.A XANES in Nanobiology // AIP Conf. Proc. 2007. V. 882. P. 51-55.

218. Vila F.D., Jach T., Elam W.T., Rehr J.J., Denlinger J.D. X-ray emission spectroscopy of nitrogen-rich compounds // J Phys Chem A. 2011. V. 115. P. 3243-3250.

219. Simmonds P.G., Medley E.E., Ratcliff M.A. Jr., Shulman Thermal Decomposition of Aliphatic Monoamino-Monocarboxylic Acids // Anal. Chem. 1972. V. 44. P. 2060-2066.

220. Fujimaki M., Kato S., Kurata T. Pyrolysis of sulfur-containing amino acids // Agr. Biol. Chem. 1969. V. 33. P. 1144-1151.

221. Eberhardt W., Sham T.K., Carr R., Krummacher S., Strongin M., Weng S.L., Wesner D. Site-specific fragmentation of small molecules following soft X-ray excitation // Phys. Rev. Lett. 1983. V. 50. P. 1038-1041.

222. Gallet J.-J., Bournel F., Kubsky S., Dufour G., Rochet F., Sirotti F. Resonant Auger spectroscopy of solid acrylonitrile at the N K-edge // J. Electron. Spectrosc. Relat. Phenom. 2002. V. 122. P. 285-295.

223. BaBler M., Fink R., Buchberger C., Vaterlein P., Jung M., Umbach E. Near Edge X-ray Absorption Fine Structure Resonances of Quinoide Molecules // Langmuir. 2000. V. 16. P. 6674-6681.

224. Sanche L. Nanoscopic aspects of radiobiological damage: fragmentation induced by secondary low-energy electrons // Mass Spectrom. Rev. 2002. V. 21. P. 349-369.

225. Menzel D., Feulner P., Treichler R., Umbach E., Wurth W. Photoionization at surfaces: connections between photoemission, hole decay, and photodesorption from adsorbate layers // Phys. Scripta. 1987. V. T17. P. 166-170.

226. Jennison D.R., Kelber J.A., Rye R.R. Localized Auger final states in covalent systems // Phys. Rev. B. 1982. V. 25. P. 1384-1387.

227. Lapiano-Smith D.A., Ma C.I., Wu K.T., Hanson D.M. Evidence for valence hole localization in the Auger decay and fragmentation of carbon and silicon tetrafluorides // J. Chem. Phys. 1989. V. 90. P. 2162-2166.

228. Kato S., Kurata T. Pyrolysis of (3-hydroxy amino acids, especially L-serine // Agr. Biol. Chem. 1970. V. 34. P. 1826-1832.

229. Sodhi R.N.S., Brion C.E. Inner shell electron energy loss spectra of the methyl amines and ammonia// J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1985. V. 36. P. 187-201.

230. Biemann K., Seibl J., Gapp F. Mass Spectra of Organic Molecules. I. Ethyl Esters of Amino Acids //J. Am. Chem. Soc. 1961. V. 83. P. 3795-3804.

231. Himo F., Siegbahn P.E.M. Quantum Chemical Studies of Radical-Containing Enzymes // Chem. Rev. 2003. V. 103. P. 2421-2456.

232. Sealy R.C., Harman L., West P.R., Masont R.P. The electron spin resonance spectrum of the tyrosyl radical // J. Am. Chem. Soc. 1985. V. 107. P. 3401-3406.

233. Butler J., Land E.J., Pruetz W.A., Swallow A.J. Charge transfer between tryptophan and tyrosine in proteins // Biochim. Biophys. Acta. 1982. V. 705. P. 150-162.

234. Lin S.D. Electron radiation damage of thin films of glycine, diglycine, and aromatic amino acids//Rad. Res. 1974. V. 59. P. 521-536.

235. Langan P., Mason S.A., Myles D., Schoenborn B.P. Structural characterization of crystals of a-glycine during anomalous electrical behaviour // Acta Cryst. 2002. V. B58. P. 728-733.

236. Drebushchak T.N., Boldyreva E.V., Shutova E.S. P-Glycine // Acta Cryst. 2002. V. E58. P. 0634-636.

237. Cherouana A., Benali-Cherif N., Bendjeddou L., Merazig H. Diglycinium sulfate // Acta Cryst. 2002. V. E58. P. ol351-1353.

238. Rodrigues V.H., Paixao J.A., Costa M.M.R.R., Matos Beja A. Glycinium trifluoroacetate // Acta Cryst. 2002. V. C58. P. o658-660.

239. Subha Nandhini M., Krishnakumar R.V., Natarajan S. Glycinium oxalate // Acta Cryst. 2001. V. C57. P. 115-116.

240. Acland C.B., Freeman H.C. Model compounds for metal-protein interaction: crystal structures of four silver(II) complexes with glycine, glycylglycine, and imidazole // J. Chem. Soc. D: Chem. Commun. 1971. P. 1016-1017.

241. Low B.W., Hirshfeld F.L., Richards F.M. Glycinate Complexes of Zinc and Cadmium // J. Am. Chem. Soc. 1959. V. 81. P. 4412-4416.

242. Thalladi V.R., Boese R., Weiss H.-C. The Melting Point Alternation in a,a)-Alkanediols and a,co-Alkanediamines: Interplay between Hydrogen Bonding and Hydrophobic Interactions // Angew Chem., Int. Ed. Engl. 2000. V. 39. P. 918-922.

243. Gomez-Zavaglia A., Fausto R. Low-temperature solid-state FTIR study of glycine, sarcosine and N,N-dimethylglycine: observation of neutral forms of simple alpha-amino acids in the solid state // Phys. Chem. Chem. Phys. 2003. V. 5. P. 3154-3161.

244. Kurmaev E.Z., Ankudinov A.L., Rehr J.J., Finkelstein L.D., Karimova P.F., Moewes A. The L2:L3 intensityratio in soft X-ray emission spectra of 3d-metals // J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2005. V. 148. P. 1-4.

245. Weissbuch I., Frolow F., Addadi L., Lahav M., Leiserowitz L. Oriented Crystallization as a Tool for Detecting Ordered Aggregates of Water-Soluble Hydrophobic a-Amino Acids at the Air-Solution Interface // J. Am. Chem. Soc. 1990. V. 112. P. 7718-7724.

246. Ishi I., Hitchcock A.P. A quantitative experimental study of the core excited electronic states of formamide, formic acid, and formyl fluoride // J. Chem. Phys. 1987. V. 87. P. 830-1-10.

247. Degeilh R., Marsh R.E. A refinement of the crystal structure of diketopiperazine (2,5-piperazinedione) // Acta Cryst. 1959. V. 12. P. 1007-1014.

248. Diamond R. Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme // J. Mol. Biol. 1974. V. 82. P. 371-391.

249. Brown J.R. Structure of bovine serum albumin // Fed. Proc. 1975. V. 34. P. 591-591.

250. Stein P.E., Leslie A.G.W., Finch J.T., Carrell R.W. Crystal structure of uncleaved ovalbumin at 1.95 A resolution//J. Mol. Biol. 1991. V. 221. P. 941-959.

251. Orgel J.R.P.O., Irving T.C., Miller A., Wess T.J. Microfibrillar structure of type I collagen in situ // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. V. 103. P. 9001-9005.

252. Haug A., Schweizer S., Latteyer F., Casu M.B., Peisert H., Ochsenfeld C., Chasse T. Thin-film properties of DNA and RNA bases: a combined experimental and theoretical study // ChemPhysChem. 2008. V. 9. P. 740-747.

253. Kilina S., Tretiak S., Yarotski D.AZhu., J.-X., Modine N., Taylor A., Balatsky A.V. Electronic Properties of DNA Base Molecules Adsorbed on a Metallic Surface // J. Phys. Chem. C. 2007. V. 111. P. 14541-14551.

254. Snyder L.C., Shulman R.G., Neumann D.B. Electronic Structure of Thymine // J. Chem. Phys. 1970. V. 53. P. 256-1-12.

255. May C.J., Canavan H.E., Castner D.G. Quantitative X-ray photoelectron spectroscopy and time-of-flight secondary ion mass spectrometry characterization of the components in DNA // Anal. Chem. 2004. V. 76. P. 1114-1122.

256. Turci C.C., Urquhart S.G., Hitchcock A.P. Inner-shell excitation spectroscopy of aniline, nitrobenzene, and nitroanilines // Canad. J. Chem. 1996. V. 74. P. 851-869.

257. Apen E., Hitchcock A.P., Gland J.L. Experimental studies of the core excitation of imidazole, 4,5-dicyanoimidazole, and s-triazine // J. Phys. Chem. 1993. V. 97. P. 6859-6866.

258. Ozeki K., Sakabe N., Tanaka J. The crystal structure of thymine // Acta Cryst. 1969. V. B25. P. 1038-1045.

259. Francis J.T., Hitchcock A.P. Distinguishing Keto and Enol Structures by Inner-Shell Spectroscopy // J. Phys. Chem. 1994. V. 98. P. 3650-3657.

260. Hong G., Heinz H., Naik R.R., Farmer B.L., Pachter R. Toward Understanding Amino Acid Adsorption at Metallic Interfaces: A Density Functional Theory Study // Appl. Mater. Interf. 2009. V. l.P. 388-392.

261. Henry B., Tekely P., Delpuech J.-J. pH and pK Determinations by High-Resolution SolidState 13C NMR: Acid-Base and Tautomeric Equilibria of Lyophilized L-Histidine // J. Am. Chem. Soc. 2002. V. 124. P. 2025-2034.

262. Munowitz M., Bachovchin W.W., Herzfeld J., Dobson C.M., Griffin R.G. Acid-base and tautomeric equilibriums in the solid state: nitrogen-15 NMR spectroscopy of histidine and imidazole // J. Am. Chem. Soc. 1982. V. 104. P. 1192-1196.

263. Sundberg R.J., Martin R.B. Interactions of histidine and other imidazole derivatives with transition metal ions in chemical and biological systems // Chem. Rev. 1974. V. 74. P. 471-517.

264. Evertsson B. The crystal structure of bis-L-histidinecopper(II) dinitrate dehydrate // Acta Cryst. 1969. B25. P. 30-41.

265. Baidina I.A., Slyudkin O.P., Borisov S.V. Crystal structure of dichloro-L-histidinepalladium(II) // J. Struct. Chem. 1990. V. 31. P. 503-506.

266. Czernuszewicz R.S., Yan Q., Bond M.R., Carrano C.J. Origin of the Unusual Bending Distortion in the (.mu.-Oxo)divanadium(III) Complex V20(l-his)4.: A Reinvestigation // Inorg. Chem. 1994. V. 33. P. 6116-6119.

267. Cuadrado J.A., Zhang W., Hang W., Majidi V. Speciation of gold(III)-L-histidine complex: a multi-instrumental approach// J. Environ. Monitor. 2000. V. 2. P. 355-359.

268. Khudyakova R.V., Soloshko S.V., Safronov A.Y. Electrochemical behavior of histidine on gold // Russ. J. Electrochem. 1997. V. 33. P. 1081-1086.

269. Wienken M., Lippert B., Zangrando E., Randaccio L. Gold(III) glycyl-L-histidine dipeptide complexes. Preparation and x-ray structures of monomeric and cyclic tetrameric species // Inorg. Chem. 1992. V. 31. P. 1983-1985.

270. Liedberg B., Carlsson C., Lundstroem I. An infrared reflection—absorption study of amino acids adsorbed on metal surfaces: L-histidine and L-phenylalanine on gold and copper // J. Coll. Interf. Sci. 1987. V. 120. P. 64-75.

271. Laibinis P.E., Bain C.D., Whitesides G.M. Attenuation of photoelectrons in monolayers of n-alkanethiols adsorbed on copper, silver, and gold // J. Phys. Chem. 1991. V. 95. P. 7017-7021.

272. Heister K., Zharnikov M., Grunze M., Johansson L.S.O. Adsorption of Alkanethiols and Biphenylthiols on Au and Ag Substrates: □ A High-Resolution X-ray Photoelectron Spectroscopy Study // J. Phys. Chem. B. 2001. V. 105. P. 4058-4061.

273. Bhat T.N., Vijayan M. X-ray studies of crystalline complexes involving amino acids. III. The structure of the twinned pseudosymmetric crystals of a complex between histidine and aspartic acid // Acta Cryst. 1978. V. B34. P. 2556-2565.

274. Hernández-Laguna A., Abboud J.-L.M., Notario R., Homan H., Smeyers Y.G. The intrinsic basicity of 4(5)-2'-aminoethylimidazole (histamine) // J. Am. Chem. Soc. 1993. V. 115. P. 14501454.

275. Darowska M., Raczynska E.D. Varations of Tautomeric Preferences in Histamine Monocation Ab initio Studies for "Essential" and "Scorpio" Conformations from the Gas Phase to Aqueous Solution // Polish J. Chem. 2002. V. 76. P. 1027-1035.

276. Elvidge J.A., Jones J.R., Salih R., Shandala M., Taylor S.E. Proton transfer from heterocyclic compounds. Part 11. Histidine, histamine, N-acetylhistidine, and histidine-containing peptides // J. Chem. Soc. Perkin Trans. II. 1980. V. 2. P. 447-451.

277. Thiel P. A., Madey T. The interaction of water with solid surfaces: Fundamental aspects // Surf. Sci. Rep. 1987. V. 7. P. 211-385.

278. Henderson M. The interaction of water with solid surfaces: fundamental aspects revisited // Surf. Sci. Rep. 2002. V. 46. P. 1-308.

279. Chen I.-J., MacKerell D. Jr Computation of the influence of chemical substitution on the pKa of pyridine using semiempirical and ab initio methods // Theor. Chem. Acc. 2000. V. 103. P. 483-494.

280. Kang J.F., Ulman A., Liao S„ Jordan R., Yang G., Liu G.-Y. Self-Assembled Rigid Monolayers of 4'-Substituted-4-mercaptobiphenyls on Gold and Silver Surfaces // Langmuir. 2001. V. 17. P. 95-106.

281. Frey S., Stadler V., Heister K., Eck W., Zharnikov M., Grunze M., Zeysing B., Terfort A. Structure of thioaromatic self-assembled monolayers on gold and silver // Langmuir. 2001. V. 17. P. 2408-2415.

282. Zhou X., Goh S.H., Lee S.Y., Tan K.L. X-ray photoelectron spectroscopic studies of ionic interactions in poly(styrenesulfonic acid)/poly(vinylpyridine) complexes // Appl. Surf. Sci. 1998. V. 126. P. 141-147.

283. Basila M.R., Kantner T.R., Rhee K.H. The nature of acidic sites on a silica-alumina. Characterization by Infrared spectroscopic studies of trimethylamine and pyridine chemisorption // J. Phys. Chem. 1964. V. 68. P. 3197-3207.

284. Horsley J., Stöhr J., Hitchcock A.P., Newbury D.C., Johnson A.L., Sette F. Resonances in the K shell excitation spectra of benzene and pyridine: gas phase, solid, and chemisorbed states // J. Chem. Phys. 1985. V. 83. P. 6099-1-9.

285. Bader M., Haase J., Frank K.-H., Puschmann A., Otto A. Orientational phase transition in the system Pyridine/Ag(l 11): a Near-edge X-ray-absorption fine-structure study // Phys. Rev. Lett. 1986. V. 56. P. 1921-1924.

286. Akimov V.N., Vinogradov A.S., Pavlychev A.A., Sivkov V.N. K absorption spectra of the benzene molecule and its derivatives // Opt. Spectrosc. 1985. V. 59. №2. P. 206-209.

287. Vinogradov A.S., Akimov V.N., Zimkina T.M., Dobryakova E.B. Oxygen X-ray absorption spectra in O, C02, and C2H5OH molecules // Izv. Sib. Otd. Akad. Nauk SSSR Ser. Khim. 1975. V. 4. P. 88.

288. Brammer L., Zhao D. Low-temperature structures of py2H.+[Co(CO)4]" (py=pyridine) and [tmenH]+[Co(CO)4]" (tmen=N,N,N',N'-tetramethylethylenediamine) // Acta Cryst. 1995. V. C51. P. 45-48.

289. Laffon C., Lacombe S., Bournel F., Parent Ph. Radiation effects in water ice: A near-edge x-rav absorption fine structure study // J. Chem. Phys. 2006. V. 125. P. 204714-1-8.

290. Pauling L. The Structure and Entropy of Ice and of Other Crystals with Some Randomness of Atomic Arrangement // J. Am. Chem. Soc. 1935. V. 57. P. 2680-2684.

291. Holland B.W., Pettifer R.F., Pendry J.B., Bordas J. Atomic origin of structure in EXAFS experiments // J. Phys. C: Solid State Phys. 1978. V. 11. P. 633-642.

292. Ramaker D.E., Mojet B.L., Koningsberger D.C., O'Grady W.E. Understanding atomic x-ray absorption fine structure in X-ray absorption spectra // J. Phys.: Condens. Matter. 1998. V. 10. P. 8753-8770.

293. O'Grady W.E., Qian X., Ramaker D.E. Systematic Chemical Effects Observed in "Atomic" X-ray Absorption Fine Structure // J. Phys. Chem. B. 1997. V. 101. P. 5624-5626.

294. Hermansson K. A simulated X-ray diffraction study of liquid water: beyond the spherical-atom approximation // Chem. Phys. Lett. 1996. V. 260. P. 229-235.

295. Ptasiewicz-Bak H., Olovsson I. Bonding deformation and superposition in the electron density of tetragonal NiS04.6H20 at 25 K // Acta Cryst. 1993. B49. P. 192-201.

296. Kvick A., Koetzle T.F., Stevens E.D. Deformation electron density of a-glycylglycine at 82 K. II. The X-ray diffraction study // J. Chem. Phys. 1979. V. 71. P. 173-179.

297. Parent Ph., Laffon C., Mangeney C., Bournel F., Tronc M. Structure of the water ice surface studied by x-ray absorption spectroscopy at the O K-edge // J. Chem. Phys. 2002. V. 117. P. 10842-1-10.

298. Arnold G.P., Finch E.D., Rabideau S.W., Wenzel R.G. Neutron □ Diffraction Study of Ice Polymorphs. III. Ice Ic // J. Chem. Phys. 1968. V. 49. P. 4365-1-5.

299. Kamb B. Structure of Ice VI // Science. 1965. V. 150. P. 205-209.

300. Finney J.L., Bowron D.T., Soper A.K., Loerting T., Mayer E., Hallbrucker A. Structure of a New Dense Amorphous Ice // Phys. Rev. Lett. 2002. V. 89. P. 205503-1-4.