Мутанты вируса оспы коров с делециями генов ВВК-семейства тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Колосова, Ирина Валерьевна

• Колосова, Ирина Валерьевна
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Колосова, Ирина Валерьевна

Список сокращений.

Введение.

1. Обзор литературы.

1.1. Структурная организация и функциональная роль Kelch-домена.

1.2. Структурная организация, распространение и функции белков, содержащих ВТВ-домен.

1.3. BACK-домен в BTB-Kelch-белках.

1.4. Структурная организация и функции BTB-BACK-Kelch-белков.

1.5. BTB-BACK-Kelch-белки ортопоксвирусов.

2. Материалы и методы.^.

2.1. Материалы.

2.2. Получение компетентных клеток .Е. coli.

2.3. Трансформация компетентных клеток Е. coli.

2.4. Выделение и анализ плазмидной ДНК.

2.5. Трансфекция клеток млекопитающих плазмидной ДНК.

2.6. Титрование вируса и клонирование методом бляшек.

2.7. Выделение вирусной ДНК в препаративном варианте.

2.8. Культивирование вируса на ХАО КЭ.

2.9. Анализ морфологии и размеров вирусных бляшек в культуре клеток CV-1.

2.10. Заражение животных.

2.11. Компьютерный анализ данных.

3. Результаты и обсуждение.

3.1. Сравнительный компьютерный анализ генов, кодирующих ВВК-белки, в геномах поксвирусов.

3.2. Получение клонового варианта ВОК.

3.3. Конструирование плазмид интеграции для направленной делеции ВВК-генов.

3.4. Получение мутантов ВОК с направленно делетированными генами, кодирующими ВВК-белки.

3.5. Изучение биологических свойств мутантных вариантов ВОК.

3.5.1. Репродукция различных делеционных мутантов ВОК в первичной (ФЭК) и перевиваемой (CV-1) культурах клеток.

3.5.2. Динамика роста мутантов ВОК в культуре клеток CV-1.

3.5.3. Сравнение цитопатического эффекта ВОК и его делеционных мутантов в культуре клеток CV-1.

3.5.4. Рост мутантов ВОК при повышенной температуре.

3.5.5. Сравнительная оценка чувствительности различных культур клеток к делеционным мутантам ВОК.

3.5.6. Сравнительное изучение оспин, формируемых на ХАО КЭ делеционными мутантами ВОК.

3.5.7. Электронно-микроскопическое исследование оспин.

3.5.8. Эксперименты на лабораторных мышах.

3.5.8.1. Определение 1Л)5о.

3.5.8.2.0пределение динамики изменения среднего веса мышей, инфицированных мутантами ВОК, с делециями ВВК-генов.

3.5.9. Связь ВВК-белков ВОК с актиновым цитоскелетом клетки и их участие в формировании цитоплазматических выростов.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Мутанты вируса оспы коров с делециями генов ВВК-семейства»

Вирусы, объединенные в семейство Poxviridae, характеризуются самыми крупными размерами вирионов и генома среди вирусов животных, отличаются от вирусов многих других семейств тем, что их жизненный цикл проходит в цитоплазме клеток. Представители этого семейства инфицируют практически все таксономические группы животных, начиная от насекомых и кончая млекопитающими, в том числе человека. Наиболее активно в данном семействе изучают вирусы рода Orthopoxvirus, поскольку он содержит патогенные для человека вирусы натуральной оспы, оспы обезьян, оспы коров и осповакцины. Особое место в этих исследованиях занимает изучение структурно-функциональной организации генома данных вирусов.

Полагают, что поксвирусы в процессе эволюции включили в состав своей ДНК нуклеотидные последовательности, кодирующие различные белки клетки, которые в первую очередь необходимы для модулирования иммунных реакций организма на вирусную инфекцию, обеспечивая тем самым преодоление данными вирусами различных защитных систем хозяина. Кроме того, в составе генома ортопоксвирусов выявлены гены, продукты которых гомологичны представителям семейств белков клетки, не участвующих напрямую в процессах иммуномодуляции, а регулирующих такие процессы, как клеточный цикл, формирование цитоскелета и т.п. (Koonin et al., 1992). Такие функции, возможно, выполняют вирусные ВВК-белки.

Впервые выявленные у Drosophila melanogaster, гены семейства ВВК присутствуют в геноме многих беспозвоночных и позвоночных животных, включая человека. Белки, кодируемые этими генами, вовлечены в процессы стабилизации и динамики актиновых филаментов, участвуют в образовании цитоскелета, не только в связанном с актином виде, но и самостоятельно, играют роль в регуляции генной экспрессии, деградации белков с участием протеасом, а также выполняют разнообразные функции в других аспектах жизнедеятельности клетки и организма и важны для их функционирования.

В настоящее время известно, что поксвирусы являются единственным семейством в царстве Vira, в составе генома которых выявлены наборы генов ВВК-белков. Несмотря на многочисленность ВВК-белков у ортопоксвирусов функция их до сих пор остается невыясненной.

Вирус оспы коров имеет самый большой набор из шести генов, кодирующих ВВК-белки. Этот вирус является также единственным патогенным для человека представителем рода ортопоксвирусов, который дает широкие возможности лабораторного изучения, так как он имеет обширный круг чувствительных животных.

Цели и задачи исследования

Целью настоящей работы является введение направленных делеций в выбранные ВВК-теаы вируса оспы коров, штамм GRI-90, и изучение свойств созданных мутантов в системах in vitro и in vivo.

В процессе работы решались следующие задачи:

1. Проведение компьютерного анализа видоспецифических различий генов ортопоксвирусов, кодирующих ВВК-белки.

2. Получение и анализ шести векторных плазмид для интеграции/делеции в целевые гены ВОК: pAA57R, pAB9R, pAB19R, pAC18L, pAG3L, pADl 1L.

3. Получение клонового варианта вируса оспы коров и создание на его основе рекомбинантных мутантов с единичными и множественными делециями генов, кодирующих ВВК-белки.

4. Изучение влияния делеций ВВК-генов на биологические свойства полученных вирусов в системах in vitro и in vivo.

Научная новизна и практическая значимость работы

Изучение функций генов ЯШС-семейства ортопоксвирусов является важной фундаментальной задачей. Впервые на основании выполненного сравнения геномных последовательностей вирусов оспы коров, осповакцины, оспы обезьян и натуральной оспы обнаружено, что ВОК содержит 6 генов семейства ВВК, ВОВ - 3, BOO - 1, а в геноме ВНО все эти гены делетированы или мутационно нарушены.

Впервые получены и охарактеризованы шесть рекомбинантных плазмид интеграции для последовательного введения направленных делеций в гены семейства ВВК: D11L, C18L, G3L, A57R, B9R и B19R штамма GRI-90 вируса оспы коров.

Впервые созданы 18 мутантов ВОК с делециями как единичных генов D11L, C18L, G3L, A57R, B9R или B19R, так и двух, трех, четырех, пяти и шести генов семейства ВВК, при этом рекомбинанты с множественными (больше одной) делециями были получены с различными сочетаниями удаляемых генов. Показано, что гены этого семейства не являются существенными для репродукции вируса оспы коров.

Впервые обнаружено, что у мутантов ВОК с последовательными делециями от одного до четырех генов {DHL, C18L, G3L и A57R), кодирующих ВВК-белки, наблюдаются следующие эффекты в зависимости от количества инактивированных генов: изменяется спектр чувствительных культур клеток, мутанты ВОК, утратившие три гена, имеют сниженную способность размножаться в перевиваемой культуре клеток почки собаки (MDCK), а мутанты по четырем генам утрачивают такую способность; в культуре клеток CV-1 мутанты по четырем генам ВВК при температуре 37°С формируют бляшки меньшего размера по сравнению с исходным ВОК, а при инкубации при повышенной температуре (39,5°С) продукция таких мутантов в 100 раз ниже по сравнению с исходным ВОК; мутанты по трем и четырем генам ВВК формируют на ХАО КЭ оспины значительно меньшего размера и с меньшим содержанием вируса по сравнению с исходным ВОК; удаление четырех генов ВВК приводит к достоверному снижению вирулентности ВОК при интраназальном заражении мышей линии BALB/c.

Практическая значимость данной работы состоит в том, что выявленный эффект аттенуации вируса при делегировании генов семейства ВВК может быть применен при получении безопасных вакцин новейшего поколения на основе вируса осповакцины. Метод временной доминантной селекции, использованный в данной работе, в настоящее время применяется нами для создания высоко аттенуированных вариантов ВОВ с целью получения живых противооспенных вакцин нового поколения.

Положения, выносимые на защиту

Гены семейства ВВК не являются существенными для репродукции ВОК.

Инактивация генов семейства ВВК у ВОК приводит к следующим эффектам:

1) изменяется круг чувствительных культур клеток, мутанты ВОК, утратившие три гена {D11L, C18L, G3L), имеют сниженную способность размножаться в культуре клеток почки собаки, а мутанты по четырем генам утрачивают такую способность;

2) мутанты с делениями четырех генов ВВК {D11L, C18L, G3L, A57R) в культуре клеток CV-1 при температуре 37°С формируют бляшки меньшего размера по сравнению с исходным вирусом оспы коров, а при инкубации в течение 72 ч после инфицирования при температуре 39,5°С, продукция таких мутантов в 100 раз ниже по сравнению с исходным ВОК (р<0,05);

3) мутанты по трем и четырем генам ВВК формируют на ХАО КЭ оспины меньшего размера - их диаметр составляет 0,96±0,38 мм и 0,84±0,27 мм, соответственно, а исходного ВОК - 2,1±0,33 мм, с меньшим содержанием в них вируса (титр в тройных мутантах составляет 2x105 БОЕ/оспина, в четверных — 1,6х105 БОЕ/оспина, по сравнению с исходным ВОК, титр которого определяли как 2x106 БОЕ/оспина) (р<0,05);

4) удаление четырех генов ВВК приводит к достоверному снижению вирулентности ВОК при интраназальном заражении мышей линии BALB/c. Для исходного вируса величина LD50 составляла 1,1x105 БОЕ/мышь, в то время как для мутантного клона она равна 8,7x105 БОЕ/мышь (р<0,05).

Публикации и апробация работы

По материалам диссертации опубликованы 6 статей в журналах списка, рекомендованного ВАК.

Результаты работы были представлены на научных конференциях:

Xlllth International Poxvirus and Iridovirus Symposium, Montpellier, France, Sept. 2-6, 2000; XVth International Poxvirus and Iridovirus Conference, Keble College, Oxford, England, Sept. 3-8, 2004; III-я международная конференция "Фундаментальные науки — медицине", Новосибирск, Россия, Сент. 2-8, 2007; XlVth International Congress of Virology, Istanbul, Turkey, Aug. 10-13, 2008.

Объём и структура диссертации

Диссертация изложена на 131 страницах машинописного текста, содержит 37 рисунков, 11 таблиц. Состоит из введения, обзора литературы, 9 разделов результатов и обсуждения, заключения, выводов и списка литературы, содержащего 17 отечественных и 186 иностранных источников.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Колосова, Ирина Валерьевна

107 Выводы

1. На основании сравнения геномных нуклеотидных последовательностей вирусов оспы коров, осповакцины, оспы обезьян и натуральной оспы идентифицированы все ортопоксвирусные гены семейства ВВК и выявлены видоспецифичные отличия вирусов: ВОК содержит 6 генов данного семейства, ВОВ - 3, BOO — 1, а в геноме ВНО все эти гены делегированы или мутационно нарушены.

2. Получены шесть рекомбинантных плазмид интеграции для последовательного введения направленных делеций в гены семейства ВВК вируса оспы коров штамм GRI-90.

3. Создана коллекция из 18 мутантов вируса оспы коров с делециями единичных BBK-tqíiob DHL, C18L, G3L, A57R, B9R или B19R, а также двух, трех, четырех, пяти и шести генов этого семейства. Показано, что ВВК-гены ВОК не является существенным для репродукции вируса в культуре клеток CV-1.

4. При изучении мутантов ВОК, у которых последовательно делетированы от одного до четырех генов 2?ДК"-семейства {D11L, C18L, G3L, A57R), обнаружено, что в зависимости от числа делегированных генов наблюдаются следующие эффекты: а) изменяется круг чувствительных культур клеток. Мутанты ВОК, с делецией трех ВВК-т&нов, достоверно хуже размножаются в культуре клеток почки собаки (MDCK), чем исходный ВОК через 48 ч после инфицирования, а мутанты по четырем генам утрачивают эту способность (р<0,05); б) в культуре клеток CV-1 мутанты по четырем генам ВВК при температуре 37°С формируют бляшки достоверно меньшего размера по сравнению с исходным ВОК, а при инкубации при повышенной температуре (39,5 °С) в течение 72 ч, продукция таких мутантов в 100 раз ниже по сравнению с исходным ВОК (р<0,05); в) мутанты по трем и четырем генам ВВК формируют на ХАО КЭ оспины меньшего размера - их диаметр составляет 0,96±0,38 мм и 0,84±0,27 мм, соответственно, а у исходного ВОК - 2,1±0,33 мм. Содержание вируса в них также отличается: титр в тройных мутантах составляет 2x105 БОЕ/оспина, в четверных - 1,6x105 БОЕ/оспина, в то время как в исходном вирусе - 2x106 БОЕ/оспина (р<0,05); г) удаление четырех генов ВВК приводит к достоверному снижению вирулентности ВОК при интраназальном заражении мышей линии BALB/c. Для исходного вируса оспы коров LD50 составляла 1,1x105 БОЕ/мышь, в то время как для мутантного клона - 8,7x105 БОЕ/мышь (р<0,05).

109

Заключение

Выявленные впервые у Drosophila melanogaster, гены семейства ВВК присутствуют в геноме многих позвоночных и беспозвоночных, включая человека (Xue and Cooley, 1993; Albagli et al., 1995; Prag and Adams, 2003). Белки, кодируемые этими генами, участвуют в реорганизации цитоскелета клеток (Lecuyer et al., 2000; Chen et al., 2002; Sasagawa et al., 2002), поддержании структуры комплекса Гольджи (Nacak et al., 2006), деградации белков с участием протеасом (Furukawa et al., 2003), а также в других аспектах жизнедеятельности клетки и организма и важны для их функционирования (Ohmachi et al., 1999; Kang et al., 2004). Гены ДВ/Г-семейства были найдены у представителей семейства Poxviridae, в геноме которых соответствующие ОРТ локализованы в вариабельных концевых участках (Shchelkunov et al., 1998; Shchelkunov et al., 2002). Следует отметить, что ВВК-тевы обнаруживают низкую взаимную гомологию и это может обуславливать различные функциональные свойства кодируемых белков.

Набор ВВК-г&аов у членов семейства поксвирусов варьирует, что возможно обеспечивает специализацию вируса к определенным хозяевам. Известно, что геном слабопатогенного для людей ВОК содержит 6 генов семейства ВВК, тогда как в геноме высокопатогенного ВНО все гены этого семейства разрушены (Shchelkunov et al., 1994). Геномы ВОВ, ВЭ и BOO содержат три, четыре и один ВВК-тены, соответственно (Kotwal and Moss, 1988; Shchelkunov et al., 2002; Chen et al., 2003). К началу наших работ функция этих генов у ортопоксвирусов была неизвестна. Изучение роли ВВК-генов в репродукции ВОК представляло особый интерес в связи с тем, что этот вирус имеет наибольший набор этих генов, имеет широкий круг хозяев и считается родоначальником рода Orthopoxvirus (Маренникова и Щелкунов, 1998; Shchelkunov et al., 1998).

На основе шести полученных нами векторных плазмид интеграции, методом временной доминантной селекции были сконструированы мутанты ВОК (штамм GRI-90) с направленными делециями одного, двух, трех, четырех, пяти и шести ВВК-генов. При этом рекомбинанты с множественными делециями (больше одной) были получены с разными сочетаниями удаляемых генов. Все 18 мутантов оказались жизнеспособными и стабильно сохраняли генотип в течение нескольких пассажей.

С целью изучения сравнительных свойств исходного ВОК и делеционных мутантов, у которых последовательно удалено 1, 2, 3 или 4 гена {DHL, C18L, G3L, A57R), кодирующих ВВК-белки, нами было проведены эксперименты по исследованию их биологических свойств.

Показано, что динамика репродукции различных делеционных мутантов ВОК с удалением одного, двух и трех ЯШ^-генов в первичной (ФЭК) и перевиваемой (CV-1) культурах клеток не отличается от исходного ВОК. Изученная динамика развития вирусов, делеционных по четырем генам семейства ВВК в культуре клеток также CV-1 не обнаружила разницы с «диким» ВОК.

Нами был проведен сравнительный анализ цитопатического эффекта, формируемого исходным ВОК и мутантами с делециями четырех ВВК-тъъоъ в культуре клеток CV-1. Показано, что через 48 ч бляшки, образованные ВОК, обнаруживали более выраженное повреждение монослоя, в то время как бляшки, продуцируемые четверными мутантами, выглядели существенно мельче. Определенная нами оптическая плотность окрашенной бляшки, включая центральные и периферические зоны, составляла 0,18 ± 0,02 для исходного ВОК и 0,33 ± 0,03 для четверных мутантов. Таким образом, выявленное снижение цитопатического эффекта является одним из проявлений делеции BBK-tquob при инфекции in vitro и, по-видимому, приводит к более продолжительному сохранению зараженных клеток на подложке и, соответственно, к более длительному периоду репродукции вируса. Возможно, это обстоятельство обеспечивает равный уровень наработки дочернего вируса мутантами и исходным ВОК на культуре клеток CV-1.

Также нами было изучено влияние повышенной температуры на рост мутантных по двум, трем, четырем генам ВВК ВОК. Показано, что при культивировании ВОК, а также мутантных клонов с делецией четырех ВВК-генов в культуре клеток СУ-1 при температуре 37°С через 72 ч после инфицирования не наблюдалось значительных различий между ними. В то время как при инкубации в течение 72 ч в непермиссивных условиях при повышенной температуре (39,5°С) продукция мутантов ВОК с делециями четырех генов ВВК была достоверно в 100 раз ниже по сравнению с исходным вирусом. Интересно, что вирус натуральной оспы, у которого ВВК-тоны отсутствуют, имеет минимальную в семействе Рохугпс^ае величину предельной температуры формирования оспин на ХАО КЭ (37,5-38,5°С). Для вируса оспы обезьян (один ВВК-тек) этот показатель составляет 39,0-39,5°С, для ВОВ (три ВВК-теяз) он равняется 41°С (Маренникова и Щелкунов, 1998).

Мы определили спектр культур клеток, в которых могут размножаться мутантные вирусы. В эксперименте использовали 11 перевиваемых культур клеток различного происхождения. Обнаружилось, что все тестируемые варианты ВОК, в том числе и вирус «дикого» типа, слабо или практически не размножаются в культуре клеток почки бычка (МОВК). Видимо, это можно будет использовать в будущем в качестве дифференциального признака при идентификации ВОК. В культурах клеток фибробластов мыши (ЗТЗ) и легкого человека (МЖ>5) выявлено отставание репродукции тройных и четверных мутантов от «диких» ВОК. Показано, что в культурах фибробластов легкого эмбриона человека (Ь-68) четверные мутанты размножаются достоверно хуже исходного ВОК, а в культуре клеток почки собаки (МОСК) они утратили эту способность. Таким образом, ВВК-тешл ВОК, по-видимому, можно отнести к группе генов круга хозяев.

При определении вирулентности мутантных вирусов, которую оценивали по величине ЬБзо при интраназальном заражении мышей линии ВАЬВ/с показано, что по мере удаления большего числа ВВК-тенов вирулентность снижается и для четверного мутанта достоверно отличается от исходного вируса.

Для того чтобы выжить в организме хозяина, вирусы эволюционировали, используя ряд сложных механизмов, направленных на уклонение от хозяйского антивирусного иммунного ответа (Tortorella et al., 2000; Finlay and McFadden, 2006). Было высказано предположение о том, что поксвирусные ВВК-белки выполняют ряд функций в ходе инфекции, возможно за счет взаимодействия с цитоскелетом или во время убиквитинизации (Wilton et al., 2008). Поскольку члены семейства поксвирусов, в большинстве случаев, кодируют по несколько ВВК-белков, то возможно, подобно клеточным аналогам, могут функционировать и как куллин-3-субстратспецифичные адаптеры (Zhang et al., 2009). Более того, было показано, что два ВВК-белка, кодируемых генами EVM150 и EVM167 ВЭ, взаимодействуют с куллином-3 и что ВТВ-домен EVM150 и EVM167 является необходимым и достаточным для этого взаимодействия (Wilton et al., 2008). Возможно, снижение вирулентности является следствием того, что делеция ВВК-генов приводит к нарушению механизмов преодоления вирусом защитных реакций организма животных.

Показано, что удаление трех генов ВВК-белков ВОК не сказывается на репродуктивной способности вируса в системе культуры клеток. Однако, на уровне «миниорганизма» в системе КЭ наличие уже 3-х делеций в геноме ВОК начинает сказываться на его репродуктивной способности. Анализ размеров оспин и количественная оценка содержания в них вируса выявили ту же зависимость по отношению к числу делетированных генов ДВ/^-семейства. Удаление 3-х и 4-х генов приводило к достоверному уменьшению размера оспин и количества продуцируемого вируса.

Эти данные были уточнены и расширены при микроскопическом исследовании оспин, образованных на ХАО КЭ делеционными мутантами.

Микроскопический анализ оспин, образованных четверными мутантами, подтвердил выявленные для тройных мутантов изменения и обнаружил их дальнейшее нарастание по мере удаления генов. Сравнение клеток, зараженных четверными мутантами и исходным вирусом, показало, что репродукция мутантов приводит к формированию меньшего числа зрелых вирионов, а во многих клетках репродукция останавливается на стадии сборки незрелых вирионов. Вместе с тем, при размножении мутантов происходит образование значительного числа внеклеточных «одетых» вирионов, что обуславливает диссеминацию вируса в соединительную ткань оспины. Таким образом, проведенное микроскопическое исследование показало, что внесение в геном вируса оспы коров четырех делеций приводит к нарушению репродукции вируса в клетках и развитию дегенеративных изменений структуры клеток.

Нами было показано, что все шесть ВВК-белков BOK-GRI содержат N-концевой ВТВ-домен и С-концевой kelch-домвн (Shchelkunov et al., 2002). Именно за счет этих доменов из актиновых микрофиламентов происходит формирование межклеточных кольцевых каналов ооцита дрозофилы (Robinson and Cooley, 1997). Можно предположить, что схожую функцию в организации внутриклеточных «транспортных магистралей» для своих вирионов выполняют ВВК-белки ВОК. По-видимому, в этом процессе принимают участие и какие-то другие элементы клеточного или вирусного происхождения, поскольку, в клетках, зараженных четверными мутантами, в отличие от исходного вируса, обнаруживаются электронно-плотные включения небольших размеров, состоящие из агрегатов тонких волокон, аморфного вещества и трубчатых структур, и отмечается связь этих включений с системой актиновых микрофиламентов клетки.

Анализ, полученных на оспинах данных, показывает, что параметры морфогенеза четверных мутантов и исходного вируса не различаются, т.е. делеция четырех генов ВВК не приводит к нарушению формирования вирусных частиц. Однако параметры инфекции мутантами и исходным вирусом значительно различаются на клеточном и тканевом уровне, и эти различия, по всей видимости, обусловлены развитием патологических изменений в инфицированных клетках. Можно предположить, что продукты экспрессии ВВК-тепоъ необходимы для «сбалансированного» использования клеточных систем репродуцирующимся вирусом. Отсутствие этих продуктов приводит к нарушению функций клеток, и, как следствие, к снижению воспроизводства вируса, чем, возможно, и обусловлено уменьшение размера и вирусного содержания оспин, образованных делеционными мутантами ВОК, и снижение их вирулентности для BALB/c мышей.

Связь ВВК-белков с актиновым цитоскелетом и участие в формировании цитоплазматических выростов показаны для разнообразных клеточных систем (Furukawa et al., 2003; Inoue et al., 2005; Spence et al., 2000). Делеция ВВК-тевов приводила к сокращению числа клеток, продуцирующих цитоплазматические отростки при репродукции BOB in vitro (Cullinan et al., 2004). Аналогичные изменения были выявлены нами при изучении мутантов ВОК с делецией четырех ВВК-теяов в культуре клеток CV-1: сократилось не только число клеток с отростками, но и длина отростков. Выявленные в зараженных мутантами клетках шарообразные структуры, содержащие актиновые микрофиламенты и вирусные антигены, очевидно, отражают неспособность клетки завершить формирование отростка. Конфокальная микроскопия подтвердила, что в формировании отростков принимают участие актиновые микрофиламенты инфицированных клеток, а отростки содержат вирусные антигены. Учитывая, что отростки содержат, главным образом, зрелые вирусные частицы, можно заключить, что формирование длинных отростков зараженными клетками является одним из механизмов распространения поксвирусной инфекции in vitro. Показано, что репродукция поксвирусов сопровождается разрушением актинового цитоскелета зараженной клетки (Blasco and Moss; 1992). Может быть, активность вирусных ВВК-генов позволяет в какой-то степени компенсировать это разрушение и сформировать цитоплазматические отростки зараженной клеткой, обеспечивая перемещение вирусных частиц на значительные расстояния от тела клетки.

Таким образом, проведенные нами исследования обнаруживают изменения, связанные с делецией ВВК-тъпоъ ВОК и указывают на то, что действие продуктов, синтезированных этими генами, как правило, зависит от числа удаляемых генов 5Я/£-семейства. Кроме того, несомненно, важна роль ВВК-белков ВОК в поксвирусной инфекции и распространении вируса от клетки к клетке.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Колосова, Ирина Валерьевна, 2011 год

1. Вирусология. Методы: Пер. с англ. / Под ред. Б. Мейхи. М: Мир. - 1988. -344 с.

2. Ежова Г.П., Бабаев A.A., Новиков В.В. Биоинформационные аспекты протеомики и деградации белка. Учебно-методический материал по программе повышения квалификации «Хранение и обработка информации в биологических системах». Нижний Новгород - 2007. - 86 с.

3. Клонирование ДНК. Методы: Пер. с англ. / Под ред. Д. Гловера. М: Мир. - 1988. - 538 с.

4. Лакин Г.Ф. Биометрия. М: Высшая школа 1990. - 352 с.

5. Маниатис Т., Фритч Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. Москва: Мир. - 1984. — с. 480.

6. Маренникова С.С., Шелухина Э.М., Ефремова Е.В. Новый аспект в биологии вируса оспы коров. // Acta Virol. 1984. - Т 28. - С. 437-444.

7. Маренникова С.С., Щелкунов С.Н. Патогенные для человека ортопоксвирусы. КМК. - 1998. - 386 с.

8. Ю.Хеймс Б., Хиггинс С. Транскрипция и трансляция. Методы. Москва: Мир.-1987.-400 с.

9. Приходько Г.Г., Дегтярев С.Х., Речкунова Н.И., Сосновцев C.B., Чижиков В.Е. Общий метод определения участков расщепления ДНК эндонуклеазами рестрикции // Биотехнология. 1990. - №1. — С. 12-16.

10. Рябчикова Е.И., Стрельцов В.В., Петров B.C. Субмикроскопические изменения хорион-аллантоисной оболочки куриных эмбрионов при заражении их вирусом осповакцины // Вопросы вирусологии. 1990. - Т. 6.-С. 506-509.

11. Уикли Б. Электронная микроскопия для начинающих. М: Мир. - 1975. -319 с.

12. Щелкунов С.Н. Генетическая инженерия. Ч. 2. Новосибирск: Новосибирский университет. 1997. - 400 с.

13. Adams J.C, Kelso R., Cooley L. The kelch repeat superfamily: propellers of cell function//Trends Cell Biol.-2000.-V. 10.-P. 17-24.

14. Adams J.C., Seed B., Lawler J. Muskelin, a novel intracellular mediator of cell adhesive and cytoskeletal responses to thrombospondin-1 // J. EMBO 1998. -V. 17.-P. 4964^4974.

15. Ahmad K.F., Engel C.K., Prive G.G. Crystal structure of the BTB domain from PLZF // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. - V. 95. - P. 12123-12128.

16. Ahmad K.F., Melnick A., Lax S., Bouchard D., Liu J., Kiang C.L., Mayer S., Takahashi S., Licht J.D., Prive G.G. Mechanism of SMRT corepressor recruitment by the BCL6 BTB domain // Mol. Cell. 2003. - V. 12. - P. 1551-1564.

17. Alcami A., Koszinowski U.H. Viral mechanisms of immune evasion // Trends Microbiol. 2000. -V. 8. - P. 410-418.

18. Archard L.C., Mackett M., Barnes D.E., Dumbell K.R. The genome structure of cowpox virus white pock variants // J. Gen. Virol. 1984. - V. 65. - P. 775886.

19. Bai C., Sen P., Hofmann K., Ma L., Goebl M., Harper J.W., Elledge S.J. SKP1 connects cell cycle regulators to the ubiquitin proteolysis machinery through a novel motif, the F-box // Cell. 1996. - V. 86. - P. 263-274.

20. Balinsky C.A., Delhon G., Afonso C.L., Risatti G.R., Borca M.V., French R.A.,Tulman E.R., Geary S.J., Rock D.L. Sheeppox virus kelch-like gene SPPV-019 affects virus virulence // J. Virol. 2007. - V. 81. - № 20. - P. 11392-11401.

21. Ball H.J., Melnick A., Shaknovich R., Kohanski R.A., Licht J.D. The promyelocyte leukemia zinc finger (PLZF) protein binds DNA in a high molecular weight complex associated with cdc2 kinase // Nucleic Acids Res. -1999. V. 27. - P. 4106-4113.

22. Banks L., Pim D., Thomas M. Viruses and the 26S proteasome: hacking into destruction // Trends Biochem. Sci. 2003. -V. 28. - № 8. - P. 452-^59.

23. Bardwell V.J., Treisman R. The POZ domain: a conserved protein-protein interaction motif// Genes Dev. - 1994. - V. 8. - P. 1664-1677.

24. Barry M., Früh K. Viral modulators of cullin RING ubiquitin ligases: culling the host defense // Sei. STKE. 2006. - V. 335.

25. Bateman A., Birney E., Cerruti L., Durbin R., Etwiller L., Eddy S.R., GriffithsJones S., Howe K.L., Marshall M., Sonnhammer E.L. The Pfam protein families database // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30. - P. 276-280.

26. Bawden A.L., Glassberg K.J., Diggans J., Shaw R., FarmerieW., Moyer R.W. Complete genomic sequence of the Amsacta moorei entomopoxvirus: analysis and comparison with other poxviruses // Virology. 2000. - V. 274. № 1. - P. 120-139.

27. Baxby D. Laboratory characteristics of British and Deutch strains of cowpox virus // Zbl. Vet. Med. 1975. - V. 22. - P .480-487.

28. Bixby K.A., Nanao M.H., Shen N.V., Kreusch A., Bellamy H., Pfaffinger P.J., Choe S. Zn -binding and molecular determinants of tetramerization in voltage-gated K+ channels //Nat. Struct. Biol. 1999. - V. 6. - P. 38-43.

29. Blasco R., Moss B. Role of cell-associated enveloped vaccinia virus in cell-to-cell spread // J. Virol. 1992. - V. 66. - № 7. - P. 4170-4179.

30. Bork P., Doolittle R.F. Drosophila kelch motif is derived from a common enzyme fold // J. Mol. Biol. 1994. - V. 236. - P. 1277-1282.

31. Botuyan M.V., Mer G., Yi G.S., Koth C.M., Case D.A., Edwards A.M., Chazin W.J., Arrowsmith C.H. Solution structure and dynamics of yeast elongin C in complex with a von Hippel-Lindau peptide // J. Mol. Biol. — 2001. — V. 312. — P. 177-186.

32. Chen N., Buller R.M., Wall E.M., Upton C. Analysis of host response modifier ORFs of ectromelia virus, the causative agent of mousepox // Virus Res. -2000.-V. 66. -P.155-173.

33. Chen Y., Derin R., Petralia R.S., Li M. Actinfilin, a brain-specific actin-binding protein in postsynaptic density // J. Biol. Chem. 2002. - V. 277. - P. 30495-30501.

34. Coscoy L., Ganem D. A viral protein that selectively downregulates ICAM-1 and B7-2 and modulates T cell costimulation // J. Clin. Invest. 2001. - V. 107.-№ 12.-P. 1599-1606.

35. Coulter H.D. Rapid and improved method for embedding biological tissues in Epon 812 and Araldit 502 // J. Ultrastr. Res. 1976. - V. 20. - P. 346-355.

36. Cullinan S.B., Gordan J.D., Jin J., Harper J.W., Diehl J.A. The Keapl-BTB protein is an adaptor that bridges Nrf2 to a Cul3-based E3 ligase: oxidative stress sensing by a Cul3-Keapl ligase // Mol. Cell. Biol. 2004. - V. 24. - P. 8477-8486.

37. David G., Alland L., Hong S.H., Wong C.W., DePinho R.A., Dejean A. Histone deacetylase associated with mSin3A mediates repression by the acute promyelocytic leukemia-associated PLZF protein // Oncogene. 1998. - V. 16.-P. 2549-2556.

38. Deshaies RJ. SCF and Cullin/Ring H2-based ubiquitin ligases // Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1999. - V. 15. - P. 435-467.

39. Diaz E., Schimmôller F., Pfeffer S.R. A novel Rab9 effector required for endosome to TGN transport // J. Cell Biol. 1997. - V. 138. - P. 283-290.

40. Downie A.W. Smallpox. Infectious agents and host reactions // by ed. S.Mudd. Philadelphia: Saunders. - P. 419-123.

41. Eichinger L., Bomblies L., Vandekerckhove J., Schleicher M., Gettemans J. A novel type of protein kinase phosphorylates actin in the actin-fragmin complex // J.EMBO 1996. - V. 15. - P. 5547-5556.

42. Espinas M.L., Jimenez-Garcia E., Vaquero A., Canudas S., Bernues J., Azorin F. The amino-terminal POZ domain of GAGA mediates the formation of oligomers that bind DNA with high affinity and specificity // J. Biol. Chem. -1999.-Y. 274.-P. 16461-16469.

43. Esposito J., Condit R., Objeski J. The preparation of orthopoxvirus DNA // J. Virol. Methods. 1981.-V. 2.-P. 175-179.

44. Evans S.V. SETOR: hardware-lighted three-dimensional solid model representations of macromolecules // J. Mol. Graph. 1993. - V. 11. - № 2. -PP. 134-138, 127-128.

45. Falkner F.G., Moss B. Escherichia coli gpt gene provides dominant selection for vaccinia virus open reading frame expression vectors // J. Virol. 1988. -V. 62.-P. 1849-1854.

46. Falkner F.G., Moss B. Transient dominant selection of recombinant vaccinia viruses // J. Virol. 1990. - V. 64. - P. 3108-3 111.

47. Feldman R.M., Correll C.C., Kaplan K.B., Deshaies R.J. A complex of Cdc4p, Skplp, and Cdc53p/cullin catalyzes ubiquitination of the phosphorylated CDK inhibitor Siclp// Cell. 1997. -V. 91. - P. 221-230.

48. Fenner F., Wittek R., Dumbell K.R. Orhopoxviruses. San Diego: Acad. Press Inc.-1989.-432 p.

49. Finlay B.B., McFadden G. Anti-immunology: evasion of the host immune system by bacterial and viral pathogens // Cell. 2006. - V. 124. - № 4. - P. 767-782.

50. Froggatt G.C., Smith G.L., Beard P.M. Vaccinia virus gene F3L encodes an intracellular protein that affects the innate immune response // J. Gen. Virol. -2007.-V. 88.-P. 1917-1921.

51. Fukui Y., Miyake S., Satoh M., Yamamoto M. Characterisation of the Schizosaccharomyces pombe ral2 gene implicated in activation of the rasl gene product//Mol. Cell. Biol. 1989. - V.9. - P. 5617-5622.

52. Furukawa M., He Y.J., Borchers C., Xiong Y. Targeting of protein ubiquitination by BTB-Cullin 3-Rocl ubiquitin ligases // Nat. Cell Biol. -2003.-V. 5.-P. 1001-1007.

53. Geyer R., Wee S., Anderson S., Yates J., Wolf D.A. BTB/POZ domain proteins are putative substrate adaptors for cullin 3 ubiquitin ligases // Mol. Cell. 2003. - V. 12. - P. 783-790.

54. Goebel S.J., Johnson G.P., Perkus M.E., Davis S.W., Winslow J.P., Paoletti E. The complete DNA sequence of vaccinia virus // Virology. 1990. - V. 179. -P. 247-266.

55. Greenberg C.C., Connelly P.S., Daniels M.P., Horowits R. Krpl (Sarcosin) promotes lateral fusion of myofibril assembly intermediates in cultured mouse cardiomyocytes // Exp. Cell Res. 2008. - V. 314. - № 5. - P. 1177-1191.

56. Gulbis J.M., Zhou M., Mann S., MacKinnon R. Structure of the cytoplasmic beta subunit-Tl assembly of voltage-dependent K+ channels // Science. -2000. -V. 289. P. 123-127.

57. Gunn T.M., Miller K.A., He L., Hyman R.W., Davis R.W., Azarani A., Schlossman S.F., Duke-Cohan J.S., Barsh G.S. The mouse mahogany locus encodes a transmembrane form of human attractin // Nature. — 1999. — V. 398 -P. 152-156.

58. Hara T., Ishida H., Raziuddin R., Dorkhom S., Kamijo K., Miki T. Novel kelch-like protein, KLEIP, is involved in actin assembly at cell-cell contact sites of Madin-Darby canine kidney cells // Mol. Biol. Cell. 2004. - V. 15. -P. 1172-1184.

59. Hernandez M.C., Andres-Barquin P.J., Holt I., Israel M.A. Cloning of human ENC-1 and evaluation of its expression and regulation in nervous system tumors // Exp. Cell. Res. 1998. - V. 242. - P. 470-477.

60. Hon W.C., Wilson M.I., Harlos K., Claridge T.D, Schofield C.J., Pugh C.W., Maxwell P.H., Ratcliffe P.J., Stuart D.I., Jones E.Y. Structural basis for the recognition of hydroxyproline in HIF-1 alpha by pVHL // Nature. 2002. - V. 417.-P. 975-978.

61. Inoue A., Kang M., Fujimura L., Takamori Y., Sasagawa K., Itoh H., Tokuhisa T., Hatano M. Overexpression of Ndl-s, a variant form of new kelch family protein, perturbs the cell cycle progression of fibroblasts // DNA Cell Biol. -2005.-V. 24.-P. 30-34.

62. Ishido S., Wang C., Lee B.S., Cohen G.B., Jung J.U. Downregulation of major histocompatibility complex class I molecules by Kaposi's sarcoma associated herpesvirus K3 and K5 proteins // J. Virol. 2000. - V. 74. - № 11. - P., 53005309.

63. Ito N., Phillips S.E., Yadav K.D., Knowles P.F. Crystal structure of a free radical enzyme, galactose oxidase // J. Mol. Biol. 1994. - V. 238. - № 5. - P. 794-814.

64. Itoh K., Wakabayashi N., Katoh Y, Ishii T., Igarashi K., Engel J.D., Yamamoto M. Keapl represses nuclear activation of antioxidant responsive elements by Nrf2 through binding to the amino-terminal Neh2 domain // Genes Dev. -1999.-V. 13.-P. 76-86.

65. Jiang S., Seng S., Avraham H.K., Fu Y., Avraham S. Process elongation of oligodendrocytes is promoted by the Kelch-related protein MRP2/KLHL1 // J. Biol. Chem. 2007. - V. 282. - P. 12319-12329.

66. Johnson K.M., Mahajan S.S., Wilson A.C. Herpes simplex virus transactivator VP 16 discriminates between HCF-1 and a novel family member, HCF-2 // J. Virol. 1999. - V. 73. - P. 3930-3940.

67. Kang M.I., Kobayashi A., Wakabayashi N., Kim SG., Yamamoto M. Scaffolding of Keapl to the actin cytoskeleton controls the function of Nrf2 as key regulator of cytoprotective phase 2 genes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 2004.-V. 101.-P. 2046-2051.

68. Katsani K.R., Hajibagheri M.A., Verrijzer C.P. Co-operative DNA binding by GAGA transcription factor requires the conserved BTB/POZ domain and reorganizes promoter topology // EMBO J. 1999. - V. 18. - P. 698-708.

69. Kim I.F., Mohammadi E., Huang R.C. Isolation and characterizationof IPP, a novel human gene encoding an actin-binding, kelch-like protein // Gene. -1999.-V. 228.-P. 73-83.

70. Kim T.A., Lim J., Ota S., Raja S., Rogers R., Rivnay B., Avraham H., Avraham S. NRP/B, a novel nuclear matrix protein, associates with pllO(RB) and is involved in neuronal differentiation // J. Cell Biol. 1998. - V. 141. - P. 553-566.

71. Kim T.A., Ota S., Jiang S., Pasztor L.M., White R.A., Avraham S. Genomic organization, chromosomal localization and regulation of expression of the neuronal nuclear matrix protein NRP/B in human brain tumors // Gene. 2000. -V. 255.-P. 105-116.

72. Koonin E.V., Senkevich T.G., Chernos V.I. A family of DNA virus genes that consists of fused portions of unrelated cellular genes // Trends Biochem. Sci. -1992. -V. 17. № 6. - P. 213 - 214.

73. Kotwal G.J., Moss B. Vaccinia virus encodes a secretory polypeptide structurally related to complement control proteins // Nature. 1988. - V. 335. -P. 176-178.

74. Kotwal G.J., Moss, B. Analysis of a large cluster of nonessential genes deleted from a vaccinia virus terminal transposition mutant // Virology. 1988. - V. 167.-P. 524-537.

75. Kreusch A., Pfaffinger P.J., Stevens C.F., Choe S. Crystal structure of the tetramerization domain of the Shaker potassium channel // Nature. — 1998. — V. 392.-P. 945-948.

76. Laezza F., Wilding T.J., Sequeira S., Coussen F., Zhang X.Z., Hill-Robinson R., Mulle C., Huettner J.E., Craig A.M. KRIP6: a novel BTB/kelch protein regulating function of kainate receptors // Mol. Cell Neurosci. 2007. - V. 34. - № 4. - P. 539-550.

77. Lecuyer C., Dacheux J.L., Hermand E., Mazeman E., Rousseaux J., Rousseaux-Prevost R. Actin-binding properties and colocalization with actin during spermiogenesis of mammalian sperm calicin // Biol. Reprod. 2000. -V. 63.-P. 1801-1810.

78. Li X., Lopez-Guisa J.M., Ninan N., Weiner E.J., Rauscher F.J. 3rd, Marmorstein R. Overexpression, purification, characterization, and crystallization of the BTB/POZ domain from the PLZF oncoprotein // J. Biol. Chem. 1997. - V. 272. - P. 27324-27329.

79. Li X., Zhang D., Hannink M., Beamer L.J. Crystal structure of the Kelch domain of human Keapl // J. Biol. Chem. 2004. - V. 279. - P. 54750-54758.

80. Lonergan K.M., Iliopoulos O., Ohh M., Kamura T., Conaway R.C., Conaway J.W., Kaelin W.G. Regulation of hypoxia-inducible mRNAs by the von

81. Hippel-Lindau tumor suppressor protein requires binding to complexes containing elongins B/C and Cul2 // Mol. Cell Biol. 1998. - V. 18. - P. 732741.

82. Luna E.J., Hitt A.L. Cytoskeleton-plasma membrane interactions // Science. -1992.-V. 258.-P. 955-964.

83. Mata J., Nurse P. teal and the microtubular cytoskeleton are important for generating global spatial order within the fission yeast cell // Cell. 1997. - V. 89.-P. 939-949.

84. Maxam A.M., Gilbert M. Sequencing end-labeled DNA with base- specific chemical cleavages // Meth. Enzymol. 1980. - V. 65. - P. 499-560.

85. McPherson M.J, Quirke P., Taylor G.R. Polymerase chain reaction: a practical approach. Oxford University Press. - 1991. - 253 c.

86. McPherson M.J., Ogel Z.B., Stevens C., Yadav K.D., Keen J.N., Knowles P.F. Galactose oxidase of Dactylium dendroide. Gene cloning and sequence analysis // J. Biol. Chem. 1992. - V. 267. - P. 8146-8152.

87. Melnick A., Carlile G., Ahmad K.F., Kiang C.L., Corcoran C., Bardwell V., Prive G.G., Licht J.D. Critical residues within the BTB domain of PLZF and Bcl-6 modulate interaction with corepressors // Mol. Cell Biol. — 2002. V. 22. -P. 1804-1818.

88. O.Miller R.G. Non-parametric estimators of the mean tolerance in bioassay // Biometrica. 1973. -V. 60. - P. 535-542.

89. Min J.H., Yang H., Ivan M., Gertler F., Kaelin W.G. Jr., Pavletich N.P. Structure of an HIF-lalpha-pVHL complex: hydroxyproline recognition in signaling // Science. 2002. - V. 296. - P. 1886-1889.

90. Minor D.L., Lin Y.F., Mobley B.C., Avelar A., Jan Y.N., Jan L.Y., Berger J.M. The polar T1 interface is linked to conformational changes that open the voltage-gated potassium channel // Cell. 2000. - V. 102. - P. 657-670.

91. Mok K.W., Cullis P.R. Structural and fusogenic properties of cationic liposomes in the presence of plasmid DNA // Biophys. J. 1997. - V. 73. - P. 2534-2545.

92. Mosavi L.K., Cammett T.J., Desrosiers D.C., Peng Z.Y. The ankyrin repeat as molecular architecture for protein recognition // Protein Sci. — 2004. V. 13. -P. 1435-1448.

93. Moss B. in Fields Virology. Eds Fields B.N., Knipe R.M., Chanock R.M., Melnick J., Roizman B., Shope R. Philadelphia: Raven Press. - 1996. - P. 2637-2671.

94. Motchoulski A., Liscum E. Arabidopsis NPH3: A NPH1 photoreceptor-interacting protein essential for phototropism // Science. 1999. - V. 286. - P. 961-964.

95. Nacak T.G., Leptien K., Fellner D. The BTB-kelch protein LZTR-1 is a novel Golgi protein that is degraded upon induction of apoptosis // J. Biol. Chem. — 2006. V. 281. -P. 5065-5071.

96. Nanao M.H., Zhou W., Pfaffinger P.J., Choe S. Determining the basis of channel-tetramerization specificity by x-ray crystallography and a sequence-comparison algorithm: Family Values // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. -V. 100.-P. 8670-8675.

97. Payne L.G. Significance of extracellular enveloped virus in the in vitro and in vivo dissemination of vaccinia// J. Gen. Virol. 1980. -V. 50. - P. 89-100.

98. Payne L.G. The existence of an envelope on extracellular cowpox virus and its antigenic relationship to the vaccinia envelope // Arch. Virol. 1986. —V. 90.-P. 125-133.

99. Perkus M.E., Goebel S.J., Davis S.W., Johnson G.P., Norton E.K., Paoletti E. Deletion of 55 open reading frames from the termini of vaccinia virus // Virology. 1991. -V. 180. - P. 406-410.

100. Petroski M.D., Deshaies R.J. Function and regulation of cullin-RING ubiquitin ligases // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005. - V. 6. - № 1. - P. 9-20.

101. Philips J., Herskowitz I. Identification of Kellp, a kelch domain-containing protein involved in cell fusion and morphology in Saccharomyces cerevisiae II J. Cell. Biol. 1998. - V. 143. - P. 375-389.

102. Pickart C.M. Mechanisms underlying ubiquitination // Ann. Rev.Biochem. -2001.-V. 70.-P. 503-533.

103. Pickup D.J., Ink B.S., Hu W., Joklik W.K. Spontaneous deletions and duplications of sequences in the genome of cowpox virus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1984. - V.79. - P. 6817-6821.

104. Pintard L., Willis J.H., Willems A., Johnson J.L., Srayko M., Kurz T., Glaser S., Mains P.E., Tyers M., Bowerman B., Peter M. The BTB protein MEL-26 isa substrate-specific adaptor of the CUL-3 ubiquitinligase // Nature. 2003b. — V. 425. -P, 311-316.

105. Prag S., Adams J.C. Molecular phylogeny of the kelch-repeat superfamily reveals an expansion of BTB/kelch proteins in animals // BMC Bioinformatics. 2003. - V. 4. - № 42. - Epub 2003 Sep 17.

106. Ramos S., Khademi F., Somesh B.P., Rivero F. Genomic organization and expression profile of the small GTPases of the RhoBTB family in human and mouse // Gene. 2002. - V. 298. - P. 147-157.

107. Reed L.J., Muench H. A simple method of estimating fifty percent endpoints // Amer. J. Hyg. 1938. - V. 27. - P. 493-497.

108. Rivero F., Dislich H., Glockner G., Noegel A.A. The Dictyostelium discoideum family of Rho-related proteins // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29.-P. 1068-1079.

109. Robinson D.N., Cooley L. Drosophila kelch is an oligomeric ring canal actin organizer // J. Cell Biol. 1997. - V. 138. - P. 799-810.

110. Ryabchikova E.I., Strel'tsov V.V., Petrov V.S. Submicroscopic modifications of chorion-allantoic membrane of chicken embryos infected with vaccinia virus // Problems Virology. 1990. - V. 6. - P. 506-509.

111. Rychlik W., Rhoads R.E. A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter hybridization, sequencing and in vitro amplification of DNA // Nucleic Acids Res. 1989. - V. 17. - P. 8543-8551.

112. Sakai T., Wada T., Ishiguro S., Okada K. RPT2. A signal transducer of the phototropic response in Arabidopsis 11 Plant Cell. — 2000. V. 12. - P. 225236.

113. Salas-Vidal E., Meijer A.H., Cheng X., Spaink H.P. Genomic annotation and expression analysis of the zebrafish Rho small GTPase family during development and bacterial infection // Genomics. 2005.- V. 86. - P. 25-37.

114. Schmid M.F., Agris J.M., Jakana J., Matsudaira P., Chiu W. Three-dimensional structrue of a single filament in the Limulus acrosomal bundle: scruin binds to homologous helix-loop-beta motifs in actin // J. Cell Biol. -1994. V. 124. - P. 341-350.

115. Schulman B.A., Carrano A.C., Jeffrey P.D., Bowen Z., Kinnucan E.R., Finnin M.S., Elledge S.J., Harper J.W., Pagano M., Pavletich N.P. Insights into SCF ubiquitin ligases from the structure of the Skpl-Skp2 complex // Nature. -2000.-V. 408.-P. 381-386.

116. Seng S., Avraham H.K., Jiang S., Yang S., Sekine M., Kimelman N., Li H., Avraham S. The nuclear matrix protein, NRP/B, enhances Nrf2-mediated oxidative stress responses in breast cancer cells // Cancer Res. 2007. - V. 67. -P. 8596-8604.

117. Shackelford J., Pagano J.S. Targeting of host-cell ubiquitin pathways by viruses // Essays Biochem. 2005. -V. 41. - P. 139-156.

118. Shchelkunov S.N. Functional organization of variola major and vaccinia virus genomes // Virus Genes. 1995. - V. 10. - P. 53-71.

119. Shchelkunov S.N., Blinov V.M., Resenchuk S.M. Analysis of the nucleotide sequence of 53 kpb from the right terminus of the genome of variola major virus strain India-1967 // Virus Res. 1994. - V. 34. - P. 207-236.

120. Shchelkunov S.N., Blinov V.M., Sandakhchiev L.S. Ancyrin-like proteins of variola and vaccinia viruses // FEBS Lett. 1993. - V. 319. - P. 163-165.

121. Shchelkunov S.N., Massung R.F., Esposito J J. Comparison of the genome DNA sequences of Bangladesh-1975 and India-1967 variola virus // Virus Res. 1995.-V. 36.-P. 107-118.

122. Shchelkunov S.N., Resenchuk S.M., Totmenin A.V., Blinov V.M., Marennikova S.S., Sandakhchiev L.S. Comparison of the genetic maps of variola and vaccinia viruses // FEBS Lett. 1993. - V. 327. - P. 321-324.

123. Shchelkunov S., Totmenin A., Kolosova I. Species-specific differences in organization of orthopoxvirus kelch-like proteins // Virus Genes. 2002. — V. 24.-P. 157-162.

124. Skowyra D., Craig K.L., Tyers M., Elledge S.J., Harper J.W. F-box proteins are receptors that recruit phosphorylated substrates to the SCF ubiquitin-ligase complex // Cell. 1997. - V. 91. - P. 209-219.

125. Smith G.L., Chan Y.S. Two vaccinia virus proteins structurally related to the interleukin-1 receptor and the immunoglobulin superfamily // J. Gen. Virol. -1991.-V. 72.-P. 511-518.

126. Smith G.L., Vanderplasschen A., Law M. The formation and function of extracellular enveloped vaccinia virus // J. Gen. Virol. 2002. - V. 83. - P. 2915-2931.

127. Sodeik B. Mechanisms of viral transport in the cytoplasm // Trends in Microbiology. 2000. - V. 8. - P. 465-472.

128. Soltysik-Espanola M., Rogers R.A., Jiang S., Kim T.A., Gaedigk R., White R.A., Avraham H., Avraham S. Characterization of Mayven, a novel actin-binding protein predominantly expressed in brain // Mol. Biol. Cell. 1999. -V. 10.-P. 2361-2375.

129. Spence H.J., Johnston I., Ewart K., Buchanan S.J., Fitzgerald U., Ozanne B.W. Krpl, a novel kelch related protein that is involved in pseudopod elongation in transformed cells // Oncogene. 2000. - V. 19. - № 10. - P. 1266-1276.

130. Spriggs M.K. One step ahead of the game: viral immunomodulatory molecules //Annu. Rev. Immunol. 1996. -V. 14. - P. 101-130.

131. Stebbins C.E., Kaelin W.G. Jr., Pavletich N.P. Structure of the VHL-ElonginC-ElonginB complex: implications for VHL tumor suppressor function // Science. 1999. - V. 284. - P. 455-461.

132. Stevenson P.G., Efstathiou S., Doherty P.C., Lehner P.J. Inhibition of MHC class I-restricted antigen presentation by gamma 2-herpesviruses // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. -V. 97. - № 15. - P. 8455-8460.

133. Stogios P.J., Downs G.S., Jauhal J.J., Nandra S.K., Privé G.G. Sequence and structural analysis of BTB domain proteins // Genome Biol. 2005. - V. 6. -№ 10. - Epub 2005 Sep 15.

134. Stogios P.J., Privé G.G. The BACK domain in BTB-kelch proteins // Trends Biochem. Sci. 2004. - V. 29. - № 12. - P. 634-637.

135. Strang C., Cushman S.J., DeRubeis D., Peterson D., Pfaffinger P.J. A central role for the T1 domain in voltage-gated potassium channel formation and function // J. Biol. Chem. 2001. - V. 276. - P. 28493-28502.

136. Tortorella D., Gewurz B.E., Furman M.H., Schust D.J., Ploegh H.L. Viral subversion of the immune system // Annu. Rev. Immunol. 2000. — V. 18 — P. 861-926.

137. Tulman E.R., Afonso C.L., Lu Z., Zsak L., Kutish G.F., Rock D.L. The genome of canarypox virus // J. Virol. 2004. - V. 78. - № 1. - P. 353-366.

138. Tulman E.R., Afonso C.L., Lu Z., Zsak L., Sur J.H., Sandybaev N.T., Kerembekova U.Z., Zaitsev V.L., Kutish G.F., Rock D.L. The genomes of sheeppox and goatpox viruses // J. Virol. 2002. - V. 76. - № 12. - P. 60546061.

139. Ulane C.M., Horvath C.M. Paramyxoviruses SV5 and HPIV2 assemble STAT protein ubiquitin ligase complexes from cellular components // Virology. 2002. - V. 304. - № 2. - P. 160-166.

140. Upton C., Macen J.L., Wishart D.S., McFadden G. Myxoma virus and malignant rabbit fibroma virus encode a serpin-like protein important for virus virulence // Virology. 1990. - V. 179.-P. 618-631.

141. Upton C., McFadden G. Tumorigenic poxviruses: analysis of the viral DNA sequences implicated in the tumorigenicity of Shope fibrome virus and malignant rabbit virus // Virology. 1986. - V. 152. - P. 308-321.

142. Varkey J.P., Muhlrad P.J., Minniti A.N., Do B., Ward S. The Caenorhabditis elegans spe-26 gene is necessary to form spermatids and encodes a protein similar to the actin-associated proteins kelch and scruin // Genes Dev. 1995. -V. 9.-P. 1074-1086.

143. Way M., Sanders M., Chafel M., Tu Y.H., Knight A., Matsudaira P. Beta-scruin, a homologue of the actin cross-linking protein scruin, is localised to the acrosomal vesicle of Limulus sperm // J. Cell Sci. 1995. - V. 108. - P. 31553162.

144. Way M., Sanders M., Garcia C., Sakai J., Matsudaira P. Sequence and domain organization of scruin, an actin-cross-linking protein in the acrosomal process of Limulus sperm // J. Cell. Biol. 1995. - V. 128. - P. 51-60.

145. Weissman A.M. Themes and variations on ubiquitylation // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001. -V. 2. - № 3. - P. 169-178.

146. Wilkins A., Ping Q., Carpenter C.L. RhoBTB2 is a substrate of the mammalian Cul3 ubiquitin ligase complex // Genes Dev. 2004. - V. 18. - P. 856-861.

147. Wilson A.C., Freiman R.N., Goto H., Nishimoto T., Herr W. VP16 targets an amino-terminal domain of HCF involved in cell cycle progression // Mol. Cell. Biol. 1997. -V. 17. - P. 6139-6146.

148. Wilton BA, Campbell S, Van Buuren N, Garneau R, Furukawa M, Xiong Y, Barry M. Ectromelia virus BTB/kelch proteins, EVM150 and EVM167, interact with cullin-3-based ubiquitin ligases // Virology. 2008. - V. 374. - P. 82-99.

149. Wolff T., O'Neill R.E., Palese P. NS1-Binding protein (NS1-BP): a novel human protein that interacts with the influenza A virus nonstructural NS1 protein is relocalized in the nuclei of infected cells // J. Virol. 1998. - V. 72. -P. 7170-7180.

150. Wong C.W., Privalsky M.L. Components of the SMRT corepressor complex exhibit distinctive interactions with the POZ domain oncoproteins PLZF, PLZF-RARalpha, and BCL-6 // J. Biol. Chem. 1998. - V. 273. - P. 2769527702.

151. Xu L., Wei Y., Reboul J., Vaglio P., Shin T.H., Vidal M., Elledge S.J., Harper J.W. BTB proteins are substrate-specific adaptors in an SCF-like modular ubiquitin ligase containing CUL-3 II Nature. 2003. - V. 425. - P. 316-321.

152. Xue F., Cooley L. Kelch encodes a component of intercellular bridges in Drosophila egg chambers // Cell. 1993. - V. 72. - P. 681-693.

153. Yanisch-Perron C., Vieira J., Messing J. Improved M13 phage cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mpl8 and pUC19 vectors // Gene. 1985. V. 33. - P. 267-271.

154. Yu X., Yu Y., Liu B., Luo K., KongW., Mao P., Yu X.F. Induction of APOBEC3G ubiquitination and degradation by an HIV-1 Vif-Cul5-SCF complex // Science. 2003. - V. 302. - P. 1056-1060.

155. Zhang L., Villa N.Y., McFadden G. Interplay between poxviruses and the cellular ubiquitin/ubiquitin-like pathways // FEBS Lett. 2009. - V. 583. - № 4.-P. 607-614.

156. Zheng N., Schulman B.A., Song L., Miller J.J., Jeffrey P.D., Wang P., Chu C., Koepp D.M., Elledge S.J., Pagano M. Structure of the Cull-Rbxl-Skpl-F boxSkp2 SCF ubiquitin ligase complex // Nature. 2002. - V. 416. - P. 703709.

157. Ziegelbauer J., Shan B., Yager D., Larabell C., Hoffmann B., Tjian R. Transcription factor MIZ-1 is regulated via microtubule association // Mol. Cell. 2001. - V. 8. - P. 339-349.