Молекулярные механизмы подавления антиинфекционных защитных систем клетки-хозяина на модели экспериментальной полиовирусной инфекции тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Кондратова, Анна Анатольевна

• Кондратова, Анна Анатольевна
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кондратова, Анна Анатольевна

Список сокращений.

Введение.

I. Обзор литературы.

1.1. Пикорнавирусы.

1.2. Полиовирус.

1.2.2. Полиовирусная РНК.

1.2.3. Белки полиовируса.

1.2.4. Полиовирусный белок ЗА.

1.3. Апоптоз.

1.3.1. Общая характеристика.

1.3.2. Апоптоз, индуцируемый прямой стимуляцией «рецепторов смерти» TNFR и FAS.

1.4. Везикулярный белковый транспорт.

1.4.1. Общая схема.

1.4.2.Цитоскелет и молекулярные моторы в мембранном транспорте белков.

1.4.3. Динеин и аппарат Гольджи.

1.4.4. Разрушение аппарата Гольджи под воздействием дрожжевого метаболита брефельдина А.

1.5. LISI и его роль в регуляции функций динеина.

1.6. Клеточные функции пирина.

1.7. Биоактивность кверцетина.

II. Материалы и методы.

II. 1. Работа с культурами эукариотических клеток.

II. 1.1. Клеточные линии, использованные в работе, и их культивирование.

II.1.2. Трансфекция.

II. 1.3. Упаковка лентивярусных частиц.

II. 1.4. Очистка вирионов и трансдукция.

II.1.5. Определение эффективного титра вирусных частиц и множественности заражения клеток.

II.2. Работа с плазмидной ДНК и клонирование.

11.2.1. Получение химически компетентных клеток E.coli.

11.2.2. Трансформация химически компетентных клеток E.coli.

11.2.3. Препаративное и аналитическое выделение плазмидной ДНК.

11.2.4. Обработка ДНК эндонуклеазами рестрикции.

11.2.5. Фракционирование и извлечение ДНК из агарозных гелей.

11.2.6. Цитирование ДНК.

11.2.7. Векторы и плазмидные конструкции, использованные в работе.

11.2.8. Получение конструкций, экспрессирующих полипептиды полиовируса.

11.2.9. Получение конструкций, экспрессирующих полноразмерные пирин и LISI и фрагменты LISI.

11.2.10. Получение конструкций для экспрессии РНК-шпилек для РНК-интерференции.

II.4. Методы выделения и анализа белков.

11.4.1. Получение тотальных клеточных лизатов.

11.4.2. Приготовление ядерных экстрактов.

11.4.3. Измерение концентрации белка по методу Бредфорда.

11.4.4. Фракционирование белков, перенос на мембрану и иммунодетекция.

11.4.5. Иммунопреципитация.

11.4.6. Иммунофлуоресценция.

11.4.7. Очистка белков методом аффинной хроматографии с исользованием GST (GST-ny л л-дау н).

11.4.8. Измерение кверцетиназной активности пирина.

11.5. Экспрессия белков in vitro.

11.6. Индукция апоптоза с использованием TNFa и антител к FAS.

11.7. Анализ ДНК-белковых взаимодействий методом сдвига электрофорезной подвижности.

11.8. Метод цитофлуоресцентного анализа.

11.9. Дрожжевая двугибридная система.

III. Результаты и обсуждение.

III. 1. Полиовирусные белки 2В и ЗА блокируют апоптоз, индуцированный фактором некроза опухоли. Ингибирование везикулярного транспорта белков между эндоплазматическим ретикулумом и аппаратом Гольджи как потенциальный молекулярный механизм.

III. 1.1. Получение мини-библиотеки плазмид, экспрессирующих неструктурные белки полиовируса.

III. 1.2. Полиовирусные белки ЗА и 2В снижают чувствительность клеток HeLa и NIH3T3 к воздействию фактора некроза опухоли TNFa в присутствии ингибитора белкового синтеза или полиовирусной протеазы 2А.

III. 1.3. ПВ белки 2В и ЗА подавляют везикулярный транспорт белков между эндоплазматическим ретикулумом и аппаратом Гольджи.

III.2. Полиовирусный белок ЗА ингибирует TNF-зависимый апоптоз засчёт умеьшения количества TNF рецептора на клеточной поверности.

III.2.1. Белок ЗА и брефельдин А уменьшают количество TNFR1 на клеточной поверхности.

111.2.2. Полиовирусная инфекция подавляет деградацию 1кВа в ответ на обработку TNFa.

111.2.3. TNFR1 быстро исчезает с клеточной поверхности во время полиовирусной инфекции.

II.2.4. Обработка TNFa не вызывает активацию NFkB в присутствии ЗА и брефельдина А.

111.3. Поиск клеточных интеракторов полиовирусного белка ЗА методом скринирования библиотеки кДНК в дрожжевой двухгибридной системе.

III.3.1. Изолирование клеточных белков, взаимодействующих с полиовирусным белком ЗА в дрожжевой двухгибридной системе.

III.3.2. Подтверждение взаимодействия ЗА с пирином и LISI in vitro и in vivo.

111.4. LISI как клеточный интерактор ЗА.

111.4.1. Ко-локализация LISI и ЗА в клетке.

111.3.2. Гиперэкспрессия белка LISI снимает ингибирование белкового транспорта из ЭР в Гольджи полиовирусным белком ЗА.

111.3.3. Гиперэкспрессия LISI препятствует уменьшению количества TNFR1 на клеточной поверхности, вызываемого ЗА.

111.3.4. Экспрессия N- и С-концевых делеционных мутантов LISI уменьшает количество TNFR1 на клеточной поверхности.

III.4. Пирин как клеточный интерактор ЗА.

111.4.1. Ко-локализация ЗА и пирина в клетках HeLa, зараженных полиовирусом.

111.4.2. Чувствительность полиовирусной инфекции к кверцетину коррелирует с экспрессией пирина в различных клеточных линиях.

111.4.3. Кверцетин в высокой концентрации ингибирует развитие полиовирусной инфекции в клетках HeLa.

П.4.4. Изменение количества пирина в клетках за счет гиперэкспрессии либо подавления методом РНК-интерференции модулирует устойчивость полиовирусной инфекции к воздействию кверцетина.

Ш.4.5. Белок ЗА не меняет кверцетиназную активность пирина.

IV. Модель молекулярных механизмов подавления анти-инфекционных защитных систем клетки-хозяина в экспериментальной полиовирусной инфекции.

Выводы.

Благодарности.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярные механизмы подавления антиинфекционных защитных систем клетки-хозяина на модели экспериментальной полиовирусной инфекции»

В процессе инфекции патогенный микроорганизм наносит повреждения органам и тканям организма-хозяина, что приводит к нарушению их функций и может повлечь за собой гибель всего организма. Организм-хозяин обладает широким арсеналом защитных анти-инфекционных средств, включая врожденный и приобретенный иммунный ответ на уровне организма и запрограммированную клеточную смерть (апоптоз) на уровне отдельной клетки, что в большинстве случаев позволяет организму эффективно справляться с инфекцией. В свою очередь, в процессе эволюции патогенные микроорганизмы приобрели способность к защите от анти-инфекционных процессов, развивающихся в пораженном организме 1,2.

Запрограммированная клеточная смерть, или апоптоз, является одним из методов борьбы организма-хозяина с внутриклеточными паразитами, такими как микоплазмы, токсоплазмы, облигатные внутриклеточные бактерии (хламидии, риккетсии) и вирусы. Подавление про-апоптотической программы клетки-хозяина необходимо для успешного размножения внутриклеточных паразитических микроорганизмов как на стадии репликации, так и на стадии высвобождения вновь образованных микроорганизмов (в особенности для микроорганизмов, имеющих литическую стадию развития, сопряженную с разрывом мембраны клетки-хозяина) 3"5. Действительно, в процессе изучения взаимодействия внутриклеточных паразитов с клеткой-хозяином были обнаружены как вирусные, так и бактериальные белки, обладающие анти-апоптотическими свойствами (большой Т-антиген, Е6, уБЫР, 1АР, р35, Е1В и др.). 6' 7 С другой стороны, поскольку активность белковых факторов микроорганизмов зачастую направлена на ключевые участки антиинфекционных систем и про-апоптотических сигнальных каскадов клетки-хозяина, изучение защитных механизмов патогенных микроорганизмов приводит к открытию новых сигнальных каскадов, вовлеченных в апоптоз, а также к более глубокому пониманию других важных аспектов клеточной физиологии.

Терапевтические анти-инфекционные методы включают стимуляцию защитных средств организма-хозяина (вакцинация, неспецифическая иммунная терапия) и непосредственное воздействие на патогенные микроорганизмы, ведущее к уничтожению либо препятствующее быстрому размножению патогена (антибиотики, бактериостатики, антивирусные препараты). Высокая способность к изменчивости позволяет микроорганизмам адаптироваться к действию лекарственных препаратов, что приводит к необходимости разработки во многих случаях принципиально новых, как более универсальных, так и более специфических, терапевтических подходов, что в свою очередь требует всестороннего изучения процессов, происходящих в пораженном организме на системном, клеточном и молекулярном уровнях. Следует отметить, что препараты, направленные на модификацию процессов, происходящих в организме-хозяине (например, активацию апоптоза в инфицированных клетках), менее зависят от изменчивости микроорганизма и потому более универсальны.

Наиболее простыми по стороению патогенными микроорганизмами являются вирусы, что делает их привлекательной моделью для изучения отношения «паразит-хозяин» на молекулярном уровне. Действительно, анти-апоптотические свойства были обнаружены для белков многих ДНК-содержащих вирусов, что привело к открытию таких важных про- и анти-апоптотических клеточных белков, как р53 и Akt8'9.

Перед началом данной работы были опубликованы данные об анти-апоптотических свойствах полиовируса (семейство РНК-содержащих пикорнавирусов), однако молекулярные механизмы этих процессов были неизвестны 10-12 Позднее было показано, что течение полиовирусной инфекции сопровождается активацией элементов клеточной апоптотической машины, однако полного развития апоптотической программы не происходит, что свидетельствует о наличии анти-апоптотических факторов в арсенале полиовируса 13. Аналогичные феномены были описаны для других членов семейства пикорнавирусов (вирусов Кокзаки , гепатита А, энцефаломиокардита и др.) 14~16. Пикорнавирусы являются самыми маленькими из известных вирусов, кодируя менее 20 белков. Таким образом, полиовирусная инфекция представляла собой новую удобную модель для изучения про- и анти-апоптотических механизмов при взаимодействии патогена с клеткой-хозяином.

Активации внутриклеточных апоптотических путей происходит в ответ на патологические изменения, производимые патогеном в клетке-хозяине, а также засчет активации специфических "рецепторов смерти" , на плазматической мембране клетки цитокинами, выделяемыми организмом в ответ на инфламматорные сигналы. Пермессивная полиовирусная инфекция приводит первоначально к запуску про-апоптотических механизмов в результате активности полиовирусных протеаз 2А, ЗС и, возможно, других белков, что сопровождается выбросом цитохрома С. Однако уже через 1,5 часа после начала инфекции сравнительно быстая апоптотическая программа подавляется и в клетке развивается более медленный цитопатический эффект, в результате чего вирус имеет достаточно времени для полного развития и производства потомства. Развитие цитопатического эффекта заканчивается лизисом клетки-хозяина и выпуском вновь синтезированных вирусных частиц 12. Экспонирование внутреннего содержимого клетки является инфламматорным стимулом. Нами было сделано предположение, что полиовирус, наряду с описанной выше способностью предотвращать развитие апоптоза, вызванного внутриклеточными стимулами, может обладать защитным механизмом против апоптоза, вызываемого активацией рецептора фактора некроза опухоли - ТОТЬи.

Действительно, стимуляция TNFR1 его лигандом, TNFD, приводит к одновременному запуску про- и антиапоптотических сигнальных каскадов. Анти-апоптотический путь связан с активацией NFkB с последующим синтезом его транскрипционных мишеней, которые ингибируют развитие апоптоза в клетке 17. Полиовирусная инфекция сопровождается подавлением кэп-зависимого белкового синтеза в результате активности протеазы 2А 18; таким образом, в клетке, зараженной полиовирусом, заблокирована анти-апоптотическая ветвь каскада, вызываемого активацией TNFR1, что делает клетку высокочувствительной к TNFa-индуцируемому апоптозу.

Данная работа посвящена изучению молекулярных механизмов подавления анти-инфекционных защитных систем клетки-хозяина в экспериментальной полиовирусной инфекции, направленных в частности против апоптоза, индуцированного фактором некроза опухоли. В ходе исследования были поставлены следующие задачи:

1. Определение полиовирусных белков, защищающих клетки HeLa и НЕК293 от апоптоза, индуцированного фактором некроза опухоли в присутствии ингибитора белкового синтеза циклогексимида.

2. Изучение способности полиовирусных белков ЗА и 2В ингибировать транспорт TNF рецептора (TNFR) на клеточную поверхность.

3. Определение клеточных мишеней белка ЗА с использованием дрожжевой двухгибридной системы.

4. Исследование механизма ингибирования транспорта TNFR за счет взаимодействия ЗА с компонентом динеинового моторного комплекса LISI.

5. Изучение влияния уровня экспрессии обнаруженной клеточной мишени ЗА - кверцетиназы пирин - на протекание ПВ инфекции.

I. Обзор литературы. 1.1. Пикорнавирусы.

Семейство пикорнавирусов (Picomaviridae. от исп pico — малая величина и сокр. англ. RNA — рибонуклеиновая кислота ) объединяет лишённые внешней мембранной оболочки вирусы, содержащие одно цепочечную геномную РНК положительной полярности, заключенную в белковый икосаэдный капсид (IV группа по системе классификации вирусов по Балтимору 19 Пикорнавирусы являются самыми маленькими из известных вирусов (размер капсида менее 30 нм, размер генома - 7-9 тысяч нуклеиновых оснований). Размножение пикорнавирусов происходит в цитоплазме клеток бактерий, растений, животных и человека. Пикорнавирусы подразделяются на 9 родов; двумя основными категориями являются энтеровирусы и риновирусы. Каждый род пикорнавирусов представлен множеством серотипов (Табл. 1).

Таблица 1. Семейство пикорнавирусов 118

Род Вид (* - видовой тип) Серотипы

Энтеровирус Энтеровирус быка 2 (BEV-1, BEV-2)

Энтеровирус человека А 21 (Кокзаки А, энтеровирусы)

Энтеровирус человека В 57 {Кокзаки В, энтеровирусы, эховирусы, др.)

Энтеровирус человека С 14 (Кокзаки А, энтеровирусы)

Энтеровирус человека 0 3 (EV-68, EV-70, EV-94)

Полиовирус* 3{PV-1, PV-2, PV-3)

Энтеровирус свиньи А 1 (PEV-8)

Энтеровирус свиньи В 2 (PEV-9, PEV-10)

Энтеровирус обезьяны А 1 (SEV-A1)

Риновирус Риновирус человека А* 74

Риновирус человека В 25

Гепатовирус Вирус гепатита А* 1 (HAV)

Вирус энцефаломиелита птиц 1 (AEV)

Кардиовирус Вирус энцефаломиокардита* 1 (EMCV)

Тейловирус (энцефаломиелит) 5 (TMEV, VHEV, TLV.SAFV-1, SAFV-2)

Афто вирус Вирус ящура* 7 (О, А, С, SAT-1, SAT-2, SAT-3, Asia-1

Вирус ринита лошади А 1 (ERAV)

Пареховирус Пареховирус человека* 6 (HPeV-1, HPeV-2, HPeV-3, HPeV-4, HPeV-5, HPeV-6)

Вирус Льганган 3

Эрбовирус Вирус ринита лошади В* 3 (ERBV-1, ERBV-2, ERBV-3)

Кобувирус Вирус Айчи* 1 (AiV)

Кобувирус быка 1 (BKV)

Тешовирус Тешовирус свиньи* 11 (PTV-1.PTV-11)

Риновирусы (от греч. rhis — нос) - наиболее распространенные инфекционные агенты, поражающие человека - являются причиной 30-50% случаев острых респираторных заболеваний (катаров верхних дыхательных путей). Известно около 100 серотипов риновирусов человека групп А и Б. Риновирус распространяется воздушно-капельным и контактным (с контаминированных поверхностей, в том числе при персональных контактах) путями. После попадания в организм человека, риновирус связывается с рецептором ICAM-1 (intracellular adhesion molecule -1) клеток респираторного эпителия верхних респираторных путей в течение 15 минут; инкубационный период длится 8-10 часов. Нижние респираторные пути поражаются реже, поскольку вирус плохо растет при температуре 37°С 21.

Энтеровирусы (от греч. enteron — кишка) поражают кишечник человека и позвоночных животных, откуда они могут распространяться и поражать другие органы. Частота энтеровирусных инфекций во всем мире достигает несколький сотен миллионов случаев в год; инфекции вызывают широкий спектр заболеваний, от обычной простуды до миокардита и асептрического менингита. К энтеровирусам относятся вирусы полиомиелита (3 серотипа), вызывающие поражение центральной нервной системы и параличи, эховирусы - наиболее частая причина асептического менингита, вирусы Коксаки (группы А и Б, 30 серотипов) — возбудители энцефаломиокардита новорожденных, перикардита, конъюнктивита и других болезней человека; вирусы Коксаки группы Б поражают производящие инсулин вета-клетки панкреатической железы и могут вызывать дибет 1-го типа, а также служат причиной простудных заболеваний, осложненных кишечными расстройствами 22.

К пикорнавирусам относятся также вирусы ящура, гепатита А, энцефаломиокардита и др. При всем многообразии вызываемых заболеваний, не-структурные белки пикорнавирусов разных видов отличаются поразительным сходством. Многообразие заболеваний является следствием отличий в строении капсидных белков, которое и определяет спектр потенциальных клеток-хозяев через наличие специфических рецепторов на поверхности этих клеток, с которыми способен провзаимодействовать данный вирус. Так, геном вируса Кокзаки А21 имеет высокий уровень идентичности с полиовирусом, однако вирус Кокзаки А21 поражает верхние дыхательные пути, в то время как развитие полиовирусной инфекции приводит к

23 24 поражению моторных нейронов ' . Действительно, рецептор вируса Кокзаки А21 (1САМ-1) экспрессируется клетками эндотелия, в то время как рецептор полиовируса СБ155 присутствует, в частности, на поверхности моторных

25 нейронов спинного мозга . Трансгенные мыши, экспрессирующие 1САМ-1 человека во всех тканях, подвержены заражению вирусом Кокзаки А21. Было продемонстрировано, что инфекция этих трансгенных мышей вирусом Кокзаки А21 приводит к поражению ЦНС и развитию полиомиелита 26. В другой работе было показано, что химерный вирус, имеющий капсид полиовируса и репликационные белки вируса Кокзаки А кластера С (С-САУ), неировирулентен в мышах, трансгенно экспрессирующих СБ15 5 27. Таким образом, высокогомологичные неструктурные белки различных типов пикорнавирусов имеют сходные функции.

Филогенетический анализ аминокислотной и нуклеотидной последовательностей полиовируса дает основания предположить, что полиовирус эволюционировал от предшественника вируса Кокзаки А кластера С засчет мутаций в капсидных белках, позволивших заражать клетки, экспрессирующие CD 155. Некоторые исследователи полагают, что прекращение вакцинации против современного полиовируса, находящегося на грани исчезновения из человеческой популяции, может создать условия для возникновения нового полиовирус-подобного вируса на основе C-CAV путем

27 переключения рецепторов (ICAM-1 на CD 155)

Разнообразие капсидов не ограничивается экспрессией , молекул, распознаваемых различными рецепторами: к примеру, капсид энтеровирусов обеспечивает кислотоустойчивость, что позволяет вирусам этого вида проходить через желудок и поражать кишечник 28. Таким образом, определенные риновирусы и вирусы Кокзаки, взаимодействующие с общим рецептором на поверхности эпителиальных клеток, поражают различные виды эпителия.

1.2. Полиовирус.

Полиовирус принадлежит к роду энтеровирусов - вирусов, местом жизнедеятельности которых является кишечный тракт. В семействе полиовируса встречаются три серотипа: Махони, Лансинга и Сабина. Все три серотипа могут заражать приматов, 2-ой серотип заражает также мышей 13. Основные характеристики полиовируса являются общими для всех серотипов. Данная работа была выполнена на генетическом материале полиовируса 1-го типа (Махони).

Полиовирус представляет собой плотно упакованную РНК, окружённую тонкой белковой оболочкой (липидный слой отсутствует). Вирион имеет форму икосаэдра; диаметр частицы равен приблизительно 30 нм 29.

Полиовирус проникает в клетку, взаимодействуя со специфическими рецепторами на плазматической мембране (С0155) Во время взаимодействия вирус подвергается конформационным изменениям, в результате которых вирусный геном переносится в цитоплазму и освобождается от белковой оболочки. Используя аппарат белкового синтеза клетки-хозяина, вирусная РНК образует полисомы, на которых начинается синтез полиовирусного полипротеина. В результате автокаталитического расщепления полипротеина образуются белки, при помощи которых начинается репликация полиовирусного генома и дальнейший протеолиз вновь синтезированных пол и протеинов. Репликация полиовирусной РНК происходит на цитоплазматической поверхности мембранных пузырьков, образующихся во время инфекции из мембран секреторного пути (аппарат Гольджи, ЭР) при участии образовавшихся белков. По мере увеличения концентрации вирусных белков происходит упаковка плюс-РНК в вирионы, которые высвобождаются из клетки в результате её литического разрушения 30.

Таблица 2. Временная последовательность событий, происходящих в течение ПВ иифекнии.

Время после инфекции Событие

-30 минут Резкое подавление клеточного белкового синтеза

-1-2 часа Резкое подавление клеточного синтеза макромолекул, аггрегация хроматина

-2,5-3 часа Начало синтеза вирусных белков; вакуолизация цитоплазмы

3-4 часа Пермиабилизация плазматической мембраны

4-6 часов Сборка вирионов в цитоплазме

6-10 часов Лизис клетки, выпуск вирусных частиц

Полный цикл размножения занимает от 5 до 10 часов, в зависимости от таких факторов, как рН, температура, тип клетки-хозяина, метаболическое состояние клетки и число частиц, заражающих одну клетку. Временная последовательность событий, происходящих в течение ПВ инфекции, приведена в Таблице 1.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Кондратова, Анна Анатольевна

Выводы.

1. Полиовирусные белки ЗА и 2В защищают клетки HeLa и NIH3T3 от апоптоза, индуцированного фактором некроза опухоли в присутствии ингибитора белкового синтеза циклогексимида.

2. Короткоживущий рецептор TNFR, в противоположность долгоживущему FAS рецептору, исчезает с поверхности клеток, экспрессирующих ЗА либо инфецированных полиовирусом.

3. Полиовирусный белок ЗА образует комплексы и ко-локализуется с клеточными белками LISI и пирин.

4. ЗА ингибирует везикулярный транспорт белков через взаимодействие с компонентом динеинового моторного комплекса LIS 1.

5. Уровень экспрессии пирина в клетках коррелирует с устойчивостью полиовируса к воздействию флавоноида кверцетина, обладающего противовирусной активностью.

Благодарности.

Хочу поблагодарить своего научного руководителя Андрея Владимировича Гудкова за предоставление интереснейшей темы для разработки.

Свою искреннюю благодарность хочу выразить Николаю Незнанову за ценные советы в ходе работы, предоставленные реактивы и моральную поддержку.

Слова особой признательности хотела бы высказать в адрес Романа Кондратова, который научил меня многим методам и без чьей поддержки эту работу было бы трудно выполнить.

Я благодарю Наталью Тарарову и Александра Бойко за критические замечания и стимулирующие дискуссии, а также Ольгу Гурьянову и Ольгу Разоренову за помощь в подготовке материалов к защите. Я благодарна членам лабораторий Е.И.Фроловой, П.М.Чумакова и А.В.Гудкова за поддержку, а также всем, кто мне помогал в ходе работы.

Список работ, опубликованных по теме диссертации:

1. Kondratova A, Gudkov A., Neznanov N. 1999. Anti-apoptotic properties of polioviral proteins 2B, 2BC, 2C, ЗА and ЗАВ. Abstracts of the third Cold Spring-Harbor Meeting on "Programm Cell Death", Cold Spring Harbor Laboratory, NY, Sept.29-Oct.3, 1999, США.

2. Neznanov N., Chumakov K., Gudkov A., Kondratova A. Polioviral proteins 2B and ЗА inhibit cell death induced by polioviral protease 2 A. Abstracts of the third Cold Spring Harbor Meeting on "Programm Cell Death", Cold Spring Harbor Laboratory, NY, Sept.29-Oct.3, 1999, США.

3. Neznanov N, Kondratova A, Chumakov KM, Angres B, Zhumabayeva B, Agol VI, Gudkov AV. 2001. Poliovirus protein ЗА inhibits tumor necrosis factor (TNF)-induced apoptosis by eliminating the TNF receptor from the cell surface. J Virol. 2001 Nov;75(21):10409-20.

4. Kondratova AA, Neznanov N, Kondratov RV, Gudkov AV. 2005. Poliovirus protein ЗА binds and inactivates LIS1, causing block of membrane protein trafficking and deregulation of cell division. Cell Cycle. 2005 0ct;4(10): 1403-10. Epub 2005 Oct 20.

5. Neznanov N, Kondratova A, Chumakov KM, Neznanova L, Kondratov R, Baneijee AK, Gudkov AV. 2008. Quercetinase pirin makes poliovirus replication resistant to flavonoid quercetin. DNA Cell Biol. 2008 Apr;27(4):l 91-8.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кондратова, Анна Анатольевна, 2009 год

1. Labbe, К. & Saleh, M. Cell death in the host response to infection. Cell Death Differ 15, 1339-49 (2008).

2. Marques, J.T. & Carthew, R.W. A call to arms: coevolution of animal viruses and host innate immune responses. Trends Genet 23, 359-64 (2007).

3. McLean, J.E., Ruck, A., Shirazian, A., Pooyaei-Mehr, F. & Zakeri, Z.F. Viral manipulation of cell death. Curr Pharm Des 14, 198-220 (2008).

4. Hay, S. & Kannourakis, G. A time to kill: viral manipulation of the cell death program. J Gen Virol 83, 1547-64 (2002).

5. Luder, C.G., Gross, U. & Lopes, M.F. Intracellular protozoan parasites and apoptosis: diverse strategies to modulate parasite-host interactions. Trends Parasitol 17, 480-6 (2001).

6. Ying, S. et al. Premature apoptosis of Chlamydia-infected cells disrupts chlamydial development. J Infect Dis 198, 1536-44 (2008).

7. Hacker, G., Kirschnek, S. & Fischer, S.F. Apoptosis in infectious disease: how bacteria interfere with the apoptotic apparatus. MedMicrobiol Immunol 195, 11-9 (2006).

8. Bellacosa, A. et al. Structure, expression and chromosomal mapping of c-akt: relationship to v-akt and its implications. Oncogene 8, 745-54 (1993).

9. O'Reilly, D.R. p53 and transformation by SV40. Biol Cell 57, 187-96 (1986).

10. Tolskaya, E.A. et al. Apoptosis-inducing and apoptosis-preventing functions of poliovirus. J Virol 69, 1181-9(1995).

11. Agol, V.I. et al. Two types of death of poliovirus-infected cells: caspase involvement in the apoptosis but not cytopathic effect. Virology 252, 343-53 (1998).

12. Agol, V.I. et al. Competing death programs in poliovirus-infected cells: commitment switch in the middle of the infectious cyclc. J Virol 74, 5534-41 (2000).

13. Belov, G.A. et al. The major apoptotic pathway activated and suppressed by poliovirus. J Virol 77, 45-56 (2003).

14. Seko, Y. et al. Role of Fas/FasL pathway in the activation of infiltrating cells in murine acute myocarditis caused by Coxsackievirus B3. J Am Coll Cardiol 39, 1399-403 (2002).

15. Brack, K., Frings, W., Dotzauer, A. & Vallbracht, A. A cytopathogenic, apoptosis-inducing variant of hepatitis A virus. J Virol 72, 3370-6 (1998).

16. Tanaka, N. et al. Type I interferons are essential mediators of apoptotic death in virally infected cells. Genes Cells 3, 29-37 (1998).

17. Natoli, G., Costanzo, A., Guido, F., Moretti, F. & Levrero, M. Apoptotic, non-apoptotic, and anti-apoptotic pathways of tumor necrosis factor signalling. Biochem Pharmacol 56, 915-20 (1998).

18. Krausslich, H.G., Nicklin, M.J., Toyoda, H., Etchison, D. & Wimmer, E. Poliovirus proteinase 2A induces cleavage of eucaryotic initiation factor 4F polypeptide p220. J Virol 61,2711-8(1987).

19. Baltimore, D. The strategy of RNA viruses. Harvey Lect 70 Series, 57-74 (1974).

20. Eggers, H.J. Accomplishments and challenges in picornavirology as observed by a medical doctor. Clin Diagn Virol 9, 67-76 (1998).

21. Mackay, I.M. Human rhinoviruses: the cold wars resume. J Clin Virol 42, 297-320 (2008).

22. Lukashev, A.N. Role of recombination in evolution of enteroviruses. Rev Med Virol 15, 157-67(2005).

23. Nathanson, N. The pathogenesis of poliomyelitis: what we don't know. Adv Virus Res 71, 1-50 (2008).

24. Racaniello, V.R. One hundred years of poliovirus pathogenesis. Virology 344, 9-16 (2006).

25. Staunton, D.E. et al. A cell adhesion molecule, ICAM-1, is the major surfacc rcccptor for rhinoviruses. Cell 56, 849-53 (1989).

26. Dufresne, A.T. & Gromeier, M. A nonpolio enterovirus with respiratory tropism causes poliomyelitis in intercellular adhesion molecule 1 transgenic mice. Proc Natl Acad Sci U S A 101, 13636-41 (2004).

27. Jiang, P. et al. Evidence for emergence of diverse polioviruses from C-cluster coxsackie A viruses and implications for global poliovirus eradication. Proc Natl Acad Sei U S A 104, 9457-62 (2007).

28. Marlin, S.D. et al. A soluble form of intercellular adhesion molecule-1 inhibits rhinovirus infection. Nature 344, 70-2 (1990).

29. Berstein, H.D. & Baltimore, D. Poliovirus mutant that contains a cold-sensitive defect in viral RNA synthesis. J Virol 62, 2922-8 (1988).

30. Lidskii, P.V. & Agol, V.l. How the poliovirus changes a cell., Vopr Virusol 51, 4-11 (2006).

31. Schmid, M. & Wimmer, E. IRES-controlled protein synthesis and genome replication of poliovirus. Arch Virol Suppl 9, 279-89 (1994).

32. Toyoda, H. et al. Complete nucleotide sequences of all three poliovirus serotype genomes. Implication for genetic relationship, gene function and antigenic determinants. J Mol Biol 174, 561-85 (1984).

33. Brown, D.M., Cornell, C.T., Tran, G.P., Nguyen, J.H. & Seniler, B.L. An authentic 3' noncoding region is necessary for efficient poliovirus replication. J Virol 79, 11962-73 (2005).

34. Silvestri, L.S., Pariila, J.M., Morasco, B.J., Ogram, S.A. & Flanegan, J.B. Relationship between poliovirus negative-strand RNA synthesis and the length of the 3' poly(A) tail. Virology 345, 509-19 (2006).

35. Ehrenfeld, E. & Seniler, B.L. Anatomy of the poliovirus internal ribosome entry site. Curr Top Microbiol Immunol 203, 65-83 (1995).

36. Toyoda, H. et al. Host factors required for internal initiation of translation on poliovirus RNA.^rc/z Virol 138, 1-15 (1994).

37. Hallcr, A.A., Nguyen, J.H. & Semler, B.L. Minimum internal ribosome entry site required for poliovirus infectivity. J Virol 61, 7461-71 (1993).

38. Pallansch, M.A. et al. Protein processing map of poliovirus. J Virol 49, 873-80 (1984).

39. Jürgens, C.K. et al. 2Apro is a multifunctional protein that regulates the stability, translation and replication of poliovirus RNA. Virology 345, 346-57 (2006).

40. Donnelly, M.L. et al. Analysis of the aphthovirus 2A/2B polyprotein 'cleavage' mechanism indicates not a proteolytic reaction, but a novel translational effect: a putative ribosomal 'skip'. ./Gen Virol 82, 1013-25 (2001).

41. Donnelly, M.L., Gani, D., Flint, M., Monaghan, S. & Ryan, M.D. The clcavage activities of aphthovirus and cardiovirus 2A proteins. J Gen Virol 78 ( Pt 1), 13-21 (1997).

42. Belov, G.A. & Ehrenfeld, E. Involvement of cellular membrane traffic proteins in poliovirus replication. Cell Cycle 6, 36-8 (2007).

43. Jürgens, C. & Flanegan, J.B. Initiation of poliovirus negative-strand RNA synthesis requires precursor forms of p2 proteins. J Virol 77, 1075-83 (2003).

44. Sandoval, I.V. & Carrasco, L. Poliovirus infection and expression of the poliovirus protein 2B provoke the disassembly of the Golgi complex, the organelle target for the antipoliovirus drug Ro-090179. J Virol 71, 4679-93 (1997).

45. Aldabe, R., Barco, A. & Carrasco, L. Membrane permeabilization by poliovirus proteins 2B and 2BC. J Biol Chem 111, 23134-7 (1996).

46. Wessels, E. et al. Effects of Picornavirus ЗА Proteins on Protein Transport and GBF1-dependent COP-I recruitment. J Virol 80, 11852-60 (2006).

47. Rodriguez, P.L. & Carrasco, L. Poliovirus protein 2C has ATPase and GTPase activities. J Biol Chem 268, 8105-10 (1993).

48. Pfister, Т., Jones, K.W. & Wimmer, E. A cysteine-rich motif in poliovirus protein 2C(ATPase) is involved in RNA replication and binds zinc in vitro. J Virol 74, 334-43 (2000).

49. Teterina, N.L. et al. Evidence for functional protein interactions required for poliovirus RNA replication. J Virol 80, 5327-37 (2006).

50. Vance, L.M., Moscufo, N., Chow, M. & Heinz, B.A. Poliovirus 2C region functions during encapsidation of viral RNA. J Virol 71, 8759-65 (1997).

51. Strauss, D.M. & Wuttke, D.S. Characterization of protein-protein interactions critical for poliovirus replication: analysis of ЗАВ and VPg binding to the RNA-dependent RNA polymerase. J Virol 81, 6369-78 (2007).

52. Lama, J., Sanz, M.A. & Rodriguez, P.L. A role for ЗАВ protein in poliovirus genome replication. J Biol Chem 270, 14430-8 (1995).

53. Paul, A.V. et al. Biochemical and genetic studies of the VPg uridylylation reaction catalyzed by the RNA polymerase of poliovirus. J Virol 77, 891-904 (2003).

54. Doedens, J.R., Giddings, Т.Н., Jr. & Kirkegaard, K. Inhibition of endoplasmic reticulum-to-Golgi traffic by poliovirus protein ЗА: genetic and ultrastructural analysis. J Virol 71, 9054-64 (1997),

55. Harris, K.S., Reddigari, S.R., Nickiin, M.J., Hammerle, Т. & Wimmer, E. Purification and characterization of poliovirus polypeptide 3CD, a proteinase and a precursor for RNA polymerase. J Virol 66, 7481-9 (1992).

56. Paul, A.V., Cao, X., Harris, K.S., Lama, J. & Wimmer, E. Studies with poliovirus polymerase 3Dpol. Stimulation of poly(U) synthesis in vitro by purified poliovirus protein ЗАВ .J Biol Chem 269, 29173-81 (1994).

57. Belov, G.A., Fogg, M.H. & Ehrenfeld, E. Poliovirus proteins induce membrane association of GTPase ADP-ribosylation factor. J Virol 79, 7207-16 (2005).

58. Fujita, K. et al. Membrane topography of the hydrophobic anchor sequence of poliovirus ЗА and ЗАВ proteins and the functional effect of ЗА/ЗАВ membrane association upon RNA replication. Biochemistry 46, 5185-99 (2007).

59. Kerr, J.F., Wyllie, A.H. & Currie, A.R. Apoptosis: a basic biological phenomenon with wide-ranging implications in tissue kinetics. Br J Cancer 26, 239-57 (1972).

60. Kumar, S. Caspase function in programmed cell death. Cell Death Differ 14, 32-43 (2007).

61. Yuan, J., Shaham, S., Ledoux, S., Ellis, H.M. & Horvitz, H.R. The C. elegans cell death gene ced-3 encodes a protein similar to mammalian interleukin-1 beta-converting enzyme. Cell 75, 641-52(1993).

62. Fadok, V.A. et al. Exposure of phosphatidylserine on the surface of apoptotic lymphocytes triggers specific recognition and removal by macrophages. J Immunol 148, 2207-16 (1992).

63. Kluck, R.M., Bossy-Wetzel, E., Green, D.R. & Newmeyer, D.D. The release of cytochrome с from mitochondria: a primary site for Bcl-2 regulation of apoptosis. Science 275, 1132-6(1997).

64. Yang, J. et al. Prevention of apoptosis by Bcl-2: release of cytochrome с from mitochondria blocked. Science 275, 1129-32 (1997).

65. Vaseva, A.V. & Moll, U.M. The mitochondrial p53 pathway. Biochim Biophys Acta (2008).

66. Wallach, D., Kang, T.B. & Kovalenko, A. The extrinsic cell death pathway and the elan mortel. Cell Death Differ 15, 1533-41 (2008).

67. Ghobrial, I.M., Witzig, T.E. & Adjei, A.A. Targeting apoptosis pathways in cancer therapy. CA Cancer J Clin 55, 178-94 (2005).

68. Kirsch, D.G. et al. Caspase-3-dependent cleavage of Bcl-2 promotes release of cytochrome c. J Biol Chem 274, 21155-61 (1999).

69. Whiteside, T.L. The role of death receptor ligands in shaping tumor microenvironment. Immunol Invest 36, 25-46 (2007).

70. Choi, C. & Benveniste, E.N. Fas ligand/Fas system in the brain: regulator of immune and apoptotic responses. Brain Res Brain Res Rev 44, 65-81 (2004).

71. Zhou, T., Mountz, J.D. & Kimberly, R.P. Immunobiology of tumor necrosis factor receptor superfamily. Immunol Res 26, 323-36 (2002).

72. Schneider, P. & Tschopp, J. Apoptosis induced by death receptors. Pharm Acta Helv 74, 281-6 (2000).

73. Ihnatko, R. & Kubes, M. TNF signaling: early events and phosphorylation. Gen Physiol Biophys 26, 159-67(2007).

74. Wallach, D. et al. Tumor necrosis factor receptor and Fas signaling mechanisms. Annu Rev Immunol17, 331-67(1999).

75. Baud, V. & Karin, M. Signal transduction by tumor necrosis factor and its relatives. Trends Cell Biol 11,372-7 (2001).

76. Schutze, S., Tchikov, V. & Schncider-Brachert, W. Regulation of TNFR1 and CD95 signalling by receptor compartmentalization. Nat Rev Mol Cell Biol 9, 655-62 (2008).

77. Grivennikov, S.I., Kuprash, D.V., Liu, Z.G. & Nedospasov, S.A. Intracellular signals and events activated by cytokines of the tumor necrosis factor superfamily: From simple paradigms to complex mechanisms. Int Rev Cytol 252, 129-61 (2006).

78. Gilmore, T.D. Introduction to NF-kappaB: players, pathways, perspectives. Oncogene 25, 6680-4 (2006).

79. Boutros, T., Chevet, E. & Metrakos, P. Mitogen-activated protein (MAP) kinase/MAP kinase phosphatase regulation: roles in cell growth, death, and cancer. Pharmacol Rev 60, 261-310 (2008).

80. Cho, S.G. & Choi, E.J. Apoptotic signaling pathways: caspases and stress-activatcd protein kinases .J Biochem Mol Biol 35, 24-7 (2002).

81. Gloire, G., Charlier, E. & Piette, J. Regulation of CD95/APO-l/Fas-induced apoptosis by protein phosphatases. Biochem Pharmacol 76, 1451-8 (2008).

82. Wajant, H. CD95L/FasL and TRAIL in tumour surveillance and cancer therapy. Cancer Treat Res 130, 141-65 (2006).

83. Charette, S.J., Lambert, H. & Landry, J. A kinase-independent function of Askl in caspase-independent cell death. J Biol Chem 276, 36071-4 (2001).

84. Lee, M.C., Miller, E.A., Goldberg, J., Orci, L. & Scliekman, R. Bi-directional protein transport between the ER and Golgi. Annu Rev Cell Dev Biol 20, 87-123 (2004).

85. Wickner, W. & Schekman, R. Protein translocation across biological membranes. Science 310, 1452-6(2005).

86. Schekman, R. Merging cultures in the study of membrane traffic. Nat Cell Biol 6, 483-6 (2004).

87. Ross, J.L., Ali, M.Y. & Warshaw, D.M. Cargo transport: molecular motors navigate a complex cytoskeleton. Curr Opin Cell Biol 20, 41-7 (2008).

88. Hirokawa, N. Kinesin and dynein superfamily proteins and the mechanism of organelle transport. Science 279, 519-26 (1998).

89. Vaughan, K.T. Microtubule plus ends, motors, and traffic of Golgi membranes. Biochim Biophys Acta 1744, 316-24 (2005).

90. Thyberg, J. & Moskalewski, S. Role of microtubules in the organization of the Golgi complex. Exp Cell Res 246, 263-79 (1999).

91. Kamal, A. & Goldstein, L.S. Principles of cargo attachment to cytoplasmic motor proteins. Curr Opin Cell Biol 14, 63-8 (2002).

92. Sannerud, R., Saraste, J. & Goud, B. Retrograde traffic in the biosynthetic-secretory route: pathways and machinery. Curr Opin Cell Biol 15, 438-45 (2003).

93. Burkhardt, J.K. The role of microtubule-based motor proteins in maintaining the structure and function of the Golgi complex. Biochim Biophys Acta 1404, 113-26 (1998).

94. Ho, W.C., Allan, V.J., van Meer, G., Berger, E.G. & Kreis, T.E. Reclustering of scattered Golgi elements occurs along microtubules. Eur J Cell Biol 48, 250-63 (1989).

95. Corthesy-Theulaz, I., Pauloin, A. & Pfeffer, S.R. Cytoplasmic dynein participates in the centrosomal localization of the Golgi complex. J Cell Biol 118, 1333-45 (1992).

96. Presley, J.F. et al. ER-to-Golgi transport visualized in living cells. Nature 389, 81-51997).

97. Burkhardt, J.K., Echeverri, C.J., Nilsson, T. & Vallee, R.B. Overexpression of the dynamitin (p50) subunit of the dynactin complex disrupts dynein-dependent maintenance of membrane organelle distribution. J Cell Biol 139, 469-84 (1997).

98. Dinter, A. & Berger, E.G. Golgi-disturbing agents. Histochem Cell Biol 109, 571-901998).

99. Peyroche, A. et al. Brefeldin A acts to stabilize an abortive ARF-GDP-Sec7 domain protein complex: involvement of specific residues of the Sec7 domain. Mol Cell 3, 275-851999).

100. Niu, T.K., Pfeifer, A.C., Lippincott-Schwartz, J. & Jackson, C.L. Dynamics of GBF1, a Brefeldin A-sensitive Arfl exchange factor at the Golgi. Mol Biol Cell 16, 1213-22 (2005).

101. Cardoso, C. et al. Clinical and molecular basis of classical lissencephaly: Mutations in the LIS1 gene (PAFAH1B1). HumMutat 19, 4-15 (2002).

102. Hirotsune, S. et al. Graded reduction of Pafahlbl (Lisl) activity results in neuronal migration defects and early embryonic lethality. Nat Genet 19, 333-9 (1998).

103. Smith, D.S. et al. Regulation of cytoplasmic dynein behaviour and microtubule organization by mammalian Lisl. Nat Cell Biol 2, 767-75 (2000).

104. Faulkner, N.E. et al. A role for the lissencephaly gene LIS1 in mitosis and cytoplasmic dynein function. Nat Cell Biol 2, 784-91 (2000).

105. Vallee, R.B., Tai, C. & Faulkner, N.E. LIS1: cellular function of a disease-causing gene. Trends Cell Biol 11, 155-60 (2001).

106. Sapir, T., Elbaum, M. & Reiner, O. Reduction of microtubule catastrophe events by LIS1, platelet-activating factor acetylhydrolase subunit. EMBOJ16, 6977-84 (1997).

107. Li, S. et al. Cytoplasmic dynein's mitotic spindle pole localization requires a functional anapliase-promoting complex, gamma-tubulin, and NUDF/LIS1 in Aspergillus nidulans. Mol Biol Cell 16, 3591-605 (2005).

108. Li, J., Lee, W.L. & Cooper, J.A. NudEL targets dynein to microtubule ends through LISl. Nat Cell Biol 7, 686-90 (2005).

109. Yingling, J. et al. Neuroepithelial stem cell proliferation requires LISl for precise spindle orientation and symmetric division. Cell 132, 474-86 (2008).

110. Yamada, M. et al. LISl and NDEL1 coordinate the plus-end-directed transport of cytoplasmic dynein. EMBOJ 27, 2471-83 (2008).

111. Morris, N.R., Efimov, V.P. & Xiang, X. Nuclear migration, nucleokinesis and lissenccphaly. Trends Cell Biol 8, 467-70 (1998).

112. Kawauchi, T. & Hoshino, M. Molecular pathways regulating cytoskeletal organization and morphological changes in migrating neurons. Dev Neurosci 30, 36-46 (2008).

113. Tanaka, T. et al. Lisl and doublecortin function with dynein to mediate coupling of the nucleus to the centrosome in neuronal migration. J Cell Biol 165,709-21 (2004).

114. Wendler, W.M., Kremmer, E., Forster, R. & Winnacker, E.L. Identification of pirin, a novel highly conserved nuclear protein. J Biol Chem 272, 8482-9 (1997).

115. Zeng, Q. et al. Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of human pirin. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 59, 1496-8 (2003).

116. Pang, H. et al. Crystal structure of human pirin: an iron-binding nuclear protein and transcription cofactor. J Biol Chem 279, 1491-8 (2004).

117. Dechend, R. et al. The Bcl-3 oncoprotein acts as a bridging factor between NF-kappaB/Rel and nuclear co-regulators. Oncogene 18, 3316-23 (1999).

118. Orzaez, D., de Jong, A.J. & Woltering, E.J. A tomato homologue of the human protein PIRIN is induced during programmed cell death. Plant Mol Biol 46, 459-68 (2001).

119. Adams, M. & Jia, Z. Structural and biochemical analysis reveal pirins to possess quercetinase activity. J Biol Chem 280, 28675-82 (2005).

120. Soo, P.C. et al. Pirin regulates pyruvate catabolism by interacting with the pyruvate dehydrogenase El subunit and modulating pyruvate dehydrogenase activity. J Bacteriol 189, 109-18(2007).

121. Bergman, A.C. et al. Protein kinase-dependent ovcrexpression of the nuclear protein pirin in c-JUN and RAS transformed fibroblasts. Cell Mol Life Sci 55, 467-71 (1999).

122. Slimestad, R., Fossen, T. & Vagen, I.M. Onions: a source of unique dietary flavonoids. J Agric Food Chem 55, 10067-80 (2007).

123. Bischoff, S.C. Quercetin: potentials in the prevention and therapy of disease. Curr Opin ClinNutrMetab Care 11, 733-40 (2008).

124. Murakami, A., Ashida, H. & Terao, J. Multitargetcd cancer prevention by quercetin. Cancer Lett 269, 315-25 (2008).

125. Boots, A.W., Haenen, G.R. & Bast, A. Health effects of quercetin: from antioxidant to nutraceutical. Eur J Pharmacol 585, 325-37 (2008).

126. Terao, J., Kawai, Y. & Murota, K. Vegetable flavonoids and cardiovascular disease. Asia Pac J Clin Nutr 17 SuppI 1, 291-3 (2008).

127. Davis, J.M., Murphy, E.A., McClellan, J.L., Carmichael, M.D. & Gangemi, J.D. Quercetin reduces susceptibility to influenza infection following stressful exercise. Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol 295, R505-9 (2008).

128. Dimova, S. et al. Safety-assessment of 3-melhoxyquercetin as an antirhinoviral compound for nasal application: effect on ciliary beat frequency. IntJ Pharm 263, 95-103 (2003).

129. Ohnishi, E. & Bannai, H. Quercetin potentiates TNF-induced antiviral activity. Antiviral Res 22,327-31 (1993).

130. Kumazawa, Y., Kawaguchi, K. & Takimoto, H. Immunomodulating effects of flavonoids on acute and chronic inflammatory responses caused by tumor necrosis factor alpha. Curr Pharm Des 12, 4271-9 (2006).

131. Kaul, T.N., Middleton, E., Jr. & Ogra, P.L. Antiviral effect of flavonoids on human viruses. J Med Virol 15, 71-9 (1985).

132. Inoue, M., Hayatsu, H. & Tanooka, H. Concentration effect of bisulfite on the inactivation of transforming activity of DNA. Chem Biol Interact 5, 85-95 (1972).

133. Silva, J.M. et al. Second-generation shRNA libraries covering the mouse and human genomes. Nat Genet 31, 1281-8 (2005).

134. Doedens, J.R. & Kirkegaard, K. Inhibition of cellular protein secretion by poliovirus proteins 2B and 3A. EMBOJU, 894-907 (1995).

135. Arai, H., Koizumi, H., Aoki, J. & Inoue, K. Platelet-activating factor acetylhydrolase (PAF-AH). JBiochem 131, 635-40 (2002).

136. Leventer, R.J., Cardoso, C., Ledbetter, D.H. & Dobyns, W.B. LIS1: from cortical malformation to essential protein of ccllular dynamics. Trends Neurosci 24, 489-92 (2001).

137. Liang, Y. et al. Nudel functions in membrane traffic mainly through association with Lisl and cytoplasmic dynein. J Cell Biol 164, 557-66 (2004).

138. Dujardin, D.L. et al. A role for cytoplasmic dynein and LIS1 in directed cell movement. J Cell Biol 163, 1205-11 (2003).

139. Hirose, H. ct al. Implication of ZW10 in membrane trafficking between the endoplasmic reticulum and Golgi. EMBOJ 23, 1267-78 (2004).

140. Levy, J.R. & Holzbaur, E.L. Cytoplasmic dynein/dynactin function and dysfunction in motor neurons. Int J Dev Neurosci 24, 103-11 (2006).

141. Castrillo, J.L., Vanden Berghe, D. & Carrasco, L. 3-Methylquercetin is a potent and selective inhibitor of poliovirus RNA synthesis. Virology 152, 219-27 (1986).

142. Krippner-Heidenreich, A. et al. Control of receptor-induced signaling complex formation by the kinetics of ligand/receptor interaction. J Biol Chem 277, 44155-63 (2002).

143. Webb, S.D., Sherratt, J.A. & Fish, R.G. Cells behaving badly: a theoretical model for the Fas/FasL system in tumour immunology. Math Biosci 179, 113-29 (2002).

144. Tucker, T.A. & Schwiebert, L.M. CD40 ligation decreases its protein half-life at the cell surface. Eur J Immunol 38, 864-9 (2008).

145. Semler, B. L., and E. Wimmer. 2002. Molecular Biology of Picornaviruses. American Society for Microbiology, Washington, D.C.

146. Finley, R. L., Jr., and Brent, R. (1995). Interaction trap cloning with yeast. In DNA Cloning 2, Expression Systems: A Practical Approach, B. D. Hames and D. M. Glover, eds. (Oxford: Oxford University Press), pp. 169-203.