Молекулярно-генетический анализ штаммов хантавирусов на территории Республики Татарстан тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Кабве Эммануэль
Кабве Эммануэль
кандидат наук
2019
- Специальность ВАК РФ03.02.07
- Количество страниц 157
Оглавление диссертации кандидат наук Кабве Эммануэль
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1. 1 Молекулярно-генетические и медицинские аспекты хантавирусных инфекций
1.1.1 История открытия и изучения хантавирусов
1.1.2 Эпидемиология хантавирусных инфекций
1.1.3 Распространенность хантавирусов в мире
1.1.4 Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом
1.1.4.1 Жизненный цикл хантавирусов
1.1.4.2 Клинические проявления ГЛПС
1.1.4.3 Молекулярный механизм ГЛПС
1.1.4.4 Заболеваемость ГЛПС в республике Татарстан
1.2 Генетическое разнообразие хантавирусов
1.2.1 Строение генома хантавирусов
1.2.2 Перестройки генетического материала хантавирусов
1.2.3 Эволюция хантавирусов
1.2.4 Генетическое разнообразие хантавируса Риита1а в Евразии
ГЛАВА 2. MАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Материалы исследования
2.2 Методы исследования
2.2.1 Идентификация вируса Риита1а методом ИФА
2.2.2 Выделение РНК
2.2.2.1 Выделение РНК из тканей грызунов
2.2.2.2 Выделение общей РНК из образцов цельной крови человека
2.2.3 Очистка препаратов РНК от примесей геномной ДНК
2.2.4 Проведение реакции обратной транскрипции (ОТ)
2.2.5 Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР)
2.2.6 Разделение продуктов ПЦР-амплификации методом гель-электрофореза
2.2.7 Очистка ПЦР-продукта (выделение ДНК из агарозных гелей)
2.2.8 Определение первичной нуклеотидной
последовательности (секвенирование) ПЦР-продуктов
2.2.9 Сравнение последовательностей и филогенетический анализ
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
3.1 Молекулярная-генетическая идентификация РНК РииУ
у грызунов
3.1.1 Инфицированность популяций рыжей полёвки
вирусом РииУ в РТ
3.2 Генетический анализ штаммов РииУ, выявленных в популяциях рыжей полёвки
3.2.1 Сравнительный анализ участка S-сегмента
3.2.2 Филогенетический анализ Н.П. участка S-сегмента
3.2.3 Сравнительный анализ участка М-сегмента
3.2.4 Филогенетический анализ Н.П. участка М-сегмента
3.2.5 Сравнительный анализ участка Ь-сегмента
3.2.6 Филогенетический анализ Н.П. участка Ь-сегмента
3.2.7 Сравнительный анализ рассчитанных аминокислотных последовательностей участков генома штаммов РииУ
из популяций рыжих полёвок РТ
3.3 Сравнительный анализ полной последовательности
Б-сегмента 4-х штаммов РииУ
3.4 Генетический анализ штаммов РииУ, обнаруженных
у больных ГЛПС
3.4.1 Молекулярно-генетическая идентификация штаммов РииУ
3.4.2 Генетическое разнообразие штаммов РииУ у больных ГЛПС
в Республике Татарстан и Республике Мордовия
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.1 Уровень инфицированности популяций рыжей полёвки вирусом
Рииу в регионах РТ
4.2 Генетическое разнообразие участка S-сегмента РииУ в
популяциях рыжей полёвки на территории РТ
4.3 Филогенетическая связь между штаммами РииУ у рыжей полёвки и у больных ГЛПС
4.4 Генетическая вариабельность M- и L-сегментов РииУ в популяциях рыжей полёвки в РТ
4.5 Филогенетические связи и эволюция аминокислотных последовательностей сегментов генома штаммов РииУ
4.6 Реассортация как основной механизм формирования
генома штаммов РииУ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ А
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы исследования и степень ее разработанности
Изучение структурно-функциональной организации геномов вирусов является важной фундаментальной и прикладной задачей современной генетики, особенно учитывая широкую распространённость заболеваний, вызываемых вирусами. Несмотря на интенсивные изучения вирусов, наши знания о генетическом разнообразии геномов, механизмах генетической изменчивости и молекулярной эволюции, географической распространённости, повышении приспособленности к природным хозяевам остаются недостаточными. Также остаются неизученными многие вопросы, связанные с особенностями клинических проявлений вирусных заболеваний и строения генома возбудителя.
Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом (ГЛПС) является широко распространенной вирусной нетрансмиссивной зоонозной инфекцией, возбудителями которой являются хантавирусы, относящиеся к семейству Bunyaviridae. Из всех стран Европы Россия занимает первое место по заболеваемости природно-очаговыми формами ГЛПС. По данным Роспотребнадзора только за последние 14 лет было зарегистрировано более 96 тысяч случаев ГЛПС, включая 2,5 тысяч детей в возрасте до 14 лет (В.Г. Морозов, 2017). При этом наибольшее количество диагнозов ГЛПС было поставлено в Приволжском федеральном округе (ПФО), которые включают Республику Татарстан (РТ). РТ входит в число регионов, в которых ежегодно фиксируется до 1000 и более случаев заболевания ГЛПС, основным возбудителем которого является хантавирус Риита1а (Риита1а orthohantavirus, РииУ) (Khismatullina, et а1., 2016). Высокие показатели заболеваемости ГЛПС в РТ связаны с его нахождением в границах ареала рыжей полёвки (Myodes ^агеоЫя)., основного природного хозяина и переносчика РииУ (Каг7аШ1, 2015).
Ареал рыжей полёвки охватывает большинство стран Европы, что обусловливает широкое распространение штаммов РииУ. Выявленная высокая степень генетического разнообразия РииУ в популяциях рыжей полёвки
европейских стран дала основания для выделения восьми генетических линий вируса: центрально-европейской (CE), альпийско-адриатической (ALAD), датской (DAN), южно-скандинавской (S-SCAN), северо-скандинавской (N-SCAN), финской (FIN), русской (RUS) и латвийской (LAT) (de Vries, et al., 2016). Различия в нуклеотидных последовательностях (Н.П.) S-сегмента генома PUUV между двумя линиями достигают более 15% (Castel, 2015; Yashina et al., 2015), тогда как в пределах локальной популяции полёвок дивергенция Н.П. не превышает нескольких процентов в пределах одной линии (Kabwe et al., 2017; Razzauti et al., 2012). Причиной наблюдаемого генетического разнообразия PUUV является как накопление точечных замен нуклеотидов, так и перестройки генома вируса, проявляющиеся как результат процессов рекомбинации и реассортации (Monchatre-Leroy et al, 2018; Razzauti et al, 2008). Последний особенно ярко выражен в так называемых «зонах контакта» между популяциями полёвок, инфицированных штаммами PUUV разных генетических линий (Razzauti et al., 2012). Наблюдаемая в зонах контакта ко-циркуляция штаммов PUUV двух линий может приводить к появлению новых генетических форм вируса, инфицирование которыми с высокой вероятностью может проявляться в изменении клинической картины у больных ГЛПС. Поэтому изучение генетических механизмов эволюции PUUV представляет большой фундаментальный и практический интерес. Понимание этих процессов позволит прогнозировать появление возможных штаммов PUUV в зонах контакта и оценить их потенциальную патогенность для человека.
Ранее на территории России были идентифицированы штаммы двух различных генетических линий PUUV, циркулирующие в популяциях рыжей полёвки: штаммы линии FIN - в Карелии и в Западной Сибири, штаммы линии RUS - в Удмуртии, Башкирии и Самарской области (Yashina et al, 2015; Kariwa et al, 2009; Garanina et al, 2009). Однако о распространённости и строении геномов штаммов PUUV на большей части территории ПФО и, в частности, в РТ до сих пор не было никаких данных. Также в литературе практически отсутствуют данные о строении генома штаммов PUUV у больных ГЛПС в России. Поэтому актуальной
задачей представляется изучение особенностей генома штаммов PUUV, обнаруженных в популяциях рыжей полёвки и у больных ГЛПС в РТ, с дальнейшим выявлением как филогенетических связей между штаммами, так и возможной корреляции между геномом PUUV у пациентов и клиническими проявлениями ГЛПС.
Целью работы является исследование распространенности, генетического разнообразия и филогенетических связей штаммов хантавирусов в популяциях мелких грызунов и у больных геморрагической лихорадкой с почечным синдромом в Республике Татарстан.
В соответствии с поставленной целью были сформулированы следующие задачи исследования:
1. Идентификация и филогенетический анализ штаммов хантавирусов, циркулирующих в популяциях мелких грызунов разных районов РТ.
2. Идентификация штаммов хантавирусов у больных геморрагической лихорадкой с почечным синдромом и определение их филогенетических связей со штаммами, распространёнными в популяциях мелких грызунов на территории РТ.
3. Анализ генетической вариабельности и идентификация реассортантных штаммов хантавируса Puumala в РТ.
Научная новизна работы
Впервые проведены масштабные молекулярно-генетические исследования геномов штаммов PUUV, выявленных у рыжих полевок и у пациентов с ГЛПС в РТ. Научной новизной характеризуются данные, демонстрирующие генетическое разнообразие штаммов PUUV в исследованных районах РТ. Показано, что на территории РТ преимущественно распространены штаммы PUUV, относящиеся к нескольким подтипам генетической линии RUS. Впервые в РФ показано, что в отдельных популяциях рыжей полёвки в РТ наблюдается ко-циркуляция штаммов PUUV, S-сегмент генома которых соответствует генетическим линиям RUS и FIN. Впервые показано, что выявленные у больных ГЛПС штаммы PUUV также соответствуют линиям RUS и FIN, а также показана прямая филогенетическая
связь между штаммами, циркулирующими в популяциях рыжих полёвок и обнаруженными у больных ГЛПС.
Для штамма PUUV/Kazan/MG_032/2014 доказан составной характер участка кодирующей области S-сегмента, включающего фрагменты, соответствующие генетическим линиям FIN и RUS, что свидетельствует о рекомбинантном происхождении генома данного штамма.
Новыми являются полученные данные о реассортивном характере генома большинства выявленных на территории РТ штаммов PUUV. Показано, что во многих случаях геном штаммов PUUV является результатом комбинации S-, M- и L-сегментов из характерной для отдельной генетической линии совокупности вариантов.
Теоретическая и практическая значимость работы
Теоретическая значимость работы заключается в демонстрации значения процессов реассортации для образования новых вариантов генома PUUV. Теоретически важными являются также данные о рекомбинантном происхождении S-сегмента штамма PUUV/Kazan/MG_032/2014, состоящего из участков двух разных генетических линий. Обнаружение данного генома может служить доказательством жизнеспособности таких «гибридных» штаммов, помочь в понимании молекулярно-генетических механизмов патогенеза ГЛПС и позволит теоретически обосновать необходимость направленного поиска рекомбинантных геномов PUUV, особенно в зонах контакта между штаммами из разных генетических линий. Теоретическое значение для понимания особенностей вирулентности разных штаммов PUUV имеют также данные о неодинаковом их распределении в популяциях рыжей полёвки и у больных ГЛПС.
Практическое значение полученных данных заключается в несомненной полезности для составления прогноза о существовании возможных геномов штаммов PUUV на конкретной территории, для картирования наиболее опасных в эпидемиологическом отношении районов, планирования и проведения необходимых мероприятий по снижению уровня заболеваемости ГЛПС.
Полученные результаты также могут найти практическое применение при изучении связи между особенностями строения генома штаммов PUUV и клиническими проявлениями ГЛПС у больных. Выявленное генетическое разнообразие штаммов PUUV будет также полезным при разработке более чувствительных тест-систем для обнаружения и идентификации распространённых в РТ штаммов, что особенно важно на этапе ранней диагностики ГЛПС.
Основные положения, выносимые на защиту:
1. Штаммы хантавируса Puumala, циркулирующие в популяциях рыжей полёвки на территории РТ, принадлежат к генетическим линиям RUS и FIN, характеризуются высоким генетическим разнообразием, а также наличием рекомбинантых и реассортативных вариантов геномов вируса.
2. Штаммы хантавируса Puumala, выявленные в популяциях рыжей полёвки и у больных ГЛПС, филогенетически связаны между собой и принадлежат к штаммам, циркулирующим в популяциях рыжей полёвки на территории РТ.
Связь работы с базовыми научными программами
Представленная работа была финансирована Российским Министерством Науки и образования ФСП №14.А18.21.1930, ФСП №16.552.11.7083. Работа выполнена за счет средств субсидии, выделенной в рамках государственной поддержки Казанскому (Приволжскому) федеральному университету в целях повышения его конкурентоспособности среди ведущих мировых научно-образовательных центров (5-ТОП-100).
Работа выполнялась в рамках договора о творческом сотрудничестве между следующими организациями: Федеральное бюджетное учреждение науки «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Федеральной службы в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Федеральное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Татарстан (Татарстан)»,
Управление Федеральной службы в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Республике Татарстан и Федеральное государственное учреждение высшего образования «Казанский (Приволжский) федеральный университет».
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Генетика», 03.02.07 шифр ВАК
Генетическое разнообразие хантавирусов в популяциях грызунов и насекомоядных азиатской части России2012 год, доктор биологических наук Яшина, Людмила Николаевна
Особенности размножения хантавирусов в культурах клеток2015 год, кандидат наук Малкин, Геннадий Андреевич
Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом (этиология, специфическая лабораторная диагностика, разработка диагностических и вакцинных препаратов)2014 год, кандидат наук Дзагурова, Тамара Казбековна
Мышевидные грызуны Приханкайской равнины и их значение в циркуляции хантавирусов2012 год, кандидат биологических наук Борисова, Дарья Сергеевна
Оценка эффективности адъювантов различного происхождения, методов инактивирования вирусов и контроля специфической активности хантавирусных вакцинных препаратов2021 год, кандидат наук Курашова Светлана Сергеевна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетический анализ штаммов хантавирусов на территории Республики Татарстан»
Апробация работы
Материалы диссертации представлены на международных и всероссийских конгрессах и конференциях: XXI Международная научная конференция «Современная наука: актуальные проблемы и пути их решения» (Липецк, 2015 г.); конференция с международным участием «Актуальные проблемы современной генетики», посвященная 40-летию кафедры генетики (Казань, 2016 г.); Международная научная конференция «Трансляционная медицина: настоящее и будущее» (Казань, 2016 г.); IX Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Молекулярная диагностика» (Москва, 2017 г.); IX Ежегодный Всероссийский Конгресс по инфекционным болезням с международным участием «Инфекционные болезни» (Москва, 2017 г.); VI Международная конференция «Новые концепции механизмов воспаления, аутоиммунитета и туморогенеза» (Казань, 2017); ежегодные итоговые научные конференции сотрудников Казанского университета (Казань, 2017 и 2018 г.); Seventh International Meeting on Emerging Diseases and Surveillance - IMED (Вена, Австрия, 2018).
Публикация результатов исследования
По материалам диссертации опубликовано 1 4 печатных работ, в том числе 4 статьи в научных журналах, рекомендованных ВАК, а также индексируемых в базе данных Scopus и Web of Science, и 10 тезисов докладов на Международных и Всероссийских конференциях и конгрессах.
Место выполнения работы и личный вклад диссертанта
Основные экспериментальные данные получены непосредственно автором исследования за время работы в Институте фундаментальной медицины и биологии Казанского (Приволжского) федерального университета (2014-2018). Автором проанализированы данные отечественной и зарубежной литературы по теме диссертации. Автор принимал участие в планировании и осуществил экспериментальную и аналитическую часть работы. Все этапы молекулярно-генетического исследования автором выполнены лично. Автором проведен анализ полученных результатов, обсуждены результаты и сформулированы выводы.
Структура и объем диссертационной работы
Материалы диссертационный работы изложены на 157 страницах машинописного текста. Работа содержит 22 рисунка и 15 таблиц. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов исследований, обсуждения результатов, заключения, выводов и списка литературы. Библиография включает 197 источников, среди которых 62 отечественных и 135 зарубежных источников.
Соответствие диссертации паспорту научной специальности
Основные выводы и положения диссертационной работы соответствуют формуле специальности «03.02.07 - генетика», охватывающей проблемы структурно-функциональной организации генома, структурной, функциональной и эволюционной геномики, генетических механизмов эволюции.
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Молекулярно-генетические и медицинские аспекты хантавирусных
инфекций
1.1.1 История открытия и изучения хантавирусов
Изучение хантавирусных инфекций и их возбудителей представляется актуальной задачей в связи с их широким распространением в мире и высокой заболеваемостью. Первые случаи геморрагической лихорадки с почечным синдромом (ГЛПС) были выявлены и описаны российскими исследователями в 1935 году на территории Дальнего Востока и в Манчжурии. Поскольку все обнаруженные случаи были зарегистрированы в Хабаровском, Приморском краях и в Амурской области (Ткаченко и др., 2004), то предполагалось, что заболевание распространено только на Дальнем Востоке. Позже симптомы заболевания, идентичные описанным на Дальнем Востоке, были выявлены в Скандинавии и в центральных областях России (Лян, 2016), однако не удалось обнаружить возбудителя болезни.
В ходе Корейской войны (1950-53 гг.) симптомы ГЛПС были выявлены более чем у 3 000 американских военнослужащих, причём количество летальных случаев приближалось к 7%. Возбудитель инфекции был обнаружен только через несколько лет в результате ретроспективного анализа клинических случаев. Исследования показали, что возбудителем ГЛПС является хантавирус, получивший название Hantaan (HTNV) по названию реки в Корее (Lee J.S., 1999).
Наряду со случаями заболевания среди населения, инфицирование в результате проведения научных исследований было зарегистрировано в 1961 г. в Институте эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи (г. Москва). Тогда ГЛПС было диагностировано у 113 из 186 сотрудников и посетителей лаборатории, где содержались грызуны, привезенные для исследований из Кировской области. Летальных исходов зафиксировано не было. В результате этого эпизода была выявлена связь между заболеванием ГЛПС и контактами с грызунами. Также было установлено, что к этой инфекции вырабатывается стойкий иммунитет, так как
пять сотрудников, ранее переболевших ГЛПС, не заболели во время вспышки заболевания (Ткаченко, 2003).
История открытия возбудителя ГЛПС датируется 1976 годом, когда южнокорейский врач Lee H.W. (Lee et al., 2014) впервые в мире выделил вирус HTNV из легочной ткани грызуна, установив его этиопатогенетическую связь с данным заболеванием. Также был открыт и выделен новый род вирусов -Hantavirus, который дополнил семейство - Bunyaviridae. Позднее, в 1980, в финском муниципалитете Puumala был открыт новый штамм хантавирусов. Спустя еще два года, в 1982 году Lee H.W et al обнаружили другой вид хантавирусов, получивший название Seoul (SEOV), вызывавший ГЛПС у жителей Сеула (Lee et al., 2014). Резервуаром этого вируса является городская серая крыса. Исследования 1982 г. показали, что до 15% крыс, обитающих в Сеуле и до 28% крыс в Токио, являются носителем данного вида вируса (Plyusnin, 2011).
Анализ заболеваемости населения США и других стран показал, что представители данного рода вирусов причастны к развитию других нозологических форм помимо ГЛПС. Так, проблема хантавирусной инфекции вновь стала актуальной в 1993 г., когда в США была зарегистрирована вспышка инфекционного заболевания среди американских индейцев навахо, проживающих в резервациях на территории штатов Колорадо, Нью-Мексико, Аризоны и Юты. Хантавирусная инфекция протекала в атипичной форме, получившей название хантавирусного лёгочного синдрома (ХЛС) (Brocato et al., 2014).
Таким образом, хантавирусные инфекции могут протекать в виде двух клинических форм, каждая из которых связана с определенным видом вируса.
1.1.2 Эпидемиология хантавирусных инфекций
На сегодняшний день профилактике вирусных инфекций отводится весьма важная роль. Это связано с тем, что ГЛПС является одним из самых распространенных зоонозных заболеваний в мире. Поэтому изучение характерных особенностей возбудителя, путей распространения, естественных резервуаров, а также начальных клинических проявлений вызывает значительный интерес у ученых и клиницистов. Естественным резервуаром возбудителей ГЛПС являются мышевидные грызуны, у которых хантавирусная инфекция протекает в персистирующей латентной форме, при этом вирус обнаруживается во всех органах животного (Симонов, 2014; Diaz, 2015). Так, например, резервуаром вируса HTNV является полевая мышь Apodemus agrarius, вируса PUUV - рыжая полёвка Myodes glareolus (ранее вид назывался Clethrionomys glareolus) (Ali et al., 2015; Klein et al., 2015; Tadin et al., 2016). Вирус попадает во внешнюю среду с биологическими выделениями грызунов и сохраняет устойчивость при комнатной температуре в течение 12-15 дней (Razzauti et al., 2008; Jiang et al., 2017). Заражение человека происходит алиментарным, аспирационным, контактным и аэрогенным путем. Наиболее подвержены хантавирусным инфекциям представители профессий, связанных с аграрно-промышленным комплексом, охотники и лесники (Иванова и др., 2016).
Установлена прямая зависимость между вспышками хантавирусной инфекции, временем года и численностью популяции грызунов. Например, вспышки ГЛПС, вызванные видами HTNV и PUUV приходятся на осень и лето, вид Dobrava (DOBV) вызывает ГЛПС преимущественно в весеннее время (Jiang et al., 2017). Изменение численности популяции рыжей полёвки приводило к соответствующему изменению уровня заболеваемости ГЛПС в районе г. Конневеси в центральной Финляндии (Voutilainen et al., 2016).
Летальность при хантавирусных инфекциях зависит от штамма вируса, в частности, при ГЛПС самая низкая летальность наблюдается при заражении вирусом PUUV (0,1-1%) (Санков и др., 2015), а самая высокая - при заражении вирусами HTNV и DOBV (до 10-15%) (Kariwa et al, 2007; Jiang et al, 2016). В то же
время ХЛС, вызываемый вирусом Sin Nombre (SNV), характеризуется намного более высокой летальностью - до 40-50% (Brocato et al., 2014; Khismatullina et al., 2016).
Таким образом, заболеваемость хантавирусными инфекциями непосредственно связана с природными очагами и зависит от ряда факторов, что может приводить к существенным изменениям числа заболевших в эндемичных регионах в течение года.
1.1.3 Распространённость хантавирусов в мире
На сегодняшний день ГЛПС диагностируется во многих странах Старого Света включая Швецию, Норвегию, Финляндию, Болгарию, бывшую Югославию, Чехию, Бельгию, Францию, КНР, КНДР, Южную Корею (Klein et al., 2007; Marcotic, 2013; Sanada, 2013; Charbonnel et al., 2014). При серологических исследованиях специфические антитела к возбудителям ГЛПС были обнаружены у населения Аргентины, Бразилии, Египта, Канады, Колумбии, США, а также у жителей Аляски и Гавайских островов, что говорит о широких географических масштабах распространения данной инфекции (Нафеев, 2009). Хантавирусы широко распространены и на территории Российской Федерации. Ежегодно в различных субъектах РФ регистрируются многочисленные случаи хантавирусных инфекций, причём наблюдается тенденция к расширению географии заболеваний на новые регионы (Калмыков и др., 2012; Яшина и др., 2015). Географическая распространённость хантавирусов тесно коррелирует с ареалами их природных хозяев - грызунов (Таблица 1).
В Европе большая часть случаев хантавирусных инфекций приходится на Россию, Финляндию, Швецию, в Азии наибольшее количество случаев было зарегистрировано в Южной Корее и Китае. В России высокие уровни заболеваемости ГЛПС характерны для Поволжья (Башкортостан, Республика Удмуртия, Республика Татарстан), областей Западной Сибири (Омской, Тюменской, Новосибирской) и регионов Дальнего Востока (Амурская область, Приморский и Хабаровский край) (Киряков и др., 2015). В последние годы в России
Таблица 1 — Географическое распределение и резервуары некоторых патогенных хантавирусов
Хантавирус (заболевание) Грызун -природный хозяин Ареал Ссылка
Puumala (ГЛПС) Myodes glareolus (рыжая полёвка) Страны западной, центральной, северной Европы, Европейская часть РФ (Яшина и др., 2013)
Khabarovsk (ГЛПС) Microtus fortis Азия (Сибирь, Дальний Восток России) (Слонова и др., 2013)
Amur (ГЛПС) Apodemus peninsula Азия (Сибирь, Дальний Восток России) (Слонова и др., 2013)
Hantaan (ГЛПС) Apodemus agrarius Восточная Азия Слонова и др., 2013)
Seoul (ГЛПС) Rattus norvegicus Азия (Максема и др., 2010)
Tula (ГЛПС) Microtus arvalis Европа (Здольник и др., 2012)
Dobrava (ГЛПС) Apodemus flavicollis Европа (Балканы), юг европейской части РФ (Ткаченко, 2013)
Dobrava-Ap (ГЛПС) Apodemus ponticus Европа (Северный Кавказ) (Ткаченко и др., 2004)
Sin Nombre (ХЛС) Peromyscus maniculatus Северная Америка (Хайбуллина, 2015)
Andes (ХЛС) Oligoryzomys longicaudatus Южная Америка (Аргентина, Чили) (Хайбуллина, 2015)
зарегистрированы новые очаги хантавирусной инфекции, в связи с чем был отмечен рост заболеваемости в целом по стране почти в три раза (Мутных и др, 2011; Симонов, 2014; Бондаренко, 2015; Алешковская и др., 2015; Кузнецова и др., 2015; Иванова и др., 2016; Березовская и др., 2016; Барегамян и др, 2016). На территории России обнаружено, по меньшей мере, десять генотипов хантавирусов, среди которых наиболее распространены штаммы HTNV, PUUV, DOBV, SEOV, Amur, Artybash и Altay (Яшина и др., 2013; Слонова и др, 2013).
В некоторых европейских странах (Словении, Польше, Чехии) отмечается преобладание вируса Dobrava-Belgrade (DOBV) (Ткаченко, 2013). В России циркуляция вируса DOBV показана в Республике Башкортостан и Центрально-
чернозёмном районе (Dzagurova et al., 2009; Валеев, 2012). Геновариант вируса DOBV-Ap, носителем которого является кавказская лесная мышь, был обнаружен в 2005 году на территории Краснодарского края в районе г. Сочи (Ткаченко и др., 2016).
В ряде европейских стран (бывшая Югославия, Швеция, Германия, Бельгия, Польша) и в европейской части России лидирующее положение занимает вирус PUUV, являющийся этиологическим агентом ГЛПС. В частности, штаммы PUUV циркулируют в Поволжье, Западной Сибири (Kariwa et al., 2009; Абрамов, 2011; Валеев, 2012; Ткаченко и др., 2012; Yashina et al., 2015). Впервые на территории России штамм хантавируса PUUV - «Уфа CG-1820» - был выделен в 1982 г. в Башкирии (Валеев, 2012). Работы, касающиеся изучения разнообразия хантавирусов, в т. ч. PUUV, на территории республики Татарстан на сегодняшний день в современной литературе отсутствуют.
Непатогенный вирус Tula (TULV), впервые выявленный в центральной части России, чуть позже был обнаружен и в центральноевропейских странах (Здольник и др. , 2012). У леммингов, обитающих на полуострове Таймыр, был найден новый генотип хантавируса, который впоследствии получил название вирус Topografov, а на территории Хабаровского и Приморского края обнаружен вирус Khabarovsk. Вирус SEOV изначально был выявлен в Республике Корея, однако на сегодняшний день он встречается в евразийских странах (Максема и др, 2010).
Таким образом, геморрагическая лихорадка и её непосредственные возбудители широко распространены во всем мире, однако распределяются вирусы неравномерно, образуя природные очаги инфекции, связанные с ареалами соответствующих грызунов - естественных носителей. Биология и динамика популяций грызунов-носителей определяет характер контактов с ними населения на очаговой территории (Яшина, 2012; Кушнарева, 2016).
Рыжая полёвка является лесным грызуном, который редко встречается за границами лесных массивов и мало склонен к обитанию вблизи человеческого жилья (Кшнясев и др., 2016). Поэтому в очагах ГЛПС, вызванных вирусом PUUV, люди соприкасаются с резервуарными животными в местах их естественного
обитания, включая дачные участки и лесные массивы (Апекина и др., 2013). В данных ситуациях человек сам внедряется на очаг природной инфекции (Jonsson et al., 2010; Мочалкин и др., 2015). При этом пик заболеваемости совпадает с сезонным подъемом численности грызунов. В случае оттепелей и других аномалий погоды зимой в годы массового размножения полёвок, грызуны мигрируют ближе к городской черте, создавая дополнительные условия для заражений человека (Транквилевский и др., 2014; Иванис, 2015; Drewes et al, 2016; Borg et al, 2017).
Резервуар хантавируса DOBV - желтогорлая мышь - обитает летом в луго-полевых и в околоводных природных местах, где контакт человека с ней ограничен. Однако в осенне-зимний период этот грызун часто заселяет стога, ометы, бурьяны вблизи строений, а также надворные постройки, жилые и хозяйственные помещения. В годы, на которые приходится пик численности, создаётся значительная локальная плотность вблизи человеческого жилья (Траквилевский, 2015). В данных ситуациях грызуны сами «приносят» инфекцию человеку «на дом». Чаще всего это наблюдается в сельской местности или в пригородах городов в зимний период. Роль других видов мелких млекопитающих в распределении хантавирусной инфекции еще не полностью изучена (Кушнарева и др., 2012; Douglass, 2016; Feher et al., 2017).
Таким образом, природный резервуар хантавирусных инфекций является весьма ограниченным, однако ввиду воздействия определенных факторов повышается вероятность контакта человека с инфицированным грызуном, что может способствовать инфицированию. Поэтому, учет особенностей среды обитания, а также сезонные передвижения грызунов, позволяют разрабатывать мероприятия для профилактики распространения инфекции.
1.1.4 Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом
1.1.4.1 Жизненный цикл хантавирусов
Основным путем заражения людей считается аэрогенный путь: воздушно-капельный и воздушно-пылевой механизмы передачи (Рисунок 1 ). Хантавирус способен адсорбироваться на почвообразующих минеральных частицах (солома,
фураж, зерно, почва с растительной подстилкой), что обеспечивает длительное сохранение возбудителя в окружающей среде и высокий риск инфицирования людей (Иунихина и др., 2016). Для заражения человека особое значение имеет длительность пребывания в очаге, особенно в условиях значительного пылеобразования.
Поэтому повышенный риск инфицирования характерен для животноводов, полеводов, работников лесного хозяйства, охотников, рыбаков, туристов, военнослужащих, размещенных в полевых лагерях, сантехников, электриков, а также городских жителей, проживающих в подвальных помещениях и на нижних этажах многоквартирных домов (Слонова и др., 2012). Инфицирование вирусом возможно также контактным путём через ранения кожи при агрессивном поведении грызунов. Передача происходит только от животного к человеку. В литературе упоминаются лишь единичные случаи передачи хантавируса штамма
А
Рисунок 1 - Схема инфицирования человека хантавирусами
Andes (ANDV) от человека к человеку (Martinez-Valdebenito et al., 2014). Однако этот вирус вызывает ХЛС, который клинически значительно отличается от ГЛПС.
В настоящее время считается, что вирусные частицы, содержащиеся в биологических выделениях грызунов, в виде аэрозоля попадают через верхние дыхательные пути в альвеолы легких, где создаются наиболее благоприятные условия для размножения вируса (Кушнарева и др, 2014). Попавшие в организм вместе с пылевыми частицами хантавирусы под действием внутриальвеолярных белоксодержащих жидкостей десорбируются, переходят в свободное состояние, захватываются альвеолярными макрофагами и с током крови разносятся по всему организму (Компанец и др., 2015). Таким образом, макрофагальные клетки являются первоочередными клетками-мишенями, которые способствуют размножению хантавируса и распространению его по органам и тканям (Компанец, 2008). Описанный механизм объясняет тот факт, что при инфицировании происходит первоначальное повреждение легких, а лишь затем - развитие почечного синдрома. Однако подробности реализации данного механизма на первых этапах патогенеза хантавирусной инфекции изучены недостаточно.
Эндотелиальные клетки человека наиболее часто используются хантавирусом для инфицирования организма хозяина (Duchin, et al., 1994; Schmaljohn, 2001; Valbuena, et al., 2006). Рецепторы клеточной мембраны взаимодействуют с поверхностными хантавирусными гликопротеинами, индуцирующими прикрепление вирусной частицы к клеточной поверхности клетки-хозяина. Используя этот механизм, вирус может инфицировать эндотелиальные и эпителиальные клетки, фолликулярные дендритные клетки, а также макрофаги и лимфоциты, не вызывая какого-либо прямого цитопатического эффекта.
Прикрепление вируса к эндотелиальным клеткам облегчается присутствием поверхностных гликопротеинов Gc и Gn (Razzauti, 2012). Во многих группах хантавирусов Старого и Нового Света, присоединение вирусной частицы к рецепторам на поверхности клетки за счет одного или обоих гликопротеинов вызывает взаимодействие клеточных рецепторов, делая клетку доступной для
проникновения вируса внутрь. Такие внутриклеточные взаимодействия и связанные с ними события индуцируют запуск эндоцитоза, после чего вирион поглощается клеткой либо с помощью клатрин-опосредованного эндоцитоза, либо альтернативными путями, в которых клатрин не принимает участия (клатрин-независимый эндоцитоз) (Nicolás, et al., 2014; Antti, et al, 2013). На рисунке 2 показан жизненный цикл хантавируса в инфицированной клетке.
Рисунок 2 - Жизненный цикл хантавируса в инфицированной клетке
После проникновения вириона в клетку либо с помощью клатрин-опосредованного эндоцитоза, либо без участия клатрина, вирионы переносятся сначала в ранние эндосомы, а затем в поздние, где они отделяются от клеточного рецептора. Транспорт вирионов происходит в среде с рН, изменяющимся от менее (~ 6,0-6,5) до более кислого ~ 5,0-6,0. Эти изменения сопровождаются ослаблением связи эндосомального гликопротеина Ос с мембраной эндосомы, в результате чего в конечном итоге оболочка вируса и мембрана разрушаются. Вследствие этого содержимое вириона выходит в цитоплазму и транспортируется к вирусному сайту репликации. Одновременно начинаются инициация транскрипции и репликация вирусной РНК (Mackow & а1., 2006).
Проникновение патогенных и непатогенных хантавирусов в эндотелиальные клетки требует наличия р3-интегринов (лигандов витронектина) и р1-интегринов (лигандов фибронектина) (Mackow et al., 2006). Считается, что такое проникновение способствует успешной репликации сегментов генома патогенных хантавирусов, тем самым влияя на тяжесть заболевания, в то время как непатогенные вирусы не способны к репликации внутри клетки (Yanagihara et al., 1990). Однако в нескольких исследованиях показано, что Р3-интегрины не являются единственными рецепторами необходимыми для проникновения вируса: некоторые клетки без Р3-интегрина были инфицированы вирусом (Jonsson et al., 2010; Mou et al, 2006).
Внутри эндолизосом вирусная частица лишается оболочки и высвобождает в цитоплазму три сегмента геномной РНК (малый, средний и большой - S-, M- и L-, соответственно), которые затем собираются на «вирусной фабрике» вокруг аппарата Гольджи или промежуточного компартмента между эндоплазматическим ретикулумом и аппаратом Гольджи, обозначаемым как ERGIC (Fontana et al., 2008). То есть, транскрипция хантавирусных геномных РНК, приводящая к образованию кодирующей вирусные белки мРНК, происходит немедленно. Репликация главным образом происходит путём синтеза вирусных геномных РНК после транскрипции (Mackow et al., 2006). Активации механизма переключения транскрипции на репликацию способствует повышение уровня экспрессии N-белка, который используется для капсидирования вирусной РНК (Antti et al., 2013).
В перинуклеарной области вирусный белок L транскрибирует сегменты геномной РНК отрицательной полярности в функциональную мРНК S-, M- и L-сегментов. Вирусный белок RdRp, кодируемый L-сегментом, инициирует процесс транскрипции (Jonsson et al., 2010). Чтобы инициировать транскрипцию, вирусный RdRp производит 5'-кепированные олигонуклеотиды длиной 10-14 нуклеотидных оснований (н.о.), но из мРНК клетки-хозяина. Деградированные клеточные мРНК накапливаются в цитоплазматических обрабатывающих тельцах (P-тельцах), которые служат источником праймеров во время инициации синтеза вирусной мРНК. N-белок усиливает транскрипцию путем извлечения 5'-мРНК-кепов,
хранящихся в P-тельцах (Mir et al., 2008). В целом процесс транскрипции зависит от механизма «захвата кепов», тогда как транскрипция геномной РНК белком L использует механизм «prime-and-realign» («начало-и-перестройка») (Razzauti, 2012). Сформированные короткие кепированные праймеры отжигаются на 3'-конце специфичной короткой GC-матрицы спаренных оснований вирусной РНК. Считается, что в это время праймер элонгируется и изменяет участок связывания с матрицей вирусной РНК, в результате оставляя 3'-концевой нуклеотид кепированного праймера в положении -1 для продолжения транскрипции (Mir et al, 2006; Razzauti, 2012).
Вирусные мРНК транслируются в цитоплазме клетки с помощью механизмов трансляции клетки-хозяина. Для трансляции транскриптов S- и L-мРНК необходимы гладкие рибосомы, тогда как трансляция M-сегмента происходит на рибосомах, ассоциированных с мембраной. В ряде исследований показано, что N-белок синтезируется первым и играет важную роль в развитии инфекции, а также в трансляции вирусных белков, транспорте и сборке вирионов (Mir et al., 2008; Schmaljohn et al., 2001; Jonsson et al., 2001). В исследовании белка нуклеокапсида вируса Hantaan было показано, что большое количество вирусного N-белка в клетке-хозяине модулирует иммунный ответ хозяина на инфекцию, тем самым увеличивая тяжесть заболевания (Taylor, 2009).
Как было указано выше, после транскрипции RdRp-полимераза переключается на репликацию геномных S-, M- и L- РНК посредством комплементарного синтеза РНК (кРНК). кРНК точно комплементарны к геномной вирусной РНК и служат в качестве матриц для синтеза отрицательно полярных молекул РНК вирусного генома. После репликации вирусный геном инкапсулируется белком N с образованием вириона. Предполагается, что инкапсидация вирусной РНК начинается с образования тримеров из N-белка путем взаимодействия между его амино- и карбокси-концевыми остатками (Kaukinen et al, 2005).
Сборка и созревание вирусных частиц происходит либо на поверхности клетки, либо на аппарате Гольджи. По сравнению со многими другими вирусами с
отрицательными полярными цепями РНК, в хантавирусах отсутствует матриксный белок. Поэтому вместо него для опосредования взаимодействия мультимерных гликопротеинов с белком N во время вирусной сборки используется цитоплазматический хвост белка Gn (Jonhsson et al., 2001). Новообразованные вирионы транспортируются в ERGIC через динеиновые микротрубочки, а затем в комплекс Гольджи, содержащий вирусные гликопротеины Gn и Gc, и переносятся на поверхность клетки с помощью везикулярных секреторных путей, где они высвобождаются во внеклеточное пространство через экзоцитоз (Ramanathan et al., 2007; Razzuati, 2012). В конечном счете новые вирионы выходят из клеток-хозяев через плазматическую мембрану (Mir et al., 2008). Было также установлено, что непосредственное взаимодействин цитоплазматического хвоста Gn, белка N и РНК хантавирусов Старого Света способствует легкому отпочковыванию частиц вируса (Wang et al, 2010; Strandin et al, 2011).
1.1.4.2 Клинические проявления ГЛПС
В клинической картине ГЛПС существует сходство основных симптомов независимо от вида возбудителя. Исследователи выделяют несколько периодов болезни: инкубационный (от 1 до 5 недель), фебрильный (от 3 до 5 дней), олигурический (от 6 до 12 дней), полиурический (от 6 до 14 дней), и период выздоровления (Liu, 2009 и 2016; Сергеева и др., 2015).
Похожие диссертационные работы по специальности «Генетика», 03.02.07 шифр ВАК
Особенности природных очагов геморрагической лихорадки с почечным синдромом на территории Центрального Черноземья России2013 год, кандидат наук Мутных, Елена Сергеевна
РОЛЬ ИММУНОКОМПЛЕКСНОЙ ПАТОЛОГИИ ПРИ ГЕМОРРАГИЧЕСКОЙ ЛИХОРАДКЕ С ПОЧЕЧНЫМ СИНДРОМОМ2013 год, кандидат медицинских наук Иванова, Мария Викторовна
Современные биомаркеры в мониторинге острого почечного повреждения при геморрагической лихорадке с почечным синдромом2017 год, кандидат наук Мингазова, Эльвира Минаксановна
Клинико-эпидемиологические и молекулярно-генетические особенности геморрагической лихорадки с почечным синдромом2022 год, доктор наук Шакирова Венера Гусмановна
Молекулярно-генетические методы и компьютерные технологии в системе эпидемиологического надзора за хантавирусными инфекциями2009 год, доктор биологических наук Гаранина, Светлана Борисовна
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Кабве Эммануэль, 2019 год
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
1. Абрамов, А.С. Новые данные о распространении хантавирусов в популяциях грызунов на территории Сибири / А.С. Абрамов, // Сибирский экологический журнал - 2011. - V.4. - P.547-553.
2. Алешковская, Е.С. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом -актуальная природно-очаговая инфекция в Ярославской области / Е.С. Алешковская, С.В. Чупрунова, Л.Е. Галицина, О.Д. Синицина // 2015. - P.9-12.
3. Апекина, Н.С. Экологические механизмы функционирования активных Европейских очагов ГЛПС. Прогноз заболеваемости / Н.С. Апекина, А.Д. Бернштейн, О.А. Жигальский, И.А. Кшнясев // Экология - 2013. - №3. - P.237.
4. Афанасьева, В.И. Характеристика гемокоагуляционных нарушений и иммунных механизмов их регуляции при геморрагической лихорадке с почечным синдромом в регионе циркуляции нескольких серо- типов хантавируса / В.И. Афанасьева, И.Г. Максёма, В.А. Иванис, Р.А. Слонова // Бюл. СО РАМН - 2013. -V.33. - №2. - P.33-38.
5. Байгильдина, А.А. Патоморфологические изменения сосудов органов пищеварительного тракта при осложненном течении геморрагической лихорадки с почечным синдромом / А.А. Байгильдина, А.И. Лебедева // Астраханский медицинский журнал - 2012. - V.7 - №3. - P.46-50.
6. Барегамян, Л.А. Эпидемиологическая ситуация при ГЛПС в Саратовской области / Л.А. Барегамян, C.C. Абрамкина, A.A. Богданова // Бюллетень медицинских интернет-конференций - 2016. - V.6 - №5. - P.688.
7. Бахтина, В.А. Характеристика лихорадочного синдрома у больных с лептоспирозом и ГЛПС / В.А. Бахтина, В.Н. Городин, А.А. Халафян // В книге: Социально-значимые и особо опасные инфекционные заболевания Материалы II всероссийской научно-практической конференции с международным участием -2015. - P.22-23.
8. Березовская, Г.Б. Оценка эпидемиологического риска в отношении ГЛПС территории города на примере г. Ульяновска / Г.Б. Березовская, A.A. Нафеев // Современный научный вестник - 2016. - V.10. - №1. - P.147-148.
9. Бернштейн, А.Д. Особенности природной очаговости хантавирусных зоонозов / А.Д. Бернштейн, И.Н. Гавриловская, Н.С. Апекина, Т.К. Дзагурова, Е.А. Ткаченко // Эпидемиология и вакцинопрофилактика - 2010. - №2. - P.5-13.
10. Валеев, Г.Д. Эпидемиология и эпизоотология геморрагической лихорадки с почечным синдромом в Республике Башкортостан и проблемы ее профилактики в современных условиях / Г.Д. Валеев // - 2012. - №1. - P.45-67.
11. Валишин, Д.А. Иммунологические и патоморфологические аспекты патогенеза геморрагической лихорадки с почечным синдромом / Д.А. Валишин, // Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом: история изучения и современное состояние эпидемиологии, патогенеза, диагностики, лечения и профилактики: материалы Всеросс. научно-пр. конф. - Уфа: РИО филиала «Иммунопрепарат» ФГУП «НПО Микроген». - 2006. - №1. - P.58-64.
12. Здольник, Т.Д. О циркуляции возбудителей ГЛПС на территории Рязанской области / Т.Д. Здольник, Н.Ю. Баранова, В.И. Костырко, В.В. Харламов // - 2012.-№7. - P.276-279.
13. Иванис, В.А. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом - проблема здравоохранения настоящего времени / В.А. Иванис, // Тихоокеанский медицинский журнал - 2015. - №1. - P.21-25.
14. Иванова, А.В. Современная стратегия повышения биологической безопасности территорий Приволжского Федерального округа, энзоотичных по геморрагической лихорадке с почечным синдромом / А.В. Иванова, Е.В. Куклев, Н.В. Попов // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение - 2016. - V.14. -№1. - P.102-107.
15. Иванова, А.В. Анализ заболеваемости ГЛПС в Российской Федерации / А.В. Иванова, Н.В. Попов // В книге: Диагностика и профилактика инфекционных болезней на современном этапе Сборник материалов научно-практической конференции - 2016. - P.39-40.
16. Иунихина, О.В. Экспериментальное изучение сохранения хантавируса в комплексах с субстратами внешней среды / О.В. Иунихина, Г.Г. Компанец // Вопросы вирусологии - 2016. - V.61 - №1. - P.31-33.
17. Калмыков, А.А. Эпидемиологический анализ причин роста заболеваемости ГЛПС военнослужащих в ЦВО в 2011 году / А.А. Калмыков, Р. М. Аминев, А.Г. Корнеев, В.С. Поляков // Медицинский альманах - 2012. - №3 - P.96-99.
18. Киряков, В.Ю. Некоторые особенности протекания эпидемического процесса геморрагической лихорадки с почечным синдромом в Приморском крае / В.Ю. Киряков, Е.А. Решетняк // Здоровье. Медицинская экология. Наука - 2015. -V.62. - №4. - P.118-121.
19. Компанец, Г.Г. Биологические свойства хантавирусов, циркулирующих в Приморском крае / Г. Г. Компанец, // Тихоокеанский мед. журн - 2008, - P.61-64.
20. Компанец, Г.Г. Некоторые аспекты воздушно-пылевого пути заражения хантавирусами / Г.Г. Компанец, О.В. Иунихина, И.Г. Максема // Альманах современной науки и образования - 2015. - V.99. - №9. - P.81-83.
21. Компанец, Г.Г. Различия биологических свойств хантавирусов как отражение их генетической гетерогенности / Г.Г. Компанец, О.В. Иунихина, А.Б. Потт // Глобальный научный потенциал - 2016. - №1. - P.32-35.
22. Кузнецова, Р.С. Природно-очаговая заболеваемость на территории Самарской области / Р.С. Кузнецова, О.Г. Зуева // Известия Самарского научного центра Российской академии наук - 2015. - V.17 - №4. - P.258-268.
23. Кушнарева, Т.В. Особенности эпизоотического процесса в популяциях эпидемически значимых мышей рода Apodemus - природных хозяев возбудителей ГЛПС / Т.В. Кушнарева, Р.А. Слонова, И.Г. Максема, Г.Г. Компанец, О.В. Иунихина, Е.Л. Кушнарев // Дальневосточный журнал инфекционной патологии -2012. - №20. - P.57-64.
24. Кушнарева, Т.В. Резервуарный потенциал природных хозяев хантавирусов в динамике эпизоотического процесса в экосистемах Приморского края / Т.В. Кушнарева, Р.А. Слонова // Сибирский экологический журнал - 2014.- №1. - P.27-34.
25. Кушнарева, Т.В. Количественная оценка резервуарного потенциала экологических хозяев хантавирусов / Т.В. Кушнарева, // Инновации в технике и естественных науках - 2016. - №2. - P.41-53.
26. Кшнясев, И.А. Динамика качества особей и популяционные циклы рыжей полёвки / И.А. Кшнясев, Ю. А. Ю.А. Давыдова // Принципы экологии - 2016. - V.19. - №3. - P.76.
27. Лян, Н.А. Михаил Петрович Чумаков 1(14) ноября 1909 г. - 11 июня 1993 г. / Н.А. Лян, // Аллергология и иммунология в педиатрии - 2016, - №3 - P.5-8
28. Маеда, X. Оксид азота и кислородные радикалы при инфекции, воспалении и раке / X. Маеда, // Биохимия - 1998. - V.63. - P. 1007-1019.
29. Максема, И.Г. Характеристика заболеваемости геморрагической лихорадкой с почечным синдромом в Приморском крае в 1999-2008 гг. / И.Г. Максема, Г.Г. Компанец, О.В. Иунихина, Т.В. Кушнарева, Р.А. Слонова // Тихоокеанский медицинский журнал - 2010. - №3. - P.41.
30. Малинин, О.В. Особенности развития и терапия осложненного течения Пуумула-вирусной инфекции / О.В. Малинин, // Мат. V ежегодн. Всерос. конгр. по инфекционным болезням. М.: МЗ РФ - 2013. - P.245.
31. Малкин, Г.А. Морфологическая характеристика хантавирусов в культуре клеток Vero E6 / Г.А. Малкин, Т.К. Дзагурова, И.А. Морозов, Е.А. Ткаченко // Современные проблемы науки и образования - 2015. - №2. - P.536.
32. Матросов, А.Н. Опыт профилактики заболеваний в активном природном очаге ГЛПС / А.Н. Матросов, А.А. Слудский, М.А.Тарасов, В.Н.Чекашов, М.М. Шилов, А.И. Удовиков, С.А. Яковлев, С.И. Толоконникова // Дезинфекционное дело - 2011. - №2. - P.65-69.
33. Мочалкин, П.А. Эпидемиологические последствия антропогенной трансформации ландшафтов энзоотичной по ГЛПС территории республики Башкортостан / П.А. Мочалкин, А.П. Мочалкин, Е. Г. Степанов, Л.А. Фарвазова, Н. В. Попов, А.И. Удовиков // В книге: Материалы VII Ежегодного Всероссийского Конгресса по инфекционным болезням с международным участием - 2015. - P.234.
34. Мутных, Е.С. Эпидемиологические, эпизоотологические и этиологические особенности вспышки геморрагической лихорадки с почечным синдромом в Тамбовской области в 2006-2007 гг. / Е. С. Мутных, Т.К. Дзагурова, А.Д. Бернштейн, Е.В. Калинкина, Н.А. Коротина, Н. С. Апекина, С.Е. Соцкова,
Г.А.Толстова, А.П. Суворин, Е.А. Ткаченко // Вопросы вирусологии - 2011. - V.56. - №6. - P.43-47.
35. Мурзабаева, Р.Т. Состояние иммунной и интерфероновой систем у больных геморрагической лихорадкой с почечным синдромом / Р.Т. Мурзабаева, // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы - 2003. - №5. -P.40-43. МУ 3,1,1029-01 «Отлов, учет и прогноз численности мелких млекопитающих и птиц в природных очагах инфекций».
36. Нафеев, А.А. Эпидемические проявления геморрагической лихорадки с почечным синдромом в регионе с активными природными очагами / А.А. Нафеев, // Медицинская паразитология и паразитарные болезни - 2009.- №4. - P.26-30.
37. Остерман Л.А. Методы исследования белков и нуклеиновых кислот: электрофорез и ультрацентрифугирование. Практическое пособие [Текст]. М. Наука. 1981 г. - 288 с.
38. Павлов, В.Н. Синдром нижних мочевых путей у больных ГЛПС в период полиурии и реконвалесценции / В.Н. Павлов, Р.И. Сафиуллин, В.Г. Коржавин, А.Т. Мустафин, Д.Р. Сахаутдинов, А.А. Казихинуров, И.М. Насибуллин // Медицинский вестник Башкортостана - 2012. - V.7. - №5. - P.51-56.
39. Санков, Д.И. Современные особенности заболеваемости глпс населения Оренбургской области / Д.И. Санков, А.Г. Корнеев, А.С. Паньков, Р.М. Аминев // В сборнике: Медицина в XXI веке: тенденции и перспективы IV Международная научная Интернет-конференция: материалы конференции - 2015. - №5. - P.87-89.
40. Сергеева, И.В. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом (ГЛПС) в Красноярске. Клинический пример / И.В. Сергеева, С.В. Липнягова, А.И. Шульгина, Ю.Н. Чемерская, Т.А. Елистратова // Современные проблемы науки и образования - 2015. - №5. - P.126.
41. Слонова, Р.А. Сопряженность эпидемического процесса хантавирусной инфекции с активностью эпизоотического процесса в популяциях мышей рода Apodemus / Р.А. Слонова, Т. В. Кушнарева, И. Г. Максема, Г. Г. Компанец, О. В Иунихина // Эпидемиология и инфекционные болезни - 2012.- №3. - P.18-22.
42. Слонова, Р.А. Эпидемиологическая и эпизоотологическая характеристика очагов с групповой заболеваемостью геморрагической лихорадкой с почечным
синдромом в Приморском крае / Р. А. Слонова, Т.В. Кушнарева, О.В. Иунихина, И. Г. Максема, Г. Г. Компанец, Е. Л. Кушнарев, В. П. Борзов // Эпидемиология и инфекционные болезни - 2013. - №3. - P.10-13.
43. Сидельникова, Ю.Н. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом на юге Хабаровского края / Ю.Н. Сидельникова, // Хабаровск: Изд. центр Ин-та повышения квалификации специалистов здравоохранения - 2005. - P.156.
44. Симонов, С.Б. Роль мышевидных грызунов в циркуляции хантавирусов в природных экосистемах приморья / С.Б. Симонов, // Владивостокский медицинский вестник - 2014. - V.2. - P.100-105.
45. Тарасов, М.А. Эффективные методы дератизации в очагах ГЛПС и других природно-очаговых инфекционных болезней (аналитический обзор) / М.А. Тарасов, А.М. Поршаков, А.В. Рябова, С.И. Толоконникова, Г.В. Григорьева, Н.В. Попов, А.А. Слудский, А.И. Удовиков, С.А. Яковлев // Дезинфекционное дело -2012. - №4. - P.52-57.
46. Ткаченко, Е.А. Хантавирусы / E.A. Ткаченко, // Дальневосточный медицинский журнал - 2003. - №3. - P.50-55.
47. Ткаченко, Е.А. Хантавирусы и хантавирусные инфекции / Е.А. Ткаченко, А.Е. Деконенко // Вопросы вирусологии - 2004. - V.49. - №3. - P.40-45.
48. Ткаченко, Е.А. Разработка вакцины против геморрагической лихорадки с почечным синдромом / Е. А. Ткаченко, // Москва - 2010. - P. 111.
49. Ткаченко, Е.А. Актуальные проблемы геморрагической лихорадки с почечным синдромом / Е.А Ткаченко // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии - 2013. - №1. - P.51-58.
50. Ткаченко, Е.А. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом в России - проблема XXI века / Е.А. Ткаченко, Т.К. Дзагурова, А.Д. Бернштейн // Вест. РАЕН - 2012. - V.1. - P.48-54.
51. Ткаченко, Е.А. Этиологические и клинико-эпидемиологические особенности геморрагической лихорадки с почечным синдромом в Краснодарском крае / Е.А. Ткаченко, А.Е. Деконенко и Т.К. Дзагурова, В.Г. Морозов, Ю.В. Юничева. О.М. Пиликова. Д.Л. Завора. А.А. Ишмухаметов, В.Н. Городин, В .А. Бахтина, И.М.
Загидуллин, С.Е. Соцкова // Эпидемиология и инфекционные болезни - 2016. -V.21. - №1. - P.22-30.
52. Транквилевский, Д.В. Вопросы организации мониторинга природных очагов инфекций опасных для человека. планирование, проведение и анализ результатов полевых наблюдений / Д.В. Транквилевский, Д.А. Квасов, И.С. Мещерякова, Т.В. Михайлова, М.И. Кормилицына, Т.Н. Демидова, Ю.В. Ананьина, О.В. Савельева, Г.А. Малкин, Е.С. Мутных, Н.А. Коротина, Т.К. Дзагурова, Н.И. Простаков, А.В. Сурков, С.А. Куролап, О.В. Клепиков, Ю.И. Стёпкин, М.И. Чубирко, В.И. Жуков // Здоровье населения и среда обитания - 2014. - №8. - P.38-44.
53. Трифонов, В.А. Особенности заболеваемости ГЛПС в Республике Татарстан / В.А. Трифонов, В.В. Гасилин, Т.А. Савицкая, Р.С. Юсупова // Дезинфекционное дело - 2008. - №1. - P.46-49.
54. Тюлько, Ж.С. К вопросу о темпах эволюции хантавирусов генотипа Пуумала / Ж.С. Тюлько, В.В. Якименко // Тихоокеанский медицинский журнал - 2008. - №1. - P.27-32.
55. Хайбуллина, С.Ф. Молекулярные и клеточные механизмы патогенеза хантавирусных инфекций / С.Ф. Хайбуллина // - 2015.- P.225.
56. Хисматуллина, Н.А. Эпидемиологическая ситуация и меры борьбы с геморрагической лихорадкой с почечным синдромом и лихорадкой Западного Нила в республике Татарстан / Н.А. Хисматуллина, М.М. Каримов, Т.А. Савицкая // Ветеринарная медицина - 2012. - №96. - P.66-68.
57. Шакирова, В.Г. Эпидемиологическая ситуация в природном очаге геморрагической лихорадки с почечным синдромом на территории Республики Татарстан / В.Г. Шакирова // Общественное здоровье и здравоохранение - 2010.-№3. - P.11-15.
58. Шамсутдинов, А.Ф. Анализ эпидемиологической обстановки по природно-очаговым зооантропонозам в краевой инфекционной патологии Республики Татарстан. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом (ГЛПС) / А.Ф. Шамсутдинов, В.А. Бойко, В.А. Трифонов, И.Д. Решетникова, Р.С. Фассахов, М.А. Патяшина, В.Б. Зиатдинов, Л.О. Борисова, М.В. Хакимзянова, Л.Ф. Садреева // Уральский медицинский журнал - 2016. - V.134. - №1. - P.72-76.
59. Янагихара, Р. Реконструкция эволюционной истории хантавирусов / P. Янагихара / Р. Янагихара // Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук - 2012. - №587. -P.158-162.
60. Яшина, Л.Н. Хантавирус и его природные носители на территории Сибири / Л.Н. Яшина // Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук - 2012.- №5. - P.351-355.
61. Яшина, Л.Н. Генетическая идентификация хантавируса Хоккайдо (HOKV), циркулирующего среди M. Rufocanus на территории Прибайкалья / Л.Н. Яшина, Г.А. Данчинова, С.В. Серегин, М.А. Хаснатинов, Р. Янагихара // Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук - 2013. - №4. - P.147-152.
62. Яшина, Л.Н. Хантавирус Тула на территории Крыма / Л.Н. Яшина, А.В. Зайковская, Е.В. Протопопова, И.В. Бабкин, Б.С. Малышев, Н.Н. Товпинец, И.Л. Евстафьев // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология - 2015. - V.33
- №4. - P.38-41.
63. Adkins, R.M. Molecular phylogeny and divergence time estimates for major rodent groups: evidence from multiple genes / R.M. Adkins, E.L. Gelke, D. Rowe and R.L. Honeycutt // Mol Biol Evol - 2001. - V.18 - №5. - P.777-791.
64. Alan C. Ralph Schneider Environmental processes of the ice age: land, oceans, glaciers (EPILOG) / C. Alan, E.B. Mix, Ralph Schneider // Quaternary Science Reviews
- 2001. - V.20 - №4. - P. 627-657.
65. Ali, H.S.Ulrich Complete genome of a Puumala virus strain from Central Europe / H.S. Ali, S. Drewes, V. Weber de Melo, M. Schlegel, J. Freise, M.H. Groschup, G. Heckel and R.G. Ulrich // Virus Genes - 2015. - V.50 - №2. - P.292-298.
66. Antti V. Uncovering the mysteries of hantavirus infections / V. Antti, S. Tomas, H. Jussi, S. Tarja, H. Heikki, M. Satu, M. Mustonen // Nature Reviews Microbiology -2013. -V.11- P.539-550.
67. Arai, S. Molecular phylogeny of a newfound hantavirus in the Japanese shrew mole (Urotrichus talpoides) / S. Arai, S.D. Ohdachi, M. Asakawa, H. J. Kang, G. Mocz,
J. Arikawa, N. Okabe and R. Yanagihara // Proc Natl Acad Sci U S A - 2008. - V.105 -№42. - P.16296-16301.
68. Asikainen, K. Molecular evolution of puumala hantavirus in Fennoscandia: phylogenetic analysis of strains from two recolonization routes, Karelia and Denmark / K. Asikainen, T. Hanninen, H. Henttonen, J. Niemimaa, J. Laakkonen, H.K. Andersen, N. Bille, H. Leirs, A. Vaheri and A. Plyusnin // J Gen Virol - 2000.- V.81 - №№12. - P.2833-2841.
69. Beaty, B.J., Sundin, D.R., Chandler, L.J., Bishop, D.H., 1985. Evolution of bunyaviruses by genome reassortment in dually infected mosquitoes (Aedes triseriatus). Science 230, 548-550.
70. Bennett, S.N. Reconstructing the evolutionary origin sand phylogeography of hantaviruses / S.N. Bennett, // Trends in microbiology - 2014. - V.22- P.473-482.
71. Black W.C. Temporal and geographic evidence for evolution of Sin Nombre virus using molecular analyses of viral RNA from Colorado, New Mexico and Montana / W.C. Black, J.B. Doty, M.T. Hughes, B.J. Beaty, C.H. Calisher // Virol J - 2009. - V.14 (6) -P.102.
72. Borg, O. Expansion of spatial and host range of Puumala virus in Sweden: an increasing threat for humans? / O. Borg, M. Wille, P. Kjellander, U.A. Bergvall, P.E. Lindgren, J. Chirico and A. Lundkvist // Epidemiol Infect - 2017. - V.145- №8 - P.1642-1648.
73. Brocato, R.L. A lethal disease model for hantavirus pulmonary syndrome in immunosuppressed Syrian hamsters infected with Sin Nombre virus / R.L. Brocato, C.D. Hammerbeck, T.M. Bell, J.B. Wells, L.A. Queen and J.W. Hooper // J Virol - 2014. -V.88 - №2 - P.811-819.
74. Castel, G. Complete Genome and Phylogeny of Puumala Hantavirus Isolates Circulating in France / G. Castel, M. Couteaudier, F. Sauvage, J.B. Pons, S. Murri, A. Plyusnina, D. Pontier, J.F. Cosson, A. Plyusnin, P. Marianneau and N. Tordo // Viruses -2015. - V.7 - №10 - P.5476-5488.
75. Castel, G. Estimation of main diversification time-points of hantaviruses using phylogenetic analyses of complete genomes / G. Castel, N. Tordo and A. Plyusnin // Virus Res - 2017. - V.233 - P.60-69.
76. Chandler, L.J., Hogge, G., Endres, M., Jacoby, D.R., Nathanson, N., Beaty, B.J., 1991. Reassortment of La Crosse and Tahyna bunyaviruses in Aedes triseriatus mosquitoes. Virus Res. 20, 181- 191.
77. Charbonnel, N. Immunogenetic factors affecting susceptibility of humans and rodents to hantaviruses and the clinical course of hantaviral disease in humans / N. Charbonnel, M. Pages, T. Sironen, H. Henttonen, O. Vapalahti, J. Mustonen and A. Vaheri // Viruses - 2014. - V.6 - №5 - P.2214-2241.
78. Chu Y.K. Phylogenetic and geographical relationships of hantavirus strains in eastern and western Paraguay / Y.K. Chu, B. Milligan, R.D. Owen, D.G. Goodin, C.B. Jonsson // Am J Trop Med Hyg - 2006. - V.75 (6) - P. 1127-34.
79. Davidyuk Y.N. Genetic diversity of Puumala virus isolates in the Republic of Tatarstan and the Republic of Mordovia / Y.N. Davidyuk, E. Kabwe, S.F. Khaiboullina,R.K. Ismagilova, V.G. Shakirova, G.S. Isaeva, V.F. Pavelkina, Y.G. Uskova, A.A Rizvanov, S.P. Morzunov // BioNanoSci. - 2017. - V.7 - №2 - P.309-312.
80. de Vries, A. Characterization of Puumala hantavirus in bank voles from two regions in the Netherlands where human cases occurred / A. de Vries, H. Vennema, D.L. Bekker, M. Maas, J. Adema, M. Opsteegh, J.W. van der Giessen and C.B. Reusken // J Gen Virol - 2016. - V.97 - №7 - P.1500-1510.
81. Deffontaine, V. Beyond the Mediterranean peninsulas: evidence of central European glacial refugia for a temperate forest mammal species, the bank vole (Clethrionomys glareolus) / V. Deffontaine, R. Libois, P. Kotlik, R. Sommer, C. Nieberding, E. Paradis, J.B. Searle and J.R. Michaux // Mol Ecol - 2005. - V.14 - №6 -P.1727-1739.
82. Dekonenko, A. Genetic similarity of Puumala viruses found in Finland and western Siberia and of the mitochondrial DNA of their rodent hosts suggests a common evolutionary origin / A. Dekonenko, V. Yakimenko, A. Ivanov, V. Morozov, P. Nikitin, S. Khasanova, T. Dzagurova, E. Tkachenko and C. Schmaljohn // Infect Genet Evol -2003. - V.3 - №4 - P.245-257.
83. Denecke, B. Hantavirus infection: an eglected diagnosis in thrombocytopenia and fever? / B. Denecke, // Mayo Clin Proc - 2011. - V.85 - P. 16-20.
84. Diaz-Guerra, M.J. Evidence for common mechanisms in the transcriptional control of type II nitric oxide synthase in isolated hepatocytes. Requirement of NF-kappaB activation after stimulation with bacterial cell wall products and phorbol esters / M.J. Diaz-Guerra, M. Velasco, P. Martin-Sanz and L. Bosca // J Biol Chem - 1996. -V.271 - №47 - P.30114-30120.
85. Diaz, J.H. Rodent-borne infectious disease outbreaks after flooding disasters: Epidemiology, management, and prevention / J.H. Diaz, // Am J Disaster Med - 2015. -V.10 - №3 - P.259-267.
86. Douglass, R.J. How muche fort is required to accurately describe the complex ecology of farodent-borneviral disease? / R.J. Douglass, // Ecosphere. - 2016. - V.7 - - P. 6-10.
87. Drewes, S. Reservoir-Driven Heterogeneous Distribution of Recorded Human Puumala virus Cases in South-West Germany / S. Drewes, H. Turni, U. M. Rosenfeld, A. Obiegala, P. Strakova, C. Imholt, E. Glatthaar, K. Dressel, M. Pfeffer, J. Jacob, C. Wagner-Wiening and R.G. Ulrich // Zoonoses Public Health - 2016.
88. Duchin, J.S. Hantavirus pulmonary syndrome: a clinical description of 17 patients with a newly recognized disease. The Hantavirus Study Group / J.S. Duchin, F.T. Koster,
C.J. Peters, G.L. Simpson, B. Tempest, S.R. Zaki, T.G. Ksiazek, P.E. Rollin, S. Nichol, E.T. Umland and et al. // N Engl J Med - 1994. - V.330 - №14 - P.949-955.
89. Dzagurova, T.K. Molecular diagnostics of hemorrhagic fever with renal syndrome during a Dobrava virus infection outbreak in the European part of Russia / T.K. Dzagurova, B. Klempa, E.A. Tkachenko, G.P. Slyusareva, V.G. Morozov, B. Auste and
D.H. Kruger // J Clin Microbiol - 2009. - V.47 - №12 - P.4029-4036.
90. Escutenaire, S. Genetic characterization of Puumala hantavirus strains from Belgium: evidence for a distinct phylogenetic lineage / S. Escutenaire, P. Chalon, P. Heyman, G. Van der Auwera, G. van der Groen, R. Verhagen, I. Thomas, L. Karelle-Bui, A. Vaheri, P.P. Pastoret and A. Plyusnin // Virus Res - 2001. - V.74 - №1-2 - P.1-15.
91. Ettinger, J. Multiple synchronous outbreaks of Puumala virus, Germany, 2010 / J. Ettinger, J. Hofmann, M. Enders, F. Tewald, R. M. Oehme, U. M. Rosenfeld, H. S. Ali, M. Schlegel, S. Essbauer, A. Osterberg, J. Jacob, D. Reil, B. Klempa, R. G. Ulrich and D. H. Kruger // Emerg Infect Dis - 2012. - V.18 - №9 - P.1461-1464.
92. Feher, E. Isolation and complete genome characterization of novel reassortant orthoreovirus from common vole (Microtus arvalis) / E. Feher, G. Kemenesi, M. Oldal, K. Kurucz, R. Kugler, S.L. Farkas, S. Marton, G. Horvath, K. Banyai and F. Jakab // Virus Genes - 2017. - V.53 - №2 - P.307-311.
93. Ferrero, E. Roles of tumor necrosis factor p55 and p75 receptors in TNF-alpha-induced vascular permeability / E. Ferrero, M.R. Zocchi, E. Magni, M.C. Panzeri, F. Curnis, C. Rugarli, M.E. Ferrero and A. Corti // Am J Physiol Cell Physiol - 2001. - V.281
- №4 - P.C1173-1179.
94. Fontana, J. The unique architecture of Bunyamwera virus factories around the Golgi complex / J. Fontana, M.N. López, R.M. Elliott, J.J. Fernández, C. Risco, // Cell. Microbiol - 2008. - V.10 - P.2012-2028.
95. Froissart R. Recombination Every Day: Abundant Recombination in a Virus during a Single Multi-Cellular Host Infection / F. Remy, Roze D, Uzest M, Galibert L, Blanc S, M. Yannis // PLoS Biol - 2005.-V.3(3) - P.-e89.
96. Ganaie, S.S. The role of viral genomic RNA and nucleocapsid protein in the autophagic clearance of hantavirus glycoprotein Gn / S.S. Ganaie, and M.A. Mir // Virus Res - 2014. - V.187 - P.72-76.
97. Garanina, S.B. Genetic diversity and geographic distribution of hantaviruses in Russia / S.B. Garanina, A.E. Platonov, V.I. Zhuravlev, A.N. Murashkina, V.V. Yakimenko, A.G. Korneev and G.A. Shipulin // Zoonoses Public Health - 2009. - V.56 -№6-7 - P.297-309.
98. Goeijenbier, M. The hanta hunting study: underdiagnosis of Puumala hantavirus infections in symptomatic non-travelling leptospirosis-suspected patients in the Netherlands, in 2010 and April to November 2011 / M. Goeijenbier, R.A. Hartskeerl, J. Reimerink, J. Verner-Carlsson, J.F. Wagenaar, M.G. Goris, B.E. Martina, A. Lundkvist, M. Koopmans, A.D. Osterhaus, E.C. van Gorp and C.B. Reusken // Euro Surveill - 2014.
- V.19 - №32.
99. Guo, W.P. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats, insectivores, and rodents / W.P. Guo, X.D. Lin, W. Wang, J.H. Tian, M.L. Cong, H.L. Zhang, M.R. Wang, R.H. Zhou, J. B. Wang, M.H. Li, J. Xu, E.C. Holmes and Y.Z. Zhang // PLoS Pathog - 2013. - V.9 - №2 - P.e1003159.
100. Han, G.Z. Homologous recombination in negative sense RNA viruses / G.Z. Han, and M. Worobey // Viruses - 2011. - V.3 - №8 - P.1358-1373.
101. Hardestam, J. HFRS causing hantaviruses do not induce apoptosis in confluent Vero E6 and A-549 cells / J. Hardestam, J. Klingstrom, K. Mattsson and A. Lundkvist // J Med Virol - 2005. - V.76 - №2 - P.234-240.
102. Henderson, W.W. Naturally occurring Sin Nombre virus genetic reassortants / W.W. Henderson, M.C. Monroe, S.C. St Jeor, W.P. Thayer, J.E. Rowe, C.J. Peters and S.T. Nichol // Virology - 1995. - V.214 - №2 - P.602-610.
103. Heyman, P. In Search for Factors that Drive Hantavirus Epidemics / P. Heyman, B.R. Thoma, J.L. Marie, C. Cochez and S.S. Essbauer // Front Physiol - 2012. - V.3 -P.237.
104. Hughes, A.L. Evolutionary diversification of protein-coding genes of hantaviruses / A.L. Hughes, and R. Friedman // Mol Biol Evol - 2000. - V.17 - №10 - P.1558-1568.
105. Jaarola M. Colonization history in Fennoscandian rodents / M. Jaarola, T.H. Fredga // Biological journal of the Linnean Society - 1999. - V.68 - №1-2 - P. 113-127.
106. Jaaskelainen, K.M. Tula and Puumala hantavirus NSs ORFs are functional and the products inhibit activation of the interferon-beta promoter / K.M. Jaaskelainen, P. Kaukinen, E.S. Minskaya, A. Plyusnina, O. Vapalahti, R.M. Elliott, F. Weber, A. Vaheri and A. Plyusnin // J Med Virol - 2007. - V.79 - №10 - P.1527-1536.
107. Jiang, H.Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome: Pathogenesis and Clinical Picture / H. Jiang, H. Du, L.M. Wang, P.Z. Wang and X.F. Bai // Front Cell Infect Microbiol - 2016. - V.6 - P.1.
108. Jiang, H. Hantavirus infection: a global zoonotic challenge / H. Jiang, X. Zheng, L. Wang, H. Du, P. Wang and X. Bai // Virol Sin - 2017. - V.32 - №1 - P.32-43.
109. Jiang, W. Type inactivated bivalent hantavirus vaccines using dual fluorescence quantitative real-time PCR: Establishment and evaluation / W. Jiang, N. Ma, Q. Hui, B. Chen, Y. Qiu, H. Sun and Y. Li // J Med Virol - 2017. - V.89 - №1 - P.10-16.
110. Jin, M. Hantaan virus enters cells by clathrin-dependent receptor-mediated endocytosis / M. Jin, J. Park, S. Lee, B. Park, J. Shin, K.J. Song, T.I. Ahn, S.Y. Hwang, B.Y. Ahn and K. Ahn // Virology - 2002. - V.294 - №1 - P.60-69.
111. Jonsson, C.B. Replication of Hantaviruses / C.B. Jonsson, C.S. Schmaljohn // Curr. Top. Microbiol. Immunol - 2001. - V.256 - P.15-32.
112. Jonsson, C.B. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease / C.B. Jonsson, L.T. Figueiredo and O. Vapalahti // Clin Microbiol Rev - 2010. -V.23 - №2 - P.412-441.
113. Junming S. Migration, recombination, and reassortment are involved in the evolution of severe fever with thrombocytopenia syndrome bunyavirus / S. Junming, H. Sheng, L. Xiaoping, Y. Juan, L. Dan, W. Liang, W. Hualin, H. Zhihong, D. Fei, S. Shu // Infection, Genetics and Evolution-2017. - V.47 - P.109-117
114. Kang, H.J. Genetic diversity of Thottopalayam virus, a hantavirus harbored by the Asian house shrew (Suncus murinus) in Nepal / H.J. Kang, // - 2011, - V. Am. J. Trop. Med. Hyg - №85 - P.540-545.
115. Kang, H.J. Genetic diversity and phylogeography of Seewis virus in the Eurasian common shrew in Finland and Hungary / H.J. Kang, S. Arai, A.G. Hope, J.W. Song, J.A. Cook and R. Yanagihara // Virol J - 2009. - V.6 - P.208.
116. Kang, H.J. Host switch during evolution of a genetically distinct hantavirus in the American shrew mole (Neurotrichus gibbsii) / H.J. Kang, S.N. Bennett, L. Dizney, L. Sumibcay, S. Arai, L.A. Ruedas, J. W. Song and R. Yanagihara // Virology - 2009. -V.388 - №1 - P.8-14.
117. Kang, H.J. Shared ancestry between a newfound mole-borne hantavirus and hantaviruses harbored by cricetid rodents / H.J. Kang, S.N. Bennett, A.G. Hope, J. A. Cook and R. Yanagihara // J Virol - 2011. - V.85 - №15 - P.7496-7503.
118. Kariwa, H. A comparative epidemiological study of hantavirus infection in Japan and Far East Russia / H. Kariwa, K. Lokugamage, N. Lokugamage, H. Miyamoto, K. Yoshii, M. Nakauchi, K. Yoshimatsu, J. Arikawa, L.I. Ivanov, T. Iwasaki and I. Takashima // Jpn J Vet Res - 2007. - V.54 - №4 - P.145-161.
119. Kariwa, H. Epidemiological study of hantavirus infection in the Samara Region of European Russia / H. Kariwa, E. A. Tkachenko, V.G. Morozov, T. Seto, Y. Tanikawa, S.I. Kolominov, S.N. Belov, I. Nakamura, N. Hashimoto, A. E. Balakiev, T.K. Dzagurnova, N. H. Daud, D. Miyashita, O. A. Medvedkina, M. Nakauchi, M. Ishizuka,
K. Yoshii, K. Yoshimatsu, J. Arikawa and I. Takashima // J Vet Med Sci - 2009. - V.71 -№12 - P.1569-1578.
120. Khaiboullina S.F. Serum Cytokine Profiles Differentiating Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome and Hantavirus Pulmonary Syndrome / S.F. Khaiboullina, S. Levis, S.P. Morzunov, E.V. Martynova, V.A. Anokhin, O.A Gusev, S.C. St Jeor, V.C. Lombardi, A.A. Rizvanov// Front Immunol.-2017. -V.18 - №8-P.567.
121. Khismatullina, N.A. Epidemiological dynamics of nephropathia epidemica in the Republic of Tatarstan, Russia, during the period of 1997-2013 / N.A. Khismatullina, M.M. Karimov, K.S. Khaertynov, E.A. Shuralev, S.P. Morzunov, I.M. Khaertynova, A.A. Ivanov, I.V. Milova, M.B. Khakimzyanova, G. Sayfullina, A.A. Gaynullin, A.V. Ivanov, A.A. Rizvanov and S.F. Khaiboullina // Epidemiol Infect - 2016. - V.144 - №3 -P.618-626.
122. Kim, J.A. Genetic Diversity and Reassortment of Hantaan Virus Tripartite RNA Genomes in Nature, the Republic of Korea / J.A. Kim, W.K. Kim, J.S. No, S.H. Lee, S.Y. Lee, J.H. Kim, J.H. Kho, D. Lee, D.H. Song, S.H. Gu, S.T. Jeong, M.S. Park, H.C. Kim, T.A. Klein and J.W. Song // PLoS Negl Trop Dis - 2016. - V.10 - №6 - P.e0004650.
123. Kirsanovs, S. Genetic reassortment between high-virulent and low-virulent Dobrava-Belgrade virus strains / S. Kirsanovs, B. Klempa, R. Franke, M.H. Lee, G. Schonrich, A. Rang and D.H. Kruger // Virus Genes - 2010. - V.41 - №3 - P.319-328.
124. Klein, S.L. Emergence and persistence of hantaviruses / S.L. Klein, and C.H. Calisher // Curr Top Microbiol Immunol - 2007. - V.315 - P.217-252.
125. Klein, T.A. Hantaan virus surveillance targeting small mammals at nightmare range, a high elevation military training area, Gyeonggi Province, Republic of Korea / T.A. Klein, H.C. Kim, S.T. Chong, J.A. Kim, S.Y. Lee, W.K. Kim, P.V. Nunn and J.W. Song // PLoS One - 2015. - V.10 - №4 - P.e0118483.
126. Klempa, B. Complex evolution and epidemiology of Dobrava-Belgrade hantavirus: definition of genotypes and their characteristics / B. Klempa, T. Avsic-Zupanc, J. Clement, T.K. Dzagurova, H. Henttonen, P. Heyman, F. Jakab, D.H. Kruger, P. Maes, A. Papa, E.A. Tkachenko, R.G. Ulrich, O. Vapalahti and A. Vaheri // Arch Virol - 2013. - V.158 - №3 - P.521-529.
127. Kukkonen, S. K. L protein, the RNA-dependent RNA polymerase of hantaviruses / S.K. Kukkonen, A. Vaheri and A. Plyusnin // Arch Virol - 2005. - V.150 - №3 - P.533-556.
128. Lam, T.T. Dissemination divergence and establishment of H7N9 influenza viruses in China / T.T. Lam, B. Zhou, J. Wang, Y. Chai, Y. Shen, X. Chen, C. Ma, W. Hong, Y. Chen, Y. Zhang, L. Duan, P. Chen, J. Jiang, Y. Zhang, L. Li, L.L. Poon, R.J. Webby, D.K. Smith, G.M. Leung, J.S. Peiris, E.C. Holmes, Y. Guan, H. Zhu, // Nature -2015.-V.522 -P.102-105.
129. Lee, H. W. Discovery of hantaviruses and of the Hantavirus genus: personal and historical perspectives of the Presidents of the International Society of Hantaviruses / H.W. Lee, A. Vaheri and C.S. Schmaljohn // Virus Res - 2014. - V.187 - P.2-5.
130. Lee J.S., et. al. Clinical manifestation and treatment of HFRS and HPS//1 of Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome and Hantavirus Pulmonary Syndrome / J.S. Lee et. al. // Seoul - 1999.- P.18-27.
131. Lee, S. H. Dynamic Circulation and Genetic Exchange of a Shrew-borne Hantavirus, Imjin virus, in the Republic of Korea / S.H. Lee, W.K. Kim, J.S. No, J.A. Kim, J.I. Kim, S.H. Gu, H.C. Kim, T.A. Klein, M.S. Park and J.W. Song // Sci Rep -2017. - V.7- P.44369.
132. Li, D. Complete nucleotide sequences of the M and S segments of two hantavirus isolates from California: evidence for reassortment in nature among viruses related to hantavirus pulmonary syndrome / D. Li, A.L. Schmaljohn, K. Anderson and C.S. Schmaljohn // Virology - 1995.- V.206 - №2 - P.973-983.
133. Li, S. A Molecular-Level Account of the Antigenic Hantaviral Surface / S. Li, I. Rissanen, A. Zeltina, J. Hepojoki, J. Raghwani, K. Harlos, O.G. Pybus, J.T. Huiskonen and T.A. Bowden // Cell Rep - 2016. - V.16 - №1 - P.278.
134. Liu, X. Changes of HFRS Incidence Caused by Vaccine Intervention in Yichun City, China, 2005-2013 / X. Liu, T. Zhang, C. Xie and Y. Xie // Med Sci Monit - 2016. -V.22 - P.295-301.
135. Liu, Z. Low levels of serum vitronect in assotiated with clinical phases in patients with hemorrhagic fever with renal syndrome / Z. Liu, // Clin. Experiment. Med - 2009. -V. 9 - №4 - P.297-301.
136. Lober, C. The Hantaan virus glycoprotein precursor is cleaved at the conserved pentapeptide WAASA / C. Lober, B. Anheier, S. Lindow, H. D. Klenk and H. Feldmann // Virology - 2001. - V.289 - №2 - P.224-229.
137. Lohoff, M. Roles of interferon-regulatory factors in T-helper-cell differentiation / M. Lohoff, and T. W. Mak // Nat Rev Immunol - 2005. - V.5 - №2 - P.125-135.
138. Mackow E.R. Hantavirus regulation of endothelial cell functions / E.R. Mackow, I.N. Gavrilovskaya // Thromb Haemost - 2006. - V.102 (6) -P.1030-41.
139. Manigold, T. Human hantavirus infections: epidemiology, clinical features, pathogenesis and immunology / T. Manigold, and P. Vial // Swiss Med Wkly - 2014. -V.144 - P.w13937.
140. Marcotic, A. Clinic and laboratory findings of HFRS patients in South-East Europe / A. Marcotic, // Beijing (China) - 2013. - V.12 - P.13.
141. Martinez-Valdebenito, C. Person-to-person household and nosocomial transmission of andes hantavirus, Southern Chile, 2011 / C. Martinez-Valdebenito, M. Calvo, C. Vial, R. Mansilla, C. Marco, R.E. Palma, P.A. Vial, F. Valdivieso, G. Mertz and M. Ferres // Emerg Infect Dis - 2014. - V.20 - №10 - P.1629-1636.
142. McDonald, S.M. Reassortment in segmented RNA viruses: mechanisms and outcomes / S.M. McDonald, M.I. Nelson, P.E. Turner and J.T. Patton // Nat Rev Microbiol - 2016. - V.14 - №7 - P.448-460.
143. Mertens, M. Phylogenetic analysis of Puumala virus subtype Bavaria, characterization and diagnostic use of its recombinant nucleocapsid protein / M. Mertens, E. Kindler, P. Emmerich, J. Esser, C. Wagner-Wiening, R. Wolfel, R. Petraityte-Burneikiene, J. Schmidt-Chanasit, A. Zvirbliene, M.H. Groschup, G. Dobler, M. Pfeffer, G. Heckel, R.G. Ulrich and S.S. Essbauer // Virus Genes - 2011. - V.43 - №2 - P.177-191.
144. Mir, M.A. Hantaviruses / M.A. Mir, // Clin Lab Med - 2010. - V.30 - №1 - P.67-91.
145. Mir M.A. Hantavirus N protein exhibits genus-specific recognition of the viral RNA panhandle / Mir M.A, B. Brown, B. Hjelle, W.A. Duran, A.T. Panganiban. // J Virol - 2006. - V.80 - P.11283-11292.
146. Mir M.A. Storage of cellular 5' mRNA caps in P bodies for viral cap-snatching / M.A Mir, W.A. Duran, B.L. Hjelle, C. Ye, A.T. Panganiban // Proc Natl Acad Sci U S A - 2008. - V.105 - P.19294-9.
147. Mou, D.L. Cellular entry of Hantaan virus A9 strain: specific interactions with beta3 integrins and a novel 70kDa protein / D.L. Mou, Y.P. Wang, C.X. Huang, G.Y. Li, L. Pan, W.S. Yang, X.F. Bai // Biochem. Biophys. Res. Commun - 2006.- V.339 - P.611-617.
148. Mustonen, J. Renal biopsy findings and clinicopathologic correlations in nephropathia epidemica / J. Mustonen, H. Helin, K. Pietila, M. Brummer-Korvenkontio, K. Hedman, A. Vaheri and A. Pasternack // Clin Nephrol - 1994. - V.41 - №3 - P.121-126.
149. Nikolic, V. Evidence of recombination in Tula virus strains from Serbia / V. Nikolic, N. Stajkovic, G. Stamenkovic, R. Cekanac, P. Marusic, M. Siljic, A. Gligic and M. Stanojevic // Infect Genet Evol - 2014. - V.21 - P.472-478.
150. Oldstone, M.B. Cytokine storm plays a direct role in the morbidity and mortality from influenza virus infection and is chemically treatable with a single sphingosine-1-phosphate agonist molecule / M.B. Oldstone, and H. Rosen // Curr Top Microbiol Immunol - 2014. - V.378 - P.129-147.
151. Olsson, G. E. Demographic factors associated with hantavirus infection in bank voles (Clethrionomys glareolus) / G.E. Olsson, N. White, C. Ahlm, F. Elgh, A. C. Verlemyr, P. Juto and R. T. Palo // Emerg Infect Dis - 2002. - V.8 - №9 - P.924-929.
152. Olsson, G. Habitat factors associated with bank voles (Clethrionomys glareolus) and concomitant hantavirus in northern Sweden / G.E. Olsson, N. White, J. Hjalten and C. Ahlm // Vector Borne Zoonotic Dis - 2005. - V.5 - №4 - P.315-323.
153. Papa, A. Meeting report: Tenth International Conference on Hantaviruses / A. Papa, A. Vaheri, J.W. LeDuc, D.H. Kruger, T. Avsic-Zupanc, J. Arikawa, J.W. Song, A. Markotic, J. Clement, M. Liang, D. Li, L.N. Yashina, C.B. Jonsson and C.S. Schmaljohn // Antiviral Res - 2016. - V.133 - P.234-241.
154. Plyusnin, A. Transfection-mediated generation of functionally competent Tula hantavirus with recombinant S RNA segment / A. Plyusnin, S.K. Kukkonen, A. Plyusnina, O. Vapalahti and A. Vaheri // EMBO J - 2002. - V.21 - №6 - P.1497-1503.
155. Plyusnin, A. Genetic variation of wild Puumala viruses within the serotype, local rodent populations and individual animal / A. Plyusnin, O. Vapalahti, H. Lehvaslaiho, N. Apekina, T. Mikhailova, I. Gavrilovskaya, J. Laakkonen, J. Niemimaa, H. Henttonen, M. Brummer-Korvenkontio and et al. // Virus Res - 1995. - V.38 - №1 - P.25-41.
156. Plyusnina, A. Recombinant Tula hantavirus shows reduced fitness but is able to survive in the presence of a parental virus: analysis of consecutive passages in a cell culture / A. Plyusnina, and A. Plyusnin // Virol J - 2005. - V.2 - P.12.
157. Plyusnina, A. Analysis of complete Puumala virus genome, Finland / A. Plyusnina, M. Razzauti, T. Sironen, J. Niemimaa, O. Vapalahti, A. Vaheri, H. Henttonen and A. Plyusnin // Emerg Infect Dis - 2012. - V.18 - №12 - P.2070-2072.
158. Plyusnin A., et. al., Bunyaviridae: Molecular and Cellular Biology | Book / A. Plyusnin., et. al., . // Caister Academic Press.
159. Ramanathan H.N. Dynein-dependent transport of the hantaan virus nucleocapsid protein to the endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Ramanathan H.N, D.H. Chung, S.J. Plane, E. Sztul, Y.K. Chu, M.C. Guttieri, M. McDowell, G. Ali, C.B. Jonsson // J Virol - 2007. - V.81 - P.8634-47.
160. Ramsden, C. Hantavirus evolution in relation to its rodent and insectivore hosts: no evidence for codivergence / C. Ramsden, E. C. Holmes and M. A. Charleston // Mol Biol Evol - 2009. - V.26 - №1 - P. 143-153.
161. Ramsden, C. Consortium High rates of molecular evolution in hantaviruses / C. Ramsden, F. L. Melo, L. M. Figueiredo, E. C. Holmes, P. M. Zanotto and V. Consortium // Mol Biol Evol - 2008. - V.25 - №7 - P.1488-1492.
162. Razzauti, M. Accumulation of point mutations and reassortment of genomic RNA segments are involved in the microevolution of Puumala hantavirus in a bank vole (Myodes glareolus) population / M. Razzauti, A. Plyusnina, H. Henttonen and A. Plyusnin // J Gen Virol - 2008. - V.89 - №Pt 7 - P.1649-1660.
163. Razzauti, M. Co-circulation of two Puumala hantavirus lineages in Latvia: a Russian lineage described previously and a novel Latvian lineage / M. Razzauti, A. Plyusnina, J. Niemimaa, H. Henttonen and A. Plyusnin // J Med Virol - 2012. - V.84 -№2 - P.314-318.
164. Razzauti, M. Analysis of Puumala hantavirus in a bank vole population in northern Finland: evidence for co-circulation of two genetic lineages and frequent reassortment between strains / M. Razzauti, A. Plyusnina, T. Sironen, H. Henttonen and A. Plyusnin // J Gen Virol - 2009. - V.90 - №Pt 8 - P.1923-1931.
165. Razzauti, M. Microevolution of Puumala hantavirus during a complete population cycle of its host, the bank vole (Myodes glareolus) / M. Razzauti, A. Plyusnina, H. Henttonen and A. Plyusnin // PLoS One - 2013. - V.8 - №5 - P.e64447.
166. Razzauti, S.M. Microevolution of Puumala hantavirus in its host, the bank vole (Myodes glareolus) / S.M. Razzauti // Helsinki - 2012A. - P.89.
167. Rizvanov, A.A. Development of reassortant viruses between pathogenic hantavirus strains // A.A. Rizvanov, S.F. Khaiboullina, St S. Jeor / Virol J - 2004. - V.327 (2) - P. 225-32.
168. Saksida, A. Serum level of inflammatory and regulatory cytokines in patient with hemorrhagic fever with renal syndrome / A. Saksida, // BMC Infect. Dis - 2011. - V.11 -P. 142-149.
169. Sall, A.A. Genetic reassortment of Rift Valley fever virus in nature / A.A. Sall, P.M. Zanotto, O.K. Sene, H.G. Zeller, J.P. Digoutte, Y. Thiongane and M. Bouloy // J Virol - 1999. - V.73 - №10 - P.8196-8200.
170. Sanada, T. Isolation and characterization of Hokkaido virus, genus Hantavirus / T. Sanada, // Beijing (China) - 2013.- P.20
171. Schlegel, M. Broad geographical distribution and high genetic diversity of shrew-borne Seewis hantavirus in Central Europe / M. Schlegel, L. Radosa, U.M. Rosenfeld, S. Schmidt, C. Triebenbacher, P.W. Lohr, D. Fuchs, M. Heroldova, E. Janova, M. Stanko, L. Mosansky, J. Fricova, M. Pejcoch, J. Suchomel, L. Purchart, M.H. Groschup, D.H. Kruger, B. Klempa and R.G. Ulrich // Virus Genes - 2012. - V.45 - №1 - P.48-55.
172. Schmaljohn, C.S. Analysis of Hantaan virus RNA: evidence for a new genus of bunyaviridae / C.S. Schmaljohn, and J.M. Dalrymple // Virology - 1983. - V.131 - №2 -P.482-491.
173. Schmaljohn, C.S. DNA vaccines for HFRS: laboratory and clinical studies / C.S. Schmaljohn, K. W. Spik and J. W. Hooper // Virus Res - 2014. - V.187 - P.91-96.
174. Schmaljohn C. Bunyaviridae and their Replication. In: Fields (ed.) / C. Schmaljohn // Virology, Lipppincott Raven, Philadelphia - 2001. - V.1- P.1581-1602.
175. Sironen, T. Molecular evolution of Puumala hantavirus / T. Sironen, A. Vaheri and A. Plyusnin // J Virol - 2001. - V.75 - №23 - P.11803-11810.
176. Souza, W.M. Phylogeography and evolutionary history of rodent-borne hantaviruses / W.M. Souza, G. Bello, A.A. Amarilla, H.L. Alfonso, V.H. Aquino and L.T. Figueiredo // Infect Genet Evol - 2014. - V.21 - P.198-204.
177. Strandin, T. The cytoplasmic tail of hantavirus Gn glycoprotein interacts with RNA / T. Strandin, J. Hepojoki, H. Wang, A. Vaheri, H. Lankinen // Virology - 2011. - V.418 (1) - P.12-20.
178. Tadin, A. Molecular Survey of Zoonotic Agents in Rodents and Other Small Mammals in Croatia / A. Tadin, R. Tokarz, A. Markotic, J. Margaletic, N. Turk, J. Habus, P. Svoboda, M. Vucelja, A. Desai, K. Jain and W. I. Lipkin // Am J Trop Med Hyg -2016. - V.94 - №2 - P.466-473.
179. Tang, Z.Y. [Clinical observation of liver damages in epidemic hemorrhagic fever] / Z.Y. Tang, X. G. Ye, Y. Z. Liao and S. H. Li // Di Yi Jun Yi Da Xue Xue Bao - 2005. -V.25 - №5 - P.593-594, 598.
180. Taylor, S.L. Hantaan virus nucleocapsid protein binds to importin alpha proteins and inhibits tumor necrosis factor alpha-induced activation of nuclear factor / S.L. Taylor, N.S. Frias, A.S. Garcia, C.S. Schmaljohn // J. Virol - 2009. - V.83 - P.1271-1279.
181. Vijaykrishna, D. RNA Virus Reassortment: An Evolutionary Mechanism for Host Jumps and Immune Evasion / D. Vijaykrishna, R. Mukerji and G. J. Smith // PLoS Pathog - 2015. - V.11 - №7 - P.e1004902.
182. Voutilainen, L. Temporal dynamics of Puumala hantavirus infection in cyclic populations of bank voles / L. Voutilainen, E. R. Kallio, J. Niemimaa, O. Vapalahti and H. Henttonen // Sci Rep - 2016. - V.6 - P.21323.
183. Wang H. Interaction between hantaviral nucleocapsid protein and the cytoplasmic tail of surface glycoprotein Gn / H. Wang, A. Alminaite, A. Vaheri, A. Plyusnin // Virus Res - 2010. - V.151 (2) - P.205-12
184. Wang, M. Thrombocytopenia as a predictor of severe acute kidney injury in patients with Hantaan virus infections / M. Wang, J. Wang, T. Wang, J. Li, L. Hui and X. Ha // PLoS One - 2013. - V.8 - №1 - P.e53236.
185. Witkowski, P.T. Infection of human airway epithelial cells by different subtypes of Dobrava-Belgrade virus reveals gene expression patterns corresponding to their virulence potential / P.T. Witkowski, D. Bourquain, K. Bankov, B. Auste, P.W. Dabrowski, A. Nitsche, D.H. Kruger and L. Schaade // Virology - 2016. - V.493 - - P.189-201.
186. Wojcik, J.M, Phylogeographic signatures of northward post-glacial colonization from high-latitude refugia: a case study of bank voles using museum specimens / J.M Wojcik Markova S, Searle J.B, P. Kotlik // J Zool - 2010. - V.281 - №4 - P.249-262.
187. Yanagihara, R. Hantaviruses: rediscovery and new beginnings / R. Yanagihara, S.H. Gu, S. Arai, H.J. Kang and J.W. Song // Virus Res - 2014. - V.187 - P.6-14.
188. Yanagihara R. Experimental infection of human vascular endothelial cells by pathogenic and nonpathogenic hantaviruses / R. Yanagihara, D.J. Silverman // Arch Virol - 1990. - V.111 - P.281-286.
189. Yashina, L.N. Hokkaido genotype of Puumala virus in the grey red-backed vole (Myodes rufocanus) and northern red-backed vole (Myodes rutilus) in Siberia / L.N. Yashina, S.A. Abramov, T.A. Dupal, G.A. Danchinova, B.S. Malyshev, J. Hay, S.H. Gu and R. Yanagihara // Infect Genet Evol - 2015. - V.33 - P.304-313.
190. Yashina, L.N. Seewis virus: phylogeography of a shrew-borne hantavirus in Siberia, Russia / L.N. Yashina, S.A. Abramov, V.V. Gutorov, T.A. Dupal, A.V. Krivopalov, V.V. Panov, G.A. Danchinova, V.V. Vinogradov, E.M. Luchnikova, J. Hay, H.J. Kang and R. Yanagihara // Vector Borne Zoonotic Dis - 2010. - V.10 - №6 - P.585-591.
191. Zhang, X. In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus / X. Zhang, K. Ding, X. Yu, W. Chang, J. Sun and Z.H. Zhou // Nature - 2015. - V.527 - №7579 - P.531-534.
192. Zhang Y. Hantavirus infection in humans and animals, China / Y. Zhang Z.F. Fu, A. Plyusnin // Emerging Infect. Dis - 2010. - V.1 - №8 - P.1195-1203.
193. Zhou, Z. Reassortment and migration analysis of Crimean-Congo haemorrhagic fever virus / Z. Zhou, F. Deng, N. Han, H. Wang, S. Sun, Y. Zhang, Z. Hu, S. Rayner // J Gen Virol -2013. - V.94 -P.2536-2548.
194. http://www.consultant.ru/document/cons doc LAW 121895/ccbmKa.
195. http://2014,igem.org/wiki/images/4/41/Thermo_Scientific_GeneJET_RNA_Purifi cation_Kit_.pdf.
196. ThermoFisher Scientific. DNA Sequencing by Capillary Electrophoresis Applied Biosystems Chemistry Guide | Third Edition.
197. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
ПРИЛОЖЕНИЕ А (обязательное)
Таблица А1 - Значения идентичности нуклеотидной последовательности участка Б-сегмента штаммов Рыиша1а из разных пулов (%)
2ЕЬ УУБ-1 УУБ-2 РЕБ ЬА1-1 ЬА1-2 2А1-1 2А1-2 2А1-3 2А1-4 КА2-1 КА2-2 N12 ВАУ тик АЬМ
2ЕЬ 96,8100,0 97,298,0 85,886,3 93,894,3 94,595,0 93,694,5 92,093,1 99,3100,0 92,292,7 86,086,3 95,299,8 86,086,3 91,593,1 93,694,5 91,892,4 96,699,8
УУБ-1 99,3100,0 86,086,3 95,095,4 95,796,1 94,394,5 92,493,1 97,297,3 93,193,4 86,086,2 95,697,3 86,086,2 92,494,5 94,394,5 92,793,1 97,097,2
УУБ-2 99,8100,0 85,886,0 86,086,2 85,185,3 85,686,0 86,086,2 85,586,0 99,9100,0 86,387,6 99,8100,0 85,586,3 85,185,3 85,185,3 86,286,3
РЕБ 100,0 98,2 95,6 94,094,3 93,8 94,594,7 85,8 93,895,7 85,8 93,694,9 95,6 94,1 93,6
ЬА1-1 100,0 96,3 95,0 94,5 94,995,0 86,0 94,596,5 86,0 94,795,9 96,3 95,2 94,3
ЬА1-2 100,0 95,095,2 94,0 95,495,6 85,1 94,095,2 85,1 94,795,6 100,0 94,3 93,8
2А1-1 99,6 92,692,9 97,798,2 85,685,8 92,295,0 85,685,8 94,095,6 95,095,2 94,394,7 92,492,7
2А1-2 100,0 92,292,4 86,2 96,199,3 86,2 91,592,6 94,0 91,8 99,8
2А1-3 99,5100,0 85,586,0 92,294,9 85,586,0 93,895,6 95,495,6 94,194,3 92,092,2
2А1-4 100,0 86,587,6 100,0 85,586,2 85,1 85,1 86,3
КА2-1 96,598,9 86,587,6 91,595,2 94,095,2 91,894,5 96,399,1
КА2-2 100,0 85,586,2 85,1 85,1 86,3
N12 97,5100 94,795,6 96,897,9 91,392,4
ВАУ 100,0 94,5 93,8
тик 100,0 91,7
АЬМ 100,0
Таблица А2 - Значения идентичности нуклеотидной последовательности участка Б-сегмента (позиции 242-805) штаммов Рыиша1а из РТ и штаммов различных генетических линий (%)
Пул штаммов PUUV из РТ Генетическая линия TULV
ЯШ CE
Sotkamo Konnevesi Pieksamaki Kazan Udmurtia Samara Baskiria-2001 CG1820 MU/1219 Lower Saxony
ZEL 85,8-86,2 86,0-86,2 85,3-85,5 93,1-93,6 92,9-93,8 93,4-94,0 93,6-94,1 93,8-94,5 83,7-84,9 83,7-84,9 74,6-75,7
VYS-1 85,8-86,0 86,2-86,7 85,1-85,6 93,8-94,0 93,6-93,8 94,0-94,1 94,0-94,3 93,8-94,1 83,7-84,0 83,7-84,0 75,0-75,3
VYS-2 99,6-99,8 92,7-92,9 92,9-93,1 85,5-85,6 86,0-86,2 85,8-86,0 86,5-86,7 86,3-86,5 83,7-83,9 83,7-83,9 74,1-74,2
PES 85,8 87,1 86,0 95,7 95,0 95,0 94,5 94,3 83,9 83,9 76,0
LAI-1 86,0 87,1 86,0 96,8 95,7 95,7 95,2 95,0 83,9 83,9 76,2
LAI-2 84,9-86,0 86,5-87,1 85,8-86,0 94,9-96,8 94,5-95,7 95,6-95,7 94,3-95,2 94,1-95,0 83,9 83,9 76,0
ZAI-1 85,6-85,8 86,2 84,8 94,0-94,3 92,9-93,3 94,3-94,7 93,6-94,0 93,4-93,8 84,9 84,9 75,3-75,7
ZAI-2 86,0 86,0 85,3 93,1 93,3 93,4 94,1 94,0 84,4 84,4 75,5
ZAI-3 85,5-86,0 86,3-86,9 85,9-85,5 93,6-93,8 92,6-92,7 94,5-94,7 93,4-93,6 93,3-93,4 84,2-84,4 84,2-84,4 75,1-75,7
ZAI-4 99,8 92,9 93,1 85,5 86,0 85,8 86,5 86,3 83,9 83,9 74,1
KAZ-1 86,3-87,4 86,3-87,4 85,6-86,3 93,4-95,7 93,6-95,7 93,4-95,0 94,1-97,3 94,0-97,2 84,4-85,1 84,4-85,1 75,5-75,8
KAZ-2 99,8 92,9 93,1 85,5 86,0 85,8 86,5 86,3 83,9 83,9 74,1
NIZ 85,3-86,0 87,1 85,6-86,0 93,8-94,9 92,7-94,1 93,8-94,5 93,3-94,7 93,1-94,5 82,8-83,9 82,8-83,9 74,6-75,3
BAV 84,9 86,6 85,8 94,9 94,5 95,6 94,3 94,1 83,9 83,9 76,0
TUK 85,1 85,9 85,1 94,5 93,4 94,1 94,0 93,8 83,2 83,2 75,0
ALM 86,2 85,9 85,5 93,3 93,4 93,3 94,3 94,1 84,2 84,2 75,5
Примечание: TULV - хантавирус Tula.
Таблица А3 - Идентичность рассчитанных аминокислотных последовательностей участка Б-сегмента штаммов Риита1а из РТ и штаммов РЦЦУ различных генетических линий (%)
Пул штаммо в PUUV из РТ Генетическая линия
ЯШ CE
Sotkamo Konnevesi Pieksamaki Kazan Udmurtia Samara Baskiria-2001 CG1820 MU/07/12 19 Lower Saxony
ZEL 98,4-98,9 98,9-99,5 98,9-99,5 98,4-98,9 98,9-99,5 98,9-99,5 98,9-99,5 98,9-99,5 98,4-98,9 98,4-98,9
VYS-1 98,9 99,5 99,5 98,9 99,5 99,5 99,5 99,5 98,9 98,9
VYS-2 100,0 99,5 99,5 97,9 98,4 98,4 98,4 98,4 99,5 99,5
PES 97,9 98,4 98,4 97,9 98,4 99,5 98,4 98,4 97,9 97,9
LAI-1 98,9 99,5 99,5 98,9 99,5 99,5 99,5 99,5 98,9 98,9
LAI-2 98,4 98,9 98,9 98,4 98,9 100,0 98,9 98,9 98,4 98,4
ZAI-1 98,4 98,9 98,9 98,4 98,9 100,0 98,9 98,9 98,4 98,4
ZAI-2 98,9 99,5 99,5 98,9 99,5 99,5 99,5 99,5 98,9 98,9
ZAI-3 97,9-98,4 98,4-98,9 98,4-98,9 97,9-98,4 98,4-98,9 99,5-100,0 98,4-98,9 98,4-98,9 97,9-98,4 97,9-98,4
ZAI-4 100,0 99,5 99,5 97,9 98,4 98,4 98,4 98,4 99,5 99,5
KAZ-1 98,9 99,5 99,5 98,9 99,5 99,5 99,5 99,5 98,9 98,9
KAZ-2 100,0 99,5 99,5 97,9 98,4 98,4 98,4 98,4 99,5 99,5
NIZ 98,4 98,9 98,9 98,4 98,9 100,0 98,9 98,9 98,4 98,4
BAV 98,4 98,9 98,9 98,4 98,9 100,0 98,9 98,9 98,4 98,4
TUK 97,9 98,4 98,4 98,9 99,5 99,5 98,4 98,4 97,9 97,9
ALM 98,9 99,5 99,5 98,9 99,5 99,5 99,5 99,5 98,9 98,9
Таблица А4 - Идентичность нуклеотидной последовательности участка М-сегмента штаммов Риишсйа из разных пулов (%)
2БЬ УУБ-1 УУБ-2 РББ БА1-1 БА1-2 2А1-1 2А1-2 N12 ВАУ КА2 тик АЬМ
2БЬ 97,0100,0 96,497,1 91,491,8 90,891,1 90,991,5 91,592,1 92,192,9 97,1100,0 91,292,3 91,592,1 95,9100,0 90,991,7 97,0100,0
УУБ-1 99,5100,0 91,691,8 91,091,4 91,291,7 91,691,8 92,793,4 96,997,0 91,892,9 91,691,8 96,197,0 91,892,2 96,896,9
УУБ-2 100,0 97,2 99,099,5 92,7 93,193,9 91,7 93,6937 92,792,8 91,492,0 93,994,2 91,8
РББ 100,0 97,598,0 92,4 93,894,2 91,0 93,693,9 92,492,5 90,891,7 94,294,5 91,1
ЬА1-1 99,399,6 92,192,4 93,393,8 91,391,4 92,893,3 92,192,5 90,891,7 93,794,2 91,491,5
ЬА1-2 100,0 94,694,8 92,1 94,494,6 99,9100,0 92,493,2 94,694,7 92,0
2А1-1 98,699,3 92,492,8 95,396,3 94,694,9 92,494,6 95,696,1 92,392,7
2А1-2 100,0 91,692,3 92,192,2 97,999,3 91,591,7 99,9
N12 97,5100,0 94,494,7 91,392,7 97,697,9 91,692,2
ВАУ 99,9100,0 92,493,2 94,694,8 92,092,1
КА2 97,899,9 91,391,9 97,899,1
тик 99,799,9 91,491,6
АЬМ 100,0
Таблица А5 - Значения идентичности нуклеотидной последовательности участка М-сегмента штаммов Риита1а из РТ и штаммов из регионов Европы (%)
Европа Россия Вирус Ти1а
Бо1кашо Коппеуев1 Р1екБашак1 Ми/07/1219 Угашса Ка2ап Башага ВаБкта С01820
2ЕЬ 84,6-84,9 83,3-84,0 83,1-83,6 81,0-81,4 79,5-79,8 92,1-92,4 90,0-90,2 85,8-86,2 85,3-85,7 75,0-75,1
УУБ-1 85,5-85,7 84,0-84,4 84,0-84,2 81,5-81,9 79,6-79,7 92,3-92,5 90,2-90,4 86,1-86,5 85,6-86,0 75,2-75,6
УУБ-2 83,7 83,5 83,1 80,0 80,1 94,0 93,2 85,8 85,3 74,4
РЕБ 84,2 83,9 83,5 80,2 80,2 94,0 93,7 86,3 85,8 73,2
ЬЛ1-1 83,7-83,8 83,5-83,6 82,9-83,0 79,6-80,0 80,2-80,4 93,4-93,8 92,7-93,1 85,9-86,1 85,4-85,6 73,9-74,2
ЬЛ1-2 83,5 83,8 83,7 79,6 80,2 93,3 92,1 85,6 85,1 74,7
2Л1-1 85,0-85,5 84,3-84,8 84,0-84,4 79,7-80,1 80,1-80,4 93,9-94,5 93,2-93,8 85,9-86,8 85,7-86,3 74,0-74,5
2Л1-2 84,7 83,5 83,2 81,2 79,6 92,3 90,1 85,9 85,4 75,0
N12 84,3-85,6 83,6-84,5 83,6-84,3 79,5-80,0 80,0-80,8 93,7-94,3 93,3-93,4 86,1-86,4 85,6-85,9 74,0-74,8
ВЛУ 83,5-83,6 83,8-83,9 83,7-83,8 79,6-79,7 80,2-80,3 93,3-93,4 92,1-92,2 85,6-85,7 85,1-85,2 74,7-74,8
тик 84,9-85,1 83,9-84,1 83,5-83,7 79,7-79,8 80,6-80,7 94,1-94,2 93,3-93,5 86,5-86,7 86,0-86,2 74,2-74,5
ЛЬМ 84,7 83,5 83,2 81,3 79,6 92,4 90,0 85,8 85,3 75,0
Таблица А6 - Идентичность рассчитанных аминокислотных последовательностей участка М-сегмента штаммов Риита1а из РТ и регионов Европы (%)
Пул штаммов PUUV из РТ Регион Европы Вирус Tula
Финляндия Поволжье (Россия) Германия
Sotkamo Konnevesi Pieksamaki Kazan Samara Baskiria-2001 CG1820 MU/07/1219
ZEL 96,5-97,1 96,5-97,1 96,5-97,1 99,0-99,7 98,7-99,4 97,8-98,4 96,2-96,8 91,7-92,3 81,1-81,7
VYS-1 96,2-97,1 96,2-97,1 96,2-97,1 98,4-99,4 98,1-99,0 97,1-98,1 95,5-96,5 91,3-92,3 81,4-82,1
VYS-2 96,8 96,8 96,8 99,4 99,0 98,1 96,5 92,3 81,7
PES 96,8 96,8 96,8 99,4 99,0 98,1 96,5 92,3 81,7
LAI-1 96,5-96,8 96,5-96,8 96,5-96,8 99,0-99,4 98,7-99,0 97,8-98,1 96,2-96,5 92,0-92,3 81,4-81,7
LAI-2 96,5-96,8 96,5-96,8 96,5-96,8 99,0-99,4 98,7-99,0 97,8-98,1 96,2-96,5 91,7-92,0 81,4
ZAI-1 96,2-96,8 96,2-96,8 96,2-96,8 98,7-99,4 98,4-99,0 97,8-98,1 96,2-96,5 91,3-92,0 81,1-81,4
ZAI-2 97,1 97,1 97,1 99,7 99,4 98,4 96,8 92,3 81,7
KAZ 97,3 97,3 97,3 99,1-99,6 99,6-100,0 97,8-98,2 95,6-96,0 92,4 83,6
NIZ 95,2-97,4 95,2-97,4 95,2-97,4 97,1-99,4 96,8-99,0 96,8-98,1 95,5-97,1 90,4-92,6 81,4-82,1
BAV 96,8 96,8 96,8 99,4 99,0 98,1 96,5 92,0 81,4
TUK 96,5-97,1 96,5-97,1 96,5-97,1 99,0-99,7 98,7-99,4 97,8-98,4 96,2-96,8 91,7-92,3 81,1-81,7
ALM 97,1 97,1 97,1 99,7 99,4 98,4 96,8 92,3 81,7
Таблица А7 - Идентичность нуклеотидной последовательности участка Ь-сегмента штаммов Риита1а из разных пулов (%)
2БЬ УУБ-1 УУБ-2 ЬА1-1 ЬА1-2 ВАУ РББ АЬМ тик КА2 2А1-1 2А1-2
2БЬ 98,4100,0 97,0 -97,7 96,697,6 95,095,7 93,594,2 93,399,7 95,996,2 98,6100,0 93,093,8 98,3100,0 92,093,3 98,4100,0
УУБ-1 99,6100,0 99,399,9 94,595,0 93,293,5 93,097,5 95,295,4 97,697,9 93,693,8 97,397,6 92,693,3 97,497,7
УУБ-2 99,4 94,094,7 92,993,1 92,897,4 94,995,1 97,397,6 93,293,7 96,897,3 92,593,1 97,297,4
ЬА1-1 99,1100,0 93,093,5 92,995,5 98,298,7 95,395,7 92,993,5 94,995,9 92,092,6 95,295,6
ЬА1-2 100,0 93,5100,0 93,8 93,6 94,694,8 93,593,9 92,092,6 95,295,6
ВАУ 93,499,9 93,895,8 93,599,7 93,494,8 93,399,1 92,293,6 93,399,6
РББ 100,0 96,2 93,893,9 95,796,2 92,993,0 96,0
АЬМ 100,0 93,693,8 98,999,1 92,693,0 99,9
тик 99,799,9 92,993,5 95,996,2 93,593,6
КА2 98,999,9 92,393,3 98,899,0
2А1-1 98,3 92,893,2
2АТ-2 100,0
Таблица А8 - Значения идентичности нуклеотидной последовательности участка Ь-сегмента штаммов Риита1а из РТ и штаммов из регионов Европы (%)
Европа Россия Вирус Ти1а
Бо1кашо 2009 Р1екБашак1 Ми/07/1219 .Гига Ка2аи Башага Ша-97 С01820
2БЬ 83,3-83,5 83,8-84,1 81,1-82,0 82,3-82,5 92,0-92,5 92,6-93,0 85,9-86,2 85,9-86,2 71,0-71,2
УУБ-1 83,5-83,8 84,1-84,4 81,1-81,4 82,4-82,5 92,6-92,9 92,6-92,9 86,5-86,7 86,5-86,7 71,1-71,3
УУБ-2 83,5 84,1-84,4 81,2-81,3 82,3-82,5 92,3-92,5 92,6-92,8 86,5-86,7 86,5-86,7 71,1-71,2
РББ 84,2 83,7 81,4 82,7 93,0 92,6 86,6 86,6 71,3
ЬА1-1 83,8-84,0 83,5-83,7 81,4-81,6 82,5-82,8 92,3-92,8 92,0-92,5 86,2-86,8 86,2-86,8 70,8-71,2
ЬА1-2 83,4 83,7 82,1 83,3 93,9 93,3 86,7 86,7 70,4
2А1-1 83,8-84,3 82,8-83,3 81,3-81,4 81,7-82,0 92,3-93,2 92,9-94,0 86,0-86,4 86,0-86,4 71,1
2А1-2 83,4 84,0 82,0 82,4 92,1 92,6 86,0 86,0 71,2
КА2 83,0-83,7 83,8-84,3 81,7-82,3 82,3-82,7 92,0-92,2 92,6-93,0 85,8-86,2 85,8-86,0 70,4-71,3
ВАУ 83,1-83,4 83,5-84,0 81,8-82,1 82,3-83,3 91,8-93,9 92,7-93,3 85,7-86,7 85,7-86,7 70,4-71,2
тик 83,3-83,4 83,4-83,5 81,4-81,7 82,4-82,6 93,0-93,2 94,6-94,9 86,7-86,8 86,7-86,8 71,3-71,5
АЬМ 83,3 83,8 81,8 82,3 92,2 92,8 86,0 86,0 71,2
Таблица А9 - Идентичность рассчитанных аминокислотных последовательностей участка М-сегмента штаммов Риита1а из РТ и регионов Европы (%)
Пул штаммов РииУ из РТ Регион Европы Вирус Ти1а
Финляндия Поволжье (Россия) Германия Франция
Бо1кашо Р1екБашак1 Ка2аи Башага Ша-97 С01820 Ми/07/1219 .Гига
2БЬ 93,2-94,0 92,7-93,6 98,3-99,1 97,9-98,7 97,4-98,3 97,4-98,3 91,9 91,5-92,3 77,8
УУБ-1 92,7-93,6 92,3-93,2 97,9-98,7 97,4-98,3 97,0-97,9 97,0-97,9 91,0-91,9 91,0-91,9 76,9-77,4
УУБ-2 92,7 92,2-92,3 97,0-97,8 97,4 97,0 97,0 91,4-91,5 90,9-91,0 76,1-77,6
РББ 93,6 93,2 98,7 98,3 97,9 97,9 91,0 91,9 79,1
ЬА1-1 94,0-94,9 93,6-94,4 99,1-99,6 98,7-99,1 98,3-98,7 98,3-98,7 91,5-91,9 92,3-93,2 77,8-78,2
ЬА1-2 94,0 93,6 99,1 98,7 98,3 98,3 91,5 92,3 77,8
2А1-1 94,0-94,4 93,2-93,6 98,7 98,3 97,9 97,9 91,9-92,3 91,9-92,3 78,2
2А1-2 93,2 92,7 98,3 97,9 97,4 97,4 91,9 91,5 77,8
КА2 93,2-93,6 92,7-93,2 98,3-98,7 97,9-98,3 97,4-97,9 97,4-97,9 91,8-92,3 91,4-91,9 76,8-77,8
ВАУ 93,1-94,0 92,6-93,6 98,3-99,1 97,8-98,7 97,4-98,3 97,4-98,3 91,0-91,8 91,3-92,3 77,8-78,2
тиК 94,0 93,6 98,7 98,3 97,9 97,9 91,5 92,3 78,6
АЬМ 93,2 92,7 98,3 97,9 97,4 97,4 91,9 91,5 77,8
Рисунок А1 - Замены аминокислотных остатков в рассчитанной полипептидной последовательности М-сегмента штаммов Риита1а из РТ
Замены показаны для каждого штамма Puumala по сравнению с аминокислотной последовательностью. штамма «Samara».
Рисунок А2 - Замены аминокислотных остатков в рассчитанной аминокислотной последовательности Ь-сегмента штаммов Риита1а из РТ.
Замены показаны для каждого штамма Puumala по сравнению с А.П. штамма «Samara».
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.