Молекулярно-генетический анализ хламидий: геномика, таксономия, индикация и идентификация тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, доктор биологических наук Вафин, Рамиль Ришадович

• Вафин, Рамиль Ришадович
• доктор биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации доктор биологических наук Вафин, Рамиль Ришадович

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Молекулярно-генетическая диагностика.

1.1.1. Методы выделения нуклеиновых кислот.

1.1.1.1. Детергентный метод.

1.1.1.2. Фенольный метод.

1.1.1.3. Фенольно-детергентный метод.

1.1.1.4. Сорбционный метод.

1.1.2. Методы амплификации нуклеиновых кислот.

1.1.2.1. Полимеразная цепная реакция и ее модификации.

1.1.2.2. Альтернативные методы амплификации.

1.1.3. Генотипирование с учетом полиморфизма единичных нуклеотидов (SNP-генотипирование).

1.1.4. Проблема контаминации. Методы деконтаминации.

1.2. Таксономия и номенклатура хламидий.

1.2.1. Семейство Chlamydiaceae.

1.2.1.1. Род Chlamydia.

1.2.1.2. Род Chlamydophila.

1.2.2. Семейство Parachlamydiaceae.

1.2.3. Семейство Simkaniaceae.

1.2.4. Семейство Waddliaceae.

1.2.5. Семейство Criblamydiaceae.

1.2.6. Хламидиозы рыб.

1.2.7. Критический взгляд на классификацию хламидий.

1.3. Исторический ракурс изучения проблемы хламидиозов животных на постсоветском пространстве.

1.3.1. Характеристика некоторых штаммов хламидий, выделенных от млекопитающих.

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Штаммы хламидий. Исследованный материал.

2.2. Эпизоотологическое обследование.

2.3. Выделение и идентификация возбудителя хламидиоза.

2.4. Серологические реакции.

2.5. Люминесцентная микроскопия.

2.6. Очистка и концентрирование хламидий.

2.7. Экстракция нуклеиновых кислот исследованного материала.

2.8. ПЦР. ПДРФ. Горизонтальный гель электрофорез.

2.9. Секвенирование. Выравнивание и филогенетический анализ.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ.

3.1. Совершенствование способов генодиагностики.

3.1.1. Разработка способа выделения ДНК хламидий.

3.1.2. Разработка способа проведения ПЦР.

3.1.3. Разработка способа защиты ОТ-ПЦР от контаминации продуктами амплификации на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы.

3.2. Результаты исследования плотоядных животных на хламидиоз.

3.2.1. Оценка эпизоотического состояния зверосовхоза «Вятский» Кировской области РФ в отношении хламидиоза пушных зверей.

3.2.2. Лабораторная диагностика хламидиоза лисиц в зверосовхозе «Вятский» Кировской области РФ.

3.2.2.1. Вирусологические исследования.

312.212. Серологические исследования.

3.2.2.3. Молекулярно-генетические исследования.

3.2.3. Совершенствование молекулярно-генетической индикации возбудителей хламидиоза.

3.2.3.1. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) со специфичными праймерами для индикации хламидий.

3.2.3.2. Выявление возбудителя хламидиоза в патологическом материале при помощи ПЦР со специфичными праймерами.

3.3. Результаты лабораторных исследований рептилий, амфибий и декоративных птиц на хламидиоз.

3.4. Молекулярно-генетический анализ хламидий.

3.4.1. Сравнительная характеристика хламидий по отр1-тещ.

3.4.2. Сравнительная характеристика хламидий по отр2-тену.

3.4.3. Сравнительная характеристика хламидий по 16SрРНК,

23SрРНКи наличию экстрахромосомной плазмиды (рСр).

4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ.

5. ВЫВОДЫ.

6. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетический анализ хламидий: геномика, таксономия, индикация и идентификация»

Актуальность темы. Научные достижения последних десятилетий в области молекулярной биологии, генетики, биохимии, пересекающиеся с микробиологией, вирусологией, иммунологией и другими смежными дисциплинами, привели к созданию, развитию и внедрению в практику диагностических лабораторий молекулярно-генетических методов исследования геномов эукариот, прокариот и вирусов. Генодиагностические подходы, базовыми направлениями которых являются гибридизационные, амплификационные, сиквенсные и другие технологии ДНК/РНК-анализа, постоянно совершенствующиеся в плане специфичности, чувствительности, экономии и безопасности, позволяют осуществлять широкий спектр задач индикации и идентификации биологических объектов. На сегодняшний день они являются одними из самых эффективных приемов при постановке диагноза на инфекционные болезни (P. Singleton, 2000; N. Woodford et al., 2004; G.J. Viljoen et al., 2005; M. Klint et al., 2007; K. Sachse et al., 2008). В этом- плане весьма актуальным представляется решение вопросов номенклатуры и классификации микроорганизмов, что является основой идентификации болезнетворных агентов.

Хламидиозы — группа разнообразных по проявлению контагиозных болезней животных, возбудителями которых являются внутриклеточные микроорганизмы со своеобразным циклом развития (J. Storz, 1988). Геномы хламидий являются перспективным объектом исследования, а генетический критерий идентификации служит одной из конструктивных звеньев построения их классификации (K.D. Everett et al., 1999а, 1999b; J.C. Hartley et al., 2001; M. Van Loock, 2003; N.R. Thomson et al., 2005, 2008; R.S. Stephens et al., 2009):

Особенностью хламидиозов, значительно- усложняющей контроль за развитием заболевания, является частое латентное или хроническое течение со стертой клинической картиной. Кроме того, обладая низкой иммуногенностью, не обеспечивающей выработку достаточного количества антител, инфекция часто приобретает персистирующий характер и способствует образованию тлеющего очага.

Лабораторные методы диагностики хламидиоза, основанные на обнаружении возбудителя путем световой и люминесцентной микроскопии, выделении инфекционного агента на куриных эмбрионах, выявлении в сыворотках крови больных и переболевших животных специфических антител, имеют ряд недостатков, связанных с низкой чувствительностью и специфичностью, а также длительностью получения ответа. Это обусловливает необходимость изыскания и внедрения чувствительных средств диагностики, позволяющих выявлять хламидии при любой форме проявления инфекционного процесса (J.C. Hartley et al., 2001; К. Sachse et al., 2009).

Исходя из этого, перспективным направлением является совершенствование лабораторной диагностики хламидиозов на основе молекулярно-генетических методов исследования.

Цель и задачи исследования. Цель исследования- - создание научно-практических основ генодиагностики биологических объектов и проведение системного молекулярно-генетического анализа хламидий на предмет их таксономической принадлежности.

В соответствии с целью работы для решения были поставлены следующие задачи:

- разработать способ выделения нуклеиновых кислот хламидий для получения препаратов ДНК высокой степени чистоты и нативности;

- разработать способ проведения ПТДР, обеспечивающий эффективную наработку специфичных ампликонов с исключением амплификации неспецифичных продуктов .реакции;

- разработать способ * деконтаминации * амплификационных реакций на-основе урацил-ДНК-гликозилазного метода защиты от контаминации;

- провести комплекс исследований по выяснению этиологической роли хламидий в патологии клеточных пушных зверей, птиц, рептилий и амфибий;

- подобрать условия проведения индикации и идентификации хламидий в клиническом и патологическом материале методами ПЦР и ПЦР-ПДРФ-анализа;

- провести молекулярно-генетические исследования типичных представителей рода Chlamydophila штаммов «Ростиново-70», «250», «1Ш-87» и «КС-93» на предмет их таксономической принадлежности на основании сравнительного анализа по ompl-, отр2~, 16SрРНК- и 23SрРНК-генам с соответствующими фрагментами геномов официально зарегистрированных видов хламидий, а также по наличию экстрахромосомной плазмиды.

Научная новизна.

- Впервые на основании системного молекулярно-генетического анализа представителей семейства Chlamydiaceae охарактеризован новый, ранее не изученный генотип хламидий, обозначенный нами «генотип G», с предложением соотнесения изолированных от млекопитающих при абортах штаммов «Ростиново-70», «250», «1Ш-87» и «КС-93» рода Chlamydophila в новый вид хламидий, Chlamydophila parapsittaci sp.nov.

- Разработка фенольно-детергентного способа выделения ДНК хламидий^ (Патент РФ на изобретение № 2230120 - «Способ выделения ДНК микроорганизмов»).

- Разработка методики высокоточной ПЦР (Патент РФ на изобретение № 2299240 - «Способ проведения ПЦР»).

- Разработка способа защиты ОТ-ПЦР от контаминации продуктами амплификации на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы (из Е. coli) (Патент РФ на изобретение № 2307167).

Научная новизна и приоритет разработок, диссертации- защищены охраноспособными документами; отражены, в публикациях ведущих рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК и глобальной электронной базе данных генбанков NCBI (США), EMBL (Великобритания), DDBJ (Япония).

Научно-практическая значимость.

- Результаты молекулярно-генетических исследований типичных представителей рода Chlamydopila штаммов «Ростиново-70», «250», «1111-87» и «КС-93», характеризующие собой новый, ранее не изученный генотип хламидий («генотип G»), с предложением выделения изученных штаммов в новый вид хламидий, Chlamydophila parapsittaci sp.nov., существенно повышают уровень знаний о природе хламидийных инфекций и позволяют эффективно использовать полученную информацию в научно-практической деятельности ветеринарной и гуманитарной медицины.

- Разработан способ выделения ДНК хламидий для последующего молекулярно-генетического анализа. Предложенная разновидность фенольно-детергентного метода экстракции нуклеиновых кислот микроорганизмов проста в эксплуатации, экономична во времени и средствах, дает приемлемые результаты в отношении нативности, чистоты и концентрации препаратов ДНК хламидий.

- Разработан способ проведения полимеразной цепной реакции, являющийся действенной альтернативой разновидностям «точной» ПЦР, таким как «touch-up PCR» и «touch-down PCR». Предложенная методика высокоточной ПЦР позволяет значительно повысить специфичность амплификации интересуемых участков геномов исследуемых биологических объектов.

- Разработан способ ферментативной деконтаминации амплификационных реакций на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы (из Е. coli). Предложенный подход является действенным инструментом защиты ОТ-ПЦР в варианте «1 пробирка, 2 этапа» от загрязнения продуктами амплификации.

- Установлена хламидийная природа различных патологий у клеточных и домашних плотоядных животных, птиц, рептилий и амфибий; выделенные при этом изоляты микроорганизмов идентифицированы как хламидии.

- Подобраны условия проведения ГЩР-индикации и идентификации хламидий методом ПЦР-ПДРФ в исследуемом биоматериале, обеспечивающие высокую чувствительность и специфичность тестов.

- Подготовленные на основе научно-практической работы методические рекомендации используются в учебном процессе факультетов ветеринарной медицины сельскохозяйственных ВУЗов, для повышения квалификации специалистов ветеринарных лабораторий и при научных исследованиях.

Апробация работы. Основные положения диссертации доложены на:

- ежегодных итоговых заседаниях ученых советов ФГОУ ВПО «Казанская государственная академии ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана (20022008 гг.);

- ежегодных итоговых заседаниях ученых советов ГНУ «Татарский научно-исследовательский институт сельского хозяйства» РАСХН (2004-2006 гг.);

- Всероссийской научно-практической конференции по актуальным проблемам ветеринарии и зоотехнии (Казань 2002 г.);

- научно-практической конференции «Актуальные проблемы биологии и ветеринарной медицины мелких домашних животных» (Киров, 2002 г.);

- Х-ХИ, XIV и XV Московских международных ветеринарных конгрессах (Москва, 2002-2004, 2006, 2007 гг.);

- IV региональной научно-практической конференции «Ветеринарная медицина. Современные проблемы и перспективы развития» (Саратов, 2004 г.);

- научно-практической конференции «Ветеринарная медицина домашних животных» (Казань. 2005 и 2006 гг.);

- научно-практической конференции молодых ученых ФГОУ ВПО «Казанская академия^ ветеринарной медицины им; Н:Э: Баумана» (Казань, 2006 г.).

Публикация результатов, исследования: По теме ' диссертации опубликовано 55 работ, в том числе 10 публикаций в ведущих рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК, 4 методические рекомендации, 3 патента на изобретения, 1 монография и 15 депонированных в глобальных базах данных генбанков NCBI, EMBL и DDBJ публикаций нуклеотидных последовательностей локусов ompl-, отр2-, 16S рРНК-, 23S рРНК-генов и экстрахромосомной плазмиды хламидий штамма «Ростиново-70».

Основные положения, выносимые на защиту:

- Штаммы хламидий «Ростиново-70», «250», «Ш1-87» и «КС-93» рода Chlamydophila по генетическому (анализ ompl-, отр2~, 16S рРНК- и 23S pPHK-TQROB хламидий и наличия экстрахромосомной плазмиды) и экологическому (изолированы от млекопитающих при абортах) критериям охарактеризованы как ранее не изученный генотип («генотип G») и предложены для выделения в новый вид - Chlamydophila parapsittaci sp. nov.

- Фенольно-детергентный способ выделения ДНК хламидий позволяет получать чистые, нативные и концентрированные препараты нуклеиновых кислот возбудителя.

- Методика высокоточной ПЦР обеспечивает эффективную наработку специфичных ампликонов с исключением амплификации неспецифичных продуктов реакции.

- Способ защиты ОТ-ПЦР от контаминации продуктами амплификации на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы (из Е. coli) предотвращает возможность реамплификации урацил-содержащих ампликонов при использовании заявленного протокола ОТ-ПЦР в варианте «1 пробирка, 2 этапа».

- Различные- патологии у клеточных и домашних плотоядных животных, декоративных птиц, рептилий и амфибий имеют хламидийную природу, подтвержденную результатами комплексных исследований.

- Подобранные условия индикации и идентификации хламидийв исследуемом биоматериале методами ПЦР и ПЦР-ПДРФ* обеспечивают высокую чувствительность и специфичность анализа.

Объем и структура диссертационной работы. Диссертация изложена на 290 страницах компьютерного текста (текстовый редактор «Microsoft Word 2003», стиль «Times New Roman», размер шрифта 14 пт, интервал полуторный) и включает: введение, обзор литературы, материалы и методы исследования, результаты собственных исследований, обсуждение результатов исследования, выводы, практические предложения, список использованной литературы (всего 470 источников, в том числе 416 иностранных) и приложения. Диссертация иллюстрирована 21 таблицами, 30 рисунками и 8 схемами. Прилагаются документы, подтверждающие научно-практическую значимость работы.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Вафин, Рамиль Ришадович

5. ВЫВОДЫ

1. По результатам таксономической идентификации хламидий по генетическому (анализ ompl-, отр2~, 16SрРНК и 23SрРНК-генов хламидий и наличия экстрахромосомной плазмиды) и экологическому (изолированы от млекопитающих при абортах) критериям штаммы хламидий «Ростиново-70», «250», «ПП-87» и «КС-93» из коллекции микроорганизмов ФГУ «ФЦТРБ-ВНИВИ» характеризуются признаком нового ранее не изученного генотипа хламидий, обозначенного нами «генотип G» и предложены для выделения в новый вид хламидий, Chlamydophila parapsittaci sp. nov.

2. Разработанный фенольно-детергентный способ выделения ДНК хламидий обеспечивает получение препаратов ДНК хламидий высокой степени чистоты (спектрофотометрические показатели (А260/А280) полученных препаратов ДНК колебались в пределах 1,8-2,0) и нативности, пригодных для молекулярно-генетических исследований. Практический выход ДНК хламидий составил 18,7-20,4 мкг/мг сухой массы микроорганизмов.

3. Разработанная' методика высокоточной ПЦР обеспечивает эффективную наработку специфичных ампликонов с исключением амплификации неспецифичных продуктов реакции за счет использования праймеров, состоящих из 3''-участка, комплементарного последовательности мишени, и 5/-участка, не комплементарного последовательности-мишени, с потенциальной температурой гибридизации по всей длине, превышающей температуру отжига их З'-комплементарного участка на 5-10°С, а также применения фиксированной температуры отжига,, соответствующей потенциальному оптимуму гибридизации по всей длине олигонуклеотидов.

4. Разработанный способ защиты ОТ-ПЦР от контаминации продуктами амплификации на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы (из Е. coli) на урацил-содержащую ДНК в варианте «1 пробирка,.2 этапа» при использовании M-MuLV обратной транскриптазы и Taq ДНК полимеразы путем комбинированного использования dTTP/dUTP предотвращает возможность реамплификации урацил-содержащих ампликонов в виду того, что урацил-содержащая ДНК (контаминант) теряет роль мишени из-за выщепления из нее свободного урацила ферментом урацил-ДНК-гликозилазой (из Е. coli) в процессе реакции.

5. На основании анализа эпизоотологической ситуации, выделения возбудителя, а также положительных результатов бактериоскопических, серологических и молекулярно-генетических исследований установлена хламидийная природа различных патологий у клеточных и домашних плотоядных животных, птиц, рептилий и амфибий.

6. Подобранные условия ПЦР-индикации и ПЦР-ПДРФ-идентификации хламидий в исследуемом биоматериале обеспечивают высокую чувствительность и специфичность тестов.

6. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

На основании проведенных исследований внесены следующие практические предложения:

1. Предложен фенольно-детергентный способ выделения ДНК хламидий (Патент РФ на изобретение № 2230120 - «Способ выделения ДНК микроорганизмов»), позволяющий получать чистые, нативные и концентрированные препараты нуклеиновых кислот возбудителя.

2. Предложена методика высокоточной ПЦР (Патент РФ на изобретение № 2299240 - «Способ проведения ПЦР»), которая обеспечивает эффективную наработку специфичных ампликонов с исключением амплификации неспецифичных продуктов реакции.

3. Предложен способ защиты ОТ-ПЦР от контаминации продуктами амплификации на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы (из Е. coli) (Патент РФ на изобретение № 2307167), предотвращающий возможность реамплификации урацил-содержащих ампликонов при использовании заявленного протокола ОТ-ПЦР в варианте «1 пробирка 2 этапа».

4. Предложены условия проведения индикации и идентификации хламидий методами ПЦР и ПЦР-ПДРФ в исследуемом биоматериале, обеспечивающие высокую чувствительность и специфичность анализа.

5. Охарактеризован новый генотип хламидий («генотип G»), по результатам молекулярно-генетических исследований, типичных представителей рода Chlamydopila штаммов «Ростиново-70», «250», «ПП-87» и «КС-93», с предложением выделения изученных штаммов в новый вид хламидий, Chlamydophila parapsittaci sp.novчто существенно повышает уровень-знаний о природе хламидийных инфекций и позволяет эффективно использовать полученную информацию в практической деятельности ветеринарной и гуманитарной медицины.

6. Подготовлены методические рекомендации для использования опубликованных материалов в учебном процессе факультетов ветеринарной медицины сельскохозяйственных ВУЗов, для повышения квалификации специалистов ветеринарных лабораторий и при научных исследованиях: «Методические рекомендации по индикации и идентификации микроорганизмов вида Chlamydia psittaci методом полимеразной цепной реакции», утверждены директором ВНИВИ 21 ноября 2002 г. «Индикация и идентификация микроорганизмов вида Chlamydia psittaci методом полимеразной цепной реакции (методические рекомендации)», утверждены Ученым советом КГАВМ 24 декабря 2002 г.

- «Методические рекомендации по диагностике хламидийных инфекций у рептилий, амфибий и декоративных птиц», утверждены Ученым советом КГАВМ 10 июня 2008 г.

- «Методические рекомендации по идентификации генотипов хламидий по маркерному гену (ompl)», утверждены Ученым советом КГАВМ 25 декабря 2008 г.

БЛАГОДАРНОСТИ

Выражаю признательность и благодарность коллективам ФГОУ ВПО «Казанская государственная академия ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана», ФГУ «Федеральный Центр токсикологической и радиационной безопасности - Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт» (г. Казань), ГНУ «Татарский научно-исследовательский институт сельского хозяйства РАСХН» (г. Казань), НПО «СибЭнзим» (г. Новосибирск), ФГУ «Татарская межрегиональная ветеринарная лаборатория» (г. Казань), ГУЗ «Республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями МЗ РТ» (г. Казань), ГУ «Республиканская ветеринарная лаборатории РТ» (г. Казань), КУК «Казанский зооботсад» за содействие.

Выражаю признательность и благодарность своему научному консультанту, доктору ветеринарных наук, профессору Рустаму Хамитовичу Равшову за научное направление и сотрудничество.

Выражаю признательность и благодарность «Заслуженному деятелю науки Республики Татарстан», профессору Магязу Мубаракишновичу Сахабутдинову и генеральному директору ООО «Сюмбель-Т» Илъгизу Минсабировичу Габбасову за оказанную финансовую поддержку.

Выражаю признательность и благодарность своим родителям за всемернуюпомощь.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Вафин, Рамиль Ришадович, 2009 год

1. Багдонас, И. Изучение экспериментальной пневмонии телят, зараженных возбудителем группы хламидий / И. Багдонас, А. Лабутинас // Труды Литовского НИИВ. 1976. - С. 5-14.

2. Бородина, Т. Методы детекции SNP / Т. Бородина // Практическая молекулярная биология электронный ресурс. — 2005. — Режим доступа: http://molbiol.edu.ru, свободный.

3. Бортничук, В. А. Значение реакции иммунофлуоресценции при диагностике хламидиоза свиней / В.А. Бортничук // Микробиол. Ж. 1989. -№ 1.-С. 12.

4. Бортничук, В.А. Хламидиоз свиней / В.А. Бортничук // Киев: Урожай, 1991.-192 с.

5. Бортничук, В.А. Поражение половой сферы у хряков при хламидиозе. Ветеринарные и зоогигиенические мероприятия в промышленном животноводстве / В.А. Бортничук с соавт. // Тр. Латв. СХА. 1983 — № 204.-С. 67-73.

6. Бортничук, В.А. Электронно-микроскопическое исследование хламидий, выделенных от свиней, в клетках желточного мешка куриных эмбрионов / В.А. Бортничук, Г.А. Иванченко // Микробиологический журнал. 1984. -№46(1).- С. 56-61.

7. Волкова, А.А. Вирусный аборт овец / А.А. Волкова // Малоизученные заболевания с.-х. животных. М., 1967. - С. 123-124.

8. Гаффаров, Х.З. Выделение вируса из группы пситтакоза-лимфогранулемы от телят, больных бронхопневмонией / Х.З. Гаффаров // Ученые записки КВИ.- 1969. -№ 104. -С. 47.

9. Гаффаров, Х.З. Энзоотия хламидийного энцефаломиелита у телят / Х.З. Гаффаров // Акт. вопр. вет. вирусол., Тез. Докл. V Всесоюзн. вет вирус, конф. Казань, 1980. - С. 22.

10. Гаффаров, Х.З. Выделение вируса из группы OJIT при энзоотическом аборте овец / Х.З. Гаффаров, Л.И. Михайлова, B.C. Кривоносое // Ветеринария. -М., 1971. -№ 7. -С. 109-111.

11. Грибанов, О. Использование аэросила и фильтров GF/F для очистки фрагментов ДНК, ДНК плазмид и РНК / О. Грибанов, А. Щербаков, И. Перевозчикова, А. Гусев // Биохимия. 1996. - Т. 61. - С. 10.

12. Гринин, А.С. Очистка, концентрирование и фракционирование вирусов животных / А.С. Гринин, И.Н. Титов // М.: Колос, 1971. 240 с.

13. Домейка, М.А. Биологическая характеристика хламидий возбудителя энзоотического энтерита телят: Автореф. дис. . канд. вет. наук. - Тарту, 1986. - 25с.

14. Караваев, Ю.Д. Изучение комплементсвязывающей активности различных штаммов .возбудителя аборта овец / Ю;Д. Караваев // Профилактика и меры борьбы с болезнями овец: Тез. докл. науч. совещания. М., 1973. - С. 162164.

15. Ковалев, В.JI. Схема выделения хламидий от животных / В.Л. Ковалев // Труды Тадж. НИВИ. Душанбе, 1977. - Т. 7. - С. 11-14.

16. Ковалев, В.Л. Дикие животные резервенты возбудителей хламидиозов / В.Л. Ковалев, Р.Х. Андреева, С.Н. Степанова // Вопросы природ, очаговости болезней. - 1978. - № 9. — С. 138-143.

17. Колкова, Н.И. К вопросам диагностики хламидийных инфекций / Н.И. Колкова, В.Р. Мартынова // Клин, лаборат. диагн. 1998. - № 2. - С. 20-21.

18. Курбанов, И.А. Хламидийный энтерит телят. — Автореф. дис. . канд. вет. наук. Казань, 1982. - 18 с.

19. Курбанов, И.А. Аборты крупного рогатого скота хламидиозной этиологии / И.А. Курбанов, Р.В. Боровик, О.М. Попова, Т.Г. Габдулхаев, П.М. Митрофанов // Ветеринария. 1978. - № 2. - С. 66-70.

20. Курбанов, И.А. Возбудители группы ОЛТ в этиологии абортов коров / И.А. Курбанов, О.М. Попова, И.И. Терских, Х.Г. Гизатуллин // Ветеринария. 1973. - № 7. - С. 36-39.

21. Лопухов, Л.В. Полимеразная цепная реакция в клинической микробиологической практике / Л.В. Лопухов, М.В. Эйделыдтейн // КМАХ. 2000. - Т. 2. - № 3. - С. 96-106.

22. МУ 1.3.1794-03. «Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного микроорганизмами I-II групп патогенности.

23. МУ 1.3.1888-04. «Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного патогенными биологическими агентами Ш— IV групп-патогенности»:

24. Носов, И.И. Аборты овец вирусной этиологии / И.И. Носов // Тез. докл. научн. конф. по малоизученным в СССР забол. с/х жив. — М., 1965. С. 17.

25. Носов, И.И. Аборты овец вирусной этиологии / И.И. Носов // Малоизученные забол. с/х жив. — М.: Колос, 1967. — 104 с.

26. Обухов, И.Л. Хламидиоз кошек / И.Л. Обухов // Приложение к журналу «Новости звероводства». М., 1994. - С. 92.

27. Обухов, И.Л. Обнаружение Chi.psittaci при конъюнктивитах у собак / И.Л. Обухов // Сб. науч. тр. Всерос. гос. НИИ контроля стандартизации и сертификации вет. препаратов. — 1996. Т. 57. - С. 45-51.

28. Обухов, И.Л. Диагностика хламидийной инфекции у кошек / И.Л. Обухов // Ветеринария. 1997. - № 5. - С. 49-50.

29. Обухов, И.Л. Использование полимеразной цепной реакции в практических ветеринарных лабораториях / И.Л. Обухов, К.Н. Груздев, А.Н. Панин / Ж. Ветеринария. 1997. - № 2. - С. 24-27.

30. Обухов, И.Л. Использование полимеразной цепной реакции для определения видов хламидий / И.Л. Обухов, Г.А. Шипулин, К.Н. Груздев, А.Н. Панин // Докл. РАСХН. 1997. - № 1. - С. 44-45.

31. Першина, М.Ю. Анализ геномного полиморфизма лептоспир в полимеразной цепной реакции с произвольными праймерами / М.Ю. Першина, И.А. Шагинян, Ю.В. Ананьина, С.В. Прозоровский // Молек. генетика, микробиол. и вирусол. 1998. — № 1. — С. 29-32.

32. Равилов, Р.Х. Хламидиоз плотоядных животных (этиология, диагностика, профилактика и меры борьбы). — Дисс. . докт. вет. наук. Казань, 1998. -316 с.

33. Равилов, Р.Х. Хламидиоз плотоядных животных / Р.Х. Равилов // Казань: «Алма-Лит», 20031 130 с.

34. Равилов, А.З. Хламидиоз животных / А.З. Равилов, Х.З. Гаффаров, Р.Х. Равилов // Казань: «Фэн», 2004. 368 с.

35. Ременцова, М.М. Антропозоонозы в звероводческих хозяйствах / М.М. Ременцова, О.В. Постричева, С.И. Рыбалко // Алма-Ата: Наука, 1983. 176 с.

36. Садриев, А.Р. Иммунохимический анализ и геноидентификация хламидий. Дисс. . канд. биол. наук. - Казань, 1999. — 137 с.

37. Теоретические основы полимеразной цепной реакции электронный ресурс. М.: ДНК-технология, 1998. - режим доступа: www.dna-technology.ru, свободный.

38. Терских, И.И. Орнитоз и другие хламидийные инфекции // И.И. Терских / М.: Медицина, 1979. 223 с.

39. Тихоненко, Т.И. Получение и характеристика высокополимерных дезоксирибонуклеиновых кислот из бактериофагов / Т.И. Тихоненко // Ж. Биохимия. 1962. - Т. 27. - Вып. 6. - С. 1015-1021.

40. Улендеев, А.И. Материалы по изучению респираторных заболеваний телят / А.И. Улендеев, А.А. Деханов // Тез. докл. Всесоюзной межвузовской конференции по вет. вирусологии. М., 1971. - Ч. 2. - С. 48-50.

41. Урацил-ДНК-гликозилаза — снижение риска контаминации продуктами амплификации электронный ресурс. ЦНИИ Эпидемиологии МЗ РФ. -режим доступа: www.pcr.ru, свободный.

42. Фаизов, Т.Х. Произвольные праймеры: новые возможности идентификации бактерий / Т.Х. Фаизов, Н.М. Гришкевич, A.M. Алимов // Матер. Междунар. научн. конф. посвящ. 125-летию КГАВМ Казань, 1998а.-Т. 4.1.-С. 90-91.

43. Федоров Н.А., Ёлов А.А., Павлов С.А., Лихонин А.Г. Бактериальная безопасность компонентов крови: источники, детекция и частота риска инфекций. ФГУ «Центральная станция переливания крови Росздрава» в г. Москве.

44. Хазипов, Н.З. Хламидиозы сельскохозяйственных животных / Н.З. Хазипов, А.З. Равилов // М.: Колос, 1984. 223с.

45. Хамадеев, Р.Х. Хламидиозы рогатого скота и свиней. — Автореф. дис. . докт. вет. наук. — Казань, 1991. 40 с.

46. Шаткин, А.А. Основные принципы лабораторной диагностики гальпровиозов (хламидиозов) / А.А. Шаткин // Гальпровиозы (хламидиозы) человека и животных. М., 1979. - Вып. 1. — С. 25-36.

47. Шафикова, Р.А. Иммунобиологическая характеристика хламидий, усовершенствование методов и средств лабораторной диагностики хламидиозов: Автореф. дис. докт. вет. наук. Казань, 1991. - 38с.

48. Эйделыптейн, И.А. Фундаментальные изменения в классификации хламидий и родственных им микроорганизмов порядка Chlamydiales / И.А. Эйделыптейн // КМАХ. 1999. - Т. l.-№ 1.-С. 5-11.

49. Эйделыптейн, И.А. Разработка молекулярно-генетических методов для выявления и дифференциации представителей Chlamydiaceae. Дис. . канд. биол. наук. - Смоленск, 2004. — 118 с.

50. Abdelrahman, Y.M. The chlamydial developmental cycle / Y.M. Abdelrahman, R.J. Belland // FEMS Microbiol. Rev. 2005. - V. 29. - № 5. - P. 949-959.

51. Abravaya, K. Molecular beacons as diagnostic tools: technology and applications / K. Abravaya, J. Huff, R. Marshall, B. Merchant, C. Mullen, G. Schneider, h Robinson // Clin. Chem: Lab. Med. 2003. - V. 41. - № 4. - P. 468 - 474.

52. Ada, G.L. Yield of infective ribonucleic acid from impure Murray Valley encephalitis virus after different treatments / G.L. Ada, S.G. Anderson // Nature. 1959. -V. 183. -№ 4664. - P. 799-800.

53. Agrawal, H.O. Isolation of high-molecular-weight, P32-labeled influenza virus ribonucleic acid / H.O. Agrawal, G. Bruening // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. -1966. V. 55. - № 4. - P. 818-825.

54. Ahmadian, A. Single-nucleotide polymorphism analysis by pyrosequencing / A. Ahmadian, B. Gharizadeh, A.C. Gustafsson, F. Sterky, P. Nyren, M. Uhlen, J. Lundeberg // Anal. Biochem. 2000. - V. 280. - № 1. - P. 103-110.

55. Ailenberg, M. Controlled hot start and improved specificity in carrying out PCR utilizing touch-up and loop incorporated primers (TULIPS) / M. Ailenberg, M. Silverman // Biotechniques. 2000. - V. 29. № 5. - P. 1018-1020.

56. Alexander, H.E. Infectivity of ribonucleic acid from poliovirus in human cell monolayers / H.E. Alexander, G. Koch, I.M. Mountain, O. Van Damme // J. Exp. Med. 1958. -V. 108. -№ 4. -P. 493-506.

57. Amann, R. Obligate intracellular bacterial parasites of acanthamoebae related to Chlamydia- spp. / R. Amann, N. Springer, W. Schonhuber, W. Ludwig, E.N. Schmid, K.D. Muller, R. Michel // Appl. Environ. Microbiol. 1997. - V. 63. -№'1.-P. 115-121.

58. An, L. Characterization of a thermostable UvrD helicase and its participation in helicase-dependent amplification / L. An, W. Tang, T.A. Ranalli, H.J. Kim, J. Wytiaz, H. Kong // J. Biol. Chem. 2005. - V. 280: - № 321 - P. 28952-28958.

59. Andersen, A.A. Serotyping of Chlamydia psittaci isolates using serovar-specific monoclonal antibodies withthe-microimmunofluorescence test/ A.A. Andersen // J: Clin. Microbiol. 1991. - V. 29. - № 4. - P: 707-711.

60. Andersen, A.A. Two new serovars of Chlamydia psittaci from'North* American birds / A.A. Andersen // J. Vet. Diagn. Invest. 1997. - V. 9. - № 2. - P. 159164.

61. Andersen, A.A. Serotyping of C. psittaci isolates from ratites / A.A. Andersen, J.E. Grimes, H.L. Shivaprasad // J. Vet. Diagn. Invest. 1998a. - № 10. - P. 186-188.

62. Andersen, A.A. Avian chlamydiosis / A.A. Andersen, D. Vanrompay // OIE Revue Scientifique et Technique. 2000. - V. 19. - № 2. - P. 396-404.

63. Andersen, A.A. Avian chlamydiosis / A.A. Andersen, D. Vanrompay // Edited by Y.M. Saif. In Diseases of Poultry, 11th edition. — Iowa State Press, Ames, Iowa, 2003.-P. 863-878.

64. Appleyard, W.T. Attempted venereal transmission of Chlamydia psittaci in sheep / W.T. Appleyard, I.D. Aitken, I.E. Anderson // Yet. Rec. 1985. - Y. 116.-№20. -P. 535-538.

65. Ashkenas, J. Simple enzymatic means to neutralize DNA contamination in nucleic acid amplification / J. Ashkenas, J.W. Dennis, C.Y. Ho // BioTechniques. 2005. - V. 39. - № 1. - P. 69-73.

66. Ausubel F.M. Short protocols in molecular biology / F.M. Ausubel, R. Brent, R.E. Kingston, D.D. Moore, J.G. Seidman, J.A. Smith, K. Struhl // Third edition. Wiley. - 1995.

67. Bachrach, H.L. Thermal degradation of foot-and-mouth disease virus into infectious ribonucleic acid / H.L. Bachrach // Proc. Soc. Exp. Biol. Med. — 1961.-№ 107.-P. 610-613.

68. Baker, J.A. Virus causing pneumonia in cats and producing elementary bodies / J.A. Baker // J. Exp. Med. 1944. - V. 19: - P. 159.

69. Balin, B.J. Identification and localization of Chlamydiae pneumoniae in the-Alzheimer's brain / B.J. Balin, H.C. Gerard, E.J. Arking, D.M. Appelt, P.J.

70. Branigan, J.T. Abrams, J.A. Whittum-Hudson, A.P. Hudson // Med. Microbiol. Immunol. 1998. -V. 187. - № 1. - p. 23-42.

71. Barany F. The ligase chain reaction in a PCR world / F. Barany 11PCR Methods Appl. 1991. -V. 1. — № l.-P. 5-16.

72. Barany, F. Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions / F. Barany, M. Lubin, P. Belgrader // US Patent. -2001. -№ 6268148.

73. Barron, A.L. Microbiology of Chlamydia // A.L. Barron // Boca Raton, FL, USA: CRC Press. 1988.

74. Batteiger, B:E. The major outer membrane protein of a single Chlamydia trachomatis serovar can possess more than one serovar-specific epitope / B.E. Batteiger // Infect. Immun. 1996. - Vol. 64. - № 2. - P. 542-547.

75. Becker, Y. Electron microscopy of Vaccinia virus DNA / Y. Becker, I. Sarov // J. Mol. Biol. 1968. - V. 34. - № 3. - P. 655-660.

76. Beld, M. Fractionation of nucleic acids into single-stranded and double-stranded forms / M. Beld, C. Sol, J. Goudsmit, R. Boom // Nucl. Acids Res. 1996. - V. 24.-№ 13.-P. 2618-2619.

77. Berger, L. Chlamydia pneumoniae in a free-ranging giant barred, frog (Mixophyes iteratus). from Australia / L. Berger, K. Volp, S. Mathews, R. Speare, P. Timms // J. Clin. Microbiol. 1999. - V. 37. - № 7." - P. 2378-2380.

78. Bernard, P.S. Color multiplexing hybridization probes using the apolipoprotein E locus as a model system for genotyping / P.S. Bernard, G.H. Pritham, C.T. Wittwer // Analytycal Biochemistry. 1999. - V. 273. - № 2. - P. 221-228.

79. Birch, L. A comparison of nucleic acid amplification techniques for the assessment of bacterial viability / L. Birch, C.E. Dawson, J.H. Cornett, J.T. Keer // Letters in Applied Microbiology. 2001. - V. 33. - № 4. - P. 296 - 301.

80. Birnboim, H.C. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA / H.C. Birnboim, J. Doly // Nucleic Acids Res. 1979. - V. 7. -№6.-P. 1513-1523.

81. Birtles, R.J. Chlamydia like obligate parasite of freeliving amoebae / R.J. Birtles, T.J: Rowbotham, C. Storey, T.J. Marrie, D. Raoult // Lancet. 1997. -V. 349. - № 9056. - P. 925-926.

82. Bishop, J.M. Purification and characterization of poliovirus-induced infectious double-stranded ribonucleic acid / J.M. Bishop, G. Koch // J. Biol. Chem. -1967. V. 242. - № 8. - P. 1736-1743.

83. Blumer, C. Chlamydiae in free-ranging and captive frogs in Switzerland / C. Blumer, D.R. Zimmermann, R: Weilenmann, L. Vaughan, A; Pospischil// Vet. Pathol. 2007. - V. 44. - № 2. - P. 144-150.

84. Boom, R. Rapid and Simple Mёthodi• for Purification^ of Nucleic Acids / R. Boom; C.J;,Sol; M;Mi Salimans^ C.E. Jansen* P:M; Wertheim-van Dillen, Ji vaniderNoordaa// J-Clih-Microbiol'. 1990: - V. 28: -№^3: -P: 495-503;. •

85. Borel; N. Parachlamydia spp. and related Chlamydia-like organisms and bovine abortion / N. Borel, S. Ruhl, N. Casson, C. Kaiser, A. Pospischil, G. Greub // Emerg. Infect. Dis. -2007. V. 13. -№12. -P. 1904-1907.

86. Bourgaux, P. Chromatographic separation of the various forms of polyoma virus DNA / P. Bourgaux, D. Bourgaux-Ramoisy // J. Gen. Virol. 1967. - V. 1. - № 3.-P. 323-32.

87. Bradley, T. Epitheliocystis associated with massive mortalities of cultured lake trout, Salvelinus namaycush / T. Bradley, C. Newcomer, K. Maxwell // Dis. Aquat. Organ. 1988. - V. 4. - P. 9-17.

88. Brown, F. The ribonucleic acids of the infective and interfering components of vesicular stomatitis virus / F. Brown, S.J. Martin, B. Cartwright, J. Crick // J. Gen. Virol. 1967. - V. 1. - № 4. - P. 479-486.

89. Carballeira, N. Purification of a thermostable DNA polymerase from Thermus thermophilus HB8, useful in the polymerase chain reaction / N. Carballeira, M. Nazabal, J. Brito, O. Garcia // Biotechniques. 1990. - V. 9: - № 3; - P. 276281.

90. Carlson, J.H. Comparative genomic analysis of Chlamydia trachomatis oculotropic and genitotropic strains / J.H. Carlson, S.F. Porcella, G. McClarty, H.D. Caldwell // Infect. Immun. 2005. - V. 73. - № 10. - P. 6407-6418.

91. Cartwright, S.F. Some applications of detergents to the study of the virus of foot-and-mouth disease / S.F. Cartwright, H.V. Thorne // J. Gen. Microbiol. -1959. V. 20. - №4. - P. 61-77.

92. Casson, N. Protochlamydia naegleriophila as etiologic agent of pneumonia / N. Casson, R. Michel, K.D. Muller, J.D. Aubert, G. Greub // Emerg. Infect. Dis. — 2008.-V. 14.-№ l.-P. 168-172.

93. Cello, R.M. Ocular infections in animals with PLT (Bedsonia) group agents / R.M. Cello // Am. J. Opthalmol. 1967. - V. 63. - № 5. - P. 1270-1274.

94. Chae, C. In situ hybridization for the detection and localization of swine Chlamydia trachomatis / C. Chae, D.S. Cheon, D. Kwon, O. Kim, B. Kim, J. Suh, D.G. Rogers, K.D. Everett, A.A. Andersen // Vet. Pathol. 1997. - V. 36. — № 2. — P. 133 - 137.

95. Chan, A.B. NASBA and other transcription-based amplification methods for research and diagnostic microbiology / A.B. Chan, J.D. Fox // Reviews in Medical Microbiology. 1999. - V. 10. - P. 185-196.

96. Chen, X. Homogenous genotyping assays for single nucleotide polymorphisms with fluorescence resonance energy transfer detection / X. Chen, P-Y. Kwok // Genet. Anal. Biomol. Eng. 1999. - V. 14. - № 5. - P. 157-163.

97. Chen, C.Y. Mutations at Arginine 276 transform human uracil-DNA glycosylase into a single-stranded DNA-specific uracil-DNA glycosylase / C.Y. Chen, D.W. Mosbaugh, S.E. Bennett // DNA Repair (Amst). 2005. - V. 4. - № 7. p; 793-805.

98. Cheng, S. Long PCR / S. Cheng, S.Y. Chang, P. Gravitt, R. Respess // Nature. -1994. V. 369 - № 6482. - P. 684-685.

99. Cheng, H. Relative accuracy of nucleic acid amplification tests and culture in detecting Chlamydia in asymptomatic men / H. Cheng, M. Macaluso, S.H. Vermund, E.W. Hook 3rd // Journal of Clinical Microbiology. — 2001. — V. 39. -№ 11.-P. 3927-3937.

100. Chien, A. Deoxyribonucleic acid polymerase from the extreme thermophile Thermus aquaticus / A. Chien, D.B. Edgar, J.M. Trela // J. Bacteriol. — 1976. — V. 1-27. №-3. - P. 1550-1557.

101. Choi, T.Y. Evaluation of serotyping using monoclonal antibodies and PCR-RFLP for Chlamydia trachomatis serotype identification / T.Y. Choi, D.A. Kim, Y.H. Seo// J. Korean Med. Sci.-2001. V. 16-№ l.p. 15.19.

102. Chomezynski, P. Single-step method of total RNA isolation by acid Guanidine-Phenol extraction / P. Chomezynski, K. Mackey / Organelles and cellular structures. 1996. - V.10. - P.221-224.

103. Chua, P.K. Isolation of Waddlia malaysiensis, a novel intracellular bacterium, from fruit bat (Eonycteris spelaea) / P.K. Chua, J.E. Corkill, P.S. Hooi, S.C. Cheng, C. Winstanley, C.A. Hart // Emerg. Infect. Dis. 2005. - V. 11. - № 2 -P. 271-277.

104. Cimino, G.D. Post-PCR sterilization: A method to control carryover contamination for the polymerase chain reaction / G.D. Cimino, K.C. Metchette, J.W. Tessman, J.E. Hearst, S.T. Isaacs // Nucleic Acids Res. 1990. V. 19. - № l.-P. 99-107.

105. Collingro, A. "Candidatus Protochlamydia amoebophila', an endosymbiont of Acanthamoeba spp." / A. Collingro, E.R. Toenshoff, M.W. Taylor, T.R. Fritsche, M. Wagner, M. Horn // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005b. - V. 55. -№5.-P. 1863-1866.

106. Corsaro, D. Pathogenic potential of novel Chlamydiae and diagnostic approaches to infections due to these obligate intracellular bacteria / D; Corsaro, G. Greub // Clin. Microbiol1. Rev. 2006. - V. 19. - № 2. - P: 283-297.

107. Corsaro, D. Emerging chlamydial" infections / D. Corsaro, D. Venditti // Crit. Rev. Microbiol. 2004. - V. 30. - № 3. - P. 75-106.

108. Cotton, R.G. Mutation detection by chemical cleavage / R.G. Cotton // Genet. Anal.-1999.-V. 14.-№5-6.-P. 165-168.

109. Cox, R.L. Deoxyribonucleic acid relatedness of Chlamydia sp. strain TWAR to Chlamydia trachomatis and Chlamydia psittaci / R.L. Cox, C.-C. Kuo, J. T. Grayston, L.A. Campbell./ Int. J. Syst. Bacleriol. 1988. -Vol. 38. - P. 265268.

110. Darougar, S. Prevalence of antichlamydial antibody in London blood donors / S. Darougar, T. Forsey, D.A. Brewerton, K.L. Rogers // Brit. J. Vener. Dis. — 1980. V. 56. - № 6. - P. 404-407.

111. DeFilippes, F.M. Decontaminating the polymerase chain reaction / F.M. DeFilippes // BioTechniques. 1991. - V. 10. -№ 1. - P. 26-29.

112. DeGraves, F.J. High-sensitivity quantitative PCR platform / F.J. DeGraves, D: Gao,- B. Kaltenboeck // Biotechniques. 2003b: - V. 34: - № 1. - P. 106-110, 112-115.

113. Del Tito, B.J. Jr. Automated fluorescent analysis procedure for enzymatic mutation detection- / B.J. Jr. Del Tito, H.E.3rd Poff, M.A. Novotny, D.M.

114. Cartledge, R.I.2nd Walker, C.D. Earl, A.L. Bailey // Clin. Chem. 1998. - V. 44. - № 4. - P. 731-739.

115. Devchand, P.R. Uracil-DNA glycosylase as a probe for protein~DNA interactions / P.R. Devchand, J.D. McGhee, J.H. van de Sande // Nucleic Acids Res. 1993'. - V. 21. - № 15. - P. 3437-3443.

116. Dilbeck-Robertson, P. Results of a new serologic test suggest an association of Waddlia chondrophila with bovine abortion / P. Dilbeck-Robertson, M.M. McAllister, D. Bradway, J.F. Evermann // J. Vet. Diagn. Invest. 2003. — V. 15.-№6. -P. 568-569.

117. Dille, B.J. Amplification of Chlamydia trachomatis DNA by ligase chain reaction / B.J. Dille, C.C. Butzen, L.G. Birkenmeyer // J. Clin. Microbiol. -1993. V. 31. - № 3. - P. 729-731.

118. Don, R.H. «Touchdown» PCR to circumvent spurious priming during gene amplification / R.H. Don, P.T. Сох, В,J. Wainwright, K. Baker, J.S. Mattick // Nucl. Acids. Res. 199L - V. 19.>-№ -14.- - P. 4008.

119. Draghi, A.2nd Characterization of 'Candidatus Piscichlamydia salmonis' (order Chlamydiales), a Chlamydia-like bacterium associated' with epitheliocystis in farmed Atlantic salmon (Salmo salar) / A. 2nd Draghi, V.L. Popov VL, M.M.

120. Kahl, J.B. Stanton, C.C. Brown, G.J. Tsongalis, A.B. West, SJr. Frasca // J Clin Microbiol. 2004. - V. 42. - № 11. - P.5286-5297.

121. Duraffour, S. Substrate specificity of homogeneous monkeypox virus uracil-DNA glycosylase. / S. Duraffour, A.A. Ishchenko, M. Saparbaev, J.M. Crance, D. Garin // Biochemistry. 2007. - V. 46. - № 42. - P. 11874-11881.

122. Ehricht, R. Optimized DNA microarray assay allows detection and genotyping of single PCR-amplifiable target copies / R. Ehricht, P. Slickers, S. Goellner, H. Hotzel, K. Sachse // Mol. Cell. Probes. 2006. - V. 20. - № 1. - P. 60-63.

123. Ellis, R.W. Infection and coronary heart disease / R.W. Ellis // J Med Microbiol. 1997. - V.46. - № 7. - P. 535-539.

124. Everett, K.D. The ribosomal intergenic spacer and domain-L of the 23 S rRNA gene are phylogenetic markers for Chlamydia spp. ■/ K.D. Everett, A.A. Andersen // Int. J. Syst. Bacterid. 1997. - V. 47. - № 2. - P. 461-473.

125. Everett, K.D. Identification of nine species of the Chlamydiaceae using PCR-RFLP / K.D. Everett, A.A. Andersen // Int. J. Syst. Bacterid. 1999a. - V. 49. -№2.-P. 803-813.

126. Everett, K.D. Rapid detection of the Chlamydiaceae and other families in the order Chlamydiales: three PCR tests / K.D. Everett, L.J. Hornung, A.A. Andersen // J. Clin. Microbiol. 1999c. - V. 37. - № 3. - P. 575-580.

127. Fahy, E. Self-sustained sequence replication (3SR): an isothermal transcription-based amplification system alternative to PCR / E. Fahy, D.Y. Kwoh, T.R. Gingeras // PCR Methods Appl. 1991. - V. 1. - № 1. - P. 25-33.

128. Favis, R. Universal DNA array detection of small insertions and deletions in BRCA1 and BRCA2 / R. Favis, J.P. Day, N.P. Gerry, C. Phelan, S. Narod, F. Barany // Nat. Biotechnol. 2000. - V.18. - № 5. - P. 561-564.

129. Fiandaca, M.J. Self-reporting PNA/DNA primers for PCR analysis / M.J. Fiandaca, J.J. Hyldig-Nielsen, B.D. Gildea, J.M. Coull // Genome Research. -2001. V. 11. - № 4. - P. 609-613.

130. Francis, T.J. An unidentified virus producing acute meningitis and pneumonia in experimental animals / T.J. Francis, T.PI Magill // J. Exp. Med. 1938*. — V. 68. -P.s 147-160.

131. Fukano, H. Comparison- of five PCR assays for detecting Chlamydophila* pneumoniae DNA / H: Fukano // Microbiol. Immunol. — 2004. V. 48. - № 6. — P. 441-448.

132. Fukushi, H. Monoclonal antibody typing of Chlamydia psittaci strains derived from avian and mammalian species / H. Fukushi, K. Nojiri, K. Hirai // J. Clin. Microbiol.-1987.-V. 25.-№ 10.-P. 1978-1981.

133. Fukushi, H. Proposal of Chlamydia pecorum sp. nov. for Chlamydia strains derived from ruminants / H. Fukushi, K. Hirai // Int. J. Syst. Bacterid. 1992. -V. 42.-№2.-P. 306-308.

134. Furrer, B. Improving PCR efficiency / B. Furrer, U. Candrian, P. Wieland, J. Luthy // Nature. 1990. - V. 346. - № 6282. - P. 324.

135. Gafford, L.G. The high molecular weight of the fowlpox virus genome / L.G. Gafford, C.C. Randall // Jt Mol. Biol. 1967. - V. 26. - № 2. - P. 303-310.

136. Gaillard, E.T. Pathogenesis of feline gastric chlamydial infection / E.T. Gaillard, A.M. Hargis, D.J. Prieur, J.F. Evermann, A.S. Dhillon // Am. J. Vet. Res. -1984.-V. 45.11.-P. 2314-2321.

137. Garrett, A.J. Some properties of the polysaccharide from cell cultures infected with TRIG agent (Chlamydia trachomatis) / A.J. Garrett // J. Gen. Microbiol. — 1975.-Vol. 90.-P. 133-139.

138. Gatti R.A. Modified SSCP method using sequential electrophoresis of multiple nucleic acid segments. United States Patent. 2002. - № 6458536.

139. Geens, T. Sequencing of the Chlamydophila psittaci ompA gene reveals a new genotype, E/B, and the need for a rapid discriminatory genotyping method / T.

140. Geens, A. Desplanques, M. Van Loock, B.M. Bonner, E.F. Kaleta, S. Magnino, A.A. Andersen, K.D. Everett, D. Vanrompay // J. Clin. Microbiol. 2005a. - V. 43.-№5.-P. 2456-2461.

141. Geens, T. Development of a Chlamydophila psittaci species-specific and genotype-specific real-time PCR / T. Geens, A. Dewitte, N. Boon, D. Vanrompay // Vet. Res. 2005b. - V. 36. - № 5-6. - P. 787-797.

142. Gethings, P.M. Prevalence of Chlamydia, toxoplasma, toxocara and ringworm in farm cats in south-west England / P.M. Gethings, G.L. Stephens, J.M. Wills, P. Howard, A.H. Balfour, A.L Wright, K.L. Morgan // Vet. Rec. 1987. - V. 121. -№ 10.-P. 213-216.

143. Gierer, A. Infectivity of ribonucleic acid from tobacco mosaic virus / A. Gierer, G. Schramm / Nature. 1956. - V. 177. - P. 702-703.

144. Gill, P. Nucleic acid isothermal amplification technologies:, a review. Nucleosides Nucleotides / P. Gill, A. Ghaemi // Nucleic Acids. 2008. - V. 27. - № 3 - P. 224-243.

145. Gingeras, T.R. Unique features of the self-sustained sequence replication (3SR) reaction in the in vitro amplification of nucleic acids / T.R. Gingeras, K.M. Whitfield, D.Y. Kwoh // Ann. Biol. Clin. (Paris). 1990. - V. 48. - № 7. - P. 498-501.

146. Girjes, A.A. Lipopolysaccharide1 biosynthesis genes in koala type I Chlamydia: cloning and. characterization / A.A. Girjes, F.N. Carrick, M.F. Lavin // Res. Microbiol. 1997.-V. 148. -№ 5. -P. 413-425.

147. Girjes, A.A. Comparison! of type I and type II Chlamydia psittaci» strains infecting koalas (Phascolarctos cinereus) / A.A. Girjes, A. Hugall, D.M:

148. Graham, T.F. McCaul, M.F. Lavin // Vet. Microbiol. 1993. - V. 37. - № 1-2. -P. 65-83.

149. Glassick, T. Outer membrane protein 2 gene sequences indicate that Chlamydia pecorum and Chlamydia pneumoniae cause infections in koalas / T. Glassick, P. Giffard, P. Timms // System. Appl. Microbiol. 1996. - V. 19. - № 3. - P. 457464.

150. Goldmeyer, J. Development of a novel one-tube isothermal reverse transcription thermophilic helicase-dependent amplification platform for rapid RNA detection / J. Goldmeyer, H. Kong, W. Tang // J. Mol. Diagn. 2007. - V. 9. - № 5. - P. 639-644.

151. Gordon, F.B. Observations on guinea pig inclusion conjunctivitis agent / F. B. Gordon, E. Weiss, A.L. Quan, H.R. Dressier // J. Infect. Dis. 1966. - V. 116. -P. 203-207.

152. Goy, G. Waddlia chondrophila enters and multiplies within human macrophages / G. Goy, A. Croxatto, G. Greub // Microbes Infect. 2008. - V. 10. - № 5. - P. 556- 562.

153. Graber, J.H. Differential sequencing with mass spectrometry / J.H. Graber, C.L. Smith, C. Cantor// Genet. Anal. 1999. -V. 14. -№ 5-6. - P. 215-219.

154. Grayston J.T. Chlamydia pneumoniae sp. nov. for Chlamydia sp. strain TWAR / J. T. Grayston, C.-C. Kuo, L. A. Campbell, S.-P. Wang // Int. J. Syst. Bacteriol. 19891 — V. 39.-P. 88-90.

155. Greub, G. Parachlamydiaceae as rare agents of pneumonia / G. Greub, P. Berger, L. Papazian, D. Raoult // Emerg. Infect. Dis. 2003 - V. 9. - № 6. - P. 755-756.

156. Greub, G., Parachlamydiaceae:-potential emerging pathogens / G. Greub, D. Raoult // Emerging Infect. Dis. 2002. - V. 8. - № 6. - P. 625-630.

157. Greub, G. History of the ADP/ATP-Translocase-Encoding Gene, a Parasitism Gene Transferred from a Chlamydiales Ancestor to Plants 1 Billion Years Ago /

158. G. Greub, D. Raoult // Appl. Environ. Microbiol. 2003. - V. 69. - № 9. - P. 5530-5535.

159. Grieg, J.R. Enzootic abortion in ewes. A preliminary note / J.R. Grieg // Vet. Rec. 1936. - V. 48. - P. 1225-1232.

160. Griffin, T.J. Direct genetic analysis by matrix assisted laser desorption/ ionization mass spectrometry / T.J. Griffin, J.G. Hall, J.R. Prudent, L.M. Smith 11 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999. - V. 96. - № 11. - P. 6301-6306.

161. Grimes, J.E. Chlamydia psittaci infection of pet and other birds in the United States in 1984 / J.E. Grimes, D. Clark // J. Infect. Dis. 1986. -V. 153. - P. 374375.

162. Hacia, J.G. Mutational analysis using oligonucleotide microarrays / J.G. Hacia, F.S. Collins 11 J. Med. Genet. 1999. - V. 36. - № 10. - P. 730-736.

163. Harkinezhad, T. Chlamydophila psittaci genotype E/B transmission from African grey parrots to humans / T. Harkinezhad, K. Verminnen, C. Van Droogenbroeck, D. Vanrompay // J. Med. Microbiol. 2007. - V. 56. - № 8. P. 1097-1100.

164. Harrison, GJ. A practitioner's view of the problem of avian chlamydiosis / G.J. Harrison//J. Am. Vet. Med. Assoc. 1989.-V. 195.-№ 11.-P. 1525-1528.

165. Hartley, J.C. PCR detection and molecular identification of Chlamydiaceae species / J.C. Hartley, S. Kaye, S. Stevenson, J. Bennett, G. Ridgway // J. Clin. Microbiol. 2001. - V. 39. - №-9. - P. 3072-3079.

166. Hartley, J.L. Dealing with contamination: enzymatic control of carryover contamination in PCR / J.L. Hartley, A. Rashtchian // PCR Methods. Appl. -1993. — V. 3. — № 2. P. 10-14.

167. Heddema, E.R. Genotyping of Chlamydophila psittaci in human samples / E.R. Heddema, E.J. van Hannen, B. Duim, C.M. Vandenbroucke-Grauls, Y. Pannekoek // Emerg. Infect. Dis. 2006. - V. 12. - № 12. - P. 1989-1990;

168. Heid, C.A. Real time quantitative PCR / C.A. Heid, J. Stevens, K.J. Livak, P.M. Williams // Genome Res. 1996. - V. 6. - № 10. - P: 986-994.

169. Heinz, E. An Acanthamoeba sp. containing two phylogenetically different bacterial endosymbionts / E. Heinz, I. Kolarov, C. Kastner, E.R. Toenshoff, M. Wagner, M. Horn // Environ. Microbiol. 2007. - V. 9. - № 6. - P. 1604-1609.

170. Helps, C. Detection of Chlamydophila felis and feline herpesvirus by multiplex real-time PCR analysis / C. Helps, N. Reeves, K. Egan, P. Howard, D. Harbour //J. Clin. Microbiol. -2003. -V. 41. -№ 6. P. 2734-2736.

171. Helps, C. Use of real-time quantitative PCR to detect Chlamydophila felis infection / C. Helps, N. Reeves, S. Tasker, D. Harbour // J. Clin. Microbiol. — 2001.-V. 39.-№7.-P. 2675-2676.

172. Herrmann, B. Chlamydophila psittaci in Fulmars, the Faroe Islands / B. Herrmann, H. Persson, J.K. Jensen, H.D. Joensen, M. Klint, B. Olsen // Emerg. Infect. Dis. 2006. - V. 12. - № 2. - P. 330-332.

173. Herrmann, B. Chlamydophila abortus in a-Brown skua (Catharacta antarctica lonnbergi) from a subantarctic island / B. Herrmann, R. Rahman, S. Bergstrom, J. Bonnedahl, B. Olsen / Appl. Environ. Microbiol. 2000. - V. 66. - № 8. - P. 3654-3656.

174. Hewinson, R.G. Detection of Chlamydia psitaci DNA in avian clinical samples by polymerase chain reaction / R.G. Hewinson, P.C. Griffiths, B.J. Bevan, S.E. Kirwan, M.E. Field, M.J. Woodward, M. Dawson // Vet. Microbiol. 1997. -V. 54.-№2.-P. 155-166.

175. Higuchi, R. Kinetic PCR Analysis: Real-time monitoring of DNA amplification reactions/ R. Higuchi, C. Fockler, G. Dollinger, R. Watson // Biotechnology. — 1993.-V. 11. № 9. - P. 1026-1030.

176. Hjelm, E. Cervical, urine and vaginal specimens for detection of Chlamydia trachomatis by ligase chain reaction in women: a comparison / E. Hjelm, A. Hallen, M. Domeika // Acta Derm. Venereol. 2001. - V. 81. - № 4. - P. 285288.

177. Hoffman, G.L. Epitheliocystis, a new infectious disease of the bluegill (Lepomis macrochirus) / G.L. Hoffman, C.E. Dunbar, K. Wolf, L.O. Zwillenberg // Antonie Van Leeuwenhoek. 1969. - V. 35. - № 2. - P. 146-158.

178. Hongyo, T. «Cold SSCP»: a simple, rapid and non-radioactive method for optimized single-strand conformation polymorphism analyses / T. Hongyo, G.S. Buzard, R.J. Calvert, C.M. Weghorst // Nucleic Acids Res. 1993. - V. 21. - № 16.-P. 3637-3642.

179. Hortzel, H. Genetic characterisation of Chlamydophila pneumoniae isolate from an African frog* and comparison to currently accepted biovars / H. Hortzel, E. Grossmann, F. Mutschmann, K. Sachse // Syst. Appl. Microbiol. 2001. - V. 24.- № l.-P: 63-66.

180. Hosoda К. Kinetic analysis of the entire RNA amplification process by Qbeta replicase / K. Hosoda, T. Matsuura, H. Kita, N. Ichihashi, K. Tsukada, T. Yomo // J. Biol. Chem. 2007. - V. 282. - № 21. - P. 15516-15527.

181. Howard, J.T. Heteroduplex cleavage analysis using SI nuclease / J.T. Howard, J. Ward, J.N. Watson, K.H. Roux // Biotechniques. 1999. - V. 27. - № 1. - P. 18-19.

182. Huang, J. Quantitative detection of Chlamydia spp. by fluorescent PCR in the LightCycler / J. Huang, F.J. DeGraves, D. Gao, P. Feng, T. Schlapp, B. Kaltenboeck // Biotechniques. 2001. - V. 30. - № 1. - P. 150-157.

183. Instruction manual, DyNAmo™ Capillary SYBR® Green 2-Step qRT-PCR Kit (Distributed by New England Biolabs, Version 1.2. — 2005. режим доступа: www.finnzymes.com.

184. Jackson, L.A. Isolation of Chlamydia pneumoniae from a carotid endarterectomy specimen / L.A. Jackson, L.A. Campbell, C.C. Kuo, D.I. Rodriguez, A. Lee, J.T. Grayston // J. Infect. Dis. 1997 - V. - 176. - № 1. - P. 292-295.

185. Jackson, M. Outer membrane protein A gene sequencing demonstrates the polyphyletic nature of koala C. pecorum isolates / M. Jackson, P. Giffard, P. Timms // Syst. Appl. Microbiol. 1997. - V. 20. - P. 187-200.

186. Jackson, P.E. Mass spectrometry for genotyping: an emerging tool for molecular medicine / P.E. Jackson, P.F. Scholl, J.D. Groopman // Mol. Med. Today. -2000. V. 6. - № 7. - P. 271-276.

187. Jalal, H. Development of real-time PCR assays for genotyping of Chlamydia trachomatis / H. Jalal, H. Stephen, S. Alexander, C. Carne, C. Sonnex // J. Clin. Microbiol. 2007. - V. 45. -№ 8.,-P. 2649-2653.

188. Jee, J. High prevalence of natural'Chlamydophila1 species infection in calves / J. Jee, F.J. Degraves, T. Kim, B. Kaltenboeck // J. Clin. Microbiol. 2004. - V. 42.-№12.-P. 5664-5672.

189. Jinno, Y. Use of psoralen as extinguisher of contaminated DNA in PCR / Y. Jinno, K. Yoshiura, N. Niikawa // Nucleic Acids Res. 1990. - V. 18. - № 22. -P. 6739.

190. Jorgensen, D.M. Gestational psittacosis in a Montana sheep rancher / D.M. Jorgensen // Emerg. Infect. Dis. 1997. - V. 3 - № 2. - P. 191-194.

191. Kacian, D.L. Methods for assaying reverse transcription / D.L. Kacian // Edited by Maramorosch et al. In Methods in Virology. — Academic Press Inc., London, 1977.-P. 143-184.

192. Kahane, S. Description and partial characterization of a new chlamydia-like microorganism / S. Kahane, R. Gonen, C. Sayada, J. Elion, M.G. Friedman // FEMS Microbiol. Lett. 1993. - V. 109. - № 2-3. - P. 329-334.

193. Kahane, S. Simkania negevensis strain ZT: growth, antigenic and genome characteristics / S. Kahane, K.D. Everett, N. Kimmel, M.G. Friedman // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. -V. 49. -№ 2. - P. 815-820.

194. Kalman, S. Comparative genomes of Chlamydia pneumoniae and C. trachomatis / S. Kalman, W. Mitchell, R. Marathe, C. Lammel, J. Fan, R.W. Hyman, L. dinger, J. Grimwood, R.W. Davis, R.S. Stephens // Nature Genet. 1999. - V. 21.-№4.-P. 385-389.

195. Kaltenboeck, B. Detection and strain differentiation of Chlamydia psittaci mediated by a two-step polymerase chain reaction / B. Kaltenboeck, K.G. Kousoulas, J. Storz // J. Clin. Microbiol. 1991. - V. 29. - № 9. - P. 19691975.

196. Kaltenboeck, B. Biological properties and genetic analysis of the ompA locus in chlamydiae isolated from swine / B. Kaltenboeck, J. Storz // Am. J. Vet. Res. -1992. V. 53. - № 9: - P. 1482-1487.

197. Kaltenboeck, B. Structures of and allelic diversity and relationships among the major outer membrane protein (ompA) genes of the four chlamydial species / B. Kaltenboeck, K. G. Kousoulas, J. Storz // J. Bacteriol. 1993. - V. 175. - № 2. -P. 487-502.

198. Kaltenboeck, В. Evidence for numerous ompl alleles of porcine Chlamydia trachomatis and novel chlamydial species obtained by PCR / B. Kaltenboeck, N. Schmeer, R. Schneider // J. Clin. Microbiol. 1997. - V. 35. - № 7. - P. 18351841.

199. Karlsen, M. Characterization of'Candidatus Clavochlamydia salmonicola1: an intracellular bacterium infecting salmonid fish / M. Karlsen, A. Nylund, K. Watanabe, J.V. Helvik, S. Nylund, H. Plarre // Environ. Microbiol. 2008. - V. 10.-№ l.-P. 208-218.

200. Kilger, C. Direct DNA sequence determination from total genomic DNA / C. Kilger, S. Paabo // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. -№ 10. - P. 2032-2034.

201. Kleiboeker, S.B* Quantitative assessment1 of the. effect : of uracilrDNA glycosylase on amplicon DNA degradation and RNA amplification in reverse transcription-PCR / S.B. Kleiboeker // Virol: J. 2005. - V; 2. - P. 29.

202. Klinger, E. /Е. Klinger, P. Choppin, G. Dubs //Proc.Soc.Exp.Biol.Med: 1959. -V. 101.

203. Kristensen, T. High throughput; screening .for known5 mutations by automated analysis of single sequencing reactions (SSR) / T. Kristensen, V. Nedclcheva Kj-istensen; A-L. Bon-esen-Dale // BioTechniques. 1998. - V. 24. - № 5. - P.•" 832-835. .

204. Krusong, К. A comparative study of uracil-DNA glycosylases from human and herpes simplex virus type 1 / K. Krusong, E.P. Carpenter, S.R. Bellamy, R. Sawa, G.S. Baldwin // J. Biol. Chem. 2006. - V. 281. - № 8. - P. 4983-4992.

205. Kuo, C.-C. Chlamydia pneumoniae (TWAR) / C.-C. Kuo, L.A. Jackson, L.A. Campbell, J.T. Grayston // Clin. Microbiol. Rev. 1995. - Y. 8. - № 4. - P. 451-461.

206. Kuoppa, Y. Quantitative detection of respiratory Chlamydia pneumoniae infection by real-time PCR / Y. Kuoppa, J. Boman, L. Scott, U. Kumlin, I. Eriksson, A. Allard // J. Clin. Microbiol. 2002. - V. 40. - № 6. - P. 22732274.

207. Kwok, S. Avoiding false positives with PCR / S. Kwok, R. Higuchi // Nature. -1989. V. 339. - № 6221. - P. 237-238.

208. Lan, J. Improved PCR sensitivity for direct genotyping of Chlamydia trachomatis, serovars by using a nested, PCR / J. Lan, J.M. Ossewaarde, J.M. Walboomers, C.J. Meijer, A.J. van den Brule // J. Clin. Microbiol. 1994. - V. 32'.-№2.-P. 528-530.

209. Leutenegger, C.M. The Real-Time TaqMan PCR and Applications in Veterinary Medicine / C.M. Leutenegger // Veterinary Sciences Tomorrow. 2001. — № 1. - режим доступа: www.vetscite.org/issuel/tools/leut0800.pdf.

210. Lindahl, T. DNA N-glycosidases: properties of uracil-DNA glycosidase from Escherichia coli / T. Lindahl, S. Ljungquist, W. Siegert, B. Nyberg, B*. Sperens // J. Biol. Chem.- 1977. V. 252. -№ 10.-PI 3286-3294.

211. Little, D.P. Mass spectrometry from miniaturized arrays for full' comparative1 DNA analysis / D.P. Little, A. Braun, M.J. Donnel, H. Koester // Nat. Med: -1997. -V. 3. -№ 12. P. 1413-1416.

212. Little, M.C. Strand displacement amplification and homogeneous real-time detection incorporated in a second-generation DNA probe system,

213. BDProbeTecET / М.С. Little, J. Andrews, R. Moore, S. Bustos, L. Jones, C. Embres, G. Durmowicz, J. Harris, D. Berger, K. Yanson, C. Rostkowski, D. Yursis, J. Price, T. Fort, A. Walters, M. Collis, O. Llorin, J. Wood, F. Failing,

214. C. O'Keefe, B. Scrivens, P. Pope, T. Hansen, K. Marino, K. Williams et al // Clinical Chemistry. 1999. - V. 45. - № 6. - P. 777 - 784.

215. Liu, B.L. Molecular characterization of a bacteriophage (Chp2) from Chlamydia psittaci / B.L. Liu, J.S. Everson, B. Fane, P. Giannikopoulou, E. Vretou, P.R. Lambden, I.N. Clarke // J. Virol. 2000. - V. 74. - № 8. - P. 3464-3469.

216. Lizardi, P.M. Mutation detection and single-molecule counting using isothermal rolling-circle amplification / P.M. Lizardi, X. Huang, Z. Zhu, P. Bray-Ward,

217. D.C. Thomas, D.C. Ward // Nat. Genet. 1998. - V. 19. - № 3. - P. 225-232.

218. Longo, M.C. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions / M.C. Longo, M.S. Berninger, J.L. Hartley//Gene.-1990.-V. 93.-№ l.-P. 125-128.

219. Lusher, M. Plasmid diversity within the genus Chlamydia / M. Lusher, C.C> Storey, S.J. Richmond // J. Gen. Microbiol. 1989. - V. 135. - № 5. - P. 11451151.

220. Mair, T.S. Chlamydia psittaci infection in horses: results of a prevalence survey and experimental challenge / T.S. Mair, J.M. Wills // Vet. Rec. 1992. - V. 130. -№ 19.-P. 417-419.

221. Marmur, J. A procedure for isolation of DNA from microorganisms / J. Marmur // J. Mol. Biol. 1961. - V.3. - P.208-218.

222. Marras, S.A. Multiplex detection of single nucleotide variations using molecular beacons / S.A. Marras, F.R. Kramer, S. Tyagi // Genet. Anal. Biomol. Eng. -1999.-V. 14.-№5-6.-P. 151-156.

223. Marras, S.A. Genotyping SNPs with molecular beacons / S.A. Marras, F.R. Kramer, S. Tyagi // Methods Mol. Biol. 2003. - V. 212. - P. 111-128.

224. Mathews, S.A. Development of a quantitative gene expression assay for Chlamydia trachomatis identified temporal expression of sigma factors / S.A. Mathews, K.Mi Volp, P. Timms // FEBS Eett. 1999. - V. 458. - № 3. - P. 354-358. '

225. May, S.W. Virulence of feline Chlamydia psittaci in mice is not a function of the major outer membrane protein / S.W. May, C.L. Kelling, M. Sabara, J. Sandbulte // Vet. Microbiol. 1996. - V. 53. - № 3-4. - P. 355-368.

226. Medrano, J.F. Genotyping of bovine kappa-casein loci following DNA sequence amplification / J.F. Medrano, E. Aguilar-Cordova / Bio/Technology. — 1990. -V. 8.-P. 144-146.

227. Meijer, A. Chlamydophila abortus infection in a pregnant, woman associated with indirect contact with infected goats / A. Meijer, A. Brandenburg, J. de

228. Vries, J. Beentjes, P. Roholl, D. Dercksen // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis.- 2004. V. 23. - № 6. - P. 487-490.

229. Meijer, A. Genomic relatedness of Chlamydia isolates determined by amplified fragment length polymorphism analysis / A. Meijer, S.A. Morre, A.J. van den Brule, P.H. Savelkoul, J.M. Ossewaarde// J. Bacteriol. 1999. - V. 181. - № 15.-P. 4469-4475.

230. Messmer, Т.О. Application;of a nested, multiplex PCR to psittacosis outbreaks / Т.О. Messmer, S.K. Skelton, J.F. Moroncy, H. Daugharty, B.S. Fields // J. Clin. Microbiol: 1997. - V. 35; - № 8. - P; 2043-2046.

231. Meyer, K.F. Ornithosis / K.F. Meyer // Edited by H.E. Biester et al. In Diseasetbof Poultry, 5 edition; Iowa.State University Press, Ames, Iowa, USA, 1965. -P. 1-675.

232. Mhlanga, M.M. Using molecular beacons to detect single-nuclcotide polymorphisms with real-time::PCR / MM. Mhlanga^ B. Malmberg // Methods.• ;-200r.-V.25:-№4.-P:463-47K .

233. Miyashita, N: The morphology of Chlamydia pneumoniae / N. Miyashita, Y. Kanamoto-yA. Matsumotoi//^^JrMediMicrobiol.^1993^ V.-38i- № 6^- Pf;41'8'•■ 425. ' ' '■--'.

234. Miyashita, N. Evaluation of the diagnostic: usefulness of real-time PCR for detection of Chlamydophila'pneumoniae in acute respiratory infections / N.

235. Miyashita, Y. Obase, M. Fukuda, H. Shouji, K. Yoshida, K. Ouchi, M. Oka // J. Infect. Chemother. 2007. -V. 13. -№ 3. - P. 183-187.

236. Moulder, J.W. Genus Chlamydia / J.W. Moulder, T.P. Hatch, C.-C.Kuo, J. Schachter, J. Storz // Edited by N. R. Krieg et al. In Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. - 1984 - V. 1. - P. 729-739.

237. Mullis, K.B. Target amplification for DNA analysis by the polymerase chain reaction / K.B. Mullis // Ann. Biol. Clin. (Paris). 1990. - V. 48. - № 8. - P. 579-582.

238. Mullis, K. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain,reaction / K. Mullis, F. Faloona, S. Scharf, R. Saiki, G. Нот, H. Erlich // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1986. - V. 51. - № 1. - P. 263-273.

239. Mullis, K.B. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain,reaction / K.B. Mullis, F.A. Faloona // Methods Enzymol. 1987. — V. 155.-P. 335-350.*

240. Murray, E.S. Guinea pig inclusion conjunctivitis virus. I. Isolation and identification as a member of the psittacosislymphogranuloma-trachoma group / E.S. Murray // J. Infect. Dis. 1964. - V. 114. - P. 1-12.

241. Myers, T.W. Reverse transcription and DNA amplification by a Thermus thermophilus DNA polymerase / T.W. Myers, D.H. Gelfand // Biochemistry. -1991 V. 30. - № 31. - P. 7661-7666.

242. Mygind, P. Analysis of the humoral immune response to Chlamydia outer membrane protein 2 / P. Mygind, G. Christiansen, K. Persson, S. Birkelund // Clin. Diagn. Lab. Immunol. 1998. -V. 5. -№ 3. - P. 313-318.

243. Nelson, N.C. Detection of all single-base mismatches in solution by chemiluminescence / N.C. Nelson, P.W. Hammond, E. Matsuda, A.A. Goud, M.M. Becker // Nucleic Acids Res. 1996. - V. 24. - № 24. - P. 4998-5003.

244. Niederhauser, C. Reliability of PCR decontamination systems / C. Niederhauser, C. Hofelein, B. Wegmuller, J. Luthy, U. Candrian // PCR Methods Appl. -1994.-V. 4.-№2.-P. 117-123.

245. Nigg, C. Unidentified virus which produces pneumonia and systemic infection in mice / C. Nigg // Science. 1942. - V. 95. - P. 49-50.

246. Nikkari, S. Ligase chain reaction in detection of Chlamydia DNA in synovial fluid cells / S. Nikkari, M. Puolakkainen, U. Yli-Kerttula, R. Luukkainen, O.P. Lehtonen, P. Toivanen // Br. J. Rheumatol. 1997. - V. 36. - № 7. - P. 763 -765.

247. Notomi, T. Loop-mediated isothermal amplification of DNA / T. Notomi, H. Okayama, H. Masubuchi, T. Yonekawa, K. Watanabe, N. Amino, T. Hase // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - № 12. - P. E63.

248. Nowak, B.F. Epitheliocystis in fish / B.F. Nowak, S.E. LaPatra // J Fish Dis. df 2006. - V. 29. - № 10. - P. 573-588.

249. Nylund, A. A morphological study of the epitheliocystis agent in farmed Atlantic salmon / A. Nylund, A. Kvenseth, E. Isdal // J. Aquat. Anim. Health. — 1998.-Y. 10.-P. 43-55.

250. Page, L.A. Comparison of pathotypes among chlamydial (psittacosis) strains recovered from diseased birds and mammals / L.A. Page // Bull. Wildlife Dis. Assoc.-1967.-V. 2.-P. 166-175.

251. Page, L.A. Proposal for the recognition of two species in the genus Chlamydia / L.A. Page // J. Syst. Bacteriol. 1968. - V. 18. - P. 51-66.

252. Pang, J. Use of modified nucleotides and uracil-DNA glycosylase (UNG) for the control of contamination in the PCR-based amplification of RNA / J. Pang, J. Modlin, R. Yolken // Mol. Cell Probes. 1992. - V. 6. - № 3. - P 251-256.

253. Papp, J.R. Localization of chronic Chlamydia psittaci infection in the reproductive tract of sheep / J.R. Papp, P.E. Shewen, C.E. Thom, A.A. Andersen //J. Infect. Dis.-1996.-V. 174.-№6.-P. 1296-1302.

254. Pastinen, T. Multiplex fluorescent solidphase minisequencing for efficient screening of DNA sequence variation / T. Pastinen, J. Partanen, A-C. Syvanen // Clin. Chem. 1996. - V. 42. - № 9. - P. 1391-1397.

255. Pastinen, T. Minisequencing: a specific tool for DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide arrays / T. Pastinen, A. Kurg, A. Metspalu, L. Peltonen, A-C. Syvanen // Genome Res. 1997. - V. 7. - № 6. - P. 606-614.

256. Peeling, R.W. Chlamydiae as pathogens: new species and new issues / R.W. Peeling, R.C. Brunham // Emerg Infect. Dis. 1996. - V. 2. - № 4. - P. 307319.

257. Perez Melgosa, M. Sequence analysis of the major outer membrane protein gene of Chlamydia pneumoniae / M. Perez Melgosa, C.C. Kuo, L.A. Campbell // Infect. Immun: 1991. - V. 59. -№ 6. - P. 2195-2199:

258. Plaschke, J. Doublex sequencing in molecular diagnosis of hereditary diseases / J. Plaschke, H. Voss, M. Hahn, W. Ansorge, H.K. Schackert // BioTechniques. -1998. V.24 -№ 5. — P. 838-841.

259. Poddar, S.K. Optimized PCR amplification of influenza A virus RNA using Tth DNA polymerase, incorporating uracil N glycosylase (UNG) in a single tube reaction / S.K. Poddar, M.H. Sawyer, J.D. Connor // J. Clin. Lab. Anal. 1997. -V. 11.-№6.-P. 323-327.

260. Poffenroth, L. Ultrastructural studies of Chl. psittaci 6BC strains / L. Poffenroth, J.W. Costerton, N. Kordova, J.C. Wilt / Can. J. Microbiol. 1973. - V. 19. - № 8.-P. 887-894.

261. Poison, A. Physico-chemical investigation of an enteric cytopathogenic bovine orphan virus, ECBO SA.I. / A. Poison, A. Kipps // Arch. Gesamte Virusforsch. 1965. -V. 17. -№ 3. - P. 488-494.

262. Pons, M.W. Polyacrylamide gel electrophoresis of the replicative form of influenza virus RNA</ M.W. Pons, G.K. Hirst // Virology. 1968. - V. 35. - № l.-P. 182-184.

263. Poppert, S. Detection and differentiation of chlamydiae by fluorescence in situ hybridization / S. Poppert, A. Essig, R. Marre, M. Wagner, M. Horn // Appl. Environ. Microbiol. 2002a. - V. 68. - № 8. - P. 4081-4089.

264. Popov, V.L. infrastructure of Chlamydia pneumoniae in cell culture / V.L. Popov, A.A. Shatkin, V.N. Pankratova, N.S. Smirnova, C.H. von Bonsdorff, M.R. Ekman, A. Morttinen, P. Saikku // FEMS Microbiol. Lett. V. 68. - № 2. -P. 129-134.

265. Pospischil, A. Abortion in woman caused by caprine Chlamydophila abortus (Chlamydia psittaci serovar 1) / A. Pospischil, R. Thoma, M. Hilbe, P. Grest, J.O. Gebbers // Swiss Med. Wkly. 2002. - V. 132. - № 5-6. - P. 64-66.

266. Pospisil, L. Chlamydia (Chlamydophila) pneumoniae in animals: a review / L Pospisil, J. Canderle // Vet. Med. Czech. - 2004. - V. 49. - № 4. - P. 129-134.

267. Pruvost, M. Minimizing DNA contamination by using UNG-coupled quantitative real-time PCR on degraded DNA samples: application to ancient DNA studies / M. Pruvost, T. Grange, E.M. Geigl // Biotechniques. 2005. -V. 38.-№4.-P. 569-575.

268. Pudj iatmoko. Phylogenetic analysis of the genus Chlamydia based on 16S rRNAgene sequences / Pudj iatmoko, H. Fukushi, Y. Ochiai, T. Yamaguchi, K. Hirai //i1.t. J. Syst. Bacteriol. 1997a. - V. 47. - № 2. - V. 425-431.

269. Pudjiatmoko. Diversity of feline Chlamydia psittaci revealed by random amplification of polymorphic DNA / Pudjiatmoko, H. Fukushi, Y. Ochiai, T. Yamaguchi, K. Hirai // Vet. Microbiol. 1997b. - V. 54. - № 1. - P. 73-83.

270. Wacholder, E. Freer, B. Cortes, R. Herrero // J. Clin. Microbiol. 2007. - V. 45.-№ 12.-P. 3986-3991.

271. Reed, K.D. Chlamydia pneumoniae in a breeding colony of African clawed frogs (Xenopus tropicalis) / K.D. Reed, G.R. Ruth, J.A. Meyer, S.K. Shukla // Emerg. Infect. Dis. 2000. - V. 6. - № 2. - P. 196-199.

272. Reed, L.F. A simple method of counting 50% end-point / L.F. Reed, H. Muench // Am. J. Higiene. 1938. - V. 27. - P. 493-497.

273. Regan, R.J. Infective endocarditis and glomerulonephritis associated with cat Chlamydia (C. psittaci) infection / R.J. Regan, J.R.E. Dathnan, J.D. Treharne // Br. Heart. J. 1979. - V. 42. - P. 349-352.

274. Reischl, U. Rapid and standardized detection of Chlamydia pneumoniae using LightCycler real-time fluorescence PCR / U. Reischl, N. Lehn, U. Simnacher, R. Marre, A. Essig // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2003. - V. 22. - № 1. -P. 54-57.

275. Ridley, A.M. Genomic Fingerprinting by Application of. repPCR / A.M. Ridley // Molecular Bacteriology. Protocols and Clinical. Applications. Totowa: Humana Press. - 1998.-P. 103-117.

276. Rincon, G. Single nucleotide polymorphism, genotyping of bovine milk protein genes using the tetra-primer ARMS-PCR / G. Rincon, J:F. Medrano // J. Anim. Breed. Genet. 2003. - V. 120. - №-5. - P: 331-337.

277. Ritzier, M. Influence of residual uracil-DNA glycosylase activity 'on the electrophoretic migration of dUTP-containing PCR products / M. Ritzier, I.

278. Perschil, M. Altwegg // J. Microbiol. Methods. 1999. - V. 35. - № 1. - p. 7376.

279. Roche PCR Application Manual 2nd edition. - 1999. - P. 1-321.

280. Rodolakis, A. Mouse models for evaluation of virulence of Chlamydia psittaci isolated from ruminants / A. Rodolakis, F. Bernard, F. Lantier // Res. Vet. Sci. -1989. V. 46. - № 1. - P. 34-39

281. Rogers, D.G. Intestinal lesions caused by two swine chlamydial isolates in gnotobiotic pigs / D.G. Rogers, A.A. Andersen // J. Vet. Diagn. Invest. 1996. -V. 8.-№4.-P. 433-440.

282. Rogers, D.G. Lung and nasal lesions caused by a swine chlamydial isolate in gnotobiotic pigs / D.G. Rogers, A.A. Andersen, B.D. Hunsaker // J. Vet. Diagn. Invest.-1996.-V. 8.-№ l.-P. 45-55.

283. Rourke, A. A light and electron microscope study of epitheliocystis in uvenile steelhead trout, Salmo gairdneri Richardson / A. Rourke, R. Davis, T. Bradley // J. Fish. Dis. 1984. - V. 7. - P. 301-309.

284. Ruano, G. Coupled amplification and sequencing of genomic DNA / G. Ruano, K.K. Kidd //Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991. -V. 88. - P. 2815-2819.

285. Rushizky, G.W. Ribonuclease-sensitive infectious units from tomato bushy stunt virus / G.W. Rushizky, C.A. Knight // Virology. 1959. - V. 8. - P. 448-455.

286. Sachse, К. Specificity and performance of diagnostic PCR assays / K. Sachse // Methods Mol. Biol. 2003. - V. 216. - P. 3-29.

287. Sachse, K. PCR Detection of Microbial Pathogens / K. Sachse, J. Frey // Humana Press. 2003a. - P. 334.

288. Sachse, K. Detection and differentiation of Chlamydiae by nested PCR / K. Sachse, H. Hotzel // Methods Mol. Biol. 2003b. - V. 216. - P. 123-136.

289. Sachse, K. DNA microarray-based detection and identification of Chlamydia and Chlamydophila spp. / K. Sachse, H. Hotzel, P. Slickers, T. Ellinger, R. Ehricht // Mol. Cell Probes. 2005. - V. 19. - № 1. - P. 41-50.

290. Sachse, K. Genotyping of Chlamydophila psittaci using a new DNA microarray assay based on sequence analysis of ompA genes / K. Sachse, K. Laroucau, H. Hotzel, E. Schubert, R. Ehricht, P. Slickers // BMC Microbiol. 2008. - V. 8. -P. 63.

291. Sachse, K. Recent developments in the laboratory diagnosis of chlamydial infections / K. Sachse, E. Vretou, M. Livingstone, N. Borel, A. Pospischil, D. Longbottom // Vet. Microbiol. 2009. - V. 135. - № 1-2. - P. 2-21.

292. Saiki, R.K. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase / R.K. Saiki, D.H. Gelfand, S. Stoffel, S.J. Scharf, R. Higuchi, G.T. Horn, K.B. Mullis, H.A. Erlich // Science. 1988! - V. 239.-№4839.-P. 487-491.

293. Sandigursky, Ml' Uracil-DNA glycosylase in the extreme thermophile Archaeoglobus fulgidus / M: Sandigursky, W.A1. Franklin // J. Biol. Chem. — 2000.--V. 275. № 25. - P. 19146-19149.

294. Sayada, C. Homogeneity of the major outer membrane protein gene of feline Chlamydia psittaci / C. Sayada, A. Andersen, P. Rodriguez, F. Eb, A. Milon, J. Elion, E. Denamur // Res. Vet. Sci. 1994. - V. 56. - № 1. - р. 116-118.

295. Schachter, J. Human infection with the agent of feline pneumonitis / J. Schachter, H.B. Ostler, K.F. Meyer // Lancet. 1969. - V. 1. - P. 1063-1065.

296. Schmitz-Esser, S. ATP/ADP translocases: a common feature of obligate intracellular amoebal symbionts related to Chlamydiae and Rickettsiae / S.

297. Schmitz-Esser, N. Linka, A. Collingro, C.L. Beier, H.E. Neuhaus, M. Wagner, M. Horn // J. Bacteriol. 2004. - V. 186. - № 3. - P. 683-691.

298. Schuster, H. Die structur der ribonucleinsaure aus tabakmo- saik virus / H. Schuster, G. Schramm, W. Zilling // Z. Naturforschung. 1956. - V. 116. - P. 339-345.

299. Scieux, C. Molecular typing of Chlamydia trachomatis by random amplification of polymorphic DNA / C. Scieux, F. Grimont, B. Regnault, A. Bianchi, S. Kowalski, P.A.D. Grimont // Res. Microbiol. 1993. - V. 144. - № 5. - P. 395404.

300. Shaw, E.I. Three temporal classes of gene expression during the Chlamydia trachomatis developmental*cycle / E.I. Shaw, C.A. Dooley, E.R. Fischer, M.A. Scidmore; K.A-. Fields, T. Hackstadt // Mol. Microbiol. 2000. - V. 37. - № 4. -P. 913-925.

301. Sheehy, N. Differentiation of Chlamydia-- psittaci and-C. pecorimv strains by species-specific PCR / N. Sheehy, В. Markey, M. Gleeson, P.J. Quinn // J. Clin. Microbiol. 1996. -V. 34. -№ 12. - P. 3175-3179.

302. Sheffield, V.C. The sensitivity of single-strand conformation polymorphism analysis for the detection of single base substitutions / V.C. Sheffield, J.S. Beck, A.E. Kwitek, D.W. Sandstrom, E.M. Stone // Genomics. 1993. - V. 16. - № 2. -P. 325-332.

303. Shewen, P.E. Feline chlamydial infection / P.E. Shewen, R.C. Povey, M.R. Wilson // Can. Vet. J. 1978. - V. 19. - P. 289-292.

304. Sheehy, N. Differentiation of Chlamydia psittaci and C. pecorum strains by species-specific PCR / N. Sheehy, В. Markey, M. Gleeson, P.J. Quinn // J. Clin. Microbiol. 1996. - V. 34. - № 12. - P. 3175-3179.

305. Siarkou, V. Papadopoulos O. Subspecies variation in Greek strains of Chlamydophila abortus / V. Siarkou, A.F. Lambropoulos, S. Chrisafi, A. Kotsis //VetMicrobiol.-2002:-V. 85.-№2.-P. 145-157.

306. Singleton, P. DNA Methods in Clinical Microbiology / P. Singleton // Springer. -2000.-P. 255.

307. Sokolov, В.P. Primer extension technique for the detection of single nucleotides in genomic DNA / B.P. Sokolov // Nucleic Acids Res. 1990. - V. 18. - № 12. -P. 3671.

308. Spears, P.A. Simultaneous strand displacement amplification and fluorescence polarization detection of Chlamydia trachomatis DNA / P.A. Spears, C.P. Linn, D.L. Woodard, G.T. Walker // Anal. Biochem. -1997. V. 247. - № 1. - P. 130-137.

309. Sprunt, K. Reaction of infectious RNA.with mammalian cells. I. Attachment to cells // K. Sprunt, M. Fierer, H.E. Alexander // Proc. Soc. Exp. Biol. Med. -1967.-V. 124.-№ 1.-P. 12-18.

310. Srinath, T. Substrate specificities and* functional" characterization of a thermo-tolerant uracil DNA glycosylase (UdgB) from Mycobacterium tuberculosis / T. Srinath, S.K. Bharti, U. Varshney // DNA Repair (Amst). 2007. - V. 6. - № 10.-P. 1517-1528.

311. Stamp, J.T. Enzootic abortion in ewes. I. Transmission of the disease / J.T. Stamp, A.D. McEwen, J.A.A. Watt, D.L. Nisbet // Vet. Rec. 1950. - V. 62. -P. 251-254.

312. Stephens, R.S. Chlamydia. Intracellular Biology, Pathogenesis, and Immunity I R.S. Stephens // ASM Press: Washington, 1999. P. 143-146.

313. Stephens, R.S. Divergence without difference: phylogenetics and taxonomy of Chlamydia resolved /R.S. Stephens, G. Myers, M. Eppinger, P.M; Bavoil // FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2009. - V. 55. - № 2. - P. 115-119.

314. Stephens, R.S. Diversity of Chlamydia trachomatis major outer membrane protein genes / R.S. Stephens, R. Sanchez-Pescador, E.A. Wagar, C. Inouye, M.S. Urdea // J. Bacteriol. 1987. - V. 169. - № 9. - P. 387.9-3885.

315. Stills, H.F. A «new» Chlamydia sp. strain SFPD isolated from transmissible proliferative ileitis in hamsters / H.F. Stills, J.G. Fox, B.J. Paster, F.E. Dewhirst // Microbiol. Ecol. Health Dis. 1991. - V. 4. - P. 99.

316. Storey, G. Evidence for- Chlamydia1, pneumoniae of non-human origin / C. Storey, M. Lusher,. P. Yates, S. Richmond // J. Gen-.Microbiol: 1993. - V. 139.-№ 11.-P. 2621-2626.

317. Storz, J., 1971. Intestinal' chlamydial infections of ruminants / J. Storz // In Chlamydia and C/i/arwy^'ar-Induced Diseases. — Charles C. Thomas, Springfield, Illinois, U.S.A, 1971.-P. 146-154.

318. Storz, J. Overview of animal diseases induced by chlamydial infections / J. Storz // Edited by A.L. Barron. In Microbiology of Chlamydia. - CRC Press, Boca Raton, Florida, USA, 1988.-P. 167-192.

319. Storz, J. The isolation of a viral agent from epizootic bovine abortion / J. Storz, D.G. McKercher, J.A. Howarth, O.C. Straub // J. Am. Vet. Med. Assoc. 1960. -V. 137.-P. 509-514.

320. Studdert, M.J. Isolation of Chlamydia psittaci from cats with conjunctivitis / M.J. Studdert, V.P. Studdert, H.J. Wirth // Aust. Vet. J. 1981. - V. 57. - № 11. -P. 515-517.

321. Sykes, J.E. Detection of feline calicivirus, feline herpesvirus 1 and Chlamydia psittaci mucosal swabs by multiplex RT-PCR/PCR / J.E. Sykes, J.L. Allen, V.P. Studdert, G.F. Browning // Vet. Microbiol. 2001. - V. 81. - № 2. - P. 95-108.

322. Syvanen, A.-C. From gels to chips: "minisequencing" primer extension for analysis of point mutations and single nucleotide polymorphisms / A.-C. Syvanen // Hum. Mutat. 1999. - V. 13. - №. 1. - P. 1-10.

323. Szemes, M>. Design of molecular beacons for AmpliDet RNA assay-Characterization1 of binding stability and probe specificity / Ml Szemes, C.D. Schoen // Anal. Biochem. 2003. - V. 315. - № 2. - P. 189-201.

324. Szeredi, L. Intestinal Chlamydia in finishing pigs / L. Szeredi, I. Schiller, T. Sydler, F. Guscetti, E. Heinen, L. Corboz, E. Eggenberger, G.E. Jones, A. Pospischil // Vet. Pathol. 1996. - V. 33. - № 4. - P. 369-374.

325. Taggart, E.W. Use of heat labile UNG in an RT-PCR assay for enterovirus detection / E.W. Taggart, K.C. Carroll, C.L. Byington, G.A. Crist, D.R. Hillyard //J. Virol. Methods. 2002. - V. 105.-№ 1.-P.57-65.

326. Takahashi, T. Immunotyping of Chlamydia psittaci by indirect immunofluorescence antibody test with monoclonal antibodies / T. Takahashi, I. Takashima, N. Hashimoto // Microbiol. Immunol. 1988. - V. 32. - № 3. - P. 251-263.

327. Takahashi, T. Phylogenetic analyses of Chlamydia psittaci from birds based on 16S rDNA gene sequence / T. Takahashi, M. Masuda, T. Tsuruno, Y. Mori, I.

328. Takashima, T. Hiramune, N. Kikuchi // J. Clin. Microbiol. 1997. - V. 35. - №i11.-P. 2908-2914.

329. Takashima, I. Polymerase chain reaction for the detection of Chlamydia psittaci in the feces of budgerigars / I. Takashimal, Y. Imai, N. Itoh, H. Kariwa, N. Hashimoto // Microbiol. Immunol. 1996. - V. 40. - № 1. - P. 21-26.

330. Thao, M.L. Phylogenetic evidence for two new insect-associated Chlamydia of the family Simkaniaceae / M.L. Thao, L. Baumann, J.M. Hess, B.W. Falk, J.C. Ng, P.J: Gullan, P. Baumann // Gurr. Microbiol. 2003. - V. 47. - № 1. - P. 4650.

331. Thomas, N.S. Plasmid diversity in Chlamydia / N.S. Thomas, M. Lusher, C.C. Storey, I.N. Clarke // Microbiology. 1997. - V. 143. - № 6. - P. 1847-1854.

332. Thomas, V. Criblamydia sequanensis, a new intracellular Chlamydiales isolated from Seine river water using amoebal co-culture / V. Thomas, N. Casson, G. Greub // Environ. Microbiol. 2006. - V. 8. - № 12. - P. 2125-2135.

333. Thorne, H.V. Electrophoretic characterization* and fractionation of polyoma virus DNA / H.V. Thorne // J. Mol. Biol. 1967. - V. 24. - № 2. - P. 203-211.

334. Timms, P. Comparison of Chlamydia psittaci isolates by restriction endonuclease and DNA probe analyses / P. Timms, F.W. Eaves, A.A. Girjes, M.F. Lavin // Infect. Immun. 1988. - V. 56. - № 1. - P. 287-290.

335. Tondella, M:L. Development and. evaluation of real-time PCR-based. fluorescence assays for detection of Chlamydia pneumoniae / MIL. Tondella, D.F. Talkington, B.P. Holloway, S.F. Dowell, K. Cowley, MI Soriano-Gabarro,

336. M.S. Elkind, B.S. Fields // J. Clin. Microbiol. 2002. - V. 40. - № 2. - P. 57583.

337. Tong, C.Y. Detection of Chlamydia pneumoniae and Chlamydia psittaci in sputum samples by PCR / C.Y. Tong, M. Sillis // J. Clin. Pathol. 1993. - V. 46.-№4.-P. 313-317.

338. Tsourkas, A. Hybridization kinetics and thermodynamics of molecular beacons / A. Tsourkas, M.A. Behlke, S.D. Rose, G. Bao // Nucleic Acids Res. 2003. -V. 31. — № 4. - P. 1319-1330.

339. Turnbull, J. Evidence that superfical brancial colonies on the gills of Salmo salar L. are not Aeromonas salmonicida / J. Turnbull; R. Richards, M. Tatner // J. Fish. Dis. — 1989. V. 121 —№ 5; — P. 449M-58;

340. Tyagi, S. Multicolor molecular beacons for allele discrimination / S. Tyagi, D.P. Bratu, F.R. Kramer // Nat. Biotechnol; 1998. - V. 16. - P. 49-53 .

341. Tyagi; S. Molecular beacons: probes, that fluoresce: upon hybridization / S. Tyagi, F.R. Kramer / Nat. Biotechnol. 1996. - V. Г4. -P. 303-308.

342. Van Der Pol; B; Multicenter Evaluation of the BDProbeTec ET System for Detection; ofi Chlamydiai trachomatis and? Neisseria? gonorrhoeae; in; Uriner

343. Pol, D:V. Ferrero, L. Buck-Barrington; E.3rd Hook, C. Lcndcrman, T. Quinn;, C.A. Gaydos,.Ji Lovchik, J; Schachter, J. Moncada; G: Hall, MJ. Tuohy, R.B. Jones // J. Clin, Microbiol; 2001. - V. 39.-№3. - P. 1008-1016.

344. Vanrompay, D. Serotyping of European isolates of Chlamydia psittaci from poultry and other birds / D. Vanrompay, A.A. Andersen, R. Ducatelle, F. Haesebrouck//J. Clin. Microbiol. 1993. - V. 31.-№ l.-P. 134-137.

345. Vanrompay, D. Pneumonia in Moorish tortoises (Testudo graeca) associated with avian serovar A Chlamydia psittaci / D. Vanrompay, W. De Meurichy, R. Ducatelle, F. Haesebrouck // Vet. Rec. 1994'. - V. 135. - № 12. - P. 284-285.

346. Vanrompay, D. High-level expression of Chlamydia psittaci major outer membrane protein in COS cells and in skeletal muscles of turkeys / D. Vanrompay, E. Cox, J. Mast, B. Goddeeris, G. Volckaert // Infect Immun.1998. V. 66. - № 11. - P. 5494-5500.

347. Varveri,. C. Potato: Y Potyvirus Detection by Immunological and' Molecular Techniques in Plants and Aphids / C. Varveri // Phytoparasitica. 2000. - V. 28.2. — P. 10-20

348. Verma I.M. Studies on reverse transcriptase of RNA tumor viruses III. Properties of purified Moloney murine leukemia virus DNA polymerase and associated RNase H. J Virol. 1975 April; 15(4): 843-854.

349. Viljoen, G.J. Molecular Diagnostic PCR Handbook / G.J. Viljoen, L.H. Nel, J.R. Crowther // Springer. 2005. - P. 307.

350. Vincent, M. Helicase-dependent isothermal DNA amplification / M. Vincent, Y. Xu, H. Kong // EMBO Rep. 2004. - V. 5. - № 8. - P. 795-800.

351. Vos, P. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting / P. Vos, R. Hogers, M. Bleeker, M. Reijans, T. van de Lee, M. Homes, A. Frijters, J. Pot, J. Peleman, M. Kuiper, M. Zabeau // Nucleic Acids Res. 1995. - V. 23. - № 21. - P. 44074414.

352. Walker, G.T. Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system / G.T. Walker, M.C. Little, J.G. Nadeau, D.D. Shank // Proc. Natl. Acad. Sci. USA- 1992. V. 89. - № 1. - P. 392-396.

353. Wang, Z.G. Overproduction and characterization of the uracil-DNA glycosylase inhibitor of bacteriophage PBS2 / Z.G. Wang, D.G. Smith, D.W. Mosbaugh // Gene.-1991.-V. 99.-№> 1.-P. 31-37.

354. Wardrop, S. Characterisation of the koala biovar of Chlamydia pneumoniae at four gene loci / S. Wardrop, A. Fowler, P. O'Callaghan, P. Giffard, P. Timms // Syst Appl. Microbiol. 1999. - V. 22. - № 1. - P. 22-27.

355. Weighardt, F. A simple procedure for enhancing PCR specificity / F. Weighardt, G. Biamonti, S: Riva / PCR Methods Appl. 1993; - V. 3. - № 1. - P. 77-80.

356. Wecker, E. The extraction of infectious virus nucleic acid with hot phenol / E. Wecker // Virology. 1959. - V. 7. - № 2. - P. 241-243.

357. Westphal, O. Uber die extartion von bacterien mit phenol / O. Westphal, O. Luderitz, F. Bister // Z. Naturforsch. Teil. B. 1952. - V. 7. - P. 148-155.

358. Wills, J.M. Characterisation of Chlamydia psittaci isolated from a horse / J.M. Wills, G. Watson, M. Lusher, T.S. Mair, D. Wood, SJ. Richmond // Vet. Microbiol. 1990. - V. 24. - № 1. - P. 11-19.

359. Wittenbrink, M.M. Endometritis in cattle experimentally induced by Chlamydia psittaci / M.M. Wittenbrink, H.A. Schoon, D. Schoon, R. Mansfield, W. Bisping // Zentralbl. Veterinarmed B. 1993. - V. 40. - № 6. - P. 437-450.

360. Woodford, N. Genomics, Proteomics, and Clinical Bacteriology: Methods and Reviews / N. Woodford, A. P. Johnson // Humana Press. 2004. - P. 395.

361. Wu, D.Y. The ligation amplification reaction (LAR)~amplification of specific DNA sequences using sequential rounds of template-dependent ligation / D.Y. Wu, R.B. Wallace // Genomics. 1989.* - V. 4. - № 4. - P: 560-569.

362. Xu, Y. High sequence fidelity in a non-enzymatic DNA autoligation reaction / Y. Xu, E.T. Kool // Nucleic Acids Res. 1999. - V. 27. - № 3. - P. 875-881.

363. Yang, J.M. Development of a rapid' realtime PCR assay for detection^ and quantification of four familiar species of Chlamydiaceae / J.M: Yang, H.X. Liu,

364. Y.X. Нао, С. Не, D.M. Zhao // J. Clin. Virol. 2006. - V. 36. - № 1. - P. 7981.

365. Yuan, Y. Multiple tandem promoters of the major outer membrane protein gene (ompl) of Chlamydia psittaci / Y. Yuan, Y.X. Zhang, D.S. Manning, H.D. Caldwell // Infect. Immun. 1990. - V. 58. - № 9. - P. 2850-2855.

366. Zhang, Y.-X. Cloning and sequence analysis of the major outer membrane protein genes of two Chlamydia psittaci strains / Y.X. Zhang, S.G. Morrison, H.D. Caldwell, W. Baehr // Infect. Immun. 1989. - V. 57. - № 5. - P. 1621-1625.

367. Zhao, Q. Lack of allelic polymorphism for the major outer membrane protein gene of the agent of guinea pig inclusion conjunctivitis (Chlamydia psittaci) / Q. Zhao, J. Schachter, R.S. Stephens // Infect Immun. 1993. - V. 61. - № 7. - P. 3078-3080.

368. Zhu, K.Y. Addition of a competitive primer can dramatically improve the specificity of PCR amplification of specific alleles / K.Y. Zhu, J.M. Clark // Biotechniques. 1996. -V. 21. -№ 4. - P. 586-590.