Молекулярно-генетические технологии контроля качества и безопасности в пищевых и агробиосистемах тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Сыромятников Михаил Юрьевич

• Сыромятников Михаил Юрьевич
• доктор наук
• 2023

Оглавление диссертации доктор наук Сыромятников Михаил Юрьевич

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 ДНК-баркодинг живых организмов

1.1.1 Становление ДНК-баркодинга, его основы

1.1.2 Методы, применяемые в баркодинге ДНК

1.1.3 Метабаркодирование

1.1.4 Практическая значимость метода баркодинга ДНК

1.2 Закваски в пищевой промышленности

1.2.1 Культуры молочнокислых бактерий

1.2.2 Закваски как основа для приготовления кисломолочной продукции

1.2.3 Закваски для производства мясной продукции

1.2.4 Контроль состава и качества заквасок

1.3 Пробиотики в профилактике и лечении заболеваний

1.4 Растительные микробиологические биопрепараты в сельском хозяйстве

1.5 Идентификация микробных сообществ в продуктах питания

1.5.1 Развитие молекулярных методов определения

1.5.2 Полимеразная цепная реакция в реальном времени

1.5.3 Цифровая ПЦР в каплях (ddPCR)

1.5.4 Микросателлитный анализ

1.5.5 Анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ)

1.5.6 Микрочипы

1.5.7 Метод LAMP

1.5.8 Секвенирование как основа для идентификации организмов

1.5.8.1 NGS-анализ продуктов питания

1.5.8.2 Секвенирование 16S рРНК

1.5.8.3 Секвенирование единичных молекул ДНК

1.5.8.4 Метод дробовика

1.5.8.5 Метагеномные и метатранскриптомные исследования

1.5.9 Флуоресцентная IN SITU гибридизация

1.5.10 Метод гель-электрофореза

1.5.11 Метод SDS PAGE

1.5.12 MALDI-TOF масс-спектрометрия

1.5.13 Жидкостная хроматография и тандемная масс-спектрометрия

1.5.14 Проблема идентификации эукариотических и прокариотических микроорганизмов в пищевых продуктах

1.5.15 Использование NGS для контроля качества пищевой продукции

1.5.16 Анализ распространения генов антибиотикорезистентности

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объекты исследования

2.2 Методы исследования

2.2.1 Методика выделения ДНК

2.2.2 Проведение полимеразной цепной реакции

2.2.3 Микробиологический посев

2.2.4 Обогащение микроорганизмов в пищевых субстратах

2.2.5 Высокопроизводительное секвенирование на платформе Illumina MiSeq

2.2.6 Высокопроизводительное секвенирование на платформе Ion torrent PGM

2.2.7 Проведение аналитического электрофореза нуклеиновых кислот в агарозном геле

2.2.8 Проведение количественной ПЦР

2.2.9 Выделение митохондрий из летательных мышц шмелей

2.2.10 Определение концентрации белка

2.2.11 Измерение скорости дыхания митохондрий

2.2.12 Измерение мембранного потенциала митохондрий

2.2.13 Определение скорости продукции пероксида водорода митохондриями

2.2.14 Проведение длинноцепочечной ПЦР

2.2.15 Секвенирование по Сэнгеру

2.2.16 Анализ микробиоты с помощью ПЦР в реальном времени

2.2.17 Тест «Струна»

2.2.18 Тест «Открытое поле»

2.2.19 Тест «Приподнятый крестообразный лабиринт»

2.2.20 Статистическая обработка данных

ГЛАВА 3 РАЗРАБОТКА ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ОЦЕНКИ КАЧЕСТВА ПИЩЕВЫХ ПРОДУКТОВ И СЫРЬЯ

3.1 Применение метода баркодинга и метабаркодинга ДНК для идентификации микроорганизмов, обсеменяющих молочную продукцию

3.2 Оценка бактериальной микробиоты сырого молока с помощью высокопроизводительного секвенирования

3.3 Разработка метода генетической идентификации вызывающих порчу майонеза дрожжей ПсЫа киФ1аУ2вуИ

3.4 Разработка TaqMan ПЦР метода для идентификации осмотолерантных дрожжей Zygosaccharomyces гоыхи

3.5 Идентификация рыбных ингредиентов с использованием метода баркодинга ДНК

3.6 Оценка качества пыльцы, собранной пчелами, с использованием

высокопроизводительного секвенирования и микроколоний шмелей

ГЛАВА 4 ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ БАКТЕРИАЛЬНОГО СОСТАВА ЗАКВАСОК И ПРОБИОТИКОВ

4.1 Исследование микробиологического состава заквасок для приготовления кисломолочных продуктов с помощью высокопроизводительного секвенирования

4.2 Исследование бактериального состава пробиотиков с помощью высокопроизводительного секвенирования

4.3 Оценка влияния лактобактерий и бифидобактерий на микробиом кишечника мышей и их физиологические характеристики

4.4 Оценка влияния молочнокислых бактерий на микробиом кишечника здоровых добровольцев и людей с ожирением

ГЛАВА 5 ОЦЕНКА КАЧЕСТВА МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИХ БИОПРЕПАРАТОВ ДЛЯ СЕЛЬСКОГО ХОЗЯЙСТВА С ПОМОЩЬЮ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ

5.1 Исследование микробиологического состава биопрепаратов с помощью баркодинга ДНК

5.2 Исследование качества микробиологических биопрепаратов с помощью высокопроизводительного секвенирования

5.3 Разработка генетической технологии дифференциации грибов рода

Trichoderma на основе ПЦР-ПДРФ

ГЛАВА 6 РАЗРАБОТКА ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ОЦЕНКИ ТОКСИЧНОСТИ ПЕСТИЦИДОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ШМЕЛЕЙ КАК БИОЛОГИЧЕСКОЙ МОДЕЛИ

6.1 Оценка токсичности фунгицидов in vitro для митохондрий шмелей Bombus terrestris L

6.2 Разработка метода оценки генотоксичности пестицидов для шмелей

6.3 Исследование влияния метиленового синего на шмелей как потенциального антидота от токсического действия пестицидов

6.3.1 Оценка действия метиленового синего на функционирование митохондрий летательных мышц шмелей при токсическом действии пестицидов

6.3.2 Влияние метиленового синего на полётную активность шмелей, которые подверглись токсическому действию пестицидов

6.3.3 Оценка влияния метиленового синего на микробиом кишечника мышей с помощью высокопроизводительного секвенирования

6.4 Оценка безопасности синтетических пероксидов на шмелях как

биологической модели опылителей

ГЛАВА 7 РАЗРАБОТКА НАУЧНО-МЕТОДИЧЕСКИХ ОСНОВ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ АГРАРНО ЗНАЧИМЫХ НАСЕКОМЫХ

И КЛЕЩЕЙ

7.1 Создание базы данных баркодинга ДНК аграрно значимых насекомых и клещей

7.2 Разработка технологии генетической идентификации вредных видов рода Eurygaster (Hemiptera: Heteroptera: Scutelleridae) на основе ПЦР-ПДРФ

7.3 Разработка технологии генетической идентификации представителей рода Polymerus Hahn (Heteroptera, Miridae), включающего вредителей агрокультур

7.4 Разработка молекулярно-генетического метода для быстрой видовой

идентификации коммерческих клещей семейства Phytoseiidae

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

ПРИЛОЖЕНИЯ

ПРИЛОЖЕНИЕ А Акты о практическом использовании результатов

диссертационного исследования

ПРИЛОЖЕНИЕ Б Акты о внедрении в учебный процесс результатов

диссертационного исследования

ПРИЛОЖЕНИЕ В Лицензионные договора на полученные РИД

ПРИЛОЖЕНИЕ Г Лабораторный технологический регламент определения видового состава прокариотических и эукариотических микроорганизмов

биологических загрязнителей компонентов, входящих в состав продуктов питания

ПРИЛОЖЕНИЕ Д Патенты на изобретения и свидетельства о государственной регистрации программ для ЭВМ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетические технологии контроля качества и безопасности в пищевых и агробиосистемах»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования. Одним из приоритетов стратегии научно-технического развития Российской Федерации является переход к высокопродуктивному и экологически чистому агро- и аквахозяйству, разработку и внедрение систем рационального применения средств химической и биологической защиты сельскохозяйственных растений и животных, хранение и эффективную переработку сельскохозяйственной продукции, создание безопасных и качественных, в том числе функциональных, продуктов питания. В связи с этим в различных биотехнологических процессах остро встает проблема правильной идентификации компонентов биологической защиты растений, вредителей, энтомофагов, сложных микробиологических препаратов и компонентов, входящих в корма и продукты питания.

В настоящее время остро встает вопрос о контроле качества биотехнологии производства продуктов питания, в особенности тех, для изготовления которых необходимы бактериальные культуры. Среди таких продуктов особенно значимыми являются молочные продукты как наиболее быстропортящиеся. На данный момент отсутствует комплексная методология оценки качества стартовых культур микроорганизмов для производства кисломолочных продуктов не только с использованием генетических методов, но и с помощью классических микробиологических методов. Данные препараты зачастую относятся к биологически активным добавкам, в результате отсутствует необходимость в проведении их испытаний. Как следствие, на рынке стартовых культур микроорганизмов, включая закваски и «антагонистические» культуры, появляется всё больше микробиологических биопрепаратов с неизвестной эффективностью, что требует разработки и научного обоснования методов оперативной и качественной оценки их состава и эффективности.

Стремление производителей кисломолочных продуктов интенсифицировать производственный процесс, расширить ассортимент выпускаемой продукции, повысить ее биологическую и пищевую ценность, улучшить органолептические

свойства, усиливает спрос на новые виды стартовых культур микроорганизмов (заквасок), поэтому перечень микроорганизмов, включаемых в состав заквасок, постоянно расширяется. Оценка качества таких культур микроорганизмов практически не проводится, исследования по влиянию этих сообществ бактерий на микробиологический состав молока носят ограниченный характер. Молекулярно-генетические методы для изучения этих процессов до сих пор не разрабатывались или применялись в специальных исследованиях конкретных штаммов молочнокислых бактерий. В то же время производители молока, сыров, йогурта, творога и других молочных продуктов, майонеза, мясных продуктов, соков и других пищевых ингредиентов сталкиваются с проблемой обсеменения продукции эукариотическиими микроорганизмами (дрожжи и плесени), прокариотическими микроорганизмами (бактерии, вызывающие уксуснокислое и маслянокислое брожение, гнилостные микроорганизмы), а также патогенными микроорганизмами. Источником поступления микроорганизмов в продукцию могут быть вода, производственный инвентарь, работники, входящее сырьё и т.д. Бактерии, вызывающие порчу продукции, а также способные быть патогенными для человека, чаще всего относятся к следующим родам: Acientobacter, Aeromonas, Alcaligenes, Bacillus, Brochotrix, Pseudomonas, Campylobacter, Citrobacter, Escherichia и некоторые другие. Из наиболее значимых для пищевой промышленности патогенных микроорганизмов выделяют: Salmonella spp., Shigella spp., Staphylococcus aureus, Proteus spp., Vibrio sp., Cronobacter sp., Legionellapneumophila, Clostridium perfringens, Listeria monocytogenes. Среди плесневых грибов, ассоциированных с порчей продукции, выделяют: Alternaria, Aspergillus, Aureobasidium, Botrytis, Byssochlamys, Cladosporium, Colletotrichum, Prnicillium, Rhizopus и др. Среди дрожжей наиболее значимыми для пищевой промышленности являются: Brettanomyces, Pichia, Candida, Debaryomyces, Saccharomyceae, Rhodotorula, Schizosaccharomyces, Yarrowia и некоторые другие

[4].

Идентифицировать все вышеперечисленные микроорганизмы микробиологическими методами в условиях производственной лаборатории по

контролю качества продукции практически невозможно, поскольку требуется широкий набор селективных сред, существенные затраты на расходные материалы (чашки Петри, пипетки и т.д.) и, главное, большие затраты на оплату труда квалифицированных работников. В связи с этим установившейся практикой является идентифиция лишь нескольких из вышеперечисленных микроорганизмов, которые наиболее значимы для производимой продукции. Существенным преимуществом высокопроизводительного секвенирования является возможность одновременного тестирования на все значимые для пищевой промышленности микроорганизмы, что существенно повысит эффективность анализа и в итоге безопасность продуктов питания. В диссертационной работе рассмотрены и широко апробированы технологии молекулярно-генетической идентификации организмов различных таксономических групп, включая бактерии, грибы, насекомые и клещи, для их последующего внедрения в биотехнологические процессы пищевых производств и сельского хозяйства.

Проблема корректной идентификации организмов чрезвычайно актуальна как для агробиотехнологии, так и для пищевой биотехнологии. Наиболее сложно правильно идентифицировать микроорганизмы, но в сельском хозяйстве также весьма актуальной является идентификация насекомых и клещей. Вредители с/х культур - одна из важнейших причин экономических потерь агрономических предприятий. Быстрое определение появившегося вредителя на с/х культуре затруднено вследствие малого количества узконаправленных специалистов по систематическому определению насекомых, а также трудоемкостью и временем анализа. Данная проблема осложняется тем, что существуют различные подвиды насекомых-вредителей, которые могут различаться по степени вредоносности, а их определение по морфологическим характеристикам чрезвычайно затруднено. Морфологическая идентификация вредителей по личинкам и куколкам практически невозможна. Ранняя идентификация вредителя позволила бы более рационально использовать химическую обработку растений и оптимизировать различные агробиотехнологические приемы. В настоящее время отсутствует

системный подход по генетическому определению видовой принадлежности того или иного насекомого. На данный момент разработаны системы по RAPD-PCR-анализу [71], а также анализу микросаттеллитных участков ДНК [226]. Однако данные методы являются трудоемкими и имеют низкую воспроизводимость. Секвенирование отдельных участков митохондриальной ДНК (СО1, Cyt b), а также ряда участков ядерной ДНК (межгенные участки ITS1 и ITS2, а также гены 5,8S рРНК, 26S рРНК и 18S рРНК) на данный момент является наиболее предпочтительным способом "штрихкодирования" эукариотических организмов [288]. Данный метод позволяет разработать молекулярно-генетические маркеры (вложенная ПЦР, аллель-специфичная ПЦР, TaqMan зонды) к данным локусам для экспресс-идентификации таксонов. Методы идентификации таксонов по анализу смесей ДНК из разных видов организмов насекомых в настоящий момент практически не разработаны. Внедрение подобных методов позволит значительно усовершенствовать агробиотехнологические приемы, повысить экологичность и снизить издержки сельского хозяйства.

Одновременно с этим быстро развивается отрасль биотехнологии, которая связана с искусственным выращиванием насекомых и клещей. Высока актуальность работ по созданию современных конкурентоспособных биотехнологий опыления и защиты растений от вредителей в теплицах. Темпы роста рынка энтомофагов опережают темпы роста полезных площадей тепличных хозяйств из-за отказа от использования пестицидов и перехода на биологическую защиту. Потребности в данной продукции удовлетворяются за счет импорта и частично лабораториями при тепличных комбинатах. При этом практически отсутствует научно-техническая база по биотехнологии разведения хищных насекомых и клещей, в том числе имеются проблемы по таксономической идентификации как самих энтомофагов, так и организмов, на которых они выращиваются. Кроме того, важно правильно оценивать токсичность пестицидов для полезных насекомых и клещей. Универсальным инструментом оценки токсичности пестицидов могут являтся методы, основанные на детектировании

повреждения ДНК организмов, которые подверглись токсическому действию пестицидов.

Создание биотехнологии молекулярно-генетической идентификации аграрно значимых насекомых и клещей окажет существенное экономическое влияние на развитие отечественных технологий выращивания и сохранение сельскохозяйственных культур. Разработанные молекулярно-генетические методы позволят быстро идентифицировать вредителей всех возрастов, определять чистоту импортируемых насекомых-опылителей и энтомофагов и их принадлежность к определенным линиям, что немаловажно в свете экологической безопасности страны.

Помимо энтомофагов, в настоящее время в агробиотехнологиях всё более широкое распространение как альтернативы пестицидам получают препараты с содержанием тех или иных микроорганизмов как прокариотических, так и экукариотических [240]. Считается, что эти биологические препараты более безопасны для человека и животных, чем средства химической защиты растений [135]. Микробиологические препараты могут быть использованы как альтернатива фунгицидам [315] и инсектицидам [105]. Примечательно, что до сих пор не стандартизированы методы оценки качества микробиологических биопрепаратов. Сложность состоит в том, что биопрепараты, как правило, включают несколько видов микроорганизмов, которые зачастую невозможно идентифицировать классическими микробиологическими методами ввиду того, что для их культивирования требуются различные питательные среды. Кроме того, такой подход не позволит идентифицировать не заявленные производителем микроорганизмы («загрязнители»). Молекулярно-генетические методы на основе высокопроизводительного секвенирования могут быть универсальным инструментом контроля качества микробиологических биопрепаратов для сельского хозяйства.

Актуальность и значимость выполненных в диссертационной работе исследований подтверждается их поддержкой грантами РНФ: №18-76-00027 (2018-2020 г), №16-14-00176 (2016-2018 г), №19-76-10023 (2019-2022 г); грантом

президента для молодых кандидатов наук MK-3173.2019.11 (2019-2020 г); грантом президента для поддержки ведущих научных школ НШ-3451.2018.11 (2018-2019 г); Министерством науки и высшего образования Российской Федерации в рамках национального проекта «Наука» (проект FZGW-2020-0001), а также ФЦП (соглашение №14.577.21.0257).

Степень разработанности темы. Традиционные методы идентификации организмов во много раз уступают современным молекулярно-генетическим технологиям, главным образом, в скорости и достоверности. Метод ДНК-штрихкодирования позволяет за короткий срок определить видовую принадлежность любого живого организма - от бактерий до млекопитающих [84, 551, 560]. Методика идентификации организмов с помощью ДНК-баркодинга включает широкий спектр вариантов ПЦР-анализа (ПЦР-ПДРФ, AFLP, RAPD-PCR, ddPCR, LAMP и др.) и платформ секвенирования (MinlON, Solexa/Illumina, SOLiD от Life Technologies) [26, 43, 151, 275, 400, 455]. Параллельная идентификация множества организмов в рамках одного сообщества осуществляется за счёт метабаркодинга в результате единовременного запуска секвенатора [264, 486, 540]. Баркодинг ДНК нашел широкое применение в различных отраслях деятельности человека. Это сельское хозяйство и животноводство, медицина, а также экология, пищевая промышленность и многие другие [67, 148, 205, 250, 377, 436, 502].

Инновации в сельском хозяйстве, диктуемые тенденцией бережного отношения к экологии, способствовали внедрению биопрепаратов взамен пестицидам, опасным для окружающей среды [122, 383, 416, 525]. В основе таких препаратов лежат бактериальные комплексы различного состава, способные оказывать положительное действие на семена, взрослые растения, а также почву [271, 361, 382, 473, 533]. При этом на данный момент нет стандартизированных подходов к оценке качества таких биопрепаратов. Широкие возможности, которые даёт ДНК-баркодинг живых организмов, способствовали необходимости исследования технологий молекулярно-генетической идентификации организмов

и оценки токсичности пестицидов в пищевой и агробиосистемах, осуществленных в рамках данной работы.

Некачественные продукты питания способны приводить к развитию различных заболеваний и даже к летальному исходу [80, 523]. Высокопроизводительные методы анализа позволили усовершенствовать молекулярный скрининг патогенов в пищевых продуктах и осуществлять их своевременное выявление [17, 20, 380, 387]. Анализ микробиома заквасочных и пробиотических культур осуществляется в целях быстрой и объективной оценки бактериального состава, оказывающего непосредственное влияние на конечный продукт - вкус и аромат в случае заквасок для молочной и мясной продукции [234, 307] и необходимое свойство или эффект в случае пробиотиков в терапевтических целях [527, 546].

Цель и задачи исследования: Целью данной работы является разработка технологий генетической идентификации организмов разных таксономических групп в пищевых и агробиосистемах, разработка методов и подходов для оценки генотоксичности пестицидов и установления качества микробиологических биопрепаратов. Для выполнения цели были поставлены следующие задачи:

1. Провести молекулярно-генетическую оценку бактериологической обсемененности молочных и масложировых продуктов с помощью секвенирования.

2. Разработать методы идентификации значимых для пищевой индустрии эукариотических микроорганизмов с помощью TaqMan ПЦР.

3. Исследовать состав пробиотиков и заквасок с помощью высокопроизводительного секвенирования на платформе Illumina MiSeq и установить влияние лактобактерий и бифидобактерий на состав кишечника лабораторных мышей и их физиологические показатели.

4. С помощью методов, основанных на секвенировании ДНК, исследовать доступные на российском рынке микробиологические биопрепараты для защиты растений и оценить преимущества и недостатки молекулярно-генетических методов по отношению к классическим микробиологическим методам.

5. Разработать подходы для оценки токсичности пестицидов с применением длинноцепочечной ПЦР и провести оценку генотоксичности широко используемых пестицидов.

6. Разработать технологию молекулярно-генетической идентификации аграрно-значимых насекомых и клещей на основе баркодинга ДНК.

7. Разработать методы быстрой генетической идентификации наиболее значимых и трудно дифференцируемых насекомых и клещей на основе ПЦР-ПДРФ.

Научная новизна. При анализе количественного соотношения микроорганизмов было выявлено, что наиболее часто обсеменяют молочную и масложировую продукцию Bacillus sp. и Pseudomonas fluorescens. Было продемонстрировано, что сливочное масло является хорошей средой для роста условно-патогенных бактерий. Полученные данные свидетельствуют о том, что, несмотря на то, что сливочное масло является продуктом с длительным сроком хранения, оно должно подвергаться строгому контролю качества на наличие условно-патогенных бактерий.

Разработаны методы быстрой молекулярно-генетической идентификации дрожжей, которые обсеменяют майонезы (Pichia kudriavzevii) и продукты с высоким содержанием сахаров (Zygosaccharomyces rouxii) на основе TaqMan ПЦР.

Выявлены случаи фальсификата рыбных ингредиентов в продуктах японской кухни.

При анализе пыльцы, которая используется как пищевая добавка, с помощью метабаркодинга ДНК в 17 из 18 образцов идентифицированы бактерии семейства Enterobacteriaceae, что характеризует её как опасный продукт питания.

Было продемонстрировано, что высокопроизводительное секвенирование является подходящим инструментом для оценки качества бактериальных заквасок для приготовления кисломолочных продуктов и пробиотиков. Бактериальный состав 63% образцов заквасочных культур, доступных на рынке России, отличался от заявленного производителем. Показано, что 29% пробиотиков характеризовались отсутствием микроорганизмов, заявленных производителями.

Более 70% пробиотиков содержали дополнительные роды бактерий, не заявленные в составе.

Выявлено, что в группах мышей, которые питались кормом с добавлением лактобактерий и бифидобактерий, уменьшалось относительное содержание бактерий рода Helicobacter. Наблюдалось статистически достоверное увеличение физической силы и выносливости мышей, которые питались кормом с добавлением лактобактерий. Показано, что корм с добавлением лактобактерий снижал уровень тревожности мышей и повышал поведенческую активность животных. Корм с добавлением бифидобактерий также уменьшал тревожность мышей. Установлено, что при употреблении бифидобактерий с пищей увеличивалась физическая сила и выносливость, а также при пролонгированном употреблении корма, обогащенного бифидобактериями, увеличивалась стрессоустойчивость.

Установлено, что молочнокислые бактерии способны менять состав микробиома кишечника человека. Изменения характеризовались увеличением числа представителей, ответственных за продукцию короткоцепочечных жирных кислот в кишечнике (Blautia, Fusicatenibacter, Ruminococcus), а также бактерий, улучшающих гомеостаз кишечника (Dorea и Barnesiella).

Показано, что метод высокопроизводительного секвенирования можно применять для анализа качества микробиологических биопрепаратов, предназначенных для защиты растений. Анализ данных секвенируемых последовательностей образцов биопрепаратов позволил выявить присутствие посторонних микроорганизмов, которые не были заявлены в данной продукции. Разработан метод дифференциации видов Trichoderma harzianum, T. viride и T. atroviride на основе ПЦР-ПДРФ.

Был осуществлен баркодинг ДНК для 131 вида вредителей. Для 15 вредителей ДНК баркодинг осуществлен впервые в мире. Создана уникальная электронная база данных баркодинга ДНК аграрно значимых насекомых и клещей. Выявлены ошибочно зарегистрированные последовательности в международной системе NCBI GenBank. Сделан баркодинг ДНК для 10 видов

энтомофагов. Баркодинг ДНК 3 видов энтомофагов осуществлён впервые. Осуществлён баркодинг ДНК 6 видов шмелей и 4 ключевых пород медоносных пчел России. Создан уникальный программный продукт «Mutagenesis Primer Designer» для быстрого подбора необходимых праймеров (в том числе мутагенных) для проведения ПЦР-ПДРФ с целью идентификации таксономической принадлежности организма и програмный продукт «Microbiology» для оценки бактериального состава исследуемого субстрата с использованием ПЦР в реальном времени.

Разработана генетическая технология дифференциации первостепенных вредителей зерновых культур клопов черепашек Eurygaster sp.: Eu. integriceps, Eu. maura, Eu. testudinaria, Eu. dilaticollis на основе анализа длины рестрикционных фрагментов. Установлено, что для идентификации клопов рода Eurygaster можно использовать любую из рестриктаз: AhlI, Bst2UI или PsiI. Был проведен анализ морфологических и молекулярно-генетических различий между видами клопов рода Polymerus. Был разработан метод ПЦР-ПДРФ для быстрой идентификации вредоносного вида из рода Polymerus - P. vulneratus.

Разработана генетическая система дифференциации хищных клещей семейства Phytoseiidae на основе ПЦР-ПДРФ последовательности, включающей гены 18S рРНК, 5.8S рРНК и 28S рРНК и межгенные участки ITS1 и ITS2. С помощью ПЦР-ПДРФ с 4 рестриктазами AccBl I, AspLE I, Fae I и Ssp I можно легко дифференцировать коммерческие виды клещей родов Amblyseius и Neoseiulus, которые очень сходны морфологически, но имеют разную коммерческую ценность.

Разработан метод оценки генотоксичности пестицидов на основе проведения длинноцепочечной ПЦР. Были разработаны три пары праймеров, которые амплифицируют три протяженных фрагмента мтДНК Bombus terrestris для оценки количества повреждений. Была исследована генотоксичность широко используемых пестицидов. Впервые показано, что метиленовый синий может обладать свойствами антидота при интоксикации митохондрий поллинаторов пестицидами. При этом с использованием молекулярно-генетических методов

доказано, что умеренные дозы метиленового синего не вызывают дисбактериозы кишечника у модельного объекта Mus musculus.

В ходе выполнения диссертационной работы было получено 9 патентов на изобретения и 2 свидетельства о регистрации программ для ЭВМ (см. Приложение Д).

Теоретическая и практическая значимость работы. Показано, что метод высокопроизводительного секвенирования позволяет оценить качество заквасок (стартовых культур микроорганизмов) и пробиотиков. Данный подход может применяться предприятиями молочной индустрии для предварительной оценки приобретаемых для производственных нужд заквасок. Также было продемонстрировано, что методы, основанные на проведении высокопроизводительного секвенирования, могут применяться для оценки микробиологической безопасности молочных и масложировых продуктов. Разработаны методы быстрой идентификации на основе TaqMan ПЦР дрожжей (Pichia kudriavzevii и Zygosaccharomyces rouxii), обсеменяющих масложировые продукты и продукты c высоким содержанием сахаров.

Создана уникальная электронная база баркодинга ДНК хозяйственно значимых насекомых и клещей http://genbank.vsu.ru/ с целью их идентификации в агробиотехнологических процессах. В неё входят 3 основные группы: опылители, вредители, энтомофаги. С помощью данной базы данных можно быстро определить таксономическую принадлежность аграрно значимых насекомых и клещей. В созданной базе имеется карточка-описание: фото в высоком разрешении, научная классификация, морфологическое описание, хозяйственная значимость, оптимальная пара праймеров для проведения баркодинга ДНК, нуклеотидная последовательность субъединицы 1 цитохромоксидазы. Важной особенностью электронной базы является представление карты рестрикции гена, которая позволит идентифицировать таксон насекомого на основе ПЦР-ПДРФ без проведения секвенирования.

Разработанный метод быстрой генетической идентификации коммерчески значимых клещей семейства Phytoseiidae позволит оценивать чистоту и

гомогенность выращиваемых популяций клещей для последующей защиты растений в тепличных комбинатах и оранжереях.

Разработанный метод идентификации первостепенного вредителя Eu. integriceps обеспечит быстрое и точное обнаружение данного вредителя на полях с культурными растениями и позволит отслеживать изменения ареала данного насекомого и оптимизировать агробиотехнологические процессы.

Разработана панель праймеров для оценки генотоксичности пестицидов для шмелей как важнейших опылителей. При этом было продемострировано, что метиленовый синий может обладать свойствами антидота при интоксикации митохондрий поллинаторов пестицидами. Кроме того, установлено, что микроколонии шмелей могут применяться для оценки качества пыльцы, собранной пчелами, в то время как молекулярно-генетические методы этого не позволяют сделать.

Показано, что методы высокопроизводительного секвенирования позволяют выявлять биопрепараты для защиты растений, которые не соответствуют заявленному производителем составу. Разработан быстрый метод идентификации видовой принадлежности грибов рода Trichoderma, которые широко применяются для биологической защиты растений от фитопатогенных грибов. Разработан подход оценки пробиотиков, основанный на оценке их влияния на микробиом кишечника и конгитивные способности лабораторных популяций мышей, получавших корм с добавлением пробиотиков.

Технологии молекулярно-генетической идентификации организмов внедрены в предприятиях реального сектора экономики (см. Приложение А). Разработанные технологии молекулярно-генетической идентификации насекомых и клещей внедрены на базе ООО «Технологии шмелеводства» (г. Воронеж) и ООО «Биоконтроль» (г. Воронеж), технология генетической оценки качества заквасок внедрена в ПАО МК «Воронежский», а технология оценки качества микробиологических биопрепаратов в ООО «БИОАГРО». По разработанным технологиям идентификации микроорганизмов в заквасках, кормах и пищевых продуктов выполнялись услуги для ООО «Хохланд Руссланд» и ГК «ЭФКО». С

ОАО «ЭФКО» заключены лицензионные договоры на использование полученных в ходе диссертационного исследования РИД (см. Приложение В). Разработан лабораторный технологический регламент определения видового состава прокариотических и эукариотических микроорганизмов - биологических загрязнителей компонентов, входящих в состав продуктов питания (см. Приложение Г). Также результаты диссертационного исследования внедрены в учебный процесс (см. Приложение Б).

Методология и методы диссертационного исследования. Для решения поставленной цели и задач использовали комбинацию классических и специальных методов исследования. В работе использовали базовые молекулярно-генетические методы, такие как ПЦР, ПЦР-ПДРФ и ПЦР в реальном времени; методы, основанные на секвенировании, высокопроизводительном секвенировании, а также микробиологические, биохимические и физиологические методы со статистической обработкой данных.

Положения, выносимые на защиту:

1. Технология оценки качества пробиотиков и заквасок на основе высокопроизводительного секвенирования.

2. Методы идентификации дрожжей Zygosaccharomyces rouxii и Pichia kudriavzevii, вызывающих порчу масложировых продуктов и продуктов с высоким содержанием сахаров на основе TaqMan ПЦР.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Сыромятников Михаил Юрьевич, 2023 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Акатов, А.К. Стафилококки / А.К. Акатов, В.С. Зуева. - М.: Медицина, 1983. - 242 с.

2. Воронова, Н.В. Биологическое разнообразие и ДНК-штрихкодирование / Н.В. Воронова, С. Левыкина // Наука и инновации. - 2019. -№8. - С. 13-18.

3. Генетическая изменчивость по локусу СО1 мтДНК различных по окраске раковинных фенотипов черноморских мидий Mytilus galloprovincialis lam. (Mollusca: Bivalvia: Mytilidae) / Ю.В. Слынько, А.Д. Куликова, Е. Слынько [и др.] // Генетика. - 2018. - Т. 54, №8. - С. 931-937.

4. Джей, Д.М. Современная пищевая микробиология / Д.М. Джей, М.Дж. Лесснер, Д.А.Гольден. - БИНОМ: Лаборатория знаний, 2014. - 886 с.

5. Жоров, Д.Г. Инвазивные виды гемиптероидных насекомых (Insecta: Hemipteroidea) Беларуси (таксономический состав, экологические группы, географическое распространение, биологические основы вредоносности): автореф. дис. ... кан. биол. наук. - Минск, БГУ: 2017. - 193 с.

6. Идентификация бактерий Bacillus cereus на основе их фенотипической характеристики / Д.А. Васильев, А.И. Калдыркаев, Н.А. Феоктистова [и др.]. -Ульяновск: НИИЦМиБ УлГСХА им. П.А. Столыпина, 2013. - 98 с.

7. Использование возможностей молекулярно-генетического экспертного исследования объектов животного происхождения в борьбе с их незаконным оборотом / С.В. Арамилев, В.В. Гулевская, Г.Г. Омельянюк [и др.] // Теория и практика судебной экспертизы. - 2011. - Т. 16, №3. - С. 62-72.

8. Коротяев, А.И. Медицинская микробиология, иммунология и вирусология / А.И. Коротяев, С.А. Бабичев. - М.: СпецЛит, 2008. - 767 с.

9. Молекулярно-генетические механизмы формирования окраски плодов и семян растений / В. Ф. Аджиева, О.Г. Бабак, О.Ю. Шоева [и др.] // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2015. - Т. 19, №5. - С. 561-573.

10. Молекулярные маркеры для видоидентификации и филогенетики растений / Т.В. Матвеева, О.А. Павлова, Д.И. Богомаз [и др.] // Экологическая генетика. - 2011. - Т. 9, №1. - С. 32-43.

11. Поздеев, О.К. Медицинская микробиология / О.К. Поздеев. - М.: Гэотар-Медиа, 2001. - 778 с.

12. Рябкова, Е.Л. Оптимизация антибиотикотерапии нозокомиальных инфекций, вызванных Klebsiella pneumonia, в стационарах России / Е.Л. Рябкова. -Смоленск, 2006. - 23 с.

13. Шеховцов, С.В. ДНК-штрихкодирование: методы и подходы / С.В. Шеховцов, И.Н. Шеховцова, С.Е. Пельтек // Успехи современной биологии. - 2019.

- Т. 139, №3. - С. 211-220.

14. 1,8-Naphthalic anhydride antidote enhances the toxic effects of captan and thiram fungicides on Azospirillum brasilense cells / E. Gallori, E. Casalone, C.M. Colella [et al.] // Research in Microbiology. - 1991. - Vol. 142. - P. 1005-1012.

15. 1000 Genome project data processing subgroup. The sequence alignment/map format and SAMtools / H. Li, B. Handsaker, A. Wusoker [et al.] // Bioinformatics. - 2009. - Vol. 25, №16. - P. 2078-2079.

16. A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria / S. Chakravorty, D. Helb, M. Burday [et al.] // Journal of Microbiological Methods. - 2007. - Vol. 69. - P. 330-339.

17. A multiplex PCR for detection of Listeria monocytogenes and its lineages / D.B. Rawool, S.P. Doijad, K.V. Poharkar [et al.] // Journal of Microbiological Methods.

- 2016. - Vol. 130. - P. 144-147.

18. A new validated real-time PCR-based method for the specific and fast detection of Cronobacter spp. in infant formula / M. Soler, O. Ruiz-Rueda, M. Lopez-Siles [et al.] // Food Analytical Methods. - 2012. - Vol. 5, № 2. - P. 179-187.

19. A next generation semiconductor based sequencing approach for the identification of meat species in DNA mixtures / F. Bertolini, M.C. Ghionda, E. DAlessandro [et al.] // PLoS One. - 2015. - Vol. 10, № 4. - P. e0121701.

20. A novel multiplex PCR for the simultaneous detection of Salmonella enterica and Shigella species / M. Radhika, M. Saugata, H.S. Murali [et al.] // Brazilian Journal of Microbiology. - 2014. - Vol. 45. - P. 667-676.

21. A prospective longitudinal study on the microbiota composition in amyotrophic lateral sclerosis / D. Di Gioia, N. Bozzi Cionci, L. Baffoni [et al.] // BMC Med. - 2020 - Vol. 18, №1. - P. 153.

22. A randomized, double-blind, placebo-controlled pilot study of a probiotic in emotional symptoms of chronic fatigue syndrome / A.V. Rao, A.C. Bested, T.M. Beaulne [et al.] // Gut Pathogens. - 2009. - Vol. 1. - P. 6.

23. A review of current PCR-based methodologies for the authentication of meats from game animal species / V. Fajardo, I. Gonzalez Alonso, M. Rojas Dieguez [et al.] // Trends in Food Science and Technology. - 2010. - Vol. 21. - P. 408-421.

24. A Review of temperature, pH, and other factors that influence the survival of Salmonellain mayonnaise and other raw egg products / T.P. Keerthirathne, K. Ross, H. Fallowfield [et al.] // Pathogens. - 2016. - Vol. 5, №4. - P. 63.

25. A Review on the applications of next generation sequencing technologies as applied to food-related microbiome studies / Y. Cao, S. Fanning, S. Proos [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2017. - Vol. 8. - P. 1829.

26. A single enzyme PCR RFLP protocol targeting 16S rRNA/tRNAval region to authenticate four commercially important shrimp species in India / L. Wilwet, G. Jeyasekaran, R.J. Shakila [et al.] // Food Chemistry. - 2018. - Vol. 239. - P. 369-376.

27. A tiered barcode authentication tool to differentiate medicinal Cassia species in India / N. Purushothaman, S.G. Newmaster, S. Ragupathy [et al.] // Genetics and Molecular Research. - 2014. - Vol. 13. - P. 2959-2968.

28. A universal DNA mini-barcode for biodiversity analysis / I. Meusnier, G.A. Singer, J.F. Landry [et al.] // BMC Genomics. - 2008. - Vol. 9. - P. 4-7.

29. Abamectin affects the bioenergetics of liver mitochondria: A potential mechanism of hepatotoxicity / C.J.C. Zanoli, M.A. Maioli, H.C. Medeiros [et al.] // Toxicology in Vitro. - 2012. - Vol. 26. - P. 51-56.

30. Abdel, S.M. Microbial starter cultures / S.M. Abdel // LAP LAMBERT Academic Publishing. - 2017. - 180 p.

31. Abedon, S.T. Active bacteriophage biocontrol and therapy on submillimeter scales towards removal of unwanted bacteria from foods and microbiomes / S.T. Abedon // AIMS Microbiology. - 2017. - Vol. 3, № 3. - P. 649-688.

32. Ability of Bacillus cereus group strains to cause food poisoning varies according to phylogenetic affiliation (groups I to VII) rather than species affiliation / M.H. Guinebretiere, P. Velge, O. Couvert [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. -2010. - Vol. 48, №9. - P. 3388-3391.

33. Abstract 5438: Multiplexed ICE COLD-PCR coupled to NGS and ddPCR enables enhanced detection of low-level DNA mutations in tissues and liquid biopsies / S. Statt, G. Wu [et al.] // Cancer Research. - 2015. - Vol. 75, № 15. - P. 5438-5438.

34. Accurate taxonomy assignments from 16S rRNA sequences produced by highly parallel pyrosequencers / Z. Liu, T.Z. DeSantis, G.L. Andersen [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2008. - Vol. 36. - P. 1-11.

35. Advances in chemical and biological methods to identify microorganisms -from past to present / R. Franco-Duarte, L. Cernakova, S. Kadam [et al.] // Microorganisms. - 2019. - Vol. 7, № 5. - P. 130.

36. Afsharmanesh, H. Biocontrol of Rhizoctonia solani, the causal agent of bean damping-off by fluorescent pseudomonads / H. Afsharmanesh, M. Ahmadzadeh, A. Sharifi-Tehrani // Communications in Agricultural and Applied Biological Sciences. -2006. - Vol. 71. - P. 1021-1029.

37. Agata, N. A novel dodecadepsipeptide, cereulide, is an emetic toxin of Bacillus cereus / N. Agata, M. Ohta, M. Mori // FEMS Microbiology Letters. - 1995. -Vol. 129, №1. - P. 17-19.

38. Alemu, K. Real-time PCR and its application in plant disease diagnostics / K. Alemu // Advances in Life Science and Technology. - 2014. - Vol. 27. - P. 39-49.

39. Almond allergens: Molecular characterization, detection, and clinical relevance / J. Costa, I. Mafra, I. Carrapatoso [et al.] // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2012. - Vol. 60. - P. 1337-1349.

40. Alternative mitochondrial electron transfer as a novel strategy for neuroprotection / Y. Wen, W. Li, E.C. Poteet [et al.] // Journal of Biological Chemistry. -2011. - Vol. 286. - P. 16504-16515.

41. Amplified-fragment length polymorphism analysis: the state of an art / P.H.M. Savelkoul, H.J. Aarts, J. de Haas [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. -1999. - Vol. 37. - P. 3083-3091.

42. An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina MiSeq platform / D.W. Fadrosh, B. Ma, P. Gajer [et al.] // Microbiome. - 2014. - Vol. 2, №1. - P. 6.

43. An outbreak of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa associated with increased risk of patient death in an intensive care unit / G. Bukholm, T. Tannaes, A.B. Kjelsberg [et al.] // Infection Control & Hospital Epidemiology. - 2002. - Vol. 23. - p. 441-446.

44. Analysis of 16S rRNA primer systems for profiling of thermophilic microbial communities / A.Y. Merkel, I. Tarnovetskii, O. Podosokorskaya [et al.] // Microbiology. - 2019. - Vol. 88. - P. 671-680.

45. Analysis of DNA damage and repair in nuclear and mitochondrial DNA of animal cells using quantitative PCR / A.M. Furda, A.S. Bess, J.N. Meyer [et al.] // Methods in Molecular Biology. - 2012. - Vol. 920. - P. 111-132.

46. Analysis of gluten-hydrolyzing proteinase polymorphism in wheat grains damaged by Sunn Pest Eurygaster integriceps Put. and related bugs / A.V. Konarev, A. Konarev, L.I. Nefedova [et al.] // Russian Agricultural Sciences. - 2013. - Vol. 39. - P. 390-395.

47. Analysis of the microbiome: Advantages of whole genome shotgun versus 16S amplicon sequencing / R. Ranjan, A. Rani, A. Metwally [et al.] // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 2016. - Vol. 469, № 4. - P. 967-977.

48. Analyzing the relation between the microbial diversity of DaQu and the turbidity spoilage of traditional Chinese vinegar / P. Li, S. Li, L. Cheng [et al.] // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2014. - Vol. 98, №13. - P. 6073-6084.

49. Anderson, J.M. A rapid and direct plate method for enumerating Escherichia coli biotype 1 in food / J.M. Anderson, A.C. Baird-Parker // Journal of Applied Microbiology. - 1975. - Vol. 39. - P. 111-117.

50. Angeletti, S. Matrix assisted laser desorption time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) in clinical microbiology / S. Angeletti, M. Chroma, M. Kolar // Journal of Microbiological Methods. - 2017. - Vol. 138. - P. 20-29.

51. Antiallergic activity of probiotics from Mongolian dairy products on type I allergy in mice and mode of antiallergic action / S. Takeda, M. Hidaka, H. Yoshida [et al.] // Journal of Functional Foods. - 2014. - Vol. 9. - P. 60-69.

52. Antifungal Activity of Isolated Bacillus amyloliquefaciens SYBC H47 for the Biocontrol of Peach Gummosis / X. Li, Y. Zhang, Z. Wei [et al.] // PLoS One. -2016. - Vol. 11, №9. - P. e0162125.

53. Antioxidant responses of Triticum aestivum plants to petroleum-derived substances / M. Rusin, J. Gospodarek, G. Barczyk [et al.] // Ecotoxicology. - 2018. -Vol. 27, № 10. - P. 1353-1367.

54. Application of bacteriocins in food preservation and infectious disease treatment for humans and livestock: a review / Z.J. Ng, M.A. Zarin, C.K. Lee [et al.] // RSC Advances. - 2020. - Vol. 10, №64. - P. 38937-38964.

55. Application of subproteomics in the characterization of Gram-positive bacteria / X.Y. Yang, J. Lu, X. Sun [et al.] // Journal of Proteomics. - 2012. - Vol. 75, № 10. - P. 2803-2810.

56. Aronesty, E. Comparison of sequencing utility programs / E. Aronesty // The Open Bioinformatics Journal. - 2013. - Vol. 7, №1. - P. 1-8.

57. Arruda, V.A.S. Sampaio Microbiological quality and physicochemical characterization of Brazilian bee pollen / V.A.S. Arruda, A.V. dos Santos, D.F. Sampaio // Journal of Apicultural Research. - 2017. - Vol. 56. - P. 231-238.

58. Arthurs, S. Microbial biopesticides for invertebrate pests and their markets in the United States / S. Arthurs, S.K. Dara // Journal of Invertebrate Pathology. - 2019. -Vol. 165. - P. 13-21.

59. Arunkumar, K.P. Unusually long palindromes are abundant in mitochondrial control regions of insects and nematodes / K.P. Arunkumar, J. Nagaraju // PLoS One. - 2006. - Vol. 1. - P. e110.

60. Aukema, B. Catalogue of the Heteroptera of the palaearctic region, 5 (Pentatomomorpha II) / B. Aukema, C. Rieger. - Amsterdam: The Netherlands Entomological Society, 2006. - 550 p.

61. Autoinducer-2 may be a new biomarker for monitoring neonatal necrotizing enterocolitis / C.Y. Fu, L.Q. Li, T. Yang [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2020. - Vol. 10. - P. 140.

62. Bacterial consortia at different wine fermentation phases of two typical Central European grape varieties: Blaufränkisch (Frankovka modra) and Grüner Veltliner (Veltlinske zelene) / Z. Godalova, L. Krakova, A. Puskarova [et al.] // International Journal of Food Microbiology. - 2016. - Vol. 217. - P. 110-116.

63. Bacterial flora-typing with targeted, chip-based pyrosequencing / A. Sundquist, S. Bigdeli, R. Jalili [et al.] // BMC Microbiology. - 2007. - Vol.7. - P. 108.

64. Bacterial spoilers of food: Behavior, fitness and functional properties / B. Remenant, E. Jaffres, X. Dousset [et al.] // Food Microbiology. - 2015. - Vol. 45. - P. 45-53.

65. Baird-Parker, A.C. Soft drinks, fruit juices, concentrates, and fruit preserves / A.C. Baird-Parker, W.J. Kooiman // Microbial Ecology Of Foods. - 1980. -Vol. 1. - P. 643-668.

66. Bano, N. Characterization of a new Pseudomonas aeruginosa strain NJ-15 as a potential biocontrol agent / N. Bano, J. Musarrat // Current Microbiology. - 2003. -Vol. 46, № 5. - P. 324-328.

67. Barcoding bushmeat: molecular identification of Central African and South American harvested vertebrates / M.J. Eaton, G.L. Meyers, S-O. Kolokotronis [et al.] // Conservation Genetics. - 2009. - Vol. 11. - P. 1389-1404.

68. Barrett, H.L. Probiotics: a potential role in the prevention of gestational diabetes? / H.L. Barrett, L.K. Callaway, M.D. Nitert // Acta Diabetologica. - 2012. -Vol. 49. - P. 1-13.

69. Basic local alignment search tool / S.F. Altschul, W. Gish, W. Miller [et al.] // Journal of Molecular Biology. - 1990. - Vol. 215, № 3. - P. 403-410.

70. Behavior of Listeria monocytogenes in Wiener exudates in the presence of Pediococcus acidilactici or PediocinAcH during storage at 4 or 25°C / A.E. Yousef, J.B. Luchansky, A.J. Degnan [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 1991. -Vol. 57. - P. 1461-1467.

71. Benecke, M. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) typing of necrophageous insects (diptera, coleoptera) in criminal forensic studies: validation and use in practice / M. Benecke // Forensic Science International. - 1998. - Vol. 98, №3. -P. 157-168.

72. Benefaction of probiotics for human health: A review / R.G. Kerry, J.K. Patra, S. Gouda [et al.] // Journal of Food and Drug Analysis. - 2018. - Vol. 26, № 3. -P. 927-939.

73. Benefits of magnesium sulfate in the management of acute human poisoning by organophosphorus insecticides / A. Pajoumand, S. Shadnia, A. Rezaie [et al.] // Human & Experimental Toxicology. - 2004. - Vol. 23. - P. 565-569.

74. Benthic monitoring of oil and gas offshore platforms in the North Sea using environmental DNA metabarcoding / F. Mauffrey, T. Cordier, L. Apotheloz-Perret-Gentil [et al.] // Molecular Ecology. - 2020. - Vol. 30, № 13. - P. 3007-30022.

75. Berni, E. Molds. Handbook of Fermented Meat and Poultry / E. Berni. -Chichester: John Wiley & Sons, Ltd., 2015. - P. 147-154.

76. Bertoni, M. Monitoring Patient Respiratory Effort During Mechanical Ventilation: Lung and Diaphragm-Protective Ventilation / M. Bertoni, S. Spadaro, E.C. Goligher // Critical Care. - 2020. - Vol. 24, №1. - P. 106.

77. Beuchat, L.R. Ecological factors influencing survival and growth of human pathogens on raw fruits and vegetables / L.R Beuchat // Microbes and Infection. - 2002.

- Vol. 4, № 4. - P. 413-423.

78. Bezie, A. The Role of Starter Culture and Enzymes. Rennet for Fermented Dairy Products Manufacture / A. Bezie, H. Regasa // Nutrition and Food Science. - 2019.

- Vol. 9, № 2. - P. 555756.

79. Bharti, R. Current challenges and best-practice protocols for microbiome analysis / R. Bharti, D.G. Grimm // Briefings in Bioinformatics. - 2021. - Vol. 22, № 1.

- P. 178-193.

80. Bintsis, T. Foodborne pathogens / T. Bintsis // AIMS Microbiology. -2017. - Vol. 3, № 3. - P. 529-563.

81. Biocontrol and action mechanism of Bacillus amyloliquefaciens and Bacillus subtilis in soybean phytophthora blight / D. Liu, K. Li, J. Hu [et al.] // International Journal of Molecular Sciences. - 2019. - Vol. 20, №12. - P. E2908.

82. Biocontrol mechanisms of Trichoderma strains / T. Benítez, A.M. Rincón, M.C. Limón [et al.] // International Microbiology. - 2004. - Vol. 7, №4. - P. 249-260.

83. Biological control agents: from field to market, problems, and challenges / S.L.S. Velivelli, P. De Vos, P. Kromann [et al.] // Trends in Biotechnology. - 2014. -Vol. 32, № 10. - P. 493-496.

84. Biological identifications through DNA barcodes / P.D.N. Hebert, A. Cywinska, S.L. Ball [et al.] // Proceedings of the Royal Society of London, Series B. -2003. - Vol. 270. - P. 313-321.

85. Biomonitoring of toxic effects of pesticides in occupationally exposed individuals / M. Arshad, M. Siddiqa, S. Rashid [et al.] // Safety and Health at Work. -2016. - Vol 7. - P. 156-160.

86. Blaha, T. Public health and pork: pre-harvest food safety and slaughter perspectives / T. Blaha // Revue Scientifique Et Technique. - 1997. - Vol. 16. - P. 489495.

87. Bocchi, S. Azolla-Anabaena as a biofertilizer for rice paddy fields in the Po Valley, a temperate rice area in northern Italy / S. Bocchi, A. Malgioglio // International Journal of Agronomy. - 2010. - Vol. 2010. - P. 152-158.

88. Bokulich, N.A. Next-generation approaches to the microbial ecology of food fermentations / N.A. Bokulich, D.A. Mills // BMB Reports. - 2012. - Vol. 45, № 7.

- P. 377-389.

89. Bolognesi, C. Genotoxicity of pesticides: a review of human biomonitoring studies / C. Bolognesi // Mutation Research. - 2003. - Vol. 543. - P. 251-272.

90. Bosshard, P.P. Turicibacter sanguinis gen. nov., sp. nov., a novel anaerobic, Gram-positive bacterium / P.P. Bosshard, R. Zbinden, M. Altwegg // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2002. - Vol. 52. -P. 1263-1266.

91. Bottero, M.T. Animal species identification in food products: Evolution of biomolecular methods / M.T. Bottero, A. Dalmasso // Veterinary Journal. - 2011. - Vol. 190. - P. 34-38.

92. Breitwieser, F.P. A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly / F.P. Breitwieser, J. Lu, S.L. Salzberg // Briefings in Bioinformatics. - 2017. - Vol. 20, № 4. - P. 1125-1136.

93. Brower, A.V.Z. Problems with DNA barcodes for species delimitation: "ten species" of Astraptes fulgerator reassessed (Lepidoptera: Hesperiidae) / A.V.Z. Brower // Systematics and Biodiversity. - 2006. - Vol. 4. - P. 127-132.

94. Buckley, N.A. Oximes for acute organophosphate pesticide poisoning / N.A. Buckley, M. Eddleston, L. Szinicz // Cochrane Database of Systematic Reviews. -2005. - Vol. 1. - P. CD005085.

95. Buermans, H.P.J. Next generation sequencing technology: Advances and applications / H.P.J. Buermans, J.T. Den Dunnen // Biochimica et Biophysica Acta -Molecular Basis of Disease. - 2014. - Vol. 1842. - P. 1932-1941.

96. Cadenas, S. Mitochondrial uncoupling, ROS generation and cardioprotection. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) / S. Cadenas // Bioenergetics. -2018. - Vol. 1856, №9. - P. 940-950.

97. Carter, J. Virology: principles and applications / J. Carter, V. Saunders // Hoboken, New Jersey: Wiley. - 2007. - Vol. 270.

98. Casey, G.D. Potential of using real-time PCR-based detection of spoilage yeast in fruit juice - A preliminary study / G.D. Casey, A.D. Dobson // International Journal of Food Microbiology. - 2004. - Vol. 91. - P. 327-335.

99. Caveolae/lipid rafts in fibroblast-like synoviocytes: ectopeptidase-rich membrane microdomains / D. Riemann, G.H. Hansen, L. Niels-Christiansen [et al.] // Biochemical Journal. - 2001. - Vol. 354, №1. - P. 47-55.

100. Cawthorna, D. DNA barcoding reveals a high incidence of fish species misrepresentation and substitution on the South African market / D. Cawthorna, H.A. Steinmanb, R.C. Witthuhn // Food Research International. - 2012. - Vol. 46, №1. - P. 30-40.

101. Cellular Injuries in Cronobacter sakazakii CIP 103183T and Salmonella enterica Exposed to Drying and Subsequent Heat Treatment in Milk Powder / E. Lang, S. Guyot, C. Peltier [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2018. - Vol. 13, №9. - P. 475.

102. Cenciarini-Borde, C. Nucleic acids as viability markers for bacteria detection using molecular tools / C. Cenciarini-Borde, S. Courtois, B. La Scola // Future Microbiology. - 2009. - Vol. 4. - P. 45-64.

103. Changes in spinach phylloepiphytic bacteria communities following minimal processing and refrigerated storage described using pyrosequencing of 16S rRNA amplicons / G. Lopez-Velasco, G.E. Welbaum, R.R. Boyer [et al.] // Journal of Applied Microbiology. - 2011. - Vol. 110. - P. 1203-1214.

104. Characterization of a pro lyl endoprotease from Eurygaster integriceps Puton (Sunn pest) infested wheat / C. Darkoh, M. El-Bouhssini, M. Baum [et al.] // Archives of Insect Biochemistry and Physiology. - 2010. - Vol. 74. - P. 163-178.

105. Chattopadhyay, P. Recent trends of modern bacterial insecticides for pest control practice in integrated crop management system / P. Chattopadhyay, G. Banerjee, S. Mukherjee // 3 Biotech. - 2017. - Vol. 7, №1. - P. 60.

106. Chen, K. Bioinformatics for Whole-Genome Shotgun Sequencing of Microbial Communities / K. Chen, L. Pachter // PLOS Computational Biology. - 2005. -Vol. 1. - P. e24.

107. Chlorfenapyr: a new insecticide with novel mode of action can control pyrethroid resistant malaria vectors / K. Raghavendra, T.K. Barik, P. Sharma [et al.] // Malaria Journal. - 2011. - Vol. 10. - P. 16.

108. Chroma, M. Genetic methods for detection of antibiotic resistance: focus on extended-spectrum p-lactamases / M. Chroma, M. Kolar // Biomedical papers of the Medical Faculty of the University Palacky, Olomouc, Czechoslovakia. - 2010. - Vol. 154. - P. 289-296.

109. Clinical and metabolic response to probiotic supplementation in patients with multiple sclerosis: a randomized, double-blind, placebo-controlled trial / E. Kouchaki, O.R. Tamtaji, M. Salami [et al.] // Clinical Nutrition. - 2017. - Vol. 36. - P. 1245-1249.

110. Clinical next generation sequencing outperforms standard microbiological culture for characterizing polymicrobial samples / L.A. Cummings, K. Kurosawa, D.R. Hoogestraat [et al.] // Clinical Chemistry. - 2016. - Vol. 62. - P. 1465-1473.

111. Coexistence of lactic acid bacteria and potential spoilage microbiota in a dairy processing environment / G. Stellato, F. De Filippis, A. La Storia [et al.] // Applied and Environmental Microbiology Journal Homepage. - 2015. - Vol.81. - P. 7893-7904.

112. COI barcoding as a molecular assay for the identification of phytoseiid mites / J-B. Li, Y-X. Li, J-T. Sun [et al.] // Systematic and Applied Acarology. - 2012. -Vol. 17. - P. 397-406.

113. Colidextribacter massiliensis' gen. nov., sp. nov., isolated from human right colon / D. Ricaboni, M. Mailhe, F. Cadoret [et al.] // New Microbes and New Infections. - 2016. - Vol. 17. - P. 27-29.

114. Colquhoun, D.J. Pseudomonas fluorescens, infectious pancreatic necrosis virus and environmental stress as potential factors in the development of vaccine related adhesions in Atlantic salmon, Salmosalar L. / D.J. Colquhoun, E. Skjerve, T.T. Poppe // Journal of Fish Diseases. - 1998. - Vol. 21, №5. - P. 355-364.

115. Combining ddPCR and environmental DNA to improve detection capabilities of a critically endangered freshwater invertebrate / Q. Mauvisseau, J. Davy-Bowker, M. Bulling [et al.] // Scientific Reports. - 2019. - Vol. 9. - P. 14064.

116. Combining ethidium monoazide treatment with real-time PCR selectively quantifies viable Batrachochytrium dendrobatidis cells / M. Blooi, A. Martel, F. Vercammen [et al.] // Fungal Biology. - 2013. - Vol. 117, № 2. - P. 156-162.

117. Comparative analysis of fecal microbiota composition diversity in Tibetan piglets suffering from diarrheagenic Escherichia coli (DEC) / Q. Ming, C. Zhipeng, S. Peng [et al.] // Microbial Pathogenesis. - 2021. - Vol. 158. - P. 105106.

118. Comparative analysis of pyrosequencing and a phylogenetic microarray for exploring microbial community structures in the human distal intestine / M. J. Claesson, O. O'Sullivan, Q. Wang [et al.] // PLoS ONE. - 2007. - Vol. 4. - P. 6669.

119. Comparison of microbial communities in marinated and unmarinated broiler meat by metagenomics / T.T. Nieminen, K. Koskinen, P. Laine [et al.] // International Journal of Food Microbiology. - 2012a. - Vol. 157. - P. 142-149.

120. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions / M. J. Claesson, Q. Wang, O. O'Sullivan [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2010. - Vol. 38. - P. e200.

121. Complete mitochondrial genome of Bombus terrestris (Hymenoptera: Apidae) / Q. Du, G. Bi, E. Zhao [et al.] // Mitochondrial DNA Part B: Resources. - 2016.

- Vol. 27. - P. 4455-4456.

122. Comprehensive insight into arbuscular mycorrhizal fungi, Trichoderma spp. and plant multilevel interactions with emphasis on biostimulation of horticultural crops / M. Szczalba, T. Kopta, M. G^stol [et al.] // Journal of Applied Microbiology. -2019. - Vol. 127, № 3. - P. 630-647.

123. Comprehensive polymorphism survey elucidates population structure of Saccharomyces cerevisiae / J. Schacherer, J.A. Shapiro, D.M. Ruderfer [et al.] // Nature.

- 2009. - Vol. 458, № 7236. - P. 342-345.

124. Construction of a "Bacteria-Metabolites" Co-Expression Network to Clarify the Anti-Ulcerative Colitis Effect of Flavonoids of Sophora flavescens Aiton by Regulating the "Host-Microbe" Interaction / J. Shao, Z. Li, Y. Gao [et al.] // Front Pharmacol. - 2021. - Vol. 12. - P. 710052.

125. Consumption of Fructooligosaccharides Does Not Favorably Affect Blood Glucose and Serum Lipid Concentrations in Patients with Type 2 Diabetes / N.M. de Roos, M.S. Alles, J.C. Bakx [et al.] // The American Journal of Clinical Nutrition. -1999. - Vol. 69. - P. 64-69.

126. Contribution of nitric oxide synthase from coagulase-negative staphylococci to the development of red myoglobin derivatives / G. Ras, X. Bailly, J.P.

Chacornac [et al.] // International Journal of Food Microbiology. - 2018. - Vol. 266. - P. 310-316.

127. Contribution of the nos-pdt operon to virulence phenotypes in methicillin-sensitive Staphylococcus aureus / A.M. Sapp, A.B. Mogen, E.A. Almand [et al.] // PLoS One. - 2014. - Vol. 9. - P. e108868.

128. Cox, M.J. Sequencing the human microbiome in health and disease / M.J. Cox, W.O.C.M. Cookson M.F. Moffatt // Human Molecular Genetics. - 2013. - Vol. 22, № R1. - P. R88-R94.

129. Critchley, B.R. Literature review of sunn pest Eurygaster integriceps Put. (Hemiptera: Scutelleridae) / B.R. Critchley // Crop Protection. - 1998. - Vol. 17. - P. 271-287.

130. Cronobacter sakazakii Infection from Expressed Breast Milk, Australia / R. Mc Mullan, V. Menon, A.G. Beukers [et al.] // Emerging Infectious Diseases Summaries.

- 2018. - Vol. 24, №2. - P. 393-394.

131. Cronobacter species (formerly known as Enterobacter sakazakii) in powdered infant formula: a review of our current understanding of the biology of this bacterium / Q.Q. Yan, O. Condell, K. Power [et al.] // Journal of Applied Microbiology.

- 2012. - Vol. 113, №1. - P. 1-15.

132. Cross-sectional study on prevalence and molecular characteristics of plasmid mediated ESBL/AmpCproducing Escherichia coli isolated from veal calves at slaughter / J. Hordijk, J.A. Wagenaar, A. Kant [et al.] // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - P. e65681.

133. Croxatto, A. Applications of MALDITOF mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology / A. Croxatto, G. Prod'hom, G. Greub // FEMS Microbiology Reviews. - 2012. - Vol. 36. - P. 380-407.

134. Dakal, T.C. Evaluation of fingerprinting techniques to assess genotype variation among Zygosaccharomyces strains / T.C. Dakal, L. Solieri, P. Giudici // Food Microbiology. - 2017. - Vol. 72. - P. 135-145.

135. Damalas, C.A. Current status and recent developments in biopesticide to use / C.A. Damalas, S.D. Koutroubas // Agriculture. - 2018. - Vol. 8, №1. - P. 13.

136. Daravath, R. Effect of liquid biofertilizers (Bradyrhizobium and PSB) on availability of nutrients and soil chemical properties of soybean (Glycine max L.) / R. Daravath, V.G. Takankharb // International Journal of Pure & Applied Bioscience. -2017. - Vol. 5, №5. - P. 88-96.

137. Das, K. Rhizobia: a potential biocontrol agent for soilborne fungal pathogens / K. Das, R. Prasanna, A.K. Saxena // Folia Microbiologica. - 2017. - Vol. 62, № 5. - P. 425-435.

138. De Filippis, F. Metagenomics insights into food fermentations / F. De Filippis, E. Parente, D. Ercolini // Microbial Biotechnology. - 2017. - Vol. 10. - P. 91102.

139. Deep sequencing of plant and animal DNA contained within traditional Chinese medicines reveals legality issues and health safety concerns / M.L. Coghlan, J. Haile, J. Houston [et al.] // PLOS Genetics. - 2012. - Vol. 8, № 4. - P. e1002657.

140. DegePrime, a program for degenerate primer design for broad-taxonomic-range PCR in microbial ecology studies / L.W. Hugerth, H.A. Wefer, S. Lundin [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2014. - Vol. 80, №16. - P. 5116-5123.

141. De-Melo, A.A. A diagnosis of the microbiological quality of dehydrated bee-pollen produced in Brazil / A.A. De-Melo, M.L. Estevinho, L.B. Almeida-Muradian // Letters in Applied Microbiology. - 2015. - Vol. 61. - P. 477-483.

142. Denisow, B. Biological and therapeutic properties of bee pollen: a review / B. Denisow, M. Denisow-Pietrzyk // Journal of the Science of Food and Agriculture. -2016. - Vol. 96, №13. - P. 4303-4309.

143. Denoising the Denoisers: An independent evaluation of microbiome sequence error-correction approaches / J.T. Nearing, G.M. Douglas, A.M. Comeau [et al.] // PeerJ. - 2018. - Vol.6. - P. e5364.

144. Destructive and non-destructive analytical techniques for authentication and composition analyses of foodstuffs / I. Martinez, M. Aursand, U. Erikson [et al.] // Trends in Food Science and Technology. - 2003. - Vol. 14. - P. 489-498.

145. Detection of Coxiella burnetii in market chicken eggs and mayonnaise / N. Tatsumi, A. Baumgartner, Y. Qiao [et al.] // Annals of the New York Academy of Sciences. - 2006. - Vol. 1078. - P. 502-505.

146. Detection of genetically modified soybean DNA in refined vegetable oils / I. Costa, I. Mafra, J.S. Amaral [et al.] // European Food Research and Technology. -2010. - Vol. 230. - P. 915-923.

147. Detection of infective Nosema ceranae (Microsporidia) spores in corbicular pollen of forager honeybees / M. Higes, R. Martín-Hernández, E. Garrido-Bailón [et al.] // Journal of Invertebrate Pathology. - 2008. - Vol. 97. - P. 76-78.

148. Detection of walnut residues in processed foods by polymerase chain reaction / T. Yano, Y. Sakai, K. Uchida [et al.] // Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. - 2007. - Vol. 71. - P. 1793-1796.

149. Development and application of an oligonucleotide microarray for the detection of food-borne bacterial pathogens / X.W. Wang, L. Zhang, L.Q. Jin [et al.] // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2007. - Vol. 76. - P. 225-233.

150. Development and application of loop-mediated isothermal amplification assays on rapid detection of various types of staphylococci strains / Z. Xu, L. Li, J. Chu [et al.] // Food Research International. - 2012. - Vol. 47. - P. 166-173.

151. Development of a loopmediated isothermal amplification assay for rapid, sensitive detection of Campylobacter jejuni in cattle farm samples / H.J. Dong, O. Sahin, L. Dai [et al.] // Journal of Food Protection. - 2014. - Vol. 77. - P. 1593-1598.

152. Development of a serotype-specific DNA microarray for identification of some Shigella and pathogenic Escherichia coli strains / Y. Li, D. Liu, B. Cao [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2006. - Vol. 44. - P. 4376-4383.

153. Development of effective detection method for Coxiella burnetii in mayonnaise by real-time PCR and investigation of C. burnetii contamination in commercial mayonnaise in Tokyo / K. Sadamasu, Y. Tabei, T. Shinkai [et al.] // Shokuhin Eiseigaku Zasshi. - 2006. - Vol. 7, №1. - P. 1-8.

154. Development of simple sequence repeat (SSR) markers for discrimination among isolates of Fusarium proliferatum / I. Moncrief, C. Garzon, S. Marek [et al.] // Journal of Microbiological Methods. - 2016. - Vol. 126. - P. 12-17.

155. Dielectrophoresis chips improve PCR detection of the food-spoiling yeast Zygosaccharomyces rouxii in apple juice / M. Del Carmen Jaramillo, M. Huttener, J.M. Alvarez [et al.] // Electrophoresis. - 2015. - Vol. 36. - P. 1471-1478.

156. Discrimination of multilocus sequence typing-based Campylobacter jejuni subgroups by MALDI-TOF mass spectrometry / A.E. Zautner, W.O. Masanta, A.M. Tareen [et al.] // BMC Microbiology. - 2013. - Vol. 13, № 1. - P. 247.

157. DNA barcodes reveal cryptic host-specificity within the presumed polyphagous members of a genus of parasitoid flies (Diptera: Tachinidae) / M.A. Smith, N.E. Woodley, D.H. Janzen [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2006. - Vol. 103. - P. 3657-3662.

158. DNA barcoding cannot reliably identify species of the blowfly genus Protocalliphora (Diptera: Calliphoridae) / T.L. Whitworth, R.D. Dawson, H. Magalon [et al.] // Proceedings: Biological Sciences. - 2007. - Vol. 274. - P. 1731-1739.

159. DNA barcoding to map the microbial communities: current advances and future directions / C. Chakraborty, C.G. Doss, B.C. Patra [et al.] // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2014. - Vol. 98, № 8. - P. 3425-3436.

160. DNA barcoding: A six-question tour to improve users' awareness about the method / M. Casiraghi, M. Labra, E. Ferri [et al.] // Briefings in Bioinformatics. - 2010. -Vol. 11. - P. 440-453.

161. DNA metabarcoding and the cytochrome c oxidase subunit I marker: Not a perfect match / B.E. Deagle, S.N. Jarman, E. Coissac [et al.] // Biology Letters. - 2014. -Vol. 10. - P. 20140562.

162. DNA metabarcoding of insects and allies: an evaluation of primers and pipelines / G.J. Brandon-Mong, H.M. Gan, K.W. Sing [et al.] // Bulletin of Entomological Research. - 2015. - Vol. 105, №6. - P. 717-727.

163. DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates / O. Folmer, M. Black, W. Hoeh [et al.] // Molecular Marine Biology and Biotechnology. - 1994. - Vol. 3. - P. 294-299.

164. Dobrohotov, S.A. Improving the methods of breeding and using predatory mites from Amblyseius genus for controlling thrips in greenhouses: extended abstract of cand. of agricultural sciences: 06.01.11 / Dobrohotov Sergey Andreevich. - St. Petersburg, 2008. - 240 p. (in Russian).

165. Dysbiosis of the gut microbiota in disease / S. Carding, K. Verbeke, D.T. Vipond [et al.] // Microbial Ecology in Health and Disease. - 2015. - Vol. 26. - P. 26191.

166. Early detection of Zygosaccharomyces rouxii—spawned spoilage in apple juice by electronic nose combined with chemometrics / H. Wang, H. Zhongqiu, F. Long [et al.] // International Journal of Food Microbiology. - 2016. - Vol. 217. - P. 68-78.

167. Early insights into the potential of the Oxford Nanopore MinION for the detection of antimicrobial resistance genes / K. Judge, S.R. Harris, S. Reuter [et al.] // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2015. - Vol. 70. - P. 2775-2778.

168. Eddleston, M. Management of acute organophosphorus pesticide poisoning / M. Eddleston // The Lancet. - 2008. - Vol. 371. - P. 597-607.

169. Eddleston, M. Pharmacological treatment of organophosphorus insecticide poisoning: the old and the (possible) new. / M. Eddleston, F.R. Chowdhury // British Journal of Clinical Pharmacology. - 2016. - Vol. 81. - P. 462-470.

170. Edgar, R.C. Error filtering, pair assembly and error correction for next-generation sequencing reads / R.C. Edgar, H. Flyvbjerg // Bioinformatics. - 2015. - Vol. 31, №21. - P. 3476-3482.

171. Edgar, R.C. UNOISE2: improved error-correction for Illumina 16S and ITS amplicon sequencing / R.C. Edgar // bioRxiv. - 2016. - P. 21.

172. Edwards, R.A. Opinion: Viral metagenomics / R.A. Edwards, F. Rohwer // Nature Reviews Microbiology. - 2005. - Vol. 3, № 6. - P. 504-510.

173. Effect of Co-Fermentation with lactic acid bacteria and K. marxianus on physicochemical and sensory properties of goat milk / Z. Huang, L. Huang, G. Xing [et al.] // Foods. - 2020. - Vol. 9, № 3. - P. 299.

174. Effect of ellagic acid on paraquat-induced kidney hazards in rats / I. Silfeler, H. Alp, B.A. Dorum [et al.] // Iranian Journal of Kidney Diseases. - 2017. - Vol. 11. - P. 23-28.

175. Effect of milk base and starter culture on acidification, texture, and probiotic cell counts in fermented milk processing / I. Sodini, A. Lucas, M.N. Oliveira [et al.] // Journal of Dairy Science. - 2002. - Vol. 85, № 10. - P. 2479-2488.

176. Effect of pollen traps on the relapse of chronic bee paralysis virus in honeybee (Apis mellifera) colonies / E. Dubois, C. Reis, F. Schurr [et al.] // Apidologie. -2018. - Vol. 49. - P. 235-242.

177. Effects of biofertilizer produced from Bradyrhizobium and Streptomyces griseoflavus on plant growth, nodulation, nitrogen fixation, nutrient uptake, and seed yield of mung bean, cowpea, and soybean / A.Z. Htwe, S.M. Moh, K.M. Soe [et al.] // Agronomy. - 2019. - Vol. 9, №2. - P. 77.

178. Effects of dairy products on heterocyclic aromatic amine-induced rat colon carcinogenesis / E. Tavan, C. Cayuela, J.M. Antoine [et al.] // Carcinogenesis. - 2002. -Vol. 23. - P. 477-483.

179. Effects of rotenone and pyridaben on complex I electron transfer and on mitochondrial nitric oxide synthase functional activity / A. Navarro, M.J. Bández, C. Gómez [et al.] // Journal of Bioenergetics and Biomembranes. - 2010. - Vol. 42, №5. -P. 405-412.

180. EFSA. The European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks in 2013 / European Centre for Disease Prevention and Control // EFSA Journal. - 2015. - Vol. 13, № 1. - P. 3991.

181. Elbrecht, V. Validation and development of COI metabarcoding primers for freshwater macroinvertebrate bioassessment / V. Elbrecht, F. Leese // Frontiers in Environmental Science. - 2017. - Vol. 5. - P. 11.

182. Elizaquivel, P. Quantitative detection of viable foodborne E. coli O157:H7, Listeria monocytogenes and Salmonella in fresh-cut vegetables combining propidium monoazide and real-time PCR / P. Elizaquivel, G. Sanchez, R. Aznar // Food Control. -2012. - Vol. 25, № 2. - P. 704-708.

183. Emerging rapid resistance testing methods for clinical microbiology laboratories and their potential impact on patient management / H. Frickmann, W.O. Masanta, A.E. Zautner [et al.] // BioMed Research International. - 2014. - Vol. 2014. -P. 375681.

184. Encyclopedia of Fermented Fresh Milk Products: An International Inventory of Fermented Milk, Cream, Buttermilk, Whey, and Related Products / J.A. Kurmann, J.L. Rasic, M. Kroger. - New York: Springer, 1992. - 368 p.

185. Enhanced hydrogen peroxide generation accompanies the beneficial bioenergetic effects of methylene blue in isolated brain mitochondria / L. Tretter, G. Horvath, A. Hölgyesi [et al.] // Free Radical Biology & Medicine. - 2014. - Vol. 77. - P. 317-330.

186. Enterotoxin gene profile and molecular characterization of Staphylococcus aureus isolates from bovine bulk milk and milk products of Tigray region, Northern Ethiopia / E.K. Tarekgne, T. Skjerdal, S. Skeie [et al.] // Journal of Food Protection. -2016. - Vol. 79, № 8. - P. 1387-1395.

187. Ercolini, D. High-throughput sequencing and metagenomics: moving forward in the culture-independent analysis of food microbial ecology / D. Ercolini // Applied and Environmental Microbiology. - 2013. - Vol. 79. - P. 3148-3155.

188. Espineira, M. The use of molecular biology-techniques in food traceability / M. Espineira, F.J. Santaclara // In Advances in food traceability techniques and technologies. Cambridge, UK: Woodhead Publishing. - 2016. - P. 91-118.

189. Evaluation of bacterial diversity in the gut of piglets supplemented with probiotics using ribosomal intergenic spacer analysis / N. Gagnon, G. Talbot, P. Ward [et al.] // Canadian Journal of Animal Science. - 2007. - Vol. 87. - P. 207-219.

190. Evaluation of different chemical preservatives to control Zygosaccharomyces rouxii growth in high sugar culture media / M.C. Rojo, F.N. Arroyo Lopez, M.C. Lerena [et al.] // Food Control. - 2015. - Vol. 50. - P. 349-355.

191. Evaluation of microbial quality and yeast diversity in fresh-cut apple / A. Gra?a, D. Santo, E. Esteves [et al.] // Food Microbiology. - 2015. - Vol. 51. - P. 179185.

192. Evaluation of sample preparation methods for MALDI-TOF MS identification of highly dangerous bacteria / M. Drevinek, J. Dresler, J. Klimentova [et al.] // Letters in Applied Microbiology. - 2012. - Vol. 55, № 1. - P. 40-46.

193. Evaluation of the performance characteristics of an in-house one step TaqMan real time-polymerase chain reaction assay for detection and quantification of hepatitis C virus / F. Ranjbar Kermani, S.A. Kafi-Abad, K.M. Hosseini [et al.] // Jundishapur Journal of Microbiology. - 2017. - Vol. 10, № 3.

194. Evaluation of the toxicity of fungicides to flight muscle mitochondria of bumblebee (Bombus terrestris L.) / M.Y. Syromyatnikov, A.V. Kokina, A.V. Lopatin [et al.] // Pesticide Biochemistry and Physiology. - 2017. - Vol. 135. - P. 41-46.

195. Evidence for nitric oxide synthase activity in Staphylococcus xylosus mediating / G. Ras, V. Zuliani, P. Derkx [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2017. -Vol. 8. - P. 598.

196. Experimental study of sucralfate intervention for paraquat poisoning in rats / Z. Junbo, Y. Yongtao, L. Hongbo [et al.] // Environmental Toxicology and Pharmacology. - 2017. - Vol. 53. - P. 57-63.

197. Exploiting biological nitrogen fixation: a route towards a sustainable agriculture / A. Soumare, A.G. Diedhiou, M. Thuita [et al.] // Plants (Basel). - 2020. -Vol. 9, № 8. - P. 1011.

198. Exploring the sources of bacterial spoilers in beefsteaks by cultureindependent high-throughput sequencing / F. De Filippis, A. La Storia, F. Villani [et al.] // PLoS ONE. - 2013. - Vol. 8. - P. e70222.

199. Expression of immune regulatory genes correlate with the abundance of specific Clostridiales and Verrucomicrobia species in the equine ileum and cecum / F.

Lindenberg, L. Krych, J. Fielden [et al.] // Scientific Reports - 2019. - Vol. 9, №1. - P. 12674.

200. Extensive proteomic profiling of the secretóme of European community acquired methicillin resistant Staphylococcus aureus clone / S. Enany, Y. Yoshida, S. Magdeldin [et al.] // Peptides. - 2012. - Vol. 37, № 1. - P. 128-137.

201. Fabian, F.W. Bacterial and chemical analyses of mayonnaise, salad dressing, and related products / F.W. Fabian, M.O. Wethington // Journal of Food Science. - 1950. - Vol. 15, №2. - P. 138-145.

202. FAO/WHO. Health and nutritional properties of probiotics in food including powder milk with live lactic acid bacteria / FAO/WHO. - Argentina: Córdoba, 2001. - 34 p.

203. Fast DNA serotyping and antimicrobial resistance gene determination of Salmonella enterica with an oligonucleotide microarraybased assay / S.D. Braun, A. Ziegler, U. Methner [et al.] // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - P. e46489.

204. Fay, J.C. Evidence for domesticated and wild populations of Saccharomyces cerevisiae / J.C. Fay, J.A. Benavides // PLoS Genetics. - 2005. - Vol. 1, № 1. - P. e5.

205. Fenchel, T. Bacterial biogeochemistry: The Ecophysiology of mineral cycling / T. Fenchel, G.M. King, T.H. Blackburn. - Academic Press, 2012. - 303 p.

206. Fish allergy risk derived from ambiguous vernacular fish names: Forensic DNAbased detection in Greek markets / A. Triantafyllidis, N. Karaiskou, J. Perez [et al.] // Food Research International. - 2010. - Vol. 43. - P. 2214-2216.

207. Fish product mislabelling: failings of traceability in the production chain and implications for illegal, unreported and unregulated (IUU) fishing / S.J. Helyar, H.A. Lloyd, M. de Bruyn [et al.] // PLoS One. - 2014. - Vol. 9. - P. e98691.

208. Fish: a potential source of bacterial pathogens for human beings / L. Novotny, L. Dvorska, A. Lorencova [et al.] // VetMed Resource. - 2004. - Vol. 49, №9. - P. 343-358.

209. Flavour profiles and survival of starter cultures of yoghurt produced from high-pressure homogenized milk / M. Serra, A-J. Trujillo, B. Guamis [et al.] // International Dairy Journal. - 2009. - Vol. 19. - P. 100-106.

210. Flkman, J. Angiogenesis / J. Flkman // Annual Review of Medicine. -2006. - Vol. 57. - P. 1-18.

211. Flores, J.M. The role of pollen in chalkbrood disease in Apis mellifera: transmission and predisposing conditions / J.M. Flores, I. Gutiérrez, R. Espejo // Mycologia. - 2005. - Vol. 97. - P. 1171-1176.

212. Flores, M. Effect of Debaryomyces spp. on aroma formation and sensory quality of dry-fermented sausages / M. Flores, M-A. Dura, A. Marco // Meat Science. -2004. - Vol. 68, № 3. - P. 439-446.

213. Fluorescence amplified fragment length polymorphism compared to pulsed field gel electrophoresis for Listeria monocytogenes subtyping / S. Roussel, B. Félix, K. Grant [et al.] // BMC Microbiology. - 2013. - Vol. 13. - P. 14.

214. Fluorescence in situ hybridization (FISH) in the microbiological diagnostic routine laboratory / H. Frickmann, A.E. Zautner, A. Moter [et al.] // Critical Reviews in Microbiology. - 2017. - Vol. 43, № 3. - P. 263-293.

215. Fox, L.K. Contagious mastitis / L.K. Fox, J.M. Gay // Veterinary Clinics of North America. - 1993. - Vol. №9. - P. 475-487.

216. Fraqueza, M.J. Protective starter cultures and bacteriocins in fermented meats. In Fermented Meat Products Health Aspects, ed. N. Zdolec / M.J. Fraqueza, L. Patarata, A. Laukova. - New York: CRC Press, 2016. - P. 228-269.

217. Fukushima, H. Duplex real-time SYBR green PCR assays for detection of 17 species of food- or waterborne pathogens in stools / H. Fukushima, Y. Tsunomori, R. Seki // Journal of Clinical Microbiology. - 2003. - Vol. 41. - P. 5134-5146.

218. Functional metagenomic profiling of nine biomes / E.A. Dinsdale, R.A. Edwards, D. Hall [et al.] // Nature. - 2007. - Vol. 452. - P. 629-632.

219. Gadaga, T.H. The growth and interaction of yeasts and lactic acid bacteria isolated from Zimbabwean naturally fermented milk in UHT milk / T.H. Gadaga, A.N.

Mtukumira, J.A. Narvhus // International Journal of Food Microbiology. - 2001. - Vol. 68. - P. 21-32.

220. Gadhave, K.R. Developing soil microbial inoculants for pest management: can one have too much of a good thing? / K.R. Gadhave, J.E. Hourston, A.C. Gange // Journal of Chemical Ecology. - 2016. - Vol. 42, № 4. - P. 348-356.

221. Ganzle, M.G. Lactic metabolism revisited: metabolism of lactic acid bacteria in food fermentations and food spoilage / M.G. Ganzle // Current Opinion in Food Science. - 2015. - Vol. 2. - P. 106-117.

222. Gapon, D.A. Inflation of heteropteranaedeagi using microcapillaries (Heteroptera: Pentatomidae) / D.A. Gapon // Zoosystematica Rossica. - 2001. - Vol. 9, №1. - P. 157-160.

223. Gapon, D.A. Revision of the genus Polymerus (Heteroptera: Miridae) in the Eastern Hemisphere. Part 1: Subgenera Polymerus, Pachycentrum subgen. nov. and new genus Dichelocentrum gen. nov. / D.A. Gapon // Zootaxa. - 2014. - Vol. 3787, №1.

- P. 87.

224. Garneau, J.E. Bacteriophages of lactic acid bacteria and their impact on milk fermentations / J.E. Garneau, S. Moineau // Microbial Cell Factories. - 2011. - Vol. 10, №1. - P. S20.

225. Gellatly, S.L. Pseudomonas aeruginosa: new insights into pathogenesis and host defenses / S.L. Gellatly, R.E. Hancock // Pathogens and Disease. - 2013. - Vol. 67, №3. - P. 159-173.

226. Gemechu, T. Review on lactic acid bacteria function in milk fermentation and preservation / T. Gemechu // African Journal of Food Science. - 2007. - Vol. 9, №4.

- P. 170-175.

227. Gene amplification and microsatellite polymorphism underlie a recent insect host shift / C. Bass, C.T. Zimmer, J.M. Riveron [et al.] // PNAS. - 2013. - Vol. 110, №48. - P. 19460-19465.

228. Genetic variation in the predacious phytoseiid mite, Amblyseius swirskii (Acari: Phytoseiidae): Analysis of specific mitochondrial and nuclear sequences / H.A.I.

Ramadan, E-S.M. El-Banhawy, A.A.M. Hassan [et al.] // Arab Journal of Biotechnology. - 2004. - Vol. 7. - P. 189-196.

229. Genome-based design of a cell-free culture medium for Tropheryma whipplei / P. Renesto, N. Crapoulet, H. Ogata [et al.] // Lancet. - 2003. - Vol. 362. - P. 447-449.

230. Genomic and transcriptomic analysis of Saccharomyces cerevisiae isolates with focus in succinic acid production / R. Franco-Duarte, D. Bessa, F. Gonfalves [et al.] // FEMS Yeast Research. - 2017. - Vol. 17, № 6.

231. Genomics of the Bacillus cereus group of organisms / D.A. Rasko, M.R. Altherr, C.S. Han [et al.] // FEMS Microbiology Reviews. - 2005. - Vol. 29, №2. - P. 303-329.

232. Genotoxicity testing of five herbicides in the Drosophila wing spot test / B. Kaya, A. Creus, A. Yanikoglu [et al.] // Mutation Research. - 2000. - Vol. 465. - P. 7784.

233. Gensberger, E.T. Propidium monoazide-quantitative polymerase chain reaction for viable Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa detection from abundant background microflora / E.T. Gensberger, A. Sessitsch, T. Kostic // Analytical Biochemistry. - 2013. - Vol. 441, № 1. - P. 69-72.

234. Gerrit, S. Flavour formation by lactic acid bacteria and biochemical flavour profiling of cheese products / S. Gerrit, A.S. Bart, J.M.E. Wim // FEMS Microbiology Reviews. - 2005. - Vol. 29. - P. 591-610.

235. Gestational diabetes is associated with change in the gut microbiota composition in third trimester of pregnancy and postpartum / M.K.W. Crusell, T.H. Hansen, T. Nielsen [et al.] // Microbiome. - 2018. - Vol. 1, №6. - P. 89.

236. Gill, H.S. Dietary probiotic supplementation enhances natural killer cell activity in the elderly: an investigation of age-related immunological changes / H.S. Gill, K.J. Rutherfurd, M.L. Cross // Journal of Clinical Immunology. - 2001. - Vol. 21, № 4. -P. 264-271.

237. Gill, R.J. Raine Combined pesticide exposure severely affects individualand colony-level traits in bees / R.J. Gill, O. Ramos-Rodriguez, N.E. Raine // Nature. -2012. - Vol. 491. - P. 105-108.

238. Gilliam, M. Microbiology of pollen and bee bread: taxonomy and enzymology of molds / M. Gilliam, D.B. Prest, B.J. Lorenz // Apidologie. - 1989. - Vol. 20. - P. 53-68.

239. Gitter, M. Listeria monocytogenes infection in bovine mastitis / M. Gitter, R. Bradley, P.H. Blampied // Veterinary Record. - 1980. - Vol. 107, №17. - P. 390-393.

240. Glare, T.R. Development of biopesticides and future opportunities / T.R. Glare, R.L. Gwynn, M.E. Moran-Diez // Methods in Molecular Biology. - 2016. - Vol. 1477. - P. 211-221.

241. Global pollinator declines: trends, impacts and drivers / S.G. Potts, J.C. Biesmeijer, C. Kremen [et al] // Trends in Ecology & Evolution. - 2010. - Vol. 25. - P. 345-353.

242. Golden, D.A. Interactive effects of solutes, potassium sorbate and incubation temperature on growth, heat resistance and tolerance to freezing of Zygosaccharomyces rouxii / D.A. Golden, L.R. Beuchat // Journal of Applied Bacteriology. - 1992. - Vol. 73. - P. 524-530.

243. Golub, V.B. Order hemipteran or bugs - Hemitera (= Heteroptera). Keyes to the noxious and beneficial insects and mites of the vegetable crops and potatoes in USSR / V.B. Golub. - Leningrad: Kolos, 1982. - P. 57-66.

244. Gorbach, S.L. Successful treatment of relapsing Clostridium difficile colitis with Lactobacillus GG / S.L. Gorbach, T.W. Chang, B. Goldin // Lancet. - 1987. - Vol. 2, № 8574. - P. 1519.

245. Granum, P.E. Bacillus cereus and its toxins / P.E. Granum // Society for Applied Bacteriology symposium series. - 1994. - Vol. 23. - P. 61S-66S.

246. Greenberg, M. Methylene blue: fast-acting antidote for methemoglobinemia / M. Greenberg // Emergency Medicine News. - 2001. - Vol. 23. -P. 26.

247. Growth characteristics of Saccharomyces rouxii isolated from chocolate syrup / L. Restaino, S. Bills, K. Tscherneff [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 1983. - Vol. 45, №5. - P. 1614-1621.

248. Gul, A. Sunn pest control policies and effect of Sunn pest damage on wheat quality and price in Turkey / A. Gul, A. Cuma, D. Mithat // Quality and Quanity. - 2006. - Vol. 40. - P. 469-480.

249. Gustavsson, J. Global food losses and food waste: extent, causes and prevention / J. Gustavsson, C. Cederberg, U. Sonesson. - Rome: FAO, 2011. - 38 p.

250. Gut content identification of larvae of the Anopheles gambiae complex in western Kenya using a barcoding approach / C. Garros, N. Ngungi, A.E. Githeko [et al.] // Molecular Ecology Resources. - 2008. - Vol. 8. - P. 512-518.

251. Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults / N. Larsen, F.K. Vogensen, F.W. van den Berg [et al.] // PLoS One. -2010. - Vol. 5. - P. e9085.

252. Haas, D. Biological control of soil-borne pathogens by fluorescent pseudomonads / D. Haas, G. Defago // Nature Reviews Microbiology. - 2005. - Vol. 3, №4. - P. 307-319.

253. Hamad, S.H. Microbial spoilage of date rutab collected from the markets of Al-Hofuf city in the Kingdom of Saudi Arabia / S.H. Hamad // Journal of Food Protection. - 2008. - Vol. 71, №7. - P. 1406-1411.

254. Harris, D.J. DNA barcoding reveals extensive mislabeling in seafood sold in Portuguese supermarkets / D.J. Harris, D. Rosado, R. Xavier // Journal of Aquatic Food Product Technology. - 2016. - Vol. 25, №8. - P. 1375-1380.

255. Hassan, A.A. Identification of Streptococcus canis isolated from milk of dairy cows with subclinical mastitis / A.A. Hassan, O. Akineden, E. Usleber // Journal of clinical microbiology. - 2005. - Vol. 3, №43. - P. 1234-1238.

256. Health and safety considerations of fermented sausages / A. Holck, L. Axelsson, A. McLeod [et al.] // Journal of Food Quality. - 2017. - Vol. 2017, № 3.

257. Heat resistance of Cronobacter species (Enterobacter sakazakii) in milk and special feeding formula / T.M. Osaili, R.R. Shaker, M.S. Al-Haddaq [et al.] // Journal of Applied Microbiology. - 2009. - Vol. 107, №3. - P. 928-935.

258. Herculano-Houzel, S. Scaling of brain metabolism with a fixed energy budget per neuron: implications for neuronal activity, plasticity and evolution / S. Herculano-Houzel // PLoS One. - 2011. - Vol. 6, №3. - P. e17514.

259. High density microarray analysis reveals new insights into genetic footprints of Listeria monocytogenes strains involved in listeriosis outbreaks / P. Laksanalamai, S.A. Jackson, M.K. Mammel [et al.] // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - P. e32896.

260. High efficiency transformation of Penicillium nalgiovense with integrative and autonomously replicating plasmids / F. Fierro, F. Laich, R.O. García-Rico [et al.] // International Journal of Food Microbiology. - 2004. - Vol. 90. - P. 237-248.

261. High resolution melting analysis (HRM) as a new tool for the identification of species belonging to the Lactobacillus casei group and comparison with species-specific PCRs and multiplex PCR / L. Iacumin, F. Ginaldi, M. Manzano [et al.] // Food Microbiology. - 2015. - Vol. 46. - P. 357-367.

262. High resolution melting of trnL amplicons in fruit juices authentication / M. Faria, J. Omar, H. Jawad [et al.] // Food Control. - 2013. - Vol. 33. - P. 136-141.

263. High-throughput droplet digital PCR system for absolute quantitation of DNA copy number / B. J. Hindson, K.D. Ness, D.A. Masquelier [et al.] // Analytical Chemistry. - 2011. - Vol. 83, № 22. - P. 8604-8610.

264. High-throughput identification and diagnostics of pathogens and pests: Overview and practical recommendations / L. Tedersoo, R. Drenkhan, S. Anslan [et al.] // Molecular Ecology Resources. - 2019. - Vol. 19. - P. 47-76.

265. Hollingshaus, J.G. Inhibition of mitochondrial electron transport by hydramethylnon: A new amidinohydrazone insecticide / J.G. Hollingshaus // Pesticide Biochemistry and Physiology. - 1987. - Vol. 27. - P. 61-70.

266. Honey bee-collected pollen in agro-ecosystems reveals diet diversity, diet quality, and pesticide exposure / M.J. Colwell, G.R. Williams, R.C. Evans [et al.] // Ecology and Evolution. - 2017. - Vol. 7. - P. 7243-7253.

267. Horiuchi, H. Short communication: Effect of oxygen on symbiosis between Lactobacillus bulgaricus and Streptococcus thermophilus / H. Horiuchi, Y. Sasaki // Journal of Dairy Science. - 2012. - Vol. 95. - P. 2904-2909.

268. Host Gasdermin D restrains systemic endotoxemia by capturing Proteobacteria in the colon of high-fat diet-feeding mice / Y. Shi, Y. Zou, Y. Xiong [et al.] // Gut Microbes. - 2021. - Vol. 13, №1. - P. 1946369.

269. Hugenholtz, J. Traditional biotechnology for new foods and beverages / J. Hugenholtz // Current Opinion in Biotechnology. - 2013. - Vol. 24, № 2. - P. 155-159.

270. Hygienic food to reduce pathogen risk to bumblebees / P. Graystock, J.C. Jones, T. Pamminger [et al.] // Journal of Invertebrate Pathology. - 2016. - Vol. 136. - P. 68-73.

271. Hysek, J. Biological protection of the main cereals against fungal specific diseases / J. Hysek, M. Vach, M. Javurek // Communications in Agricultural and Applied Biological Sciences. - 2005. - Vol. 70, № 3. - P. 169-173.

272. Identification and characterisation of organisms associated with chocolate pralines and sugar syrups used for their production / C.L. Marvig, R.M. Kristiansen, M.G. Madsen [et al.] // International Journal of Food Microbiology. - 2014. - Vol. 185. -P. 167-176.

273. Identification of birds through DNA Barcodes / P.D.N. Hebert, M.Y. Stoeckle, T.S. Zemlak [et al.] // PLoS Biology. - 2004. - Vol. 2, № 10. - P. e312.

274. Identification of bovine-associated coagulasenegative staphylococci by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry using a direct transfer protocol / M. Cameron, H.W. Barkema, J. De Buck [et al.] // Journal of Dairy Science. - 2017. - Vol. 100. - P. 2137-2147.

275. Identification of Lactobacillus species isolated from traditional dairy products using RAPD-PCR / D. Abdollahniya, S.M. Hosseini, B.K. Baghbaderani [et al.] // Avicenna Journal of Clinical Microbiology and Infection. - 2018. - Vol. 5. - P. 7-13.

276. Identification of poisonous plants by DNA barcoding approach / I. Bruni, F. De Mattia, A. Galimberti [et al.] // International Journal of Legal Medicine. - 2010. -Vol. 124. - P. 595-603.

277. Identification of species origin of meat by RAPD-PCR technique / B.G. Mane, V.K. Tanwar, P.S. Girish [et al.] // Journal of Veterinary Public Health. - 2006. -Vol. 4. - P. 87-90.

278. Identification of the major yeasts isolated from high moisture corn and corn silages in the United States using genetic and biochemical methods / M.C. Santos, C. Goldt, R.D. Joerger [et al.] // Journal of Dairy Science. - 2017. - Vol. 100, №2. - P. 1151-1160.

279. Identification of yeasts by RFLP analysis of the 5.8S rRNA gene and the two ribosomal internal transcribed spacers / B. Esteve-Zarzoso, C. Belloch, F. Uruburu [et al.] // International Journal of Systematic. - 1999. - Vol. 49, № 1. - P. 329-337.

280. Identification of yeasts isolated from commercial shell eggs stored at refrigerated temperatures / M.T. Musgrove, D.R. Jones, A.Jr. Hinton [et al.] // Journal of Food Protection. - 2008. - Vol. 71, №6. - P. 1258-1261.

281. Identification using molecular tools: A primer for the natural products research community / H.A. Raja, A.N. Miller, C.J. Pearce [et al.] // Journal of Natural Products. - 2017. - Vol. 80, №3. - P. 756-770.

282. Identifying and characterizing bacteria in an era of genomics and proteomics / D. Emerson, R. Karlsson, L. Gonzales-Siles [et al.] // BioScience. - 2008. -Vol. 58, № 10. - P. 925-936.

283. Immunological mechanisms involved in probiotic-mediated protection against Citrobacter rodentium-induced colitis / Y. Jiang, G. Yang, F. Meng [et al.] // Beneficial Microbes. - 2016. - Vol. 7. - P. 397-407.

284. Immunomodulatory effects of probiotics on cytokine profiles / M.A.K. Azad, M. Sarker, D. Wan [et al.] // BioMed Research International. - 2018. - Vol. 2018. - P. 8063647.

285. Immunomodulatory effects of probiotics: Can they be used to treat allergies and autoimmune diseases? / N. Dargahi, J. Johnson, O. Donkor [et al.] // Maturitas. -2019. - Vol. 119. - P. 25-38.

286. Impact of next generation sequencing techniques in food microbiology / B. Mayo, C.T. Rachid, A. Alegría [et al.] // Current Genomics. - 2014. - Vol. 15, № 4. - P. 293-309.

287. Impact of nisin-activated packaging on microbiota of beef burgers during storage / I. Ferrocino, A. Greppi, A. La Storia [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2016. - Vol. 82. - P. 1-13.

288. Imtiaz, A. Progress and potential of DNA barcoding for species identification of fish species / A. Imtiaz, S.A. Mohd Nor, D.Md. Naim // Biodiversitas Journal of Biological Diversity. - 2017. - Vol. 18, №4. - P. 1394-1405.

289. Incidence of osmophilic yeasts and Zygosaccharomyces rouxii during the production of concentrate grape juices / M.C. Rojo, C. Torres Palazzolo, R. Cuello [et al.] // Food Microbiology. - 2017. - Vol. 64. - P. 7-14.

290. Influence of Lactobacillus plantarum WCFS1 on post-acidification, metabolite formation and survival of starter bacteria in set-yoghurt / S. Settachaimongkon, H.J. van Valenberg, I. Gazi [et al.] // Food Microbiology. - 2016. -Vol. 59. - P. 14-22.

291. Influence of penicillin on microbial diversity of the cecal microbiota in broiler chickens / P. Singh, A. Karimi, K. Devendra [et al.] // Poultry Science. - 2013. -Vol. 92. - P. 272-276.

292. Influence of the combination of probiotic cultures during fermentation and storage of fermented milk / S.N. Casarotti, D.A. Monteiro, M.M.S. Moretti [et al.] // Food Research International. - 2014. - Vol. 59. - P. 67-75.

293. Integrity of nuclear genomic deoxyribonucleic acid in cooked meat: Implications for food traceability / O. Aslan, R.M. Hamill, T. Sweeney [et al.] // Journal of Animal Science. - 2009. - Vol. 87. - P. 57-61.

294. Islam, S.U. Clinical uses of probiotics / S.U. Islam // Medicine (Baltimore). - 2016. - Vol. 95. - P. 1-5.

295. Isolation and evaluation of the antagonist activity of lactic acid bacteria in raw cow milk / C. Gutiérrez-Cortés, H. Suárez, G. Buitrago [et al.] // Agronomia Colombiana. - 2017. - Vol. 35, № 3. - P. 374-381.

296. Isolation and properties of flight muscle mitochondria of the bumblebee Bombus terrestris (L.) / M.Y. Syromyatnikov, A.V. Lopatin, A.A. Starkov [et al.] // Biochemistry. - 2013. - Vol. 78. - P. 909-914.

297. Isolation, biochemical characterization and production of biofertilizer from Bacillus megaterium / G. Patel, S. Singh, S.K. Saxena [et al.] // International Journal of Life Sciences Research. - 2016. - Vol. 2, №6. - P. 749-752.

298. Janda, J.M. 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls / J.M. Janda, S.L. Abbott // Journal of Clinical Microbiology. - 2007. - Vol. 45, №9. - P. 2761-2764.

299. Janda, J.M. Unusual food-borne pathogens. Listeria monocytogenes, Aeromonas, Plesiomonas, and Edwardsiella species / J.M. Janda, S.L. Abbott // Clinics in Laboratory Medicine. - 1999. - Vol. 19, №3. - P. 553-582.

300. Jay, J.M. Microbiological food safety / J.M. Jay // Critical Reviews in Food Science and Nutrition. - 1992. - Vol. 31, №3. - P. 177-190.

301. Jay, J.M. Modern food microbiology. Seventh edition / J.M. Jay, M.J. Loessner, D.A. Golden. - New York: Springer, 2005. - 790 p.

302. Jones, C. RAPD library fingerprinting of bacterial and human DNA: applications in mutation detection / C. Jones, A. Kortenkamp // Teratogen. Carcinogen. Mutagen. - 2000. - Vol. 20. - P. 49-63.

303. Kamath, U. Clinical significance of Staphylococcus warneri bacteremia / U. Kamath, C. Singer, H.D. Isenberg // Journal of Clinical Microbiology. - 1992. - Vol. 30, № 2. - P. 261-264.

304. Kamble, A. 16S ribosomal RNA gene-based metagenomics: A review / A. Kamble, S. Sawant, H. Singh // Biomedical Research Journal. - 2020. - Vol. 7, № 1. - P. 5-11.

305. Kartzinel, T.R. DNA metabarcoding illuminates dietary niche partitioning by African large herbivores / T.R. Kartzinel, P.A. Chen, T.C. Coverdale // PNAS USA. -2015. - Vol. 112. - P. 8019-8024.

306. Kevan, P.G. Log-normality of biodiversity and abundance in diagnosis and measuring of ecosystemic health: pesticide stress on pollinators on blueberry heaths / P.G. Kevan, C.F. Greco, S. Belaoussoff // Journal of Applied Ecology. - 1997. - Vol. 34. - P. 1122-1136.

307. Khorshidian, N. Fermented milk: The most popular probiotic food carrier / N. Khorshidian, M. Yousefi, A.M. Mortazavian // Advances in Food and Nutrition Research. - 2020. - Vol. 94. - P. 91-114.

308. Kim, T.G. Comparison of droplet digital PCR and quantitative real-time PCR for examining population dynamics of bacteria in soil / T.G. Kim, S.Y. Jeong, K.S. Cho // Journal of Applied Microbiology. - 2014. - Vol. 98, № 13. - P. 6105-6113.

309. Kim, Y.S. Dietary Modulation of Colon Cancer Risk / Y.S. Kim, J.A. Milner // The Journal of Nutrition. - 2007. - Vol. 137, №11. - P. 2576S-2579S.

310. Klaver, F.A.M. Growth and survival of bifidobacteria in milk / F.A.M. Klaver, F. Kingma, A.H. Weerkamp // Netherlands Milk and Dairy Journal. - 1993. -Vol. 47. - P. 151-164.

311. Klebsiella oxytoca: opportunistic infections in laboratory rodents / A. Bleich, P. Kirsch, H. Sahly [et al.] // Laboratory Animals. - 2008. - Vol. 42, №3. - P. 369-375.

312. Klenk, H-P. Culturomics as tool in research and service in culture collections / H-P. Klenk // Sage Faculty: School of Biology. - 2019. - Available online: https://www.eccosite.org/wp-content/uploads/2015/07/HP-Klenk_ECCO-XXXIV.pdf.

313. Knight, S. Quantifying separation and similarity in a Saccharomyces cerevisiae metapopulation / S. Knight, M.R. Goddard // The ISME Journal. - 2015. -Vol. 9, № 2. - P. 361-370.

314. Koca, A.O. Comparison of two morphometric methods for discriminating honey bee (Apis mellifera L.) populations in Turkey / A.O. Koca, I. Kandemir // Turkish Journal of Zoology. - 2013. - Vol. 37. - P. 205-210.

315. Köhl, J. Mode of action of microbial biological control agents against plant diseases: relevance beyond efficacy / J. Köhl, R. Kolnaar, W.J. Ravensberg // Frontiers in Plant Science. - 2019. - Vol. 10. - P. 845.

316. Kolodochka, L.A. Phytoseiid mites of the Palaearctic (Parasitiformes, phytoseiidae): fauna, systematics, evolution / L.A. Kolodochka // Schmalhausen Institute of Zoology of National Academy of Sciences of Ukraine. - 2006. - Vol. 21. - P. 250.

317. Konickx, L.A. Is oxygen required before atropine administration in organophosphorus or carbamate pesticide poisoning? - A cohort study / L.A. Konickx, K. Bingham, M. Eddleston // Clinical toxicology (Philadelphia). - 2014. - Vol. 52. - P. 531-537.

318. Kotze, A.D. The Survival of yeasts and Probiotics as Adjunct Starters in Cheese / A.D. Kotze. - UFS UV Kovsie Scholar, 2003. - 241 p.

319. Kralik, P. A basic guide to real time PCR in microbial diagnostics: definitions, parameters, and everything / P. Kralik, M. Ricchi // Frontiers in Microbiology. - 2017. - Vol. 8. - P. 108.

320. Kröckel, L. The role of lactic acid bacteria in safety and flavour development of meat and meat products / L. Kröckel. - London: Intech Open, 2013. - P. 129-152.

321. Kumar, D. Molecular tools to study preharvest food safety challenges / D. Kumar, S. Thakur // Microbiology Spectrum. - 2018. - Vol. 6, № 1. - P. PFS0019-2017.

322. Kumar, S. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for bigger datasets / S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura // Molecular Biology and Evolution. - 2016. - Vol. 33. - P. 1870-1874.

323. Kupferschmied, P. Promise for plant pest control: root-associated pseudomonads with insecticidal activities / P. Kupferschmied, M. Maurhofer, C. Keel // Frontiers in Plant Science. - 2013. - Vol. 4. - P. 287.

324. Kurtzman, C.P. Microbiological spoilage of mayonnaise and salad dressings / C.P. Kurtzman, R. Rogers, C.W. Hesseltine // Journal of Applied Microbiology. - 1971. - Vol. 21, №5. - P. 870-874.

325. Lactic acid bacteria antimicrobial compounds: characteristics and applications / J.A. Reis, A.T. Paula, S.N. Casarotti [et al.] // Food Engineering Reviews. - 2012. - Vol. 4. - P. 124-140.

326. Lactobacillus-Cause of Death / S. Arshad, K.V. Gopalakrishna, P. Maroo [et al.] // Infectious Diseases in Clinical Practice. - 2010. - Vol. 18. - P. 219-220.

327. Lapa, S.V. Some properties of Bacillus subtilis strains active against rotting agents on strawberries and fruit / S.V. Lapa, O.M. Reva // Mikrobiolohichnyi Zhurnal. -2005. - Vol. 67, № 1. - P. 22-31.

328. Laranjo, M. Role of starter cultures onthe safety of fermented meat products / M. Laranjo, M.E. Potes, M. Elias // Frontiers in Microbiology. - 2019. - Vol. 10. - P. 853.

329. Laranjo, M. The use of starter cultures intraditional meat products / M. Laranjo, M. Elias, M.J. Fraqueza // Journal of Food Quality. - 2017. - Vol. 2017. - P. 9546026.

330. Leaf gas exchange and water status responses of a native and non-native grass to precipitation across contrasting soil surfaces in the Sonoran Desert / D.D. Ignace, T.E. Huxman, J.F. Weltzin [et al.] // Oecologia. - 2007. - Vol. 152, №3. - P. 401-413.

331. Lee, K.K. Bypassing the compromised mitochondrial electron transport with methylene blue alleviates efavirenz/isoniazid-induced oxidant stress and mitochondria-mediated cell death in mouse hepatocytes / K.K. Lee, U.A. Boelsterli // Redox Biology. - 2014. - Vol. 2. - P. 599-609.

332. Leveau, P. Acute poisoning by pesticides in children / P. Leveau // Archives of Pediatrics. - 2016. - Vol. 23. - P. 775-780.

333. Levin, R.E. The application of real-time PCR to food and agricultural systems. A review / R.E. Levin // Food Biotechnology. - 2005. - Vol. 18. - P. 97-133.

334. Lindahl, T. Instability and decay of the primary structure of DNA / T. Lindahl // Nature. - 1993. - Vol. 362, № 6422. - P. 709- 715.

335. Lo, Y-T. DNA-based techniques for authentication of processed food and food supplements / Y-T. Lo, P-C. Shaw // Food Chemistry. - 2018. - Vol. 240. - P. 767774.

336. Loman, N.J. Twenty years of bacterial genome sequencing / N.J. Loman, M.J. Pallen // Nature Reviews Microbiology. - 2015. - Vol. 13. - P. 1-9.

337. Long, E.Y. Non-cultivated plants present a season-long route of pesticide exposure for honey bees / E.Y. Long, C.H. Krupke // Nature Communications. - 2016. -Vol. 7. - P. 11629.

338. Lorenzo, J.M. Main groups of microorganisms of relevance for food safety and stability: general aspects and overall description author links open overlay panel / J.M. Lorenzo // Inactivation of Spoilage and Pathogenic Microorganisms. - 2018. - Vol. 3. - P. 53-107.

339. Lovett, B. Genetically engineering better fungal biopesticides / B. Lovett, R.J. St Leger // Pest Management Science. - 2018. - Vol. 74, № 4. - P. 781-789.

340. Lu, H. Oxford nanopore MinlON sequencing and genome assembly / H. Lu, F. Giordano, Z. Ning // Genomics Proteomics Bioinformatics. - 2016. - Vol. 14. - P. 265-279.

341. Lummen, P. Complex I inhibitors as insecticides and acaricides. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) / P. Lummen // Bioenergetics. - 1998. - Vol. 1364, №2. - P. 287-296.

342. Magnacca, K.N. Tissue segregation of mitochondrial haplotypes in heteroplasmic Hawaiian bees: implications for DNA barcoding / K.N. Magnacca, M.J.F. Brown // Molecular Ecology Resources. - 2010. - Vol. 10. - P. 60-68.

343. MALDI-TOF mass spectrometry provides high accuracy in identification of Salmonella at species level but is limited to type or subtype Salmonella serovars / L. Kang, N. Li, P. Li [et al.] // European Journal of Mass Spectrometry. - 2017. - Vol. 23. -P. 70-82.

344. Manipulating the gut microbiota to maintain health and treat disease / K.P. Scott, J.M. Antoine, T. Midtvedt [et al.] // Microbial Ecology in Health and Disease. -2015. - Vol. 26. - P. 25877.

345. Mao, S.Y. Impact of subacute ruminal acidosis (SARA) adaptation on rumen microbiota in dairy cattle using pyrosequencing / S.Y. Mao, R.Y. Zhang, D.S. Wang // Anaerobe. - 2013. - Vol. 24. - P. 12-19.

346. Marcelino, A.F. Are our farm workers in danger? Genetic damage in farmers exposed to pesticides / A.F. Marcelino, C.C. Wachtel, N.C. Ghisi // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2019. - Vol. 16, №3. - P. E358.

347. Martorell, P. Molecular monitoring of spoilage yeasts during the production of candied fruit nougats to determine food contamination sources / P. Martorell, M.T. Fernández-Espinar, A. Querol // International Journal of Food Microbiology. - 2005. - Vol. 101, №3. - P. 293-302.

348. Mascarin, G.M. The production and uses of Beauveria bassiana as a microbial insecticide / G.M. Mascarin, S.T. Jaronski // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2016. - Vol. 32, №11. - P. 177.

349. Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass-spectrometry (MALDI-TOF MS) based typing of extended-spectrum p-lactamase producing E. coli: a novel tool for real-time outbreak investigation / A. Egli, S. Tschudin-Sutter, M. Oberle [et al.] // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. - P. e0120624.

350. Maxfield-Taylor, S.A. First detection of the larval chalkbrood disease pathogen Ascosphaera apis (Ascomycota: Eurotiomycetes: Ascosphaerales) in adult bumble bees / S.A. Maxfield-Taylor, A.B. Mujic, S. Rao // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. - P. e0124868.

351. Mayer, E.A. Gut/brain axis and the microbiota / E.A. Mayer, K. Tillisch, A. Gupta // Journal of Clinical Investigation. - 2015. - Vol. 125. - P. 926-938.

352. Meier, R. DNA barcoding and taxonomy in Diptera: a tale of high in traspecific variability and low identification success / R. Meier, K. Shiyang, G. Vaidya // Systematic Biology. - 2006. - Vol. 55. - P. 715-728.

353. Meier, R. The use of mean instead of smallest interspecific distances exaggerates the size of the "barcoding gap" and leads to misidentification / R. Meier, G.Y. Zhang, F. Ali // Systematic Biology. - 2008. - Vol. 57. - P. 809-813.

354. Metagenomic analysis of kimchi, a traditional Korean fermented food / J.Y. Jung, S.H. Lee, J.M. Kim [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2011. -Vol. 77. - P. 2264-2274.

355. Metagenomic evidence of the prevalence and distribution patterns of antimicrobial resistance genes in dairy agroecosystems / D.W. Pitta, Z. Dou, S. Kumar [et al.] // Foodborne Pathogens and Disease. - 2016. - Vol. 13. - P. 296-302.

356. Methods for the detection, isolation and characterization of food-borne fungi / R.A. Samson, E.S. Hoekstra, F. Lund [et al.] // Introduction fo food- and airborne fungi. Centraalbureau voor Schimmelcultures. - 2000. - P. 283-297.

357. Methylene blue delays cellular senescence and enhances key mitochondrial biochemical pathways / H. Atamna, A. Nguyen, C. Schultz [et al.] // The FASEB Journal.

- 2008. - Vol. 22. - P. 703-712.

358. Meyer, C.P. DNA barcoding: Error rates based on comprehensive sampling / C.P. Meyer, G. Paulay // PLoS Biology. - 2005. - Vol. 3. - P. e422.

359. Microarray-based detection of 90 antibiotic resistance genes of Grampositive bacteria / V. Perreten, L. Vorlet-Fawer, P. Slickers [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2005. - Vol. 43. - P. 2291-2302.

360. Microbial abundance on the eggs of a passerine bird and related fitness consequences between urban and rural habitats / S.I. Lee, H. Lee, P.G. Jablonski [et al.] // PLoS One. - 2017. - Vol. 12, №9. - P. e0185411.

361. Microbial and viral chitinases: Attractive biopesticides for integrated pest management / F. Berini, C. Katz, N. Gruzdev [et al.] // Biotechnology Advances. - 2018.

- Vol. 36, № 3. - P. 818-838.

362. Microbial characterization of bee pollen from the Vesuvius area collected by using three different traps / G. Mauriello, A. De Prisco, G. Di Prisco [et al.] // PLoS One. - 2017. - Vol. 12. - P. e0183208.

363. Microbial communities in bees, pollen and honey from Slovakia / M. Kacaniova, S. Kunova, P. Hascik [et al.] // Acta Microbiologica Et Immunologica Hungarica. - 2009. - Vol. 56. - P. 285-295.

364. Microbial control measures for soft ice cream in franchise brands: A comparative analysis of microbial analysis and manufacturing practices / J.M. Park, J.M. Kim, J.W. Hong [et al.] // Food Science & Nutrition. - 2020. - Vol. 8, № 3. - P. 15831595.

365. Microbial dynamics during shelf-life of industrial Ricotta cheese and identification of a Bacillus strain as a cause of a pink discolouration / E. Sattin, N.A. Andreani, L. Carraro [et al.] // Food Microbiology. - 2016. - Vol. 57. - P. 8-15.

366. Microbial ecology of mayonnaise, margarine, and sauces / O. Sagdic, F. Tornuk, S. Karasu [et al.] // Quantitative Microbiology in Food Processing. - 2017. -Vol. 26.

367. Microbial fermentation and its role in quality improvement of fermented foods / R. Sharma, P. Garg, P. Kumar [et al.] // Fermentation. - 2020. - Vol. 6, № 4. - P. 106.

368. Microbiological quality of raw dried pasta from the german market, with special emphasis on Cronobacter species / Ö. Akineden, K.J. Murata, M. Gross [et al.] // Journal of Food Science. - 2015. - Vol. 80, №12. - P. 2860-2867.

369. Microbiology, genomics, and clinical significance of the Pseudomonas fluorescens species complex, an unappreciated colonizer of humans / B.S. Scales, R.P. Dickson, J.J. LiPuma, [et al.] // Clinical Microbiology Reviews. - 2014. - Vol. 27. - P. 927-948.

370. Microbiota during fermentation of chum salmon (Oncorhynchusketa) sauce mash inoculated with halotolerant microbial starters: Analyses using the plate count method and PCR-denaturing gradient gel electrophoresis / S. Yoshikawa, D. Yasokawa, K. Nagashima [et al.] // Food Microbiology. - 2010. - Vol. 27. - P. 509-514.

371. Microvariation artifacts introduced by PCR and cloning of closely related 16S rRNA gene sequences / A.G.C.L. Speksnijder, G.A. Kowalchuk, S. De Jong [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2001. - Vol. 67, № 1. - P. 469-472.

372. Mitsuoka, T. Development of functional foods / T. Mitsuoka // Bioscience of Microbiota Food and Health. - 2014. - Vol. 33, №3. - P. 117-128.

373. Modeling growth kinetic parameters of Salmonella enteritidis SE86 on homemade mayonnaise under isothermal and nonisothermal conditions / S.O. Elias, V.O. Alvarenga, D.A. Longhi [et al.] // Foodborne Pathogens and Disease. - 2016. - Vol. 13, №8. - P. 462-467.

374. Modes of honeybee exposure to systemic insecticides: estimated amounts of contaminated pollen and nectar consumed by different categories of bees / A. Rortaisa, G. Arnold, M-P. Halm [et al.] // Apidologie. - 2005. - Vol. 36. - P. 71-83.

375. Molecular analysis and clinical significance of Lactobacillus spp. recovered from clinical specimens presumptively associated with disease / R.M. Martinez, K.G. Hulten, U. Bui [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2014. - Vol. 52. - P. 30-36.

376. Molecular and physiological comparison of spoilage wine yeasts / M.P. Sangorrin, V. Garcia, C.A. Lopes [et al.] // Journal of Applied Microbiology. - 2013. -Vol. 14, №4. - P. 1066-1074.

377. Molecular identification of mosquito vectors using genomic DNA isolated from eggshells, larval and pupal exuvium / K.J. Dhananjeyan, R. Paramasivan, S.C. Tewari [et al.] // Tropical Biomedicine. - 2010. - Vol. 27. - P. 47-53.

378. Molecular methods in food safety microbiology: interpretation and implications of nucleic acid detection / S. Ceuppens, D. Li, M. Uyttendaele [et al.] // Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety. - 2014. - Vol. 13, № 4. - P. 551577.

379. Moustafa, M.K. Behavior of virulent Yersinia enterocolitica during manufacture and storage of colby-like cheese / M.K. Moustafa, A.A. Ahmed, E.H. Marth // Journal of Food Protection. - 1983. - Vol. 46, №4. - P. 318-320.

380. Mullis, K.B. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction / K.B. Mullis, F.A. Faloona // Methods in Enzymology. - 1987. - Vol. 155. - P. 335-350.

381. Multi-marker eDNA metabarcoding survey to assess the environmental impact of three offshore gas platforms in the North Adriatic Sea (Italy) / T. Cordier, F. Frontalini, K. Cermakova [et al.] // Marine Environmental Research. - 2019. - Vol. 146. - P. 24-34.