Молекулярно-генетические и фенотипические особенности геновариантов возбудителя холеры Эль Тор, выделенных на территории Российской Федерации тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Агафонов, Дмитрий Алексеевич

• Агафонов, Дмитрий Алексеевич
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Агафонов, Дмитрий Алексеевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

Стр.

СПИСОК ПРИНЯТЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ И СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Генетическое разнообразие природных штаммов возбудителя холеры Эль Тор с атипичной структурой генов, связанных с вирулентностью и эпидемическим потенциалом

1.2. Происхождение природных высокопатогенных геновариантов возбудителя холеры Эль Тор. 25 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Бактериальные штаммы, используемые в работе

2.2. Питательные среды и реактивы

2.3. Микробиологические методы:

2.3.1. Культивирование штаммов

2.3.2. Определение продукции термолабильного гемолизина на плотной среде

2.3.3. Определение подвижности, продукции растворимой гемагглютинин/ протеазы и фосфолипазы

2.3.4. Конъюгационные скрещивания донорных и реципиентных штаммов

2.3.5. Определение вирулентности штаммов V. ско1егае

2.4. Биохимические методы:

2.4.1. Оценка продукции холерного токсина иммуноферментным методом ОМ^ЬКА

2.4.2. Двумерный электрофорез, изофокусирование, трипсинолиз белков, масс-спектрометрия и идентификация белков

2.5. Молекулярно-генетические методы:

2.5.1. Выделение ДНК, ДНК гибридизация по Саузерну с молекулярным СТ-зондом

2.5.2. Полимеразная цепная реакция с использованием специфичных олигонуклеотидных праймеров

2.5.3. Определение нуклеотидной последовательности различных генов

ГЛАВА 3. ВЫЯВЛЕНИЕ И МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ПРИРОДНЫХ ГЕНОВАРИАНТОВ VIBRIO CHOLERAE БИОВАРА ЭЛЬ ТОР С ИЗМЕНЕННОЙ СТРУКТУРОЙ ГЕНОВ ПАНДЕМИЧНОСТИ И ПАТОГЕННОСТИ, ВЫДЕЛЕННЫХ I1A ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

3.1. Сравнительный анализ генетической организации острова пандемичности VSP-II у типичных и генетически измененных штаммов возбудителя текущей пандемии холеры, изолированных на территории РФ

3.2. Изучение структуры острова патогенности VPI-1 у геновариантов с делецией ряда генов острова пандемичности VSP-II. 46 ГЛАВА 4. КОНСТРУИРОВАНИЕ ДИАГНОСТИЧЕСКОЙ ПЦР ТЕСТ-СИСТЕМЫ ДЛЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ГЕНОВАРИАНТОВ С РАЗЛИЧНЫМ ЭПИДЕМИЧЕСКИМ ПОТЕНЦИАЛОМ НА ОСНОВЕ РАЗЛИЧИЙ В СТРУКТУРЕ ИХ ОСТРОВА ПАНДЕМИЧНОСТИ VSP-II

4.1. Выбор генов-мишеней и расчет праймеров

4.2. Подбор оптимальных условий проведения мультиплексной полимеразной цепной реакции

4.3. Разработка набора реагентов для проведения мультилокусной ПЦР с электрофоретическим учетом результатов для определения эпидемического потенциала генетически измененных штаммов на основе структуры VSP-II

4.4. Изучение специфичности и эффективности разработанной мультиплексной ПЦР тест-системы

4.5. Лабораторные испытания разработанной мультилокусной ПЦР тест-системы. 68 ГЛАВА 5. АЛГОРИТМ РАСШИРЕННОЙ ИДЕ1ПИФИКАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИ ИЗМЕНЕННЫХ ШТАММОВ VIBRIO CHOLERAE БИОВАРА ЭЛЬ ТОР

5.1. Разработка алгоритма расширенной идентификации генетически измененных штаммов V. cholerae биовара Эль Тор

5.2. Оценка эффективности разработанного алгоритма расширенной

идентификации генетически измененных штаммов V. cholerae биовара Эль Тор

ГЛАВА 6. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ОБРАЗОВАНИЯ ГЕНОВАРИАНТОВ В ПРОЦЕССЕ КОНЪЮГАЦИИ И ИЗУЧЕНИЕ ИХ ФЕНОТИПИЧЕСКИХ И МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ СВОЙСТВ

6.1. Экспериментальное получение геновариантов возбудителя холеры Эль

Тор, несущих ген ctxBl холерных классических вибрионов

6.2. Сравнительный анализ вирулентных свойств реципиентного штамма V. cholerae М818 биовара Эль Тор и рекомбинантов с повышенной экспрессией ключевых и дополнительных факторов вирулентности

6.3. Молекулярно-генетический анализ экспериментально полученных геновариантов V. cholerae биовара Эль Тор с повышенной продукцией СТ

6.4. Сравнительный протеомный анализ реципиентного штамма V. cholerae М818 и экспериментально полученного геноварианта с гиперпродукцией

СТ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

СПИСОК ПРИНЯТЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ И СОКРАЩЕНИЙ

СТ - холерный токин (от cholera toxin)

TCP - токсин-корегулируемые пили адгезии (от toxin-coregulated

pilus)

НА/Р - растворимая гемагглютинин/протеаза (от haemoagglutinin/

protease)

МГЭ - мобильные генетические элементы

ORF - открытая рамка считывания (от open reading frame)

СТХф - умеренный нитевидный бактериофаг

СТХс/а"ф - СТХ профаг V. cholerae classica

СТХ^ф - СТХ профаг V. cholerae eltor

CRISPR - короткие палиндромные повторы (от clustered regularly

interspaced short palindromic repeats) RSlcp - повторяющая последовательность, фланкирующая

профаг СТХф

VPI - МГЭ, «остров патогенности» (от Vibrio pathogenicity

island)

VSP - МГЭ, «остров пандемичности» (от Vibrio seventh

pandemic island) кДа - килодальтон

п.н. - пар нуклеотидов

ПЦР - полимеразная цепная реакция

MALDI - Магрично-Активированная Лазерная Десорбция/Ионизация

РПИГ - реакция пассивного иммунного гемолиза

АТС - антитоксическая сыворотка

ПААГ - полиакриламидный гель

RTX - repeats in toxin

ABTS - 2,2-амино-ди-тилбенз тиазолин сульфонат

TLC - toxin-linked cryptic

МАМА-ПЦР - Mismatch Amplification Mutation Assay ПЦР

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетические и фенотипические особенности геновариантов возбудителя холеры Эль Тор, выделенных на территории Российской Федерации»

ВВЕДЕНИЕ

АКТУАЛЬНОСТЬ ПРОБЛЕМЫ. Эпидемии и вспышки холеры продолжают регистрироваться во многих странах Юго-Восточной Азии, Центральной Африки и Южной Америки. По данным Всемирной организации здравоохранения холерой ежегодно заболевает 3-5 млн. человек, из которых около 100-120 тыс. умирают (Информационный бюллетень ВОЗ, N107, 2014). Широкое распространение возбудителя холеры и активная миграция населения определяют реальную возможность ее завоза на территорию Российской Федерации (РФ). Недавние эпидемические вспышки и спорадические случаи холеры в РФ свидетельствуют о том, что эпидемиологическая обстановка по этой инфекции в стране остается напряженной (Онищенко Г.Г. и др., 1995, 2001; Москвитина Э.А. и др., 2008, 2006; Назаретян А.А., Москвитина Э.А., 2013). Для возбудителя холеры характерно внутривидовое разнообразие. Семь известных пандемий холеры были вызваны вирулентными штаммами Vibrio cholerae OI серогруппы, относящимися к двум разным биоварам - классическому и Эль Тор, которые отличаются друг от друга по фено- и генотипическим свойствам (Бароян О.В., 1971; Kaper J.B. et al., 1995; Longini I.M.Jr. et al., 2002; Bhattacharya T. et al., 2006). Основные генетические различия между ними состоят в разной структуре острова патогенности (ОП) VPI-1 и генома профага СТХср, детерминирующих, соответственно, продукцию токсин-корегулируемых пилей адгезии (TCP, от toxin-coregulated pilus) и холерного токсина (СТ, от cholera toxin) - ключевых факторов патогенности. Различия в структуре профага СТХср выражаются в разной нуклеотидной последовательности двух фаговых генов - rsíR и ctxB, последний из которых определяет продукцию В-субъединицы СТ. Вследствие этого различают СТ 1-го или классического типа и СТ 2-го или Эль Тор типа, присущего V. cholerae биовара Эль Тор (Waldor М.К. et al., 1996, 1997). Кроме того, в хромосоме вибрионов Эль Тор присутствуют два дополнительных мобильных элемента -острова пандемичности VSP-I и VSP-II, отсутствующие у холерных вибрионов классического биовара (Dziejman М. et al., 2002; O'Shea Y.A. et al., 2004; Pradhan S. et al., 2010).

Токсигенные штаммы V. cholerae биовара Эль Тор, вытеснив V. cholerae классического биовара на эндемичных по холере территориях, стали возбудителем 7-ой пандемии холеры, начавшейся в 1961 г. и продолжающейся до сих пор (Бароян О.В., 1971; Waldor M.K.et. al., 1996). Штаммы, вызвавшие текущую пандемию несли геном профага СТХ£/'0Гф и продуцировали СТ второго типа. Однако, в 1991 г. появились новые патогенные варианты этого биовара, несущие, в отличие от типичных, профаг СТХф классического типа (Nair G.B. et. al., 2002; Safa A. et. al., 2010). К настоящему времени эти генетически измененные штаммы или геноварианты возбудителя холеры Эль Тор, вытеснив типичные штаммы в эндемичных по холере регионах, стали причиной многочисленных эпидемий холеры на территории многих стран Юго-Восточной Азии, Африки и Южной Америки. Что касается РФ, то совсем недавно стало известно о заносе штаммов геновариантов и на ее территорию. Оказалось, что с начала 90-х эпидемические вспышки и локальные случаи холеры в России были вызваны именно геновариантами, несущими ген ctxBl классического типа (Смирнова Н.И. и др., 2008; Монахова Е.В. и др., 2005, 2009; Миронова Л.В. и др., 2012, 2014; Савельев В.Н. и др., 2012). Кроме того, один штамм геноварианта был выделен из морской воды Таганрогского залива в 2011 г. (Мазрухо А.Б. и др., 2013).

Возникшие геноварианты отличаются от типичных штаммов повышенной вирулентностью и высоким эпидемическим потенциалом, что связано с измененной структурой их генома. Особую эпидемическую опасность представляют недавно выявленные геноварианты, имеющие остров пандемичности VSP-II с протяженной делецией, поскольку такие штаммы вытесняют ранее появившиеся геноварианты с интактным геномом этого мобильного элемента. Между тем, несмотря на повышенный интерес исследователей к возбудителю холеры с новыми генетическими свойствами, многие вопросы, касающиеся структуры и функции его генома, остаются до сих пор малоизученными. Так, недостаточно сведений об особенностях структуры генома их острова патогенности VPI-1, в состав которого входят ключевые гены вирулентности. Нет данных о распространенности измененного острова пандемичности VSP-II среди штаммов геновариантов, выделенных в России.

Отсутствуют генодиагностические тест-системы для дифференциации геновариантов с разным эпидемическим потенциалом. Открытым остается вопрос о роли нового профага CTXc/awcp в повышенной вирулентности геновариантов, а также в их высоком эпидемическом потенциале. В этой связи очевидна актуальность исследований, направленных на выяснение особенностей молекулярно-генетической организации геновариантов, изолированных в разные периоды текущей пандемии холеры на территории России, а также на изучение возможности их образования при экспериментальном моделировании этого процесса. Полученные результаты необходимы для оценки биологического разнообразия геновариантов, а также для понимания динамики изменения их свойств и выяснения механизмов их образования. Кроме того, полученные данные могут служить основой для поиска новых ДНК-мишеней при разработки новых тест-систем, повышающих качество генодиагностики возбудителя холеры.

Цель работы - выявление и молекулярно-генетический анализ штаммов геновариантов V. cholerae биовара Эль Тор с измененной структурой генов пандемичности и вирулентности, выделенных на территории Российской Федерации; экспериментальное моделирование возникновения геновариантов в процессе конъюгации.

ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ:

1. Провести молекулярно-генетический анализ острова пандемичности VSP-II у геновариантов, выделенных в разные периоды текущей пандемии холеры в РФ, и изучить распространенность штаммов с измененной структурой этого мобильного элемента.

2. Изучить структуру острова патогенности VPI-1 у геновариантов с измененным островом пандемичности VSP-II.

3. Разработать способ дифференциации генетически измененных штаммов с разным эпидемическим потенциалом на основе оценки структуры их острова пандемичности VSP-II методом мультилокусной ПЦР.

4. Разработать алгоритм расширенной идентификации генетически измененных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор.

5. Провести экспериментальное моделирование образования геновариантов в процессе конъюгации и изучить их фенотипические и молекулярно-биологические свойства.

НАУЧНАЯ НОВИЗНА:

Впервые на основе изучения структуры острова пандемичности УБР-П определена распространенность геновариантов с высоким эпидемическим потенциалом среди штаммов возбудителя холеры Эль Тор, выделенных на территории РФ. Получены новые данные об изменении структуры острова патогенности УР1-1 геновариантов, изолированных в последние два десятилетия текущей пандемии холеры. Установлено, что появление мутаций (однонуклеотидные замены и вставка) в кодирующем и регулирующем регионах гена гсрА из УР1-1, как правило, сопровождается возникновением делеции в острове пандемичности У8Р-Н.

Предложен способ дифференциации геновариантов с разным эпидемическим потенциалом на основе выявления различий в структуре их острова пандемичности УБР-П методом мультилокусной ПЦР. Подана заявка №2014100736 на изобретение; приоритет от 09.01.2014 г.

Впервые с помощью генетического моделирования получены экспериментальные доказательства возникновения геновариантов при переносе участка ДНК с геном с1хВ1 V. ско1егае классического биовара в клетки типичного штамма V. ско1егае биовара Эль Тор в процессе конъюгации. Высокий уровень вирулентности экспериментально полученных геновариантов обусловлен повышенной продукцией ими холерного токсина, а также измененной экспрессией ряда дополнительных факторов патогенности (подвижности, продукции растворимой гемагглютинин/протеазы и фосфолипазы). Впервые проведен сравнительный протеомный анализ сконструированных изогенных штаммов, различающихся между собой типом профага СТХср. Получены новые сведения о том, что внедрение в хромосому типичного штамма V. ско1егае биовара Эль Тор генома профага СТХс/яиф классического типа приводит к изменению экспрессии ряда генов жизнеобеспечения.

ПРАКТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ:

На основе изучения структуры острова пандемичности У8Р-П у различных штаммов V. ско1егае биовара Эль Тор, выделенных на территории России, разработана мультилокусная ПЦР тест-система для дифференциации геновариантов с разным эпидемическим потенциалом.

По результатам изучения фенотипических и молекулярно-биологических свойств геновариантов возбудителя холеры Эль Тор составлены методические рекомендации "Алгоритм идентификации штаммов геновариантов возбудителя холеры Эль Тор", одобренные Ученым Советом РосНИПЧИ «Микроб» (протокол № 5 от 09.10.2012 г.) и утвержденные директором института 10 октября 2012 г.

В Государственную коллекцию патогенных бактерий при РосНИПЧИ «Микроб» депонированы четыре штамма геновариантов V. с!ю1егае биовара Эль Тор (М-1264 с1хВ1 г51Яе"ог 1грА 1срАШг У8Р-П; Р-17647 с1хВ1 1грЪ 1срАы,0Г

У8Р-НД4; Л-4150 с1хВ7 г3(ЯЕ!!0Г Г5(ЯС!™ 1гр5 1срЕТст У 8Р-НД21; 301 с1хВ1 /^КЕ'1ог 1гр4 /срЕТУ8Р-ПД21) с разной структурой острова пандемичности У8Р-П. Депонированные штаммы могут быть использованы в качестве контрольных при определении типа У8Р-Н у исследуемых природных штаммов.

Полученные в ходе выполнения данные о молекулярно-биологических особенностях геновариантов V. с1ю1егае биовара Эль Тор используются при паспортизации штаммов, хранящихся в ГКПБ при РосНИПЧИ «Микроб», а также при чтении лекций «Микробиология и генетика возбудителя холеры» на курсах первичной специализации по особо опасным инфекциям по специальности «бактериология» при РосНИПЧИ «Микроб».

ОСНОВНЫЕ ПОЛОЖЕНИЯ, ВЫНОСИМЫЕ НА ЗАЩИТУ:

1. Различные штаммы геновариантов V. ско1егае биовара Эль Тор, выделенные на территории РФ в разные периоды текущей пандемии холеры, содержат в геноме три разных типа острова пандемичности У8Р-П: интактный, имеющий короткую делецию и содержащий протяженную делецию. Присутствие в геноме всех штаммов геновариантов, занесенных на территорию РФ в последнее десятилетие, У8Р-11 с протяженной делецией подтверждает их высокий эпидемический потенциал.

2. Все изученные штаммы геновариантов, несущие остров пандемичности У8Р-П с делецией ряда генов, имели различные точковые мутации (однонуклеотидные замены, инсерция) в гене 1срА, кодирующим основной белок токсин-корегулируемых пилей и локализованом на острове патогенности УР1-1.

3. Сконструирована мультилокусная ПЦР тест-система для дифференциации штаммов геновариантов V. ско1егае биовара Эль Тор с разным эпидемическим потенциалом на основе определения структуры их острова пандемичности УБР-П. Разработан алгоритм расширенной идентификации штаммов геновариантов V. скокгае биовара Эль Тор, основанный на комплексной оценке их фенотипических и молекулярно-генетических свойств.

4. В модельном эксперименте показана возможность конъюгационного переноса гена с1хВ1 классического типа в клетки типичного штамма V. ско1егае биовара Эль Тор. Включение в геном типичного штамма V. ско1егае биовара Эль Тор гена с1хВ1 холерных классических вибрионов приводит к формированию клонов с повышенной продукцией холерного токсина и измененным уровнем экспрессии других генов, связанных с вирулентностью и/или жизнеобеспечением.

АПРОБАЦИЯ РАБОТЫ:

Материалы диссертации представлены на заседании проблемной комиссии «Холера и патогенные для человека вибрионы» (Ростов-на-Дону, 2012-2013 гг.), Международной конференции «Молекулярная эпидемиология актуальных инфекций» (Санкт-Петербург, 2013 г.), на 8-й Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2014», на научно-практических конференциях РосНИПЧИ «Микроб» «Итоги и перспективы фундаментальных и прикладных исследований в институте «Микроб» (Саратов 2013-2014 гг.).

ПУБЛИКАЦИИ:

По теме диссертации опубликовано 11 работ, их них 6 статей в изданиях, рекомендованных ВАК.

СТРУКТУРА И ОБЪЕМ ДИССЕРТАЦИИ:

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, главы материалов и методов, четырех глав собственных исследований, заключения, выводов и списка

использованной литературы, включающего 181 цитируемую работу, из них 42 отечественных и 139 зарубежных. Общий объем диссертации составляет 136 страниц. Текст иллюстрирован 16 таблицами и 26 рисунками.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Среди представителей рода Vibrio, патогенных для человека, наиболее интенсивно изучается вид Vibrio cholerae, являющийся возбудителем холеры -тяжелого кишечного заболевания, которое продолжает оставаться актуальной проблемой для развитых и развивающихся стран (Bentivoglio М., Pacini Р., 1995; Harris J.B. et al., 2012).

Из 200 известных серогрупп V. cholerae, эпидемическую значимость имеет 01 серогруппа, представленная двумя биоварами - классическим и Эль Тор, а также 0139 серогруппа (Kaper J.B. et al., 1995). Холерные вибрионы Ol серогруппы классического биовара с 1817 по 1923 гг. стали причиной шести пандемий холеры (Бароян О.В., 1971; Mekalanos J.J. et al., 1997; Reidl J. et al., 2002). Постепенно штаммы классического биовара вытеснили на эндемичных территориях вирулентные штаммы другого биовара Ol серогруппы - Эль Тор, таким образом произошла смена возбудителя. Началась 7-я пандемия холеры (с 1961 г. до настоящего времени), охватившая Юго-Восточную Азию, а затем распространившаяся в Африку и Южную Америку (Онищенко Г.Г. и др., 2005; Марамович A.C. и др., 2006; Москвитина Э.А. и др., 2008; Ломов Ю.М. и др., 2012).

Возбудитель холеры 0139 серогруппы вызвал в 1992 г. интенсивные эпидемии холеры на территории Индии и Бангладеш, распространившись в течение 1992-1993 гг. за пределы эндемичных территорий (Смирнова H.H. и др., 2002; Ерошенко Г.А., 2004; Johnson J.A. et al., 1994). Это событие дало основания сделать предположение о начале 8-ой пандемии холеры, но впоследствии этот прогноз не подтвердился (Ломов Ю.М. и др., 2004; Waldor M.K. et al., 1994; Mooi F.R. et al., 1997).

Значительная часть генома возбудителя холеры, отвечающая за вирулентность и эпидемический потенциал штамма, как и у многих других патогенных для человека бактерий, входит в состав мобильных генетических элементов (МГЭ) (Ильина Т.С., 2002, 2003; Смирнов Г.Б., 2008; Dziejman М. et al., 2002; O'Shea Y.A. et al., 2004, Pradhan S. et al., 2010). К таким мобильным

элементам, расположенным в геноме V. cholerae относятся профаги (СТХф, RSlcp, TLCcp), острова патогенности (VPI-1, VPI-2) и пандемичности (VSP-I, VSP-П) (Karaolis D.K. et al., 1998; Heidelberg J.F. et al., 2000; Hochhut B. et al., 2001; Dziejman M. et al., 2002; Mutreja A. et al., 2011). Появление новых МГЭ в составе генома возбудителя холеры связано, как правило, с приобретением исходными патогенными штаммами мобильных участков ДНК от других микроорганизмов в результате горизонтального переноса генов, имеющего ключевое значение в эволюции прокариот. Это обстоятельство определяет вариабельность генома V. cholerae, которая проявляется в возникновении их генетических вариантов с новым сочетанием различных генов.

1.1. Генетическое разнообразие природных штаммов возбудителя холеры Эль Тор с атипичной структурой генов, связанных с вирулентностью и эпидемическим потенциалом.

Генетические изменения возбудителя холеры во время развития седьмой пандемии начали происходить еще на ранних ее этапах. Так в первые годы пандемии (1960-1961 гг.) возбудитель утратил способность продуцировать термостабильный гемолизин, что явилось существенным изменением, поскольку биосинтез этого белка был отличительным признаком биовара Эль Тор от классических холерных вибрионов (Бароян О.В., 1971). Кроме того идет постоянная эволюционная адаптация к лекарственным препаратам, поскольку среди клинических штаммов возбудителя холеры распространяются интегроны с генами устойчивости к антибиотикам (Ильина Т.С., 2003; Faruque S.M. et al., 1998). Важнейшим событием в ходе развития седьмой пандемии холеры и в эволюции генома ее возбудителя явилось возникновение новых вариантов с повышенной вирулентностью, обусловленной изменением у типичного возбудителя структуры и функции профага СТХф (Nair G.B. et al., 2002; Safa A. et al., 2005; Faruque S.M. et al., 2007; Nair G.B. et al., 2007). Профаг СТХф имеет размер 6,9 т.п.н. и внедрен в attRS-сайт большой хромосомы (Waldor WK,, Mekalanos JJ., 1996). У токсигенных вибрионов Эль Тор присутствует от 1 до 8 копий профага СТХф, расположенных тандемно на большой хромосоме. В структуре профага выделяют коровую область, размером 4,5 т.п.н. и RS2 (repeat sequence) область, размером 2,4 т.п.н.

(Смирнова Н.И. и др., 1999; Монахова Е.В. и др., 2008; Boyd E.F. et al., 2000; Davis B.M. et al., 2000; Faruque S.M. et al., 2001; Davis B.M., Waldor M.K., 2003). Коровая область содержит оперон ctxAB, кодирующий синтез CT, а также гены zot, асе, orfU (pllfn), сер и psh, участвующие в формировании фаговых частиц (Faruque S.M. et al., 1998; Trucksis M. et al., 1993). Последовательность RS2 содержит три гена: rstA необходим для репликации фага CTXcp, rstB - для специфического встраивания фага в хромосому, a rstR отвечает за лизогенное состояние холерных вибрионов, кодируя репрессор гена rstA. Существуют отличия в структуре этого гена между штаммами V. cholerae классического и Эль Тор биоваров. Исследования показали, что аллели rstRclass и rstREltor идентичны только на 24% (Kimsey Н., Waldor М.К., 1998). Две другие аллели гена rstR были обнаружены в штаммах 0139 серогруппы и названы rstRCaIc и rstREnv (Kimsey Н. et al., 1998; Davis B.M. et al, 1999; Bhattacharya T. et al, 2006). Существует еще один Я82-подобный элемент, присутствующий только в геноме V. cholerae биовара Эль Тор, обозначенный как RS1. Он также является нитчатым профагом и фланкирует обычно 5'- и/или 3'-область интегрированного профага CTXcp (Faruque S.M. et al., 2003). RSI-область содержит те же гены, что и RS2-oблacть, а также уникальный ген rstC, блокирующий активность гена репрессора rstR, что позволяет транскрибироваться генам профага СТХср и приводит к образованию свободных фаговых частиц, выходящих из клетки наружу (Faruque S.M. et al., 2003). При секреции нитчатого фага холерными вибрионами не происходит разрушения бактериальной клетки.

Классические вибрионы не содержат RS 1-элемент, поэтому не способны образовывать зрелые фаговые частицы (Смирнова Н.И. и др., 2004; Dziejman М. et al., 2002; Waldor M.K. et al., 1996). Различия между геномами классического и Эль Тор профагов СТХф заключается в разной структуре генов rstR и ctxB. Вследствие чего аллели указанных генов обозначаются rstRclass и ctxBclass или ctxBl у классических вибрионов, и rstREltor и ctxBEltor или ctxB3 у вибрионов Эль Тор. Разная последовательность нуклеотидов определяет неодинаковую последовательность аминокислот В-субьединиц их токсинов. Так у В-субъединицы классического холерного токсина в положениях 39 и 68 присутствуют гистидин и треонин соответственно. В-субъединица холерного токсина биовара Эль Тор

содержит в этих позициях тирозин и изолейцин (Olsvik О. et al, 1993). Вследствие этого различают классический холерный токсин или СТ 1-го типа, и Эль Тор токсин, или СТ 2-го типа (Kumar P. et al., 2009). На основе указанных особенностей профаги классических и Эль Тор вибрионов обозначаются как CTXc/fl> и CTX£/'°> (Chun J. et al., 2009; Haider K. et al, 2010; Nusrin S. et al., 2004).

Ключевыми генами, расположенными на профаге СТХср и участвующими в патогенезе возбудителя холеры являются гены ctxA и ctxB, входящие в состав оперона ctxAB, кодирующего холерный токсин - ключевой фактор патогенности. Ген ctxB кодирует В-субъединицу, обеспечивающую связывание молекулы токсина с эпителиоцитами кишечника, в то время как А-субъединица, кодируемая геном ctxA, активирует мембранную аденилатциклазную систему, приводящую к интенсивному выделению клеткой солей и воды в просвет кишечника. Это проявляется тяжелой профузной диареей - главным клиническим симптомом при холере (Бароян О.В., 1971; Смирнова Н.И. и др., 1999; Kimsey Н.Н. et al., 1998; De Haan L. et al., 2004). Всего обнаружены 9 аллелей гена ctxB, все они различаются однонуклеотидными заменами. В геновариантах V. cholerae биовара Эль Тор встречаются аллели ctxBl и ctxB! (Goel A.K.et al., 2008, Safa A. et al., 2010). Аллель гена ctxBl, характерный для классических холерных вибрионов, встречается у геновариантов, выделенных в 1993-2008 гг. и характеризуется наличием цитозина (С) в положениях 115 и 203, в то время как у типичных Эль Тор вибрионов в этих положениях находится тимин (Т). Вследствие этого, геноварианты возбудителя холеры Эль Тор продуцируют СТ 1 типа, соответствующий классическим вибрионам и обладающий большей патогенностью для организма хозяина (Olsvik О. et al., 1993). Другой аллель гена ctxB - ctxB7 впервые был обнаружен в штаммах, выделенных в Ориссе (Индия) в 2007 году и отличается от ctxBl наличием однонуклеотидной замены цитозина на аденин в положении 58 (Goel А.К. et al., 2008). В 2010 году были выявлены единичные случаи завоза штаммов, содержащих аллель ctxB7, на территорию Российской Федерации (Смирнова Н.И. и др., 2010). К 2011 г. около 93 % всех выделяемых изолятов на эндемичной по

холере территории составили геноварианты с аллелем гена ctxB7 (Naha A. et al., 2012; Kumar P. et al., 2014).

В настоящее время природные штаммы, имеющие ряд отличий по свойствам от типичного возбудителя холеры Эль Тор, названые впоследствии атипичными, выделены в Бангладеш, Мозамбике, Вьетнаме, Индии, Гонконге, Японии и Замбии (Salim A. et al., 2005; Faruque S.M. et al., 2007; Safa A. et al., 2008; Kumar P. et al., 2009; Taneja N. et al., 2009; Safa A. et al., 2010).

Первые появления атипичных клинических штаммов V. cholerae биовара Эль Тор относятся к 1991-1994 гг. Они были выделены во время эпидемии холеры в Матлабе (Бангладеш) (Nail* G.B. et al., 2002). Генетический анализ более 170 природных штаммов, изолированных в 1989-2005 гг. в Калькутте (Индия), показал, что формирование измененных вариантов началось уже в 1990 г., когда наряду с типичными вибрионами Эль Тор были обнаружены измененные варианты, несущие в геноме как СТХ£/""ф, так и СТХс/а""ф (Rauchoudhuri A. et al., 2010). Возможно, что именно эти штаммы, продуцирующие СТ обоих типов, были предшественниками появившихся позже вариантов, содержащих лишь классический профаг СТХс/амф. Установлено, что атипичные штаммы генетически разнородны. Это означает, что в их группу входит несколько вариантов, различающихся структурой генома.

Атипичные штаммы, изолированные в 1991-1994 гг. от больных в Матлабе (Бангладеш), характеризовались проявлением тяжелой формы холеры и были названы матлабскими вариантами (Nair G.B. et al., 2002; Safa A. et al., 2006). По фено- и генотипическим свойствам эти варианты можно отнести к 3 типам. Матлабские варианты 1-го типа характеризуются наличием классических аллелей генов патогенности tcpA, а также rstR и cíxB, входящих в состав острова патогенности VPI-1 и профага СТХф соответственно. В штаммах 3-го типа обнаружено присутствие на малой хромосоме тандемных повторов двух копий классического профага СТХф при наличие на большой хромосоме лишь тандемного повтора RS1-последовательности (Lee H.J. et al., 2009). Повторные исследования показали, что геном гибридных варинатов содержит специфичные для V. cholerae биовара Эль Тор острова пандемичности VSP-I и VSP-II (Safa A. et

al., 2006). По фенотипическим свойствам нельзя однозначно отнести матлабские варианты к классическому или Эль Тор биовару. В то же время эти варианты являются производными V. cholerae биовара Эль Тор и появились, видимо, в результате горизонтального переноса генов профага СТХф от вибрионов классического биовара (Nair G.B. et al., 2002; Safa A. et al., 2006).

В 2004 г. В Мозамбике (Юго-Восточная Африка) возникла эпидемическая вспышка холеры Эль-Тор, вызванная штаммами, генетически схожими с V. cholerae классического биовара. При этом среди более 2000 больных у многих была тяжелая форма холеры (Lee H.J. et al., 2006., Rauchoudhuri J. et al., 2008, 2010). Геномный анализ мозамбикского варианта, проведенный Faruque с соавт. (Faruque S.M. et al., 2007), показал присутствие на его малой хромосоме двух копий профага, расположенных в тандемном порядке и содержащих rstRclass и ctxBclass. Согласно недавним сообщениям Choi с соавт. (2010) профаг мозамбикских вариантов отличается от типичного профага СТХс/омф. Различия связаны с тем, что он имеет мозаичную структуру: ig-1, rsíR, ig-2, а также около 30% нуклеотидной последовательности генов rstA и rstB идентичны таковой профага СТХс/амф, тогда как остальная часть нуклеотидной последовательности коровой области почти неотличима от таковой профага СТХ£/'0Гф. В связи с этим профаг мозамбикских вариантов предложено обозначить как СТХл/о"~ф (Choi S.Y. et al., 2010). Кроме того, геном этого варианта был лишен RS1-элемента, локализованного, как правило, в хромосоме холерных вибрионов Эль Тор в близи от профага СТХ£//с""ф. Это означает, что указанные варианты вибрионов Эль Тор не способны образовывать зрелые фаговые частицы. Вместе с тем мозамбикские варианты были неотличимы от холерных вибрионов Эль-Тор по всем фенотипическим свойствам.

Штаммы, несущие на малой хромомсоме тандемные повторы классического профага, были выделены также во Вьетнаме. В отличие от мозамбикского варианта ряд вьетнамских штаммов несли дополнительный СТХс/й,55ф, локализованный на большой хромосоме. Вместе с тем профаг других вьетнамских штаммов Эль Тор содержал гены вибрионов как классических, так и Эль Тор, а именно ctxBl и rstREltor (Nguyen В.М. et al., 2009). Такие профаги, имеющие

комбинированные свойства профагов СТХс,яиф и СТХЕ/,огф, предложено относить к гибридным СТХя>'йгф.

В 1991-2004 гг. на территории ряда стран Азии и Африки (помимо Индии, Бангладеш и Мозамбика) были обнаружены варианты V. cholerae биовара Эль Тор, в геноме профага которых, помимо гена ctxBl, присутствует как ген rstRclass, так и ген rstRE1,or. Это означает, что в указанных штаммах имеются 2 различные копии СТХф (СТХс/лиф и CTXEllorq>), либо расположенные в тандемном порядке на одной хромомсоме, либо локализованные на разных хромосомах (Safa A. et al., 2010). Тем не менее, эти варианты по фенотипическим свойствам были неотличимы от вибрионов Эль Тор. На основании фенотипических и генетических особенностей эти изоляты были обозначены как гибридные варианты Эль Тор.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Агафонов, Дмитрий Алексеевич, 2014 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Бароян О.В. Холера Эль-Тор [Текст]. - М.: Медицина, 1971. - 254с.

2. Горяев А.А., Щелканова Е.Ю., Лозовский Ю.В. и др. Конструирование штамма Vibrio cholerae биовара Эль Тор гиперпродуцента холерного токсина II типа и определение оптимальных условий для продукции этого белка [Текст] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2008. - № 1. - С. 5659.

3. Ерошенко Г.А. Молекулярно-генетический анализ штаммов Vibrio cholerae 0139 [Текст]: диссертация ... доктора биологических наук: 03.00.07, 03.00.15. Саратов, 2004. - 298 с.

4. Журавлева Е.А., Смирнова Н.И. Использование транспозонов для изучения генетической организации Vibrio cholerae не 01 с помощью Tn5-Mob [Текст] // Мол. генет. микроб, и вирусол. - 1991. -№ 5. - С. 15-19.

5. Ильина Т.С., Романова Ю.М. Геномные острова бактерий: организация, функции, роль в эволюции [Текст] // Молекулярная биология. - 2002. - Т. 36.-№2.-С. 228-239.

6. Ильина Т.С. Механизмы горизонтального переноса генов: роль бактериофагов и интегронов в эволюции патогенных бактерий [Текст] // Мол. генетика, микробиол., вирусол. - 2003. - № 4. - С. 3-10.

7. Информационный бюллетень ВОЗ, 2014. -N107.

8. Исаев Н.Д. Фенотипический и генетический анализ изогенных вариантов холерного вибриона с альтернативным уровнем экспрессии факторов патогенности и персистенции [Текст]: диссертация... кандидата биологических наук: 03.00.07, 03.00.04. Саратов, 2007. - 149с.

9. Кулешов К.В., Маркелов М.Л., Дедков В.Г. Филогенетический анализ геномов штаммов Vibrio cholerae, выделенных на территории Ростовской области [Текст] // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 2013. - № 6.-С. 13-20.

10. Лабораторная диагностика холеры. Методические указания МУ 4.2.2218-07. [Текст]. Москва. - 2007.

11. Ломов Ю.М. Эволюция возбудителя холеры и прогноз по этой инфекции на ближайшее будущее [Текст] // Эпидемиол. инф. бол. -2004. -№ 1. - Р. 7-12.

12.Ломов Ю.М., Телесманич Н.Р., Андрусенко И.Т. и др. Свойства штаммов холерных вибрионов, выделенных в Азии, и их связь со штаммами, циркулирующими на других континентах в период седьмой пандемии холеры [Текст] // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2012. - № 1. -С. 39-45.

13.Мазрухо А.Б., Кругликов В.Д., Монахова Е.В. и др. Результаты мониторинга за холерными вибрионами в акватории Таганрогского залива Азовского моря в 2011-2012 гг. [Текст] // Эпидемиология и нфекционные болезни. -2013.-№6.-С. 39-42.

14.Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование [Текст]. Пер. с англ. - М.: Мир, 1984. - 480 с.

15.Марамович A.C., Урбанович Л.Я., Миронова Л.В., Куликалова Е.С. Эволюция эпидемиологии холеры [Текст] // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 2006. - № 6. - С. 63-71.

16.Миронова Л.В., Балахонов C.B., Урбанович Л.Я. и др. Молекулярно-генетический анализ эпидемически опасных штаммов Vibrio cholerae eltor, изолированных в Сибирском и Дальневосточном регионах России [Тескт] // Молекул, генетика, микробиол., вирусол. - 2012. - № 2. - С. 13-20.

П.Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Басов Е.А. и др. Ретроспективный макрорестрикционный анализ штаммов Vibrio cholerae eltor, изолированных при эпидемических осложнениях на Дальнем Востоке России [Текст] // Молекул, генетика, микробиол., вирусол. - 2014. - № 2. - С.29-36.

18.Монахова Е.В., Писанов Р.В. Токсины холерных вибрионов [Текст] // Мол. генетика, микробиол., вирусол.-2005.-№ 1.-С. 7-18.

19.Монахова Е.В., Миронова A.B., Алексеева Л.П., Мазрухо А.Б. Вирулентность холерных вибрионов, содержащих рге-СТХср: генотипическая и фенотипическая характеристика [Текст] // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 2008. - № 4. - С. 27-32.

20.Монахова Е.В.. Водопьянов С.О., Водопьянов A.C. и др. О формировании новых вариантов возбудителей холеры в период седьмой пандемии и возможности их заноса на территорию России [Текст] // Холера и патогенные для человека вибрионы: Матер, пробл. комиссии. - Ростов-на-Дону, 2009.-Вып. 22.-С. 104-108.

21.Москвитина Э.А., Ломов Ю.М., Гавринева A.B. и др. Холера в мире, странах СНГ и России: состояние заболеваемости, прогноз (2001-2005 гг.) [Текст] // Холера и патогенные для человека вибрионы: Матер, пробл. комиссии. -Ростов-на-Дону, 2006. - Вып. 19. - С. 10-12.

22.Москвитина Э.А. Современные тенденции в развитие седьмой пандемии холеры [Текст] // Пробл. особо опасных инфекций. - 2008. - Вып. 1(95). - С. 22-26.

23.Москвитина Э.А., Мазрухо А.Б., Адаменко О.Л., Крутиков В.Д. Холера в начале XXI века. Прогноз на глобальном уровне [Текст] // Проблемы особо опасных инфекций.-2012.-№ 1.-С. 11-16.

24.Назаретян A.A., Москвитина Э.А. Холера: Эндемичные территории стран мира. 2007-2011 гг. [Текст] // Холера и патогенные для человека вибрионы. Матер, совещ. спец-в Роспотребнадзора. - Ростов-на-Дону, 2013. - Вып. 26. -С. 16-21.

25.0нищенко Г.Г., Ломов Ю.М., Москвитина Э.А. и др. Эпидемиологические особенности холеры в Республике Дагестан. Оценка некоторых противоэпидемических мероприятий [Текст] // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 1995. - № 2, Приложение. - С. 9-22.

26.0нищенко Г.Г., Москвитина Э.А., Кологоров А.И. и др. Вспышка холеры в Казани в 2001 году [Текст] // Пробл. особо опасных инфекций. - 2001. -Вып. 2(82).-С. 15-26.

27.0нищенко Г.Г., Ломов Ю.М., Москвитина Э.А. и др. Эпидемиологический надзор за холерой: обоснование к оценке его эффективности [Текст] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2005. - № 1. - С. 5-9.

28.Осин A.B., Нефедов К.С., Ерошенко Г.А., Смирнова H.H. Сравнительный анализ геномов холерных вибрионов эльтор, выделенных до начала и в

разные периоды седьмой пандемии холеры [Текст] // Генетика. - 2005. -Т.41, №1. - С.1-10.

29.Савельев В.Н., Савельева И.В., Бабенышев Б.В., Куличенко А.Н. Эволюция возбудителя и клинико-эпидемиологические особенности современной холеры Эль-Тор [Текст] // Эпидемиол. инф. бол. - 2012. - № 5. - С. 31 - 35.

30.Савельев В.Н., Савельева И.В., Васильева О.В. и др. Эволюция Vibrio cholerae eltor и обнаружение их генотипических вариантов на Кавказе [Текст] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2012. - Вып. 114. - С. 5860.

31. Смирнов Г.Б. Механизмы приобретения и потери генетической информации бактериальными геномами [Текст] // Успехи современной микробиологии. -2008.-Т. 128, №1.-С. 52-76.

32. Смирнова Н.И. Генетический контроль патогенности Vibrio cholerae: умеренный нитевидный фаг СТХ, кодирующий холерный токсин, и «остров патогенности» [Текст] // Молекул, генетика, микробиол., вирусол. - 1999. -№ 4. - С.3-11.

33.Смирнова Н.И. Возбудитель холеры новой 0139-серогруппы: молекулярно-генетические особенности и происхождение [Текст] // Молекул, генетика, микробиол. и вирусол. - 2002. - № 3. - С. 23-33.

34.Смирнова Н.И., Кутырев В.В. Эволюция возбудителя холеры [Текст] // Мол. генетика, микробиол., вирусол. - 2004. - № 4. - С. 3-13.

35.Смирнова Н.И., Горяев A.A., Кутырев В.В. Эволюция генома возбудителя холеры в современный период [Текст] // Мол. генет. микробиол. и вирусол. -2010. -№ 4. - С. 11-19.

36. Смирнова Н.И., Горяев A.A., Заднова С.П. и др. Генетическая характеристика клинических штаммов Vibrio cholerae, завезенных на территорию Российской Федерации в современный период [Текст] // Микробиол.-2011.-№3.-С. 3-10.

37.Смирнова Н.И., Заднова С.П., Шашкова A.B., Кутырев В.В. Вариабельность генома измененных вариантов Vibrio cholerae биовара Эль Тор, завезенных

на территорию России в современный период [Текст] // Мол. генетика, микробиол. вирусол.-2011.-№4.-С. 11-18.

38.Челдышова Н.Б. Дифференциация штаммов Vibrio cholerae 01 с различной эпидемической значимостью на основании четырех генов вирулентности: ctxA, tcpA, toxR и hap А [Текст]: диссертация... кандидата медицинских наук: 03.00.07, 14.00.30. Саратов, 2002. - 173с.

39.Черкасов А.В., Краснов Я.М., Агафонов Д.А. и др. Вариабельность структуры острова пандемичности VSP-II штаммов Vibrio cholerae, выделенных на территории России [Текст] // Материалы международной конференции «Молекулярная эпидемиология актуальных инфекций». -Инфекция и иммунитет. - 2013. - Т. 3, № 2. - С. 185.

40.Шашкова А.В., Горяев А.А., Заднова С.П. и др. Конструирование ПЦР-тест системы для идентификации токсигенных штаммов Vibrio cholerae 01, определения их биовара и дифференциации штаммов эльтор на типичные и измененные [Текст] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2011. - № 4. -С. 49-52.

41.Шашкова А.В. Фенотипический и молекулярно-генетический анализ измененных вариантов Vibrio cholerae биовара ЭльТор [Текст]: диссертация... кандидата биологических наук: 03.02.03. Саратов, 2012. -131с.

42.Щелканова Е.Ю., Горяев А.А., Смирнова Н.И. Изменение генома профага СТХф Vibrio cholerae биовара эльтор, вызываемое транспозоном Tn5-Mob [Текст] // Мол. генет. микробиол. и вирусол. - 2008. - № 3. - С. 11-17.

43.Alam М.Т., Nusrin S., Islam A. et al. Cholera between 1991 and 1997 in Mexico was associated with Infection by Classical, El Tor, and El Tor Variants of Vibrio cholerae [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48, N10. - P. 3666-3674.

44.А1ат M.T., Weppelmann T.A., Weber C.D. et al. Monitoring water sources for environmental reservoirs of toxigenic V cholerae Ol, Haiti [Text] // Emerg. Infect. Dis. - 2014. Vol. 20, N3. - P. 356-363.

45.Ansaruzzaman M., Bhuiyan N.A., Nair G.B. et al. Cholera in Mozambique, variant of Vibrio cholerae [Text] // Emerg. Infect. Dis. - 2004. - Vol. 10 - P. 2057-2059.

46.Bakhshi B., Boustanshenas M., Mahmoudi-aznaveh A. Emergence of Vibrio cholerae Ol classical biotype in 2012 in Iran [Text] // Lett. Appl. Microbiol. -2014. Vol. 58, N2. - P. 145-149.

47.Banerjee R., Das B., Nair G. B., Basak S. Dynamics in genome evolution of Vibrio cholera [Text] // Infect. Genet. Evol. - 2014. - Vol. 23. - P. 32-41.

48. Barzilay E.J., Schaad N., Magloire R. et al. Cholera surveillance during the Haiti epidemic - the first 2 years [Text] // N. Engl. J. Med. - 2013. Vol. 368. - P. 599609.

49.Bentivoglio M., Pacini P. Filippo Pacini: a determined observer [Text] // Brain Res. Bull. - 1995. - Vol. 38, N2. - P. 161-165.

50.Bhaskaran K., Rowley D. Nutritional studies on Vibrio cholerae [Text] // J. Gen. Microbiol. - 1956.-Vol. 15,N2.-P. 417-422.

51.Bhattacharya T., Chatterjee S., Maiti D., et al. Molecular analysis of the rstR and orfU genes of the CTX prophages integrated in the small chromosomes of environmental Vibrio cholerae non-Ol, non-0139 strains [Text] // Environ. Microbiol. - 2006. - Vol. 8, N3. - P. 526-634.

52.Bhuiyan N.A., Nusrin S., Ansaruzzaman M. et al. Genetic characterization of Vibrio cholerae Ol strains isolated in Zambia during 1996-2004 possessing the unique VSP-II region of El Tor variant [Text] // Epidemiol. Infect. - 2012. - Vol. 140,N3.-P. 510-518.

53.Bik E.M., Eckburg P.B., Gill S.R. et al. Molecular analysis of the bacterial microbiota in the human stomach [Text] // Proc. Natl. Acad. Sei USA. - 2006. Vol. 103, N3.-P. 732-737.

54.Blake P.A., Allegra D.T., Snyder J.D. et al. Cholera - a possible endemic focus in the United States [Text] //N. Engl. J. Med. - 1980. - Vol. 302, N6. - P. 305-309.

55.Blake P.A. Epidemiology of cholera in the Americas [Text] // Gastroenterol. Clin. North Am. - 1993. - Vol. 22, N3. - P. 639-660.

56.Blokesch M. and Schoolnik G.K. The extracellular nuclease dns and its role in natural transformation of Vibrio cholerae [Text] // J. Bacteriol. - 2008. - Vol. 190,N21.-P. 7232-7240.

57.Boyd E.F., Moyer K.E., Shi L., Waldor M.K. Infectious CTXO and the Vibrio Pathogenicity Island prophage in Vibrio mimicus: evidence for recent horizontal transfer between V. mimicus and V. cholerae [Text] // Infect. Immun. - 2000. -Vol. 68,N3.-P. 1507-1513.

58.Borkakoty B., Biswas D., Devi U. et al. Emergence of classical ctxB genotype 1 and tetracycline resistant strains of Vibrio cholerae Ol El Tor in Assam, India [Text] // Tropical Med. Hyg. - 2012. - Vol. 106. - P. 382-386.

59.Ceccarelli D., Spagnoletti M., Bacclu D. et al. New V. cholerae atypical El Tor variant emerged during the 2006 epidemic outbreak in Angola [Text] // Microbiol. -2011.-Vol. 11.-P. 130-138.

60.Chatterjee S., Patra T., Ghosh K. et al. Vibrio cholerae Ol clinical strains isolated in 1992 in Kolkata with progenitor traits of the 2004 Mozambique variant [Text] //J. Med. Microbiol. - 2009. - Vol. 58. - P. 239-247.

61.Chen P.Y. Mu J.J., Lin H.Y. et al. Vibrio cholerae Ol infection in Taiwan [Text] // J. Infect. - 2011. - Vol. 62, N2. - P. 178-180.

62.Chin C.S., Sorenson J., Harris J.B. et al. Origin of the Haitian cholera outbreak strain [Text] // N. Engl. J. Med. - 2011. - Vol. 364, N1. - P.33-42.

63.Choi S.Y., Lee J.H., Jeon Y.S. et al. Multilocus variable-number tandem repeat analysis of Vibrio cholerae 01 El Tor strains harbouring classical toxin B [Text] // J. Med. Microbiol. - 2010. - Vol. 59. - P. 763-769.

64.Chow K.H., Ng J.T.K., Yuen K.Y., Yami W.C. Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR [Text] // J.Clin.Microbiol. - 2001. - Vol. 30. - P. 25942597.

65.Chun J., Grim C.J., Hasan N.A. et al. Comparative genomics reveals mechanism for short-term and long-term clonal transitions in pandemic Vibrio cholerae [Text] //Proc.Natl. Acad. Sci. USA.-2009. - Vol. 106,N36.-P. 15442-15447.

66.Das B., Bischerour J., Val M.E., Barre F.X. Molecular keys of the tropism of integration of the cholera toxin phage [Text] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2010. - Vol. 107, N9. - P. 4377-4382.

67.Davis B.M., Kimsey H.H., Chang W., Waldor M.K. The Vibrio cholerae 0139 Calcutta bacteriophage CTXphi is infectious and encodes a novel repressor [Text] //J. Bacterid.-1999.-Vol. 181, N21.-P. 6779-6787.

68. Davis B.M., Moyer K.E., Boyd E.F., Waldor M.K. CTX prophages in classical biotype Vibrio cholerae: functional phage genes but dysfunctional phage genomes [Text] // J. Bacteriol. - 2000. - Vol. 182, N24. - P. 6992-6998.

69.Davis B.M., Waldor M.K. Filamentous phages linked to virulence of Vibrio cholerae [Text] // Curr. Opinion in Microbiol. - 2003. - Vol. 6, N1. - P. 35-42.

70.De Haan L., Hirst T.R. Cholera toxin: a paradigm for multi-functional engagement of cellular mechanisms [Text] // Mol. Membr. Biol. - 2004. - Vol. 21, N2. - P.77-92.

71.DiRita V.J., Parsot C., Jander G., Mekalanos J.J. Regulatory cascade controls virulence in Vibrio cholerae [Text] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1991. - Vol. 88,N12.-P. 5403-5407.

72.Dittmer J.B., Withey J.H. Identification and characterization of the functional toxboxes in the Vibrio cholerae cholera toxin promoter [Text] // J. Bacteriol. -2012.-Vol. 194,N19.-P. 5255-5263.

73.Dutta N.K., Habbu M.K. Experimental cholera in infant rabbits: a method for chemotherapeutic investigation [Text] // Br. J. Pharmacol. Chemother. - 1955. -Vol. 10, N2. -P.153-159.

74.Dziejman M., Balon E., Boydet D. et al. Comparative genomic analysis of Vibrio cholerae: genes that correlate with cholera endemic and pandemic disease [Text] // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2002. - Vol. 99. - P. 1556-1561.

75.Fan F., Liu Z., Jabeen N. et al. Enhanced Interaction of Vibrio cholerae Virulence Regulators TcpP and ToxR under Oxygen-Limiting Conditions [Text] // Infect. Immun.-2014.-Vol. 82,N4.-P. 1676-1682.

76.Faruque S.M., Asadulghani, Saha M.N. et al. Analysis of clinical and environmental strains of nontoxigenic Vibrio cholerae for susceptibility to

CTXPhi: molecular basis for origination of new strains with epidemic potential [Text] // Infect. Immun. - 1998. - Vol. 66, N12. - P. 5819-5825.

77.Faruque S.M., Zhu J., Asadulghani et al. Examination of diverse toxin-coregulated pilus-positive Vibrio cholerae strains fails to demonstrate evidence for Vibrio pathogenicity island phage [Text] // Infect. Immun. - 2003. - Vol. 71, N6. - P. 2993-2999.

78.Faruque S.M., Naser I.B., Islam M.J. Seasonal epidemics of cholera inversely correlate with the prevalence of environmental cholera phages [Text] // Proc. Natl. Acad. Sei. - 2005. - Vol. 102.-P. 1702-1707.

79.Faruque S.M.A., Tarn V.C., Chowdhury N. et al. Genomic analysis of the Mozambique strain of Vibrio cholerae Ol reveals the origin of El Tor strains carrying classical CTX prophage [Text] // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2007. -Vol. 104.-P. 5151-5156.

80.Faruque S.M., Rahman M.M., Hasan A.K.M., et al. Diminished diarrheal response to Vibrio cholerae strains carrying the replicative form of the CTX(Phi) genome instead of CTX (Phi) lysogens in adult rabbits [Text] // Infect. Immun. -2001. - Vol. 69. - P. 6084-6090.

81. Fields P.I., Popovic T., Wachsmuth K., Olsvik O. Use of polymerase chain reaction for detection of toxigenic Vibrio cholerae Ol strains from the Latin American cholera epidemic [Text] // J. Clin. Microbiol. - 1992. - Vol. 30, N8. -P. 2118-2121.

82.Finkelstein R.A., Boesman-Finkelstein M., Chang Y. et al. Vibrio cholerae hemagglutinin/protease, colonial variation, virulence and detachment [Text] // Infect. Immun. - 1992. - Vol. 60. - P. 472-478.

83. Ghosh P., Nair G. B., Tang L. Epidemiological study of Vibrio cholerae using variable number of tandem repeats [Text] // FEMS Microbiol Lett. - 2008. - Vol. 288. -P.196-201.

84.Ghosh P., Naha A., Basak S. et al. Haitian variant tcpA in Vibrio cholerae Ol El Tor strains in Kolkata, India [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2014. - Vol. 52, N3. -P. 1020-1021.

85.Goel A.K., Jain M., Kumar P. et al. A new variant of Vibrio cholerae 01 El Tor causing cholera in India [Text] // J. Infect. - 2008. - Vol. 57. - P. 280-281.

86.Goss T.J., Morgan S.J., French E.L., Krukonis E.S. ToxR recognizes a direct repeat element in the toxT, ompU, ompT, and ctxA promoters of Vibrio cholerae to regulate transcription [Text] // Infect. Immun. - 2013. - Vol. 81, N3. - P. 884895.

87. Grim C.J., Choi J., Chun J. et al. Occurrence of the Vibrio cholerae seventh pandemic VSP-I island and a new variant [Text] // OMICS. - 2010a. - Vol. 14, Nl.-P. 1-7.

88. Grim C.J., Hasan N., Taviani E. et al. Genome sequence of hybrid Vibrio cholerae 01 MJ-1236, B-33 and CIRS101 and comparative genomics with V. cholerae [Text] // J. Bacteriol. - 2010b. - Vol. 192, N13. - P. 3524-3533.

89.Haider K., Das B., Nair G.B., Bhadra R.K. Molecular evidence favouring stepwise evolution of Mozambique Vibrio cholerae 01 El Tor hybrid strain [Text] // Microbiology. - 2010. - Vol. 156. - P. 99-107.

90.Harris J.B., LaRocque R.C., Qadri F. et al. Cholera [Text] // Lancet. - 2012. -Vol. 379.-P. 2466-2476.

91. Heidelberg J.F., Eisen J.A., Nelson W.C. et al. DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae [Text] // Nature. - 2000. -Vol. 406.-P. 477-483.

92.Hochhut B., Lotfi Y., Mazel D. et al. Molecular analysis of antibiotic resistance gene clusters in Vibrio cholerae 0139 and 01 SXT constins [Text] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2001. - Vol. 45, N11. - P. 2991-3000.

93.Hung D.T., Mekalanos J.J. Bile acids induce cholera toxin expression in Vibrio cholerae in a ToxT-independent manner [Text] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2005. - Vol. 102, N8. - P. 3028-3033.

94.1slam M.S., Mahmud Z.H., Ansaruzzaman M. et al. Phenotypic, genotypic, and antibiotic sensitivity patterns of strains isolated from the cholera epidemic in Zimbabwe [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N6. - P. 2325-2327.

95.Iwanaga M., Yamamoto K., Higa N. et al. Culture conditions for stimulating cholera toxin production by Vibrio cholerae Ol El Tor [Text] // Microbiol. Immunol. - 1986. - Vol. 30, N11. - P. 1075-1083.

96. Jang J., Jung K.T., Park J. et al. The Vibrio cholerae VarS/VarA two-component system controls the expression of virulence proteins through ToxT regulation [Text]//Microbiology.-2011.-Vol. 157.-P. 1466-1473.

97.Johnson J.A., Salles C.A., Panigrahi P. et al. Vibrio cholerae 0139 synonym bengal is closely related to Vibrio cholerae El Tor but has important differences [Text] //Infect. Immun. - 1994. - Vol. 62, N5. - P. 2108-2110.

98.Joshi R.M., Albert M.J. Hybrid El Tor Vibrio cholerae Ol, Kuwait [Text] // Emerg. Infect. Dis. - 2009. - Vol. 15, N11. - P. 1879-1880.

99.Kaper J.B., Morris J.G., Levine M.M. Cholera [Text] // Clin. Microbiol. Rev. -1995.-Vol. 8, N1. - P. 48-89.

100. Karaolis D.K., Johnson J.A., Bailey C.C. et al. A Vibrio cholerae pathogenicity island associated with epidemic and pandemic strains [Text] // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 1998.-Vol. 95, N6. - P. 3134-3139.

101. Katz L.S., Petkau A., Beaulaurler J. et al. Evolutionary dynamics of Vibrio cholerae Ol following a single-source introduction to Haiti [Text] // Mol. Biol. -2013. - Vol. 4: e00398-13.

102. Keasler S.P., Hall R.H. Detecting and biotyping Vibrio cholerae Ol with multiplex polymerase chain reaction [Text] // Lancet. - 1993. - Vol. 341. -P.1661.

103. Kimsey H.H., Waldor M.K., CTX(p immunity: application in the development of cholera vaccines [Text] // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. - 1998. - Vol. 95. - P. 7035-7039.

104. Kirn T.J., Jude B.A., Taylor R.K. A colonization factor links Vibrio cholerae environmental survival and human infection [Text] // Nature. - 2005. - Vol. 438. -P. 863-866.

105. Kumar P., Jain M., Goel A.K. et al. A large cholera outbreak due to a new cholera toxin variant of the Vibrio cholerae 01 El Tor biotype in Orissa, Eastern India [Text] // J. Med. Microbiol. - 2009. - Vol. 58. - P. 234-238.

106. Kumar P., Mishra D.K., Deshmukh D.G. et al. Vibrio cholerae 01 Ogawa El Tor strains with the ctxB7 allele driving cholera outbreaks in south-western India in 2012 [Text] // Infect. Genet. Evolut. - 2014. - Vol. 12. - P. 1-4.

107. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage [Text] //Nature. - 1970. - Vol. 227. - P. 680-685.

108. Lee J.H., Han K.H., Choi S.Y. et al. Multilocus sequence typing (MLST) analysis of Vibrio cholerae 01 El Tor isolates from Mozambique that harbour the classical CTX prophage [Text] // J. Med. Microbiol. - 2006. - Vol. 55. - P. 165170.

109. Lee J.H., Choi S.Y., Jeon Y.S. et al. Classification of hybrid and altered Vibrio cholerae strains by CTX prophage and RSI element structure [Text] // J. Microbiol. - 2009. - Vol. 47, N6. - P.783-788.

110. Lery L.M., Goulart C.L., Figueiredo F.R. et al. A comparative proteomic analysis of Vibrio cholerae 01 wild-type cells versus a phoB mutant showed that the PhoB/PhoR system is required for full growth and rpoS expression under inorganic phosphate abundance [Text] // J. Proteomics. - 2013. - Vol. 86. - P. 115.

111. Lin W., Fullner K.J., Clayton R. et al. Identification of a Vibrio cholerae RTX toxin gene cluster that is tightly linked to the cholera toxin prophage [Text] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1999. - Vol. 96, N3. - P. 1071-1076.

112. Longini I.M. Jr., Yunus M., Zaman K. et al. Epidemic and endemic cholera trends over a 33-year period in Bangladesh [Text] // J. Infect. Dis. - 2002. - Vol. 186,N2.-P. 246-251.

113. Lorenz M.G., Wackernagel W. Bacterial gene transfer by natural genetic transformation in the environment [Text] // Microbiol. Rev. - 1994. - Vol. 58, N3.-P. 563-602.

114. Maiti D., Das B., Saha A. et al. Genetic organization of pre-CTX and CTX prophages in the genome of an environmental Vibrio cholerae non-Ol, non-0139 strain [Text] //Microbiology. - 2006. - Vol. 152, N12.-P. 3633-3641.

115. Meibom K.L., Blokesch M., Dolganov N.A. et al. Chitin induces natural competence in Vibrio cholerae [Text] // Science. - 2005. - Vol. 310, N5755. -P. 1824-1827.

116. Mekalanos J.J. Duplication and amplification of toxin genes in Vibrio cholerae [Text]//Cell. - 1983.-Vol. 35,N1.-P. 253-263.

117. Mekalanos J.J., Rubin E.J., Waldor M.K. Cholera: molecular basis for emergence and pathogenesis [Text] // FEMS Immun. Med. Microbiol. - 1997. -Vol. 18.-P. 241-248.

118. Merrell D.S. and Camilli A. Regulation of Vibrio cholerae genes required for acid tolerance by a member of the "ToxR-like" family of transcriptional regulators [Text] // J. Bacteriol. - 2000. - Vol. 182, N19. - P. 5342-5350.

119. Miller V.L., Mekalanos J.J. Synthesis of cholera toxin is positively regulated at the transcrip-tional level by toxR [Text] // Proc. Notl. Acad. Sci. USA. - 1984. -Vol. 81.-P. 3471-3475.

120. Miller V.L., Mekalanos J.J. A novel suicide vector and its use in construction of insertion mutations: osmoregulation of outer membrane proteins and virulence determinants in Vibrio cholerae requires toxR [Text] // J. Bacteriol. - 1988. -Vol. 170. N6.-P. 2575-2583.

121. Minato Y., Fassio S.R., Hase C.C. Malonate inhibits virulence gene expression in Vibrio cholerae [Text] // PLoS One. - 2013. - Vol. 13:e63336.

122. Mooi F.R., Bik E.M. The evolution of epidemic Vibrio cholerae strains [Text] //Trends Microbiol.-1997.-Vol. 5, N4.-P. 161-165.

123. Morgan S.J., Felek S., Gadwal S. et al. The two faces of ToxR: activator of ompU, co-regulator of toxT in Vibrio cholerae [Text] // Mol. Microbiol. - 2011. -Vol. 81,N1.-P. 113-128.

124. Morita M., Ohnishi M., Arakawa E. et al. Development and validation of a mismatch amplification mutation PCR assay to monitor the dissemination of an emerging variant of Vibrio cholerae 01 biotype El Tor [Text] // Microbiol. Immunol. - 2008 - Vol. 52, N6. - P.314-317.

125. Morita M., Ohnishi M., Arakawa E. et al. Emergence and genetic diversity of El Tor Vibrio cholerae Ol that possess classical biotype ctxB among travel-

associated cases of cholera in Japan [Text] // J. Med. Microbiol. - 2010. - Vol. 59. - P.708-712.

126. Morita M., Yamamoto S., Hiyoshi H. et al. Horizontal gene transfer of a genetic island encoding a type III secretion system distributed in Vibrio cholerae [Text] // Microbiol. Immunol. - 2013. - Vol. 57. - P. 334-339.

127. Mutreja A. Thomson N.R., Connor T.R., et al. Evidence for several waves of global transmission in the seventh cholera pandemic [Text] // Nature. - 2011. -Vol. 477.-P. 462-465.

128. Naha A., Pazhani G.P., Ganguly M. Development and avaluation of a PCR assay for tracking the emergence and dissemination of Haitian variant ctxB in Vibrio cholerae 01 strains isolated from Kolkata, India [Text] // J. Clin.Microbiol. - 2012. - Vol. 50, N5. - P. 1733-1736.

129. Naha A., Chowdhury G., Ghosh-Banerjee J. et al. Molecular characterization of high-level-cholera-toxin-producing El Tor variant Vibrio cholerae strains in the Zanzibar Archipelago of Tanzania [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2013. - Vol. 51, N3.-P. 1040-1045.

130. Nair G.B., Faruque S.M., Bhuiyan N.A. et al. New variants of Vibrio cholerae 01 biotype El Tor with attributes of the classical biotype from hospitalized patients with acute diarrhea in Bangladesh [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2002. -Vol. 40, N9.-P. 3296-3299.

131. Nair G. B., Qadri F., Holmgren J. et al. Cholera due to altered El Tor strains of Vibrio cholerae 01 in Bangladesh [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44. -P. 4211-4213.

132. Nair G.B. How much more research is required to prevent cholera? [Text] // Indian J. Med. Res. - 2007. - Vol. 125, N5. P. 612-614.

133. Na-Ubol M., Srimanote P., Chongsanguan M. et al. Hybrid & El Tor variant biotypes of Vibrio cholerae Ol in Thailand [Text] // Indian. J. Med. Res. - 2011. - Vol. 133, N4. - P.387-394.

134. Nguyen B.M., Lee J.H., Cuong N.T. et al. Cholera outbreaks caused by an altered Vibrio cholerae Ol El Tor biotype strain producing classical cholera toxin

B in Vietnam in 2007 to 2008 [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2009. - Vol. 47. -P.1568-1571.

135. Nusrin S., Khan G.Y., Bhuiyan N.A. Diverse CTX phages among toxigenic Vibrio cholerae Ol and 0139 strains isolated between 1994 and 2002 in an area where cholera is endemic in Bangladesh [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2004. -Vol. 42,N12.-P. 5854-5856.

136. Nusrin S., Gil A.I., Bhuiyan N.A. et al. Peruvian Vibrio cholerae Ol El Tor strains possess a distinct region in the Vibrio seventh pandemic island-II that differentiates them from the prototype seventh pandemic El Tor strains [Text] // J. Med. Microbiol. - 2009. - Vol. 58, N3. - P. 342-354.

137. Oyedeji K.S., Niemogha M.-T., Nwaokorie F.O. et al. Molecular characterization of the circulating strains of the Vibrio cholerae during 2010 cholera outbreak in Nigeria [Text] // J. Health Popul. Nutr. - 2013. - Vol. 2. - P. 178-184.

138. Okada K., Chantaroj S., Roobthaisong A. et al. A cholera outbreak of the Vibrio cholerae Ol El Tor variant carrying classical ctxB in Northeastern Thailand in 2007 [Text] // Am. J. Trop. Med. Hyg. - 2010. - Vol.82, N5. - P.875-878.

139. Okada K., Roobthaisong A., Nakagawa I. et al. Genotypic and PFGE/MLVA analyses of Vibrio cholerae 01: geographical spread and temporal changes during the 2007-2010 cholera outbreaks in Thailand [Text] // PLOS. - 2012. - Vol. 7, N1 -P. 1-10.

140. Olsvik O., Wahlberg J, Petterson B et al. Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae Ol strains [Text] // J. Clin. Microbiol. - 1993. -Vol. 31.-P. 22-35.

141. O'Farrell P.H. High Resolution two-dimensional electrophoresis of proteins [Text] //J. Biol. Chem. - 1975. - Vol. 250. - P. 4007-4021.

142. O'Shea Y. A., Finnan S., Reen F. J. et al. The Vibrio seventh pandemic island-II is a 26.9 kb genomic island present in Vibrio cholerae El Tor and 0139

serogroup isolates that shows homology to a 43.4 kb genomic island in V. vulnificus [Text] // Microbiol. - 2004. - Vol. 150. - P.4053-4063.

143. O'Shea Y. A., Reen F.J., Quirke A.M., Boyd F. Evolutionary genetic analysis of the emergence of the emergence of the basis of comparative nucleotide sequence analysis and multilocus virulence gene profiles [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2004. - P.4657-4671.

144. Pal R.R., Bag S., Dasgupta S. et al. Functional characterization of the stringent response regulatory gene dksA of Vibrio cholerae and its role in modulation of virulence phenotypes [Text] // J. Bacteriol. - 2012. Vol. 194, N20. - P. 56385648.

145. Paul B.J., Barker M.M., Ross W. et al. DksA: a critical component of the transcription initiation machinery that potentiates the regulation of rRNA promoters by ppGpp and the initiating NTP [Text] // Cell. - 2004. - Vol. 118, N3. -P. 311-322.

146. Paul B.J., Berkmen M.B., Gourse R.L. DksA potentiates direct activation of amino acid promoters by ppGpp [Text] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2005. -Vol. 102,N22.-P. 7823-7828.

147. Pradhan S., Baidya A.K., Ghosh A. et al. The El Tor biotype of Vibrio cholerae exhibits a growth advantage in the stationary phase in mixed cultures with the classical biotype [Text] // J. Bacteriol. - 2010. - Vol. 192, N4. - P. 955-963.

148. Prouty M.G., Osorio C.R., Klose K.E.Characterization of functional domains of the Vibrio cholerae virulence regulator ToxT [Text] // Mol. Microbiol. - 2005. -Vol. 58, N4.-P. 1143-1156.

149. Raychoudhuri A., Mukhopadhyay A.K., Ramamurthy T. Biotyping of Vibrio cholerae Ol: time to redefine the scheme [Text] // Indian. J. Med. Res. - 2008. -Vol. 128,N6.-P. 695-698.

150. Raychoudhuri A., Mukherjee P., Ramamurthy T. et al. Genetic analysis of CTX prophages with special reference to cixB and rstR alleles of Vibrio cholerae 0139 strains isolated from Kolkata over a decade [Text] // FEMS Microbiol. Let. -2010.-Vol. 303. - P.107-115.

151. Rawlings T.K., Ruiz G.M., Colwell R.R. Association of Vibrio cholerae Ol El Tor and 0139 Bengal with the Copepods Acartia tonsa and Eurytemora affinis [Text] // Appl. Environ. Microbiol. - 2007. - Vol. 73, N24. - P. 7926-7933.

152. Reidl J., Klose K.E. Vibrio cholerae and cholera: out of the water and into the host [Text] // FEMS Microbiol. Rev. - 2002. - Vol. 26. - P. 125-139.

153. Reimer A.R., Van Domselaar G., Stroika S. et al. Comparative genomics of Vibrio cholerae from Haiti, Asia, and Africa [Text] // Emerg. Infect. Dis. - 2011. -Vol. 17, N11. - P. 2113-2121.

154. Safa A, Bhuiyan NA, Alam M. et al. Genomic relatedness of the new Matlab variants of Vibrio cholerae 01 to the classical and El Tor biotypes as determined by pulsed-field gel electrophoresis [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2005. - Vol. 43, N3.-P. 1401-1404.

155. Safa A., Bhuyian N.A., Nusrin S. et al. Genetic characteristics of Matlab variants of Vibrio cholerae Ol that are hybrids between classical and El Tor biotypes [Text] // J. Med. Microbiol. - 2006. - Vol. 55.-P. 1563-1569.

156. Safa A., Sultana J., Cam P.D. et al. Vibrio cholerae Ol hybrid El Tor strains in Asia and Africa [Text] // Emerg. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 14. - P. 987-988.

157. Safa A., Nair G.B., Kong R.Y.C. Evolution of new variants of Vibrio cholerae 01 [Text] // Trends Microbiol. - 2010. - Vol. 18. - P.46-54.

158. Saidi S.M., Chowdhury N., Awasthi S.P. et al. Prevalence of Vibrio cholerae Ol El Tor variant in a cholera-endemic zone of Kenya [Text] // J. Med. Microbiol. - 2014. - Vol. 63. - P. 415-420.

159. Salim A., Lan R., Reeves P.R. Vibrio cholerae pathogenic clones [Text] // Emerg. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 11. - P. 1758-1760.

160. Salles C.A., Momen H., Vicente A.C., Coelho A. Vibrio cholerae in South America: polymerase chain reaction and zymovar analysis [Text] // Trans. R. Soc. Trop. Med. I-Iyg. - 1993. - Vol. 87, N3. - P. 272.

161. Sarkar A., Nandy R.K., Nair G.B., Ghose A.C. Vibrio pathogenicity island and cholera toxin genetic element-associated virulence genes and their expression in non-Ol non-0139 strains of Vibrio cholerae [Text] // Infect. Immun. - 2002. -Vol. 70, N8.-P. 4735-4742.

162. ShikumaN.J., Davis K.R., Fong J.N., Yildiz F.H. The transcriptional regulator, CosR, controls compatible solute biosynthesis and transport, motility and biofilm formation in Vibrio cholerae [Text] // Environ. Microbiol. - 2013. - Vol. 15, N5. -P. 1387-1399.

163. Siddique A.K., Zaman K., Akram K. et al. Emergence of a new epidemic strain of Vibrio cholerae in Bangladesh. An epidemiological study [Text] // Trop. Geogr. Med. - 1994. - Vol. 46, N3. - P. 147-150.

164. Simon R. High frequency mobilization of gram-negative bacterial replicons by the in vitro constructed Tn5-Mob transposon [Text] // Mol. Gen. Genet. - 1984. -Vol. 196, N3.-P. 413-420.

165. Singh D.V., Matte M.H., Matte G.R. et al. Molecular analyses of Vibrio cholerae 01, 0139, non-01 and non-0139 strains: clonal relationships between clinical and environmental isolates [Text] //Appl. Environ. Microbiol. - 2001. -Vol. 67.-N2.-P. 910-921.

166. Son M.S., Megli C.J., Kovacikova G. et al. Characterization of Vibrio cholerae Ol EI Tor biotype variant clinical isolates from Bangladesh and Haiti, including a molecular genetic analysis of virulence genes [Text] // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N11. - P. 3739-3749.

167. Suzuki M.T., Preston C.M., Bejä O. et al. Phylogenetic screening of ribosomal RNA gene-containing clones in Bacterial Artificial Chromosome (BAC) libraries from different depths in Monterey Bay [Text] // Microb. Ecol. - 2004. - Vol. 48, N4.-P. 473-488.

168. Svennerholm A.M., Stromberg G.J. Holmgren, J. Purification of Vibrio cholerae soluble haemagglutinin, development enzyme-linked immunosorbent assays for antigen, antibody quantitations [Text] // Infect. Immun. - 1983. - Vol. 41.-P. 237.

169. Talkington D., Bopp C., Tarr C. et al. Characterization of toxigenic Vibrio cholerae from Haiti, 2010-2011 [Text] // Emerg. Infect. Dis. - 2011. - Vol. 17, N11.-P. 2122-2129.

170. Tamplin M.L., Gauzens A.L., Huq A. Attachment of Vibrio cholerae serogroup 01 to Zooplankton and phytoplankton of Bangladesh waters [Text] // Appl. environ, microbiol. - 1990. - P. 1977-1980.

171. Tan N.H., Tan C.S. Acidimetric assay for phospholipase A using egg yolk suspension as substrate [Text] // Anal. Biochem. - 1988. - Vol. 170, N2. - P. 282288.

172. Taneja N., Mishra A., Sangar G., Singh G., Sharma M. Outbreaks caused by new variants of Vibrio cholerae 01 El Tor, India [Text] // Emerg. Infect. Dis. -2009. - Vol. 15, N2. - P. 352-354.

173. Taviani E., Grim C.J., Choi J. et al. Discovery of novel Vibrio cholerae VSP-II genomic islands using comparative genomic analysis [Text] // FEMS Microbiol. Lett. - 2010. - Vol. 308, N2. - P.130-137.

174. Trucksis M., Galen J.E., Michalski J., Fasano A., Kaper J.B. Accessory cholera enterotoxin (Ace), the third toxin of a Vibrio cholerae virulence cassette [Text] // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 1993. - Vol. 90, N11.-P. 5267-5271.

175. Udden S.M., Zahid M.S., Biswas K. et al. Acquisition of classical CTX prophage from Vibrio cholerae 0141 by El Tor strains aided by lytic phages and chitin-induced competence [Text] // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2008. - Vol. 105,N33.-P. 11951-11956.

176. Wachsmuth I.K., Evins G.M., Fields P.I. et al. The molecular epidemiology of cholera in Latin America [Text] // J. Infect. Dis. - 1993. - Vol. 167, N3. - P. 621626.

177. Waldor M.K., Mekalanos J.J. Vibrio cholerae 0139 specific gene sequences [Text] // Lancet. - 1994. - Vol. 343,N8909. -P. 1366.

178. Waldor M.K., Mekalanos J.J. Lysogenic conversion by a filamentous bacteriophage encoding cholera toxin [Text] // Science. - 1996. - Vol. 272. - P. 1910-1914.

179. Waldor M.K., Rubin E.J., Pearson G.D.N, et al. Regulation, replication, and integration functions of the Vibrio cholerae CTXcp are encoded by region RS2 [Text] // Mol. Microbiol. - 1997. - Vol. 24, N5. - P. 917-926.

180. Wittey J.F., DiRita V.J. The toxbox: specific/DNA sequence requirements for activation of Vibrio cholerae virulence genes by Tox^F [Text] // Mol. Microbiol. -2006.-Vol. 59, N6.-P. 1779-1789.

181. Yu R.R., DiRita V.J. Regulation of gene expression in Vibrio cholerae by ToxT involves both antirepression and RNA polymerase stimulation [Text] // Mol. Microbiol. - 2002. - Vol. 43, N1. - P. 119-134.