Молекулярно-генетические аспекты развития воспалительных заболеваний кишечника: болезни Крона и язвенного колита тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Насыхова, Юлия Алмазовна

• Насыхова, Юлия Алмазовна
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Насыхова, Юлия Алмазовна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Болезнь Крона и язвенный колит. Определение.

1.2. Классификация болезни Крона и язвенного колита.

1.3. Этиология и патогенез воспалительных заболеваний кишечника.

1.3.1. Инфекционная природа заболеваний.

1.3.2. Нарушения эпителиального барьера.

1.3.3. Нарушение иммунного ответа.

1.3.4. Факторы окружающей среды.АО

1.3.5. Роль генетического фактора в развитии ВЗК.

1.4. Воспалительные заболевания кишечника как мультифакторные заболевания.

1.5. Генетические факторы воспалительных заболеваний кишечника.

1.5.1. Рецепторы врожденного иммунитета.

1.5.2. Гены, обеспечивающие дифференцирование ТЫ7-лимфоцитов

1.5.3. Гены аутофагии.^°

1.5.4. Гены, обеспечивающие поддержание целостности эпителиального барьера.

1.5.5. Гены иммунного ответа.™

1.5.6. Ген

1.5.7. Ген ВШЬ2.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы исследования.

2.2. Методы.

2.2.1. Экстракция геномной ДНК из лимфоцитов периферической крови

2.2.2. Анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов.

2.2.3. Анализ полиморфизма генов с использованием Таятап-проб.

2.2.4. Анализ конформационного полимофизма однонитевой ДНК.

2.2.5. Секвенирование.

2.2.6. Математические методы анализа.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1. Сравнительный анализ частот аллелей и генотипов полиморфизма исследуемых генов у больных с ВЗК и в популяционной выборке из СевероЗападного региона России.

3.1.1. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полиморфизма гена ЫОВ2/САВ£>15.

3.1.2. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полиморфизма генов, обеспечивающих дифференцирование ТЫ 7-лимфоцитов (1Ь-23Я, БТАТЗ, МК2, И-12В).

3.1.3. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полимофизма генов аутофагии (АТв1бЬ1, ШвМ).

3.1.4. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полиморфизма локуса /2Ш5.

3.1.5. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полиморфизма генов иммунного ответа (ТМчх, Ш^ТО, РТРЫ2, РТРЫ22, МБП, И-10, 1Ь-18МР, 11-4,1Ь-4К).

3.1.6. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полимофизма генов дополнительных генов-кандидатов ВЗК (ИКХ2-3, ВТЖ2).

3.2. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полиморфизма исследуемых генов в подгруппах пациентов с различным клиническим течением ВЗК.

3.2.1. Клиническая характеристика исследуемых групп.

3.2.2. Сравнительный анализ частот генотипов и аллелей полиморфизма исследованных генов в подгруппах пациентов с различным клиническим течением ВЗК.

3.3. Поиск и идентификация новых полиморфных вариантов в гене

NOD2/CARD15 у пациентов с болезнью Крона.

3.4. Анализ роли межгенных взаимодействий в формировании предрасположенности к воспалительным заболеваниям кишечника.

3.5. Прогнозирование риска возникновения ВЗК на основе полиморфизма генов-кандидатов и средовых факторов риска заболевания.

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетические аспекты развития воспалительных заболеваний кишечника: болезни Крона и язвенного колита»

Актуальность проблемы. Исследование воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК), к которым относятся болезнь Крона (БК) и язвенный колит (Ж), является одной из наиболее актуальных задач современной гастроэнтерологии. Несмотря на относительно невысокую частоту ВЗК, неуклонный рост заболеваемости БК и ЯК, смещение начала заболевания в более ранний возраст, появление тяжелых форм, учащение внекишечных проявлений делают ВЗК серьезнейшей проблемой среди патологий желудочно-кишечного тракта (Адлер, 2001; Барановский и др., 2009). Воспалительные заболевания кишечника являются социально значимой проблемой медицины, что обусловлено большими затратами на лечение, потерей трудоспособности в молодом и зрелом возрасте, частой инвалидизацией и сложностью социальной реабилитации больных (Халиф, Лоранская, 2004).

Несмотря на многолетнюю историю изучения ВЗК, этиология заболеваний остается по-прежнему неизвестной, а патогенез исследован недостаточно. В настоящее время признана точка зрения, согласно которой, в возникновении ВЗК участвуют многие внешние и внутренние факторы. На сегодняшний день накоплены данные о роли генетических факторов в развитии заболеваний, их влиянии на особенности клинической картины, и установлено более 40 генов, полиморфизм которых ассоциирован с развитием ВЗК. Прежде всего, это гены, задействованные в регуляции таких процессов как дифференцирование ТЫ7-лимфоцитов, аутофагия, поддержание целостности эпителиального барьера и иммунный ответ (Zhang et al., 2008; Thompson, Lees, 2011; van Limbergen et al., 2007; Cooney, Jewell,

2009).

Несомненную важность имеют работы, направленные на комплексную оценку вклада генетических нарушений в развитие ВЗК. Такие исследования позволят расширить представления о механизмах возникновения и прогрессирования данных тяжелых патологий желудочно-кишечниго тракта. Изучение генетических маркеров развития ВЗК в будущем позволит выявлять индивидуумов с высоким риском возникновения БК и ЯК, а в дальнейшем может послужить основой для разработки профилактических мероприятий и оптимизации лечения патологий желудочно-кишечного тракта.

Цель и задачи исследования. Изучить роль аллелей генов рецепторов системы врожденного иммунитета, дифференцировки ТЫ7-лимфоцитов, аутофагии, эпителиального барьера и иммунного ответа в развитии болезни Крона и язвенного колита.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи исследования:

1. Определить частоты генотипов и аллелей по генам рецепторов системы врожденного иммунитета (Ы002/СА1Ю15); дифференцировки ТЫ 7-лимфоцитов (1Ь-23Я ЯТАТЗ, ЗАК2, И-12В); аутофагии (АТабЫ, ЖвМ); иммунного ответа (ТШа; ТИГ8Е15, РТРШ, РТРN22, 11-10, 11-ШАР, МБТ1, 1Ь-4, 1Ь-4Я); эпителиального барьера (Ж05), а также ЫКХ2-3 и ВТЫЬ2 в общей группе пациентов с ВЗК, группе пациентов с БК, группе пациентов с Ж и в популяционном контроле.

2. Провести сравнительный анализ частот генотипов и аллелей по генам рецепторов системы врожденного иммунитета, дифференцировки ТЫ 7-лимфоцитов, аутофагии, эпителиального барьера, иммунного ответа, а также МКХ2-3 и ВТИЬ2 в общей группе пациентов с ВЗК, группе пациентов с БК, группе пациентов с ЯК и в популяционном контроле.

3. Исследовать ассоциацию полиморфных вариантов генов рецепторов системы врожденного иммунитета, дифференцировки ТЫ7-лимфоцитов, аутофагии, эпителиального барьера, иммунного ответа, а также ЫКХ2-3 и ВТЖ2 с клиническими параметрами у пациентов с болезнью Крона и язвенным колитом.

4. Провести поиск и идентификацию новых полиморфных вариантов в вариабельной области экзона 4, а также в экзоне 11 гена ИОВ2/СА1Ю15 у пациентов с БК.

5. Определить комплексный вклад и прогностическое значение полиморфных аллелей генов рецепторов системы врожденного иммунитета, дифференцировки ТЫ7-лимфоцитов, аутофагии, эпителиального барьера, иммунного ответа, а также ИКХ2-3 и ВТЫЬ2 в развитии ВЗК.

Научная новизна работы. В рамках данного исследования впервые изучено распределение частот генотипов и аллелей по генам рецепторов системы врожденного иммунитета (N002/0АЯО15 (2104*С/Т, . 2722*0/0, Ьеи302¡т С))\ дифференцировки ТЫ 7-лимфоцитов (1Ь-23Я (798+2778*С/Т, 1142Ю/А), БТАТЗ (-1-13666*Т/С'), МК2 (1358*С/А), И-12В 10045431 *С/А)); аутофагии (АТЫбЫ (841*А/в), ШвМ (^13361189*7/0)); иммунного ответа (7Мч* (-238*0/А, -308Ю/А); ТЫГ8Е15 (г$4263839* в/А), РТРШ (гз2542151 *С/Т), РТРЮ2 (1858*С/Т), 11-10 (г$3024505*С/Т), 1Ь-18ЯАР (Г8917997Ю/А), МШ (1965Ю/Т), 1Ь-4 (-590*С/Т), И-4Я (1727*АЮ)); эпителиального барьера (1В05 (^2522057*0/0)), а также ИКХ2-3 (га10883365*А/в) и ВТЖ2 (1050*С/Т) у пациентов с БК, у пациентов с Ж и популяционной выборке Северо-Западного региона РФ. Впервые был проведен анализ ассоциации полиморфизма генов с клиническими параметрами воспалительных заболеваний кишечника (форма течения БК, степень тяжести ЯК). Впервые получены результаты, свидетельствующие об ассоциации полиморфных вариантов генов N002/САМ) 15 (Ьеи3020^1тС), МК2 (1358*С/А), ТШа (-308Ю/А), И-4Я (1727*АЮ) с развитием БК, а также полиморфных вариантов генов Ы002/САМ)15 (2104*С/Т), И-12В (^10045431 *С/А), МК2 (1358*С/А), ЖвМ (к13361189*Т/С) с развитием ЯК. Впервые обнаружены достоверные различия частот генотипов и аллелей для вариантов генов N002/0АЯО 15 (2722*0/0, 1еи3020/э1тС), К-10 гз3024505*С/Т), 1Ь-4Я (1727*А/в) в группах с осложненными (стриктурирующая, пенетрирующая) и воспалительной формами течения БК. Впервые у пациентов с БК в северо-западном регионе России идентифицированы 3 новых полиморфных варианта в экзоне 4 гена N002/0А1Ю15. Разработана система детекции данных вариантов гена Ы002/САМ)15. Впервые получены результаты, свидетельствующие о роли взаимодействия генов ЗАК2 (1358*С/А), ПАЯ (1727*А/О), ТМРа (-308*С/А) в развитии БК. Впервые разработаны логические регрессионные модели -модель прогнозирования риска развития БК и модель риска развития осложненных форм БК.

Практическая значимость. Анализ полиморфизма генов НСЮ2/САШ)15 (ЬеиЗ020/81тС), ЗАК2 (1358*С/А), ТМГа (-308Ю/А), 11-411 (1727*А/О), И-12В (г810045431*С/А), ЖОМ (гз13361189*Т/С), И-10 (гз3024505*С/Т) можно рекомендовать в качестве дополнительного исследования для оценки риска развития воспалительных заболеваний кишечника в Северо-Западном регионе РФ. Определены критерии прогнозирования развития осложненных форм болезни Крона, а также предложены математические модели для расчета вероятности прогрессирования заболеваний на основе данных клинического и генетического исследований. Основные положения, выносимые на защиту:

• Полиморфные аллели генов рецепторов системы врожденного иммунитета, дифференцировки ТЫ7-лимфоцитов, аутофагии и иммунного ответа вовлечены в развитие воспалительных заболеваний кишечника в Северо-Западном регионе России.

• Маркерами повышенного риска развития БК являются аллели 3020*шС (ЖВ2/СА1Ю15), 1358*С ЩК2), -308*А (ТИРа), 1727*0 (1Ь

4К). Полиморфные аллели rs10045431*А (IL-12B), 2104*С (NOD2/CARD15), 1358*С (JAK2) и генотип rsl3361189*CC (IRGM) являются маркерами повышенного риска развития язвенного колита.

• Взаимодействие аллелей генов JAK2, IL-4R, TNFa вносит вклад в формирование генетической предрасположенности к развитию болезни Крона.

• Критериями прогнозирования развития осложненных форм болезни Крона являются следующие факторы: курение, женский пол, аллели генов 1727Ю (IL-4R), 3020*insC (NOD2/CARD15), 2722*С (NOD2/CARD15).

Апробация работы. Результаты работы были представлены на Всероссийской конференции студентов и молодых ученых (Москва, 2008), на Европейских конгрессах по генетике человека (Nice, 2007; Barcelona, 2008; Vienna, 2009; Gothenburg, 2010), на VI Съезде российских медицинских генетиков (Ростов-на-Дону, 2010), на научных семинарах Лаборатории пренатальной диагностики наследственных и врожденных болезней человека ГУ НИИ акушерства и гинекологии им. Д.О.Отта СЗО РАМН. Публикации. По материалам диссертации опубликовано 15 печатных работ, в том числе 3 статьи - в изданиях, рекомендованных ВАК. Объем и структура диссертации. Диссертационная работа изложена на 164 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов, обсуждения, выводов, списка литературы и приложений. Библиографический указатель включает 214 источников, из них 200 зарубежных. Диссертация иллюстрирована 18 таблицами и 18 рисунками, содержит 3 приложения.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Насыхова, Юлия Алмазовна

выводы

1. Полиморфные аллели генов рецепторов системы врожденного иммунитета, дифференцировки Th 17-лимфоцитов, аутофагии и иммунного ответа вовлечены в развитие воспалительных заболеваний кишечника в Северо-Западном регионе России.

2. Полиморфизм генов NOD2/CARD15, JAK2, TNFa, IL-4R независимо ассоциирован с развитием болезни Крона. Маркерами повышенного риска развития БК являются аллели 3020*insC (NOD2/CARD15), 1358*С (JAK2), -308*А (TNFa), 1727*G (IL-4R).

3. Полиморфизм генов NOD2/CARD15, JAK2, IL-12B, IRGM независимо ассоциирован с развитием язвенного колита. Аллели генов rsl0045431*A (IL-12B), 2104*С (NOD2/CARD15), 1358*С (JAK2), а также генотип rs13361189*СС (IRGM) являются маркерами повышенного риска развития язвенного колита.

4. Взаимодействие аллелей генов JAK2, IL-4R, TNFa вносит вклад в формирование генетической предрасположенности к развитию болезни Крона.

5. Критериями прогнозирования развития осложненных форм болезни Крона являются следующие факторы: курение, женский пол, аллели генов 1727*G (IL-4R), 3020*insC (NOD2/CARD15), 2722*С (NOD2/CARD15).

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Насыхова, Юлия Алмазовна, 2012 год

1. Адлер Г. Болезнь Крона и язвенный колит. М.: ГЭОТАР-МЕД, 2001. 500 с.

2. Барановский А.Ю. Щукина О.Б. Болезнь Крона // Бюллетень С-Пб ассоциации врачей-терапевтов, 2005. Т.2. №.5. С. 62.

3. Барановский А.Ю., Щукина О.Б., Кондрашина Э.А. Воспалительные заболевания кишечника (диагностика и лечение). Методические рекомендации. Санкт-Петербург, 2009. 306 с.

4. Гланц С. Медико-биологическая статистика. М.: Практика, 1999. 459с.

5. Животовский JI.A. Популяционная биометрия. М.: Наука, 1991. 532 с.

6. Ивашкин В.Т. Краткое руководство по гастроэнтерологии / В.Т. Ивашкин, Ф.И. Комаров, С.И. Рапопорт // М.: «Издат. Дом «М-Вести», 2001. 458 с.

7. Кушнир В. Е. Воспалительные заболевания кишечника: диагностика и лечение. Киев, 1986. 192 с.

8. Воробьев Г. И., Халиф И. JI. Неспецифические воспалительные заболевания кишечника. М: «Миклош», 2008. 400 с.

9. Реброва О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTIC А. М.: «МедиаСфера», 2003. 312 с.

10. Ройт А., Бростофф Дж., Мейл Д. Иммунология. М: «Мир», 2000. 352 с.

11. Рыдловская А.В., Симбирцев А.С. Функциональный полиморфизм гена TNFA и патология // Цитокины и воспаление. 2005. Т. 4. № 3. С.4-10.

12. Спиридонова Н.В., Балтер Р.Б., Казакова А.В. Прогнозирование развития гестоза с помощью многомерного математического анализа // Вестник СамГУ. 2007. №2. С. 264-276.

13. Халиф И.Л., Лоранская И.Д. Воспалительные заболевания кишечника (неспецифический язвенный колит и болезнь Крона) клиника, диагностика и лечение. М.: «Миклош», 2004. 453 с.

14. Abbott D. W., Wilkins A., Asara J. М., Cantley L. С. The Crohn's Disease protein, NOD2, requires RIP2 in order to induce ubiquitinylation of a novel site on NEMO // Current Biology, 2004. Vol. 14. №24. P. 2217-2227.

15. Achkar J.P., Duerr R. The expanding universe of inflammatory bowel disease genetics // Curr. Opin. Gastroenterol., 2008. Vol. 24. P. 429-434.

16. Agarwal A., Rhodes J.M. Smoking and inflammatory bowel disease // IBD Monitor, 2003. №4. P. 114-119.

17. Akira S. Roles of STAT3 defined by tissue-specific gene targeting // Oncogene, 2000. Vol. 19. P.2607-2611.

18. Aoki, T., Hirota, T., Tamari, M., Ichikawa, K., Takeda, K., Arinami, T., Shibasaki, M., Noguchi, E. An association between asthma and TNF-308G/A polymorphism: meta-analysis // J. Hum. Genet., 2006. Vol. 51. P. 677-685.

19. Arnett H.A., Escobar S.S., Gonzalez-Suarez E. BTNL2, a butyrophilin B7-like molecule, is a negative costimulatory molecule modulated in intestinal inflammation // J. Immunol., 2007. Vol. 178. P. 1523-1533.

20. Asadullah K., Sterry W. and Volk H. Interleukin-10 therapy Reiew of a new approach // Pharmacol. Rev., 2003. V. 55. P. 241-269.

21. Balding, J., Kane, D., Livingstone, W., Mynett-Johnson, L., Bresnihan, B., Smith, O., FitzGerald, O. Cytokine gene polymorphisms: association with psoriatic arthritis susceptibility and severity. Arthritis Rheum. 48: 1408-1413, 2003.

22. Bamgart D.C. Role of the intestinal barrier in inflammatory bowel disease // World J. Gastroenterol., 2008, P. 401-407.

23. Bamias G., Martin C., Mishina M., Ross W.G., Rivera-Nieves J., Marini M., Cominelli F. Proinflammatory effects of TH2 cytokines in a murine model of chronic small intestinal inflammation // Gastroenterology, 2005. Vol. 128. №3. P. 654-666.

24. Bekpen C., Hunn J.P., Rohde C., Parvanova I., Guethlein L., Dunn D.M., Glowalla E., Leptin M., Howard J.C. The interferon-inducible p47 (IRG)

25. GTPases in vertebrates: Loss of the cell autonomous resistance mechanism in the human lineage // Genome Biol., 2005. Vol. 6. P. 92.

26. Bene J., Magyari L., Talian G. Prevalence of SLC22A4, SLC22A5 and CARD 15 gene mutations in Hungarian pediatric patients with Crohn's disease // World J. Gastroenterol., 2006. Vol. 12. P. 5550-5553.

27. Bettelli E., Carrier Y., Gao W., Korn T., Strom T.B., Oukka M., Weiner H.L., Kuchroo V.K. Reciprocal developmental pathways for the generation of pathogenic effector TH17 and regulatory T cells // Nature, 2006. Vol. 441. P. 235-238.

28. Born T.L., Thomassen E., Bird T.A., Sims J.E. Cloning of a novel receptor subunit, AcPL, required for interleukin-18 signaling // J. Biol. Chem., 1998. Vol. 273. P. 29445-29450.

29. Bruewer M, Luegering A, Kucharzik T, et al. Proinflammatory cytokines disrupt epithelial barrier function by apoptosis-independent mechanisms // J. Immunol., 2003. Vol. 171. P. 6164-6172.

30. Cantor M.J., Nickerson P., Bernstein C.N. The role of cytokine gene polymorphisms in determining disease susceptibility and phenotype in inflammatory bowel disease // Am. J. Gastroenterol., 2005. Vol. 100. P. 11341142.

31. Cho J. H. Significant role of genetics in IBD: the NOD2 gene // Reviews in gastroenterological disorders, 2003. Vol. 3, suppl. 1. P. S18-S23.

32. Crohn B. Regional ileitis: A pathological and clinical entity / B. Crohn, L. Ginsburg, G. Oppenheimer//JAMA, 1932. Vol. 99. P. 1323-1329.

33. Cooney R., Jewell D. The genetic basis of inflammatory bowel disease // Dig. Dis., 2009. №27. P. 428-442.

34. Cosnes J. Effects of smoking on the long term course of Crohn's disease / J. Cosnes, F. Carbonnel, L. Beaugerie // Gastroenterology, 1996. Vol. 110. P. 424-431.

35. Cottone M., Rosselli M., Orlando A. Smoking habitus and recurrence in Crohn's disease // Gastroenterology, 1994. Vol. 106. P. 643-648.

36. Cox A., Gonzalez A.M., Wilson A.G., Wilson R.M., Ward J.D., Artlett C.M., Welsh K., Duff G.W. Comparative analysis of the genetic associations of HLA-DR3 and tumour necrosis factor alpha with human IDDM // Diabetologia, 1994. Vol. 37. P. 500-503.

37. Dresner-Pollak R., Ackerman Z., Eliakim R., Karban A., Chowers Y., Fidder H.H. The BsmI vitamin D receptor gene polymorphism is associated with ulcerative colitis in Jewish Ashkenazi patients // Genet. Test., 2004.Vol. 8.P. 417-420.

38. Duerr R.H., Barmada M.M., Zhang L, Pfutzer R., Weeks D.E. High-density genome scan in Crohn disease shows confirmed linkage to chromosome 14qll-12 // Am. J. Hum. Genet, 2000. Vol. 66. №6. P. 1857-1862.

39. Dyer N.H, Cook P.L, Kemp Harper R.A. Oesophageal stricture associated with Crohn's disease // Gut, 1969. Vol.10. P. 549-554.

40. Ekbom A, Adami H.O, Helmick C.G, Jonzon A, Zack M.M. Perinatal risk factors for inflammatory bowel disease: a case-control study // Am. J. Epidemiol, 1990. №132. P. 1111-1119.

41. Erdman S.E, Rao V.P, Poutahidis T. CD4+ CD25+ regulatory lymphocytes require interleukin 10 to interrupt colon carcinogenesis in mice // Cancer Res, 2003. Vol. 63. P. 6042-6050.

42. Fabia R, Ar'Rajab A, Johansson M.L, Andersson R, Willen R, Jeppson B, Molin G, Bengmark S. Impairment of bacterial flora in human ulcerative colitis and experimental colitis in the rat // Digestion, 1993. Vol. 54. P. 248-255.

43. Fahimi H.D, Deren J.J, Gottlieb L.S, Zamcheck N. Isolated granulomatous gastritis: its relationship to disseminated sarcoidosis and regional enteritis // Gastroenterology, 1963. №45. P. 161-175.

44. Farmer R.G, Michener W.M, Mortimer E.A. Studies of family history among patients with inflammatory bowel disease // Clin. Gastroenterol, 1980. №9. P. 271-277.

45. Fisher S.A., Tremelling M. Genetic determinants of ulcerative colitis include the ECM1 locus and five loci implicated in Crohn's disease // Nature Genet., 2008. Vol. 40. P. 710-712.

46. Fiocchi C. Susceptibility Genes and Overall Pathogenesis of Inflammatory Bowel Disease: Where Do We Stand? // Dig. Dis., 2009. Vol. 27. P. 226-235.

47. Franke A., Balschun T., Karlsen T.H. Sequence variants in IL10, ARPC2 and multiple other loci contribute to ulcerative colitis susceptibility // Nat. Genet., 2008. Vol. 40. P. 1319-1323.

48. Franke A., Balschun T., Karlsen T.H. Replication of signals from recent studies of Crohn's disease identifies previously unknown disease loci for ulcerative colitis // Nat. Genet., 2008. Vol. 40. P. 713-715.

49. Fritz J.H., Ferrero R.L., Philpott D.J., Girardin S.E. Nod-like proteins in immunity, inflammation and disease // Nat. Immunol., 2006. Vol. 7. P. 12501257.

50. Gitter A.H., Bendfeldt K., Schmitz H. Epithelial barrier defects in HT-29/B6 colonic cell monolayers induced by tumor necrosis factor alpha // Ann. NY Acad. Sci., 2000. Vol. 915. P. 193-203.

51. Gitter A.H., Bendfeldt K., Schulzke J.D. Leaks in the epithelial barrier caused by spontaneous and TNF-a-induced single-cell apoptosis // FASEB J., 2000. Vol. 14. P. 1749-1753.

52. Haas S.L., Andreas Koch W., Schreiber S. -137(G/C) IL-18 promoter polymorphism in patients with inflammatory bowel disease // Scand. J. Gastroenterol., 2005. Vol. 40. P. 1438-1443.

53. Halme L., Paavola-Sakki P., Timmen U., Lappalainen M., Färkkilä M., Kontula K. Family and twin studies in infl ammatory bowel disease // World J. Gastroenterol., 2006. Vol. 12. P. 3668-3672.

54. Halfvarson J., Jess T., Bodin L., Jarnerot G., Munkholm P., Binder V., Tysk C. Longitudinal concordance for clinical characteristics in a Swedish-Danish twin population with inflammatory bowel disease // Inflamm. Bowel Dis., 2007. №13. P. 1536-1544.

55. Heller F., Florian P., Bojarski C. Interleukin-13 is the key effector Th2 cytokine in ulcerative colitis that affects epithelial tight junctions, apoptosis, and cell restitution. Gastroenterology, 2005. Vol. 129. P. 550 -564.

56. Hermiston M.L., Gordon J.I. Inflammatory bowel disease and adenomas in mice expressing a dominant negative N-cadherin // Science, 1995. Vol. 270. P. 12031207.

57. Hinks A., Eyre S., Barton A., Thomson W., Worthington J. Investigation of genetic variation across protein tyrosine phosphatase genes in patients with rheumatoid arthritis in the UK // Ann. Rheum., 2007.

58. Hisamatsu T., Suzuki M., Reinecker H.C., Nadeau W.J., McCormick B.A., Podolsky D.K.: CARD15/NOD2 functions as an antibacterial factor in human intestinal epithelial cells. Gastroenterology, 2003. Vol. 124. P. 993-1000.

59. Huang D., Cancilla M.R., Morahan G. Complete primary structure, chromosomal localisation, and definition of polymorphisms of the gene encoding the human interleukin-12 p40 subunit// Genes Immun., 2000. Vol. 1. P. 515-520.

60. Hue S., Ahern P., Buonocore S., Kullberg M.C., Cua D.J., McKenzie B.S., Powrie F., Maloy K.J. Interleukin-23 drives innate and T-cell-mediated intestinal inflammation // J. Exp. Med., 2006. Vol. 203. P. 2473-2483.

61. Hugot J.P., Chamaillard M., Zouali H., Lesage S., Cezard J.P., Belaiche J., Aimer S., Tysk C., O'Morain C.A., Gassull M., Binder V., Finkel Y., Cortot A., Modigliani R., Laurent-Puig P., Gower-Rousseau C., Macry J., Colombel J.F.,

62. Sahbatou M., Thomas G. Association of NOD2 leucine-rich repeat variants with susceptibility to Crohn's disease. Nature, 2001. Vol. 411. P. 599-603.

63. Hunt P.J., Marshall S.E., Weetman A.P., Bell J.I., Wass J.A.H., Welsh K.I. Cytokine gene polymorphisms in autoimmune thyroid disease // J. Clin. Endocr., 2000. P. 1984-1988.

64. Inohara, Chamaillard, McDonald C., Nunez G. NOD-LRR proteins: role in host-microbial interactions and inflammatory disease // Annu. Rev. Biochem., 2005. -Vol. 74.-P. 355-383.

65. Knight J.C., Udalova I., Hill A.V.S., Greenwood B.M., Peshu N., Marsh K, Kwiatkowski D. A polymorphism that affects OCT-1 binding to the TNF promoter region is associated with severe malaria // Nature Genet., 1999. Vol. 22. P. 145-150.

66. Kobayashi K.S., Chamaillard M., Ogura Y., Henegariu O., Inohara N., Nunez G., Flavcll R.A. Nod2-dependent regulation of innate and adaptive immunity in the intestinal tract // Science, 2005. Vol. 307. P. 731-734.

67. Konno S., Takahashi D., Hizawa N. Genetic Impact of a Butyrophilin-like 2 (BTNL2) Gene Variation on Specific IgE Responsiveness to Dermatophagoides farinac (Der f) in Japanese // Allergology International., 2009. Vol 58, №1. P. 29-35.

68. Kovalcnko A., Chable-Bessia C., Cantarella G., Israel A., Wallach D., Courtois G. The tumour suppressor CYLD negatively regulates NF-B signalling by deubiquitination // Nature, 2003. Vol. 424. P. 801-805.

69. Kuballa P., Huett A., Rioux J.D., Daly M.J., Xavier R.J. Impaired autophagy of an intracellular pathogen induced by a Crohn's disease associated ATG16L1 variant // PLoS One, 2008. Vol. 3. P. 3391.

70. Kuhn R., Lohler J., Rennick D. Interleukin-10-deficient mice develop chronic enterocolitis // Cell, 1993. Vol. 75. P. 263-274.

71. Khurana Hershey, G.K., Friedrich, M.F., Esswein, L.A., Thomas, M.L., Chatila, T.A. The association of atopy with a gain-of-function mutation in the alpha subunit of the interleukin-4 receptor // New Eng. J. Med., 1997. Vol. 337. P. 1720-1725.

72. Kruse S., Forster J., Kuehr J., Deichmann K.A. Characterization of the membrane-bound and a soluble form of human IL-4 receptor alpha produced by alternative splicing // Int. Immun., 1999. Vol. 11. P. 1965-1970.

73. Lambright D.G., Sondek J., Bohm A., Skiba N.P., Hamm H.E., Sigler P.B. The 2.0 A crystal structure of a heterotrimeric G protein // Nature., 1996. Vol. 25. P. 311-319.

74. Langmead L., Rampton D.S. Plain abdominal radiographic features are not reliable markers of disease extent in active ulcerative colitis // Am. J. Gastroenterol., 2002. Vol. 97. №2. P. 354-359.

75. Laukoetter M.G, Bruewer M, Nusrat A. Regulation of the intestinal epithelial barrier by the apical junctional complex // Curr. Opin. Gastroenterol. 2006; Vol. 22. P. 85-89.

76. Levy D.E, Darnell J.E. Jr. Stats: transcriptional control and biological impact // Nat. Rev. Mol. Cell Biol, 2002. Vol. 3. P. 651-662.

77. Lau J, Ioannidis J.P, Schmid C.H. Quantitative synthesis in systematic reviews // Arm Intern Med, 1997. Vol. 127, № 9. P. 820-826.

78. Lecat A, Piette J, Legrand-Poels S. The protein Nod2: an innate receptor more complex than previously assumed // Biochemical Pharmacology, 2010. Vol.80. P. 2021-2029.

79. Liu Z.J, Yadav P.K, Su J.L, Wang J.S, Fei K. Potential role of Thl7 cells in the pathogenesis of inflammatory bowel disease // World J. Gastroenterol, 2009. Vol.15. №46. P. 5784-5788.

80. Li-Weber M., Krammer P.H.Regulation of IL-4 gene expression by T cells and therapeutic prospectives//Nature Reviews. Immunology., 2003. P. 534-543.

81. Lockhart-Mummery H.E. Anal and perineal ulceration in Crohn's disease // Proc. R. Soc. Med., 1964. №57. P.897-898.

82. Louis E., Satsangi J., Roussomoustakaki M., Parkes M., Fanning G., Welsh K., Jewell D. Cytokine gene polymorphisms in inflammatory bowel disease // Gut, 1996. Vol. 39. P. 705-710.

83. Louis E., Peeters M., Franchimont D. et al. Tumour necrosis factor (TNF) gene polymorphism in Crohn's disease (CD): influence on disease behaviour? // Clin. Exp. Immunol., 2000. Vol.119. P.64-68.

84. Lovato P., Brender C., Agnholt J., Kelsen J., Kaltoft K., Svejgaard A., Eriksen K.W., Woetmann A., 0dum N. Constitutive STAT3 activation in intestinal T cells from patients with Crohn's disease // J. Biol. Chem., 2003. Vol. 278. P. 16777-16781.

85. Louis E., Libioulle C., Reenaers C., Belaiche J., Georges M. Genetics of ulcerative colitis: the come-back of interleukin 10 // Gut, 2009. Vol 58. №9. P. 1173-1176.

86. Ma Y., Ohmen J.D., Li Z., Bentley L.G., McElree C., Pressman S., Targan S.R., Fischel-Ghodsian N., Rotter J.I., Yang H. A genome-wide search identifies potential new susceptibility loci for Crohn's disease // Inflamm. Bowel. Dis., 1999. P. 5271-5278.

87. Madsen K.L., Malfair D., Gray D. Interleukin-10 gene-deficient mice develop a primary intestinal permeability defect in response to enteric microflora // Inflamm. Bowel. Dis., 1999. Vol. 5. P. 262-270.

88. Maeda S., Hsu L.C., Liu H., Bankston L.A., Iimura M., Kagnoff M.F., Eckmann L., Karin M. NOD2 mutation in Crohn's disease potentiates NF-kB activity and IL-ip processing// Science, 2005. Vol. 307. P. 734-738.

89. McCarroll S.A., Huett A., Kuballa P., Chilewski S.D., Landry A., Goyette P., Zody M.C., Hall J.L., Brant S.R., Cho J.H., Duerr R.H., Silverberg M.S., Taylor,

90. K.D., Rioux J.D., Altshuler D., Daly M.J., Xavier R.J. Deletion polymorphism upstream of IRGM associated with altered IRGM expression and Crohn's disease // Nature Genet, 2008. Vol. 40. P. 1107-1112.

91. McGovern D, Powrie F. The IL23 axis plays a key role in the pathogenesis of IBD // Gut, 2007. Vol. 56. P. 1333-1336.

92. Medzhitov R. Recognition of microorganisms and activation of the immune response // Nature, 2007. Vol. 18. P. 819-826.

93. Migone T.S, Zhang J, Luo X, Zhuang L, Chen C, Hu B, Hong J.S, Perry J.W, Chen S.F, Zhou J.X H, Cho Y.H, Ullrich S. TL1A is a TNF-like ligand for DR3 and TR6/DcR3 and functions as a T cell costimulator // Immunity, 2002. Vol. 16. P. 479-492.

94. Mizushima N, Yamamoto A, Matsui M, Yoshimori T, Ohsumi Y. In vivo analysis of autophagy in response to nutrient starvation using transgenic miceexpressing a fluorescent autophagosome marker // Mol. Biol. Cell., 2004. Vol. 15.P. 1101-1111.

95. Monsen U., Brostrom O., Nordenvall B., Sorstad J., Hellers G. Prevalence of inflammatory bowel disease among relatives of patients with ulcerative colitis // Scand. J. Gastroenterol., 1987. №22. P. 214-218.

96. Monteleone G., Trapasso F., Parrello T. Bioactive IL-18 expression is up-regulated in Crohn's disease // J. Immunol., 1999. Vol. 163. P. 143-147.

97. Negoro K., Kinouchi Y., Hiwatashi N. et al. Crohn's disease is associated with novel polymorphisms in the 5'-flanking region of the tumour necrosis factor gene // Gastroenterology, 1999. Vol.117. P. 1062-1068.

98. Orita M., Iwahana H., Kanazawa H., Hayashi K., Sekiya T. Detection of polymorphisms of human DNA by gel electrophoresis as single-strandconformation polymorphisms // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989. Vol. 86. P. 2766-2770.

99. Orozco G., Eerligh P., Sanchez E. Analysis of a functional BTNL2 polymorphism in type 1 diabetes, rheumatoid arthritis, and systemic lupus erythematosus // Hum. Immunol., 2005. Vol. 66. P. 1235-1241.

100. Pabst O., Schneider A., Brand T., Arnold H.H. The mouse Nkx2-3 homeodomain gene is expressed in gut mesenchyme during pre- and postnatal mouse development. Dev. Dyn., 1997. Vol.209. P. 29-35.

101. Pabst O., Zweigerdt R., Arnold H.H. Targeted disruption of the homeobox transcription factor Nkx2-3 in mice results in postnatal lethality and abnormal development of small intestine and spleen // Development, 1999. Vol. 126. P. 2215-2225.

102. Panwala C.M., Jones J.C., Viney J.L. A novel model of inflammatory bowel disease: mice deficient for the multiple drug resistance gene, mdrla, spontaneously develop colitis // J. Immunol., 1998. Vol. 161. P. 5733-5744.

103. Peltekova V.D., Wintle R.F., Rubin L.A. Functional variants of OCTN cation transporter genes are associated with Crohn disease. Nat Genet, 2004. Vol. 36. P. 471-475.

104. Pearce N. What does the odds ratio estimate in a case-control study? // Int. J. Epidemiol., 1993. Vol. 6. P. 1189-1192.

105. Persson P.G., Ahibom A., Hellers G. Diet and inflammatory bowel diseases case-control study // Epidemiology, 1992. №3. P. 47-52.

106. Pizai-ro T.T., Michie M.H., Bentz M. IL-18, a novel immunoregulatory cytokine, is uprcgulated in Crohn's disease: expression and localization in intestinal mucosal cells // J. Immunol., 1999. Vol. 162. P. 6829-6835.

107. Rad lord-Smith G.L., Edwards J.E., Purdie D.M., Pandeya N., Watson M., Martin N.G., Green A., Newman B., Florin T.H. Protective role of appendicectomy on onset and severity of ulcerative colitis and Crohn's disease // Gut, 2002. №51. P. 808-813.

108. Population identifies multiple validated disease loci // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2007. Vol. 104. №37. P. 14747-14752.

109. Rainero, I, Grimaldi, L. M. E, Salani, G, Valfre, W., Rivoiro, C., Savi, L, Pinessi, L. Association between the tumor necrosis factor-alpha -308 G/A gene polymorphism and migraine // Neurology, 2004. Vol. 62. P. 141-143.

110. Rawlings J.S., Rosier K.M, Harrison D.A. The JAK/STAT signaling pathway // J. Cell Sci, 2006. Vol. 117. P. 1281-1283.

111. Reif S, Klein I, Lubin F. et al. Pre-illness dietary factors in inflammatory bowel disease // Gut, 1997. Vol. 40. P. 754-760.

112. Rodriguez-Bores L, Fonseca G.C, Villeda M.A, Yamamoto-Furusho J.A. Novel genetic markers in inflammatory bowel disease // World J. Gastroenterol, 2007. Vol. 42. P. 5560-5565.

113. Rubin D.T., Hanauer S.B.Smoking and inflammatory bowel disease //Eur. J.

114. Gastoenterol. Hepatol., 2000. №12. P. 855-862.

115. Russel M.G., Engels L.G., Muris J.W. et al. «Modern life» in the epidemiology of inflammatory bowel disease: a case-control study with special emphasis on nutritional factors // Eur. J. Gastroenterol. Hepatol, 1998. Vol. 10. P. 243-249.

116. Russell R.K., Satsangi J. IBD: a family affair //Best Pract. Res. Clin.

117. Gastroenterol, 2004. №18. P. 525-539.

118. Roth M.P, Petersen G.M, McElree C, Feldman E, Rotter J.I. Geographic origins of Jewish patients with inflammatory bowel disease // Gastroenterology,1989. №97. P. 900-904.

119. Sambrook J, Fritsch E.P, Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual. -NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. 1885 p.

120. Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1977. Vol. 74. P. 5463-5467.

121. Seki S.S, Sugimura K, Ota M, Matsuzawa J, Katsuyama Y, Ishizuka K, Mochizuki T„ Suzuki K, Yoneyama O, Mizuki N, Honma T, Inoko H,

122. Asakura H. Stratification analysis of MICA triplet repeat polymorphisms and HLA antigens associated with ulcerative colitis in Japanese // Tissue Antigens,2001. Vol. 58. P.71-76.

123. Shin H.D., Park B.L, Kim L.H., Jung J.H., Wang H.J, Kim Y.J, Park H.-S, Hong S.-J, Choi B. W, Kim D.-J, Park C.-S. Association of tumor necrosis factor polymorphisms with asthma and serum total IgE // Hum. Molec. Genet,2004. Vol. 13. P. 397-403.

124. Silverberg M.S., Cho J.H, Rioux J.D, Dermot P.B. Ulcerative colitis loci on chromosomes lp36 and 12ql5 identified by genome-wide association study Nat Genet, 2009. Vol. 2. P.216-20.

125. Simmons J.D, Mullighan C„ Welsh K.I, Jewell D.P. Vitamin D receptor gene polymorphism: association with Crohn's disease susceptibility // Gut, 2000. Vol.47. P. 211-214.

126. Singh S.B, Davis A.S, Taylor G.A, Deretic V. Human IRGM induces autophagy to eliminate intracellular mycobacteria // Science, 2006. Vol. 313. P. 1438-1441.

127. Smith T.F, Gaitatzes C, Saxena K, Neer E.J. The WD repeat: a common architecture for diverse functions // Trends Biochem. Sci, 1999. Vol. 5. P. 181185.

128. Smyth D, Cooper J.D, Collins J.E, Heward J.M, Franklyn J.A, Howson J.M.M, Vella A, Nutland S, Ranee H.E, Maier L, Barratt B.J, Guja C.

129. Replication of an association between the lymphoid tyrosine phosphatase locus (LYP/PTPN22) with type 1 diabetes, and evidence for its role as a general autoimmunity locus // Diabetes, 2004. Vol. 53. P. 3020-3023.

130. Soderholm J.D., Streutker C., Yang P.C. Increased epithelial uptake of protein antigens in the ileum of Crohn's disease mediated by tumour necrosis factor alpha// Gut, 2004. Vol. 53. P. 1817-1824.

131. Srober W., Fuss I., Mannon P. The fundamental basis of inflammatory bowel disease // J. Clin. Invest, 2007. Vol. 3. P. 514-521.

132. Stokkers P.C., Reitsma P.H., Tytgat G.N., van Deventer S.J. HLA-DR and -DQ phenotypes in inflammatory bowel disease: a meta-analysis // Gut, 1999.Vol. 45. P. 395-401.

133. Sutherland L., Ramcharan S., Bryant H. Effect of cigarette smoking on recurrence of Crohn's disease // Gastroenterology, 1990. Vol. 98. P. 1123-1128.

134. Takeda K., Clausen B.E., Kaisho T., Tsujimura T., Terada N., Forster I., Akira S. Enhanced Thl activity and development of chronic enterocolitis in mice devoid of Stat3 in macrophages and neutrophils // Immunity, 1999. Vol. 10. P. 39-49.

135. Tanaka ML, Yamasaki N., Izumo S. Phenotypic Characterization of the Murine Nkx2.6 Homeobox Gene by Gene Targeting // Molecular and Cellular Biology,2000, Vol. 20, p. 2874-2879.

136. Ten Hove Т., Corbaz A., Amitai H. Blockade of endogenous IL-18 ameliorates TNBS-induced colitis by decreasing local TNF-a production in mice // Gastroenterology, 2001. Vol. 121. P. 1372-1379.

137. Thompson A.I., Lees C. W. Genetics of ulcerative colitis // Inflamm. Bowel dis. , 2011. Vol. 17. №3. P. 831-844.

138. Thompson N.P., Montgomery S.M., Wadsworth M.E., Pounder R.E., Wakefield A.J. Early determinants of inflammatory bowel disease: use of two national longitudinal birth cohorts // Eur. J. Gastroenterol. Hepatol., 2000. №12. P. 25-30.

139. Torok H.P., Glas J., Lohse P., Folwaczny C. Alterations of the CARD15/NOD2 gene and the impact on management and treatment of Crohn's disease patients //Dig. Dis., 2003. Vol. 21. P. 339-345.

140. Tragnone A., Valpiam D., Miglio F. et al. Dietary habits as risk factors for inflammatory bowel disease // Eur. J. Gastroenterol. Hepatol., 1995. Vol. 7. P. 47-51.

141. Traherne J.A., Barcellos L.F., Sawcer S.J. Association of the truncating splice site mutation in BTNL2 with multiple sclerosis is secondary to HLA-DRB1*15 //Hum. Mol. Genet., 2006. Vol.15. P.155-161.

142. Uhlig H, Coombes J, Mottet C. Characterization of Foxp3+CD4+CD25+ and IL-10-secreting CD4+CD25+ cells during cure of colitis // J. Immunol. 2006. Vol. 177. P. 5852-5860.

143. Valentonyte R, Hampe J, Huse K. Sarcoidosis is associated with a truncating splice site mutation in BTNL2 // Nat. Genet., 2005. Vol. 37. P. 357-364.

144. Waller S, Tremelling M, Bredin F, Godfrey L, Howson J, Parkes M. Evidence for association of OCTN genes and IBD5 with ulcerative colitis // Gut, 2006. Vol. 6. P. 809-814.

145. Ward A.C, Touw I, Yoshimura A. The Jak-Stat pathway in normal and perturbed hematopoiesis 11 Blood, 2000. Vol. 95. P. 19-29.

146. Wellcome Trust Case Control Consortium. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls // Nature, 2007. Vol. 447. №7145. P. 661-678.

147. Weersma R.K, Stokkers P.C, van Bodegraven A.A, van Hogezand R.A, Verspaget H.W, de Jong D.J, van der Woude C.J, Oldenburg B, Linskens

148. Wilks S, Moxon W. Lectures on pathological anatomy. 2nd ed. J. and A. Churchill. London. 342 p.

149. Witte J.S, Palmer L.J, O'Connor R.D, Hopkins P.J, Hall J.M. Relation between tumour necrosis factor polymorphism TNF-alpha-308 and risk of asthma // Europ. J. Hum. Genet, 2002. Vol. 10: P. 82-85.

150. Wolk K, Kunz S, Witte E, Friedrich M, Asadullah K, Sabat R. IL-22 increases the innate immunity of tissues // Immunity, 2004. Vol. 21. P. 241-254.

151. Xavier R.J, Podolsky D.K. Unravelling the pathogenesis of inflammatory bowel disease // Nature, 2007, P.427-434.

152. Yasukawa H, Sasaki A, Yoshimura A. Negative regulation of cytokine signaling pathways //Annu. Rev. Immunol, 2000. Vol. 18. P. 143-164.

153. Yamazaki K, Takahashi A, Takazoe M, Kubo M, Onouchi Y, Fujino A, Kamatani N, Nakamura Y, Hata A. Positive association of genetic variants in the upstream region of NKX2-3 with Crohn's disease in Japanese patients // Gut, 2009. Vol. 2. P. 228-232.

154. Ye D, Ma I, Ma T.Y. Molecular mechanism of tumor necrosis factor alpha modulation of intestinal epithelial tight junction barrier // Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol, 2006. Vol. 290. P. 496-504.

155. Zeissig S, Bojarski C, Buergel N. Downregulation of epithelial apoptosis and barrier repair in active Crohn's disease by tumour necrosis factor alpha antibody treatment // Gut, 2004. Vol. 53. P. 1295-1302.

156. Zhang H, Massey D, Tremelling M, Parkes M. Genetics of inflammatory bowel disease: clues to pathogenesis // British Medical Bulletin, 2008. №87. P. 17-30.

157. Zheng C, Hu G, Zeng Z, Lin L, Gu G. Progress in searching for susceptibility gene for inflammatory bowel disease by positional cloning // World J. Gastroenterol, 2003. №9.P. 1646-1656.

158. Zheng, H, Ji, C, Li, J, Jiang, H, Ren, M, Lu, Q, Gu, S, Mao, Y, Xie, Y. Cloning and analysis of human Apgl6L // DNA Seq, 2004. Vol. 15. P. 303-305, 2004.

159. H s t! o « « S K w ON ^ CN On t" NO, m en" r-; iri NO en ^ en