Молекулярно-генетические аспекты эпидемиологии внутрибольничных инфекций, вызванных представителями вида Staphylococcus aureus, устойчивыми к метициллину/оксациллину тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, доктор медицинских наук Дмитриенко, Ольга Александровна

• Дмитриенко, Ольга Александровна
• доктор медицинских наук
• 2008

Оглавление диссертации доктор медицинских наук Дмитриенко, Ольга Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ Роль метициллинрезистентных/ оксациллинрезистентных Staphylococcus aureus (MRSA) в инфекционной патологии человека.

Глава 1. Микробиологическая характеристика.

1.1. Таксономическое положение и биологические особенности.

1.2. Факторы патогенности.

1.3. Структурная организация генома.

1.3.1. Хромосомное « ядро» и мобильный генетический пул микробной клетки.

1.3.2. Феномен «гетерорезистентности» стафилококковой популяции по устойчивости к метициллину и его генетический контроль.

1.4. Лабораторные методы идентификации и типирования.

1.4.1. Детекция MRSA.

1.4.2. Внутривидовая дифференциация S. aureus.

Глава 2. Классификация и номенклатура стафилококковых заболеваний человека.

Глава 3. Особенности эпидемиологии заболеваний, вызванных

MRSA.

3.1. Общая характеристика эпидемического процесса стафилококковой инфекции.

3.2. Распространенность и клинико-эпидемиологические особенности госпитальных инфекций, вызванных MRSA.

3.3. Клональность госпитальных MRSA.

3.4. Внегоспитальная заболеваемость, вызванная MRSA.

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.

Глава 4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

4.1. Бактериальные штаммы.

4.2. Среды, антибиотики, реактивы.

4.3. Методы изучения фенотипических свойств клинических изолятов MRSA.

4.3.1. Анализ экспрессии белков.

4.3.2. Определение чувствительности к антибиотикам.

4.3.3. Определение чувствительности к бактериофагам.

4.4. Разработка методологии анализа генома MRSA и выбор молекулярных маркеров.

4.5. Методы работы с нуклеиновыми кислотами.

4.5.1. Разработка методики выделения ДНК из стафилококка, предназначенной для постановки ПЦР.

4.5.2. Амплификация геномной ДНК.

4.5.3. Электрофорез и визуализация продуктов амплификации и рестрикции.

4.6. Оптимизация условий и программ ПЦР для исследования генов и генных комплексов S.aureus.

4.6.1. Амплификация гена, кодирующего синтез коагулазы.

4.6.2. Амплификация генов и генных комплексов, входящих в состав стафилококковых хромосомных кассет тес.

4.6.3. Разработка мультиплексной ПЦР для детекции генов, детерминирующих синтез энтеротоксинов А, В и С, и детекция гена, детерминирующего синтез токсина синдрома токсического шока.

4.7. Разработка условий рестрикции гена, детерминирующего синтез коагулазы.

4.8. Определение нуклеотидных последовательностей генов, входящих в состав хромосомного «ядра».

4.9. Эпидемиологический метод.

4.10. Статистические методы.

Глава 5. ЗНАЧЕНИЕ MRSA КАК ВОЗБУДИТЕЛЕЙ

ВНУТРИБОЛЬНИЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ В СТАЦИОНАРАХ РФ.

5.1. Идентификация изолятов S. aureus, устойчивых к оксациллину.

5.2. Фенотипические свойства клинических изолятов MRSA.

5.3. Роль MRSA в возникновении различных форм внутрибольничной инфекции.

Глава 6. ГЕНОМНЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ КЛИНИЧЕСКИХ

ИЗОЛЯТОВ MRSA.

6.1. Детекция гена тесА.

6.2. Структурный полиморфизм генов, входящих в состав хромосомного «ядра».

6.2.1. Вариабельность гена, кодирующего синтез коагулазы.

6.2.2. Вариабельность гена, кодирующего синтез протеина А.

6.3 Идентификация генов и генных комплексов в составе мобильного генетического пула микробной клетки.

6.3.1. Структурный полиморфизм тес ДНК - генетической области, детерминирующей устойчивость к оксациллину.

6.3.2. Детекция генов, кодирующих синтез пирогенных токсинов суперантигенов.

Глава 7. КЛОНАЛЬНОСТЬ КЛИНИЧЕСКИХ ИЗОЛЯТОВ MRSA, ВЫЯВЛЕННАЯ МЕТОДАМИ

МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ.

7.1. Идентификация и характеристика эпидемических штаммов, выявленных среди клинических изолятов, выделенных в 1998-2002 г. г.

7.2. Анализ клинических изолятов, выделенных в

1986-1990 г. г.

ГЛАВА 8. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ РАЗРАБОТАННОГО

МУЛЬТИЛОКУСНОГО АНАЛИЗА ГЕНОМА MRSA

В СИСТЕМЕ ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО

НАДЗОРА.

8.1. Молекулярно-генетическая модель формирования идентифицированных эпидемических штаммов MRSA и гипотеза их появления в стационарах РФ.

8.2. Молекулярно-генетический мониторинг MRSA.

8.2.1. Ретроспективный анализ вспышек внутрибольничной инфекции, вызванной MRSA, в стационарах различного профиля.

8.2.2. Идентификация госпитального эпидемического штамма

MRSA у больных при поступлении в стационар.

ГЛАВА 9. ОБСУЖДЕНИЕ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетические аспекты эпидемиологии внутрибольничных инфекций, вызванных представителями вида Staphylococcus aureus, устойчивыми к метициллину/оксациллину»

Несмотря на значительные успехи, достигнутые в конце 20-го века в борьбе с инфекционными заболеваниями человека, внутрибольничные инфекции (ВБИ) остаются одной из острейших проблем современной медицины, которая приобретает все большую экономическую и социальную значимость. Рост заболеваемости ВБИ связан со значительным ростом числа госпитальных штаммов микроорганизмов, обладающих устойчивостью к широкому кругу антимикробных препаратов, увеличением частоты инвазивных лечебных процедур и методов диагностики, качественными изменениями структуры популяции пациентов. В развитых странах ВБИ развиваются у 5-10% пациентов, находящихся в стационаре. В Российской Федерации регистрируется около 30.000 тыс. случаев внутрибольничной инфекции, при этом минимальный экономический ущерб составляет более 5 млрд рублей ежегодно в ценах 1998 г., однако по расчетным данным эти цифры во много раз выше [Венцел B.JL, 1990; Прозоровский С.В., Генчиков JI.A., 1994; Покровский В.И. и др. 2000; Козлов Р.С. 2000; Онищенко Г.Г., 2004]. Согласно результатам выборочных исследований ВБИ переносят 10-15% новорожденных, 16% (5%-27,8%>) оперированных пациентов [Прозоровский С.В., Генчиков JI.A., 1994; М.Г. Аверьянов, В.Т. Соколовский, 1999; Е.В. Борисова и др., 1999; Семина Н.А., Ковалева Е.П., Акимкин В.Г., Сидоренко С.В., 2006].

Среди возбудителей ВБИ инфекций одно из ведущих мест во многих странах мира принадлежит микроорганизмам рода Staphylococcus, наиболее патогенным представителем которого является S. aureus. Эпидемиологическая обстановка осложняется в связи с широким распространением в стационарах, а также появлением и во внебольничной среде, клинических изолятов S.aureus, устойчивых к оксациллину (ORSA или MRSA), обладающих наряду с устойчивостью ко всем (3-лактамным антибиотикам резистентностью ко многим другим классам антимикробных препаратов [Ayliffe G.A. 1997; Воусе J.M.,1997; Lowy F.D., 2003]. По данным зарубежных исследований MRSA вызывают разнообразные формы внутрнбольничной инфекции, включая, наиболее тяжелые, такие как: бактериемия, пневмония, синдром токсического шока, септический артрит, остеомиелит, которые требуют длительного и дорогостоящего лечения [Edmond М.В. et al., 1999; Dinges М.М., Orwin P.M. and Schlievert P.M., 2000; Engelmann J J. et al., 2003].

В результате изучения фенотипических свойств клинических изолятов MRSA, выделенных в разных стационарах в 80-х годах прошлого века, сформировалось представление о способности некоторых госпитальных штаммов MRSA к эпидемическому распространению [Marples R.R., and Е.М. Cooke, 1985; Kerr S., Kerr G.E., Makintosh C.A, and Marples R.R., 1990]. Внедрение на рубеже веков молекулярных методов типирования в эпидемиологические исследования явилось мощным инструментом идентификации, изучения механизмов формирования и эволюции эпидемически значимых штаммов микроорганизмов. На стыке микробиологии, молекулярной биологии и эпидемиологии возникло новое направление исследований - молекулярная эпидемиология инфекционных заболеваний, основными задачами которого являются изучение географического распространения различных генотипов патогенных микроорганизмов, их роли в формировании особенностей клинических форм заболеваний, т.е. углубленного изучения закономерностей возникновения, развития и угасания эпидемического процесса инфекционных болезней [Черкасский Б.Л., 2001].

Использование молекулярных методов типирования позволило нескольким группам зарубежных исследователей выявить циркуляцию MRSA, сходных по ряду молекулярно-генетических характеристик, не только в стационарах различных городов, но даже стран, расположенных на разных континентах. Такие MRSA в работах английских исследователей получили название эпидемических штаммов [Hookey J.V., Richardson J. F. and Cookson B. D., 1998]. В отличие от идентифицированных в Великобритании, схожие изоляты MRSA, выделенные в стационарах некоторых стран Латинской

Америки и на европейском континенте, в США и Японии, охарактеризованные американскими исследователями с использованием других молекулярных методов типирования, были названы эпидемическими клонами. Было показано, что рост частоты ВБИ, наблюдаемый в стационарах, в значительной степени обусловлен распространением эпидемических штаммов или клонов MRSA [Ayliffe, G.A., 1997; OliveiraD. et. al., 1998].

В последние два десятилетия достигнут существенный прогресс в изучении молекулярных механизмов резистентности S. aureus к антимикробным препаратам и структурной организации его генома. Проведенные исследования позволили выявить у MRSA наличие дополнительного белка (РВР-2'), относящегося к группе транспептидаз и участвующего в формировании клеточной стенки. В отличие от других подобных белков, обнаруженных у метициллинчувствительных штаммов S.aureus (MSSA), РВР-2' продолжает функционировать в присутствии бета-лактамных антибиотиков и сохраняет микробной клетке жизнеспособность [Hartman B.I., Tomasz А. 1984; BeckW.D., Berger-Bachi В. and KayserF.H., 1986]. Синтез этого белка кодируется геном тесА, расположенном на мигрирующем генетическом элементе, получившем название стафилококковая хромосомная кассета (SCCтес), который отсутствует у чувствительных микроорганизмов [Berger-Bachi В., Strassle A., Gustsfson J.E. and Kayser F.H., 1992; Katayama Y., Ito Т., and Hiramatsu K., 2000].

Расшифровка полных нуклеотидных последовательностей геномов нескольких метициллинрезистентных и метициллинчувствительных штаммов S. aureus выявила, что этот микроорганизм принадлежит к гетерогенным и полиморфным видам, у которого не только гены антибиотикорезистентности, но и многие гены патогенности присутствуют в хромосоме в составе геномных островов различных типов: островов «патогенности», стафилококковых хромосомных кассет (SCC), профагов. Было обнаружено, что в разных штаммах эти генетические элементы существуют в виде аллельных форм и и характеризуются различной степенью мобильности. Генетическое разнообразие внутри вида является следствием горизонтального переноса генов, расположенных на мобильных генетических элементах (МГЭ) [KurodaM. et al., 2001; BabaT. et al., 2002]. Стало очевидным, что многие из широко используемых методов молекулярно-генетического типирования не способны выявить наличие МГЭ в хромосоме MRSA, и лишь косвенно отражают различия в геноме тестируемых клинических изолятов.

С конца 90-х годов в Российской Федерации отмечался рост числа публикаций, посвященных выделению MRSA в стационарах. В представленных сообщениях информация ограничивалась только частотой выделения, и отсутствовали какие-либо данные о свойствах идентифицированных как MRSA клинических изолятов [Габбасова JI.A., Бурмистрова A.JL,

Шафикова Н.Э., 2002; ДехничА.В. и др., 2002; Евстропов А.Д. и др., 2002]. Известно, что высокая частота MRSA среди клинических изолятов S. aureus делает неэффективным использование многих антимикробных препаратов и существенно ухудшает качество медицинской помощи, оказываемой населению. В этих условиях назрела неотложная необходимость совершенствования методов микробиологического мониторинга S. aureus, проводимого в отечественных стационарах.

Однако на момент начала нашей работы не существовало общепризнанных методов и схем молекулярно-генетического типирования MRSA, были не известны какие-либо генетические характеристики штаммов S.aureus, циркулирующих в стационарах РФ, отсутствовали представления о наличии возможных генетических связей между эпидемическими штаммами и клонами MRSA, выделенными в стационарах других стран мира и охарактеризованными с помощью разных молекулярных методов. Все это и определило направление исследований, представленных в данной работе, посвященной значимости проблемы метициллинрезистентного золотистого стафилококка (MRSA) для отечественного здравоохранения, исследованию геномного полиморфизма клинических изолятов MRSA, идентификации и расшифровке механизмов появления в стационарах эпидемических штаммов. Основой для проведения этого исследования явилась схема молекулярно-генетического типирования MRSA, разработанная с учетом новых представлений о структурной организации генома золотистого стафилококка.

Цель и задачи исследования Целью работы являлось исследование геномного полиморфизма как основы молекулярно-генетического мониторинга метициллинрезистентных Staphylococcus aureus в системе эпидемиологического надзора за возбудителями внутрибольничных инфекций.

В соответствии с целью были поставлены следующие задачи:

1. Создание коллекции клинических изолятов Staphylococcus aureus, выделенных в многопрофильных и специализированных стационарах нескольких регионов Российской Федерации от пациентов и медицинского персонала, а также из объектов окружающей среды, для анализа частоты распространения и определения значения метициллинрезистентных Staphylococcus aureus (MRSA) как возбудителей внутрибольничной инфекции.

2. Выявление детерминант антибиотикорезистентности и фагочувствительности и определение возможности их использования в качестве маркеров в эпидемиологических исследованиях для дифференциации MRSA.

3. Изучение структурного полиморфизма генов хромосомного «ядра» и набора генов, входящих в состав мобильного генетического пула микробной клетки, детерминирующих факторы патогенности и антибиотикорезистентность. Определение критериев дифференциации эпидемически значимых штаммов MRSA.

4. Разработка схемы молекулярно-генетического типирования, учитывающей особенности структурной организации генома метициллинрезистентных

S.aureus, и исследование генетических связей между клиническими изолятами MRSA, выделенными в разных стационарах. Идентификация эпидемически значимых штаммов, выявление их клональности.

5. Определение наличия (отсутствия) генетической общности между циркулирующими в стационарах России и эпидемическими метициллинрезистентными штаммами S. aureus, циркулирующими в других странах мира. Выявление возможных механизмов появления и генетической изменчивости эпидемических штаммов MRSA.

6. Определение возможности применения разработанной схемы молекулярно-генетического типирования MRSA при проведении локальных эпидемиологических расследований.

Научная новизна

Разработана схема молекулярно-генетического типирования возбудителей инфекционных заболеваний - метициллинрезистентных Staphylococcus aureus, основанная на изучение молекулярных маркеров двух типов: генов, входящих в состав хромосомного «ядра», и генов, являющихся структурными компонентами геномных островов различных типов. Разработанная схема позволяет:

• дифференцировать эпидемические штаммы;

• выявлять случаи заноса в стационары РФ эпидемических штаммов MRSA, циркулирующих в других странах мира;

• обнаруживать появление новых эпидемических штаммов, изучать механизмы их формирования;

• прослеживать генетические связи между штаммами.

Впервые исследован полиморфизм генов, детерминирующих факторы патогенности и антибиотикорезистентность, входящих как в состав хромосомного «ядра», так и являющихся структурными компонентами мигрирующих генетических элементов нескольких классов, у метициллинрезистентных изолятов Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах нескольких регионов Российской Федерации.

Впервые показано, что в стационарах РФ циркулируют эпидемические значимые штаммы MRSA, способные вызывать разнообразные, в том числе и генерализованные, формы внутрнбольничной гнойно-септической инфекции; получены приоритетные данные о структурных особенностях их геномов.

Выявлено генетическое родство идентифицированных эпидемических штаммов с международными эпидемическими штаммами и клонами MRSA, указывающее на то, что появление MRSA в России является результатом заноса из европейских стран. Получены приоритетные данные о распространении эпидемических штаммов MRSA в стационарах нескольких регионов РФ. Расширены представления об эпидемическом распространении MRSA на Евразийском континенте.

Установлено, что в процессе распространения международных эпидемических штаммов MRSA на отдельных территориях может происходить дальнейшая дивергенция эпидемических штаммов за счет изменения набора генов в составе мобильного генетического пула микробной клетки.

Идентифицированы новые представители геномных островов золотистого стафилококка семейства стафилококковых хромосомных кассет (SCC). Показано, что формирование новых кассет происходит в результате делеций и рекомбинаций, затрагивающих как отдельные фрагменты, так и целые генетические элементы SCC.

Идентифицирован новый эпидемический штамм MRSA, содержащий композитный генетический элемент SCCтес.

Установлено наличие связи между определенным генетическим «бэкграундом» и присутствием в бактериальной клетке генов патогенности, расположенных на мобильных генетических элементах.

Практическая значимость и внедрение

Разработана молекулярно-генетическая основа для создания национальной базы данных эпидемических метициллинрезистентных штаммов Staphylococcus aureus — возбудителей ВБИ.

Усовершенствована система эпидемиологического надзора (ЭН) за внутрибольничной инфекцией, вызванной множественно-устойчивыми к антибиотикам патогенами: научно обоснованы схема и необходимость проведения молекулярно-генетического мониторинга MRSA в стационарах РФ. Разработаны и внедрены в практику работы территориальных управлений Роспотребназора и региональных центров гигиены и эпидемиологии методические рекомендации «Метициллинрезистентные Staphylococcus aureus - возбудители внутрибольничных инфекций: идентификация и генотипирование», утвержденные Заместителем руководителя Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Л.П. Гульченко 23 июля 2006 г.

Предложена новая экономичная методика выделения ДНК из S. aureus, с использованием в качестве лизирующего агента гуанидина тиоционата вместо лизостафина, которая гарантирует стабильность полученной ДНК в течение нескольких лет и расширяет возможности для проведения генетических исследований S. aureus.

Создан музей клинических метициллинрезистентных и метициллинчувствительных изолятов S. aureus, выделенных при различных формах ВБИ, а также банк ДНК эпидемических штаммов MRSA в лаборатории стафилококковых инфекций ГУ НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи РАМН.

Полученные в проведенном исследовании результаты могут быть использованы в работе клинических микробиологических лабораторий лечебно-профилактических учреждений хирургического, акушерско-гинекологического, травматологического профиля, ожоговыми центрами, а также специалистами, осуществляющими эпидемиологический надзор за внутрибольничными инфекциями.

Апробация работы. Материалы диссертационной работы доложены на: VIII съезде Всероссийского общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (г. Москва, 2002 г.); V Международной конференции МАКМАХ «Антимикробная терапия» (Москва, 2002 г.); 5-ой Всероссийской научно-практической конференции «Генодиагностика инфекционных болезней» (Москва, 2004 г.); Российской научно-практической конференции «Узловые вопросы борьбы с инфекцией» (Санкт-Петербург, 2004 г.); VII Международной конференции MAKMAX/ESMID (Москва, 2005 г.); 16-Европейском конгрессе «Клиническая микробиология и инфекционные болезни» (Ницца, 2006 г.); VIII Международном конгрессе MAKMAX/ASM по антимикробной терапии (Москва, 2006 г.); VIII Российской конференции «Современные проблемы антимикробной терапии» (Москва, 2006 г.); IX съезде Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (Москва, 2007 г.).

Апробация диссертации состоялась на конференции отдела бактериальных инфекций совместно с отделами генетики и молекулярной биологии бактерий и эпидемиологии в ГУ НИИЭМ им Н.Ф. Гамалеи РАМН 14 мая 2007 г.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 227 страницах и состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, 4 глав собственных исследований, обсуждения, заключения, выводов и списка цитированной литературы, содержащего 232 источника (57 отечественных и 175 зарубежных). Работа иллюстрирована 30 рисунками и содержит 24 таблицы.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Дмитриенко, Ольга Александровна

выводы

1. Эпидемический процесс стафилококковой инфекции в стационарах обусловлен фенотипически и генотипически гетерогенной популяцией возбудителя. Выявлены достоверные различия в частоте встречаемости детерминант антибиотикоустойчивости и фагочувствительности у метициллинрезистентных и метициллинчувствительных S. aureus, которые указывают на существование различий в темпах и/или механизмах их генетической изменчивости в организме больных в условиях стационара. Установлено, что только некоторые генотипические варианты возбудителя формируют множественную резистентность к антибиотикам.

2. Разработан мультилокусный анализ генома метициллинрезистентных Staphylococcus aureus (MRSA), включающий изучение молекулярных маркеров двух типов: генов, в составе хромосомного «ядра», имеющих в своей структуре вариабельные нуклеотидные последовательности, и генов, являющихся структурными компонентами геномных островов различных типов: тес кассет, «островов патогенности» и профагов.

3. С использованием мультилокусного анализа выявлена клональность госпитальных изолятов MRSA, идентифицированы эпидемически значимые штаммы, циркулирующие как в стационарах нескольких регионов страны, так и в отдельных стационарах.

4. Установлено, что геномы эпидемических штаммов MRSA различаются: специфичностью нуклеотидных последовательностей генов хромосомного «ядра», детерминирующих синтез факторов патогенности (коагулазу и/или протеин А); содержат разные аллотипы стафилококковых хромосомных кассет (SCC) и различный набор генов, кодирующих энтеротоксины А, В и С, продукты которых обладают суперантигенной активностью.

5. Доказана генетическая общность идентифицированных эпидемических штаммов с эпидемическими штаммами MRSA, один из которых циркулирует в стационарах европейских стран {соа тип IV, spa тип t-030, SCCmec тип Ш), а другой имеет межконтинентальное распространение {соа тип IV, spa тип t-037, SCCmec тип Ш).

6. Идентифицирован новый эпидемический штамм MRSA, характеризующийся полиморфизмом структуры гена spa t-008, который, в отличие от других эпидемических штаммов этой группы, циркулирующих в стационарах Европы и США, содержит композитный генетический элемент SCCmec.

7. Сформулирована гипотеза, согласно которой основным механизмом появления эпидемических штаммов MRSA в стационарах РФ является занос из европейских стран. Установлено, что в процессе распространения метициллинрезистентных штаммов на отдельных территориях происходит дальнейшая дивергенция эпидемических штаммов за счет изменения набора генов в составе мобильного генетического пула микробной клетки.

8. Обнаружены новые представители геномных островов золотистого стафилококка семейства стафилококковых хромосомных кассет (SCC). Выявлено одновременное присутствие в геноме MRSA генетических элементов SCC различных аллотипов.

9. Доказано распространение эпидемических метициллинрезистентных/ оксациллинрезистентных штаммов S. aureus в крупных многопрофильных и специализированных стационарах Центрального, Северо-Западного и Уральского регионов РФ. В структуре заболеваний, вызванных MRSA, нагноения хирургических и ожоговых ран составили 37,7%, инфекции дыхательных путей, включая пневмонию и трахеобронхит — 30,1%, бактериемии - 19,6%, другие нозологические формы - 12,6%. Случаи внутрибольничной инфекции, вызванной MRSA, не выявлены в отдельных многопрофильных стационарах Южного,

Приволжского и Сибирского регионов РФ согласно результатам скринингового исследования.

Ю.Установлено, что увеличение частоты выделения антибиотикорезистентных изолятов S.aureus в стационарах, является следствием распространения эпидемических штаммов MRSA. Частота устойчивых к оксациллину изолятов S. aureus в стационарах составила в среднем 27,68% (0,06%-80%), мультирезистентными среди них являлись 80%—100% изолятов. Среди метициллинчувствительных изолятов S.aureus мультирезистентных выявлено не было.

11.Выявлен контингент больных, страдающих трофическими язвами, которые могут являться резервуаром и источником госпитальных эпидемических штаммов MRSA как в условиях стационара, так и за его пределами, т.е. в популяции.

12.Создан музей клинических изолятов MRSA, выделенных при различных формах внутрибольничной инфекции, который может служить основой для проведения дальнейших генетических исследований S.aureus. Сформирован банк ДНК эпидемических штаммов MRSA.

13.Основные элементы мультилокусного анализа рекомендованы для включения в блок микробиологического мониторинга MRSA в системе эпиднадзора за внутрибольничными инфекциями и создания национальной базы данных эпидемических штаммов MRSA.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Таким образом, полученные результаты показали, что в стационарах России циркулируют эпидемические значимые штаммы MRSA, способные вызывать разнообразные, в том числе и генерализованные формы внутрнбольничной гнойно-септической инфекции.

Основной теоретический вывод, который можно сделать на основании представленных в работе данных - это доказательство того, что появление таких штаммов в стационарах РФ является частью глобального процесса распространения MRSA. Основным механизмом формирования антибиотикорезистентных популяций S.aureus в стационарах является занос из стационаров европейских стран и дальнейшее распространение эпидемических штаммов MRSA. Выявленные молекулярно-генетические особенности идентифицированных эпидемических штаммов свидетельствуют о дальнейшей дивергенции эпидемических штаммов, циркулирующих на отдельных территориях. Обнаруженная высокая клональность популяции госпитальных MRSA в стационарах доказывает неэффективность существующей системы противоэпидемических мероприятий и неотложную необходимость принятия мер организационно-правового характера для борьбы с распространением эпидемически значимых штаммов. Идентификация среди госпитальных эпидемического штамма, несущего вариант кассеты SCCтес типа IV, способной подвергаться многочисленным генетическим перестройкам и распространяться между штаммами, принадлежащими различным генетическим «бэкграундам», позволяет предположить, что в дальнейшем может происходить формирование новых эпидемических штаммов в стационарах России. Достаточно высокая частота выделения MRSA в стационарах России, очевидно, будет способствовать «выносу» госпитальных штаммов в популяцию. Некоторые молекулярно-генетические характеристики идентифицированных эпидемических штаммов свидетельствуют об их способности циркулировать и во внебольничной среде.

Разработанный мультилокусный анализ генома MRSA оказался эффективным инструментом, как для расследования вспышек, так и для определения статуса идентифицированных эпидемических штаммов в процессе глобального распространения MRSA. Основанный на исследовании молекулярных маркеров двух типов он не только позволяет идентифицировать известные эпидемические штаммы, но и фиксировать появление новых штаммов, обусловленное как внутригенными перестройками генов хромосомного «ядра», так и горизонтальной передачей генов в составе мобильных генетических элементов. Обладая высокой дифференцирующей способностью, он, в отличие от PFGE, дает возможность не только дифференцировать клинические изоляты, но прослеживать их эволюционные взаимосвязи, оценивать эпидемиологическую обстановку и прогнозировать тяжесть и развитие эпидемической ситуации.

Включение в мультилокусный анализ секвенирования гена spa, выполнение которого доступно научно-исследовательским центрам нашей страны, позволяет проследить филогенетические связи идентифицированных эпидемических штаммов и формировать национальную базу таких штаммов. Создание последней предоставит новые возможности для обмена информацией о циркулирующих эпидемических штаммах с использованием Интернет технологий, позволит фиксировать появление новых эпидемических штаммов и предупреждать их распространение. На сегодняшний день spa секвенирование является единственным из молекулярно-генетических методов типирования, показавшим свою 100% межлабораторную воспроизводимость [de-Sousa A.M. et al., 2006]. Именно этот метод наилучшим образом коррелирует с результатами типирования, полученными на основе использования технологии микрочипов [KoreenL. al., 2004].

Оптимизация эпидемиологического надзора за ВБИ на основе компьютерной техники становится в настоящее время важнейшим научно-организационным принципом, обеспечивающим принятие оперативных организационных решений с учетом сложившейся эпидемиологической обстановки, необходимостью решения задач по прогнозированию, моделированию эпидемического процесса с помощью специализированного программного обеспечения [Соколовский В.Т., Семина Н.А., 1999; Ермилов Ю.Н., 2001; Акимкин В.Г., 2003].

Исследование структурного полиморфизма гена соа методом ПЦР-ПДРФ в сочетании SCCтес типированием и изучением профиля генов патогенности, расположенных на мобильных генетических элементах, позволяет использовать мультилокусный анализ в клинических лабораториях и осуществлять молекулярно-генетический мониторинг в стационаре.

Разработанная методика выделения ДНК гарантирует стабильность ДНК в течение нескольких лет и позволяет оперативно исследовать дополнительные молекулярные маркеры, не включенные в схему мультилокусного анализа. Она также расширяет возможности для проведения всесторонних научных исследований, позволяя в течение длительного времени работать с единым образцом выделенной ДНК, и изучать множество молекулярных маркеров, используя ПЦР-анализ.

Результаты проведенных исследований положены в основу разработанных и внедренных в практику здравоохранения Методических рекомендаций, утвержденных Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, посвященных идентификации и генотипированию метициллинрезистентных Staphylococcus aureus - возбудителей внутрибольничных инфекций.

Список литературы диссертационного исследования доктор медицинских наук Дмитриенко, Ольга Александровна, 2008 год

1. Акатов А.К. Микробиологические аспекты антистафилококкового иммунитета (экспериментальное исследование): дис. докт. мед. наук — Москва, 1969.-503 с.

2. Акатов А.К., Зуева B.C. Стафилококки. — М.: Медицина, 1983. 256 с.

3. Акимкин В.Г. Концептуальная модель организации эпидемиологического надзора за внутрибольничными инфекциями в системе социально-генетического мониторинга // Эпидемиол. инфекц. бол 2003. - № 2 — С. 11— 16.

4. Акимкин В.Г. Система профилактики внутрибольничных инфекций в России. Служба госпитальных эпидемиологов: итоги и перспективы. // Эпидемиол. инфекц. бол.-2005.-№ 1.-С. 4-8.

5. Беляков В.Д., Колесов А.П., Остроумов П.Б., Немченко В.И. // Госпитальная инфекция Л., М.: Медицина, 1976.-232 с.

6. Биргер М.О. Справочник по микробиолгическим и вирусологическим методам исследования // М Медицина, 1982.

7. Ю.Внутрибольничные инфекции / Под редакцией Р.П.Венцеля. Пер. с англ. // М.:-Медицина, 1990.

8. Гоик В.Г., Козлова Н.С., Гранстрем К.О. Оценка антибиотикорезистентности стафилококков воздушной экосистемы шести стационаров г. Санкт-Петербурга // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. 2002.- Т. 4 - Прил. 1.- С. 16.

9. Дерябин Д.Г. Стафилококки: экология и патогенность / Екатеринбург: УрО РАН, 2000. -239 с.

10. Дехнич А.В., Эйделыптейн И.А., Нарезкина А.Д., и др. Эпидемиология антибиотикорезистентности нозокомиальных штаммов в России: результаты многоцентрового исследования // Клинич. микробиол. антимикроб, химиотер. 2002. Т. 4. - № 4. - С.325-336.

11. Дмитренко О. А. Стабильность лекарственной устойчивости у стафилококков в различных условиях: дис. канд. мед. наук. Москва, 1979. -с.181.

12. Евстропов А.Д., Ильина В.Н., Шмырин А.А. и др. Этиология бактериемии у обожженных //Сб. Материалы VIII съезда Всероссийского общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов. М.: РОСИНЭКС, 2002г. -Т. 4. С.147-148.

13. Езепчук Ю.В., Пронин А.В. Иммунобиологические свойства суперантигенов // Вестн. Рос. Академ, мед. наук. 2000. - № 1. - С.38^15.

14. Ермилов Ю.Н. Особенности эпидемиологического надзора за внутрибольничными инфекциями на региональном уровне в условиях Крайнего Севера: автореф. дис. канд. мед. наук. М., 2001.

15. Ершов Г.В., Смоленов И.В., Чернавин А.В. Структура и антибиотикорезистентность возбудителей послеоперационных осложнений в гинекологических стационарах г. Волгограда. // Клин, микробиол. антимикрооб. химиотер. 2002. - Т. 4. - Прил. 1. - С. 20.

16. Зуева B.C. , Дмитренко О.А, Нестеренко Л.Н., Беликов Н.Г., Witte W., Акатов А.К. Метициллинорезистентные стафилококки // ЖМЭИ. 1988. -№4.-С. 100-108.

17. Зуева B.C., Дмитренко О.А., Акатов А.К. Экспериментальные фаги для дифференцирования нетипируемых культур метициллинрезистентных Staphylococcus aureus //ЖМЭИ. 1988. - № 9. - С. 19-24.

18. Козлов Р.С. Нозокомиальные инфекции: эпидемиология, патогенез, профилактика, контроль // Клин, микроб, антимикроб, химиотер. 2000, Т. 1, № 2. - С. 16-30.

19. Российской научно-практической конференции с международным участием. -Москва, 1999 г.-С. 149-150.

20. Методические указания по эпидемиологическому надзору за внутрибольничными инфекциями / Утверждены Приказом МЗ СССР от 02.09. 87 №28-6/34.-21с.

21. Методические указания МУК 4.2.1890-04. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. — Москва, 2004. 91 с.

22. Миронов А.Ю. Патогенные кокки // Медицинская микробиология, вирусология и иммунология / Под редакцией А.А. Воробьева М.:: Медицинское инфомационное агенство, 2006 — 702 с.

23. Определитель бактерий Берджи в 2 т./ Под ред. Дж. Хоума, Н.Крига, П.Снита и др./ Пер. с англ. М.: Мир, 1997-Т. 2.

24. Прозоровский С.В., Генчиков Л.А. Эпидемиология внутрибольничных инфекций и проблема их профилактики // Mater. Med. Бюллетень для врачей и фармацевтов, 1994. № 3. - С. 5-28.

25. Русакова Е.В. Эпидемиология' и профилактика аспирационных антропонозов, эпидемиологический надзор и противоэпидемические мероприятия: Лекции. М. ГОУ ВУНМЦ МЗ РФ, 2003. - 160 с.

26. Семина Н.А., Ковалева Е.П., Акимкин В.Г., Сидоренко С.В. Особенности эпидемиологии и эпидемиологического надзора за внутрибольничными инфекциями на современном этапе // Эпидем. инфекц. бол. — 2006. — Т. 4. -С. 22-26.

27. Сидоренко С.В., Резван С.П., Грудинина С.А. и др. Результаты многоцентрового исследовании чувствительности стафилококков кантибиотикам в Москве и Санкт-Петербурге // Антибиот. химиотерап. — 1998.-Т. 43.-С. 15-25.

28. Сидоренко С.В., Резван С.П., Еремина и др. Этиология и антибиотикочувствительность возбудителей тяжелых госпитальных инфекций в отделениях реанимации // Антибиот. химиотер. 2005. - Т. 50. -С. 33-41.

29. Справочник госпитального эпидемиолога // М.: Христозом, 1999. 336 с.

30. Страчунский JI.C., Белькова Ю.А., Дехнич А.В. Внебольничные MRSA -новая проблема антибиотикорезистентности. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотерап. 2005. - Т. 7. - № 1. - С. 32-44.

31. Тюрин Ю., Макаров А. Анализ данных на компьютере. М., Инфра-М, 2003. - 544 с.

32. Усманова Г.М., Рафиев Х.К., Дабуров К.Н. Заболеваемость внутрибольничными инфекциями и ее структура среди новорожденных в Таджикистане // Эпидемиол. инфекц. бол. 2005. - № 1. - С. 11-12.

33. Черепанова Т.А., Шаликова Г.Г.Чувствительность к антибиотикам S.aureus II Материалы VIII съезда Всероссийского общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов. М.: РОСИНЭКС, 2002 г. Т. 4. - С. 128.

34. Черкасский Б.Л. Системный подход в эпидемиологии // М.: Медицина, 1988.

35. Черкасский Б.Л. Руководство по общей эпидемиологии // М.: Медицина, 2001.-557 с.

36. Черкасский Б.Л. Понятие « риск» в эпидемиологии. // Эпидемиол. инфекц. бол. 2006,-№4.-С. 5-11.

37. Чистович Г.Н. Эпидемиология и профилактика стафилкокковых инфекций — Л.: Медицина, 1969. 141 с.

38. Шагинян И.А. Геномный полиморфизм в эпидемиологическом анализе бактериальных инфекций: автореферат дис. док. мед. наук. Москва, 1995.

39. Шагинян И.А. Роль и место молекулярно-генетических методов в эпидемиологическом анализе внутрибольничных инфекций // Клинич. микроб, антимикроб, химиотерап. 2000, - Т. 2. - № 3. - С. 82-95.

40. Шагинян И.А., Дмитренко О.А. Молекулярная эпидемиология инфекций, вызываемых метициллинустойчивыми стафилококками // ЖМЭИ. 2003. -№ 3. - С.99-109.

41. Шатохина С.Н. Гетерорезистентность клеток метициллино-устойчивых штаммов Staphylococcus aureus: дис. канд. мед. наук. Москва, 1980. -146с.

42. Arakere Gayathri, Savitha Nadig, GoteSwetberg, Ragini Macaden Satish K.Amarnath and Dasarathy Raghunath. Genotyping of methicillin-resistant strains from two hospitals in Bangalore, South India // J. Clinical Microbiol. 2005. - V. 43.-№7.-P. 3198-3202.

43. Arbeit R.D. Laboratory procedures for epidemiologic analysis, in The staphylococci in human disease / Ed. K.B. Crossley and G.L.Archer (New York: Churchill Livingstone, p. 353-386.

44. Ausken H.M., Ganner M., Murchan St., Cookson B.D., Jonson A.P. A new UK strain of epidemic methicillin-resistant Staphylococcus aureus (EMRSA-17) resistant to multiple antibiotics // J. Antimicrobiol. Chemoth. 2002. - V. 50. - № 2 - P. 171-175.

45. Ayliffe, G.A. The progressive intercontinental spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus // Clin. Infect. Dis. 1997. - V. 24. -Suppl. 1. - S74-79.

46. Bacterial Nomenclature Up-to-date. DSMZ Search Catalogues, электронный ресурс. доступ: http://www.dsmz.de/bactnom/bactname.htlm

47. ВаЬа Т., Takeuchi F., Kuroda M., et al. Genome and virulence determinants of high virulence community-acquried MRSA // Lancet 2002. - V. 359. - № 9320 -P. 1819-1827.

48. Baird-Parker A.C. Classification and identification of Staphylococci and their resistance to physical agents / In Jay O. Cohen. The Staphylococci. Wiley-Interscience. A Division John Wiley and Sons, Inc.- 1972. - PP.1—20.

49. Baird-Parker A.C. Genus Staphylococcus / In Buchanan and Gibbons (ed.), Bergey's manual of determinative bacteriology, 8th ed.- Baltimore: The Williams and Wilkins Co., 1974. PP. 483^189.

50. Beard-Pegler M., Vickery A. Lysogenicity of methicillin-resistant Staphylococcus aureus // J. Med. Microbiol. 1985. - V.20. - № 2. - P. 147-155.

51. Beck W.D., Berger-Bachi B. and Kayser F.H. Additional DNA in methicillin-resistant Staphylococcus aureus and molecular cloning of mec specific DNA // J.Bacteriol. 1986. - V. 165. - № 2. - P. 373-378.

52. Berger-Bachi В., Strassle A., Gustsfson J.E. and Kayser F.H. Mapping and characterization of multiple chromosomal factors involved in methicillin resistance in Staphylococcus aureus // Antimicrob. Agents Chemother. 1992. -V. 36.-№7.-P. 1367-1373.

53. Berger-Bachi В., Rohrer S. Factors influencing methicillin resistance in staphylococci // Arch. Microbiol. 2002. - V. 178. - P. 165-171.

54. Bodmann K.-F., Lorenz J., Bauer T.T., Evig S., Trautmann, Vogel F. Nosocomial Pneumonia: Prevention, Diagnosis, and Treatment // J. Chemother 2003. - V. 12.-№2.-P. 33-34.

55. Boyce J.M. Epidemiology and prevention of nosocomial infection / In: The staphylococci in human disease / Ed. K.B. Crossley and G.L.Archer. New York: Churchill Livingstone, 1997. - P. 309-329.

56. Boyce J.M.,Cookson В., Christensen K., Hori S., Vuopioo-Varkila J., Kosagos S. et al., Methicillin-resistant Staphylococcus aureus II Lancet Infect. Dis. 2005. -V. 5. -№ x10. - P. 653-663.

57. Bunikowski R., Mielke M., Scarabis H. et al. Prevalence and role of serum Ige antibodies to the Staphylococcus aureus-derived superantigens SEA and SEB in children with atopic dermatitis // J. Allergy Clin. Immunol. 1999. - V.l. - № 1 Ptl.-P. 119-124.

58. Campbell W. N., Fitzpatrick M., Ding X., Jett M., P. Liemski, S.E. Goldblum. SEB is cytotoxic and alteres EC barrier function through protein tyrosine phosphorylation in vitro // Am. J. Physiol. 1997. - V. 273. - P. L 31-L 39.

59. Centers for disease control and prevention NNIS system. 2001. National Nosocomial Infections Surveillance (NNIS) System report, data summary from

60. January 1992-June 2001 // Am. J. Infect. Control. 2001. - issued August, 2. -P. 404-421.

61. Chastre J., Fagon J.Y., Ventilator-associated pneumonia // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2002. - V.165. - P.867-903.

62. Coombs G.W., Nimmo G. R., Bell J.M., et al. Genetic diversity among methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains causing outpatient infections in Australia//J.Clin. Microbiol. 2004. - V. 42. - № 10. - P. 4735^1743.

63. Copsgrove S.E., Sakoulas G., Perecevich E.N. et al. Comparison of mortality associated with methicillin-resistant and methicillin susceptible Staphylococcus aureus bacteremia; a meta-analysis // Clin.Infect.Dis. 2003. — V. 36. - P. 53-59.

64. Corne Ph., Marchandin H., Jonquet O. et al. Molecular evidence that nasal carriage of Staphylococcus aureus plays a role in respiratory tract infections of critically ill patients // J. Clinical Microbiol. 2005. - V. 43. - № 7. - P. 34913493.

65. Cucarella C., Solano C., Valle J. et al. Bap, a Staphylococcus aureus surface protein involved in biofilm formation // J. Bacteriol. 2001. V. 183. - P. 28882896.

66. Deurenberg R.H., Vink C., Oudhuis J.G. et al. Different clonal complex of methicillin-resistant Staphylococcus aureus are disseminated in the Euregio Meuse-Rhine Region // Antimicrob.Ag. Chemoth. 2005. - V. 49. - № 10. - P. 4263-4271.

67. Dinges M. M., Orwin P.M. and Schlievert P.M. Exotoxins of Staphylococcus aureus II Clin. Microbiol. Rev. 2000. - V. 13. - № 1. - P. 16-34.

68. Dufour P., Gillet G., Bes M.et al. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus in France: emergence of a single clone that produces Panton-Valentine leucocidine // Clin. Infect Dis. 2002. - V. 35. - № 7. - P. 819 -824.

69. Duran S.P., Kayser F.H., Berger-Bachi B. Impact of sar and agr on methicillin resistance in Staphylococcus aureus //FEMS Microbial. Lett. № 1996. - V. 141. -P. 255-260.

70. Edmond M.B., Wallace S.E., Moclish D.K., et al. Nosocomial bloodstream infections in United States hospitals: a three-year analysis // Clin. Infect Dis. -1999. V. 29. - № 2. - P. 239-244.

71. Enright M. С., Robinson D.A., Randle G. et al. The evolutionary history of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) // PNAS 2002. - V. 99. -P. 7685-7692.

72. Feil E.J., Cooper J.E., Grundmann H. et al. How clonal is Staphylococcus aureus? //J. Bacteriol. -2003. V. 185. -№ 11. - P. 3307-3316.

73. Finland M. Excursions into epidemiology; selected studies during the past four decades at Boston City Hospital. // J. Infect. Dis. 1973. - V. 128. - № 1. - P. 76 -124.

74. Fitzgerald J.R., Monday S.R., Foster T. J. et al. Characterization of putative pathogenicity island from bovine encoding multiple superantigens // J. Bacteriol. -2001.-V. 183. -№1. -P. 63-70.

75. Fournier В., Philpott D.J. Recognition of Staphylococcus aureus by the innate immune system // Clin. Microbiol. Rev. 2005. - V. 18. - № 3. - P. 521-540.

76. Fridkin S.K., Hageman J., Morrison M., Sanza L.T., Como-Sabetti K. Jernign J.A. et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus disease in three communities //N. Engl. J. Med. 2005. -V. 352. - № 1. - P. 1436-1444.

77. Fujikawa H., Igarashi H., Usami H, Tanaka S., Tamura H. Clearance of endotoxin from blood of rabbits injected with staphylococcal toxic shock syndrome toxin-1 // Infect. Immun. 1986. - V. 52. - № 1. - P. 134-137.

78. Fujimura and Murakami. Increase of methicillin resistance in Staphylococcus aureus caused by deletion of gene whose product is homologous to lytic enzymes //J. Bacteriol. 1997. - V. 179.-№20.-P. 6294-6301.

79. Giacometti A., Cirioni O., Schimizzi A.M. et al. Epidemiology and microbiology of surgical wound infections // J.Clin. Microbiol. 2000. — V. 38. — №2.-P. 9189-9192.

80. Griffiths C., Lamagni T.L., Crowcroft N.S, Duckworth G. et al. Trends in MRSA in England and Wales: analysis of morbidity and mortality data for 19932002 // Health Stat Q. 2004. - Spring (21). - P. 15-22.

81. Guidelines for the management of adults with hospital-acquried, ventilator-associated, and healthcare-associated pneumonia // Am. J. Respir. Crit. Care Med. -2005.-V.171.-P. 388-416.

82. Hamad A.R., Marrack P., Kappler J.W. Transcytosis of staphylococcal superantigen toxins // J.Exp. Med. 1997. - V. 185. - P. 1447-1454.

83. Hardy K. J., Ussery D.W., Oppenheim B. A., and P.M. Hawkey. Distribution and characterization of staphylococcal interspersed repeat units (SIRUs) and potential use for strain differention // Microbiol. 2004. - V. 150. - P. 40454052.

84. Hartman B.I., Tomasz A. // Low-affinity penicillin-binding protein associated with P-lactam resistance in Staphylococcus aureus II J. Bacteriol. — 1984. — V. 158. — № 2. -P.513-516. л

85. Hiramatsu K. Molecular evolution of MRSA // Microbiol. Immunol. 1995. -V. 39. -№ 8. -P.531-543.

86. Holden M. T.G., Feil E.J., Lindsay J.A. et al. Complete genomes of two clinical Staphylococcus aureus strains: evidence for the rapid evolution of virulence and drug resistance // PNAS 2004. - V. 101. - № 26. - P. 9786-9791.

87. Hookey J.V., Richardson J. F. and Cookson B. D. Molecular typing of Staphylococcus aureus on PCR restriction fragment length polimorphism and DNA sequence analysis of the coagulase gene // J. Clin. Microbiol. 1998. - V. 36.-№4.-P. 1083-1089.

88. Hsu Li-Yang, Koh Tse-Hsien, Singh K. et al. Dissemination of multisusceptible methicillin-resistant Staphylococus aureus in Singapore // J.Clin. Micobiol. 2005. - V. 43. - № 6. - P. 2923-2925.

89. Huang S.S. and Piatt R. Risk of methicillin-resistant Staphylococus aureus infection after previous infection or colonization // Clin.Infect.Dis. 2003. — V. 36.-№3.-P. 281-285.

90. Jarraud S., Mougel Ch., Thioulouse J. et al. Relationships between Staphylococus aureus genetic background, virulence factors, agr groups (alleles), and human disease // Inf. and Immun 2002. - V. 70. - № 2. - P. 631-641.

91. Jevons M.P. "Celbenin"- resistant staphylococci // Br. Med. J. -1961. V. 1. -P. 124-125.

92. T.Ito, Katayama Y., Hiramatsu K. Cloning and nucleotide sequence determination of entire mec DNA of pre-methicillin-resistant Staphylococcus aureus strain //Antimicrob. Agents Chemother. 1999. - V. 45. - № 6. - P. 14491458.

93. Ito Т., Okuma К., Ma X.X. et al. Insights on antibiotic resistance of Staphylococcus aureus from its whole genome: genomic island SCC // Drug Resistance Updates. 2003. - V. 6. - P. 41-52.

94. Ito Т., Ma X.X., Takeuchi et al. Novel type V staphylococcal cassette chromosome mec driven by a novel cassette chromosome recombinase, ccr // Antimicrob. Agents Chemother. 2004. - V. 48. - № 7. - P. 2637-2651.

95. Iwahara Т., Ichiyama S., Nada Т., Shimocata K., Nakashima N. Clinical and epidemiologic investigations of nosocomial pulmonary infections caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus //Chest. 1994. - V. 105. - № 3. - P. 826-831.

96. Kanafani Z.A., Fowler V.G. Staphylococcus aureus infections: new challenges from old pathogen // Enfermed. Inf. Microbiol. Clin. 2006. - V.24. - № 3 -P.182-193.

97. Kanzaki H., Ueda M., Morishita Y. et al. Producibility of exfoliative toxin and staphylococcal coagulase types of Staphylococcus aureus strains isolated from skin infections and atopic dermatitis // Dermatology 1997. - V.195. - № 1. - P. 6-9.

98. Katayama Y., Ito Т., and Hiramatsu K. A new class of genetic element, staphylococcus cassette chromosome mec, encodes methicillin resistance in Staphylococcus aureus II Antimicrob. Agents Chemother. 2000. - V. 44. - № 6. -P. 1549-1555.

99. Kaye K. S., Engelmann J. J., Mozaffari E., and Carmeli Ye. Reference group choice and antibiotic resistance outcomes // Emerg. Infect. Dis. -2004. — V. 10. — № 6. -P.l 125-1128.

100. Kerr S., Kerr G.E., Makintosh C.A, and Marples R.R. A survey of methicillin-resistant Staphylococcus aureus affecting patients in England and Wales // J. Hosp. Infect. 1990. - V. 16. - № 1. - P. 35^14.

101. Kluytmans J., van Belcum A., Verbruch H. Nasal carriage of Staphylococcus aureus: epidemiology, underlying mechanism and associated risks // Clin. Micro Rev. 1997. - V. 10. - № 3. - P. 505-520.

102. Ко K.W., Ji-Yong Lee, Ji Yoeun Suh, Won Sup Oh et al. Distribution of major genotypes among methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in Asian Countries // J.Clinical. Microbiol. 2005. - V. 43. - № 1. - P. 421-426.

103. Kondo N., Kuwahara Arai K., Kuroda-Murakami H., et al. Eagle type methicillin-resistance: new phenotype of high methicillin resistance under mec regulator gene control // Antimicrob. Agents Chemother. 2001. - V. 45. — P. 815-824.

104. Kuroda M., Ohta Т., Uchiama I. et al. Whole genome sequencing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus II The Lancet 2001. — V. 357. — №21. - P. 1225-240.

105. Kuroda M., Yamashita At., Hirakawa H., Kumano M., et al. Whole genome sequence of Staphylococcus saprophiticus reveals the pathogenesis of uncomplicated urinary tract infection // PNAS 2000 V.5. - № 102. - P. 1327213277.

106. Kushnaryov V.M., MacDonald H.S., Reiser R.F., Bergdoll M.S. Reaction of toxic shock syndrome toxin 1 with endothelium of human umbical cord vein // Rev. Infect. Dis. 1989. V.l 1. - P. S282-288.

107. Lechmann H.S., Heaton Т., Mallon D. , Holt P.G. Staphylococcal enterotoxin-B-mediated stimulation of interleukin-13 production as a potential aetiologic factor in eczema in infants // Int. Arch. Allery Immunol. 2004. - V.135. - № 4. -P. 306-312.

108. Liassine N., Auckenthaler R., Descombes M.-C. et al. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated in Swizerland contains the

109. Panton-Valentine leukocidin or exfoliative toxin genes // J.Clin. Microb. 2004. — V. 42. - № 2. - P.825-828.

110. Linsday J.A., Rusin A., Ross H.F. et al. The gene for toxic shock toxin is carried by a family of mobile pathogenity island in Staphylococcus aureus II Mol. Microbiol. 1998. -V. 29. P. 527- 543.

111. Lowy F.D. Antimicrobial resistance: the example of Staphylococcus aureus // J. Clin. Invest. 2003. - V.l 11. - № 9. - P. 1265-1273.

112. Luong T.T., Ouyang Shu, Bush K., Lee Ch.Y. Type 1 capsule genes of Staphylococcus aureus are carried in staphylococcal cassette cromosome genetic element // J. Bacteriol. 2002. - V. 184. - №13. - P.3623-3629.

113. Lyon B.R. and R.Skuray. Antimicrobial resistance of Staphylococcus aureus: Genetic Basis // Microbiol.Rev. 1987. - V.55. - №1. - P. 88-134.

114. Marples R.R., and E.M. Cooke. Workshop on methicillin-resistant Staphylococcus aureus //J. Hospital. Infect. 1985. - V.6. - P.342-348.

115. Matsuhashi M., Song M.D., Ishono F. et al. // J. Bacteriol. 1986. - V.167. -№13. - P.975-980.

116. McDonald K.L., Osterholm M.T., Hedberg C.W. et al. Toxic shock syndrome. A newly recognized complication of influenza and influenza-like illness // JAMA. 1987. - V. 257. - №8. - P.1053-1058.

117. Miethke Т., Duschec K., Wahl C., Heeg K., Wagner H. Pathogenesis of toxic shock syndrome: T cell mediated lethal shock caused by the superantigen TSST-1 //Eur. J. Immun. 1993. -V. 23. -P.1294-1300.

118. Naimi T.S., Ledell K.H., Boxrud J. et al. Epidemiology and clonality of commimity-acqured methicillin-resistant in Minnesota, 1996-1998. // Clin.Infect.Dis. 2000. - V. 33. - № 7. - P. 990-996.

119. Nakao A., Imai S., Takano T. Transposon-mediated insertional mutagenesis of the D-alanyl-lipoteichoic acid (dlt) operon raises methicillin resistance in Staphylococcus aureus II Res. Microbiol. 2000. - V. 151. - № 10. - P. 823-829.

120. National Committee for Clinical Laboratory Standarts. 2001. Performance standarts of antimicrobial susceptibility testing, 11th informational supplement,vol. 21, no.l. Naitional Committee for Clinical Laboratory Standarts, Wayne, Pa.

121. National Nosocomial Infections Surveillance (NNIS) System Report, data summary from January 1992 through June 2004, issued October 2004 // Am. J. Infect. Control. -V. 32. P. 470-485.

122. Novick R. P. (Ed.) Molecular Biology of Staphylococci / N.Y.: VHC Publishers, 1990. P. 583.

123. Novick R. P., Schlievert P., Rusin A. Pathogenecity and resistance islands of staphylococci // Microb. Infect. 2001. - V. 3. - P.585-594.

124. Novick R. P. Mobile genetic elements and bacterial toxinoses: the superantigen-encoding pathogenicity islands of Staphylococcus aureus II Plasmid 2003. - V.49. - № 2. - P. 93-105.

125. Novick R. P. Autoinduction and signal transduction in the regulation of staphylococcal virulence // Molecular Microbiol. 2003. - V. 48. - № 6. - P. 1429-1449.

126. O'Neill G. L., Murchan S., Gil-Setas A., and Ausken H.M. Identification and Characterisation of phage variants of strain of epidemic methicillin-resistant Staphylococcus aureus ( EMRSA-15) // J. Clin. Microbiol. 2001. - V. 39. - № 4.-P. 1540-1548.

127. Okuma К., Iwakawa К., Turnidge J. D. et. al. Dissemination of new methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in the community // J. Clin. Microbiol. 2002. - V. 40. - № 11. - P. 4289^294.

128. Oliveira D. C., Tomasz A, and de Lencastre H. Secrets of success of human pathogen: molecular evolution of pandemic clones of methicillin-resistant Staphylococcus aureus II The Lancet Infect. Dis. — 2002. — V. 2. — № 3. — P. 180189.

129. Quie P.G., Verhoev J., Kim Y., Peterson Ph. Host determinants of staphylococcal infections / In: The Staphylococci // Proceedings of the Alexander Ogston Centennial Conference. / Ed. Macdonald A. Aberdeen University Press, 1981. - P.83-93.

130. Palmqwist N., Foster Т., Tarcowski A., Josefsson E. Protein A is a virulence factor in arthritis and septic death // Microb. Patog. 2002. - V.33. - № 5. - P. 239-249.

131. Projan S. J. Antibiotic resistance in Staphylococci / In: Fischetti V.A., Novick R.P., Feretti J.J., Portnoy D.A., Rood J.I. (Eds.). Gram-positive pathogens -Washington, D.C. : ASM Press, 2000. P. 463^70.

132. Revised guidelines for the control of methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in hospitals. Combined Working party of the British Society of

133. Antimicrobial Chemotherapy, the Hospital Infection Society and the Infection Control Nurses Association // J. Hosp. Infect. 1998. - V. 39. - P.253-290.

134. Richardson Judith. F., Chittasobhon Nuanchan, Marples R.R. Supplementary phages for the investigation of strains of methicillin-resistant Staphylococcus aureus II J. Med Microbiol. 1998. - V. 25. - P. 67-74.

135. Robinson D. Ash., Enright M.C. Evolutionary Models of the Emergence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus // Antimicrob. Ag. Chemother. — 2003. V. 47. - № 12. - P. 3926-3934.

136. Robinson D. Ash., Kearns A.M., Holmes A. et al. Re-emergence of early pandemic as community-acquired methicillin-resistant clone // Lancet. 2005. — V. 365. - № 9466. - P. 1256-1258.

137. Rountree P.M. The origin and spread of virulent staphylococci / Recent Progress in Microbiol. Toronto, 1963. - P. 561-569.

138. Romero-Vivas J., Rubio M., Fernandez C., Picazo J.J. Mortality associated with nosocomial bacteraemia due to methicillin-resistant Staphylococcus aureus II Clin. Infect. Dis. 1995. - V. 21. - № 6. - P. 1417-1423.

139. Rosenbach F.J. Micro-organismen bei den Wund-Infections-Krankheiten des Menschen. / Weisbaden, 1884.

140. Ross F. J., Studevant D. E., Mackie St. M. et al. Evolutionary genomics of Staphylococcus aureus: Insights into the origin of methicillin-resistant strains and toxic shock syndrome epidemic // PNAS 2001. - V. 98. - № 15. - P. 88218826.

141. Rubin R.J., Harrington C.A., Poon A. et al. The economic impact of Staphylococcus aureus infections in New York City hospitals // Emerg. Infect. Dis.- 1999.-V. 5. — № 6. P. 9-17.

142. Rybak M.J., Pharm D. K.L. Community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus: a review // Pharmacotherapy — 2005. V. 25- №.1- P. 74-85.

143. Saldago C.D., Farr B.M., Calfee D.P. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus: a meta-analysis of prevalence and risk factors // Clin. Infect. Dis. -2003. V. 36. № 2. - P. 133-139.

144. Sanford M.D., Widmer A.F., Bale M.J., Jones R.N., Wensel L.P. Efficient detection and long-term persistence of the carriage of methicillin-resistant Staphylococcus aureus // Clin. Infect. Dis. 1994. - V. 19. - № 6. - P. 11231128.

145. Schlivert P.M. Staphylococcal enterotoxin В and toxic-shock syndrome toxin-1 are significantly associated with non-menstrual TSS // Lancet 1986. - V.l - № 8490-P. 1149-1150.

146. Schmidt H. and Hensel M. Pathogenicity islands in bacterial pathogenesis // Clinical Microb. Rev. 2004. - V.17. - № 1. - P.14-56.

147. Shopsin В., Gomes M., Montgomery S.O., Smith D.H., et al. Evaluation of protein A gene polymorphic region DNA sequencing for typing of Staphylococcus aureus strains // J.Clin. Microbiol. -1999. V. 37. - № 11. - P. 3556-3563.

148. Shopsin В., Gomez M., Waddington M., Riehman M., and Kreiswirth B.N. Use of coagulase gene (coa) typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains // J.Clin. Microbiol. 2000. - V. 38. - № 9. - P. 3453-3456.

149. Shore A., Rossney A. S., Keane C., Enrigt M.C., Coleman D.C. Seven novel variants of the staphylococcal chromosome cassette mec in methicillin-resistant

150. Staphylococcus aureus isolates from Ireland // Antimicrob. Agents Chemother. -2005 V. 49. - № 5. - P. 2070-2083.

151. Sista R.R., Oda G., Barr J. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in ICU patients //Anesthesiol.Clin. North. America. 2004. - V. 22. - № 3. - P. 405-435.

152. Smith T.L., Pearson M.L., Wilcox K.R. et al. Emergence of vancomycin resistance in Staphylococcus aureus glycopeptide intermediate Staphylococcus aureus working group // N.England J. Med. 1999- V. 340. - № 7. - P. 493-501.

153. Song M.D., Wachi M., Doi M. et al. Evolution of an inducible penicillin-target protein in methicillin-resistant strains of Staphylococcus saprophyticus // Antimicrob. Agents Chemother. 1990 - V. 34. - P. 1780-1782.

154. Staali L., Monteil H., Colin D.A. The staphylococcal poreforming leukotoxins1. Л |open Ca channels in the membrane of human polymorphonuclear neutrophils // J. Membr. Biol. 1998. - V. 162. - P. 209-216.

155. Stone R. L., Schlivert P.M. Evidence for the involvement of endotoxin in toxic shock syndrome // J. Infect. Dis. 1987. - V. 155. - № 4. - P. 682- 689.

156. Stranden A., Frei R. and Widmmer A.F. Molecular typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus: can PCR replace pulced-field gel electrophoresis? 11 J. Clin. Microbial. 2003. - V. 41. - № 7. - P. 3181-3186.

157. Taskapan M.O., Kumar P. Role of staphylococcal superantigens in atopic dermatitis: from colonization to inflamation //Ann. Allergy Asthma Immunol., 2000. V. 84. - № 1. - P. 3-10.

158. Todar's Online Textbook of Bacteriology. Электронный ресурс. // Доступ:-http://textbookofbacteriology.net/staph.htlm

159. Tomasz A., Nachman S. and Leaf H. Stable classes of phenotypic expression in methicillin-resistant clinical isolates of staphylococci // Antimicrob. Agents Chemother. 1991. -V. 35. -№ 1. - P. 124-129.

160. Turnridge J.D., Bell J.M. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus evolution in Australia over 35 years // Microb. Drug Resist. 2000. - № 3. - V. 6. - P. 223229.

161. Vojtov N., Ross H.F., Novick R.P. Global repression of exotoxin synthesis by staphylococcal superantigens // PNAS 2002. - V. 99. - № 15. - P. 1010210107.

162. Voss A., Milatovich D., Wallrauch-Schwarz C. et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Europe // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 1994. — V. 13.-№ l.-P. 50-55.

163. Wagner P. L. and Waldor M.K. Bacteriophage control of bacterial virulence // Infect. Immun. 2002. V.70. - № 8. - P. 3985-3993.

164. Wang J.T., Chen Y.C., Yang T.L., and S.C.Chang. Molecular epidemiology and antimicrobial susceptibility of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Taiwan // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2002. - V. 42. - № 3. - P.l99-203.

165. Wann E.R., Fenringer A.M., Esepchuk Yu.Y. et al. Staphylococcus aureus isolates from patients with Kawasaki disease express high levels of protein A // Infect. Immun. 1999. -V. 67. -№ 9. -P. 4737-^1743.

166. Wannet W.J.B., Spalburg E., Heck M.E.O.C. et al. Emergence of virulent methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains carrying Panton-Valentineleucocidin in Netherlands // J. Clinical. Microbiol. 2005. - V. 43. - № 7. - P. 3341-3345.

167. Wecke J., Madela K., Fisher W. The absence of D-alanine from lipoteichoic acid and wall teichoic acid alters surface charge, enhances autolysis and increase susceptibility to methicillin in Bacillus subtilis // Microbiol. 1997. — P. 29532960:

168. Wilcox M.H., Walker C., Winstanley N.G., Limb D.I. True identity of control Staphylococcus aureus strains and their performance in the tube coagulase test // J.Med. Microbiol. 1996. - V. 44. - № 6. - P. 496^199.

169. Williams R.E.O. Epidemic staphylococci // Lancet. 1959. V. 1- № 7065. - P. 190-195.

170. Williams R.E.O. Healthy carriage of Staphylococcus aureus: its prevalence and importance // Bacteriol. Rev. 1963. - V. 27. - P. 56-71.

171. Yarwood J.M., Schlievert P.M. Quorum sensing in Staphylococcus aureus infections // J. Clin. Invest. 2003. - V. 112. - № 11. - P. 1620-1625.

172. Yamaguchi Т., Nishifuji K., Sasaki M. et al. Identification of the Staphylococcus aureus etd pathogenecity island which encodes a novel exfoliative toxin, ETD, and EDIN-B // Infect. Immun. 2002. - V. 70. - № 10. - P. 58355845.

173. Zueva V.S., Dmitrenko O.A., Nesterenko L.N., Akatov A.K. A new approach to establishing the set of phages for typing methicillin-resistant Staphylococcus aureus II J. Chemother. 1991. - V. 3. - № 5. - P. 283-287.