Молекулярно-генетическая характеристика ротавирусов, циркулирующих в Новосибирске у детей раннего возраста тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Жираковская, Елена Владимировна

• Жираковская, Елена Владимировна
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Жираковская, Елена Владимировна

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. Современные представления о ротавирусах и ротавирусной инфекции.

1.1. Классификация ротавирусов.

1.2. Структурная и молекулярная организация ротавируса.

1.2.1. Морфология и свойства ротавирусной частицы.

1.2.2. Геном ротавируса.

1.2.3. Вирусные белки.

1.2.3.1. Структурные белки.

1.2.3.2. Неструктурные белки.

1.3. Ротавирусная инфекция.

1.3.1. Значимость ротавирусного гастроэнтерита в инфекционной патологии детей раннего возраста на современном этапе.

1.3.2. Патофизиология ротавирусной инфекции.

1.3.3. Клинические проявления ротавирусной инфекции.

1.3.4. Лабораторная диагностика ротавирусной инфекции.

1.4. Эпидемиология ротавирусной инфекции.

1.4.1. Антигенная характеристика ротавирусов группы А.

1.4.1.1. Механизмы изменчивости ротавирусов.

1.4.1.2. Разнообразие [P]G генотипов ротавирусов.

1.4.1.3. Инфицирование несколькими штаммами ротавируса.

1.4.1.4. Зоонозный потенциал ротавирусной инфекции.

1.4.1.5. Асимптоматическая форма ротавирусной инфекции.

1.4.2. Сезонность ротавирусной инфекции.

1.4.3. Пути передачи ротавирусной инфекции.

1.4.4. Иммунитет при ротавирусной инфекции.

1.5. Вакцинопрофилактика ротавирусной инфекции.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетическая характеристика ротавирусов, циркулирующих в Новосибирске у детей раннего возраста»

Актуальность темы. В настоящее время острые кишечные инфекции занимают одно из ведущих мест среди инфекционных заболеваний, уступая по частоте лишь гриппу и острым респираторным заболеваниям. Ротавирусы группы А (семейство Reoviridae, род Rotavirus) являются наиболее распространенной причиной тяжелого гастроэнтерита у детей младшего возраста во всем мире (Wilhelmi I. et al., 2003). Ежегодно регистрируется более 100 млн. случаев ротавирусного гастроэнтерита, являющегося причиной 2 млн. госпитализаций и около 600 тыс. смертей детей в возрасте до 5-ти лет, при этом до 80 % летальных случаев приходится на развивающиеся страны (Bryce J. et al., 2005; Parashar U. D. et al., 2006). Однако эпидемиологические исследования показывают, что и в экономически развитых странах данная проблема стоит достаточно остро (Newall А. Т. et al., 2006; Soriano-Gabarro М. et al., 2006; Fischer Т. К. et al., 2007). Ротавирусная инфекция относится к числу заболеваний, этиологически верный диагноз которых возможен только после лабораторного подтверждения. К сожалению, не во всех специализированных лечебных учреждениях РФ проводят диагностику этого заболевания. Поэтому в России показатели заболеваемости ротавирусной инфекцией ниже, чем в развитых странах. По данным Федерального Центра Госсанэпиднадзора, в 2004-2005 гг. в РФ было официально зарегистрировано свыше 33-38 тыс. случаев ротавирусной инфекции в год, из которых 90,3-91,7 % приходились на детей до 14 лет, при этом дети до 2-х лет составили 76,4 — 75,7 % от всех заболевших детей (Информационный сборник статистических материалов, 2006).

Ротавирусная инфекция является высококонтагиозным заболеванием с множественными путями распространения. Источником инфекции служит человек с манифестной или бессимптомной формой заболевания, а также вирусоноситель (Васильев Б. Я. и др., 2000). Проблема профилактики ротавирусной инфекции привлекает внимание специалистов во всем мире. В настоящее время накоплена обширная информация о генетическом разнообразии ротавирусов (Gentsch J. R. et al., 2005; Santos N., Hoshino Y., 2005). Современная классификация ротавирусов группы А разработана на основе вирусных антигенов VP7 и VP4, на которые вырабатываются вируснейтрализующие антитела (Gentsch J. R. et al., 1996; Kapikian A. Z., 2001). Среди ротавирусов человека различают 14 Р- и 10 G-генотипов (Gentsch J. R. et al., 2005; Santos N., 2005; Mascarenhas J. D. et al., 2007b). Существуют географические различия в распространенности ротавирусов различных генотипов даже в рамках одной страны, и частота их встречаемости изменяется со временем (Steele A. D. et al., 2003). Опубликованы данные о находках новых, эпидемически значимых вариантов ротавирусов и большом числе нетипируемых штаммов (Gentsch J. R. et al., 2005). В связи с этим для оценки эффективности уже созданных вакцин и разработки новых необходимо знание генетического спектра ротавирусов, распространенных на той или иной территории. Всемирный альянс вакцинации и иммунизации (GAVI) при сотрудничестве ВОЗ, Программы оптимальных технологий в здравоохранении (PATH, США) и Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC, США) в 2003 году активировал Ротавирусную программу вакцинации (http://www.rotavirusvaccine.org). В рамках этой программы созданы пять региональных сетей мониторинга ротавирусного гастроэнтерита, которые охватывают более 40 стран мира. Пока Россия не входит ни в одну из этих сетей мониторинга. Ранее было проведено изучение генетических вариантов ротавирусов на европейской территории России (Васильев Б. Я. и др., 2000; Епифанова Н. В. и др., 2001; Новикова Н. А. и др., 2007; Подколзин А. Т. и др., 20076; Сагалова О. И. и др., 2007). В то же время исследований ротавирусной инфекции и молекулярно-генетического разнообразия ротавирусов, циркулирующих в Западной Сибири, не проводилось.

Цель исследования: изучить особенности эпидемического процесса ротавирусной инфекции у детей до 3-х лет, госпитализированных в специализированную клинику, и определить молекулярно-генетическое разнообразие выявленных изолятов ротавируса.

Задачи исследования:

1. Оценить этиологическую значимость ротавирусов в структуре острых кишечных инфекций у детей до 3-х лет и проанализировать сезонные особенности ротавирусной инфекции в Новосибирске.

2. Изучить генетическое разнообразие ротавирусов, циркулирующих на территории Новосибирска, выявить динамику встречаемости генотипов в течение пятилетнего периода исследования, сравнить с генотипами ротавирусов, циркулирующими в Омске и Омской области.

3. Определить нуклеотидные последовательности кДНК четвертого и девятого фрагментов генома ротавирусов, кодирующих белки VP4 и VP7.

4. Провести сравнительный филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей двух изучаемых фрагментов генома ротавирусов различных генотипов с ранее опубликованными в GenBank нуклеотидными последовательностями кДНК аналогичных генотипов.

Научная новизна

Впервые проведено пятилетнее комплексное молекулярно-эпидемиологическое исследование ротавирусной инфекции у детей раннего возраста в Новосибирске. Установлена высокая этиологическая значимость ротавирусов группы А в структуре спорадической заболеваемости детей острыми кишечными инфекциями. Представлены новые данные, свидетельствующие о широком распространении микст-инфекций: ротавирусно-вирусной и ротавирусно-бактериальной сочетанной этиологии.

Впервые проведено исследование молекулярно-генетического разнообразия ротавирусов группы А, циркулирующих в Новосибирске. Выявлено изменение генетического спектра популяции ротавирусов в течение пяти лет. Проведено сравнение выявленных генотипов ротавирусов с генотипами, циркулирующими в Омске и Омской области. Показано, что генетические спектры ротавирусов, циркулировавших в Новосибирске, Омске и Омской области в один эпидемический сезон, существенно различались.

Показано, что ротавирусы группы С являются достаточно редкой этиологической причиной острых кишечных инфекций у детей раннего возраста в Новосибирске.

Впервые определены и зарегистрированы в базе данных GenBank (NCBI, США) нуклеотидные последовательности кДНК вариабельной части четвертого фрагмента генома, кодирующей домен VP8* белка VP4, и девятого фрагмента генома, кодирующего белок VP7, изолятов ротавируса группы А, выявленных в Новосибирске и Омске.

Практическая значимость

Сравнительный анализ имеющихся в РФ диагностических тестов для выявления ротавируса группы А показал, что комплект реагентов для ПЦР-диагностики «АмплиСенс Rotavirus-290» (ЦНИИ эпидемиологии, Россия) по диагностической эффективности превосходит существующие ИФА-тесты и может быть рекомендован для детекции ротавирусов в клинических образцах и проведения молекулярно-генетических исследований.

Оперативное выявление и установление этиологически точного диагноза, позволило врачам специализированной детской клиники проводить более рациональное лечение детей раннего возраста и исключить развитие лекарственных осложнений. Такая своевременная диагностика сокращает время пребывания пациента в стационаре и снижает стоимость проводимого лечения.

Полученные данные о выявлении ротавирусной инфекции включены в статистические отчеты городской специализированной клиники и вошли в Государственные доклады о санитарно-эпидемиологической обстановке на территории Новосибирской области в 2006 и 2007 годах.

Результаты проведенных исследований будут использованы для подготовки практических рекомендаций для клиницистов и эпидемиологов по контролю и профилактике вирусных кишечных инфекций и внедрению современных методов диагностики.

Результаты мониторинга генетического спектра циркулирующих ротавирусов могут быть использованы при решении вопроса о проведении вакцинации детей раннего возраста с учетом соответствия антигенного состава существующих ротавирусных вакцин доминирующим в Западной Сибири генотипам вируса.

Апробация работы

По материалам диссертации опубликованы 9 статей. Результаты работы были представлены на 5-ти российских и 4-х Международных конференциях: V Российская научно-практическая конференция "Генодиагностика инфекционных болезней", Новосибирск, 2005; III Российская научная конференция "Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера", Новосибирск, 2006; VII Межрегиональная научно-практической конференция с международным участием "Актуальные проблемы обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения", Омск, 2007; Межрегиональная научно-практическая конференция "85-летие образования Государственной санитарно-эпидемиологической службы Российской Федерации", Тюмень, 2007; VI Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием "Молекулярная диагностика — 2007", Москва, 2007; 7th International Rotavirus Symposium, Lisbon, Portugal, 2006; 4th International Conference on Vaccines for Enteric Diseases - VED 2007, Lisbon, Portugal, 2007; 3rd International Conference «Basic Science for tVi i

Medicine», Novosibirsk, Russia, 2007; 26 Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), Graz, Austria, 2008.

Вклад автора

Диссертационная работа была выполнена в 2003-08 гг. в лаборатории разработки средств экстренной профилактики ФГУН ГНЦ ВБ "Вектор" Роспотребнадзора в рамках выполнения проекта МНТЦ №293 5р (рук. — академик РАМН В* В. Малеев).

Диагностика ротавирусной инфекции методом ИФА проводилась автором лично. Выделение препаратов РНК и комплексная ПЦР-диагностика вирусных (ротавирусы, норовирусы, астровирусы) патогенов осуществлялись автором совместно с А. Ю. Тикуновым и С. А. Бодневым. Бактериологический посев на Salmonella spp., Shigella spp. и условно-патогенную флору производился сотрудниками микробиологической лаборатории МУЗ ДГКБ №3. ПЦР-диагностика бактериальных патогенов {Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter) проводилась к.б.н. Т. Э. Юн. Создание базы данных, эпидемиологический анализ ротавирусной инфекции у детей раннего возраста за пятилетний период в Новосибирске и генотипирование выявленных изолятов ротавирусов выполнялись лично автором. Выделение препаратов РНК и генотипирование изолятов ротавирусов, выявленных в Омской области, проводилось автором лично. Секвенирование кДНК фрагментов генома ротавирусов, кодирующих белки VP4 и VP7, осуществлялось к.б.н. А. В. Качко и к.б.н. И. В. Бабкиным. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей кДНК четвертого и девятого фрагментов генома ротавирусов различных генотипов проводился автором лично.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 182 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, главы "Материалы и методы", главы "Результаты и обсуждение", заключения, выводов и списка литературы. Работа иллюстрирована 41 рисунком, включает 22 таблицы и одно приложение. Библиография включает 445 работ: 55 — отечественных авторов и 390 - зарубежных.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Жираковская, Елена Владимировна

5. ВЫВОДЫ

1. В структуре острых кишечных инфекций у детей раннего возраста, госпитализированных в специализированную клинику Новосибирска, ротавирусы группы А являлись основной этиологической причиной. В результате ПЦР-диагностики 4146 клинических проб ротавирусы были выявлены в 33,9 % (1405) случаях.

2. Ротавирусная моноинфекция была выявлена в 57 % случаев. В 43 % случаев диагностировалась микст-инфекция с бактериальными энтеропатогенами (22,4 %), норовирусами (9,7 %), астровирусами (5,1 %) и несколькими патогенами одновременно (5,8 %).

3. Исследование особенностей эпидемического процесса ротавирусной инфекции показало, что:

- наблюдалась выраженная сезонность эпидемического процесса ротавирусной инфекции в холодное время года, в среднем пик выявления ротавирусов группы А наблюдался с февраля по апрель;

- большинство госпитализированных детей с ротавирусной инфекцией были в возрасте от 3-х месяцев до полутора лет (87,1 %);

- ПЦР-диагностика 142 фекальных образцов от детей из группы сопоставления показала в 5,6 % случаев наличие ротавирусов группы А, что подтвердило возможность протекания ротавирусной инфекции у детей до 3-х месяцев в бессимптомной форме.

4. В структуре острых кишечных инфекций у детей раннего возраста, госпитализированных в специализированную клинику Новосибирска, ротавирусы группы С являлись достаточно редкой этиологической причиной. В результате ПЦР-диагностики 1462 клинических проб от госпитализированных детей до 3-х лет ротавирусы группы С были выявлены в 6 (0,4 %) случаях.

5. В результате генотипирования 738 изолятов, выделенных с июля 2003 по июнь 2008 г., впервые определена относительная встречаемость различных генотипов ротавирусов на территории Новосибирска: P[8]G1 (50,7%), P[4]G2 (11,5%), P[8]G3 (9,6%), P[8]G9 (6,9%), P[8]G4 (6,2 %). Выявлена динамика изменения генетического спектра популяции ротавирусов в течение пяти лет исследования.

6. Впервые проведен сравнительный анализ [PjG-генотипов ротавирусов, циркулирующих в Новосибирске и Омске и Омской области. В эпидемический сезон 2007-08 гг. доминирующий в Новосибирске генотип P[8]G1 почти не встречался в Омске. Генотип P[8]G4, который преобладал в Омске, в то же время в Новосибирске был четвертым по встречаемости.

7. Впервые определены нуклеотидные последовательности к ДНК вариабельной части четвертого фрагмента генома, кодирующей домен VP8* белка VP4, для 23 изолятов и девятого фрагмента генома, кодирующего белок VP7, для 45 изолятов ротавируса группы А, циркулировавших в Новосибирске и Омске. Филогенетический анализ этих последовательностей показал, что они формируют естественные подгруппы внутри каждого генотипа; изоляты, выделенные в течение одного эпидемического сезона, имеют высокую степень гомологии (97-99 %) соответствующих нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. .

8. Анализ нуклеотидных последовательностей вариабельной части четвертого фрагмента генома, кодирующей домен VP8* белка VP4 ротавирусов генотипа P[9]G3, выявленных при асимптоматической форме ротавирусной инфекции, показал наличие у них ряда точечных мутаций в участке связывания сиаловых кислот по сравнению с ротавирусом данного генотипа, выделенном при вирусном гастроэ нтерите. ш шшшт

Открыть ^t^ow

Объекты л. л Формы а Отчеты

Группы

Избранное

Л 2005-08

1 Вирусные .,. jjil диарее клинические данные контрольная группа основная группа симптомы температура и ЖКТ-синдромы Г основная rpyhna : форма

ЬГГЦ

Ж пробы пол Ц муж □ жен дата рождения ] дате 5а6опевания дата поступления дата выписки партия: код пациента*; неорг □ ясга-сад Q

Ь= возраст г выписка без выздоровления прием антибиотиков [ препарат: вскармливание грудное грудное до: смешанное искусственное Ц семья Q ДДУ Q выезд с территории проживания регион: отъезд: г^иезд:

Запись: (НЗЩ Г

3497 [Н] из 3497 = 1 рулпа сравнения : форма

-' Ь х партия: код пациенте: муж □ жен дата рождения неорг П Фа возраст дата заболевания дата поступления дата выписки клинически* диагноз:

Вскармливание грудное □ грудное до смешанное Q искусственное въезд с территории проживания Q регион от>еэд: приезд:

Вались; ИЗ |ТТ] из 143

-синдромы г фор».vi пробы: коа пациента*:

ЧСС ЧДД

АД

ШкСрвЛКв Q сутсг-№<е кслвблвнпвр.

С 1-2С 2'ЭС >ЭС □ □ □ □ омобы

Запись: | К II < ] | 3497 диарея : форма пробы: рн] из Э497 дни болея* 12 345 6789 10 >10 >15 ЖСТ-otupoH экажоз

3» □□□□□□□□□□□□ □ ОТ I П Ш

38,6-39 □ □□□□□□□□□□ □ □ ОГЭ □ □ □

М<Ю,5 □□□□□□□□□□□□ "«••«>

КМ» □□□□□□□□□□□ □ □ <» I Е ш

37,5 □□□□□□□□□□□ □ поэк □□□ <: > т код пациента*: стул на д/б-ни 1 Z 3 4 5 6 7 8 9 10 >10 >15

Оформленный □□□□□□□□□□□ □

Кашицвобразн П □□□□□□□□□□ □

Жидк каловый □□□□□□□□□□□□

Водянистый □□□□□□□□□□□ □

Ректплевок" □□□□□□□□□□□ □

Запись: (н][Т] I 3497 ► [Я] из 3497 примеси □ СЛИЗЬ

Пкровь

3 лож№)1е позывы Q тенезмы цвет

П физиол f~l зеленый □ желтый ^J черный симптомы : форма пробы: код пачивнтаЖ:

3 4 5 6 7 8 9 10 >10 >15

Q тошнота катаряеп □□□□□□□□ □ □ □ □□□□□□□□□ □□□□□□□□□ □□□□□□□□□ сопутствующее заболевание боли в животе Q

Q в элигастрии гол боли в незогэстрии □ миалгии | | в гилогастрии Ц артралгии другая клиническая симптоматика

Запись; ГЙРГГ] I [И] 3497 гробы: баканагеп еоэбуднтвль код пациента*:

Q бак полож П бакотрнц антчбиотис прочая терапия общий анализ кропи hb Эр Гкй П/я С/я Эоа М Г>**Ь СОЗ Геяатгжрмг бнохшическин анализ кроен обишй аиаш) «мн ночевий KpeaTww К

УЭИ брюиной полости заспоч»«г УЭИ ксорояогия ксностениня НЖ ЖК РК крак сгизь лак зрит яьш волокна цюстиге/ьи '-'УХь: [ЩПГ 3-197 СШ " 3497<

4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Таким образом, результаты нашего исследования показали, что в Новосибирске ротавирусы группы А являются частой этиологической причиной ОКИ у детей раннего возраста - от 26 % до 40 % от всех случаев ОКИ в разные годы. Выявление случаев ротавирусного гастроэнтерита у детей раннего возраста, госпитализированных в специализированную клинику, происходило на протяжении всего календарного года. Однако наблюдалась выраженная сезонность эпидемического процесса ротавирусной инфекции в холодное время года. В среднем сезонный подъем заболеваемости ротавирусным гастроэнтеритом в Новосибирске наступал в декабре и заканчивался в мае. Пик выявления ротавирусов наблюдался с февраля по апрель. Кроме этого, почти в 40 % случаев ротавирусной инфекции диагностировалась микст-инфекция, как с норовирусами и астровирусами, так и бактериальными энтеропатогенами. Наличие нескольких возбудителей меняло клиническую картину, свойственную моноинфекции, приводило к более тяжелому течению заболевания и увеличивало срок госпитализации.

В группе сопоставления (142 человека), в которую вошли дети, госпитализированные с острой респираторной инфекцией и не имевшие клинических проявлений кишечной инфекции, ротавирусы были выявлены всего в восьми копрофильтратах (5,6 %).

Анализ возрастной структуры обследованной группы детей показал, что ротавирусы достаточно редко выявлялись у детей с диареей младше трех месяцев жизни (6 %). Большинство (87 %) госпитализированных детей с ротавирусной инфекцией были в возрасте от 3-х месяцев до полутора лет. При этом у детей от года до 3-х лет в 50 % случаев именно ротавирусы являлись причиной госпитализации.

Для изучения молекулярно-генетического разнообразия ротавирусов группы А, циркулировавших в Новосибирске, было проведено генотипирование 738 изолятов ротавирусов, выявленных- с июля 2003 по июнь 2008 гг. В течение периода исследования циркулировали ротавирусы широко распространенных генотипов P[8]G1, P[8]G3, P[8]G4, P[8]G9, P[4]G2. В единичных случаях были выявлены редкие генотипы P[6]G4, P[9]G3, P[9]G4 и микст-инфекции.

Анализ данных генотипирования показал, что в Новосибирске в каждый эпидемический сезон доминировал широко распространенный во всем мире генотип P[8]G1, составлявший от 40 до 70% от всех генотипированных изолятов ротавируса. В тоже время наблюдался дрейф следующих по встречаемости генотипов. Генотип P[8]G9 мы впервые выявили в Новосибирске в феврале 2004 г. До августа 2005 г. он был вторым по встречаемости, затем его доля уменьшилась, и в 2008 году он выявлялся в единичных случаях. С сентября 2005 по август 2007 года вторым по встречаемости был генотип P[8]G3, тогда как в сезон 2003-04 гг. он не был выявлен ни разу. В 2007-08 гг. вторым стал генотип P[4]G2, который в предыдущие эпидемические сезоны встречался реже. В этот же период третьим по частоте выявления стал генотип P[8]G4, хотя до этого его доля была не велика.

Поскольку существует региональная вариабельность преобладающих генотипов, был проведен сравнительный анализ [PJG-генотипов ротавирусов группы А, циркулировавших в Новосибирске и соседней Омской области, расположенной в том же климатическом поясе. В течение двух эпидемических сезонов спектр генотипов, циркулировавших в них ротавирусов, отличался. Причем в 2007-08 гг. преобладающий в Новосибирске генотип P[8]G1 в Омске почти не встречался. А самым распространенный в Омске генотип P[8]G4 в Новосибирске был четвертым по встречаемости.

При анализе филогенетических связей изученных нами изолятов со штаммами, представленными в базе данных GenBank (NCBI, США), показано, что они формируют естественные подгруппы внутри каждого генотипа ротавирусов. Изоляты, выделенные в течение одного эпидемического сезона, имеют высокую степень гомологии (98-99 %) соответствующих нуклеотидных и аминокислотных последовательностей.

При филогенетическом анализе был также выявлен случай завозного инфицирования ротавирусом генотипа P[8]G1 (изолят RUS-Nov06-1486), который относится к редкой группе P[8-III], тогда как в Новосибирске циркулировали вирусы подгруппы Р[8-ПВ].

В группе сопоставления весной 2006 г. в пробах от двух детей без клинических проявлений кишечной инфекции были выявлены ротавирусы, имеющие редко встречающийся генотип P[9]G3. Сравнительный анализ конденсированных выравниваний выведенных аминокислотных последовательностей домена VP8* белка VP4 изолятов RUS-Nov06-K2 и RUS-Nov06-K10 показал, что в регионе, отвечающем за связывание сиаловых кислот (78-203 а.о.) есть множественные замены, которые, возможно, нарушили формирование третичной структуры белка и привели к снижению вирулентности ротавирусов. В июне 2007 г. из копрофильтрата от ребенка с кишечной инфекцией был выявлен изолят RUS-Nov07-2253 также генотипа P[9]G3. Сравнительный анализ выведенных аминокислотных последовательностей домена VP8* показал высокую степень гомологии (96,4%) с изолятом RUS-Nov06-K10, но последовательность в области 78-203 а.о. не содержала замен, нарушающих структуру белка.

Филогенетический анализ показал, что изолят RUS-Nov05-394 генотипа P[6]G4 имеет высокую степень гомологии с ротавирусами, которые имеют филогенетические связи с ротавирусами свиньи. За весь четырехлетний период исследования в Новосибирске было выявлено только два изолята генотипа P[6]G4, причем в фекальных пробах от детей, которые непосредственно перед заболеванием выезжали в сельскую местность. Вероятно, редкое выявление ротавируса данного генотипа в Новосибирске может быть связано с отсутствием в большом городе возможности частых контактов с сельскохозяйственными животными.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Жираковская, Елена Владимировна, 2009 год

1. Анисимова Ю.Н., Цинзерлинг А.В. Дзюблик И.В. Инфекционно-токсический шок при генерализованной ротавирусной инфекции у новорожденных // Архив патологии. 1993. - Т. 55. - № 5- С. 32-38.

2. Беляев А.Л. Ротавирусный гастроэнтерит, как внутрибольничная вирусная инфекция // РЭТ-Инфо 2006. - Т. 59. - № 3. - URL: http://lib2005.rat-info.ru/ret info 3 2006.shtml

3. Блохина Т.А., Рябцева В.А., Аваков А.А. и др. Ротавирусная инфекция в родильном доме по данным вирусологических и серологических исследований // Вопросы вирусологии. 1991. - № 6. - С. 483-486.

4. Богомолов Б.П. Острые кишечные инфекции // Инфекционные болезни: неотложная диагностика, лечение, профилактика // Ньюдиамед, Москва. -2007.-С. 129-615.

5. Боковой А.Г., Карпович Л.Г., Евреинова Е.Э. и др. Респираторный сшгдром у детей, больных ротавирусным гастроэнтеритом // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2000. - № 4. - С. 23-26.

6. Буланова И.А., Титова Л.В., Феклисова Л.В. и др. Ротавирусная инфекция в условиях Крайнего Севера // Экология человека. 2007. -№ 3. - С. 24-27.

7. Буркин А.В., Харченко Г.А. Клинико-эпидемиологическая характеристика острых кишечных инфекций у детей Нижнего Поволжья // ЖМЭИ 2006. -№ 1. - С. 69-72.

8. Васильев Б.Я., Семенов II.B., Сухинин В.П. и др. Сравнение методов лабораторной диагностики ротавирусных гастроэнтеритов в условиях практической лаборатории // Вопросы вирусологии. 1989. - Т. 34. - № 2. -С. 247-249.

9. Васильев Б.Я., Семенов Н.В., Новикова Н.А. и др. Элекгрофоретическая гетерогенность популяции ротавирусов, выделенных в Ленинграде в осенне-зимний сезон 1986-1987 гг. // Вопросы вирусологии. 1990. - Т. 35. -№2.-С. 156-157.

10. Васильев Б.Я., Москвин А.А., Семенов Н.В. и др. Молекулярная эпидемиология ротавирусов, циркулировавших среди населения Санкт-Петербурга в период с 1986 по 1991 г. // Вопросы вирусологии. 1995. - Т. 40. -№ 3.- С. 126-129.

11. Васильев Б.Я., Грицко Р.Ю., Марченко Л.Г., Васильева Р.И. Вирусоносительство при ротавирусной инфекции // Вопросы вирусологии. -1996.-№ 6.-С. 265-267.

12. Васильев Б.Я., Васильева Р.И., Лобзин Ю.В. Острые кишечные заболевания. Ротавирусы и ротавирусная инфекция // Лань, Санкт-Петербург. 2000.- С. 272.

13. Ващукова С.С., Макарова Н.Г., Галко Н.В. и др. Материалы к изучению эпидемиологии ротавирусной инфекции в Ленинграде // ЖМЭИ 1988. -№ 11.-С. 41-45.

14. Гиневская В.А., Шекоян Л.А., Хаустов В.И. и др. Обнаружение ротавирусного антигена в клиническом материале и объектах окружающей среды с помощью различных вариантов иммуноферментного анализа // Вопросы вирусологии. 1988. - Т. 33. - № 4. - С. 493-497.15