Молекулярно-генетическая характеристика астровирусов, циркулирующих в Новосибирске тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Тикунов, Артем Юрьевич

• Тикунов, Артем Юрьевич
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Тикунов, Артем Юрьевич

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Семейство Astroviridae.

1.2. История открытия астровирусов.

1.3. Классификация астровирусов.

1.4. Физические особенности астровирусов.

1.5. Структура вириона астровируса.

1.6. Состав астровирусного вириона.

1.7. Структура и организация генома астровирусов.

1.7.1. Продукт трансляции OPTla.

1.7.2. Продукт трансляции ОРТ 16.

1.7.3. Продукт трансляции ОРТ2.

1.8. Жизненный цикл астровирусов.

1.9. Патогенез астровирусной инфекции.

1.10. Клинические особенности астровирусной инфекции

1.11. Лечение астровирусной инфекции.

1.12. Диагностика астровирусной инфекции.

1.13. Эпидемиология астровирусной инфекции.

Глава 2. Материалы и методы.

2.1. Основная характеристика обследованных больных.

2.2. Материалы.

2.3. Основные методы.

2.3.1. Сбор образцов.

2.3.2. Осветление экстракта фекалий.

2.3.3. Выделение вирусной РНК.

2.3.4. Синтез комплементарной ДНК.

2.3.5. Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР).

2.3.6. Электрофоретический анализ образцов.

2.3.7. Проведение полимеразной цепной реакции с гибридизационнофлуоресцентной детекцией «по конечной точке».

2.3.8. Амплификация участков геномов астровируса для определения нуклеотидной последовательности.

2.3.9. Очистка продуктов ПЦР.

2.3.10. Постановка реакции Сэнгера.

2.3.11. Очистка продуктов реакции Сэнгера.

2.3.12. Филогенетический анализ.

2.3.13. Статистический анализ.

2.3.14. Анализ нуклеотидных последовательностей.

2.3.15. Определение скорости молекулярой эволюции.

Глава 3. Результаты.

3.1. Исследование эпидемических особенностей астровирусной инфекции в Новосибирске.

3.2. Генотипирование изолятов астровирусов, выявленных в Новосибирске.

3.3. Секвенирование геномов изолятов астровирусов, выявленных в Новосибирске.

3.4. Определение скорости молекулярной эволюции астровируса человека.

Глава 4. Обсуждение результатов.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетическая характеристика астровирусов, циркулирующих в Новосибирске»

Актуальность темы. Острые кишечные инфекции (ОКИ) являются одной из важных проблем здравоохранения как в развивающихся, так и в развитых странах. ОКИ могут быть вызваны патогенными и условно-патогенными бактериями, простейшими и вирусами. Особое значение ОКИ имеют для детей раннего возраста, у которых в связи с незрелостью системы гомеостаза наиболее часто возникают состояния, угрожающие жизни. По данным ВОЗ в мире регистрируется ежегодно около 700 миллионов случаев ОКИ, и ежегодно смертность, ассоциированная с гастроэнтеритами, составляет более 3-х миллионов (Wilhelmi et al., 2003). Ввиду социальной значимости острых кишечных инфекций человека актуальным является эпидемиологический мониторинг вызывающих их этиологических факторов.

Астровирус человека (HAstV) по данным зарубежных исследователей является второй по значимости причиной вспышек ОКИ в таких регионах, как Юго-Восточная Азия, Северная и Латинская Америка, а вклад в спорадическую заболеваемость варьирует от 4 до 17% в различных регионах (Palombo et al., 1996; Pang et al., 1999; Naficy et al., 2000; Bhattacharya et al., 2006; Nguyen et al., 2008; Guo et al., 2010). В Российской Федерации санитарно-эпидемиологический контроль астровирусной инфекции не проводится.

Важной частью эпидемиологического мониторинга вирусного заболевания является установление циркулирующих серотипов/генотипов вируса, доминирующих в данное время в конкретном географическом районе. Происходящие в человеческой популяции смена или появление новых серотипов HAstV также требуют детального изучения их геномов. Исследование изменчивости геномов этого патогена важно для прогнозирования появления новых вариантов вируса, кроме того этот анализ может пролить свет на распространение и эволюцию астровирусов.

Систематические исследования астровирусной инфекции и молекулярно-генетического разнообразия изолятов HAstV, циркулирующих 5 на территории Российской Федерации, начаты недавно. В ЗападноСибирском регионе такие исследования начаты нами в 2005 г.

Цель работы - комплексное исследование молекулярно-генетического разнообразия изолятов астровируса человека, выявленных в Новосибирске. Задачи исследования:

- оценить этиологическую значимость астровирусов в структуре ОКИ у детей раннего возраста и эпидемические особенности астровирусной инфекции;

- исследовать молекулярно-генетическое разнообразие изолятов астровируса человека, выявленных с 2003 по 2010 гг.;

- определить нуклеотидные последовательности геномов изолятов астровируса человека, принадлежащих к редко встречающимся генотипам;

- провести филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей и оценить скорость изменчивости генома астровируса человека.

Научная новизна. Впервые проведено многолетнее комплексное молекулярно-эпидемиологическое исследование астровирусной инфекции у детей раннего возраста в Новосибирске. Установлено, что НАэ^ являются относительно редкой этиологической причиной ОКИ у детей раннего возраста в Новосибирске, но их вклад в этиологию этого заболевания может резко возрастать в отдельные эпидемические периоды. Получены новые данные, свидетельствующие о распространенности астровирусной инфекции в сочетании с кишечными инфекциями другой этиологии.

Впервые проведено исследование молекулярно-генетического разнообразия изолятов НА^У, циркулирующих в Новосибирске. Выявлено доминирование изолятов астровируса первого генотипа, показано постепенное изменение спектра генетических линий этого генотипа с течением времени.

Определены нуклеотидные последовательности полных геномов трех изолятов астровирусов третьего генотипа и изолята астровируса шестого 6 генотипа. Впервые установлена скорость изменчивости генома НА^У, продемонстрировано, что она в целом соответствует скорости изменчивости для вирусов с РНК геномом. Филогенетический анализ показал, что российские изоляты третьего генотипа вероятно дивергировали от общего предшественника около 20 лет назад.

Практическая значимость. Проводившееся оперативное выявление этиологической причины ОКИ- у детей раннего возраста, госпитализированных в специализированную клинику, позволило врачам этой клиники оптимизировать курс лечения, что сокращало время пребывания пациентов в стационаре и снижало стоимость лечения.

Результаты проведенного исследования позволили определить этиологическую причину в случаях, ранее относившихся к кишечным инфекциям неустановленной этиологии (КИНЭ). Полученные данные включены в статистические отчеты детской городской клинической больницы №3 и вошли в Государственные доклады о санитарно-эпидемиологической обстановке на территории Новосибирской области.

Многолетний мониторинг генетического спектра циркулирующих изолятов НАб^ является актуальным ввиду социальной значимости ОКИ, а исследование изменчивости геномов этого патогена важно для прогнозирования появления новых эпидемически значимых вариантов Ш^У.

Результаты проведенных исследований будут использованы для подготовки практических рекомендаций для клиницистов, специалистов СЭС и эпидемиологов по контролю и профилактике вирусных кишечных инфекций и внедрению современных методов диагностики.

Положения, выносимые на защиту.

Астровирус человека является третьей по значимости этиологической причиной спорадических случаев ОКИ у детей раннего возраста в Новосибирске.

В Новосибирске циркулируют преимущественно изоляты астровируса человека первого генотипа, при этом с течением времени происходит постепенная смена спектра генетических линий этого генотипа. Вторыми по встречаемости являются изоляты второго генотипа астровируса человека.

Скорость эволюции генома астровируса человека в целом соответствует скорости изменчивости для вирусов с РНК геномом.

Апробация работы. По материалам диссертации опубликовано 6 статей. Результаты работы были представлены на 5-ти российских и 3-х международных конференциях: Российская научно-практическая конференция «Генодиагностика инфекционных болезней», Новосибирск, 2005; III Российская научная конференция «Проблемы инфекционной патологии в регионах Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера», Новосибирск, 2006; Российская научно-практическая конференция «Молекулярная диагностика инфекционных болезней», Москва, 2007; XLV Международная Научная Студенческая Конференция, Новосибирск, 2007; Научная конференция «Медицинская геномика и протеомика», Новосибирск, 2009; 8th International Symposium on Positive-Strand RNA Viruses, Washington DC, USA, 2007; 26th Annual Meeting of the European Society for Paediatric Infectious Diseases (ESPID), Graz, Austria, 2008; 9th International Symposium on Positive-Strand RNA Viruses, Atlanta, USA, 2010.

Вклад автора. Выявление РНК астровирусов методом ОТ-ПЦР, определение генотипической принадлежности выявленных изолятов и филогенетический анализ осуществлялись автором лично. Дизайн олигонуклеотидных праймеров для определения полных нуклеотидных последовательностей геномов изолятов астровируса человека, секвенирование полных последовательностей геномов изолятов астровирусов и анализ полученных последовательностей также проводился автором лично. Выделение препаратов РНК из лизированных образцов фекалий осуществлялось соискателем совместно с к.б.н. Е.В. Жираковской, к.м.н.

СЛ. Бодневым и С.Н. Соколовым. Расчет скорости эволюции генома астровируса человека проводился совместно с к.б.н. И.В. Бабкиным.

Диссертационная работа выполнялась с 2005 по 2008 гг. в Лаборатории разработки средств экстренной профилактики ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора в рамках выполнения проекта МНТЦ №2935р, а с 2008 по 2011 гг. в Лаборатории молекулярной иммунологии ИХБФМ СО РАН и в Лаборатории бионанотехнологий НИЧ НГУ в рамках гранта НШ-65387.2010.4 по государственной поддержке ведущих научных школ Российской Федерации и госконтракта № 02.740.11.0767 «Выявление вирусных возбудителей заболеваний, актуальных для здравоохранения Западной Сибири (гепатиты, гастроэнтериты, серозный менингит), изучение их генетического разнообразия в целях разработки и совершенствования диагностикумов»

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 129 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, главы "Материалы и методы", главы "Результаты», главы «Обсуждение результатов", выводов и списка литературы. Библиография включает 161 публикацию. Работа проиллюстрирована 29 рисунками и включает 8 таблиц. Кроме этого, в работе содержится два приложения.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Тикунов, Артем Юрьевич

выводы

1. Впервые проведено комплексное исследование молекулярно-эпидемиологических особенностей астровирусной инфекции у детей раннего возраста, госпитализированных с диагнозом ОКИ с 01.07.2005 по 30.06.2008 гг. в Новосибирске и показано, что

• астровирусы человека, выявленные в среднем в 6,8% (209/3095) клинических образцов, являются третьей по значимости этиологической причиной этих заболеваний;

• выраженной сезонной зависимости астровирусной инфекции за исследуемый период не обнаружено, однако в отдельные эпидемические периоды встречаемость астровирусов как причины ОКИ резко возрастала, достигая 25 %;

• астровирусы выявлялись в виде моноинфекций менее чем в половине случаев (44,5%), чаще всего они встречались в сочетании с ротавирусами группы А (23%).

2. Проведено исследование молекулярно-генетического разнообразия изолятов астровируса человека, выявленных у больных, госпитализированных с ОКИ в период с 2003 по 2010 гг., и продемонстрировано, что в Новосибирске доминировали изоляты астровируса первого генотипа (НАб1У- 1, 81%), при этом с течением времени происходило изменение спектра генетических линий (субгенотипов) этого генотипа. Изоляты астровируса второго генотипа НАз1У-2 встречались в 11% случаев, изоляты НАз1:У-3, НАб1:У-4 и НА^У-б обнаруживались в единичных образцах.

3. Впервые определены нуклеотидные последовательности полных геномов трех изолятов НАб1У-3 и изолята НАб1У-6, выявленных в Новосибирске, и показано, что последовательности ОРТ новосибирских изолятов кластеризовались с таковыми изолятов астровируса человека генотипов HastV-З и HAstV-6 соответственно, выявленных в различных регионах. Во всех исследованных нуклеотидных последовательностях самой консервативной была последовательность ОРТ 16. В последовательностях всех трех изолятов HAstV-З, выявленных в Новосибирске, присутствовала делеция 69-го нуклеотида в 5'-нетранслируемой области и инсерция триплета AAA после 2409 нуклеотида относительно референсного штамма HAstV-3 Berlin.

4. Впервые установлена скорость изменчивости генома HAstV, которая составила в среднем 3,7х 10"3, а для синонимичных замен - 2,7x10"3 замен на сайт в год, что в целом соответствует скорости изменчивости для вирусов с РНК геномом. Проведена оценка скорости дивергенции изолятов и показано, что новосибирские изоляты HAstV-З дивергировали от общего предшественника со штаммом Berlin, выделенным в 1998 г., около 20 лет назад.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Тикунов, Артем Юрьевич, 2011 год

1. Васильев Б.Я., Васильева Р.И., Лобзин Ю.В. Острые кишечные заболевания: Ротавирусы и ротавирусная инфекция // СПб.: Лань. — 2000.-С. 272.

2. Гудков В.Г., Коржев М.О., Виринская A.C. Современные проблемы инфекционной патологии человека // Материалы II научно-практической конференции Мн., - 2001. - С. 217-222.

3. Лагир Г.М., Горегляд Н.С., Булдык Е.А. Диагностика и лечение острых кишечных инфекций у детей в условиях поликлиники // Методические рекомендации. 2000. - Москва: Мн.: МГМИ. - С. 41.

4. Подколзин А.Т., Мухина A.A., Шипулин Г.А. Изучение этиологии острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных в инфекционные отделения стационаров Москвы // Инфекционные болезни. 2004. - Т. 2. - №2. - С. 85-91.

5. Учайкин В.Ф. Руководство по инфекционным болезням у детей: Учебное пособие для студентов медицинских вузов // М.: ГЭОТАР Медицина 1998. - С. 540.

6. Фатеева Е.М., Гмошинская М.В. Естественное вскармливание и кишечные инфекции: концепция протекторных эффектов женского молока // Вопросы детской диетологии. 2003. - Т. 1. - № 2. - С. 60-63.

7. Abad F.X., Villena С., Guix S., Caballero S., Pintó R.M., Bosch A. Potential role of fomites in the vehicular transmission of human astroviruses // Appl. Environ. Microbiol. -2001. V. 67(9). P. 3904-3907.

8. Al-Mutairy B., Walter J.E., Pothen A., Mitchell D.K. Genome prediction of putative genome-linked viral protein (VPg) of astroviruses // Virus. Genes. -2005.-V. 31(1).-P. 21-30.

9. Appleton H., Higgins P.G. Viruses and gastroenteritis in infants // Lancet. -1975.-V. 1 (7919).-P. 1297.

10. Armitage P., Berry G., Matthews J.N.S. Statistical Methods in Medical Research // Blackwell Science 2002.

11. Aroonprasert D., Fagerland J.A., Kelso N.E., Zheng S., Woode G.N. Cultivation and partial characterization of bovine astrovirus // Vet. Microbiol.-1989.-V. 19(2).-P. 113-125. '

12. Ashley C.R., Caul E.O. Potassium tartrate-glycerol as a density gradient substrate for separation of small, round viruses from human feces // J. Clin. Microbiol. 1982. -V. 16(2). -P. 377-381.

13. Ashley C.R., Caul E.O., Paver W.K. Astrovirus-associated gastroenteritis in Children // J. Clin. Pathol. 1978. - V. 31(10). - P. 939-943.

14. Bass D.M.; Qiu S. Proteolytic processing of the astrovirus capsid // J. Virol. -2000.-V. 74(4).-P. 1810-1814.

15. Baxendale W., Mebatsion T. The isolation and characterization ofastroviruses from chickens // Avian Path. 2004. - V. 33(3). - P. 364-370.

16. Behling-Kelly E., Schultz-Cherry S., Koci M., Kelley L., Larsen D., Brown C. Localization of astrovirus in experimentally infected turkeys as determined by in situ hybridization // Vet. Pathol. 2002. - V. 39(5). - P. 595-598.

17. Belliot G., Laveran H., Monroe S.S. Detection and genetic differentiation of human astroviruses: phylogenetic grouping varies by coding region // Arch. Virol.- 1997a.-V. 142(7).-P. 1323-1334.

18. Belliot G., Laveran H., Monroe S.S. Capsid protein composition of reference strains and wild isolates of human astroviruses // Virus. Res. — 1997b. — V. 49(1).-P. 49-57.

19. Belliot G., Laveran H., Monroe S.S. Outbreak of gastroenteritis in military recruits associated with serotype 3 astrovirus infection // J. Med. Virol. — 1997c. V. 51(2).-P. 101-106.

20. Beuret C. Simultaneous detection of enteric viruses by multiplex real-time RT-PCR//J. Virol. Methods. -2004. V. 115(1).-P. 1-8.

21. Bhattacharya R., Sahoo G.C., Nayak M.K. Molecular epidemiology of human astrovirus infections in Kolkata, India // Infection, Genetics and Evolution 2006. - V. 6. - P. 425-435.

22. Bridger J.C. Detection by electron microscope of caliciviruses, astroviruses and rotavirus-like particles in the faeces of piglets with diarrhoea // Vet. Rec. 1980. - V. 107.-P. 532-533.

23. Brinker J.P., Blacklow N.R., Herrmann J.E. Human astrovirus isolation and propagation in multiple cell lines // Arch. Virol. 2000. - V. 145(9). - P. 1847-1856.

24. Brown D.W., Gunning K.B., Henry D.M., Awdeh Z.L., Brinker J.P., Tzipori S., Herrmann J.E. A DNA oligonucleotide microarray for detecting human astrovirus serotypes // J. Virol. Methods. 2008. - V. 147(1). - P. 86-92.

25. Caballero S., Guix S., El-Senousy W.M., Calico I., Pinto R.M., Bosch A. Persistent gastroenteritis in children infected with astrovirus: association with serotype-3 strains // J. Med. Virol. 2003. - V. 71(2). - P. 245-250.

26. Caballero S., Guix S., Ribes E., Bosch A., Pintó R.M. Structural requirements of astro virus virus-like particles assembled in insect cells // J. Virol. 2004. - V. 78(23). - P. 13285-13292.

27. Caul E.O., Appleton. The electron microscopical and physical characteristics of small round human fecal viruses: an interim scheme for classification // J. Med. Virol. 1982. - V. 9(4). - P. 257-265.

28. Cook S.M., Glass R.I., LeBaron C.W., Ho M.S. Сезонность ротавирусных инфекций в мире // Бюл. ВОЗ. 1990. - Т. 68. - С. 24-29.

29. Cruz J.R., Bartlett A.V., Herrmann J.E., Cáceres P., Blacklow N.R., Cano F. Astrovirus-associated diarrhea among Guatemalan ambulatory rural children // J. Clin. Microbiol. 1992. - V. 30(5). - P. 1140-1144.

30. Dalton R.M., Pastrana E.P., Sánchez-Fauquier A. Vaccinia virus recombinant expressing an 87-kilodalton polyprotein that is sufficient to form astrovirus-like particles // J. Virol. 2003. - V. 77(16). - P. 90949098.

31. Donelli G., Superti F., Tinari A., Marziano M.L. Mechanism of astrovirus entry into Graham 293 cells // J. Med. Virol. 1992. - V. 38(4). - P. 271277.

32. Drummond A.J., Rambaut A. BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees // BMC Evolutionary Biology. 2007. - V. 7. - P. 214.

33. Duffy S., Shackelton L.A., Holmes E.C. Rates of evolutionary change in viruses: patterns and determinants // Nat. Rev. Genet. 2008. - V. 9(4). - P. 267-276.

34. Egglestone S.I., Caul E.O., Yipond I.B., Darville J.M. Absence of human astrovirus RNA in sewage and environmental samples // J. Appl. Microbiol. 1999. - V. 86(4). - P. 709-714.

35. Englund L., Chriel M., Dietz H.H., Hedlund K.O. Astrovirus epidemiologically linked to pre-weaning diarrhoea in mink // Vet. Microbiol. -2002. V. 85(1).-P. 1-11.

36. Gallei A., Pankraz A., Thiel H.J., Becher P. RNA recombination in vivo in the absence of viral replication // J. Virol. 2004. - V. 78. - P. 6271-6281.

37. Geigenmuller U., Chew T., Ginzton N., Matsui S.M. Processing of nonstructural protein la of human astrovirus // J. Virol. 2002a. - V. 76(4). -P. 2003-2008. .

38. Geigenmuller U., Ginzton N.H., Matsui S.M. Construction of a genome-length cDNA clone for human astrovirus serotype 1 and synthesis of infectious RNA transcripts // J. Virol. 1997. -V 71(2). - P. 1713-1717.

39. Geigenmuller U., Ginzton N.H., Matsui S.M. Studies on intracellular processing of the capsid protein of human astrovirus serotype 1 in infected cells // J. Gen. Virol. 2002b. - V. 83(Pt 7). - P. 1691-1695.

40. Geigenmuller U., Mendez E., Matsui S.M. Studies on the molecular biology of human astroviruses // Perspectives in Medical Virology, ed. Desselberger U. and Gray J.J // Elsevier, Amsterdam 2003. - P. 573-586.

41. Giedroc D.P., Theimer C.A., Nixon P.L. Structure, stability and function of RNA pseudoknots involved in stimulating ribosomal frameshifiting // J. Mol. Biol.-2000.-V. 298(2).-P. 167-185.

42. Giordano M.O., Martinez L.C., Isa M.B., Paez Rearte M., Nates S.V. Childhood astrovirus-associated diarrhea in the ambulatory setting in a Public Hospital in Cordoba city, Argentina // Rev. Inst. Med. Trop. Sao Paulo. 2004. - V. 46(2). - P. 93-96.

43. Gough R.E., Collins M.S., Borland E., Keymer L.F. Astroviras-like particles associated with hepatitis in ducklings // Vet. Rec. 1984. - V. 114(11).-P. 279.

44. Green K.Y., Ando T., Balayan M.S., Berke T., Clarke I.N., Estes M.K., Matson D.O., Nakata S., Neill J.D., Studdert M.J., Thiel H.J. Taxonomy of the caliciviruses // J. Infect. Dis. 2000. - V. 181. - P. 322-330.

45. Grimm A.C., Cashdollar J.L., Williams F.P., Fout G.S. Development of an astrovirus RT-PCR detection assay for use with conventional, real-time, and integrated cell culture/RT-PCR // Can. J. Microbiol. 2004. - V. 50(4). -P. 269-278.

46. Guix S., Bosch A., Ribes E., Dora Martínez L., Pintó R.M. Apoptosis in astrovirus-infected CaCo-2 cells // Virology. 2004a. - V. 319(2). - P. 249-261.

47. Guix S., Caballero S., Bosch A., Pintó R.M. C-terminal nsPla protein of human astrovirus colocalizes with the endoplasmic reticulum and viral RNA // J. Virol. 2004b. - V. 78(24). - P. 13627-13636.

48. Guix S., Caballero S., Bosch A., Pintó R.M. Human astrovirus C-terminal nsPla protein is involved in RNA replication // Virology. 2005. - V. 333(1).-P. 124-131.

49. Guix S., Caballero S., Villena C., Bartolomé R., Latorre C., Rabella N., Simo M., Bosch A., Pinto M. Molecular epidemiology of astrovirusinfection in Barcelona, Spain. // J.Clin. Microbiol. 2002. - V. 40. - P. 133139.

50. Guo L., Gonzalez R., Wang W., Li Y., Paranhos-Baccala G., Vernet G., Wang J. Complete genome sequence of human astrovirus genotype 6 // Virol. J. -2010a. -http://www.virologyj.eom/content/7/l/29.

51. Guo L, Xu X, Song J, Wang W, Wang J, Hung T. Molecular characterization of astrovirus infection in children with diarrhea in Beijing, 2005-2007 // J. Med. Virol. 2010b. - V. 82(3). - P. 415-423.

52. Herrmann J.E., Hudson R.W., Perron-Henry D.M., Kurtz J.B., Blacklow N.R. Antigenic characterization of cell-cultivated astrovirus serotypes and development of astrovirus-specific monoclonal antibodies // J. Infect. Dis. -1988.-V. 158(1).-P. 182-185.

53. Herrmann J.E., Nowak N.A., Perron-Henry D.M., Hudson R.W., Cubitt W.D., Blacklow N.R. Diagnosis of astrovirus gastroenteritis by antigen detection with monoclonal antibodies // J. Infect. Dis. 1990. - V. 161. - P. 226-229.

54. Hoshino Y., Zimmer J.F., Moise N.S., Scott F.W. Detection of astroviruses in faeces of a cat with diarrhoea // Arch. Virol. 1981. - V. 70. - P. 373376.

55. Huelsenbeck J.P., Rannala B. Maximum likelihood estimation of phylogeny using stratigraphic data // Paleobiol. 1997. - V. 23. - P. 174-180.

56. Jeong A.Y., Jeong H.S., Jo M.Y., Jung S.Y., Lee M.S., Lee J.S., Jee Y.M., Kim J.H., Cheon D.S. Molecular epidemiology and genetic diversity of human astrovirus in South Korea from 2002 to 2007 // Clin. Microbiol. Infect. -2011,-V. 17(3).-P. 404-408.

57. Jenkins G.M., Rambaut A., Pybus O.G., Holmes E.C. Rates of molecular evolution in RNA viruses: a quantitative phylogenetic analysis // J. Mol. Evol. -2002. V. 54.-P. 156-165.

58. Jonassen C.M., Jonassen T.O., Grinde B. A common RNA motif in the 3' end of the genomes of astroviruses, avian infectious bronchitis virus and an equine Rhinovirus // J. Gen. Virol. 1998. - V. 79 (Pt 4). - P. 715-718.

59. Jonassen C.M., Jonassen T.T., Sveen T.M., Grinde B. Complete genomic sequences of astroviruses from sheep and turkey: comparison with related viruses // Virus.Res.-2003.- V. 91(2).-P. 195-201.

60. Khamrin P., Dey S.K., Chan-it W., Thongprachum A., Satou K., Okitsu S., Maneekarn N., Ushijima H. Evaluation of a rapid immunochromatography strip test for detection of astrovirus in stool specimens // J. Trop. Pediatr. -2010.-V. 56(2).-P. 129-131.

61. Kishino H., Hasegawa M. Evaluation of the maximum likelihood estimate of' the evolutionary tree topologies from DNA sequence data, and the branching order in hominoidea // J. Mol. Evol. 1989. - V. 29(2). - P. 170-179.

62. Kjeldsberg E., Hem A. Detection of astroviruses in gut contents of nude and normal mice // Arch. Virol. 1985. - V. 84. - P. 135-140.

63. Koci M.D. Immunity and resistance to astrovirus infection // Viral. Immunol.-2005.-V. 18(1).-P. 11-16.

64. Koci M.D., Moser L.A., Kelley L.A., Larsen D., Brown C.C., Schultz-Cherry S. Astrovirus induces diarrhea in the absence of inflammation and cell death // J. Virol. 2003. - V. 77(21). - P. 11798-11808.

65. Koci M.D., Shultz-Cherry S. Avian astroviruses // Avian Pathology. 2002. -V. 31(3).-P. 213-227.

66. Koci M.D., Seal B.S., Schultz-Cherry S. Molecular characterization of an avian astrovirus 11 J. Virol. 2000. -V. 74(13). P. 6173-6177.

67. Konno T., Suzuki H., Ishida N., Chiba R., Mochizuki K., Tsunoda A. Astrovirus-associated epidemic gastroenteritis in Japan // J. Med. Virol. -1982.-V. 9(1). — P. 11-17.

68. Koonin E.V. The phylogeny of RNA-dependent RNA polymerases of positive-strand RNA viruses // J. Gen. Virol. 1991. - V. 72 (Pt 9). - P. 2197-2206.

69. Koopmans M.P., Bijen M.H., Monroe S.S., Vinje J. Age-stratified seroprevalence of neutralizing antibodies to astrovirus types 1 to 7 in humans in The Netherlands // Clin. Diagn. Lab. Immunol. 1998. - V. 5(1). -P. 33-7.

70. Kozak M. Recognition of AUG and alternative initiator codons is augmented by G in position +4 but is not generally affected by the nucleotides in positions +5 and +6 // EMBO J. 1997. - V. 16(9). - P. 2482-2492.

71. Kosakovsky Pond S.L, Posada D., Gravenor M.B., Woelk C.H., Frost S.D. Automated Phylogenetic Detection of Recombination Using a Genetic Algorithm // Mol. Biol. Evol. 2006. - V. 23(10). - P. 1891-1901.

72. Kosakovsky Pond S.L., Frost S.D. Datamonkey: Rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments // Bioinformatics. 2005. -V. 21.-P. 2531-2533.

73. Krishna N.K. Identification of structural domains involved in astrovirus capsid biology // Viral. Immunol. 2005. - V. 18(1). - P. 17-26.

74. Kurtz J.B., Lee T.W. Human astrovirus serotypes // Lancet. 1984. - V. 2. -P. 1405-1407.

75. Kurtz J.B., Lee T.W. Astroviruses: human and animal // Ciba. Found. Symp. 1987. - V. 128.-P. 92-107.

76. Kurtz J.B., Lee T.W., Craig J.W., Reed S.E. Astrovirus infection in volunteers // J. Med. Virol. 1979. - V. 3(3). - P. 221-230.

77. Lai M.M. RNA recombination in animal and plant viruses // Microbiol Rev. 1992.-V. 56.-P. 61-79.

78. Le Cann P., Ranarijaona S., Monpoeho S., Le Guyader F., Ferré V. Quantification of human astroviruses in sewage using real-time RT-PCR // Res. Microbiol. 2004. - V. 155(1). - P. 11-15.

79. Lee T.W., Kurtz J.B. Serial propagation of astrovims in tissue culture with the aid of trypsin// J. Gen. Virol. 1981. -V. 57. -P. 421-424.

80. Lew, J.F., Moe, C.L., Monroe, S.S., et al., Astrovirus and adenovirus associated with diarrhea in children in day care settings. // J. Infect. Dis. -1991.-V. 164. P. 673-678.

81. Lewis D.C., Lightfoot N.F., Cubitt W.D., Wilson S.A. Outbreaks of astrovirus type 1 and rotavirus gastroenteritis in a geriatric in-patient population // J. Hosp. Infect. 1989. - V. 14(1). - P. 9-14.

82. Lewis T.L., Matsui S.M. Astrovirus ribosomal frameshifting in an infection-transfection transient expression system // J. Virol. 1996. - V. 70(5). - P. 2869-2875.

83. Lewis T.L., Matsui S.M. Studies of the astrovirus signal that induces (-1) ribosomal frameshifting // Adv. Exp. Med. Biol. 1997. - V. 412. - P. 323330.

84. Librado P., Rozas J. DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data // Bioinformatics. 2009. - V. 25. - P. 1451-1452.

85. Lukashov V.V., Goudsmit J. Evolutionary relationships among Astroviridae // Journal of General Virology. 2002. - V. 83. - P. 1397-1405

86. Madeley C.R. Comparison of the features of astroviruses and caliciviruses seen in samples of feces by electron microscopy // J. Infect. Dis. 1979. -V. 139(5).-P. 519-523.

87. Madeley C.R., Cosgrove B.P. 28 nm particles in faeces in infantile gastroenteritis // Lancet. 1975a. - V. 2 (7932). - P. 451-452.

88. Madeley C.R., Cosgrove B.P. Viruses in infantile gastroenteritis // Lancet. -1975b.-V. 2 (7925).-P. 124.

89. Matsui S.M., Kiang D., Ginzton N., Chew T., Geigenmüller-Gnirke U. Molecular biology of astroviruses: selected highlights // Novartis Found Symposium. 2001. - P. 219-233. - Review

90. Matsui S.M., Kim J.P., Greenberg H.B., Young L.M., Smith L.S., Lewis T.L., Herrmann J.E., Blacklow N.R., Dupuis K., Reyes G.R. Cloning and characterization of human astrovirus immunoreactive epitopes // J. Virol. -1993.-V. 67(3).-P. 1712-1715.

91. Maunula L., Kalso S., Von Bonsdorff C.H., Ponka A. Wading pool water contaminated with both noroviruses and astroviruses as the source of a gastroenteritis outbreak // Epidemiol. Infect. 2004. - V. 132(4). - P. -737743.

92. Medina S.M., Gutierrez, M.F., Liprandi, F., Ludert, J.E. Identification and type distribution of astroviruses among children with gastroenteritis in Colombia and Venezuela // J. Clin. Microbiol. 2000. - V. 38.,- P. 34813483.

93. Mendez E., Arias C. Astroviruses // Fields Virology fifth edition. 20071 -V. l.-P. 981-1000.

94. Méndez E., Fernández-Luna T., López S., Méndez-Toss M., Arias C.F. Proteolytic processing of a serotype 8 human astrovirus ORF2 polyprotein // J. Virol. 2002. - V. 76(16). - P. 7996-8002.

95. Méndez E., Salas-Ocampo E., Arias C.F. Caspases mediate processing of the capsid precursor and cell release of human astroviruses // J. Virol. -2004. V. 78(16). - P. 8601-8608.

96. Méndez E., Salas-Ocampo M.P., Munguía M.E., Arias C.F. Protein products of the open reading frames encoding nonstructural proteins of human astrovirus serotype 8 // J. Virol. 2003. - V. 77(21). - P. 1137811384.

97. Méndez-Toss M., Griffin D.D., Calva J., Contreras J.F., Puerto F.I., Mota F., Guiscafré H., Cedillo R., Muñoz O., Herrera I., López S., Arias C.F.

98. Prevalence and genetic diversity of human astroviruses in Mexican children122with symptomatic and asymptomatic infections // J. Clin. Microbiol. 2004. -V. 42(1).-P. 151-157.

99. Méndez—Toss M., Romero-Guido P., Munguía M.E., Méndez E., Arias C.F. Molecular analysis of a serotype 8 human astrovirus genome // J. Gen. Virol. 2000. - V. 81(Pt 12). - P. 2891-2897.

100. Miller W.A., Koev G. Synthesis of subgenomic RNAs by positive-strand RNA viruses // Virology. 2000. - 273(1). - P. 1-8.

101. Molberg O., Nilsen E.M., Sollid L.M., Scott H., Brandtzaeg P., Thorsby E., Lundin K.E. CD4+ T cells with specific reactivity against astrovirus isolated from normal human small intestine // Gastroenterology. 1998. - V. 114(1). -P. 115-122.

102. Monceyron C., Grinde B., Jonassen T.O. Molecular characterisation of the 3'-end of the astrovirus genome // Arch. Virol. 1997. - V. 142(4). - P. 699-706.

103. Monroe S.S. Molecular epidemiology of human astroviruses // Perspectives in Medical Virology, ed. Desselberger U. and Gray J.J // Elsevier, Amsterdam 2003. - P. 607-j616.

104. Monroe S.S., Jiang B., Stine S.E., Koopmans M., Glass R.I. Subgenomic RNA sequence of human astrovirus supports classification of Astroviridae as a new family of RNA viruses // J. Virol. 1993. - V. 67(6). - P. 36113614.

105. Monroe S.S., Stine S.E., Gorelkin L., Herrmann J.E., Blacklow N.R., Glass R.I. Temporal synthesis of proteins and RNAs during human astrovirus infection of cultured cells // J. Virol. 1991. - V. 65(2). - P. 641-648.

106. Myint S., Manley R., Cubitt D. Viruses in bathing waters // Lancet. 1994. -V. 343(8913).-P. 1640-1641.

107. Naficy A.B., Rao M.R., Holmes J.L., Abu-Elyazeed R., Savarino S.J., Wierzba T.F., Frenck R.W., Monroe S.S., Glass R.I., Clemens J.D. Astrovirus diarrhea in Egyptian children // J. Infect. Dis. 2000. - V. 182. -P. 685-690.

108. Noel J.S., Lee T.W., Kurtz J.B., Glass R.I., Monroe S.S. Typing of human astroviruses from clinical isolates by enzyme immunoassay and nucleotide sequencing//J. Clin. Microbiol. 1995. -V. 33. - P. 797-801.

109. Palombo E.A., Bishop R.F. Annual incidence, serotype distribution, and genetic diversity of human astrovirus isolates from hospitalized children in Melbourne, Australia // J. Clin. Microbiol. 1996. - V. 34. - P. 1750-1753.

110. Pang X.L, Vesikari T. Human astrovirus-associated gastroenteritis in children under 2 years of age followed prospectively during a rotavirus vaccine trial // Acta Paediatr. 1999. - V. 88. - P. 532-536.

111. Pinto R.M., Villena C., Le Guyader F., Guix S., Caballero S., Pommepuy M., Bosch A. Astrovirus detection in wastewater samples // Water Sci. Technol. 2001. - V. 43(12). - P. 73-76.

112. Pusch D., Oh D.Y., Wolf S., Dumke R., Schroter-Bobsin U., Hohne M., Roske I., Schreier E. Detection of enteric viruses and bacterial indicators in German environmental waters // Arch. Virol. 2005. - V. 150(5). - P. 929947.

113. Reynolds D.L., Saif Y.M. Astrovirus: A cause of an enteric disease in turkey poults // Avian Dis. 1986. - V. 30. - P. 728-735.

114. Risco C., Carrascosa J.L., Pedregosa A.M., Humphrey C.D., Sanchez-Fauquier A. Ultrastmcture of human astrovirus serotype 2 // J. Gen. Virol. -1995. V. 76(Pt8). - P.2075-2080.

115. Romalde J.L., Ribao C., Luz Vilarino M., Barja J.L. Comparison of different primer sets for the RT-PCR detection of hepatitis A virus and astrovirus in mussel tissues // Water Sci. Technol. 2004. - V. 50(1). P. 131-136.

116. Schultz-Cherry S., King D.J., Koci M.D. Inactivation of an astrovirus associated with poult enteritis mortality syndrome // Avian. Dis. 2001. -V. 45(1).-P. 76-82.

117. Sebire N.J., Malone M., Shah N., Anderson G., Gaspar H.B., Cubitt W.D. Pathology of astrovirus associated diarrhoea in a paediatric bone marrow transplant recipient // J. Clin. Pathol. 2004. - V. 57(9). - P. 1001-1003.

118. Singh P.B., Sreenivasan M.A., Pavri K.M. Viruses in acute gastroenteritis in children in Pune, India // Epidemiol. Infect. 1989. - V. 102(2). - P. 345353.

119. Snodgrass D.R., Angus K.W., Gray E.W., Menzies J.D., Paul G. Pathogenesis of diarrhea caused by astrovirus infections in lambs // Arch. Virol. 1979. - V. 60. P. 217-226.

120. Snodgrass D.R., Gray E.W. Detection and transmission of 30 nm virus particles (astroviruses) in faeces of lambs with diarrhoea // Arch. Virol. -1977.-V. 55.-P. 287-291.

121. Suzuki H., Sakai T., Tanabe N., Okabe N. Peak rotavirus activity shifted from winter to early spring in Japan // Pediatr. Infect. Dis. J. 2005. - V. 24 -P. 257-260.

122. Sugiura N. Further analysis of the data by Akaike's information criterion and the finite corrections // Commun Stat. Theory Meth. 1978. - V. A7. - P. 13-26.

123. Taylor M.B., Cox N., Vrey M.A., Grabow W.O. The occurrence of hepatitis A and astroviruses in selected river and dam waters in South Africa // Water Res. 2001a. - V. 35(11). - P. 2653-2660.

124. Taylor M.B., Walter J., Berke T., Cubitt W.D., Mitchell D.K., Matson D.O. Characterisation of a South African human astrovirus as type 8 by antigenic and genetic analyses // J. Med. Virol. 2001b. - V. 64(3). - P. 256-61.

125. Thouvenelle M.L., Haynes J.S., Reynolds D.L. Astrovirus infection in hatchling turkeys: histologic, morphometric, and ultrastructural findings // Avian. Dis. 1995. - V. 39(2). - P. 328-336.

126. Turcios R.M., Curns A.T., Holman R.C. et al. Temporal and geographic trends of rotavirus activity in the United States, 1997-2004 // Pediatr. Infect. Dis. J. 2006. - V. 25 (5). - P. 451-454.

127. Tzipori S., Menzies J.D., Gray E.W. Detection of astroviruses in the faeces of red deer//Vet. Rec. 1981.-V. 108.-P. 286.

128. Van de Perre P. Transfer of antibody via mother's milk // Vaccine. 2003. -V. 21 (24).-P. 3374-3376.

129. Walter J.E., Mitchell D.K. Astrovirus infection in children // Curr. Opin. Infect. Dis. 2003. - V. 16(3). - P. 247-253.

130. Wang Q.H., Kakizawa J., Wen L.Y., Shimizu M., Nishio O., Fang Z.Y., Ushijima H. Genetic analysis of the capsid region of astroviruses // J. Med. Virol. 2001. - V. 64(3). - P. 245-255.

131. Willcocks M.M., Ashton N., Kurtz J.B., Cubitt W.D., Carter M.J. Cell culture adaptation of astrovirus involves a deletion // J. Virol. 1994b. - V. 68(9).-P. 6057-6058.

132. Willcocks M.M., Boxall A.S., Carter M.J. Processing and intracellular location of human astrovirus non-structural proteins // J. Gen. Virol. 1999. - V. 80 (Pt 10). - P. 2607-2611.

133. Willcocks M.M., Brown T.D.K., Madeley C.R., Carter M.J. The complete sequence of a human astrovirus // J. Gen. Virol. 1994a. - V. 75. - P. 17851788.

134. Willcocks M.M., Carter M.J. Identification and sequence determination of the capsid protein gene of human astrovirus serotype 1 // FEMS Microbiol. Lett. 1993. - V. 114(1). - P. 1-7.

135. Willcocks M.M., Carter M.J., Laidler F.R., Madeley C.R. Growth and characterization of human faecal astrovirus in a continuous cell line // Arch. Virol. 1990.-V. 113(1-2).-P. 73-81.

136. Williams F.P. Astrovirus-like, coronavirus—like and parvovirus-like particles detected in the diarrheal stools of beagle pups // Arch. Virol. -1980.-V. 66.-P. 216-226.

137. Woode G.N., Gourley N.E., Pohlenz J.F., Liebler E.M., Mathews S.L., Hutchinson M.P. Serotypes of bovine astrovirus // J. Clin. Microbiol. -1985.-V. 22(4).-P. 668-70.

138. Woode G.N., Bridger J.C. Isolation of small viruses resembling astroviruses and caliciviruses from acute enteritis of calves // J. Med. Microbiol. 1978. -V. 11.-P. 441-452.

139. Woode G.N., Pohlenz J.F., Gourley N.E., Fagerland J.A. Astrovirus and Breda virus infections of dome cell epithelium of bovine ileum // J. Clin. Microbiol. 1984. -V. 19(5). - P. 623-630.

140. Yan H., Yagyu F., Okitsu S., Nishio O., Ushijima H. Detection of norovirus (GI, Gil), Sapovirus and astrovirus in fecal samples using reverse transcription single-round multiplex PCR // J. Virol. Methods. 2003. - V. 114(1).-P. 37-44.