Молекулярно-филогенетическое исследование видов подрода Esula Pers. рода Euphorbia L.: Euphorbiaceae Juss тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.01, кандидат наук Крюков, Алексей Анатольевич

• Крюков, Алексей Анатольевич
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Крюков, Алексей Анатольевич

Содержание

Введение

Благодарности

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Род Euphorbia L. и основные проблемы его систематики

1.2. Краткая история таксономического изучения рода 1° Euphorbia L.

1.3. История молекулярно-филогенетического исследования 14 рода Euphorbia

Глава 2. Материал и методы

Глава 3 Молекулярная филогения видов подрода Esula рода 47 Euphorbia

3.1. Результаты

3.1.1. Общая характеристика изученных последовательностей ITS 1- ген 5.8S rRNA- ITS2 видов подрода Esula рода 47 Euphorbia

3.1.2. Вторичные структуры ITS-последовательностей

3.1.3. Филогенетические реконструкции

3.2. Обсуадение

3.2.1. Объем подрода Esula

3.2.2. 72 Система подрода Esula и ее возможные изменения

Глава 4. Молекулярно-филогенетическое изучение секции 77 Holophyllum (Prokh.) Prokh.

Основные результаты и выводы

Список литературы

Приложения

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-филогенетическое исследование видов подрода Esula Pers. рода Euphorbia L.: Euphorbiaceae Juss»

Введение

Актуальность темы. Род молочай {Euphorbia L.) насчитывает до 2000 видов (Oudejans, 1990), широко распространенных в тропических, субтропических и умеренных областях Земного шара. По богатству жизненных форм этот род превосходит все остальные роды семейства молочайных. Все виды рода объединяет удивительное однообразие особой структуры, промежуточной между цветком и соцветием — циатия.

Первый и единственный на сегодняшний день обзор рода в полном объёме выполнил Э. Буасье (Boissier, 1862), который отнёс к нему 723 вида, разделив их на 27 секций. Существенный вклад в построение системы рода внёс Я. И. Проханов (1949, 1964) подготовивший его обработку для «Флоры СССР». Система рода и входящих в его состав подродов неоднократно менялась; не так давно Д. В. Гельтман (2007) на основании морфологических данных отнес евроазиатские виды изучаемого нами подрода Esula Pers. к 10 секциям.

Новым этапом в изучении систематики и филогении молочаев стали молекулярно-филогенетические работы, основанные на анализе и сравнении внутренних транскрибируемых спейсеров (ITS) гена 45S rRNA, а также некоторых хлоропластных генов (Molero et al., 2002; Steinmann, Porter, 2002; Bruyns et al., 2006; и др.), что дало новые результаты, в ряде случаев существенно отличающиеся от принятых ранее. Наша работа находится в общем русле этого направления исследований (Мачс и др., 2005; Крюков и др., 2006, 2007, 2008, 2009, 2010; Родионов и др., 2008, 2009; Гельтман и др., 2010; Riina et al., 2013).

Цель и задачи исследования.

Цель работы:

Используя методы молекулярной филогении, исследовать филогенетические отношения видов подрода Esula рода Euphorbia,

определить степень родства и положение их на филогенетическом древе, сравнить полученные данные с имеющимися системами подрода.

Задачи исследования:

1. Провести секвенирование и сравнительный анализ района ITS1-5.8S pPHK-ITS2 ядерных генов 45S рРНК у ряда представителей подрода Esula рода Euphorbia, выявить частоту и спектр мутаций в этих районах и, используя методы молекулярной филогении, реконструировать возможные филогенетические отношения внутри исследуемой группы.

2. Провести анализ полученных филогенетических деревьев и их сравнение с имеющимися системами подрода, основанными на классическом подходе, предложить изменения этой системы.

3. Провести специальное молекулярно-филогенетическое исследование видов секции Holophyllum.

4. Построить вторичные структуры ITS1 и ITS2 для исследуемых видов и провести их анализ.

Научная новизна и практическая значимость работы.

Секвенирован район ITSl-5.8SpPHK-ITS2 ядерного гена 45S рРНК у 93 видов подрода Esula, принадлежащих ко всем секциям подрода, распространенным во внетропической Евразии, в том числе для 74 видов— впервые. Также впервые показано достоверное деление видов подрода Esula на ряд клад, при этом лишь некоторые из них соответствуют секциям, выделяемым по морфологическим признакам (Проханов, 1964; Гельтман, 2007). Впервые показано, что переход от многолетней формы к однолетней происходил в подроде Esula неоднократно.

Сведения, полученные в ходе данной работы, могут быть использованы при молекулярной идентификации видов подрода, имеющих практическое значение (в первую очередь лекарственных), а также при разработке учебных курсов по систематике и молекулярной филогении растений.

Апробация работы.

Материалы диссертации были представлены на I (IX) Конференции молодых ботаников в Санкт-Петербурге (С.-Петербург, 2006), конференции по систематике и морфологии растений, посвященной 300-летию со дня рождения К. Линнея (Москва, 2007), на рабочем совещании «Молекулярные методы в ботанике» (Москва, 2008), XV Всероссийской молодёжной научной конференции «Актуальные проблемы биологии и экологии» (Сыктывкар, 2008), на XII делегатском съезде Русского ботанического общества (Петрозаводск, 2008).

Публикации.

По материалам диссертации опубликовано 11 печатных работ, в том числе 2 в изданиях из списка ВАК, из них 1 — в журнале, реферируемом библиографической системой «Сеть науки» (Web of Science).

1. Крюков A.A., Гельтман Д.В., Мачс Э.М., Родионов A.B. Филогения видов подрода Esula рода Euphorbia (Euphorbiaceae) по результатам сравнительного анализа последовательностей района ITS1-5.8S рДНК-1Т82 //Бот. журн. 2010. Т. 95. № 6. С. 801-819.

2. Riina R., Peirson J.A., Geltman D.V., Molero J., Frajman В., Pahleva-ni A., Barres L., Morawetz J.J., Salmaki Y., Zarre S., Kryukov A., Bruyns P.V., Berry P.E. A worldwide molecular phylogeny and classification of the leafy spurges, Euphorbia subgenus Esula (Euphorbiaceae) // Taxon. 2013. Vol. 62. N 2. P. 316-342.

3. Мачс Э.М., Крюков A.A., Райко М.П., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей ITS2 некоторых видов рода Euphorbia II Тезисы 5 международного совещания по кариологии, кариосистематике и молекулярной филогении растений. СПб. 2005. С. 60-61.

4. Крюков A.A., Мачс Э.М., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Молеку-лярно-филогенетические исследования некоторых видов подрода Esula

рода Euphorbia L. // Материалы 1(1Х)Международиой конференции молодых ботаников в Санкт-Петербурге 21-26 мая 2006 г. Санкт-Петербург. 2006. С. 31-32.

5. Крюков A.A., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Молекулярно-филогенетические исследования некоторых видов подрода Esula рода Euphorbia L. (Euphorbiaceae) // Материалы конференции по морфологии и систематике растений, посвященной 300-летию со дня рождения Карла Линнея. М., 2007. С. 111-112.

6. Крюков A.A. Новое в филогении подрода Esula рода Euphorbia // Материалы докладов XV Всероссийской молодежной научной конференции «Актуальные проблемы биологии и экологии » (14-18 апреля 2008 г.). Т. 3. Сыктывкар, 2008. С. 142-143.

7. Крюков A.A., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Молекулярно-филогенетическое изучение подрода Esula рода Euphorbia (Euphorbiaceae) // Фундаментальные и прикладные проблемы ботаники в начале XXI века: Материалы Всероссийской конференции (22-27 сентября 2008 г.).. Петрозаводск, 2008. Часть 3. С. Л5-41.

8. Родионов A.B., Мачс Э.М., Лунина Е.О., Красильников Е.М., Михайлова Ю.В., Носов H.H., Гельтман Д.В., Ким Е.С., Коцеруба В.В., Крюков A.A., Райко М.П., Чупов B.C., Шнеер B.C., Яковлев Г.П. Уровни внутривидовой и межвидовой изменчивости ITS в природных популяциях цветковых растений: ДНК-штрихкодирование как инструмент исследования и рационального использования биоразнообразия флоры России // Динамика генофондов. М., 2008. С. 63-66.

9. Крюков A.A., Гельтман Д.В., Мачс Э.М., Родионов A.B. Молеку-лярно-филогенетическое исследование подрода Esula рода Euphorbia путем сравнительного изучения последовательностей внутренних транскрибируемых спейсеров генов 45 S рРНК // Кариология и молекулярная систематика/ Ред. A.B. Родионов, B.C. Шнеер. СПб., 2009. С. 88-92.

10. Родионов A.B., Мачс Э.М., Тюпа Н.Б., Ким Е.С., Носов H.H., Лунина Е.О., Корчагина Ю.Ю., Красильников Е.М., Крюков A.A., Райко М.П. Внутривидовая и межвидовая изменчивость ITS в природных популяциях цветковых растений // Факторы экспериментальной эволюции организмов. Ред. В.А. Кунах. Киев: Логос, 2009. Т. 6.С. 78-81.

11. Гельтман Д.В., Берри П., Фергюссон К., Вэнчи Дж., Крюков A.A., Мэйфилд М., Риина Р., Родионов A.B. Филогенетические взаимоотношения между евразиатскими и североамериканскими видами подрода Esula рода Euphorbia (Euphorbiaceae) по морфологическим и молекулярным (последовательности внутренних транскрибируемых спейсеров) данным // XII Московское совещание по филогении растений, посвященное 250-летию со дня рождения Георга-Франца Гофмана. Материалы (Москва, 2-7 февраля 2010 г.). Москва: Товарищество научных изданий КМК, 2010. С. 79-82.

Благодарности

Хочу поблагодарить моего научного руководителя - Гельтмана Дмитрия Викторовича, за предложение интересной темы для работы, материала, неоценимую помощь и поддержку в процессе всей работы.

Хочется также выразить признательность Родионову Александру Викентьевичу - заведующему лаборатории биосистематики и цитологии БИН РАН, на базе которой производилась работа - за отеческое участие и помощь.

Также благодарю сотрудников лаборатории за помощь и полезные советы в работе, а в особенности — Мачса Эдуарда Модрисовича, Ким Елену Сергеевну, Пунину Елизавету Ольгердовну, Носова Николая Николаевича.

Отдельную благодарность хочу сказать своему самому первому научному руководителю - Антоновой Ирине Сергеевне - за первый научный опыт и предоставление возможности стать ученым.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Род Euphorbia L. и основные проблемы его систематики

Род молочай {Euphorbia L.) относится к семейству молочайных (Euphorbiaceae) и является одним из трех крупнейших родов цветковых растений. Он насчитывает около двух тысяч видов, широко распространенных в тропических, субтропических и умеренных областях Земного шара. Для рода характерно большое разнообразие жизненных форм — среди молочаев можно встретить деревья и кустарники, стеблевые суккуленты, многолетние и однолетние травы. Что касается генеративной сферы, то в роде наблюдается удивительное однообразие в структуре соцветия - циатия, который иногда рассматривается как высокоспециализированный цветок (Лодкина, 1986). В настоящее время циатий рассматривается как структура, промежуточная между цветком и соцветием (Prenner, Rudall, 2007).

В роде довольно много стеблевых суккулентов, которые распространены в основном в засушливых областях Африки (пустыни Намиб, Карру и др.) и являются там ландшафтными растениями. Внешне многие из этих молочаев похожи на кактусы, что является одним из классических примеров конвергенции.

Большинство видов рода — энтомофильные растения, опылителями их большей частью являются мухи, маленькие пчелы, тараканы. Среди молочаев имеются декоративные виды, в том числе целый ряд суккулентных молочаев, которые попадают под юрисдикцию Конвенции о международной торговле видами дикой фауны и флоры, находящимися под угрозой уничтожения (Конвенция СИТЕС).

Среди травянистых видов много рудеральных и сорных растений. Некоторые молочаи являются злостными сорняками, борьба с ними требует много усилий.

Все виды рода имеют млечный сок, в состав которого нередко входят ядовитые вещества, например, эуфорбин, поэтому почти все виды рода ядовиты. Сорные виды молочаев опасны для скота не столько на пастбищах, где животные избегают эти растения, сколько в сене.

Систематике рода Euphorbia посвящено довольно много работ, тем не менее, далеко не все ее вопросы решены. В изучении систематики рода можно выделить несколько направлений. Одно из важнейших — определение объема рода и его разделение на подроды. Несмотря на достаточно большое число работ, общепринятой системы как подтрибы Euphorbiinae Hurus., так и самого рода Euphorbia в настоящее время не существует. Чаще род Euphorbia рассматривается как единственный род подтрибы, к нему относятся все растения, имеющие циатий. Иногда в пределах подтрибы выделяется несколько родов (Radcliffe-Smith, 2001), но и в этом случае род Euphorbia оказывается очень большим и объединяющим растения, имеющие самые разные жизненные формы. В роде выделен ряд подродов, однако границы между ними в ряде случаев дискуссионны.

Другое направление исследований — изучение отдельных внутриродовых групп (подродов, секций), а также видового разнообразия рода на отдельных территориях. Наше исследование принадлежит именно к этому направлению. Его предметом является подрод Esula Pers. рода Euphorbia, к которому относятся многолетние и однолетние травы, реже — кустарники и небольшие деревья, распространенные в основном в умеренной зоне Северного полушария; несколько видов встречается в горных системах тропиков, на юге Африки, в Новой Зеландии. Характерным признаком подрода является наличие годичного побега, заканчивающегося ложным зонтиком из лучей общего соцветия, окруженных листочками обертки. Для представителей подрода характерно наличие циатиев с 4 или 5 нектарниками, которые нередко имеют рожковидные придатки, хотя лепестковидные придатки в подроде никогда

не встречаются. Видовое многообразие подрода оценивается почти в 460 видов (около одной четверти разнообразия рода), большинство которых встречается в Старом Свете. В Новом Свете произрастает, по-видимому, не более 10% видов (Riina et al., 2013).

1.2. Краткая история таксономического изучения рода Euphorbia L.

Род молочай был давно известен ученым, но его рассмотрение мы начинаем с классификации К. Линнея (Linnaeus, 1753), давшей начало современной систематике. В этой работе приведено 56 видов, разделенных на 7 формальных групп одного ранга. В дальнейшем система Линнея была усовершенствована Р. Десфонтеном (Desfontaines, 1804) и X. Персуном (Persoon, 1806), причем число видов у последнего автора возросло в 3 раза по сравнению с работами Линнея. Кроме того, Персун предложил иерархическую систему, в которой род подразделялся на 4 подрода.

А. Хаворт (Haworth, 1812) предложил вместо рода молочай несколько более мелких родов, однако большинство исследователей XIX века не разделили его точку зрения и принимали род в широком смысле. В построение системы рода значительный вклад внесли Дж. Репер (Roeper, 1824), Б. Дюмортье (Dumortier, 1827), К. А. Мейер (Meyer, 1833), В.Кох (Koch, 1837) и др.

Важнейшим этапом в изучении рода стали работы Э. Буасье (Boissier, 1862, 1879). В 1862 г. он в обработке рода для «Продромуса» А. П. Декандолля (Boissier, 1862), впервые охарактеризовал род в полном объеме, отнеся к нему 723 вида, которые разделил на 27 секций, принадлежащих к 2 «сериям» Appendiculatae и Exappendiculatae, при этом он дал очень подробные диагнозы всех секций, сопоставимые по принятому набору признаков. Большую часть видов, относимых в настоящее время к подроду Esula, Буасье включил в секцию Tithymalus (Gaertn.) Boiss., которую разделил на 11 подсекций (Decussatae Boiss., Oppositifolia Boiss., Crotonopsideae Boiss., Ipecacuanae Boiss., Laurißorae

Boiss., Osirideae Boiss., Pachycladae Boiss., Carunculares Boiss., Galarrhoeus (Haw.) Boiss., Esula (Pers.) Boiss., Myrsiniteae Boiss., что оказалось важным для построения естественной системы подрода Esula.

Большой вклад в разработку системы молочаев, особенно произрастающих в пределах внетропической Евразии, внес Я. И. Проханов (1933, 1949, 1964), который сначала (Проханов, 1933, 1941) предложил вариант разделения рода Euphorbia на несколько более мелких и естественных родов, но затем, во «Флоре СССР» (Проханов, 1949) принял традиционную концепцию объема рода и предложил существенно переработанную и дополненную его систему. Позднее (Проханов, 1964) эта система была им несколько переработана. В этой работе Проханов отнес виды рода молочай, встречающиеся на территории СССР, к 3 подродам: Esula, Chamaesyce Raf. и Eremophyton (Boiss.) L.C. Wheeler, а в подроде Esula выделил 10 секций (рис. 1).

Система Проханова (иногда — с небольшими изменениями) была принята в большинстве региональных флор и обзоров, подготовленных для территории бывшего СССР (Клоков, 1955; Тер-Хачатурова, Тамамшян, 1973; Хинтибидзе, Гвинианидзе, 1983; Гельтман, 1996; Байков, 2007 и др.) и сопредельных стран. Эта же система была принята и зарубежными учеными (например, Radcliffe-Smith, 1982), хотя некоторые из них продолжали придерживаться системы Буасье (Rechinger, Schiman-Czeika, 1964).

Д. В. Гельтман (2007), используя идеи и подходы Проханова, предложил свой вариант системы подрода Esula для внетропической Евразии. Подрод Esula представлен в данной обработке 10 секциями.

Первые 3 секции: Chamaebuxus Lazaro, Helioscopio Dumort. и Holophyllum Prokh. сближаются автором по признаку схожих по строению эллиптических нектарников без придатков. Плоды видов из этих 3 секций гладкие или слегка морщинистые, но у видов секции Holophyllum без

секция 2 - Hofe E/mongot¡ca JE.paflasii /E.komaroviana ' E.serawschanica E.rupestris E.monocyathium E. (ocularis E.lianshanica E.prokhanovii E.komaroviana E.rapulum У E.blepharophylla ~i.ferganensis klipskyí

подрод Pat alias (род Tithymalis)

сеы!ия 3 -4 ulocaipa E.cripta E/squamosa .macrocarpa ^ .transoxana .mucronulata ( /E.kudrjaschevii E.orientalis E.palustrís E.eugeníae E.carpatica E.tauricota E.villosa E.semivillosa E. alístala E.soongaiica E.lamprocarpa E. pilosa E.polychroma E.carniolica E.stricta E.platyphylla E.microsphaera E.coniosperma E. alpina E.macrorrhrza E.buchtormensis E.pubescens E.alatavica E.lucorum E.condylocarpa E.wíttmanni i E.pachynhiza \E.talastavica i. dulcís |.angulata l altaica E.ieriophora E.netíoscopid

E.allepica E. exigua E.graeca E.ledebourií E.peplus E.aulacosperma E.falcata E.acumínata E.normanni E.francheti E.inderiensis E.triodonta E.sororia

E.aserbajdzhaníca E. consanguínea E.turczaninowii E.arvalis E.densa E.szovitsii \E. densíuscula

секция 5 • Muih E.parabas E.petrophila E.seguíeriana E.humilis E.kopetdaghí E.sogdiana E.macr ociada E.stepposa E.glareosa E.volgensis E.goldei E.biglandulosa E.monostyla E.spinidens E.myrsinite* E.pontica E.woronowii E.marschalliana E. ai mena , E.denticulada

секция 6 - Esula\ E.buschiana E.undulata E.irgisensis E.andrachnoides E.buhsei E.miciocarpa E.subtílis E.gmelini E. discolor E.karoi E.borszczowii E.sareptana E.latifolia E.borodini E.poecilophylla E.saliciíolia E.glomerulans E. agraria E.sewerzowii E.mandsharica E. lucida E. ibérica E. pseudoagr aria E.uralensis E.pamirica E.cyparissias E.astrachanica E.tshuiensis E.cyrtophylla E.guntensis E.leptocaula E.virgata E.boissieiiana E.jaxartíca E.zhiguliensis E.subcordata E.sieboldiana E.savaryi E.amygdaloides E.glaberrima E.oblongífolia macroceras

Рис. 1. Подрод Esula. Схема секционного деления по Проханову (1964) (рис. автора диссертации)

выростов или бородавок на поверхности, у видов других двух секций на поверхности, как правило, присутствуют выросты или бородавки. Стеблевые листья видов этих трех секций с ясно выраженным жилкованием, в верхней части нередко пильчатые (Chamaebuxus и Helioscopio) или цельнокрайные (Holophyllum). Виды секций Chamaebuxus и Helioscopio автором разделяются по признаку жизненной формы — многолетние или однолетние растения соответственно. Следует отметить, что прежде Проханов (1949, 1964) объединял их в одну секцию.

К секции Par alias Dumort. автор относит многолетние травянистые растения или полукустарнички. Нектарники трапециевидно-эллиптические, почковидно-эллиптические, иногда почти полулунные, с рожковидными придатками или без них. Поверхность плодов гладкая, слегка морщинистая или бородавчатая, но без заметных выростов. Стеблевые листья обычно мясистые, с неясным жилкованием, особенно у окончания жилок.

К секции Chylogala Fourr. относятся многолетние и однолетние травянистые растения. Стеблевые листья с неясным жилкованием, обычно выемчато-зубчатые, иногда почти цельнокрайные. Нектарники продолговатые, иногда с придатками, но чаще без них. Плоды обычно гладкие, иногда с бугорчатыми выростами. Для семян характерна крупная карункула.

Секция Esula представлена большим числом многолетних травянистых растений. Стеблевые листья с ясно выраженным жилкованием, по крайней мере, главной жилкой, обычно цельнокрайные, значительно реже пильчатые. Нектарники полулунные, серповидные или полулунно-трапециевидные, в числе 4, на концах обычно суженные, заканчивающиеся придатком. Поверхность плодов гладкая, иногда несколько бородавчатая или морщинистая, но без выростов.

Секция Herpetorrhiza (Prokh.) Prokh. представлена многолетними, реже дву- и однолетними растениями. Стеблевые листья с различной выраженностью жилкования. Нектарники трапециевидные или полулунные, в числе 4, с длинными беловатыми придатками из ткани стенки циатия. Поверхность плодов гладкая, иногда несколько бородавчатая или морщинистая, но без выростов.

К секции Peplus Lazaro отнесены однолетние виды, имеющие самую различную, иногда довольно причудливую, структуру поверхности семян.

Секция Balsamis Webb et Bertelot выделяется жизненной формой — кустарники или небольшие деревца. Стеблевые листья с хорошо

выраженной главной жилкой, развиваются только на годичных побегах. Нектарники от полулунных до почти округлых, по краю нередко неровные, с придатками или без них. Плоды на поверхности гладкие или морщинистые. Виды этой секции приурочены почти исключительно к Макаронезии и Средиземноморью.

Последняя секция Lathyris Dumort. представлена единственным видом Е. lathyris L. Растения этого вида могут быть однолетними или двулетними (в средиземноморском климате). Стеблевые листья с хорошо выраженным жилкованием. Нектарники полулунные. Плоды крупные, на поверхности гладкие, без выростов.

Данная система Гельтмана (2007) была построена достаточно логично для традиционного подхода к систематике рода. Вместе с тем в нее не были включены виды, встречающиеся в Новом Свете, а также в тропиках.

1.3. История молекулярно-филогенетического исследования

рода Euphorbia

Первой работой, в которой была рассмотрена молекулярная филогения видов подрода Esula рода Euphorbia, является публикация X. Молеро с соавторами (Molero et al., 2002), которые исследовали Непоследовательности 14 преимущественно древесных макаронезийских и средиземноморских видов (рис. 2). В результате исследованные виды разделились на 2 группы. Группа канарских видов, преимущественно деревьев (Е. bravoana Svent., Е. piscatoria Aitón, Е. tuckeyana Steud., E. atropurpúrea Brouss., E. regis-jubae Webb & Berthel., E. lamarckii Sweet. и E. aphylla Brouss. ex Willd.) сформировала монофилетическую кладу, за исключением Е. balsamifera Aitón., которая заняла на дереве базальное положение. Средиземноморский вид Е. dendroides L. оказался в сестринском положении к кладе, образованной канарскими видами, а два так называемых «лавроидных» вида Е. stygiana Н.С. Watson и Е. longifolia

D. Don (=E. mellifera Aiton) сформировали вторую кладу вместе с двумя видами из секции Helioscopio., использованными в качестве внешней группы.

55

95

100

55

21

100

100

17

12

Euphorbia bravoana z

Euphorbia piscatoria < 55 ш

Euphorbia tuckeyana O cc <

Euphorbia atropurpúrea и S а-s =>

Euphorbia regis-jubae 3 cc ш O г

Euphorbia iamarckii < ü

Euphorbia aphylfa t- 5 ш

Euphorbia dendroides S

Euphorbia stygiana § О Э

Euphorbia longífolia 2 2 5 o

Euphorbia margalidiana oittc Euphorbia helioscopia owg

Euphorbia bafsami/era

Euphorbia tirucalli

силе

Рис. 2. Филогенетическое древо, основанное на анализе ITS 14 видов рода Euphorbia (Molero et al., 2002). У основания ветвей цифрами показаны бутстреп-индексы.

Фундаментальным исследованием по молекулярной филогении молочаев является работа американских авторов (Steinmann, Porter, 2002). В исследование было включено 223 вида из рода Euphorbia и нескольких близких таксонов, исследовались последовательности генов ITS и ndhY. Для построения деревьев использовался метод максимальной парсимонии.

Анализ последовательностей показал монофилию трибы Euphorbieae, а также трех ее подтриб (рис. 3-4). Роды Synadenium Boiss., Endadenium L., Pedilanthus Neck, ex Poit. и Monadenium Pax, которые рядом исследователей признавались как самостоятельные таксоны, не оказались монофилетичными.

В подтрибе Euphorbiinae, которая соответствует роду Euphorbia в широком смысле, были выявлены 4 клады, которые были обозначены авторами буквами A-D; такое обозначение было принято также другими исследователями и широко используется в настоящее время. Из этих клад

15

только одна (В) более или менее соответствовала ранее признаваемому внутриродовому таксону — подроду Ези1а.

—с

■ Е. gradyi

• Е, guerichiam

Е. tanguahuete

Е. primuUfolia -Е. tríchatoma

Е. calyptrata

- Е. aadyphoides

"i...! i

-ci

Е. amo Calycopeplus casuarinoides NeoguUlauminia clcopaira Anthostema madagascariense Anthostema яр. nov. Dtehostemma giaucescens Sapium sebiferum — Omalanlhus populi/olius

clade D ] cladc С J clade В

cladc A

-c

Sebastktnia сотым - StUUngia spinulosa

— 10 changes

Рис. 3. Филогенетическое древо, построенное с помощью ITS-последовательностей. Клада В -подрод Esula (по Steinmann, Porter, 2002).

5 changes

В, gradyi

fí. guerichiam

£ perviUmna

' ] clade D

Ped. tithymalmdes [ _ - ~

J clade С

E. robusta

E. pilota

E. acalyphoide3~l , .

E.amso J clade A

Catycopepius colli nus ■ Calycopeplus paucifotius NeaguiUaumima Cleopatra

Anthostema Madagascar iente Amhosstma sp. nov. Anihmtema suite galt ше

clade В

• Oichostemma glaucescens

Sapium sebiformn

- Omalanlhus populi/olîus

- Scbastiania cornuta

—--—— Mlitingia spinulosa

Рис. 4. Филогенетическое древо, построенное с помощью ио'/гР-последовательностей. Клада В -подрод Esula (по Steinmann, Porter, 2002).

Виды клады А распространены в Африке и на Мадагаскаре, ранее их относили к подродам Trichadenia, Rhizanthium Boiss., Lyciopsis Boiss., Esula и Eremophyton.

В кладу В попали виды, распространенные преимущественно в умеренных областях Евразии, в меньшей степени — в Северной Америке и Африке. Как уже отмечалось, эта клада в основном соответствует подроду Е&и1а, но несколько видов ранее также относили к подроду ТггисаШ Во188. Данная клада довольно хорошо распадается на 2 ветви (рис. 5-6).

91

72

71

1001

100

99

97

54

— Б. sg. Esuia

Е. mauritanica\ .р. ...

Е. schimperí Е.щ.ПтшнйЬ

Е. usambarica Е. aphylla Е, regu-jubae Е. atropurpúrea Е. peplus Е. robusta Е. trichotoma Е. medlcaginea Е, megalailantica Е. dendroides

Е. turcztininowii Е. amygdaloides Е. soangarica Е. esula — Е, discolor ■ниши.шиши Е. krauskuta

.................... Е. calyptrata

i Е. lathyris

1 i.......i Е. myrsimtes

Е. spathulata Е. alta

Е. acanthothamnus Е. oblmgata Е. depaupérala Е. pilosa Е. longifolia Е. stricta

Рис. 5. Филогенетическое древо подрода Esula, построенное с помощью ITS-последовательностей (по Steinmann, Porter, 2002). У основания ветвей цифрами показаны бутстреп - индексы.

54

¡00

99

100

100

99

86

-с

64

100

ÎOO

Е. aphylla Е. atropurpúrea Е. megalatlantica Е. robusta Е. peplus Е. esula Е. myrsinites Е, acanthothamnus Е. spathulata Е. longifolia Е. pilosa

■ £ sg. Esula

Рис. 6. Филогенетическое древо подрода Esula, построенное с помощью ndhY-последовательностей (по Steinmann, Porter, 2002). У основания ветвей цифрами показаны бутстреп-индексы.

Некоторые виды, ранее относимые к подроду Ези\а, оказались и в других кладах. Так, Е. гресасиапкае Ь., который Буасье (Во18Б1ег, 1862) относил к секции ТИкутсйш (эта секция в целом соотвествует подроду Ези1а в системе Буасье), оказался в кладе О и должен быть помещен в подрод Agaloma Яа£ Также подтвердилось предположение Кас1с^е-8ткЬ

(1974) о перемещении подсекции Crotonopsideae из секции Tithymalus в подрод Cystidospermum Prokh. (клада D).

Данное исследование показало, что Е. papillosa A. St.-Hil., Е. stenophylla Boiss. и Е. thinophila Phil., относимые Boissier (1862) к секции Tithymalus, близкородственны видам Е. peperomioides Boiss. и Е. germainii Phil, и вместе с ними формируют монофилетическую группу в кладе С. Также было показано, что подсекция Pachycladae секции Tithymalus в системе Буасье (1862) оказалась полифилетичной. Е. balsamifera, например, попал в кладу А, оказавшись близким Е. meuleniana О. Schwartz, Е. plumerioides Teijsm. ex Hassk. оказался близким к восьми видам, встречающимся в Австралии и Малайзии. Остальные виды этой подсекции, согласно данному исследованию, относятся к подроду Esula (кладе В), но при этом не формируют монофилетическую группу.

Еще одна группа, которая должна быть частично исключена из подрода Esula - секция Adenorima Raf., которой в системе Boissier (1862) соответствует подсекция Laurifoliae секции Tithymalus. Данная группа насчитывает до 20 видов, в основном это деревья тропических лесов. По данным авторов статьи часть видов попадает в кладу С. Кроме того, виды этой секции, которые должны остаться в подроде Esula, не формируют монофилетическую группу.

Виды, оказавшиеся в кладе С, согласно более ранним классификациям принадлежали к подроду Euphorbia (или роду Euphorbia в узком смысле), а также родам (или подродам, в зависимости от точки зрения исследователя) Synadenium, Endadenium, Monadenium, Lacanthis Raf., Pedilanthus и др. Эта клада имеет пантропическое распространение.

В кладу D вошли виды, относимые к подроду (или роду) Chamaesyce, а также виды подродов Trichadenia, Lyciopsis, Eremophyton, Agaloma, Cystidospermum и др. Наибольшее разнообразие этой клады также

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Крюков, Алексей Анатольевич, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Байков К.С. Система секции Holophyllum рода Euphorbia II Бюл. Моск. общ испыт. природы. Отд. биол. 2000. Т. 105. С. 44-47.

Байков К.С. Молочаи Северной Азии. Новосибирск: Наука, 2007. 362 с.

Боброва В.К., Горемыкин В.В., Троицкий A.B., и др. Молекулярно-биологические исследования происхождения покрытосеменных растений // Журн. общ. биол.. 1995. Т. 56. № 6. С. 645-660.

Гельтман Д.В. Сем. Euphorbiaceae - Молочайные // Флора Восточной Европы. СПб.: Мир и семья-95, 1996. С. 256-287.

Гельтман Д.В. Конспект системы подрода Esula Pers. рода Euphorbia L. (Euphorbiaceae) внетропической Евразии II Новости систематики высших растений. 2007. Т. 39. С. 224-240.

Гельтман Д.В. Молочаи (Euphorbia L., Euphorbiaceae) бореальной Евразии. I. секция Paralias Dumort. II Новости систематики высших растений. 2009. Т. 41. С. 166-191.

Гельтман Д.В., Берри П., Фергюссон К., Вэнчи Дж., Крюков A.A., Мэйфилд М., Риина Р., Родионов A.B. Филогенетические взаимоотношения между евразиатскими и североамериканскими видами подрода Esula рода Euphorbia (Euphorbiaceae) по морфологическим и молекулярным (последовательности внутренних транскрибируемых спейсеров) данным // XII Московское совещание по филогении растений, посвященное 250-летию со дня рождения Георга-Франца Гофмана. Материалы (Москва, 2-7 февраля 2010 г.). Москва: Товарищество научных изданий КМК, 2010. С. 79-82.

Клоков М.В. Молочайш — Euphorbiaceae // Флора УРСР. Кшв, 1955. Т. 7. С. 114-176.

Крюков A.A. Новое в филогении подрода Esula рода Euphorbia II Материалы докладов XV Всероссийской молодежной научной конференции «

актуальные проблемы биологии и экологии » (14-18 апреля 2008 г.). Сыктывкар,. 2008. Т. 3. С. 142-143.

Крюков A.A., Гельтман Д.В., Мачс Э.М., Родионов A.B. Молекулярно-филогенетичеекое исследование подрода Esula рода Euphorbia путем сравнительного изучения последовательностей внутренних транскрибируемых спейсеров генов 45S рРНК // Кариология и молекулярная систематика. Ред. A.B. Родионов, B.C. Шнеер. СПб, 2009. С. 88-92.

Крюков A.A., Гельтман Д.В., Мачс Э.М., Родионов A.B. Филогения видов подрода Esula рода Euphorbia (Euphorbiaceae) по результатам сравнительного анализа последовательностей района ITS1-5.8S рДНК-1Т82 // Ботанический журнал. 2010. Т. 95. № 6. С. 801-819.

Крюков A.A., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Молекулярно-филогенетические исследования некоторых видов подрода Esula рода Euphorbia L. (Euphorbiaceae) II Материалы конференции по морфологии и систематике растений, посвященной 300-летию со дня рождения Карла Линнея. М. 2007. С. 111-112.

Крюков A.A., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Молекулярно-филогенетическое изучение подрода Esula рода Euphorbia (Euphorbiaceae)// Фундаментальные и прикладные проблемы ботаники в начале XXI века: Материалы Всероссийской конференции (22-27 сентября 2008 г.).. Петрозаводск, 2008. Часть 3. С. 45^17.

Крюков A.A., Мачс Э.М., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Молекулярно-филогенетические исследования некоторых видов подрода Esula рода Euphorbia L. // Материалы 1(1Х) Международной конференции молодых ботаников в Санкт-Петербурге 21-26 мая 2006 г. Санкт-Петербург, 2006. С. 31-32.

Лодкина М.М. Способ развития циатия Молочайных - свидетельство его цветковой природы // Источники информации в филогенетической систематике растений. М., 1986. С. 43^44.

Мачс Э.М., Крюков A.A., Райко М.П., Гельтман Д.В., Родионов A.B. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей ITS2 некоторых видов рода Euphorbia II Тезисы 5 международного совещания по кариологии, кариосистематике и молекулярной филогении растений. СПб., 2005. С. 60-61.

Мейен C.B. Следы трав индейских. М.: Мысль, 1981. 159 с.

Ней М., Кумар С. Молекулярная эволюция и филогенетика. Киев: КВ1Ц, 2004. 405 с.

Носов H.H. Молекулярно-филогенетический анализ видов Роа L. России. Дисс... канд. биол. наук. СПб, 2011. 211 с.

Проханов Я.И. Систематический обзор молочаев Средней Азии. М.; JT.:, Государственное химико-техническое издательство, 1933. 241 с.

Проханов Я.И. Молочай в Среднем Поволжье // Тр. Куйбышевск. бот. сада. 1941. Т. 1.С. 3-77.

Проханов Я.И. Род молочай - Euphorbia L. // Флора СССР. М.; Л.: Изд-во АН СССР, 1949. Т. 14. С. 304-495.

Проханов Я.И. Конспект системы молочаев СССР. Добавления и изменения // Новости систематики высших растений. 1964. [Т. 1]. С. 226237.

Родионов A.B., Мачс Э.М., Лунина Е.О., Красильников Е.М., Михайлова Ю.В., Носов H.H., Гельтман Д.В., Ким Е.С., Коцеруба В.В., Крюков A.A., Райко М.П., Чупов B.C., Шнеер B.C., Яковлев Г.П. Уровни внутривидовой и межвидовой изменчивости ITS в природных популяциях цветковых растений: ДНК-штрихкодирование как инструмент исследования и рационального использования биоразнообразия флоры России // Динамика генофондов. М., 2008. С. 63-66.

Родионов A.B., Мачс Э.М., Тюпа Н.Б., Ким Е.С., Носов H.H., Пунина Е.О., Корчагина Ю.Ю., Красильников Е.М., Крюков A.A., Райко М.П. Внутривидовая и межвидовая изменчивость ITS в природных популяциях

цветковых растений // Факторы экспериментальной эволюции организмов. Киев: Логос, 2009. Т. 6.С. 78-81.

Родионов А.В., Тюпа Н.Б., Ким Е.С. Геномная конституция автотетраплоидного овса Avena macrostachya, выявленная путем сравнительного анализа последовательностей ITS1 и ITS2: к вопросу об эволюции кариотипов овсов и овсюгов на ранних этапах дивергенции видов рода Avena // Генетика. 2005. Т. 41. № 5. С. 646-656.

Тер-Хачатурова С., Тамамшян С.Г. Род Euphorbia II Флора Армении, Ереван: Изд-во АН АрмССР, 1973. Т. 6. С. 95-116.

Хинтибидзе Л.С., Гвинианидзе З.И. Семейство Euphorbiaceae // Флора Грузии. Изд. 2. Тбилиси: Мецниереба, 1983. Т. 7. С. 135-200. (На груз, языке).

Чупов B.C. Пунина Е.О., Мачс Э.М., Родионов А.В. Нуклеотидный состав и содержание последовательностей CpG и CpnpG в ITS1, ITS2 и генах 5.8S рРНК у представителей филогенетических ветвей Melanthiales-Liliales и Melanthiales-Asparagales (Angiospermae, Monocotyledones) отражают особенности течения эволюционного процесса // Мол. биол. 2007. Т. 41. С. 808-829.

Чупов B.C., Мачс Э.М., Родионов А.В. Динуклеотидные профили элементов рДНК (ITS1-5.8S-ITS2) как показатель уровня эволюционного развития и филогенетический маркер в ветвях Melanthiales - Liliales и Melanthiales - Asparagales (Monocotyledones, Angiosrermae). Общее направление изменений динуклеотидного состава // Успехи современной биологии. 2008. Т. 128. №5. С. 482^197.

Abeyrathne P.D., Lalev A.I., Nazar R.N. A RAC protein-binding site in the internal transcribed spacer 2 of pre-rRNA transcripts from Schizosaccharomyces pombe II J. Biol. Chem. 2002. Vol. 277. N 24. P. 21291-21299.

Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., et al. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs // Nucleic Acids Res. 1997. Vol. 25. P. 3389-3402.

Barres L., Vilatersana R., Molero J., et al. Molecular phylogeny of Euphorbia subgen. Esula sect. Aphyllis (Euphorbiaceae) inferred from nrDNA and cpDNA markers 11 Taxon. 2011. Vol. 60. P. 705-720.

Boissier E. Euphorbieae. Prodromus Systematis Naturalis. Paris: Victor Masson & Fils, 1862. Pars 15(2). P. 3-188.

Boissier E. Flora Orientalis. Geneva & Basiliae, 1879. Vol. 4. 1276 p.

Bruyns P.V., Mapaya R.J., Hedderson T. A new subgeneric classification 1 on for Euphorbia (Euphorbiaceae) in southern Africa based on ITS and psbA-trnH sequence data // Taxon. 2006. Vol. 55. P. 397-420.

Desfontaines R.L. Tableau de l'ecole de botanique du Museum d'histoire naturelle. Paris, 1804. 238 p.

Doyle J.J., Doyle J.L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue//Phytochem. Bull. 1987. Vol. 19. P. 11-15.

Dumortier B.C.J. Florula belgica, operis majoris prodromus. Tornaci Nerviorum, 1827. 179 p.

Felsenstein J. Confidence limits on phylogenesis: An approach using the bootstrap // Evolution. 1985. Vol. 39. P. 783-791.

Finnegan E.J., Kovac K.A. Plant DNA methyltransferases // Plant Mol. Biol. 2000. Vol. 43. N 2-3. P. 189-201.

Frajman B., Schonswetter P. Giants and dwarfs: Molecular phylogenies reveal multiple origins of annual spurges within Euphorbia subg. Esula // Mol. Phylogenet. Evol. 2011. Vol. 61. P. 413-424.

Goertzen L.R., Cankoke J.J., Gutel R.R., Jansen R.K. ITS secondary structure derived from comparative analysis implications for sequence alignment and phylogeny of the Asteraceae // Mol. Phylogenet. Evol. 2003. Vol. 29. P. 216-234.

Gottschling M., Hilger H.H., Wolf M., Diane N. Secondary structure of the ITS1 transcript and its application in a reconstruction of the phylogeny of Boraginales // Plant Biol. 2001. Vol. 3. P. 629-636.

Haworth A.H. Synopsis Plantarum Succulentarum. London: Typis R. Taylor et Socii, 1812. 334 p.

Hershkowitz M.A., Zimmer E.A. Conservation patterns in angiosperm rDNA ITS2 sequences // Nucleic Acids Res. 1996. Vol. 24. P. 2857-2867.

Horn J.W., van Ee B.W., Morawetz J.J., et al. Phylogenetics and the evolution of major structural characters in the giant genus Euphorbia L. (Euphorbiaceae) // Mol. Phylogenet. Evol. 2012. Vol. 63. P. 305-326.

Jaeger A.H., Turner D.H., Zuker M. Improved predictions of secondary structures for RNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. Vol. 86. P. 7706-7710.

Jobes D.V., Thien L.B. Conserved motif in the 5.8S ribosomal RNA (rRNA) gene is a useful diagnostic marker for plant internal transcribed spacer (ITS) sequences // Plant Molecular Biology Reporter. 1997. Vol. 15. P. 326334.

Koch W.D.J. Synopsis florae Germanicae et Helveticae. Francofurti ad Moenum, 1837. 844 p.

Lalev A.I., Nazar R.N. A chaperone for ribosome maturation // J. Biol. Chem. 2001. Vol. 276. N. 20. P. 16655-16659.

Lalev A.I., Abeyrathne P.D., Nazar R.N. Ribosomal RNA maturation in Schizosaccharomyces pombe is dependent on a large ribonucleoprotein complex of the internal transcribed spacer 1 // J. Mol. Biol. 2000. Vol. 302. P. 65-77.

Leach L.C. Notes on Euphorbia mauritanica, E. gossypina and some related species with an amplified description of E. berotica II Bothalia. 1975. Vol. 11. P. 505-510.

Linnaeus S. Species Plantarum. Impensis Laurentii Salvii. Stockholm. 1753. 1200 p.

Mathews D.H., Disney M.D., Childs J.L., et al. Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004. Vol. 101. P. 7287-7292.

Meyer C.A. Euphorbia L. // Ledebour C.F., Meyer C.A., Bunge A. Flora altaica. Berolini, 1833. Vol. 4. P. 178-196.

Molero J., Garnatje T., Rovira A., et al.. Karyological evolution and molecular phylogeny in Macaronesian dendroid spurges (Euphorbia subsect. Pachycladae) II Plant Syst. Evol. 2002. Vol. 231. P. 109-132.

Mullis K., Faloona F., Scharf S., et al. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction // Cold Spring Harbor Symposium in Quantitative Biology. 1986. Vol. 51 Pt. 1. P. 263-273.

Nei M., Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics. NY: Oxford University Press. 2000. 333 p.

Oudejans R. World catalogue of species names published in the tribe Euphorbieae (Euphorbiaceae) with their geographical distribution. Utrecht. 1990. 444 p.

Pahlevani A.H., Akhani H. Seed morphology of Iranian annual species of Euphorbia (Euphorbiaceae) // Bot. J. Linn. Soc. 2011. Vol. 167. P. 212-234.

Park K.R., Jansen R.K. A phylogeny of Euphorbieae subtribe Euphorbiinae (Euphorbiaceae) based on molecular data // J. PI. Biol. 2007. Vol. 50. P. 644649.

Persoon C.H. Synopsis plantarum. V. 2(1). Parisiis et Tubingae, 1806. 272

P-

Prenner G., Rudall P.J. Comparative ontogeny of the cyathium in Euphorbia (Euphorbiaceae) and its allies: exploring the organ-flower-inflorescence boundary // Amer. J. Bot. 2007. Vol. 95. N 10. P. 1612-1629.

Radcliffe-Smith A. The taxonomic position of Euphorbia petiolata and the reduction of E. postii (Euphorbiaceae) // Kew Bull. 1974. Vol. 29. P. 503-505.

Radcliffe-Smith A. Euphorbia L. I I Davis P. H. (ed.) Flora of Turkey and the East Aegean Islands. Edinburgh, 1982. Vol. 7. P. 571-630.

Radcliffe-Smith A. Genera Euphorbiarum. Kew: Royal Botanic Gardens, 2001. 455 p.

Raunkier Ch. Plant life forms. Oxford : Clarendon Press, 1937. 104 p.

Rechinger K. H., Schiman-Czeika H. Euphorbiaceae/ K. H. Rechinger (ed). Flora Iranica. Graz; Akademische Druck- u. Verlagsanstalt, 1964. N 6. 48 S. + 20 tab.

Ridgway K.P., Duck J.M., Young J.P.W. Identification of roots from grass swards using PCR-RFLP and AFLP of the plastid trnL (UAA) intron // BMC Ecology. 2003. P. 3-8.

Riina R., Peirson J.A., Geltman D.V., Molero J., Frajman B., Pahlevani A., Barres L., Morawetz J.J., Salmaki Y., Zarre S., Kryukov A., Bruyns P.V., Berry P.E. A worldwide molecular phylogeny and classification of the leafy spurges, Euphorbia subgenus Esula (Euphorbiaceae) // Taxon. 2013. Vol. 62. N 2. P. 316-342.

Roeper J.A.C. Enumeratio Euphorbiarum. Gottingae, 1824. 68 p.

Saghai-Maroof M.A., Soliman K.M., Jorgensen R.A., Allard R.W. Fungal DNA Isolation //Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1984. Vol. 81. P. 8014-8018.

Salmaki Y., Zarre S., Lindqvist C., et al. Comparative leaf anatomy of Stachys (Lamiaceae: Lamioideae) in Iran with a discussion on its subgeneric classification // Plant Syst. Evol. 2011. Vol. 294. P. 109-125.

Sanger F., Niclein S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1977. Vol. 74. P. 5463 -5467.

Steinmann V.W., Porter J.M. Phylogenetic relationships in Euphorbieae (Euphorbiaceae) based on ITS and ndhF sequence data // Ann. Mo. Bot. Gard. 2002. Vol. 89. N 4. P. 453^190.

Tamura K., Peterson D., Peterson N., et al. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Mol. Biol. Evol. 2011. Vol. 28. P. 2731-2739.

Titov I.I., Vorobiev D.G., Kolchanov N.A. Mass analysis of RNA secondary structures using a genetic algorithm // Proc. 2nd Int. Conf. on

Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. Novosibirsk, 2002. Vol. 2. P. 138-141.

Titov I.I., Vorobiev D.G., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A. GArna: Predicting 2D structure of RNA by genetic algorithm // 2005. http://www.icg.sbras.ru/rus/ResourcesRus.html.

Vanyushin B.F. DNA methylation in plants // Current Topics Microbiol. Immunol. 2006. Vol. 301. P. 67-122.

Vogelstein B., Gillespie D. Preparative and analytical purification of DNA from agarose // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979 . Vol.76. N 2. P. 615-619.

White T.J., Bruns T., Lee S., Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics // Innis M.A., Gelfand D.H., Sninsky J.J., White T.J., eds. PCR protocols: a guide to methods and applications. San Diego, 1990. P. 315-322.

Zimmermann N.F.A., Ritz C.M., Hellwig F.H. Further support for the phylogenetic relationships within Euphorbia L. (Euphorbiaceae) from nrlTS and trnL-trnF IGS sequence data // Plant Syst. Evol. 2010. Vol. 286. P. 39-58.

Zuker M. On finding all suboptimal foldings of a RNA molecule // Science. 1989. Vol. 244. P. 48-52.

Zuker M., Mathews D.H., Turner D.H. Algorithms and thermodynamics for RNAsecondary structure prediction: a practical guide // Barciszewski J., Clark B. F. C. (eds.) RNA biochemistry and biotechnology. Dordrech: NATO ASI Series, Kluwer Academic Publishers, 1999. P. 11-43.