Молекулярно-филогенетическое исследование камбалообразных рыб (Pisces, Pleuronectiformes) дальневосточных морей России по нуклеотидным последовательностям генов цитохрома B и цитохромоксидазы 1 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Шарина, Светлана Николаевна

• Шарина, Светлана Николаевна
• кандидат биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Шарина, Светлана Николаевна

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общая характеристика исследуемой группы рыб

1.1.1. Отряд камбалообразные (Р^игопесйГогтеБ)

1.1.2. Семейство камбаловые (Р1еигопесйс1ае)

1.2. Таксономический статус исследуемой группы рыб 14 1.2.1. Семейство камбаловые (Р1еигопес^ёае)

1.3. Систематика и филогения камбалообразных рыб по генетическим данным

1.4. Митохондриальные маркеры

1.5. Эволюционные модели 29 1.5.1. Модель Джукса-Кантора 3 О 1.5.1. Модель Кимуры

1.5.3. Модель Таджимы-Нея

1.5.4. Другие эволюционные модели

1.5.5. Гамма-расстояния

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материалы

2.2. Методы

2.2.1. Выделение ДНК

2.2.2. Амплификация

2.2.3. Определение нуклеотидной последовательности

2.2.4. Первичный анализ нуклеотидных последовательностей

2.2.5. Филогенетический анализ '

Глава 3. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА КАМБАЛООБРАЗНЫХ РЫБ НА ОСНОВЕ ГЕНА СУБЪЕДИНИЦЫ 1 ЦИТОХРОМОКСИДАЗЫ С

3.1. Результаты

3.2. Обсуждение

Глава 4. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА

КАМБАЛООБРАЗНЫХ РЫБ НА ОСНОВЕ ГЕНА ЦИТОХРОМА В

4.1. Результаты

4.2. Обсуждение

Глава 5. МОЛЕКУЛЯРНО-ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ КАМБАЛООБРАЗНЫХ РЫБ, ВЫПОЛНЕННОЕ НА ОСНОВЕ ОБЪЕДИНЕННЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНОВ СО-1 И СТГ-В 80 5Л. Результаты 1 80 5.2. Обсуждение 84 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 89 ВЫВОДЫ 94 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 96 ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-филогенетическое исследование камбалообразных рыб (Pisces, Pleuronectiformes) дальневосточных морей России по нуклеотидным последовательностям генов цитохрома B и цитохромоксидазы 1»

Актуальность. Систематика камбал изучена слабо и классификация представителей в пределах отряда камбалообразные, как и в других отрядах рыб, в основном базировалась на морфо-анатомических признаках. Имеется лишь несколько работ (Berendzen, Dimmick, 2002; Pardo et al., 2005; Azevedo et al., 2008),, выполненных с использованием молекулярных маркеров и, в частности, последовательностей нуклеотидов (далее для краткости -последовательностей), представляющих основной инструментарий* данной' работы. Чаплау (Chapleau, 1993) в своей ревизии, основанной на морфологических признаках, указал, что предшествующие классификации могли быть интуитивными, упрощенными и филогенетически не состоятельными. С другой стороны, филогения камбалообразных рыб отряда, Pleuronectiformes на основании молекулярных данных была ограничена малым количеством видов и/или семейств и в основном заключалась в рассмотрении^ взаимоотношений между семействами (Pardo et al., 2005; Azevedo et al., 2008). Берендзен и Диммик (Berendzen, Dimmick, 2002) представили наиболее полное исследование филогении по данным, основанным на последовательностях митохондриальной ДНК (мтДНК). Однако, хот;, большинство семейств отряда и были включены в работу, число видов и их взаимосвязи в пределах семейств представлены не полностью (Pardo et al., 2005).

В представляемой диссертационной работе основной акцент сделан на исследование семейства (сем.) камбаловые (Pleuronectidae) как наиболее распространенного в водах Дальнего Востока России и Тихого океана в целом.

Таксономические отношения камбал сем. Pleuronectidae до сих пор остаются предметом многочисленных исследований. Вследствие использования различных методик, в настоящее время известно несколько вариантов классификации камбаловых рыб, предложенных разными авторами (Norman, 1934; Sakamoto, 1984; Линдберг, Федоров, 1993; Cooper,

Chapleau, 1998). Родовая принадлежность разных видов семейства часто пересматривается, порой без достаточных для этого оснований, число родов в подсемействе Pleuronectinae меняется, что вызывает определенную критику (Расс, 1996). Подобная ситуация указывает на- то, что понимание таксономических отношений, как собственно в семействе камбаловых рыб, так и в отряде камбалообразные, требует более глубокого анализа. Одной из конкретных проблем является большая синонимия и, соответственно, необходимость прояснения таксономического статуса ряда представителей-рассматриваемого семейства. Это касается, например, валидности нескольких представителей рода палтусовидных камбал Hippoglossoldes, таких как H. dubius, H. robus tus, H. ellassodon (Фадеев, 1978; Коваль, Богданов, 1082; Винников, 2003; Винников и др., 2006) и камбал рода Pseudopleuroriectes, например, Р: schren/d, P. yokohamae и других (Cooper, Chapleau, 1998; Воронина, 2001; Винников и др., 2006).

Филогенетические взаимоотношения родов и видов внутри сем. камбаловые изучены слабо. Палеонтологические находки весьма редки (Pardo et al., 2005) и не дают ясного представления о последовательности происхождения видов в группе.

В последние десятилетия для анализа системы таксономических" отношений (систематики) и филогении рыб и других животных чаще всего используется сравнительный анализ митохондриального генома и входящих в него генов митохондриальной ДНК (мтДНК).

МтДНК животных характеризуется рядом свойств, делающих ее подходящей для этих целей (Avise, 2000). К ним относится небольшой размер молекулы (Attardi, 1985), в 5-10 раз более высокая скорость эволюции последовательностей митохондриальных генов по сравнению с ядерными локусами (Brown et al., 1979), гаплоидное материнское наследование и отсутствие (Hayashi et al., 1985; Birky, 2001) или очень большая редкость (Eyre-Walker et al., 1999; Hagelberg et al., 1999) рекомбинаций. Это позволяет эффективно оценивать дифференциацию таксонов различного ранга по последовательностям генов мтДНК и даже анализировать внутривидовую дивергенцию. Спонтанные мутации в мтДНК, приводящие к заменам нуклеотидов в последовательностях генов, и дальнейшая дивергенция последовательностей у видов позволяют не только различать или дифференцировать таксоны, но и ретроспективно: реконструировать.историю возникновения таксонов и внутривидовых групп или выяснить их филогенез (Avise,.2000): . , ; \ , '

В данной работе для филогенетических исследований были выбраны два гена мтДНК - это ген субъединицы. 1 цитохромоксидазы с (цитохромоксидаза 1, Со-1) и ген цитохрома b- (Cyt-b). В последние десятилетия эти гены наиболее популярны в молекулярной фплогенетике и < обычно , используются для анализа- на уровне вид-семейство (Johns. Avise, 1998; Hébert et al., 2004; Картавцев, Ли, 2006; Kartavtsev. 2009а, h).- ; ; • ' Таким образом, существующие проблемы в филогении ш систематике-камбалообразных рыб определили; цель данной работы ; - исследование: генетической изменчивости; филогенетических отношений и дивергенции камбалообразных рыб дальневосточных^ морей России на основё анализа нуклеотидных последовательностей генов Со-1 и Cyt-b: •

В соответствии с заявленной целью были поставлены следующие задачи:

1) определить первичные нуклеотидные последовательности (далее -последовательности) и нуклеотидный состав генов Со-1 и Cyt-b исследуемых представителей камбалообразных рыб;

2) выяснить, как ' соотносятся уровни внутри- и межвидовой дивергенции- у исследуемых представителей различных таксонов камбалообразных рыб;

3) провести реконструкцию филогенетических взаимоотношений исследуемых видов камбалообразных рыб с использованием в качестве молекулярных .маркеров генов Со-1 и Cyt-b]

4) провести сравнительный анализ филогении сем. камбаловые и других семейств, полученных с использованием различных митохондриальных маркеров и морфологических данных;

5) подтвердить или опровергнуть монофилетичность сем. Pleuronectidae; и его подсемейств;

6) уточнить таксономический статус видов рода Hippoglossoides- Н: robhstus, Н. elassodon wH: dubius.

Научная новизна. Впервые с помощью молекул ярно-филогенетических методов установлены эволюционные взаимосвязи между видами внутри сем. Pleuronectidae.

Уточнены уровни: внутри- и межвидовой! дивергенции исследуемых видов; Выдвинута гипотеза о преобладающем способе; видообразования; камбалообразных рыб. '

Установлен монофилетичный статус сем: Pleuronectidae и представленных в; исследовании'; подсемейств (Pleuronectinae, Hippoglossoidinae и- Hippoglossinae). Сделано оригинальное . предложение исключить трибу Microstomini из подсемейства Pleuronectinae.

Показана полифилетичность рода Limanda. Впервые: сделано предложение рассматривать виды, Limanda sakchalinensis и L. limanda как самостоятельные таксоны родового ранга в составе подсемейства Hippoglossoidinae.

Уточнена филогения рода Hippoglossoides. Рекомендована синонимизация выделенных ранее таксонов Hippoglossoides robusius и Н. elassodon со сведением их, согласно приоритету, к виду Hippoglossoides elassodon Jordan, Gilbert, 1880.

Теоретическая и практическая значимость работы.

Представленные , генетические маркеры Со-1 и Cyt-b могут быть применены для идентификации видов камбалообразных рыб в таксономических, эволюционных и рыбохозяйственных целях, а также использованы в Международном проекте по штрихкодированию рыб на основе ДНК, FishBOL (http://www.fishbol.org/).

Работа послужит основой для дальнейших исследований в области систематики и филогении сем. Pleuronectidae и в целом отряда Pleuronectiformes.

За время работы были определены и депонированы в международную базу данных (GenBank, NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) 132 нуклеотидные последовательности представителей сем. Pleuronectidae для двух генов мтДНК Со-1 и Cyt-b.

Апробация работы и публикации. Результаты работы были представлены на российских и международных конференциях: «Modern Achievements in population, Evolutionary and Ecological Genetics: International Symposium» (Владивосток - МБС «Восток», 2007), «Штрих-кодирование видов рыбРоссии на основе ДНК. Интеграция в глобальную программу FishBOL». Рабочее совещание (Владивосток, 2007), «Second International Barcode i of Life Conference» (Тайпей, Тайвань, 2007), «DNA Barcoding and Molecular Phylogenetics: The International Workshop» (Владивосток, 2007), «Школа-конференция молодых ученых «Секвенирование полных геномов»» (Иркутск, 2009), «Modern Achievements in Population, Evolutionary, and Ecological Genetics: International Symposium» (Владивосток — МБС «Восток», 2009), «The 2nd International workshop on DNA barcoding of Northeast Asian Fishes: Population, Species, and Phylogeny» (Сеул, Корея, 2010), на ежегодных конференциях Учреждения Российской академии наук Институте биологии моря им. A.B. Жирмунского ДВО РАН (Владивосток, 2008, 2009).

По материалам диссертации опубликовано 17 работ, из них 6 статей в рецензируемых международных и российских журналах; 4 входят в текущий список ВАК.

Личный вклад автора. Автором были собраны образцы камбалообразных рыб из залива Восток (Японское море), выделена ДНК, проведены ПНР реакции и реакции циклосеквенирования, разработаны специфические праймеры для гена Со-1 камбалообразных рыб, проведен анализ нуклеотидных последовательностей. Статистический анализ данных проводился с помощью научного руководителя.

Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, 5 глав, заключения, выводов, списка литературы и приложения. Работа изложена на 162 страницах, иллюстрирована 13 рисунками, содержит 5 таблиц и приложение с 5 таблицами. Список литературы содержит 149 наименований.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Шарина, Светлана Николаевна

выводы

1. На основании представленных данных по первичным последовательностям нуклеотидов двух отдельных генов Со-Г, Су1-Ь, а также по объединенным- данным для этих генов сем. Р1еигопеси<1ае следует считать монофилетичным. Монофилетичными являются и три других представленных в исследовании семейства: 8сорЬга1т1ёае? БоЫёае. и Суш^1о5з1с1ае, за исключением семейств РагаНсМЬутёае и СШ1апс1ае, которые были описаны ранее как полифилетичные.

2. Молекулярно-филогенетические данные, полученные по первичным последовательностям нуклеотидов генов Со-1 и С\Ч-Ь, показывают, что подсемейства Hippoglossoidinae и Hippoglossinae являются монофилетичными, подсемейство Р1ешхтес1:тае также можно считать монофилетичным, если исключить из него трибу МюгоБйтит и рассматривать род Ьергёорзейа в составе трибы Р1еигопес1нп. Таксономический статус ЫтапсЬ яаксЬаНпет'^ и ¿. Итапс1а остается не вполне ясным. Можно предложить ревизию этого таксона с приданием ему родового ранга.

3. Таксоны Hippoglossoides гоЬиМт и Н. е1аххоЛоп являются синонимами, с предпочтением к видовому названию Н. е\аязойоп. Положение Н. йиЫж требует уточнения.

4. Идентификация видов по индивидуальным последовательностям генов Со-1 и СуиЪ является высокоэффективной в силу низкой внутривидовой и высокой межвидовой изменчивости этих маркеров и может служить основой штрихкодирования видов (Ьап^^).

5. Значения /»-расстояний показывают возрастание уровня дивергенции с увеличением ранга таксона. Это позволяет сделать вывод, что среди представителей отряда камбалообразные преобладает географическая модель видообразования с накоплением случайных генетических изменений в течение длительного периода времени формирования подвидов, а затем видов и дальнейшей независимой эволюцией филетических линий.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В отличие от любых морфологических признаков, которые специфичны для каждой группы организмов, молекулярные признаки обладают универсальностью (есть у всех или у подавляющего большинства организмов и присутствуют на всех стадиях жизненного цикла). И в этом их особая привлекательность как для единой идентификкционной системы: ДНК-штрихкода, так и для построения единого древа жизни (Абрамсон, 2009). Основное преимущество молекулярных методов изучения изменчивости заключается в том, что они генерируют огромные наборы дискретных признаков, причем не только тех, которые находятся под давлением отбора, но и селективно нейтральных (Банникова, 2004).

На топологию получаемых филогенетических деревьев значительное влияние оказывает выбор молекулярного маркера (Абрамсон, 2007). Для данного исследования было выбрано два митохондриальных гена - это . ген Со-1, который широко используется в программе ДНК-штрихкодирования рыб (Hebert et al, 2003, 2005; Ward, 2005; Kartavtsev et al., 2008), и ген Cyt-b, который активно используется для оценки филогении рыб на внутри- и межродовом уровне, а также на уровне различных семейств и более крупных таксонов (Шедько, 2002; Банникова, 2004; Абрамсон, 2007, 2009; Kartavtsev et al., 2008).

Последовательности этих двух генов были включены в анализ, как по отдельности, так и объединены для повышения достоверности полученных топологий (Банникова, 2004).

Анализ нуклеотидного состава, выполненный для генов Со-1, Cyt-b, показал отклонение от пропорции 1:1:1:1 и отклонение в соотношении (Т+С):(А+Т). что хорошо описано в литературе для многих белок-кодирующих генов (Kim et al., 2004). В представленном исследовании это отклонение хорошо документировано статистически.

Оценка ¿»-расстояний для различных этапов эволюционной истории показала увеличение нуклеотидного разнообразия с возрастанием ранга таксона по данным для нуклеотидных последовательностей генов Со-1 и Cyt-b. Выявляются также различия .между самими генами в степени дивергенции на четырех проанализированных уровнях, хотя суммарные средние расстояния по двум генам статистически значимо не отличаются. Таким образом, полученные результаты согласуются с многочисленными литературными данными о разной скорости эволюции этих и других генов, их различных участков и неоднородности темпов эволюции (Картавцев, Ли, 2006; Li, 1997; Абрамсон, 2009)

Известно, что таксоны высшего ранга существуют дольше, чем таксоны бол-зе низкого ранга (Simpson, 1961; Nei, 1987). Таксономисты, за редким исключением, согласны с тем, что высшие таксоны (более или менее крупные группировки видов) представляют собой результат эволюционной дивергенции (изменений в ходе филогенеза) (Майр, 1971). Таким образом, учитывая оценки между внутривидовым и межвидовым уровнями, можно объяснить эти данные, как характеризующие определенную модель видообразования. В частности, данные по ^-расстояниям позволяют сделать вывод, что среди представителей отряда камбалообразные преобладает географическая модель видообразования с накоплением случайных генетических изменений в течение длительного периода времени формирования подвидов, а затем видов и дальнейшей независимой эволюцией линий (Dobzhansky, 1955; Ayala et al., 1974; Bush, 1975; Templeton, 1981; Mayr, 1982; King, 1993, Harrison, 1998).

Один из центральных постулатов филогеографии состоит в том, что внутривидовые монофилетичные группировки (ветви), разделенные значительными генетическими расстояниями, как правило, возникают в результате длительных внешних (биогеографическнх) преград свободному потоку генов между популяциями (Avise et al., 1987). Ряд таких факторов, как подразделение популяций вида географическими преградами, расширение ареала и расселение, оказывают непосредственное влияние на характер внутривидовой генетической изменчивости (Абрамсон, 2007). Генетические различия приобретаются постепенно, в сформированных изолированных популяциях или их группах. В дальнейшем процесс дивергенции продолжается, диверсифицируются полувиды, близнецовые виды, роды и т.д. Таким образом, чем больше времени прошло с момента изоляции, тем большие генетические расстояния приобретаются между соответствующими таксонами (Картавцев, Ли, 2006). Представленные сравнительные данные по первичным последовательностям генов Со-1, Cyt-b и белковым маркерам позволяют твердо говорить о реализации этого процесса до уровня семейства (Картавцев, Ли, 2006) и даже отряда (Kartavtsev et ai., 2009а, b).

Одно из наиболее серьезных возражений против использования генетической дивергенции для определения видовых границ у разных 1 таксонов состоит в том, что длительная изоляция близкородственных групп, индикатором которой' служит величина дивергенции или /»-расстояния, сама по себе не является обязательным условием (а только предпосылкой) образования новых видов (Ferguson, 2002).

Анализ филогенетических отношений выполнен на основании генных деревьев. Представленные деревья показали' следующие принципиальные свойства: (1) обособленное положение таксонов внешней группы, (2) разделение на кластеры, включающие отдельные семейства Pleuronectiformes, и (3) разделение на отдельные подсемейства внутри Pleuronectidae, (4) наличие кластеров, которые представляют различные роды, (5) существование кластеров, объединяющих особей одного вида в пределах одного рода.

В качестве внешней группы для исследуемых камбалообразных использовали представителей отряда трескообразные (Gadiformes). Это связано с тем, что сестринская группа для Pleuronectiformes остается не выясненной, а их происхождение от Perci formes подвергается сомнению. Трескообразные показывают хорошее разрешение на построенных деревьях, формируя обособленный кластер.

Все деревья, построенные по трем различным наборам данных (гены Со-1, Cyt-b и объединенные последовательности), показывают, что семейства, представленные в работе, формируют монофилетичные ветви. Однако достоверно можно говорить только о монофилетичности сем. PIeuronectid£2, что'хорошо поддерживается данными по генам Со-1, Cyt-b, 12S- и 16S рРНК и морфологическим исследованием филогении (Cooper, Chapleau, 1998):

Все представители сем. Pleuronectidae формируют монофилетичные ветви. Основные представители подсемейств Hippoglossoidinae, Hippoglossinae собраны в обособленные кластеры. Подсемейство Pleuronectinae также можно считать монофилетичным, если исключить из него трибу Microstomini и рассматривать род Lepidopsetta в составе трибы Pleuronectini.

Полученные молекулярно-филогене'шческие данные поддерживают монофилию большинства родов сем. Pleuronectidae. Однако филогения представителей родов внутри семейства, особенно внутри подсемейства Pleuronectini остается неясной и требует дальнейшего исследования.

Род Pseudopleuronectes. На дереве, построенном по последовательностям гена Со-1 вид P. yokohamae формирует полифилетичный кластер с видами P. obscurus и P. herzensteini. На деревьях, построенных на основании гена Cyt-b и объединенных последовательностей эти виды объединены в монофилетичную группу (хотя кластеризация видов внутри груты отличается). Однако принадлежность этих видов к одному роду согласуется с последней таксономической ревизией, основанной на морфо-анатомических критериях Купера и Чаплау (Cooper, Chapleau, 1998), на особенностях строения сейсмосенсорной системы (Воронина, Евсеенко, 2001; Винников, 2007) и на сравнении электрофоретических спектров белков (Коваль, Богданов, 1982), а также с результатами сравнительного изучения морфологии икринок, эмбрионального и постэмбрионального развития личинок и предличинок дальневосточных камбал (Перцева-Остроумова, 1961)

Род Limanda. монофилия этого рода не была подтверждена, как и в сравнительном анатомическом исследовании Купера и Чаплау (Cooper, Chaplean, 1998) что может свидетельствовать о целесообразности дальнейшего подробного исследования этого таксона.

Валидность остальных представленных в исследовании родов сем. Pleuronectidae полностью поддерживается нашими данными.

Отдельные кластеры формируют практически все последовательности, принадлежащие к одному роду, и все особи, принадлежащие к одному виду также кластеризуются отдельно, за исключением видов Hippoglossoides robustus, Н. elassodon, Н. dubius, составляющих один объединенный кластер. На основании данных представленных в анализе виды Hippoglossoides elassodon и Н. robustus следует рассматривать как синонимы (Винников, 2006; Kartavtsev et al., 2007). Это предположение согласуется и с морфологическими данными (Ivankov et al., 2002; Картавцев и др., 2002; Vinnikov, 2003). По первоописанию предпочтение следует отдать видовому названию//, elassodon (Jordan, Gilbert, 1880).

В дальнейшем необходим анализ новых видов и больших геномных участков. Это даст лучшее понимание взаимоотношений среди различных таксонов камбал.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Шарина, Светлана Николаевна, 2010 год

1. Абрамсон Н.И. Филогеография: июги, проблемы, перспективы // Вестник ВОГиС. 2007. Т. 11, № 2. С. 307 331.

2. Абрамсон Н.И. Молекулярные маркеры, филогеография и поиск критерия разграничения видов // Труды Зоологического института РАН, Приложение № 1. 2009. С. 185 198.

3. Андрияшев А.П. Рыбы северных морей СССР. Определитель по фауне СССР. М.; Л.: Издательство АН СССР. 1954. 666 с.

4. Банникова A.A. Молекулярные маркеры и современная филогенетика млекопитающих // Журнал Общей биологии. 2004. Т. 65, №4. С.278 305.

5. Винников К.А., Иванков В.Н., Питрук Д.Л. Таксономический статус японской лиманды Pseudopleuronectes yokohamae и лиманды Шренка Р. schrenki (Pleuronectidae, по: Cooper, Chapleau, 1998) // Вопросы ихтиологии. 2006. Т. 46, № 3. С. 316 325.

6. Винников К.А., Иванков В.Н., Питрук Д.Л. Таксономические отношения трех видов камбал подсемейства Pleuronectinae Японского моря // Биология моря. 2007. Т. 33, № 2. С. 125 135.

7. Воронина Е.П. Особенности строения сейсмосенсорной системынекоторых представиелей семейства Pleuronectidae. Сообщение 1 // Вопросы ихтиологии. 2002. Т. 42, №5. С. 581 590.

8. Воронина Е.П., Евсеенко С.А. Морфология и систематика камбал рода »1.opsetta (sensu Norman, 1934) (Pleuronectidae, sensu Chapleau, Keast, 1988) // Вопросы ихтиологии. 2001. Т. 41, № 4. С. 442 454.

9. Гафуров Ю.М. Дезоксирибонуклеазы. Методы исследования и свойства. Владивосток. Дальнаука. 1999. 230 с.

10. Гречко В.В. Молекулярные маркеры ДНК в изучении филогении и систематики // Генетика. 2002. Т. 38, № 8. С. 1013 1033.

11. Картавцев Ю.Ф. Молекулярная эволюция и популяционная генетика: учебное пособие. Владивосток: Издательство Дальневосточного университета. 2005. 234 с.

12. Картавцев Ю.Ф. Молекулярная эволюция и популяционная генетика: учебное пособие / Ю.Ф. Картавцев. 2-е изд. Владивосток: Издательство Дальневосточного университета. 2009. 280 с.

13. Картавцев Ю.Ф., Ли Ж.-С. Анализ нуклеотидного разнообразия по генам цитохрома b и цитохромоксидазы 1 на популяционном, видовом и родовом уровнях // Генетика. 2006. Т. 42. № 4. С. 427-461.

14. Картавцев Ю.Ф., Свиридов В.В, Ханзава Н., Сазаки Т. Генетическая дивергенция видов дальневосточных красноперок рода Tribolodon (Pisces, Cyprinidae) ц близких таксонов // Генетика. 2002. Т. 38, № 9. С. 1 -14.

15. Коваль Е.З., Богданов Л.В. Строение электрофоретических спектров белков у разных видов дальневосточных камбал (Pleuronectiformes, Pleuronectidae)//Вопросы ихтиологии. 1982. Т. 22, вып. 4. С. 679-685.

16. Линдберг Г.У., Федоров В.В. Рыбы Японского моря и сопредельных частей Охотского и Желтого морей. Ч. 6. Teleostomi. Osteichthyes. Actinopterygii. XXXI. Pleuronectiformes. СПб.: Наука. 1993. 272 с.

17. Лукашов В.В. Молекулярная эволюция и филгенетический анализ. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 2009. 256 с.

18. Любецкий В.А., Горбунов К.Ю., Вьюгин В.В., Русин Л.Ю. Удалениешума в множественном выравнивании белковых последовательностей // Информационные процессы. 2005. Т. 5, № 5. С. 380 391.

19. Майр Э. Принципы зоологической систематики. М.: Мир. 1971. 454 с.

20. Майр Э., Линсли Э., Юзингер Р. Методы и принципы зоологической систематики. М.: Иностр. лит. 1956. 352 с.

21. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: Пер. с англ./ Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. М.: Мир. 1984. 480 с.

22. Перцева-Остроумова Т.А. Размножение и развитие дальневосточных камбал. М.: Изд-во АН СССР, 1961. 484 с.

23. Расе Т.С. О таксономии малоротых камбал (Pleuronectidae, Pleuronectini) // Вопросы ихтиологии. 1996. Т. 36, № 4. С. 569 571.

24. Солдатов В.К., Линдберг Г.У. Обзор рыб дальневосточных морей // Известия ТИНРО. 1930. Т. 5, XLVIII. 576 с.

25. Таранец А .Я. Краткий определитель рыб советского Дальнего востока и прилежащих вод // Известия ТИНРО. 1937. Т. 11. 200 с.

26. Фадеев Н.С. Распространение и систематика тихоокеанских палтусовидных камбал рода Hippoglossoides // Известия ТИНРО. 1978. Т. 102. С. 3-18.

27. Шарина С.Н., Картавцев Ю.Ф. Филогенетический анализ камбал (Teleostei, Pleuronectiformes) основанный на исследовании нуклеотидных последовательностей гена цитохромоксидазы 1 (Со-1) // Генетика. 2010. Т. 46, № 3. С. 4Э1-407.

28. Шедько C.B. Филогения митохондриальной ДНК лососевых рыб подсемейства Salmoninae: анализ последовательностей гена цитохрома b II Генетика. 2002. Т. 38, № 3. С. 357 367.

29. Ahlstrom E.H., Amaoka К., Hensley D.A., Moser H.G., Sumida B.Y. Pleuronectiformes: development. In: Moser H.G., Cohen D.M., Fahay M.P., Kendall A.W. Jr, Richardson S.L. (eds). Ontogeny and systematics of fishes.

30. Special publication 1. American Society of Ichthyologists and Herpetologists, Lawrence, KS. 1984. P. 640-670.

31. Amaoka K. Studies on the sinistral flounders found in the waters around Japan. Taxonomy, anatomy and phylogeny // Journal of the Shimonoseki University of Fisheries. 1969. Vol. 18. P. 65 310.

32. Attardi G. Animal mitochondrial DNA: an extreme example of genetic economy // International Review of Cytology. 1985. Vol. 93. P. 93 145.

33. Avise J.C. Phylogeography. The history and formation of species. Harvard University Press, 2000. 447 p.

34. Avise, J.C., Walker D. Species realities and numbers in sexual vertebrates: Perspectives from an asexually transmitted genome // Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 1999. Vol. 96. P. 992 995.

35. Ayala F.J., Tracey M.L., Hedgecock D., Richmond R.C. Genetic differentiation during the spetiation process in Drosophila // Evolution. 1974. Vol. 28. P. 576-592.

36. Azevedo M.F.C., Olivera C., Pardo B.G., Martinez P., Foresti F. Phylogenetic analysis of the order Pleuronectiformes (Teleostei) based on sequences of 12S and 16S mitochondrial genes // Genetics and Molecular Biology. 2008. Vol. 31. P. 284-292.

37. Berendzen P.B., Dimmick W.W. Phylogenetic relationships of Pleuronectiformes based on molecular evidence // Copeia. 2002. Vol. 3. P. 642652.

38. Birky C.W. The inheritance of genes in mitochondria and chloroplasts: laws, mechanisms, and models // Annual Review of Genetics. 2001. Vol. 35. P. 125148.

39. Brown W.M., George M. Jr., Wilson A.C. Rapid evolution of animalmitochondrial DNA // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1979. Vol. 76. P. 1967 1971.

40. Bush G.L. Modes of animal speciation // Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics. 1975. Vol. 6. P. 339 364.

41. Chabanaud P. Le probleme de la phylogenese des Heterosomata // Bulletin of the Institute of Oceanography and Fisheries. (Monaco). 1949. Vol. 950. P. 1 -24.

42. Chapleau F. Pleuronectiform relationships: A cladistic reassessment // Bulletin of Marine Science. // 1993. Vol. 52. P. 516 540.

43. Chapleau F., Keast A. A phylogenetic reassessment of the monophyletic status of the family Soleidae, with notes on the suborder Soleoidei // Canadian Journal of Zoology. 1988. Vol. 66. P. 2797 2810.

44. Cooper J.A., Chapleau F. Monophyly and intrarelationships of the family Pleuronectidae (Pleuronectiformes), with a revised classification // Fishery Bulletin. 1998. Vol. 96. P. 686-726.

45. Dobzhansky Th. Evolution, genetics and man. Wiley and Chapman & Hall, New York, London. 1955. 398 p.

46. Eschmeyer W.H. Catalog of the genera of recent fishes. California Academy of Sciences. San Francisco. 1990. 700 p.

47. Eschmeyer W.N. Catalog of Fishes. California Academy of Sciences, San Francisco. 1998. 2905 pp.

48. Eschmeyer W.H., Herald E.S. A field guide to Pacific coast fishes of North America from the Gulf of Alaska to Baja California. The Peterson Field Guide Ser. N28, XII. 1983. 336 p.

49. Eyre-Walker A., Smith N. H., Maynard Smith, J. How clonal are human mitochondria? // Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 1999. Vol. 266. P. 477-483.

50. Felsenstein J. Cases in which parsimony or compatibility methods will be positively misleading // Systematic Zoology. 1978. Vol. 27. P. 401 410.

51. Felsenstein J. Inferring phylogenies. Sanderland, Massachusetts: Sinauer Associates Inc. 2004. 664 p.

52. Ferguson J.W.H. On the use of genetic divergence for identifying species // Biological Journal of the Linnean Society. 2002. Vol. 75. P. 509 516.

53. Froese R., Pauly D. Editors. FishBase. World Wide Web electronic publication. 2010. www.fishbase.org, version (05/2010).

54. Gill T. Synopsis of the pleuronectoids of the eastrn coast of North America //Proceedings of the Academy of Natural Sciences of Philadelphia. 1864. № l.P. 214-224.

55. Hall B. Phylogenetic trees made easy. A how-to manual for molecular biologists. Sinauer Associates, Inc., Sunderland. 2001. 179 p.

56. Harrison R.G. Linking evolutionary patter and process: the relevance of species concept for the study of speciation. In: Howard D.J., Berlocher S.H. (eds) Endless forms: species and speciation. Oxford University Press, Oxford. 1998. P. 19-31.

57. Hasegawa M., Kishino H., Yano T. Dating of the humanape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA // Journal of Molecular Evolution. 1985. Vol. 22. P. 160- 174.

58. Hasegawa M., Kishino H. Accuracies of the simple methods for estimating the bootstrap probability of a maximum-likelihood tree // Molecular Biology and Evolution. 1994. Vol. 11,№ 1. P. 142- 145.

59. Hayashi S., Kondoh H., Yasuda K., Soma G., Ikawa Y., Okada T.S. Tissue-specific regulation of a chicken 8-crystallin gene in mouse cells: nvolvement of the 5' end region'// European Molecular Biology Organization. 1985. Vol. 4. P. 2201 -2207.

60. Hebert P.D.N., Cywinska A., Ball S.L., de Waard J.R. Biological identifications through DNA barcodes // Proceedings of Royal Society, London, B: Biological Sciences. 2003. Vol. 270. P. 313 321.

61. Hebert P.D.N., Givinska A., Ball S.L., de Waard J.A. Biological dentification through DNA barcodes // Proceedings of Royal Society, London. 2002a. Vol. 270 (1512). P. 02PB0653.1 -02PB0653.9.

62. Hebert P.D.N., Ratnasingham S., deWaard J.A. Barcoding animal life:cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely rtelated spesies //i

63. Proceedings of Royal Society, London. 2002b. Vol. 270. (1512). P. 03BL0066.S1-03BL0066.S4.

64. Hebert P.D., Stoeckle M.Y., Zemlak T.S., Francis C.M. Identification of birds through DNA barcodes // PLoS Biology. 2004. Vol. 2. P. 312.

65. Hendy M.D., Penny D. A framework for the quantitative study of evolutionary trees // Systematic Zoology 1989. Vol. 38. P. 297 309.

66. Hillis D.M. Inferring complex phylogenies //Nature. 1996. Vol. 383. P. 130- 131.

67. Hilis D.M. Taxonimic sampling, phylogenetic accuracy, and investigator bias // Systems Biology. 1998. Vol. 47. P. 3 8.

68. Hoshino K., Amaoka K. Osteology of the flounder, Tephrinectes sinensis (Lacepede) (Teleostei, Pleuronectiformes), with comments on its relationships // Ichthyological Research. 1998. Vol. 45. P. 69 77.

69. Hubhs C.L. Flounders and soles from Japan collected by the United States i

70. Bureau of fisheries steamer "Albatross" in 1906 // Proceedings of the United States National Museum. 1915. Vol. 48. № 2082. P. 449 496.

71. Hubbs C.L. Phylogenetic position of the Citharidae, a family of flatfishes // Miscellaneous Publications Museum of Zoology University of Michigan. 1945. Vol. 63. P. 1-38.

72. Jin L., Nei M. Limitations of the evolutionary parsimony method of phylogenetic analysis // Molecular Biology and Evolution. 1990. Vol. 7. P. 82 -102.

73. Johns D.R. Mitochondrial DNA and disease // The New England journal of medicine. 1995. P. 638 644.

74. Johns G.C., Avise J.C. A comparative summary of genetic distances in the vertebrates from the mitochondrial cytochrome b gene // Molecular Biology and Evolution. 1998. Vol. 15. P. 1481-1490.

75. Jukes T.H. Cantor C.R. Evolution of protein molecules. In: Mammalian protein metabolism. 1969. P. 21 123. Edited by Munro, H.N. New York, USA: Academic Press.

76. Kartavtsev 1 Y.P., Sharina S.N., Goto T.,. Rutenko O.A., Zemnukhov V.V., Semenchenko A.A., Pitrukl D.L., Hanzawa N. Molecular phylogenetics of pricklebacks and other percoid fishes from the Sea of Japan // Aquatic Biology. 2009a. Vol. 8. P. 95-103.

77. Kim I-C., Kweon H-S., Kim Y.J., Kim C-B, Gye M.C., Lee W-O., Lee Y-S., Lee J-S. The complete mitochondrial genome of the javeline goby Acanthogobius hasta (Perciformes, Gobiidae) and phylogenetic considerations // Gene. 2004. Vol. 336.-P. 147- 153.

78. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studues of nucleotide sequences // Journal of Molecular Evolution. 1980. Vol. 16. P. 111 120.

79. King M. Species evolution: the role of chromosome change. Cambridge University Press, Cambridge. 1993. 336 p.

80. Knowlton N. Molecular genetic analyses of species boundaries in the sea // Hydrobiologia. 2000. Vol. 420. P. 73 90.

81. Miya M., Saitoh K., Wood R., Nishida M., Mayden R.L. New primers for amplifying and sequencing the mitochondrial ND4/ND5 gene region of the Cypriniformes (Actinopterygii: Osteriophysi) // Ichthyological Research. 2006. P. 75-81.

82. Mayr E. Process of speciation in animals. In: Barigozzi C. (ed) Mechanisms of speciation. Alan R. Liss, New York. 1982. P. 1 20.

83. Naylor G., Brown W. Amphioxus mtDNA, chordate phylogeny, and the limits of inference based on comparisons of sequences // Systems Biology. 1998. Vol. 47. P. 61-76.

84. Naylor G.J., Collins T.M., Brown W.M. Hydrophobicity and phylogeny // Nature. 1996. Vol. 373. P. 565 566.

85. Nei M. Molecular evolutionary genetics. Columbia University Press, New York. 1987. 512 p.

86. Nei M., Kumar S. Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University Press, New York. 2000. 333 p.

87. Nelson J.S. Fishes of the world. Second Edition. New York. Wiley and1. Sons. 1984. 523 p.

88. Nelson J.S. Fishes of the world. 4th ed. Wiley, New York. 2006. 601 p. Nielsen J.G. Pleuronectidae. Fishes of the north-eastern Atlantic and the Mediterranean. V. III. UNESCO. Paris. 1986. P. 1299 1317.

89. Norman J.R. A systematic monograph of the flatfishes (Heterosomata). V. 1. Psettodidae, Bothidae, Pleuronectidae, British museum (Natural History), London. 1934. 459 p.

90. Page R.D.M. TREEVIEW: an application to display phylogenetic trees on personal computers // Cabios Applications Note. 1996. Vol.12, № 4. P.357 358.

91. Pesole G., Sbisa E., Preparata G., Saccone C. The evolution of the mitochondrial D-loop region and the origin of modern man // Molecular Biology and Evolution. 1992. Vol. 9, № 4. P. 587-598.

92. Posada D., Grandal K.A. MODELTEST: testing the model DNAsubstitution//Bioinformatics. 1998. Vol. 14. P. 817-818.i

93. Ratnasingham S., Hebert P.D.N. BOLD: The Barcode of Life Data System (www.barcodinglife.org) // Molecular Ecology Notes. 2007. P. 1-10.

94. Regan C.T. The origin and evolution of the teleostean fishes of the order Heterostomata // Annals and Magazine of Natural History. 1910. Vol. 8, № 6. P. 484-496.

95. Regan C.T. Fishes. Article in Encyclopaedia Britannica, 14th ed. 1929. Vol. 19. P. 324-325.

96. Robins C.R., Ray G.C. A field guide to Atlantic coast fishes of North America. The Peterson Field Guide Ser. N 32, XII. 1986. 354 p.

97. Russo C.A.M., Takezaki N., Nei M. Efficiencies of different genes and different tree-building methods in recovering a known vertebrate phylogeny // Molecular Biology and Evolution. 1996. Vol. 13, № 3. P.525 536.

98. Sakamoto K. Interrelationships of the family Pleuronectidae (Pisces: Pleuronectiformes) // Memoirs of the Faculty of Fisheries, Hokkaido University. 1984. Vol. 31, № 1, 2. P. 95 215.

99. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. N.Y.: Cold Spring Harbor Lab. Press. 1989. 1626 p.

100. Showers C.P. Complete mitochondrial genomes and eutherian evolution // Journal of Mammalian Evolution. 2002. Vol. 9, № 4. P. 281 305.

101. Simpson G.G. Principles of animal taxonomy. The species and lower categories. Columbia University Press, NY. 1961.

102. StatSoft, Inc. STATISTICA (data analysis software system), version 6. www.statsoft.com. 2001.

103. Swofford D.L. PAUP*. Phylogenetic analysis using parsimony (*and other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts. 2002. 144 p.

104. Swofford D.L., Olsen G.J., Waddel P.J., Hillis D.M. Phylogenetic inference, molecular systematics. Hillis D.M., Moritz C., Mable B. (Eds.). Sunderland, Mass.: Sinauer Ass. 1996. P. 407-514.

105. Tajima F., Nei M. Estimation of evolutionary distance between nucleotide sequences // Molecular Biology and Evolution. 1984. Vol. 1. P. 269 — 285.

106. Tamura K. Estimation of the number of nucleotide substitutions when there are strong transition-transversion and G+C-content biases // Molecular Biology and Evolution. 1992. Vol. 9. P. 687 687.

107. Tamura K., Dudley J., Nei M, Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 // Molecular Biology and Evolution. 2007. Vol. 24, № 8. P. 1596-1599.

108. Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitution in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees // Molecular Biology and Evolution. 1993. Vol. 10. P. 512 526.

109. Templeton A.R. Mechanisms of speciation population genetic approach // Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics. 1981. Vol. 12. P. 23 - 48.

110. Ursing B., Arnason U. Analyses of mitochondrial genomes strongly support hippopotamus whale clade // Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 1998. Vol. 265. P. 2251 2255.

111. Uzzel T., Corbin K.W. Fitting discrete probability distributions to evolutionary events // Science. 1971. Vol. 172. P. 1089 1096.

112. Vernau O., Moreau C., Catzeflis F.M., Renaud F. Phylogeny of flatfishes (Pleuronectiformes): comparisons and contradictions of molecular and morpho-anatomical data // Journal of Fish Biology. 1994. Vol. 45. P. 685 696.

113. Wakeley J. Substitution rate variation among sites in hypervariable region 1 of human mitochondrial DNA // Journal of Molecular Evolution. 1993. Vol. 37. P. 613-623.

114. Wallace D.C. Diseas of the mitochondrial-DNA // Annual Review of Biochemistry. 1992. Vol. 61. P. 1175 1212.

115. Ward R.D., Zemlak T.S., Innes B.H., Last P.A., Hebert P.D.N. DNA barcoding Australia fish species // Philosophical Transactions of the Royal Society of London B. 2005. Vol. 360. P. 1847-1857.

116. Yusa T. Eggs and larvae of flatfish in the coastal waters of Hokkaido. 2. Early development of the flatfish Lepidopsetta mochigarei Snyder // Bulletin of the Hokkaido Regional Fisheries. Research Lab. 1957, № 15. P. 15 21.

117. Zharkikh A., Li W.H. Statistical properties of bootstrap estimation of phylogenetic variability from nucleotide sequences. I. Four taxa with molecular clock // Molecular Biology and Evolution. 1992a. Vol. 9. P. 1119-1147.

118. Zharkikh A., Li W.H. Statistical properties of bootstrap estimation of phylogenetic variability from nucleotide sequences. II. Four taxa without molecular clock //Molecular Biology and Evolution. 1992b. Vol. 35. P. 356 366.