Моделирование взаимодействия кофеина с нуклеиновыми кислотами методом молекулярной механики тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат физико-математических наук Грохлина, Татьяна Ивановна

• Грохлина, Татьяна Ивановна
• кандидат физико-математических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Грохлина, Татьяна Ивановна

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРНЫХ ДАННЫХ.

1.1 Нуклеиновые кислоты, их структура, функции, значение.

1.2. Кофеин, его биологическое действие н физические свойства.

1.2.1. «Прямые» действия кофеина.

1.2.2. «Побочные» действия кофеина.

1.2.3. Взаимодействие кофеина с нуклеиновыми кислотами.

1.2.4. Самоассоциации молекул кофеина.

1.2.5. Гетероассоциации кофеина с другими молекулами.

1.3. Взаимолействие ДНК с биологически активными соединениями.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Моделирование взаимодействия кофеина с нуклеиновыми кислотами методом молекулярной механики»

ДНК взаимодействует со многими веществами, например, лекарственными препаратами, канцерогенами, мутагенами, и изменения в ее структуре, возникающие при таких взаимодействиях, могут существенным образом сказываться на ее функционировании, оказывать влияние на клеточный метаболизм. Вместе с тем, исследования взаимодействий ДНК с низкомолекулярными соединениями способны объяснить особенности ее структуры и функций, а также помочь в направленном синтезе новых лекарственных препаратов.

Одним из веществ, способных связываться с ДНК и влиять на процессы, происходящие с участием нуклеиновых кислот, является кофеин. Интерес к нему возник прежде всего в связи с его широчайшим распространением: он присутствует в наиболее популярных напитках - кофе, чае, какао; он и родственные ему соединения входят в состав многих лекарств, причем не только тех, которые доступны при наличии рецепта, но и таких, которые находятся в свободной продаже, поскольку усиливают действие аспирина и других анальгетиков. По оценкам специалистов кофеин является наиболее употребляемым лекарством в мире. Это стимулятор центральной нервной системы, сердечной деятельности, он регулирует кровяное давление, повышает работоспособность и концентрацию внимания, снимает усталость. Результаты исследований говорят о том, что очень небольшое количество кофеина достаточно для того, чтобы сохранять повышенную концентрацию внимания на протяжении нескольких часов. Такие явные эффекты кофеина известны достаточно давно и хорошо изучены.

Однако известно, что кофеин влияет на внутриклеточные процессы, взаимодействуя с биополимерами и вызывая скрытые изменения, проявляющиеся не сразу, а по истечении достаточно долгого времени. Накопленные данные свидетельствуют о том, что кофеин защищает от некоторых видов рака [Piosik et al, 2002], в разных условиях может являться мутагеном [Kuhlmann et al, 1968], антимутагеном, ингибитором репарации ДЫК [Selby and Sancar, 1990; Nehlig and Debry, 1994], а также влияет на взаимодействие ДНК с другими биологически активными веществами: снижает токсичность канцерогенных соединений и уменьшает эффективность некоторых лекарств. Полагают, что такая биологическая активность кофеина связана с его способностью взаимодействовать с ДНК. Его влияние на функционирование ДНК и, в частности, на взаимодействие ее с другими биологически активными веществами, объясняется [Larsen et al., 1996; Davies et al, 2001; Piosik et al, 2002] тем, что молекула кофеина способна, с одной стороны, образовывать комплексы с другими агентами: исследования комплексов ДНК-лиганд различными методами показывают снижение их концентрации в присутствии кофеина [Lyles and Cameron, 2002; Johnson et al, 2003]. С другой стороны, кофеин может взаимодействовать непосредственно с ДНК, конкурируя с другими лигандами за места связывания [Traganos et al., 1991; Davies et al, 2001]. В первом случае говорят о действии кофеина в качестве интерцептора - «перехватчика» молекул лигандов [Traganos et al, 1991; Larsen et al, 1996], во втором -протектора ДНК [Davies et al, 2001].

Несмотря на то внимание, которое уделяется кофеину и его аналогам в исследовательских работах и обзорах, систематических исследований его взаимодействий с биомолекулами не существует, и молекулярные механизмы его действия изучены пока слабо.

Вместе с тем, теоретические расчеты дают возможность рассмотреть способы связывания молекулы кофеина с фрагментами нуклеиновых кислот, построить детальные молекулярные модели таких комплексов. Это, при сопоставлении с экспериментальными данными, может помочь объяснить механизмы влияния кофеина на процессы, протекающие внутри клетки с участием ДНК, понять пути его влияния на стабильность генома.

Методом исследования в данной работе выбран метод молекулярной механики, наиболее быстрый и простой метод компьютерного моделирования, широко применяемый для построения структур биомолекул и изучения механизмов наиболее важных биологических процессов. С его помощью можно получить значения потенциальной энергии связывания, минимумы которой соответствуют устойчивым взаимным положениям молекул. Эти значения сравниваются со значениями энтальпии, полученными экспериментальным путем. При хорошем соответствии результатов расчетов экспериментальным данным на модельных системах метод можно использовать для изучения подобных систем, для которых экспериментальных данных нет.

Таким образом, целью работы являлось изучение взаимодействия кофеина с нуклеиновыми кислотами и построение атомно-молекулярных моделей его комплексов с компонентами и фрагментами нуклеиновых кислот для понимания молекулярных механизмов действия кофеина на функционирование ДНК.

Среди задач, возникших и решенных в процессе работы, можно выделить следующие:

1. уточнение параметров атом-атомпых потенциальных функций для расчетов энергии взаимодействия между азотистыми основаниями нуклеиновых кислот и оснований с родственными соединениями.

2. расчет энергии взаимодействия кофеина с азотистыми основаниями нуклеиновых кислот и поиск низкоэнергетических комплексов основание - кофеин с использованием метода молекулярной механики.

3. построение пространственных моделей возможных комплексов кофеина с фрагментами двойной спирали ДНК на основе расчета потенциальной энергии взаимодействия и поиска ее минимумов.

В работе были уточнены по новым экспериментальным данным параметры потенциальных функций для расчетов энергии взаимодействия нуклеиновых кислот и их надмолекулярных комплексов. Использование этих параметров при изучении взаимодействия оснований нуклеиновых кислот позволило, наряду с уже известными низкоэнергетическими структурами -стэкинг-комплексами и комплексам с положением молекул в одной плоскости,- впервые обнаружить новый тип минимумов энергии взаимодействия и предсказать возможность положения оснований в почти перпендикулярных плоскостях.

Известно, что в водных растворах кофеин образует стэкинг-ассоциаты - димеры и агрегаты более высокого порядка. На это указывает наличие химических сдвигов протонов в ЯМР-эксперименте [Falk et al., 1998; Davies et al, 2001]. Однако детальная геометрия димеров - не вполне ясна. В работах [Thakkar et al., 1970; Thakkar et al., 1971; Kikkert et al, 1973; Fritzsche et al, 1980; Kan et al, 1980; Yanuka et al, 1986] предложены различные структуры димеров. Возможность использования новых данных позволила нам провести собственные расчеты самоассоциации, найти минимумы энергии взаимодействия между молекулами кофеина, выявить пути переходов от одной низкоэнергетической структуры к другой и предположить какие структуры наиболее часто встречаются в водной среде.

В научной литературе нет работ, связанных с проведением систематических расчетов взаимодействия компонентов ДНК с кофеином и построением атомно-молекулярных моделей комплексов кофеин-ДНК. Поэтому наше исследование связывания фрагментов ДНК с кофеином началось с изучения возможных взаимных положений при взаимодействии азотистых оснований с кофеином.

Для каждого из оснований и комплементарных пар получены низкоэнергетические структуры всех трех типов, соответствующие стэкинг-комплексам, положению компонентов комплексов в одной плоскости и в перпендикулярных плоскостях.

Возможности встраивания кофеина в малый и большой желоба двойной спирали ДНК показаны на примере фрагмента дуплекса d(GACATGTC). Низкоэнергетическая конформация этого дуплекса была найдена методом молекулярной механики с помощью программы CONAN [Nesterova et al., 1997] с использованием результатов исследования его методом Я MP (двумерные спектры ЯЭО). По результатам расчетов построены атомно-молекулярные модели полученных комплексов.

Полученные результаты имеют значение для понимания действия кофеина на генетические процессы и объяснения его влияния на взаимодействие биологически активных веществ с ДНК. С помощью построенных атомно-молекулярных моделей комплексов кофеин-ДНК можно планировать эксперимент с тем, чтобы направленно получать данные, необходимые для более полного понимания механизма действия кофеина.

Результаты исследования самоассоциации молекул кофеина, проведенные в процессе работы, в сопоставлении с экспериментальными данными позволили развить и обобщить ранее изученные способы образования комплексов кофеина.

По теме диссертации опубликовано 7 статей [Poltev and Grokhlina, 2002; Полтев и др., 2002; Poltev et al., 2003; Грохлина и др., 2003; Poltev et al., 2004; Грохлина и др., 2005; Deriabina etal., 2006].

Результаты диссертационной работы докладывались на международных конференциях QUITEL-2002 (Монтевидео, Уругвай), ChiTEL-2003 (Маракеш, Марокко), QUITEL-2005 (о. Маргарита, Венесуэла), на III съезде биофизиков России (Воронеж, 2004), а также на семинарах ИМПБ РАН и ИТЭБ РАН (секция молекулярной биофизики).

Диссертационная работа состоит из 4-х глав. В первой главе представлен обзор литературы, который включает разделы, посвященные нуклеиновым кислотам, их структуре и функциям, изучению влияния кофеина на организм, его взаимодействиям с биополимерами и взаимодействию нуклеиновых кислот с биологически активными соединениями. Во второй описывается метод исследования, обосновывается выбор модельной системы, содержится описание атомной структуры соединений, а также алгоритмов и компьютерных программ, созданных для данного исследования. Третья глава посвящена описанию уточненных параметров потенциальных функций и обсуждению результатов расчетов энергии взаимодействия между основаниями. В четвертой главе изложены результаты изучения самоассоциатов кофеина и моделирования его взаимодействия с фрагментами нуклеиновых кислот. В ней описываются полученные структуры комплексов, представлены их атомные модели, на основе которых предлагаются возможные объяснения некоторых аспектов влияния кофеина на генетические процессы. Заключают работу выводы. Общий объем диссертации - 127 страниц, включая 21 таблицу, 32 рисунка и список цитируемой литературы, содержащий 191 источник.

На защиту выносятся:

1. Результаты уточнения атом-атомных потенциальных функций для расчетов энергии взаимодействия оснований нуклеиновых кислот и оснований с родственными соединениями. С использованием уточненных параметров потенциальных функций найдены три типа энергетически выгодных комплексов оснований нуклеиновых кислот - с расположением молекул почти в одной плоскости, почти параллельным и перпендикулярным положением плоскостей молекул. Последний из типов структур - с расположением молекул в почти перпендикулярных плоскостях - получен впервые.

2. Результаты моделирования самоассоциаций кофеина, полученные при сопоставлении данных ЯМР-исследований водных растворов кофеина и результатов расчетов энергии взаимодействия двух его молекул.

3. Результаты расчетов и поиска низкоэнергетических комплексов каждого из оснований нуклеиновых кислот и кофеина, показавшие существование трех типов структур, каждый из которых может быть реализован в различных условиях при взаимодействиях кофеина с компонентами ДНК. Структуры с образованием водородной связи между кофеином и атомами аминогрупп оснований, не участвующими в образовании комплементарных пар, возможны при взаимодействии кофеина с двойной спиралью ДНК.

4. Результаты поиска минимумов энергии взаимодействия молекулы кофеина с фрагментом ДНК, показавшие возможность комплексообразования кофеин - ДНК в обоих желобах двойной спирали.

5. Атомно-молекулярные модели возможных комплексов кофеина с фрагментом двойной спирали.

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Грохлина, Татьяна Ивановна

Выводы

Уточнены параметры атом-атомных потенциальных функций для расчетов энергии взаимодействия оснований нуклеиновых кислот и их аналогов с учетом новых экспериментальных данных по энергиям взаимодействия между основаниями и взаимным положениям их молекул в кристаллах.

С помощью уточненных потенциальных функций исследована зависимость энергии взаимодействия оснований нуклеиновых кислот от их взаимного положения и найдены три типа низкоэнергетических конфигураций. Два из них, изученные ранее, - с положением молекул почти в одной плоскости и в параллельных плоскостях - определяют стабильность двойной спирали. Впервые обнаружены структуры с расположением оснований в почти перпендикулярных плоскостях, которые могут быть промежуточными конфигурациями при синтезе новой ДНК.

Проведен расчет энергии взаимодействия между молекулами кофеина в разных взаимных положениях и найдены устойчивые конфигурации, среди которых наиболее энергетически выгодны стэкинг-ассоциаты. Изучены пути переходов между ними. Сравнение химических сдвигов протонов, рассчитанных для найденных структур и полученных экспериментально, позволяет предположить, что в водных растворах кофеина имеет место суперпозиция разных стэкинг-положений, и указать наиболее часто встречающиеся ассоциаты.

Найдены низкоэнергетические структуры комплексов кофеина с каждым из оснований и комплементарными парами. Показана возможность формирования трех типов таких структур. Положения с образованием водородных связей с атомами водородов аминогрупп, не участвующих в уотсон-криковском спаривании, могут реализовываться при взаимодействии кофеина с двуспиральной ДНК.

Проведены расчеты энергии взаимодействия кофеина с фрагментом дуплекса ДНК. Показана возможность формирования энергетически выгодных комплексов с положением кофеина в желобах двойной спирали и образованием водородных связей каждым из протон-акцепторных центров кофеина с аминогруппой гуанина в гликозидном желобе и аминогруппами аденина и цитозина в негликозидном желобе. Положение молекулы кофеина в комплексах соответствует достаточно близким ее контактам с другими атомными группами желобов. С образованием таких структур может быть связано протекторное действие кофеина по отношению к ДНК при ее взаимодействии с другими биологически активными соединениями.

Для упрощенной оценки влияния окружающей среды на взаимодействия кофеина может быть использована эффективная диэлектрическая проницаемость, значение которой зависит от расстояния между атомами. Расчеты, соответствующие взаимодействиям отдельных молекул (взаимодействия в вакууме), и расчеты с упрощенным учетом влияния окружающей среды приводят к практически одинаковым низкоэнергетическим структурам и близким значениям энергии взаимодействия.

Заключение

При моделировании взаимодействия двух молекул кофеина были найдены пять минимумов энергии, соответствующие стэкинг-комплексам при параллельной и антипараллельной ориентации молекул. Сравнение теоретически рассчитанных для найденных структур химических сдвигов протонов с полученными в эксперименте позволило предположить, какие из найденных низкоэнергетических конфигураций вносят наибольший вклад в самоассоциацию кофеина в воде.

Расчеты энергии взаимодействия молекулы кофеина с основаниями ДНК и комплементарными парами показали существование трех типов их взаимных положений в локальных минимумах. Кроме хорошо известных стопкообразных структур получены комплексы с образованием водородных связей и расположением молекул в одной плоскости и в почти перпендикулярных плоскостях. Такие структуры могут реализоваться при взаимодействии кофеина с дуплексами ДНК и влиять па связывание ДНК с лигандами, изменяя их биологическую активность.

В попытке объяснить некоторые аспекты биологической активности кофеина были проведены расчеты энергии взаимодействия кофеина с фрагментом дуплекса ДНК, которые показали, что существует довольно много возможных конфигураций таких комплексов. В каждом из них кофеин располагается в одном из желобов двойной спирали, и формируется водородная связь между аминогруппой основания и одним из протон-акцепторных центров кофеина. Все полученные структуры характеризуются достаточно плотной упаковкой атомных групп, зависимостью стабильности комплексов от соседних нуклеотидов, а также влиянием на их образование последовательности нуклеотидов и конформации дуплекса: при определенных условиях возможно образование комплексов с двумя водородными связями, более энергетически выгодных. В найденных структурах кофеин экранирует фрагмент желоба из трех или четырех пар нуклеотидов от связывания других лигандов.

Непосредственное наблюдение таких структур в водной среде представляется маловероятным. В условиях клетки таких комплексов тоже не может быть много, но и небольшое их количество может повлиять на связывание ДНК с другими биологически важными соединениями.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Грохлина, Татьяна Ивановна, 2007 год

1. Adel A.L., Dorr R.T., Liddil J.D. The effect of anticancer drug sequence in experimental combination chemotherapy. Cancer Invest. 1993. v. 11, p. 15-24.

2. Arnott S, Chandrasekaran R, Birdsall DL, Leslie AG, Ratliff RL. Left-handed DNA helices. Nature. 1980. v. 283(5749), p. 743-745.

3. Baginski M., Polucci P., Antonini I. Binding free energy of selected anticancer compounds to DNA theoretical calculations. J. Mol. Model. 2002. v. 8, p. 24-32.

4. Bailey S.A., Graves D.E., Rill R. Binding of actinomtcin D to the T(G)nT motif of double-stranded DNA: determination of the guanine requirement in nonclassical, non-GpC binding sites. Biochemistry. 1994. v. 33(38), p. 1149311500.

5. Berman H.M., Neidle S., Zimmer Ch., Thrum H. Netropsin, a DNA-binding oligopeptide. Structural and binding studies. Biochim. Biophys. Acta. 1979. v. 561, p. 124-131.

6. Berthod H., Pullman A. J. Sur le calcul des caracteristiques du squelette des s molecules conjuguees. 1965. J. Chim. Phys. v. 62, p. 942-946.

7. Bischoff G., Hoffman S. DNA-binding of drugs used in medicinal therapies. Curr. Med. Chem. 2002. v. 9, p. 312-348.

8. Born M., Oppenheimer J. Quantum theory of molecules. Ann. der Phys., 1927. Bd. 84, 20, p. 457-484.

9. Borodina V.M., Kirianova E.E., Federova O.V., Zelenin A.V. Cytochemical properties of interphase chromatin condensed as result of treatment with caffeine. Exp. Cell Res. 1979. v. 122(2), p. 391-394.

10. Brauer L.H., Buican В., De Wit H. Effects of caffeine deprivation on taste and mood. Behav. Pharmacol. 1994, v. 5, p. 111-118.

11. Butour J.L., Delain E., Coulaud D., Le Pecq J.B., Barbet J., Roques B.P. Measurement of the expected DNA lengthening caused by mono-and bisintercalating drugs using electron microscopy. Biopolymers. 1978. v. 17, p. 873886.

12. Chaires J.B. A thermodynamic signature for drug-DNA binding mode. Arch. Biochem. Biophys. 2006. v. 453(1), p. 24-29.

13. Chaires J.B. Drug-DNA interactions. Cur. Opin. Struct. Biol. 1998. v. 8, p. 314-320.

14. Chandra P., Zimmer Ch., Thrum H. Effects of distamycin A on the structure and template activity of DNA in RNA polymerase system. FEBS Lett. 1970. v. 7(1), p. 90-94.

15. Chen Q, Shafer RH, Kuntz ID Structure-based discovery of ligands targeted to the RNA double helix. Biochemistry. 1997. v. 36(38), p. 11402-11407.

16. Cohen G., Eisenberg H. Deoxyribonucleate solutions: sedimentation in a density gradient, partial specific volumes, density and refractive index increments, and preferential interactions. Biopolymers. 1969. v. 6(8), p. 1077-1100.

17. Crawford J.L., Kolpak F.J., Wang A.H., Quigley G.J., van Boom J.H., van der Marel G., Rich A. The tetramer d(CpGpCpG) crystallizes as a left-handed double helix. Proc Natl Acad Sci USA. 1980. v. 77(7), p. 4016-4020.

18. Crawford L.V., Waring M.J. Supercoiling of polyoma virus DNA measured by its interaction with ethidium bromide. J. Mol. Biol. 1967. v. 25(1), p. 23-30.

19. Crothers D.M., Haran Т.Е., Nadeau J.G. Intrinsically bent DNA. J. Biol. Chem. 1990. v. 265(13), p. 7093-7096.

20. Curatolo P.W., Robertson D. The health consequences of caffeine. Ann. Intern. Med. 1983. v. 98(5 Pt 1), p. 641-653.

21. Dalligna O.P., Souza D.O., Lara D.R. Caffeine as a neuroprotective adenosine receptor antagonist. Ann. Pharmacother. 2004. v. 38(4), p. 717-718.

22. Davies D.B., Veselkov D.A., Dijmant L.N., Veselkov A.N. Hetero-association of caffeine and aromatic drugs and their competitive binding with a DNA oligomer. Eur. Biophys. J. 2001. v. 30, p. 354-366.

23. De Voe H., Tinoco I. The stability of helical polynucleotides base contributions. J. Mol. Biol. 1962. v. 4, p. 500-517.

24. Deriabina A.S., Grokhlina T.I., Polteva N.A., Gonzalez E., Poltev V.I. Study of mechanisms of some caffeine biological effects via computer simulation of its interactions with DNA fragments. J. Mol. Struct. (Theochem). 2006. v. 769, iss.1-3, p. 97-101.

25. Dickerson R.E. Definitions and nomenclature of nucleic acid structure components. Nucleic Acids Res. 1989. v. 17(5), p. 1797-803.

26. Dickerson R.E. Sequence-dependent B-DNA conformation in crystals and in protein complexes. In: Structure, interaction and expression of biological macromolecules. Eds. Sarma R.H., Sarma M.H. 1998; New York: Adenine Press, pp 17-36.

27. Donohue J. Hydrogen-bonded helical configurations of polynucleotides. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1956; 42(2), p.60-65.

28. Donovan P.J., Dipaolo J.A. Caffeine enhancement of chemical carcinogen-induced transformation of cultured Syrian hamster cells. Cancer Res. 1974. v. 34(10), p. 2720-2727.

29. Drew H, Takano T, Tanaka S, Itakura K, Dickerson RE. High-salt d(CpGpCpG), a left-handed Z' DNA double helix. Nature. 1980. v. 286(5773), p. 567-573.

30. Elstner M., Hobza P., Frauenheim Т., Suhai S., Kaxiras E. Hydrogen bonding and stacking interactions of nucleic acid base pairs: a density-functional-theory based treatment. J. Chem. Phys. 2001. v. 114, p. 5149-5155.

31. Evstigneev M.P., Khomich V.V., Davies D.B. Complexation of anthracycline drugs with DNA in the presence of caffeine. Eur Biophys J. 2006. v. 36(1), p.1-11.

32. Evstigneev M.P., Rybakova K.A., Davies D.B. Complexation of norfloxacin with DNA in the presence of caffeine. Biophys. Chem. 2006. v. 121(2), p. 84-95.

33. Falk M., Chew W., Walter J.A., Kwiatkowski W., Barclay K.D., Klassen G.A. Molecular modeling and NMR studies of the caffeine dimmer. Can. J. Chem. 1998. v. 76. p. 48-56.

34. Falk M., Gil M., Iza N. Self-association of caffeine in aqueous solution: an FT-IR study. Can J. Chem. 1990. v. 68(8), p. 1293-1299.

35. Feigon J., Wang A.H., van der Marel G.A., van Boom J.H., Rich A. Z-DNA forms without an alternating purine-pyrimidine sequence in solution. Science. 1985. v. 230(4721), p. 82-84.

36. Florensa R., Bachs O., Agell N. ATM/ATR-independent inhibition of cyclin В accumulation in response to hydroxyurea in nontransformed cell lines is altered in tumour cell lines. Oncogene. 2003. v. 22(51), p. 8283-8292.

37. Fredholm B.B., Battig К., Но1тёп J., Nehlig A., Zvartau E.E. Actions of Caffeine in the Brain with Special Reference to Factors That Contribute to Its Widespread Use. 1999. Pharmacol. Rev. v. 51(1), p. 83-133.

38. Freifelder D. Electron microscopic study of the ethidium bromide-DNA complex. J. Mol. Biol. 1971. v. 60, p.401-403.

39. Fuller W., Waring M.J. A molecular model for the interaction of ethidium bromide with DNA. Ber. Bunsenges. Physik. Chem. 1964. 68, p.805-809.

40. Giessner-Prettre C., Pullman B. On the atomic or "local" contributions to proton chemical shifts due to the anisotropy of the diamagnetic susceptibility of the nucleic acid base. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1976. 72, P. 578-581.

41. Gilbert R.M. Caffeine as a drug of abuse. In: Research Advances in Alcohol and Drug Problems (Gibbins R.J., Israel Y., Popham R.E., Schmidt W. and Smart R.G. eds). John Wiley & Sons, New York. 1976. p. 49-176

42. Gilliland K., Bullock W. Caffeine: A potential drug of abuse. Adv. Alcohol Subst. Abuse. 1984; v. 3, p. 53-73.

43. Gonzalez-Jimenez E., Castro-Valdez I., Lopez-Apresa E., Filippov S.V., Teplukhin A.V., Poltev V.I. Computer study of the role of hydration in the accuracy of nucleic acid biosynthesis. J. Mol. Struct. (Theochem). 1999. v. 493. p. 301-308.

44. Guieu R., Devaux C., Henry H., Bechis G., Pouget J., Mallet D., Sampieri F., Juin M., Gola R., Rochat H. Adenosine and migraine. Can. J. Neurol. Sci. 1998. v. 25(1), p. 55-58.

45. Gurskaya G.V., Grokhovsky S.L., Zhuze A.L., Gottikh B.P. DNA-binding antibiotics. X-ray structure of the distamycin A analog. Biochim. Biophys. Acta. 1979. v. 563(2), p. 336-342.

46. Gursky G.V. Molecular model for actinomycin-DNA complex. Studia Biopys. 1970. v. 24/25, p. 265-276.

47. Guttman D., Higuchi T. 1957. Reversible association of caffeine and of some caffeine homologs in aqueous solution. J. Am. Pharm. Assoc. 1957. v. 46(1), p. 4-10.

48. Hagerman P.J. Sequence-directed curvature of DNA. Anna. Rev. Biochem. 1990, v. 59, p.755-781.

49. Hande K.R. Clinical applications of anticancer drugs targeted to topoisomerase II: Review. Biochim. Biophys. Acta. 1998 v. 1400(1-3), p. 173-184.

50. Haq I. Thermodynamics of drug-DNA interactions. Arch. Biochem. Biophys. 2002. v. 403, p. 1-15.

51. Haq I., Ladbury J., Drug-DNA recognition: energetics and implications for design. J. Mol. Recognit. 2000. 13(4), p. 188-97.

52. Haq I., Ladbury J.E., Chowdhry B.Z., Jenkins T.C., Chaires J.B. Specific binding of Hoechst 33258 to the d(CGCAAATTTGCG)2 duplex: calorimetric and spectroscopic studies. J. Mol. Biol. 1997. v. 271, p. 244-257.

53. Haschmeyer A.E.V., Rich A. Nucleoside conformations: An analysis of steric barriers to rotation about the glycosidic bond. J. Mol. Biol., 1967. v. 27, p. 369-384.

54. Hashimoto Т., He Z., Ma W.Y., Schmid P.C., Bode A.M., Yang C.S., Dong Z. Caffeine inhibits cell proliferation by G0/G1 phase arrest in JB6 cells. Cancer Res. 2004. v. 64(9), p. 3344-3349.

55. He Z., Ma W.Y. Hashimoto Т., Bode A.M., Yang C.S., Dong 2. Induction of apoptosis by caffeine is mediated by the p53, Bax, and caspase 3 pathways. Cancer Res. 2003. v. 63(15), p. 4396-4401.

56. Helene C., Lancelot G. Interactions between functional groups in protein-nucleic acid associations. Prog. Biophys. Molec. Biol. 1982. v. 39, p. 1-68.

57. Hixon S.C., Yielding K.L. A protective effect of caffeine on the ethidium induced petite mutation in yeast. Mutat. Res. 1976. v. 34, p. 195-200.

58. Hobza P., Sponer J. Energetics and dymanics of the nucleic acid base pairs: nonempirical ab initio calculations. Chem. Rev. 1999. v. 99, p. 3247-3276.

59. Holtzman S.G. Caffeine as a model drug of abuse. Trends Pharmacol Sci. 1990. v. 11, p. 355-356.

60. Holtzman S.G., Mante S., Minneman K.P. Role of adenosine receptors in caffeine tolerance. J. Pharmacol. Exp. Ther. 1991. v. 256(1), p. 62-68.

61. Horrigan L.A., Kelly J.P., Connor T.J. Immunomodulatory effects of caffeine: friend or foe? Pharmacol. Ther. 2006. v. 111(3), p. 877-892.

62. Ioannides С., Yoaxall V. Antimutagenic activity of tea: role of polyphenols. Curr. Opin. СИ. Nutr. Metab. Care. 2003. v. 6(6), p.649-656.

63. Jeffrey G.A., Saenger W. Hydrogen Bonding in Biological Systems. Springer-Verlag. 1991.583 р.

64. Jensen F. An Introduction to Computational Chemistry. 1998. John Wiley & Son Ltd., 356 p.

65. Jiang L., Patel D.J. Solution structure of the tobramycin-RNA aptamer complex. Nat. Struct. Biol. 1998. v. 5(9), p. 769-774.

66. Jin E., Katritch V., Olson W., Kharatisvili M., Abagyan R., Pilch D. Aminoglicoside Binding in the major groove of duplex RNA: the thermodynamic and electrostatic forces that govern recognition. J. Mol. Biol. 2000. v. 298(1), p. 95110.

67. Kabelac M., Hobza P. Potential Energy and Free Energy Surfaces of All Ten Canonical and Methylated Nucleic Acid Base Pairs: Molecular Dynamics and Quantum Chemical ab Initio Studies. J. Phys. Chem. B. 2001. v. 105, p. 5804-5817.

68. Kan L.-S., Borer P.N., Cheng D. M. Ts'o P.O.P. 1H- and 13C-NMR studies on caffeine and its interaction with nucleic acids. Biopolymers. 1980. v. 19, p. 1641-1654.

69. Kapuscinski J, Kimmel M. Thermodynamical model of mixed aggregation of intercalators with caffeine in aqueous solution. Biophys. Chem. 1993. v. 46(2), p.153-163.

70. Kikkert J.N., Kelly G.R., Kurucsev T. Interactions between purine derivatives: electronic spectral studies. I. Electronic transitions in caffeine monomer and exciton coupling in caffeine dimer. Biopolymers. 1973. v. 12(7), p. 1459-1477.

71. Корка M.L., Yoon C., Goodsell D., Pjura P., Dickerson R.E. The molecular origin of DNA-drug specificity in netropsin and distamycin. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. v. 82(5), p. 1376-1380.

72. Kuhlmann W., Fromme H.-G., Heege E.-M., Ostertag W. The Mutagenic Action of Caffeine in Higher Organisms. Cancer Res. 1968. v. 28, p. 2375-2389.

73. Kvick A., Koetzle T.F., Thomas R. Hydrogen bond studies. A neutron diffraction study of hydrogen bonding in 1-methylthymine. J. Chem. Phys. 1974. v. 61, p. 2711-2719.

74. Lang H. On the interaction between caffeine and nucleic acids. I. The influence of caffeine on the secondary structure of native DNA and RNA. Studia biophysica. 1976. v. 55(2), p. 137-156.

75. Larsen R.W., Jasuja R., Hetzler R.K., Muraoka P.T., Andrada V.G., Jameson D.M. Spectroscopic and molecular modeling studies of caffeine complexes with DNA intercalators. Biophys. J. 1996. v. 70(1), p. 443-452.

76. Lavery R, Sklenar H. Defining the structure of irregular nucleic acids: conventions and principles. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989. v. 6(4), p. 655-667.

77. Lennard-Jones J.E. The determination of molecular fields. II. From the equation of state of a gas. Proc. Roy. Soc.{Lond.) 1924. v. 106A, p. 463.

78. Lerman L.S. Acridine mutagens and DNA structure. J. Cell Physiol. 1964. v. 64, suppl, 1, p. 1-18.

79. Lerman L.S. Structural considerations in the interaction of DNA and acridines. J. Mol. Biol. 1961. v. 3, p. 18-30.

80. Lerman L.S. The structure of the DNA-acridine complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1963. v. 49, p. 94-102.

81. Li H.J., Crothers D.M. Relaxation studies of the proflavine-DNA complex: the kinetics of an intercalation reaction. J. Mol. Biol. 1969. v. 39(3), p. 461-477.

82. Lisgarten J.N., Coll M., Portugal J., Wright C.W., Aymami J. The antimalarial and cytotoxic drug cryptolepine intercalates into DNA at cytosine-cytosine sites. Nature Struct. Biol. 2002. v. 9, p. 57-60.

83. Luck G., Triebel H., Waring M., Zimmer C. Conformational dependent binding of netropsin and distamycin to DNA and DNA model polymers. Nucl. Acids Res. 1974. v. l,p. 503-530.

84. Lyles M.B., Cameron I.L. Caffeine and other xantines as cytochemical blockers and remouvers of heterocyclic DNA intercalators from chromatine. Cell Biol. Int. 2002. v. 26(2), p. 145-154.

85. Lyles M.B., Cameron I.L. Interaction of DNA intercalator acridine orange, with itself with caffeine, and with double stranded DNA. Biophys. Chem. 2002, v. 96(1), p. 53-76.

86. MacKerell A.D.Jr., Wiorkiewicz-Kuczera J.K., Karplus M. All-atom empirical energy function for the simulation of nucleic acids. J. Am. Chem. Soc. 1995. v. 117, p. 11946-11975.

87. Marheineke K., Hyrien 0. Control of replication origin density and firing time in Xenopus egg extracts: role of a caffeine-sensitive, ATR-dependent checkpoint. J. Biol. Chem. 2004. v. 279(27), p. 28071-28081.

88. Moon J.H., Kim S.K., Sehlstedt U., Rodger A., Norden B. DNA structural features responsible for sequence-dependent binding geometries of Hoechst 33258. Biopolymers. 1996 38(5), p.593-606.

89. Moravek Z., Neidle S., Schneider B. Protein and drug interactions in the minor groove of DNA. Nucl. Acids Res. 2002. v. 30(5), p. 1182-1191.

90. Nehlig A., Davail J.L., Debry G. Caffeine and the central nervous systems: mechanisms of action, biochemical, metabolic and psychostimulant effect. Brain Res. Rev. 1992. v. 17(2), p. 139-170.

91. Nehlig A., Debry G. Potential genotoxic, mutagenic, and antimutagenic effects of coffee: a review. Mutat. res. 1994. v. 317(2), p. 145-162.

92. Neidle S. Crystallographic insights into DNA minor groove recognition by drug. Biopolymers. 1997. v. 44, p. 105-121.

93. Neidle S. DNA minor-groove recognition by small molecules. Nat. Prod. Rep. 2001. v. 18(3), p. 291-309.

94. Neidle S., Berman H.M., Shieh H.S. Highly structured water network in crystals of a deoxydinucleoside-drug complex. Nature. 1980. v. 288(5787), p.129-133.

95. Neidle S., Nunn C.M., Crystal structures of nucleic acids and their drug complexes. Nat. Prod. Rep. 1998. v. 15(1), p. 1-15.

96. Nesterova E.N., Fedorov O.Yu., Poltev V., I., Chuprina V.P. The study of possible A and В conformations of alternating DNA using a new program for conformational analysis of duplexes (CONAN). J. Biomol. Struct. Dyn. 1997. v. 14, p. 459-474.

97. Norden В., Tjerneld F. Binding of methyl green to DNA analyzed by linear dichroism. Chem. Phys. Lett. 1977. v. 50, p. 508-512.

98. Nurminen M.L., Niittynen L., Korpela R., Vapaatalo h. Coffee, caffeine and blood pressure: a critical review. Eur. J. Clin. Nutr. 1999. v. 53, p. 831-839.

99. Ohsaki Y, Ishida S, Fujikane T, Kikuchi K. Pentoxifylline potentiates the antitumor effect of cisplatin and etoposide on human lung cancer cell lines. Oncology. 1996. v. 53(4), p. 327-333.

100. Pal M.K., Ghosh J.K., Spectroscopic probe of the competitive-binding of ethidium bromide and neomycin to DNA. Spectrochim. Acta. 1995. v. 51, p. 489498.

101. Piosik J., Zdunek M., Kapuscinski J. The modulation by xanthines of the DNA-damaging effect of polycyclic aromatic agents. Part II. The stacking complexes of caffeine wuth doxorubicin and mitoxantrone. Biochem. Pharm. 2002. v. 63, p. 635-646.

102. Poltev V.I., Grokhlina T.I., Deriabina A., Gonzalez E. Caffeine interactions with nucleic acids. Molecular mechanics calculations of model systems for explanation of mechanisms of biological actions. Theor. Chem. Acc. 2003. v. 110(6), p. 466-472.

103. Poltev V.I., Malenkov G.G., Gonzalez E.J., Teplukhin A.V., Rein R., Shibata M., Miller J.H. Modeling DNA hydration comparison of calculated and experimental hydration properties of nucleic acid bases. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996. v. 13, p. 717-725.

104. Poltev V.I., Shulyupina N.V. Simulation of interactions between nucleic acid bases by refined atom-atom potential functions. J. Biomol. Struct. Dyn. 1986. v. 4, p. 739-765.

105. Pozniak P.C. The carcinogenicity of caffeine and coffee: a review. J. Am. Diet. Assoc. 1985. v. 85(9), p. 1127-1133.

106. Reinert K.E. DNA stiffening and elongation caused by the binding of ethidium bromide. Biochim. Biophys. Acta. 1973. v. 319(2), p. 135-139.

107. Reinert K.E., Thrum H. Conformational changes of DNA by interactions with oligopeptide antibiotics as studied by viscometric investigations. Studia Biophysica. 1970. v. 24/25, p. 319- 326.

108. Rohs R., Bloch I., Sklenar H., Shakked Z. Molecular flexibility in ab initio drug docking to DNA: binding-site and binding-mode transitions in all-atom Monte Carlo simulations. Nucleic Acids Res. 2005. v. 33(22), p. 7048-7057.

109. Rosenbrock H.H. An automatic method for finding the greatest or least value of a function. Computer J. 1960. v. 3, p. 175-184.

110. Rothwell K. Dose-related inhibition of chemical carcinogenesis in mouse skin by caffeine. Nature. 1974. v. 252(5478), p. 69-70.

111. Rubin J., Sundaralingam M. An unexpected major groove binding of netropsin and distamycin A to tRNAphe. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984. v. 2, p. 165174.

112. Sawynok J. Pharmacological rationale role the clinical use of caffeine. Drugs. 1995. v. 49(1), p. 37-50.

113. Schelhorn Т., Kretz S., Zimmermann N.W. Reinvestigation of the binding of proflavin to DNA. Is intercalation the dominant binding effect? Cell Mol. Biol. 1992. v. 38(4), p. 345-365.

114. Selby C.P., Sancar A. Molecular mechanisms of DNA repair inhibition by caffeine. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. v. 87. p. 3522-3525.

115. Selby C.P., Sancar A. Noncovalent Drug-DNA binding Interactions that inhibit and stimulate (A)BC excinuclease. Biochemistry. 1991. v. 30, p. 3841-3849.

116. Shaikh S.A., Ahmed S.R., Jayaram B. A molecular thermodynamic view of DNA-drug interactions: a case study of 25 minor-groove binders. Arch, Biochem. Biophys. 2004. v. 429, p. 81-99.

117. Shi D., Nikodijevic O., Jacobson K.A., Daly J.W. Chronic caffeine alters the density of adenosine, adrenergic, cholinergic, GABA and serotonin receptors and calcium channels in mouse brain. Cell Mol. Neurobiol. 1993. v. 13(3), p. 247261.

118. Sobell H.M., Jain S.C., Stereochemistry of actinomycin binding to DNA. II. Detailed molecular model of actinomycin-DNA complex and its implications. J. Mol. Biol. 1972. v. 68(1), p. 21-34.

119. Soyfer V.N., Potaman V.N. Triple-helical nucleic acids. New York: Springer. 1996. 360 е.: ил., табл.

120. Sparreboom A., de Jonge M.J., Verweij J. The use of oral cytotoxic and cytostatic drugs in cancer treatment. Eur. J. Cancer. 2002. v. 38(1), p. 18-22.

121. Sutor D.J. The structures of the pyrimidines and purines. VII. The crystal structure of caffeine. Acta Cryst. 1958. v. 11(7), p. 453-458.

122. Tanaka J., Teicher B.A., Herman T.S., Holden S.A., Dezube В., Frei E. 1991 Etoposide with lonidamtne or pentoxifylline as modulators of alkylating agent activity in vivo. Int. J. Cancer. 1991. v. 48(4), p. 631-637.

123. Thakkar A.L., T ensmevei L. G., Hermann R.B., William W.L. J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1970. v. 9, p.524.

124. Thakkar A.L., Tensmeyer L.G., Wilham W.L. NMR evidence for self-association of theophylline in aqueous solution. J. Pharm. Sci. 1971. v. 60(8), p. 1267-1269.

125. Timson J. Caffeine. Mirnt. Res. 1977. v. 47(1), p. 1-52.

126. Traganos F., Kapuscinski J., Gong J., Ardelt В., Darzynkievvicz R.J., Darzynkiewicz Z. Caffeine prevents apoptosis and cell cycle effects induced by camptothecin or topotecan in HL-60 cells. Cancer Res. 1993. v. 53(19), p. 46134618.

127. Traganos F., Kaminska-Eddy В. Darzynkiewicz Z. Caffeine reverses the cytotoxic and cell kinetic effects of novatrone (mitoxantrone). Cell Prolif. 1991. v. 24, p. 305-319.

128. Ts'o P.O.P., Helmkamp G.K., Sander C. Interaction of nucleosides and related compounds with nucleic acids as indicated by the change of helix-coil transition temperature. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1962. v. 48, p. 686-698.

129. Ts'o P.O.P., Lu P. Interaction of nucleic acids I. Physical binding of thymine, adenine, steroids, and aromatic hydrocarbons to nucleic acids. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1964. v. 51, p. 17-24.

130. Vavrova J., Marekova-Rezasova M., Vokurkova D. Szkanderova S., Psutka J. Caffeine induces a second wave of apoptosis after low dose-rate gamma radiation of HL-60 cells. Radiat. Environ. Biophys. 2003. v. 42, p. 193-199.

131. Veselkov A.D., Davies D.B., Djimant L.N., Veselkov A.N. Molecular mechanism of caffeine action on complexation of phenanthridine dyes with DNA. Biopolym. Cell. 2000. v. 16, p. 218-229.

132. Wang A.H., Gessner R.V., van der Marel G.A., van Boom J.H., Rich A. Crystal structure of Z-DNA without an alternating purine-pyrimidine sequence. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. v. 82(11), p. 3611-3615.

133. Wang A.H., Quigley G.J., Kolpak F.J., Crawford J.L., van Boom J.H., van der Marel G., Rich A. Molecular structure of a left-handed double helical DNA fragment at atomic resolution. Nature. 1979. v. 282(5740), p. 680-686.

134. Wang H.L., Zou H.F., Zhang Y.K., Quantitative study of competitive binding of drugs to protein by microdialysis high performance liquid chromatography. Anal. Chem. 1998. v. 70, p. 373-377.

135. Waring M.J. DNA modification and cancer. Ann. Res. Biochem. 1981. v. 50, p. 159-192.

136. Wartell R.M., Larson J.E., Well R.D. Netropsin: a specific probe for A-T regions of duplex deoxyribonucleic acid. J. Biol. Chem. 1974. v. 249, p. 67196731.

137. Watson J.D., Crick F.H.C. A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid. Nature. 1953. v. 171, p. 737-738.

138. Witte W., Bohme H. The action of caffeine on the survival of proteus mirabilis and its virulent phage VIr after UV-irradiation and treatment with nitrogen mustard. Mutat. Res. 1972. v. 16(2), p. 133-139.

139. Yanson I.K., Teplitsky A.B., Sukhodub L.F. Experimental studies of molecular interactions between nitrogen bases of nucleic acids. Biopolymers. 1979. v. 18, p. 1149-1170.

140. Yanuka Y., Zahalka J., Donbrow M. J. A symmetrical model for the self-association of xanthines in aqueous solution. Chem. Soc. Perkin Trans. 1986. v. 7, p. 911-915.

141. Zakrzewska K., Pullman B. Theoretical exploration of netropsin binding to tRNAphe. J. Biomol. Struct. Dyn. 1985. v. 2, p. 737-743.

142. Zamenhof S., Brawermann G., Chargaff E. On the desoxypentose nucleic acids from several microorganisms. Biochim. Biophys. Acta. 1952. v. 9, p. 402-405.

143. Zasedatelev A.S., Gursky G.V., Zimmer Ch., Thrum H. Binding of netropsin to DNA and synthetic polynucleotides. Molec. Biol. Rep. 1974. v. 1, p. 337-342.

144. Zdunek M., Piosik J., Kapuscinsky J. Thermodynamical model of mixed aggregation of ligands with caffeine in aqueous solution. Part II. Biophys. Chem. 2000. v. 84, p. 77-85.

145. Zimmer С., Wahnert U. Nonintercalating DNA-binding ligands: specificity of the interation and their use as tools in biophysical, biochemical and biological investigations of the genetic material. Prog. Biophys. Molec. Biol. 1986. v. 47, p. 31-112.

146. Zimmer Ch. Effects of the antibiotics netropsin and distamycin A on the structure and function of nucleic acids. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1975. v. 15, p. 285-318.

147. Zimmer Ch., Reinert K.E., Luck G., Wahnert U.,Lober G., Thrum H., Interaction of the oligopeptide antibiotics netropsin and distamycin A with nucleic acids. J. Mol. Biol. 1971. v. 58(1), p. 329-348.

148. Буркерт У., Аллинжер Н. Молекулярная механика. М.: Мир, 1986. 364 с.

149. Грохлина Т.Н., Полтева Н.А., Гонзалез Э., Дерябина А.С., Полтев В.И. Исследование взаимодействия кофеина с основаниями нуклеиновых кислот методом молекулярной механики. Биофизика. 2003. т. 48, вып. 5, с. 814-820.

150. Грохлина Т.И., Полтева Н.А., Гонзалез Э., Дерябина А.С., Полтев В.И. Взаимодействие кофеина с фрагментами двойной спирали ДНК. Моделирование методом молекулярной механики. Биофизика. 2005. т. 50, вып. 5, с. 818-823.

151. Гурская Г.В., Гроховский С.Л., Жузе А.Л., Готтих Б.ГГ. Кристаллическая и молекулярная структура аналога дистамицина А. Докл. АН СССР. 1978. т. 243, вып. 3, с. 645-648.

152. Гурский Г.В. Взаимодействие акридинов с ДНК. Биофизика. 1966. т. 11, вып. 5, с. 737-746.

153. Гурский Г.В. Структура комплекса ДНК-актиномицин. Мол. Биол. 1969. т. 3, вып. 5, стр. 749-757.

154. Гурский Г.В., Заседателев А.С. Точные соотношения для расчета связывания регуляторных белков и других решеточных лигандов на двухтяжевых полинуклеотидах. Биофизика. 1978. т. 23, вып. 5, с. 932-946.

155. Гэйл Э., Кандлифф Э., Рейнолдс П., Ричмонд М., Уоринг М. Молекулярные основы действия антибиотиков. М.: Мир, 1975.

156. Дашевский В.Г. Конформационный анализ макромолекул. -М: Наука. 1987. 288 с.

157. Дикерсон Р.Э. Спираль ДНК. В мире науки. 1984. вып. 2, с. 34-48.

158. Журкин В.Б., Полтев В.И., Флорентьев B.JT. Атом-атомные потенциальные функции для конформационных расчетов нуклеиновых кислот. Мол. биол. 1980. т. 14, вып. 5, с. 1116-1130.

159. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. Пер. с англ. М.: Мир, 1987, 548 е., ил.

160. Китайгородский А.И. Анализ результатов структурного исследования кристаллов. Изв. АН СССР. Сер. физ. 1951. т. 15, с. 157-163.

161. Китайгородский А.И. Невалентные взаимодействия атомов в органических кристаллах и молекулах. Успехи физ. наук. 1979. т. 127, вып. 3, с. 391-419.

162. Кольман Я., Рем К.-Г. Наглядная биохимия. /Решетов П.Д., Соркина Т.И. (ред. пер.) 2004. М.: Мир, 269 с.

163. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Термодинамические модели связывания лигандов с нуклеиновыми кислотами. Биофизика. 2003. т. 48, выи. 5, с. 773-796.

164. Осипов О.А., Минкин В.И., Гарновский А.Д. Справочник по дипольным моментам. 1971. М: Высшая школа. 416 с.

165. Полтев В.И., Данилов В.И., Леш А., Юркевич А., Дерябина А.С., Гонзалез Э. Возможные конфигурации димеров оснований ДНК Gua-Cyt. Расчеты методами молекулярной механики и теории функционала плотности. Биофизика. 2003. т. 48, вып. 5, с. 821-829.

166. Полтев В.И., Дерябина А.С., Гонзалез Э., Грохлина Т.И. Взаимодействия между основаниями нуклеиновых кислот. Новые параметры потенциалов и новые минимумы энергии. Биофизика. 2002, т. 47, с. 996-1004.

167. Полтев В.И., Шулюпина Н.В. Моделирование взаимодействия в копланарных парах азотистых оснований нуклеиновых кислот с помощью атом-атомных потенциальных функций. Мол. биол. 1984. т. 18, вып. 6, с. 1549-1561.

168. Полтев В.И., Шулюпина Н.В., Брусков В.И. Молекулярные механизмы правильности биосинтеза нуклеиновых кислот. Сравнение результатов компьютерного моделирования с экспериментальными данными. Мол. биол. 1998. т. 32. вып. 2, с. 268-276.

169. Рис Э, Стернберг М. От клеток к атомам. Ред. перевода Лазуркин Ю.С., Ткачук В.А. 1988. М.: Мир. 144 с.

170. Химмельблау Д. Прикладное нелинейное программирование. 1975. М.: Мир. 534 стр.

171. Шестопалова А.В. Компьютерное моделирование ассоциации кофеина и производных актиноцина в водных растворах. Биофизика. 2006. т. 51, вып. 3, с. 389-401.