Моделирование динамики монослоев полиненасыщенных липидов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат физико-математических наук Корнилов, Василий Вячеславович

• Корнилов, Василий Вячеславович
• кандидат физико-математических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Корнилов, Василий Вячеславович

Введение.»^^^

Глава 1. Объекты и методы исследования.

1.1. Молекулярные компоненты биологических мембран.

1.2. Структурная организация биомембран.

1.3. Физико-химические свойства биомембран.

1.4. Роль ненасыщенных липидов в функционировании биомембран.

1.5. Экспериментальные методы изучения биомембран.

1.6. Методы компьютерного моделирования молекулярных систем.

1.7. Применение компьютерного моделирования для изучения свойств фосфолипидных слоев.

Глава 2. Модель и постановка вычислительных экспериментов.

2.1. Модель монослоя.

2.2. Энергия липидного монослоя.

2.3. Постановка численных расчётов.

Глава 3. Результаты и их обсуждение.

3.1. Динамические характеристики монослоёв.

3.2. Параметры порядка связей.

3.3. Ориентационные функции распределения связей.

3.4. Распределение плотности атомов в монослоях.

3.5. Латеральная подвижность молекул диацилглицеролипидов.

3.6. Зависимости поверхностного давления от площади молекулы.

3.7. Температурные зависимости характеристик липидов разной степени ненасыщенности.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Моделирование динамики монослоев полиненасыщенных липидов»

Общие проблемы изучения биологических мембран изложены в большом числе фундаментальных трудов [1-12].

Основная функция биологических мембран — отделять содержимое клетки от внешней среды, обеспечивая постоянство внутриклеточного состава вне зависимости от изменений в окружающей среде [5, 10]. Биомембраны играют ключевую роль и в функционировании клеток, участвуя в регуляции всех связей и взаимодействий, которые осуществляются между внутренним содержимым клетки и внешней средой. Кроме того, с мембранами связаны многие клеточные ферменты [8]. Состав и структурная организация биомембран сильно зависят от их типа и характера выполняемых функций, однако во всех случаях основными составляющими мембран являются полярные липиды (в основном глицерофосфолипиды) и белки [8, 11]. Липиды в биомембране чаще всего организованы в виде гетерогенных по составу бислоёв, в которых гидрофильные части молекул полярных липидов обращены в водную фазу, а гидрофобные (остатки жирных кислот) - образуют ряды углеводородных цепей, удерживаемых гидрофобными взаимодействиями [4, 5, 8]. На границе вода - воздух можно получить мономолекулярную мембрану - пленку толщиной в один слой молекул, в которой гидрофильная часть молекул ориентирована в водную фазу, а гидрофобная - в воздух [3].

За последнее время накоплен значительный материал, посвященный изучению свойств и роли в биологических мембранах ненасыщенных липидных молекул [13-25]. В определённых пропорциях такие липиды присутствуют практически во всех видах биологических мембран, а в некоторых даже составляют основу содержания липидной матрицы. Имеются веские основания полагать, что ненасыщенные липиды различных типов играют фундаментальную роль в обеспечении нормального функционирования биомембран [2, 23, 24]. В то же время экспериментальные данные о физических свойствах ненасыщенных и особенно полиненасыщенных липидов биомембран сравнительно немногочисленны; полное понимание механизмов воздействия ненасыщенных углеводородных цепей липидов на структуру и динамику биомембран отсутствует [20, 26-32]. В этих условиях особые надежды возлагаются на использование возможностей имитационного моделирования молекулярных систем [33].

Одним из основных численных методов статистической физики, активно используемых в физико-химических исследованиях, является метод молекулярной динамики. Основу метода составляет численное решение уравнений классической механики Ньютона для системы взаимодействующих частиц. Усреднение пространственных конфигураций частиц по траекториям их движения, а также их скоростных и энергетических характеристик, позволяет определять макроскопические свойства молекулярных систем, получать информацию об их структуре, термодинамике и кинетике [34, 35].

К настоящему времени известно большое количество работ по моделированию динамики липидных мембран и их компонентов, однако и с их помощью до сих пор не достигнуто достаточно полное представление о свойствах различных липидов [36-40]. Особенно немногочисленны теоретические данные о свойствах полиненасыщенных фосфолипидов, так как вплоть до последнего времени [32, 41] исследование моно- и бислоёв таких молекул проводилось лишь в серии работ [42-54].

Таким образом, несмотря на существенный прогресс, достигнутый в изучении биологических мембран на молекулярном уровне, здесь по-прежнему существует целый ряд нерешённых проблем, в частности связанных с воздействием ненасыщенных липидов на физические свойства мембран. С другой стороны, следует отметить, что в литературе последних лет резко возрос интерес к изучению ненасыщенных, и, особенно, полиненасыщенных липидных структур.

Цель диссертационной работы состояла в анализе влияния структуры липидных молекул (степени ненасыщенности углеводородных цепей) на физические свойства образуемых ими слоёв и изучении характерных свойств молекул ненасыщенных липидов в мембранной системе и их возможной роли в механизмах функционирования биомембран. Для этого методом молекулярной динамики исследованы равновесные и динамические характеристики монослоёв, образованных молекулами диацилглицеролипидов (ДГ) с углеводородными цепями различной степени ненасыщенности; проведена серия вычислительных экспериментов в разных статистических ансамблях и при разных температурах.

Диссертация содержит три главы и заключение.

В первой главе обсуждаются структура, физические свойства и функции биомембран и их компонентов, затрагиваются проблемы липид-белковых взаимодействий, температурной адаптации биомембран и роли полиненасыщенных липидов в этих процессах. Приведён обзор экспериментальных и теоретических методов исследования биомембран и их компонентов и обсуждаются достоинства и недостатки методов в применении к изучению липидных структур, изложены основы метода молекулярной динамики, а также приведен обзор публикаций по моделированию слоёв фосфолипидов.

Во второй главе описывается модель монослоя, потенциальная энергия системы, параметры термостата, выбор начальных данных, а также параметры и условия проведения вычислительных экспериментов.

Третья глава посвящена изложению основных результатов, полученных в итоге проведенных вычислительных экспериментов. Рассчитаны различные характеристики исследуемых молекулярных объектов: параметры упорядочения связей углеводородных цепей и их ориентационные функции распределения относительно нормали к поверхности монослоя, профили плотности атомов и групп атомов вдоль этой нормали, температурные коэффициенты рассчитанных характеристик, коэффициенты латеральной самодиффузии молекул. Проведен анализ взаимосвязей и закономерностей между химической структурой углеводородных цепей липидных молекул и рассчитанными свойствами. Результаты расчётов сопоставлены с имеющимися экспериментальными данными, и сделаны выводы о возможных взаимосвязях между физическими свойствами различных липидных компонентов мембраны и их функциями.

В заключении перечислены основные выводы диссертационной работы.

Вычислительные эксперименты проводились в основном с использованием программного комплекса PUMA (Лаборатория молекулярной динамики ИМПБ РАН, Пущино). Кроме того, использовались программные комплексы VMD (Theoretical Biophysics Group at the University of Illinois, USA) и RasMol (Biomolecular Structures Group, Glaxo Wellcome Research & Development, Stevenage, Hertfordshire, UK).

Работа выполнялась в Институте математических проблем биологии РАН, поддержана проектами Российского фонда фундаментальных исследований "Компьютерное исследование равновесных и динамических физико-химических свойств макромолекул мембранных систем" (00-03-33181), "Исследование роли полиненасыщенных липидов в структуре и функционировании биологических мембран: эксперимент и компьютерное моделирование" (01-03-48050) и "Свойства липидных мембранных систем и макромолекул в мембранном окружении: теоретическое исследование методами компьютерного моделирования" (03-03-32229), а также INTAS "Advanced investigation of free volume properties of saturated and unsaturated phospholipid, and mixed phospholipid/cholesterol membranes" (01-0067).

Основные результаты диссертации докладывались на Международной конференции "Фундаментальные проблемы науки о полимерах" (Москва, 1997), II Открытой городской научной конференции молодых учёных г. Пущино (Пущино, 1997), International Conference "Problems of Condensed Matter Theory" (Москва, 1997), 1st and 5th International Workshops on New Approaches to Hi-Tech: Nondestructive Testing and Computer Simulations in Science and Engineering (C-Петербург, 1997, 2001), XIII и XIV семинарах и XI Симпозиуме по межмолекулярному взаимодействию и конформациям молекул (Тверь, 1997; Плёс, 2001; Саратов, 2002), IV, VI, VIII и X Всероссийских конференциях "Структура и динамика молекулярных систем" (Яльчик, 1997, 1999, 2001, 2003), II Съезде биофизиков России (Москва, 1999), 5-ой и 6-ой Пухцинской конференции молодых учёных "Биология - наука 21-го века" (Пущино, 2001, 2002), Конференции студентов и аспирантов по химии и физике полимеров и тонких органических плёнок (Пущино,

2001), Всероссийской научной школе «Математические методы в экологии» (Петрозаводск, 2001), V International Congress on Mathematical Modelling (ICMM) (Дубна, 2002), интернет-конференции «Информационно-вычислительные технологии в решении фундаментальных научных проблем и прикладных задач химии, биологии, фармацевтики, медицины» (http://www.ivtn.ru, 2003), Третьей Всероссийской Каргинской конференции «Полимеры - 2004» (Москва, 2004); на семинарах в Институте математических проблем биологии Пущинского НЦ РАН и в Институте биологии Карельского НЦ РАН.

Результаты исследований опубликованы в шести статьях центральных российских и международных журналов, в четырёх статьях в сборниках, а также в тезисах 23 всероссийских и международных конференций.

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Корнилов, Василий Вячеславович

Выводы.

1. В изученных методом молекулярной динамики монослоях, образованных молекулами ненасыщенных диацилглицеролипидов, модули параметров порядка (относительно нормали к поверхности монослоя) связей С-Н в местах локализации двойных связей ненасыщенных цепей диацилглицеролипидов характеризуются более низкими значениями по сравнению с остальной частью цепи. В полиненасыщенной цепи с метиленпрерывающимися двойными m-связями все значения модулей параметров порядка связей С-Н ниже, чем в насыщенной цепи. Эффект подтверждается экспериментальными данными и результатами компьютерных экспериментов с липидными бислоями. Параметры порядка всех двойных связей С=С ненасыщенных цепей диацилглицеролипидов в монослоях имеют большие значения, чем у примыкающих к ним с двух сторон простых связей С-С.

2. Наличие двойных связей в углеводородных цепях липидов вызывает значительное увеличение угловых флуктуаций (относительно нормали к поверхности монослоя) связей С-Н в СН2-группах, расположенных между двойными связями. Эффект дает физическое объяснение механизму поддержания надлежащей степени жидкостности биологических мембран, которое осуществляется в природе за счёт соответствующей замены в молекулах липидов углеводородных цепей с одним количеством двойных связей eis- на другое.

3. Параметры порядка С-С и С-Н связей цепей липидов существенно зависят от преимущественной ориентации данной связи относительно нормали к поверхности монослоя и от диапазона угловых отклонений данной связи от основной ориентации.

Наиболее вероятная ориентация связи и её угловые флуктуации зависят не только от местоположения данной связи в углеводородной цепи, но и от наличия в данном сегменте С=С группы.

4. Коэффициент латеральной самодиффузии молекул липидов увеличивается с ростом степени ненасыщенности их углеводородных цепей; наибольшей латеральной подвижностью обладают молекулы липидов с углеводородной цепью 22:6(п-3)аз.

5. Температурные коэффициенты характеристик углеводородных цепей молекул диацилглицеролипидов в монослоях в жидкокристаллическом состоянии существенно зависят от степени ненасыщенности цепи. Цепь 22:6(п-3)с1з обладает наименьшим температурным коэффициентом среднего расстояния между концевыми атомами углерода цепей в монослое, а также имеет меньшую чувствительность к изменению температуры параметров порядка С-Н связей. Вследствие этого полиненасыщенные липиды с двойными с/^-связями в углеводородных цепях могут играть существенную роль в процессах адаптации биомембран к изменению условий внешней среды.

Автор выражает свою искреннюю признательность и глубокую благодарность руководителю диссертационной работы Н.К.Балабаеву за чётко поставленные научные задачи, постоянное внимание и помощь при выполнении работы, научному консультанту А.Л.Рабиновичу за помощь, советы и замечания на различных этапах работы, а также за плодотворное участие в обсуждении результатов расчётов, и всему коллективу Лаборатории молекулярной динамики ИМПБ РАН за поддержку и помощь в работе.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Корнилов, Василий Вячеславович, 2004 год

1. 1.raelachvili J. N., Marcyelja S., and Horn R. G. Physical principles of membrane organization. -Q. Rev. Biophys., 1980, v. 13, p. 121-200.

2. Крепе E.M. Липиды клеточных мембран. Л.: Наука, 1981.

3. Ивков В.Г., Берестовский Г.Н. Динамическая структура липидного бислоя. М.: Наука, 1981.

4. Ивков В.Г., Берестовский Г.Н. Липидный бислой биологических мембран. М.: Наука, 1982.

5. Кагава Ясуо. Биомембраны. М.: Высш. шк., 1985.

6. Болдырев А.А. Биологические мембраны и транспорт ионов. М.: 1985.

7. Small D.M. The Physical Chemistry of Lipids. Handbook of lipid research. — New York: Plenum Press, 1986.

8. Gennis R.B. Biomembranes: molecular structure and function. New York: SpringerVerlag, 1989.

9. Lehniger A.L., Nelson D.J., Cox M.M. Principles of biochemistry. New York, Worth, 1993.

10. Yeagle P.L. The membrane of cells. Academic Press, San Diego, CA, 1993.

11. Structure and dynamics of membranes. Handbook of biological physics. Eds.: Lipowsky R., Sackmann E. Elsevier, Amsterdam, The Netherlands, 1995.

12. Chiras D. Human biology. 3rd Ed., by C. Starr and B. McMillan. Wadsworth Publishing, 1999.

13. Murphy D.J. The molecular organization of the photosynthetic membranes of higher plants. Biochim. Biophys. Acta, 1986, v.864, p.33-94.

14. Anderson A.E., O'Brien P.J., Wiegand R.D., Koutz C.A., Stinson A.M. Conservation of docosahexaenoic acid in the retina. in: Neurobiology of Essential Fatty Acids, edited by N.G. Bazan et al.t Plenum Press, New York, 1992, p.295-306.

15. Mitchell D.C. Gawrisch K., Litman B.J., Salem N. Jr. Why is docosahexaenoic acid essential for nervous system function? Biochem Soc. Trans., 1998, v.26, p.365-370.

16. Bazan N. G. Supply of n-3 polyunsaturated fatty acids and their significance in the central nervous system. in: Nutrition and the Brain, Wurtman R. J. Wurtman J. J. eds. Raven Press New York, NY, 1990, v.8, p. 1-24.

17. Tinoco J. Dietary requirements and functions of a-linolenic acid in animals. Prog. Lipid Res., 1982, v.21, p. 1-46.

18. Stubbs C.D., Smith A.D. The modification of mammalian membrane polyunsaturated fatty acid composition in relation to membrane fluidity and function. Biochim. Biophys. Acta, 1984, v.779, p.89-137.

19. Brenner R.R. Effect of unsaturated fatty acids on membrane structure and enzyme kinetics. Prog. Lipid Res., 1984, v.23, p. 69-96.

20. Bell M.V., Henderson R.J., Sargent J.R. The role of polyunsaturated fatty acids in fish. Сотр. Biochem. Physiol. В., 1986, v.83, p.711.

21. Neuringer M., Anderson G.J., Connor W.E. The essentiality of n-3 fatty acids for the development and function of the retina and brain. Annu. Rev. Nutr., 1988, v.8, p.517-541.

22. Рабинович A.JL, Рипагги П.О. Полиненасыщенные углеводородные цепи липидов: структура, свойства, функции. Успехи современной биологии, 1994, Т.114, № 5, с.581-594.

23. Fenske D.B., Monck М.А., Hope M.J., Cullis P.R. The functional roles of lipids in biological membranes. Biomembranes, 1995, v.l, p. 1-28.

24. Everts S., Davis J.H. !H and ,3C NMR of multilamellar dispersions of polyunsaturated (22:6) phospholipids. Biophys. J., 2000, v.79, p.885-897.

25. Seelig J., Waespe-§ar6evic N. Molecular order in cis and trans unsaturated phospholipid bilayers. Biochemistry, 1978, v.17, N.16, p.3310-3315.

26. Seelig A., Seelig J. Effect of a single cis double bond on the srtucture of a phospholipid bilayer. Biochemistry, 1977, v. 16, p.45-50.

27. Gaily H.U., Pluschke G., Overath P., Seelig J. Structure of E.coli membranes: Phospholipid conformation in model membranes and cells as studied by deuterium magnetic resonance. Biochemistry, 1979, v. 18, p.5605-5610.

28. Baenziger J.E., Jarrell H.C., Hill R.J., Smith I.C.P. Average structural and motional properties of a diunsaturated acyl chain in a lipid bilayer: effects of two cis-unsaturated double bonds. Biochemistry, 1991, v.30, N.4, p.894-903.

29. Rajamoorthi K., Brown M.F. Bilayers of arachidonic acid containing phospholipids studied by 2H and 3,P NMR spectroscopy. Biochemistry, 1991, v.30, p.4204-4212.

30. Holte L.L., Peter S.A., Sinnwell T.M., Gawrish Kl. 2H nuclear magnetic resonance order parameter profiles suggest a change of molecular shape for phosphatidylcholines containing a polyunsaturated acyl chain. Biophys. J., 1995, v.68, p.2396-2403.

31. Huber T., Rajamoorthi K., Kurze V.F., Beyer K., Brown M.F. Structure of docosahexaenoic acid-containing phospholipid bilayers as studied by 2H NMR and molecular dynamics simulations. J. Am. Chem. Soc., 2002, v. 124, p.298-309.

32. Pastor R.W. Molecular dynamics and Monte Carlo simulations of lipid bilayers. -Current Opinion in Structural Biology, 1994, v.4, p.486-492.

33. Tieleman D.P., Marrink S.J. Berendsen H.J.C. A computer perspective of membranes -molecular dynamics studies of lipid bilayer systems. Biochim. Biophys. Acta, 1997, v.1331, p.235-270.

34. Merz K.M.Jr. Molecular dynamics simulations of lipid bilayers. Current Opinion in Structural Biology, 1997, v.7, p.511-517.

35. Tobias D.J., Tu K., Klein M.L. Atomic-scale molecular dynamics simulations of lipid membranes. Current Opinion in Colloid and Interface Science, 1997, v.2, p. 15-26.

36. Saiz L., Klein M.L. Computer Simulation Studies of Model Biological Membranes. -Acc. Chem. Res., 2002, v.35, p.482-489.

37. Saiz L., Klein M.L. Influence of highly polyunsaturated lipid acyl chains of biomembranes on the NMR order parameters. J. Am. Chem. Soc., 2001, v. 123, p.7381-7387.

38. Balabaev N.K., Rabinovich A.L., Ripatti P.O., Kornilov V.V. Molecular dynamics simulations of monolayers containing polyene lipids of biomembranes. Proc. SPIE, 1998, v.3345, p. 198-201.

39. Балабаев Н.К., Рабинович А.Л., Рипатти П.О., Корнилов В.В. Молекулярная динамика монослоев, состоящих из полиненасыщенных липидов. — Журнал физической химии. 1998, т.72, с.686-689.

40. Rabinovich A.L., Ripatti P.O., Balabaev N.K. Molecular dynamics investigation of bond ordering of unsaturated lipids in monolayers. J. Biol. Physics, 1999, v.25, p.245-262.

41. Rabinovich A.L., Ripatti P.O., Balabaev N.K. Molecular dynamics simulations of unsaturated lipids in monolayers: an investigation of bond ordering. Proc. SPIE, 1999, v.3687, p.175-181.

42. Рабинович A.JL, Рипатти П.О., Балабаев H.K. Молекулярно-динамическое изучение характеристик молекул полярных диацилглицеролипидов в слоях. -Журнал физической химии, 2000, т.74, с. 1990-1996.

43. Rabinovich A.L., Ripatti P.O., Balabaev N.K. Molecular dynamics investigation of polar diacylglycerolipid monolayers: bond ordering properties. Proc. SPIE, 2000, v.4064, p.144-155.

44. Rabinovich A.L., Ripatti P.O., Balabaev N.K. Molecular dynamics study of C-C bond ordering in diacylglycerolipid monolayers. Proc. SPIE, 2001, v.4348, p.207-214.

45. Kornilov V.V., Rabinovih A.L., Balabaev N.K. Molecular dynamics study of monolayers consisting of polyunsaturated diacylglycerolipids. Proc. SPIE, 2002, v.4627, p. 129-140.

46. Корнилов B.B., Рабинович А.Л., Балабаев H.K. Исследование структуры и свойств полиненасыщенных липидных монослоев методом молекулярной динамики. Журнал физической химии, 2002, т.76, с.2002-2006.

47. Kornilov V.V., Rabinovih A.L., Balabaev N.K. Molecular dynamics simulations of unsaturated diacylglycerolipid monolayers. Journal of Computational Methods in Science and Engineering, in press.

48. Rabinovich A.L., Balabaev N.K. Molecular dynamics simulations of unsaturated lipid bilayers. Proc. SPIE, 2001, v.4348. p.215-224.

49. Рабинович A.JL, Рипатти П.О., Балабаев H.K. Молекулярная динамика липидных бислоев: флуктуационные свойства углеводородных цепей. Журнал физической химии. 2002. Т.76. С.2007-2011.

50. Rabinovich A.L., Ripatti P.O., Balabaev N.K., Leermakers F.A.M. Molecular dynamics simulations of hydrated unsaturated lipid bilayers in the liquid-crystal phaseand comparison to self-consistent field modeling. Phys. Rev. E., 2003, v.67, 011909 (14).

51. Lands W.E.M. Stories about acyl chains. Biochimica et Biophysica Acta, 2000, v.1483, p.1-14.

52. Hubbell W.L., Altenbach C. Investigation of structure and dynamics in membrane proteins using site-directed spin labeling. Current Opinion in Structural Biology, 1994, v.4, p.566-573.

53. Cross T.A., Opella S.J. Solid-stste NMR structural studies of peptides and proteins in membranes. Current Opinion in Structural Biology, 1994, v.4, p.574-581.

54. Markov M.S. Role of water in forming and stabilizing membrane structure. In: Water and Ions in Biological Systems. Eds. P. Lauger, L. Packer, V. Vasilescu. Birkhfiauser, 1988.

55. Schnur J.M. Lipid tubules: A paradigm for molecularly engineering structures. -Science, 1993, v.262, p. 1669 -1676.

56. Langmuir I. The constitution and fundamental properties of solids and liquids. II. Liquids. J. Am. Chem. Soc., 1917, v.39, p. 1848-1906.

57. Garrett R. H., Grisham C. M. Biochemistry. Saunders College Publishing, Fort Worth, TX, 1995, p.276-310.

58. Singer S.J. The molecular organization of biological membranes. In Structure and function of biological membranes (ed. I.Rothfield), 1971, p.146-222. N.Y.: Academic Press.

59. Singer S.J., Nicolson G.L. The fluid mosaic model of the structure of cell membrane. -Science, 1972, v. 175, p.720-731.

60. Cevc G., Marsh D. Phospholipid bilayers. New York: Wiley-Interscience, 1987.

61. Unwin N., Henderson R. The structure of proteins in biological membranes. -Scientific American, 1984, v.250, p.78-94.

62. Jacobson K., Sheets E.D., Simson R. Revisiting the fluid mosaic model of membranes. Science, 1995, v.268, p. 1441-1442.

63. Luzzati V. X-ray diffraction studies of lipid-water systems. In: Biological membranes (ed. D.Chapman), 1968, p.71-123, N.Y.: Academic Press.

64. Shipley G. Recent X-ray diffraction studies of biological membranes and membrane components. In: Biological membranes (ed. D.Chapman & D.F.H. Wallach), 1973, v.2, p. 1-89, N.Y.: Academic Press.

65. Mcintosh Т. J. X-ray diffraction analysis of membrane lipids. In: Molecular Description of Biological Membrane Components by Computer Aided Conformational Analysis. Ed.: Brasseur, R. CRC Press, Boca Raton, FL., 1990.

66. Brown M. F. Membrane structure and dynamics studied with NMR spectroscopy. In: Biological Membranes. Eds.: К. M. Merz and B. Roux. BirkhaEuser, Boston, MA., 1996, p.l 75-252.

67. De Kruijff B. Lipids beyond the bilayer. Nature, 1997, v.386, p.l29-130.

68. Goldfine H. From unsaturated fatty acids to lipid polymorphism. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2002, v.292, p.1201-1207.

69. Флори П. Статистическая механика цепных молекул. — М.: Мир, 1971.

70. Дашевский В.Г. Конформационный анализ органических молекул. М.: Химия, 1982, с.282.

71. Дашевский В.Г. Конформационный анализ макромолекул. — М.: Наука, 1987, с.288.

72. Seelig J., Seelig A. Lipid conformation in model membranes and biological membranes. Q. Rev. Biophys., 1980, v.13, p. 19-61.

73. Pascher I., Sundell S. Membrane lipids: preferred conformational states and their interplay, the crystal structure of dilauroylphosphatidyl-N,N-dimethylethanolamine. -Biochim. Biophys. Acta, 1986, v.855, p.68-78.

74. Pascher I., Lundmark M., Nyholm P., Sundell S., Crystal structures of membrane lipids. Biochim. Biophys. Acta, 1992, v.l 113, p.339-373.

75. Applegate, K.R.; Glomset, J.A. Computer-based modeling of the confirmation and packing properties of docosahexaenoic acid. Journal of Lipid Research, 1986, v.27, p.658-680.

76. Рабинович A.JL, Дашевский В.Г., Рипатти П.О. Изучение термодинамической гибкости макромолекул с двойными связями в основной цепи. Континуум-модель. Высокомолек. соед. А. 1986, т.28, № 8, с.1697-1705.

77. Рабинович А.Д., Рипатти П.О. О конформационных свойствах и функциях докозагексаеновой кислоты. Доклады АН СССР, 1990, т.314, №3, с.752-756.

78. Rabinovich A.L., Ripatti P.O. On the conformational, physical properties and functions of polyunsaturated acyl chains. Biochim. Biophys. Acta, 1991, v. 1085, N.l, p.53-62.

79. Applegate K.R., Glomset J. A. Effect of acyl chain unsaturation on the conformation of model diacylglycerols: a computer modeling study. Journal of Lipid Research, 1991, v.32, N.10, p.l 635-1644.

80. Durig J.R., Compton D.A.C. Spectroscopic and thermodynamic study of the conformational properties and torsional potential functions of 1-butene. — J.Phys.Chem., 1980, v.84, p.773-781.

81. Wiberg K.B., Martin E. Barriers to rotation adjacent to double bonds. J. Am. Chem. Soc„ 1985, v.107, p.5035- -5041.

82. Lowe J.P. In: Progress in physical organic chemistry, Eds. Streitwieser A. Jr., Taft R.W., New York, Intersciense Publ., 1968, v.6, p. 1-80.

83. Rey A., Kolinski A., Skolnick J., Levine Y.K. Effect of double bonds on the dynamics of hydrocarbon. J. Chem. Phys., 1992, v.97, N.2, p. 1240-1249.

84. Levine Y.K. Monte-Carlo dynamics study of cis and trans unsaturated hydrocarbon chains. Molecular Physics, 1993, v.78, N.3, p.619-628.

85. Рабинович A.J1., Рипатги П.О., Дашевский В.Г. Температурная зависимость конформационных характеристик природных полиненасыщенных углеводородных цепей. Биофизика, 1985, т.30, вып.5, с.802-806.

86. Рабинович АЛ., Рипатги П.О. Равновесная гибкость природных углеводородных цепей. Биофизика, 1990, т.35, вып.5, с.775-778.

87. Рабинович A.JL, Рипатги П.О. Теоретическое изучение гибкости цепей цис-,цис-октадекадиенов. Журн. физической химии, 1991, т.65. №1, с.245-247.

88. Rabinovich A.L., Ripatti P.O. The flexibility of natural hydrocarbon chains with non-methylene-interrupted double bonds. Chem. Phys. Lipids, 1991, v.58, No.3, p.l85-192.

89. Rabinovich A.L., Ripatti P.O. Monte Carlo simulations of hydrocarbon oligomeric chains: shape and dimension characteristics. Proc. SPIE, 2001, v.4348, p.225-236.

90. Niebylski C.D., Salem N., Jr. A Calorimetric Investigation of a Series of Mixed-Chain Polyunsaturated Phosphatidylcholines: Effect of sn-2 Chain Length and Degree of Unsaturation. Biophys. J., 1994, v.67, p.2387-2393.

91. Koynova R., Caffrey M. Phases and phase transitions of the phosphatidylcholines. -Biochim. Biophys. Acta, 1998, v.1376, p.91-145.

92. Seelig A., Seelig J. The dynamics structure of fatty acyl chains in a phospholipid bilayers measured by deuterium magnetic resonance. Biochemistry, 1974, v. 13, p.4839-4845.

93. Seelig A., Seelig J. Bilayers of dipalmitoyl-3-sn-phosphatidylcholine. Conformational differences between the fatty acyl chains. Biochim. Biophys. Acta, 1975, v.406, p.l-5.

94. Seelig J. Deuterium magnetic resonance: Theory and application to lipid membranes. -Q. Rev. Biophys., 1977, v.10, p.353-418.

95. Bloom M., Evans E., Mouritsen O.G. Physical properties of the fluid lipid-bilayer component of cell membranes: a perspective. Q. Rev. Biophys., 1991 v.24, N3, p.293-397.

96. Рабинович А.Д., Рипатти П.О. Внутримолекулярная упорядоченность связей углеводородных цепей липидов. Имитационное моделирование на ЭВМ. -Биофизика, 1997, т.42, вып. 1, с. 138-146.

97. Рабинович A.JL, Рипатти П.О. Моделирование на ЭВМ внутримолекулярной упорядоченности связей цис-октадеценовых цепей. — Биофизика, 1997, т.42, вып.4, с.874-881.

98. Рабинович A.JL, Рипатти П.О. Теоретическое изучение внутримолекулярной упорядоченности связей транс-октадеценовых цепей. Биофизика, 1997, т.42, вып. 4, с.882-888.

99. Rabinovich A.L., Ripatti P.O. Computer simulations of hydrocarbon chains with cis double bonds: an investigation of intramolecular bond order characteristics. — Proc. SPIE, 1998, v.3345, p.202-205.

100. Рабинович A.JL, Рипатти П.О. Внутримолекулярная упорядоченность связей цис-октадекадиеновых цепей природных липидов. Моделирование методом Монте-Карло. Биофизика, 1998, т.43, вып. 2, с.292-298.

101. Рабинович A.JL, Рипатти П.О. Исследование внутримолекулярного упорядочения связей в углеводородных цепях методом Монте-Карло. Журн. физической химии, 1998, т.72, №4, с.681-685.

102. Рабинович A.Jl., Рипатти П.О. О внутримолекулярном упорядочении связей в цис-4,7,10,13,16,19-докозагексаеновой цепи. Доклады Академии Наук, 1999, т.364, №2, с.264-267.

103. Рабинович A.JL, Рипатти П.О. Исследование на ЭВМ внутримолекулярного упорядочения связей: ненасыщенные цепи природных липидов. Биологические мембраны, 1999, т.16, №5, с.563-576.

104. Хочака П., Сомеро Дж. Биохимическая адаптация. М.: Мир, 1988, 568 с.

105. White S. Н., Wimley W. С. Membrane protein folding and stability. Physical principles. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 1999, v.28, p.319-365.

106. Salem N., Kim H.-Y., Yergey J.A. Docosahexaenoic acid: membrane function and metabolism. In: Health Effects of Polyunsaturated Fatty Acids in Seafoods. Eds.: A.P.Simopoupous, R.R.Kiefer, and R.E.Martin. Academic Press, Orlando. 1986, p.263-318.

107. Aveldano M.I. Phospholipid species containing long and very long polyenoic fatty acids remain with rhodopsin after hexane extraction of photoreceptor membranes. -Biochemistry, 1988, v.27, p. 1229-1239.

108. ИЗ. Шульман Г.Е., Юнева T.B. Роль докозагексаеновой кислоты в адаптациях рыб. Гидоробиол. журн., 1990, т.26, №4, с.43-51.

109. Darin-Bennett A., Poulos A., White I.G. The fatty acid composition of the major phosphoglycerides of ram and human spermatozoa. Andrologia, 1976, v.8, p.37-45.

110. Litman B.J., Mitchell D.C. A role for phospholipids polyunsaturation in modulating membrane protein function. Lipids, 1996, v.31, p. 193-197.

111. Levine Y.K. X-ray diffraction studies of membrane. Pergamon Press, Oxford, 1973.

112. Wiener M.C., White S.H. Structure of a fluid dioleoylphosphatidylcholine bilayer determined by joint refinement of x-ray and neutron diffraction data. III. Complete structure. Biophys. J., 1992, v.61, p.437-447.

113. Koenig B.W., Strey H.H., Gawrish K. Membrane lateral compressibility determined by NMR and X-Ray diffraction: effect of acyl chain polyunsaturation. Biophys. J., 1997, v.73, p. 1954-1966.

114. Tristram-Nagle S., Petrache H. I., Nagle J. F. Structure and interactions of fully hydrated DOPC bilayers. Biophys. J., 1998, v.75, p.917-925.

115. Hristova К., White S. H. Determination of the hydrocarbon core structure of fluid DOPC bilayers by x-ray diffraction using specific bromination of the double-bonds: effect of hydration. Biophys. J., 1998, v.74, p.2419-2433.Щ

116. Гусев Д.Г. Н-ЯМР метод исследования динамического состояния модельных и биологических липидных систем. - Биологические мембраны, 1989, т.6, №5, с.453-467.

117. Separovic F., Gawrisch К. Effect of unsaturation on the chain order of phosphatidylcholines in a dioleoylphosphatidylethanolamine matrix. Biophys. J., 1996, v.71, p.274-282.

118. Lange A., Marsh D., Wassmer K.-H., Meier P., Kothe G. Electron spin resonance study of phospholipid membranes employing a comprehensive line-shape model. -Biochemistry, 1985, v.24, p.4383-4392.

119. Bach D. Calorimetric studies of model and natural biomembranes. — In: Biomembrane Structure and Function. Ed.: D.Chapman. Vergal Chemie, Basel. 1984, p.1-41.

120. Pastor R.W., Feller S.E. Time scales of lipid dynamics and molecular dynamics. In: Biological Membranes: A Molecular Perspective from Computation and Experiment. Eds.: K.M. Merz and B. Roux. Birkhauser, Boston. 1996, p.3-29.

121. Feller S.E., Pastor R.W. The length scales of lipid dynamics and molecular dynamics. In: Proceedings of the 1997 Pacific Symposium in Biocomputing. Eds.: Altman R.B., Dunker A.K., Hunter L., Klein Т.Е. World Scientific: Singapore. 1997; p.142-150.

122. Blume A. Dynamic properties. In: Phospholipids Handbook. Ed. G. Cevc. Marcel Dekker, New York. 1993, p.455-509.

123. Egberts E., Marrink S.J., Berendsen H.J.C. Molecular dynamics simulation of a phospholipid membrane. Eur. Biophys. J., 1994, v.22, p.423-426.

124. Ahlstrom P., Berendsen H.J.C. A molecular dynamics study of lecithin monolayers. -J. Phys. Chem., 1993, v.97, N.51, p.13691-13702.

125. Pastor R.W., Venable R.M., Karplus M.J. Brownian dynamics simulation of a lipid chain in a membrane bilayer. Chem. Phys., 1988, v.89, p. 1112-1127.

126. Pastor R.W. Techniques and applications of langevin dynamics simulation. In: Mol. Dyn. of Lipid Crystals. Ed.: Luckhurst G.R., Veracini C.A., Kluwer. 1994, p.85-138.

127. Feller S.E., Zhang Y., Pastor R.W. Brooks B.R. Constant pressure molecular dynamics simulation: The Langevin piston method. J. Chem. Phys., 1995, v. 103, p.4613-4621.

128. Биндер К., Хеерман Д.В. Моделирование методом Монте-Карло в статистической физике. М.: Наука, 1995. - 142 с.

129. Monte Carlo and molecular dynamics simulations in polymer sciense. Ed. Binder K. Oxford University Press, N.Y. Oxford. 1995. - 578 p.

130. Frenkel D., Smit B. Understanding molecular simulation, from algoritms to applications. Academic Press, San Diego. 1996.-443 p.

131. Sadus R.J. Molecular simulations of fluids, theory, algoritms and object-orientation. Elsevier, Amsterdam. 1999. 523 p.

132. Ермаков C.M., Михайлов Г.А. Статистическое моделирование. М.: Наука, 1982.-296 с.

133. Дашевский В.Г., Рабинович A.J1. Конформационный анализ полиненасыщенных макромолекул в растворе. Континуум-модель. -Высокомолек. соед. А., 1983, т.25, № 3, с.544-550.

134. Rabinovich A.L. Computerized theoretical study of local structural properties of polyene and polymethylene chains in solutions. The continuum model. Makromol. Chem., 1991, v.192, N.2, p.359-375.

135. Levine Y.K., Kolinski A., Skolnick J. A lattice-dynamics study of a Langmuir monolayer of monounsaturated fatty acids. J. Chem. Phys., 1993, v.98, p.7581-7587.

136. Rabinovich A.L., Ripatti P.O. Monte Carlo simulations of hydrocarbon oligomeric chains: carbon skeleton cross sectional areas. Proc. SPIE, 2002, v.4627, p. 118-128.

137. Рабинович A.JI., Рипатти П.О. Изучение свойств углеводородных олигомеров методом Монте-Карло. Журн. физической химии, 2002, т.76, с. 1997-2001.

138. Chiu, S.-W., Jakobsson, Е., Subramaniam, S., Scott, H.L. Combined Monte Carlo and molecular dynamics simulation of fully hydrated dioleyl and palmitoyl-oleyl phosphatidylcholine lipid bilayers. Biophys. J., 1999, v.77, p.2462-2469.

139. Chiu, S.-W., Jakobsson, E., Scott, H.L. Combined Monte Carlo and molecular dynamics simulation of hydrated lipid-cholesterol lipid bilayers at low cholesterol concentration. Biophys. J., 2001, v.80, p. 1104-1114.

140. Балабаев H.K. В книге "Метод молекулярной динамики в физической химии". М.: Наука, 1996, с.258-279.

141. Гривцов А.Г. В книге "Метод молекулярной динамики в физической химии". М.: Наука, 1996, с.258-279.

142. Шайтан К.В., Сарайкин С.С. Метод молекулярной динамики. -http://www.moldyn.ru, 1999.

143. IUPAC-IUB Commission on biochemical nomenclature. Journ. of Molec. Biol., 1970, v.52, p.l.

144. MacKerell A. D. Jr., et al. All-atom empirical potential for molecular modeling and dynamics studies of proteins. J. Phys. Chem. В., 1998, v.102, p.3586-3616.

145. Feller S. E., MacKerell A. D. Jr. An improved empirical potential energy function for molecular simulations of phospholipids. J. Phys. Chem. B, 2000, v. 104, p.7510-7515.

146. Foloppe N., MacKerell A. D. Jr. All-atom empirical force field for nucleic acids: 1) Parameter optimization based on small molecule and condensed phase macromolecular target data. J. Comput. Chem., 2000, v.21, p.86-104.

147. Egberts E., Berendsen H.J.C. Molecular dynamics simulation of a smetic liquid crystal with atomic detail. J. Chem. Phys., 1988, v.89, p.3718-3732.

148. Huang P., Perez J.J., Loew G.H. Molecular-dynamics simulations of phospholipid bilayers. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 1994, v.l 1, p.927-956.

149. Shinoda W., Fukada Т., Okazaki S., Okada I. Molecular dynamics simulation of the dipalmitoylphosphatidylcholine (DPPC) lipid bilayer in the fluid phase using the Nose-Parrinello-Rahman NPT ensemble. Chem. Phys. Lett., 1995, v.232, p.308-322.

150. Tu K., Tobias D.J., Klein M.L. Constant pressure and temperature molecular dynamics simulation of a fully hydrated liquid crystalline phase dipalmitoylphosphatidylcholine bilayer. Biophys. J., 1995, v.69, p.2558-2562.

151. Chiu S.-W., Clark M., Balaji V., Subramaniam S., Scott H.L., Jakobsson E., Incorporation of surface tension into molecular dynamics simulation of an interface: A Fluid Phase Lipid Bilayer Mambrane. Biophys. J., 1995, v.69, p.1230-1245.

152. Feller S.E., Zhang Y., Pastor R.W. Computer simulation of liquid/liquid interfaces. II. Surface tension-area dependence of a bilayer and monolayer. J. Chem. Phys.,1995, v. 103, p. 10267-10276.

153. Feller S.E.; Pastor R.W. On simulating lipid bilayers with an applied surface tension: Periodic boundary conditions and undulations. Biophys. J., 1996, v.71, p.1350-1355.

154. Sun F. Constant normal pressure, constant surface tension, and constant temperature molecular dynamics simulation of hydrated 1,2-Dilignoceroylphosphatidylcholine monolayer. Biophys. J., 2002, v.82, p.2511-2519.

155. Jahnig F. What is the surface tension of a lipid bilayer membrane? Biophys. J.,1996, v.71, p. 1348-1349.

156. Tieleman D.P., Berendsen H.J.C. Molecular dynamics simulations of a fully hydrated dipalmitoylphosphatidylcholine bilayer with different macroscopic boundary conditions and parameters. J. Chem. Phys., 1996, v. 105, p.4871-4880.

157. Shinoda W.N., Namiki N., Okazaki S. Molecular dynamics study of a lipid bilayer: convergence, structure and long-time dynamics. — J. Chem. Phys., 1997, v. 106, p.5731-5743.

158. Essman U., Berkowitz M.L. Dynamical properties of phospholipids bilayers from computer simulation. Biophys. J., 1999, v.76, p.2081-2089.

159. Venable R.M., Brooks B.R., Pastor R.W. Molecular dynamics simulation of gel (Lpi) phase lipid bilayers in constant pressure and constant surface area ensembles. — J. Chem. Phys., 2000, v.112, p.4822^1832.

160. La Penna G., Letardi S., Minicozzi V., Morante S., Rossi G.C., Salina G. A simple atomistic model for the simulation of the gel phase of lipid bilayers. Eur. Phys. J. E., 2001, v.5, p.259-274.

161. Allen M.P., Tildesley D.J. Computer simulation of liquids. Oxford, Clarendon press, 1987.

162. Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., van Gunsteren W.F., DiNola A., Haak J.R. Molecular dynamics with coupling to an external bath. J. Chem. Phys., 1984, v.81, p.3684-3689.

163. Lemak A.S., Balabaev N.K. A comparison between collisional dynamics and brownian dynamics. Molecular Simulation, 1995, v. 15, p.223-231.

164. Verlet L. Computer 'experiments' on classical fluids. I. Thermodynamical properties of Lennard-Jones molecules. Phys. Rev., 1967, v. 159, p.98-114.

165. Hockney R.W. The potential calculation and some applications. Methods Comput. Phys., 1970, v.9, p.l 36-211.

166. Hockney R.W., Eastwood J.W. Computer simulation using particles. McGraw-Hill, New York, 1981.

167. Gear C.W. Numerical initial value problems in ordinary different equations. Prentice-Hall, New Jersey, 1971.

168. Berendsen H.J.C., van Gunsteren W.F. In: Molecular Dynamics simulation of statistical mechanical systems, Proc. Soc. Italiana di Fysica, G.Ciccotti, W.G.Hoover, Eds. North-Holland, Amsterdam, 1986, v.XCVII, p.43.

169. Monte-Carlo and molecular dynamics simulations in polymer science. Ed.: Binderk, New-York, Oxvord Un. Press, 1995.

170. Frenkel D., Smit B. From algorithms to application. San Diego, Acad. Press, 1996.

171. Berendsen H.J.C. Reality simulation observe while it happens. - Science, 2001, v.294, p.2304-2305.180. van der Ploeg P., Berendsen H.J.C. Molecular dynamics simulations of a bilayer membrane. J. Chem. Phys., 1982, v.76, p.3271-3276.

172. Egberts E. Molecular dynamics simulation of multibilayer membranes (PhD Thesis).- Groningen: University of Groningen, 1988.

173. Klein M.L. Conformations of flexible molecules in fluid phases. Journal of the Chemical Society, Faraday Transactions, 1992, v.88, N.13, p.1701-1705.

174. Berkowitz M.L., Raghavan K. Computer simulation of a water/membrane interface.- Langmuir, 1991, v.7, p.1042-1044.

175. Damodaran K.V., Merz K.M.Jr., Gaber B.P. Structure and dynamics of the dilauroylphosphatidylethanolamine lipid bilayer. Biochemistry, 1992, v.31, N.33, p.7656-7664.

176. Shelley J.C., Shelley M.Y., Reeder R.C., Bandyopadhyay S., Moore P.B., Klein M.L. Simulations of phospholipids using a coarse grain model. J. Phys. Chem. B, 2001, v.105, p.9785-9792;

177. Lopez F.C., Moore P.B., Shelley J.C., Shelley M.Y., Klein M.L. Computer simulation studies of biomembranes using a coarse grain model. Computer Physics Communications, 2002, v. 147, p. 1-6.

178. Fukunaga H., Takimoto J., Doi M. A coarse-graining procedure for flexible polymer chains with bonded and nonbonded interactions. J. Chem. Phys., 2002, v. 116, p.8183-8190.

179. Heller H., Schaefer M., Schulten K. Molecular dynamics simulation of a bilayer of 200 lipids in the gel and in the liquid-crystal phases. -J. Phys. Chem., 1993, v.97, p.8343-8360.

180. Stouch T.R. Lipid membrane structure and dynamics studied by all-atom molecular dynamics simulations of hydrated phospholipid bilayers. Mol. Simul., 1993, v. 10, p.335-362.

181. Damodaran K.V., Merz K.M., Jr. A comparison of DMPC- and DLPE-based lipid bilayers. Biophys. J., 1994, v.66, p. 1076-1087.

182. Perera L., Essmann U., Berkowitz M.L. Role of water in the hydration force acting between lipid bilayers. Langmuir, 1996, v. 12, p.2625-2629.

183. Essmann U., Perera L., Berkowitz M.L. The origin of the hydration interaction of lipid bilayers from MD simulation of dipalmitoylphosphatidylcholine membranes in gel and ciystalline phases. Langmuir, 1995, v. 11, p.4519-4531.

184. Alper H.E., Bassolino D., Stouch T.R. Computer simulation of a phospholipid monolayer-water system: the influence of longrange forces of water structure and dynamics. J. Chem. Phys., 1993, v.98, p.9798-9807.

185. Marrink S.J., Berkowitz M., Berendsen H.J.C. Molecular dynamic simulation of a membrane/water interface: The ordering of water and its relation to the hydration force. Langimir, 1993, v.9, p.3122-3133.

186. Van Buren A.R., Marrink S.-J., Berendsen H.J.C. Characterization of aqueous interfaces with different hydrophobicities by molecular dynamics. Colloid Surf. A., 1995, v.102, p.143-157.

187. Wilson M.A., Pohorille A. Molecular dynamics of a water-lipid bilayer interface. J. Am. Chem. Soc., 1994, v.116, p.1490-1501.

188. Zhou F., Schulten K. Molecular dynamics study of a membrane-water interface. J. Phys. Chem., 1995, v.99, p.2194-2207.

189. Israelachvili J.N., Wennerstrom H. Role of hydration and water structure in biological and colloidal interactions. Nature, 1996, v.379, p.219-225.

190. Essmann U., Perera L., Berkowitz M.L., Darden T., Lee H., Pedersen L.G. A smooth particle mesh ewald method. J. Chem. Phys., 1995, v. 103, p.8577-8593.

191. Darden T., York D., Pedersen L. Particle mesh Ewald: an Nlog(N) method for Ewald sums in large systems. J. Chem. Phys., 1993, v.98,10089-10092.

192. Luty B.A., Tironi L.G., van Gunsteren W.F. Lattice-sum methods for calculating electrostatic interactions in molecular simulations. J. Chem. Phys., 1995, v. 103, p.3014-3021.

193. Feller S.E., Pastor R.W., Rojnuckarin A., Bogusz S., Brooks B.R. Effect of electrostatic force truncation on interfacial and transport properties of water. J. Phys. Chem., 1996, v. 100, p. 17011 -17020.

194. Tu K., Tobias D.J., Blasie K., Klein M.L. Molecular dynamics investigation of the structure of a fully hydrated gel-phase dipalmitoylphosphatidylcholine bilayer. -Biophys. J., 1996, v.70, p.595-608.

195. Hyvonen M., Ala-Korpela M., Vaara J., Rantala T.T., Jokisaari J. Effects of two double bonds on the hydrocarbon interior of a phospholipid bilayer. Chem. Phys. Lett., 1995, v.246, p.300-306.

196. Hyvonen M.T., Rantala T.T., Ala-Korpela M. Structure and dynamics propeties of diunsaturated l-palmitoyl-2-linoleoyl-sn-glycero-3-phosphatidylcholine lipid bilayer from molecular dynamics simulation. Biophys. J., 1997, v.73, p.2907-2923.

197. Feller S.E., Yin D., Pastor R.W., MacKerell A.D. Jr. Molecular dynamics simulation of unsaturated lipid bilayers at low hydration: parameterization and comparison with diffraction studies. Biophys. J., 1997, v.73, p.2269-2279.

198. Armen R.S., Uitto O.D., Feller S.E. Phospholipid component volumes: determination and application to bilayer structure calculations. Biophys. J., 1998, v.75, p.734-744.

199. Wilson M.A., Pohorille A. Mechanism of unassisted ion transport across membrane bilayers. J. Am. Chem. Soc., 1996, v.l 18, p.6580-6587.

200. Man-ink S.J. Permeation of small molecules across lipid membranes. Ph.D. Thesis, University of Groningen, 1994.

201. Man-ink S.J., Berendsen H.J.C. Permeation process of small molecules across lipid membranes studied by molecular dynamics simulations. J. Phys. Chem., 1996, v. 100, p. 16729-16738.

202. Marrink S.J., Jahnig F., Berendsen H.J.C. Proton transport across transient single-file water pores in a lipid membrane studied by molecular dynamics simulations. -Biophys. J., 1996, v.71, p.632-647.

203. Damodaran K.V., Merz K.M. Jr., Gaber B.P. Interaction of small peptides with lipid bilayers. Biophys. J., 1995., v.69, p. 1299-1308.

204. Huang P., Loew G.H. Interaction of an amphiphilic peptide with a phospholipid bilayer surface by molecular dynamics simulation study. J. Biomol. Struct. Dyn., 1995, v.l 2, p.937-956.

205. Woolf T.B., Roux B. Structure, energetic, and dynamics of lipid-protein interactions: a molecular dynamics study of the gramicidin A channel in a DMPC bilayer. -Proteins, 1996, v.24, p.92-114.

206. Zhou F., Schulten K. Molecular dynamics study of phospholipase A on a membrane surface. Proteins Struct. Funct. Genet., 1996, v.25, p. 12-27.

207. Balabaev N.K., Rabinovich A.L., Ripatti P.O. Molecular dynamics simulations of isolated molecules of polyunsaturated lipids. Proc. SPIE, 1998, v.3345, p.202-205.

208. Stouch T.R., Ward K.B., Altieri A., Hagler A.T. Simulations of lipid crystals: characterization of potential energy functions and parameters for lecithin molecules. -Journal of Computational Chemistry, 1991, V.12, N.8, p.1033-1046.

209. Kim E.G., Mattice W.L. Local chain dynamics of bulk amorphous polybutadienesA Amolecular dynamics study. J. Chem. Phys., 1994, v. 101, p.6242-6254.

210. Корнилов B.B., Балабаев H.K., Рабинович А.Л. Молекулярно-динамическое изучение свойств упорядочения связей ненасыщенных липидов в монослоях при различных условиях моделирования. Журнал физической химии, в печати.

211. Davis J.H. The description of membrane lipid conformation, order and dynamics by 2H-NMR. Biochim. Biophys. Acta, 1983, v.737, p.l 17-171.

212. Smitch I.C.P. Conformational and motional properties of lipids in biological membranes ae determined by deuterium magnetic resonance. In: M. Kates and L.A. Manson (eds.), Biomembranes, Plenum Press, Ney York, 1984, v.12, p.l33-168.

213. Sankaram M.B., Thompson Т.Е. Modulation of phospholipid acyl chain order by cholesterol. A solid-state 2H-NMR study. Biochemistry, 1993, v.32, p.5394-5410.

214. Lu D., Vavasour I., Morrow M.R. Smoothed acyl chain orientational order parameter profiles in dimiristoylphosphatidylcholine-distearoylphosphatidylcholine mixtures: a 2H-NMR study. Biophys. J., 1995, v.68, p.574-583.

215. Ranee M., Jeffrey K.R., Tulloch A.P., Butler K.W., Smitch I.C.P. Orientational order of unsaturated lipids in the memranes of Acholeplasma laidlawii as observed by 2H-NMR. Biochim. Biophys. Acta, 1980, v.600, p.245-262.

216. Pearce L.L., Harvey S.C. Langevin dynamics studies of unsaturated phospholipids in membrane enviroment. Biophys. J., 1993, v.65, p. 1084-1092.

217. Fattal D.R., Ben-Shaul A. Mean-Field Calculations of chain packing and conformational statistics in lipid bilayers: comparison with experiments and molecular dynamics studies. Biophys. J., 1994, v.67, p.983-995

218. Douliez J.-P., Leonard A., Dufourc E.J. Restatement of order parameters in biomembranes: Calculation od C-C bond order parameters from C-D quadrupolar splitting. Biophys. J., 1995, v.68, p. 1727-1739.

219. Douliez J.-P., Ferrarini A., Dufourc E.-J. On the relationship between C-C and C-D order parameters and its use for studying the conformation of lipid acyl chains in biomembranes. J. Chem. Phys., 1998, v. 109, p.2513-2518.

220. Корнилов B.B., Рабинович A.JL, Балабаев H.K. Моделирование структуры и динамики монослоёв ненасыщенных липидов. В сб. "Структура и динамика молекулярных систем". Йошкар-Ола, 2001, вып. VIII, ч.1, с.20-24.

221. Nagle J.F., Zhang R., Tristram-Nagle S., Petrache H., Suter R.M. X-ray structure determination of fully hydrated La phase DPPC bilayers. Biophys. J., 1996, v.70, p.1419-1431.

222. Rawicz W., Olbrich K.C., Mcintosh Т., Needham D., Evans E. Effect of chain length and unsaturation on elasticity of lipid bilayers. Biophys. J., 2000, v.79, p.328-339.

223. Pfeiffer W., Henkel Т., Sackman E., Knoll W., Richter D. Local dynamics of lipid bilayers studied by incoherent quasi-elastic neutron scattering. Europhys. Lett., 1989, v.8, p.201-206.

224. Байкерев Р.Ф., Филиппов A.B., Исмаев И.Э. Динамическая гетерогенность липидов в системе диэтиловый эфир-вода-лецитин. — Биофизика, 1996, т.41, с.1227-1233.

225. Филиппов А.В., Хакимов A.M., Дорогиницкий М.М., Скирда В.Д. Ограниченная самодиффузия лецитина в системе лецитин-вода. Коллоиднй журнал, 2000, т.62, с.700-706

226. Essmann U., Berkowitz M.L. Dynamical properties of phospolipid bilayers from computer simulation. Biophys. J., 1999, v.76, p.2081-2089.

227. Schmelter R., Geiger A. MD simulation of a phospholipid bilayer. — In: High Perfomance Computing in Science and Engineering, Eds. Wanse E., Zeger W., Springer- Verlag, 1999.

228. Filippov A., Oradd G., Lindblom G. Influence of cholesterol and water content on phospholipid lateral diffusion in bilayers. Langimir, 2003, v. 19, p.6397-6400.

229. Filippov A., Oradd G., Lindblom G. Domain formation and lateral self-diffusion in lipid bilayers. In Abstracts / Magnetic Resonance Imaging, 2003, v.21, p.443.

230. Demel R.A., Geurts van Kessel W.S.M., van Deenen L.L.M. The properties of polyunsaturated lecithins in monolayers and liposomes and the interactions of these lecithins with cholesterol. Biochim. Biophys. Acta, 1972, v.266, p.26-40.

231. Ghosh D., Tinoco J. Monolayer interactions of individual lecithins with natural sterols. Biochim. Biophys. Acta, 1972, v.266, p.41-49.

232. Evans R.W., Tinoco J. Monolayers of sterols and phosphatidylcholines containing a 20-carbon chain. Chem. Phys. Lipids, 1978, V.22, p.207-220.

233. Zerouga M., Jenski L.J., Stillwell W. Comparison of phospatidylcholines containing one or two docosahexaenoic acyl chains on propeties of phospholipid monolayers and bilayers. Biochim. Biophys. Acta, 1995, v. 1236, p.266-272.

234. Feng S., MacDonald R.C. Effects of chain unsaturation on the equation of state for lipid monalyers at the air-water interface. Biophys. J., 1995, v.69, p.460-469.