Модель генетического нокдауна соматического цитохрома c мыши тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.03.04, кандидат наук Шилов Евгений Сергеевич

• Шилов Евгений Сергеевич
• кандидат наук
• 2015

Оглавление диссертации кандидат наук Шилов Евгений Сергеевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ_2

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОПРЕДЕЛЕНИЙ_4

ВВЕДЕНИЕ_5

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ_8

1.1 Место цитохрома c в регуляции процессов

жизнедеятельности клетки_8

1.2 Цитохром с, вариабельность его структуры

и связанные с ним генетические модели_15

1.3 Значение процессов, в которых участвует

цитохром с, для различных клеток иммунной системы_25

1.4 Избирательное редактирование генома в определенных типах клеток in vivo и генетические модели

митохондриальных заболеваний_32

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ_38

2.1 Материалы_38

2.2 Методы клеточной биологии_40

2.3 Методы молекулярной биологии_43

2.4 Статистическая обработка данных_46

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ_47

3. 1 Описание модели с различными вариантами

кондиционного нокдауна гена Cycs_47

3.2 Влияние снижения количества цитохрома c

на жизнеспособность мышей_51

3.3 Определение механизма снижения количества цитохрома с и оценка этого количества в клетках иммунной системы_54

3.4 Анализ жизнеспособности цитохромдефицитных лимфомиелоидных клеток _60

3.5 Влияние снижения количества цитохрома c на клеточный

метаболизм и апоптоз_63

2

3.6 Проверка иммунных функций цитохромдефицитных

макрофагов_68

3.7 Обсуждение дыхательной функциональности

цитохромдефицитных клеток_71

ЗАКЛЮЧЕНИЕ_74

ВЫВОДЫ_77

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ_78

БЛАГОДАРНОСТИ_97

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОПРЕДЕЛЕНИЙ

АФК - активные формы кислорода

АТФ - аденозинтрифосфат

МЭФ - мышиные эмбриональные фибробласты

ПЦР - полимеразная цепная реакция

п.н. - пары нуклеотидов

ФНО (TNF) - фактор некроза опухолей

ЭПР - эндоплазматический ретикулюм

BCR - B-клеточный рецептор

CD - cluster of differentiation - поверхностные молекулы лейкоцитов CDP - commited dendritic progenitor -коммитированый предшественник миелоидных дендритных клеток

DN - double negative - тимоцит, не имеющий на своей поверхности маркеров CD4 и CD8

MPT - mitochondrial permeability transition - переход к пермеабилизации митохондрий

NADH - востановленный никотинамидаденозиндинуклеотид

THC - тромбоцитопения

wt - wild type (аллель дикого типа)

Остатки аминокислот в зависимости от контекста обозначены трехбуквенными либо однобуквенными сокращениями Дни мышиного онтогенеза: E - эмбриональный период, Р -постнатальный период

Генетический нокаут - удаление гена-мишени либо полное подавление его функции.

Генетический нокин - нуклеотидная замена последовательности гена-

мишени, приводящая к изменению аминокислотной последовательности

кодируемого белка.

Генетический нокдаун - снижение экспрессии гена-мишени с

сохранением его кодирующей последовательности.

4

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Модель генетического нокдауна соматического цитохрома c мыши»

ВВЕДЕНИЕ

Исследования биологических систем зачастую осложняются тем, что одни и те же белки в живых организмах могут иметь в отдельных типах клеток или в разные периоды онтогенеза различающиеся функции, количество и свои собственные особенности регуляции. Иногда изучение отдельных функций белков в определенных типах клеток методом нарушения функции представляется невозможным из-за летального эффекта такого нарушения для организма в целом. Для того чтобы обойти эту проблему, применяют методы обратной генетики, основанные на использовании прецизионного редактирования генома в отдельных типах клеток либо в определенный момент времени. Для подобного редактирования можно использовать высокоспецифичные рекомбиназы, экспрессия которых регулируется тканеспецифическими промоторами, и трансгены-мишени, фланкированные последовательностями нуклеотидов, узнаваемыми этими рекомбиназами, например, рекомбиназу Сге, впервые использованную для кондиционного генетического нокаута в лаборатории Клауса Раевского (Ои & а!., 1993). Такой подход позволяет преодолеть проблему летальности, вызванной полным нарушением функции гена-мишени во всех клетках организма, и позволяет исследовать отдельные частные функции генов и их белковых продуктов в определенных типах клеток на определенных этапах развития. В то же время вместе с высокой продуктивностью такого подхода необходимо отметить довольно большую сложность его реализации на уровне животных объектов. Создание новых животных моделей на основе кондиционных генетических дефектов представляется оправданным в отношении белка, обладающего несколькими различающимися функциями и возможной клинической значимостью нарушения их функций.

Обоим этим условиям удовлетворяет цитохром с - один из наиболее

пристально изучаемых эукариотических белков на протяжении последних

десятилетий. Это один из первых белков, для которого была получена полная

5

аминокислотная последовательность (Margoliash et al., 1961), трехмерная структура (Dickerson et al., 1967) и построено первое филогенетическое дерево (Margoliash, 1963). Цитохром c представляет собой небольшой гемсодержащий белок, который необходим для функционирования электрон-транспортной цепи митохондрий (Cooper, Lehninger, 1956), участвует в активации внутреннего пути апоптоза (Liu et al., 1996), а также способствует обезвреживанию эндогенной перекиси водорода при помощи цитохром с-пероксидазы (Yonetani, Ray, 1965) и имеет несколько других минорных функций. В норме цитохром с находится в межмембранном пространстве митохондрий, где служит переносчиком электронов между комплексами III и IV дыхательной цепи, а в случае выхода из митохондрий в цитоплазму взаимодействует с белком Apaf-1 и стимулирует образование апоптосомы - комплекса, активирующего каспазу-9. Интересно, что сам цитохром с был описан дважды, Чарльзом МакМанном в 1886 году под названием «гистогематин» (MacMunn, 1886), и Дэвидом Кейлин в 1925 под современным названием (Keilin, 1925). Именно Кейлин впервые описал участие цитохрома с во внутриклеточных окислительно-восстановительных процессах за счет изменения степени окисления иона железа в составе гема. Некоторые ранние опыты с этим белком представляются нам сейчас странными и бессмысленными, например, эксперименты по внутривенному и внутримышечному введению экзогенного цитохрома с в организмы крыс, кроликов и собак (Proger et al., 1945). Что интересно, выводами той работе 70-летней давности стали утверждения о том, что цитохром с содержится в тканях в недостаточном количестве для обеспечения функций цитохром-оксидазы, цитохром с может мобилизоваться тканями из кровотока, после чего в них повышается потребление кислорода и нормализуется метаболизм. С современной точки зрения очевидна абсурдность второго утверждения, однако и первое утверждение является неверным, доказательством чему является данная диссертационная работа.

Цитохром c является весьма консервативным белком, причем ряд исследований in vitro и in vivo с использованием генно-инженерных животных показывает важность для сохранения его функций некоторых ключевых аминокислотных остатков (Kulikov et al., 2012). Исследования последних лет показали, что при отсутствии цитохрома c в митохондриях не происходит сборки функциональных комплексов дыхательной цепи (Vempaty et al., 2009). Полный генетический нокаут цитохрома c приводит к гибели мышиных эмбрионов к середине периода внутриутробного развития (Li et al., 2000). Популяционно-генетические исследования выявили у человека две изоформы цитохрома c, G41S (Morison et al., 2008) и Y48H (De Rocco et al., 2014), в гетерозиготном состоянии обе мутации приводят к тромбоцитопении. И дыхательная, и проапоптотическая функции цитохрома c в контексте их нарушений представляют интерес для клеточной биологии и медицины.

Особый интерес связан с использованием цитохрома c для моделирования митохондриальных заболеваний. Как правило, эти заболевания связаны с мутациями генов, расположенных в геноме митохондрий. При этом митохондриальные заболевания затрагивают строго определенные типы клеток и отличаются по своей симптоматике (Rossignol et al., 1999). С учетом того, что генная инженерия надежно позволяет манипулировать ядерными генами в разных типах клеток, представляется перспективной разработка на модельных животных генетической модели, имитирующей митохондриальные заболевания с использованием технологии кондиционного нокдауна ядерных генов, таких как ген Cycs. Этот подход и был реализован в настоящей диссертационной работе.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Место цитохрома c в регуляции процессов жизнедеятельности

клетки

Цитохром c имеет несколько различающихся функций и обладает способностью связываться с множеством белков-партнеров, а также с липидами и нуклеиновыми кислотами. Очевидно, что не все такие взаимодействия функциональны и специфичны, однако нельзя исключать, что наши текущие представления о роли этого белка в регуляции процессов жизнедеятельности клетки могут в ближайшие время измениться, подобно тому как они изменились после идентификации цитохрома c в качестве индуцирующего апоптоз белкового фактора Apaf-2, партнера Apaf-1. На данный момент известны два партнера с наибольшим временем жизни комплексов с цитохромом с: белок Apaf-1 и липид кардиолипин.

В процессе активации внутреннего пути апоптоза цитохром c должен

выйти из межмембранного пространства митохондрий вместе с несколькими

другими проапоптотическими белками, такими как Smac и Omi. При этом

выход может осуществляться различными путями: при разрыве внешней

мембраны митохондрии в случайном месте после поступления в матрикс

большого количество осмотических веществ и воды (Munoz-Pinedo et al.,

2006); через так называемую MPT-пору, включающую в себя потенциал-

зависимый транспортер анионов VDAC, транслоказу аденозиновых

нуклеозидфосфатов ANT и пролин-изомеразу матрикса - циклофилин D

(Crompton et al., 1999); а также через пору, образованную белками ВАХ/ВАК

(Wei et al., 2001). В цитоплазме цитохром c связывается с белком Apaf-1,

который для активации апоптоза должен находиться в изоформе XL и иметь

13 WD40-повторов на C-конце (Benedict et al., 2000). Взаимодействие Apaf-1

и цитохрома c осуществляется посредством электростатических контактов, в

которых участвуют боковые цепи лизина цитохрома c и остатки

аспарагиновой кислоты из состава доменов WD40. Связывание носит

временный характер и необходимо для проявления АТФазной активности

8

Apaf-1, а также для олигомеризации семи молекул этого белка в апоптосому - инициирующий апоптоз молекулярный комплекс, напоминающий по форме колесо со спицами (Cain, 2003). После этого к субъединицам Apaf-1 за счет гомотипического взаимодействия CARD-доменов присоединяются молекулы прокаспазы-9, которые протеолитически активируются и входят в состав апоптосомы в виде каспазы-9, в то время как цитохром с покидает апоптосому (Acehan et al., 2002). Активированная апоптосома приобретает способность расщеплять прокаспазы 3 и 7, которые становятся эффекторными каспазами 3 и 7 и, в свою очередь, обеспечивают протеазную активность, необходимую для последуюших событий апоптоза (Shiozaki et al., 2001). Последовательность событий, связанная с участием цитохрома с во внутреннем пути активации апоптоза, отражена на Рис. 1. При этом необходимо отметить, что выход цитохрома с из митохондрий, во-первых, не всегда является необходимым для индукции внутреннего пути апоптоза, а во-вторых, не обязательно приводит к апоптозу, и может быть частью нормальной программы дифференцировки клеток (Xiong et al., 2014). Так, например, активация NMDA-рецепторов в нейронах гиппокампа приводит к слабой пермеабилизации митохондрий и выходу в цитоплазму некоторого количества цитохрома c, однако вызывает не апоптоз, а долговременную синаптическую депрессию этих нейронов (Li et al., 2010). В свою очередь клетки, лишенные Apaf-1, либо каспазы-9, либо Bax и Bak были устойчивы к апоптозу, вызываемому стрессом ЭПР, повреждением ДНК и подавлением синтеза белка, однако претерпевали апоптоз в ответ на ингибитор протеинкиназ стауроспорин (Imao, Nagata, 2013). Таким образом, активация внутреннего пути апоптоза возможна и без участия цитохрома c и Apaf-1, поскольку после пермеабилизации наружной мембраны митохондрии в цитоплазму выходят также митохондриальный флавопротеин AIF и эндонуклеаза G, способные к каспазонезависимой активации апоптоза (Ekert and Vaux, 2005).

Рисунок 1. Участие цитохрома с в индукции апоптоза (по Ow et al., 2008, с изменениями). Слева показана клетка в нормальных условиях, справа - индукция апоптоза. Активированные проаптотические белки показаны красным, неактивированные - желтым, ингибирующие апоптоз белки обозначены синим.

Одним из важнейших лигандов цитохрома с является кардиолипин, уникальный липид внутренней мембраны митохондрий, обладающий четырьмя ацильными хвостами. До 20% от общего количества цитохрома с в клетке может быть связано с внутренней митохондриальной мембраной за счет кардиолипина (Kagan et al., 2004). Кардиолипин может взаимодействовать с цитохромом с при помощи одного из остатков жирной кислоты, заходящей в гидрофобный карман этого белка, (Tuominen et al., 2002) или сразу двух остатков жирных кислот (Sinibaldi, et al., 2010), либо при помощи отрицательно заряженной полярной головки, электростатически связывающейся с многочисленными аминогруппами лизина и аргинина (Rytomaa and Kinnunen, 1994). Участок цитохрома с, отвечающий за гидрофобное взаимодействие с кардиолипином, носит название С-сайт связывания, а отвечающий за электростатическое - А-сайт связывания. При

этом цитохром с обладает способностью катализировать перекисное окисление кардиолипина, что позволяет реализовать функциональную обратную связь: окисленный кардиолипин теряет сродство к цитохрому и тот может более легко покинуть межмембранное пространство митохондрии после пермеабилизации ее внешней мембраны (Kagan et al., 2005). Такое свойство цитохрома с может обеспечивать механизм синхронизации его выхода из межмембранного пространства митохондрий в процессе внутреннего пути индукции апоптоза (Ott et al., 2007). Возможно, иммобилизованный на мембране посредством кардиолипина цитохром с может регулировать также работу дыхательной цепи, поскольку цитохром-оксидаза также обладает несколькими сайтами связываний кардиолипина (Arnarez et al., 2013), следовательно, кардиолипин может выступать в качестве якоря, удерживающего цитохром с в непосредственной близости от электрон-акцепторного сайта цитохром-оксидазы.

Нужно отметить, что взгляды на архитектуру и функционирование

дыхательной цепи в начале XXI века претерпели некоторые изменения по

сравнению с классическим представлениями, возникшими около 50 лет

назад. В работе Шеггера и Пфайфер в 2000 году (Schagger and Pfeiffer, 2000)

была предложена модель респирасомы, единого суперкомплекса,

включающего в себя отдельные комплексы электрон-транспортной цепи. В

дальнейшем существование респирасом было подтверждено несколькими

независимыми группами исследователей, а структура дыхательного

суперкомплекса, выделенного из сердца быка, была определена методом

рентгеноструктурного анализа в работе Дудкиной и коллег (Dudkina et al.,

2011). Показано, что респирасома состоит из двух единиц комплекса III

дыхательной цепи и одиночных комплексов цитохром-оксидазы и NADH-

дегидрогеназы. При этом расстояния, которые должны проходить

низкомолекулярные переносчики электронов от комплекса донора к

комплексу акцептора, становятся экстремально малыми. Так, убихинол,

восстановленная форма убихинона, в респирасоме перемещается от

11

связывающей поверхности комплекса I до цитохрома Ь в составе комплекса III всего на 13 нанометров, а цитохром с между III и IV комплексом - на 10 нанометров в составе респирасомы (Биёкта et а!., 2011), и всего на 4 нанометра в составе суперкомплекса Ш2 + IV (Иетешеуег et а1., 2007). Считается, что такая плотная структурная упаковка отдельных молекул в составе суперкомплексов и такие малые расстояния миграции для переносчиков электронов способствуют более эффективному функционированию дыхательной цепи. В целом, сосуществование в одной митохондрии и отдельных комплексов дыхательной цепи, и её суперкомплексов, между которыми могут мигрировать убихинон и цитохром с, может повышать гибкость её регуляции в условиях различных концентраций окисляемых субстратов (Ьариеп1е-Вгип et а!., 2013). Схемы организации электронно-транспортной цепи до и после открытия респирасомы представлены ниже на Рис. 2. При этом до настоящего момента неизвестно, насколько плотно ассоциированы с респирасомой или другими дыхательными суперкомплексами убихинон и цитохром с. Значение цитохрома с для функционирования респирасомы до настоящего времени так же не выяснено, однако предполагается, что стадия переноса электронов с цитохрома с на цитохром-оксидазу и накопления четырех электронов для передачи их молекулярному кислороду, является лимитирующей для скорости работы всей дыхательной цепи ^Шаш, Лйагё1, 1997).

Рисунок 2. Эволюция структурных представлений о функционировании и пластичности дыхательной цепи (по Acin-Perez and Enriquez, 2014, с изменениями).

Жидкостная модель отражает представления о свободной диффузии переносчиков электронов между отдельными независимыми комплексами. Респирасома показана в ассоциации с АТФ-синтазой. Пластическая модель дыхательной цепи сочетает в себе набор суперкомплексов дыхательной цепи различного состава и некоторое количество отдельных независимых друг от друга комплексов. Геометрические фигуры обозначают отдельные комплексы дыхательной цепи. Тонкие стрелки показывают генерацию и использование протонного градиента внутренней мембраны митохондрий, толстая стрелка обозначает возможность динамической сборки и разборки суперкомплекса. Вопросительным знаком отмечены комплексы, существование которых постулируется, но еще не доказано экспериментально.

Цитохром с необходим для образования дисульфидных связей в белках межмебранного пространства митохондрии, поскольку на него передаются электроны от белка Егу1, обслуживающего тиол-оксидазу М1а40, которая окисляет два остатка цистеина до цистина (СИастБка а!., 2004). При этом оба белка Егу1 и М1а40 сами содержат цистеины, которые способны к обратимому окислению и восстановлению (А^ & а!., 2014). Цитохром с может также получить электрон в процессе обезвреживания супероксид

анион-радикала, при этом происходит регенерация молекулярного кислорода (Korshunov et al., 1999). Еще одним способом борьбы с АФК в митохондриях является разложение перекиси водорода цитохром с-пероксидазой (Yonetani, Ray, 1965). Этот белок содержит гем, который окисляется перекисью водорода, а для регенерации гема необходимы электроны, принимаемые от цитохрома с. В дрожжевой системе было показано, что для этого процесса являются критическими остатки Arg13 цитохрома и Tyr39 пероксидазы (Volkov et al., 2009). В свою очередь, цитохром с также может участвовать в генерации активных форм кислорода, окисляя белок p66Shc, относящийся к Src-семейству (Nemoto et al., 2006). Интересно, что p66Shc в отличие от своих гомологов является не адаптерным белком, а оксидоредуктазой межмембранного пространства митохондрий, которая генерирует перекись водорода (Giorgio et al., 2005). Таким образом, цитохром с является ключевым переключателем между утилизаций и генерацией АФК в митохондрии. Вышеописанные белки и ряд других лигандов цитохрома с более подробно описаны в обзоре Диаз-Моррено и коллег (Diaz-Moreno et al., 2011b). Относительно других лигандов цитохрома с следует отметить, что этот белок способен связывать полианионы, такие как полинуклеотиды, АТФ и АДФ (Ferguson-Miller et al., 1976), а также различные тРНК (Mei et al., 2010). При этом связывание тРНК в цитоплазме препятствует взаимодействию с Apaf-1 и образованию апоптосомы (Mei et al., 2010), а связывание с АТФ в митохондриях негативно регулирует перенос электронов на цитохром-оксидазу (Craig, Wallace, 1995), а в цитоплазме - препятствует образованию апоптосомы (Chandra et al., 2006). Учитывая большое число взаимодействующих партнеров как в митохондрии, так и в цитоплазме, для цитохрома с была предложена концепция сигналосомы - совокупности комплексов, в образовании которых принимает участие цитохром с. Партнеры цитохрома с и его основные взаимодействия представлены на Рис. 3. Предполагается, что цитохром с - сигналосома служит для

гомеостатирования уровня АФК в митохондриях (Diaz-Moreno et al., 2011b).

14

Цитоплазма

Апоптосома

Рисунок 3. Основные взаимодействия цитохрома c и его партнеров (по Díaz-Moreno et al., 2011b, с изменениями). Цитохром с обозначен как Сс, цитохром с-пероксидаза обозначена СсР. Пунктирные стрелки показывают перенос электронов, сплошные стрелки показывают взаимодействия молекул и их перемещения.

1.2 Цитохром с, вариабельность его структуры и связанные с ним

генетические модели

Почти все белковые компоненты дыхательной цепи, в том числе и цитохром с, кодируются ядерными генами, синтезируются рибосомами в цитоплазме и затем экспортируются в митохондрии. Цитоплазматический апоцитохром с сам по себе не способен ни переносить электроны, ни стимулировать образование апоптосомы, однако после того как митохондриальный фермент холоцитохром-с-синтаза присоединяет к белку молекулу гема b, получившийся холоцитохром с становится функционально активным (Mavridou et al., 2013). У многих животных этот белок существует в нескольких изоформах, так, у грызунов есть два гена цитохрома с, Суся и Суrf, кодирующие соответственно его соматическую и тестикулярную изоформы (Hake et al., 1994). Дивергенция генов цитохрома с произошла до разделения предков птиц и млекопитающих, однако у общего предка приматов работа тестикулярного гена была нарушена нонсенс-мутацией

(Pierron et al., 2011). Тестикулярная форма цитохрома c экспрессируется только в созревающих мужских гаметах в ходе сперматогенеза, в то время как соматическая форма экспрессируется во всех клетках в ходе всего онтогенеза с момента активации генов эмбриона (Hennig, 1975). Оба белка способны выполнять один и тот же набор функций, причем тестикулярный цитохром с оказался более эффективен, чем соматический, в in vitro тестах на индукцию апоптоза и утилизацию активных форм кислорода (Liu et al., 2006). У цитохрома с в геномах млекопитающих также иммется множество псевдогенов, в том числе 49 псевдогенов у человека, и более 40 - у мышей (Zhang, Gerstein, 2003).

У почкующихся дрожжей S. cerevisiae также существуют две изоформы

цитохрома с, которые отличаются друг от друга уровнем экспрессии

(Sherman et al., 1965), и кодируются двумя разными генами, CYC1 и CYC7

(Downie et al., 1977). Примерно 95% общего количества это белка дрожжевой

клетки приходится на изоформу 1, и только 5% - на изоформу 2. В то же

время известно, что дрожжи с мутациями cyc1, нарушающими работу

изоформы 1 цитохрома с, способны поддерживать работу дыхательной цепи

посредством оставшегося небольшого количества белка изоформы 2

(Sherman et al., 1974). При этом критерием, позволяющим отличить мутантов

по гену CYC1, кодирующему эту мажорную изоформу, от двойных мутантов

или мутантов по другим, уникальным генам белков дыхательной цепи,

является способность дрожжей расти на среде с глицеролом либо этанолом в

качестве единственного метаболического субстрата. Что интересно,

повышение экспрессии CYC7 в 20-30 раз в результате делеции регуляторной

области CYC7-H3 приводило к росту чувствительности дрожжевых клеток к

ультрафиолетовому излучению и другим индуцирующим клеточную гибель

воздействиям, однако это было связано с нарушениями работы сцепленных

генов RAD23 и ANP1, но не проапототическим действием самого цитохрома

с, которое на тот момент было неизвестно (McKnight et al., 1981). Дрожжевые

модели также показали, что отсутствие цитохрома c в митохондриях

16

приводит к нарушению сборки полноразмерного цитохромоксидазного комплекса дыхательной цепи и ускоренной деградации его отдельных субъединиц (Pearce and Sherman, 1995). Интересно, что цитохром c для этого необходим только в качестве лиганда, а не в качестве переносчика электронов, поскольку даже функционально неактивный белок (Schweingruber et al., 1979) восстанавливал нативную сборку и ферментативную активность цитохромоксидазы (Barrientos et al., 2003). Активность других комплексов дыхательной цепи у дрожжей от дефицита цитохрома c не страдает. В целом дрожжевые модели показали, что дыхательная цепь митохондрий может функционировать в широком динамическом диапазоне внутриклеточного количества цитохрома c, который, тем не менее, необходим для приобретения цитохром-оксидазой нативной четвертичной структуры.

Более релевантными для человека моделями по сравнению с

описанными ранее являются различные линии трансгенных мышей.

Генетический нокаут тестикулярного цитохрома с у мышей приводит к

преждевременной атрофии семенников, однако никак не сказывается на

качестве спермы и фертильности самцов (Narisawa et al., 2002). В то же время

генетический нокаут Cycs приводит к гибели мышиных эмбрионов в период

восьмого-десятого дней эмбриогенеза (Li et al., 2000). Именно в это время

происходит переключение энергетического метаболизма клеток

развивающегося зародыша с гликолиза на окислительное фосфорилирование,

которое далее будет обеспечивать примерно 95% потребности организма в

АТФ (Morriss and New, 1979). При этом тестикулярная изоформа является

полноценным аналогом соматической, поскольку в некоторых клеточных

линиях с нарушенной экспрессией соматического цитохрома с происходит

компенсаторная экспрессия тестикулярного цитохрома с, который может

полностью заместить соматическую изоформу (Vempati et al., 2007). На

уровне первичных культур мышиных фибробластов отсутствие в них

цитохрома с не является препятствием для культивирования (Vempati et al.,

17

2007), однако требует добавления в среду пирувата и уридина, так же как в случае р0 клеток с повреждением митохондриальной ДНК (King and Atardi, 1989). Однако лишенные цитохрома с клетки имеют дефекты сборки полноразмерных комплексов дыхательной цепи I и IV, снижение доли кардиолипина среди мембранных липидов митохондрии (Vempati et al., 2009), а также нарушения индукции клеточного ответа на гипоксию из-за неспособности к накоплению стабилизированных прогипоксических факторов транскрипции HIF-1 и HIF-2 (Mansfield et al., 2005). При этом нативный комплекс III присутствует в бесцитохромных клетках, хотя и в меньшем количестве по сравнению с нормальными клетками (Vempati et al., 2009). Нарушение нативной четвертичной структуры не только цитохром-оксидазы, но и NADH-оксидазы позволяет считать, что цитохром с у мыши необходим для сборки нескольких комплексов дыхательной цепи из отдельных субъединиц. Также можно предположить, что этот белок может участвовать в образовании суперкомплексов дыхательной цепи, в том числе респирасомы, что более подробно рассмотрено в следующем разделе.

Рассматривая значимость отдельных аминокислот в составе цитохрома с, необходимо отметить, что этот белок довольно консервативен с эволюционной точки зрения, что позволило использовать его для построения одной из первых молекулярно-филогенетических схем более 50 лет назад (Margoliash, 1963). Тем не менее, у человека существует несколько распространенных в отдельных популяциях однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), приводящих к аминокислотным заменам. Их перечень, составленный на основе базы данных GeneCards, приведен в таблице 1 ниже.

Таблица 1. Генетический полиморфизм и возможные вариабельные аминокислотные остатки цитохрома с человека

№ Название SNP Аминокислотная замена Нуклеотидная замена Примечание

1 ге121918552 01у41Бег АОАСАА/ООТСАО Вызывает тромбоцитопению

2 Туг48Ш АСТСТТ/САСЛСЛ Вызывает тромбоцитопению

3 ге11548785 ЬуБ87Л^ ТААОАА/ООААОО Не подтверждена на уровне белка

4 ге11548795 ЬуБ55Лг§ ОААСАА/ОАООСА Не подтверждена на уровне белка

5 ге11548783 Бег47Рго ОАТАСТ/ССТТАС Не подтверждена на уровне белка

6 ге201336975 Уа120РЬе ТТСААА/СООТОТ Не подтверждена на уровне белка

7 ^367666281 ТЬг102Л1а АТТАОС/ТАОСТТ Не подтверждена на уровне белка

8 ге11548778 Ме180ТЬг АААААС/ТОАТСТ Не подтверждена на уровне белка

9 ге146569499 Пе11РЬе САТААТ/АААААА Не подтверждена на уровне белка

10 ге113106786 МеШТИг АСТТСА/ОТААТА Не подтверждена на уровне белка

При этом особый интерес представляют первые две замены, связанные

с семейными формами тромбоцитопении - 01у418ег (Мопбоп et al., 2008) и

Туг48Н1в (Бе Яоооо et al., 2014). Было показано, что обе эти мутации

приводят к аутосомно-доминантной тромбоцитопении, характеризующейся

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Шилов Евгений Сергеевич, 2015 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Муфазалов, И. А. Биологические эффекты полной и частичной инактивации функций соматического цитохрома С на модели генетически модифицированных мышей: Автореферат диссертации кандидата биологических наук: 03.01.03 / Муфазалов Ильгиз Альбертович. - М., 2011. - 24 с.

2. Муфазалов И.А., Пеньков Д.Н., Черняк Б.В., Плетюшкина О.Ю., Высоких М.Ю., Кирпичников М.П., Долгих Д. А., Круглов А. А., Купраш Д.В., Скулачев В.П., Недоспасов С.А. Эмбриональные фибробласты мыши с мутацией K72W в гене соматического цитохрома С: получение и характеристика. // Молекулярная биология. -2009. -Т. 43. №4. - С. 648-656.

3. Муфазалов И.А., Круглов А.А., Ефимов Г.А., Друцкая М.С., Пеньков Д.Н., Купраш Д.В., Недоспасов С.А. Эффекты мутации в гене цитохрома С и блокаторов активных форм кислорода на ускоренную инволюцию тимуса в мышах, трансгенных по локусу ФНО/ЛТ. // Российский иммунологический журнал. - 2011. - Т. 5. № 2. - С. 112-120.

4. Шилов Е.С., Муфазалов И.А., Шебзухов Ю.В., Зварцев Р.В., Друцкая М.С., Недоспасов С.А. Кондиционный генетический нокдаун соматического цитохрома с мыши в лимфомиелоидных клетках. // Российский иммунологический журнал. - 2013. - Т. 7. № 4. - С. 361-371.

5. Шилов Е.С., Кисляков И.В., Горшкова Е.А., Зварцев Р.В., Друцкая М.С., Муфазалов И.А., Скулачев В.П., Недоспасов С.А. Лимфомиелоидные клетки мыши способны нормально функционировать в условиях значительного снижения экспрессии цитохрома с. // Биохимия. - Т. 79. № 12. - С. 1726-1738.

6. Abdullaev Z.Kh., Bodrova M.E., Chernyak B.V., Dolgikh D.A., Kluck R.M., Pereverzev M.O., Arseniev A.S., Efremov R.G., Kirpichnikov M.P., Mokhova E.N., Newmeyer D.D., Roder H., Skulachev V.P. A cytochrome с mutant with high electron transfer and antioxidant activities but devoid of apoptogenic effect. // Biochem J. -2002. - № 362(Pt 3). - P.749-754.

7. Acehan D., Jiang X., Morgan D.G., Heuser J.E., Wang X., Akey C.W. Three-dimensional structure of the apoptosome: implications for assembly, procaspase-9 binding, and activation. // Mol Cell. -2002. -V.9. №2. -P.423-432.

8. Ang S.K., Zhang M., Lodi T., Lu H. Mitochondrial thiol oxidase Ervl: both shuttle cysteine residues are required for its function with distinct roles. // Biochem J. -2014. -V.460 № 2. - P.199-210.

9. Arnarez C., Marrink S.J., Periole X. Identification of cardiolipin binding sites on cytochrome c oxidase at the entrance of proton channels. // Scientific Reports. -2013. - V.3. №1263. - P.l-8.

10. Balduini C.L., Savoia A. Genetics of familial forms of thrombocytopenia. // Hum Genet. - 2012. -V.131. №12. -P.1821-1832.

11. Barata J.T., Silva A., Brandao J.G., Nadler L.M., Cardoso A.A., Boussiotis V.A. Activation of PI3K is indispensable for interleukin 7-mediated viability, proliferation, glucose use, and growth of T cell acute lymphoblastic leukemia cells. // J. Exp. Med. - 2004. - № 200. - P.659-669.

12. Barrientos A., Pierre D., Lee J., Tzagoloff A. Cytochrome oxidase assembly does not require catalytically active cytochrome c. // J. Biol. Chem. - 2003. -V.278. №11. - P.8881-8887.

13. Batiz L.F., Jimanez A.J., Guerra M., Rodriguez-Perez L.M., Toledo C.D., Vio K., Piez P., Perez-Figares J.M., Rodriguez E.M. New ependymal cells are born postnatally in two discrete regions of the mouse brain and support ventricular enlargement in hydrocephalus. // Acta Neuropathol. - 2011. - V.121. №6. - P.721-735.

14. Benedict M.A., Hu Y., Inohara N., Nunez G. Expression and functional analysis of Apaf-1 isoforms. Extra Wd-40 repeat is required for cytochrome c binding and regulated activation of procaspase-9. // J. Biol. Chem. -2000. -V.275. №12. -P.8461-8468.

15. Bertrand R., Solary E., O'Connor P., Kohn K.W., Pommier Y. Induction of a common pathway of apoptosis by staurosporine. // Exp Cell Res. - 1994. - V.211. №2. -P.314-321.

16. Beverly B., Kang S.M., Lenardo M.J., Schwartz R.H. Reversal of in vitro T cell clonal anergy by IL-2 stimulation. // Int. Immunol. -1992. -№4. -P.661-671.

17. Boltz-Nitulescu G., Wiltschke C., Holzinger C., Fellinger A., Scheiner O., Gessl A., Förster O. Differentiation of rat bone marrow cells into macrophages under the influence of mouse L929 cell supernatant. // J Leukoc Biol. - 1987. - V.41. №1. -P.83-91.

18. Brown T. Southern blotting. // Curr. Protoc. Mol. Biol. Suppl. - 1993. Chapter 21. Methods 2.9.1-2.9.14. p.14.

19. Cain K. Chemical-induced apoptosis: formation of the Apaf-1 apoptosome. // Drug Metab Rev. - 2003. - №35. -P. 337-363.

20. Capecchi M.R. Gene targeting in mice: functional analysis of the mammalian genome for the twenty-first century. // Nat Rev Genet. - 2005. - V. 6. №6. - P.507-512.

21. Chacinska A., Pfannschmidt S., Wiedemann N., Kozjak V., Sanjuan Szklarz L.K., Schulze-Specking A., Truscott K.N., Guiard B., Meisinger C., Pfanner N. Essential role of Mia40 in import and assembly of mitochondrial intermembrane space proteins. // Embo J. - 2004. - V. 23 -P. 3735-3746.

22. Chadderton N., Palfi A., Millington-Ward S., Gobbo O., Overlack N., Carrigan M., O'Reilly M., Campbell M., Ehrhardt C., Wolfrum U., Humphries P., Kenna P.F., Farrar G.J. Intravitreal delivery of AAV-NDI1 provides functional benefit in a murine model of Leber hereditary optic neuropathy. // Eur J Hum Genet. - 2013. - V. 21. №1- P.62-68.

23. Chandra D., Bratton S.B., Person M.D., Tian Y., Martin A.G., Ayres M., Fearnhead H.O., Gandhi V., Tang D.G. Intracellular nucleotides act as critical prosurvival factors by binding to cytochrome C and inhibiting apoptosome. Intracellular nucleotides act as critical prosurvival factors by binding to cytochrome C and inhibiting apoptosome. // Cell. - 2006. - V.125. №7. - P. 1333-1346.

24. Chen J., Lansford R., Stewart V., Young F., Alt F.W. RAG-2-deficient blastocyst complementation: an assay of gene function in lymphocyte development. // Proc Natl Acad Sci USA. - 1993. - V.90. №10. - P.4528-4532.

25. Chen J., Gorman J.R., Stewart V., Williams B., Jacks T., Alt F.W. Generation of normal lymphocyte populations by Rb-deficient embryonic stem cells. // Curr Biol.

- 1993. - V.3. №7. - P.405-413.

26. Chertkova R.V., Sharonov G.V., Feofanov A.V., Bocharova O.V., Latypov R.F., Chernyak B.V., Arseniev A.S., Dolgikh D.A., Kirpichnikov M.P. Proapoptotic activity of cytochrome c in living cells: effect of K72 substitutions and species differences. // Molecular and cellular biochemistry. - 2008. - №314. - P.85-93.

27. Chinnery P.F., Turnbull D.M. Mitochondrial DNA mutations in the pathogenesis of human disease. // Mol Med Today. - 2000. - V. 6. №11. - P.425-432.

28. Chomczynski P., Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. // Anal Biochem. - 1987. -V.162. №1. - P.156-159.

29. Cooper C., Lehninger A.L. Oxidative phosphorylation by an enzyme complex from extracts of mitochondria. III. The span cytochrome c to oxygen. // J Biol Chem.

- 1956. - V.219. №1. - P.519-529.

30. Corraliza I.M., Soler G., Eichmann K., Modolell M. Arginase induction by suppressors of nitric oxide synthesis (IL4, IL10, PGE2) in murine bone-marrow-derived macrophages. // Biochem Biophys Res Commun. -1995. -V.206. №2. -P.667-673.

31. Craig D.B., Wallace C.J. Studies of 8-azido-ATP adducts reveal two mechanisms by which ATP binding to cytochrome c could inhibit respiration. // Biochemistry. -1995. - №34. -P.2686-2693.

32. Crompton M., Virji S., Doyle V., Johnson N., Ward J.M. The mitochondrial permeability transition pore. // Biochem Soc Symp. -1999. - №66. - P. 167-179.

33. De Rocco D., Cerqua C., Goffrini P., Russo G., Pastore A., Meloni F., Nicchia E., Moraes C.T., Pecci A., Salviati L., Savoia A. Mutations of cytochrome c identified in patients with thrombocytopenia THC4 affect both apoptosis and cellular bioenergetics. // Biochimica et biophysica acta. -2014. -№1842. - P. 269-274.

34. Diaz F., Garcia S., Hernandez D., Regev A., Rebelo A., Oca-Cossio J., Moraes C.T. Pathophysiology and fate of hepatocytes in a mouse model of mitochondrial hepatopathies. // Gut. -2008. - V.57. №2. -P.232-242.

81

35. Diaz F., Thomas C.K., Garcia S., Hernandez D., Moraes C.T. Mice lacking COXIO in skeletal muscle recapitulate the phenotype of progressive mitochondrial myopathies associated with cytochrome c oxidase deficiency. // Hum Mol Genet. -2005. - V.14. №18. -P.2737-2748.

36. Díaz-Moreno I., García-Heredia J.M., Díaz-Quintana A., De la Rosa M.A. Cytochrome c signalosome in mitochondria. // Eur Biophys J. -2011. -V. 40. №12. -P. 1301-1315.

37. Díaz-Moreno I., García-Heredia J.M., Díaz-Quintana A., Teixeira M., De la Rosa M.A. Nitration of tyrosines 46 and 48 induces the specific degradation of cytochrome c upon change of the heme iron state to high-spin. // Biochim Biophys Acta. -2011. - V. 1807. №12. -P.1616-1623.

38. Dickerson R.E., Kopka M.L., Borders C.L., Varnum J., Weinzier J.E. A centrosymmetric projection at 4A of horse heart oxidized cytochrome c.// J Mol Biol. -1967. -V.29. №1. -P.77-95.

39. Downie J.A., Stewart J.W., Brockman N., Schweingruber A.M., Sherman F. Structural gene for yeast iso-2-cytochrome c. // J Mol Biol. - 1977. -V.113. №2 -P. 369-384.

40. Dudkina N.V., Kudryashev M., Stahlberg H., Boekema E.J. Interaction of complexes I, III, and IV within the bovine respirasome by single particle cryoelectron tomography. // Proc Natl Acad Sci USA. -2011. -V.108. №37 -P. 15196-15200.

41. Dufort F.J., Bleiman B.F., Gumina M.R., Blair D., Wagner D.J., Roberts M.F., Abu-Amer Y., Chiles T.C. Cutting edge: IL-4-mediated protection of primary B lymphocytes from apoptosis via Stat6-dependent regulation of glycolytic metabolism. // Journal of Immunology. - 2007. -V.179. №8. -P. 4953-4957.

42. Dunai Z.A., Imre G., Barna G., Korcsmaros T., Petak I., Bauer P.I., Mihalik R. Staurosporine induces necroptotic cell death under caspase-compromised conditions in U937 cells.// PLoS One. -2012. -V.7. №7. -e41945.

43. Dymecki S.M. Flp recombinase promotes site-specific DNA recombination in embryonic stem cells and transgenic mice. //Proc Natl Acad Sci USA. -1996. -V.93. №12. -P.6191-6196.

44. Ekert P.G., Vaux D.L. The mitochondrial death squad: hardened killers or innocent bystanders? // Curr Opin Cell Biol. -2005. -V.17. №6. -P.626-630.

45. Ferguson-Miller S., Brautigan D.L., Margoliash E. Correlation of the kinetics of electron transfer activity of various eukaryotic cytochromes c with binding to mitochondrial cytochrome c oxidase. // J Biol Chem. -1976. -№251. -P.1104-1115.

46. Frauwirth K.A., Riley J.L., Harris M.H., Parry R.V., Rathmell J.C., Plas D.R., Elstrom R.L., June C.H., Thompson C.B. The CD28 signaling pathway regulates glucose metabolism. // Immunity. -2002. -V.16. №6. -P.769-777.

47. Fukui H., Diaz F., Garcia S., Moraes C.T. Cytochrome c oxidase deficiency in neurons decreases both oxidative stress and amyloid formation in a mouse model of Alzheimer's disease. // Proc Natl Acad Sci USA. -2007. -V.104. №35. -P.14163-14168.

48. Galvan-Pena S., O'Neill L.A. Metabolic reprograming in macrophage polarization. // Front Immunol. -2014. -№5. -e.420.

49. García-Heredia J.M., Díaz-Moreno I., Díaz-Quintana A., Orzáez M., Navarro J.A., Hervás M., De la Rosa M.A. Specific nitration of tyrosines 46 and 48 makes cytochrome c assemble a non-functional apoptosome. // FEBS Lett. -2012. -V.586. №2. -P.154-158.

50. Geering B., Simon H.U. Peculiarities of cell death mechanisms in neutrophils. // Cell Death Differ. -2011. -V.18. №9. -P.1457-1469.

51. Giorgio M., Migliaccio E., Orsini F., Paolucci D., Moroni M., Contursi C., Pelliccia G., Luzi L., Minucci S., Marcaccio M., Pinton P., Rizzuto R., Bernardi P., Paolucci F., Pelicci P.G. Electron transfer between cytochrome c and p66Shc generates reactive oxygen species that trigger mitochondrial apoptosis.// Cell. -2005. - V.122. №2. -P. 221-233.

52. Green S.J., Mellouk S., Hoffman S.L., Meltzer M.S., Nacy C.A.. Cellular mechanisms of nonspecific immunity to intracellular infection: cytokine-induced synthesis of toxic nitrogen oxides from L-arginine by macrophages and hepatocytes. // Immunology letters. -1990. - №25. -P.15-19.

53. Gu H., Zou Y.R., Rajewsky K. Independent control of immunoglobulin switch recombination at individual switch regions evidenced through Cre-loxP-mediated gene targeting. // Cell. -1993. -V. 73. №6.-P. 1155-1164.

54. Hake L.E., Kuemmerle N., Hecht N.B., Kozak C.A., Zou H., Li Y., Liu X., Wang X. The genes encoding the somatic and testis-specific isotypes of the mouse cytochrome c genes map to paralogous regions of chromosomes 6 and 2. // Genomics. -1994. -№20. -P.503-505.

55. Halicka H.D., Ardelt B., Li X., Melamed M.M., Darzynkiewicz Z. 2-Deoxy-D-glucose enhances sensitivity of human histiocytic lymphoma U937 cells to apoptosis induced by tumor necrosis factor.// Cancer Res. -1995. - V.55. №2. -P.444-449.

56. Hao Z., Duncan G.S., Chang C.C., Elia A., Fang M., Wakeham A., Okada H., Calzascia T., Jang Y., You-Ten A., Yeh W.C., Ohashi P., Wang X., Mak T.W. Specific ablation of the apoptotic functions of cytochrome c reveals a differential requirement for cytochrome c and Apaf-1 in apoptosis. // Cell. -2005. -V.121. №4. -P.579-591.

57. Hard G.C. Some biochemical aspects of the immune macropage. //British Journal of Experimental Pathology. -1970. -V. 51. №1. -P.97-105.

58. He S., Kato K., Jiang J., Wahl D.R., Mineishi S., Fisher E.M., Murasko D.M., Glick G.D., Zhang Y. Characterization of the metabolic phenotype of rapamycin-treated CD8+ T cells with augmented ability to generate long-lasting memory cells.// PLoS ONE. -2011. -№6. -e.20107.

59. Hedeskov C.J., Esmann V. Respiration and glycolysis of normal human lymphocytes.// Blood. -1966. - V.28. №2. -P.163-174.

60. Heinemeyer J., Braun H.P., Boekema E.J., Kouril R. A structural model of the cytochrome C reductase/oxidase supercomplex from yeast mitochondria. // J Biol Chem. -2007. -V. 282. №16. -P.1240-1248.

61. Heitz F.D., Erb M., Anklin C., Robay D., Pernet V., Gueven N. Idebenone protects against retinal damage and loss of vision in a mouse model of Leber's hereditary optic neuropathy. // PLoS One. - 2012. -V. 7. №9. -e.45182.

62. Hennig B. Change of cytochrome c structure during development of the mouse.// Eur J Biochem. -1975. -V.55. №1. -P.167-183.

84

63. Hinrichs S.H., Fontes J.D., Bills N.D., Schneider P.D. Transgenic models of human cancer. // Princess Takamatsu Symp. -1991. -№22. -P.259-274.

64. Hoess R.H., Ziese M., Sternberg N. P1 site-specific recombination: nucleotide sequence of the recombining sites. // Proc Natl Acad Sci USA. -1982. -V.79. №11. -P.3398-3402.

65. Hogan B., Lyons K. Gene targeting. Getting nearer the mark. // Nature. -1988. -V.336. №6197. -P.304-305.

66. Hortelano S., Zeini M., Castrillo A., Alvarez A.M., Bosca L. Induction of apoptosis by nitric oxide in macrophages is independent of apoptotic volume decrease. // Cell Death Differ. -2002. -V. 9. №6. -P.643-650.

67. Huttemann M., Pecina P., Rainbolt M., Sanderson T.H., Kagan V.E., Samavati L., Doan J.W., Lee I. The multiple functions of cytochrome c and their regulation in life and death decisions of the mammalian cell: From respiration to apoptosis.// Mitochondrion. -2011. -V.11. №3. -V.369-381.

68. Imao T., Nagata S. Apaf-1- and Caspase-8-independent apoptosis. // Cell Death Differ.-2013. -V.20. №2. -P. 343-352.

69. Jones R.G., Thompson C.B. Revving the engine: signal transduction fuels T cell activation. // Immunity. -2007. - V.27. №2 -P.173-178.

70. Kagan V.E., Borisenko G.G., Tyurina Y.Y., Tyurin V.A., Jiang J., Potapovich A.I., Kini V., Amoscato A.A., Fujii Y. Oxidative lipidomics of apoptosis: redox catalytic interactions of cytochrome c with cardiolipin and phosphatidylserine. // Free Radic Biol Med. -2004. - V.37. №12. -P.1963-1985.

71. Kagan V.E., Tyurin V.A., Jiang J., Tyurina Y.Y., Ritov V.B., Amoscato A.A., Osipov A.N., Belikova N.A., Kapralov A.A., Kini V., Vlasova I.I., Zhao Q., Zou M., Di P., Svistunenko D.A., Kurnikov I.V., Borisenko G.G. Cytochrome c acts as a cardiolipin oxygenase required for release of proapoptotic factors. // Nat Chem Biol. -2005. -V.1. №4.-P.223-232.

72. Kamada S., Shimono A., Shinto Y., Tsujimura T., Takahashi T., Noda T., Kitamura Y., Kondoh H., Tsujimoto Y. Bcl-2 deficiency in mice leads to pleiotropic abnormalities: accelerated lymphoid cell death in thymus and spleen, polycystic

kidney, hair hypopigmentation, and distorted small intestine. // Cancer Res. -1995. -V.55. №2. -P.354-359.

73. Kanungo A.K., Hao Z., Elia A.J., Mak T.W., Henderson J.T. Inhibition of apoptosome activation protects injured motor neurons from cell death. // J Biol Chem. -2008. -V.283. №32. -P. 22105-22112.

74. Keilin D. On cytochrome, a respiratory pigment, common to animals, yeast, and higher plants. // Proc R Soc Lond, Ser B. -1925. -№98. -P.312-339.

75. King, M.P., Attardi, G. Human cells lacking mtDNA: repopulation with exogenous mitochondria by complementation. // Science. -1989. -№246. -P. 500503.

76. Kluck R.M., Ellerby L.M., Ellerby H.M., Naiem S., Yaffe M.P., Margoliash E., Bredese, D., Mauk A.G., Sherman F., Newmeyer D.D. Determinants of cytochrome c pro-apoptotic activity. The role of lysine 72 trimethylation. The Journal of biological chemistry // 2000. -№275. -P. 16127-16133.

77. Korshunov S.S., Krasnikov B.F., Pereverzev M.O., Skulachev V.P. The antioxidant functions of cytochrome c. // FEBS Lett. -1999. -V.462. №1-2. -P.192-198.

78. Kuhn R., Wurst W. Gene Knockout Protocols. Second Edition. /Edited by Ralf Kuhn and Wolfgang Wurst. -New-Yourk, Humana press, 2009. -p.517.

79. Kulikov A.V., Shilov E.S., Mufazalov I.A., Gogvadze V., Nedospasov S.A., Zhivotovsky B. Cytochrome c: the Achilles' heel in apoptosis. // Cell Mol Life Sci. -

2012. -V.69. №11. -P.1787-1797.

80. Landel C.P., Chen S.Z., Evans G.A. Reverse genetics using transgenic mice.// Annu Rev Physiol. -1990. -№52. -P.841-851.

81. Lapuente-Brun E., Moreno-Loshuertos R., Acín-Pérez R., Latorre-Pellicer A., Colás C., Balsa E., Perales-Clemente E., Quirós P.M., Calvo E., Rodríguez-Hernández M.A., Navas P., Cruz R., Carracedo Á., López-Otín C., Pérez-Martos A., Fernández-Silva P., Fernández-Vizarra E., Enríquez J.A. Supercomplex assembly determines electron flux in the mitochondrial electron transport chain. // Science. -

2013. -№340. -P.1567-1570.

82. Lee I., Salomon A.R., Yu K., Doan J.W., Grossman L.I., Hüttemann M. New prospects for an old enzyme: mammalian cytochrome c is tyrosine-phosphorylated in vivo. // Biochemistry. -2006. -V.45.№30. -P.9121-9128.

83. Lee P.P., Fitzpatrick D.R., Beard C., Jessup H.K., Lehar S., Makar K.W., Perez-Melgosa M., Sweetser M.T., Schlissel M.S., Nguyen S., Cherry S.R., Tsai J.H., Tucker S.M., Weaver W.M., Kelso A., Jaenisch R., Wilson C.B. A critical role for Dnmtl and DNA methylation in T cell development, function, and survival. // Immunity. -2001. -V.15. №5. -P.763-774.

84. Leone D.P, Genoud S., Atanasoski S., Grausenburger R., Berger P., Metzger D., Macklin W.B., Chambon P., Suter U. Tamoxifen-inducible glia-specific Cre mice for somatic mutagenesis in oligodendrocytes and Schwann cells. //Mol Cell Neurosci. -2003. -V.22. №4. -P.430-440.

85. Lewandoski M. Conditional control of gene expression in the mouse. //Nat Rev Genet. -2001. -V.2 №10. -P.743-755.

86. Li K., Li Y., Shelton J.M., Richardson J.A., Spencer E., Chen Z.J., Wang X., Williams R.S. Cytochrome c deficiency causes embryonic lethality and attenuates stress-induced apoptosis. // Cell. -2000. №101. -P.389-399.

87. Li L., Fukunaga-Kalabis M., Yu H., Xu X., Kong J., Lee J.T., Herlyn M. Human dermal stem cells differentiate into functional epidermal melanocytes. // J Cell Sci. -2010. -№123(Pt 6). -P.853-860.

88. Li T., Huang S., Zhao X., Wright D.A., Carpenter S., Spalding M.H., Weeks D.P., Yang B. Modularly assembled designer TAL effector nucleases for targeted gene knockout and gene replacement in eukaryotes. //Nucleic Acids Res. -2011. -V.39. №14. -P.6315-6325.

89. Li Z., Jo J., Jia J.M., Lo S.C., Whitcomb D.J., Jiao S., Cho K., Sheng M. Caspase-3 activation via mitochondria is required for long-term depression and AMPA receptor internalization. // Cell. -2010. -V.141 №5. -P.859-871.

90. Lin C.S., Sharpley M.S., Fan W., Waymire K.G., Sadun A.A., Carelli V., Ross-Cisneros F.N., Baciu P., Sung E., McManus M.J., Pan B.X., Gil D.W., Macgregor G.R., Wallace D.C. Mouse mtDNA mutant model of Leber hereditary optic neuropathy. // Proc Natl Acad Sci USA. -2012. -V.109. №49. -P.20065-20070.

87

91. Liptak M.D., Fagerlund R.D., Ledgerwood E.C., Wilbanks S.M., Bren K.L. The proapoptotic G41S mutation to human cytochrome c alters the heme electronic structure and increases the electron self-exchange rate. // J Am Chem Soc. -2011. -V.133. №5. -P. 1153-1155.

92. Liu Z., Lin H., Ye S., Liu Q.Y., Meng Z., Zhang C.M., Xia Y., Margoliash E., Rao Z., Liu X.J. Remarkably high activities of testicular cytochrome c in destroying reactive oxygen species and in triggering apoptosis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2006. -№103. -P.8965-8970.

93. Liu X., Kim C. N., Yang J., Jemmerson R., Wang X. Induction of apoptotic program in cell-free extracts: requirement for dATP and cytochrome c. // Cell. -1996. -№86. -P.147-157.

94. Livak K.J., Schmittgen T.D. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2-Delta Delta CT Method. // Methods -2001. -V.25. №4. -P.402-408.

95. MacIver N.J., Michalek R.D., Rathmell J.C. Metabolic regulation of T lymphocytes. // Annu Rev Immunol. -2013. -№31. -P.259-283.

96. MacMunn C.A. Researches on Myohaematin and the Histohaematins. // Philos. Trans. R. Soc. Lond. -1886. №177. -P.267-298.

97. Maianski N.A., Geissler J., Srinivasula S.M., Alnemri E.S., Roos D., Kuijpers T.W. Functional characterization of mitochondria in neutrophils: a role restricted to apoptosis. // Cell Death Differ. -2004. -V.11. №2. -P.143-153.

98. Mansfield K.D., Guzy R.D., Pan Y., Young R.M., Cash T.P., Schumacker P.T., Simon M.C. Mitochondrial dysfunction resulting from loss of cytochrome c impairs cellular oxygen sensing and hypoxic HIF-alpha activation. // Cell Metab. -2005. -№6. -P.393-399.

99. Mansour S.L., Thomas K.R., Capecchi M.R. Disruption of the proto-oncogene int-2 in mouse embryo-derived stem cells: a general strategy for targeting mutations to non-selectable genes. // Nature. -1988. -V.336. №6197 -P.348-352.

100. Margoliash E., Smith E., Kreil G., Tuppy H. Amino-acid sequence of horse heart cytochrome c. //Nature. -1961; -№192. -P.1125-1127.

101. Margoliash E. Primary structure and evolution of cytochrome c. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1963. -V.50. №4. -P.672-679.

102. Martinez F^., Sica A., Mantovani A., Locati M. Macrophage activation and polarization. // Front Biosci. -2008. №13. -P.453-461.

103. Matsuda F., Fujii J., Yoshida S. Autophagy induced by 2-deoxy-D-glucose suppresses intracellular multiplication of Legionella pneumophila in A/J mouse macrophages. // Autophagy. -2009. -V.5. №4. -P.484-493.

104. Mavridou D.A., Ferguson S.J., Stevens, J.M. Cytochrome c assembly. // IUBMB life. -2013. -№65. -P.209-216.

105. McKnight G.L., Cardillo T.S., Sherman F. An extensive deletion causing overproduction of yeast iso-2-cytochrome c. // Cell. -1981. -V.25. №2. -P.409-419.

106. Mei Y., Yong J., Liu H., Shi Y., Meinkoth J., Dreyfuss G., Yang X. tRNA binds to cytochrome c and inhibits caspase activation. //Mol Cell. -2010. -V.37. №5. -P.668-678.

107. Metzger D., Clifford J., Chiba H., Chambon P. Conditional site-specific recombination in mammalian cells using a ligand-dependent chimeric Cre recombinase. //Proc Natl Acad Sci USA. -1995. -V.92. №15. -P.6991-6995.

108. Missirlis P.I., Smailus D.E., Holt R.A. A high-throughput screen identifying sequence and promiscuity characteristics of the loxP spacer region in Cre-mediated recombination. // BMC Genomics. -2006. №7. -P.73.

109. Morison I.M., Cramer Bordé E.M., Cheesman E.J., Cheong P.L., Holyoake A.J., Fichelson S., Weeks R.J., Lo A., Davies S.M, Wilbanks S.M., Fagerlund R.D., Ludgate M.W., da Silva Tatley F.M., Coker M.S., Bockett N.A., Hughes G., Pippig D.A., Smith M.P., Capron C., Ledgerwood E.C. A mutation of human cytochrome c enhances the intrinsic apoptotic pathway but causes only thrombocytopenia. // Nature genetics. -2008. -№ 40. -P.387-389.

110. Morriss G.M., New D.A. Effect of oxygen concentration on morphogenesis of cranial neural folds and neural crest in cultured rat embryos.// Journal of embryology and experimental morphology. -1979. -№54. -P.17-35.

111. Motoyama N., Wang F., Roth K.A., Sawa H., Nakayama K., Nakayama K., Negishi I., Senju S., Zhang Q., Fujii S. Massive cell death of immature hematopoietic

89

cells and neurons in Bcl-x-deficient mice. // Science. -1995. - V.267. №5203. -P.1506-1510.

112. Munn D.H., Beall A.C., Song D., Wrenn R.W., Throckmorton D.C. Activation-induced apoptosis in human macrophages: developmental regulation of a novel cell death pathway by macrophage colony-stimulating factor and interferon gamma. // J Exp Med. 1995. -V.181. №1. -P.127-136.

113. Munoz-Pinedo C., Guio-Carrion A., Goldstein J.C., Fitzgerald P., Newmeyer D.D., Green D.R. Different mitochondrial intermembrane space proteins are released during apoptosis in a manner that is coordinately initiated but can vary in duration. // Proc Natl Acad Sci USA. -2006. -V.103. №31. -P.11573-11578.

114. Murphy B.M., O'Neill A.J., Adrain C., Watson R.W., Martin S.J. The apoptosome pathway to caspase activation in primary human neutrophils exhibits dramatically reduced requirements for cytochrome C. // J Exp Med. -2003. -V.197. №5. -P.625-632.

115. Nakamura-López Y., Sarmiento-Silva R.E., Moran-Andrade J., Gómez-García B. Staurosporine-induced apoptosis in P388D1 macrophages involves both extrinsic and intrinsic pathways. // Cell Biol Int. 2009. -V.33. №9. -P.1026-1031.

116. Narisawa S., Hecht N.B., Goldberg E., Boatright K.M., Reed J.C., Millán J.L. Testis-specific cytochrome c-null mice produce functional sperm but undergo early testicular atrophy. // Mol Cell Biol. -2002. -V.22. №15. -P.5554-5562.

117. Nemoto S., Combs C.A., French S., Ahn B.H., Fergusson M.M., Balaban R.S., Finkel T. The mammalian longevity-associated gene product p66shc regulates mitochondrial metabolism. // Biol Chem. -2006. -V.281. №15. -P.10555-10560.

118. Newsholme P., Gordon S., Newsholme E.A. Rates of utilization and fates of glucose, glutamine, pyruvate, fatty acids and ketone bodies by mouse macrophages. // Biochem J. -1987. -V.242. №3. -P.631-636.

119. Nirenberg M.W., Hogg J.F. Inhibition of anaerobic glycolysis in Ehrlich ascites tumor cells by 2-deoxy-D-glucose. // Cancer Res. -1958. -V.18. №5. -P.518-521.

120. Odegaard J.I., Chawla A. Alternative macrophage activation and metabolism. // Annu Rev Pathol. -2011. -№6. -P.275-297.

121. Ott M., Zhivotovsky B., Orrenius S. Role of cardiolipin in cytochrome c release from mitochondria.// Cell Death Differ. -2007. -V.14. №7. -P.1243-1247.

122. Ow Y.P., Green D.R., Hao Z., Mak T.W. Cytochrome c: functions beyond respiration. // Nat Rev Mol Cell Biol. -2008. -V.9. №7. -P.532-542.

123. Pearce D.A., Sherman F. Degradation of cytochrome oxidase subunits in mutants of yeast lacking cytochrome c and suppression of the degradation by mutation of yme1. //J Biol Chem. -1995. -V.270. №36. -P.20879-20882.

124. Pearce E.J., Everts B. Dendritic cell metabolism. // Nat Rev Immunol. -2014. -V.15. №1. -P.18-29.

125. Pecina P., Borisenko G.G., Belikova N.A., Tyurina Y.Y., Pecinova A., Lee I., Samhan-Arias A.K., Przyklenk K., Kagan V.E., Hüttemann M. Phosphomimetic substitution of cytochrome C tyrosine 48 decreases respiration and binding to cardiolipin and abolishes ability to trigger downstream caspase activation. // Biochemistry. -2010. -V.49. №31. -P.6705-6714.

126. Pierron D., Opazo J.C., Heiske M., Papper Z., Uddin M., Chand G., Wildman D.E., Romero R., Goodman M., Grossman L.I. Silencing, positive selection and parallel evolution: busy history of primate cytochromes C. // PLoS One. -2011. -V.6. №10. -e26269.

127. Proger S., Dekaneas D., Schmidt G. Some observations on the effect of injected cytochrome C in animals // J Clin Invest. -1945. -V.24. №6. -P.864-868.

128. Qi X., Lewin A.S., Hauswirth W.W., Guy J. Optic neuropathy induced by reductions in mitochondrial superoxide dismutase. // Invest Ophthalmol Vis Sci. -2003. -V.44. №3. -P.1088-1096.

129. Radford N.B., Wan B., Richman A., Szczepaniak L.S., Li J.L., Li K., Pfeiffer K., Schägger H., Garry D.J., Moreadith R.W. Cardiac dysfunction in mice lacking cytochrome-c oxidase subunit VIaH. // Am J Physiol Heart Circ Physiol. -2002. -V.282. №2. -P.726-733.

130. Ran F.A., Hsu P.D., Lin C.Y., Gootenberg J.S., Konermann S., Trevino A.E., Scott D.A., Inoue A., Matoba S., Zhang Y., Zhang F. Double nicking by RNA-guided CRISPR Cas9 for enhanced genome editing specificity.// Cell. -2013. -V.154. №6. 1380-1389.

131. Reed J.C., Green D.R. Apoptosis: physiology and pathology. / Edited by John C. Reed, Douglas R. Green. London: Cambridge University Press, 2011. -468 p.

132. Reed W.J. The Pareto, Zipf and other power laws. // Economics Letters. -2001. -№74. -P.15-19.

133. Rossignol R., Malgat M., Mazat J.P., Letellier T. Threshold effect and tissue specificity. Implication for mitochondrial cytopathies. // J Biol Chem. -1999. -V.274. №47. -P.33426-33432.

134. Roy N.S., Benraiss A., Wang S., Fraser R.A., Goodman R., Couldwell W.T., Nedergaard M., Kawaguchi A., Okano H., Goldman S.A. Promoter-targeted selection and isolation of neural progenitor cells from the adult human ventricular zone. // J Neurosci Res. -2000. -V 59. №3. -P.321-331.

135. Ryan M.T., Hoogenraad N.J. Mitochondrial-nuclear communications. // Annu Rev Biochem. -2007. -№76. 701-722.

136. Rytomaa M., Kinnunen P.K. Evidence for two distinct acidic phospholipid-binding sites in cytochrome c. // J Biol Chem. -1994. -V.269. №3. -P.1770-1774.

137. Santiago Y., Chan E., Liu P.Q., Orlando S., Zhang L., Urnov F.D., Holmes M.C., Guschin D., Waite A., Miller J.C., Rebar E.J., Gregory P.D., Klug A., Collingwood T.N. Targeted gene knockout in mammalian cells by using engineered zinc-finger nucleases.// Proc Natl Acad Sci USA. -2008. -V.105. №15. -P.5809-5814.

138. Sauer B., Henderson N. Site-specific DNA recombination in mammalian cells by the Cre recombinase of bacteriophage P1. // Proc Natl Acad Sci USA. -1988. -V.85. №14. -P.5166-5170.

139. Schägger H., Pfeiffer K. Supercomplexes in the respiratory chains of yeast and mammalian mitochondria. // EMBO J. -2000. -V.19. №8. -P.1777-1783.

140. Schweingruber M.E., Stewart J.W., Sherman F. Primary site and second site revertants of missense mutants of the evolutionarily invariant tryptophan 64 in iso-1-cytochrome c from yeast. // J Biol Chem. -1979. -V.254. №10. -P.4132-4143.

141. Schwenk F., Baron U., Rajewsky K. A cre-transgenic mouse strain for the ubiquitous deletion of loxP-flanked gene segments including deletion in germ cells. // Nucleic Acids Res. -1995. -V.23. №24. -P.5080-5081

92

142. Sharonov G.V., Feofanov A.V., Bocharova O.V., Astapova M.V., Dedukhova V.I., Chernyak B.V., Dolgikh D.A., Arseniev A.S., Skulachev V.P., Kirpichnikov M.P. Comparative analysis of proapoptotic activity of cytochrome c mutants in living cells. // Apoptosis. -2005. №10. -P.797-808.

143. Sherman F., Taber H., Campbell W. Genetic determination of iso-cytochromes c in yeast. // J Mol Biol. -1965. -V.13. №1. -P.21-39.

144. Sherman F., Stewart J.W., Jackson M., Gilmore R.A., Parker, J.H. Mutants of yeast defective in iso-1-cytochrome c. // Genetics. -1974. -№77 -P.255-284.

145. Shi L.Z., Wang R., Huang G., Vogel P., Neale G., Green D.R., Chi H. HIF1 alpha-dependent glycolytic pathway orchestrates a metabolic checkpoint for the differentiation of TH17 and Treg cells. // J Exp Med. -2011. -V.208. №7. -P.1367-1376.

146. Shiozaki E.N., Chai J., Shi Y. Oligomerization and activation of caspase-9, induced by Apaf-1 CARD. // Proc Natl Acad Sci USA. -2002. -V. 99. №7. -P.4197-4202.

147. Sinha P., Clements V.K., Ostrand-Rosenberg S. Interleukin-13-regulated M2 macrophages in combination with myeloid suppressor cells block immune surveillance against metastasis. // Cancer Res. -2005. -V.65. №24. -P.11743-11751.

148. Sinibaldi F., Howes B.D., Piro M.C., Polticelli F., Bombelli C., Ferri T., Coletta M., Smulevich G., Santucci R. Extended cardiolipin anchorage to cytochrome c: a model for protein-mitochondrial membrane binding. // J Biol Inorg Chem. -2010. -V.15. №5. -P.689-700.

149. Stein M., Keshav S., Harris N., Gordon S. Interleukin 4 potently enhances murine macrophage mannose receptor activity: a marker of alternative immunologic macrophage activation. // J Exp Med. -1992. -V.176. №1. -P.287-292.

150. Strasser A., Harris A.W., Huang D.C., Krammer P.H., Cory S. Bcl-2 and Fas/APO-1 regulate distinct pathways to lymphocyte apoptosis. // EMBO J. -1995. -V.14. №24. -P.6136-6147.

151. Takeda K., Clausen B.E., Kaisho T., Tsujimura T., Terada N., Förster I., Akira S. Enhanced Th1 activity and development of chronic enterocolitis in mice devoid of Stat3 in macrophages and neutrophils.// Immunity. -1999. -V.10. №1. -P.39-49.

93

152. Tamaoki T., Nomoto H., Takahashi I., Kato Y., Morimoto M., Tomita F. Staurosporine, a potent inhibitor of phospholipid/Ca++ dependent protein kinase. // Biochem Biophys Res Commun. -1986. -V.135. №2. -P.397-402.

153. Torraco A., Diaz F., Vempati U.D., Moraes C.T. Mouse models of oxidative phosphorylation defects: powerful tools to study the pathobiology of mitochondrial diseases. // Biochim Biophys Acta. -2009. -V.1793. №1 -P.171-180.

154. Tronche F., Kellendonk C., Kretz O., Gass P., Anlag K., Orban P.C., Bock R., Klein R., Schütz G. Disruption of the glucocorticoid receptor gene in the nervous system results in reduced anxiety. // Nat Genet. -1999. -V.23. №1. -P.99-103.

155. Tuominen E.K., Wallace C.J., Kinnunen P.K. Phospholipid-cytochrome c interaction: evidence for the extended lipid anchorage. // J Biol Chem. -2002. -V.277. №11. -P.8822-8826.

156. Van der Windt G.J., Everts B., Chang C.H., Curtis J.D., Freitas T.C., Amiel E., Pearce E.J., Pearce E.L. Mitochondrial respiratory capacity is a critical regulator of CD8+ T cell memory development. //Immunity. -2012. -V.36. №1. -P.68-78.

157. Van der Windt G.J., Pearce E.L. Metabolic switching and fuel choice during T-cell differentiation and memory development. // Immunol Rev. -2012. -V.249. №1. -P.27-42.

158. Veis D.J., Sorenson C.M., Shutter J.R., Korsmeyer S.J. Bcl-2-deficient mice demonstrate fulminant lymphoid apoptosis, polycystic kidneys, and hypopigmented hair. // Cell. -1993. -V.75. №2 -P.229-240.

159. Vempati U.D., Diaz F., Barrientos A., Narisawa S., Mian A.M., Millan J.L., Boise L.H., Moraes C.T. Role of cytochrome c in apoptosis: increased sensitivity to tumor necrosis factor alpha is associated with respiratory defects but not with lack of cytochrome c release. // Mol Cell Biol. -2007. -V.27.№5. -P.1771-1783.

160. Vempati U.D., Han X., Moraes C.T. Lack of cytochrome c in mouse fibroblasts disrupts assembly/stability of respiratory complexes I and IV. //J Biol Chem. -2009. -V.284. №7. -P.4383-4391.

161. Vempati U.D., Torraco A., Moraes C.T. Mouse models of oxidative phosphorylation dysfunction and disease. // Methods. -2008. -V.46. №4. -P.241-247.

162. Villani G., Attardi G. In vivo control of respiration by cytochrome c oxidase in wild-type and mitochondrial DNA mutation-carrying human cells. // Proc Natl Acad Sci USA. -1997. -№94. -P.1166-1171.

163. Volkov A.N., Bashir Q., Worrall J.A., Ubbink M. Binding hot spot in the weak protein complex of physiological redox partners yeast cytochrome C and cytochrome C peroxidase. // J Mol Biol. -2009. -V.385. №3. -P.1003-1013.

164. Walker M.A., Volpi S., Sims K.B., Walter J.E., Traggiai E. Powering the immune system: mitochondria in immune function and deficiency. // J Immunol Res. -2014. -e.2014:164309.

165. Warburg O., Gawehn K., Geissler A.W. Metabolism of leukocytes. // Z. Naturforsch. -1958. -№13B. -P.515-516.

166. Wei M.C., Zong W.X., Cheng E.H., Lindsten T., Panoutsakopoulou V., Ross A.J., Roth K.A., MacGregor G.R., Thompson C.B., Korsmeyer S.J. Proapoptotic BAX and BAK: a requisite gateway to mitochondrial dysfunction and death. // Science. -2001. - V.292. №5517. -P.727-730.

167. Wieman H.L., Wofford J.A., Rathmell J.C. Cytokine stimulation promotes glucose uptake via phosphatidylinositol-3 kinase/Akt regulation of Glut1 activity and trafficking. // Mol Biol Cell. -2007. -№18. -R1437-1446.

168. Xi H., Kurtoglu M., Liu H., Wangpaichitr M., You M., Liu X., Savaraj N., Lampidis T.J. 2-Deoxy-D-glucose activates autophagy via endoplasmic reticulum stress rather than ATP depletion. // Cancer Chemother Pharmacol. -2011. -V.67. №4. -P.899-910.

169. Xiong S., Mu T., Wang G., Jiang X. Mitochondria-mediated apoptosis in mammals. // Protein Cell. - 2014. -V.5. №10. -P.737-749.

170. Yi X., Yin X.M., Dong Z. Inhibition of Bid-induced apoptosis by Bcl-2. tBid insertion, Bax translocation, and Bax/Bak oligomerization suppressed. // J Biol Chem. -2003. - V.278. №19. -P.16992-16999.

171. Yin X.M., Wang K., Gross A., Zhao Y., Zinkel S., Klocke B., Roth K.A., Korsmeyer S.J. Bid-deficient mice are resistant to Fas-induced hepatocellular apoptosis. // Nature. -1999. -V.400. №6747. -P.886-891.

172. Yonetani T., Ray G.S. Studies on cytochrome c peroxidase. I. Purification and some properties. // J Biol Chem. -1965. -V.240. №11. -P.4503-4508.

173. Yu H., Özdemir S.S., Koilkonda R.D., Chou T.H., Porciatti V., Chiodo V., Boye S.L., Hauswirth W.W., Lewin A.S., Guy J. Mutant NADH dehydrogenase subunit 4 gene delivery to mitochondria by targeting sequence-modified adeno-associated virus induces visual loss and optic atrophy in mice. // Mol Vis. -2012. -№18. -P.1668-1683.

174. Yu T., Wang X., Purring-Koch C., Wei Y., McLendon G.L. A mutational epitope for cytochrome C binding to the apoptosis protease activation factor-1. // The Journal of biological chemistry. -2011. -№276. -P.13034-13038.

175. Yu H., Lee I., Salomon A.R., Yu K., Hüttemann M. Mammalian liver cytochrome c is tyrosine-48 phosphorylated in vivo, inhibiting mitochondrial respiration. // Biochim Biophys Acta. -2008. -V.1777. №7-8 -P.1066-1071.

176. Zhang X.W, Niu X.L., Guo Z.G. Estrogens induce apoptosis in mouse peritoneal macrophages. // Acta Pharmacol Sin. -1997. -V.18. №3. -P.267-270.

177. Zhao X., León I.R., Bak S., Mogensen M., Wrzesinski K., Hojlund K., Jensen O.N. Phosphoproteome analysis of functional mitochondria isolated from resting human muscle reveals extensive phosphorylation of inner membrane protein complexes and enzymes. // Mol Cell Proteomics. -2011. -V.10.№1.

178. Zhang Z., Gerstein M. The human genome has 49 cytochrome c pseudogenes, including a relic of a primordial gene that still functions in mouse.// Gene. - 2003. -№12. -P.61-72. -doi: 10.1074/mcp.M110.000299.

179. Zheng Y., Delgoffe G.M., Meyer C.F., Chan W., Powell J.D. Anergic T cells are metabolically anergic. // J Immunol. -2009. -V.183.№10. -P.6095-6101.

В работе были использованы web-ресурсы: The Jackson Laboratories - http: //j axmice .jax. org/findmice/ UCSC Genome Browser - http://genome.ucsc.edu GeneCards - http: //www. genecards. org NCBI - http://www.ncbi .nlm .nih. gov

Allen Brain Atlas - http://developingmouse.brain-map.org/static/atlas

96

БЛАГОДАРНОСТИ

Хочу поблагодарить моего научного руководителя Сергея Артуровича Недоспасова за предоставление мне возможности внести свой вклад в этот проект, помощь и поддержку в организации экспериментов, а также критический анализ и плодотворное обсуждение результатов. Также хочу поблагодарить Марину Сергеевну Друцкую, Юрия Владимировича Шебзухова и Владимира Георгиевича Гогвадзе за помощь в освоении новых для меня методов работы, Андрея Алексеевича Круглова за участие в подборе мышиных линий, Дарью Марковну Поташникову за помощь в проведении сортировки клеток и Виктора Степановича Тарабыкина за анализ анатомии мозга. Отдельные благодарности хочу выразить Рафаелу Шаеновичу Казаряну за организационную помощь в работе и моей студентке-дипломнице Екатерине Александровне Горшковой за деятельное участие в проекте. Также хочется отметить вклад Ильгиза Альбертовича Муфазалова, благодаря чьей работе у меня появилось широкое поле для деятельности. Большое спасибо моей семье и друзьям, поддерживавшим меня в этот период. В заключение хочется сказать спасибо за теплые и дружеские отношения в коллективе всем сотрудникам и студентам кафедры иммунологии биологического факультета МГУ и лаборатории молекулярных механизмов иммунитета ИМБ РАН.