Микробиологическая диагностика инфекций кровотока с ускоренной идентификацией микроорганизмов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Халиулин Алмаз Вадимович

• Халиулин Алмаз Вадимович
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Халиулин Алмаз Вадимович

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. КРИТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ОСНОВНЫХ 16 МЕТОДОВ ДИАГНОСТИКИ ИНФЕКЦИЙ КРОВОТОКА (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1 Современный взгляд на проблему диагностики инфекций 16 кровотока

1.1.1 Маркеры системной воспалительной реакции как вариант 17 экспресс диагностики инфекций кровотока

1.1.2 Микробиологический метод исследования крови, как 20 основа этиологической диагностики при инфекциях кровотока

1.1.3 Этиологическая характеристика генерализованных 27 инфекций, сопровождающихся бактериемией

1.2 Факторы, влияющие на результат микробиологического 33 исследования при инфекциях кровотока

1.2.1 Методы детекции возбудителей в биологическом 33 материале

1.2.2 Адгезивность микроорганизмов как фактор, влияющий на 37 аналитический этап микробиологического исследования крови

1.2.3 Длительность инкубации образцов и количество 38 микробных клеток в крови как фактор, влияющий на аналитический этап микробиологического исследования крови

1.3 Пути повышения информативности микробиологической 40 диагностики инфекций кровотока

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Дизайн исследования

2.2 Посев крови на стерильность

2.3 Методика выделения и первичной идентификации 51 микроорганизмов при исследовании крови на стерильность

2.4 Окрашивание препаратов по методу Грама

2.5 Идентификация микроорганизмов, выделенных из

положительных гемокультур

2.6 Методика оценки адгезивных свойств

2.7 Методика приготовления инокулюма

2.8 Расчет индекса соответствия Жаккара

2.9 Центрифугирование образцов

2.10 Кондуктометрический метод оценки клеточного состава 56 надосадка

2.11 Проточная цитофлюориметрия суспензии 57 микроорганизмов

2.12 Протокол ускоренной идентификации SepsityperKit из 57 положительных гемокультур

2.13 Методы статистической обработки полученных 58 результатов

ГЛАВА 3. ВИДОВОЕ РАЗНООБРАЗИЕ

МИКРООРГАНИЗМОВ, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ

ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ КУЛЬТУР

3.1. Биологическое разнообразие микроорганизмов в 61 зависимости от условий культивирования

3.2 Особенности микробного спектра при инфекциях кровотока 81 в зависимости от клинического профиля пациентов ГЛАВА 4. АНАЛИЗ АДГЕЗИВНЫХ СВОЙСТВ 89 МИКРООРГАНИЗМОВ ПРИ ИНФЕКЦИЯХ КРОВОТОКА И ВОЗМОЖНОСТИ ИХ КОРРЕГИРОВАНИЯ ДЛЯ УЛУЧШЕНИЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ МЕТОДОМ MALDI-^ МС

4.1 Анализ адгезивных свойств микроорганизмов при 89 инфекциях кровотока и факторов снижающих адгезию патогенов

4.2 Влияние хелатирующих агентов на точность идентификации

микроорганизмов при использовании протокола ускоренной идентификации методом MALDI-ToF МС

ГЛАВА 5. ОЦЕНКА ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИХ 102 ПАРАМЕТРОВ РОСТА МИКРООРГАНИМЗОВ С ТОЧКИ ЗРЕНИЯ ОПТИМИЗАЦИИ ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ МЕТОДОМ MALDI-ToF МС

5.1 Выявление взаимосвязи параметров роста микроорганизмов в 102 жидких питательных средах и точности идентификации микроорганизмов методом MALDI-ToF MС

5.2 Оценка влияния длительности культивирования образцов 107 крови на точность идентификации микроорганизмов методом MALDI-ToF MC

ГЛАВА 6. СТАНДАРТИЗАЦИЯ МЕТОДИКИ 118 ПРОБОПОДГОТОВКИ ДЛЯ УСКОРЕННОЙ

ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ ИЗ ПОЛОЖИТЕЛЬНЫХ ГЕМОКУЛЬТУР

6.1 Валидация пробоподготовки для ускоренной идентификации 119 грамотрицательной флоры, на примере E. coli

6.2 Валидация пробоподготовки для ускоренной идентификации 125 грамположительной флоры, на примере S.aureus

6.3 Установление рабочих характеристик процедуры 130 пробоподготовки образцов из положительных гемокультур

6.4 Установление биоматериала для ускоренной идентификации 137 с использованием MALDI-ToF MC

ГЛАВА 7. СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ 147 ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ МЕТОДОМ MALDI-ToF МС ПРИ ИСПОЛЬЗОВАНИИ УСКОРЕННЫХ ПРОТОКОЛОВ ПРОБОПОДГОТОВКИ ОБРАЗЦОВ ИЗ ПОЛОЖИТЕЛЬНЫХ ГЕМОКУЛЬТУР

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Микробиологическая диагностика инфекций кровотока с ускоренной идентификацией микроорганизмов»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Современная проблема терминологии, характеризующей генерализованные инфекционные процессы, развивающиеся в организме, обусловлена их многообразием, неоднозначностью диагностических критериев и сложностью мониторинга за данной группой нозологий [80]. Понятие «инфекция кровотока» является относительно новым в медицинской среде, оно включает в себя состояние, ассоциированное с бактериемией, которая может носить транзиторный, интермиттирующий, постоянный характер [197]. Также инфекции кровотока в некоторой степени связаны с сепсисом, при этом данные определения могут отражать генерализованный инфекционный процесс с двух сторон: со стороны инфекционного агента и со стороны макроорганизма [202]. Современные взгляды на патогенез и диагностические критерии сепсиса, изложенные в «Сепсис-3» (Третий международный консенсус по определению сепсиса и септического шока) сводятся к тому, что под его основным патогенетическим звеном понимают дисрегулируемый иммунный ответ организма на инфекционный процесс [30]. Для оценки системной воспалительной реакции используют целый ряд биологических маркеров, которые в разной степени характеризуют реактивный ответ тканей на инфекционный агент, однако они в недостаточной степени позволяют выявить этиологию генерализованной инфекции [130, 160, 200, 203]. В связи с этим в настоящее время микробиологическая диагностика, основанная на культуральном исследовании крови, является обязательным компонентом алгоритмов обследования пациентов с инфекциями кровотока.

В современных лабораториях для гемокультивирования используют коммерческие питательные среды и автоматизированные бактериологические анализаторы, что, безусловно, обеспечивает качественную

микробиологическую диагностику инфекций кровотока [21, 23]. Однако, в отношении частоты выделения чистых культур микроорганизмов (МО) есть неоднозначные данные, например, невысокая частота выделения МО из крови, что затрудняет диагностику и назначение этиотропной терапии [86]. Ведутся исследования, направленные на разработку питательных сред, обеспечивающих более высокую частоту получения положительных гемокультур [19, 54, 61, 62, 66, 82]. Другим ограничением культурального метода является длительность гемокультивирования, что приводит к более позднему назначению этиотропной терапии. В связи с этим остаются актуальными исследования, которые посвящены решению проблемы ускорения идентификации патогенов при получении положительных гемокультур [43]. Для этого имеется ряд предпосылок, основанных на использовании высокотехнологичных методов детекции возбудителей инфекций кровотока и включающих полимеразную цепную реакцию и масс-спектрометрию, основанную на времяпролетной матрично-активированной лазерной деcорбции/ионизации (MALDI-ToF МС) [15, 85, 92]. Вместе с тем имеется ряд работ, посвященных разработке ускоренных протоколов пробоподготовки, которые позволяют проводить идентификацию патогенов из положительных гемокультур без выделения чистых культур [150, 181, 204]. Исходя из этого, важными аспектами являются исследование и анализ биологических факторов, влияющих на идентификацию микроорганизмов, например, адгезивных свойств бактерий и количества бактериальных клеток в средах для культивирования крови [76, 137]. Важно отметить, что при оценке биологических свойств и факторов патогенности микроорганизмов, чаще всего учитывают их клиническое значение, и, в меньшей степени, аспекты лабораторной диагностики.

Кроме того, разработка новых методик в диагностических лабораториях требует проведения валидационных мероприятий для обеспечения необходимого качества диагностического процесса, что регламентируется рядом документов [22, 24, 101]. В соответствии с этим, исследования,

направленные на решение вопросов стандартизации диагностических методик в микробиологии и клинической лабораторной диагностике, актуальны и представляют особый интерес.

Цель исследования

Определить значение биологических особенностей и факторов патогенности микроорганизмов, выделенных из положительных гемокультур, для разработки и валидации методики их прямой идентификации для улучшения диагностики инфекций кровотока.

Задачи исследования

1. Проанализировать биологическое разнообразие микроорганизмов, выделенных при исследовании крови на стерильность в зависимости от условий культивирования.

2. Провести анализ адгезивных свойств микроорганизмов, обуславливающих развитие инфекций кровотока, и предложить способы их снижения.

3. Проанализировать количество микроорганизмов по динамике их роста и длительности культивирования в жидких питательных средах при получении положительной гемокультуры в автоматических бактериологических анализаторах.

4. Разработать и валидировать протокол пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гемокультур.

5. Провести сравнительный анализ результатов идентификации при использовании разработанного протокола пробоподготовки и

валидированного протокола ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гемокультур.

Методология и методы диссертационного исследования

Методология настоящего исследования спланирована согласно поставленной цели. Методологическая основа данной диссертационной работы представляет последовательное применение научных методов исследования, а именно, аналитический метод (теоретический анализ) -изучение отечественной и зарубежной литературы, касающейся вопросов этиологии, эпидемиологии, патогенеза, диагностики инфекций кровотока; эмпирические методы - сбор лабораторных данных, сравнение, логический анализ. Работа выполнена в дизайне поперечного ретроспективного исследования на первом этапе и проспективного исследования на следующих этапах, в котором использованы лабораторные, аналитические и современные статистические методы обработки полученных результатов. В работе были использованы биологические пробы пациентов многопрофильного стационара, проходящих лабораторное обследование, а также биологический материал доноров.

План диссертационного исследования был утвержден Этическим комитетом ФГБОУ ВО ЮУГМУ Минздрава России (протокол №9 от 04.12.2021) и полностью соответствует действующим международным и российским нормативно-правовым актам, регламентирующим проведение медико-биологических исследований.

Степень достоверности, апробация результатов, личное участие автора

Достоверность полученных результатов достигнута за счет применения в качестве методологической и теоретической базы фундаментальных и прикладных трудов в области микробиологии и клинической лабораторной диагностики; соответствия результатов современному уровню методик проведения исследований.

Основные результаты и положения диссертации обсуждены на Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Качество лабораторных исследований - условие безопасности пациентов» (Москва, 2016 г.), VII Российском конгрессе лабораторной медицины (Москва, 2021), Научно-практической конференции «Актуальные вопросы лабораторной медицины» (Самара, 2021), IX Российско-китайской конференции по медицинской микробиологии, иммунологии и фармакологии (Санкт-Петербург, 2022), IX Российском конгрессе лабораторной медицины (Москва, 2023), Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Актуальные вопросы клинической лабораторной диагностики» (Самара, 2023).

Личный вклад автора состоит в непосредственном участии на всех этапах диссертационного исследования. Основная идея, планирование научной работы, включая формулировку научной гипотезы, определение методологии и общей концепции диссертационного исследования обсуждались совместно с научными руководителями: д.м.н., доцентом А.В. Ляминым и д.м.н., профессором О.А. Гусяковой. Экспериментальные исследования, анализ полученных данных, их интерпретация, представление научных результатов в научных публикациях и в виде докладов на конференциях и конгрессах проводились совместно с сотрудниками кафедры фундаментальной и клинической биохимии с лабораторной диагностикой федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (зав. каф. - д.м.н.,

профессор О.А. Гусякова), кафедры общей и клинической микробиологии, иммунологии и аллергологии федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (зав. каф. - з.д.н. РФ, д.м.н., профессор А.В. Жестков), сотрудниками клинико-диагностической лаборатории Клиник федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (зав. лабораторией -д.м.н., профессор О.А. Гусякова) и сотрудниками кафедры Микробиологии, вирусологии и иммунологии федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Южно-Уральский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (заведующий кафедрой - д.м.н., доцент А.Ю. Савочкина).

Анализ современной отечественной и зарубежной литературы по изучаемой проблеме, статистическая обработка данных, написание и оформление рукописи диссертации проведены лично диссертантом.

Положения, выносимые на защиту

1. Биологическое разнообразие микроорганизмов, выделенных из крови при исследовании на стерильность, характеризуется сопоставимой частотой их выделения при культивировании в аэробных и анаэробных условиях, что обуславливает обязательное использование двух типов жидких питательных сред.

2. Адгезия бактерий к эритроцитам может быть снижена при использовании этилендиаминтетраацетата калия, что повышает точность их идентификации методом MALDI-ToF масс-спектрометрии.

3. Динамика изменения количества бактерий в положительной гемокультуре обуславливает необходимость в увеличении времени культивирования крови в бактериологических анализаторах при использовании ускоренных протоколов идентификации микроорганизмов.

4. Ускоренные протоколы пробоподготовки, без выделения чистой культуры, могут использоваться для идентификации микроорганизмов из крови при получении положительной гемокультуры при стандартизации методики по следующим характеристикам: выбор вакуумных систем для взятия крови, режимов центрифугирования образца, соотношения объемов очищенной суспензии микроорганизмов и реагентов, объекта для MALDI-ToF масс-спектрометрии.

5. Разработанный протокол пробоподготовки образцов крови для ускоренной идентификации микроорганизмов может использоваться для более ранней этиологической диагностики инфекций кровотока.

Научная новизна

Проведена оценка влияния адгезивных свойств микроорганизмов к эритроцитам на результат их идентификации при использовании ускоренных методов и предложены мероприятия по повышению точности определения видовой принадлежности патогенов, выделенных из крови.

Доказано влияние количества микробных клеток, оцениваемых с помощью количественных параметров роста микроорганизмов, на точность идентификации бактерий методом MALDI-ToF масс-спектрометрии.

Проведено сравнение точности идентификации микроорганизмов методом MALDI-ToF масс-спектрометрии в зависимости от длительности культивирования образцов крови в автоматическом бактериологическом культиваторе.

Впервые проведена стандартизация разработанного протокола пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гемокультур с характеристикой выбора вакуумных систем для взятия крови, режимов центрифугирования образца, соотношения объемов очищенной суспензии микроорганизмов и реагентов, выбора объекта для MALDI-ToF масс-спектрометрии.

Теоретическая и практическая значимость работы

Теоретическая значимость исследовательской работы состоит в оптимизации протокола быстрого определения возбудителя инфекций кровотока для ускорения этиологической диагностики. Определены особенности биологического разнообразия микроорганизмов в зависимости от условий культивирования.

Определены оптимальные методы снижения адгезивных свойств бактерий по отношению к эритроцитам, для повышения точности их идентификации методом MALDI-ToF масс-спектрометрии.

Практическая значимость работы для микробиологии состоит в обосновании увеличения инкубации положительных гемокультур на 2 часа, что сопровождается повышением количества микробных клеток, и обеспечивает более точную идентификации патогенов без их выделения

Практическая значимость для клинической лабораторной диагностики состоит в проведении исследований, направленных на стандартизацию и валидацию протокола пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гемокультур с позиции определения основных рабочих характеристик процедуры, определен статистический аппарат, который может использоваться для валидации микробиологических методик с позиций повышения аналитического качества диагностических процедур (Патент РФ № 2766185).

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Тема работы, использованные материалы и методы, полученные результаты, их обсуждение, выводы и практические рекомендации соответствуют паспорту специальности 1.5.11. - микробиология, а именно пункт 3 - биологическое разнообразие микроорганизмов, включая разнообразие типов энергетического обмена и источников углерода; пункт 5 -физиология и метаболизм микроорганизмов, в том числе физиология и физико-химические параметры роста микроорганизмов; пункт 12 -патогенные микроорганизмы, факторы вирулентности и патогенности и 3.3.8. - клиническая лабораторная диагностика, а именно пункт 2 - оптимизация и разработка новых методов исследования химического и клеточного состава биоматериалов, определение требований и показаний к условиям их применения; установление референтных величин, предела колебаний каждого параметра биологических жидкостей и нормальных

колебаний для отдельных контингентов (по возрасту, полу, роду занятий, среде обитания); определение диагностической информативности лабораторных тестов и их колебаний; пункт 10 - разработка микробиологических и микроскопических методов идентификации в биологическом материале патогенных микробов, простейших, гельминтов, грибков и других возбудителей различных заболеваний; определение чувствительности микрофлоры к лекарственным препаратам; пункт 12 -основы организационного обеспечения клинической лабораторной диагностики основы лабораторной информатики; факторы, влияющие на результаты лабораторных исследований; логические и вероятностные алгоритмы лабораторной диагностики, выявление внутри- и межлабораторных ошибок.

Внедрение результатов исследования в практику

Результаты исследования внедрены в учебный процесс и используются в научно-исследовательской деятельности кафедры фундаментальной и клинической биохимии с лабораторной диагностикой; научно-образовательного профессионального центра генетических и лабораторных технологий; кафедры инфекционных болезней с эпидемиологией федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации; кафедры Микробиологии, вирусологии и иммунологии федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Южно-Уральский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации.

Результаты диссертационной работы используются в практической деятельности микробиологического отдела клинико-диагностической лаборатории; отделений гематологии и химиотерапии №1 и №2 Клиник федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации, ГБУЗ «Самарская областная детская клиническая больница им. Н.Н. Ивановой».

Публикации результатов исследования

По теме диссертационного исследования опубликовано 9 печатных работ, включая 4 статьи в журналах, рекомендованных Высшей аттестационной комиссией Министерства образования и науки Российской Федерации для публикации материалов диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук, получен 1 патент РФ на изобретение.

Заключение диссертации по теме «Другие cпециальности», Халиулин Алмаз Вадимович

171 ВЫВОДЫ

1. Биологическое разнообразие микроорганизмов, выделенных из крови при исследовании на стерильность, характеризуется сопоставимой частотой выделения факультативно-анаэробных патогенов при культивировании в аэробных и анаэробных условиях.

2. Выявлено, что индекс адгезии микроорганизмов к эритроцитам снижается при использовании этилендиаминтетраацетата калия в виде компонента вакуумных систем взятия крови в среднем в 2 раза для тестируемых микроорганизмов, что позволило повысить вероятность идентификации микроорганизмов с 83,9% без использования хелатирующих веществ до 98,9% при использовании этилендиаминтетраацетата калия методом MALDI-ToF масс-спектрометрии.

3. Количество микроорганизмов, как один из параметров микробного роста и увеличение длительности культивирования образцов крови на 2 часа после получения положительного сигнала бактериологического анализатора приводит к повышению точности видовой идентификации методом MALDI-ToF масс-спектрометрии с 30% до 90% тестируемых микроорганизмов.

4. Основными рабочими характеристиками разработанного протокола были определены следующие: центрифугирование крови при значении центробежного ускорения 1000 g в течение 10 минут, получение 300-600 мкл очищенной микробной суспензии, использование 20-40 мкл ацетонитрила и 70% муравьиной кислоты, использование осадка микробных клеток в качестве материала для MALDI-ToF масс-спектрометрии, а также использование вакуумной системы с этилендиаминтетраацетатом калия и гелем.

5. Шансы успешной идентификации при использовании разработанного протокола были выше в 2,156 раза, чем при использовании валидированного протокола сравнения, различия шансов были статистически значимыми (95% ДИ: 1,237 - 3,759), чувствительность и специфичность для видовой идентификации составила 87,6% и 100,0% для разработанного протокола и 50,5% и 100% для валидированного протокола соответственно.

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

1. Для снижения адгезивных свойств бактерий рекомендуется использовать вакуумные системы взятия крови с этилендиаминтетраацетатом калия и гелем для пробоподготовки образцов для ускоренной идентификации микроорганизмов.

2. Рекомендовано продление инкубации образцов крови в микробиологическом анализаторе на 2 часа для увеличения количества микробных клеток при использовании протокола пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов и повышения ее точности.

3. Для оптимизации микробиологической диагностики инфекций кровотока с ускоренной идентификацией патогенов рекомендовано использовать разработанный алгоритм, включающий предлагаемый протокол пробоподготовки: необходимо продлить инкубацию образца в микробиологическом анализаторе на 2 часа, перенести 5 мл образца из флакона в пробирку с гелем и ЭДТА-К2, перемешать, центрифугировать 1500 g 10 минут, ресуспензировать микробный слой 1,2-1,5 мл 0,9% NaCl, центрифугировать 100 g 3 минуты, аликвотировать 300600 мкл очищенной суспензии, центрифугировать 13000 g 2 минуты, добавить по 20-40 мкл ацетонитрила и 70% муравьиной кислоты, перемешать, центрифугировать 13000 g 2 минуты, удалить надосадок, нанести на мишень для масс-спектрометрии материал из микробного осадка, высушить на воздухе, провести MALDI-ToF масс-спектрометрию в автоматическом режиме Sepsityper, получить результат идентификации.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Халиулин Алмаз Вадимович, 2024 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Анализ этиологической структуры инфекций кровотока с использованием автоматического бактериологического анализатора ЮНОНА® LABSTAR 100 / О. Ю. Куцевалова, Ю. Ю. Козель, А. И. Алавердян [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2022. - Т. 67, № 2. - С. 101-105.

2. Ахмедов, М. И. Инфекционные осложнения и факторы риска их развития после трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток / М. И. Ахмедов, Г. А. Клясова, Е. Н. Паровичникова // Гематология и трансфузиология. -2022. - Т. 67, № 1. - С. 90-107. - DOI 10.35754/0234-5730-2022-67-1-90-107.

3. Багирова, Н. С. Бактериемия истинная или ложная: значение критериев оценки клинической значимости положительной гемокультуры / Н. С. Багирова // Клиническая лабораторная диагностика. - 2015. - Т. 60, № 8. - С. 55-61.

4. Багирова, Н. С. Инвазивные грибковые инфекции: пересмотр определений, новое в диагностике по данным EORTC/MSGERC / Н. С. Багирова // Злокачественные опухоли. - 2020. - Т. 10, № 3s1. - С. 39-48.

5. Багирова, Н. С. Таксономическая структура и резистентность к антибиотикам возбудителей инфекций кровотока у онкогематологических больных / Н. С. Багирова // Клиническая онкогематология. - 2015. - Т. 8, № 2. - С. 191-200.

6. Бактериемии госпитального периода после кардиохирургических операций / Н. И. Габриэлян, Е. М. Горская, И. В. Драбкина [и др.] // Российский медицинский журнал. - 2015. - Т. 21, № 5. - С. 17-21.

7. Баубекова, Д. Г. Зависимость фунгицидной активности Bacillus sp. От фазы роста культуры / Д. Г. Баубекова // Экспериментальные и теоретические исследования в современной науке : сборник статей по материалам VI международной научно-практической конф. (Новосибирск, 13-23 ноября 2017 года). - Новосибирск : Ассоциация научных сотрудников «Сибирская академическая книга», 2017. - Т. 6(6). - С. 11-16.

8. Бахолдина, С. И. Влияние способа культивирования и фазы роста на липополисахаридный состав Yersinia pseudotuberculosis / С. И. Бахолдина, И. Н.

Красикова, Т. Ф. Соловьева // Биоорганическая химия. - 2001. - Т. 27, № 2. - С. 151-155.

9. Белобородова, Н. В. Сепсис: новый взгляд на проблему / Н. В. Белобородова // Терапевтический архив. - 2013. - Т. 85, № 11. - С. 82-90.

10. Белятич, Л. И. Этиология бактериемии и антибиотикорезистентность у больных отделения анестезиологии и реанимации гнойного хирургического стационара / Л. И. Белятич, Л. И. Зинченко, Е. В. Клюева // Проблемы медицинской микологии. - 2021. - Т. 23, № 2. - С. 56.

11. Билялова, К. И. Инфекции кровотока у гематологических больных / К. И. Билялова, А. Ж. Аринова, Ж. С. Темирбаева // Проблемы медицинской микологии. - 2015. - Т. 17, № 3. - С. 19-21.

12. Бонда, Н. А. Клинико-лабораторные характеристики и этиологическая структура инфекций кровотока: результаты мультицентрового клинического исследования / Н. А. Бонда, Д. В. Тапальский, И. О. Стома // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. - 2021. - Т. 10, № 2. - С. 54-59.

13. Бонда, Н. А. Этиологическая структура инфекций кровотока / Н. А. Бонда, Л.

B. Лагун, Д. В. Тапальский // Проблемы здоровья и экологии. - 2018. - № 4(58). -

C. 15-20.

14. Боронина, Л. Г. Расширение возможностей в диагностике бактериемии и сепсиса у детей многопрофильного стационара / Л. Г. Боронина, Е. В. Саматова, М. Е. Пруткин // Клиническая лабораторная диагностика. - 2019. - Т. 64, № 10. - С. 613-619.

15. Бочарова, Ю. А. Возможности, проблемы и перспективы масс-спектрометрических технологий в медицинской микробиологии (обзор литературы) / Ю. А. Бочарова, И. В. Чеботарь, Н. А. Маянский // Клиническая лабораторная диагностика. - 2016. - Т. 61, № 4. - С. 249-256.

16. Буйлова, И. А. Практические аспекты применения валидационных параметров на примере методик определения количественного содержания микроорганизмов в лекарственных препаратах / И. А. Буйлова, О. В. Гунар //

Ведомости Научного центра экспертизы средств медицинского применения. -2020. - Т. 10, № 4. - С. 267-272.

17. Валидация аналитических методик : пер. с англ. яз. 2-го изд. под ред. Г. Р. Нежиховского. Количественное описание неопределённости в аналитических измерениях : пер. с англ. яз. 3-го изд. под ред. Р. Л. Кадиса : руководства для лабораторий. - Санкт-Петербург : Профессия, 2016. - 309 с. : ил.

18. Влияние расхождений критериев CLSI и EUCAST на интерпретацию чувствительности Enterobacteriaceae к карбапенемам / Л. А. Корноухова, В. Л. Эмануэль, Ю. В. Гурьева [и др.] // Антибиотики и химиотерапия. - 2021. - Т. 66, № 7-8. - С. 30-37.

19. Внутрилабораторный контроль качества питательных сред для клинических микробиологических исследований : клинические рекомендации / разработчики: В. В. Меньшиков, Р. С. Козлов, М. С. Поляк [и др.]. - Москва, 2014. - 42 с.

20. Гетерогенность в изогенных популяциях бактерий и современные технологии клеточного фенотипирования / Б. Г. Андрюков, Н. Ф. Тимченко, И. Н. Ляпун [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2021. - Т. 98, № 1. - С. 73-83.

21. ГОСТ ISO 11133-2016 Межгосударственный стандарт. Микробиология пищевых продуктов, кормов для животных и вод. Приготовление, производство, хранение и определение рабочих характеристик питательных сред / подготовлен ОАО «ВНИИС» ; внесен Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии ; принят Межгосударственным советом по стандартизации, метрологии и сертификации (протокол от 28 июня 2016 № 49). -Текст : электронный // Кодекс. Электронный фонд правовых и нормативно-технических документов [сайт]. - URL: https://docs.cntd.ru/document/1200141101 (дата обращения: 12.11.2023).

22. ГОСТ ISO/IEC 17025-2019 Межгосударственный стандарт. Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных лабораторий / подготовлен Республиканским унитарным предприятием "Белорусский государственный центр аккредитации" (Государственное предприятие "БГЦА") на

основе собственного перевода на русский язык англоязычной версии стандарта, указанного в пункте 4 ; внесен Государственным комитетом по стандартизации Республики Беларусь ; принят Межгосударственным советом по стандартизации, метрологии и сертификации (протокол от 28 июня 2019 г. N 55) ; введен в действие в качестве национального стандарта Российской Федерации с 1 сентября 2019 г..Приказом Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии от 15 июля 2019 г. N 385-ст межгосударственный стандарт ГОСТ ISO/IEC 17025-2019 введен в действие в качестве национального стандарта Российской Федерации с 1 сентября 2019 г. - Текст : электронный // Кодекс. Электронный фонд правовых и нормативно-технических документов [сайт]. -URL: https://docs.cntd.ru/document/1200166732 (дата обращения 15.02.2024).

23. ГОСТ Р ЕН 12322-2010 Национальный стандарт Российской Федерации Изделия медицинские для диагностики IN VITRO. Питательные среды для микробиологии. Критерии функциональных характеристик питательных сред / подготовлен Лаб. проблем клинико-лабораторной диагностики ГОУ ВПО «Московская медицинская академия им. И. М. Сеченова Росздрава» ; внесен Технических комитетом по стандартизации ТК 380 «Медицинские изделия для диагностики in vitro» ; утвержден и введен в действие Приказом Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии Российской Федерации от 12 ноября 2020 г. № 446-ст. - Текст : электронный // Кодекс. Электронный фонд правовых и нормативно-технических документов [сайт]. - URL: https://docs.cntd.ru/document/1200082586 (дата обращения: 12.11.2023).

24. ГОСТ Р ИСО 15189 — 2015 Лаборатории медицинские. Частные требования к качеству и компетентности / подготовлен Лабораторией проблем клинико-лабораторной диагностики НИИ общественного здоровья и управления здравоохранением ГБОУ ВПО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова» Минздрава России на основе собственного аутентичного перевода на русский язык стандарта, указанного в пункте 4 ; внесен Техническим комитетом по стандартизации ТК 380 «Клинические лабораторные исследования и медицинские изделия для диагностики in vitro» ;

утвержден и введен в действие Приказом Федерального агентства по техническому регулированию и метрологии от 27 апреля 2015 г. № 297-ст. - Текст : электронный // Кодекс. Электронный фонд правовых и нормативно-технических документов [сайт]. - URL: https://docs.cntd.ru/document/1200119946 (дата обращения 15.02.2024).

25. Грувер, К. П. Клинико-эпидемиологические особенности бактериемии / К. П. Грувер, В. Г. Жуховицкий, В. Б. Белобородов // Инфекционные болезни. - 2010. -Т. 8, № 4. - С. 13-18.

26. Гунар, О. В. Валидация метода количественного определения аэробных бактерий и грибов, выделяемых из лекарственных средств. Альтернативный агаровый метод / О. В. Гунар // Химико-фармацевтический журнал. - 2003. - Т. 37, № 3. - С. 53-56.

27. Гунар, О. В. Основы валидации микробиологических методик фармацевтического анализа : учебное пособие / О. В. Гунар, Н. Г. Сахно, Р. А. Абрамович. - Москва : РУДН, 2017. - 220 с. : ил.

28. Гунар, О. В. Особенности валидации качественных микробиологических методов фармацевтического анализа / О. В. Гунар, И. А. Буйлова // Химико-фармацевтический журнал. - 2017. - Т. 51, № 1. - С. 54-56.

29. Гунар, О. В. Процедура валидации в оценке методов определения бактерий в лекарственных препаратах / О. В. Гунар, Р. П. Карасев // Фармация. - 2012. - № 6. - С. 3-6.

30. Гусев, Е. Ю. «Сепсис-3»: новая редакция - старые проблемы. Анализ с позиции общей патологии / Е. Ю. Гусев, Н. В. Зотова, В. А. Черешнев // Инфекция и иммунитет. - 2021. - Т. 11, № 4. - С. 649-662.

31. Диагностическое значение молекулярных биомаркеров инфекционного процесса при скрининге по критериям Сепсис-3 / В. В. Кулабухов, А. Н. Кудрявцев, А. А. Клеузович [и др.] // Хирургия. Журнал им. Н. И. Пирогова. - 2018. - № 5. - С. 58-66.

32. Динамика образования биоплёнок клинически значимыми штаммами условно-патогенных бактерий / К. О. Ситникова, У. М. Немченко, Н. М. Воропаева

[и др.] // Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). - 2022. - Т. 7, № 5-1. - С. 119-128.

33. Динамика структуры возбудителей бактериемии и сепсиса у реанимационных больных в многопрофильном стационаре скорой помощи / Т. В. Черненькая, Л. А. Борисова, И. В. Александрова [и др.] // Антибиотики и химиотерапия. - 2013. - Т. 58, № 5-6. - С. 11-16.

34. Ерюхин, И. А. Генерализованные формы воспалительной реакции и хирургической инфекции. Актуальные вопросы терминологии и разграничения понятий / И. А. Ерюхин, С. А. Шляпников // Вестник хирургии им. И.И. Грекова. -1997. - Т. 156, № 4. - С. 60-64.

35. Занданова, Т. Н. Исследование адгезивной активности микробного консорциума / Т. Н. Занданова, П. А. Гоголева // Вестник КрасГАУ. - 2019. - № 4(145). - С. 114-118.

36. Идентификация возбудителей инфекционных заболеваний при совместном использовании бактериологической диагностики и MALDI Biotyper / Н. М. Воропаева, Н. Л. Белькова, У. М. Немченко [и др.] // Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). - 2020. - Т. 5, № 6. - С. 88-94.

37. Инфекции в ОРИТ России: результаты национального многоцентрового исследования / В. А. Руднов, Д. В. Бельский, А. В. Дехнич [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2011. - Т. 13, № 4. - С. 294-303.

38. Инфекции, связанные с образованием биопленок / И. Н. Петухова, Н. В. Дмитриева, З. В. Григорьевская [и др.] // Злокачественные опухоли. - 2019. - Т. 9, № 3s1. - С. 26-31.

39. Использование MALDI-TOF-технологии для идентификации возбудителей септических состояний в педиатрической практике / И. В. Чеботарь, О. А. Пономаренко, А. В. Лазарева [и др.] // Современные технологии медицины. - 2015. - Т. 7, № 2. - С. 68-74.

40. Использование методов MALDI-TOF масс-спектрометрии и количественной ПЦР для быстрой диагностики септических состояний / Т. В. Припутневич, А. Р.

Мелкумян, О. В. Бурменская [и др.] // Клиническая микробиология антимикробная химиотерапия. - 2014. - Т. 16, № 1. - С. 4-9.

41. Кинетические параметры роста бактерий, ассоциированных с подземными органами Dactylorhiza maculata (L.) Soo (Orchidaceae) / Н. В. Шеховцова, К. А. Первушина, О. А. Маракаев [и др.] // Фундаментальные исследования. - 2012. - № 3-3. - С. 542-544.

42. Киселева, Е. Е. Алгоритм выявления и видовой идентификации бактерий в крови с использованием ПЦР / Е. Е. Киселева // Вестник гематологии. 2017. - № 1. - С. 19-25.

43. Киселева, Е. Е. Использование метода мультиплексной ПЦР в реальном времени для выявления возбудителей бактериемий и сепсиса у гематологических больных / Е. Е. Киселева, В. В. Бурылев, В. Н. Чеботкевич // Молекулярная диагностика. - 2017. - Т. 2. - С. 266-267.

44. Клинико-микробиологическая характеристика инфекций кровотока у онкогематологических больных / В. Н. Чеботкевич, С. С. Бессмельцев, Е. Е. Киселева [и др.] // Онкогематология. - 2016. - Т. 11, № 3. - С. 58-67.

45. Клинические рекомендации. Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам Версия-2015-02 / подготовлены: Научно-исследовательским институтом антимикробной химиотерапии ГБОУ ВПО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения РФ [и др.] ; утверждены: Совещанием рабочей группы по медицинской микробиологии профильной комиссии МЗ РФ по КЛД (Санкт-Петербург, 10.05.2014г.) [и др.]. - URL: https://biovitrum.ru/files/klinicheskie_rekomendacii_ opredeleniya_chuvstvitel_ nosti_versiya_2015_02.pdf (дата обращения: 23.12.2023). - Текст : электронный.

46. Клясова, Г. А. Профилактика, диагностика и лечение инвазивных микозов в многопрофильном стационаре у взрослых больных / Г. А. Клясова // Медицинский алфавит. Неотложная медицина. - 2015. - Т. 4, № 20. - С. 37-48.

47. Козлова, Н. С. Антибиотикорезистентность возбудителей гнойно-септических инфекций в многопрофильном стационаре / Н. С. Козлова, Н.Е.

Баранцевич, Е.П. Баранцевич // Проблемы медицинской микологии. - 2018. - Т. 20, № 1. - С. 40-48.

48. Колпакова, С. Д. Механизмы равновесного состояния в жидких средах при культивировании бактерий / С.Д. Колпакова, А.В. Москалев, Г.А. Колпакова // Вестник российской военно-медицинской академии. - 2006. - Т. 15, №1. - С. 58-61.

49. Комплексный метод таксономической идентификации микроорганизмов / Ю. Е. Уварова, А. В. Брянская, А. С. Розанов [и др.] // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2020. - Т. 24, № 4. - С. 376-382.

50. Лабораторная диагностика внегоспитальной инфекции кровотока при терапевтической патологии / Н. М. Каргальцева, О. Ю. Борисова, В. И. Кочеровец [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2022. - Т. 67, № 10. - С. 581587.

51. Мальцева, Б. М. Показатели роста микроорганизмов в управляемых процессах культивирования / Б. М. Мальцева // Ветеринария. Реферативный журнал. - 2001. - № 4. - С. 1048.

52. Маркёры воспаления и инфекция кровотока (обзор литературы) / Н. М. Каргальцева, В. И. Кочеровец, А. Ю. Миронов [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2019. - Т. 64, № 7. - С. 435-442.

53. Масс-спектрометрическая идентификация возбудителей инфекций кровотока: опыт в педиатрической практике / О. А. Крыжановская, А. В. Лазарева, О. А. Пономаренко [и др.] // Российский педиатрический журнал. - 2014. - № 5. -С. 4-9.

54. Метод получения гемокультуры при диагностике инфекции кровотока / Н. М. Каргальцева, В. И. Кочеровец, А. Ю. Миронов [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2020. - Т. 65, № 3. - С. 185-190.

55. Методы контроля бактериологических питательных сред : методические указания. - Москва : Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2008. - 67 с.

56. Микробная колонизация центрального венозного катетера и бактериемии в развитии сепсиса у больных злокачественными лимфомами / А. К. Юркин, А. В.

Щеголев, Т. Н. Суборова [и др.] // Вестник Российской Военно-медицинской академии. - 2016. - № 1(53). - С. 17-21.

57. Никонов, В. В. Сепсис от древности до современности. Взгляд сквозь века / В. В. Никонов, А. С. Соколов, А. Э. Феськов // Медицина неотложных состояний. - 2017. - № 3(82). - С. 73-81.

58. Нозокомиальные инфекции в хирургических отделениях ЛПУ России: исследование ЭРГИНИ / С. В. Яковлев, М. П. Суворова, В. Б. Белобородов [и др.] // Инфекции в хирургии. - 2016. - Т. 14, № 3. - С. 6-15.

59. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам (Методические указания МУК 4.2.1890-04) / Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии (Семина Н. А., Сидоренко С. В.), Государственный научный центр по антибиотикам (Резван С. П., Эйдельштейн М. В.) [и др.] // Клиническая микробиология антимикробная химиотерапия. - 2004. -Т. 6, № 4. - С. 306-359.

60. Патент RU 2 766 185 C1 Российская Федерация, МПК C12Q 1/04 (2006.01), G01N 33/48 (2006.01). Способ пробоподготовки для ускоренной идентификации микроорганизмов из положительных гематологических культур : заявка № 2021121607, 20.07.2021 : опубл. 09.02.2022 / А. В. Халиулин, А. В. Лямин, О. А. Гусякова, А. В. Козлов, О. А. Балдина. - Бюл. № 4. - 8 с. : ил.

61. Патент RU 2 098 486 C1 Российская Федерация, МПК C 12 Q 1/04. Способ диагностики бактериемии : заявка № 95110928/13, 23.06.1995 : опубл. 10.12.1997 / Каргальцева Наталья Михайловна. - 5 с.

62. Патент RU 2 265 654 C2 Российская Федерация, МПК C 12 N 1/20, C 12 Q 1/04, Питательная среда для выделения гемокультур : заявка № 2003119514/13, 26.06.2003 : опубл. 10.12.2005 / З. З. Султанов, М. М. Меджидов, Э. Д. Степанова [и др.]. - Бюл. № 34. - 6 с.

63. Патент RU 2 519 650 C2 Российская Федерация, МПК C12Q 1/04 (2006.01) G01N 33/68 (2006.01). Способы разделения, характеристики и(или) идентификации микроорганизмов с помощью масс спектрометрии : заявка № 2011114901/15,

30.10.2009 : опубл. 20.06.2014 / Хьюмен Джонс (US), Клэй Бредфорд (US), Уолш Джон (US), Торп Турмен (US). - Бюл. № 17. - 32 с.

64. Патент RU 2 650 863 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/20 (2006.01); C12R 1/01 (2006.01). Сердечно-мозговая питательная среда для диагностики инфекции в кровотоке и способ ее получения : заявка № 2017104519, 13.02.2017 : опубл. 17.04.2018 / Н. М. Каргальцева, В. И. Кочеровец, О. Ю. Борисова [и др.]. -Бюл. № 11. - 14 с.

65. Патент RU 2 660 708 C1 Российская Федерация, МПК C12Q 1/04 (2006.01). Способ получения питательной среды для выделения гемокультуры при диагностике инфекции кровотока : заявка № 2017133981, 29.09.2017 : опубл. 09.07.2018 / Н. М. Каргальцева, О. Ю. Борисова, В. И. Кочеровец. - Бюл. № 19. -13 с.

66. Патент RU 2 732 222 C1 Российская Федерация, МПК C12Q 1/04 (2006.01). Способ диагностики бактериемии : заявка № 2019119090, 19.06.2019 : опубл. 14.09.2020 / Н. В. Дмитриева, Е. Г. Громова, С. А. Дьякова [и др.]. - Бюл. № 26. - 7 с.

67. Поляк, М. С. Питательные среды для медицинской микробиологии / М. С. Поляк, В. И. Сухаревич, М. Э. Сухаревич. - Санкт-Петербург : ЭЛБИ-СПб, 2002. -80 с.

68. Попов, Д. А. Алгоритм диагностики бактериемии у кардиохирургических больных в ОРИТ / Д. А. Попов, Е. А. Надточей // Анестезиология и реаниматология. - 2017. - Т. 62, № 5. - С. 382-387.

69. Попов, Д. А. Экспресс-идентификация положительных гемокультур с помощью метода прямой MALDI-TOF-масс-спектрометрии / Д. А. Попов, С. Т. Овсеенко, Т. Ю. Вострикова // Анестезиология и реаниматология. - 2015. - Т. 60, № 5. - С. 71-75.

70. Порт, Е. В. Изучение адгезивных свойств штаммов синегнойной палочки / Е. В. Порт // Вестник Харьковского национального университета имени В.Н. Каразина. Серия Медицина. - 2004. - № 9(639). - С. 11-15.

71. Правила выживания: Escherichia coli в стационарной фазе / Ф. И. Плетнёв, И.

A. Остерман, А. А. Богданов [и др.] // Acta Naturae (русскоязычная версия). - 2015.

- Т. 7, № 4(27). - С. 26-38.

72. Практические рекомендации по преаналитическому этапу микробиологических исследований. Часть I. Бактериологические исследования / Е.

B. Алиева, Л. А. Кафтырева, М. А. Макарова [и др.] // Лабораторная служба. - 2020.

- Т. 9, № 2. - С. 45-66.

73. Применение автоматизированных систем идентификации микроорганизмов для верификации таксономической принадлежности коллекционных штаммов патогенных бактерий / А. В. Осин, Н. С. Червякова, С. А. Портенко [и др.] // Проблемы особо опасных инфекций. - 2016. - № 1. - С. 79-83.

74. Приходченко, А. О. Современные подходы к терапии инвазивных микозов у онкологических пациентов / А. О. Приходченко, В. М. Нечушкина, П. В. Вяткин // Современная онкология. - 2021. - Т. 23, № 2. - С. 349-353.

75. Проценко, В. Н. Валидация и верификация количественных методик клинических лабораторных исследований / В. Н. Проценко, А. Г. Ивков // Лабораторная диагностика. Восточная Европа. - 2019. - Т. 8, № 2. - С. 171-179.

76. Результаты идентификации бактерий из положительных гемокультур пациентов многопрофильного стационара с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии /П. Г. Аминева, В. А. Руднов, О. Г. Кармацких [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2018. - Т. 20, № 4.

- С. 381-386.

77. Роль питательной среды в получении гемокультуры / Н. М. Каргальцева, О. Ю. Борисова, В. И. Кочеровец [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2016. - Т. 6, № 3.

- С. 37.

78. Руководство по медицинской микробиологии : учебное пособие для системы послевузовского профессионального образования врачей / под ред. А. С. Лабинской, Е. Г. Волиной, Н. Е. Березкина [и др.]. - Москва : БИНОМ. Лаборатория знаний, 2008. - 1077 с.

79. Сепсис. Анализ современных концепций / Ю. Я. Венгеров, М. В. Нагибина, А. П. Угринова [и др.] // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. -2016. - № 1(14). - С. 119-127.

80. Сепсис: вопросы терминологии, классификации и эпидемиологии (обзор) / О. А. Носкова, Е. В. Анганова, Г. В. Гвак [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2018. - Т. 17, № 3. - С. 80-84.

81. Сепсис: дефиниции новые - проблемы старые / И. Пасечник, Е. Решетников, М. Вершинина [и др.] // Кремлевская медицина. Клинический вестник. - 2018. - Т. 2, № 4. - С. 170-177.

82. Сепсис: избранные вопросы диагностики и лечения / кол. авт. ; под ред. Н. В. Дмитриевой, И. Н. Петуховой, Е. Г. Громовой. - Москва : Изд-во АБВ-пресс, 2018. - 416 с.

83. Серебряная, Н. Б. Эритроциты как бактерицидные клетки, участники и регуляторы воспаления / Н.Б. Серебряная, П.П. Якуцени // Иммунология. - 2020. -Т.41, №5. - С. 458-469.

84. Совершенствование лабораторных методов раннего выявления и видовой идентификации бактерий и микромицетов в крови с использованием ПЦР в режиме «реального времени» / Е. Е. Киселева, Е. И. Кайтанджан, Н. П. Стижак [и др.] // Медицина экстремальны ситуаций. - 2018. - Т. 20, № 1. - С. 72-78.

85. Современные методы лабораторной диагностики сепсиса / В. Н. Чеботкевич, Е. И. Кайтанджан, В. В. Бурылев [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2013. - Т. 15, № 4. - С. 295-300.

86. Современные молекулярно-генетические методы, используемые для этиологической диагностики сепсиса / С. Н. Гаврилов, Т. С. Скачкова, О. Ю. Шипулина [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -2016. - № 2. - С. 91-99.

87. Современный взгляд на инфекцию кровотока у пациентов терапевтического профиля / Н. М. Каргальцева, О. Ю. Борисова, В. И. Кочеровец [и др.] // Практическая медицина. - 2022. - Т. 20, № 3. - С. 88-93.

88. Соколова, Т. Н. Новые направления в разработке питательных сред для культивирования микроорганизмов / Т. Н. Соколова // Актуальные вопросы микробиологии в науке и преподавании : материалы межвузовской научно-практической конф. (Гродно, 20 июня 2018 года) / отв. ред. М. В. Горецкая, Т. Н. Соколова. - Гродно : Гродненский государственный медицинский университет, 2018. - С. 58-60.

89. Спектр и этиология инфекционных осложнений у больных острыми миелоидными лейкозами на этапах индукции и консолидации ремиссии / В. А. Охмат, Г. А. Клясова, Е. Н. Паровичникова [и др.] // Гематология и трансфузиология. - 2017. - Т. 62, № 1. - С. 9-15.

90. Тымчук, С. Н. Проблематика верификации и валидации микробиологических методик / С. Н. Тымчук, В. Е. Ларин // Контроль качества продукции. - 2020. - № 9. - С. 14-19.

91. Углеводный метаболизм диссоциантов пурпурных фотосинтезирующих бактерий / Е. Н. Красильникова, Р. Н. Ивановский, О. И. Кеппен // Микробиология.

- 2016. - Т. 85, № 3. - С. 261-268.

92. Установление видовой принадлежности штаммов энтеробактерий методом MALDI-TOF MS / Д. А. Васильев, Н. А. Феоктистова, А. В. Мастиленко // Вестник Ульяновской государственной сельскохозяйственной академии. - 2018. - № 2(42).

- С. 110-113.

93. Характеристика и свойства Serratiae marcescens, выделенной при бактериемии у детей / З. З. Садеева, И. Е. Новикова, Н. М. Алябьева [и др.] // Российский педиатрический журнал. - 2023. - Т. 26, № 2. - С. 118-124.

94. Характеристика спектра и чувствительности к антибиотикам бактерий, выделенных из крови пациентов многопрофильной военно-медицинской организации / Б. Ю. Гумилевский, Б. Н. Котив, Е. С. Орлова [и др.] // Вестник новых медицинских технологий. - 2022. - Т. 29, № 2. - С. 32-37.

95. Характеристика этиологической структуры инфекции, связанной с оказанием медицинской помощи в многопрофильном стационаре / Б. Н. Котив, Б. Ю.

Гумилевский, Е. Н. Колосовская [и др.] // Вестник Российской Военно-медицинской академии. - 2020. - № 1(69). - С. 7-11.

96. Хмель, И. А. Регуляция экспрессии бактериальных генов в отсутствие активного роста клеток / И. А. Хмель // Генетика. - 2005. - Т. 41, № 9. - С. 11831202.

97. Хохина, К. А. Бактериемия в стоматологии / К. А. Хохина, Л. Л. Давидова, К. В. Куликова // Молодежь, наука, медицина : материалы 65-й Всероссийской межвузовской студенческой научной конференции с международным участием (Тверь, 17-18 апреля 2019 года). - Тверь : ГБОУ ВПО Тверская государственная медицинская академия Министерства здравоохранения Российской Федерации, 2019. - С. 974-977.

98. Червякова, Н. С. Установление аутентичности референтных штаммов патогенных микроорганизмов с применением автоматического микробиологического анализатора Уйек 2 / Н. С. Червякова, А. В. Осин // Проблемы особо опасных инфекций. - 2017. - № 1. - С. 100-104.

99. Чёрненькая, Т. В. Методы лабораторной диагностики возбудителей сепсиса / Т. В. Чёрненькая // Антибиотики и Химиотерапия. - 2010. - Т. 55, № 5-6. - С. 5863.

100. Шипицына, И. В. Оценка адгезивной активности бактерий, выделенных у пациентов с инфицированными эндопротезами крупных суставов / И. В. Шипицына, Е. В. Осипова, Н. В. Годовых // Клиническая лабораторная диагностика. - 2014. - Т. 59, № 6. - С. 59-61.

101. Эмануэль, А. В. Аналитическое качество в лабораторной медицине: проблемы и перспективы (лекция) / А. В. Эмануэль, Г. А. Иванов, Ю. В. Эмануэль // Клиническая лабораторная диагностика. - 2014. - № 3. - С. 29-36.

102. Эпидемиологические аспекты сепсиса / О. А. Носкова, Е. В. Анганова, Г. В. Гвак [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2018. - № 5. - С. 121-126.

103. Этиологическая структура и биологические свойства возбудителей инфекций кровотока / В. В. Леонов, А. Ю. Миронов, Л. В. Леонова [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2016. - Т. 61, № 11. - С. 790-793.

104. Этиологическая структура инфекционного эндокардита у отдельных категорий пациентов (обзор литературы) / И. В. Ракитская, Г. Г. Тарадин, Е. Ю. Пономарева [и др.] // Архивъ внутренней медицины. - 2023. - Т. 13, № 1(69). - С. 24-35.

105. Явников, Н. В. Определение адгезивных свойств лакто- и бифидобактерий / Н. В. Явников // Инновации в АПК: проблемы и перспективы. - 2017. - № 4(16). -С. 218-220.

106. 2001 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS International Sepsis Definitions Conference / M. M. Levy, M. P. Fink, J. C. Marshall [et al.] // Intensive Care Med. - 2003. - Apr., vol. 31(4). - 1250-1260.

107. 2001 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS International Sepsis Definitions Conference / M. M. Levy, M. P. Fink, J.C. Marshall [et al.] // Intensive care medicine. - 2003. - Vol. 29(4) - P. 530-538.

108. A prospective study of bloodstream infections among febrile adolescents and adults attending Yangon General Hospital, Yangon, Myanmar / T. O. Myat, K. M. Oo, H. K. Mone [et al.]. - Text: electronic // PLoS Negl. Trop. Dis. - 2020. - Apr. 30, vol. 14(4). - e0008268. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32352959/ (date accessed: 24.12.2023).

109. A prospective, observational registry of patients with severe sepsis: the Canadian Sepsis Treatment and Response Registry / C. M. Martin, F. Priestap, H. Fisher [et al.] // Crit. Care Med. - 2009. - Jan., vol. 37(1). - P. 81-88.

110. Activity and mechanisms of action of selected biocidal agents on Gram-positive and -negative bacteria / S. E. Walsh, J. Y. Maillard, A. D. Russell [et al.] // J. Appl. Microbiol. - 2003. - Vol. 94(2). - P. 240-247.

111. An evaluation of three processing methods and the effect of reduced culture times for faster direct identification of pathogens from BacT/ALERT blood cultures by

MALDI-TOF MS / A. J. Loonen, A. R. Jansz, J. Stalpers [et al.] // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2012. - Jul., vol. 31(7). - P. 1575-1583.

112. Assessment of Reproducibility of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for Bacterial and Yeast Identification / L. F. Westblade, O. B. Garner, K. MacDonald [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2015. - Jul., vol. 53(7). - P. 2349-2352.

113. Bactec 9240 blood culture system: to preincubate at 35 degrees C or not? / L. Lemming, H. M. Holt, I. S. Petersen [et al.] // Clin. Microbiol. Infect. - 2004. - Dec., vol. 10(12). - P. 1089-1091.

114. Bowen, C. M. Reducing Blood Culture Contaminations in the Emergency Department: It Takes a Team / C. M. Bowen, T. Coleman, D. Cunningham // J. Emerg. Nurs. - 2016. - Jul., vol. 42(4). - P. 306-311.

115. Brecher, M. E. Validation of BacT/ALERT plastic culture bottles for use in testing of whole-blood-derived leukoreduced platelet-rich-plasma-derived platelets / M. E. Brecher, S. N. Hay, S. J. Rothenberg // Transfusion. - 2004. - Aug., vol. 44(8). - P. 11741178.

116. Bruker biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system for identification of Nocardia, Rhodococcus, Kocuria, Gordonia, Tsukamurella, and Listeria species / P. R. Hsueh, T. F. Lee, S. H. Du [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2014. - Jul., vol. 52(7). - P. 2371-2379.

117. C-reactive protein and inflammation: conformational changes affect function / Y. Wu, L.A. Potempa, D. El Kebir [et al.] //Biological chemistry. - 2015. - V. 396(11) - P. 1181-1197.

118. Carda-Broch, S. Ionic matrices for matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight detection of DNA oligomers / S. Carda-Broch, A. Berthod, D. W. Armstrong // Rapid Commun. Mass Spectrom. - 2003. - Vol. 17(6). - P. 553-560.

119. Central Line Associated Bloodstream Infections in Critical Ill Patients during and before the COVID-19 Pandemic / S. Hlinkova, E. Moraucikova, A. Lesnakova [et al.]. -Text: electronic // Healthcare (Basel). - 2023. - Aug. 29, vol. 11(17). - 2415. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov /37685449/ (date accessed: 24.12.2023).

120. Characteristics of False-Positive Alarms in the BacT/Alert 3D System / M. Amano, M. Matsumoto, S. Sano [et al.]. - Text: electronic // Microbiol. Spectr. - 2022. - Jun. 29, vol. 10(3). - e0005522. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35467361/ (date accessed: 24.12.2023).

121. Comparison of Clinical Performance Between BacT/Alert Virtuo and BacT/Alert 3D Blood Culture Systems / S. C. Kim, S. Lee, S. Kim [et al.] // Ann. Lab. Med. - 2019. - May, vol. 39(3). - P. 278-283.

122. Comparison of diagnostic accuracy in sepsis between presepsin, procalcitonin, and C-reactive protein: a systematic review and meta-analysis / C.C. Wu, H.M. Lan, S.T. Han [et al.] // Annals of intensive care. - 2017. - Vol. 7(1). - P. 1-16.

123. Comparison of 'time to detection' values between BacT/ALERT VIRTUO and BacT/ALERT 3D instruments for clinical blood culture samples / F. Congestri, F. M. Pedna, M. Fantini [et al.] // Int. J. Infect. Dis. - 2017. - Sep., vol. 62. - P. 1-5.

124. CURB-65, PSI, and APACHE II to assess mortality risk in patients with severe sepsis and community acquired pneumonia in PROWESS / G. Richards, H. Levy, P. F. Laterre [et al.] // J. Intensive Care Med. - 2011. - Jan.-Feb., vol. 26(1). - P. 34-40.

125. Danai, P. Epidemiology of sepsis: recent advances / P. Danai, G. S. Martin // Curr. Infect. Dis. Rep. - 2005. - Sep., vol. 7(5). - P. 329-334.

126. Definitions for sepsis and organ failure and guidelines for the use of innovative therapies in sepsis. The ACCP/SCCM Consensus Conference Committee. American College of Chest Physicians/Society of Critical Care Medicine / R. C. Bone, R. A. Balk, F. B. Cerra [et al.] // Chest. - 1992. - Vol. 101(6). - P. 1644-1655.

127. Desai, S. Utility of SOFA and APACHE II score in sepsis in rural set up MICU / S. Desai, J. D. Lakhani // J. Assoc Physicians India. - 2013. - Sep., vol. 61(9). - P. 608611.

128. Development of a clinically comprehensive database and a simple procedure for identification of molds from solid media by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry / A. F. Lau, S. K. Drake, L. B. Calhoun [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2013. - Mar., vol. 51(3). - P. 828-834.

129. Diagnostic accuracy of presepsin (sCD14-ST) and procalcitonin for prediction of bacteraemia and bacterial DNAaemia in patients with suspected sepsis / C. Leli, M. Ferranti, U. Marrano [et al.] // Journal of medical microbiology. - 2016. - Vol. 65(8). -P. 713-719.

130. Diagnostic accuracy of presepsin (sCD14-ST) as a biomarker of infection and sepsis in the emergency department / L.G. de Guadiana Romualdo, P.E. Torrella, S.R. Acebes // Clinica Chimica Acta. - 2017. - Vol. 464. - P. 6-11.

131. Direct identification of microorganisms from positive blood cultures by MALDI-TOF MS using an in-house saponin method / S. Yonetani, H. Ohnishi, K. Ohkusu [et al.] // Int. J. Infect. Dis. - 2016. - Nov., vol. 52. - P. 37-42.

132. Effects of Mitochondrial Transplantation on Transcriptomics in a Polymicrobial Sepsis Model / S. Kim, J. H. Noh, M. J. Lee [et al.]. - Text: electronic // Int. J. Mol. Sci. - 2023. - Oct. 18, vol. 24(20). - 15326. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37895006/ (date accessed: 24.12.2023).

133. Endothelium-derived intermedin/adrenomedullin-2 protects human ventricular cardiomyocytes from ischaemia-reoxygenation injury predominantly via the AM1 receptor / D. Bell, M. Campbell, S.F. McAleer [et al.] // Peptides. - 2016. - Vol. 76. - P. 1-13.

134. Epidemiology of severe sepsis in intensive care units in the Slovak Republic / R. Zahorec, J. Firment, J. Strakova [et al.] // Infection. - 2005. - Jun., vol. 33(3). - P. 122128.

135. Evaluation of BACTEC Plus aerobic and anaerobic blood culture bottles and BacT/Alert FAN aerobic and anaerobic blood culture bottles for the detection of bacteremia in ICU patients / K. H. Roh, J. Y. Kim, H. N. Kim [et al.] // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2012. - Jul., vol. 73(3). - P. 239-242.

136. Evaluation of formic acid sandwich (FA-sandwich): A pretreatment method for filamentous fungi, for the identification of clinically relevant filamentous fungi by two MALDI-TOF MS systems / D. Peng, X. Zhu, Y. Liu [et al.]. - Text: electronic // Med. Mycol. - 2022. - Mar. 17, vol. 60(4). - myac018. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35199840/ (date accessed: 24.12.2023).

137. Evaluation of QuickFISH and maldi Sepsityper for identification of bacteria in bloodstream infection / H. Enroth, K. Retz, S. Andersson [et al.] // Infect. Dis. (Lond). -2019. - Apr., vol. 51(4). - P. 249-258.

138. Evaluation of the blood volume effect on the diagnosis of bacteremia in automated blood culture systems / H. H. Lin, Y. F. Liu, N. Tien [et al.] // J. Microbiol. Immunol. Infect. - 2013. - Feb., vol. 46(1). - P. 48-52.

139. Experimental factors affecting the quality and reproducibility of MALDI TOF mass spectra obtained from whole bacteria cells / T. L. Williams, D. Andrzejewski, J. O. Lay [et al.] // J. Am. Soc. Mass. Spectrom. - 2003. - Apr., vol. 14(4). - P. 342-351.

140. False-positive of blood culture instrument: leukocytosis, overfilled vials or defective position? / A. Pitsch, A. Ergani, M. Vasse [et al.] // Ann. Biol. Clin. (Paris). -2019. - Dec. 1, vol. 77(6). - P. 665-667.

141. Finnegan, S. EDTA: An Antimicrobial and Antibiofilm Agent for Use in Wound Care / S. Finnegan, S. L. Percival // Adv. Wound Care (New Rochelle). - 2015. - Jul. 1, vol. 4(7). - P. 415-421.

142. Frequency and mortality of sepsis and septic shock in China: a systematic review and meta-analysis / Y. C. Liu, Y. Yao, M. M. Yu [et al.]. - Text: electronic // BMC Infect. Dis. - 2022. - Jun. 21, vol. 22(1). - 564. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35729526/ (date accessed: 24.12.2023).

143. Homogeneous sample preparation for automated high throughput analysis with matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry / P. Önnerfjord, S. Ekström, J. Bergquist [et al.] // Rapid Commun. Mass Spectrom. - 1999. - Vol. 13(5). - P. 315-322.

144. How to Optimize the Use of Blood Cultures for the Diagnosis of Bloodstream Infections? A State-of-the Art / B. Lamy, S. Dargere, M. C. Arendrup [et al.]. - Text: electronic // Front Microbiol. - 2016. - May 12, vol. 7. - 697. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27242721/ (date accessed: 24.12.2023).

145. Identification and structural analysis of synthetic oligosaccharides of Shigella sonnei using MalDI-TOf ms / G. Gyemant, A. Toth, I. Bajza [et al.] // Carbohydr. Res. -2001. - Vol. 334(4). - P. 315-322.

146. Identification of bacteria in blood culture broths using matrix-assisted laser desorption-ionization Sepsityper™ and time of flight mass spectrometry / J. Kok, L. C. Thomas, T. Olma [et al.]. - Text: electronic // PLoS One. - 2011. - Vol. 6(8). - e23285.

- URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21858058/ (date accessed: 24.12.2023).

147. Identification of Mycobacterium abscessus Subspecies by MALDI-TOF Mass Spectrometry and Machine Learning / D. Rodríguez-Temporal, L. Herrera, F. Alcaide [et al.]. - Text: electronic // J. Clin. Microbiol. - 2023. - Jan. 26, vol. 61(1). - e0111022. -URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36602341/ (date accessed: 24.12.2023).

148. Impact of Automated Blood Culture Systems on the Management of Bloodstream Infections: Results from a Crossover Diagnostic Clinical Trial / A. V. Halperin, J. A. Del Castillo Polo, J. L. Cortes-Cuevas [et al.]. - Text: electronic // Microbiol. Spectr. - 2022.

- Oct. 26, vol. 10(5). - e0143622. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36094318/ (date accessed: 24.12.2023).

149. Impact of Pre-Analytical Time on the Recovery of Pathogens from Blood Cultures: Results from a Large Retrospective Survey / C. Venturelli, E. Righi, L. Borsari [et al.]. -Text: electronic // PLoS One. - 2017. - Jan. 3, vol. 12(1). - e0169466. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28046040/ (date accessed: 24.12.2023).

150. Improvement of a rapid direct blood culture microbial identification protocol using MALDI-TOF MS and performance comparison with SepsiTyper kit / F. Di Gaudio, S. Indelicato, S. Indelicato [et al.] // J. Microbiol. Methods. - 2018. - Dec., vol. 155. - P. 17.

151. In vitro Evaluation of BACT/ALERT® VIRTUO®, BACT/ALERT 3D®, and BACTEC™ FX Automated Blood Culture Systems for Detection of Microbial Pathogens Using Simulated Human Blood Samples / G. Menchinelli, F. M. Liotti, B. Fiori [et al.]. -Text: electronic // Front. Microbiol. - 2019. - Feb. 19, vol. 10. - 221. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30837964/ (date accessed: 24.12.2023).

152. In-house validation of the BACTEC 9240 blood culture system for detection of bacterial contamination in platelet concentrates / W. M. Jr. Dunne, L. K. Case, L. Isgriggs [et al.] // Transfusion. - 2005. - Jul., vol. 45(7). - P. 1138-1142.

153. Kite, P. Assessing the effectiveness of EDTA formulations for use as an ovelcatheterlock solution for the eradication of biofilms / P. Kite, K. Eastwood, S. L. Percival // Biofilms, Persistenceand Ubiquity / eds. A. McBain, D. Allison, J. Pratten [et al.]. - Cardiff : Bioline, 2005. - P. 181-190.

154. Lai, N. A. The predictive ability of a weighted systemic inflammatory response syndrome score for microbiologically confirmed infection in hospitalised patients with suspected sepsis / N. A. Lai, P. Kruger //Critical Care and Resuscitation. - 2011. - V. 13 (3). - P. 146-150.

155. Larrosa Escartín, M.N. The microbiology of sepsis is more than the application of new technologies in diagnosis / M.N. Larrosa Escartín, M.A. Martínez-López, P. Nadal-Barón // Rev Esp Quimioter. - 2023. - Vol. 36. Suppl 1(Suppl 1). - P. 5-8.

156. Lipopolysaccharide binding protein in a surgical intensive care unit: a marker of sepsis? / Y. Sakr, U. Burgett, F. E. Nacul [et al.] // Critical care medicine. - 2008. - Vol. 36(7) - P. 2014-2022.

157. Luethy, P. M. The Use of Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-ofFlight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) for the Identification of Pathogens Causing Sepsis / P. M. Luethy, J. K. Johnson // J. Appl. Lab. Med. - 2019. - Jan., vol. 3(4). - P. 675-685.

158. Long, B. Ready for prime time? Biomarkers in sepsis / B. Long, A. Koyfman // Emergency Medicine Clinics. - 2017. - V. 35(1). - P. 109-122.

159. MALDI-ToF mass spectrometry: An emerging tool for unequivocal identification of non-fermenting Gram-negative bacilli / V. Gautam, M. Sharma, L. Singhal [et al.] // Indian J. Med. Res. - 2017. - May, vol. 145(5). - P. 665-672.

160. Marshall, J.Terminology and conceptual challenges / J. Marshall, R. Tania // In: Sepsis and multiple organ dysfunctions: a multidisciplinary approach. - W.B. Saunders. - 2002. - P. 12-18.

161. Mass spectrometry-based microbiological testing for blood stream infection / F. Nomura, S. Tsuchida, S. Murata [et al.]. - Text: electronic // Clin. Proteomics. - 2020. -May 13, vol. 17. - 14. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32435163/ (date accessed: 24.12.2023).

162. Morgenthaler, N. G. Rapid identification of pathogens in positive blood culture of patients with sepsis: review and meta-analysis of the performance of the sepsityper kit / N. G. Morgenthaler, M. Kostrzewa. - Text: electronic // International journal of microbiology. - 2015. - Vol. 2015. - 827416. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26000017/ (date accessed: 24.12.2023).

163. Multicenter evaluation of the Sepsityper™ extraction kit and MALDI-TOF MS for direct identification of positive blood culture isolates using the BD BACTEC™ FX and VersaTREK(®) diagnostic blood culture systems / K. M. Schieffer, K. E. Tan, P. D. Stamper [et al.] // J. Appl. Microbiol. - 2014. - Apr., vol. 116(4). - P. 934-941.

164. Multidrug-Resistant Sepsis: A Critical Healthcare Challenge / N.R. Kumar, T.A. Balraj, S.N. Kempegowda [et al.] // Antibiotics (Basel). - 2024. - Vol. 13(1). - P. 46.

165. Multidisciplinary team review of best practices for collection and handling of blood cultures to determine effective interventions for increasing the yield of true-positive bacteremias, reducing contamination, and eliminating false-positive central line-associated bloodstream infections / R. A. Garcia, E. D. Spitzer, J. Beaudry [et al.] // Am. J. Infect. Control. - 2015. - Nov., vol. 43(11). - P. 1222-1237.

166. Mutlu, M. A dangerous causative microorganism of early onset neonatal sepsis: Stenotrophomonas maltophilia. Two case reports and a review of the literature / M. Mutlu, S. Kader, Y. Aslan // J. Matern. Fetal Neonatal Med. - 2022. - Dec., vol. 35(25). - P. 6077-6079.

167. National incidence and mortality of hospitalized sepsis in China / L. Weng, Y. Xu, P. Yin [et al.]. - Text: electronic // Crit. Care. - 2023. - Mar. 4, vol. 27(1). - 84. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36870989/ (date accessed: 24.12.2023).

168. Niemann, H. H. Adhesins and invasins of pathogenic bacteria: a structural view. / H. H. Niemann, W. D. Schubert, D.W. Heinz // Microbes Infect. - 2004. - Vol. 6(1). - P. 101-112.

169. OmpU as a biomarker for rapid discrimination between toxigenic and epidemic Vibrio cholerae O1/O139 and non-epidemic Vibrio cholerae in a modified MALDI-TOF MS assay / A. Paauw, H. Trip, M. Niemcewicz [et al.]. - Text: electronic // BMC

Microbiol. - 2014. - Vol. 14. - 158. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24943244/ (date accessed: 24.12.2023).

170. Optimization of microbial screening for cord blood / P. Clark, A. Trickett, M. Chimenti [et al.] // Transfusion. - 2014. - Mar., vol. 54(3). - P. 550-559.

171. Oviaño, M. MALDI-TOF mass spectrometry in the 21st century clinical microbiology laboratory / M. Oviaño, B. Rodríguez-Sánchez // Enferm. Infecc. Microbiol. Clin. (Engl. Ed.). - 2021. - Apr., vol. 39(4). - P. 192-200.

172. Paired blood cultures increase the sensitivity for detecting pathogens in both inpatients and outpatients / B. Tarai, D. Jain, P. Das [et al.] // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2018. - Mar., vol. 37(3). - P. 435-441.

173. Patel, R. MALDI-TOF MS for the diagnosis of infectious diseases / R. Patel // Clin. Chem. - 2015. - Jan., vol. 61(1). - P. 100-111.

174. Performance of two blood culture systems to detect anaerobic bacteria. Is there any difference? / M. Mueller-Premru, S. Jeverica, L. Papst [et al.] // Anaerobe. - 2017. - Jun., vol. 45. - P. 59-64.

175. Performance of Two Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) Systems for Identification of the Viridans Group Streptococci / F. Pan, N. Zhao, W. Zhao [et al.] // Infect. Drug. Resist. - 2023. - May 10, vol. 16. - P. 2901-2909.

176. PIRO concept: staging of sepsis / S. Rathour, S. Kumar, V. Hadda [et al.] // J. Postgrad. Med. - 2015. - Oct.-Dec., vol. 61(4). - P. 235-242.

177. Prevalence of sepsis among adults in China: A systematic review and meta-analysis / S. Lei, X. Li, H. Zhao [et al.]. - Text: electronic // Front Public Health. - 2022. - Oct. 11, vol. 10. - 977094. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36304237/ (date accessed: 24.12.2023).

178. Procalcitonin levels predict bacteremia in patients with community-acquired pneumonia: a prospective cohort trial / F. Müller M. Christ-Crain, T. Bregenzer [et al.] // Chest. - 2010. - V. 138(1). - P. 121-129.

179. Ramos, M. Reducing Blood Culture Contaminations / M. Ramos. - Text: electronic // J. Emerg. Nurs. - 2017. - Jan., vol. 43(1). - 7. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28131352/ (date accessed: 24.12.2023).

180. Rapid Bacterial detection and Gram-Identification Using Bacterially Activated, Macrophage-Membrane-Coated Nanowired-Si Surfaces in a Microfluidic Device / S. Liu, H. Wang, L. Yu [et al.] // Nano Lett. - 2023. - Sep. 13, vol. 23(17). - P. 8326-8330.

181. Rapid identification of bacteria from positive blood culture bottles by use of matrix-assisted laser desorption-ionization time of flight mass spectrometry fingerprinting / M. Christner, H. Rohde, M. Wolters [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2010.

- May, vol. 48(5). - P. 1584-1591.

182. Reducing blood culture contamination in the emergency department: an interrupted time series quality improvement study / W. H. Self, T. Speroff, C. G. Grijalva [et al.] // Acad. Emerg. Med. - 2013. - Jan., vol. 20(1). - P. 89-97.

183. Risk stratification of the potentially septic patient in the emergency department: the Mortality in the Emergency Department Sepsis (MEDS) score / C. R. Carpenter, S. M. Keim, S. Upadhye [et al.] // J. Emerg. Med. - 2009. - Oct., vol. 37(3). - P. 319-327.

184. Sensitivity of the BacT/ALERT FA-medium for detection of Pseudomonas aeruginosa in pre-incubated blood cultures and its temperature-dependence / I. Seegmüller, U. Eschenbach, K. Kamereck [et al.] // J. Med. Microbiol. - 2004. - Sep., vol. 53(Pt 9). - P. 869-874.

185. Sepsis-related mortality in China: a descriptive analysis / L. Weng, X. Y. Zeng, P. Yin [et al.] // Intensive Care Med. - 2018. - Jul., vol. 44(7). - P. 1071-1080.

186. Sepsityper® Kit versus In-House Method in Rapid Identification of Bacteria from Positive Blood Cultures by MALDI-TOF Mass Spectrometry / G. Perse, I. Samoscanec, Z. Bosnjak [et al.]. - Text: electronic // Life (Basel). - 2022. - Oct. 30, vol. 12(11). -1744. - URL: https://doi.org/10.3390/life12111744 (date accessed: 24.12.2023).

187. Solomon, H. M. Rapid diagnosis of Brucella melitensis in blood: some operational characteristics of the BACT/ALERT / H. M. Solomon, D. Jackson // J. Clin. Microbiol.

- 1992. - Jan., vol. 30(1). - P. 222-224.

188. Spirig, T. Sortase enzymes in Gram-positive bacteria / T. Spirig, E. M. Weiner, R. T. Clubb // Mol. Microbiol. - 2011. - Dec., vol. 82(5). - P. 1044-1159.

189. Staphylococcus aureus Sortase A transpeptidase. Calcium promotes sorting signal binding by altering the mobility and structure of an active site loop / M. T. Naik, N. Suree, U. Ilangovan [et al.] // J. Biol. Chem. - 2006. - Jan. 20, vol. 281(3). - P. 1817-1826.

190. Steering Committee of KONIS. Ten-year surveillance of central line-associated bloodstream infections in South Korea: Surveillance not enough, action needed / E. J. Kim, S. Y. Kang, Y. G. Kwak [et al.] // Am. J. Infect. Control. - 2020. - Mar., vol. 48(3). - P. 285-289.

191. Stenotrophomonas maltophilia bacteremia in children - A 10-year analysis / A. Büyükcam, A. Bi5akcigil, A. B. Cengiz [et al.] // Arch Argent Pediatr. - 2020. - Jun., vol. 118(3). - P. e317-e323.

192. The epidemiology of sepsis in the United States from 1979 through 2000 / G. S. Martin, D. M. Mannino, S. Eaton [et al.] // N. Engl. J. Med. - 2003. - Apr. 17, vol. 348(16). - P. 1546-1554.

193. The era of molecular and other non-culture-based methods in diagnosis of sepsis / N. Mancini, S. Carletti, N. Ghidoli [et al.] // Clin. Microbiol. Rev. - 2010. - Jan., vol. 23(1). - P. 235-251.

194. Time-to-detection of bacteria and yeast with the BACTEC FX versus BacT/Alert Virtuo blood culture systems / A. M. Somily, H. A. Habib, A. A. Torchyan [et al.] // Ann. Saudi. Med. - 2018. - May-Jun., vol. 38(3). - P. 194-199.

195. Toh-Boyo, G. M. Comparison of sample preparation methods and evaluation of intra-and intersample reproducibility in bacteria MalDI-ms profiling / G. M. Toh-Boyo, S. S. Wulff, F. Basile // Anal. Chem. - 2012. - Vol. 84(22). - P. 9971-9980.

196. Toluidine blue-mediated photodynamic effects on staphylococcal biofilms / M. Sharma, L. Visai, F. Bragheri [et al.] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2008. - Jan., vol. 52(1). - P. 299-305.

197. UK Standards for Microbiology Investigations. Investigation of Blood Cultures (for Organisms other than Mycobacterium species) / Issued by the Standards Unit, Health Protection Agency, PHE. - Text : electronic // GOV.UK [website]. - 2014. - 4 nov. [last

updated 6 july 2022]. - URL: https://www.gov.uk/government/publications/smi-b-37-investigation-of-blood-cultures-for-organisms-other-than-mycobacterium-species#full-publication-update-history (date accessed: 27.01.2024).

198. Unique structural modifications are present in the lipopolysaccharide from colistin-resistant strains of Acinetobacter baumannii / M. R. Pelletier, L. G. Casella, J. W. Jones [et al.] // Antimicrob. Agents Chemother. - 2013. - Vol. 57(10). - P. 4831-4840.

199. Usefulness of several biomarkers in the management of septic patients: C-reactive protein, procalcitonin, presepsin and mid-regional proadrenomedullin / A. Enguix-Armada, R. Escobar-Conesa, A. García-De La Torre [et al.] // Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (CCLM). - 2016. - Vol. 54(1). - P. 163-168.

200. Vincent, J. L. Biomarkers in the critically ill patient: Creactive protein / J. L. Vincent, K. Donadello, X. Schmit // Critical care clinics. - 2011. - V. 27(2) - P. 241-251.

201. Vincent, J. L. EPIC II: sepsis around the world / J. L. Vincent // Minerva Anestesiol. - 2008. - Jun., vol. 74(6). - P. 293-296.

202. Viscoli, C. Bloodstream Infections: The peak of the iceberg / C. Viscoli // Virulence. - 2016. - Apr. 2, vol. 7(3). - P. 248-251.

203. Vincent, J. L. Sepsis: older and newer concepts / J. L. Vincent, J. P. Mira, M. Antonelli // The Lancet Respiratory Medicine. - 2016. - V. 4 (3). - P. 237-240.

204. Wattal, C. Microbial identification and automated antibiotic susceptibility testing directly from positive blood cultures using MALDI-TOF MS and VITEK 2 / C. Wattal, J. K. Oberoi // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2016. - Jan., vol. 35(1). - P. 75-82.