Механизмы влияния обратной транскриптазы и протеазы ВИЧ-1 на туморогенный потенциал клеток эпителиального происхождения тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Житкевич Алла Сергеевна

• Житкевич Алла Сергеевна
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Житкевич Алла Сергеевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Строение и жизненный цикл вируса ВИЧ-1

1.1.1. Обратная транскриптаза

1.1.2. Протеаза

1.2. Злокачественные новообразования, ассоциированные с ВИЧ-1

1.2.1. Нарушение регуляции иммунитета при инфекции, вызванной ВИЧ-1

1.2.2. Ассоциированные со СПИДом злокачественные новообразования

1.2.3. Не СПИД-ассоциированные злокачественные новообразования

1.3. Роль ВИЧ-1 белков в клеточной трансформации и опухолевой прогрессии

1.4. Механизм возникновения окислительного стресса клетки

1.5. Механизмы, лежащие в основе взаимодействия ВИЧ-1 с другими типами клеток

1.6. Молекулярные механизмы канцерогенеза при взаимодействии ВИЧ-1 с другими вирусными онкогенами

1.6.1. Роль ВИЧ-1 как кофактора в канцерогенезе ВПЧ

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Реагенты

2.1.1. Праймеры

2.1.2. Реагенты для работы с клеточными культурами

2.1.3. Лентивирусные вектора

2.1.4. Антитела

2.2. Материалы и объекты

2.2.1. Эукариотические клеточные линии

2.2.2. Рекомбинантные белки

2.2.3. Лабораторные животные

2.3. Методы исследований

2.3.1. Культивирование и хранение клеточных линий

2.3.2. Хранение и заморозка клеточных культур

2.3.3. Определение инфекционного титра лентивирусных частиц

2.3.4. Электрофорез ДНК в агарозном геле

2.3.5. Получение моноклональных производных клеточной линии Ca Ski c геном RT_A

2.3.6. Получение моноклональных производных клеточной линии Ca Ski c геном GFP

2.3.7. Получение проб для Вестерн блота

2.3.8. Электрофорез белков в денатурирующем ПААГ

2.3.9. Перенос белков из ПААГ на мембрану

2.3.10. Иммуноокрашивание мембраны

2.3.11. Выделение тотальной РНК из клеточных культур

2.3.12. ПЦР с детекцией в режиме реального времени

2.3.13. Оценка времени удвоения клеточных культур

2.3.14. Анализ интенсивностей гликолиза и митохондриального дыхания

2.3.15. Анализ цитотоксичности ингибиторов метаболических ферментов

2.3.16. Измерение массы митохондрий

2.3.17. Анализ морфологии митохондрий

2.3.18. Оценка продукции активных форм кислорода

2.3.19. Анализ перекисного окисления липидов

2.3.20. Оценка скорости миграции клеток

2.3.21. Анализ образования колоний

2.3.22. Анализ клеточного цикла

2.3.23. Оценка туморогенной активности производных клеточной линии Ca Ski

2.3.24. Статистический анализ результатов

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Оценка влияния продукции обратной транскриптазы ВИЧ-1 на гликолиз и дыхательную активность митохондрий в клетках аденокарциномы мышей

3.1.1. Оценка влияния продукции RT ВИЧ-1 на гликолиз

3.1.2. Оценка влияния продукции RT ВИЧ-1 на митохондриальное дыхание клеток

3.1.3. Оценка влияния продукции RT ВИЧ-1 на основные метаболические пути клетки

3.1.4. Оценка влияния продукции RT ВИЧ-1 на общую митохондриальную массу

3.1.5. Оценка влияния продукции RT ВИЧ-1 на структуру митохондриальной сети

3.2. Влияние обратной транскриптазы ВИЧ-1 на характеристики клеток, содержащих интегрированный геном ВПЧ16

3.2.1. Оценка влияния белков ВИЧ-1 на экспрессию онкогенов Е6/Е7 ВПЧ16

3.2.2. Получение производных ВПЧ16+ линии клеток рака шейки матки человека Ca Ski, стабильно экспрессирующих RT ВИЧ-1 подтипа А штамма FSU_A

3.2.3. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на экспрессию онкогенов Е6/Е7 ВПЧ16

3.2.4. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на гликолиз

3.2.5. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на дыхательную активность митохондрий

3.2.6. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на окислительно-восстановительный баланс клеток

3.2.7. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на факторы эпителиально-мезенхимального перехода

3.2.8. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на фенотипические свойства клеток - подвижность и клоногенную активность

3.2.8.1. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на параметры времени удвоения клеток и клеточного цикла

3.2.8.2. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на подвижность клеток в анализе заживления раны

3.2.8.3. Оценка влияния экспрессии RT ВИЧ-1 на клоногенную активность клеток

3.2.9. Оценка туморогенного потенциала производных ВПЧ16+ линии клеток рака шейки матки человека Ca Ski, стабильно экспрессирующих RT ВИЧ-1 подтипа А штамма FSU_A

3.3. Оценка влияния экспрессии протеазы ВИЧ-1 на свойства клеток аденокарциномы мышей in vitro

3.3.1. Оценка экспрессии и продукции PR ВИЧ-1 в производных линии 4T1luc2

78

3.3.2. Оценка влияния экспрессии PR ВИЧ-1 на окислительный стресс

3.3.3. Оценка влияния экспрессии PR ВИЧ-1 на подвижность клеток в анализе заживления раны под действием антиоксиданта

3.3.4. Оценка влияния экспрессии PR ВИЧ-1 на факторы эпителиально-мезенхимального перехода под действием антиоксиданта

3.3.5. Оценка влияния экспрессии PR ВИЧ-1 на миграционную активность клеток под действием ингибиторов протеазы ВИЧ-1

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы влияния обратной транскриптазы и протеазы ВИЧ-1 на туморогенный потенциал клеток эпителиального происхождения»

Актуальность темы исследования

В настоящее время инфекция, вызванная вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), продолжает представлять собой глобальную проблему общественного здравоохранения. По оценкам Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), на 2023 год число ВИЧ-инфицированных лиц составило примерно 39,9 млн человек, при этом выявлено 1,3 млн новых случаев заражения ВИЧ-1 и 630 тыс. смертей [1]. По итогам 2021 года в Российской Федерации (РФ) насчитывалось 1,137 млн ВИЧ-инфицированных, что составляет 1,5% взрослого населения [2]. Кроме того, по данным Европейского центра по профилактике и контролю заболеваний (ЕЦПКЗ) и ВОЗ, в РФ на конец 2021 года наблюдался самый высокий уровень впервые выявленных случаев ВИЧ-инфекции в европейском регионе - 40,2 на 100 000 населения [3]. Несмотря на то, что доля ВИЧ-инфицированных, получающих антиретровирусную терапию (АРТ), в РФ выросла с 43% в 2016 году до 93% в 2022 году, во всех федеральных округах РФ сохраняется тенденция роста распространения ВИЧ-1, что может быть связано с увеличением продолжительности жизни ВИЧ-инфицированных (с 31 года в 2011 году до 41 года в 2022 году)

[4].

С начала глобальной эпидемии ВИЧ-1 среди ВИЧ-инфицированных лиц наблюдается повышенный уровень заболеваемости злокачественными новообразованиями [5; 6], в частности эпителиального происхождения [7]. В эпоху АРТ резко снизилась частота возникновения злокачественных новообразований, ассоциированных с иммуносупрессией, но она все еще остается повышенной относительно общей популяции [8]. Кроме того, у ВИЧ-инфицированных лиц наблюдается значительный рост числа ежегодно диагностируемых случаев злокачественных новообразований, связанных с ко-инфекцией другими вирусами, в частности вирусом папилломы человека высокого канцерогенного риска (ВПЧ ВКР) [8]. Три из четырех ВИЧ-положительных женщин инфицированы ВПЧ. Распространенность инфекции ВПЧ среди женщин с ВИЧ-1 напрямую связана с вирусной нагрузкой ВИЧ-1 и уровнями CD4+ клеток [9; 10]. Фактически, ни одно исследование не выявило положительного эффекта высокоактивной АРТ в снижении прогрессирования цервикальной интраэпителиальной неоплазии (CIN) высокой степени или анальной интраэпителиальной неоплазии (AIN) у лиц с ко-инфекцией ВПЧ/ВИЧ-1 [11-13]. К тому же успешная АРТ приводит к «старению» ВИЧ-инфицированного населения, а значит увеличивается бремя онкологических заболеваний, связанных с накоплением соматических мутаций, ослаблением иммунной системы, изменениями в тканевой среде и длительным воздействием канцерогенов [14; 15].

Накопленные данные показывают, что отдельные вирусные белки могут напрямую способствовать канцерогенезу, в том числе в эпителиальных клетках [16]. Белки ВИЧ-1 можно обнаружить в сыворотке/плазме крови пациентов даже если уровни РНК ВИЧ-1 находятся ниже предела детекции (не выявляются) [17]. Обратная транскриптаза и протеаза ВИЧ-1 являются наименее изученными вирусными белками в отношении влияния на онкогенные характеристики клеток эпителиального происхождения. Таким образом, важным вопросом как фундаментальной, так и прикладной науки является исследование механизмов влияния обратной транскриптазы и протеазы ВИЧ-1 на туморогенный потенциал клеток эпителиального происхождения.

Степень разработанности темы исследования

Ранее показано, что продукция обратной транскриптазы (RT) ВИЧ-1 в клетках аденокарциномы молочной железы мыши 4T1luc2 приводила к увеличению продукции активных форм кислорода (АФК), перекисному окислению липидов, усилению подвижности клеток в анализе заживления ран и повышению регуляции экспрессии Vimentin и Twist, последнее коррелировало с уровнями продукции RT. Кроме того, RT ВИЧ-1 в этих клетках приводила к усилению туморогенного и метастатического потенциала in vitro и in vivo по механизму, связанному со способностью RT индуцировать в клетках АФК. При этом именно свойство фермента RT эффективно индуцировать активацию Twist, чтобы препятствовать окислительному стрессу, приводило к усилению туморогенного и метастатического потенциала экспрессирующих RT клеток. Повышенная продукция АФК митохондриями является следствием нарушения интенсивности системы окислительного фосфорилирования [18-20]. На настоящий момент отсутствуют данные о влиянии RT на метаболические характеристики эпителиальных клеток.

Данные о молекулярном взаимодействии ВИЧ-1/ВПЧ16 и/или их антигенами рассматривались независимо во множестве исследований [21-29]. Однако, отсутствует обобщенный обзор механизмов, способствующих усилению туморогенного и миграционного потенциала ВПЧ16+ клеток под действием ВИЧ-1. Не продемонстрировано, может ли RT ВИЧ-1 модулировать фенотипические характеристики, метаболическую активность, характер экспрессии генов и туморогенность ВПЧ16+ эпителиальных клеток.

Показано, что продукция протеазы (PR) ВИЧ-1 в клетках аденокарциномы молочной железы мыши 4T1luc2 приводила к усилению туморогенного и метастатического потенциала при имплантации сингенным мышам [30]. Однако, механизм, лежащий в основе этого наблюдения, не оценивался.

Целью настоящей работы являлось исследование механизмов влияния обратной транскриптазы и протеазы ВИЧ-1 на туморогенный потенциал клеток эпителиального происхождения.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи исследования:

1. оценить влияние продукции обратной транскриптазы (RT) ВИЧ-1 в клетках аденокарциномы молочной железы мыши 4T1luc2 на два ключевых метаболических процесса клеток: гликолиз и митохондриальное дыхание;

2. оценить влияние вариантов RT ВИЧ-1 на экспрессию онкогенов E6/E7 ВПЧ16 на модели клеточной линии плоскоклеточного рака шейки матки человека Ca Ski с интегрированным геномом ВПЧ16;

3. оценить фенотипические характеристики, метаболическую активность и характер экспрессии генов в субклонах линии Ca Ski, стабильно продуцирующих RT ВИЧ-1;

4. охарактеризовать туморогенный потенциал полученных субклонов линии Ca Ski, продуцирующих RT ВИЧ-1, в иммунодефицитных мышах линии Nu/J;

5. оценить окислительно-восстановительный статус и миграционный потенциал в субклонах линии 4T1luc2, экспрессирующих протеазу (PR) ВИЧ-1.

Научная новизна

В работе впервые продемонстрировано, что продукция обратной транскриптазы ВИЧ-1 в клетках 4T1luc2 приводила к усилению митохондриального дыхания и повышению уровня продукции АТФ в клетке, при этом не влияя на процесс гликолиза и уровни субстратов, поступающих в цикл Кребса. Усиление митохондриального дыхания было связано с перестройкой митохондриальной сети, что выражалось в увеличении доли клеток с нитевидным фенотипом митохондрий, при индуцированном обратной транскриптазой снижении митохондриальной массы. В работе впервые были получены производные ВПЧ16-положительной клеточной линии плоскоклеточного рака шейки матки человека Ca Ski, экспрессирующие обратную транскриптазу ВИЧ-1 штамма FSU_A и зеленый флуоресцентный белок (GFP) в качестве контроля. В работе впервые продемонстрировано, что экспрессия обратной транскриптазы ВИЧ-1 увеличивает уровень мРНК изоформы E6*I ВПЧ16, склоняет клетки к гибридному эпителиально-мезенхимальному фенотипу, усиливает гликолиз и подавляет митохондриальное дыхание. Показано, что лентивирусная трансдукция и дальнейшая экспрессия клетками линии Ca Ski неонкогенного белка GFP, снижает их туморогенность, однако высокий уровень экспрессии обратной транскриптазы ВИЧ-1 предотвращает достоверное снижение туморогенной активности опухолевых клеток. Впервые показано, что протеаза ВИЧ-1 изменяет

миграционную активность клеток аденокарциномы in vitro и in vivo, что связано не с индукцией окислительного стресса, а с ее ферментативной активностью.

Теоретическая и практическая значимость работы

В настоящей работе показано, что механизмом индуцируемого обратной транскриптазой ВИЧ-1 увеличения продукции АФК, приводящего к усилению туморогенного и метастатического потенциала клеток аденокарциномы молочной железы in vitro и in vivo, является усиление митохондриального дыхания, связанное с перестройкой митохондриальной сети. Эти данные важны для понимания патогенеза инфекции ВИЧ-1, включая стимуляцию процесса образования и распространения ассоциированных с ВИЧ-1 злокачественных новообразований, а также указывают на необходимость скрининга злокачественных новообразований среди ВИЧ-инфицированных лиц, включая получающих АРТ. Рекомендовано проведение дальнейших исследований влияния уровня циркулирующей в крови обратной транскриптазы на частоту выявления злокачественных новообразований у пациентов, получающих эффективную АРТ, с целью определения оптимальной частоты мониторинга опухолей.

Полученные в работе данные подчеркивают сложные взаимодействия, возникающие в клетке при ко-инфекции ВИЧ-1 и ВПЧ16. Экспрессия обратной транскриптазы ВИЧ-1 в клетках, содержащих интегрированный геном ВПЧ16, приводит к изменению фенотипических особенностей этих клеток, влияя на их клоногенную активность и канцерогенный потенциал, предположительно за счет повышения уровня мРНК изоформы E6*I ВПЧ16 и/или усиленного гликолиза. Это позволяет предположить, что обратная транскриптаза ВИЧ-1 -многофункциональный белок, влияющий на индуцированный ВПЧ16 канцерогенез за счет модуляции экспрессии онкогена Е6. Способность обратной транскриптазы ВИЧ-1 влиять на метаболизм опухолевых клеток может играть важную роль в патогенезе инфекции, тем самым объясняя феномен ВИЧ-1-ассоциированного канцерогенеза, не связанного с иммунной супрессией. Полученные в работе данные о механизмах канцерогенеза при ко-инфекции ВИЧ-1/ВПЧ16 могут быть использованы при модификации протоколов лечения. Полученные производные линии клеток Ca Ski могут быть использованы в качестве модели для оценки эффективности противовирусных препаратов и комбинированных протоколов лечения при ко-инфекции.

Полученные в работе данные раскрывают механизм, по которому ферментативная активность протеазы ВИЧ-1 влияет на миграционную активность клеток аденокарциномы in vitro и in vivo. Это влияние может усиливать метастатическую активность опухолевых клеток, усугубляя клиническое течение и ухудшая исход злокачественных новообразований у людей,

живущих с ВИЧ-1. Рекомендовано проведение испытаний по оценке частоты метастазирования опухолей у пациентов с ВИЧ-1, получающих АРТ, включающую и не включающую ингибиторы протеазы ВИЧ-1.

Методология и методы исследования

Методология исследования построена с учетом анализа научной литературы по теме диссертационной работы и в соответствии с поставленной целью. В ходе работы были использованы современные методы молекулярной биологии, такие как работа с клеточными линиями эукариот; получение лентивирусных частиц; получение моноклональных производных эукариотических клеток; Вестерн блот; ПЦР; измерение активных форм кислорода в клетке; измерение перекисного окисления липидов в клетке, измерение скорости поглощения кислорода (OCR, oxygen consumption rate) и скорости внеклеточного закисления культуральной среды (ECAR, extracellular acidification rate); оценка цитотоксичности ингибиторов; измерение митохондриальной массы и оценка морфологии митохондрий; анализ клеточного цикла; измерение скорости миграции и клоногенной способности клеток; подкожная имплантация клеток мышам и морфометрическая оценка роста опухолей; анализ полученных данных методами параметрической и непараметрической статистики. Итоговые данные исследования проанализированы, систематизированы и изложены в главах собственного исследования. На основании полученных результатов сформулированы выводы и предложены практические рекомендации.

Положения, выносимые на защиту

1. Продукция обратной транскриптазы ВИЧ-1 в клетках аденокарциномы молочной железы мыши 4T1luc2 приводит к усилению митохондриального дыхания и повышению уровня продукции АТФ в клетке, при этом не влияя на процесс гликолиза и уровни субстратов, поступающих в цикл Кребса. Усиление митохондриального дыхания связано с перестройкой митохондриальной сети при индуцированном обратной транскриптазой снижении митохондриальной массы.

2. Рекомбинантные обратные транскриптазы ВИЧ-1 могут увеличивать экспрессию Е6 ВПЧ16 в линии клеток плоскоклеточного рака шейки матки человека Ca Ski с интегрированным геномом ВПЧ16 при добавлении в культуральную среду. Экспрессия обратной транскриптазы ВИЧ-1 в клетках Ca Ski увеличивает уровни мРНК изоформы E6*I ВПЧ16, усиливает гликолиз и подавляет митохондриальное дыхание, приводит к изменению фенотипических характеристик клеток, влияя на их клоногенную активность и туморогенный потенциал.

3. Экспрессия протеазы ВИЧ-1 в клетках аденокарциномы молочной железы мыши 4T1luc2

влияет на миграционную активность клеток in vitro и in vivo по механизму, связанному не

с индукцией окислительного стресса, а с ее ферментативной активностью.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Научные положения диссертации соответствуют паспорту научной специальности 1.5.10. Вирусология. Результаты проведенной работы соответствуют областям исследований: пунктам 4, 6 паспорта специальности 1.5.10. Вирусология.

Степень достоверности и апробация результатов

Материалы исследования были представлены и обсуждены в 6 докладах на 6 международных конференциях: VII Петербургский международный онкофорум «Белые ночи» (Санкт-Петербург, Россия, 2021); международная конференция «Riga Stradins University Research Week 2021» (Рига, Латвия, 2021); 2-я международная конференция «cancer metastasis» (онлайн формат, 2021); международная конференция «Chronic viral infection and cancer, openings for vaccines 2021» (онлайн формат, 2021); международная конференция «2022 ISV Annual Congress» (онлайн формат, 2022); III Объединенный научный форум физиологов, биохимиков и молекулярных биологов (Сочи, Россия, 2022).

Личное участие автора в получении результатов

Автором проведен сбор и анализ научной информации, изучена степень разработанности темы, определены цель и задачи исследования. Результаты, представленные в исследовании, получены непосредственно автором или при его участии. Автор лично проанализировал полученные результаты, произвел статистическую обработку данных, сформулировал положения и выводы диссертации. Лично или с участием автора подготовлены публикации по результатам исследования и материалы конференций.

Публикации

Основные результаты исследования отражены в трех научных публикациях: одна статья -в рецензируемом научном издании, рекомендованном ВАК, две статьи в рецензируемых научных изданиях, индексируемых в международных библиографических базах данных - Web of Science, Scopus, PubMed. Все три публикации соответствуют требованиям категорирования журналов, в которых должны быть опубликованы результаты диссертационного исследования.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа изложена на 143 страницах и состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов, обсуждения, а также заключения, выводов, практических рекомендаций, перспектив дальнейшей разработки темы, списка сокращений и условных обозначений и списка литературы, содержащего 461 источник. Работа иллюстрирована 3 таблицами и 24 рисунками.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Строение и жизненный цикл вируса ВИЧ-1

ВИЧ является представителем рода Lentivirus семейства Retroviridae. Инфекции, вызываемые вирусами данного рода, в том числе ВИЧ, характеризуются длительным латентным периодом, приводящим к хроническому течению заболевания. В настоящее время ВИЧ делится на два типа: ВИЧ-типа 1 (ВИЧ-1) и ВИЧ-типа 2 (ВИЧ-2). Хотя оба вируса имеют схожие пути передачи и могут вызывать синдром приобретённого иммунного дефицита (СПИД), между ними существуют выраженные различия в отношении эпидемиологии, диагностики и лечения [31]. Наиболее распространенным во всем мире является ВИЧ-1, в то время как ВИЧ-2 преобладает в Западной Африке и приводит к значительному количеству случаев заражения в других частях Африки, Европы, Индии и Соединенных Штатов Америки [32].

Вирион ВИЧ представляется собой сферическую частицу диаметром 80-100 нм, покрытую липопротеидной мембраной со встроенными тримерами гликопротеинов (gp120 -белок оболочки и gp41 - трансмембранный белок), объединёнными в единую структуру. Связывание между gp120 и gp41 не является ковалентным, поэтому белок gp120 может спонтанно выделяться в окружающую среду и обнаруживается в сыворотке и лимфатической ткани ВИЧ-инфицированных пациентов [1]. Матричный белок p17 заякорен с внутренней стороны липопротеидной мембраны и окружает капсид, обеспечивая целостность частицы вириона [33]. Конический капсид, состоящий из 2000 копий вирусного белка p24, содержит две идентичные молекулы (+) РНК, окруженные белком нуклеокапсида р7, и вирусные ферменты -обратную транскриптазу р51/р66 (RT), интегразу р32 (IN) и протеазу р10 (PR) [33].

Помимо основных белков, описанных выше, кодируемых генами gag (p 17, p24, p7), pol (RT, IN, PR) и env (gp120, gp41) характерных для всех представителей семейства Retroviridae, в геноме ВИЧ-1 закодированы вспомогательные белки (Vif, Vpr, Vpu и Nef) и регуляторные белки Tat и Rev (Рисунок 1). Эти белки контролируют транскрипцию, процессинг РНК, сборку вирионов и экспрессию генов хозяина, а также инактивируют системы рестрикции хозяина. В дополнение к областям, кодирующим структурные и неструктурные белки, геном фланкирован длинными концевыми терминальными повторами (LTR) [34]. Белок Tat является мощным активатором транскрипции с промотора вирусного LTR, по-видимому, за счет усиления процессивности и элонгации РНК-полимеразы II [35]. Белок Rev опосредует экспорт несплайсированных и однократно сплайсированных вирусных РНК из ядра, тем самым обеспечивая экспрессию продуктов генов gag, pol и env [36; 37]. Основными функциями Nef является внутриклеточный сигналинг и подавление экспрессии гликопротеина CD4 [38] -

основного рецептора ВИЧ, а также молекулы главного комплекса гистосовместимости (MHC) класса I и класса II на поверхности клеток [39-41]. Vpr облегчает импорт преинтеграционного комплекса в ядро неделящихся клеток и вызывает остановку клеточного цикла на стадии G2 [42]. Vif повышает инфекционность вируса [43; 45]. Vpu обнаруживается только у ВИЧ-1-положительных пациентов и представляет собой мембранный белок, который усиливает выработку вирионов, и опосредует деградацию CD4 путем убиквитинилирования [45-47].

Рисунок 1 - Строение генома ВИЧ-1 и кодируемые белки. LTR - длинные концевые терминальные повторы. MA - матриксный белок, СА - белок капсида, NC - белок нуклеокапсида, PR - протеаза, RT - обратная транскриптаза, IN - интеграза, SU - внешний белок оболочки, TM - трансмембранный белок оболочки, Vif, Vpr, Tat, Vpu, Rev, Nef, - неструктурные белки вирус (адаптировано по Viralzone [48])

Гликопротеиновый комплекс, состоящий из гетеродимерных белков gp120 и gp41, необходим для распознавания вируса и проникновения в клетки-мишени. Белок gp41 содержит на аминотерминальном конце фузогенный гидрофобный пептид, который необходим для слияния вирусной и клеточной мембран [49]. Тогда как, белок gp120 ВИЧ-1 связывает мономерный гликопротеин CD4, являющийся основным рецептором для ВИЧ-1. CD4 представлен на клеточной поверхности около 60% циркулирующих Т-лимфоцитов, на предшественниках Т-клеток в костном мозге и тимусе, на моноцитах и макрофагах, эозинофилах и дендритных клетках [50]. При связывании gp120 с белком CD4 комплекс оболочки вируса претерпевает структурные изменения, обнажая специфический домен gp120, способный связывать хемокиновые рецепторы на клеточной мембране (ко-рецепторы) [51]. Наиболее

распространенными ко-рецепторами, используемыми ВИЧ-1, являются CXCR4 и CCR5, при этом CXCR4 экспрессируется на многих клетках, включая Т-лимфоциты, тогда как CCR5 присутствует на моноцитах/макрофагах, дендритных клетках и активированных Т-лимфоцитах [52]. CCR5-тропные вирусы почти всегда доминируют в пуле вирусов в крови и тканях вскоре после заражения, независимо от пути передачи вируса [53-57]. CXCR4-тропные вирусы появляются на более поздних стадиях инфекции примерно у 50% ВИЧ-инфицированных, которые не принимают АРТ [58].

После слияния мембран нуклеокапсид высвобождается в цитоплазму. Геном одноцепочечной (+) РНК транскрибируется в линейную молекулу двуцепочечной ДНК с помощью фермента обратной транскриптазы. Интеграза расщепляет нуклеотиды каждого 3'-конца двойной спирали ДНК, образуя два липких конца, переносит модифицированную ДНК провируса в ядро клетки и облегчает ее интеграцию в геном хозяина. Транскрипция провируса с помощью клеточной ДНК-зависимой РНК-полимеразы II приводит к образованию сплайсированных и несплайсированных вирусных РНК. Как несплайсированные, так и сплайсированные РНК затем экспортируются из ядра в цитоплазму для трансляции. Трансляция сплайсированных вирусных РНК приводит к образованию белков Tat, Rev и Nef. Rev опосредует ядерный экспорт неполностью сплайсированных РНК. Трансляция несплайсированных вирусных РНК приводит к образованию полипротеинов env, gag и gag-pol [52].

Непосредственно перед, во время или после отпочковывания при последовательном разрезании полипротеина pol образуются белки RT, PR, IN, при протеолитическом расщеплении gag вирусной PR - белки капсида p24, p17 и p15, а белок env разрезается клеточными протеазами в эндоплазматическом ретикулуме (ЭПР) на гликопротеины gp120 и gp41, которые транспортируются к клеточной мембране и встраиваются в неё [59]. За этим следует сборка частиц ВИЧ-1, в ходе которой полноразмерные РНК-транскрипты провируса пакуются внутри нуклеопротеинового комплекса вместе с белками капсида и вирусными ферментами. Комплекс отпочковывается от клеточной мембраны, захватывая белки вирусной оболочки и клеточные гликопротеины. Отпочковавшиеся вирусные частицы связываются с неинфицированными клетками с развитием системной инфекции [59].

1.1.1. Обратная транскриптаза

Обратная транскриптаза, или ревертаза, является ключевым ферментом вирусного цикла, и обладает активностью РНК-зависимой ДНК-полимеразы, рибонуклеазы Н (РНКазы Н) и ДНК-зависимой ДНК-полимеразы. Сначала РНК-зависимая ДНК-полимераза синтезирует цепь ДНК, комплементарную матрице РНК. Затем РНКаза H отщепляет цепь РНК в составе РНК/ДНК дуплекса. Затем ДНК-зависимая ДНК-полимераза завершает синтез двухцепочечной ДНК.

Обратная транскриптаза ВИЧ-1 кодируется открытой рамкой считывания pol и транслируется как предшественник белка - полипротеин gag-pol, который впоследствии разрезается вирусной протеазой на субъединицы массой 66 кДа (p66) и 51 кДа (p51), образующие гетеродимер [60]. Кристаллографические исследования обратной транскриптазы выявили структурную асимметрию этих субъединиц в гетеродимере (Рисунок 2). Первичная последовательность меньшей (p51) субъединицы обратной транскриптазы ВИЧ-1 такая же, как и большей (p66), за исключением домена РНКазы H. Все каталитические функции выполняются субъединицей р66, тем не менее, субъединица р51 необходима для активности фермента и может выполнять функцию связывания транспортной РНК (тРНК) в гетеродимере обратной транскриптазы [61].

Субъединица p66 состоит из 4 субдоменов, обозначаемых «пальцы» (1-90; 111-160 а.о.), «ладонь» (90-110; 161-240 а.о.), «большой палец» (241-310 а.о.) и «соединительный субдомен» (311-430 а.о.), расположенный между остатком полимеразы и доменом РНКазы H. Соединительный субдомен содержит основные контакты между двумя субъединицами. Вытянутый «большой палец» p51 контактирует с доменом РНКазы H (431-550 а.о.) p66, взаимодействие, которое, по-видимому, необходимо для активности РНКазы H. Активный сайт субъединицы р66 полимеразы содержит три остатка аспарагиновой кислоты, координирующие необходимые ионы металлов, в частности ион Mg2+, и способствующие связыванию дезоксирибонуклеозидтрифосфатов и последующему катализу [61]. C-конец субъединицы p51, находящийся на конце соединительного домена, скрыт внутри N-концевого листа домена РНКазы H p66. Эта организация предполагает модель протеолитического процессинга, в которой промежуточный гомодимер p66 расположен асимметрично, а домен РНКазы H субъединицы, которой суждено стать p51, развернут. Такое расположение могло бы объяснить асимметричное расщепление вирусной ревертазы протеазой [61].

Недавние исследования показали, что субъединица p51 обратной транскриптазы ВИЧ-1 индуцирует гибкость активного сайта ДНК-полимеразы p66, ингибируя функцию обратной транскриптазы [62]. Асимметричные эффекты в структуре обратной транскриптазы ВИЧ-1 еще раз подтвердили, что мутации в p51 могут стабилизировать активный сайт p66, но не наоборот. Поскольку ригидность снижает активность ревертазы ВИЧ-1 [63], это открывает p51 как потенциальную новую мишень для лекарств.

Рисунок 2 - Строение обратной транскриптазы ВИЧ-1. Слева изображено строение субъединицы р66, справа субъединицы р51 обратной транскриптазы ВИЧ-1. Гетеродимер p61-p51 показан сверху с идентифицированными субдоменами в каталитической субъединице p66. Изображен домен РНКазы H, домены «пальцы», «ладонь», «большой палец» и «соединительный домен» (адаптировано по Flint J. и др., 2020 [61])

Геном ВИЧ-1 накапливает мутации с гораздо большей скоростью, чем клеточные геномы. Обратная транскриптаза подвержена ошибкам и лишена 3'-экзонуклеазной корректирующей активности [64], что приводит к возникновению 68% мутаций на ранней стадии репликации (синтез минус-цепи и транскрипция РНК) и 32% на поздней стадии репликации (синтез плюс-цепи и репарация ДНК) [65]. Частота ошибок обратной транскриптазы в одном репликационном цикле внутри клетки составляет примерно 10-5-10-3 ошибок/п.н./цикл [66]. Такая высокая частота мутаций частично объясняет трудности, связанные с использованием ингибиторов обратной транскриптазы для лечения ВИЧ-инфицированных. У каждого хронически инфицированного человека уже существует большая популяция мутантных вирусов, некоторые из которых кодируют белки, устойчивые к лекарствам [61].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Житкевич Алла Сергеевна, 2024 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Информационный бюллетень ВОЗ по ВИЧ инфекции. - Режим доступа: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/hiv-aids (дата обращения: 01.02.2024). -[Электронный ресурс].

2. ВИЧ-инфекция в Российской Федерации на 31 декабря 2021 г. - Режим доступа: http://www.hivrussia.info/wp-content/uploads/2022/03/Spravka-VICH-v-Rossii-na-31.12.2021-g..pdf (дата обращения: 02.02.2024). - [Электронный ресурс].

3. Fanales-Belasio, E. HIV virology and pathogenetic mechanisms of infection: a brief overview / E. Fanales-Belasio, M. Raimondo, B. Suligoi, S. Butto // Annali dell'Istituto Superiore Di Sanita. -2010. - Vol. 46. - № 1. - P. 5-14. DOI: 10.4415/ANN_10_01_02.

4. Ogarkova, D. Current Trends of HIV Infection in the Russian Federation / D. Ogarkova, A. Antonova, A. Kuznetsova [et al.] // Viruses. - 2023. - Vol. 15. - № 11. - P. 2156. DOI: 10.3390/v15112156.

5. Bonnet, F. Malignancy-related causes of death in human immunodeficiency virus-infected patients in the era of highly active antiretroviral therapy / F. Bonnet, C. Lewden, T. May [et al.] // Cancer. - 2004. - Vol. 101. - № 2. - P. 317-324. DOI: 10.1002/cncr.20354.

6. Grulich, A.E. Incidence of cancers in people with HIV/AIDS compared with immunosuppressed transplant recipients: a meta-analysis / A.E. Grulich, M.T. van Leeuwen, M.O. Falster, C.M. Vajdic // Lancet. - 2007. - Vol. 370. - № 9581. - P. 59-67. DOI: 10.1016/S0140-6736(07)61050-2.

7. Edward C. Klatt, MD. PATHOLOGY OF HIV/AIDS, 35th Edition. - Режим доступа: https://webpath.med.utah.edu/AIDS2024.PDF (дата обращения: 11.09.2024). - [Электронный ресурс].

8. Shiels, M.S. Evolving epidemiology of HIV-associated malignancies / M.S. Shiels, E.A. Engels // Current Opinion in HIV and AIDS. - 2017. - Vol. 12. - № 1. - P. 6-11. DOI: 10.1097/COH.0000000000000327.

9. Strickler, H.D. Natural history and possible reactivation of human papillomavirus in human immunodeficiency virus-positive women / H.D. Strickler, R.D. Burk, M. Fazzari [et al.] // Journal of the National Cancer Institute. - 2005. - Vol. 97. - № 8. - P. 577-586. DOI: 10.1093/jnci/dji073.

10. Palefsky, J.M. Cervical human papillomavirus infection and cervical intraepithelial neoplasia in women positive for human immunodeficiency virus in the era of highly active antiretroviral therapy / J.M. Palefsky // Current Opinion in Oncology. - 2003. - Vol. 15. - № 5. - P. 382-388. DOI: 10.1097/00001622-200309000-00007.

11. Davis, K.G. Basic Science, Epidemiology, and Screening for Anal Intraepithelial Neoplasia and Its Relationship to Anal Squamous Cell Cancer / K.G. Davis, G.R. Orangio // Clinics in Colon and Rectal

Surgery. - 2018. - Vol. 31. - № 06. - P. 368-378. DOI: 10.1055/s-0038-1668107.

12. Lekoane, K.M.B. The interplay of HIV and human papillomavirus-related cancers in sub-Saharan Africa: scoping review / K.M.B. Lekoane, D. Kuupiel, T.P. Mashamba-Thompson, T.G. Ginindza // Systematic Reviews. - 2020. - Vol. 9. - № 1. - P. 88. DOI: 10.1186/s13643-020-01354-1.

13. Heard, I. The impact of HIV antiviral therapy on human papillomavirus (HPV) infections and HPV-related diseases / I. Heard, J.M. Palefsky, M.D. Kazatchkine // Antiviral Therapy. - 2004. - Vol. 9.

- № 1. - P. 13-22.

14. Laconi, E. Cancer as a disease of old age: changing mutational and microenvironmental landscapes / E. Laconi, F. Marongiu, J. DeGregori // British Journal of Cancer. - 2020. - Vol. 122. -№ 7. - P. 943-952. DOI: 10.1038/s41416-019-0721-1.

15. Rozhok, A. A generalized theory of age-dependent carcinogenesis / A. Rozhok, J. DeGregori // eLife. - 2019. - Vol. 8. - P. e39950. DOI: 10.7554/eLife.39950.

16. Isaguliants, M. Oncogenic Effects of HIV-1 Proteins, Mechanisms Behind / M. Isaguliants, E. Bayurova, D. Avdoshina [et al.] // Cancers. - 2021. - Vol. 13. - № 2. - P. 305. DOI: 10.3390/cancers 13020305.

17. Anyanwu, S.I. Detection of HIV-1 and Human Proteins in Urinary Extracellular Vesicles from HIV+ Patients / S.I. Anyanwu, A. Doherty, M.D. Powell [et al.] // Advances in Virology. - 2018. -Vol. 2018. - P. 7863412. DOI: 10.1155/2018/7863412.

18. Murphy, M.P. How mitochondria produce reactive oxygen species / M.P. Murphy // Biochemical Journal. - 2009. - Vol. 417. - № Pt 1. - P. 1-13. DOI: 10.1042/BJ20081386.

19. Lee, H.-Y. Mitochondrial Metabolic Signatures in Hepatocellular Carcinoma / H.-Y. Lee, H.T. Nga, J. Tian, H.-S. Yi // Cells. - 2021. - Vol. 10. - № 8. - P. 1901. DOI: 10.3390/cells10081901.

20. Foo, B.J.-A. Interplay between Mitochondrial Metabolism and Cellular Redox State Dictates Cancer Cell Survival / B.J.-A. Foo, J.Q. Eu, J.L. Hirpara, S. Pervaiz // Oxidative Medicine and Cellular Longevity. - 2021. - Vol. 2021. - P. 1341604. DOI: 10.1155/2021/1341604.

21. Tornesello, M.L. Human Immunodeficiency Virus Type 1 tat Gene Enhances Human Papillomavirus Early Gene Expression / M.L. Tornesello, F.M. Buonaguro, E. Beth-Giraldo, G. Giraldo // Intervirology. - 2008. - Vol. 36. - № 2. - P. 57-64. DOI: 10.1159/000150322.

22. Buonaguro, F.M. Role of HIV as cofactor in HPV oncogenesis: in vitro evidences of virus interactions / F.M. Buonaguro, M.L. Tornesello, L. Buonaguro [et al.] // Antibiotics and Chemotherapy.

- 1994. - Vol. 46. - P. 102-109. DOI: 10.1159/000423637.

23. Kim, R.H. HIV-1 Tat enhances replicative potential of human oral keratinocytes harboring HPV-16 genome / R.H. Kim, J.M. Yochim, M.K. Kang [et al.] // International Journal of Oncology. - 2008.

- Vol. 33. - № 4. - P. 777-782.

24. Barillari, G. Entrance of the Tat protein of HIV-1 into human uterine cervical carcinoma cells

causes upregulation of HPV-E6 expression and a decrease in p53 protein levels / G. Barillari, C. Palladino, I. Bacigalupo [et al.] // Oncology Letters. - 2016. - Vol. 12. - № 4. - P. 2389-2394. DOI: 10.3892/ol.2016.4921.

25. Vernon, S.D. The HIV-1 tat protein enhances E2-dependent human papillomavirus 16 transcription / S.D. Vernon, C.E. Hart, W.C. Reeves, J.P. Icenogle // Virus Research. - 1993. - Vol. 27. - № 2. - P. 133-145. DOI: 10.1016/0168-1702(93)90077-Z.

26. Fletcher, T.M. Nuclear import and cell cycle arrest functions of the HIV-1 Vpr protein are encoded by two separate genes in HIV-2/SIV(SM). / T.M. Fletcher, B. Brichacek, N. Sharova [et al.] // The EMBO Journal. - 1996. - Vol. 15. - № 22. - P. 6155-6165. DOI: 10.1002/j.1460-2075.1996.tb01003.x.

27. Toy, E.P. Induction of cell-cycle arrest in cervical cancer cells by the human immunodeficiency virus type 1 viral protein R / E.P. Toy, L. Rodríguez-Rodríguez, D. McCance [et al.] // Obstetrics & Gynecology. - 2000. - Vol. 95. - № 1. - P. 141-146. DOI: 10.1016/S0029-7844(99)00464-0.

28. Tugizov, S.M. 46. HIV-induced epithelial-mesenchymal transition in mucosal epithelium facilitates HPV paracellular penetration / S.M. Tugizov, R. Herrera, P. Veluppillai [et al.] // Sexual Health. - 2013. - Vol. 10. - № 6. - P. 592-592. DOI: 10.1071/SHv10n6ab46.

29. Lien, K. HIV-1 Proteins gp120 and Tat Promote Epithelial-Mesenchymal Transition and Invasiveness of HPV-Positive and HPV-Negative Neoplastic Genital and Oral Epithelial Cells / K. Lien, W. Mayer, R. Herrera [et al.] // Microbiology Spectrum. - 2022. - Vol. 10. - № 6. - P. e0362222. DOI: 10.1128/spectrum.03622-22.

30. Баюрова, Е.О. Экспериментальная модель для функциональной оценки иммунного ответа на кандидатные ДНК-вакцины против ВИЧ-1: кандидат биологических наук / Е.О. Баюрова. -ФГАНУ «Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова РАН» (Институт полиомиелита), 2023. - Режим доступа: https://dissercat.com/content/eksperimentalnaya-model-dlya-funktsionalnoi-otsenki-immunnogo-otveta-na-kandidatnye-dnk-vakt (дата обращения: 29.02.2024). - [Электронный ресурс].

31. Nyamweya, S. Comparing HIV-1 and HIV-2 infection: Lessons for viral immunopathogenesis / S. Nyamweya, A. Hegedus, A. Jaye [et al.] // Reviews in Medical Virology. - 2013. - Vol. 23. - № 4. -P. 221-240. DOI: 10.1002/rmv.1739.

32. Gottlieb, G.S. 90-90-90 for HIV-2? Ending the HIV-2 epidemic by enhancing care and clinical management of patients infected with HIV-2 / G.S. Gottlieb, D.N. Raugi, R.A. Smith // Lancet HIV. -2018. - Vol. 5. - № 7. - P. e390-e399. DOI: 10.1016/S2352-3018(18)30094-8.

33. Kuiken, C. HIV Sequence Compendium 2008. - Режим доступа: https://hfv.lanl.gov/content/sequence/HIV/COMPENDIUM/2008/sequence2008.pdf (дата обращения: 14.01.2024). - [Электронный ресурс].

34. Ramdas, P. From Entry to Egress: Strategic Exploitation of the Cellular Processes by HIV-1 / P. Ramdas, A.K. Sahu, T. Mishra [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2020. - Vol. 11. - P. 559792. DOI: 10.3389/fmicb.2020.559792.

35. Feinberg, M.B. The role of Tat in the human immunodeficiency virus life cycle indicates a primary effect on transcriptional elongation / M.B. Feinberg, D. Baltimore, A.D. Frankel // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1991. - Vol. 88. - № 9. -P. 4045-4049. DOI: 10.1073/pnas.88.9.4045.

36. Felber, B.K. Rev protein of human immunodeficiency virus type 1 affects the stability and transport of the viral mRNA. / B.K. Felber, M. Hadzopoulou-Cladaras, C. Cladaras [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1989. - Vol. 86. - № 5. -P. 1495-1499.

37. Hammarskjöld, M.L. Regulation of human immunodeficiency virus env expression by the rev gene product / M.L. Hammarskjöld, J. Heimer, B. Hammarskjöld [et al.] // Journal of Virology. - 1989.

- Vol. 63. - № 5. - P. 1959-1966. DOI: 10.1128/JVI.63.5.1959-1966.1989.

38. Garcia, J.V. Serine phosphorylation-independent downregulation of cell-surface CD4 by nef / J.V. Garcia, A.D. Miller // Nature. - 1991. - Vol. 350. - № 6318. - P. 508-511. DOI: 10.1038/350508a0.

39. Wonderlich, E.R. HIV immune evasion disruption of antigen presentation by the HIV Nef protein / E.R. Wonderlich, J.A. Leonard, K.L. Collins // Advances in Virus Research. - 2011. - Vol. 80.

- P. 103-127. DOI: 10.1016/B978-0-12-385987-7.00005-1.

40. Roeth, J.F. Human Immunodeficiency Virus Type 1 Nef: Adapting to Intracellular Trafficking Pathways / J.F. Roeth, K.L. Collins // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2006. - Vol. 70.

- № 2. - P. 548-563. DOI: 10.1128/mmbr.00042-05.

41. Blagoveshchenskaya, A.D. HIV-1 Nef downregulates MHC-I by a PACS-1- and PI3K-regulated ARF6 endocytic pathway / A.D. Blagoveshchenskaya, L. Thomas, S.F. Feliciangeli [et al.] // Cell. -2002. - Vol. 111. - № 6. - P. 853-866. DOI: 10.1016/s0092-8674(02)01162-5.

42. Laguette, N. Premature Activation of the SLX4 Complex by Vpr Promotes G2/M Arrest and Escape from Innate Immune Sensing / N. Laguette, C. Bregnard, P. Hue [et al.] // Cell. - 2014. -Vol. 156. - № 1. - P. 134-145. DOI: 10.1016/j.cell.2013.12.011.

43. Hu, Y. Structural basis of antagonism of human APOBEC3F by HIV-1 Vif / Y. Hu, B.A. Desimmie, H.C. Nguyen [et al.] // Nature Structural & Molecular Biology. - 2019. - Vol. 26. - № 12. -P. 1176-1183. DOI: 10.1038/s41594-019-0343-6.

44. Schröfelbauer, B. A single amino acid of APOBEC3G controls its species-specific interaction with virion infectivity factor (Vif) / B. Schröfelbauer, D. Chen, N.R. Landau // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2004. - Vol. 101. - № 11. - P. 39273932. DOI: 10.1073/pnas.0307132101.

45. Willey, R.L. Human immunodeficiency virus type 1 Vpu protein induces rapid degradation of CD4 / R.L. Willey, F. Maldarelli, M.A. Martin, K. Strebel // Journal of Virology. - 1992. - Vol. 66. -№ 12. - P. 7193-7200. DOI: 10.1128/JVI.66.12.7193-7200.1992.

46. Magadán, J.G. Transmembrane domain determinants of CD4 Downregulation by HIV-1 Vpu / J.G. Magadán, J.S. Bonifacino // Journal of Virology. - 2012. - Vol. 86. - № 2. - P. 757-772. DOI: 10.1128/JVI.05933-11.

47. Magadán, J.G. Multilayered mechanism of CD4 downregulation by HIV-1 Vpu involving distinct ER retention and ERAD targeting steps / J.G. Magadán, F.J. Pérez-Victoria, R. Sougrat [et al.] // PLoS pathogens. - 2010. - Vol. 6. - № 4. - P. e1000869. DOI: 10.1371/journal.ppat.1000869.

48. Viralzone (HIV-1). - Режим доступа: https://viralzone.expasy.org/7 (дата обращения: 18.01.2024). - [Электронный ресурс].

49. Weiss, R.A. Cellular Receptors and Viral Glycoproteins Involved in Retrovirus Entry. Chapter 1 : The Viruses / R.A. Weiss. - Springer US, 1993. - 108 p.

50. Miceli, M.C. The roles of CD4 and CD8 in T cell activation / M.C. Miceli, J R. Parnes // Seminars in Immunology. - 1991. - Vol. 3. - № 3. - P. 133-141.

51. Alkhatib, G. HIV coreceptors: from discovery and designation to new paradigms and promise / G. Alkhatib, E.A. Berger // European Journal of Medical Research. - 2007. - Vol. 12. - № 9. - P. 375384.

52. Fanales-Belasio, E. HIV virology and pathogenetic mechanisms of infection: a brief overview / E. Fanales-Belasio, M. Raimondo, B. Suligoi, S. Butto // Annali dell'Istituto Superiore di Sanitá. - 2010.

- Vol. 46. - № 1. - P. 5-14. DOI: 10.4415/ANN_10_01_02.

53. Berger, E.A. Chemokine receptors as HIV-1 coreceptors: roles in viral entry, tropism, and disease / E.A. Berger, P.M. Murphy, J.M. Farber // Annual Review of Immunology. - 1999. - Vol. 17.

- P. 657-700. DOI: 10.1146/annurev.immunol.17.1.657.

54. Keele, B.F. Identification and characterization of transmitted and early founder virus envelopes in primary HIV-1 infection / B.F. Keele, E.E. Giorgi, J.F. Salazar-Gonzalez [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2008. - Vol. 105. - № 21. - P. 75527557. DOI: 10.1073/pnas.0802203105.

55. Margolis, L. Selective transmission of CCR5-utilizing HIV-1: the «gatekeeper» problem resolved? / L. Margolis, R. Shattock // Nature Reviews. Microbiology. - 2006. - Vol. 4. - № 4. - P. 312317. DOI: 10.1038/nrmicro1387.

56. Moore, J.P. The CCR5 and CXCR4 coreceptors--central to understanding the transmission and pathogenesis of human immunodeficiency virus type 1 infection / J.P. Moore, S.G. Kitchen, P. Pugach, J.A. Zack // AIDS research and human retroviruses. - 2004. - Vol. 20. - № 1. - P. 111-126. DOI: 10.1089/088922204322749567.

57. Scarlatti, G. In vivo evolution of HIV-1 co-receptor usage and sensitivity to chemokine-mediated suppression / G. Scarlatti, E. Tresoldi, A. Bjorndal [et al.] // Nature Medicine. - 1997. - Vol. 3. - № 11.

- P. 1259-1265. DOI: 10.1038/nm1197-1259.

58. Koot, M. Prognostic value of HIV-1 syncytium-inducing phenotype for rate of CD4+ cell depletion and progression to AIDS / M. Koot, I.P. Keet, A.H. Vos [et al.] // Annals of Internal Medicine.

- 1993. - Vol. 118. - № 9. - P. 681-688. DOI: 10.7326/0003-4819-118-9-199305010-00004.

59. Abbas, A.K. Cellular and Molecular Immunology 10th Edition / A.K. Abbas, A.H. Lichtman, S. Pillai. - Elsevier Health Sciences, 2021. - 618 p.

60. Lightfoote, M.M. Structural characterization of reverse transcriptase and endonuclease polypeptides of the acquired immunodeficiency syndrome retrovirus / M.M. Lightfoote, J.E. Coligan, T.M. Folks [et al.] // Journal of Virology. - 1986. - Vol. 60. - № 2. - P. 771-775. DOI: 10.1128/JVI.60.2.771-775.1986.

61. Flint, J. Principles of Virology, Volume 1: Molecular Biology / J. Flint, V.R. Racaniello, G.F. Rall [et al.]. - John Wiley & Sons, 2020. - 610 p.

62. Chiang, R.Z.-H. A computational study for rational HIV-1 non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor selection and the discovery of novel allosteric pockets for inhibitor design / R.Z.-H. Chiang, S.K.-E. Gan, C.T.-T. Su // Bioscience Reports. - 2018. - Vol. 38. - № 2. - P. BSR20171113. DOI: 10.1042/BSR20171113.

63. Chung, S. Examining the role of the HIV-1 reverse transcriptase p51 subunit in positioning and hydrolysis of RNA/DNA hybrids / S. Chung, J.T. Miller, M. Lapkouski [et al.] // The Journal of Biological Chemistry. - 2013. - Vol. 288. - № 22. - P. 16177-16184. DOI: 10.1074/jbc.M113.465641.

64. Roberts, J.D. The Accuracy of Reverse Transcriptase from HIV-1 / J.D. Roberts, K. Bebenek, T.A. Kunkel // Science. - 1988. - Vol. 242. - № 4882. - P. 1171-1173. DOI: 10.1126/science.2460925.

65. Kim, T. Retroviral mutation rates and A-to-G hypermutations during different stages of retroviral replication / T. Kim, R.A. Mudry, C.A. Rexrode, V.K. Pathak // Journal of Virology. - 1996. - Vol. 70.

- № 11. - P. 7594-7602. DOI: 10.1128/JVI.70.11.7594-7602.1996.

66. Yeo, J. The Determination of HIV-1 RT Mutation Rate, Its Possible Allosteric Effects, and Its Implications on Drug Resistance / J. Yeo, G. Goh, C. Su, S.K.-E. Gan // Viruses. - 2020. - Vol. 12. -P. 297. DOI: 10.3390/v12030297.

67. Kohl, N.E. Active human immunodeficiency virus protease is required for viral infectivity. / N.E. Kohl, E.A. Emini, W.A. Schleif [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1988. -Vol. 85. - № 13. - P. 4686-4690. DOI: 10.1073/pnas.85.13.4686.

68. Brik, A. HIV-1 protease: mechanism and drug discovery / A. Brik, C.-H. Wong // Organic & Biomolecular Chemistry. - 2003. - Vol. 1. - № 1. - P. 5-14. DOI: 10.1039/b208248a.

69. Imamichi, T. Action of anti-HIV drugs and resistance: reverse transcriptase inhibitors and

protease inhibitors / T. Imamichi // Current Pharmaceutical Design. - 2004. - Vol. 10. - №2 32. - P. 40394053. DOI: 10.2174/1381612043382440.

70. Toth, G. Flap opening mechanism of HIV-1 protease / G. Toth, A. Borics // Journal of Molecular Graphics & Modelling. - 2006. - Vol. 24. - № 6. - P. 465-474. DOI: 10.1016/j.jmgm.2005.08.008.

71. Velazquez-Campoy, A. Structural and thermodynamic basis of resistance to HIV-1 protease inhibition: implications for inhibitor design / A. Velazquez-Campoy, S. Muzammil, H. Ohtaka [et al.] // Current Drug Targets. Infectious Disorders. - 2003. - Vol. 3. - № 4. - P. 311-328. DOI: 10.2174/1568005033481051.

72. Moore, M.L. Peptide substrates and inhibitors of the HIV-1 protease / M.L. Moore, W.M. Bryan, S.A. Fakhoury [et al.] // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 1989. - Vol. 159. -№ 2. - P. 420-425. DOI: 10.1016/0006-291X(89)90008-9.

73. Darke, P.L. HIV-1 protease specificity of peptide cleavage is sufficient for processing of gag and pol polyproteins / P.L. Darke, R.F. Nutt, S.F. Brady [et al.] // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 1988. - Vol. 156. - № 1. - P. 297-303. DOI: 10.1016/S0006-291X(88)80839-8.

74. Torbeev, V.Yu. Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis / V.Yu. Torbeev, H. Raghuraman, D. Hamelberg [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2011. - Vol. 108. - № 52. - P. 20982-20987. DOI: 10.1073/pnas.1111202108.

75. Suguna, K. Binding of a reduced peptide inhibitor to the aspartic proteinase from Rhizopus chinensis: implications for a mechanism of action. / K. Suguna, E.A. Padlan, C.W. Smith [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1987. - Vol. 84. - № 20. - P. 7009-7013. DOI: 10.1073/pnas.84.20.7009.

76. Pettit, S.C. Initial cleavage of the human immunodeficiency virus type 1 GagPol precursor by its activated protease occurs by an intramolecular mechanism / S.C. Pettit, L.E. Everitt, S. Choudhury [et al.] // Journal of Virology. - 2004. - Vol. 78. - № 16. - P. 8477-8485. DOI: 10.1128/JVI.78.16.8477-8485.2004.

77. Koh, Y. Potent Inhibition of HIV-1 Replication by Novel Non-peptidyl Small Molecule Inhibitors of Protease Dimerization / Y. Koh, S. Matsumi, D. Das [et al.] // Journal of Biological Chemistry. - 2007. - Vol. 282. - № 39. - P. 28709-28720. DOI: 10.1074/jbc.M703938200.

78. Venkatakrishnan, B. Mining the Protein Data Bank to Differentiate Error from Structural Variation in Clustered Static Structures: An Examination of HIV Protease / B. Venkatakrishnan, M.-L. Palii, M. Agbandje-McKenna, R. McKenna // Viruses. - 2012. - Vol. 4. - № 3. - P. 348-362. DOI: 10.3390/v4030348.

79. Borrow, P. Innate immunity in acute HIV-1 infection / P. Borrow // Current opinion in HIV and AIDS. - 2011. - Vol. 6. - № 5. - P. 353-363. DOI: 10.1097/œH.0b013e3283495996.

80. Jenabian, M.-A. Immunosuppressive Tryptophan Catabolism and Gut Mucosal Dysfunction

Following Early HIV Infection / M.-A. Jenabian, M. El-Far, K. Vyboh [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2015. - Vol. 212. - № 3. - P. 355-366. DOI: 10.1093/infdis/jiv037.

81. Boasso, A. Immune dysregulation in human immunodeficiency virus infection: know it, fix it, prevent it? / A. Boasso, G.M. Shearer, C. Chougnet // Journal of Internal Medicine. - 2009. - Vol. 265.

- № 1. - P. 78-96. DOI: 10.1111/j.1365-2796.2008.02043.x.

82. Titanji, K. Primary HIV-1 infection sets the stage for important B lymphocyte dysfunctions / K. Titanji, F. Chiodi, R. Bellocco [et al.] // AIDS. - 2005. - Vol. 19. - № 17. - P. 1947-1955. DOI: 10.1097/01.aids.0000191231.54170.89.

83. De Milito, A. Mechanisms of hypergammaglobulinemia and impaired antigen-specific humoral immunity in HIV-1 infection / A. De Milito, A. Nilsson, K. Titanji [et al.] // Blood. - 2004. - Vol. 103.

- № 6. - P. 2180-2186. DOI: 10.1182/blood-2003-07-2375.

84. Zicari, S. Immune Activation, Inflammation, and Non-AIDS Co-Morbidities in HIV-Infected Patients under Long-Term ART / S. Zicari, L. Sessa, N. Cotugno [et al.] // Viruses. - 2019. - Vol. 11. -№ 3. - P. 200. DOI: 10.3390/v11030200.

85. Amu, S. Dysfunctional phenotypes of CD4+ and CD8+ T cells are comparable in patients initiating ART during early or chronic HIV-1 infection / S. Amu, R. Lantto Graham, Y. Bekele [et al.] // Medicine. - 2016. - Vol. 95. - № 23. - P. e3738. DOI: 10.1097/MD.0000000000003738.

86. Nabatanzi, R. Effects of HIV infection and ART on phenotype and function of circulating monocytes, natural killer, and innate lymphoid cells / R. Nabatanzi, S. Cose, M. Joloba [et al.] // AIDS research and therapy. - 2018. - Vol. 15. - № 1. - P. 7. DOI: 10.1186/s12981-018-0194-y.

87. Amu, S. Impairment of B-cell functions during HIV-1 infection / S. Amu, N. Ruffin, B. Rethi, F. Chiodi // AIDS. - 2013. - Vol. 27. - № 15. - P. 2323-2334. DOI: 10.1097/QAD.0b013e328361a427.

88. Barber, G.N. Host defense, viruses and apoptosis / G.N. Barber // Cell Death and Differentiation.

- 2001. - Vol. 8. - № 2. - P. 113-126. DOI: 10.1038/sj.cdd.4400823.

89. Natarajan, K. Structure and function of natural killer cell receptors: multiple molecular solutions to self, nonself discrimination / K. Natarajan, N. Dimasi, J. Wang [et al.] // Annual Review of Immunology. - 2002. - Vol. 20. - P. 853-885. DOI: 10.1146/annurev.immunol.20.100301.064812.

90. Fauci, A.S. NK cells in HIV infection: paradigm for protection or targets for ambush / A.S. Fauci, D. Mavilio, S. Kottilil // Nature Reviews. Immunology. - 2005. - Vol. 5. - № 11. - P. 835-843. DOI: 10.1038/nri1711.

91. Kottilil, S. Innate immunity in human immunodeficiency virus infection: effect of viremia on natural killer cell function / S. Kottilil, T.-W. Chun, S. Moir [et al.] // The Journal of Infectious Diseases.

- 2003. - Vol. 187. - № 7. - P. 1038-1045. DOI: 10.1086/368222.

92. Kottilil, S. Expression of chemokine and inhibitory receptors on natural killer cells: effect of immune activation and HIV viremia / S. Kottilil, K. Shin, M. Planta [et al.] // The Journal of Infectious

Diseases. - 2004. - Vol. 189. - № 7. - P. 1193-1198. DOI: 10.1086/382090.

93. Grandvaux, N. The interferon antiviral response: from viral invasion to evasion / N. Grandvaux, B.R. tenOever, M.J. Servant, J. Hiscott // Current Opinion in Infectious Diseases. - 2002. - Vol. 15. -№ 3. - P. 259-267. DOI: 10.1097/00001432-200206000-00008.

94. Stetson, D.B. Type I interferons in host defense / D.B. Stetson, R. Medzhitov // Immunity. -2006. - Vol. 25. - № 3. - P. 373-381. DOI: 10.1016/j.immuni.2006.08.007.

95. Beignon, A.-S. Endocytosis of HIV-1 activates plasmacytoid dendritic cells via Toll-like receptor- viral RNA interactions / A.-S. Beignon, K. McKenna, M. Skoberne [et al.] // Journal of Clinical Investigation. - 2005. - Vol. 115. - № 11. - P. 3265-3275. DOI: 10.1172/JCI26032.

96. Hardy, A.W. HIV turns plasmacytoid dendritic cells (pDC) into TRAIL-expressing killer pDC and down-regulates HIV coreceptors by Toll-like receptor 7-induced IFN-a / A.W. Hardy, D.R. Graham, G.M. Shearer, J.-P. Herbeuval // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2007. - Vol. 104. - № 44. - P. 17453-17458. DOI: 10.1073/pnas.0707244104.

97. Herbeuval, J.-P. Differential expression of IFN-alpha and TRAIL/DR5 in lymphoid tissue of progressor versus nonprogressor HIV-1-infected patients / J.-P. Herbeuval, J. Nilsson, A. Boasso [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2006. - Vol. 103. - № 18. - P. 7000-7005. DOI: 10.1073/pnas.0600363103.

98. Herbeuval, J.-P. HIV-1 Immunopathogenesis: How Good Interferon Turns Bad / J.-P. Herbeuval, G.M. Shearer // Clinical immunology. - 2007. - Vol. 123. - № 2. - P. 121-128. DOI: 10.1016/j.clim.2006.09.016.

99. Meyers, J.H. Impact of HIV on Cell Survival and Antiviral Activity of Plasmacytoid Dendritic Cells / J.H. Meyers, J.S. Justement, C.W. Hallahan [et al.] // PLoS ONE. - 2007. - Vol. 2. - № 5. -P. e458. DOI: 10.1371/journal.pone.0000458.

100. Moir, S. Decreased Survival of B Cells of HIV-viremic Patients Mediated by Altered Expression of Receptors of the TNF Superfamily / S. Moir, A. Malaspina, O.K. Pickeral [et al.] // The Journal of Experimental Medicine. - 2004. - Vol. 200. - № 5. - P. 587-600. DOI: 10.1084/jem.20032236.

101. Tilton, J.C. Human immunodeficiency virus viremia induces plasmacytoid dendritic cell activation in vivo and diminished alpha interferon production in vitro / J.C. Tilton, M.M. Manion, M.R. Luskin [et al.] // Journal of Virology. - 2008. - Vol. 82. - № 8. - P. 3997-4006. DOI: 10.1128/JVI.01545-07.

102. Samuel, C.E. Antiviral actions of interferons / C.E. Samuel // Clinical Microbiology Reviews. -2001. - Vol. 14. - № 4. - P. 778-809. DOI: 10.1128/CMR.14.4.778-809.2001.

103. Fallarino, F. Tryptophan catabolism in IDO+ plasmacytoid dendritic cells / F. Fallarino, S. Gizzi, P. Mosci [et al.] // Current Drug Metabolism. - 2007. - Vol. 8. - № 3. - P. 209-216. DOI: 10.2174/138920007780362581.

104. Mellor, A. Indoleamine 2,3 dioxygenase and regulation of T cell immunity : Celebrating 50 Years of Oxygenases / A. Mellor // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 2005. -Vol. 338. - № 1. - P. 20-24. DOI: 10.1016/j.bbrc.2005.08.232.

105. Mildvan, D. Opportunistic infections and immune deficiency in homosexual men / D. Mildvan, U. Mathur, R.W. Enlow [et al.] // Annals of Internal Medicine. - 1982. - Vol. 96. - № 6 Pt 1. - P. 700704. DOI: 10.7326/0003-4819-96-6-700.

106. Wikby, A. The immune risk profile is associated with age and gender: findings from three Swedish population studies of individuals 20-100 years of age / A. Wikby, I.A. Mánsson, B. Johansson [et al.] // Biogerontology. - 2008. - Vol. 9. - № 5. - P. 299-308. DOI: 10.1007/s10522-008-9138-6.

107. Amadori, A. Genetic control of the CD4/CD8 T-cell ratio in humans / A. Amadori, R. Zamarchi, G. De Silvestro [et al.] // Nature Medicine. - 1995. - Vol. 1. - № 12. - P. 1279-1283. DOI: 10.1038/nm1295-1279.

108. Evans, D.M. A major quantitative trait locus for CD4-CD8 ratio is located on chromosome 11 / D.M. Evans, G. Zhu, D.L. Duffy [et al.] // Genes & Immunity. - 2004. - Vol. 5. - № 7. - P. 548-552. DOI: 10.1038/sj.gene.6364126.

109. Howard, R.R. Reference intervals of CD3, CD4, CD8, CD4/CD8, and absolute CD4 values in asian and non-asian populations / R.R. Howard, C.S. Fasano, L. Frey, C.H. Miller // Cytometry. - 1996. - Vol. 26. - № 3. - P. 231-232. DOI: 10.1002/(SICI)1097-0320(19960915)26:3<231::AID-CYTO9>3.0.CO;2-H.

110. Margolick, J.B. Failure of T-cell homeostasis preceding AIDS in HIV-1 infection. The Multicenter AIDS Cohort Study / J.B. Margolick, A. Muñoz, A.D. Donnenberg [et al.] // Nature Medicine. - 1995. - Vol. 1. - № 7. - P. 674-680. DOI: 10.1038/nm0795-674.

111. Serrano-Villar, S. HIV-infected individuals with low CD4/CD8 ratio despite effective antiretroviral therapy exhibit altered T cell subsets, heightened CD8+ T cell activation, and increased risk of non-AIDS morbidity and mortality / S. Serrano-Villar, T. Sainz, S.A. Lee [et al.] // PLoS pathogens. - 2014. - Vol. 10. - № 5. - P. e1004078. DOI: 10.1371/journal.ppat.1004078.

112. Hocqueloux, L. Long-term antiretroviral therapy initiated during primary HIV-1 infection is key to achieving both low HIV reservoirs and normal T cell counts / L. Hocqueloux, V. Avettand-Fenoel, S. Jacquot [et al.] // The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2013. - Vol. 68. - № 5. - P. 11691178. DOI: 10.1093/jac/dks533.

113. Helleberg, M. Course and Clinical Significance of CD8+ T-Cell Counts in a Large Cohort of HIV-Infected Individuals / M. Helleberg, G. Kronborg, H. Ullum [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2015. - Vol. 211. - № 11. - P. 1726-1734. DOI: 10.1093/infdis/jiu669.

114. Sigel, K. Immunological and infectious risk factors for lung cancer in US veterans with HIV: a longitudinal cohort study / K. Sigel, J. Wisnivesky, K. Crothers [et al.] // Lancet HIV. - 2017. - Vol. 4.

- № 2. - P. e67-e73. DOI: 10.1016/S2352-3018(16)30215-6.

115. Triplette, M. A Low Peripheral Blood CD4/CD8 Ratio Is Associated with Pulmonary Emphysema in HIV / M. Triplette, E.F. Attia, K.M. Akgün [et al.] // PloS One. - 2017. - Vol. 12. - № 1.

- P. e0170857. DOI: 10.1371/journal.pone.0170857.

116. Badejo, O.A. CD8+ T-cells count in acute myocardial infarction in HIV disease in a predominantly male cohort / O.A. Badejo, C.-C. Chang, K.A. So-Armah [et al.] // BioMed Research International. - 2015. - Vol. 2015. - P. 246870. DOI: 10.1155/2015/246870.

117. Vassallo, M. Virologically suppressed patients with asymptomatic and symptomatic HIV-associated neurocognitive disorders do not display the same pattern of immune activation / M. Vassallo, J. Durant, C. Lebrun-Frenay [et al.] // HIV medicine. - 2015. - Vol. 16. - № 7. - P. 431-440. DOI: 10.1111/hiv.12246.

118. Patel, P. Factors associated with cancer incidence and with all-cause mortality after cancer diagnosis among human immunodeficiency virus-infected persons during the combination antiretroviral therapy era / P. Patel, C. Armon, J.S. Chmiel [et al.] // Open Forum Infectious Diseases. - 2014. - Vol. 1.

- № 1. - P. ofu012. DOI: 10.1093/ofid/ofu012.

119. Park, L.S. Time trends in cancer incidence in persons living with HIV/AIDS in the antiretroviral therapy era: 1997-2012 / L.S. Park, J.P. Tate, K. Sigel [et al.] // AIDS. - 2016. - Vol. 30. - № 11. -P. 1795-1806. DOI: 10.1097/QAD.0000000000001112.

120. Hleyhel, M. Risk of AIDS-defining cancers among HIV-1-infected patients in France between 1992 and 2009: results from the FHDH-ANRS CO4 cohort / M. Hleyhel, A. Belot, A.M. Bouvier [et al.] // Clinical Infectious Diseases: An Official Publication of the Infectious Diseases Society of America. -2013. - Vol. 57. - № 11. - P. 1638-1647. DOI: 10.1093/cid/cit497.

121. Robbins, H.A. Epidemiologic contributions to recent cancer trends among HIV-infected people in the United States / H.A. Robbins, M.S. Shiels, R.M. Pfeiffer, E.A. Engels // AIDS. - 2014. - Vol. 28.

- № 6. - P. 881-890. DOI: 10.1097/QAD.0000000000000163.

122. Stelzle, D. Estimates of the global burden of cervical cancer associated with HIV / D. Stelzle, L.F. Tanaka, K.K. Lee [et al.] // The Lancet. Global Health. - 2021. - Vol. 9. - № 2. - P. e161-e169. DOI: 10.1016/S2214- 109X(20)30459-9.

123. Guiguet, M. Effect of immunodeficiency, HIV viral load, and antiretroviral therapy on the risk of individual malignancies (FHDH-ANRS CO4): a prospective cohort study / M. Guiguet, F. Boué, J. Cadranel [et al.] // Lancet Oncology. - 2009. - Vol. 10. - № 12. - P. 1152-1159. DOI: 10.1016/S1470-2045(09)70282-7.

124. Chammartin, F. Measures of Longitudinal Immune Dysfunction and Risk of AIDS and NonAIDS Defining Malignancies in Antiretroviral Treated People With Human Immunodeficiency Virus (HIV) / F. Chammartin, A. Mocroft, A. Egle [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2023. - P. ciad671.

DOI: 10.1093/cid/ciad671.

125. Yarchoan, R. HIV-Associated Cancers and Related Diseases / R. Yarchoan, T.S. Uldrick // The New England Journal of Medicine. - 2018. - Vol. 378. - № 11. - P. 1029-1041. DOI: 10.1056/NEJMra1615896.

126. Chiao, E.Y. The effect of non-AIDS-defining cancers on people living with HIV / E.Y. Chiao, A. Coghill, D. Kizub [et al.] // Lancet Oncology. - 2021. - Vol. 22. - № 6. - P. e240-e253. DOI: 10.1016/S1470-2045(21)00137-6.

127. Shiels, M.S. Projected Cancer Incidence Rates and Burden of Incident Cancer Cases in HIV-Infected Adults in the United States Through 2030 / M.S. Shiels, J.Y. Islam, P.S. Rosenberg [et al.] // Annals of internal medicine. - 2018. - Vol. 168. - № 12. - P. 866-873. DOI: 10.7326/M17-2499.

128. Horner, M.-J. Deaths Attributable to Cancer in the US Human Immunodeficiency Virus Population During 2001-2015 / M.-J. Horner, M.S. Shiels, R.M. Pfeiffer, E.A. Engels // Clinical Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 72. - № 9. - P. e224-e231. DOI: 10.1093/cid/ciaa1016.

129. Aydin, O.A. Prevalence and mortality of cancer among people living with HIV and AIDS patients: a large cohort study in Turkey / O.A. Aydin, A. Gunduz, F. Sargin [et al.] // Eastern Mediterranean Health Journal. - 2020. - Vol. 26. - № 3. - P. 276-282. DOI: 10.26719/emhj.19.030.

130. Yang, J. Prevalence and mortality of cancer among HIV-infected inpatients in Beijing, China / J. Yang, S. Su, H. Zhao [et al.] // BMC infectious diseases. - 2016. - Vol. 16. - P. 82. DOI: 10.1186/s12879-016-1416-3.

131. Yuan, T. Incidence and mortality of non-AIDS-defining cancers among people living with HIV: A systematic review and meta-analysis / T. Yuan, Y. Hu, X. Zhou [et al.] // eClinicalMedicine. - 2022. - Vol. 52. - № 101613. DOI: 10.1016/j.eclinm.2022.101613.

132. Shiels, M.S. A meta-analysis of the incidence of non-AIDS cancers in HIV-infected individuals / M.S. Shiels, S.R. Cole, G.D. Kirk, C. Poole // Journal of acquired immune deficiency syndromes. -

2009. - Vol. 52. - № 5. - P. 611-622. DOI: 10.1097/QAI.0b013e3181b327ca.

133. Franceschi, S. Changing patterns of cancer incidence in the early- and late-HAART periods: the Swiss HIV Cohort Study / S. Franceschi, M. Lise, G.M. Clifford [et al.] // British Journal of Cancer. -

2010. - Vol. 103. - № 3. - P. 416-422. DOI: 10.1038/sj.bjc.6605756.

134. Simard, E.P. Cancer as a cause of death among people with AIDS in the United States / E.P. Simard, E.A. Engels // Clinical infectious diseases. - 2010. - Vol. 51. - № 8. - P. 957-962. DOI: 10.1086/656416.

135. Engels, E.A. Elevated incidence of lung cancer among HIV-infected individuals / E.A. Engels, M.V. Brock, J. Chen [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2006. - Vol. 24. - № 9. - P. 1383-1388. DOI: 10.1200/JTO.2005.03.4413.

136. Kasiske, B.L. Cigarette smoking in renal transplant recipients / B.L. Kasiske, D. Klinger //

Journal of the American Society of Nephrology. - 2000. - Vol. 11. - № 4. - P. 753-759. DOI: 10.1681/ASN.V114753.

137. Staitieh, B. Noninfectious pulmonary complications of human immunodeficiency virus infection / B. Staitieh, D.M. Guidot // The American Journal of the Medical Sciences. - 2014. - Vol. 348. - № 6.

- P. 502-511. DOI: 10.1097/MAJ.0000000000000318.

138. Almodovar, S. Human Immunodeficiency Virus nef signature sequences are associated with pulmonary hypertension / S. Almodovar, R. Knight, A.A. Allshouse [et al.] // AIDS research and human retroviruses. - 2012. - Vol. 28. - № 6. - P. 607-618. DOI: 10.1089/AID.2011.0021.

139. Witkowski, W. Contributions of HIV-1 Nef to immune dysregulation in HIV-infected patients: a therapeutic target? / W. Witkowski, B. Verhasselt // Expert Opinion on Therapeutic Targets. - 2013.

- Vol. 17. - № 11. - P. 1345-1356. DOI: 10.1517/14728222.2013.830712.

140. Marecki, J.C. HIV-1 Nef Is Associated with Complex Pulmonary Vascular Lesions in SHIV-nef-infected Macaques / J.C. Marecki, C.D. Cool, J.E. Parr [et al.] // American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. - 2006. - Vol. 174. - № 4. - P. 437-445. DOI: 10.1164/rccm.200601-005OC.

141. Clark, E. Tat is a multifunctional viral protein that modulates cellular gene expression and functions / E. Clark, B. Nava, M. Caputi // Oncotarget. - 2017. - Vol. 8. - № 16. - P. 27569-27581. DOI: 10.18632/oncotarget.15174.

142. Polesel, J. Cancer incidence in people with AIDS in Italy / J. Polesel, S. Franceschi, B. Suligoi [et al.] // International Journal of Cancer. - 2010. - Vol. 127. - № 6. - P. 1437-1445. DOI: 10.1002/ijc.25153.

143. Coghill, A.E. Elevated Cancer-Specific Mortality Among HIV-Infected Patients in the United States / A.E. Coghill, M.S. Shiels, G. Suneja, E.A. Engels // Journal of Clinical Oncology. - 2015. -Vol. 33. - № 21. - P. 2376-2383. DOI: 10.1200/Jœ.2014.59.5967.

144. Suneja, G. Disparities in the treatment and outcomes of lung cancer among HIV-infected individuals / G. Suneja, M.S. Shiels, S.K. Melville [et al.] // AIDS. - 2013. - Vol. 27. - № 3. - P. 459468. DOI: 10.1097/QAD.0b013e32835ad56e.

145. Biggar, R.J. Hodgkin lymphoma and immunodeficiency in persons with HIV/AIDS / R.J. Biggar, E S. Jaffe, J.J. Goedert [et al.] // Blood. - 2006. - Vol. 108. - № 12. - P. 3786-3791. DOI: 10.1182/blood-2006-05-024109.

146. Carroll, V. HIV-associated lymphoma in the era of combination antiretroviral therapy: shifting the immunological landscape / V. Carroll, A. Garzino-Demo // Pathogens and Disease. - 2015. - Vol. 73.

- № 7. - P. ftv044. DOI: 10.1093/femspd/ftv044.

147. Goedert, J.J. Impact of highly effective antiretroviral therapy on the risk for Hodgkin lymphoma among people with human immunodeficiency virus infection / J.J. Goedert, M. Bower // Current Opinion

in Oncology. - 2012. - Vol. 24. - № 5. - P. 531. DOI: 10.1097/cc0.0b013e3283560697.

148. Powles, T. Highly Active Antiretroviral Therapy and the Incidence of Non-AIDS-Defining Cancers in People With HIV Infection / T. Powles, D. Robinson, J. Stebbing [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2009. - Vol. 27. - № 6. - P. 884-890. DOI: 10.1200/Jc0.2008.19.6626.

149. Jacobson, C.A. HIV-Associated Hodgkin's Lymphoma: Prognosis and Therapy in the Era of cART / C.A. Jacobson, J.S. Abramson // Advances in Hematology. - 2012. - Vol. 2012. - P. 507257. DOI: 10.1155/2012/507257.

150. Navarro, J.-T. Hodgkin Lymphoma in People Living with HIV / J.-T. Navarro, J. Molto, G. Tapia, J.-M. Ribera // Cancers. - 2021. - Vol. 13. - № 17. - P. 4366. DOI: 10.3390/cancers13174366.

151. Andrieu, J.M. Hodgkin's disease during HIV1 infection: the French registry experience. French Registry of HIV-associated Tumors / J.M. Andrieu, S. Roithmann, J.M. Tourani [et al.] // Annals of Oncology. - 1993. - Vol. 4. - № 8. - P. 635-641. DOI: 10.1093/oxfordjournals.annonc.a058617.

152. Tirelli, U. Hodgkin's disease and human immunodeficiency virus infection: clinicopathologic and virologic features of 114 patients from the Italian Cooperative Group on AIDS and Tumors / U. Tirelli, D. Errante, R. Dolcetti [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 1995. - Vol. 13. - № 7. -P. 1758-1767. DOI: 10.1200/JCO.1995.13.7.1758.

153. Kim, H.-J. Epstein-Barr Virus-Associated Lymphoproliferative Disorders: Review and Update on 2016 WHO Classification / H.-J. Kim, Y.H. Ko, JE. Kim [et al.] // Journal of Pathology and Translational Medicine. - 2017. - Vol. 51. - № 4. - P. 352-358. DOI: 10.4132/jptm.2017.03.15.

154. Franzetti, M. The Pattern of Non-AIDS-defining Cancers in the HIV Population: Epidemiology, Risk Factors and Prognosis. A Review / M. Franzetti, E. Ricci, P. Bonfanti // Current HIV Research. -2019. - Vol. 17. - № 1. - P. 1-12. DOI: 10.2174/1570162X17666190327153038.

155. Palefsky, J.M. Human papillomavirus-associated anal and cervical cancers in HIV-infected individuals: incidence and prevention in the antiretroviral therapy era / J.M. Palefsky // Current opinion in HIV and AIDS. - 2017. - Vol. 12. - № 1. - P. 26-30. DOI: 10.1097/COH.0000000000000336.

156. Osazuwa-Peters, N. Survival of human papillomavirus-associated cancers: Filling in the gaps / N. Osazuwa-Peters, S T. Massa, M C. Simpson [et al.] // Cancer. - 2018. - Vol. 124. - № 1. - P. 18-20. DOI: 10.1002/cncr.30945.

157. Clarke, B. Postmodern cancer: the role of human immunodeficiency virus in uterine cervical cancer / B. Clarke, R. Chetty // Molecular pathology. - 2002. - Vol. 55. - № 1. - P. 19-24. DOI: 10.1136/mp.55.1.19.

158. Palefsky, J. Biology of HPV in HIV infection / J. Palefsky // Advances in Dental Research. -2006. - Vol. 19. - № 1. - P. 99-105. DOI: 10.1177/154407370601900120.

159. Palefsky, J.M. Chapter 6: Immunosuppression and Co-infection with HIV / J.M. Palefsky, E.A. Holly // JNCI Monographs. - 2003. - Vol. 2003. - № 31. - P. 41-46. DOI:

10.1093/oxfordjournals.jncimonographs.a003481.

160. Chambuso, R. Impact of Host Molecular Genetic Variations and HIV/HPV Co-infection on Cervical Cancer Progression: A Systematic review / R. Chambuso, C.M. Gray, E. Kaambo [et al.] // Oncomedicine. - 2018. - Vol. 3. - P. 82-93. DOI: 10.7150/oncm.25573.

161. Pinato, D.J. Influence of HIV Infection on the Natural History of Hepatocellular Carcinoma: Results From a Global Multicohort Study / D.J. Pinato, E. Allara, T.-Y. Chen [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2019. - Vol. 37. - № 4. - P. 296-304. DOI: 10.1200/JCO.18.00885.

162. Brenchley, J.M. Microbial translocation is a cause of systemic immune activation in chronic HIV infection / J.M. Brenchley, D A. Price, T.W. Schacker [et al.] // Nature Medicine. - 2006. - Vol. 12. -№ 12. - P. 1365-1371. DOI: 10.1038/nm1511.

163. Marchetti, G. Microbial translocation in the pathogenesis of HIV infection and AIDS / G. Marchetti, C. Tincati, G. Silvestri // Clinical Microbiology Reviews. - 2013. - Vol. 26. - № 1. - P. 218. DOI: 10.1128/CMR.00050-12.

164. Kandathil, A.J. No recovery of replication-competent HIV-1 from human liver macrophages / A.J. Kandathil, S. Sugawara, A. Goyal [et al.] // The Journal of Clinical Investigation. - 2018. - Vol. 128. - № 10. - P. 4501-4509. DOI: 10.1172/JCI121678.

165. Mosoian, A. Frontline Science: HIV infection of Kupffer cells results in an amplified proinflammatory response to LPS / A. Mosoian, L. Zhang, F. Hong [et al.] // Journal of Leukocyte Biology. - 2017. - Vol. 101. - № 5. - P. 1083-1090. DOI: 10.1189/jlb.3HI0516-242R.

166. Chew, K.W. Virologic and immunologic aspects of HIV-hepatitis C virus coinfection / K.W. Chew, D. Bhattacharya // AIDS. - 2016. - Vol. 30. - № 16. - P. 2395-2404. DOI: 10.1097/QAD.0000000000001203.

167. Sun, H.-Y. Hepatitis B virus coinfection in human immunodeficiency virus-infected patients: a review / H.-Y. Sun, W.-H. Sheng, M.-S. Tsai [et al.] // World Journal of Gastroenterology. - 2014. -Vol. 20. - № 40. - P. 14598-14614. DOI: 10.3748/wjg.v20.i40.14598.

168. Garcia-Samaniego, J. Hepatocellular carcinoma in HIV-infected patients with chronic hepatitis C / J. Garcia-Samaniego, M. Rodriguez, J. Berenguer [et al.] // The American Journal of Gastroenterology. - 2001. - Vol. 96. - № 1. - P. 179-183. DOI: 10.1111/j.1572-0241.2001.03374.x.

169. Nabih, H.K. The Significance of HCV Viral Load in the Incidence of HCC: a Correlation Between Mir-122 and CCL2 / H.K. Nabih // Journal of Gastrointestinal Cancer. - 2020. - Vol. 51. -№ 2. - P. 412-417. DOI: 10.1007/s12029-019-00281-2.

170. Pinato, D.J. Hepatocellular carcinoma: an evolving challenge in viral hepatitis and HIV coinfection / D.J. Pinato, A. Dalla Pria, R. Sharma, M. Bower // AIDS. - 2017. - Vol. 31. - № 5. -P. 603-611. DOI: 10.1097/QAD.0000000000001422.

171. Gj^rde, L.I. Trends in Incidences and Risk Factors for Hepatocellular Carcinoma and Other

Liver Events in HIV and Hepatitis C Virus-coinfected Individuals From 2001 to 2014: A Multicohort Study / L.I. Gj^rde, L. Shepherd, E. Jablonowska [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2016. -Vol. 63. - № 6. - P. 821-829. DOI: 10.1093/cid/ciw380.

172. Lemon, S.M. Is hepatitis C virus carcinogenic? / S.M. Lemon, D.R. McGivern // Gastroenterology. - 2012. - Vol. 142. - № 6. - P. 1274-1278. DOI: 10.1053/j.gastro.2012.01.045.

173. Ivanov, A.V. Oxidative stress, a trigger of hepatitis C and B virus-induced liver carcinogenesis /

A.V. Ivanov, V.T. Valuev-Elliston, D A. Tyurina [et al.] // Oncotarget. - 2017. - Vol. 8. - № 3. -P. 3895-3932. DOI: 10.18632/oncotarget.13904.

174. Zerbato, J.M. HIV DNA persists in hepatocytes in people with HIV-hepatitis B co-infection on antiretroviral therapy / J.M. Zerbato, A. Avihingsanon, K.P. Singh [et al.] // eBioMedicine. - 2022. -Vol. 87. - P. 104391. DOI: 10.1016/j.ebiom.2022.104391.

175. Herrera, S. HIV, Cancer, and the Microbiota: Common Pathways Influencing Different Diseases / S. Herrera, J. Martínez-Sanz, S. Serrano-Villar // Frontiers in Immunology. - 2019. - Vol. 10. -P. 1466. DOI: 10.3389/fimmu.2019.01466.

176. Clifford, G.M. Influence of HIV-related immunodeficiency on the risk of hepatocellular carcinoma / G.M. Clifford, M. Rickenbach, J. Polesel [et al.] // AIDS. - 2008. - Vol. 22. - № 16. -P. 2135-2141. DOI: 10.1097/QAD.0b013e32831103ad.

177. Joshi, D. Increasing burden of liver disease in patients with HIV infection / D. Joshi, J. O'Grady, D. Dieterich [et al.] // Lancet. - 2011. - Vol. 377. - № 9772. - P. 1198-1209. DOI: 10.1016/S0140-6736(10)62001-6.

178. Барам, Д.В. Классификация ВОЗ опухолей гемопоэтической и лимфоидной тканей, 2022 г. (5-е издание): опухоли лимфоидной ткани / Д.В. Барам, З.П. Асауленко, И.Н. Спиридонов, Ю.А. Криволапов // Архив патологии. - 2023. - Т. 85. - № 4. - С. 24-31. DOI: 10.17116/patol20238504124.

179. Engels, E.A. State of the science and future directions for research on HIV and cancer: Summary of a joint workshop sponsored by IARC and NCI / E.A. Engels, M.S. Shiels, R.V. Barnabas [et al.] // International Journal of Cancer. - 2024. - Vol. 154. - № 4. - P. 596-606. DOI: 10.1002/ijc.34727.

180. Каприн, А.Д. Злокачественные новообразования, ассоциированные с ВИЧ-инфекцией. Проблемы и пути решения (проблемный очерк) / А.Д. Каприн, Е.Е. Воронин, В.В. Рассохин [и др.] // Современная онкология. - 2021. - Т. 23. - № 3. - С. 502-507. DOI: 10.26442/18151434.2021.3.201041.

181. Беляков, Н.А. Коморбидные и тяжелые формы ВИЧ-инфекции в России / Н.А. Беляков,

B.В. Рассохин, Т.Н. Трофимова [и др.] // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. - 2016. - Т. 8. - № 3. - С. 9-25. DOI: 10.22328/2077-9828-2016-8-3-9-25.

182. Некрасова, А.В. Клинико-морфологическая характеристика, результаты лечения и

прогноз злокачественных новообразований при ВИЧ-инфекции : кандидат медицинских наук / A.B. Некрасова. - ФГБОУ ДПО «Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 2022.

- Режим доступа: https://dissercat.com/content/kliniko-morfologicheskaya-kharakteristika-rezultaty-lecheniya-i-prognoz-zlokachestvennykh (дата обращения: 17.09.2024). - [Электронный ресурс].

183. Imamichi, H. Defective HIV-1 proviruses produce novel protein-coding RNA species in HIV-infected patients on combination antiretroviral therapy / H. Imamichi, R.L. Dewar, J.W. Adelsberger [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2016. - Vol. 113. - № 31. - P. 8783-8788. DOI: 10.1073/pnas.1609057113.

184. Cho, A. Longitudinal clonal dynamics of HIV-1 latent reservoirs measured by combination quadruplex polymerase chain reaction and sequencing / A. Cho, C. Gaebler, T. Olveira [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2022. - Vol. 119.

- № 4. - P. e2117630119. DOI: 10.1073/pnas.2117630119.

185. Imamichi, H. Lifespan of effector memory CD4+ T cells determined by replication-incompetent integrated HIV-1 provirus / H. Imamichi, V. Natarajan, J.W. Adelsberger [et al.] // AIDS. - 2014. -Vol. 28. - № 8. - P. 1091. DOI: 10.1097/QAD.0000000000000223.

186. Falcinelli, S.D. Longitudinal Dynamics of Intact HIV Proviral DNA and Outgrowth Virus Frequencies in a Cohort of Individuals Receiving Antiretroviral Therapy / S.D. Falcinelli, K.W. Kilpatrick, J. Read [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 224. - № 1. - P. 92-100. DOI: 10.1093/infdis/jiaa718.

187. Gandhi, R.T. Selective Decay of Intact HIV-1 Proviral DNA on Antiretroviral Therapy / R.T. Gandhi, J.C. Cyktor, R.J. Bosch [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 223. - № 2.

- P. 225-233. DOI: 10.1093/infdis/jiaa532.

188. Peluso, M.J. Differential decay of intact and defective proviral DNA in HIV-1-infected individuals on suppressive antiretroviral therapy / M.J. Peluso, P. Bacchetti, K.D. Ritter [et al.] // JCI insight. - 2020. - Vol. 5. - № 4. - P. e132997, 132997. DOI: 10.1172/jci.insight.132997.

189. Martin, H.A. New Assay Reveals Vast Excess of Defective over Intact HIV-1 Transcripts in Antiretroviral Therapy-Suppressed Individuals / H.A. Martin, G.N. Kadiyala, S. Telwatte [et al.] // Journal of Virology. - 2022. - Vol. 96. - № 24. - P. e0160522. DOI: 10.1128/jvi.01605-22.

190. Pollack, R.A. Defective HIV-1 Proviruses Are Expressed and Can Be Recognized by Cytotoxic T Lymphocytes, which Shape the Proviral Landscape / R.A. Pollack, R.B. Jones, M. Pertea [et al.] // Cell Host & Microbe. - 2017. - Vol. 21. - № 4. - P. 494-506.e4. DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.008.

191. Sannier, G. Combined single-cell transcriptional, translational, and genomic profiling reveals HIV-1 reservoir diversity / G. Sannier, M. Dubé, C. Dufour [et al.] // Cell Reports. - 2021. - Vol. 36. -№ 9. - P. 109643. DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109643.

192. Einkauf, K.B. Parallel analysis of transcription, integration, and sequence of single HIV-1 proviruses / K.B. Einkauf, M R. Osborn, C. Gao [et al.] // Cell. - 2022. - Vol. 185. - № 2. - P. 266-282.e15. DOI: 10.1016/j.cell.2021.12.011.

193. Duette, G. The HIV-1 proviral landscape reveals that Nef contributes to HIV-1 persistence in effector memory CD4+ T cells / G. Duette, B. Hiener, H. Morgan [et al.] // The Journal of Clinical Investigation. - 2022. - Vol. 132. - № 7. - P. e154422. DOI: 10.1172/JCI154422.

194. White, J.A. Clonally expanded HIV-1 proviruses with 5'-leader defects can give rise to nonsuppressible residual viremia / J.A. White, F. Wu, S. Yasin [et al.] // The Journal of Clinical Investigation. - Vol. 133. - № 6. - P. e165245. DOI: 10.1172/JCI165245.

195. Huynh, D. Oncogenic properties of HIV-Tat in colorectal cancer cells / D. Huynh, E. Vincan, T. Mantamadiotis [et al.] // Current HIV research. - 2007. - Vol. 5. - № 4. - P. 403-409. DOI: 10.2174/157016207781023974.

196. Nyagol, J. The effects of HIV-1 Tat protein on cell cycle during cervical carcinogenesis / J. Nyagol, E. Leucci, A. Onnis [et al.] // Cancer Biology & Therapy. - 2006. - Vol. 5. - № 6. - P. 684690. DOI: 10.4161/cbt.5.6.2907.

197. Liu, Y.-P. Human immunodeficiency virus Tat-TIP30 interaction promotes metastasis by enhancing the nuclear translocation of Snail in lung cancer cell lines / Y.-P. Liu, C.-H. Chen, C.-H. Yen [et al.] // Cancer Science. - 2018. - Vol. 109. - № 10. - P. 3105-3114. DOI: 10.1111/cas.13768.

198. Dandachi, D. Effects of HIV on the Tumor Microenvironment / D. Dandachi, F. Morón // Advances in Experimental Medicine and Biology. - 2020. - Vol. 1263. - P. 45-54. DOI: 10.1007/978-3-030-44518-8_4.

199. Nunnari, G. HIV-1 Tat and AIDS-associated cancer: targeting the cellular anti-cancer barrier? / G. Nunnari, J.A. Smith, R. Daniel // Journal of experimental & clinical cancer research. - 2008. -Vol. 27. - № 1. - P. 3. DOI: 10.1186/1756-9966-27-3.

200. Srivastava, D.K. The HIV-1 transactivator protein Tat is a potent inducer of the human DNA repair enzyme beta-polymerase / D.K. Srivastava, C.L. Tendler, D. Milani [et al.] // AIDS. - 2001. -Vol. 15. - № 4. - P. 433-440. DOI: 10.1097/00002030-200103090-00001.

201. Chipitsyna, G. HIV-1 Tat increases cell survival in response to cisplatin by stimulating Rad51 gene expression / G. Chipitsyna, D. Slonina, K. Siddiqui [et al.] // Oncogene. - 2004. - Vol. 23. - № 15. - P. 2664-2671. DOI: 10.1038/sj.onc.1207417.

202. Gu, Y. HIV Tat activates c-Jun amino-terminal kinase through an oxidant-dependent mechanism / Y. Gu, R.F. Wu, Y.C. Xu [et al.] // Virology. - 2001. - Vol. 286. - № 1. - P. 62-71. DOI: 10.1006/viro.2001.0998.

203. Capone, C. A role for spermine oxidase as a mediator of reactive oxygen species production in HIV-Tat-induced neuronal toxicity / C. Capone, M. Cervelli, E. Angelucci [et al.] // Free Radical

Biology & Medicine. - 2013. - Vol. 63. - P. 99-107. DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2013.05.007.

204. Perry, S.W. HIV-1 transactivator of transcription protein induces mitochondrial hyperpolarization and synaptic stress leading to apoptosis / S.W. Perry, J.P. Norman, A. Litzburg [et al.] // Journal of Immunology. - 2005. - Vol. 174. - № 7. - P. 4333-4344. DOI: 10.4049/j immunol .174.7.4333.

205. Valentín-Guillama, G. HIV-1 Envelope Protein gp120 Promotes Proliferation and the Activation of Glycolysis in Glioma Cell / G. Valentín-Guillama, S. López, Y.V. Kucheryavykh [et al.] // Cancers.

- 2018. - Vol. 10. - № 9. - P. 301. DOI: 10.3390/cancers10090301.

206. Warburg, O. On the origin of cancer cells / O. Warburg // Science. - 1956. - Vol. 123. - № 3191.

- P. 309-314. DOI: 10.1126/science.123.3191.309.

207. Lien, K. HIV-1 proteins gp120 and tat induce the epithelial-mesenchymal transition in oral and genital mucosal epithelial cells / K. Lien, W. Mayer, R. Herrera [et al.] // PloS One. - 2019. - Vol. 14.

- № 12. - P. e0226343. DOI: 10.1371/journal.pone.0226343.

208. Yuan, Z. Macrophages exposed to HIV viral protein disrupt lung epithelial cell integrity and mitochondrial bioenergetics via exosomal microRNA shuttling / Z. Yuan, J.R. Petree, F.E.-H. Lee [et al.] // Cell Death & Disease. - 2019. - Vol. 10. - № 8. - P. 580. DOI: 10.1038/s41419-019-1803-y.

209. Ivanov, A.V. Oxidative Stress during HIV Infection: Mechanisms and Consequences / A.V. Ivanov, V.T. Valuev-Elliston, O.N. Ivanova [et al.] // Oxidative Medicine and Cellular Longevity. -2016. - Vol. 2016. - P. e8910396. DOI: 10.1155/2016/8910396.

210. Santerre, M. HIV-1 Nef promotes cell proliferation and microRNA dysregulation in lung cells / M. Santerre, W. Chatila, Y. Wang [et al.] // Cell Cycle. - 2019. - Vol. 18. - № 2. - P. 130-142. DOI: 10.1080/15384101.2018.1557487.

211. Mdletshe, N. HIV Nef enhances the expression of oncogenic c-MYC and activation-induced cytidine deaminase in Burkitt lymphoma cells, promoting genomic instability / N. Mdletshe, A. Nel, K. Shires, S. Mowla // Infectious Agents and Cancer. - 2020. - Vol. 15. - № 1. - P. 54. DOI: 10.1186/s 13027-020-00320-9.

212. Greenway, A.L. Human Immunodeficiency Virus Type 1 Nef Binds to Tumor Suppressor p53 and Protects Cells against p53-Mediated Apoptosis / A.L. Greenway, D.A. McPhee, K. Allen [et al.] // Journal of Virology. - 2002. - Vol. 76. - № 6. - P. 2692-2702. DOI: 10.1128/jvi.76.6.2692-2702.2002.

213. Olivetta, E. HIV-1 Nef regulates the release of superoxide anions from human macrophages / E. Olivetta, D. Pietraforte, I. Schiavoni [et al.] // The Biochemical Journal. - 2005. - Vol. 390. - № Pt 2. -P. 591-602. DOI: 10.1042/BJ20042139.

214. Chou, C.-H. GSK3beta-mediated Drp1 phosphorylation induced elongated mitochondrial morphology against oxidative stress / C.-H. Chou, C.-C. Lin, M.-C. Yang [et al.] // PloS One. - 2012. -Vol. 7. - № 11. - P. e49112. DOI: 10.1371/journal.pone.0049112.

215. Gomes, L.C. During autophagy mitochondria elongate, are spared from degradation and sustain cell viability / L.C. Gomes, G. Di Benedetto, L. Scorrano // Nature Cell Biology. - 2011. - Vol. 13. -№ 5. - P. 589-598. DOI: 10.1038/ncb2220.

216. Wolf, D. HIV-1 Nef associated PAK and PI3-kinases stimulate Akt-independent Bad-phosphorylation to induce anti-apoptotic signals / D. Wolf, V. Witte, B. Laffert [et al.] // Nature Medicine. - 2001. - Vol. 7. - № 11. - P. 1217-1224. DOI: 10.1038/nm1101-1217.

217. Landi, M.T. MicroRNA expression differentiates histology and predicts survival of lung cancer / M.T. Landi, Y. Zhao, M. Rotunno [et al.] // Clinical Cancer Research. - 2010. - Vol. 16. - № 2. -P. 430-441. DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-09-1736.

218. Kumar, M.S. Impaired microRNA processing enhances cellular transformation and tumorigenesis / M.S. Kumar, J. Lu, K.L. Mercer [et al.] // Nature Genetics. - 2007. - Vol. 39. - № 5. -P. 673-677. DOI: 10.1038/ng2003.

219. Landi, A. One protein to rule them all: modulation of cell surface receptors and molecules by HIV Nef / A. Landi, V. Iannucci, A.V. Nuffel [et al.] // Current HIV research. - 2011. - Vol. 9. - № 7.

- P. 496-504. DOI: 10.2174/157016211798842116.

220. Zhu, X. Synergy between Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) vIL-6 and HIV-1 Nef protein in promotion of angiogenesis and oncogenesis: role of the AKT signaling pathway / X. Zhu, Y. Guo, S. Yao [et al.] // Oncogene. - 2014. - Vol. 33. - № 15. - P. 1986-1996. DOI: 10.1038/onc.2013.136.

221. Kramer-Hämmerle, S. HIV type 1 Nef promotes neoplastic transformation of immortalized neural cells / S. Kramer-Hämmerle, B. Kohleisen, C. Hohenadl [et al.] // AIDS research and human retroviruses. - 2001. - Vol. 17. - № 7. - P. 597-602. DOI: 10.1089/088922201300119699.

222. Stromâjer-Râcz, T. Oxidative stress induced by HIV-1 F34IVpr in Schizosaccharomyces pombe is one of its multiple functions / T. Stromâjer-Râcz, Z. Gazdag, J. Belâgyi [et al.] // Experimental and Molecular Pathology. - 2010. - Vol. 88. - № 1. - P. 38-44. DOI: 10.1016/j.yexmp.2009.10.002.

223. Arunagiri, C. A C-terminal domain of HIV-1 accessory protein Vpr is involved in penetration, mitochondrial dysfunction and apoptosis of human CD4+ lymphocytes / C. Arunagiri, I. Macreadie, D. Hewish, A. Azad // Apoptosis. - 1997. - Vol. 2. - № 1. - P. 69-76. DOI: 10.1023/a:1026487609215.

224. Macreadie, I.G. HIV-1 protein Vpr causes gross mitochondrial dysfunction in the yeast Saccharomyces cerevisiae / I.G. Macreadie, D.R. Thorburn, D.M. Kirby [et al.] // FEBS letters. - 1997.

- Vol. 410. - № 2-3. - P. 145-149. DOI: 10.1016/s0014-5793(97)00542-5.

225. Halestrap, A.P. The adenine nucleotide translocase: a central component of the mitochondrial permeability transition pore and key player in cell death / A.P. Halestrap, C. Brenner // Current Medicinal Chemistry. - 2003. - Vol. 10. - № 16. - P. 1507-1525. DOI: 10.2174/0929867033457278.

226. Deshmane, S.L. Activation of the oxidative stress pathway by HIV-1 Vpr leads to induction of

hypoxia-inducible factor 1alpha expression / S.L. Deshmane, R. Mukerjee, S. Fan [et al.] // The Journal of Biological Chemistry. - 2009. - Vol. 284. - № 17. - P. 11364-11373. DOI: 10.1074/jbc.M809266200.

227. Giagulli, C. HIV-1 matrix protein p17 binds to the IL-8 receptor CXCR1 and shows IL-8-like chemokine activity on monocytes through Rho/ROCK activation / C. Giagulli, A.K. Magiera, A. Bugatti [et al.] // Blood. - 2012. - Vol. 119. - № 10. - P. 2274-2283. DOI: 10.1182/blood-2011-06-364083.

228. Caccuri, F. HIV-1 matrix protein p17 promotes angiogenesis via chemokine receptors CXCR1 and CXCR2 / F. Caccuri, C. Giagulli, A. Bugatti [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2012. - Vol. 109. - № 36. - P. 14580-14585. DOI: 10.1073/pnas.1206605109.

229. Caccuri, F. HIV-1 matrix protein p17 promotes lymphangiogenesis and activates the endothelin-1/endothelin B receptor axis / F. Caccuri, C. Rueckert, C. Giagulli [et al.] // Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. - 2014. - Vol. 34. - № 4. - P. 846-856. DOI: 10.1161/ATVBAHA.113.302478.

230. Fiorentini, S. HIV-1 matrix protein p17: a candidate antigen for therapeutic vaccines against AIDS / S. Fiorentini, C. Giagulli, F. Caccuri [et al.] // Pharmacology & Therapeutics. - 2010. - Vol. 128.

- № 3. - P. 433-444. DOI: 10.1016/j.pharmthera.2010.08.005.

231. Caccuri, F. HIV-1 matrix protein p17 and its variants promote human triple negative breast cancer cell aggressiveness / F. Caccuri, F. Giordano, I. Barone [et al.] // Infectious Agents and Cancer.

- 2017. - Vol. 12. - P. 49. DOI: 10.1186/s13027-017-0160-7.

232. Carroll, V.A. Expression of HIV-1 matrix protein p17 and association with B-cell lymphoma in HIV-1 transgenic mice / V.A. Carroll, M.K. Lafferty, L. Marchionni [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2016. - Vol. 113. - № 46. - P. 1316813173. DOI: 10.1073/pnas.1615258113.

233. Massiah, M.A. Three-dimensional structure of the human immunodeficiency virus type 1 matrix protein / M.A. Massiah, MR. Starich, C. Paschall [et al.] // Journal of Molecular Biology. - 1994. -Vol. 244. - № 2. - P. 198-223. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1719.

234. Doherty, R.S. BioAfrica's HIV-1 proteomics resource: combining protein data with bioinformatics tools / R.S. Doherty, T. De Oliveira, C. Seebregts [et al.] // Retrovirology. - 2005. -Vol. 2. - P. 18. DOI: 10.1186/1742-4690-2-18.

235. Cheignon, C. Oxidative stress and the amyloid beta peptide in Alzheimer's disease / C. Cheignon, M. Tomas, D. Bonnefont-Rousselot [et al.] // Redox Biology. - 2018. - Vol. 14. - P. 450464. DOI: 10.1016/j.redox.2017.10.014.

236. Bayurova, E. HIV-1 Reverse Transcriptase Promotes Tumor Growth and Metastasis Formation via ROS-Dependent Upregulation of Twist / E. Bayurova, J. Jansons, D. Skrastina [et al.] // Oxidative Medicine and Cellular Longevity. - 2019. - Vol. 2019. - P. 1-28. DOI: 10.1155/2019/6016278.

237. Jansons, J. Expression of the Reverse Transcriptase Domain of Telomerase Reverse Transcriptase Induces Lytic Cellular Response in DNA-Immunized Mice and Limits Tumorigenic and Metastatic Potential of Murine Adenocarcinoma 4T1 Cells / J. Jansons, E. Bayurova, D. Skrastina [et al.] // Vaccines. - 2020. - Vol. 8. - № 2. - P. 318. DOI: 10.3390/vaccines8020318.

238. Zorov, D.B. Mitochondrial ROS-induced ROS release: an update and review / D.B. Zorov, M. Juhaszova, S.J. Sollott // Biochimica Et Biophysica Acta. - 2006. - Vol. 1757. - № 5-6. - P. 509-517. DOI: 10.1016/j.bbabio.2006.04.029.

239. Ott, M. Mitochondria, oxidative stress and cell death / M. Ott, V. Gogvadze, S. Orrenius, B. Zhivotovsky // Apoptosis. - 2007. - Vol. 12. - № 5. - P. 913-922. DOI: 10.1007/s10495-007-0756-2.

240. Koopman, W.J.H. Monogenic mitochondrial disorders / W.J.H. Koopman, P.H.G.M. Willems, J A M. Smeitink // The New England Journal of Medicine. - 2012. - Vol. 366. - № 12. - P. 1132-1141. DOI: 10.1056/NEJMra1012478.

241. Koopman, W.J.H. OXPHOS mutations and neurodegeneration / W.J.H. Koopman, F. Distelmaier, J AM. Smeitink, P.H.G.M. Willems // The EMBO journal. - 2013. - Vol. 32. - № 1. -P. 9-29. DOI: 10.1038/emboj.2012.300.

242. Qu, Y.-L. Correction: Asthma and the risk of lung cancer: a meta-analysis / Y.-L. Qu, J. Liu, LX. Zhang [et al.] // Oncotarget. - 2017. - Vol. 8. - № 29. - P. 48525. DOI: 10.18632/oncotarget.19302.

243. Wilson, D.F. Oxidative phosphorylation: regulation and role in cellular and tissue metabolism / D.F. Wilson // The Journal of Physiology. - 2017. - Vol. 595. - № 23. - P. 7023-7038. DOI: 10.1113/JP273839.

244. Hernansanz-Agustin, P. Generation of Reactive Oxygen Species by Mitochondria / P. Hernansanz-Agustin, J.A. Enriquez // Antioxidants. - 2021. - Vol. 10. - № 3. - P. 415. DOI: 10.3390/antiox10030415.

245. He, L. Antioxidants Maintain Cellular Redox Homeostasis by Elimination of Reactive Oxygen Species / L. He, T. He, S. Farrar [et al.] // Cellular Physiology and Biochemistry. - 2017. - Vol. 44. -№ 2. - P. 532-553. DOI: 10.1159/000485089.

246. Kumari, S. Reactive Oxygen Species: A Key Constituent in Cancer Survival / S. Kumari, A.K. Badana, MM. G [et al.] // Biomarker Insights. - 2018. - Vol. 13. - P. 1177271918755391. DOI: 10.1177/1177271918755391.

247. Schieber, M. ROS Function in Redox Signaling and Oxidative Stress / M. Schieber, N.S. Chandel // Current biology. - 2014. - Vol. 24. - № 10. - P. R453-R462. DOI: 10.1016/j.cub.2014.03.034.

248. Gorrini, C. Modulation of oxidative stress as an anticancer strategy / C. Gorrini, I.S. Harris, T.W. Mak // Nature Reviews. Drug Discovery. - 2013. - Vol. 12. - № 12. - P. 931-947. DOI: 10.1038/nrd4002.

249. Panieri, E. ROS homeostasis and metabolism: a dangerous liason in cancer cells / E. Panieri,

M.M. Santoro // Cell Death & Disease. - 2016. - Vol. 7. - № 6. - P. e2253. DOI: 10.1038/cddis.2016.105.

250. Lau, A. Dual roles of Nrf2 in cancer / A. Lau, N.F. Villeneuve, Z. Sun [et al.] // Pharmacological Research. - 2008. - Vol. 58. - № 5-6. - P. 262-270. DOI: 10.1016/j.phrs.2008.09.003.

251. Gipp, J.J. Cloning and nucleotide sequence of a full-length cDNA for human liver gamma-glutamylcysteine synthetase / J.J. Gipp, C. Chang, R.T. Mulcahy // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 1992. - Vol. 185. - № 1. - P. 29-35. DOI: 10.1016/s0006-291x(05)80950-7.

252. Liberti, M.V. The Warburg Effect: How Does it Benefit Cancer Cells? / M.V. Liberti, J.W. Locasale // Trends in Biochemical Sciences. - 2016. - Vol. 41. - № 3. - P. 211-218. DOI: 10.1016/j .tibs.2015.12.001.

253. Schwartz, L. The Warburg Effect and the Hallmarks of Cancer / L. Schwartz, C.T. Supuran, K.O. Alfarouk // Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry. - 2017. - Vol. 17. - № 2. - P. 164-170. DOI: 10.2174/1871520616666161031143301.

254. Alfarouk, K.O. Tumor metabolism, cancer cell transporters, and microenvironmental resistance / K.O. Alfarouk // Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry. - 2016. - Vol. 31. - № 6. -P. 859-866. DOI: 10.3109/14756366.2016.1140753.

255. Vaupel, P. Revisiting the Warburg effect: historical dogma versus current understanding / P. Vaupel, G. Multhoff // The Journal of Physiology. - 2021. - Vol. 599. - № 6. - P. 1745-1757. DOI: 10.1113/JP278810.

256. Wang, Z. Targeting Glutaminolysis: New Perspectives to Understand Cancer Development and Novel Strategies for Potential Target Therapies / Z. Wang, F. Liu, N. Fan [et al.] // Frontiers in Oncology. - 2020. - Vol. 10. - P. 589508. DOI: 10.3389/fonc.2020.589508.

257. Dong, W. Mycobacterial fatty acid catabolism is repressed by FdmR to sustain lipogenesis and virulence / W. Dong, X. Nie, H. Zhu [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2021. - Vol. 118. - № 16. - P. e2019305118. DOI: 10.1073/pnas.2019305118.

258. Comerford, S.A. Acetate dependence of tumors / S.A. Comerford, Z. Huang, X. Du [et al.] // Cell. - 2014. - Vol. 159. - № 7. - P. 1591-1602. DOI: 10.1016/j.cell.2014.11.020.

259. Mashimo, T. Acetate is a bioenergetic substrate for human glioblastoma and brain metastases / T. Mashimo, K. Pichumani, V. Vemireddy [et al.] // Cell. - 2014. - Vol. 159. - № 7. - P. 1603-1614. DOI: 10.1016/j.cell.2014.11.025.

260. Закирова, Н.Ф. Экспрессия обратной транскриптазы ВИЧ-1 вызывает усиление дыхательной активности митохондрий в клетках аденокарциномы мышей / Н.Ф. Закирова, А.С. Кондрашова, М.В. Голиков [и др.] // Молекулярная биология. - 2022. - Т. 56. - № 5. - С. 795-807.

DOI: 10.31857/S0026898422050160.

261. Caino, M.C. Molecular Pathways: Mitochondrial Reprogramming in Tumor Progression and Therapy / M.C. Caino, D.C. Altieri // Clinical Cancer Research. - 2016. - Vol. 22. - № 3. - P. 540-545. DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-15-0460.

262. Abbaszadeh, Z. Crucial players in glycolysis: Cancer progress / Z. Abbaszadeh, S. £e§meli, Biray Avci // Gene. - 2020. - Vol. 726. - P. 144158. DOI: 10.1016/j.gene.2019.144158.

263. Ralph, S.J. The causes of cancer revisited: «mitochondrial malignancy» and ROS-induced oncogenic transformation - why mitochondria are targets for cancer therapy / S.J. Ralph, S. Rodriguez-Enriquez, J. Neuzil [et al.] // Molecular Aspects of Medicine. - 2010. - Vol. 31. - № 2. - P. 145-170. DOI: 10.1016/j.mam.2010.02.008.

264. Bertout, J.A. The impact of O2 availability on human cancer / J.A. Bertout, S.A. Patel, M.C. Simon // Nature Reviews. Cancer. - 2008. - Vol. 8. - № 12. - P. 967-975. DOI: 10.1038/nrc2540.

265. Schito, L. Hypoxia-Inducible Factors: Master Regulators of Cancer Progression / L. Schito, G.L. Semenza // Trends in Cancer. - 2016. - Vol. 2. - № 12. - P. 758-770. DOI: 10.1016/j.trecan.2016.10.016.

266. Jin, L. Crucial role of the pentose phosphate pathway in malignant tumors / L. Jin, Y. Zhou // Oncology Letters. - 2019. - Vol. 17. - № 5. - P. 4213-4221. DOI: 10.3892/ol.2019.10112.

267. Patra, K.C. The pentose phosphate pathway and cancer / K.C. Patra, N. Hay // Trends in Biochemical Sciences. - 2014. - Vol. 39. - № 8. - P. 347-354. DOI: 10.1016/j.tibs.2014.06.005.

268. Rogers, G.W. High throughput microplate respiratory measurements using minimal quantities of isolated mitochondria / G.W. Rogers, M.D. Brand, S. Petrosyan [et al.] // PloS One. - 2011. - Vol. 6. -№ 7. - P. e21746. DOI: 10.1371/journal.pone.0021746.

269. Gonzalez, S.M. Mucosa: Key Interactions Determining Sexual Transmission of the HIV Infection / S.M. Gonzalez, W. Aguilar-Jimenez, R.-C. Su, M.T. Rugeles // Frontiers in Immunology. -2019. - Vol. 10. - P. 144. DOI: 10.3389/fimmu.2019.00144.

270. Carias, A.M. Defining the interaction of HIV-1 with the mucosal barriers of the female reproductive tract / A.M. Carias, S. McCoombe, M. McRaven [et al.] // Journal of Virology. - 2013. -Vol. 87. - № 21. - P. 11388-11400. DOI: 10.1128/JVI.01377-13.

271. Shaw, G.M. HIV transmission / G.M. Shaw, E. Hunter // Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. - 2012. - Vol. 2. - № 11. - P. a006965. DOI: 10.1101/cshperspect.a006965.

272. Joag, S.V. Animal model of mucosally transmitted human immunodeficiency virus type 1 disease: intravaginal and oral deposition of simian/human immunodeficiency virus in macaques results in systemic infection, elimination of CD4+ T cells, and AIDS / S.V. Joag, I. Adany, Z. Li [et al.] // Journal of Virology. - 1997. - Vol. 71. - № 5. - P. 4016-4023. DOI: 10.1128/JVI.71.5.4016-4023.1997.

273. Bosch, M.L. Infection of Macaca nemestrina neonates with HIV-1 via different routes of

inoculation / M.L. Bosch, A. Schmidt, M.B. Agy [et al.] // AIDS. - 1997. - Vol. 11. - № 13. - P. 15551563. DOI: 10.1097/00002030-199713000-00003.

274. Girard, M. Genital infection of female chimpanzees with human immunodeficiency virus type 1 / M. Girard, J. Mahoney, Q. Wei [et al.] // AIDS research and human retroviruses. - 1998. - Vol. 14. -№ 15. - P. 1357-1367. DOI: 10.1089/aid.1998.14.1357.

275. Dinh, M.H. Visualization of HIV-1 Interactions with Penile and Foreskin Epithelia: Clues for Female-to-Male HIV Transmission / M.H. Dinh, MR. Anderson, M.D. McRaven [et al.] // PLOS Pathogens. - 2015. - Vol. 11. - № 3. - P. e1004729. DOI: 10.1371/journal.ppat.1004729.

276. Ganor, Y. Within 1 h, HIV-1 uses viral synapses to enter efficiently the inner, but not outer, foreskin mucosa and engages Langerhans-T cell conjugates / Y. Ganor, Z. Zhou, D. Tudor [et al.] // Mucosal Immunology. - 2010. - Vol. 3. - № 5. - P. 506-522. DOI: 10.1038/mi.2010.32.

277. Hladik, F. Initial events in establishing vaginal entry and infection by human immunodeficiency virus type-1 / F. Hladik, P. Sakchalathorn, L. Ballweber [et al.] // Immunity. - 2007. - Vol. 26. - № 2. - P. 257-270. DOI: 10.1016/j.immuni.2007.01.007.

278. Maher, D. HIV binding, penetration, and primary infection in human cervicovaginal tissue / D. Maher, X. Wu, T. Schacker [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2005. - Vol. 102. - № 32. - P. 11504-11509. DOI: 10.1073/pnas.0500848102.

279. Stoddard, E. gp340 promotes transcytosis of human immunodeficiency virus type 1 in genital tract-derived cell lines and primary endocervical tissue / E. Stoddard, H. Ni, G. Cannon [et al.] // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - № 17. - P. 8596-8603. DOI: 10.1128/JVI.00744-09.

280. Zhou, Z. HIV-1 efficient entry in inner foreskin is mediated by elevated CCL5/RANTES that recruits T cells and fuels conjugate formation with Langerhans cells / Z. Zhou, N. Barry de Longchamps, A. Schmitt [et al.] // PLoS pathogens. - 2011. - Vol. 7. - № 6. - P. e1002100. DOI: 10.1371/journal.ppat.1002100.

281. Asin, S.N. Human immunodeficiency virus type 1 infection of human uterine epithelial cells: viral shedding and cell contact-mediated infectivity / S.N. Asin, D. Wildt-Perinic, S.I. Mason [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2003. - Vol. 187. - № 10. - P. 1522-1533. DOI: 10.1086/374782.

282. Aiken, C. Pseudotyping human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) by the glycoprotein of vesicular stomatitis virus targets HIV-1 entry to an endocytic pathway and suppresses both the requirement for Nef and the sensitivity to cyclosporin A / C. Aiken // Journal of Virology. - 1997. -Vol. 71. - № 8. - P. 5871-5877. DOI: 10.1128/jvi.71.8.5871-5877.1997.

283. King, B. Pseudotypes: your flexible friends / B. King, J. Daly // Future Microbiology. - 2014. -Vol. 9. - № 2. - P. 135-137. DOI: 10.2217/fmb.13.156.

284. Tang, Y. Infection of Female Primary Lower Genital Tract Epithelial Cells after Natural Pseudotyping of HIV-1: Possible Implications for Sexual Transmission of HIV-1 / Y. Tang, A. George,

F. Nouvet [et al.] // PLOS ONE. - 2014. - Vol. 9. - № 7. - P. e101367. DOI: 10.1371/journal.pone.0101367.

285. Tang, Y. Endogenous Retroviral Envelope Syncytin Induces HIV-1 Spreading and Establishes HIV Reservoirs in Placenta / Y. Tang, B.O. Woodward, L. Pastor [et al.] // Cell Reports. - 2020. -Vol. 30. - № 13. - P. 4528-4539.e4. DOI: 10.1016/j.celrep.2020.03.016.

286. Almodovar, S. The Complexity of HIV Persistence and Pathogenesis in the Lung Under Antiretroviral Therapy: Challenges Beyond AIDS / S. Almodovar // Viral Immunology. - 2014. -Vol. 27. - № 5. - P. 186-199. DOI: 10.1089/vim.2013.0130.

287. Costiniuk, C.T. HIV persistence in mucosal CD4+ T cells within the lungs of adults receiving long-term suppressive antiretroviral therapy / C.T. Costiniuk, S. Salahuddin, O. Farnos [et al.] // AIDS.

- 2018. - Vol. 32. - № 16. - P. 2279. DOI: 10.1097/QAD.0000000000001962.

288. Devadoss, D. HIV-1 Productively Infects and Integrates in Bronchial Epithelial Cells / D. Devadoss, S.P. Singh, A. Acharya [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2020. -Vol. 10. - P. 612360. DOI: 10.3389/fcimb.2020.612360.

289. Chen, P. Virological synapses allow HIV-1 uptake and gene expression in renal tubular epithelial cells / P. Chen, B.K. Chen, A. Mosoian [et al.] // Journal of the American Society of Nephrology. -2011. - Vol. 22. - № 3. - P. 496-507. DOI: 10.1681/ASN.2010040379.

290. Blasi, M. Renal epithelial cells produce and spread HIV-1 via T-Cell Contact / M. Blasi, B. Balakumaran, P. Chen [et al.] // AIDS. - 2014. - Vol. 28. - № 16. - P. 2345-2353. DOI: 10.1097/QAD.0000000000000398.

291. Hughes, K. Proliferation of HIV-infected renal epithelial cells following virus acquisition from infected macrophages / K. Hughes, G. Akturk, S. Gnjatic [et al.] // AIDS. - 2020. - Vol. 34. - № 11. -P. 1581-1591. DOI: 10.1097/QAD.0000000000002589.

292. Blasi, M. HIV-1 infection of renal epithelial cells: 30 years of evidence from transgenic animal models, human studies and in vitro experiments / M. Blasi, M. Klotman // Retrovirology. - 2023. -Vol. 20. - № 1. - P. 2. DOI: 10.1186/s12977-023-00617-8.

293. Liu, R. HIV Infection in gastric epithelial cells / R. Liu, L. Huang, J. Li [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2013. - Vol. 208. - № 8. - P. 1221-1230. DOI: 10.1093/infdis/jit314.

294. Dorosko, S.M. Primary human mammary epithelial cells endocytose HIV-1 and facilitate viral infection of CD4+ T lymphocytes / S.M. Dorosko, R.I. Connor // Journal of Virology. - 2010. - Vol. 84.

- № 20. - P. 10533-10542. DOI: 10.1128/JVI.01263-10.

295. Bansal, M B. HIV and Liver Disease. Effects of HIV on Liver Cell Populations / M B. Bansal, J.T. Blackard. - Springer, 2012. - 10 p.

296. Lin, W. HIV increases HCV replication in a TGF-beta1-dependent manner / W. Lin, E.M. Weinberg, A.W. Tai [et al.] // Gastroenterology. - 2008. - Vol. 134. - № 3. - P. 803-811. DOI:

10.1053/j .gastro.2008.01.005.

297. Iser, D.M. Coinfection of hepatic cell lines with human immunodeficiency virus and hepatitis B virus leads to an increase in intracellular hepatitis B surface antigen / D.M. Iser, N. Warner, P.A. Revill [et al.] // Journal of Virology. - 2010. - Vol. 84. - № 12. - P. 5860-5867. DOI: 10.1128/JVI.02594-09.

298. Banerjee, R. Inhibition of HIV-1 productive infection in hepatoblastoma HepG2 cells by recombinant tumor necrosis factor-alpha / R. Banerjee, K. Sperber, T. Pizzella, L. Mayer // AIDS. -1992. - Vol. 6. - № 10. - P. 1127-1131. DOI: 10.1097/00002030-199210000-00010.

299. Cao, Y.Z. CD4-independent, productive human immunodeficiency virus type 1 infection of hepatoma cell lines in vitro / Y.Z. Cao, A.E. Friedman-Kien, Y.X. Huang [et al.] // Journal of Virology.

- 1990. - Vol. 64. - № 6. - P. 2553-2559. DOI: 10.1128/JVI.64.6.2553-2559.1990.

300. Xiao, P. Characterization of a CD4-independent clinical HIV-1 that can efficiently infect human hepatocytes through chemokine (C-X-C motif) receptor 4 / P. Xiao, O. Usami, Y. Suzuki [et al.] // AIDS.

- 2008. - Vol. 22. - № 14. - P. 1749-1757. DOI: 10.1097/QAD.0b013e328308937c.

301. Hosseini, S.Y. HIV and Hepatitis Viruses Co-infection: A Closer View of Their Interactions and Clinical Consequences. T. 2 / S.Y. Hosseini, K. Tayeri, A. Teimoori, K. Baesi. - Frontiers in HIV Research. - 117-142 p.

302. Blackard, J.T. HCV/ HIV co-infection: time to re-evaluate the role of HIV in the liver? / J.T. Blackard, K.E. Sherman // Journal of Viral Hepatitis. - 2008. - Vol. 15. - № 5. - P. 323-330. DOI: 10.1111/j .1365-2893.2008.00970.x.

303. Cao, Y.Z. Identification and quantitation of HIV-1 in the liver of patients with AIDS / Y.Z. Cao,

D. Dieterich, P.A. Thomas [et al.] // AIDS. - 1992. - Vol. 6. - № 1. - P. 65-70. DOI: 10.1097/00002030199201000-00008.

304. Housset, C. Detection of HIV1 RNA and p24 antigen in HIV1-infected human liver / C. Housset,

E. Lamas, C. Brechot // Research in Virology. - 1990. - Vol. 141. - № 2. - P. 153-159. DOI: 10.1016/0923 -2516(90)90017-d.

305. Ganesan, M. Liver as a target of human immunodeficiency virus infection / M. Ganesan, L.Y. Poluektova, K.K. Kharbanda, N.A. Osna // World Journal of Gastroenterology. - 2018. - Vol. 24. -№ 42. - P. 4728. DOI: 10.3748/wjg.v24.i42.4728.

306. Crane, M. Human immunodeficiency virus infection and the liver / M. Crane, D. Iser, S.R. Lewin // World Journal of Hepatology. - 2012. - Vol. 4. - № 3. - P. 91-98. DOI: 10.4254/wjh.v4.i3.91.

307. Foreman, K.E. Kaposis sarcoma: the role of HHV-8 and HIV-1 in pathogenesis / K.E. Foreman // Expert Reviews in Molecular Medicine. - 2001. - Vol. 2001. - P. 1-17. DOI: 10.1017/S1462399401002733.

308. Aoki, Y. HIV-1 Tat enhances Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) infectivity / Y. Aoki, G. Tosato // Blood. - 2004. - Vol. 104. - № 3. - P. 810-814. DOI: 10.1182/blood-2003-07-2533.

309. Yen-Moore, A. Differential expression of the HHV-8 vGCR cellular homolog gene in AIDS-associated and classic Kaposi's sarcoma: potential role of HIV-1 Tat / A. Yen-Moore, S.D. Hudnall, P L. Rady [et al.] // Virology. - 2000. - Vol. 267. - № 2. - P. 247-251. DOI: 10.1006/viro.1999.0125.

310. Pati, S. Human herpesvirus 8-encoded vGPCR activates nuclear factor of activated T cells and collaborates with human immunodeficiency virus type 1 Tat / S. Pati, J.S. Foulke, O. Barabitskaya [et al.] // Journal of Virology. - 2003. - Vol. 77. - № 10. - P. 5759-5773. DOI: 10.1128/jvi.77.10.5759-5773.2003.

311. Guo, H.-G. Tumorigenesis by human herpesvirus 8 vGPCR is accelerated by human immunodeficiency virus type 1 Tat / H.-G. Guo, S. Pati, M. Sadowska [et al.] // Journal of Virology. -2004. - Vol. 78. - № 17. - P. 9336-9342. DOI: 10.1128/JVI.78.17.9336-9342.2004.

312. Zhou, F. HIV-1 Tat promotes Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) vIL-6-induced angiogenesis and tumorigenesis by regulating PI3K/PTEN/AKT/GSK-3ß signaling pathway / F. Zhou, M. Xue, D. Qin [et al.] // PloS One. - 2013. - Vol. 8. - № 1. - P. e53145. DOI: 10.1371/journal.pone.0053145.

313. Yao, S. MiRNA-891a-5p mediates HIV-1 Tat and KSHV Orf-K1 synergistic induction of angiogenesis by activating NF-kB signaling / S. Yao, M. Hu, T. Hao [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2015. - Vol. 43. - № 19. - P. 9362-9378. DOI: 10.1093/nar/gkv988.

314. Yang, W.-S. HIV-1 Tat Interacts with a Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Reactivation-Upregulated Antiangiogenic Long Noncoding RNA, LINC00313, and Antagonizes Its Function / W.-S. Yang, T.-Y. Lin, L. Chang [et al.] // Journal of Virology. - 2020. - Vol. 94. - № 3. -P. 10.1128/jvi.01280-19. DOI: 10.1128/jvi.01280-19.

315. Shannon-Lowe, C. Epstein-Barr virus-associated lymphomas / C. Shannon-Lowe, A.B. Rickinson, A.I. Bell // Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. - 2017. - Vol. 372. - № 1732. - P. 20160271. DOI: 10.1098/rstb.2016.0271.

316. Gaidano, G. Genetic basis of acquired immunodeficiency syndrome-related lymphomagenesis / G. Gaidano, A. Carbone, R. Dalla-Favera // Journal of the National Cancer Institute. Monographs. -1998. - Vol. 1998. - № 23. - P. 95-100. DOI: 10.1093/oxfordjournals.jncimonographs.a024181.

317. Parvez, M.K. HBV and HIV co-infection: Impact on liver pathobiology and therapeutic approaches / M.K. Parvez // World Journal of Hepatology. - 2015. - Vol. 7. - № 1. - P. 121-126. DOI: 10.4254/wjh.v7.i1.121.

318. Vlahakis, S.R. Human immunodeficiency virus-induced apoptosis of human hepatocytes via CXCR4 / S.R. Vlahakis, A. Villasis-Keever, T.S. Gomez [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. -2003. - Vol. 188. - № 10. - P. 1455-1460. DOI: 10.1086/379738.

319. Yoong, K.F. Expression and function of CXC and CC chemokines in human malignant liver tumors: a role for human monokine induced by gamma-interferon in lymphocyte recruitment to

hepatocellular carcinoma / K.F. Yoong, S.C. Afford, R. Jones [et al.] // Hepatology. - 1999. - Vol. 30.

- № 1. - P. 100-111. DOI: 10.1002/hep.510300147.

320. Anand, A.R. HIV Proteins and Endothelial Dysfunction: Implications in Cardiovascular Disease / A.R. Anand, G. Rachel, D. Parthasarathy // Frontiers in Cardiovascular Medicine. - 2018. - Vol. 5. -P. 185. DOI: 10.3389/fcvm.2018.00185.

321. Proulx, J. HIV-1-Mediated Acceleration of Oncovirus-Related Non-AIDS-Defining Cancers / J. Proulx, M. Ghaly, I.-W. Park, K. Borgmann // Biomedicines. - 2022. - Vol. 10. - № 4. - P. 768. DOI: 10.3390/biomedicines10040768.

322. Park, I.-W. HIV-1 Nef is transferred from expressing T cells to hepatocytic cells through conduits and enhances HCV replication / I.-W. Park, Y. Fan, X. Luo [et al.] // PloS One. - 2014. - Vol. 9. - № 6.

- P. e99545. DOI: 10.1371/journal.pone.0099545.

323. Saksela, K. Proline-rich (PxxP) motifs in HIV-1 Nef bind to SH3 domains of a subset of Src kinases and are required for the enhanced growth of Nef+ viruses but not for down-regulation of CD4. / K. Saksela, G. Cheng, D. Baltimore // The EMBO Journal. - 1995. - Vol. 14. - № 3. - P. 484-491. DOI: 10.1002/j.1460-2075.1995.tb07024.x.

324. Lin, W. Pathogenesis of accelerated fibrosis in HIV/HCV co-infection / W. Lin, E.M. Weinberg, R.T. Chung // The Journal of Infectious Diseases. - 2013. - Vol. 207 Suppl 1. - № Suppl 1. - P. S13-18. DOI: 10.1093/infdis/jis926.

325. Doorbar, J. Human papillomavirus molecular biology and disease association / J. Doorbar, N. Egawa, H. Griffin [et al.] // Reviews in Medical Virology. - 2015. - Vol. 25. - № S1. - P. 2-23. DOI: 10.1002/rmv.1822.

326. Schiller, J.T. Current understanding of the mechanism of HPV infection : Mechanism of HPV infection and the implications for the understanding of HPV induced long term protection / J.T. Schiller, P.M. Day, R.C. Kines // Gynecologic Oncology. - 2010. - Vol. 118. - № 1, Supplement 1. - P. S12-S17. DOI: 10.1016/j.ygyno.2010.04.004.

327. Chan, D C. HIV Entry and Its Inhibition / D C. Chan, P.S. Kim // Cell. - 1998. - Vol. 93. - № 5.

- P. 681-684. DOI: 10.1016/S0092-8674(00)81430-0.

328. Yasen, A. HIV internalization into oral and genital epithelial cells by endocytosis and macropinocytosis leads to viral sequestration in the vesicles / A. Yasen, R. Herrera, K. Rosbe [et al.] // Virology. - 2018. - Vol. 515. - P. 92-107. DOI: 10.1016/j.virol.2017.12.012.

329. Tan, W. Efficient expression of the human papillomavirus type 16 L1 protein in epithelial cells by using Rev and the Rev-responsive element of human immunodeficiency virus or the cis-acting transactivation element of simian retrovirus type 1 / W. Tan, B.K. Felber, A.S. Zolotukhin [et al.] // Journal of Virology. - 1995. - Vol. 69. - № 9. - P. 5607-5620. DOI: 10.1128/JVI.69.9.5607-5620.1995.

330. Andersen, J.L. The Role of Vpr in HIV-1 Pathogenesis / J.L. Andersen, V. Planelles // Current

HIV Research. - 2005. - Vol. 3. - № 1. - P. 43-51. DOI: 10.2174/1570162052772988.

331. Tomita, M. Retraction Note: Inhibition of constitutively active Jak-Stat pathway suppresses cell growth of human T-cell leukemia virus type 1-infected T-cell lines and primary adult T-cell leukemia cells / M. Tomita, H. Kawakami, J. Uchihara [et al.] // Retrovirology. - 2011. - Vol. 8. - № 1. - P. 1. DOI: 10.1186/1742-4690-8-1.

332. Lenassi, M. HIV Nef is secreted in exosomes and triggers apoptosis in bystander CD4+ T cells / M. Lenassi, G. Cagney, M. Liao [et al.] // Traffic. - 2010. - Vol. 11. - № 1. - P. 110-122. DOI: 10.1111/j.1600-0854.2009.01006.x.

333. Nobile, C. HIV-1 Nef inhibits ruffles, induces filopodia, and modulates migration of infected lymphocytes / C. Nobile, D. Rudnicka, M. Hasan [et al.] // Journal of Virology. - 2010. - Vol. 84. -№ 5. - P. 2282-2293. DOI: 10.1128/JVI.02230-09.

334. Shelton, M.N. Secretion Modification Region-Derived Peptide Disrupts HIV-1 Nefs Interaction with Mortalin and Blocks Virus and Nef Exosome Release / M.N. Shelton, M.-B. Huang, S.A. Ali [et al.] // Journal of Virology. - 2012. - Vol. 86. - № 1. - P. 406-419. DOI: 10.1128/jvi.05720-11.