Механизмы регуляции экспрессии генов сериновых протеиназ Bacillus pumilus 7P тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Черёмин, Андрей Михайлович

• Черёмин, Андрей Михайлович
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Черёмин, Андрей Михайлович

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Сигнальные двухкомпонентные системы

1.1 Структурная организация систем сигнальной трансдукции

2. Сигнальная трансдукция в Bacillus subtilis

2.1 Двухкомпонентная система регуляции DegS/DegU

2.2 SpoOA -система фосфопередачи

2.3 Регуляторное взаимодействие систем DegS/U и SpoOA

3. Сериновые протеиназы

3.1 Субтилизиноподобная протеиназа В. pumilus 7Р

3.2 ГлутамилэндопептидазаВ. pumilus 7Р

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. Штаммы и плазмиды

2. Среды и условия культивирования микроорганизмов

3. Определение протеолитической активности

4. Основные растворы

5. ПЦР-амплификация ДНК

6. Электрофорез ДНК

7. Олигонуклеотиды, используемые в работе

8. Очистка ПЦР продуктов

9. Трансформация клеток Е. coli

10. Скрининг и отбор трансформантов

11. Выделение и очистка рекомбинантных белков

12. Определение концентрации белка

13. Электрофорез белков в ПААГ

14. Транскрипция in vitro

15. Выделение тотальной РНК

16. Реакция удлинения праймера

17. Фосфорилирование белков in vitro

18. Гель-шифт методология

19. Определение ß-галактозидазной активности

20. ПЦР в режиме реального времени

21. Биоинформационный анализ

22. Математическая обработка результатов

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

1. Исследование динамики роста и накопления протеолитической активности сериновых протеиназ в регуляторных мутантах

2. Аннотация промоторных участков генов субтилизиноподобной протеиназы и глутамилэндопептидазы

3. Определение направления транскрипции генов сериновых протеиназ В. piimilus 7Р

4. Определение стартовых точек транскрипции генов сериновых протеиназ В. pumilus 7Р

5. Амплификация участков промоторной ДНК генов протеиназ

6. Выделение и очистка регуляторных белков DegS, DegU и SpoOA из рекомбинантных штаммов Е. coli

7. Фосфорилирование регуляторного белка DegU с помощью гистидинкиназы

DegS в системе in vitro

8. Взаимодействие между промоторами генов сериновых протеиназ и регуляторными белками DegU~P и SpoOA

9. Модификация сайтов связывания промотора с белком DegU~P в промоторе гена субтилизиноподобной протеиназы

10. Клонирование модифицированных промоторов в экспрессионный вектор

11. Транскрипционная и трансляционная активность рекомбинантных генов

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы регуляции экспрессии генов сериновых протеиназ Bacillus pumilus 7P»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Сериновые протеиназы обнаружены у животных, растений, грибов, архей, бактерий и вирусов и представляют интерес, как с точки зрения физиологии микроорганизмов, так и их практического применения. Потребность в таких белках у эу- и прокариот, а также широкий спектр выполняемых функций, характеризуют сериновые протеиназы как эволюционно древние ферменты. В процессе эволюции, адаптация на молекулярном и физиологическом уровнях прокариотических организмов позволила им выживать в любой экологической нише. Определенную роль в этом сыграли сериновые протеазы. Участие в регуляторном протеолизе, патологических состояниях, споруляции и образовании других покоящихся форм, делают протеазы незаменимыми в решении разных проблем современной биологии и медицины. Обладая широкой субстратной специфичностью, стабильностьюл в широком диапазоне температур, высокой каталитической активностью, сериновые протеиназы представляют интерес в биотехнологии. Микроорганизмы являются предпочтительным источником этих ферментов из-за быстрого роста, доступности и перспективности генно-модифицированных штаммов продуцентов. Выяснение механизмов регуляции генной активности соответствующих генов позволит контролировать синтез этих белков и получать новые перспективные генетически модифицированные штаммы бактерий.

Именно поэтому, изучение организации генов сериновых протеиназ и регуляции их транскрипционной активности необходимо для понимания физиологических процессов клетки, находящихся под контролем протеиназ, и создания биотехнологических штаммов-продуцентов.

Цель работы - выяснение механизмов взаимодействия промоторов генов сериновых протеиназ Bacillus pumilus 7Р с регуляторными факторами стационарной фазы роста бактерий

Основные задачи исследования:

1. Исследовать экспрессию генов сериновых протеиназ В. pumilns в мутантах по транскрипционным факторам стационарной фазы роста

2. Определить направление и стартовые точки транскрипции генов сериновых протеиназ В. pumilus в системе in vitro

3. Установить взаимодействие транскрипционных факторов (SpoOA и DegU~P) с промоторами генов сериновых протеиназ в системе in vitro

4. Модифицировать потенциальные регуляторные сайты связывания с белком DegU~P в промоторе гена сериновой протеиназы и изучить экспрессию модифицированного гена

Положения, выносимые на защиту:

1. Промотор гена субтилизиноподобной протеиназы В. pumilus in vitro взаимодействует с транскрипционными факторами SpoOA и DegU~P.

2. Промотор гена глутамилэндопептидазы В. pumilus in vitro взаимодействует с транскрипционным фактором SpoOA и не связывается с фактором DegU~P.

3. Модификация сайта взаимодействия с регуляторным белком DegU~P в промоторе гена субтилизиноподобной протеиназы привела к увеличению экспрессии.

Научная новизна

Все результаты, изложенные в диссертационной работе, получены впервые.

Впервые установлено in vitro, что фосфорилированная форма транскрипционного фактора DegU~P взаимодействует с промотором гена субтилизиноподобной протеиназы и не связывается с промотором глутамилэндопептидазы. Транскрипционный фактор SpoOA взаимодействует с промотором обоих генов. Определены стартовые точки транскрипции генов сериновых протеиназ. Модификация одного из потенциальных регуляторных

сайтов для связывания с DegU~P гена субтилизиноподобной протеиназы позволила увеличить экспрессию гена.

Практическая значимость результатов

Впервые получен модифицированный промотор гена субтилизиноподобной протеиназы, повышающий уровень транскрипции в 53 раза. Такой подход может быть применен при создании штаммов-продуцентов целевых белков, экспрессия которых происходит без изменения первичной структуры.

Апробация работы

Основные положения диссертации представлены на следующих конференциях: «Конгресс русского сообщества биохимиков и молекулярных биологов» (Новосибирск, 2008), «XLVI международная научная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс» (Новосибирск, 2008); 13th annual Symposium for Biology Students of Europe «Symbiose 2009» (Kazan, 2009); XIV international conference "Microbial enzymes in biotechnology and medicine" devoted to the 20th anniversary of partnership between Kazan State University and Justus-Liebig Giessen University. (Kazan, 2009); 14th international conference "Microbial enzymes in biotechnology and medicine". (Kazan, 2009); IV Russian symposium called "Protein and Peptides". (Kazan, 2009); «Актуальные проблемы современной биохимии и молекулярной биологии», (Минск, 2010); V российский симпозиум «Белки и пептиды» (Петрозаводск, 2011); международная конференция «Биология - наука XXI века» (Москва, 2012); IV Международная 3D интернет-конференция «Актуальные проблемы биохимии и бионанотехнологий» (Казань, 2013); Всероссийская конференция «Протеолитические ферменты: Структура, функции, эволюция» (Петрозаводск, 2014).

Личный вклад автора заключается в разработке основной проблемы исследования, планировании, организации и реализации её экспериментального решения, интерпретации и апробации полученных результатов.

Публикации

По результатам диссертации опубликовано 5 научных работ в реферируемых журналах, рекомендуемых ВАК.

Структура и объем диссертации

Общий объем диссертации 112 страниц. Диссертация включает разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты исследований, обсуждение результатов, выводы, список литературы. Работа содержит 7 таблиц и 32 рисунка. Список литературы включает 155 источников, в том числе 136 работ зарубежных авторов.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1. Сигнальные двухкомпонентные системы

Одноклеточные организмы постоянно подвергаются резким изменениям факторов окружающей среды, таких как недостаток питательных веществ, колебания температуры и осмотический стресс. Микроорганизмы воспринимают специфические сигналы и способны отвечать на изменяющиеся условия. Узнавание сигналов и преобразование информации в специфичные транскрипционные (поведенческие) ответы является сущностью сигнальной трансдукции. Молекулярные механизмы, лежащие в основе таких явлений, реализуются в двухколтонетных регуляторных системах, в которых один компонент (гистидинкиназа) воспринимает внеклеточный или цитоплазматический стимул и переносит его на другой компонент (ответный регулятор), который включает специфический ответ - активацию транскрипции определенных генов (Mitrophanov and Groisman, 2008). Такие сигнальные системы представляют интерес для формирования информационных баз регуляторных сетей, а также для разработки антимикробных лекарственных средств для практического использования. Термин «двухкомпонентный» введен для описания нового класса регуляторных систем, обнаруженных в бактериях (Nixon et al., 1986). Первая модель двухкомпонетной системы трансдукции сигнала предложена Нинфа с соавторами (Ninfa et al., 1988). В настоящее время по итогам секвенирования исследователи идентифицировали сотни таких систем у различных видов бактерий и архебактерий. Гистидинкиназы и регуляторы ответа присутствуют также в грибах и растениях, но гораздо реже, чем в бактериях (West and Stock, 2001; Zhang and Hendrickson, 2010). Такие системы отсутствуют у животных. Количество двухкомпонентных систем варьирует и зависит от сложности генома - от 0 у Mycoplasma pneumoniae (Musatovova et al., 2006) до 150 у Myxococcus xanthus (Vos and Velicer, 2006). Двухкомпонентные белки обнаружены также в растениях, таких как Arabidopsis thaliana (Hua et al., 1995) и томатах (Yen et al., 1995). Физиологические процессы, которые связаны с

-г

чувствительностью гистидинкиназ (НК), включают дифференцировку клеток и регуляцию клеточного цикла, хемотаксис и подвижность, гомеостаз азота и фосфора, производство и устойчивость к антибиотикам, кворум сенсинг и генетическую компетентность, регулирование тургора и транспорта сахара, вирулентности и патогенности и т.д. (West and Stock, 2001; Mitrophanov and Groisman, 2008).

1.1 Структурная организация систем сигнальной трансдукции

Основополагающей двухкомпонентных систем является система, состоящая из гистидинкиназы (НК) и белка регулятора ответа (RR) (рисунок 1).

р

I

D

Сенсорный Дкмфтцаошшй АТР-смшмюпи* Регулярный Эффоторный домен домеж допев домен домен

Рисунок 1 - Двухкомпонентая система фосфопередачи. Сенсорная киназа автофосфосфорилируется под действием стимула и переносит фосфат на регулятор ответа (Hadzhieva, 2007).

Внеклеточные стимулы воспринимаются и служат для модуляции деятельности НК. Гистидинкиназы катализируют АТФ-зависимое фосфорилирование по консервативному остатку гистидина через механизм транс-аутофосфорилирования, при котором один мономер НК фосфорилирует второй мономер внутри димера НК. Фосфатная группа от НК переносится к остатку Asp

СТИМУЛ \

в родственном RR. Фосфорилирование остатка Asp в ответном регуляторе приводит к появлению высокоэнергетического ацилфосфата, который, приводит к конформационным изменениям в белке. Перенос фосфата на RR активирует его, вызывая специфическую реакцию (Stock et al., 2000). В некоторых случаях, в регуляторах ответа стабилизируется фосфорилированный аспарагиновый остаток, значительно увеличивая период полураспада (Mitrofanov and Groisman, 2008). Наконец, фосфорильная группа передается от остатка аспарагина в реакции гидролиза. Все три реакции требуют ионов двухвалентных металлов, предположительно Mg2+ (Stock et al., 2000).

Более сложной двухкомпонентной системой является система фосфопередачи (West and Stock, 2001) (рисунок 2). Она включает множественные His-содержащие и Asp-содержащие домены и четырехэтапную фосфопередачу в цепи His-Asp-His-Asp.

СТИМУЛ \

I

р —'"" /

АРР

Рисунок 2 - Мультикомпонентная система фосфопередачи. Сигнальная трансдукция достигается при помощи взаимодействия нескольких белков, где имеет место более чем одна Шв-Авр фосфопередача (Hadzhieva, 2007).

Первая разветвленная система передачи сигнала обнаружена у В. ¡тЬИШ, которая контролировала события, приводящие к споруляции (ВигЬЫуз е1 а1., 1991). Существует ряд белков у про- и эукариот, которые не относятся к

О •••

суперсемейству гистидинпротеинкиназ, но, тем не менее, фосфорилируются по гистидину (West and Stock, 2001).

Структура гистидинкиназ

Гистидинкиназы можно разделить на два класса: традиционные и гибридные киназы. Гистидинкиназы выполняют функцию периплазматических мембранных рецепторов. Белок EnvZ Е. coli является гистидинкиназой и содержит два трансмембранных региона (Yoshida et al., 2007), в то время как другие гистидинкиназы имеют несколько трансмембранных сегментов (Mitrofanov and Groisman, 2008). Некоторые двухкомпонентные системы используют растворимые цитоплазматические гистидинкиназы, регулируемые внутриклеточными стимулами или белок-белковыми взаимодействиями с другими цитозольными компонентами.

Примером может служить киназа хемотаксиса CheA (Zhang et al., 2005) и киназа-регулятор азота NtrB (Weiss et al., 2002). Более сложные гибридные киназы можно встретить в некоторых прокариотических, а большинство в эукариотических системах. Эти белки содержат несколько фосфодонорных и фосфоакцепторных сайтов. Вместо одной передачи фосфата, гибридные киназы используют многоступенчатые схемы передачи фосфорного сигнала (Hoch, 2000; West and Stock, 2001; Wolanin et al., 2002). В системах фосфопередачи, промежуточный белок гистидин-фосфопередачи (HPt) участвует либо в виде растворимого белка или в виде присоединенного карбокси-концевого домена гибридной НК. Типичные бактериальные представители - ArcB (Ishige et al., 1994) и CheA белки (Mourey et al., 2001). Гистидинкиназы обычно содержат две функционально и структурно различимые части: вариабельный N- концевой сенсорный домен и консервативный С-концевой, киназный домен. Характерной чертой семейства является ядро НК. Оно состоит из домена димеризации и АТФ-связывающего, или каталитического домена (рисунок 1). Ядро киназы составляет около 350 аминокислот и отвечает за связывание АТФ и направление трансфосфорилирования. Существует пять консервативных аминокислотных

мотивов, присутствующих в прокариотических и эукариотических гистидинкиназах: H, N, Gl, F и G2 (Bell et al., 2010). У большинства гистидинкиназ, Н-бокс является частью домена димеризации. N, Gl, G2 и F-боксы обычно тесно расположены, но расстояние между ними может быть различным. Домен димеризации состоит из двух антипараллельных спиралей, которые образуют четырехспиральный узел при димеризации (Bell et al., 2010). Гистидинсодержащие Н-домены выполняют функцию посредников в передаче сигнала, принимая фосфатные группы от доноров и передавая их в последующие домены белков регуляторов. Таким образом, остаток, окружающий консервативный остаток His, участвует в фосфопередаче, а также в белок-белковом узнавании. По различию в аминокислотных последовательностях в киназных доменах, гистидинкиназы подразделяются на 11 подсемейств (Bell et al., 2010; Zhang and Hendrickson, 2010).

Экологические стимулы детектируются прямо или косвенно по N-концевому сенсорному домену гистидинкиназ. Сенсорные домены имеют сходства в первичной последовательности для осуществления лиганд/стимул взаимодействий. Во многих случаях, конкретные стимулы и сенсорный механизм остаются неопределенными. Цитоплазматические сенсорные модули, такие как PAS и GAF домены, идентифицированы в различных гистидинкиназах. PAS домены в составе сенсорных белков, являются эволюционно-связанным семейством универсальных модулей сигнализации, функции которых зависят от ассоциированного с ними кофактора (Pandini and Bonati, 2005). У бактерий и архей эти домены находятся практически во всех гистидинкиназах, в то время как у эукариот они участвуют в разнообразном наборе регуляторных функций. У некоторых гистидинкиназ сенсорный домен отсутствует.

Структура ответных регуляторов

Большинство ответных регуляторов имеют двухдоменную структуру с консервативным N - концевым сенсорным доменом, связанным с С-концевым эффекторным доменом. Фосфорилирование консервативного Asp остатка в

сенсорном домене, создает активный ответный регулятор, способный индуцировать внутриклеточный ответ. Члены семейства ответных регуляторов имеют разнообразный набор откликов, производимых их эффекторными доменами. Большинство ответных регуляторов являются факторами транскрипции, которые содержат в структуре «спираль-поворот-спираль» (от англ. helix-turn-helix) ДНК-связывающие эффекторные домены. Биоинформационный анализ более чем 4500 регуляторов ответа позволил их разделить на две большие группы: ДНК-связывающие белки и белки с ферментативной активностью (Galperin, 2006; Gao et al.,2007). Многие белки-регуляторы, такие как регулятор хемотаксиса CheY, имеют только акцепторный домен. Конформационные изменения в этом домене позволяют белку взаимодействовать с другими целевыми белками (Jenal et al., 2009).

Более 60% всех ответных регуляторов содержат ДНК-связывающие домены, которые могут быть разделены на три основных подсемейства на основе гомологии ДНК - связывающих доменов: OmpR (PhoB), NarL (FixJ) и NtrC (рисунок 3).

акцептор

акцептор

акцептор

OmpR-подобная группа NarL-подобнэя группа

NtrC-подобная группа

Рисунок 3 - Доменная архитектура белков-регуляторов ответа. Три группы эффекторных доменов, связанных с акцепторами, участвуют в регуляции транскрипции, посредством связывания с ДНК. На рисунке представлены ДНК-связывающие мотивы: 1 - wHTH {англ. «winged helix-turn-helix» -крылообразные спираль-поворот-спираль), 2 - НТН (англ. «helix-turn-helix» -спираль-поворот-спираль), 3 - ААА+ {англ. «ATPases Associated with diverse cellular Activities» -белки, ассоциированные с АТФазой), FIS - ДНК-связывающий белок Е. coli.

Существуют различные' механизмы, по которым фосфорилирование индуцирует изменения в эффекторной ДНК-связывающей активности (Gao et al., 2007). Предполагают, что ответный регулятор существует в равновесии между двумя доминирующими конформациями, соответствующими неактивному и активному состоянию. Фосфорилирование сдвигает равновесие в сторону активного конформера. Активация изменяет молекулярную поверхность регуляторного домена и определяет ДНК-белковые или белок-белковые взаимодействия, которые опосредуют клеточный ответ. Структурные исследования мутантных белков ответных регуляторов показали конформационные изменения, связанные с активацией регуляторных доменов (Mitrofanov and Groisman, 2008) . Возникает вопрос, как такие структурные изменения могут регулировать ответный сигнал ответных регуляторов. Учитывая количество и разнообразие ответных регуляторов, по-видимому, существует много стратегий контроля, даже для белков с общими функциями, которые функционируют как факторы транскрипции. В некоторых случаях, фосфорилирование способствует димеризации, которое необходимо для связывания ДНК, в то время как в других случаях, фосфорилирование усиливает ДНК-связывающую активность при отсутствии димеризации. Тем не менее, другие ответные регуляторы связывают ДНК в отсутствие фосфорилирования, но требуют фосфорилирования для продуктивного взаимодействия с транскрипционным механизмом (Robinson et al., 2000). Таким образом, регуляция различными ответными регуляторами предполагает разнообразие молекулярных механизмов, лежащих в основе адаптации бактерий.

У белков NarL Е. coli и SpoOA В. subtilis фосфорилирование акцепторного домена снимает его ингибирование и позволяет связываться с ДНК (Zhang et al., 2003; Banse et al., 2011). В случае с регуляторным белком FixJ, фосфорилирование акцепторного домена приводит к димеризации белка с последующим связыванием его с целевым промотором (Da Re et al., 1999). В случае с белками PhoB и NtrC, фосфорилирование акцепторного домена ведет к активации неактивного белкового димера (мультимера) (Siam and Marczynski, 2003;

Bachhawat et al., 2005). Регуляторы ответа могут активировать или подавлять транскрипцию. Обычно это зависит от архитектуры промоторной области гена и локализации ДНК-связывающих сайтов относительно стартовой точки транскрипции.

Как правило, в многодоменных ответных регуляторах, сенсорные домены не связаны с эффекторными доменами. Некоторые ответные регуляторы существуют как отдельные белки на концах путей фосфопередачи, где они опосредуют межмолекулярное регулирование ответных реакций, тогда как другие используются в системах фосфопередачи в качестве промежуточных соединений или как домены гибридных гистидинкиназ (Zhang and Hendrickson, 2010). В. subtilis имеет пять регуляторов ответа (SpoOF , CheY , Ynel , CheV и CheB) не обладающих С-концевым ДНК-связывающим доменом (Kobayashi et al., 2003). Они принимают участие в белок-белковых взаимодействиях и не регулируют экспрессию генов посредством ДНК-связывания.

В большинстве двухкомпонентных систем, существует «тет-а-тет» связь между гистидинкиназой и ответным регулятором. В дополнение к передаче фосфора, некоторые гистидинкиназы также выступают в роли фосфатазы. Такими противоположными действиями гистидинкиназы регулируют уровень фосфорилирования ответного регулятора, контролируя поток информации через сигнальный путь.

2. Сигнальная трансдукция в Bacillus subtilis

Почвенные бактерии В. subtilis способны реагировать на резкие изменения окружающей среды, такие как температура, влажность, высокая концентрация веществ, смена источников питательных веществ и др.

В начале стационарной фазы роста, характеризуемой недостатком питательных веществ, В. subtilis может активировать разные клеточные ответы, включая синтез ферментов деградации, достижение состояния компетентности, подвижность и хемотаксис, синтез антибиотиков и споруляция. Каждый из этих ответов регулируется, по крайней мере, одной двухкомпонентной регуляторной

системой. Бактерия В. subtilis включает 37 белков-сенсоров (гистидинкиназ) и 35 белков-регуляторов ответа, среди них 30 регуляторных пар содержатся в геноме в виде оперонов (Heermann et al., 2009). Среди этих систем только DegS-DegU пара обладала увеличенным уровнем экспрессии при повышении концентраии соли в окружающей среде (Steil et al., 2003). Такая система контролирует различные процессы перехода от экспоненциальной фазы роста к стационарной, включающие индукцию синтеза внеклеточных ферментов деградации, экспрессию поздних генов компетентности и «down-регуляцию» генов ctD регулона, работа которых направлена на подвижность клетки, хемотаксис и синтез автолизинов.

Таблица 1 - Двухкомпонентные системы В. subtilis (Ленглер с соавт., 2009)

Система или ответная реакция Стимул Сенсор/Ответиый регулятор Регулируемые гены и системы

Катаболитная репрессия; исключение индуктора Уровень источника углерода СсрА, CodY, AbrB Большинство катаболитных оперонов периферического метаболизма и системы транспорта углеводов; белки хемотаксиса

Азотный метаболизм Уровень источника азота TnrA, CodY, GlnK Большинство оперонов, участвующих в ассимиляции и фиксации азота; белки хемотаксиса

Спорообразование Голодание по источнику энергии KinA/Spo0A(B,F) (система фосфопередачи при споруляции) Многие гены, ответственные за формирование эндоспор

Компетентность Голодание по источнику энергии ComP/ComA (NarL-семейство) Гены, ответственные за поглощение ДНК

Синтез экзоферментов Голодание DegS/DegU (NarL-семейство) Многие гены экзоферментов, участвующих в разложении полимеров

Фосфорный метаболизм Уровень источника фосфора PhoP/PhoR (OrnpR-семейство) Несколько оперонов ассимиляции фосфата (неорганического и органического)

Нитратное дыхание О-В сигналы ResE/ResD (OrnpR-семейство) Экспрессия генов, вовлечённых в нитратное дыхание

Поглощение цитрата Уровень цитрата в окружающей среде CitS/CitT (DctR-семейство) Гены систем транспорта цитрата

ComP-ComA

Система ComP-ComA регулирует экспрессию генов состояния компетентности клетки (Msadek, 1999). Чтобы стать компетентными, клеткам В. subtilis необходима достаточная концентрация пептида СошХ. Секретируемый феромон СошХ взаимодействует с внеклеточным доменом гистидинкиназы СогпР, что приводит к автофосфорилированию ComP (Piazza et al., 1999). Регулятор ответа СошА принимает сигнал от белка ComP и активирует работу генов состояния компетентности. Гены сотРА на хромосоме находятся в непосредственной близости с генами comQX. Среди некоторых видов Bacillus, аминокислотные последовательности белков ComQ, СошХ и N-концевого внеклеточного домена белка ComP показывают видоспецифичное различие, характеризующее различную активацию СошА регулона (Tran et al., 2000; Tortosa

et al., 2001). Другой внеклеточный фактор был идентифицирован как CSF, который способен оказывать влияние на фосфорилирование СотА через ингибирование аспартил-фосфат фосфатазы RapC, субстратом которой может быть фосфорилированная форма белка ComA (Lazazzera and Grossmann, 1998). Транскрипция гена гарС активируется фосфорилированной формой СотА белка (Lazazzera et al., 1999). С другой стороны CSF активно накапливается в клетке в стационарной фазе роста культуры, что приводит к ингибированию активности киназы ComP (Lazazzera and Grossmann, 1998). Фосфорилированная форма белка СотА активирует srfA оперон, кодирующий ферменты, вовлеченные в синтез поверхностно-активного антибиотика сурфактина (Msadek, 1999). Гены srfAB кодируют другой небольшой белок ComS, также необходимый для достижения состояния компетентности клеток.

Анализ с применением микрочипов помог выявить различные мишени белка-регулятора СотА. К ним относятся гены синтеза антибиотиков (сурфактин), специфические фосфатазы RapA и RapF, а также ряд генов с неизвестными функциями. По-видимому, система ComP-ComA вовлечена также в регуляцию других генов, отличных от системы состояния компетентности (Nakano et al., 2000).

PhoR-PhoP

Гены /?/го-регулона, включающие ген щелочной фосфатазы PhoA и pst-тены фосфат-специфичного транспорта, ре1улируются двухкомпонентной ситемой, состоящей из белка-сенсора PhoR и белка активатора транскрипции PhoP. Эта система активизируется в ответ на фосфатное голодание клетки. Киназа PhoR автофосфорилируется и переносит фосфатную группу на белок PhoB. PhoB~P в свою очередь активирует экспрессшо более чем 30 генов Pho-регулона (Sola Landa et al., 2003).

Протеомный анализ клеток бактерий, лимитированных по фосфору, показал что существуют гены, экспрессия которых индуцируется низким уровнем фосфора в клетке, и не зависит от системы PhoR/PhoP. Для определения степени

чувствительности белка PhoR к низкому уровню фосфора в клетке, был проведен делеционный анализ его N-концевого участка (Shi et al., 1998). Делеции трансмембранных и внутриклеточных линкерных регионов белка, а также периплазматической петли, не нарушили индуцибельного синтеза щелочной фосфатазы, свидетельствуя о том, что киназный домен PhoR белка достаточен для восприятия изменений в концентрации фосфора.

ResE-ResD

Бактерии Bacillus subtilis могут расти как в аэробных условиях, так и в анаэробных условиях в присутствии нитрата как конечного акцептора электронов в дыхательной цепи.

f5 '

Гистидинкиназа ResE и регулятор ответа ResD образуют двухкомпонентную систему, регулирующую процессы дыхания (Geng et al., 2007а). Киназа ResE улавливает внеклеточный сигнал, автофосфорилируеся и переносит фосфатную группу на регулятор ResD. Фосфорилированный ResD (ResD~P) активирует транскрипцию генов, вовлеченных в процессы дыхания. Такие гены ответственны за перенос электронов на кислород (аэробное дыхание) или нитрат (анаэробное дыхание) (Kommineni et al., 2010). ResD белок может узнавать и выборочно регулировать одни промоторы в аэробных условиях, а другие в анаэробных условиях роста, благодаря уровню собственного фосфорилирования (Härtig and Jahn, 2012).

2.1 Двухкомпонентная система регуляции DegS/DegU

У В. subtilis двухкомпонентная система DegS-DegU вовлечена в сеть регуляторных процессов, обеспечивающих синтез ферментов деградации, развитие состояния компетентности, подвижности и формирования биопленок, синтез у-полиглутаминовой кислоты (Ogura et al., 2010). Фосфорилированная форма белка DegU (DegU~P) способствует активации экспрессии генов синтеза ферментов деградации, в то время как нефосфорилированная форма белка стимулирует транскрипцию гена сотК, кодирующего транскрипционный фактор

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Черёмин, Андрей Михайлович, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Балабан, Н.П. Щелочная внеклеточная протеиназа Bacillus intermedins. Выделение, очистка и некоторые свойства фермента / Н.П. Балабан, М.Р. Шарипова, A.M. Усманова, Е.А. Ицкович, И.Б. Лещинская // Биохимия. - 1993. -Т. 58.-Ж 12.-С. 1923-1928.

2. Балабан, Н.П. Синтез и секреция протеиназ Bacillus intermedins 3-19 на поздних стадиях спорообразования/ Н.П. Балабан, М.Р. Шарипова, Л.А. Габдрахманова, A.M. МардановаД Ю.С. Токмакова, Е.А. Соколова, Г.Н.

Руденская, И.Б. Лещинскм//:]У^^биология. - 2003. - Т. 72. - №. 3. - С. 338-342.

3. Балабан, Н.П. ; Свойства ■ глутамилэндопептидазы Bacillus pumilus на разных фазах роста рекомбинантного штамма / Н.П. Балабан, Ю.В. Данилова, Т.Р. Шамсутдинов, A.M. Марданова, A.M. Нерёмин, Г.Н. Руденская, М.Р. Шарипова // Биоорганическая химия. ^2013.-Т. 39. - №1. - С. 46-54.

4. Данилова, ЬО.В. Тромболитическая и фибринолитическая активность бактериальных протеаз Данилова, A.M. Черёмин, А.И. Замалеева, A.M. , Марданова, Н.М. Зама^т^1шЬ^!М.^.Шарипова // Клеточная траснсплантология и тканевая инженерия. ^2012: 3.

5. Демидюк, И. ^¡ЩчВ^ёление и характеристика сериновой протеиназы из Thermoactinomyces speaës'MomôcmuppLC* к группе Glu, Asp-специфичных ферментов / И.В. Дем1Щ)К, ;Е^/Нрс^вская, И.А. Цаплина, Г.И. Каравайко, C.B. Костров // Биохимия. - 1997Д'Т.^2Г-;№2. - С. 202-207.

6. Ицкович, Е.Л;6-Биосинтез щелочной внеклеточной протеиназы

« Г ti

В.intermedins 3-19 / Е.Л. Идкович, ;Л.В. Знаменская, Н.П. Балабан, Т. А. Ершова, И. Б. Лещинская // Микробиология.>-1995. - Т. 64. - №. 5. - С. 623-629.

7. Каюмов, А.Р. Биосинтез субтилизиноподобной сериновой протеиназы Bacillus intermedius в условиях солевого стресса / А.Р. Каюмов, Н.П. Балабан, М.Р. Шарипова // Микробиология.-^.2006: ^ Т. .75. - №. 5. - С. 642-648.

• ■ *r '„

8. Ленглер, И. СовременнаЯлмикробиология. Прокариоты: В 2 тт (пер. с

f>'"J! 'S?'

англ.) / Г. Шлегель, Г. '^евс.;;г;Москва: Мир, 2009. - 1192с. - Перевод изд.:

Biology of the Prokaiyotesz/ Hans-G/.S^ Joseph W. Lengeier, Gerhart Drews. -Stuttgart: Blackwell Science, 1999.

9. Люблинская, Л.А. Р-нитроанилиды пироглутамилпептидов -хромогенных субстратов сериновых протеаз / Л. А. Люблинская, Т.Л. Воюшина, В.М. Степанов // Биоорганическая химия. - 1987. - Т. 13. - №. б. -С. 748-753.

10. Маликова, Л.А. Особенности биосинтеза внеклеточных субтилизиноподобных протеиназ, секретируемых Bacillus pumilus КММ 62 / Л.А. Маликова, A.M. Марданова, О.В. Соколова, Н.П. Балабан, М.Р. Шарипова // Ученые записки Казанского университета. Серия: Естественные науки. 2006. - Т. 148. -№. 2. - С. 90-101. -

11. Мильготина, И.чТлутамилэндопептидазы. Структура, функции, практическое использование / Мильготина Е.И., Воюшина Т.Л., Честухина Г.Г // Биоорганическая химия. -2003?-Т;29. 6. - С. 563-576.

12. Михайлова, Е.О. Выделение и характеристика субтилизиноподобной протеиназы Bacillus ШещеШи80се^етруемой рекомбинантным штаммом Bacillus subtilis AJ 73 на-;]эазшкХ|>азах роста бацилл / Е.О. Михайлова, A.M. Марданова, Н.П. Балабан, Г.Н. Руденская, М.Р. Шарипова // - Биохимия. -2007. -Т. 72. -№.2. -С. 228-236. '. '-Ж:;. Щ,

" .' ' «'I- .''»i '• - *

13. Михайлова, .;-Е.От^Бирх^ические свойства субтилизиноподобной протеиназы Bacillus intermedius,, / секретируемой рекомбинантным штаммом Bacillus subtilis в стационарной'фазе роста / Е.О. Михайлова, A.M. Марданова, Н.П. Балабан, Г.Н. Руденск^|^,Н. Ильинская, М.Р. Шарипова // Биохимия. -2009. -Т. 74. -№.3. -С. 380-388.3ШЙЭЙЙ',

14. Мосолова, ОДВ^рШ^^р^специфичная протеиназа актиномицетов / О.В. Мосолова, Г.Н. Ру^енска^В.М. ■ Степанов, О.М. Ходова, И.А. Цаплина // Биохимия. - 1987. - Т.52. - №зГ-С:Ш-422.

* >.;.•;■■•» ••.■•■• ' «с* -л »

" • ... -: .'s.•" •♦ , .

15. Руденская, Г. Н. Глутамилэндопептидазы микроорганизмов - новое подсемейство химотрипсиновых; протеиназ / Г.Н. Руденская // Биоорг. химия. -1998. - Т.24. - № 4. - С. 256-261. /'„

16. Тойменцева, А.А.- расшифровка механизмов регуляции генов

«- <

сериновых протеиназ бацилл : автореф. Дис. ... канд.биол. наук : 03.02.03 / Тойменцева Анна Александровна. - К., 2012. - 24 с.

17. Частухина, И.Б. Регуляция биосинтеза внеклеточной глутамилэндопептидазы Bacillus intermedius в рекомбинантном штамме Bacillus subtilis на стадии спорообразования / И. Б. Частухина, М. Р. Шарипова, JI. А. Габдрахманова, Н. П. Балабан, Д. Р. Сафина, С. В. Костров, Г. Н. Руденская, И. Б. Лещинская // Микробиология. - 2004. - Т. 73. - №. 3. - С. 335-342.

18. Частухина, И. Б. Особенности биосинтеза глутамилэндопептидазы

Bacillus intermedius рекомбинантными клетками Bacillus subtilis в стационарной

фазе роста / И.Б. Частухина,-M.Pt. Шарипова, Л.А. Габдрахманова, Н.П. Балабан,

С.В. Костров, Г.Н. Руденская, И.Б. Лещинская // Микробиология. - 2005. - Т.74. -

№. 1.-С. 39-47. V::-.'

0<t ' ' 1 (

19. Шарипова, М.Р., Гидролитические ферменты и спорообразование у

' ' ' « 1 s £

Bacillus intermedius I М.Р. Шарипова, Н.П. Балабан, Л.А. Габдрахманова, М.А. Шилова, Ю.М. Кадырова, Г.Н. Руденская, И.Б. Лещинская // Микробиология. -

1 V'

2002. - Т. 71. - №. 4. - С. 494-499. ; ,

20. Abe, S. Regulation of Bacillus subtilis aprE expression by gin A through

»* t - » $ * J v

inhibition of scoC and sigma(D)7dependent degR expression / S. Abe, A. Yasumura, T. Tanaka // J. Bacterid. - 2009. - V. i^i.-No. 9. - P. 3050-3058.

21. Antelmann, H. A. A' proteomic view on genome-based signal peptide

i J 5 p « v i" '

predictions / H.A. Antelmann, HrXjalsma, B. Voigt, S. Ohlmeier, S. Bron, J.M.van Dijl, M. Hecker//Genome Res.-2001.-V. 11.-P. 1484-1502.

x j , V л*

22. Antelmann, H. The extracellular proteome of Bacillus subtilis under

» »r '

secretion stress conditions / H.A."Antelmann, E. Darmon, D. Noone, J.W. Veening, H. Westers, S. Bron, O.P. Kuipers, ЖМ. .Devine, M. Hecker, J.M. van Dijl // Mol. Microbiol. - 2003. - V. 49. - No. 1. - P. 143-156.

23. Bachbawat, P. Mechanism of activation for transcription factor PhoB

n и, )

* ( » * 4\ •

* t V

suggested by different modes"'of. dimerization in the inactive and active states / P.

Bachbawat, G. V. Swapnaf G."T:;Monteljone, A. M. Stock// Structure. -2005. -V. 13.-

p. 1353-1363. ¿v::-''

24. Banse, A.V. Phosphorylation of SpoOA by the histidine kinase KinD requires the lipoprotein med in Bacillus subtilis / A.V. Banse, E.C. Hobbs, R. Losick // J Bacteriol. -2011. - V. 193.-No. 15.-P. 3949-3955.

25. Barrett, A.J. Proteolytic enzymes: serine and cystein peptidases / A.J. Barrett // Methods Enzymol. - 1994. - V. 244. - P. 1-15.

26. Bell, C.H., Using structural information to change the phosphotransfer specificity of a two-component chemotaxis signaling complex /C.H. Bell, S. L. Porter, A. Strawson, D.I. Stuart, J.p^^nStap^PLoS Biol, - 2010. - V. 8, el000306.

27. Ben-Yehuda, S. RacA/a bacterial protein that anchors chromosomes to the cell poles / S. Ben-Yehuda, D. Z. Rudner, R. Losick // Science. - 2003. - V. 299. - P.

532-536.

28. Borgmeier, C. ¿.Tra^scn|jtpme. profiling of degU expression reveals unexpected regulatory patterns:-^'j^ac^llus[megaterium and discloses new targets for optimizing expression /.•C;;,BOT^eier^-|L;Biedendieck, K. Hoffmann, D. Jahn, F. Meinhardt // Appl. Microbiol.;BioIchinoi;^ 2011. - V. 92. - No. 3. - P. 583-596.

- ■ ti' ! fii ViMv Wi-v'

29. Borgmeier, Crpen|tic'analysis of the Bacillus licheniformis degSU operon and the impact of regulatory^mutotions: 'on protease production / C. Borgmeier, J. Bongaerts, F. Meinhardt// J.^Bi^echSl'^012. - V.159. -P.12-20.

30. Bryan, P. Cat^ysjsipfJ^rotein folding reaction: mechanistic implications of the 2-0 A structure of.complex / P. Bryan, L. Wang, J. Hoskins, S. Ruvinov, S. Straus^^P^Alexander, O. Almog, G. Gilliland, T. Gallagher II Biochemistry. - 1995.^yMSB!f6310-10318.

31. Britton, R. À> Genbmetwiiie' .'analysis of the stationary-phase sigma factor

(sigma-H) regulon of BaciUusisubtiltiIjRrA. Britton, P. Eichenberger, J. E. Gonzalez-

•• -y»«: •

Pastor II J. Bacteriol. - 200B®:8^Pi:4881-4890.

1 ».¡i-u-iy;* hipslt'ii-;» m";-/" №'>'■ ■

32. Callen, B.P. Transcriptional : interference between convergent promoters caused by elongation over the^ro^tér/ K.E. Shearwin,

J.B. Egan // Mol. Cell. - 2004.

- V. 14. - P. 647-656.

. . ...t-.t".,1...'..-.^^

33. Capra, EJ. Evolution of two-component signal transduction systems / E.J. Capra, M.T. Laub // Annu Rev Microbiol. - 2012. - V. 66. - P. 325-347.

34. Castilla-Llórente, V. SpoOA, the key transcriptional regulator for entrance into sporulation, is an inhibitor of DNA replication / V. Castilla-Llórente, D. Muñoz-Espín, L. Villar // EMBO J. - 2006. - V. 25. - P. 3890-3899.

35. Chen, G. SpoOA-dependent activation of an extended -10 region promoter in Bacillus subtilis / G. Chen, A. Kumar, T. H. Wyman, C. P. Moran // J. Bacteriol. -2006. - V. 188. - No. 4. - P. 1411-1418.

36. Chu, F. A novel regulatory protein governing biofilm formation in Bacillus

* i ' « * )

subtilis / F. Chu, D. B. Kearns, A. McLoon // Mol. Microbiol. - 2008. - Vol. 68. - P. 1117-1127.

37. Cooper, G.M. The Cell. A molecular approach. 2nd edition / G.M. Cooper // Sunderland (MA): Sinauer Associates, 2000.

38. Da Re, S. Phosphorylation-induced dimerization of the FixJ receiver domain / S. Da Re, J. Schumacher, P. Rousseau, J. Fourment, C. Ebel, D. Kahn // Mol.

.Vi" "f i. -i1 ' "■-'<■ . •

Microbiol. - 1999. - V. 34. - P. 504:511. ...

- •;)!;•:•. • i; \

39. Dahl, M.K. Mutational analysis of the Bacillus subtilis DegU regulator and

r *

i _

its phosphorylation by the DegS protein kinase / M.K. Dahl, T. Msadek, F. Kunst,

" * í 7

G.Rapoport// J. Bacteriol.-199i:,-V. 173.-P. 2539-2547.

40. Dahl, M.K. The phosphorylation state of the DegU response regulator acts

as a molecular switch allowing either degradative enzyme synthesis or expression of

■ j '' -i*

genetic competence in Bacillus subtilis'/ M.K. Dahl, T. Msadek, F. Kunst, G. Rapoport, //J. Biol. Chem. - 1992.-Vi267:tP, 14509-14514.

41. Dalev, P.G. Utilization, of'waste feathers from poultry slaughter for

t'WiWjiii'ii'ili-^ .ii-i '

production of a protein concentrate,¿P.G. Dalev // Bioresour. Technol. - 1994. - V. 48.

» JO'U*1^ j ~J I

-P. 265-267. . •

42. Davidson, F.A. ^Selective. heterogeneity in exoprotease production by Bacillus subtilis / F.A. Davidson,!cl 'SeonrYi, N.R. Stanley-Wall // PLoS One. -2012. -

V.7. -No.6. '../;■

43. De Souza, G.A. ; Bacterial - proteins with cleaved or uncleaved signal peptides of the general secretory pathway / G.A. De Souza, N.A. Leversen, H. Mâlen, H.G.Wiker // J. Proteomics. - 2011. - V.75. - No.2. - P.502-510.

44. Demidyuk, I.V. Modification of substrate binding site of glutamyl endopeptidas from Bacillus intermedius / I.V. Demidyuk, D.V. Romanova, E.A. Nosovskaya, G.G. Chestukhina, I.P. Kuranova, S.V. Kostrov // Protein Engineering, Design and Selection. - 2004. - V. 1?. - No. 5. - P. 411 - 416.

45. Dodd, I.B. Action at a distance in CI repressor regulation of the bacteriophage 186 genetic svvitch^I.B, Dodd, J.B. Egan // Mol. Microbiol. - 2002. - V. 45. - P. 697-710.

46. Drapeau, G. • R.? Cleavage vat glutamic acid with staphylococcal protease / G.R. Drapeau II Methods enzymol;"-T977X V.47. - P. 189-191.

47. Errington, J. Regulation of endospore formation in Bacillus subtilis / J. Errington II Nature Revie^s.j^croWology; - 2003. - V. 1. - P. 117-126.

48. Fujita, M. Itéèdbaçk^ lciops involving SpoOA and AbrB in in vitro transcription of the genes involved ;inthe. initiation of sporulation in Bacillus subtilis / M. Fujita, Y. Sadaie II J. Biqchempl998^- V. 124. - P. 98-104.

49. Fujita, M. The'rmasterv.iregulator for entry into sporulation m Bacillus subtilis becomes a cell-specific' transcription factor after asymmetric division / M. Fujita, R. Losick II Genes DevS2003; - V. 17. - P. 1166-1174.

50. Fujita, M. Evidence|that 5entry into sporulation in Bacillus subtilis is governed by a gradual inçreMg^the^yel and activity of the master regulator SpoOA / M. Fujita, R. Losick II Genes Dev.^Î005ÎA V. 19. - P. 2236-2244.

51. Galperin, M^fStrac^lJclassification of bacterial response regulators: diversity of output domains and domairifcombinations/ M.Y. Galperin // J. Bacteriol. -2006. - V. 188. - P. 4169-4Ï82;KSSSS

52. Gao, R. BactOTalÎrpponse;regulators: versatile regulatory strategies from common domains / R. Gai^T; ^Màcl^ÀM. Stock II Trends Biochem. Sci. - 2007. -V. 32. - P. 225-234. ..

53. Geng,. H.^:Regulatio^ genes by ResD-ResE signal transduction system in Bacillus subtilis ( H. Geng, P. Zuber, M. M. Nakano // Methods in Enzymology. - 2007a. - V. 422. - P. 448-464.

54. Georgieva, D. Catalytic efficiencies of alkaline proteinases from microorganisms / D. Georgieva, N. Genov, W. Voelter, C. Betzel // Z. Naturforsch [C]. - 2006. - V. 61. - No. 5-6. - P. 445-452.

55. Gonzalez-Pastor, J. • E. Cannibalism by sporulating bacteria / J. E. Gonzalez-Pastor, E. C. Hobbs, R. Losick! // Science. - 2003. - V. 301. - P. 510-513.

56. Gupta, R. Bacterial alkaline proteases: molecular approaches and industrial applications / R. Gupta, ^Q.Kf^Beg,"iP. Lorenz // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2002.- V. 59.^ P. 15-32..

57. Hadzhieva, T. Transcriptional activation and sensing properties of DegS-DegU: a two-component system involved in the osmotic regulation of Bacillus subtilis : Dissertation zur Erlang^g'd^/.l^^qr^des der Naturwissenschaften (Dr. rer. nat.): / Teodora Hadzhieva. - Marbur^ahn, - 2009. - 146 p.

58. Hamoen, L.W./i.Impjoying^.the predictive value of the competence transcription factor (ComK) binding; site in Bacillus subtilis using a genomic approach / L.W. Hamoen, W.K. Smits,A.deJong,S. Holsappel, O.P. Kuipers // Nucleic Acids Res. - 2002. -V. 30. -P. 5517-5528

59. Hamon, M. A. Identification of AbrB-regulated genes involved in biofilm formation by Bacillus subtttisli^^Pct-.Hamon, N. R. Stanley, R.A. Britton // Mol. Microbiol. -2004. - V. 52 -P. 847^860

60. Hartig, E. Regulation of. the anaerobic metabolism in Bacillus subtilis / E. Hartig, D. Jahn//Adv. Microt Swsiol;^2012.-V. 61.-P. 195-216.

61. Hua, J. E%|en Jmsrasitiyi^r;conferred by Arabidopsis ERS gene / J. Hua, C. Chang, Q. Sun, E.M.:M^i^p^ience. - 1995. -V. 269. - P. 1712-1714.

62. Heermann, R.Stimujus'^erceiition and signaling in histidine kinases / R. Heermann, K. Jung II Bacterial Signaling.:-- 2009. - Chap. 8. - P. 135-161.

63. Henner, D.J. Localization of Bacillus subtilis sacU{Hy) mutations to two linked genes with similarities-to:-the conserved procaryotic family of two-component

OA*I C/- JQ2

signalling systems / DJ. Henner, M. Yang, E. Ferrari // J. Bacteriol. - 1988. - V. 170. -No. 11.-P. 5102-5109.

64. Hoch, J.A. Two-component and phosphorelay signal transduction / J.A. Hoch, // Curr Opin Microbiol. - 2000. - V. 3. - P. 165-170.

65. Ireton, K. spoOJ is required for normal chromosome segregation as well as the initiation of sporulation in Bacillus subtilis / K. Ireton, N. W. Gunther, A. D. Grossman // J. Bacteriol. -1994. - V. 176. - P. 5320-5329.

66. Ireton, K. Krebs cycle function is required for activation of the SpoOA transcription factor in Bacillus subtilis / K. Ireton, S. F. Jin, A. L. Sonenshein, A. D. Grossman // Proc. Natl. Acad. Sci, USA. - 1995. - V. 92. - P. 2845-2849.

67. Ishige, K. A novel device of bacterial signal transducers / K.S. Ishige, Nagasawa, S. Tokishita, T.Mizuno //tEMBO J. - 1994. - V. 13. - P. 5195-5202.

! ili (Ull >« V<

68. Jenal, U. Single domain response regulators: mole cular switches with emerging roles in cell organization and dynamics / U. Jenal, M. Y. Galperin // Curr.

* r '

Opin. Microbiol. -2009.-v., 12.-P. 152^160.

69. Jiajian, L. Computational identification of the SpoOA-phosphate regulon that is essential for the cellular .differentiation and development in Gram-positive spore-forming bacteria / L. Jiajian, K. Tan, G.'D. Stormo // Nucleic Acids Research. - 2003. -

V. 31, - No. 23. - P. 6891-6903.- ', ,

? .» * \

} ■>

70. Jiang, M. Multiple lustidine kinases regulate entry into stationary phase and sporulation in Bacillus subtilis /, M: Jiang, W. Shao, M. Perego, J. A. Hoch. // Mol. Microbiol. - 2000. - V. 38. - P.-535-542.

V t U,

v , t ^

71. Johnson, B.T. Extracellular proteolytic activities expressed by Bacillus

-» ' i

pumilus isolated from endodontic-and periodontal lesions / B.T. Johnson, L.N. Shaw, D.C. Nelson, J.A. Mayo // J. Med.-Microbiol. - 2008. -V. 57. - Pt. 5. - P. 643-651.

v ^ - f

72. Kearns, D. B. A master regulator for biofilm formation by Bacillus subtilis / D. B. Kearns, F. Chu, S. S. Branda // Mol. Microbiol. - 2005. - V. 55. - P. 739-749.

t*',v M' "if

73. Kitadokoro, K..purification, characterization and molecular cloning of an

^ J Mr*. J " K - !«

acidic amino-acid specific proteinase of Streptomyces fradiae atcc 14544 / K. Kitadokoro, E. Nakamura; M., Tamaki,„T. Horii, H. Okamoto, M. Shin, T. Sato, T.

' > ' >«(*- 'is- >iVHii< :!' !

Fujiwara, H. Tsuzuki, N. Yoshida, H. Teraoka // Biochim. Biophys. Acta. -1993. - V. 1163.-P. 149-157. '

74. Knaus, R. PL of coliphage lambda an alternative solution for an efficient promoter/R. Knaus, H. Bujard//EMBO J.- 1988. -V. 7. -P. 2919-2923.

75. Kobayashi, K. Essential Bacillus subtilis genes / K. Kobayashi, S.D. Ehrlich, A. Albertini, G. Amati, K.K. Andersen, M. Arnaud, K. Asai, S. Ashikaga, S. Aymerich, P. Bessieres, F. Boland, S.C Brignell., S. Bron, K. Bunai, J. Chapuis, L.C. Christiansen, A. Danchin, M. Debarbouille, E. Dervyn, E. Deuerling, K. Devine, S.K. Devine, O. Dreesen, J. Errington, S. Fillinger, S.J. Foster, Y. Fujita, A. Galizzi, R. Gardan, C. Eschevins, T.. Fulaishima,;K..Haga, C.R. Harwood, M. Hecker, D. Hosoya, M.F. Hullo, H. Kakeshita, D. Karamatav Y. Kasahara, F. Kawamura, K. Koga, P. Koski, R. Kuwana, D. Imamura, M. Ishim^, S. Ishikawa, I. Ishio, D. Le Coq, A. Masson, C. Mauel, R. Meima, R.P. Melladp^-A^Mpir, S. Moriya, E. Nagakawa, H. Nanamiya, S. Nakai, P. Nygaard, M. Og^, T; Ohanan, M. O'Reilly, M. O'Rourke, Z. Pragai, H.M. Pooley, G. Rapoport, Rivas, C. Rivolta, A. Sadaie, Y. Sadaie, M. Sarvas, T. Sato, H.H. Schumann, J.F. Seegers, J. Sekiguchi, A. Sekowska, S.J. Seror, M. Smpn^^Stragier, R. Studer, H. Takamatsu, T. Tanaka, M. Takeuchi, H.B. Thomaides-Syjfyagn^m van Dijl, K. Watabe A., Wipat, H. Yamamoto, M. Yamamotp,';fY^iYamamptp, K. Yamane, K. Yata, K. Yoshida, H. Yoshikawa, U. Zuber, N. Ogas^S^|rpc.,Natl. Acad. Sei. USA. - 2003. - V. 100. -No. 8. - P. 4678-4683.

76. Kobayashi, K. ;pradual'^ctiyation of the response regulator DegU controls serial expression of genesfor-flai^ and biofilm formation in Bacillus subtilis / K. Kobayashi II MdÄicrobiol?S 2007. - V. 66. - No. 2. - P. 395-409.

77. Kommineni, • Si'^NifecToxidersensitive and -insensitive interaction of Bacillus subtilis NsrR with;a Re0E?controiled promoter / S. Kommineni, E. Yuki, T. Hayashi, J. Delepine, H. Gen0P|MQenne-Loccoz, M.M. Nakano // Mol. Microbiol. -2010.-V. 78.- No. l.-P. 1280-1293.

78. Kristjanson, M.M., Properties of a subtilisin-like proteinase from a psychrotrophic F/Är/o. species: "Comparison, to proteinase K and aqualysin I / M.M.

Kristjanson, O.T. Magnusson, H.M. Gudmundsson, G.A. Alfredsson, H. Matsuzawa // Eur. J. Biochem. - 1999. -V. 260. - P. 752-761.

79. Kumar, C.G. Novel enzyme-based detergents: an Indian perspective / C.G. Kumar, R.K. Malik, M.P. Tiwari // Curr. Sci. - 1998. -V. 75. - P. 1312-1318.

80. Kumar, A. Surfaces of SpoOA and RNA polymerase sigma factor A that interact at the spoIIG promoter in Bacillus subtilis / A. Kumar, C. Buckner Starke, M. DeZalia, C. P. Moran I I J. Bacterid. - 2004. - V. 186. - P. 200-206.

81. Ladds, J. C. The, response regulator SpoOA from Bacillus subtilis is efficiently phosphorylated in Escherichia coli / J. C. Ladds, J.K. Muchova, D. Blaskovic // FEMS Microbiol. Lett.-2003. - V. 223. - P. 153-157.

82. Laemmli, U. K. pleavage of Structural Proteins during the Assembly of the Head of Bacteriophage T4 / U.^: Laemmli // Nature. -1970. -V.227. -P. 680-685.

83. Laub, M.T. The. role of two-component signal transduction systems in bacterial stress responses/ M.T. Laub.// Bacterial Stress responses. - 2011. - 2nd ed., -ch.4. - ASM Press, Washington, pC ; - : ;

84. Lazazzera, B A.;^e ins and outs of peptide signaling / B A. Lazazzera, A. D. Grossman II Trends Microbiol.^il998. - V. 6. - P. 288-294.

85. Lazazzera, B circuit affecting peptide signaling in Bacillus subtilis / B A. Laza22era.t;I.G.;;Kurster, R.S. McQuade, A.D. Grossman // J. Bacteriol. - 1999. - V. 181; £ P.;5193-5200.

86. LeDeaux, J. R. Different roles for KinA, KinB, and KinC in the initiation of sporulation in Bacillus-;^i^^is$-iJ:~R. LeDeaux, N. Yu, A. D. Grossman II J. Bacteriol. - 1995.-V. 177.-P. 861r863i'.

87. Leshchinskaya, I;?K .Glut^yiendopeptidase of Bacillus intermedins, strain

3-19 / I.B. Leshchinsk^^E^^akirov, E.L. Itskovitch, N.P. Balaban, A.M.

Mardanova, M.R. Sharipoy^^^'i|^j|^aspy, G.N. Rudenskaya, V.M. Stepanov II

FEBS Lett. - 1997. - V. 404^^211^:^; "

• -V" ^«f({i £ <

88. Lewis, R. J. Dimeffoimation and transcription activation in the sporulation

1v .i - 1 !

response regulator SpoOA / R. J. Lewis, D. J. Scott, J. A. Brannigan // J. Mol. Biol. -2002.-V. 316.-P. 235-245.,

89. Lisser, S. Compilation of Eicoli mRNA promoter sequences / S. Lisser, H. Margalit //Nucleic Acids Res. - 1993.- V. 21. -No. 7. -P. 1507-1516.

90. Liu, J. Computational identification of the SpoOA-phosphate regulon that is essential for the cellular differentiation and development in Gram-positive spore-forming bacteria / J. Liu, K.Tan, G. D. Stormo // Nucl Acids Res. -2003. -V.31. -P.6891-6903.

91. Livak, K.J. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method / K.J. Livak, T.D. Schmittgen // Methods. - 2001. - V. 25. - No. 4. - P. 402-408.

92. Mader, U. Bacillus subtilis functional genomics: genome-wide analysis of the DegS-DegU regulon by transcriptomics and proteomics / U. Mader, H. Antelmann, T. Buder, M.K. Dahl, M. Hecker, G. Homuth // Mol. Genet. Genomics. - 2002. - V.

I 1 iv ) '

268.-P. 455-467.

93. Marquez, L.M. Studies of sigma D-dependent functions in Bacillus subtilis / L.M. Marquez, J.D. HelmannjE.,Ferrari, H.M. Parker, G.W. Ordai, M.J. Chamberlin // J. Bacteriol. - 1990. -V. 172. -No. 6.-P. 3435-3443.

94. Miller, J. H. Experiments; in molecular genetics /J.H. Miller// Cold Spring Harbor (NY): Cold spring harbor laboratory, 1972.

95. Mitrophanoy, integration in bacterial two-component regulatory systems/ A. Y. Mitrq^h^qy; E. A. Groisman // Genes Dev. - 2008. - V. 22.

- p. 2601-2611. ;::..

96. Molle, V. The; Spo® regulon of Bacillus subtilis / V. Molle, M. Fujita, S. T. Jensen, P. Eichenberger'-jME^Gonzaiez-Pastor, J. S. Liu, R. Losick II Mol. Microbiol. - 2003a. -V. 50S®6^3^701.

97. Mourey, L. Crystai stocMre of the CheA histidine phosphotransfer domain that mediates response re^rator phosphorylation in bacterial chemotaxis / L. Mourey, S. Da Re, J.D. Pedelacq,-Tj^s|p^-Faune, V. Guillet, J.B. Stock, J.P. Samama // J Biol Chem. - 2001. - V. 27©|i31074-31082.

98. Msadek, T. When (\the • going gets tough: survival strategies and environmental signaling networks in Bacillus subtilis / T. Msadek // Trends Microbiol. - 1999. - V. 7. - No. 5. - P. 201-207.

99. Muchova, K. Dimer-induced signal propagation in SpoOA / K. Muchova, R.J. Lewis, D. Perecko // Mol. Microbiol. - 2004. - V. 53. - P. 829-842.

100. Musatovova, O., Transcriptional heat shock response in the smallest known self-replicating cell Mycoplasma genitalium / O. Musatovova, S. Dhandayuthapani, J. B. Baseman // J. Bacterid. - 2006. - V. 188. - P. 2845-2855.

101. Nakagawa, A. Method for cleaning a contact lens / A. Nakagawa // US Patent. - 1994. - 5, 314, 823/-,' \ v

102. Nakano, M. M. Dual control of sbo-alb operon expression by the SpoO and ResDE systems of signal transduction under anaerobic conditions in Bacillus subtilis /

M. M. Nakano, G. Zheng, P. Zuber // J. Bacterid. - 2000. - Vol. 182. - P. 3274-3277.

• it <>i»

103. Ninfa, A.J. Crosstalk between bacterial chemotaxis signal transduction proteins and regulators of .transcription, of the Ntr regulon: evidence that nitrogen assimilation and chemotaxis are controlled by a common phosphotransfer mechanism / A.J. Ninfa, E.G. Ninfa, A.N. Lupas,1 A.Vstock, B. Magasanik, J. Stock // Proc. Natl.

» it, - J < , "i

Acad. Sci. USA. - 1988. - V. 85. - P. 5492-5496.

.. - i) ~ "f •

104. Nixon, B.T. v iTwoTComponent regulatory systems responsive to environmental stimuli share strongly conserved domains with the nitrogen assimilation regulatory genes ntrB and ntrC /.B.T. Nixon, C.W.Ronson, F.N.Ausubel // Proc Natl. Acad. Sci. USA. - 1986. - V;83. -R 7850-7854.

, f < . a. «!/'•- ,

' . V.

105. Ogawa, A. Nucleotide,'and deduced amino acid sequences of a high-

° ) r ' ffft*» ) *

molecular-mass subtilisin from-, an,'alkaliphilic Bacillus isolate / A. Ogawa, N. Sumitomo, M. Okuda, K. Saeki/ S. ;Ka\vai, T. Kobayashi // Biochimica et Biophysica Acta.-2003.-V. 1624.-No. 1^3.-P. 109-114.

106. Ogura, M. Binding , of ^response regulator DegU to the aprE promoter is inhibited by RapG, which is counteracted by extracellular PhrG in Bacillus subtilis / M. Ogura, K. Shimane, K. Asai, ii/ Ogasawara, T. Tanaka // Mol Microbiol. - 2003. - V. 49. - P .1685-1691. -V; "V

vr ^ 107

107. Ogura, M. Bacillus subtilis SalA (YbaL) negatively regulates expression of scoC, which encodes the repressor for the alkaline exoprotease gene, aprE / M. Ogura, A. Matsuzawa, H. Yoshikawa, T. Tanaka // J. Bacteriol. - 2004. - V. 186. - No. 10. - P. 3056-3064.

108. Ogura, M. Autoregulation of the Bacillus subtilis response regulator gene

degU

is coupled with the proteolysis of DegU-P by ClpCP / M. Ogura, K. Tsukahara // Mol. Microbiol. - 2010. - V. 75. - No. 5. - P. 1244-1259.

109. Ozoline, O.N. Non-canonical sequence elements in the promoter structure.

* j f

Cluster analysis of promoters recognased by Escherichia coli RNA polymerase //O.N. Ozoline, A.A. Deev, M.V. Arkhipova // Nucl. Acids Res. - 1997. - V. 25. - P. 47034709.

110. Pandini, A. Conservation and specialization in PAS domain dynamics / A. Pandini, L. Bonati // Protein Eng Des Sel. - 2005. - V. 18. - P. 127-137.

J s» f

111. Park, J.W. Purification* and biochemical characterization of a novel

- s >. .

glutamyl endopeptidase secreted bjr a,clinical isolate of Staphylococcus aureus / J.W. Park, J.E. Park, J.K. Park, J.S. Lee // Int. J. Mol. Med. 2011. - V.27. - No. 5. - P. 637645. . • ■ .

112. Petersohn, A. Global analysis of the general stress response of Bacillus

i

subtilis / A. Petersohn, M. Brigulla. S. Haas, J.D. Hoheisel, U. Volker, M. Hecker // J.

' , iVJi. ' "< It.

Bacteriol. -2001.-V. 183.-No. ¡9.-P..5617-5631.

' «

113. Phillips, Z. E. Bacillus subtilis sporulation and stationary phase gene expression / Z. E. Phillips, M. A.' Strauch // Cell Mol. Life Sci. - 2002. - V. 59. - P. 392-402. . 5 si, .

< t'M ! — iiM

^ ? t - V

114. Piazza, F. Mutationalr analysis and membrane topology of ComP, a quorum-sensing histidine kinase ofs Bacillus subtilis controlling competence development / F. Piazza, P. Tortosa, D, Dubnau // J Bacteriol. - 1999. - V. 181. - P.

r ' <■ 'ftHV 1 15 •*

4540-4548. ' "-V^r" <

• >>' ' <' '• -

115. Rebrikov, D. V;.Molecular cloning and nucleotide sequence of Bacillus

intermedins glutamylendopeptidase-1; gene / D.V. Rebrikov, T.V. Akimkina, A.B.

1 - * , • - '

\

Shevelev, I.V. Demiduyk,' X.M? Bushueva, S.V. Kostrov, G.G. Chestukhina, V.M. Stepanov // J. Prot. Chem. - 1999. - V- 18. - P. 21-26.

116. Robinson, V.L. A tale of two components: a novel kinase and a regulatory switch / V.L. Robinson, D.R. Buckler, A.M. Stock // Nat. Struct. Biol. - 2000. - V. 7. -P. 626-633.

117. Sambrook, J. Molecular cloning: a laboratory manual / J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis // NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2nd ed., - 1989.

118. Sanger, F. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // S. Niclein, A.R. Coulson // Proc Natl Acad Sei USA. — 1977. — V.74. — P. 5463-5467.

119. Seredick, S. D. Bacillus subtilis RNA polymerase recruits the transcription factor SpoOA-P to stabilize a: closed complex during transcription initiation / S. D. Seredick, G. B. Spiegelman // J. Mol. Biol. - 2007. - V. 366. - P. 19-35.

120. Shafikhani, S.H.. Postexponential regulation of sin operon expression in Bacillus subtilis / S.H. Shafikhani, J.: Mandic-Mulec, M.A. Strauch, I. Smith, T. Leighton. // J. Bacteriol. - 2002. -y.184.-P. 564-571.

121. Sharipova, M. .The. expression of the serine proteinase gene of Bacillus intermedius in Bacillus subtilis / M.- Sharipova, N. Balaban, A. Kayumov, Y. Kirillova, A. Mardanova, L. Gabdrakhmanova'fL Leshchinskaya, G. Rudenskaya, T. Akimkina,

'./.<■¡Y. 5 '

D. Safina, I. Demidyuk, S. Kostroy //'iviicrobiol. Res. -2008. -V. 163. - No.l. - P. 39-50.

122. Shi, L. The cUoplasmic'.kinase domain of PhoR is sufficient for the low

Ts 'Uj-.n l'*"l>i?ts'

phosphate-inducible expression pf php;regulon genes in Bacillus subtilis / L.F Shi, M. Hulett// Mol. Microbiol. -.19??.-:y;31:-P. 211-222.

123. Shimane, K. Mutational' analysis of the helix-turn-helix region of Bacillus subtilis response regulator DegU,;^ of cis-acting sequences for DegU in the aprE and comK promoters /-K; Shimane, M. Ogura // J. Biochem. - 2004. - V.136. - No. 3. - P. 387-397.

124. Siam, R. Glutamate af.the phosphorylation site of response regulator CtrA provides essential activities^'.wi^out; increasing DNA binding / R. Siam, G.T. Marczynski //Nucl. Acids Res;-^2003:^^ 31. -No. 6. -P. 1775-1779.

„ -" i '.'*>• VS" : , , " !• • . '•V'T-•'•-■"Ay ■'

. "•-,.-< -.of-' ' i ■

• • > y

125. Siezen, RJ. Subtilases: The superfamily of subtilisin-like proteases / R.J. Siezen, J.A. Leunissen // Prot. Sei. - 1997. - V. 6. - P. 501-523.

126. Siezen, R.J. Evolution of prokaryotic subtilases: Genome-wide analysis reveals novel subfamilies with different catalytic residues / R.J. Siezen, B. Renckens, J. Boekhorst // Proteins. - 2007. - V. 67. - No. 3. - P. 681-94.

127. Schneider, T.D. Consensus Sequence Zen / T.D. Schneider// Appl. Bioinformatics. - 2002. - V. l.-No.3.-P. 111-119.

128. Sola-Landa, A. The two-component PhoR-PhoP system controls both primary metabolism and secondary metabolite biosynthesis in Streptomyces lividans / A.R. Sola-Landa, S. Moura, J.F. Martin//Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2003. - V. 100. -No. 10.-P. 6133-6138.vdil-

129. Stephenson, K^E^jj^i^^f signalling in the sporulation phosphorelay / K. Stephenson, J. A. Hoch // Mol; ^robiol. - 2002. - V. 46. - P. 297-304.

130. Sorokin, A.V. ; Expression ; unit from the replication region of the Streptococcal plasmid pSMl^g3^/i4iy;;.Soro)dn, V.E. Khazak // Molecular Biology. -1990. -V. 24. - P. 993-1000.;

131. Steil, L. Genome^wide^tonscnptional profiling analysis of adaptation of Bacillus subtilis to high salinfty#|£ Steil; T. Hoffmann, I. Budde, U. Volker, E. Bremer // J Bacteriol. - 2003. - V. 185:WK6358-6370.

132. Stoscheck, C^i!guantitation of protein / C.M. Stoscheck // Methods Enzymol. - 1990. -V. ; ;

133. Stock, A.M.:--T^g^omponentsignal transduction / A.M. Stock, V.L. Robinson, P.N. Goudreau //i^u/RewBiochem. - 2000. - V. 69. - P. 183-215.

134. Strauch, M. Äi Abfeanäi AbrB control of Bacillus subtilis antimicrobial gene expression / M. A. Straüch|B3 G^Bobay, J. Cavanagh II J. Bacteriol. - 2007. - V. 189. - P. 7720-7732.

135. Stulke, J. Induction^oi^hQ Bacillus subtilis ptsGHI operon by glucose is controlled by a novel antiternunator; GlcT/ I. Martin-Verstraete, M.Zagorec, M. Rose, A. Klier, G. Rapoport// Mp^||b^|l9§7. - V. 25. - P. 65-78.

:, "I.*." ... ■ ? "1 V,' i.n ' . 1. s: -. -..is. ■

i. f ...... ... . i. . v

- ' ^\ - -*_ 1110

136. Subbian, E. Folding-pathway mediated by an intramolecular chaperone: intrinsically unstructured propeptide modulates stochastic activation of subtilisin / E. Subbian, Y. Yabuta, U.P. Shinde //J. Mol. Biol. - 2005. - V. 347. - No. 2. - P. 367383.

137. Takami, H. Degradation of human hair by a thermostable alkaline protease from alkalophilic Bacillus sp. No. AH-101 / H. Takami, S. Nakamura, R. Aono, K. Horikoshi // Biosci. Biotechnol, Biochem. - 1992. - V. 56. - P. 1667-1669.

138. Tortosa, P. Specifityjand genetic polymorphism of the Bacillus competence quorum-sensing system / Logsdon, B. Kraigher, Y. Itoh, I. Mandic-Mulec, D. Dubnau II J. Bacterid. ^Moi.-V. 183. - P. 451-460.

139. Tran, L.S. Divergent- structure of the ComQXPA quorum-sensing components: molecular basis of straiiirspecific communication mechanism in Bacillus subtilis / L.S. Tran, T. Nagai, Y. Jtoh/AMol. Microbiol. - 2000. - V. 37. - P. 11591171. '. ,

140. Tsukahara, K.- Promoter;; selectivity of the Bacillus subtilis response regulator DegU, a positive regulator ofthe Jla/che operon and sacB / K. Tsukahara, M. Ogura // BMC Microbiol. - 2008a:;-V.15. 8:8.

141. Tsukahara, K. Characterization of DegU-dependent expression of bpr in Bacillus subtilis / K. Tsukahara,'M; Ogiira // FEMS Microbiol. Lett. - 2008b. - V. 280. -No. 1.-P. 8-13. ,-

142. Veening, J.W. Transient heterogeneity in extracellular protease production by Bacillus subtilis / J.W;^eenin^Q.4:,.Igoshin, R.T. Eijlander, R. Nijland, L.W. Hamoen, O.P. Kuipers II Mol: Sys®iol::S2008. - V. 4. - P. 184.

143. Verhamme, D.T;-;DegU corordinates multicellular behavior exhibited by Bacillus subtilis / D.T. Verhamme, T.B. IGley, N.R.Stanley-Wall // Mol. Microbiol. -2007.-V. 65.-P. 554-568.

144. Vos, M. Genetic-population structure of the soil bacterium Myxococcus xanthus at the centimeter scale / M. Yos, G. J. Velicer // Appl Environ Microbiol. -

* A \

2006.-V. 72.-P. 3615-3625.

< ■> ft1

- • v/ 'r; '\-' ,y : !■■' ' • , : . ■„•<■..", .V«-. ».."••«•¡.'» V-Vi'C » ' '

145. Wang, P. • demonstration^that'' the TyrR protein and RNA polymerase complex formed at the divergent P3 promoter inhibits binding of RNA polymerase to the major promoter, PI, of the aroP gene of Escherichia coli / P. Wang, J. Yang, A. Ishihama, A.J. Pittard // J.Bacteriol. - 1998. - V. 180. - P. 5466-5472.

146. Weiss, V. Mechanism of regulation of the Afunctional histidine kinase NtrB in Escherichia coli / V. Weiss, G. Kramer, T. Dunnebier, A. Flotho // J Mol Microbiol Biotechnol. - 2002. - V. 4. - No. 3. - P. 229-233.

147. West, A.H. Histidine .kinases and response regulator proteins in two-component signaling systems / ^H. \Vest, A.M. Stock // Trends Biochem. Sci. - 2001. - V. 26. - P. 369-376. \

148. Wolanin, P.M. Histidine protein kinases: key signal transducers outside the animal kingdom / P.M. Wolanin: PA. Thomason, J.B. Stock // Genome Biol. - 2002. -V. 3. -Reviews 3013.

149. Yabuta, Y. Fqldmg-pathway?^ by an intramolecular chaperone. A functional peptide chaperprie';-';desi^ed';.üsing sequence databases / Y. Yabuta, E. Subbian, C. Oiry, U. Shinde® 2003. - V. 278. - P. 15246-15251.

150. Yen, H.C. The^tpmato^eyerrripe locus regulates ethylene-inducible gene expression and is linked to:a[hompjog of ihe Arabidopsis ETR1 gene / H.C. Yen, H.C. S. Lee, S.D. Tanksley, M.B. Länähan,; H.J. Klee, J.J. Giovannoni // Plant physiol. -1995.-V. 107. - P. 1343-135®.

151. Yoshida, T. Functional: and Structural Characterization of EnvZ, an Osmosensing Histidine../. T. Yoshida, S. Phadtare, M. Inouye II Methods Enzymol. - 2007. - V:^23;S\R^184.202.

152. Zhang, J.H..':'Pbbsi^ domain separation in the DNA binding response regulator^p||jS^^ang, G. Xiao, R.P. Gunsalus, W.L. Hubbell // Biochemistry. - 2003. - 2552-2559.

" }if.;.' i V ( f. £;» v ^ V," V? v VC ' * '

••J'-»>.'•"«. ^ *^ ■' -

153. Zhang, J.; D^amc^mechanism for the autophosphorylation of CheA histidine kinase: molecular dynamics simulations / J. Zhang, Y. Xu, J. Shen, X. Luo, J. Chen, K. Chen, W. Zhu, H^a^Äm Chem Soc. - 2005. - V. 127. - No. 33. - P. 11709-11719. ■ ÄfliflSiföSV'

154. Zhang, Z. Structural characterization of the predominant family of histidine kinase sensor domains / Z. Zhang, W.A. Hendrickson // J Mol Biol. - 2010. - V. 400. — P. 335-353.

155. Zhao, H. DNA complexed structure of the key transcription factor initiating development in sporulating bacteria / H. Zhao, T. Msadek, J. Zapf // Structure. - 2002. -V. 10.-P. 1041-1050.