Механизм связывания тиаминдифосфата с апотранскетолазной тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат биологических наук Оспанов, Руслан Ваитович

• Оспанов, Руслан Ваитович
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Оспанов, Руслан Ваитович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Кофакторы транскетолазы.

2. Взаимодействие тиаминдифосфата с апотранскетолазой.

2.1 Двустадийный процесс взаимодействия тиаминдифосфата с апотранскетолазой.

2.2 Изменение спектральных характеристик транскетолазы в результате ее взаимодействия с коферментом.

2.3 Кинетическая модель связывания кофермента с апотранскетолазой.

2.4 Неэквивалентность активных центров в димере транскетолазы при связывании кофермента.

2.5 Влияние субстратов на реконструкцию холотранскетолазы и ее стабильность.

3. Связывание субстратов с транскетолазой и их каталитические превращения.

3.1 Изменение спектра холотранскетолазы в результате связывания и превращения субстратов.

3.2 Двусубстратная транскетолазная реакция.

3.3 Неэквивалентность активных центров транскетолазы по отношению к субстрату-донору.

3.4 Односубстратная транскетолазная реакция.

1. ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ЛИГАНД-СВЯЗЫВАЮЩИХ ЦЕНТРОВ В ДИМЕРНОМ БЕЛКЕ.

1.1. Модель с эквивалентными и невзаимодействующими лиганд-связывающими центрами.

1.1.1. Описание схемы двустадийного связывания тиаминдифосфата с транскетолазой.

1.1.2. Вывод теоретических уравнений.

1.2. Модель с взаимодействующими лиганд-связывающими центрами.

1.2.1. Описание схемы.

1.2.2. Вывод теоретических уравнений.

1.2.3. Исследование модели с взаимодействующими лиганд-связывающими центрами.

1.2.3.1. Построение графиков зависимостей степени насыщения белка лигандом (Г), степени конформационных изменений (Z) и нормированной степени конформационных изменений (Z„opM) от концентрации лиганда, L.

1.2.3.2. Построение трехмерного графика, связывающего степень насыщения белка лигандом (У), нормированную степень конформационных изменений (ZHopM) и концентрацию лиганда, L.

1.2.3.3. Построение и анализ графиков зависимости нормированной степени конформационных изменений (ZHopM) от степени насыщения белка лигандом (У).

1.3. Исследование кооперативных взаимодействий для теоретических моделей.

1.3.1. Модель Моно, Уаймена и Шанжё.

1.3.1.1. Описание модели.

1.3.1.2. Сопоставление модели Моно, Уаймена, Шанже и разработанной нами модели с взаимодействующими лигандсвязывающими центрами.

1.3.2. Модель Кошланда, Немети и Филмера.

1.3.2.1. Описание модели.

1.3.2.2. Сопоставление модели Кошланда, Немети, Филмера и разработанной нами модели с взаимодействующими лиганд-связывающими центрами.

2. ВОЗМОЖНОСТЬ ПРАКТИЧЕСКОГО ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ТЕОРЕТИЧЕСКИХ РАЗРАБОТОК НА ПРИМЕРЕ ТРАНСКЕТОЛАЗЫ.

2.1. Выбор модели для изучения взаимодействия тиаминдифосфата с апотранскетолазой.

2.1.1. Сравнение графиков остаточной разности.

2.1.2. Коэффициент смешанной корреляции, как критерий выбора модели.

2.2. Расчет равновесных и кинетических констант при связывании тиаминдифосфата с апотранскетолазой в присутствии ионов Mg2*.

2.2.1. Построение зависимости начальной скорости связывания тиаминдифосфата с апотранскетолазой от концентрации тиаминдифосфата и определение параметров Уо,Пред и К&.

2.2.2. Определение равновесных констант К\ и Кг.

2.2.3. Определение констант скорости к+и к.\, к+2 и к.2.

2.2.4. Построение графика зависимости нормированной степени конформационных изменений (Z) от степени насыщения белка лигандом (У) для экспериментальных данных.

2.2.5. Связывание тиаминдифосфата с транскетолазой в присутствии субстрата-донора.

2.3. Расчет равновесных и кинетических констант при связывании тиаминдифосфата с апотранскетолазой в присутствии ионов

Са2+.

2.3.1. Определение параметров vo,npw и К&.

2.3.2. Определение равновесных и кинетических констант.

2.3.3. Построение графика зависимости нормированной степени конформационных изменений (ZHOpM) от степени насыщения белка лигандом (У) для экспериментальных данных.

2.3.4. Связывание тиаминдифосфата с транскетолазой в присутствии субстрата-донора.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизм связывания тиаминдифосфата с апотранскетолазной»

Транскетолаза (ТК, седогептулозо-7-фосфат: D-глицеральдегид-3-фосфатгликольальдегидтрансфераза, КФ 2.2.1.1) является ключевым ферментом неокислительной ветви пентозофосфатного пути превращения углеводов. Катализирует перенос дигидроксиэтильного остатка (остатка гликольальдегида) с кетозы на альдозу [1-3]:

СН2ОН СН2ОН с=0 НСО ТК нсо С=0

I + | « | + I носн R1 R носн неон неон

R R'

R и R' могут быть представлены различными группами. Фермент характеризуется достаточно широкой субстратной специфичностью [4]. Функцию субстрата-донора гликольальдегидного остатка могут выполнять Б-седогептулозо-7-фосфат, D-фруктозо-б-фосфат, D-ксилулозо-5-фосфат, Б-октулозо-8-фосфат, L-эритрулоза и гидроксипируват. За исключением последнего, у всех известных субстратов-доноров гидроксильные группы при Сз и С4 находятся в транс-положении. В случае гидроксипирувата одним из продуктов реакции является СО2, ввиду чего транскетолазная реакция становится необратимой:

СН2ОН

СН2ОН с=о с=0 + НСО

ТК носн

- со2 + соон R R

Фосфорилированные субстраты имеют значительно более высокое сродство к ТК по сравнению с теми, у которых фосфатная группа отсутствует [4].

Кофакторами ТК являются тиаминдифосфат (ТДФ) и ионы обнаружена в 1953 г. [5, 6]. В настоящее время наличие ее показано практически во всех исследованных тканях животного и растительного происхождения, а также у микроорганизмов. Фермент локализуется, преимущественно, в растворимой фракции клетки. Что касается объекта нашего исследования, ТК Saccharomyces cerevisiae, то к настоящему времени определен ее аминокислотный состав и пространственная структура [7-9]. Методами химической модификации [10-13], рентгеноструктурного анализа [9, 14-18] и направленного мутагенеза [19-23] идентифицированы аминокислотные остатки, необходимые для связывания ТДФ, субстратов и осуществления катализа. Имеется достаточно подробная информация, касающаяся оптических свойств фермента и их изменений при взаимодействии с транскетолазой различных лигандов [4, 24-35]. Показано различное влияние двухвалентных катионов на связывание тиаминдифосфата с транскетолазой [36-41]. двухвалентных металлов, такие как Са2+ и Mg2+. Транскетолаза была

Молекула ТК состоит из двух идентичных субъединиц и содержит два активных центра, образованных на границе между контактирующими поверхностями этих субъединиц. Молекулярная масса ТК составляет 148 кДа [14,42]. Активные центры характеризуются одинаковой каталитической активностью. Каталитически активной единицей ТК является димер [43-45].

Транскетолаза пекарских дрожжей - первый тиаминдифосфат-зависимый фермент, для которого в 1992 г. был сделан рентгеноструктурный анализ [14]. Помимо апо- и холофермента, к настоящему времени, с помощью рентгеноструктурного анализа, проанализированы комплексы ТК с различными аналогами ТДФ [17, 18], с дигидроксиэтилтиаминдифосфатом - интермедиатом транскетолазной реакции [46], и комплекс холоТК с субстратом-акцептором (эритрозо-4-фосфатом) [23]. Данные рентгеноструктурного анализа позволили охарактеризовать структуру активного центра фермента и дали толчок к более глубокому изучению механизма тиаминового катализа. В настоящее время сделан рентгеноструктурный анализ и других тиаминдифосфат-зависимых ферментов, таких как пируватдекарбоксилаза дрожжей [47, 48] и Zimomonas mobilis [49], пируватоксидаза [50, 51], бензоилформиатдекарбоксилаза [52], человеческая дегидрогеназа а-кетокислот [53]. Общие структуры этих тиаминдифосфат-зависимых ферментов достаточно сильно различаются, однако область связывания кофакторов (двухвалентных катионов и ТДФ) имеет значительное сходство.

Что касается механизма функционирования ТК, понимая под этим процесс взаимодействия ТК с кофакторами, взаимодействие с субстратами, их каталитические превращения, характеристика индивидуальных стадий реакции, катализируемой ТК, до последнего времени был исследован недостаточно.

Задачей данного исследования являлась разработка теоретической модели взаимодействия лигандов с димерным белком, с учетом существования кинетически значимых стадий конформационных изменений лиганд-связывающих центров, и использование этой модели для характеристики взаимодействия кофермента, тиаминдифосфата, с транскетолазой.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Оспанов, Руслан Ваитович

4. ВЫВОДЫ

1. Получены строгие математические выражения, описывающие кривые спектрофотометрического титрования апотранскетолазы тиаминдифосфатом в рамках схемы с взаимодействующими лиганд-связывающими центрами в димерной молекуле фермента. Для характеристики кооперативных взаимодействий между тиаминдифосфат-связывающими центрами предложено использовать зависимости степени конформационных изменений белка от степени насыщения белка лигандом.

2. Зависимости степени конформационных изменений белка от степени насыщения белка лигандом использованы для теоретического анализа кооперативных взаимодействий между лиганд-связывающими центрами для различных теоретических моделей димерных аллостерических ферментов.

3. На основании данных спектрофотометрического титрования апотранскетолазы тиаминдифосфатом в равновесных условиях были рассчитаны равновесные константы связывания тиаминдифосфата с апотранскетолазой в присутствии ионов Са и Mg2+. Проведен количественный анализ кооперативных взаимодействий между тиаминдифосфат-связывающими центрами в молекуле транскетолазы. Показано, что как в присутствии ионов Са2+, так и в присутствии ионов Mg2+ наблюдается отрицательная кооперативность. В случае ионов Са2+ она выражена более отчетливо.

4. Составлены кинетические уравнения, описывающие кинетику взаимодействия ТДФ с апоТК, и на основании экспериментальных данных, полученных методом остановленного потока, рассчитаны константы скорости прямой и обратной реакций для конформационных переходов, следующих за связыванием ТДФ в каждом активном центре.

5. Показано, что субстрат-донор оказывает влияние на скорость прямого и обратного конформационного перехода неактивного промежуточного комплекса тиаминдифосфат-транскетолаза в каталитически активный комплекс, в котором фермент содержит две связанные молекулы кофермента и один из активных центров претерпел конформационный переход.

3. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Для анализа функции насыщения апотранскетолазы коферментом была использована схема, включающая стадии связывания тиаминдифосфата с каждым из двух активных центров и их последующие конформационные изменения. Для характеристики кооперативных взаимодействий между тиаминдифосфат-связывающими центрами транскетолазы предложено использовать графики зависимости нормированной степени конформационных изменений (ZHOpM) от степени насыщения белка лигандом (У)- Получены строгие математические выражения, описывающие кривые спектрофотометрического титрования апотранскетолазы тиаминдифосфатом, и проанализирован характер кооперативных взаимодействий между активными центрами в димерной молекуле фермента.

Следует подчеркнуть, что в настоящей работе графики зависимости нормированной степени конформационных изменений от степени насыщения белка лигандом впервые систематически использованы для количественной характеристики кооперативных взаимодействий между лиганд-связывающими центрами в олигомерной молекуле фермента.

Использование разработанных нами моделей для обработки экспериментальных данных позволило подтвердить известный ранее факт отрицательной кооперативности активных центров транскетолазы

Л I по связыванию ТДФ в присутствии Са , дать количественную характеристику отрицательной кооперативности, а также однозначно решить вопрос о существовании отрицательной кооперативности в присутствии Mg . Об этом свидетельствовало характерное положение кривой зависимости нормированной доли конформационно измененного фермента от доли фермента, связанного с лигандом (рис. 28), аналогично тому, как это было в экспериментах с ионами кальция (рис. 336). На это же указывали и значения констант скорости для индивидуальных стадий процесса взаимодействия транскетолазы с коферментом: более низкое значение константы скорости прямого конформационного перехода во втором активном центре (к+2 на схеме 6) по сравнению с первым (k+i) и обратное соотношение значений констант скорости для обратного конформационного перехода (к.2 и к.ь соответственно). В результате этого значение константы изомеризации для второго активного центра (К2) увеличивается, по сравнению с первым (Ki), примерно на порядок (Табл. 2).

На первой стадии взаимодействие ТДФ с транскетолазой (схема 3), когда образуется легко диссоциирующий промежуточный комплекс ТК—ТДФ, значение константы его диссоциации (Kd) определяется типом катиона, используемого в качестве кофактора: в присутствии Mg оно равно 1600 мкМ, а в присутствии Са - 340 мкМ (табл. 2).

Субстрат-донор не влияет на первичное связывание ТДФ, приводящее к образованию комплекса ТК—ТДФ, но оказывает, в присутствии Mg2+, влияние на значение константы скорости как прямого, так и обратного конформационного перехода во втором активном центре (соответственно, к+2 и к2 на схеме 6). Однако, так как влияние субстрата-донора выражено, примерно, в равной степени, значение константы изомеризации (К2) при этом, по существу, не меняется. В то же время, константа изомеризации в первом активном центре (Ki) изменяется в присутствии субстрата - ее значение снижается, как минимум, в шесть раз (табл. 2).

При использовании ионов кальция в качестве кофактора, субстрат-донор так же, как и в опытах, поставленных в присутствии ионов магния, оказывает влияние на скорость как прямого, так и обратного конформационного перехода во втором активном центре, однако в разной степени, в результате чего происходит снижение значения константы изомеризации, К2 (табл. 2).

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Оспанов, Руслан Ваитович, 2007 год

1. Кочетов Г.А. (1978) Тиаминовые ферменты. "Наука ", Москва.

2. Kochetov, G.A. (1982) Transketolase from yeast, rat liver and pig liver. M. EnzymoL, 90,209-223.

3. Racker, E. (1961) Transketolase. Enzymes., 5, 397-406.

4. Усманов P.A., Кочетов Г.А. (1983) Связывание субстратов с транскетолазой пекарских дрожжей. Функция анионной группы субстрата-донора. Биохимия, 48, 550-558.

5. Racker, Е., De la Haba, G., Leder, J.G. (1953) Thiamine pyrophosphate, a coenzyme of transketolase. J. Am.chem. Soc., 75, 1010-1011.

6. Horecker, B.L., Smyrniotis, P.Z. (1953) The coenzyme function of thiamine pyrophosphate in pentose phosphate metabolism. J. Am. Chem. Sec., 75,1009-1010.

7. Кочетов Г. А., Кобылянская K.P., Белянова Jl.П. (1973) Аминокислотный состав транскетолазы пекарских дрожжей. Биохимия, 38, 1303-1306.

8. Fletcher, Т., Kwee, I., Nakada, Т., Largman, С., Martin В. (1992) DNA sequence of the yeast transketolase gene. Biochemistry, 31,1892-1896.

9. Nikkola, M., Lindqvist, Y., Schneider, G. (1994) Refined structure of transketolase from Saccharomyces cerevisae of 2.0 A resolution. J. Mol. Biol., 238, 387-404.

10. Кочетов Г.А., Кобылянская K.P. (1970) Природа и функция аминокислотных остатков транскетолазы, существенных дляпроявления ее активности. Биохимия, 35,3-11.

11. Мешалкина JI.E., Кочетов Г.А. (1979) Функциональные остатки аргинина в транскетолазе пекарских дрожжей. ДАН СССР, 245, 1259-1261.

12. Мешалкина JI.E., Кочетов Г.А. (1979) Роль остатков гистидина транскетолазы пекарских дрожжей. ДАН СССР, 246,228-231.

13. Кочетов Г.А. (1986) Транскетолаза: структура и механизм действия. Биохимия, 51, 2010-2029.

14. Lindqvist Y., Schneider G., Ermler V., Sundstrom M. (1992) Three-dimensional structure of transketolase, a thiamine diphosphate dependent enzyme, at 2.5 A resolution. EMBOJ., 11,2373-2379.

15. Sundstrom, M., Lindqvist, Y., Schneider, G. (1992) Three-dimensional structure of apotransketolase. Flexible loops at the active site enable cofactor binding. FEBS Lett., 313,229-231.

16. Nilsson, U., Lindqvist, Y., Kluger, R., Schneider, G. (1993) Crystal structure of transketolase in complex with thiamin thiazolonediphosphate, an analogue of the reaction intermediate, at 2,3 A resolution. FEBS Lett., 326, 145-148.

17. Wikner, Ch., Meshalkina, L., Nilsson, U.,Backstrom, S., Lindqvist Y., Schneider, G. (1995) His 103 in yeast transketolase is required for substrate recognition and catalysis. Eur. J. Biochem., 233, 750-755.

18. Wikner Ch., Nilsson, U., Meshalkina, L., Udekwu, C., Lindqvist, Y., Schneider, G. (1997) Identification of catalytically important residues in yeast transketolase. Biochemistry, 36, 15643-15649.

19. Meshalkina, L., Nilsson, U., Wikner, Ch., Kostikowa, Т., Schneider, G. (1997) Examination of the thiamin diphosphate binding site in yeast transketolase by site-directed mutagenesis. Eur. J. Biochem., 244, 646652.

20. Nilsson, U., Meshalkina, L., Lindqvist, Y., Schneider, G. (1997) Examination of substrate binding in thiamine diphosphate-dependent transketolase by protein crystallography and site-directed mutagenesis. J. Biol Chem., 272,1864-1869.

21. Kochetov, G.A., Usmanov, R.A., Merzlov, V.P. (1970) Thiamin pyrophosphate induced change of the optical activity of baker's yeast transketolase. FEBSLett., 9,265-266.

22. Heinrich, C., Noack, K., Wiss, O. (1971) A circular dichroism study of transketolase from baker's yeast. Biochem. Biophys. Res. Commun., 44, 275-279.

23. Kochetov, G.A., Usmanov, R.A., Mevkh, A.T. (1973) The role of the charge transfer complex in the transketolase catalized reaction. Biochem. Biophys. Res. Commun., 54, 1619-1626.

24. Heinrich, C.P., Noack, K., Wiss, 0. (1972) Chemical modification of thryptophan at the binding site of thiamine pyrophosphate in transketolase from baker's yeast. Biochem. Biophys. Res. Commun., 49, 1427-1432.

25. Heinrich, C., Schmidt, D., Noack, K. (1974) Energetic and spectroscopic studies on the interaction between thiamine diphosphate and apotransketolase. Eur. J. Biochem., 41, 555-561.

26. Усманов P.А., Кочетов Г.A. (1978) Изучение различных конформационных состояний транскетолазы методом пертурбационной ультрафиолетовой спектрофотометрии. Биохимия, 43,1796-1804.

27. Heinrich, С., Schmidt, D. (1993) Determination of the binding constant of thiamine diphosphate in transketolase from baker's yeast by circular dichroism titration. Experientia, 29, 1227-1230.

28. Пустынников М.Г., Нейф X., Усманов P.A., Шелленбергер А., Кочетов Г.А. (1986) Функциональные группы тиаминпирофосфата в холотранскетолазе. Биохимия, 51, 1003-1016.

29. Мешалкина JI. Е., Нейф X., Тягло М.В., Шелленбергер А., Кочетов Г. А. (1996) Ферментативное превращение гидроксиэтилтиаминпирофосфата под действием транскетолазы пекарских дрожжей. Биохимия, 61, 716-719.

30. Ковина М.В., Быкова И.А., Мешалкина Л.Е., Кочетов Г.А. (2003) Индуцированная полоса поглощения холотранскетолазы и ее интерпретация. Биохимия, 68, 247-251.

31. Kovina M.V., Bykova I.A., Solovjeva O.N., Meshalkina L.E., Kochetov G.A. (2002) The origin of the absorption band induced through the interaction between apotransketolase and thiamin diphosphate. Biochem. Biophys. Res. Commun., 294, 155-160.

32. Kochetov G.A., Philippov P.P., Razjivin A.P., Tikhomirova N.K. (1975) Kinetics of reconstruction of holotransketolase. FEBS Lett., 53, 211-212.

33. Egan R.M., Sable H.Z. (1981) Transketolase kinetics. The slow reconstitution of the holoenzyme is due to rate-limiting dimerization of the subunits. J. Biol. Chem., 256,4877-4883.

34. Kovina, M.V., Selivanov, V.A., Kochevova, N.V., Kochetov, G.A. (1997) Kinetic mechanism of active site non-equivalence in transketolase. FEBS Lett., 418, 11-14.

35. Ковина M.B., Селиванов В.А., Кочевова H.B., Кочетов Г.А. (1997) Исследование кооперативного связывания кофермента активными центрами транскетолазы методом кинетического моделирования. Биохимия, 63,1155-1163.

36. Selivanov, V.A., Kovina, M.V., Kochevova, N.V., Meshalkina, L.E., Kochetov, G.A. (2003) Studies of thiamin diphosphate binding to theyeast apotransketolase. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 26,33-40.

37. Selivanov, V.A., Kovina, M.V., Kochevova, N.V., Meshalkina, L.E., Kochetov, G.A. (2004) Kinetic study of the HI 03A mutant yeast transketolase. FEBSLett., 567,270-274.

38. Schneider G., Lindqvist Y. (1998) Crystallography and mutagenesis of transketolase: mechanistic implications for enzymatic thiamin catalysis. Biochim. Biophys. Acta, 1385, 387-398.

39. Cavalieri, S., Neet, K.E., Sable, H.Z. (1975) Enzymes of pentose biosynthesis. The quaternary structure and reacting form baker's yeast transketolase. Arch. Biochem. Biophys., 171, 527-532.

40. Kochetov, G.A., Usmanov, R.A., Meshalkina, L.E. (1976) The number of active sites in a molecule of transketolase. Biochem. Biophys. Res. Commun., 69, 839-843.

41. Meshalkina, L.E., Kochetov, G.A. (1979) The functional identity of the active centers of transketolase. Biochim. Biophys. Acta., 571,218-223.

42. Dyda, F., Furey, W., Swaminathan, S., Sax, M., Farrenkopf, В., Jordan, F. (1993) Catalytic centers in the thiamin diphosphate enzyme pyruvate decarboxylase at 2,4 A resolution. Biochemistry, 32, 6165-6170.

43. Dobritzsch, D., Konig, S., Schneider, G., Lu, G. (1998) High resolution crystal structure of pyruvate decarboxylase from Zymomonas mobilis. Implications for substrates activation in pyruvate decarboxylases. J. Biol. Chem., 273,20196-20204.

44. Muller, Y., Shulz, G. (1993) Structure of the thiamin and flavin-dependent enzyme pyruvate oxidase. Science, 259, 965-967.

45. Muller, Y. A., Schumacher, G., Rudolph, R., Schulz, G. E. (1994) The refined structures of a stabilized mutant and of wild-type pyruvate oxidase from Lactobacillus plantarum. J. Mol. Biol., 237, 315-323.

46. Hasson, M., Muscate, A., McLeish, M., Polovnikova, L., Ringe, D. (1998) The crystal structure of benzoylformate decarboxylase at 1,6 A resolution: diversity of catalytic residues in thiamin diphosphate-dependent enzymes. Biochemistry, 37,9918-9930.

47. Evarsson, A., Chuang, J., Wynn, R., Turley, S., Chuang, D., Hoi, W. (2000) Crystal structure of human branched-chain a-ketoacid dehydrogenase and the molecular basis of multienzyme complex deficiency in maple syrup urine disease. Structure, 8, 277-291.

48. Кочетов Г.А., Филиппов П.П. (1970) Кальций кофактор транскетолазы пекарских дрожжей. Биохимия, 35,422-424.

49. Кочетов Г.А., Филиппов П.П. (1970) Влияние двухвалентных металлов на положение оптимума рН транскетолазной реакции. ДАН СССР, 191,234-236.

50. Kochetov, G.A., Philippov, P.P. (1970) Calcium: cofactor of transketolase from baker's yeast. Biochem. Biophys. Res. Commun., 38, 930-933.

51. Heinrich, C., Steffen, H., Janser, P., Wiss, O. (1972) Studies on the reconstitution of apotransketolase with thiamine pyrophosphate and analogs of the coenzyme. Eur. J. Biochem., 30, 533-541.

52. Sprenger, G., Schorken, U., Sahm, H. (1995) Transketolase of Escherichia coli K-12. Purification and properties of the enzymes from recombinant strains. Eur. J. Biochem., 230, 525-532.

53. Schellenberger, A. (1998) Sixty years of thiamine diphosphate biochemistry. Biochim. Biophys. Acta,, 1385, 177-186.

54. Fiedler, E., Golbik, R., Schneider, G., Tittmann, K., Neef, H., Konig, S., Hiibner, G. (2001) Examination of donor substrate conversion in yeast transketolase. J. Biol. Chem., 276,16051-16058.

55. Kochetov, G., Izotova, A. Meshalkina, L. (1971) Inhibition of transketolase by analogues of the coenzyme. Biochem. Biophys. Res. Commun., 43,1198-1203.

56. Кочетов Г.А., Изотова A.E. (1973) Ингибиторы транскетолазы. Биохимия, 38,954-957.

57. Кочетов Г.А., Изотова А.Е. (1973) Реконструкция холотранскетолазы из апофермента и кофермента. Биохимия, 38, 552-559.

58. Esakova, О.А., Meshalkina, L.E., Golbik, R., Hiibner, G., Kochetov, G.A. (2004) Donor substrate regulation of transketolase. Eur. J. Biochem., 271,4189-4194.

59. Kochetov, G.A., Usmanov, R.A. (1970) Charge transfer interactions in transketolase-thiamine pyrophosphate complex. Biochem. Biophys. Res. Commun., 41, 1134-1140.

60. Golbik, R., Neef, H., Hiibner, G., Konig, S., Seliger, В., Meshalkina, L., Kochetov, G., Schellenberger, A. (1991) Function of the aminopyrimidine part in thiamine pyrophosphate enzymes. Bioorg. Chem., 19,10-17.

61. Shellenberger, A. (1982) The amino group and steric factors in thiamin catalysis. Ann. NY Acad. Sci., 378, 51-62.

62. Kovina, M.V., De Kok, A., Sevostyanova, I.A., Khailova, L.S., Belkina, N.N., Kochetov, G.A. (2004) The molecular origin of the thiamin diphosphate-induced spectral bands of ThDP-dependent enzymes. Proteins: Struct. Fund. Bioinformat., 56,338-345.

63. Kochetov, G.A., Sevostyanova, I.A. (2005) Binding of the coenzyme and formation of the transketolase active center. IUBMB Life, 57, 491497.

64. Сидорова H.H., Усманов P.A., Куимов A.H., Кочетов Г.А. (1996) Обмен кофермента холотранскетолазы со средой. Биохимия, 61, 880-886.

65. Usmanov, R., Sidorova, N., Kochetov, G. (1996) Interaction of dihydroxyethylthiamine pyrophosphate with transketolase. Biochem. Mol. Biol. Intern., 38, 307-314.

66. Есакова O.A., Ханова E.A., Мешалкина Л.Е., Голбик Р., Хюбнер Г., Кочетов Г.А. (2005) Влияние субстратов транскетолазы на реконструкцию холофермента и его стабильность. Биохимия., 70, 933-940.

67. Кочетов Г.А. (1986) Транскетолаза: структура и механизм действия. Биохимия, 51,2010-2029.

68. Кочетов Г.А., Быкова И.А. (2002) Оптические характеристики транскетолазы, их интерпретация и практическое использование. Вопр. биол. мед. и фармац. химии, №1, 20-23.

69. Севастьянова И.А., Кочетов Г.А. (2004) Оптические характеристики тиамина в модельных системах и в составе холофермента. Биохимия, 69,1187-1195.

70. Селиванов В.А., Мешалкина Л.Е., Ковина М.В., Кочетов Г.А. (1997) Определение констант первичного связывания субстратов с транскетолазой пекарских дрожжей методом кинетического моделирования. Биохимия, 62, 499-507.

71. Соловьева О.Н, Мешалкина JI.E., Ковина М.В., Селиванов В.А., Быкова И.А., Кочетов Г.А. (2000) Конкурентное по отношению к субстрату-донору ингибирование транскетолазы субстратом-акцептором. Биохимия, 65,1421-1424.

72. Cavalieri, R.L., Sable, H.Z. (1972) Kinetic study of transketolase from baker's yeast. Feder. Proc., 31, 846.

73. Ковина М.В., Куимов А.Н., Кочетов Г.А. (1993) Существенные остатки тирозина транскетолазы пекарских дрожжей. И. Исследование функции существенных остатков тирозина. Биохимия, 58,1341-1350.

74. Kovina, M.V., Kochetov, G.A. (1998) Cooperativity and flexibility of active sites in homodimeric transketolase. FEBS Lett., 440, 81-84.

75. Куимов A.H., Мешалкина Jl.E., Кочетов Г.А. (1986) Функциональная карбоксильная группа в активном центре транскетолазы. Биохимия, 51,1908-1918.

76. Кочетов Г.А. (2001) Функциональная подвижность молекулы транскетолазы. Биохимия, 66,1335-1345.

77. Datta, A.G., Racker, Е. (1961) Mechanism of action of transketolase. II. The substrate-enzyme intermediate. J. Biol. Chem., 236, 624-628.

78. Bykova, I.A., Solovjeva, O.N., Meshalkina, L.E., Kovina, M.V., Kochetov, G.A. (2001) One-substrate transketolase-catalyzed reaction. Biochem. Biophys. Res. Commun., 280, 845-847.

79. Соловьева O.H., Быкова И.А., Мешалкина Л.Е., Ковина М.В., Кочетов Г.А. (2001) Расщепление кетосубстратов под действием транскетолазы и природа образующихся продуктов. Биохимия, 66, 1144-1149.

80. Monod, J., Wyman, J., Changeux, J. P. (1965) On the nature of allosteric transition: A plausible model. J. Mol. Biol., 12, 88-118

81. Koshland, D.E., Nemety, G., Filmer, D. (1966), Comparison of experimental binding data and theoretical models in proteins containing subunits. Biochemistry, 5,365-385.

82. Мешалкина Л.Е., Кочетов Г.А. (1979) Участие двухвалентных катионов во взаимодействии тиаминдифосфата с апотранскетолазой пекарских дрожжей. ДАН СССР, 248, 14821486.

83. Esakova, О.А., Meshalkina, L.E., Golbik, R., Htibner, G., Kochetov, G.A., Which stage of the process of apotransketolase interaction with thiamine diphosphate is affected by the regulatory activity of the donor substrate. IUBMB Life (in press).

84. Есакова O.A. (2005) Изменение свойств транскетолазы в результате ее взаимодействия с кофакторами и субстратами. Дис., канд. биол. наук, МГУ, Москва.