Масс-спектрометрическое исследование реакций дейтероводородного обмена ионов биоорганических молекул с дейтероаммиаком с использованием радиочастотного сегментированного квадруполя в качестве молекулярно-ионного реактора тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 01.04.17, кандидат физико-математических наук Чудинов, Алексей Владимирович

• Чудинов, Алексей Владимирович
• кандидат физико-математических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Чудинов, Алексей Владимирович

Введение.

Глава 1. Литературный обзор.

1.1 Конформационная структура белков.

1.2 Анализ газофазной конформационной структуры биологических молекул физическими методами с использованием масс-спектрометрии.

1.2.1 Методы активированной фрагментации.

1.2.2 Измерения сечений рассеяния многозарядных ионов белков.

1.3 Анализ газофазной конформационной структуры биологических молекул химическими методами с использованием масс-спектрометрии.

1.3.1 Реакции переноса протонов при анализе конформационных состояний ионов белков.

1.3.2 Реакции образования нековалентносвязанных ион-молекулярных комплексов протонированных полипептидов.

1.4 Использование реакций газофазного H/D-обмена для исследования конформационной структуры биомолекул.

1.4.1 Механизм протекания реакций газофазного H/D-обмена.

1.4.2 Вычисление центроспецифичных констант скорости Н/0-обмена.

1.4.3 Эксперименты по исследованию конформационных состояний протонированных белков методом H/D-обмена.

Глава 2. Методика проведения экспериментов.

2.1 Экспериментальная установка тгг.-.-.т.7.г.

2.2 Реагенты и реактивы.

2.3 Приготовление дейтерирующей смеси и растворов для электрораспыления.

2.4 Методика проведения реакций H/D-обмена.

2.4.1 Использование радиочастотного квадруполя в качестве ион-молекулярного реактора.

2.4.2 Измерение коэффициентов подвижности протонированных ионов аминокислот и полипептидов.

2.4.3 Анализ влияния продольной диффузии на наблюдаемую кинетику реакций, изучаемых с помощью RFQ.

Глава 3. Модельное описание кинетики H/D-обмена в протонированных ионах аминокислот и полипептидов.

3.1 Связь кинетики H/D-обмена с наблюдаемым распределением интенсивностей изотопных пиков в масс-спектре.

3.2 Модель независимого H/D-обмена для каждого отдельного активного атома водорода.

3.3 Алгоритм обработки экспериментальных данных.

Глава 4. Экспериментальные результаты и их обсуждение.

4.1 Кинетика образования нековалентносвязанных комплексов ионов аминокислот с ND3.

4.2 Кинетика H/D-обмена в ионах аминокислот.

4.3 Кинетика H/D-обмена в ионах полипептидов.

4.3.1 Определение кинетических параметров H/D-обмена в ионах полипептидов.

4.3.2 Грамицидин S.

4.3.3 Лейцин-Энкефалин.

4.3.4 Полипептид HR2.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Масс-спектрометрическое исследование реакций дейтероводородного обмена ионов биоорганических молекул с дейтероаммиаком с использованием радиочастотного сегментированного квадруполя в качестве молекулярно-ионного реактора»

За последние годы значительно выросло значение масс-спектрометрических методов анализа в областях науки, связанных с исследованием сложных биоорганических молекул. В основном это произошло благодаря введению в рутинную практику методов мягкой ионизации таких, как ионизация электрораспылением (ESI) и матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация (MALDI), которые позволили переводить молекулярные ионы биологических макромолекул в газовую фазу без сопутствующих процессов образования ионов-фрагментов. Новые методы ионизации в сочетании с универсальностью масс-спектрометрического метода анализа привели к тому, что сейчас его значение для биологии трудно переоценить. Например, масс-спектрометры высокого разрешения с преобразованием Фурье такие, как масс-спектрометры, использующие ион-циклотронный резонанс (FT-ICR), а также, с недавнего времени, масс-спектрометры с орбитальной ионной ловушкой (Orbitrap), позволяют определять молекулярные веса биологических соединений с точностью, недостижимой другими методами. Помимо этого, использование тандемной масс-спектрометрии открывает практически неограниченные возможности при расшифровке первичной аминокислотной последовательности белков и полипептидов.

В последнее время внимание исследователей все больше привлекает перспектива^ расширения^ аналитических - возможностей метода масс-спектрометрии, как инструмента для изучения особенностей конформационной структуры биологических ионов, а в том числе и исследование конформационных состояний этих ионов в газовой фазе. Методы исследования газофазных конформационных структур биомолекул с использованием масс-спектрометрии можно условно разделить на физические и химические. Наиболее распространенным физическим методом является метод измерения подвижности ионов белка в электрических полях в газовой фазе, который часто называют методом ионной хроматографии по аналогии с жидкостной или газовой. Суть этого метода заключается в определении сечений рассеяния молекул инертных газов на ионах белка; при этом величины найденных сечений определяются в основном геометрией таких ионов. Таким образом, на основании измеренных значений сечений рассеяния можно делать общие выводы о геометрической форме белковых ионов. Помимо этого, различие величин этих сечений у разных конформационных структур позволяет проводить качественное разделение последних по их подвижности.

Из химических методов наибольший интерес представляет метод дейтероводородного (H/D) обмена, который основан на том, что молекулы белков обладают активными протонами, которые могут быть замещены на дейтерий в результате взаимодействия с дейтерирующим агентом. С химической точки зрения этот процесс аналогичен кислотно-основным реакциям, протекающим с молекулами белков в растворах. Скорость такого процесса сильно зависит от стерической доступности подвижных протонов, участвующих в реакции. Таким образом, различие скоростей H/D-обмена отдельных активных атомов водорода дает возможность анализа конформационного состояния.

Первые эксперименты по газофазному H/D-обмену на ионах белков были проведены только в начале 90-х, хотя похожая методика исследований в растворах применяется уже довольно давно. Первоначально для анализа полу^ющихся дейтерированных^фракций .использовали, метод-ЯМР, но------- впоследствии с появлением источников мягкой ионизации метод масс-спектрометрии стал более предпочтительным. Стоит отметить, что, несмотря на внешнее сходство, методики определения конформационной структуры с использованием H/D-обмена в растворе и в газовой фазе существенно различаются как с точки зрения практической реализации, так и с точки зрения механизмов протекающих при этом процессов.

Традиционно в газовой фазе реакции H/D-обмена проводят в ячейке ион-циклотронного резонанса с последующим детектированием дейтерированных фракций на масс-спектрометре FT-ICR. Среди других методов, описанных в литературе, метод с применением FT-ICR является, пожалуй, самым распространенным и дает наиболее воспроизводимые данные. Очевидное достоинство FT-ICR заключается в том, что при его использовании достигаются рекордные времена реакции за счет захвата ионов в /С/?-ячейке. Однако можно отметить, что этот метод все же имеет два недостатка. Первое, это разделение во времени процесса H/D-обмена и детектирования образующихся дейтерированных продуктов, так как для детектирования требуется предварительная откачка из /СЛ-ячейки газов-реагентов. Второе, это щ необходимость оперировать низкими давлениями дейтерирующей смеси ~10" -10'5 Торр, чтобы избежать больших потерь ионов. Метод, предлагаемый в нашей работе, позволяет избежать этих недостатков.

В нашей работе в качестве реактора для проведения реакций H/D-обмена с ионами белков и полипептидов предлагается радиочастотный сегментированный квадруполь, расположенный в интерфейсе времяпролетного масс-спектрометра с ортогональным вводом ионов. При этом время реакции задается напряженностью продольного электростатического поля вдоль оси квадруполя, а детектирование образующихся дейтерированных фракций осуществляется времяпролетным масс-анализатором. Представляемая конструкция обеспечивает взаимодействие ионов белка с дейтерирующим агентом с последующим ^.непрерывным детектированием— продуктов реакции и, кроме того, работает при относительно высоких давлениях ~10'2 Торр.

Актуальность:

1. Перспектива расширения аналитических возможностей метода масс-спектрометрии, как инструмента для изучения особенностей газофазной конформационной структуры биологических ионов.

2. Информация об устойчивых конформационных состояниях биомолекул в газовой фазе имеет как фундаментальную, так и практическую ценность. Сюда можно включить:

• изучение влияния водной среды на процесс организации и функционирования биологических макромолекул,

• уточнение природы внутримолекулярных взаимодействий, ведущих к формированию нековалентных структур в биологических системах.

3. Потребность в определении мест селективного протонирования в газофазных ионах белков и полипептидов для более глубокого понимания механизмов перехода таких ионов в вакуум в современных источниках ионизации: MALDI и ESI.

Целью настоящей работы является:

Исследование возможности использования сегментированного радиочастотного квадруполя, расположенного в атмосферном интерфейсе времяпролетного масс-спектрометра с ортогональным вводом ионов, в качестве ион-молекулярного реактора для изучения кинетики реакций H/D-обмена в биоорганических ионах.

Для достижения поставленной цели были сформулированы задачи:

• Разработка методики численной обработки временной последовательности экспериментально полученных масс-спектров дейтерированных продуктов для вычисления кинетических параметров реакций изотопного обмена.

• Реализация экспериментального метода исследования, включая: a) Определение величин подвижности ионов аминокислот и полипептидов в продольном электрическом поле сегментированного радиочастотного квадруполя. b) Исследование кинетики H/D-обмена ряда биомолекулярных ионов с дейтерированным аммиаком внутри сегментированного радиочастотного квадруполя при задании времени контакта этих ионов с газом-реагентом напряженностью продольного электрического поля и последующим детектированием ионов-продуктов времяпролетным масс-спектрометром с ортогональным вводом ионов.

Основные защищаемые положения:

• Методика численной обработки масс-спектров молекулярных ионов аминокислот и полипептидов, получаемых в ходе протекания процесса H/D-обмена в этих ионах.

• Механизм стабилизации ион-молекулярных комплексов ионов аминокислот с молекулами дейтероаммиака через диссипацию избыточной энергии на внутренних степенях свободы этих комплексов.

• Эффективные константы скорости реакции H/D-обмена в ионах аминокислот, усредненные по всем наблюдаемым процессам H/D-замещений и находящиеся в диапазоне ~10"n-10'10 cmV1, при использовании дейтерированного аммиака в качестве дейтерирующего агента.

• Разрешение групп активных атомов водорода, участвующих в реакциях H/D-обмена с разными скоростями, в ионах грамицидина S и лейцин-энкефалина.

Научная новизна'.

• Предложена оригинальная методика расчета кинетических параметров H/D-обмена, которая использует связь наблюдаемых интенсивностей масс-спектральных линий с концентрацией активных центров исходного иона-реагента. Разработанный подход применим для сложных биоорганических молекул, для которых изотопное распределение является неразрешенным.

• Продемонстрированы возможности сегментированного радиочастотного квадруполя в качестве молекулярно-ионного реактора для исследования H/D-обмена в биомолекулярных ионах.

Научная и практическая ценность:

• Разработанный метод определения кинетических параметров процесса H/D-обмена в сложных биоорганических ионах является универсальным и применим для широкого круга ионов биомолекул и газов-реагентов.

• Сегментированный радиочастотный квадруполь, предлагаемый в качестве молекулярно-ионного реактора для изучения H/D-обмена, может применяться как атмосферный интерфейс во времяпролетных масс-спектрометрах с целью расширения их аналитических возможностей.

Личный вклад автора'.

Автором разработана численная методика для исследования кинетики реакций изотопного обмена при масс-спектрометрическом детектировании продуктов реакции. Автор непосредственно участвовал в обосновании, постановке и проведении всех экспериментов, их интерпретации и обобщении полученных результатов.

Апробация работы.

Результаты работы докладывались и обсуждались на конференциях: Международная конференция "Desorption-2004", Санкт-Петербург, Россия, 2004; 2-я Международная семинар-школа «Масс-спектрометрия в химической физике, биофизике и экологии», Звенигород , 2004, (докладываемой работе присуждено призовое место на конкурсе молодых ученых); Международная конференция американского масс-спектрометрического общества, Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, San Antonio, USA, 2005; I Всероссийская конференция с международным^ участием «Масс-спектрометрия и ее прикладные проблемы», Москва, 2005; Конференция «Научные школы Черноголовки - молодежи», Черноголовка, 2006; 3-я Международная конференция-школа «Масс-спектрометрия в химической физике, биофизике и экологии», Звенигород, 2007, (докладываемой работе присуждено призовое место на конкурсе молодых ученых).

Публикации:

Основные результаты работы изложены в 2 публикациях в реферируемом отечественном журнале и в 6 тезисах докладов на российских и международных конференциях.

Объем и структура диссертации:

Диссертация состоит из введения, четырех глав, выводов и списка цитируемой литературы. Объем диссертации составляет 110 страниц, включая 42 рисунка и 7 таблиц. Список литературы содержит 101 наименование.

Заключение диссертации по теме «Химическая физика, в том числе физика горения и взрыва», Чудинов, Алексей Владимирович

Выводы

1. Разработана методика численной обработки масс-спектров протонированных аминокислот и полипептидов, получаемых в ходе их взаимодействия с дейтерирующим агентом. Методика применена для получения информации о кинетике реакций H/D-обмена в независимых реакционных центрах молекулярных ионов девяти аминокислот и трех полипептидов. Учтено естественное изотопное распределение и реакция обратного обмена.

2. Определены ионные подвижности в электрическом поле ионов девяти аминокислот (Asp, Ala, Arg, Glu, His, lie, Pro, Tyr, Lys), а также одно- и двухзарядных ионов грамицидина S, однозарядного иона лейцин-энкефалина и двухзарядного иона полипептида HR2.

3. С использованием радиочастотного квадруполя с продольным электрическим полем в качестве химического реактора и орто-ВПМС в качестве детектора исследованы процессы комплексообразования протонированных аминокислот с молекулами ND3, протекающие параллельно процессам H/D-обмена. Для семи ионов аминокислот (Asp, Ala, Glu, lie, Туг, Pro, His) установлено образование ион-молекулярных комплексов с молекулами ND3. Для пяти ионов аминокислот (Asp, Ala, Glu, Не, Туг) определены константы скорости комплексообразования. На основании зависимости кинетики комплексообразования от давления предложен механизм стабилизации комплексов через диссипацию избыточной энергии на внутренние степени свободы самого комплекса

4. Исследована кинетика реакций H/D-обмена ионов девяти аминокислот (Asp, Ala, Arg, Glu, His, lie, Pro, Tyr, Lys). Определены эффективные константы скорости H/D-обмена, величины которых находятся в диапазоне от 7х10"и (для Arg) до 4хЮ"10 см3с"' (для Не). Проанализирована связь констант скорости H/D-обмена с разностями в энергиях сродства к протону реагентов.

5. Исследована кинетика реакций H/D-обмена в газовой фазе ионов полипептидов GS, Leu-Enk и HR2 и определены эффективные константы скорости, соответствующие групповому обмену кинетически эквивалентных активных атомов Н. Установлено, что в [GS+2H] присутствует два вида активных атомов Н, различающихся по реакционной способности на порядок. Установлено, что в [Leu-Enk+H]+ присутствует также два вида активных атомов Н, различающихся по реакционной способности на три порядка. Для иона [HR2+2H]+2 различающихся констант скорости не выявлено.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Чудинов, Алексей Владимирович, 2007 год

1. Ленинджер А. Основы биохимии. Москва «Мир», Т. 1, 1985, 137-226.

2. Wolynes P.G., "Biomolecular folding in vacuo", Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 92, 1995,2426-2427.

3. Suckau D., Shi Y., Beu S.C., Senko M.W., Quinn J.P., Wampler III F.M., McLafferty, "Coexisting stable conformations of gaseous protein ions", Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 90,1993,790-793.

4. Wood T.D., Chorush R.A., Wampler III F.M., Little D.P., O'Connor P.B., McLafferty F.W., "Gas-phase folding and unfolding of cytochrome с cations", Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 92,1995,2451 -2454.

5. McLafferty F.W., Guan Z., Haupts U., Wood T.D., Kelleher N.L., "Gaseous conformational structures of cytochrome c", J. Am. Chem. Soc. 120, 1998, 47324740.

6. Jarrold M.F., "Unfolding, refolding, and hydration of proteins in the gas phase", Acc. Chem. Res. 32,1999, 360-367.

7. Hoaglund-Hyzer C.C., Counterman A.E., Clemmer D.E., "Anhydrous protein ions", Chem. Rev. 99,1999, 3037-3079.

8. Clemmer D.E., Hudgins R.R., Jarrold M.F., "Naked protein conformations: cytochrome с in the gas phase", J. Am. Chem. Soc. 117, 1995, 10141-10142.

9. Shelimov K.B., Clemmer D.E., Hudgins R.R., Jarrold M.F., "Protein structure in vacuo: gas-phase conformations of BPTI and cytochrome c", J. Am. Chem. Soc. 119,1997,2240-2248.

10. Shelimov K.B., Jarrold M.F., ""Denaturation" and refolding of cytochrome с in vacuo", J. Am. Chem. Soc. 118, 1996,10313-10314.

11. Counterman A.E., Clemmer D.E., "Large anhydrous polyalanine ions: evidence for extended helices and onset of a more compact state", J. Am. Chem. Soc. 123,2001, 1490-1498.

12. Gill A.C., Jennings K.R., Wyttenbach Т., Bowers M.T., "Conformations of biopolymers in the gas phase: a new mass spectrometric method", Int. J. Mass Spectrom. 195/196,2000, 685-697.

13. Wyttenbach Т., Helden G., Bowers M.T., "Gas-phase conformation of biological molecules: bradykinin", J. Am. Chem. Soc. 118, 1996, 8355-8364.

14. Shelimov K.B., Jarrold M.F., "Conformations, unfolding and refolding of apomyoglobin in vacuum: an activation barrier for gas-phase protein folding", J. Am. Chem. Soc. 119,1997,2987-2994.

15. Westermeier R., Naven Т., "Proteomics in practice", Wiley-VCH Verlag-GmbH Weinheim, 2002.

16. McLuckey S.A., Goeringer D.E., "Slow heating methods in tandem mass spectrometry",./. Mass Spectrom. 32,1997,461-474.

17. Reid G.E., Simpson R.J., O'Hair R.A.J., "Probing the fragmentation reactions of protonated glycine oligomers via multistage mass spectrometry and gas phase ion molecule hydrogen/deuterium exchange", Int. J. Mass Spectrom. 190/191, 1999, 209-230.

18. Dongre A.R., Jones J.L., Somogyi A., Wysocki V.H., "Influence of peptide composition, gas-phase basicity, and chemical modification on fragmentation efficiency: evidence for the mobile proton model", J. Am. Chem. Soc. 118, 1996, 8365-8374.

19. Johnson R.S., Martin S.A., Biemann K., "Collision-induced fragmentation of (M+H)+ ions of peptides. Side chain specific sequence ions", Int. J. Mass Spectrom. 86,1988, 137-154.

20. Vachet R.W., Asam M.R., Glish G.L., "Secondary interactions affecting the dissociation patterns of arginine-containing peptide ions", J. Am. Chem. Soc. 118, 1996,6252-6256.

21. Rockwood A.L., Busman M., Smith R.D., "Coulombic effects in the dissociation of large highly charged ions" International Journal of Mass Spectrometry and Ion Processes 111, 1991, 103-129.

22. Yu H., Murata К., Hedrick J.L., Almaraz R.T., Xiang F., Franz A.H., "The disulfide bond pattern of Salmon egg lectin 24K from the chinook salmon oncorhynchus tshawytscha", Arch. Biochem. Biophys. 463,2007, 1-11.

23. Wu Q., Orden V.S., Cheng X., Bakhtiar R., Smith R.D., "Characterization of cytochrome с variants with high-resolution FTICR mass spectrometry: correlation of fragmentation and structure", Anal Chem. 61, 1995,2498-2509.

24. Loo J.A., Edmonds C.G., Smith R.D., "Primary sequence information from intact proteins by electrospray ionization tandem mass spectrometry." Science 248, 1990,201-204.

25. Schey K.L., Durkin D.A., Thornburg K.R., "Design and performance of inline surface-induced dissociation device in a four-sector mass-spectrometer", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 6,1995,257-263.

26. McCormack A.L., Jones J.L., Wysocki V.H., "Surface-induced dissociation of multiply protonated peptides", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 3, 1992, 859-862.

27. Mabud M.A., Dekrey M.J., Cooks R.G., "Surface-induced dissociation of molecular ions", Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 67,1985,285-294.

28. Sleno L., Volmer D.A., "Ion activation methods for tandem mass spectrometry", J. Mass Spectrom. 33,2004, 1091-1112.

29. McMahon T.B., Tonner D.S., Tholmann D., "Spontaneous unimolecular dissociation of small cluster ions, (H30+)Ln and СГ(Н20)П (n = 2-4), under fourier transform ion cyclotron resonance conditions",/. Phys. Chem. 98,1994,2002-2004.

30. Covey Т., Douglas D.J., "Collision cross sections for protein ions", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 4, 1993, 616-623.

31. Chen Y., Collings B.A., Douglas D.J., "Collision cross sections of myoglobin and cytochrome с ions with Ne, Ar and Kr", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 8, 1997, 681-687

32. И. Мак-Даниель, Э. Мэзон., Подвижность и диффузия ионов в газах. Москва «Мир» 1976,426 с.

33. Javahery G., Thomson В., "A segmented radiofrequency-only quadrupole collision cell for measurements of ion collision cross section on a triple quadrupole mass spectrometer", J. Am. Chem. Soc. 8, 1997, 697-702.

34. Matthew J.B., "Electrostatic effects in proteins" Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 14,1985,387-417.

35. Bohme D.K., Fennelly P., Hemsworth R.S., Schiff H.I., "Preferred direction of proton transfer between C2H7+ and CO, CH4, N20, and C2H4 at 300 K", J. Am. Chem. Soc. 95,1973, 7512-7513.

36. Cheng X., Wu Z., Fenselau C., "Collision energy dependence of proton-bound dimmer dissociation: entropy effects, proton affinities and intramolecular hydrogen-bonding in protonated peptides", J. Am. Chem. Soc. 115, 1993,4844-4848.

37. Kaltashov I.A., Fenseau C.C., "A direct comparison of "first" and "second" gas phase basicities of the octapeptide RPPGFSPF", J. Am. Chem. Soc. 117, 1995, 9906-9910.

38. Wu Z., Fenselau C., "Proton affinity of arginine measured by the kinetic approach", Rapid Commun. Mass Spectrom. 6,1992,403-405.

39. Andersen U.N., Bojesen G., «The order of lithium ion affinities for the 20 common a-amino acids. Calculation of energy-well depth of ion-bound dimmers», J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2, 1997, 323-327.

40. Schnier P.D., Gross D.S., Williams E.R., "On the maximum charge state and proton transfer reactivity of the peptide and protein ions formed by electrospray ionization", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 6,1995,1086-1097.

41. Gross D.S., Williams E.R., "Structure of gramicidin S (M+H+X)2+ ions (X=Li, Na, K) probed by proton transfer reactions", J. Am. Chem. Soc. 118, 1996, 202-204.

42. Chouwdhury S.K., Katta V., Chait B.T., "An electrospray-ionization mass spectrometer with new features", Rapid. Commun. Mass Spectrom. 4,1990, 81-87.

43. Smith R.D., Light-Wahl K.J., "The observation of non-covalent interactions in solution by electrospray ionization mass spectrometry: promise, pitfalls and prognosis", Biol. Mass Spectrom. 22,1993,493-501.

44. Klassen J.S., Blades A.T., Kebarle P., "Determinations of ion-molecule equilibria involving ions produced by electrospray. hydration of protonated amines, diamines, and some small peptides" J. Phys. Chem. 99,1995,15509-15517.

45. Rodriguez-Cruz S.E., Klassen J.S., Williams E.R., "Hydration of gas-phase gramicidin S M+2H.2+ ions formed by electrospray: the transition from solution to gas-phase structure", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 8,1997, 565-568.

46. Rodriguez-Cruz S.E., Klassen J.S., Williams E.R., "Hydration of gas-phase ions formed by electrospray ionization", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 10, 1999, 958968.

47. Zhan D., Rosell J., Fenn J.B., "Solvation studies of electrospray ions -method and early results", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 9, 1998, 1241-1247.

48. Stephenson J.L., Jr., McLuckey S.A., "Gaseous protein cations are amphoteric", J. Am. Chem. Soc. 119,1997,1688-1696.

49. Stephenson J.L., Jr., McLuckey S.A., "Counting basic sites in oligopeptides via gas-phase ion chemistry", Anal. Chem. 69, 1997,281-285.

50. Cheng X., Fenselau C., "Target-capture and ion/molecule reactions in high-energy collisions between protonated polypeptide ions and hydrogen-containing target gases", J. Am. Chem Soc. 115, 1993, 10327-10333.

51. Caldwell K.A., Giblin D.E., Hsu C.S., Cox D., Gross M.L., "Endohedral complexes of fullerene radical cations", J. Am. Chem. Soc. 113,1991, 8519.

52. Ross M.M., Callahan J.H., "Formation and characterization of carbon mol.-helium (C60He+)'\ J. Phys. Chem. 95, 1991, 5720.

53. Т.Е. Wales, J.R. Engen, «Hydrogen exchange mass spectrometry for the analysis of protein dynamics», Mass Spectrom. Rev. 25, 158-170,2006.

54. Schaaff T.G., Stephenson J.L., Jr., McLuckey S.A., "Gas phase H/D exchange kinetics: DI versus D20", J. Am. Soc. Mass Spectrom. 11,2000,167-171.

55. Balta В., Basma M., Aviyente V., Zhu C., Lifshitz C., "Structures and reactivity of gaseous glycine and its derivatives", International Journal of Mass Spectrometry 201, 2000, 69-85.

56. Rozman M., Bertosa В., Klasinc L., Srzic D., "Gas phase H/D exchange of sodiated amino acids: why do we see zwitterions?", Journal of the American Society for Mass Spectrometry 17,2006,29-36.

57. Rozman M., Srzic D., Klasinc L., "Gas-phase interaction of protonated lysne with water", International Journal of Mass Spectrometry 253,2006,201-206.

58. Dookeran N.N., Harrison A.G., "Gas-phase H-D exchange reactions of protonated amino acids and peptides with ND3", Journal of Mass Spectrometry 30, 1995, 666-674.

59. Koster G., Soskin M., Peres M., Lifshitz C., "Ion/molecule reactions of protonated diglycine: an electrospray ionization flow tube experiment", International Journal of Mass Spectrometry 179/180, 1998, 165-171.

60. Koster G., Lifshitz C., "H/D exchange reactions of protonated diglycine; an electrospray ionization-flow tube reactor experiment", International Journal of Mass Spectrometry 182/183, 1999,213-220.

61. Green M.K., Lebrilla C.B., "The role of proton-bridged intermediates in promouting hydrogen-deuterium exchange in gas-phase protonated diamines, peptides and proteins", International Journal of Mass Spectrometry and Ion Processes 175,1998,15-26.

62. Jaroszewski L., Lesyng В., "Ab initio study of proton transfer in H3N-H-NH3.+ and [H3N-H-OH2]+", Chemical Physics Letters 175, 1990, 282-288.

63. Farneth W.E., Brauman J.I., "Dynamics of proton transfer involving delocalized negative ions in the gas phase", Journal of the American Chemical Society 98, 1976,7891-7898.

64. He F., Marshall A.G., "Weighted quasi-Newton and variable-order, variable-step Adams algorithm for determining site-specific reaction rate constant", J. Phys. Chem. A 104,2000, 562-567.

65. Разникова M.O., Разников B.B., «Определение степени активности Н-атомов ионов полифункциональных соединений по масс-спектрам H/D-обмена», Химическая Физика 24,2005, 13-18.

66. Разникова М.О., Разников В.В., «Новый подход к анализу кинетики процессов H/D-обмена активных атомов водорода полифункциональных соединений», Масс-спектрометрия 3,2006, 193-200.

67. Reuben B.G., Ritov Y., Geller О., McFarland M.A., Marshall A.G., Lifshitz C., "Applying a new algorithm for obtaining site specific rate constants for H/Dexchange of the gas phase proton-bound arginine dimer", Chemical Physics Letters 380,2003,88-94.

68. B.E. Гмурман, Теория вероятностей и математическая статистика, Москва «Высшая школа», 1998,323 с.

69. Geller О., Lifshitz С., "Applying a new algorithm to H/D exchange of multiply protonated cytochrome c", Int. J. of Mass Spectrom. 233,2004,125-129.

70. Lifshitz C., "A review of gas-phase H/D exchange experiments: the protonated arginine dimmer and bradykinin nonapeptide systems", International Journal of Mass Spectrometry 234,2004,63-70.

71. Xiao H., Kaltashov I.A., Eyles S.J., "Indirect assessment of small hydrophobic ligand binding to a model protein using a combination of ESI MS and HDX/ESI MS", Journal of the American Society for Mass Spectrometry 14, 2003, 506-515.

72. Kogan A., Ustyuzhanin P., Reuben B.G., Lifshitz C., "Hydrogen/deuterium exchange of monomers and dimmers of leucine enkephalin", International Journal of Mass Spectrometry 213,2002, 1-4.

73. Freitas M.A., Hendrickson C.L., Emmett M.R., Marshall A.G., "Gas-phase bovine ubiquitin cation conformations resolved by gas-phase hydrogen/deuterium exchange rate and extent", Int.J. of Mass Spectrom. 185-187, 1999, 565-575.

74. Wyttenbach Т., Bowers M.T., "Gas phase conformations of biological molecules: the hydrogen/deuterium exchange mechanism", Journal of the American Society for Mass Spectrometry 10, 1999, 9-14.

75. Zhang Z., Li W., Guan S., Marshall A.G., "Higher-order structure of gas-phase peptides from gas-phase H/D exchange experiments" Proceedings of the 44th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Portland, OR, 1996; p 1061.

76. Jurchen J.C., Cooper R.E., Williams E.R., "The role of acidic residues and sodium ion adduction on the gas-phase H/D exchange of peptides and peptide dimers", Journal of the American Society for Mass Spectrometry 14, 2003, 14771487.

77. Mao D., Douglas D.J., "H/D exchange of gas phase bradikinin ions in a linear quadrupole ion trap", Journal of the American Society for Mass Spectrometry 14, 2003,85-94.

78. Chipuk J.E., Jennifer B.S., "Gas-phase hydrogen/deuterium exchange of 5'-and 3'-mononucleotides in a quadrupole ion trap: exploring the role of conformation and system energy", Journal of the American Society for Mass Spectrometry 18, 2007,724-736.

79. Evans S.E., Lueck N., Marzluff E.M., "Gas phase hydrogen/deuterium exchange of proteins in an ion trap mass spectrometer", Int. J. of Mass Spectrom. 222,2003,175-187.

80. Geller 0., Lifshitz С., "An electrospray ionization-flow tube study of H/D exchange in the protonated serine dimmer and protonated serine dipeptide", Int. J. of Mass Spectrom. 227,2003, 77-85.

81. Ustyuzhanin P., Ustyuzhanin J., Lifshitz C., "An electrospray ionization-flow tube study of H/D exchange in protonated serine", International Journal of Mass Spectrometry 223-224,2003,491-498.

82. Kaltashov I.A., Doroshenko V.M., Cotter R.J., "Gas phase hydrogen/deuterium exchange reactions of peptide ions in a quadrupole ion trap mass spectrometer", PROTEINS: Structure, Function, and Genetics 28, 1997, 53-58.

83. Gerlich D. Inhomogeneous RF fields: a versalite tool for the study of processes with slow ions, in Advances in Chemical Physics Series, LXXXII (Eds.: Cheuk-Yiu N., Michael В.), John Willey&Sons, 1992.

84. Tolmachev A.V., Chernushevich I.V., Dodonov A.F., Standing K.G., "A collisional focusing ion guide for coupling an atmospheric pressure ion source to a mass spectrometer", Nuclear-Instruments and Methods in Physics Research В 124, 1997,112-119.

85. Семиохин И.А., Страхов Б.В., Осипов А.И. Кинетика гомогенных химических реакций. Издательство Московского Университета 1986, стр. 107.

86. Хастед Д. Физика атомных столкновений. Москва: «Мир», 1965, стр.642-665.

87. Бейнон Д. Масс-спектрометрия и ее применение в органической химии. Москва: «Мир», 1964, стр. 500-652.