Локализация генов в морфологических структурах политенных хромосом Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.07, кандидат наук Хорошко Варвара Андреевна

• Хорошко Варвара Андреевна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Хорошко Варвара Андреевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1 Общие сведения о политенных хромосомах

1.2 Особенности организации политенных хромосом

1.2.1 Эухроматин и гетерохроматин

1.2.2 Дисковый рисунок политенных хромосом

1.2.3 Пуфы

1.3 Хромомерная организация политенных хромосом - гипотезы о генетической организации дисков и междисков

1.4 Состояния хроматина в интерфазных хромосомах

1.4.1 Модель пяти состояний хроматина

1.4.2 Модель организации активного хроматина

1.4.3. Модель трех состояний конденсации хроматина 3CM

1.4.4 Модель четырех состояний хроматина 4HMM

1.5 Заключение по обзору литературы

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Линии мух и их ведение

2.2 Приготовление препаратов давленных политенных хромосом для световой микроскопии и гибридизации in situ

2.3 Выделение и очистка геномной ДНК с помощью KAc/LiCl метода

2.4 Получение ДНК-зондов для флуоресцентной гибридизации in situ

2.4.1 Подбор праймеров

2.4.2 Получение ДНК-зондов с помощью метода ПЦР

2.4.3 Горизонтальный электрофорез ДНК в агарозном геле

2.4.4 Очистка зондов

2.4.5 Мечение ДНК-зондов

2.5 Флуоресцентная ДНК/ДНК гибридизация in situ на политенных хромосомах

2.6 Цитологический анализ препаратов

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Расположение генов домашнего хозяйства в доменах открытого хроматина

3.1.1 Гены в междисках района 9F-10B3

3.1.2 Гены в междисках района 21D

3.1.3 Гены в районах 20 междисков

3.1.4 Общий принцип организации междисков

3.2 Структура и организация черных дисков (интеркалярного гетерохроматина)

3.2.1 Хроматиновый состав черных дисков в соответствии с моделью 4HMM

3.2.2 Malachite в дисках интеркалярного гетерохроматина

3.2.3 Фрагменты aquamarine в дисках интеркалярного гетерохроматина

3.2.4 Различия во времени репликации между субтипами хроматина в районах интеркалярного гетерохроматина

3.3 Организация границ дисков интеркалярного гетерохроматина

3.3.1 Структура границ дисков интеркалярного гетерохроматина

3.3.2 Генетический состав фрагментов краевого malachite

3.4 Распределение регуляторных элементов в районах интеркалярного

гетерохроматина

3.4.1 Энхансеры

3.4.2 Инсуляторы

3.4.3 Общий принцип организации черных дисков интеркалярного гетерохроматина

3.5 Интроны «длинных» генов

3.5.1 Полногеномное исследование интронов

3.5.2 Характеристика длинных генов

ГЛАВА IV. ОБСУЖДЕНИЕ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ. ТАБЛИЦЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ИГХ - интеркалярный гетерохроматин

Кб - килобаза; равна одной тысяче пар нуклеотидов

Мб - мегабаза; равна одному миллиону пар нуклеотидов

П. н. - пара нуклеотидов

ПЦР - полимеразная цепная реакция

Т. п. н. - тысяча пар нуклеотидов

ЭМ - электронная микроскопия

CDS (coding region) - кодирующая последовательность, область DAPI (4, 6-diamidino-2-phenylindole) - 4, 6-диамидино-2-фенилиндол dNTP (deoxyribose nucleoside triphosphate) - дезоксирибонуклеозидтрифосфат EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid) - этилендиаминтетраацетат (ЭДТА) FISH (fluorescence in situ hybridization) - флуоресцентная in situ гибридизация HCNE (Highly Conserved Noncoding Elements) - высоко консервативные некодирующие последовательности

mQ H2O (Milli-Q H2O) - высокоочищенная, фильтрованная и деионизованная вода, полученная на приборе Sartorius arium® mini plus

ORC (origin recognition complex) - факторы узнавания участков начала репликации RPKM (reads per kilobase per million mapped reads) - число считываний на килобазу на миллион прокартированных считываний

TAE (tris-acetate-EDTA buffer) - трис-ацетатный буфер

TSS (transcription start site) - сайт старта транскрипции

UTR (untranslated region) - некодирующий (нетранслируемый) регион

4HMM - Four Hidden Markov Model (Four Chromatin State Model) [Zhimulev et al., 2014]

3CM - Three-Configuration Model [Milon et al., 2014]

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Локализация генов в морфологических структурах политенных хромосом Drosophila melanogaster»

Актуальность исследования

Биологические процессы, протекающие в эукариотических клетках, во многом зависят от уровня экспрессии генов. Особый интерес представляют интерфазные хромосомы, в которых происходит активная экспрессия генетического материала, а их интенсивность функционирования максимальна. Именно в этот период хромосомы диплоидных клеток максимально деконденсированы, однако не являются доступными для изучения с помощью световой микроскопии в силу своего небольшого размера. Регуляция генетической активности интерфазных хромосом в значительной степени определяется особенностями структурной организации хроматина, поэтому для изучения этой взаимосвязи необходимо сопоставить цитологическую и молекулярную карты хромосом.

Политенные хромосомы дрозофилы широко используются в качестве модели интерфазных хромосом, поскольку имеют гигантский размер и в интерфазном ядре с помощью светового микроскопа их можно визуализировать по всей длине. Такие хромосомы образуются в тканях слюнных желез в процессе цикла последовательных репликаций хроматид без их расхождения. Благодаря тому, что все дочерние хроматиды остаются связанными, на всем протяжении каждой из хромосом четко визуализируется рисунок из чередующихся темных и светлых полос; он постоянен и зависит от уровня конденсации хроматина вдоль хромосом и образован темными, плотно упакованными дисками и деконденсированными светлыми промежутками между ними - междисками. До недавнего времени точная локализация этих цитологических структур на физической карте ДНК была невозможна.

Благодаря проектам по секвенированию генома дрозофилы и изучению хроматина культур делящихся клеток modENCODE [Adams et al., 2000; modENCODE Consortium et al., 2010], получено большое количество полногеномных данных, систематизация которых привела к созданию компьютерных моделей, разделяющих хроматин дрозофилы на различные состояния. Существует несколько моделей, описывающих состояния хроматина в зависимости от локализации белков, модификаций гистонов и общей чувствительности к ДНКаза I, однако подход к локализации междисков одновременно на цитологическом и молекулярно-генетическом уровне так и не был найден. Для осуществления этой задачи в нашей лаборатории был разработан алгоритм, позволяющий присваивать молекулярные координаты районам, соответствующим междискам на политенных хромосомах в соответствии с локализацией белковых маркеров [Zhimulev et al., 2014]. Модель позволила проводить масштабные сопоставления междисков и дисков молекулярной карте, что позволило оценить количество

черных дисков на хромосоме 2R и впервые составить точную карту четвертой хромосомы D. melanogaster [Демидова и др., 2016; Колесникова, Жимулев, 2016].

Связь структурных элементов, составляющих интерфазные хромосомы, с генами и исследование принципов организации хромосом являются интересными задачами для изучения с помощью методов современной молекулярной генетики. Точная карта сайтов связывания белковых факторов с генетическими структурами, локализация их в определенных доменах хроматина и морфологических структурах хромосом имеет большое значение для расшифровки механизмов регуляции генов. Для изучения этих процессов необходимо локализовать гены и их элементы (промоторы, экзоны, интроны) в морфологических структурах интерфазных политенных хромосом, сопоставить расположение генов разных типов (развития и домашнего хозяйства) с распределением различных состояний хроматина карте интерфазных хромосом. Данная работа посвящена исследованию организации генов и генома в составе интерфазных хромосом.

Цель и задачи исследования

Цель исследования состояла в выявлении закономерностей генетической организации структур политенных хромосом - дисков и междисков, а также в точной локализации их границ на молекулярной карте. Для выполнения этой цели были поставлены следующие задачи:

1. С помощью модели четырех состояний хроматина локализовать на физической карте ДНК выборки из значительного количества междисков и черных дисков.

2. В локализованных структурах хромосом изучить распределение различных состояний хроматина, генетический и белковый состав.

3. С помощью FISH исследовать в политенных хромосомах цитологическую локализацию ряда генов, имеющих в своем составе протяженные интроны, провести анализ сигналов зондов, сопоставить молекулярную локализацию этих генов с цитологической, описать различия в устройстве и локализации генов в геноме.

Научная новизна и практическая значимость

В настоящей работе впервые исследована организация морфологических структур политенных хромосом слюнных желез дрозофилы: междисков, черных и серых дисков и активных участков (пуфов). На физической карте ДНК с большой точностью локализованы 32 междиска, изучена их генетическая организация. Показано, что в междисках расположены 5'-концы генов домашнего хозяйства, описаны принципы расположения и ориентации таких

генов. Определена генетическая организация серых и черных дисков. Серые диски содержат кодирующие части генов с повсеместной активностью, черные диски полигенны, содержат протяженные тканеспецифические гены и большие межгенные промежутки. На физической карте ДНК с большой точностью локализованы границы 62 индивидуальных черных дисков, состоящих из плотно компактизованного, поздно реплицирующегося хроматина. Установлено своеобразие их генетического, нуклеосомного и белкового содержания; изучена молекулярно-генетическая структура таких дисков. На краях черных дисков впервые обнаружены участки хроматина с промежуточными уровнями компактизации и времени завершения репликации. Изучена выборка из 15 генов развития, имеющих размер от 37 до 393 Кб; впервые показано, что на политенных хромосомах из материала интронов этих генов формируются как индивидуальные диски, так и их серии.

Основные положения, выносимые на защиту

Впервые предложен подход, совмещающий использование биоинформатических методов и FISH, позволяющий картировать структуры интерфазных политенных хромосом (междиски, серые и черные диски) на физической карте ДНК и выявлять их генетическую организацию и хроматиновый состав. Выводы картирования получены на основании исследования больших выборок из 32 междисков и 62 черных дисков; впервые с большой точностью на молекулярной карте локализованы их границы. С помощью модели четырех состояний хроматина установлена корреляция активного и открытого для транскрипции материала междисков состоянию aquamarine, рыхлых серых дисков - lazurite, а транскрипционно неактивному материалу черных дисков - ruby. Показано, что черные диски по краям во всех случаях ограничены фрагментами malachite, имеющими промежуточные уровни компактизации хроматина и времени репликации ДНК. Генам с повсеместной активностью впервые установлено соответствие двум морфологическим структурам хромосом - междиску и серому диску; промоторы таких генов локализуются в междиске. Показано, что «гибридные» диски, возникающие в результате слияния компактных черных и рыхлых серых дисков, на краях содержат сайты хроматина lazurite, в которых располагается активно транскрибируемый ген или гены. Длинные гены, в составе которых преобладают протяженные интроны, имеют сложную организацию на уровне хромосомных структур и занимают серию из нескольких дисков и междисков. Впервые показано, что в таких генах формирование дисков происходит из материала интронов.

Личный вклад автора

Основные результаты получены автором самостоятельно. Работы по флуоресцентной in situ гибридизации проведены совместно с Похолковой Г. В. (ИМКБ СО РАН). Автор осуществлял подбор праймеров и амплификацию, очистку и мечение зондов для последующей гибридизации и микроскопии, выполненных Похолковой Г. В. Результаты in situ гибридизации обработаны автором самостоятельно с помощью программ Adobe. В исследованиях использована модель четырех состояний хроматина, созданная Гончаровым Ф. П. с помощью алгоритма Hidden Markov Model (Гончаров Ф. П., Болдырева Л. В., Демакова О. В., Жимулев И. Ф. Программа "HMM4Band" зарегистрирована в Государственном реестре программ для ЭВМ 01.09.2014, свидетельство №2014618888). Обработка полногеномных данных осуществлена автором самостоятельно при помощи программ R, Galaxy, Microsoft Excel и совместно с Левицким В. Г. (ИЦиГ СО РАН) при использовании Microsoft Excel и C++. Статьи написаны в соавторстве с Жимулевым И. Ф., Беляевой Е. С., Зыковой Т. Ю. С Макуниным И. В. получены результаты по исследованию времени репликации хроматина malachite. Совместно с Зыковой Т. Ю. и Левицким В. Г. выполнена работа по взаимной локализации состояний хроматина и корреляционным отношениям длин генов и интронов.

Степень достоверности и апробация результатов

По материалам диссертации опубликовано 6 статей, все в журналах списка ВАК. Результаты работы были представлены в виде устных и стендовых докладов на международных конференциях: Annual International Conference on Biology в 2015 (Греция), «Chromosome» в 2015 и 2018 (Россия), «6th Annual World Congress of Molecular & Cell Biology» в 2016 (Китай), «Drosophila Heterochromatin» в 2017 (Италия), «Chromosomes and Mitosis» в 2016; а также на отечественных конференциях: «Лекция для молодых ученых» в 2017, «Дрозофила в генетике и медицине» в 2017.

Приведенные в диссертации результаты опубликованы в следующих работах:

• Zhimulev I. F., Zykova T. Yu., Goncharov F. P., Khoroshko V. A., Demakova O. V., Semeshin V. F., Pokholkova G. V., Boldyreva L. V., Demidova D. S., Babenko V. N., Demakov S. A., Belyaeva E. S. Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster. PLoS One 9(7): e101631, 2014.

• Жимулев И. Ф., Болдырева Л. В., Демакова О. В., Похолкова Г. В., Хорошко В. А., Зыкова T. Ю., Лавров С. А., Беляева Е. С. Формирование дисков политенных хромосом из интронов генов у дрозофилы. Доклады Академии Наук 466(5): 607-610, 2016

• Khoroshko V. A., Levitsky V. G., Zykova T. Yu., Antonenko O. V., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the late-replicating intercalary heterochromatin domains of Drosophila melanogaster chromosomes. PLoS ONE 11(6): e0157147, 2016

• Хорошко В. А., Зыкова Т. Ю., Попова, О. О., Жимулев И. Ф. Структура границ дисков интеркалярного гетерохроматина в политенных хромосомах Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук 479(5), 589-592, 2018 DOI: 10.7868/S0869565218110257

• Хорошко В. А., Похолкова Г. В., Зыкова Т. Ю., Осадчий И. С., Жимулев И. Ф. Локализация гена dunce в большой серии близлежащих структур политенной хромосомы Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук 484(4), 55-58, 2019 DOI: 10.31857/S0869-56524844507-510

• Khoroshko V. A., Pokholkova G. V., Levitsky V. G., Zykova T. Yu., Antonenko O. A., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Genes (Basel) 11(4):417, 2020 doi: 10.3390/genes11040417

Приведенные в диссертации результаты были представлены:

• В устном докладе «Molecular and genetic structure of polytene chromosome banding pattern in Drosophila melanogaster», Zykova (Vatolina) T. Yu., Sidorenko (Demidova) D. V., Levitsky V. G., Khoroshko V. A., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Annual International Conference on Biology, 22-25 June 2015. Athens, Greece

• В устном докладе «Genetic organization of Drosophila interphase chromosomes», Zhimulev I. F., Zykova (Vatolina) T. Yu., Belyaeva E. S., Goncharov F. P., Semeshin V. F., Demakova O. V., Khoroshko V. A., Boldyreva L. V., Demidova D. V. International conference «Chromosome», 2015. Novosibirsk, Russia

• В устном докладе «Structural and genetic domains of interphase chromosomes in Drosophila melanogaster», Zykova T. Yu., Levitsky V. G., Sidorenko (Demidova) D. V., Sidorenko I. A., Khoroshko V. A., Zhimulev I. F. 6th Annual World Congress of Molecular & Cell Biology, April 25-28, 2016. Dalian, China

• В устном докладе «Chromosomal organization of Drosophila genome», Zykova T. Yu., Levitsky V. G., Sidorenko (Demidova) D. V., Khoroshko V. A., Zhimulev I. F. International mini-conference «Chromosomes and Mitosis». November 25, 2016, Novosibirsk, Russia.

• В устном докладе «Gene location in intercalary heterochromatin bands in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster» Khoroshko V. A., Pokholkova G. V., Levitsky V. G., Zykova T. Yu., Antonenko O. V., Zhimulev I. F. 13th International Conference on Drosophila Heterochromatin. 4-10 June 2017. Cagliari, Italy

• В устном докладе «Диски интеркалярного гетерохроматина в политенных хромосомах Drosophila melanogaster» Хорошко В. А., Зыкова Т. Ю., Похолкова Г. В., Левицкий В. Г., Антоненко О. В., Жимулев И. Ф. Всероссийская конференция «Дрозофила в генетике и медицине». 4-6 октября 2017. Гатчина, Россия

• В устном докладе «Политенные хромосомы - портрет функциональной организации генома Drosophila melanogaster», Жимулев И. Ф., Зыкова Т. Ю., Хорошко В. А. Лекция для молодых ученых. 5 октября 2017. Новосибирск, Россия

• В стендовом сообщении «Gene location in intercalary heterochromatin bands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes», Khoroshko V. A., Pokholkova G. V., Zykova T. Yu., Zhimulev I. F. International conference «Chromosome», 2018. Novosibirsk, Russia

Структура и объем диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, включающего 165 ссылок. Работа изложена на 128 страницах текста, содержит 6 таблиц и 53 рисунка.

Благодарности автора

Работа выполнена в лаборатории молекулярной цитогенетики Института молекулярной и клеточной биологии СО РАН. Автор выражает глубокую благодарность руководителю академику РАН, д.б.н., проф. Игорю Федоровичу Жимулеву за помощь на всех этапах выполнения диссертации, д.б.н. Елене Сергеевне Беляевой, к.б.н. Татьяне Юрьевне Зыковой за помощь в постановке задач исследований и в работе; к.б.н. Лидии Валерьевне Болдыревой за уверенное руководство процессом подготовки дипломной работы и освоения молекулярных и цитогенетических методов; друзьям за их искренний интерес к работе и помощь в освоении методик. Автор особенно благодарен коллегам д.б.н. Галине Витальевне Похолковой за помощь по части цитологических исследований на препаратах политенных хромосом и к.б.н. Виктору Георгиевичу Левицкому за помощь в обработке данных с помощью биоинформатических методов.

ГЛАВА 1. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ПОЛИТЕННЫХ ХРОМОСОМ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1 Общие сведения о политенных хромосомах

В 1881 году Э.-Ж. Бальбиани обнаружил в слюнных железах, Мальпигиевых сосудах, кишечнике, гиподерме и мышцах личинок комара Chironomus plumosus длинные, исчерченные темными полосами цилиндрические шнуры, занимающие весь объем ядер, и назвал их спиремами, поскольку они выглядели как спирали. По прошествии времени ученые выдвинули предположение, что полосы на спиремах состоят из колец или дисков из темного материала, погруженных в слабоокрашенное «промежуточное вещество» [Balbiani, 1881; Erhard, 1910]. В 1912 году Ф. Рамбоусек исследовал эти структуры у C. plumosus и впервые предположил, что спирема представляет собой хромосому. Д. Костов и Б. Кауфман продолжили исследования на D. melanogaster и D. virilis [Kostoff, 1930; Kaufmann, 1931, цит. по И. Ф. Жимулев, 1992] и пришли к тем же выводам.

В то время ученые заинтересовались причинами гигантизма этих хромосом. В результате подсчета объема ядер, было показано, что хромосомы состоят из множества одинаковых хроматид, соединенных вместе параллельно, и у дрозофилы1 количество этих нитей достигает 256-512 (Hertwig, 1935), [Koltzoff, 1934]. Термин «политенные хромосомы» в 1935 предложил П. Коллер, а окончательно его закрепил К. Дарлингтон [Koller, 1935; Darlington, 1937; Darlington, 1942; Darlington, La Cour, 1942]. К. Бриджес и К. Ясуи обратили внимание на большую длину хромосом и наличие хромомеров (дисков) в их структуре, это говорило о том, что политенные хромосомы соответствуют профазным [Bridges, 1935; Yasui, 1935]. Впоследствии Х. Бауэр и Т. Касперссон прямо назвали политенные хромосомы интерфазными [Bauer, Caspersson, 1948].

Политенные хромосомы развиваются из хромосом диплоидных ядер за счет последовательных дупликаций каждого хромосомного элемента. Им свойственны следующие особенности:

• гигантский размер, обусловленный тысячами нитей-хроматид в их составе;

• хромомерный рисунок - непериодичное и неповторяющееся чередование темных, плотных полос (хромомеров, дисков) и светлых, разреженных промежутков между ними (интерхромомеров, междисков); он уникален и постоянен для каждой хромосомы;

1 Здесь и далее: при отсутствии указания видовой принадлежности подразумевается D. melanogaster

2 Современные данные о точном количестве хроматид в составе политенных хромосом дрозофилы представлены в разделе 1.2

• максимальная декомпактизация, связанная с тем, что это интерфазные, активно функционирующие хромосомы;

• гомологичные хромосомы каждой пары тесно конъюгируют друг с другом, в результате чего общее количество хромосом уменьшается вдвое.

После того как К. Бриджес описал первые транслокации, а Г. Мюллер предложил схему эксперимента, в результате которого их можно было получать при воздействии рентгеновскими лучами [Bridges, 1923; Muller, 1928], сразу же началась работа по цитогенетическому картированию генов в митотических хромосомах. Т. Пэйнтер с помощью серии хромосомных перестроек с точками разрывов в известных районах прокартировал 22 гена на X хромосоме и показал полное линейное соответствие митотических и «спиремных» хромосом. Так были получены хромосомные цитогенетические карты нового типа, при создании которых были использованы транслокации некоторых районов хромосом (Рис. 1) [Painter, 1931; Painter, 1933; Painter, 1935].

Поскольку каждый хромомер и их группы постоянны по положению на хромосоме, стало возможным составлять карты, точно коррелирующие с последовательностью генов. Поэтому так важен этап изучения и построения цитологических карт К. Бриджесом, для создания которых он применил несколько основополагающих принципов. Каждое из хромосомных плеч он поделил на 20 примерно равных по длине районов (в четвертой хромосоме их два), а каждый район разделил на несколько секций, начинающихся с приметного

Рисунок 1.1 Рисунок препарата раздавленных политенных хромосом, выполненный Т. Пэйнтером, окраска ацето-кармином [Painter, 1933].

толстого диска, и обозначил их латинскими буквами от A до F, в пределах которых каждому диску был присвоен свой номер [Bridges, 1935; Bridges, 1938]. Таким образом благодаря рисункам К. Бриджеса для исследователей стало легко обозначить любой диск хромосомы, найти расположение гена или хромосомной перестройки.

Четкость и выявляемость рисунка дисков зависит от того, какой фиксатор был использован и насколько сильно растянуты хромосомы. В ранних исследованиях 30-х годов использовался краситель с большим содержанием воды, из-за чего диски могли терять прижизненную гомогенность своего материала. Краситель скапливался по краям диска, образуя пузырь или капсулу, полую внутри [Beermann, 1972]; по этой причине некоторые описанные дублеты далеко не всегда являются таковыми. Это особо подчеркивается Г. Берендесом - в его электронно-микроскопическом исследовании раздавленных в глутаровом альдегиде X хромосом количество дисков составило 67% от описанных К. Бриджесом [Bridges, 1938; Berendes, 1970]. Однако общий рисунок карт был сделан настолько хорошо и так много генов уже были прокартированы именно в «дублетах», что все генетики до сих пор пользуются картами К. Бриджеса. Всего на них изображено чуть более 5000 дисков и так как около 1500 из них изображены дублетами, на самом деле являющимися одиночными дисками, общее число дисков должно быть уменьшено до примерно 3500.

Позже цитологические карты были значительно уточнены с использованием ЭМ анализа, различных условий обработки, фиксации, растяжения хромосом, методов хромосомных встроек и перестроек [Sorsa, 1976; Semeshin et al., 1979; Mott et al., 1980; Zhimulev et al., 1981; Zhimulev et al, 1981a; Semeshin et al., 1982; Sorsa, 1984; Semeshin et al., 1985a; Semeshin et al., 1985b; Sorsa, 1988]. Усилиями нескольких поколений цитогенетиков была осуществлена колоссальная работа по созданию и соотнесению цитологических и генетических карт дрозофилы [Koltzoff, 1934; Bridges, 1935; Bridges, 1938; Semeshin et al, 1989a; Lindsley, Zimm, 1992]. Благодаря современным исследованиям, в частности, секвенированию генома [Adams et al., 2000], в настоящее время существует электронная версия карты хромосом дрозофилы [FlyBase Consortium, 2003]. Однако границы хромомеров на ней не точны, а один диск сразу же сменяется следующим без малейших разрывов, в то время как роль междисков в организации и функционировании генома не установлена.

1.2 Особенности организации политенных хромосом

Клеточный цикл, проходящий в ядрах с политенными хромосомами, называют эндоциклом, в ходе которого из-за потери стадий G2 и M клетка не способна делиться -

ядерная оболочка и ядрышко остаются интактными в ходе следующих один за другим циклов репликации ДНК. S-фаза запускается комплексом CycE/Cdk2, а часть циклинов и циклин-зависимых киназ не работает. В конце каждого периода репликации дочерние хроматиды не расходятся друг от друга, а остаются спаренными; следствием этого является быстрое увеличение числа кодирующих матриц ДНК. Деятельность такого органа (чаще всего секреторного) зачастую необходима в течение короткого времени, поэтому при сохранении неизменно высокого уровня функционирования, ему проще вырасти не путем увеличения числа клеток, а путем увеличения их размера [Beermann, 1956; Zhimulev et al., 2004]. Кроме того, в эндоцикле отсутствуют контрольные точки на полноту репликации и целостность ДНК, что приводит к ее неполной репликации, так называемой недорепликации [Follette et al., 1998; Edgar, Orr-Weaver, 2001].

Каждая хроматида, синтезированная в течение эндоцикла, соответствует интерфазной хромосоме с характерным рисунком чередования хромомеров и интерхромомеров, что приводит к образованию дисков и междисков и определяет характерный рисунок политенных хромосом. Морфология политенных хромосом у мужских и женских особей одинакова, однако по размерам мужская X хромосома на цитологических препаратах занимает столько же пространства, что и две женских X, что связано с явлением дозовой компенсации [Berendes, 1965; Belote, Lucchesi, 1980].

В различных тканях у личинок дрозофилы число хроматид в каждой хромосоме составляет от двух до 256, а в ядрах слюнных желез от 1024 до 2048 [Urata et al., 1995]. К удивительно высокой степени политении хромосом клеток двукрылых насекомых способны приводить внутриклеточные инфекции. Число хроматид в таких супергигантских политенных хромосомах достигает миллиона, и они становятся видимыми невооруженным глазом [цит. по Жимулев, 1992].

В силу своих уникальных особенностей политенные хромосомы являются незаменимой моделью для изучения взаимосвязей между структурной организацией и функциональным состоянием интерфазной хромосомы.

1.2.1 Эухроматин и гетерохроматин

Хроматин в ядрах эукариот существует по крайней мере в двух состояниях. В 1907 году С. Гутхерц во время митоза наблюдал на хромосомах более светлые области по сравнению с другими, более темными. Он назвал это явление «гетеропикноз». Однако в данный момент приняты термины, введенные Э. Хайцом - эу- («настоящий» хроматин) и гетерохроматин («другой» хроматин) из-за различий в конденсации в ходе клеточного цикла [Heitz, 1928].

Особенности и различия этих двух состояний хроматина [Коряков, Жимулев, 2009]:

• гетерохроматин конденсирован на протяжении всего клеточного цикла, а эухроматин содержит подавляющее количество генов и поэтому деконденсируется в интерфазе и конденсируется в митозе;

• гетерохроматин начинает реплицироваться позже, и процесс репликации продолжается дольше;

• эухроматин состоит из уникальной ДНК, гетерохроматин составляют повторенные последовательности;

• при дифференциальной C-окраске (на конститутивный гетерохроматин) эухроматин остается бледным, а гетерохроматин окрашивается в темный цвет;

• с эухроматином связываются белки транскрипции, а с гетерохроматином - ее инактивации;

• белковый состав гетерохроматина способен инактивировать гены, искусственно перемещенные в него;

• частота мейотической рекомбинации в гетерохроматине ниже, чем в эухроматине.

В то время как эухроматиновые районы ДНК слюнных желез дрозофилы успевают сделать около 10 циклов репликации, гетерохроматиновые частично проходят всего один-два, то есть реплицируются поздно и зачастую недореплицируются, последствием чего в политенных хромосомах является образование «слабых точек» или «разрывов» (впервые описаны Т. Пэйнтером [Painter, 1933]). Гетерохроматин по принципу его локализации на хромосомах можно разделить на две фракции.

Прицентромерный гетерохроматин расположен протяженными трактами по 10-15 Мб в районе хромоцентра, является его основной составной частью и характеризован повышенным содержанием повторов и сателлитной ДНК. Интеркалярный гетерохроматин (ИГХ, впервые термин предложил Б. Кауфман [Kaufmann, 1939]) представлен отдельными протяженными доменами (до 650 Кб), разбросанными по протяжению всех хромосом, хорошо различимыми как большие, плотные, черные диски. ИГХ содержит генетически неактивный, «молчащий» материал, тандемные генные дупликации, а также вероятно некодирующие участки [Belyaeva et al., 2006; Belyaeva et al., 2008; Zhimulev et al., 2010] и завершает репликацию в поздней S-фазе. С течением времени реплицироваться успевает не весь хроматин и возникают области недорепликации [Zhimulev et al., 1982; Hammond, Laird, 1985; Lamb, Laird, 1987; Belyaeva et al.,

2008] или «слабые точки» - места разрыва хромосом, впервые описанные К. Бриджесом [Bridges, 1935].

Гены, локализованные в ИГХ, являются уникальными, ткане- и стадиеспецифическими. Анализ времени экспрессии инактивированных генов показал, что они собраны в группы не случайным образом, а преимущественно по принципу одновременной транскрипции в одной ткани и на хромосоме образуют транскрипционные территории [Belyakin et al., 2005]. В силу своего репрессированного состояния, ИГХ обладает несколькими особенностями: плотной компактизацией и постоянной конденсацией в процессе клеточного цикла, наличием гетерохроматин-специфичных белков (в основном обладающих функцией инактивации транскрипции), способностью формировать эктопические контакты с такими же участками или прицентромерным гетерохроматином [Zhimulev et al., 1982; Hammond, Laird, 1985; Belyakin et al., 2005; Nordman et al., 2011].

В части этих районов выявляются белки группы Polycomb (Pc-G) и модификации гистонов, маркирующих неактивный гетерохроматин. Эти результаты позволили предположить, что районы ИГХ, представляющие существенную часть генома дрозофилы, содержат неактивные гены, в регуляции которых кроме Pc-G белков участвуют другие, неизвестные комплексы сайленсинга [Zhimulev et al., 2003; Жимулев, Беляева, 2003]. Оказалось, что в районах ИГХ плотность генов существенно более низкая, чем в остальных районах генома [Belyakin et al., 2010]. Для картирования границ дисков недореплицированного ИГХ можно использовать молекулярные зонды из районов недорепликации и участков понижения плотности генов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Хорошко Варвара Андреевна, 2022 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Акифьев А. П. «Молчащая» ДНК и ее роль в эволюции // Природа. - 1974. - Т. 9. - С. 4954.

2. Ватолина Т. Ю., Демаков С. А., Семешин В. Ф., Макунин И. В., Бабенко В. Н., Беляева Е. С., Жимулев И. Ф. Идентификация и молекулярно-генетическая характеристика междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster // Генетика. - 2011. - Т. 47. -№5. - С. 597-609.

3. Демидова Д. С., Демаков С. А., Похолкова Г. В., Зыкова Т. Ю., Жимулев И. Ф. Комбинированный метод картирования политенных хромосом на примере 4-й микрохромосомы Drosophila melanogaster // Цитология. - 2016. - Т. 58. - №4. - С. 253257.

4. Жимулев И. Ф. Политенные хромосомы: морфология и структура // Наука, Новосибирск. 1992. 480 с.

5. Жимулев И. Ф., Беляева Е. С. Гетерохроматин, эффект положения гена и генетический сайленсинг // Генетика. - 2003. - Т. 39. - №2. - С. 187-201.

6. Жимулев И. Ф., Болдырева Л. В., Демакова О. В, Похолкова Г. В., Хорошко В. А., Зыкова Т. Ю., Лавров С. А., Беляева Е. С. Формирование дисков политенных хромосом из интронов генов у дрозофилы // Доклады Академии Наук. - 2016. - Т. 466. - №5. - С. 607610.

7. Зыкова Т. Ю., Попова О. О., Хорошко В. А., Левицкий В. Г., Лавров С. А., Жимулев И. Ф. Генетическая организация доменов открытого типа, расположенных в междисках политенных хромосом дрозофилы // Доклады Академии Наук. - 2018. - Т. 483. - №1. - С. 98-102.

8. Кикнадзе И. И. Функциональная организация хромосом // Успехи современной генетики.

- 1971. - Т. 3. - С. 175-205.

9. Колесникова Т. Д. Дисковый рисунок политенных хромосом как отражение универсальных принципов организации хроматина в топологические домены // Биохимия.

- 2018. - Т. 83. - №4. - С. 480-492.

10. Колесникова Т. Д., Жимулев И. Ф. Комплексный подход к картированию поздно реплицирующихся дисков политенных хромосом в геноме дрозофилы // Цитология. -2016. - Т. 58. - №4. - С. 262-266.

11. Корочкин Л. И. Роль временных факторов в регуляции развития // Журнал общей биологии. - 1976. - Т. 34. - №2. - С. 184-191.

12. Корочкин Л. И. Гипотеза о временном принципе организации генных систем, регулирующих индивидуальное развитие // Исследования по генетике. - 1979. - Т. 8. - С. 150-160.

13. Коряков Д. Е., Жимулев И. Ф. Хромосомы. Структура и функции. // Издательство СО РАН, Новосибирск. 2009. 257 с.

14. Оленов Ю. М. Об организации генома у Metazoa // 1974. - Т. 16. - №4. - С. 403-419.

15. Хорошко В. А., Зыкова Т. Ю., Попова О. О., Жимулев И. Ф. Структура границ дисков интеркалярного гетерохроматина политенных хромосом Drosophila melanogaster // Доклады Академии Наук. - 2018. - Т. 479. - №5. - С. 589-592.

16. Хорошко В. А., Похолкова Г. В., Зыкова T. Ю., Осадчий И. С., Жимулев И. Ф. Локализация гена dunce в большой серии близлежащих структур политенной хромосомы Drosophila melanogaster // Доклады Академии Наук. - 2019. - Т. 484. - №4. - С. 507-510.

17. Adams M. D., Celniker, S. E., Holt, R. A., Evans, C. A., Gocayne, J. D., Amanatides, P. G., Scherer, S. E., Li, P. W., Hoskins, R. A., Galle, R. F., et al. The genome sequence of Drosophila melanogaster // Science (New York, N.Y.). - 2000. - Vol. 287. - №5461. - P. 2185-2195.

18. Afgan, E., Baker, D., Batut, B., van den Beek, M., Bouvier, D., Cech, M., Chilton, J., Clements, D., Coraor, N., Gruning, B. A., et al. The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2018 update // Nucleic Acids Research. - 2018. - Vol. 46. -№W1. - P. 537-544.

19. Ahanger, S. H., Gunther, K., Weth, O., Bartkuhn, M., Bhonde, R. R., Shouche, Y. S., Renkawitz, R. Ectopically tethered CP190 induces large-scale chromatin decondensation // Scientific Reports. - 2014. - Vol. 4. - P. 3917.

20. Andreyenkova, N. G., Kolesnikova, T. D., Makunin, I. V., Pokholkova, G. V., Boldyreva, L. V., Zykova, T. Y., Zhimulev, I. F., Belyaeva, E. S. Late replication domains are evolutionary conserved in the Drosophila genome // PloS One. - 2013. - Vol. 8. - №12. - P. e83319.

21. Arcos-Teran L. DNA replication and the nature of late replicating loci in the X-chromosome of Drosophila melanogaster // Chromosoma. - 1972. - Vol. 37. - №3. - P. 233-296.

22. Ashburner M. Puffing patterns in Drosophila melanogaster and related species // Results and Problems in Cell Differentiation. - 1972. - Vol. 4. - P. 101-151.

23. Balbiani E. G. Sur la structure du noyau des cellules salivaires chez les larves de Chironomus // Zoologischer Anzeiger. - 1881. - Vol. 4. - P. 637—641.

24. Bauer H., Caspersson T. Cytochemical observations on nucleolus formation in Chironomus // Proc. 8th Internat. Congr. Genetics. Hereditas. - 1948. - P. 533-534.

25. Bauer H., Beermann W. Polytenia of giant chromosomes // Chromosoma. - 1952. - Vol. 4. -№7. - P. 830-848.

26. Bayer C. A., Holley B., Fristrom J. W. A switch in Broad-Complex zinc-finger isoform expression is regulated posttranscriptionally during the metamorphosis of Drosophila imaginal discs // Developmental Biology. - 1996. - Vol. 177. - №1. - P. 1-14.

27. Beadle G. W., Ephrussi B. A technique of transplantation for Drosophila // The American Naturalist. - 1936. - Vol. 70. - P. 218-225.

28. Beermann W. Chromomore constancy and specific modifications of the chromosome structure in development and organ differentiation of Chironomus tentans // Chromosoma. - 1952. - Vol. 5. - №2. - P. 139-198.

29. Beermann W. Nuclear differentiation and functional morphology of chromosomes // Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. - 1956. - Vol. 21. - P. 217-232.

30. Beermann W. Riesenchromosomen // 6/D. Springer, Wien. 1962. 161 P.

31. Beermann W. Gene action at the level of the chromosome // University of Wisconsin Press, London. 1967. P. 179-201.

32. Beermann W. Chromomeres and genes // Results and Problems in Cell Differentiation. - 1972. -Vol. 4. - P. 1-33.

33. Belote J. M., Lucchesi J. C. Control of X chromosome transcription by the maleless gene in Drosophila // Nature. - 1980. - Vol. 285. - №5766. - P. 573-575.

34. Belyaeva E. S., Vlassova, I. E., Biyasheva, Z. M., Kakpakov, V. T., Richards, G., Zhimulev, I. F. Cytogenetic analysis of the 2B3-4 - 2B11 region of the X chromosome of Drosophila melanogaster. II. Changes in 20-0H ecdysone puffing caused by genetic defects of puff 2B5 // Chromosoma. - 1981. - Vol. 84. - №2. - P. 207-219.

35. Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Cytogenetic analysis of the X-chromosome region 2B3-4 - 2B11 of Drosophila melanogaster. IV. Mutation at the swi (singed wings) locus interfering with the late 20-0H ecdysone puff system. // Chromosoma. - 1982. - Vol. 86. - P. 251-263.

36. Belyaeva E. S., Protopopov, M. O., Baricheva, E. M., Semeshin, V. F., Izquierdo, M. L., Zhimulev, I. F. Cytogenetic analysis of region 2B3-4 - 2B11 of the X-chromosome of Drosophila melanogaster. VI. Molecular and cytological mapping the ecs locus and the 2B puff. // Chromosoma. - 1987. - Vol. 95. - P. 295-310.

37. Belyaeva E. S., Zhimulev, I. F., Volkova, E. I., Alekseyenko, A. A., Moshkin, Y. M., Koryakov, D. E. Su(UR)ES: a gene suppressing DNA underreplication in intercalary and pericentric heterochromatin of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Proceedings of the

National Academy of Sciences of the United States of America. - 1998. - Vol. 95. - №13. - P. 7532-7537.

38. Belyaeva E. S., Demakov, S. A., Pokholkova, G. V., Alekseyenko, A. A., Kolesnikova, T. D., Zhimulev, I. F. DNA underreplication in intercalary heterochromatin regions in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster correlates with the formation of partial chromosomal aberrations and ectopic pairing // Chromosoma. - 2006. - Vol. 115. - №5. - P. 355-366.

39. Belyaeva E. S., Andreyeva E. N., Belyakin S. N., Volkova E. I., Zhimulev I. F. Intercalary heterochromatin in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster // Chromosoma. - 2008.

- Vol. 117. - №5. - P. 411-418.

40. Belyaeva E. S., Goncharov, F. P., Demakova, O. V., Kolesnikova, T. D., Boldyreva, L. V., Semeshin, V. F., Zhimulev, I. F. Late replication domains in polytene and non-polytene cells of Drosophila melanogaster // PloS One. - 2012. - Vol. 7. - №1. - P. e30035.

41. Belyakin S. N., Christophides, G. K., Alekseyenko, A. A., Kriventseva, E. V., Belyaeva, E. S., Nanayev, R. A., Makunin, I. V., Kafatos, F. C., Zhimulev, I. F. Genomic analysis of Drosophila chromosome underreplication reveals a link between replication control and transcriptional territories // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. -2005. - Vol. 102. - №23. - P. 8269-8274.

42. Belyakin S. N., Babenko, V. N., Maksimov, D. A., Shloma, V. V., Kvon, E. Z., Belyaeva, E. S., Zhimulev, I. F. Gene density profile reveals the marking of late replicated domains in the Drosophila melanogaster genome // Chromosoma. - 2010. - Vol. 119. - №6. - P. 589-600.

43. Bender M., Imam, F. B., Talbot, W. S., Ganetzky, B., Hogness, D. S. Drosophila ecdysone receptor mutations reveal functional differences among receptor isoforms // Cell. - 1997. - Vol. 91. - №6. - P. 777-788.

44. Berendes H. D. Salivary gland function and chromosomal puffing patterns in Drosophila hydei // Chromosoma. - 1965. - Vol. 17. - №1. - P. 35-77.

45. Berendes H. D. Polytene chromosome structure at the submicroscopic level. I. A map of region X, 1-4E of Drosophila melanogaster // Chromosoma. - 1970. - Vol. 29. - №1. - P. 118-130.

46. Boldyreva L. V., Goncharov, F. P., Demakova, O. V., Zykova, T. Y., Levitsky, V. G., Kolesnikov, N. N., Pindyurin, A. V., Semeshin, V. F., Zhimulev, I. F. Protein and genetic composition of four chromatin types in Drosophila melanogaster cell lines // Current Genomics.

- 2017. - Vol. 18. - №2. - P. 214-226.

47. Breuer M. E., Pavan C. Behavior of polytene chromosomes of Rhynchosciara angelae at different stages of larval development // Chromosoma. - 1955. - Vol. 7. - №4. - P. 341-386.

48. Bridges C. B. The translocation of a section of chromosome II upon chromosome III in Drosophila // Anat. Rev. - 1923. - Vol. 24. - P. 426-427.

49. Bridges C. B. Salivary chromosome maps: with a key to the banding of the chromosomes of Drosophila melanogaster // Journal of Heredity. - 1935. - Vol. 26. - №2. - P. 60-64.

50. Bridges C. B. A revised map of the salivary gland X-chromosome of Drosophila melanogaster // Journal of Heredity. - 1938. - Vol. 29. - №1. - P. 11-13.

51. Bridges C. B., Bridges P. N. A new map of the second chromosome: a revised map of the right limb of the second chromosome of Drosophila melanogaster // Journal of Heredity. - 1939. -Vol. 30. - P. 475-476.

52. Bridges P. N. A revised map of the left limb of the third chromosome of Drosophila melanogaster // Journal of Heredity. - 1941. - Vol. 32. - P. 64-65.

53. Bridges P. N. A new map of the salivary gland 2L-chromosome of Drosophila melanogaster // Journal of Heredity. - 1942. - Vol. 33. - №11. - P. 403-408.

54. Chintapalli V. R., Wang J., Dow J. A. T. Using FlyAtlas to identify better Drosophila melanogaster models of human disease // Nature Genetics. - 2007. - Vol. 39. - №6. - P. 715720.

55. Clapier C. R., Cairns B. R. The biology of chromatin remodeling complexes // Annual Review of Biochemistry. - 2009. - Vol. 78. - P. 273-304.

56. Core L. J., Waterfall, J. J., Gilchrist, D. A., Fargo, D. C., Kwak, H., Adelman, K., Lis, J. T. Defining the status of RNA polymerase at promoters // Cell Reports. - 2012. - Vol. 2. - №4. -P.1025-1035.

57. Crick F. General model for the chromosomes of higher organisms // Nature. - 1971. - Vol. 234. - №5323. - P. 25-27.

58. Darlington C. D. Recent advances in cytology // J. and A. Churchill Ltd, London. 1937. 671 P.

59. Darlington C. D. Chromosome chemistry and gene action // Nature. - 1942. - Vol. 149. -№3768. - P. 66.

60. Darlington C. D., La Cour L. F. The handling of chromosomes // George Allen & Unwin, London. 1942. 165 P.

61. Demakov S. A., Vatolina, T. Y., Babenko, V. N., Semeshin, V. F., Belyaeva, E. S., Zhimulev, I. F. Protein composition of interband regions in polytene and cell line chromosomes of Drosophila melanogaster // BMC genomics. - 2011. - Vol. 12. - P. 566.

62. Demakova O. V., Demakov, S. A., Boldyreva, L. V., Zykova, T. Y., Levitsky, V. G., Semeshin, V. F., Pokholkova, G. V., Sidorenko, D. S., Goncharov, F. P., Belyaeva, E. S., Zhimulev I. F.

Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes // Chromosoma. - 2020. - Vol. 129. - №1. - P. 25-44.

63. Diaz-Castillo C., Xia X.-Q., Ranz J. M. Evaluation of the role of functional constraints on the integrity of an ultraconserved region in the genus Drosophila // PLoS genetics. - 2012. - Vol. 8.

- №2. - P. e1002475.

64. DiBello P. R., Withers, D. A., Bayer, C. A., Fristrom, J. W., Guild, G. M. The Drosophila Broad-Complex encodes a family of related proteins containing zinc fingers // Genetics. - 1991.

- Vol. 129. - №2. - P. 385-397.

65. Edgar B. A., Orr-Weaver T. L. Endoreplication cell cycles: more for less // Cell. - 2001. - Vol. 105. - №3. - P. 297-306.

66. Edström J.-E. Eukaryotic evolution based on information in chromosomes on allele frequencies // Journal of Theoretical Biology. - 1975. - Vol. 52. - №1. - P. 163-174.

67. Engström P. G., Ho Sui, S. J., Drivenes, O., Becker, T. S., Lenhard, B. Genomic regulatory blocks underlie extensive microsynteny conservation in insects // Genome Research. - 2007. -Vol. 17. - №12. - P. 1898-1908.

68. Erhard H. Über den Aufbau der peicheldrusenkerne der Chironomus Larve // 1910. - Vol. 76. -P.114-124.

69. Filion G. J., van Bemmel, J. G., Braunschweig, U., Talhout, W., Kind, J., Ward, L. D., Brugman, W., de Castro, I. J., Kerkhoven, R. M., Bussemaker, H. J., van Steensel B. Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells // Cell. - 2010. -Vol. 143. - №2. - P. 212-224.

70. FlyBase Consortium The FlyBase database of the Drosophila genome projects and community literature // Nucleic Acids Research. - 2003. - Vol. 31. - №1. - P. 172-175.

71. Follette P. J., Duronio R. J., O'Farrell P. H. Fluctuations in cyclin E levels are required for multiple rounds of endocycle S phase in Drosophila // Current biology: CB. - 1998. - Vol. 8. -№4. - P. 235-238.

72. Gersh E. S. Sites of gene activity and of inactive genes in polytene chromosomes of Diptera // Journal of Theoretical Biology. - 1975. - Vol. 50. - №2. - P. 413-428.

73. Gortchakov A. A., Eggert, H., Gan, M., Mattow, J., Zhimulev, I. F., Saumweber, H. Chriz, a chromodomain protein specific for the interbands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. - 2005. - Vol. 114. - №1. - P. 54-66.

74. Graveley B. R., Brooks, A. N., Carlson, J. W., Duff, M. O., Landolin, J. M., Yang, L., Artieri, C. G., van Baren, M. J., Boley, N., Booth, B. W., et al. The developmental transcriptome of Drosophila melanogaster // Nature. - 2011. - Vol. 471. - №7339. - P. 473-479.

75. Haeussler M., Zweig, A. S., Tyner, C., Speir, M. L., Rosenbloom, K. R., Raney, B. J., Lee, C. M., Lee, B. T., Hinrichs, A. S., Gonzalez, J. N., et al. The UCSC Genome Browser database: 2019 update // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol. 47. - №D1. - P. 853-858.

76. Hägele K. Effect of FUdR on the structure of polytene chromosomes and the relation of DNA replication and breakage frequency of bands // Chromosoma. - 1971. - Vol. 33. - №3. - P. 297318.

77. Hammond M. P., Laird C. D. Control of DNA replication and spatial distribution of defined DNA sequences in salivary gland cells of Drosophila melanogaster // Chromosoma. - 1985. -Vol. 91. - №3-4. - P. 279-286.

78. Hediger F., Gasser S. M. Heterochromatin protein 1: don't judge the book by its cover! // Current Opinion in Genetics & Development. - 2006. - Vol. 16. - №2. - P. 143-150.

79. Heitz E. Das Heterochromatin der Moose // Jahrb Wiss Botanik. - 1928. - Vol. 69. - P. 762818.

80. Judd B. H., Shen M. W., Kaufman T. C. The anatomy and function of a segment of the X chromosome of Drosophila melanogaster // Genetics. - 1972. - Vol. 71. - №1. - P. 139-156.

81. Kaufmann B. P. Chromosome structure in Drosophila // The American Naturalist. - 1931. - Vol. 65. - P. 555-558.

82. Kaufmann B. P. Distribution of induced breaks along the X-chromosome of Drosophila melanogaster // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1939. - Vol. 25. - №11. - P. 571-577.

83. Keyl H.-G. Untersuchungen am Karyotypus von Chironomus thummi // Chromosoma. - 1957. -Vol. 9. - №1. - P. 441-483.

84. Kharchenko P. V., Alekseyenko, A. A., Schwartz, Y. B., Minoda, A., Riddle, N. C., Ernst, J., Sabo, P. J., Larschan, E., Gorchakov, A. A., Gu, T., et al. Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster // Nature. - 2011. - Vol. 471. - №7339. - P. 480-485.

85. Khoroshko V. A., Levitsky, V. G., Zykova, T. Y., Antonenko, O. V., Belyaeva, E. S., Zhimulev, I. F. Chromatin heterogeneity and distribution of regulatory elements in the late-replicating intercalary heterochromatin domains of Drosophila melanogaster chromosomes // PloS One. -2016. - Vol. 11. - №6. - P. e0157147.

86. Khoroshko V. A., Pokholkova, G. V., Levitsky, V. G., Zykova, T. Y., Antonenko, O. V., Belyaeva, E. S., Zhimulev, I. F. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Genes. - 2020. - Vol. 11. -№4. - P. E417.

87. Koller P. Ch. The internal mechanics of the chromosomes. IV. Pairing and coiling in salivary gland nuclei of Drosophila // Proceedings of the Royal Society of London. Series B - Biological Sciences. - 1935. - Vol. 118. - №810. - P. 371-397.

88. Koltzoff N. The structure of the chromosomes in the salivary glands of Drosophila // Science (New York, N.Y.). - 1934. - Vol. 80. - №2075. - P. 312-313.

89. Kosswig C., Shengun A. Intraindividual variability of chromosome IV of Chironomus // The Journal of Heredity. - 1947. - Vol. 38. - №8. - P. 235-239.

90. Kostoff D. Discoid structure of the spireme and irregular cell division in Drosophila melanogaster // Journal of Heredity. - 1930. - Vol. 21. - №7. - P. 323-324.

91. Kozlova T. Yu., Semeshin, V. F., Tretyakova, I. V., Kokoza, E. B., Pirrotta, V., Grafodatskaya, V. E., Belyaeva, E. S., Zhimulev, I. F. Molecular and cytogenetical characterization of the 10A1-2 band and adjoining region in the Drosophila melanogaster polytene X chromosome // Genetics. - 1994. - Vol. 136. - №3. - P. 1063-1073.

92. Kvon E. Z., Kazmar, T., Stampfel, G., Yânez-Cuna, J. O., Pagani, M., Schernhuber, K., Dickson, B. J., and Stark, A. Genome-scale functional characterization of Drosophila developmental enhancers in vivo // Nature. - 2014. - Vol. 512. - №7512. - P. 91-95.

93. Lamb M. M., Laird C. D. Three euchromatic DNA sequences under-replicated in polytene chromosomes of Drosophila are localized in constrictions and ectopic fibers // Chromosoma. -1987. - Vol. 95. - №4. - P. 227-235.

94. Leach T. J., Chotkowski, H. L., Wotring, M. G., Dilwith, R. L., Glaser, R. L. Replication of heterochromatin and structure of polytene chromosomes // Molecular and Cellular Biology. -2000. - Vol. 20. - №17. - P. 6308-6316.

95. Lefevre G. Salivary chromosome bands and the frequency of crossing over in Drosophila melanogaster // Genetics. - 1971. - Vol. 67. - №4. - P. 497-513.

96. Lifschytz E. Fine-structure analysis of the chromosome recombinational patterns at the base of the X-chromosome of Drosophila melanogaster // Mutation Research. - 1971. - Vol. 13. - №1. - P. 35-47.

97. Lindsley D., Zimm G. The genome of Drosophila melanogaster // Academic Press, San Diego. 1992.1133 P.

98. MacAlpine H. K., Gordân, R., Powell, S. K., Hartemink, A. J., MacAlpine, D. M. Drosophila ORC localizes to open chromatin and marks sites of cohesin complex loading // Genome Research. - 2010. - Vol. 20. - №2. - P. 201-211.

99. Mackensen O. Locating genes on the salivary chromosomes. Cytogenetic methods demonstrated in determining position of genes on the X-chromosome of Drosophila melanogaster // Journal of Heredity. - 1935. - Vol. 26. - P. 163-174.

100. Makunin I. V., Kolesnikova T. D., Andreyenkova N. G. Underreplicated regions in Drosophila melanogaster are enriched with fast-evolving genes and highly conserved noncoding sequences // Genome Biology and Evolution. - 2014. - Vol. 6. - №8. - P. 2050-2060.

101. Makunin I. V., Shloma, V. V., Stephen, S. J., Pheasant, M., Belyakin, S. N. Comparison of ultra-conserved elements in drosophilids and vertebrates // PloS One. - 2013. - Vol. 8. - №12. - P. e82362.

102. Mechelke F. Reversible structural modifications of the chromosomes in salivary glands of Acricotopus lucidus // Chromosoma. - 1953. - Vol. 5. - №6-7. - P. 511-543.

103. Metz C. W. Effects of mechanical distortion on the structure of salivary gland chromosomes // Biology Bulletin. - 1936. - Vol. 71. - P. 238-248.

104. Milon B., Sun, Y., Chang, W., Creasy, T., Mahurkar, A., Shetty, A., Nurminsky, D., Nurminskaya, M. Map of open and closed chromatin domains in Drosophila genome // BMC genomics. - 2014. - Vol. 15. - P. 988.

105. modENCODE Consortium, Roy, S., Ernst, J., Kharchenko, P. V., Kheradpour, P., Negre, N., Eaton, M. L., Landolin, J. M., Bristow, C. A., Ma, L., et al. Identification of functional elements and regulatory circuits by Drosophila modENCODE // Science (New York, N.Y.). - 2010. -Vol. 330. - №6012. - P. 1787-1797.

106. Mojena R. Hierarchical grouping methods and stopping rules: an evaluation // The Computer Journal. - 1977. - Vol. 20. - P. 359-363.

107. Mott M. R., Burnett E. J., Hill R. J. Ultrastructure of polytene chromosomes of Drosophila isolated by microdissection // Journal of Cell Science. - 1980. - Vol. 45. - P. 15-30.

108. Muller H. J. The Production of mutations by X-rays // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1928. - Vol. 14. - №9. - P. 714-726.

109. Muller H. J. On the dimensions of chromosomes and genes in Drosophila salivary glands // American Naturalist. - 1935. - Vol. 69. - P. 405-411.

110. Muller H. J., Prokofyeva A. A. The individual gene in relation to the chromomere and the chromosome // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1935. - Vol. 21. - №1. - P. 16-26.

111. Nechaev S., Fargo, D. C., dos Santos, G., Liu, L., Gao, Y., Adelman, K. Global analysis of short RNAs reveals widespread promoter-proximal stalling and arrest of Pol II in Drosophila // Science (New York, N.Y.). - 2010. - Vol. 327. - №5963. - P. 335-338.

112. Nègre N., Brown, C. D., Shah, P. K., Kheradpour, P., Morrison, C. A., Henikoff, J. G., Feng, X., Ahmad, K., Russell, S., White, R. A. H., et al. A comprehensive map of insulator elements for the Drosophila genome // PLoS genetics. - 2010. - Vol. 6. - №1. - P. e1000814.

113. Nordman J., Li, S., Eng, T., Macalpine, D., Orr-Weaver, T. L. Developmental control of the DNA replication and transcription programs // Genome Research. - 2011. - Vol. 21. - №2. - P. 175-181.

114. Painter T. S. A cytological map of the X-chromosome of Drosophila melanogaster // Science (New York, N.Y.). - 1931. - Vol. 73. - №1902. - P. 647-648.

115. Painter T. S. A new method for the study of chromosome rearrangements and the plotting of chromosome maps // Science (New York, N.Y.). - 1933. - Vol. 78. - №2034. - P. 585-586.

116. Painter T. S. The morphology of the third chromosome in the salivary gland of Drosophila melanogaster and a new cytological map of this element // Genetics. - 1935. - Vol. 20. - №4. -P. 301-326.

117. Paul J. General theory of chromosome structure and gene activation in eukaryotes // Nature. -1972. - Vol. 238. - №5365. - P. 444-446.

118. Pokholkova G. V., Demakov, S. A., Andreenkov, O. V., Andreenkova, N. G., Volkova, E. I., Belyaeva, E. S., Zhimulev, I. F. Tethering of CHROMATOR and dCTCF proteins results in decompaction of condensed bands in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes but does not affect their transcription and replication timing // PLOS ONE. - 2018. - Vol. 13. - №4.

- P.e0192634.

119. Poulson D. F., Metz C. W. Studies on the structure of nucleolusforming regions and related structures in the giant salivary gland chromosomes of Diptera // Journal of Morphology. - 1938.

- Vol. 63. - №2. - P. 363-395.

120. Prokofyeva-Belgovskaya A. A. The structure of the chromocenter // Cytologia. - 1935. - Vol. 6.

- P.438-443.

121. R Development Core Team R: a language and environment for statistical computing // In: GBIF.ORG. 2018. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. http://www.gbif.org/resource/81287.

122. Rudkin G. T. The relative mutabilities of DNA in regions of the X chromosome of Drosophila melanogaster // Genetics. - 1965. - Vol. 52. - №3. - P. 665-681.

123. Rykowski M. C., Parmelee, S. J., Agard, D. A., Sedat, J. W. Precise determination of the molecular limits of a polytene chromosome band: regulatory sequences for the Notch gene are in the interband // Cell. - 1988. - Vol. 54. - №4. - P. 461-472.

124. Sahagun V., Ranz J. M. Characterization of genomic regulatory domains conserved across the genus Drosophila // Genome Biology and Evolution. - 2012. - Vol. 4. - №10. - P. 1054-1060.

125. Schwaiger M., Stadler, M. B., Bell, O., Kohler, H., Oakeley, E. J., and Schübeler, D. Chromatin state marks cell-type- and gender-specific replication of the Drosophila genome // Genes & Development. - 2009. - Vol. 23. - №5. - P. 589-601.

126. Schwartz Y. B., Linder-Basso, D., Kharchenko, P. V., Tolstorukov, M. Y., Kim, M., Li, H.-B., Gorchakov, A. A., Minoda, A., Shanower, G., Alekseyenko, A. A., et al. Nature and function of insulator protein binding sites in the Drosophila genome // Genome Research. - 2012. - Vol. 22.

- №11. - P. 2188-2198.

127. Semeshin V. F., Zhimulev I. F., Belyaeva E. S. Electron microscope autoradiographic study on transcriptional activity of Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. -1979. - Vol. 73. - №2. - P. 163-177.

128. Semeshin V. F., Baricheva E. M., Belyaeva E. S, Zhimulev I. F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. I. Mapping of the 87A and 87C heat shock puffs in development // Chromosoma. - 1982. - Vol. 87. - №2. - P. 229-237.

129. Semeshin V. F., Baricheva E. M., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. II. Development of complex puffs // Chromosoma. -1985a. - Vol. 91. - №3-4. - P. 210-233.

130. Semeshin V. F., Baricheva E. M., Belyaeva E. S., Zhimulev I. F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. III. Mapping of puffs developing from one band // Chromosoma. - 1985b. - Vol. 91. - №3. - P. 234-250.

131. Semeshin V. F., Demakov S. A., Zhimulev I. F. Characteristics of structures of Drosophila polytene chromosomes formed by transposable DNA fragments // Genetika. - 1989a. - Vol. 25.

- №11. - P. 1968-1978.

132. Semeshin V. F., Perez Alonso, M., Belyaeva, E. S., Bonner, J. J., Zhimulev, I. F. Electron microscopical analysis of Drosophila polytene chromosomes. V. Characteristics of structures formed by transposed DNA segments of mobile elements // Chromosoma. - 1989b. - Vol. 97. -№5. - P. 396-412.

133. Semeshin V. F., Demakov S. A., Peres Alonso M., Zhimulev I. F. Formation of interdisks from the P-element DNA material in Drosophila polytene chromosomes // Genetika. - 1990. - Vol. 26. - №3. - P. 448-456.

134. Semeshin V. F., Andreyeva, E. N., Shloma, V. V., Saumweber, H., Zhimulev, I. F. Immunogold electron microscope localization of proteins in Drosophila polytene chromosomes: applications and limitations of the method // Chromosome Research: An International Journal on the

Molecular, Supramolecular and Evolutionary Aspects of Chromosome Biology. - 2002. - Vol. 10. - №5. - P. 429-433.

135. Sorsa V. A hypothesis for the origin and evolution of chromomere DNA // Hereditas. - 1975. -Vol. 81. - №1. - P. 77-84.

136. Sorsa V. A cytological view of the functional organization of chromomeres // Hereditas. - 1976.

- Vol. 82. - №1. - P. 63-68.

137. Sorsa V. Electron microscopic mapping and ultrastructure of Drosophila polytene chromosomes // Springer US, Boston, MA. 1984. P. 75-107.

138. Sorsa V. Polytene chromosomes in genetic research // Ellis Horwood Ltd, Chicester. 1988. 290 P.

139. Sparmann A., van Lohuizen M. Polycomb silencers control cell fate, development and cancer // Nature Reviews. Cancer. - 2006. - Vol. 6. - №11. - P. 846-856.

140. Speiser C. A hypothesis on the functional organization of the chromosomes of higher organisms // Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik. - 1974. - Vol. 44. -№3. - P. 97-99.

141. Urata Y., Parmelee, S. J., Agard, D. A., Sedat, J. W. A three-dimensional structural dissection of Drosophila polytene chromosomes // The Journal of Cell Biology. - 1995. - Vol. 131. - №2. -P.279-295.

142. Vatolina T. Y., Boldyreva, L. V., Demakova, O. V., Demakov, S. A., Kokoza, E. B., Semeshin, V. F., Babenko, V. N., Goncharov, F. P., Belyaeva, E. S., Zhimulev, I. F. Identical functional organization of nonpolytene and polytene chromosomes in Drosophila melanogaster // PloS One. - 2011. - Vol. 6. - №10. - P. e25960.

143. Vogel F. A preliminary estimate of the number of human genes // Nature. - 1964. - Vol. 201. -P. 847.

144. Vogelmann J., Le Gall, A., Dejardin, S., Allemand, F., Gamot, A., Labesse, G., Cuvier, O., Nègre, N., Cohen-Gonsaud, M., Margeat, E., et al. Chromatin insulator factors involved in longrange DNA interactions and their role in the folding of the Drosophila genome // PLoS genetics.

- 2014. - Vol. 10. - №8. - P. e1004544.

145. Volkova E. I., Andreyenkova, N. G., Andreyenkov, O. V., Sidorenko, D. S., Zhimulev, I. F., Demakov, S. A. Structural and functional dissection of the 5' region of the Notch gene in Drosophila melanogaster // Genes. - 2019. - Vol. 10. - №12. - P. 1037.

146. White K. P., Hurban, P., Watanabe, T., Hogness, D. S. Coordination of Drosophila metamorphosis by two ecdysone-induced nuclear receptors // Science (New York, N.Y.). - 1997.

- Vol. 276. - №5309. - P. 114-117.

147. White M. J. D. Animal cytology and evolution // Cambridge University Press, Cambridge. 1954.

148. Wit E. de, Greil F., van Steensel B. High-resolution mapping reveals links of HP1 with active and inactive chromatin components // PLOS Genetics. - 2007. - Vol. 3. - №3. - P. e38.

149. Yarosh W., Spradling A. C. Incomplete replication generates somatic DNA alterations within Drosophila polytene salivary gland cells // Genes & Development. - 2014. - Vol. 28. - №16. -P.1840-1855.

150. Yasui K. On the structure of the chromosome in the salivary gland cell of Drosophila melanogaster // Cytologia. - 1935. - Vol. 6. - №2-3. - P. 330-336.

151. Zhimulev I. F. Morphology and structure of polytene chromosomes // Advances in Genetics. -1996. - Vol. 34. - P. 1-497.

152. Zhimulev I. F. Genetic organization of polytene chromosomes // Academic Press, Cambridge. 1999. 599 P.

153. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S. Proposals to the problem of structural and functional organization of polytene chromosomes // Theoretical and applied genetics. - 1974. - Vol. 45. - №8. - P. 335340.

154. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S. H-Uridine labelling patterns in the Drosophila melanogaster salivary gland chromosomes X, 2R and 3L // Chromosoma. - 1975. - Vol. 49. - №3. - P. 219231.

155. Zhimulev I. F., Semeshin V. F., Belyaeva E. S. Fine cytogenetical analysis of the band 10A1-2 and the adjoining regions in the Drosophila melanogaster X chromosome. I. Cytology of the region and mapping of chromosome rearrangement // Chromosoma. - 1981a. - Vol. 82. - №1. -P. 9-23.

156. Zhimulev I. F., Pokholkova, G. V., Bgatov, A. V., Semeshin, V. F., Belyaeva, E. S. Fine cytogenetical analysis of the band 10A1-2 and the adjoining regions in the Drosophila melanogaster X chromosome. II. Genetical analysis // Chromosoma. - 1981b. - Vol. 82. - №1. -P. 25-40.

157. Zhimulev I. F., Semeshin, V. F., Kulichkov, V. A., Belyaeva, E. S. Intercalary heterochromatin in Drosophila // Chromosoma. - 1982. - Vol. 87. - №2. - P. 197-228.

158. Zhimulev I. F., Pokholkova, G. V., Bgatov, A. V., Semeshin, V. F., Umbetova, G. H., Belyaeva, E. S. Genetic interpretation of polytene chromosomes banding pattern // Molecular Biology Reports. - 1983. - Vol. 9. - №1-2. - P. 19-23.

159. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S. Chromomeric organization of polytene chromosomes // Genetica. - 1991. - Vol. 85. - №1. - P. 65-72.

160. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S. Intercalary heterochromatin and genetic silencing // BioEssays: News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology. - 2003. - Vol. 25. -№11. - P. 1040-1051.

161. Zhimulev I. F., Belyaeva, E. S., Makunin, I. V., Pirrotta, V., Volkova, E. I., Alekseyenko, A. A., Andreyeva, E. N., Makarevich, G. F., Boldyreva, L. V., Nanayev, R. A., et al. Influence of the SuUR gene on intercalary heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes // Chromosoma. - 2003. - Vol. 111. - №6. - P. 377-398.

162. Zhimulev I. F., Belyaeva, E. S., Semeshin, V. F., Koryakov, D. E., Demakov, S. A., Demakova, O. V., Pokholkova, G. V., Andreyeva, E. N. Polytene chromosomes: 70 years of genetic research // International Review of Cytology. - 2004. - Vol. 241. - P. 203-275.

163. Zhimulev I. F., Belyaeva, E. S., Andreeva, E. N., Andreenkova, N. G., Babenko, V. N., Beliakin, S. N., Boldyreva, L. V., Brusentsova, I. V., Demakov, S. A., Zykov, I. A., et al. Intercalary heterochromatin in the genome of Drosophila // Genetika. - 2010. - Vol. 46. - №10. - P. 14051408.

164. Zhimulev I. F., Zykova, T. Y., Goncharov, F. P., Khoroshko, V. A., Demakova, O. V., Semeshin, V. F., Pokholkova, G. V., Boldyreva, L. V., Demidova, D. S., Babenko, V. N., et al. Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster // PloS One. - 2014. - Vol. 9. - №7. - P. e101631.

165. Zykova T. Y., Levitsky V. G., Belyaeva E. S. et al. Polytene chromosomes - a portrait of functional organization of the Drosophila genome // Current Genomics. - 2018. - Vol. 19. - №3. - P. 179-191.

ПРИЛОЖЕНИЕ. ТАБЛИЦЫ

Таблица S1. Характеристика распределения энхансеров, сайтов связывания инсуляторных белков, РНК полимеразы II, ISWI и NURF в 104 фрагментах внутреннего aquamarine.

% район ИГХ координаты внутреннего aquamarine ench RedFly ench Kvon BEAF-70.BG3 BEAF-HB.S2 Chro(Chriz)BR.BG3 Chro(Chriz)BR.S2 ZW5.BG3 ZW5.S2 GAF.BG3 GAF.S2 CP190-HB.BG3 CP190-VC.S2 CTCF-VC.BG3 CTCF-VC.S2 mod2.2-VC.BG3 mod2.2-VC.S2 Su(HW)-HB.BG3 Su(HW)-VC.S2 HH ft H-H ^ ol RNA pol II (ALG).S2 ISWI_Q4095.BG3 ISWI_Q4095.S2 NURF301_Q2602.Kc NURF301_Q2602.S2

1 7B1-2 chrX:7434201-7435800 + + +

2 11A6-9 chrX:11964001 -11965000 + + + + + +

3 11A6-9 chrX:12009201 -12009800 + +

4 11A6-9 chrX:12097401 -12098600 + + + + + + +

5 11A6-9 chrX:12113401 -12114200 + + + + + +

6 11A6-9 chrX:12116801 -12117400 + + +

7 11D1-2 chrX:12860801 -12862000 + + + + + + + + + + + +

8 12E1-2 chrX:13997801 -13998800 + + +

9 12E8-9 chrX:14216401 -14217000 + + + + +

10 13B3-4 chrX:15069001 -15069600 + + +

11 19A1-4 chrX:19917801 + + + + + + + + +

ю ю ю ю о VO 00 On 4^ LtJ to №

LtJ > UJ ю > ю On О ю > ю > ю UJ > VO М LtJ VO M LtJ VO M LtJ VO M LtJ VO > район ИГХ

1 ю 1 ю Ю 1 4^ 1 4^ 1 ю 4^ 4^ 4^ 4^ 1 4^

chr2L: 1282160 1-12824600 chr2L: 1054460 1-10545200 chr2L:6291601 -6292000 chr2L:4794201 -4795400 chr2L:4660801 -4661400 chr2L:2724401 -2724800 chrX:20662801 -20663800 chrX:20631201 -20632000 chrX:20546601 -20547000 chrX:20544401 -20545200 chrX: 19922001 -19922800 -19919400 координаты внутреннего aquamarine

+ ench RedFly

ench Kvon

BEAF-70.BG3

+ + BEAF-HB.S2

+ + Chro(Chriz)BR.B G3

+ + Chro(Chriz)BR. S2

+ ZW5.BG3

+ ZW5.S2

+ GAF.BG3

+ GAF.S2

+ + + + CP190-HB.BG3

+ + + + CP190-VC.S2

+ + + CTCF-VC.BG3

+ + CTCF-VC.S2

+ mod2.2-VC.BG3

+ + mod2.2-VC.S2

+ Su(HW)-HB. В G3

+ + Su(HW)-VC.S2

+ RNA pol II (ALGYBG3

+ + RNA pol II (ALG).S2

+ + + + + ISWIQ4095.BG3

+ ISWI_Q4095.S2

+ + + NURF301_Q2602.Kc

+ + + + + NURF301_Q2602.S2

% район ИГХ координаты внутреннего aquamarine ench RedFly ench Kvon BEAF-70.BG3 BEAF-HB.S2 Chro(Chriz)BR.BG3 Chro(Chriz)BR.S2 ZW5.BG3 ZW5.S2 GAF.BG3 GAF.S2 CP190-HB.BG3 CP190-VC.S2 CTCF-VC.BG3 CTCF-VC.S2 mod2.2-VC.BG3 mod2.2-VC.S2 Su(HW)-HB.B G3 Su(HW)-VC.S2 i—i f> к с ol Л г- S ^ RNA pol II (ALG).S2 ISWI_Q4095.BG3 ISWI_Q4095.S2 NURF301_Q2602.Kc NURF301_Q2602.S2

23 34A1-2 hr2L:12836801 -12837400 + + +

24 35B1-2 chr2L:1440900 1-14410600 + + + + + + +

25 35B1-2 chr2L:1449000 1-14491400 + + + + + +

26 35B1-2 chr2L:1459860 1-14599800 + + + + + + +

27 35B1-2 chr2L:1468860 1-14689800 + + +

28 35B1-2 chr2L:1470580 1-14706600 + + + + + + + +

29 35B1-2 chr2L:1485120 1-14852200 + + + + + +

30 35B1-2 chr2L:1497280 1-14973400 + + + + +

31 35B1-2 chr2L:1499720 1-14998000 + + +

32 35D1-2 chr2L:1533200 1-15334200 + + + + + +

33 35D1-2 chr2L:1542600 1-15426600 + +

34 35D3-4 chr2L:1564360 + + + + + + +

% район ИГХ координаты внутреннего aquamarine ench RedFly ench Kvon BEAF-70.BG3 BEAF-HB.S2 Chro(Chriz)BR.BG3 Chro(Chriz)BR.S2 ZW5.BG3 ZW5.S2 GAF.BG3 GAF.S2 CP190-HB.BG3 CP190-VC.S2 CTCF-VC.BG3 CTCF-VC.S2 mod2.2-VC.BG3 mod2.2-VC.S2 Su(HW)-HB.B G3 Su(HW)-VC.S2 i—i f> к с ol Л г- S ^ RNA pol II (ALG).S2 ISWI_Q4095.BG3 ISWI_Q4095.S2 NURF301_Q2602.Kc NURF301_Q2602.S2

1-15644400

35 35D3-4 chr2L:1565600 1-15656600 + + + + + + + + +

36 35D3-4 chr2L:1568960 1-15690200 + + + + + + + + +

37 35E1-2 chr2L:1604940 1-16050000 + +

38 35E1-2 chr2L:1622380 1-16224600 + + + + + +

39 36C1-2 chr2L:1726040 1-17261000 + + + + +

40 36D1-4 chr2L:1758940 1-17590400 + + + + + + + + +

41 36D1-4 chr2L:1760320 1-17603600 + +

42 36D1-4 chr2L:1771540 1-17716200 + + + + + + + + + +

43 36D1-4 chr2L:1778440 1-17785000 + + + + + +

44 36D1-4 chr2L:1796260 1-17964200 + + + + + + + + + + +

45 36D1-4 chr2L:1811920 1-18120400 + + + + + + + +

On LtJ ю о VO 00 On №

On О On О On О On О UJ On О LtJ On О 00 Ю 00 > LtJ ^ 00 > UJ 00 > LtJ LtJ О О О район ИГХ

1 ю 1 ю 1 ю ю ю 1 1 1 ю

chr3L:5530601 -5531400 chr3L:5504801 -5505600 chr3L:5491401 -5493000 chr3L:5102001 -5102400 chr3L:4853801 -4854600 chr3L:4690201 -4691000 chr2R: 1792680 1-17927400 chr2R: 1777140 1-17772200 chr2R: 1775900 1-17760000 chr2R: 1762140 1-17622000 chr2R: 1231920 1-12320200 chr2R: 9510001 -9511000 координаты внутреннего aquamarine

+ ench RedFly

+ ench Kvon

BEAF-70.BG3

+ + + BEAF-HB.S2

+ Chro(Chriz)BR.B G3

+ + Chro(Chriz)BR. S2

ZW5.BG3

+ ZW5.S2

+ + + + + + + GAF.BG3

+ + + + + GAF.S2

+ + + + + CP190-HB.BG3

+ + + + + CP190-VC.S2

+ + CTCF-VC.BG3

+ + CTCF-VC.S2

+ mod2.2-VC.BG3

+ + + + mod2.2-VC.S2

+ + + + + Su(HW)-HB. В G3

+ + + + + Su(HW)-VC.S2

+ + + + RNA pol II TALGYBG3

+ + + + RNA pol II (ALG).S2

+ + + + ISWIQ4095.BG3

+ ISWI_Q4095.S2

+ + + + + NURF301_Q2602.Kc

+ + + + + + NURF301_Q2602.S2

ы

% район ИГХ координаты внутреннего aquamarine ench RedFly ench Kvon BEAF-70.BG3 BEAF-HB.S2 Chro(Chriz)BR.BG3 Chro(Chriz)BR.S2 ZW5.BG3 ZW5.S2 GAF.BG3 GAF.S2 CP190-HB.BG3 CP190-VC.S2 CTCF-VC.BG3 CTCF-VC.S2 mod2.2-VC.BG3 mod2.2-VC.S2 Su(HW)-HB.B G3 Su(HW)-VC.S2 i—i f> к с ol Л г- S ^ RNA pol II (ALG).S2 ISWI_Q4095.BG3 ISWI_Q4095.S2 NURF301_Q2602.Kc NURF301_Q2602.S2

58 70A3-4 chr3L:1329480 1-13295400 + + + + + + + + +

59 71C1-2 chr3L:1526100 1-15262000 + + + + + + + + + + + +

60 71C1-2 chr3L:1529720 1-15298200 +

61 75C1-2 chr3L:1816400 1-18164600 + +

62 75C1-2 chr3L:1817840 1-18180200 + + + + +

63 75C1-2 chr3L:1822720 1-18229000 + + + + + + + + + +

64 75C1-2 chr3L:1823660 1-18237200

65 75C1-2 chr3L:1839100 1-18392000 + + + + +

66 75C1-2 chr3L:1839320 1-18396400 + + + + + + + +

67 75C1-2 chr3L:1845300 1-18454800 + + + + + + + + + +

68 77E1-4 chr3L:2061460 1-20615200 + + + + + +

69 77E1-4 chr3L:2070440 1-20705400 + + + + +

00 00 о VO 00 On ^ -p*. LtJ to о №

00 о О VO 00 о О VO 00 о О VO 00 о UJ 00 > 00 LtJ W VO W VO W VO W VO W VO W W район ИГХ

1 1 1 ю ю

chr3R: 3575401 -3576000 chr3R: 3469201 -3470600 chr3R: 33 74401 -3375400 chr3R: 3172001 -3172800 chr3R: 2286201 -2286800 chr3R: 1996201 -1997000 chr3L:2244880 1-22449400 chr3L:2240040 1-22401600 chr3L:2239340 1-22396200 chr3L:2235840 1-22359200 chr3L:2233980 1-22340200 chr3L:2072300 1-20725000 координаты внутреннего aquamarine

+ + ench RedFly

+ + ench Kvon

BEAF-70.BG3

+ + + + + BEAF-HB.S2

+ + + Chro(Chriz)BR.B G3

+ + Chro(Chriz)BR. S2

+ ZW5.BG3

+ ZW5.S2

+ + + + + GAF.BG3

+ + + + GAF.S2

+ + + + + + CP190-HB.BG3

+ + + CP190-VC.S2

+ + + CTCF-VC.BG3

+ + + CTCF-VC.S2

+ + + mod2.2-VC.BG3

+ mod2.2-VC.S2

+ + Su(HW)-HB. В G3

+ Su(HW)-VC.S2

+ + + + + RNA pol II TALGYBG3

+ + + RNA pol II (ALG).S2

+ + + + + ISWIQ4095.BG3

+ + + ISWI_Q4095.S2

+ NURF301_Q2602.Kc

+ + NURF301_Q2602.S2

ы

on

% район ИГХ координаты внутреннего aquamarine ench RedFly ench Kvon BEAF-70.BG3 BEAF-HB.S2 Chro(Chriz)BR.BG3 Chro(Chriz)BR.S2 ZW5.BG3 ZW5.S2 GAF.BG3 GAF.S2 CP190-HB.BG3 CP190-VC.S2 CTCF-VC.BG3 CTCF-VC.S2 mod2.2-VC.BG3 mod2.2-VC.S2 Su(HW)-HB.B G3 Su(HW)-VC.S2 i—i f> к с ol Л г- S ^ RNA pol II (ALG).S2 ISWI_Q4095.BG3 ISWI_Q4095.S2 NURF301_Q2602.Kc NURF301_Q2602.S2

82 84D9-10 chr3R:3619401 -3620800 + + + + +

83 86D1-2 chr3R:6953801 -6954600 + + + + + +

84 87B4-5 chr3R:7946601 -7947400 + + +

85 87D1-2 chr3R:8683001 -8683600 + + + + + + + + + +

86 89E1-4 chr3R: 1252840 1-12529200 + + + +

87 89E1-4 chr3R: 1257420 1-12574800 + + + + +

88 89E1-4 chr3R: 1258940 1-12590000 + + + +

89 89E1-4 chr3R: 1262380 1-12624800 + + + + + + + + +

90 89E1-4 chr3R: 1269480 1-12695400 + + + + + + +

91 89E1-4 chr3R: 1272460 1-12725600 + + + + + + + +

92 89E1-4 chr3R: 1274440 1-12745200 + + + + + + + +

93 89E1-4 chr3R: 1275980 1-12760800 + + + + + + +

о w о ^ о ^ о ° о VO VO VO 00 VO VO On VO ^ VO №

о о о " § о " § VO > VO > VO ю М VO ю О VO Ю О 00 VO М 00 VO М район ИГХ

1 1 1 1 1 1 ю 1 1

chr3R:2684560 1-26847000 chr3R:2683560 1-26836200 chr3R: 2677200 1-26772800 chr3R: 2673 800 1-26738600 chr3R: 1795920 1-17960400 chr3R: 1789820 1-17898600 chr3R: 1628960 1-16290800 chr3R: 1598020 1-15981200 chr3R: 1589220 1-15892600 chr3R: 1280360 1-12804200 chr3R: 1279520 1-12796000 координаты внутреннего aquamarine

+ + + + ench RedFly

+ + + ench Kvon

BEAF-70.BG3

+ BEAF-HB.S2

+ + Chro(Chriz)BR.B G3

+ + Chro(Chriz)BR. S2

ZW5.BG3

+ + ZW5.S2

+ + GAF.BG3

+ GAF.S2

+ + + + + + CP190-HB.BG3

+ + + + + + + + CP190-VC.S2

+ + + + + CTCF-VC.BG3

+ + + + + + CTCF-VC.S2

+ + + mod2.2-VC.BG3

+ + + + mod2.2-VC.S2

+ + + + Su(HW)-HB. В G3

+ + + + Su(HW)-VC.S2

+ RNA pol II TALGYBG3

+ RNA pol II (ALG).S2

+ + + + + ISWIQ4095.BG3

ISWI_Q4095.S2

+ + NURF301_Q2602.Kc

+ + + + + + NURF301_Q2602.S2

ы 00