Контроль транскрипции репрессорами группы Polycomb. тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Ерохин Максим Максимович

• Ерохин Максим Максимович
• доктор наук
• 2024

Оглавление диссертации доктор наук Ерохин Максим Максимович

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Цели и задачи исследования

Научная новизна. Теоретическая значимость работы

Практическая значимость работы

Методология и методы диссертационного исследования

Положения и результаты, выносимые на защиту

Личный вклад автора

Апробация результатов

Структура и объем работы

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общая характеристика репрессоров группы Polycomb и их функциональных антагонистов из группы Trithorax

1.2. Комплексы группы Polycomb

1.3. Комплексы группы Итогах

1.4. Механизмы, обеспечивающие связывание комплексов Polycomb с хроматином

1.4.1. Свойства PRE-элементов в геноме дрозофилы

1.4.2. Роль ДНК-связывающих факторов в организации работы PRE-элементов

1.4.3. Роль транскрипционных факторов и сайтов их связывания в привлечении репрессоров группы Polycomb на хроматин

1.4.5. Белок-белковые взаимодействия между Polycomb-репрессорами и РКЕ-ассоциированными ДНК-связывающими факторами

1.4.6. РКЕ-элементы млекопитающих

1.4.7. Эпигенетические модификации

1.4.8. Некодирующие РНК

1.5. Механизмы действия белков группы Polycomb

1.5.1. Конкуренция белков групп Polycomb и Trithorax

1.5.2. Пространственные взаимодействия в активности системы Polycomb/Trithorax

1. 6. Нарушения функций Polycomb-репрессоров при онкологических заболеваниях

1.6.1. Нарушения активности комплекса PRC2 в канцерогенезе

1.6.2. Гиперфункции PRC2 при раке: повышенная экспрессия генов EZH2, SUZ12 и EED

1.6.3. Гиперфункции PRC2 при раке: GOF-мутации EZH2

1.6.4. Подавление активности PRC2 при раке: LOF-мутации компонентов комплекса PRC2

1.6.5. Механизмы онкогенного и онкосупрессорного влияния PRC2

1.6.6. Низкомолекулярные ингибиторы активностиPRC2

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Генетические методы

2.2. Биохимические методы

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Исследование репрессоров группы Polycomb в трансгенных системах на модели дрозофилы

3.1.1. Репрессорная активность bxdPRE зависит от хромосомного контекста в случае направленной интеграции трансгенных конструкций в геном

3.1.2. Сайты связывания архитектурного белка Su(Hw) индуцируют PRE-опосредованную репрессию транскрипции в локусе 96E

3.1.3. Связывание Su(Hw) стимулирует рекрутирование Polycomb/Trithorax-факторов на последовательность bxdPRE в области 96E

3.1.4. Мультимер Su(Hw) усиливает активность bxdPRE в разных хромосомных положениях

3.1.5. Регуляторные элементы трансгенной платформы не влияют на стимуляцию PRE-опосредованной репрессии: CRISPR/Cas9-тест

3.1.6. Проходящая через последовательность bxdPRE транскрипция не приводит к удалению эпигенетической модификации H3K27me3

3.1.7. Новый PRE-элемент генома Drosophila virilis как удобный модельный сайленсер

3.1.8. Резюме

3.2. Интерактомы ДНК-связывающих факторов, ассоциированных с PRE-элементами генома дрозофилы

3.2.1. Анализ интерактомов факторов Psq и Adf1

3.2.2. Анализ интерактома фактора GAF

3.2.3. Sfmbt взаимодействует с белком Hangover, содержащим домены

«цинковые пальцы» С2Н2-типа

3.2.4. Резюме

3.3. ДНК-связывающий фактор Crol и его роль в репрессии транскрипции белками группы Polycomb

3.3.1. Обнаружение фактора Crol как партнера Polycomb-реперссоров

3.3.2. Crol связывается с PRE-элементами in vivo и распознает poly(G)-последовательности

3.3.3. Мутация сайта связывания белка Crol приводит к частичной потере репрессирующей активности элемента evePRE в трансгенных конструкциях

3.3.4. Резюме

3.4. Нарушения в работе Polycomb-комплекса PRC2 в различных типах рака у человека

3.4.1. Анализ изменений на уровне ДНК в генах EZH2, SUZ12 и EED в клинических образцах пациентов

3.4.2. Корреляция между уровнем транскрипции генов EZH2, SUZ12, EED и выживаемостью пациентов

3.4.3. Зависимость линий опухолевых клеток от генов EZH2, SUZ12 и EED

3.4.4. Резюме

3.5. ДНК-связывающие факторы в геноме человека как многообещающие

мишени для разработки новых антиопухолевых препаратов: идентификация и анализ генов со свойствами «Супертаргетов»

3.5.1. Супертаргеты в линиях острого миелоидного лейкоза (AML) и острого лимфоцитарного лейкоза (ALL)

3.5.2. Супертаргеты в линиях хронического миелогенного лейкоза (CML), лимфом и множественной миеломы (MM)

3.5.3. Супертаргеты солидных опухолей

3.5.4. Основная функциональная группа супертаргетов представлена транскрипционными факторами

3.5.5. Транскрипция генов-супертаргетов в клинических образцах

3.5.6. Значимость супертаргетов подтверждается данными базы DepMap, полученными методом RNAi

3.5.7. Новые супертаргеты

3.5.8. Резюме

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Список использованной литературы

Благодарности

Список сокращений

CBP - CREB binding protein

ChIP-Seq - иммунопреципитация хроматина с последующим NGS секвенированием

CPRG - Chlorophenol red-P-D-galactopyranoside.

Cre - causes recombination - сайт-специфическая рекомбиназа Cre.

DLBCL - Diffuse large B-cell lymphoma, диффузная крупноклеточная лимфома

E. coli - Escherichia coli

Flp - flippase - сайт-специфическая рекомбиназа Flp

frt - flippase recombination target - последовательности, являющиеся сайтами для сайт-специфической рекомбиназы Flp.

hsp70/26 - ген heat shock protein 70/26.

IP/MS -иммунопреципитация c последующим масс-спектрометрическим анализом

lox - locus of crossing over (x) - последовательности, являющиеся сайтами для сайт-специфической рекомбиназы Cre.

NURF - Nucleosome Remodeling Factor

PRC 1/2 - Polycomb repressive complex 1/2

PRE - polycomb response element

PRE - Polycomb Response Element - регуляторный элемент, узнаваемый белками группы Polycomb.

PSS - pairing sensitive silencing

qPCR - Quantitative polymerase chain reaction, ПЦР в реальном времени.

RT-qPCR - Reverse transcription polymerase chain reaction, ПЦР в реальном времени с реакцией обратной транскрипции.

SWI/SNF - SWITCH/Sucrose Non-Fermenting complex

TAF - TATA-associated factor - TATA-ассоциированный фактор транскрипции.

TBP - TATA binding protein - белок, связывающийся с TATA-боксом.

X-ChIP - X (cross-linking)-chromatin immunoprecipitation -иммунопреципитация хроматина

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота.

п.н. - пары нуклеотидов.

ПЦР - полимеразная цепная реакция.

РНК - рибонуклеиновая кислота

т.п.н. - тысячи пар нуклеотидов.

ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Контроль транскрипции репрессорами группы Polycomb.»

Актуальность проблемы

Одним из самых быстроразвивающихся направлений молекулярной биологии является исследование регуляции экспрессии генов на уровне транскрипции. Прогресс в изучении регуляции транскрипции генов на сегодняшний день привел к разработке большого числа принципиально новых терапевтических препаратов и диагностических методов. Дальнейшее развитие молекулярной медицины обещает еще большие перспективы и успехи.

Установление и стабильное наследование индивидуальных профилей экспрессии генов в разных типах клеток необходимо для развития многоклеточных организмов и поддержания клеточного гомеостаза. Важными эпигенетическими регуляторами многоклеточных, отвечающими за стабильное наследование статуса генов в ряду клеточных делений, являются белки группы Ро^сотЬ, обеспечивающие репрессию транскрипции строго определенных генов-мишеней. Нарушения в активности Ро^сотЬ-факторов человека приводят к патологиям в развитии и возникновению рака. Два основных типа комплексов Ро^сотЬ человека осуществляют убиквитинилирование (PRC1) и метилирование (PRC2) гистоновых белков. В настоящее время в процессе разработки и валидации находится множество терапевтических средств (пептидов и низкомолекулярных химических соединений), которые ингибируют одну из этих двух активностей белков группы Ро^сотЬ. Однако подавление основных активностей Ро^сотЬ-комплексов может приводить к непредвиденным нарушениям

функционирования клеток, что является следствием не полного понимания принципов работы репрессоров данного класса.

Белки группы Polycomb были впервые обнаружены у плодовой мушки дрозофилы (Drosophila melanogaster). Подавляющее большинство белков Polycomb дрозофилы имеют гомологов у человека, предполагая их незаменимую и универсальную роль в контроле экспрессии генов. При этом у млекопитающих существует множество паралогов, кодирующих разные варианты Polycomb-факторов, представленных в геноме дрозофилы в виде одной копии.

У Drosophila Polycomb-белки связываются со специализированными ДНК-элементами, названными Polycomb Response Elements (PRE). В ряде работ было продемонстрировано существование элементов со схожими свойствами в геноме млекопитающих. Одним из нерешенных вопросов, касающихся механизма действия системы Polycomb, является идентификация факторов, необходимых для рекрутирования комплексов Polycomb в строго определенные места генома. Дрозофила является оптимальной модельной системой для решения данного вопроса так как: 1) имеет меньшее в сравнении с млекопитающими количество паралогов генов Polycomb; 2) имеет хорошо охарактеризованные PRE-элементы; 3) существуют обширные коллекции линий дрозофил c мутациями генов Polycomb и связанных с ними транскрипционных факторов; 4) геном дрозофилы примерно в 20 раз меньше человеческого, что упрощает и делает дешевле работы по высокопроизводительному секвенированию; 5) отработаны методики относительно простого и быстрого получения трансгенных организмов, в том числе с применением метода редактирования генома CRISPR/Cas9. С помощью модели дрозофилы мы провели исследования по поиску белковых

партнеров PRE-ассоциированных факторов, нашли и изучили новый ДНК-связывающий партнер Polycomb-репрессоров, Crol, и исследовали участие архитектурных (инсуляторных) белков в процессах привлечения Polycomb -факторов на хроматин.

Изучение механизмов действия белков Polycomb, в том числе в процессах возникновения и развития онкологических заболеваний, является актуальным направлением исследований. В настоящее время доступны обширные электронные ресурсы, в которых собраны данные о молекулярных нарушениях в опухолевых клетках человека, в том числе и для компонентов группы Polycomb и других регуляторов транскрипции. Однако накопленная информация разрозненна и не обобщена, что затрудняет интерпретацию имеющихся данных. Используя доступные ресурсы, мы провели работы по систематизации эффектов изменения в структуре и экспрессии Polycomb-репрессоров в разных видах опухолевых новообразований.

Таким образом, на модели дрозофилы проведен анализ механизмов привлечения репрессоров группы Polycomb на хроматин, а также проанализированы онкопатологии человека, в которых эффекты ингибирования активности репрессоров Polycomb могли бы быть оптимальными для терапевтического воздействия.

Цели и задачи исследования

Целью настоящей работы было детальное изучение механизмов контроля транскрипции репрессорами группы Polycomb. Особое внимание в работе было уделено исследованию механизмов привлечения Polycomb-факторов на хроматин, изучению интерактомов белков GAF, Psq и Adfl,

анализу типов онкопатологий, при которых применение ингибиторов Polycomb-комплекса PRC2 может быть эффективным в терапии.

Для достижения этих целей в работе были поставлены следующие задачи:

1. Установить способность сайтов связывания архитектурных белков стимулировать привлечение репрессоров группы Polycomb на хроматин и усиливать PRE-опосредованную репрессию транскрипции.

2. Исследовать способность проходящей транскрипции элиминировать эпигенетическую модификацию H3K27me3 в репрессированном белками Polycomb локусе.

3. Изучить интерактомы PRE-ассоциированных ДНК-связывающих факторов GAF, Psq и Adfl.

4. Определить роль ДНК-связывающего фактора Crol в процессах Polycomb-опосредованной репрессии транскрипции в организме дрозофилы.

5. Провести поиск онкопатологий, при которых применение ингибиторов Polycomb-комплекса PRC2 могло бы быть наиболее эффективным.

6. Провести анализ данных чувствительности опухолевых клеток к делециям отдельных генов с целью выявления перспективных мишеней для таргетной терапии опухолей различного происхождения.

Научная новизна. Теоретическая значимость работы.

Изучение контроля экспрессии генов на уровне транскрипции - одна из ключевых задач современной биологии и медицины. В каждом отдельном

типе клеток должны функционировать одни гены и подавляться другие. Нарушение профилей транскрипции генов ведет к появлению патологий, в том числе онкологических. Консервативные в эволюции белки группы Polycomb играют важнейшую роль в процессах подавления транскрипции генов. Однако механизмы Polycomb-зависимой репрессии не до конца понятны. Имеются несколько нерешенных ключевых вопросов, на исследование которых направлена данная работа.

Во-первых, не известен детальный механизм выбора геномных мишеней для репрессоров Polycomb. Для исследования данного вопроса в ходе выполнения работы были созданы различные трансгенные модельные системы, интегрированные в геном дрозофилы. Было исследовано влияние геномного окружения, в том числе сайтов связывания архитектурных белков, на рекрутирование Polycomb-факторов на свои мишени. Кроме того, протестировано влияние проходящей транскрипции через репрессированный белками Polycomb локус на эпигенетические модификации данной области.

Во-вторых, недостаточно охарактеризованы интерактомы (набор белковых партнеров) PRE-ассоциированных ДНК-связывающих (транскрипционных) факторов. Для решения данной задачи был использован метод ко-иммунопреципитации с последующим высокопроизводительным масс-спектрометрическим анализом (IP/MS). В результате были детально описаны интерактомы ДНК-связывающих факторов GAF, Psq и Adfl. Кроме того, для транскрипционного фактора Crol была впервые показана роль в рекрутировании репрессоров Polycomb на хроматин.

Наконец, с использованием разнообразных баз данных были установлены типы онкопатологий, в которых активность Polycomb-репрессоров может иметь определяющее значение для выживаемости

опухолевых клеток. Кроме того, основываясь на данных по чувствительности опухолевых клеточных линий к делеции того или иного гена, были выявлены факторы, необходимые для пролиферации клеток определенных типов онкопатологий. Исследование роли белков Polycomb и других факторов в развитии онкологических заболеваний и разработка подходов к контролю их активности имеет важное значение для медицины.

Созданные модельные системы и полученные результаты в дальнейшем могут быть использованы для детального понимания механизмов действия репрессоров группы Polycomb у разных организмов.

Практическая значимость работы

Белки группы Ро1усотЬ являются ключевыми регуляторами транскрипции у многоклеточных организмов. У млекопитающих данные репрессоры играют важнейшую роль в эпигенетике рака, биологии стволовых клеток, инактивации одной из Х-хромосом, импритинге, ответе на стресс, процессах старения и регенерации. При многих патологических состояниях, в том числе некоторых онкологических заболеваниях, наблюдается повышенная активность Ро1усотЬ-репрессоров. В соответствии с этим были разработаны и в настоящее время проходят испытания/совершенствуются многочисленные ингибиторы Ро1усотЬ-комплексов, прежде всего, PRC2. Однако, разработанные ингибиторы по-разному влияют на выживаемость опухолевых клеток различного тканевого происхождения. В связи с этим проведенный в данной работе анализ нарушений структуры и экспрессии генов, кодирующих Polycomb-репрессоры, имеет важное значение для дальнейших разработок

протоколов лечения с использованием как уже имеющихся, так и будущих препаратов, блокирующих активность Ро1усотЬ.

Проведенный анализ данных о чувствительности опухолевых клеток к делециям отдельных генов показал, что транскрипционные факторы являются одними из самых перспективных мишеней для таргетной терапии опухолей различного происхождения. В частности, было проанализировано 27 типов онкопатологий, в каждом из которых было выявлено по пять генов, названных нами «Супертаргетами». Делеция таких генов наиболее эффективно подавляет рост и пролиферацию клеток рака определенного типа, но при этом обладает низкой общей цитотоксичностью. В дальнейшем такие гены могут быть использованы как прогностические и/или терапевтические мишени для разработки новых методов лечения.

Полученные на модели дрозофилы результаты позволяют лучше понять принципы и механизмы действия репрессоров группы Ро1усотЬ. В клетках дрозофилы и человека состав основных Ро1усотЬ-комплексов не отличается, что предполагает наличие общих принципов и механизмов регуляции транскрипции белками данного класса. Однако модель дрозофилы имеет ряд неоспоримых преимуществ, самое важное из которых заключается в наличии гораздо меньшего числа паралогов компонентов системы Ро1усотЬ. Таким образом, полученные на модели дрозофилы данные могут быть экстраполированы и на более сложные системы регуляции транскрипции генов млекопитающих.

Методология и методы диссертационного исследования

В ходе выполнения работы были использованы современные молекулярно-биологические методы исследования. Трансгенные линии дрозофилы были получены с помощью направленной инсерции конструкции с использованием интегразы фС31 или методом редактирования генома CRISPR/Cas9. Для оценки уровня связывания отдельных белков с хроматином и обогащения локусов специфичными нуклеосомными модификациями использовался метод иммунопреципитации хроматина (ChIP) с последующей количественной ПЦР (qPCR). Для анализа интерактомов транскрипционных факторов, ассоциированных с PRE-элементами, применялся метод ко-иммунопреципитации с последующим масс-спектрометрическим анализом (IP/MS). Данные по нарушениям структуры и экспрессии Polycomb-факторов в опухолевых клетках были проанализированы с использованием набора компьютерных алгоритмов.

Положения и результаты, выносимые на защиту

1. Установлено, что сайты связывания архитектурного (инсуляторного) белка Su(Hw) стимулируют опосредованную PRE-элементом репрессию маркерного гена и привлечение репрессоров группы Polycomb на хроматин в модельных трансгенных конструкциях.

2. Получена модельная система для тестирования влияния транскрипции, проходящей через репрессированный белками Polycomb локус. Показано, что

даже сильная проходящая транскрипция не достаточна для полной элиминации эпигенетической модификации H3K27me3.

3. Исследованы интерактомы PRE-ассоциированных ДНК-связывающих факторов GAF, Psq и Adfl. Показано, что GAF и Psq могут взаимодействовать как с репрессорами группы Polycomb, так и с активаторами группы Trithorax. Для фактора Adfl продемонстрировано эффективное взаимодействие с компонентами медиаторного комплекса.

4. Установлено, что ДНК-связывающий фактор Crol ассоциирован с рядом PRE-элементов в геноме дрозофилы и взаимодействует с Polycomb-белками Ph, Pho, Cg. С использованием трансгенных конструкций показано, что Crol необходим для репрессорной активности элементов evePRE и bxdPRE.

5. С помощью анализа баз данных обнаружены типы рака, при которых применение ингибиторов Polycomb-комплекса PRC2 могло бы быть наиболее эффективным.

6. Анализ данных о чувствительности трансформированных клеток к делециям отдельных генов показал, что транскрипционные факторы являются одними из самых перспективных мишеней для таргетной терапии опухолей различного происхождения.

Личный вклад автора

Основные экспериментальные данные были получены автором лично, либо под его непосредственным руководством. Создание трансгенных линий UDPD и URPD, а также анализ экспрессии маркерных генов в данных линиях, выполнены Д. А. Четвериной и П. В. Елизарьевым (ИБГ РАН). Линия kcrol с делецией гена crol получена Д. А. Четвериной и Л.В. Фаб (ИБГ РАН). Масс-спектрометрический анализ проведен Р. Х. Зиганшиным (ИБХ РАН). Автор осуществлял планирование экспериментов, выбор методов исследования, анализ, обобщение и подготовку результатов к публикации.

Апробация результатов

По результатам работы опубликовано 15 статей в рецензируемых научных журналах, входящих в международные и российские базы цитирования. Основные положения диссертации были представлены на российских и международных конференциях.

Статьи:

1. Erokhin M, Brown JL, Lomaev D, Vorobyeva NE, Zhang L, Fab LV, Mazina MY, Kulakovskiy IV, Ziganshin RH, Schedl P, Georgiev P, Sun MA, Kassis JA, Chetverina D. Crol contributes to PRE-mediated repression and Polycomb group proteins recruitment in Drosophila. Nucleic Acids Res. 2023 Jul 7;51(12):6087-6100.

2. Chetverina D, Vorobyeva NE, Gyorffy B, Shtil AA, Erokhin M. Analyses of Genes Critical to Tumor Survival Reveal Potential 'Supertargets': Focus on Transcription. Cancers (Basel). 2023 Jun 3;15(11):3042.

3. М. М. Ерохин, Ф. В. Горбенко, Д. В. Ломаев, Д. А. Четверина. Сайты связывания архитектурного белка Su(Hw) стимулируют рекрутирование эпигенетических регуляторов PcG/TrxG на хроматин: CRISPR/Cas9-тест. ГЕНЕТИКА, 2023, том 59, № 3, с. 308-315.

4. Chetverina D, Vorobyeva NE, Mazina MY, Fab LV, Lomaev D, Golovnina A, Mogila V, Georgiev P, Ziganshin RH, Erokhin M. (2022) Comparative interactome analysis of the PRE DNA-binding factors: purification of the Combgap-, Zeste-, Psq-, and Adf1-associated proteins. Cell Mol Life Sci. 79(7):353.

5. Д. А. Четверина, Ф. В. Горбенко, Д. В. Ломаев, П. Г. Георгиев, М. М. Ерохин. Привлечение на хроматин ^А)п-ассоциированных факторов GAF и Psq в трансгенной модельной системе зависит от присутствия сайтов связывания архитектурных белков. ДОКЛАДЫ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК. НАУКИ О ЖИЗНИ, 2022, том 506, с. 371-376.

6. Erokhin M*, Chetverina O*, Gyorffy B, Tatarskiy VV, Mogila V, Shtil AA, Roninson IB, Moreaux J, Georgiev P, Cavalli G, Chetverina D. Clinical Correlations of Polycomb Repressive Complex 2 in Different Tumor Types. Cancers (Basel). 2021 Jun 24;13(13):3155. * равный вклад авторов

7. Erokhin M, Gorbenko F, Lomaev D, Mazina MY, Mikhailova A, Garaev AK, Parshikov A, Vorobyeva NE, Georgiev P, Schedl P, Chetverina D. Boundaries potentiate polycomb response element-mediated silencing. BMC Biol. 2021 Jun 2;19(1):113.

8. Chetverina D, Erokhin M, Schedl P. GAGA factor: a multifunctional pioneering chromatin protein. Cell Mol Life Sci. 2021 May;78(9):4125-4141.

9. М. М. Ерохин, Ю. В. Шидловский, Д. В. Ломаев, П. Г. Георгиев, Д. А. Четверина. Sfmbt взаимодействует с белком Hangover и субъединицами SWI/SNF-комплекса у Drosophila melanogaster. ДОКЛАДЫ

РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК. НАУКИ О ЖИЗНИ, 2021, том 500, с. 72-75.

10. Д.А. Четверина, Д.В. Ломаев, П.Г. Георгиев, М.М. Ерохин. Генетические нарушения активности PRC2 при онкологии: проблемы и перспективы. ГЕНЕТИКА, 2021, том 57, № 3, с. 255-269.

11.Д. А. Четверина, Д. В. Ломаев, М. М. Ерохин. Белки групп Polycomb и Trithorax: долгий путь от мутации в дрозофиле до применения в медицине. ACTA NATURAE. 2020. ТОМ 12 № 4 (47) с. 66-85.

12. Д. А. Четверина, А. В. Михайлова, П. Г. Георгиев, М. М. Ерохин. Новый PRE-элемент генома Drosophila virilis как удобный модельный сайленсер. ДОКЛАДЫ АКАДЕМИИ НАУК, 2019, том 484, No 3, с. 363366.

13. M Erokhin, P Georgiev, D Chetverina. (2018) Drosophila DNA-Binding Proteins in Polycomb Repression.

Epigenomes 2(1) https://doi.org/10.3390/epigenomes2010001.

14. Lomaev D. *, Mikhailova A. *, Erokhin M. *, Shaposhnikov A.V. *, Moresco J.J. *, Blokhina T., Wolle D., Aoki T., Ryabykh V., Yates, III J.R., Shidlovskii Y.V., Georgiev P., Schedl P., Chetverina D. (2017) The GAGA factor regulatory network: Identification of GAGA factor associated proteins. PLoS ONE 12(3): e0173602. * равный вклад авторов

15. Erokhin M, Elizar'ev P, Parshikov A, Schedl P, Georgiev P, Chetverina D. (2015) Transcriptional read-through is not sufficient to induce an epigenetic switch in the silencing activity of Polycomb response elements. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 112(48):14930-5.

Тезисы конференций:

1) D. Lomaev, N.E. Vorobyeva, L.V. Fab, A. Golovnina, M. Yu. Mazina, V. Mogila, P. Georgiev, R.H. Ziganshin, D. Chetverina, M. Erokhin. Identification of PRE DNA-binding factors interactomes: purification of the Combgap, Zeste, Psq, and Adf1 protein complexes. 45th FEBS Congress, Ljubljana, Slovenia, 2021. P.136.

2) Четверина Д. А., Ломаев Д.В., Михайлова А.В., Ерохин М.М. Исследование белков группы Polycomb для диагностики и терапии онкологических заболеваний. X Юбилейная международная научно-практическая конференция «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА». МОСКВА 2021. С. 143-144.

3) Ерохин М.М., Ломаев Д.В., Михайлова А.В., Четверина Д.А. Мутации компонентов комплекса PRC2 при онкологических патолологиях. X Юбилейная международная научно-практическая конференция «МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА». МОСКВА 2021. С. 95-96.

4) А.А. Головнина, Д.В. Ломаев, Д.А. Четверина, М.М. Ерохин. Исследование интерактома ДНК-связывающих факторов, участвующих в привлечении репрессоров группы Polycomb на хроматин. Материалы Конференции молодых ученых «Актуальные проблемы биологии развития», 12-14 октября 2021 г., Москва. С. 30-31

5) Четверина Д.А., Михайлова А.В., Ломаев Д.В., Ерохин М.М. Идентификации транскрипционных факторов, вовлеченных в работу регуляторных ДНК-элементов методом IP/MS. 24-ая Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "Биология - наука XXI века", 5-7 октября 2020 г., Пущино. C. 62.

6) F. Gorbenko, D. Lomaev, M. Erokhin, D. Chetverina. Insulator binding sites can modulate PREs activity in Drosophila melanogaster. 44th FEBS Congress. 6-11 July 2019 Krakow, Poland. P. 37-019

7) F. Gorbenko, D. Lomaev, M. Erokhin, D. Chetverina. Insulator binding sites can switch on the repressing activity of PREs in Drosophila melanogaster transgenic lines. EMBO Workshop "The Genome in Three Dimensions", Kylini, May 20-24 2019. P.71.

8) P. V. Elizar'ev, M. M. Erokhin, D. A. Chetverina, P. G. Georgiev. Studying PREs/TREs activity switch in Drosophila. EMBO Conference: Chromatin and Epigenetics. Heidelberg, 6 May - 10 May, 2015. P.48.

Структура и объем работы

Диссертационная работа состоит из разделов «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты и обсуждение», «Заключение» и «Выводы». Работа изложена на 265 страницах, содержит 50 рисунков и 8 таблиц. Список литературы включает 430 источников.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общая характеристика репрессоров группы Polycomb и их функциональных антагонистов из группы Trithorax

Для функционирования многоклеточных организмов необходимо установление и поддержание паттернов экспрессии генов, уникальных для каждого типа клеток. Контроль экспрессии генов на уровне транскрипции -один из ключевых этапов данной регуляции. Белки групп Polycomb (PcG) и Trithorax (TrxG) являются репрессорами и активаторами транскрипции соответственно (Bauer et al., 2016; Brand et al., 2019; Chetverina et al., 2017a; Kassis et al., 2017; Kingston & Tamkun, 2014; Kuroda et al., 2020; Schuettengruber et al., 2011, 2017). Эти белки были впервые охарактеризованы у дрозофилы как регуляторы экспрессии генов Hox-кластера. Hox-гены отвечают за правильную сегментацию организма, а исходный профиль их экспрессии задается на ранней эмбриональной стадии развития белковыми продуктами генов maternal, gap, pair-rule и segment polarity, которые каскадно активируют друг друга (Akam, 1987; Diaz-Cuadros et al., 2021; Pankratz & Jackie, 1990; Small & Levine, 1991). Показано, что белки Polycomb/Trithorax необходимы для последующего поддержания заданного профиля экспрессии (McKeon & Brock, 1991; Struhl & Akam, 1985).

В 1947 году у дрозофилы была описана мутация Polycomb, при которой анатомические структуры, называемые «половыми гребешками» (Sex combs), в норме образующиеся только на первой паре ног у самцов, появлялись также на второй и третьей парах конечностей (Lewis, 1947). Было показано, что нарушение функций гена Polycomb приводит к трансформации ряда антериальных абдоминальных сегментов в сторону постериальных (Lewis,

1978) в результате сверхэкспрессии Hox-генов (Beuchle et al., 2001; McKeon & Brock, 1991b; Wedeen et al., 1986). В частности, половые гребешки появляются в результате частичной трансформации второй и третьей пар ног в первую за счет дерепрессии гена Scr из комплекса Antennapedia (Kingston & Tamkun, 2014). Несколько позже открыли мутацию гена trithorax, фенотипические проявления которой (уменьшение числа половых гребешков) были противоположными фенотипу Pofycomb-мутаций, что свидетельствует об инактивации Hox-генов (Ingham, 1981, 1983). Впоследствии все мутации других генов, проявляющие себя сходным с Polycomb или с trithorax образом, стали классифицировать на группы Polycomb и Trithorax соответственно (Kassis et al., 2017; Kingston & Tamkun, 2014). К данным группам также относятся гены, усиливающие мутантные фенотипы других охарактеризованных представителей в генетических тестах при скрещивании мутантных мух или нарушения экспрессии Hox-генов, определенные прямым анализом.

Эволюционно консервативные белки Polycomb/Trithorax обнаружены у всех многоклеточных организмов. При этом у млекопитающих мутации в генах, кодирующих Polycomb/Trithorax, также оказывают глобальное влияние на развитие организма (Laugesen & Helin, 2014; Piunti & Shilatifard, 2016). Кроме того, установлено, что область ответственности белков Polycomb/Trithorax значительно шире регуляции генов Hox-кластера и распространяется на сотни других мишеней как у дрозофилы, так и у млекопитающих. В частности, Polycomb/Trithorax-факторы вовлечены в такие значимые биологические процессы, как канцерогенез, инактивация X-хромосомы млекопитающих, поддержание плюрипотентного статуса

стволовых клеток (Boeren & Gribnau, 2021; Brockdorff, 2017; Chan & Morey, 2019; Comet et al., 2016).

Далее будет подробно рассмотрена структура и функции комплексов Polycomb/Trithorax, механизмы их действия и роль отдельных факторов в возникновении, диагностике и терапии онкологических заболеваний.

1.2. Комплексы группы Polycomb

Большая часть белков группы Polycomb ассоциирована в мультисубъединичные комплексы нескольких типов, основные из которых у дрозофилы и млекопитающих - PRC1 (Polycomb repressive complex 1), PRC2 (Polycomb repressive complex 2) и PR-DUB (Polycomb repressive deubiquitinase), а также PhoRC у дрозофилы (Рис. 1).

Рис. 1. Основные комплексы группы Polycomb. А - комплексы PRC2. Субъединицы дрозофилы показаны слева, а их ортологи млекопитающих справа. У дрозофилы и млекопитающих коровыми субъединицами PRC2 являются E(z)-Su(z)12-Esc-Caf1 и EZH2-SUZ12-EED-RBBP7/4 соответственно. Esc у дрозофилы может быть замещен белком-

гомологом Escl; EZH2 млекопитающих - гомологом EZH1. Комплекс PRC2.1 содержит Pcl или PCL1/2/3; комплекс PRC2.2 содержит Jarid2/Jing или JARID2/AEBP2y дрозофилы и человека соответственно. Б - комплексы PRC1. У дрозофилы и млекопитающих коровыми субъединицами PRC1 являются Sce-Psc и RING-POLYCOMBF соответственно. В cPRCl коровые субъединицы ассоциируются с Pc-Ph у Drosophila или с их ортологами CBX-PHC у человека. В ncPRCl коровые субъединицы связываются с Kdm2 у Drosophila и с субъединицей RYBP (или YAF2) у человека. У человека cPRC 1 или ncPRC 1 дополнительно подразделяются на подкомплексы по наличию специфической субъединицы POLYCOMBF (cPRC1.2, cPRCl.4, ncPRCl.1, ncPRC1.3, ncPRC1.5, ncPRC1.6). Другие специфичные субъединицы указаны рядом с названием подкомплекса. В - PR-DUB-комплекс у дрозофилы и человека состоит из Asx-Calypso или ASXL1/2-BAP1 соответственно. Размеры фигур соответствуют размерам белковых молекул (адаптировано из Четверина и др., 2020, с изменениями).

У дрозофилы комплексы PRC2 содержат коровые компоненты E(z), Esc, Su(z)12 и Cafl (Czermin et al., 2002; Müller et al., 2002). Субъединица Esc имеет гомолога - Escl, который может замещать его в составе комплекса (Kurzhals et al., 2008). Все субъединицы PRC2 дрозофилы имеют прямых гомологов у млекопитающих: в геноме человека обнаружены одна копия Esc - ген, кодирующий белок EED, и по две копии факторов E(z) и Cafl - EZH2/EZH1 и RBBP7/RBBP4 соответственно. Белок Su(z)12 представлен одной копией одноименного белка - SUZ12 (Cao et al., 2002; Kuzmichev et al., 2002). Все коровые субъединицы PRC2 подтверждены как белки Polycomb у дрозофилы в генетических тестах (Chetverina et al., 2017a; Kassis et al., 2017).

PRC2 моно-, ди- и триметилирует 27 лизин гистона H3 (H3K27me1/2/3) за счет активности SET-домена белка E(z) (EZH2/EZH1) (Cao et al., 2002; Czermin et al., 2002; Kuzmichev et al., 2002; Müller et al., 2002). Модификация H3K27me3 является маркером участков хроматина, репрессированного системой Polycomb (Papp & Müller, 2006; Schwartz et al., 2006). Отсутствие

модификации H3K27me3 при точечной замене 27 лизина гистона H3 на аргинин приводит к дерепрессии Яох-генов у дрозофилы (Pengelly et al., 2013).

EZH2 млекопитающих в системе in vitro обладает более высокой метилтрансферазной активностью, чем гомолог EZH1 (Margueron et al., 2008). Кроме того, EZH1 играет меньшую роль в развитии - мутантные по EZH2, EED, SUZ12 эмбрионы мышей нежизнеспособны и гибнут в течение постимплантационного периода (Faust et al., 1995; O'Carroll et al., 2001; Pasini et al., 2004), в то время как мутанты EZH1 жизнеспособны и фертильны (Ezhkova et al., 2011). В соответствии с этим, EZH2 и EZH1 имеют разный профиль экспрессии - транскрипция EZH2 характерна для пролиферирующих клеток, а EZH1 экспрессируется на разных стадиях развития примерно одинаково. В то же время EZH1 может замещать EZH2 на более поздних стадиях развития или при повреждении EZH2 (Margueron et al., 2008; Shen et al., 2008; Son et al., 2013).

Для каталитической активности E(z)/EZH2 необходимы субъединицы Su(z)12/SUZ12 и Esc/EED (Cao & Zhang, 2004; Ketel et al., 2005; Muller et al., 2002; Nekrasov et al., 2005; Pasini et al., 2004). При взаимодействии Esc/EED с H3K27me3 изменяется конформация всего комплекса PRC2 и стимулируется его метилтрансферазная активность (Jiao & Liu, 2015). В отличие от этого, субъединица Caf1 не нужна для метилтрансферазной активности E(z) (Cao & Zhang, 2004; Ketel et al., 2005; Nekrasov et al., 2005).

У дрозофилы и млекопитающих коровый модуль PRC2 может взаимодействовать с дополнительными субъединицами. В настоящее время выделяют два комплекса: PRC2.1 и PRC2.2. Комплекс PRC2.1 включает белок Pcl (Polycomb-like) (у дрозофилы) и гомологичные белки - PHF1, PHF19 или MTF2 (у млекопитающих). Показано, что Pcl стимулирует метилтрансферазную активность E(z)/EZH2 (Nekrasov et al., 2007; Sarma et al.,

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Ерохин Максим Максимович, 2024 год

Список использованной литературы

Д. А. Четверина, Д. В. Ломаев, М. М. Ерохин. Белки групп Polycomb и Trithorax: долгий путь от мутации в дрозофиле до применения в медицине. ACTA NATURAE. 2020. ТОМ 12 № 4 (47) с. 66-85. https: //doi.org/10.32607/actanaturae.l 1090

Abdel-Wahab, O., Adli, M., LaFave, L. M., Gao, J., Hricik, T., Shih, A. H.,

Pandey, S., Patel, J. P., Chung, Y. R., Koche, R., Perna, F., Zhao, X., Taylor, J. E., Park, C. Y., Carroll, M., Melnick, A., Nimer, S. D., Jaffe, J. D., Aifantis, I., ... Levine, R. L. (2012). ASXL1 Mutations Promote Myeloid Transformation through Loss of PRC2-Mediated Gene Repression. Cancer Cell, 22(2), 180— 193. https://doi.org/10.1016Zj.ccr.2012.06.032

Abdel-Wahab, O., & Dey, A. (2013). The ASXL-BAP1 axis: new factors in myelopoiesis, cancer and epigenetics. Leukemia, 27(1), 10-15. https://doi.org/10.1038/leu.2012.288

Able, A., Burrell, J., & Stephens, J. (2017). STAT5-Interacting Proteins: A Synopsis of Proteins that Regulate STAT5 Activity. Biology, 6(4), 20. https://doi.org/10.3390/biology6010020

Adkins, N. L., Hagerman, T. A., & Georgel, P. (2006). GAGA protein: a multi-faceted transcription factor. Biochemistry and Cell Biology = Biochimie et Biologie Cellulaire, 84(4), 559-567. https://doi.org/10.1139/o06-062

Agger, K., Cloos, P. A. C., Christensen, J., Pasini, D., Rose, S., Rappsilber, J., Issaeva, I., Canaani, E., Salcini, A. E., & Helin, K. (2007). UTX and JMJD3 are histone H3K27 demethylases involved in HOX gene regulation and development. Nature, 449(7163), 731-734. https: //doi.org/10.1038/nature06145

Akam, M. (1987). The molecular basis for metameric pattern in the Drosophila embryo. Development (Cambridge, England), 101(1), 1-22.

Alfieri, C., Gambetta, M. C., Matos, R., Glatt, S., Sehr, P., Fraterman, S., Wilm, M., Müller, J., & Müller, C. W. (2013). Structural basis for targeting the chromatin repressor Sfmbt to Polycomb response elements. Genes & Development, 27(21), 2367-2379. https://doi.org/10.1101/gad.226621.113

Almeida, M., Bowness, J. S., & Brockdorff, N. (2020). The many faces of

Polycomb regulation by RNA. Current Opinion in Genetics & Development, 61, 53-61. https://doi.org/10.1016Zj.gde.2020.02.023

Almeida, M., Pintacuda, G., Masui, O., Koseki, Y., Gdula, M., Cerase, A., Brown, D., Mould, A., Innocent, C., Nakayama, M., Schermelleh, L., Nesterova, T. B., Koseki, H., & Brockdorff, N. (2017). PCGF3/5-PRC1 initiates Polycomb recruitment in X chromosome inactivation. Science, 356(6342), 1081-1084. https: //doi.org/10.1126/science.aal2512

Americo, J., Whiteley, M., Brown, J. L., Fujioka, M., Jaynes, J. B., & Kassis, J. A. (2002). A Complex Array of DNA-Binding Proteins Required for Pairing-Sensitive Silencing by a Polycomb Group Response Element From the Drosophila engrailed Gene. Genetics, 160(4), 1561-1571. https://doi.org/10.1093/genetics/160A1561

Amoyel, M., Anderson, A. M., & Bach, E. A. (2014). JAK/STAT pathway dysregulation in tumors: a Drosophila perspective. Seminars in Cell & Developmental Biology, 28, 96-103. https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2014.03.023

An, S., Yeo, K. J., Jeon, Y. H., & Song, J.-J. (2011). Crystal structure of the human histone methyltransferase ASH1L catalytic domain and its implications for the regulatory mechanism. The Journal of Biological Chemistry, 286(10), 83698374. https://doi.org/10.1074/jbc.M110.203380

Antony-Debre, I., Paul, A., Leite, J., Mitchell, K., Kim, H. M., Carvajal, L. A., Todorova, T. I., Huang, K., Kumar, A., Farahat, A. A., Bartholdy, B., Narayanagari, S.-R., Chen, J., Ambesi-Impiombato, A., Ferrando, A. A., Mantzaris, I., Gavathiotis, E., Verma, A., Will, B., ... Steidl, U. (2017). Pharmacological inhibition of the transcription factor PU.1 in leukemia. Journal of Clinical Investigation, 127(12), 4297-4313. https://doi.org/10.1172/JCI92504

Ardehali, M. B., Mei, A., Zobeck, K. L., Caron, M., Lis, J. T., & Kusch, T. (2011). Drosophila Set1 is the major histone H3 lysine 4 trimethyltransferase with role in transcription. The EMBO Journal, 30(14), 2817-2828. https://doi.org/10.1038/emboj.2011.194

Arnold, P., Schöler, A., Pachkov, M., Balwierz, P. J., J0rgensen, H., Stadler, M. B., van Nimwegen, E., & Schübeler, D. (2013). Modeling of epigenome dynamics identifies transcription factors that mediate Polycomb targeting. Genome Research, 23(1), 60-73. https://doi.org/10.1101/gr.142661.112

Bachmann, I. M., Halvorsen, O. J., Collett, K., Stefansson, I. M., Straume, O., Haukaas, S. A., Salvesen, H. B., Otte, A. P., & Akslen, L. A. (2006). EZH2 Expression Is Associated With High Proliferation Rate and Aggressive Tumor Subgroups in Cutaneous Melanoma and Cancers of the Endometrium, Prostate, and Breast. Journal of Clinical Oncology, 24(2), 268-273. https://doi.org/10.1200/JC0.2005.01.5180

Bae, E., Calhoun, V. C., Levine, M., Lewis, E. B., & Drewell, R. A. (2002). Characterization of the intergenic RNA profile at abdominal-A and Abdominal-B in the Drosophila bithorax complex. Proceedings of the National Academy of Sciences, 99(26), 16847-16852. https://doi.org/10.1073/pnas.222671299

Bajusz, I., Henry, S., Sutus, E., Kovacs, G., & Pirity, M. K. (2019). Evolving Role of RING1 and YY1 Binding Protein in the Regulation of Germ-Cell-Specific Transcription. Genes, 10(11). https://doi.org/10.3390/genes10110941

Bardelli, V., Arniani, S., Pierini, V., Di Giacomo, D., Pierini, T., Gorello, P., Mecucci, C., & La Starza, R. (2021). T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia: Biomarkers and Their Clinical Usefulness. Genes, 12(8), 1118. https://doi.org/10.3390/genes12081118

Bardelli, V., Arniani, S., Pierini, V., Pierini, T., Di Giacomo, D., Gorello, P., Moretti, M., Pellanera, F., Elia, L., Vitale, A., Storlazzi, C. T., Tolomeo, D., Mastrodicasa, E., Caniglia, M., Chiaretti, S., Ruggeri, L., Roti, G., Schwab, C., Harrison, C. J., ... La Starza, R. (2021). <scp>MYB</scp> rearrangements and over-expression in T-cell acute lymphoblastic leukemia. Genes, Chromosomes and Cancer, 60(7), 482-488. https://doi.org/10.1002/gcc.22943

Barnes, C. E., English, D. M., & Cowley, S. M. (2019). Acetylation & Co: an expanding repertoire of histone acylations regulates chromatin and transcription. Essays in Biochemistry, 63(1), 97-107. https://doi.org/10.1042/EBC20180061

Bartha, Á., & Gyorffy, B. (2021). TNMplot.com: A Web Tool for the Comparison of Gene Expression in Normal, Tumor and Metastatic Tissues. International Journal of Molecular Sciences, 22(5). https://doi.org/10.3390/ijms22052622

Batut, P. J., Bing, X. Y., Sisco, Z., Raimundo, J., Levo, M., & Levine, M. S. (2022). Genome organization controls transcriptional dynamics during development. Science (New York, N.Y.), 375(6580), 566-570. https: //doi.org/10.1126/science.abi7178

Bauer, M., Trupke, J., & Ringrose, L. (2016). The quest for mammalian Polycomb response elements: are we there yet? Chromosoma, 125(3), 471-496. https://doi.org/10.1007/s00412-015-0539-4

Bazzocco, S., Dopeso, H., Martínez-Barriocanal, Á., Anguita, E., Nieto, R., Li, J., García-Vidal, E., Maggio, V., Rodrigues, P., de Marcondes, P. G., Schwartz, S., Aaltonen, L. A., Sánchez, A., Mariadason, J. M., & Arango, D. (2021). Identification of ZBTB18 as a novel colorectal tumor suppressor gene through genome-wide promoter hypermethylation analysis. Clinical Epigenetics, 13(1), 88. https://doi.org/10.1186/s13148-021-01070-0

Béguelin, W., Popovic, R., Teater, M., Jiang, Y., Bunting, K. L., Rosen, M., Shen, H., Yang, S. N., Wang, L., Ezponda, T., Martinez-Garcia, E., Zhang, H., Zheng, Y., Verma, S. K., McCabe, M. T., Ott, H. M., Van Aller, G. S., Kruger, R. G., Liu, Y., ... Melnick, A. M. (2013). EZH2 Is Required for Germinal Center Formation and Somatic EZH2 Mutations Promote Lymphoid Transformation. Cancer Cell, 23(5), 677-692. https://doi.org/10.1016/j.ccr.2013.04.011

Beisel, C., Buness, A., Roustan-Espinosa, I. M., Koch, B., Schmitt, S., Haas, S. A., Hild, M., Katsuyama, T., & Paro, R. (2007). Comparing active and repressed expression states of genes controlled by the Polycomb/Trithorax group proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104(42), 1661516620. https://doi.org/10.1073/pnas.0701538104

Bejarano, F., González, I., Vidal, M., & Busturia, A. (2005). The Drosophila RYBP gene functions as a Polycomb-dependent transcriptional repressor. Mechanisms of Development, 122(10), 1118-1129. https://doi.org/10.1016/j.mod.2005.06.001

Békés, M., Langley, D. R., & Crews, C. M. (2022). PROTAC targeted protein degraders: the past is prologue. Nature Reviews. Drug Discovery, 21(3), 181— 200. https://doi.org/10.1038/s41573-021-00371-6

Bender, S., Tang, Y., Lindroth, A. M., Hovestadt, V., Jones, D. T. W., Kool, M., Zapatka, M., Northcott, P. A., Sturm, D., Wang, W., Radlwimmer, B., H0jfeldt, J. W., Truffaux, N., Castel, D., Schubert, S., Ryzhova, M., §eker-Cin, H., Gronych, J., Johann, P. D., ... Pfister, S. M. (2013). Reduced H3K27me3 and DNA Hypomethylation Are Major Drivers of Gene Expression in K27M Mutant Pediatric High-Grade Gliomas. Cancer Cell, 24(5), 660-672. https://doi.org/10.1016/jxcr.2013.10.006

Berg, T., Thoene, S., Yap, D., Wee, T., Schoeler, N., Rosten, P., Lim, E., Bilenky, M., Mungall, A. J., Oellerich, T., Lee, S., Lai, C. K., Umlandt, P., Salmi, A., Chang, H., Yue, L., Lai, D., Cheng, S.-W. G., Morin, R. D., . Humphries, R. K. (2014). A transgenic mouse model demonstrating the oncogenic role of mutations in the polycomb-group gene EZH2 in lymphomagenesis. Blood, 123(25), 3914-3924. https://doi.org/10.1182/blood-2012-12-473439

Beuchle, D., Struhl, G., & Müller, J. (2001). Polycomb group proteins and heritable silencing of Drosophila Hox genes. Development (Cambridge, England), 128(6), 993-1004. https://doi.org/10.1242/dev.128.6.993

Biggin, M. D., & Tjian, R. (1988). Transcription factors that activate the

Ultrabithorax promoter in developmentally staged extracts. Cell, 53(5), 699711. https://doi.org/10.1016/0092-8674(88)90088-8

Bischof, J., Maeda, R. K., Hediger, M., Karch, F., & Basler, K. (2007). An

optimized transgenesis system for Drosophila using germ-line-specific phiC31 integrases. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104(9), 3312-3317. https://doi.org/10.1073/pnas.0611511104

Blackledge, N. P., Fursova, N. A., Kelley, J. R., Huseyin, M. K., Feldmann, A., & Klose, R. J. (2020). PRC1 Catalytic Activity Is Central to Polycomb System Function. Molecular Cell, 77(4), 857-874.e9. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.12.001

Blastyák, A., Mishra, R. K., Karch, F., & Gyurkovics, H. (2006). Efficient and specific targeting of Polycomb group proteins requires cooperative interaction

between Grainyhead and Pleiohomeotic. Molecular and Cellular Biology, 26(4), 1434-1444. https://doi.Org/10.1128/MCB.26.4.1434-1444.2006

Bloyer, S., Cavalli, G., Brock, H. W., & Dura, J.-M. (2003). Identification and characterization of polyhomeotic PREs and TREs. Developmental Biology, 261(2), 426-442. https://doi.org/10.1016/s0012-1606(03)00314-2

Bodor, C., O'Riain, C., Wrench, D., Matthews, J., Iyengar, S., Tayyib, H.,

Calaminici, M., Clear, A., Iqbal, S., Quentmeier, H., Drexler, H. G., Montoto, S., Lister, A. T., Gribben, J. G., Matolcsy, A., & Fitzgibbon, J. (2011). EZH2 Y641 mutations in follicular lymphoma. Leukemia, 25(4), 726-729. https://doi.org/10.1038/leu.2010.311

Boeren, J., & Gribnau, J. (2021). Xist-mediated chromatin changes that establish silencing of an entire X chromosome in mammals. Current Opinion in Cell Biology, 70, 44-50. https://doi.org/10.1016Zj.ceb.2020.11.004

Boileau, M., Shirinian, M., Gayden, T., Harutyunyan, A. S., Chen, C. C. L.,

Mikael, L. G., Duncan, H. M., Neumann, A. L., Arreba-Tutusaus, P., De Jay, N., Zeinieh, M., Rossokhata, K., Zhang, Y., Nikbakht, H., Mouawad, C., Massoud, R., Frey, F., Nasr, R., El Cheikh, J., ... Eppert, K. (2019). Mutant H3 histones drive human pre-leukemic hematopoietic stem cell expansion and promote leukemic aggressiveness. Nature Communications, 10(1), 2891. https://doi.org/10.1038/s41467-019-10705-z

Bonchuk, A., Denisov, S., Georgiev, P., & Maksimenko, O. (2011). Drosophila BTB/POZ Domains of "ttk Group" Can Form Multimers and Selectively Interact with Each Other. Journal of Molecular Biology, 412(3), 423-436. https://doi.org/10.1016/jjmb.2011.07.052

Booth, C. A. G., Barkas, N., Neo, W. H., Boukarabila, H., Soilleux, E. J., Giotopoulos, G., Farnoud, N., Giustacchini, A., Ashley, N., Carrelha, J., Jamieson, L., Atkinson, D., Bouriez-Jones, T., Prinjha, R. K., Milne, T. A., Teachey, D. T., Papaemmanuil, E., Huntly, B. J. P., Jacobsen, S. E. W., & Mead, A. J. (2018). Ezh2 and Runx1 Mutations Collaborate to Initiate Lympho-Myeloid Leukemia in Early Thymic Progenitors. Cancer Cell, 33(2), 274-291.e8. https://doi.org/10.1016/j.ccell.2018.01.006

Bracken, A. P. (2003). EZH2 is downstream of the pRB-E2F pathway, essential for proliferation and amplified in cancer. The EMBO Journal, 22(20), 5323-5335. https://doi.org/10.1093/emboj/cdg542

Bracken, A. P., Brien, G. L., & Verrijzer, C. P. (2019). Dangerous liaisons: interplay between SWI/SNF, NuRD, and Polycomb in chromatin regulation and cancer. Genes & Development, 33(15-16), 936-959. https://doi.org/10.1101/gad.326066.119

Brand, M., Nakka, K., Zhu, J., & Dilworth, F. J. (2019). Polycomb/Trithorax

Antagonism: Cellular Memory in Stem Cell Fate and Function. Cell Stem Cell, 24(4), 518-533. https://doi.org/10.1016/j.stem.2019.03.005

Bray, S. J., & Kafatos, F. C. (1991). Developmental function of Elf-1: an essential transcription factor during embryogenesis in Drosophila. Genes & Development, 5(9), 1672-1683. https://doi.org/10.1101/gad.5.9.1672

Brockdorff, N. (2017). Polycomb complexes in X chromosome inactivation.

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences, 372(1733). https://doi.org/10.1098/rstb.2017.0021

Broux, M., Prieto, C., Demeyer, S., Vanden Bempt, M., Alberti-Servera, L.,

Lodewijckx, I., Vandepoel, R., Mentens, N., Gielen, O., Jacobs, K., Geerdens, E., Vicente, C., de Bock, C. E., & Cools, J. (2019). Suz12 inactivation cooperates with JAK3 mutant signaling in the development of T-cell acute lymphoblastic leukemia. Blood, 134(16), 1323-1336. https://doi.org/10.1182/blood.2019000015

Brown, J. L., Fritsch, C., Mueller, J., & Kassis, J. A. (2003). The Drosophila pho-like gene encodes a YY1-related DNA binding protein that is redundant with pleiohomeotic in homeotic gene silencing. Development (Cambridge, England), 130(2), 285-294. https://doi.org/10.1242/dev.00204

Brown, J. L., Grau, D. J., DeVido, S. K., & Kassis, J. A. (2005). An Sp1/KLF binding site is important for the activity of a Polycomb group response element from the Drosophila engrailed gene. Nucleic Acids Research, 33(16), 5181-5189. https://doi.org/10.1093/nar/gki827

Brown, J. L., & Kassis, J. A. (2010). Spps, a Drosophila Sp1/KLF family member, binds to PREs and is required for PRE activity late in development.

Development (Cambridge, England), 137(15), 2597-2602. https://doi.org/10.1242/dev.047761

Brown, J. L., & Kassis, J. A. (2013). Architectural and functional diversity of polycomb group response elements in Drosophila. Genetics, 195(2), 407-419. https://doi.org/10.1534/genetics.! 13.153247

Brown, J. L., Mucci, D., Whiteley, M., Dirksen, M.-L., & Kassis, J. A. (1998). The Drosophila Polycomb Group Gene pleiohomeotic Encodes a DNA Binding Protein with Homology to the Transcription Factor YY1. Molecular Cell, 1(7), 1057-1064. https://doi.org/10.1016/S1097-2765(00)80106-9

Burton, N. O., & Greer, E. L. (2022). Multigenerational epigenetic inheritance: Transmitting information across generations. Seminars in Cell & Developmental Biology, 127, 121-132. https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2021.08.006

Bushweller, J. H. (2019). Targeting transcription factors in cancer — from undruggable to reality. Nature Reviews Cancer, 19(11), 611-624. https://doi.org/10.1038/s41568-019-0196-7

Busturia, A., Lloyd, A., Bejarano, F., Zavortink, M., Xin, H., & Sakonju, S. (2001). The MCP silencer of the Drosophila Abd-B gene requires both Pleiohomeotic and GAGA factor for the maintenance of repression. Development, 128(11), 2163-2173. https://doi.org/10.1242/dev.128.11.2163

Calebiro, D., Grassi, E. S., Eszlinger, M., Ronchi, C. L., Godbole, A., Bathon, K., Guizzardi, F., de Filippis, T., Krohn, K., Jaeschke, H., Schwarzmayr, T., Bircan, R., Gozu, H. I., Sancak, S., Niedziela, M., Strom, T. M., Fassnacht, M., Persani, L., & Paschke, R. (2016). Recurrent EZH1 mutations are a second hit in autonomous thyroid adenomas. Journal of Clinical Investigation, 126(9), 3383-3388. https://doi.org/10.1172/JCI84894

Cameron, S. R., Nandi, S., Kahn, T. G., Barrasa, J. I., Stenberg, P., & Schwartz, Y. B. (2018). PTE, a novel module to target Polycomb Repressive Complex 1 to the human cyclin D2 (CCND2) oncogene. Journal of Biological Chemistry, 293(37), 14342-14358. https://doi.org/10.1074/jbc.RA118.005010

Cao, R., Wang, L., Wang, H., Xia, L., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Jones, R. S., & Zhang, Y. (2002). Role of histone H3 lysine 27 methylation in

Polycomb-group silencing. Science (New York, N.Y.), 298(5595), 1039-1043. https://doi.org/10.1126/science.1076997

Cao, R., & Zhang, Y. (2004). SUZ12 is required for both the histone

methyltransferase activity and the silencing function of the EED-EZH2 complex. Molecular Cell, 15(1), 57-67. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.06.020

Cavalli, G., & Heard, E. (2019). Advances in epigenetics link genetics to the environment and disease. Nature, 571(7766), 489-499. https://doi.org/10.1038/s41586-019-1411-0

Cavalli, G., & Paro, R. (1998). The Drosophila Fab-7 chromosomal element conveys epigenetic inheritance during mitosis and meiosis. Cell, 93(4), 505518. https://doi.org/10.1016/s0092-8674(00)81181-2

Cavalli, G., & Paro, R. (1999). Epigenetic inheritance of active chromatin after removal of the main transactivator. Science (New York, N.Y.), 286(5441), 955958. https://doi.org/10.1126/science.286.5441.955

Cenik, B. K., & Shilatifard, A. (2021). COMPASS and SWI/SNF complexes in development and disease. Nature Reviews. Genetics, 22(1), 38-58. https://doi.org/10.1038/s41576-020-0278-0

Cerami, E., Gao, J., Dogrusoz, U., Gross, B. E., Sumer, S. O., Aksoy, B. A., Jacobsen, A., Byrne, C. J., Heuer, M. L., Larsson, E., Antipin, Y., Reva, B., Goldberg, A. P., Sander, C., & Schultz, N. (2012). The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data. Cancer Discovery, 2(5), 401-404. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-12-0095

Chalkley, G. E., Moshkin, Y. M., Langenberg, K., Bezstarosti, K., Blastyak, A., Gyurkovics, H., Demmers, J. A. A., & Verrijzer, C. P. (2008). The transcriptional coactivator SAYP is a trithorax group signature subunit of the PBAP chromatin remodeling complex. Molecular and Cellular Biology, 28(9), 2920-2929. https://doi.org/10.1128/MCB.02217-07

Chambers, J., & Rabbitts, T. H. (2015). LMO2 at 25 years: a paradigm of chromosomal translocation proteins. Open Biology, 5(6), 150062. https://doi.org/10.1098/rsob.150062

Chan, C. S., Rastelli, L., & Pirrotta, V. (1994). A Polycomb response element in the Ubx gene that determines an epigenetically inherited state of repression. The EMBO Journal, 13(11), 2553-2564. https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1994.tb06545.x

Chan, H. L., & Morey, L. (2019). Emerging Roles for Polycomb-Group Proteins in Stem Cells and Cancer. Trends in Biochemical Sciences, 44(8), 688-700. https://doi.org/10.1016/j.tibs.2019.04.005

Chan, K.-M., Fang, D., Gan, H., Hashizume, R., Yu, C., Schroeder, M., Gupta, N., Mueller, S., James, C. D., Jenkins, R., Sarkaria, J., & Zhang, Z. (2013). The histone H3.3K27M mutation in pediatric glioma reprograms H3K27 methylation and gene expression. Genes & Development, 27(9), 985-990. https://doi.org/10.1101/gad.217778.113

Chang, C.-J., Yang, J.-Y., Xia, W., Chen, C.-T., Xie, X., Chao, C.-H., Woodward, W. A., Hsu, J.-M., Hortobagyi, G. N., & Hung, M.-C. (2011). EZH2 Promotes Expansion of Breast Tumor Initiating Cells through Activation of RAF1-0-Catenin Signaling. Cancer Cell, 19(1), 86-100. https://doi.org/10.1016/j.ccr.2010.10.035

Chang, Y.-L., Peng, Y.-H., Pan, I.-C., Sun, D.-S., King, B., & Huang, D.-H. (2001). Essential role of Drosophila Hdac1 in homeotic gene silencing. Proceedings of the National Academy of Sciences, 98(17), 9730-9735. https://doi.org/10.1073/pnas.171325498

Chapuy, B., Stewart, C., Dunford, A. J., Kim, J., Kamburov, A., Redd, R. A., Lawrence, M. S., Roemer, M. G. M., Li, A. J., Ziepert, M., Staiger, A. M., Wala, J. A., Ducar, M. D., Leshchiner, I., Rheinbay, E., Taylor-Weiner, A., Coughlin, C. A., Hess, J. M., Pedamallu, C. S., ... Shipp, M. A. (2018). Molecular subtypes of diffuse large B cell lymphoma are associated with distinct pathogenic mechanisms and outcomes. Nature Medicine, 24(5), 679690. https://doi.org/10.1038/s41591-018-0016-8

Chen, C.-J. J., Choi, M. Y., & Heyman, B. M. (2023). Targeted Therapy in Follicular Lymphoma: Towards a Chemotherapy-Free Approach. Cancers, 15(18). https://doi.org/10.3390/cancers15184483

Chetverina, D. A., Elizar'ev, P. V, Lomaev, D. V, Georgiev, P. G., & Erokhin, M. M. (2017a). Control of the gene activity by polycomb and trithorax group proteins in Drosophila. Genetika, 53(2), 133-154.

Chetverina, D. A., Mikhailova, A. V., Georgiev, P. G., & Erokhin, M. M. (2017b). PRE/TRE elements act as transcription activators in Drosophila S2 Cells. Doklady Biochemistry and Biophysics, 472(1), 68-70. https://doi.org/ 10.1134/S1607672917010161

Chetverina, D. A., Lomaev, D. V., Georgiev, P. G., & Erokhin, M. M. (2021). Genetic Impairments of PRC2 Activity in Oncology: Problems and Prospects. Russian Journal of Genetics, 57(3), 258-272. https://doi.org/ 10.1134/S1022795421030042

Cheung, H. W., Cowley, G. S., Weir, B. A., Boehm, J. S., Rusin, S., Scott, J. A., East, A., Ali, L. D., Lizotte, P. H., Wong, T. C., Jiang, G., Hsiao, J., Mermel, C. H., Getz, G., Barretina, J., Gopal, S., Tamayo, P., Gould, J., Tsherniak, A., ... Hahn, W. C. (2011). Systematic investigation of genetic vulnerabilities across cancer cell lines reveals lineage-specific dependencies in ovarian cancer. Proceedings of the National Academy of Sciences, 108(30), 1237212377. https://doi.org/10.1073/pnas.1109363108

Cheutin, T., & Cavalli, G. (2014). Polycomb silencing: from linear chromatin domains to 3D chromosome folding. Current Opinion in Genetics & Development, 25, 30-37. https://doi.org/10.1016/j.gde.2013.11.016

Chiang, A., O'Connor, M. B., Paro, R., Simon, J., & Bender, W. (1995). Discrete Polycomb-binding sites in each parasegmental domain of the bithorax complex. Development (Cambridge, England), 121(6), 1681-1689. https://doi.org/10.1242/dev.12L6.1681

Chirnomas, D., Hornberger, K. R., & Crews, C. M. (2023). Protein degraders enter the clinic - a new approach to cancer therapy. Nature Reviews. Clinical Oncology, 20(4), 265-278. https://doi.org/10.1038/s41571-023-00736-3

Colognori, D., Sunwoo, H., Kriz, A. J., Wang, C.-Y., & Lee, J. T. (2019). Xist Deletional Analysis Reveals an Interdependency between Xist RNA and Polycomb Complexes for Spreading along the Inactive X. Molecular Cell, 74(1), 101-117.e10. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.01.015

Comet, I., Riising, E. M., Leblanc, B., & Helin, K. (2016). Maintaining cell identity: PRC2-mediated regulation of transcription and cancer. Nature Reviews. Cancer, 16(12), 803-810. https://doi.org/10.1038/nrc.2016.83

Comet, I., Savitskaya, E., Schuettengruber, B., Nègre, N., Lavrov, S., Parshikov, A., Juge, F., Gracheva, E., Georgiev, P., & Cavalli, G. (2006). PRE-Mediated Bypass of Two Su(Hw) Insulators Targets PcG Proteins to a Downstream Promoter. Developmental Cell, 11(1), 117-124. https://doi.org/10.1016/j.devcel.2006.05.009

Corley, M., & Kroll, K. L. (2015). The roles and regulation of Polycomb

complexes in neural development. Cell and Tissue Research, 359(1), 65-85. https://doi.org/10.1007/s00441 -014-2011 -9

Cowley, G. S., Weir, B. A., Vazquez, F., Tamayo, P., Scott, J. A., Rusin, S., East-Seletsky, A., Ali, L. D., Gerath, W. F., Pantel, S. E., Lizotte, P. H., Jiang, G., Hsiao, J., Tsherniak, A., Dwinell, E., Aoyama, S., Okamoto, M., Harrington, W., Gelfand, E., ... Hahn, W. C. (2014). Parallel genome-scale loss of function screens in 216 cancer cell lines for the identification of context-specific genetic dependencies. Scientific Data, 1(1), 140035. https://doi.org/10.1038/sdata.2014.35

Crea, F., Hurt, E. M., Mathews, L. A., Cabarcas, S. M., Sun, L., Marquez, V. E., Danesi, R., & Farrar, W. L. (2011). Pharmacologic disruption of Polycomb Repressive Complex 2 inhibits tumorigenicity and tumor progression in prostate cancer. Molecular Cancer, 10(1), 40. https://doi.org/10.1186/1476-4598-10-40

Cuddapah, S., Roh, T.-Y., Cui, K., Jose, C. C., Fuller, M. T., Zhao, K., & Chen, X. (2012). A novel human polycomb binding site acts as a functional polycomb response element in Drosophila. PloS One, 7(5), e36365. https : //doi.org/ 10.1371/j ournal .pone.0036365

Cunningham, M. D., Brown, J. L., & Kassis, J. A. (2010). Characterization of the Polycomb Group Response Elements of the Drosophila melanogaster invected Locus. Molecular and Cellular Biology, 30(3), 820-828. https://doi.org/10.1128/MCB.01287-09

Cunningham, R., & Hansen, C. G. (2022). The Hippo pathway in cancer: YAP/TAZ and TEAD as therapeutic targets in cancer. Clinical Science, 136(3), 197-222. https://doi.org/10.1042/CS20201474

Cutler, G., Perry, K. M., & Tjian, R. (1998). Adf-1 Is a Nonmodular Transcription Factor That Contains a TAF-Binding Myb-Like Motif. Molecular and Cellular Biology, 18(4), 2252-2261. https://doi.org/10.1128/MCB.18A2252

Czermin, B., Melfi, R., McCabe, D., Seitz, V., Imhof, A., & Pirrotta, V. (2002). Drosophila enhancer of Zeste/ESC complexes have a histone H3 methyltransferase activity that marks chromosomal Polycomb sites. Cell, 111(2), 185-196. https://doi.org/10.1016/s0092-8674(02)00975-3

da Costa-Nunes, J. A., & Noordermeer, D. (2023). TADs: Dynamic structures to create stable regulatory functions. Current Opinion in Structural Biology, 81, 102622. https: //doi.org/ 10.1016/j.sbi.2023.102622

Danis, E., Yamauchi, T., Echanique, K., Zhang, X., Haladyna, J. N., Riedel, S. S., Zhu, N., Xie, H., Orkin, S. H., Armstrong, S. A., Bernt, K. M., & Neff, T. (2016). Ezh2 Controls an Early Hematopoietic Program and Growth and Survival Signaling in Early T Cell Precursor Acute Lymphoblastic Leukemia. Cell Reports, 14(8), 1953-1965. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2016.01.064

Daubresse, G., Deuring, R., Moore, L., Papoulas, O., Zakrajsek, I., Waldrip, W. R., Scott, M. P., Kennison, J. A., & Tamkun, J. W. (1999). The Drosophila kismet gene is related to chromatin-remodeling factors and is required for both segmentation and segment identity. Development (Cambridge, England), 126(6), 1175-1187. https://doi.org/10.1242/dev.126.6.1175

Davidovich, C., Zheng, L., Goodrich, K. J., & Cech, T. R. (2013). Promiscuous RNA binding by Polycomb repressive complex 2. Nature Structural & Molecular Biology, 20(11), 1250-1257. https://doi.org/10.1038/nsmb.2679

De Raedt, T., Beert, E., Pasmant, E., Luscan, A., Brems, H., Ortonne, N., Helin, K., Hornick, J. L., Mautner, V., Kehrer-Sawatzki, H., Clapp, W., Bradner, J., Vidaud, M., Upadhyaya, M., Legius, E., & Cichowski, K. (2014). PRC2 loss amplifies Ras-driven transcription and confers sensitivity to BRD4-based therapies. Nature, 514(7521), 247-251. https://doi.org/10.1038/nature13561

De, S., Cheng, Y., Sun, M., Gehred, N. D., & Kassis, J. A. (2019). Structure and function of an ectopic Polycomb chromatin domain. Science Advances, 5(1). https://doi.Org/10.1126/sciadv.aau9739

De, S., Mitra, A., Cheng, Y., Pfeifer, K., & Kassis, J. A. (2016). Formation of a Polycomb-Domain in the Absence of Strong Polycomb Response Elements. PLOS Genetics, 72(7), e1006200. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006200

De Santa, F., Totaro, M. G., Prosperini, E., Notarbartolo, S., Testa, G., & Natoli, G. (2007). The histone H3 lysine-27 demethylase Jmjd3 links inflammation to inhibition of polycomb-mediated gene silencing. Cell, 130(6), 1083-1094. https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.08.019

Déjardin, J., Rappailles, A., Cuvier, O., Grimaud, C., Decoville, M., Locker, D., & Cavalli, G. (2005). Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1. Nature, 434(7032), 533-538. https://doi.org/10.1038/nature03386

DeVido, S. K., Kwon, D., Brown, J. L., & Kassis, J. A. (2008). The role of

Polycomb-group response elements in regulation of engrailed transcription in Drosophila. Development, 135(4), 669-676. https://doi.org/10.1242/dev.014779

DeZazzo, J., Sandstrom, D., de Belle, S., Velinzon, K., Smith, P., Grady, L., DelVecchio, M., Ramaswami, M., & Tully, T. (2000). nalyot, a Mutation of the Drosophila Myb-Related Adf1 Transcription Factor, Disrupts Synapse Formation and Olfactory Memory. Neuron, 27(1), 145-158. https://doi.org/10.1016/S0896-6273(00)00016-7

Di Croce, L., & Helin, K. (2013). Transcriptional regulation by Polycomb group proteins. Nature Structural & Molecular Biology, 20(10), 1147-1155. https://doi.org/10.1038/nsmb.2669

Di Stefano, M., & Cavalli, G. (2022). Integrative studies of 3D genome

organization and chromatin structure. Current Opinion in Structural Biology, 77, 102493. https : //doi. org/10.1016/j. sbi.2022.102493

Diaz-Cuadros, M., Pourquié, O., & El-Sherif, E. (2021). Patterning with clocks and genetic cascades: Segmentation and regionalization of vertebrate versus insect

body plans. PLoS Genetics, 17(10), e1009812. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009812

Dietrich, N., Lerdrup, M., Landt, E., Agrawal-Singh, S., Bak, M., Tommerup, N., Rappsilber, J., Sodersten, E., & Hansen, K. (2012). REST-Mediated Recruitment of Polycomb Repressor Complexes in Mammalian Cells. PLoS Genetics, 8(3), e1002494. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002494

Dong, G.-J., Xu, J.-L., Qi, Y.-R., Yuan, Z.-Q., & Zhao, W. (2022). Critical Roles of Polycomb Repressive Complexes in Transcription and Cancer. International Journal of Molecular Sciences, 23(17), 9574. https://doi.org/10.3390/ijms23179574

Dorsett, D. (2019). The Many Roles of Cohesin in Drosophila Gene Transcription. Trends in Genetics: TIG, 35(7), 542-551. https://doi.org/10.1016/j.tig.2019.04.002

Eaton, A. F., Merkulova, M., & Brown, D. (2021). The H + -ATPase (V-ATPase): from proton pump to signaling complex in health and disease. American Journal of Physiology-Cell Physiology, 320(3), C392-C414. https://doi.org/10.1152/ajpcell.00442.2020

England, B. P., Admon, A., & Tjian, R. (1992). Cloning of Drosophila transcription factor Adf-1 reveals homology to Myb oncoproteins.

Proceedings of the National Academy of Sciences, 89(2), 683-687. https://doi.org/10.1073/pnas.89.2.683

Enuameh, M. S., Asriyan, Y., Richards, A., Christensen, R. G., Hall, V. L., Kazemian, M., Zhu, C., Pham, H., Cheng, Q., Blatti, C., Brasefield, J. A., Basciotta, M. D., Ou, J., McNulty, J. C., Zhu, L. J., Celniker, S. E., Sinha, S., Stormo, G. D., Brodsky, M. H., & Wolfe, S. A. (2013). Global analysis of Drosophila Cys 2 -His 2 zinc finger proteins reveals a multitude of novel recognition motifs and binding determinants. Genome Research, 23(6), 928940. https://doi.org/10.1101/gr.151472.112

Erceg, J., Pakozdi, T., Marco-Ferreres, R., Ghavi-Helm, Y., Girardot, C., Bracken, A. P., & Furlong, E. E. M. (2017). Dual functionality of cis-regulatory elements as developmental enhancers and Polycomb response elements. Genes & Development, 31(6), 590-602. https://doi.org/10.1101/gad.292870.116

Ernst, T., Chase, A. J., Score, J., Hidalgo-Curtis, C. E., Bryant, C., Jones, A. V, Waghorn, K., Zoi, K., Ross, F. M., Reiter, A., Hochhaus, A., Drexler, H. G., Duncombe, A., Cervantes, F., Oscier, D., Boultwood, J., Grand, F. H., & Cross, N. C. P. (2010). Inactivating mutations of the histone methyltransferase gene EZH2 in myeloid disorders. Nature Genetics, 42(8), 722-726. https://doi.org/10.1038/ng.621

Erokhin, M.; Georgiev, P.; Chetverina, D. Drosophila DNA-Binding Proteins in Polycomb Repression. Epigenomes 2018, 2, 1. https://doi.org/10.3390/epigenomes2010001

Erokhin, M., Davydova, A., Parshikov, A., Studitsky, V. M., Georgiev, P., & Chetverina, D. (2013). Transcription through enhancers suppresses their activity in Drosophila. Epigenetics & Chromatin, 6(1), 31. https://doi.org/10.1186/1756-8935-6-31

Erokhin, M., Vassetzky, Y., Georgiev, P., & Chetverina, D. (2015). Eukaryotic enhancers: common features, regulation, and participation in diseases. Cellular and Molecular Life Sciences, 72(12), 2361-2375. https://doi.org/10.1007/s00018-015-1871-9

Ezhkova, E., Lien, W.-H., Stokes, N., Pasolli, H. A., Silva, J. M., & Fuchs, E. (2011). EZH1 and EZH2 cogovern histone H3K27 trimethylation and are essential for hair follicle homeostasis and wound repair. Genes & Development, 25(5), 485-498. https://doi.org/10.1101/gad.2019811

Fagan, R. J., & Dingwall, A. K. (2019). COMPASS Ascending: Emerging clues regarding the roles of MLL3/KMT2C and MLL2/KMT2D proteins in cancer. Cancer Letters, 458, 56-65. https://doi.org/10.1016Zj.canlet.2019.05.024

Farkas, G., Gausz, J., Galloni, M., Reuter, G., Gyurkovics, H., & Karch, F. (1994). The Trithorax-like gene encodes the Drosophila GAGA factor. Nature, 371(6500), 806-808. https://doi.org/10.1038/371806a0

Faust, C., Schumacher, A., Holdener, B., & Magnuson, T. (1995). The eed mutation disrupts anterior mesoderm production in mice. Development (Cambridge, England), 121(2), 273-285. https://doi.org/10.1242/dev.12L2.273

Fedele, V., Dai, F., Masilamani, A. P., Heiland, D. H., Kling, E., Gâtjens-Sanchez, A. M., Ferrarese, R., Platania, L., Doostkam, S., Kim, H., Nelander, S.,

Weyerbrock, A., Prinz, M., Califano, A., Iavarone, A., Bredel, M., & Carro, M. S. (2017). Epigenetic Regulation of ZBTB18 Promotes Glioblastoma Progression. Molecular Cancer Research, 15(8), 998-1011. https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-16-0494

Fedotova, A. A., Bonchuk, A. N., Mogila, V. A., & Georgiev, P. G. (2017). C2H2 Zinc Finger Proteins: The Largest but Poorly Explored Family of Higher Eukaryotic Transcription Factors. Acta Naturae, 9(2), 47-58.

Fereres, S., Simón, R., Mohd-Sarip, A., Verrijzer, C. P., & Busturia, A. (2014a). dRYBP counteracts chromatin-dependent activation and repression of transcription. PloS One, 9(11), e113255. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0113255

Fischle, W., Wang, Y., Jacobs, S. A., Kim, Y., Allis, C. D., & Khorasanizadeh, S. (2003). Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains. Genes & Development, 17(15), 1870-1881. https://doi.org/10.1101/gad.1110503

Fitz-James, M. H., & Cavalli, G. (2022). Molecular mechanisms of

transgenerational epigenetic inheritance. Nature Reviews Genetics, 23(6), 325341. https://doi.org/10.1038/s41576-021-00438-5

Francis, N. J., Kingston, R. E., & Woodcock, C. L. (2004). Chromatin compaction by a polycomb group protein complex. Science (New York, N.Y.), 306(5701), 1574-1577. https://doi.org/10.1126/science.1100576

Francis, N. J., Saurin, A. J., Shao, Z., & Kingston, R. E. (2001). Reconstitution of a functional core polycomb repressive complex. Molecular Cell, 8(3), 545-556. https://doi.org/ 10.1016/s1097-2765(01 )00316-1

Frey, F., Sheahan, T., Finkl, K., Stoehr, G., Mann, M., Benda, C., & Müller, J. (2016). Molecular basis of PRC1 targeting to Polycomb response elements by PhoRC. Genes & Development, 30(9), 1116-1127. https://doi.org/10.1101/gad.279141.116

Fritsch, C., Brown, J. L., Kassis, J. A., & Müller, J. (1999). The DNA-binding polycomb group protein pleiohomeotic mediates silencing of a Drosophila homeotic gene. Development (Cambridge, England), 126(17), 3905-3913. https://doi.org/10.1242/dev.126.17.3905

Fujioka, M., Sun, G., & Jaynes, J. B. (2013). The Drosophila eve insulator Homie promotes eve expression and protects the adjacent gene from repression by polycomb spreading. PLoS Genetics., 9(10), e1003883. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003883

Fujioka, M., Yusibova, G. L., Zhou, J., & Jaynes, J. B. (2008). The DNA-binding Polycomb-group protein Pleiohomeotic maintains both active and repressed transcriptional states through a single site. Development, 135(24), 4131-4139. https://doi.org/10.1242/dev.024554

Fujita, S., Honma, D., Adachi, N., Araki, K., Takamatsu, E., Katsumoto, T., Yamagata, K., Akashi, K., Aoyama, K., Iwama, A., & Kitabayashi, I. (2018). Dual inhibition of EZH1/2 breaks the quiescence of leukemia stem cells in acute myeloid leukemia. Leukemia, 32(4), 855-864. https://doi.org/10.1038/leu.2017.300

G Hendrickson, D., Kelley, D. R., Tenen, D., Bernstein, B., & Rinn, J. L. (2016). Widespread RNA binding by chromatin-associated proteins. Genome Biology, 17(1), 28. https://doi.org/10.1186/s13059-016-0878-3

Gao, J., Fosbrook, C., Gibson, J., Underwood, T. J., Gray, J. C., & Walters, Z. S. (2023). Review: Targeting EZH2 in neuroblastoma. Cancer Treatment Reviews, 119, 102600. https://doi.org/10.1016/jxtrv.2023.102600

Gao, Z., Zhang, J., Bonasio, R., Strino, F., Sawai, A., Parisi, F., Kluger, Y., & Reinberg, D. (2012). PCGF homologs, CBX proteins, and RYBP define functionally distinct PRC1 family complexes. Molecular Cell, 45(3), 344-356. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.01.002

Gindhart, J. G., & Kaufman, T. C. (1995). Identification of Polycomb and trithorax group responsive elements in the regulatory region of the Drosophila homeotic gene Sex combs reduced. Genetics, 139(2), 797-814. https://doi.org/10.1093/genetics/139.2.797

Goldberg, M. L., Colvin, R. A., & Mellin, A. F. (1989). The Drosophila zeste locus is nonessential. Genetics, 123(1), 145-155. https://doi.org/10.1093/genetics/123.L145

Golic, K. G., & Lindquist, S. (1989). The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the drosophila genome. Cell, 59(3), 499-509. https://doi.org/10.1016/0092-8674(89)90033-0

Gonzalez, I., Mateos-Langerak, J., Thomas, A., Cheutin, T., & Cavalli, G. (2014). Identification of Regulators of the Three-Dimensional Polycomb Organization by a Microscopy-Based Genome-wide RNAi Screen. Molecular Cell, 54(3), 485-499. https: //doi.org/ 10.1016/j.molcel .2014.03.004

Grau, D. J., Antao, J. M., & Kingston, R. E. (2010). Functional Dissection of Polycomb Repressive Complex 1 Reveals the Importance of a Charged Domain. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, 75(0), 61-70. https://doi.org/10.1101/sqb.2010.75.056

Grimm, C., Matos, R., Ly-Hartig, N., Steuerwald, U., Lindner, D., Rybin, V., Müller, J., & Müller, C. W. (2009). Molecular recognition of histone lysine methylation by the Polycomb group repressor Sfmbt. The EMBO Journal, 28(13), 1965-1977. https://doi.org/10.1038/emboj.2009.147

Gu, S., Sayad, A., Chan, G., Yang, W., Lu, Z., Virtanen, C., Van Etten, R. A., & Neel, B. G. (2018). SHP2 is required for BCR-ABL1-induced hematologic neoplasia. Leukemia, 32(1), 203-213. https://doi.org/10.1038/leu.2017.250

Gutierrez-Perez, I., Rowley, M. J., Lyu, X., Valadez-Graham, V., Vallejo, D. M., Ballesta-Illan, E., Lopez-Atalaya, J. P., Kremsky, I., Caparros, E., Corces, V. G., & Dominguez, M. (2019). Ecdysone-Induced 3D Chromatin Reorganization Involves Active Enhancers Bound by Pipsqueak and Polycomb. Cell Reports, 28(10), 2715-2727.e5. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.07.096

Györffy, B. (2023). Discovery and ranking of the most robust prognostic biomarkers in serous ovarian cancer. GeroScience, 45(3), 1889-1898. https://doi.org/10.1007/s11357-023-00742-4

Györffy, B., Lanczky, A., Eklund, A. C., Denkert, C., Budczies, J., Li, Q., &

Szallasi, Z. (2010). An online survival analysis tool to rapidly assess the effect of 22,277 genes on breast cancer prognosis using microarray data of 1,809 patients. Breast Cancer Research and Treatment, 123(3), 725-731. https://doi.org/10.1007/s 10549-009-0674-9

Hagstrom, K., Muller, M., & Schedl, P. (1997). A Polycomb and GAGA

Dependent Silencer Adjoins the Fab-7 Boundary in the Drosophila Bithorax Complex. Genetics, 146(4), 1365-1380. https://doi.org/10.1093/genetics/146A1365

Hallson, G., Hollebakken, R. E., Li, T., Syrzycka, M., Kim, I., Cotsworth, S., Fitzpatrick, K. A., Sinclair, D. A. R., & Honda, B. M. (2012). dSetl is the main H3K4 di- and tri-methyltransferase throughout Drosophila development. Genetics, 190(1), 91-100. https://doi.org/10.1534/genetics.111.135863

Hallson, G., Syrzycka, M., Beck, S. A., Kennison, J. A., Dorsett, D., Page, S. L., Hunter, S. M., Keall, R., Warren, W. D., Brock, H. W., Sinclair, D. A. R., & Honda, B. M. (2008). The Drosophila cohesin subunit Rad21 is a trithorax group (trxG) protein. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 105(34), 12405-12410. https://doi.org/10.1073/pnas.0801698105

Hammood, M., Craig, A., & Leyton, J. (2021). Impact of Endocytosis Mechanisms for the Receptors Targeted by the Currently Approved Antibody-Drug Conjugates (ADCs)—A Necessity for Future ADC Research and Development. Pharmaceuticals, 14(7), 674. https://doi.org/10.3390/ph14070674

Harrison, D. A., Gdula, D. A., Coyne, R. S., & Corces, V. G. (1993). A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function. Genes & Development, 7(10), 1966-1978. https://doi.org/10.1101/gad.7.10.1966

Hauri, S., Comoglio, F., Seimiya, M., Gerstung, M., Glatter, T., Hansen, K., Aebersold, R., Paro, R., Gstaiger, M., & Beisel, C. (2016). A High-Density Map for Navigating the Human Polycomb Complexome. Cell Reports, 17(2), 583-595. https://doi.org/10.1016Zj.celrep.2016.08.096

He, Y., Selvaraju, S., Curtin, M. L., Jakob, C. G., Zhu, H., Comess, K. M., Shaw, B., The, J., Lima-Fernandes, E., Szewczyk, M. M., Cheng, D., Klinge, K. L., Li, H.-Q., Pliushchev, M., Algire, M. A., Maag, D., Guo, J., Dietrich, J., Panchal, S. C., ... Pappano, W. N. (2017). The EED protein-protein interaction inhibitor A-395 inactivates the PRC2 complex. Nature Chemical Biology, 13(4), 389-395. https://doi.org/10.1038/nchembio.2306

Heberlein, U., England, B., & Tjian, R. (1985). Characterization of drosophila transcription factors that activate the tandem promoters of the alcohol dehydrogenase gene. Cell, 41(3), 965-977. https://doi.org/10.1016/S0092-8674(85)80077-5

Herrera-Merchan, A., Arranz, L., Ligos, J. M., de Molina, A., Dominguez, O., & Gonzalez, S. (2012). Ectopic expression of the histone methyltransferase Ezh2 in haematopoietic stem cells causes myeloproliferative disease. Nature Communications, 3(1), 623. https://doi.org/10.1038/ncomms1623

Herz, H.-M., Mohan, M., Garrett, A. S., Miller, C., Casto, D., Zhang, Y., Seidel, C., Haug, J. S., Florens, L., Washburn, M. P., Yamaguchi, M., Shiekhattar, R., & Shilatifard, A. (2012a). Polycomb repressive complex 2-dependent and -independent functions of Jarid2 in transcriptional regulation in Drosophila. Molecular and Cellular Biology, 32(9), 1683-1693. https://doi.org/10.1128/MCB.06503-11

Herz, H.-M., Mohan, M., Garruss, A. S., Liang, K., Takahashi, Y.-H., Mickey, K., Voets, O., Verrijzer, C. P., & Shilatifard, A. (2012b). Enhancer-associated H3K4 monomethylation by Trithorax-related, the Drosophila homolog of mammalian Mll3/Mll4. Genes & Development, 26(23), 2604-2620. https://doi.org/10.1101/gad.201327.112

Hodgson, J. W., Argiropoulos, B., & Brock, H. W. (2001). Site-specific

recognition of a 70-base-pair element containing d(GA)(n) repeats mediates bithoraxoid polycomb group response element-dependent silencing. Molecular and Cellular Biology, 21(14), 4528-4543. https://doi.org/10.1128/MCB.21.14.4528-4543.2001

Hong, S., Cho, Y.-W., Yu, L.-R., Yu, H., Veenstra, T. D., & Ge, K. (2007). Identification of JmjC domain-containing UTX and JMJD3 as histone H3 lysine 27 demethylases. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104(47), 18439-18444. https: //doi.org/10.1073/pnas .0707292104

Honma, D., Kanno, O., Watanabe, J., Kinoshita, J., Hirasawa, M., Nosaka, E., Shiroishi, M., Takizawa, T., Yasumatsu, I., Horiuchi, T., Nakao, A., Suzuki, K., Yamasaki, T., Nakajima, K., Hayakawa, M., Yamazaki, T., Yadav, A. S., & Adachi, N. (2017). Novel orally bioavailable EZH1/2 dual inhibitors with greater antitumor efficacy than an EZH2 selective inhibitor. Cancer Science, 108(10), 2069-2078. https://doi.org/10.1111/cas.13326

Horard, B., Tatout, C., Poux, S., & Pirrotta, V. (2000). Structure of a Polycomb Response Element and In Vitro Binding of Polycomb Group Complexes

Containing GAGA Factor. Molecular and Cellular Biology, 20(9), 3187-3197. https://doi.org/10.1128/MCB.20.9.3187-3197.2000

Hoy, S. M. (2020). Tazemetostat: First Approval. Drugs, 80(5), 513-521. https://doi.org/10.1007/s40265-020-01288-x

Hu, D., Gao, X., Morgan, M. A., Herz, H.-M., Smith, E. R., & Shilatifard, A. (2013). The MLL3/MLL4 branches of the COMPASS family function as major histone H3K4 monomethylases at enhancers. Molecular and Cellular Biology, 33(23), 4745-4754. https://doi.org/10.1128/MCB.01181-13

Hu, X., li, J., Fu, M., Zhao, X., & Wang, W. (2021). The JAK/STAT signaling pathway: from bench to clinic. Signal Transduction and Targeted Therapy, 6(1), 402. https://doi.org/10.1038/s41392-021-00791-1

Huang, D. H., & Chang, Y. L. (2004). Isolation and characterization of CHRASCH, a polycomb-containing silencing complex. Methods in enzymology, 377, 267-282. https://doi.org/10.1016/S0076-6879(03)77016-5

Huang, D.-H., Chang, Y.-L., Yang, C.-C., Pan, I.-C., & King, B. (2002). pipsqueak encodes a factor essential for sequence-specific targeting of a polycomb group protein complex. Molecular and Cellular Biology, 22(17), 6261-6271. https://doi.org/10.1128/MCB.22.17.6261-6271.2002

Hübner, J.-M., Müller, T., Papageorgiou, D. N., Mauermann, M., Krijgsveld, J., Russell, R. B., Ellison, D. W., Pfister, S. M., Pajtler, K. W., & Kool, M. (2019). EZHIP/CXorf67 mimics K27M mutated oncohistones and functions as an intrinsic inhibitor of PRC2 function in aggressive posterior fossa ependymoma. Neuro-Oncology, 21(7), 878-889. https: //doi.org/10.1093/neuonc/noz058

Hur, M.-W., Laney, J. D., Jeon, S.-H., Ali, J., & Biggin, M. D. (2002). Zeste

maintains repression of Ubx transgenes: support for a new model of Polycomb repression. Development, 129(6), 1339-1343. https://doi.org/10.1242/dev.129.6.1339

Iliopoulos, D., Lindahl-Allen, M., Polytarchou, C., Hirsch, H. A., Tsichlis, P. N., & Struhl, K. (2010). Loss of miR-200 Inhibition of Suz12 Leads to Polycomb-Mediated Repression Required for the Formation and Maintenance of Cancer Stem Cells. Molecular Cell, 39(5), 761-772. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.08.013

Illendula, A., Pulikkan, J. A., Zong, H., Grembecka, J., Xue, L., Sen, S., Zhou, Y., Boulton, A., Kuntimaddi, A., Gao, Y., Rajewski, R. A., Guzman, M. L., Castilla, L. H., & Bushweller, J. H. (2015). A small-molecule inhibitor of the aberrant transcription factor CBF0-SMMHC delays leukemia in mice. Science, 347(6223), 779-784. https://doi.org/10.1126/science.aaa0314

Illingworth, R. S., Moffat, M., Mann, A. R., Read, D., Hunter, C. J., Pradeepa, M. M., Adams, I. R., & Bickmore, W. A. (2015). The E3 ubiquitin ligase activity of RING1B is not essential for early mouse development. Genes & Development, 29(18), 1897-1902. https://doi.org/10.1101/gad.268151.115

Ingham, P. W. (1981). Trithorax: A new homoeotic mutation ofDrosophila melanogaster: II. The role oftrx + after embryogenesis. Wilhelm Roux's Archives of Developmental Biology, 190(6), 365-369. https://doi.org/10.1007/BF00863275

Ingham, P. W. (1983). Differential expression of bithorax complex genes in the absence of the extra sex combs and trithorax genes. Nature, 306(5943), 591593. https://doi.org/10.1038/306591a0

Ishii, H., & Yano, S. (2022). New Therapeutic Strategies for Adult Acute Myeloid Leukemia. Cancers, 14(11), 2806. https://doi.org/10.3390/cancers14112806

Italiano, A. (2020). Targeting epigenetics in sarcomas through EZH2 inhibition. Journal of Hematology & Oncology, 13(1), 33. https://doi.org/10.1186/s13045-020-00868-4

Jain, S. U., Do, T. J., Lund, P. J., Rashoff, A. Q., Diehl, K. L., Cieslik, M., Bajic, A., Juretic, N., Deshmukh, S., Venneti, S., Muir, T. W., Garcia, B. A., Jabado, N., & Lewis, P. W. (2019). PFA ependymoma-associated protein EZHIP inhibits PRC2 activity through a H3 K27M-like mechanism. Nature Communications, 10(1), 2146. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09981-6

Jangal, M., Lebeau, B., & Witcher, M. (2019). Beyond EZH2: is the polycomb protein CBX2 an emerging target for anti-cancer therapy? Expert Opinion on Therapeutic Targets, 23(7), 565-578. https://doi.org/10.1080/14728222.2019.1627329

Jerkovic, I., & Cavalli, G. (2021). Understanding 3D genome organization by multidisciplinary methods. Nature Reviews. Molecular Cell Biology, 22(8), 511-528. https://doi.org/10.1038/s41580-021-00362-w

Jermann, P., Hoerner, L., Burger, L., & Schübeler, D. (2014). Short sequences can efficiently recruit histone H3 lysine 27 trimethylation in the absence of enhancer activity and DNA methylation. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(33). https://doi.org/10.1073/pnas.1400672111

Jiang, T., Wang, Y., Zhou, F., Gao, G., Ren, S., & Zhou, C. (2016). Prognostic value of high EZH2 expression in patients with different types of cancer: a systematic review with meta-analysis. Oncotarget, 7(4), 4584-4597. https: //doi.org/10.18632/oncotarget.6612

Jiao, L., & Liu, X. (2015). Structural basis of histone H3K27 trimethylation by an active polycomb repressive complex 2. Science (New York, N.Y.), 350(6258), aac4383. https://doi.org/10.1126/science.aac4383

Jin, Q., Yu, L.-R., Wang, L., Zhang, Z., Kasper, L. H., Lee, J.-E., Wang, C.,

Brindle, P. K., Dent, S. Y. R., & Ge, K. (2011). Distinct roles of GCN5/PCAF-mediated H3K9ac and CBP/p300-mediated H3K18/27ac in nuclear receptor transactivation. The EMBO Journal, 30(2), 249-262. https://doi.org/10.1038/emboj.2010.318

Justin, N., Zhang, Y., Tarricone, C., Martin, S. R., Chen, S., Underwood, E., De Marco, V., Haire, L. F., Walker, P. A., Reinberg, D., Wilson, J. R., & Gamblin, S. J. (2016). Structural basis of oncogenic histone H3K27M inhibition of human polycomb repressive complex 2. Nature Communications, 7(1), 11316. https://doi.org/10.1038/ncomms11316

Kahn, T. G., Dorafshan, E., Schultheis, D., Zare, A., Stenberg, P., Reim, I., Pirrotta, V., & Schwartz, Y. B. (2016). Interdependence of PRC1 and PRC2 for recruitment to Polycomb Response Elements. Nucleic Acids Research, gkw701. https://doi.org/10.1093/nar/gkw701

Kahn, T. G., Stenberg, P., Pirrotta, V., & Schwartz, Y. B. (2014). Combinatorial interactions are required for the efficient recruitment of pho repressive complex (PhoRC) to polycomb response elements. PLoS Genetics, 10(7), e1004495. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004495

Kal, A. J., Mahmoudi, T., Zak, N. B., & Verrijzer, C. P. (2000). The Drosophila brahma complex is an essential coactivator for the trithorax group protein zeste. Genes & Development, 14(9), 1058-1071.

Kang, H., McElroy, K. A., Jung, Y. L., Alekseyenko, A. A., Zee, B. M., Park, P. J., & Kuroda, M. I. (2015). Sex comb on midleg (Scm) is a functional link between PcG-repressive complexes in Drosophila. Genes & Development, 29(11), 1136-1150. https://doi.org/10.1101/gad.260562.115

Karadkhelkar, N. M., Lin, M., Eubanks, L. M., & Janda, K. D. (2023).

Demystifying the Druggability of the MYC Family of Oncogenes. Journal of the American Chemical Society, 145(6), 3259-3269. https://doi.org/10.1021/jacs.2c12732

Karess, R. E., & Rubin, G. M. (1984). Analysis of P transposable element

functions in Drosophila. Cell, 38(1), 135-146. https://doi.org/10.1016/0092-8674(84)90534-8

Kasinath, V., Faini, M., Poepsel, S., Reif, D., Feng, X. A., Stjepanovic, G., Aebersold, R., & Nogales, E. (2018). Structures of human PRC2 with its cofactors AEBP2 and JARID2. Science, 359(6378), 940-944. https://doi.org/10.1126/science.aar5700

Kasprzyk, M., Sura, W., & Dzikiewicz-Krawczyk, A. (2021). Enhancing B-Cell Malignancies—On Repurposing Enhancer Activity towards Cancer. Cancers, 13(13), 3270. https://doi.org/10.3390/cancers13133270

Kassis, J. A. (1994). Unusual properties of regulatory DNA from the Drosophila engrailed gene: three "pairing-sensitive" sites within a 1.6-kb region. Genetics, 136(3), 1025-1038. https://doi.org/10.1093/genetics/1363.1025

Kassis, J. A. (2002). Pairing-sensitive silencing, polycomb group response elements, and transposon homing in Drosophila. Advances in Genetics, 46, 421-438. https://doi.org/10.1016/s0065-2660(02)46015-4

Kassis, J. A., Kennison, J. A., & Tamkun, J. W. (2017). Polycomb and Trithorax Group Genes in Drosophila. Genetics, 206(4), 1699-1725. https://doi.org/10.1534/genetics.115.185116

Kassis, J. A., VanSickle, E. P., & Sensabaugh, S. M. (1991). A fragment of engrailed regulatory DNA can mediate transvection of the white gene in Drosophila. Genetics, 128(4), 751-761. https://doi.org/10.1093/genetics/128A751

Kaustov, L., Ouyang, H., Amaya, M., Lemak, A., Nady, N., Duan, S., Wasney, G. A., Li, Z., Vedadi, M., Schapira, M., Min, J., & Arrowsmith, C. H. (2011). Recognition and specificity determinants of the human cbx chromodomains. The Journal of Biological Chemistry, 286(1), 521-529. https://doi.org/10.1074/jbc.M110.191411

Ketel, C. S., Andersen, E. F., Vargas, M. L., Suh, J., Strome, S., & Simon, J. A. (2005). Subunit contributions to histone methyltransferase activities of fly and worm polycomb group complexes. Molecular and Cellular Biology, 25(16), 6857-6868. https://doi.org/10.1128/MCB.25.16.6857-6868.2005

Khan, I., Eklund, E. E., & Gartel, A. L. (2021). Therapeutic Vulnerabilities of Transcription Factors in AML. Molecular Cancer Therapeutics, 20(2), 229237. https://doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-20-0115

Khan, M., Walters, L. L., Li, Q., Thomas, D. G., Miller, J. M. L., Zhang, Q., Sciallis, A. P., Liu, Y., Dlouhy, B. J., Fort, P. E., Archer, S. M., Demirci, H., Dou, Y., & Rao, R. C. (2015). Characterization and pharmacologic targeting of EZH2, a fetal retinal protein and epigenetic regulator, in human retinoblastoma. Laboratory Investigation, 95(11), 1278-1290. https://doi.org/10.1038/labinvest.2015.104

Khan, S. N., Jankowska, A. M., Mahfouz, R., Dunbar, A. J., Sugimoto, Y., Hosono, N., Hu, Z., Cheriyath, V., Vatolin, S., Przychodzen, B., Reu, F. J., Saunthararajah, Y., O'Keefe, C., Sekeres, M. A., List, A. F., Molitemo, A. R., McDevitt, M. A., Maciejewski, J. P., & Makishima, H. (2013). Multiple mechanisms deregulate EZH2 and histone H3 lysine 27 epigenetic changes in myeloid malignancies. Leukemia, 27(6), 1301-1309. https://doi.org/10.1038/leu.2013.80

Kim, C. A., Sawaya, M. R., Cascio, D., Kim, W., & Bowie, J. U. (2005). Structural organization of a Sex-comb-on-midleg/polyhomeotic copolymer. The Journal of Biological Chemistry, 280(30), 27769-27775. https://doi.org/10.1074/jbc.M503055200

Kim, J., Shen, B., Rosen, C., & Dorsett, D. (1996). The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein. Molecular and Cellular Biology, 16(7), 3381-3392. https://doi.org/10.1128/MCB.16.7.3381

Kim, K. H., & Roberts, C. W. M. (2016). Targeting EZH2 in cancer. Nature Medicine, 22(2), 128-134. https://doi.org/10.1038/nm.4036

Kim, W., Bird, G. H., Neff, T., Guo, G., Kerenyi, M. A., Walensky, L. D., & Orkin, S. H. (2013). Targeted disruption of the EZH2-EED complex inhibits EZH2-dependent cancer. Nature Chemical Biology, 9(10), 643-650. https: //doi.org/10.1038/nchembio .1331

King, I. F. G., Emmons, R. B., Francis, N. J., Wild, B., Müller, J., Kingston, R. E., & Wu, C.-T. (2005). Analysis of a polycomb group protein defines regions that link repressive activity on nucleosomal templates to in vivo function. Molecular and Cellular Biology, 25(15), 6578-6591. https://doi.org/10.1128/MCB.25.15.6578-6591.2005

King, I. F. G., Francis, N. J., & Kingston, R. E. (2002). Native and recombinant polycomb group complexes establish a selective block to template accessibility to repress transcription in vitro. Molecular and Cellular Biology, 22(22), 7919-7928. https://doi.org/10.1128/MCB.22.22.7919-7928.2002

Kingston, R. E., & Tamkun, J. W. (2014). Transcriptional regulation by trithorax-group proteins. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 6(10), a019349. https ://doi.org/10.1101 /cshperspect.a019349

Kleer, C. G., Cao, Q., Varambally, S., Shen, R., Ota, I., Tomlins, S. A., Ghosh, D., Sewalt, R. G. A. B., Otte, A. P., Hayes, D. F., Sabel, M. S., Livant, D., Weiss, S. J., Rubin, M. A., & Chinnaiyan, A. M. (2003). EZH2 is a marker of aggressive breast cancer and promotes neoplastic transformation of breast epithelial cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, 100(20), 11606-11611. https://doi.org/10.1073/pnas.1933744100

Klempnauer, K.-H. (2022). C/EBPß sustains the oncogenic program of AML cells by cooperating with MYB and co-activator p300 in a transcriptional module. Experimental Hematology, 108, 8-15. https: //doi.org/10.1016/j .exphem.2022.01.003

Klymenko, T., Papp, B., Fischle, W., Köcher, T., Schelder, M., Fritsch, C., Wild, B., Wilm, M., & Müller, J. (2006). A Polycomb group protein complex with sequence-specific DNA-binding and selective methyl-lysine-binding activities. Genes & Development, 20(9), 1110-1122. https://doi.org/10.1101/gad.377406

Knutson, S. K., Kawano, S., Minoshima, Y., Warholic, N. M., Huang, K.-C., Xiao, Y., Kadowaki, T., Uesugi, M., Kuznetsov, G., Kumar, N., Wigle, T. J., Klaus, C. R., Allain, C. J., Raimondi, A., Waters, N. J., Smith, J. J., Porter-Scott, M., Chesworth, R., Moyer, M. P., ... Keilhack, H. (2014). Selective Inhibition of EZH2 by EPZ-6438 Leads to Potent Antitumor Activity in EZH2 -Mutant Non-Hodgkin Lymphoma. Molecular Cancer Therapeutics., 13(4), 842-854. https://doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-13-0773

Knutson, S. K., Wigle, T. J., Warholic, N. M., Sneeringer, C. J., Allain, C. J., Klaus, C. R., Sacks, J. D., Raimondi, A., Majer, C. R., Song, J., Scott, M. P., Jin, L., Smith, J. J., Olhava, E. J., Chesworth, R., Moyer, M. P., Richon, V. M., Copeland, R. A., Keilhack, H., ... Kuntz, K. W. (2012). A selective inhibitor of EZH2 blocks H3K27 methylation and kills mutant lymphoma cells. Nature Chemical Biology, 8(11), 890-896. https://doi.org/10.1038/nchembio.1084

Koferle, A., Schlattl, A., Hormann, A., Thatikonda, V., Popa, A., Spreitzer, F., Ravichandran, M. C., Supper, V., Oberndorfer, S., Puchner, T., Wieshofer, C., Corcokovic, M., Reiser, C., Wohrle, S., Popow, J., Pearson, M., Martinez, J., Weitzer, S., Mair, B., & Neumuller, R. A. (2022). Interrogation of cancer gene dependencies reveals paralog interactions of autosome and sex chromosome-encoded genes. Cell Reports, 39(2), 110636. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2022.110636

Kohashi, K., & Oda, Y. (2017). Oncogenic roles of <scp>SMARCB</scp> 1/ <scp>INI</scp> 1 and its deficient tumors. Cancer Science, 108(4), 547-552. https://doi.org/10.1111/cas.13173

Konopleva, M. Y., Rollig, C., Cavenagh, J., Deeren, D., Girshova, L., Krauter, J., Martinelli, G., Montesinos, P., Schafer, J. A., Ottmann, O. G., Petrini, M., Pigneux, A., Rambaldi, A., Recher, C., Rodriguez-Veiga, R., Taussig, D., Vey, N., Yoon, S.-S., Ott, M. G., ... Wei, A. H. (2022). Idasanutlin Plus Cytarabine in Relapsed or Refractory Acute Myeloid Leukemia: Results of the MIRROS Trial. Blood Advances. https://doi.org/10.1182/bloodadvances.2021006303

Konze, K. D., Ma, A., Li, F., Barsyte-Lovejoy, D., Parton, T., MacNevin, C. J., Liu, F., Gao, C., Huang, X.-P., Kuznetsova, E., Rougie, M., Jiang, A., Pattenden, S. G., Norris, J. L., James, L. I., Roth, B. L., Brown, P. J., Frye, S. V., Arrowsmith, C. H., ... Jin, J. (2013). An Orally Bioavailable Chemical

Probe of the Lysine Methyltransferases EZH2 and EZH1. ACS Chemical Biology, 8(6), 1324-1334. https://doi.org/10.1021/cb400133j

Koroleva, O. A., Dutikova, Yu. V., Trubnikov, A. V., Zenov, F. A., Manasova, E. V., Shtil, A. A., & Kurkin, A. V. (2022). PROTAC: targeted drug strategy. Principles and limitations. Russian Chemical Bulletin, 71(11), 2310-2334. https://doi.org/10.1007/s11172-022-3659-z

Krasnov, A. N., Mazina, M. Y., Nikolenko, J. V, & Vorobyeva, N. E. (2016). On the way of revealing coactivator complexes cross-talk during transcriptional

activation. Cell & Bioscience, 6, 15. https://doi.org/10.1186/s13578-016-0081-

y

Kulakovskiy, I. V, Vorontsov, I. E., Yevshin, I. S., Sharipov, R. N., Fedorova, A. D., Rumynskiy, E. I., Medvedeva, Y. A., Magana-Mora, A., Bajic, V. B., Papatsenko, D. A., Kolpakov, F. A., & Makeev, V. J. (2018). HOCOMOCO: towards a complete collection of transcription factor binding models for human and mouse via large-scale ChIP-Seq analysis. Nucleic Acids Research, 46(D1), D252-D259. https://doi.org/10.1093/nar/gkx1106

Kuroda, M. I., Kang, H., De, S., & Kassis, J. A. (2020). Dynamic Competition of Polycomb and Trithorax in Transcriptional Programming. Annual Review of Biochemistry, 89, 235-253. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-120219-103641

Kurzhals, R. L., Tie, F., Stratton, C. A., & Harte, P. J. (2008). Drosophila ESC-like can substitute for ESC and becomes required for Polycomb silencing if ESC is absent. Developmental Biology, 313(1), 293-306. https://doi.org/10.1016Zj.ydbio.2007.10.025

Kuzmichev, A., Nishioka, K., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., & Reinberg, D. (2002). Histone methyltransferase activity associated with a human multiprotein complex containing the Enhancer of Zeste protein. Genes & Development, 16(22), 2893-2905. https://doi.org/10.1101/gad.1035902

Kwong, C., Adryan, B., Bell, I., Meadows, L., Russell, S., Manak, J. R., & White, R. (2008). Stability and dynamics of polycomb target sites in Drosophila development. PLoS Genetics, 4(9), e1000178. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000178

Kyrchanova, O., Mogila, V., Wolle, D., Deshpande, G., Parshikov, A., Cleard, F., Karch, F., Schedl, P., & Georgiev, P. (2016). Functional Dissection of the Blocking and Bypass Activities of the Fab-8 Boundary in the Drosophila Bithorax Complex. PLoS Genetics, 12(7), e1006188. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006188

Kyrchanova, O., Mogila, V., Wolle, D., Magbanua, J. P., White, R., Georgiev, P., & Schedl, P. (2015). The boundary paradox in the Bithorax complex. Mechanisms of Development, 138, 122-132. https://doi.org/10.1016/j.mod.2015.07.002

Kyrchanova, O., Toshchakov, S., Parshikov, A., & Georgiev, P. (2007). Study of the Functional Interaction between Mcp Insulators from the Drosophila bithorax Complex: Effects of Insulator Pairing on Enhancer-Promoter Communication. Molecular and Cellular Biology, 27(8), 3035-3043. https://doi.org/10.1128/MCB.02203-06

Lagarou, A., Mohd-Sarip, A., Moshkin, Y. M., Chalkley, G. E., Bezstarosti, K., Demmers, J. A. A., & Verrijzer, C. P. (2008). dKDM2 couples histone H2A ubiquitylation to histone H3 demethylation during Polycomb group silencing. Genes & Development, 22(20), 2799-2810. https://doi.org/10.1101/gad.484208

Lai, A. C., & Crews, C. M. (2017). Induced protein degradation: an emerging drug discovery paradigm. Nature Reviews Drug Discovery, 16(2), 101-114. https://doi.org/10.1038/nrd.2016.211

Lambert, M., Jambon, S., Depauw, S., & David-Cordonnier, M.-H. (2018).

Targeting Transcription Factors for Cancer Treatment. Molecules, 23(6), 1479. https://doi.org/10.3390/molecules23061479

Lan, F., Bayliss, P. E., Rinn, J. L., Whetstine, J. R., Wang, J. K., Chen, S., Iwase, S., Alpatov, R., Issaeva, I., Canaani, E., Roberts, T. M., Chang, H. Y., & Shi, Y. (2007). A histone H3 lysine 27 demethylase regulates animal posterior development. Nature, 449(7163), 689-694. https://doi.org/10.1038/nature06192

Lane, A. A., Chapuy, B., Lin, C. Y., Tivey, T., Li, H., Townsend, E. C., van Bodegom, D., Day, T. A., Wu, S.-C., Liu, H., Yoda, A., Alexe, G., Schinzel, A. C., Sullivan, T. J., Malinge, S., Taylor, J. E., Stegmaier, K., Jaffe, J. D.,

Bustin, M., ... Weinstock, D. M. (2014). Triplication of a 21q22 region contributes to B cell transformation through HMGN1 overexpression and loss of histone H3 Lys27 trimethylation. Nature Genetics, 46(6), 618-623. https://doi.org/10.1038/ng.2949

Laney, J. D., & Biggin, M. D. (1996). Redundant control of Ultrabithorax by zeste involves functional levels of zeste protein binding at the Ultrabithorax promoter. Development, 122(7), 2303-2311. https://doi.org/10.1242/dev.122.7.2303

Laugesen, A., & Helin, K. (2014). Chromatin repressive complexes in stem cells, development, and cancer. Cell Stem Cell, 14(6), 735-751. https://doi.org/10.1016/j.stem.2014.05.006

Lee, M. G., Villa, R., Trojer, P., Norman, J., Yan, K.-P., Reinberg, D., Di Croce, L., & Shiekhattar, R. (2007). Demethylation of H3K27 regulates polycomb recruitment and H2A ubiquitination. Science (New York, N.Y.), 318(5849), 447-450. https://doi.org/10.1126/science. 1149042

Lehmann, M., Siegmund, T., Lintermann, K.-G., & Korge, G. (1998). The Pipsqueak Protein of Drosophila melanogasterBinds to GAGA Sequences through a Novel DNA-binding Domain. Journal of Biological Chemistry, 273(43), 28504-28509. https://doi.org/10.1074/jbc.273.43.28504

Levine, S. S., Weiss, A., Erdjument-Bromage, H., Shao, Z., Tempst, P., & Kingston, R. E. (2002). The core of the polycomb repressive complex is compositionally and functionally conserved in flies and humans. Molecular and Cellular Biology, 22(17), 6070-6078. https://doi.org/10.1128/MCB.22.17.6070-6078.2002

Levo, M., Raimundo, J., Bing, X. Y., Sisco, Z., Batut, P. J., Ryabichko, S., Gregor, T., & Levine, M. S. (2022). Transcriptional coupling of distant regulatory genes in living embryos. Nature, 605(7911), 754-760. https://doi.org/10.1038/s41586-022-04680-7

Lewis, E. B. (1978). A gene complex controlling segmentation in Drosophila. Nature, 276(5688), 565-570. https://doi.org/10.1038/276565a0

Lewis, P. W., Müller, M. M., Koletsky, M. S., Cordero, F., Lin, S., Banaszynski, L. A., Garcia, B. A., Muir, T. W., Becher, O. J., & Allis, C. D. (2013). Inhibition of PRC2 Activity by a Gain-of-Function H3 Mutation Found in

Pediatric Glioblastoma. Science, 340(6134), 857-861. https://doi.org/10.1126/science.1232245

Lewis P.H. (1947). New mutants report. Drosoph. Inf. Serv., 21(69).

Li, C.-C., & Chen, T. W.-W. (2023). New targeted treatments for advanced sarcomas. Current Opinion in Oncology, 35(4), 309-314. https://doi.org/10.1097/CC0.0000000000000955

Li, X., Tang, X., Bing, X., Catalano, C., Li, T., Dolsten, G., Wu, C., & Levine, M. (2023). GAGA-associated factor fosters loop formation in the Drosophila genome. Molecular Cell, 83(9), 1519-1526.e4. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2023.03.011

Liu, J., Lichtenberg, T., Hoadley, K. A., Poisson, L. M., Lazar, A. J., Cherniack, A. D., Kovatich, A. J., Benz, C. C., Levine, D. A., Lee, A. V, Omberg, L., Wolf, D. M., Shriver, C. D., Thorsson, V., Cancer Genome Atlas Research Network, & Hu, H. (2018). An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics. Cell, 173(2), 400-416.e11. https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.052

Liu, Y., Li, C., Su, R., Yin, Z., Huang, G., Yang, J., Li, Z., Zhang, K., & Fei, J. (2021). Targeting SOS1 overcomes imatinib resistance with BCR-ABL independence through uptake transporter SLC22A4 in CML. Molecular Therapy - Oncolytics, 23, 560-570. https://doi.org/10.1016/j.omto.2021.11.010

Lo, S. M., Ahuja, N. K., & Francis, N. J. (2009). Polycomb group protein Suppressor 2 of zeste is a functional homolog of Posterior Sex Combs. Molecular and Cellular Biology, 29(2), 515-525. https://doi.org/10.1128/MCB.01044-08

Loubiere, V., Delest, A., Thomas, A., Bonev, B., Schuettengruber, B., Sati, S., Martinez, A.-M., & Cavalli, G. (2016). Coordinate redeployment of PRC1 proteins suppresses tumor formation during Drosophila development. Nature Genetics, 48(11), 1436-1442. https://doi.org/10.1038/ng.3671

Lue, J. K., & Amengual, J. E. (2018). Emerging EZH2 Inhibitors and Their

Application in Lymphoma. Current Hematologic Malignancy Reports, 13(5), 369-382. https://doi.org/10.1007/s11899-018-0466-6

Lv, X., Han, Z., Chen, H., Yang, B., Yang, X., Xia, Y., Pan, C., Fu, L., Zhang, S., Han, H., Wu, M., Zhou, Z., Zhang, L., Li, L., Wei, G., & Zhao, Y. (2016). A positive role for polycomb in transcriptional regulation via H4K20me1. Cell Research, 26(5), 529-542. https://doi.org/10.1038/cr.2016.33

Lynch, M. D., Smith, A. J. H., De Gobbi, M., Flenley, M., Hughes, J. R.,

Vernimmen, D., Ayyub, H., Sharpe, J. A., Sloane-Stanley, J. A., Sutherland, L., Meek, S., Burdon, T., Gibbons, R. J., Garrick, D., & Higgs, D. R. (2012). An interspecies analysis reveals a key role for unmethylated CpG dinucleotides in vertebrate Polycomb complex recruitment. The EMBO Journal, 31(2), 317-329. https://doi.org/10.1038/emboj.2011.399

Ma, A., Stratikopoulos, E., Park, K.-S., Wei, J., Martin, T. C., Yang, X., Schwarz, M., Leshchenko, V., Rialdi, A., Dale, B., Lagana, A., Guccione, E., Parekh, S., Parsons, R., & Jin, J. (2020). Discovery of a first-in-class EZH2 selective degrader. Nature Chemical Biology, 16(2), 214-222. https://doi.org/10.1038/s41589-019-0421-4

Maertens, O., & Cichowski, K. (2014). An expanding role for RAS GTPase

activating proteins (RAS GAPs) in cancer. Advances in Biological Regulation, 55, 1-14. https://doi.org/10.1016/jjbior.2014.04.002

Mager, J., Montgomery, N. D., de Villena, F. P.-M., & Magnuson, T. (2003). Genome imprinting regulated by the mouse Polycomb group protein Eed. Nature Genetics, 33(4), 502-507. https://doi.org/10.1038/ng1125

Mahmood, T., He, S., Abdullah, M., Sajjad, M., Jia, Y., Ahmar, S., Fu, G., Chen, B., & Du, X. (2024). Epigenetic insight into floral transition and seed development in plants. Plant Science, 339, 111926. https: //doi.org/ 10.1016/j.plantsci.2023.111926

Mallin, D. R., Myung, J. S., Patton, J. S., & Geyer, P. K. (1998). Polycomb Group Repression Is Blocked by the Drosophila suppressor of Hairy-wing [su(Hw)] Insulator. Genetics, 148(1), 331-339. https://doi.org/10.1093/genetics/148.L331

Marcotte, R., Brown, K. R., Suarez, F., Sayad, A., Karamboulas, K.,

Krzyzanowski, P. M., Sircoulomb, F., Medrano, M., Fedyshyn, Y., Koh, J. L. Y., van Dyk, D., Fedyshyn, B., Luhova, M., Brito, G. C., Vizeacoumar, F. J., Vizeacoumar, F. S., Datti, A., Kasimer, D., Buzina, A., ... Moffat, J. (2012).

Essential Gene Profiles in Breast, Pancreatic, and Ovarian Cancer Cells. Cancer Discovery, 2(2), 172-189. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-11-0224

Marcotte, R., Sayad, A., Brown, K. R., Sanchez-Garcia, F., Reimand, J., Haider, M., Virtanen, C., Bradner, J. E., Bader, G. D., Mills, G. B., Pe'er, D., Moffat, J., & Neel, B. G. (2016). Functional Genomic Landscape of Human Breast Cancer Drivers, Vulnerabilities, and Resistance. Cell, 164(1-2), 293-309. https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.11.062

Margueron, R., Justin, N., Ohno, K., Sharpe, M. L., Son, J., Drury III, W. J., Voigt, P., Martin, S. R., Taylor, W. R., De Marco, V., Pirrotta, V., Reinberg, D., & Gamblin, S. J. (2009). Role of the polycomb protein EED in the propagation of repressive histone marks. Nature, 461(7265), 762-767. https://doi.org/10.1038/nature08398

Margueron, R., Li, G., Sarma, K., Blais, A., Zavadil, J., Woodcock, C. L.,

Dynlacht, B. D., & Reinberg, D. (2008). Ezh1 and Ezh2 maintain repressive chromatin through different mechanisms. Molecular Cell, 32(4), 503-518. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2008.11.004

Mashtalir, N., D'Avino, A. R., Michel, B. C., Luo, J., Pan, J., Otto, J. E., Zullow, H. J., McKenzie, Z. M., Kubiak, R. L., St Pierre, R., Valencia, A. M., Poynter, S. J., Cassel, S. H., Ranish, J. A., & Kadoch, C. (2018). Modular Organization and Assembly of SWI/SNF Family Chromatin Remodeling Complexes. Cell, 175(5), 1272-1288.e20. https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.09.032

Maurange, C., & Paro, R. (2002). A cellular memory module conveys epigenetic inheritance of hedgehog expression during Drosophila wing imaginal disc development. Genes & Development, 16(20), 2672-2683. https://doi.org/10.1101/gad.242702

Mazina, M. Y., & Vorobyeva, N. E. (2021). Chromatin Modifiers in

Transcriptional Regulation: New Findings and Prospects. Acta Naturae, 13(1), 16-30. https://doi.org/10.32607/actanaturae.11101

Mazo, A. M., Mizrokhi, L. J., Karavanov, A. A., Sedkov, Y. A., Krichevskaja, A. A., & Ilyin, Y. V. (1989). Suppression in Drosophila: su(Hw) and su(f) gene products interact with a region of gypsy (mdg4) regulating its transcriptional

activity. The EMBO Journal, 8(3), 903-911. https://doi.org/10.1002Zj.1460-2075.1989.tb03451.x

McCabe, M. T., Ott, H. M., Ganji, G., Korenchuk, S., Thompson, C., Van Aller, G. S., Liu, Y., Graves, A. P., III, A. D. P., Diaz, E., LaFrance, L. V., Mellinger, M., Duquenne, C., Tian, X., Kruger, R. G., McHugh, C. F., Brandt, M., Miller, W. H., Dhanak, D., ... Creasy, C. L. (2012). EZH2 inhibition as a therapeutic strategy for lymphoma with EZH2-activating mutations. Nature, 492(7427), 108-112. https://doi.org/10.1038/nature 11606

McKeon, J., & Brock, H. W. (1991). Interactions of thePolycomb group of genes with homeotic loci ofDrosophila. Roux's Archives of Developmental Biology : The Official Organ of the EDBO, 199(7), 387-396. https://doi.org/10.1007/BF01705848

Mendenhall, E. M., Koche, R. P., Truong, T., Zhou, V. W., Issac, B., Chi, A. S., Ku, M., & Bernstein, B. E. (2010). GC-Rich Sequence Elements Recruit PRC2 in Mammalian ES Cells. PLoS Genetics, 6(12), e1001244. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001244

Meyer, S. C., & Levine, R. L. (2014). Molecular Pathways: Molecular Basis for Sensitivity and Resistance to JAK Kinase Inhibitors. Clinical Cancer Research, 20(8), 2051-2059. https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-13-0279

Meyers, R. M., Bryan, J. G., McFarland, J. M., Weir, B. A., Sizemore, A. E., Xu, H., Dharia, N. V, Montgomery, P. G., Cowley, G. S., Pantel, S., Goodale, A., Lee, Y., Ali, L. D., Jiang, G., Lubonja, R., Harrington, W. F., Strickland, M., Wu, T., Hawes, D. C., ... Tsherniak, A. (2017). Computational correction of copy number effect improves specificity of CRISPR-Cas9 essentiality screens in cancer cells. Nature Genetics, 49(12), 1779-1784. https://doi.org/10.1038/ng.3984

Min, J., Zaslavsky, A., Fedele, G., McLaughlin, S. K., Reczek, E. E., De Raedt, T., Guney, I., Strochlic, D. E., MacConaill, L. E., Beroukhim, R., Bronson, R. T., Ryeom, S., Hahn, W. C., Loda, M., & Cichowski, K. (2010). An oncogene-tumor suppressor cascade drives metastatic prostate cancer by coordinately activating Ras and nuclear factor-KB. Nature Medicine, 16(3), 286-294. https://doi.org/10.1038/nm.2100

Min, J., Zhang, Y., & Xu, R.-M. (2003). Structural basis for specific binding of Polycomb chromodomain to histone H3 methylated at Lys 27. Genes & Development, 17(15), 1823-1828. https://doi.org/10.1101/gad.269603

Miranda, T. B., Cortez, C. C., Yoo, C. B., Liang, G., Abe, M., Kelly, T. K.,

Marquez, V. E., & Jones, P. A. (2009). DZNep is a global histone methylation inhibitor that reactivates developmental genes not silenced by DNA methylation. Molecular Cancer Therapeutics, 8(6), 1579-1588. https://doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-09-0013

Mishra, R. K., Mihaly, J., Barges, S., Spierer, A., Karch, F., Hagstrom, K., Schweinsberg, S. E., & Schedl, P. (2001). The iab-7 Polycomb Response Element Maps to a Nucleosome-Free Region of Chromatin and Requires Both GAGA and Pleiohomeotic for Silencing Activity. Molecular and Cellular Biology, 21(4), 1311-1318. https://doi.org/10.1128/MCB.2L4.1311-1318.2001

Mitchell, N., Cranna, N., Richardson, H., & Quinn, L. (2008). The Ecdysone-inducible zinc-finger transcription factor Crol regulates Wg transcription and cell cycle progression in Drosophila. Development, 135(16), 2707-2716. https://doi.org/10.1242/dev.021766

Mittal, P., & Roberts, C. W. M. (2020). The SWI/SNF complex in cancer — biology, biomarkers and therapy. Nature Reviews Clinical Oncology, 17(7), 435-448. https://doi.org/10.1038/s41571-020-0357-3

Mohan, M., Herz, H.-M., Smith, E. R., Zhang, Y., Jackson, J., Washburn, M. P., Florens, L., Eissenberg, J. C., & Shilatifard, A. (2011). The COMPASS family of H3K4 methylases in Drosophila. Molecular and Cellular Biology, 31(21), 4310-4318. https://doi.org/10.1128/MCB.06092-11

Mohana, G., Dorier, J., Li, X., Mouginot, M., Smith, R. C., Malek, H., Leleu, M., Rodriguez, D., Khadka, J., Rosa, P., Cousin, P., Iseli, C., Restrepo, S., Guex, N., McCabe, B. D., Jankowski, A., Levine, M. S., & Gambetta, M. C. (2023). Chromosome-level organization of the regulatory genome in the Drosophila nervous system. Cell, 186(18), 3826-3844.e26. https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.07.008

Mohd-Sarip, A., Venturini, F., Chalkley, G. E., & Verrijzer, C. P. (2002). Pleiohomeotic Can Link Polycomb to DNA and Mediate Transcriptional

Repression. Molecular and Cellular Biology, 22(21), 7473-7483. https://doi.org/10.1128/MCB.22.21.7473-7483.2002

Mohrmann, L., Langenberg, K., Krijgsveld, J., Kal, A. J., Heck, A. J. R., &

Verrijzer, C. P. (2004). Differential targeting of two distinct SWI/SNF-related Drosophila chromatin-remodeling complexes. Molecular and Cellular Biology, 24(8), 3077-3088. https://doi.org/10.1128/MCB.24.8.3077-3088.2004

Morin, R. D., Johnson, N. A., Severson, T. M., Mungall, A. J., An, J., Goya, R., Paul, J. E., Boyle, M., Woolcock, B. W., Kuchenbauer, F., Yap, D., Humphries, R. K., Griffith, O. L., Shah, S., Zhu, H., Kimbara, M., Shashkin, P., Charlot, J. F., Tcherpakov, M., ... Marra, M. A. (2010). Somatic mutations altering EZH2 (Tyr641) in follicular and diffuse large B-cell lymphomas of germinal-center origin. Nature Genetics, 42(2), 181-185. https://doi.org/10.1038/ng.518

Morin, R. D., Mendez-Lago, M., Mungall, A. J., Goya, R., Mungall, K. L.,

Corbett, R. D., Johnson, N. A., Severson, T. M., Chiu, R., Field, M., Jackman, S., Krzywinski, M., Scott, D. W., Trinh, D. L., Tamura-Wells, J., Li, S., Firme, M. R., Rogic, S., Griffith, M., . Marra, M. A. (2011). Frequent mutation of histone-modifying genes in non-Hodgkin lymphoma. Nature, 476(7360), 298303. https://doi.org/10.1038/nature10351

Möröy, T., & Khandanpour, C. (2019). Role of GFI1 in Epigenetic Regulation of MDS and AML Pathogenesis: Mechanisms and Therapeutic Implications. Frontiers in Oncology, 9. https://doi.org/10.3389/fonc.2019.00824

Morschhauser, F., Tilly, H., Chaidos, A., McKay, P., Phillips, T., Assouline, S., Batlevi, C. L., Campbell, P., Ribrag, V., Damaj, G. L., Dickinson, M., Jurczak, W., Kazmierczak, M., Opat, S., Radford, J., Schmitt, A., Yang, J., Whalen, J., Agarwal, S., ... Salles, G. (2020). Tazemetostat for patients with relapsed or refractory follicular lymphoma: an open-label, single-arm, multicentre, phase 2 trial. The Lancet. Oncology, 21(11), 1433-1442. https://doi.org/10.1016/S1470-2045(20)30441-1

Müller, J., & Bienz, M. (1991). Long range repression conferring boundaries of Ultrabithorax expression in the Drosophila embryo. The EMBO Journal, 10(11), 3147-3155. https://doi.org/10.1002/j. 1460-2075.1991 .tb04876.x

Muller, J., Hart, C. M., Francis, N. J., Vargas, M. L., Sengupta, A., Wild, B., Miller, E. L., O'Connor, M. B., Kingston, R. E., & Simon, J. A. (2002). Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex. Cell, 111(2), 197-208. https://doi.org/10.1016/s0092-8674(02)00976-5

Nam, C.-H., & Rabbitts, T. H. (2006). The Role of LMO2 in Development and in T Cell Leukemia After Chromosomal Translocation or Retroviral Insertion. Molecular Therapy, 13(1), 15-25. https://doi.org/10.1016Zj.ymthe.2005.09.010

Nekrasov, M., Klymenko, T., Fraterman, S., Papp, B., Oktaba, K., Kocher, T., Cohen, A., Stunnenberg, H. G., Wilm, M., & Muller, J. (2007). Pcl-PRC2 is needed to generate high levels of H3-K27 trimethylation at Polycomb target genes. The EMBO Journal, 26(18), 4078-4088. https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601837

Nekrasov, M., Wild, B., & Muller, J. (2005). Nucleosome binding and histone methyltransferase activity of Drosophila PRC2. EMBO Reports, 6(4), 348353. https://doi.org/10.1038/sj.embor.7400376

Nie, X., Liu, D., Zheng, M., Li, X., Liu, O., Guo, Q., Zhu, L., & Lin, B. (2022). HERPUD1 promotes ovarian cancer cell survival by sustaining autophagy and inhibit apoptosis via PI3K/AKT/mTOR and p38 MAPK signaling pathways. BMC Cancer, 22(1), 1338. https://doi.org/10.1186/s12885-022-10248-5

Nikoloski, G., Langemeijer, S. M. C., Kuiper, R. P., Knops, R., Massop, M.,

Tonnissen, E. R. L. T. M., van der Heijden, A., Scheele, T. N., Vandenberghe, P., de Witte, T., van der Reijden, B. A., & Jansen, J. H. (2010). Somatic mutations of the histone methyltransferase gene EZH2 in myelodysplastic syndromes. Nature Genetics, 42(8), 665-667. https://doi.org/10.1038/ng.620

Noyes, A., Stefaniuk, C., Cheng, Y., Kennison, J. A., & Kassis, J. A. (2011). Modulation of the Activity of a Polycomb-Group Response Element in Drosophila by a Mutation in the Transcriptional Activator Woc. G3 Genes\Genomes\Genetics, 1(6), 471-478. https://doi.org/10.1534/g3.111.001230

Ntziachristos, P., Tsirigos, A., Vlierberghe, P. Van, Nedjic, J., Trimarchi, T., Flaherty, M. S., Ferres-Marco, D., da Ros, V., Tang, Z., Siegle, J., Asp, P., Hadler, M., Rigo, I., Keersmaecker, K. De, Patel, J., Huynh, T., Utro, F.,

Poglio, S., Samon, J. B., ... Aifantis, I. (2012). Genetic inactivation of the polycomb repressive complex 2 in T cell acute lymphoblastic leukemia. Nature Medicine, 18(2), 298-302. https://doi.org/10.1038/nm.2651

O'Carroll, D., Erhardt, S., Pagani, M., Barton, S. C., Surani, M. A., & Jenuwein, T. (2001). The polycomb-group gene Ezh2 is required for early mouse development. Molecular and Cellular Biology, 21(13), 4330-4336. https://doi.org/10.1128/MCB.21.13.4330-4336.2001

Okosun, J., Bödör, C., Wang, J., Araf, S., Yang, C.-Y., Pan, C., Boller, S., Cittaro,

D., Bozek, M., Iqbal, S., Matthews, J., Wrench, D., Marzec, J., Tawana, K., Popov, N., O'Riain, C., O'Shea, D., Carlotti, E., Davies, A., ... Fitzgibbon, J. (2014). Integrated genomic analysis identifies recurrent mutations and evolution patterns driving the initiation and progression of follicular lymphoma. Nature Genetics, 46(2), 176-181. https://doi.org/10.1038/ng.2856

Oktaba, K., Gutiérrez, L., Gagneur, J., Girardot, C., Sengupta, A. K., Furlong, E.

E. M., & Müller, J. (2008). Dynamic regulation by polycomb group protein complexes controls pattern formation and the cell cycle in Drosophila. Developmental Cell, 15(6), 877-889. https://doi.org/10.1016/j.devcel.2008.10.005

Okulski, H., Druck, B., Bhalerao, S., & Ringrose, L. (2011). Quantitative analysis of polycomb response elements (PREs) at identical genomic locations distinguishes contributions of PRE sequence and genomic environment. Epigenetics & Chromatin, 4(1), 4. https://doi.org/10.1186/1756-8935-4-4

Orlando, V., Jane, E. P., Chinwalla, V., Harte, P. J., & Paro, R. (1998). Binding of trithorax and Polycomb proteins to the bithorax complex: dynamic changes during early Drosophila embryogenesis. The EMBO Journal, 17(17), 51415150. https://doi.org/10.1093/emboj/17.17.5141

Orsi, G. A., Kasinathan, S., Hughes, K. T., Saminadin-Peter, S., Henikoff, S., & Ahmad, K. (2014). High-resolution mapping defines the cooperative architecture of Polycomb response elements. Genome Research, 24(5), 809820. https://doi.org/10.1101/gr.163642.113

Pankratz, M. J., & Jäckle, H. (1990). Making stripes in the Drosophila embryo. Trends in Genetics: TIG, 6(9), 287-292. https://doi.org/10.1016/0168-9525(90)90234-w

Papp, B., & Müller, J. (2006). Histone trimethylation and the maintenance of transcriptional ON and OFF states by trxG and PcG proteins. Genes & Development, 20(15), 2041-2054. https://doi.org/10.1101/gad.388706

Parkhurst, S. M., Harrison, D. A., Remington, M. P., Spana, C., Kelley, R. L., Coyne, R. S., & Corees, V. G. (1988). The Drosophila su(Hw) gene, which controls the phenotypic effect of the gypsy transposable element, encodes a putative DNA-binding protein. Genes & Development, 2(10), 1205-1215. https://doi.org/10.1101/gad.2.10.1205

Parreno, V., Martinez, A.-M., & Cavalli, G. (2022). Mechanisms of Polycomb group protein function in cancer. Cell Research., 32(3), 231-253. https://doi.org/10.1038/s41422-021-00606-6

Pasini, D., Bracken, A. P., Jensen, M. R., Lazzerini Denchi, E., & Helin, K. (2004). Suz12 is essential for mouse development and for EZH2 histone methyltransferase activity. The EMBO Journal, 23(20), 4061-4071. https: //doi.org/10.1038/sj .emboj .7600402

Paziewska, A., Wyrwicz, L. S., Bujnicki, J. M., Bomsztyk, K., & Ostrowski, J. (2004). Cooperative binding of the hnRNP K three KH domains to mRNA targets. FEBSLetters, 577(1-2), 134-140. https://doi.org/10.1016/j.febslet.2004.08.086

Peng, Y., Li, N., Tang, F., Qian, C., Jia, T., Liu, J., & Xu, Y. (2022). Corosolic acid sensitizes ferroptosis by upregulating HERPUD1 in liver cancer cells. Cell Death Discovery, 8(1), 376. https://doi.org/10.1038/s41420-022-01169-0

Pengelly, A. R., Copur, O., Jackie, H., Herzig, A., & Müller, J. (2013). A histone mutant reproduces the phenotype caused by loss of histone-modifying factor Polycomb. Science (New York, N.Y.), 339(6120), 698-699. https://doi.org/10.1126/science.1231382

Pengelly, A. R., Kalb, R., Finkl, K., & Müller, J. (2015). Transcriptional repression by PRC1 in the absence of H2A monoubiquitylation. Genes & Development, 29(14), 1487-1492. https://doi.org/10.1101/gad.265439.115

Pérez, L., Barrio, L., Cano, D., Fiuza, U.-M., Muzzopappa, M., & Milán, M. (2011). Enhancer-PRE communication contributes to the expansion of gene expression domains in proliferating primordia. Development (Cambridge, England)), 138(15), 3125-3134. https://doi.org/10.1242/dev.065599

Persikov, A. V, & Singh, M. (2014). De novo prediction of DNA-binding

specificities for Cys2His2 zinc finger proteins. Nucleic Acids Research, 42(1), 97-108. https://doi.org/10.1093/nar/gkt890

Peterson, A. J., Kyba, M., Bornemann, D., Morgan, K., Brock, H. W., & Simon, J. (1997). A domain shared by the Polycomb group proteins Scm and ph mediates heterotypic and homotypic interactions. Molecular and Cellular Biology, 17(11), 6683-6692. https://doi.org/10.1128/MCB.17.11.6683

Petruk, S., Sedkov, Y., Smith, S., Tillib, S., Kraevski, V., Nakamura, T., Canaani, E., Croce, C. M., & Mazo, A. (2001). Trithorax and dCBP acting in a complex to maintain expression of a homeotic gene. Science (New York, N.Y.), 294(5545), 1331-1334. https://doi.org/10.1126/science.1065683

Pherson, M., Misulovin, Z., Gause, M., Mihindukulasuriya, K., Swain, A., & Dorsett, D. (2017). Polycomb repressive complex 1 modifies transcription of active genes. Science Advances, 3(8). https://doi.org/10.1126/sciadv.1700944

Pintacuda, G., Wei, G., Roustan, C., Kirmizitas, B. A., Solcan, N., Cerase, A., Castello, A., Mohammed, S., Moindrot, B., Nesterova, T. B., & Brockdorff, N. (2017). hnRNPK Recruits PCGF3/5-PRC1 to the Xist RNA B-Repeat to Establish Polycomb-Mediated Chromosomal Silencing. Molecular Cell, 68(5), 955-969.e10. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.11.013

Pirrotta V. (2023). Book: Chromatin and Epigenetics: An Introduction to Epigenetic Mechanisms. World Scientific.

Pirrotta, V., Steller, H., & Bozzetti, M. P. (1985). Multiple upstream regulatory elements control the expression of the Drosophila white gene. The EMBO Journal, 4(13A), 3501-3508. https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1985.tb04109.x

Piunti, A., & Shilatifard, A. (2016). Epigenetic balance of gene expression by Polycomb and COMPASS families. Science (New York, N.Y.), 352(6290), aad9780. https://doi.org/10.1126/science.aad9780

Piunti, A., Smith, E. R., Morgan, M. A. J., Ugarenko, M., Khaltyan, N., Helmin, K. A., Ryan, C. A., Murray, D. C., Rickels, R. A., Yilmaz, B. D., Rendleman, E. J., Savas, J. N., Singer, B. D., Bulun, S. E., & Shilatifard, A. (2019). CATACOMB: An endogenous inducible gene that antagonizes H3K27

methylation activity of Polycomb repressive complex 2 via an H3K27M-like mechanism. Science Advances, 5(7). https://doi.org/10.1126/sciadv.aax2887

Port, F., Chen, H.-M., Lee, T., & Bullock, S. L. (2014). Optimized CRISPR/Cas tools for efficient germline and somatic genome engineering in Drosophila.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 111(29), E2967-76. https://doi.org/10.1073/pnas.1405500111

Poux, S., Melfi, R., & Pirrotta, V. (2001). Establishment of Polycomb silencing requires a transient interaction between PC and ESC. Genes & Development, 15(19), 2509-2514. https://doi.org/10.1101/gad.208901

Putlyaev, E. V, Ibragimov, A. N., Lebedeva, L. A., Georgiev, P. G., & Shidlovskii, Y. V. (2018). Structure and Functions of the Mediator Complex. Biochemistry. Biokhimiia, 83(4), 423-436. https://doi.org/10.1134/S0006297918040132

Qi, W., Chan, H., Teng, L., Li, L., Chuai, S., Zhang, R., Zeng, J., Li, M., Fan, H., Lin, Y., Gu, J., Ardayfio, O., Zhang, J.-H., Yan, X., Fang, J., Mi, Y., Zhang, M., Zhou, T., Feng, G., ... Li, E. (2012). Selective inhibition of Ezh2 by a small molecule inhibitor blocks tumor cells proliferation. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109(52), 21360-21365. https://doi.org/10.1073/pnas. 1210371110

Qi, W., Zhao, K., Gu, J., Huang, Y., Wang, Y., Zhang, H., Zhang, M., Zhang, J., Yu, Z., Li, L., Teng, L., Chuai, S., Zhang, C., Zhao, M., Chan, H., Chen, Z., Fang, D., Fei, Q., Feng, L., . Li, E. (2017). An allosteric PRC2 inhibitor targeting the H3K27me3 binding pocket of EED. Nature Chemical Biology, 13(4), 381-388. https://doi.org/10.1038/nchembio.2304

Raaphorst, F. M. (2005). Of Mice, Flies, and Man: The Emerging Role of Polycomb-Group Genes in Human Malignant Lymphomas. International Journal of Hematology, 81(4), 281-287. https://doi.org/10.1532/IJH97.05023

Ragazzini, R., Pérez-Palacios, R., Baymaz, I. H., Diop, S., Ancelin, K., Zielinski, D., Michaud, A., Givelet, M., Borsos, M., Aflaki, S., Legoix, P., Jansen, P. W. T. C., Servant, N., Torres-Padilla, M.-E., Bourc'his, D., Fouchet, P., Vermeulen, M., & Margueron, R. (2019). EZHIP constrains Polycomb Repressive Complex 2 activity in germ cells. Nature Communications, 10(1), 3858. https://doi.org/10.1038/s41467-019-11800-x

Ray, P., De, S., Mitra, A., Bezstarosti, K., Demmers, J. A. A., Pfeifer, K., & Kassis, J. A. (2016). Combgap contributes to recruitment of Polycomb group proteins in Drosophila. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 113(14), 3826-3831. https://doi.org/10.1073/pnas.1520926113

Razin, S. V, & Gavrilov, A. A. (2018). Structural-Functional Domains of the Eukaryotic Genome. Biochemistry. Biokhimiia, 83(4), 302-312. https://doi.org/10.1134/S0006297918040028

Razin, S. V, & Ulianov, S. V. (2017). Gene functioning and storage within a folded genome. Cellular & Molecular Biology Letters, 22, 18. https://doi.org/10.1186/s11658-017-0050-4

Reddy, A., Zhang, J., Davis, N. S., Moffitt, A. B., Love, C. L., Waldrop, A., Leppa, S., Pasanen, A., Meriranta, L., Karjalainen-Lindsberg, M.-L., N0rgaard, P., Pedersen, M., Gang, A. O., H0gdall, E., Heavican, T. B., Lone, W., Iqbal, J., Qin, Q., Li, G., ... Dave, S. S. (2017). Genetic and Functional Drivers of Diffuse Large B Cell Lymphoma. Cell, 171(2), 481-494.e15. https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.027

Rickels, R., Hu, D., Collings, C. K., Woodfin, A. R., Piunti, A., Mohan, M., Herz, H.-M., Kvon, E., & Shilatifard, A. (2016). An Evolutionary Conserved Epigenetic Mark of Polycomb Response Elements Implemented by Trx/MLL/COMPASS. Molecular Cell, 63(2), 318-328. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2016.06.018

Ringrose, L., & Paro, R. (2007). Polycomb/Trithorax response elements and epigenetic memory of cell identity. Development, 134(2), 223-232. https://doi.org/10.1242/dev.02723

Rinn, J. L., & Chang, H. Y. (2012). Genome Regulation by Long Noncoding RNAs. Annual Review of Biochemistry, 81(1), 145-166. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-051410-092902

Rothbart, S. B., & Baylin, S. B. (2020). Epigenetic Therapy for Epithelioid Sarcoma. Cell, 181(2), 211. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.03.042

Rubin, G. M., & Spradling, A. C. (1982). Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors. Science (New York, N.Y.), 218(4570), 348353. https://doi.org/10.1126/science.6289436

Ryan, R. J. H., Nitta, M., Borger, D., Zukerberg, L. R., Ferry, J. A., Harris, N. L., Iafrate, A. J., Bernstein, B. E., Sohani, A. R., & Le, L. P. (2011). EZH2 Codon 641 Mutations are Common in BCL2-Rearranged Germinal Center B Cell Lymphomas. PLoS ONE, 6(12), e28585. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028585

Samarasinghe, K. T. G., An, E., Genuth, M. A., Chu, L., Holley, S. A., & Crews, C. M. (2022). OligoTRAFTACs: A generalizable method for transcription factor degradation. RSC Chemical Biology, 3(9), 1144-1153. https://doi.org/10.1039/d2cb00138a

Samarasinghe, K. T. G., Jaime-Figueroa, S., Burgess, M., Nalawansha, D. A., Dai, K., Hu, Z., Bebenek, A., Holley, S. A., & Crews, C. M. (2021). Targeted degradation of transcription factors by TRAFTACs: TRAnscription Factor TArgeting Chimeras. Cell Chemical Biology, 28(5), 648-661.e5. https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2021.03.011

Saramaki, O. R., Tammela, T. L. J., Martikainen, P. M., Vessella, R. L., &

Visakorpi, T. (2006). The gene for polycomb group protein enhancer of zeste homolog 2 (EZH2) is amplified in late-stage prostate cancer. Genes, Chromosomes and Cancer, 45(7), 639-645. https://doi.org/10.1002/gcc.20327

Sarma, K., Margueron, R., Ivanov, A., Pirrotta, V., & Reinberg, D. (2008). Ezh2 requires PHF1 to efficiently catalyze H3 lysine 27 trimethylation in vivo. Molecular and Cellular Biology, 28(8), 2718-2731. https://doi.org/10.1128/MCB.02017-07

Sashida, G., Harada, H., Matsui, H., Oshima, M., Yui, M., Harada, Y., Tanaka, S., Mochizuki-Kashio, M., Wang, C., Saraya, A., Muto, T., Hayashi, Y., Suzuki, K., Nakajima, H., Inaba, T., Koseki, H., Huang, G., Kitamura, T., & Iwama, A. (2014). Ezh2 loss promotes development of myelodysplastic syndrome but attenuates its predisposition to leukaemic transformation. Nature Communications, 5(1), 4177. https://doi.org/10.1038/ncomms5177

Saurin, A. J., Shao, Z., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., & Kingston, R. E. (2001). A Drosophila Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins. Nature, 472(6847), 655-660. https://doi.org/10.1038/35088096

Schaaf, C. A., Misulovin, Z., Gause, M., Koenig, A., Gohara, D. W., Watson, A., & Dorsett, D. (2013). Cohesin and Polycomb Proteins Functionally Interact to

Control Transcription at Silenced and Active Genes. PLoS Genetics, 9(6), e1003560. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003560

Schalken, J. A., Bergh, A., Bono, A., Foster, C., Gospadarowicz, M., Isaacs, W. B., Rubin, M., Schröder, F., Tribukait, B., Tsukamotot, T., & Wiklund, P. (2005). Molecular prostate cancer pathology: Current issues and achievements. Scandinavian Journal of Urology and Nephrology, 39(sup216), 82-93. https://doi.org/10.1080/03008880510030950

Scheuermann, J. C., de Ayala Alonso, A. G., Oktaba, K., Ly-Hartig, N., McGinty, R. K., Fraterman, S., Wilm, M., Muir, T. W., & Müller, J. (2010). Histone H2A deubiquitinase activity of the Polycomb repressive complex PR-DUB. Nature, 465(7295), 243-247. https://doi.org/10.1038/nature08966

Schmitges, F. W., Prusty, A. B., Faty, M., Stützer, A., Lingaraju, G. M., Aiwazian, J., Sack, R., Hess, D., Li, L., Zhou, S., Bunker, R. D., Wirth, U., Bouwmeester, T., Bauer, A., Ly-Hartig, N., Zhao, K., Chan, H., Gu, J., Gut, H., . Thomä, N. H. (2011). Histone Methylation by PRC2 Is Inhibited by Active Chromatin Marks. Molecular Cell, 42(3), 330-341. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2011.03.025

Schuettengruber, B., Oded Elkayam, N., Sexton, T., Entrevan, M., Stern, S., Thomas, A., Yaffe, E., Parrinello, H., Tanay, A., & Cavalli, G. (2014). Cooperativity, specificity, and evolutionary stability of Polycomb targeting in Drosophila. Cell reports, 9(1), 219-233. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.08.072