Конструирование B-клеточных иммуногенов против ВИЧ-1 и изучение их способности индуцировать нейтрализующие антитела тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Щербакова, Надежда Сергеевна

• Щербакова, Надежда Сергеевна
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Щербакова, Надежда Сергеевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

1. СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

2. ВВЕДЕНИЕ

3. Обзор литературы

3.1. Вирус иммунодефицита человека первого типа

3.2. Феномен широкой нейтрализации

3.2.1. Регион связывания с CD4

3.2.2. MPER регион §р41

3.2.3. Вершина тримера gp120

3.2.4. Регион петли V3

3.2.5. Стык gp120/gp41

3.3. Разработка вакцин, индуцирующих широконейтрализующие антитела

3.3.1. Первые иммуногены и гуморальный иммунный ответ

3.3.2. В-клеточные иммуногены, вызывающие наработку широконейтрализующих антител

3.3.2.1. Пептидные иммуногены

3.3.2.2. Иммуногены-скафолды

3.3.2.3. Доменные иммуногены

3.3.2.4. Иммуногены на основе кора gp120

3.3.2.5. Мономерный gp 120

3.3.2.6. Ненативные е^-тримеры

3.3.2.7. Нативно-подобные тримеры Биу

3.3.2.8. Искуственные полиэпитопные иммуногены

3.4. Феномен псевдотипирования и системы оценки вируснейтрализации

3.4.1. Феномен псевдотипирования

3.4.2. Лентивирусные системы

3.4.3. Клетки, используемые для анализа нейтрализующей активности

3.4.4. Панели епу-псевдовирусов как доминирующая система оценки гуморального анти-ВИЧ ответа

4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

4.1. Материалы

4.2. Методы

5. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

5.1. Получение и характеристика полиэпитопных ВИЧ-иммуногенов, несущих имитаторы эпитопов нейтрализующих антител широкого спектра действия

5.1.1. Рекомбинантные белки, несущие пептид-имитатор эпитопа, узнаваемого антителом 2Б5

5.1.2. Рекомбинантные белки, несущие пептид-имитатор эпитопа, узнаваемого антителом 2012

5.2. Конструирование и характеристика панели епу-псевдотипированных вирусов ВИЧ-1

5.2.1. Конструирование плазмиды pcDNA3Л-еnv

5.2.2. Получение епу-псевдовирусов

5.2.3. Определение субтипа генов епу, использованных при получении псевдовирусов

5.2.4. Определение тропизма псевдовирусов для их характеристики

5.2.6. Определение оптимальной концентрации клеток для инфицирования псевдовирусами

5.2.7. Определение оптимальной концентрации псевдовирусов для инфицирования

5.2.8. Определение оптимальной вносимой концентрации БЕЛЕ-декстрана для

усиления сигнала люминисценции

5.2.9. Характеристика псевдовирусов при помощи МКА

5.3. Оценка вируснейтрализующей активности иммуногенов, несущих пептиды-имитаторы широконейтрализующих антител

6. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

7. ВЫВОДЫ

8. Благодарности

9. СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

bNabs - broadly neutralizing antibodies (широконейтрализующие антитела)

CAVD - The Collaboration for AIDS Vaccine Discovery (Сотрудничество по разработке

вакцины против СПИДа)

CAVIMC - The Comprehensive Antibody Vaccine Immune Monitoring Consortium (Ассоциация всестороннего мониторинга антительного вакцинного иммунитета) CD4bs - CD4 binding site (CD4 связывающий сайт)

CRF - circulating recombinant form (циркулирующая рекомбинантная форма)

GCLP - good clinical laboratory practice (надлежащая клиническая лабораторная

практика)

GLP - good laboratory practice (надлежащая лабораторная практика)

GMP - good manufactured practice (надлежащая производственная практика)

IRF - intrasubtype recombinant forms (внутрисубтипная рекомбинантная форма)

LTNP - long-term non-progressors (ВИЧ-инфицированные у которых на протяжении

лет не наблюдается снижение CD4+ клеток) LTR - long terminal repeats (длинные концевые повторы)

MPER - membrane-proximal external region (мембрано-проксимальный внешний регион) NIH - National Institute of Health (национальный институт здоровья) PBMC - peripheral blood mononuclear cell (мононуклеарные клетки периферической крови)

TBI - T and B cell epitopes contaning immunogen

(иммуноген, содержащий Т- и В-клеточные эпитопы) SGA - single genome amplification (амплификация одного генома) TCID50 - 50% тканеинфицирующая доза

URF - unique recombinant forms (уникальная рекомбинантная форма)

АЗКЦ - антителзависимая клеточная цитотоксичность

а.о. - аминокислотный остаток

ВИЧ-1 - вирус иммунодефицита человека 1 типа

ВИО - вирус иммунодефицита обезьян

ВИОЧ - вирус иммунодефицита обезьян/человека

ВЛП - вирус лейкоза птиц

ВСР - вирус саркомы Рауса

ВЭБ - вирус Эпштейна-Барр

ГФТ - гуанин-фосфорибозил трансфераза

ИПТГ - Изопропил-Р-Б-1-тиогалактопиранозид

ИФА - иммуноферментный анализ

кДа - килодальтон

ЛЕ - люминесцентные единицы

МКА - моноклональное антитело

н.д. - нет данных

ОТ - обратная транскрипция

ПААГ - полиакриаламидный гель

ПИН - потребитель инъекционных наркотиков

ПЦР - полимеразная цепная реакция

СПИД - синдром приобретенного иммунодефицита

ФБС - фетальная бычья сыворотка

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Конструирование B-клеточных иммуногенов против ВИЧ-1 и изучение их способности индуцировать нейтрализующие антитела»

2. ВВЕДЕНИЕ

В настоящее время в мире зарегистрировано более 36 миллионов ВИЧ-инфицированных [1]. В России число людей с ВИЧ-инфекцией каждый год существенно увеличивается и только по официальной статистике составляет более 1 млн [2]. Высокая опасность, которую несет ВИЧ, требует разработки новых способов профилактики и лечения этой инфекции. Современная высокоактивная антиретровирусная терапия позволяет увеличить продолжительность жизни, но не обеспечивает элиминацию патогена из организма ВИЧ-инфицированного. Поэтому создание вакцины, способной предотвратить заражение этим вирусом, является крайне необходимой мерой для остановки пандемии СПИДа [3, 4].

Основная трудность в разработке вакцины против ВИЧ заключается в необычной биологии патогена: вирус размножается в клетках иммунной системы хозяина, постепенно разрушая ее; он чрезвычайно изменчив и существует в инфицированном организме в виде «квазивида» - набора вирусных вариантов, отличающихся друг от друга, что приводит к постоянному «ускользанию» вируса из-под давления иммунной системы [5, 6].

Сравнительно недавно из сывороток ВИЧ-инфицированных были выделены антитела с поразительными вируснейтрализующими характеристиками, в том числе 2Б5 и 2012. Некоторые из них способны нейтрализовать более 90% всех известных штаммов ВИЧ-1 [7 - 10]. Все известные антитела, обладающие нейтрализующей активностью в отношении множества различных изолятов вируса иммунодефицита, обеспечивают определенный уровень защиты от заражения на доступных моделях приматов [11 - 13]. Возможность включения в состав рекомбинантной вакцины эпитопов, которые бы вызывали наработку подобных антител, выглядит весьма заманчиво. Считается, что создание иммуногена, способного индуцировать спектр таких антител, может обеспечить достаточную защиту против ВИЧ-1 [14, 15].

Однако на практике реализовать такую идею не так просто, поскольку большинство эпитопов, узнаваемых широконейтрализующими антителами, являются конформационными, структуру которых весьма сложно воспроизвести в составе искусственных иммуногенов. Решением проблемы может быть получение рекомбинантных молекул, которые содержат в своем составе имитаторы таких эпитопов в виде линейных аминокислотных последовательностей. Получить такие имитаторы

можно с помощью фаговых пептидных библиотек, путем проведения процедуры аффинной селекции с широконейтрализующими моноклональными антителами.

Весьма важной и необходимой процедурой на всех этапах разработки вакцины против ВИЧ является анализ вируснейтрализующей активности сывороток животных и человека после проведения иммунизации. На сегодняшний день одним из самых популярных методов анализа нейтрализующей активности антител, оценки антиретровирусной активности препаратов является технология псевдовирусов ВИЧ-1 [16]. Этот метод позволяет работать с вирусными частицами из множества вирусных субтипов, обеспечивать высокий уровень воспроизводимости и производительности, применять простые и безопасные реагенты.

В настоящее время существуют панели псевдовирусов разных субтипов: A, В, C, G, CRF01_AE, CRF07_BC (например, референс-панель env-клонов ВИЧ-1 различных субтипов, входящих в список NIH AIDS Reagent Program). Однако ни в одну существующую панель не входят env-псевдовирусы, полученные из изолятов, циркулирующих на территории Сибирского Федерального округа.

Несомненно, что при разработке национальной вакцины для тестирования ее специфической активности необходимо использовать псевдовирусы, как из международной панели, так и на основе циркулирующих на территории России субтипов ВИЧ-1.

Целью данной работы было конструирование полиэпитопных иммуногенов, содержащих пептиды-имитаторы эпитопов, узнаваемых МКА 2F5 и 2G12, и изучение их способности индуцировать наработку нейтрализующих антител.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

• получить иммуногены, содержащие пептиды-имитаторы эпитопов ВИЧ-1, узнаваемых МКА 2F5 и 2G12;

• иммунизировать лабораторных животных полученными конструкциями;

• создать панель env-псевдовирусов;

• изучить нейтрализующую активность сывороток крови иммунизированных животных с использованием env-псевдовирусов.

Научная новизна и практическая ценность работы

В ходе исследования были получены иммуногены, несущие в своем составе пептиды-имитаторы 2F5- и 2G12-эпитопов.

Впервые получена коллекция env-псевдовирусов субтипов, распространенных на территории Западной Сибири.

Депонировано в международной базе данных GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) 3 полных генома ВИЧ-1 (KJ197200.1-KJ197202.1), 22 фрагмента области генов pol и gag ВИЧ-1 (KJ197203.1-KJ197224.1), 15 фрагментов гена env ВИЧ-1 (KJ197185.1-KJ197199.1).

Основные положения, выносимые на защиту

1. Искусственный белок TBI способен служить в качестве каркаса для экспонирования пептидов-имитаторов эпитопов ВИЧ-1.

2. Пептиды-имитаторы, в составе белка-носителя, способны вызывать наработку нейтрализующих антител. Сыворотки крови мышей, иммунизированных рекомбинантными белками с включенными в состав пептидами-имитаторами, обладают нейтрализующей активностью в отношении env-псевдовирусов ВИЧ-1.

3. В состав полученной панели псевдовирусов, сконструированной на основе изолятов ВИЧ-1, циркулировавших на территории Сибирского Федерального округа в 2015 -2016 гг., входят 17 env-псевдовирусов, 15 из них относятся к рекомбинантной форме CRF63_02A1, а два - к субтипу А1. Созданную коллекцию env-пседовирусов субтипов ВИЧ-1, распространенных в Сибирском Федеральном округе, можно использовать для проверки нейтрализующей активности иммуногенов против ВИЧ-1.

Апробация работы и публикации

Материалы работы были представлены на всероссийских и международных конференциях, в том числе: 5-я Конференция по патогенности, лечению и профилактики ВИЧ (г. Кейптаун, ЮАР, 2009 г); 9-я Конференция по вакцинам против СПИДа (г. Париж, Франция, 2009 г); XVIII Международная конференция по СПИДу (г. Вена, Австрия, 2010 г); 3-я и 5-я Международная Конференция по ВИЧ/СПИДу в Восточной Европе и Центральной Азии (г. Москва, Россия, 2010 г и 2016 г); II Международная

конференция молодых ученых: биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов (п. Кольцово, Россия, 2015 г), по итогам которых опубликован 21 тезис.

По результатам работы опубликовано девять статей, из них пять - в журналах из списка ВАК Минобрнауки России.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка цитируемой литературы. Работа изложена на 150 страницах, включает 34 рисунка, 11 таблиц. Список литературы включает 308 источников.

Личный вклад автора

Большинство экспериментов и анализ полученных данных выполнены лично автором. Конструирование иммуногена TBI-2G12 выполнено совместно с Чикаевым А.Н. Электронные микрофотографии псевдовирусных частиц выполнены Зайцевым Б.Н., Тарановым О.С., отдел микроскопических исследований ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор». Секвенирование ДНК выполнено Бондарем А.А., ЦКП «Геномика» ИХБФМ СО РАН. Масс-спектрометрический анализ подготовленных образцов белков выполнен Дужак Т.Г., Институт цитологии и генетики СО РАН. Оценка вируснейтрализующей активности сывороток иммунизированных животных с использованием впу-псевдовирусов ВИЧ-1 субтипа В проводилась Шаламовой Л.А., отдел зоонозных инфекций и гриппа ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор». Молекулярный докинг пептида-имитатора 2F5 эпитопа с МКА 2F5 проводился Бакулиной А.Ю., теоретический отдел ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор». Забор образцов крови от ВИЧ-инфицированных пациентов проводились сотрудниками региональных СПИД-центров.

3. Обзор литературы 3.1. Вирус иммунодефицита человека первого типа

Вирус иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) относится к группе лентивирусов семейства ретровирусы (Retroviridae). Для ВИЧ-1, как и для всех лентивирусов, характерно наличие обратной транскриптазы, которая нужна для получения ДНК-копии вирусной РНК, интегрирующиеся в дальнейшем в геном клетки хозяина.

Генетический материал ВИЧ-1 состоит из двух идентичных цепей РНК, кодирующих структурные гены gag, pol и env, а также дополнительные гены tat, rev, nef, vif, vpr и vpu. Ген gag кодирует структурные белки p17 и p24, ген pol кодирует вирусные ферменты (обратную транскриптазу, интегразу и протеазу) и ген env кодирует белок gp160 [17].

Зрелые инфекционные вирионы имеют конусообразный белковый капсид, внутри которого располагаются две копии РНК-генома ВИЧ-1, ферменты репликации, тРНК и некоторые клеточные белки. Капсид окружен липидной оболочкой, на поверхности которой расположены вирусные шипы (тримеры) и клеточные белки, включающиеся в состав вириона при его отпочковывании от мембраны клетки-хозяина (MHC II, ICAM-1) [18].

Центральное значение в прикреплении вируса к клетке имеют вирусные белки Env. Кристаллографический анализ показал, что на поверхности вируса оболочечный гликопротеин gp120 и трансмембранный гликопротеин gp41 представлен в виде тримера. У дикого типа ВИЧ-1 на поверхности располагается 8-10 тримеров на вирион [19]. Env синтезируется в виде предшественника-гликопротеина gp160, который разрезается на трансмембранную субъединицу gp41, обеспечивающую тримерную организацию Env в вирусной мембране, и связанную с ней поверхностную субъединицу gp120. Основным рецептором для gp120 на мембране клеток-хозяев являются молекулы CD4; корецепторами для gp120 выступают рецепторы хемокинов CCR5 и CXCR4 [20]. Жизненный цикл ВИЧ-1 представлен на рисунке 3.1.

Рис. 3.1. Жизненный цикл ВИЧ-1 (взято из http://viralzone.expasy.org/).

Процесс слияния вирусной и клеточной мембран лимфоцитов состоит из следующих стадий:

1. Адсорбция вируса на клеточной поверхности, опосредованная связыванием gp120 с CD4.

2. Стадия пре-шпильки. Gp120 взаимодействует с корецепторами CCR5 или CXCR4, что сопровождается конформационными перестройками gp120 и gp41 и приводит к сближению мембран вируса и клетки-хозяина.

3. Стадия шпильки, или слияния. Указанные структурные изменения белков запускают высвобождение К-концевого гидрофобного пептида слияния gp41 и его встраивание в плазмалемму, в результате чего липиды вирусной мембраны начинают погружаться в клеточную мембрану.

4. Стадия после слияния. Конечной стадией сближения вируса и клетки является слияние их мембран, и переход генома и белков вируса в цитозоль [20].

Одной из характерных особенностей ВИЧ является его чрезвычайная изменчивость. На сегодняшний день штаммы ВИЧ-1 объединяют в четыре группы: М (major), О (outlier), N (nomajor/nonoutlier) [21] и P [22]. Группа М самая многочисленная и включает в себя большинство циркулирующих штаммов ВИЧ-1. Она делится на субтипы, обозначаемые буквами, и под-субтипы, обозначаемые цифрами: A1, A2, A3, A4, B, C, D, F1, F2, G, H, J и К [21]. Субтипы ВИЧ-1, или клады, - это филогенетически связанные штаммы ВИЧ-1, располагающиеся примерно на одной дистанции друг от друга. Генетическая вариабельность вируса внутри субтипа колеблется от 15 до 20 %, в то время как между субтипами - 25-35 %. Если учесть, что кроме субтипов и под-субтипов, существуют еще и внутрисубтипные рекомбинантные формы (IRF), циркулирующие рекомбинантные формы (CRF), уникальные рекомбинантные формы (URF) и географически отдаленные линии, становится понятно, что генотип ВИЧ-1 весьма и весьма изменчив.

Кроме этого, в инфицированном организме ВИЧ существует в виде «квазивидов» - наборах вирусных вариантов, сильно отличающихся друг от друга, что происходит в результате ошибок обратной транскриптазы, давления со стороны иммунной системы на вирус. Так, Корбер Б. (Korber B.) [23] показал, что разнообразие ВИЧ-1 внутри одного организма сопоставима с глобальным разнообразием вируса гриппа А. Такая генетическая вариабельность ВИЧ-1 - основная проблема, с которой сталкиваются исследователи при создании вакцины против ВИЧ-1.

3.2. Феномен широкой нейтрализации

Феномен широконейтрализующих антител (bNAb) в последнее время обсуждается достаточно активно. В настоящий момент получены широконейтрализующие антитела против вируса денге [24], вируса гриппа [25], альфавирусов [26], вируса гепатита С [27], парамиксовирусов [28], вируса Эбола [29]. Однако именно исследования в области гуморального иммунного ответа против ВИЧ-1 стали той областью, в которой впервые этот феномен был описан. Широконейтрализующие антитела - это антитела, способные нейтрализовать широкий спектр штаммов родственных вирусов. Родственных, потому что сама возможность

нейтрализовать ряд гетерологичных штаммов одного вида и даже нескольких видов требует определенного консерватизма отдельных регионов, выступающих мишенью этих антител. Для ВИЧ-1 это условие выполняется, несмотря на беспрецедентный полиморфизм аминокислотного состава. На поверхности гликопротеина этого вируса есть регионы, изменчивость которых ограничена жизненно важными этапами вирусного цикла, такими как взаимодействие с рецептором (CD4), корецептором (CCR5, CXR4) и слияние клеточной и вирусной мембран.

Моноклональные антитела, способные нейтрализовать широкий спектр первичных изолятов ВИЧ-1, были впервые получены в 1992 г [30, 31]. Однако это открытие было воспринято скептически, потому что даже в случае LTNP (Long-term non-progressors - ВИЧ-1-положительные люди, у которых наблюдается стабильный уровень CD4+ Т-клеток (>500-600) без использования антиретровирусной терапии и без развития симптомов СПИД в течении долгого времени (>7-10 лет) результаты исследования свидетельствовали о неспособности гуморального иммунитета обеспечивать защиту от развития СПИД. Д. Монтефиори (D. Montefiori) с соавторами исследовал сыворотки, полученные от 19 LTNP из Сан-Франциско. Эти сыворотки имели более высокий средний титр антител против штаммов ВИЧ-1 IIIb и MN и более эффективно нейтрализовали первичные изоляты, полученные от прогрессоров. Однако широта нейтрализации оказалась невысокой. Из восьми первичных изолятов ВИЧ-1, полученных от прогрессоров и использованных в анализе, антитела из сывороток LTNP были способны нейтрализовать максимум пять [32]. Аналогичные результаты были получены в работах [33, 34]. Авторы обоих работ предположили, что в исследованных когортах долгожительство ассоциировано, скорее всего, не с гуморальным, а с клеточным иммунным ответом.

Однако дальнейшее изучение не только LTNP, но и самых разных групп ВИЧ-инфицированных, показали наличие антител, способных нейтрализовать не только лабораторно-адаптированные штаммы, которые в первые годы использовали для оценки нейтрализующей активности, но и существенный спектр первичных изолятов [35-46]. Считалось, что широконейтрализующие антитела возникают в среднем у 30% ВИЧ-инфицированных, являющихся носителями вируса не менее года [44, 47, 48]. В то же время сыворотки крови 1 % носителей ВИЧ-1 обладают экстраординарной способностью нейтрализовать широкий спектр первичных изолятов ВИЧ-1 [49]. В ряде

последних работ было показано, что появление bNabs можно обнаружить у значительно большей части ВИЧ-инфицированных (до 50 %) [50, 51]. В то же время появляется все больше свидетельств того, что успешное развитие bNabs связано не только и не столько с особенностями организма инфицированных, но и патогена (субтип, рекомбинантная форма, и т.д.) [52-54].

Несмотря на обнаружение сывороток, способных нейтрализовать широкий спектр первичных изолятов, не было единого мнения о роли подобных антител в организме ВИЧ-инфицированных. Однако ряд исследований когорт LTNP показал, что наличие нейтрализующих антител как минимум не приводит к усилению инфекции [41, 55], хотя при этом появление этих антител в конечном счете не спасает от развития СПИДа. Одна из причин этого в том, что bNabs появляются в организме ВИЧ-инфицированных в среднем через 2,5 года после начала инфекции, в редких случаях через год [56]. Урон, который наносит вирус за это время организму, слишком велик, поэтому появление этих антител не может остановить развитие иммунодефицита [57].

Некоторое время оставался открытым вопрос о том, что определяет нейтрализующую активность сывороток: большое количество антител к большому числу эпитопов вируса, или набор антител к ограниченному количеству эпитопов на поверхности ВИЧ-1. Недавние исследования заполнили этот пробел: было найдено несколько участков на поверхности Envelope, с которыми связываются bNabs, эти участки называют точками (регионами) уязвимости (рисунок 3.2.) [45, 47, 48, 58]. Как правило, нейтрализующая активность индивидуальной сыворотки определяется антителами к нескольким или даже одному региону уязвимости [59, 60]. Знания о свойствах bNabs и регионах ВИЧ-1, с которыми они взаимодействуют, является базисом для создания эффективных иммуногенов против ВИЧ-1.

10ES

45-46g;jw 12А12 # A A VRC01 • • аСНЗ° PG16 ™ 4 Е10 •

PGDM1400 •

PGT1S1 PGT12: • 10-107 А 8ANC195

4 • 2FS

— » CAP2S6

W LflUi ф Ы2 Z13 •

PGT135 • 2G12 •

OOOl 001 01 1 10 100

Рис. 3.2. Широта и сила нейтрализации bNabs к ВИЧ-1. По горизонтали - сила нейтрализации МКА, показано значение IC50 антитела, мкг/мл. По вертикали - широта нейтрализации, % нейтрализованных штаммов ВИЧ-1 антителом. Показаны bNabs к gp41 (синий), к CD4bs (зеленый), к вершине тримера gp120 (фиолетовый), к гликанам V3 петли (желтый), к стыку gp120/gp41 (красный).

3.2.1. Регион связывания с CD4

CD4bs (CD4 binding site - CD4 связывающий сайт) - регион молекулы gp120, отвечающий за взаимодействие с молекулой CD4. СD4 - рецептор на поверхности лимфоцитов, являющейся первичной мишенью для ВИЧ-1. Наличие на поверхности этого рецептора определяет первичный тропизм вируса. CD4bs представляется наиболее очевидной и привлекательной мишенью для антител, способных нейтрализовать гетерогенную в антигенном плане популяцию вируса. Это вытекает из консерватизма этого региона, в отличие от других участков gp120, которые подвержены повышенной изменчивости, CD4bs остается практически неизменным для сохранения способности взаимодействовать с высоко консервативным клеточным белком СD4. На протяжении нескольких лет высказывались предположения о том, что антитела к этому региону могут обеспечивать наблюдаемую широту нейтрализации сывороток ВИЧ-инфицированных [45, 58]. Довольно продолжительное время единственным полученным bNAb, взаимодействующим с этим регионом, было антитело b12 [61].

Антитело b12 - одно из первых полученных широконейтрализующих антител. Оно было выделено из антительной иммунной фаговой библиотеки, полученной на основе разнообразия вариабельных фрагментов ВИЧ-инфицированного. Сочетание

тяжелой и легкой цепей этого антитела было образовано случайным образом и поэтому в природе может и не встречаться [62, 63].

Спустя почти 20 лет, благодаря использованию новых подходов, практически в одно время двумя разными группами исследователей были получены антитела VRC01 [64] и HJ16 [65], связывающиеся с CD4bs. И если антитело HJ16 обладало характеристиками лишь немного превосходящими характеристики b12, то открытие VRC01 стало ключевым событием в исследовании bNabs. VRC01 примечательно тем, что обладает большой широтой нейтрализации, т.е. способно нейтрализовать огромное разнообразие первичных изолятов ВИЧ-1 (до 93 %), в то время как b12 только 35 % [66]. Кроме того, VRC01 обладает высокой силой нейтрализации, т.е. антитело нейтрализует вирусы в очень маленькой концентрации: на порядок меньшей, в сравнении с b12: IC50 (VRC01) = 0,1 мкг/мл, IC50 (b12) = 4,7 мкг/мл [66, 67].

VRC01 было получено благодаря специальной методике, направленной на отбор антител к определенному региону тримера [64]. Авторы разработали ряд рекомбинантных аналогов gp120 с измененным аминокислотным составом. Такие молекулы были названы стабилизированными молекулами на основе gp120 c измененной поверхностью или RSC (Resurfaced Stabilized Core). В отличие от нативной молекулы gp120, у молекул RSC часть поверхностных аминокислот заменены на аминокислоты из gp120 ВИО, неизменным оставался только район взаимодействия с CD4. По замыслу авторов, это должно обеспечить блокировку взаимодействия антител из сывороток больных с поверхностью gp120, за исключением области CD4bs. Кроме того, для проведения негативной селекции был получен вариант ARSC3, с единичной делецией аминокислоты в позиции 371, которая приводит к нарушению структуры CD4bs. С использованием RSC3 и ARSC3 авторами были выявлены сыворотки ВИЧ-положительных пациентов, содержащие антитела к CD4bs. При помощи клеточного сортера были отобраны В-лимфоциты, специфичные только к CD4bs. Далее с использованием ОТ-ПЦР одиночных клеток [68] были получены последовательности кДНК, кодирующие легкие и тяжелые цепи антител индивидуальных B-лимфоцитов, которые затем клонировали в составе специальных векторов экспрессии [69].

Этот подход позволил получить три bNabs (VRC01, VRC02 и VRC03), связывающихся с CD4bs. Антитела VRC01-3 оказались соматическими вариантами, близкими по своим характеристикам. Широта нейтрализации уменьшалась в ряду

VRC01 > VRC02 > VRC03 [69]. Изучение антитела VRC01 показало, что оно имеет особенности: в первую очередь, высокий уровень соматических мутаций. Как правило, количество соматических мутаций для антитела составляет 5-20 %, для VRC01 этот показатель достигает 40 %. Обращает на себя внимание удивительное сходство структуры вариабельного домена антитела и структуры CD4-рецептора Т-хелперов. Исследования показали, что взаимодействие вариабельного домена VRC01 частично имитирует аналогичное взаимодействие рецептора CD4 с CD4bs, при этом взаимодействие антитела стерически более точно [7, 70]. Несмотря на схожесть структуры, характер взаимодействия VRC01 с gp120 иной. При взаимодействии молекулы CD4 с поверхностью Env запускается ряд структурных изменений, приводящих в конечном счете к слиянию вирусной и клеточной мембран, в то время как взаимодействие VRC01 с Env таких изменений не вызывает. Антитело закрепляет промежуточную конформацию тримера, препятствующую проникновению вируса в клетку [71].

Вслед за выделением VRC01 последовали работы, в которых с использованием аналогичного подхода был выделен еще ряд CD4bs-связывающих антител: PGV04, СН30-34 [72], 3BNC117, 3BNC60, 3BNC55, 12Л21, 12Л12, 8ЛЖ:131, 8ANC134, МН45-46, 1NC9, 1В2530 [73], 179NC75 [74], DRVIЛ7 [75].

Получение такого разнообразия антител позволило не только изучить особенности bNabs, взаимодействующих с CD4bs, но и понять детали взаимодействия и его механизмы [3]. Например, некоторые из этих антител при связывании с мономером gp120 способны вызывать конформационные изменения, подобные тем, которые вызывает CD4 рецептор, в то время как другие такой способностью не обладают [76]. Некоторые из антител, например Ь12, взаимодействуют с релаксированной формой Е^, в то время как большинство других - с «закрытой» формой [3]. Еще одна интересная особенность CD4bs как участка связывания антител - это то, что этот регион допускает лишь определенные углы взаимодействия Fab-фрагментов антител [3]. Кроме того, антитела, связывающиеся с CD4bs, несмотря на структурную близость, могут быть продуктом различных генов. Это позволяет выделять подклассы среди VRC01-подобных антител [77].

3.2.2. MPER регион gp41

Второй по очевидности точкой уязвимости ВИЧ-1 является регион MPER (membrane-proximal external region). Этот регион, как и регион CD4bs, долгое время рассматривался как перспективная мишень для широконейтрализующих антител. Как и CD4bs, MPER регион gp41 обладает высокой степенью консерватизма. Известно, что мутации в этом регионе влияют на жизнеспособность ВИЧ-1 [78]. Это связано с тем, что MPER является ключевым элементом в процессе слияния вирусной мембраны и мембраны клетки. Реализация этой функции требует сохранения постоянства аминокислотного состава. Действительно, bNabs, связывающиеся с этим регионом, как и b12, были найдены одними из первых [79, 80]. Однако исследования групп ВИЧ-инфицированных, чьи сыворотки обладали способностью нейтрализовать широкий спектр первичных изолятов ВИЧ-1, показали, что bNabs, связывающиеся с этим регионом, явление редкое. Более того, было показано, что антитела 2F5, 4E10 и Z13, связывающиеся с этим регионом, обладают полиреактивностью [81] (рисунок 3.3.).

gp41 MPER 656NEQELLELDKWASLWNWFDITNWLWYIK683

2F5 656NEQELLELDKWASLW670

10E8 668SLWNWFDITNWLWYIK683

4E10 671NWFDITNWLWYIK683

Z13 670WNWFDITNW678

Рис. 3.3. Аминокислотная последовательность мембранно-проксимального внешнего региона и эпитопов, с которыми связываются широконейтрализующих антител. Красным выделены аминокислотные остатки, критичные для связывания с bNabs.

Исследования показали, что полиреактивность обусловлена взаимодействием антител с липидной мембраной [81-83]. В то же время в 2012 г было открыто антитело 10Е8 (таблица 3.1), связывающееся с этим регионом и способное нейтрализовать чрезвычайно большой спектр первичных изолятов ВИЧ-1 (до 99 %), при этом не обладающее полиреактивностью [8, 84]. 10Е8 обладает меньшей растворимостью, по сравнению с другими антителами. Однако был получен ряд соматических вариантов 10Е8 с повышенной растворимостью без потери функциональных свойств [85].

Антитело 10Е8 представляет особый интерес. Получение этого антитела и последующие работы позволили поколебать ряд мифов о широконейтрализующих антителах. Во-первых, получение 10Е8 опровергло доминирующую точку зрения,

согласно которой MPER регион не может быть мишенью эффективных нейтрализующих антител. Во-вторых, изучение ряда предшественников антитела 10Е8 показало, что для достижения высокой силы и широты нейтрализации не всегда требуется накопление большого числа соматических мутаций, и, как следствие, созревание подобных антител не требует длительного времени [86, 87].

3.2.3. Вершина тримера gp120

Ранние попытки получения широконейтрализующих антител опирались на рекомбинантные аналоги gp120, gp41, или gp140. Эти рекомбинантные белки использовали для выявления и изучения антител в сыворотках ВИЧ-инфицированных людей. Очевидно, что использование мономерных вариантов, полученных в прокариотической системе, не позволяет отразить все многообразие эпитопов нативного Е^. Ситуация изменилась, когда для изучения антител начали использовать генно-инженерные варианты тримера gp120-gp41, полученные в клетках млекопитающих [3]. Одна из первых групп bNabs, полученная благодаря этому подходу, антитела к вершине тримера, в частности антитела PG9 и PG16 [67]. Для получения этих антител была проведена сортировка В-лимфоцитов. Антитела из активированных В-клеток проверяли на способность нейтрализовать первичные изоляты ВИЧ-1 (JR-CSF и SF162) и связывать рекомбинантные аналоги gp120 и gp41. В результате были отобраны варианты антител, которые были способны нейтрализовать вирус, но не связывались с мономерами gp120 и gp41. Оказалось, что оба эти антитела являются соматическими вариантами. Тем не менее, их характеристики различаются, так PG9 нейтрализует 78 % псевдовирусов панели, в то время как PG16 - 73 %. Более того, при нейтрализации некоторых псевдовирусов, сила нейтрализации этими антителами отличается на два порядка. Это говорит о том, что эпитопы, с которыми взаимодействуют антитела PG9 и PG16, несколько различаются. Исследователи обратили внимание на необычно длинные CDRH3 петли этих антител, зачастую это указывает на полиреактивность антител, однако анализ полиреактивности показал ее отсутствие [67].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Щербакова, Надежда Сергеевна, 2017 год

9. СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Global AIDS Update 2016. UNAIDS, 2016.

2. Инфекционная заболеваемость в Российской Федерации за январь-апрель 2016 г [электорнный ресурс]. - Режим доступа: http://rospotrebnadzor.ru/activities/statistical-materials/statictic_details.php?ELEMENT_ID=6484.

3. Burton D.R., Hangartner L. Broadly Neutralizing Antibodies to HIV and Their Role in Vaccine Design // Annual Review of Immunology. - 2016. - Vol. 34. - N. 1. - P. 635659.

4. Rerks-Ngarm S., Pitisuttithum P., Nitayaphan S., Kaewkungwal J., Chiu J., Paris R., Premsri N., Namwat C., Souza M., Adams E., Benenson M., Gurunathan S., Tartaglia J., McNeil J., Francis D.P., Stablein D., Birx D.L., Chunsuttiwat S., Khamboonruang C., Thongcharoen P., Robb M.L., Michael N.L., Kunasol P., Kim J. Vaccination with ALVAC and AIDSVAX to prevent HIV-1 infection in Thailand // Tne New England Journal of Medicine. - 2009. - Vol. 361. - N. 23. - P. 2209-2220.

5. Johnson W.E., Desrosiers RC. Viral persistence: HIV's strategies of immune system evasion // Annual Review of Immunology. - 2002. - Vol. 53. - P. 499-518.

6. Boutwell C.L., Rolland M.M., Herbeck J.T., Mullins J.I., Allen T.M. Viral evolution and escape during acute HIV-1 infection // The Journal of Infectious Diseases. - 2010. - Vol. 202. - S309-14.

7. Zhou T., Georgiev I., Wu X., Yang Z.-Y., Dai K., Finzi A., Kwon Y., Scheid J., Shi W., Xu L., Yang Y., Zhu J., Nussenzweig M., Sodroski J., Shapiro L., Nabel G., Mascola J., Kwong P. Structural basis for broad and potent neutralization of HIV-1 by antibody VRC01 // Science. - 2010. - Vol. 329. - N. 5993. - P. 811-817.

8. Huang J., Ofek G., Laub L., Louder M.K., Doria-Rose N., Longo N.S., Imamichi H., Bailer R., Chakrabarti B., Sharma S., Alam S., Wang T., Yang Y., Zhang B., Migueles S., Wyatt R., Haynes B., Kwong P., Mascola J., Connors M. Broad and potent neutralization of HIV-1 by a gp41-specific human antibody // Nature. - 2012. - Vol. 491. - N. 7424. - P. 406-412.

9. Sok D., van Gils M.J., Pauthner M., Julien J.-P., Saye-Francisco K.L., Hsueh J., Briney B., Lee J., Le K., Lee P., Hua Y., Seaman M., Moore J., Ward A., Wilson I., Sanders R., Burton D. Recombinant HIV envelope trimer selects for quaternary-dependent antibodies targeting the trimer apex // Proceedings of the National Academy

of Sciences. - 2014. - Vol. 111. - N. 17624-17629.

10. Щербаков Д.Н., Бакулина А.Ю., Карпенко Л.И., Ильичев А.А. Антитела, нейтрализующие широкий спектр изолятов ВИЧ-1, - новая грань иммунной системы // Acta Naturae. - 2015. - Т. 4. - № 27. - С. 14-25.

11. Hessell A.J., Rakasz E.G., Tehrani D.M., Huber M., Weisgrau K.L., Landucci G., Forthal D., Koff W., Poignard P., Watkins D., Burton D. Broadly neutralizing monoclonal antibodies 2F5 and 4E10 directed against the human immunodeficiency virus type 1 gp41 membrane-proximal external region protect against mucosal challenge by simian-human immunodeficiency virus SHIVBa-L // Journal of Virology. - 2010. -Vol. 84. - N. 3. - P. 1302-1313.

12. Burton D.R., Hessell A.J., Keele B.F., Klasse P.J., Ketas T.A., Moldt B., Dunlopa D.C., Poignarda P., Doylef L.A., Cavacinig L., Veazeyf R.S., Moore J.P. Limited or no protection by weakly or nonneutralizing antibodies against vaginal SHIV challenge of macaques compared with a strongly neutralizing antibody // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2011. - Vol. 108. - N. 27. - P. 11181-11186.

13. Bolton D.L., Pegu A., Wang K., Mcginnis K., Nason M., Foulds K., Letukas V., Schmidt S., Chen X., Todd P., Lifson J., Rao S., Michael N., Robb M., Mascola J., Koup A. Human Immunodeficiency Virus Type 1 Monoclonal Antibodies Suppress Acute Simian-Human Immunodeficiency Virus Viremia and Limit Seeding of Cell-Associated Viral Reservoirs // Journal of Virology. - 2016. - Vol. 90. - N. 3. - P. 13211332.

14. Mascola J.R., Montefiori D.C. The Role of Antibodies in HIV Vaccines // Annual Review of Immunology. - 2010. - Vol. 28. - P. 413-444.

15. Fauci A. S., Marston H. D. Ending AIDS--is an HIV vaccine necessary? // The New England journal of medicine. - 2014. - Vol. 370. - N. 6. - P. 495.

16. Montefiori D.C. Measuring HIV Neutralization in a Luciferase Reporter Gene Assay / Vinayaka R. Prasad, Ganjam V. Kalpana. HIV Protocols. - NY: Humana Press, 2009. -P.395-405.

17. Ganser-Pornillos B.K., Yeager M., Sundquist W.I. The structural biology of HIV assembly // Current Opinion in Structural Biology. - 2008. - Vol. - 18. - N. 2. - P.203-217.

18. Sundquist W.I., Krausslich H.G. HIV-1 assembly, budding, and maturation // Cold

Spring Harbor Perspectives in Medicine. - 2012. - Vol. 2. - N. 7. - P. a006924.

19. Zhu P., Chertova E., Bess J., Lifson J.D., Arthur L.O., Liu J., Taylor K.A., Roux K.H.. Electron tomography analysis of envelope glycoprotein trimers on HIV and simian immunodeficiency virus virions // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2003. - Vol. 100. - N. 26. - P. 15812-15817.

20. Wilen C.B., Tilton J.C., Doms R.W.. HIV: Cell binding and entry // Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. - 2012. - Vol. 2. - N. 8. - P. a006866.

21. Taylor B.S., Sobieszczyk M.E., McCutchan F.E., Hammer S.M. The challenge of HIV-1 subtype diversity // The New England Journal of Medicine. - 2008. - Vol. 358. - N. 15. - P.1590-1602.

22. Plantier J.-C., Leoz M., Dickerson J.E., De Oliveira F., Cordonnier F., Leme V., Damond F., Robertson D.L., Simon F. A new human immunodeficiency virus derived from gorillas // Nature medicine. - 2009. - Vol. 15. - N. 8. - P. 871-872.

23. Korber B., Gaschen B., Yusim K., Thakallapally R., Kesmir C., Detours V.. Evolutionary and immunological implications of contemporary HIV-1 variation // British Medical Bulletin. - 2001. - Vol. 58. - P. 19-42.

24. Rouvinski A., Guardado-Calvo P., Barba-Spaeth G., Duquerroy S., Vaney M.-C., Kikuti C.M., Navarro Sanchez M.E., Dejnirattisai W., Wongwiwat W., Haouz A., Girard-Blanc C., Petres S., Shepard W.E., Despres P., Arenzana-Seisdedos F., Dussart P., Mongkolsapaya J., Screaton G.R., Rey F.A.. Recognition determinants of broadly neutralizing human antibodies against dengue viruses // Nature. - 2015. -Vol. 520. - N. 7545. - P. 109-113.

25. Pappas L., Foglierini M., Piccoli L., Kallewaard N.L., Turrini F., Silacci C., Fernandez-Rodriguez B., Agatic G., Giacchetto-Sasselli G., Pellicciotta G., Sallusto F., Zhu Q., Vicenzi E., Corti D., Lanzavecchia A. Rapid development of broadly influenza neutralizing antibodies through redundant mutations // Nature. - 2014. - Vol. 516. -N. 7531. - P. 418-422.

26. Fox J.M., Long F., Edeling M.A., Lin H., Van Duijl-Richter M.K.S., Fong R.H., Kahle K.M., Smit J.M., Jin J., Simmons G., Doranz B.J., Crowe J.E.. , Fremont D.H., Rossmann M.G., Diamond M.S. Broadly Neutralizing Alphavirus Antibodies Bind an Epitope on E2 and Inhibit Entry and Egress // Cell. - 2015. - Vol. 163. - N. 5. - P. 1095-1107.

27. Giang E., Dorner M., Prentoe J.C., Dreux M., Evans M.J., Bukh J., Rice C.M., Ploss A., Burton D.R., Law M. Human broadly neutralizing antibodies to the envelope glycoprotein complex of hepatitis C virus // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2012. - Vol. 109. - N. 16. -P. 6205-6210.

28. Corti D., Bianchi S., Vanzetta F., Minola A., Perez L., Agatic G., Guarino B., Silacci C., Marcandalli J., Marsland B.J., Piralla A., Percivalle E., Sallusto F., Baldanti F., Lanzavecchia A. Cross-neutralization of four paramyxoviruses by a human monoclonal antibody // Nature. - 2013. - Vol. 501. - N. 7467. - P. 439-443.

29. Flyak A.I., Shen X., Murin C.D., Turner H.L., David J.A., Fusco M.L., Lampley R., Kose N., Ilinykh P.A., Kuzmina N., Branchizio A., King H., Brown L., Bryan C., Davidson E., Doranz B.J., Slaughter J.C., Sapparapu G., Klages C., Ksiazek T.G., Saphire E.O., Ward A.B., Bukreyev A. Cross-Reactive and Potent Neutralizing Antibody Responses in Human Survivors of Natural Ebolavirus Infection // Cell. - 2016.

- Vol. 164. - N. 3. - P. 392-405.

30. Barbas C.F., Björling E., Chiodi F., Dunlop N., Cababa D., Jones T.M., Zebedee S.L., Persson M.A., Nara P.L., Norrby E. Recombinant human Fab fragments neutralize human type 1 immunodeficiency virus in vitro // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1992. - Vol. 89. - N. 19. - P. 9339-9343.

31. Buchacher A., Predl R., Strutzenberger K., Steinfellner W., Trkola A., Purtscher M., Gruber G., Tauer C., Steindl F., Jungbauer A., Katinger H. Generation of Human Monoclonal Antibodies against HIV-1 Proteins; Electrofusion and Epstein-Barr Virus Transformation for Peripheral Blood Lymphocyte Immortalization // AIDS Research and Human Retroviruses. - 1994. - Vol. 10. - N. 4. - P. 359-369.

32. Montefiori D.C., Pantaleo G., Fink L.M., Zhou J.T., Zhou J.Y., Bilska M., Miralles G.D., Fauci A.S. Neutralizing and infection-enhancing antibody responses to human immunodeficiency virus type 1 in long-term nonprogressors // The Journal of Infectious Diseases. - 1996. - Vol. 173. - N. 1. - P. 60-67.

33. Harrer T., Harrer E., Kalams S.A., Elbeik T., Staprans S.I., Feinberg M.B., Cao Y., Ho D.D., Yilma T., Caliendo A.M., Johnson R.P, Buchbinder S.P., Walker B.D. Strong cytotoxic T cell and weak neutralizing antibody responses in a subset of persons with stable nonprogressing HIV type 1 infection // AIDS Research and Human Retroviruses.

- 1996. - Vol. 12. - N. 7. - P. 585-592.

34. Harrer T., Harrer E., Kalams S.A., Barbosa P., Trocha A.K., Johnson R.P., Elbeik T., Feinberg M.B., Buchbinder S.P., Walker B.D. Cytotoxic T lymphocytes in asymptomatic long-term non-progressing HIV-1 infection: breadth and specificity of the response and relation to in vivo viral quasispecies in a person with prolonged infection and low viral load // The Journal of Immunology. - 1996. - Vol. 156. - P. 2616-2623.

35. Pantaleo G, Menzo S, Vaccarezza M, Graziosi C, Cohen OJ, Demarest JF, et al. Studies in subjects with long-term nonprogressive human immunodeficiency virus infection // The New England Journal of Medicine. - 1995. - Vol. 332. - N. 4. - P. 209-216.

36. Pilgrim A.K., Pantaleo G., Cohen O.J., Fink L.M., Zhou J.Y., Zhou J.T., Montefiori D., Orenstein J.M., Fox C., Schrager L.K., Margolick J.B., Buchbinder S., Giorgi J.V., Fauci A.S. Neutralizing antibody responses to human immunodeficiency virus type 1 in primary infection and long-term-nonprogressive infection // The Journal of Infectious Diseases. - 1997. - Vol. 176. - N. 4. - P. 924-932.

37. Zhang Y.J., Fracasso C., Fiore J.R., Bjorndal A., Angarano G., Gringeri A., Fenyö E.M. Augmented serum neutralizing activity against primary human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolates in two groups of HIV-1- infected long-term nonprogressors // The Journal of Infectious Diseases. - 1997. - Vol. 176. - N. 5. - P. 1180-1187.

38. Cecilia D., Kleeberger C., Muñoz A., Giorgi J.V., Zolla-Pazner S. A longitudinal study of neutralizing antibodies and disease progression in HIV-1-infected subjects // The Journal of Infectious Diseases. - 1999. -Vol. 179. - N. 6. - P. 1365-1374.

39. Carotenuto P., Looij D., Keldermans L., de Wolf F., Goudsmit J. Neutralizing antibodies are positively associated with CD4+ T-cell counts and T-cell function in long-term AIDS-free infection // AIDS. - 1998. - Vol. 12. - N. 13. - P. 1591-1600.

40. Geffin R., Hutto C., Andrew C., Scott G.B. A longitudinal assessment of autologous neutralizing antibodies in children perinatally infected with human immunodeficiency virus type 1 // Virology. - 2003. - Vol. 310. - N. 2. - P. 207-215.

41. Deeks S.G., Schweighardt B., Wrin T., Galovich J., Hoh R., Sinclair E., Hunt P., McCune J.M., Martin J.N., Petropoulos C.J., Hecht F.M. Neutralizing antibody responses against autologous and heterologous viruses in acute versus chronic human immunodeficiency virus (HIV) infection: evidence for a constraint on the ability of HIV to completely evade neutralizing antibody responses // Journal of Virology. - 2006. -Vol. 80. - N. 12. - P. 6155-6164.

42. Dhillon A.K., Donners H., Pantophlet R., Johnson W.E., Decker J.M., Shaw G.M., Lee F.-H., Richman D.D., Doms R.W., Vanham G., Burton D.R. Dissecting the neutralizing antibody specificities of broadly neutralizing sera from human immunodeficiency virus type 1-infected donors // Journal of Virology. - 2007. - Vol. 81. - N. 12. - P. 6548-6562.

43. Gray E.S., Moore P.L., Choge I.A., Decker J.M., Bibollet-Ruche F., Li H., Leseka N., Treurnicht F., Mlisana K., Shaw G.M., Abdool Karim S.S., Williamson C., Morris L. Neutralizing antibody responses in acute human immunodeficiency virus type 1 subtype C infection // Journal of Virology. - 2007. - Vol. 81. - N. 12. - P. 6187-6196.

44. Simek M.D., Rida W., Priddy F.H., Pung P., Carrow E., Laufer D.S., Lehrman J.K., Boaz1 M., Tarragona-Fiol M., Miiro G., Birungi J., Pozniak A., McPhee D.A., Manigart O., Karita E., Inwoley A., Jaoko W., DeHovitz J., Bekker L.-G., Pitisuttithum L.-G., Paris Linda-G., Walker L.M., Poignard P., Wrin T., Fast P.E., Burton D.R., Koff W.C.. Human immunodeficiency virus type 1 elite neutralizers: individuals with broad and potent neutralizing activity identified by using a high-throughput neutralization assay together with an analytical selection algorithm // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 14. - P. 7337-7348.

45. Li Y., Svehla K., Louder M.K., Wycuff D., Phogat S., Tang M., Migueles S.A., Wu X., Phogat A., Shaw G.M., Connors M., Hoxie J., Mascola J.R., Wyatt R. Analysis of neutralization specificities in polyclonal sera derived from human immunodeficiency virus type 1-infected individuals // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 2. -P. 1045-1059.

46. Walker L.M., Simek M.D., Priddy F., Gach J.S., Wagner D., Zwick MB, Sanjay K. Phogat, Pascal Poignard, Dennis R. Burton. A limited number of antibody specificities mediate broad and potent serum neutralization in selected HIV-1 infected individuals // PLoS Pathogens. - 2010. - Vol. 6. - N. 8. P. 11-12.

47. Sather D.N., Armann J., Ching L.K., Mavrantoni A., Sellhorn G., Caldwell Z., Yu X., Wood B., Self S., Kalams S., Stamatatos L. Factors associated with the development of cross-reactive neutralizing antibodies during human immunodeficiency virus type 1 infection // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 2. - P. 757-769.

48. Doria-Rose N.A., Klein R.M., Manion M.M., O'Dell S., Phogat A., Chakrabarti B., Hallahan C.W., Migueles S.A., Wrammert J., Ahmed J., Nason M., Wyatt R.T.,

Mascóla J.R., Connors M. Frequency and phenotype of human immunodeficiency virus envelope-specific B cells from patients with broadly cross-neutralizing antibodies // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 1. - P. 188-199.

49. Euler Z., van den Kerkhof T.L.G.M., van Gils M.J., Burger J.A., Edo-Matas D., Phung P., Wrin T., Schuitemaker H. Longitudinal analysis of early HIV-1-specific neutralizing activity in an elite neutralizer and in five patients who developed cross-reactive neutralizing activity // Journal of Virology. - 2012. - Vol. 86. - N. 4. - P. 20452055.

50. Hraber P., Seaman M.S., Bailer R.T., Mascola J.R., Montefiori D.C., Korber B.T. Prevalence of broadly neutralizing antibody responses during chronic HIV-1 infection // AIDS. - 2014. - Vol. 28. - N. 2. - P. 163-169.

51. Goo L., Chohan V., Nduati R., Overbaugh J. Early development of broadly neutralizing antibodies in HIV-1 - infected infants // Nature Medicine. - 2014. - P. 1-6.

52. Landais E., Huang X., Havenar-Daughton C., Murrell B., Price M.A., Wickramasinghe L., Ramos A., Bian C.B., Simek M., Allen S., Karita S., Kilembe W., Lakhi S., Inambao S., Kamali A., Sanders E.J., Anzala O., Edward V., Bekker L.-G., Tang J., Gilmour J., Kosakovsky-Pond S.L., Phung P., Wrin T., Crotty S., Godzik A., Poignard P. Broadly Neutralizing Antibody Responses in a Large Longitudinal Sub-Saharan HIV Primary Infection Cohort // PLoS Pathogens. - 2016. - Vol. - 12. - N. 1. -P. e1005369.

53. Moore P.L., Williamson C., Morris L. Virological features associated with the development of broadly neutralizing antibodies to HIV-1 // Trends in Microbiology. -

2015. - P. 204-211.

54. Rusert P., Kouyos R.D., Kadelka C., Ebner H., Schanz M., Huber M., Braun D.L., Hozé N., Scherrer A., Magnus C., Weber J., Uhr T., Cippa V., Thorball C.W., Kuster H., Cavassini M., Bernasconi E., Hoffmann E., Calmy A., Battegay A., Rauch A, Yerly S., Aubert V., Klimkait V., Boni J., Fellay J., Regoes R., Günthard H., Trkola A. Determinants of HIV-1 broadly neutralizing antibody induction // Nature Medicine. -

2016. - Vol. 22. - P. 1260-1267.

55. Piantadosi A., Panteleev D., Blish C.A., Baeten J.M., Jaoko W., McClelland R.S., Overbaugh J. Breadth of neutralizing antibody response to human immunodeficiency virus type 1 is affected by factors early in infection but does not influence disease

progression // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 19. - P. 10269-10274.

56. Mikell I., Sather D.N., Kalams S.A., Altfeld M., Alter G., Stamatatos L. Characteristics of the earliest cross-neutralizing antibody response to HIV-1 // PLoS Pathogens. - 2011. - Vol. 7. - N. 1.

57. Euler Z., van Gils M.J., Bunnik E.M., Phung P., Schweighardt B., Wrin T., Schuitemaker Y. Cross-Reactive Neutralizing Humoral Immunity Does Not Protect from HIV Type 1 Disease Progression // The Journal of Infectious Diseases. - 2010. -Vol. 201. - N. 7. - P. 1045-1053.

58. Binley J.M., Lybarger E.A., Crooks E.T., Seaman M.S., Gray E., Davis K.L., Decker J.M., Wycuff D., Harris L., Hawkins N., Wood B., Nathe C., Richman D., Tomaras G.D., Bibollet-Ruche F., Robinson J.E., Morris L., Shaw G.M., Montefiori D.C., Mascola J.R.. Profiling the specificity of neutralizing antibodies in a large panel of plasmas from patients chronically infected with human immunodeficiency virus type 1 subtypes B and C // Journal of Virology. - 2008. - Vol. 82. - N. 23. -P. 11651-11668.

59. Li Y., Migueles S.A., Welcher B., Svehla K., Phogat A., Louder M.K., Wu X., Shaw G.M, Connors M., Wyatt R.T., Mascola J.R. Broad HIV-1 neutralization mediated by CD4-binding site antibodie // Nature Medicine. - 2007. - Vol. 13. - N. 9. - P.1032-1034.

60. Walker L.M., Simek M.D., Priddy F., Gach J.S., Wagner D., Zwick M.B., Phogat S.K., Poignard P., Burton D.R. A limited number of antibody specificities mediate broad and potent serum neutralization in selected HIV-1 infected individuals // PLoS Pathogens. -2010. - Vol. 6. - N. 8. - P. 11-12.

61. Kong R., Xu K., Zhou T., Acharya P., Lemmin T., Liu K., Ozorowski G., Soto C., Taft J.D., Bailer R.T., Cale E.M., Chen L., Choi C.W., Chuang G.-Y., Doria-Rose N.A., Druz A., Georgiev I.S., Gorman J., Huang J., Joyce M.G, Louder M.K., Ma X., McKee X., O'Dell S., Pancera M., Yang Y., Blanchard S.C., Mothes W., Burton D.R., Koff W.C., Connors M., Ward A.B., Kwong P.D., Mascola J.R. Fusion peptide of HIV-1 as a site of vulnerability to neutralizing antibody // Science. - 2016. - Vol. 352. -N. 6287. - P. 423-426.

62. Burton D.R., Barbas C.F., Persson M.A., Koenig S., Chanock R.M., Lerner R.A. A large array of human monoclonal antibodies to type 1 human immunodeficiency virus from

combinatorial libraries of asymptomatic seropositive individuals // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1991. - Vol. 88. - N. 22. -P. 10134-10137.

63. Burton D.R., Pyati J., Koduri R., Sharp S.J., Thornton G.B., Parren P.W., Sawyer L., Hendry R., Dunlop N., Nara P. Efficient neutralization of primary isolates of HIV-1 by a recombinant human monoclonal antibody // Science. - 1994. - Vol. 266. - N. 5187. -P.1024-1027.

64. Wu X., Yang Z.-Y., Li Y., Schief W.R., Seaman M.S., Zhou T., Schmidt S., Wu L., Xu L., Longo N., McKee K., O'Dell S., Louder M., Wycuff D., Feng Y., Nason M., Doria-Rose N., Connors M., Kwong P., Roederer M., Wyatt R., Nabel G., Mascola J. Rational design of envelope identifies broadly neutralizing human monoclonal antibodies to HIV-1 // Science. - 2010. - Vol. 329. - N. 5993. - P. 856-861.

65. Corti D., Langedijk J.P.M., Hinz A., Seaman M.S., Vanzetta F., Fernandez-Rodriguez B.M., Silacci C., Pinna D., Jarrossay D., Balla-Jhagjhoorsingh S., Willems B., Zekveld M., Dreja H., O'Sullivan E., Pade C., Orkin C., Jeffs S., Montefiori D., Davis D., Weissenhorn W., McKnight A., Heeney J., Sallusto F., Sattentau Q., Weiss R., Lanzavecchia A. Analysis of memory B cell responses and isolation of novel monoclonal antibodies with neutralizing breadth from HIV-1-infected individuals // PLoS One. - 2010. - Vol. 5. - N. 1. - P. e8805.

66. Georgiev I.S., Doria-Rose N., Zhou T., Kwon Y.D., Staupe R.P., Moquin S., Chuang G., Louder M., Schmidt S., Altae-Tran H., Bailer R., McKee K., Nason M., O'Dell S., Ofek G., Pancera M., Srivatsan S., Shapiro L., Connors M., Migueles S., Morris L., Nishimura Y., Martin M., Mascola J., Kwong P. Delineating antibody recognition in polyclonal sera from patterns of HIV-1 isolate neutralization // Science. - 2013. -Vol. 340. - N. 6133. - P. 751-756.

67. Walker L.M., Phogat S.K., Chan-Hui P.-Y., Wagner D., Phung P., Goss J.L., Wrin T., Simek M., Fling S., Mitcham J., Lehrman J., Priddy F., Olsen O., Frey S., Hammond P., Kaminsky S., Zamb T., Moyle M., Koff W., Poignard P., Burton D. Broad and potent neutralizing antibodies from an African donor reveal a new HIV-1 vaccine target // Science. - 2009. - Vol. 326. - N. 5950. - P. 285-289.

68. Tiller T., Meffre E., Yurasov S., Tsuiji M., Nussenzweig M.C., Wardemann H. Efficient generation of monoclonal antibodies from single human B cells by single cell RT-PCR and expression vector cloning // Journal of Immunological Methods. - 2008. - Vol. 329.

- N. 1. -P. 112-124.

69. Thebault E., Fontaine C.. Stability of ecological communities and the architecture of mutualistic and trophic networks // Science. - 2010. - Vol. 329. - N. 5993. - P. 853856.

70. Zhou T., Zhu J., Wu X., Moquin J., Zhang B., Acharya P., Georgiev I., Altae-Tran H. R., Chuang G., Joyce M. G., Kwon Y.D. Multidonor analysis reveals structural elements, genetic determinants, and maturation pathway for HIV-1 neutralization by VRC01-class antibodies // Immunity. - 2013. - Vol. 39. - N. 2. - P. 245-258.

71. Li Y., O'Dell S., Walker L.M., Wu X., Guenaga J., Feng Y., Schmidt S., McKee K., Louder M., Ledgerwood J., Graham B., Haynes B., Burton D., Wyatt R., Mascola J. Mechanism of neutralization by the broadly neutralizing HIV-1 monoclonal antibody VRC01 // Journal of Virology. - 2011. - Vol. 85. - N. 17. - P. 8954-8967.

72. Wu X., Zhou T., Zhu J., Zhang B., Georgiev I., Wang C., Chen X., Longo N., Louder M., McKee K., O'Dell S., Perfetto S., Schmidt S., Shi W., Wu L., Yang Y., Yang Z., Yang Z., Zhang Z., Bonsignori M., Crump J., Kapiga S., Sam N., Haynes B., Simek M., Burton D., Koff W., Doria-Rose N., Connors M., Mullikin J., Nabel G., Roederer M., Shapiro L., Kwong P., Mascola J. Focused evolution of HIV-1 neutralizing antibodies revealed by structures and deep sequencing // Science. - 2011. - Vol. 333. -N. 6049. - P. 1593-1602.

73. Scheid J.F., Mouquet H., Ueberheide B., Diskin R., Klein F., Oliveira T.Y.K., Pietzsch J., Fenyo D., Abadir A., Velinzon K., Hurley A., Myung S., Boulad F., Poignard P., Burton D., Pereyra F., Ho D., Walker B., Seaman M., Bjorkman P., Chait B., Nussenzweig M. Sequence and structural convergence of broad and potent HIV antibodies that mimic CD4 binding // Science. - 2011. - Vol. 333. - N. 6049. -P. 1633-1637.

74. Freund N.T., Horwitz J.A., Nogueira L., Sievers S.A., Scharf L., Scheid J.F., Gazumyan A., Liu C., Velinzon K., Goldenthal A., Sanders R., Moore J., Bjorkman P., Seaman M., Walker B., Klein F., Nussenzweig M. A New Glycan-Dependent CD4-Binding Site Neutralizing Antibody Exerts Pressure on HIV-1 In Vivo // PLoS Pathogens. - 2015. - Vol. 11. - N. 10.

75. Kong L., Ju B., Chen Y., He L., Ren L., Liu J., Hong K., Su B., Wang Z., Ozorowski G., Ji X., Hua Y., Chen Y., Deller M., Hao Y., Feng Y., Garces F., Wilson R., Dai K.,

O'Dell S., McKee K., Mascola J., Ward A., Wyatt R., Li Y., Wilson I., Zhu J., Shao Y. Key gp120 Glycans Pose Roadblocks to the Rapid Development of VRC01-Class Antibodies in an HIV-1-Infected Chinese Donor // Immunity. - 2016. - Vol. 44. - N. 4.

- P. 939-950.

76. Falkowska E., Ramos A., Feng Y., Zhou T., Moquin S., Walker L.M., Wu X., Seaman M., Wrin T., Kwong P., Wyatt R., Mascola J., Poignard P., Burton D. PGV04, an HIV-1 gp120 CD4 Binding Site Antibody, Is Broad and Potent in Neutralization but Does Not Induce Conformational Changes Characteristic of CD4 // Journal of Virology.

- 2012. - Vol. 86. - N. 8. - P. 4394-4403.

77. Kwong P.D., Mascola J.R. Human Antibodies that Neutralize HIV-1: Identification, Structures, and B Cell Ontogenies // Immunity. - 2012. - Vol. 37. - N. 3. - P. 412-425.

78. Montero M., van Houten N.E., Wang X., Scott J.K. The membrane-proximal external region of the human immunodeficiency virus type 1 envelope: dominant site of antibody neutralization and target for vaccine design // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2008. -Vol. 72. - N. 1. - P. 54-84.

79. Buchacher A., Predl R., Strutzenberger K., Steinfellner W., Trkola A., Purtscher M., Gruber G., Tauer C., Steindl F., Jungbauer A., Katinger H. Generation of Human Monoclonal-Antibodies Against Hiv-1 Proteins - Electrofusion and Epstein-Barr-Virus Transformation for Peripheral-Blood Lymphocyte Immortalization // AIDS Research and Human Retroviruses. - 1994. - Vol. 10. - N. 4. - P. 359-369.

80. Muster T., Steindl F., Purtscher M., Trkola A., Klima A., Himmler G., Rüker F., Katinger H. A conserved neutralizing epitope on gp41 of human immunodeficiency virus type 1 // Journal of Virology. - 1993. - Vol. 67. - N. 11. - P. 6642-6647.

81. Haynes B.F., Fleming J., St Clair E.W., Katinger H., Stiegler G., Kunert R., Robinson J., Scearce R., Plonk K., Staats H., Ortel T., Liao H., Alam S. Cardiolipin polyspecific autoreactivity in two broadly neutralizing HIV-1 antibodies // Science. - 2005. -Vol. 308. - N. 5730. - P. 1906-1908.

82. Zhu P., Liu J., Bess J., Chertova E., Lifson J.D., Grisé H., Ofek G., Taylor K., Roux K. Distribution and three-dimensional structure of AIDS virus envelope spikes // Nature. -2006. - Vol. 441. - N. 7095. - P. 847-852.

83. Irimia A., Sarkar A., Stanfield R.L., Wilson I.A. Crystallographic Identification of Lipid as an Integral Component of the Epitope of HIV Broadly Neutralizing Antibody 4E10 //

Immunity. - 2016. - Vol. 44. - N. 1. - P. 21-31.

84. Chen J., Frey G., Peng H., Rits-Volloch S., Garrity J., Seaman M.S., Chen B.. Mechanism of HIV-1 neutralization by antibodies targeting a membrane-proximal region of gp41 // Journal of virology. - 2014. - Vol. 88. - N. 2. - P. 1249-1258.

85. Kwon Y.D., Georgiev I.S., Ofek G., Zhang B., Asokan M., Bailer R.T., Bao A., Caruso W., Chen X., Choe M., Druz A., Ko S., Louder M., McKee K., O'Dell S., Pegu A., Rudicell R., Shi W., Wang K., Yang Y., Alger M., Bender M., Carlton K., Cooper J., Blinn J., Eudailey J., Lloyd K., Parks R., Alam S., Haynes B., Padte N., Yu J., Ho D., Huang J., Connors M., Schwartz R., Mascola J., Kwong P. Optimization of the Solubility of HIV-1-Neutralizing Antibody 10E8 through Somatic Variation and Structure-Based Design // Journal of Virology. - 2016. - Vol. 90. - N. 13. - P. 58995914.

86. Georgiev I.S., Rudicell R.S., Saunders K.O., Shi W., Kirys T., McKee K., O'Dell S., Chuang G., Yang Z., Ofek G., Connors M., Mascola J., Nabel G., Kwong P. Antibodies VRC01 and 10E8 neutralize HIV-1 with high breadth and potency even with Ig-framework regions substantially reverted to germline // The Journal of Immunology. -2014. - Vol. 192. - N. 3. - P. 1100-1106.

87. Soto C., Ofek G., Joyce M.G., Zhang B., McKee K., Longo N.S., Yang Y., Huang J., Parks R., Eudailey J., Lloyd K., Alam S., Haynes B., Mullikin J., Connors M., Mascola J., Shapiro L., Kwong P. Developmental pathway of the MPER-Directed HIV-1-Neutralizing antibody 10E8 // PLoS One. - 2016. - Vol. 11 - N. 6. - e0157409.

88. McLellan J.S., Pancera M., Carrico C., Gorman J., Julien J.-P., Khayat R., Louder R., Pejchal R., Sastry M., Dai K., O'Dell S., Patel N., Shahzad-ul-Hussan S., Yang Y., Zhang B., Zhou T., Zhu J., Boyington J., Chuang G., Diwanji D., Georgiev I., Kwon Y., Lee D., Louder M., Moquin S., Schmidt S., Yang Z., Bonsignori M., Crump J., Kapiga S., Sam N., Haynes B., Burton D., Koff W., Walker L., Phogat S., Wyatt R., Orwenyo J., Wang L., Arthos J., Bewley C., Mascola J., Nabel G., Schief W., Ward A., Wilson I., Kwong P. Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9 // Nature. - 2011. - Vol. 480. - N. 7377. - P. 336-343.

89. Moulard M., Lortat-Jacob H., Mondor I., Roca G., Wyatt R., Sodroski J., Zhao L., Olson W., Kwong P., Sattentau Q. Selective interactions of polyanions with basic surfaces on human immunodeficiency virus type 1 gp120 // Journal of Virology. - 2000.

- Vol. 74. - N. 4. - P. 1948-1960.

90. Bonsignori M., Hwang K., Chen X., Tsao C., Morris L., Gray E., Marshall D.J., Crump J.A., Kapiga S.H., Sam N.E., Sinangil F., Yongping Y., Zhang B., Zhu J., Kwong P., O'Dell S., Mascola J.R., Wu L., Nabel G.J., Phogat S., Seaman M.S., Whitesides J.F., Moody M.A., Kelsoe G., Shaw G.M., Montefiori D.C., Tomaras G.D., Alam S.M., Liao H.X., Haynes B. Analysis of a Clonal Lineage of HIV-1 Envelope V2/V3 Conformational Epitope-Specific Broadly Neutralizing Antibodies and Their Inferred Unmutated Common Ancestors // Journal of Virology. - 2011. - Vol. 85. -N. 19. - P. 9998-10009.

91. Walker L.M., Huber M., Doores K.J., Falkowska E., Pejchal R., Julien J., Wang S., Ramos

A., Chan-Hui P., Moyle M., Mitcham J., Hammond P., Olsen O., Phung P., Fling S., Wong C., Phogat S., Wrin T., Simek M., Koff W., Wilson I., Burton D., Poignard P. Broad neutralization coverage of HIV by multiple highly potent antibodies // Nature. -2011. - Vol. 477. - N. 7365. - P. 466-470.

92. Doria-Rose N.A., Schramm C.A., Gorman J., Moore P.L., Bhiman J.N., DeKosky B.J., Ernandes M., Georgiev I., Kim H., Pancera M., Staupe R., Altae-Tran H., Bailer R., Crooks E., Cupo A., Druz A., Garrett N., Hoi K., Kong R., Louder M., Longo N., McKee K., Nonyane M., O'Dell S., Roark R., Rudicell R., Schmidt S., Sheward D., Soto C., Wibmer C., Yang Y., Zhang Z., Mullikin J., Binley J., Sanders R., Wilson I., Moore J., Ward A., Georgiou G., Williamson C., Abdool K.S., Morris L., Kwong P., Shapiro L., Mascola J. Developmental pathway for potent V1V2-directed HIV-neutralizing antibodies // Nature. - 2014. - Vol. 509. - N. 7498. - P. 55-62.

93. Willis J.R., Finn J.A., Briney B., Sapparapu G., Singh V., King H., LaBranche C., Montefiori D., Meiler J., Crowe J. Long antibody HCDR3s from HIV-naive donors presented on a PG9 neutralizing antibody background mediate HIV neutralization // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2016. - Vol. 113. - N. 16. -P. 4446-4451.

94. Calarese D.A., Stanfield R.L., Roux K.H., Kelly J.W., Burton D.R., Wilson I.A. Antibody Domain Exchange Is an Immunological Solution to carbohydrate cluster recognition // Science. - 2010. - Vol. 2065. - N. 2003. - P. 2065-2071.

95. Scanlan C.N., Pantophlet R., Wormald M.R., Ollmann, Saphire E., Stanfield R., Wilson I.A., Katinger H., Dwek R., Rudd P., Burton D. The broadly neutralizing anti-

human immunodeficiency virus type 1 antibody 2G12 recognizes a cluster of alpha1-->2 mannose residues on the outer face of gp120 // Journal of Virology. - 2002. - Vol. 76. -N. 14. - P. 7306-7321.

96. Sanders R.W., Venturi M., Schiffner L., Kalyanaraman R., Katinger H., Lloyd K.O., Kwong P., Moore J. The Mannose-Dependent Epitope for Neutralizing Antibody 2G12 on Human Immunodeficiency Virus Type 1 Glycoprotein gp120 // Journal of Virology.

- 2002. - Vol. 76. - N. 14. - P. 7293-7305.

97. Srikrishna G., Varki N.M., Newell P.C., Varki A., Freeze H.H. An IgG monoclonal antibody against Dictyostelium discoideum glycoproteins specifically recognizes Fuca1,6GlcNAcß in the Core of N-Linked Glycans localized expression of core-fucosylated glycoconjugates in human tissues // The Journal of Biological Chemistry. -

1997. - Vol. 272. - N. 41. - P. 25743-25752.

98. Kong L., Lee J.H., Doores K.J., Murin C.D., Julien J., Mcbride R., Liu Y. Marozsan A., Cupo A., Klasse P., Hoffenberg S., Caulfield M., King C., Hua Y., Le K., Khayat R., Deller M., Clayton T., Tien H., Feizi T., Sanders R., Paulson J., Moore J., Stanfield R., Burton D. Supersite of immune vulnerability on the glycosylated face of HIV-1 envelope glycoprotein gp120 // Nature Structural & Molecular Biology. - 2013. - Vol. 20. - N. 7.

- P. 796-803.

99. Wyatt R., Kwong P.D., Desjardins E., Sweet R.W., Robinson J., Hendrickson W.A., Sodroski J. The antigenic structure of the HIV gp120 envelope glycoprotein // Nature. -

1998. - Vol. 393. - N. 6686. - P. 705-711.

100. Doores K.J., Kong L., Krumm S., Le K.M., Sok D., Laserson U., Garces F., Poignard P., Wilson I., Burton D. Two Classes of Broadly Neutralizing Antibodies within a Single Lineage Directed to the High-Mannose Patch of HIV Envelope // Journal of Virology. -2015. - Vol. 89. - N. 2. - P. 1105-1118.

101. Corti D., Lanzavecchia A. Broadly neutralizing antiviral antibodies // Annual review of immunology. - 2013. - Vol. 31. - P. 705-742.

102. Pejchal R., Doores K.J., Walker L.M., Khayat R., Huang P.-S., Wang S.-K., Stanfield R., Julien J., Ramos A., Crispin M., Depetris R., Katpally U., Marozsan A., Cupo A., Maloveste S., Liu Y., McBride R., Ito Y., Sanders R., Ogohara C., Paulson J., Feizi T., Scanlan C., Wong C., Moore J., Olson W., Ward A., Poignard P., Schief W., Burton D., Wilson I. A Potent and Broad Neutralizing Antibody Recognizes and

Penetrates the HIV Glycan Shield // Science. - 2011. - Vol. 334. - N. 6059. - P. 10971103.

103. Mouquet H., Scharf L., Euler Z., Liu Y., Eden C., Scheid J.F., Halper-Stromberg A., Gnanapragasam P., Spencer D., Seaman M., Schuitemaker H., Feizi T., Nussenzweig M., Bjorkman P. Complex-type N-glycan recognition by potent broadly neutralizing HIV antibodies // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2012. - Vol. 109. - N. 47. - P. E3268-E3277.

104. Sok D., Doores K.J., Briney B., Le K.M., Saye-Francisco K.L., Ramos A., Kulp D., Julien J., Menis S., Wickramasinghe L., Seaman M., Schief W., Wilson I., Poignard P., Burton D. Promiscuous glycan site recognition by antibodies to the high-mannose patch of gp120 broadens neutralization of HIV // Science Translational Medicine. - 2014. -Vol. 6. - N. 236. - P. 236ra63.

105. MacLeod D.T., Choi N.M., Briney B., Garces F., Ver L.S., Landais E., Murrell B., Wrin T., Kilembe W., Liang C., Ramos A., Bian C., Wickramasinghe L., Kong L., Eren K., Wu C., Wong C., Kosakovsky, Pond S., Wilson I., Burton D., Poignard P. Early Antibody Lineage Diversification and Independent Limb Maturation Lead to Broad HIV-1 Neutralization Targeting the Env High-Mannose Patch // Immunity. - 2016. -Vol. 44. - N. 5. - P. 1215-1226.

106. Klein F., Gaebler C., Mouquet H., Sather D.N., Lehmann C., Scheid J.F., Kraft Z., Liu Y., Pietzsch J., Hurley A., Poignard P., Feizi T., Morris L., Walker B., Fatkenheuer G., Seaman M., Stamatatos L., Nussenzweig M. Broad neutralization by a combination of antibodies recognizing the CD4 binding site and a new conformational epitope on the HIV-1 envelope protein // The Journal of Experimental Medicine. - 2012. - Vol. 209. - N. 8. - P. 1469-1479.

107. Lee J.H., Leaman D.P., Kim A.S., Torrents de la Pena A., Sliepen K., Yasmeen A., Derking R., Ramos A., de Taeye S., Ozorowski G., Klein F., Burton D., Nussenzweig M., Poignard P., Moore J., Klasse P., Sanders R., Zwick M., Wilson I., Ward A. Antibodies to a conformational epitop.,e on gp41 neutralize HIV-1 by destabilizing the Env spike // Nature Communications. - 2015. - Vol. 6. - P. 8167.

108. Scheid J.F., Mouquet H., Ueberheide B., Diskin R., Klein F., Oliveira T., Pietzsch J., Fenyo D., Abadir A., Velinzon K., Hurley A., Myung S., Boulad F., Poignard P., Burton D., Pereyra F., Ho D., Walker B., Seaman M., Bjorkman P., Chait B.,

Nussenzweig M. Sequence and structural convergence of broad and potent HIV antibodies that mimic CD4 binding // Science. - 2011. - Vol. 333. - N. 6049. - P. 16331637.

109. Scharf L., Scheid J.F., Lee J.H., West A.P., Chen C., Gao H., Gnanapragasam P., Mares R., Seaman M., Ward A., Nussenzweig M., Bjorkman P. Antibody 8ANC195 Reveals a Site of Broad Vulnerability on the HIV-1 Envelope Spike // Cell Reports. -2014. - Vol. 7. - N. 3. - P. 785-795.

110. Huang J., Kang B.H., Pancera M., Lee J.H., Tong T., Feng Y., Imamichi H., Georgiev I., Chuang G., Druz A., Doria-Rose N., Laub L., Sliepen K., van Gils M., de la Peña A., Derking R., Klasse P., Migueles S., Bailer R., Alam M., Pugach P., Haynes B., Wyatt R., Sanders R., Binley J., Ward A., Mascola J., Kwong P., Connors M. Broad and potent HIV-1 neutralization by a human antibody that binds the gp41-gp120 interface // Nature.

- 2014. - Vol. 515. - N. 7525. - P. 138-142.

111. Wibmer C.K., Moore P.L., Morris L. HIV broadly neutralizing antibody targets HHS Public Access. Curr Opin HIV AIDS. - 2015. - Vol. 10. - N. 3. - P. 135-143.

112. Blattner C., Lee J., Sliepen K., Derking R., Falkowska E., de la Peña A., Cupo A., Julien J., van Gils M., Lee P., Peng W., Paulson J., Poignard P., Burton D., Moore J., Sanders R., Wilson I., Ward A. Structural delineation of a quaternary, cleavage-dependent epitope at the gp41-gp120 interface on intact HIV-1 env trimers // Immunity.

- 2014. - Vol. 40. - N. 5. - P. 669-680.

113. Falkowska E., Le K.M., Ramos A., Doores K.J., Lee J., Blattner C., Ramirez A., Derking R., van Gils M., Liang C., Mcbride R., von Bredow B., Shivatare S., Wu C., Chan-Hui P., Liu Y., Feizi T., Zwick M., Koff W., Seaman M., Swiderek K., Moore J., Evans D., Paulson J., Wong C., Ward A., Wilson I., Sanders R., Poignard P., Burton D. Broadly neutralizing HIV antibodies define a glycan-dependent epitope on the prefusion conformation of gp41 on cleaved envelope trimers // Immunity. - 2014. - Vol. 40. -N. 5. - P. 657-668.

114. Buchacher A., Predl R., Tauer C., Purtscher M., Gruber G., Heider R., Steindl F., Trkola A., Jungbauer A., Katinger H. Human monoclonal antibodies against gp41 and gp120 as potential agent for passive immunization // Vaccines. - 1992. - Vol. 92. -P.191-195.

115. Binley J.M., Wrin T., Korber B., Zwick M.B., Wang M., Chappey C., Stiegler G., Zolla-

pazner S., Katinger H., Christos J., Burton D., Kunert R., Petropoulos C. Comprehensive Cross-Clade Neutralization Analysis of a Panel of Anti-Human Immunodeficiency Virus Type 1 Monoclonal Antibodies Comprehensive Cross-Clade Neutralization Analysis of a Panel of Anti-Human Immunodeficiency Virus Type 1 Monoclonal Antibodies // Journal of Virology. - 2004. - Vol. 78. - N. 23. - P. 13232-13252.

116. Chuang G., Acharya P., Schmidt S.D., Yang Y., Louder M.K., Zhou T., Kwon Y., Pancera M., Bailer R., Doria-rose N., Nussenzweig M., Mascola J., Kwong P., Georgiev I. Residue-Level Prediction of HIV-1 Antibody Epitopes Based on Neutralization of Diverse Viral Strains // Journal of Virology. - 2013. - Vol. 87. -N. 18. - P. 10047-10058.

117. Zhu Z., Qin H.R., Chen W., Zhao Q., Shen X., Schutte R., Wang Y., Ofek G., Streaker E., Prabakaran P., Fouda G., Liao H., Owens J., Louder M., Yang Y., Klaric K., Moody M., Mascola J., Scott J., Kwong P., Montefiori D., Haynes B., Tomaras G., Dimitrov D. Cross-Reactive HIV-1-Neutralizing Human Monoclonal Antibodies Identified from a Patient with 2F5-Like Antibodies // Journal of Virology. - 2011. -Vol. 85. - N. 21. - P. 11401-11408.

118. Cardoso R., Zwick M.B., Stanfield R.L., Kunert R., Binley J.M., Katinger H., Burton D., Wilson I. Broadly neutralizing anti-HIV antibody 4E10 recognizes a helical conformation of a highly conserved fusion-associated motif in gp41 // Immunity. - 2005. - Vol. 22. - N. 2. - P. 163-173.

119. Cardoso R., Brunel F.M., Ferguson S., Zwick M., Burton D.R., Dawson P.E., Wilson I. Structural Basis of Enhanced Binding of Extended and Helically Constrained Peptide Epitopes of the Broadly Neutralizing HIV-1 Antibody 4E10 // Journal of Molecular Biology. - 2007. - Vol. 365. - P. 1533- 1544.

120. Zwick M.B., Bonnycastle L.L., Menendez A., Irving M.B., Barbas C.F., Parren P.W., Burton D., Scott J. Identification and characterization of a peptide that specifically binds the human, broadly neutralizing anti-human immunodeficiency virus type 1 antibody b12 // Journal of Virology. - 2001. - Vol. 75. - N. 14. - P. 6692-6699.

121. Nelson J.D., Brunel F.M., Jensen R., Crooks E.T., Cardoso R.M., Wang M., Hessell A., Wilson I., Binley J., Dawson P., Burton D., Zwick M., Shaw F., Decker J., Li H., Goepfert P., Peeters M., Allen S. An Affinity-Enhanced Neutralizing Antibody against the Membrane-Proximal External Region of Human Immunodeficiency Virus Type 1

gp41 Recognizes an Epitope between Those of 2F5 and 4E10 // Journal of Virology. -2007. - Vol. 81. - N. 8. - P. 4033-4043.

122. Pejchal R., Gach J.S., Brunei F.M., Cardoso R.M., Stanfield R.L., Dawson P.E., Burton D., Zwick M., Wilson I. A conformational switch in human immunodeficiency virus gp41 revealed by the structures of overlapping epitopes recognized by neutralizing antibodies // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 17. - P. 8451-1862.

123. Zhang M.Y., Yuan T., Li J., Borges A.R., Watkins J.D., Guenaga J., Yang Z., Wang Y., Wilson R., Li Y., Polonis V., Pincus S., Ruprecht R., Dimitrov D. Identification and characterization of a broadly cross-reactive HIV-1 human monoclonal antibody that binds to both gp120 and gp41 // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - N. 9. - P. e44241;

124. Pietzsch J., Scheid J.F., Mouquet H., Klein F., Seaman M.S., Jankovic M., Corti D., Lanzavecchia A., Nussenzweig M. Human anti-HIV-neutralizing antibodies frequently target a conserved epitope essential for viral fitness // The Journal of Experimental Medicine. - 2010. - Vol. 207. - N. 9. - P. 1995-2002.

125. Conley A., Kessler J., Boots L.J., Tung J.S., Arnold B., Keller P.M., Shaw A., Emini E. Neutralization of divergent human immunodeficiency virus type 1 variants and primary isolates by IAM-41-2F5, an anti-gp41 human monoclonal antibody // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1994. - Vol. 91. - N. 8. - P. 3348-3352.

126. Diskin R., Scheid J.F., Marcovecchio P.M., West A.P., Klein F., Gao H., Gnanapragasam P.P., Abadir A., Seaman M., Nussenzweig M.C., Bjorkman P. Increasing the potency and breadth of an HIV antibody by using structure-based rational design // Science. - 2011. - Vol. 334. - N. 6060. - P. 1289-1293.

127. Liao H.-X., Lynch R., Zhou T., Gao F., Alam S.M., Boyd S.D., Fire A., Roskin K., Schramm C., Zhang Z., Zhu J., Shapiro L., Mullikin J., Gnanakaran S., Hraber P., Wiehe K., Kelsoe G., Yang G., Xia S., Montefiori D., Parks R., Lloyd K., Scearce R., Soderberg K., Cohen M., Kamanga G., Louder M., Tran L., Chen Y., Cai F., Chen S., Moquin S., Du X., Joyce M., Srivatsan S., Zhang B., Zheng A., Shaw G., Hahn B., Kepler T., Korber B., Kwong P., Mascola J., Haynes B. Co-evolution of a broadly neutralizing HIV-1 antibody and founder virus: supplement // Nature. - 2013. -Vol. 496. - N. 7446. - P. 469-476.

128. Rudicell R.S., Kwon Y.D., Ko S.-Y., Pegu A., Louder M.K., Georgiev I.S., Wu X., Zhu J., Boyington J., Chen X., Shi W., Yang Z., Doria-Rose N., McKee K., O'Dell S.,

Schmidt S., Chuang G., Druz A., Soto C., Yang Y., Zhang B., Zhou T., Todd J., Lloyd K., Eudailey J., Roberts K., Donald B., Bailer R., Ledgerwood J., Mullikin J., Shapiro L., Koup R., Graham B., Nason M., Connors M., Haynes B., Rao S., Roederer M., Kwong P., Mascola J., Nabel G. Enhanced Potency of a Broadly Neutralizing HIV-1 Antibody In Vitro Improves Protection against Lentiviral Infection In Vivo // Journal of Virology. - 2014. - Vol. 88. - N. 21. - P. 12669-12682.

129. Diskin R., Klein F., Horwitz J., Halper-Stromberg A., Sather D.N., Marcovecchio P.M., Lee T., West A., Gao H., Seaman M., Stamatatos L., Nussenzweig M., Bjorkman P. Restricting HIV-1 pathways for escape using rationally designed anti-HIV-1 antibodies // The Journal of Experimental Medicine. - 2013. - Vol. 210. - N. 6. - P. 1235-1249.

130. Bonsignori M., Montefiori D.C., Wu X., Chen X., Hwang K., Tsao C., Kozink D., Parks R., Tomaras G., Crump J., Kapiga S., Sam N., Kwong P., Kepler T., Liao H., Mascola J., Haynes B. Two Distinct Broadly Neutralizing Antibody Specificities of Different Clonal Lineages in a Single HIV-1-Infected Donor: Implications for Vaccine Design // Journal of Virology. - 2012. - Vol. 86. - N. 8. - P. 4688-4692.

131. Kong R., Xu K., Zhou T., Acharya P., Lemmin T., Liu K., Ozorowski G., Soto C., Taft J., Bailer R., Cale E., Chen L., Choi C., Chuang G., Doria-rose N., Druz A., Georgiev I., Gorman J., Huang J., Joyce M., Louder M., Ma X., Mckee K., Dell S., Pancera M., Yang Y., Blanchard S., Mothes W., Burton D., Koff W., Connors M., Ward A. Fusion peptide of HIV-1 as a site of vulnerability to neutralizing antibody // Science. - 2016. - Vol. 352. - N. 6287. - P. 423-426.

132. Georgiev I.S., Doria-Rose N.A., Zhou T., Kwon Y., Staupe R.P., Moquin S., Chuang G., Louder M., Schmidt S., Altae-Tran H., Bailer R., McKee K., Nason M., O'Dell S., Ofek G., Pancera M., Srivatsan S., Shapiro L., Connors M., Migueles S., Morris L., Nishimura Y., Martin M., Mascola J., Kwong P. Delineating Antibody Recognition in Polyclonal Sera from Patterns of HIV-1 Isolate Neutralization // Science. - 2013. -Vol. 340. - N. 6133. - P. 751-756.

133. Klein F., Halper-Stromberg A., Horwitz J.A., Gruell H., Scheid J.F., Bournazos S., Mouquet H., Spatz L., Diskin R., Abadir A., Zang T., Dorner M., Billerbeck E., Labitt R., Gaebler C., Marcovecchio P., Incesu R., Eisenreich T., Bieniasz P., Seaman M., Bjorkman P., Ravetch J., Ploss A., Nussenzweig M. HIV therapy by a combination of broadly neutralizing antibodies in humanized mice // Nature. - 2012. -

Vol 492. - N. 7427. - P. 118-122.

134. Scharf L., Wang H., Gao H., Chen S., McDowall A.W., Bjorkman P.J. Broadly Neutralizing Antibody 8ANC195 Recognizes Closed and Open States of HIV-1 Env // Cell. - 2015. - Vol. 162. - N. 6. - P. 1379-1390.

135. Esparza J. A brief history of the global effort to develop a preventive HIV vaccine // Vaccine. - 2013. - Vol. 31. - N. 35. - P. 3502-3518.

136. Rusche J.R., Lynn D.L., Robert-Guroff M., Langlois J., Lyerly H.K., Carson H., Krohn K., Ranki A., Gallo R., Bolognesi D. Humoral immune response to the entire human immunodeficiency virus envelope glycoprotein made in insect cells // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1987. - Vol. 84. - N. 19. -P. 6924-6928.

137. Plotkin S.A. Correlates of protection induced by vaccination. Clinical and Vaccine // Immunology. - 2010. - P. 1055-1065.

138. Flynn N., Forthal D., Harro C., Judson F., Mayer K., Para M., rgp120 HIV Vaccine Study Group. Placebo-Controlled Phase 3 Trial of a Recombinant Glycoprotein 120 Vaccine to Prevent HIV-1 Infection // The Journal of Infectious Diseases. - 2005. -Vol. 191. - N. 5. - P. 654-665.

139. Arthur L.O., Pyle S.W., Nara P.L., Bess J.W., Gonda M.A., Kelliher J.C., Gilden R., Robey W., Bolognesi D., Gallo R. Serological responses in chimpanzees inoculated with human immunodeficiency virus glycoprotein (gp120) subunit vaccine // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1987. - Vol. 84. - N. 23. - P. 8583-8587.

140. Burton D.R. Antibodies, viruses and vaccines // Nature Reviews Immunology. - 2002. -Vol. 2. - N. 9. - P. 706-713.

141. Zinkernagel R.M., LaMarre A., Ciurea A., Hunziker L., Ochsenbein A.F., McCoy K.D., Fehr T., Bachmann M., Kalinke U., Hengartner H. Neutralizing antiviral antibody responses // Advances in Immunology. - 2001. - P. 1-53.

142. Zinkernagel R.M. Maternal antibodies, childhood infections, and autoimmune diseases // The New England Journal of Medicine. - 2001. - Vol. 345. - N. 18. - P. 1331-1335.

143. Plotkin S. History of vaccination // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2014. - Vol. 111. - N. 34. - P. 12283-12287.

144. Brandt E.N. AIDS research: Charting new directions // Public Health Reports. - 1984. -Vol. 99. - N. 5. - P. 433-435.

145. Murphey-Corb M., Martin L.N., Davison-Fairburn B., Montelaro R.C., Miller M., West M., Ohkawa S., Baskin G., Zhang J., Putney S. A formalin-inactivated whole SIV vaccine confers protection in macaques // Science. - 1989. - Vol. 246. - N. 4935. -P. 1293-1297.

146. Stott E.J., Taffs F., Kitchin P., Chan W.L., Mills K., Page M., Cranage M., Greenaway P. Preliminary report: protection of cynomolgus macaques against simian immunodeficiency virus by fixed infected-cell vaccine // Lancet. - 1990. - Vol. 336. -N. 8730. - P. 538-541.

147. Sheppard H.W. Inactivated- or killed-virus HIV/AIDS vaccines // Current Drug Targets

- Infectious Disorders. - 2005. - Vol. - 5. - N. 2. - P. 131-141.

148. Wyand M.S., Manson K., Montefiori D.C., Lifson J.D., Johnson R.P., Desrosiers R.C. Protection by live, attenuated simian immunodeficiency virus against heterologous challenge // Journal of Virology. - 1999. - Vol. 73. - N. 10. - P. 8356-8363.

149. Baba T.W., Jeong Y.S., Pennick D., Bronson R., Greene M.F., Ruprecht R.M. Pathogenicity of live, attenuated SIV after mucosal infection of neonatal macaques // Science. - 1995. - Vol. 267. - N. 5205. - P. 1820-1825.

150. Mariani R., Kirchhoff F., Greenough T.C., Sullivan J.L., Desrosiers R.C., Skowronski J. High frequency of defective nef alleles in a long-term survivor with nonprogressive human immunodeficiency virus type 1 infection // Journal of Virology. - 1996. -Vol. 70. - N. 11. - P. 7752-7764.

151. Joag S.V., Liu Z.Q., Stephens E.B., Smith M.S., Kumar A., Li Z., Wang C., Sheffer D., Jia F., Foresman L., Adany I., Lifson J., McClure H., Narayan O. Oral immunization of macaques with attenuated vaccine virus induces protection against vaginally transmitted AIDS // Journal of Virology. - 1998. - Vol. 72. - N. 11. - P. 9069-9078.

152. Cohen J. Weakened SIV Vaccine Still Kills // Science. - 1997. - Vol. 278. - N. 5335. -P. 24-25.

153. Baba T.W., Liska V., Khimani A.H., Ray N.B., Dailey P.J., Penninck D., Bronson R., Greene M., McClure H., Martin L., Ruprecht R. Live attenuated, multiply deleted simian immunodeficiency virus causes AIDS in infant and adult macaques // Nature Medicine.

- 1999. - Vol. 5. - N. 2. - P. 194-203.

154. Stott E.J. Anti-cell antibody in macaques // Nature. - 1991. - Vol. 353. - N. 6343. -P. 393.

155. Chan W.L., Rodgers A., Hancock R.D., Taffs F., Kitchin P., Farrar G., Liew F. Protection in simian immunodeficiency virus-vaccinated monkeys correlates with anti-HLA class I antibody response // The Journal of Experimental Medicine. - 1992. -Vol. 176. - N. 1007. - P. 1203-1207.

156. Letvin NL. Progress in the development of an HIV-1 vaccine // Science. - 1998. -Vol. 280. - N. 5371. - P. 1875-1880.

157. Dowdle W. The search for an AIDS vaccine // Public Health Reports. - 1986. -Vol. 101. - N. 3. - P. 232-233.

158. Reynolds M.R., Weiler A.M., Weisgrau K.L., Piaskowski S.M., Furlott J.R., Weinfurter J.T., Kaizu M., Soma T., León E., MacNair C., Leaman D., Zwick M., Gostick E., Musani S., Price D., Friedrich T., Rakasz E., Wilson N., McDermott A., Boyle R., Allison D., Burton D., Koff W., Watkins D. Macaques vaccinated with live-attenuated SIV control replication of heterologous virus // The Journal of Experimental Medicine. - 2008. - Vol. 205. - N. 11. - P. 2537-2550.

159. Marzio G., Verhoef K., Vink M., Berkhout B. In vitro evolution of a highly replicating, doxycycline-dependent HIV for applications in vaccine studies // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2001. - Vol. 98. - N. 11. - P. 6342-6347.

160. Das A.T., Klaver B., Centlivre M., Harwig A., Ooms M., Page M., Almond N., Yuan F., Piatak M., Lifson J., Berkhout B. Optimization of the doxycycline-dependent simian immunodeficiency virus through in vitro evolution // Retrovirology. - 2008. - Vol. 5. -P. 44.

161. Wang N., Li Y., Niu W., Sun M., Cerny R., Li Q., Guo J. Construction of a live-attenuated HIV-1 vaccine through genetic code expansion // Angewandte Chemie International Edition. - 2014. - Vol. 53. - N. 19. - P. 4867-4871.

162. Burton D.R., Desrosiers R.C., Doms R.W., Koff W.C., Kwong P.D., Moore J.P., Nabel G., Sodroski J., Wilson I., Wyatt R. HIV vaccine design and the neutralizing antibody problem // Nature Immunology. - 2004. - Vol. 5. - N. 3. - P. 233-236.

163. Javaherian K., Langlois A.J., LaRosa G.J., Profy A.T., Bolognesi D.P., Herlihy W.C., Putney S., Matthews T. Broadly neutralizing antibodies elicited by the hypervariable neutralizing determinant of HIV-1 // Science. - 1990. - Vol. 250. - N. 4987. - P. 15901593.

164. Moseri A., Tantry S., Sagi Y., Arshava B., Naider F., Anglister J. An optimally

constrained V3 peptide is a better immunogen than its linear homolog or HIV-1 gp120 // Virology. - 2010. - Vol. 401. - N. 2. - P. 293-304.

165. Sanders R., van Gils M., Derking R., Sok D., Ketas T., Burger J., Ozorowski G., Cupo A., Simonich C., Goo L., Arendt H., Kim H., Lee J., Pugach P., Williams M., Debnath G., Moldt B., van Breemen M., Isik G., Medina-Ramirez M., Back J., Koff W., Julien J., Rakasz E., Seaman M., Guttman M., Lee K., Klasse P., LaBranche C., Schief W., Wilson I., Overbaugh J., Burton D., Ward A., Montefiori D., Dean H., Moore J. HIV-1 neutralizing antibodies induced by native-like envelope trimers // Science. - 2015. - Vol. 349. - N. 6244. - P. aac4223.

166. Melchers M., Bontjer I., Tong T., Chung N., Klasse P., Eggink D., Montefiori D., Gentile M., Cerutti A., Olson W., Berkhout B., Binley J., Moore J., Sanders R. Targeting HIV-1 Envelope Glycoprotein Trimers to B Cells by Using APRIL Improves Antibody Responses // Journal of Virology. - 2012. - Vol. 86. - N. 5. - P. 2488-2500.

167. Seaman M.S., Janes H., Hawkins N., Grandpre L.E., Devoy C., Giri A., Coffey R., Harris L., Wood B., Daniels M., Bhattacharya T., Lapedes A., Polonis V., McCutchan F., Gilbert P., Self S., Korber B., Montefiori D., Mascola J. Tiered categorization of a diverse panel of HIV-1 Env pseudoviruses for assessment of neutralizing antibodies // Journal of Virology. - 2010. - Vol. 84. - N. 3. - P. 1439-1452.

168. Ofek G., Tang M., Sambor A., Katinger H., Mascola J., Wyatt R., Kwong P. Structure and Mechanistic Analysis of the Anti-Human Immunodeficiency Virus Type 1 Antibody 2F5 in Complex with Its gp41 Epitope Structure and Mechanistic Analysis of the AntiHuman Immunodeficiency Virus Type 1 Antibody 2F5 in Complex with Its gp41 Epito // Journal of Virology. - 2004. - Vol. 78. - N. 19. - P. 10724-10737.

169. Barbato G., Bianchi E., Ingallinella P., Hurni W., Miller M., Ciliberto G., Cortese R., Bazzo R., Shiver J., Pessi A. Structural analysis of the epitope of the anti-HIV antibody 2F5 sheds light into its mechanism of neutralization and HIV fusion // Journal of Molecular Biology. - 2003. - Vol. 330. - N. 3. - P. 1101-1115.

170. Zwick M.B. The membrane-proximal external region of HIV-1 gp41: a vaccine target worth exploring // AIDS. - 2005. - Vol. 19. - N. 16. - P. 1725-1737.

171. Watson D.S., Szoka F.C. Role of lipid structure in the humoral immune response in mice to covalent lipid-peptides from the membrane proximal region of HIV-1 gp41 // Vaccine. - 2009. - Vol. 27. - N. 34. - P. 4672-4683.

172. Dennison S.M., Sutherland L.L., Jaeger F.H., Anasti K.M., Parks R., Stewart S., Bowman C., Xia S., Zhang R., Shen X., Scearce R., Ofek G., Yang Y., Kwong P., Santra S., Liao H., Tomaras G., Letvin N., Chen B., Alam S., Haynes B. Induction of antibodies in rhesus macaques that recognize a fusion-intermediate conformation of HIV-1 gp41 // PLoS One. - 2011. - Vol. 6. - N. 11. - P. e27824.

173. Matyas G.R., Wieczorek L., Beck Z., Ochsenbauer-Jambor C., Kappes J.C., Michael N.L., Polonis V., Alving C. Neutralizing antibodies induced by liposomal HIV-1 glycoprotein 41 peptide simultaneously bind to both the 2F5 or 4E10 epitope and lipid epitopes // AIDS. - 2009. - Vol. 23. - N. 16. - P. 2069-2077.

174. Chakraborty K., Durani V., Miranda E.R., Citron M., Liang X., Schleif W., Joyce J., Varadarajan R. Design of immunogens that present the crown of the HIV-1 V3 loop in a conformation competent to generate 447-52D-like antibodies // Biochemical Journal. -2006. - Vol. 399. - N. 3. - P. 483-491.

175. Totrov M., Jiang X., Kong X.P., Cohen S., Krachmarov C., Salomon A., Williams C., Seaman M., Cardozo T., Gorny M., Wang S., Lu S., Pinter A., Zolla-Pazner S. Structure-guided design and immunological characterization of immunogens presenting the HIV-1 gp120 V3 loop on a CTB scaffold // Virology. - 2010. - Vol. 405. - N. 2. - P. 513-523.

176. Correia B., Ban Y., Holmes M., Xu H., Ellingson K., Kraft Z., Carrico C., Boni E., Sather D., Zenobia C., Burke K., Bradley-Hewitt T., Bruhn-Johannsen J., Kalyuzhniy O., Baker D., Strong R., Stamatatos L., Schief W. Computational design of epitope-scaffolds allows induction of antibodies specific for a poorly immunogenic HIV vaccine epitope // Structure. - 2010. - Vol. 18. - N. 9. - P. 1116-1126.

177. Ofek G., Guenaga F., Schief W., Skinner J., Baker D., Wyatt R., Kwong P. Elicitation of structure-specific antibodies by epitope scaffolds // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - Vol. 107. - N. 42. - P. 17880-17887.

178. Verkoczy L., Chen Y., Zhang J., Bouton-Verville H., Newman A., Lockwood B., Scearce R., Montefiori D., Dennison S., Xia S., Hwang K., Liao H., Alam S., Haynes B. Induction of HIV-1 broad neutralizing antibodies in 2F5 knock-in mice: selection against membrane proximal external region-associated autoreactivity limits T-dependent responses // The Journal of Immunology. - 2013. - Vol. 191. - N. 5. - P. 2538-2550.

179. Nemazee D., Zwick M., Schief W., Burton D., Cooper T., Ota P., Skog P., Dawson C., Doyle-Cooper K., Hudson A., Doyle-Cooper C., Hudson K., Cooper A., Ota T., Skog P.,

Dawson P. Neutralizing HIV Antibody 4E10 Cells in Knock-In Mice Expressing Broadly Immune Tolerance Negatively Regulates B Immune Tolerance Negatively Regulates B Cells in Knock-In Mice Expressing Broadly Neutralizing HIV Antibody 4E10 // The Journal of Immunology. - 2013. - Vol. 191. - N. 191. - P. 3186-3191.

180. Sun Z., Oh K., Kim M., Yu J., Brusic V., Song L., Qiao Z., Wang J., Wagner G., Reinherz E. HIV-1 Broadly Neutralizing Antibody Extracts Its Epitope from a Kinked gp41 Ectodomain Region on the Viral Membrane // Immunity. - 2008. - Vol. 28. - N. 1.

- P. 52-63.

181. Chakrabarti B., Walker L., Guenaga J., Ghobbeh A., Poignard P., Burton D., Wyatt R. Direct antibody access to the HIV-1 membrane-proximal external region positively correlates with neutralization sensitivity // Journal of Virology. - 2011. - Vol. 85. -N. 16. - P. 8217-8226.

182. Ingale J., Tran K., Kong L., Dey B., McKee K., Schief W., Kwong P., Mascola J., Wyatt R. Hyperglycosylated stable core immunogens designed to present the CD4 binding site are preferentially recognized by broadly neutralizing antibodies // Journal of Virology. - 2014. - Vol. 88. - N. 24. - P. 14002-14016.

183. Zhou T., Zhu J., Yang Y., Gorman J., Ofek G., Srivatsan S., Druz A., Lees C., Lu G., Soto C., Stuckey J., Burton D., Koff W., Connors M., Kwon P. Transplanting supersites of HIV-1 vulnerability // PLoS One. - 2014. - Vol. 9. - N. 7. - P. e99881.

184. Azoitei M., Correia B., Ban Y., Carrico C., Kalyuzhniy O., Chen L., Schroeter A., Huang P., McLellan J., Kwong P., Baker D., Strong R., Schief W. Computation-Guided Backbone Grafting of a Discontinuous Motif onto a Protein Scaffold // Science. - 2011.

- Vol. 334. - N. 6054. - P. 373-376.

185. Joyce J., Krauss I., Song H., Opalka D., Grimm K., Nahas D., Esser M., Hrin R., Feng M., Dudkin V., Chastain M., Shiver J., Danishefsky S. An oligosaccharide-based HIV-1 2G12 mimotope vaccine induces carbohydrate-specific antibodies that fail to neutralize HIV-1 virions // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. -Vol. 105. - N. 41. - P. 15684-15689.

186. Burton DR. Scaffolding to build a rational vaccine design strategy // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - Vol. 107. - N. 42. - P. 17859-17860.

187. Kwong P., Wyatt R., Robinson J., Sweet R., Sodroski J., Hendrickson W. Structure of an HIV gp120 envelope glycoprotein in complex with the CD4 receptor and a neutralizing

human antibody // Nature. - 1998. - Vol. 393. - P. 648-659.

188. Yang X., Tomov V., Kurteva S., Wang L., Ren X., Gorny M., Zolla-Pazner S., Sodroski J. Characterization of the outer domain of the gp120 glycoprotein from human immunodeficiency virus type 1 // Journal of Virology. - 2004. - Vol. 78. - N. 23. -P. 12975-12986.

189. Chen H., Xu X., Jones I. Immunogenicity of the outer domain of a HIV-1 clade C gp120 // Retrovirology. - 2007. - Vol. 4. - P. 33.

190. Bhattacharyya S., Rajan R., Swarupa Y., Rathore U., Verma A., Udaykumar R., Varadarajan R. Design of a non-glycosylated outer domain-derived HIV-1 gp120 immunogen that binds to CD4 and induces neutralizing antibodies // The Journal of Biological Chemistry. - 2010. - Vol. 285. - N. 35. - P. 27100-27110.

191. Qin Y., Banasik M., Kim S., Penn-Nicholson A., Habte H., LaBranche C., Montefiori D., Wang C., Cho M. Eliciting neutralizing antibodies with gp120 outer domain constructs based on M-group consensus sequence // Virology. - 2014. -Vol. 462. - N. 463. - P. 363-376.

192. Jardine J., Julien J., Menis S., Ota T., Kalyuzhniy O., McGuire A., Sok D., Huang P., MacPherson S., Jones M., Nieusma T., Mathison J., Baker D., Ward A., Burton D., Stamatatos L., Nemazee D., Wilson I., Schief W. Rational HIV immunogen design to target specific germline B cell receptors // Science. - 2013. - Vol. 340. - N. 6133. -P. 711-716.

193. Dosenovic P., Von Boehmer L., Escolano A., Jardine J., Freund N., Gitlin A., McGuire A., Kulp D., Oliveira T., Scharf L., Pietzsch J., Gray M., Cupo A., Van Gils M., Yao K., Liu C., Gazumyan A., Seaman M., Björkman P., Sanders R., Moore J., Stamatatos L., Schief W., Nussenzweig M. Immunization for HIV-1 Broadly Neutralizing Antibodies in Human Ig Knockin Mice // Cell. - 2015. - Vol. 161. - N. 7. -P. 1505-1515.

194. Georgiev I.S., Gordon J.M., Zhou T., Kwong P.D. Elicitation of HIV-1-neutralizing antibodies against the CD4-binding site // Current Opinion in HIV and AIDS. -2013. -Vol. 8. - N. 5. - P. 382-392.

195. Dey B., Pancera M., Svehla K., Shu Y., Xiang S., Vainshtein J., Li Y., Sodroski J., Kwong P., Mascola J., Wyatt R. Characterization of human immunodeficiency virus type 1 monomeric and trimeric gp120 glycoproteins stabilized in the CD4-bound state:

antigenicity, biophysics, and immunogenicity // Journal of Virology. - 2007. - Vol. 81. -N. 11. - P. 5579-5593.

196. Dey B., Svehla K., Xu L., Wycuff D., Zhou T., Voss G., Phogat A., Chakrabarti B., Li Y., Shaw G., Kwong P., Nabel G., Mascola J., Wyatt R. Structure-based stabilization of HIV-1 gp120 enhances humoral immune responses to the induced co-receptor binding site // PLoS Pathogens. - 2009. - Vol. 5. - N. 5. - P. e1000445.

197. Pitisuttithum P., Berman P., Phonrat B., Suntharasamai P., Raktham S., Srisuwanvilai L., Hirunras K., Kitayaporn D., Kaewkangwal J., Migasena S., Sheppard H., Li E., Chernow M., Peterson M., Shibata R., Heyward W., Francis D. Phase I/II study of a candidate vaccine designed against the B and E subtypes of HIV-1 // Journal of acquired immune deficiency syndromes. - 2004. - Vol. 37. - N. 1. - P. 1160-1165.

198. Mascola J., Snyder S., Weislow O., Belay S., Belshe R., Schwartz D., Clements M., Dolin R., Graham B., Gorse G., Keefer M., McElrath M., Walker M., Wagner K., McNeil J., McCutchan F., Burke D. Immunization with envelope subunit vaccine products elicits neutralizing antibodies against laboratory-adapated but not primary isolates of human immunodeficiency virus type 1 // The Journal of Infectious Diseases. -1996. - Vol. 173. - N. 2. - P. 340-348.

199. Munro J., Gorman J., Ma X., Zhou Z., Arthos J., Burton D., Koff W., Courter J., Smith A., Kwong P., Blanchard S., Mothes W. Conformational dynamics of single HIV-1 envelope trimers on the surface of native virions // Science. - 2014. - Vol. 346. -N. 6210. - P. 759-763.

200. Seaman M., Janes H., Hawkins N., Grandpre L., Devoy C., Giri A., Coffey R., Harris L., Wood B., Daniels M., Bhattacharya T., Lapedes A., Polonis V., McCutchan F., Gilbert P., Self S., Korber B., Montefiori D., Mascola J. Tiered categorization of a diverse panel of HIV-1 Env pseudoviruses for assessment of neutralizing antibodies // Journal of Virology. - 2010. - Vol. 84. - N. 3. - P. 1439-1452.

201. Yasmeen A., Ringe R., Derking R., Cupo A., Julien J., Burton D., Ward A., Wilson I., Sanders R., Moore J., Klasse P. Differential binding of neutralizing and non-neutralizing antibodies to native-like soluble HIV-1 Env trimers, uncleaved Env proteins, and monomeric subunits // Retrovirology. - 2014. - Vol. 11. - N. 1. - P. 41.

202. Kim M., Qiao Z., Montefiori D., Haynes B., Reinherz E., Liao H. Comparison of HIV Type 1 ADA gp120 monomers versus gp140 trimers as immunogens for the induction of

neutralizing antibodies // AIDS Research and Human Retroviruses. - 2005. - Vol. 21. -N. 1. - P. 58-67.

203. Selvarajah S., Puffer B., Pantophlet R., Law M., Doms R., Burton D. Comparing antigenicity and immunogenicity of engineered gp120 // Journal of Virology. - 2005. -Vol. 79. - N. 19. - P. 12148-12163.

204. Ahmed F.K., Clark B.E., Burton D.R., Pantophlet R. An engineered mutant of HIV-1 gp120 formulated with adjuvant Quil A promotes elicitation of antibody responses overlapping the CD4-binding site // Vaccine. - 2012. - Vol. 30. - N. 5. - P. 922-930.

205. Forsell M., Soldemo M., Dosenovic P., Wyatt R., Karlsson M., Karlsson H. Independent expansion of epitope-specific plasma cell responses upon HIV-1 envelope glycoprotein immunization // The Journal of Immunology. - 2013. - Vol. 191. - N. 1. - P. 44-51.

206. Pantophlet R., Wilson I., Burton D. Hyperglycosylated mutants of human immunodeficiency virus (HIV) type 1 monomeric gp120 as novel antigens for HIV vaccine design // Journal of Virology. - 2003. - Vol. 77. - N. 10. - P. 5889-5901.

207. Garrity R., Rimmelzwaan G., Minassian A., Tsai W., Lin G., de Jong J., Goudsmit J., Nara P. Refocusing neutralizing antibody response by targeted dampening of an immunodominant epitope // The Journal of Immunology. - 1997. - Vol. 159. - N. 1. -P. 279-289.

208. Gallo S., Sackett K., Rawat S., Shai Y., Blumenthal R. The stability of the intact envelope glycoproteins is a major determinant of sensitivity of HIV/SIV to peptidic fusion inhibitors // Journal of Molecular Biology. - 2004. - Vol. 340. - N. 1. - P. 9-14.

209. Forsell M., Schief W., Wyatt R. Immunogenicity of HIV-1 envelope glycoprotein oligomers // Current Opinion in HIV and AIDS. - 2009. - Vol. 4. - N. 5. - P. 380-387.

210. Earl P., Broder C., Long D., Lee S., Peterson J., Chakrabarti S., Doms R., Moss B. Native oligomeric human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein elicits diverse monoclonal antibody reactivities // Journal of Virology. - 1994. - Vol. 68. -N. 5. - P. 3015-3026.

211. Gao F., Weaver E., Lu Z., Li Y., Liao H., Ma B., Alam S., Scearce R., Sutherland L., Yu J., Decker J., Shaw G., Montefiori D., Korber B., Hahn B., Haynes B. Antigenicity and immunogenicity of a synthetic human immunodeficiency virus type 1 group m consensus envelope glycoprotein // Journal of Virology. - 2005. - Vol. 79. - N. 2. -P.1154-1163.

212. Spearman P., Lally M., Elizaga M., Montefiori D., Tomaras G., McElrath M., Hural J., De Rosa S., Sato A., Huang Y., Frey S., Sato P., Donnelly J., Barnett S., Corey L. A trimeric, V2-deleted HIV-1 envelope glycoprotein vaccine elicits potent neutralizing antibodies but limited breadth of neutralization in human volunteers // The Journal of Infectious Diseases. - 2011. - Vol. 203. - N. 8. - P. 1165-1173.

213. Yang X., Wyatt R., Sodroski J. Improved elicitation of neutralizing antibodies against primary human immunodeficiency viruses by soluble stabilized envelope glycoprotein trimers // Journal of Virology. - 2001. - Vol. 75. - N. 3. - P. 1165-1171.

214. Kovacs J., Noeldeke E., Ha H., Peng H., Rits-Volloch S., Harrison S., Chen B. Stable, uncleaved HIV-1 envelope glycoprotein gp140 forms a tightly folded trimer with a native-like structure // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2014. -Vol. 111. - N. 52. - P. 18542-18547.

215. Ringe R., Sanders R., Yasmeen A., Kim H., Lee J., Cupo A., Korzun J., Derking R., van Montfort T., Julien J., Wilson I., Klasse P., Ward A., Moore J. Cleavage strongly influences whether soluble HIV-1 envelope glycoprotein trimers adopt a native-like conformation // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2013. - Vol. 110. -N. 45. - P. 18256-18261.

216. Ringe R., Yasmeen A., Ozorowski G., Go E., Pritchard L., Guttman M., Ketas T., Cottrell C., Wilson I., Sanders R., Cupo A., Crispin M., Lee K., Desaire H., Ward A., Klasse P., Moore J. Influences on the Design and Purification of Soluble, Recombinant Native-Like HIV-1 Envelope Glycoprotein Trimers // Journal of Virology. - 2015. -Vol. 89. - N. 23. - P. 12189-12210.

217. Sliepen K., van Montfort T., Melchers M., Isik G., Sanders R.. Immunosilencing a highly immunogenic protein trimerization domain // The Journal of Biological Chemistry. - 2015. - Vol. 290. - N. 12. - P. 7436-7442.

218. Go E., Hua D., Desaire H. Glycosylation and disulfide bond analysis of transiently and stably expressed clade C HIV-1 gp140 trimers in 293T cells identifies disulfide heterogeneity present in both proteins and differences in o-linked glycosylation // Journal of Proteome Research. - 2014. - Vol. 13. - N. 9. - P. 4012-4027.

219. Go EP, Zhang Y, Menon S, Desaire H. Analysis of the disulfide bond arrangement of the HIV-1 envelope protein CON-S gp140 ACFI shows variability in the V1 and V2 regions // Journal of Proteome Research. - 2011. - Vol. 10. - N. 2. - P. 578-591.

220. Bonomelli C., Doores K., Dunlop D., Thaney V., Dwek R., Burton D., Crispin M., Scanlan C. The glycan shield of HIV is predominantly oligomannose independently of production system or viral clade // PLoS One. - 2011. - Vol. 6. - N. 8. - P. e23521.

221. Doores K.J., Bonomelli C., Harvey D.J., Vasiljevic S., Dwek R.A., Burton D.R., Crispin M., Scanlan C. Envelope glycans of immunodeficiency virions are almost entirely oligomannose antigens // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2010. - Vol. 107. - N. 31. - P. 13800-13805.

222. Pritchard L.K., Vasiljevic S., Ozorowski G., Seabright G.E., Cupo A., Ringe R., Kim H., Sanders R., Doores K., Burton D., Wilson I., Ward A., Moore J., Crispin M. Structural Constraints Determine the Glycosylation of HIV-1 Envelope Trimers // Cell Reports. -2015. - Vol. 11. - N. 10. - P. 1604-1613.

223. Kovacs J.M., Nkolola J.P., Peng H., Cheung A., Perry J., Miller C.A., Seaman M., Barouch D., Chen B. HIV-1 envelope trimer elicits more potent neutralizing antibody responses than monomeric gp120 // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2012. - Vol. 109. - N. 30. - P. 12111-12116.

224. Li Y., Svehla K., Mathy N.L, Voss G., Mascola J.R., Wyatt R. Characterization of antibody responses elicited by human immunodeficiency virus type 1 primary isolate trimeric and monomeric envelope glycoproteins in selected adjuvants // Journal of Virology. - 2006. - Vol. 80. - N. 3. - P. 1414-1426.

225. Tran K., Poulsen C., Guenaga J., de Val Alda N., Wilson R., Sundling C., Li Y., Stanfield R., Wilson I., Ward A., Karlsson Hedestam G.B, Wyatt R. Vaccine-elicited primate antibodies use a distinct approach to the HIV-1 primary receptor binding site informing vaccine redesign // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2014.

- Vol. 111. - N. 7. - P. E738- E747.

226. Sanders R.W. Clinical evaluation of a soluble trimeric HIV-1 envelope glycoprotein vaccine // Expert Review of Vaccines. - 2011. - Vol. 10. - N. 8. - P. 1117-1122.

227. Pugach P., Ozorowski G., Cupo A., Ringe R., Yasmeen A., de Val N., Derking R., Kim H., Korzun J., Golabek M., de Los Reyes K., Ketas T., Julien J., Burton D., Wilson I., Sanders R., Klasse P., Ward A., Moore J. A native-like SOSIP.664 trimer based on an HIV-1 subtype B env gene // Journal of Virology. - 2015. - Vol. 89. - N. 6.

- P. 3380-3395.

228. Julien J., Lee J.H., Ozorowski G., Hua Y., Torrents de la Pena A., de Taeye S.W.,

Nieusma T., Cupo A., Yasmeen A., Golabek M., Pugach P., Klasse P., Moore J., Sanders R., Ward A., Wilson I. Design and structure of two HIV-1 clade C SOSIP.664 trimers that increase the arsenal of native-like Env immunogens // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2015. - Vol. 112. - N. 38. - P. 1-6.

229. Guenaga J., de Val N., Tran K., Feng Y., Satchwell K., Ward A.B., Wyatt R. Well-ordered trimeric HIV-1 subtype B and C soluble spike mimetics generated by negative selection display native-like properties // PLoS Pathogens. - 2015. - Vol. 11. - N. 1. -P. e1004570.

230. Sanders R.W., Vesanen M., Schuelke N., Master A., Schiffner L., Kalyanaraman R., Paluch M., Berkhout B., Maddon P., Olson W., Lu M., Moore J. Stabilization of the soluble, cleaved, trimeric form of the envelope glycoprotein complex of human immunodeficiency virus type 1 // Journal of Virology. - 2002. - Vol. 76. - N. 17. -P. 8875-8889.

231. Do Kwon Y., Pancera M., Acharya P., Georgiev I.S., Crooks E.T., Gorman J., Gordon Joyce M., Guttman M., Ma X., Narpala S., Soto C., Terry D., Yang Y., Zhou T., Ahlsen G., Bailer R., Chambers M., Chuang G., Doria-Rose N., Druz A., Hallen M., Harned A., Kirys T., Louder M., Ofek G., Osawa K., Prabhakaran M., Sastry M., Stewart-Jones G., Stuckey J., Thomas P., Tittley T., Williams C., Zhang B., Zhao H., Zhou Z., Donald B., Lee L., Zolla-Pazner S., Baxa U., Sch A., Freire E., Shapiro L., Lee K., Arthos J., Munro J., Blanchard S., Mothes W., Binley J., McDermott A., Mascola J., Kwong P. Crystal structure, conformational fixation and entry-related interactions of mature ligand-free HIV-1 Env // Nature Structural & Molecular Biology.

- 2015. - Vol. 22. - N. 7. - P. 522-531.

232. Cai Q., Peng G., Bu L., Lin Y., Zhang L., Lustigmen S., Wang H. Immunogenicity and in vitro protective efficacy of a polyepitope Plasmodium falciparum candidate vaccine constructed by epitope shuffling // Vaccine. - 2007. - T. 25. - №. 28. - C. 5155-5165.

233. Bouche F.B., Steinmetz A., Yanagi Y., Muller C.P. Induction of broadly neutralizing antibodies against measles virus mutants using a polyepitope vaccine strategy // Vaccine.

- 2005. - Vol. 23. - N. 17. - P. 2074-2077.

234. Kumar A., Kumar V., Shukla G., Rao K. Immunological characteristics of a recombinant hepatitis B virus-derived multiple-epitope polypeptide: a study in polyvalent vaccine design // Vaccine. - 1994. - Vol. 12. - N. 3. - P. 259-266.

235. Eroshkin A.M., Karginova E.A., Gileva I.P., Lomakin A.S., Lebedev L.R., Kamyinina T.P., Pereboev A., Ignat'ev G. Design of four-helix bundle protein as a candidate for HIV vaccine //Protein engineering. - 1995. - Vol. 8. - N. 2. - P. 167-173.

236. Kelleher A.D., Emery S., Cunningham P., Duncombe C., Carr A., Golding H., Forde S., Hudson J., Roggensack M., Forrest B., Cooper D. Safety and immunogenicity of UBI HIV-1MN octameric V3 peptide vaccine administered by subcutaneous injection // AIDS Research and Human Retroviruses. - 1997. - Vol. 13. - N. 1. - P. 29-32.

237. Berman P.W., Huang W., Riddle L., Gray A.M., Wrin T., Vennari J., Johnson A., Klaussen M., Prashad H., Köhne C., deWit C., Gregory T. Development of bivalent (B/E) vaccines able to neutralize CCR5-dependent viruses from the United States and Thailand // Virology. - 1999. - Vol. 265. - N. 1. - P. 1-9.

238. Pitisuttithum P., Nitayaphan S., Thongcharoen P., Khamboonruang C., Kim J., de Souza M., Chuenchitra T., Garner R., Thapinta D., Polonis V., Ratto-Kim S., Chanbancherd P., Chiu J., Birx D., Duliege A., McNeil J., Brown A. Safety and immunogenicity of combinations of recombinant subtype E and B human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein 120 vaccines in healthy Thai adults // The Journal of Infectious Diseases. - 2003. - Vol. 188. - N. 2. - P. 219-227.

239. Belshe R.B., Stevens C., Gorse G.J., Buchbinder S., Weinhold K., Sheppard H., Stablein D., Self S., Mcnamara J., Frey S., Flores J., Excler J., Klein M., Habib R., Duliege A., Harro C., Corey L., Keefer M., Mulligan M., Wright P., Celum C., Judson F., Mayer K., Mckirnan D., Marmor M., Woody G. Safety and Immunogenicity of a Canarypox-Vectored Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vaccine with or without gp120: A Phase 2 Study in Higher-and Lower-Risk Volunteers // Journal of Infectious Diseases. - 2001. - Vol. 183. - N. 9. - P. 1343-1352.

240. Haynes B.F., Gilbert P.B., McElrath J.M., Zolla-Pazner S., Tomaras G.D., Alam S.M., Evans D., Montefiori D., Karnasuta C., Sutthent R., Liao H., DeVico A., Lewis G., Williams C., Pinter A., Fong Y., Janes H., DeCamp A., Huang Y., Rao M., Billings E., Karasavvas N., Bailer R., Soderberg K., Andrews C., Berman P., Frahm N., De Rosa S., Alpert M., Yates N., Shen X., Koup R., Pitisuttithum P., Kaewkungwal J., Nitayaphan S., Rerks-Ngarm S., Michael N., Kim J. Immune-Correlates Analysis of an HIV-1 Vaccine Efficacy Trial // The New England Journal of Medicine. - 2012. -Vol. 366. - N. 14. - P. 1275-1286.

241. Hammer S.M., Sobieszczyk M.E., Janes H., Karuna S.T., Mulligan M.J., Grove D., Koblin B., Buchbinder S., Keefer M., Tomaras G., Frahm N., Hural J., Anude C., Graham B., Enama M., Adams E., DeJesus E., Novak R., Frank I., Bentley C., Ramirez S., Fu R., Koup R., Mascola J., Nabel G., Montefiori D., Kublin J., McElrath M., Corey L., Gilbert P. Efficacy trial of a DNA/rAd5 HIV-1 preventive vaccine // The New England Journal of Medicine. - 2013. - Vol. 369. - N. 22. -P.2083-2092.

242. Goepfert P.A., Elizaga M.L., Seaton K., Tomaras G.D., Montefiori D.C., Sato A, Hural J., DeRosa S., Kalams S., McElrath M., Keefer M., Baden L .,Lama J., Sanchez J., Mulligan M., Buchbinder S., Hammer S., Koblin B., Pensiero M., Butler C., Moss B., Robinson H. Specificity and 6-month durability of immune responses induced by DNA and recombinant modified vaccinia ankara vaccines expressing HIV-1 virus-like particles // Journal of Infectious Diseases. - 2014. - Vol. 210. - N. 1. - P. 99-110.

243. Karpenko L.I., Lebedev L.R., Ignatyev G.M., Agafonov A.P., Poryvaeva V.A., Pronyaeva T.R., Ryabchikova E., Pokrovsky A., Ilyichev A.A. Construction of artificial virus-like particles exposing HIV epitopes, and the study of their immunogenic properties // Vaccine. - 2003. - Vol. 21. - N. 5-6. - P. 386-392.

244. Карпенко Л.И., Бажан С.И., Богрянцева М.П., Рындюк Н.Н., Гинько З.И., Кузубов В.И., Лебедев Л.Р., Каплина О.Н., Регузова А.Ю., Рыжиков А.Б., Усова С.В., Орешкова С.Ф., Нечаева Е.А., Даниленко Е.Д., Ильичев АА. Комбинированная вакцина против ВИЧ-1 на основе искусственных полиэпитопных иммуногенов: результаты I фазы клинических испытаний // Биоорганическая химия. - 2016. - Vol. 42. - N. 2. - P. 191-204.

245. Mascola J.R., D'Souza P., Gilbert P., Hahn B.H., Haigwood N.L., Morris L., Petropoulos C., Polonis V., Sarzotti M., Montefiori D. Recommendations for the Design and Use of Standard Virus Panels To Assess Neutralizing Antibody Responses Elicited by Candidate Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vaccines // Journal of Virology. -2005. - Vol. 79. - N. 16. - P. 10103-10107.

246. Hanafusa H., Hanafusa T., Rubin H. The defectiveness of Rous sarcoma virus // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1963. - Vol. 49. - P. 572-580.

247. Rubin H. Genetic control of cellular susceptibility to pseudotypes of Rous sarcoma virus // Virology. - 1965. - Vol. 26. - P. 270-276.

248. Zavada J. The pseudotypic paradox // Journal of General Virology. - 1982. - P. 15-24.

249. Chesebro B., Wehrly K. Differential Expression in Human and Mouse Cells of Human Immunodeficiency Virus Pseudotyped by Murine Retroviruses //Journal of virology. -1990. - Vol. 64. - N. 9. - P. 4553-4557.

250. Spector D.H., Wade E., Wright D.A., Koval V., Clark C., Jaquish D., Spector S. Human Immunodeficiency Virus Pseudotypes with Expanded Cellular and Species Tropism // Journal of virology. - 1990. - Vol. 64. - N. 5. - P. 2298-2308.

251. Lusso P., Di F., Veronese M., Ensoli B., Franchini G., Jemma C., DeRocco S., Kalyanaraman V., Gallo R. Expanded HIV-1 Cellular Tropism by Phenotypic Mixing with Murine Endogenous Retroviruses // Science. - 1990. - Vol. 247. - N. 4944. -P. 848-853.

252. Hoffman D., Hardy D., Sernatinger J., Levy J. Replication of HIV-1 in a Wide Variety of Animal Cells following Phenotypic Mixing with Murine Retroviruses // Virology. -1990. - Vol. 178. - N. 2. - P. 543-551.

253. Burns J.C., Friedmann T., Drievert W., Burrascano M., Yee J.K. Vesicular stomatitis virus G glycoprotein pseudotyped retroviral vectors: Concentration to very high titer and efficient gene transfer into mammalian and nonmammalian cells (gene therapy/zebrafish) // Genetics. - 1993. - Vol. 90. - P. 8033-8037.

254. Yee J.K., Friedmann T., Burns J.C.. Generation of high-titer pseudotyped retroviral vectors with very broad host range // Methods in Cell Biology. - 1994. - Vol. 43. -P. 99-112.

255. Aiken C. Pseudotyping human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) by the glycoprotein of vesicular stomatitis virus targets HIV-1 entry to an endocytic pathway and suppresses both the requirement for Nef and the sensitivity to cyclosporin A // Journal of virology. - 1997. - Vol. 71. - N. 8. - P. 5871-5877.

256. Garoff H., Hewson R., Opstelten D. Virus Maturation by Budding // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 1998. - Vol. 62. - N. 4. - P. 1171-1190.

257. Nermut M.V., Hockley D.J., Jowett J.B., Jones I.M., Garreau M., Thomas D.. Fullerene-like organization of HIV gag-protein shell in virus-like particles produced by recombinant baculovirus // Virology. - 1994. - Vol. 198. - N. 1. - P. 288-296.

258. Page K.A., Landau N.R., Littman D.R. Construction and use of a human immunodeficiency virus vector for analysis of virus infectivity // Journal of virology. -

1990. - Vol. 64. - N. 11. - P. 5270-5276.

259. Helseth E., Kowalski M., Gabuzda D., Olshevsky U., Haseltine W., Sodroskil J. Rapid Complementation Assays Measuring Replicative Potential of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Envelope Glycoprotein Mutants // Journal of virology. - 1990. - Vol. 64. -N. 5. - P. 2416-2420.

260. Landau N.R., Page K.A., Littman D.R. Pseudotyping with human T-cell leukemia virus type I broadens the human immunodeficiency virus host range // Journal of virology. -

1991. - Vol. 65. - N. 1. - P. 162-169.

261. Pluta K., Kacprzak M.M. Use of HIV as a gene transfer vector // Acta Biochimica Polonica. - 2009. - Vol. 56. - N. 4. - P. 531-595.

262. King B., Temperton N.J., Grehan K., Scott S.D., Wright E., Tarr A.W., Daly J. Technical considerations for the generation of novel pseudotyped viruses // Future Virology. - 2016. - Vol. 11. - N. 1. - P. 47-59.

263. Wei X., Decker J.M., Liu H., Zhang Z., Arani R.B., Kilby J.M., Saag M., Wu X., Shaw G., Kappes J. Emergence of resistant human immunodeficiency virus type 1 in patients receiving fusion inhibitor (T-20) monotherapy // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2002. - Vol. 46. - N. 6. - P. 1896-1905.

264. Polonis V.R., Brown B.K., Borges A.R., Zolla-Pazner S., Dimitrov D.S., Zhang M.Y., Barnett S., Ruprecht R., Scarlatti G., Fenyo E., Montefiori D., McCutchan F., Michael N. Recent advances in the characterization of HIV-1 neutralization assays for standardized evaluation of the antibody response to infection and vaccination // Virology. - 2008. - Vol. 375. - N. 2. - P. 315-320.

265. Mann A.M., Rusert P., Berlinger L., Kuster H., Gü Nthard H.F., Trkola A. HIV sensitivity to neutralization is determined by target and virus producer cell properties // AIDS. - 2009. - Vol. 23. - N. 13. - P. 1659-1667.

266. Platt E.J., Wehrly K., Kuhmann S.E., Chesebro B., Kabat D. Effects of CCR5 and CD4 Cell Surface Concentrations on Infections by Macrophagetropic Isolates of Human Immunodeficiency Virus Type 1 // Journal of virology. - 1998. - Vol. 72. - N. 4. -P. 2855-2864.

267. Wei X., Decker J.M., Liu H., Zhang Z., Arani R.B., Kilby J.M., Saag M., Wu X., Shaw G., Kappes J. Emergence of resistant human immunodeficiency virus type 1 in patients receiving fusion inhibitor (T-20) monotherapy // Antimicrobial Agents and

Chemotherapy. - 2002. - Vol. 46. - N. 6. - P. 1896-1905.

268. Wei X., Decker J.M., Wang S., Hui H., Kappes J.C., Wu X., Salazar-Gonzalez J.F., Salazar M.G., Kilby J.M., Saag M.S., Komarova N.L., Nowak M.A., Hahn B.H., Kwong P.D., Shaw G. Antibody neutralization and escape by HIV-1 // Nature. - 2003. -Vol. 422. - N. 6929. - P. 307-312.

269. Takeuchi Y., McClure M.O., Pizzato M. Identification of gammaretroviruses constitutively released from cell lines used for human immunodeficiency virus research // Journal of virology. - 2008. - Vol. 82. - N. 24. - P. 12585-12588.

270. Platt E.J., Bilska M., Kozak S.L., Kabat D., Montefiori D.C. Evidence that ecotropic murine leukemia virus contamination in TZM-bl cells does not affect the outcome of neutralizing antibody assays with human immunodeficiency virus type 1 // Journal of virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 16. - P. 8289-8292.

271. Geonnotti A.R., Bilska M., Yuan X., Ochsenbauer C., Edmonds T.G., Kappes J.C., Liao H., Haynes B., Montefiori D. Differential Inhibition of Human Immunodeficiency Virus Type 1 in Peripheral Blood Mononuclear Cells and TZM-bI Cells by Endotoxin-Mediated Chemokine and Gamma Interferon Production // AIDS Research and Human Retroviruses. - 2010. - Vol. 26. - N. 3. - P. 279-291.

272. Montefiori D.C., Karnasuta C., Huang Y., Ahmed H., Gilbert P., De Souza M.S., McLinden R., Tovanabutra R., Laurence-Chenine A., Sanders-Buell E., Moody M.A., Bonsignori M., Ochsenbauer C., Kappes J., Tang H., Greene K., Gao H., LaBranche C.C., Andrews C., Polonis V.R., Rerks-Ngarm S., Pitisuttithum P., Nitayaphan S., Kaewkungwal J., Self S.G., Berman P.W., Francis D., Sinangil F., Lee C., Tartaglia J., Robb M.L., Haynes B.F., Michael N.L., Kim J.H. Magnitude and breadth of the neutralizing antibody response in the RV144 and Vax003 HIV-1 vaccine efficacy trials // The Journal of Infectious Diseases. - 2012. - Vol. 206. - N. 3. - P. 431441.

273. Choudhry V., Zhang M.Y., Harris I., Sidorov I.A., Vu B., Dimitrov A.S., Fouts T., Dimitrov D. Increased efficacy of HIV-1 neutralization by antibodies at low CCR5 surface concentration //Biochemical and biophysical research communications. - 2006. -Vol. 348. - N. 3. - P. 1107-1115.

274. McLinden R.J., Labranche C.C., Chenine A.L., Polonis V.R., Eller M.A., Wieczorek L., Ochsenbauer C., Kappes J., Perfetto S., Montefiori D., Michael N., Kim J. Detection of

HIV-1 neutralizing antibodies in a human CD4+/CXCR4+/CCR5+ T-lymphoblastoid cell assay system // PLoS One. - 2013. - Vol. 8. - N. 11. - P. e77756.

275. Validation of Analytical Procedures: Text and methodology Q2(R1) step4. 2005.

276. Ozaki D.A., Gao H., Todd C.A., Greene K.M., Montefiori D.C., Sarzotti-Kelsoe M. International technology transfer of a GCLP-compliant HIV-1 neutralizing antibody assay for human clinical trials // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - N. 1. - P. e30963..

277. Todd C.A., Greene K.M., Yu X., Ozaki D.A., Gao H., Huang Y., Wang M., Li G., Brown R., Wood B., D'Souza M.P., Gilbert P., Montefiori D.C., Sarzotti-Kelsoe M. Development and implementation of an international proficiency testing program for a neutralizing antibody assay for HIV-1 in TZM-bl cells // Journal of Immunological Methods. - 2012. - Vol. 375. - N. 1-2. - P. 57-67.

278. Sarzotti-Kelsoe M., Bailer R.T., Turk E., Lin C., Bilska M., Greene K.M., Gao H., Todd C., Ozaki D., Seaman M., Mascola J., Montefiori D. Optimization and validation of the TZM-bl assay for standardized assessments of neutralizing antibodies against HIV-1 // Journal of Immunological Methods. - 2014. - Vol. 409. - P. 131-146.

279. Schultz A., Koch S., Fuss M., Mazzotta A.S., Sarzotti-Kelsoe M., Ozaki D.A., Montefiori D., von Briesen H., Zimmermann H., Meyerhans A. An Automated HIV-1 Env-Pseudotyped Virus Production for Global HIV Vaccine Trials // PLoS One. - 2012 - Vol. 7. - N. 12. - P. e51715.

280. Revilla A., Delgado E., Christian E.C., Dalrymple J., Vega Y., Carrera C., González-Galeano M., Ocampo A., de Castro R., Lezaún M., Rodríguez R., Mariño A., Ordóñez P., Cilla G., Cisterna R., Santamaría J., Prieto S., Rakhmanova A., Vinogradova A., Ríos M., Pérez-Álvarez L., Nájera R., Montefiori D., Seaman M., Thomson M. Construction and phenotypic characterization of HIV type 1 functional envelope clones of subtypes G and F // AIDS Research and Human Retroviruses. -2011. - Vol. 27. - N. 8. - P. 889-901.

281. Nie J., Wang W., Wen Z., Song A., Hong K., Lu S., Zhong P., Xu J., Kong W., Li J., Shang H., Ling H., Ruan L., Wang Y. Optimization and proficiency testing of a pseudovirus-based assay for detection of HIV-1 neutralizing antibody in China // Journal of virological methods. - 2012. - Vol. 185. - N. 2. - P. 267-275.

282. Blish C.A., Jalalian-Lechak Z., Rainwater S., Nguyen M.A., Dogan O.C., Overbaugh J. Cross-subtype neutralization sensitivity despite monoclonal antibody resistance among

early subtype A, C, and D envelope variants of human immunodeficiency virus type 1 // Journal of virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 15. - P. 7783-7788.

283. Li M., Gao F., Mascola J.R., Stamatatos L., Polonis V.R., Koutsoukos M., Voss G., Goepfert P., Gilbert P., Greene K., Bilska M., Kothe D., Salazar-gonzalez J., Wei X., Decker J., Hahn B., Montefiori D. Human immunodeficiency virus type 1 env clones from acute and early subtype B infections for standardized assessments of vaccine-elicited neutralizing antibodies // Journal of virology. - 2005. - Vol. 79. - N. 16. -P.10108-10125.

284. Kulkarni S.S., Lapedes A., Tang H., Gnanakaran S., Daniels M.G., Zhang M., Bhattacharya T., Li M., Polonis V., McCutchan F., Morris L., Ellenberger D., Butera S., Bollinger R., Korber B., Paranjape R., Montefiori D. Highly complex neutralization determinants on a monophyletic lineage of newly transmitted subtype C HIV-1 Env clones from India // Virology. - 2009. - Vol. 385. - N. 2. - P. 505-520.

285. Li M., Salazar-Gonzalez J.F., Derdeyn C.A., Morris L., Williamson C., Robinson J.E., Decker J., Li Y., Salazar M., Polonis V., Mlisana K., Karim S., Hong K., Greene K., Bilska M., Zhou J., Allen S., Chomba E., Mulenga J., Vwalika C., Gao F., Zhang M., Korber B., Hunter E., Hahn B., Montefiori D. Genetic and neutralization properties of subtype C human immunodeficiency virus type 1 molecular env clones from acute and early heterosexually acquired infections in Southern Africa // Journal of virology. -2006. - Vol. 80. - N. 23. - P. 11776-11790.

286. deCamp A., Hraber P., Bailer R.T., Seaman M.S., Ochsenbauer C., Kappes J., Gottardo R., Edlefsen P., Self S., Tang H., Greene K., Gao H., Daniell X., Sarzotti-Kelsoe M., Gorny M., Zolla-Pazner S., LaBranche C., Mascola J., Korber B., Montefiori D. Global panel of HIV-1 Env reference strains for standardized assessments of vaccine-elicited neutralizing antibodies // Journal of virology. - 2014. - Vol. 88. -N. 5. - P. 2489-2507.

287. Decker J.M., Bibollet-Ruche F., Wei X., Wang S., Levy D.N., Wang W., Delaporte E., Peeters M., Derdeyn C., Allen S., Hunter E., Saag M., Hoxie J., Hahn B., Kwong P., Robinson J., Shaw G. Antigenic conservation and immunogenicity of the HIV coreceptor binding site //Journal of Experimental Medicine. - 2005. - Vol. 201. - N. 9. -P. 1407-1419.

288. Davis K.L., Gray E.S., Moore P.L., Decker J.M., Salomon A., Montefiori D.C.,

Graham B., Keefer M., Pinter A., Morris L., Hahn B., Shaw G. High titer HIV-1 V3-specific antibodies with broad reactivity but low neutralizing potency in acute infection and following vaccination // Virology. - 2009. - Vol. 387. - N. 2. - P. 414-426.

289. Маниатис, Т., Фрич, Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. - М.: 1984. - 479 c.

290. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 // Nature. - 1970. - Vol. 227. - N. 5259. - P. 680-685.

291. Towbin H., Gordon J. Immunoblotting and dot immunobinding - current status and outlook // Journal of immunological methods. - 1984. - Vol. 72. - N. 2. - P. 313-340.

292. Salazar-Gonzalez J.F., Bailes E., Kimmy T., Salazar M.G., Guffey M.B., Keele B.F., Derdeyn C., Farmer P., Hunter E., Allen S., Manigart O., Mulenga J., Anderson J., Swanstrom R., Haynes B., Athreya G., Korber B., Sharp P., Shaw G., Hahn B., Salazar-gonzalez J., Pham K. Deciphering Human Immunodeficiency Virus Type 1 Transmission and Early Envelope Diversification by Single-Genome Amplification and Sequencing Deciphering Human Immunodeficiency Virus Type 1 Transmission and Early Envelope Diversification by Single-Genome // Journal of Virology. - 2008. -Vol. 82. - N. 8. - P. 3952-3970.

293. Moldt B., Rakasz E.G., Schultz N., Chan-Hui P., Swiderek K., Weisgrau K.L., Piaskowski S., Bergman Z., Watkins D., Poignard P., Burton D. Highly potent HIV-specific antibody neutralization in vitro translates into effective protection against mucosal SHIV challenge in vivo // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2012. - Vol. 109. - N. 46. - P. 18921-18925.

294. Shingai M., Nishimura Y., Klein F., Mouquet H., Donau O.K., Plishka R., Buckler-White A., Seaman M., Piatak M., Lifson J., Dimitrov D., Nussenzweig M., Martin M. Antibody-mediated immunotherapy of macaques chronically infected with SHIV suppresses viraemia // Nature. - 2013. - Vol. 503. - N. 7475. - P. 277-280.

295. Anthony F.S., Hilary M.D. Ending AIDS — Is an HIV Vaccine Necessary? // The New England journal of medicine. - 2014. - Vol. 370. - N. 6. - P. 495.

296. Scott J.K., Smith G.P. Searching for peptide ligands with an epitope library // Science. -1990. - Vol. 249. - N. 4967. - P. 386-390.

297. Туманова О.Ю., Кувшинов В.Н., Орловская И.А., Проняева Т.Р., Покровский А.Г., Ильичев А. А. Иммуногенные свойства пептидов-имитаторов эпитопа белка gp41

вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1), узнаваемого нейтрализующим антителом 2F5 // Молекулярная биология. - 2003. - Т. 37. - № 3. - С. 556-560.

298. Menendez A., Chow K.C., Pan O.C., Scott J.K. Human immunodeficiency virus type 1-neutralizing monoclonal antibody 2F5 is multispecific for sequences flanking the DKW core epitope // Journal of Molecular Biology. - 2004 - Vol. 338. - N. 2. - P. 311-327.

299. Menendez A., Calarese D.A., Stanfield R.L., Chow K.C., Scanlan C.N., Kunert R., Katinger H., Burton D., Wilson I., Scott J. A peptide inhibitor of HIV-1 neutralizing antibody 2G12 is not a structural mimic of the natural carbohydrate epitope on gp120 // The FASEB Journal. - 2008. - Vol. 22. - N. 5. - P. 1380-1392.

300. Saphire E.O., Montero M., Menendez A., van Houten N.E., Irving M.B., Pantophlet R., Zwick M., Parren P., Burton D., Scott J., Wilson I. Structure of a High-affinity "Mimotope" Peptide Bound to HIV-1-neutralizing Antibody b12 Explains its Inability to Elicit gp120 Cross-reactive Antibodies // Journal of Molecular Biology. - 2007. -Vol. 369. - N. 3. - P. 696-709.

301. Muster T., Steindl F., Purtscher M., Trkola A., Klima A., Himmler G., Ruker F., Katinger H. A conserved neutralizing epitope on gp41 of human immunodeficiency virus type 1 // Journal of Virology. - 1993. - Vol. 67. - N. 11. - P. 6642-6647.

302. Bryson S., Julien J., Hynes R.C., Pai E.F. Crystallographic definition of the epitope promiscuity of the broadly neutralizing anti-human immunodeficiency virus type 1 antibody 2F5: vaccine design implications // Journal of Virology. - 2009. - Vol. 83. - N. 22. - P.11862-11875.

303. Zwick M.B., Jensen R., Church S., Wang M., Stiegler G., Kunert R., Katinger H., Burton D. Anti-human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) antibodies 2F5 and 4E10 require surprisingly few crucial residues in the membrane-proximal external region of glycoprotein gp41 to neutralize HIV-1 // Journal of Virology. - 2005. - Vol. 79. - N. 2. - P. 1252-1261.

304. Julien J.P., Bryson S., Nieva J.L., Pai E.F. Structural Details of HIV-1 Recognition by the Broadly Neutralizing Monoclonal Antibody 2F5: Epitope Conformation, Antigen-Recognition Loop Mobility, and Anion-Binding Site // Journal of Molecular Biology. -2008. - Vol. 384. - N. 2. - P. 377-392.

305. Мойса АА. Иммуногенные конструкции на основе фрагментов оболочечного белка Е2 вируса гепатита С : дис. ... канд. биол. наук : 03.01.04 / Мойса Александр

Александрович. - М., 2011. - 160 с.

306. Fischer D., Li Y., Ahlemeyer B., Krieglstein J., Kissel T. In vitro cytotoxicity testing of polycations: Influence of polymer structure on cell viability and hemolysis // Biomaterials. - 2003. - Vol. 24. - N. 7. - P. 1121-1131.

307. Escolano A., Steichen J.M., Dosenovic P., Kulp D.W., Golijanin J., Sok D., Freund N., Gitlin A., Oliveira T., Araki T., Lowe S., Chen S., Heinemann J., Yao K., Georgeson E., Saye-Francisco K., Gazumyan A., Adachi Y., Kubitz M., Burton D., Schief W., Nussenzweig M. Sequential Immunization Elicits Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibodies in Ig Knockin Mice // Cell. - 2016. - Vol. 166. - N. 6. - P. 1445-1458.

308. Steichen J.M., Kulp D.W., Tokatlian T., Escolano A., Dosenovic P., Stanfield R.L., McCoy L., Ozorowski G., Hu X., Kalyuzhniy O., Briney B., Schiffner T., Garces F., Freund N., Gitlin A., Menis S., Georgeson E., Kubitz M., Adachi Y., Jones M., Mutafyan A., Yun D., Mayer C., Ward A., Burton D., Wilson I., Irvine D., Nussenzweig M., Schief W. HIV Vaccine Design to Target Germline Precursors of Glycan-Dependent Broadly Neutralizing Antibodies // Immunity. - 2016. - Vol. 45. -N. 3. - P. 483-496.