Хитинолитический и пектинолитический микробные комплексы наземных экосистем тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат биологических наук Лукачева, Евгения Георгиевна

• Лукачева, Евгения Георгиевна
• кандидат биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Лукачева, Евгения Георгиевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИИЕ

Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Микробные сообщества разных ярусов

1.2 Гидролитические микроорганизмы

1.3Хитин и его производные

1.4 Использование хитина в промышленности и сельском хозяйстве

1.5 Разложение хитина почвенными микроорганизмами

1.6 Хитин и целлюлоза

1.7 Пектин. Строение и свойства

1.8 Использование пектина в промышленности и медицине

1.9 Действие ферментов

1.10 Разложение пектина микроорганизмами

Глава И. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Объекты исследования

2.2. Методы исследования

2.2.1 Изучение эмиссии диоксида углерода из образцов исследуемых почв газовохроматографическим методом

2.2.2 Определение численности разных групп микроорганизмов

люминесцентномикроскопическим методом

2.2.3 Определение структуры хитинолитического и пектинолитического микробных комплексов в почвах методом FISH

2.2.4 Дифференцированный учет хитинолитических и пектинолитических

микроорганизмов

ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Эмиссия С02 и общая биомасса микроорганизмов для контрольных и опытных образцов микрокосмов надземного, наземного и почвенного ярусов на примере лесной экосистемы на 10-е сутки эксперимента

3.2 Динамика эмиссии С02 из образцов микрокосмов разных ярусов лесного биогеоценоза

3.3 Биомасса микроорганизмов в пространственно-сукцессионном ряду (листья, подстилка, почва) наземных экосистем, принадлежащих разным биоклиматическим зонам

3.4 Отклик разных групп микроорганизмов на внесение хитина

3.5 Удельная активность дыхания микробных сообществ лесного биогеоценоза при внесении полисахаридов на 10-е сутки опыта

3.6 Анализ структурных и функциональных показателей при деструкции полисахаридов в почвах

3.7 Соотношение численности эубактерий, архей и метаболически неактивных клеток прокариотных микроорганизмов в образцах почвы, подстилки и листьев на 10-е сутки сукцессии

3.8 Численность отдельных филогенетических групп

домена Bacteria хитинолитического и пектинолитического микробных комплексов черноземной зоны

3.9 Анализ доминантов хитинолитических и пектинолитических микроорганизмов в исследуемых образцах, выделяемых на плотные питательные среды

3.10 Анализ доминантов хитинолитических и пектинолитических микроорганизмов в исследуемых образцах, выделяемых на плотные питательные среды

3.11 Регрессионный анализ структурных показателей микробного сообщества (грибов и актиномицетов) в наземных экосистемах разных

биоклиматических зон в рамках вертикально-ярусного подхода

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ОПУБЛИКОВАННЫХ РАБОТ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Хитинолитический и пектинолитический микробные комплексы наземных экосистем»

ВВЕДЕНИЕ

Растительные сообщества благодаря вертикально-ярусной организации определяют пространственную структуру микробных комплексов в экосистемах. Вертикально-ярусный подход подразумевает одновременное исследование микробоценозов в пределах надземного, наземного (подстилка) и почвенного ярусов экосистем.

Для наземных биогеоценозов определяющим фактором, влияющим на стратификацию микроорганизмов, является характер и доступность субстрата, формирующего определенный тип питания микробиоты. Так в филлоплане это прижизненные экссудаты растений, в подстилках -биополимеры, в почве - гумусовые компоненты. При этом все ярусы связаны между собой единым потоком органического вещества и представляют собой разделенные в пространстве стадии сукцессии по разложению органических веществ (Звягинцев и др., 2005). В связи с тем, что микробные сообщества играют первостепенную роль в круговороте веществ и потоках энергии, определяя тем самым гомеостаз экосистем, актуальным представляется вопрос о закономерности распространения гидролитических микробных комплексов наземных экосистем, их видового состава и метаболической активности.

В микробиологии направление, связанное с ярусной организацией растительных сообществ до последнего времени почти не развивалось (Звягинцев, 2005). При сравнении микробных комплексов разных природных

зон анализировались лишь гумусовые горизонты (А1) почвенного профиля. При таком подходе учитывалась лишь незначительная часть микробного сообщества. Но с развитием современных молекулярно-биологических методов в рамках вертикально-ярусного подхода стратиграфический анализ микробных сообществ позволяет определить таксономическую принадлежность, активность и функциональную значимость компонентов микробных гидролитических комплексов.

Такие полисахариды, как хитин и пектин входят в состав матрикса клеточных стенок различных организмов и, постоянно присутствуя в наземных биогеоценозах, представляют собой пул органического углерода и азота (МаписЬагоуа, 2009), их минерализация имеет важное значение для биогеохимических циклов этих элементов в биосфере (Ооос1ау, 1990; Каг^ е1 а1., 2005). Наличие в молекуле хитина ацетамидных групп придает ему особо ценные в практическом отношении свойства (Феофилова, 1992). Известно, например, что препарат на основе бактериальной хитиназы является перспективным экологически безопасным средством биологического контроля над фитопатогенными грибами (ЕкагаЬПу е1 а1., 2000). Кроме того, в последнее время активно ведутся работы по изучению этих полисахаридов в качестве биосорбента.

В связи с ростом применения в сельском хозяйстве, пищевой промышленности, медицине и косметологии таких полисахаридов как пектин и хитин, а также с их широкой распространенностью в наземных

экосистемах, актуальным является вопрос определения активности и структуры гидролитических комплексов этих полисахаридов.

Целью диссертационной работы - установить закономерности распространения гидролитических микробных комплексов, осуществляющих деструкцию полисахаридов (хитина и пектина) в наземных экосистемах различных биоклиматических зон, их метаболическую активность и филогенетическую принадлежность.

В задачи исследования входило:

1. Оценить динамику функциональных и структурных показателей метаболически активных микроорганизмов-гидролитиков, населяющих надземный (филлосферу), наземный (подстилку) и почвенный (гумусовый горизонт Al) ярусы наземных экосистем различных биоклиматических зон.

2. В условиях лабораторного микрокосма определить активность микробной деструкции полисахаридов в различных ярусах степной, лесной и таежной экосистем.

3. Исследовать разнообразие и численность отдельных филогенетических групп домена Bacteria метаболически активных микроорганизмов-гидролитиков исследуемых биогеоценозов.

4. Выявить наиболее активные группы прокариот, участвующих в разложении исследуемых биополимеров, и видовое разнообразие

доминантов гидролитических сообществ. В условиях микрокосмов установить возможность использования выделенных культур активных хитинолитиков в борьбе с фитопатогенными грибами.

Научная новизна работы заключается в определении биоразнообразия гидролитических микробных комплексов (хитинолитического и пектинолитического) и степени их функционирования в наземных экосистемах различных биоклиматических зон.

По результатам работы установлена специфическая функциональная роль микроорганизмов при деструкции биополимеров в надземной и почвенной частях экосистем.

Впервые отмечено, что развитие хитинолитического сообщества обусловлено, главным образом, прокариотными организмами, в то время как пектинолитического - его эукариотной составляющей. Для определенных условий эксперимента установлена регрессионная зависимость структурных показателей микробного сообщества (грибов и актиномицетов) в наземных экосистемах разных биоклиматических зон в рамках вертикально-ярусного подхода. Рассчитана удельная активность дыхания микробных сообществ, и установлено, что удельная активность при использовании хитина, вне зависимости от яруса исследуемого биогеоценоза, в 2-3 раза превышает удельную активность дыхания при использовании пектина, что может быть полезно для развития современной биотехнологии.

Данные, полученные в результате обработки с помощью дискриминатного и кластерного анализов, дают возможность утверждать, что среди экологических параметров, определяющих структурные показатели гидролитического комплекса, для определенных условий эксперимента, более значимым фактором является тип биогеоценоза по сравнению с внесением органического вещества и профильным уровнем системы. Подобные данные могли бы быть полезны для понимания наиболее значимых параметров для управления микробными комплексами. По результатам дискриминатного анализа установлена возможность классификации и биодиагностики образцов наземных экосистем по структурному показателю микробного комплекса, в том числе по его гидролитической составляющей.

По результатам работы выявлены различия в филогенетической структуре метаболически активных гидролитических комплексов исследуемых биогеоценозов. В хитинолитическом комплексе наряду с высокой численностью АсипоЬа^епа и Р1гпис1йе$ наблюдается увеличение таких филогенетических групп как РШеоЬаМепа, а в пектинолитическом комплексе следует отметить возрастание АЫ<ЛоЬас1епа и ВаМего1с1е1е8.

Сформулированные в диссертации положения позволяют расширить представление о распространенности гидролитических комплексов, их таксономической принадлежности и функциональной значимости. Полученные выводы позволяют оценить экологическую стратегию

структурных компонентов гидролитических комплексов.

Практическая значимость. Полученные данные могут быть использованы для разработки методов борьбы с фитопатогенными грибами и биотехнологии. Разработанные математические модели могут найти применение в биодиагностике и биогеографии. Полученные в результате диссертационной работы выводы полезны для понимания наиболее значимых параметров в управлении микробными комплексами, что может открыть новые перспективы для повышения урожайности сельскохозяйственных культур.

Апробация работы. Основные результаты диссертационной работы доложены и обсуждены на заседаниях кафедры биологии почв факультета почвоведения МГУ имени М.В. Ломоносова. Положения работы изложены в материалах к 3 международным и 1 всероссийской конференциях: Conference European Geoscience Union (Vienna, Austria - April, 2011; 2012); Eurosoil (Bari, Italy - July, 2012); VI Всероссийский съезд почвоведов им. B.B. Докучаева (Петрозаводск, Россия - август, 2012).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 7 печатных работ, из них 2 статьи в журналах, рекомендованных ВАК РФ.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 108 страницах текста, содержит 18 иллюстраций и 5 таблиц. Состоит из введения, литературного обзора, описания объектов и методов исследований, экспериментальных результатов, заключения, выводов и списка литературы (97 источников, из них 57 источников на иностранных языках).

Автор выражает глубокую признательность своему научному руководителю д.б.н. H.A. Манучаровой. Особую благодарность выражаю д.б.н. П.А. Кожевину. Искренне благодарю всех сотрудников кафедры биологии почв.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Лукачева, Евгения Георгиевна

выводы

1. Установлена специфическая функциональная роль микроорганизмов при деструкции биополимеров в наземной и почвенной системах. В наземных ярусах субстратная специфичность прослеживается в развитии преимущественно пектинолитической, а в почвенном ярусе - хитинолитической составляющей микробной компоненты.

2. Во всех исследуемых ярусах наземной экосистемы развитие хитинолитических сообществ обусловлено, главным образом, прокариотными организмами, а пектинолитических - эукариотной составляющей системы. Для определенных условий эксперимента установлена регрессионная зависимость структурных показателей микробного сообщества (грибов и актиномицетов) в наземных экосистемах разных биоклиматических зон в рамках вертикально-ярусного подхода.

3. Удельная активность дыхания почвенного микробного сообщества при использовании хитина в качестве субстрата, вне зависимости от исследуемого биогеоценоза, приблизительно в 2 раза превышает удельную активность дыхания при использовании пектина, что может быть использовано для развития современной биотехнологии.

4. Среди экологических параметров, определяющих структурные показатели гидролитического комплекса в определенных условиях эксперимента, наиболее значимым является тип биогеоценоза по сравнению с внесением органического вещества и профильным уровнем системы.

5. Установлена возможность классификации и биодиагностики образцов наземных экосистем по структурному показателю микробного комплекса, в том числе по его гидролитической составляющей.

6. Выявлены различия в филогенетической структуре метаболически активных гидролитических комплексов исследуемых биогеоценозов. В хитинолитическом комплексе наряду с высокой численностью АсйпоЪаМег'ш и Р'ттсьйеа наблюдается увеличение таких филогенетических групп как Рго1еоЬас1епа, а в пектинолитическом комплексе следует отметить возрастание АыйоЪаМег'ю, и Ва&егспс1е1е8.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Лукачева Е.Г., Чернов Т.И., Быкова Е.М., Власенко А.Н., Манучарова II.A. Характеристика филогенетической структуры гидролитического прокариотного комплекса в почвах. // Ивестия РАН. Сер. Биологическая. №1 2013. С.24-31

2. Манучарова Н.А., Корнюшенко Е.Г. (Лукачева), Ярославцев A.M., Степанов А.Л.,. Смагин А.В., Звягинцев Д.Г., Судницын .ИМ. Образование метана и рост микроорганизмов при различной влажности почв с внесением и без внесения хитина. Почвоведение. 2007. №8. С. 961-967.

3. Lukacheva Е., Manucharova N. Chitinolytic and pectinolytic community of chernozem and podzol soils. // Conference European Geoscience Union, Vienna, Austria - April, 2011. Vol.13, P.697 http://meetin.gorganizer.copernicus.org/EGU2011/EGU2011 -697.pdf

4. Lukacheva E., Manucharova N. Chitinolytic and pectinolytic community in the vertical structure of chernozem's zone ecosystems // Conference European Geoscience Union, Vienna, Austria - April, 2012. Vol.14, P.576 http://meetingorganizer.copernicus.org/EGU2012/EGU2012-576.pdf

5. Lukacheva E., Manucharova N. Chitinolytic and pectinolytic community of terrestrial ecosystems. // Eurosoil, Bari, Italy - July, 2012 http://rps.entecra.it/pages/PageData/allegati/FinalProgramme200612.pdf

6. Лукачева Е.Г. Микробная деструкция хитина и пектина в черноземе и глее-слабо-подзолистой почвах / Материалы докладов VI съезда Общества почвоведов им. В.В.Докучаева, книга 2, С.374, Петрозаводск, 13-17 авг., 2012

7. Клепцова И.Е., Корнюшенко Е.Г. (Лукачева), Глаголев М.В. Эмиссия СН4 в подзоне лесотундры: «стандартная модель» АаЗ. Динамика окружающей среды и глобальные изменения климата: Сборник научных трудов кафедры ЮНЕСКО Югорского государственного университета. 2008. Вып. 1. С. 191-199

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Таким образом, комбинирование разнообразных методов исследования позволило информативно оценить различия в структурах доминантных составляющих гидролитических сообществ наземных экосистем. По результатам работы установлена специфическая функциональная роль микроорганизмов при деструкции биополимеров в наземной и почвенной частях экосистем.

Установлена высокая активность (оцениваемая по структурным и функциональным показателям) минорных по биомассе компонентов -мицелиальных и одноклеточных прокариот при гидролизе полисахаридов. Причем впервые отмечено, что развитие хитинолитических сообществ обусловлено, главным образом, прокариотными организмами, в то время как пектинолитических - его эукариотной составляющей.

Для определенных условий эксперимента установлена регрессионная зависимость структурных показателей микробного сообщества (грибов и актиномицетов) в наземных экосистемах разных биоклиматических зон в рамках вертикально-ярусного подхода. Была рассчитана удельная активность дыхания микробных сообществ, и установлено, что удельная активность при использовании хитина, вне зависимости от яруса исследуемого биогеоценоза, в разы превышает удельную активность дыхания при использовании пектина.

Полученные данные были обработаны математическими методами статистики: дискриминатным и кластерным анализами. Полученные результаты дают возможность утверждать, что среди экологических параметров, определяющих структурные показатели гидролитического комплекса, для определенных условий эксперимента, более значимым фактором является тип биогеоценоза по сравнению с внесением органического вещества и профильным уровнем системы. Подобные данные могли бы быть полезны для понимания наиболее значимых параметров для управления микробными комплексами. По результатам дискриминатного анализа установлена возможность классификации и биодиагностики образцов наземных экосистем по структурному показателю микробного комплекса, в том числе по его гидролитической составляющей.

По результатам работы выявлены различия в филогенетической структуре метаболически активных гидролитических комплексов исследуемых биогеоценозов. В хитинолитическом комплексе наряду с высокой численностью АсйпоЬа^епа и Рптшсьиез наблюдается увеличение таких филогенетических групп как Ргс^еоЬайепа, а в пектинолитическом комплексе следует отметить возрастание Аас1оЬас1епа и ВайегснёйеБ.

Полученные выводы позволяют расширить представление о распространенности гидролитических комплексов, их таксономической принадлежности и функциональной значимости.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Лукачева, Евгения Георгиевна, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Актуганов Г.Э., Мелентьев А.И., Кузьмина Л.Ю., Галимзянова Н.Ф., Широков A.B. Хитинолитическая активность бактерий Bacillus cohn.-антагонистов фитопатогенных грибов. //Микробиология. 2003. №3 С.356-360.

2. Балабуха B.C., Разбитная JI.M., Разумовский М.О. и. др. Проблема выведения из организма долгоживущих радиоактивных изотопов. М.: Госатомиздат, 1962 -167с.

3. Булыгина Е.С. Выделения ДНК из бактерий. Микробиология. 2002. //Т. 71. № 4. С. 500-508.

4. Быков В.П., Фурман Д.И. Получение хитозана из гуммароса. Новые перспективы в исследовании хитина и хитозана. Москва-Щелково. 1999. С. 1820.

5. Гаузе Г.Ф., Преображенская Т.П., Свешникова М.А. Определитель актиномицетов // М: Наука, 1983, 248 с.

6. Горовой J1. Ф. Петюшенко А.П. Механизмы сорбции ионов металлов грибными хитинсодержащими комплексами. Новые перспективы в использовании хитина и хитозана. Москва-Щелково, 1999

7. Грачева И.М., Кривова А.Ю.. Технология ферментных препаратов.- М.: Изд-во Эвалар, 2000.-512 с.

8. Донченко JI.B., Фирсов Г.Г. Пектин основные свойства, производство и применение. М.: ДеЛи принт, 2007

9. Запороженко A.B., Слободова Н.В., Булыгина Е.С., Кравченко И.К., Кузнецов

Б.Б. Экспресс-метод выделения ДНК из бактериальных сообществ различных

почв. // Микробиология, 2006. т. 75. №1. с. 1-8. 10.Задорина Е.В., Булыгина Е.С., Колганова Т.В., Кузнецов Б.Б., Скрябин К.Г. Оценка влияния картофеля, устойчивого к фитофторозу, на структуру бактериальных сообществ почвы. // Прикладная биохимия и микробиология. -2009. - Т.45.- №1. (принята к печати) 11.Задорина Е.В., Слободова Н.В., Булыгина Е.С., Колганова Т.С., Кравченко И.К., Кузнецов Б.Б. Оценка применения метода клонирования для изучения разнообразия почвенных диазотрофов. // Микробиология. - 2009. - №2, февраль (принята к печати) 12.Звягинцев Д.Г., Зенова Г.М. Экология актиномицетов. М.: ГЕОС, 2001. 1 З.Звягинцев Д.Г., Бабьева И.П., Зенова Г.М. Биология почв М.гМГУ, 2005

14. Калакуцкий Л.В., Шарая Л.С. Актиномицеты и растения. // Успехи микробиологии. 1990. Т.25. С. 26-65.

15.Качалай и др. Методические указания по использованию в лечебно-профилактических целях пектинов и пектинсодержащих продуктов. Киев: Урожай, 1990 №5049-89- 15с.

16.Кириллова Л.Н., Муравьева М.Б., Козин А.И, Елякова Е.Г., МирощниковА.И. Полиаминосахаридсодержащие сорбенты из отходов микробиологических производств. Новые перспективы в исследовании хитина и хитозана. Москва -Щелково, 1999.

17.Кожевин П.А. Микробные популяции в природе. М.: МГУ, 1989. -175 с.

18.Кравченко И.К., Кизилова А.К., Быкова С.А., Менько Е.В., Гальченко В.Ф.

Молекулярный анализ накопительных культур с высоким сродством к метану,

выделенных из почв лесного биоценоза и агроценозов. Микробиология. 2009

19. Манучарова H.A. Молекулярно-биологические аспекты исследований в экологии и микробиологии // Москва, Изд-во МГУ, с. 47.

20.Манучарова H.A., Белова Э.В., Полянская JI.M., Зенова Г.М. Хитинолитический комплекс чернозема. // Микробиология. 2004. Е 73. В.1. С. 68-72.

21. Манучарова H.A., Власенко А.Н., Менько Е.В., Звягинцев Д.Г. Специфика хитинолитического микробного комплекса в почвах, инкубируемых при различных температурах // Микробиология. 2011. Т.80. №2. С219-229.

22.Мелентьев А.И., Актуганов Г.Э., Галимзянова Н.Ф.Роль хитиназы в проявлении антигрибной активности штаммов Bacillus sp.739. // Микробиология. 2001. Т.70.№5.С.636-641.

23.Методы почвенной микробиологии и биохимии. // М.: Изд-во МГУ. 1991. 303с.

24.Мешалкина Ю.М., Самсонова В.П. Математическая статистика в почвоведении. Практикум. М.:МАКС Пресс, 2008.- 84 с.

25.Моисеева В.Г., Зайко Г.М. Влияние чистоты пектинового препарата на физико-химические и комплексообразующие свойства пектина // Пищевая технология, 1976 №3, стр.27-30.

26.Панкратов Т.А., Белова С.Э., Дедыш С.Н. Оценка филогенетического разнообразия прокариотных микроорганизмов в сфагновых болотах с использованием метода FISH.// Микробиология, 2005. Т. 74, №6, С. 831-837.

27.Панкратов Т.А. Бактериальные сообщества сфагновых болот и их участие в деструкции природных полимеров. Диссер.к.б.н. ИнМи РАН, М., 2007

28. Плиско Е.А., Нудьга JI.A., Данилов С.Н. Хитин и его химические превращения. //

Успехи химии. Т .46. №8. 1977. С. 1472-1476.

29. Полянская JI.M. Микробная сукцессия в почве. Автореф. дисс... докт. Биол. Наук. М.: МГУ, 1996. 96 с.

30. Терехов А.С. Экологические ниши почвенных актиномицетов. Диссертация кан. биол. наук. М.: МГУ, 2003. 182 с.

31.Терехова Л.П., Галатенко О.А.„ Алферова И.В., Преображенская Т.П. Использование селективных сред для выделения актиномицетов // Поиск продуцентов антибиотиков среди актиномицетов редких родов. Алма-Ата. Гылым. 1990. С.5-12.

32. Тихонов В.Е. Макропористый хитин и сорбенты «Chitimac» на его основе. Новые перспективы в исследовании хитина и хитозана. Москва-Щелково. 1999.С.74-75.

33. Тиунова Н.А., Пиреева Д.А., Фениксова Р.В. Образование хитиназы Actinomyces kurssanovii. //Микробиология. 1976.T.XLV. С.625-629.

34. Феофилова Е.П. Хитон, хитин, хитан, хитозан. // «Химия и жизнь», №11, 1992. С.

35.Хенглейн Н.Ф. Пектины // Биохимические методы анализы растений. -М.Ин.лит, 1960. с.280-323

36.Шелухина Н.П., Ашубаева З.Д, Аймухамедова Г.Б.. Пектиновые вещества их некоторые свойства и производные. Фрунзе:Илим, 1970- 73с.

37.Шелухина Н.П. Научные основы технологии пектина. Фрунзе: Илим, 1988. -168с.

ЗЗ.Шишов JT.JI., Тонконогов В.Д., Лебедева И.И, Герасимова М.И. Под ред.

Добровольского Г.В. Классификация и диагностика почв России. Смоленск:

Ойкумена. 2004. - 342 с.

39. Шлегель Г.Г.Общая микробиология. Москва. Изд-во Мир. 1987. 566 с.

40.Andrews J. Н., and R. F. Harris. 2000. The ecology and biogeography of microorganisms on plant surfaces. Annual Rev. Phytopathol. 38:145-180

41.Amann R.I., Krunholz L., Stahl D.A. Fluorescent-oligonucleotide probing of whole cells for determinative, phylogenetic, and environmental studies in microbiology. Bacteriol., 1990. V. 172. P. 762-770.

42.Amann R.I., Ludwig W., Schleifer K.-H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation // Microbiol. Rev. 1995. V. 59. P. 143-169.

43.Amann R.I., Ludwig W. Ribosomal RNA-targeted nucleic acid probes for studies in microbial ecology //FEMS Microbiol. Reviews, 2000. V. 24. P. 555-565.

44.Arotupin D. J., Akinyosoye F. A. and Onifade A. K. Purification and characterization of pectinmethylesterase from Aspergillus repens isolated from cultivated soil // African Journal of Biotechnology Vol. 7 (12), pp. 1991-1998, 17 June, 2008 Available online at http://www.academicjournals.org/AJB

45.Bergey D.H., John G Holt et al. Bergey's manual of determinative bacteriology 9th Edition // Williams & Wilkins, 1994. p. 787.

46.Bradford M.M. A rapid and sensitive method for quantitationof microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding // Anal. Biochem. 1976. V. 72. P. 248-254.

47.Bharat Bhushan and G.S. Hoondal Isolation, purification and properties of a thermostable chitinase from an alkalophilic Bacillus sp. BG-11, 1998 //Biotechnology Letters, Vol 20, No 2, pp. 157-159

48.Black Sharon A., Smit C.J.B. The grading of low ester pectin for use in dessert gels // J.Food Sci., 1972. vol. 37,5 -p.726-729

49.Casida L.E. Jr. Industrial Microbiology. Enzymes as Fermentation Products 4th edition, Wiley Eastern Limited New Delhi, 1991. pp. 390-401.

50.Chen.K.S., K.K.Lee & H.C. Chen, 1994. A rapid method for detection of N-acetglucosaminidase-type chitinase activity in crossed Immunoelectrophoresis and sodium dodesyl sulfare-polyacrylamide deg electrophoresis gels using 4-methylumbelliferyl-N-acetyl-B-glucosaminide as substrate. Electrophoresis 15:622665.

51.Deboer W., Gerards S., Gunnenwiek P.J.A., Modderman K. Response of the chitinolytik microbial community to chitin amendments of dune soils. // Biologi and fertility of soils. 1999. V.29. Is.2. Pp. 170-177.

52.Dedysh S.N., Derakshani M., Liesack W. Detection and enumeration of methanotrophs in acidic Sphagnum peat by 16S rRNA fluorescence in situ hybridisation, including the use of newly developed oligonucleotide probes for Methylocella palustris II Appl. Environ. Microbiol., 2001. V. 67. P. 4850-4857.

53.Dedysh, S. N., Panikov N. S., Liesack W., Grobkopf R., Zhou J., and Tiedje J. M. Isolation of acidophilic methane-oxidizing bacteria from northern peat wetlands // Science, 1998. V. 282. P. 281-284.

54.Domsch K.H., Gams W., Traute-Heidi Anderson. "Compendium of soil fungi"// Eching: IHW-Verl. Reprint der Ausg. Von 1980. Vol. 1 (1993).

55. Eltarabily-KA, Soliman-MH, Nassar-AH, Alhassani-HA. Biologycal-Control of Sclerotinia Minor Using a Chitinolytic Bacterium and Actinomycetes. // Plant Pathology. 2000. V.49. Iss 5. Pp. 573-583.

56.Frankenberger, W. T. Jr. & W. A. Dick, 1983. Relationships between enzyme activities and microbial growth and activity indices in soil. //Soil Science Society of America Journal 47: p. 945-951.

57.Freeman, C., G. Liska, N. Ostle, S. E. Jones & M. A. Lock, 1995. The use of fluorogenic substrates for measuring enzyme activity in peatlands. Plant and Soil 175: p. 147-152.

5'J.Friedrich J., Cinerman A., Steiner W. Production of pectolytotic enzymes by Aspergillus niger. Effect of inoculum size and Potassium Hexacyanoferrate II Trihydrate. //Appl. Microbiol. Biotechnol, 1990. 33: 377.

59.Giersher K. Pectin and pectic enzymes in fruit and vegetables technology/ // Gordian, 1981, vol.81, №№7-8-p.171-176

60.Gomez Ramirez M., Rojas Avelizapa L.I., Rojas Avelizapa N.G.,Cruz Camarillo R. Colloidal chitin stained with Remazol Brilliant Blue R, a useful substrate to select chitinolytic microorganisms and to evaluate chitinases. // Microbiological Methods. 2004. V.56. Is.2. Pp.213-219.

61.Gooday G.W. Physiology of microbial degradation of chitin and chitosan // Biodégradation. 1990. 1: 177-190.

62.Gould W.D., Bryant R.J., Trofimow J.A., Anderson R.V., Coleman D.C. Chitin decomposition in a model soil system. // Soil biology and biochemistry. 1981. V.13. Pp. 487-492.

63.G6moryova E., R. Hrivnak, M. Janisova, K. Ujhazy and D. Gomory Changes of the functional diversity of soil microbial community during the colonization of abandoned grassland by a forest

64.Gray TRG, Baxby P (1968) Chitin decomposition in soil. II. The ecology of chitinoclastic micro-organisms in forest soil. Trans Br Mycol Soc 51 : p. 293-309

65.Gummadi S.N., Kumar D.S. Microbial pectic transeliminases // Biotechnology Letters, 2005. V. 27. P. 451-458.

66.Hideyuki Orikoshi, Shigenari Nakayama, Katsushiro Miyamoto, Chiaki Hanato, Masahide Yasuda,Yoshihiko Inamori, and Hiroshi Tsujibo. Roles of Four Chitinases (Chi A, ChiB, ChiC, and ChiD) in the Chitin Degradation System of Marine Bacterium Alteromonas sp. Strain 0-7. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Apr. 2005, p. 1811-1815

67.Hildgund Schrempf. Recognition and degradation of chitin by streptomycetes. // Antonie van Leeuwenhoek.2001. V79. Pp. 285-289.

68.Kang H., Freeman C., Park S.S., and Chun J., N-Acetylglucosaminidase Activities in Wetlands: A Global Survey // Hydrobiologia. 2005. 535: 103-110.

69.Kapoor M., Kuhad R.C. Improved polygalacturonase production from Bacillus sp. Mg - Cp - 2 under submerged (SMF) and solid state (SSF) fermentation.// Lett. Appl. Microbiol. 2002. 34: 317-322.

70.Kertesz L.I. The pectin substances. - New York: Intersciense Publishers, 1951, 628p.

71.Knudsen K.E.B. Carbohydrate and lignin contents of plant materials used in animal feeding// Animal Feed Technology, 1997. v.61. p. 319-338

72.Kox E. Der durh Pilze und aerobe Bacterien veranlasste Pectin - und Cellulose -Abbau im Hochmoor unter besonerer Berücksichtigung des Sphagum - Abbaus // Archiv für microbiologic. 1954. V. 20. P. 111-140.

73. Lindow S.E., Brandl M.T. Microbiology of the Phillosphere. // Applied and Environmental Microbiology, 2003. Vol. 69. № 4. p. 1875-1883.

74.Manucharova N. A. The Microbial Destruction of Chitin, Pectin, and Cellulose in Soils // Eurasian Soil Science. 2009. V. 42. Suppl. 13. pp.1526-1532.

75.Manz W., Amann R., Ludwig W., Vancanneyt M., Schleifer K.-H. Application of a suite of 16S rRNA-specific oligonucleotide probes designed to investigate bacteria of the phylum Cytophaga-Flavobacter-Bacteroides in the natural environment// Microbiology, 1996. V. 142. P. 1097-1106.

76.Manz W., Amann R., Ludwig W., Wagner M., Schleifer K.-H. Phylogenetic oligonucleotide probes for the major subclasses of Proteobacteria: problems and solutions// Syst. Appl. Microbiol., 1992. V. 15. P. 593-600.

77.Meier H., Amann R., Ludwig W., Schleifer K.-H. Specific oligonucleotide probes for in situ detection of a major group of gram-positive bacteria with low DNA G+C content// Syst. Appl. Microbiol, 1999. V. 22. P. 186-196.

78.Mitchell R, Alexander M . 1962.. Microbiological processes associated with the use of chitin for biological control. Soil Sei Soc Proc 26 : p. 556-558

79.Neef A., Amann R., Schlesner H., Schleifer K.-H. Monitoring a widespread bacterial group: in situ detection of Planctomycetes with 16S rRNA-targeted probes // Microbiology, 1998. V. 144. P. 3257-3266.

80.Newman S. & K. R. Reddy, 1993. Alkaline-phosphatase activity in the sediment-water column of a hypereutrophic lake. Journal of Environmental Quality 22: p. 832838.

81.0dutola O.O., Ikenebomeh M.J. Polygalacturonase and pectinmethylestherase produced by Erwinia carotovora and Fusarium oxysporum isolated from stared tomatoes (Lycopersicum esulentum) fruits.//Niger. J. Microbiol., 1997, 11: 108-111.

82.0"Sullivan L.A., Weightman A.J., Fry J.C. New degenerate Cytophaga-Flexibacter-Bacterodetes- specific 16S ribosomal DNA- targeted oligonucleotide probes reveal high bacterial diversity in river taff epilithon // Appl. Eviron. Microbiol, 2001. v. 68. p. 201-210

83.Rabus R., Wilkes H., Schramm A., Harms G., Behrends A., Amann R., Widdel F. Anaerobic utilization of alkylbenzenes and n-alkanes from crude oil in an enrichment culture of denitrifying bacteria affiliating with the beta-subclass of Proteobacteria. // Environ. Microbiol., 1999. V. 1. P. 145-157.

84.Raskin L., Stromley J.M., Rittmann B.E., Stahl D.A. Group-specific 16S rRNA hybridization probes to describe natural communities of methanogens // Appl. Environ. Microbiol., 1994. V. 60. P. 1232-1240.

85.Raymond J. St. Leger, Lokesh Joshi, and Donald Roberts, 1998. Ambient pH Is a Major Determinant in the Expression of Cuticle-Degrading Enzymes and

Hydrophobin by Metarhizium anisopliae II Appl Environ Microbiol, February 1998, p. 709-713, Vol. 64, No. 2

86.Redford A.J., Robert M. Bowers, Rob Knight, Yan Linhart and Noah Fierer "The ecology of the phyllosphere: geographic and phylogenetic variability in the distribution of bacteria on tree leaves" // Environmental Microbiology (2010) 12(11), 2885-2893

87.Roller C., Wagner M., Amann R., Ludwig W., Schleifer K.- H. In situ probing of Gram-positive bacteria with high DNA G+C content using 23 S rRNA- targeted oligonucleotides //Microbiology, 1994. V.140. P. 2849-2858

88.ROUT S. K., Jayachandran S., and Prinyawiwatkul W. Enzyme Activity of Chitinase-Producing Microorganisms as Affected by pH, Temperature and Carbon Source, 2007. // http://ift.confex.com

89.Seymour G.B., Knox J.P. Pectin's and their manipulation. USA: Blackwell, 2002 -250p.

90.Sarathchandra SU, Watson RN, Cox NR, Menna ME di, Brown JA, Burch G, Neville FJ (1996) Effects of chitin-amendment of soil on microorganisms, nematodes and growth of white clover (Trifolium repens L.) and perennial ryegrass (Lolium perenne L.). Biol Fertil Soils 22 : p. 221-226

91.Sinsabaugh, R. L., R. K. Antibus, A. E. Linkins, C. A. McClaugherty, L. Rayburn, D. Repert & T. Weiland, 1992. Wood decomposition over a first-order watershed: mass loss as a function of lignocellulase activity. Soil Biology and Biochemistry 24: p. 743-749.

92.Smucker, R. A. & R. Dawson, 1986. Products of photosynthesis by marine phytoplankton: chitin in TCA 'protein' precipitates. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 104: p. 143-152. 93.Stahl D.A., Amann R. Developmnt and application of nucleic acid probes // In E. Stackebrandt and M. Goodfellow (ed.), Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics. 1991. Wiley. New York, N.Y. p. 205-248.

94.Uffen R.L. Xylan degradation: a glimpse at microbial diversity // J. of Industr. Microb. Biochem., 1997. v. 19. p. 1-6

95.Veldkamp H 1955. A study of the aerobic decomposition of chitin by microorganisms. Meded Landbouwhogesch Wageningen 55 : p. 127-174

96. Williamson N., Brian P.& E.M.H.Wellington. Molecular detection of bacterial and streptomycete chitinases in the enviroment// Antonie van Leeuwenhoek.2000. V78. Pp. 315-321.

97.Zelentski S.N., Akopova T.A. Solid state modification of polysaccharides under conditions of plastic flow. 2001.//Polimer Degradation and Stability. V. 73. Pp. 557560.

O