Изучение влияния мутаций в генном локусе 2p24-p23 на уровень окисленных липопротеинов низкой плотности тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.09, кандидат наук Хлебус Элеонора Юрьевна

• Хлебус Элеонора Юрьевна
• кандидат наук
• 2020

Оглавление диссертации кандидат наук Хлебус Элеонора Юрьевна

Введение

Актуальность исследования

Цель исследования

Задачи работы

Научная новизна и практическая значимость работы

Основные положения диссертации, выносимые на защиту

Апробация работы

Глава 1. Обзор литературы

1.1 Атеросклероз

1.1.1 Факторы риска развития атеросклероза

1.1.2 Развитие атеросклероза

1.1.3 Ли пилы и липопротеины

1.1.4 Аполипопротеин В

1.1.5 Окисление ЛПНП

1.2 Генетические исследования ССЗ

1.2.1 Проблема потерянной наследуемости

1.2.2 Концепция редких вариантов

1.2.3 Генетика окЛПНП и исследования вариантов гена АРОВ

1.3 Методы исследований в генетике человека

1.3.1 Однонуклеотидные полиморфизмы

1.3.2 0\УА8 - полногеномные ассоциативные исследования

1.3.3 Биоинформатический анализ данных микрочипового генотипирования

1.3.4 Статистический анализ в 0\УЛ8

1.3.5 Секвенирование и поиск редких вариантов

1.3.6 Тесты для анализа редких вариантов

Глава 2. Материалы и методы

2.1 Дизайн и объекты исследования

2.2 Биохимический анализ крови

2.3 Измерение уровня окЛПНП

2.4 Измерение ультразвуковых параметров атеросклероза

2.5 Генотипирование с использованием ДНК-микрочипов

2.6 Обработка данных генотипирования и контроль качества

2.7 Таргетное секвенирование

2.8 Обработка данных таргетного секвенирования

2.9 Валидация результатов таргетного секвенирования

2.10 Множественное выравнивание

2.11 Описательная статистика и корреляция биохимических параметров с окЛПНП

2.12 Полногеномный поиск ассоциаций

2.13 Поиск отрезных точек уровня окЛПНП, АпоВ и ЛПНП

2.14 Ассоциативный анализ группы вариантов

2.15 Визуализация данных и другое программное обеспечение

Глава 3. Исследование влияния частых вариантов на уровень окЛПНП

3.1 Специфичность связывания ЛПНП с антителами тАЬ-4Е6

3.2 Генотипирование и контроль качества результатов

3.3 Исследование совместного вклада липидных и генетических факторов в повышенный уровень окЛПНП

3.4 Полногеномный поиск ассоциаций с уровнем окЛПНП

3.5 Анализ найденных миссенс вариантов

3.6 Обсуждение результатов

Глава 4. Редкие варианты и уровень окЛПНП

4.1 Характеристика двух групп с высоким и низким уровнем окЛПНП

4.2 Таргетное секвенирование и поиск однонуклеотидных полиморфизмов

4.3 Анализ неравновесного сцепления

4.4 Ассоциативный анализ редких и низкочастотных вариантов, полученных в результате таргетного секвенирования

4.5 Обсуждение результатов

Глава 5. Совместный анализ редких и частых экзонных

вариантов гена АРОВ

5.1 Поиск ассоциации группы редких и частых вариантов с уровнем окЛПНП

5.2 Анализ эволюционной консервативности

5.3 Обсуждение результатов

Заключение

Основные результаты и выводы

Благодарности

Список используемых сокращений

Список литературы

Приложение

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Атеросклероз - сложное многофакторное заболевание, которое является основной причиной сердечно-сосудистых заболеваний (ССЗ) и, как следствие, одной из основных причин смертности в развитых странах. Факторами риска развития атеросклероза считаются биологические факторы (пожилой возраст, мужской пол), физиологические и метаболические особенности (дислипидемия, артериальная гипертензия (АГ), сахарный диабет (СД), ожирение), поведенческие привычки (курение, употребление алкоголя, гиподинамия) и т.д.

Считается, что окисление липопротеинов низкой плотности (ЛПНП) играет важную роль в развитии и прогрессировании атеросклероза и его осложнений. При окислительном стрессе, сопровождающем атеросклероз, в плазме крови накапливаются окислительно модифицированные ЛПНП частицы (окЛПНП), такие частицы активно захватываются макрофагами, что впоследствии приводит к образованию пенистых клеток.

Ранее при проведении полногеномного ассоциативного исследования (Genome Wide Association Study, GWAS) на примере финской популяции было показано, что уровень окЛПНП может быть генетически детерминирован [1]. Однако в вышеупомянутой работе было объяснено только 11% вариабельности уровня окЛПНП и, как и в большинстве GWAS исследований, вклад в развитие признака оценивался только для часто встречающихся в популяции вариантов с частотой встречаемости минорного аллеля (minor allele frequency, MAF) больше 0,05, в то время как объяснять «потерянную наследуемость» могут редкие (MAF < 0,01) и низкочастотные (MAF 0,01 - 0,05) полиморфизмы.

В литературе описан вклад редких и низкочастотных вариантов в развитие ишемической болезни сердца (ИБС) [2], показана связь редких

вариантов с низким уровнем холестерина липопротеинов высокой плотности (ЛПВП) [3]. Также в исследованиях пациентов с низким уровнем холестерина выявлены редкие мутации в генах ЬОЬЯ [4], РСБК9 [5] и НРС1Ы [6]. Связь частых и редких вариантов с уровнем холестерина ЛПНП в плазме крови показана в [7]. Однако роль редких вариантов в окислении ЛПНП ранее не изучалась.

В настоящей работе впервые в России был проведен полногеномный поиск ассоциаций частых вариантов с уровнем окЛПНП. Кроме того, впервые в мире нами показана связь редких и низкочастотных вариантов нуклеотидной последовательности гена АРОВ с уровнем окЛПНП в группах пациентов с крайне низким и высоким уровнями окЛПНП.

Цель исследования

Целью диссертационной работы является изучение влияния вариантов нуклеотидной последовательности на уровень окислительно модифицированных липопротеинов низкой плотности (окЛПНП) с применением современных методов биоинформатического и статистического анализа.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение влияния мутаций в генном локусе 2p24-p23 на уровень окисленных липопротеинов низкой плотности»

Задачи работы

1. Проведение полногеномного поиска ассоциаций вариантов нуклеотидной последовательности с уровнем окЛПНП в когорте жителей г. Москвы;

2. Разработка дизайна тест-системы для таргетного секвенирования локуса 2р24-р23 и проведение секвенирования данного локуса в группах пациентов с крайними фенотипами по уровню окЛПНП;

3. Сравнение существующих подходов и методов для проведения ассоциативных исследований редких вариантов, выбор оптимального подхода для анализа данных таргетного секвенирования;

4. Поиск ассоциаций редких вариантов гена АРОВ с уровнем окЛПНП;

5. Изучение совместного влияния на уровень окЛПНП редких вариантов и их комбинаций с частыми вариантами.

Научная новизна и практическая значимость работы

В настоящей работе впервые проведена оценка совместного вклада лппидных и генетических факторов в повышенный уровень окЛПНП и показано, что уровень окЛПНП связан как с уровнями холестерина ЛПНП и аполипопротеина В (АпоВ), так и с наследственной предрасположенностью -сочетанием аллелей изученных вариантов гена АРОВ.

Впервые в России проведен полногеномный поиск ассоциаций вариантов с уровнем окЛПНП. Полученные результаты согласуются с ранее опубликованными данными исследования финской популяции, что позволяет говорить о достоверности полученных результатов и использовать в качестве маркеров уровня окЛПНП найденные варианты при геномной диагностике пациентов.

С использованием статистических методов, разработанных для группового анализа вариантов, проанализирована связь редких и низкочастотных вариантов гена АРОВ с уровнем окЛПНП для групп пациентов с экстремальными фенотипами. Впервые в мире показана статистически значимая связь с уровнем окЛПНП редких и низкочастотных вариантов нуклеотидной последовательности.

Результаты представляются значимыми для фундаментального понимания генетических основ изменения уровня окЛПНП и развития атеросклероза. Полученные варианты, ассоциированные с уровнем окЛПНП, возможно использовать в качестве диагностического неинвазивного маркера для оценки риска развития атеросклероза у здоровых представителей жителей России.

Основные положения диссертации, выносимые на защиту

1. Проведено генотнпированне 776 образцов ДНК. Согласно результатам полногеномного ассоциативного исследования по данным 725 пациентов, прошедших контроль качества, 14 вариантов из генного локуса 2р24-р23 достоверно ассоциированы с уровнем окЛПНП среди жителей г. Москвы. Идентифицированные варианты объясняют 6% вариабельности уровня окЛПНП.

2. Проведено таргетное секвенирование для групп пациентов с крайними фенотипами по уровню окЛПНП. Идентифицировано 1992 варианта, 30 из которых находились в экзонной части гена АРОВ, 17 из них были редкими вариантами, 6 - низкочастотными. С применением статистических методов группового анализа вариантов (WST, SKAT, SKAT-O), показана достоверная ассоциация с уровнем окЛПНП этих редких и низкочастотных вариантов из кодирующей белок области гена АРОВ.

3. Из общей группы частых и редких вариантов гена АРОВ с использованием тестов ADA и BE-SKAT, а также эластичных сетей отобраны варианты, показавшие наибольший вклад в вариабельность уровня окЛПНП: 9 редких вариантов (p.Gln4480Gln, rsl48170480, rs72653093, rs368970025, rs533617, rsl2713843, rsl2713844, rsl801700, rsl2714097) и 6 частых вариантов (rsl042031, rsl801701, rs676210, rs693, rs679899, rsl367117).

Вклад автора

Все результаты, включенные в диссертацию, получены лично соискателем или при его непосредственном участии, за исключением результатов Раздела 3.1, полученных соавторами публикаций и включенных в диссертацию для полноты представленного исследования. Обсуждение и интерпретация

результатов осуществлялись автором совместно с научным руководителем и соавторами публикаций.

Апробация работы

По материалам диссертации опубликовано три работы в рецензируемых научных журналах:

1. Khlebus E.Yu., Kutsenko V.A., Meshkov A.N. et al. Multiple rare and common variants in АРОВ gene locus associated with oxidatively modified low-density lipoprotein levels // PLoS ONE. - 2019. - Vol. 14, - No 5,- P. e0217620.

2. Хлебус Э.Ю., Мешков A.H., Ланкин В.З. и др. Показатели липидного спектра и генетические маркеры, ассоциированные с уровнем окислительно модифицированных липопротеидов низкой плотности // Российский кардиологический журнал. - 2017. - No 10. - С. 49-54.

3. Ры топи А.И., Хлебус Э.Ю., Шевцов А.Е. и др. Современные вероятность-статистические подходы к поиску вариантов нуклеотидной последовательности, ассоциированных с комплексными заболеваниями // Генетика. - 2017. - Т. 53. - No 10. - С. 1153-1169.

Основные положения и результаты диссертации были представлены и обсуждены на следующих конференциях и международной школе по исследованию атеросклероза:

1. Всероссийская научно-практическая конференция "Неинфекционные заболевания и здоровье населения России". Хлебус Э.Ю. Влияние однонуклеотидных полиморфизмов гена АРОВ на уровень окислительно модифицированных липопротеинов низкой плотности / / Москва, 16-19 мая, 2018 г.

2. 86th EAS Congress. E.Yu. Khlebus, V.A. Kutsenko, A.E. Shevtsov et al. The impact of rare and low-frequency genetic variants in oxidized LDL level // Лиссабон, Португалия, 5-8 мая, 2018 г.

3. Всероссийская научно-практическая конференция "Неинфекционные заболевания и здоровье населения России". Рытова А.И., Хлебус Э.Ю., Шевцов А.Е. и др. Современные вероятностно-статистические подходы к анализу молекулярно-генетических данных // Москва, 16-18 мая, 2017 г.

4. Всероссийская научно-практическая конференция "Неинфекционные заболевания и здоровье населения России". Хлебус Э.Ю., Щербакова Н.В., Киселева А.В. и др. Влияние мутаций в гене АРОВ на уровень окисленных липопротеинов низкой плотности // Москва, 16-18 мая, 2017 г.

5. 85th EAS Congress. E.Yu. Khlebus, N.V. Shcherbakova, I.S. Zhanin et al. Rare mutations in the АРОВ gene and its role in LDL oxidation // Прага, Чехия, 23-26 апреля, 2017 г.

6. 10th International Conference BGRS/SB-2016. E.Yu. Khlebus, N.V. Shcherbakova, I.S. Zhanin et al. The influence of rare mutations in the АРОВ gene to the level of oxidized LDL // Новосибирск, 29 августа - 2 сентября, 2016 г.

7. International Atherosclerosis Research School. Khlebus E.Yu., Meshkov A.N. Targeted sequencing of genomic region 2p24-p23 and identification of genetic markers affecting the level of oxidized LDL // Гамбург, Германия, 21-27 августа, 2016 г.

8. Всероссийская научно-практическая конференция «NGS в медицинской генетике» - MGNGS'16. Мешков А.Н., Хлебус Э.Ю., Щербакова Н.В. и др. Применение экзомного секвенирования для выявления генетических

факторов риска развития атеросклероза - фокус на редкие мутации Суздаль, 22-24 апреля, 2016 г.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Атеросклероз

Атеросклероз - это сложное многофакторное воспалительное заболевание, которое является основной причиной ССЗ и, как следствие, одной из основных причин смертности среди взрослого населения во всем мире. Согласно оценкам Всемирной Организации Здравоохранения, в 2016 году от ССЗ умерло 17,9 миллиона человек, что составляет 31% всех смертельных случаев в мире [8], 85% из них связаны с возникновением инфаркта миокарда (одна из клинических форм ИБС) и инсульта (острое нарушение мозгового кровообращения, ОНМК), которые в свою очередь являются основными осложнениями атеросклеротического генеза.

1.1.1 Факторы риска развития атеросклероза

Для атеросклероза человека характерна комплексная этиология со множеством факторов, которые способствуют патогенезу заболевания. Современные представления о факторах риска развития атеросклероза пришли из эпидемиологических исследований, таких как Фрамингемское исследование (Framingham Heart Study) [9], исследование «7 стран» (Seven Countries Study) [10] и MRFIT (Multiple Risk Factor Intervention Trial) [11], и исследований менделевских форм заболевания, таких, например, как семейная гиперхолестеринемия. Эти и многие другие исследования, проведенные впоследствии, показали важную роль в развитии ССЗ высокого артериального давления, высокого уровня холестерина, курения и употребления алкоголя, ожирения, сахарного диабета и малоподвижного образа жизни. Впоследствии было обнаружено также, что с развитием сердечно-сосудистых событий

напрямую связан уровень холестерина ЛПНП [12], что было подтверждено и в более поздних работах.

Согласно липидной гипотезе, повышенный уровень холестерина в крови приводит к развитию атеросклеротических поражений артерий. При этом считается, что этому процессу больше способствуют более высокие концентрации именно ЛПНП в крови. Более подробно о холестерине и ЛПНП частицах см. в Разделе 1.1.3.

В последнее время были высказаны предположения о том, что в развитии и прогрессировании атеросклероза и его осложнений также важную роль играет окисление ЛПНП. Было показано, например, что окЛПНП частицы являются факторами риска возникновения ИБС [13]. Кроме того, диагностическая ценность определения уровня окЛПНП значительно превышает таковую при определении общепринятых биохимических маркеров атеросклероза — уровня общего холестерина (ХС) и холестерина ЛПНП [14,15].

При окислительном стрессе, сопровождающем атеросклероз, в плазме крови накапливаются окЛПНП, такие частицы активно захватываются макрофагами, что впоследствии приводит к образованию пенистых клеток. Подробнее механизм развития атеросклеротических поражений и процесс окисления ЛПНП описаны ниже (Раздел 1.1.2 и Раздел 1.1.5 соответственно).

Наряду с вышеописанными факторами риска развития атеросклероза также стоит принимать во внимание генетические факторы риска.

1.1.2 Развитие атеросклероза

В настоящее время атеросклероз рассматривается как сложное многофакторное заболевание, в основе которого лежит сочетание нарушений липидного обмена, воздействие поражающих эндотелий факторов и включение иммунологических механизмов [16].

Развитие атеросклероза и его проявления связывают с отложением холестерина и некоторых фракций липопротеинов и последующим развитием

атеросклеротических бляшек в стенках артерий. Подобные отложения ведут к деформации и сужению просвета вплоть до закупорки сосуда, вследствие чего снижается скорость кровотока в стратегически важных участках сосудистого русла, что приводит к развитию ИБС, мозговым инсультам и многим другим заболеваниям атеросклеротической этиологии [17]. На Рисунке 1.1 представлены этапы патологии атеросклероза.

Большие артерии ограничены на просветной стороне монослоем эндотелиальных клеток, которые образуют плотные соединения, изолируя стенку сосуда от крови. Область сосуда, находящаяся под монослоем эндотелиальных клеток, называется интимой, которая состоит в основном из протеогликанов и коллагена. Затем следуют слои гладкомышечных клеток - медиа, а затем внешняя область, адвентиция, включающая фиброзные элементы и фибробласты.

Характерной чертой начальных стадий развития атеросклеротических поражений является накопление в области интимы липопротеинов, особенно ЛПНП, содержащих АпоВ [18]. Одной из причин такого накопления липопротеинов может быть нарушение их клеточного метаболизма [17]. Такое накопление липопротеинов в стенке артерии приводит к модификации этих частиц в высокоатерогенные частицы, что является критическим инициирующим событием, которое вызывает воспалительный ответ и способствует развитию атеросклероза [19]. В ответ на накопление липопротеинов моноциты, а затем и лимфоциты проникают в стенку сосуда. Моноциты дифференцируются в макрофаги, которые затем поглощают липопротеины и образуют «пенистые клетки», насыщенные холестерином, что является признаком раннего атерогенеза. Некоторые из этих пенистых клеток со временем погибают, что приводит к образованию некротического ядра из холестерина и клеточных остатков. Это сопровождается миграцией и пролиферацией клеток гладких мышц, которые образуют фиброзную оболочку, покрывающую некротическое ядро. Наиболее распространенной причиной

Здоровая артерия

Адвентиция

Пенистые клетки \

Гладкие мышечные клетки х

Интима

Эндотелиальные клетки

Стабильная бляшка

Толстая фиброзная покрышка

Фиброзная покрышка

Богатое липидами

некротическое

ядро

Воспалительные клетки: макрофаги и лимфоциты:

Левая

коронарная

артерия

Нестабильная бляшка

Тонкая фиброзная покрышка

Правая коронарная артерия ^

Большое некротическое ядро >Г

Тромб

Острый инфаркт миокарда

Рисунок 1.1: Стадии атероскдеротического поражения сосуда и развитие ишемической болезни сердца. Адаптировано из [18].

инфаркта миокарда (ИМ) является разрыв атеросклеротического поражения, приводящий к образованию тромба, который блокирует кровоток [18].

1.1.3 Липиды и липопротеины

Холестерин и триглицериды - одни из самых важных липидов в плазме крови. Холестерин имеет множество функций: это один из важных структурных компонентов клеточных мембран животных и человека; предшественник стероидных гормонов и витамина Б; требуется для активации нейрональных сигнальных молекул [20]. Согласно современным представлениям, одной из основных причин возникновения атеросклероза являются нарушения в транспорте и утилизации клетками организма именно холестерина (см. Раздел 1.1.2).

Поскольку холестерин нерастворим в воде, он не может доставляться к тканям организма при помощи основанной на воде крови. В организме холестерин может транспортироваться только в виде сложных по своему строению высокомолекулярных белковых соединений, отличительной особенностью которых является водорастворимость. К таким соединениям относятся хиломикроны и липопротеины. По размерам, плотности, и количеству входящих в их состав холестерина и триглицеридов различают несколько видов липопротеинов: липопротеины высокой плотности (ЛПВП), липопротеины низкой плотности (ЛПНП) и липопротеины очень низкой плотности (ЛПОНП).

Все виды липопротеинов имеют мицеллярную структуру и, независимо от их величины и плотности, построены по одному и тому же принципу. В центре мицеллы находится гидрофобное липидное ядро, состоящее из неполярных липидов (триглицеридов и эфиров холестерина). Гидрофильная оболочка мицеллы образована фосфолипидным монослоем и содержит молекулы свободного холестерина и аполипопротеинов. Основными липопротеинами, несущими триглицериды, являются хиломикроны и ЛПОНП, а основными липопротеинами, содержащими холестерин, являются ЛПНП и ЛПВП [20]. На Рисунке 1.2 представлена частица ЛПНП.

Рисунок 1.2: Строение ЛПНП частицы. Адаптировано из [16].

Образуются ЛПНП в результате гидролиза триглицеридов, содержащихся в ЛПОНП. ЛПОНП образуются в печени в результате сборки АпоВ и липидных молекул в эндоплазматической сети. Затем частицы ЛПОНП попадают в кровоток, где липопротеинлипаза расщепляет триглицериды частиц ЛПОНП. В результате гидролиза триглицеридов частицы ЛПОНП уменьшаются в размерах и увеличиваются в плотности, и, наконец, образуется ЛПНП [21].

Частицы ЛПНП рассматриваются в качестве наиболее вероятного источника липидов, перенасыщающих клетки [17]. Как уже было сказано ранее, основным компонентом ЛПНП является холестерин (в свободной форме и в форме эфиров), эти частицы доставляют холестерин к клеткам организма, в том числе и к клеткам эндотелия сосудов.

Однако, несмотря на убедительные доказательства критической роли ЛПНП в развитии атеросклероза, было показано, что нативные частицы ЛПНП не вызывают образования пенистых клеток и не оказывает сильного влияния на развитие воспалительного процесса in vitro. Эти наблюдения привели к гипотезе, что ЛПНП необходимо модифицировать, чтобы способствовать образованию пенистых клеток и вызывать воспаление.

1.1.4 Аполипопротеин В

Как уже упоминалось ранее, оболочка липопротеиновых частиц содержит аполипопротеипы. Аполипопротеин В (АпоВ) кодируется геном АРОВ и встречается в двух изоформах, АпоВ-100 и АпоВ-48. АпоВ-100 является полноразмерным белком (одним из крупнейших известных мономерных белков), который содержит 4536 аминокислот, тогда как АпоВ-48 содержит первые 48% аминокислот. В комплексе с ЛПНП частицей АпоВ-100 участвует в транспорте холестерина в плазме крови человека, обеспечивая липидами клетки через ЛПНП рецептор (АпоВ-100 выполняет функцию лиганда).

АпоВ, а именно его полноразмерная изоформа АроВ-100, является основным структурным аполипопротеином ЛПНП, и на одну частицу ЛПНП приходится только одна молекула АпоВ [22]. Другие белки, такие как аполипопротеин Е (АпоЕ) и липопротеин-ассоциированная фосфолипаза А2 (Лп-ФЛ А2). также присутствуют в частицах ЛПНП. Фосфолипиды и свободный холестерин находятся на поверхности частицы, тогда как триглицериды и эфиры холестерина упакованы в ядре частицы (Рисунок 1.2).

Судя по аминокислотной последовательности, белок АпоВ не содержит предполагаемых трансмембранных доменов, но существуют амфипатические а-сппралн [23]. Эти а-спнралп имеют одну сторону из гидрофильных полярных аминокислот, а другую, которая находится в контакте с липидами, - из гидрофобных неполярных аминокислот. Таким образом, считается, что АпоВ покрывает поверхность ЛПНП частицы, а не проникает в ее ядро [21].

Анализ последовательности АпоВ и поиск в базах данных показали, что его Х-концевои домен гомологичен семейству липовителлинов (НроуйеШпй), главным белкам липидного транспорта у видов, откладывающих яйца [24]. Для большинства остальных остатков молекулы АпоВ разные группы исследователей предлагают разные модели. Кпйко и соавт. [25] разложили белок на восемь доменов и предсказали 31) структуру для каждого из них, также было

предложено положение АпоВ на ЛПНП частице и относительное положение доменов. Согласно более популярной модели, предложенной Segrest и соавт., белок АпоВ содержит пять структурных доменов NH3-ßa\-ß\-а2-ß2-а3-СООН [23].

1.1.5 Окисление ЛПНП

АпоВ-содержагцие липопротеины задерживаются в стенке артерии при взаимодействии с протеогликанами. Протеогликаны состоят из белкового ядра, ковалентно связанного с одним или несколькими гликозаминогликанами. Существует ионное связывание между положительно заряженными гликозаминогликанами и отрицательно заряженными аминокислотами АпоВ [26]. Boren и соавт. идентифицировали в ЛПНП основной сайт связывания с протеогликанами и показали, что единичная точечная мутация в АпоВ нарушает связывание ЛПНП частицы с протеогликанами [27], что у мышей приводило к уменьшению атеросклероза [22].

Задержка ЛПНП частиц в стенке артерии приводит к модификации этих частиц в высокоатерогенные частицы, которые инициируют воспалительный процесс. Ключевым общим моментом является то, что задержка ЛПНП приводит к окислительной модификации ЛПНП. Связывание протеогликанов вызывает структурные изменения в ЛПНП, влияя на конфигурацию АпоВ, что делает ЛПНП более восприимчивыми к окислению и агрегации. Также окЛПНП могут вызывать дальнейшую выработку протеогликанов клетками гладких мышц сосудов, сохраняя больше ЛПНП в стенке артерии.

В первых этапах окисления ЛПНП участвует их внешняя оболочка, которая состоит из фосфолипидов с боковыми цепями полиненасыщенных жирных кислот (ПНЖК). Эти ПНЖК (и в меньшей степени ПНЖК сложных эфиров холестерина и триглицеридов в ядре липопротеина) очень чувствительны к окислению со стороны свободных радикалов [22]. Окисление фосфолипидов, содержащих ПНЖК, приводит к образованию множества

продуктов окисления липидов, в том числе реакционноспособных липидных альдегидов и окисленных фосфолипидов, а затем белок АпоВ ковалентно модифицируется этими окисленными л и и или ми. превращая тем самым частицы ЛПНП в атерогенные частицы [21].

Среди молекул, образующихся в процессе окисления фосфолипидных ПНЖК, присутствуют малоновый диальдегид (МДА), изолевугландины, метилглиоксаль, акролеин, 4-оксононенал и 4-гидроксиноненал. Эти альдегидные соединения модифицируют аминокислотные остатки в липопротеинах. Например, аминогруппа лизина реагирует с альдегидными соединениями, такими как акролеин и МДА, с образованием оснований Шиффа, а с 4-гидроксиноненалем легко вступают в реакцию гистидин и цистеин. Помимо химических модификаций боковых цепей аминокислот, также происходит расщепление пептидных цепей и сшивка полипептидов [21].

Таким образом, важно помнить, что окЛПНП на самом деле являются высоко гетерогенными и сложными частицами, даже несмотря на то, что окЛПНП обычно называют дискретным объектом.

1.2 Генетические исследования ССЗ

До проведения полногеномных ассоциативных исследований (Genome Wide Association Study, GWAS, Раздел 1.3.2) процесс выявления генов, мутации в которых приводят к развитию атеросклероза и других комплексных заболеваний, в значительной степени ограничивался исследованиями генов-кандидатов или анализом экспериментальных моделей, в частности на примере мышей и крыс [18]. Более того, поскольку при проведении исследований случай-контроль не было никакого способа оценить структуру популяции и различия в генетическом происхождении рассматриваемых случаев и контролей, в подобных ассоциативных исследованиях было получено большое количество ложно-положительных результатов. Среди многих таких исследований по изучению гена-кандидата и связи мутаций в нем с развитием комплексных

заболеваний большинство не имело достаточной статистической значимости и лишь немногие убедительно воспроизводились впоследствии [18, 28]. В то же время, в сравнении с этим, исследования генов-кандидатов и их связь с менее сложными и более точно измеренными признаками, такими как уровень липопротеинов в плазме крови, были относительно успешными [29].

Развитие микрочиповых технологий позволило одновременно генотипировать сотни тысяч однонуклеотидных полиморфизмов (single-nucleotide polymorphism, SNP, Раздел 1.3.1), и, таким образом, стало возможным проводить GWAS анализ для комплексных патологий, включая ИБС и факторы риска развития атеросклероза. Кроме того, микрочиповые технологии генетического тестирования позволили группам ученых, участвующих в таких исследованиях, создавать коллаборации для проведения мета-анализа на десятках тысяч индивидов [30,31].

В 2011 году были опубликованы результаты одного из самых крупных исследований по изучению генетики ИБС, исследование CARDIoGRAM, которое включало больше 100000 образцов европейского происхождения [31]. В ходе этого исследования были объединены данные 14 исследований GWAS и проведен мета-анализ. Было выявлено 13 локусов, мутации в которых были связаны с увеличением риска развития ИБС. При этом три из 13 локусов показали значительную связь с традиционными факторами риска ИБС (ХС, ЛПНП, АГ). Также был проведен ряд исследований европейских и азиатских популяций, включающих 5000-50000 образцов [32,33].

В ходе проведения вышеупомянутых исследований было выявлено около 30 локусов, мутации в которых были статистически достоверно ассоциированы с развитием ИБС. Несколько локусов включали известные липидные гены, такие как кодирующие ЛПНП рецептор (LDLR) и пропротеиновую конвертазу субтилизин-кексинового типа 9 (PCSK9), подтверждая тем самым важность ЛПНП в развитии атеросклероза.

Популяционные исследования показали, что повышенные уровни холестерина ЛПНП и АпоВ, основного структурного белка ЛПНП, напрямую связаны с риском развития атеросклеротических поражений сосудов и ССЗ [22].

1.2.1 Проблема потерянной наследуемости

Во всех вышеупомянутых GWAS исследованиях доля объясненной вариабельности рассматриваемых фенотипических признаков, связанная с соответствующими SNP, была относительно небольшой. Ведущие SNP в исследовании CARDioGRAM, с выборкой больше 100000 европейцев, в совокупности объяснили около 10% аддитивной генетической вариабельности ИБС [31].

Это явление получило название «потерянной наследуемости» [34]. Для ИБС и других распространенных заболеваний природа этой потерянной наследуемости до сих пор до конца неясна. Несомненно, это связано, по крайней мере частично, с большим количеством генов, для которых величины эффекта слишком малы, чтобы достичь статистической значимости в исследованиях формата GWAS [18]. Также высказываются предположения о значимости редких вариантов с большими размерами эффектов [3].

1.2.2 Концепция редких вариантов

Долгое время при проведении исследований сложных заболеваний, таких как ИБС, АГ, СД 2-го типа и др., рассматривались именно часто встречающиеся в популяции мутации, с частотой встречаемости (minor allele frequency, MAF) больше 5%. В связи с этим приобрела популярность гипотеза «распространенное заболевание - частая мутация» (common disease - common variant) [35, 36]. Благодаря соответствующим подходам действительно был сделан ряд открытий, но, как уже было упомянуто выше, GWAS исследования

для частых вариантов к настоящему времени помогли объяснить лишь скромную долю распространенных заболеваний человека [37].

Развитие технологий секвенирования следующего поколения (Next-Generation Sequencing, NGS, Раздел 1.3.5) способствовало существенному прогрессу и появлению новых гипотез. Постепенно внимание начало смещаться в сторону изучения вклада не только частых, но и редких мутаций. Эволюционная теория подразумевает, что "вредоносные" аллели, вызывающие заболевания, будут редки из-за естественного отбора [36,38], и действительно мутации, которые препятствуют образованию функциональных белков, как показано, например, в исследованиях [39, 40], являются особенно редкими. Поэтому была предложена концепция «распространенное заболевание - редкий вариант» (common disease - rare variant) [35,36,41]. Согласно этой концепции, одним из возможных объяснений упомянутой ранее потерянной наследуемости может быть недооцененный вклад большого количества редких вариантов нуклеотидной последовательности, имеющих важную роль в формировании изучаемого признака или заболевания [18,35,42].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Хлебус Элеонора Юрьевна, 2020 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Genome-Wide Association Study Pinpoints a New Functional ApoB Variant Influencing Oxidized LDL Levels but Not Cardiovascular Events: AtheroRemo Consortium / K. Makela, I. Seppala, J. Hernesniemi et al. // Circulation: Genomic and Precision Medicine. — 2013. — Vol. 6, no. 1. — P. 73-81.

2. Association of low-frequency and rare coding-sequence variants with blood lipids and coronary heart disease in 56,000 whites and blacks / G. Peloso, P. Auer, J. Bis et al. // Am J Hum Genet. — 2014. — Vol. 94, no. 2. — P. 223-232.

3. Multiple rare alleles contribute to low plasma levels of HDL cholesterol / J. Cohen, R. Kiss, A. Pertsemlidis et al. // Science. — 2004. — Vol. 305, no. 5685. - P. 869-872.

4. Brown, M. A receptor-mediated pathway for cholesterol homeostasis / M. Brown, J. Goldstein // Science. - 1986. - Vol. 232, no. 4746. - P. 34-47.

5. Low LDL cholesterol in individuals of African descent resulting from frequent nonsense mutations in PCSK9 / J. Cohen, A. Pertsemlidis, I. Kotowski et al. // Nature genetics. - 2005. - Vol. 37, no. 2. - P. 161-165.

6. Multiple rare variants in NPC1L1 associated with reduced sterol absorption and plasma low-density lipoprotein levels / J. Cohen, A. Pertsemlidis, S. Fahmi et al. // Proc Natl Acad Sci USA. - 2006. - Vol. 103, no. 6. - P. 1810-1815.

7. Burnett, J.R. Common and rare gene variants affecting plasma LDL cholesterol / J.R. Burnett, A.J. Hooper // Clin Biochem Rev. — 2008. — Vol. 29, no. 1. - P. 11-26.

8. Всемирная организация здравоохранения: [сайт]. URL: http: / / www.who.int/ш/news-room / fact-sheets / detail / cardiovascular-diseases-(cvds).

9. Factors of risk in the development of coronary heart disease six-year follow-up experience: the Framingham Study / W. Kannel, T. Dawber, A. Kagan et al. // Annals of internal medicine. — 1961. — Vol. 55, no. 1. — P. 33-50.

10. Coronary heart disease among Minnesota business and professional men followed fifteen years / A. Keys, H. Taylor, H. Blackburn et al. // Circulation. _ 1963. _ v0i. 28, no. 3. - P. 381-395.

11. Stamler, J. Is relationship between serum cholesterol and risk of premature death from coronary heart disease continuous and graded? Findings in 356 222 primary screenees of the multiple risk factor intervention trial (MRFIT) / J. Stamler, D. Wentworth, J.D. Neaton // Jama. - 1986. - Vol. 256, no. 20. - P. 2823-2828.

12. Incidence of coronary heart disease and lipoprotein cholesterol levels: the Framingham Study / W.P. Castelli, R.J. Garrison, P. Wilson et al. // Jama. _ 1986. _ v0i. 256, no. 20. - P. 2835-2838.

13. Plasma oxidized low-density lipoprotein is an independent risk factor in young patients with coronary artery disease / Y. Huang, Y. Hu, W. Mai et al. // Disease markers. — 2011. — Vol. 31, no. 5. — P. 295-301.

14. Improved identification of patients with coronary artery disease by the use of new lipid and lipoprotein biomarkers / N. Johnston, T. Jernberg, B. Lagerqvist et al. // The American journal of cardiology. — 2006. — Vol. 97, no. 5. — P. 640-645.

15. Lipid profile and genetic markers associated with the level of oxidized low density lipoproteides / E. Khlebus, A. Meshkov, V. Lankin et al. // Russian Journal of Cardiology. — 2017. — Vol. 10, no. 150. — P. 49-54.

16. Сергиенко, И. В. Атеросклероз и дислипидемии: современные аспекты патогенеза, диагностики и лечения / И.В. Сергиенко, А.А. Аншелес, В.В. Кухарчук. - М.: ПатиСС, 2016. - 140 с.

17. Орехов, А.Н. Атеросклероз. Молекулярно-клеточные механизмы атерогенеза человека; антиатеросклеротическая терапия / А.Н. Орехов.

- Germany: Palmarium Academic Publishing, 2013. - 545 с.

18. Lusis, A.J. Genetics of atherosclerosis / A.J. Lusis // Trends Genet. — 2012.

- Vol. 28, no. 6. - P. 267-275.

19. Williams, K. The response-to-retention hypothesis of early atherogenesis / K. Williams, I. Tabas // Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology. — 1995. - Vol. 15, no. 5. - P. 551-561.

20. Hegele, R. Plasma lipoproteins: genetic influences and clinical implications / R. Hegele // Nature Reviews Genetics. - 2009. - Vol. 10, no. 2. - P. 109-121.

21. Rabe, H. Oxidative modification of LDL: its pathological role in atherosclerosis / H. Itabe // Clinical reviews in allergy & immunology. — 2009.

- Vol. 37, no. 1. - P. 4-11.

22. The role of lipids and lipoproteins in atherosclerosis. / M. Linton, P. Yancey, S. Davies et al. — [Updated 2019 Jan 3]. In: Feingold KR, Anawalt B, Boyce A, et al, editors. Endotext [Internet]. South Dartmouth (MA): MDText.com, Inc.; 2000-. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK343489/.

23. Structure of apolipoprotein B-100 in low density lipoproteins / J.P. Segrest, M.K. Jones, H. De Loof, N. Dashti // Journal of lipid research. — 2001. — Vol. 42, no. 9. - P. 1346-1367.

24. The abetalipoproteinemia gene is a member of the vitellogenin family and encodes an a-helical domain / C. Shoulders, T. Narcisi, J. Read et al. // Nature structural biology. — 1994. — Vol. 1, no. 5. — P. 285-286.

25. Krisko, A. Theoretical model of human apolipoprotein B100 tertiary structure / A. Krisko, C. Etchebest // PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. - 2007. - Vol. 66, no. 2. - P. 342-358.

26. Iverius, P.-H. The interaction between human plasma lipoproteins and connective tissue glycosaminoglycans / P.-H. Iverius // Journal of Biological Chemistry. - 1972. - Vol. 247, no. 8. - P. 2607-2613.

27. Identification of the principal proteoglycan-binding site in LDL. A singlepoint mutation in apo-BlOO severely affects proteoglycan interaction without affecting LDL receptor binding / J. Boren, K. Olin, I. Lee et al. // The Journal of clinical investigation. — 1998. — Vol. 101, no. 12. — P. 2658-2664.

28. Altshuler, D. Genetic mapping in human disease / D. Altshuler, M. Daly, E. Lander // Science. - 2008. - Vol. 322, no. 5903. - P. 881-888.

29. Biological, clinical and population relevance of 95 loci for blood lipids / T.M. Teslovich, K. Musunuru, A.V. Smith et al. // Nature. - 2010. - Vol. 466, no. 7307. - P. 707-713.

30. Musunuru, K. Genetics of coronary artery disease / K. Musunuru, S. Kathiresan // Annual review of genomics and human genetics. — 2010. _ Vol. 11. - P. 91-108.

31. Large-scale association analysis identifies 13 new susceptibility loci for coronary artery disease / H. Schunkert, I.R. König, S. Kathiresan et al. // Nature genetics. - 2011. - Vol. 43, no. 4. - P. 333-338.

32. Consortium, Coronary Artery Disease (CJ^D) Genetics. A genome-wide association study in Europeans and South Asians identifies five new loci for coronary artery disease / Coronary Artery Disease (C4D) Genetics Consortium et al. // Nature genetics. - 2011. - Vol. 43, no. 4. - P. 339-344.

33. Genome-wide association identifies a susceptibility locus for coronary artery disease in the Chinese Han population / F. Wang, C.-Q. Xu, Q. He et al. // Nature genetics. - 2011. - Vol. 43, no. 4. - P. 345-349.

34. Finding the missing heritability of complex diseases / T. Manolio, F. Collins, N. Cox et al. // Nature. - 2009. - Vol. 461, no. 7265. - P. 747-753.

35. Common vs. rare allele hypotheses for complex diseases / N.J. Schork, S.S. Murray, K.A. Frazer, E.J. Topol // Current opinion in genetics & development. - 2009. - Vol. 19, no. 3. - P. 212-219.

36. Modern probabilistic and statistical approaches to search for nucleotide sequence options associated with integrated diseases / A. Rytova, E. Khlebus, A. Shevtsov et al. // Russ J Genet, - 2017. - Vol. 53, no. 10. - P. 1091-1104.

37. Large-scale association analysis provides insights into the genetic architecture and pathophysiology of type 2 diabetes / A. Morris, B. Voight, T. Teslovich et al. // Nature genetics. - 2012. - Vol. 44, no. 9. - P. 981-990.

38. Gibson, Greg. Rare and common variants: twenty arguments / Greg Gibson // Nature Reviews Genetics. — 2012. — Vol. 13, no. 2. — P. 135-145.

39. A systematic survey of loss-of-function variants in human protein-coding genes / D.G. MacArthur, S. Balasubramanian, A. Frankish et al. // Science. _ 2012. - Vol. 335, no. 6070. - P. 823-828.

40. Consortium,, 1000 Genomes Project. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes / 1000 Genomes Project Consortium et al. // Nature. - 2012. - Vol. 491, no. 7422. - P. 56-65.

41. Pritchard, J.K. Are rare variants responsible for susceptibility to complex diseases? / J.K. Pritchard // The American Journal of Human Genetics. — 2001. - Vol. 69, no. 1. - P. 124-137.

42. Bomba, L. The impact of rare and low-frequency genetic variants in common disease / L. Bomba, K. Walter, N. Soranzo // Genome biology. — 2017. — Vol. 18, no. 1. - P. 77.

43. Whole-exome sequencing identifies rare and low-frequency coding variants associated with LDL cholesterol / L. Lange, Y. Hu, H. Zhang et al. // The American Journal of Human Genetics. — 2014. — Vol. 94, no. 2. — P. 233-245.

44. A comprehensive 1000 Genomes-based genome-wide association meta-analysis of coronary artery disease / M. Nikpay, A. Goel, H.-H. Won et al. // Nature genetics. - 2015. - Vol. 47, no. 10. - P. 1121-1130.

45. Genetic variants influencing circulating lipid levels and risk of coronary artery disease / D.M. Waterworth, S.L. Ricketts, K. Song et al. // Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology. — 2010. — Vol. 30, no. 11. — P. 2264-2276.

46. A genome wide association study identifies common variants associated with lipid levels in the Chinese population / L. Zhou, M. He, Z. Mo et al. // PloS one. - 2013. - Vol. 8, no. 12. - P. e82420.

47. Polymorphisms in ApoB gene are associated with risk of myocardial infarction and serum ApoB levels in a Chinese population / C. Liu, J. Yang, W. Han et al. // International journal of clinical and experimental medicine — 2015. - Vol. 8, no. 9. - P. 16571.

48. Association between polymorphisms in the APOB gene and hyperlipidemia in the Chinese Yugur population / Q. Gu, Y. Han, Y. Lan et al. // Brazilian Journal of Medical and Biological Research. — 2017. — Vol. 50, no. 11. — P. e6613.

49. Association of mutations in the apolipoprotein В gene with hypercholesterolemia and the risk of ischemic heart disease / A. Tybjaerg-Hansen, R. Steffensen, H. Meinertz et al. // New England Journal of Medicine. _ 1998. _ Vol. 338, no. 22. - P. 1577-1584.

50. Mutation in apolipoprotein В associated with hypobetalipoproteinemia despite decreased binding to the low density lipoprotein receptor / M. Benn, B.G. Nordestgaard, J.S. Jensen et al. // Journal of Biological Chemistry. — 2005. - Vol. 280, no. 22. - P. 21052-21060.

51. Common and rare alleles in apolipoprotein В contribute to plasma levels of low-density lipoprotein cholesterol in the general population / M. Benn, M. Stene, B.G. Nordestgaard et al. // J Clin Endocrinol Metah. — 2008. — Vol. 93, no. 3. - P. 1038-1045.

52. Consortium, 1000 Genomes Project, A global reference for human genetic variation / 1000 Genomes Project Consortium et al. // Nature. — 2015. — Vol. 526, no. 7571. - P. 68-74.

53. Кулемин, H.A. Биоинформатический анализ данных высокопроизводительного генотипирования в применении к поиску

маркеров спортивной успешности: дне. канд. биол. наук.: 03.01.09/Кулемин Николай Александрович. - М., 2016. - 130 с.

54. De, R. Bioinformatics challenges in genome-wide association studies (GWAS) / R. De, W.S. Bush, J.H. Moore // Clinical Bioinformatics. — Springer, 2014. _ p. 63-81.

55. National Human Genome Research Institute. Genetics-glossary: [сайт]. URL: https://www.genome.gov/genetics-glossary/Genome-Wide-Association-Studies.

56. Bush, W. Genome-wide association studies / W. Bush, J. Moore // PLoS computational biology. - 2012. - Vol. 8, no. 12. - P. el002822.

57. The mystery of missing heritability: Genetic interactions create phantom heritability / O. Zuk, E. Hechter, S.R. Sunyaev, E.S. Lander // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2012. - Vol. 109, no. 4. - P. 1193-1198.

58. Quality control procedures for genome-wide association studies / S. Turner, L.L. Armstrong, Y. Bradford et al. // Current protocols in human genetics. — 2011. _ Vol. 68, no. 1. - P. 1-19.

59. Weale, M.E. Quality control for genome-wide association studies / M.E. Weale // Genetic variation. - Springer, 2010. - P. 341-372.

60. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses / S. Purcell, B. Neale, K. Todd-Brown et al. // Am J Hum, Genet. — 2007. - Vol. 81, no. 3. - P. 559-575.

61. Rentería, M.E. Using PLINK for genome-wide association studies (GWAS) and data analysis / M.E. Rentería, A. Cortes, S.E. Medland // Genome-Wide Association Studies and Genomic Prediction. — Springer, 2013. — P. 193-213.

62. Statistical analysis for genome-wide association study / P. Zeng, Y. Zhao, C. Qian et al. // Journal of biomedical research. — 2015. — Vol. 29, no. 4. — P. 285.

63. Aulchenko, Y. Genomewide rapid association using mixed model and regression: a fast and simple method for genomewide pedigree-based quantitative trait loci association analysis / Y. Aulchenko, D.-J. De Koning, C. Haley // Genetics. - 2007. - Vol. 177, no. 1. - P. 577-585.

64. Demonstrating stratification in a European American population /

C.D. Campbell, E.L. Ogburn, K.L. Lunetta et al. // Nature genetics. — 2005. - Vol. 37, no. 8. - P. 868-872.

65. Genetic structure of human populations / N.A. Rosenberg, J.K. Pritchard, J.L. Weber et al. // science. - 2002. - Vol. 298, no. 5602. - P. 2381-2385.

66. Pritchard, J.K. Documentation for STRUCTURE software: Version 2 / J.K. Pritchard, W. Wen, D. Falush. - 2003.

67. An overview of STRUCTURE: applications, parameter settings, and supporting software / L. Porras-Hurtado, Y. Ruiz, C. Santos et al. // Frontiers in genetics. - 2013. - Vol. 4. - P. 98.

68. Association mapping in structured populations / J. Pritchard, M. Stephens, N. Rosenberg, P. Donnelly // The American Journal of Human Genetics. — 2000. - Vol. 67, no. 1. - P. 170-181.

69. Alexander, D. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals / D. Alexander, J. Novembre, K. Lange // Genome research. — 2009. - Vol. 19, no. 9. - P. 1655-1664.

70. Patterson, N. Population structure and eigenanalysis / N. Patterson, A. Price,

D. Reich // PLoS genetics. - 2006. - Vol. 2, no. 12.

71. Reich, D. Principal component analysis of genetic data / D. Reich, A. Price, N. Patterson // Nature genetics. — 2008. — Vol. 40, no. 5. — P. 491.

72. On the use of general control samples for genome-wide association studies: genetic matching highlights causal variants / D. Luca, S. Ringquist, L. Klei et al. // The American Journal of Human Genetics. — 2008. — Vol. 82, no. 2.

- P. 453-463.

73. Discovering genetic ancestry using spectral graph theory / A.B. Lee, D. Luca, L. Klei et al. // Genetic Epidemiology: The Official Publication of the International Genetic Epidemiology Society. — 2010. — Vol. 34, no. 1. — P. 51-59.

74. New approaches to population stratification in genome-wide association studies / A. Price, N. Zaitlen, D. Reich, N. Patterson // Nature Reviews Genetics. - 2010. - Vol. 11, no. 7. - P. 459-463.

75. Barsh, G. Guidelines for genome-wide association studies. — 2012.

76. Gen ABEL: an R library for genome-wide association analysis / Y. Aulchenko, S. Ripke, A Isaacs, C. Van Duijn // Bioinformatics. — 2007. — Vol. 23, no. 10.

- P. 1294-1296.

77. A new multipoint method for genome-wide association studies by imputation of genotypes / J. Marchini, B. Howie, S. Myers et al. // Nature genetics. — 2007. - Vol. 39, no. 7. - P. 906.

78. Multilocus linkage tests based on affected relative pairs / H. Cordell, G. Wedig, K. Jacobs, R. Elston // The American Journal of Human Genetics. — 2000.

- Vol. 66, no. 4. - P. 1273-1286.

79. Cirulli, E. Uncovering the roles of rare variants in common disease through whole-genome sequencing / E. Cirulli, D. Goldstein // Nature Reviews Genetics. - 2010. - Vol. 11, no. 6. - P. 415-425.

80. Rare-variant association analysis: study designs and statistical tests / S. Lee, G. Abecasis, M. Boehnke, X. Lin // The American Journal of Human Genetics. _ 2014. - Vol. 95, no. 1. - P. 5-23.

81. The sequence of the human genome / C. Venter, M. Adams, E. Myers et al. // science. - 2001. - Vol. 291, no. 5507. - P. 1304-1351.

82. Antonarakis, S. Mendelian disorders deserve more attention / S. Antonarakis, J. Beckmann // Nature Reviews Genetics. — 2006. — Vol. 7, no. 4. — P. 277282.

83. Stenson, P.D. The Human Gene Mutation Database: providing a comprehensive central mutation database for molecular diagnostics and personalised genomics. — 2009.

84. Deep resequencing of GWAS loci identifies independent rare variants associated with inflammatory bowel disease / M. Rivas, M. Beaudoin, A. Gardet et al. // Nature genetics. - 2011. - Vol. 43, no. 11. - P. 1066.

85. Excess of rare variants in genes identified by genome-wide association study of hypertriglyceridemia / C. Johansen, J. Wang, M. Lanktree et al. // Nature genetics. - 2010. - Vol. 42, no. 8. - P. 684.

86. Negligible impact of rare autoimmune-locus coding-region variants on missing heritability / K. Hunt, V. Mistry, N. Bockett et al. // Nature. - 2013. — Vol. 498, no. 7453. - P. 232-235.

87. A large-scale screen for coding variants predisposing to psoriasis / H. Tang, X. Jin, Y. Li et al. // Nature genetics. - 2014. — Vol. 46, no. 1. — P. 45-50.

88. Grada, A. Next-generation sequencing: methodology and application / A. Grada, K. Weinbrecht // The Journal of investigative dermatology. — 2013. - Vol. 133, no. 8. - P. ell.

89. Sanger, F. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors / F. Sanger, S. Nicklen, A. Coulson // Proceedings of the national academy of sciences. — 1977. - Vol. 74, no. 12. - P. 5463-5467.

90. Li, B. Methods for detecting associations with rare variants for common diseases: application to analysis of sequence data / B. Li, S.M. Leal // Am J Hum Genet, - 2008. - Vol. 83, no. 3. - P. 311-321.

91. Morris, A. An evaluation of statistical approaches to rare variant analysis in genetic association studies / A. Morris, E. Zeggini // Genetic epidemiology. — 2010. - Vol. 34, no. 2. - P. 188-193.

92. Pooled association tests for rare variants in exon-resequencing studies / A. Price, G. Kryukov, P. de Bakker et al. // The American Journal of Human Genetics. - 2010. - Vol. 86, no. 6. - P. 832-838.

93. Madsen, B.E. A groupwise association test for rare mutations using a weighted sum statistic / B.E. Madsen, S.R. Browning // PLoS genetics. — 2009. — Vol. 5, no. 2. - P. el000384.

94. Morgenthaler, S. A strategy to discover genes that carry multi-allelic or mono-allelic risk for common diseases: a cohort allelic sums test / S. Morgenthaler, W. Thilly // Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanism,s of Mutagenesis. - 2007. - Vol. 615, no. 1-2. - P. 28-56.

95. Han, F. A data-adaptive sum test for disease association with multiple common or rare variants / F. Han, W. Pan // Human heredity. — 2010. — Vol. 70, no. 1. P. 42-54.

96. Liu, D. A novel adaptive method for the analysis of next-generation sequencing data to detect complex trait associations with rare variants due to gene main effects and interactions / D. Liu, S. Leal // PLoS Genetics. — 2010. — Vol. 6, no. 10. - P. el001156.

97. Pan, W. Asymptotic tests of association with multiple SNPs in linkage disequilibrium / W. Pan // Genetic Epidemiology: The Official Publication of the International Genetic Epidemiology Society. — 2009. — Vol. 33, no. 6.

- P. 497-507.

98. Testing for an unusual distribution of rare variants / B. Neale, M. Rivas, B. Voight et al. // PLoS Genetics. — Vol. 7, no. 3.

99. Rare-variant association testing for sequencing data with the sequence kernel association test / M.C. Wu, S. Lee, T. Cai et al. // Am J Hum Genet, — 2011.

- Vol. 89, no. 1. - P. 82-93.

100. Optimal unified approach for rare-variant association testing with application to small-sample case-control whole-exome sequencing studies / S. Lee, M.J. Emond, M.J. Bamshad et al. // Am J Hum Genet, - 2012. - Vol. 91, no. 2. - P. 224-237.

101. A powerful and adaptive association test for rare variants / W. Pan, J. Kim, Y. Zhang et al. // Genetics. - 2014. - Vol. 197, no. 4. - P. 1081-1095.

102. Extending rare-variant testing strategies: analysis of noncoding sequence and imputed genotypes / M. Zawistowski, S. Gopalakrishnan, J. Ding et al. // The American Journal of Human Genetics. — 2010. — Vol. 87, no. 5. — P. 604-617.

103. ARIEL and AMELIA: testing for an accumulation of rare variants using next-generation sequencing data / J. Asimit, A. Day-Williams, A. Morris, E. Zeggini // Human heredity. — 2012. — Vol. 73, no. 2. — P. 84-94.

104. Basu, S. Comparison of statistical tests for disease association with rare variants / S. Basu, W. Pan // Genetic epidemiology. — 2011. — Vol. 35, no. 7. - P. 606-619.

105. Derkach, A. Robust and powerful tests for rare variants using Fisher's method to combine evidence of association from two or more complementary tests / A. Derkach, J. Lawless, L. Sun // Genetic epidemiology. — 2013. — Vol. 37, no. 1. - P. 110-121.

106. Биохимические показатели, маркеры доклинического поражения стенки сонных артерий у пациентов с различной степенью сердечно-сосудистого риска по шкале ЕОАГ/ЕОК (2003, 2007) / С.Ж. Уразалина, А.Н. Рогоза, Т.В. Балахонова et al. // Кардиоваскулярпая терапия и профилактика. — 2011. - Vol. 10, по. 7. - Р. 74-80.

107. Estimation of ten-year risk of fatal cardiovascular disease in Europe: the SCORE project / R. Conroy, K. Pyorala, A. Fitzgerald et al. // European heart journal. - 2003. - Vol. 24, no. 11. - P. 987-1003.

108. Fawcett, T. An introduction to ROC analysis / T. Fawcett // Pattern recognition letters. — 2006. — Vol. 27, no. 8. — P. 861-874.

109. Friedewald, W. Estimation of the concentration of low-density lipoprotein cholesterol in plasma, without use of the preparative ultracentrifuge / W. Friedewald, R. Levy, D. Fredrickson // Clinical chemistry. — 1972. — Vol. 18, no. 6. - P. 499-502.

110. The initiation of free radical peroxidation of low-density lipoproteins by glucose and its metabolite methylglyoxal: a common molecular mechanism of vascular wall injure in atherosclerosis and diabetes / V. Lankin, G. Konovalova, A. Tikhaze et al. // Mol Cell Biochem. - 2014. - Vol. 395, no. 1-2. - P. 241252.

111. Mechanisms of oxidative modification of low density lipoproteins under conditions of oxidative and carbonyl stress / V.Z. Lankin, A.K. Tikhaze, V.l. KapePko et al. // Biochemistry (Moscow). — 2007. — Vol. 72, no. 10. — P. 1081-1090.

112. Ultrasound markers that describe plaques are more sensitive than mean intima-media thickness in patients with familial hypercholesterolemia / A.I. Ershova, T.V. Balakhonova, A.N. Meshkov et al. // Ultrasound in Medicine and Biology. _ 2012. - Vol. 38, no. 3. - P. 417-422.

113. Mannheim intima-media thickness consensus / P.-J. Touboul, M.G. Hennerici, S. Meairs et al. // Cerebrovascular diseases. — 2004. — Vol. 18, no. 4. — P. 346-349.

114. Ультразвуковые параметры атеросклероза сонных и бедренных артерий у больных ишемической болезнью сердца / А.И. Ершова, А.Н. Мешков, С.А. Шальнова et al. // Профилактическая медицина. — 2014. — Vol. 17, по. 6. — Р. 56-63.

115. Ning, Z. SSAHA: a fast search method for large DNA databases / Z. Ning, A.J. Cox, J.C. Mullikin // Genome research. — 2001. — Vol. 11, no. 10. — P. 1725-1729.

116. The sequence alignment/map format and SAMtools / H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker et al. // Bioinformatics. - 2009. - Vol. 25, no. 16. - P. 20782079.

117. Wang, K. ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data / K. Wang, M. Li, H. Hakonarson // Nucleic acids research. — 2010. — Vol. 38, no. 16. — P. el64-el64.

118. dbSNP: the NCBI database of genetic variation / S.T. Sherry, M.-H. Ward, M. Kholodov et al. // Nucleic acids research. — 2001. — Vol. 29, no. 1. — P. 308-311.

119. NCBI Reference Sequences (RefSeq): current status, new features and genome annotation policy / K. Pruitt, T. Tatusova, G. Brown, D. Maglott // Nucleic acids research. - 2011. - Vol. 40, no. Dl. - P. D130-D135.

120. Consortium, 1000 Genomes Project. A map of human genome variation from population-scale sequencing / 1000 Genomes Project Consortium et al. // Nature. - 2010. - Vol. 467, no. 7319. - P. 1061.

121. Kumar, P. Predicting the effects of coding non-synonymous variants on protein function using the SIFT algorithm / P. Kumar, S. Henikoff, P.C. Ng // Nature protocols. - 2009. - Vol. 4, no. 7. - P. 1073-1081.

122. A method and server for predicting damaging missense mutations / I.A. Adzhubei, S. Schmidt, L. Peshkin et al. // Nature methods. — 2010. - Vol. 7, no. 4. - P. 248-249.

123. Quinlan, A.R. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features / A.R. Quinlan, I.M. Hall // Bioinformatics. — 2010. — Vol. 26, no. 6. - P. 841-842.

124. Base-calling of automated sequencer traces usingPhred. I. Accuracy assessment / B. Ewing, L. Hillier, M.C. Wendl, P. Green // Genome research. _ 1998. _ Vol. 8, no. 3. - P. 175-185.

125. Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor / W. Huber, V.J. Carey, R. Gentleman et al. // Nature methods. — 2015. — Vol. 12, no. 2. - P. 115.

126. Edgar, R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput / R.C. Edgar // Nucleic acids research. — 2004. — Vol. 32, no. 5. - P. 1792-1797.

127. Jalview Version 2^a multiple sequence alignment editor and analysis workbench / A. Waterhouse, J. Procter, D. Martin et al. // Bioinformatics. — 2009. - Vol. 25, no. 9. - P. 1189-1191.

128. Sequence kernel association tests for the combined effect of rare and common variants / I. Ionita-Laza, S. Lee, V. Makarov et al. // Am J Hum Genet, — 2013. - Vol. 92, no. 6. - P. 841-853.

129. Lee, S. Skat: Snp-Set (Sequence) Kernel Association Test R package version 1.1. 2. - 2015.

130. Pathway analysis by adaptive combination of P-values / K. Yu, Q. Li, A.W. Bergen et al. // Genetic epidemiology. — 2009. — Vol. 33, no. 8. — P. 700-709.

131. Rare variant association testing by adaptive combination of P-values / W. Lin, X.-Y. Lou, G. Gao, N. Liu // PloS one. - 2014. - Vol. 9, no. 1.

132. Identification of rare causal variants in sequence-based studies: methods and applications to VPS13B, a gene involved in Cohen syndrome and autism / I. Ionita-Laza, M. Capanu, S. De Rubeis et al. // PLoS genetics. — 2014. — Vol. 10, no. 12. - P. el004729.

133. Zou, H. Regularization and variable selection via the elastic net / H. Zou, T. Hastie // Journal of the Royal Statistical Society: Series B (Statistical Methodology). - 2005. - Vol. 67, no. 2. - P. 301-320.

134. Friedman, J. glmnet: Lasso and elastic-net regularized generalized linear models / J. Friedman, T. Hastie, R. Tibshirani // R package version. — 2009.

- Vol. 1, no. 4.

135. LocusZoom: regional visualization of genome-wide association scan results / R. Pruim, R. Welch, S. Sanna et al. // Bioinformatics. — 2010. — Vol. 26, no. 18. - P. 2336-2337.

136. Machiela, M. LDlink: a web-based application for exploring population-specific haplotype structure and linking correlated alleles of possible functional variants / M. Machiela, S.J. Chanock // Bioinformatics. — 2015. — Vol. 31, no_ 21. - P. 3555-3557.

137. Oxidized to non-oxidized lipoprotein ratios are associated with arteriosclerosis and the metabolic syndrome in diabetic patients / J. Girona, J.M. Manzanares, F. Marimon et al. // Nutrition, Metabolism and cardiovascular diseases. — 2008. - Vol. 18, no. 5. - P. 380-387.

138. Coleman, C. Quality control procedures for high-throughput genetic association studies / C. Coleman, E.M. Quinn, R. McManus // Celiac Disease.

- Springer, 2015. - P. 203-215.

139. Circulating oxidised LDL lipids, when proportioned to HDL-c, emerged as a risk factor of all-cause mortality in a population-based survival study / M. Linna, M. Ahotupa, M.K. Lopponen et al. // Age and ageing. — 2012.

- Vol. 42, no. 1. - P. 110-113.

140. Multiple rare and common variants in APOB gene locus associated with oxidatively modified low-density lipoprotein levels / E. Khlebus, V. Kutsenko, A. Meshkov et al. // PloS one. - 2019. - Vol. 14, no. 5.

141. GUESS-ing polygenic associations with multiple phenotypes using a GPU-based evolutionary stochastic search algorithm / L. Bottolo, M. Chadeau-

Hyam, D.I. Hastie et al. // PLoS genetics. — 2013. — Vol. 9, no. 8. — P. el003657.

142. Contribution of rare and common genetic variants to plasma lipid levels and carotid stiffness and geometry: a substudy of the Paris Prospective Study 3 / C. Proust, Je. Empana, P. Boutouyrie et al. // Circulation: Cardiovascular Genetics. - 2015. - Vol. 8, no. 4. - P. 628-636.

143. Apolipoprotein B genetic variants modify the response to fenofibrate: a GOLDN study / M.K. Wojczynski, G. Gao, I. Borecki et al. // Journal of lipid research. - 2010. - Vol. 51, no. 11. - P. 3316-3323.

144. Dense genotyping of candidate gene loci identifies variants associated with high-density lipoprotein cholesterol / A.C. Edmondson, P.S. Braund, I.M. Stylianou et al. // Circulation: Genomic and Precision Medicine. — 2011. — P. CIRCGENETICS-110.

145. Analysis of lipid pathway genes indicates association of sequence variation near SREBF1/TOM1L2/ATPAF2 with dementia risk / C.A. Reynolds, M.-G. Hong, U. K Eriksson et al. // Human molecular genetics. — 2010. — Vol. 19, no. 10. - P. 2068-2078.

146. A rare genetic mutation in patients with heterozygous familial hypercholesterolemia / Y.A. Prus, I.V. Sergienko, P.P. Malyshev et al. // Atherosclerosis and Dyslipidaemias. — 2017. — Vol. 2, no. 27. — P. 84-90.

147. A multiethnic replication study of plasma lipoprotein levels-associated SNPs identified in recent GWAS / E.K. Bryant, A.S. Dressen, C.H. Bunker et al. // PLoS One. - 2013. - Vol. 8, no. 5. - P. e63469.

148. Detailed metabolic and genetic characterization reveals new associations for 30 known lipid loci / T. Tukiainen, J. Kettunen, A.J. Kangas et al. // Human molecular genetics. — 2011. — Vol. 21, no. 6. — P. 1444-1455.

149. Variants in the APOB gene was associated with Ischemic Stroke susceptibility in Chinese Han male population / F. Zhou, T. Guo, L. Zhou et al. // Oncotarget. - 2018. - Vol. 9, no. 2. - P. 2249.

150. Novel gene-by-environment interactions: APOB and NPC1L1 variants affect the relationship between dietary and total plasma cholesterol / D.S. Kim, A.A. Burt, J.E. Ranchalis et al. // Journal of lipid research. — 2013. — Vol. 54, no_ 5_ _ P 1512-1520.

151. The role of lipid-related genes, aging-related processes, and environment in healthspan / A.M. Kulminski, I. Culminskaya, K.G. Arbeev et al. // Aging Cell. - 2013. - Vol. 12, no. 2. - P. 237-246.

152. Multiple genetic determinants of plasma lipid levels in Caribbean Hispanics / Y.-C. Liao, H.-F. Lin, T. Rundek et al. // Clinical biochemistry. — 2008. — Vol. 41, no. 4-5. - P. 306-312.

153. Next-generation-sequencing-based identification of familial hypercholesterolemia-related mutations in subjects with increased LDL-C levels in a latvian population / I. Radovica-Spalvina, G. Latkovskis, I. Silamikelis et al. // BMC medical genetics. — 2015. — Vol. 16, no. 1. — P. 86.

154. Genetic variation in APOB, PCSK9, and ANGPTL3 in carriers of pathogenic autosomal dominant hypercholesterolemic mutations with unexpected low LDL-C1 Levels / R. Huijgen, B. Sjouke, K. Vis et al. // Human mutation. _ 2012. - Vol. 33, no. 2. - P. 448-455.

155. Polymorphisms Xbal (rs693) and EcoRI (rsl042031) of the ApoB gene are associated with carotid plaques but not with carotid intima-media thickness in patients with diabetes mellitus type 2 / J.N. Starcevic, M.S. Letonja, Z.J. Praznikar et al. // Vast,. - 2014. - Vol. 43, no. 3. - P. 171-180.

156. Association of polymorphisms of genes involved in lipid metabolism with blood pressure and lipid values in mexican hypertensive individuals / B.E. Ríos-González, B. Ibarra-Cortés, G. Ramírez-López et al. // Disease markers. — 2014. - Vol. 2014.

157. Genetic association of APOB polymorphisms with variation in serum lipid profile among the Kuwait population / S.A. Al-Bustan, M.A. Alnaqeeb, B.G. Annice et al. // Lipids in health and disease. — 2014. — Vol. 13, no. 1.

_ p. 157.

158. Gu, W. Association between the APOB Xbal and EcoRI polymorphisms and lipids in Chinese: a meta-analysis / W. Gu, M. Zhang, S. Wen // Lipids in health and disease. — 2015. — Vol. 14, no. 1. — P. 123.

159. Chiou, K.-R. Common mutations of familial hypercholesterolemia patients in Taiwan: characteristics and implications of migrations from southeast China / K.-R. Chiou, M.-J. Charng // Gene. - 2012. - Vol. 498, no. 1. - P. 100-106.

160. Identification of loci conferring risk for premature CAD and heterozygous familial hyperlipidemia in the LDLR, APOB and PCSK9 genes / P. Muiya, S. Wakil, M. Al-Najai et al. // International Journal of Diabetes Mellitus. — 2009. - Vol. 1, no. 1. - P. 16-21.

161. Associations of polymorphisms of rs693 and rsl042031 in apolipoprotein B gene with risk of breast cancer in Chinese / X. Liu, Y. Wang, H. Qu et al. // Japanese journal of clinical oncology. — 2013. — Vol. 43, no. 4. — P. 362-368.

162. Exome sequencing of three cases of familial exceptional longevity / T.P. Cash, G. Pita, O. Domínguez et al. // Aging cell. — 2014. — Vol. 13, no. 6. — P. 1087-1090.

163. Whole exome sequencing identification of novel candidate genes in patients with proliferative diabetic retinopathy / C. Ung, A.V. Sanchez, L. Shen et al. // Vision research. - 2017. - Vol. 139. - P. 168-176.

164. Four Apolipoprotein B gene polymorphisms and the risk for coronary artery disease: a meta-analysis of 47 studies / D. Xiao, K. Huang, Q. Chen et al. // Genes & Genomics. - 2015. - Vol. 37, no. 7. - P. 621-632.

165. Influence of polymorphism Q3405E and mutation A3371V in the apolipoprotein B gene on LDL receptor binding / D. Gaffney, M.S. Hoffs, I.M. Cameron et al. // Atherosclerosis. — 1998. — Vol. 137, no. 1. — P. 167174.

166. The apolipoprotein B Q3405E polymorphism has no effect on its low-density-lipoprotein receptor binding affinity / C.R. Pullinger, J.A. Love, W. Liu et al. // Human genetics. — 1996. — Vol. 98, no. 6. — P. 678-680.

167. Identification and molecular characterisation of Lausanne Institutional Biobank participants with familial hypercholesterolaemia-a proof-of-concept study / F. Maurer, S. Pradervand, I. Guilleret et al. // Swiss Med Wkly. — 2016. - Vol. 146. - P. wl4326.

168. Forty-Three Loci Associated with Plasma Lipoprotein Size, Concentration, and Cholesterol Content in Genome-Wide Analysis / D. Chasman, G. Paré, S. Mora et al. // PLoS Genet. - 2009. - Vol. 5, no. 11. - P. el000730.

169. Genome-Wide Association Study Evaluating Lp-PLA2 Mass and Activity at Baseline and Following Rosuvastatin Therapy / A.Y. Chu, F. Guilianini, H. Grallert et al. // Circulation: Genomic and Precision Medicine. — 2012. — P. CIRCGENETICS-112.

170. Genome-wide association analysis of metabolic traits in a birth cohort from a founder population / C. Sabatti, A.-L. Hartikainen, A. Pouta et al. // Nature genetics. - 2009. - Vol. 41. 110. 1. P. 35.

171. Loci influencing lipid levels and coronary heart disease risk in 16 European population cohorts / Y.S. Aulchenko, S. Ripatti, I. Lindqvist et al. // Nature genetics. - 2009. - Vol. 41, no. 1. - P. 47.

172. Six new loci associated with blood low-density lipoprotein cholesterol, high-density lipoprotein cholesterol or triglycerides in humans / S. Kathiresan, O. Melander, C. Guiducci et al. // Nature genetics. — 2008. — Vol. 40, no. 2. - P. 189.

173. Genome-wide association analysis identifies loci for type 2 diabetes and triglyceride levels / R. Saxena, B.F. Voight, V. Lyssenko et al. // Science. _ 2007. - Vol. 316, no. 5829. - P. 1331-1336.

174. Analysis with the exome array identifies multiple new independent variants in lipid loci / S. Kanoni, N. Masca, K.E. Stirrups et al. // Human molecular genetics. - 2016. - Vol. 25, no. 18. - P. 4094-4106.

175. Multiple associated variants increase the heritability explained for plasma lipids and coronary artery disease / H. Tada, H.-H. Won, O. Melander et al. // Circulation: Genomic and Precision Medicine. — 2014. — P. CIRCGENETICS-113.

176. Distribution and clinical impact of functional variants in 50,726 whole-exome sequences from the DiscovEHR study / F.E. Dewey, M.F. Murray, J.D. Overton et al. // Science. - 2016. - Vol. 354, no. 6319. - P. aaf6814.

177. Peddareddygari, L.R. Identification of Novel Mutations in Spatacsin and Apolipoprotein B Genes in a Patient with Spastic Paraplegia and

Hypobetalipoproteinemia / L.R Peddareddygari, R.P. Grewal // Case reports in genetics. — 2015. — Vol. 2015.

178. Novel functional APOB mutations outside LDL-binding region causing familial hypercholesterolaemia / A.C. Alves, A. Etxebarria, A.K. Soutar et al. // Human Molecular Genetics. - 2014. - Vol. 23, no. 7. - P. 1817-1828.

179. The use of next-generation sequencing in clinical diagnosis of familial hypercholesterolemia / J. Vandrovcova, E. Thomas, S.S. Atanur et al. // Genetics in Medicine, - 2013. — Vol. 15, no. 12. — P. 948.

180. A composite scoring of genotypes discriminates coronary heart disease risk beyond conventional risk factors in the Boston Puerto Rican Health Study / M. Junyent, K.L. Tucker, J. Shen et al. // Nutrition, Metabolism and Cardiovascular Diseases. — 2010. — Vol. 20, no. 3. — P. 157-164.

181. Association of candidate gene polymorphisms with chronic kidney disease in Japanese individuals with hypertension / T. Yoshida, K. Kato, K. Yokoi et al. // Hypertension Research. — 2009. — Vol. 32, no. 5. — P. 411.

182. Consortium, Global Lipids Genetics. Discovery and refinement of loci associated with lipid levels / Global Lipids Genetics Consortium // Nature Genetics. - 2013. - Vol. 45, no. 11. - P. 1274-1283.

183. A spectrum of PCSK9 alleles contributes to plasma levels of low-density lipoprotein cholesterol / I. Kotowski, A. Pertsemlidis, A. Luke et al. // Am J Hum Genet, - 2006. - Vol. 78, no. 3. - P. 410-422.

184. Cartegni, L. Listening to silence and understanding nonsense: exonic mutations that affect splicing / L. Cartegni, S. Chew, A. Krainer // Nature Reviews Genetics. - 2002. - Vol. 3, no. 4. - P. 285-98.

185. Chamary, J.V. Evidence for selection on synonymous mutations affecting stability of mRNA secondary structure in mammals / J.V. Chamary, Laurence D.H. // Genome biology. — 2005. — Vol. 6, no. 9. — P. R75.

186. Lin, W.-Y. Beyond rare-variant association testing: pinpointing rare causal variants in case-control sequencing study / W.-Y. Lin // Scientific reports. — 2016. - Vol. 6. - P. 21824.

187. Vitkup, D. The amino-acid mutational spectrum of human genetic disease / D. Vitkup, C. Sander, G.M. Church // Genome biology. — 2003. — Vol. 4, no. 11. - P. R72.

188. The structure of vitellogenin provides a molecular model for the assembly and secretion of atherogenic lipoproteins / C.J. Mann, T.A. Anderson, J. Read et al. // Journal of molecular biology. — 1999. — Vol. 285, no. 1. — P. 391— 408.

189. A common binding site on the microsomal triglyceride transfer protein for apolipoprotein B and protein disulfide isomerase / P. Bradbury, C.J. Mann, S. Kochl et al. // Journal of Biological Chemistry. — 1999. — Vol. 274, no. 5. - P. 3159-3164.

190. Immunoelectron microscopy of low density lipoproteins yields a ribbon and bow model for the conformation of apolipoprotein B on the lipoprotein surface. / J.E. Chatterton, M.L. Phillips, L.K. Curtiss et al. // Journal of lipid research. _ 1995. _ v0i. 36, no. 9. - P. 2027-2037.

ПРИЛОЖЕНИЕ 1

Набор TargetSeq Custom Enrichment Kit для таргетного секвенирования локуса 2р24-р23, содержащего ген АРОВ (хр. 2: 20996301-21494945; координаты указаны в соответствии с референсной сборкой генома человека GRCh37/hgl9). Содержит 536 фрагментов, составляющих в общей сложности 391833 пи.

Координаты зондов:

chr2:20996273-20997531

chr2:20998363-20998534

chr2:20999153-21000358

chr2:21002103-21002917

chr2:21004258-21005178

chr2:21006678-21006926

chr2:21007453-21007683

chr2:21008073-21008144

chr2:21009343-21010537

chr2:21011533-21012836

chr2:21014113-21014207

chr2:21015158-21015227

chr2:21015738-21016528

chr2:21016983-21017245

chr2:21021543-21021897

chr2:21024053-21024664

chr2:21024883-21025282

chr2:21026008-21026295

chr2:21027593-21028949

chr2:21029978-21030176

chr2:21032193-21032369

chr2:21033113-21033665

chr2:21034538-21035341

chr2:21036288-21036704

chr2:21037588-21038810

chr2:21039283-21039361

chr2:20997593-20998255 chr2:20998643-20998710 chr2:21000678-21000852 chr2:21002918-21003691 chr2:21005188-21005654 chr2:21006948-21007088 chr2:21007703-21007859 chr2:21008438-21008883 chr2:21010683-21010752 chr2:21012868-21013558 chr2:21014428-21014876 chr2:21015263-21015330 chr2:21016533-21016605 chr2:21017283-21018318 chr2:21022188-21023376 chr2:21024668-21024741 chr2:21025303-21025430 chr2:21026393-21026708 chr2:21029388-21029521 chr2:21030453-21032022 chr2:21032378-21032686 chr2:21033808-21034225 chr2:21035368-21035953 chr2:21036778-21037191 chr2:21038848-21038967 chr2:21040188-21040295

chr2:20998258-20998333 chr2:20999003-20999099 chr2:21000858-21001698 chr2:21003728-21004250 chr2:21005673-21006645 chr2:21007098-21007434 chr2:21007868-21008063 chr2:21009173-21009280 chr2:21011058-21011239 chr2:21013593-21014112 chr2:21014913-21015150 chr2:21015358-21015736 chr2:21016613-21016948 chr2:21018333-21019217 chr2:21023688-21024024 chr2:21024773-21024849 chr2:21025433-21025959 chr2:21026773-21026845 chr2:21029538-21029612 chr2:21032023-21032190 chr2:21032718-21033092 chr2:21034243-21034337 chr2:21035968-21036031 chr2:21037473-21037582 chr2:21039133-21039268 chr2:21040393-21041619

chr2:21041658-21042748 chr2:21043933-21046031 chr2:21048373-21048547 chr2:21050203-21050420 chr2:21051613-21051821 chr2:21053663-21055113 chr2:21056768-21058026 chr2:21060073-21062231 chr2:21062678-21062782 chr2:21064533-21064633 chr2:21065788-21067094 chr2:21067913-21067985 chr2:21069243-21069410 chr2:21069693-21069769 chr2:21071523-21071827 chr2:21078383-21078480 chr2:21079183-21079292 chr2:21081598-21082712 chr2:21085248-21086085 chr2:21087513-21087657 chr2:21088628-21088833 chr2:21089788-21089966 chr2:21090483-21090651 chr2:21090973-21091101 chr2:21091558-21092522 chr2:21092898-21093001 chr2:21094043-21094117 chr2:21094783-21095298 chr2:21096668-21097152 chr2:21101108-21103776 chr2:21104778-21105221 chr2:21112838-21113360 chr2:21120933-21121184 chr2:21121528-21121631 chr2:21123518-21126626 chr2:21127993-21128077 chr2:21129508-21129718 chr2:21130158-21136112 chr2:21139293-21140459

chr2:21043038-21043844 chr2:21046248-21046390 chr2:21048613-21049095 chr2:21050738-21050933 chr2:21052118-21053282 chr2:21055128-21055238 chr2:21058043-21058388 chr2:21062338-21062442 chr2:21062793-21063553 chr2:21064833-21064907 chr2:21067423-21067746 chr2:21068128-21068755 chr2:21069413-21069485 chr2:21069828-21070636 chr2:21075793-21076254 chr2:21078628-21078697 chr2:21079643-21081374 chr2:21082713-21083558 chr2:21086123-21087131 chr2:21088118-21088260 chr2:21089148-21089248 chr2:21090043-21090143 chr2:21090743-21090883 chr2:21091118-21091359 chr2:21092638-21092716 chr2:21093068-21093137 chr2:21094128-21094202 chr2:21095618-21095944 chr2:21097298-21098869 chr2:21103798-21104086 chr2:21111358-21111690 chr2:21113383-21120220 chr2:21121243-21121374 chr2:21121643-21121917 chr2:21126638-21127347 chr2:21128083-21128165 chr2:21129728-21129801 chr2:21136118-21136813 chr2:21140463-21140947

chr2:21043848-21043928 chr2:21046403-21048362 chr2:21049363-21050198 chr2:21050938-21051592 chr2:21053308-21053593 chr2:21055363-21056760 chr2:21058403-21060063 chr2:21062453-21062593 chr2:21063753-21063944 chr2:21065448-21065752 chr2:21067773-21067845 chr2:21068888-21069106 chr2:21069508-21069657 chr2:21070673-21071508 chr2:21076258-21078240 chr2:21078698-21079119 chr2:21081403-21081516 chr2:21083638-21084542 chr2:21087238-21087354 chr2:21088263-21088614 chr2:21089258-21089501 chr2:21090228-21090478 chr2:21090893-21090966 chr2:21091428-21091533 chr2:21092718-21092871 chr2:21093213-21093287 chr2:21094203-21094526 chr2:21095973-21096361 chr2:21099228-21100804 chr2:21104613-21104748 chr2:21111703-21112786 chr2:21120253-21120920 chr2:21121378-21121522 chr2:21121933-21123508 chr2:21127458-21127600 chr2:21129143-21129212 chr2:21130033-21130146 chr2:21136843-21139253 chr2:21140948-21141610

chr2:21141623-21143256 chr2:21145593-21146010 chr2:21146598-21146673 chr2:21151803-21152546 chr2:21179778-21183656 chr2:21184053-21186541 chr2:21187753-21189274 chr2:21192538-21192771 chr2:21196363-21197020 chr2:21199703-21201729 chr2:21207918-21209072 chr2:21214998-21218240 chr2:21221083-21221156 chr2:21222618-21223655 chr2:21231828-21237238 chr2:21239908-21240007 chr2:21241388-21244832 chr2:21249413-21250182 chr2:21253383-21253455 chr2:21253773-21253895 chr2:21254763-21261193 chr2:21263173-21264807 chr2:21269088-21270171 chr2:21273123-21274077 chr2:21274738-21274871 chr2:21277238-21277543 chr2:21278158-21278636 chr2:21282998-21284318 chr2:21285438-21287147 chr2:21288398-21288507 chr2:21290058-21290545 chr2:21292495-21294515 chr2:21295310-21295381 chr2:21295730-21295994 chr2:21296520-21296658 chr2:21297405-21297780 chr2:21298570-21299472 chr2:21299875-21299982 chr2:21301405-21301484

chr2:21143268-21143396 chr2:21146133-21146314 chr2:21146783-21147817 chr2:21152563-21153113 chr2:21183713-21183792 chr2:21186563-21186808 chr2:21189283-21190690 chr2:21192988-21194496 chr2:21197048-21197328 chr2:21203198-21204382 chr2:21209083-21209940 chr2:21218538-21220666 chr2:21221273-21222325 chr2:21224118-21226217 chr2:21237243-21238883 chr2:21240023-21240846 chr2:21245118-21247214 chr2:21250463-21252031 chr2:21253463-21253530 chr2:21254078-21254151 chr2:21261493-21262440 chr2:21264813-21266741 chr2:21270198-21272223 chr2:21274213-21274352 chr2:21274918-21275591 chr2:21277863-21278027 chr2:21278658-21280337 chr2:21284623-21284916 chr2:21287163-21288095 chr2:21288513-21289958 chr2:21290595-21291853 chr2:21294520-21294691 chr2:21295430-21295548 chr2:21296000-21296177 chr2:21296685-21296991 chr2:21297800-21298244 chr2:21299535-21299719 chr2:21299990-21301072 chr2:21301575-21301740

chr2:21143753-21145588 chr2:21146348-21146585 chr2:21147823-21151754 chr2:21178113-21179670 chr2:21183858-21183936 chr2:21186818-21187732 chr2:21190993-21192537 chr2:21194848-21196350 chr2:21197633-21199700 chr2:21204458-21207643 chr2:21209948-21214984 chr2:21220693-21220940 chr2:21222333-21222579 chr2:21226218-21231821 chr2:21239163-21239580 chr2:21240848-21241385 chr2:21247508-21249124 chr2:21252388-21252968 chr2:21253553-21253626 chr2:21254223-21254464 chr2:21262523-21262802 chr2:21266758-21268803 chr2:21272238-21272375 chr2:21274568-21274705 chr2:21275608-21277182 chr2:21278033-21278112 chr2:21280613-21282933 chr2:21285048-21285430 chr2:21288118-21288327 chr2:21289968-21290049 chr2:21291865-21292213 chr2:21294705-21295293 chr2:21295550-21295727 chr2:21296205-21296492 chr2:21296995-21297062 chr2:21298315-21298555 chr2:21299760-21299857 chr2:21301100-21301400 chr2:21303460-21304469

chr2:21304475-21304556 chr2:21305110-21305793 chr2:21308300-21308583 chr2:21310165-21310792 chr2:21312925-21313385 chr2:21315790-21316074 chr2:21316535-21316675 chr2:21318980-21319744 chr2:21322025-21322795 chr2:21323080-21323183 chr2:21324155-21324355 chr2:21326015-21328715 chr2:21329735-21329811 chr2:21331390-21331479 chr2:21334485-21335012 chr2:21336235-21336841 chr2:21339935-21340152 chr2:21340640-21342595 chr2:21343680-21343754 chr2:21344470-21345135 chr2:21345780-21345879 chr2:21348025-21348137 chr2:21348900-21349245 chr2:21351485-21351648 chr2:21352745-21353011 chr2:21355105-21355180 chr2:21356795-21357171 chr2:21359230-21364969 chr2:21366795-21367839 chr2:21370410-21370535 chr2:21372275-21372488 chr2:21373030-21373955 chr2:21378560-21378910 chr2:21379885-21380312 chr2:21381640-21382019 chr2:21384015-21384410 chr2:21385125-21385231 chr2:21387670-21389036 chr2:21389855-21390366

chr2:21304570-21304646 chr2:21305825-21307041 chr2:21308650-21309196 chr2:21310820-21310984 chr2:21313390-21313630 chr2:21316145-21316253 chr2:21316685-21317702 chr2:21319745-21319875 chr2:21322800-21322875 chr2:21323245-21323746 chr2:21324655-21324724 chr2:21328745-21328918 chr2:21329825-21330421 chr2:21331505-21333294 chr2:21335310-21335943 chr2:21336850-21338232 chr2:21340425-21340520 chr2:21342670-21342841 chr2:21343880-21344022 chr2:21345155-21345294 chr2:21345880-21347250 chr2:21348150-21348299 chr2:21349510-21350040 chr2:21351685-21351812 chr2:21353020-21354643 chr2:21355190-21356234 chr2:21357180-21357866 chr2:21365035-21366014 chr2:21367855-21369351 chr2:21370540-21371934 chr2:21372775-21372908 chr2:21376725-21376859 chr2:21378965-21379564 chr2:21380330-21380431 chr2:21382020-21383247 chr2:21384525-21384661 chr2:21385240-21385685 chr2:21389045-21389314 chr2:21390385-21390491

chr2:21304665-21305052 chr2:21307205-21308282 chr2:21309385-21309837 chr2:21310990-21312629 chr2:21313690-21315781 chr2:21316455-21316532 chr2:21318005-21318957 chr2:21319880-21322014 chr2:21322915-21322992 chr2:21324015-21324085 chr2:21325145-21325996 chr2:21329200-21329399 chr2:21330425-21330639 chr2:21333310-21334466 chr2:21335945-21336226 chr2:21338505-21339661 chr2:21340540-21340615 chr2:21343110-21343673 chr2:21344320-21344426 chr2:21345335-21345743 chr2:21347780-21347892 chr2:21348370-21348860 chr2:21350065-21351155 chr2:21351985-21352685 chr2:21354665-21355086 chr2:21356250-21356783 chr2:21358100-21359208 chr2:21366040-21366762 chr2:21369370-21370308 chr2:21372105-21372269 chr2:21372930-21373027 chr2:21376860-21378526 chr2:21379580-21379788 chr2:21380445-21381634 chr2:21383525-21383982 chr2:21384705-21384990 chr2:21386015-21387657 chr2:21389320-21389846 chr2:21390590-21390969

chr2:21390970-21391171 chr2:21391580-21391682 chr2:21393560-21393729 chr2:21394170-21394762 chr2:21395530-21395865 chr2:21400375-21400486 chr2:21401520-21401935 chr2:21403825-21405955 chr2:21408050-21408224 chr2:21410020-21410089 chr2:21413830-21414344 chr2:21415370-21416144 chr2:21419145-21419376 chr2:21420460-21421154 chr2:21423850-21424198 chr2:21425735-21426076 chr2:21427245-21427654 chr2:21429465-21430099 chr2:21437585-21437718 chr2:21439225-21439307 chr2:21439995-21440202 chr2:21441420-21442360 chr2:21444445-21445391 chr2:21449125-21449723 chr2:21450185-21450432 chr2:21451050-21452524 chr2:21455260-21457214 chr2:21458370-21458969 chr2:21462350-21462483 chr2:21464665-21467873 chr2:21469910-21470603 с-li r2 :2147135 5-21471455 chr2:21474785-21475692 chr2:21480270-21482096 chr2:21484250-21484843 chr2:21485440-21489432

chr2:21391175-21391339 chr2:21391695-21392175 chr2:21393790-21393962 chr2:21394775-21395350 chr2:21395875-21397228 chr2:21400610-21400687 chr2:21401950-21403029 chr2:21406105-21407646 chr2:21408230-21408696 chr2:21410130-21410206 chr2:21414350-21414615 chr2:21416155-21417748 chr2:21419530-21419643 chr2:21421170-21421542 chr2:21424215-21425125 chr2:21426275-21426383 chr2:21427660-21428878 chr2:21430250-21430331 chr2:21438020-21438092 chr2:21439310-21439655 chr2:21440230-21440407 chr2:21442370-21444253 chr2:21445400-21448017 chr2:21449730-21450078 chr2:21450440-21450780 chr2:21452530-21455041 chr2:21457215-21457460 chr2:21458975-21460700 chr2:21463185-21463260 chr2:21467875-21469589 chr2:21470620-21471154 chr2:21471755-21471928 chr2:21475705-21477341 chr2:21482150-21483682 chr2:21484855-21485276 chr2:21489645-21494958

chr2:21391355-21391570 chr2:21392925-21392999 chr2:21393985-21394063 chr2:21395405-21395510 chr2:21397360-21400307 chr2:21400700-21401510 chr2:21403045-21403817 chr2:21407655-21407934 chr2:21408700-21409845 chr2:21410230-21410362 chr2:21415025-21415196 chr2:21417760-21419088 chr2:21419645-21420455 chr2:21421550-21423849 chr2:21425130-21425720 chr2:21426685-21427239 chr2:21429005-21429463 chr2:21430390-21431399 chr2:21438095-21439213 chr2:21439805-21439916 chr2:21440415-21441412 chr2:21444345-21444439 chr2:21448330-21449124 chr2:21450110-21450184 chr2:21450845-21451048 chr2:21455060-21455239 chr2:21457485-21458359 chr2:21460710-21462347 chr2:21464470-21464605 chr2:21469675-21469783 chr2:21471165-21471348 chr2:21471940-21474768 chr2:21477345-21480258 chr2:21483685-21484000 chr2:21485280-21485430