Изучение связи между фосфорилированием белка YB-1 и его транспортом в ядро тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Согорина Екатерина Михайловна

• Согорина Екатерина Михайловна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Согорина Екатерина Михайловна

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Транспорт белков

1.1 Строение и функционирование ядерного порового комплекса

1.2 Транспортные сигналы и рецепторы ядерного транспорта

1.3 Ran система и ядерный импорт

1.4 Регуляция нуклеоцитоплазматического транспорта

1.5 Нарушение ядерного транспорта как звено развития болезни

2. Посттрансляционные модификации белков и их значение

2.1 Виды посттрансляционных модификаций белков

2.2 Роль посттрансляционных модификаций белков

3. Белок YB-1 и его функции в клетке

3.1 Структурная организация белка YB-1

3.3 Функции YB-1 в ядре

3.4 Модификации YB-1

3.5 Изменение локализации белка YB-1

3.6 Участие белка YB-1 в развитии онкологических заболеваний

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

4. Материалы

4.1 Химические реактивы и расходные материалы

4.2 Буферные растворы и среды для культивирования клеток

4.3 Антитела

5. Методы

5.1 Работа с генетическими конструкциями и прокариотическими клетками

5.1.1 Обработка генетических конструкций эндонуклеазами рестрикции

5.1.2 Получение генетических конструкций, кодирующих белки HA-YB-1 с точечными заменами аминокислот S102A/S209D и S102D/S209A

5.1.3 Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР)

5.1.4 Лигирование мутантных кДНК YB-1 в вектор pET-3-1-HA

5.1.5 Трансформация клеток E. адН

5.1.6 Минипрепаративное выделение плазмидной ДНК из E. адН

5.1.7 Выделение плазмидной ДНК

5.1.8 Электрофорез нуклеиновых кислот в геле агарозы

5.2 Выделение рекомбинантных белков YB-1, анализ белковых перепаратов

5.2.1 Выделение рекомбинантного YB-1 укороченного и его полноразмерных мутантных форм

5.2.2 Электрофорез белков в полиакриламидном геле в присутствии SDS

5.2.3 Иммуноблоттинг

5.3 Работа с эукариотическими клетками

5.3.1 Культивирование эукариотических клеток

5.3.2 Культивирование клеток HeLa в среде с добавлением низкомолекулярных веществ

5.3.3 Получение цитоплазматического лизата клеток ^La для реакции ядерного импорта

5.3.4 Реакция ядерного импорта in vitro

5.3.5 Иммунофлуоресцентное окрашивание клеток

5.3.6 Микроскопическое исследование препаратов

5.3.7 Приготовление лизата из клеток для исследования методом иммуноблоттинга

5.4 Проведение экспериментов с РНК

5.4.1 Измерение сродства белка YB-1 к РНК с помощью поляризации флуоресценции

5.4.2 Проведение реакции связывания комплексов РНК-белок на фильтрах

5.5 Предсказание сайтов фосфорилирования киназой Akt в белке YB-1

5.6 Статистическая обработка данных

РЕЗУЛЬТАТЫ

6. Влияние фосфорилирования на переход белка YB-1 в ядро

6.1 Изучение внутриклеточной локализации YB-1 и его статуса фосфорилирования по S102 при стимуляции сывороткой

6.2 Выделение белков HA-YB-1 с мутациями в сайтах фосфорилирования

6.3 Изучение влияния мутаций, имитирующих фосфорилирование YB-1, на его ядерный импорт in vitro

6.4 Изучение влияния мутаций, имитирующих фосфорилирование YB-1, на его связывание с РНК

7. Влияние низкомолекулярных веществ на локализацию белка YB-1

7.1 Исследование потенциального влияния низкомолекулярных веществ на внутриклеточную локализацию белка YB-1

7.2 Исследование влияния низкомолекулярных веществ на статус фосфорилирования белка YB-1 по серину

7.3 Исследование влияния низкомолекулярных веществ на РНК-связывающую активность YB-1

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение связи между фосфорилированием белка YB-1 и его транспортом в ядро»

ВВЕДЕНИЕ

Многофункциональный Y-бокс связывающий белок-1 (YB-1) входит в семейство белков, содержащих эволюционно консервативный домен холодового шока. YB-1 участвует практически во всех процессах, связанных с ДНК и РНК: в регуляции репликации, транскрипции и репарации ДНК, в сплайсинге, трансляции и стабилизации мРНК.

YB-1 состоит из трех доменов: АР-домена, домена холодового шока (CSD) и С-концевого домена. В С-концевом домене выделяют две последовательности, которые могут регулировать внутриклеточную локализацию белка. Это сигнал ядерной локализации (NLS) и сайт удержания в цитоплазме (CRS) [1,2]. Сайт удержания в цитоплазме доминирует над NLS, поэтому белок чаще всего локализуется в цитоплазме клетки. Кроме того, YB-1, как мажорный белок мРНП частиц, может удерживаться в цитоплазме за счет связывания с РНК [3]. Стрессовые факторы такие как обработка клеток ксенобиотиками, УФ-излучение, аминокислотное голодание способствуют переходу белка в ядро. Белок YB-1 транспортируется в ядро при помощи транспортина-1, который узнает сигнал ядерной локализации [4].

YB-1 подвергается таким посттрансляционным модификациям, как фосфорилирование, ацетилирование, метилирование, поли-АДФ-рибозирирование и убиквитинилирование. Известно, что некоторые из модификаций влияют на локализацию белка в клетке. Наиболее изученная модификация, влияющая на переход YB-1 в ядро, это фосфорилирование YB-1 по серину 102 (S102) [5-7]. Киназы Akt и RSK фосфорилируют YB-1 по S102, что приводит к его ядерной транслокации. Также, существуют данные о том, что YB-1, фосфорилированный по S102 не всегда детектируется в ядре [8-10]. Этот феномен требует более детального исследования.

В настоящий момент накопилось много данных о посттрансляционных модификациях белка YB-1 в различных клетках, полученных с помощью высокопроизводительных методов анализа. Однако, такие данные требуют экспериментального подтверждения роли той или иной посттрансляционной модификации в жизни белковой молекулы.

Повышенное общее содержание YB-1 характерно для опухолевых клеток. Его ядерная локализация рассматривается в литературе, как маркер тяжести онкологических заболеваний и появления у клеток множественной лекарственной устойчивости [11]. В то время как снижение доли ядерной фракции белка способствует замедлению роста опухолевых клеток, проводимая терапия становится эффективнее [12]. В последние годы предпринимаются попытки подобрать ингибитор, препятствующий фосфорилированию YB-1 по S102, и как следствие, предотвращающий транспорт белка в ядро. Было обнаружено, что физетин связывается с доменом холодового шока YB-1 и препятствует фосфорилированию белка по S102 [13]. Однако влияние физетина на транспорт YB-1 в ядро не исследовалось.

Таким образом, целью данной работы являлось изучить влияние фосфорилирования белка YB-1 на его транспорт в клеточное ядро.

Согласно цели были поставлены и решены следующие экспериментальные задачи:

1. Исследовать внутриклеточную локализацию и статус фосфорилирования YB-1 по S102 в нормальных условиях роста и в условиях активации Akt-киназы (стимуляция сывороткой).

2. Наработать в Escherichia coli и выделить белки YB-1, содержащие замены по предсказанным сайтам фосфорилирования Akt-киназой в белке YB-1, имитирующие фосфорилированное и дефосфорилированное состояние.

3. Исследовать внутриклеточную локализацию и взаимодействие с РНК белка YB-1 дикого типа и с заменами, имитирующими фосфорилированное и дефосфорилированное состояние.

4. Исследовать влияние низкомолекулярных веществ, которые по данным молекулярного докинга взаимодействуют с доменом холодового шока YB-1 вблизи S102, на ядерно-цитоплазматический транспорт YB-1, фосфорилирование YB-1 по S102 и связывание YB-1 с РНК.

Научная новизна. В работе впервые показано, что фосфорилирование YB-1 по S102 в клетках NIH3T3, HeLa и PC3 при стимуляции клеток сывороткой не приводит к переходу YB-1 в ядро. В молекуле YB-1 был обнаружен новый потенциальный сайт фосфорилирования Akt-киназой (серин 209, S209). Было проведено детальное исследование влияния фосфорилирования YB-1 по T80, S102 и S209 на транспорт YB-1 в ядро.

Впервые показано, что фосфорилирование по S209 ингибирует транспорт YB-1 в ядро в модельной системе. При этом влияние фосфорилирования YB-1 по S209 на транспорт белка в ядро превалирует над влиянием фосфорилирования YB-1 по S102.

Впервые исследовано влияние низкомолекулярных веществ, потенциально взаимодействующих с доменом холодового шока YB-1 вблизи S102 (физетин, кверцетин, дигидрокверцетин, VGY_0018615, VGY_0018645) на ядерно-цитоплазматический транспорт YB-1.

Впервые показано, что физетин не влияет на переход YB-1 в клеточное ядро, несмотря на снижение его фосфорилирования по S102. В тоже время, структурно-родственные вещества кверцетин и дигидрокверцетин ингибируют переход YB-1 в ядро. Кроме того, обнаружено, что вещества, относящиеся к классу триазолохиназолин-8-онов (VGY_0018615 и VGY_0018645), ингибируют транспорт YB-1 в ядро.

Теоретическая и практическая значимость работы. Теоретическая значимость работы заключается в расширении знаний о механизмах регуляции ядерно-цитоплазматического транспорта YB-1, и о взаимном влиянии фосфорилирования по различным аминокислотным остаткам на процессы транспорта. С практической точки зрения методические подходы для изучения влияния низкомолекулярных веществ, а также фосфорилирования YB-1 на его транспорт в ядро, оптимизированные в ходе выполнения работы, могут быть использованы для изучения других белков и потенциальных лекарственных препаратов. Кроме того, понимание механизмов, регулирующих переход YB-1 в ядро, поможет в разработке лекарственных средств для терапии онкологических заболеваний. В частности, результаты работы о влиянии физетина и структурно-родственных ему флавоноидов на транспорт YB-1 в ядро и статус его фосфорилирования могут быть использованы при выборе терапии YB-1-ядерно-позитивных и негативных опухолей, в пользу кверцетина для YB-1-ядерно-позитивных типах рака.

Методология исследования. Исследование ядерно-цитоплазматического транспорта YB-1 при стимуляции сывороткой проводили на клетках человека (HeLa и PC3) и мыши (NIH3T3), при обработке низкомолекулярными веществами (физетин, кверцетин, дигидрокверцетин, VGY_0018615, VGY_0018645) на клетках HeLa. Клеточную локализацию YB-1 определяли с помощью иммунофлюоресцентной микроскопии. Статус фосфорилирования YB-1 и Akt-киназы определяли с помощью иммуноблоттинга.

Влияние фосфорилирования на транспорт YB-1 в ядро изучали в модельной системе ядерного импорта in vitro на основе ядер и цитозоля клеток HeLa с использованием рекомбинантных белков HA-YB-1, содержащих геммаглютининовый довесок (HA) и фосфомиметические замены. Замены на аланин имитировали дефосфорилированное состояние, замены на аспарагиновую кислоту имитировали фосфорилированное состояние.

Конструкции для наработки мутантных белков получали с помощью сайт-направленного мутагенеза. Белок НА-YB-l и его мутантные формы нарабатывали в клетках E.coli штамма BL21(DE3)-pLysS-RARE. Выделение и очистку белков проводили в соответствии с методом, описанным ранее с незначительными изменениями [14]. Взаимодействие YB-1 и HA-YB-1 с РНК исследовали с помощью связывания комплексов РНК-белок на нитроцеллюлозных фильтрах или с помощью измерения анизотропии флюоресценции.

Основные положения, выносимые на защиту.

• фосфорилирования YB-1 по S102 в клетках NIH3T3, HeLa и PC3 недостаточно для перехода YB-1 в ядро.

• в молекуле YB-1 был обнаружен новый потенциальный сайт фосфорилирования Akt-киназой (серин 209, S209), влияющий на транспорт YB-1 в ядро. Фосфорилирование по S209 ингибирует транспорт YB-1 в ядро в модельной системе.

• ингибирующее действие фосфорилирования по S209 на транспорт YB-1 в ядро превалирует над стимулирующим действием фосфорилирования по S102.

• физетин не влияет на переход YB-1 в клеточное ядро, несмотря на снижение его фосфорилирования по S102, а его структурно-родственные вещества кверцетин и дигидрокверцетин ингибируют переход YB-1 в ядро.

• вещества, относящиеся к классу триазолохиназолин-8-онов (VGY_0018615 и VGY_0018645), ингибируют транспорт YB-1 в ядро.

Личный вклад автора. Автором был выполнен поиск и анализ литературы по теме исследования, дизайн экспериментов, были выполнены все экспериментальные и теоретические работы изложенные в основном тексте настоящей работы.

Апробация результатов работы и публикации. По результатам исследования опубликовано 7 печатных работ, в том числе 3 статьи в рецензируемых научных журналах из списка ВАК. Результаты работы были представлены на международных и российскийх конференциях: «26th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus» (Dijon, Франция, 2019), «XXI Mendeleev Congress on General and Applied Chemistry» (Санкт-Петербург, 2019), «Биология - наука XIX века» (Пущино, 2018), «VII Молодежная Школа-конференция по молекулярной и клеточной биологии» (Санкт-Петербург, 2020).

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1. Транспорт белков

Перемещение субстратов между ядром и цитоплазмой контролируется на нескольких уровнях. Первым является ядерно-поровый комплекс с входящими в него нуклеопоринами. Второй уровень представлен белками из семейства кариоферинов осуществляющими перенос субстратов. Третьим уровнем является наличие в перемещаемых молекулах сигналов локализации (ядерной или цитоплазматической), которые узнаются кариоферинами. Градиент Ran представляет собой четвертый уровень контроля, который регулирует направленность ядерно-цитоплазматического транспорта, отделение переносимого субстрата в нужном компартменте и рециклинг кариоферинов. Взаимопревращения между ГТФ и ГДФ на участниках транспорта составляет пятый и последний уровень контроля ядерно-цитоплазматического транспорта. [15].

1.1 Строение и функционирование ядерного порового комплекса

В эукариотической клетке ядро отделено от цитоплазмы ядерной оболочкой, состоящей из двух слоев: внешнего (сообщается с эндоплазматическим ретикулумом) и внутренней пластинки (служит местом прикрепления хромосом). Ядерная оболочка избирательно проницаема для макромолекул. Малые молекулы и ионы могут проходить через ядерную мембрану посредством диффузии. Большие и некоторые малые (размером 20-30 кДа) белки перемещаются в ядро и обратно через комплекс ядерных пор (ЯПК) [16]. ЯПК представляет собой огромный белковый комплекс, который соединяет внутреннюю и внешнюю ядерную мембрану, в центре которого находится канал [17].

Структура такого комплекса полностью расшифрована при помощи электронной микроскопии [18,19]. Ядерно-поровый комплекс имеет восьмилучевую симметрию, расположен перпендикулярно мембране и ассиметричен относительно плоскости мембраны. Также были найдены поровые комплексы с девяти- и десятилучевой симметрией [20]. ЯПК можно разделить на подструктуры: 1) цитоплазматические фибриллы, 2) центральный кор (в форме пончика) и 3) ядерная корзина (рис. 1). Эти подструктуры представлены приблизительно 30 копиями различных белков, называемых нуклеопоринами (NUP) [17,21,22].

Ядерно-поровый комплекс может быть разделен на симметричную часть (она заключена в ядерной мембране) и ассиметричную часть, с расширениями в ядро или в цитоплазму. Нуклеопорины из симметричной части делятся на три категории: закрепленные в мембране (часть ядерной оболочки), каркасные (адапторные и оболочечные) и канальные (барьерные) нуклеопорины. Каждая категория имеет свои уникальные особенности строения,

предназначенные для выполнения определенных функций. Комплекс нуклеопоринов ассиметричной части называют ядерными корзинами и цитоплазматическими фибриллами [23].

Рисунок 1. Строение ядерной поры (из [24] с изменениями).

Ядерная пора формируется путем закрепления а-спиралей мембранных нуклеопоринов симметричной части, где внутренняя и внешняя ядерные мембраны сливаются [22].

Каркасные нуклеопорины соединяют мембранные и барьерные нуклеопорины. Они формируют просвет поры и разделяются на внешнее и внутреннее кольца, и соединительные нуклеопорины (кольцо спиц) в зависимости от их местоположения и функции. Крупные комплексы могут проходить через центральный канал благодаря высокой гибкости наружных кольцевых компонентов нуклеопоринов. Такая гибкость нуклеопоринов обусловлена а-соленоидными и Р-пропеллерными пространственными укладками [23].

Барьерные нуклеопорины формируют канал поры и селективно регулируют поток ядерного транспорта. Примерно у трети данных белков в структуре преобладают участки фенилаланин-глициновых (FG) повторов, которые представляют собой гибкие и динамические области, которые могут подвергаться фазовому разделению жидкость-жидкость и образовывать

Цитоплазма

Цитоплазматические фибриллы

Ядро

гелеподобные капли жидкости. Благодаря им такие нуклеопорины создают диффузионный барьер ЯПК [25,26]

Ядерная корзина и цитоплазматические фибриллы относятся к ассиметричным нуклеопоринам. Они являются ключевыми компонентами в установлении направленности процесса транспорта [23,24].

1.2 Транспортные сигналы и рецепторы ядерного транспорта

Белки, массой более 40 кДа транспортируются при помощи растворимых рецепторов ядерного транспорта (NTR - nuclear transport receptor). Они, связывая и освобождая свой субстрат, непрерывно перемещаются между ядром и цитоплазмой. Консервативное семейство ядерных транспортных рецепторов кариоферинов-Р обеспечивает большую часть транспорта макромолекул, особенно белков, через ЯПК в ядро (импортины), из ядра (экспортины) или в обоих направлениях (бипортины). Кариоферины-Р - транспортные факторы, содержат домен, связывающий субстрат; домен связывания с ядерно-поровым комплексом и домен связывания Ras-подобной ГТФ-азы Ran [15]. Они взаимодействуют с перемещаемым субстратом напрямую либо опосредованно, через адаптерные молекулы. К настоящему времени известно одиннадцать гомологичных адаптерных белков, принадлежащих к семейству импортинов-а [27].

Для перемещения субстраты должны иметь в своем составе сигналы ядерной локализации (NLS - nuclear localization signal) или ядерного экспорта (NES - nuclear export signal). Такие последовательности узнаются специальными рецепторами из семейства кариоферинов: экспортины связываются с последовательностями NES, а импортины - с NLS. Связывание таких последовательностей с рецептором происходит либо непосредственно, либо при помощи адаптерных молекул [23]. Затем комплекс кариоферин-перемещаемая молекула проходит через ЯПК, связываясь с FG-повторами нуклеопоринов, расположенными в центральной поре ЯПК. Наконец, груз должен быть освобожден в компартменте назначения (ядро или цитоплазма). Наиболее изученными рецепторами транспорта являются импортин-а и импортины-р.

Известные NLS можно разделить на классические и неклассические. В свою очередь они подразделяются на несколько типов в зависимости от их структуры [28].

Классические сигналы ядерной локализации содержат один или два кластера положительно заряженных аминокислот, лизин или аргинин, и делятся на два типа (рис.2). Первый тип представляет собой короткую последовательность (8-10 а.о.), а во втором типе - повторы аминокислот разделены линкерной областью вариабельной длины [27,29]. Белки с классическим сигналом ядерной локализации связываются с импортином-pi при помощи посредника -адаптерного белка импортина-а, который, в свою очередь, связывается с классическим NLS своим С-концом, а IBB (Importin Д Binding) доменом присоединяется к N-концевому домену

импортина-Р1, образуя тройной комплекс [30]. В молекулярном представлении часть 1тра, обогащенная кислыми аминокислотными остатками, связывается непосредственно с основными боковыми цепями NLS посредством электростатических и полярных взаимодействий, его триптофановые остатки гидрофобно взаимодействуют с алифатическими частями белка, а аспарагиновые аминокислотные остатки импортина-а образуют водородные связи с основными цепями [31].

Сигналы ядерной локализации (NLS)

X

(р - гидрофобная аминокислота В основная аминокислота X - любая аминокислота

Рисунок 2. Классификация сигналов ядерной локализации.

Белки, несущие неклассические сигналы ядерной локализации, связываются напрямую с импортином-pi, либо с другими импортинами-p. Такие сигналы отличаются вариабельностью, как по составу, так и по протяженности [32,33].

Так, например, сигналы ядерной локализации, распознаваемые импортином-Р2, относятся к классу PY-NLS (рис. 2). Сигнал этого класса является неклассическим и состоит из двух частей: N-концевой гидрофобной последовательности (основной мотив) и С-концевой консенсусной последовательности - остатка аргинина с последующим повтором пролина и тирозина (PY) [30,34].

Наиболее изученным рецептором для экспорта является XPO-1/CRM1 (chromosome region maintenance 1, поддержание области хромосом 1) [35], принадлежащий к семейству кариоферинов-Р и имеющий несколько активных центров для связывания сигнала экспорта из ядра [36]. В настоящее время единственным известным классом экспортных сигналов является тот, который связывает CRM1, поэтому он называется просто NES (nuclear export signal). NES

обычно имеют длину 8-15 остатков и содержат 4-5 гидрофобных якорных остатка, которые взаимодействуют с CRM1, расположенных с различным интервалом и могут быть обогащены лейцином. NES очень разнообразны по последовательности и структуре, в общем виде их можно представить в таком виде: Ф-Х2-3-Ф-Х2-3-Ф-Х-Ф, где Ф - гидрофобная, а Х - любая аминокислота [37]. CRM1 могут привлекать другие адаптерные белки, например, Exp5 при транспорте больших субъединиц рибосом. Кроме того, CRM1 активно поддерживает цитоплазматическую локализацию белков участников Ran-транспорта - RanBPl, RanGAP (см. пункт 1.3 Ran система и ядерный импорт «Обзора литературы») и других белков [23]. Было показано, что YB-1 в комплексе с вирусными рибонуклеопротеиновыми частицами переходит из ядра в цитоплазму с помощью CRM1 [38].

Известно, что экспортины XPO5 и XPOT экспортируют скорее РНК, чем белковые молекулы, являясь первичными экспортерами пре-микроРНК и тРНК, соответственно [39].

Существуют другие альтернативные рецепторы экспорта. Они участвуют в циклах рециркуляции и распределения других участников ядерно-цитоплазматического транспорта.

1.3 Ran система и ядерный импорт

Нуклеоцитоплазматический транспорт - энергозатратный процесс. Перемещение субстратов с рецепторами контролируется небольшими Ras-подобными ГТФ-азами Ran и требует гидролиза ГТФ. ГТФ-азная активность Ran, и внутриклеточное распределение контролируются набором регуляторов, таких как Ran-связывающие белки (RanBP), Ran-ГТФ-активирующий белок (Ran-GAP), фактор обмена Ran-гуаниннуклеотидов (Ran-GEF) и ингибитор диссоциации Ran-GDP (Ran-GDI) [40].

Ran перемещается между ядром и цитоплазмой через ядерные поры (рис. 3). Белок Ran существует в двух состояниях: связанном с ГТФ или с ГДФ; самостоятельно он очень плохо гидролизует и обменивает ГТФ. С помощью регуляторного белка RanGEF (RCC1), в ядре происходит обмен нуклеотидов, фактор RanBP3 - активирует RanGEF. Катализаторами гидролиза ГТФ служат RanGAPl (белок активации Ran-ГТФ-азы) и RanBPl (белок, связывающий и активирующий RanGAP). Стимулировать гидролиз ГТФ белком Ran может большой нуклеопорин RanBP2 (Nup358), который находится в цитоплазматической части ЯПК вместе с RanGAPl [40,41]. Эффективное превращение Ran-ГТФ в Ran-ГДФ будет происходить только в цитоплазме, что приводит к соотношению Ran-ГТФ в ядре/цитоплазме приблизительно 200:1 [42]. Потому что, RanGAP1 и RanBP2 находится исключительно в цитоплазме, RanBPl -преимущественно в цитоплазме, а RanGEF - ядерный белок. Вследствие этого образуется градиент: Ran в комплексе с ГТФ находится в ядре, а связанный с ГДФ - в цитоплазме. Благодаря такому градиенту обеспечивается направленность ядерно-цитоплазматического транспорта.

Другой ядерный транспортный фактор p10/NTF2, ингибирует отделение ГДФ от Ran и удерживает Ran в инактивированной форме Ran-ГДФ до тех пор, пока Ran-GEF не запускает обмен ГДФ на ГТФ (рис.3 A).

Рисунок. 3. Схема ядерно-цитоплазматического транспорта. (из [40] с изменениями). (А) Цикл Ran. 1) Ran-ГДФ связывает импортируемый комплекс в цитоплазме, далее он будет транспортироваться в ядро. 2) Ran-GEF обменивает ГДФ на ГТФ и разбирает комплекс в ядре, что приводит к высвобождению импортированных грузов. 3) Ran-ГТФ связывает комплекс для экспорта в ядре, который будет экспортироваться в цитоплазму. 4) RanGAP активирует ГТФ-азную активность Ran и гидролизует ГТФ до ГДФ, что приводит к высвобождению экспортируемых грузов. (Б) Упрощенная схема ядерного импорта и экспорта.

Импортины связывают свой субстрат-груз в присутствии Ran-ГДФ в цитоплазме и высвобождают субстрат-груз в присутствии Ran-ГТФ, а для экспортинов происходит прямо

противоположное.

Опишем упрощенную схему ядерного импорта (рис.ЗБ). В цитоплазме белки несущие сигналы ядерного импорта связываются с гетеродимерным комплексом, состоящим из импортина-а и/или импортина-р. Импортин-pi в комплексе с импортином-а и переносимым белком-субстратом связывается с ядерным поровым комплексом посредством взаимодействия с богатой фенилаланин-глициновой областью нуклеопоринов и перемещается по каналу ЯПК в ядро. В ядре, где высокая концентрация RanGEF, происходит обмен ГДФ на ГТФ, что изменяет конформацию связанного c Ran импортина-Р1 и приводит к диссоциации комплекса импортина-Р1/импортин-а/белок [27,43,44]. Диссоциация импортина-Р1 приводит к ослаблению связи между импортином-а и переносимым белком, в результате белок высвобождается в нуклеоплазму. Экспортин (CRM1), наоборот, связывается с субстратом при высоком содержании Ran-ГТФ (в ядре). В результате образуется комплекс: экспортируемый белок/экспортин/Ran-ГТФ. В цитоплазме в комплексе экспортин/субстрат/Кап-ГТФ происходит активация ГТФ-азы (RanGAPl) при помощи RanBPl или RanBP2, ГТФ распадается до ГДФ, и компоненты комплекса не могут больше удерживаться в комплексе и освобождаются [42,45,46].

Такое разное поведение кариоферинов относительно их сродства к переносимым субстратам под влиянием связывания с Ran-ГТФ объясняется наличием HEAT-повторов в их структуре, которые образуют пружиноподобную спираль. Такая спираль может изменять свою конформацию при связывании с лигандом. В случае импортина-Р Ran-ГТФ конкурирует за связывание с импортином-а/переносимый субстрат и происходит диссоциация комплекса с освобождением переносимого груза. Напротив, структура экспортного фактора CAS/CSE1 открывается после связывания Ran-ГТФ, что позволяет сформировать тройственный комплекс с его специфическим экспортным грузом, импортином-а [47].

Рециркуляция транспортных факторов неотъемлемый процесс ядерно-цитоплазматического транспорта. Из ядра комплекс импортин-Р1/Кап-ГТФ и тройственный комплекс импортин-а/Ran-ГТФ/CAS (Cellular apoptosis susceptibility - клеточный белок восприимчивости к апоптозу) перемещаются в цитоплазму. Обратно в ядро Ran-ГДФ импортирует транспортный фактор NXF2 [48]. В ядре при участии белков RanGEF и RanBP3 происходит быстрый обмен ГДФ на ГТФ.

1.4 Регуляция нуклеоцитоплазматического транспорта

Регуляция ядерно-цитоплазматического транспорта осуществляется с помощью модификаций переносимого субстрата и белков аппарата транспорта, включая транспортные рецепторы, ядерно-поровый комплекс и систему Ran [17].

Взаимодействия импортин-NLS/экспортин-NES могут модулироваться

конформационными изменениями как в областях сигналов NLS/NES в белке, так и в сайтах

связывания субстратов кариоферинов. Маскирование сигналов NLS/NES является наиболее распространенным механизмом регуляции ядерно-цитоплазматического транспорта [ 17,49].

Модификации аминокислотных остатков внутри или вблизи NLS/NES может приводить к внутримолекулярному маскированию. Оно заключается в том, что при внесении заряда в NLS/NES-содержащую область белка доступ кариоферина к этим сигналам пропадает. Например, фосфорилирование остатков треонина 174 и 176 в белке Hoglp (High osmolarity glycerol pathway-signaling protein) делает сигнал ядерного экспорта Hoglp недоступным для связывания с CRM1 и предотвращает его транспорт из ядра [50]. Белок NF-AT2 (nuclear factor of activated T cell 2) содержит два NLS, аминокислотные остатки которых фосфорилированы при низкой концентрации ионов кальция. При увеличении концентрации ионов кальция Ca^-зависимая фосфатаза кальциневрин дефосфорилирует аминокислоты. В результате NLS становятся доступными для связывания с транспортными факторами, и NF-AT2 перемещается в ядро [51]. От паттерна метилирования аргининов в белке FUS зависит его сродство к транспортину-1. Было показано, что увеличение количества метилированных аргининовых областей RGG в белке FUS приводит к потери аффинности связывания с транспортином-1 [52].

Межмолекулярное маскирование опосредуется за счет взаимодействия белка с партнером. Например, белок NF-kB в нормальных условиях связан с ингибитором IkB, маскирующим NLS-последовательность NF-kB. Такой гетеродимер локализуется главным образом в цитоплазме. В ответ на стресс или другие внеклеточные сигналы IkB фосфорилируется, убиквинилируется и деградирует при помощи 26S протеасомы, что приводит к демаскированию NLS, и NF-kB быстро переходит в ядро [53]. Связывание белков с РНК или ДНК также может модулировать межмолекулярное маскирование сигналов локализации. Например, NLS белка Rev, вовлеченного в транслокацию мРНК ВИЧ из ядра в цитоплазму, маскируется, когда Rev связан с мРНК, и его переход в ядро возможен после высвобождения транспортируемой мРНК [54].

И наоборот, ядерно-цитоплазматический транспорт может быть усилен модификациями, увеличивающим сродство кариоферинов к сигнальным последовательностям NLS/NES. Примером такой регуляции является фосфорилирование большого Т-антигена вируса SV40 [46]. Другим примером стимуляции импорта служит ацетилирование тирозил-тРНК-синтетазы [55]. В ответ на окислительный стресс происходит ацетилирование лизина NLS тирозил-тРНК-синтетазы, что способствует его импорту в ядро. Предполагается, что ацетилирование вызывает конформационные изменения тирозил-тРНК-синтетазы вблизи NLS, что может способствовать ядерной транслокации [55].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Согорина Екатерина Михайловна, 2022 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Bader A.G., Vogt P.K. Inhibition of Protein Synthesis by Y Box-Binding Protein 1 Blocks Oncogenic Cell Transformation // Mol. Cell. Biol. 2005. Т. 25, № 6. С. 2095-2106.

2. Sorokin A. V, Selyutina A.A., Skabkin M.A., Guryanov S.G., Nazimov I. V, Richard C., Th'ng J., Yau J., Sorensen P.H.B., Ovchinnikov L.P., Evdokimova V. Proteasome-mediated cleavage of the Y-box- binding protein 1 is linked to DNA-damage stress response // EMBO J. 2005. Т. 24, № 20. С.3602-3612.

3. Kretov D.A., Mordovkina D.A., Eliseeva I.A., Lyabin D.N., Polyakov D.N., Joshi V., Desforges

B., Hamon L., Lavrik O.I., Pastre D., Curmi P.A., Ovchinnikov L.P. Inhibition of Transcription Induces Phosphorylation of YB-1 at Ser102 and Its Accumulation in the Nucleus // Cells. MDPI AG, 2019. Т. 9, № 1. С. 104.

4. Mordovkina D.A., Kim E.R., Buldakov I.A., Sorokin A. V, Eliseeva I.A., Lyabin D.N., Ovchinnikov L.P. Transportin-1-dependent YB-1 nuclear import // Biochem. Biophys. Res. Commun. Elsevier Ltd, 2016. Т. 480, № 4. С. 629-634.

5. Gieseler-Halbach S., Meltendorf S., Pierau M., Weinert S., Heidel F.H., Fischer T., Handschuh J., Braun-Dullaeus R.C., Schrappe M., Lindquist J.A., Mertens P.R., Thomas U., Brunner-Weinzierl M.C. RSK-mediated nuclear accumulation of the cold-shock Y-box protein-1 controls proliferation of T cells and T-ALL blasts // Cell Death Differ. Cell Death Differ, 2017. Т. 24, № 2. С. 371-383.

6. Sutherland B.W., Kucab J., Wu J., Lee C., Cheang M.C.U., Yorida E., Turbin D., Dedhar S., Nelson C., Pollak M., Grimes H.L., Miller K., Badve S., Huntsman D., Chen M., ... Dunn S.E. Akt phosphorylates the Y-box binding protein 1 at Ser102 located in the cold shock domain and affects the anchorage-independent growth of breast cancer cells // Oncogene. 2005. Т. 24, № 26.

C.4281-4292.

7. Stratford A.L., Fry C.J., Desilets C., Davies A.H., Cho Y.Y., Li Y., Dong Z., Berquin I.M., Roux P.P., Dunn S.E. Y-box binding protein-1 serine 102 is a downstream target of p90 ribosomal S6 kinase in basal-like breast cancer cells // Breast Cancer Res. 2008. Т. 10, № 6. С. R99.

8. Bader A.G., Vogt P.K. Phosphorylation by Akt disables the anti-oncogenic activity of YB-1 // Oncogene. 2008. Т. 27. С. 1179-1182.

9. Evdokimova V., Ruzanov P., Anglesio M.S., Sorokin A. V., Ovchinnikov L.P., Buckley J., Triche T.J., Sonenberg N., Sorensen P.H.B. Akt-Mediated YB-1 Phosphorylation Activates Translation of Silent mRNA Species // Mol. Cell. Biol. 2006. Т. 26, № 1. С. 277-292.

10. Stratford A.L., Reipas K., Hu K., Fotovati A., Brough R., Frankum J., Takhar M., Watson P., Ashworth A., Lord C.J., Lasham A., Print C.G., Dunn S.E. Targeting p90 Ribosomal S6 Kinase Eliminates Tumor-Initiating Cells by Inactivating Y-Box Binding Protein-1 in Triple-Negative

11

12

13

14

15

16

17

18

19

20

21

22

23

24

Breast Cancers // Stem Cells. 2012. Т. 30, № 7. С. 1338-1348.

Lasham A., Print C.G., Woolley A.G., Dunn S.E., Braithwaite A.W. YB-1: oncoprotein, prognostic marker and therapeutic target? // Biochem. J. 2013. Т. 449, № 1. С. 11-23. Alkrekchi A., Wang W., Rana P.S., Markovic V., Sossey-Alaoui K. A comprehensive review of the functions of YB-1 in cancer stemness, metastasis and drug resistance // Cell. Signal. Cell Signal, 2021. Т. 85.

Khan M.I., Adhami V.M., Lall R.K., Sechi M., Joshi D.C., Haidar O.M., Syed D.N., Siddiqui I.A., Chiu S., Mukhtar H. YB-1 expression promotes epithelial-to-mesenchymal transition in prostate cancer that is inhibited by a small molecule fisetin // Oncotarget. 2014. Т. 5, № 9. С. 2462-2474.

Guryanov S.G., Filimonov V. V., Timchenko A.A., Melnik B.S., Kihara H., Kutyshenko V.P., Ovchinnikov L.P., Semisotnov G. V. The major mRNP protein YB-1: Structural and association properties in solution // Biochim. Biophys. Acta - Proteins Proteomics. Elsevier, 2013. Т. 1834, № 2. С. 559-567.

Kalita J., Kapinos L.E., Lim R.Y.H. On the asymmetric partitioning of nucleocytoplasmic transport - recent insights and open questions // J. Cell Sci. J Cell Sci, 2021. Т. 134, № 7. Timney B.L., Raveh B., Mironska R., Trivedi J.M., Kim S.J., Russel D., Wente S.R., Sali A., Rout M.P. Simple rules for passive diffusion through the nuclear pore complex // J. Cell Biol. The Rockefeller University Press, 2016. Т. 215, № 1. С. 57-76.

Сорокин А.В., Ким Е.Р., Овчинников Л.П. Ядерно - цитоплазматический транспорт белков // Успехи биологической химии. 2007. Т. 47. С. 89-128.

Stoffler D., Fahrenkrog B., Aebi U. The nuclear pore complex: from molecular architecture to functional dynamics // Curr. Opin. Cell Biol. Curr Opin Cell Biol, 1999. Т. 11, № 3. С. 391-401. DH L., A H. The Structure of the Nuclear Pore Complex (An Update) // Annu. Rev. Biochem. Annu Rev Biochem, 2019. Т. 88. С. 725-783.

Hinshaw J.E., Milligan R.A. Nuclear pore complexes exceeding eightfold rotational symmetry // J. Struct. Biol. Academic Press, 2003. Т. 141, № 3. С. 259-268.

Läng A., Eriksson J., Schink K.O., Läng E., Blicher P., Polec A., Brech A., Dalhus B., B0e S.O. Visualization of PML nuclear import complexes reveals FG-repeat nucleoporins at cargo retrieval sites // Nucleus. 2017.

Lim R.Y.H., Ullman K.S., Fahrenkrog B. Biology and Biophysics of the Nuclear Pore Complex and Its Components // Int. Rev. Cell Mol. Biol. 2008. Т. 267. С. 299-342. Cautain B., Hill R., Pedro N. De, Link W. Components and regulation of nuclear transport processes // FEBS. 2015. Т. 282.

Rout M.P., Aitchison J.D. The Nuclear Pore Complex as a Transport Machine // J. Biol. Chem.

2001. T. 276, № 20. C. 16593-16596.

25. B H., A A.-P., P K., M B. Structure and Assembly of the Nuclear Pore Complex // Annu. Rev. Biophys. Annu Rev Biophys, 2019. T. 48. C. 515-536.

26. Nag N., Sasidharan S., Uversky V.N., Saudagar P., Tripathi T. Phase separation of FG-nucleoporins in nuclear pore complexes // Biochim. Biophys. acta. Mol. cell Res. Biochim Biophys Acta Mol Cell Res, 2022. T. 1869, № 4.

27. Miyamoto Y., Yamada K., Yoneda Y. Importin a: a key molecule in nuclear transport and nontransport functions // J. Biochem. 2016. T. 160, № 2. C. 69-75.

28. Kosugi S., Hasebe M., Matsumura N., Takashima H., Miyamoto-Sato E., Tomita M., Yanagawa H. Six Classes of Nuclear Localization Signals Specific to Different Binding Grooves of Importin * □ S. 2009.

29. Dingwall C., Robbins J., Dilworth S., Roberts B., Richardson W. The nucleoplasmin nuclear location sequence is larger and more complex than that of SV-40 large T antigen // J. Cell Biol. J Cell Biol, 1988. T. 107, № 3. C. 841-849.

30. Marfori M., Mynott A., Ellis J.J., Mehdi A.M., Saunders N.F.W., Curmi P.M., Forwood J.K., Boden M., Kobe B. Molecular basis for speci fi city of nuclear import and prediction of nuclear localization // Biochim. Biophys. Acta - Mol. Cell Res. Elsevier B.V., 2011. T. 1813, № 9. C. 1562-1577.

31. Conti E., Uy M., Leighton L., Blobel G., Kuriyan J. Crystallographic Analysis of the Recognition of a Nuclear Localization Signal by the Nuclear Import Factor Karyopherin a // Cell. Cell Press, 1998. T. 94, № 2. C. 193-204.

32. Lu J., Wu T., Zhang B., Liu S., Song W., Qiao J., Ruan H. Types of nuclear localization signals and mechanisms of protein import into the nucleus // Cell Commun. Signal. 2021 191. BioMed Central, 2021. T. 19, № 1. C. 1-10.

33. Cingolani G., Bednenko J., Gillespie M.T., Gerace L. Molecular Basis for the Recognition of a Nonclassical Nuclear Localization Signal by Importin ß // Mol. Cell. Cell Press, 2002. T. 10, № 6. C. 1345-1353.

34. Chook Y.M., Süel K.E. Nuclear import by karyopherin-ßs: recognition and inhibition. // Biochim. Biophys. Acta. 2011. T. 1813, № 9. C. 1593-1606.

35. Hing Z.A., Fung H.Y.J., Ranganathan P., Mitchell S., El-Gamal D., Woyach J.A., Williams K., Goettl V.M., Smith J., Yu X., Meng X., Sun Q., Cagatay T., Lehman A., Lucas D., ... Lapalombella R. Next-generation XPO1 inhibitor shows improved efficacy and in vivo tolerability in hematological malignancies // Leukemia. 2016. T. 30. C. 2364-2372.

36. Lapalombella R., Sun Q., Williams K., Tangeman L., Jha S., Zhong Y., Goettl V., Mahoney E., Berglund C., Gupta S., Farmer A., Mani R., Johnson A.J., Lucas D., Mo X., ... Byrd J.C. Selective

37

38

39

40

41

42

43

44

45

46

47

48

49

50

inhibitors of nuclear export (SINE) show that CRM1/XPO1 is a target in chronic lymphocytic leukemia // Blood. 2012. T. 120. C. 4621-4634.

Fung H.Y.J., Fu S.C., Chook Y.M. Nuclear export receptor CRM1 recognizes diverse conformations in nuclear export signals // Elife. eLife Sciences Publications, Ltd, 2017. T. 6. Kawaguchi A., Matsumoto K., Nagata K. YB-1 Functions as a Porter To Lead Influenza Virus Ribonucleoprotein Complexes to Microtubules // J. Virol. American Society for Microbiology, 2012. T. 86, № 20. C. 11086-11095.

Wing C.E., Fung H.Y.J., Chook Y.M. Karyopherin-mediated nucleocytoplasmic transport // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. Nat Rev Mol Cell Biol, 2022.

Clarke P.R., Zhang C. Spatial and temporal coordination of mitosis by Ran GTPase // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008. T. 9, № 6. C. 464-477.

Yokoyama N., Hayashi N., Seki T., Panté N., Ohba T., Nishii K., Kuma K., Hayashida T., Miyata T., Aebi U., Fukui M., Nishimoto T. A giant nucleopore protein that binds Ran/TC4 // Nature. Nature, 1995. T. 376, № 6536. C. 184-188.

Ding B., Sepehrimanesh M. Nucleocytoplasmic Transport: Regulatory Mechanisms and the Implications in Neurodegeneration // Int. J. Mol. Sci. Int J Mol Sci, 2021. T. 22, № 8. Floer M., Blobel G. The nuclear transport factor karyopherin beta binds stoichiometrically to Ran-GTP and inhibits the Ran GTPase activating protein. // J. Biol. Chem. 1996. T. 271, № 10. C. 5313-5316.

Yasuhara N., Yoneda Y. Importins in the maintenance and lineage commitment of ES cells // Neurochem. Int. Elsevier Ltd, 2017. T. 105. C. 32-41.

Rout M.P., Aitchison J.D., Suprapto A., Hjertaas K., Zhao Y., Chait B.T. The Yeast Nuclear Pore Complex: Composition, Architecture, and Transport Mechanism // J. Cell Biol. 2000. T. 148, № 4. C. 635-651.

Cautain B., de Pedro N., Murillo Garzón V., Muñoz de Escalona M., González Menéndez V., Tormo J.R., Martin J., El Aouad N., Reyes F., Asensio F., Genilloud O., Vicente F., Link W. High-content screening of natural products reveals novel nuclear export inhibitors. // J. Biomol. Screen. 2014. T. 19, № 1. C. 57-65.

Conti E., Müller C.W., Stewart M. Karyopherin flexibility in nucleocytoplasmic transport // Curr. Opin. Struct. Biol. Curr Opin Struct Biol, 2006. T. 16, № 2. C. 237-244.

Ribbeck K., Lipowsky G., Kent H.M., Stewart M., Görlich D. NTF2 mediates nuclear import of Ran // EMBO J. 1998. T. 17, № 22. C. 6587-6598.

Poon I.K.H., Jans D.A. Regulation of Nuclear Transport: Central Role in Development and

Transformation? // Traffic. John Wiley & Sons, Ltd, 2005. T. 6, № 3. C. 173-186.

Ferrigno P., Posas F., Koepp D., Saito H., Silver P.A. Regulated nucleo/cytoplasmic exchange of

HOG1 MAPK requires the importin beta homologs NMD5 and XPO1. // EMBO J. 1998. T. 17, № 19. C.5606-5614.

51. Beals C.R., Sheridan C.M., Turck C.W., Gardner P., Crabtree G.R. Nuclear export of NF-ATc enhanced by glycogen synthase kinase-3. // Science. 1997. T. 275, № 5308. C. 1930-1934.

52. Suarez-Calvet M., Neumann M., Arzberger T., Abou-Ajram C., Funk E., Hartmann H., Edbauer

D., Kremmer E., Göbl C., Resch M., Bourgeois B., Madl T., Reber S., Jutzi D., Ruepp M.D., ... Haass C. Monomethylated and unmethylated FUS exhibit increased binding to Transportin and distinguish FTLD-FUS from ALS-FUS // Acta Neuropathol. Acta Neuropathol, 2016. T. 131, № 4. C. 587-604.

53. Traenckner E.B., Wilk S., Baeuerle P.A. A proteasome inhibitor prevents activation of NF-kappa B and stabilizes a newly phosphorylated form of I kappa B-alpha that is still bound to NF-kappa

B. // EMBO J. European Molecular Biology Organization, 1994. T. 13, № 22. C. 5433.

54. Fineberg K., Fineberg T., Graessmann A., Luedtke N.W., Tor Y., Lixin R., Jans D.A., Loyter A. Inhibition of nuclear import mediated by the Rev-arginine rich motif by RNA molecules. // Biochemistry. 2003. T. 42, № 9. C. 2625-2633.

55. Cao X., Li C., Xiao S., Tang Y., Huang J., Zhao S., Li X., Li J., Zhang R., Yu W. Acetylation promotes TyrRS nuclear translocation to prevent oxidative damage // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. Proc Natl Acad Sci U S A, 2017. T. 114, № 4. C. 687-692.

56. Sherr C.J., McCormick F. The RB and p53 pathways in cancer. // Cancer Cell. 2002. T. 2, № 2.

C.103-112.

57. Cho U.H., Hetzer M.W. Nuclear Periphery Takes Center Stage: The Role of Nuclear Pore Complexes in Cell Identity and Aging // Neuron. Cell Press, 2020. T. 106, № 6. C. 899-911.

58. Grima J.C., Daigle J.G., Arbez N., Cunningham K.C., Zhang K., Ochaba J., Geater C., Morozko

E., Stocksdale J., Glatzer J.C., Pham J.T., Ahmed I., Peng Q., Wadhwa H., Pletnikova O., ... Rothstein J.D. Mutant Huntingtin Disrupts the Nuclear Pore Complex // Neuron. Cell Press, 2017. T. 94, № 1. C. 93-107.e6.

59. Tripathi T., Prakash J., Shav-Tal Y. Phospho-Tau Impairs Nuclear-Cytoplasmic Transport // ACS Chem. Neurosci. UTC, 2019. T. 10. C. 36-38.

60. Conforti F., Wang Y., Rodriguez J.A., Alberobello A.T., Zhang Y.-W., Giaccone G. Molecular pathways: anticancer activity by inhibition of nucleocytoplasmic shuttling // Clin. Canser Res. 2015. T. 21. C. 4508-4513.

61. Turner J.G., Dawson J., Sullivan D.M. Nuclear export of proteins and drug resistance in cancer // Biochem. Pharmacol. Elsevier Inc., 2012. T. 83, № 8. C. 1021-1032.

62. Mor A., White M.A., Fontoura B.M.A. Nuclear Trafficking in Health and Disease // Curr. Opin. Cell Biol. Elsevier Ltd, 2014. T. 28. C. 28-35.

63

64

65

66

67

68

69

70

71

72

73

74

75

76

Jeyasekharan A.D., Liu Y., Hattori H., Pisupati V., Jonsdottir A.B., Rajendra E., Lee M.,

Sundaramoorthy E., Schlachter S., Kaminski C.F., Rosenfeld Y., Sato K., Savill J., Ayoub N.,

Venkitaraman A.R. A cancer-associated BRCA2 mutation reveals masked nuclear export signals

controlling localization // Nat. Struct. Mol. Biol. 2013. T. 20, № 1191-1198.

Kuusisto H. V, Jans D.A. Hyper-dependence of breast cancer cell types on the nuclear transporter

Importin-ß 1 // Biochim. Biophys. Acta - Mol. Cell Res. Elsevier B.V., 2015. T. 1853, № 8. C.

1870-1878.

Fagerlund R., Kinnunen L., Köhler M., Julkunen I., Melen K. NF-{kappa}B is transported into the nucleus by importin {alpha}3 and importin {alpha}4. // J. Biol. Chem. 2005. T. 280, № 16. C. 15942-15951.

Reich N.C., Liu L. Tracking STAT nuclear traffic // Nat. Rev. Immunol. 2006. T. 6, № 8. C. 602612.

Liang S.H., Clarke M.F. A bipartite nuclear localization signal is required for p53 nuclear import regulated by a carboxyl-terminal domain. // J. Biol. Chem. 1999. T. 274, № 46. C. 32699-32703. Hu W., Kemp B.E., Jans D.A. Kinetic properties of nuclear transport conferred by the retinoblastoma (Rb) NLS. // J. Cell. Biochem. 2005. T. 95, № 4. C. 782-793. Watt P.J. Van Der, Ngarande E., Leaner V.D. Overexpression of Kpnb1 and Kpna2 Importin Proteins in Cancer Derives from Deregulated E2F Activity // PLoS One. 2011. T. 6, № 11. C. 110.

Yan W., Li R., He J., Du J., Hou J. Importin-ß 1 mediates nuclear factor-KB signal transduction into the nuclei of myeloma cells and affects their proliferation and apoptosis // Cell. Signal. Elsevier Inc., 2015. T. 27, № 4. C. 851-859.

Pertea M. The Human Transcriptome: An Unfinished Story // Genes (Basel). Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), 2012. T. 3, № 3. C. 344.

Venne A., Kollipara L., Zahedi R. The next level of complexity: crosstalk of posttranslational

modifications // Proteomics. Proteomics, 2014. T. 14, № 4-5. C. 513-524.

Couture J., Trievel R. Histone-modifying enzymes: encrypting an enigmatic epigenetic code //

Curr. Opin. Struct. Biol. Curr Opin Struct Biol, 2006. T. 16, № 6. C. 753-760.

Wang R., Wang G. Protein Modification and Autophagy Activation // Adv. Exp. Med. Biol. Adv

Exp Med Biol, 2019. T. 1206. C. 237-259.

Knorre D.G., Kudryashova N.V., Godovikova T.S. Chemical and Functional Aspects of Posttranslational Modification of Proteins // Acta Naturae. National Research University Higher School of Economics, 2009. T. 1, № 3. C. 29.

Manning G., Whyte D.B., Martinez R., Hunter T., Sudarsanam S. The protein kinase complement of the human genome // Science. Science, 2002. T. 298, № 5600. C. 1912-1934.

77. Johnson L.N. The regulation of protein phosphorylation // Biochem. Soc. Trans. Portland Press, 2009. T. 37, № 4. C. 627-641.

78. Enjalbert A., Le Pechon-Vallee C. Protein Kinases // Encycl. Horm. Academic Press, 2003. C. 277-285.

79. Walsh C.T., Garneau-Tsodikova S., Gatto G.J. Protein posttranslational modifications: The chemistry of proteome diversifications // Angew. Chemie - Int. Ed. 2005. T. 44, № 45. C. 73427372.

80. Feng L., Lin T., Uranishi H., Gu W., Xu Y. Functional analysis of the roles of posttranslational modifications at the p53 C terminus in regulating p53 stability and activity // Mol. Cell. Biol. Mol Cell Biol, 2005. T. 25, № 13. C. 5389-5395.

81. Li K., Luo C., Wang D., Jiang H., Zheng Y. Chemical and biochemical approaches in the study of histone methylation and demethylation // Med. Res. Rev. Med Res Rev, 2012. T. 32, № 4. C. 815-867.

82. Ramazi S., Allahverdi A., Zahiri J. Evaluation of post-translational modifications in histone proteins: A review on histone modification defects in developmental and neurological disorders // J. Biosci. 2020 451. Springer, 2020. T. 45, № 1. C. 1-29.

83. Cheng D., Côté J., Shaaban S., Bedford M. The arginine methyltransferase CARM1 regulates the coupling of transcription and mRNA processing // Mol. Cell. Mol Cell, 2007. T. 25, № 1. C. 7183.

84. Wesche J., Kühn S., Kessler B., Salton M., Wolf A. Protein arginine methylation: a prominent modification and its demethylation // Cell. Mol. Life Sci. Cell Mol Life Sci, 2017. T. 74, № 18. C. 3305-3315.

85. Greer E.L., Shi Y. Histone methylation: a dynamic mark in health, disease and inheritance // Nat. Rev. Genet. 2012 135. Nature Publishing Group, 2012. T. 13, № 5. C. 343-357.

86. Jambhekar A., Dhall A., Shi Y. Roles and regulation of histone methylation in animal development // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2019 2010. Nature Publishing Group, 2019. T. 20, № 10. C. 625-641.

87. Fallah M.S., Szarics D., Robson C.M., Eubanks J.H. Impaired Regulation of Histone Methylation and Acetylation Underlies Specific Neurodevelopmental Disorders // Front. Genet. Frontiers Media S.A., 2021. T. 11. C. 1734.

88. Glickman M.H., Ciechanover A. The ubiquitin-proteasome proteolytic pathway: Destruction for the sake of construction // Physiological Reviews. American Physiological Society, 2002. T. 82, № 2. C. 373-428.

89. Pickart C., Eddins M. Ubiquitin: structures, functions, mechanisms // Biochim. Biophys. Acta. Biochim Biophys Acta, 2004. T. 1695, № 1-3. C. 55-72.

90. Komander D., Rape M. The ubiquitin code // Annu. Rev. Biochem. Annu Rev Biochem, 2012. T. 81. C. 203-229.

91. Han Z.J., Feng Y.H., Gu B.H., Li Y.M., Chen H. The post-Translational modification, SUMOylation, and cancer (Review) // International Journal of Oncology. Spandidos Publications, 2018. T. 52, № 4. C. 1081-1094.

92. Tatham M., Jaffray E., Vaughan O., Desterro J., Botting C., Naismith J., Hay R. Polymeric chains of SUMO-2 and SUMO-3 are conjugated to protein substrates by SAE1/SAE2 and Ubc9 // J. Biol. Chem. J Biol Chem, 2001. T. 276, № 38. C. 35368-35374.

93. Jackson S., Durocher D. Regulation of DNA damage responses by ubiquitin and SUMO // Mol. Cell. Mol Cell, 2013. T. 49, № 5. C. 795-807.

94. Lothrop A.P., Torres M.P., Fuchs S.M. Deciphering post-translational modification codes. 2013.

95. Strahl B., Allis C. The language of covalent histone modifications // Nature. Nature, 2000. T. 403, № 6765. C. 41-45.

96. Wu K., Chen K., Wang C., Jiao X., Wang L., Zhou J., Wang J., Li Z., Addya S., Sorensen P.H., Lisanti M P., Quong A., Ertel A., Pestell R.G. Cell Fate Factor DACH1 Represses YB-1-mediated Oncogenic Transcription and Translation // Cancer Res. NIH Public Access, 2014. T. 74, № 3. C. 829.

97. Napolitano G., Esposito A., Choi H., Matarese M., Benedetti V., Di Malta C., Monfregola J., Medina D.L., Lippincott-Schwartz J., Ballabio A. mTOR-dependent phosphorylation controls TFEB nuclear export // Nat. Commun. 2018 91. Nature Publishing Group, 2018. T. 9, № 1. C. 110.

98. Gkotinakou I.M., Befani C., Simos G., Liakos P. ERK1/2 phosphorylates HIF-2a and regulates its activity by controlling its CRM1-dependent nuclear shuttling // J. Cell Sci. J Cell Sci, 2019. T. 132, № 7.

99. Fang L., Teng H., Wang Y., Liao G., Weng L., Li Y., Wang X., Jin J., Jiao C., Chen L., Peng X., Chen J., Yang Y., Fang H., Han D., ... Wang P. SET1A-Mediated Mono-Methylation at K342 Regulates YAP Activation by Blocking Its Nuclear Export and Promotes Tumorigenesis // Cancer Cell. Cancer Cell, 2018. T. 34, № 1. C. 103-118.e9.

100. Liu Z., Cao W., Xu L., Chen X., Zhan Y., Yang Q., Liu S., Chen P., Jiang Y., Sun X., Tao Y., Hu Y., Li C., Wang Q., Wang Y., ... Zhang X. The histone H3 lysine-27 demethylase Jmjd3 plays a critical role in specific regulation of Th17 cell differentiation // Journal of Molecular Cell Biology. Oxford University Press, 2015. T. 7, № 6. C. 505-516.

101. Margueron R., Trojer P., Reinberg D. The key to development: interpreting the histone code? // Curr. Opin. Genet. Dev. Curr Opin Genet Dev, 2005. T. 15, № 2. C. 163-176.

102. Bottomley M.J. Structures of protein domains that create or recognize histone modifications //

EMBO Reports. EMBO Rep, 2004. T. 5, № 5. C. 464-469.

103. Khorasanizadeh S. The nucleosome: from genomic organization to genomic regulation // Cell. Cell, 2004. T. 116, № 2. C. 259-272.

104. Heidemann M., Hintermair C., Voß K., Eick D. Dynamic phosphorylation patterns of RNA polymerase II CTD during transcription // Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. Biochim Biophys Acta, 2013. T. 1829, № 1. C. 55-62.

105. Tietjen J.R., Zhang D.W., Rodríguez-Molina J.B., White B.E., Akhtar M.S., Heidemann M., Li X., Chapman R.D., Shokat K., Keles S., Eick D., Ansari A.Z. Chemical-genomic dissection of the CTD code // Nat. Struct. Mol. Biol. Nat Struct Mol Biol, 2010. T. 17, № 9. C. 1154-1161.

106. Werner-Allen J., Lee C., Liu P., Nicely N., Wang S., Greenleaf A., Zhou P. cis-Proline-mediated Ser(P)5 dephosphorylation by the RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase Ssu72 // J. Biol. Chem. J Biol Chem, 2011. T. 286, № 7. C. 5717-5726.

107. Kubicek K., Cerna H., Holub P., Pasulka J., Hrossova D., Loehr F., Hofr C., Vanacova S., Stefl R. Serine phosphorylation and proline isomerization in RNAP II CTD control recruitment of Nrd1 // Genes Dev. Genes Dev, 2012. T. 26, № 17. C. 1891 -1896.

108. Wu Q., Schapira M., Arrowsmith C.H., Barsyte-Lovejoy D. Protein arginine methylation: from enigmatic functions to therapeutic targeting // Nat. Rev. Drug Discov. 2021 207. Nature Publishing Group, 2021. T. 20, № 7. C. 509-530.

109. Guccione E., Richard S. The regulation, functions and clinical relevance of arginine methylation // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2019 2010. Nature Publishing Group, 2019. T. 20, № 10. C. 642-657.

110. Hyun K., Jeon J., Park K., Kim J. Writing, erasing and reading histone lysine methylations // Exp. Mol. Med. 2017. T. 49, № 4. C. e324-e324.

111. Lee D.Y., Teyssier C., Strahl B.D., Stallcup M R. Role of Protein Methylation in Regulation of Transcription // Endocr. Rev. Narnia, 2005. T. 26, № 2. C. 147-170.

112. Bedford M.T. Methylation of Proteins // Encyclopedic Reference of Genomics and Proteomics in Molecular Medicine. Springer Berlin Heidelberg. C. 1070-1075.

113. Mahajan R., Delphin C., Guan T., Gerace L., Melchior F. A small ubiquitin-related polypeptide involved in targeting RanGAP1 to nuclear pore complex protein RanBP2 // Cell. Cell, 1997. T. 88, № 1. C. 97-107.

114. Matunis M., Coutavas E., Blobel G. A novel ubiquitin-like modification modulates the partitioning of the Ran-GTPase-activating protein RanGAP1 between the cytosol and the nuclear pore complex // J. Cell Biol. J Cell Biol, 1996. T. 135, № 6 Pt 1. C. 1457-1470.

115. Schimmel J., Eifler K., Sigurösson J., Cuijpers S., Hendriks I., Verlaan-de Vries M., Kelstrup C., Francavilla C., Medema R., Olsen J., Vertegaal A. Uncovering SUMOylation dynamics during cell-cycle progression reveals FoxM1 as a key mitotic SUMO target protein // Mol. Cell. Mol

Cell, 2014. Т. 53, № 6. С. 1053-1066.

116. Ouyang K., Woo L., Zhu J., Huo D., Matunis M., Ellis N. SUMO modification regulates BLM and RAD51 interaction at damaged replication forks // PLoS Biol. PLoS Biol, 2009. Т. 7, № 12.

117. Lovisa S., Citro S., Sonego M., Dall'Acqua A., Ranzuglia V., Berton S., Colombatti A., Belletti B., Chiocca S., Schiappacassi M., Baldassarre G. SUMOylation regulates p27Kip1 stability and localization in response to TGFß // J. Mol. Cell Biol. Oxford Academic, 2016. Т. 8, № 1. С. 1730.

118. Zhu Y., Liu T.W., Madden Z., Yuzwa S.A., Murray K., Cecioni S., Zachara N., Vocadlo D.J. Post-translational O-GlcNAcylation is essential for nuclear pore integrity and maintenance of the pore selectivity filter // J. Mol. Cell Biol. Oxford University Press, 2016. Т. 8, № 1. С. 2-16.

119. Walsh G., Jefferis R. Post-translational modifications in the context of therapeutic proteins // Nat. Biotechnol. Nat Biotechnol, 2006. Т. 24, № 10. С. 1241-1252.

120. Елисеева И.А., Ким Е.Р., Гурьянов С.Г., Овчинников Л.П., Лябин Д.Н. Y- бокс -связывающий белок 1 (yb-1) и его функции // Успехи биологической химии. 2011. Т. 51. С. 65-132.

121. Landsman D. RNP-1 , an RNA-binding motif is conserved in the DNA- binding cold shock domain // Nucleic Acids Res. 1992. Т. 20, № 11. С. 2861-2864.

122. Chernov K.G., Mechulam A., Popova N. V, Pastre D., Nadezhdina E.S., Skabkina O. V, Shanina N.A., Vasiliev V.D., Tarrade A., Melki J., Joshi V., Baconnais S., Toma F., Ovchinnikov L.P., Curmi P.A. YB-1 promotes microtubule assembly in vitro through interaction with tubulin and microtubules // BMC Biochem. 2008. Т. 9, № 23. С. 1-16.

123. Ruzanov P. V, Evdokimova V.M., Korneeva N.L., Hershey J.W., Ovchinnikov L.P. Interaction of the universal mRNA-binding protein, p50, with actin: a possible link between mRNA and microfilaments. // J. Cell Sci. 1999. Т. 112. С. 3487-3496.

124. Chansky H.A., Hu M., Hickstein D.D., Yang L. Oncogenic TLS/ERG and EWS/Fli-1 fusion proteins inhibit RNA splicing mediated by YB-1 protein. // Cancer Res. 2001. Т. 61, № 9. С. 3586-3590.

125. Okamoto T., Izumi H., Imamura T., Takano H., Ise T., Uchiumi T., Kuwano M., Kohno K. Direct interaction of p53 with the Y-box binding protein, YB-1: a mechanism for regulation of human gene expression // Oncogene. 2000. Т. 19, № 54. С. 6194-6202.

126. Safak M., Gallia G.L., Khalili K. Reciprocal Interaction between Two Cellular Proteins , Pur alpha and YB-1 , Modulates Transcriptional Activity of JCV CY in Glial Cells // Mol. Cell. Biol. 1999. Т. 19, № 4. С. 2712-2723.

127. Skabkin M.A., Kiselyova O.I., Chernov K.G., Sorokin A. V, Dubrovin E. V, Yaminsky I. V, Vasiliev V.D., Ovchinnikov L.P. Structural organization of mRNA complexes with major core

mRNP protein YB-1 // Nucleic Acids Res. 2004. Т. 32, № 18. С. 5621-5635.

128. Evdokimova V., Ruzanov P., Imataka H., Raught B., Svitkin Y., Ovchinnikov L.P., Sonenberg N. The major mRNA-associated protein YB-1 is a potent 5' cap-dependent mRNA stabilizer // EMBO J. 2001. Т. 20, № 19. С. 5491-5502.

129. Evdokimova V.M., Wei C.-L., Sitikov A.S., Simonenko P.N., Lazarev O.A., Vasilenko K.S., Ustinov V.A., Hershey J.W.B., Ovchinnikov L.P. The major protein of messenger ribonucleoprotein particles in somatic cell is a member of the Y-box binding transcription factor family // J. Biol. Chem. 1995. Т. 270, № 17. С. 3186-3192.

130. Davydova E.K., Evdokimova V.M., Ovchinnikov L.P., Hershey J.W.B. Overexpression in COS cells of p50 , the major core protein associated with mRNA , results in translation inhibition // Nucleic Acids Res. 1997. Т. 25, № 14. С. 2911-2916.

131. Nekrasov M.P., Ivshina M.P., Chernov K.G., Kovrigina E.A., Evdokimova V.M., Thomas, Adri A.M., Hershey J.W.B., Ovchinnikov L.P. The mRNA-binding Protein YB-1 (p50) Prevents Association of the Eukaryotic Initiations Factor eIF4G with mRNA and Inhibits Protein Synthesis at the Initiation Stage // J. Biol. Chem. 2003. Т. 278, № 16. С. 13936-13943.

132. Svitkin Y. V, Evdokimova V.M., Brasey A., Pestova T. V, Fantus D., Yanagiya A., Imataka H., Skabkin M.A., Ovchinnikov L.P., Merrick W.C., Sonenberg N. General RNA-binding proteins have a function in poly(A)-binding protein-dependent translation // EMBO J. 2009. Т. 28, № 1. С. 58-68.

133. Lyabin D.N., Eliseeva I.A., Skabkina O. V, Ovchinnikov L.P. Interplay between Y-box-binding protein 1 (YB-1) and poly(A)binding protein (PABP) in specific regulation of YB-1 mRNA translation // RNA Biol. 2011. Т. 8, № 5. С. 883-892.

134. Skabkina O. V, Lyabin D.N., Skabkin M.A., Ovchinnikov L.P. YB-1 Autoregulates Translation of Its Own mRNA at or prior to the Step of 40S Ribosomal Subunit Joining // Mol. Cell. Biol. 2005. Т. 25, № 8. С. 3317-3323.

135. Jenkins R.H., Bennagi R., Martin J., Phillips A.O., Redman J.E., Fraser D.J. A conserved stem loop motif in the 5'untranslated region regulates transforming growth factor-ß(1) translation. // PLoS One / под ред. Yuan Y.A. 2010. Т. 5, № 8. С. e12283.

136. Paranjape S.M., Harris E. Y box-binding protein-1 binds to the dengue virus 3'-untranslated region and mediates antiviral effects. // J. Biol. Chem. 2007. Т. 282, № 42. С. 30497-30508.

137. Evdokimova V., Ovchinnikov L.P., Sorensen P.H.B. Y-box binding protein 1: providing a new angle on translational regulation. // Cell Cycle. 2006. Т. 5, № 11. С. 1143-1147.

138. Cobbold L.C., Wilson L.A., Sawicka K., King H.A., Kondrashov A. V, Spriggs K.A., Bushell M., Willis A.E. Upregulated c-myc expression in multiple myeloma by internal ribosome entry results from increased interactions with and expression of PTB-1 and YB-1 // Oncogene. Nature

Publishing Group, 2010. T. 29, № 19. C. 2884-2891.

139. Evdokimova V., Tognon C., Ng T., Ruzanov P., Melnyk N., Fink D., Sorokin A., Ovchinnikov L.P., Davicioni E., Triche T.J., Sorensen P.H.B. Translational Activation of Snail 1 and Other Developmentally Regulated Transcription Factors by YB-1 Promotes an Epithelial-Mesenchymal Transition // Cancer Cell. Elsevier Ltd, 2009. T. 15, № 5. C. 402-415.

140. Dolfini D., Mantovani R. Targeting the Y/CCAAT box in cancer: YB-1 (YBX1) or NF-Y? // Cell Death Differ. 2013. T. 20, № 5. C. 676-685.

141. En-nia A., Yilmaz E., Klinge U., Lovett D.H., Stefanidis I., Mertens P.R. Transcription Factor YB-1 Mediates DNA Polymerase alpha Gene Expression // J. Biol. Chem. 2005. T. 280, № 4. C. 7702-7711.

142. Shnyreva M., Schullery D.S., Suzuki H., Higaki Y., Bomsztyk K. Interaction of two multifunctional proteins. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K and Y-box-binding protein // J. Biol. Chem. 2000. T. 275, № 20. C. 15498-15503.

143. Chen N.N., Chang C., Gallia G.L., Kerr D.A., Johnsont E.M., Krachmarovt C.P., Barrt S.M., Frisquei R.J., Bollag B., Khalili K. Cooperative action of cellular proteins YB-1 and Pura with the tumor antigen of the human JC polyomavirus determines their interaction with the viral lytic control element // Proceeding Natl. Acad. Sci. USA. 1995. T. 92, № 4. C. 1087-1091.

144. Weydert C., van Heertum B., Dirix L., De Houwer S., De Wit F., Mast J., Husson S., Busschots K., König R., Gijsbers R., De Rijck J., Debyser Z. Y-box-binding protein 1 supports the early and late steps of HIV replication // PLoS One. PLoS One, 2018. T. 13, № 7.

145. Lasham A., Samuel W., Cao H., Patel R., Mehta R., Stern J.L., Reid G., Woolley A.G., Miller L.D., Black M.A., Shelling A.N., Print C.G., Braithwaite A.W. YB-1, the E2F Pathway, and Regulation of Tumor Cell Growth // J. Natl. Cancer Inst. 2012. T. 104, № 2. C. 133-146.

146. Coles L.S., Diamond P., Lambrusco L., Hunter J., Burrows J., Vadas M.A., Goodall G.J. A novel mechanism of repression of the vascular endothelial growth factor promoter, by single strand DNA binding cold shock domain (Y-box) proteins in normoxic fibroblasts // Nucleic Acids Res. 2002. T. 30, № 22. C. 4845-4854.

147. Lasham A., Lindridge E., Rudert F., Onrust R., Watson J. Regulation of the human fas promoter by YB-1, Pur a and AP-1 transcription factors // Gene. 2000. T. 252, № 1-2. C. 1-13.

148. Higashi K., Inagaki Y., Fujimori K., Nakao A., Kaneko H., Nakatsuka I. Interferon- gamma Interferes with Transforming Growth Factor-beta Signaling through Direct Interaction of YB-1 with Smad3 // J. Biol. Chem. 2003. T. 278, № 44. C. 43470-43479.

149. Mertens P.R., Alfonso-jaume M.A., Steinmann K., Lovett D.H. A Synergistic Interaction of Transcription Factors AP2 and YB-1 Regulates Gelatinase A Enhancer-dependent Transcription // J. Biol. Chem. 1998. T. 273, № 49. C. 32957-32965.

150. Alemasova E.E., Moor N.A., Naumenko K.N., Kutuzov M.M., Sukhanova M. V, Pestryakov P.E., Lavrik O.I. Y-box-binding protein 1 as a non-canonical factor of base excision repair // Biochim. Biophys. Acta. Elsevier B.V., 2016. T. 1864, № 12. C. 1631-1640.

151. Das S., Chattopadhyay R., Bhakat K.K., Boldogh I., Kohno K., Prasad R., Wilson S., Hazra T. Stimulation of NEIL2-mediated oxidized base excision repair via YB-1 interaction during oxidative stress. // J. Biol. Chem. 2007. T. 282, № 39. C. 28474-28484.

152. Pestryakov P., Zharkov D.O., Grin I., Fomina E.E., Kim E.R., Hamon L., Eliseeva I.A., Petruseva I.O., Curmi P.A., Ovchinnikov L.P., Lavrik O.I. Effect of the multifunctional proteins RPA, YB-1, and XPC repair factor on AP site cleavage by DNA glycosylase NEIL1 // J. Mol. Recognit. 2012. T. 25, № 4. C. 224-233.

153. Raffetseder U., Frye B., Rauen T., Jürchott K., Royer H.-D., Jansen P.L., Mertens P.R. Splicing factor SRp30c interaction with Y-box protein-1 confers nuclear YB-1 shuttling and alternative splice site selection. // J. Biol. Chem. 2003. T. 278, № 20. C. 18241-18248.

154. Onishi H., Kino Y., Morita T., Futai E., Sasagawa N., Ishiura S. MBNL1 associates with YB-1 in cytoplasmic stress granules. // J. Neurosci. Res. 2008. T. 86, № 9. C. 1994-2002.

155. Skoko N., Baralle M., Buratti E., Baralle F.E. The pathological splicing mutation c.6792C>G in NF1 exon 37 causes a change of tenancy between antagonistic splicing factors. // FEBS Lett. 2008. T. 582, № 15. C. 2231-2236.

156. Stickeler E., Fraser S.D., Honig A., Chen A.L., Berget S.M., Cooper T.A. The RNA binding protein YB-1 binds A/C-rich exon enhancers and stimulates splicing of the CD44 alternative exon v4. // EMBO J. 2001. T. 20, № 14. C. 3821-3830.

157. Dutertre M., Sanchez G., De Cian M.-C., Barbier J., Dardenne E., Gratadou L., Dujardin G., Le Jossic-Corcos C., Corcos L., Auboeuf D. Cotranscriptional exon skipping in the genotoxic stress response. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2010. T. 17, № 11. C. 1358-1366.

158. Shah A., Lindquist J.A., Rosendahl L., Schmitz I., Mertens P.R. Novel Insights into YB-1 Signaling and Cell Death Decisions // Cancers (Basel). Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), 2021. T. 13, № 13.

159. Alemasova E.E., Pestryakov P.E., Sukhanova M. V., Kretov D.A., Moor N.A., Curmi P.A., Ovchinnikov L.P., Lavrik O.I. Poly(ADP-ribosyl)ation as a new posttranslational modification of YB-1 // Biochimie. Elsevier, 2015. T. 119. C. 36-44.

160. Naumenko K.N., Sukhanova M. V., Hamon L., Kurgina T.A., Alemasova E.E., Kutuzov M.M., Pastré D., Lavrik O.I. Regulation of Poly(ADP-Ribose) Polymerase 1 Activity by Y-Box-Binding Protein 1 // Biomolecules. Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), 2020. T. 10, № 9. C. 1-26.

161. Pagano C., Martino O., Ruggiero G., Guarino A.M., Mueller N., Siauciunaite R., Reischl M.,

Foulkes N.S., Vallone D., Calabro V. The tumor-associated YB-1 protein: new player in the circadian control of cell proliferation // Oncotarget. 2017. T. 8, № 4. C. 6193-6205.

162. Frye B., Halfter S., Djudjaj S., Muehlenberg P., Weber S., Raffetseder U., En-Nia A., Knott H., Baron J., Dooley S., Bernhagen J., Mertens P. Y-box protein-1 is actively secreted through a non-classical pathway and acts as an extracellular mitogen // EMBO Rep. 2009. T. 10, № 7. C. 783789.

163. Palicharla R.V., Maddika S. HACE1 mediated K27 ubiquitin linkage leads to YB-1 protein secretion // Cell. Signal. Elsevier Inc., 2015. T. 27, № 12. C. 2355-2362.

164. Breitkopf D.M., Jankowski V., Ohl K., Hermann J., Hermert D., Tenbrock K., Liu X., Martin I. V., Wang J., Groll F., Gröne E., Floege J., Ostendorf T., Rauen T., Raffetseder U. The YB-1:Notch-3 axis modulates immune cell responses and organ damage in systemic lupus erythematosus // Kidney Int. Kidney Int, 2020. T. 97, № 2. C. 289-303.

165. Prabhu L., Mundade R., Wang B., Wei H., Hartley A.V., Martin M., McElyea K., Temm C.J., Sandusky G., Liu Y., Lu T. Critical role of phosphorylation of serine 165 of YBX1 on the activation of NF-kB in colon cancer // Oncotarget. Impact Journals LLC, 2015. T. 6, № 30. C. 29396-29412.

166. Martin M., Hua L., Wang B., Wei H., Prabhu L., Hartley A., Jiang G., Liu Y., Lu T. Novel serine 176 phosphorylation of YBX1 activates NF- kB in colon cancer // J. Biol. Chem. 2017. T. 292, № 8. C. 3433-3444.

167. Rush J., Moritz A., Lee K.A., Guo A., Goss V.L., Spek E.J., Zhang H., Zha X.-M., Polakiewicz R.D., Comb M.J. Immunoaffinity profiling of tyrosine phosphorylation in cancer cells. // Nat. Biotechnol. 2005. T. 23, № 1. C. 94-101.

168. Prabhu L., Mundade R., Wang B., Wei H., Hartley A.-V., Martin M., McElyea K., Temm C.J., Sandusky G., Liu Y., Lu T. Critical role of phosphorylation of serine 165 of YBX1 on the activation of NF-kB in colon cancer. // Oncotarget. 2015. T. 6, № 30. C. 29396-29412.

169. Basaki Y., Hosoi F., Oda Y., Fotovati A., Maruyama Y., Oie S., Ono M., Izumi H., Kohno K., Sakai K., Shimoyama T., Nishio K., Kuwano M. Akt-dependent nuclear localization of Y-box-binding protein 1 in acquisition of malignant characteristics by human ovarian cancer cells // Oncogene. 2007. T. 26, № 19. C. 2736-2746.

170. Guo A., Gu H., Zhou J., Mulhern D., Wang Y., Lee K.A., Yang V., Aguiar M., Kornhauser J., Jia X., Ren J., Beausoleil S.A., Silva J.C., Vemulapalli V., Bedford M.T., Comb M.J. Immunoaffinity Enrichment and Mass Spectrometry Analysis of Protein Methylation // Mol. Cell. proteomics MCP. 2014. C. 372-387.

171. Jurchott K., Bergmann S., Stein U., Walther W., Janz M., Manni I., Piaggio G., Fietze E., Dietel M., Royer H. YB-1 as a Cell Cycle-regulated Transcription Factor Facilitating Cyclin A and

Cyclin B1 Gene Expression // J. Biol. Chem. 2003. T. 278, № 30. C. 27988-27996.

172. Van Roeyen C.R.C., Scurt F.G., Brandt S., Kuhl V.A., Martinkus S., Djudjaj S., Raffetseder U., Royer H.D., Stefanidis I., Dunn S.E., Dooley S., Weng H., Fischer T., Lindquist J.A., Mertens P.R. Cold shock Y-box protein-1 proteolysis autoregulates its transcriptional activities // http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-

84883580090&partnerID=40&md5=9d8524b9fb135494c75875e877e45e8c. 2013. T. 11, № 1.

173. Fujita T., Ito K., Izumi H., Kimura M., Sano M., Nakagomi H., Maeno K., Hama Y., Shingu K., Tsuchiya S., Kohno K., Fujimori M. Increased nuclear localization of transcription factor Y-box binding protein 1 accompanied by up-regulation of P-glycoprotein in breast cancer pretreated with paclitaxel. // Clin. Cancer Res. 2005. T. 11, № 24 Pt 1. C. 8837-8844.

174. Koike K., Uchiumi T., Ohga T., Toh S., Wada M., Kohno K., Kuwano M. Nuclear translocation of the Y-box binding protein by ultraviolet irradiation. // FEBS Lett. 1997. T. 417, № 3. C. 390394.

175. Stein U., Jurchott K., Walther W., Bergmann S., Schlag P.M., Royer H. Hyperthermia-induced Nuclear Translocation of Transcription Factor YB-1 Leads to Enhanced Expression of Multidrug Resistance-related ABC Transporters * // J. Biol. Chem. 2001. T. 276, № 30. C. 28562-28569.

176. Bann D. V., Beyer A.R., Parent L.J. A Murine Retrovirus Co-Opts YB-1, a Translational Regulator and Stress Granule-Associated Protein, To Facilitate Virus Assembly // J. Virol. American Society for Microbiology, 2014. T. 88, № 8. C. 4434-4450.

177. Rauen T., Frye B.C., Wang J., Raffetseder U., Alidousty C., En-Nia A., Floege J., Mertens P.R. Cold shock protein YB-1 is involved in hypoxia-dependent gene transcription // Biochem. Biophys. Res. Commun. Biochem Biophys Res Commun, 2016. T. 478, № 2. C. 982-987.

178. Tiwari A., Rebholz S., Maier E., Harati M.D., Zips D., Sers C., Rodemann H.P., Toulany M. Stress-Induced Phosphorylation of Nuclear YB-1 Depends on Nuclear Trafficking of p90 Ribosomal S6 Kinase // Int. J. Mol. Sci. Int J Mol Sci, 2018. T. 19, № 8.

179. Mehta S., McKinney C., Algie M., Verma C.S., Kannan S., Harfoot R., Bartolec T.K., Bhatia P., Fisher A.J., Gould M.L., Parker K., Cesare A.J., Cunliffe H.E., Cohen S.B., Kleffmann T., ... Woolley A.G. Dephosphorylation of YB-1 is Required for Nuclear Localisation During G 2 Phase of the Cell Cycle // Cancers (Basel). Cancers (Basel), 2020. T. 12, № 2.

180. Bouvet P., Wolffe A.P. A role for transcription and FRGY2 in masking maternal mRNA within Xenopus oocytes. // Cell. 1994. T. 77, № 6. C. 931-941.

181. Matsumoto K., Kose S., Kuwahara I., Yoshimura M., Imamoto N., Yoshida M. Y-box protein-associated acidic protein (YBAP1/C1QBP) affects the localization and cytoplasmic functions of YB-1 // Sci. Reports 2018 81. Nature Publishing Group, 2018. T. 8, № 1. C. 1-14.

182. Guay D., Gaudreault I., Massip L., Lebel M. Formation of a nuclear complex containing the p53

tumor suppressor, YB-1, and the Werner syndrome gene product in cells treated with UV light. // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2006. T. 38, № 8. C. 1300-1313.

183. Homer C., Knight D.A., Hananeia L., Sheard P., Risk J., Lasham A., Royds J.A., Braithwaite A.W. Y-box factor YB1 controls p53 apoptotic function // Oncogene. 2005. T. 24, № 56. C. 83148325.

184. Ohashi S., Atsumi M., Kobayashi S. HSP60 interacts with YB-1 and affects its polysome association and subcellular localization // Biochem. Biophys. Res. Commun. Academic Press, 2009. T. 385, № 4. C. 545-550.

185. Kim E.R., Selyutina A.A., Buldakov I.A., Evdokimova V., Ovchinnikov L.P., Sorokin A. V. The proteolytic YB-1 fragment interacts with DNA repair machinery and enhances survival during DNA damaging stress // Cell Cycle. 2013. T. 12. C. 3791-3803.

186. Kosnopfel C., Sinnberg T., Sauer B., Niessner H., Muenchow A., Fehrenbacher B., Schaller M., Mertens P.R., Garbe C., Thakur B.K., Schittek B. Tumour Progression Stage-Dependent Secretion of YB-1 Stimulates Melanoma Cell Migration and Invasion // Cancers (Basel). Cancers (Basel), 2020. T. 12, № 8. C. 1-17.

187. Guarino A.M., Troiano A., Pizzo E., Bosso A., Vivo M., Pinto G., Amoresano A., Pollice A., La Mantia G., Calabro V. Oxidative Stress Causes Enhanced Secretion of YB-1 Protein that Restrains Proliferation of Receiving Cells // Genes (Basel). Genes (Basel), 2018. T. 9, № 10.

188. Bargou R.C., Jürchott K., Wagener C., Bergmann S., Metzner S., Bommert K., Mapara M.Y., Winzer K.J., Dietel M., Dörken B., Royer H.D. Nuclear localization and increased levels of transcription factor YB-1 in primary human breast cancers are associated with intrinsic MDR1 gene expression. // Nat. Med. 1997. T. 3, № 4. C. 447-450.

189. Ohga T., Uchiumi T., Makino Y., Koike K., Wada M., Kuwano M., Kohno K. Direct involvement of the Y-box binding protein YB-1 in genotoxic stress-induced activation of the human multidrug resistance 1 gene // J. Biol. Chem. J Biol Chem, 1998. T. 273, № 11. C. 5997-6000.

190. Vaiman A. V, Stromskaya T.P., Rybalkina E.Y., Sorokin A. V, Guryanov S.G., Zabotina T.N., Mechetner E.B., Ovchinnikov L.P., Stavrovskaya A.A. Intracellular localization and content of YB-1 protein in multidrug resistant tumor cells. // Biochemistry. (Mosc). 2006. T. 71, № 2. C. 146-154.

191. Evdokimova V., Tognon C., Ng T., Sorensen P.H.B. Reduced proliferation and enhanced migration: Two sides of the same coin? // Cell Cycle. 2009. T. 8, № 18. C. 2901-2906.

192. Tacke F., Galm O., Kanig N., Yagmur E., Brandt S., Lindquist J.A., Eberhardt C.S., Raffetseder U., Mertens P.R. High prevalence of Y-box protein-1/p18 fragment in plasma of patients with malignancies of different origin // BMC Cancer. BMC Cancer, 2014. T. 14, № 1.

193. Tacke F., Kanig N., En-Nia A., Kaehne T., Eberhardt C.S., Shpacovitch V., Trautwein C.,

Mertens P.R. Y-box protein-1/p18 fragment identifies malignancies in patients with chronic liver disease // BMC Cancer. BMC Cancer, 2011. T. 11.

194. Che X., Liu M., Li D., Li Z., Guo J., Jia R. RAN and YBX1 are required for cell proliferation and IL-4 expression and linked to poor prognosis in oral squamous cell carcinoma // Exp. Cell Res. Elsevier Inc., 2021. T. 406, № 2.

195. Sechi M., Lall R.K., Afolabi S.O., Singh A., Joshi D.C., Chiu S.-Y., Mukhtar H., Syed D.N. Fisetin targets YB-1/RSK axis independent of its effect on ERK signaling: insights from in vitro and in vivo melanoma models // Sci. Rep. 2018. T. 8, № 1. C. 15726.

196. Tanaka T., Ohashi S., Saito H., Wada T., Aoyama T., Ichimaru Y., Miyairi S., Kobayashi S. Indirubin 3 '-oxime inhibits anticancer agent-induced YB-1 nuclear translocation in HepG2 human hepatocellular carcinoma cells // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2018. T. 496, № 1. C. 7-11.

197. Tanaka T., Ohashi S., Saito H., Higuchi T., Tabata K., Kosuge Y., Suzuki T., Miyairi S., Kobayashi S. Indirubin derivatives alter DNA binding activity of the transcription factor NF-Y and inhibit MDR1 gene promoter // Eur. J. Pharmacol. 2014. T. 741. C. 83-89.

198. Tanaka T., Kasai M., Kobayashi S. Mechanism responsible for inhibitory effect of indirubin 3'-oxime on anticancer agent-induced YB-1 nuclear translocation in HepG2 human hepatocellular carcinoma cells // Exp. Cell Res. Elsevier Inc., 2018. T. 370, № 2. C. 454-460.

199. Tailor D., Resendez A., Garcia-Marques F.J., Pandrala M., Going C.C., Bermudez A., Kumar V., Rafat M., Nambiar D.K., Honkala A., Le Q.T., Sledge G.W., Graves E., Pitteri S.J., Malhotra S. V. Y box binding protein 1 inhibition as a targeted therapy for ovarian cancer // Cell Chem. Biol. Elsevier Ltd, 2021. T. 28, № 8. C. 1206-1220.e6.

200. Liu Q., Tao T., Liu F., Ni R., Lu C., Shen A. Hyper-O-GlcNAcylation of YB-1 affects Ser102 phosphorylation and promotes cell proliferation in hepatocellular carcinoma // Exp. Cell Res. Academic Press Inc., 2016. T. 349, № 2. C. 230-238.

201. Nim T.H., Luo L., White J.K., Clément M.V., Tucker-Kellogg L. Non-canonical Activation of Akt in Serum-Stimulated Fibroblasts, Revealed by Comparative Modeling of Pathway Dynamics // PLOS Comput. Biol. Public Library of Science, 2015. T. 11, № 11. C. e1004505.

202. Obenauer J.C., Cantley L.C., Yaffe M.B. Scansite 2.0: proteome-wide prediction of cell signaling interactions using short sequence motifs.

203. Kaffman A., Rank N.M., O'Shea E.K. Phosphorylation regulates association of the transcription factor Pho4 with its import receptor Pse1/Kap121. // Genes Dev. 1998. T. 12, № 17. C. 26732683.

204. Kosnopfel C., Sinnberg T., Sauer B., Busch C., Niessner H., Schmitt A., Forchhammer S., Grimmel C., Mertens P.R., Hailfinger S., Dunn S.E., Garbe C., Schittek B. YB-1 Expression and Phosphorylation Regulate Tumorigenicity and Invasiveness in Melanoma by Influencing EMT //

Mol. Cancer Res. Mol Cancer Res, 2018. T. 16, № 7. C. 1149-1160.

205. Alidousty C., Rauen T., Hanssen L., Wang Q., Alampour-Rajabi S., Mertens P.R., Bernhagen J., Floege J., Ostendorf T., Raffetseder U. Calcineurin-mediated YB-1 Dephosphorylation Regulates CCL5 Expression during Monocyte Differentiation // J. Biol. Chem. American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2014. T. 289, № 31. C. 21401.

206. Mo D., Fang H., Niu K., Liu J., Wu M., Li S., Zhu T., Aleskandarany M.A., Arora A., Lobo D.N., Madhusudan S., Balajee A.S., Chi Z., Zhao Y. Human Helicase RECQL4 Drives Cisplatin Resistance in Gastric Cancer by Activating an AKT-YB1-MDR1 Signaling Pathway // Cancer Res. Cancer Res, 2016. T. 76, № 10. C. 3057-3066.

207. Humphrey S.J., Yang G., Yang P., Fazakerley D.J., Stockli J., Yang J.Y., James D.E. Dynamic Adipocyte Phosphoproteome Reveals that Akt Directly Regulates mTORC2 // Cell Metab. Cell Press, 2013. T. 17, № 6. C. 1009-1020.

208. Yang X.J., Zhu H., Mu S.R., Wei W.J., Yuan X., Wang M., Liu Y., Hui J., Ying Huang X. Crystal structure of a Y-box binding protein 1 (YB-1)-RNA complex reveals key features and residues interacting with RNA // J. Biol. Chem. American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc., 2019. T. 294, № 28. C. 10998-11010.

209. Mordovkina D., Lyabin D., Smolin E., Sogorina E., Ovchinnikov L., Eliseeva I. Y-Box Binding Proteins in mRNP Assembly, Translation, and Stability Control // Biomolecules. Biomolecules, 2020. T. 10, № 4.

210. Syed D.N., Adhami V.M., Khan N., Khan M.I., Mukhtar H. Exploring the molecular targets of dietary flavonoid fisetin in cancer // Seminars in Cancer Biology. Academic Press, 2016. T. 40_41. C. 130-140.

211. Guo G., Zhang W., Dang M., Yan M., Chen Z. Fisetin induces apoptosis in breast cancer MDA-MB-453 cells through degradation of HER2/neu and via the PI3K/Akt pathway // J. Biochem. Mol. Toxicol. John Wiley and Sons Inc., 2019. T. 33, № 4. C. e22268.

212. Adan A., Baran Y. Fisetin and hesperetin induced apoptosis and cell cycle arrest in chronic myeloid leukemia cells accompanied by modulation of cellular signaling // Tumor Biol. Springer Netherlands, 2016. T. 37, № 5. C. 5781-5795.

213. Sundarraj K., Raghunath A., Panneerselvam L., Perumal E. Fisetin, a phytopolyphenol, targets apoptotic and necroptotic cell death in HepG2 cells // BioFactors. Blackwell Publishing Inc., 2020. T. 46, № 1. C. 118-135.

214. Law J.H., Li Y., To K., Wang M., Astanehe A., Lambie K., Dhillon J., Jones S.J.M., Gleave M.E., Eaves C.J., Dunn S.E. Molecular Decoy to the Y-Box Binding Protein-1 Suppresses the Growth of Breast and Prostate Cancer Cells whilst Sparing Normal Cell Viability // PLoS One. Public Library of Science, 2010. T. 5, № 9. C. 1-11.

215. Lodish H., Berk A., Zipursky S.L., Matsudaira P., Baltimore D., Darnell J. Folding, Modification, and Degradation of Proteins. W. H. Freeman, 2000.

216. Ramazi S., Zahiri J. Post-translational modifications in proteins: resources, tools and prediction methods // Database. Oxford Academic, 2021. T. 2021.

217. Zhang Y., Homer C., Edwards S., Hananeia L., Lasham A., Royds J., Sheard P., Braithwaite A. Nuclear localization of Y-box factor YB1 requires wild-type p53 // Oncogene. Oncogene, 2003. T. 22, № 18. C. 2782-2794.

218. Syed D.N., Adhami V.M., Khan M.I., Mukhtar H. Inhibition of Akt/mTOR Signaling by the Dietary Flavonoid Fisetin // Anticancer. Agents Med. Chem. NIH Public Access, 2013. T. 13, № 7. C. 995.

219. Roy T., Boateng S.T., Banang-Mbeumi S., Singh P.K., Basnet P., Chamcheu R.C.N., Ladu F., Chauvin I., Spiegelman V.S., Hill R.A., Kousoulas K.G., Nagalo B.M., Walker A.L., Fotie J., Murru S., ... Chamcheu J.C. Identification of new fisetin analogs as kinase inhibitors: Data on synthesis and anti-skin cancer activities evaluation // Data Br. Elsevier, 2021. T. 35. C. 106858.