Изучение роли последовательностей, богатых аспарагином и глутамином, в индукции амилоидогенеза у дрожжей Saccharomyces cerevisiae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Антонец, Кирилл Сергеевич

• Антонец, Кирилл Сергеевич
• кандидат наук
• 2016

Оглавление диссертации кандидат наук Антонец, Кирилл Сергеевич

Оглавление

Оглавление

1 Список сокращений

2 Введение

3 Обзор литературы. Амилоиды и их взаимодействие

3.1 Определение термина «амилоид»

3.2 История формирования представлений об амилоидах

3.2.1 Описание заболеваний, связанных с амилоидами

3.2.2 Изучение структуры амилоидов

3.2.3 Определение состава амилоидов

3.3 Разнообразие амилоидов

3.3.1 Патологические амилоиды

3.3.2 Функциональные амилоиды

3.3.3 Прионы как подгруппа амилоидов

2.3.3.1 Прионы млекопитающих

2.3.3.2 Прионы грибов

2.3.3.2.1 Фактор [^57]

2.3.3.2.1 Фактор [Р7Ы+]

3.4 Структура амилоидов

3.4.1 Особенности аминокислотной последовательности

3.4.2 Особенности пространственной структуры амилоидов

3.5 Взаимодействие амилоидов

3.6 Методы идентификации амилоидов

3.6.1 Биоинформатические методы

3.6.2 Биохимические методы

3.7 Заключение

4 Материалы и методы

4.1 Штаммы микроорганизмов, среды и условия культивирования

4.2 Плазмиды

4.2.1 Плазмиды, полученные в данной работе

4.3 Генетические методы

4.4 Молекулярно-биологические методы

4.5 Белковый электрофорез и «Вестерн-блот» гибридизация

4.6 Конфокальная микроскопия

4.7 Разработка алгоритма БАРР для поиска последовательностей, богатых аспарагином и глутамином

4.8 Протеомный скрининг и идентификации амилоидов

4.8.1 Выделение фракции белковых агрегатов, устойчивых к обработке детергентами

4.8.2 Высокоэффективная жидкостная хроматография, совмещенная с масс-спектрометрией (ИРЬС-МАЬВ1)

4.9 Предсказание Р-арок

4.10 Статистические методы

5. Результаты

5.1 Анализ амилоидогенных свойств вариантов К-терминального домена Бир35 с заменами глутамина на аспарагин и фенилаланин

5.1.1 Изучение способности вариантов К-терминального домена Бир35 агрегировать

5.1.2 Изучение способности вариантов N домена Sup35 индуцировать прионизацию нативного белка Sup35

5.2 Изучение влияния аминокислотных замен в N домене Sup35 на индукцию амилоидогенеза других белков в протеоме дрожжей

5.2.1 Выявление потенциально амилоидогенных белков методом PSIA-HPLC-MALDI

5.2.2 Разработка нового алгоритма поиска потенциально амилоидогенных белков т яШев

5.3 Изучение амилоидных свойств белка Mad1

5.4 Влияние прионов [Р57+] и [Р7И+] на агрегацию QN-богатого фрагмента белка Gln3

5.4.1 Изучение влияния [Р7И+] и [Р57+] на агрегацию QN-богатого фрагмента белка Gln3

5.4.2 Анализ колокализации QN-богатого фрагмента белка Gln3 с белками Sup35 и Rnq1

6 Обсуждение

6.1 Влияние замен глутамина на аспарагин или фенилаланин в N терминальном домене белка Sup35 на его свойства

6.2 Влияние сверхпродукции N домена Sup35 на индукцию амилоидогенеза других белков в дрожжевом протеоме

6.3 Белок Mad1 формирует амилоидоподобные олигомеры не зависимо от присутствия агрегатов ^терминального домена Sup35

6.4 Прионы [Р57+] и [Р7И+] оказывают различное влияние на агрегацию QN-богатого фрагмента белка Gln3

7 Заключение

8 Выводы

9 Список литературы

Благодарности

1 Список сокращений

мкМ - микромоль

ПЦР - полимеразная цепная реакция ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

CFP - Cyan Fluorescent Protein (циановый флуоресцирующий белок) CUP1 - промотор дрожжевого гена CUP1, активируемый добавлением ионов меди

DAPI - 4,6- диамидино-2-фенилиндол DTT - dithiothreitol (дитиотреитол)

GFP - Green Fluorescent protein (зелёный флуоресцирующий белок) GPD - конститутивный промотор гена S. cerevisiae GPD1 GuHCl - гидрохлорид гуанидина

HPLC-MALDI (или LC-MALDI) - Жидкостная хроматография, совмещенная с

масс-спектрометрией LB - среда Luria-Bertani для культивирования E. coli

MD - дрожжевая минимальная синтетическая среда с глюкозой в качестве

источника углерода PMSF - phenylmethylsulfonyl fluoride (фенилметилсульфонил флуорид) PSIA - протеомный скрининг амилоидов (Proteomic Screening for Identification

of Amyloid proteins) поли-Q - polyglutamine (аминокислотная последовательность, содержащая

расположенные друг за другом остатки глутамина) PrP - Prion Protein

PVDF - Polyvinylidene Difluoride membrane (поливинилидендифтористая мембрана)

QN-богатый - обогащенный аспарагином и глутамином

Sc - scrapi (амилоидная конформация белка PrP)

SDS - Sodium Dodecyl sulfate (додецилсульфат натрия)

Sup35WT - полноразмерный нативный белок Sup35

5

Sup35Nwt - нативный N-домен белка Sup35

Sup35NN - вариант N-домена белка Sup35 с заменами всех остатков глутамина

на остатки аспарагина Sup35NF -вариант N-домен белка Sup35 с заменами всех остатков глутамина

на остатки фенилаланина YAPD - дрожжевая питательная среда (1% дрожжевой автолизат, 2% бакто

пептон, 2% глюкоза) YFP - Yellow Fluorescent Protein (желтый флуоресцирующий белок)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение роли последовательностей, богатых аспарагином и глутамином, в индукции амилоидогенеза у дрожжей Saccharomyces cerevisiae»

2 Введение

Актуальность проблемы.

Амилоиды представляют собой белковые фибриллы, стабилизированные кросс^-слоями (по: Greenwald and Riek, 2010). Изначально формирование амилоидов связывали только с патологическими процессами (по: Nizhnikov et al., 2015). К настоящему времени показано, что более 30 заболеваний человека, многие из которых неизлечимы, ассоциировано с образованием амилоидов (по: Sipe et al., 2014). Однако, сравнительно недавно было показано, что амилоидогенез связан не только с патологией, но и играет существенную роль в физиологических процессах у самых разных организмов (по: Nizhnikov et al., 2015). Так, амилоиды необходимы для формирования биопленок у бактерий (Chapman, 2002) и архей (Chimileski et al., 2014), воздушных гифов у грибов (Wösten and Vocht de, 2000), запасания гормонов (Maji et al., 2009) и синтеза меланина (Fowler et al., 2006) у человека, а также вовлечены в еще целый ряд процессов. Стоит отметить, что список функциональных амилоидов продолжает постоянно расширяться.

Важным этапом в изучении амилоидов было открытие инфекционных

амилоидов - прионов (Bolton et al., 1982), изначально выявленных у

млекопитающих, но позже обнаруженных у одноклеточных грибов - дрожжей

Saccharomyces cerevisiae (Wickner, 1994). Последовательности подавляющего

большинства дрожжевых прионных белков содержат участки, богатые

аспарагином (N) и глутамином (Q). Показано, что эти участки необходимы для

формирования амилоидных фибрилл и эволюционно консервативны (An et al.,

2016; Toombs et al., 2010). Известно, что наличие амилоидных агрегатов

одного белка может провоцировать агрегации других белков, или иначе говоря

провоцируют кросс-индукцию амилоидогенеза. Механизмы таких

взаимодействий изучены недостаточно. Богатые аспарагином и глутамином

участки белков также вовлечены в кросс-индукцию амилоидогенеза (Derkatch

7

et al., 2001; Derkatch et al., 2004), однако влияние аминокислотного состава взаимодействующих белков на этот процесс не ясны.

Настоящее диссертационное исследование посвящено изучению роли участков, богатых аспарагином и глутамином, в индукции амилоидогенеза на моделях прионного домена белка Sup35 (Ter-Avanesyan et al., 1994) и NQ-обогащенного участка транскрипционного фактора Gln3 (Alberti et al., 2009). Поскольку кросс-индукция амилоидогенеза зачастую связана с развитием патологий, исследование актуально как с фундаментальной, так и с прикладной точки зрения.

Степень разработанности темы

На текущий момент накоплен значительный объем данных о прионах дрожжей (по: Nizhnikov et al., 2015), структуре амилоидов (по: Riek, 2016), роли богатых аспарагином и глутамином участков в амилоидогенезе (Derkatch et al., 2004; Toombs et al., 2010), а также о взаимодействии некоторых дрожжевых прионов (Derkatch et al., 2001). В то же время, роль аминокислотного состава белков в регуляции индукции амилоидогенеза на данный момент изучена недостаточно хорошо. Получение новых данных о влиянии богатых аспарагином и глутамином амилоидов на агрегацию других белков в масштабах всего протеома имеет фундаментальное и потенциально прикладное значение.

Цель и задачи исследования

Целью работы является изучение роли последовательностей, богатых аспарагином и глутамином, в индукции амилоидогенеза у дрожжей Saccharomyces cerevisiae.

В соответствии с данной целью были поставлены следующие задачи:

1. Провести сравнительный анализ амилоидогенных свойств нативного N домена Sup35 и его модифицированных вариантов, у которых все глутаминовые остатки замещены на аспарагиновые или фенилаланиновые.

2. Выявить в протеоме дрожжей белки, агрегация которых индуцируется в присутствии нативного N домена Sup35 и его модифицированного варианта, у которого все глутаминовые остатки замещены на аспарагиновые.

3. Охарактеризовать влияние прионов [Р57+] и [Р7Ы+] на агрегацию богатого аспарагином и глутамином домена белка Gln3.

Научная новизна

В ходе данной работы впервые были изучены амилоидные свойства двух вариантов N домена белка Sup35, у которых все остатки глутамина замещены на остатки аспарагина или фенилаланина. Также изучена способность этих вариантов индуцировать фактор [Р57+]. Показано влияние аминокислотного состава на взаимодействие амилоидогенных белков. Выявлен ряд белков, агрегация которых индуцируется сверхпродукцией нативного N домена Sup35 и его модифицированного варианта, у которых все глутаминовые остатки замещены на аспарагиновые. Разработан новый алгоритм поиска последовательностей, богатых аспарагином и глутамином, т яШев. Охарактеризованы амилоидоподобные свойства олигомеров белка Mad1. Показано влияние прионов [Р57+] и [Р7Ы+] на агрегацию богатого аспарагином и глутамином домена белка Gln3.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные в ходе данной работы результаты вносят вклад в понимание

механизмов индукции и регуляции амилоидогенеза. Впервые показано, что

9

сходство аминокислотного состава амилоидогенных трактов влияет на кросс-индукцию амилоидогенеза. Установлено, что различие свойств аминокислотных остатков в составе амилоидогенных трактов препятствует взаимодействию белков. Показано, что замены глутамина на аспарагин усиливают способность прион-формирующего белка индуцировать агрегацию других белков. Выявление закономерностей, определяющих «каскады амилоидогенеза» в перспективе может иметь важное значение для разработки подходов к лечению амилоидных заболеваний.

Методология и методы исследования

В ходе выполнения работы были использованы стандартные генетические и молекулярно-биологические методы исследований. Был использован широкий ряд молекулярно-генетических методов (генно-инженерные методы клонирования генов и конструирования плазмид, полимеразная цепная реакция, трансформация дрожжевых и бактериальных клеток), методы флуоресцентной микроскопии, выделения белка, белкового электрофореза в полиакриламидном и агарозном геле, Вестерн-блот и ряд статистических методов. В исследовании был применен разработанный на кафедре генетики и селекции СПбГУ метод протеомного скрининга и идентификации амилоидов с использованием высокоэффективной жидкостной хроматографии, совмещенной с масс-спектрометрией, а также разработан и применен биоинформатический алгоритм для выявления участков белков, обогащенных аспарагином и глутамином.

Положения, выносимые на защиту

На основании экспериментов по замене аминокислотных остатков в

прионном домене белка Бир35 мы показали, что сходство свойств

аминокислотных остатков в составе взаимодействующих амилоидогенных

10

последовательностей является важным фактором для кросс-индукции амилоидогенеза. Установлено, что замена глутамина на аспарагин в амилоидогенных трактах приводит к усилению способности этих последовательностей индуцировать амилоидогенез других белков. Разработанный нами биоинформатический алгоритм для выявления последовательностей, обогащённых амилоидогенными аминокислотами, существенно превосходит имеющиеся аналоги по скорости работы.

Степень достоверности и апробация результатов

Полученные в ходе данной работы результаты являются достоверными, что подтверждается публикацией в 4 научных статьях в рецензируемых журналах и 6 тезисных сообщениях. Материалы работы были представлены на ряде российских и международных конференциях: «Всероссийская конференция с международным участием, посвященная 50-летию Вавиловского (ранее Всесоюзного) Общества генетиков и селекционеров», (2016, Москва, Российская Федерация); "International Symposium on Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics" (CSGB 2016) (2016, Новосибирск, Российская Федерация); международный конгресс "Prion 2016" (2016, Токио, Япония); "27th International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology" (2015, Левико-Терме, Италия); «VI Съезд Вавиловского Общества генетиков и селекционеров (ВОГиС) и ассоциированных генетических симпозиумов» (2014, Ростов-на-Дону, Российская Федерация); " The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology" (BGRS-2014) (2014, Новосибирск, Российская Федерация).

3 Обзор литературы. Амилоиды и их взаимодействие

3.1 Определение термина «амилоид»

В настоящее время амилоиды являются объектом активных исследований, и число работ в этой области неуклонно растет. Количество статей, публикуемых в год по этой теме и индексированных базой данных PubMed (https://pubmed.com/), выросло с 2000 года в более чем три раза. Несмотря на это, до сих пор не существует строго и однозначного определения термина «амилоид». С точки зрения современной биофизики под амилоидами понимают неразветвленные белковые фибриллы, которые содержат регулярно повторенные ß-цепи, перпендикулярные оси фибриллы, и формирующие межмолекулярный кросс^-слой (по: Greenwald and Riek, 2010). В то же время существуют и другие трактовки этого термина. К примеру, в медицине амилоиды определяют как белковые внеклеточные фибриллы, связывающие специфичные красители и вызывающие заболевания, известные как амилоидозы (по: Sipe et al., 2014). В рамках данной работы мы будем придерживаться биофизического определения амилоидов. Важно отметить, что понимание природы амилоидов и их значения кардинально менялось в ходе развития науки и методов исследования (по: Nizhnikov et al., 2015).

3.2 История формирования представлений об амилоидах

3.2.1 Описание заболеваний, связанных с амилоидами

Первые упоминания о заболеваниях, связанных с амилоидозами

появились относительно давно, много раньше, чем было возможно открытие

самих амилоидов. Предположительно, первое описание органа, пораженного

амилоидозом, было сделано еще в 1639 году в книге Николао Фонтано

(Fonteyn, 1639; по: Kyle, 2001). В книге рассказывается о сильно

12

видоизмененной селезенке, содержащей белые включения. Позднее сходное описание селезенки было дано Томасом Бартолином (Bartholin, 1641; по: Kyle, 2001). В 1789 Антуан Порталь первым сообщил об амилоидозе печени (по: Kyle, 2001). Позднее, в 1842, Карл фон Рокитанский дал подробное описание «восковой» печени - накопления серой желеподобной субстанции в результате сифилиса, туберкулеза или отравления ртутью (Rokitansky von, 1842).

Помимо описаний поражения внутренних органов, задолго до открытия амилоидов, были описан и важный класс нейродегенеративных инфекционных амилоидозов, впоследствии получивших название прионных болезней. Первая достоверная работа, содержавшая описание прионной болезни овец («скрепи» или «почесуха»), найденная Куртом Шнайдером, датирована 1772 годом (Comber, 1772; по: Schneider et al., 2008). В ней говорится, что почесуха была известна в Англии на протяжении 40 лет, однако работы 1732 года, содержащей описание болезни, найдено не было. Кроме того, высказывались предположения, что временем описания этой болезни следует считать XV или XVII вв. (по: Brown, 2005; Gajdusek and Gibbs, 1976). Ридом Викнером была высказана гипотеза, что почесуха была известна еще в древнем Китае более двух тысяч лет назад (Wickner, 2005), однако это предположение было подвергнуто критике китайскими исследователями (Li and Xing, 2006; Zhang, 2006). Таким образом, единственным достоверно известным описанием почесухи овец остается 1772 год. Важно отметить, что сходные нейродегенеративные амилоидозы человека, такие как «куру» были описаны много позже, только в XX веке (Gajdusek and Zigas, 1959).

Одним из важнейших событий в истории изучения амилоидов является

открытие, сделанное в 1859 году Рудольфом Вирховым. Он показал, что

corpora amylacea, субстанция из пораженного отдела мозга, сходная с

описанной фон Рокитанским, окрашивается йодом и серной кислотой (по:

Aterman, 1976). Этот метод был разработан в 1814 году для окраски

целлюлозы(по: Aterman, 1976; Colin and Claubry, 1814). Вирхов предполагал,

13

что субстанция является крахмалом, и предложил название амилоид. Это название было первоначально введено Маттиасом Шлейденом в 1838 году для обозначения конгломератов крахмала в растительных клетках и являлось производным от латинского amylum и греческого amylon (по: Aterman, 1976; Schleiden, 1838). Стоит отметить, что уже 1859 Карл Фридрих и Август Кекуле показали, что амилоиды состоят скорее из белка, чем из углеводов (по: Sipe and Cohen, 2000).

Следующим шагом в улучшении диагностики амилоидов была разработка более надежного теста. В 1875 году Корнил в Париже (Cornil, 1875), Хешль в Вене (Heschl, 1875) и Юргенс в Берлине (Jürgens, 1875) одновременно обнаружили изменение цвета при окраске амилоидов некоторыми анилиновым красителями, такими как метиленовый фиолетовый.

В XX веке Беннхольд обнаружил, что амилоиды сильно связываются с красителем для хлопка Конго красным (Bennhold, 1922), который использовался в промышленности с 1884 года (по: Steensma, 2001). Связывание было настолько сильным, что были предложены методы диагностики амилоидов, основанные на этом. Пациентам вводили в кровь Конго красный и оценивали уменьшение концентрации красителя в плазме крови (Ouchi et al., 1976). Механизм связывания остается до сих пор неизвестным, однако он приводит к появлению двойного лучепреломления яблочно-зеленого цвета (Divry and Florkin, 1927). Это явление до сих пор остается одним из основных критериев при доказательстве амилоидной структуры (по: Nizhnikov et al., 2015).

Другой важной группой специфичных красителей является

флуоресцентные тиофлавин-Т (по: Hobbs and Morgan, 1963; Naiki et al., 1989;

Vassar and Culling, 1959) и -S (Schwarz, 1967). При связывании тиофлавина-S

с амилоидами происходит усиление флуоресценции. Однако этот краситель

имеет достаточно высокий уровень фоновой флуоресценции, что

ограничивает его применение только гистологическими исследованиями. У

тиофлавина-Т при связывании с амилоидами происходит сдвиг спектра

14

флуоресценции в красную область. Именно тиофлавин-Т, наряду с Конго красным, используются сейчас для оценки динамики образования амилоидных фибрилл in vitro (Klunk et al., 1989; LeVine, 1999).

Открытие красителей, специфично окрашивающих амилоиды, способствовало существенному расширению представлений об амилоидах. Многие методы окраски амилоидов используются до сих пор и являются «золотым стандартом» в диагностике амилоидозов.

3.2.2 Изучение структуры амилоидов

Факт связывания различных амилоидов одними и тем же красителями говорит о наличии у них сходной структуры. Благодаря открытию двойного лучепреломления при связывании амилоидов с Конго красным (Divry and Florkin, 1927; по: Sipe and Cohen, 2000), стало понятно, что амилоиды имеют упорядоченную ультраструктуру, а не представляют из себя аморфные белковые агрегаты. Тем не менее, только с появлением электронной микроскопии стало возможным изучать тонкую структуру амилоидов.

Первые работы по структуре амилоидов с применением электронной микроскопии появились в 1959 году. На основе изучения гистологических препаратов различных тканей, Коэн и Калкинс показали, что все амилоидные включения имеют фибриллярную структуру (Cohen and Calkins, 1959). Позже была выработана единая модель амилоидного филамента, состоящего из нескольких тяжей - протофиламентов. Эти протофиламенты соединятся между собой вдоль латеральной оси. Филаменты в свою очередь, взаимодействуя между собой, образуют фибриллу (Shirahama and Cohen, 1967).

Развитие методов очистки амилоидов и работы с ними in vitro

способствовало дальнейшему прогрессу в изучении структуры амилоидов.

Было открыто, что после выделения из тканей и очистки амилоиды сохраняют

свою фибриллярную структуру (Pras et al., 1968). Позднее методом дифракции

15

рентгеновских лучей было показано наличие кросс-бета структуры у всех известных амилоидов (Bonar et al., 1969; Eanes and Glenner, 1968; Glenner et al., 1974; по: Sunde and Blake, 1998).

Существенным препятствием для изучения структуры амилоидов стала их неспособность к формированию кристаллов и плохая растворимость. Из-за этих свойств к амилоидам были неприменимы методы рентгеновской кристаллографии и ядерного магнитного резонанса (по: Tycko and Wickner, 2013). В то же время это не мешало использовать метод криоэлектронной микроскопии, с помощью которой была показана закрученность протофиламентов относительно оси фибриллы и вариабельность в количестве протофиламентов, образующих фибриллу (Goldsbury et al., 2000a; Goldsbury et al., 2000b; Jimenez et al., 2002).

Серьезный сдвиг в исследовании структуры амилоидов произошел после внедрения метода твердофазного ядерного магнитного резонанса. Метод позволил расшифровать структуру ряда амилоидов, хотя в большинстве случаев были получены модели только фрагментов белков (Benzinger et al., 1998; Lansbury et al., 1995; Melckebeke Van et al., 2010; Paravastu et al., 2008; Petkova et al., 2006).

Таким образом, изучение структуры амилоидов прошло долгий путь от предположений о наличии упорядоченной структуры до детальных моделей организации амилоидных фибрилл. Вместе с тем, остается нерешенным целый ряд проблем. В частности, до сих пор не существует методики расшифровки амилоидной структуры, сформированной большими белками, а не короткими пептидами. Также остается неясным, насколько точно полученные in vitro модели соответствуют структурам, формируемым в живых организмах.

3.2.3 Определение состава амилоидов

Первое предположение о составе амилоидов было сделано Вирховым,

который считал их включениями крахмала (по: Aterman, 1976). В то же время,

16

спустя несколько лет после его работы, в 1859 году, Фридрих и Кекуле показали, что в амилоидах присутствуют белки и скорее всего отсутствуют углеводы (по: Sipe and Cohen, 2000). Позднее эти данные были подтверждены Ханссеном, который показал, что амилоиды чувствительны к обработке пепсином (Hanssen, 1908). Исторический казус заключается в том, что corpora amylacea, изучаемая Вирховым, действительно содержала преимущественно полисахариды (Sakai et al., 1969) и не относилось к тем образованиям, которые в настоящее время относят к амилоидам.

Открытие, согласно которому амилоиды состоят из белков, оставляло много неразрешенных вопросов. Формируются ли амилоиды из определенных белков или это неспецифическое накопление самых разных белков? Какие это белки? Ответить на эти вопросы можно было только благодаря разработке методов очистки амилоидов и идентификации белков, входящих в их состав.

Первые методы по очистке амилоидов были основаны на плохой растворимости амилоидов в солевых растворах. Это позволяло очищать амилоидные фибриллы при помощи дифференциального центрифугирования (Cohen and Calkins, 1964). Другим свойством некоторых амилоидов является их растворимость в дистиллированной воде. Это послужило основой для одного из первых методов очистки амилоидов (Pras et al., 1968). Было показано, что каждый тип амилоидов, как правило, состоит из одного белка (Benditt et al., 1971; Costa et al., 1978; Glenner et al., 1971; Skinner and Cohen, 1981). Таким образом, формировать амилоиды могли различные белки. С 1971 года, когда были расшифрованы последовательности фрагмента легкой цепи иммуноглобулина (Glenner et al., 1971) и амилоида-А (Benditt et al., 1971), формирующих амилоиды, началось изучение отдельных амилоидных белков. Стоит отметить, что ни плохая растворимость в солевых растворах, ни хорошая в дистиллированной воде не являются универсальными свойствами всех амилоидов.

Важными биохимическими свойствами амилоидных фибрилл является

их высокая устойчивость к обработке ионными детергентами и протеазами.

17

Именно устойчивость к обработке додецил-сульфатом натрия была использована для идентификации амилоидного пептида-бета, амилоидная форма которого вызывает болезнь Альцгеймера (Selkoe et al., 1986; Selkoe et al., 1982). В свою очередь, благодаря устойчивости к протеазе К был идентифицирован белок PrP, в амилоидной форме вызывающий инфекционные нейродегенеративные амилоидозы у млекопитающих (Bolton et al., 1982).

Важным методом, использующим устойчивость амилоидов к детергентам, является полуденатурирующий гель-электрофорез в агарозном геле (SDD-AGE) (Kryndushkin et al., 2003). В нем амилоидные фибриллы под воздействием детергентов разрушаются до олигомерного состояния, а с помощью электрофореза оценивается размер получившихся олигомеров (Bagriantsev et al., 2006; Kryndushkin et al., 2003). Был также разработан метод, который позволяет изучать не только сами олигомеры, но минорные белки, которые включаются в агрегаты (Nevzglyadova et al., 2009).

Дальнейшее развитие методов идентификации позволило выявить до 30 патогенных амилоидов, признаваемых Международным Комитетом по Номенклатуре Амилоидных Белков и еще большее количество сходных по свойствам амилоидных белков у самых разных организмов (по: Sipe et al., 2014).

3.3 Разнообразие амилоидов

3.3.1 Патологические амилоиды

Исторически амилоиды рассматривались в контексте патологии. Действительно, многие амилоиды ассоциированы с развитием тяжелых неизлечимых заболеваний. Патологические амилоиды принято делить на внутриклеточные и внеклеточные по тому, накапливаются ли амилоидные

фибриллы в цитоплазме клетки или за пределами клеточной мембраны.

18

Заболевания, связанные с формированием внеклеточных амилоидов, делят на две группы: системные, если амилоидные фибриллы свободно циркулируют вместе с током крови, и локальные, при которых амилоидные бляшки накапливаются в определённых органах или тканях. Среди локальных амилоидозов выделяются прионные болезни - единственные инфекционные амилоидозы у млекопитающих (по: Sipe et al., 2014). Рассмотрим ниже примеры из этих групп амилоидозов.

Одним из наиболее известных и широко распространенных системных амилоидозов является амилоидоз легких цепей иммуноглобулинов. Подобная патология встречается с частотой один случай на 100 000 человек в год в странах Запада и сопровождается нарушением работы сердца, почек, кожи, печени, периферических нервов (по: Dispenzieri et al., 2012). Тяжелые цепи иммуноглобулинов также могут формировать амилоидные фибриллы и приводить к развитию системного амилоидоза (Picken, 2007).

Выявлено 19 мутаций в гене аполипопротеина А-1, связанных с развитием наследственных полисистемных амилоидозов (Eriksson et al., 2009; по: Invernizzi et al., 2012; Rowczenio et al., 2011). Эти мутации нарушают процессинг аполипопротеина и приводят к формированию амилоидных бляшек в почках, печени и желудочно-кишечном тракте. Системные амилоидозы могут также вызываться мутациями в генах гельзалина (Maury et al., 2003), транстиретина (по: Hou et al., 2007) и ряде других генов.

Наряду с системными, существует ряд локальных амилоидозов, при которых поражается только одна ткань или орган. Примером может служить амилоидоз аорты - один из самых распространенных амилоидозов, встречающийся почти у всех людей старше 50-60 лет (Mucchiano et al., 1992; по: Westermark and Westermark, 2011). Он связан с отщеплением от белка лактадгерина пептида медина и его агрегацией в артериях.

Ещё одним примером локального амилоидоза является диабет второго

типа, который связан с агрегацией пептида IAPP и сопровождается гибелью ß-

клеток в островках Лангерганца. Пептид формирует амилоиды в результате

19

неправильного процессинга терминальной части белка proIAPP (Marzban et al., 2006; по: Westermark and Westermark, 2011).

Наиболее изученным классом локальных амилоидозов являются нейродегенеративные болезни, такие как болезнь Альцгеймера (ассоциирована с накоплением агрегатов амилоидного пептида в) (по: Reitz et al., 2011), болезнь Паркинсона (ассоциирована с накоплением агрегатов а-синуклеина) (по: Olanow and McNaught, 2011), прионные болезни (связаны с агрегацией белка PrP, единственные достоверно известные инфекционные амилоидозы животных) (по: Norrby, 2011), фронтально-темпоральная деменция, одним из основных агрегирующих белков при которой является TDP-43 (по: Sieben et al., 2012), латеральный амиотрофический склероз, решающую роль в развитии которого играют супероксид дисмутаза SOD1 и белок FUS (Munch et al., 2011; по: Turner et al., 2013) и ряд других.

Целая группа нейродегенеративных заболеваний, таких как хорея Хантингтона, спиноцеребеллярная атаксия и бульбарная мышечная атрофия, связана с формированием полиглутаминовых трактов в различных белках (хантигтин, атаксины 1 и 2, атрофин) (по: Saunders and Bottomley, 2009).

В развитии амилоидозов могут участвовать белки цитоскелета, к примеру, белок тау, ассоциированный с микротрубочками. Формирование агрегатов тау-белка является одним из проявлений ряда заболеваний, в том числе болезни Альцгеймера и фронтально-темпоральной деменции (по: Crowther and Goedert, 2000). В ряде случаев развитие заболевания ассоциировано с мутаций в гене, кодирующем белок тау (Hutton et al., 1998; Spillantini et al., 1998). Было показано, что введение агрегатов мутантного тау-белка мышам, продуцирующим тау-белок дикого типа, приводит к образованию агрегатов и распространению патологии от места инъекции к соседним областям мозга (Clavaguera et al., 2009). Также было показано, что агрегаты белка тау могут транспортироваться внутрь клеток и взаимодействовать с внутриклеточными белками (Frost et al., 2009).

Интересно, что в некоторых случаях с развитием заболевания связано не накопление токсичных агрегатов, а утрата белком его функции. Примером является белок p53, важный анти-онкоген. Формирование амилоидоподобных агрегатов мутантного р53, которые секвестрируют нативную форму белка, что может приводить к развитию раковых опухолей (Ano Bom et al., 2012).

Таким образом, к настоящему моменту описано более 30 различных неизлечимых заболеваний, развитие которых связано с формированием амилоидов (по: Sipe et al., 2014). Во многом, именно необходимость поиска методов лечения таких болезней обуславливает важность изучения амилоидов.

3.3.2 Функциональные амилоиды

Наряду с патологическими, на настоящий момент известно большое количество амилоидов, которые повышают приспособленность организмов к внешней среде и даже необходимы для существования. Такие амилоиды получили название функциональных и встречаются во всех трех доменах жизни (по: Nizhnikov et al., 2015).

Одними из первых были открыты функциональные амилоиды бактерий. В ходе роста колоний ряд бактерии формируют биопленки, в которых бактериальные клетки закреплены на внеклеточном матриксе. В основе матрикса многих бактерий лежат фибриллы, формируемые амилоидными белками. Впервые это было показано для бактерий Escherichia coli, продуцирующих белок curli (CsgA) (Chapman, 2002). Интересно, что для этого белка было показано наличие целой системы из разных белков, обеспечивающих экскрецию CsgA и инициацию сборки фибрилл (по: Gerven Van et al., 2015). В последствии сходный механизм формирования биопленок был обнаружен у самых разных групп бактерий (Dueholm et al., 2012), а также у архей (Chimileski et al., 2014).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Антонец, Кирилл Сергеевич, 2016 год

9 Список литературы

1. Бондарев С.А., Лихолетова Д.В., Белоусов М.В., Журавлева Г.А. Белок Rnql защищает прион [PSI+] от эффекта PNM мутации // Молекулярная биология. 2017. Т. 51. (1). С. 1-6.

2. Захаров И.А., Кожин С.А., Кожина Т.Н., Федорова И.В. Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов. Л.: Наука, 1984. 143 p.

3. Инге-Вечтомов С. Идентификация некоторых групп сцепления у Петергофских генетических линий дрожжей // Генетика. 1971. Т. 7. С. 113124.

4. Aguzzi A., Heppner F.L. Pathogenesis of prion diseases: a progress report // Cell Death Differ. 2000. V. 7. (10). P. 889-902.

5. Ahmed A.B., Kajava A. V. Breaking the amyloidogenicity code: methods to predict amyloids from amino acid sequence. // FEBS Lett. 2013a. V. 587. (8). P. 1089-95.

6. Ahmed A.B., Kajava A. V. Breaking the amyloidogenicity code: Methods to predict amyloids from amino acid sequence // FEBS Lett. 2013b. V. 587. (8). P. 1089-1095.

7. Ahmed A.B., Znassi N., Château M.-T., Kajava A. V. A structure-based approach to predict predisposition to amyloidosis // Alzheimer's Dement. 2015. V. 11. (6). P. 681-690.

8. Alberti S., Halfmann R., King O., Kapila A., Lindquist S. A Systematic Survey Identifies Prions and Illuminates Sequence Features of Prionogenic Proteins // Cell. 2009. V. 137. (1). P. 146-158.

9. Alexandrov A.I., Polyanskaya A.B., Serpionov G. V, Ter-Avanesyan M.D., Kushnirov V. V. The effects of amino acid composition of glutamine-rich domains on amyloid formation and fragmentation. // PLoS One. 2012. V. 7. (10). P. e46458.

10. Altmeppen H.C., Puig B., Dohler F., Thurm D.K., Falker C., Krasemann S., Glatzel M. Proteolytic processing of the prion protein in health and disease. // Am. J. Neurodegener. Dis. 2012. V. 1. (1). P. 15-31.

11. An L., Fitzpatrick D., Harrison P.M. Emergence and evolution of yeast prion and prion-like proteins. // BMC Evol. Biol. 2016. V. 16. (1). P. 24.

12. Ano Bom A.P.D., Rangel L.P., Costa D.C.F., Oliveira G.A.P. de, Sanches D., Braga C.A., Gava L.M., Ramos C.H.I., Cepeda A.O.T., Stumbo A.C., Moura Gallo C. V De, Cordeiro Y., Silva J.L. Mutant p53 aggregates into prion-like amyloid oligomers and fibrils: implications for cancer. // J. Biol. Chem. 2012. V. 287. (33). P. 28152-62.

13. Antonets K.S., Nizhnikov A.A. SARP: A novel algorithm to assess compositional biases in protein sequences // Evol. Bioinforma. 2013. V. 2013. (9). P. 263-273.

14. Antonets K.S., Volkov K. V, Maltseva A.L., Arshakian L.M., Galkin A.P., Nizhnikov A.A. Proteomic Analysis of Escherichia coli Protein Fractions Resistant to Solubilization by Ionic Detergents. // Biochem. Moskow. 2016. V. 81. (1). P. 34-46.

15. Arranz R., Mercado G., Martin-Benito J., Giraldo R., Monasterio O., Lagos R., Valpuesta J.M. Structural characterization of microcin E492 amyloid formation: Identification of the precursors // J. Struct. Biol. 2012. V. 178. (1). P. 54-60.

16. Astbury W.T., Dickinson S., Bailey K. The X-ray interpretation of denaturation and the structure of the seed globulins. // Biochem. J. 1935. V. 29. (10). P. 23512360.1.

17. Aterman K. A historical note on the iodine-sulphuric acid reaction of amyloid // Histochemistry. 1976. V. 49. (2). P. 131-143.

18. Azzalin A., Ferrara V., Arias A., Cerri S., Avella D., Pisu M.B., Nano R., Bernocchi G., Ferretti L., Comincini S. Interaction between the cellular prion (PrPC) and the 2P domain K+ channel TREK-1 protein. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006. V. 346. (1). P. 108-15.

19. Bagriantsev S.N., Kushnirov V. V., Liebman S.W. Analysis of Amyloid Aggregates Using Agarose Gel Electrophoresis // Methods Enzymol. 2006. V. 412. P. 33-48.

20. Barnhart E.L., Dorer R.K., Murray A.W., Schuyler S.C. Reduced Mad2 expression keeps relaxed kinetochores from arresting budding yeast in mitosis // Mol. Biol. Cell. 2011. V. 22. (14). P. 2448-2457.

21. Bartholin T. Historiarum Anatomicarum Rariorum. Amsterdam: Apud Johannem Henrici, 1641.

22. Benditt E.P., Eriksen N., Hermodson M.A., Ericsson L.H. The major proteins of human and monkey amyloid substance: Common properties including unusual N-terminal amino acid sequences. // FEBS Lett. 1971. V. 19. (2). P. 169-173.

23. Benjamini Y., Hochberg Y. Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing // J. R. Stat. Soc. Ser. B. 1995. V. 57. (1). P. 289-300.

24. Bennhold H. Specific staining of amyloid by Congo Red // Muench. Medizin. Wochensch. 1922. V. 69. P. 1537-1538.

25. Benzinger T.L., Gregory D.M., Burkoth T.S., Miller-Auer H., Lynn D.G., Botto R.E., Meredith S.C. Propagating structure of Alzheimer's beta-amyloid(10-35) is parallel beta-sheet with residues in exact register. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998. V. 95. (23). P. 13407-12.

26. Berthelot K., Lecomte S., Coulary-Salin B., Bentaleb A., Peruch F. Hevea brasiliensis prohevein possesses a conserved C-terminal domain with amyloidlike properties in vitro. // Biochim. Biophys. Acta. 2016. V. 1864. (4). P. 388-99.

27. Bertram P.G., Choi J.H., Carvalho J., Ai W., Zeng C., Chan T.F., Zheng X.F. Tripartite regulation of Gln3p by TOR, Ure2p, and phosphatases. // J. Biol. Chem. 2000. V. 275. (46). P. 35727-33.

28. Boke E., Ruer M., Wühr M., Coughlin M., Lemaitre R., Gygi S.P., Alberti S., Drechsel D., Hyman A.A., Mitchison T.J., al-Mukhtar K.A., Webb A.C., Alberti S., Halfmann R., King O., Kapila A., Lindquist S., Alberti S., King M.L., et al.

Amyloid-like Self-Assembly of a Cellular Compartment // Cell. 2016. V. 166. (3). P. 637-650.

29. Bolton D.C., McKinley M.P., Prusiner S.B. Identification of a protein that purifies with the scrapie prion. // Science. 1982. V. 218. (4579). P. 1309-1311.

30. Bonar L., Cohen A.S., Skinner M.M. Characterization of the amyloid fibril as a cross-beta protein. // Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1969. V. 131. (4). P. 1373-5.

31. Bremer J., Baumann F., Tiberi C., Wessig C., Fischer H., Schwarz P., Steele A.D., Toyka K. V, Nave K.-A., Weis J., Aguzzi A. Axonal prion protein is required for peripheral myelin maintenance. // Nat. Neurosci. 2010. V. 13. (3). P. 310-8.

32. Brini M., Miuzzo M., Pierobon N., Negro A., Sorgato M.C. The prion protein and its paralogue Doppel affect calcium signaling in Chinese hamster ovary cells. // Mol. Biol. Cell. 2005. V. 16. (6). P. 2799-808.

33. Brown D.R. Neurodegeneration and prion disease. , 2005. 1-473 p.

34. Brown D.R., Schulz-Schaeffer W.J., Schmidt B., Kretzschmar H.A. Prion Protein-Deficient Cells Show Altered Response to Oxidative Stress Due to Decreased SOD-1 Activity // Exp. Neurol. 1997. V. 146. (1). P. 104-112.

35. Burre J., Sharma M., Tsetsenis T., Buchman V., Etherton M.R., Südhof T.C. Alpha-synuclein promotes SNARE-complex assembly in vivo and in vitro. // Science. 2010. V. 329. (5999). P. 1663-7.

36. Caflisch A. Computational models for the prediction of polypeptide aggregation propensity. // Curr. Opin. Chem. Biol. 2006. V. 10. (5). P. 437-44.

37. Carneiro K.M.M., Zhai H., Zhu L., Horst J.A., Sitlin M., Nguyen M., Wagner M., Simpliciano C., Milder M., Chen C.-L., Ashby P., Bonde J., Li W., Habelitz S. Amyloid-like ribbons of amelogenins in enamel mineralization. // Sci. Rep. 2016. V. 6. P. 23105.

38. Cascarina S.M., Ross E.D. Yeast prions and human prion-like proteins: sequence features and prediction methods. // Cell. Mol. Life Sci. 2014. V. 71. (11). P. 204763.

39. Chapman M.R. Role of Escherichia coli Curli Operons in Directing Amyloid Fiber Formation // Science (80-. ). 2002. V. 295. (5556). P. 851-855.

40. Chen R.H., Brady D.M., Smith D., Murray A.W., Hardwick K.G. The spindle checkpoint of budding yeast depends on a tight complex between the Mad1 and Mad2 proteins. // Mol. Biol. Cell. 1999. V. 10. (8). P. 2607-18.

41. Cheng F., Lindqvist J., Haigh C.L., Brown D.R., Mani K. Copper-dependent co-internalization of the prion protein and glypican-1. // J. Neurochem. 2006. V. 98. (5). P. 1445-57.

42. Chernoff Y.O., Derkach I.L., Inge-Vechtomov S.G. Multicopy SUP35 gene induces de-novo appearance of psi-like factors in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Curr. Genet. 1993. V. 24. (3). P. 268-270.

43. Chernoff Y.O., Lindquist S.L., Ono B., Inge-Vechtomov S.G., Liebman S.W. Role of the chaperone protein Hsp104 in propagation of the yeast prion-like factor [psi+]. // Science. 1995. V. 268. (5212). P. 880-4.

44. Chernoff Y.O., Newnam G.P., Kumar J., Allen K., Zink A.D. Evidence for a protein mutator in yeast: role of the Hsp70-related chaperone ssb in formation, stability, and toxicity of the [PSI] prion. // Mol. Cell. Biol. 1999. V. 19. (12). P. 8103-12.

45. Chesebro B., Race R., Wehrly K., Nishio J., Bloom M., Lechner D., Bergstrom S., Robbins K., Mayer L., Keith J.M. Identification of scrapie prion protein-specific mRNA in scrapie-infected and uninfected brain. // Nature. 1985. V. 315. (6017). P. 331-3.

46. Chimileski S., Franklin M.J., Papke R. Biofilms formed by the archaeon Haloferax volcanii exhibit cellular differentiation and social motility, and facilitate horizontal gene transfer // BMC Biol. 2014. V. 12. P. 65.

47. Chiti F., Stefani M., Taddei N., Ramponi G., Dobson C.M. Rationalization of the effects of mutations on peptide andprotein aggregation rates // Nature. 2003. V. 424. (6950). P. 805-808.

48. Claessen D., Rink R., Jong W. de, Siebring J., Vreugd P. de, Boersma F.G.H.,

Dijkhuizen L., Wosten H.A.B. A novel class of secreted hydrophobic proteins is

113

involved in aerial hyphae formation in Streptomyces coelicolor by forming amyloid-like fibrils. // Genes Dev. 2003. V. 17. (14). P. 1714-26.

49. Clavaguera F., Bolmont T., Crowther R.A., Abramowski D., Frank S., Probst A., Fraser G., Stalder A.K., Beibel M., Staufenbiel M., Jucker M., Goedert M., Tolnay M. Transmission and spreading of tauopathy in transgenic mouse brain // Nat. Cell Biol. 2009. V. 11. (7). P. 909-913.

50. Cohen A., Calkins E. Electron microscopic observations on a fibrous component in amyloid of diverse origins // Nature. 1959. V. 183. P. 1202-1203.

51. Cohen A.S., Calkins E. The Isolation of Amyloid Fibrils and a Study of the Effect of Collagenase and Hyaluronidase. // J. Cell Biol. 1964. V. 21. P. 481-6.

52. Colin J., Claubry G. de. Sur les combinaisons de l'iodie avec les substances vegetales et animals // Ann Chim. 1814. V. 90. P. 87-100.

53. Colletier J.-P., Laganowsky A., Landau M., Zhao M., Soriaga A.B., Goldschmidt L., Flot D., Cascio D., Sawaya M.R., Eisenberg D. Molecular basis for amyloid-beta polymorphism. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011. V. 108. (41). P. 16938-43.

54. Comber T. Real Improvements in Agriculture. London: , 1772.

55. Conchillo-Solé O., Groot N.S. de, Avilés F.X., Vendrell J., Daura X., Ventura S. AGGRESCAN: a server for the prediction and evaluation of "hot spots" of aggregation in polypeptides // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. (1). P. 65.

56. Cornil A.-V. Sur la dissociation du violet de methytaniline et sa separation en deux couleurs sous l'influence de certain tissues normaux et pathologiques, en particulier par les tissues en degenerescence amyloide des organs etude au moyen de reactifs nouveaux // C. R. Acad Sci. 1875. V. 80. P. 1288-1291.

57. Costa P.P., Figueira A.S., Bravo F.R. Amyloid fibril protein related to prealbumin in familial amyloidotic polyneuropathy. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1978. V. 75. (9). P. 4499-503.

58. Coustou V., Deleu C., Saupe S., Begueret J. The protein product of the het-s heterokaryon incompatibility gene of the fungus Podospora anserina behaves as a prion analog. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997. V. 94. (18). P. 9773-8.

59. Cox B.S. A cytoplasmic suppressor of super-suppressor in yeast // Heredity (Edinb). 1965. V. 20. (4). P. 505-521.

60. Cox B.S., Tuite M.F., McLaughlin C.S. The y factor of yeast: A problem in inheritance // Yeast. 1988. V. 4. (3). P. 159-178.

61. Cox B.S., Tuite M.F., Mundy C.J. Reversion from suppression to nonsuppression in SUQ5 [psi+] strains of yeast: the classificaion of mutations. // Genetics. 1980. V. 95. (3). P. 589-609.

62. Crowther R.A., Goedert M. Abnormal Tau-Containing Filaments in Neurodegenerative Diseases // J. Struct. Biol. 2000. V. 130. (2-3). P. 271-279.

63. Cuille J., Chelle P.L. Pathologie animale. La maladie dite tremblant du mouton est-elle inoculable? // Compt. Rend. Acad. Sci. 1936. V. 203. P. 1552-1554.

64. Cuille J., Chelle P.L. Experimental transmission of trembling to the goat // C. R. Seances Acad. Sci. 1939. V. 208. P. 1058-1060.

65. Derkatch I.L., Bradley M.E., Hong J.Y., Liebman S.W. Prions affect the appearance of other prions: The story of [PIN+] // Cell. 2001. V. 106. (2). P. 171182.

66. Derkatch I.L., Bradley M.E., Zhou P., Chernoff Y.O., Liebman S.W. Genetic and environmental factors affecting the de novo appearance of the [PSI+] prion in Saccharomyces cerevisiae. // Genetics. 1997. V. 147. (2). P. 507-19.

67. Derkatch I.L., Chernoff Y.O., Kushnirov V. V., Inge-Vechtomov S.G., Liebman S.W. Genesis and variability of [PSI] prion factors in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1996. V. 144. (4). P. 1375-1386.

68. Derkatch I.L., Uptain S.M., Outeiro T.F., Krishnan R., Lindquist S.L., Liebman S.W. Effects of Q/N-rich, polyQ, and non-polyQ amyloids on the de novo formation of the [PSI+] prion in yeast and aggregation of Sup35 in vitro. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004. V. 101. (35). P. 12934-12939.

69. Diederich S., Maisner A. Molecular characteristics of the Nipah virus glycoproteins. // Ann. N. Y. Acad. Sci. 2007. V. 1102. P. 39-50.

70. Dispenzieri A., Gertz M.A., Buadi F. What do I need to know about immunoglobulin light chain (AL) amyloidosis? // Blood Rev. 2012. V. 26. (4). P. 137-54.

71. Divry P., Florkin M. Sur les prcprietes optiques de l'amyloide // Compt. rend. Soc. Biol. 1927. V. 97. P. 1808-1810.

72. Dobson C.M. Protein misfolding, evolution and disease. // Trends Biochem. Sci. 1999. V. 24. (9). P. 329-32.

73. Doronina V.A., Staniforth G.L., Speldewinde S.H., Tuite M.F., Grant C.M. Oxidative stress conditions increase the frequency of de novo formation of the yeast [PSI+] prion. // Mol. Microbiol. 2015. V. 96. (1). P. 163-74.

74. Douglas P.M., Summers D.W., Ren H.-Y., Cyr D.M. Reciprocal efficiency of RNQ1 and polyglutamine detoxification in the cytosol and nucleus. // Mol. Biol. Cell. 2009. V. 20. (19). P. 4162-73.

75. Douglas P.M., Treusch S., Ren H.-Y., Halfmann R., Duennwald M.L., Lindquist S., Cyr D.M. Chaperone-dependent amyloid assembly protects cells from prion toxicity // Proc. Natl. Acad. Sci. 2008. V. 105. (20). P. 7206-7211.

76. Du Z., Li L. Investigating the interactions of yeast prions: [SWI+], [PSI+], and [PIN+]. // Genetics. 2014. V. 197. (2). P. 685-700.

77. Du Z., Park K.K.-W., Yu H., Fan Q., Li L. Newly identified prion linked to the chromatin-remodeling factor Swi1 in Saccharomyces cerevisiae. // Nat. Genet. 2008. V. 40. (4). P. 460-465.

78. Dueholm M.S., Albertsen M., Otzen D., Nielsen P.H. Curli Functional Amyloid Systems Are Phylogenetically Widespread and Display Large Diversity in Operon and Protein Structure // PLoS One. 2012. V. 7. (12). P. e51274.

79. Dunn O.J. Multiple Comparisons Using Rank Sums // Technometrics. 1964. V. 6. (3). P. 241-252.

80. Eanes E.D., Glenner G.G. X-ray diffraction studies on amyloid filaments. // J.

Histochem. Cytochem. 1968. V. 16. (11). P. 673-7.

116

81. Emanuele M., Chieregatti E. Mechanisms of alpha-synuclein action on neurotransmission: cell-autonomous and non-cell autonomous role. // Biomolecules. 2015. V. 5. (2). P. 865-92.

82. Eriksson M., Schönland S., Yumlu S., Hegenbart U., Hutten H. von, Gioeva Z., Lohse P., Büttner J., Schmidt H., Röcken C. Hereditary apolipoprotein AI-associated amyloidosis in surgical pathology specimens: identification of three novel mutations in the APOA1 gene. // J. Mol. Diagn. 2009. V. 11. (3). P. 25762.

83. Esteras-Chopo A., Serrano L., López de la Paz M. The amyloid stretch hypothesis: recruiting proteins toward the dark side. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005. V. 102. (46). P. 16672-7.

84. Familia C., Dennison S.R., Quintas A., Phoenix D.A. Prediction of Peptide and Protein Propensity for Amyloid Formation. // PLoS One. 2015. V. 10. (8). P. e0134679.

85. Fernandez-Escamilla A.-M., Rousseau F., Schymkowitz J., Serrano L. Prediction of sequence-dependent and mutational effects on the aggregation of peptides and proteins // Nat. Biotechnol. 2004. V. 22. (10). P. 1302-1306.

86. Fisher R.A. The logic of inductive inference // J. R. Stat. Soc. 1932. V. 98. (1). P. 39-82.

87. Fonteyn N. Responsionum et Curationum Medicinalium. Amsterdam: Amstelodami, 1639.

88. Fowler D.M., Koulov A. V., Alory-Jost C., Marks M.S., Balch W.E., Kelly J.W. Functional amyloid formation within mammalian tissue // PLoS Biol. 2006. V. 4. (1). P. 0100-0107.

89. Frost B., Jacks R.L., Diamond M.I. Propagation of Tau Misfolding from the Outside to the Inside of a Cell // J. Biol. Chem. 2009. V. 284. (19). P. 12845-12852.

90. Frousios K.K., Iconomidou V.A., Karletidi C.-M., Hamodrakas S.J. Amyloidogenic determinants are usually not buried // BMC Struct. Biol. 2009. V. 9. (1). P. 44.

91. Funakoshi Y., Doi Y., Hosoda N., Uchida N., Osawa M., Shimada I., Tsujimoto M., Suzuki T., Katada T., Hoshino S. Mechanism of mRNA deadenylation: evidence for a molecular interplay between translation termination factor eRF3 and mRNA deadenylases. // Genes Dev. 2007. V. 21. (23). P. 3135-48.

92. Gajdusek D.C., Gibbs C.J. Letter: Survival of Creutzfeldt-Jakob-disease virus in formol-fixed brain tissue. // N. Engl. J. Med. 1976. V. 294. (10). P. 553.

93. Gajdusek D.C., Zigas V. Degenerative disease of the central nervous system in New Guinea; the endemic occurrence of kuru in the native population. // N. Engl. J. Med. 1957. V. 257. (20). P. 974-8.

94. Gajdusek D.C., Zigas V. Kuru; clinical, pathological and epidemiological study of an acute progressive degenerative disease of the central nervous system among natives of the Eastern Highlands of New Guinea. // Am. J. Med. 1959. V. 26. (3). P. 442-469.

95. Galzitskaya O. V., Garbuzynskiy S.O., Lobanov M.Y. Prediction of Amyloidogenic and Disordered Regions in Protein Chains // PLoS Comput. Biol. 2006. V. 2. (12). P. e177.

96. Gerven N. Van, Klein R.D., Hultgren S.J., Remaut H. Bacterial amyloid formation: structural insights into curli biogensis. // Trends Microbiol. 2015. V. 23. (11). P. 693-706.

97. Ghetti B., Tagliavini F., Masters C.L., Beyreuther K., Giaccone G., Verga L., Farlow M.R., Conneally P.M., Dlouhy S.R., Azzarelli B. Gerstmann-Sträussler-Scheinker disease. II. Neurofibrillary tangles and plaques with PrP-amyloid coexist in an affected family. // Neurology. 1989. V. 39. (11). P. 1453-61.

98. Gibbs C.J., Gajdusek D.C., Asher D.M., Alpers M.P., Beck E., Daniel P.M., Matthews W.B. Creutzfeldt-Jakob disease (spongiform encephalopathy): transmission to the chimpanzee. // Science. 1968. V. 161. (3839). P. 388-9.

99. Glenner G.G., Eanes E.D., Bladen H.A., Linke R.P., Termine J.D. Beta-pleated sheet fibrils. A comparison of native amyloid with synthetic protein fibrils. // J. Histochem. Cytochem. 1974. V. 22. (12). P. 1141-58.

100. Glenner G.G., Terry W., Harada M., Isersky C., Page D. Amyloid fibril proteins: proof of homology with immunoglobulin light chains by sequence analyses. // Science. 1971. V. 172. (3988). P. 1150-1.

101. Goedert M., Clavaguera F., Tolnay M. The propagation of prion-like protein inclusions in neurodegenerative diseases // Trends Neurosci. 2010. V. 33. (7). P. 317-325.

102. Goedert M., Spillantini M.G., Tredici K. Del, Braak H. 100 years of Lewy pathology // Nat. Rev. Neurol. 2012. V. 9. (1). P. 13-24.

103. Goldsbury C., Goldie K., Pellaud J., Seelig J., Frey P., Müller S.A., Kistler J., Cooper G.J.S., Aebi U. Amyloid Fibril Formation from Full-Length and Fragments of Amylin // J. Struct. Biol. 2000a. V. 130. (2-3). P. 352-362.

104. Goldsbury C.S., Wirtz S., Müller S.A., Sunderji S., Wicki P., Aebi U., Frey P. Studies on the in Vitro Assembly of Aß 1-40: Implications for the Search for Aß Fibril Formation Inhibitors // J. Struct. Biol. 2000b. V. 130. (2-3). P. 217-231.

105. Goldschmidt L., Teng P.K., Riek R., Eisenberg D. Identifying the amylome, proteins capable of forming amyloid-like fibrils. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010. V. 107. (8). P. 3487-92.

106. Greenwald J., Riek R. Biology of Amyloid: Structure, Function, and Regulation // Structure. 2010. V. 18. (10). P. 1244-1260.

107. Griffith J.S. Self-replication and scrapie. // Nature. 1967. V. 215. (5105). P. 1043-4.

108. Guillot-Sestier M.-V., Sunyach C., Druon C., Scarzello S., Checler F. The alpha-secretase-derived N-terminal product of cellular prion, N1, displays neuroprotective function in vitro and in vivo. // J. Biol. Chem. 2009. V. 284. (51). P. 35973-86.

109. Guyonnet B., Egge N., Cornwall G.A. Functional amyloids in the mouse sperm acrosome. // Mol. Cell. Biol. 2014. V. 34. (14). P. 2624-34.

110. Hadlow J.W. Scrapie and Kuru // The Lancet1. 1959. V. 274. P. 289-290.

111. Haigh C.L., Edwards K., Brown D.R. Copper binding is the governing determinant of prion protein turnover. // Mol. Cell. Neurosci. 2005. V. 30. (2). P. 186-96.

112. Halfmann R., Alberti S., Krishnan R., Lyle N., O'Donnell C.W., King O.D., Berger B., Pappu R. V, Lindquist S. Opposing effects of glutamine and asparagine govern prion formation by intrinsically disordered proteins. // Mol. Cell. 2011. V. 43. (1). P. 72-84.

113. Hamodrakas S.J. Protein aggregation and amyloid fibril formation prediction software from primary sequence: towards controlling the formation of bacterial inclusion bodies // FEBS J. 2011. V. 278. (14). P. 2428-2435.

114. Hanahan, D. Techniques for transformation of E. coli // In: Glover D M, editor. DNA cloning: a practical approach. Vol. 1. Oxford, United Kingdom: IRL Press. , 1985. P. 109-135.

115. Hanssen O. Ein Beitrag zur Chemie der amyloiden Entartung // Biochem. 1908. V. 13. P. 185-198.

116. Harrison P.M., Gerstein M. A method to assess compositional bias in biological sequences and its application to prion-like glutamine/asparagine-rich domains in eukaryotic proteomes. // Genome Biol. 2003. V. 4. (6). P. R40.

117. Hasler M., Hothorn L.A. Multiple contrast tests in the presence of heteroscedasticity. // Biom. J. 2008. V. 50. (5). P. 793-800.

118. Hernández F., Avila J. The role of glycogen synthase kinase 3 in the early stages of Alzheimers' disease // FEBS Lett. 2008. V. 582. (28). P. 3848-3854.

119. Heschl R. Eine hubsche a vista-Reaktion auf amyloid degenerirte Gewebe // Wien Med Wschr. 1875. V. 25. P. 715-716.

120. Hobbs J.R., Morgan A.D. Fluorescent Microscopy with Thioflavine-T in the Diagnosis of Amyloid. // J. Pathol. Bacteriol. 1963. V. 86. P. 437-42.

121. Hornshaw M.P., McDermott J.R., Candy J.M. Copper binding to the N-terminal tandem repeat regions of mammalian and avian prion protein. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995. V. 207. (2). P. 621-9.

122. Hosoda N., Kobayashi T., Uchida N., Funakoshi Y., Kikuchi Y., Hoshino S., Katada T. Translation termination factor eRF3 mediates mRNA decay through the regulation of deadenylation. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. (40). P. 38287-91.

123. Hou X., Aguilar M.-I., Small D.H. Transthyretin and familial amyloidotic polyneuropathy // FEBS J. 2007. V. 274. (7). P. 1637-1650.

124. Hutter G., Heppner F.L., Aguzzi A. No Superoxide Dismutase Activity of Cellular Prion Protein in vivo // Biol. Chem. 2003. V. 384. (9).

125. Hutton M., Lendon C.L., Rizzu P., Baker M., Froelich S., Houlden H., Pickering-Brown S., Chakraverty S., Isaacs A., Grover A., Hackett J., Adamson J., Lincoln S., Dickson D., Davies P., Petersen R.C., Stevens M., Graaff E. de, Heutink P., et al. Association of missense and 5'-splice-site mutations in tau with the inherited dementia FTDP-17. // Nature. 1998. V. 393. (6686). P. 702-5.

126. Iconomidou V.A., Vriend G., Hamodrakas S.J. Amyloids protect the silkmoth oocyte and embryo. // FEBS Lett. 2000. V. 479. (3). P. 141-5.

127. Inoue H., Nojima H., Okayama H. High efficiency transformation of Escherichia coli with plasmids // Gene. 1990. V. 96. (1). P. 23-28.

128. Invernizzi G., Papaleo E., Sabate R., Ventura S. Protein aggregation: Mechanisms and functional consequences // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2012. V. 44. (9). P. 1541-1554.

129. Iqbal K., Liu F., Gong C.-X., Alonso A.D.C., Grundke-Iqbal I. Mechanisms of tau-induced neurodegeneration. // Acta Neuropathol. 2009. V. 118. (1). P. 53-69.

130. Iwatsubo T., Odaka A., Suzuki N., Mizusawa H., Nukina N., Ihara Y. Visualization of A beta 42(43) and A beta 40 in senile plaques with end-specific A beta monoclonals: evidence that an initially deposited species is A beta 42(43). // Neuron. 1994. V. 13. (1). P. 45-53.

131. Jimenez J.L., Nettleton E.J., Bouchard M., Robinson C. V., Dobson C.M., Saibil H.R. The protofilament structure of insulin amyloid fibrils // Proc. Natl. Acad. Sci. 2002. V. 99. (14). P. 9196-9201.

132. Jurgens R. Eine neue Reaktion auf Amyloidkorper // Virchows Arch Pathol Anat Physiol. 1875. V. 65. P. 189-196.

133. Kajava A. V, Baxa U., Steven A.C. Beta arcades: recurring motifs in naturally occurring and disease-related amyloid fibrils. // FASEB J. 2010. V. 24. (5). P. 1311-9.

134. Klunk W.E., Pettegrew J.W., Abraham D.J. Quantitative evaluation of congo red binding to amyloid-like proteins with a beta-pleated sheet conformation. // J. Histochem. Cytochem. 1989. V. 37. (8). P. 1273-81.

135. Kruskal W.H., Wallis W.A. Use of Ranks in One-Criterion Variance Analysis // J. Am. Stat. Assoc. 1952. V. 47. (260). P. 583-621.

136. Kryndushkin D., Pripuzova N., Burnett B.G., Shewmaker F. Non-targeted identification of prions and amyloid-forming proteins from yeast and mammalian cells. // J. Biol. Chem. 2013. V. 288. (38). P. 27100-11.

137. Kryndushkin D.S., Alexandrov I.M., Ter-Avanesyan M.D., Kushnirov V. V. Yeast [PSI+] prion aggregates are formed by small Sup35 polymers fragmented by Hsp104. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. (49). P. 49636-49643.

138. Kushnirov V. V., Alexandrov I.M., Mitkevich O. V., Shkundina I.S., Ter-Avanesyan M.D. Purification and analysis of prion and amyloid aggregates // Methods. 2006. V. 39. (1). P. 50-55.

139. Kushnirov V. V, Ter-Avanesyan M.D. Structure and replication of yeast prions. // Cell. 1998. V. 94. (1). P. 13-6.

140. Kyle R.A. Amyloidosis: A convoluted story // Br. J. Haematol. 2001. V. 114. (3). P. 529-538.

141. Lacroute F. Non-Mendelian mutation allowing ureidosuccinic acid uptake in yeast. // J. Bacteriol. 1971. V. 106. (2). P. 519-522.

142. Lansbury P.T., Costa P.R., Griffiths J.M., Simon E.J., Auger M., Halverson K.J., Kocisko D.A., Hendsch Z.S., Ashburn T.T., Spencer R.G. Structural model for the beta-amyloid fibril based on interstrand alignment of an antiparallel-sheet comprising a C-terminal peptide. // Nat. Struct. Biol. 1995. V. 2. (11). P. 990-8.

143. Lei P., Ayton S., Finkelstein D.I., Adlard P.A., Masters C.L., Bush A.I. Tau protein: Relevance to Parkinson's disease // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2010. V. 42. (11). P. 1775-1778.

144. LeVine H. Quantification of beta-sheet amyloid fibril structures with thioflavin T. // Methods Enzymol. 1999. V. 309. P. 274-84.

145. Li J., McQuade T., Siemer A.B., Napetschnig J., Moriwaki K., Hsiao Y.-S., Damko E., Moquin D., Walz T., McDermott A., Chan F.K.-M., Wu H. The RIP1/RIP3 Necrosome Forms a Functional Amyloid Signaling Complex Required for Programmed Necrosis // Cell. 2012. V. 150. (2). P. 339-350.

146. Li P., Xing H. Disease but no sheep. // Science. 2006. V. 311. (5769). P. 1867.

147. Li R., Murray A.W. Feedback control of mitosis in budding yeast. // Cell. 1991. V. 66. (3). P. 519-31.

148. Liebman S.W., Sherman F. Extrachromosomal psi+ determinant suppresses nonsense mutations in yeast. // J. Bacteriol. 1979. V. 139. (3). P. 1068-71.

149. Lima F.R.S., Arantes C.P., Muras A.G., Nomizo R., Brentani R.R., Martins V.R. Cellular prion protein expression in astrocytes modulates neuronal survival and differentiation // J. Neurochem. 2007. V. 103. (6). P. 2164-2176.

150. Liu H., Krizek J., Bretscher A. Construction of a GAL1-regulated yeast cDNA expression library and its application to the identification of genes whose overexpression causes lethality in yeast. // Genetics. 1992. V. 132. (3). P. 665-73.

151. Liu J.-J., Sondheimer N., Lindquist S.L. Changes in the middle region of Sup35 profoundly alter the nature of epigenetic inheritance for the yeast prion [PSI+]. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002. V. 99 Suppl 4. P. 16446-53.

152. Looke M., Kristjuhan K., Kristjuhan A. Extraction of genomic DNA from yeasts for PCR-based applications. // Biotechniques. 2011. V. 50. (5). P. 325-8.

153. Lopes M.H., Hajj G.N.M., Muras A.G., Mancini G.L., Castro R.M.P.S., Ribeiro K.C.B., Brentani R.R., Linden R., Martins V.R. Interaction of cellular prion and stress-inducible protein 1 promotes neuritogenesis and neuroprotection by distinct signaling pathways. // J. Neurosci. 2005. V. 25. (49). P. 11330-9.

154. López de la Paz M., Serrano L. Sequence determinants of amyloid fibril formation. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004. V. 101. (1). P. 87-92.

155. Luk K.C., Kehm V., Carroll J., Zhang B., O'Brien P., Trojanowski J.Q., Lee V.M.-Y. Pathological -Synuclein Transmission Initiates Parkinson-like Neurodegeneration in Nontransgenic Mice // Science (80-. ). 2012. V. 338. (6109). P. 949-953.

156. Madore N., Smith K.L., Graham C.H., Jen A., Brady K., Hall S., Morris R. Functionally different GPI proteins are organized in different domains on the neuronal surface. // EMBO J. 1999. V. 18. (24). P. 6917-26.

157. Maji S.K., Perrin M.H., Sawaya M.R., Jessberger S., Vadodaria K., Rissman R.A., Singru P.S., Nilsson K.P.R., Simon R., Schubert D., Eisenberg D., Rivier J., Sawchenko P., Vale W., Riek R. Functional amyloids as natural storage of peptide hormones in pituitary secretory granules. // Science. 2009. V. 325. (5938). P. 328-332.

158. Majumdar A., Cesario W.C., White-Grindley E., Jiang H., Ren F., Khan M. "Repon", Li L., Choi E.M.-L., Kannan K., Guo F., Unruh J., Slaughter B., Si K. Critical Role of Amyloid-like Oligomers of Drosophila Orb2 in the Persistence of Memory // Cell. 2012. V. 148. (3). P. 515-529.

159. Makarava N., Kovacs G.G., Bocharova O., Savtchenko R., Alexeeva I., Budka H., Rohwer R.G., Baskakov I. V. Recombinant prion protein induces a new transmissible prion disease in wild-type animals // Acta Neuropathol. 2010. V. 119. (2). P. 177-187.

160. Marcoleta A., Marin M., Mercado G., Valpuesta J.M., Monasterio O., Lagos R. Microcin E492 Amyloid Formation Is Retarded by Posttranslational Modification // J. Bacteriol. 2013. V. 195. (17). P. 3995-4004.

161. Marzban L., Rhodes C.J., Steiner D.F., Haataja L., Halban P.A., Verchere C.B. Impaired NH2-Terminal Processing of Human Proislet Amyloid Polypeptide by the Prohormone Convertase PC2 Leads to Amyloid Formation and Cell Death // Diabetes. 2006. V. 55. (8). P. 2192-2201.

162. Masuda-Suzukake M., Nonaka T., Hosokawa M., Oikawa T., Arai T., Akiyama

H., Mann D.M.A., Hasegawa M. Prion-like spreading of pathological a-synuclein in brain. // Brain. 2013. V. 136. (Pt 4). P. 1128-38.

163. Matveenko A.G., Drozdova P.B., Belousov M. V., Moskalenko S.E., Bondarev S.A., Barbitoff Y.A., Nizhnikov A.A., Zhouravleva G.A. SFPI -mediated prion-dependent lethality is caused by increased Sup35 aggregation and alleviated by Sis1 // Genes to Cells. 2016.

164. Maurer-Stroh S., Debulpaep M., Kuemmerer N., Lopez de la Paz M., Martins

I.C., Reumers J., Morris K.L., Copland A., Serpell L.C., Serrano L., Schymkowitz J.W.H., Rousseau F. Exploring the sequence determinants of amyloid structure using position-specific scoring matrices. // Nat. Methods. 2010. V. 7. (3). P. 23742.

165. Maury C.P., Nurmiaho-Lassila E.L., Boysen G., Liljestrom M. Fibrillogenesis in gelsolin-related familial amyloidosis. // Amyloid. 2003. V. 10 Suppl 1. P. 215.

166. McCready S.J., Cox B.S., McLaughlin C.S. The extrachromosomal control of nonsense suppression in yeast: an analysis of the elimination of [psi+] in the presence of a nuclear gene PNM. // Mol. Gen. Genet. 1977. V. 150. (3). P. 26570.

167. Medina M., Avila J. The role of extracellular Tau in the spreading of neurofibrillary pathology. // Front. Cell. Neurosci. 2014. V. 8. P. 113.

168. Melckebeke H. Van, Wasmer C., Lange A., AB E., Loquet A., Bockmann A., Meier B.H. Atomic-Resolution Three-Dimensional Structure of HET-s(218-289) Amyloid Fibrils by Solid-State NMR Spectroscopy // J. Am. Chem. Soc. 2010. V. 132. (39). P. 13765-13775.

169. Michelitsch M.D., Weissman J.S. A census of glutamine/asparagine-rich regions: implications for their conserved function and the prediction of novel prions. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000. V. 97. (22). P. 11910-5.

170. Mitsui K., Doi H., Nukina N. Proteomics of polyglutamine aggregates. //

Methods Enzymol. 2006. V. 412. P. 63-76.

125

171. Morales R., Estrada L.D., Diaz-Espinoza R., Morales-Scheihing D., Jara M.C., Castilla J., Soto C. Molecular Cross Talk between Misfolded Proteins in Animal Models of Alzheimer's and Prion Diseases // J. Neurosci. 2010. V. 30. (13). P. 4528-4535.

172. Mucchiano G., Cornwell G.G., Westermark P. Senile aortic amyloid. Evidence for two distinct forms of localized deposits. // Am. J. Pathol. 1992. V. 140. (4). P. 871-7.

173. Munch C., O'Brien J., Bertolotti A. Prion-like propagation of mutant superoxide dismutase-1 misfolding in neuronal cells // Proc. Natl. Acad. Sci. 2011. V. 108. (9). P. 3548-3553.

174. Naiki H., Higuchi K., Hosokawa M., Takeda T. Fluorometric determination of amyloid fibrils in vitro using the fluorescent dye, thioflavin T1. // Anal. Biochem. 1989. V. 177. (2). P. 244-249.

175. Nelson R., Sawaya M.R., Balbirnie M., Madsen A.0., Riekel C., Grothe R., Eisenberg D. Structure of the cross-beta spine of amyloid-like fibrils. // Nature. 2005. V. 435. (7043). P. 773-8.

176. Nevzglyadova O. V, Artemov A. V, Mittenberg A.G., Solovyov K. V, Kostyleva E.I., Mikhailova E. V, Kuznetsova I.M., Turoverov K.K., Soidla T.R. Prion-associated proteins in yeast: comparative analysis of isogenic [PSI(+)] and [psi(-)] strains. // Yeast. 2009. V. 26. (11). P. 611-31.

177. Newcombe R.G. Interval estimation for the difference between independent proportions: comparison of eleven methods // Stat. Med. 1998. V. 17. (8). P. 873890.

178. Newnam G.P., Wegrzyn R.D., Lindquist S.L., Chernoff Y.O. Antagonistic interactions between yeast chaperones Hsp104 and Hsp70 in prion curing. // Mol. Cell. Biol. 1999. V. 19. (2). P. 1325-33.

179. Nicolas O., Gavin R., Braun N., Urena J.M., Fontana X., Soriano E., Aguzzi A., Antonio del Rio J. Bcl-2 overexpression delays caspase-3 activation and rescues cerebellar degeneration in prion-deficient mice that overexpress amino-terminally truncated prion // FASEB J. 2007. V. 21. (12). P. 3107-3117.

180. Nizhnikov A.A., Alexandrov A.I., Ryzhova T.A., Mitkevich O. V., Dergalev A.A., Ter-Avanesyan M.D., Galkin A.P. Proteomic screening for amyloid proteins // PLoS One. 2014. V. 9. (12).

181. Nizhnikov A.A., Antonets K.S., Bondarev S.A., Inge-Vechtomov S.G., Derkatch I.L. Prions, amyloids, and RNA: Pieces of a puzzle. // Prion. 2016. V. 10. (3). P. 182-206.

182. Nizhnikov a a, Antonets K.S., Inge-Vechtomov S.G. Amyloids: from pathogenesis to function // Biochem. 2015. V. 80. (9). P. 1127-1144.

183. Norrby E. Prions and protein-folding diseases // J. Intern. Med. 2011. V. 270. (1). P. 1-14.

184. Oesch B., Westaway D., Wälchli M., McKinley M.P., Kent S.B., Aebersold R., Barry R.A., Tempst P., Teplow D.B., Hood L.E. A cellular gene encodes scrapie PrP 27-30 protein. // Cell. 1985. V. 40. (4). P. 735-46.

185. Oh J., Kim J.-G., Jeon E., Yoo C.-H., Moon J.S., Rhee S., Hwang I. Amyloidogenesis of type III-dependent harpins from plant pathogenic bacteria. // J. Biol. Chem. 2007. V. 282. (18). P. 13601-9.

186. Olanow C.W., McNaught K. Parkinson's disease, proteins, and prions: Milestones // Mov. Disord. 2011. V. 26. (6). P. 1056-1071.

187. Oma Y., Kino Y., Sasagawa N., Ishiura S. Intracellular Localization of Homopolymeric Amino Acid-containing Proteins Expressed in Mammalian Cells // J. Biol. Chem. 2004. V. 279. (20). P. 21217-21222.

188. Orlowska-Matuszewska G., Wawrzycka D. A novel phenotype of eight spores asci in deletants of the prion-like Rnq1p in Saccharomyces cerevisiae // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006. V. 340. (1). P. 190-193.

189. Osherovich L.Z., Cox B.S., Tuite M.F., Weissman J.S. Dissection and design of yeast prions. // PLoS Biol. 2004. V. 2. (4). P. E86.

190. Osherovich L.Z., Weissman J.S. Multiple Gln/Asn-rich prion domains confer susceptibility to induction of the yeast [PSI(+)] prion. // Cell. 2001. V. 106. (2). P. 183-94.

191. Ouchi E., Nomura N., Watabe S., Seiji K., Sato J. Clinical significance of Congo red test // Tohoku J. Exp. Med. 1976. V. 118 Suppl. P. 191-198.

192. Palmer E., Wilhelm J.M., Sherman F. Variation of phenotypic suppression due to the psi+ and psi- extrachromosomal determinants in yeast. // J. Mol. Biol. 1979. V. 128. (1). P. 107-10.

193. Paravastu A.K., Leapman R.D., Yau W.-M., Tycko R. Molecular structural basis for polymorphism in Alzheimer's beta-amyloid fibrils. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008. V. 105. (47). P. 18349-54.

194. Patel A.J., Honoré E. Properties and modulation of mammalian 2P domain K+ channels. // Trends Neurosci. 2001. V. 24. (6). P. 339-46.

195. Patel B.K., Gavin-Smyth J., Liebman S.W. The yeast global transcriptional co-repressor protein Cyc8 can propagate as a prion. // Nat. Cell Biol. 2009. V. 11. (3). P. 344-349.

196. Pauly P.C., Harris D.A. Copper stimulates endocytosis of the prion protein. // J. Biol. Chem. 1998. V. 273. (50). P. 33107-10.

197. Peretz D., Supattapone S., Giles K., Vergara J., Freyman Y., Lessard P., Safar J.G., Glidden D. V., McCulloch C., Nguyen H.-O.B., Scott M., DeArmond S.J., Prusiner S.B. Inactivation of Prions by Acidic Sodium Dodecyl Sulfate // J. Virol. 2006. V. 80. (1). P. 322-331.

198. Petkova A.T., Ishii Y., Balbach J.J., Antzutkin O.N., Leapman R.D., Delaglio F., Tycko R. A structural model for Alzheimer's beta -amyloid fibrils based on experimental constraints from solid state NMR. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002. V. 99. (26). P. 16742-7.

199. Petkova A.T., Yau W.-M., Tycko R. Experimental constraints on quaternary structure in Alzheimer's beta-amyloid fibrils. // Biochemistry. 2006. V. 45. (2). P. 498-512.

200. Picken M.M. Immunoglobulin light and heavy chain amyloidosis AL/AH: renal pathology and differential diagnosis. // Contrib. Nephrol. 2007. V. 153. P. 135 -55.

201. Polymeropoulos M.H., Lavedan C., Leroy E., Ide S.E., Dehejia A., Dutra A., Pike B., Root H., Rubenstein J., Boyer R., Stenroos E.S., Chandrasekharappa S., Athanassiadou A., Papapetropoulos T., Johnson W.G., Lazzarini A.M., Duvoisin R.C., Iorio G. Di, Golbe L.I., Nussbaum R.L. Mutation in the alpha-synuclein gene identified in families with Parkinson's disease. // Science. 1997. V. 276. (5321). P. 2045-7.

202. Poulopoulos M., Levy O.A., Alcalay R.N. The neuropathology of genetic Parkinson's disease. // Mov. Disord. 2012. V. 27. (7). P. 831-42.

203. Pras M., Schubert M., Zucker-Franklin D., Rimon A., Franklin E.C. The characterization of soluble amyloid prepared in water. // J. Clin. Invest. 1968. V. 47. (4). P. 924-933.

204. Prusiner S.B. Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie. // Science. 1982. V. 216. (4542). P. 136-44.

205. Prusiner S.B., Scott M.R. Genetics of prions. // Annu. Rev. Genet. 1997. V. 31. P. 139-75.

206. Radovanovic I., Braun N., Giger O.T., Mertz K., Miele G., Prinz M., Navarro B., Aguzzi A. Truncated prion protein and Doppel are myelinotoxic in the absence of oligodendrocyte PrPC. // J. Neurosci. 2005. V. 25. (19). P. 4879-88.

207. Reidy M., Masison D.C. Modulation and elimination of yeast prions by protein chaperones and co-chaperones. // Prion. 2011. V. 5. (4). P. 245-9.

208. Reitz C., Brayne C., Mayeux R. Epidemiology of Alzheimer disease // Nat. Rev. Neurol. 2011. V. 7. (3). P. 137-152.

209. Revesz T., Holton J.L., Doshi B., Anderton B.H., Scaravilli F., Plant G.T. Cytoskeletal pathology in familial cerebral amyloid angiopathy (British type) with non-neuritic amyloid plaque formation. // Acta Neuropathol. 1999. V. 97. (2). P. 170-6.

210. Riedel M., Goldbaum O., Richter-Landsberg C. a-Synuclein Promotes the Recruitment of Tau to Protein Inclusions in Oligodendroglial Cells: Effects of Oxidative and Proteolytic Stress // J. Mol. Neurosci. 2009. V. 39. (1-2). P. 226234.

211. Riek R. The Three-Dimensional Structures of Amyloids. // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2016.

212. Roberts B.T., Wickner R.B. Heritable activity: a prion that propagates by covalent autoactivation. // Genes Dev. 2003. V. 17. (17). P. 2083-7.

213. Rogoza T., Goginashvili A., Rodionova S., Ivanov M., Viktorovskaya O., Rubel A., Volkov K., Mironova L. Non-Mendelian determinant [ISP+] in yeast is a nuclear-residing prion form of the global transcriptional regulator Sfp1. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010. V. 107. (23). P. 10573-7.

214. Rokitansky C. von. Handbuch der Speciellen Pathologischen Anatomica. Vienna: Braumuller und Seidel, 1842.

215. Rose M.D., Winstone F., Hieter P. Methods in yeast genetics. : CSHL Press., 1990. 198 p.

216. Rowczenio D., Dogan A., Theis J.D., Vrana J.A., Lachmann H.J., Wechalekar A.D., Gilbertson J.A., Hunt T., Gibbs S.D.J., Sattianayagam P.T., Pinney J.H., Hawkins P.N., Gillmore J.D. Amyloidogenicity and Clinical Phenotype Associated with Five Novel Mutations in Apolipoprotein A-I // Am. J. Pathol. 2011. V. 179. (4). P. 1978-1987.

217. Rubel A. a, Ryzhova T. a, Antonets K.S., Chernoff Y.O., Galkin A. Identification of PrP sequences essential for the interaction between the PrP polymers and Aß peptide in a yeast-based assay. // Prion. 2013. V. 7. (6). P. 1-8.

218. Saifitdinova A.F., Nizhnikov A.A., Lada A.G., Rubel A.A., Magomedova Z.M., Ignatova V. V., Inge-Vechtomov S.G., Galkin A.P. [NSI +]: a novel non-Mendelian nonsense suppressor determinant in Saccharomyces cerevisiae // Curr. Genet. 2010. V. 56. (5). P. 467-478.

219. Sakai M., Austin J., Witmer F., Trueb L. Studies of corpora amylacea. I. Isolation and preliminary characterization by chemical and histochemical techniques. // Arch. Neurol. 1969. V. 21. (5). P. 526-44.

220. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual. , 1989. 626 p.

221. Saunders H.M., Bottomley S.P. Multi-domain misfolding: understanding the aggregation pathway of polyglutamine proteins // Protein Eng. Des. Sel. 2009. V. 22. (8). P. 447-451.

222. Schilling G., Becher M.W., Sharp A.H., Jinnah H.A., Duan K., Kotzuk J.A., Slunt H.H., Ratovitski T., Cooper J.K., Jenkins N.A., Copeland N.G., Price D.L., Ross C.A., Borchelt D.R. Intranuclear inclusions and neuritic aggregates in transgenic mice expressing a mutant N-terminal fragment of huntingtin. // Hum. Mol. Genet. 1999. V. 8. (3). P. 397-407.

223. Schleiden M.J. Einige Bermerkungen ueber den vegetabilischen Faserstoff und sein Verhaeltnis zum Staerkemehl. // Ann. Phys. 1838. V. 43. P. 397-397.

224. Schneider K., Fangerau H., Michaelsen B., Raab W.H.M. The early history of the transmissible spongiform encephalopathies exemplified by scrapie // Brain Res. Bull. 2008. V. 77. (6). P. 343-355.

225. Schwarz P. New patho-anatomic observations on amyloidosis in the aged. Fluorescence microscopic observations // Proc. Symp. on Amyloidosis . In E. Mandema et al. (Ed.). Amsterdam: Excerpta Medica, 1967. P. 400-417.

226. Schwimmer C., Masison D.C. Antagonistic interactions between yeast [PSI(+)] and [URE3] prions and curing of [URE3] by Hsp70 protein chaperone Ssa1p but not by Ssa2p. // Mol. Cell. Biol. 2002. V. 22. (11). P. 3590-8.

227. Selkoe D.J., Abraham C.R., Podlisny M.B., Duffy L.K. Isolation of low-molecular-weight proteins from amyloid plaque fibers in Alzheimer's disease. // J. Neurochem. 1986. V. 46. (6). P. 1820-34.

228. Selkoe D.J., Ihara Y., Salazar F.J. Alzheimer's disease: insolubility of partially purified paired helical filaments in sodium dodecyl sulfate and urea. // Science. 1982. V. 215. (4537). P. 1243-5.

229. Serio T.R., Cashikar A.G., Moslehi J.J., Kowal A.S., Lindquist S.L. Yeast prion [psi +] and its determinant, Sup35p. // Methods Enzymol. 1999. V. 309. P. 64973.

230. Sherman F., Fink G.R., Hancks J.B. Methods in yeast genetics. New York:

N.Y.Cold Spring Harbor Lab. Press., 1986. 367 p.

131

231. Shewmaker F., Ross E.D., Tycko R., Wickner R.B. Amyloids of Shuffled Prion Domains That Form Prions Have a Parallel In-Register ß-Sheet Structure ^ // Biochemistry. 2008. V. 47. (13). P. 4000-4007.

232. Shirahama T., Cohen A.S. High-resolution electron microscopic analysis of the amyloid fibril. // J. Cell Biol. 1967. V. 33. (3). P. 679-708.

233. Si K., Giustetto M., Etkin A., Hsu R., Janisiewicz A.M., Miniaci M.C., Kim J.-H., Zhu H., Kandel E.R. A neuronal isoform of CPEB regulates local protein synthesis and stabilizes synapse-specific long-term facilitation in aplysia. // Cell. 2003. V. 115. (7). P. 893-904.

234. Sieben A., Langenhove T. Van, Engelborghs S., Martin J.-J., Boon P., Cras P., Deyn P.-P. De, Santens P., Broeckhoven C. Van, Cruts M. The genetics and neuropathology of frontotemporal lobar degeneration // Acta Neuropathol. 2012. V. 124. (3). P. 353-372.

235. Sikorski R.S., Hieter P. A system of shuttle vectors and yeast host strains designed for efficient manipulation of DNA in Saccharomyces cerevisiae. // Genetics. 1989. V. 122. (1). P. 19-27.

236. Sipe J.D., Benson M.D., Buxbaum J.N., Ikeda S., Merlini G., Saraiva M.J.M., Westermark P. Nomenclature 2014: Amyloid fibril proteins and clinical classification of the amyloidosis // Amyloid. 2014. V. 21. (4). P. 221-224.

237. Sipe J.D., Cohen A.S. Review: History of the Amyloid Fibril // J. Struct. Biol. 2000. V. 130. (2-3). P. 88-98.

238. Sironi L., Mapelli M., Knapp S., Antoni A. De, Jeang K.-T., Musacchio A. Crystal structure of the tetrameric Mad1-Mad2 core complex: implications of a «safety belt» binding mechanism for the spindle checkpoint. // EMBO J. 2002. V. 21. (10). P. 2496-506.

239. Skinner M., Cohen A.S. The prealbumin nature of the amyloid protein in familial amyloid polyneuropathy (FAP)-swedish variety. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1981. V. 99. (4). P. 1326-32.

240. Sondheimer N., Lindquist S. Rnq1: an epigenetic modifier of protein function

in yeast. // Mol. Cell. 2000. V. 5. (1). P. 163-72.

132

241. Sorenson J.R. Prion diseases: copper deficiency states associated with impaired nitrogen monoxide or carbon monoxide transduction and translocation. // J. Inorg. Biochem. 2001. V. 87. (3). P. 125-7.

242. Spillantini M.G., Murrell J.R., Goedert M., Farlow M.R., Klug A., Ghetti B. Mutation in the tau gene in familial multiple system tauopathy with presenile dementia. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998. V. 95. (13). P. 7737-41.

243. Stansfield I., Jones K.M., Kushnirov V. V, Dagkesamanskaya A.R., Poznyakovski A.I., Paushkin S. V, Nierras C.R., Cox B.S., Ter-Avanesyan M.D., Tuite M.F. The products of the SUP45 (eRF1) and SUP35 genes interact to mediate translation termination in Saccharomyces cerevisiae. // EMBO J. 1995. V. 14. (17). P. 4365-73.

244. Steensma D.P. «Congo» red: out of Africa? // Arch. Pathol. Lab. Med. 2001. V. 125. (2). P. 250-2.

245. Sunde M., Blake C.C. From the globular to the fibrous state: protein structure and structural conversion in amyloid formation. // Q. Rev. Biophys. 1998. V. 31. (1). P. 1-39.

246. Sunde M., Serpell L.C., Bartlam M., Fraser P.E., Pepys M.B., Blake C.C.. Common core structure of amyloid fibrils by synchrotron X-ray diffraction // J. Mol. Biol. 1997. V. 273. (3). P. 729-739.

247. Tanaka M., Weissman J.S. An efficient protein transformation protocol for introducing prions into yeast. // Methods Enzymol. 2006. V. 412. P. 185-200.

248. Tartaglia G.G., Cavalli A., Pellarin R., Caflisch A. The role of aromaticity, exposed surface, and dipole moment in determining protein aggregation rates // Protein Sci. 2004. V. 13. (7). P. 1939-1941.

249. Tartaglia G.G., Pechmann S., Dobson C.M., Vendruscolo M. Life on the edge: a link between gene expression levels and aggregation rates of human proteins // Trends Biochem. Sci. 2007. V. 32. (5). P. 204-206.

250. Tartaglia G.G., Vendruscolo M. The Zyggregator method for predicting protein aggregation propensities // Chem. Soc. Rev. 2008. V. 37. (7). P. 1395.

251. Tartaglia G.G., Vendruscolo M. Correlation between mRNA expression levels and protein aggregation propensities in subcellular localisations // Mol. Biosyst. 2009. V. 5. (12). P. 1873.

252. Ter-Avanesyan M.D., Dagkesamanskaya A.R., Kushnirov V. V., Smirnov V.N. The SUP35 omnipotent suppressor gene is involved in the maintenance of the non-Mendelian determinant [psi+] in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Genetics. 1994. V. 137. (3). P. 671-676.

253. Ter-Avanesyan M.D., Kushnirov V. V, Dagkesamanskaya a R., Didichenko S. a, Chernoff Y.O., Inge-Vechtomov S.G., Smirnov V.N. Deletion analysis of the SUP35 gene of the yeast Saccharomyces cerevisiae reveals two non-overlapping functional regions in the encoded protein. // Mol. Microbiol. 1993. V. 7. (5). P. 683-692.

254. Toombs J.A., Liss N.M., Cobble K.R., Ben-Musa Z., Ross E.D. [PSI+] maintenance is dependent on the composition, not primary sequence, of the oligopeptide repeat domain. // PLoS One. 2011. V. 6. (7). P. e21953.

255. Toombs J.A., McCarty B.R., Ross E.D. Compositional determinants of prion formation in yeast. // Mol. Cell. Biol. 2010. V. 30. (1). P. 319-32.

256. Toombs J.A., Petri M., Paul K.R., Kan G.Y., Ben-Hur A., Ross E.D. De novo design of synthetic prion domains. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012. V. 109. (17). P. 6519-24.

257. Traczyk A., Bilinski T., Litwinska J., Skoneczny M., Rytka J. Catalase T deficient mutants of Saccharomyces cerevisiae. // Acta Microbiol. Pol. 1985. V. 34. (3-4). P. 231-41.

258. Trovato A., Seno F., Tosatto S.C.E. The PASTA server for protein aggregation prediction // Protein Eng. Des. Sel. 2007. V. 20. (10). P. 521-523.

259. Tsigelny I.F., Crews L., Desplats P., Shaked G.M., Sharikov Y., Mizuno H., Spencer B., Rockenstein E., Trejo M., Platoshyn O., Yuan J.X.-J., Masliah E. Mechanisms of Hybrid Oligomer Formation in the Pathogenesis of Combined Alzheimer's and Parkinson's Diseases // PLoS One. 2008. V. 3. (9). P. e3135.

260. Tsolis A.C., Papandreou N.C., Iconomidou V.A., Hamodrakas S.J. A Consensus Method for the Prediction of 'Aggregation-Prone' Peptides in Globular Proteins // PLoS One. 2013. V. 8. (1). P. e54175.

261. Tuite M.F., Mundy C.R., Cox B.S. Agents that cause a high frequency of genetic change from [psi+] to [psi-] in Saccharomyces cerevisiae. // Genetics. 1981. V. 98. (4). P. 691-711.

262. Turner M.R., Hardiman O., Benatar M., Brooks B.R., Chio A., Carvalho M. de, Ince P.G., Lin C., Miller R.G., Mitsumoto H., Nicholson G., Ravits J., Shaw P.J., Swash M., Talbot K., Traynor B.J., Berg L.H. Van den, Veldink J.H., Vucic S., Kiernan M.C. Controversies and priorities in amyotrophic lateral sclerosis // Lancet Neurol. 2013. V. 12. (3). P. 310-322.

263. Tycko R., Wickner R.B. Molecular Structures of Amyloid and Prion Fibrils: Consensus versus Controversy // Acc. Chem. Res. 2013. V. 46. (7). P. 1487-1496.

264. Urakov V.N., Valouev I. a, Kochneva-Pervukhova N. V, Packeiser A.N., Vishnevsky A.Y., Glebov O.O., Smirnov V.N., Ter-Avanesyan M.D. N-terminal region of Saccharomyces cerevisiae eRF3 is essential for the functioning of the eRF1/eRF3 complex beyond translation termination. // BMC Mol. Biol. 2006. V. 7. P. 34.

265. Uversky V.N., Fink A.L. Conformational constraints for amyloid fibrillation: the importance of being unfolded // Biochim. Biophys. Acta - Proteins Proteomics. 2004. V. 1698. (2). P. 131-153.

266. Vassar P.S., Culling C.F. Fluorescent stains, with special reference to amyloid and connective tissues. // Arch. Pathol. 1959. V. 68. P. 487-98.

267. Vey M., Pilkuhn S., Wille H., Nixon R., DeArmond S.J., Smart E.J., Anderson R.G., Taraboulos A., Prusiner S.B. Subcellular colocalization of the cellular and scrapie prion proteins in caveolae-like membranous domains. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996. V. 93. (25). P. 14945-9.

268. Wang Y., Meriin A.B., Zaarur N., Romanova N. V, Chernoff Y.O., Costello C.E., Sherman M.Y. Abnormal proteins can form aggresome in yeast: aggresome-

targeting signals and components of the machinery. // FASEB J. 2009. V. 23. (2). P. 451-63.

269. Wasmer C., Lange A., Melckebeke H. Van, Siemer A.B., Riek R., Meier B.H. Amyloid Fibrils of the HET-s(218-289) Prion Form a Solenoid with a Triangular Hydrophobic Core // Science (80-. ). 2008. V. 319. (5869). P. 1523-1526.

270. Wasmer C., Schütz A., Loquet A., Buhtz C., Greenwald J., Riek R., Böckmann A., Meier B.H. The Molecular Organization of the Fungal Prion HET-s in Its Amyloid Form // J. Mol. Biol. 2009. V. 394. (1). P. 119-127.

271. Weingarten M.D., Lockwood A.H., Hwo S.Y., Kirschner M.W. A protein factor essential for microtubule assembly. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1975. V. 72. (5). P. 1858-62.

272. Wel P.C.A. van der, Lewandowski J.R., Griffin R.G. Solid-State NMR Study of Amyloid Nanocrystals and Fibrils Formed by the Peptide GNNQQNY from Yeast Prion Protein Sup35p // J. Am. Chem. Soc. 2007. V. 129. (16). P. 51175130.

273. Westermark G.T., Westermark P. Localized amyloids important in diseases outside the brain - lessons from the islets of Langerhans and the thoracic aorta // FEBS J. 2011. V. 278. (20). P. 3918-3929.

274. Wickner R.B. [URE3] as an altered URE2 protein: evidence for a prion analog in Saccharomyces cerevisiae. // Science. 1994. V. 264. (April). P. 566-569.

275. Wickner R.B. A new prion controls fungal cell fusion incompatibility. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997. V. 94. (19). P. 10012-4.

276. Wickner R.B. Scrapie in ancient China? // Science. 2005. V. 309. (5736). P. 874.

277. Wickner R.B., Shewmaker F., Edskes H., Kryndushkin D., Nemecek J., McGlinchey R., Bateman D., Winchester C.-L. Prion amyloid structure explains templating: how proteins can be genes. // FEMS Yeast Res. 2010. V. 10. (8). P. 980-91.

278. Willingham S., Outeiro T.F., DeVit M.J., Lindquist S.L., Muchowski P.J. Yeast genes that enhance the toxicity of a mutant huntingtin fragment or alpha-synuclein. // Science. 2003. V. 302. (5651). P. 1769-72.

279. Wösten H.A., Vocht M.L. de. Hydrophobins, the fungal coat unravelled. // Biochim. Biophys. Acta. 2000. V. 1469. (2). P. 79-86.

280. Yoshikawa K., Tanaka T., Ida Y., Furusawa C., Hirasawa T., Shimizu H. Comprehensive phenotypic analysis of single-gene deletion and overexpression strains of Saccharomyces cerevisiae // Yeast. 2011. V. 28. (5). P. 349-361.

281. Zhang H.-Y. Scrapie and the origin of the Chinese «itchy». // Science. 2006. V. 311. (5769). P. 1866-7.

282. Zhou P., Derkatch I.L., Liebman S.W. The relationship between visible intracellular aggregates that appear after overexpression of Sup35 and the yeast prion-like elements [PSI(+)] and [PIN(+)]. // Mol. Microbiol. 2001. V. 39. (1). P. 37-46.

283. Zhouravleva G., Frolova L., Goff X. Le, Guellec R. Le, Inge-Vechtomov S., Kisselev L., Philippe M. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3. // EMBO J. 1995. V. 14. (16). P. 4065-72.

Благодарности

Автор выражает глубочайшую признательность и благодарность научному руководителю Алексею Петровичу Галкину, а также своим коллегам Антону Александровичу Нижникову, Татьяне Алексеевне Рыжовой и всем сотрудникам лаборатории физиологической генетики за помощь в проведении экспериментов, в оформлении результатов и за саму возможность написания данной работы. Отдельно автор хотел бы поблагодарить сотрудников ресурсного центра «Развитие молекулярных и клеточных технологий» СПбГУ и центра коллективного пользования СПбГУ «Хромас».

Особую благодарность автор хотел бы выразить Бузовкиной Ирине Сергеевне и Ольге Альбертовне Мацкевич за труд по организации защиты ВКР и создание рабочей, но душевной атмосферы на кафедре. И, разумеется, невозможно не поблагодарить Сергея Георгиевича Инге-Вечтомова, за неоценимый вклад в развитие нашей кафедры, науки в целом и генетики дрожжей в частности.