Изучение мелких криптических плазмид, обнаруженных в почвенных штаммах Bacillus subtilis тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Гагарина, Екатерина Юрьевна

• Гагарина, Екатерина Юрьевна
• кандидат биологических наук
• 2002

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Гагарина, Екатерина Юрьевна

Список сокращений

1. Введение

2. Обзор литературы

2.1. Общая характеристика плазмид из природных штаммов бацилл

2.2. Структурная и сегрегационная стабильность плазмид из природных штаммов бацилл и плазмид из других грамположительных бактерий

2.3. Репликация и структуры, вовлекаемые в этот процесс, у плазмид бацилл и других грамположительных микроорганизмов

2.3.1. Типы репликации

2.3.2. Репликация по механизму катящегося кольца

2.3.3. оп(+)-последовательность

2.3.4. Лер-белки

2.3.5. оп(-)-последовательность

2.3.6. Терминация репликации

2.3.7. Регуляция репликации ЛС-плазмид

2.3.8. Плазмиды, реплицирующиеся по 9-механизму

2.4. Другие функциональные участки мелких криптических плазмид бацилл

2.4.1. я?о£-гены

2.4.2. «р-гены

2.4.3. гар-гены

2.4.4. //¿р-гены

2.4.5. раг-тты

3. Материалы и методы

3.1. Штаммы и плазмиды

3.2. Реактивы

3.3. Среды

3.4. Получение препаратов ДНК

3.5. Трансформация #лг//>////\

3.6. Трансформация Е. соП

3.7. Электрофорез

3.8. Рестрикция ДНК

3.9. Лигирование ДНК

3.10. «Достройка» выступающих концов для последующего лигирования

3.11. Полимеразная цепная реакция

3.12. Отбор рекомбинантных ДНК

3.13. Мечение ДНК- зонда

3.14. Перенос ДНК на нейлоновые фильтры

3.15. Гибридизация ДНК

3.16. Секвенирование ДНК

4. Результаты

4.1. Предыстория работы

4.2. Рестрикционный анализ и классификация плазмид

4.2.1. Характеристика плазмид из 19 штаммов московской коллекции

4.2.2. Характеристика плазмид из 10 штаммов белорусской коллекции

4.2.3. Характеристика штаммов с несколькими плазмидами

4.2.3.1.Штамм

4.2.3.2.Штамм

4.2.3.3.Штамм

4.3. Гибридизационный анализ плазмид

4.3.1. Гибридизация с зондами - фрагментами р

4.3.2. Гибридизация с зондами - участками генов

4.3.3. Гибридизационный анализ плазмид из штамма

4.4. Определение нуклеотидной последовательности плазмид

4.4.1. Определение нуклеотидной последовательности фрагмента плаз миды р

4.4.2. Определение полной нуклеотидной последовательности плазмиды

4.4.3. Определение нуклеотидной последовательности ЕсоШ-НтсИП -фрагмента плазмиды р 1516Ь

5. Обсуждение результатов

6. Выводы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение мелких криптических плазмид, обнаруженных в почвенных штаммах Bacillus subtilis»

Недавно была определена нуклеотидная последовательность хромосомной ДНК лабораторного штамма B.subtilis 168 Marburg (Kunst et al., 1997). Дальнейшее исследование генома этой бактерии требует, во-первых, изучения функциональной активности генов, во-вторых, изучения нуклеотидных последовательностей и функциональной активности отличных от хромосомы компонентов генома - плазмид и фагов, которые могут взаимодействовать с хромосомным геномом; в-третьих, изучения геномов других штаммов B.subtilis, используемых в промышленном производстве, а также выделяемых из природных источников.

Целью данной работы является изучение генетических свойств мелких криптических плазмид из природных штаммов Bacillus subtilis, выделенных из почв Московского региона и Республики Беларусь. Такое широкомасштабное изучение плазмид, находящихся в штаммах B.subtilis, предпринято впервые. Мы надеемся, что его результаты позволят глубже понять закономерности организации геномов плазмид бацилл, а также будут использованы в генноинженерных работах по конструированию новых векторов.

Задачами работы являлось:

1. Характеристика криптических плазмид из природных штаммов B.subtilis, относящихся к московской и белорусской коллекциям.

2. Рестрикционный и гибридологический анализ, позволяющий установить степень родства плазмид, и распространение у них тех или иных генов.

3. Определение нуклеотидной последовательности ДНК плазмид.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Гагарина, Екатерина Юрьевна, 2002 год

1. Башкиров В.И., Хасанов Ф.К., Прозоров A.A. Нуклеотидные последовательности, вовлеченные в процесс незаконной рекомбинации между плазмидной и хромосомной ДНК у Bacillus subtilis. //Доклады АН СССР. 1987. 295, 973-976.

2. Канапина А.Ш., Незаметдинова ВВ., Кроон К.Х., Прозоров A.A. RecA -независимая индукция новой плазмиды pASl после введения в клетки Bacillus subtilis 168 фрагментов криптической плазмиды р1414. НГенетика. 1994. 30, 776-782.

3. Канапина А.Ш. Изучение природных плазмид Bacillus subtilis. //Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. 1995.

4. Канапина А.Ш., Канапин A.A., Прозоров A.A. Определение и сравнительный анализ нуклеотидной последовательности фрагментов минирепликона криптической плазмиды р1414 из почвенного штамма Bacillus subtilis. НГенетика. 1995. 9, 1201-1209.

5. Козловский Ю.Е., Прозоров A.A. Система рестрикции-модификации у штаммов бацилл, близких к Bacillus subtilis. //Доклады АН СССР. 1981. 258, 1457-1459.

6. Козловский Ю.Е., Прозоров A.A. Изучение системы рестрикции-модификации у штаммов бацилл, родственнык Bacillus subtilis. II Генетика. 1983. 19, 33-38.

7. Корецкая Н.Г., Светоч O.E., Добрица А.П. Конъюгативный перенос плазмид между Bacillus spp. //Доклады АН СССР. 1988. 303, 488-491.

8. Лотарева О.В., Полуэктова Е.У., Титок М.А., Прозоров A.A. Почвенный штамм Bacillus subtilis с крупной плазмидой, осуществляющей с высокой частотой конъюгативную мобилизацию. //Микробиология. 2001. 70, 598-603.

9. Лукин С.А., Малинина ТВ., Прозоров A.A. Аллозимная вариабельность у штаммов почвенных бацилл, близких к Bacillus subtilis. НГенетика. 1994. 30, 181-184.

10. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирорвание. //М.: Мир. 1984.

11. Незаметдинова В.З., Канапина А.Ш., Козловский Ю.Е., Прозоров А.А. Криптические плазмиды почвенных штаммов бацилл. IIГенетика. 1992. 27, 4955.

12. Полуэктова Е.У., Незаметдинова В.З., Гагарина Е.Ю., Прозоров А.А. Одновременное присутствие трех криптических плазмид разной величины в почвенном штаммq Bacillus subtilis. IIГенетика. 1999. 35, 46-49.

13. Полуэктова Е.У., Незаметдинова В.З., Прозоров А.А. Крупная конъюгативная плазмида из почвенного штамма Bacillus subtilis. IIГенетика. 2000. 36, 10001002.

14. Прозоров А.А. Генетическая трансформация и трансфекция. IIНаука. 1988.

15. Ракитин А.А. Конструирование модельных систем для селекции генноинженерных штаммов Bacillus subtilis продуцентов рибофлавина. //Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Москва. 2000.

16. Стукалин Г.С., Козловский Ю.Е., Василяускас Ю.Ф, Прозоров А.А. Амилолитическая активность почвенных бацилл, родственных Bacillus subtilis. I/Микробиология 1984. 53, 1007-1011.

17. Чан Кам Ван, Кузин Ю.Ю., Козловский Ю.Е., Прозоров А.А. Изучение способности к генетической трансформации у выделенных из почвы штаммов бацилл, близких к Bacillus subtilis. IIГенетика. 1985. 21, 1953-1959.

18. Alonso J.C., Viret J.F., Tailor R.H. Plasmid maintenance in Bacillus subtilis recombination deficient mutants. HMol. Gen. Genet. 1987. 208, 349-352.

19. Alonso J.C., Tailor R.H. Plasmid pC194 replication and its control in Bacillus subtilis. HMol Gen. Genet. 1987. 210,476-484.

20. Aronson A.I., Beckman W., Dunn P. Bacillus thuringiensis and related insect pathogens. HMicrobiol. Rev. 1986. 50, 1-24.

21. Baas P., Jansz H. Single-stranded DNA phage origins. HCurr. Top. Microbiol. Immunol 1988. 136,31-70.

22. Ballester S., Lopez P., Espinosa M., Alonso J.C., Lacks S.A. Plasmid structural instability associated with pC194 replication function. HJ. Bacteriol. 1989. 171,22712277.

23. Bates E.E.M., Gilbert H.J. Characterization of cryptic plasmid from Lactobacillus plantarum. IIGene. 1989. 85, 253-258.

24. Battisti L., Green B.D., Jhorne C.B. Mating system for transfer of plasmid among Bacillus anthracis, Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis. HJ. Bacteriol. 1985. 162, 543-550.

25. Baum J.A., Gonzales J.M.Jr. Mode of replication, size and distribution of naturally occuring plasmids in Bacillus thuringiensis. //FEMS Microbiol. Let. 1992. 96, 143148.

26. Bergemann A.D., Whitley J.C., Finch L.R. Homology of mycoplasma plasmid PABD-210 and staphylococcal plasmid pE194. HJ. Bacteriol. 1989. 171, 593-595.

27. Bernhard K., Schrempf H., Goebel W. Bacteriocin and antibiotic resistance plasmids in Bacillus cereus and Bacillus subtilis. HJ. Bacteriol. 1978. 133, 897-903.

28. Bidnenko V.E., Gruss A., Ehrlich S.D. Mutation in the plasmid pUBllO Rep protein affects termination of rolling circle replication. HJ. Bacteriol. 1993. 175, 5611-5616.

29. Bingham A.H.A., Bruton C.J., Atkinson T. Isolation and characterization of four plasmids from antibiotic-resistant thermophilic bacilli. HJ. Gen. Microbiol. 1979. 114, 401-408.

30. Bingham A.H.A., Bruton C.J., Atkinson T. Characterization of Bacillus stearothermophilis plasmid pAB124 and construction of deletion variants. HJ. Gen. Microbiol. 1980. 119, 59-70.

31. Boe L., Nielsen T.T., Madsen SM., Andrup L., Bolander C. Cloning and characterization of two plasmids from Bacillus thuringiensis in Bacillus subtilis. //Plasmid. 1991. 25, 190-197.

32. Boe L., Gros M.-F., te Riele H., Ehrlich S.D., Gruss A. Replication origins of single-stranded DNA plasmid pUBl 10. HJ. Bacteriol. 1989. 171, 3366-3372.

33. Bonia A., Bringel F., Frey L., Kammerer B., Belarbi A., Guyonvarch A., Hubert J.-C. Structural organization of pLPl, a cryptic plasmid from Lactobacillus plantarum CCM 1904. //Plasmid. 1989. 22, 185-192.

34. Brefort G., Magot M., Ionesco H., Sebald M. Characterization and transferability of Clostridium perfringens plasmids. //Plasmid. 1977. 1, 52-66.

35. Bron S., Luxen E. Segregational instability of pUBllO-derived recombinant plasmids in Bacillus subtilis. IIPlasmid. 1985. 14,235-244.

36. Bron S., Luxen E., Swart P. Instability of recombinant pUBllO plasmids in Bacillus subtilis: plasmid-encoded stability function and effects of DNA inserts. UPlasmid. 1988. 19, 231-241.

37. Bron S., Holsappel S., Venema G., Peters B.P.H. Plasmid deletion formation between short direct repeats in Bacillus subtilis is stimulated by single-stranded rolling circle replication intermediates. IIMol. Gen. Genet. 1991. 226, 88-96.

38. Bron S., Bolhuis A., Tjalsma H., Holsappel S., Venema G., and van Dijl J.M. Protein secretion and possible roles for multiple signal peptidases for precursor processing in Bacilli. IIJ. Biotechnol. 1998. 64, 3-13.

39. Carlton B.C., Helinski D R. Heterogenous circular DNA elements in vegetative cultures of Bacillus megaterium. UProc. Nat. Acad. Sci. USA. 1969. 64, 592-599.

40. Carlton B.C., Swith M.P.W. Size distribution of the closed circular deoxyribonucleic acid molecules of Bacillus megaterium: sedimentian velocity and electron microscope measurements. IIJ. Bacteriol. 1974. 117,1201-1209.

41. Chang S., Chang S.-Y., Gray O. Structural and genetic analysis of a part locus that regulates the plasmid partition in Bacillus subtilis. IIJ. Bacteriol. 1987. 169, 35923962.

42. Chen Y., Braathen P., Leonard C., Mahillon J. MIC 231, naturally occuring mobile insertion cassete from Bacillus cereus. IIMol. Microbiol. 1999. 32, 657-668.

43. Clark BD., Boyle T.M., Chu C.Y., Dean D.H. Restriction endonuclease mapping of three plasmids from Bacillus thuringiensis var israliensis. IIGene. 1985. 39, 169-171.

44. Darabi A., Forough R., Bhardwaj G., Watabe M, Goodarazi G., Gross S.C., Watabe K. Identification and nucleotide sequence of the minimal replicon of the low-copy-number plasmid pBS2. //Plasmid. 1989. 22, 281-294.

45. Dempsey L.A., Zhao A.C., and Khan S.A. Localization of the start sites of laggingstrand replication of rolling-circle plasmids from Gram-positive bacteria. HMol. Microbiol. 1995. 15, 679-687.

46. Deng Z., Keiser T., Hopwood D. "Strong incompatibility" between derivatives of the Streptomyces multicopy plasmid pIJlOl. I/Mol. Gen. Genet. 1988. 214, 286-294.

47. Devine K.M., Hogan ST., Higgins D.G., McConnell D.J. Replication and segregational stability of bacillus plasmid pBAAl. HJ. Bacteriol. 1989. 171, 11661172.

48. Dobritsa A.P., Dobritsa S.V., Tanyashin V.l. Isolation and characterization of plasmid from the Bacillus brevis var Q.-B. cells. //Mol. Gen. Genet. 1978. 164, 195-204.

49. Ehrlich S.D. Replication and expression of plasmids from Staphylococcus aureus in Bacillus subtilis. UProc. Nat. Acad. Sei. USA. 1977. 74, 1680-1682.

50. Ehrlich S.D., Noirot P., Petit N.A., Janniere L., Michel B., te Riele H. Structural instability of Bacillus subtilis plasmids. //In: Setlow J.K. and Hollaender A. (eds). Genetic Engineering. Plenum. New York. 1986. 8, 71-83.

51. Forough R., Herrick J., Watabe K. Effects of dna genes on the replication of plasmids in Bacillus subtilis. //J. of Gen. Microbiol. 1987. 133, 3313-3318.

52. Garnier T., Cole S.T. Complete nucleotide sequence and genetic organization of the bacteriocinogenic plasmid, pIP404, from Clostridium perfringens. //Plasmid. 1988a. 19, 134-150.

53. Garnier T., Cole S.T. Identification and molecular genetic analysis of replication function of the bacteriocinogenic plasmid pIP404 from Clostridium perfringens. //Plasmid. 1988b. 19, 151-160.

54. Gennaro M.L., Yordanescu S., Novick R., Murray R., Steck T., Kahn S. Functional organization of the plasmid pT181 replication origin. HJ. Mol. Biol. 1989. 205, 355362.

55. Gennaro M.L. DNA replication and its regulation in the pT181 plasmid family. //In: R.P.Novick (ed.). Molecular biology of the Staphylococci. VCH Press. New York. 1990. 183-185.

56. Gleave A., Mountains A., Thomas C. Use of a novel cassette to label phenotipically a cryptic plasmid of Bacillus subtilis and map loci involved in its stable maintenance. IIJ. of Gen. Microbiol. 1990. 136, 905-912.

57. Gonzales J.M.Jr., Dulmage H.T., Carlton B.C. Correlation between specific plasmids and delta-endotoxin production m Bacillus thuringiensis. //Plasmid. 1981. 5, 351-365.

58. Gonzalez-Marquez H., Perrin C., Bracquart P., Guimont C., and Linden G. A 16 kDa protein family overexpressed by Streptococcus thermophilis PB18 in acid environments. //Microbiology. 1997. 143, 1587-1594.

59. Goze A., Ehrlich S.D. Replication of plasmids from Staphylococcus aureus in Escherichia coli. I/Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1980. 77, 7333-7337.

60. Grandjean V., Nguen J., Hauck Y., Hirschbein L. Establishment of a new replicon generated from an integrational plasmid and a cryptic pUBllO origin-like region in Bacillus subtilis. //Plasmid. 1993. 30, 1-30.

61. Gros M.-P., te Riele H., Ehrlich S.D. Rolling circle replication of single-stranded DNA plasmid pC194. HEMBOJ. 1987. 6,3863-3869.

62. Gros M.-P., te Riele H., Ehrlich S.D. Replication origin of single-stranded DNA plasmid pC194. HEMBOJ. 1989. 8,2711-2716.

63. Gruss A., Ross H., Novick R. Functional analysis of a palindromic sequence required for normal replication of several staphylococcal plasmids. I/Proc. Nat. Acad. Sei. USA. 1987. 4, 2165-2169.

64. Gruss A., Ehrlich S.D. Insertion of foreign DNA into plasmid from Gram-positive bacteria induces formation of high-molecular-weight plasmid multimers. HJ. Bacteriol. 1988. 170, 1183-1190.

65. Gruss A., Ehrlich S.D. The family of highly interrelated single-stranded deoxyribonucleic acid plasmids. //Microbiol. Rev. 1989. 53, 231-241.

66. Gryczan T.J., Contente S., Dubnau D. Characterization of Staphylococcus aureus plasmids introduced by transformation into Bacillus subtilis. HJ. Bacteriol. 1978. 134, 318-329.

67. Guzman L.M., and Espinosa M. The mobilization protein, MobM, of the streptococcal plasmid pMV158 specifically cleaves supercoiled DNA at the plasmid oriT. HJ. Mol. Biol. 1997. 266, 288-702.

68. Haima P., Sinderen D., Schotting H., Bron S., Venema G. Development of a p-galactosidase a-complementation system for molecular cloning in Bacillus subtilis. //Gene. 1990. 86, 63-69.

69. Нага Т., Aumayr A., Fujio Y., Ueda S. Elimination of plasmid-linked polyglutamate production by Bacillus subtilis (natto) with acridine orange. HAppl. Environ. Microbiol. 1982. 44, 1456-1458.

70. Нага Т., Zhang J., and Ueda S. Identification of plasmid linked with polyglutamate production in Bacillus subtilis (natto). HJ. Gen. Appl. Microbiol. 1983. 29, 345-354.

71. Нага Т., Nagamoto S., Ogata S., Ureda S. Molecular structure of the replication origin of Bacillus subtilis (natto) plasmid pUHl. HAppl. Environ. Microbiol. 1991. 57, 1838-1841.

72. Hasnain S., and Thomas C.M. Two related rolling circle replication plasmids from salt-tolerant bacteria. //Plasmid. 1996. 36, 191-199.

73. Hayes F., Daby C., Fitzgerald G.F. Identification of the minimal replication of Lactococcus lactis subsp. lactis UC317 plasmid pCI305. HAppl. Environ. Microbiol. 1990. 56, 202-209.

74. Hofemeister J., Israeli-Reehar M., Dubnau D. Integration of plasmid pE194 at multiple sites on the Bacillus subtilis chromosome. HMol. Gen. Genet. 1983. 189, 5868.

75. Horinouchi S., Weisblum B. Nucleotide sequence and functional map of pE194, a plasmid that specifies inducible resistance to macrolide, lincosamide, and streptogramin type B antibiotics. IIJ. Bacteriol. 1982a. 150, 804-814.

76. Horinouchi S., Weisblum B. Nucleotide sequence and functional map of pE194, a plasmid that inducible chloramphenicol resistance. IIJ. Bacteriol. 1982b. 150, 815825.

77. Hoshino T., Ikeda T., Narushima H., Tomizuka N. Isolation and characterization of antibiotic-resistance plasmids in thermophilic bacilli. I/Can. J. Microbiol. 1985a. 31, 339-345.

78. Hoshino T., Ikeda T., Tomizuka N., Furukawa K. Nucleotide sequence of the tetracycline resistance gene of pTHT15, a thermophilic Bacillus plasmid: comparison with staphylococcal TcR controls. I/Gene. 1985b. 37, 131-138.

79. Hoshino T., Ikeda T., Furukawa K., Tomizuka N. Genetic relationship between pUBllO antibiotic-resistance plasmids obtained from thermophilic bacilli. I/Can. J. Microbiol. 1985c. 31, 614-619.

80. Ilyina T.V., and Koonin E.V. Conserved sequence motifs in the initiator proteins for rolling circle DNA replication encoded by diverse replicons from eubacteria, eucaryotes and archeabacteria. HNucl. Acids Res. 1992. 20, 3279-3285.

81. Imanaka T., Fujii M., Aiba S. Isolation and characterization of antibiotic resistance plasmids from thermophilic bacilli and construction of deletion plasmids. IIJ. Bacteriol. 1981. 146, 1091-1097.

82. Imanaka T., Ano T., Fujii M, Aiba S. Two replication determinants of an antibiotic-resistance plasmids, pTB19, from a thermophilic bacillus. //J. Gen. Microbiol. 1984. 130, 1399-1408.

83. Imanaka T., Ishikawa H., Aiba S. Complete nucleotide sequence of the low copy number plasmid pRATll and replication control of the Rep A protein in Bacillus subtilis. l/Mol. Gen. Genet. 1986. 205,90-96.

84. Iordanescu S. (1995). Plasmid pT181 replication is decreased at high levels of RepC per plasmid copy. Mol. Microbiol. 16, 477-484.

85. Janniere L., Bruand C., Ehrlich S.D. Structurally stable Bacillus subtilis cloning vectors. IIGene. 1990. 87,53-61.

86. Janniere L., Gruss A., Ehrlich S.D. Plasmids. I ¡In: Bacillus subtilis and other grampositive bacteria: biochemistry, physiology and molecular genetics. Sohenheim A.L. (ecL). 1993. 625-643.

87. Janzen T., Kleinschmidt J., Neve H., Geis A. Sequencing and characterization of pSTl, a cryptic plasmid from Streptococcus thermophilis. IIFEMS Microbiol. Let. 1992. 95, 175-180.

88. Kendall K., Cohen S. Complete nucleotide sequence of Streptomyces lividans plasmid pIJlOl and correlation of the sequence with genetic properties. IIJ. Bacteriol. 1988. 170, 4634-4651.

89. Khan S., Novick R. Structural analysis of plasmid pSN2 in Staphylococcus aureus: no involvement in enterotoxin B production. HJ. Bacteriol. 1982. 149, 642-649.

90. Khan S., Novick R.P. Complete nucleotide sequence of pT181, tetracycline-resistance from Staphylococcus aureus. I/Plasmid. 1983. 10,251-259.

91. Khan S.A. Rolling-circle replication of bacterial plasmids. HMicrobiolodgy and Mol. Biolodgy. Rev. 1997. 61, 442-455.

92. Koehler T., Thorne C. Bacillus subtilis (natto) plasmid mediates interspecies plasmid transfer. HJ. Bacteriol. 1987. 169, 5271-5278.

93. Koepsel R.R., Murray R.W., Khan S.A. Sequence-specific interaction between the replication initiator protein of plasmid pT181 and its origin of replication. HProc. Nat. Acad Sci. USA. 1986. 83, 5484-5488.

94. Koonin E.V., Ilyina T.V. Computer-assisted dissection of rolling circle DNA replication. HBioSystems. 1993. 30, 241-268.

95. Kornberg A. Regulation of replication. IIIn: DNA replication (supplement). San Francisco. W.H. Freeman. 1982. 143-156.

96. Kues U., Stahl U. Replication of plasmid in gram-negative bacteria. I/Microbiol. Rev. 1989. 53,491-516.

97. Kunst F., Ogasawa N., et al. The complete genome sequence of the Gram-positive model organism Bacillus subtilis (strain 187). // Nature. 1997. 390, 249-256.

98. Lacey R., Chopra I. Genetic studies of a multiresistance strain of Staphylococcus aureus. 1974. J. Med. Microbiol. 7, 285-297.

99. Lacks S., Lopez P., Greenberg B., Espinoza M. Identification and analysis of genes for broad tetracycline resistance and replication functions in the broad-host-range plasmid pLSl. HJ. Mol. Biol. 1986.192, 753-765.

100. Leonhardt H. Identification of a low-copy-number mutation within the pUBllO replicon and its effect on plasmid stability in Bacillus subtilis. //Gene. 1990. 94, 121124.

101. Llosa M., Grandoso G., de la Cruz F. Nicking activity of TrwC directed against the origin of transfer of the IncW plasmid R388. HJ. Mol. Biol. 1995. 270, 188-200.

102. Lovett P.S. Plasmid in Bacillus pumilus and enhanced sporulation of plasmid-negative variants. HJ. Bacteriol. 1973.115,291-298.

103. Lovett P.S., Bramucci M.G. Plasmid deoxyribonucleic acid Bacillus subtilis and Bacillus pumilus. HJ. Bacteriol. 1975. 124, 484-490.

104. Lovett P.S., Duvall E.J., Keggins K.M. Bacillus pumilus plasmid pPLlO: properties and insertion into Bacillus subtilis 168 by transformation. HJ. Bacteriol. 1976. 127, 817-828.

105. Maciag V.E., Viret J.F., Alonso J.C. Replication and incompatibility properties of plasmid pUBllO in Bacillus subtilis. //Mol. Gen. Genet. 1988. 212, 232-240.

106. Madsen S.M., Andrup L., Boe L. Fine mapping and DNA sequence of replication functions of Bacillus thuringiensis plasmid pTX14-3. //Plasmid. 1993. 30, 119-130.

107. Mahillon I., Chandler M. Insertion sequences. I Microbiol, and Mol. Biol. Rev. 1998. 62, 725-744.

108. Mahler I., Halvorson H.O. Two erytromycin-resistance plasmid of diverse origin and their effect on sporulation in Bacillus subtilis. HJ. Gen. Microbiol. 1980. 120, 259-263.

109. Meijer W.J.J., de Boer A., van Tongeren S., Venema G., and Bron S. Characterization of the replication region of the Bacillus subtilis plasmid pLS20: a novel type of replicón. //Nucleic Acids Res. 1995a. 23, 3214-3223.

110. Meijer W.J.J, Venema G., and Bron S. Characterization of single strand origins of cryptic rolling-circle plasmids from Bacillus subtilis. //Nucleic Acids Res. 1995b. 23, 612-619.

111. Meijer W.J.J., van der Lelic D., Venema G., and Bron S. Effects of the generation of single-stranded DNA or maintenance of plasmid pMV158 and derivatives in Lactococcus lactis. I/Plasmid. 1995d. 33, 91-99.

112. Monod M., Denoya G., Dubnau D. Sequence and properties of pIM13, a macrolide-lincosamide-streptogramin В resistance plasmid. IIJ. Bacteriol. 1986. 167, 138-147.

113. Moscoso M., del Solar G., Espinosa M. Initiation of replication of plasmid pMV158: mechanisms of DNA strand transfer reactions mediated by the iniator RepB protein. IIJ. Mol. Biol. 1997. 268, 840-856.

114. Mueller J.P., and Sonenshein A.L. Role of the Bacillus subtilis gsiA gene in regulation of early sporulation gene expression. IIJ. Bateriol. 1992. 174, 4374-4383.

115. Muller R.E., Ano Т., Imanaka Т., Aiba S. Complete nucleotide sequences of Bacillus plasmids pUBllO d.B., pRBHl and its copy mutants. I Mol. Gen. Genet. 1986. 202, 169-171.

116. Murai M., Miayashina H., Araki H., Seki Т., Oshima Y. Molecular structure of the replication origin of the Bacillus amyloliquefaciens plasmid pFTB14. 11 Mol. Gen. Genet. 1987. 210,92-100.

117. Novick R.P. Staphylococcal plasmid and their replication. 11 Ann. Rev. Microbiol. 1989. 43, 536-566.

118. Novick R.P., Iordanescu S., Projan S.J., Kornblum J., Edelman I. pT181 plasmid replication is regulated by a counterscript driven transcriptational attenuator. I I Cell.1989. 59, 395-404.

119. Novick R.P. Contrasting lifestyles of rolling-circle phages and plasmids. //Trends in Biochemical Scienses. 1998. 23, 434-438.

120. Oskam L., Hellenga D.J., Venema G., Bron S. The large Bacillus plasmid PTB119 contains two integrated rolling-circle plasmids caring mobilization functions. I/Plasmid. 1991. 26, 30-39.

121. Palva A., Vidgsen G., Simonen M., Rintala H., Laamanen P. Nucleotide sequence of the tetracycline resistance gene of pBC16 from Bacillus cereus. IINucl. Acids Res.1990. 18, 1635.

122. Parini C., Fortina M.G., Manachini P.L., de Rossi E., Riccardi G. Detection and characterization of naturally occuring plasmids in Bacillus licheniformis. IIFEMS Microbiol. Let. 1991. 81, 329-334.

123. Polak J., Novick R. Closely related plasmids from Staphylococcus aureus and soil bacilli. //Plasmid. 1982. 7, 152-162.

124. Projan S., Kornblum J., Moghazen S., Edelman I., Gennaro M., Novick R. Comparative sequence and functional analysis of pT181 and pC221, cognate. Plasmid replicons from Staphylococcus aureus. //Mol. Gen. Genet. 1985. 199, 452-464.

125. Projan S., Moghazen S., Novick R. Nucleotide sequence of pS194 a streptomycin-resistance plasmid from Staphylococcus aureus. HNucl. Acids Res. 1988. 16, 21792187.

126. Projan S., Monod M., Narayanan C., Dunau D. Replication properties of pIM13, a naturally occuring plasmid found in Bacillus subtilis, and of its close relative pE5, a plasmid native to Staphylococcus aureus. HJ. Bacteriol. 1987. 169, 5131-5139.

127. Projan S., Novick R. Comparative analysis of five related staphylococcal plasmids. //Plasmid. 1988. 19,203-221.

128. Projan S.J., and Archer G.L. Mobilization on the relaxable Staphylococcus aureus plasmid pC221 by the conjugative plasmid pGol involves three pC221 loci. HJ. Bateriol. 1989. 171, 1841-1845.

129. Pujol C., Chedin F., Ehrlich S.D., Janniere L. Inhibition of a naturally occuring rolling-circle replicon in derivatives of the theta-replicating plasmid pIP501. HJ.Mol. Microbiol. 1998. 29, 709-718.

130. Rabinovich P.M., Haykinson M.Ya., Arutyunova L.S., Jomantas J.V., Stepanov A I. Plasmids in bacteria. In: Helinsky D.R., Cohen S.N., Clewel D.B., Jackson D.A., Hollander A. (eds). HNY. Plenum. Publishing Corp. 1985. 635-656.

131. Scott J R. Regulation of plasmid replication. //Microbiol. Rev. 1984. 48, 1-23.

132. Seery L.T., Nolan N.C., Sharp P.M., Devine K.M. Comparative analysis of the pC194 group of rolling circle plasmids. //Plasmid. 1993. 30, 185-195.

133. Shishido K., Tanaka Y. A restriction map of Bacillus subtilis tetracycline-resistance plasmid pNS 198\.//Plasmid. 1984. 12,65-66.

134. Somkuti G.A., Solaiman D.K.Y., and Steinberg D.H. Structural and functional properties of the hsp 16,4-bearing plasmid pER341 in Streptococcus thermophilis. //Plasmid. 1998. 40, 61-72.

135. Spizizen J. Transformation of biochemicalli deficient strains of Bacillus subtilis by deoxyribonucleate. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1958. 44, 1072-1078.

136. Stahl S R. Plasmids in Bacillus stearothermophilis coding for bacteriocinogeny and temperature resistance. //Plasmid. 1991. 26, 94-107.

137. Tanaka T., Kuroda M., Sakaguchi K. Isolation and characterization of four plasmids from B.subtilis. HJ. Bacteriol. 1977. 129, 1487-1494.

138. Tanaka T., Koshikawa T. Isolation and characterization of four types of plasmids from B.subtilis (natto). HJ. Bacteriol. 1977. 131, 699-701.

139. Tanaka T., Kawano N. Cloning vehicles for the homologous Bacillus subtilis host-vector system. //Gene. 1980. 10, 131-136.

140. Thorsted P.B., Thomas CM., Poluektova E.U., and Prozorov A.A. Complete sequence of Bacillus subtilis plasmid pl414 and comparison with seven other plasmid types found in russian soil isolates of Bacillus subtilis. HPlasmid. 1999. 41, 274-281.

141. Tjalsma H., van den Dolder J., Meijer W.J.J., Venema G., Bron S., and van Dijl J.M. The Plasmid-Encoded Signal Peptidase SipP Can Functionalli Replace the Major Signal Peptidases SipS and SipT of Bacillus subtilis. IIJ. Bacteriol. 1999. 142, 24482454.

142. Uozumi T., Ozaki A., Beppu T., Arima K. New cryptic plasmid of Bacillus subtilis and restriction analysis of other plasmids found by general screening. IIJ. Bacteriol. 1980. 142,315-318.

143. Viret J.-F., Alonso J.C. Generation of linear multigenome-length plasmid molecules in Bacillus subtilis. I/Nucl. Acids Res. 1987. 15, 6349-6367.

144. Viret J.-F., Alonso J.C. A DNA sequence outside the pUBllO mini replicon is required for normal replication in Bacillus subtilis. IINucl. Acids Res. 1988. 16, 43894406.

145. Yoshimura K., Yamamoto O., Seki T., Oshima Y. Distribution of heterogeneous and homologous plasmids in Bacillus spp (corrected version). IIAppl. Environ. Microbiol. 1983. 46, 1268-1275.

146. Wang P.-Z., Projan S., Henriquez V., Novick R.P. Specificity of origin recognition by replication initiator protein in plasmids of the pT181 family is determined by a six aminoacid residue element. IIJ. Mol. Biol. 1992. 223, 145-158.

147. Watabe K., Forough R. Effect of temperature-sensitive variants of the Bacillus subtilis dnaB gene on the replication of a low-copy-number plasmid. IIJ. Bacteriol. 1987. 169,4141-4146.

148. Wilcks A., Jayaswal N., Lerclus D., and Andrup. Characterization of plasmid pAW63, a second self-transmissible plasmid in Bacillus thuringiensis subsp. Kurstaki HD73. //Microbiology. 1998. 144, 1263-1270.

149. Xu F., Pearce L.E., Yu P.-L. Genetica analysis of a lactococcal plasmid replicon. HMol. Gen. Genet. 1991. 227, 33-39.

150. Zawadski P., Riley M.A., and Cohan F.M. Homolodgy among nearly all plasmids infecting three Bacillus species. HJ. Bacteriol. 1996. 178, 191-198.

151. Zhao A.C., and Khan S.A. Sequence requirements for termination of rolling-circle replication of plasmid pT181. HMol. Microbiol. 1997. 24, 535-544.