Изучение геномного полиморфизма представителей подсемейства Bovinae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Васильев, Василий Александрович

• Васильев, Василий Александрович
• кандидат биологических наук
• 2000

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Васильев, Василий Александрович

1. ВВЕДЕНИЕ

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1. Методы изучения полиморфизма ДНК

2.1.1. Полиморфизм длин рестриктных фрагментов ДНК

2.1.2. Мультилокусный ДНК - фингерпринтинг

2.1.2.1.Мини и микросателлиты

2.1.2.2.Минисателлитные последовательности Джеффриса

2.1.2.3.М 13-гипервариабельные минисателлиты

2.1.2.4.Микросателлитные маркеры ДНК

2.1.2.5.Моно- и мультилокусные зонды. Метод ДНК-фингерпринтинга

2.1.2.6.Применение мультилокусного ДНК-фингерпринтинга

2.1.3. Таксономический фингерпринт ДНК

2.1.4. Полимеразная цепная реакция 20 2.1.4. КЯАРЭ РСЯ-анализ 21 2.1,4.2.Другие варианты полимеразной цепной реакции

2.2. Генетический полиморфизм подсемейства Воутае

2.2.1. Морфологическая систематика и филогения подсемейства Быков ( Виг¡пае)

2.2.2. Полиморфизм митохондриального генома представителей подсемейства Воутае

2.2.2.1 .Структура митохондриального генома Воя 1аигт

2.2.2.1 .Структура митохондриального генома Bos taurus

2.2.2.2.Полиморфизм митохондриальной ДНК и филогения представителей подсемейства Bovinae

2.2.3. Полиморфизм ядерного генома представителей подсемейства Bovinae

2.2.3.1 .Структура и эволюция сателлитных ДНК Bos taurus

2.2.3.2.Полиморфизм генома представителей подсемейства Bovinae по мини- и микросателлитным маркерам

2.2.3.3.Полиморфизм генома представителей подсемейства Bovinae по анонимным маркерам

2.2.3.4.Молекулярная филогения по маркерам ядерного генома представителей подсемейства Bovinae

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ 45 3.1. Биологический материал

3.2.1. Выделение ядерной ДНК

3.2.2. Обработка ДНК рестрикционными эндонуклеазами

3.2.3. Электрофоретическое фракционирование фрагментов ДНК

3.2.4. Перенос ДНК на нитроцеллюлозные и синтетические фильтры

3.2.5. Приготовление меченых зондов

3.2.6. Саузерн-гибридизация

3.2.7. Полимеразная цепная реакция

3.2.8. Статистическая обработка данных

4. РЕЗУЛЬТАТЫ ■

4.1. Оптимизация условий мультилокусного маркирования генома представителей подсемейства Bovinae

4.2. Изменчивости мини- и микросателлитных маркеров в семейном анализе

4.3. Внутрипородная и межпородная изменчивость

4.4. Внутривидовая изменчивость представителей рода Bison

4.5. Генетическая изменчивость межвидовых гибридов

4.6. Межвидовая изменчивость по RAPD маркерам 86 5. ОБСУЖДЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение геномного полиморфизма представителей подсемейства Bovinae»

Изучение геномной вариабельности различных таксономических групп животных представляет одно из важных направлений современной биологии. Ключевым моментом является поиск и характеристика полиморфных ДНК. которые могут быть использованы для маркирования и анализа генофондов, для выявления уровней геномной дивергенции, установления родственных и филогенетических связей в процессе микро- и макроэволюции (Рысков 1999). В последнее время для изучения генетического разнообразия широко используется технологии ДНК-фингерпринтинга и RAPD PCR анализа, поскольку выявляемые при этом геномные маркеры (гипервариабельные мини- и микросателлиты), или анонимные локусы являются чувствительными индикаторами геномного полиморфизма (Jeffreys et.aL 1985; Wayne et.al., 1991; Hillis et.al., 1994).

Молекулярное маркирование генома Бычьих (Bovidae) несмотря на большое число исследований, остается весьма актуальным в теоретическом и практическом плане, поскольку получение новых молекулярных маркеров позволяет эффективно решать вопросы, связанные с выделением нужных генов, поиска ассоциаций с количественными признаками, паспортизацией отдельных особей и дифференциацией отдельных популяций и видов. В настоящее время не существует единой точки зрения на происхождение подсемейства Быков {Bovidae). Классическая систематика выделяет внутри подсемейства два рода - род Bison, состоящий из двух видов - европейского зубра и американского бизона (B.bonasus и В.bison), и род Bos, включающий в себя домашнюю корову (B.taurus), бантенга (B.javanicus), гаяла (В.gaums) и яка (B.mutus) (Bohlken Н. 1958; Groves 1981; Соколов 1979). Многие из этих животных существуют в настоящее время в виде диких видов и одомашненных форм, что значительно затрудняет выяснение филогенетических связей внутри данного подсемейства.

Представители подсемейства Быков составляют широко распространенную группу животных, интенсивно используемых человеком в своей практической деятельности. Не смотря на значительную морфологическую дифференциацию, для всех видов Быков характерно постоянное число хромосом 2п=60 (за исключением гаяла, 2п=58). Такое морфологическое разнообразие при постоянстве хромосомного набора делает эту группу одной из наиболее интересных для изучения вопросов, связанных с геномной дивергенцией и сопоставлением скоростей морфологической и генетической дифференциации. Подсемейство Быков - относительно молодое, так как почти все виды могут скрещиваться между собой и давать потомство. Э га особенность группы используется в селекционной практике для выведения более совершенных и высокопродуктивных пород сельскохозяйственных животных путем скрещивания домашних животных с их дикими сородичами. Большое научное и практическое значение имеют работы по скрещиванию крупного рогатого скота с зебу, яком, зубром, бизоном, бантенгом и гаялом (Стекленев и др., 1969, 1992).

Сохранение и воспроизводство редких и исчезающих видов диких животных, таких как зубр, а также аборигенных пород крупного рогатого скота, как носителей хозяйственно значимых признаков, является одной из актуальных задач современной биологии. Для сохранения генофонда этих животных необходимо выявление производителей для оптимального подбора родительских пар при разведении. Поэтому геномная паспортизация животных становится важнейшей компонентой всей дальнейшей работы по восстановлению поголовья и его реинтродукции в природу.

Целью настоящего исследования являлось изучение геномной вариабельности представителей подсемейства Быков на разных иерархических уровнях организации.

Мы использовали как стандартные, ранее описанные мультилокусные маркеры, так и получили ряд новых маркеров.

Для выяснения характера наследования маркеров разных типов и установления особенностей внутри и межпопуляционной изменчивости нами изучены разные виды Быков, разводимые в неволе на территории России и Украины. Помимо пород домашней коровы, стад зубра и бизона, мы исследовали отдельных представителей других видов Быков, распространенных в юго-восточной Азии и Африке, а также несколько межвидовых (межродовых) гибридов. Этот материал послужил источником для установления филогенетических связей среди Быков.

В связи с вышесказанным были поставлены следующие задачи:

1) Провести поиск новых молекулярно-генетических маркеров для изучения геномного полиморфизма представителей подсемейства Быков (мини- и микросателлитные, ЯАРО-маркеры).

2) Оценить пригодность маркеров различного типа для выявления геномной вариабельности на разных иерархических уровнях организации представителей подсемейства Быков (семейном, внутри- и межпородном, межвидовом).

3) Оценить степень генетической изменчивости на внутри- и межпородном уровнях для крупного рогатого скота, и популяционном для зубров и бизонов.

4) 11о данным мультилокусного маркирования генома Бычьих построить дендрограммы генетического сходства и филогенетического родства исследованных видов.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.2. Методы изучения полиморфизма ДНК

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Васильев, Василий Александрович

выводы.

1.Впервые охарактеризована внутри- и межвидовая изменчивость теломерного повтора (ТТАССС)4 у представителей подсемейства Быков (Воутае). На основе этой системы маркеров возможна дифференциация отдельных семей, популяций (пород) и видов.

2.С помощью мини- и микросателлитных, а также нескольких ЯАРЭ маркеров проведена оценка внутри и межпородной изменчивости крупного рогатого скота и отдельных стад зубра и бизона.

З.Определены диагностические характеристики геномных маркеров Быков. Показано, что для паспортизации особей и отдельных популяций наиболее пригодными являются минисателлиты (ДНК фага М13) и теломерный повтор (ТТАССС)4. а для межвидовых сравнений - анонимные ЯАРО-маркеры.

4.На основании ЯАРО-маркеров построены дендрограммы, отражающие генетическое сходство между видами, и кладограммы, позволяющие по-новому трактовать происхождение отдельных видов подсемейства Воутае

Считаю своим долгом принести сердечную благодарность:

Семеновой С.К. и Рыскову А.П., моим учителям и научным руководителям, за терпение, глубокий интерес и руководство исследованием.

Васильевой Е.А., моей жене, за понимание, терпение и духовную поддержку.

Всем сотрудникам лаборатории организации генома Института Ьиологии Г ена РАН за проявленный интерес к работе, постоянное внимание и поддержку.

Стекленеву Е.П., Белоусовой И.П., Кудрявцеву И.В., Лебенгарцу Я.З., Хрисанфовой Г.Г., Рыжовой Н.В за предоставленный уникальный биологический материал и интерес к работе.

Новикову C.B. за помощь в подготовке фотографий.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Васильев, Василий Александрович, 2000 год

1. Банникова A.A., Долгов В.А., Федорова Л.В., Федоров A.M. Ломов A.A., Медников Б.М. Дивергенция землероек (Insektofora, Soricldae) по данным рестриктазного анализа повторяющихся последовательностей ДНК // Зоол. журнал. 1996а. Т. 75. N. 2. С. 256—261.

2. Белоусова И. П., Кудрявцев И. В. Генетическое разнообразие в племенном стаде зубров Приокско-Террасного заповедника // Генетика, 2000, Т. 36. № 2, С. 16-20.

3. Белоусова И. П., Орлов В. Н., Кудрявцев И. В. Генетическое разнообразие и возможность микроэволюционных изменений европейского зубра (Bison bonasus) //Успехи современной биологии, 1999, №2, С. 144-150.

4. Беридзе Т.Г. Сателлитные ДНК. М.: Наука. 1982. 120 с.

5. Боголюбский С.Н. Проблема гибридизации в животноводстве.// Отдаленная гибридизация растений и животных. М.: Изд-во АН СССР. С. 263-281.

6. Булат С.А., Стрелкова М.В., Сысоев В.В. Идентификация маркерных штаммов Leismania major, L.turanica, L.gerbilli методом полимеразной цепной реакции с универсальным праймером // Мед. паразитол. и паразитар. болезни. 1992. N. 1. С. 21—25.

7. Гептнер В.Г., Насимович A.A., Банников А.Г. Млекопитающие Советского Союза. T.I. Парнокопытные и непарнокопытные.// М.: Высшая школа. 1961.

8. Гиннатулин A.A. Структура, организация и эволюция генома. М.: На\ка. 1984. 294 с.

9. Гречко В.В., РябининД.М., Федорова J1.В., Федоров А.Н„ Даревский И.С., Рысков А.П. Таксонопринтный анализ ДНК некоторых видов ящериц семейства Lacertidae // Молекуляр. биология. 1993. Т. 27. N. 6. С. 1404—1413.

10. Джинчарадзе А.Г., Иванов П.Л., Рысков А.П. (1987) ДАН СССР. 295. №1. 230-233.

11. Дмитриев Н.Г. Породы скота по странам мира.//Л.: "Колос". 1978.

12. Кузьмина И.Е. Лошади северной Евразии от плиоцена до современности.// С-Г16. 1977.

13. Куренова Е.В., Мейсон Д.М. Функции теломер. Обзор. // Биохимия. 1997. Г.62. №11. С. 1453-1466.

14. Медников Б.М., Банникова A.A., Ломов A.A., Мельникова М.Н. Шубина Е.А. Рестриктазный анализ повторяющейся ядерной ДНК, критерий вида и механизм видообразования//Мол. биология. 1995. Т. 29. N. 6. С. 1308—1315.

15. Мельникова М.Н., Гречко В.В., Медников Б.М. Исследование полиморфизма и дивергенции геномной ДНК на видовом и популяционном уровнях (на примере ДНК пород домашних овец и диких баранов // Генетика. 1995. Т. 3 1. N. 8. С. 1120— 1128.

16. Потапов С.Г., Кудрявцев И.В., Рысков А.П. Использование таксономического типирования ДНК для анализа геномной вариабельности представителей Bovidae Gray, 1821.// Генетика. 1994. Т. 30. С. 858-860.

17. Потапов С.Г., Токарская О.Н., Семенова С.К., Данилкин A.A., Марков Г.Г. Рысков

18. А.П Диагностические возможности мультилокусных маркеров ДНК в систематикедиких копытных животных (Artiodactyla).// Гнетика. 1997. Т. 33. С. 961-966.

19. Прошина О.В., Чиряева О.Г., Смирнов А.Ф. Распределение Т-дисков и теломерных (TTAGGG)n блоков нуклеотидов на хромосомах Bos taurus.ll Генетика. 1998. Т.34. №10. С.1405-1410.

20. Руазес Ж.Ф., Пажес М. Консервативные и дивергировавшие последовательности сателлитных ДНК теленка // Эволюция генома / Под ред. Доувера Г., Флейвелла Р./. М.: Мир. 1986. С. 101—131.

21. Рысков А.П., Джинчарадзе А.Г., Просняк М.И., Иванов П.Л. Лимборская С.А. Геномная "дактилоскопия" организмов различных таксономических групп: использование в качестве гибридизационной пробы ДНК фага MI3. // Г енетика. 1988.Т.24. №2. 227-238.

22. Рысков А.П. Геномная дактилоскопия. "Геном человека". №3. М. 1990.

23. Рысков А.П. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия.// Мол. биология. 1999. Т.ЗЗ. №.6. С.997-101 I.

24. Сипко Т.П., Ломов A.A., Банникова A.A., Медников Б.М. Оценка степени генетической дивергенции представителей Bovidae методом рестриктного анализа ДНК. // Цитол. и генет. 1997. Т.31. С.76-81.

25. Смирнов А.Ф., Павлова В.А., Слепцов М.К., Стекленев Е. 11. Изменчивость сателлитной ДНК II и IV у крупного рогатого скота, некоторых представителей подсемейства Bovinae и их гибридов// Генетика. 1996. Т. 32. N. 9. С. 1263 -1269.

26. Соколов В.Е. Систематика млекопитающих.// М.: Наука., 1979. Т.З. 528 с.

27. Соколов И.И. Опыт естественной классификации полорогих (Bovidae)//Tp. Зоол. Института. М.: 1953. Т. XIV.c. 19-25.

28. Соколов И.И. Копытные звери. Фауна СССР. Млекопитающие. Т.1. Вып.З.// М-Л.: Из-во АН СССР. 1957.

29. Спитковский Д. M. Теломерные последовательности ДНК и концепция онтогенетического сохранения клеток. // Биохимия. 1997. Т.62. № 11. С. 1503-1510.

30. Стекленев Е.П. О гибридизации домашней коровы с азиатским буйволом. // Доклады ВАСХНИЛ .1968. №1. С.31-33.

31. Стекленев Е.П. Особенности гаметогенеза гибридов яка тибетского |Bos (Poephagus) grunniens L. с гаялом Bos (Bibos) frontalis Lambert].// Цитология и генетика. 1969.T III.№3.c. 274 279.

32. Стекленев Е.П. Опыты отдаленной гибридизации некоторых свободно нескрещивающихся видов жвачных.// Проблемы зоотехнической генетики. 1969. С.15 27.

33. Стекленев Е.П. Морфологическая характеристика спермиев представителей подсемейства Быковых (Bovinae) в связи с их гибридизацией.// Сельскохозяйственная биология. 1971 .т.VI.№ 1 .с. 119-126.

34. Стекленев Е.П. Хромосомные комплексы гибридов бантенга Bos (Bibos) javanicus с домашней коровой Bos(Bos) taurus typicus.// Цитология и генетика. 1979.т.ХШ.№1 .с.31 -33.

35. Стекленев Е.П., Ясинецкая Н.И., Нечипоренко В.Х. Спонтанная изменчивость и ассоциативная способность хромосом гибридов бизона с домашней коровой.// Цитология и генетика. 1986.т.20.№4.с.284-287.

36. Стекленев Е.П. Особенности прямых и обратных скрещиваний бизона Bison (Bison) bison L. с домашней коровой [Bos (Bos) taurus typicus] и характеристика гибридного потомства.// Цитология и генетика. 1990.т.24.№5.с.50-56.

37. Стекленев Е.П., Елистратова Т.М. Характеристика воспроизводительной способности гибридов бантенга Bos (Bibos) javanicus D'Alton. с домашней коровой [Bos (Bos) primigenius taurus].//Цитология и генетика. 1992. т.26. №6.с.45-57.

38. Стекленев Е. П. Особенности размножения равнинной формы североамериканского бизона, акклиматизируемого на юге Украины // Вестник зоологии, 1996. № 4-5, С. 60-70.

39. Столповский ЮА. Популяционно-финетический анализ серой украинской породы крупного рогатого скота (Bos taurus primigenius)/У В сб. "Популяционная фи нети ка". Москва. 1997. С. 135-148.

40. Сулимова Г.Е. Полиморфизм длин рестриктных фрагментов ДНК: Методология и свойства. // С.-х. Биология. 1986. №1. С. 14-24.

41. Сулимова Г.Е., Городецкий С.И. Полиморфизм длин рестриктных фрагментов (3-казеина Bos taurus II С.-х. Биология. 1988. №3. С. 31 -34

42. Сулимова Г.Е. Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов ДНК сельскохозяйственных животных: методология, результаты и перспективы // Успехи соврем, генетики. 1993. N. 18. С. 3—35.

43. Сулимова Г.Е., Бадагуева Ю.Н., Удина Г.И. Полиморфизм гена каппа-казеина в популяциях подсемейства Bovinae. //Генетика. 1996. Т.32. №11. С.1576-1582.

44. Треус В.Д., Стекленев Е.П. Акклиматизация и биологические особенности животных зоопарка " Аскания-Нова".// Сельскохозяйственная биология. 1968. T.III. №5. С.719-723.

45. Уханов С.В., Столповский Ю.А., Банникова J1.B. и др. Генетические ресурсы крупного рогатого скота / М.: Наука, 1993. 170 с.

46. Федоров А.Н., Гречко В.В., Слободянкж С.Я., Федорова J1.В., Тимохина Г.И. Таксономический анализ повторяющихся элементов ДНК // Мол. биология. 1992. Т. 26. N.2. С. 464—470.

47. Хрисанфова Г.Г., Калашникова JT.A. Рестриктный анализ митохондриальной ДНКкрупного рогатого скота.// Доклады ВАСХНИЛ. 1991. №9. С. 43-45.

48. Шубина Е.А., Медников Б.М. Семейства повторяющихся последовательностей в ДНК дальневосточных лососей рода (ОпсогсИипсИю) II Мол. биология. 1986. Г. 20. N. 5. С. 947—954.

49. AM S. Gauri, Bala S. Detection of genome specific monomorphic loci in Bos taurus and Bubalus bubalis with oligodeoxyribonucleotide probe.// Anim Genet. 1993. V.24. P. 199202.

50. Ali S., Muller C.R., Epplen J.T. DNA fingerprinting by oligonucleotide probes specific for simple repeats. // Hum. Genet. 1986. 74. 239-243.

51. Anderson S., De Bruijin M.H.L., Coulson A.R., Eperon L.C., Sanger F. & Young L.G. Complete sequence of bovine mitochondrial DNA, concerved features of the mitochondrial genome.// Journal of Molecular Biolodgy.1982 156. P. 683-717.

52. Avise J. C. Molecular markers, natural history and evolution.// Chapman and Hall. New York. 1994. P. 511.

53. Balajee AS, Dominguez I, Bohr VA, Natarajan AT. Immunofluorescent analysis of the organization of telomeric DNA sequences and their involvement in chromosomal aberrations in hamster cells. // Mutat Res. 1996 V.372 P. 163-172.

54. Becker J., Vos P., KuiperM., Salamini F., Heun M. Combined mapping of AFLP and RFLP markers in barley//Mol. Gen. Genet. 1995. V. 249. P. 65—71.

55. Beckmann J.S., Soller M. Restriction fragment length polymorphisms in genetic improvement: Methodologies, mapping and costs // Theor. And Appl. Genet. 1983. V.67. P.35-43.

56. Beckmann J.S., Soller M. Restriction fragment length polymorphisms and genetic improvement of agricultural species // Euphutica. 1986. V.35. P.l 11-124.

57. Beckmann J.S., Kashi Y., Hallerman E.M., Nave A., Soller M. Restriction fragment length polymorphism among Israeli Holstein-Friesian dairy bulls.// Anim Genet. 1986. V. 17. P.25-38.

58. Beckman J.S., Weber J.L. Wurvey of human and rat microsatellites // Genomics. 1992. V. 12. N.4. P. 627—632.

59. Bell G.I., Selby M.J., Rutter W.J. The highly polymorphic region near the human insulin gene composed of simple tandemly repeating sequences. // Nature. 1982. 295. 31 -35.

60. Bellamy R. J., Inglehearn C. F., Jalili I. K. et al. Increased band sharing in DNA fingerprints of an inbred human population // Hum. Genet., 1991, V. 87. P. 341 -347.

61. Bishop R, Morzaria S, Gobright E. Linkage of two distinct AT-rich minisatellites at multiple loci in the genome of Theileria parva.//Gene. 1998 V.216 P.245-254.

62. Blackburn EH. Telomeres: no end in sight. //Cell. 1994 V.77 V.621-633.

63. Bohlken H. Vergleichende Untersuchungen an wildrindern (Tribus Bovini Simpson, 1945).// Zoologische Jahrbucherabteilung fur Allgeneine Zoologie und Phvlogie. 1958. 68. P. 113-202.

64. Bohlken H. Haustiere und Zoologische Systematik.// Zeitschrift fuer Tierzuechtung und Zucehtungsbiologie. 1961.76. P. 107-113.

65. Bois P, Stead JD, Bakshi S, Williamson J, Neumann R, Moghadaszadeh B. Jeffreys AJ. Isolation and characterization of mouse minisatellites. // Genomics. 1998.V50. P.317-330.

66. Botstein D., White R.L., Scolnick M., Davis R.W. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. // Am. J. Hum. Genet. 1980. 32. 314-331.

67. Bradley D.G., MacHugh D.E., Cunnigham E.P., Loftus R.T. Mitochondrial diversity and the origins of African and European cattle. // Proc. Natl. Sei. USA. 1996. Vol 93. P.5131-5135.

68. Bailey JF, Richards MB, Macaulay VA, Colson IB, James IT, Bradley DG. Hedges RE, Sykes BC. Ancient DNA suggests a recent expansion of European cattle from a diverse wild progenitor species. // Proc R Soc Lond B Biol Sei. 1996. V.263. P. 1467-1473

69. Brown W.M. The mitochondrial genome of animals. In: " Molecular evolutionary genetics" Maclntire R.J. ed. 1985. N.Y.L. Plenum Press. P.95-124.

70. Brown W.M., Gerge M.J. & Wilson A.C. Rapid evolution of animal mitochondrial DNA. // Proceeding of the National Academy of Sciences. USA. 1979.76. p. 1967-1971.

71. Brown WM, George M Jr, Wilson AC. Rapid evolution of animal mitochondrial DNA. // Proc Natl Acad Sei USA. 1979 V.76. P. 1967-1971.

72. Brown WM. Polymorphism in mitochondrial DNA of humans as revealed by restriction endonuclease analysis. // Proc Natl Acad Sei USA. 1980 V.77. P.3605-3609.

73. Burke T, Bruford MW. DNA fingerprinting in birds.//Nature. 1987.V.20.P. 149-152.

74. Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M. DNA fingerprinting: MAAPing out a RAPD redefinition //BioTechnology. 1992. V.10. N.5. P.937—943.

75. Capon D.J., Chen E.Y., Levinson A.D., Seeburg P.H., Goeddel D.V. Complete nucleotide sequence of the T24 human bladder carcinoma oncogene and its normal homologue. // Nature. 1983. 302. 33-37.

76. Cho Y.G., Blair M.W., Panaud O., McCouch S.R. Cloning and mapping of variety-specific rise genomic DNA sequences: amplified fragment length polymorphism (AF1.P) from silver-stained polyacrilamide gels // Genome. 1996. V. 39. P. 373—381.

77. Christmann A., Ladoga P.J.L., Zang K.D. Non radioactive in situ hybridization pattern of the M13 minisatellite sequences on human metaphase chromosomes.// Hum. Genet. 1991. V.86. 487-490.

78. Cornall R.J., Aitman T.J., Hearne C.M., Todd J.A. The generation of a library of PCRanalyzed microsatellite variants for genetic mapping of the mouse genome // Genomics.1991. V. 10. N. 4. P. 874—879.

79. D'Erchia AM, Gissi C, Pesole G, Saccone C, Arnason U. The guinea-pig is not a rodent. // Nature. 1996. V.381 P.597-600.

80. De Woody J.A., Honeycutt R.L., Skow L.C. Microsatellite markers in white-tailed deer // J.Hered. 1995. V. 86. N. 4. P. 317—324.

81. Dolf G, Glowatzki ML, Gaillard C. DNA fingerprinting in cattle using the probe pV47.// Anim Genet. 1992. V.23. P.63-69.

82. Epplen J.T., McCarrey J.R., Sutou S., Ohno S. Base sequence of a cloned snake W-chromosome DNA fragment and identification of a male specific putative mRNA in the mouse. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982. 79. 3798-3802.

83. Epplen J.T. On simple repeated GATA/GACA sequences in animal genomes: a critical reappraised. //J. Of Heredity. 1988. 79. 409-417.

84. Epplen JT, Melmer G, Schmidt P, Roewer L, Hundrieser J, Epplen C. Buitkamp J. On the potential of simple repetitive DNA for fingerprinting in clinical, forensic, and evolutionary dynamic studies.// Clin Investig. 1992. V.70 P. 1043-51.

85. Epstein H. The origin of the domestic animals of Africa.// Africana Publishing Corporation.

86. Eyre-Walker A. Evidence of selection on silent site base composition in mammals: potential implications for the evolution of isochores and junk DNA.// Genetics. 1999. V.152 P.675-683.

87. Gatesy J., Yelon D., DeSalle R. & Vrba E.S. Phylogeny of the Bovidae (Artiodactyla, Mammalia), based on mitochondrial ribosomal DNA sequences.// Mol.Biol.Evol. 1992. 9 (3). P.433-446.

88. Georges M, Lathrop M, Hilbert P, Marcotte A, Schwers A, Swillens S. Vassart G. Hanset R. On the use of DNA fingerprints for linkage studies in cattle.// Genomics. 1990. V.6. P.461-474.

89. Georgies M., Lequarre A.-S., Castelli M. et al. DNA fingerprinting in domestic animals using four different minisatellite probes // Cytogen. Cell Genet. 1988. V. 47. P. 127-131.

90. Georges M, Lequarre AS, Castelli M, Hanset R, Vassart G. DNA fingerprinting in domestic animals using four different minisatellite probes. // Cytogenet Cell Genet. 1988. V.47. P. 127-131.

91. Gilbert D. A., Packer C., Pusey A. E., Stephens JC, O'Brien SJ. Analytical DNA fingerprinting in Lions: parentage, genetic diversity and kinship // Journal of Heredity. 1991. V. 82. P. 378-386.

92. Good P. Permutation Tests.// Springer-Verlag. New York. 1993. P. 384.

93. Grodzicker T„ Williams J., Sharp P., Sambrook J. Physical mapping of temperature-sensitive mutations of adenoviruses.// Cold spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1974. Vol.39. P.439-446.

94. Groves C.P. Systematic relationships in the Bovini (Artiodactyla, Bovidae).// Zeitschriftfur Zoologische Systematik und Evolutionsforschung. 1981. 19 . p. 264-278.

95. Gwakisa P. S., Kemp S. J., Teale A. J. Characterization of Zebu cattle breeds in Tanzania using random amplified polymorphic DNA markers // Animal Genetics. 1994. V. 25. P. 89-94.

96. Hadrys H., Balick M., Schierwater B. Applications of random amplified polymorphic DNA (RAPD) in molecular ecology//Molecular Ecology. 1992. V.l. P. 55-63.

97. Ol.Haltenorth Th. Klassifikation der Säugetire: Artiodactyla. Handbuch der Zoologie.// 8 B. 32 Lieferung. Berlin. 1963.

98. Hamada H„ Petrino M.G., Kakunaga T. // Proc. Natl. Acad. Sei. 1982. 79. 6465-6469.

99. Harris AS, Wright JM. Nucleotide sequence and genomic organization of cichlid fish minisatellites.//Genome. 1995. V.38. P. 177-184.

100. Hassanin A., Dourzery. Evolutionary affinities of the enigmatic saola (Pseudoryx nghetinhensis) in the context of the molecular phylogeny of Bovidae.// Proc. R. Soc. Lond.B. 1999.226., p.893-900.

101. Hillis DM, Huelsenbeck JP, Cunningham CW. Application and accuracy of molecular phylogenies.// Science. 1994. V.264. P.671-677.

102. Janecek L.L., Honeycutt R.L., Adkins R.M., Davis S.K. Mitochondrial gene sequences and the molecular systematics of the artiodactyl subfamily bovinae.// Mol. Phylogenet. Evol. 1996. V.6. P.107-119.

103. Jeffreys A.J. DNA sequence variants in the Gy-, Ay-, 8- and ß-globin genes of man. // Cell. 1979. 18. 1-10.

104. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. Hypervariable "minisatellite" regions in hyman DNA. //Nature. 1985a. V. 314. P. 67-74.

105. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. Individual-specific "fingerprints" of hyman DNA. // Nature. 1985b. V. 316. P. 76-78.

106. O.Jeffreys AJ, Morton DB. DNA fingerprints of dogs and cats.// Anim Genet. 1987. V.18. P.1-15.

107. Kunieda T., Kobayashi E., Tachibana M., Ikadai H., Imamichi T. Polymorphic microsatellite loci of the rat (Rattus norvegicus) // Mamm. Genome. 1992. V. 3. N. 10. P. 564—571.

108. Lewin R. // Science. 1986. 233: 521.

109. Lichtenstein A.V., Moiseev V.L., Zaboikin M.H. A proceder for DNA and RN A transfer to membrane filters avoiding weight-induced gel flattening. // Anal.Biochem. 1990. 15:187-191.

110. Litt M., Luty J.A. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. // Am. J. Hum. Genet. 1989. V. 44. P. 397-401.

111. Lloyd M.A., Fields M.J., Thorgaard G.H. Bkm minisatellite sequences are not sex associated but reveal DNA fingerprint polymorphisms in rainbow trout. // Genome. 1989. 32. 865-868.

112. Loftus R.T., MacHugh D.E., Ngere L.O., Balain D.S., Badi A.M. Bradley D.G., Cunnigham E.P. Mitochondrial genetic variation in European, African and Indian cattle populations.//Animal Genetics. 1994.25. P.265-271.

113. Loftus RT, Ertugrul O, Harba AH, El-Barody MA, MacHugh DE, Park SD. Bradley DG. A microsatellite survey of cattle from a center of origin: the Near East.// Mol Ecol. 1999. V.8. P. 2015-2022.

114. Lubjuhn T, Schwaiger FW, Epplen JT. The analysis of simple repeat loci as applied in evolutionary and behavioral sciences.// EXS. 1994. V.69. P.33-43.

115. Lunt DH, Hyman BC. Animal mitochondrial DNA recombination. // Nature. 1997.V.387 P.247.

116. Lunt DH, Whipple LE, Hyman BC. Mitochondrial DNA variable number tandem repeats (VNTRs): utility and problems in molecular ecology. // Mol Ecol. 1998. V.7 P. 1441-1455.

117. Lynch M. Estimation of relatedness by DNA fingerprinting// Mol. Biol. EvoL 1988. V. 5, P. 584-599.

118. Lynch M. The similarity index and DNA fingerprinting // Mol. Biol.EvoL 1990. V. 7, P.478-484.

119. Lynch M. and Milligan B. G. Analysis of population genetic structure with RAPD markers// Molecular Ecology ,1994, V. 3, P. 91-99.

120. Ma RZ. Beever JE, Da Y, Green CA, Russ I, Park C, Heyen DW, Everts RE. Fisher SR. Overton KM, Teale AJ, Kemp SJ, Hines HC, Guerin G, Lewin HA. A male linkage map of the cattle (Bostaurus) genome.//J Hered. 1996. V.87. P.261-271.

121. Macaya G., Cortadas J., Bernardi G. An analysis of the bovine genome by densitygradient centrifugation: preparation of the dG+dC-rich DNA components // Eur.J.Biochem. 1978. V. 84. N. 1. P. 179—186.

122. Macgregor R. The domestic buffalo.// Vet.Rec. 1941.53. P. 443-450.

123. MacHugh DE, Shriver MD, Loftus RT, Cunningham P, Bradley DG. Microsatellite DNA variation and the evolution, domestication and phylogeography of taurine and zebu cattle (Bos taurus and Bos indicus).// Anim Genet. 1997. V. 146. P. 1071 -1086.

124. MacHugh DE, Loftus RT, Cunningham P, Bradley DG. Genetic structure of seven European cattle breeds assessed using 20 microsatellite markers.// Anim Genet. 1998. V.29. P.333-340.

125. Mackill D.J., Zhang Z., Redona E.D., Colowit P.M. Level of polymorphism and genetic mapping of AFLP markers in rice // Genome. 1996. V. 39. P. 969—975.

126. Maniatis T., Fritsch E.F., Sambrook J. 1982. Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory.

127. Marinelli L., Messier F., and Y. Plante. Use of DNA fingerprinting to determine parentage in muskrats (Ondatra zibethicus) // Journal of Heredity, 1992. V. 83. P. 356360.

128. Mathew C.G.P. The isolation of high molecular weight eukaryotic DNA. Methods in Molecular Biology. / Ed. Walker J.M.N.Y. L.: Humana Press. 1984. V.2. P. 31-34.

129. Matsumoto L.H. Enrichment of satellite DNA of the nuclear matrix of bovine cells // Nature. 1981. V. 294. P. 481—493.

130. Meksem K., Leiser D., Peleman J., Zabeau M., Salamini F., Gebhardt C. A higt-resolution map of the vicinity of the R1 locus on chromosome V of potato based on RFLP and AFLP markers // Mol. Gen.Genet. 1995. V. 249. P. 74—79.

131. Meyne J, Ratliff RL, Moyzis RK. Conservation of the human telomere sequence

132. TTAGGG)n among vertebrates.//Proc Natl Acad Sci USA. 1989 V.86. P.7049-7053.

133. Miyamoto M.M., Tanhauser S.M., Laipis P.J. Systematic relationships in the Artiodactyla tribe Bovini ( family Bovidae), as determined from mitochondrial DNA sequences.// Syst. Zool.1989. 38 (4). P.342-349.

134. Ml.Moazami-Goudarzi K, Laloe D, Furet PJ, Grosclaude F. Analysis of genetic relationships between 10 cattle breeds with 17 microsatellites.// Anim Genet. 1997. V.28. P.338 -345.

135. Modi WS, Gallagher DS, Womack JE. Evolutionary histories of highly repeated DNA families among the Artiodactyla (Mammalia).// J Mol Evol. 1996. V.42. P.337-349.

136. Mommens G, Van Zeveren A, Peelpan LJ. Effectiveness of bovine microsatellites in resolving paternity cases in American bison, Bison bison L.//Anim Genet. 1998. V.29. P. 12-18.

137. Nakamura Y., Leppert M., 0' Connell P., Woler R., Holm T., Culver M. Martin C., Fujimoto E., Holy M., Kumlin E., White R. Variable number of tandem repeat (VNTR) markers for human gene mapping. // Science. 1987. 235. 1616-1622.

138. Nave A, Kashi Y, Soller M. Minisatellite and microsatellite length variation at a complex bovine VNTR locus.// Anim Genet. 1997. V.28. P.52 -54.

139. Naylor G.J.P., Brown W.M. Amphioxis mt-DNA, chordate phylogen>. and limits of interence based on comparison of sequences. // Syst.Biol. 1998. V.47. P.61 -76.

140. Pech M., Igo-Kemenes T., Zachau H.G. Nucleotide sequence of a highly repetitive component of rat DNA // Nucleic Acids Res. 1979. V. 7. N. 2. P. 417—424.

141. Pegoraro L., Yong Z., Samake S., Meirelles F.V., Bordingnon V. Moquin L., Smith L.C. Sequence comparison of mitohondrial tRNA genes and origin of strand repl ication in Bos taurus and Nellore (Bos indicus) breeds.// Animal Genetics. 1996. 27. 91-94.

142. Perret J, Shia YC, Fries R, Vassart G, Georges M. A polymorphic satellite sequence maps to the pericentric region of the bovine Y chromosome.// Genomics. 1990. V.6 P.482-490

143. Plucienniczak A., Skowronski J., Jaworski J. Nucleotide sequence of bovine 1.715 satellite DNA and its relation to other bovine satellite sequences // J.Mol.Biol. 1982. V. 158. N. 2. P. 293—312.

144. Plucienniczak G., Skowronski J., Plucienniczak A., Jaworski J. Nucleotide sequence of bovine 1.723 satellite DNA // Z.Naturforsch.C., 1985. V. 40. N. 3. P. 242—249.

145. Poschl E., Streeck R.E. Prototype sequence of bovine 1.720 satellite DNA //J.Mol.Biol. 1980. V. 143. N. 1. P. 147—152.

146. Qi X., Lindhout P. Development of AFLP markers in barley// Mol.Gen.Genet. 1997. V. 254. N. 3. P. 330—333

147. Rand DM, Dorfsman M, Kann LM. Neutral and non-neutral evolution of Drosophila mitochondrial DNA.//Genetics. 1994. V.138 P.741-756.

148. Rao KB, Bhat KV, Totey SM Detection of species-specific genetic markers in farm animals through random amplified polymorphic DNA (RAPD).// Genet Anal. 1996. V. 13. P. 135-138.

149. Ritz LR, Glowatzki-Mullis ML, MacHugh DE, Gaillard C. Phylogenese analysis of the tribe Bovini using microsatellites. // Anim Genet. 2000. V.31. P. 178-185.

150. Royle NJ, Clarkson RE, Wong Z, Jeffreys AJ. Clustering of hypervariable minisatellites in the proterminal regions of human autosomes.// Genomics. 1988. V3. P.352-360.

151. Ryskov A.P., Jincharadze A.G., Prosnyak M.I., Ivanov P.L. Limborskaya S.A. M13 phage DNA as a universal marker for DNA fingerprinting of animals, plants and microorganisms. // FEBS Let. 1988. V. 233. P. 388-392.

152. Saiki R.K., Scharf S., Faloona F., Mullis K., Horn G., Erlich H.A., Arnheim N. Enzymatic amplification of b-globingenomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia//Science. 1985. V. 230. N. 6. P. 1350-1356.

153. Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S., Scharf S., Higuchi R.,Horn G. 1. Mullis K.B., Erlich H.A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase //Science. 1988. V. 239. N. 2. P. 487-491.

154. Schafer R., Zischler H., Epplen J.T. (CAC)s a very informative oligonucleotide probe for DNA fingerprinting. //Nucl. Acid Res. 1988. 16. 5196.

155. Serikawa T., Kuramoto T., Hilbert P., Mori M., YamadaJ., DubayC.J. Lindpainter K. Ganten D., GuenetJ.L., Lathrop G.M. Rat gene mapping using PCR-analyzed microsatellites//Genetics. 1992. V. 131 N. 3. P. 701—706.

156. Singh L., Jones K.W. Bkm sequence are polymorphic in humans and are clustered in pericentric regions of various acrocentric chromosomes including the Y. // Hum. Genet. 1986. 73. 304-308.

157. Sneath P. H. A. and Sokal R. R. Nymerical Taxonomy.// W. H. Freeman. San Francisco. 1973. P. 442.

158. Takezaki N, Nei M. Genetic distances and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DNA. // Genetics. 1996. V.144. P.389-399

159. Taparowsky E.J., Gerbi S.A. Sequence analysis of bovine satellite I DNA1715 gm/cm3)// Nucleic Acids Res. 1982a. V.10.N.4. P. 1271—1279.

160. Taparowsky E.J., Gerbi S.A. Structure of 1.711b gm/cm(3) bovine satellite DNA: evolutionary relationship to satellite I // Nucleic Acids Res. 1982b. V. 10. N. 18. P. 5503—5512.

161. Tautz D., Trick M., Dover G.A. Cryptic simplisity in DNA is a major source of genetic variation.//Nature. 1986. V. 322. P. 652-656.

162. Teale AJ, Wambugu J, Gwakisa PS, Stranzinger G, Bradley D. Kemp SJ. A polymorphism in randomly amplified DNA that differentiates the Y chromosomes of Bos indicus and Bos taurus.// Anim Genet. 1995. V26. P.243-248.

163. Tokarskaya ON, Kalnin VV, Panchenko VG, Ryskov AP. Genetic differentiation in a captive population of the endangered Siberian crane(Grus leucogeranus Pall.).// Mol Gen Genet. 1994. V.l. P.658-660.

164. Travis S.E., Maschinski J., Keim P. An analysis of genetic variation in Astragalus cremnophylax var. cremnophylax, a criticallyendangered plant, using AFLP markers // MoI.Ecol. 1996. V. 5. N. 7. P. 735—738.

165. Trommelen G. I. J., Den Daas J. H. G., Vijg J. Et al. DNA profiling of cattle using micro-and minisatellite core probes // Animal Genetics, 1993, V. 24, P. 235-241.

166. Vassart G., Georges M., Monsier R., Brocas H., Lequarre A.S. Christophe D. A sequence in M13 phage detects hypervariable minisatellites in human and animal DNA. // Science. 1987. V. 235. P. 683-684.

167. Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., van de Lee T., Homes M„ Frijters A. Pot J. Peleman J., Kuiper M., Zabeay M. AFLP: a new techniques for DNA fingerprinting // Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 4407—4414.

168. SS.Wall DA, Davis SK, Read BM. Phylogenetic relationships in the subfamily Bovinae

169. Mammalia: Artiodactyla) based on ribosomal DNA. //J. Mamm. 1992. V. 73. P.262-275.

170. Wal lance R.B. DNA recombinant technology.// Ed.S.Wao.Boca Raton (Fla): CRC press. 1983.

171. Watanabe T, Hayashi Y, Semba R, Ogasawara N. Bovine mitochondrial DNA polymorphism in restriction endonuclease cleavage patterns and the location of the polymorphic sites. // Biochem Genet. 1985. V.23. P.947-957.

172. Watanabe T., Masangkay J.S., Wakana S., Saitou N., Tomita T. Mitohondrial DNA polymorphism in native Philippine cattle based on restriction endonuklease cleavage patterns. // Biochemical Genetics. 1989. 27. P. 431-443.

173. Weber JL, Wong C. Mutation of human short tandem repeats.//Hum Mol Genet. 1993 V.2. P.I 123-1128.

174. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCRwith arbitory primers // Nucleic Acids Research. 1990. V. 18.N.22. P.7213—7219.

175. Williams I., KubelikA.R., Livak K.I., Rafalski I.A., Tongey S.N. DNA polymorphism amplifed by arbitrary primers are useful as genetic markers // Nucleic Acids Research. 1990. V. 18. N.22. P. 6531—6535.

176. Wilson GA, Strobeck C. Genetic variation within and relatedness among wood and plains bison populations.//Genome. 1999. V 42. P.483-496.

177. Wolstenholme D.D., Clary D.O., MacFarlane J.L., Wahleithner J.A. Wilcox L. Organization and evolution of invertebrate mitohondrial genoms. In: "Achievement and Perspectives of mitochondrial reserch". 1985. V.2 P.61-69.

178. Wyman A.R., White R.L. A highly polymorphic locus in human DNA. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. 77. 6754-6758.

179. Wyman A., Wolfe L., Botstein D. // Ibid. 1985. 82. 2880.

180. Yu S, Mangelsdorf M, Hewett D, Hobson L, Baker E, Eyre HJ, Lapsys N. LePaslier D. Doggett NA, Sutherland GR, Richards RI. Human chromosomal fragile site I RAI6B is an amplified AT-rich minisatellite repeat.// Cell. 1997 V.88 P.367-374.

181. Zhang DX, Hewitt GM. An effective method for allele-specific sequencing using restriction enzyme and biotinylation (ASSURE B). // Mol Ecol. 1996. V.5. P.591-594.

182. Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polimerase chain reaction amplification // Genomics. 1994. V. 20. N. 2. P. 176—181.