Исследование структуры и динамики каналообразующего антибиотика зервамицина-IIB в мембрано-моделирующих средах методом спектроскопии ЯМР тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат физико-математических наук Шенкарев, Захар Олегович

• Шенкарев, Захар Олегович
• кандидат физико-математических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Шенкарев, Захар Олегович

Оглавление.

Список использованных сокращений.

Введение.

ЧАСТЬ I. Обзор литературы: Пептаиболы как мембраноактивные антимикробные пептиды.

1 Мембраноактивные антимикробные пептиды.

1.1 Спектр активности и специфичность действия АП.

1.2 Структура АП и модели их мембранной активности.

1.3 Структурно-функциональные зависимости на примере а-спиральных АП.

1.4 Перспективы использования АП.

2 Пептаиболы: структура, механизмы биосинтеза и биологическая активность.

2.1 Структуры пептаиболов и их классификация.

2.2 Биосинтез пептаиболов.

2.3 Биологическая активность пептаиболов.

2.3.1 Активность против бактерий и паразитов.

2.3.2 Активность против грибов, роль в защите растений.

2.3.3 Активность против клеток животных и митохондрий.

2.3.4 Факторы, определяющие активность, связь с образованием каналов в модельных мембранах.

2.4 Пространственная структура пептаиболов.

2.4.1 Элементы вторичной структуры, встречающиеся в пептаиболах.

2.4.2 Роль остатка Pro и другие структурные факторы, отвечающие за активность пептаиболов.

2.4.3 Структура и динамика длинных пептаиболов: аламетицин, хрисоспермин и трихотоксин.

2.4.4 Структура и динамика коротких пептаиболов: зервамицин, антиамебин, цефаибол, ампуллоспорин и харзианин.

2.4.5 Структуры пептаиболов в рамках BS модели.

3 Взаимодействие пептаиболов с модельными мембранами.

3.1 Структурные исследования взаимодействия пептаиболов с мембранами.

3.1.1 Начальное связывание длинных пептаиболов с бислойными мембранами

3.1.2 Положение спирали длинных пептаиболов относительно мембраны.

3.1.3 Моделирование структуры аламетицина в мембране.

3.1.4 Механизм перехода в ТМ состояние и наблюдение пор в мембранах.

3.1.5 Влияние состава бислойной мембраны и трансмембранного потенциала.

3.1.6 Структурные исследования взаимодействия коротких пептаиболов с модельными мембранами.

3.2 Свойства каналов пептаиболов и модели их устройства.

3.2.1 Потенциал-зависимая и потенциал-независимая проводимость пептаиболов в плоских мембранах.л.:.

3.2.2 Система уровней проводимости пептаиболов.

3.2.3 Селективность каналов пептаиболов.

3.2.4 Каналы пептаиболов в везикулах и целых клетках.

3.2.5 Модели каналов пептаиболов.

ЧАСТЬ II. Экспериментальные исследования.

4 Материалы и методы.

4.1 Исследование структуры Zrv-IIB в органических растворителях.

4.1.1 Приготовление образцов, ЯМР-спектроскопия и отнесение сигналов.

4.1.2 Расчет пространственной структуры и энергетическая минимизация.

4.2 Исследование 13С-15М-меченого Zrv-IIB в метаноле.

4.2.1 Приготовление образцов, ЯМР-спектроскопия, отнесение сигналов и определение степени включения меток.

4.2.2 Исследование взаимодействия пептида с растворителем и прямое наблюдение системы водородных связей.

4.2.3 Уточнение пространственной структуры Zrv-IIB в метаноле.

4.3 Исследование спин-меченых аналогов зервамицина в метаноле.

4.3.1 Приготовление образцов и ЯМР-спектроскопия.

4.3.2 Измерение расстояний: протон - спиновая метка.

4.4 Исследование структуры Zrv-IIB в растворе DPC мицелл.

4.4.1 Приготовление образцов, ЯМР-спектроскопия и отнесение сигналов.

4.4.2 Расчет пространственной структуры и определение положения пептида относительно поверхности мицеллы.

4.5 Подготовка рисунков, депонирование экспериментальных данных и полученных структур.

5 . Результаты и обсуждения.

5.1 Исследование структуры Zrv-IIB в органических растворителях.

5.2 Исследование 13С-15>Т-меченого Zrv-IIB в метаноле.

5.2.1 ЯМР-характеризация 13С-'^-меченого Zrv-IIB, определение степени включения изотопных меток и отнесение метальных групп остатков Aib.

5.2.2 Прямое наблюдение системы водородных связей в 13С-15М-меченом Zrv-IIB в метаноле.

5.2.3 Сила водородных связей в спирали Zrv-IIB, связь с динамическим поведением пептида.

5.2.4 Уточнение структуры Zrv-IIB в метаноле.

5.2.5 Взаимодействие HN- и СО-групп основной цепи Zrv-IIB с растворителем.

5.3 Исследование спин-меченых аналогов зервамицина в метаноле.

5.3.1 Межмолекулярные взаимодействия в Zrv-IIB и спин-меченых аналогах.

5.3.2 Измерение расстояний: протон — спиновая метка в спин-меченых аналогах Zrv-IIB.

5.4 Исследование структуры Zrv-IIB в растворе DPC мицелл.

5.4.1 Стехиометрия комплекса Zrv-IIB/DPC мицелла.

5.4.2 Структура Zrv-IIB в растворе DPC мицелл.

5.4.3 Положение молекулы Zrv-IIB относительно поверхности мицеллы.

5.5 Модель действия Zrv-IIB.

5.5.1 Потенциал-зависимая активация каналов зервамицина.

5.5.2 Ассиметрия вольтамперной характеристики Zrv-IIB.

5.5.3 Потенциал-независимое поведение Zrv-IIB.

5.5.4 Структура каналов зервамицина.

5.5.5 Селективность каналов зервамицина.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование структуры и динамики каналообразующего антибиотика зервамицина-IIB в мембрано-моделирующих средах методом спектроскопии ЯМР»

Актуальность темы. Пептаиболы — уникальные антибиотические пептиды, продуцируемые микопаразитическими грибами родов Emericelopsis, Trichoderma и родственных им [1]. Эти пептиды содержат большое количество нестандартных а,а-диалкилированных аминокислот, например, Aib (U, а-аминоизомасляная кислота), ацетилированный N-конец и С-концевой аминоспирт [2-4]. Пептаиболы состоят из 5-20 остатков и часто содержат иминокислотные остатки, такие как Pro (пролин) или Hyp (О, L-4-транс-гидроксипролин). Общая гидрофобность этих пептидов и способность образовывать амфифильные спиральные структуры в биологических мембранах придает пептаиболам мембранную и антибиотическую активности [5].

Пептаиболы очень активны против грамположительных микроорганизмов [6,7], против бактерий класса Mollicutes (включая микоплазмы и спироплазмы) [8], а так же против различных экзо- и эндо- паразитов, таких как амебы [9], малярийный плазмодий [10], гельминты [11,12] и нематоды [13]. Кроме этого некоторые пептаиболы обладают цитотоксической (противоопухолевой) [13] и нейролептической (по отношению к млекопитающим) [14,15] активностями. Основная природная функция этих пептидов связана с микопаразитизмом и защитой растений от патогенов. Пептаиболы, продуцируемые грибами симбионтами растений, вероятно, участвуют в разрушении клеточных стенок фитопатогенных грибов [16,17], в усилении вторичного метаболизма у растений [18], а так же в защите растений от вирусов и бактерий [19,20].

Биологические свойства пептаиболов коррелируют с каналообразующей активностью в модельных мембранных системах. Каналы, образованные этими пептидами, обладают рядом интересных свойств: несколькими хорошо определенными уровнями проводимости, катион-анионной селективностью и потенциал-зависимостью [21]. Это позволяет рассматривать пептаиболы как простые модели для потенциал-зависимых ионных каналов [21]. Вероятно, именно способность образовывать ионные каналы в мембранах клеток-мишеней лежит в основе антибиотического действия этих пептидов [5].

Исследование структуры и динамики молекул пептаиболов, а также связи между структурой и активностью этих пептидов имеет чрезвычайную важность как для решения фундаментальной задачи медицины — поиска (создания) новых антибиотических агентов на основе природных антимикробных пептидов, так и для решения фундаментальной задачи биотехнологии — создания новых агентов (например, на основе грибов рода Trichoderma) для биоконтроля растительных патогенов. Кроме того, структурные исследования пептаиболов чрезвычайно важны для решения ряда фундаментальных задач биофизики: (1) определения механизмов действия мембраноактивных антимикробных пептидов, (2) описания структуры и механизмов работы ионных каналов на молекулярном уровне.

Цель исследования. В данной диссертационной работе исследовали зервамицин-IIB (Zrv-IIB) — основной компонент смеси пептаиболов, продуцируемых грибом Emericellopsis salmosynnemata. Несмотря на небольшую длину (16 остатков) Zrv-IIB проявляет биологическую [6,10,22] и каналообразующую [21,23-25] активности, сравнимые с активностью длинных (наиболее активных) пептаиболов, например, аламетицина (Aim, 20 остатков). Целью настоящей работы являлось исследование структуры и динамики Zrv-IIB методом ЯМР-спектроскопии в изотропных средах, моделирующих биологическую мембрану, — растворах органических растворителей с низкой полярностью (метанол, смеси хлороформ-метанол и метанол-вода), и в анизотропной среде, моделирующей биологическую мембрану, — растворе мицелл додецилфосфохолина (DPC).

Основные задачи исследования:

1. Исследовать структуру Zrv-IIB в изотропных средах, моделирующих биологическую мембрану, — органические растворители с низкой полярностью (метанол, смеси хлороформ-метанол и метанол-вода).

2. Прямыми методами ЯМР-спектроскопии исследовать систему водородных связей в спирали Zrv-IIB в метаноле и взаимодействие HN- и СО-групп основной цепи пептида с растворителем.

3. Установить наличие или отсутствие высокоамплитудных шарнирных движений в спирали Zrv-IIB, а также выявить возможный тип межмолекулярных взаимодействий между спиралями пептида в метаноле.

4. Исследовать структуру Zrv-IIB в анизотропной среде, моделирующей биологическую мембрану, - растворе мицелл DPC. Определить структуру комплекса Zrv-IIB/мицелла DPC.

5. Используя полученные данные, разработать модель, описывающую механизм мембранной активности зервамицина, и выявить структурные детерминанты, ответственные за высокую активность этого пептаибола.

Научная новизна и практическая значимость работы. Все результаты, изложенные в настоящей диссертационной работе, получены впервые. 1. Определена структура Zrv-IIB в органических растворителях и растворе мицелл DPC; показано, что пептид связывается с поверхностью мицеллы, при этом N-конец молекулы заглубляется внутрь мицеллы.

2. Прямыми методами ЯМР-спектроскопии определена система водородных связей в спирали пептаибола. Впервые наблюдалась бифуркационная водородная связь, включающая в себя две СО-группы (Leu8, Aib9) и одну NH-группу (Aib12). Показано, что подвижность пептида тесно связана с изменениями в системе водородных связей.

3. Установлено отсутствие высокоамплитудных шарнирных движений в спирали Zrv-IIB в метаноле.

Полученные данные позволили предположить, что особую роль в активности зервамицина, по сравнению с другими пептаиболами, играет стабильность его спиральной структуры. Отсутствие высокоамплитудных шарнирных движений, система устойчивых водородных связей и последовательность Р-изгибов ((3-bend ribbon), в С-концевой части молекулы, придают пептиду длину 26 А) достаточную для того, чтобы пронизывать гидрофобную часть мембраны и образовывать трансмембранные ионные каналы из связок спиралей. В отличие от длинных пептаиболов, в молекулах которых шарнирные движения эффективно уменьшают как общую длину, так и дипольный момент спирали, Zrv-IIB обладает дипольным моментом 50 D) достаточным для высокоэффективного потенциал-зависимого действия. В то же время, увеличение амфифилыюсти и полярного угла спирали зервамицина позволяет формировать, в среднем, большие связки и, соответственно, каналы с большим сечением пор, что также усиливает биологическую активность пептида.

Настоящая диссертационная работа выявляет принципы структурной организации спиральных мембраноактивных антимикробных пептидов и указывает на особую роль подвижности в их функционировании. Результаты проведенных исследований, несомненно, будут полезны при дизайне новых или модификации природных антибиотических агентов, - задаче, которая приобрела особую важность в последнее время в связи с распространением патогенных микроорганизмов, резистентных к "классическим" антибиотикам. Результаты представленного исследования открывают путь к пониманию работы ионных каналов на молекулярном уровне.

ЧАСТЬ I. Обзор литературы: Пептаиболы как мембраноактивные антимикробные пептиды.

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Шенкарев, Захар Олегович

Выводы

1. В изотропных средах, моделирующих биологическую мембрану, — органических растворителях (метанол, смеси хлороформ-метанол и метанол-вода), определена пространственная структура пептидного антибиотика Zrv-IIB. Показано, что пептид представляет собой изогнутую на остатке Hyp10 амфифильную спираль и изменение полярности раствора не меняет структуру пептида.

2. Прямыми методами ЯМР-спектроскопии определена система водородных связей в спирали Zrv-IIB и тип взаимодействия HN- и СО-групп основной цепи пептида с растворителем. N-концевой фрагмент Zrv-IIB (остатки Trp1 - Leu8) образует а-спираль, а С-концевои фрагмент (Aib9 - Phi16) имеет конформацию спирали, сформированной последовательностью Р-изгибов ф-bend ribbon). В середине спирали Zrv-IIB отсутствуют участки сильной гидратации, что объясняет уникальную селективность канала Zrv-IIB.

3. Впервые методами ЯМР наблюдали бифуркационную водородную связь между одной NH-группой (Aib12) и двумя СО-группами (Leu8, Aib9). Показано, что подвижность Zrv-IIB тесно связана с изменениями в системе водородных связей.

4. Используя спин-меченые производные Zrv-IIB, установлено отсутствие высокоамплитудных шарнирных движений в спирали этого пептида. В метаноле спирали Zrv-IIB взаимодействуют по принципу N-конец к С-концу.

5. В анизотропной среде - мицеллах DPC, определены пространственная структура Zrv-IIB и структура комплекса Zrv-IIB/мицелла DPC. Показано, что спираль пептида расположена на поверхности мицеллы, а N-конец молекулы заглублен в гидрофобную часть мицеллы.

6. На основании полученных данных предложена модель, описывающая механизм мембранной активности зервамицина.

Благодарности

Мне хотелось бы выразить глубокую благодарность и признательность моему научному руководителю, профессору, д.х.н. Александру Сергеевичу Арсеньеву, который обеспечил возможность выполнения настоящей диссертационной работы, оказывал своевременную помощь и поддержку и проявлял неустанное благожелательное внимание на протяжении всего времени моей работы в лаборатории.

Хочу поблагодарить весь коллектив нашей лаборатории за помощь в выполнении экспериментальной работы и плодотворные обсуждения. Особую признательность хочу выразить сотрудникам лаборатории Т.А. Балашовой, Э.В. Бочарову, И.В. Масленникову и А.Г. Соболю, а также студентам К.Д. Надеждину и А.С. Парамонову.

Приношу свою глубокую благодарность сотрудникам Лаборатории инженерии белка ИБХ РАН профессору, Д.А. Долгих и Е.Н. Люкмановой за неоценимую помощь в работе.

Хочу поблагодарить весь коллектив УНЦ ИБХ РАН и особенно его сотрудников А.А. Тагаева ti З.А. Якименко за помощь в подготовке образцов для исследований. Отдельную благодарность хочу выразить руководителю УНЦ ИБХ РАН Т.В. Овчинниковой, без непосредственного участия которой выполнение работы было бы невозможным.

Благодарю коллектив Группы молекулярного моделирования нашей лаборатории и особенно руководителя группы Р.Г.Ефремова и сотрудников группы П.Е. Волынского и Д.Е. Нольде за помощь в освоении новых методов.

Выражаю свою благодарность профессору Лейденского университета Я.Рапу, участвовавшему в финансировании начального этапа работы по проекту.

Отдельную благодарность хочу выразить Российскому Фонду Фундаментальных исследований (РФФИ), за финансирование работ по исследованию зервамицина.

Заключение

Полученные в диссертационной работе результаты выявляют основные принципы, использованные природой при конструировании спиральных антимикробных пептидов, действующих на мембраны клеток, а также механизмы формирования ионных каналов этими пептидами.

В рамках работы на примере пептаибола зервамицина была показана возможная роль динамической подвижности пептида в его антимикробной и каналообразующей активностях.' Исследование структуры и динамики зервамицина в различных средах, моделирующих биологическую мембрану, показало, что пептид имеет стабильную спиральную структуру, не совершает высокоамплитудных шарнирных движений вокруг центрального остатка гидроксипролина и взаимодействует с растворителем большим полярным регионом, состоящим как из экспонированных СО-групп основной цепи, так и из полярных групп боковых цепей. Сравнение со структурами других пептаиболов позволило предположить, что именно эти структурные свойства зервамицина ответственны за его высокую биологическую и каналообразующую активности.

Проведенное в рамках диссертационной работы изучение структуры зервамицина в комплексе с мицеллой DPC позволило установить способ взаимодействия пептида с мицеллами и предсказать возможный тип взаимодействия пептида с биологическими мембранами. На основании проведенных исследований была предложена модель действия зервамицина, объясняющая все известные на сегодня экспериментальные данные.

Результаты диссертационный работы указывают на возможный способ увеличения активности синтетических антимикробных и каналообразующих пептидов путем включения в их последовательности нестандартных остатков, таких как Hyp и Aib. Это имеет огромное практическое значение для ряда задач медицины, биотехнологии и биофизики. Вероятно, в будущем рациональный дизайн новых антимикробных агентов позволит преодолеть многие болезни, вызванные патогенными микроорганизмами, резистентными к "классическим" антибиотикам.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Шенкарев, Захар Олегович, 2005 год

1. Chugh,JK, Wallace,В А (2001): Peptaibols: models for ion channels. Biochem.Soc.Trans. 29(4): 565-570.

2. Whitmore,L, Chugh,JK, Snook,CF, Wallace,BA (2003): The peptaibol database: a sequence and structure resource. J.Pept.Sci. 9(11-12): 663-665.

3. Whitmore,L, Wallace,BA (2004): Analysis of peptaibol sequence composition: implications for in vivo synthesis and channel formation. Eur.Biophys.J. 33(3): 233-237.

4. Whitmore,L, Wallace,BA (2004): The Peptaibol Database: a database for sequences and structures of naturally occurring peptaibols. Nucleic Acids Res. 32: D593-D594.

5. Duclohier,H, Wroblewski,H (2001): Voltage-dependent pore formation and antimicrobial activity by alamethicin and analogues. J.Membr.Biol. 184(1): 1-12.

6. Jen,WC, Jones,GA, Brewer,D, Parkinson,VO, Taylor,A (1987): The antibacterial activity of alamethicins and zervamicins. J.Appl.Bacteriol. 63(4): 293-298.

7. Bruckner,H, Graf,H (1983): Paracelsin, a peptide antibiotic containing alpha-aminoisobutyric acid, isolated from Trichoderma reesei Simmons. Part A. Experientia 39(5): 528-530.

8. Nagaraj,G, Uma,MV, Shivayogi,MS, Balaram,H (2001): Antimalarial activities of peptide antibiotics isolated from fungi. Antimicrob.Agents Chemother. 45(1): 145-149.

9. Schiell,M, Hofmann,J, Kurz,M, Schmidt,FR, Vertesy,L, Vogel,M et al (2001): Cephaibols, new peptaibol antibiotics with anthelmintic properties from Acremonium tubakii DSM 12774. J.Antibiot. (Tokyo) 54(3): 220-233.

10. Vertesy,L, Kurz,M, Schiell,M, and Hofmann,J. (2003): Cephaibols: novel antiparasitics from Acremonium tubakii process for their production, and use thereof. патент USA №6582949 .

11. Metzger,JW, Schlegel,B, Fleck,W, Dornberger,K, Ihn,W, Schade,W, and Grafe,U. (1995): Chrysospermins, active peptides from apiocrea chrysosperma having a pharmacological effect and a use thereof, патент USA №5432157.

12. Ritzau,M, Heinze,S, Dornberger,K, Berg,A, Fleck,W, Schlegel,B et al (1997): Ampullosporin, a new peptaibol-type antibiotic from Sepedonium ampullosporum HKI-0053 with neuroleptic activity in mice. J.Antibiot.(Tokyo) 50(9): 722-728.

13. Grigoriev,PA, Schlegel,B, Kronen,M, Berg,A, Hartl,A, Grafe,U (2003): Differences in membrane pore formation by peptaibols. J.Pept.Sci. 9(11-12): 763-768.

14. Lorito,M, Farkas,V, Rebuffat,S, Bodo,B, Kubicek,CP (1996): Cell wall synthesis is a major target of mycoparasitic antagonism by Trichoderma harzianum. J.Bacteriol. 178(21): 63826385.

15. Engelberth,J, Koch,T, Kuhnemann,F, Boland,W (2000): Channel-Forming Peptaibols Are Potent Elicitors of Plant Secondary Metabolism and Tendril Coiling . Angew.Chem.Int.Ed Engl. 39(10): 1860-1862.

16. Yun,BS, Yoo,ID, Kim,JH, Kim,YH, Lee,SJ, Kim,KS et al (2000): Peptaivirins A and B, two new antiviral peptaibols against TMV infection. Tetrahedron Lett 41: 1429-1431.

17. Kim,YH, Yeo,WH, Kim,YS, Chae,SY, Kim,KS (2000): Antivral activity of antibiotic peptaibols, chrysospermins В and D, produced by Apiocrea sp 14 against TMV infection. J.Microbiol.Biotech. 10(4): 522-528.

18. Sansom,MS (1991): The biophysics of peptide models of ion channels. Prog Biophys Mol Biol 55(3): 139-235.

19. Argoudelis,AD and Johnson,LE. (1975): Antibiotics Zervacin I and Zervacin II and process for preparing the same, патент USA №3907990.

20. Balaram,P, Krishna,K, Sukumar,M, Mellor,IR, Sansom,MS (1992): The properties of ion channels formed by zervamicins. Eur.Biophys. J. 21(2): 117-128.

21. Kropacheva,TN, Raap,J (1999): Voltage-dependent interaction of the peptaibol antibiotic zervamicin II with phospholipid vesicles. FEBS Lett. 460(3): 500-504.

22. Kropacheva,TN, Raap,J (2002):. Ion transport across a phospholipid membrane mediated by the peptide trichogin GA IV. Biochim.Biophys.Acta 1567(1-2): 193-203.

23. Ganz,T (2003): Defensins: antimicrobial peptides of innate immunity. Nat.Rev.Immunol. . 3(9): 710-720.

24. Zasloff,M (2002): Antimicrobial peptides of multicellular organisms. Nature 415(6870): 389-395.

25. Garcia-01medo,F, Molina,A, Alamillo,JM, Rodriguez-Palenzuela,P (1998): Plant defense peptides. Biopolymers 47(6): 479-491.

26. Thomma,BP, Cammue,BP, Thevissen,K (2002): Plant defensins. Planta 216(2): 193-202.

27. Veronese,P, Ruiz,MT, Coca,MA, Hernandez-Lopez,A, Lee,H, Ibeas,JI (2003): In defense against pathogens. Both plant sentinels and foot soldiers need to know the enemy. Plant Physiol 131(4): 1580-1590.

28. Matsuzaki,K (1999): Why and how are peptide-lipid interactions utilized for self-defense? Magainins and tachyplesins as archetypes. Biochim.Biophys.Acta 1462(1-2): 1-10.

29. Oren,Z, Shai,Y (1998): Mode of action of linear amphipathic alpha-helical antimicrobial peptides. Biopolymers 47(6): 451-463.

30. Dalla,SM, Menestrina,G (2003): Liposomes in the study of pore-forming toxins. Methods Enzymol. 372: 99-124.

31. Epand,RM, Epand,RF (2003): Liposomes as models for antimicrobial peptides. Methods Enzymol 372: 124-133.

32. Duclohier,H, Molle,G, Spach,G (1989): Antimicrobial peptide magainin I from Xenopus skin forms anion-permeable channels in planar lipid bilayers. Biophys. J. 56(5): 1017-1021.

33. Kagan,BL, Selsted,ME, Ganz,T, Lehrer,RI (1990): Antimicrobial defensin peptides form voltage-dependent ion-permeable channels in planar lipid bilayer membranes. Proc.Natl.Acad.Sci U.S.A 87(1): 210-214.

34. Brogden,KA (2005): Antimicrobial peptides: pore formers or metabolic inhibitors in bacteria? Nat.Rev.Microbiol. 3(3): 238-250.

35. Shai,Y (2002): Mode of action of membrane active antimicrobial peptides. Biopolymers 66(4): 236-248.

36. Wade,D, Boman,A, Wahlin,B, Drain,CM, Andreu,D, Boman,HG et al (1990): All-D amino acid-containing channel-forming antibiotic peptides. Proc.Natl.Acad.Sci U.S.A 87(12): 4761-4765.

37. Giangaspero,A, Sandri,L, Tossi,A (2001): Amphipathic alpha helical antimicrobial peptides. Eur.J.Biochem. 268(21): 5589-5600.

38. Tossi,A, Sandri,L, Giangaspero,A (2000): Amphipathic, alpha-helical antimicrobial peptides. Biopolymers 55(1): 4-30.

39. Papo,N, Shai,Y (2003): Can we predict biological activity of antimicrobial peptides from their interactions with model phospholipid membranes? Peptides 24(11): 1693-1703.

40. Powers,JP, Hancock,RE (2003): The relationship between peptide structure and antibacterial activity. Peptides 24(11): 1681-1691.

41. Kobayashi,S, Hirakura,Y, Matsuzaki,K (2001): Bacteria-selective synergism between the antimicrobial peptides alpha-helical magainin 2 and cyclic beta-sheet tachyplesin I: toward cocktail therapy. Biochemistry 40(48): 14330-14335.

42. Tam,JP, Lu,YA, Yang,JL, Chiu,KW (1999): An unusual structural motif of antimicrobial peptides containing end-to-end macrocycle and cystine-knot disulfides. Proc.Natl.Acad.Sci. U.S.A 96(16): 8913-8918.

43. Beven,L, Duval,D, Rebuffat,S, Riddell,FG, Bodo,B, Wroblewski,H (1998): Membrane permeabilisation and antimycoplasmic activity of the 18-residue peptaibols, trichorzins PA. Biochim.Biophys.Acta 1372(1): 78-90.

44. Beven,L, Helluin,0, Molle,G, Duclohier,H, Wroblewski,H (1999): Correlation between anti-bacterial activity and pore sizes of two classes of voltage-dependent channel-forming peptides. Biochim.Biophys.Acta 1421(1): 53-63.

45. Dathe,M, Kaduk,C, Tachikawa,E, Melzig,MF, Wenschuh,H, Bienert,M (1998): Proline at position 14 of alamethicin is essential for hemolytic activity, catecholamine secretion from chromaffin cells and enhanced metabolic activity in endothelial cells.

46. Biochim. Biophys.Acta 1370(1): 175-183.

47. Yan,H, Hancock,RE (2001): Synergistic interactions between mammalian antimicrobial defense peptides. Antimicrob.Agents Chemother. 45(5): 1558-1560.

48. Craik,DJ, Daly,NL, Mulvenna,J, Plan,MR, Trabi,M (2004): Discovery, structure and biological activities of the "cyclotides. Curr.Protein Pept.Sci. 5(5): 297-315.

49. Nicolas,P, Vanhoye,D, Amiche,M (2003): Molecular strategies in biological evolution of antimicrobial peptides. Peptides 24(11): 1669-1680.

50. Мог,A, Hani,K, Nicolas,P (1994): The vertebrate peptide antibiotics dermaseptins have overlapping structural features but target specific microorganisms. J.Biol.Chem. 269(50): 31635-31641.

51. Hara,T, Mitani,Y, Tanaka,K, Uematsu,N, Takakura,A, Tachi,T et al (2001): Heterodimer formation between the antimicrobial peptides magainin 2 and PGLa in lipid bilayers: a cross-linking study. Biochemistry 40(41): 12395-12399.

52. Yeaman,MR, Yount,NY (2003): Mechanisms of antimicrobial peptide action and resistance. Pharmacol.Rev. 55(1): 27-55.

53. Huang,HW (2000): Action of antimicrobial peptides: two-state model. Biochemistry 39(29): 8347-8352.

54. Lee,MT, Chen,FY, Huang,HW (2004): Energetics of pore formation induced by membrane active peptides. Biochemistry 43(12): 3590-3599.

55. Heller,WT, He,K, Ludtke,SJ, Harroun,TA, Huang,HW (1997): Effect of changing the size of lipid headgroup on peptide insertion into membranes. Biophys.J. 73(1): 239-244.

56. Bezrukov,SM, Rand,RP, Vodyanoy,I, Parsegian,VA (1998): Lipid packing stress and polypeptide aggregation: alamethicin channel probed by proton titration of lipid charge. Faraday Discuss. Ill: 173-183.

57. Keller,SL, Bezrukov,SM, Gruner,SM, Tate,MW, Vodyanoy,I, Parsegian,VA (1993): Probability of alamethicin conductance states varies with nonlamellar tendency of bilayer phospholipids. Biophys.J. 65(1): 23-27.

58. Killian,JA (1998): Hydrophobic mismatch between proteins and lipids in membranes. Biochim.Biophys.Acta 1376(3): 401-415.

59. Sperotto,MM (1997): A theoretical model for the association of amphiphilic transmembrane peptides in lipid bilayers. Eur.Biophys.J26: 405-416.

60. Hall,JE, Vodyanoy,I, Balasubramanian,TM, Marshall,GR (1984): Alamethicin. A rich model for channel behavior. Biophys.J. 45(1): 233-247.

61. Zhang,L, Rozek,A, Hancock,RE (2001): Interaction of cationic antimicrobial peptides with model membranes. J.Biol.Chem. 276(38): 35714-35722.

62. Hancock,RE, Scott,MG (2000): The role of antimicrobial peptides in animal defenses. Proc.Natl.Acad.Sci U.S.A 97(16): 8856-8861.

63. Shai,Y (1999): Mechanism of the binding, insertion and destabilization of phospholipid bilayer membranes by alpha-helical antimicrobial and cell non-selective membrane-lytic peptides. Biochim.Biophys.Acta 1462(1-2): 55-70.

64. Hsu,ST, Breukink,E, Tischenko,E, Lutters,MA, de Kruijff,B, Kaptein,R et al (2004): The nisin-lipid II complex reveals a pyrophosphate cage that provides a blueprint for novel antibiotics. Nat.Struct.Mol.Biol. 11(10): 963-967.

65. Breukink,E, de Kruijff,B (1999): The lantibiotic nisin, a special case or not? Biochim.Biophys.Acta 1462(1-2): 223-234.

66. Finlay,BB, Hancock,RE (2004): Can innate immunity be enhanced to treat microbial infections? Nat.Rev.Microbiol. 2(6): 497-504.

67. Epand,RM, Vogel,HJ (1999): Diversity of antimicrobial peptides and their mechanisms of action. Biochim.Biophys.Acta 1462(1-2): 11-28.

68. Bulet,P, Stocklin,R, Menin,L (2004): Anti-microbial peptides: from invertebrates to vertebrates. Immunol.Rev. 198: 169-184.

69. Laederach,A, Andreotti,AH, Fulton,DB (2002): Solution and micelle-bound structures of tachyplesin I and its active aromatic linear derivatives. Biochemistry 41(41): 12359-12368.

70. Rozek,A, Friedrich,CL, Hancock,RE (2000): Structure of the bovine antimicrobial peptide indolicidin bound to dodecylphosphocholine and sodium dodecyl sulfate micelles. Biochemistry 39(51): 15765-15774.

71. Baumann,G, Mueller,P (1974): A molecular model of membrane excitability. J.Supramol.Struct. 2(5-6): 538-557.

72. Boheim,G (1974): Statistical analysis of alamethicin channels in black lipid membranes. J.Membr.Biol. 19(3): 277-303.

73. Chen,FY, Lee,MT, Huang,HW (2003): Evidence for membrane thinning effect as the mechanism for peptide-induced pore formation. Biophys.J. 84(6): 3751-3758.

74. Chen,FY, Lee,MT, Huang,HW (2002): Sigmoidal concentration dependence of antimicrobial peptide activities: a case study on alamethicin. Biophys.J. 82(2): 908-914.

75. Fox,RO, Jr., Richards,FM (1982): A voltage-gated ion channel model inferred from the crystal structure of alamethicin at 1.5-A resolution. Nature 300(5890): 325-330.

76. Ludtke,SJ, He,K, Wu,Y, Huang,HW (1994): Cooperative membrane insertion of magainin correlated with its cytolytic activity. Biochim.Biophys.Acta 1190(1): 181-184.

77. Papo,N, Shai,Y (2003): Exploring peptide membrane interaction using surface plasmon resonance: differentiation between pore formation versus membrane disruption by lytic peptides. Biochemistry 42(2): 458-466.

78. Yang,L, Harroun,TA, Weiss,TM, Ding,L, Huang,HW (2001): Barrel-stave model or toroidal model? A case study on melittin pores. Biophys.J81(3): 1475-1485.

79. Zemel,A, Fattal,DR, Ben Shaul,A (2003): Energetics and self-assembly of amphipathic peptide pores in lipid membranes. Biophys.J84(4): 2242-2255.

80. Bessin,Y, Saint,N, Marri,L, Marchini,D, Molle,G (2004): Antibacterial activity and pore-forming properties of ceratotoxins: a mechanism of action based on the barrel stave model. Biochim.Biophys.Acta 1667(2): 148-156.

81. Bechinger,B, Skladnev,DA, Ogrel,A, Li,X, Rogozhkina,EV, Ovchinnikova,TV et al (2001): 15N and 3IP solid-state NMR investigations on the orientation of zervamicin II and alamethicin in phosphatidylcholine membranes. Biochemistry 40(31): 9428-9437.

82. Wakamatsu,K, Takeda,A, Tachi,T, Matsuzaki,K (2002): Dimer structure of magainin 2 bound to phospholipid vesicles. Biopolymers 64(6): 314-327.

83. He,K, Ludtke,SJ, Huang,HW, Worcester,DL (1995): Antimicrobial peptide pores in membranes detected by neutron in-plane scattering. Biochemistry 34(48): 15614-15618.

84. He,K, Ludtke,SJ, Worcester,DL, Huang,HW (1996): Neutron scattering in the plane of membranes: structure of alamethicin pores. Biophys.J. 70(6): 2659-2666.

85. Ludtke,SJ, He,K, Heller,WT, Harroun,TA, Yang,L, Huang,HW (1996): Membrane pores induced by magainin. Biochemistry 35(43): 13723-13728.

86. Saint,N, Marri,L, Marchini,D, Molle,G (2003): The antibacterial peptide ceratotoxin A displays alamethicin-like behavior in lipid bilayers. Peptides 24(11): 1779-1784.

87. Uematsu,N, Matsuzaki,K (2000): Polar angle as a determinant of amphipathic alpha-helix-lipid interactions: a model peptide study. Biophys.J. 79(4): 2075-2083.

88. Tieleman,DP, Borisenko,V, Sansom,MS, Woolley,GA (2003): Understanding pH-dependent selectivity of alamethicin K18 channels by computer simulation. Biophys.J. 84(3): 1464-1469.

89. Dathe,M, Wieprecht,T (1999): Structural features of helical antimicrobial peptides: their potential to modulate activity on model membranes and biological cells. Biochim.Biophys.Acta 1462(1-2): 71-87.

90. Zhang,L, Benz,R, Hancock,RE (1999): Influence of proline residues on the antibacterial and synergistic activities of alpha-helical peptides. Biochemistry 38(25): 8102-8111.

91. Jacob, J, Duclohier,H, Cafiso,DS (1999): The role of proline and glycine in determining the backbone flexibility of a channel-forming peptide. Biophys.J. 76(3): 1367-1376.

92. Menestrina,G, Voges,KP, Jung,G, Boheim,G (1986): Voltage-dependent channel formation by rods of helical polypeptides. J.Membr.Biol. 93(2): 111-132.

93. Zasloff,M, Martin,B, Chen,HC (1988): Antimicrobial activity of synthetic magainin peptides and several analogues. Proc.Natl.Acad.Sci U.S.A 85(3): 910-913.

94. Duclohier,H (2004): Helical kink and channel behaviour: a comparative study with the peptaibols alamethicin, trichotoxin and antiamoebin. Eur.Biophys.J. 33(3): 169-174.

95. Eisenberg,D (1984): Three-dimensional structure of membrane and surface proteins. Annu.Rev.Biochem. 53: 595-623.

96. Barlow,DJ, Thornton,JM (1988): Helix geometry in proteins. J.Mol.Biol. 201(3): 601-619.

97. Blundell,T, Barlow,D, Borkakoti,N, Thornton,J (1983): Solvent-induced distortions and the curvature of alpha-helices. Nature 306(5940): 281-283.

98. Nicholls,A, Honig,B (1990): A rapid finite difference algorithm, utilizing successive over-relaxation to solve the Poisson-Bolzmann equation. J.Comp.Chem. 12: 435-445.

99. Efremov,RG, Alix,AJ (1993): Environmental characteristics of residues in proteins: three-dimensional molecular hydrophobicity potential approach. J.Biomol.Struct.Dyn. 11(3): 483-507.

100. Tieleman,DP, Hess,B, Sansom,MS (2002): Analysis and evaluation of channel models: simulations of alamethicin. Biophys.J. 83(5): 2393-2407.

101. Papo,N, Shai,Y (2005): Host defense peptides as new weapons in cancer treatment. Cell MoLLife Sci 62(7-8): 784-790.

102. Reddy,KV, Yedery,RD, Aranha,C (2004): Antimicrobial peptides: premises and promises. Int. J.Antimicrob.Agents 24(6): 536-547.

103. Peschel,A (2002): How do bacteria resist human antimicrobial peptides? Trends Microbiol. 10(4): 179-186.

104. Selsted,ME (2004): Theta-defensins: cyclic antimicrobial peptides produced by binary ligation of truncated alpha-defensins. Curr.Protein Pept.Sci 5(5): 365-371.

105. DeGray,G, Rajasekaran,K, Smith,F, Sanford,J, Daniell,H (2001): Expression of an antimicrobial peptide via the chloroplast genome to control phytopathogenic bacteria and fungi. Plant Physiol 127(3): 852-862.

106. Wiest,A, Grzegorski,D, Xu,BW, Goulard,C, Rebuffat,S, Ebbole,DJ et al (2002): Identification of peptaibols from Trichoderma virens and cloning of a peptaibol synthetase. J.Biol.Chem. 277(23): 20862-20868.

107. Archer,SJ, Ellena,JF, Cafiso,DS (1991): Dynamics and aggregation of the peptide ion channel alamethicin. Measurements using spin-labeled peptides. Biophys.J. 60(2): 389-398.

108. Mueller,P, Rudin,DO (1968): Action potentials induced in bimolecular lipid membranes. Nature 217: 713-719.

109. Cafiso,DS (1994): Alamethicin: a peptide model for voltage gating and protein-membrane interactions. Annu. Rev. Biophys.Biomol. Struct. 23: 141-165.

110. Sansom,MS (1993): Alamethicin and related peptaibols—model ion channels. Eur.Biophys.J. 22(2): 105-124.

111. Wallace,BA (2000): Common structural features in gramicidin and other ion channels. Bioessays 22(3): 227-234.

112. Sansom,MS (1993): Structure and function of channel-forming peptaibols. Q.Rev.Biophys. 26(4): 365-421.

113. Jiang, Y, Ruta,V, Chen,J, Lee, A, Mackinnon,R (2003): The principle of gating charge movement in a voltage-dependent K+ channel. Nature 423(6935): 42-48.

114. Jiang,Y, Lee,A, Chen,J, Ruta,V, Cadene,M, Chait,BT et al (2003): X-ray structure of a voltage-dependent K+ channel. Nature 423(6935): 33-41.

115. Wada,S, Iida,A, Asami,K, Fujita,T (1996): Ion channel-forming property of trichorovin-XII, an 11-residue peptaibol from the fungus Trichoderma viride, in planar lipid bilayer membranes. Bioorg.Med.Chem.Lett. 6(19): 2275-2278.

116. Toniolo,C, Peggion,C, Crisma,M, Formaggio,F, Shui,X, Eggleston,DS (1994): Structure determination of racemic trichogin A IV using centrosymmetric crystals. Nat.Struct.Biol. 1(12): 908-914.

117. Bechinger,B (1997): Structure and functions of channel-forming peptides: magainins, cecropins, melittin and alamethicin. J.Membr.Biol. 156(3): 197-211.

118. Bechinger,B (1999): The structure, dynamics and orientation of antimicrobial peptides in membranes by multidimensional solid-state NMR spectroscopy. Biochim.Biophys.Acta 1462(1-2): 157-183.

119. North,CL, Franklin,JC, Bryant,RG, Cafiso,DS (1994): Molecular flexibility demonstrated by paramagnetic enhancements of nuclear relaxation. Application to alamethicin: a voltage-gated peptide channel. Biophys.J. 67(5): 1861-1866.

120. Degenkolb,T, Berg,A, Gams,W, Schlegel,B, Grafe,U (2003): The occurrence of peptaibols and structurally related peptaibiotics in fungi and their mass spectrometric identification via diagnostic fragment ions.J.Pept.Sci. 9(11-12): 666-678.

121. Toniolo,C, Crisma,M, Formaggio,F, Peggion,C, Epand,RF, Epand,RM (2001): Lipopeptaibols, a novel family of membrane active, antimicrobial peptides. Cell Mol.Life Sci. 58(9): 1179-1188.

122. Kirschbaum,J, Krause,C, Winzheimer,RK, Bruckner,H (2003): Sequences of alamethicins F30 and F50 reconsidered and reconciled. J.Pept.Sci. 9(11-12): 799-809.

123. Reiber,K, Neuhof,T, Ozegowski,JH, von,DH, Schwecke,T (2003): A nonribosomal peptide synthetase involved in the biosynthesis of ampullosporins in Sepedonium ampullosporum. J.Pept.Sci. 9(11-12): 701-713.

124. Leclerc,G, Rebuffat,S, Goulard,C, Bodo,B (1998): Directed biosynthesis of peptaibol antibiotics in two Trichoderma strains. I. Fermentation and isolation. J.Antibiot.(Tokyo) 51(2): 170-177.

125. Finking,R, Marahiel,MA (2004): Biosynthesis of nonribosomal peptides 1. Annu.Rev.Microbiol 58: 453-488.

126. Wei,X, Yang,F, Straney,DC (2005): Multiple non-ribosomal peptide synthetase genes determine peptaibol synthesis in Trichoderma virens. Can. J Microbiol 51(5): 423-429.

127. Rebuffat,S, Conraux,L, Massias,M, uvin-Guette,C, Bodo,B (1993): Sequence and solution conformation of the 20-residue peptaibols, saturnisporins SA II and SA IV.1.t.J.Pept.Protein Res. 41(1): 74-84.

128. Jaworski,A, Bruckner,H (2001): Sequences of polypeptide antibiotics stilboflavins, natural peptaibol libraries of the mold Stilbella flavipes. J.Pept.Sci. 7(8): 433-447.

129. Goulard,C, Hlimi,S, Rebuffat,S, Bodo,B (1995): Trichorzins HA and MA, antibiotic peptides from Trichoderma harzianum. I. Fermentation, isolation and biological properties. J.Antibiot.(Tokyo) 48(11): 1248-1253.

130. Dornberger,K, Ihn,W, Ritzau,M, Grafe,U, Schlegel,B, Fleck,WF et al (1995): Chrysospermins, new peptaibol antibiotics from Apiocrea chrysosperma AplOl. J.Antibiot. (Tokyo) 48(9): 977-989.

131. Jaworski,A, Kirschbaum,J, Bruckner,H (1999): Structures of trichovirins II, peptaibol antibiotics from the mold Trichoderma viride NRRL 5243. J.Pept.Sci. 5(8): 341-351.

132. Lee,SJ, Yeo,WH, Yun,BS, Yoo,ID (1999): Isolation and sequence analysis of new peptaibol, boletusin, from Boletus spp. J.Pept.Sci. 5(8): 374-378.

133. Augeven-Bour,I, Rebuffat,S, Auvin-Guette,C, Goulard,C, Prigent,Y, Bodo,B (1997): Harzianin HB I, an 11-residue peptaibol from Trichoderma harzianum: isolation, sequence, solution synthesis and membrane activity. J.Chem.Soc.Perkin.Transl 1587-1594.

134. Rebuffat,S, Goulard,C, Bodo,B (1995): Antibiotic peptides from Trichoderma harzianum: harzianins HC, proline-rich 14-residue peptaibols. J.Chem.Soc.Perkin.Transl 1849-1855.

135. Wilhelm,C, Anke,H, Flores,Y, Sterner,О (2004): New peptaibols from Mycogone cervina. J.Nat.Prod. 67(3): 466-468.

136. Hou,CT, Ciegler,A, Hesseltine,CW (1972): New mycotoxin, trichotoxin A, from Trichoderma viride isolated from southern leaf blight-infected corn. Appl.Microbiol. 23(1): 183-185.

137. Harman,GE, Howell,CR, Viterbo,A, Chet,I, Lorito,M (2004): Trichoderma species-opportunistic, avirulent plant symbionts. Nat. Rev.Microbiol. 2(1): 43-56.

138. Elad,Y (2003): Biocontrol of foliar pathogens: mechanisms and application. Commun.Agric.Appl.Biol.Sci 68(4A): 17-24.

139. Irmscher,G, Jung,G (1977): The hemolytic properties of the membrane modifying peptide antibiotics alamethicin, suzukacillin and trichotoxin. Eur.J.Biochem. 80(1): 165-174.

140. Irmscher,G, Bovermann,G, Boheim,G, Jung,G (1978): Trichotoxin A-40, a new membrane-exciting peptide. Part A. Isolation, characterization and conformation. Biochim. Biophys.Acta 507: 470-484.

141. Matsuzaki,K, Shioyama,T, Okamura,E, Umemura,J, Takenaka,T, Takaishi,Y et al (1991): A comparative study on interactions of alpha-aminoisobutyric acid containing antibiotic peptides, trichopolyn I and hypelcin A with phosphatidylcholine bilayers.

142. Biochim.Biophys.Acta 1070(2): 419-428.

143. Nagaoka,Y, Iida,A, Kambara,T, Tachikawa,E, Asami,K, Fujita,T (1995): Effect of lipophilicity of trichosporin-Bs on ion-channel formation and catecholamine-releasing activity. Biol.Pharm.Bull. 18(4): 640-642.

144. Wada,S, Iida,A, Asami,K, Tachikawa,E, Fujita,T (1997): Role of the Gln/Glu residues of trichocellins A-H/B-II in ion-channel formation in lipid membranes and catecholamine secretion from chromaffin cells. Biochim.Biophys.Acta 1325(2): 209-214.

145. Peltola,J, Ritieni,A, Mikkola,R, Grigoriev,PA, Pocsfalvi,G, Andersson,MA et al (2004): Biological effects of Trichoderma harzianum peptaibols on mammalian cells.

146. Appl.Environ.Microbiol. 70(8): 4996-5004.

147. Matha,V, Jegorov,A, Kiess,M, Bruckner,H (1992): Morphological alterations accompanying the effect of peptaibiotics, alpha-aminoisobutyric acid-rich secondary metabolites of filamentous fungi, on Culex pipiens larvae. Tissue Cell 24(4): 559-564.

148. Mathew,MK, Nagaraj,R, Balaram,P (1981): Alamethicin and synthetic peptide fragments as uncouplers of mitochondrial oxidative phosphorylation. Effect of chain length and charge. Biochem.Biophys.Res.Commun. 98(2): 548-555.

149. Krishna,K, Sukumar,M, Balaram,P (1990): Structural chemistry and membrane modifying activity of the fungal polypeptides zervamicins, antiamoebins and efrapeptins. Pure&Appl.Chem. 62(7): 1417-1420.

150. Das,MK, Raghothama,S, Balaram,P (1986): Membrane channel forming polypeptides. Molecular conformation and mitochondrial uncoupling activity of antiamoebin, an alpha-aminoisobutyric acid containing peptide. Biochemistry 25(22): 7110-7117.

151. Okuda,M, Iida,A, Uesato,S, Nagaoka,Y, Fujita,T, Takaishi,Y et al (1994): Fungal metabolites. 10. The effect of peptide antibiotics, trichosporin-Bs, on the respiratory activity of mitochondria. Biol. Pharm. Bull. 17(4): 482-485.

152. Takaishi,Y, Terada,H, Fujita,T (1980): The effect of two new peptide antibiotics, the hypelcins, on mitochondrial function. Experientia 36(5): 550-552.

153. Matic,S, Geisler,DA, Moller,IM, Widell,S, Rasmusson,AG (2005): Alamethicin permeabilizes the plasma membrane and mitochondria but not the tonoplast in tobacco (Nicotiana tabacum L. cv Bright Yellow) suspension cells. Biochem.J. 389(3): 695-704.

154. Raj,PA, Das,MK, Balaram,P (1988): Conformations and Mitochondrial uncoupling activity of synthetic Emerimicin fragments. Biopolymers 27: 683-701.

155. Leclerc,G, Goulard,C, Prigent,Y, Bodo,B, Wroblewski,H, Rebuffat,S (2001): Sequences and antimycoplasmic properties of longibrachins LGB II and LGB III, two novel 20-residue peptaibols from Trichoderma longibrachiatum. J.iVar/.Prod. 64(2): 164-170.

156. Nagaoka,Y, Iida,A, Kambara,T, Asami,K, Tachikawa,E, Fujita,T (1996): Role of proline residue in the channel-forming and catecholamine-releasing activities of the peptaibol, trichosporin-B-VIa. Biochim.Biophys.Acta 1283(1): 31-36.

157. Kaduk,C, Duclohier,H, Dathe,M, Wenschuh,H, Beyermann,M, Molle,G et al (1997): Influence of proline position upon the ion channel activity of alamethicin. Biophys.J. 72(5): 2151-2159.

158. Duclohier,H, Snook,CF, Wallace,В A (1998): Antiamoebin can function as a carrier or as a pore-forming peptaibol. Biochim.Biophys.Acta 1415(1): 255-260.

159. Fonteriz,RI, Lopez,MG, Garcia-Sancho,J, Garcia,AG (1991): Alamethicin channel permeation by Ca2+, Mn2+ and Ni2+ in bovine chromaffin cells. FEBS Lett. 283(1): 8992.

160. Guihard,G, Falk,S, Vachon,V, Laprade,R, Schwartz,JL (1999): Real-time fluorimetric analysis of gramicidin D- and alamethicin-induced K+ efflux from Sf9 and Cfl insect cells. Biochemistry 38(19): 6164-6170.

161. Sakmann,B, Boheim,G (1979): Alamethicin-induced single channel conductance fluctuations in biological membranes. Nature 282(5736): 336-339.

162. Marshall,GR, Hodgkin,EE, Langs,DA, Smith,GD, Zabrocki,J, Leplawy,MT (1990): Factors governing helical preference of peptides containing multiple alpha,alpha-dialkyl amino acids. Proc.Natl.Acacl.Sci U.S.A 87(1): 487-491.

163. Bavoso,A, Benedetti,E, Di,BB, Pavone,V, Pedone,C, Toniolo,C et al (1988): Long, chiral polypeptide 3(10)-helices at atomic resolution. J.Biomol.Struct.Dyn. 5(4): 803-817.

164. Kumita,JR, Weston,CJ, Choo-Smith,LP, Woolley,GA, Smart,OS (2003): Prevention of peptide fibril formation in an aqueous environment by mutation of a single residue to Aib. Biochemistry 42(15): 4492-4498.

165. Nguyen,HH, Imhof,D, Kronen,M, Grafe,U, Reissmann,S (2003): Circular dichroism studies of ampullosporin-A analogues. J.Pept.Sci 9(11-12): 714-728.

166. Toniolo,C, Polese,A, Formaggio,F, Crisma,M, Kamphuis,J (1996): Circular Dichroism Spectrum of a peptide 3(10)-helix. J.Am.Chem.Soc. 118: 2744-2745.

167. Yoder,G, Keiderling,TA, Formaggio,F, Crisma,M, Toniolo,C (1995): Characterization of beta-bend ribbon spiral forming peptides using electronic and vibrational CD. Biopolymers 35(1): 103-111.

168. Anders,R, 0hlenschlager,0, Soskic,V, Wenschuh,H, Heise,B, Brown,LR (2000): The NMR solution structure of the ion channel peptaibol chrysospermin С bound to dodecylphosphocholine micelles. Eur.J.Biochem. 267(6): 1784-1794.

169. Anders,R, Wenschuh,H, Soskic,V, Fischer-Fruhholz,S, 0hlenschlager,0, Dornberger,K et al (1998): A solution NMR study of the selectively 13C, 15N-labeled peptaibol chrysospermin С in methanol. J.Pept.Res. 52(1): 34-44.

170. Cordier,F, Grzesiek,S (1999): Direct Observation of Hydrogen Bonds in Proteins by Interresidue 3hJNC' Scalar Couplings. J.Am.Chem.Soc. 121: 1601-1602.

171. Bunkoczi,G, Schiell,M, Vertesy,L, Sheldrick,GM (2003): Crystal structures of cephaibols. J.Pept.Sci. 9(11-12): 745-752.

172. Karle,IL, Flippen-Anderson,JL, Agarwalla,S, Balaram,P (1991): Crystal structure of Leul.zervamicin, a membrane ion-channel peptide: implications for gating mechanisms. Proc.Natl.Acad.Sci. U.S.A 88(12): 5307-5311.

173. Aubry,A, Bayeul,D, Bruckner,H, Schiemann,N, Benedetti,E (1998): The crystal state conformation of Aib-rich segments of peptaibol antibiotics. J.Pept.Sci. 4(8): 502-510.

174. Kronen,M, Gorls,H, Nguyen,HH, Reissmann,S, Bohl,M, Suhnel,J et al (2003): Crystal structure and conformational analysis of ampullosporin A. J.Pept.Sci. 9(11-12): 729-744.

175. Karle,IL, Balaram,P (1990): Structural characteristics of alpha-helical peptide molecules containing Aib residues. Biochemistry 29(29): 6747-6756.

176. Gessmann,R, Bruckner,H, Petratos,K (2003): Three complete turns of a 3(10)-helix at atomic resolution: the crystal structure of Z-(Aib)l 1-OtBu. J.Pept.Sci 9(11-12): 753-762.

177. Blasio,BDi, Pavone,V, Saviano,M, Lombardi,A, Nastri,F, Pedone,C et al (1992): Structural characterization of the beta-bend ribbon spiral: crystallographic analysis of two long (L-Pro-Aib)n sequential peptides. J.Am.Chem.Soc. 114: 6273-6278.

178. Li,SC, Goto,NK, Williams,KA, Deber,CM (1996): Alpha-helical, but not beta-sheet, propensity of proline is determined by peptide environment. Proc.Natl.Acad.Sci U.S.A 93(13): 6676-6681.

179. Cordes,FS, Bright,JN, Sansom,MS (2002): Proline-induced distortions of transmembrane helices. J.Mol.Biol. 323(5): 951-960.

180. Tieleman,DP, Shrivastava,IH, Ulmschneider,MR, Sansom,MS (2001): Proline-induced hinges in transmembrane helices: possible roles in ion channel gating. Proteins 44(2): 6372.

181. Sansom,MS, Weinstein,H (2000): Hinges, swivels and switches: the role of prolines in signalling via transmembrane alpha-helices. Trends Pharmacol.Sci 21(11): 445-451.

182. Bright,JN, Sansom,MS (2003): The Flexing/Twirling Helix: Exploring the Flexibility about Molecular Hinges Formed by Proline and Glycine Motifs in Transmembrane Helices. J.Phys.Chem.B 107: 627-636.

183. Jiang,Y, Lee,A, Chen,J, Cadene,M, Chait,BT, Mackinnon,R (2002): The open pore conformation of potassium channels. Nature 417(6888): 523-526.

184. Jin,T, Peng,L, Mirshahi,T, Rohacs,T, Chan,KW, Sanchez,R et al (2002): The (beta)gamma subunits of G proteins gate a K(+) channel by pivoted bending of a transmembrane segment. Mol.Cell 10(3): 469-481.

185. Deupi,X, 01ivella,M, Govaerts,C, Ballesteros,JA, Campillo,M, Pardo,L (2004): Ser and Thr residues modulate the conformation of pro-kinked transmembrane alpha-helices. BiophysJ. 86(1): 105-115.

186. Chugh,JK, Bruckner,H, Wallace,BA (2002): Model for a helical bundle channel based on the high-resolution crystal structure of trichotoxinA50E. Biochemistry 41(43): 1293412941.

187. Iida,A, Uesato,S, Shingu,T, Nagaoka,Y, Kuroda,Y, Fujita,T (1993): Fungal metabolites. 7. Solution structure of an antibiotic peptide, trichosporin B-V, from trichoderma-polysporum. J.Chem.Soc.Perkin.Transl 3: 375-379.

188. Rebuffat,S, Prigent,Y, uvin-Guette,C, Bodo,B (1991): Tricholongins BI and BII, 19-residue peptaibols from Trichoderma longibrachiatum. Solution structure from two-dimensional NMR spectroscopy. Eur.J.Biochem. 201(3): 661-674.

189. Esposito,G, Carver,JA, Boyd,J, Campbell,ID (1987): High-resolution 1H NMR study of the solution structure of alamethicin. Biochemistry 26(4): 1043-1050.

190. Kelsh,LP, Ellena,JF, Cafiso,DS (1992): Determination of the molecular dynamics of alamethicin using 13C NMR: implications for the mechanism of gating of a voltage-dependent channel. Biochemistry 31(22): 5136-5144.

191. Spyracopoulos,L, Yee,A, CNeiljJD (1996): Backbone dynamics of ans alamethicin in methanol and aqueous detergent solution determined by heteronuclear 1H-15N NMR spectroscopy. J.Biomol.NMR 7: 283-294.

192. Yee,AA, CNeil,JD (1992): Uniform 15N labeling of a fungal peptide: the structure and dynamics of an alamethicin by 15N and 1H NMR spectroscopy. Biochemistry 31(12): 3135-3143.

193. Dempsey,CE (1995): Hydrogen bond stabilities in the isolated alamethicin helix: pH-dependent amide exchange in methanol. J.Am.Chem.Soc. 117: 7526-7534.

194. Yee,AA, Marat,K, 0'Neil,JD (1997): The interactions with solvent, heat stability, and DC-labelling of alamethicin, an ion-channel-forming peptide. Eur.J.Biochem. 243(1-2): 283291.

195. Yee,A, Babiuk,R, 0'Neil,JD (1995): The conformation of an alamethicin in methanol by multinuclear NMR spectroscopy and Distance Geometry/Simulated Annealing. Biopolymers 36: 781-792.

196. Franklin,JC, Ellena,JF, Jayasinghe,S, Kelsh,LP, Cafiso,DS (1994): Structure of micelle-associated alamethicin from 1H NMR. Evidence for conformational heterogeneity in a voltage-gated peptide. Biochemistry 33(13): 4036-4045.

197. Condamine,E, Rebuffat,S, Prigent,Y, Segalas,I, Bodo,B, Davoust,D (1998): Three-dimensional structure of the ion-channel forming peptide trichorzianin ТА VII bound to sodium dodecyl sulfate micelles. Biopolymers 46(2): 75-88.

198. Yee,A, Szymczyna,B, CNeil,JD (1999): Backbone dynamics of detergent-solubilized alamethicin from amide hydrogen exchange measurements. Biochemistry 38(20): 64896498.

199. Gibbs,N, Sessions,RB, Williams,PB, Dempsey,CE (1997): Helix bending in alamethicin: molecular dynamics simulations and amide hydrogen exchange in methanol. Biophys.J. 72(6): 2490-2495.

200. Sessions,RB, Gibbs,N, Dempsey,CE (1998): Hydrogen bonding in helical polypeptides from molecular dynamics simulations and amide hydrogen exchange analysis: alamethicin and melittin in methanol. Biophys.J. 74(1): 138-152.

201. Vinogradova,0, Sonnichsen,F, Sanders,CR (1998): On choosing a detergent for solution NMR studies of membrane proteins. J.Biomol.NMR 11(4): 381-386.

202. Karle,IL, Flippen-Anderson, JL, Agarwalla,S, Balaram,P (1994): Conformation of the flexible bent helix of Leul-zervamicin in crystal С and a possible gating action for ion passage. Biopolymers 34(6): 721-735.

203. Sansom,MS, Balaram,P, Karle,IL (1993): Ion channel formation by zervamicin-IIB. A molecular modelling study. Eur.Biophys.J. 21(6): 369-383.

204. Korzhnev,DM, Bocharov,EV, Zhuravlyova,AV, Orekhov,VY, Ovchinnikova,TV, Billeter,M et al (2001): Backbone dynamics of the channel-forming antibiotic zervamicin IIB studied by 15N NMR relaxation. FEBS Lett. 495(1-2): 52-55.

205. Karle,IL, Perozzo,MA, Mishra,VK, Balaram,P (1998): Crystal structure of the channel-forming polypeptide antiamoebin in a membrane-mimetic environment. Proc.Natl.Acad.Sci. U.S.A 95(10): 5501-5504.

206. Snook,CF, Woolley,GA, 01iva,G, Pattabhi,V, Wood,SF, Blundell,TL et al (1998): The structure and function of antiamoebin I, a proline-rich membrane-active polypeptide. Structure. 6(6): 783-792.

207. Galbraith,TP, Harris,R, Driscoll,PC, Wallace,В A (2003): Solution NMR studies of antiamoebin, a membrane channel-forming polypeptide. Biophys.J. 84(1): 185-194.

208. Gessmann,R, Benos,P, Bruckner,H, Kokkinidis,M (1999): The crystal structures of the synthetic C-terminal octa- and dodecapeptides of trichovirin. J.Pept.Sci. 5(2): 83-95.

209. Yantorno,R, Takashima,S, Mueller,P (1982): Dipole moment of alamethicin as related to voltage-dependent conductance in lipid bilayers. Biophys.J. 38(2): 105-110.

210. Schwarz,G, Savko,P (1982): Structural and dipolar properties of the voltage-dependent pore former alamethicin in octanol/dioxane. Biophys.J. 39(2): 211-219.

211. Rizzo,V, Stankowski,S, Schwarz,G (1987): Alamethicin incorporation in lipid bilayers: a thermodynamic study. Biochemistry 26(10): 2751-2759.

212. Vodyanoy,I, Hall,JE, Vodyanoy,V (1988): Alamethicin adsorption to a planar lipid bilayer. Biophys.J. 53(5): 649-658.

213. Milov,AD, Tsvetkov,YD, Gorbunova,EY, Mustaeva,LG, Ovchinnikova,TV, Raap,J (2002): Self-aggregation properties of spin-labeled zervamicin IIA as studied by PELDOR spectroscopy. Biopolymers 64(6): 328-336.

214. Schwarz,G, Savko,P, Jung,G (1983): Solvent-dependent structural features of the membrane active peptide trichotoxin A40 as reflected in its dielectric dispersion. Biochim.Biophys.Acta 728(3): 419-428.

215. Roy,G (1975): Properties of the conductance induced in lecithin bilayer membranes by alamethicin. J.Membr.Biol. 24(1): 71-85.

216. Woolley,GA, Deber,CM (1989): A lipid vesicle system for probing voltage-dependent peptide-lipid interactions: application to alamethicin channel formation. Biopolymers 28(1): 267-272.

217. Matsuzaki,K, Takaishi,Y, Fujita,T, Miyajima,K (1991): Hypelcin A, an alpha-aminoisobutiric-acid containing antibiotic prptide, induced fusion of egg yolk-L-alphaphosphatidilcholine small unilamelar vesicles. Colloid and Polimer Science 269(6): 604611.

218. Rebuffat,S, Duclohier,H, uvin-Guette,C, Molle,G, Spach,G, Bodo,B (1992): Membrane-modifying properties of the pore-forming peptaibols saturnisporin SA IV and harzianin HA V. FEMS Microbiol.Immunol. 5(1-3): 151-160.

219. Auvin-Guette,C, Rebuffat,S, Vuidepot,I, Massias,M, Bodo,B (1993): Structural elucidation of Trikoningins KA and KB, peptaibols from Trichoderma koningii. J.Chem.Soc.Perkin.Transl : 249-255.

220. Lucaciu,M, Rebuffat,S, Goulard,C, Duclohier,H, Molle,G, Bodo,B (1997): Interaction of the 14-residue peptaibols, harzianins HC, with lipid bilayers: permeability modifications and conductance properties. Biochim.Biophys.Acta 1323(1): 85-96.

221. Auvin-Guette,C, Rebuffat,S, Prigent,Y, Bodo,B (1992): Trichogin A IV, an 11-residue lipopeptaibol from trichoderma longibranchiatum. J.Am.Chem.Soc. 114: 2170-2174.

222. Matsuzaki,K, Nakai,S, Handa,T, Takaishi,Y, Fujita,T, Miyajima,K (1989): Hypelcin A, an alpha-aminoisobutyric acid containing antibiotic peptide, induced permeability change of phosphatidylcholine bilayers. Biochemistry 28(24): 9392-9398.

223. Vogel,H (1987): Comparison of the conformation and orientation of alamethicin and melittin in lipid membranes. Biochemistry 26(14): 4562-4572.

224. Fringeli,UP, Fringeli,M (1979): Pore formation in lipid membranes by alamethicin. Proc.Natl.AcadSciU.S.A 76(8): 3852-3856.

225. Haris,PI, Chapman,D (1988): Fourier transform infrared spectra of the polypeptide alamethicin and a possible structural similarity with bacteriorhodopsin. Biochim.Biophys.Acta 943(2): 375-380.

226. Schwarz,G, Stankowski,S, Rizzo,V (1986): Thermodynamic analysis of incorporation and aggregation in a membrane: application to the pore-forming peptide alamethicin. Biochim.Biophys.Acta 861(1): 141-151.

227. Schwarz,G, Gerke,H, Rizzo,V, Stankowski,S (1987): Incorporation kinetics in a membrane, studied with the pore-forming peptide alamethicin. Biophys.J. 52(5): 685-692.

228. Stankowski,S, Schwarz,UD, Schwarz,G (1988): Voltage-dependent pore activity of the peptide alamethicin correlated with incorporation in the membrane: salt and cholesterol effects. Biochim.Biophys.Acta 941(1): 11-18.

229. Barranger-Mathys,M, Cafiso,DS (1994): Collisions between helical peptides in membranes monitored using electron paramagnetic resonance: evidence that alamethicin is monomelic in the absence of a membrane potential. Biophys.J. 67(1): 172-176.

230. Wille,B, Franz,B, Jung,G (1989): Location and dynamics of alamethicin in unilamellar vesicles and thylakoids as model systems. A spin label study. Biochim.Biophys.Acta 986(1): 47-60.

231. Archer,SJ, Cafiso,DS (1991): Voltage-dependent conductance for alamethicin in phospholipid vesicles. A test for the mechanism of gating. Biophys.J. 60(2): 380-388.

232. Cascio,M, Wallace,BA (1988): Conformation of alamethicin in phospholipid vesicles: implications for insertion models. Proteins 4(2): 89-98.

233. Woolley,GA, Wallace,В A (1993): Temperature dependence of the interaction of alamethicin helices in membranes. Biochemistry 32(37): 9819-9825.

234. Woolley,GA, Epand,RM, Kerr,ID, Sansom,MS, Wallace,В A (1994): Alamethicin pyromellitate: an ion-activated channel-forming peptide. Biochemistry 33(22): 6850-6858.

235. Le,DT, el,HM, Rebuffat,S, Rajesvari,MR, Bodo,B (1986): Fluorescence studies of the interaction of trichorzianine A IIIc with model membranes. Biochim.Biophys.Acta 858(1): 1-5.

236. Baneijee,U, Zidovetzki,R, Birge,RR, Chan,SI (1985): Interaction of alamethicin with lecithin bilayers: a 31P and 2H NMR study. Biochemistry 24(26): 7621-7627.

237. Latorre,R, Miller,CG, Quay,S (1981): Voltage-dependent conductance induced by alamethicin-phospholipid conjugates in lipid bilayers. Biophys.J. 36(3): 803-809.

238. Dempsey,CE, Handcock,LJ (1996): Hydrogen bond stabilities in membrane-reconstituted alamethicin from amide-resolved hydrogen-exchange measurements. Biophys.J. 70(4): 1777-1788.

239. Bak,M, Bywater,RP, Hohwy,M, Thomsen,JK, Adelhorst,K, Jakobsen,HJ et al (2001): Conformation of alamethicin in oriented phospholipid bilayers determined by (15)N solid-state nuclear magnetic resonance. Biophys.J. 81(3): 1684-1698.

240. North,CL, Barranger-Mathys,M, Cafiso,DS (1995): Membrane orientation of the N-terminal segment of alamethicin determined by solid-state 15N NMR. Biophys.J. 69(6): 2392-2397.

241. Barranger-Mathys,M, Cafiso,DS (1996): Membrane structure of voltage-gated channel forming peptides by site-directed spin-labeling. Biochemistry 35(2): 498-505.

242. Okazaki,T, Sakoh,M, Nagaoka,Y, Asami,K (2003): Ion channels of alamethicin dimer N-terminally linked by disulfide bond. Biophys.J. 85(1): 267-273.

243. Sakoh,M, Okazaki,T, Nagaoka,Y, Asami,K (2003): N-terminal insertion of alamethicin in channel formation studied using its covalent dimer N-terminally linked by disulfide bond. Biochim.Biophys.Acta 1612(1): 117-121.

244. La,RP, Biggin,PC, Tieleman,DP, Sansom,MS (1999): Simulation studies of the interaction of antimicrobial peptides and lipid bilayers. Biochim.Biophys.Acta 1462(1-2): 185-200.

245. Kessel,A, Cafiso,DS, Ben-Tal,N (2000): Continuum solvent model calculations of alamethicin-membrane interactions: thermodynamic aspects. Biophys.J. 78(2): 571-583.

246. Kessel,A, Schulten,K, Ben-Tal,N (2000): Calculations suggest a pathway for the transverse diffusion of a hydrophobic peptide across a lipid bilayer. Biophys.J. 79(5): 2322-2330.

247. Jayasinghe,S, Barranger-Mathys,M, Ellena,JF, Franklin,C, Cafiso,DS (1998): Structural features that modulate the transmembrane migration of a hydrophobic peptide in lipid vesicles. Biophys.J 74(6): 3023-3030.

248. Fringeli,UP (1980): Distribution and diffusion of alamethicin in a lecithin/water model membrane system. J.Membr.Biol. 54(3): 203-212.

249. Tieleman,DP, Sansom,MS, Berendsen,HJ (1999): Alamethicin helices in a bilayer and in solution: molecular dynamics simulations. Biophys.J. 76(1): 40-49.

250. Huang,HW, Wu,Y (1991): Lipid-alamethicin interactions influence alamethicin orientation. Biophys.J. 60: 1079-1087.

251. Kikukawa,T, Araiso,T (2002): Changes in lipid mobility associated with alamethicin incorporation into membranes. Arch.Biochem.Biophys. 405(2): 214-222.

252. He,K, Ludtke,SJ, Heller, WT, Huang,HW (1996): Mechanism of alamethicin insertion into lipid bilayers. Biophys.J. 71(5): 2669-2679.

253. Wu,Y, He,K, Ludtke,SJ, Huang,HW (1995): X-ray diffraction study of lipid bilayer membranes interacting with amphiphilic helical peptides: diphytanoyl phosphatidylcholine with alamethicin at low concentrations. Biophys.J. 68(6): 2361-2369.

254. Stankowski,S, Schwarz,G (1989): Lipid dependence of peptide-membrane interactions. Bilayer affinity and aggregation of the peptide alamethicin. FEBS Lett. 250(2): 556-560.

255. Keller,SL, Gruner,SM, Gawrisch,K (1996): Small concentrations of alamethicin induce a cubic phase in bulk phosphatidylethanolamine mixtures. Biochim.Biophys.Acta 1278(2): 241-246.

256. Brumfeld,V, Miller,IR (1990): Electric field dependence of alamethicin channels. Biochim.Biophys.Acta 1024(1): 49-53.

257. Helluin,0, Dugast,JY, MoIle,G, Mackie,AR, Ladha,S, Duclohier,H (1997): Lateral diffusion and conductance properties of a fluorescein-labelled alamethicin in planar lipid bilayers. Biochim.Biophys.Acta 1330(2): 284-292.

258. Ide,T, Yanagida,T (1999): An artificial lipid bilayer formed on an agarose-coated glass for simultaneous electrical and optical measurement of single ion channels. Biochem.Biophys.Res.Commun. 265(2): 595-599.

259. Kropacheva,TN, Salnikov,ES, Nguyen,HH, Reissmann,S, Yakimenko,ZA, Tagaev,AA et al (2005): Membrane association and activity of 15/16-membered peptide antibiotics: Zervamicin IIB, ampullosporin A and antiamoebin I. Biochim.Biophys.Acta 1715(1): 6-18.

260. Nagaoka,Y, Iida,A, Kambara,T, Asami,K, Fujita,T (1996): Role of Gln7 in the ion-channel-forming properties of the peptaibol trichosporin-B-VIa. Chem.Commun. 10791080.

261. Grigoriev,P, Schlegel,R, Dornberger,K, Grafe,U (1995): Formation of membrane channels by chrysospermins, new peptaibol antibiotics. Biochim.Biophys.Acta 1237(1): 1-5.

262. Duclohier,H, Alder,GM, Bashford,CL, Bruckner,H, Chugh,JK, Wallace,BA (2004): Conductance studies on trichotoxinA50E and implications for channel structure. Biophys.J. 87(3): 1705-1710.

263. Eisenberg,M, Hall,JE, Mead,CA (1973): The nature of the voltage-dependent conductance induced by alamethicin in black lipid membranes. J.Membr.Biol. 14(2): 143-176.

264. Mayer,M, Kriebel,JK, Tosteson,MT, Whitesides,GM (2003): Microfabricated teflon membranes for low-noise recordings of ion channels in planar lipid bilayers. Biophys. J. 85(4): 2684-2695.

265. Taylor,RJ, de,LR (1991): "Reversed" alamethicin conductance in lipid bilayers. Biophys. J. 59(4): 873-879.

266. Мак,DO, Webb, WW (1995): Two classes of alamethicin transmembrane channels: molecular models from single-channel properties. Biophys.J. 69(6): 2323-2336.

267. You,S, Peng,S, Lien,L, Breed,J, Sansom,MS, Woolley,GA (1996): Engineering stabilized ion channels: covalent dimers of alamethicin. Biochemistry 35(20): 6225-6232.

268. Hall,JE (1975): Access resistance of a small circular pore. Gen.Physiol. 66(4): 531-532.

269. Boheim,G, Hanke,W, Jung,G (1983): Alamethicin pore formation: Voltage-dependent flip-flop of a-helix dipoles. Biophys.Struct.Mech 9: 181-191.

270. Jaikaran,DC, Biggin,PC, Wenschuh,H, Sansom,MS, Woolley,GA (1997): Structure-function relationships in helix-bundle channels probed via total chemical synthesis of alamethicin dimers: effects of a Gln7 to Asn7 mutation. Biochemistry 36(45): 1387313881.

271. Woolley,GA, Biggin,PC, Schultz,A, Lien,L, Jaikaran,DC, Breed,J et al (1997): Intrinsic rectification of ion flux in alamethicin channels: studies with an alamethicin dimer. Biophys.J. 73(2): 770-778.

272. Rink,T, Bartel,H, Jung,G, Bannwarth,W, Boheim,G (1994): Effects of polycations on ion channels formed by neutral and negatively charged alamethicins. Eur.Biophys.J. 23(3): 155-165.

273. Boheim,G, Hanke,W, Eibl,H (1980): Lipid phase transition in planar bilayer membrane and its effect on carrier- and pore-mediated ion transport. Proc.Natl.AcadSci.U.S.A 77(6): 3403-3407.

274. Bruner,LJ, Hall,JE (1983): Pressure effects on alamethicin conductance in bilayer membranes. Biophys.J. 44(1): 39-47.

275. Opsahl,LR, Webb, WW (1994): Transduction of membrane tension by the ion channel alamethicin. Biophys.J. 66(1): 71-74.

276. Aguilella,VM, Bezrukov,SM (2001): Alamethicin channel conductance modified by lipid charge. Eur.Biophys.J. 30(4): 233-241.

277. Cantor,RS (2002): Size distribution of barrel-stave aggregates of membrane peptides: influence of the bilayer lateral pressure profile. Biophys.J. 82(5): 2520-2525.

278. Dan,N, Safran,SA (1998): Effect of lipid characteristics on the structure of transmembrane proteins. Biophys.J. 75(3): 1410-1414.

279. Hanke,W, Boheim,G (1980): The lowest conductance state of the alamethicin pore. Вiochim.Biophys.Acta 596(3): 456-462.

280. Koide,N, Asami,K, Fujita,T (1997): Ion-channels formed by hypelcins, antibiotic peptides, in planar bilayer lipid membranes. Biochim.Biophys.Acta 1326(1): 47-53.

281. Starostin,AV, Butan,R, Borisenko,V, James,DA, Wenschuh,H, Sansom,MS et al (1999): An anion-selective analogue of the channel-forming peptide alamethicin. Biochemistry 38(19): 6144-6150.

282. Asami,K, Okazaki,T, Nagai,Y, Nagaoka,Y (2002): Modifications of alamethicin ion channels by substitution of Glu-7 for Gln-7. Biophys.J. 83(1): 219-228.

283. Lougheed,T, Zhang,Z, Andrew,WG, Borisenko,V (2004): Engineering charge selectivity in model ion channels. Bioorg.Med.Chem. 12(6): 1337-1342.

284. Borisenko,V, Sansom,MS, Woolley,GA (2000): Protonation of lysine residues inverts cation/anion selectivity in a model channel. Biophys.J. 78(3): 1335-1348.

285. Bezrukov,SM, Vodyanoy,! (1993): Probing alamethicin channels with water-soluble polymers. Effect on conductance of channel states. Biophys.J. 64(1): 16-25.

286. Ternovsky,VI, Grigoriev,PA, Berestovsky,GN, Schlegel,R, Dornberger,K, Grafe,U (1997): Effective diameters of ion channels formed by homologs of the antibiotic chrysospermin. Membr. Cell Biol. 11(4): 497-505.

287. Vodyanoy,I, Bezrukov,SM, Parsegian,VA (1993): Probing alamethicin channels with water-soluble polymers. Size-modulated osmotic action. Biophys.J. 65(5): 2097-2105.

288. Matsue,T, Shiku,H, Yamada,H, Uchida,I (1994): Permselectivity of voltage-gated alamethicin ion channel studied by microamperometry. J.Phys.Chem. 98: 11001-11003.

289. Grigoriev,PA, Berg,A, Schlegel,R, Grafe,U (1997): Differences in ion permeability of an artificial bilayer membrane caused by ampullosporin and bergofungin, new 15-membered peptaibol-type. Bioelectrochemistry and Bioenergetics 44: 155-158.

290. Duval,D, Riddell,FG, Rebuffat,S, Platzer,N, Bodo,B (1998): Ionophoric activity of the antibiotic peptaibol trichorzin PA VI: a 23Na- and 35C1-NMR study. Biochim.Biophys.Acta 1372(2): 370-378.

291. Miller,IR, Doll,L (1990): Release of ions from large unilamellar vesicles by alamethicin and by melittin. Bioelectrochemistry and Bioenergetics 24: 323-333.

292. O'Reilly,AO, Wallace,BA (2003): The peptaibol antiamoebin as a model ion channel: similarities to bacterial potassium channels. J.Pept.Sci. 9(11-12): 769-775.

293. Tieleman,DP, Berendsen,HJ, Sansom,MS (1999): Surface binding of alamethicin stabilizes its helical structure: molecular dynamics simulations. Biophys.J. 76(6): 3186-3191.

294. Tieleman,DP, Berendsen,HJ, Sansom,MS (2001): Voltage-dependent insertion of alamethicin at phospholipid/water and octane/water interfaces. Biophys.J. 80(1): 331-346.

295. Tieleman,DP, Berendsen,HJ, Sansom,MS (1999): An alamethicin channel in a lipid bilayer: molecular dynamics simulations. Biophys.J. 76(4): 1757-1769.

296. Ranee,M, Sorensen,OW, Bodenhausen,G, Wagner,G, Ernst,RR, Wuthrich,K (1983): Improved spectral resolution in COSY 1H NMR spectra of proteins via double quantum filtering. Biochem.Biophys Res.Commun. 117(2): 479-485.

297. Griesinger,C, Otting,G, Wuthrich,K, Ernst,RR (1988): Clean TOCSY for 'H spin system identification in macromolecules. J.Am.Chem.Soc. 110: 7870-7872.

298. Jeener,J, Meir,CN, Bachman,P, Ernst,RR (1979): Investigation of exchange processes by two-dimensional NMR spectroscopy. J.Chem.Phys. 71: 4546-4553.

299. Marion,D, Ikura,M, Tschudin,R, Bax,A (1989): Rapid recording of 2D NMR spectra without phase cycling. Application to the study of hydrogen exchange in proteins. J.Magn.Reson. 85: 393-399.

300. Piotto,M, Saudek,V, Sklenar,V (1992): Gradient-tailored excitation for single-quantum NMR spectroscopy of aqueous solutions. J.Biomol.NMR 2(6): 661-665.

301. Lippens,G, Dhalluin,C, Wieruszeski,JM (1995): Use of a water flip-back pulse in the homonuclear NOESY experiment. J.Biomol.NMR 5: 327-331.

302. В artels,С, Xia,T, Billiter,M, Guntert,P, Wuthrieh,K (1995): The program XEASY for computer-supported NMR spectral analysis of biological macromolecules. J.Biomol.NMR. 6: 1-10.

303. Wuthrich,K (1986): NMR of Proteins and Nucleic Acids : John Wiley and Sons, New York.

304. Program Insight II; Accelrys San Diego, CA, USA. (2000).

305. Grzesiek,S, Bax,A (1992): Improved 3D triple-resonance NMR techniques applied to a 31-kDa protein. J.Magn.Reson. 96: 432-440.

306. Clubb,RT, Thanabal,V, Wagner,G (1992): A constant-time 3-dimensional triple-resonance pulse scheme to correlate intraresidue 1HN, 15N, and 13 С1 chemical-shifts in 15N-OC'-labeled proteins .J.Magn.Reson. 97: 213-217.

307. Brown,LR, Farmer,ВТ (1989): Rotating-frame nuclear Overhauser effect. Methods Enzymol. 176: 199-216.

308. Koradi,R, Billeter,M, Wuthrich,K (1996): MOLMOL: a program for display and analysis of macromolecular structures. J.Mol.Graph. 14(1): 51-55. Program SYBYL; Tripos,Inc. St.Louis, MO, USA. (1992).

309. Wishart,DS, Case,DA (2001): Use of chemical shifts in macromolecular structure determination. Methods Enzymol. 338: 3-34.

310. Baxter,NJ, Williamson,MP (1997): Temperature dependence of 1H chemical shifts in proteins. J.Biomol.NMR 9(4): 359-369.

311. Cornilescu,G, Ramirez,BE, Frank,K, Clore,GM, Gronenborn,AM, Bax,A (1999): Correlation between 3hJNC' and Hydrogen Bond Length in Proteins. J.Am.Chem.Soc. 121: 6275-6279.

312. Baker,EN, Hubbard,RE (1984): Hydrogen bonding in globular proteins. Prog.Biophys.Mol.Biol. 44(2): 97-179.

313. Barfield,M (2002): Structural dependencies of interresidue scalar coupling (h3)J(NC') and donor (1)H chemical shifts in the hydrogen bonding regions of proteins. J.Am.Chem.Soc. 124(15): 4158-4168.

314. Scheurer,C, Bruschweiler,R (1999): Quantum-chemical characterization of nuclear spin-spin couplings across hydrogen bonds. J.Am.Chem.Soc. 121: 8661-8662.

315. Markwick,PR, Sprangers,R, Sattler,M (2003): Dynamic effects on j-couplings across hydrogen bonds in proteins. J.Am.Chem.Soc. 125(3): 644-645.

316. Jaravine,VA, Alexandrescu,AT, Grzesiek,S (2001): Observation of the closing of individual hydrogen bonds during TFE-induced helix formation in a peptide. Protein Sci. 10(5): 943-950.

317. Juranic,N, Ilich,PK, Macura,S (1995): Hydrogen bonding networks in proteins as revealed by the amide 1JNC' coupling constant. J.Am.Chem.Soc. 117: 405-410.

318. Llinas,M, Klein,MP (1975): Charge relay at the peptide bond. A proton magnetic resonance study of solvation effects on the amide electron density distribution. J.Am.Chem.Soc. 97: 4731-4737.

319. Juranic,N, Moncrieffe,MC, Likic,VA, Prendergast,FG, Macura,S (2002): Structural dependencies of h3JNC' scalar coupling in protein H-bond chains. J.Am.Chem.Soc. 124(47): 14221-14226.

320. Asakura,T, Taoka,K, Demura,M, Williamson,MP (1995): The relationship between amide proton chemical shifts and secondary structure in proteins. J.Biomol.NMR 6: 227-236.

321. Blanco,FJ, Herranz,J, Gonzalez,C, Jimenez,MA, Rico,M, Santoro,J et al (1992): NMR chemical shifts: a tool to characterize distortions of peptide and protein helices. J.Am.Chem.Soc. 114: 9676-9677.

322. Brown,LR, Bosch,K, Wuthrich,K (1981): Location and orientation relative to the micelle surface for glucagon in mixed micelles with dodecylphosphocholine. Biochim.Biophys.Acta 642: 296-312.

323. Lauterwein,J, Bosch,C, Brown,LR, Wuthrich,K (1979): Physicochemical studies of the protein-lipid interactions in melittin-containing micelles. Biochim.Biophys.Acta 556(2): 244-264.