Исследование структур фермент-лигандных комплексов аденозина и его 2'-, 3'- и 5'-замещённых аналогов с аденозиндезаминазой млекопитающих методами компьютерной химии тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.03, кандидат химических наук Миргородский, Денис Викторович

• Миргородский, Денис Викторович
• кандидат химических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат химических наук Миргородский, Денис Викторович

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Кинетические и структурно-функциональные исследования механизма реакции дезаминирования аденозина и его аналогов аденозиндезаминазой млекопитающих

1.2. Система обозначений конформационных параметров молекул 20 пуриновых нуклеозидов и их аналогов по номенклатуре IUPAC-IUBMB

1.3. Складчатость рибофуранозного цикла

1.4. Структурные, конформационные и стереохимические 28 требования к аналогам аденозина, необходимые для их ферментативного дезаминирования

1.5. Теоретические исследования аденозина и его аналогов как 41 антагонистов и ингибиторов аденозиндезаминазы млекопитающих

ГЛАВА 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

2.1. Построение исходных структур молекул нуклеозидов

2.2. %шчёт зарядов на атомах в молекулах нуклеозидов

2.3. Расчёт наиболее устойчивых и близких к оптимальным для 48 акцептирования в активном центре АДА конформаций у исследуемых структур молекул нуклеозидов

2.4. Расчёт зарядов на атомах в протонированных остатках 50 аминокислот и в комплексе с ионом цинка

2.5. Оптимизация геометрии комплексов АДА-нуклеозид методом молекулярной механики в силовом поле Amber

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Аденозин и его замещённые рибоаналоги

3.2. Ксилоаденозин и его замещённые аналоги

3.3. Арабиноаденозин и его замещённые аналоги, ликсоаденозин

3.4. Возможный механизм акцептирования аденозина и его аналогов 90 в активном центре АДА млекопитающих и его уточнение для 2'-,

3'- и 5'-замещённых аналогов аденозина

ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование структур фермент-лигандных комплексов аденозина и его 2'-, 3'- и 5'-замещённых аналогов с аденозиндезаминазой млекопитающих методами компьютерной химии»

Актуальность работы. Аденозиндезаминаза (АДА, КФ 3.5.4.4) -фермент, играющий исключительно важную роль в метаболизме пуриновых нуклеозидов и регуляции клеточного иммунитета у человека и животных. АДА необратимо дезаминирует аденозин и его различные аналоги, включая фармакологически активные, в инозин и его соответствующие малоактивные аналоги путём гидролитического замещения ИНг-группы на ОН-группу в положении 6 остатка пурина или другого гетероцикла. Недостаток этого фермента в лимфоидных тканях приводит к тяжёлому комбинированному иммунодефициту (ТКИД), связанному с угнетающим действием избытка 2'-дезоксиаденозина на биосинтез ДНК в Т- и В-лимфоцитах (образующийся 2'-дезоксиаденозин-5'-трифосфат аллостерически ингибирует рибонуклео-тидредуктазу) и, как следствие, на их размножение.

Исследование взаимодействий в системах фермент-лиганд на примере системы «АДА-аналог аденозина» методами квантовой химии и молекулярной механики позволяет на атомном уровне получить данные о взаимосвязи структур фермент-лигандных комплексов с субстратными свойствами этих лигандов, которые невозможно получить экспериментальными методами.

Существуют лишь единичные работы, в которых методами компьютерной химии исследовались отдельные аналоги аденозина в комплексе с АДА. Несмотря на наличие ряда рентгеноструктурных данных для комплексов АДА-ингибитор, многие аспекты взаимодействия аналогов субстрата и взаимосвязь их с субстратными свойствами в отношении АДА млекопитающих остаются неизученными. Поэтому теоретическое исследование особенностей акцептирования 2'-, У- и 5'-замещённых аналогов аденозина (производных p-D-рибофуранозы, (3-£)-арабинофуранозы, Р-£)-ксилофуранозы, (3-£>-ликсофуранозы и др.) в активном центре АДА методами компьютерной химии представляется актуальным. Установление влияния структурных и стереохимических факторов на субстратную активность у этих аналогов аденозина в отношении АДА млекопитающих необходимо для направленного поиска в этих группах новых нуклеозидов с возможной химиотерапевтической активностью (противовирусной, противоопухолевой, иммуносупрессорной).

Работа выполнялась при финансовой поддержке РФФИ (проект 01-0449938).

Целью работы явилось исследование оптимизированных структур фермент-лигандных комплексов «АДА-аналог аденозина» и установление взаимосвязи их параметров с субстратными свойствами соответствующих аналогов аденозина.

Для достижения поставленной цели решались следующие задачи:

1) получение распределения зарядов методом ab initio в базисе 6-31G* (6-311G- для бромопроизводных) в молекулах исследуемых нуклеозидов и поиск их конформаций - наиболее устойчивых и оптимальных для акцептирования активным центром АДА - с использованием метода молекулярной механики с силовым полем Amber99;

2) получение распределения зарядов методом ab initio (базисный набор 6-31G*) в остатках аминокислот с нестандартным состоянием протонирования или находящихся в комплексе с ионом цинка и создание стартовой модели полного комплекса АДА-1-деазааденозин на базе исходной структуры 1ADD из Protein Data Bank для последующего замещения 1-деазааденозина на аденозин или его аналог;

3) ступенчатая оптимизация полученных структур фермент-лигандных комплексов в силовом поле Amber99;

4) анализ геометрических и энергетических параметров оптимизированных структур комплексов «АДА-аналог аденозина»;

5) установление структурных, стереохимических и конформационных факторов, приводящих к различиям в субстратных свойствах для 2'-, 3'- и 5'-замещённых аналогов аденозина в отношении АДА млекопитающих.

Научная новизна. В работе впервые получены следующие результаты:

1) методами компьютерной химии созданы и оптимизированы фермент-лигандные комплексы «АДА-аналог аденозина», содержащие аналоги аденозина с заместителями в положениях 2', 3' и 5' фуранозного цикла;

2) проведён сравнительный анализ геометрических и энергетических параметров для оптимизированных структур комплексов «АДА-аналог аденозина»;

3) установлено, что нахождение фуранозного цикла в //-области псевдовращения является необходимым условием для эффективного акцептирования аналога аденозина активным центром АДА;

4) установлены структурные, стереохимические и конформационные корреляции в комплексах «АДА-аналог аденозина» с экспериментальными данными по субстратным свойствам в отношении АДА для изученных аналогов аденозина.

Практическая значимость работы. Исследование и сравнительный анализ геометрических и энергетических параметров оптимизированных структур фермент-лигандных комплексов для 2'-, 3'- и 5'-замещённых аналогов аденозина с АДА млекопитающих совместно с анализом взаимосвязи их субстратной активности в отношении этого фермента позволит проводить направленный поиск новых аналогов аденозина с ожидаемыми субстратными и ингибиторными свойствами, которые могут проявлять различные виды химиотерапевтической активности.

Предложенные подходы к исследованию фермент-лигандных комплексов методами компьютерной химии могут быть распространены на другие ферменты, для которых известны рентгеноструктурные данные по их фермент-ингибиторным комплексам.

На защиту выносятся: — результаты исследования оптимизированных структур фермент-лигандных комплексов «АДА-аналог аденозина», включая установление того факта, что нахождение фуранозного цикла в iV-области псевдовращения является необходимым условием для эффективного акцептирования аналога аденозина активным центром АДА;

- результаты исследования влияния структурных и стереохимических факторов, приводящих к различиям в субстратных свойствах для АДА у исследуемых групп аналогов аденозина;

- установление основных критериев для акцептирования 2'-, У- и 5'-замещённых аналогов аденозина активным центром АДА млекопитающих.

Личный вклад автора заключается в постановке научно-исследовательской работы, планировании подходов к её решению, определении характера проводимых расчётов, обсуждении взаимосвязи структуры фермент-лигандных комплексов с субстратными свойствами 2'-, 3'- и 5'-замещённых аналогов аденозина в отношении АДА млекопитающих, установления влияния ориентации и природы заместителей в положениях 2', 3' и 5' фуранозного цикла на субстратные свойства соответствующих аналогов аденозина.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 3 статьи и 4 тезиса докладов.

Структура и объём диссертации. Диссертационная работа состоит из введения, трёх глав, выводов, списка использованных источников и приложения. Текст диссертации изложен на 105 страницах машинописного текста, содержит 16 таблиц, 24 рисунка, 85 литературных ссылок на работы отечественных и зарубежных авторов. В первой главе проанализированы литературные данные по структурно-функциональным исследованиям субстратных свойств аналогов аденозина в отношении АДА млекопитающих, в частности 2'-, У- и 5'-замещённых аналогов аденозина, и их теоретическим исследованиям с использованием различных методов квантовой хихмии и молекулярной механики. Вторая глава посвящена обсуждению полученных результатов. Третья глава содержит экспериментальные материалы автора. Приложение (20 с.) содержит подробные данные по результатам расчётов фермент-лигандных комплексов и листинги расчётов их конформационных парахМетров.

Заключение диссертации по теме «Органическая химия», Миргородский, Денис Викторович

ВЫВОДЫ

1. Разработаны методики создания, расчёта и анализа структур фермент-лигандных комплексов «АДА-аналог аденозина», содержащие аналоги аденозина с заместителями в положениях 2', 3' и 5' фуранозного цикла.

2. Установлено, что нахождение фуранозного цикла в TV-области псевдовращения (группа СЗ'-эндо) является необходимым условием для эффективного связывания аналога аденозина активным центром АДА. В случае стартовой ^-области молекулы нуклеозида наблюдаются либо конформационный S-+N- переход, либо неоптимальность геометрических параметров оптимизированных фермент-лигандных комплексов.

3. Установлено, что величина торсионного угла (3 должна находиться в пределах -80.-90° (-синклинальная конформация). Уменьшение его значения ниже -100° (-антиклинальная конформация) приводит к резкому ухудшению и исчезновению субстратных свойств у соответствующих аналогов аденозина, так как нарушается соответствующая водородная связь между 5'-ОН-группой нуклеозида и СОО~-группой остатка Asp 19 в активном центре АДА.

4. Для рибоаналогов аденозина наличие заместителя при атоме СЗ' в Р-ориентации приводит к стерическим затруднениям в образовании водородной связи между атомом водорода Н05' субстрата и атомом кислорода СОО~-группы остатка Asp 19. Ван-дер-ваальсовый радиус этого заместителя не должен превышать 1.8 А, чтобы соединение проявляло субстратные свойства (этинильная группа). Увеличение размеров заместителя при атоме СЗ' в а-ориентации влияет на ухудшение субстратных свойств аналога гораздо сильнее, чем при атоме С2' в той же ориентации вследствие его влияния на образование той же водородной связи.

5. Для ксилоаналогов аденозина наличие заместителя при атоме СЗ' в Р-ориентации приводит к сходному его влиянию, как и в случае рибоаналогов. Поэтому наилучшими субстратными свойствами обладают соединения, у которых в Р-ориентации при атоме СЗ' находятся атомы водорода или фтора. При достижении ван-дер-ваальсового радиуса этого заместителя величины 1.8 А субстратные свойства у аналога полностью исчезают вследствие невозможности его акцептирования активным центром АДА.

6. Для арабиноаналогов аденозина увеличение объёма заместителя при атоме С2' в Р-ориентации приводит к стерическим затруднениям при вращении вокруг гликозидной связи нуклеозида и ухудшению субстратных свойств вплоть до полного их исчезновения. К аналогичному явлению также приводит наличие заместителя при атоме СЗ' в а-ориентации, что связано с влиянием этого заместителя на образование водородной связи между атомом водорода Н05' субстрата и атомом кислорода СОСГ-группы остатка Asp 19. Наилучшими субстратами для АДА являются те арабиноаналоги аденозина, которые имеют в соответствующих положениях остатков фуранозы атомы водорода или фтора.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Миргородский, Денис Викторович, 2004 год

1. Franco R., Valenzuela A., Lluis С., Blanco J. Enzymatic and extraenzymatic role of ecto-adenosine deaminase in lymphocytes// Immunol. Rev. 1998. V. 161. P. 27-42.

2. Wilson D.K., Rudolph F.B., Quiocho F.A. Atomic structure of adenosine deaminase complexed with a transition-state analog: understanding catalysis and immunodeficiency mutations // Science. 1991. V. 252. N 5010. P. 1278-1284.

3. Kefford R.F., Fox R.M. Purinogenic lymphocytotoxicity: clues to a wider chemotherapeutic potential for the adenosine deaminase inhibitors// Cancer Chemother, and Pharmacol. 1983. V. 10. N 2. P. 73-78.

4. Valentine W.N., Tanaka K.R., Paglia D.E. Hemolytic anemias and erythrocyte enzymopathies // Ann. Intern. Med. 1985. V. 103. N 2. P. 245-257.

5. Agarwal R.P. Inhibitors of adenosine deaminase// Pharmacol, and Ther. 1982. V. 17. N3. P. 399-429.

6. Glazer R.I. Adenosine deaminase inhibitors: their role in chemotherapy and immunosuppression// Cancer Chemother, and Pharmacol. 1980. V. 4. N4. P. 227-235.

7. Bennett L.L., Jr, Allan P.W., Carpenter J.W., Hill D.L. Nucleosides of 2-aza-purines cytotoxicities and activities as substrates for enzymes metabolizing purine nucleosides // Biochem. Pharmacol. 1976. V. 25. N 5. P. 517-521.

8. Chao D.L., Kimball A.P. Deamination of arabinosyladenine by adenosine deaminase and inhibition by arabinosyl-6-mercaptopurine// Cancer Res. 1972. V. 32. N8. P. 1721-1724.

9. Dutta S.P., Bernacki R.J., Bloch A., Chheda G.B. Synthesis and biological activity of 6-hydroxyguanidino- and 6-hydroxyureidopurine and their ribonucleosides //Nucleosides and Nucleotides. 1990. V. 9. N 2. P. 151-162.

10. Bussolari J.C., Ramesh K., Stoeckler J.D., Chen S.F., Panzica R.P. Synthesis and biological evaluation of N -substituted imidazo- and v-triazolo-4,5-aOpyridazine nucleosides // J. Med. Chem. 1993. V. 36. N 25. P. 4113-4120.

11. Oertel F., Winter H., Kazimierczuk Z., Vilpo J.A., Richter P., Seela F. Synthesis and properties of methylthiopyrazolo3,4-c/.pyrimidine 2'-deoxy-j8-D-ribonucleosides // Liebigs Ann. Chem. 1992. N 11. P. 1165-1170.

12. Baker D.C., Haskell Т.Н., Putt S.R. Prodrugs of 9-/3-D-arabino-furanosyl-adenine. 1. Synthesis and evaluation of some 5'-(O-acyl)-derivatives// J. Med. Chem. 1978. V. 21. N 12. P. 1218-1221.

13. Nair V., Nuesca Z.M. Isodideoxynucleosides: A conceptually new class of nucleoside antiviral agents// J. Amer. Chem. Soc. 1992. V. 114. N20. P. 79517953.

14. Калиниченко Е.Н., Бейгельман JI.H., Михайлов С.Н., Михайлопуло И.А. Субстратная специфичность аденозиндезаминазы. Роль метальных групп при 2', 3' и 5'-атомах углерода аденозина// Биоорган, химия. 1988. Т. 14. №9. С. 1157-1161.

15. Barchi J.Jr., Marquez V.E., Driscoll J.S., Ford H. Jr., Mitsuya H., Shirasaka Т., Aoki S., Kelley J.A. Potential anti-AIDS drugs. Lipophilic, adenosine deaminase-activated prodrugs // J. Med. Chem. 1991. V. 34. N 5. P.l647-1655.

16. Morgan M.E., Chi S.C., Murakami K., Mitsuya H., Anderson B.D. Central nervous system targeting of 2',3'-dideoxyinosine via adenosine deaminase-activated 6-halo-dideoxypurine prodrugs// Antimicrob Agents Chemother. 1992. V.36. N. 10. P. 2156-2165.

17. Hutchinson D.W. Trends New approaches to the synthesis of antiviral nucleosides//Biotechnol. 1990. V. 8. N. 12. P. 348-353.

18. Hanrahan J.R., Hutchinson D.W. The enzymatic synthesis of antiviral agents // J. Biotechnol. 1992. V. 23. N. 2. P. 193-210.

19. Cory J.G., Suhadolnik R.J. Dechloronase activity of adenosine deaminase// Biochemistry. 1965. V. 4. N 9. P. 1733-1735.

20. Bar H.P., Drummond G.I. On the mechanism of adenosine deaminase action // Biochem. and Biophys. Res. Communs. 1966. V. 24. N 4. P. 584-587.

21. Baer H.P., Drummond G.I., Gillis J. Studies on the specificity and mechanism of action of adenosine deaminase // Arch. Biochem. and Biophys. 1968. V. 123. N 1. P. 172-178.

22. Ronca G., Zucchelli G. Competitive inhibition of adenosine deaminase by purine and pyrimidine bases // Biochim. et biophys. acta. 1968. V. 159. N 1. P. 203-205.

23. Wolfenden R. On the Rate-Determining Step in the Action of Adenasine Deaminase // Biochemistry. 1969. V. 8. N. 6. P. 2409-2412.

24. Wolfenden R., Kaufman J., Macon J.B. Ring-Modified Substrates of Adenosine Deaminases // Biochemistry. 1969 V. 8. N. 6. P. 2412-2415.

25. Wolfenden R., Sharpless Т.К., Allan R. Substrate Binding by Adenosine Deaminase: Specifity, pH dependence, and competition mercurials// J. Bio. Chem. 1967. P.977-983.

26. Frieden C., Kurz L.C., Gilbert H.R. Adenosine deaminase and adenylate deaminase: comparative kinetic studies with transition state and ground state analogue inhibitors // Biochemistry. 1980. V. 19. N 23. P. 5303-5309

27. Frick L., Wolfenden R., Smal E., Baker D.C. Transition-state stabilization by adenosine deaminase: structural studies of its inhibitory complex with deoxycoformycin // Biochemistry. 1986. V. 25. N 7. P. 1616-1621.

28. Caiolfa V.R., Gill D., Parola A.H. The protonated form of 1 -N6-dhox\o-erythro-9-(2-hydroxy-3-nonyl). adenine is identified at the active site of adenosine deaminase // FEBS Lett. 1990. V. 260. N 1. P. 19-22.

29. IUPAC-IUB Joint Commission of Biochemical Nomenclature: Abbreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains // Eur. J. Biochem. 1983. V. 131. P. 9-15.

30. Hall L.D. Conformations of some ribofuranosides// Chem. Ind. 1963. P.950 951.

31. Jardetzky C.D. Proton magnetic resonance studies on purines? pyrimidines? ribose nucleosides and nucleotides. III. Ribose conformation // J. Amer. Chem. Soc. 1960. N. 82. P.229-223.

32. Kilpatrick J.E., Pitzer K.S., Spitzer R. The thermodynamics and molecular structure of cyclopentane // Amer. Chem. Soc. 1960. N. 69. P.2483-2488.

33. Pitzer K.S., Donath W.E. Conformations and strain energy of cyclopentane and its derivatives //J. Amer. Chem. Soc. 1979. N.48. P.3213-3218.

34. Hall L.D., Steiner P.R., Pederse C. Studies of specifically fluorinated carbohydrates. Part VI. Some pentafuranosyl fluorides// Can. J. Chem. 1979. N.81. P.l 155-1165.

35. Altona C., Geise H.J., Romers C. Conformations analysis of nonaromatic ring compounds. XXV. Geometry and conformation of ring D in some steroids from X-ray structure determinations // Tetrahedron. 1968. N 24. P. 13-32.

36. Altona C., Sundaralingam M. Conformational analysis of the sugar ring in nucleisides and nucleotides. A new description using the concept of pseudorotation// J. Amer. Chem. Soc. 1972. N.94. P.8205-8212.

37. Prusiner P., Sundaralingam M. Stereochemistry of nucleic acids and their constituents. XXV. Crystal and moleciular structure of allopurinol, a potent inhibitor of xantine oxidase // Acta Cryctallogr., 1972. V. B. N. 28. P. 2148-2152.

38. Harvey S.C., Prabhakaran M. Ribose puckering: structure, energetics, and the pseudorotation cycle //J. Amer. Chem. Soc. 1986. V. 108. N 20. P. 6128-6136.

39. Levitt M., Warshel A. Extreme conformational flexibility of the furanose ring in DNA and RNA // J. Amer. Chem. Soc. 1978. V. 100. P. 2607-2613.

40. Schlick Т., Perkin C., Broyde S., Overton M. An analysis of the structural and energetic properties of deoxyribose by potential energy methods // J. Comput. Chem. 1987. V. 8. N 8. P. 1199-1224.

41. Bloch A., Robins M.J., McCarthy J.R., Jr. The role of the 5'-hydroxyl group of adenosine in determining substrate specificity for adenosine deaminase // J. Med. Chem. 1967. V. 10. N 5. P. 908-912.

42. Hampton A., Harper P.J., Sasaki T. Substrate properties of cycloadenosines with adenosine aminohydrolase as evidence for the conformation of enzyme-bound adenosine // Biochemistry. 1972. V. 11. N 25. P. 4736-4739.

43. Dudycz L., Shugar D. Susceptibility to various enzymes of the carbon-bridged (R) and (5) diastereoisomers of 8,5'-cycloadenosine and their 5'-phosphates// FEBS Lett. 1979. V. 107. N 2. P. 363-365.

44. Stolarski R., Dudycz L., NMR studies in the syn-anti dynamic equilibrium in purine nucleosides and nucleotides Shugar D. // Eur. J. Biochem. 1980. V. 108. Nl.P. 111-121.

45. Ikehara M., Fukui T. Studies of nucleosides and nucleotides. LXIII. Deamination of adenosine analogs with calf intestine adenosine deaminase// Biochim. Biophys. Acta. 1974. V. 338. N 2. P. 512-519.

46. Zemlicka J. Formycin anhydronucleosides. Conformation of formycin and conformational specificity of adenosine deaminase// J. Amer. Chem. Soc. 1975. V. 97. N20. P. 5896-5903.

47. Dudycz L., Shugar D. Susceptibility to various enzymes of the carbon-bridged (R) and (S) diastereoisomers of 8,5'-cycloadenosine and their 5'-phosphates// FEBS Lett. 1979. V. 107. N 2. P. 363-365.

48. Stolarski R., Dudycz L., NMR studies in the syn-anti dynamic equilibrium in purine nucleosides and nucleotides Shugar D.// Eur. J. Biochem. 1980. V. 108. Nl.P. 111-121.

49. Ciuffreda P., Casati S., Santaniello E. The action of adenosine deaminase (E.C. 3.5.4.4.). On adenosine and deoxyadenosine acetates: the crucial role of the 5'-hydroxy group for the enzyme activity// Tetrahedron. 2000. V. 56. N20. P. 3239-3243.

50. Chun B.K., Olgen S., Hong J.H., Newton M.G., Chu C.K. Enantiomeric syntheses of conformationally restricted D- and L-2',3'-dideoxy-2',3'-endo-methylene nucleosides from carbohydrate chiral templates // J. Org. Chem. 2000. V. 65. N3. P. 685-693.

51. Tritsch D., Jung P.M.J., Burger A., Biellmann J.-F. З'-P-Ethynyl and 2'-deoxy-З'-P-ethynyl adenosines: first 3'-P-branched-adenosines substrates of adenosine deaminase // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000. V. 10. N 2. P. 139-141.

52. Orozco M., Velasco D., Canela E.I., Franco R. Determination of the conformational preferences of adenosine at the active site of adenosine deaminase // J. Amer. Chem. Soc. 1990. V. 112. N 23. P. 8221-8229.

53. Hansen L.M., Kollman P.A. Free energy perturbation calculations on models of active sites: Applications to adenosine deaminase inhibitors // J. Comput. Chem. 1990. V. 11. N8. P. 994-1002.

54. Wilson D.K., Quiocho F.A. A pre-transition-state mimic of an enzyme: X-ray structure of adenosine deaminase with bound 1-deazaadenosine and zinc-activated water// Biochemistry. 1993. V. 32. N 7. P. 1689-1694.

55. Wilson D.K., Quiocho F.A. Crystallographic observation of a trapped tetrahedral intermediate in a metalloenzyme // Nat. Struct. Biol. 1994. V. 1. N 10. P. 691694.

56. Wang Z., Quiocho F.A. Complexes of adenosine deaminase with two potent inhibitors: X-ray structures in four independent molecules at pH of maximum activity//Biochemistry. 1998. V. 37.N23. P. 8314-8324.

57. Wolfenden R., Sharpless Т.К., Allan R. Substrate Binding by Adenosine Deaminase: Specifity, pH dependence, and competition mercurials// J. Bio. Chem. 1967. P.977-983.

58. Krajewska E., De Clercq E., Shugar D. Nucleoside-catabolizing enzyme activities in primary rabbit kidney cells and human skin fibroblasts // Biochem. Pharmacol. 1978. V. 27. N 10. P. 1421-1426.

59. Tritsch D., Jung P.M.J., Burger A., Biellmann J.-F. З'-P-Ethynyl and 2'-deoxy-З'-P-ethynyl adenosines: first 3'-|3-branched-adenosines substrates of adenosine deaminase // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000. V. 10. N 2. P. 139-141.

60. Bloch A., Robins M.J., McCarthy J.R., Jr. The role of the 5'-hydroxyl group of adenosine in determining substrate specificity for adenosine deaminase // J. Med. Chem. 1967. V. 10. N 5. P. 908-912.

61. Borland Pascal 7.0 for DOS. Borland International, Inc. 1992.

62. Финкелыитейн A.B., Птицын О.Б. Физика белка: Курс лекций с цветными и стереоскопическими иллюстрациями. 2-е изд., исп. и доп. - М.: Книжный дом «Университет», 2002. - с. 43.

63. Миргородский Д.В., Зарубин Ю.П., Пурыгин П.П. Взаимосвязь структур комплексов «АДА-аналог аденозина» с субстратными свойствами аналогов аденозина. // Тез. докл. научной конференции «Человек и Вселенная». Санкт-Петербург, 2004. С. 43—46.