Исследование мутаций del32 и m303 в гене, кодирующем корецептор ВИЧ1 - CCR5, влияющих на устойчивость к заражению, и вариантов ВИЧ1, циркулирующих в разных регионах России тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.00.36, кандидат биологических наук Апрятин, Сергей Алексеевич

• Апрятин, Сергей Алексеевич
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Апрятин, Сергей Алексеевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Глава 1. Строение и жизненный цикл ВИЧ.

Глава 2. Взаимодействие вируса и клетки.

Глава 3. Генетическое разнообразие вариантов ВИЧ.

3.1. Генетическое разнообразие и географическое распространение вариантов ВИЧ.

3.2. Методы исследования генетического разнообразия ВИЧ1.

Глава 4. Генетические факторы, определяющие устойчивость к заражению ВИЧ и/или влияющие на течение заболевания.

4.1. Природная устойчивость к заражению ВИЧ.

4.2. Протективные гаплотипы I и II классов главного комплекса гистосовместимости человека (МНС).

4.3. Мутации в генах хемокиновых рецепторов человека (корецепторов ВИЧ1) и их лигандов.

4.3.1.Мутация (1е132 в гене хемокинового рецептора человека ССЯ5 (корецептора ВИЧ1).

4.3.2. Мутация тЗОЗ в гене хемокинового рецептора человека ССК5.

4.3.3. Влияние повышенной продукции (3-хемокинов на устойчивость к ВИЧ-инфекции.

4.3.4. Аплельные варианты промотерной области гена, кодирующего хемокиновый рецептор СС115.

4.3.5. Мутация 641 в гене хемокинового рецептора человека СС112 (корецептора ВИЧ1).

4.3.6. Мутация ЗА в гене хемокина (лиганда) 8БР-1.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

Оборудование и реактивы.

Коллекции образцов ДНК и сывороток крови ВИЧ-инфицированных и неинфицированных индивидуумов.

Выделение мононуклеаров периферической крови (МНПК).

Выделение ДНК из мононуклеаров переферической крови.

Буферные растворы.

Проведение полимеразной цепной реакции для выявления аллеля ССЯ5с1е132 с использованием коммерческого набора "ВЕКТО - СКЯ 5 ампли- 100".

Проведение полимеразной цепной реакции для выявления аллеля ССЯ5ёе132 с использованием праймеров ССЯ5-5с, ССЯб-бё и

ССЯ5-ёека1, ССК5-ёека2.

Проведение ПЦР-ПДРФ для одновременного выявления аллелей

ССЯ5ёе132 и ССЫ5т303.

Приготовление маркера молекулярных весов.

Приготовление 6%-ного полиакриламидного геля.

Детекция продуктов амплификации в 6%-ном полиакриламидном геле.

Приготовление 1%-ного агарозного геля.

Детекция продуктов амплификации в 1%-ном агарозном геле.

Серотипирование ВИЧ1 с помощью ИФА.

Проведение ИФА для серотипирование сывороток крови ВИЧинфицированных индивидуумов.

Е]МУ-генотипирование ВИЧ1 с помощью сравнительного анализа электроферетической подвижности гетеродуплексов(НМА).

Проведение полимеразной цепной реакции для Е1ЧУ-генотипирования ВИЧ1 с помощью сравнительного анализа электрофоретической подвижности гетеродуплексов.

Статистическая обработка результатов.

Использованные в работе компьютерные программы и компьютерные базы данных.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

1. Разработка лабораторного варианта тест-системы для одновременного определения мутаций ёе13 2 и шЗ 03.

1.1. Оптимизация проведения ПЦР-ПДРФ для одновременного выявления мутаций ССЯ5ёе132 и ССЯ5т303.

1.2. Оптимизация проведения полимеразной цепной реакции для определения мутации с1е132.

1.3. Анализ частоты встречаемости мутаций с1е132 и шЗОЗ в гене ССЯ5 человека.

1.3.1. Частота встречаемости мутации <5е132 в различных этнических группах и регионах.

1.3.2. Частота встречаемости аллеля йе\32 ВИЧ-инфицированных индивидуумов, зараженных половым и парентаральным путями.

1.3.3. Частота встречаемости мутации ёе132 у неинфицированных ВИЧ женщин из дискордантных пар.

1.3.4. Частота встречаемости мутации тЗОЗ у ВИЧ-инфицированных и неинфицированных лиц.

1.3.5. Сравнительный анализ частоты встречаемости мутаций с1е132 и шЗОЗ в исследуемых группах.

2. Серотипирование сывороток крови ВИЧ-инфицированных индивидуумов из разных регионов России с использованием УЗ-панели синтетических пептидов методом ИФА.

3. Е1ЧУ-генотипирование образцов ДНК ВИЧ-инфицированных лиц.

ВЫВОДЫ.

Список опубликованных работ по теме диссертации.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование мутаций del32 и m303 в гене, кодирующем корецептор ВИЧ1 - CCR5, влияющих на устойчивость к заражению, и вариантов ВИЧ1, циркулирующих в разных регионах России»

Актуальность проблемы. Синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД), вызываемый вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), в настоящее время стал социальной и экономической проблемой всего человечества. Более 25 млн. человек уже умерли от СПИДа, и 67,5 млн. погибнут в ближайшие 1012 лет. Эпидемия приняла характер пандемии. Эффективных лекарственных средств, позволяющих удалить ВИЧ из организма человека, и вакцинных препаратов до сих пор не создано.

Для создания эффективной вакцины и лекарственных препаратов необходимо понимание механизма заражения и патогенеза ВИЧ-инфекции. В связи с этим важно исследовать взаимодействие вирус-клетка и понимать, каким образом влияют на него биологические особенности хозяина (человека), влияющие на устойчивость к заражению, в частности, у ВИЧ-негативных лиц из дискордантных по ВИЧ-инфекции пар и других лиц из групп риска, и течение ВИЧ-инфекции, например, у непрогрессирующих длительное время ВИЧ-инфицированных индивидуумов [58, 141] и вируса (например, зависящие от субтипа) [5]. Поэтому в настоящее время усилия ученых направлены, с одной стороны, на исследование генетических факторов, от которых зависит естественная устойчивость к ВИЧ-инфекции, а с другой - на исследование возможной связи различных вариантов вируса и их биологических свойств, в том числе, на изучение субтипов ВИЧ1, циркулирующих в разных регионах мира.

Цель работы. Целями работы являются исследование частоты встречаемости мутаций ССК5с1е132 и ССЫ5т303 в гене, кодирующем хемокиновый рецептор ССЯ5 (корецептор ВИЧ1), создание методических подходов, позволяющих быстро и эффективно проводить такие исследования, и анализ вариантов ВИЧ1, циркулирующих в Мурманской и Воронежской областях.

В ходе работы были поставлены следующие задачи:

1. Разработать лабораторный вариант тест-системы для одновременного выявления мутации СС115с1е132 и ССЯ5шЗОЗ в гене, кодирующем хемокиновый рецептор ССЯ5 (корецептор ВИЧ1), позволяющей оценить расположение исследуемых аллелей на отцовской и материнской хромосомах относительно друг друга.

2. Определить частоту встречаемости мутации ССК.5с1е132 в различных этнических группах и регионах.

3. Изучить встречаемость мутаций ССЯ5ёе132 и ССЫ5тЗОЗ у ВИЧ-инфицированных и неинфицированных лиц.

4. Определить частоту встречаемости аллельного варианта <М32 и тЗОЗ у неинфицированных ВИЧ женщин в дискордантных по ВИЧ-инфекции парах.

5. Определить субтипы ВИЧ1, циркулирующие в настоящее время (19992001 г.г.) в Мурманской и Воронежской областях.

6. Сравнить варианты ВИЧ1, циркулирующие в начале эпидемии (19861994 гг.) и в настоящее время (1999-2001 г.г.) в разных регионах России.

Научная новизна. Впервые разработан лабораторный вариант тест-системы для одновременного выявления мутаций ССЫ5с1е132 и ССК5тЗОЗ в гене ССЯ5 человека, позволяющей оценить расположение исследуемых аллелей на отцовской и материнской хромосомах. Впервые в России проведено исследование частоты встречаемости мутации ССЯ5ш303 у ВИЧ-инфицированных и неинфицированных лиц. Определены варианты ВИЧ1, циркулирующие в настоящее время в Мурманской и Воронежской областях.

Практическая значимость работы. Предложен лабораторный вариант тест-системы для одновременного выявления мутаций ССЯ5с1е132 и ССЫЗтЗОЗ в гене ССЯ5 человека. Тест-система позволяет одновременно (с использованием одной пары праймеров) выявлять аллельные варианты с1е132 и тЗОЗ, оценивать их расположение на отцовской и материнской хромосомах относительно друг друга (в том числе, отличать транс-положение от цисположения в случае присутствия обеих мутаций у одного индивидуума в гетерозиготном состоянии), в то время как коммерческий набор "ВЕКТО СКК5-ампли-100" (ЗАО «Вектор-Бест», Россия) позволяет определять только одну мутацию СС11.5с1е132, а наиболее близкая к разработанной методика выявления мутаций ССК5ёе132 и ССЯ5тЗОЗ [Вегейа & а1., 2000] включает использование двух различных пар праймеров, что усложняет процесс генотипирования и не позволяет отличить транс-положение (мутация(и) находятся на разных копиях гена), которое является одним из важных протективных вариантов генотипа, от цис-положения (мутация(и) находятся на одной копии гена).

Принята к рассмотрению заявка № 2003111838 для получения патента Российской Федерации на способ одновременного выявления мутаций СС115с1е132 и СС115тЗОЗ в гене ССЯ5 человека.

Проведено исследование частоты встречаемости мутаций ССЕ.5с1е132 и СС115т303 у ВИЧ-инфицированных и неинфицированных лиц, что следует учитывать при подборе людей для испытаний анти-ВИЧ вакцины и микробицидов.

Определены субтипы ВИЧ1, циркулирующие в Мурманской и Воронежской областях, что вносит вклад в эпидемиологический профиль ВИЧ-инфекции на территории России.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Аллергология и иммулология», Апрятин, Сергей Алексеевич

выводы.

1. Разработан лабораторный вариант тест-системы, позволяющей одновременно выявить мутации ССЯ5ёе132 и ССЫбтЗОЗ и оценить взаимное расположение исследуемых аллелей на отцовской и материнской хромосомах.

2. Частота встречаемости аллельного варианта с1е132 в группах русских и тувинцев составляет 7.8 % в группе русских (европеоиды) и 2.0 % - в группе тувинцев (монголоиды).

3. В группах ВИЧ-инфицированных и неинфицированных лиц частота встречаемости аллеля ёе132 составляет 7.9% и 8.5%, соответственно.

4. Частота встречаемости аллельного варианта <1е132 у неинфицированных ВИЧ женщин из дискордантных по ВИЧ-инфекции супружеских пар составила 2 из 9 (16.6%).

5. Ни в одном случае не была обнаружена мутация СС115т303.

6. В Мурманской и Воронежской областях в настоящее время (1999-2001 гг.) основным циркулирующим вариантом ВИЧ1 является вариант А - 34 из 39 (87.2%) и 52 из 57 (91.2%) образцов, соответственно, относятся к серотипу А, из них 11 из 13 (84.6%) принадлежат ЕЪГУ-генотипу А.

Список работ, опубликованных по теме диссертации.

1. Вазыхова Ф.Г., Николаева И.А., Апрятин С.А., Коробова C.B., Веревочкин C.B., Рузыбакиев P.M., Сидорович И.Г. Серотипы вариантов ВИЧ1 - CCR5, циркулирующие среди ВИЧ-инфицированных в России, Узбекистане и Уганде. Материалы 8-ой Международной конференции «СПИД, рак и родственные проблемы» (19-24 мая 2000 г., С.-Петербург). Русский журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы, 2000, т. 4, №1, с. 61.

2. Николаева И.А., Амосенко Ф.А., Апрятин С.А., Болдырева М.А., Алексеев Л.П., Коробова C.B., Вазыхова Ф.Г., Николаев А.Н., Сидорович И.Г. Распространенность делеции в гене корецептора BH41-CCR5 у здоровых и инфицированных ВИЧ представителей различных групп населения. Материалы 8-ой Международной конференции «СПИД, рак и родственные проблемы» (19-24 мая 2000 г., С.-Петербург). Русский журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы, 2000, т. 4, №1, с. 64.

3. Сидорович И.Г., Николаева И.А., Шевалье А.Ф., Игнатьева Г.А., Алексеев Т.А., Ефремов Е.Е., Вазыхова Ф.Г., Коробова C.B., Николаев А.Н., Апрятин С.А., Сеславина JI.C., Трубченинова Л.П., Ольховик Е.И., Болдырева М.А. Разработка комплекса средств диагностики инфекции ВИЧ 1/2 для массовых эпидемиологических обследований населения, создания и оценки эффективности экспериментальных анти-ВИЧ1/2 вакцинных препаратов. Аллергия, астма и клиническая иммунология, 2000, №1, с. 132.

4. Апрятин С.А., Николаева И.А., Амосенко Ф.А., Коробова C.B., Вазыхова Ф.Г., Николаев А.Н., Сидорович И.Г. Разработка тест-системы, определяющей функциональное состояние гена ко-рецептора ВИЧ1 - CCR5. Материалы II Российской конференции молодых ученых России с международным участием «Фундаментальные науки и прогресс клинической медицины» (24-28 апреля 2001 г., Москва). М., 2001, т.1, с.182.

5. Вазыхова Ф.Г., Николаева И.А., Апрятин С.А., Коробова C.B., Рубан C.B., ЗапорожкоЛ.В., Сидорович И.Г. Серотипы ВИЧ-1, циркулирующие в различных регионах России. Материалы 4-го Конгресса «Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии» (29-31 мая 2001 г., Москва), М., ВИНИТИ, 2001, т. 2, с. 576.

6. Апрятин С.А., Николаева И.А., Рубан C.B., Вазыхова Ф.Г., Коробова C.B., Болдырева М.А., Николаев А.Н., Сидорович И.Г. Частота встречаемости мутации del32 в гене хемокинового рецептора CCR-5 у здоровых и ВИЧ-инфицированных представителей европеоидной и монголоидной рас. Материалы 4-го Конгресса «Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии» (29-31 мая 2001 г., Москва). М., ВИНИТИ, 2001, т. 2, с. 575.

7. Сидорович И.Г., Николаева И.А., Апрятин С.А., Вазыхова Ф.Г., Рубан C.B. Совместное исследование ГНЦ Института иммунологии МЗ РФ и Мурманского центра по профилактике и борьбе со СПИД. Материалы 9-ой Международной конференции «СПИД, рак и родственные проблемы» (27 мая-1 июня 2001 г., С.-Петербург). Русский журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы, 2001, т. 5, №1, с. 94.

8. Апрятин С.А., Николаева И.А., Рахманалиев Э.Р., Костюченко М.В., Сулимова Г.Е., Вазыхова Ф.Г., Коробова C.B., Рубан C.B., Сидорович И.Г. Генетические факторы, обусловливающие естественную устойчивость к ВИЧ-инфекции и влияющие на прогрессироваие к СПИДу. Аллергия астма и клиническая иммунология, 2001, №12, с. 28-31.

9. Апрятин С.А., Николаева И.А., Рубан C.B., Вазыхова Ф.Г., Запорожко JI.B., Мамчик Т. А., Сидорович И.Г. Молекулярно-эпидемиологический профиль ВИЧ-1 в России. Материалы 10-ой Международной конференции «СПИД, рак и родственные проблемы» (26-31 мая 2002 г., С.-Петербург). Русский журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы, 2002, т. 6, №1, с. 138139.

10. Рахманалиев Э.Р., Апрятин С.А., Рубан C.B., Климов Е.А., Вазыхова Ф.Г., Коробова C.B., Николаева И.А., Сулимова Г.Е., Сидорович И.Г. Сравнительный анализ частоты встречаемости мутации del32 в гене CCR5 в разных популяциях человека в связи с устойчивостью к ВИЧ-инфекции. Материалы Всеукраинской конференции молодых ученых «Основы устойчивого развития аграрной отрасли» (28-30 октября 2002 г., Киев), с. 85-86.

11. Апрятин С.А., Рубан C.B., Николаева И.А., Вазыхова Ф.Г., Гудима Г.О., Запорожко J1.B., Мамчик Т.А., Сидорович И.Г. Влияние генетических факторов ВИЧ1 и человека на течение ВИЧ-инфекции. Материалы 5-го Конгресса «Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии» (12-14 ноября 2002 г., Москва). М., ВИНИТИ, т.2,с.418.

12. Рахманалиев Э.Р., Апрятин С.А., Рубан C.B., Климов Е.А., Вазыхова Ф.Г., Коробова C.B., Николаева И.А., Сулимова Г.Е., Сидорович И.Г. Анализ распространенности мутации del32 в гене CCR5 человека в связи с устойчивостью к ВИЧ-инфекции. Материалы 7-ой Пущинской школы-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (14-18 апреля 2003 г., Пущино), с.368.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Апрятин, Сергей Алексеевич, 2003 год

1. Бобков А.Ф., Зверев С.Я., Бобкова М.Р. и др. Эпидемиологическая и генетическая характеристика первых 40 случаев ВИЧ-инфекции на территории пермской области // Вопр.вирусол.-2000.- Т.47- С. 18-21.

2. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестник Российской Академии Медицинских наук.-2002.-Т.8.-С.18-20.

3. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., и др. Субтипы ВИЧ-1 в России // Журн.микробиол.-1999.-№ 1.-С.43-45.

4. Бобков А.Ф., Покровский В.В., Селимова Л.М. и др. Генетическое разнообразие вирусов иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) на территории России //ДАН.- 1997.- Т.353.- С.822-824.

5. Бобков А.Ф., Покровский В.В., Селимова Л.М., и др. Генетическая характеристика вариантов вируса иммунодефицита человека первого типа, вызвавших эпидемию среди наркоманов в странах СНГ//Вопр.Вирусол.-1998.-Т.43.-С.253-256.

6. Галеева А.Р., Хуснутдинова Э.К., Сломинский ПА., Лимборская СЛ. Распространенность делеции 32 пн в гене рецептора хемокинов CCR5 в популяциях волго-уральского региона // Генетика.-1998.-Т.34.-№8.-С. 1160-1162.

7. Гашникова Н.М. Автореферат на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Кольцово НИИ молекулярной биологии Государственного научного центра вирусологиии и биотехнологии «Вектор» МЗ РФ, 2001.

8. Гланц С. Медико-биологическая статистика. IIМ. Практика. 1999.

9. Гришаев М.П., Гришаева О.Н.//Новости "Вектор-Бест".- 1999.- №2 (12). -С. 3-5.

10. Казеннова Е.В., Бобков А.Ф., Селимова Л.М., и др. Анализ субипов гена gag вариантов ВИЧ-1, выделенных в России, методом сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов // Вопр. Вирусол.-2001.-Т.46,-С.12-16.

11. Маниатис Т., Фрич Э., Сембрук Дж. Молекулярное клонирование. // М. Мир. 1984.

12. Сахурия И.Б. Диссертационная работа на соискание ученой степени кандидата биологических наук. ГУ НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН, 1999.

13. Хаитов P.M., Игнатьева Г.А., Сидорович И.Г.// Иммунология. М: Медицина. -2000.- С.126-137, 177-186, 288-295.

14. Akridge R, Hladik F, Markee J, Alef C, Kelley H, Collier A, Collier A, McElrath MJ. Cellular immunity and target cell susceptibility in persons with repeated HIV-1 exposure. Immunol Lett. 1999 Mar; 66(1-3): 15-9.

15. Alkhatib G, Broder CC, Berger EA.Cell type-specific fusion cofactors determine human immunodeficiency virus type 1 tropism for T-cell lines versus primary macrophages.! Virol. 1996 Aug; 70(8):5487-94.

16. Alkhatib, G.; Combadiere, C.; Broder, C. C.; Feng, Y.; Kennedy, P. E.; Murphy, P. M.; Berger, E. A. CC CKR5: a RANTES, MIP-1-alpha, MIP-1-beta receptor as a fusion cofactor for macrophage-tropic HIV-1. Science 272: 1955-1958, 1996.

17. Alvarez, V.; Lopez-Larrea, C.; Coto, E. Mutational analysis of the CCR5 and CXCR4 genes (HIV-1 co-receptors) in resistance to HIV-1 infection and AIDS development among intravenous drug users. Hum. Genet. 102: 483-486, 1998.

18. Ansari-Lari, M. A.; Liu, X.-M.; Metzker, M. L.; Rut, A. R.; Gibbs, R. A. The extent of genetic variation in the CCR5 gene. Nature Genet. 16: 221-222, 1997.

19. Aseev MV, Shawi A, Dean M, Baranov VS.Population features of gene mutation frequency of the CKR-5 receptor, determining sensitivity to the AIDS virus Genetika. 1997 Dec; 33(12):1724-6.

20. Bakshi SS, Zhang L, Ho D, Than S, Pahwa SG. Distribution of CCR5delta32 in human immunodeficiency virus-infected children and its relationship to disease course.Clin Diagn Lab Immunol. 1998 Jan; 5(l):38-40.

21. Berger E.A., Murphy P.M., Farber J.A. Chemokine receptors as HIV-1 coreceptors: roles in viral entry, tropism, and disease. // Annu. Rev. Immunol. 1999.-V. 17.- pp. 657700.

22. Biti, R.; Ffrench, R.; Young, J.; Bennetts, B.; Stewart, G.; Liang, T. HIV-1 infection in an individual homozygous for the CCR5 deletion allele. Nature Med. 3: 252-253, 1997.

23. Blanpain, C.; Lee, B.; Tackoen, M.; Puffer, B.; Boom, A.; Libert, F.; Sharron, M.; Wittamer, V.; Vassart, G.; Doms, R. W.; Parmentier, M. Multiple nonfunctional alleles of CCR5 are frequent in various human populations. Blood 96: 1638-1645, 2000.

24. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimiva L., et al. An HIV type 1 epidemic among injecting drug users in the former Soviet Union caused by a homogeneous subtype A strain// AIDS Res.Hum.Retroviruses.-1997.-V. 13.-P. 1195-1201.

25. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimova L., et al. Genetic heterogeneity of HIV-1 type 1 in Russia: identification of H variants and relationship with epidemiological data// AIDS Res.Hum.Retroviruses.-1996.-V. 12.-P. 1687-1690.

26. Bobkov A., Lukashov V., Goudsmit J., et al. Silent mutation in the V3 region characteristic if HIV type 1 env subtype strains from injecting drug users in the former Soviet Union. AIDS Res.Hum.Retroviruses.-2000.-V.16.-P.291-294.

27. Bratt G, Leandersson AC, Albert J, Sandstrom E, Wahren B. MT-2 tropism and CCR-5 genotype strongly influence disease progression in HIV-1-infected individuals.AIDS. 1998 May 7; 12(7):729-36.

28. Browning, J.; Horner, J. W.; Pettoello-Mantovani, M.; Raker, C.; Yurasov, S.; DePinho, R. A.; Goldstein, H. Mice transgenic for human CD4 and CCR5 are susceptible to HIV infection. Proc. Nat. Acad. Sci. 1997, V.94: pp. 14637-14641.

29. Carrington M, Kissner T, Gerrard B, Ivanov S, O'Brien SJ, Dean M.Novel alleles of the chemokine-receptor gene CCR5. Am J Hum Genet. 1997 Dec; 61(6): 1261-7.

30. Carrington, M.; Dean, M.; Martin, M. P.; O'Brien, S. J. Genetics of HIV-1 infection: chemokine receptor CCR5 polymorphism and its consequences. Hum. Molec. Genet. 8: 1939-1945, 1999.

31. Castro-Volio I., Valle-Bourrette L. Chromosomal defects in 34 male homosexuals, half of them with HIV antibodies. Rev Biol Trop. 2002 Mar; V. 50(1), pp.347-53.

32. Choe W, Volsky DJ, Potash MJ. Induction of rapid and extensive beta-chemokine synthesis in macrophages by human immunodeficiency virus type 1 and gpl20, independently of their coreceptor phenotype. J Virol. 2001 Nov; 75(22): 10738-4.

33. Clark VJ, Metheny N, Dean M, Peterson RJ. Statistical estimation and pedigree analysis of CCR2-CCR5 haplotypes. Hum Genet. 2001 Jun; 108(6):484-93.

34. Cocchi F, de Vico A, Garzino-Demo A et al. The V3 domain of the HIV-1 gpl20 envelope glycoprotein is critical for chemokine-mediated blockade of infection. Nat Med 1996-V.2-P. 1244-1247.

35. Cocchi F, de Vico A, Garzino-Demo A et al. Identification of RANTES, MIP-1 alpha, and MIP-1 beta as the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T cells. Science 1995-V.270-1811-1815.

36. Daly AK, Leathart JB, London SJ, Idle JR. An inactive cytochrome P450 CYP2D6 allele containing a deletion and a base substitution. Hum Genet. 1995 Mar, V. 95(3), pp.337341.

37. Dean, M.; Carrington, M.; Winkler, C.; Huttley, G. A.; Smith, M. W.; Allikmets, R.; Goedert, J. J.; Buchbinder, S. P.; Vittinghoff, E.; Gomperts, E.; Donfield, S.; Vlahov, D.;85

38. Kaslow, R.; Saah, A.; Rinaldo, C.; Detels, R. Genetic restriction of HIV-1 infection and progression to AIDS by a deletion allele of the CKR5 structural gene. Science, 1996, V. 273, pp.1856-1861.

39. Delwart E.L., Shpaer E.G., Louwagie J., McCutchan F.E., Grez M., Rubsamen-Waigmann H., Mullins J.I. Genetic relationships determined by a DNA heteroduplex mobility assay: analysis of HIV-1 env genes. Science 1993 Nov 19; V.262 (5137), pp. 12571261.

40. Dragic T, Litwin V, Allaway GP, Martin SR, Huang Y, Nagashima KA, Cayanan C, Maddon PJ, Koup RA, Moore JP, Paxton WA. HIV-1 entry into CD4+ cells is mediated by the chemokine receptor CC-CKR-5. Nature. 1996 Jun 20; V. 381(6584), pp.667-673.

41. Easterbrook PJ, Rostron T, Ives N, Troop M, Gazzard BG, Rowland-Jones SL. Chemokine receptor polymorphisms and human immunodeficiency virus disease progression. J Infect Dis. 1999 Oct; 180(4): 1096-105.

42. Farzan, M.; Mirzabekov, T.; Kolchinsky, P.; Wyatt, R.; Cayabyab, M.; Gerard, N. P.; Gerard, C.; Sodroski, J.; Choe, H. Tyrosine sulfation of the amino terminus of CCR5 facilitates HIV-1 entry. Cell 96: 667-676, 1999.

43. Fowke KR, Nagelkerke NJ, Kimani J, et al. Resistance to HIV-1 infection among persistently seronegative prostitutes in Nairobi, Kenya. Lancet 1996-V. 348-P. 1347-1351.

44. Francois F, Klotman ME. Phosphatidylinositol 3-Kinase Regulates Human Immunodeficiency Virus Type 1 Replication following Viral Entry in Primary CD4(+) T Lymphocytes and Macrophages.J Virol. 2003 Feb; 77(4):2539-49.

45. Geczy AF, Kuipers H, Coolen M, Ashton LJ, Kennedy C, Ng G, Dodd R, Wallace R, Le T, Raynes-Greenow CH, Dyer WB, Learmont JC, Sullivan JS. HLA and other host factors in transfusion-acquired HIV-1 infection. Hum Immunol. 2000 Feb; 61(2): 172-6.

46. Glushakova S, Yi Y, Grivel JC, Singh A, Schols D, De Clercq E, Collman RG, Margolis L. Preferential coreceptor utilization and cytopathicity by dual-tropic HIV-1 in human lymphoid tissue ex vivo. J Clin Invest 1999 Sep; 104(5):R7-R11.

47. Gonzalez S, Tirado G, Revuelta G, Yamamura Y, Lu Y, Nerurkar VR, Yanagihara R. CCR5 chemokine receptor genotype frequencies among Puerto Rican HIV-1-seropositive individuals.Bol Asoc Med P R. 1998 Jan-Mar; 90(1-3): 12-5.

48. Grivel J.C., Ito Y., Faga G., Santoro F., Shaheen F., Malnati M.S., Fitzgerald W., Lusso P., Margolis L.B. Suppression of CCR5- but not CXCR4-tropic HIV-1 in lymphoid tissue by human herpesvirus 6. Nat Med 2001 Nov; V. 7(11), pp. 1232-1235.

49. Hall, I. P.; Wheatley, A.; Christie, G.; McDougall, C.; Hubbard, R.; Helms, P. J. Association of CCR5 delta-32 with reduced risk of asthma. Lancet 354: 1264-1265, 1999.

50. Hersberger M, Marti-Jaun J, Hanseler E, Speck RF. Rapid detection of the CCR2-Y64I, CCR5-A59029G and SDF1-G801A polymorphisms by tetra-primer PCRClin Biochem. 2002 Jul; 35(5) :399-403.

51. Hersberger M, Marti-Jaun J, Hanseler E, Speck RF.Genotypes and polymorphisms of mutant CCR5-delta 32, CCR2-64I and SDF1-3' a HIV-1 resistance alleles in indigenous Han Chinese.Chin Med J (Engl). 2001 Nov; 114(11): 1162-6.

52. Hill, A. V. S. The immunogenetics of human infectious diseases. Annu. Rev. Immun. 16: 593-617, 1998.

53. Hizawa N, Yamaguchi E, Furuya K, Jinushi E, Ito A, Kawakami Y. The role of the C-C chemokine receptor 2 gene polymorphism V64I (CCR2-64I) in sarcoidosis in a Japanese population. Am J Respir Crit Care Med. 1999 Jun; 159(6) :2021-3.

54. Hoffman TL, MacGregor RR, Burger H, Mick R, Doms RW, Collman RG.CCR5 genotypes in sexually active couples discordant for human immunodeficiency virus type 1 infection status.J Infect Dis. 1997 Oct;176(4):1093-6.

55. Husain S, Goila R, Shahi S, Banerja AC. Inheritance pattern of mutant human immunodeficiency virus type 1 coreceptor gene CCR5 in an Indian family. J Hum Virol. 1998 Mar-Apr; l(3):187-92.

56. Husain, S.; Goila, R.; Shahi, S.; Baneijea, A. C. First report of a healthy Indian heterozygous for delta-32 mutant of HIV-1 co-receptor-CCR5 gene. Gene 207: 141-147, 1998.

57. Iyer RK, Kim PS, Bando JM, Lu KY, Gregg JP, Grody WW.A multiethnic study of Delta32ccr5 and ccr2b-V64I allele distribution in four Los Angeles populations. Diagn Mol Pathol. 2001 Jun; 10(2): 105-10.

58. Kedzierska K, Crowe SM.The role of monocytes and macrophages in the pathogenesis of HIV-1 infection. Curr Med Chem. 2002 Nov; 9(21): 1893-903.

59. Knudsen TB, Kristiansen TB, Katzenstein TL, Eugen-Olsen J. Adverse effect of the CCR5 promoter -2459A allele on HIV-1 disease progression. J Med Virol. 2001 Nov; 65(3):441-4.

60. Kostrikis LG, Huang Y, Moore JP, Wolinsky SM, Zhang L, Guo Y, Deutsch L, Phair J, Neumann AU, Ho DD.A chemokine receptor CCR2 allele delays HIV-1 disease progression and is associated with a CCR5 promoter mutation. Nat Med. 1998 Mar; 4(3):350-3.

61. Kupfer B, Kaiser R, Brackmann HH, Effenberger W, Rockstroh JK, Matz B, Schneweis KE.Protection against parenteral HIV-1 infection by homozygous deletion in the C-C chemokine receptor 5 gene. AIDS. 1999 Jun 18; 13(9): 1025-8.

62. Lacey SF, McDanal CB, Horuk R, Greenberg ML. The CXC chemokine stromal cell-derived factor 1 is not responsible for CD8+ T cell suppression of syncytia-inducing strains of HIV-l.Proc Natl Acad Sei USA. 1997 Sep 2;94(18):9842-7.

63. Leboute AP, de Carvalho MW, Simoes AL. Absence of the deltaccr5 mutation in indigenous populations of the Brazilian Amazon.Hum Genet. 1999 Nov; 105(5):442-3.

64. Lee B., Doranz B.J., Rana S. et al. J Virology.- Sept. 1998.- pp. 7450-7458.

65. Liu M, Wang F, Hong W, Wang B, Jin L, Lei Z, Hou J. Identification of new mutant sites and 894C deletion variant genotyping of HIV-1 coreceptor CCR5 in indigenous Chinese populations.Zhonghua Yi Xue Za Zhi. 2002 Nov 10; 82(21): 1468-72.

66. MacDonald K.S., Embree J., Njenga S., et al. Journ. Infect. Dis.-1998.-Vol. 177, -pp. 551-556.

67. Magierowska M., Theodorou I., Debre P. et al. Combined genotypes of CCR5, CCR2, SDF1, and HLA genes can predict the long-term nonprogressor status in human immunodeficiency virus-1-infected individuals. Blood.-1999. Vol.93.-№3. - pp. 936-941.

68. Majumder, P. P.; Dey, B. Absence of the HIY-1 protective del-ccr5 allele in most ethnic populations of India. Europ. J. Hum. Genet. -V.9: pp. 794-796,2001.

69. Mangano A, Kopka J, Batalla M, Bologna R, Sen L.Protective effect of CCR2-64I and not of CCR5-delta32 and SDF1-3'A in pediatric HIV-1 infection.J Acquir Immune Defic Syndr. 2000 Jan 1; 23(l):52-7.

70. Mangano A, Theiler G, Sala L, Capucchio M, Fainboim L, Sen L.Distribution of CCR5-Delta 32 and CCR2-64I alleles in an Argentine Amerindian population. Tissue Antigens. 2001 Aug; 58(2) : 99-102.

71. Margolis LB, Glushakova S, Grivel JC, Murphy PM. Blockade of CC chemokine receptor 5 (CCR5)-tropic human immunodeficiency virus-1 replication in human lymphoid tissue by CC chemokines. Clin Invest 1998 May 1;101(9): pp. 1876-80.

72. Margolis L.B. HIV: from molecular recognition to tissue pathogenesis. FEBS Lett. 1998 Aug 14; V.433(l-2), pp. 5-8.

73. Marmor M, Sheppard HW, Donnell D, Bozeman S, Celum C, Buchbinder S, Koblin B, Seage GR Homozygous and heterozygous CCR5-Delta32 genotypes are associated with resistance to HIV infection. J Acquir Immune Defic Syndr. 2001 Aug 15;27(5):472-81.

74. Martinson, J. J.; Chapman, N. H.; Rees, D. C.; Liu, Y.-T.; Clegg, J. B. Global distribution of the CCR5 gene 32-basepair deletion. Nature Genet. 16: 100-103, 1997.

75. Mikawa AY, Tagliavini SA, Costa PI. CCR5 genotype and plasma beta-chemokine concentration of Brazilian HIV-infected individuals.Braz J Med Biol Res. 2002 Nov; V.35(ll): pp.1333-1337.

76. McDermott, D. H.; Zimmerman, P. A.; Guignard, F.; Kleeberger, C. A.; Leitman, S. F.; Multicenter AIDS Cohort Study; Murphy, P. M. CCR5 promoter polymorphism and HIV-1 disease progression. Lancet V.352: pp.866-870, 1998.

77. McNicholl J., Smith D., Qari S.H., Hodge T. Host genes and HIV: the role of the chemokine receptor gene CCR5 and its allele.// Emerg. Infect. Diseases. -July-Sept. 1997.-Vol.-№3.

78. Meyers G., Korber B., Wain-Hobson S., Smith R. F. Human Retroviruses and AIDS 1993.

79. Michael NL, Chang G, Louie LG, Mascóla JR, Dondero D, Birx DL, Sheppard HW.The role of viral phenotype and CCR-5 gene defects in HIY-1 transmission and disease progression.Nat Med. 1997 Mar; 3(3):338-40.

80. Mikawa AY, Tagliavini SA, Costa P. CCR5 genotype and plasma beta- chemokine concentration of Brazilian HIV-infected individuals.Braz J Med Biol Res. 2002 Nov; 35 (11): pp.1333-7.

81. Mitchell, T. J.; Walley, A. J.; Pease, J. E.; Venables, P. J. W.; Wiltshire, S.; Williams, T. J.; Cookson, W. O. C. M. Delta 32 deletion of CCR5 gene and association with asthma or atopy. Lancet 356: 1491-1492, 2000.

82. Moore JP, Trkola A, Dragic T. Co-receptors for HIV-1 entry. Curr Opin Immunol. 1997 Aug; 9(4) : 551-62.

83. Motta P, Cibulsky L, Iliovich E, Habegger de Sorrentino A. Frequency of the mutated allele of CCR-5 receptor in HIV-1 positive and negative individuals in the Province of Chaco Medicina (B Aires). 2000; 60(4):431-4. Spanish.

84. Nookhai S, Ruxrungtham K, Phanuphak P, Oelrichs R. Prevalence of CCR2-64I, SDF1-3'A and CCR5-Delta32 alleles in healthy Thais. Eur J Immunogenet. 2000 Jun; 27(3): 153-7.

85. O'Brien SJ, Moore JP.The effect of genetic variation in chemokines and their receptors on HIV transmission and progression to AIDS. Immunol Rev. 2000 Oct; 177:99111.

86. Oh MD, Kim SS, Kim EY, Lee S, Kim N, Park KY, Kim U, Kim T, Kim T, Choe K, Lee JS.The frequency of mutation in CCR5 gene among Koreans. Int J STD AIDS. 2000 Apr; 11 V.(4): pp.266-7.

87. Passos GA Jr, Picanco VP. Frequency of the delta ccr5 deletion allele in the urban Brazilian population. Immunol Lett. 1998 Apr; 61(2-3):205-7.

88. Paxton WA, Kang S, Koup RA. The HIV type 1 coreceptor CCR5 and its role in viral transmission and disease progression. AIDS Res Hum Retroviruses. 1998 Apr; 14 Suppl l:S89-92.

89. Piazza P, Fan Z, Rinaldo CR Jr CD8+ T-cell immunity to HIV infection. Clin Lab Med. 2002 Sep; 22 (3): pp.773-97.

90. Qin, X.-F.; An, D. S.; Chen, I. S. Y.; Baltimore, D. Inhibiting HIV-1 infection in human T cells by lentiviral-mediated delivery of small interfering RNA against CCR5. Proc. Nat. Acad. Sci. K100: pp.183-188, 2003.

91. Rabkin CS, Yang Q, Goedert JJ, Nguyen G, Mitsuya H, Sei S. Chemokine and chemokine receptor gene variants and risk of non-Hodgkin's lymphoma in humanimmunodeficiency virus-1-infected individuals. Blood. 1999 Mar 15; 93(6): 1838-42.

92. Riabov GS, Kazennova EV, Bobkov AF. Frequencies of the CCR2-64I and SDF1-3'A alleles associated with progression of the HIV-1 disease in healthy individuals from Moscow. Genetika. 2002 Feb; 38(2):278-80.

93. Rowland-Jones S., Sutton J., Ariyoshi K, Dong T., Gotch F., McAdam S., Whitby D., Sabally S., Gallimore A, Corrah T. HIV-specific cytotoxic T-cells in HIV-exposed but uninfected Gambian women. // Nat. Med. 1995. - N 1.- pp. 59-64.

94. Rottman, J. B.; Ganley, K. P.; Williams, K.; Wu, L.; Mackay, C. R.; Ringler, D. J. Cellular localization of the chemokine receptor CCR5: correlation to cellular targets of HIV-1 infection. Am. J. Path. 151: 1341-1351, 1997.

95. Salvatori F, Scarlatti G.HIV type 1 chemokine receptor usage in mother-to-child transmission. AIDS Res Hum Retroviruses. 2001 Jul 1; 17(10):925-35.

96. Samson, M.; Labbe, O.; Mollereau, C.; Vassart, G.; Parmentier, M. Molecular cloning and functional expression of a new human CC-chemokine receptor gene. Biochemistry 35: 3362-3367, 1996.

97. Shieh B, Liau YE, Hsieh PS, Yan YP, Wang ST, Li C. Global distribution of the CCR2-64I/CCR5-59653T HIV-1 disease-protective haplotype.AIDS. 2000 Mar 31; V. 14(5):483-9.

98. Strieter, R. M.; Belperio, J. A. Chemokine receptor polymorphism in transplantation immunology: no longer just important in AIDS. Lancet 357: 1725-1726, 2001.

99. Struyf F., Thoelen I., Charlier N., Keyaerts E., Van der Donck I., Wuu J., Van Ranst M. Prevalence of CCR5 and CCR2 HIV-coreceptor gene polymorphisms in Belgium. Hum Hered. 2000 Sep-C>ct;50(5):304-7.

100. Sullivan, A. D.; Wigginton, J.; Kirschner, D. The coreceptor mutation CCR5-del32 influences the dynamics of HIV epidemics and is selected for by HIV. Proc. Nat. Acad. Sci. 98: 10214-10219, 2001.

101. Szalai, C.; Bojszko, A.; Beko, G.; Falus, A. Prevalence of CCRTdel32 in allergic diseases. (Letter) Lancet V. 355: p.66 only, 2000.

102. Tamasauskas, D.; Powell, V.; Saksela, K.; Yazdanbakhsh, K. A homologous naturally occurring mutation in Duffy and CCR5 leading to reduced receptor expression. Blood 97: 3651-3654, 2001.

103. Taylor JM, Wang Y, Ahdieh L, Chmiel JS, Detels R, Giorgi JV, Kaslow R, Kingsley L, Margolick L Causal pathways for CCR5 genotype and HIV progression. J Acquir Immune Defic Syndr. 2000 Feb 1; 23(2): 160-71.

104. Voevodin A., Samilchuk E., Dashti S. Frequencies of SDF-1 chemokine, CCR-5, and CCR-2 chemokine receptor gene alleles conferring resistance to human immunodeficiency virus type 1 and AIDS in Kuwaitis. J Med Virol. 1999 May; V.l, p.54-58.

105. Vyakarnam A, Eyeson J, Teo I, Zuckerman M, Babaahmady K, Schuitemaker H, Shaunak S, Rostron T, Rowland-Jones S, Simmons G, Clapham P.Evidence for a post-entry barrier to R5 HIV-1 infection of CD4 memory T cells.AIDS. 2001 Sep7; 15(13) : 1613-26.

106. Wang F., Jin L., Lei Z., et al. Distribution of HIV resistance CCR5-delta 32, CCR2-64 I and SDF1-3A alleles and their polymorphisms in the Han population in China. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 2000 Aug; 21(4):256-260. Chinese.

107. Yuan CC, Peterson RJ, Wang CD, Goodsaid F, Waters DJ. 5' Nuclease assays for the loci CCR5-+/Delta32, CCR2-V64I, and SDF1-G801A related to pathogenesis of AIDS.Clin Chem. 2000 Jan; V.46(l), pp.24-30.

108. Zuniga J.M. Resisting totalitarian responses to HIV. IAPAC, 2000 Oct; V. 6(10), pp. 287.

109. Zuniga J.M. Durban: the beginning of one world. IAPAC, 2000 Sep; V. 6(9), pp.250.

110. Автор выражает искреннюю благодарность своему научному руководителю доктору биологических наук Николаевой Ирине Александровне за постоянне внимание, ценные советы и помощь оказанную при выполнении диссертационной работы.

111. Особую благодарность автор выражает заведующему лаборатории биотехнологии и СПИДа Института иммунологии профессору Сидоровичу Игорю Георгиевичу за чуткое руководство и ценные научные рекомендации.

112. Автор выражает большую благодарность к.б.н. Амосенко Фаине Аркадьевне (Институт медицинской генетики РАМН) за помощь в освоении метода ПЦР.