Исследование химического пространства ингибиторов репродукции вируса клещевого энцефалита in silico и in vitro тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.16, кандидат наук Орлов Алексей Александрович

• Орлов Алексей Александрович
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Орлов Алексей Александрович

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Подходы к созданию ингибиторов репродукции флавивирусов

1.1.1. Жизненный цикл флавивирусов

1.1.2. Ингибиторы проникновения вируса в клетку

1.1.3. Ингибиторы внутриклеточных стадий жизненного цикла флавивирусов

1.1.3.1. Ингибиторы репродукции, взаимодействующие с белком капсида С

1.1.3.2. Неструктурный белок NS3

1.1.3.2.1. Ингибиторы протеазы NS2B-NS3pro

1.1.3.2.2. Ингибиторы хеликазы NS3hel

1.1.3.3. Ингибиторы неструктурного белка NS4B

1.1.3.4. Неструктурный белок NS5

1.1.3.4.1. Ингибиторы метилтрансферазы NS5

1.1.3.4.2. Ингибиторы полимеразы NS5

1.2. Методы анализа химического пространства

1.2.1. Базы данных о биологической активности

1.2.2. Сетевые подходы к анализу химического пространства

1.2.3. Методы, основанные на уменьшении размерности пространства

1.2.3.1. Анализ главных компонент

1.2.3.2. Самоорганизующиеся карты Кохонена

1.2.3.3. Генеративное топографическое картирование

1.2.3.4. Другие методы уменьшения размерности

1.2.4. Подходы, основанные на представлении структуры в виде молекулярного графа

ГЛАВА 2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

2.1. Анализ химического пространства противофлавивирусных соединений

2.1.1. Статистика записей в FlaviChEMBL

2.1.2. Анализ химического пространства FlaviChEMBL

2.1.3. Анализ химического пространства противофлавивирусных соединений в контексте

глобального противовирусного пространства

2.2. Исследование химического пространства ингибиторов репродукции вируса клещевого энцефалита in vitro

2.2.1. Нуклеозидные ингибиторы репродукции вируса клещевого энцефалита

2.2.2. Жёсткие амфифильные ингибиторы слияния

2.2.3. Определение противовирусной активности селен- и сероорганических соединений

2.3. Цитотоксичность ингибиторов репродукции ВКЭ

2.4. Виртуальный скрининг ингибиторов репродукции вируса клещевого энцефалита с использованием данных FlaviChEMBL и метода генеративного топографического

картирования

2.5. Заключение

ГЛАВА 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

3.1. Анализ данных, хемоинформатика и молекулярное моделирование

3.1.1. Обработка данных

3.1.2. Процедура создания аннотированной выборки противофлавивирусных соединений

3.1.3. Анализ молекулярных сетей

3.1.4. Метод анализа главных компонент

3.1.5. Метод самоорганизующихся карт

3.1.6. Анализ распределения скаффолдов

3.1.7. Построение модели неструктурного белка NS5 ВКЭ по гомологии

3.1.8. Молекулярный докинг

3.1.9. Генеративное топографическое картирование

3.1.9.1. Генерация дескрипторов

3.1.9.2. Отбор соединений IBS для скрининга in vitro

3.2. Биологические испытания

3.2.1. Определение цитотоксичности

3.2.1.1. Определение цитотоксичности методом световой микроскопии

3.2.1.2. Определение цитотоксичности с использованием витального красителя

3.2.2. Определение противовирусной активности

3.2.2.1. Определение титра вируса

3.2.2.2. Определение противовирусной активности при предварительной инкубации соединений с вирусом

3.2.2.3. Определение противовирусной активности при одновременном добавлении соединений и вируса к клеткам

3.2.2.4. Определение противовирусной активности при предварительной инкубации соединений с клетками

3.2.2.5. Определение снижения титра вируса при добавлении соединений

ВЫВОДЫ

ЛИТЕРАТУРА

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение 1. Схема возможных аннотаций противовирусных экспериментов

Приложение 2. Значения полутоксических концентраций СС50 некоторых соединений для

культур клеток СПЭВ, RD, Vero

Приложение 3. Результаты определения ингибирующей активности соединений IBS по

отношению к репродукции ВКЭ in vitro

Приложение 4. Выравнивание аминокислотных последовательностей белков NS5 флавивирусов

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование химического пространства ингибиторов репродукции вируса клещевого энцефалита in silico и in vitro»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы. Каждый год увеличивается число видов вирусов, ассоциируемых с заболеваниями человека. По состоянию на 2018 год только для 9 инфекционных заболеваний, вызываемых вирусами иммунодефицита человека, вирусом гепатита С, вирусами герпеса первого и второго типов, вирусом гриппа А и рядом других, допущены к применению лекарства на основе низкомолекулярных соединений, обладающих специфическим противовирусным действием [1-3]. Одним из родов вирусов, в который входит множество патогенных видов вирусов, для которых отсутствуют специфические противовирусные препараты, является род Flavivirus. Поэтому создание новых ингибиторов репродукции флавивирусов является важной задачей современной медицинской химии.

Род Flavivirus семейства Flaviviridae включает 53 вида вирусов, многие из которых способны вызывать заболевания человека различной степени тяжести: от неосложнённых лихорадочных состояний до тяжёлых поражений центральной нервной системы [4]. Для России и Европы среди природно-очаговых инфекций особенно актуальной проблемой является клещевой энцефалит [5, 6]: ежегодно им инфицируется более 10 тыс. человек, а на эндемичных территориях проживает свыше 60 млн. человек. Несмотря на наличие эффективной вакцины, охват населения иммунизацией считается недостаточным [7, 8], в связи с чем разработка других средств профилактики и лечения клещевого энцефалита является актуальной задачей.

Репликативные циклы флавивирусов схожи между собой, а белки, выполняющие ключевые функции, такие как вирусные протеазы, метилтрансферазы, полимеразы, гомологичны, что позволяет применять аналогичные подходы при дизайне соединений, действующих на разные флавивирусы, и перепрофилировать активные соединения [11]. Информация о биологической активности низкомолекулярных соединений, в том числе противовирусной, накапливается в больших базах данных, таких как ChEMBL, PubChem BioAssay, DrugBank и др. Анализ информации, содержащейся в таких базах данных, играет важную роль в установлении соотношений "структура-активность", анализе ландшафта противовирусной активности и прогнозировании профиля противовирусной активности и механизма действия соединений in silico.

Степень разработанности избранной темы. Детальное исследование химического пространства противофлавивирусных соединений с использованием информации из общедоступных баз данных о биологической активности (ChEMBL, PubChem BioAssay и другие) ранее не проводилось. Данные о противофлавивирусной активности и структурах низкомолекулярных органических соединений, активность которых определялась по отношению к флавивирусам, исследовались только в контексте общего химического пространства

противовирусных соединений (в частности, с использованием метода генеративного топографического картирования), либо рассматривались в рамках обзорных работ.

На момент начала работы химическое пространство ингибиторов репродукции вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) в общедоступных базах данных было представлено несколькими классами соединений, механизм действия которых предположительно связан с ингибированием проникновения вируса в клетку [9]. Помимо этих соединений в научной литературе описано ещё несколько классов ингибиторов репродукции ВКЭ, механизм действия которых связан с ингибированием проникновения [10], ингибированием РНК-зависимой РНК-полимеразы вируса [11, 12] и взаимодействием с мишенями хозяина [11, 12]. Однако химическое разнообразие соединений с активностью против ВКЭ существенно меньше, чем для других активно изучаемых флавивирусов, таких как вирус денге, вирус лихорадки Западного Нила, вирус жёлтой лихорадки.

Целью настоящей работы является анализ химического пространства проти-вофлавивирусных соединений на основе информации, представленной в базе данных ChEMBL, виртуальный скрининг коммерчески доступных низкомолекулярных органических соединений для поиска новых классов ингибиторов репродукции ВКЭ и расширение химического пространства противофлавивирусных соединений путём определения активности низкомолекулярных органических соединений по отношению к вирусу клещевого энцефалита in vitro. Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Проанализировать информацию о противофлавивирусной активности, представленную в базе данных ChEMBL;

2. Провести виртуальный скрининг коммерчески доступных низкомолекулярных органических соединений с использованием информации о противофлавивирусной активности из ChEMBL и валидировать результаты прогноза в экспериментах in vitro;

3. Определить in vitro противовирусную активность по отношению к вирусу клещевого энцефалита и цитотоксичность низкомолекулярных органических соединений.

Научная новизна. Впервые определены структурные особенности противо-флавивирусных соединений с использованием информации из общедоступной базы данных ChEMBL и методов анализа химического пространства, в том числе методов анализа главных компонент, самоорганизующихся карт Кохонена, сетей химического пространства и анализа скаффолдов. Впервые показана возможность использования поиска структурных аналогов соединений с известной противофлавивирусной активностью с применением метода генеративного топографического картирования для дизайна новых классов ингибиторов репродукции ВКЭ.

Впервые определена ингибиторная активность Л^-замещённых производных аденозина, производных 5-(перилен-3-илэтинил)уридина и ряда других аналогов нуклеозидов, а также более

10 классов низкомолекулярных органических соедине-ний по отношению к репродукции ВКЭ. Впервые выявлены структурные фрагменты, обусловливающие ингибиторную активность соединений этих классов. Для активных соединений впервые определена цитотоксичность по отношению к культуре клеток почки эмбриона свиньи (СПЭВ) и идентифицированы структурные фрагменты, влияющие на цитотоксичность.

Теоретическая и практическая значимость работы. Теоретическая значимость работы заключается в определении структурных особенностей противофлавивирусных соединений на основе информации из базы данных ChEMBL и в разработке подходов к прогнозированию механизма действия соединений и виртуальному скринингу коммерчески доступных низкомолекулярных органических соединений для поиска новых ингибиторов репродукции ВКЭ.

Практическая значимость работы заключается в создании аннотированной библиотеки низкомолекулярных органических соединений, содержащей данные об их противофлавивирусной активности, которая может быть использована в работах по определению механизма действия соединений, исследованию соотношений "структура-активность" и для проведения виртуального скрининга библиотек коммерчески доступных соединений. Практическая значимость работы также заключается в получении данных о структурных особенностях соединений, для которых определена ингибиторная активность против ВКЭ и цитотоксичность на культуре клеток СПЭВ. Эти данные могут быть использованы в дальнейшем при разработке специфических противовирусных лекарственных средств, в том числе лекарственных средств против клещевого энцефалита и других заболеваний, вызываемых флавивирусами.

Методология и методы исследования. Химическое пространство противофлавивирусных соединений было проанализировано с использованием информации, извлечённой из общедоступной базы данных ChEMBL. На основе этой информации была создана библиотека соединений (FlaviChEMBL), для которых по данным ChEMBL определялась противофлавивирусная активность. Описания экспериментов FlaviChEMBL были дополнительно проаннотированы к молекулярным мишеням. Для определения структурного разнообразия и структурных особенностей соединений FlaviChEMBL были использованы широкоприменяемые методы анализа химического пространства: анализ скаффолдов, метод самоорганизующхся карт Кохонена, метод анализа главных компонент, сетевые подходы. Информация из FlaviChEMBL была использована для виртуального скрининга библиотеки коммерческих низкомолекулярных органических соединений с применением метода генеративного топографического картирования. Противовирусная активность и цитотоксичность соединений, выбранных в результате виртуального скрининга, была определена в экспериментах in vitro.

Эксперименты in vitro проводили с использованием штамма ВКЭ Абсеттаров (GenBank № KU885457) из коллекции лаборатории арбовирусов

ФГБНУ «ФНЦИРИП им. М.П. Чумакова РАН». Использовали растворы соединений в диметилсульфоксиде. Определение активности соединений против ВКЭ проводили методом ингибирования образования бляшек в культуре клеток СПЭВ. Полуэффективные концентрации EC50 рассчитывали по методу Рида и Менча. Цитотоксичность соединений определяли с использованием световой микроскопии визуально по повреждению монослоя СПЭВ или фотоколорометрически с использованием раствора витального красителя нейтрального красного. Полутоксические концентрации CC50 рассчитывали по методу Кербера или методу Рида и Менча. Все опыты проводили минимум в трёх повторностях.

Положения, выносимые на защиту. С использованием информации, извлекаемой из базы данных ChEMBL, проанализировано химическое пространство противофлавивирусных соединений, определены их структурные особенности, а также построены карты химического пространства противофлавивирусных соединений.

Показано, что виртуальный скрининг коммерческих низкомолекулярных органических соединений с использованием метода генеративного топографического картирования и данных о противофлавивирусной активности соединений позволяет найти новые классы ингибиторов репродукции вируса клещевого энцефалита.

Выявлены соединения, проявляющие активность по отношению к ингибированию репродукции вируса клещевого энцефалита, в серии

Л6-замещённых производных аденозина. Предложен возможный механизм действия соединений из серии Л6-замещённых производных аденозина на основе анализа результатов поиска по подобию и молекулярного докинга.

Показано, что жёсткие амфифильные ингибиторы слияния из серии производных 5-(перилен-3-илэтинил)уридина ингибируют репродукцию вируса клещевого энцефалита. Основным структурным фрагментом, важным для эффективного ингибирования репродукции вируса клещевого энцефалита, является перилен.

В результате скрининга in vitro выявлены 6 классов низкомолекулярных селен- и сероорганических ингибиторов репродукции вируса клещевого энцефалита.

Степень достоверности и апробация результатов. Достоверность положений, выносимых на защиту, и выводов диссертации подтверждается выполнением экспериментов в контролируемых условиях и использованием достаточного числа повторностей. Расчёты были проведены с использованием стандартных алгоритмов и широко используемого программного обеспечения.

Основные результаты работы были представлены на международных и российских конференциях. В частности, материалы работы были представлены на 256-м Конгрессе Американского химического общества (США, Бостон, 19-23 августа 2018), XXV Российском национальном конгрессе «Человек и лекарство» (Москва, 9-12 апреля 2018), 255-м Конгрессе Американского химического общества (США, Новый Орлеан, 19-23 марта 2018), 3-й Российской конференции по медицинской химии (Казань, 28 сентября - 3 октября 2017), 3-й Летней школе по хемоинформатике (Казань, 5-7 июля 2017), 12-й Германской конференции по хемоинформатике (Германия, Фульда, 6-8 ноября 2016), на 3-м противовирусном конгрессе (Нидерланды, Амстердам, 12-14 октября 2014).

Соответствие паспорту специальности. Диссертация соответствует паспорту специальности 02.00.16 - Медицинская химия - по пунктам 1 (поиск, структурный дизайн и синтез соединений-лидеров - потенциальных физиологически активных (лекарственных) веществ, на основе: а) знания структурных параметров биомишени или особенностей патогенеза; б) анализа и модификации структур известных активных соединений; в) синтеза и биологического тестирования широкого разнообразия химических соединений), 2 (использование фундаментальных методов математической химии (компьютерного молекулярного моделирования и QSAR) с целью прогнозирования возможности взаимодействия определенных химических соединений с предполагаемой биологической мишенью, а также для выявления взаимосвязи между химической структурой и физиологической активностью) и 6 (биологическое и физиологическое (in vitro и in vivo) тестирование скон-струированных и синтезированных соединений на предмет изучения особенностей их взаимодействия с молекулярными мишенями организма).

Публикации. Всего по материалам диссертации опубликовано 18 печатных работ, из них 8 статей в рецензируемых научных журналах, 1 патент и 9 тезисов докладов на российских и международных конференциях. Исследования выполнялись при поддержке проектов РФФИ (1403-31566, 15-04-08365, 16-03-01057, 16-34-01298) и РНФ (16-15-10307, 15-15-00053) и государственного задания ФГБНУ "ФНЦИРИП им. М.П. Чумакова РАН".

Личный вклад автора. Личный вклад автора состоял в подборе и анализе литературных данных, экспериментальном определении противовирусной активности и цитотоксичности in vitro, проведении исследований методами вычислительной химии, в частности, методами анализа химического пространства, моделирования по гомологии, молекулярного докинга, в интерпретации, обобщении и обсуждении полученных результатов, формулировании выводов, в подготовке материалов к публикациям и представлении их на конференциях. Имена всех соавторов указаны в опубликованных работах. Участие соавторов и организаций, в которых они работают, отражено в тексте диссертации.

Структура и объём работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, обсуждения результатов, экспериментальной части, выводов, списка цитируемой литературы и приложений. Материал диссертации изложен на 146 страницах машинописного текста, содержит 38 рисунков, 19 таблиц и 337 ссылок.

Благодарности. Автор благодарит к.б.н. Козловскую Л.И. и д.б.н. Карганову Г.Г. (ФГБНУ "ФНЦИРИП им. М.П. Чумакова РАН") за ценные консультации и помощь в проведении исследований по определению противовирусной активности и цитотоксичности in vitro. Автор выражает признательность д.х.н. Коршуну В.А. (Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук), д.х.н. Доценко В.В. (ФГБОУ ВО «Кубанский государственный университет»), д.х.н. Михайлову С.Н. (Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук) за предоставленные для экспериментальных исследований образцы соединений. Автор выражает благодарность Dr. Fanny Bonachera, Dr. Dragos Horvath, Dr. Alexandre Varnek (лаборатория хемоинформатики, Страсбургский университет) за помощь и ценные консультации по использованию метода генеративного топографического картирования. Автор также выражает благодарность к.х.н. Жеребкеру А.Я. (Автономная некоммерческая образовательная организация высшего образования «Сколковский институт науки и технологий») и проф., д.х.н. Перминовой И.В. (ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова») за ценные консультации по анализу смесей природного происхождения. Автор благодарит посольство Франции в Москве за предоставление стипендии им. М.В. Остроградского. Автор благодарит за поддержку свою семью и друзей.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Подходы к созданию ингибиторов репродукции флавивирусов

В настоящее время основными методами борьбы с вирусными инфекциями являются вакцинопрофилактика и применение противовирусных препаратов на основе низкомолекулярных органических соединений [13]. Тем не менее, для большей части вирусных патогенов человека специфические препараты недоступны, что делает исследования в этой области актуальными. Это подтверждается ростом числа научных публикаций, посвящённых созданию противовирусных препаратов (рисунок 1.1а).

Г 18000 с

а 6

h 16000 ЖСЩ

Л \14000 iÉw

12000 jfiitÉ^^k V ^^Н yii

у 10000 BRB^^^^J »

у 8000 1Ё

у бооо ^á

4000

_ 2000 & ф $ $ $ ^ ^ ^ ^

Рисунок 1.1. а) Количество публикаций в базе данных PubMed [14] по запросу "antiviral drugs" (красный), "anticancer drugs" (фиолетовый), "antibacterial drugs" (серый) c 1942 года по 2017 год. б) Распределение публикаций в базе данных PubMed [14] по запросу, включающему название вида флавивируса в соответствии с современной таксономией вирусов [15]: Dengue virus - голубой, West Nile virus - оранжевый, Zika virus - зелёный, Japanese enchephalitis virus -красный, Tick-borne enchephalitis virus - фиолетовый, Yellow fever virus- жёлтый, другие флавивирусы - серый.

Одним из родов вирусов, для которых не существует специфических лекарственных препаратов, является род Flavivirus. Изученность представителей этого рода неравномерна: наибольшее количество исследований посвящено вирусу денге, вирусу лихорадки Западного Нила, вирусу Зика и т.д. (рисунок 1.1б). Однако поскольку основные стадии жизненного цикла флавивирусов одинаковы и в них задействованы схожие по аминокислотной последовательности белки, то для создания препаратов, действующих на другие флавивирусы, могут применяться аналогичные стратегии, и имеются перспективы создания соединений с широким спектром противофлавивирусной активности.

1.1.1. Жизненный цикл флавивирусов

Флавивирусы — это оболочечные РНК-содержащие вирусы [16]. Вирионы представляют собой сферические или плеоморфные частицы диаметром около 50 нм (рисунок 1.2а). Снаружи они окружены гликопротеиновой и липидной оболочками, в центре вириона располагается нуклеокапсид.

Рисунок 1.2. а). Визуализация вириона флавивирусов. Адаптировано из [17]. б) Жизненный цикл флавивирусов. Адаптировано из [18].

Жизненный цикл флавивирусов включает присоединение вириона к поверхности клетки хозяина, проникновение в клетку, перенос вирусной РНК в цитоплазму, трансляцию вирусной РНК в полипротеин, его процессинг, репликацию вирусной РНК, сборку и созревание вирионов и, в конечном счёте, высвобождение «вторичных» вирионов из клетки [18, 19] (рисунок 1.2б).

После присоединения вириона к поверхности клетки, важную роль в котором играют факторы присоединения (например, гликозаминогликаны), он попадает внутрь клетки преимущественно путём клатрин-зависимого эндоцитоза [20], хотя возможны и альтернативные способы проникновения [21, 22].

Вирион попадает в клетку, будучи окружён липидной мембраной эндосомы. Процесс слияния мембран вириона и эндосомы инициируется при рН < 6.6. В основе процесса слияния лежит конформационная перестройка белка оболочки Е, которая реализует слияние вирусной и клеточной мембран [23, 24, 25]. В результате образуется пора слияния и вирусная РНК попадает внутрь клетки.

Геном флавивирусов представляет собой линейную одноцепочечную молекулу (+)-РНК длиной около 11 тысяч нуклеотидов [26]. После попадания вирусной (+)-РНК в клетку происходит её кэп-зависимая трансляция. Получившийся полипротеин расщепляется

а)

б)

клеточными и вирусными протеазами. Репликация (+)-РНК происходит сразу после её трансляции и начинается с синтеза полногеномной (-)-РНК, которая служит шаблоном для новых цепей (+)-РНК. Сборка новых вирионов происходит в эндоплазматической сети, при этом димеры капсидного белка С образуют комплекс с вновь синтезированными (+)-РНК. Затем неинфекционные незрелые вирионы транспортируются через секреторные пути клетки, в ходе чего происходит их созревание. Созревшие вирионы высвобождаются на поверхности клетки.

В геноме флавивирусов закодированы десять белков: три структурных (С, М, Е), участвующих в формировании вириона, и семь неструктурных (№1, №2а, №2В, №3, №4а, NS4B, NS5), образующих репликативный комплекс [26] (рисунок 1.3).

Рисунок 1.3. Строение полипротеина флавивирусов.

Практически все белки флавивирусов многофункциональны и участвуют в различных стадиях жизненного цикла вируса. Три вирусных белка, формирующих вирусную частицу, называются структурными: капсидный белок С, формирующий вместе с РНК нуклеокапсид, мембранный белок М (образуется из ргМ во время созревания вируса и принимает участие в процессах сборки и созревания вириона) и белок оболочки Е, формирующий внешнюю оболочку вирусной частицы [27, 28]. Неструктурные белки образуют репликативный комплекс вируса [29]. Белок NS1 уникален для флавивирусов и принимает участие в репликации вирусной РНК, а также во взаимодействии с иммунной системой хозяина. NS3 вместе с необходимым структурным элементом, белком NS2B, выполняет функцию протеазы. Другой домен NS3 выполняет функцию хеликазы и нуклеозидтрифосфатазы. Домены белка NS5 выполняют функции РНК-зависимой РНК-полимеразы, метилтрансферазы и гуанилтрансферазы. Белки №2А, №4А, ^4В участвуют в формировании репликативного комплекса.

Для создания ингибиторов репродукции флавивирусов в качестве молекулярных мишеней используются как структурные, так и неструктурные белки. Важным аспектом разработки ингибиторов репродукции флавивирусов является стадия жизненного цикла вируса, на которой они действуют. Так, если соединения действуют на стадии проникновения вируса в клетку, им не нужно преодолевать барьер в виде клеточной мембраны. В то же время ингибиторы вирусных ферментов должны попасть в клетку, преодолев её мембрану. В связи с этим в настоящей главе все противофлавивирусные соединения разделены на две больших группы: соединения, ингибирующие проникновение вируса в клетку, и соединения, ингибирующие внутриклеточные стадии жизненного цикла вируса, протекающие внутри клетки [30]. Принимая во внимание

существенное сходство в жизненном цикле флавивирусов и в строении их белков, подходы, используемые для создания ингибиторов репродукции одного из флавивирусов (например, вируса денге) потенциально могут быть успешно применены для создания ингибиторов другого.

1.1.2. Ингибиторы проникновения вируса в клетку

1

Дизайн ингибиторов проникновения флавивирусов в клетку сфокусирован в основном на создании ингибиторов, препятствующих конформационным перестройкам белка оболочки Е (рисунок 1.4а, Таблица 1.1) [31]. Так, между доменами I и II белка Е был обнаружен гидрофобный карман, способный поместить в себе молекулу н-октил-Р-О-глюкозида 1 (POG) (рисунок 1.4б)

[32]. Соединения, взаимодействующие с этим карманом, могут

ОН

стерически затруднять конформационные изменения в доменах О1 и ОП и таким образом препятствовать слиянию. В результате виртуального скрининга методом молекулярного докинга в димерную форму белка Е был предложен ряд соединений, ингибирующих репродукцию ДЕНВ [36], ВЛЗН [36], ВЖЛ [36], ВКЭ [9], предположительно связывающихся с этим карманом (Таблица 1.1, соединения 2, 3). Помимо P0G-сайта, методом моделирования молекулярной динамики было найдено ещё несколько карманов на поверхности димера Е, которые могут быть использованы для дизайна ингибиторов [37].

а

в

Домен II

Домен I Домен 111

Рисунок 1.4. Строение белка оболочки Е флавивирусов. а) Строение мономера белка Е (РОВ ГО 3J2P) [33]. б) Димерная форма белка Е. Сайт связывания н-октил-Р-О-глюкозида выделен зелёной обводкой (РОВ ГО 10КЕ) [34]. в) Тримерная форма белка Е (РОВ ГО 10К8) [35].

В отличие от димерной формы белка Е, возможность использования тримерной формы белка Е (рисунок 1.4в) в качестве молекулярной мишени для дизайна низкомолекулярных противофлавивирусных соединений изучена гораздо менее подробно. Известен только один класс ингибиторов проникновения ДЕНВ в клетку, предположительно действующих на тримерную форму белка Е [38] (Таблица 1.1, соединение 4).

Альтернативой низкомолекулярным соединениям являются пептидные ингибиторы проникновения, молекулярной мишенью которых у флавивирусов также служит белок Е. Разработаны как пептидные ингибиторы взаимодействия белка Е с клеточными рецепторами, так и ингибиторы его конформационных переходов. Поиск пептидных ингибиторов проникновения флавивирусов начался с попытки применить идею, лежавшую в основе разработки первого допущенного к клиническому применению противовирусного пептидного препарата — энфувиртида, — к флавивирусам [39]. Этот пептид, представляющий собой фрагмент поверхностного белка gp41 ВИЧ, способен ингибировать проникновение вируса в клетку, препятствуя его конформационной перестройке в ходе слияния. Руководствуясь идеей об общем сходстве процесса проникновения флавивирусов и ВИЧ, исследователи провели поиск наиболее гидрофобных участков белка оболочки Е флавивирусов на основе шкалы гидрофобности Вимли-Вайта. Так были найдены несколько гидрофобных фрагментов белка Е, способных подавлять репродукцию ДЕНВ и ВЛЗН (Таблица 1.1, соединение 5). Особенно активными оказались фрагменты стебелька белка Е. Соответствующие пептиды взаимодействовали с тримерной формой белка и препятствовали репродукции вирусов со значениями полуингибиторной концентрации ГС50 порядка 10мкМ, а их аналоги с перемешанной аминокислотной последовательностью были неактивны. Эти пептиды обладали активностью по отношению к широкому спектру флавивирусов, включая ДЕНВ, ВЛЗН, ВЖЛ, ВЯЭ, ВКЭ, ЗИКВ [39, 40, 41, 42, 43]. Одним из самых активных оказался фрагмент стебелька белка Е (5), включающий аминокислотные остатки второй спирали стебелька (420-444) и петли между первой и второй спиралями (412-420). Другой мишенью пептидных ингибиторов проникновения может служить димерная форма белка Е. Так, оптимизированные с целью увеличения стабильности вторичной структуры фрагменты доменов II [47] и III [48] белка Е ДЕНВ 2 и ВЛЗН обладали активностью порядка 10 мкМ в исследованиях по ингибированию репродукции вирусов, а мишенью их действия, по-видимому, служит димерная форма белка Е, хотя точный механизм действия не установлен.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Орлов Алексей Александрович, 2019 год

ЛИТЕРАТУРА

1. De Clercq E., Li G. Approved Antiviral Drugs over the Past 50 Years. // Clin. Microbiol. Rev. -2016. - V. 29. - P. 695-747.

2. Mullard A. 2016 FDA drug approvals. // Nat. Rev. DrugDiscov. - 2017. - V. 16. - P. 73-76.

3. Mullard A. 2017 FDA drug approvals. // Nat. Rev. Drug Discov. - 2018. - V. 17. - P. 81-85.

4. Holbrook M. R. Historical Perspectives on Flavivirus Research. // Viruses. - 2017. - V. 7. - P. 97E.

5. Süss J. Tick-borne encephalitis 2010: epidemiology, risk areas, and virus strains in Europe and Asia-an overview. // Ticks Tick Borne Dis. - 2011. - V. 2. - P. 2-15.

6. Kunze U. The International Scientific Working Group on Tick-Borne Encephalitis (ISW TBE): Review of 17 years of activity and commitment. // Ticks Tick Borne Dis. - 2016. - V. 7. - P. 399404.

7. Zavadska D., Anca I., André F., Bakir M., Chlibek R., Cizman M., Ivaskeviciene I., Mangarov A., Mészner Z., Pokorn M., Prymula R., Richter D., Salman N., Simurka P., Tamm E., Tesovic G., Urbancikova I., Usonis V. Recommendations for tick-borne encephalitis vaccination from the Central European Vaccination Awareness Group (CEVAG). // Hum. Vaccin. Immunother. - 2013.

- V. 9. - P. 362-374.

8. Erber W., Schmitt H.-J. Self-reported tick-borne encephalitis (TBE) vaccination coverage in Europe: Results from a cross-sectional study. // Ticks Tick Borne Dis. - 2018. - V. 9. - P. 768777.

9. Osolodkin D.I., Kozlovskaya L.I., Dueva E.V., Dotsenko V.V., Rogova Y.V., Frolov K.A., Krivokolysko S.G., Romanova E.G., Morozov A.S., Karganova G.G., Palyulin V.A., Pentkovski V.M., Zefirov N.S. Inhibitors of tick-borne flavivirus reproduction from structure-based virtual screening. // ACS Med. Chem. Lett. - 2013. - V. 4. - P. 869-874.

10. Sedenkova K. N., Dueva E. V., Averina E. B., Grishin Y. K., Osolodkin D. I., Kozlovskaya L. I., Palyulin V. A., Savelyev E. N., Orlinson B. S., Novakov I. A., Butov G. M., Kuznetsova T. S., Karganova G. G., Zefirov N. S. Synthesis and assessment of 4-aminotetrahydroquinazoline derivatives as tick-borne encephalitis virus reproduction inhibitors. // Org. Biomol. Chem. — 2015.

- V. — P. 3406-3415.

11. Kok W. M. New developments in flavivirus drug discovery. // Expert Opin. Drug Discov. - 2016.

- V. 11. - P. 433-445.

12. Ruzek D., Avsic Zupanc T., Borde J., Chrdle A., Eyer L., Karganova G., Kholodilov I., Knap N., Kozlovskaya L., Matveev A., Miller A.D., Osolodkin D.I., Överby A.K., Tikunova N., Tkachev S., Zajkowska J. Tick-borne encephalitis in Europe and Russia: Review of pathogenesis, clinical

13

14

15

16

17

18

19

20

21

22

23

24

25

26

27

28

features, therapy, and vaccines. // Antiviral Res. - 2019. - V. 164. - P. 23-51.

Ding Y.Z., Lv J.L., Zhang Z.W. Ma X.Y., Zhang J., Zhang Y.G. The program of antiviral agents

inhibits virus infection. // Arch. Microbiol. - 2018. - V. 200. - P. 841-846.

URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ (Дата обращения: 01.06.2018)

Lefkowitz E.J., Dempsey D.M., Hendrickson R.C., Orton R.J., Siddell S.G., Smith D.B. Virus

taxonomy: the database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). //

Nucleic Acids Res. - 2018. - V. 46. - P. D708-D717.

Fields, Bernard N; Knipe, David M (David Mahan); Howley, Peter M. 6th ed. Philadelphia: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins, 2013.

Angel R. M., Valle J. R. Dengue Vaccines: Strongly Sought but Not a Reality Just Yet. // PLoS Pathog. - 2013. - V. 9. - P. e1003551.

Mukhopadhyay S., Kuhn R. J., Rossmann M. G. A structural perspective of the flavivirus life cycle. // Nat. Rev. Microbiol.- 2005. - V. 3. - P. 13-22.

Gupta A.K., Kaur K., Rajput A., Dhanda S.K., Sehgal M., Khan M.S., Monga I., Dar S.A., Singh S., Nagpal G., Usmani S.S., Thakur A., Kaur G., Sharma S., Bhardwaj A., Qureshi A., Raghava G.P., Kumar M. ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis. // Sci. Rep. - 2016. - V. 6. - P. 32713. Chu J. J. H., Ng, M. L. Infectious Entry of West Nile Virus Occurs through a Clathrin-Mediated Endocytic Pathway. // J. Virol. - 2004. - V. 78. - P. 10543-10555.

Suksanpaisan L., Susantad T., Smith D. R. Characterization of dengue virus entry into HepG2 cells. // J. Biomed. Sci. - 2009. - V. 16. - P. 17.

Acosta E. G., Castilla V., Damonte E. B. Alternative infectious entry pathways for dengue virus serotypes into mammalian cells. // Cell. Microbiol. - 2009. - V. 11. - P. 1533-1549. Kaufmann B., Rossmann M. G. Molecular mechanisms involved in the early steps of flavivirus cell entry. //Microbes Infect.-2011. -V. 13. - P. 1-9.

Perera-Lecoin M., Meertens L., Carnec X., Amara, A. Flavivirus entry receptors: an update. // Viruses. -2013. - V. 6. - P. 69-88.

Cruz-Oliveira C., Freire J.M., Concei9äo T.M., Higa L.M., Castanho M.A., Da Poian AT. Receptors and routes of dengue virus entry into the host cells. // FEMSMicrobiol. Rev. - 2015. -V. 39. - P. 155-170.

Chambers T. J., Hahn C. S., Galler R., Rice C. M. Flavivirus genome organization, expression, and replication.. // Annu. Rev. Microbiol. - 1990. - V. 44. - P. 649-688.

Zhang X., Jia R., Shen H., Wang M., Yin Z., Cheng A. Structures and Functions of the Envelope Glycoprotein in Flavivirus Infections. // Viruses. - 2017. - V. 9. - P. 338.

Hasan S. S., Sevvana M., Kuhn R. J., Rossmann M. G. Structural biology of Zika virus and other

flaviviruses. // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2018. - V. 25. - P. 13-20.

29. Bollati M., Alvarez K., Assenberg R., Baronti C., Canard B., Cook S., Coutard B., Decroly E., de Lamballerie X., Gould E.A., Grard G., Grimes J.M., Hilgenfeld R., Jansson A.M., Malet H., Mancini E.J., Mastrangelo E., Mattevi A., Milani M., Moureau G., Neyts J., Owens R.J., Ren J., Selisko B., Speroni S., Steuber H., Stuart D.I., Unge T., Bolognesi M. Structure and. functionality in flavivirus NS-proteins: perspectives for drug design. // Antiviral Res. - 2010. - V. 87. - P. 125148.

30. García L. L., Padilla L., Castaño J. C. Inhibitors compouds of the flavivirus replication process. // Virol. J. - 2017. - V. 14. - P. 95.

31. Wang Q.-Y., Shi P.-Y. Flavivirus Entry Inhibitors. // ACS Infect Dis. - 2015. - V. 1. - P. 428-434.

32. Nybakken G.E., Nelson C.A., Chen B.R., Diamond M.S., Fremont D.H. Crystal structure of the West Nile virus envelope glycoprotein. // J. Virol. - 2006. - V. 80. - P. 11467-11474.

33. Zhang X., Ge P., Yu X., Brannan J.M., Bi G., Zhang Q., Schein S., Zhou Z.H. Cryo-EM structure of the mature dengue virus at 3.5-A resolution. // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2012. - V. 20. - P. 105110.

34. Modis Y., Ogata S., Clements D., Harrison S.C. A Ligand-Binding Pocket in the Dengue Virus Envelope Glycoprotein. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2003. - V. 100. - P. 6986-6991.

35. Modis Y., Ogata S., Clements D., Harrison S.C. Structure of the dengue virus envelope protein after membrane fusion. // Nature. - 2004. - V. 427. - P. 313-319.

36. Kampmann T., Yennamalli R., Campbell P., Stoermer M.J., Fairlie D.P., Kobe B., Young P.R. In silico screening of small molecule libraries using the dengue virus envelope E protein has identified compounds with antiviral activity against multiple flaviviruses. // Antiviral Res. - 2009. - V. 84. - P. 234-241.

37. Fuzo C. A., Degreve, L. New pockets in dengue virus 2 surface identified by molecular dynamics simulation. // J. Mol. Model. -2013. - V. 19. - P. 1369-1377.

38. Schmidt A. G., Lee K., Yang P. L., Harrison, S. C. Small-molecule inhibitors of dengue-virus entry. // PLoSPathog. - 2012. - V. 8. - P. e1002627.

39. Hrobowski Y. M., Garry R. F., Michael S. F. Peptide inhibitors of dengue virus and West Nile virus infectivity. // Virol. J. - 2005. - V. 2. - P. 49.

40. Lok S.M., Costin J.M., Hrobowski Y.M., Hoffmann A.R., Rowe D.K., Kukkaro P., Holdaway H., Chipman P., Fontaine K.A., Holbrook M.R., Garry R.F., Kostyuchenko V., Wimley W.C., Isern S., Rossmann M.G., Michael S.F. Release of dengue virus genome induced by a peptide inhibitor. // PLoS One - 2012. - V. 7. - P. e50995.

41. Schmidt A. G., Yang, P. L., Harrison S. C. Peptide Inhibitors of Flavivirus Entry Derived from the E Protein Stem. // J. Virol. - 2010. - V. 84. - P. 12549-12554.

42. Schmidt A. G., Yang, P. L., Harrison S. C. Peptide Inhibitors of Dengue-Virus Entry Target a Late-Stage Fusion Intermediate. // PLoSPathog. - 2010. - V. 6. - P. e1000851.

43. Chen L., Liu Y., Wang S., Sun J., Wang P., Xin Q., Zhang L., Xiao G., Wang W. Antiviral activity of peptide inhibitors derived from the protein E stem against Japanese encephalitis and Zika viruses. // Antiviral Res. - 2017. - V. 141. - P. 140-149.

44. Lin Y.L., Lei H.Y., Lin Y.S., Yeh T.M., Chen S.H., Liu H.S. Heparin inhibits dengue-2 virus infection of five human liver cell lines. // Antiviral Res. - 2002. - V. 56. - P. 93-96.

45. Simanjuntak Y., Liang J.-J., Lee Y.-L., Lin, Y.-L. Repurposing of prochlorperazine for use against dengue virus infection. // J. Infect. Dis. - 2015. - V. 211. - P. 394-404.

46. Smith J.L., Stein D.A., Shum D., Fischer M.A., Radu C., Bhinder B., Djaballah H., Nelson J.A., Früh K., Hirsch A.J.. I Inhibition of dengue virus replication by a class of small-molecule compounds that antagonize dopamine receptor d4 and downstream mitogen-activated protein kinase signaling. // J. Virol. - 2014. - V. 88. - P. 5533-5542.

47. Costin J.M., Jenwitheesuk E., Lok S.M., Hunsperger E., Conrads K.A., Fontaine K.A., Rees C.R., Rossmann M.G., Isern S., Samudrala R., Michael S.F. Structural optimization and de novo design of dengue virus entry inhibitory peptides. // PLoS Negl. Trop. Dis. - 2010. - V.4. - P. e721.

48. Alhoot M. A., Rathinam A. K., Wang S. M., Manikam R., Sekaran, S. D. Inhibition of dengue virus entry into target cells using synthetic antiviral peptides. // Int. J. Med. Sci. -2013. - V. 10. -P.719-729.

49. Oliveira E. R. A., Mohana-Borges R., de Alencastro R. B., Horta, B. A. C. The flavivirus capsid protein: Structure, function and perspectives towards drug design. // Virus Res. -2017. - V. 227. -P.115-123.

50. Ma L., Jones C. T., Groesch T. D., Kuhn R. J., Post, C. B. Solution structure of dengue virus capsid protein reveals another fold. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2004. - V. 101. - P. 3414-3419

51. Dokland T., Walsh M., Mackenzie J.M., Khromykh A.A., Ee K.H., Wang S. West Nile virus core protein; tetramer structure and ribbon formation. // Structure - 2004. - V. 12. - P. 1157-1163.

52. Shang Z., Song H., Shi Y., Qi J., Gao G. F. Crystal Structure of the Capsid Protein from Zika Virus. // J. Mol. Biol. - 2018. - V. 430. - P. 948-962.

53. Martins I.C., Gomes-Neto F., Faustino A.F., Carvalho F.A., Carneiro F.A., Bozza P.T., Mohana-Borges R., Castanho M.A., Almeida F.C., Santos N.C., Da Poian A.T. The disordered N-terminal region of dengue virus capsid protein contains a lipid-droplet-binding motif. // Biochem. J. -2012. - V. 444. - P. 405-415.

54. Soto-Acosta R., Bautista-Carbajal P., Syed G. H., Siddiqui A. Del Angel R. M. Nordihydroguaiaretic acid (NDGA) inhibits replication and viral morphogenesis of dengue virus. // Antiviral Res. - 2014. -V. 109. - P. 132-140.

55. Byrd C.M., Dai D., Grosenbach D.W., Berhanu A., Jones K.F., Cardwell K.B., Schneider C., Wineinger K.A., Page J.M., Harver C., Stavale E., Tyavanagimatt S., Stone M.A., Bartenschlager R., Scaturro P., Hruby D.E., Jordan R. A novel inhibitor of dengue virus replication that targets the capsid protein. // Antimicrob. Agents Chemother. - 2013 - V. 57. - P. 15-25.

56. Scaturro P., Trist I.M., Paul D., Kumar A., Acosta E.G., Byrd C.M., Jordan R., Brancale A., Bartenschlager R.. Characterization of the mode of action of a potent dengue virus capsid inhibitor. // J. Virol. -V. 88. - P. 11540-11555.

57. Li K., Phoo W. W., Luo, D. Functional interplay among the flavivirus NS3 protease, helicase, and cofactors. // Virol. Sin. - 2014. - V. 29. - P. 74-85.

58. Assenberg, R. et al. Crystal Structure of a Novel Conformational State of the Flavivirus NS3 Protein: Implications for Polyprotein Processing and Viral Replication. // J. Virol. -2009. - V. 83. - P.12895-12906.

59. Agbowuro A. A., Huston W. M., Gamble A. B., Tyndall J. D. A. Proteases and protease inhibitors in infectious diseases. //Med. Res. Rev. - 2018. - V. 38. - P. 1295-1331.

60. Zhang Z., Li, Y., Loh, Y.R., Phoo, W.W., Hung, A.W., Kang, C., Luo, D. Crystal structure of unlinked NS2B-NS3 protease from Zika virus. // Science - 2016. - V. 354. - P. 1597-1600.

61. Brecher M., Zhang J., Li H. The flavivirus protease as a target for drug discovery. // Virol. Sin. -2013. - V. 28. - P. 326-336.

62. Leung D., Schroder K., White H., Fang N.X., Stoermer M.J., Abbenante G., Martin J.L., Young P.R., Fairlie D.P. Activity of recombinant dengue 2 virus NS3 protease in the presence of a truncated NS2B co-factor, small peptide substrates, and inhibitors. // J. Biol. Chem. - 2001. - V. 276. - P. 45762-45771.

63. Li J., Lim S.P., Beer D., Patel V., Wen D., Tumanut C., Tully D.C., Williams J.A., Jiricek J., Priestle J.P., Harris J.L., Vasudevan S.G. Functional profiling of recombinant NS3 proteases from all four serotypes of dengue virus using tetrapeptide and octapeptide substrate libraries. // J. Biol. Chem. - 2005. - V. 280. - P. 28766-28774.

64. Nall T.A., Chappell K.J., Stoermer M.J., Fang N.X., Tyndall J.D., Young P.R., Fairlie D.P. Enzymatic characterization and homology model of a catalytically active recombinant West Nile virus NS3 protease. // J. Biol. Chem. - 2004. - V. 279. - P. 48535-48542.

65. Chappell K. J., Stoermer M. J., Fairlie D. P., Young P. R. Insights to substrate binding and processing by West Nile Virus NS3 protease through combined modeling, protease mutagenesis, and kinetic studies. // J. Biol. Chem. - 2006. - V. 281. - P. 38448-38458.

66. Kondo M.Y., Oliveira L.C., Okamoto D.N., de Araujo M.R., Duarte dos Santos C.N., Juliano M.A., Juliano L., Gouvea I.E. Yellow fever virus NS2B/NS3 protease: Hydrolytic Properties and Substrate Specificity. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2011. - V. 407. - P. 640-644.

67. Chanprapaph S., Saparpakorn P., Sangma C., Niyomrattanakit P., Hannongbua S., Angsuthanasombat C., Katzenmeier G. Competitive inhibition of the dengue virus NS3 serine protease by synthetic peptides representing polyprotein cleavage sites. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2005. - V. 330. - P. 1237-1246.

68. Han W., Hu Z., Jiang X., Decicco C. P. Alpha-ketoamides, alpha-ketoesters and alpha-diketones as HCV NS3 protease inhibitors. // Bioorg. Med. Chem. Lett. - 2000. - V. 10. - P. 711-713.

69. Sheha M.M., Mahfouz N.M., Hassan H.Y., Youssef A.F., Mimoto T., Kiso Y. Synthesis of di- and tripeptide analogues containing alpha-ketoamide as a new core structure for inhibition of HIV-1 protease. // Eur. J. Med. Chem. - 2000. - V. 35. - P. 887-894.

70. Hazuda D. J., Burroughs M., Howe A. Y. M., Wahl J., Venkatraman, S. Development of boceprevir: a first-in-class direct antiviral treatment for chronic hepatitis C infection. // Ann. N. Y. Acad. Sci. - 2013. - V. 1291. - P. 69-76.

71. Yin Z., Patel S.J., Wang W.L., Wang G., Chan W.L., Rao K.R., Alam J., Jeyaraj D.A., Ngew X., Patel V., Beer D., Lim S.P., Vasudevan S.G., Keller T.H. Peptide inhibitors of Dengue virus NS3 protease. Part 1: Warhead. // Bioorg. Med. Chem. Lett. -2006. - V. 16. - P. 36-39.

72. Yin Z., Patel S.J., Wang W.L., Chan W.L., Ranga Rao K.R., Wang G., Ngew X., Patel V., Beer D., Knox J.E., Ma N.L., Ehrhardt C., Lim S.P., Vasudevan S.G., Keller T.H. Peptide inhibitors of dengue virus NS3 protease. Part 2: SAR study of tetrapeptide aldehyde inhibitors. // Bioorg. Med. Chem. Lett. - 2006. - V. 16. - P. 40-43.

73. Knox J.E., Ma N.L., Yin Z., Patel S.J., Wang W.L., Chan W.L., Ranga Rao K.R., Wang G., Ngew X., Patel V., Beer D., Lim S.P., Vasudevan S.G., Keller T.H. Peptide inhibitors of West Nile NS3 protease: SAR study of tetrapeptide aldehyde inhibitors. // J. Med. Chem. - 2006. - V. 49. - P. 6585-6590.

74. Löhr K., Knox J.E., Phong W.Y., Ma N.L., Yin Z., Sampath A., Patel S.J., Wang W.L., Chan W.L., Rao K.R., Wang G., Vasudevan S.G., Keller T.H., Lim S P. Yellow fever virus NS3 protease: peptide-inhibition studies. // J. Gen. Virol. - 2007. - V. 88. - P. 2223-2227.

75. Lim H.A., Joy J., Hill J., San Brian Chia C. Novel agmatine and agmatine-like peptidomimetic inhibitors of the West Nile virus NS2B/NS3 serine protease. // Eur. J. Med. Chem. - 2011. - V. 46.

- P. 3130-3134.

76. Hammamy M.Z., Haase C., Hammami M., Hilgenfeldand R. Development and Characterization of New Peptidomimetic Inhibitors of the West Nile Virus NS2B-NS3 Protease. // ChemMedChem.

- 2013. - V. 8. - P. 231-41.

77. Nitsche C., Behnam M. A. M., Steuer C., Klein C. D. Retro peptide-hybrids as selective inhibitors of the Dengue virus NS2B-NS3 protease. // Antiviral Res. - 2012. - V. 94. - P. 72-79.

78. Stoermer M.J., Chappell K.J., Liebscher S., Jensen C.M., Gan C.H., Gupta P.K., Xu W.J., Young

P.R., Fairlie D.P. Potent cationic inhibitors of West Nile virus NS2B/NS3 protease with serum stability, cell permeability and antiviral activity. // J. Med. Chem. - 2008. - V. 51. - P. 5714-5721.

79. Shiryaev S.A., Ratnikov B.I., Chekanov A.V., Sikora S., Rozanov D.V., Godzik A., Wang J., Smith J.W., Huang Z., Lindberg I., Samuel M.A., Diamond M.S., Strongin A.Y. Cleavage targets and the D-arginine-based inhibitors of the West Nile virus NS3 processing proteinase. // Biochem. J. - 2006. - V. 393. - P. 503-511.

80. Gao Y., Cui T., Lam Y. Synthesis and disulfide bond connectivity-activity studies of a kalata B1-inspired cyclopeptide against dengue NS2B-NS3 protease. // Bioorg. Med. Chem. - 2010. - V. 18. - P. 1331-1336.

81. Xu S., Li H., Shao X., Fan C., Ericksen B., Liu J., Chi C., Wang C. Critical effect of peptide cyclization on the potency of peptide inhibitors against Dengue virus NS2B-NS3 protease. // J. Med. Chem. - 2012. - V. 55. - P. 6881-6887.

82. Luo D., Vasudevan S. G., Lescar, J. The flavivirus NS2B-NS3 protease-helicase as a target for antiviral drug development. // Antiviral Res. - 2015. - V. 118. - P. 148-158.

83. Tomlinson S.M., Malmstrom R.D., Russo A., Mueller N., Pang Y.P., Watowich S.J. Structure-based discovery of dengue virus protease inhibitors. // Antiviral Res. - 2009. - V. 82. - P. 110114.

84. Tomlinson S.M., Watowich S.J. Anthracene-based inhibitors of dengue virus NS2B-NS3 protease. // Antiviral Res. - 2011. - V. 89. - P. 127-135.

85. Chu J.J., Lee R.C., Ang M.J., Wang W.L., Lim H.A., Wee J.L., Joy J., Hill J., Brian Chia C.S. Antiviral activities of 15 dengue NS2B-NS3 protease inhibitors using a human cell-based viral quantification assay. // Antiviral Res. - 2015. - V. 118. - P. 68-74.

86. Li L., Basavannacharya C., Chan K.W., Shang L., Vasudevan S.G., Yin Z. Structure-guided Discovery of a Novel Non-peptide Inhibitor of Dengue Virus NS2B-NS3 Protease. // Chem. Biol. Drug. Des. - 2015 - V. 86. - P. 255-264.

87. Ezgimen M., Lai H., Mueller N.H., Lee K., Cuny G., Ostrov D.A., Padmanabhan R. Characterization of the 8-hydroxyquinoline scaffold for inhibitors of West Nile virus serine protease. // Antiviral Res. - 2012. - V. 94. - P. 18-24.

88. Lai H., Prasad G.S., Padmanabhan R. Characterization of 8-hydroxyquinoline derivatives containing aminobenzothiazole as inhibitors of dengue virus type 2 protease in vitro. // Antiviral Res. - 2013. - V. 97. - P. 74-80.

89. Barbosa-Lima G., Moraes A.M., Araujo A.D.S., da Silva E.T., de Freitas C.S., Vieira Y.R., Marttorelli A., Neto J.C., Bozza P.T., de Souza M.V.N., Souza T.M.L. 2,8-bis(trifluoromethyl)quinoline analogs show improved anti-Zika virus activity, compared to mefloquine. // Eur. J. Med. Chem. - 2017. - V. 127. - P. 334-340.

90. de la Guardia C., Stephens D.E., Dang H.T., Quijada M., Larionov O.V., Lleonart R. Antiviral Activity of Novel Quinoline Derivatives against Dengue Virus Serotype 2. //Molecules. - 2018. -V. 23. - P. E672.

91. Balasubramanian, A., Manzano, M., Teramoto, T., Pilankatta, R. & Padmanabhan, R. High-throughput screening for the identification of small-molecule inhibitors of the flaviviral protease. // Antiviral Res. - 2016. -V. 134. - P. 6-16.

92. Yuan S., Chan J.F., den-Haan H., Chik K.K., Zhang A.J., Chan C.C., Poon V.K., Yip C.C., Mak W.W., Zhu Z., Zou Z., Tee K.M., Cai J.P., Chan K.H., de la Peña J., Pérez-Sánchez H., Cerón-Carrasco J.P., Yuen K.Y. Structure-based discovery of clinically approved drugs as Zika virus NS2B-NS3 protease inhibitors that potently inhibit Zika virus infection in vitro and in vivo. // Antiviral Res. - 2017. - V. 145. - P. 33-43.

93. Li Z., Brecher M., Deng Y.Q., Zhang J., Sakamuru S., Liu B., Huang R., Koetzner C.A., Allen C.A., Jones S.A., Chen H., Zhang N.N., Tian M., Gao F., Lin Q., Banavali N., Zhou J., Boles N., Xia M., Kramer L.D., Qin C.F., Li H.. Existing drugs as broad-spectrum and potent inhibitors for Zika virus by targeting NS2B-NS3 interaction. // Cell Res. - 2017. - V. 27. - P. 1046-1064.

94. Shi Z., Wei J., Deng X, Li S., Qiu Y., Shao D., Li B., Zhang K., Xue F., Wang X., Ma Z. Nitazoxanide inhibits the replication of Japanese encephalitis virus in cultured cells and in a mouse model. // Virol. J. - 2014. - V. 11. - P. 10.

95. Pambudi S., Kawashita N., Phanthanawiboon S., Omokoko M.D., Masrinoul P., Yamashita A., Limkittikul K., Yasunaga T., Takagi T., Ikuta K., Kurosu T. A small compound targeting the interaction between nonstructural proteins 2B and 3 inhibits dengue virus replication. // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2013. - V. 440. - P. 393-398.

96. Brecher M, Li Z, Liu B, et al. A conformational switch high-throughput screening assay and allosteric inhibition of the flavivirus NS2B-NS3 protease.// PLoS Pathog. - 2017 - V. 13. - P. e1006411.

97. Tian H., Ji X., Yang X., Xie W., Yang K., Chen C., Wu C., Chi H., Mu Z., Wang Z., Yang H. The crystal structure of Zika virus helicase: basis for antiviral drug design. // Protein Cell - 2016. - V. 7. - P. 450-454.

98. Mastrangelo E., Pezzullo M., De Burghgraeve T., Kaptein S., Pastorino B., Dallmeier K., de Lamballerie X., Neyts J., Hanson A.M., Frick D.N., Bolognesi M., Milani M. Ivermectin is a potent inhibitor of flavivirus replication specifically targeting NS3 helicase activity: new prospects for an old drug. // J. Antimicrob. Chemother.- 2012. - V. 67. - P. 1884-1894.

99. Basavannacharya C., Vasudevan S.G. Suramin inhibits helicase activity of NS3 protein of dengue virus in a fluorescence-based high throughput assay format. // Biochem. Biophys. Res. Commun. -2014. - 453. - P. 539-544.

100. Sweeney N.L., Hanson A.M., Mukherjee S., Ndjomou J., Geiss B.J., Steel J.J., Frankowski K.J., Li K., Schoenen F.J., Frick D.N. Benzothiazole and Pyrrolone Flavivirus Inhibitors Targeting the Viral Helicase. // ACS Infect. Dis. - 2015. - V. 1. - P. 140-148.

101. Byrd C M., Grosenbach D.W., Berhanu A., Dai D., Jones K.F., Cardwell K.B., Schneider C., Yang G., Tyavanagimatt S., Harver C., Wineinger K.A., Page J., Stavale E., Stone M.A., Fuller K.P., Lovejoy C., Leeds J.M., Hruby D.E., Jordan R. Novel Benzoxazole Inhibitor of Dengue Virus Replication That Targets the NS3 Helicase. // Antimicrob. Agents Chemother. - 2013. - V. 57. -P.1902-1912.

102. Fang J., Li H., Kong D., Cao S., Peng G., Zhou R., Chen H., Song Y. Structure-based discovery of two antiviral inhibitors targeting the NS3 helicase of Japanese encephalitis virus. // Sci. Rep. -2016. - V. 6. - P. 34550.

103. Miller S., Sparacio S., Bartenschlager R. Subcellular localization and membrane topology of the dengue virus type 2 non-structural protein 4B. // J. Biol. Chem. - 2006. - V. 281. -P. 8854-8863.

104. Xie X., Zou J., Wang Q.Y., Shi P.Y. Targeting dengue virus NS4B protein for drug discovery. // Antiviral Res. - 2015. - V. 118. P. 39-45.

105. Zmurko J., Neyts J., Dallmeier K. Flaviviral NS4b, chameleon and jack-in-the-box roles in viral replication and pathogenesis, and a molecular target for antiviral intervention. // Rev. Med. Virol.

- 2015. - V. 25. - P. 205-223.

106. Zou J., Xie X., Lee le T., Chandrasekaran R., Reynaud A., Yap L., Wang Q.Y., Dong H., Kang C., Yuan Z., Lescar J., Shi P.Y. Dimerization of flavivirus NS4B protein. // J. Virol. - 2014. - V. 88. - P. 3379-3391.

107. Zou G., Puig-Basagoiti F., Zhang B., Qing M., Chen L., Pankiewicz K.W., Felczak K., Yuan Z., Shi P.Y. A single-amino acid substitution in West Nile virus 2K peptide between NS4A and NS4B confers resistance to lycorine, a flavivirus inhibitor. // Virology. - 2009. - V. 384. - P. 242-252.

108. Low J.S.Y., Wu K.X., Chen K.C., Ng M.M-L., Chu J.J.H. Narasin, a novel antiviral compound that blocks dengue virus protein expression. // Antiv. Ther. - 2011. - V. 16. P. 1203-1218.

109. Xie X., Wang Q.Y., Xu H.Y., Qing M., Kramer L., Yuan Z., Shi P.Y. Inhibition of dengue virus by targeting viral NS4B protein. // J. Virol.-2011. - V. 85. - P. 11183-11195.

110. Patkar C.G., Larsen M., Owston M., Smith J.L., Kuhn R.J. Identification of inhibitors of yellow fever virus replication using a replicon-based high-throughput assay. // Antimicrob. Agent. Chem.

- 2009. -V. 53. P. 4103-4114.

111. van Cleef K.W., Overheul G.J., Thomassen M.C., Kaptein S.J., Davidson A.D., Jacobs M., Neyts J., van Kuppeveld F.J., van Rij R.P. Identification of a new dengue virus inhibitor that targets the viral NS4B protein and restricts genomic RNA replication. // Antiviral Res. - 2013. - V. 99. - P. 165-171.

112. De Wispelaere M., LaCroix A.J., Yang P.L. The small molecules AZD0530 and dasatinib inhibit dengue virus RNA replication via Fyn kinase. // J. Virol. - 2013. - V. 87. - P. 7367-7381.

113. Lim S.P., Noble C.G., Shi P.-Y. The dengue virus NS5 protein as a target for drug discovery. // Antiviral Res. - 2015. - V. 119. - P. 57-67.

114. Upadhyay A.K., Cyr M., Longenecker K., Tripathi R., Sun C., Kempf D.J. Crystal structure of full-length Zika virus NS5 protein reveals a conformation similar to Japanese encephalitis virus NS5. // Acta Crystallogr. Sect. FStruct. Biol. Cryst. Commun. - 2017. - V. 73. - P. 116-122.

115. Geiss B.J., Stahla H., Hannah A.M., Gari H.H., Keenan S.M. Flaviviridae virus nonstructural proteins 5 and 5A mediate viral immune evasion and are promising targets in drug development. // Pharmacol. Ther. - 2018. - V. 190. - P. 1-14.

116. Bradrick S.S. Causes and Consequences of Flavivirus RNA Methylation. // Front. Microbiol. -2017. - V. 8. - P. 2374.

117. Chung K.Y., Dong H., Chao A.T., Shi P.Y., Lescar J., Lim S P. Higher catalytic efficiency of N-7-methylation is responsible for processive N-7 and 2'-O methyltransferase activity in dengue virus. // Virology - 2010. - V. 402. - P. 52-60.

118. Brecher M.B., Li Z., Zhang J., Chen H., Lin Q., Liu B., Li H. Refolding of a fully functional flavivirus methyltransferase revealed that S-adenosyl methionine but not S-adenosyl homocysteine is copurified with flavivirus methyltransferase. // Protein Sci. - 2014. - V. 24. - P. 117-128.

119. Lim S.P., Sonntag L.S., Noble C., Nilar S.H., Ng R.H., Zou G., Monaghan P., Chung K.Y., Dong H., Liu B., Bodenreider C., Lee G., Ding M., Chan W.L., Wang G., Jian Y.L., Chao A.T., Lescar J., Yin Z., Vedananda T.R., Keller T.H., Shi P.Y. Small molecule inhibitors that selectively block dengue virus methyltransferase. // J. Biol. Chem. - 2011. - V. 286. - P. 6233-6240.

120. Jain R., Butler K. V., Coloma J., Jin, J., Aggarwal A. K. Development of a S-adenosylmethionine analog that intrudes the RNA-cap binding site of Zika methyltransferase. // Sci. Rep. - 2017. - V. 7. - P. 1632.

121. Vernekar S.K., Qiu L., Zhang J., Kankanala J., Li H., Geraghty R.J., Wang Z. 5'-Silylated 3'-1,2,3-triazolyl Thymidine Analogues as Inhibitors of West Nile Virus and Dengue Virus. // J. Med. Chem. - 2015. - V. 58. - P. 4016-4028.

122. Chen H., Liu L., Jones S.A., Banavali N., Kass J., Li Z., Zhang J., Kramer L.D., Ghosh A.K., Li H. Selective inhibition of the West Nile virus methyltransferase by nucleoside analogs. // Antiviral Res. - 2013. - V. 97. - P. 232-239.

123. Chen H., Liu B., Banavali N.K., Jones S.A., Zhang J., Li Z., Kramer L.D., Li H. Novel Broad Spectrum Inhibitors Targeting the Flavivirus Methyltransferase. // PLoS One - 2015. - V. 10. - P. e0130062.

124. Brecher M., Chen H., Li Z., Banavali N.K., Jones S.A., Zhang J., Kramer L.D., Li H. Identification and Characterization of Novel Broad-Spectrum Inhibitors of the Flavivirus Methyltransferase. // ACS Infect. Dis. - 2015. - V. 1. - P. 340-349.

125. Stahla-Beek H.J., April D.G., Saeedi B.J., Hannah A.M., Keenan S.M., Geiss B.J. Identification of a novel antiviral inhibitor of the flavivirus guanylyltransferase enzyme. // J. Virol. - 2012. - V. 86. - P. 8730-8739.

126. Milani M., Mastrangelo E., Bollati M., Selisko B., Decroly E., Bouvet M., Canard B., Bolognesi M. Flaviviral methyltransferase/RNA interaction: Structural basis for enzyme inhibition. // Antiviral Res. - 2009. - V. 83. - P. 28-34.

127. Falk S.P., Weisblum B. Aptamer Displacement Screen for Flaviviral RNA Methyltransferase Inhibitors. // J. Biomol. Screen. - 2014. - V. 19. - P. 1147-1153.

128. Coutard B., Decroly E., Li C., Sharff A., Lescar J., Bricogne G., Barral K. Assessment of Dengue virus helicase and methyltransferase as targets for fragment-based drug discovery. // Antiviral Res.

- 2014. - V. 106. - P. 61-70.

129. Benmansour F., Trist I., Coutard B., Decroly E., Querat G., Brancale A., Barral K. Discovery of novel dengue virus NS5 methyltransferase non-nucleoside inhibitors by fragment-based drug design. // Eur. J. Med. Chem. - 2017. - V. 125. - P. 865-880.

130. Wu J., Liu W., Gong, P. A Structural Overview of RNA-Dependent RNA Polymerases from the Flaviviridae Family. // Int. J. Mol. Sci. - 2015. - V. 16. - P. 12943-12957.

131. Seley-Radtke K. L., Yates M. K. The evolution of nucleoside analogue antivirals: A review for chemists and non-chemists. Part 1: Early structural modifications to the nucleoside scaffold. // Antiviral Res. - 2018. - V. 154. - P. 66-86.

132. De Clercq E. Curious (Old and New) Antiviral Nucleoside Analogues with Intriguing Therapeutic Potential. // Curr. Med. Chem. - 2015. - V. 22. - P. 3866-3880.

133. Jordheim L. P., Durantel D., Zoulim F., Dumontet C. Advances in the development of nucleoside and nucleotide analogues for cancer and viral diseases. // Nat. Rev. DrugDiscov. - 2013. - V. 12.

- P.447-464.

134. Eyer L., Nencka R., de Clercq E., Seley-Radtke K., Rüzek D. Nucleoside analogs as a rich source of antiviral agents active against arthropod-borne flaviviruses. // Antivir. Chem. Chemother. -2018. - V. 26. - P. 1-28.

135. Yin Z., Chen Y.L., Schul W., Wang Q.Y., Gu F., Duraiswamy J., Kondreddi R.R., Niyomrattanakit P., Lakshminarayana S.B., Goh A., Xu H.Y., Liu W., Liu B., Lim J.Y., Ng C.Y., Qing M., Lim C.C., Yip A., Wang G., Chan W.L., Tan H.P., Lin K., Zhang B., Zou G., Bernard K.A., Garrett C., Beltz K., Dong M., Weaver M., He H., Pichota A., Dartois V., Keller T.H., Shi P.Y. An adenosine nucleoside inhibitor of dengue virus. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2009. - V. 106.

- P.20435-20439.

136. De Burghgraeve T., Selisko B., Kaptein S., Chatelain G., Leyssen P., Debing Y., Jacobs M., Van Aerschot A., Canard B., Neyts J. 3,5 Di-O-trityluridine inhibits in vitro flavivirus replication. // AntivirRes. - 2013. - V. 98. - P. 242-247

137. Chatelain G., Debing Y., De Burghgraeve T., Zmurko J., Saudi M., Rozenski J., Neyts J., Van Aerschot A. In search of flavivirus inhibitors: evaluation of different tritylated nucleoside analogues. // Eur. J. Med. Chem. - 2013. - V. 65. - P. 249-255.

138. Saudi M., Zmurko J., Kaptein S., Rozenski J., Neyts J., Van Aerschot A. In search of Flavivirus inhibitors Part 2: tritylated, diphenylmethylated and other alkylated nucleoside analogues. // Eur. J. Med. Chem. - 2014. - V. 76. - P. 98-109.

139. McGuigan C., Serpi M., Slusarczyk M., Ferrari V., Pertusati F., Meneghesso S., Derudas M., Farleigh L., Zanetta P., Bugert J.. Anti-flavivirus activity of different tritylated pyrimidine and purine nucleoside analogs. // Chem. Open. - 2016. - V. 5. - P. 227-235.

140. Angusti A., Manfredini S., Durini E., Ciliberti N., Vertuani S., Solaroli N., Pricl S., Ferrone M., Fermeglia M., Loddo R., Secci B., Visioli A., Sanna T., Collu G., Pezzullo M., La Colla P. Design, synthesis and anti flaviviridae activity of N6-, 5,3-O- and 5,2-O-substituted adenine nucleoside analogs. // Chem. Pharm. Bull. - 2008. - P. 56. - P. 423-432.

141. Nguyen N.M., Tran C.N., Phung L.K., Duong K.T., Huynh Hle A., Farrar J., Nguyen Q.T., Tran H.T., Nguyen C.V., Merson L., Hoang L.T., Hibberd M.L., Aw P.P., Wilm A., Nagarajan N., Nguyen D.T., Pham M.P., Nguyen T.T., Javanbakht H., Klumpp K., Hammond J., Petric R., Wolbers M., Nguyen C.T., Simmons C.P.. A Randomized, Double-Blind Placebo Controlled Trial of Balapiravir, a Polymerase Inhibitor, in Adult Dengue Patients. // J. Infect. Diseas. - 2013. -207. - P. 1442-1450.

142. Zhang X. Direct anti-HCV agents. // Acta Pharm. Sin. B. - 2016. - V. 6. - P. 26-31.

143. Niyomrattanakit P., Chen Y.L., Dong H., Yin Z., Qing M., Glickman J.F., Lin K., Mueller D., Voshol H., Lim J.Y., Nilar S., Keller T.H., Shi P.Y. Inhibition of Dengue Virus Polymerase by Blocking of the RNA Tunnel // J. Virol. - V. 84. - P. 5678-5686.

144. Noble C G., Lim S.P., Chen Y.L., Liew C.W., Yap L., Lescar J., Shi P.-Y. Conformational flexibility of the Dengue virus RNA-dependent RNA polymerase revealed by a complex with an inhibitor. // J.Virol. - 2013. - V. 87. - P. 5291-5295.

145. Tarantino D., Cannalire R., Mastrangelo E., Croci R., Querat G., Barreca M.L., Bolognesi M., Manfroni G., Cecchetti V., Milani M. Targeting flavivirus RNA dependent RNA polymerase through a pyridobenzothiazole inhibitor. // Antiviral Res. - 2016. - V. 134. - P. 226-235.

146. Noble C G., Lim S.P., Arora R., Yokokawa F., Nilar S., Seh C.C., Wright S.K., Benson T.E., Smith P.W., Shi P.Y.. A Conserved Pocket in the Dengue Virus Polymerase Identified Through

Fragment-Based Screening. // J. Biol. Chem. - 2016. - V. 291. - P. 8541-8548.

147. Yokokawa F., Nilar S., Noble C.G., Lim S.P., Rao R., Tania S., Wang G., Lee G., Hunziker J., Karuna R., Manjunatha U., Shi P.Y., Smith P.W. Discovery of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of Dengue Viral RNA-Dependent RNA Polymerase from a Fragment Hit Using Structure-Based Drug Design. // J. Med. Chem. - 2016. -V. 59. P. 3935-3952.

148. Lim S.P., Noble C.G., Seh C.C., Soh T.S., El Sahili A., Chan G.K., Lescar J., Arora R., Benson T., Nilar S., Manjunatha U., Wan K.F., Dong H., Xie X., Shi P.Y., Yokokawa F. Potent Allosteric Dengue Virus NS5 Polymerase Inhibitors: Mechanism of Action and Resistance Profiling. // Plos. Pathog. - 2016. - V. 12. - P. e1005737-e1005737.

149. Bajorath J. Compound Data Mining for Drug Discovery. // Methods Mol. Biol. - 2017. - V. 1526.

- P.247-256.

150. Gaulton A., Bellis L.J., Bento A.P., Chambers J., Davies M., Hersey A., Light Y., McGlinchey S., Michalovich D., Al-Lazikani B., Overington J.P. ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery. // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40. - P. D1100-1107.

151. Bento A.P., Gaulton A., Hersey A., Bellis L.J., Chambers J., Davies M., Krüger F.A., Light Y., Mak L., McGlinchey S., Nowotka M., Papadatos G., Santos R., Overington J.P. The ChEMBL bioactivity database: an update. // Nucleic Acids Res. - 2014. - V. 42. - P. D1083-1090.

152. Gaulton A., Hersey A., Nowotka M., Bento A.P., Chambers J., Mendez D., Mutowo P., Atkinson F., Bellis L.J., Cibrian-Uhalte E., Davies M., Dedman N., Karlsson A., Magarinos M.P., Overington J.P., Papadatos G., Smit I., Leach A.R. The ChEMBL database in 2017. // Nucleic Acids Res. - 2017. - V. 45. - P. D945-D954.

153. URL:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/chembl 24 1 schema.png (дата обращения 24.07.18).

154. Wang Y., Xiao J., Suzek T.O., Zhang J., Wang J., Zhou Z., Han L., Karapetyan K., Dracheva S., Shoemaker B.A., Bolton E., Gindulyte A., Bryant S.H. PubChem's BioAssay Database. // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40. - P. D400-D412.

155. Wang Y., Suzek T., Zhang J., Wang J., He S., Cheng T., Shoemaker B.A., Gindulyte A., Bryant S.H. PubChem BioAssay: 2014 update. // Nucleic Acids Res. - 2014. - V. 42. - P. D1075-D1082.

156. Wang Y., Bryant S.H., Cheng T., Wang J., Gindulyte A., Shoemaker B.A, Thiessen P A, He S., Zhang J. PubChem BioAssay: 2017 update. // Nucleic Acids Res. - 2017. - V. 45. - P. D955-D963.

157. Irwin J.J., Sterling T., Mysinger M.M., Bolstad E.S., Coleman R.G. ZINC: a free tool to discover chemistry for biology. // J. Chem. Inf. Model. - 2012. - V. 52. - P. 1757-1768.

158. Sterling T., Irwin J. J. ZINC 15 - Ligand Discovery for Everyone. // J. Chem. Inf. Model. - 2015.

- V. 55. - P. 2324-2337.

159. Wishart D.S., Feunang Y.D., Guo A.C., Lo E.J., Marcu A., Grant J.R., Wilson M. DrugBank 5.0: a major update to the DrugBank database for 2018. // Nucl. Acid. Res. - 2018. - V. 46. - P. D1074-D1082.

160. Chen X., Liu M., Gilson M.K. Binding DB: A web-accessible molecular recognition database. // J. Combi. Chem. High-Throughput Screen - 2001. - V. 4. - P. 719-725.

161. Gilson M.K., Liu T., Baitaluk M., Nicola G., Hwang L., Chong J. BindingDB in 2015: A public database for medicinal chemistry, computational chemistry and systems pharmacology. // Nucl. Acids Res. - 2016. - V. 44. - P. D1045-D1063.

162. Banerjee P., Erehman J., Gohlke B. O., Wilhelm T., Preissner R., Dunkel M. Super Natural II: A database of natural products Nucleic Acids Research 2015 database issue. // Nucleic Acids Res. -2015. - V. 43. - P. D935-D939.

163. Yonchev D., Dimova D., Stumpfe D., Vogt M., Bajorath J. Redundancy in two major compound databases. // DrugDiscov. Today - 2018. - V. 23. - P. 1183-1186.

164. Williams A.J., Harland L., Groth P., Pettifer S., Chichester C., Willighagen E.L., Evelo C.T., Blomberg N., Ecker G., Goble C., Mons B. Open PHACTS: semantic interoperability for drug discovery. // Drug Discov. Today - 2012. - V. 17. - P. 1188-1198.

165. Ratnam J., Zdrazil B., Digles D., Cuadrado-Rodriguez E., Neefs J.M., Tipney H., Siebes R., Waagmeester A., Bradley G., Chau C.H., Richter L., Brea J., Evelo C.T., Jacoby E., Senger S., Loza M.I., Ecker G.F., Chichester C. The application of the open pharmacological concepts triple store (open PHACTS) to support drug discovery research. // PLoS One - 2014. - V. 9. - P. e115460.

166. Audouze K., Taboureau O. Chemical biology databases: from aggregation, curation to representation. // Drug Disc. Today: Techn., 2015. - V. 14. - P. 25-29.

167. Osolodkin D.I., Radchenko E.V., Orlov A.A., Voronkov A.E., Palyulin V.A., Zefirov N.S. Progress in visual representations of chemical space. // Expert Opin. Drug Discov. - 2015. - V. 10. - P. 959-973.

168. Polishchuk P.G., Madzhidov T.I., Varnek A. Estimation of the size of druglike chemical space based on GDB-17 data. // J. Comput. Aided. Mol. Des. - 2013. - V. 27. - P. 675-679.

169. Orlov A.A., Berishvili V.P., Nikitina A.A., Osolodkin D.I., Radchenko E.V., Palyulin V.A. Analysis of chemical space: implications for drug repurposing. // Roy - In Silico Drug Design. Elsevier. - 2019. - pp. 359-395.

170. Maggiora G. M., Bajorath J. Chemical space networks: a powerful new paradigm for the description of chemical space. // J. Comput. Aided Mol. Des. - 2014. - V. 28. - 795-802.

171. Vogt M., Stumpfe D., Maggiora G. M., Bajorath, J. Lessons learned from the design of chemical space networks and opportunities for new applications. // J. Comput. AidedMol. Des. - 2016. -V. 30. - P. 191-208.

172. Lo Y.C., Senese S., Li C.M., Hu Q., Huang Y., Damoiseaux R., Torres J.Z. Large-scale chemical similarity networks for target profiling of compounds identified in cell-based chemical screens. // PLoS Comput. Biol. - 2015. - V. 11. - P. e1004153.

173. Lo Y.-C., Senese S., Damoiseaux R., Torres J. Z. 3D Chemical Similarity Networks for Structure-Based Target Prediction and Scaffold Hopping. // ACS Chem. Biol. - 2016. - V. 11. - P. 22442253.

174. Kamada T., Satoru K. An algorithm for drawing general undirected graphs. // Information Processing Lett. - 1989. - V. 31. - P: 7-15.

175. Zhang, B., Vogt, M., Maggiora, G. M. & Bajorath, J. Design of chemical space networks using a Tanimoto similarity variant based upon maximum common substructures. // J. Comput. AidedMol. Des. - 2015. - V. 29. - P. 937-950.

176. Lepp Z., Huang C., Okada, T. Finding key members in compound libraries by analyzing networks of molecules assembled by structural similarity. // J. Chem. Inf. Model. - 2009. - V. 49. - P. 24292443.

177. Guha R., Van Drie J. H. Structure-Activity Landscape Index: Identifying and Quantifying Activity Cliffs. // J. Chem. Inf. Model. - 2008. - V. 48. - P. 646-658.

178. Zwierzyna M., Vogt M., Maggiora G. M., Bajorath J. Design and characterization of chemical space networks for different compound data sets. // J. Comput. Aided Mol. Des. - 2015. - V. 29.

- P.113-125.

179. Allard P.M., Peresse T., Bisson J., Gindro K., Marcourt L., Pham V.C., Roussi F., Litaudon M., Wolfender J.L. Integration of Molecular Networking and In-Silico MS/MS Fragmentation for Natural Products Dereplication. // Anal. Chem. - 2016. - V. 88. - P. 3317-3323.

180. Watrous J., Roach P., Alexandrov T., Heath B.S., Yang J.Y., Kersten R.D., van der Voort M., Pogliano K., Gross H., Raaijmakers J.M., Moore B.S., Laskin J., Bandeira N., Dorrestein P.C. Mass spectral molecular networking of living microbial colonies. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.

- 2012. - V. 109. - P. E1743-1752.

181. Olivon F., Allard P.M., Koval A., Righi D., Genta-Jouve G., Neyts J., Apel C., Pannecouque C., Nothias L.F., Cachet X., Marcourt L., Roussi F., Katanaev V.L., Touboul D., Wolfender J.L., Litaudon M. Bioactive Natural Products Prioritization Using Massive Multi-informational Molecular Networks. // ACS Chem. Biol. -2017. - V. 12. - P. 2644-2651.

182. Oprea T.I., Gottfries J. Chemography: the art of navigating in chemical space. // J. Comb. Chem.

- 2001. - V. 3. - P. 157-166.

183. Edward Jackson, J. A User's Guide to Principal Components. (John Wiley & Sons, 2005).

184. Sander T., Freyss J., von Korff M., Rufener C. DataWarrior: an open-source program for chemistry aware data visualization and analysis. // J. Chem. Inf. Mod. - 2015. - V. 55. - P. 460-473.

185. Feng Y., Campitelli M., Davis R.A., Quinn R.J. Chemoinformatic analysis as a tool for prioritization of trypanocidal marine derived lead compounds. //Mar. Drugs - 2014. - V. 12. - P. 1169-1184.

186. Faller B., Ottaviani G., Ertl P., Berellini G., Collis A. Evolution of the physicochemical properties of marketed drugs: can history foretell the future? // Drug Discov. Today - 2011. - V. 16. - P. 976-984.

187. Muigg P., Rosen J., Bohlin L., Backlund A. In silico comparison of marine, terrestrial and synthetic compounds using ChemGPS-NP for navigating chemical space. // Phytochem. Rev. - 2012. - V. 12. - P. 449-457.

188. Lange J.H., Reinders J.H., Tolboom J.T., Glennon J.C., Coolen H.K., Kruse C.G. Principal component analysis differentiates the receptor binding profiles of three antipsychotic drug candidates from current antipsychotic drugs. // J. Med. Chem. - 2007. - V. 50. - P. 5103-5108.

189. Lauria A., Tutone M., Barone G., Almerico A. M. Multivariate analysis in the identification of biological targets for designed molecular structures: the BIOTA protocol. // Eur. J. Med. Chem. -2014. - V. 75. - P. 106-110.

190. Lee, C.-L. et al. Synthesis and biological evaluation of phenanthrenes as cytotoxic agents with pharmacophore modeling and ChemGPS-NP prediction as topo II inhibitors. // PLoS One - 2012.

- V. 7. - P. e37897.

191. Blum L. C., Reymond J.-L. 970 million druglike small molecules for virtual screening in the chemical universe database GDB-13. // J. Am. Chem. Soc. -2009. - V. 131. - P. 8732-8733.

192. Ruddigkeit L., van Deursen R., Blum L.C., Reymond J.-L. Enumeration of 166 billion organic small molecules in the chemical universe database GDB-17. // J. Chem. Inf. Model. -2012. - V. 52. - P. 2864-2875.

193. Bürgi, J. J. et al. Discovery of potent positive allosteric modulators of the a3ß2 nicotinic acetylcholine receptor by a chemical space walk in ChEMBL. // ACS Chem. Neurosci. - 2014. -V. 5. - P. 346-359.

194. van Deursen R., Blum L.C., Reymond J.-L. Visualisation of the chemical space of fragments, leadlike and drug-like molecules in PubChem. // J. Comput. AidedMol. Des. - 2011. - V. 25. - P. 649662.

195. van Deursen R., Blum L.C., Reymond J.-L. A searchable map of PubChem. // J. Chem. Inf. Model.

- 2010. - V. 50. - P. 1924-1934.

196. Schneider P., Tanrikulu Y., Schneider, G. Self-organizing maps in drug discovery: compound library design, scaffold-hopping, repurposing. // Curr. Med. Chem. - 2009. - V. 16. - P. 258-266.

197. Schneider G., Schneider P. Macromolecular target prediction by self-organizing feature maps. // Expert Opin. DrugDiscov. - 2016. - V. 12. - P. 271-277.

198. Kohonen T. Self-organized formation of topologically correct feature maps. // Biol. Cybern. -1982. - V. 43. - P. 59-69.

199. Gasteiger J., Li X., Uschold A. The beauty of molecular surfaces as revealed by self-organizing neural networks. // J. Mol. Graph. - 1994. - V. 12. - P. 90-97.

200. Reker D., Rodrigues T., Schneider P., Schneider G. Identifying the macromolecular targets of de novo-designed chemical entities through self-organizing map consensus. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2014. - V. 111. - P. 4067-4072.

201. Reutlinger M., Koch C.P., Reker D., Todoroff N., Schneider P., Rodrigues T., Schneider G.. Chemically Advanced Template Search (CATS) for Scaffold-Hopping and Prospective Target Prediction for 'Orphan' Molecules. //Mol. Inform. - 2013. - V. 32. - P. 133-138.

202. MOE: The Molecular Operating Environment from Chemical Computing Group Inc. 1010 Sherbrooke Street W, Suite 910, Montreal, Quebec, Canada H3A 2R7.

203. Schneider P., Schneider G. Collection of Bioactive Reference Compounds for Focused Library Design. // QSAR Comb. Sci. - 2003. - V. 22. - P. 713-718.

204. Noeske T., Sasse B.C., Stark H., Parsons C.G., Weil T., Schneider G. Predicting compound selectivity by self-organizing maps: cross-activities of metabotropic glutamate receptor antagonists. // ChemMedChem. - 2006. - V. 1. - P. 1066-1068.

205. Hecht-Nielsen R. Applications of counterpropagation networks. // NeuralNetw. -1988. - V. 1. -P. 131-139.

206. Gasteiger J., Teckentrup A., Terfloth L., Spycher S. Neural networks as data mining tools in drug design. // J. Phys. Org. Chem. - 2003. - V. 16. - P. 232-245.

207. Maeda I., Hasegawa K., Kaneko H., Funatsu K. Novel Method Proposing Chemical Structures with Desirable Profile of Activities Based on Chemical and Protein Spaces. //Mol. Inform. -2017. - V. 36. - P. 1700075.

208. Virshup A. M., Contreras-García J., Wipf P., Yang W., Beratan D. N. Stochastic voyages into uncharted chemical space produce a representative library of all possible drug-like compounds. // J. Am. Chem. Soc. - 2013. - V. 135. - P. 7296-7303.

209. Баскин И. И., Маджидов Т. И., Варнек А. А. Введение в хемоинформатику: учебное пособие. Часть 4. Методы машинного обучения. — Издательство Казанского университета Казань, 2016. — 330 с.

210. Gaspar H. A., Sidorov P., Horvath D., Baskin I. I., Marcou G., Varnek A. Generative Topographic Mapping Approach to Chemical Space Analysis. // ACS Symposium Series. - 2016. - P. 211-241.

211. Gaspar H.A., Marcou G., Horvath D., Arault A., Lozano S., Vayer P., Varnek A. Generative Topographic Mapping-Based Classification Models and Their Applicability Domain: Application to the Biopharmaceutics Drug Disposition Classification System (BDDCS). // J. Chem. Inf. Model. - 2013. - V. 53. - P. 3318-3325.

212. Kireeva N., Baskin I.I., Gaspar H.A., Horvath D., Marcou G., Varnek A. Generative Topographic Mapping (GTM): Universal Tool for Data Visualization, Structure-Activity Modeling and Dataset Comparison. //Mol. Inform. - 2012. - V. 31. - V. 301-312.

213. Gaspar H. A., Baskin I. I., Marcou G., Horvath D., Varnek A. Stargate GTM: Bridging Descriptor and Activity Spaces. // J. Chem. Inf Model. - 2015. - V. 55. - P. 2403-2410.

214. Sidorov, P. et al. QSAR modeling and chemical space analysis of antimalarial compounds. J. Comput. Aided Mol. Des. 31, 441-451 (2017).

215. Klimenko K., Marcou G., Horvath D., Varnek A. Chemical Space Mapping and Structure-Activity Analysis of the ChEMBL Antiviral Compound Set. // J. Chem. Inf. Model. - 2016. - V. 56. - P. 1438-1454.

216. Sidorov P., Gaspar H., Marcou G., Varnek A., Horvath D. Mappability of drug-like space: towards a polypharmacologically competent map of drug-relevant compounds. // J. Comput. Aided Mol. Des. - 2015. - V. 29. - P. 1087-1108.

217. Gaspar H. A., Baskin I. I., Marcou G., Horvath D., Varnek A. Chemical data visualization and analysis with incremental generative topographic mapping: big data challenge. // J. Chem. Inf. Model. - 2015. - V. 55. - P. 84-94.

218. Lin A., Horvath D., Afonina V., Marcou G., Reymond J.L., Varnek A. Mapping of the Available Chemical Space versus the Chemical Universe of Lead-Like Compounds. // ChemMedChem -2018. - V. 13. - P. 540-554.

219. Gomez-Bombarelli, R. et al. Automatic Chemical Design Using a Data-Driven Continuous Representation of Molecules. // ACS Cent. Sci. - 2018. - V. 4. - P. 268-276.

220. Kadurin A., Nikolenko S., Khrabrov K., Aliper A., Zhavoronkov, A. druGAN: An Advanced Generative Adversarial Autoencoder Model for de Novo Generation of New Molecules with Desired Molecular Properties in Silico. //Mol. Pharm. - 2017. - V. 14. - P. 3098-3104.

221. Wang, L. et al. A Computational-Based Method for Predicting Drug-Target Interactions by Using Stacked Autoencoder Deep Neural Network. // J. Comput. Biol. - 2018. - V. 25. - P. 361-373.

222. Kadurin A., Aliper A., Kazennov A., Mamoshina P., Vanhaelen Q., Khrabrov K., Zhavoronkov A. The cornucopia of meaningful leads: Applying deep adversarial autoencoders for new molecule development in oncology. // Oncotarget - 2017. - V. 8. - P. 10883-10890.

223. URL: http://goldbook.iupac.org. Дата обращения: 04.07.2018.

224. Hu Y., Stumpfe D., Bajorath, J. Computational Exploration of Molecular Scaffolds in Medicinal Chemistry. // J. Med. Chem. - 2016. - V. 59. - P. 4062-4076.

225. Bemis G. W., Murcko M. A. The properties of known drugs. 1. Molecular frameworks. // J. Med. Chem. - 1996. - V. 39. - P. 2887-2893.

226. Evans, B. E. et al. Methods for drug discovery: development of potent, selective, orally effective cholecystokinin antagonists. // J. Med. Chem. - 1988. - V. 31. - P. 2235-2246.

227. Dimova D., Stumpfe D., Hu Y., Bajorath J. Analog series-based scaffolds: computational design and exploration of a new type of molecular scaffolds for medicinal chemistry. // Future Sci OA -2016. - V. 2. - P. FSO149.

228. Dimova D., Stumpfe D., Bajorath, J. Computational design of new molecular scaffolds for medicinal chemistry, part II: generalization of analog series-based scaffolds. // Future Sci OA -2018. - V. 4. - P. FSO267.

229. Dimova D., Bajorath J. Collection of analog series-based scaffolds from public compound sources. // Future Sci OA - 2018. - V. 4. - P. FSO287.

230. Zheng M., Liu Z., Yan X., Ding Q., Gu Q., Xu J. LBVS: an online platform for ligand-based virtual screening using publicly accessible databases. // Mol. Divers. - 2014. - V. 18. - P. 829840.

231. Xu J. A new approach to finding natural chemical structure classes. // J. Med. Chem. - 2002. - V. 45. - P. 5311-5320.

232. Hu Y., Stumpfe D., Bajorath J. Lessons learned from molecular scaffold analysis. J. Chem. Inf. Model. // - 2011. - V. 51. - P. 1742-1753.

233. Raymond J. W., Blankley C. J., Willett P. Comparison of chemical clustering methods using graph- and fingerprint-based similarity measures. // J. Mol. Graph. Model. - 2003. V. 21. - P. 421-433.

234. Velkoborsky J., Hoksza D. Scaffold analysis of PubChem database as background for hierarchical scaffold-based visualization. // J. Cheminform. - 2016. - V. 8. - P. 74.

235. Nicolaou C. A., Tamura S. Y., Kelley B. P., Bassett S. I., Nutt R. F. Analysis of large screening data sets via adaptively grown phylogenetic-like trees. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. - 2002. - V. 42. - P. 1069-1079.

236. Wilkens S. J., Janes J., Su A. I. HierS: hierarchical scaffold clustering using topological chemical graphs. // J. Med. Chem. -2005. - V. 48. - P. 3182-3193.

237. Schuffenhauer A., Ertl P., Roggo S., Wetzel S., Koch M.A., Waldmann H. The Scaffold Tree -Visualization of the Scaffold Universe by Hierarchical Scaffold Classification. // J. Chem. Inf. Model. -2007. - V. 47. - P. 47-58.

238. Varin T., Schuffenhauer A., Ertl P., Renner S. Mining for bioactive scaffolds with scaffold networks: improved compound set enrichment from primary screening data. // J. Chem. Inf. Model. - 2011. - P. 51. - P. 1528-1538.

239. Koch M.A., Schuffenhauer A., Scheck M., Wetzel S., Casaulta M., Odermatt A., Ertl P., Waldmann H. Charting biologically relevant chemical space: a structural classification of natural products (SCONP). // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2005. - V. 102. - P. 17272-17277.

240. Nikitina A.A. Orlov A.A., Kozlovskaya L.I., Palyulin V.A., Osolodkin D.I. Enhanced Taxonomy Annotation of Antiviral Activity Data from ChEMBL. // Database. - 2018. - DOI: 10.1093/database/bay 139submitted.

241. Visser U., Abeyruwan S., Vempati U., Smith R.S., Lemmon V., Schürer S.C. BioAssay Ontology (BAO): a semantic description of bioassays and high-throughput screening results. // BMC Bioinformatics. - 2011. - V. 12. - P. 257.

242. Abeyruwan S., Vempati U.D., Kü9ük-McGinty H., Visser U., Koleti A., Mir A., Sakurai K., Chung C., Bittker J.A., Clemons P.A., Brudz S., Siripala A., Morales A.J., Romacker M., Twomey D., Bureeva S., Lemmon V., Schürer S.C. Evolving BioAssay Ontology (BAO): modularization, integration and applications. // JBiomedSemantics. - 2014. - V. 5. - P. S5.

243. Zhang N., Chen H.M., Koch V., Schmitz H., Liao C.L., Bretner M., Bhadti V.S., Fattom A.I., Naso R.B., Hosmane R.S., Borowski P. Ring-expanded ("fat") nucleoside and nucleotide analogues exhibit potent in vitro activity against flaviviridae NTPases/helicases, including those of the West Nile virus, hepatitis C virus, and Japanese encephalitis virus. // J Med Chem. - 2003. - V. 46. -P:4149-4164.

244. Allard P.M., Dau E.T., Eydoux C., Guillemot J.C., Dumontet V., Poullain C., Canard B., Gueritte F., Litaudon M. Alkylated flavanones from the bark of Cryptocarya chartacea as dengue virus NS5 polymerase inhibitors. // J. Nat. Prod. - 2011. - V. 74. - P. 2446-2453.

245. Ekonomiuk D., Su X.C., Ozawa K., Bodenreider C., Lim S.P., Otting G., Huang D., Caflisch A. Flaviviral protease inhibitors identified by fragment-based library docking into a structure generated by molecular dynamics. // J. Med. Chem. - 2009. - V. 52. - P. 4860-4868.

246. Tonelli M, Simone M, Tasso B, Novelli F, Boido V, Sparatore F, Paglietti G, Pricl S, Giliberti G, Blois S, Ibba C, Sanna G, Loddo R, La Colla P. Antiviral activity of benzimidazole derivatives. II. Antiviral activity of 2-phenylbenzimidazole derivatives. // Bioorg. Med. Chem. - 2010. - V. 18. - P. 2937-2953.

247. Li Z., Khaliq M., Zhou Z., Post C.B., Kuhn R.J., Cushman M. Design, synthesis, and biological evaluation of antiviral agents targeting flavivirus envelope proteins. // J. Med. Chem. - 2008. -V. 51. P. 4660-4671.

248. Baell J. B., Holloway G. A. New Substructure Filters for Removal of Pan Assay Interference Compounds (PAINS) from Screening Libraries and for Their Exclusion in Bioassays. // J. Med. Chem. - 2010. - V. 53. - P. 2719- 2740.

249. Mendgen T., Steuer C., Klein C.D. Privileged scaffolds or promiscuous binders: a comparative study on rhodanines and related heterocycles in medicinal chemistry. // J. Med. Chem. - 2012. -V. 55. P.743-753.

250. Lim H.A., Ang M.J., Joy J., Poulsen A., Wu W., Ching S.C., Hill J., Chia C.S. Novel agmatine dipeptide inhibitors against the West Nile virus NS2B/NS3 protease: a P3 and N-cap optimization study. // Eur. J. Med. Chem. - 2013. V. 62. - P. 199-205.

251. National Center for Biotechnology Information. PubChem BioAssay Database; AID=588689; URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/bioassay/588689 (дата обращения 06.07.2018).

252. Fruchterman T. M. J., Reingold E. M. Graph Drawing by Force-Directed Placement. // Softw. Pract. Exp. - 1991. - V. 21. - P. 1129-1164.

253. Tonelli M, Boido V, Canu C, Sparatore A, Sparatore F, Paneni MS, Fermeglia M, Pricl S, La Colla P, Casula L, Ibba C, Collu D, Loddo R., Antimicrobial and cytotoxic arylazoenamines. Part III: antiviral activity of selected classes of arylazoenamines. // Bioorg. Med. Chem. 2008. - V. 16. -P. 8447-8465.

254. Giliberti G, Ibba C, Marongiu E, Loddo R, Tonelli M, Boido V, Laurini E, Posocco P, Fermeglia M, Pricl S. // Synergistic experimental/computational studies on arylazoenamine derivatives that target the bovine viral diarrhea virus RNA-dependent RNA polymerase Bioorg. Med. Chem. (2010) 18:6055-6068

255. Taguwa S., Maringer K., Li X., Bernal-Rubio D., Rauch J.N., Gestwicki J.E., Andino R., Fernandez-Sesma A., Frydman J. Defining Hsp70 Subnetworks in Dengue Virus Replication Reveals Key Vulnerability in Flavivirus Infection. // Cell. - 2015. - V. 163. - P. 1108-1123.

256. Gabrielsen B, Monath TP, Huggins JW, Kefauver DF, Pettit GR, Groszek G, Hollingshead M, Kirsi JJ, Shannon WM, Schubert EM. Antiviral (RNA) activity of selected Amaryllidaceae isoquinoline constituents and synthesis of related substances. // J. Nat. Prod. - 1992. - V. 55. -P.1569-1581.

257. Chen DZ, Jiang JD, Zhang KQ, He HP, Di YT, Zhang Y, Cai JY, Wang L, Li SL, Yi P, Peng ZG, Hao XJ. Evaluation of anti-HCV activity and SAR study of (+)-lycoricidine through targeting of host heat-stress cognate 70 (Hsc70). // Bioorg. Med. Chem. Lett. - 2013. - V. 23. - P. 2679-2682.

258. Zhang N., Chen H.M., Koch V., Schmitz H., Liao C.L., Bretner M., Bhadti V.S., Fattom A.I., Naso R.B., Hosmane R.S., Borowski P. Ring-expanded ("fat") nucleoside and nucleotide analogues exhibit potent in vitro activity against flaviviridae NTPases/helicases, including those of the West

Nile virus, hepatitis C virus, and Japanese encephalitis virus. // J. Med. Chem. - 2003. - V. 46. -P.4149-4164.

259. Drenichev M.S., Oslovsky V.E., Sun L., Tijsma A., Kurochkin N.N., Tararov V.I., Chizhov A.O., Neyts J., Pannecouque C., Leyssen P., Mikhailov S.N. Modification of the length and structure of the linker of N6-benzyladenosine modulates its selective antiviral activity against enterovirus 71. // Eur. J. Med. Chem. - 2016. - V. 111. - P. 84-94.

260. Tararov V.I., Tijsma A., Kolyachkina S.V., Oslovsky V.E., Neyts J., Drenichev M.S., Leyssen P., Mikhailov S.N. Chemical modification of the plant isoprenoid cytokinin N6-isopentenyladenosine yields a selective inhibitor of human enterovirus 71 replication. // Eur J Med Chem. - 2015 - V. 90. - P. 406-413.

261. Orlov A.A., Drenichev M.S., Oslovsky V.E., Kurochkin N.N., Solyev P.N., Kozlovskaya L.I., Palyulin V.A., Karganova G.G., Mikhailov S.N., Osolodkin D.I. New tools in nucleoside toolbox of tick-borne encephalitis virus reproduction inhibitors. // BioorgMed Chem Lett. - 2017. - V. 27. - P.1267-1273.

262. Kozlovskay L. I., Golinets A. D., Eletskaya A. A., Orlov A. A., Palyulin V. A., Kochetkov S. N., Alexandrova L. A., Osolodkin D. I. Selective inhibition of enterovirus a species members' reproduction by furano[2,3-d]pyrimidine nucleosides revealed by antiviral activity profiling against (+)ssRNA viruses. // ChemistrySelect. - 2018. - V. 8. - P. 2321-2325.

263. De Burghgraeve T., Selisko B., Kaptein S., Chatelain G., Leyssen P., Debing Y., Jacobs M., Van Aerschot A., Canard B., Neyts J. 3',5'Di-O-trityluridine inhibits in vitro flavivirus replication. // Antivir. Res. - 2013. - V. 98. - P. 242-247

264. Chatelain G., Debing Y., De Burghgraeve T., Zmurko J., Saudi M., Rozenski J., Neyts J., Van Aerschot A. In search of flavivirus inhibitors: Evaluation of different tritylated nucleoside analogues. // Eur. J. Med. Chem. - 2013. - V. 65. - P. 249-255.

265. Saudi M., Zmurko J., Kaptein S., Rozenski J., Neyts J., Van Aerschot A. In search of Flavivirus inhibitors part 2: Tritylated, diphenylmethylated and other alkylated nucleoside analogues. // Eur. J. Med. Chem. - 2014. - V. 76. - P. 98-109.

266. McGuigan C., Serpi M., Slusarczyk M., Ferrari V., Pertusati F., Meneghesso S., Derudas M., Farleigh L., Zanetta P., Bugert J. Anti-flavivirus activity of different tritylated pyrimidine and purine nucleoside analogs. // ChemistryOpen. - 2016. - V. 5. - P. 227-235.

267. Angusti A., Manfredini S., Durini E., Ciliberti N., Vertuani S., Solaroli N., Prici S., Ferrone M., Fermeglia M., Loddo R., Secci B., Visioli A., Sanna T., Collu G., Pezzullo M., La Colla P. Design, synthesis and anti flaviviridae activity of N6-, 5',3'-O- and 5',2'-O-substituted adenine nucleoside analogs. // Chem. Pharm. Bull. - 2008. - V. 56. - P. 423-432.

268. Vernekar S.K.V., Qiu L., Zhang J., Kankanala J., Li H., Geraghty R.J., Wang Z. 5'-Silylated 3'-1,2,3-triazolyl thymidine analogs as inhibitors of West Nile virus and dengue virus. // J. Med. Chem. 2015. - V. 58. - P. 4016-4028.

269. Korshun V.A., Manasova E.V., Balakin K.V., Prokhorenko I.A., Buchatskii A.G., Berlin Y.A. 5-(1-pyrenylethynyl)-2'-deoxyuridine, a novel fluorescent nucleoside analog. // Bioorganiceskaa himia. - 1996. V. 22. - P. 923-925.

270. Andronova V.L., Skorobogatyi M.V., Manasova E.V., Berlin Yu.A., Korshun V.A., Galegov G.A. Antiviral Activity of Some 2'-Deoxyuridine 5-Arylethynyl Derivatives. // Russ. J. Bioorg. Chem. - 2003. - V. 29. - P. 262-266.

271. Skorobogatyi M.V., Pchelintseva A.A., Petrunina A.L., Stepanova I.A., Andronova V.L., Galegov G.A., Malakhov A.D., Korshun V.A. 5-Alkynyl-2'-deoxyuridines, containing bulky aryl groups: evaluation of structure-anti-HSV-1 activity relationship. // Tetrahedron. - 2006. - V. 62. - P. 12791287.

272. Skorobogatyi M.V., Ustinov A.V., Stepanova I.A., Pchelintseva A.A., Petrunina A.L., Andronova V.L., Galegov G.A., Malakhov A.D., Korshun V.A.. 5-Arylethynyl-2'-deoxyuridines, compounds active against HSV-1. // Org. Biomol. Chem. - 2006. - V. 4. - P. 1091-1096.

273. St. Vincent M.R., Colpitts C.C., Ustinov A.V., Muqadas M., Joyce M.A., Barsby N.L., Epand R.F., Epand R.M., Khramyshev S.A., Valueva O.A., Korshun V.A., Tyrrell D.L., Schang L.M. Rigid amphipathic fusion inhibitors, small molecule antiviral compounds against enveloped viruses. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2010. - V. 107. - P. 17339-17344.

274. Colpitts C.C., Ustinov A. V, Epand R.F., Epand R.M., Korshun V. A, Schang L.M. 5-(Perylen-3-yl)ethynyl-arabino-uridine (aUY11), an arabino-based rigid amphipathic fusion inhibitor, targets virion envelope lipids to inhibit fusion of influenza virus, hepatitis C virus, and other enveloped viruses. // J. Virol. - 2013. - V. 87. - 3640-3654.

275. Speerstra S., Chistov A.A., Proskurin G.V., Aralov A.V., Ulashchik E.A., Streshnev P.P., Shmanai V.V., Korshun V.A., Schang L.M. Antivirals acting on viral envelopes via biophysical mechanisms of action. // Antivir. Res. - 2018. - V. 149. - P. 164-173.

276. Vigant F., Hollmann A., Lee J., Santos N.C, Jung M.E., Lee B. The Rigid Amphipathic Fusion Inhibitor dUY11 Acts through Photosensitization of Viruses. // J. Virol. - 2014. - V. 88. - P. 1849-1853.

277. Orlov A. A., Chistov A. A., Kozlovskaya L. I., Ustinov A. V., Korshun V. A., Karganova G. G., Osolodkin D. I. Rigid amphipathic nucleosides suppressing reproduction of tick-borne encephalitis virus. // MedChemComm. — 2016. — V. 7. — P. 495-499.

278. Aralov A. V., Proskurin G. V., Orlov A. A., Kozlovskaya L. I., Chistov A. A., Kutyakov S. V., Karganova G. G., Palyulin V. A., Osolodkin D. I., Korshun V. A. Perylenyltriazoles inhibit reproduction of enveloped viruses. // Eur. J. Med. Chem. — 2017. — V. 138. — P. 293-299.

279. Proskurin G. V., Orlov A. A., Brylev V. A., Kozlovskaya L. I., Chistov A. A., Karganova G. G., Palyulin V. A., Osolodkin D. I., Korshun V. A., Aralov A. V. 3'-o-substituted 5-(perylen-3-ylethynyl)-2'-deoxyuridines as tick-borne encephalitis virus reproduction inhibitors. // Eur. J. Med. Chem. — 2018. — V. 155. — P. 77-83.

280. Minutoli L., Squadrito F., Altavilla D., Marini H. in Selenium Chemistry, Analysis, Function and Effects (Ed.: V. R. Preedy), The Royal Society of Chemistry, Thomas Graham House, Science Park, Milton Road, Cambridge CB4 0WF, UK, 2015, chapter 21.

281. Steinbrenner H., Al-Quraishy S., Dkhil M. A., Wunderlich F., Sies H. Dietary Selenium in Adjuvant Therapy of Viral and Bacterial Infections. // Adv. Nutr. - 2015. - V. 6. - P. 73-82.

282. P. Ciapetti, B. Giethlen in The Practice of Medicinal Chemistry, Third Edition (Ed.: C. G. Wermuth), Elsevier Ltd, 2008, chapter 15.

283. Mugesh G., Du Mont W.-W., Sies H. Chemistry of Biologically Important Synthetic Organoselenium Compounds. // Chem. Rev. - 2001. - P. 101. - P. 2125-2179.

284. Tiekink E. R. T. Therapeutic potential of selenium and tellurium compounds: Opportunities yet unrealized. // Dalton Trans. - 2012. - V. 41. - P. 6390-6395.

285. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G., Kostyrko E. O. Novel [4 + 2] Cycloaddition Reaction of Aryl-Methylidenemalononitriles to Unsaturated Chalcogen Amides. Synthesis, Structure, and Properties of Triethylammonium 3,5,5-Tricyano-1,4,5,6-Tetrahydropyridine-2-Selenolates and -Thiolates. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2013. - V. 49. - P. 1289 - 1300.

286. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G. Synthesis of 3-aminoselenoacrylamides and 3-amino-2-(selenazol-2-yl)acrylonitriles. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2012. - V. 48. - P. 18861888.

287. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G. Simple synthesis of selenium-containing 1,2-dihydro-2-oxonicotinates. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2012. - V. 48. - P. 1868-1870.

288. Chigorina E. A., Dotsenko V. V. 1-Cyanoacetyl-3,5-dimethylpyrazole - effective cyanoacetylating agent and a new building block for the synthesis of heterocyclic compounds (Review). // Chem. Heterocycl. Comp. - 2012. - V. 48. - P. 1133-1152.

289. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G., Litvinov V. P. Synthesis and properties of triethylammonium 4-aryl(hetaryl)-3,5-dicyano-6-oxo-1,4,5,6-tetrahydro-pyridine-2-selenolates. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2012. - V. 48. - V. 442-447.

290. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G. Synthesis and reactions of 1,2-bis[3-cyano-4-(2-fluorophenyl)-6-oxo-1,4,5,6-tetrahydropyridin-2-yl]diselane. // Chem. Heterocycl. Comp. -

2012. - V. 48. - P. 1006-1010.

291. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G. Synthesis and Alkylation of N-Methylmorpholinium 4-Aryl-3-cyano-5-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydroquinoline-2-selenolates. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2013. - V. 49. - P. 1146-1150.

292. Frolov K. A., Krivokolysko S. G., Dotsenko V. V., Litvinov V. P. Cascade synthesis of pyrimido-[4,3-b][1,3,5] selenadiazine derivatives. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2009. - V. 45. - P. 255256.

293. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G. New approaches to pyrimido[4,3-b][1,3,5]selenadiazines. // Russ. Chem. Bull. - 2012. - V. 61. - P. 366-369.

294. Chigorina E. A., Frolov K. A., Dotsenko V. V., Goloveshkin A. S., Bushmarinov I. S., Krivokolysko S. G. Synthesis and structure of new 3,7-diazabicyclo[3.3.1]nonane derivatives. // Russ. Chem. Bull. - 2016. - V. 65. - P. 2260-2269.

295. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G., Litvinov V. P. Synthesis of derivatives of 3,5,7,11-tetraaza-tricyclo[7.3.1.02,7]tridec-2-ene-8-selenone. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2010. - V. 46. - P. 1142-1143.

296. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G., Zubatyuk R. I., Shishkin O. V. Synthesis and aminomethylation of 9-aza-3-azoniaspiro[5,5]undeca-7,10-diene-8-selenolates. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2013. - V. 49. - P. 472-478.

297. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G. Aminomethylation of N-methylmorpholinium 6-amino-4-aryl-3,5-dicyano-1,4-dihydropyridine-2-selenolates as an approach to the preparation of 3,5,7,11-tetraazatricyclo[7.3.1.02,7]tridec-2-ene-8-selenone derivatives. // Russ. Chem. Bull. -

2013. - V. 62. - P. 1401-1404.

298. Orlov A. A., Eletskaya A. A., Frolov K. A., Golinets A. D., Palyulin V. A., Krivokolysko S. G., Kozlovskaya L. I., Dotsenko V. V., Osolodkin D. I. Probing chemical space of tick-borne encephalitis virus reproduction inhibitors with organoselenium compounds. // Archiv der Pharmazie. - 2018. - V. 351 - P. e1700353.

299. Frolov K. A., Dotsenko V. V., Krivokolysko S. G. // Chem. Heterocycl. Comp. - 2013. - V. 49. -P. 1301-1307.

300. National Center for Biotechnology Information. PubChem BioAssay Database; AID=504444, https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/bioassay/504444 (Дата обращения: 15.01.2017).

301. Cheng Y-L., Lin Y-S., Chen C-L, Tsai T-T., Tsai C-C., Wu Y-W., Ou Y-D., Chu Y-Y., Wang J-M., Yu C-Y., Lin C-F.. Activation of Nrf2 by the dengue virus causes an increase in CLEC5A, which enhances TNF-a production by mononuclear phagocytes. // Sci. Rep. - 2016. - V. 6. - P. 32000.

302. Olagnier D., Peri S., Steel C., van Montfoort N., Chiang C., Beljanski V., Slifker M., He Z., Nichols C. N., Lin R., Balachandran S., Hiscott J. // PLOSPathog. - 2014. -V. 10. - P. e1004566.

303. National Center for Biotechnology Information. PubChem BioAssay Database; AID=720575, URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/bioassay/720575 (Дата обращения: 15.01.2017).

304. National Center for Biotechnology Information. PubChem BioAssay Database; AID=540276, URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/bioassay/540276 (Дата обраения 15.01.2017).

305. Yennamalli R., Subbarao N., Kampmann T., McGeary R.P., Young P.R., Kobe B. Identification of novel target sites and an inhibitor of the dengue virus E protein. // J. Comput. Aided Mol. Des. - 2009. -V. 23. - P. 333-341.

306. Feng J.Y. Addressing the selectivity and toxicity of antiviral nucleosides. // Antivir. Chem. Chemother. - 2018. - V. 26. - P. 1.8.

307. InterBioScreen web-server, https://www.ibscreen.com/bases (дата обращения: 20.11.2017).

308. Orlov A.A., Khvatov E.V., Koruchekov A.A., Nikitina A.A., Zolotareva A.D., Eletskaya A.A., Kozlovskaya L.I., Palyulin V.A., Horvath D., Osolodkin D.I., Varnek A. Getting to Know the Neighbours with GTM: the Case of Antiviral Compounds. //Molecular Informatics. - 2019. - V. 38. - P. 1800166.

309. Baell J.B., Nissink J.W.M. Seven Year Itch: Pan-Assay Interference Compounds (PAINS) in 2017—Utility and Limitations. // ACS Chemical Biology. - 2018. - V. 13. - P. 36-44.

310. National Center for Biotechnology Information. PubChem BioAssay Database; AID=588708, URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/bioassay/588708 (Дата обращения 17.11.2018).

311. Geiss B.J., Stahla-Beek H. J., Hannah A. M., Gari H. H., Henderson B. R., Saeedi B. J., Keenan S.M. A High-Throughput Screening Assay for the Identification of Flavivirus NS5 Capping Enzyme GTP-Binding Inhibitors: Implications for Antiviral Drug Development. // Journal of Biomoleular Screening. - 2011. - V. 16. - P. 852-861.

312. Stahla-Beek H.J., April D.G., Saeedi B. J., Hannah A. M., Keenan S. M., Geiss B. J. Identification of a Novel Antiviral Inhibitor of the Flavivirus Guanylyltransferase Enzyme. // Journal of Virolology - 2012. - V. 86. - P. 8730-8739.

313. National Center for Biotechnology Information. PubChem BioAssay Database; AID=1621, URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/bioassay/1621 (Дата обращения 17.11.2018).

314. National Center for Biotechnology Information. PubChem BioAssay Database; AID=651820, URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/bioassay/651820 (Дата обращения: 17.11.2018).

315. Banie H., Sinha A., Thomas R. J., Sircar J. C., Richards M. L. 2-Phenylimidazopyridines, a New Series of Golgi Compounds with Potent Antiviral Activity. // Journal of Medicinal Chemistry -2007. - V. 50. - P. 5984-5993.

316. Yoshii K., Yanagihara N., Ishizuka M., Sakai M., Kariwa H. N-linked glycan in tick-borne encephalitis virus envelope protein affects viral secretion in mammalian cells, but not in tick cells. // Journal of General Virology. - 2013. - V. 94. - P. 2249-2258.

317. URL:

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/releases/chembl_20/chembl_20_schema.pn g

318. RDKit v. 2017.09.3 (http://www.rdkit.org).

319. Sander T., Freyss J., von Korff M., Rufener C. DataWarrior: an open-source program for chemistry aware data visualization and analysis. // J. Chem. Inf. Model. - 2015. - V. 55. - P. 460-473.

320. Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P., Chenna R., McGettigan P.A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I.M., Wilm A., Lopez R., Thompson J.D., Gibson T.J., Higgins D.G. Clustal W and Clustal X version 2.0. // Bioinformatics - 2007. - V. 23. - P. 2947-2948.

321. Eswar N., Marti-Renom M.A., Webb B., Madhusudhan M. S., Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A. Comparative Protein Structure Modeling With MODELLER. // Curr Protoc Bioinformatics. - 2006. Ch. 5. Unit. 5.6.1-5.6.30.

322. Shen M. Y., Sali A. Statistical potential for assessment and prediction of protein structures. // Protein Sci. - 2006. - V. 15. - P. 2507-2524.

323. Laskowski R. A., MacArthur M. W., Moss D. S., Thornton J. M. PROCHECK — a program to check the stereochemical quality of protein structures. // J. App. Cryst. - 1993. - V. 26. - P. 283291.

324. Sippl M.J. Recognition of Errors in Three-Dimensional Structures of Proteins. // Proteins. - 1993. - V. 17. - P. 355-362.

325. Wiederstein M., Sippl M.J. ProSA-web: interactive web service for the recognition of errors in three-dimensional structures of proteins. // Nucleic Acids Res. - 2007. - V. 35 - P. W407-W410.

326. URL: http://www.yasara. org/

327. Lu G., Gong P. Crystal Structure of the full-length Japanese encephalitis virus NS5 reveals a conserved methyltransferase-polymerase interface. // PlosPathog. - 2013. - V. 9. - P. e1003549-e1003549.

328. OMEGA 2.5.1.4: OpenEye Scientific Software, Santa Fe, NM. http://www.eyesopen.com.

329. Hawkins P.C.D, Skillman A.G., Warren G.L., Ellingson B.A., Stahl M.T. Conformer Generation with OMEGA: Algorithm and Validation Using High Quality Structures from the Protein Databank and the Cambridge Structural Database. // J Chem Inf Model. - 2010. - V. 50. - P. 572584.

330. OEDOCKING 3.0.1: OpenEye Scientific Software, Santa Fe, NM. http://www.eyesopen.com.

331. McGann M. FRED Pose Prediction and Virtual Screening Accuracy. J Chem InfModel. - 2011. -

V. 51. - P. 578-596.

332. McGann M. FRED and HYBRID docking performance on standardized datasets. // J Comput Aided Mol Des. - 2012. - V. 26. - P. 897-906.

333. VIDA 4.3.0.4 OpenEye Scientific Software, Santa Fe, NM. http://www.eyesopen.com.

334. URL: http://infochim.u-strasbg.fr/ (Дата обращения 20. 11. 2017).

335. Varnek A., Fourches D., Horvath D., Klimchuk O., Gaudin C., Vayer P., Solov'ev V., Hoonakker F., Tetko I. V., Marcou G. ISIDA - Platform for Virtual Screening Based on Fragment and Pharmacophoric Descriptors. // Curr. Comput. Aided. Drug Des. - 2008. - V. 4. - P. 191-198.

336. Lorenz R.J., Bogel K. Methods of calculation in Laboratory techniques in rabies. 3rd ed. (eds. Kaplan M.M., Koprowski H.) 321-335 (World Health Organization, Geneva, 1973).

337. Reed L.J., Muench H.A. simple methods of estimating fifty per cent endpoints. // Am J Epidemiol. - 1938. - V. 27. - P. 493-497.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

АГВ - вирус геморрагической лихорадки Алхурма БД - база данных

БОЕ - бляшкообразующая единица ВГС - вирус гепатита С

ВДКРС - вирус диареи крупного рогатого скота

ВЖЛ - вирус жёлтой лихорадки

ВИЧ - вирус иммунодефицита человека

ВКЭ - вирус клещевого энцефалита

ВЛЗН - вирус лихорадки Западного Нила

ВОГЛ - вирус омской гемморагической лихорадки

ВЯЭ - вирус японского энцефалита

ДЕНВ - вирус денге

ДЕНВ 1-4 - серотипы 1-4 вируса денге

ДМСО - диметилсульфоксид

КЛДВ - вирус болезни леса Киасанур

НИ - нуклеозидные ингибиторы

ННИ - ненуклеозидные ингибиторы

ПОВВ - вирус Повассан

GTM - генеративное топографическое картирование

МТ - метилтрансфераза