Исследование функциональных взаимодействий между границами регуляторных доменов гена Abd-B у Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Тощаков, Степан Владимирович

• Тощаков, Степан Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Тощаков, Степан Владимирович

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Развитие Drosophila melanogaster. Роль гомеозисных генов в процессе эмбриогенеза.

1.1.1 Сегментация в процессе развития Drosophila melanogaster: генетический контроль.

1.1.2 Роль гомеозисных генов в процессе эмбриогенеза.

1.2 Регуляция Bithorax комплекса.

1.2.1 Общие положения.

1.2.2 Фазы функционирования ВХ-С.

1.2.3. Белки групп Polycomb и Trithorax и их роль в регуляции ВХ-С.

1.3 Границы регуляторных доменов гена Abd-B. Инсуляторы.21 '

1.3.1 Организация регуляторной области гена Abd-B.

1.3.2. ГраницаFab-7.23,

1.3.3 Граница Fab-8.

1.3.4 Граница Мер.

1.3.5 Граница Fab-6.

1.4 Модели регуляции гена Abd-B.

1.4.1 Взаимодействие между инсуляторами.

1.4.2 Анти-инсуляторные элементы. Promoter Targeting Sequence.

1.5 Белковые компоне! itm границ регуляторных доменов Bithorax комплекса.

1.5.1. Белок dCTCF.

1.5.2 Белок СР-190.

1.5.3 Другие белковые компоненты границ Bithorax комплекса.

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1 Генетические методы.

2.1.1 Линии и мутации Drosophila melanogaster.

2.1.2 Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий.

2.1.3 Фенотипический анализ экспрессии гена mini-white в трансгенных линиях

2.1.4 Генетические скрещивания.

2.2 Молекулярные методы.

2.2.1 Приготовление компетентных клеток линии E.coli DH5a.

2.2.2 Трансформация бактериальных клеток плазмидной ДНК.

2.2.3 Выделение плазмидной ДНК методом щелочного лизиса.

2.2.4 Выделение геномной ДНК из дрозофилы.

2.2.5 Переосаждение ДНК.

2.2.6 Горизонтальный гель электрофорез.

2.2.7 Выделение фрагментов ДНК из геля и очистка ДНК от продуктов ферментативных реакций.

2.2.8 Определение концентрации нуклеиновых кислот.

2.2.9 Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР).

2.2.12 Рестрикция плазмидной ДНК.

2.2.13 Метод анализа изменения электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле.

2.3.14. Саузерн-блот-анализ.

2.3 Используемые в работе олигонуклеотиды.

2.4 Получение трансгенных конструкций.

2.4.1 Основные векторы, используемые в работе.

2.4.2 Создание конструкций.

3 РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1 Исследование способности Рав-8 инсулятора взаимодействовать на больших дистанциях.

3.2 Наличие сайтов белка ёСТСР необходимо для осуществления взаимодействия между двумя копиями Рав-8 инсулятора.

3.3 Границы Рав-7 и Рав-8 способны к осуществлению функционального взаимодействия друг с другом.

3.4 Границы Рав-7 и РТ8/Рав-8 способны взаимодействовать с предпромоторной областью гена авб-в.

4 ОБСУЖДЕНИЕ.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование функциональных взаимодействий между границами регуляторных доменов гена Abd-B у Drosophila melanogaster»

Регуляция транскрипции генов эукариот характеризуется рядом особенностей, связанных с поддержанием координированной экспрессии генов в сложноорганизованной генетической системе. Каждый тип клеток многоклеточного организма характеризуется собственной уникальной комбинацией белковых факторов, появление которых в ходе днфференцировки обеспечивается эффективной регуляцией активности кодирующих их генов. Такая высокоэффективная пространственно-временная регуляция экспрессии генов обеспечивается за счет сложноустроенных и, как правило, протяженных регуляторных областей, которые состоят из специфических элементов, активирующих транскрипцию (энхансеров) или репрессирующих ее (сайленсеров).

Для функционирования генома очень большое значение имеет организация независимых доменов экспрессии генов. Механизмы формирования таких доменов в настоящее время мало изучены. Существует гипотеза, постулирующая, что функцию границ доменов с разными паттернами экспрессии выполняют инсуляторы. Инсуляторы - это г^орегуляторные элементы, которые способны функционально изолировать промотор от энхансера, если располагаются между ними, а также ограничивать распространение репрессии (Cai et al., 1995; Gerasimova et al., 1996).

Для запуска работы гена важно, чтобы энхансер правильно находил промотор, несмотря на то, что расстояние между ними иногда может достигать нескольких сот тпн. Существуют экспериментальные доказательства того, что в процессе активации энхансер и промотор сближаются в пространстве, а находящийся между ними участок ДНК выпетливается (West et al., 2005; de Laat et al., 2008, Maeda et. al 2007). Однако механизмы, контролирующие специфичную коммуникацию между энхансерами и промоторами на больших дистанциях, до сих пор мало изучены.

Удобной моделью для изучения механизмов взаимодействия между энхансерами и промоторами является регуляторная область Abd-B гена, входящего в состав Bithorax комплекса Drosophila melanogaster. Регуляторная область Abd-B размером около 60 тпн содержит 4 энхансера {iab-5, iab-6, iab-7, iab-8), каждый из которых определяет уровень экспрессии гена в соответствующем брюшном парасегменте (ПС10-13). Энхансеры отделены друг от друга границами, три из которых были подробно изучены: Мер. Fab-7 и Fab-8. Эти границы устроены сходным образом и содержат в своем составе инсулятор и прилегающий к нему сайленсер (Karch et al., 1994; Barges et al., 2000; Zhou et al., 1999; Gruzdeva et al.,y. 2005). Таким образом, имеет место парадоксальная ситуация, при которой окруженные инсуляторами энхансеры способны активировать свой промотор^ Исходя из этого, можно предположить, что инсуляторы Bithorax комплекса обладают дополнительными функциями. Исследование границ Мер и Fab-7 показало, что инсуляторы границ способны взаимодействовать со своими копиями на больших дистанциях (Muller et al., 1999, Bantingnies et al., 2003, Gruzdeva et al., 2005. Vazquez et al., 2006, Kyrchanova et al., 2007). Для границы Fab-7 было показано, что она сближается с предпромоторной областью гена Abd-B в некоторых тканях (Cleard et al., 2006). Таким образом, можно предположить, что границы регуляторных доменов отвечают за пространственную организацию локуса ВХ-С и специфичную коммуникацию между энхансерами и промоторами его генов.

К настоящему моменту накоплены некоторые данные о белковых компонентах границ регуляторных доменов (Moon et al. 2005; Holohan et al., 2007; Hagstrom et al., 1996; Mohan et al., 2007; Aoki et al., 2008). В частности, продемонстрировано, что с границами связываются известные инсуляторные белки дрозофилы, такие как dCTCF и CP 190. Однако их роль в регуляции работы гена Abd-B остается не совсем ясной.

Целью настоящей работы стало исследование функциональных взаимодействий между границами Fab-7 и Fab-8 и проверка их способности взаимодействовать с промоторной областью тема. Abd-B.

Экспериментальной основой данной работы послужила модельная система, разработанная в нашей лаборатории и позволяющая идентифицировать элементы, способные к коммуникации на больших дистанциях. При помощи нее мы исследовали способность границы Fab-8 и ее составных частей к взаимодействию на большом расстоянии со своей копией, с границей Fab-7 и с предпромоторной областью гена Abd-B. Кроме того, в данной работе проводится исследование роли белка dCTCF в осуществлении взаимодействий на больших дистанциях.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Тощаков, Степан Владимирович

выводы

1. Продемонстрирована способность ЕаЬ-8 инсулятора к поддержанию взаимодействия со своей копией на большой дистанции.

2. Показано, что функциональное проявление взаимодействия между ЕаЬ-8 инсуляторами зависит от их взаимной ориентации.

3. Белок <!СТСЕ, связывающийся с инсулятором ЕаЬ-8, способен поддерживать дистанционные взаимодействия.

4. Впервые продемонстрировано, что гетерологичные границы, ЕаЬ-8 и ЕаЬ-7, способны взаимодействовать.

5. Показана способность границ ЕаЬ-8 и ЕаЬ-7 взаимодействовать с промоторной областью АЬй-В.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Тощаков, Степан Владимирович, 2009 год

1. Akbari OS, Bousum A, Bae E, Drewell RA. Unraveling cis-regulatory mechanisms at the abdominal-A and Abdominal-B genes in the Drosophila bithorax complex. Dev Biol. 2006 May 15;293(2):294-304.

2. Aoki T, Schweinsberg S, Manasson J, Schedl P. A stage-specific factor confers Fab-7 boundary activity during early embryogenesis in Drosophila. Mol Cell Biol. 2008 Feb;28(3): 1047-60.

3. Bantignies F, Goodman RH, Smolik SM. Functional interaction between the coactivator Drosophila CREB-binding protein and ASH1, a member of the trithorax group of chromatin modifiers. Mol Cell Biol. 2000 Dec;20(24):9317-30.

4. Bantignies F., Grimaud C., Lavrov S. et al. Inheritance of Polycomb-dependent chromosomal interactions in Drosophila. Genes Dev. 2003. V. 17. P. 2406-2420.

5. Beachy P.A., Helfand S.L., Hogness, D.S. Segmental distribution of Bithorax complex proteins during Drosophila development. Nature. 1985, V.313, P. 545-551.

6. Bell AC, West AG, Felsenfeld G. The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators. Cell. 1999 Aug 6;98(3):387-96.

7. Brown JL, Fritsch C, Mueller J, Kassis JA. The Drosophila pho-like gene encodes a YY1-related DNA binding protein that is redundant with pleiohomeotic in homeotic gene silencing. Development. 2003 Jan;130(2):285-94.

8. Brown JL, Mucci D, Whiteley M, Dirksen ML, Kassis JA. The Drosophila Polycomb group gene pleiohomeotic encodes a DNA binding protein with homology to the transcription factor YY1. Mol Cell. 1998 Jun;l(7): 1057-64.

9. Busturia A, Lloyd A, Bejarano F, Zavortink M, Xin H, Sakonju S.The MCP silencer of the Drosophila Abd-B gene requires both Pleiohomeotic and GAGA factor for the maintenance of repression. Development. 2001 Jun;128(l l):2163-73.

10. Cai H., Levine M. Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators in the Drosophila embryo. Nature. 1995. V.376. P. 533-536.

11. Cai HN, Shen P. Effects of cis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity. Science. 2001 Jan 19;291(5503):493-5.

12. Celniker S.E., Sharma S., Keelan D.J., Lewis E.B. 1990. The molecular genetics of the bithorax complex of Drosophila: cw-regulation in the Abdominal-B domain. EMBO J. V.9. P.4277-4286.

13. Chen, Q., L. Lin, S. Smith, Q. Lin. and J. Zhou. 2005. Multiple promoter targeting sequences exist in Abdominal-B to regulate long-range gene activation. Dev. Biol. V.286. P.629-636.

14. Cleard, F., Moshkin Y., Karch F., Maeda R.K. Probing long-distance regulatory interactions in the Drosophila melanogaster bithorax complex using Dam identification. Nat. Genet. 2006. V.38. P.931-935.

15. Comet I. Savitskaya E, Schueltengruber B, Nègre N, Lavrov S, Parshikov A, Juge F, Gracheva E, Georgiev P, Cavalli G. PRE-mediated bypass of two Su(Hw) insulators targets PcG proteins to a downstream promoter. Dev Cell. 2006 Jul; 11(1): 117-24.

16. Cuddapah S, Jothi R, Schönes DE, Roh TY, Cui K, Zhao K. Global analysis of the insulator binding protein CTCF in chromatin barrier regions reveals demarcation of active and repressive domains. Genome Res. 2009 Jan;19(l):24-32.

17. Déjardin J, Cavalli G. Chromatin inheritance upon Zeste-mediated Brahma recruitment at a minimal cellular memory module. EMBO J. 2004 Feb 25;23(4):857-68.

18. Déjardin J, Rappailles A, Cuvier O, Grimaud C. Decoville M, Locker D, Cavalli G. Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by DSP1. Nature. 2005 Mar 24;434(7032):533-8.

19. Dellino GI, Tatout C, Pirrolta V. Extensive conservation of sequences and chromatin structures in the bxd polycomb response element among Drosophilid species. Int J Dev Biol. 2002 Jan;46(l):133-41.

20. Delorenzi M., Bienz M. Expression of Abdominal-B homeoproteins in Drosophila embryos. Development. 1990. V.108. P.323-329.

21. Different transcripts of the Drosophila Abd-B gene correlate with distinct genetic sub-functions. Kuziora MA, McGinnis W. EMBO J. 1988 Oct;7(10):3233-44.

22. Dillon N., Sabbattini P. Functional gene expression domains: defining the functional unit of eukaryotic gene regulation. BioEssays. 2000. V.22. P.657-665.

23. Drewell RA, Bae E, Burr J, Lewis EB. Transcription defines the embryonic domains of cis-regulatory activity at the Drosophila bithorax complex. Proc Natl Acad Sci USA. 2002 Dec 24;99(26): 16853-8.

24. Dunn KL, Zhao H, Davie JR. The insulator binding protein CTCF associates with the nuclear matrix. Exp Cell Res. 2003 Aug 1 ;288(1):218-23.

25. Fitzgerald D.P., Bender W. Polycomb Group Repression Reduces DNA Accessibility. // Mol Cell Biol. 2001. V.21. P.6585-6597.

26. Francis NJ, Saurin AJ, Shao Z, Kingston RE. Reconstitution of a functional core polycomb repressive complex. Mol Cell. 2001 Sep;8(3):545-56.

27. Galloni, M., Gyurkovics H., Schedl P., Karch F. The bluetail transposon: Evidence for independent c/s-regulatory domains and domain boundaries in the bithorax complex. EMBOJ. 1993.V.12. P.1087-1097.

28. Gamsjaeger R, Liew CK, Loughlin FE, Crossley M, Mackay JP. Sticky fingers: zinc-fingers as protein-recognition motifs. Trends Biochem Sci. 2007 Fcb;32(2):63-70

29. Gerasimova TI, Byrd K, Corces VG. A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA. Mol Cell. 2000 Nov;6(5): 1025-35.

30. Gerasimova TI, Corces VG. Boundary and insulator elements in chromosomes. Curr Opin Genet Dev. 1996 Apr;6(2): 185-92.

31. Grimaud C, Negre N, Cavalli G. From genetics to epigenetics: the tale of Polycomb group and trithorax group genes. Chromosome Res. 2006. V.14. P.363-375.

32. Grimaud C., Bantignies F., Pal-Bhadra M., Ghana P. Bhadra U., Cavalli G. RNAi components are required for nuclear clustering of Polycomb group response elements. // Cell. 2006. V. 124. P. 957-971.

33. Guarente L. Yeast promoters: positive and negative elements. Cell. 1984 Apr;36(4):799-800.

34. Gyurkovics H., Gausz J., Kummer J., Karch F. A new homeotic mutation in the Drosophila bithorax complex removes a boundary separating two domains of regulation. EMBO. 1990. V. 9. P. 2579-2585.

35. Hagstrom K, Muller M, Schedl P. A Polycomb and GAGA dependent silencer adjoins the Fab-7 boundary in the Drosophila bithorax complex. Genetics. 1997 Aug; 146(4): 1365-80.

36. Hagstrom K., Muller M., Schedl P. Fab-7 functions as a chromatin domain boundary to ensure proper segment specification by the Drosophila bithorax complex. Genes Dev. 1996. V.10.P 3202-3215.

37. Hartenstein V. Atlas of Drosophila development. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1993.

38. Plolohan EE, Kwong C, Adryan B, Bartkuhn M, Herold M, Renkawitz R, Russell S, White R. CTCF genomic binding sites in Drosophila and the organisation of the bithorax complex. PLoS Genet. 2007 Jul;3(7):ell2.

39. Hou C, Zhao H, Tanimoto K, Dean A. CTCF-dependent enhancer-blocking by alternative chromatin loop formation. Proc Natl Acad Sci USA. 2008 Dec 23;105(51):20398-403.

40. Karch F, Bender W, Weiffenbach B. abdA expression in Drosophila embryos. Genes Dev. 1990. V.4. P.1573-1587.

41. Karch F., Galloni M., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics H., Schedl P. 1994. Mcp and Fab-7: molecular analysis of putative boundaries of c/s-regulatory domains in the bithorax complex of Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res. V.22. P.3138-3146.

42. Karch F., Weiffenbach B., Pcifer M., Bender W., Duncan I., Celniker S., Crosby M., Lewis E.B. The abdominal region of the bithorax complex. Cell. 1985. V.43. P.81-96.

43. Kares R.E., Rubin G.M. Analysis of P transposable element functions in Drosophila. Cell. 1984. V.38. P.135-146.

44. Kassis JA. Pairing-sensitive silencing, polycomb group response elements, and transposon homing in Drosophila. Adv Genet. 2002;46:421-38. Review.

45. Kennison JA, Vázquez M, Brizuela BJ. Regulation of the Sex combs reduced gene in Drosophila. AnnN Y Acad Sci. 1998 Apr 15;842:28-35. Review.

46. Kim TH, Abdullaev ZK, Smith AD, Ching KA, Loukinov DT, Green RD, Zhang MQ, Lobanenkov VV, Ren B. Analysis of the vertebrate insulator protein CTCF-binding sites in the human genome. Cell. 2007 Mar 23;128(6): 1231-45.

47. Kohne AC, Baniahmad A, Renkawitz R. NePl. A ubiquitous transcription factor synergizes with v-ERBA in transcriptional silencing. J Mol Biol. 1993 Aug 5;232(3):747-55.

48. Kravchenko E, Savitskaya E, Kravchuk O, Parshikov A, Georgiev P, Savitsky M. Pairing between gypsy insulators facilitates the enhancer action in trans throughout the Drosophila genome. Mol Cell Biol. 2005 Nov;25(21):9283-91.

49. Lamka ML, Boulet AM, Sakonju S. Ectopic expression of UBX and ABD-B proteins during Drosophila embryogenesis: competition, not a functional hierarchy, explains phenotypic suppression. Development. 1992 Dec; 116(4):841-54.

50. Lanzuolo C, Roure V, Dekker J, Bantignies F, Orlando V. Polycomb response elements mediate the formation of chromosome higher-order structures in the bithorax complex. Nat Cell Biol. 2007 0ct;9(10): 1167-74.

51. Lewis E.B. A gene complex controlling segmentation in Drosophila. Mature. 1978. V. 276.P.565-570.

52. Lewis E.B. The bithorax complex: the first fifty years. Int. J. Dev. Biol. 1998. V. 42: 403-415.

53. Lin Q, Chen Q, Lin L, and J. Zhou. The promoter targeting sequence mediates epigenetically heritable transcription memory. Genes Dev. 2004. V.18. P.2639-2651.

54. Lin Q. D. Wu, and J. Zhou. The promoter targeting sequence facilitates and restricts a distant enhancer to a single promoter in the Drosophila embryo. Development. 2003. V.130. P.519-526.

55. Lindsley D., Zimm G. The genome of Drosophila melanogaster. Academic Press, New * York. 1992.

56. Ling JQ, Li T, Hu JF, Vu TH, Chen HL, Qiu XW, Cheny AM, Hoffman AR. CTCF mediates interchromosomal colocalization between Igf2/H19 and Wsbl/Nfl. Science. 2006 Apr 14;312(5771):269-72.

57. Lipshitz HD, Peattie DA, Hogness DS. Novel transcripts from the Ultrabithorax domain of the bithorax complex. Genes Dev. 1987 May;l(3):307-22.

58. Maeda RK, Karch F. Making connections: boundaries and insulators in Drosophila. Curr Opin Genet Dev. 2007 Oct;17(5):394-9.

59. Mahmoudi T, Katsani KR, Verrijzer CP. GAGA can mediate enhancer function in trans by linking two separate DNA moleculcs. EMBO J. 2002 Apr 2;21(7):1775-81.

60. Martin CII, Mayeda CA, Davis CA, Ericsson CL, Knafels JD, Mathog DR, Cclniker SE, Lewis EB, Palazzolo MJ. Complete sequence of the bithorax complex of Drosophila. Proc Natl Acad Sci USA. 1995 Aug 29;92(18):8398-402.

61. Melnikova L, Juge F, Gmzdeva N. Mazur A. Cavalli G, Georgiev P. Interaction between the GAGA factor and Mod(mdg4) proteins promotes insulator bypass in Drosophila. Proc Natl Acad Sci USA. 2004 Oct 12;101(41):14806-11.

62. Mihaly J, Barges S, Sipos L, Maeda R, Cleard F, Hogga I, Bender W, Gyurkovics H, Karch F. Dissecting the regulatory landscape of theAbd-B gene of the bithorax complex. Development. 2006. V.133. P.2983-2993.

63. Mihaly J., Hogga I., Barges S., Galloni M., Mishra R.K., Hagstrom K., Muller M., Schedl P., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics H., Karch F. Chromatin domain boundaries in the bithorax complex. Cell Mol. Life Sci. 1998. V.54. P.60-70.

64. Mihaly J., Hogga I., Gausz J., Gyurkovics H. Karch F. In situ dissection of the Fab-7 region of the bithorax complex into a chromatin domain boundary and a Polycomb-response element. Development. 1997. V.124. P. 1809-1820.

65. Mohd-Sarip A, Cleard F, Mishra RK, Karch F, Verrijzer CP. Synergistic recognition of an epigenetic DNA element by Pleiohomeotic and a Polycomb core complex. Genes Dev. 2005 Aug l;19(15):1755-60.

66. Mohd-Sarip A, van der Knaap JA, Wyman C, Kanaar R, Schedl P, Verrijzer CP. Architecture of a polycomb nucleoprotein complex. Mol Cell. 2006 Oct 6;24(1):91-100.

67. Moon H., Filippova G., Loukinov D., et al. CTCF is conserved from Drosophila to humans and confers enhancer blocking of the Fab-8 insulator. EMBO Rep. 2005. V. 2. P. 165-170.

68. Müller J, Hart CM, Francis NJ. Vargas ML, Sengupta A, Wild B, Miller EL, O'Connor MB, Kingston RE, Simon JA. Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex. Cell. 2002 Oct 18;lll(2):197-208.

69. Müller J, Kassis JA. Polycomb response elements and targeting of Polycomb group proteins in Drosophila. Curr Opin Genet Dev. 2006 Oct;16(5):476-84.

70. Muller M., Hagstrom K., Gyurkovics H., Pirrotta V., Schedl P. The Mcp element from the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions. Genetics. 1999. V.153. P. 1333-1356.

71. Muravyova E., Golovnin A., Gracheva E. et al. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators. Science. 2001. V. 291. P. 495-498.

72. Nègre N, Hennetin J, Sun LV, Lavrov S, Bellis M, White KP, Cavalli G. Chromosomal distribution ofPeG proteins during Drosophila development. PLoS Biol. 2006 Jun;4(6):el70.

73. Niisslein-Volhard C, Wieschaus E. Mutations affecting segment number and polarity in Drosophila. Nature. 1980 Oct 30;287(5785):795-801.

74. Niisslein-Volhard C. and Wieschaus. E. Novel genes controlling segmentation at D. melanogaster. Nature. 1980. V.287 P.795 801.

75. Ohlsson R, Renkawitz R, Lobanenkov V. CTCF is a uniquely versatile transcription regulator linked to epigenetics and disease. Trends Genet. 2001 Sep;17(9):520-7.

76. Papoulas O, Beek SJ, Moseley SL, McCallum CM, Sarte M, Shearn A, Tamkun JW. The Drosophila trithorax group proteins BRM, ASH1 and ASH2 are subunits of distinct protein complexes. Development. 1998 Oct;125(20):3955-66.

77. Papp B, Mliller J. Histone trimethylation and the maintenance of transcriptional'ON and OFF states by trxG and PcG proteins. Genes Dev. 2006 Aug 1 ;20( 15):2041-54.

78. Paro R. Imprinting a determined state into the chromatin of Drosophila. Trends Genet. 1990. V. 6. P. 416-421.

79. Pérez-Lluch S, Cuartero S, Azorin F, Espinàs ML. Characterization of new regulatory elements within the Drosophila bithorax complex. Nucleic Acids Res. 2008 Dec;36(21):6926-33. Epub 2008 Oct 31.

80. Phillips JE, Corces VG. CTCF: master weaver of the genome. Cell. 2009 Jun 26;137(7): 1194-211.

81. Pirrotta V, Rastelli L. White gene expression, repressive chromatin domains and homeotic gene regulation in Drosophila. Bioessays. 1994 Aug;16(8):549-56. Review.

82. Pirrotta V. PcG complexes and chromatin silencing. Curr.Opin.Gen.Dev. 1997. V.7. P.249-258.

83. Quitschke WW, Matthews JP, Kraus RJ, Vostrov AA. The initiator element and proximal upstream sequences affect transcriptional activity and start site selection in the amyloid beta-protein precursor promoter. J Biol Chem. 1996 Sep 6;271(36):22231-9.

84. Quitschke WW, Taheny MJ, Fochtmann LJ, Vostrov AA. Differential effect of zinc finger deletions on the binding of CTCF to the promoter of the amyloid precursor protein gene. Nucleic Acids Res. 2000 Sep l;28(17):3370-8.

85. Ringrose L, Paro R. Polycomb/Trithorax response elements and epigenetic memory of cell identity. Development. 2007 Jan;134(2):223-32

86. Ringrose L, Rehmsmeier M, Dura JM, Paro R. Genome-wide prediction of Polycomb/Trithorax response elements in Drosophila melanogaster. Dev Cell. 2003 Nov;5(5):759-71.

87. Rodin S, Kyrchanova O, Pomerantseva E, Parshikov A, Georgiev P. New properties of Drosophila fab-7 insulator. Genetics. 2007 Sep;177(l):l 13-21.

88. Rodin S, Kyrchanova O, Pomerantseva E, Parshikov A, Georgiev P. New properties of Drosophila fab-7 insulator. Genetics. 2007 Sep;177(l):l 13-21.

89. Rubin G., Sprandling A. Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors. Science. 1982. V.218. P.348-353.

90. Sanchez-Eisner T., Gou D., Kremmer E., Sauer F. Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax. Science. 2006. V.311. P.1118-1123.

91. Sánchez-Herrero E. Control of the expression of the bithorax complex abdominal-A and Abdominal-B by c¿s-regulatory regions in Drosophila embryos // Development. 1991. V.lll. P.437-448.

92. Sánchez-Herrero, E., Vemos, I., Marco, R. and Morata, G. Genetic organization of Drosophila bithorax complex. Nature 1985, V. 313 P.108-113.

93. Saurin AJ, Shao Z, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Kingston RE. A Drosophila Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins. Nature. 2001 Aug 9;412(6847):655-60.

94. Schmitt S, Paro R. RNA at the steering wheel. Genome Biol. 2006;7(5):218

95. Schuettengruber B, Chourrout D, Vervoort M, Leblanc B, Cavalli G Genome regulation by polycomb and trithorax proteins. Cell. 2007 Feb 23;128(4):735-45.

96. Schwartz YB, Kahn TG, Nix DA, Li XY, Bourgon R, Biggin M, Pirrotta V. Genome-wide analysis of Polycomb targets in Drosophila melanogaster. Nat Genet. 2006 Jun;38(6):700-5.

97. Schwartz YB, Pirrotta V. Polycomb complexes and epigenetic states. Curr Opin Cell Biol. 2008 Jun;20(3):266-73.

98. Schwartz YB, Pirrotta V. Polycomb silencing mechanisms and the management of genomic programmes. Nat Rev Genet. 2007 Jan;8(l):9-22.

99. Schweinsberg SE, Schedl P. Developmental modulation of Fab-7 boundary function. Development. 2004 Oct;131(19):4743-9.

100. Sipos L., Gyurkovics H. Long-distance interactions between enhancers and promoters // FEBS J. 2005. V. 272. P. 3253-3259.

101. Sipos, L., Mihaly J., Karch F., Schedl P., Gausz J., Gyurkovics H. Transvection in the Drosophila Abd-B domain: extensive upstream sequences are involved in anchoring distant cw-regulatory regions to the promoter. Genetics. 1998. V.149. P.1031-1050.

102. Splinter E, Heath H, Kooren J, Palstra R.T, Klous P, Grosveld F, Galjart N, de Laat W. CTCF mediates long-range chromatin looping and local histone modification in the beta-globin locus. Genes Dev. 2006 Sep l;20(17):2349-54.

103. Struhl K. Genetic properties and chromatin structure of the yeast gal regulatory element: an enhancer-like sequence. Proc Natl Acad Sci U S A. 1984 Dec; 81(24):7865-9.

104. Strutt H, Cavalli G, Paro R. Co-localization of Polycomb protein and GAGA factor on regulatory elements responsible for the maintenance of homeotic gene expression. EMBO J. 1997 Jun 16;16(12):3621-32.

105. Tolhuis B, de Wit E, Muijrers I, Teunissen II, Talhout W, van Steensel B, van Lohuizen M. Genome-wide profiling of PRC 1 and PRC2 Polycomb chromatin binding in Drosophila melanogaster. Nat Genet. 2006 Jun;38(6):694-9.

106. Vazquez, J., M. Muller, V. Pirrotta, and J.W. Sedat. The Mcp element mediates stable long-range chromosome-chromosome interactions in Drosophila. Mol. Biol. Cell. 2006. V.17. P.2158-2165.

107. Walters MC, Fiering S, Bouhassira EE, Scalzo D, Goeke S, Magis W, Garrick D, Whitelaw E, Martin DI. The chicken beta-globin 5'HS4 boundary element blocks enhancer-mediated suppression of silencing. Mol Cell Biol. 1999 May; 19(5):3714-26.

108. Wang L, Brown JL, Cao R, Zhang Y, Kassis JA, Jones RS. Hierarchical recruitment of polycomb group silencing complexes. Mol Cell. 2004 Jun 4;14(5):637-46.

109. West A. G., Fraser P. Remote control of gene transcription. Hum. Mol. Genet. 2005.V.14. P.101-111.

110. Yusufzai TM, Tagami H, Nakatani Y, Felsenfeld G. CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species. Mol Cell. 2004 Jan 30;13(2):291-8.

111. Zavortink M, Sakonju S. The morphogenetic and regulatory functions of the Drosophila Abdominal-B gene are encoded in overlapping RNAs transcribed from separate promoters. Genes Dev. 1989 Dec;3(12A): 1969-81.

112. Zhou J., Ashe H., Burks C. et al. Characterization of the transvection mediating region of the Abdominal-B locus in Drosophila. Development. 1999. V.126. P.3057-3065

113. Zhou J., Levine M. A novel cis-regulatory element, the PTS, mediates an anti-insulator activity in the Drosophila embryo. Cell. 1999. V. 99. P.567-575.

114. Zhou, J., S. Barolo, P. Szymanski, and M. Levine. The Fab-7 element of the bithorax complex attenuates enhancer-promoter interactions in the Drosophila embiyo. Genes Dev. 1996. V.10. P.3195-3201.