Исследование ассоциации генов-кандидатов с сахарным диабетом 1 типа и диагностическая тест-система для ранней диагностики риска развития сахарного диабета 1 типа тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Бровкина, Ольга Игоревна

• Бровкина, Ольга Игоревна
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Бровкина, Ольга Игоревна

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Общая характеристика СД типа 1.

1.2. Генетические факторы риска развития СД типа 1.

1.2.1. Гены главного комплекса гистосовместимости класса II (НЬА).

1.2.2. Ген проинсулина (/$5).

1.2.3. Ген цитотоксических Т-лимфоцитов (СТЬА4).

1.2.4. Ген адаптерного белка Ьпк (¿ЗШВЗ).

1.2.5. Ген рецепторов лимфоцитов (СЬЕС1бА).

1.2.6. Ген рецептора эпидермальных факторов роста типа 3 (ЕКВВЗ).

1.2.7. Ген тирозиновой фосфатазы Т-лимфоцитов типа 22 (РТРШ2).

1.2.8. Ген тирозиновой фосфатазы Т-лимфоцитов типа 2 {РТРЫ2).

1.2.9. Ген тирозиновой фосфатазы Т-лимфоцитов типа 11 (РТРЫ11).

1.2.10. Гены интерлейкина 2 (1Ь2) и рецептора интерлейкина 2 (1Ь2ВЛ).

1.2.11. Другие локусы.

1.3. Молекулярные механизмы возникновения аутоиммунной реакции при СД типа 1.

1.4. Перспективы.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Реактивы и ферменты.

2.2. Буферные растворы.

2.3. Формирование групп больных и здоровых индивидов.

2.4. Выделение геномной ДНК человека методом фенол-хлороформной экстракции.

2.5. Амплификация ДНК.

2.6. Электрофоретическое разделение ДНК.

2.7. Амплификация ДНК "в реальном времени".

2.6. Обоснование выбора детекции нуклеотидных последовательностей для диагностической тест-системы.

2.7. Анализ блоков неравновесия по сцеплению и выбор полиморфных маркеров.

2.8. Статистическая обработка результатов.

2.8.1. Сравнение выборок по частотам аллелей и генотипов.

2.8.2. Оценка относительного риска. Odds ratio.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Общая характеристика исследованных групп.

3.2. Иследование ассоциации полиморфных маркеров генов-кандидатов с СД типа 1.

3.2.1. Подтверждение ассоциации полиморфных маркеров rs2040410 и rs7454108 комплекса HLA с СД типа 1.

3.2.2. Исследование ассоциации полиморфных маркеров rs41295061 и rs11594656 гена IL2RA с СД типа 1 и полиморфного маркера rs2069762 гена IL2 с СД типа 1.

3.2.3. Исследование ассоциации полиморфного маркера rs333 гена CCR5 с СД типа 1.

3.2.4. Исследование ассоциации полиморфного маркера rs3087243 гена CTLA4 с СД типа 1.

3.2.5. Исследование ассоциации полиморфного маркера rs10509540 гена

RNLS с СД типа 1.

3.3. Диагностическая тест-система для ранней диагностики риска развития сахарного диабета типа 1.

3.3.1. Обоснование выбора полиморфного маркера rs2476601 (С1858Т) гена PTPN22.

3.3.2. Обоснование выбора полиморфного маркера rs2847281 гена PTPN

3.3.3. Обоснование выбора полиморфного маркера rsl1066284 гена PTPN11.

3.3.4. Обоснование выбора полиморфного маркера rs3184504 гена SH2B

3.3.5. Обоснование выбора полиморфного маркера rs2903692 гена CLEC16A.

3.3.6. Обоснование выбора полиморфного маркера rs689 гена INS.

3.3.7. Обоснование выбора полиморфного маркера rs3087243 гена CTLA

3.3.8. Обоснование выбора полиморфных маркеров rs2040410 и rs7454108 локуса HLA.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование ассоциации генов-кандидатов с сахарным диабетом 1 типа и диагностическая тест-система для ранней диагностики риска развития сахарного диабета 1 типа»

Сахарный диабет (СД) типа 1 является одним из наиболее распространенных и тяжелых наследственных заболеваний человека. Как правило, при наличии генетической предрасположенности он развивается в раннем возрасте и вызывает тяжелые осложнения, такие как поражения кровеносных сосудов, почечную недостаточность, слепоту, гангрены.

Лечение уже развившегося СД типа 1 со сформировавшимся фенотипом требует огромных материальных ресурсов. С другой стороны, при своевременной профилактике заболевания у пациентов с повышенным генетическим риском можно, как минимум, значительно отсрочить появление симптомов сахарного диабета и снизить опасность развития осложнений. Поэтому в настоящее время одним из наиболее прогрессивных подходов является разработка стратегии ранней диагностики, прогнозирования и превентивной терапии заболевания с использованием генетических маркеров.

Наследование СД типа 1 имеет полигенный характер. Генетическая предрасположенность к СД типа 1 связана с наследованием определенных аллелей обычных "здоровых" генов. Иногда эти аллели, которые определяют предрасположенность к СД типа 1 и сцеплены с заболеванием, называют этиологическими мутациями или вариантами. Часто этиологические варианты широко распространены в популяции, но при этом каждый из них сам по себе не приводит к развитию заболевания.

Только наличие определенной комбинации этиологических вариантов в генах, предрасполагающих к заболеванию, может приводить к физиологическим нарушениям, находящим свое выражение в развитии СД типа 1. Частоты встречаемости этих вариантов в разных этнических группах существенно различаются, соответственно различается и популяционный риск, связанный с каждым из них. Поэтому первоочередной задачей исследователей в области генетики СД типа 1 является поиск генов и полиморфных маркеров, предрасполагающих к заболеванию, в конкретных этнических группах.

В настоящее время для ранней диагностики в лечебных центрах России используется главным образом один хромосомный локус - это локус МНС (главный комплекс гистосовместимости).

Целью работы было изучение ассоциации полиморфных маркеров ряда генов-кандидатов с развитием СД типа 1 и разработка диагностической тест-системы для ранней диагностики риска развития СД типа 1.

Для достижения этой цели ставились следующие задачи:

1. Определить частоты аллелей и генотипов полиморфных маркеров гз41295061 и к И594656 гена 1Ь2ЯА, кодирующего а-цепь рецептора интерлейкина 2, полиморфного маркера г82069762 гена 1Ь2, кодирующего интерлейкин 2, полиморфного маркера гйЗЗЗ гена ССЯ5, кодирующего рецептор хемокинов типа 5, полиморфного маркера гб3087243 гена СТЬА4, кодирующего антиген 4 цитотоксических Т-лимфоцитов, и полиморфного маркера гб10509540 гена ШЬБ, кодирующего реналазу.

2. Сформировать систему полиморфных маркеров, определяющих до 90 -95% генетического риска развития СД типа 1 в русской популяции.

3. Выбрать наиболее чувствительный и эффективный молекулярно-генетический подход для ранней диагностики риска развития СД типа 1.

4. Разработать новый перспективный метод и создать опытный образец диагностической тест-системы для диагностики риска развития СД типа1.

Научная новизна и практическая значимость работы

Результаты, представленные в диссертационной работе, являются значимыми для русской популяции, так как выявляют важные отличия в механизмах развития СД типа 1 между представителями русской и ряда других европейских популяций.

На данный момент в РФ не существует разработанных универсальных подходов к созданию диагностических тест-систем для молекулярно-генетической диагностики соматических заболеваний.

В отечественной и зарубежных патентных базах данных отсутствуют какие-либо сведения о разработке и способах применения диагностических методов для молекулярной диагностики СД типа 1 по генотипам предрасполагающих генов. Поэтому результаты данной работы являются значимыми для практической работы врача-эндокринолога.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Бровкина, Ольга Игоревна

выводы

1. Изучена ассоциация полиморфных маркеров rs2040410 и rs7454108 локуса HLA с СД типа 1 с помощью метода ПЦР в "реальном времени". Установлено, что данный метод является наиболее эффективным при исследовании ассоциации генов локуса HLA с СД типа 1.

2. Определены частоты аллелей и генотипов ряда полиморфных маркеров генов IL2RA, IL2, CCR5, CTLA4, RNLS в группе больных СД типа 1 и группе здоровых индивидов среди русских г. Москвы.

3. Для полиморфных маркеров rs41295061 и rs11594656 гена IL2RA, полиморфного маркера rs2069762 гена IL2 и полиморфного маркера rs10509540 гена RNLS показано отсутствие ассоциации с СД типа 1.

4. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rs333 гена CCR5 с СД типа 1. Установлено, что носители генотипа del32/del32 данного полиморфного маркера имеют повышенный риск, тогда как носители аллеля А имеют пониженный риск развития СД типа 1.

5. Обнаружена ассоциация полиморфного маркера rs3087243 гена CTLA4 с СД типа 1. Установлено, что носители аллеля G и генотипа GG имеют повышенный риск, в то время как носители аллеля А и генотипа АА имеют пониженный риск развития СД типа 1.

6. Разработан опытный образец диагностической тест-системы, в состав которой входят полиморфные маркеры локуса HLA и генов INS, SH2B3, PTPN22, PTPN2, PTPN11, CLEC16A и CTLA4, определяющие до 95% генетического риска развития СД типа 1 в русской популяции.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Бровкина, Ольга Игоревна, 2012 год

1. Тимолянова Е.К. Медицинская генетика: Учеб. пособие для студентов образоват. учреждений сред. проф. образования, обучающихся по мед. специальностям. Ростов н/Д: Феникс, 2003. 303 с. р.

2. Дедов И.И., Шестакова М.В. Сахарный диабет. Руководство для врачей. М.: Универсум Паблишинг, 2003. 445 с. р.

3. Foulis А.К. The pathology of the endocrine pancreas in type 1 (insulin-dependent) diabetes mellitus //APMIS. 1996. Vol. 104, № 3. P. 161-167.

4. Miao D., Yu L., Eisenbarth G.S. Role of autoantibodies in type 1 diabetes // Front. Biosci. 2007. Vol. 12. P. 1889-1898.

5. Nerup J. et al. HLA antigenes and diabetes mellitus // The Lancet. 1974. Vol. 304, № 7885. P. 864-866.

6. Noble J. A. et al. The role of HLA class II genes in insulin-dependent diabetes mellitus: molecular analysis of 180 Caucasian, multiplex families // Am. J. Hum. Genet. 1996. Vol. 59, № 5. P. 1134-1148.

7. Cucca F. et al. A correlation between the relative predisposition of MHC class II alleles to type 1 diabetes and the structure of their proteins // Hum. Mol. Genet. 2001. Vol. 10, № 19. P. 2025-2037.

8. Kelly M.A. et al. Molecular aspects of type 1 diabetes // Mol Pathol. 2003. Vol. 56, №1. P. 1-10.

9. Devendra D., Eisenbarth G.S. 17. Immunologic endocrine disorders // J. Allergy Clin. Immunol. 2003. Vol. 111, № 2 Suppl. P. S624-636.

10. Bell G.I., Horita S., Karam J.H. A polymorphic locus near the human insulin gene is associated with insulin-dependent diabetes mellitus // Diabetes. 1984. Vol. 33, №2. P. 176-183.

11. Owerbach D., Gabbay K.H. Linkage of the VNTR/insulin-gene and type I diabetes mellitus: increased gene sharing in affected sibling pairs // Am. J. Hum. Genet. 1994. Vol. 54, № 5. P. 909-912.

12. Lucassen A.M. et al. Susceptibility to insulin dependent diabetes mellitus maps to a 4.1 kb segment of DNA spanning the insulin gene and associated VNTR// Nat Genet. 1993. Vol. 4, № 3. P. 305-310.

13. Bennett S.T. et al. Susceptibility to human type 1 diabetes at IDDM2 is determined by tandem repeat variation at the insulin gene minisatellite locus // Nat Genet 1995. Vol. 9, № 3. P. 284-292.

14. Kristiansen O.P., Larsen Z.M., Pociot F. CTLA-4 in autoimmune diseases—a general susceptibility gene to autoimmunity? // Genes Immun. 2000. Vol. 1, № 3. P. 170-184.

15. Ueda H. et al. Association of the T-cell regulatory gene CTLA4 with susceptibility to autoimmune disease // Nature. 2003. Vol. 423, № 6939. P. 506-511.

16. Nistico L. et al. The CTLA-4 Gene Region of Chromosome 2q33 Is Linked to, and Associated with, Type 1 Diabetes // Human Molecular Genetics. 1996. Vol. 5, № 7. P. 1075-1080.

17. Smyth D. et al. Replication of an association between the lymphoid tyrosine phosphatase locus (LYP/PTPN22) with type 1 diabetes, and evidence for its role as a general autoimmunity locus // Diabetes. 2004. Vol. 53, № 11. P. 3020-3023.

18. Onengut-Gumuscu S., Concannon P. The genetics of type 1 diabetes: Lessons learned and future challenges // Journal of Autoimmunity. 2005. Vol. 25, № Supplement 1. P. 34-39.

19. Bottini N. et al. A functional variant of lymphoid tyrosine phosphatase is associated with type I diabetes // Nat Genet. 2004. Vol. 36, № 4. P. 337-338.

20. Qu H. et al. Confirmation of the association of the R620W polymorphism in the protein tyrosine phosphatase PTPN22 with type 1 diabetes in a family based study // J. Med. Genet. 2005. Vol. 42, № 3. P. 266-270.

21. Cox NJ. et al. Seven Regions of the Genome Show Evidence of Linkage to Type 1 Diabetes in a Consensus Analysis of 767 Multiplex Families // The American Journal of Human Genetics. 2001. Vol. 69, № 4. P. 820-830.

22. Davies J.L. et al. A genome-wide search for human type 1 diabetes susceptibility genes // Nature. 1994. Vol. 371, № 6493. P. 130-136.

23. Zamani M. et al. Linkage of type I diabetes to 15q26 (IDDM3) in the Danish population // Hum. Genet. 1996. Vol. 98, № 4. p. 491-496.

24. Nakagawa Y. et al. Fine mapping of the diabetes-susceptibility locus, IDDM4, on chromosome 1 lql3 // Am. J. Hum. Genet. 1998. Vol. 63, № 2. P. 547-556.

25. Luo D.F. et al. Confirmation of three susceptibility genes to insulin-dependent diabetes mellitus: IDDM4, IDDM5 and IDDM8 // Hum. Mol. Genet. 1996. Vol. 5, № 5. P. 693-698.

26. Laine A.-P. et al. A linkage study of 12 IDDM susceptibility loci in the Finnish population // Diabetes Metab. Res. Rev. 2004. Vol. 20, № 2. P. 144149.

27. Copeman J.B. et al. Linkage disequilibrium mapping of a type 1 diabetes susceptibility gene (IDDM7) to chromosome 2q31-q33 // Nat. Genet. 1995. Vol. 9, № l.P. 80-85.

28. Laine A.-P. et al. Evidence for linkage to and association with type 1 diabetes at the 3q21 region in the Finnish population // Genes Immun. 2006. Vol. 7, № 1. P. 69-72.

29. Mein C.A. et al. A search for type 1 diabetes susceptibility genes in families from the United Kingdom // Nat. Genet. 1998. Vol. 19, № 3. P. 297-300.

30. Field L.L. et al. Susceptibility to insulin-dependent diabetes mellitus maps to a locus (IDDM11) on human chromosome 14q24.3-q31 // Genomics. 1996. Vol. 33, № l.P. 1-8.

31. Marron M.P. et al. Insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM) is associated with CTLA4 polymorphisms in multiple ethnic groups // Hum. Mol. Genet. 1997. Vol. 6, № 8. P. 1275-1282.

32. Larsen Z.M. et al. IDDM12 (CTLA4) on 2q33 and IDDM13 on 2q34 in genetic susceptibility to type 1 diabetes (insulin-dependent) // Autoimmunity. 1999. Vol. 31, № l.P. 35-42.

33. Delepine M. et al. Evidence of a non-MHC susceptibility locus in type Idiabetes linked to HLA on chromosome 6 // Am. J. Hum. Genet. 1997. Vol. 60,№ l.P. 174-187.

34. Field L.L. et al. Evidence for a locus (IDDM16) in the immunoglobulin heavy chain region on chromosome 14q32.3 producing susceptibility to type 1 diabetes // Genes Immun. 2002. Vol. 3, № 6. P. 338-344.

35. Morahan G. et al. Linkage disequilibrium of a type 1 diabetes susceptibility locus with a regulatory IL12B allele // Nat. Genet. 2001. Vol. 27, № 2. P. 218-221.

36. Concannon P. et al. A second-generation screen of the human genome for susceptibility to insulin-dependent diabetes mellitus // Nat Genet. 1998. Vol. 19, № 3. P. 292-296.

37. Hashimoto L. et al. Genetic mapping of a susceptibility locus for insulin-dependent diabetes mellitus on chromosome 1 lq // Nature. 1994. Vol. 371, №6493. P. 161-164.

38. Julier C. et al. Multiple DNA variant association analysis: application to the insulin gene region in type I diabetes // Am. J. Hum. Genet. 1994. Vol. 55, № 6. P. 1247-1254.

39. Pociot F., McDermott M.F. Genetics of type 1 diabetes mellitus // Genes Immun. 2002. Vol. 3, № 5. P. 235-249.

40. Abraham R.S. et al. Type 1 diabetes-predisposing MHC alleles influence the selection of glutamic acid decarboxylase (GAD) 65-specific T cells in a transgenic model // J. Immunol. 2001. Vol. 166, № 2. P. 1370-1379.

41. Abraham R.S. et al. Co-expression of HLA DR3 and DQ8 results in the development of spontaneous insulitis and loss of tolerance to GAD65 in transgenic mice // Diabetes. 2000. Vol. 49, № 4. P. 548-554.

42. Wen L. et al. The regulatory role of DR4 in a spontaneous diabetes DQ8 transgenic model //J. Clin. Invest. 2001. Vol. 107, № 7. P. 871-880.

43. Wherrett D.K., Singer S.M., McDevitt H.O. Reduction in diabetes incidence in an I-Ag7 transgenic nonobese diabetic mouse line // Diabetes. 1997. Vol. 46, № 12. P. 1970-1974.

44. Erlich H. et al. HLA DR-DQ haplotypes and genotypes and type 1 diabetes risk: analysis of the type 1 diabetes genetics consortium families // Diabetes. 2008. Vol. 57, № 4. P. 1084-1092.

45. Nejentsev S. et al. Localization of type 1 diabetes susceptibility to the MHC class I genes HLA-B and HLA-A // Nature. 2007. Vol. 450, № 7171. P. 887892.

46. Undlien D.E. et al. Insulin gene region-encoded susceptibility to IDDM maps upstream of the insulin gene // Diabetes. 1995. Vol. 44, № 6. P. 620-625.

47. Pugliese A. et al. The insulin gene is transcribed in the human thymus and transcription levels correlated with allelic variation at the INS VNTR-IDDM2 susceptibility locus for type 1 diabetes //Nat. Genet. 1997. Vol. 15, № 3. P. 293-297.

48. Vafiadis P. et al. Insulin expression in human thymus is modulated by INS VNTR alleles at the IDDM2 locus // Nat. Genet. 1997. Vol. 15, № 3. P. 289292.

49. Nakayama M. et al. Prime role for an insulin epitope in the development of type 1 diabetes in NOD mice // Nature. 2005. Vol. 435, № 7039. P. 220-223.

50. Kyewski B., Derbinski J. Self-representation in the thymus: an extended view // Nat Rev Immunol. 2004. Vol. 4, № 9. P. 688-698.

51. Palumbo M.O. et al. Isolation and characterization of proinsulin-producing medullary thymic epithelial cell clones // Diabetes. 2006. Vol. 55, № 9. P. 2595-2601.

52. Smyth D.J. et al. Shared and Distinct Genetic Variants in Type 1 Diabetes and Celiac Disease // N Engl J Med. 2008. Vol. 359, № 26. P. 2767-2777.

53. WTCCC. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls // Nature. 2007. Vol. 447, № 7145. p. 661-678.

54. Vang T. et al. Autoimmune-associated lymphoid tyrosine phosphatase is a gain-of-function variant // Nat Genet. 2005. Vol. 37, № 12. P. 1317-1319.

55. Hermann R. et al. The effect of HLA class II, insulin and CTLA4 gene regions on the development of humoral beta cell autoimmunity // Diabetologia. 2005. Vol. 48, № 9. p. 1766-1775.

56. Anjos S.M. et al. Allelic effects on gene regulation at the autoimmunity-predisposing CTLA4 locus: a re-evaluation of the 3 prime. +6230G>A polymorphism // Genes Immun. 2005. Vol. 6, № 4. P. 305-311.

57. Concannon P. et al. A human type 1 diabetes susceptibility locus maps to chromosome 21q22.3 // Diabetes. 2008. Vol. 57, № 10. P. 2858-2861.

58. Lowe C.E. et al. Large-scale genetic fine mapping and genotype-phenotype associations implicate polymorphism in the IL2RA region in type 1 diabetes //Nat. Genet. 2007. Vol. 39, № 9. P. 1074-1082.

59. Vella A. et al. Localization of a type 1 diabetes locus in the IL2RA/CD25 region by use of tag single-nucleotide polymorphisms // Am J Hum Genet. 2005. Vol. 76, № 5. P. 773-779.

60. Smyth D.J. et al. A genome-wide association study of nonsynonymous SNPs identifies a type 1 diabetes locus in the interferon-induced helicase (IFIH1) region // Nat Genet. 2006. Vol. 38, № 6. P. 617-619.

61. Nejentsev S. et al. Rare variants of IFIH1, a gene implicated in antiviral responses, protect against type 1 diabetes // Science. 2009. Vol. 324, № 5925. P. 387-389.

62. Todd J.A. et al. Robust associations of four new chromosome regions from genome-wide analyses of type 1 diabetes // Nat Genet. 2007. Vol. 39, № 7. P. 857-864.

63. Hakonarson H. et al. A genome-wide association study identifies KIAA0350 as a type 1 diabetes gene // Nature. 2007. Vol. 448, № 7153. P. 591-594.

64. Hakonarson H. et al. A novel susceptibility locus for type 1 diabetes on Chrl2ql3 identified by a genome-wide association study // Diabetes. 2008. Vol. 57, №4. P. 1143-1146.

65. Devendra D., Liu E., Eisenbarth G.S. Type 1 diabetes: recent developments // BMJ. 2004. Vol. 328, № 7442. P. 750-754.

66. Skyler J.S. et al. Effects of oral insulin in relatives of patients with type 1 diabetes: The Diabetes Prevention Trial—Type 1 // Diabetes Care. 2005. Vol. 28, №5. P. 1068-1076.

67. Nistico L. et al. The CTLA-4 gene region of chromosome 2q33 is linked to, and associated with, type 1 diabetes. Belgian Diabetes Registry // Hum. Mol. Genet. 1996. Vol. 5, № 7. P. 1075-1080.

68. Nistico L. et al. CTLA-4 in Type 1 Diabetes Mellitus Landscape biosciences, Belgium, 2000.

69. Kawoura F.K., Ioannidis J.P.A. CTLA-4 Gene Polymorphisms and Susceptibility to Type 1 Diabetes Mellitus: A HuGE Review and Meta-Analysis // American Journal of Epidemiology. 2005. Vol. 162, № 1. P. 316.

70. Uchikoshi F. et al. Prevention of autoimmune recurrence and rejection by adenovirus-mediated CTLA4Ig gene transfer to the pancreatic graft in BB rat. // Diabetes. 1999. Vol. 48, № 3. P. 652-657.

71. Chistiakov D.A., Savost'anov K.V., Nosikov V.V. CTLA4 gene polymorphisms are associated with, and linked to, insulin-dependent diabetes mellitus in a Russian population // BMC Genet. 2001. Vol. 2. P. 6.

72. Newton-Cheh C. et al. Genome-wide association study identifies eight loci associated with blood pressure // Nat. Genet. 2009. Vol. 41, № 6. P. 666-676.

73. Levy D. et al. Genome-wide association study of blood pressure and hypertension // Nat. Genet. 2009. Vol. 41, № 6. P. 677-687.

74. Gudbjartsson D.F. et al. Sequence variants affecting eosinophil numbers associate with asthma and myocardial infarction // Nat. Genet. 2009. Vol. 41, № 3. p. 342-347.

75. Hunt K.A. et al. Newly identified genetic risk variants for celiac disease related to the immune response // Nat. Genet. 2008. Vol. 40, № 4. P. 395402.

76. Su A.I. et al. A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2004. Vol. 101, № 16. P. 6062-6067.

77. Krauss G. Biochemistry of signal transduction and regulation. Wiley-VCH, 2008. 626 p.

78. Barrett J.C. et al. Genome-wide association study and meta-analysis find that over 40 loci affect risk of type 1 diabetes // Nat. Genet. 2009. Vol. 41, № 6. P. 703-707.

79. Никитин А.Г. et al. Ассоциация полиморфных маркеров генов SH2B3 и ERBB3 с сахарным диабетом типа 1 // Сахарный диабет. 2010. Т. 44, № 2. С. 257-262.

80. Никитин А.Г. et al. Ассоциация полиморфного маркера rs2903692 гена CLEC16A с сахарным диабетом 1-го типа. // Мед генетика. 2010. № 4. С. 30-33.

81. Bailey R. et al. Association of the vitamin D metabolism gene CYP27B1 with type 1 diabetes // Diabetes. 2007. Vol. 56, № 10. P. 2616-2621.

82. Cooper J.D. et al. Meta-analysis of genome-wide association study data identifies additional type 1 diabetes risk loci // Nat Genet. 2008. Vol. 40, № 12. P. 1399-1401.

83. Hill R.J. et al. The lymphoid protein tyrosine phosphatase Lyp interacts with the adaptor molecule Grb2 and functions as a negative regulator of T-cell activation // Experimental Hematology. 2002. Vol. 30, № 3. p. 237-244.

84. Gregersen P.K., Behrens T.W. Genetics of autoimmune diseases disorders of immune homeostasis // Nat Rev Genet. 2006. Vol. 7, № 12. P. 917-928.

85. Cohen S. et al. Cloning and characterization of a lymphoid-specific, inducible human protein tyrosine phosphatase, Lyp // Blood. 1999. Vol. 93, № 6. P. 2013-2024.

86. Hermiston M.L., Zikherman J., Zhu J.W. CD45, CD 148, and Lyp/Pep: Critical Phosphatases Regulating Src Family Kinase Signaling Networks in Immune Cells // Immunol Rev. 2009. Vol. 228, № 1. P. 288-311.

87. Hasegawa K. et al. PEST domain-enriched tyrosine phosphatase (PEP) regulation of effector/memory T cells // Science. 2004. Vol. 303, № 5658. P. 685-689.

88. Cloutier J.-F., Veillette A. Cooperative Inhibition of T-Cell Antigen Receptor Signaling by a Complex between a Kinase and a Phosphatase // J. Exp. Med. 1999. Vol. 189, № l.P. 111-121.

89. Gregersen P.K. Gaining insight into PTPN22 and autoimmunity // Nat Genet. 2005. Vol. 37, № 12. P. 1300-1302.

90. Лаврикова Е.Ю. et al. Ассоциация полиморфного маркера C1858T гена PTPN22 с сахарным диабетом типа 1 // Молекулярная биология. 2009. Т. 43, №6. С. 1040-1043.

91. Concannon P. et al. Type 1 Diabetes: Evidence for Susceptibility Loci from Four Genome-Wide Linkage Scans in 1,435 Multiplex Families // Diabetes. 2005. Vol. 54, № 10. P. 2995-3001.

92. Rjanningen K.S., Keiding N., Green A. Correlations between the incidence of childhood-onset type I diabetes in Europe and HLA genotypes // Diabetologia. 2001. Vol. 44 Suppl 3. P. 51-59.

93. Rich S.S. Mapping genes in diabetes. Genetic epidemiological perspective. // Diabetes. 1990. Vol. 39, № 11. P. 1315-1319.

94. Brookes A.J. The essence of SNPs // Gene. 1999. Vol. 234, № 2. P. 177-186.

95. Knip M. et al. Environmental triggers and determinants of type 1 diabetes // Diabetes. 2005. Vol. 54 Suppl 2. P. S125-136.

96. Galic S. et al. Regulation of Insulin Receptor Signaling by the Protein Tyrosine Phosphatase TCPTP // Мої. Cell. Biol. 2003. Vol. 23, № 6. P. 2096-2108.

97. Walchli S. et al. Identification of tyrosine phosphatases that dephosphorylate the insulin receptor. A brute force approach based on "substrate-trapping" mutants // J. Biol. Chem. 2000. Vol. 275, № 13. p. 9792-9796.

98. Ten Hoeve J. et al. Identification of a Nuclear Statl Protein Tyrosine Phosphatase // Mol. Cell. Biol. 2002. Vol. 22, № 16. P. 5662-5668.

99. Long S.A. et al. OR.62. Impaired IL-2 Responsiveness and Treg Persistence in T1D is Revealed by Disease-Associated Variants in PTPN2 // Clinical Immunology. 2009. Vol. 131, № 10. P. 26-27.

100. Moore F. et al. PTPN2, a candidate gene for type 1 diabetes, modulates interferon-gamma-induced pancreatic beta-cell apoptosis // Diabetes. 2009.

101. Schlessinger J. Ligand-induced, receptor-mediated dimerization and activation ofEGF receptor// Cell. 2002. Vol. 110, № 6. P. 669-672.

102. Hunter T. Signaling—2000 and beyond // Cell. 2000. Vol. 100, № 1. P. 113127.

103. Pawson T., Gish G.D., Nash P. SH2 domains, interaction modules and cellular wiring // Trends Cell Biol. 2001. Vol. 11, № 12. P. 504-511.

104. Feng G.S., Hui C.C., Pawson T. SH2-containing phosphotyrosine phosphatase as a target of protein-tyrosine kinases // Science. 1993. Vol. 259, №5101. P. 1607-1611.

105. Freeman R.M., Plutzky J., Neel B.G. Identification of a human src homology 2-containing protein-tyrosine-phosphatase: a putative homolog of Drosophila corkscrew // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992. Vol. 89, № 23. P. 1123911243.

106. Ahmad S. et al. A widely expressed human protein-tyrosine phosphatase containing src homology 2 domains // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993. Vol. 90, №6. P. 2197-2201.

107. Lechleider R.J., Freeman R.M., Neel B.G. Tyrosyl phosphorylation and growth factor receptor association of the human corkscrew homologue, SH-PTP2 // J. Biol. Chem. 1993. Vol. 268, № 18. P. 13434-13438.

108. Yamauchi K. et al. Protein-tyrosine-phosphatase SHPTP2 is a required positive effector for insulin downstream signaling // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995. Vol. 92, № 3. P. 664-668.

109. Feng G.S. Shp-2 tyrosine phosphatase: signaling one cell or many // Exp. Cell Res. 1999. Vol. 253, № 1. P. 47-54.

110. Hakak Y., Hsu Y.S., Martin G.S. Shp-2 mediates v-Src-induced morphological changes and activation of the anti-apoptotic protein kinase Akt // Oncogene. 2000. Vol. 19, № 28. P. 3164-3171.

111. Chen J. et al. SHP-2 phosphatase is required for hematopoietic cell transformation by Bcr-Abl // Blood. 2007. Vol. 109, № 2. P. 778-785.

112. Lowenthal J.W. et al. Similarities between interleukin-2 receptor number and affinity on activated B and T lymphocytes // Nature. 1985. Vol. 315, № 6021. P. 669-672.

113. Smith K.A. Interleukin-2: inception, impact, and implications. // Science. 1988. №240. P. 1169-1176.

114. Leonard W.J. et al. Structure of the human interleukin-2 receptor gene. 1985. Vol. 230, № 8. P. 633-639.

115. Shevach E.M. Certified Professionals // J Exp Med. 2001. Vol. 193, № 11. P. f41-f46.

116. Fung E.Y.M.G. et al. Analysis of 17 autoimmune disease-associated variants in type 1 diabetes identifies 6q23/TNFAIP3 as a susceptibility locus // Genes Immun. 2009. Vol. 10, № 2. P. 188-191.

117. Favorova O.O. et al. Three allele combinations associated with Multiple Sclerosis // BMC Med Genet. 2006. Vol. 7. P. 63.

118. Wallace С. et al. Statistical colocalization of monocyte gene expression and genetic risk variants for type 1 diabetes // Hum Mol Genet. 2012. Vol. 21, № 12. P. 2815-2824.

119. Buraczynska M. et al. Renalase Gene Polymorphisms in Patients With Type 2 Diabetes, Hypertension and Stroke // Neuromolecular Med. 2011. Vol. 13, №4. P. 321-327.

120. Howson J.M.M. et al. Evidence of Gene-Gene Interaction and Age-at-Diagnosis Effects in Type 1 Diabetes // Diabetes. 2012. Vol. 61, № 11. P. 3012-3017.

121. M V Prasad Linga Reddy H.W. Association between type 1 diabetes and GWAS SNPs in the southeast US Caucasian population. // Genes and immunity. 2011. Vol. 12, № 3. P. 208-212.

122. Hayashi Т., Faustman D.L. Role of Defective Apoptosis in Type 1 Diabetes and Other Autoimmune Diseases // Recent Prog Horm Res. 2003. Vol. 58, № l.P. 131-153.

123. Faustman D.L. et al. Linkage of faulty major histocompatibility complex class I to autoimmune diabetes. // Science. 1991. Vol. 5039, № 254. P. 17561761.

124. Aldrich C.J. et al. Positive selection of self- and alloreactive CD8+ T cells in Tap-1 mutant mice. // Proc Natl Acad Sci USA. 1994. Vol. 91, № 14. P. 6525-6528.

125. Glas R. et al. The CD8+ T cell repertoire in p2-microglobulin deficient mice is biased towards reactivity against self-major histocompatibility class I -Поиск в Google // J Exp Med. 1994. № 179. p. 661-672.

126. Yan G., Fu Y., Faustman D.L. Reduced expression of Tap 1 and Lmp2 antigen-processing genes in the nonobese diabetic (NOD) mouse due to a mutation in their shared bidirectional promoter. // J Immunol. 1997. Vol. 159. P. 3068-3080.

127. Мушкамбаров Н.Н., Кузнецов C.JI. Молекулярная биология. Медицинское информационное агенство, 2007. 536 с.

128. Dianzani U., Chiocchetti A., Ramenghi U. Role of inherited defects decreasing Fas function in autoimmunity // Life Sciences. 2003. Vol. 72, № 25. P. 2803-2824.

129. Amrani A. et al. Perforin-independent P-cell destruction by diabetogenic CD8+ T lymphocytes in transgenic nonobese diabetic mice // Journal of Clinical Investigation. 1999. Vol. 103, № 8. P. 1201-1209.

130. Silva D.G. et al. Mechanisms of Accelerated Immune-Mediated Diabetes Resulting from Islet (3 Cell Expression of a Fas Ligand Transgene // J Immunol. 2003. Vol. 170, № 10. P. 4996-5002.

131. Durant S. et al. Proapoptosis and antiapoptosis-related molecules during postnatal pancreas development in control and nonobese diabetic mice: relationship with innervation // Lab. Invest. 2003. Vol. 83, № 2. P. 227-239.

132. Hsu S.-C. et al. NF-KB-dependent Fas ligand expression // European Journal of Immunology. 1999. Vol. 29, № 9. P. 2948-2956.

133. Green J.M. The B7/CD28/CTLA4 T-Cell Activation Pathway Implications for Inflammatory Lung Disease // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2000. Vol. 22, №3. p. 261-264.

134. Johns M.B., Paulus-Thomas J.E. Purification of human genomic DNA from whole blood using sodium perchlorate in place of phenol // Anal. Biochem. 1989. Vol. 180, № 2. P. 276-278.

135. Barrett J.C. et al. Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps // Bioinformatics. 2005. Vol. 21, № 2. P. 263-265.

136. Johnson A.D. et al. SNAP: a web-based tool for identification and annotation of proxy SNPs using HapMap // Bioinformatics. 2008. Vol. 24, № 24. P. 2938-2939.

137. Le C.T. Introductory biostatistics. Hoboken, N.J.: Wiley-Interscience, 2003., 536 p. p.

138. Sham P.C., Curtis D. Monte Carlo tests for associations between disease and alleles at highly polymorphic loci // Ann. Hum. Genet. 1995. Vol. 59, № 1. P. 97-105.

139. Герасимов A.H. Медицинская статистика: учебное пособие для студентов медицинских вузов. Москва: Мед. информ. агентство (МИА), 2007. 475 с.

140. Лукьянова Е.А. Медицинская статистика□: Учеб. пособие. М.: Изд-во Рос. ун-та дружбы народов, 2003. Т. 2. изд., испр. 245 с.

141. Медик В.А., Токмачев М.С. Математическая статистика в медицине и биологии. Новгород, 1998.242 с.

142. Реброва О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ Statistica. М.: Изд-во Медиа Сфера, 2002. 305 с.

143. Barker J.M. et al. Two single nucleotide polymorphisms identify the highest-risk diabetes HLA genotype: potential for rapid screening // Diabetes. 2008. Vol. 57, №11. P. 3152-3155.

144. Krämer S., Schimpl A., Hünig Т. Immunopathology of interleukin (IL) 2-deficient mice: thymus dependence and suppression by thymus-dependent cells with an intact IL-2 gene // J. Exp. Med. 1995. Vol. 182, № 6. P. 17691776.

145. Suzuki H. et al. Normal regulatory alpha/beta T cells effectively eliminate abnormally activated T cells lacking the interleukin 2 receptor beta in vivo // J.Exp. Med. 1999. Vol. 190,№ 11.P. 1561-1572.

146. Gerard C., Rollins B.J. Chemokines and disease // Nat. Immunol. 2001. Vol. 2, №2. P. 108-115.

147. Hütter G. et al. The effect of the CCR5-delta32 deletion on global gene expression considering immune response and inflammation // J Inflamm (Lond). 2011. Vol. 8. P. 29.

148. Howson J.M.M. et al. A type 1 diabetes subgroup with a female bias is characterised by failure in tolerance to thyroid peroxidase at an early age and a strong CTLA-4 gene association // Diabetologia. 2007. Vol. 50, № 4. P. 741-746.

149. D'Angelo R. et al. CCR5A32 Polymorphism Associated with a Slower Rate Disease Progression in a Cohort of RR-MS Sicilian Patients // Mult Scler Int. 2011. Vol. 2011.

150. Muxel S.M. et al. Association study of CCR5 delta 32 polymorphism among the HLA-DRB1 Caucasian population in Northern Paraná, Brazil // Journal of Clinical Laboratory Analysis. 2008. Vol. 22, № 4. P. 229-233.

151. Segal B.M. CNS chemokines, cytokines, and dendritic cells in autoimmune demyelination // J. Neurol. Sci. 2005. Vol. 228, № 2. P. 210-214.

152. Szalai C. et al. Chemokine receptor CCR2 and CCR5 polymorphisms in children with insulin-dependent diabetes mellitus // Pediatr. Res. 1999. Vol. 46, № 1. P. 82-84.

153. Yang B. et al. Polymorphisms of chemokine and chemokine receptor genes in Type 1 diabetes mellitus and its complications // Cytokine. 2004. Vol. 26, №3.P. 114-121.

154. Gambelunghe G. et al. Lack of association of CCR2–64I and CCR5-Δ32 with type 1 diabetes and latent autoimmune diabetes in adults // Human Immunology. 2003. Vol. 64, № 6. P. 629-632.

155. Anjos S. et al. A common autoimmunity predisposing signal peptide variant of the cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 results in inefficient glycosylation of the susceptibility allele // J. Biol. Chem. 2002. Vol. 277, № 48. P. 4647846486.

156. Wang X.B. et al. A CTLA-4 gene polymorphism at position -318 in the promoter region affects the expression of protein // Genes Immun. 2002. Vol. 3, № 4. P. 233-234.

157. Xu J. et al. Renalase is a novel, soluble monoamine oxidase that regulates cardiac function and blood pressure // Journal of Clinical Investigation. 2005. Vol. 115, №5. P. 1275-1280.

158. Cinek O. No independent role of the -1123 G>C and+2740 A>G variants in the association of PTPN22 with type 1 diabetes and juvenile idiopathic arthritis in two Caucasian populations // Diabetes Res Clin Pract. 2007. Vol. 2, № 76. P. 297-303.

159. Viken M.K. The PTPN22 promoter polymorphism -1123G>C association cannot be distinguished from the 1858C>T association in a Norwegian rheumatoid arthritis material // Tissue Antigens. 2007. Vol. 3, № 70. P. 190197.

160. Jamshidi Y. et al. SHP-2 and PI3-kinase genes PTPN11 and PIK3R1 may influence serum apoB and LDL cholesterol levels in normal women // Atherosclerosis. 2007. Vol. 194, № 2. P. 26-33.

161. Kozak M. Leader length and secondary structure modulate mRNA function under conditions of stress. // Mol Cell Biol. 1988. Vol. 8, № 7. p. 2737-2744.

162. Sospedra M. et al. Transcription of a broad range of self-antigens in human thymus suggests a role for central mechanisms in tolerance toward peripheral antigens // J. Immunol. 1998. Vol. 161, № 11. P. 5918-5929.

163. Kralovicova J. et al. Variants in the human insulin gene that affect pre-mRNA splicing: is -23HphI a functional single nucleotide polymorphism at IDDM2? //Diabetes. 2006. Vol. 55, № 1. P. 260-264.

164. Laub O., Rutter W.J. Expression of the human insulin gene and cDNA in a heterologous mammalian system. // J. Biol. Chem. 1983. Vol. 258, № 10. P. 6043-6050.

165. Kent S.C. et al. Expanded T cells from pancreatic lymph nodes of type 1 diabetic subjects recognize an insulin epitope // Nature. 2005. Vol. 435, № 7039. P. 224-228.

166. Kent S., Hafler D. OR.72. Enhanced Recognition of Insulin a Chain 1-15 By Expanded T-Cell Clones from Human Type 1 Diabetic (T1D) Pancreatic Draining Lymph Nodes // Clinical Immunology. 2006. Vol. 119, № 1. P. 3031.

167. Hassainya Y. et al. Identification of Naturally Processed HLA-A2— Restricted Proinsulin Epitopes by Reverse Immunology // Diabetes. 2005. Vol. 54, № 7. P. 2053-2059.

168. Hansen S.K. et al. Large-scale studies of the HphI insulin gene variable-number-of-tandem-repeats polymorphism in relation to Type 2 diabetes mellitus and insulin release // Diabetologia. 2004. Vol. 47, № 6.