«Исследование активации MAPK и PI3K протеинкиназных сигнальных каскадов у больных c волосатоклеточным лейкозом, с В-клеточным хроническим лимфоцитарным лейкозом, В-клеточной селезеночной лимфомой из клеток маргинальной зоны» тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.01.21, кандидат наук Якутик, Игорь Александрович

• Якутик, Игорь Александрович
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Якутик, Игорь Александрович

Оглавление

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Б-ЯАР-киназа: функции, регуляция, мутации и биологическая роль.

1.1.1 Митоген-активируемый протеинкиназный модуль

1.1.2 Общая характеристика ЯЛЕ-киназ

1.1.3 Передача сигнала ЯЛЕ-киназами

1.1.4 Регуляция ЯЛЕ-киназной активности

1.1.5 Регуляция B-RAF

1.1.6. Роль димеризации в RAF-киназной активности

1.2. Механизмы и функции р38 МАРК протеинкиназного сигнального каскада

1.2.1. Р38 МАРК киназы

1.2.2. Классический путь активации

1.2.3. Альтернативные механизмы активации

1.2.4. Инактиавция каскада

1.3. Р13К-каскад. Общее рассмотрение. Биология Р13К-Лк1-тТОК каскада

1.3.1. Ключевые компоненты

1.3.2. Передача сигнала через PI3K-Лkt-mTOR каскад в нормальных клетках в физиологических условиях

1.3.3. Обратная связь и другие механизмы регуляции PI3K-Лkt-mTOR каскада

1.3.4. Выживание клеток и опухолеобразование

1.4. Перекрестные взаимодействия между сигнальными каскадами

1.4.1. Перекрестные взаимодействия р38МАРК с другими сигнальными каскадами

1.4.2. Взаимодействие между RAS и PI3K каскадами

1.5 Волосатоклеточный лейкоз: общая характеристика, диагностика дифференциальная диагностика

1.5.1 Общая характеристика

1.5.2. Диагностика ВКЛ

1.6 Селезеночная лимфома клеток маргинальной зоны. Общая характеристика, диагностика, патогенез

1.7 В-клеточный хронический лимфоцитарный лейкоз

1.8 Дифференциальная диагностика В-ЛПЗ

1.9 Заключение к обзору литературы

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Образцы и пациенты

2.2 Методика выделения ДНК из образцов крови и костного мозга

2.2.1. Подготовка образцов крови

2.2.2. Подготовка образцов костного мозга

2.2.3. Выделение геномной ДНК

2.3 Постановка полимеразной цепной реакции

2.4 Электрофорез в агарозном геле

2.5 Очистка продуктов ПЦР

2.6 Постановка сиквенсной реакции

2.7 Очистка продуктов сиквенсной реакции

2.8 Статистическая обработка

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Активация MAPK-каскадов

3.1.1. Активирующие мутации в генах киназ RAS/RAF/MEK/ERK и p38MAPK сигнальных каскадов

3.1.2 Мутация B-RЛF V600E при волосатоклеточном лейкозе

3.1.3.Определение мутации BRЛF V600E методом аллель-специфичной ПЦР-РВ

3.1.4. Мутация В-ЕЛЕ V600E при других В-клеточных лимфомах и лейкозах

3.1.5. Мутации в генах МЛР-киназ

3.1.6 Мутации в генах МАР-киназ при волосатоклеточном лейкозе

3.1.7 Мутации в генах МАР-киназ при В-клеточном хроническом лимфоцитарном лейкозе

3.1.8 Мутации в генах МАР-киназ при В-клеточной лимфоме из клеток маргинальной зоны селезенки

3.2. Активация РОК-АМ-тТОИ каскада

3.2.1. Активирующие мутации в генах киназ PI3K-Akt-mTOR каскада

3.2.2. Мутации генах киназ PI3K-Akt-mTOR каскада при волосатоклеточном лейкозе

3.2.3. Мутация генах киназ PI3K-Akt-mTOR каскада при В-ХЛЛ и СЛКМЗ

3.3. Активация МАРК и Р13К сигнальных каскадов при ВКЛ

3.4. Активация МАРК и Р13К сигнальных каскадов при В-ХЛЛ

3.5. Активация МАРК и Р13К сигнальных каскадов при СЛКМЗ

3.6. Значение исследования активации RAS-RAF-MEK-ERK-каскада для дифференциальной диагностики и терапии ВКЛ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.

99

Список используемых сокращений.

AMPK - 5'adenosine monophosphate-activated protein kinase -протеинкиназа активируемая 5'аденозинмонофосфатом

APE - Ala/Pro/Glu - трипептид аланин/пролин/глутамин

ASK1 - apoptosis signal regulating kinase 1 - киназа регулирующая апоптотический сигнал

BAD - BCL2 associated agonist of cell death - агонист клеточной смерти связанный с BCL2

BIM - Bcl-2 interacting mediator of cell death - медиатор клеточной смерти взаимодействующий с BCL2

BCL2 - B-Cell CLL/lymphoma 2 - В-ХЛЛ/лимфома

CD - cluster of differentiation - кластер дифференциации

Cdc7 - cell division cycle 7 - цикл клеточного деления

c-IAP1/2 - cellular inhibitor of apoptosis 1/2 - клеточный ингибитор

апоптоза 1/2

CR - conservative region - консервативная область

CRD - cysteine-rich domain - домен богатый цистеином

DFG - Asp/Phe/Gly - трипептид аспарагин/фенилаланин/глицин

DUSP - dual-specificity phosphatases - фосфатазы двойной

специфичности

EGF - epidermal growth factor - эпидермальный фактор роста

EGFR - epidermal growth factor receptor - рецептор EGF

eIF4E - eukaryotic initiation factor 4E - эукариотический фактор

инициации 4Е

ERK - extracellular signal regulated kinase - киназа управляемая внеклеточным сигналом

FBXW7 - F-Box And WD repeat domain containing 7 - белок содержащий F-Box и домен с WD повтором

FKBP51 - FK506 binding protein 5 - белок связывающий FK506

GAB - GRB2 Associated Binding Protein - связывающий белок связанный с GRB2

GADD - growth-arrest and DNA-damage-inducible protein - белок индуцируемый блокировкой роста и повреждением ДНК

GAP - GTPase-activating protein - белок активирующий ГТФ-азу

GPCRs - G-protein coupled receptors - рецепторы объединенные с G-белком

GSK - glycogen synthase kinase - киназа гликогенсинтазы

GTP - guanosine-5'-triphosphate - гуанозин-5'-трифосфат

HDAC - histone deacetylase - деацетилаза гистонов

HeTPT - haemopoietic tyrosine phosphatase - гемопоэтическая тирозин

фосфатаза

HIFa - hypoxia-inducible factor-a - фактор индуцируемый гипоксией a

HML1 - human mucosal lymphocyte antigen 1 - антиген лимфоцитов слизистой оболочки

НРК1 - haemopoietic progenitor kinase 1 - киназа 1 гемопоэтического предшественника

Ig - immunoglobulin - иммуноглобулин IL - interleukin - интерлейкин

IGF- insulin like growth factor - инсулиноподобный фактор роста IKK - IkB (inhibitor of NF-kB) kinase - киназа ингибитора NF-kB

JNK - c-Jun N-terminal kinase - N-концевая киназа c-Jun

LKB1 - liver kinase b1 - киназа печени b1

MAPK - mitogen activated protein kinase -протеинкиназа активируемая митогеном

MAPKK - MAP kinase kinase - киназа МАР киназы

MAPKKK - MAP kinase kinase kinase - киназа киназы МАР киназы

MEK - MAPK/ERK Kinase - MAPK/ERK киназа

MEKK3 - MAPK/ERK kinase kinase - киназа MAPK/ERK киназы

MK2 - MAPKAP Kinase 2 - MAPKAP киназа

MKP - MAPK phosphatases - фосфатазы МАРК

mTOR - mammalian target of rapamycin - мишень рапамицина млекопитающих

NF-kB - nuclear factor kappa B - фдерный фактор kB

NGF - nerve growth factor - фактор роста нервов

NIK - NF-kappa-beta-inducing kinase - киназа индуцирующая NF-kB

PDGFR - platelet derived growth factor receptor - рецептор факторов роста произходящий из тромбоцитов

PDK1 - pyruvate dehydrogenase kinase 1 - киназа пируватдегидрогеназы

PI3K - phosphatidylinositol 3-kinase - фосфатидилинозитол 3-киназа Pikk - phosphatidylinositol kinase-related kinase - киназа производного фосфатидилинозитол киназы

РКА - protein kinase A - протеинеиназа А

РН домен - pleckstrin homology domain - домен гомологии плекстрину

PHLPP - PH domain and leucine rich repeat protein phosphatase 1 -фосфатаза PH домена и повтора богатого лейцином

POT1 - protection of telomeres 1 - защита теломер

РР - protein phosphatase - фосфатаза PLA2 - phospholipase A2 - фосфолипаза А2

PRAS40 - proline-rich Akt substrate - субстрат Akt богатый пролином

PTP-SL - protein tyrosine phosphatase SL - протеин тирозин фосфатаза SL

RAF - rapidly accelerated fibrosarcoma - быстроразвивающаяся

фибросаркома

REDD1 - DNA damage response 1 - ответ на повреждение ДНК

Raptor - regulatory-associated protein of mTOR - белок связанный с регуляцией mTOR

RBD - RAS-binding domain - домен связывания с RAS

RHEB - Ras homologue enriched in brain - гомолог RAS улучшенный в

мозгу

Rictor - rapamycin insensitive companion of mTOR - спутник mTOR нечувствительный к рапамицину

RTKs - growth factor receptor tyrosine kinases - тирозинкиназы рецептора фактора роста

SAP - synapse associated protein - белок связанный с синапсом

SAPK - stress-activated protein kinase - протеинкиназы активируемые стрессом

SF3B1 - splicing factor 3b subunit 1 - субъединица 1 фактора сплайсинга 3b

STAT - signal transducer and activator of transcription - преобразователь

сигнала и активатор транскрипции

STEP - striatal enriched tyrosine phosphatase -

STK11 - serine/threonine kinase 11 - киназа серина/треонина

TAB1 - TAK1-binding protein 1 - белок связывающий TAK1

ТАК1 - TGF-beta-activated kinase 1 - киназа активируемая TGF-Beta

TGF - transforming growth factor - трансформирующий фактор роста

TRAF - TNF (tumor necrosis factor)-receptor-associated factor - фактор

связанный с рецептором TNF (фактор некроза опухоли)

TRAP - tartrate resistant acid phosphatase - тартрат устойчивая кислая фосфатаза

TSC - tuberous sclerosis - туберозный склероз

TTSS - type III secretion system - секреторная система III типа TTP - tristetraprolin - тристетрапролин

Ubc13 - ubiquitin-conjugating enzyme 13 - белок конъюгирующий убиквитин

VEGFR - vascular endothelial growth factor receptor - рецептор васкулярного эндотелиального фактора роста

Wip1 - wild-type P53-induced phosphatase 1 - фосфатаза индуцируемая Р53 дикого типа

ZAP70 - Z-chain-associated protein kinase of 70 kDa - протеинкиназа связанная с Z-цепью с молекулярной массой 70кДа

АТФ - аденозинтрифосфат ВКЛ - волосатоклеточный лейкоз

К-ВКЛ - классическая форма волосатоклеточного лейкоза НАД - никотиамид адениндинуклеотид СЛКМЗ - селезеночная лимфома клеток маргинальной зоны В-ХЛЛ - В-клеточный хронический лимфоцитарный лейкоз

Введение диссертации (часть автореферата) на тему ««Исследование активации MAPK и PI3K протеинкиназных сигнальных каскадов у больных c волосатоклеточным лейкозом, с В-клеточным хроническим лимфоцитарным лейкозом, В-клеточной селезеночной лимфомой из клеток маргинальной зоны»»

Введение

Актуальность темы исследования

Протеинкиназные сигнальные каскады RAS/RAF/MEK/ERK (MAPK) и PI3K/Akt/mTOR в последнее время все больше привлекают внимание исследователей и клиницистов в качестве перспективной терапевтической мишени при опухолевых заболеваниях с хорошо изученными молекулярными характеристиками. Конститутивная активация данных каскадов приводит к возрастанию уровня внутриклеточной передачи сигнала, в свою очередь, приводящему к повышению выживаемости, миграции, пролиферации и роста клеток. К наиболее распространенным механизмам такой активации в ходе неопластического процесса относят возникновение активирующих мутаций в генах киназ участниц этих каскадов. В последнее время был разработан целый ряд фармакологических препаратов, непосредственно воздействующих на компоненты протеинкиназных сигнальных каскадов. К ним относятся: ингибиторы PI3K, AKT, mTOR, B-RAF, B-RAF(V600E), MEK, ERK, а также ингибиторы протеинкиназ обладающие широким спектром действия. Часть этих препаратов еще проходят клинические испытания, а некоторые уже внедряются в клиническую практику. Активация протеинкиназ часто наблюдается при различных опухолевых заболеваниях, в том числе гематологических. Так, описана активирующая мутация B-RAF(V600E), выявляющаяся с практически 100% частотой при волосатоклеточном лейкозе (ВКЛ) и приводящая к конститутивной активации RAF/MEK/ERK каскада. Кроме того, имеются данные об успешном применении конкурентного ингибитора мутированной B-RAF-киназы для лечения резистентной формы ВКЛ. Таким образом, молекулярные перестройки в MAPK и PI3K каскадах могут стать основой для выделения подгрупп больных В-клеточным хроническим лимфоцитарным лейкозом, селезеночной В-клеточной лимфомой из клеток маргинальной зоны и ВКЛ, способных ответить на терапию с

использованием ингибиторов соответствующих протеинкиназ, что обусловливает актуальность данной темы.

В то же время, исследование активации протеинкиназных сигнальных каскадов, с методологической точки зрения, представляет собой достаточно сложную задачу. Это объясняется тем, что на данный момент не существует надежного и специфичного критерия для оценки активации. Вдобавок само понятие активации может рассматриваться с различных точек зрения по -разному. Активация на уровне белка представляет собой конститутивную передачу сигнала через каскад в ядро клетки, в то время как активация на уровне гена понимается как нарушение в одном или нескольких генах протеинкиназ, приводящее к активации на уровне белка. Таким образом, выявление активации на уровне белка, посредством анализа уровня экспрессии фосфорилированных форм киназ, не позволяет судить о ее патогенной природе, поскольку непосредственная причина активации остается неизвестной. К тому же активирующие мутации снимают необходимость фосфорилирования соответствующей киназы для ее активации, а значит, являются источником ложноотрицательного результата при использовании описываемого метода оценки последней. В то же время, оценка активации на уровне гена также не лишена недостатков. В первую очередь, этот подход не дает возможности оценить последствия активации в том случае, когда таковая выявляется в виде активирующих мутаций. Представления о внутриклеточных сигнальных путях, как о линейных цепях передачи сигнала, являются не совсем верными, поскольку данные о наличии множества перекрестных взаимодействий между каскадами и петель обратной связи внутри каскадов указывают на то, что внутриклеточная передача сигнала, представляет собой, сложную сеть взаимодействий. Таким образом, конститутивная активация конкретной киназы, за счет мутаций соответствующего гена, будет оказывать влияние не только на функции того каскада к которому она относится, согласно каноническим представлениям, но и на другие каскады. Из всего вышесказанного следует, что активация

протеинкиназных сигнальных каскадов является сложноорганизованным комплексным процессом, а ее изучение требует разработки комплекса различных методик реализующего разносторонний подход к исследованию данного явления. Цель работы

Изучение активирующих мутаций генов киназ МАРК и Р13К протеинкиназных сигнальных каскадов при волосатоклеточном лейкозе и при В-клеточном хроническом лимфолейкозе, селезеночной В-клеточной лимфоме из клеток маргинальной зоны.

Задачи

1. Разработать новый метод детекции мутаций в гене БЯАБ на основе аллель-специфичной ПЦР с чувствительностью до 1% опухолевых клеток в препарате;

2. Разработать методы выявления и анализа активирующих мутаций генов протеинкиназ К-, И-ЯАЗ, БЯАБ, МАР2К1, МАР2К2, р38МАРК и Р1К3СА при помощи ПЦР и секвенирования;

3. Исследовать мутации К-, И-ЯАБ, БЯАБ, МАР2К1, МАР2К2, р38МАРК и Р1К3СА генов, ответственных за конститутивную активацию МАРК и Р13К сигнальных каскадов, у больных волосатоклеточным лейкозом, В-клеточным хроническим лимфоцитарным лейкозом, селезеночной лимфомой из клеток маргинальной зоны;

4. Сравнить частоту выявления этих мутаций и их значимость для диагностики у больных волосатоклеточным лейкозом и у больных В-клеточным хроническим лимфоцитарным лейкозом, селезеночной лимфомой из клеток маргинальной зоны;

5. Разработать алгоритм молекулярно-генетических исследований при дифференциальной диагностике ВКЛ.

Новизна исследования

В данной работе впервые в Российской Федерации исследовали наличие конститутивной активации МАРК и Р13К сигнальных каскадов при В-клеточным хроническом лимфоцитарном лейкозе, волосатоклеточном лейкозе и В-клеточной селезеночной лимфоме из клеток маргинальной зоны и с помощью прямого секвенирования выявляли мутации, приводящие к данной активации.

Теоретическая и практическая ценность работы

Выявление конститутивной активации протеинкиназных сигнальных каскадов и генетических мутаций, ответственных за данную активацию при различных формах лейкозов, позволили расширить представления о патогенезе В-клеточного хронического лимфоцитарного лейкоза, волосатоклеточного лейкоза, селезеночной В-клеточной лимфомы из клеток маргинальной зоны и выявить новые терапевтические мишени для таргетной терапии.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Разработаны чувствительный и специфичный метод определения мутации БЯАР У600Б, позволяющий анализировать образцы, содержащие до 1% опухолевых клеток в препарате, а также методика выявления и анализа активирующих мутаций в генах протеинкиназ К-, И-ЯАЗ, БЯАБ, МАР2К1, МАР2К2, р38МАРК и Р1К3СА методом прямого секвенирования;

2. Показана встречаемость мутации БЯАБ У600Б в 98,7% случаев к-ВКЛ, активация соответствующего сигнального пути за счет мутаций в гене киназы МЕК1 в остальных 1,3% случаев к-ВКЛ, а также отсутствие

активирующих мутаций в генах N-, K-, H-RAS, BRAF, MAP2K1, MAP2K2, p38MAPK и PIK3CA при В-ХЛЛ и СЛКМЗ;

3. Разработан алгоритм молекулярно генетических исследований позволяющий осуществлять дифференциальную диагностику к-ВКЛ и выбор стратегии терапии;

Внедрение в практику

Основные положения диссертации представлены в материалах и докладах на III Конгрессе гематологов России (Москва, 2016 год), на конгрессе European Hematology Association (Копенгаген, 2016 год) и на ежегодной конференции Society of Oncohematologists (Хьюстон, 2016).

Исследование мутации BRAF V600E с 2014 года внедрено в клиническую практику ФГБУ ГНЦ Минздрава России и проводится всем больным с подозрение на ВКЛ.

Публикации

По теме научного исследования опубликовано 10 печатных работ, из которых 6 статей - в рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК РФ.

Объём и структура диссертации

Диссертация построена по традиционному плану, изложена на 111 страницах, состоит из введения, трех глав, заключения, выводов, списка литературы, включающего 186 источников отечественной и зарубежной литературы. Иллюстративный материал представлен в виде 3 рисунка и 19 таблиц.

Глава 1. Обзор литературы. 1.1 B-RAF-киназа: функции, регуляция, мутации и

биологическая роль. 1.1.1 Митоген-активируемый протеинкиназный модуль.

В процессах пролиферации и дифференциации клеток задействованы долгоживущие сигнальные системы, обладающие способностью поддерживать и передавать внеклеточный сигнал далее к ядру клетки, тем самым влияя на экспрессию генов. Одним из ключевых клеточных механизмов, используемых для этой цели, является митоген-активируемый протеинкиназный модуль или MAPK, состоящий из трех основных компонентов.

Три компонента представляют собой протеинкиназы (Рис. 1). Самая последняя киназа данного семейства называется MAPK (MAP kinase). Предшествующая ей киназа называется MAPKK (MAP kinase kinase), поскольку она фосфорилирует и, тем самым, активирует MAPK. Предшествующая MAPKK киназа, получающая активирующий сигнал непосредственно от RAS, в свою очередь называется MAPKKK (MAP kinase kinase kinase), поскольку она фосфорилирует и активирует MAPKK. В случае человеческого RAS-MAPK сигнального каскада, каждая из трех протеинкиназ имеет более короткое название: RAF (MAPKKK), MEK (MAPKK) и ERK (MAPK).

Будучи активированной, MAP-киназа передает активирующий сигнал далее по цепи, посредством фосфорилирования ряда клеточных белков, включая белки регулирующие работу генов и другие протеинкиназы. К примеру, ERK-киназа проникает в ядро и фосфорилирует один или более компонентов генного регуляторного комплекса. Это приводит к активации транскрипции целого ряда ближайших ранних генов, называемых так, потому что они включаются в течение минут после получения внеклеточного сигнала, даже когда синтез белков искусственно подавлен с помощью

специальных препаратов. Некоторые из этих генов кодируют другие белки, регулирующие и запускающие работу генов, что требует более интенсивного белкового синтеза и больше времени.

Плазматическая

мембрана Активационный сигнал

меморана v

Л1

MAPKKK

I

MAPKK

MAPK

\

Экспрессия белков

Рисунок 1. Митоген-активируемый протеинкиназный модуль активируемый RAS.

Таким образом, RAS-MAPK сигнальный каскад передает сигнал от клеточной поверхности к ядру, тем самым влияя на экспрессию генов.

Внеклеточные сигналы обычно активируют MAP-киназы лишь кратковременно, и ответ на этот сигнал определяется периодом времени, в течение которого киназа сохраняет свою активность.

MAP-киназы принимают участие в механизмах положительной и отрицательной обратной связи, которые могут совмещаться, чтобы дать соответствующий ответ, который может быть ступенчатым, когда различные киназы включаются в процесс регуляции последовательно, и переключательным, когда регуляция отдельными киназами происходит

поочередно, в зависимости от условий, и как коротким, так и долговременным. К примеру, во многих клетках MAP-киназы активируют петлю негативной обратной связи, повышая концентрацию протеин фосфатазы, обладающей двойной специфичностью. Эта фосфатаза удаляет фосфатные группы с тирозина и треонина, инактивируя MAP-киназу (которая была фосфорилирована по тирозину и треонину MAPK-киназой).

1.1.2 Общая характеристика RAF-киназ.

Семейство протеинкиназ человека состоит из 518 генов, что делает его одним из самых больших семейств генов.

Основываясь на природе фосфорилируемой -OH группы, эти ферменты делятся на следующие группы: протеин-серин/треонин киназы (385 членов), протеин-тирозин киназы (90 членов) и тирозин-киназоподобные белки (43 члена). Существует также маленькая группа киназ, обладающих двойственной специфичностью, они способны фосфорилировать и тирозин и треонин в составе белков-мишеней, эта группа входит в состав семейства протеин-серин/треонин киназ и включает ферменты MEK1 и MEK2.

Ферменты A-RAF, B-RAF и C-RAF представляют собой семейство из трех протеин-серин/треонин киназ, которые относят к ретровирусным онкогенам, открытым в 1983 году [166].

1.1.3 Передача сигнала RAF-киназами.

RAF-киназы принимают участие в RAS-RAF-MEK-ERK-каскаде передачи сигнала, который часто обозначают как митоген-активируемый протеинкиназный каскад или MAPK (mitogen-activated protein kinase) [166]. Комплекс RAS-GTP приводит к активации RAF-киназной активности через многостадийный процесс. RAF-киназы имеют ограниченную субстратную специфичность и катализируют фосфорилирование и активацию MEK1 и MEK2. MEK1/2 - протеинкиназы, обладающие двойственной специфичностью, осуществляют фосфорилирование остатков тирозина до треонина в ERK1 и ERK2, которые, в свою очередь, являются их

единственными субстратами. Аббревиатура ERK означает - регулируемая внеклеточным сигналом протеинкиназа (extracellular-signal regulated protein kinase). В отличие от RAF и MEK1/2, обладающих узкой субстратной специфичностью, ERK1 и ERK2 имеют множество субстратов.

MAPK-каскад не является единственным линейным сигнальным путем, поскольку каждый его компонент, состоит из набора элементов (Рис. 2). H-RAS, K-RASA, K-RASB и N-RAS образуют первую группу. K-RASA и K-RSAB образуются в результате альтернативного сплайсинга пре-мРНК, и различаются 39-ю С-концевыми аминокислотными остатками. A-RAF, B-RAF и C-RAF являются протомерами, образующими вторую группу; эти протомеры работают как гомо- и гетеродимеры. Эта группа состоит из шести димерных членов: A-A-RAF, B-B-RAF, C-C-RAF, A-B-RAF, A-C-RAF и B-C-RAF. MEK1 и MEK2 образуют третью группу, а ERK1 и ERK2 четвертую и последнюю. Учитывая, что каждый из четырех компонентов RAS может вступить во взаимодействие с каждым из шести компонентов RAF, каждый из шести компонентов RAF может вступить во взаимодействие с каждым из двух компонентов MEK, а оба компонента MEK способны фосфорилировать и активировать ERK1 и ERK2, таким общее число возможных путей от четырех компонентов RAS к двум компонентам ERK составит 1152. Однако, не все упомянутые взаимодействия имеют место в реальных системах, что уменьшает число возможных комбинаций. В то же время, две изоформы, образующиеся в ходе альтернативного сплайсинга пре-мРНК C-RAF, увеличивают число комбинаций. Более того, в RAS-RAF-MEK-ERK-взаимодействиях принимает участие значительное количество различных адапторно-вспомогательных белков, с учетом которых количество возможных взаимодействий также возрастает. Все это доказывает, что MAPK-каскад является сильно разветвленным путем передачи сигнала, а не одиночным линейным.

1.1.4 Регуляция RAF-киназной активности.

Физиологическая регуляция RAF киназ является сложным процессом и включает множество стадий, таких как: белок-белковые взаимодействия, фосфорилирование, дефосфорилирование и конформационные изменения [166]. Большинство RAF-киназных белков локализованы в цитозоле, где ферменты находятся в покоящемся состоянии. В условиях, не способных вызывать активацию RAF, остатки серина расположенные внутри CR2 и рядом с C-концевой частью белка, находятся в фосфорилированном состоянии и связаны с 14-3-3. RAS-GTP взаимодействует с RAS-связывающим доменом (RBD) каждой из RAF-киназ; это взаимодействие является важным, но не обязательным для активации RAF-киназ.

1.1.5 Регуляция B-RAF.

Рассмотрим подробности регуляции RAF-киназ на примере B-RAF-киназы, поскольку она является предметом данного исследования.

Фосфорилирование Ser365 в области CR2 и Ser729, расположенного рядом с C-концом, требует связывания 14-3-3. Фосфорилирование Thr599 и Ser602, расположенных внутри активационного сегмента, необходимо для активации B-RAF [166]. Было обнаружено, что фосфосерин 579, расположенный внутри каталитической петли, необходим для киназной активности B-RAF [182]. Также, существует гипотеза о важной роли этого аминокислотного остатка в процессе связывания субстратов (MEK1/2). Активация A-RAF и C-RAF требует фосфорилирования остатков N-концевой области, катализируемого протеинкиназами. N-концевая область B-RAF содержит Asp448 и Asp449, которые несут отрицательный заряд. Более того, Ser446 конститутивно фосфорилирован. Таким образом, N-концевая область B-RAF несет отрицательный заряд, а потому не требует дополнительных ферментативных модификаций в процессе активации. B-RAF-киназа обладает большей базальной активностью чем C-RAF-киназа, которая, в свою очередь, более активна чем A-RAF-киназа. Сообщается, что Ser151,

Thr401, Ser750 и Thr753 образуют сайты ERK-катализируемого ингибирования, осуществляемого по принципу обратной связи [125].

Мутации B-RAF обнаруживаются при большом количестве онкологических заболеваний, в то время как мутации остальных двух RAF киназ, встречаются крайне редко. Большинство мутаций B-RAF располагаются либо в активационном сегменте, либо в богатой глицином петле [38]. Эти мутации нарушают инактивное состояние, переводя фермент либо в активное, либо близкое к нему состояние. Мутация Val600Glu встречается в 90% случаях среди более чем 65 других известных мутаций B-RAF. Эта мутация расположена внутри активационного сегмента, в котором включение отрицательного заряда способствует переходу фермента в активную конформацию. Включение глутамата в активационный сегмент C-RAF не приводит к переходу фермента в активное состояние, по всей видимости, требующего отрицательно заряженной N-концевой области.

1.1.6. Роль димеризации в RAF-киназной активности.

RAF-киназы способны образовывать как гомодимеры так и гетеродимеры [133]. Было показано, что Ser621 и аминокислотные остатки, расположенные в aC-спирали C-RAF, принимают участие в образовании димеров. И что B-RAF-C-RAF гетеродимеры более активны, чем соответствующие гомодимеры. Фосфорилирование B-RAF по Thr753, катализируемое ERK, дестабилизирует гетеродимер с C-RAF и снижает киназную активность; это ERK-катализируемое фосфорилирование отключает ответ, сопровождающий активацию RAF-киназ.

В то время как рентгеноструктурный анализ B-RAF-киназы показал ее мономерность, кристаллическая структура каждого из шести возможных гомо- и гетеродимеров, а также мутантного B-RAF(V600E) содержит асимметрический элемент, содержащий два киназных домена, взаимодействующих единообразно при участии N-доли [122]. Эта димеризация протекает с участием aC-спирали, что является фактором

определяющим активную и инактивную конформации. При помощи ультрацентрифугирования показано, что каталитический домен человеческого B-RAF образует гомодимеры.

1.2. Механизмы и функции р38 МАРК протеинкиназного

сигнального каскада.

Р38МАРК сигнальный каскад позволяет клеткам воспринимать большое количество внешних сигналов и адекватно отвечать на них, генерируя множество различных биологических эффектов. В данном разделе мы постараемся проанализировать молекулярные механизмы, лежащие в основе функционирования р38 МАРК-каскада, уделив особое внимание активации и регуляции основных киназ, взаимодействию с другими сигнальными путями и природе субстратов р38 МАРК киназ, как источнике его функционального разнообразия. Наконец, мы обсудим, как моделирование на трансгенных мышах облегчает выявление новых физиологических функций р38 МАРК киназ, которые создают перспективу их использования в качестве терапевтических мишеней.

1.2.1. Р38 МАРК киназы.

Первый член семейства р38 МАРК впервые был идентифицирован, как белок с молекулярной массой 38 кДа, который подвергался быстрому фосфорилированию по остатку тирозина в ответ на стимуляцию липополисахаридами [59], как мишень пиридинилимидазольных препаратов [CSBP (cytokine-suppressive anti-inflammatory drug-binding protein)] ингибирующих выработку воспалительных цитокинов [87]. Более того, этот белок активировал МАРКАР-К2/МК2 в клетках стимулированных тепловым шоком, арсенитом или интерлейкином-1 [49, 130]. Было обнаружено, что данный белок является гомологом белка Hog1 Saccharomyces cerevisiae, важного регулятора ответа на осмотический стресс. В настоящее время этот белок известен как р38а (МАРК14). Члены семейства р38 МАРК, которые

практически на 60% идентичны по своим аминокислотным последовательностям, были впоследствии клонированы и получили названия р38р (МАРК11), р38у (МАРК12 или ERK6), и р385 (SAPK4 или MAPK13) [46, 64, 65, 86, 104, 177]. Четыре р38 МАР-киназы кодируются различными генами, а также экспрессируются в различных тканях. Киназа р38а экспрессируется в значительных количествах в большинстве видов клеток, в то время как другие члены семейства характеризуются большей специфичностью в отношении к различным тканям, к примеру, р38р -экспрессируется в головном мозге, р38у - в скелетных мышцах, а р385 в эндокринных железах. Члены семейства р38 МАРК обладают перекрывающимися субстратными специфичностями, тем не менее, были выявлены определенные субстраты лучше фосфорилируемые киназами р38а и р38р чем р38у и р385, или наоборот [35]. Генетическое отключение определенных членов семейства р38 МАРК показало существование функциональной избыточности. К примеру, фосфорилирование SAP (synapse-associated protein) 97/hDlg (human discs large) в условиях осмотического шока, обычно осуществляется р38у, но в отсутствие таковой, другие члены семейства выполняют эту функцию [122].

Описан ряд альтернативных сплайс-изоформ р38а. Mxi2 - идентична р38а по аминокислотам с 1 по 280, но имеет уникальный С-конец из 17 аминокислотных остатков. Данная изоформа характеризуется низким сродством к субстратам р38 МАРК, однако она способна связываться с ERK1/2 MAP-киназами и регулировать их ядерный импорт [29]. Другая изоформа р38а - Exip, обладающая уникальным С-концевым участком из 53 аминокислот, не фосфорилируется под действием обычных р38 МАРК-активирующих воздействий, и, как сообщается, регулирует NF-кБ-каскад [172]. Наконец, CSBP1 отличается от р38а (CSBP2) только внутренней 25-мерной аминокислотной последовательностью [87], однако ее вклад в работу р38 МАРК-каскада остается невыясненным.

Структура р38а была исследована посредством рентгеноструктурного анализа. В добавок, р38а была кристаллизована в комплексе с ингибиторами, такими как ББ203580 [169], и субстратами, такими как МК2 [156, 167]. Данные работы представили важную информацию для понимания механизмов, лежащих в основе функционирования и ингибирования р38а. Трехмерная структура р38р в значительной степени повторяет структуру р38а, однако, имеется и ряд отличий в относительной ориентации N концевых и С-концевых доменов, что вызывает уменьшение размеров АТФ-связывающего кармана р38р. Подобное различие в размерах двух карманов используется для достижения селективности АТФ-конкурентных ингибиторов [117]. Структура фосфорилированной р38у также была исследована, и конформация активационной петли оказалась полностью идентичной той, что имеется у активированной БЯК2. Тем не менее, в отличие от БЯК2, активированная р38у не имеет димерной структуры. Данное наблюдение поддерживается и тем фактом, что активированная р38у существует в растворах в виде мономера, доказывая, что не все активированные МАР-киназы образуют димеры [13].

1.2.2. Классический путь активации.

Как и в случае большинства протеинкиназ, активация МАР-киназ требует фосфорилирования по гибкой петле называемой петлей фосфорилирования или активационной петлей. Р38 МАР-киназы активируются посредством двойного фосфорилирования последовательности ТИг-01у-Туг, содержащейся в составе активационной петли. В ответ на соответствующие стимулы, остатки треонина и тирозина могут быть фосфорилированы тремя киназами двойной специфичности МКК/МАР2К (Рис. 6). МКК6 способна фосфорилировать все четыре члена семейства р38 МАРК, в то время как МКК3 активирует р38а, р38у и р385, но не р38р.

Обе киназы МКК3 и МКК6 высокоспецифичны в отношении р38 МАР-киназ [7, 46]. В добавок, р38а может быть фосфорилирована киназой МКК4,

активатором JNK-каскада (c-Jun N-terminal kinase) [18, 43]. Участие различных МАР2-киназ в активации р38а зависит от экзогенного стимула и от типа клетки, на что указывают различия в уровне экспрессии МАР2-киназ между тканями [7, 18]. В добавок, несколько исследований включающих генетический анализ на мышах показали наличие функциональных различий между МКК3 и МКК6 [179]. В зависимости от типа стрессового воздействия, МКК3 и МКК6 по-разному участвуют в активации других членов семейства р38 МАР-киназ [123].

МАР2-киназы активируются фосфорилированием по двум консервативным серин-треониновым сайтам активационной петли. Некоторые МАР3-киназы запускающие активацию р38 могут также активировать JNK-каскад. Выше в иерархии каскада, регуляция активации МАР3-киназ представляет из себя более сложный комплексный процесс, включающий фосфорилирование киназами семейства STE20, присоединение маленьких ГТФ-связывающих белков семейства Rho и механизмы, основывающиеся на убиквитинилировании. Разнообразие МАР3-киназ и механизмов их регуляции обеспечивает возможность отвечать на множество различных стимулов и объединять активацию р38 МАРК каскада с другими сигнальными путями [36].

Специфические МАР3-киназы иногда могут быть взаимосвязаны с определенными внешними стимулами. В клетках млекопитающих, ASK1 играет ключевую роль в активации р38а окислительным стрессом [42]. В основе данного процесса лежит димеризация и самофосфорилирование ASK1, которое достигается путем оксидативно-зависимого высвобождения ASK1-связввающих белков, таких как тиоредоксин [98].

TRAF (TNF-receptor-associated factor) семейство Е3 убиквитин лигаз играет ключевую роль в активации ТАК1, которая обычно управляет активацией р38 через рецепторы цитокинов. Это может быть признаком того, что полиубиквитиновые цепи, связанные с лизином в положении 63, выполняют роль фундамента для образования комплексов ответственных за

активацию киназы. Ранее было показано, что ТИАБб необходим для активации р38 МАР-киназ (и МК-киназ) рецепторами ТОБр [150, 173]. ТЯАБб взаимодействует с рецепторами ТОБр, запуская ТОБр-зависимое самоубиквитинилирование ТЯАБб, и способствуя его взаимодействию и значительной активации ТАК1 [150, 173]. Важно отметить, что ТКАБ6 регулирует активацию ТАК1 независимо как от канонического Бшаё-пути так и от киназной активности рецептора ТОБр.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Якутик, Игорь Александрович, 2017 год

Список литературы

1. Аль-Ради Л. С. Волосатоклеточный лейкоз: особенности течения, современная тактика терапии. Диссертация ... кандидата медицинских наук: 14.00.29 - Москва, 2002.

2. Джулакян У.Л., Бидерман Б.В., Моисеева Т.Н., Аль-Ради Л.С., Рыжко В.В., Грибанова Е.О., Данишян К.И., Гемджян Э.Г., Судариков А.Б., Савченко В.Г. Молекулярный анализ генов иммуноглобулина в опухолевых В-клетках при лимфоме селезенки из клеток маргинальной зоны. Гематология и трансфузиология. 2016. Т. 61. № S1(1). С. 43.

3. Abell A. N., Granger D. A. and Johnson G. L. (2007) MEKK4 stimulation of p38 and JNK activity is negatively regulated by GSK3p. J. Biol. Chem. 282, 3047630484.

4. Accili D, Arden KC. FoxOs at the crossroads of cellular metabolism, differentiation, and transformation. Cell 2004;117:421-6.

5. Agathangelidis, A., Darzentas, N., Hadzidimitriou, A., Brochet, X., Murray, F., Yan, X. et al. (2012) Stereotyped B-cell receptors in one-third of chronic lymphocytic leukemia: a molecular classification with implications for targeted therapies. Blood 19:4467-4475.

6. Alberts B., Johnson A., Lewis J., Rafi M., Roberts K., Walte P. Molecular biology of the cell. Fifth edition - Garland science, 2008, 1540 pages.

7. Alonso G., Ambrosino C., Jones M. and Nebreda A. R. (2000) Differential activation of p38 mitogen-activated protein kinase isoforms depending on signal strength. J. Biol. Chem. 275, 40641-40648.

8. Anderson K.C., Boyd A.W., Fisher D.C., et al. Hairy cell leukemia: a tumour of preplasma cells. Blood 1985; 65:620-629.

9. Askari N., Beenstock J., Livnah O. and Engelberg D. (2009) p38 is active in vitro and in vivo when monophosphorylated on Thr180. Biochemistry 48, 2497-2504.

10.Bader AG, Kang S, Zhao L, et al. Oncogenic PI3K deregulates transcription and translation. Nat Rev Cancer 2005;5:921-9.

11.Banerji S., Cibulskis K., Rangel-Escareno C., Brown K.K., Carter S.L., Frederick A.M. et al. Sequence analysis of mutations and translocations across breas tcancer subtypes. Nature (2012) 486:405-9.

12.Baseggio L., Traverse-Glehen A., Petinataud F. et al. CD5 expression identifies a subset of splenic marginal zone lymphomas with higher lymphocytosis: a clinico-pathological, cytogenetic and molecular study of 24 cases. Haematologica. 2010;95(4):604-612.

13.Bellon S., Fitzgibbon M. J., Fox T., Hsiao H. M. and Wilson K. P. (1999) The structure of phosphorylated p38y is monomeric and reveals a conserved activation-loop conformation. Structure 7, 1057-1065.

14.Bera A., Ghosh-Choudhury N., Dey N., Das F., Kasinath B.S., Abboud H.E., Choudhury G.G. NFKB-mediated cyclin D1 expression by microRNA-21 influences renal cancer cell proliferation. Cell Signal. 2013 Dec;25(12):2575-86.

15.Bernstein L., Newton P., Ross R. K. Epidemiology of hairy cell leukemia in Los

Angeles Country. Cancer Res, 1990, 50: 3605-9.

16.Bi L.,Okabe I., Bernard D.J. and Nussbaum R.L.(2002).Early embryonic lethality in mice deficient in the p110beta catalytic subunit of PI3-kinase. Mamm.Genome 13,169-172.

17.Bikos V., Darzentas H., Hadzidimitriou A., Davis Z. , S. Hockley, A.Traverse-Glehen, P. Algara, Over 30% of patients with splenic marginal zone lymphoma express the same immunoglobulin heavy variable gene: ontogenetic implications, Leukemia 26(July (7)) (2012) 1638-1646.

18.Brancho D., Tanaka N., Jaeschke A., Ventura J. J., Kelkar N., Tanaka Y., Kyuuma M., Takeshita T., Flavell R. A. and Davis R. J. (2003) Mechanism of p38 MAP kinase activation in vivo. Genes Dev. 17, 1969-1978.

19.Brognard J., Sierecki E., Gao T. and Newton A.C.(2007). PHLPP and a second isoform, PHLPP2, differentially attenuate the amplitude of Akt signaling by regulating distinct Akt isoforms. Mol.Cell 25,917-931.

20.Burger J.A., Ghia P., Rosenwald A. et al. The microenvironment in mature B-cell malignancies: A target for new treatment strategies. B/ood2009;114:3367-3375.

21.Burns G.F., Cawley J.C., Worman C.P., et al. Multiple heavy chain isotypes on the surface of the cells of hairy cell leukemia. Blood 1978; 52:1132-1147.

22.Byfield MP, Murray JT, Backer JM. hVps34 is a nutrientregulated lipid kinase required for activation of p70 S6 kinase. J Biol Chem 2005;280:33076-82.

23.Caligaris-Cappio F., Pizzolo G., Chilosi M. et al. Phorbol ester induces abnormal chronic lymphocytic leukemia cells to express features of hairy cell leukemia. Blood 1985; 66:1035-1042.

24.Calin G.A., Dumitru C.D., Shimizu M. et al. Frequent deletions and down-regulation of micro- RNA genes miR15 and miR16 at 13q14 in chronic lymphocytic leukemia.Proc Nat/ AcadSci USA2002;99:15524-15529.

25.Cantley LC. The phosphoinositide 3-kinase pathway. Science 2002;296:1655-7.

26.Cao W., Bao C., Padalko E. and Lowenstein C. J. (2008) Acetylation of mitogen-activated protein kinase phosphatase-1 inhibits Toll-like receptor signaling. J. Exp. Med. 205, 1491-1503.

27.Carpten J.D., Faber A.L., Horn C., Donoho G.P., Briggs S.L., Robbins C.M. et al. A transforming mutation in the pleckstrin homology domain of AKT1 in cancer. Nature (2007) 448:439-44.

28.Carracedo A, Ma L, Teruya-Feldstein J, et al. Inhibition of mTORC1 leads to MAPK pathway activation through a PI3K-dependent feedback loop in human cancer. J Clin Invest 2008;118:3065-74.

29.Casar B., Sanz-Moreno V., Yazicioglu M. N., Rodriguez J., Berciano M. T., Lafarga M., Cobb M. H. and Crespo P. (2007) Mxi2 promotes stimulus-independent ERK nuclear translocation. EMBO J. 26, 635-646.

30.Catovsky D., Muller-Hermelink H.K., Montserrat E. et al. B-cell prolymphocytic leukaemia. In: Jaffe ES,Harris NL, Stein H, et al., editors. World Health Organization Classification of Tumours Pathology and Genetics of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. Lyon: IARC Press; 2001. pp131-132.

31.Chan T.O., Rodeck U., Chan A.M., et al. Small GTPases and tyrosine kinases

coregulate a molecular switch in the phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit. Cancer Cell. 2002;1:181-91.

32.Cheung P. C., Campbell D. G., Nebreda A. R. and Cohen P. (2003) Feedback control of the protein kinase TAK1 by SAPK2a/p38a. EMBO J. 22, 5793-5805.

33.Chew J., Biswas S., Shreeram S., Humaidi M., Wong E. T., Dhillion M. K., Teo H., Hazra A., Fang C. C., Lopez-Collazo E. et al. (2009) WIP1 phosphatase is a negative regulator of NF-kB signalling. Nat. Cell Biol. 11, 659-666.

34.Cuadrado A., Nebreda A. (2010) Mechanisms and functions of p38 MAPK signaling. Biochem. J. (2010) 429, 403-417.

35.Cuenda A. and Rousseau S. (2007) p38 MAP-kinases pathway regulation, function and role in human diseases. Biochim. Biophys. Acta 1773, 1358-1375.

36.Cuevas B. D., Abell A. N. and Johnson G. L. (2007) Role of mitogen-activated protein kinase kinase kinases in signal integration. Oncogene 26, 3159-3171.

37.Damle, R., Wasil, T., Fais, F., Ghiotto, F., Valetto, A., Allen, S. et al. (1999) Ig V gene mutation status and CD38 expression as novel prognostic indicators in chronic lymphocytic leukemia. Blood 94: 1840-1847.

38.Davies H., Bignell G.R., Cox C., et al., Mutations of the BRAF gene in human cancer, Nature 417 (2002) 949-954.

39.Denley A., Kang S., Karst U., Vogt P.K. Oncogenic signaling of class I PI3K isoforms. Oncogene. 2008;27:2561-74.

40.Dierlamm J., Rosenberg C., Stul M. et al. Characteristic pattern of chromosomal gains and losses in marginal zone B cell lymphoma detected by comparative genomic hybridization. Leukemia. 1997;11(5):747-758.

41.Döhner H., Stilgenbauer S., James M.R. et al. 11q deletions identify a new subset of B-cell chronic lymphocytic leukemia characterized by extensive nodal involvement and inferior prognosis. Blood1997;89:2516-2522.

42.Dolado I., Swat A., Ajenjo N., De Vita G., Cuadrado A. and Nebreda A. R. (2007) p38a MAP kinase as a sensor of reactive oxygen species in tumorigenesis. Cancer Cell 11, 191-205.

43.Doza N. Y., Cuenda A., Thomas G. M., Cohen P. and Nebreda A. R. (1995) Activation of the MAP kinase homologue RK requires the phosphorylation of Thr-180 and Tyr-182 and both residues are phosphorylated in chemically stressed KB cells. FEBS Lett. 364, 223-228.

44.Engelman JA, Luo J, Cantley LC. The evolution of phosphatidylinositol 3-kinases as regulators of growth and metabolism. Nat Rev Genet 2006;7:606-19.

45.Engelman JA. Targeting PI3K signalling in cancer: opportunities, challenges and limitations. Nat Rev Cancer 2009;9:550-62.

46.Enslen H., Raingeaud J. and Davis R. J. (1998) Selective activation of p38 mitogen-activated protein (MAP) kinase isoforms by the MAP kinase kinases MKK3 and MKK6. J. Biol. Chem. 273, 1741-1748.

47.Forconi F., Sahota S.S., Raspadori D. et al. Tumor cells of hairy cell leukemia express multiple clonally related immunoglobulin isotypes via RNA splicing. Blood 2001; 98:1174-1181.

48.Forconi F., Sahota S.S., Raspadori D., et al. Hairy cell leukemia: at the crossroad

of somatic mutation and isotype switch. Blood 2004; 104:3312-3317.

49.Freshney N. W., Rawlinson L., Guesdon F., Jones E., Cowley S., Hsuan J. and Saklatvala J. (1994) Interleukin-1 activates a novel protein kinase cascade that results in the phosphorylation of Hsp27. Cell 78, 1039-1049.

50.G. Troen, I. Wlodarska, A. Warsame, S. Hernández Llodrá, C. De Wolf-Peeters,J. Delabie, NOTCH2 mutations in marginal zone lymphoma, Haematologica 93(July (7)) (2008) 1107-1109

51.Gao T, Furnari F, Newton AC. PHLPP: a phosphatase that directly dephosphorylates Akt, promotes apoptosis, and suppresses tumor growth. Mol Cell 2005;18:13-24.

52.Gao T., Furnari F. and Newton A.C. (2005). PHLPP:aphosphatase that directly dephosphorylates Akt, promotes apoptosis, and suppresses tumor growth.Mol. Cell 18,13-24.

53.Ge B., Gram H., Di Padova F., Huang B., New L., Ulevitch R. J., Luo Y. and Han J. (2002) MAPKK-independent activation of p38a mediated by TAB1-dependent autophosphorylation of p38a. Science 295, 1291-1294.

54.Goedert M., Cuenda A., Craxton M., Jakes R. and Cohen P. (1997) Activation of the novel stress-activated protein kinase SAPK4 by cytokines and cellular stresses is mediated by SKK3 (MKK6): comparison of its substrate specificity with that of other SAP kinases. EMBO J. 16, 3563-3571.

55.Gulati P, Gaspers LD, Dann SG, et al. Amino acids activate mTOR complex 1 via Ca2+/CaM signaling to hVps34. Cell Metab 2008;7:456-65.

56.Hallek M., Cheson B.D.,Catovsky D. et al. Guidelines for the diagnosis and treatment of chronic lymphocytic leukemia: A report from the international workshop on chronic lymphocytic leukemia updating the national cancer Institute-working group 1996 guidelines.B/ood2008;111:5446-5456.

57.Hallek M., Fischer K., Fingerle-Rowson G. et al.Addition of rituximab to fludarabine and cyclophosphamide in patients with chronic lymphocytic leukaemia: A randomised, open-label, phase 3 trial. Lancet2010;376:1164-1174.

58.Hamblin, T., Davis, Z., Gardiner, A., Oscier, D. and Stevenson, F. (1999) Unmutated Ig V(H) genes are associated with a more aggressive form of chronic lymphocytic leukemia. Blood 94: 1848-1854.

59.Han J., Lee J.-D., Bibbs L. and Ulevitch R. J. (1994) A MAP kinase targeted byendotoxin and hyperosmolarity in mammalian cells. Science 265, 808-811.

60.Hanks S.K., Quinn A.M., Hunter T., The protein kinase family: conserved features and deduced phylogeny of the catalytic domains, Science 241 (1988) 42-52.

61.Iamaroon A. and Krisanaprakornkit S. (2009). Overexpression and activation of Akt2 protein in oral squamous cell carcinoma. OralOncol. 45,e175-e179.

62.Im J. S. and Lee J. K. (2008) ATR-dependent activation of p38 MAP kinase is responsible for apoptotic cell death in cells depleted of Cdc7. J. Biol. Chem. 283, 25171-25177.

63.Jackson S.P., Bartek J. The DNA-damage response in human biology and disease. Natwre2009;461:1071-1078.

64.Jiang Y., Chen C., Li Z., Guo W., Gegner J. A., Lin S. and Han J. (1996) Characterization of the structure and function of a new mitogen-activated protein kinase (p38ß). J. Biol. Chem. 271, 17920-17926.

65.Jiang Y., Gram H., Zhao M., New L., Gu J., Feng L., Di Padova F., Ulevitch R. J. and Han J. (1997) Characterization of the structure and function of the fourth member of p38 group mitogen-activated protein kinases, p385. J. Biol. Chem. 272, 30122-30128.

66.Jirmanova L., Sarma D. N., Jankovic D., Mittelstadt P. R. and Ashwell J. D. (2009) Genetic disruption of p38a Tyr323 phosphorylation prevents T-cell receptor-mediated p38a activation and impairs interferon-y production. Blood 113, 2229-2237.

67.Junttila M. R., Li S. P. and Westermarck J. (2008) Phosphatase-mediated crosstalk between MAPK signaling pathways in the regulation of cell survival. FASEB J. 22, 954-965.

68.Kai X., Chellappa V., Donado C., Reyon D., Sekigami Y., Ataca D., Louissaint A., Mattoo H., Joung J.K., Pillai S., I _B kinase _ (IKBKB) mutations in lymphomasthat constitutively activate canonical nuclear factor kB (NF-kB) signaling, J.Biol. Chem. 289 (September (39)) (2014 Sep) 26960-26972.

69.Kamiguti AS, Harris RJ, Slupsky JR, Baker PK, Cawley JC, Zuzel M. Regulation of hairy-cell survival through constitutive activation of mitogen-activated protein kinase pathways. Oncogene. 22(15):2272-84, 2003.

70.Katso R, Okkenhaug K, Ahmadi K, et al. Cellular function of phosphoinositide 3-kinases: implications for development, homeostasis, and cancer. Annu Rev Cell Dev Biol 2001;17:615-75.

71.Kefaloyianni E., Gaitanaki C. and Beis I. (2006) ERK1/2 and p38-MAPK signaling pathways, through MSK1, are involved in NF-kB transactivation during oxidative stress in skeletal myoblasts. Cell. Signalling 18, 2238-2251.

72.Keniry M, Parsons R. The role of PTEN signaling perturbations in cancer and in targeted therapy. Oncogene 2008;27:5477-85.

73.Kharas M.G., Okabe R., Ganis J.J., Gozo M., Khandan T., Paktinat M. et al. Constitutively active AKT depletes hematopoietic stem cells and induces leukemia in mice. Blood (2010) 115:1406-15.

74.Kikani C.K., Verona E.V., Ryu J., Shen Y., Ye Q., Zheng L. et al.(2012). Proliferative and anti apoptotic signaling stimulated by nuclear-localized PDK1 results in oncogenesis. Sci.Signal. 5:ra80.

75.Kim B.M., Kim D.H., Park J.H., Surh Y.J., Na H.K. Ginsenoside Rg3 Inhibits Constitutive Activation of NF-kB Signaling in Human Breast Cancer (MDA-MB-231) Cells: ERK and Akt as Potential Upstream Targets. J Cancer Prev. 2014 Mar;19(1):23-30.

76.Kim E.H., Sullivan J.A., Plisch E.H., Tejera M.M., Jatzek A., Choi K.Y. et al. Signal integration by Akt regulates CD8 T cell effector and memory differentiation. J Immunol (2012) 188:4305-14.

77.Kim L., Del Rio L., Butcher B. A., Mogensen T. H., Paludan S. R., Flavell R. A. and Denkers E. Y. (2005) p38 MAPK autophosphorylation drives macrophage

IL-12 production during intracellular infection. J. Immunol. 174, 4178-4184.

78.Kim M. A., Kim H. J., Jee H. J., Kim A. J., Bae Y. S., Bae S. S. and Yun J. (2009) Akt2, but not Akt1, is required for cell survival by inhibiting activation of JNK and p38 after UV irradiation. Oncogene 28, 1241-1247.

79.Kirkegaard T., Witton C.J., Edwards J., Nielsen K.V., Jensen L.B., Campbell F.M. et al.(2010).Molecular alterations in AKT1, AKT2 and AKT3 detected in breast and prostatic cancer by FISH. Histopathology 56,203-211.

80.Klein U., Lia M., Crespo M. et al. The DLEU2/miR-15a/16-1 cluster controls B cell proliferation and its deletion leads to chronic lymphocytic leukemia. Cancer Cell 2010;17:28-40.

81.Ko H. M., Oh S. H., Bang H. S., Kang N. I., Cho B. H., Im S. Y. and Lee H. K. (2009) Glutamine protects mice from lethal endotoxic shock via a rapid induction of MAPK phosphatase-1. J. Immunol. 182, 7957-7962.

82.Korsmeyer S.J., Greene W.C., Cossman J., et al. Rearrangement and expression of immunoglobulin genes and expression of Tac antigen in hairy cell leukemia. Proc Natl Acad Sci U S A 1983; 80:4522-4526.

83.Kumar A., Redondo-Muñoz J., Perez-García V., Cortes I., Chagoyen M. and Carrera A.C.(2011).Nuclear but not cytosolic phosphoinositide3-kinasebeta has an essential function in cell survival. Mol.Cell.Biol. 31,2122-2133.

84.Landgraf K.E., Pilling C., Falke J.J. Molecular mechanism of an oncogenic muta tion that alters membrane targeting: glu17lys modifies the PIP lipid specificity of the AKT1 PH domain. Biochemistry (2008) 47:12260-9.

85.Le Guezennec X. and Bulavin D. V. (2010) WIP1 phosphatase at the crossroads of cancer and aging. Trends Biochem. Sci. 35, 109-114.

86.Lechner C., Zahalka M. A., Giot J.-F., Moller N. P. H. and Ullrich A. (1996) ERK6, a mitogen-activated protein kinase involved in C2C12 myoblast differentiation. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 4355-4359.

87.Lee J. C., Laydon J. T., McDonnell P. C., Gallagher T. F., Kumar S., Green D., McNulty D., Blumenthal M. J., Heys J. R., Landvatter S. W. et al. (1994) A protein kinase involved in the regulation of inflammatory cytokine biosynthesis. Nature 372, 739-746.

88.Lembersky B.C., Golomb H.M. Hairy cell leukemia: clinical features and therapeutic advances.Cancer Metastasis Rev. 1987;6(3):283-300.

89.Li J., Miller E. J., Ninomiya-Tsuji J., Russell 3rd R. R. and Young L. H. (2005) AMP-activated protein kinase activates p38 mitogen-activated protein kinase by increasing recruitment of p38 MAPK to TAB1 in the ischemic heart. Circ. Res. 97, 872-879.

90.Lim K.H., Yang Y., Staudt L.M., Pathogenetic importance and therapeuticimplications of NF-(B in lymphoid malignancies, Immunol. Rev. 246 (March(1)) (2012) 359-378.

91.Lim M.A., Kikani C.K., Wick M.J. and Dong L.Q.(2003). Nuclear translocation of 3-phosphoinositide-dependent proteinkinase 1 (PDK-1): a potential regulatory mechanism for PDK-1 function. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 14006-14011.

92.Lin Y. W., Chuang S. M. and Yang J. L. (2003) ERK1/2 achieves sustained

activation by stimulating MAPK phosphatase-1 degradation via the ubiquitin-proteasome pathway. J. Biol. Chem. 278, 21534-21541.

93.Lindqvist A., de Bruijn M., Macurek L., Bras A., Mensinga A., Bruinsma W., Voets O., Kranenburg O. and Medema R. H. (2009) Wip1 confers G2 checkpoint recovery competence by counteracting p53-dependent transcriptional repression. EMBO J. 28, 3196-3206.

94.Lucas C.L., Kuehn H.S., Zhao F., Niemela J.E., Deenick E.K., Palendira U. et al. Dominant-activating germline mutations in the gene encoding the PI(3)K catalytic subunit p110delta result in T cell senescence and human immunodeficiency. Natlmmunol (2014) 15:88-97.

95.Malynn B.A., A. Ma. A20 takes on tumors: tumor suppression by anubiquitin-editing enzyme, J. Exp. Med. 206 (May (5)) (2009) 977-980

96.Maneechotesuwan K., Yao X., Ito K., Jazrawi E., Usmani O. S., Adcock I. M. and Barnes P. J. (2009) Suppression of GATA-3 nuclear import and phosphorylation: a novel mechanism of corticosteroid action in allergic disease. PLoS Med. 6, e1000076.

97.Manning BD, Cantley LC. United at last: the tuberous sclerosis complex gene products connect the phosphoinositide 3-kinase/Akt pathway to mammalian target of rapamycin (mTOR) signalling. Biochem Soc Trans 2003;31:573-8.

98.Matsukawa J., Matsuzawa A., Takeda K. and Ichijo H. (2004) The ASK1-MAP kinase cascades in mammalian stress response. J. Biochem. (Tokyo) 136, 261 -265.

99.Matsuyama W., Faure M. and Yoshimura T. (2003) Activation of discoidin domain receptor 1 facilitates the maturation of human monocyte-derived dendritic cells throughthe TNF receptor associated factor 6/TGF-P-activated protein kinase 1 binding protein ip/p38a mitogen-activated protein kinase signaling cascade. J. Immunol. 171, 3520-3532.

100. Matsuzawa A., Tseng P. H., Vallabhapurapu S., Luo J. L., Zhang W., Wang H., Vignali D. A., Gallagher E. and Karin M. (2008) Essential cytoplasmic translocation of a cytokine receptor-assembled signaling complex. Science 321, 663-668.

101. Matutes E., Oscier D., Montalban C. et al. Splenic marginal zone lymphoma proposals for a revision of diagnostic, staging and therapeutic criteria. Leukemia. 2008;22(3):487-495.

102. McAlees J. W. and Sanders V. M. (2009) Hematopoietic protein tyrosine phosphatase mediates p2-adrenergic receptor-induced regulation of p38 mitogen-activated protein kinase in B lymphocytes. Mol. Cell. Biol. 29, 675-686.

103. Melo J.V., Catovsky D., Galton D. The relationship between chronic lymphocytic leukaemia and prolymphocyte leukaemia. IV. Analysis of survival and prognostic features. Br J Haematol1986;63:377-387.

104. Mertens S., Craxton M. and Goedert M. (1996) SAP kinase-3, a new member of the family of mammalian stress-activated protein kinases. FEBS Lett. 383, 273-276.

105. Min X., Akella R., He H., Humphreys J. M., Tsutakawa S. E., Lee S. J.,

Tainer J. A., Cobb M. H. and Goldsmith E. J. (2009) The structure of the MAP2K MEK6 reveals an autoinhibitory dimer. Structure 17, 96-104.

106. Mistafa O., Ghalali A., Kadekar S., Högberg J. and Stenius U.(2010). Purinergic receptor-mediated rapid depletion of nuclear phosphorylated Akt depends on pleckstrin homology domain leucine-rich repeat phosphatase, calcineurin, proteinphosphatase 2A, and PTEN phosphatases. J.Biol.Chem. 285,27900-27910.

107. Moreau E.J., Matutes E., A'Hern R.P. et al. Improvement of the chronic lymphocytic leukemia scoring system with the monoclonal antibody SN8 (CD79b). Am J Clin Pathol. 1997; 108(4):378-382.

108. Moreau E.J., Matutes E, A'Hern R.P. et al.Improvement of the chronic lymphocytic leukemia scoring system with the monoclonal antibody SN8 (CD79b). Am J Clin Pathol1997;108:378-382.

109. Nobukuni T, Joaquin M, Roccio M, et al. Amino acids mediate mTOR/raptor signaling through activation of class 3 phosphatidylinositol 3OH-kinase. Proc Natl Acad Sci USA 2005;102:14238-43.

110. Nobukuni T, Kozma SC, Thomas G. hvps34, an ancient player, enters a growing game: mTOR Complex1/S6K1 signaling. Curr Opin Cell Biol 2007;19:135-41.

111. Ong S.H., Hadari Y.R., Gotoh N., Guy G.R., Schlessinger J., Lax I. Stimulation of phosphatidylinositol-3-kinase by fibroblast growth factor receptors is mediated by coordinated recruitment of multiple docking proteins. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001;98:6074-9.

112. Owens D. M. and Keyse S. M. (2007) Differential regulation of MAP kinase signaling by dual-specificity protein phosphatases. Oncogene 26, 32033213.

113. Packham, G., Krysov, S., Allen, A., Savelyeva, N., Steele, A., Forconi, F. et al. (2014) The outcome of B-cell receptor signaling in chronic lymphocytic leukemia: proliferation or anergy. Haematologica 99:1138-1148.

114. Pacold M.E., Suire S., Perisic O. et al. Crystal structure and functional analysis of Ras binding to its effector phosphoinositide 3-kinase gamma. Cell. 2000;103:931-43.

115. Paik J.H., Kollipara R., Chu G., Ji H., Xiao Y., Ding Z. et al. FoxO sarel ineage restricted redundant tumor suppressors and regulate endothelial cell homeostasis. Cell (2007) 128:309-23.

116. Papadimitrakopoulou V, Adjei AA. The Akt/mTOR and mitogen-activated protein kinase pathways in lung cancer therapy. J Thorac Oncol 2006;1:749-51.

117. Patel S. B., Cameron P. M., O'Keefe S. J., Frantz-Wattley B., Thompson J., O'Neill E. A., Tennis T., Liu L., Becker J. W. and Scapin G. (2009) The three-dimensional structure of MAP kinase p38ß: different features of the ATP-binding site in p38ß compared with p38a. Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. 65, 777-785.

118. Pei H., Li L., Fridley B.L., Jenkins G.D., Kalari K.R., Lingle, W. et al.(2009). FKBP51 affects cancer cell response to chemotherapy by negatively

regulating Akt. CancerCell 16,259-266.

119. Ponzoni M., Kanellis G., Pouliou E., et al. Bone marrow histopathology in the diagnostic evaluation of splenic marginal-zone and splenic diffuse red pulp small B-cell lymphoma: a reliable substitute for spleen histopathology? Am J Surg Pathol. 2012;36(11): 1609-1618.

120. Puente X.S., Pinyol M., Quesada V. et al. Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia.Nature 2011;475:101-105.

121. Qian F., Deng J., Cheng N., Welch E. J., Zhang Y., Malik A. B., Flavell R. A., Dong C. and Ye R. D. (2009) A non-redundant role for MKP5 in limiting ROS production and preventing LPS-induced vascular injury. EMBO J. 28, 2896-2907.

122. Rajakulendran T., Sahmi M., Lefran3ois M., Sicheri F., Therrien M., A dimerization-dependent mechanism drives RAF catalytic activation, Nature 461 (2009) 542-545.

123. Remy G., Risco A. M., Fnesta-Vaquera F. A., Gonzalez-Teran B., Sabio G., Davis R. J. and Cuenda A. (2010) Differential activation of p38MAPK isoforms by MKK6 and MKK3. Cell. Signalling 22, 660-667.

124. Rinaldi A., Mian M., Chigrinova E. et al. Genome-wide DNA profiling of marginal zone lymphomas identifies subtypespecific lesions with an impact on the clinical outcome. Blood. 2011;117(5): 1595-1604.

125. Ritt D.A., Monson D.M., Specht S.I., Morrison D.K., Impact of feedback phosphorylation and Raf heterodimerization on normal and mutant B-Raf signaling, Mol. Cell. Biol. 30 (2010) 806-819.

126. Rodriguez-Viciana P., Warne P.H, Dhand R. et al. Phosphatidylinositol-3-OH kinase as a direct target of Ras. Nature. 1994;370:527-32.

127. Rodriguez-Viciana P., Warne P.H., Vanhaesebroeck B., Waterfield M.D., Downward J. Activation of phosphoinositide 3-kinase by interaction with Ras and by point mutation. EMBO J. 1996;15:2442-51.

128. Rossi D., Deaglio S., Dominguez-Sola D. et al. Alteration of BIRC3 and multiple other NF-_B pathway genes in splenic marginal zone lymphoma. Blood. 2011;118(18):4930-4934.

129. Rossi D., S. Deaglio, D. Dominguez-Sola, S. Rasi, T. Vaisitti, C. Agostinelli, V.Spina . Alteration ofBIRC3 and multiple other NF-(B pathway genes in splenic marginal zonelymphoma, Blood 118 (November (18)) (2011) 4930-4934

130. Rouse J., Cohen P., Trigon S., Morange M., Alonso-Llamazares A., Zamanillo D., Hunt T. and Nebreda A. R. (1994) A novel kinase cascade triggered by stress and heat shock that stimulates MAPKAP kinase-2 and phosphorylation of the small heat shock proteins. Cell 78, 1027-1037.

131. Rozman C., Montserrat E. Chronic lymphocytic leukemia. N Engl JMed 1995; 333:1052-1057.

132. Rubio I., Rodriguez-Viciana P., Downward J., Wetzker R. Interaction of Ras with phosphoinositide-3-kinase gamma. Biochem J. 1997; 326(Pt 3):891-5.

133. Rushworth L.K., Hindley A.D., O'Neill E., Kolch W., Regulation and role of Raf-1/B-Raf heterodimerization, Mol. Cell. Biol. 26 (2006) 2262-2272.

134. Saccani S., Pantano S. and Natoli G. (2002) p38-Dependent marking of inflammatory genes for increased NF-kB recruitment. Nat. Immunol. 3, 69-75.

135. Salido M., Baro C., Oscier D. et al. Cytogenetic aberrations and their prognostic value in a series of 330 splenic marginal zone B-cell lymphomas: a multicenter study of the Splenic B-Cell Lymphoma Group. Blood. 2010;116(9):1479-1488.

136. Salomon-Nguyen F., Valensi F., Troussard X., Flandrin G. The value of the monoclonal antibody, DBA44, in the diagnosis of B-lymphoid disorders. Leuk Res 1996; 20:909-913.

137. Salvador J. M., Mittelstadt P. R., Belova G. I., Fornace Jr A. J. and Ashwell J. D. (2005) The autoimmune suppressor Gadd45a inhibits the T cell alternative p38 activation pathway. Nat. Immunol. 6, 396-402.

138. Salvador J. M., Mittelstadt P. R., Guszczynski T., Copeland T. D., Yamaguchi H., Appella E., Fornace Jr, A. J. and Ashwell J. D. (2005) Alternative p38 activation pathway mediated by T cell receptor-proximal tyrosine kinases. Nat. Immunol. 6, 390-395.

139. Sarbassov DD, Guertin DA, Ali SM, et al. Phosphorylation and regulation of Akt/PKB by the rictor-mTOR complex. Science 2005;307:1098-101.

140. Schmid C., Kirkham N., Diss T., Isaacson P.G. Splenic marginal zone cell lymphoma. Am J Surg Pathol. 1992;16(5):455-466.

141. Seeliger M.A., Ranjitkar P., Kasap C., et al., Equally potent inhibition of c-Src and Abl by compounds that recognize inactive kinase conformations, Cancer Res. 69 (2009) 2384-2392.

142. Seiffert M., Dietrich S., Jethwa A. et al. Exploiting biological diversity and genomic aberrations in chronic lymphocytic leukemia. Leuk Lymphoma2012;53:1023-1031.

143. Seiffert M., Dietrich S., Jethwa A. et al. Exploiting biological diversity and genomic aberrations in chronic lymphocytic leukemia. Leuk Lymphoma2012;53:1023-1031.

144. Seimon T. A., Wang Y., Han S., Senokuchi T., Schrijvers D. M., Kuriakose G., Tall A. R. and Tabas I. A. (2009) Macrophage deficiency of p38a MAPK promotes apoptosis and plaque necrosis in advanced atherosclerotic lesions in mice. J. Clin. Invest. 119, 886-898.

145. Shaw RJ, Bardeesy N, Manning BD, et al. The LKB1 tumor suppressor negatively regulates mTOR signaling. Cancer Cell 2004;6:91-9.

146. Shaw RJ, Cantley LC. Ras, PI(3)K and mTOR signaling controls tumour cell growth. Nature 2006;441:424-30.

147. Sjolander A., Yamamoto K., Huber B.E., Lapetina E.G. Association of p21ras with phosphatidylinositol 3-kinase. Proc Natl Acad Sci U S A.1991;88:7908-12.

148. Sofer A, Lei K, Johannessen CM, et al. Regulation of mTOR and cell growth in response to energy stress by REDD1. Mol Cell Biol 2005;25:5834-45.

149. Solomon B, Pearson RB. Class IA phosphatidylinositol 3-kinase signaling in non-small cell lung cancer. J Thorac Oncol 2009;4:787-91.

150. Sorrentino A., Thakur N., Grimsby S., Marcusson A., von Bulow V., Schuster N., Zhang S., Heldin C. H. and Landstrom M. (2008) The type I TGF-ß receptor engages TRAF6 to activate TAK1 in a receptor kinase-independent manner. Nat. Cell Biol. 10, 1199-1207.

151. Soung Y.H., Lee J.W., Nam S.W., Lee J.Y., Yoo N.J. and Lee S.H.(2006). Mutational analysis of AKT1, AKT2 and AKT3 genes in common human carcinomas. Oncology 70,285-289.

152. Staines A., Cartwright R.A. Hairy cell leukemia: descriptive epidemiology and a case control study. Br J Haematol, 1993, 85: 714-717.

153. Sukumar M., Liu J., Ji Y., Subramanian M., Crompton J.G., Yu Z. et al. Inhibiting glycolytic metabolism enhances CD8+ T cell memory and antitumor function. J ClinInvest (2013) 123:4479-88.

154. Swerdlow S.H., Campo E., Harris N.L. et al. WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. Lyon, France: IARC Press; 2008.

155. Tanno M., Bassi R., Gorog D. A., Saurin A. T., Jiang J., Heads R. J., Martin J. L., Davis R. J., Flavell R. A. and Marber M. S. (2003) Diverse mechanisms of myocardial p38 mitogen-activated protein kinase activation: evidence for MKK-independent activation by a TAB1-associated mechanism contributing to injury during myocardial ischemia. Circ. Res. 93, 254-261.

156. Ter Haar E., Prabhakar P., Liu X. and Lepre C. (2007) Crystal structure of the p38a-MAPKAP kinase 2 heterodimer. J. Biol. Chem. 282, 9733-9739.

157. Thornton T. M., Pedraza-Alva G., Deng B., Wood C. D., Aronshtam A., Clements J. L., Sabio G., Davis R. J., Matthews D. E., Doble B. and Rincon M. (2008) Phosphorylation by p38 MAPK as an alternative pathway for GSK3ß inactivation. Science 320, 667-670.

158. Tiacci E., Trifonov V., Schiavoni G. et al. BRAF mutations in hairy-cell leukemia. N Engl J Med 2011;364(24): 2305-15.

159. Vanhaesebroeck B., Welham M.J., Kotani K. et al. P110delta, a novel phosphoinositide 3-kinase in leukocytes. Proc Natl Acad Sci US A. 1997; 94:4330-5.

160. Vermeulen L., De Wilde G., Van Damme P., Vanden Berghe W. and Haegeman G. (2003) Transcriptional activation of the NF-kB p65 subunit by mitogen- and stress-activated protein kinase-1 (MSK1). EMBO J. 22, 1313-1324.

161. Virchis A., Mehta A. Splenic lymphoma with villous lymphocytes (SLVL) responding to 2-chlorodeoxyadenosine (2-CdA). Br J Haematol. 1998 Mar;100(3):609.

162. Vivanco I, Sawyers CL. The phosphatidylinositol 3-Kinase AKT pathway in human cancer. Nat Rev Cancer 2002;2:489-501.

163. Wagner E. F. and Nebreda A. R. (2009) Signal integration by JNK and p38 MAPK pathways in cancer development. Nat. Rev. Cancer 9, 537-549.

164. Warden D.W., Ondrejka S., Lin J., Durkin L., Bodo J., Hsi ED. Phospho-

ERK(THR202/Tyr214) is overexpressed in hairy cell leukemia and is a useful diagnostic marker in bone marrow trephine sections. Am J Surg Pathol. 2013 Feb;37(2):305-8.

165. Waterfall J.J., Arons E., Walker R.L., Pineda M., Roth L., Killian J.K., et al. High prevalence of MAP2K1 mutations in variant and IGHV4-34-expressing hairy-cell leukemias. Nat Genet. 2014; 46(1):8-10.

166. Wellbrock C., Karasarides M., Marais R., The RAF proteins take centre stage, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 5 (2004) 875-885.

167. White A., Pargellis C. A., Studts J. M., Werneburg B. G. and Farmer 2nd B. T. (2007) Molecular basis of MAPK-activated protein kinase 2:p38 assembly. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104, 6353-6358.

168. Wilhelm S.M., Adnane L., Newell P., et al., Preclinical overview of sorafenib, a multikinase inhibitor that targets both Raf and VEGF and PDGF receptor tyrosine kinase signaling, Mol. Cancer Ther. 7 (2008) 3129-3140.

169. Wrobleski S. T. and Doweyko A. M. (2005) Structural comparison of p38 inhibitor-protein complexes: a review of recent p38 inhibitors having unique binding interactions. Curr. Top. Med. Chem. 5, 1005-1016.

170. Wu R., Kausar H., Johnson P., Montoya-Durango D. E., Merchant M. and Rane M. J. (2007) Hsp27 regulates Akt activation and polymorphonuclear leukocyte apoptosis by scaffolding MK2 to Akt signal complex. J. Biol. Chem. 282, 21598-21608.

171. Xi L., Arons E., Navarro W., Calvo K.R., Stetler-Stevenson M., Raffeld M., et al. Both variant and IGHV4-34-expressing hairy cell leukemia lack the BRAF V600E mutation. Blood. 2012; 119 (14): 3330-2.

172. Yagasaki Y., Sudo T. and Osada H. (2004) Exip, a splicing variant of p38a, participates in interleukin-1 receptor proximal complex and downregulates NF-kB pathway. FEBS Lett. 575, 136-140.

173. Yamashita M., Fatyol K., Jin C., Wang X., Liu Z. and Zhang Y. E. (2008) TRAF6 mediates Smad-independent activation of JNK and p38 by TGF-ß. Mol. Cell 31, 918-924.

174. Yang D., Xie P., Guo S. and Li H. (2010) Induction of MAPK phosphatase-1 by hypothermia inhibits TNF-a-induced endothelial barrier dysfunction and apoptosis. Cardiovasc. Res. 85, 520-529.

175. Ye K., Hurt K.J., Wu F.Y., Fang M., Luo H.R., Hong J.J. et al. (2000).Pike. A nuclear gtpase that enhances PI3kinase activity and is regulated by protein 4.1N. Cell 103,919-930.

176. Yuan Z. Q., Feldman R. I., Sussman G. E., Coppola D., Nicosia S. V. and Cheng J. Q. (2003) AKT2 inhibition of cisplatin-induced JNK/p38 and Bax activation by phosphorylation of ASK1: implication of AKT2 in chemoresistance. J. Biol. Chem. 278, 23432-23440.

177. Zebisch A., Troppmair J., Back to the roots: the remarkable RAF oncogene story, Cell. Mol. Life Sci. 63 (2006) 1314-1330.

178. Zenz T., Mertens D., Kuppers R. et al. From pathogenesis to treatment of chronic lymphocytic leukaemia.^at Rev Cancer2010;10:37-50.

179. Zhang J., Shen B. and Lin A. (2007) Novel strategies for inhibition of the p38 MAPK pathway. Trends Pharmacol. Sci. 28, 286-295.

180. Zhang Y. Y., Mei Z. Q., Wu J. W. and Wang Z. X. (2008) Enzymatic activity and substrate specificity of mitogen-activated protein kinase p38a in different phosphorylation states. J. Biol. Chem. 283, 26591-26601.

181. Zhou H., Zheng M., Chen J., Xie C., Kolatkar A. R., Zarubin T., Ye Z., Akella R., Lin S., Goldsmith E. J. and Han J. (2006) Determinants that control the specific interactions between TAB1 and p38a. Mol. Cell. Biol. 26, 3824-3834.

182. Zhu J., Balan V., Bronisz A., et al., Identification of Raf-1 S471 as a novel phosphorylation site critical for Raf-1 and B-Raf kinase activities and for MEK binding, Mol. Biol. Cell. 16 (2005) 4733-4744.

183. Zhu Y., Li H., Long C., Hu L., Xu H., Liu L., Chen S., Wang D. C. and Shao F. (2007) Structural insights into the enzymatic mechanism of the pathogenic MAPK phosphothreonine lyase. Mol. Cell 28, 899-913.

184. Zhuang Z. H., Zhou Y., Yu M. C., Silverman N. and Ge B. X. (2006) Regulation of Drosophila p38 activation by specific MAP2 kinase and MAP3 kinase in response to different stimuli. Cell. Signalling 18, 441-448.

185. Zuluaga S., Alvarez-Barrientos A., Gutierrez-Uzquiza A., Benito M., Nebreda A. R. and Porras A. (2007) Negative regulation of Akt activity by p38a MAP kinase in cardiomyocytes involves membrane localization of PP2A through interaction with caveolin-1. Cell. Signalling 19, 62-74.

186. Zuzel M., Cawley J.C. Molecular biology, pathology and cytogenetics in hairy cell leukemia. In: Sekeres MA, Kalaycio ME, Bolwell BJ, editors. Clinical malignant hematology. New York, USA: McGraw-Hill; 2007. pp. 269-276.