Индукция генетической нестабильности Podospora anserina (Rabenh.) Niessl в процессе продолжительного глубинного культивирования тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.12, кандидат биологических наук Кудрявцева, Ольга Александровна

• Кудрявцева, Ольга Александровна
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кудрявцева, Ольга Александровна

Оглавление

Список сокращений

Введение

Цели и задачи исследования

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Общая характеристика и «синдром старения» Р. атегіпа

1.1.а. Особенности организации мицелиальных грибов. Явление

старения у грибов

1.1.6. Диагностические признаки, экология и распространение

Р. атегіпа

1.1 .в. Жизненный цикл Р. атегіпа

1.2. Молекулярные механизмы старения Р. атегіпа

1.2.а. Нестабильность митохондриального генома Р. атегіпа

1.2.6. Генерация митохондриями активных форм кислорода

1.2.в. Участие ядерного аппарата в регуляции продолжительности жизни Р. атегіпа

1.3. Культивирование мицелиальных грибов в погруженных условиях

1.3.а. Морфофизиологическая характеристика погруженных культур

мицелиальных грибов

1.3.6. Роль стрессов в процессах адаптации и дифференцировки у грибов

1.3.в. Окислительный стресс в погруженных культурах грибов

1.4. Генетическая нестабильность микроорганизмов

1.4.а. Явление генетической нестабильности у грибов

1.4.6. Взаимосвязь между старением и генетической

нестабильностью

1.4.в. Стресс-индуцируемый и адаптивный мутагенез

1.4.г. Канализация эволюции. Бл очно-модульный принцип эволюции

1.5. Биотехнологические перспективы селекции генетических вариантов в условиях продолжительного глубинного культивирования

1.5.а. Цели и методы современной биотехнологии

1.5.6. Примеры изменения свойств культур микроорганизмов в процессе продолжительного погруженного культивирования (эволюционная инженерия)

Глава 2. Материалы и методы исследования

2.1. Объекты и условия культивирования

2.2. Получение моноспоровых изолятов Р. атеппа и определение типа спаривания

2.3. Продолжительное глубинное культивирование Р. атеппа. Схемы постановки экспериментов

2.4. Генетический анализ изолятов Р. атеппа

2.5. Оплодотворение Р. атеппа вегетативным мицелием

2.5.а. Оплодотворение методом смывов с поверхности колоний,

проведенных без фильтрации

2.5.6. Оплодотворение методом точечного нанесения мицелия

2.6. Цитологические наблюдения

2.6.а. Световая микроскопия

2.6.6. Трансмиссионная электронная микроскопия

2.7. Анализ каротиноидных пигментов Р. атеппа и N. сгаББа

2.7. а. Идентификация и определение общего содержания

каротиноидных пигментов в мицелии

2.7.6. Определение качественного состава и относительного

содержания каротиноидов

2.7.в. Культивирование N. сгаяза и стимуляция синтеза каротиноидов

2.8. Тест на устойчивость Р. anserina к антимицину А

2.9. Саузерн-блот гибридизация мтДНКР. anserina

2.10. Количественная ОТ-ПЦР гена аох Р. anserina

2.11. Выделение протопластов, измерение скорости их дыхания и продукции АФК

2.12. Продолжительное качалочное культивирование Alternaría arborescens

2.13. Статистическая обработка полученных данных

Глава 3. Динамика изменения« мицелия Р. anserina в условиях продолжительного глубинного культивирования

3.1. Опытные штаммы Р. anserina в стандартных условиях роста

3.2. «Реанимирование» стареющего мицелия Р. anserina в жидкой среде

3.3. Морфофизиологические особенности Р. anserina при длительном качалочном культивировании

3.3.а. Фаза I, или начальная фаза качалочного культивирования

3.3.б. Фаза II, или переходная фаза

З.З.в. Фаза III, или фаза стабильного роста:

3.4. Морфофизиологические особенности Р. anserina при длительном статическом культивировании

3.5. Продолжительное качалочное культивирование A. arborescens

Глава 4. Характеристика изолятов из длительно поддерживаемых глубинных культур Р. anserina

4.1. Продолжительность жизни изолятов Р. anserina в зависимости от типа и возраста глубинной культуры

4.2. Суммарная длина мицелия и скорость роста изолятов Р. anserina

4.3. Морфология изолятов Р. anserina

4.3.а. Морфология изолятов, полученных из качалочных культур

4.3.6. Морфология изолятов, полученных из статических культур

4.3.в. Морфология митохондрий у изолятов Р. anserina

4

4.4. Вторичное качалочное культивирование некоторых изолятов Р.

атегіпа. Получение вторичных изолятов

4.4.а. Вторичные качалочные культуры Р. атегіпа

4.4.6. Свойства вторичных изолятов Р. атегіпа

4.4.в. Получение бессмертного изолята У2-з1-ІУ(2) Р. атегіпа

4.5. Саузерн-блот анализ митохондриальной ДНК бессмертного и долгоживущих изолятов Р. атегіпа

4.6. Анализ функционирования альтернативного дыхательного пути у изолятов Р. атегіпа

4.6.а. Тест на устойчивость изолятов Р. атегіпа к антимицину А

4.6.6. Уровень экспрессии АОХ у респираторных мутантов

Р. атегіпа

4.6.в. Ингибирование дыхания протопластов мутанта У2-з1-1У(2). Продукция АФК протопластами

4.7. Нарушение реакции вегетативной несовместимости у респираторных мутантов Р. атегіпа

Глава 5. Ультраструктура поверхностно растущего и глубинного

мицелия Р. атегіпа

5.1. Ультраструктура основных клеточных компонентов Р. атегіпа

5.1.а. Клеточные покровы

5.1.6. Септы

5.1.в. Врастание гиф

5.1.г. Цитоплазма и рибосомы

5.1 .д. Ядра

5.1.е. Митохондрии

5.1.ж. Эндоплазматический ретикулум и аппарат Гольджи

5.1.3. Секреторные органеллы

5.1.и. Вакуоли

5.1.к. Лизосомы и автофагосомы. Автофагия

5.1.л. Запасные включения

5.2. Старение, гибель и реанимирование Р. атегіпа

5.2.а. Участие апоптоза в связанной со старением гибели клеток Р.

атегіпа

5.2.6. Ультраструктура мицелия Р. атегіпа, реанимированного перенесением в жидкую среду

Глава 6. Идентификация и определение качественного состава каротиноидных пигментов Р. апБвгіпа

6.1. Пигментация глубинных культур и изолятов Р. атегіпа

6.2. Спектральные измерения

6.3. Качественный анализ пигментов

Глава 7. Генетический анализ долгоживущих изолятов Р. апБегіпа

7.1. Частичная потеря фертильности у изолятов Р. атегіпа, полученных из серийно пассируемых качалочных культур

7.1.а. Частичная или полная женская стерильность у долгоживущих

изолятов Р. атегіпа

7.1.6. Сохранение мужской фертильности-' у долгоживущих

изолятов Р. атегіпа

7.1.в. Независимость фертильности мутанта У2-з1-1У(2) от продолжительности экспонирования на свету

7.2. Подтверждение оплодотворения вегетативным мицелием у диких штаммов Р. атегіпа

7.3. Характеристика потомков первого поколения от скрещивания долгоживущих изолятов Р. атегіпа с дикими штаммами

7.3.а. Потомки изолятов У-зІ-ІУ(З) и У2-з1-1У(2), происходящих из

фазы I качал очного культивирования Р. атегіпа

7.3.6. Потомки изолятов, происходящих из фазы III качалочного культивирования Р. атегіпа

Глава 8. Обсуждение

8.1. Индукция генетической нестабильности Р. anserina в процессе продолжительного глубинного культивирования

8.1.а. Стресс, адаптация к стрессу и отбор в условиях

продолжительного качал очного культивирования Р. anserina

8.1.6. Отсутствие селективного давления и эффективного отбора в условиях продолжительного статического культивирования Р.

anserina

8.1.в. Ослабление контроля клеточных функций в процессе старения Р. anserina и индукция мутаций в условиях ротационного культивирования

8.2. Коррелятивные морфофизиологические изменения серийно пассируемых качалочных культур Р. anserina и их возможные механизмы

8.3. Особенности продукции каротиноидов Р. anserina

8.4. Преодоление механизма старения при ротационном культивировании Р. anserina

8.5. Бессмертный респираторный мутант V2-sl-IV(2) Р. anserina

Заключение

Выводы

Приложение

Бла годарности

Список литературы

Список сокращений

АГ - аппарат Гольджи АТ - апоптотические тельца АФК — активные формы кислорода В - вакуоль

ВМ - внеклеточный матрикс

ВЭЖХ - высокоэффективная жидкостная хроматография Г - гликоген

гКС - гомогенный (внутренний) слой клеточной стенки

гЭПР — гладкий эндоплазматический ретикулум

иЦМ - инвагинация цитоплазматической мембраны

КС - клеточная стенка

кХР - конденсированный хроматин

Л - лизосома

ЛГ - липидные глобулы

М - митохондрия

МВТ — мультивезикулярное тело

МК - микроконидии

МП — мембранный поясок поровой пробки МПС — миелиноподобная структура мтДНК - митохондриальная ДНК Н - нуклеус (ядрышко)

ОТ-ПЦР - полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией

П - плазмолиз

1111 - поровая пробка

ПФ - полифосфатные гранулы

ПЯ - поры ядра

С - септа

ТВ - тельца Воронина

т.п.н. — тысяча пар нуклеотидов

ТЭМ - трансмиссионная электронная микроскопия

фКС - фибриллярный (наружный) слой клеточной стенки

ФЧ - фибриллярный чехол

ЦМ - цитоплазматическая мембрана

шЭПР - шероховатый эндоплазматический ретикулум

ЭВ - электронноплотные включения клеточной стенки

Я - ядро

ЯМ - ядерная мембрана

а-зепДНК - плазмиды, амплифицирующиеся в стареющем мицелии

P. anserina |im - микрометр

АОХ - альтернативная оксидаза (англ. alternative oxidase) СОХ - цитохромоксидаза, или цитохром с-оксидаза

(англ. cytochrome с oxidase) GFP - зелёный флуоресцентный белок (англ. green fluorescent protein) НаеШ-мтДНК - фрагменты митохондриальной ДНК, полученные путем

обработки рестриктазой HaelII М1 — стандартная среда для проращивания аскоспор P. anserina М2 - стандартная среда культивирования P. anserina mat+ — тип спаривания + mat— тип спаривания -

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Индукция генетической нестабильности Podospora anserina (Rabenh.) Niessl в процессе продолжительного глубинного культивирования»

Введение

Генетическая нестабильность является одним из механизмов, позволяющих расширить резерв наследственной изменчивости и, как следствие, повысить адаптивные возможности популяции (Burdon, Silk, 1997; Dunham et al., 2002; Четверикова, 2009). В настоящее время пристальное внимание к изучению нестабильности микроорганизмов связано с бурным развитием биотехнологии, так как активность образующихся вариантов, их скорость роста, физиологические особенности и влияние на продукцию биологически активных веществ различны (Фурсова и др., 2005; Милько и др., 2007).

Геном грибов характеризуется ярко выраженной динамичностью и способностью к относительно быстрому накоплению различного рода модификаций (Galagan et al., 2005). В ряде случаев генетическая* нестабильность мицелиальных грибов создает трудности для промышленного культивирования, в том числе хемостатного, так как при непрерывном культивировании нередко появляются варианты, более конкурентоспособные и более стабильные, чем исходный фенотип, но при этом менее продуктивные (van de Vondervoort et al., 2004). С другой стороны, для дрожжей и бактерий широко используется метод отбора вариантов с улучшенными характеристиками при помощи долговременной селекции в глубинной культуре, как непрерывной, так и периодической (Qakar, 2009). В отношении мицелиальных грибов известны лишь единичные работы, авторы которых случайно или целенаправленно в процессе погруженного культивирования получали изоляты, превосходящие по ряду биотехнологически значимых признаков исходные варианты (Swift et al., 1998; Crecy et al., 2009).

Механизмы, обусловливающие вариабельность грибных культур, изучены в недостаточной степени. Поэтому актуальной становится

разработка модельной системы, позволяющей эффективно повышать геномную нестабильность и получать фенотипы с различными свойствами.

I

Аскомицетный гриб Podospora anserîna (Rabenh.) Niessl — хорошо известный модельный объект. С 50-х гг. XX века данный вид активно используется для изучения фундаментальных биологических явлений, таких как клеточная дифференцировка, мейоз, функционирование митохондрий, свойства прионов, старение, вегетативная^ несовместимость, клеточная смерть и др. (Coppin, Silar, 2007; Espagne et al., 2008). P! anserina - один из немногих видов грибов,, дикие штаммы, которого подвержены выраженному репликативному старению- и смерти (Osiewacz, 2003; Мажейка и др., 2011): Старение P. anserina определяют как. снижение способности клеток к пролиферации и/или' дифференцировке (Silar et al., 2001). Изучение P. anserina проводилось преимущественно в поверхностною культуре (на агаризованной среде). В единичной работе 1987 г., выполненной Тюркером и Каммингсом, показано, что в качалочной (перемешиваемой) глубинной культуре, поддерживаемой за счет последовательных серийных пассажей, мицелий P. anserina способен к- неограниченному вегетативному росту, а накопление биомассы грибной, культурой за один пассаж интенсифицируется с увеличением- числа проведенных пассажей. Более того, после продолжительного« глубинного культивирования изоляты, получаемые путем высева образцов мицелия Р. anserina из жидкой среды на агаризованную, становятся долгоживущими, а в некоторых случаях - «бессмертными» (Turker, Cummings, 1987). «Бессмертие» в отношении грибных организмов подразумевает потенциальную способность к неограниченной пролиферации их вегетативных клеток (Osiewacz, 2002а). Однако дальнейшее изучение поведения P. anserina в погруженных условиях не проводилось. В частности, неизвестно, какие изменения, помимо увеличения продолжительности жизни и скорости накопления биомассы, претерпевал мицелий в жидкой среде, и каковы их возможные механизмы.

P. anserina как модельный объект для исследования явления генетической нестабильности обладает многими преимуществами, важнейшие среди которых - легкость культивирования, детально изученный жизненный цикл, быстрое половое воспроизведение (от прорастания аскоспоры до появления следующего поколения аскоспор требуется около одной недели), возможность получения гомокариотических штаммов из единичных аскоспор, а также полностью секвенированный геном (Coppin, Silar, 2007; Espagne et al., 2008). По сравнению с другими аскомицетными грибами, например Aspergillus и Neurospora, которые также служат популярными модельными объектами, P. anserina имеет еще одно важное преимущество: при наличии полового процесса, у нее полностью отсутствует бесполое размножение (Osiewacz, 2003; Paoletti, Saupe, 2008).

Изучение изменчивости P. anserina может помочь глубже понять специфические аспекты нестабильности грибных геномов, расширить методологическую базу биотехнологических приемов в области интенсификации накопления биомассы и синтеза целевых продуктов грибными культурами, а также получать новые штаммы, обладающие качествами, ценными для микробиологических производств.

Цели и задачи исследования

Цель настоящей работы состояла в изучении характера изменчивости Р. атегта в условиях продолжительного погруженного культивирования и в проведении морфофизиологического и генетического исследования поверхностно растущих изолятов, получаемых в результате перенесения образцов мицелия из глубинных культур на агаризованную среду.

Для выполнения указанной цели были поставлены следующие задачи:

1) Определить влияние способа погруженного культивирования Р. атегта на характер изменений мицелия и возможность получения изолятов, отличающихся от исходного штамма по морфологии и продолжительности жизни.

2) Провести сравнительное изучение макроморфологических, микроморфологических и ультраструктурных признаков мицелия Р. атегта в глубинной и поверхностной культурах.

3) Определить качественный состав и количественное содержание пигментов, продуцируемых на свету мицелием Р. атегта после его продолжительного поддержания в условиях ротационной глубинной культуры.

4) Установить наследуемость признаков, приобретенных в ходе ротационного культивирования Р. атегта.

5) Изучить особенности функционирования электрон-транспортной цепи у «бессмертного» изолята Р. атегта.

Заключение диссертации по теме «Микология», Кудрявцева, Ольга Александровна

Выводы

1) Впервые изучена генотипическая изменчивость Р. атегта на основе адаптивных реакций мицелия в условиях продолжительного глубинного культивирования.

2) Прослежена динамика изменения макроморфологии, микроморфологии и ультраструктуры мицелия Р. атегта в процессе длительного глубинного культивирования. В ротационном варианте культивирования выделено три последовательно сменяющие друг друга фазы адаптации, приводящие к формированию» быстрорастущей культуры, у которой полностью отсутствуют признаки старения. Установлено, что, в отличие от ротационного, статическое культивирование не препятствует старению Р. атегта.

3) Продемонстрирована возможность восстановления роста у стареющего мицелия'Р. атегта путем его перенесения в жидкую среду.

4) Обнаружена закономерная потеря темного пигмента меланина у Р. атегта в процессе продолжительного ротационного культивирования. Показано, что на свету у лишенных меланина- изолятов в качестве фотозащиты-синтезируются каротиноидные пигменты, основные среди которых: нейроспороксантин, торулин, у-каротин и |3-каротин. Предложен способ культивирования Р. атегта, приводящий к гиперпродукции каротиноидов.

5) Установлена наследуемость ряда морфофизиологических признаков, приобретенных Р. атегта в процессе продолжительного ротационного культивирования, важнейшие среди которых — морфология колоний и частичная или полная утрата способности синтезировать меланин.

6) Экспериментально подтверждено участие неспециализированного вегетативного мицелия Р. атегта в оплодотворении протоперитециев.

7) Показано, что полученный нами спонтанный бессмертный изолят Р. атегта является сох-1 мутантом, в результате чего в его клетках не происходит накопление специфического фактора старения Р. атегта а-БепДНК, а дыхание осуществляется исключительно за счет альтернативной оксидазы, что обеспечивает низкий уровень образования активных форм кислорода.

Заключение

Впервые была изучена генотипическая изменчивость аскомицетного гриба P. anserina на основе адаптивных реакций мицелия при его продолжительном глубинном культивировании. Выделяемые из природной среды изоляты. далеко не всегда обладают свойствами, требуемыми в условиях промышленного культивирования. Важнейшие среди них — устойчивость к стрессам различной природы, действие которых, как правило, отмечают в искусственно создаваемых условиях роста, и высокий выход биомассы и/или целевых метаболитов. Метод долговременного поддержания культур в хемостатах (непрерывное культивирование) или: в колбах; с жидкой средой путем серийного пассирования; (периодическое культивирование) применяется для одноклеточных микроорганизмов -бактерий и дрожжей — с целью их адаптации к заданным условиям роста, повышения стрессоустойчивостщ получения генетических вариантов, а. также для запуска экспрессии трансгенов. Причем вариант периодического культивирования в данном случае предпочтительнее непрерывного, так как позволяет быстрее и эффективнее достигать поставленные задачи; Что касается мицелиальных грибов, то к настоящему времени выполнено крайне мало работ, чтобы можно было судить о перспективах или: ограничениях данного метода в отношении этой группы организмов, не менее важной с биотехнологической точки зрения. Проведенное нами исследование подтверждает перспективность метода долговременного серийного пассирования? в аэрируемых погруженных условиях для получения штаммов мицелиальных грибов, с измененными, адаптивными признаками.

В5 ходе работы было установлено, что для успешной реализации задачи отбора вариантов мицелиального гриба, отличающихся от исходных штаммов морфологически, физиологически и генетически, требуется; соблюдение ряда условий проведения экспериментов: условия культивирования должны оказывать выраженное стрессирующее воздействие на выбранный вид и/или штамм, но при этом они не должны вызывать полное угнетение роста мицелия, желательно формирование в культуре многих независимых точек роста (рост в форме пеллет). Также следует предположить, что данный метод будет эффективен, прежде всего, для видов грибов, обладающих высоким потенциалом к дестабилизации генома.

Дальнейшее изучение вариабельности Р. атегта может помочь глубже понять специфические аспекты нестабильности грибных геномов, расширить методологическую базу биотехнологических приемов в области интенсификации накопления биомассы и синтеза целевых продуктов грибными культурами, а также получать новые штаммы, обладающие качествами, ценными для микробиологических производств.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кудрявцева, Ольга Александровна, 2011 год

Список литературы

1. Бирюзова В.И. Ультраструктурная организация дрожжевой клетки: атлас / В. И. Бирюзова; РАН, Ин-т микробиологии. — М.: Наука, 1993. - 224 с.

2. Ботаника: Курс альгологии и микологии: Учебник / Под ред. Ю.Т. Дьякова. - М.: Изд-во МГУ, 2007. - 559 с. - (Классический университетский учебник).

3. Васильева Л.А., Антоненко О.В., Выхристюк О.В. Отклик геномного рисунка МГЭ412 на отбор по количественному признаку у Drosophila melanogaster II Журнал общей биологии. 2007. Том 68, № 5, с. 341-349.

4. Галицкий. Эпигенетическая природа старения // Цитология. 2009. Том 51, №5, стр. 388-397.

5. Головлев Е.Л., Головлева JI.A, Физиология микробной клетки и метаболическая инженерия // Микробиология. 2000. Том 69, № 2, с. 149-162.

6. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов H.A. Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция // Вестник ВОГиС. 2007. Том 11, № 2, с. 373400.

7. Дьяков Ю.Т., Шнырева A.B., Сергеев А.Ю. Введение в генетику грибов: Учеб. пособие для студ. высш. учеб. заведений. - М.: Издательский центр «Академия», 2005. — 304 с.

8. Камалетдинова Ф.И., Васильев А.Е. Цитология дискомицетов. -Издательство «Наука» Казахской ССР: Алма-Ата, 1982. - 176 с.

9. Каменский П.А., Виноградова E.H., Крашенинников И.А., Тарасов И.А. Направленный импорт макромолекул в митохондрии // Молекулярная биология. 2007. Том 41, № 2, с. 216-233.

10. Камзолкина О.В. Микроморфология и ультраструктура агарикоидных грибов на разных стадиях жизненных циклов: Дис. ... д-ра биол. наук.

Москва: МГУ им. М.В.Ломоносова, биологический факультет. 2005. — 257 с.

11. Колчанов H.A., Суслов В.В., Гунбин К.В. Моделирование биологической эволюции: регуляторные генетические системы и кодирование сложности биологической организации // Вестник ВОГиС. 2004. Том 8., № 2, с. 86-99.

12. Мажейка И.С., Кудрявцева O.A., Камзолкина О.В. Контроль продолжительности жизни у грибов и других организмов. Концепция весов // Журнал общей биологии. 2011. Том 72, № 4, с. 243-268.

13. Медведева С.Е., Могильная O.A., Попова Л.Ю. Гетерогенность популяции морских светящихся бактерий Photobacterium leiognatii в различных условиях культивирования // Микробиология. 2006. Том 75, №3, с. 349-357.

14. Милько Е.С., Котова И.Б., Нетрусов А.И. Процесс диссоциации у бактерий: Учебное пособие. - М.: МАКС Пресс, 2007. - 68 с.

15. Ожован С.М., Бакеева Л.Е., Штаер О.В., Камзолкина О.В., Высоких М.Ю. Действие митохондриально-направленного антиоксиданта SkQl на процесс старения Podospora anserina II Биологические мембраны. 2010. Том 27, № 1, с. 46-51.

16. Прохоров В.П., Армейская Н.Л. Копротрофные перитециоидные аскомицеты европейской части России // Бюл. МОИП. 2001. Том 106, № 2, с. 78-82.

17. Прохоров В.П., Армейская Н.Л. Виды Podospora Ces. (Sordarîales, Pyrenomycetes) в европейской части России // Бюл. МОИП. 2003. Том 108, №. 3, с. 51-58.

18. Пустовалов Г.Е. Погрешности измерений. Методическая разработка по общему физическому практикуму - М.: Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова. Физический факультет. 2001. - 17 с.

19. Расницын А.П. Темпы эволюции и эволюционная теория (гипотеза адаптивного компромисса) // Эволюция и биоценотические кризисы. -М.: Наука. 1987. С. 46-64.

20. Расницын А.П. Процесс эволюции и методология систематики // Труды Русского энтомологического общества. 2002. Том 73, № 9, с. 1108.

21. Ратнер В.А. Внешние и внутренние факторы и ограничения молекулярной эволюции / В кн.: Современные проблемы теории эволюции (Ред. Л.П.Татаринов). - М.: Наука. 1993. С. 60-80.

22. Ратнер В.А., Васильева Л.А. Мобильные генетические элементы (МГЭ) и эволюция геномов / В кн.: Современные проблемы теории эволюции. (Ред. Л.П.Татаринов). -М.: Наука. 1993. С.43-59.

23. Рудаков О.Б., Перикова Л.И., Болотов В.М., Сташина Г.А. Хроматографическое определение натуральных и искусственных каротиноидов в пищевых продуктах // Вестник ВГУ. Серия: Химия. Биология. Фармация. 2004. № 1, с. 78-84.

24. Северцов А.С. Направленность эволюции. - М.: Изд-во МГУ, 1990. -

i

272 с.

25. Соколовский В.Ю., Белозерская T.A. Действие стрессоров на дифференциальную экспрессию генов в ходе развития Neurospora crassa // Успехи биологической химии. 2000. Том 40, с. 85-152.

26. Соловченко А.Е., Мерзляк М.Н. Экранирование видимого и УФ излучения как механизм фотозащиты у растений // Физиология растений. 2008. Том 55, № 6, с. 803-822.

27. Соловченко А.Е., Хозина-Голдберг И., Диди-Коэн LLL, Коэн Ц., Мерзляк М.Н. Влияние света и азотного голодания на содержание и состав каротиноидов зеленой водоросли Parietochloris incisa // Физиология растений. 2008. Том 55, № 4, с. 507-515.

28. Физиология растений: Учебник для студ. вузов / Н.Д. Алехина, Ю.В. Балнокин, В.Ф. Гавриленко и др.; Под ред. И.П. Ермакова. — М.: Издательский центр «Академия», 2005. — 640 с.

29. Фурсова П.В., Милько Е.С., Ильиных И.А., Левич А.П. Подходы к управлению составом сообщества диссоциантов Pseudomonas aeruginosa: экспериментальные данные и модельные расчеты // Биотехнология. 2005. № 1, с. 73-82.

30. Царев Н.И., Царев В.И., Катраков И.Б. Практическая газовая хроматография: Учебно-методическое пособие' для студентов химического факультета по спецкурсу «Газохроматографические методы анализа». — Барнаул: Изд-во Алт. ун-та, 2000. — 156 с.

31. Четверикова Е.П. Проблема сохранения свойств организмов после криоконсервации (на примере грибов) // Биофизика: 2009. Том 54, № 5, с. 887-893.

32. Albert В., Sellem С.Н. Dynamics of the mitochondrial genome during Podospora anserina aging // Curr. Genet. 2002. Vol. 40, №6, p. 365-373.

33. Alikisioglu N.S., Kucuk F.S., Yilmaz U., Alkim C., Cakar Z.P. Molecular characterization of freeze-tolerant Saccharomyces cerevisiae obtained5 by evolutionary engineering // Fourth conference on physiology of yeast and filamentous fungi (PYFF4). Programme and abstract book. 1-4 June 2010. Rotterdam, the Netherlands, p. 65.

34. Arnaise S., Zickler D., Glass N.L. Heterologous expression of mating-type genes in filamentous fungi // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. Vol. 90, p. 6616-6620.

35. Arnaise S., Zickler D., Bilcot S.L., Poisier C., Debuchy R. Mutations in mating-type genes of the heterothallic fungus Podospora anserina lead to self-fertility// Genetics. 2001. Vol. 159, p. 545-556.

36. Arrach N., Schmidhauser T.J., Avalos J. Mutants of the carotene cyclase domain of al-2 from Neurospora crassa // Molecular Genetics and Genomics. 2002. Vol: 266, № 6, p. 914-921.

37. Bai Z., Havery L.M., McNeil B. Use of the chemiluminescent probe lucigenin! to monitor the production of the superoxide anion radical in a recombinant Aspergillus niger (Bl-D) // Biotechnol. Bioeng. 2001. Vol. 75, p. 204-211.

38. Bai Z., Harvey L.M., McNeil B'. Oxidative stress in submerged cultures of fungi // Critical Reviews in Biotechnology, 2003. Vol. 23, № 4, p.267-302.

39. Bailey J.E. Toward a science of metabolic engineering // Science. 1991. Vol. 252, p. 1668-1675.

40. Bartnicki-Garcia S. Hyphal tip growth: outstanding' questions // In: Osiewacz H.D. (ed.), Molecular Biology of Fungal Development. 2002. -Marcel Dekker, Ink. New York, Basel, - p. 29-58.

41. Begel O., Boulayf J., Albert B., Dufour E., Sainsard-Chanet A. Mitochondrial group II introns, cytochrome c oxidase, and senescence in Podospora anserina II Molecular and Cellular Biology. 1999. Vol. 19, № 6,

, p. 4093-4100.

42. Belcour L., Vierny C. Variable DNA splicing sites of a mitochondrial intron: relationship to the senescence process in Podospora II The EMBO Journal. 1986. Vol. 5, №3, p.609-614.

43. Bergès. T., Barreau C. Heat shock at an elevated temperature improves transformation efficiency of protoplasts from Podospora anserina II Journal of general microbiology. 1989. Vol.135, № 3, p. 601-604.

44. Bjedov I., Tenaillon O., Gérard B., Souza V., Denamur E., Radman M., Taddei F., Matic I. Stress-induced mutagenesis in bacteria // Science. 2003. Vol.300, № 5624, p. 1404-1409.

45. Borghouts C., Werner A., Elthon T., Osiewacz H.D. Copper-modulated gene expression and senescence in the filamentous fungus Podospora

anserina II Molecular and Cellular Biology. 2001. Vol- 21, № 2, p. 390399:

46. Braun S., Vecht-Lifshitz S.E. Mycelial morphology and metabolite production // Trends in Biotechnology. 1991. Vol: 9, № 1, p: 63-68.:

47. Britton G., Liaaen-Jensen-S., Pfander H; (eds) Carotenoids // Handbook. Compiled by A.Z. Mercadante, E.S. Egeland — Birkhauser Verlag, Basel, 2004.-660 p.

48. Brown C., Vinces M.D., Gemayel R., Legendre Mi, Verstrepen K.J. Mechanisms underlying swift, evolution and adaptation in yeast // Fourth conference on physiology of yeast and. filamentous fungi; (PYFF4). Programme and: abstract book. 1-4 June 2010. Rotterdam; the Netherlands, p. 10.

49. Brubacher J.L. Bols N.C. Chemically de-acetylated 2',7-dichlorodihydrofluorescein diacetate as a probe of respiratory burst- activity ins mononuclear phagocytes II Journal of Immunological Methods;. 2001. Vol; 251, №1-2, p. 81-91.

50. Brust D., Hamann A., Osiewacz H.D. Deletion of PaAifl and PaAmid2, two genes encoding mitochondrial AIF-like oxidoreductases of Podospora anserina, leads to increased stress? tolerance: and lifespan extension // Current^Genetics..20 10kVol: 56, №3^ p; 225-235'.

51. Burdon J.J., Silk J. Sources- and patterns of diversity^ in plant-pathogenic: fungi// Phytopathology: 1997. Vol: 87, № 7, p; 664-669r

52: Burkholder P.R., Sinnott E.W. Morphogenesis of fungus colonies in submerged^ shaken cultures // American Journal of Botany. 1945. Vol. 32, №7, p. 424-431.

53. Cairns J., Overbaugh J., Miller S. The origin of mutants II Nature; 1988; Vol: 335: 142-145. .

54: £akar Z:P;, Seker U.O.S., Tamerler C., Sonderegger M:, Sauer U. Evolutionary engineering of multiple-stress resistant Saccharomyces cerevisiae IIFEMS Yeast Research. 2005. Vol. 5, p. 569-578:

55.: £akar Z.P. Metabolic and evolutionary engineering research in Turkey and beyond // Biotechnology Journal. 2009. Vol. 4, p. 992-1002.

56. Cecilia de Lima Fávaro L., Luiz Araújo W., Aparecida de Souza-Paccola E., Lucio Azevedo J., Paccola-Meirelles L.D. Co I letotrichum sublineolum genetic instability assessed by mutants resistant to chlorate // Mycological

. research. 2007. Vol. Ill, № 1, p. 93-105.

57. Chevanne D., Saupe S.J., Clave C., Paoletti M. WD-repeat instability and diversification of the Podospora anserina; hnwd non-self recognition gene family // BMC Evolutionary Biology. 2010. Vol. 10 : 134, http://www.biomedcentral.com/r471-2148/10/134.

58. Contamine V., Picard M. Escape from premature death due to nuclear mutations = in-.Podospora- anserina:. repeal"versus:' respite • // Fungal Genetics and Biology. 1998. Vol. 23, p. 223-236.

59. Coppin E., Debuchy R., Arnaise S., Picard M. Mating types and: sexual . development in filamentous ascomycetes // Microbiology and Molecular!. Biology Reviews. 1997. Vol. 61, № 4, p. 411-428.

60. Coppin E., Silar P. Identification of PaPKSl, a polyketide synthase involved in melániníformation and its use as a genetic tool in Podospora anserina II Mycological Research. 2007.. Vol. 111, №8, p. 901-908.

6L Crecy E., Jaronski S:, Lyons B., Lyons T.J., Keyhani N.O. Directed: evolution of a filamentous fungus for thermotolerance // BMC . Biotechnology. 2009. Vol. 9, № 74, http://www.biomedcentral.com/1472-6750/9/74.

62. Dáboussi M.J., Capy P. Transposable' elements in filamentous fungi // Annual Review of Microbiology. 2003. Vol. 57, p. 275-299.

63. Delay C. Observations inframicroscopiques sur le mycelium 'sénescent' dü Podospora anserina II C. R. Acad. Sci. Paris. 1963. Vol. 256, p. 47214724.

64. Didek-Brumec M., Gaberc-Porekar V., Alacevic M. Relationship between the Claviceps life cycle and productivity of ergot alkaloids // Critical Reviews in Biotechnology. 1996. Vol. 16, p. 257-299.

65. Diepeningen A.D., Slakhorst S.Mj, Koopmanschap A.B., Ikink G.J., Debets A.J.M., Hoekstra R.F. Calorie restriction in the filamentous fungus Podospora anserina // Experimental Gerontology. 2010. Vol. 45, № 7-8, p. 516-524.

66. D'Mello N.P., Jazwinski S.M. Telomere length constancy during aging of Saccharomyces cerevisiae II Journal of Bacteriology. 1991. Vol. 173, № 21, p. 6709-6713.

67. Dodge B.O. Spermatia and nuclear migrations in Pleurage anserina II Mycologia. 1936. Vol. 28, p. 284-29b (цит. no: Maheshwari, 1999).

68. Dujon B. Mitochondrial genetics and function I I In::Strathem J.N., Jones

E.W., and Broach J.R. (Eds.), The Molecular Biology of the Yeast Saccharomyces: Life Cycle and/Inheritance. 1981. - Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press - p. 505-635.

69. Dufour E., Boulay J., Rincheval V., Sainsard-Chanet A. A causal link between respiration and senescence in Podospora anserina // Proc. Natl. Acad: Sci. U. S. A. (PNAS). 2000. Vol. 97, № 8, p. 4138-4143.

70. Dunham MJ., Badrane H., Ferea T., Adams J., Brown P.O., Rosenzweig

F., Botstein D. Characteristic genome rearrangements in experimental evolution of Saccharomyces cerevisiae II PNAS. 2002. Vol. 99, № 25, p. 16144-16149.

71. Ebert D. Experimental Evolution of Parasites // Science. 1998. Vol. 282, p. 1432-1435.

72. El-Khoury R., Sellem C.H., Coppin E., Boivin A., Maas M.F.P.M., Debuchy R., Sainsard-Chanet A. Gene deletion and allelic replacement in the filamentous fungus Podospora anserina II Current Genetics. 2008. Vol. 53, №4, p. 249-258.

73. Espagne E., Lespinet O., Malagnac F., Silva C.D., Jaillon O., Porcel B.M., Couloux A., Aury J.M., Segurens B., Poulain J., Anthouard V., Grossetete S., Khalili H., Coppin E., Dequard-Chablat M., Picard M., Contamine V., Arnaise S., Bourdais A., Berteaux-Lecellier V., Gautheret D., Vries R.P., Battaglia E., Coutinho P.M., Danchin E.G.J., Henrissat B., Khoury R.E.L., Sainsard-Chanet A., Boivin A., Pinan-Lucarre B., Sellem C.H., Debuchy R., Wincker P., Weissenbach J., and Silar P. The genome sequence of the model ascomycete fungus Podospora anserina II Genome Biology. 2008. Vol. 9. № 5, p. 1-22.

74. Esser K. The genetics of Podospora anserina II In: King R.C. (ed.), Handbook of Genetics. 1974. Vol. 1. — Plenum Press, New York, N.Y, — p. 531-551.

75. Esser K. Phenol oxidases and morphogenesis in Podospora anserina II Genetics. 1986. Vol: 60, p. 281-288.

76. Esser K., Keller W. Genes inhibiting senescence in the ascomycete Podospora anserina II Molecular & General Genetics. 1976. Vol. 144, № 1, p.107-110.

77. Estrada A.F., Youssar L., Scherzinger D., Al-Babili S., and Avalos J. The ylo-1 gene encodes an aldehyde dehydrogenase responsible for the last reaction in the Neurospora carotenoid pathway // Molecular Microbiology. 2008. Vol. 69, №5, p. 1207-1220.

78. Finkel T. Oxygen radicals and signaling // Curr. Opin. Cell. Biol. 1998. Vol. 10, №2, p. 248-53.

79. Folch J., Lees M., Sloane Stanley G.H. A Simple method for the isolation and purification of total lipids from animal tissues // The Journal of Biological Chemistry. 1957. Vol. 226, p. 497-509.

80. Galagan J.E., Henn M.R., Ma L.J., Cuomo C.A., Birren B. Genomics of the fungal kingdom: Insights into eukaryotic biology // Genome Research. 2005. Vol. 15, p. 1620-1631.

81. Galhardo R.S., Hastings P.J., Rosenberg S.M. Mutation as a stress response and the regulation of evolvability // Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 2007. Vol. 42, № 5, p. 399-435.

r

82. García-Soto M.J., Botello-Alvarez E., Jiménez-Islas H., Navarrete-Bolaños J., Barajas-Conde E., Rico-Martínez R. Growth morphology and hydrodynamics of filamentous fungi in submerged cultures // In: GuevaraGonzalez R.G. and Torres-Pacheco I. (Eds.), Advances in Agricultural and Food Biotechnology. 2006. - Research Singpost, - 347 p.

83. Georgiou C.D., Patsoukis N., Papapostolou I.,, Zervoudakis G. Sclerotial metamorphosis in filamentous fungi is induced by oxidative stress // Integrative and Comparative Biology. 2006. Vol. 46, № 6, p. 691-712.

84. Gomez B.L., Nosanchuk J.D. Melanin and fungi // Current Opinion in Infectious Diseases. 2003. Vol. 16, p. 91-96.

85. Gow N.A.R., Gadd G.M. Growing fungus - Springer London, 1994. - P. 496.

86. Gravel S., Jackson S.P. Increased genome instability in aging yeast // Cell, 2003. Vol. 115, № l,p. 1-2.

87. Gredilla R., Grief J., Osiewacz H.D. Mitochondrial free radical generation and- lifespan- control in the fungal aging model Podospora anserina II Experimental Gerontology. 2006. Vol. 41, p. 439-447.

88. Guimaraes P.M.R., Francois J., Parrou J.L., Teixeira J.A., Domingues L. Adaptive evolution of a lactose-consuming Saccharomyces cerevisiae recombinant // Applied and Environmental Microbiology. 2008. Vol. 74, №

• 6, p. 1748-1756.

89. Hamann A., Brust D., Osiewacz H.D. Deletion of putative apoptosis factors leads to lifespan extension in the fungal ageing model Podospora anserina II Molecular Microbiology. 2007. Vol. 65, № 4, p. 948-958.

90. Hamann A., Brust D., Osiewacz H.D. Apoptosis pathways in fungal growth, development and ageing // Trends in Microbiology. 2008. Vol. 16, № 6, p. 276-283.

91. Hansberg W., Aguirre J. Hyperoxidant states cause microbial cell

f

differentiation by cell isolation from dioxygen // Journal of Theoretical Biology. 1990. Vol. 142, № 2, p. 201-221.

92. Harman D. Aging: a theory based on free radical and radiation chemistry // J. Gerontol. 1956. Vol. 11, № 3, p. 298-300.

93. Hastings P.J., Slack A., Petrosino J.F., Rosenberg S.M. Adaptive amplification and point mutation are independent mechanisms: evidence for various stress-inducible mutation mechanisms // PLoS Biology. 2004. Vol. 2, № 12, e399

94. HeidenreicH E. Adaptive mutation in Saccharomyces cerevisiae II Critical reviews in biochemistry and molecular biology. 2007. Vol. 42, № 4, p. 285-311.

95. Higashiyama K., Murakami K., Tsujimura H., Matsumoto N., Fujikawa S. Effects of dissolved oxygen on the morphology of an. arachidonic acid» production by Mortierella alpina 1S-4 // Biotechnol. Bioeng. 1999. Vol. 63, p. 442-^148.

96. Honma T., Goto K. Complexes of MADS-box proteins are sufficient to convert leaves into floral organs // Nature. 2001. Vol..409, № 6819, p. 525529.

97. Iigusa H., Yoshida Y., Hasunuma K. Oxygen and hydrogen peroxide enhance light-induced carotenoid synthesis in Neurospora crassa II FEBS Letters. 2005. Vol. 579, № 18, p. 4012-4016.

98. Jacobson D.J., Beurkens K., Klomparens K.L. Microscopic and ultrastructural examination of vegetative incompatibility in partial diploids heterozygous at het loci in Neurospora crassa // Fungal Genetics- and Biology. 1998. Vol. 23, p. 45-56.

99. Jain N., Cook E., Xess I., Hasan F., Fries D., Fries B.C. Isolation and characterization of senescent Cryptococcus neoformans and implications for phenotypic switching and pathogenesis in chronic cryptococcosis // Eukaryotic Cell. 2009. Vol. 8, № 6, p. 858-866.

100; Jamet-Vierny C., Begel O., Belcour L. Senescence in Podospora anserina: amplification of a mitochondrial DNA sequence // Cell. 1980. Vol. 21, № 1, p. 189-194.

101. Johnson E:A., Schroeder W.A. Microbial carotenoids // Advances in Biochemical Engineering/ Biotechnology. 1996. Vol. 53, p. 119-178.

102. Kamzolkina O.V.. Differentiation of the mature, mycelium of Hymenomycetes // XY Congress of European Mycologists; Abstracts. 1621 September, 2007. Saint Petersburg, Russia, p. 169.

103.Kelley R:, Ideker T. Genome-wide fitness and expression profiling implicate Mga2 in adaptation to hydrogen peroxide // PLoS Genetics. 2009. Vol. 5, № 5, e 1000488. doi: 10.1371/journal.pgen. 1000488.

104. Kempken F., Kück U. Transposons in filamentous, fungi" - facts and? perspectives // BioEssays. 1998. Vol; 20, p. 652-659:

105. Kirkwood T.B.L. Evolution of ageing // Mechanisms of Ageing and Development. 2002. Vol. 123, № 7, p. 737-745.

106: Kissova I., Deffieu M., Manon S., Camougrand N. Uthlp Is Involved in the autophagic degradation of mitochondria // The Journal of Biological Chemistry. 2004..Vol. 279; № 37, p. 39068-39074. .

107. Koll F., Belcour L., Vierny C. A 1100-bp sequence of mitochondrial DNA is involved in senescence process in Podospora: study of senescent and mutant cultures II Plasmid. 1985. Vol. 14, № 2, p. 106-117.

108.Koszul R., Caburet S., Dujon B:, Fischer. G. Eucaryotic genome/evolution through the spontaneous duplication of large chromosomal. segments // EMBO J. 2004. Vol., 23, p. 234-243.

109. Kück.U., Osiewacz H.D., Schmidt U., Kappelhoff B., Schulte E., Stahl U., Esser K; The onset of senescence is affected by DNA rearrangements of a discontinuous mitochondrial gene in Podospora anserina II Current Genetics. 1985. Vol. 9, №5, p; 373-382.

110.Kuyper M., Toirkens M.J., Diderich J.A., Winkler A.A., van Dijken J.P., Pronk J.T. Evolutionary engineering of mixed-sugar utilization by a xylose-

fermenting Saccharomyces cerevisiae strain // FEMS Yeast Research. 2005. Vol. 5, p. 925-934.

111.Labarere J., Begueret J., Bernet J. Incompatibility in Podospora anserina: comparative properties of the antagonistic cytoplasmic factors of a nonallelic system I I Journal of Bacteriology. 1974. Vol. 120, № 2, p. 854— 860.

112.Labarere J., Bernet J. A pleiotropic mutation affecting protoperithecium formation and ascospore outgrowth in Podospora anserina II Journal of General Microbiology. 1979. Vol. 113, p. 19-27.

113.Langfelder K., Streibel M., Jahn B., Haase G., Brakhage A.A. Biosynthesis of fungal melanins and their importance for human pathogenic fungi // Fungal Genetics and Biology. 2003. Vol. 38, p. 143-158.

114.Lecellier G., Silar P. Rapid methods for nucleic acids extraction from Petri dish-grown mycelia // Current Genetics. 1994. Vol. 25, № 2, p.122-123.

l'15.Leiter E., Szappanos H., Oberparleiter C., Kaiserer L., Csernoch L., Pusztahelyi T., Emri T., Pocsi I., Salvenmoser W., Marx F. Antifungal protein PAF severely affects the integrity of the plasma membrane of Aspergillus nidulans and1 induces an apoptosis-like phenotype // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2005. Vol. 49, № 6, p. 24452453.

116.Levine B., Klionsky D.J. Development by self-digestion: molecular mechanisms and biological functions of autophagy // Developmental Cell. 2004. Vol. 6, p. 463^477.

117. Li A., Begin M., Kokurewicz K., Bowden C., Horgen P.A. Inheritance of strain instability (sectoring) in the commercial button mushroom, Agaricus bisporus //Applied and Environmental Microbiology. 1994. Vol. 60, № 7, p. 2384-2388.

118.Lill R., Muhlenhoff U. Maturation of iron-sulfur proteins in eukaryotes: Mechanisms, connected processes, and diseases // Annu. Rev. Biochem. 2008. Vol. 77, p. 669-700.

119. Lin S.J., Kaeberlein M., Andalis A.A., Sturtz L.A., Defossez P.A., Culotta V.C., Fink G.R., Guarente L. Calorie restriction extends Saccharomyces cerevisiae lifespan by increasing respiration // Nature. 2002. Vol. 418, p. 344—348.

120. Lindstrom D.L., Leverich C.K., Henderson K.A., Gottschling D;E. Replicative age induces mitotic recombination in the ribosomal RNA gene cluster of Saccharomyces cerevisiae IIPLoS Genetics. 2011. Vol. 7, №3 : el002015.doi:10.1371/journal.pgen 1002015.

121.Linnen C.R., Kingsley E.P., Jensen J.D., Hoekstra H.E. On the origin and spread of an adaptive allele in deer mice // Science. 2009. Vol. 325, № 5944, p. 1095- 1098.

122. Lo Y.C., Kurtz R.B., Nickoloff-Analysis of chromosome/allele loss in genetically unstable yeast by quantitative real-time PCR II BioTechniques. 2005. Vol. 38, p. 685-690.

1231 Lorin S;, Dufour E., Boulay J., Begel O., Marsy S;, Sainsard-Chanet A. Overexpression of> the alternative oxidase restores senescence and- fertility in a long-lived respiration-deficient mutant of^Podospora anserina II Mol. Microbiol. 2001. Vol. 42, №5, p. 1259-1267. 124. Lorin S:, DufburE., Sainsard-Chanet A. Mitochondrial! metabolism and? aging in the filamentous fungus Podospora anserina II Biochimica et Biophysica Acta; 2006: Vol! 1757,.p. 604-610; 125;LucenaiB.T.L., Silva-Filho E.A., Coimbra>M:RM,, Morais J.O.F., Simoes. D.A., Morais Jr. M.A. Chromosome instability in industrial strains of . Saccharomyces cerevisiae batch, cultivated? under laboratory conditions // Genetics and Molecular Research. 2007. Vol. 6, № 4, p. 1072-1084. 126.Maas M.F., de Boer H.J., Debets A.J., Hoekstra R.F. // The mitochondrial plasmid pAL2-l reduces calorie restriction mediated life span extension in the filamentous fungus Podospora anserina // Fungal Genet. Biol. 2004. Vol. 41, p. 865-871.

127. Maheshwari R. Microconidia of Nenrospora crassa II Fungal Genetics and Biology. 1999. Vol. 26, p. 1-18.

128.Marek S.M., Wu J., Glass N.L., Gilchrist D.G., Bostock R.M. Nuclear DNA degradation during heterokaryon incompatibility in Neurospora crassa //Fungal Genetics and Biology. 2003. Vol. 40, p. 126-137.

129. Martinez J.L., Baquero F. Mutation frequencies and antibiotic resistance // Antimicrob Agents Chemother. 2000. Vol. 44, p. 1771-1777.

130.McIntyre M., Breum J., Arnau J., Nielsen J. Growth physiology and dimorphism of Mucor circinelloides (syn. racemosus) during submerged batch cultivation II Appl. Microbiol. Biotechnol. 2002. Vol. 58, p. 495-502.

131.McMurray M.A., Gottschling D.E. An age-induced switch to a hyper-recombinational state // Science. 2003. Vol. 301, p. 1908-1911.

132.McMurray M.A., Gottschling D.E. Aging and genetic instability in yeast // Current Opinion in Microbiology. 2004. Vol. 7, p. 673-679.

133.Milicic S., Kremser M., Gaberc-Porekar V., Didek-Brumec M., Socic H. The effect of aeration and agitation on Claviceps purpurea dimorphism and alkaloid synthesis during submerged fermentation // Applied Microbiology and Biotechnology. 1989. Vol. 31, № 2, p. 134-137.

134.Nikitin A.G., Shmookler Reis RJ. Role of transposable elements in age-related genomic instability // Genetical Research. 1997. Vol. 69, № 3, p. 183-195.

135.Novic A., Horiuchi T. Hyper-production of (3-galactosidase by Escherichia coli bacteria // Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology. 1961. Vol. 26, pi 239-245.

136. Osiewacz H.D., Borghouts C. Mitochondrial oxidative stress and aging in the filamentous fungus Podospora anserina II Annals New York Academy of Sciences. 2000. Vol. 908, p. 31-39.

137. Osiewacz H.D. Genes, mitochondria and aging in filamentous fungi // Ageing Research Reviews. 2002a. Vol. 1, p. 425-442.

138.0siewacz H.D. Mitochondrial functions and aging // Gene. 2002b. Vol. 286, p. 65-71.

139.0siewacz H.D. Aging and mitochondrial dysfunction in the filamentous fungus Podospora anserina II In: Nystrom T. and Osiewacz H.D. (Eds.), Model Systems in Aging. Topics in Current Genetics. 2003. Vol. 3 — Springer-Verlag Berlin Heidelberg, - p. 17-38.

140. Pal K. Comparative analysis of genetic incompatibility in Aspergillus niger and Podospora anserina // PhD Thesis, Wageningen University — with summaries in English and Dutch, The Netherlands. 2007. ISBN: 978-908504-655-4.

141. Palmer G.E., Kelly M.N., Sturtevant J.E. Autophagy in the pathogen Candida albicans II Microbiology. 2007. Vol. 153, p. 51-58.

142. Paoletti M., Saupe S.J. The genome sequence of Podospora anserina, a classic model fungus II Genome Biology. 2008. Vol. 9, № 5, article-223.

143. Papagianni M. Fungal morphology and metabolite production in submerged mycelial processes // Biotechnology Advances. 2004. Vol. 22, p. 189-259.

144. Patnaik R. Engineering complex phenotypes in industrial» strains II Biotechnol. Prog. 2008. Vol. 24, № 1, p. 38-47.

145.Pavco A., Kustrin A. Growth characteristics of Rhizopus nigricans in pelleted morphological form II Chemical and Biochemical Engineering Quarterly. 1997. Vol. 11, № 3, p. 127-131.

146. Peraza-Reyes L., Zickler D., Berteaux-Lecellier V. The peroxisome RINGfinger complex is required for meiocyte formation in the fungus Podospora anserina II Traffic. 2008. Vol. 9, № 11, p. 1998-2009.

147. Petri R., Schmidt-Dannert C. Dealing with complexity: evolutionary engineering and genome shuffling // Current Opinion in Biotechnology. 2004. Vol: 15, p. 298-304.

148. Phillips A.J., Sudbery I., Ramsdale M. Apoptosis induced by environmental stresses and amphotericin B in Candida albicans II PNAS. 2003. Vol. 100, № 24, p. 14327-14332.

149.Picard M., Debuchy R., Coppin E. Cloning the mating types of the heterothallic fungus Podospora anserina: developmental features of haploid transformants carrying both mating types // Genetics. 1991. Vol. 128, № 3, p. 539-547.

150.Pinan-Lucarré B., Paoletti M., Dementhon K., Coulary-Salin B., Clavé C. Autophagy is induced during cell death by incompatibility and is essential for differentiation in the filamentous fungus Podospora anserina // Molecular Microbiology. 2003. Vol. 47, № 2, p. 321-333.

151. Pinan-Lucarré B., Balguerie A., Clavé C. Accelerated cell death in Podospora autophagy mutants // Eukaryotic Cell. 2005. Vol. 4, № 11, p. 1765-1774.

152. Pinan-Lucarré B., Paoletti M., Clavé C. Cell death by incompatibility in the fungus Podospora II Seminars in Cancer Biology. 2007. Vol. 17, p. 101— 111.

153. Pinan-Lucarré B., Clavé C. Monitoring autophagy in the filamentous fungus Podospora anserina II Methods in Enzymology. 2008. Vol. 451, p. 251-270.

154. Pintea A., Bele C., Andrei S., Socaciu C. HPLC analysis of carotenoids in four varieties of Calendula officinalis L. flowers // Acta Biologica Szegediensis. 2003. Vol. 47, № 1-4, p. 37-40.

155.Pfaffl M.W., Horgan G.W., Dempfle L. Relative expression software tool (REST) for group-wise comparison and statistical analysis of relative expression results in real-time PCR // Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30, № 9: e36.

156. Prado-Cabrero A., Estrada A.F., Al-Babili S., and Avalos J. Identification and biochemical characterization of a novel carotenoid oxygenase: elucidation of the cleavage step in the Fusarium carotenoid pathway // Molecular Microbiology. 2007. Vol. 64, № 2, p. 448-460.

157. Prado-Cabrero A., Schaub P., Diaz-Sanchez V., Estrada A.F., Al-Babili S., Avalos J. Deviation of the neurosporaxanthin pathway towards b-carotene

biosynthesis in Fusarium fujikuroi by a point mutation in the phytoene desaturase gene // FEBS Journal. 2009. Vol. 276, p. 4582^1597.

158. Rabenhorst L. Klotzschi herbarium vivum mycologicum sistens fimgorum per totam Germaniam crescentium collectionem perfectam, ed. nova, Cent. 3 // Bot. Zeit. 1856. Beil. 14, p. 426-429 (Цит. по: Прохоров, Армейская, 2003).

159.Rasmussen A.K., Chatterjee A., Rasmussen L.J., Singh K.K. Mitochondria-mediated nuclear mutator phenotype in Saccharomyces cerevisiae II Nucleic Acids Res. 2003. Vol. 31, p. 3909-3917.

160. Rayner A.D.M. Watling R., Frankland J.C. Resource relation - an overview // In: Edited by: Moore D., Casselton L.A., Wood D.A. and Frankland J.C. (Eds.), Developmental Biology of Higher Fungi. British Mycological

Society Symposia. 1985. № 10 - Cambridge University Press, - 628 p.

і

lôl.Regina M., Broetto F., Giovannozzi-Sermanni G., Marabotini R., Peranni, C. Influence of stationary and bioreactor cultivation on Lentinula edodes (Berk) pegler lignocellulolitic activity // Brazilian Archives of Biology and Technology. 2008. Vol. 51, № 1, p. 223-233.

162. Reynolds E.S. The use of lead citrate at high pH as an electron-opaque stain • in electron microscopy // The Journal of Cell Biology. 1963. Vol. 17, № 1,

p. 208-212.

163.Ridder R., Osiewacz H.D. Sequence analysis of the gene coding for glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gpd) of Podospora anserina: use of homologous regulatory sequences to improve transformation' efficiency // Current Genetics. 1992. Vol. 21, № 3, p. 207-213.

164. Rizet G. Les phénomènes de barrage chez Podospora anserina. I. Analyse génétique des barrages entre les souches S et s II Rev. Cytol. Biol. Veg. 1952. Vok 13, p. 51-92.

165. Rizet G. Sur la longévité des phenomen des souches de Podospora anserina II C.R. Acad. Sci. Paris..1953. Vol. 237, p. 1106-1109.

166.Robson G.D., Puci J., Throndset W., Dunn-Coleman N. Oxidative stress, fragmentation and cell death during bioreaetor growth of filamentous fungi // In: Avery S.V., Stratford M. and Van West P. (Eds.), Stress in yeasts and filamentous fungi. British Mycological Society Symposia Series. 2008. Vol. 27. - Elsevier Ltd. Academic Press, - p. 129-142.

167. Rossignol M., Silar P. Genes that control longevity• in Podospora anserina // Mechanisms of Ageing and Development. 1996. Vol; 90, № 3, p. 183193.

168. Saelices L., Youssar L., Holdermann I., Al-Babili S., Avalos J. Identification of the gene responsible . for torulene cleavage in the Neurospora carotenoid pathway // Molecular Genetics and Genomics. 2007. Vol. 278; № 5, p. 527-537.

169. Sainsard-Chanet A., Begel O. Insertion of an LrDNA gene fragment and of filler DNA at a mitochondrial exon-intron junction in Podospora II Nucleic Acids Research. 1990. Vol. 18, №4, p. 779-783.

170. Sauer U. Evolutionary engineering of industrially important microbial! phenotypes // Advances in Biochemical- Engineering/Biotechnology. 2001. Vol. 73, p. 129-169.

171. Saupe S.J. A short history of small; s. A prion of the fungus Podospora anserina 11 Prion. 2007. Vol; 1, №2, p. l'.l Or 115. ■

172. Scheckhuber C.Q., Erjave N., Tiriazli A., Hamann A., Nystrom T., Osiewacz H.D. Reducing mitochondrial; fission results in increased life span and fitness of two fungal ageing models // Nature Cell Biology. 2007. Vol. 9, № 1, p. 99-105.

173. Scheckhuber C.Q., Grief J., Boilan E., Luce K., Debacq-Ghainiaux F., Rittmeyer C., Gredilla R., Kolbesen B.O., Toussaint O., Osiewacz H.D. Age-related cellular copper dynamics in the fungal ageing model Podospora anserina and in ageing human fibroblasts // PLoS ONE. 2009. Vol; 4, № 3, e4919. doi: 10.137l/journal.pone.0004919.

174. Schulte E., Kiick U., Esser K. Extrachromosomal mutants from Podospora anserina: permanent vegetative growth in spite of multiple recombination events in the mitochondrial genome // Molecular Genetics and Genomics. 1988. Vol. 211, p. 342-349.

175. Schwartz T., Osiewacz H.D. Telomere length does not change during senescence of the ascomycete Podospora anserina // Mutation research. DNAging: genetic instability and aging. 1996. Vol. 316, № 5-6, p. 193-199.

176. Sellem C.H., Marsy S., Boivin A., Lemaire C., Sainsard-Chanet A. A mutation in the gene encoding cytochrome c\ leads to a decreased ROS content and to a long-lived phenotype in the filamentous fungus Podospora anserina II Fungal Genetics and Biology. 2007. Vol. 44, № 7, p. 648-658.

177. Sellem C.H., Bovier E., Lorin S., Sainsard-Chanet A. Mutations in two zinc-cluster proteins activate alternative respiratory and gluconeogenic pathways and restore senescence in long-lived respiratory mutants of Podospora anserina II Genetics. 2009. Vol. 182, p. 69-78.

178. Sen C.K., Packer L. Antioxidant and redox regulation of gene transcription // The FASEB Journal. 1996. Vol. 10, p. 709-720.

179. Silar P., Lalucque H., Vierny C. Cell degeneration in the model system Podospora anserina II Biogerontology. 2001. Vol. 2, p. 1—17.

180. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis // Journal of molecular biology. 1975. Vol. 98, №3, p. 503-517.

181. Smith M.L., Bruhn J.N., Anderson J.B. The fungus Armillaria bulbosa is among the largest and oldest living organisms // Nature. 1992. Vol. 356, p. 428-431.

182. Smith J.R., Rubenstein I. The development of 'senescence' in Podospora anserina II Journal of General Microbiology. 1973. Vol.76, p. 283-296.

183. Sonderegger M., Sauer U. Evolutionary engineering of Saccharomyces cerevisiae for anaerobic growth on xylose // Applied and Environmental Microbiology. 2003. Vol. 69, № 4, p. 1990-1998.

184. Steiner P., Sauer U. Long-term continuous evolution of acetate resistant Acetobacter aceti II Biotechnology and Bioengineering. 2003. Vol. 84, № l,p. 40-44.

185. Strobel I., Breitenbach J., Scheckhuber C.Q., Osiewacz H.D., Sandmann G. Carotenoids and carotenogenic genes in Podospora anserina: engineering of the carotenoid composition extends the life span of the mycelium // Current genetics. 2009. Vol. 55, № 2, p. 175-184.

186. Stumpferl S.W., Stephan O., Osiewacz H.D. Impact of a disruption of a pathway delivering copper to mitochondria on Podospora anserina metabolism and life span II Eukaryotic Cell. 2004. Vol. 3, № 1, p. 200-211.

187. Swift R.J., Wiebe M.G., Robson G.D., Trinci A.P. Recombinant glucoamylase production by Aspergillus niger B1 in chemostat and pH auxostat cultures // Fungal Genet. Biol. 1998. Vol. 25, p. 100-109.

188.Theissen G., Saedler H. Floral quartets // Nature. 2001. Vol. 409, № 6819, p. 469-471.

189. Thomma B.P.H.J. Alternaria spp.: from general saprophyte to specific parasite // Molecular Plant Pathology. 2003. Vol. 4, № 4, p. 225-236.

190. Tudzynski P., Esser K. Chromosomal and extrachromosomal control of senescence in the ascomycete Podospora anserina II Molecular & general genetics. 1979. Vol. 173, № 1, p. 71-84.

191.Turker M.S., Cummings D.J, Podospora anserina does not senesce when serially passaged in liquid culture // Journal of Bacteriology. 1987. Vol. 169, №2, p. 454-460.

192.Umeno D., Tobias A.V., Arnold F.H. Diversifying carotenoid biosynthetic pathways by directed evolution // Microbiology and molecular biology reviews. 2005. Vol. 69, № 1, p. 51-78.

193. van de Vondervoort P.J., Poulsen B.R., Ruijter G.J., Schuleit T., Visser J., Iversen J.J. Isolation of a fluffy mutant of Aspergillus niger from chemostat culture and its potential use as a morphologically stable host for protein

production // Biotechnology and Bioengineering. 2004. Vol. 86, № 3, p. 301-307.

194. van der Gaag M. Genomic conflicts in Podospora anserina // PhD Thesis, Wageningen University — with references and summary in Dutch, The Netherlands. 2005. ISBN 90-8504-255-0.

195. Veatch J.R., McMurray M.A., Nelson Z.W., Gottschling D.E. Mitochondrial dysfunction leads to nuclear genome instability via an iron-sulfur cluster defect // Cell. 2009. Vol. 137, p. 1247-1258.

196. Vogel H.J. A convenient growth medium for Neurospora (medium N) // Microbial Genetics Bulletin, 1956. Vol. 13, p. 42-43.

197. Wang C., Butt T.M., St Leger R.J. Colony sectorization of Metarhizium anisopliae is a sign of ageing // Microbiology. 2005. Vol. 151, p. 32233236.

198.Weikert C., Sauer U., Bailey J.E. Use of a glycerol-limited, long-term chemostat for isolation of Escherichia coli mutants with improved physiological properties // Microbiology. 1997. Vol. 143, p. 1567-1574.

199. Wisselink H.W., Toirkens M.J., Berriel M.R.F., Winkler A.A. van Dijken J.P., Pronk J.T., van Maris A.J.A. Engineering of Saccharomyces cerevisiae for efficient anaerobic alcoholic fermentation of L-arabinose // Applied and Environmental Microbiology. 2007. Vol. 73, № 15, p. 4881-4891.

200. Wongwicharn A., McNeil B., Harvey L.M. Effect of oxygen enrichment on morphology, growth, and heterologous protein production in chemostat culture of Aspergillus niger Bl-D // Biotechnol. Bioeng. 1999. Vol. 65, p. 416-424.

201. Wright R.M., Cummings D.J. Integration of mitochondrial gene sequences within the nuclear genome during senescence in a fungus // Nature. 1983. Vol. 302, p. 86-88.

202. Zickler D., Arnaise S., Coppin E., Debuchy R., Picard M. Altered mating-type identity in the fungus Podospora anserina leads to selfish nuclei,

uniparental progeny, and haploid meiosis // Genetics. 1995. Vol. 140, p. 493-503.

203. Znidarsic P. and Pavko A. The morphology of filamentous fungi in submerged cultivations as a dioprocess parameter // Food technol. biotechnol. 2001. Vol. 39, № 3, p. 237-252.