Идентификация нетуберкулезных микобактерий и выбор оптимальной комбинации методов для их видовой дифференциации тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Майорова, Ангелина Александровна

• Майорова, Ангелина Александровна
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Майорова, Ангелина Александровна

Принятые обозначения и сокращения.

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Микобактерии - общая характеристика.

1.2. Таксономия.

1.3. Микобактериозы.

1.4. Чувствительность к лекарственным препаратам нетуберкулезных микобактерий.

1.5. Характеристика основных патогенных нетуберкулезных микобактерий.

1.5.1 Медленнорастущие микобактерии.

1.5.1.1. М. avium-complex.

1.5.1.2. М. kansasii.

1.5.1.3. М. scrofulaceum.

1. 5.1.4. М. malmoense.

1.5.1.5. М. szulgai.

1.5.1.6. М. xenopi.

1.5.1.7. М. ulcerans.

1.5.1.8. М haemophilum.

1.5.2. Быстрорастущие микобактерии

М. chelonae, М. fortuitum, M.abscessus.

1.6. Методы видовой идентификации.

1.6.1. Детекция микобактерий.

1.6.2. Дифференциация нетуберкулезных микобактерий и микобактерий туберкулезного комплекса.

1.6.2.1. Культуральные методы, применяемые для идентификации М. tuberculosis.

1.6.2.2. Молекулярно-генетические методы, применяемые для идентификации М. tuberculosis.

1.6.3. Идентификация нетуберкулезных микобактерий.

1.6.3.1. Идентификация нетуберкулезных микобактерий с помощью культуральных и биохимических тестов.

1.6.3.2. Высокопроизводительная жидкостная хроматография high performance liquid chromatography - HPLC).

1.6.3.3. Газожидкостная хроматография.

1.6.3.4. Идентификация нетуберкулезных микобактерий, основанная на генетических различиях.

1.6.3.4.1. Методы, основанные на гибридизации.

1.6.3.4.2. Полимеразная цепная реакция.

ГЛАВА 2. Материалы и методы.

2.1. Бактериальные штаммы.

2.2. Микробиологические методы.

2.2.1. Бактериоскопический метод.

2.3. Культуральные методы исследования.

2.3.1. Рост микобактерий при разных температурах.

2.3.2 Скорость роста микобактерий.

2.3.3. Пигментация колоний микобактерий.

2.3.4. Рост микобактерий на средах с салициловокислым натрием и с паранитробензойной кислотой.

2.3.5. Рост микобактерий на среде с 5% хлористым натрием.

2.4. Биохимические методы.

2.4.1. Ниациновый тест.

2.4.2 Определение каталазной активности.

2.4.3. Определение термостабильности каталазы.

2.4.4. Определение нитратредуктазной активности.

2.4.5. Определение амидазной активности.

2.5. Определение лекарственной устойчивости in vitro.

2.6. Молекулярно-генетические методы.

2.6.1. Выделение микобакгериальной ДНК.

2.6.2. Амплификация IS6//0 элемента.

26.3. Метод сполиготипирования.

2.6.4. ПЦР - секвенирование фрагмента гена, кодирующего синтез 16S рРНК.

2.6.5. Метод рестрикционного анализа амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 16S-23S рибосомной ДНК.

2.7. HPLC.

Глава 3. Результаты.

3.1. Исследуемый материал.

3.2. Идентификация культур туберкулезного комплекса.

3.3. Культуральные и биохимические характеристики штаммов нетуберкулезных микобакгерий.

3.4. Использование ПЦР-секвенирования гена 16S рРНК для видовой идентификации нетуберкулезных микобакгерий.

3.5. Исследование коллекции штаммов нетуберкулезных микобакгерий методом рестрикционного анализа амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 16S-23S рибосомной ДНК.

3.6.HPL C.

3.7. Лекарственная устойчивость нетуберкулезных микобактерий.

Глава 4. Обсуждение.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Идентификация нетуберкулезных микобактерий и выбор оптимальной комбинации методов для их видовой дифференциации»

В последние годы резко возросла частота заболеваний, вызываемых нетуберкулезными микобактериями (НТМБ). Главным образом это связано с увеличением количества людей, страдающих иммунодефицитами, в том числе СПИДом, а также с усовершенствованием методов идентификации мико-бактерий нетуберкулезного комплекса [22, 48, 63, 65, 90, 91]. Традиционно микобактериозы не относят к группе опасных инфекций, так как считается, что они не передаются от человека к человеку [3, 48]. Однако заболевание может протекать очень тяжело, приводя к летальному исходу [1,3].

Заболевания, вызываемые нетуберкулезными микобактериями, у им-мунокомпетентных пациентов ограничиваются поражением легких, лимфы или кожи [12, 48]. Диссеминированные формы микобактериозов у них практически не встречаются. Микобактерии поражают легкие у людей, страдающих хроническими легочными заболеваниями - пневмокониозом, силикозом, бронхоэктазами, саркоидозом, коллагенозом и другими заболеваниями [3, 41, 44, 54, 73, 87, 88, 101, 102]. Микобактерии могут быть причиной послеоперационных осложнений или травм [48]. Заболевания, вызванные нетуберкулезными микобактериями, по своей клинической картине и течению очень похожи на заболевания, вызываемые микобактериями туберкулеза [41, 98,99].

Согласно данным литературы, нетуберкулезными микобактериями инфицировано от 25 до 50 % больных СПИДом в США и Европе [48]. Риск развития микобактериозов и бактериемии в отсутствии лекарственной профилактики у ВИЧ - инфицированных больных с количеством клеток CD4 менее 100 клеток/мл составляет 10-20% в год [69, 150]. У пациентов со СПИДом обычно развиваются диссеминированные формы микобактериозов, что является следствием имммунодифицита [38,48, 49, 59, 73,110,147,157].

Род Mycobacterium включает около 100 охарактеризованных видов [73, 111]. Описано более 20 видов, способных вызывать заболевания человека [41]. В последнее время появляются сообщения о микобактериозах, причиной которых являются микроорганизмы, ранее считавшиеся не патогенными для человека. Клинический материал может содержать и сапрофитные виды микобактерий, попавшие в образцы случайно или при питье пациентом некипяченой воды, употреблении грязных фруктов и овощей [10, 150]. Получение ложноотрицательного результата может быть связано с тем, что некоторые микобактерии не растут на обычных средах, применяемых в лабораториях для культивирования М. tuberculosis, или у них не совпадает оптимум роста с оптимумом роста М. tuberculosis [150]. По сравнению с микобактериями туберкулеза, нетуберкулезные микобактерии обладают пониженной кислото - и щелочеустойчивостью, что может приводить их к гибели при общепринятой обработке клинического материала.

Различные нозологические формы заболеваний могут быть вызваны одним видом и наоборот причиной сходных по клиническим проявлениям заболеваний могут быть разные виды микобактерий [1, 11, 41, 48, 65]. Для лечения микобактериозов, вызванных микобактериями разных видов, требуются разные схемы лечения, так как они имеют разную лекарственную чувствительность [64, 116, 155]. Своевременное выявление заболевания и адекватная терапия являются необходимыми условиями успешного выздоровления пациента.

Проанализировав ряд наиболее часто используемых методов идентификации НТМБ, можно сделать заключение, что к настоящему времени не существует универсальной методологии, достаточно чувствительной, быстрой и простой в исполнении. Только используя сочетание нескольких методов, можно достаточно точно и надёжно идентифицировать и дифференцировать микобактерии нетуберкулезного комплекса.

Цель исследования. Идентификация клинических штаммов нетуберкулезных микобактерий, циркулирующих в Центральном и Приволжском федеральных округах России и выбор оптимальной комбинации методов для определения видовой принадлежности.

Для достижения поставленной цели потребовалось решить ряд конкретных задач:

1. Охарактеризовать штаммы нетуберкулезных микобактерий с помощью культуральных и биохимических методов.

2. Провести видовую идентификацию штаммов НТМБ с помощью молеку-лярно-генетических методов.

3. Оценить дифференциально-диагностическую способность отдельных методов для идентификации микобактерий.

4. Определить лекарственную чувствительность клинических и лабораторных штаммов нетуберкулезных микобактерий к основным противотуберкулезным препаратам.

5. Создать коллекцию клинических штаммов нетуберкулезных микобактерий, охарактеризованных культуральными, биохимическими и молеку-лярно-генетическими методами.

Научная новизна работы.

Предложены комплексы методов для идентификации нетуберкулезных микобактерий: 1) ПЦР-секвенирование гена 16S рРНК, 2) рестрикционный анализ амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 16S-23S рибосомной ДНК и 3) высокопроизводительная жидкостная хроматография миколовых кислот (high performance liquid chromatography - HPLC). В случаях генетически близкородственных видов, как, например М. kansasii/M. gastri и М. ulcerans/M. marinum, имеющих сходные последовательности генов, но различающихся своими микробиологическими свойствами, рекомендуется применять сочетание генетических и микробиологических тестов. Создана коллекция нетуберкулезных микобактерий. Определена лекарственная чувствительность штаммов нетуберкулезных микобактерий к основным противотуберкулезным препаратам. Впервые проведено изучение клинических штаммов нетуберкулезных микобактерий, полученных от больных, проживающих в Центральном и Приволжском федеральных округах России, с помощью как традиционных микробиологических, так и современных мо-лекулярно-генетических методов.

Практическое значение работы.

Создана коллекция нетуберкулезных микобактерий, включающая 83 штамма, относящихся к десяти видам, которую можно использовать в качестве стандартной панели для определения видовой принадлежности клинических штаммов. Проведен анализ ряда основных методов, позволяющих осуществлять идентификацию НТМБ и их внутривидовую дифференциацию. Своевременная идентификация позволяет назначать больным, как туберкулезом, так и микобактериозами адекватную схему лечения или вносить в нее коррективы в течение нескольких суток.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Проведена сравнительная характеристика методов, используемых для идентификации НТМБ (ПЦР-секвенирование гена 16S рРНК, рестрик-ционный анализ амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 16S-23S рибосомной ДНК и HPLC) для применения в повседневной практике. Применение культуральных и биохимических тестов и ПЦР-секвенирование гена 16S рРНК в 99 % случаев позволяет определить видовую принадлежность НТМБ.

2. Обнаружена внутривидовая вариабельность вида М. fortuitum. При использовании метода рестрикционного анализа амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 16S-23S рибосомной ДНК выявлено пять геногрупп данного вида микобактерий.

3. При определении лекарственной устойчивости клинических и лабораторных штаммов НТМБ к основным противотуберкулезным препаратам - стрептомицину, изониазиду, канамицину, этамбутолу и рифам-пицину выявлена высокая устойчивость к этим препаратам.

4. Выявлено, что среди НТМБ, выделенных от больных легочной формой микобактериозов, проживающих в Центральном и Приволжском федеральных округах России, преобладают виды М. avium, М. intracellulare и М. катази. Создана коллекция НТМБ, включающая 83 штамма, относящихся к десяти видам.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Майорова, Ангелина Александровна

Выводы.

1. Определен видовой состав клинических штаммов нетуберкулезных микобактерий, выделенных от больных, проживающих в Центральном и Приволжском федеральных округах России. Создана коллекция штаммов нетуберкулезных микобактерий, охарактеризованная культуральными, биохимическими и молекулярно-биологическими методами

2. Показано, что каждый из использованных методов - ПЦР-секвенирование гена 168 рРНК, рестрикционный анализ амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 168238 рибосомной ДНК и НРЬС можно использовать для идентификации нетуберкулезных микобактерий.

3. Установлено, что для дифференциации некоторых генетически близкородственных видов, как, например М. катайи/М. gastri и М. и1сегат/М. тагтит, имеющих сходные последовательности генов, лучше осуществить с помощью культуральных и биохимических тестов

4. При рестрикционном анализе амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 168-238 рибосомной ДНК установлена внутривидовая вариабельность штаммов М. /огШИит. Выявлено пять различных геногрупп данного вида микобактерий

5. Определена лекарственная устойчивость клинических штаммов НТМБ. Лекарственной устойчивостью к пяти основным противотуберкулезным препаратам (стрептомицину, изониазиду, рифампицину, канамицину и этамбутолу) обладали следующие виды нетуберкулезных микобактерий: М. ске1опае/М. аЫсеБхт, М. /огШНит и М. аушт-сотр1ех. Штаммы М. Бсго/иШсеит чувствительны к рифампицину и канамицину, штаммы М. ше^таИъ чувствительны к этамбутолу и канамицину.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Майорова, Ангелина Александровна, 2007 год

1. Грузевский A.A. Современные данные о роли фотохромогенных микобак-терий в патологии человека (обзор литературы) // Проблемы туберкулеза. 1999. - №6. - Р. 58-61.

2. Дорожкова И.Р., И.М. Медведева. Проблема лекарственной устойчивости возбудителя туберкулёза на современном этапе // Туберкулёз и экология. -1997.-№2.-С.25-27.

3. Зыков М.П., Ильина Т.Б. Потенциально-патогенные микобактерии и лабораторная диагностика микобактериозов.- М.: Медицина, 1978. 176 с.

4. Ильина Т.С., Смирнов Г.Б. Мигрирующие генетические элементы и их роль в эволюции бактерий // В сб.: Итоги науки и техники, сер. Микро-биол.- 1979.-С.99-153.

5. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. Пер. с англ. / Под ред. Баева A.A., Скрябина К.Г. М.: Мир, 1984. - 479 с.

6. Методические рекомендации по проведению микробиологических исследований на туберкулез. М., 2001. С. 68.

7. Определитель бактерий Берджи: В 2 т. / Под ред. Дж Хоулта, Н. Крига, П. Снита, Дж. Стейли, С. Уиллнелса.: Пер. с англ. М.: Мир, 1997 - Т. 2. -368 с.

8. Оттен Т.Ф. Микобактериоз. Санкт-Петербург, 2005. - 224 с.

9. Приказ № 109 от 21 марта 2003 г. О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации. М.: Министерство здравоохранения РФ.

10. Туберкулез. Патогенез, защита, контроль / Под ред. Блума Б.Р.: Пер. с англ. М.: Медицина, 2002. - 696 с.

11. Филиповский А.В. Значение микобактерий комплекса avium intracellu-lare в инфекционной патологии (обзор литературы) // Проблемы туберкулеза. - 1999. - №5. - Р. 45-48.

12. Abshire R, Cockrum Р, Crider J. Topical antibacterial therapy for mycobacterial keratitis: potential for surgical prophylaxis and treatment // Clin. Therapeutics. 2004. - Vol. 26. - No. 2. - P. 191-196.

13. Adekambi Т., Drancourt M. Dissection of phylogenetic relationships among 19 rapidly growing Mycobacterium species by 16S rRNA, hsp65, sodA, recA and rpoB gene sequencing // IJSEM. 2004. - Vol. 54. - P. 2095-2105.

14. Allen B.W. Mycobacteria: general culture methodology and safety consideration // Methods in molecular biology, vol. 101: mycobacteria protocols. / Ed. by: T. Parish and T. G. Stoker. Totowa, NJ: Humana Press Inc. - 1998. - P. 15-31.

15. Au W.Y., Cheng V.C., Ho P.L., Yuen K.Y., Hung I., Ma S.Y., Lie A.K., Liang R., Kwong Y.L. Nontuberculous mycobacterial infections in Chinese hematopoietic stem cell transplantation recipients // Bone Marrow Transplant. 2003. -Vol. 32.-P. 709-714.

16. Bauer J., Andersen A.B., Kremer K., Miorner H. Usefulness of spoligotyping to discriminate IS6J JO low-copy-number Mycobacterium tuberculosis complex strains cultured in Denmark //J. Clin. Microbiol. 1999. - Vol. 37. - No. 8. - P. 2602-2606.

17. Brown-Elliott B.A., Wallace R.J., Jr. Clinical and taxonomic status of pathogenic nonpigmented or late-pigmenting rapidly growing mycobacteria // Clin. Microbiol. Rev. 2002. - Vol. 15. - No. 4. - P. 716-746.

18. Butler W.R., Guthertz L.S. Mycolic acid analysis by high-performance liquid chromatography for identification of Mycobacterium species // Clin. Microbiol. Rev. 2001. - Vol. 14. -No. 4. - P. 704-726.

19. Butt A.A., Janney A. Arthritis due to Mycobacterium fortuitum II Scand. J. Infect. Dis. 1998. - Vol. 30. - P. 525-527.

20. Cave D.M., Murray M., Nardell E. Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis // Tuberculosis and the tubercle bacillus. / Ed. by: Cole S.T., Eisenach K.D., Mc Murray D.N., Jacobs W.R., Jr. Washington: ASM Press. -2000. - P. 33-46.

21. Chang C.T., Wang L.Y., Liao C.Y., Huang S.P. Identification of nontubercu-lous mycobacteria existing in tap water by PCR-restriction fragment length polymorphism // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - Vol. 68. - No. 6. - P. 3159-3161.

22. Collins D. M., Stephens D. M. Identification of insertion sequence, IS 1081, in Mycobacterium bovis II FEMS Microbiol. 1991. - Vol. 31. - P. 11-16.

23. Collins D.M., Gicquel B. Genetics of mycobacterial virulence // Molecular genetics of mycobacteria. / Ed. by: Hatfull G.F. and Jacobs W.R., Jr. Washington: ASM Press. - 2000. - P. 173-190.

24. Cook V.J., Turenne C.Y., Wolfe J., Pauls R., Kabani A. Conventional methods versus 16S ribosomal DNA sequencing for identification of nontuberculous mycobacteria: cost analysis // J. Clin. Microbiol. 2003. - Vol. 41. - No. 3. - P. 1010-1015.

25. Covert T.C., Rodgers M.R., Reyes A.L., Stelma G.N. Occurrence of nontuberculous mycobacteria in environmental samples H Appl. Environ. Microbiol. -1999. Vol. 65. - No. 6. - P. 2492-2496.

26. Drobniewski F.A., Uttley A.H.C. Mycobacterial speciation // Methods in molecular biology, vol. 101: mycobacteria protocols. / Ed. by: T. Parish and T. G. Stoker. Totowa, NJ: Humana Press Inc. - 1998. - P. 323-349.

27. Ellis S.M., Hansell D.M. Imaging of non-tuberculous (atypical) mycobacterial pulmonary infection // Clin. Radiol. 2002. - Vol. 57. - P. 661-669.

28. El-Zaatari F.A.K., Osato M.S., Graham D.Y. Etiology of Crohn's disease: the role of Mycobacterium avium paratuberculosis // Trends Mol. Med. 2001. -Vol. 7.-No. 6.-P. 247-252.

29. Ergin A., Hascelik G. Non tuberculous mycobacteria (NTM) in patients with underlying diseases: results obtained by using polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis between 1997-2002 // New Microbiol. 2004. -Vol. 27. - P. 49-53.

30. Ergin A., Kocagoz T. and US D. Evaluation of 120 mycobacterial strains isolated from clinical specimens to the species level by polymerase chain reaction restriction enzyme analysis // Scand. J. Infect. Dis. - 2000. - Vol. 32. - P. 657-662.

31. Eriksson M., Bennet R., Danielsson N. Non-tuberculous mycobacterial lymphadenitis in healthy children: another "lifestyle disease"? // Acta Paediatr. -2001.-Vol. 90.-P. 1340-1342.

32. Falkinham J.O. III. Epidemiology of infection by nontuberculous mycobacteria // Clin. Microbiol. Rev. 1996. - Vol. 9. - No. 2. - P. 177-215.

33. Falkinham JO. III. Nontuberculous mycobacteria in the environment // Clin. Chest Med. 2002. - Vol. 23. - P. 529- 551.

34. Galassi L., Donato R., Tortoli E., Burrini D., Santianni D., Dei R. Nontuber-culous mycobacteria in hospital water systems: application of HPLC for identification of environmental mycobacteria // J. Water Health. 2003. - Vol. 1. -No. 3.-P. 133-139.

35. Gordon S. V., Heym B., Parkhill J., Barreil B., Cole S.T. New insertion sequences and a novel repeated sequence in the genome of Mycobacterium tuberculosis H37Rv // Microbiology. 1999. - No. 145. - P. 881-892.

36. Griffith D.E. Management of disease due to Mycobacterium kansasii // Clin. Chest Med. 2002. - Vol. 23. - P. 613- 621.

37. Harris N.B., Barletta R.G. Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in veterinary medicine I I Clin. Microbiol. Rev. 2001. - Vol. 14. - No. 3. - P. 489-512.

38. Haverkamp M.H., Arend S.M., Lindeboom J.A., Hartwig N.G., van Dissel J.T. Nontuberculous mycobacterial infection in children: a 2-year prospective surveillance study in the Netherlands // Clin. Infect. Dis. 2004. - Vol. 39. - P. 450-456.

39. Haverkort F. National atypical mycobacteria survey, 2000 // CDI. 2003. -Vol. 27.-No. 2.-P. 180-189.

40. Heginbothom M.L. The relationship between the in vitro drug susceptibility of opportunist mycobacteria and their in vivo response to treatment // Int. J. Tu-berc. Lung Dis. 2001. - Vol. 5. - P. 539-545.

41. Henry M.T., Inamdar L., O'Riordain D., Schweiger M., Watson J.P. Nontuberculous mycobacteria in non-HIV patients: epidemiology, treatment and response // Eur. Respir. J. 2004. - Vol. 23. - P. 741-746.

42. Hidaka E., Honda T., Ueno I., Yamasaki Y., Kubo K., Katsuyama T. Sensitive identification of mycobacterial species using PCR-RFLP on bronchial washings // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2000. - Vol. 161. - P. 930-934.

43. Hoenerhoff M., Kiupel M., Sikarskie J., Bolin C., Simmons H., Fitzgerald S. Mycobacteriosis in an american bald eagle (Haliaeetus leucocephalus) // Avian Diseases. 2003. - Vol. 48. - No. 2. - P. 437-441.

44. Holland SM. Nontuberculous Mycobacteria // Am. J. Med. Sci. 2001. - Vol. 321.-No. 1.-P. 49-55.

45. Huang T.-S., Lee S.S.-J., Chen Y.-S., Tu H.-Z., Huang W.-K., Liu Y.-C. Discordant molecular characterization results in a Mycobacterium avium complex strain isolated from an AIDS patient // J. Med. Microbiology. 2005. - Vol. 54. -P. 681-683.

46. Katoch V.M. Infections due to non-tuberculous mycobacteria (NTM) // Indian J. Med. Res. 2004. - Vol. 120. - P. 290-304.

47. Kelly P.M., Scott L., Krause V.L. Tuberculosis in east timorese refugees: implications for health care needs in East Timor // Int. J. Tuberc. Lung Dis. -2002. Vol. 6.-No. 11.-P. 980-987.

48. Kennedy M.P., O'Connor T.M., Ryan C., Sheehan S., Cryan B., Bredin C. Nontuberculous mycobacteria: incidence in Southwest Ireland from 1987 to 2000 // Respir. Med. 2003. - Vol. 97. - P. 257-263.

49. Kent P. T., Kubica G.P. Public health Mycobacteriology. A guide for the level III laboratory. Atlanta: Center for Disease Control, PHS, HEW, 1985. - 210 p.

50. Kirschner P., Böttger E.C. Species identification of Mycobacterium using rDNA sequencing //Methods in molecular biology, vol. 101: mycobacteria protocols. / Ed. by: T. Parish and T. G. Stoker. Totowa, NJ: Humana Press Inc. -1998.-P. 349-361.

51. Klein J.L., Brown T.J., French G.L. Rifampin resistance in Mycobacterium kansasii is associated with rpoB mutations I I Antimicrob. Agents Chemother. -2001. Vol. 45. - No. 11. - P. 3056-3058.

52. Kremer L., Baulard A.R., Besra G.S. Genetics of mycolic acid biosynthesis // Molecular genetics of mycobacteria. / Ed. by: Hatfull G.F. and Jacobs W.R., Jr. Washington: ASM Press. - 2000. - P. 173-190.

53. Lappayawichit P., Rienthong S., Rienthong D., Chuchottaworn C., Chaiprasert A., Panbangred W., Saringcarinkul H., Palittapongarnpim P. Differentiation of

54. Mycobacterium species by restriction enzyme analysis of amplified 16S-23S ri-bosomal DNA spacer sequences // Tuber. Lung Dis. 1996. - Vol. 77. - P. 257263.

55. Le Dantec C., Duguet J-P., Montiel A., Dumoutier N., Dubrou S., Vincent V. Chlorine disinfection of ftypical mycobacteria isolated from a water distribution system // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - Vol. 68. - No. 3. - P. 10251032.

56. Lee H., Park H.-J., ChoO S.-N., Bai G.-H., Kim S.-J. Species identification of Mycobacteria by PCR-restriction fragment length polymorphism of the rpoB gene// J. Clin. Microbiol. 2000. - Vol. 38. - No. 8. - P. 2966-2971.

57. Legrand E., Filliol I., Sola C., Rastogi N. Use of spoligotyping to study the evolution of the direct repeat locus by IS6110 transposition in Mycobacterium tuberculosis II J. Clin. Microbiol. 2001. - Vol. 39. - No. 4. - P. 1595-1599.

58. Leitritz L., Griese M., Roggenkamp A., Geiger A.M., Fingerle V., Heesemann J. Prospective study on nontuberculous mycobacteria in patients with and without cystic fibrosis // Med. Microbiol. Immunol (Berl). 2004. - Vol. 193. - P. 209-217.

59. Marras T.K., Daley C.L. Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria // Clin Chest Med. 2002. - Vol. 23. - P. 553-67.

60. Marras TK., Daley CL. A systematic review of the clinical significance of pulmonary Mycobacterium kansasii isolates in HIV infection I I J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2004. - Vol. 36. - No. 4. - P. 883-889.

61. McGarvey J., Bermudez L.E. Pathogenesis of nontuberculous mycobacteria infections // Clin. Chest. Med. 2002. - Vol. 23. - P. 569- 583.

62. McGarvey J.A., Bermudez L.E. Phenotypic and genomic analyses of the Mycobacterium avium complex reveal differences in gastrointestinal invasion and genomic composition // Infect. Immun. 2001. - Vol. 69. - No. 12. - P. 72427249.

63. Nolt D., Michaels M.G., Wald E.R. Intrathoracic disease from nontuberculous mycobacteria in children: two cases and a review of the literature // Pediatrics.2003. Vol. 112. - No. 5. - P 434-439.

64. O'Brien D.P., Currie B.J., Krause V.L. Nontuberculous mycobacterial disease in northern Australia: a case series and review of the literature // Clin. Infect. Dis. 2000. - Vol. 31. - P. 958-967.

65. Ohkusu K., Bermudez L.E., Nash K.A., MacGregor R.R, Inderlied C.B. Differential virulence of Mycobacterium avium strains isolated from HIV-infected patients with disseminated M. avium complex disease // JID. 2004. - Vol. 190. -P. 1347-1354.

66. Parish, T., and N. G. Stoker. Mycobacteria bugs and bugbears // Methods in molecular biology, vol. 101: mycobacteria protocols. / Ed. by: T. Parish and T. G. Stoker. Totowa, NJ: Humana Press Inc. - 1998. - P. 1-13.

67. Pfiffer G.E., Brown-Elliot B.A., Wallace R.J., Jr. General characteristic of Mycobacteria // Manual of clinical microbiology. / Ed. by: Murray P., and others. Washington: ASM Press. - 2003. - P. 532-559.

68. Phillips M.S., von Reyn C.F. Nosocomial infections due to nontuberculous mycobacteria I I Clin. Infect. Dis. 2001. - Vol. 33. - P. 1363-1374.

69. Primm T.P., Lucero C. A., Falkinham III J.O. Health impacts of environmental Mycobacteria // Clin. Microbiol. Rev. 2004. - Vol. 17. - No. 1. - P. 98-106.

70. Queipo J. A., Broseta E., Santos M., Sánchez-Plumed J., Budía A., Jiménez-Cruz F. Mycobacterial infection in a series of 1261 renal transplant recipients // Clin. Microbiol. Infect. -2003. Vol. 9. - P. 518-525.

71. Reilly A.F., McGowan K.L. Atypical Mycobacterial infections in children with cancer // Pediatr. Blood Cancer. 2004. - Vol. 43. - P. 698-702.

72. Rieder H.L. Interventions for Tuberculosis Control and Elimination // International union against tuberculosis and lung disease. 2002. - Paris. France. -251 p.

73. Ringuet H., Akoua-Koffi C., Honore S., Varnerot A., Vincent V., Berche P., Gaillard J.L., Pierre-Audigier C. hsp65 sequencing for identification of rapidly growing mycobacteria // J. Clin. Microbiol. 1999. - Vol. 37. - No. 3. - P. 852-857.

74. Rodríguez J.C., Cebrián L., López M., Ruiz M., Royo G. Mutant prevention concentration: a new tool for choosing treatment in nontuberculous mycobacterial infections // Int. J. Antimicrobial Agents. 2004. - Vol. 24. - No. 1. - P. 352-356.

75. Ruiz M., Rodríguez J.C., Escribano I., García-Martínez J., Rodriguez-Valera F., Royo G. Application of molecular biology techniques to the diagnosis ofnontuberculous mycobacterial infections // APMIS. 2001. - Vol. 109. - No. 12.-P. 857-864.

76. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1977. - Vol. 74. - P. 5463-5467.

77. Scorpio A., Lindholm-Levy P., Heifets L., Gilman R., Sddiqi S., Cynamon M., Zhang Y. Characterization of pncA mutations in pyrazinamide-resistant Mycobacterium tuberculosis II Antimicrob. Agents Chemother. 1997. - Vol. 41. -No. 3. - P. 540-543.

78. Sebban M., Mokrousov I., Rastogi N., Sola C. A data-mining approach to spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis II Bioinformatics. 2002. - Vol. 18. - No. 2. - P. 235-243.

79. Selby W. Pathogenesis and therapeutic aspects of Crohn's disease // Veterinary Microbiology. 2000. - Vol. 77. - P. 505-511.

80. Shinnick T.M., Good R.C. Mycobacterial taxonomy // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 1994. - Vol. 13. - No. 11. - P. 884-901.

81. Smith M.B., Schnadig V.J., Boyars M.C., Woods G.L. Clinical and pathologic features of Mycobacterium fortuitum infections. An emerging pathogen in pa-tientsw AIDS // Am. J. Clin. Pathol. 2001. - Vol. 116. - P. 225-232.

82. Sola C., Devallois A., Horgen L., Maisetti J., Filliol I., Legrand E., Rastogi N. Tuberculosis in the Caribbean: using spacer oligonucleotide typing to understand strain origin and transmission // Emerg. Infect. Dis. 1999. - Vol. 5. - P. 404-414.

83. Somoskovi A., Mester J., Hale Y.M., Parsons L.M., Salfinger M. Laboratory diagnosis of nontuberculous mycobacteria // Clin. Chest. Med. 2002. - Vol. 23. - No. 3. - P. 585-597.

84. Spyridis P., Maltezou H.C., Hantzakos A., Scondras C., Kafetzis D.A. Mycobacterial cervical lymphadenitis in children: clinical and laboratoryfactors of importance for differential diagnosis // Scand. J. Infect. Dis. 2001. - Vol. 33. -P. 362-366.

85. Tanaka M. T., Small P.M., Salamon H., Feldman M.W. The dynamics of repeated elements: Applications to the epidemiology of tuberculosis // PNAS. -2000. Vol. 97. - No. 7. - P. 3532-3537.

86. Telenti A. Genetics of drug resistance in tuberculosis // Tuberculosis. 1997. -Vol. 18.-No. 1.-P. 55-64.

87. Thomsen V.O., Andersen A.B., Miorner H. Incidence and clinical significance of non-tuberculous mycobacteria isolated from clinical specimens during a 2-y nationwide survey // Scand. J. Infect. Dis. 2002. - Vol. 34. - P. 648-653.

88. Turenne C.Y., Tschetter L., Wolfe J., Kabani A. Necessity of quality-controlled 16S rRNA gene sequence databases: identifying nontuberculous Mycobacterium species 11 J. Clin. Microbiol. 2001. - Vol. 39. - No. 10. - P. 3637-3648.

89. Wagner D., Young L.S. Nontuberculous mycobacterial infections: a clinical review // Infection. -2004. Vol. 32. - No. 5. - P. 257-270.

90. Wallace R.J., Jr, Brown B.A., Griffith D.E. Nosocomial outbreaks/pseudo-outbreaks caused by nontuberculous mycobacteria // Annu. Rev. Microbiol. -1998.-Vol. 52.-P. 453-490.

91. Wallace R.J., JR., Brown-Elliott B.A., Ward S.C., Crist C.J., Mann L.B., Wilson R.W. Activities of linezolid against rapidly growing mycobacteria // An-timicrob. Agents Chemother. 2001. - Vol. 45. - No. 3. - P. 764-767.

92. Weinstock D.M., Feinstein M.B., Sepkowitz K.A., Jakubowski A. High rates of infection and colonization by nontuberculous mycobacteria after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation // Bone Marrow Transplant. 2003. -Vol. 31.-P. 1015-1021.

93. Woods G.L. Susceptibility testing for mycobacteria // CID. 2000. - Vol. 31. -P.1209-1215.

94. Woods G.L. The mycobacteriology laboratory and new diagnostic techniques // Infect. Dis. Clin. North Am. 2002. - Vol. 16. - No. 1. - P. 127-144.

95. Zhang Y., Mann L.B., Wilson R.W., Brown-Elliott B.A., Vincent V., Iinuma Y., Wallace R.J., Jr. Molecular analysis of Mycobacterium kansasii isolates from the United States // J. Clin. Microbiol. 2004. - Vol. 42. - No. 1. - P. 119-125.