Идентификация, клонирование и исследование молекулярных маркеров генома гороха тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Ковеза, Оксана Владимировна

• Ковеза, Оксана Владимировна
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Ковеза, Оксана Владимировна

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Молекулярные маркеры и их использование для исследования генома растений.

1.2. ПДРФ-маркеры.

1.3. Полимеразная цепная реакция.

1.4. ДНК-маркеры, основанные на полимеразной цепной реакции.

1.5. Использование RAPD-метода в исследовании генома растений.

1.6. SCAR-маркеры и проблемы, связанные с их получением.

1.7. Системы обнаружения известных точковых мутаций.

1.8. Генетическая карта посевного гороха (Pisum sativum L.).

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Характеристика растительного материала.

2.2. Получение гибридов Fin расщепляющихся популяций F2.

2.3. Выделение тотальной ДНК из листьев гороха.

2.4. Метод ПЦР с использованием коротких случайных праймеров (RAPD-метод).

2.5. Клонирование RAPD-фрагментов.

2.5.1. Получение ДНК-фрагментов для клонирования.

2.5.2. Лигирование фрагментов ДНК с pGEM-T вектором.

2.5.3. Приготовление компетентных клеток E.coli.

2.5.4. Трансформация E.coli (штамм JM109) плазмидной ДНК.

2.6. Метод выделения плазмидной ДНК.

2.7. Анализ векторной ДНК на наличие требуемых вставок.

2.8. Секвенирование клонированных фрагментов.

2.9. Анализ нуклеотидных последовательностей.

2.10. Создание SCAR-маркеров.

2.10.1. Подбор праймеров для амплификации специфических фрагментов ДНК.

2.10.2.Реакция амплификации с использованием SCAR-праймеров.

2.10.3.Подготовка ПЦР-фрагментов для рестрикции.

2.10.4.Рестрикция ПЦР-фрагментов.

2.11. Массовый сегрегационный анализ.

2.12. Математическая обработка данных.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Картирование гена Ха-18 у гороха с помощью морфологических маркеров.

3.2. Выявление RAPD-маркеров в ДНК гороха.

3.3. Изучение наследования полиморфных RAPD-фрагментов.

3.4. Количественная оценка RAPD-полиморфизма и построение дендрограмм.

3.5. Поиск RAPD-маркеров, сцепленных с некоторыми генами гороха.

3.6. Создание и изучение SCAR-маркеров.

3.6.1. Получение SCAR-маркера из К10#950 RAPD-фрагмента.

3.6.2. Получение SCAR-маркера из В474#800 RAPD-фрагмента.

3.6.3. Получение SCAR-маркера из R03# 1800 RAPD-фрагмента.

3.6.4. Получение SCAR-маркера из Рг10#820 RAPD-фрагмента.

3.6.5. Получение SCAR-маркера из К8#620 RAPD-фрагмента.

3.6.6. Получение SCAR-маркера из Е16#860 RAPD-фрагмента.

3.6.7. Получение SCAR-маркера из R06#470 RAPD-фрагмента.

3.6.8. Получение SCAR-маркера из В474#550 RAPD-фрагмента.

3.6.9. Получение SCAR-маркера из R11#540 RAPD-фрагмента.

3.6.10.Получение SCAR-маркера из Рг10#660 RAPD-фрагмента.

3.6.11.Получение SCAR-маркера из D6#550 RAPD-фрагмента.

3.6.12.Получение SCAR-маркера из Рг10#340 RAPD-фрагмента.

3.6.13. Получение SCAR-маркера из R06# 1100 RAPD-фрагмента.

3.6.14.Получение SCAR-маркера из V03#800 RAPD-фрагмента.

3.7. Анализ нуклеотидных последовательностей фрагментов, использованных для получения SCAR-маркеров.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Идентификация, клонирование и исследование молекулярных маркеров генома гороха»

Актуальность проблемы. В последние десятилетия применение молекулярных маркеров в генетике растений получило широкое распространение. Разнообразные методы получения молекулярных маркеров позволили решить проблему недостатка морфологических маркеров, используемых для картирования классической генетикой.

Наличие огромного числа молекулярных маркеров дает возможность эффективно выявлять и картировать интересующие исследователей мутации по всему геному, в том числе и у гороха (Pisum sativum L.), геном которого отличается значительной сложностью.

Более того, разработка и изучение ДНК-маркеров является принципиально новым этапом исследования генома растений, поскольку они выявляют полиморфизм на уровне самой структуры ДНК и позволяют выйти на конкретные последовательности генома.

Одним из методов получения молекулярных маркеров является RAPD-метод (random amplified polymorphic DNA) - метод полимеразной цепной реакции с короткими случайными праймерами [Williams et al., 1990]. Данный метод позволяет быстро выявлять большое количество маркеров, распределенных по всему геному, является достаточно простым и дешевым, чем и объясняется его довольно широкое использование.

Однако RAPD-анализ выявляет анонимные участки генома, природа которых до конца не известна.

Для того, чтобы выйти на конкретные геномные последовательности, на основе RAPD-фрагментов были разработаны SCAR-маркеры (sequence characterized amplified region) [Kesseli et al., 1993]. Превращение RAPD-маркеров в SCAR сопровождается клонированием и секвенированием RAPD-продуктов. На основании данных сиквенса синтезируются два более длинных (обычно 20-25-нуклеотидных) SCAR-праймера, соответствующие концам RAPD-фрагмента и, как правило, включающие в себя исходные RAPD-праймеры. SCAR-праймеры с высокой специфичностью и воспроизводимостью обычно амплифицируют одну полосу, а не целый спектр фрагментов, как в случае RAPD-метода, и позволяют идентифицировать определенные участки ДНК.

В связи с этим представляло интерес получить RAPD-маркеры, характеризующие определенные линии и сорта гороха, либо сцепленные с различными мутациями генома гороха, и использовать их для создания SCAR-маркеров. Подобный методический подход даст возможность не только генотипировать различные линии и сорта гороха, но и выйти на определенные последовательности генома, соседствующие с наиболее интересными и физиологически значимыми генами, что является важным шагом на пути клонирования этих генов и понимания структуры генома гороха.

Цель и задачи исследования. Целью данной работа являлся поиск новых молекулярных маркеров (RAPD и SCAR) и их использование для изучения генома гороха. Для решения этой проблемы были поставлены следующие задачи:

1. Выявить полиморфные RAPD и SCAR-маркеры в ДНК различных линий, сортов и мутантов гороха из генетической коллекции кафедры генетики МГУ и изучить их наследование.

2. Осуществить картирование молекулярных маркеров.

3. Клонировать и секвенировать полиморфные RAPD-фрагменты и провести анализ их нуклеотидной последовательности.

4. Из полиморфных RAPD-маркеров получить SCAR-маркеры. Изучить их природу, а также использовать полученные SCAR-маркеры для генотипирования различных линий, сортов и мутантов гороха.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Ковеза, Оксана Владимировна

ВЫВОДЫ.

1. С помощью RAPD-метода, при использовании 23 праймеров выявлен внутривидовой ДНК-полиморфизм у двадцати сортов, четырех линий и десяти мутантов гороха. Обнаружены полиморфные RAPD-фрагменты, характерные для определенных сортов, линий и мутантов гороха, которые могут быть использованы для идентификации разных генотипов, для построения филогенетических дендрограмм и для генанализа.

2. Найдено 10 RAPD-маркеров, сцепленных с генами A, R, Tl, СЫ-15 и Ха-18. Рассчитаны генетические расстояния между RAPD-маркерами и генами, с которыми они сцеплены, а также определено взаимное расположение RAPD-маркеров на хромосомах.

3. Клонированы и секвенированы 14 полиморфных RAPD-фрагментов гороха. Установлена гомология исследованных фрагментов с некоторыми известными последовательностями (некодирующая часть гена халконсинтазы гороха PsCHS4, части повторяющихся элементов гороха и других бобовых). Последовательности шести RAPD-фрагментов загружены в базу данных GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov').

4. На основании данных сиквенса 14 клонированных RAPD-фрагментов получено 12 SCAR-маркеров.

5. Установлено, что одиннадцать из двенадцати SCAR-маркеров наследовались, подобно исходным RAPD-маркерам, как простые доминантные признаки.

6. Установлен полиморфизм полученных SCAR-маркеров в различных линиях, сортах и мутантах гороха. Впервые SCAR-маркеры были использованы для идентификации различных линий, сортов и мутантов гороха.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В последнее время применение молекулярных маркеров в генетике растений получило широкое распространение. Паспортизация различных геномов растений, изучение филогенетических отношений, маркирование хозяйственно важных генов, составление генетических карт, клонирование - ряд проблем, которые решаются с помощью молекулярных маркеров.

Проведенное исследование демонстрирует получение молекулярных маркеров с помощью RAPD-метода и их использование в работе по картированию, для определения родственных связей между различными линиями и сортами гороха, а также для маркирования различных генотипов гороха.

Для получения RAPD-маркеров, полиморфных между различными линиями, сортами и мутантами гороха, было проведено исследование RAPD-методом ДНК двадцати сортов, четырех линий и десяти мутантов гороха с использованием 23 праймеров. Были получены полиморфные RAPD-фрагменты, характерные для определенных мутантов, линий и сортов гороха, которые могут быть использованы для идентификации данных генотипов.

С целью проверки воспроизводимости полученных результатов, эксперимент с использованием каждого из праймеров был повторен не менее трех раз. Показана воспроизводимость результатов, получаемых RAPD-методом.

Все линии, сорта и мутанты, используемые в работе, были исследованы на гомогенность. Для этого RAPD-методом с использованием пяти различных праймеров было исследовано по 10 индивидуальных растений всех использованных в работе линий, сортов и мутантов гороха. Показана мономорфность по RAPD-спектрам данных линий и сортов, что свидетельствует об отсутствие внутрисортовой и внутрилинейной изменчивости.

Была проведена проверка наследуемости некоторых RAPD-фрагментов, полиморфных между различными линиями, сортами и мутантами гороха. Показано, что исследуемые RAPD-фрагменты являются доминантными и наследуются в соответствии с законами Менделя, что согласуется с литературными данными [Waugh and Powell, 1992; Tingey et al., 1993].

Используя данные, полученные при изучении RAPD-полиморфизма, были рассчитаны генетические расстояния между различными сортами, линиями и мутантами гороха, исходя из которых была построена генеалогическая дендрограмма, отражающая степень различий между RAPD-спектрами исследуемых объектов. Дивергенция между различными сортами гороха составила в среднем 18.7%. Средний уровень различий между мутантами и исходными сортами, а также между родственными мутантами, полученными из одного сорта, составил 7.6%, что достаточно хорошо согласуется с предыдущими работами [Кокаева и др., 1998].

С использованием массового сегрегационного анализа был осуществлен поиск RAPD-маркеров, сцепленных с различными генами гороха. Найдено 10 RAPD-маркеров, сцепленных с генами Chl-15, А, Ха-18, R и 77. При помощи компьютерной программы MAPMAKER 3.0. были рассчитаны генетические расстояния между RAPD-маркерами и генами, с которыми они сцеплены, а также определено взаимное расположение RAPD-маркеров на хромосомах.

С целью создания более специфических маркеров, характеризующих конкретные участки генома гороха, RAPD-фрагменты, обнаружившие сцепление с генами гороха, а также те RAPD-маркеры, наследуемость которых была показана в предыдущей части работы, были клонированы и секвенированы. На основании данных о нуклеотидной последовательности для каждого из фрагментов были подобраны и синтезированы два праймера размером от 18 до 24 нуклеотидов, соответствующие концам RAPD-фрагмента (собственно SCAR-праймеры) или более внутренним его районам (внутренние SCAR-праймеры), которые использовали для амплификации SCAR-маркеров.

Для 12 из 14 RAPD-фрагментов, выбранных для создания SCAR-маркеров, были получены полиморфные SCAR-маркеры.

Из двух RAPD-фрагментов SCAR-маркеры получить не удалось. Для них можно говорить лишь о получении STS-маркеров, маркирующих определенные последовательности генома гороха, которые мы можем изучать и амплифицировать, используя данные сиквенса, полученные для этих двух фрагментов. Но данные STS-маркеры, в отличие от SCAR-маркеров, не являются генетическими маркерами, поскольку они не полиморфны между различными линиями, сортами и мутантами гороха.

Сразу получить SCAR-маркеры, проявляющие полиморфизм при проведении ПЦР при температурах отжига, подобранных по Oligo 4.0 удалось только для двух фрагментов. Во всех остальных случаях наблюдалась потеря исходного RAPD-полиморфизма.

Исчезновение полиморфизма при создании SCAR-маркеров -известное явление, довольно часто встречающееся в литературе [Kesseli et al., 1993; Deng et al., 1997; Laroche et al., 2000].

Для восстановления полиморфизма были предприняты такие подходы, описанные в литературе, как изменение параметров ПЦР

J I температуры отжига, количества циклов ПЦР, концентрации ионов Mg ) [Paran and Michelmore, 1993; Deng et al., 1997; Jiang and Sink, 1997; Weng et al., 1998], рестрикция продуктов амплификации [Paran and Michelmore, 1993; Deng et al., 1997; Dax et al.,1998; Komatsuda et al., 1998], а также подбор новых пар праймеров [Barzen et al., 1997; Laroche et al., 2000; Zijlstra, 2000]. Путем изменения параметров ПЦР было получено девять полиморфных SCAR-маркеров.

Впервые с целью выявления полиморфизма SCAR-фрагментов был применен метод введения единичных нуклеотидных замен в SCAR-праймер. Данный подход применялся ранее для обнаружения лишь известных мутаций, положение которых на матрице ДНК уже было определено предварительно [Newton et al., 1989]. Это обусловливало конструкцию праймера и место введения нуклеотидных замен. При создании же SCAR-маркеров, положение мутаций, давших начало полиморфизму, точно не известно, поэтому место введения нуклеотидных замен в праймер приходится выбирать более произвольно, что снижает шансы получения положительных результатов. Используя данный метод в сочетании с увеличением температуры отжига и уменьшением количества циклов, для одного из фрагментов удалось получить полиморфный SCAR-маркер.

Результаты проведенных исследований показали, что большинство из полученных SCAR-маркеров проявляет полиморфизм в довольно жестких условиях. Так, только три из полученных двенадцати SCAR-маркеров являются полиморфными в довольно широких температурных пределах. Все остальные SCAR-маркеры требуют более или менее жестких условий для проявления полиморфизма.

Изучение амплификации SCAR-маркеров в разных генотипах гороха при различных температурах отжига и сравнение с амплификацией исходных RAPD-фрагментов в этих же генотипах может служить косвенным подходом к изучению природы RAPD-полиморфизма. Так, в случаях, когда полиморфизм у SCAR-маркера проявляется в довольно жестких условиях реакции, можно предположить, что исходный RAPD-полиморфизм был вызван точковой мутацией в сайте отжига праймера. При более крупных перестройках генома, захватывающих сайты отжига праймеров, полиморфизм SCAR-маркеров проявляется в более широких температурных пределах. Проведенная работа показала, что для большинства полиморфных RAPD-фрагментов их полиморфизм был вызван, по-видимому, точковыми мутациями в сайте отжига праймеров, и только в трех случаях - более крупными перестройками.

Было изучено наследование полученных SCAR-маркеров в первом и втором поколениях.

За исключением V03#800 маркера, наследование полученных SCAR-маркеров совпадало с наследованием исходных RAPD-фрагментов. SCAR-маркеры присутствовали в ДНК всех исследованных образцов F1, а также в ДНК тех же самых растений F2, что и исходные RAPD-маркеры. Подобно исходным RAPD-маркерам, полученные SCAR-маркеры являлись доминантными и наследовались в соответствии с законами Менделя.

Несовпадение наследования RAPD и SCAR-маркера V03#800 может быть связано с возможной гетерозиготностью одной из родительских линий по сайту отжига полученных SCAR-праймеров, а также наличием еще одного локуса, обеспечивающего отжиг SCAR-, но не RAPD-праймеров, в геноме данной линии.

Исследование различных линий, сортов и мутантов гороха на наличие / отсутствие полученных SCAR-маркеров показало, что для большинства SCAR-маркеров их амплификация в различных геномах совпадает с исходными RAPD-маркерами. Но для пяти из двенадцати полученных SCAR-маркеров, их наличие / отсутсвие не совпадало с исходными RAPD-маркерами для ряда сортов, линий и мутантов гороха.

Данные о наличии SCAR-маркеров в различных линиях, сортах и мутантах гороха можно использовать для планирования скрещиваний в работе по картированию, а также для идентификации большинства исследованных линий, сортов и мутантов гороха. Следует отметить переход от сложных RAPD-спектров к амплификации одного продукта ПЦР, что значительно облегчает анализ больших выборок на наличие и отсутствие исследуемого фрагмента.

Для более глубокого понимания природы RAPD-фрагментов, а также для дальнейшего изучения генома гороха был проведен анализ нуклеотидных последовательностей RAPD-фрагментов, использованных для получения SCAR-маркеров. Анализ показал, что из 14 RAPD-фрагментов 5 обнаружили значительную гомологию с известными последовательностями. Причем только один из них проявил гомологию со структурным геном гороха. Другая часть этого же фрагмента, а также четыре других скорее всего являются частями ретротранспозонов или неких ретротранспозоноподобных последовательностей.

Полученные результаты свидетельствуют о довольно большом количестве ретротранспозонов в геноме гороха, что согласуется с литературными данными [Kato et al., 1999; Pearce et al., 2000; Neumann et al., 2001].

Таким образом, данная работа демонстрирует использование RAPD-метода для получения полиморфных маркеров, характерных для определенных генотипов гороха, показывает эффективность применения массового сегрегационного анализа в сочетании с RAPD-методом для обнаружения маркеров, сцепленных с интересующими генами, демонстрирует возможность создания SCAR-маркеров из полиморфных RAPD-фрагментов и их использование для идентификации различных линий, сортов и мутантов гороха, а также для изучения генома гороха.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Ковеза, Оксана Владимировна, 2003 год

1. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А. «Полиморфизм ДНК в популяционной генетике». Генетика 38(9): 1173-1195, 2002

2. Гавриленко Т.А., Дорохов Д.Б., Никуленкова Т.В. «Характеристика межродовых соматических гибридов томата Lycopersicon Esculentum Mill, и неклубеньковых видов картофеля серии Etuberosa». Генетика 30(12): 1605-1615, 1994

3. Гостимский С.А., Карвовская Е.А., Синещеков В.А., Беляева О.Б. «Электронно-микроскопические и спектральные свойства желтых летальных мутантов гороха». Генетика 28(1): 124-132, 1982

4. Гостимский С.А., Кокаева З.Г., Боброва В.К. «Использование молекулярных маркеров для анализа генома растений». Генетика 35(11): 1538-1549, 1999

5. Дорохов Д.Б., Клоке Э. «Быстрая и экономичная технология RAPD анализа растительных геномов». Генетика 33(4): 443-450, 1997

6. Ежова Т.А., Гостимский С.А. «Генетический анализ хлорофильных мутантов гороха». Генетика 25(4): 691-700, 1979

7. ЕжОва Т.А., Солдатова О.П., Пенин А.А., Шестаков С.В. «Молекулярно-генетическое картирование генома растений». Москва, 2002.

8. Журавлев Ю.Н., Козыренко М.М., Артюкова Е.В., Реунова Г.Д., Музарок Т.И., Еляков Г.Б. «ПЦР-генетическое типирование женьшеня с использованием произвольных праймеров». Доклады Академии Наук, т.349, №1: 111-114, 1996

9. Калинин В.Н., Шипицина Г.И., Кикодзе М.Л., Рубцов П.М., Свердлова П.С., Скрябин К.Г., Логачев М.Ф., Князев Ю.А. «Использование генов гормона роста для диагностики заболевания карликовостью». Мол. генет. микробиол. и вирусология №6: 30-32, 1988

10. Кокаева З.Г., Боброва В.К., Вальехо-Роман К.М., Гостимский С.А., Троицкий А.В. «RAPD-анализ сомаклональной и межсортовой изменчивости гороха». Доклады Академии Наук 355(1): 1-7, 1997

11. Кокаева З.Г., Боброва В.К., Петрова Т.В., Гостимский С.А., Троицкий А.В. «Генетический полиморфизм сортов, линий и мутантов гороха по данным RAPD-анализа». Генетика 34(6): 771-777, 1998

12. Конарев В.Г., Гаврилюк Н.К., Губарева и др., под ред. Конарева В.Г. «Молекулярно-биологические аспекты прикладной ботаники, генетики и селекции». М.: Колос, 1993

13. Кочиева Е.З., Оганисян А.С., Рысков А.П. «RAPD-маркеры генома картофеля: клонирование и использование для определения межвидовых и межсортовых различий». Молекулярная биология 33(5): 893-897, 1999

14. Кочиева Е.З., Рыжова Н.Н., Храпалова И.А., Пухальский В.А. «Использование метода RAPD анализа в определении генетического полиморфизма и филогенетических связей у представителей рода Lycopersicon (Tourn.) Mill.». Генетика 38(9): 1298-1303, 2002

15. Малышев С.В., Картель Н.А. «Молекулярные маркеры в генетическом картировании растений». Молекулярная биология 31(62): 197-208, 1997

16. Манниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. «Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование». Москва, «Мир», 1984

17. Патрушев Л.И., Зыкова Е.С., Каюшин A.JL, Коростелева М.Д., Мирошников А.И. "Новая тест-система ДНК диагностики для идентификации гомозиготных и гетерозиготных точковых мутаций". Биоорган. Химия 24: 194-200, 1998

18. Саматадзе Т.Е., Муравенко О.В., Зеленин А.В., Гостимский С.А. «Идентификация хромосом генома гороха (Pisum sativum L.) по рисунку С-окраски». Доклады академии наук 387(5): 714-717, 2002

19. Серебровский А.С. «Генетический анализ». М.: Наука, 1970

20. Сиволап Ю.М., Календарь Р.Н. «Генетический полиморфизм ячменя, выявленный ПЦР с произвольными праймерами». Генетика 31(10): 1358-1364, 1995

21. Сиволап Ю.М., Календарь Р.Н., Нецветаев В.П. «Использование продуктов полимеразной цепной реакции для картирования генома ячменя {Hordeum vulgare L.)». Генетика 33(1): 53-60, 1997

22. Сиволап Ю.М., Солоденко А.Е., Бурлов В.В. «RAPD-анализ молекулярно-генетического полиморфизма подсолнечника (Helianthus annuus)». Генетика, т.34, № 2: 266-271, 1998

23. Сулимова Г.Е., Салменкова Е.А., Политов Д.В., Зинченко В.В., Глазер В.М. «Практикум по полиморфизму ДНК и белков». Москва, 2002

24. Фучжуи JL, Гостимский С.А. «Исследование транслокаций у гороха». Генетика, 34(9): 1-8, 1998

25. Хлесткина Е.К., Салина Е.А., Леонова И.Н., Лайкова Л.И., Коваль С.Ф. «Использование RAPD- и STS-анализа для маркирования генов пятой гомеологической группы хромосом мягкой пшеницы». Генетика, т.35, №35: 1349-1357, 1999

26. Шишкин С.С., Калинин В.Н. «Медицинские аспекты биохимической и молекулярной генетики». Москва, 1992

27. Abd-Elsalam К.А. "Bioinformatic tools and guideline for PCR primer design". African Journal of Biotechnology 2(5): 91-95, 2003

28. Asakura N., Nakamura C., and Ohtsuka I. "RAPD markers lined to the nuclear gene from Triticum tiropheevii that confers compatability with Aegilops squarrosa cytoplasm on alloplasmic durum wheat". Genome 40: 201-210, 1997

29. Bai Y., Michaels Т.Е. and Pauls K.P. "Identification of RAPD markers linked to common bacterial blight resistant genes in Phaseolus vulgaris L." Genome 40: 544-551, 1997

30. Bai D. "Three novel Nicotiana debneyi specific repetitive DNA elements derived from a RAPD marker". Genome, 42: 104-109, 1999

31. Barzen E., Stahl R., Fuchs E., Borchardt D.C., Salamini F. "Development of coupling-repulsion-phase SCAR markers diagnostic for the sugar beet Rrl allele conferring resistance to rhizomania". Molecular Breeding 3: 231238, 1997

32. Bassam B.J., Caetano-Anolles G. "Automated "Hot Start" PCR using mineral oil and parafin wax". BioTechniques 14(1): 30-34, 1993

33. Baumbusch L.O., Sundal I.K., Hughes D.W., Galau G.A. & Jakobsen K.S. "Efficient protocols for CAPS-based mapping in Arabidopsis". Plant Mol. Biol. Rep. 19: 137-149, 2001

34. Ben Chaim A., Grube R.C., Lapidot M., Jahn M.K. and Paran I. "Identification of quantitative trait loci associated with resistance to cucumber mosaic virus in Capsicum annuum". Theor Appl Genet 102: 1213-1220, 2001

35. Bennetzen J.L., SanMiguel P., Chen M., Tikhonov A., Francki M., and Avramova Z. "Grass genomes" PNAS 95(5): 1975 1978, 1998

36. Benter Т., Papadopoulos S., Pape M., Mannas M. and Poliwoda H. "Optimization and reproducibility of random amplified polymorphic DNA". Analytical Biochemistry 230: 92-100, 1995

37. Bhat K.V., Jarret R.L., Rana R.S. "DNA profiling of banana and plantain cultivars using random amplified polymorphic DNA (RAPD) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers". Electrophoresis 16(9): 1736-1745, 1995

38. Birch D.E., Kolmodin L., Laird W.J., McKinney N., Wong J., Young K.K.Y., Zangenberg G.A., Zoccoli M.A. "Simplified Hot-Start PCR". Nature 381: 445-446, 1996

39. Blixt S. "Cytology in Pisum. III. Investigation of five interchange lines and coordination of linkage groups with chromosomes". Agri Hort. Genet. 17(1-2): 47-75, 1959

40. Bogani P., Simoni A., Lio P., Germinario A. and Buiatti M. "Molecular variation in plant cell populations evolving in vitro in different physiological contexts". Genome 44: 549-558, 2001

41. Brauner S., Murphy R.L., Walling J.G., Przyborowski J. and Weeden, N.F. "STS markers for comparative mapping in legumes". J. Amer. Soc. Hort. Sci. 127(4): 616-622, 2002

42. Brown P.T.H., Lange F.D., Kranz E. and Lorz H. "Analysis of single protoplasts and regenerated plants by PCR and RAPD technology". Mol. Gen. Genet. 237: 311-317, 1993

43. Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M. "DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers". Biotechnology (NY) 9(6): 553-557, 1991

44. Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M. "DNA amplification fingerprinting with very short primers". Applications of RAPD Technology to Plant Breeding. Joint Plant Breeding Symposia Series: 18-25, 1992

45. Caetano-Annoles G. "Amplifying DNA with arbitrary oligonucleotide primers". PCR Methods and Applications 3: 85-94, 1993

46. Carneiro M.S., Camargo L.E.A., Coelho A.S.G., Vencovsky R., Junior R.P.L., Stenzel N.M.C. and Vieira M.L.C. "RAPD-based genetic linkage maps of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg.)". Genome 45: 670-678, 2002

47. Chakrabarti R. and Schutt C.E. "The enhancement of PCR amplification by low molecular weight amides". Nucleic Acids Res. 29(11): 2377-2381, 2001

48. Chalmers K.J., Barua U.M., Hackett C.A., Thomas W.T.B., Waugh R., Powell W. "Identification of RAPD markers linked to genetic factors controlling the milling energy requirement of barley". Theor Appl Genet 87: 314-320, 1993

49. Chou Q., Russell M., Birch D.E., Raymond J. & Bloch W. "Prevention of pre-PCR mis-priming and primer dimerization improves low-copy-number amplifications". Nucleic Acids Research 20(7): 1717-1723, 1992

50. Chowdari К. V., Venkatachalam S. R., Davierwala A. P., Gupta V. S., Ranjekar P. K., Govila O. P. "Hybrid performance and genetic distance as revealed by the (GATA)4 microsatellite and RAPD markers in pearl millet". Theor Appl Genet 97: 163-169, 1998

51. Dang, C. & Jayasena S.D. "Oligonucleotide inhibitors of Taq DNA polymerase facilitate detection of low copy number targets by PCR". J. Mol. Biol., 264: 268-278, 1996

52. Dax E., Livneh O., Aliskevicius E., Edelbaum O., Kedar N., Gavish N.,Milo J., Geffen A. Blumenthal A., Rabinowitch H.D., Sela I. "A SCAR marker linked to the ToMV resistance gene, Tm2 , in tomato". Euphytica 101:73-77,1998

53. Deng Z., Huang S., Xiao S.Y. and Gmitter F.G., Jr. "Development and characterization of SCAR markers linked to the citrus tristeza virus resistance gene from Poncirus trifoliata". Genome. 40. p.697-704, 1997

54. Diwan N., Fluhr R., Eshed Y., Zamir D. & Tanksley S. D. "Mapping of Ve in tomato: a gene conferring resistance to the broad-spectrum pathogen, Verticillium dahliae race 1." Theor. Appl. Genet. 98: 315-319, 1999

55. Domoney C., Ellis T.H.N, and Davies D.R. "Organisation and mapping of legumin genes in Pisum". Mol. Gen.Genet. 202: 280-285, 1986

56. Ellis Т.Н., Turner L., Hellens R.P., Lee D., Harker C.L., Enard C., Domoney C., Davies D.R. "Linkage maps in pea". Genetics 130(3): 649663, 1992

57. Ellis Т.Н., Hellens R.P., Turner L., Lee D., Domoney C. and Welhan T. "On the pea linkage map". Pisum Genetics 25: 5-12, 1993

58. Felsenstein J. "Confidence limits on phylogenies: an approach using bootstrap". Evolution 39(4): 783-791, 1985

59. Fodde R., Losekoot M. "Mutation analysis by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)". In: Pfeifer M (ed). Technologies for detection of DNA damage and mutations: 253-265,1996

60. Folkeson D. "The use of BSG-staining in making a more detailed nomenclature possible for interchange systems in Pisum sativum L.". Hereditas 101: 119-122, 1984(a)

61. Folkeson D. "Free segregation beetwen a (3S-7S) interchange and genes within linkage group VII in Pisum sativum L." Hereditas 101: 127-133, 1984(b)

62. Folkeson D. "Assignment of linkage segments to chromosomes 3 and 5 in Pisum sativum". Hereditas 112: 249-255, 1990(a)

63. Folkeson D. "Assignment of linkage segments to the satellite chromosomes 4 and 7 in Pisum sativum". Hereditas 112: 257-263, 1990(b)

64. Folkeson D. "A revised genetic map of Pisum sativum". Department of Genetics, University of Lund. Sweden, 1-33, 1990(c)

65. Galande A.A., Tiwari R., Ammiraju J.S.S., Santra D.K., Lagu M.D., Rao V.S., Gupta V.S., Misra B.K., Nagarajan S., Ranjekar P.K. "Genetic analysis of kernel hardness in bread wheat using PCR-based markers". Theor. Appl. Genet. 103: 601-606, 2001

66. Ganal M.W., Bonierbale M.W., Roeder M.S., Park W.D. and Tanksley S.D. "Genetic and physical mapping of the papatin in potato and tomato". Mol. Gen. Genet. 225: 501-509, 1991

67. Ganal M.W., Broun P., Tanksley S.D. "Genetic mapping of tandemly repeated telomeric DNA sequences in Tomato (Lycopersicon esculentum)". Genomics 14: 444-448, 1992

68. Gelfand D.H. and White T.J. "Termostable DNA polymerases". PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications: 129-141, 1990

69. Gibbs R.A., Nguyen P.-N. and Caskey C.T. "Detection of single DNA base differences by competitive oligonucleotide priming". Nucleic Acids Res 17(7): 2437-2448, 1989

70. Giese H., Holm-Jensen A.G., Mathiassen H., Kjasr В., Rasmussen S.K., Bay H. and Jensen J. "Distribution of RAPD markers on a linkage map of barley". Hereditas 120: 267-273, 1994

71. Gilpin B.J., McCallum J.A., Frew T.J. and Timmerman-Vaughan G.M. "A linkage map ot the pea (Pisum sativum L.) genome containing cloned sequences of known function and expressed sequence tags (ESTs)". Theor. Appl. Genet. 95: 1289-1299, 1997

72. Gonzalez J.M. and Ferrer E. "Random amplified polymorphic DNA analysis in Hordeum species". Genome 38: 1029-1031, 1993

73. Grompe M. "The rapid detection of unknown mutations in nucleic acids". Nat Genet 5(2): 111-7, 1993

74. Guadagnuolo R., Savova-Bianchi D. and Felber F. "Specific genetic markers for wheat, spelt and four wild relatives : comparison of isozymes, RAPD and wheat microsatellites". Genome 44 (4): 610-621, 2001

75. Hahn V., Blankenhorn K., Schwall M., Melchinger A. E. "Relationships among early European maize inbreds: III. Genetic diversity revealed with RAPD markers and comparison with RFLP and Pedigree data". Maydica 40: 299-310, 1995

76. Hallden C., Hansen M., Nilsson N.-O., Hjerdin A., Sail T. "Competition as source of errors in RAPD analysis". Theor. Appl. Genet 93: 1185-1192, 1996

77. Han T.-H., Jeu M.D., Van Eck H. and Jacobsen E. "Genetic diversity of Chilen and Brazilian Alstroemerica species assessed by AFLP analysis". Heredity 84(5): 564-569, 2000

78. Hansen M., Hallden C. and Sail T. "Error rates and polymorphism frequencies for three RAPD protocols". Plant Molecular Biology Reporter 16: 139-146, 1998

79. Hernandez P., Dorado G., Cabrera A., Laurie D.A., Snape J.W. and Martin A. "Rapid verification of wheat-Hordeum introgressions by direct staining of SCAR, STS, and SSR amplicons". Genome 45: 198-203, 2002

80. Hicks M., Adams D., O'Keefe S., Macdonald E., and Hodgetts R. "The development of RAPD and microsatellite markers in lodgepole pine (Pinus contorta var. latifolia)". Genome 41: 797-805, 1998

81. Horn R., Kusterer В., Lazarescu E., Priife M., Friedt W. "Molecular mapping of the Rfl gene restoring pollen fertility in PET 1-based Fi hybrids in sunflower {Helianthus annuus L.)". Theor Appl Genet 106: 599-606, 2003

82. Horton R. M. Hoppe B.L. and Conti-Tronconi B.M. "AmpliGrease: "hot start" PCR using petroleum jelly". BioTechniques, 16(1): 42-43, 1994

83. Huang S.C., Tsai C.C. and Sheu C.S. "Genetic analysis of Chrysanthemum hybrids based on RAPD molecular markers". Bot. Bull. Acad. Sin. 41: 257262,2000

84. Irzikowska L., Wolko В., Swi^cicki W.K. "The genetic linkage map of pea (Pisum sativum L.) based on molecular, biochemical and morphological markers". Pisum Genetics 33: 13-18, 2001

85. Ito M., Ichinose Y., Kato H., Shiraishi T. and Yamada T. "Molecular evolution and functional relevance of the chalcone synthase genes of pea". Mol. Gen. Genet. 255 (1): 28-37, 1997

86. Jiang C. and Sink K.C. "RAPD and SCAR markers linked to the sex expression locus M in asparagus". Euphytica 94: 229-333, 1997

87. Joshi C.P., Nguyen H.T. "RAPD (Random Amplified polymorphic DNA) analysis based intervarietal relationships among hexaploid wheat". Plant Science 93: 95-103, 1993.

88. Kaboev O.K., Luchkina L.A., Tret'iakov A.N., and Bahrmand A.R. "PCR hot start using primers with the structure of molecular beacons (hairpin-like structure)". Nucleic Acids Res 28: E94, 2000

89. Kainz P., Schmiedlechner A., Strack H.B. "Specificity-enhanced Hot-start PCR: addition of double-stranded DNA fragments atapted to the annealing temperature". Biotechniques 28: 278-282, 2000

90. Kasai K., Morikawa Y., Sorri V.A., Valkonen J.P.T., Gebhardt C., Watanabe K.N. "Development of SCAR markers to the PVY resistance gene Ryadg based on a common feature of plant disease resistance genes". Genome 43: 1-8,2000

91. Kesseli R.V., Paran I., Michelmore R.W. "Efficient mapping of specifically targeted genomic regions and the tagging of these regions with reliable

92. PCR-based genetic markers". In: Proceeding of the Symposium: "Application of RAPD technology to plant breeding". Joint Plant Breeding Symposia Series. Minneapolis, Minnesota, US: 31-36, 1992

93. Khlestkina E.K., Pestova E.G., Salina E., Roder M.S., Arbuzova V.S., Koval S.F. and Borner A. "Molecular mapping and tagging of wheat genes using RAPD, STS and SSR markers". Cellular & Molecular Biology Letters 7: 795-802, 2002

94. Kim S.-H., Jeong J.-H., Kim S.-K., Paek K.-Y. "Parentage Identification of 'Daebong' Grape (Vitis spp.) Using RAPD Analysis". J. Plant Biotechnology: 4(2): 67-70, 2002

95. Ко J.-M., Do G.-S., Suh D.-Y., Seo B.-B., Shin D.-C. and Moon H.-P. "Identification and chromosomal organization of two rye genome-specificRAPD products useful as introgression markers in wheat". Genome 45:157-164,2002

96. Komatsuda Т., Nakamura I., Takaiwa F., and Oka S. "Development of STS markers closely linked to the vrsl locus of barley, Hordeum vulgare". Genome 41:680-685, 1998

97. Kwok S., Kellog D. E., McKinney N., Spasic D., Coda L., Levenson C., Sninsky J. J. "Effects of primer-template mismatches on the polyme- rase chain reaction: human immunodeficiency virus type 1 model studies". Nucleic Acid Research 18: 999-1005, 1990

98. Labrune P., Melle D., Rey F., Berthelon M., Caillaud C., Rey J., Munnich A. and Lyonnet S. " Single-strand conformation polymorphisms for detection of mutations and base substitutions in phenylketonuria" Am. J. Hum. Genet. 48: 1115-1120, 1991

99. Lamm R. and Miravalle J.R. "A translocation tester set in Pisum sativum". Hereditas 4: 417-440, 1959

100. Lamm R. "Giemsa C-banding and silver-staining for cytological studies in Pisum". Hereditas 94: 45-52, 19811 lO.Lamprecht H. "The variation in linkage and the course of crossing over". Agric. Hortic. Genet. 6: 10-48, 1948

101. Lanza L. L. В., de Souza C. L. Jr., Ottoboni L. M. M., Vieira M. L. C., de Souza A. P. "Genetic distance of inbred lines and prediction of maize single-cross performance using RAPD markers" Theor Appl Genet 94(8): 1023-1030,1997

102. Laroche A., Demeke Т., Gaudet D.A., Puchalski В., Frick M. & McKenzie R. "Development of a PCR marker for rapid identification of the Bt-10 gene for common bunt resistance in wheat". Genome 43: 217-223, 2000

103. Laucou V., Haurogne K., Ellis N., Rameau C. "Genetic mapping in pea. 1. RAPD-based genetic linkage map of Pisum Sativum". Theor. Appl. Genet. V.97. p.905-915, 1998

104. Lander E.S., Green P., Abrahamson J., Barlow A., Daly M.J., Lincoln S.E. and Newburg L. "MAPMAKER: an interactive computer package for constructing primary genetic linkage maps of experimental and natural populations". Genomics v.l: 174-181, 1987

105. Lin Y., & Jayasena S.D. "Inhibition of multiple thermostable DNA polymerases by a heterodimeric aptamer". J. Mol. Biol., 271: 100-111, 1997

106. Lopez-Brana I., Romero M.D. and Delibes A. "Analysis of "Heterodera avenae" populations by the random amplified polymorphic DNA technique". Genome 39: 118-122, 1996

107. Lukowitz W., Gillmor C. S. and Scheible W. R. "Positional cloning in Arabidopsis. Why it feels good to have a genome initiative working for you". Plant Physiol. 123: 795-805, 2000

108. Manzanares-Dauleux M.J., Barret P. and Thomas G. "Development of pathotipe specific SCAR marker in Plasmodiophora brassicae". Europen Journal of Plant Pathology 106: 781-787, 2000

109. McClelland M., Arensdorf H., Cheng R., Welsh J. "Arbitrarily primed PCR fingerprints resolved on SSCP gels". Nucleic Acids Res 22: 1770-1771, 1994

110. Messeguer R., Ganal M., de Vicente M.C., Young N.D., Bolkan H. and Tanksley S.D. "High resolution RFLP map around the root knot nematode resistance gene (Mi) in tomato" Theor Appl Genet 82: 529-536, 1991

111. Miklas P.M., Larsen R.C., Riley R. and Kelly J.D. "Potential marker-assisted selection for bc-12 resistance to bean common mosaic potyvirus in common bean". Euphytica 116: 211-219, 2000

112. Mohan M, Nair S., Bhagwat A., Krishna T. G., Yano M., Bhatia C. R. and Saski T. "Genome mapping, molecular markers and marker-assisted selection in crop plants". Molecular Breeding 3: 87-103, 1997

113. Mongkolporn O., Pang E.C.K., Kadkol G.P. and Taylor P.W.J. "Evaluation of SCAR Markers for Shatter Resistance in Brassicas". 10th International Rapeseed Conference, Canberra, Australia, 1999

114. Mueller U.G. and Wolfenbarger L. "AFLP genotyping and fingerprinting". Trends in Ecology and Evolution 14: 389-394, 1999

115. M6ller E.M., Bahnweg G., Sandermann H. and Geiger H.H. "A simple and efficient protocol for isolation of high molecular weight DNA from filamentous fungi, fruit bodies, and infected plant tissues". Nucl. Acids Res. 20:6115-6116, 1992

116. Multani P.S. and Lyon B.R. "Genetic fingerprinting of Australian cotton cultivars with RAPD markers". Genome 38: 1005-1008, 1995

117. Nazarenko I.A., Bhatnagar S.K., Hohman R.J. "A closed tube format for amplification and detection of DNA based on energy transfer". Nucleic Acids Res 25: 2516-2521, 1997

118. Nei M. and Li W.-H. "Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases". Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 76: 5269-5273, 1979

119. Newbury H.J. and Fofd-Lloyd B.V. "The use of RAPD for assessing variation in plants". Plant Growth Regulation 12: 43-51, 1993

120. Neumann P., Nouzova M. and Macas J. "Molecular and cytogenetic analysis of repetitive DNA in pea (pisum sativum L.)". Genome 44 (4), 716728, 2001

121. Newton C.R., Graham A., Heptinstall L.E., Powell S.J., Summers C., Kalsheker N., Smith J.C., Markham A.F. "Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS)". Nucleic Acids Res 17(7): 2503-2516,1989

122. Nilson N.-O., На1Ыёп С., Hansen M., Hjerdin A. and Sail T. "Comparing the distribution of RAPD and RFLP markers in a high density linkage map of sugar beet". Genome 40:644-651, 1997

123. Nkongolo K.K., Michael P., and Gratton W.S. "Identification and characterization of RAPD markers inferring genetic relationships among Pine species" Genome 45: 51-58, 2002

124. Noli E., Salvi S. and Tuberosa R. "Comparative analysis of genetic relationships in barley based on RFLP and RAPD markers". Genome 40: 607-616, 1997

125. Nouzova M., Neumann P., Navratilova A., Galbraith D.W., Macas J. "Microarray-based survey of repetitive genomic sequences in Vicia spp.". Plant Mol Biol 45(2): 229-44, 2001

126. Okayama H., Curiel D.T., Brantly M.L., Holmes M.D. and Crystal R.G. "Rapid, nonradioactive detection of mutations in human genome by allele-specific amplification" J Lab Clin Med 114(2): 105-113, 1989

127. Olson M., Hood L., Cantor C., Botstein D. "A common language for physical mapping of the human genome". Science 245: 1434-1435, 1989

128. Paniego N., Echaide M., Munoz M., Fernandez L., Torales S., Faccio P., Fuxan I., Carrera M., Zandomeni R., Suarez E.Y., Hopp H.E. "Microsatellite isolation and characterization in sunflower (Helianthus annuus L.)". Genome 45(1): 34-43, 2002

129. Paran I., Kesseli R. V. and Michelmore R. W. "Identification of RFLP and RAPD markers to downy mildew resistance genes in lettuce with near isogenic lines". Genome 35: 1021 1027, 1991.

130. Paran J., Michelmore R.W. "Development of reliable PCR-based markers linked to downy mildew resistance genes in lettuce". Theor Appl Genet 85: 985-993, 1993

131. Pearce S.R., Knox M.R., Ellis T.H.N., Flavell A J., Kumar A. "Pea Tyl-copia group retrotransposon: transpositional activity and use as markers to study genetic diversity in Pisum.'''' Molecular & General Genetics, 263: 898907, 2000

132. Perry M.D., Davey M.R., Power J.B., Lowe K.C., Bligh H.F.J., Roach P.S.and Jones C. "DNA Isolation and AFLP™ Genetic Fingerprinting of Theobroma cacao (L.) ". Plant Molecular Biology Reporter 16: 49-59, 1998

133. Qui J., van Senten E. and Tuzun S. "Optimization of DNA amplification fingerprinting to study genetic relationships of white lupin germplasm". Plant Breeding 114: 525-529, 1995

134. Rafalki, J.A., and Tingey, S.V. "Genetic diagnostics in plant breeding; RAPDs, microsatelites, and machines". TIG 9(8), 275-280, 1993

135. Rameau C., Denoue D., Fraval F., Haurogne K., Josserand J., Laucou V., Batge S., Murfet I.C. "Genetic mapping in pea. 2. Identification of RAPD and SCAR markers linked to genes affecting plant architecture". Theor Appl Genet v.97: 916-928, 1998

136. Roder M.S., Plaschke J., Konig S.U., Borner A., Sorrells M.E., Tanksley S.D. and Ganal M.W. "Abundance, variability and chromosomal location microsatellites in wheat". Mol. Gen. Genet. 246: 327-333, 1995

137. Ronald P.S., Penner G.A., Brown P.A. and Brule-Babe A. "Identification of RAPD markers for percent hull in oat". Genome 40: 873-878, 1997

138. Rus-Kortekaas V., Smulder M.J.M., Arens P. and Vosman V. "Direct comparision of levels of genetic variation in tomato detected by a GACA-containing microsatellite probe and by random amplified polymorphic DNA". Genome 37: 375-381, 1994

139. Rychlik W. & Rhoads R.E. "A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter hybridization, sequencing and in vitro amplification of DNA". Nucleic Acids Res 17: 8543-8551, 1989

140. Saiki R. "Amplification of genomic DNA". In M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky and T. J. White (eds) PCR protocols. Academic Press, Inc. San Diego: 13-20., 1990

141. Saliba-Colombani V., Causse M., Gervais L., and Philouze J. "Efficiency of RFLP, RAPD and AFLP markers for the construction of an intraspecific map of the tomato genome". Genome 43: 29-40, 2000

142. Shan X., Blake Т. K. and Talbert L. E. "Conversion of AFLP markers to sequence-specific PCR markers in barley and wheat". Theor. Appl. Genet. 98: 1072-1078, 1999

143. Sanchez de la Hoz M.P., Davila J.P., Loarce Y. and Ferrer E. "Simple sequence repeat primers used in polymerase chain reaction amplifications to study genetic diversity in barley". Genome 39: 112-117, 1996

144. Sanchez-Escribano E.M., Martin J.P., Carreno J., Cenis J.L. "Use of sequence-tagged microsatellite site markers for characterizing table grape cultivars". Genome 42: 87-93,1999

145. Sharkey D.J., Scalice E.R., Christy K,G. Jr., Atwood S.M. and Daiss J.L. "Antibodies as thermolabile switches: high temperature triggering for polymerase chain reaction" BioTechnology 12: 506-509, 1994

146. Sharma R., Aggarwal R.A.K., Kumar R., Mohapatra T. and Sharma R.P. "Construction of RAPD linkage map and localization of QTLs for oleic acid level using recombinant inbreds in mustard". Genome 45(3): 467-472, 2002

147. Simon C.J. and Muehlbauer F.J. " Construction of a chickpea linkage map and its comparison with maps of pea and lentil". The Journal of Heredity: 88(2), 115-119, 1997

148. Simioniuc D., Uptmoor R., Friedt W. and Ordon F. "Genetic diversity and relationships among pea cultivars revealed by RAPDs and AFLPs". Plant Breeding 121: 429-435, 2002

149. Simsek M., Adnan H. "Effect of single mismatches at З'-end of primers on polymerase chain reaction". Medical Sciences 2: 11-14, 2000

150. Singh V.K. and Kumar A. "PCR Primer Design". Mol. Biol. Today 2(2): 2732,2001

151. Sokal R.R. and Michener C.D. "A statistical method for evaluating systematic relationships". University of Kansas Science Bulletin, 38: 14091438, 1958

152. Sommer S.S., Cassady J.D., Sobell J.L., Bottema C.D. "A novel method for detecting point mutations or polymorphisms and its application to population screening for carriers of phenylketonuria". Mayo Clin Proc 64(11): 1361-72, 1989

153. Southern E.M. "Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis". J. Mol. Biol. 98(3): 503-517, 1975

154. Svitashev S., Bryngelsson Т., Li X. and Wang R.R.-C. "Genome specific repetitive DNA and RAPD markers for genome identification in Elymus and Hordelymus". Genome 41: 120-128, 1998

155. Swi?cicki W.K., Wolko B. and Weeden N.F. "Mendel's genetics, the Pisum genome and pea breeding". Vortr. Planzenzuchtg. 48: 65-76,2000

156. Tanksley S.D., Ganal M.W., Martin G.B. "Chromosome landing: a paradigm for map-based gene cloning in plants with large genomes". Trends Biotechnol. 11(2): 63-68, 1995

157. Tanksley S.D. "Mapping polygenes". Annual reviw of genetics 27, 205-233, 1993

158. Timmerman G.M., Frew T.J., Miller A.L., Weeden N.F. and Jermyn W.A. "Linkage mapping of sbm-1, a gene conferring resistance to pea seedbornemosaic virus, using molecular markers in Pisum sativum". Theor. Appl. Genet. 85: 609-615, 1993

159. Tingey S.V., Rafalsky J.A. and Williams J.G.K. "Genetic analysis with RAPD markers". In: Proceeding of the Symposium: "Application of RAPD technology to plant breeding". Joint Plant Breeding Symposia Series. Minneapolis, Minnesota, US.: 3-6, 1992

160. Tiwari K.R., Penner G.A., and Warkentin T.D. "Inheritence of powdery mildew resistance in pea". Can. J. Plant Sci. 77: 307-310, 1997

161. Urasaki N., Tokumoto M., Tarora K., Ban Y., Kayano Т., Tanaka H., Oku H., Chinen I., Terauchi R. "A male and hermaphrodite specific RAPD marker for papaya {Carica papaya L.)'\ Theor Appl Genet 104 (2-3): 281285, 2002

162. Van de Peer Y. "TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment". Computer Applications in the Biosciences 10(5): 569-570, 1994

163. Van de Wiel C., Arens P. and Vosman B. "Microsatellite retrieval in lettuce (Lactuca sativa L)". Genome 42:139-149,1999

164. Van der Knaap E., Lippman Z.B. and Tanksley S.D. "Extremely elongated tomato fruit controlled by four quantitative trait loci with epistatic interactions". Theor and Appl Genet 104: 241-247, 2002

165. Vasquez M.P., Schijman A.G., Ben-Dov C., Lorenzi H., Levin M.J. "Detection of polymorphism in the Trypanosoma cruzi TcP2b gene family by single strand conformational analysis (SSCA)". Gene 180: 43-48, 1996

166. Vicient C.M., Suoniemi A., Anamthawat-Jonsson K., Tanskanean J., Beharav A., Nevo E. and Schulman A.H. "Retrotransposon BARE-1 and its role in genome evolution in the genus Hordeum". Plant Cell 11: 1769-1784, 1999

167. Von Stackelberg M., Lindemann S., Menke M., Jacobsen H.-J. "Identification of AFLP and STS markers closely linked to the def locus in pea". Theor Appl Genet 106: 1293-1299, 2003

168. Vos P., Hogers R., Bleeker M., Rejans M., van de Lee Т., Homes M., Fritjers A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., and Zabeau M. "AFLP: a new technique for DNA fingerprinting". Nucl. Acids Res. 23: 4407-4414, 1995

169. Wainwright L. A. and Seifert H. S. "Paraffin beads can replace mineral oil as an evaporation barrier in PCR". BioTechniques 14: 34-36, 1993

170. Waugh R. and Powell W. "Using RAPD markers for crop improvement". Trends Biotechnol. 10: 186-191, 1992

171. Weber J., Diez J., Selosse M.A., Tagu D. Le Tacon F. "SCAR markers to detect mycorrhizas of an American Laccaria bicolor strain inoculated in European Douglas-fir plantations". MYCORRHIZA. 12(1): 19-27,2002

172. Weeden N.F., Swiecicki W.K., Ambrose A. and Timmerman G.M. "Linkage groups of pea". Pisum Genetics 25: 4 and cover, 1993(a)

173. Weeden N.F., Timmerman G.M., Hemmat M., Kneen B.E., and Lodhi M.A. "Inheritance and reliability of RAPD markers". Applications of RAPD Technology to Plant Breeding: 12-17, 1993(b)

174. Weeden N.F., Swiecicki W.K., Timmerman-Vaughan G.M., Ellis T.H.N., Ambrose M. "The current pea linkage map". Pisum Genetics 28: 1-4, 1996

175. Weeden N.F., Ellis T.H.N., Timmerman-Vaughan G.M., Swiecicki W.K., Rozov S.M. and Berdnikov V.A. "A consensus linkage map for Pisum sativum". Pisum Genetics 30: 1-4, 1998

176. Weir B.J., St-Pierre R.G. and Chibbar R.N. "Isolation of DNA for RAPD analysis from leaves of the saskatoon (Amelanchier alnifolia Nutt.) and other horticultural crops". Canadian Journal of Plant Science 76: 819-824, 1996

177. Welsh J., McClelland M. "Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers". Nucleic Acids Res 18(24): 7213-7218, 1990

178. Weng C., Kubisiak T.L., Stine M. "SCAR markers in a longleaf pine x slash pine Fj family". Forest Genetics 5(4): 239-247, 1998

179. Westfall В., Sitaraman K., Solus J., Hughes J., and Rashtchian A. "Improved PCR specificity and yield with platinum™ Taq DNA Polymerase". FOCUS 19(3): 46-48,1997

180. Williams J.G.K., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A. and Tingey S.V. "DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers". Nucleic Acids Research 18(22): 6531-6535, 1990

181. Williams K. J., Fisher J.M. and Langridge P. "Identification of RFLP markers linked to the cereal cyst nematode resistance gene (Cre) in wheat". Theor Appl Genet 89: 927-930, 1994

182. Wu D.Y., Ugozzoli L., Pal B.K. and Wallace R.B. "Allele-specific enzymatic amplification of p-globin genomic DNA for diagnosis of sickle cell anemia". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 2757-2760, 1989

183. Wu J.-Y., Wu H.-K. and Chung M.-C. "Co-dominant RAPD markers closely linked with two morphological genes in rice (Oryza sativa Z,)". Bot Bull Acad Sin 43: 171-180, 2002

184. Yu Z.H., McCouch S.R., Kinoshita Т., Sato S. and Tanksley S.D. "Association of morphological and RFLP markers in rice (Oryza sativa L.)". Genome 38: 566-574, 1995

185. Yu K., Park S.J. and Poysa V. "Abudance and variation of microsatellite DNA sequences in beans (Phaseolus and Vigna)". Genome 42: 27-34, 1999

186. Zhou L., Wang Y. and Gui J.F. "Molecular analysis of silver crucian carp (Carassius auratus gibelio Bloch) clones by SCAR markers". Aquaculture 201:219-228, 2001