Идентификация и картирование регуляторных элементов в локусе FXYD5-COX7A1 хромосомы 19 человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Дидыч, Дмитрий Александрович

• Дидыч, Дмитрий Александрович
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Дидыч, Дмитрий Александрович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ГЛАВА 1. ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 2. ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ РАБОТЫ.

ГЛАВА 3. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

3.1 ЭУКАРИОТИЧЕСКИЕ ЭНХАНСЕРЫ И МЕТОДЫ ИХ ИДЕНТИФИКАЦИИ.

3.1.1 Общая характеристика и свойства энхансеров.

Структура энхансеров.

Особенности структуры хроматина энхансеров.

Локализация энхансеров в геноме.

Механизмы действия энхансеров.

Модель выпетливания (Looping model).

Модель отслеживания (Tracking model).

Модель распространяющегося выпетливания (Spreading/looping model).

Роль энхансеров в формировании преинициаторного транскрипционного комплекса (ПИК).

Специфичность энхансеров.

Роль энхансеров в развитии болезней.

3.1.2 Методы идентификации энхансеров.

Экспериментальные подходы.

Картирование участков гиперчувствительности ДНК к ДНК-азе I.

Методы на основе хроматин-иммунопреципитации (ChIP).

Картирование энхансеров с помощью метода фиксации конформации хромосом (ЗС).

Биоинформатические подходы.

Идентификация энхансеров с помощью методов сравнительной геномики. 30 Идентификация энхансеров in silico.

3.2 ЭНХАНСЕРБЛОКИРУЮЩИЕ ЭЛЕМЕНТЫ (ИНСУЛЯТОРЫ).

3.2.1 Общая характеристика и свойства инсуляторов.

3.2.2 Механизмы действия энхансерблокирующих элементов.

Образование петлевых доменов (looping model).

Нарушение «tracking»-MexaHU3Ma действия энхансера.

3.2.3 Регуляция активности инсуляторов.

3.3 CTCF - МНОГОФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ РЕГУЛЯТОР.

3.3.1 CTCF и функционирование генома.

CTCF и пограничные элементы генома.

Распределение сайтов связывания CTCF в геноме.

CTCF и повторяющиеся элементы генома.

CTCF и когезиновый комплекс.

3.3.2 Модели функционирования CTCF.

Транскрипционное инсулирование.

Заякоривание» регуляторных комплексов.

Образование функциональных независимых доменов хроматина.

ГЛАВА 4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

4.1 МАТЕРИАЛЫ.

4.2 МЕТОДЫ.

4.2.1 Стандартные методики.

4.2.2 ПЦР-амплификация фрагментов ДНК.

ПЦР-амплификация фрагментов библиотеки.

ПЦР-скрининг колоний Е. coli, содержащих плазмидную ДНК со вставками.

Радиоактивное мечение фрагментов ДНК с помощью ПЦР.

4.2.3 Использованные культуры клеток.

4.2.4 Трансфекция клеток с использованием реагента Lipofectamine 2000.

4.2.5 Трансфекция клеток электропорацией.

4.2.6 Получение вирусных частиц и инфицирование клеток.

4.2.7 Определение титра вирусных частиц.

4.2.8 Получение библиотеки фрагментов ДНК локуса FXYD5-COX7A хромосомы 19 человека.

4.2.9 Радиоактивное мечение праймеров.

4.2.10 Очистка меченой ДНК.

4.2.11 Связывание меченых фрагментов ДНК с белками in vitro.

4.2.12 Метод сдвига электрофоретической подвижности в полиакриламидном геле (EMSA - Electrophoretic Mobility Shift Assay).

4.2.13 Определение активности люциферазы.

4.2.14 Селекция предполагаемых энхансеров.

4.2.15 Фиксация и окрашивание клеток с помощью Coomasie Blue.

4.2.16 Позитивно-негативная селекция инсуляторных последовательностей.

4.2.17 Клонирование библиотеки и трансформация клеток Е. coli.

4.2.18 Приготовление компетентных клеток E.coli и их трансформация

4.2.19 Подготовка плазмид для секвенирования.

4.2.20 Картирование последовательностей.

ГЛАВА 5. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

5.1 ИДЕНТИФИКАЦИЯ И КАРТИРОВАНИЕ ЭНХАНСЕР-ПОДОБНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ В ЛОКУСЕ FXYD5-COX7A1 ХРОМОСОМЫ 19 ЧЕЛОВЕКА.

5.1.1 Получение ретровирусных конструкций, предназначенных для поиска энхансеров.

5.1.2 Подготовка и клонирование библиотеки геномных фрагментов в ретровирусный вектор pQCXIX-Enh.

5.1.3 Отбор последовательностей ДНК, обладающих энхансерной активностью.

5.1.4 Клонирование потенциальных энхансеров и анализ выросших клонов E.coli.

5.1.5 Секвенирование библиотеки потенциальных энхансеров.

5.1.6 Проверка способности обнаруженных последовательностей связывать ядерные белки с помощью ЕМвА.

5.1.7 Проверка энхансерной активности обнаруженных фрагментов в системе двойной люциферазной детекции.

5.1.8 Анализ расположения потенциальных энхансеров в геноме.

5.2 ИДЕНТИФИКАЦИЯ И КАРТИРОВАНИЕ ДЕСЯТИ НОВЫХ ИНСУЛЯТОРОВ В ЛОКУСЕ РХУЕ>5-СОХ7А1 ХРОМОСОМЫ 19 ЧЕЛОВЕКА.

5.2.1 Стратегия отбора потенциальных инсуляторов.

5.2.2 Получение библиотеки фрагментов, предназначенной для селекции инсуляторов.

5.2.3 Отбор предполагаемых инсуляторов.

5.2.4 Анализ расположения инсуляторов в геноме.

5.3 ЭНХАНСЕР-БЛОКИРУЮЩАЯ АКТИВНОСТЬ СТС¥-СВЯЗЫВАЮЩИХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ, КАРТИРОВАННЫХ В ЛОКУСЕ РХУТ)5-СОХ7А 1 ХРОМОСОМЫ 19 ЧЕЛОВЕКА.

5.3.1 Конструирование плазмид.

5.3.2 Инсуляторная активность СТСЕ-связывающих фрагментов.

ГЛАВА 6. ВЫВОДЫ.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Дидыч, Дмитрий Александрович

ГЛАВА 6. ВЫВОДЫ

1. Предложен подход к идентификации и картированию потенциальных энхансеров в протяженных областях генома.

2. С помощью предложенного подхода с использованием культуры клеток НеЬа идентифицировано 15 потенциальных энхансеров в локусе, расположенном на хромосоме 19 человека между генами РХЮ5 и СОХ7А1.

3. Обнаруженные потенциальные энхансеры специфически взаимодействуют с белками ядерных экстрактов из клеток культуры НеЬа. 13 из 15 обнаруженных последовательностей проявляют энхансерную активность в системе двойной люциферазной детекции в экспериментах по транзиентным трансфекциям линии клеток НеЬа.

4. С помощью ранее разработанного метода позитивно-негативной селекции энхансер-блокирующих элементов генома идентифицировано 10 новых потенциальных инсуляторов в локусе, расположенном на хромосоме 19 человека между генами РХУВ5 и СОХ7А1.

5. С помощью системы позитивно-негативной селекции проведен анализ энхансер-блокирующей активности ранее обнаруженных 10 СТСР-связывающих фрагментов ДНК, расположенных в локусе РХУй5-СОХ7А1 хромосомы 19 человека. Все исследованные СТСР-связывающие последовательности проявляют энхансер-блокирующую активность в данной системе.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Дидыч, Дмитрий Александрович, 2009 год

1. Agalioti, Т.; Chen, G.; Thanos, D., (2002). Deciphering the transcriptional histone acetylation code for a human gene. Cell 111(3), 381-392.

2. Agalioti, Т.; Lomvardas, S.; Parekh, В.; Yie, J.; Maniatis, Т.; Thanos, D., (2000). Ordered recruitment of chromatin modifying and general transcription factors to the IFN-beta promoter. Cell 103(4), 667-678.

3. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J., (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25(17), 3389-3402.

4. Ashe, H. L.; Monks, J.; Wijgerde, M.; Fraser, P.; Proudfoot, N. J., (1997). Intergenic transcription and transinduction of the human beta-globin locus. Genes Dev 11(19), 2494-2509.

5. Atchison, M. L., (1988). Enhancers: Mechanisms of Action and Cell Specificity. Annual Review of Cell Biology 4(1), 127-153.

6. Baer, A.; Schubeier, D.; Bode, J., (2000). Transcriptional properties of genomic transgene integration sites marked by electroporation or retroviral infection. Biochemistry 39(24), 7041-7049.

7. Banerji, J.; Olson, L.; Schaffner, W., (1983). A lymphocyte-specific cellular enhancer is located downstream of the joining region in immunoglobulin heavy chain genes. Cell 33(3), 729-740.

8. Banerji, J.; Rusconi, S.; Schaffner, W., (1981). Expression of a beta-globin gene is enhanced by remote SV40 DNA sequences. Cell 27(2 Pt 1), 299-308.

9. Bao, L.; Zhou, M.; Cui, Y., (2008). CTCFBSDB: a CTCF-binding site database for characterization of vertebrate genomic insulators. Nucleic Acids Res 36(Database issue), D83-87.

10. Barrera, L. O.; Li, Z.; Smith, A. D.; Arden, K. C.; Cavenee, W. K.; Zhang, M. Q.; Green, R. D.; Ren, В., (2008). Genome-wide mapping and analysis of active promoters in mouse embryonic stem cells and adult organs. Genome Res 18(1), 46-59.

11. Barski, A.; Cuddapah, S.; Cui, K.; Roh, Т. Y.; Schönes, D. E.; Wang, Z.; Wei, G.; Chepelev, I.; Zhao, K., (2007). High-resolution profiling of histone methylations in the human genome. Cell 129(4), 823-837.

12. Basehoar, A. D.; Zanton, S. J.; Pugh, B. F., (2004). Identification and distinct regulation of yeast TATA box-containing genes. Cell 116(5), 699-709.

13. Bazzi, H.; Fantauzzo, K. A.; Richardson, G. D.; Jahoda, C. A.; Christiano, A. M., (2007). Transcriptional profiling of developing mouse epidermis reveals novel patterns of coordinated gene expression. DevDyn 236(4), 961-970.

14. Bell, A. C.; Felsenfeld, G., (2000). Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene. Nature 405(6785), 482485.

15. Bell, A. C.; West, A. G.; Felsenfeld, G., (1999). The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators. Cell 98(3), 387-396.

16. Belozerov, V. E.; Majumder, P.; Shen, P.; Cai, H. N., (2003). A novel boundary element may facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila. EMBO J22(12), 3113-3121.

17. Berg, O. G.; Winter, R. B.; von Hippel, P. H., (1981). Diffusion-driven mechanisms of protein translocation on nucleic acids. 1. Models and theory. Biochemistry 20(24), 6929-6948.

18. Berger, S. L., (2002). Histone modifications in transcriptional regulation. Curr Opin Genet Dev 12(2), 142-148.

19. Bi, X.; Broach, J. R., (1999). UASrpg can function as a heterochromatin boundary element in yeast. Genes Dev 13(9), 1089-1101.

20. Blackwood, E. M.; Kadonaga, J. T., (1998). Going the distance: a current view of enhancer action. Science 281(5373), 60-63.

21. Blanton, J.; Gaszner, M.; Schedl, P., (2003). Protein:protein interactions and the pairing of boundary elements in vivo. Genes Dev 17(5), 664-675.

22. Bondarenko, V. A.; Liu, Y. V.; Jiang, Y. I.; Studitsky, V. M., (2003). Communication over a large distance: enhancers and insulators. Biochem Cell Biol 81(3), 241-251.

23. Boyle, A. P.; Davis, S.; Shulha, H. P.; Meltzer, P.; Margulies, E. H.; Weng, Z.; Furey, T. S.; Crawford, G. E., (2008). High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome. Cell 132(2), 311-322.

24. Brodsky, A. S.; Meyer, C. A.; Swinburne, I. A.; Hall, G.; Keenan, B. J.; Liu, X. S.; Fox, E. A.; Silver, P. A., (2005). Genomic mapping of RNA polymerase II reveals sites of co-transcriptional regulation in human cells. Genome Biol 6(8), R64.

25. Brown, D. D., (1984). The role of stable complexes that repress and activate eucaryotic genes. Cell 37(2), 359-365.

26. Bushey, A. M.; Dorman, E. R.; Corces, V. G., (2008). Chromatin insulators: regulatory mechanisms and epigenetic inheritance. Mol Cell 32(1), 1-9.

27. Butler, J. E.; Kadonaga, J. T., (2001). Enhancer-promoter specificity mediated by DPE or TATA core promoter motifs. Genes Dev 15(19), 2515-2519.

28. Byun, J.; Kim, J. M.; Kim, S. H.; Yim, J.; Robbins, P. D.; Kim, S., (1996). A simple and rapid method for the determination of recombinant retrovirus titer by G418 selection. Gene Ther 3(11), 1018-1020.

29. Cai, H.; Levine, M., (1995). Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators in the Drosophila embryo. Nature 376(6540), 533-536.

30. Cai, H. N.; Shen, P., (2001). Effects of cis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity. Science 291(5503), 493-495.

31. Capelson, M.; Corces, V. G., (2005). The ubiquitin ligase dTopors directs the nuclear organization of a chromatin insulator. Mol Cell 20(1), 105-116.

32. Chao, W.; Huynh, K. D.; Spencer, R. J.; Davidow, L. S.; Lee, J. T., (2002). CTCF, a candidate trans-acting factor for X-inactivation choice. Science 295(5553), 345-347.

33. Chen, H.; Walker, G. E.; Taylor, S. I.; McKeon, C., (1994). Proximal enhancer of the human insulin receptor gene binds the transcription factor Spl. Diabetes 43(7), 884-889.

34. Chen, X.; Xu, H.; Yuan, P.; Fang, F.; Huss, M.; Vega, V. B.; Wong, E.; Orlov, Y. L.; Zhang, W.; Jiang, J., et al., (2008). Integration of external signaling pathways with the core transcriptional network in embryonic stem cells. Cell 133(6), 1106-1117.

35. Chernov, I. P.; Akopov, S. B.; Nikolaev, L. G., (2004). Structure and function of nuclear matrix associated regions (S/MARs). Bioorg Khim 30(1), 314.

36. Chung, J. H.; Whiteley, M.; Felsenfeld, G., (1993). A 5' element of the chicken beta-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effect in Drosophila. Cell 74(3), 505-514.

37. Crowley, E. M.; Roeder, K.; Bina, M., (1997). A statistical model for locating regulatory regions in genomic DNA. J Mol Biol 268(1), 8-14.

38. Dekker, J.; Rippe, К.; Dekker, M.; Kleckner, N., (2002). Capturing chromosome conformation. Science 295(5558), 1306-1311.

39. Dermitzakis, E. Т.; Reymond, A.; Antonarakis, S. E., (2005). Conserved non-genic sequences an unexpected feature of mammalian genomes. Nat Rev Genet 6(2), 151-157.

40. Di Simone, P.; Di Leonardo, A.; Costanzo, G.; Melfi, R.; Spinelli, G., (2001). The sea urchin sns insulator blocks CMV enhancer following integration in human cells. Biochem Biophys Res Commun 284(4), 987-992.

41. Dignam, J. D.; Lebovitz, R. M.; Roeder, R. G., (1983). Accurate transcription initiation by RNA polymerase II in a soluble extract from isolated mammalian nuclei. Nucleic Acids Res 11(5), 1475-1489.

42. Dillon, N., (2006). Gene regulation and large-scale chromatin organization in the nucleus. Chromosome Res 14(1), 117-126.

43. Dobi, K. C.; Winston, F., (2007). Analysis of transcriptional activation at a distance in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 27(15), 5575-5586.

44. Domanskii, A. N.; Akopov, S. B.; Lebedev Iu, B.; Nikolaev, L. G.; Sverdlov, E. D., (2002). Enhancer activity of solitary long terminal repeat of the human endogenous retrovirus of the HERV-K family. Bioorg Khim 28(4), 341345.

45. Dorsett, D., (1993). Distance-independent inactivation of an enhancer by the suppressor of Hairy-wing DNA-binding protein of Drosophila. Genetics 134(4), 1135-1144.

46. Dorsett, D., (1999). Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila. Curr Opin Genet Dev 9(5), 505-514.

47. Dunn, K. L.; Zhao, H.; Davie, J. R., (2003). The insulator binding protein CTCF associates with the nuclear matrix. Exp Cell Res 288(1), 218-223.

48. Dynan, W. S.; Tjian, R., (1983). The promoter-specific transcription factor Spl binds to upstream sequences in the SV40 early promoter. Cell 35(1), 79-87.

49. Edlund, T.; Walker, M. D.; Barr, P. J.; Rutter, W. J., (1985). Cell-specific expression of the rat insulin gene: evidence for role of two distinct 5' flanking elements. Science 230(4728), 912-916.

50. Falvo, J. V.; Thanos, D.; Maniatis, T., (1995). Reversal of intrinsic DNA bends in the IFN beta gene enhancer by transcription factors and the architectural protein HMG I(Y). Cell 83(7), 1101-1111.

51. Farrell, C. M.; West, A. G.; Felsenfeld, G., (2002). Conserved CTCF insulator elements flank the mouse and human beta-globin loci. Mol Cell Biol 22(11), 3820-3831.

52. Felsenfeld, G.; Groudine, M., (2003). Controlling the double helix. Nature 421(6921), 448-453.

53. Fiering, S.; Whitelaw, E.; Martin, D. I., (2000). To be or not to be active: the stochastic nature of enhancer action. Bioessays 22(4), 381-387.

54. Filippova, G. N., (2008). Genetics and epigenetics of the multifunctional protein CTCF. Curr Top Dev Biol 80, 337-360.

55. FitzGerald, P. C.; Shlyakhtenko, A.; Mir, A. A.; Vinson, C., (2004). Clustering of DNA sequences in human promoters. Genome Res 14(8), 1562-1574.

56. Fried, M.; Crothers, D. M., (1981). Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis. Nucleic Acids Res 9(23), 6505-6525.

57. Frith, M. C.; Hansen, U.; Weng, Z., (2001). Detection of cis-element clusters in higher eukaryotic DNA. Bioinformatics 17(10), 878-889.

58. Gaszner, M.; Felsenfeld, G., (2006). Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms. Nat Rev Genet 7(9), 703-713.

59. Gerasimova, T. I.; Byrd, K.; Corces, V. G., (2000). A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA. Mol Cell 6(5), 1025-1035.

60. Gerasimova, T. I.; Lei, E. P.; Bushey, A. M.; Corces, V. G., (2007). Coordinated control of dCTCF and gypsy chromatin insulators in Drosophila. Mol Cell 28(5), 761-772.

61. Geyer, P. K.; Spana, C.; Corces, V. G., (1986). On the molecular mechanism of gypsy-induced mutations at the yellow locus of Drosophila melanogaster. EMBO J 5(10), 2657-2662.

62. Gillies, S. D.; Morrison, S. L.; Oi, V. T.; Tonegawa, S., (1983). A tissue-specific transcription enhancer element is located in the major intron of a rearranged immunoglobulin heavy chain gene. Cell 33(3), 717-728.

63. Gomos-Klein, J.; Harrow, F.; Alarcon, J.; Ortiz, B. D., (2007). CTCF-independent, but not CTCF-dependent, elements significantly contribute to TCR-alpha locus control region activity. J Immunol 179(2), 1088-1095.

64. Gross, D. S.; Garrard, W. T., (1988). Nuclease hypersensitive sites in chromatin. Annu Rev Biochem 57, 159-197.

65. Guarente, L., (1988). UASs and enhancers: common mechanism of transcriptional activation in yeast and mammals. Cell 52(3), 303-305.

66. Hahn, S., (2004). Structure and mechanism of the RNA polymerase II transcription machinery. Nat Struct Mol Biol 11 (5), 394-403.

67. Hammer, R. E.; Krumlauf, R.; Camper, S. A.; Brinster, R. L.; Tilghman, S. M., (1987). Diversity of alpha-fetoprotein gene expression in mice is generated by a combination of separate enhancer elements. Science 235(4784), 53-58.

68. Hark, A. T.; Schoenherr, C. J.; Katz, D. J.; Ingram, R. S.; Levorse, J. M.; Tilghman, S. M., (2000). CTCF mediates methylation-sensitive enhancer-blocking activity at the H19/Igf2 locus. Nature 405(6785), 486-489.

69. Heintzman, N. D.; Hon, G. C.; Hawkins, R. D.; Kheradpour, P.; Stark, A.; Harp, L. F.; Ye, Z.; Lee, L. K.; Stuart, R. K.; Ching, C. W., et al., (2009). Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression. Nature.

70. Heintzman, N. D.; Ren, B., (2007). The gateway to transcription: identifying, characterizing and understanding promoters in the eukaryotic genome. Cell Mol Life Sci 64(4), 3 86-400.

71. Herendeen, D. R.; Kassavetis, G. A.; Geiduschek, E. P., (1992). A transcriptional enhancer whose function imposes a requirement that proteins track along DNA. Science 256(5061), 1298-1303.

72. Herrmann, M.; Selige, J.; Raffael, S.; Sachs, G.; Brambilla, A.; Klein, T., (2007). Systematic expression profiling of the gastric H+/K+ ATPase in human tissue. Scand J Gastroenterol 42(11), 1275-1288.

73. Holmgren, C.; Kanduri, C.; Dell, G.; Ward, A.; Mukhopadhya, R.; Kanduri, M.; Lobanenkov, V.; Ohlsson, R., (2001). CpG methylation regulates the Ig£2/H19 insulator. Curr Biol 11(14), 1128-1130.

74. Holohan, E. E.; Kwong, C.; Adryan, B.; Bartkuhn, M.; Herold, M.; Renkawitz, R.; Russell, S.; White, R., (2007). CTCF genomic binding sites in Drosophila and the organisation of the bithorax complex. PLoS Genet 3(7), el 12.

75. Hou, C.; Zhao, H.; Tanimoto, K.; Dean, A., (2008). CTCF-dependent enhancer-blocking by alternative chromatin loop formation. Proc Natl Acad Sci U SA 105(51), 20398-20403.

76. Hu, Q.; Kwon, Y. S.; Nunez, E.; Cardamone, M. D.; Hutt, K. R.; Ohgi, K. A.; Garcia-Bassets, I.; Rose, D. W.; Glass, C. K.; Rosenfeld, M. G., et al., (2008).

77. Enhancing nuclear receptor-induced transcription requires nuclear motor and LSD 1-dependent gene networking in interchromatin granules. Proc Natl Acad Sci USA 105(49), 19199-19204.

78. Illarionova, A. E.; Vinogradova, T. V.; Sverdlov, E. D., (2007). Only those genes of the KIAA1245 gene subfamily that contain HERV(K) LTRs in their introns are transcriptionally active. Virology 358(1), 39-47.

79. Inoue, H.; Nojima, H.; Okayama, H., (1990). High efficiency transformation of Escherichia coli with plasmids. Gene 96(1), 23-28.

80. Kadauke, S.; Blobel, G. A., (2009). Chromatin loops in gene regulation. Biochim Biophys Acta 1789(1), 17-25.

81. Karlsson, O.; Walker, M. D.; Rutter, W. J.; Edlund, T, (1989). Individual protein-binding domains of the insulin gene enhancer positively activate beta-cell-specific transcription. Mol Cell Biol 9(2), 823-827.

82. Kellum, R.; Schedl, P., (1992). A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay. Mol Cell Biol 12(5), 2424-2431.

83. Kent, W. J., (2002). BLAT~the BLAST-like alignment tool. Genome Res 12(4), 656-664.

84. Kim, A.; Zhao, H.; Ifrim, I.; Dean, A., (2007). Beta-globin intergenic transcription and histone acetylation dependent on an enhancer. Mol Cell Biol 27(8), 2980-2986.

85. Kim, T. H.; Abdullaev, Z. K.; Smith, A. D.; Ching, K. A.; Loukinov, D. I.; Green, R. D.; Zhang, M. Q.; Lobanenkov, V. V.; Ren, B., (2007). Analysis of the vertebrate insulator protein CTCF-binding sites in the human genome. Cell 128(6), 1231-1245.

86. Kim, T. H.; Barrera, L. O.; Zheng, M.; Qu, C.; Singer, M. A.; Richmond, T. A.; Wu, Y.; Green, R. D.; Ren, B., (2005). A high-resolution map of active promoters in the human genome. Nature 436(7052), 876-880.

87. Kim, T. W.; Wu, K.; Xu, J. L.; McAuliffe, G.; Tanzi, R. E.; Wasco, W.; Black, I. B., (1995). Selective localization of amyloid precursor-like protein 1 in the cerebral cortex postsynaptic density. Brain Res Mol Brain Res 32(1), 36-44.

88. Kinsella, T. M.; Nolan, G. P., (1996). Episomal vectors rapidly and stably produce high-titer recombinant retrovirus. Hum Gene Ther 7(12), 1405-1413.

89. Klamut, H. J.; Bosnoyan-Collins, L. O.; Worton, R. G.; Ray, P. N.; Davis, H. L., (1996). Identification of a transcriptional enhancer within muscle intron 1 of the human dystrophin gene. Hum Mol Genet 5(10), 1599-1606.

90. Kolesky, S. E.; Ouhammouch, M.; Geiduschek, E. P., (2002). The mechanism of transcriptional activation by the topologically DNA-linked sliding clamp of bacteriophage T4. JMolBiol 321(5), 767-784.

91. Kong, S.; Bohl, D.; Li, C.; Tuan, D., (1997). Transcription of the HS2 enhancer toward a cis-linked gene is independent of the orientation, position, and distance of the enhancer relative to the gene. Mol Cell Biol 17(7), 3955-3965.

92. Krivan, W.; Wasserman, W. W., (2001). A predictive model for regulatory sequences directing liver-specific transcription. Genome Res 11(9), 1559-1566.

93. Kuhn, E. J.; Viering, M. M.; Rhodes, K. M.; Geyer, P. K., (2003). A test of insulator interactions in Drosophila. EMBO /22(10), 2463-2471.

94. Kurdistani, S. K.; Grunstein, M., (2003). Histone acetylation and deacetylation in yeast. Nat Rev Mol Cell Biol 4(4), 276-284.

95. Kutach, A. K.; Kadonaga, J. T., (2000). The downstream promoter element DPE appears to be as widely used as the TATA box in Drosophila core promoters. Mol Cell Biol 20(13), 4754-4764.

96. Lee, T. I.; Young, R. A., (2000). Transcription of eukaryotic protein-coding genes. Annu Rev Genet 34, 77-137.

97. Li, X.; Noll, M., (1994). Compatibility between enhancers and promoters determines the transcriptional specificity of gooseberry and gooseberry neuro in the Drosophila embryo. Embo J 13(2), 400-406.

98. Ling, J.; Ainol, L.; Zhang, L.; Yu, X.; Pi, W.; Tuan, D., (2004). HS2 enhancer function is blocked by a transcriptional terminator inserted between the enhancer and the promoter. J Biol Chern 279(49), 51704-51713.

99. Ling, J.; Baibakov, B.; Pi, W.; Emerson, B. M.; Tuan, D., (2005). The HS2 enhancer of the beta-globin locus control region initiates synthesis of non-coding, polyadenylated RNAs independent of a cis-linked globin promoter. J Mol Biol 350(5), 883-896.

100. Liu, Z.; Garrard, W. T., (2005). Long-range interactions between three transcriptional enhancers, active Vkappa gene promoters, and a 3' boundary sequence spanning 46 kilobases. Mol Cell Biol 25(8), 3220-3231.

101. Lomvardas, S.; Barnea, G.; Pisapia, D. J.; Mendelsohn, M.; Kirkland, J.; Axel, R., (2006). Interchromosomal Interactions and Olfactory Receptor Choice. Cell 126(2), 403-413.

102. Loots, G. G.; Locksley, R. M.; Blankespoor, C. M.; Wang, Z. E.; Miller, W.; Rubin, E. M.; Frazer, K. A., (2000). Identification of a coordinate regulator of interleukins 4, 13, and 5 by cross-species sequence comparisons. Science 288(5463), 136-140.

103. Louie, M. C.; Yang, H. Q.; Ma, A. H.; Xu, W.; Zou, J. X.; Kung, H. J.; Chen, H. W., (2003). Androgen-induced recruitment of RNA polymerase II to a nuclear receptor-pl60 coactivator complex. Proc Natl Acad Sci USA 100(5), 2226-2230.

104. MacPherson, M. J.; Beatty, L. G.; Zhou, W.; Du, M.; Sadowski, P. D.,2009). The CTCF insulator protein is posttranslationally modified by SUMO. Mol Cell Biol 29(3), 714-725.

105. Magdinier, F.; Yusufzai, T. M.; Felsenfeld, G., (2004). Both CTCF-dependent and -independent insulators are found between the mouse T cell receptor alpha and Dadl genes. J Biol Chem 279(24), 25381-25389.

106. Magis, W.; Fiering, S.; Groudine, M.; Martin, D. I., (1996). An upstream activator of transcription coordinately increases the level and epigenetic stability of gene expression. Proc Natl Acad Sci USA 93(24), 13914-13918.

107. Magram, J.; Niederreither, K.; Costantini, F., (1989). Beta-globin enhancers target expression of a heterologous gene to erythroid tissues of transgenic mice. Mol Cell Biol 9(10), 4581-4584.

108. Majumder, P.; Gomez, J. A.; Boss, J. M., (2006). The human major histocompatibility complex class II HLA-DRB1 and HLA-DQA1 genes are separated by a CTCF-binding enhancer-blocking element. J Biol Chem 281(27), 18435-18443.

109. Maksimenko, O.; Golovnin, A.; Georgiev, P., (2008). Enhancer-promoter communication is regulated by insulator pairing in a Drosophila model bigenic locus. Mol Cell Biol 28(17), 5469-5477.

110. Malik, S.; Roeder, R. G., (2000). Transcriptional regulation through Mediator-like coactivators in yeast and metazoan cells. Trends Biochem Sci 25(6), 277-283.

111. Maniatis, T.; Falvo, J. V.; Kim, T. H.; Kim, T. K.; Lin, C. H.; Parekh, B. S.; Wathelet, M. G., (1998). Structure and function of the interferon-beta enhanceosome. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 63, 609-620.

112. Margueron, R.; Trojer, P.; Reinberg, D., (2005). The key to development: interpreting the histone code? Curr Opin Genet Dev 15(2), 163-176.

113. Martin, C.; Zhang, Y., (2005). The diverse functions of histone lysine methylation. Nat Rev Mol Cell Biol 6(11), 838-849.

114. Maston, G. A.; Evans, S. K.; Green, M. R., (2006). Transcriptional Regulatory Elements in the Human Genome. Annual Review of Genomics and Human Genetics 7(1), 29-59.

115. Meneghini, M. D.; Wu, M.; Madhani, H. D., (2003). Conserved histone variant H2A.Z protects euchromatin from the ectopic spread of silent heterochromatin. Cell 112(5), 725-736.

116. Merli, C.; Bergstrom, D. E.; Cygan, J. A.; Blackman, R. K., (1996). Promoter specificity mediates the independent regulation of neighboring genes. Genes Dev 10(10), 1260-1270.

117. Molne, M.; Houart, C.; Szpirer, J.; Szpirer, C., (1989). Combinatorial control of positive and negative, upstream and intragenic regulatory DNA domains of the mouse alpha 1-foetoprotein gene. Nucleic Acids Res 17(9), 3447-3457.

118. Mongelard, F.; Corces, Y. G., (2001). Two insulators are not better than one. Nat Struct Biol 8(3), 192-194.

119. Morimura, N.; Inoue, T.; Katayama, K.; Aruga, J., (2006). Comparative analysis of structure, expression and PSD95-binding capacity of Lrfn, a novel family of neuronal transmembrane proteins. Gene 380(2), 72-83.

120. Morrison, A.; Ariza-McNaughton, L.; Gould, A.; Featherstone, M.; Krumlauf, R., (1997). HOXD4 and regulation of the group 4 paralog genes. Development 124(16), 3135-3146.

121. Muravyova, E.; Golovnin, A.; Gracheva, E.; Parshikov, A.; Belenkaya, T.; Pirrotta, V.; Georgiev, P., (2001). Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators. Science 291(5503), 495-498.

122. Murrell, A.; Heeson, S.; Reik, W., (2004). Interaction between differentially methylated regions partitions the imprinted genes Igf2 and HI 9 into parent-specific chromatin loops. Nat Genet 36(8), 889-893.

123. Nikolaev, L. G.; Akopov, S. B.; Didych, D. A.; Sverdlov, E. D., (2009). Vertebrate Protein CTCF and its Multiple Roles in a Large-Scale Regulation of Genome Activity. Current Genomics 10, 294-302.

124. Nobrega, M. A.; Ovcharenko, I.; Afzal, V.; Rubin, E. M., (2003). Scanning human gene deserts for long-range enhancers. Science 302(5644), 413.

125. Nolte, C.; Amores, A.; Nagy Kovacs, E.; Postlethwait, J.; Featherstone, M., (2003). The role of a retinoic acid response element in establishing the anterior neural expression border of Hoxd4 transgenes. Mech Dev 120(3), 325-335.

126. Ogbourne, S.; Antalis, T. M., (1998). Transcriptional control and the role of silencers in transcriptional regulation in eukaryotes. BiochemJ 331 (Pt 1), 1-14.

127. Ohlsson, R; Renkawitz, R; Lobanenkov, V., (2001). CTCF is a uniquely versatile transcription regulator linked to epigenetics and disease. Trends Genet 17(9), 520-527.

128. Ohtsuki, S.; Levine, M.; Cai, H. N., (1998). Different core promoters possess distinct regulatory activities in the Drosophila embryo. Genes Dev 12(4), 547-556.

129. Pai, C. Y.; Lei, E. P.; Ghosh, D.; Corces, V. G., (2004). The centrosomal protein CP 190 is a component of the gypsy chromatin insulator. Mol Cell 16(5), 737-748.

130. Panne, D., (2008). The enhanceosome. Curr Opin Struct Biol 18(2), 236242.

131. Papatsenko, D. A.; Makeev, V. J.; Lifanov, A. P.; Regnier, M.; Nazina, A. G.; Desplan, C., (2002). Extraction of functional binding sites from unique regulatory regions: the Drosophila early developmental enhancers. Genome Res 12(3), 470-481.

132. Parelho, V.; Hadjur, S.; Spivakov, M.; Leleu, M.; Sauer, S.; Gregson, H. C.; Jarmuz, A.; Canzonetta, C.; Webster, Z.; Nesterova, T., et al., (2008). Cohesins functionally associate with CTCF on mammalian chromosome arms. Cell 132(3), 422-433.

133. Parnell, T. J.; Geyer, P. K., (2000). Differences in insulator properties revealed by enhancer blocking assays on episomes. EMBOJ 19(21), 5864-5874.

134. Pennisi, E., (2004). Searching for the genome's second code. Science 306(5696), 632-635.

135. Peters, J. M.; Tedeschi, A.; Schmitz, J., (2008). The cohesin complex and its roles in chromosome biology. Genes Dev 22(22), 3089-3114.

136. Ptashne, M., (1986). Gene regulation by proteins acting nearby and at a distance. Nature 322(6081), 697-701.

137. Queen, C.; Baltimore, D., (1983). Immunoglobulin gene transcription is activated by downstream sequence elements. Cell 33(3), 741-748.

138. Rastegar, M.; Kobrossy, L.; Kovacs, E. N.; Rambaldi, I.; Featherstone, M., (2004). Sequential histone modifications at Hoxd4 regulatory regions distinguish anterior from posterior embryonic compartments. Mol Cell Biol 24(18), 8090-8103.

139. Recillas-Targa, F.; Bell, A. C.; Felsenfeld, G., (1999). Positional enhancer-blocking activity of the chicken beta-globin insulator in transiently transfected cells. Proc Natl Acad Sci USA 96(25), 14354-14359.

140. Reeder, R. H., (1984). Enhancers and ribosomal gene spacers. Cell 38(2), 349-351.

141. Reneker, L. W.; Chen, Q.; Bloch, A.; Xie, L.; Schuster, G.; Overbeek, P. A., (2004). Chick delta 1-crystallin enhancer influences mouse alphaA-crystallin promoter activity in transgenic mice. Invest Ophthalmol Vis Sci 45(11), 4083-4090.

142. Roh, T. Y.; Cuddapah, S.; Zhao, K., (2005). Active chromatin domains are defined by acetylation islands revealed by genome-wide mapping. Genes Dev 19(5), 542-552.

143. Roh, T. Y.; Wei, G.; Farrell, C. M.; Zhao, K., (2007). Genome-wide prediction of conserved and nonconserved enhancers by histone acetylation patterns. Genome Res 17(1), 74-81.

144. Ronshaugen, M.; Levine, M., (2004). Visualization of trans-homolog enhancer-promoter interactions at the Abd-B Hox locus in the Drosophila embryo. Dev Cell 7(6), 925-932.

145. Ruda, V. M.; Akopov, S. B.; Trubetskoy, D. O.; Manuylov, N. L.; Vetchinova, A. S.; Zavalova, L. L.; Nikolaev, L. G.; Sverdlov, E. D., (2004). Tissue specificity of enhancer and promoter activities of a HERV-K(HML-2) LTR. Virus Res 104(1), 11-16.

146. Ruiz-Narvaez, E. A.; Campos, H., (2008). Evolutionary rate heterogeneity of Alu repeats upstream of the APOA5 gene: do they regulate APOA5 expression? J Hum Genet 53(3), 247-253.

147. Sagai, T.; Hosoya, M.; Mizushina, Y.; Tamura, M.; Shiroishi, T., (2005). Elimination of a long-range cis-regulatory module causes complete loss of limb-specific Shh expression and truncation of the mouse limb. Development 132(4), 797-803.

148. Sambrook, J. G.; Russell, D. W., (2001). Molecular Cloning. A laboratory Manual. CSHL Press, Cold Spring Harbor.

149. Sass, A. V.; Ruda, V. M.; Akopov, S. B.; Snezhkov, E. V.; Nikolaev, L. G.; Sverdlov, E. D., (2005). Regulatory potential of S/MAR elements in transient expression. BioorgKhim 31(1), 77-81.

150. Scherdin, U.; Rhodes, K.; Breindl, M., (1990). Transcriptionally active genome regions are preferred targets for retrovirus integration. J Virol 64(2), 907912.

151. Scott, K. C.; Taubman, A. D.; Geyer, P. K., (1999). Enhancer blocking by the Drosophila gypsy insulator depends upon insulator anatomy and enhancer strength. Genetics 153(2), 787-798.

152. Scott, K. S.; Geyer, P. K., (1995). Effects of the su(Hw) insulator protein on the expression of the divergently transcribed Drosophila yolk protein genes. EMBO J 14(24), 6258-6267.

153. Shang, Y.; Myers, M.; Brown, M., (2002). Formation of the androgen receptor transcription complex. Mol Cell 9(3), 601-610.

154. Sleckman, B. P.; Bardon, C. G.; Ferrini, R.; Davidson, L.; Alt, F. W., (1997). Function of the TCR alpha enhancer in alphabeta and gammadelta T cells. Immunity 7(4), 505-515.

155. Smale, S. T., (2001). Core promoters: active contributors to combinatorial gene regulation. Genes Dev 15(19), 2503-2508.

156. Spicuglia, S.; Kumar, S.; Yeh, J. H.; Vachez, E.; Chasson, L.; Gorbatch, S.; Cautres, J.; Ferrier, P., (2002). Promoter activation by enhancer-dependent and -independent loading of activator and coactivator complexes. Mol Cell 10(6), 1479-1487.

157. Spilianakis, C. G.; Flavell, R. A., (2004). Long-range intrachromosomal interactions in the T helper type 2 cytokine locus. Nat Immunol 5(10), 1017-1027.

158. Steinmetz, E. J.; Warren, C. L.; Kuehner, J. N.; Panbehi, B.; Ansari, A. Z.; Brow, D. A., (2006). Genome-wide distribution of yeast RNA polymerase II and its control by Senl helicase. Mol Cell 24(5), 735-746.

159. Stenson, P. D.; Ball, E. V.; Mort, M.; Phillips, A. D.; Shiel, J. A.; Thomas, N. S.; Abeysinghe, S.; Krawczak, M.; Cooper, D. N., (2003). Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update. Hum Mutat 21(6), 577-581.

160. Struhl, K., (1984). Genetic properties and chromatin structure of the yeast gal regulatory element: an enhancer-like sequence. Proc Natl Acad Sci USA 81(24), 7865-7869.

161. Su, A. I.; Wiltshire, T.; Batalov, S.; Lapp, H.; Ching, K. A.; Block, D.; Zhang, J.; Soden, R.; Hayakawa, M.; Kreiman, G., et al., (2004). A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes. Proc Natl Acad Sci USA 101(16), 6062-6067.

162. Swift, G. H.; Craik, C. S.; Stary, S. J.; Quinto, C.; Lahaie, R. G.; Rutter, W. J.; MacDonald, R. J., (1984). Structure of the two related elastase genes expressed in the rat pancreas. J Biol Chem 259(22), 14271-14278.

163. Szutorisz, H.; Dillon, N., (2005). The epigenetic basis for embryonic stem cell pluripotency. Bioessays 27(12), 1286-1293.

164. Szutorisz, H.; Dillon, N.; Tora, L., (2005). The role of enhancers as centres for general transcription factor recruitment. Trends Biochem Sci 30(11), 593-599.

165. Takaki, R.; Watson, S. R.; Lanier, L. L., (2006). DAP12: an adapter protein with dual functionality. Immunol Rev 214, 118-129.

166. Teferedegne, B.; Green, M. R.; Guo, Z.; Boss, J. M., (2006). Mechanism of action of a distal NF-kappaB-dependent enhancer. Mol Cell Biol 26(15), 57595770.

167. Thanos, D.; Du, W.; Maniatis, T., (1993). The high mobility group protein HMG I(Y) is an essential structural component of a virus-inducible enhancer complex. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 58, 73-81.

168. Torigoi, E.; Bennani-Baiti, I. M.; Rosen, C.; Gonzalez, K.; Morcillo, P.; Ptashne, M.; Dorsett, D., (2000). Chip interacts with diverse homeodomain proteins and potentiates bicoid activity in vivo. Proc Natl Acad Sci USA 97(6), 2686-2691.

169. Tuan, D.; Kong, S.; Hu, K., (1992). Transcription of the hypersensitive site HS2 enhancer in erythroid cells. Proc Natl Acad Sci USA 89(23), 1121911223.

170. Valadez-Graham, V.; Razin, S. V.; Recillas-Targa, F., (2004). CTCF-dependent enhancer blockers at the upstream region of the chicken alpha-globin gene domain. Nucleic Acids Res 32(4), 1354-1362.

171. Valenzuela, L.; Kamakaka, R. T., (2006). Chromatin insulators. Annu Rev Genet 40, 107-138.

172. Vernimmen, D.; De Gobbi, M.; Sloane-Stanley, J. A.; Wood, W. G.; Higgs, D. R., (2007). Long-range chromosomal interactions regulate the timing of the transition between poised and active gene expression. Embo J 26(8), 20412051.

173. Vieira, K. F.; Levings, P. P.; Hill, M. A.; Crusselle, V. J.; Kang, S. H.; Engel, J. D.; Bungert, J., (2004). Recruitment of transcription complexes to the beta-globin gene locus in vivo and in vitro. J Biol Chem 279(48), 50350-50357.

174. Wallace, J. A.; Felsenfeld, G., (2007). We gather together: insulators and genome organization. Curr Opin Genet Dev 17(5), 400-407.

175. Wasserman, W. W.; Fickett, J. W., (1998). Identification of regulatory regions which confer muscle-specific gene expression. J Mol Biol 278(1), 167-181.

176. Wendt, K. S.; Yoshida, K.; Itoh, T.; Bando, M.; Koch, B.; Schirghuber, E.; Tsutsumi, S.; Nagae, G.; Ishihara, K.; Mishiro, T., et al., (2008). Cohesin mediates transcriptional insulation by CCCTC-binding factor. Nature 451(7180), 796-801.

177. West, A. G.; Fraser, P., (2005). Remote control of gene transcription. Hum Mol Genet 14 Spec No 1, R101-111.

178. West, A. G.; Gaszner, M.; Felsenfeld, G., (2002). Insulators: many functions, many mechanisms. Genes Dev 16(3), 271-288.

179. Willoughby, D. A.; Vilalta, A.; Oshima, R. G., (2000). An Alu element from the K18 gene confers position-independent expression in transgenic mice. J Biol Chem 275(2), 759-768.

180. Wu, C. T., (1993). Transvection, nuclear structure, and chromatin proteins. J Cell Biol 120(3), 587-590.

181. Wu, J.; Song, Y.; Bakker, A. B.; Bauer, S.; Spies, T.; Lanier, L. L.; Phillips, J. H., (1999). An activating immunoreceptor complex formed by NKG2D and DAP 10. Science 285(5428), 730-732.

182. Xu, Q.; Li, M.; Adams, J.; Cai, H. N., (2004). Nuclear location of a chromatin insulator in Drosophila melanogaster. J Cell Sci 117(Pt 7), 1025-1032.

183. Yannaki, E.; Tubb, J.; Aker, M.; Stamatoyannopoulos, G.; Emery, D. W., (2002). Topological constraints governing the use of the chicken HS4 chromatin insulator in oncoretrovirus vectors. Mol Ther 5(5 Pt 1), 589-598.

184. Yao, S.; Osborne, C. S.; Bharadwaj, R. R.; Pasceri, P.; Sukonnik, T.; Pannell, D.; Recillas-Targa, F.; West, A. G.; Ellis, J., (2003). Retrovirus silencer blocking by the cHS4 insulator is CTCF independent. Nucleic Acids Res 31(18), 5317-5323.

185. Yie, J.; Liang, S.; Merika, M.; Thanos, D., (1997). Intra- and intermolecular cooperative binding of high-mobility-group protein I(Y) to the betainterferon promoter. Mol Cell Biol 17(7), 3649-3662.

186. Yu, W.; Ginjala, V.; Pant, V.; Chernukhin, I.; Whitehead, J.; Docquier, F.; Farrar, D.; Tavoosidana, G.; Mukhopadhyay, R.; Kanduri, C., et al., (2004). Poly(ADP-ribosyl)ation regulates CTCF-dependent chromatin insulation. Nat Genet 36(10), 1105-1110.

187. Yusufzai, T. M.; Felsenfeld, G., (2004). The 5'-HS4 chicken beta-globin insulator is a CTCF-dependent nuclear matrix-associated element. Proc Natl Acad Sci USA 101(23), 8620-8624.

188. Yusufzai, T. M.; Tagami, H.; Nakatani, Y.; Felsenfeld, G., (2004). CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species. Mol Cell 13(2), 291-298.

189. Zhan, H. C.; Liu, D. P.; Liang, C. C., (2001). Insulator: from chromatin domain boundary to gene regulation. Hum Genet 109(5), 471-478.

190. Zhang, R.; Burke, L. J.; Rasko, J. E.; Lobanenkov, V.; Renkawitz, R., (2004). Dynamic association of the mammalian insulator protein CTCF with centrosomes and the midbody. Exp Cell Res 294(1), 86-93.

191. Zhou, J.; Barolo, S.; Szymanski, P.; Levine, M., (1996). The Fab-7 element of the bithorax complex attenuates enhancer-promoter interactions in the Drosophila embryo. Genes Dev 10(24), 3195-3201.

192. Zhu, X.; Ling, J.; Zhang, L.; Pi, W.; Wu, M.; Tuan, D., (2007). A facilitated tracking and transcription mechanism of long-range enhancer function. Nucleic Acids Res 35(16), 5532-5544.