Идентификация генов человека, экспрессия которых меняется при инфекции вирусом клещевого энцефалита тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Гаврилов, Борис Гавриилович

• Гаврилов, Борис Гавриилович
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Гаврилов, Борис Гавриилович

ВВЕДЕНИЕ - [5]

ПОДХОДЫ К АНАЛИЗУ ИЗМЕНЕНИЯ ЭКСПРЕССИИ КЛЕТОЧНЫХ ГЕНОВ ПРИ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЯХ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ) - [7]

Введение - [7]

Культуры клеток и объект анализа изменения экспрессии клеточных генов - пул мРНК (кДНК) - [10]

Исследование экспрессии клеточных генов с использованием микроматриц (микрочипов) ДНК - [12]

Серийный анализ генной экспрессии (SAGE) - [19] Метод дифференциального дисплея - [23] Метод вычитающей гибридизации - [30] Подтверждение дифференциальной транскрипции - [46] РЕЗУЛЬТАТЫ ЭКСПЕРИМЕНТОВ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ - [49]

Введение - [49]

Стратегия, использованная для поиска дифференциально экспрессирующихся генов в инфицированных вирусом клещевого энцефалита клетках человека - [50]

Описание метода SSH - [50]

Селективная амплификация обогащенной фракции - [53]

Вычитающая гибридизация. Создание и анализ обогащенных кДНК библиотек - [56]

Идентификация и подтверждение дифференциальной экспрессии транскриптов генов IFI-54K ИIFI-56K - [60]

Поздняя индукция генов IFI-54K и IFI-56K - [64]

Разработка метода дифференциального скрининга полученных после супрессионной вычитающей гибридизации библиотек кДНК и создание высокообогащенных или упрощенных библиотек на их основе - [67]

Описание модельной системы - [68]

Исследование кинетики ренатурации фрагментов кДНК вычтенной библиотеки с целью определения условий, необходимых для удаления фоновых молекул - [68] Подход с использованием экзонуклеазы ЕхоШ- [70]

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ - [76]

МАТЕРИАЛЫ - [76]

Оборудование и расходные материалы - [76] Среды и растворы - [78]

МЕТОДЫ-[81]

Клетки и вирусы - [81] Получение РНК- [81] Электрофорез в агарозном геле - [81] Очистка олигонуклеотидных праймеров - [82] PCR ампплификация - [82]

Структура праймеров, используемых в PCR-амплификациях - [83] Очистка фрагмента ДНК в агарозном геле - [84] Southern- Dot- и Northern-блот гибридизация - [84]

Создание упрощенных/высокобогощенных зондов и вычтенных библиотек - [84] Трансформация Е. Coli - [87] Вычитающая гибридизация — [87] RT-PCR - [88]

Определение первичной структуры ДНК - [89] ВЫВОДЫ - [90] СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ - [91] БЛАГОДАРНОСТИ - [101]

СОКРАЩЕНИЯ kb - (kilobase) - тыс. пар оснований b.p. - (base pairs) - пара оснований PCR - полимеразная цепная реакция

RT-PCR - полимеразная цепная реакция после обратной транскрипции

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Гаврилов, Борис Гавриилович

выводы

1. Проведено сравнение тотальных препаратов РНК клеток человека почечной линии RH из инфицированных и неинфицированных вирусом клещевого энцефалита (ВКЭ), принадлежащего к роду Flavivirus семейства Flaviviridae. Обнаружен ряд последовательностей (в том числе, с использованием разработанной методики), супрессируемых и индуцированных в ходе инфекции, гомологичных известным генам.

2. Проведено доказательство их дифференциальной экспрессии альтернативными методами.

3. Впервые продемонстрирована индукция генов IFI-54K и IFI-56K при взаимодействии ВКЭ с клетками человека. Показан очень поздний характер индукции.

4. Разработана методика дифференциального скрининга полученных после супрессионной вычитающей гибридизации библиотек кДНК и создания высокообогащенных или упрощенных библиотек на их основе. Методика повышает воспроизводимость, эффективность и экономичность гибридизационного скрининга. На модельных системах показано, что методика позволяет снизить количество фоновых молекул в результирующей библиотеке, вплоть до практически полного их исчезновения. Эффективность методики продемонстрирована обнаружением дифференциальной экспрессии гена ADRP.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Гаврилов, Борис Гавриилович, 2003 год

1. Воробьева М.С., Воронцова Т.В., Арумова Е.А., Расщепкина М.Н. (2001) Здоровье населения и среда обитания. ЗНиСО, т. 94, 12-17.

2. Лукьянов С.А., Гурская Н.Г., Лукьянов К.А., Тарабыкин B.C., Свердлов Е.Д. (1994) Высокоэффективная вычитающая гибридизация. Биоорганич. химия, т. 20, 701-704.

3. Чан В.Т. Молекулярная клиническая диагностика. Методы. Под редакцией С. Хенингтона и Дж. Макги. Изд-во «Мир», Москва, 1999, 303.

4. Репин B.C., Сухих Г.Т. Медицинская клеточная биотехнология. Изд-во "БЭБиМ", 1998, 9.

5. Свердлов Е.Д., Ермолаева О.Д. (1993) Вычитающая гибридизация. Теоретический анализ и принцип ловушки. Биоорганич. Химия, т. 19, 1081-1088.

6. Свердлов Е.Д., Ермолаева О.Д. (1994) Кинетический анализ вычитающей гибридизации транскриптов. Биоорганич. химия, т. 20, 506-514.

7. Свердлов Е.Д. (1993) Вычитающая гибридизация техника экстракции последовательностей ДНК, отличающих два близкородственных генома. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, № 6, 3-12.

8. Сухих Г.Т. (1998) Трансплантация фетальных клеток в медицине: настоящее и будущее". Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 3-13.

9. Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer А.А., Zhang J., Zhang Z., Miller W„ Lipman D.J. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res, v. 25, 3389-3402.

10. Anderson L., Seilhamer J. (1997) A comparison of selected mRNA and protein abundances in human liver. Electrophoresis, v. 18, 533-537.

11. Balzer H.J. and Baumlein H. (1994) An improved gene expression screen. Nucleic Acids Res.,\. 22, 2853-2854.

12. Bassett D.E., Eisen M.B. and Boguski M.S. (1999) Gene expression informatics it's all in your mine. Nature Genetics Supplement, v. 21, 51-55.

13. Bertioli D., Schlichter U., Adams M., Burrows P., Steibis H., Antoniw J. (1995) An analysis of differential display shows a strong bias towards high copy number mRNAs. Nucleic Acids Res., v. 23, 4520-4523.

14. Bowtell D.D.L. (1999) Options available from start to finish - for obtaining expression data by microarray. Nature Genetics Supplement, v. 21, 25-32.

15. Britten R.J. and Davidson E.H. Hebridisation Strategy. In Hames B.D. and Higgins S.J. (eds), Nucleic Acid Hybridisation. IRL Press, Oxford-Washington DC, 1985, 3-14.

16. Britten R.J. and Kohne D.E. (1968) Repeated sequences in DNA. Hundreds of thousands of copies of DNA sequences have been incorporated into the genomes of higher organisms. Science, v. 161, 529-540.

17. Bugrysheva J.V., Matveeva V.A., Dobrikova E.Y., Bykovskaya N.V., Korobova S.A., Bakhvalova V.N., Morozova O.V. (2001) Tick-borne encephalitis virus NS1 glycoprotein during acute and persistent infection of cells. Virus Res., v. 76, 161-169.

18. Calisher C.H., Karabatsos N. The arboviruses: epidimiology and ecology / Ed. T.P. Monath. Baca Raton: CRC Press, Inc., 1988, 19-57.

19. Chebath J., Merlin G., Metz R., Benech P., Revel M. (1983) Interferon-induced 56,000 Mr protein and its mRNA in human cells: molecular cloning and partial sequence of the cDNA. Nucleic Acids Res., v. 11, 1213-1226.

20. Cheung, V.G., M. Morley, F. Aguilar, A. Massimi, R. Kucherlapati, G. Childs. (1999) Making and reading microarrays. Nature Genetics Supplement., v. 21, 15-19.

21. Coche Th. and Dewer M. (1994) Reducing bias in cDNA sequence representation by molecular selection. Nucleic Acids Res., v. 22, 4545-4546.

22. Chen JJ, Rowley JD, Wang SM. (2000) Generation of longer cDNA fragments from serial analysis of gene expression tags for gene identification. Proc. Natl. Acad. Sci., v. 97, 349353.

23. Clarke P.A., te Poele R., Wooster R., Workman P. (2001) Gene expression microarray analysis in cancer biology, pharmacology, and drug development: progress and potential. Biochem. Pharmacol., v. 62, 1311-1336.

24. Datson N.A., Jong J., van der Perk-de Jong J., van den Berg M.P., de Kloet E.R., Vreugdenhil E. (1999) MicroSAGE: a modified procedure for serial analysis of gene expression in limited amounts of tissue. Nucleic Acids Res., v. 27, 1300-1307.

25. Darnell JE Jr, Kerr IM, Stark GR. (1994) Jak-STAT pathways and transcriptional activation in response to IFNs and other extracellular signaling proteins. Science, v. 264, 1415-21.

26. DeRisi J.L., Iyer V.R. and Brown P.O. (1997) Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale. Science, v. 278, 680-686.

27. DeRisi J., Penland L., Brown P.O., Bittner M.L., Meitzer P.S., Ray M., Chen Y., Su Y.A., Trent J.M. (1996) Use of a cDNA microarray to analyze gene expression patterns in human cancer. Nature Genetics, v. 14, 457-460.

28. De Cant E., Roshlitz C.F., Wang A.M., Doyle M.V., Mark D.F. (1989) Quantitation of mRNA by the polymerase chain reaction. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, v. 86, 9717-21.

29. Diachenko L.B., Ledesma J., Chenchik A.A., Siebert P.D. (1996) Combining the technique of RNA fingerprinting and differential display to obtain differentially expressed mRNA. Biochem. Biophys. Res. Commun., v. 219, 824-828.

30. Diatchenko L., Chenchik A., Siebert P.D. Gene cloning and analysis by RT-PCR / Ed. P. Siebert, J. Larrick. BioTechniques Books, Natick, MA, 1998, 213-237.

31. Diatchenko L., Lukyanov S., Lau Y.F., Siebert P.D. (1999) Suppression subtractive hybridization: a versatile method for identifying differentially expressed genes. Methods Enzymol., v. 303, 349-380.

32. Duguid J.R., Rohwer R.G. and Seed B. (1988) Isolation of cDNAs of scrapie-modulated RNAs by subtractive hybridization of a cDNA library. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, v. 85, 5738-5742.

33. Duguid J.R. and Dinauer M.C. (1990) Library subtraction of in vitro cDNA libraries to identify differentially expressed genes in scrapie infection. Nucleic Acids Res., v. 18, 2789-2792.

34. Duggan D.J., Bittner M., Chen Y., Meitzer P., Trent J.M. (1999) Expression profiling using cDNA microarrays. Nature Genetics Supplements, v. 21, 10-14.

35. Emel'ianov B.A., Novokhatskii A.S. (1977) Reproduction and interferogenic activity of togaviruses. Vopr. Virusol., v. 2, 216-222.

36. Femino A.M., Fay F.S., Fogarty K., Singer R.H. (1998) Visualization of single RNA transcripts in situ. Science, v. 280, 585-590.

37. Galau G., Klein W., Britten R., Davidson E. (1977) Significance of rare mRNA sequences in liver. Arch. Biochem. Biophys., v. 179, 584-599.

38. Hardwick J.M. (1998) Viral interference with apoptosis. Semin. Cell. Dev. Biol., v. 9, 339349.

39. Harrington C.A., Rosenow C. and Retief J. (2000) Monitoring gene expression using DNA microarrays. Curr. Opin. Microbiol., v. 3, 285-291.

40. Hara E., Kato T., Nakada S., Sekiya S., Oda K. (1991) Subtractive cDNA cloning using oligo(dT)3o-Latex and PCR: isolation of cDNA clones specific to undifferentiated human embryonal carcinoma cells. Nucleic Acids Res., v. 19, 7097-7104.

41. Hesse H., Frommer W.B. and Wilmitzer L. (1995) An improved method for generating subtractide cDNA libraries using phage lambda vectors. Nucleic Acids Res., v. 23, 33553356.

42. Hubank M. and Schatz D.G. (1994) Identifying differences in mRNA expression by representational difference analysis of cDNA. Nucleic Acids Res., v. 22, 5640-5648.

43. Ivanova N.B and Belyavsky A.V. (1995) Identification of differentially expressed genes by restriction endonuclease-based gene expression fingerprinting. Nucleic Asids Res., v. 23, 2954-2958.

44. Inoue H., Nojima H., Okayama Y. (1990) High efficiency transformation of E.coli with plasmids. Gene, v. 96, 23-28.

45. Kalvakolanu D.V., Bandyopadhyay S.K., Harter M.L., Sen G.C. (1991) Inhibition of interferon-inducible gene expression by adenovirus El A proteins: block in transcriptional complex formation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 88, 7459-7463.

46. Kato K. (1996) RNA fingerprinting by molecular indexing. Nucleic Asids Res., v. 24, 394395.

47. Kedarnath N., Cecilia D., Gore M.M., Baneijea A.C., Ghosh S.N. (1983) Interferon induction by flavi- and orbiviruses in L-M cell line. Acta Virol., v. 27, 80-82.

48. Kessler DS, Veals SA, Fu XY, Levy DE. (1990) Interferon-alpha regulates nuclear translocation and DNA-binding affinity of ISGF3, a multimeric transcriptional activator. Genes Dev. v. 4, 1753-65.

49. Kohne D., Levison S. and Byers M. (1977) Room temperature method for increasing the rate of DNA reassotiation my many thousandfold: the phenol emulsion reassociation technique. Biochemistry, v. 16, 5329.

50. Ko M.S. (1990) An equalized cDNA library by the reassociation of short double-stranded cDNAs. Nucleic Acids Res., v. 18, 5705-5711.

51. Kozbor D., Hyjek E., Wiaderkiewicz R., Wang Z., Wang M., Loh E. (1993) Competitor mRNA fragments for quantitation of cytokine specific transcripts in cell lysates. Mol Immunol., v. 30, 1-7.

52. Lander E.S., Linton L.M., Birren B., Nusbaum C., Zody M.C., Baldwin J., Devon K., Dewar K., Doyle M., FitzHugh W. et al. (2001) Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature, v. 409, 860-921.

53. Lemieux, B., A. Aharoni, M. Schena. (1998) Overview of DNA chip technology. Molec. Breeding, v. 4, 277-289.

54. Levy DE, Kessler DS, Pine R, Darnell JE Jr. (1989) Cytoplasmic activation of ISGF3, the positive regulator of interferon-alpha-stimulated transcription, reconstituted in vitro. Genes Dev. v. 3, 1362-71.

55. Liang P., Averboukh L. and Pardee A.B. (1993) Distribution and cloning of eucariotic mRNAs by means of differential display: refinements and optimization. Nucleic Acids Res., v. 21, 3269-3275.

56. Lisitsyn N., Lisitsyn N. and Wigler M. (1993) Cloning the differences between two complex genomes. Science, v. 259, 946-951.

57. Lipshutz R.J., Fodor S.P.A., Gingeras T.R., Lockhart D.J. (1999) High density synthetic oligonucleotide arrays. Nature Genetics Supplement, v. 21, 20-24.

58. Marshall A. and Hodgson J. (1998) DNA chips: an array of possibilities. Nature Biotechnology, v. 16, 27-31.

59. Martin K.J. and Pardee A.B. (1999) Principles of Differential Display" Methods in Enzymology, v. 303, 234-258.

60. Matz M.V., Lukyanov S.A. (1998) Different strategies of differential display: areas of aplication. Nucleic Acids Res., v. 26, 5537-5543.

61. Matz M., Shagin D., Bogdanova E., Britanova O., Lukyanov S., Diatchenko L., Chenchik A. (1999) Amplification of cDNA ends based on template-switching effect and step-out PCR. Nucleic Asids Res., v. 27, 1558-1560.

62. Matz M., Usman N., Shagin D., Bogdanova E., Lukyanov S. (1997) Ordered differential display: a simple method for systematic comparison of gene expression profiles. Nucleic Acids Res., v. 25, 2541-2542.

63. Myers R.M. (1993) The Pluses of Subtraction. Science, v. 259, 942-943.

64. Nakaya T., Sato M., Hata N., Asagiri M., Suemori H., Noguchi S., Tanaka N., Taniguchi T. (2001) Gene induction pathways mediated by distinct IRFs during viral infection. Biochem. Biophys. Res. Commun. v. 283, 1150-1156.

65. Neilson L., Andalibi A., Kang D., Coutifaris C., Strauss J.F. 3rd, Stanton J.A., Green D.P. (2000) Molecular phenotype of the human oocyte by PCR-SAGE. Genomics, v. 63, 1324.

66. Nelson P.S., Hawkins V., Schummer M., Bumgarner R., Ng W.L., Ideker T., Ferguson C., Hood L. (1999) Negative selection a method for obtaining low-abundance cDNAs using high-density cDNA clone arrays. Genet. Anal., v. 15, 209-215.

67. Nicholl M.J., Robinson L.H., Preston C.M. J. (2000) Activation of cellular interferon-responsive genes after infection of human cells with herpes simplex virus type 1. J. Gen. Virol., v. 81,2215-2218.

68. Venezuelan equine encephalitis and tick-borne encephalitis viruses. Virology, v. 297, 163171.

69. Patanjiali S.R., Parimoo S. and Weissmann S.M. (1991) Construction of uniform-abundance (normalized) cDNA lidrary. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 88, 1943-1947.

70. Patzwahl R., Meier V., Ramadori G., Mihm S. (2001) Enhanced expression of interferonregulated genes in the liver of patients with chronic hepatitis C virus infection: detection by suppression-subtractive hybridization. J. Virol., v. 75, 1332-1338.

71. Peters D.G., Kassam A.M., Yonas H., O'Hare E.H., Ferrell R.E., Brufsky A.M. (199) Comprehensive transcript analysis in small quantities of mRNA by SAGE-Lite. Nucleic Acids Res., v. 27, e39.

72. Pflugheber J., Fredericksen B., Sumpter R. Jr., Wang C., Ware F., Sodora D.L., Gale M. Jr. (2002) Regulation of PKR and IRF-1 during hepatitis C virus RNA replication. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., v. 99., 4650-4655.

73. Preston C.M., Harman A.N., Nicholl M.J. (2001) Activation of interferon response factor-3 in human cells infected with herpes simplex virus type 1 or human cytomegalovirus. J. Virol., v.75, 8909-8916.

74. Rebagliati M., Weeks D., Harvey R., Melton D.A. (1985) Identification and cloning of localized maternal RNAs from Xenopus Eggs. Cell, v. 42, 769-777.

75. Reich N., Pine R., Levy D., Darnell J.E. Jr. (1998) Transcription of interferon-stimulated genes is induced by adenovirus particles but is suppressed by El A gene products. J. Virol. 1988. v. 62, 114-119.

76. Rubenshtein J.L.R., Brice A.E.J., Ciaranello R.D., Denney D., Porteus M.H., Usdin T.B. (1990) Sub tractive hydridization system using single-stranded phagemeds with directional inserts. Nucleic Acids Res., v. 18, 4833-4842.

77. Ryo A, Suzuki Y, Ichiyama K, Wakatsuki T, Kondoh N, Hada A, Yamamoto M, Yamamoto N. (1999) Serial analysis of gene expression in HIV-1-infected T cell lines. FEBSLett., v. 462, 182-186.

78. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular Cloning. A laboratory Manual., 2nd Edition ed. CSHL Press, Cold Spring Harbour, 1989.

79. Sargent T.D. (1987) Isolation of differentially expressed genes. Methods Enzymol., v. 152, 423-432.

80. Sasaki Y.F., Ayusava D., Oishi M. (1994) Constraction of a normalized cDNA library by introduction of a semi-solid mRNA-cDNA hybridization system. Nucleic Acids Res., v. 22, 987-992.

81. Schena M., Heller R.A., Theriault T.P, Konrad K, Lachenmeier E., Davis R.W. (1998) Microarrays: biotechnology's discovery platform for functional genomics. Trends in Biotechnol., v. 16, 301-306.

82. Schena M. (1996) Genome analysis with gene expression microarrays. BioEssays., v. 18, 427-431.

83. Schramm M., Falkai P., Tepest R., Schneider-Axmann T., Przkora P., Waha A., Pietsch T., Bonte W., Bayer T.A. (1999) Stability of RNA transcripts in post psychiatric brains. J. Neural. Transm., v. 106, 329-335.

84. Sen G.C. and Ransohoff R.M. (1993) Interferon-induced antiviral actions and their regulation. Adv. Virus Res., v. 42, 57-102.

85. Shen J., Devery J.M., King N.J. (1995) Early induction of interferon-independent virus-specific ICAM-1 (CD54) expression by flavivirus in quiescent but not proliferating fibroblasts—implications for virus-host interactions. Virology, v. 208, 437-449.

86. Soares M.B., Bonaldo M.F., Jelene P., Su L., Lawton L., Efstratiadis A. (1994) Construction and characterization of a normalized cDNA library. Proc. Natl. Acad. Sci. USA.,\. 91,9228-9232.

87. Stark G.R., Kerr I.M., Williams B.R., Silverman R.H., Schreiber R.D. (1998) How cells respond to interferons. Annu. Rev. Biochem., v. 67, 227-264.

88. Suzuki H., Yaoi T., Kawai J., Hara A., Kuwajima G., Watanabe S. (1996) Restriction landmark cDNA scanning (RLCS): a novel cDNA display system using two-dimensional gel electrophoresis. Nucleic Asids Res., v. 24, 289—294.

89. Takao T., Shimizu T., Ikegami S., Shimonishi Y. (1997) High-sensitivity mass spectrometry for analysis of posttranslational modifications. J. Protein Chem., v. 16, 409413.

90. Timberlake W.E. (1980) Developmental gene regulation in Aspergillus nidulans. Dev. Biol., v. 78, 497-500.

91. Ttrenkle T., Welsh J., Jung B., Mathieu-Daudi F., McClelland M. (1998) Non-stoichiometric reduced complexity probes for cDNA arrays. Nucleic Acids Res., v. 26, 3883-3891.

92. Velculescu V.E., Zhang L., Yogelstein B., Kinzler K.W. (1995) Serial analysis of gene expression. Science, v. 270, 484-7.

93. Velculescu V.E., Zhang L., Zhou W., Vogelstein J., Basrai M.A., Bassett D.E. Jr., Hieter P., Vogelstein B., Kinzler K.W. (1997) Characterization of the yeast transcriptome. Cell, v. 88, 243-251.

94. Virion B., Cheval L., Buhler J-M., Billon E., Doucet A., Elalouf J-M. (1999) Serial microanalysis of renal transcriptomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 96, 15286-91.

95. Waha A., Watzka M., Kosh A., Pietsch T., Przkora R., Peters N., Wiestler O.D., von Deimling A. (1998) A rapid and sensitive protocol for competitive reverse transcriptase (cRT) PCR analysis of cellular genes. Brain Pathol., v. 8, 13-8.

96. Walter P., Blobel G. (1983) Preparation of microsomal membranes for cotranslational protein translocation. Methods Enzymol., v. 96, 84-93.

97. Wang A.M., Doyle M.V., Mark D.F. (1989) Quantitation of mRNA by the polymerase chain reaction. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 86, 9717-21.

98. Wan J.S., Sharp, S.J., Poirier G., Wagaman P.C., Chambers J., Pyati J., Galindo J.E., Huvar A., Peterson P.A., Jackson M.R., Erlander M.G. (1996) Cloning differentially expressed mRNAs. Nature Biotechnol., v. 14,1685-1691.

99. Wang Z. and Brown D.D. (1990) A gene expression screen. Proc. Natl. Acad. USA, v. 87, 1889-1893.

100. Wathelet M.G., Clauss I.M., Content J., Huez G.A. (1988) The IFI-56K and IFI-54K interferon-inducible human genes belong to the same gene family. FEBS Lett., v. 231, 164-171.

101. Weir J.P. (2001) Regulation of herpes simplex virus gene expression. Gene, v. 271, 117-130.

102. Wildsmith S.E., Archer G.E., Winkley A.J., Lane P.W., Bugelski P.J. (2001) Maximization of signal derived fom cDNA Microarrays . BioTechnicues, v. 30, 202-6, 208.

103. Ye S.Q., Zhang L.Q., Zheng F., Virgil D., Kwiterovich P.O. (2000) miniSAGE: gene expression profiling using serial analysis of gene expression from 1 microgram total RNA. Anal. Biochem., v. 287, 144-52.

104. Ye S.Q., Lavoie T., Usher D.C, Zhang L.Q. (2002) Microarray, SAGE and their applications to cardiovascular diseases. Cell Research, v. 12, 105-115.

105. Yong B.D and Anderson M.L.M. Quantitative Analysis of Solution Hybridisation. IRL Press, Oxford-Washington DC., 1985, 47-71.

106. Zaraisky A.G., Lukyanov S.A., Vasiliev O.L., Smirnov Y.V., Belyavsky A.V., Kazanskaya O.V. (1992) A novel homeobox gene expressed in the antererior neural plate of Xenopus embryo. Devel. Biol., v. 152, 373-382.

107. Zhao S., Ooi S.L., Pardee A.B. (1995) New primer strategy improves precision of differential display. Biotechniques, v. 18, 842-850.

108. Zhang Y., Luxon B.A., Casola A., Garofald R.P., Jamaluddin M., Braiser A.R. (2001) Expression of Respiratory Syncytial Virus-Induced Chemokine Gene Networks in Lower Airway Epithelial Cells Revealed by cDNA Microarrays. J. Viroloogy, v. 75, 9044-9058.

109. Zhang L., Zhou W., VelculescuV.E., Kern S.E., Hruban R.H., Hamilton S.R., Vogelstein B., Kinzler K.W. (1997) Gene expression profiles in normal and cancer cells. Science, v. 276, 1268-1272.

110. Zhu H., Cong J.P., Mamtora G., Gingeras T., Shenk T. (1998) Cellular gene expression altered by human cytomegalovirus: global monitoring with oligonucleotide arrays. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 95,14470-14475.

111. Zhu H., Cong J.P., Shenk T. (1997) Use of differential display analysis to assess the effect of human cytomegalovirus infection on the accumulation of cellular RNAs: induction of interferon-responsive RNAs. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 94,13985-90.

112. Zimmerman C., Orr W., Leclerc R., Barnard E., Timberlake W. (1980) Molecular cloning and selection of genes regulated in Aspergillus development. Cell, v. 21, 709-714.1. БЛАГОДАРНОСТИ