Идентификация генетических маркеров, ассоциированных с предрасположенностью к сахарному диабету типа 1, на хромосомах 6 и 10 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Серегин, Юрий Александрович

• Серегин, Юрий Александрович
• кандидат биологических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Серегин, Юрий Александрович

ВВЕДЕНИЕ.

Цель работы.

Научная новизна работы.

Практическая ценность работы.

1 .ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Общая характеристика сахарного диабета типа 1.

1.2. Концентрация сахарного диабета в семьях больных.

1.3. Вклад генетических и негенетических факторов в развитие сахарного диабета типа 1.

1.4. Полиморфные участки ДНК.

1.4.1. Типы полиморфизма.

1.4.2. Методы детекции полиморфизма ДНК.

1.5. Стратегии изучения мультифакторных заболеваний.

1.5.1. Тест на неравновесную передачу аллелей (TDT).

1.6. Молекулярно — генетические маркеры сахарного диабета типа 1.

1.7. Молекулярные механизмы возникновения аутоиммунной реакции при сахарном диабете типа 1.

1.8. Структура регуляторных участков гена. Транскрипционные факторы.

1.9. Характеристика исследуемых в работе локусов и генов.

1.9.1. Локус IDDM8 на хромосоме 6q27.

1.9.2. Локус IDDM10 на хромосоме 10pl 1.

1.9.3. Ген транскрипционного фактора ZEB (TCF8).

1.9.4. Ген активатора программируемой клеточной гибели PDCD2 .49 Заключение.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Реактивы и ферменты.

2.2. Буферные растворы:.

2.3. Формирование группы пациентов.

2.4.Выделение геномной ДНК человека методом фенол/хлороформной экстракции.

2.5.Амплификация ДНК.

2.6. Расщепление продуктов амплификации рестриктазами.

2.7. Электрофоретическое разделение ДНК.

2.8. Секвенирование гена PDCD2.

2.9. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей.

2.10. Статистическая обработка результатов.

2.10.1. Анализ сцепления.

2.10.2. Анализ ассоциации.

2.10.3. Неравновесие по сцеплению.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Изучение полиморфных маркеров на хромосоме 6q27.

3.1.1.Выбор полиморфных маркеров.

3.1.2. Идентификация аллелей полиморфного маркера (CAG)n.

3.1.3. Идентификация аллелей однонуклеотидных полиморфных маркеров Pro 11 Ala, Phel07Asn, Glyll7Val, C1038T, T(-99)C,G(-276)T.

3.1.3. Неравновесие по сцеплению между полиморфными маркерами в хромосомной области 6q27.

3.1.4. Ассоциация аллелей полиморфных маркеров (CAG)n, Т(-99)С, С1038Ти G(-276)Tc СД типа 1.

3.1.5. Ассоциация гаплотипов с СД типа 1.

3.1.6. Поиск полиморфных маркеров в гене PDCD2.

3.2. Изучение ассоциации полиморфных маркеров в хромосомной области 10pl 1 с СД типа 1.

3.2.1. Выбор полиморфных маркеров в области 10pl 1.

3.2.2. Идентификация аллелей полиморфных микросателлитных маркеров в хромосомной области 10pl 1.

3.2.3. Сцепление полиморфных маркеров в области 10pl 1 с сахарным диабетом типа 1.

3.2.4. Ассоциация аллелей полиморфных маркеров в области 1 Op 11 с

СД типа 1.

3.2.5. Возможная роль продукта гена TCF8 в развитии сахарного диабета типа 1.

3.2.6 Исследование полиморфных маркеров в гене TCF8.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Идентификация генетических маркеров, ассоциированных с предрасположенностью к сахарному диабету типа 1, на хромосомах 6 и 10»

Сахарный диабет (СД) типа 1 является одним из наиболее распространенных и тяжелых наследственных заболеваний человека. Показано, что имеющее место нарушение метаболизма глюкозы возникает из-за аутоиммунного разрушения бета-клеток поджелудочной железы, после чего они теряют способность вырабатывать инсулин. Пути развития заболевания к настоящему времени недостаточно изучены. Однако известно, что сахарный диабет первого типа формируется при взаимодействии нескольких генетических компонент и факторов внешней среды.

Как правило, при наличии генетической предрасположенности СД типа 1 развивается в раннем возрасте и вызывает тяжелые осложнения, такие как поражения кровеносных сосудов, почечную недостаточность, слепоту, гангрены. С помощью своевременной профилактики заболевания у пациентов с повышенным генетическим риском можно как минимум значительно отсрочить появление симптомов сахарного диабета и снизить опасность развития осложнений. Поэтому в настоящее время одним из наиболее прогрессивных подходов является разработка стратегии ранней диагностики, прогнозирования и превентивной терапии заболевания с использованием генетических маркеров.

Полигенная природа СД типа 1 доказана последними работами по поиску локусов предрасположенности к заболеванию с использованием мультилокусного анализа сцепления. Удалось обнаружить более 20 локусов предрасположенности к СД типа 1. К сожалению, результаты оказались противоречивыми и сильно зависели от этно-территориальной принадлежности использованных выборок. Только для двух локусов существуют четкие доказательства их связи с СД типа 1. Это главный комплекс гистосовместимости (МНС) и полиморфный повтор в гене инсулина INS. Поскольку в процесс формирования патологии, повидимому, вовлечены полиморфные маркеры в нескольких генах, в настоящее время проводятся крупномасштабные исследования множества генов-кандидатов и хромосомных областей с привлечением выборок из различных этнических групп мира. Каждая из таких работ вносит свой вклад в понимание процессов, приводящих к СД типа 1.

Одними из наиболее значимых локусов по вкладу в семейный риск развития заболевания являются IDDM8 и IDDM10, расположенные соответственно в хромосомных областях 6q27 и lOpll. К настоящему времени усилиями зарубежных исследовательских групп с использованием семей с сибсами, больными СД типа 1, проведено генетическое картирование хромосомных областей 6q27 и Юр 11 в этнических группах Европы и Северной Америки. Оно позволило в той или иной степени определить положения локусов IDDM8 и IDDM10. Однако для популяций России подобные исследования ранее не проводились. Кроме того, ранее нигде в мире не изучались конкретные гены в данных областях и полиморфные маркеры внутри этих генов. В настоящем исследовании мы постарались восполнить эти пробелы.

Установление ассоциации полиморфных маркеров с сахарным диабетом типа 1 поможет разработать дифференцированный подход к профилактике и лечению данной патологии в зависимости от наследственной предрасположенности конкретного пациента.

Цель работы.

Целью данной работы являлся поиск полиморфных маркеров, ассоциированных с генетической предрасположенностью к сахарному диабету типа 1, на хромосомах 6q27 и 1 Ор 11.

Для ее достижения были поставлены следующие задачи:

1. Провести анализ ассоциации с сахарным диабетом типа 1 группы полиморфных маркеров в хромосомной области 6q27 с использованием семей с наличием заболевания у сибсов. Определить гаплотипы повышенного риска по всем маркерам.

2. Провести анализ сцепления и ассоциации с сахарным диабетом типа 1 группы микросателлитных полиморфных маркеров в хромосомной области lOpll.

3. При наличии ассоциации проанализировать функции генов в областях 6q27 и lOpll, определить гены, которые по своим функциям могут быть задействованы в развитии СД типа 1. Изучить ассоциацию с СД типа 1 полиморфных маркеров внутри этих генов.

Научная новизна работы

В данной работе впервые была изучена ассоциация полиморфных маркеров в хромосомных областях 6q27 и 10pl 1 с сахарным диабетом типа 1 у пациентов из городских популяций России. Обнаружена статистически достоверная ассоциация с СД типа 1 в обеих областях.

Впервые в мире проводились исследования функций генов в хромосомных областях 6q27 и Юр 11 в связи с их возможным участием в развитии сахарного диабета типа 1. Предложены гены PDCD2 и TCF8 на роль генов-кандидатов, связанных с предрасположенностью к СД типа 1.

Также впервые в мире проведено исследование полиморфных маркеров в генах PDCD2 и TCF8. Два участка гена PDCD2 секвенированы для определения не обнаруженных ранее полиморфных маркеров.

Практическая ценность работы

Изучение ассоциации полиморфных маркеров с сахарным диабетом типа 1 позволит оценить относительный (популяционный) и абсолютный (индивидуальный) риск развития заболевания в популяциях России, прогнозировать его развитие и прогрессирование задолго до клинического проявления и, наконец, правильно формировать группы риска. Эти исследования также могут способствовать наиболее эффективному проведению профилактики сахарного диабета (мониторинг лиц группы риска, использование иммуномодуляторов и/или иммуносупрессоров, превентивной инсулинотерапии и др.), а также обучению лиц, уже заболевших СД, самоконтролю уровня глюкозы в крови, проведению интенсивной инсулинотерапии и т.д.

1.ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Серегин, Юрий Александрович

выводы

1. Изучена передача в 107 семьях больных сахарным диабетом типа 1 аллелей полиморфных маркеров Т(-99)С, (CAG)n, С1038Т и G(-276)T, расположенных в хромосомной области 6q27. Показано наличие высоко достоверной ассоциации с заболеванием для полиморфного маркера С1038Т в гене PDCD2. Аллель С этого маркера чаще передавался больным сибсам, что говорит о том, что данный аллель является фактором повышенного риска развития заболевания.

2. Показано, что гаплотип C-C-G, содержащий аллели полиморфных маркеров Т(-99)С, С1038Т и G(-276)T, положительно ассоциирован с риском развития сахарного диабета типа 1.

3. Исходя из функций генов, расположенных в хромосомной области 6q27, высказано предположение о роли гена PDCD2 в патогенезе сахарного диабета типа 1. Проведен компьютерный анализ регуляторных последовательностей гена PDCD2. Определено положение его основных регуляторных элементов.

4. Определены нуклеотидные последовательности промотора, первого и второго экзонов гена PDCD2 у 20 больных сахарным диабетом типа 1. Новые полиморфные маркеры не обнаружены.

5. Проанализировано сцепление с сахарным диабетом типа 1 шести полиморфных микросателлитных маркеров, расположенных в хромосомной области Юр 11.2, в 35 семьях с конкордантными по заболеванию парами сибсов. Показано сцепление полиморфных маркеров D10S1169 и D1 OS1243.

6. Показана положительная ассоциация аллеля 11 полиморфного маркера D1 OS 1169 и аллеля 16 полиморфного маркера D1 OS1243 с сахарным диабетом типа 1 по данным о всех 107 семьях с наличием заболевания у сибсов. Данные аллели являются факторами повышенного риска развития патологии.

7. Исходя из функций генов в хромосомной области Юр 11.2 высказано предположение о роли гена TCF8 в патогенезе сахарного диабета типа 1. Проанализированы все 4 известных ранее полиморфных маркера в данном гене. Только для маркера G(-781)C показан полиморфизм в исследуемой выборке. Ассоциация маркера G(-781)C с сахарным диабетом типа 1 не была обнаружена.

Заключение.

В обзоре литературы дана характеристика сахарного диабета типа 1, характера его наследования и метаболических изменений. Подробно рассмотрены аутоиммунные механизмы формирования патологии, ее основные этапы и участвующие в этом гены по данным о модельных организмах.

В другом разделе приведены характеристики полиморфизма ДНК, типов полиморфных участков и различных методических подходов по их обнаружению и исследованию. Рассмотрены аспекты практического использования полиморфных маркеров для генетического анализа наследственных заболеваний.

Большое внимание уделялось принципам картирования локусов предрасположенности к наследственным заболеваниям.

Наконец, в последних разделах охарактеризованы использованные в работе локусы и некоторые расположенные в них или по соседству гены и полиморфные маркеры. К сожалению, конкретные гены в интересующих нас областях ранее не изучались на предмет связи с СД типа 1. Поэтому для них были рассмотрены только структура и функции.

Несмотря на недостаток и противоречивость литературного материала о роли исследуемых в работе локусов в патогенезе СД типа 1, в обзоре литературы предпринята попытка достаточно полно описать объекты исследования, а также систематизировать и обобщить накопленные по теме исследований данные.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Реактивы и ферменты.

ДНК-полимераза Taq, рестриктазы Alu\, BsplA, EcoRl, Mls\ -производства НПО "Ферментас" (Литва). Рестриктазы BamWl, BsuJU, Fau\, Rsa\ - производства ООО "СибЭнзим" (Новосибирск). Синтез олигонуклеотидов выполнен НПО «Синтол» (Москва).

Дрожжевая тРНК, ДСН, бромистый этидий, - фирмы "Serva" (Германия). dATP, dCTP, dTTP, dGTP - производства НПО "Ферментас" (Литва). Протеиназа К, сахароза, агароза (Type II), БСА, Тритон Х-100®, Твин-20, ДТТ- фирмы "Sigma" (США). Легкоплавкая агароза Seakem LE. Трис, ДМСО, минеральное масло, ЭДТА, акриламид, метилен-бисакриламид, TEMED - фирмы "Диаэм"(Москва). Уксусная кислота, азотная кислота, NaOH, НС1, фенол, хлороформ, этанол - отечественного производства ("Реахим").

Соли: хлорид магния, сульфат аммония — фирмы "Sigma" (США), КС1 - производства фирмы "Merck" (Германия), NaCl - фирмы "Serva" (Германия), персульфат аммония - фирмы "Реонал" (Венгрия), ацетат натрия - отечественного производства ("Реахим"), натрий бикарбонат -фирмы "Диаэм"(Москва).

2.2. Буферные растворы:

Буфер ТАЕ (1х) — 40 мМ Трис-ацетат, 2 мМ ЭДТА.

Буфер ТВЕ (1х) — 0.089 МТрис, 0.89 М борная кислота, 0.002 М EDTA (рН=8.0).

Буферы для рестрикции (1х):

Буфер Y+ (yellow) - 33 мМ Трис-ацетат (рН 7,9), 10 мМ ацетат магния, 66 мМ ацетат калия, 0.1mg/ml БСА

Буфер R+ (red) - 10 мМТрис-HCl (рН 8,5), 10 мМ хлорид магния, 100 мМ КС1, 0.1mg/ml БСА

Буфер G+ (green) - 10mM Tris-HCl (pH 7,5), lOmM MgC12, 50mM NaCl, O.lmg/ml БСА

Буфер B+ (blue) - lOmM Tris-HCl (pH 7,5), lOmM MgCl2, O.lmg/ml БСА Буфер EcoRI+ - 50mM Tris-HCl (pH 7.5), lOmM MgCl2, lOOmM NaCl, 0.02% Triton X-100, O.lmg/ml БСА

2.3. Формирование группы пациентов.

Выборка была сформирована из 35 "ядерных" и 72 "простых" семей городского населения из Москвы и Самары. Каждая "ядерная" семья содержала как минимум двух сибсов с сахарным диабетом типа 1, каждая "простая" семья — как минимум одного больного и одного здорового. Образцы крови были любезно предоставлены сотрудниками Эндокринологического научного центра РАМН (г.Москва) и Самарского центра диабета. В дальнейшем для простоты выборка называется "русской".

2.4. Выделение геномной ДНК человека методом фенол/хлороформной экстракции.

200 мкл венозной крови человека смешивали с равным объемом лизирующего буфера (10 мМ Трис-HCl (рН=8.0), 0.32 М сахароза, 10 мМ ЭДТА, 100 мМ NaCl, 0.1%-ный тритон Х-100), добавляли ДТТ, ДСН и протеиназу К в конечной концентрации 0.2%, 40 мМ и 20 мкг/мл соответственно и инкубировали либо при 37°С в течение ночи, либо 2 ч при 60°С. Затем последовательно обрабатывали фенолом, смесью фенол/хлороформ (1:1) и хлороформом (дважды на каждой стадии). ДНК осаждали добавлением 1 мл 96%-ного этанола в присутствии 0.3 М ацетата натрия и тРНК дрожжей (10 мкг/мл) с последующей инкубацией при -70°С. Осадок ДНК промывали 80%-ным этанолом, сушили на воздухе и растворяли в 30 мкл бидистиллированной воды. Препараты ДНК хранили при -ЖС.

2.5. Амплификация ДНК.

ПЦР проводили на амплификаторе РНС-2 ("Techne", Великобритания) или "Терцик" ("ДНК- Технология", Москва) в 25 мкл реакционной смеси, содержащей буфер 1 или 2, 0.2 мМ каждого dNTP, по 10 пикомолей каждого из праймеров, 100-200 нг геномной ДНК и 2.0 ед. ДНК-полимеразы Taq. Буфер 1 включал 67 мМ Трис-HCl (рН=8.8), 16.6 шМ сульфат аммония и 0.1%-ный твин-20. Концентрацию хлорида магния варьировали в зависимости от амлифицируемого локуса. Буфер 2 содержал 100 мМ Трис-HCl (рН 8.8), 500 мМ КС1 и 25 мМ MgCl2. При необходимости в реакционную смесь вносили ДМСО в конечной концентрации 10%.

На начальной стадии ПЦР денатурировали ДНК при 94°С в течение 4 мин, на конечной - проводили синтез второй цепи при 72°С в течение 7 мин. В промежутке между данными стадиями осуществляли 30-35 циклов ПЦР в зависимости от локуса и количества исходной ДНК по трехступенчатой программе, включающей денатурацию ДНК (94°С/50с), отжиг праймеров в течение 30с и синтез второй цепи (72°С/30с). Температуру отжига праймеров варьировали в зависимости от амлифицируемого локуса. Условия ПЦР и последовательности праймеров для амплификации исследованных локусов приведены в таблицах 3,4, 5.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Серегин, Юрий Александрович, 2004 год

1. Бочков Н.П., Гинтер Е.К., Сергеев А.С. Генетика сахарного диабета: итоги и перспективы исследований. // Вест. АМН СССР. 1989. N 5. С. 17-22.

2. Кураева Т.Н. Популяционно-генетические и иммуногенетические аспекты риска развития инсулинзависимого сахарного диабета. Дисс. докт. мед. наук, Москва, 1997, 208 стр.

3. Мушкамбаров Н.Н., Кузнецов С.С. Молекулярная биология. ООО "Медицинское информационное агентство", Москва, 2003, 544 с.

4. Aldrich C.J., Ljunggren H.G., Van Kaer L., Ashton-Rickardt P.G., Tonegawa S., Forman J. Positive selection of self- and alloreactive CD8+ T cells in TAP-1 mutant mice. // Proc NatlAcad Sci USA. 1994. V. 91. P. 6525-6528

5. Altmuller J., Palmer L.J., Fischer G., Scherb H., Wjst M. Genomewide Scans of Complex Human Diseases: True Linkage Is Hard to Find // Am. J. Hum. Genet. 2001. V. 69. P. 936-950

6. Amrani, A., Verdaguer J., Anderson В., Utsugi Т., Bou S., Santamaria P. Perforin-independent P cell destruction by diabetogenic CD8+ Tlymphocytes in transgenic nonobese diabetic mice. // J. Clin. Invest. 1999. V. 103. P. 1201-1209.

7. Beer S.F., Heaton D.A., Alberti K.G.M.M., Руке D.A., Leslie R.D.G. Impaired glucose tolerance precedes but does not predict insulindependent diabetes mellitus: a study ofidentical twins. // Diabetologia. 1990. V. 33. P. 497-502.

8. Bell G.I., Horita S., Karam J.H. A polymorphic locus near the human insulin gene is associated with insulin-dependent diabetes mellitus // Diabetes. 1984. V. 33. N. 2. P. 176-183.

9. Bertrams J., Baur M.P. Histocompatibility testing. New York. 1984. P. 348-358.

10. Bird A. DNA methylation patterns and epigenetic memory. // Genes Dev. 2002. V. 16. P. 6-21.

11. Cardon L.R., Abecasis G.R. Some properties of a variance. Null components model for fine-mapping quantitative trait loci. // Behav Genet. 2000. V. 30. P. 235-243

12. Chern M.M., Anderson V.E., Barbosa J. Empirical Risk for Insulin -dependent Diabetes (IDD) in Sibs. // Diabetes. 1982. V. 31. P. 11151118.

13. Darlow J.M., Smith C.H., Duncan L.J.P. A statistical and genetical study of diabetes. III. Empiric risks to relatives. // Ann. Hum.Genet. 1973. Vol. 37. N2. P. 157-174.

14. Davies J.L., Cucca F., Goy J.V., Atta Z.A., Merriman M.E., Wilson A., Barnett A.H., Bain S.C., Todd J.A. Saturation multipoint linkage mapping of chromosome 6q in type 1 diabetes // Hum Mol Genet. 1996. V.5. N.7. P.1071-1074.

15. Decorte R., Cuppens H., Marinen P., Cassiman J.-J. Rapid detection of hypervariable regions by the polymerase chain reaction technique // DNA Cell Biol. 1990. V. 9. P. 461-469.

16. Diabetes Epidemiology Research International Group. Geographic patterns of childhood insulin-dependent diabetes mellitus. Diabetes. 1988. V. 37. P. 1113-1119.

17. Dianzani U., Chiocchetti A., Ramenghi U. Role of inherited defects decreasing Fas function in autoimmunity // Life Sciences. 2003. V.72. P.2803-2824

18. Economou E., Bergen A., Warren A., Antonarakis S. The polyadenylate tract of Alu-repetitive elements is polymorphic in the human genome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. P. 2951-2954.

19. Edwards A., Hammond H.A., Jin L., Caskey C.T., Chakraborty R. DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats // Am. J. Hum Genet. 1991. V. 49. P. 746-756.

20. Eisenbarth G.S., Ziegler A.G., Colman P.A. Pathogenesis of insulin-dependent (type I) diabetes mellitus. In: Joslins Diabetes Mellitus. Edd. Kahn C.R., Weir G.C. Philadelphia, Baltimore, Hong Kong, London, Munich, Sydney, Tokyo. 1994. P. 216-239

21. European Consortium for IDDM Genome Studies. A Genomewide Scan for Type 1 — Diabetes Susceptibility in Scandinavian Families: Identification of New Loci with Evidence of Interactions // Am. J. Hum. Genet. 2001. V. 69. P. 1301-1313.

22. Faustman D., Li X., Lin H.Y., Fu Y., Eisenbarth G., Avruch J., Guo J. Linkage of faulty major histocompatibility complex class I to autoimmune diabetes. // Science. 1991. V. 254. P. 1756-1761.

23. Fontemaggi G., Gurtner A., Strano S., Higashi Y., Sacchi A., Piaggio G., Blandino G. The Transcriptional Repressor ZEB Regulates p73

24. Expression at the Crossroad between Proliferation and Differentiation // Molec Cell Biol. 2001. V. 21. N. 24 P. 8461-8470.

25. Fulker D.W., Cherny S.S., Sham P.C., Hewitt J. K. Combined linkage and association sib-pair analysis for quantitative traits. // Am J Hum Genet. 1999. V. 64. P. 259-267.

26. Genetta Т., Ruezinsky D., Kadesch T. Displacement of an E box-binding repressor by basic helix-loop-helix proteins: implications for B-cell specificity of the immunoglobulin heavy-chain enhancer. // Mol. Cell. Biol. 1994. V. 14. P. 6153-6163.

27. Glas R., Ohlen C., Hoglund P., Karre K. The CD8+ T cell repertoire in P2-microglobulindeficient mice is biased towards reactivity against self-major histocompatibility class I. // J Exp Med. 1994. V. 179. P. 661-672

28. Goldberg A.L., Rock K.L. Proteolysis, proteosomes and antigen presentation. //Nature. 1992. V. 357. P. 375-379.

29. Green JM. The B7/CD28/CTLA4 T-cell activation pathway. Implications for inflammatory lung disease. // Am J Respir Cell Mol Biol. 2000. V. 22. N. 3. P. 261-264.

30. Gregoire, J.M., Romeo P.H. T-cell expression of the human GATA-3 gene is regulated by a non-lineage-specific silencer. // J. Biol. Chem. 1999. V. 274. P. 6567-6578.

31. Hamada H., Petrino M, Kakunaga Т., Seidman M, Stollar B. Characterization of genomic Poly(dT-dG) Poly(dC-dA) sequences: structure, organization and conformation I I Mol. Cell. Biol. 1984. V. 4. P. 2610-2621.

32. Hamada H., Seidman M, Howard В., Gorman C. Enchanced gene expression by Poly(dT-dG) Poly(dC-dA) sequence // Mol. Cell. Biol. 1984. V. 4. P. 2622-2630.

33. Harland L., Crombie R., Anson S., deBoerJ., Ioannou P. A, Antoniou M. Transcriptional Regulation of the Human TATA Binding Protein Gene // Genomics. 2002. V. 79. N. 4. P. 479-482.

34. Hartling S.G., Lindgren F., Dahlqvist G., Persson В., Binder C. Elevated proinsulin in healthy sibs of IDDM patients independent of HLA identity. Diabetes. 1987. V. 38. P. 1271-1274.

35. Hawa M.I., Beyan H., Buckley L.R., Leslie R.D.G. Impact of Genetic and Non-Genetic Factors in Type 1 Diabetes // Amer J Med Gen (Semin. Med. Genet.). 2002. V.l 15. P. 8-17

36. Hayashi K. PCR-SSCP: a simple and sensitive method for detection of mutation in the genomic DNA // PCR Methods Appl. 1991. V. 1. P. 34-38.

37. Hayashi Т., Faustman D. 1999 NOD mice are defective in proteasome production and activation of NF-kB. Mol Cell Biol 19:8646-8659

38. Hayashi Т., Faustman D. Role Of Defective Apoptosis In Type 1 Diabetes And Other Autoimmune Diseases // Recent Prog Horm Res. 2003. V. 58. P. 131-53.

39. Higashi Y., Moribe H., Takagi Т., Sekido R., Kawakami K., Kikutani H., Kondoh H. Impairment of T cell development in deltaEFl mutant mice. // J. Exp. Med. 1997. V. 185. P. 1467-1479.

40. Hsu S.C., Gavrilin M.A., Lee H.H., Wu C.C., Han S.H., Lai M.Z. NF-kB-dependent Fas ligand expression // Eur J Immunol. 1999 V. 29. P. 29482956

41. Imbert G., Trottier Y., Beckmann J., Mandel J.L. The gene for the TATA binding protein (TBP) that contains a highly polymorphic protein coding CAG repeat maps to 6q27. // Genomics. 1994. V. 2. P. 667-668.

42. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. //Nature. 2001. V. 409. P. 860-921.

43. International Snp Map Working GroupA map of human genome sequence variation containing 1.42 million single nucleotide polymorphisms. //Nature 2001. V. 409. P. 928-933.

44. Ionnidis J.P.A., Ntzani E.E., Trikalinos T.A. Contopoulos-Ioannidis D.G. Replication validity of genetic association studies. // Nat. Genet. 2001. V. 29. P. 306-309.

45. Irwin M., Marin M.C., Philip A.C., Seelan R.S., Smith D.I., Liu W., Flores E.R., Tsai K.Y., Jacks Т., Vousden K.H., Kaelin W.G. Role for the p53 homologue p73 in E2F-1-induced apoptosis. // Nature. 2000. V. 407. P. 645-648.

46. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. Hypervariable 'minisatellite' regions in human DNA // Nature. 1985. V. 316. P. 67-73.

47. Jelinek W, Schmid C. Repetitive sequences in eukaryotic DNA and their expression // Ann. Rev. Biochem. 1982. V. 51. P. 813-844.

48. JouquandS., Cheron A., Galibert F. Microsatellite analysis using two-step procedure for fluorescent labeling of PCR products // Biotechniques. 1999. V. 26. P. 902-905.

49. La Spada A.R., Wilson E.M., Fischbeck K.H. Meiotic stability and genotype-phenotype correlation of the expanded trinucleotide repeat sequence in X-linked spinal and bulbular muscular atrophy // Nature Genet. 1992. V. 2. P. 301-304.

50. Lander E., Kruglyak L. Genetic dissection of complex traits: guidelines for interpreting and reporting linkage results. // Nat Genet 1995. V. 11. P. 241-247

51. Lander E.S., Schork N.J. Genetic dissection of complex traits. // Science. 1994. V. 265. P. 2037-2048.

52. Leal S.M., Ott J. Effects of stratification in the analysis of affected-sib-pair data: benefits and costs. // Am J Hum Genet. 2000. V. 66. P. 567575.

53. Leslie R.D.G., Elliott R.B. Early environmental events as a cause of IDDM. Evidence and implications. // Diabetes. 1994. V. 43. P. 843-850.

54. Li H., Gyllensten U.B., Gui X., Saiki P.K, Erlich H.A., Arncheim N. Amplification and analysis of DNA sequences in single human sperm and diploid cells//Nature. 1988. V. 335. P. 414-417.

55. Lobb R.R., Hemler M.E. The pathophysiologic role of alpha 4 integrins in vivo. //J. Clin. Investig. 1994. V. 94. P. 1722-1728.

56. Lonjou С., Collins A., Morton N.E. Allelic association between marker loci. // Proc Natl Acad Sci. 1999. V. 96. P. 1621-1626.

57. Lund J.A., Bostock C., Leth-Bak A. Chromosome-specific subfamilies within human alphoid repeatitive DNA // J. Mol. Biol. 1986. V. 187. P. 185-196.

58. Luo D.-F., Bui M.M., Maclaren N.K., Thomson G., SheJ.-X. Affected-sib-pair mapped of a novel suspectibility gene to insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM8) on chromosome 6q25-q27. // Am. J. Hum. Genet. 1995. V. 57. P. 911-919.

59. Mandel J.-L. Questions of expansion // Nature Genet. 1994. V. 4. P. 8-9.

60. McCarthy B.J., Dorman J.S., Aston C.E. Investigating genomic imprinting and susceptibility to insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM): An epidemiologic approach. // Genetic Epidemiol. 1991. V. 8. P. 177-186.

61. McCarthy M.I. Susceptibility gene discovery for common metabolic and endocrine traits // Journ Molec Endocrin. 2002. V. 28. P. 1-17

62. McCarthy M.I., Kruglyak L., Lander E.S. Sib pair collection strategies for complex diseases. // Genetic Epidemiology. 1998. V. 15. P. 317-340.

63. Metcalfe K.A., Hitman G.A., Rowe R., Hawa M., Huang X, Stewart Т., Leslie RDG. .Concordance for type 1 diabetes in identical twins is affected by insulin genotype. // Diabetes Care. 2001. V. 24. N. 838-842.

64. Miesfield R., Krystal M., Arnheim N. A member of new repeated sequence family which is conserved eucaryotic evolution is found between the human delta- and beta-globin genes // Nicleic Acids Res. 1981. V. 9. P. 5931-5947.

65. Monaco J.J. A molecular model of MHC class I restricted antigen processing. // Immunol Today. 1992. V. 13. P. 173-179.

66. Nakamura Y., Leppert M., O'Connell P., Wolff R., Holm Т., Culver M., Martin C., Fujimoto E., Hoff M., Kumlin E., White R. Variable number of tandem repeats (VNTR) markers for human genome mapping II Science. 1987. V. 235. P. 1616-1622.

67. Ni X.,Guo J., Xia J., Li L. Investigation on VNTR in intron 40 of vWF gene in Chinese Han population // I Chuan Hsueh Pao. 1996. V. 23. P. 110.

68. Orlowski M. The multicatalytic proteinase complex, a major extralysosomal proteolytic system. // Biochemistry. 1990. V. 29. P. 10289-10297.

69. Ott J. Analysis of Human Genetic Linkage. The Johns Hopkins University Press. Baltimore. 1999.

70. Owens G.P., Hahn W.E., Cohen J.J. Identification of mRNAs associated with programmed cell death in immature thymocytes. // Mol Cell Biol. 1991. V. 11. N. 8. P. 4177-4188.

71. Owerbach D. Physical and genetic mapping of IDDM8 on chromosome 6q27. // Diabetes. 2000. V. 49. N. 3. P. 508-512.

72. Owerbach D., Gabbay K.H. Localization of a type 1 diabetes susceptibility locus to the variable tandem repeat region flanking the insulin gene. // Diabetes. 1993. V. 42. P. 1708-1714.

73. Owerbach D., Gunn S., Gubbey K.H. Multigenic basis for type 1 diabetes: association of HRAS1 polymorphism with HLA-DR3, DQw2/DR4, DQw8. // Diabetes. 1990. V. 39. P. 1504-1509.

74. Owerbach D., Nerup J. Restriction fragment length polymorphism of the insulin gene in diabetes mellitus. // Diabetes. 1982. Vol. 31. P. 275-277.

75. Polyak K., Xia Y., Zweler J. L., Kinzler K.W., Vogelstein B. A model for p53-induced apoptosis // Nature. 1997. V. 389. P. 300-305.

76. Postigo A.A., Dean D.C. Independent Repressor Domains in ZEB Regulate Muscle and T-Cell Differentiation // Molec Cell Biol. 1999. P. 7961-7971

77. Prokhortchouk E., Hendrich B. Methyl-CpG binding proteins and cancer: are MeCpGs more important than MBDs? // Oncogene. 2002. V. 21. P. 5394-5399.

78. Reddy P.H., Williams M., Tagle D.A. Recent advances and understanding the pathogenesis of Huntington's disease // Trends Neurosci. 1999. V. 22. P. 248-255.

79. Redondo M.U., Yu L., Hawa M., Mackenzie Т., Руке D.A., Eisenbarth G.S., Leslie R.D.G. Heterogeneity of type 1 diabetes: analysis of monozygotic twins in Great Britain and the United States. // Diabetologia. 2001. V. 44. P. 354-362.

80. Reed P.W., Davies J.L., Copeman J.B. Chromosome-specific microsatellite sets for fluorescence based, semi-automated genome mapping //Nature Genet. 1994. V. 7. P. 390-395.

81. Risch N. Linkage strategies for genetically complex traits. II. The power of affected relative pairs. // Am. J. Hum. Genet. 1990. V. 46. P. 229-241.

82. Ш. Risch, N. Linkage strategies for genetically complex traits. III. The effect of marker polymorphism on analysis of affected relative pairs. // Am. J. Hum. Genet. 1990. V. 46. N. 242-253.

83. Risch N., Merikangas K. The future of genetic studies of complex human diseases. // Science. 1997. V. 275. P. 1516-1517.

84. Risch N., Zhang H. Extreme discordant sib pairs for mapping quantitative trait loci in humans. // Science. 1995. V. 268. P. 1584-1589.

85. Roff D.A., Bentzen P. The statistical analysis of mitochondrial DNA polymorphisms: chi 2 and the problem of small samples. // Mol. Biol. Evol. 1989. V. 6. P. 539-545.

86. Saiki R.K., Scharf S., Faloona F., Mullis K.B., Horn G.T., Erlich H.A., Amheim N. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for sickle cell anemia // Science. 1985. V. 230. P. 1350-1354.

87. Saito F., Yamamoto Т., Horikoshi M., Ikeuchi T. Direct mapping of the human TATA box-binding protein (TBP) gene to 6q27 by fluorescence in situ hybridization. // Jpn. J. Hum. Genet. 1994. V. 39. P. 421-425

88. Salvetti M., Ristori G., Bomprezzi R., Pozzilli P., Leslie R.D.G. Twins: mirrors of the immune system. // Immunol Today. 2000. V. 21. P. 342347.

89. Sanger F, Nicklen S, Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. // Proc Natl Acad Sci USA. 1977. V. 74. N. 12. P. 5463-5467.

90. Scarr R.B, Sharp P.A. PDCD2 is a negative regulator of HCF-1 (CI) // Oncogene. 2002. V. 21. P. 5245 5254

91. Wl.Schulze T.G., McMahon F.J. Genetic association mapping at the crossroads: which test and why? Overview and practical guidelines. // Am. J. Hum. Genet. 2002. V. 114. N. 1. P. 1-14.

92. Sekido R., Takagi Т., Okanami M, Moribe H., Yamamura M., Higashi Y., Kondoh H. Organization of the gene encoding transcriptional repressor dEFl and cross-species conservation of its domains. // Gene. 1996. V. 173. N. 2. P. 227-32.

93. Simpson N.E. The genetics of diabetes mellitus in man. // J. Genet, and Cytol. 1980. V. 22. N. 4. P. 497-506.

94. Singer M. Highly repeated sequences in mammalian genomes // Int. Rev. Cytol. 1982. V. 76. P. 67-112.

95. Spielman R.S., McGinnis R.E., Evens W.J. Transmission test for linkage disequlibrium: the insulin gene region and insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM) // Am. J. Hum. Genet. 1993. V. 53. P. 506-516.

96. Spielman R.S., Evens W.J. A sibship test for linkage in the presence of association: the sib transmission/disequilibrium test // Am. J. Hum. Genet. 1998. V. 62. P. 450-558.

97. Sun L.,Cox N.J., McPeek M.S. A Statistical Method for Identification of Polymorphisms That Explain a Linkage Result // Am. J. Hum. Genet. 2002. V. 70. P. 399-411

98. Threadgill D.W., Hunter K.W., Williams R.W. Genetic dissection of complex and quantitative traits: from fantasy to reality via a community effort//Mamm Genome. 2002. V. 13. P. 175-178.

99. Ting H.J., Yeh S., Nishimura K., Chang C. Supervillin associates with androgen receptor and modulates its transcriptional activity. // Proc Natl Acad Sci USA. 2002. V. 99. N. 2. P. 661-666.

100. Trachtulec Z, Hamvas R.M.J., Forejt J., Lehrach H.R., Vincek V., Klein J. Linkage of TATA-binding protein and proteasome subunit C5 genes in mice and humans reveals synteny conserved between mammals and invertebrates. // Genomics. 1997. V. 44. P. 1-7

101. Vadheim C.M., Rotter J.I., Maclaren N.K., Riley W.J., Anderson C.E. Preferential transmission of diabetic alleles within the HLA gene complex. //N. Engl. J. Med. 1986. V. 315. N. 19. P. 1314-1318.

102. VinkJ.M., Boomsma D.I. Gene finding strategies // Biol sychology. 2002. V.61.P. 53-71

103. Wagener D.K., Sacfc J.M., LaPorte R.E., Macgregor J.M. The Pittsburgh study of insulin-dependent diabetes mellitus: Risk for diabetes among relatives of IDDM. // Diabetes. 1982. V. 31. P. 136-144.

104. Warburton P.E., Willard H.F. Genomic analysis of sequence variation in tandemly repeated DNA. Evidence for localized homogenious sequence domain within arrays of alpha-satellite DNA // J. Mol. Biol. 1990. V. 216. P. 3-16.

105. Warram J.H., Krolewski A.S., Gottllieb M.S., Kahn C.R. Differences in risk of insulin- dependent diabetes in offspring of diabetic mothers and diabetic fathers. // N. Engl. J. Med. 1984. V. 311. N. 11. P. 657- 673.

106. Warram J.H., Martin B.C., Krolewski A.S. Risk of IDDM in Children of diabetic mothers descreases with oncreasing maternal age at pregnancy. // Diabetes. 1991. V. 40. P. 1679-1684.

107. Wharton K, Yedvobnick В., Finnerty V., Atravanis-Tsakonas S. Opa: a novel family of transcribed repeats shared by the Notch locus and other developmentally regulated loci in D. melanogaster // Cell. 1985. V. 40. P. 55-62.

108. Whittemore A.S. Genome scanning for linkage: an overview. Am J Hum Genet. 1996. V. 59. P. 276-287

109. Wright J.M. Mutation at VNTRs: are minisatellites the evolutionary progeny of microsatellites // Genome. 1994. V. 37. P. 345-347.

110. Xiong M., Jin L. Comparison of the Power and Accuracy of Biallelic and Microsatellite Markers in Population-Based Gene-Mapping Methods // Am. J. Hum. Genet. 1999. V. 64. P. 629-640

111. Yan G., Fu Y., Fanstman D.L. Reduced expression of Tapl and Lmp2 antigen processing genes in the nonobese diabetic (NOD) mouse due to a mutation in their shared bidirectional promoter. // J Immunol. 1997. V. 159. P. 3068-3080

112. Yasui D.H., Genetta Т., Kadesch Т., Williams Т. M., Swain S. L., Tsui L. V., Huber В. T. Transcriptional Repression of the IL-2 Gene in Th Cells by ZEB1 // J Immunol. 1998. V. 160. P. 4433^440.

113. Yowdell J.W., Bennink J.R. Cell biology of antigen processing and presentation to major histocompatibility complex class I molecule restricted T lymphocytes. // Adv Immunol. 1992. V. 52. P. 1-123.

114. Zhang Z, Wu C., Wang S., Huang W., Zhou Z, Ying K., Xie Y., Mao Y. Cloning and characterization of ARHGAP12, a novel human rhoGAP gene. // Int J Biochem Cell Biol. 2002. V. 34. N. 4. P. 325-331.