Гены микроРНК, подверженные метилированию в опухолях легкого и толстой кишки, и их диагностическое значение тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Рыков, Сергей Викторович
Рыков, Сергей Викторович
кандидат биологических наук
2013
- Специальность ВАК РФ03.01.03
- Количество страниц 125
Оглавление диссертации кандидат биологических наук Рыков, Сергей Викторович
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
1 .ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Метилирование Срв-островков у эукариот
1.1.1 Метилирование ДНК Общие сведения
1.1.2 Распределение Срв-динуклеотидов в геноме человека, функции Срв-островков
1.1.3 Функции метилирования Срв-островков в зависимости от геномного контекста
1.1.4 Группы генов и геномных элементов, инактивированные метилированием Срв-островков в норме
1.2. Метилирование ДНК и канцерогенез
1.2.1 Глобальное деметилирование генома опухолевой клетки
1.2.2 Гиперметилирование Срв-островков в геноме опухолевой клетки
1.3. МикроРНК: гены, биогенез и механизм действия
1.4. МикроРНК и канцерогенез
1.5. Эпигенетические механизмы регуляции экспрессии генов микроРНК при онкопатологиях
1.6. Метилирование генов микроРНК при НМРЛ
1.7. Метилирование генов микроРНК при РТК
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Сбор материала
2.2. Выделение геномной ДНК из ткани
2.3. Бисульфитная конверсия ДНК
2.3.1 Бисульфитная конверсия ДНК в растворе
2.4. Метил-специфичная полимеразная цепная реакция (МС-ПЦР)
2.5. Бисульфитное секвенирование
2.5.1 Секвенирование продукта МС-ПЦР
2.5.2 Бисульфитное секвенирование
2.6. Статистическая обработка результатов
2.6.1 Точный тест Фишера
2.6.2 ЯОС-анализ
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1 Исследование метилирования Срв-островков генов микроРНК приНМРЛ48
3.1.1 Профиль метилирования 12 генов микроРНК при НМРЛ
3.1.2 Связь метилирования Срв-островков генов микроРНК с прогрессией НМРЛ
3.1.3 Секвенирование продукта МС-ПЦР, специфичного к метилированному аллелю бисульфит-конвертированной последовательности пш-34Ь/с
3.1.4 Анализ метилирования локуса т1г-124а-3 методом бисульфитного секвенирования
3.2 Исследование метилирования Срв-островков генов микроРНК при РТК
3.2.1 Профиль метилирования 7 генов микроРНК при РТК
3.2.2 Связь метилирования СрО-островков генов микроРНК с прогрессией РТК
3.3 Роль метилирования изученных генов микроРНК в патогенезе опухолей
3.4 Диагностическое применение систем маркеров, основанных на анализе метилирования генов микроРНК, при НМРЛ и РТК
3.4.1 Системы маркеров для диагностики НМРЛ
3.4.2 Система маркеров для диагностики РТК
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК
Анализ метилирования ДНК при раке шейки матки2003 год, кандидат биологических наук Петренко, Анатолий Анатольевич
Роль эпигенетических механизмов регуляции группы опухоль-ассоциированных генов в патогенезе немелкоклеточного рака легкого2023 год, кандидат наук Губенко Марина Сергеевна
Анализ генетических и эпигенетических нарушений хромосомы 3 человека при раке легкого, шейки матки и яичников2013 год, кандидат наук Дмитриев, Алексей Александрович
Роль генетических и эпигенетических факторов в развитии рака молочной железы и немелкоклеточного рака лёгкого2013 год, кандидат биологических наук Бурденный, Алексей Михайлович
Исследование метилирования ряда генов, вовлеченных в канцерогенез, в различных типах опухолей2003 год, кандидат биологических наук Землякова, Валерия Владимировна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Гены микроРНК, подверженные метилированию в опухолях легкого и толстой кишки, и их диагностическое значение»
ВВЕДЕНИЕ
В развитых странах онкологические заболевания уверенно занимают второе место в структуре смертности, сменив инфекционные заболевания. Рак легкого стоит на третьем месте по заболеваемости и смертности от злокачественных опухолей, как в мире, так и в России. В России от рака легкого умирают более 40 тыс. человек, причем в ряде регионов смертность у мужчин выше, чем в большинстве стран мира, достигая 60 и более случаев на 100 тыс. человек (Мукерт и Заридзе, 2010). На немелкоклеточный рак легкого (НМРЛ) приходится 85-87% всех мировых случаев выявления новообразований легкого. Причем этот вид рака легкого отличается частым метастазированием, а именно в 40% случаев на момент постановки диагноза. Пятилетняя выживаемость при диагностике на первой-второй стадии составляет 57-67%, на третьей - 5-25% и на четвертой - менее 1%, что ставит исследование патогенеза и выявление новых молекулярных маркеров немелкоклеточного рака легкого в ряд важных направлений современной молекулярной биологии и онкогенетики.
Рак толстой кишки (РТК) в России является чрезвычайно насущной проблемой, занимая четвертое место в структуре женской онкологической заболеваемости (-10 % в 2011 году в России), после рака молочной железы, и пятое место (5.8% в 2011 году в России) в структуре мужской заболеваемости после рака предстательной железы и легкого (Чиссов и др., 2012). Тяжесть заболевания и низкая выживаемость при раке толстой кишки связаны, прежде всего, с поздним выявлением опухоли. Так, при первичном обращении пациентов к врачу запущенные формы рака (III-IV стадии) диагностируются у 71% больных. Пятилетняя выживаемость больных РТК при выявлении заболевания на I стадии 1 составляет 96%, на II - 87%, на III - 55% и на IV - только 5%.
Аномальное функционирование и измененный профиль экспрессии генов системы контроля клеточного цикла, апоптоза и дифференцировки являются ключевым свойством злокачественного процесса (Hanahan and Weinberg , 2010). Исследования последних лет показывают, что эпигенетические нарушения, в совокупности с генетическими изменениями (мутациями генов, хромосомными аберрациями и изменением плоидности генома), составляют комплекс механизмов, ответственных за формирование фенотипа трансформированной клетки (Godfrey et
al., 2007). Эпигенетическими называют наследуемые изменения экспрессии генов, не затрагивающие последовательность ДНК. Эпигенетические механизмы необходимы для тонкой, динамичной и специфичной по времени и локализации регуляции экспрессии генов и вовлечены у млекопитающих в процессы эмбрионального развития (Reik et al., 2001). Метилирование ДНК играет важную роль в процессах развития, дифференцировки клеток, геномного импринтинга и транскрипционной инактивации мобильных элементов генома (Пендина и др., 2004). Изменение степени метилирования ДНК наблюдается при различных патологиях и характерно для онкологических заболеваний, при которых происходит глобальное деметилирование генома, особенно мобильных элементов, и избирательное гиперметилирование промоторов генов, проявляющих опухоль-супрессорные свойства {Jones and В aylin, 2007).
МикроРНК относятся к классу малых некодирующих РНК длиной 19-24 нуклеотида, выполняющих функцию посттранскрипционного регулятора экспрессии целевых генов (Катохин и др., 2006; Макарова и Крамеров, 2007). Зрелые микроРНК в составе RISC-комплекса присоединяются к 3'-нетранслируемой области матричных РНК целевых генов и блокируют процесс трансляции. В норме микроРНК выполняют важную регуляторную функцию в процессах развития, пролиферации, дифференцировки и апоптоза и характеризуются выраженной специфичностью в отношении места и времени действия (.Bartel, 2009). Показана важная роль дифференциальной экспрессии генов микроРНК в процессах злокачественной трансформации. Для HMPJI и РТК характерны свои специфические профили экспрессии генов микроРНК, ассоциированные с клиническими и патологическими свойствами опухоли (Meló and Esteller, 2011).
Экспрессия генов микроРНК также подвержена регуляции посредством эпигенетических механизмов, одним из которых является метилирование CpG-динуклеотидов в составе CpG-островков, перекрывающих промоторные участки генов (Lopez-Serra and Esteller, 2012). Следует отметить, что для генов микроРНК метилирование является более характерным эпигенетическим механизмом подавления экспрессии, чем для белок-кодирующих генов. Так, 11,5% всех генов микроРНК подвержены регуляции посредством метилирования (122 из 1048 генов
микроРНК по состоянию на 2011 год), для белок-кодирующих генов этот показатель составляет 1-2% (.Кипе/ е1 а1, 2011).
Цели и задачи исследования. Целью данной работы явилось изучение вовлеченности метилирования Срв-островков, перекрывающих промоторные участки генов микроРНК в патогенез НМРЛ и РТК и оценка диагностических качеств панелей маркеров на основе исследованных генов.
Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:
1. Исследовать статус и частоту метилирования Срв-островков 14 генов микроРНК: 1тг-9-1, т1г-9-3, т1г-34Ь/с, т1г-107, тгг-124аЗ, т1г-125Ъ1, т1г-130Ь, т1г-137, тгг-129-2, пш-193а, пт-203, тп-212, Ш1г-375 и гтг-1258 на представительной выборке клинических образцов первичных опухолей и гистологически нормальной ткани легкого пациентов с НМРЛ и ткани легкого доноров без онкопатологий.
2. Исследовать статус и частоту метилирования Срв-островков семи генов микроРНК т1г-9-1, ш1г-9-3, т1г-34Ъ/с, т1г-129-2, т1г-193а, гтг-203 и пйг-212 на представительной выборке клинических образцов опухолей и гистологически нормальной ткани толстой кишки пациентов с РТК и ткани толстой кишки доноров без онкопатологий.
3. Исследовать корреляции между частотой метилирования изучаемых генов и клинико-патологическими свойствами первичных опухолей РТК и НМРЛ, а также их подтипов.
4. Разработать на основе полученных данных о частотах метилирования группы генов микроРНК панели молекулярных маркеров для ранней диагностики опухолей легкого и толстой кишки.
1 .ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Метилирование CpG-островков у эукариот.
1.1.1 Метилирование ДНК. Общие сведения.
Метилирование ДНК у эукариот выступает важным эпигенетическим механизмом, вовлеченным в поддержание целостности генома, геномный импринтинг, регуляцию транскрипции и процесс эмбрионального развития {Suzuki and Bird, 2008). Метилирование представляет собой ковалентную модификацию ДНК, когда цитозиновый остаток в составе CpG-динуклеотида метилируется в позиции С5 пиримидинового кольца (Рис.1). Метилирование цитозина - основная эндогенная модификация ДНК у млекопитающих. Большинство 5'-метилцитозинов в ДНК млекопитающих присутствует в динуклеотидах 5'-CpG-3'. Метилирование цитозина наблюдали и в Non-CpG-последовательностях, таких как 5'-CpNpG-3' или в асимметричных 5'-СрА-3' и 5'-СрТ-3', но существенно реже (Ramsahoye et al., 2000).
SAM-CH, SAM . АЧ
УУ / >
3 N
DNMT
СИ
5-метилцитозин
Рисунок 1. Метилирование цитозина в положении С5 пиримидинового
кольца.
Метилирование цитозиновых остатков катализируется группой ферментов ДНК-метилтрансфераз (DNMT), которые переносят метальную группу с S-аденозил-Ь-метионина (SAM). У эукариот существует три основных ДНК-метилтранферазы - DNMT1, DNMT3A и DNMT3B (Yen et al, 1992; Окапо et al., 1999). Метилтрансфераза DNMT1 осуществляет функцию поддержания паттерна метилирования геномной ДНК, присоединяясь к вновь синтезированной цепи в процессе репликации и повторяет паттерн метилирования CpG-динуклеотидов
матричной цепи. Метилтрансферазы DNMT3A и DNMT3B осуществляют метилирование CpG-динуклеотидов de novo. Обратный процесс деметилирования значительно менее изучен и может происходить либо пассивно, например, при ингибировании метил азы DNMT1, либо активно, когда энзиматически отщепляется 5-метилцитозин. У млекопитающих, геномное деметилирование происходит в двух основных периодах репродуктивного развития: в первичных половых клетках при созревании гамет и в раннем эмбриогенезе в ходе делений дробления. Пассивное деметилирование происходит в доимплантационном развитии в женском пронуклеусе (Patkin et al., 2002); а для мужского пронуклеуса характерно активное деметилирование (.Mayer et al., 2000). В процессе эмбрионального развития с момента имплантации эмбриона происходит процесс метилирования de novo, определяющий картину метилирования в различных дифференцированных органах и тканях (Пашкин и др., 2010), и таким образом во взрослом состоянии паттерн метилирования является тканеспецифичным {Yagi et al., 2008; Ikegami et al., 2009). Аномальные изменения экспрессии генов метилтрансфераз DNMT1, DNMT3A и DNMT3B наблюдаются при новообразованиях легкого, печени, молочной железы, желудка, лейкемии и ретинобластоме (Ruo-Kai et al., 2002; Saito et al., 2003; Girault et al., 2003; Qu et al., 2010), причем гиперэкспрессия DNMT1 часто ассоциирована с плохим прогнозом {Ruo-Kai et al., 2002; Saito et al., 2003).
1.1.2 Распределение CpG-динуклеотидов в геноме человека, функции
CpG-островков.
Геном позвоночных можно разделить на две неравные части по содержанию CpG-динуклеотидов и уровню их метилирования. Основная часть CpG-динуклеотидов (около 90% от общего количества) представлена отдельными CpG-динуклеотидами и фрагментами по 50-100 п.н. и интенсивно метилирована, меньшая, около 10%, представлена фрагментами длиной от 200 до 10 п.н. и неметилирована (Illingworth and Bird., 2009). Фрагменты генома с содержанием G/C-нуклеотидов более 50% и обычно локализованные в 5'-областях генов, получили название CpG-островков (Gardiner-Garden et al., 1987). Основная часть CpG-островков представлена короткими фрагментами (до 1000 п.н.) с содержанием G/C-нуклеотидов 60-70% от общего количества. Количество CpG-островков в геноме человека оценивается примерно в 25000 единиц {Illingworth et al., 2008).
Самый большой CpG-островок покрывает 36619 п.н. и расположен на 10 хромосоме, 322 крупных CpG-островка включают приблизительно по 3000 п.н. В составе некоторых больших островков содержатся гены рибосомальных РНК и псевдогены рРНК, но они составляют менее 0.5% CpG-островков генома человека. В геноме человека CpG-островки распределены неравномерно. Так, ими обогащены хромосомы 12 и 22, но их очень мало в хромосоме 18. Большинство хромосом содержит 5-10 CpG-островков на 1 млн.п.н. Однако для хромосомы Y характерна низкая плотность (2.9 на 1 млн.п.н.), в то время как максимум принадлежит хромосоме 19 (43 CpG-островка на 1 млн.п.н.). Количество CpG-островков коррелирует с плотностью активных генов в соответствующих хромосомах (Craig and Bickmore, 1994).
Большинство, если не все, CpG-островки содержат сайты инициации транскрипции, включая те, что отстоят от аннотированных сайтов инициации на расстоянии в несколько тысяч пар нуклеотидов (Deaton and Bird, 2011). Свойства последовательности ДНК, обогащенной G/C-нуклеотидами, адаптируют CpG-островки для осуществления промоторных функций через дестабилизацию нуклеосом, привлечение факторов транскрипции и формирование транскрипционно активного состояния хроматина. Суммирование опубликованных данных позволило выделить два основных типа промоторов генов у эукариот: промоторы с высоким содержанием G/C-нуклеотидов (HGC, High GC content) и промоторы с низким содержанием G/C-нуклеотидов (LGC, Low GC content). Свойства промоторов представлены в таблице 1 и рисунке 2 ( Valen and Sandelin, 2011).
Приблизительно 70% аннотированных промоторов генома человека ассоциированы с CpG-островками и относятся к HGC-промоторам (Saxonov et al., 2006). HGC-промоторы свойственны практически всем генам «домашнего хозяйства», части тканеспецифических генов и генов, ответственных за регулирование эмбрионального развития (Zhu et al., 2008).
Работы последних лет проливают свет на функциональную роль CpG-островков, отстоящих от аннотированных TSS (Transcription start site) и находящихся в межгенном и внутригенном пространстве, и выявляют их промоторную функцию.
Таблица 1. Типы промоторов генома эукариот (Valen and Sandelin, 2011).
Свойство 1ЮС-промоторы ЬвС-промоторы
Характерные элементы промотора Срв-островки у позвоночных ТАТА-бокс
Диапазон 7Ж> Широкий Строго узкий
Специфичность экспрессии конститутивная тканеспецифичная
Динамика транскрипции Ровная, низкие вариации Широкие вариации, часто индуцируется в ответ на тканеспецифичный стимул
Потребность в специальных ТФ Низкая Высокая
Структура хроматина в ш Свободная от нуклеосом Плотная упаковка нуклеосомами
85676590 I 65676600 I B5676610 I 85676620 I 8567S630 I 85676640 I 858766БО I OCCGCCTTCGGOSGCTGCGCAGTGOGCACGTCAAAGCCGGGCTCAGGCCGGAGCTGGGCGCGGGGCGCCAQGAi
Похожие диссертационные работы по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК
Аномальные изменения картины метилирования геномной ДНК при хроническом В-клеточном лимфолейкозе2007 год, кандидат биологических наук Москалёв, Евгений Александрович
Влияние канцерогенных и противоопухолевых ксенобиотиков на эпигенетическую регуляцию транскрипции2014 год, кандидат наук Шалгинских, Наталья Андреевна
Нарушения эпигенетической регуляции экспрессии генов как новый класс молекулярной патологии2002 год, доктор биологических наук Немцова, Марина Вячеславовна
Изменение метилирования промоторных областей семи генов хромосомы 3 человека в эпителиальных опухолях2009 год, кандидат биологических наук Ходырев, Дмитрий Сергеевич
Хромосомная, клеточная и тканевая специфичность гидроксиметилирования ДНК в проэмбриональный и эмбриональный периоды развития человека2018 год, кандидат наук Тихонов Андрей Владимирович
Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Рыков, Сергей Викторович
выводы
1. Исследовано метилирование CpG-островков 14 генов микроРНК при немелкоклеточном раке легкого. Метилирование CpG-островков девяти генов микроРНК (mir-129-2, mir-203, mir-212, mir-107, mir-130b, mir-137, mir-125bl, mir-375, mir-1258) исследовано в первичных опухолях HMPJI впервые. Повышение частоты метилирования в опухолях по сравнению с гистологически нормальной тканью легкого статистически значимо для группы генов микроРНК: mir-9-1, mir-9-3, mir-34b/c, mir-124a-3, mir-212, mir-129-2, mir-137, mir-125bl, mir-375 и mir-1258.
2. Идентифицирован новый локус, подверженный метилированию в опухолях, -CpG-островок, перекрывающий ген mir-1258. Изменение статуса метилирования шести генов микроРНК (mir-212, mir-129-2, mir-137, mir-125bl, mir-375 и mir-1258) в первичных опухолях HMPJI выявлено нами впервые, причем повышение частоты метилирования в опухолях по сравнению с гистологически нормальной тканью легкого статистически значимо.
3. Исследовано метилирование CpG-островков семи генов микроРНК в первичных опухолях толстой кишки, из них для четырёх генов (mir-9-3, mir-193a, mir-203, mir-212) впервые. Показано статистически значимое повышение частоты метилирования генов: mir-9-1, mir-9-3, mir-34b/c и mir-129-2. Профили метилирования семи генов микроРНК при HMPJI и РТК в целом похожи, хотя для РТК характерны более высокие частоты метилирования, чем для HMPJI.
4. Впервые выявлена статистически значимая ассоциация частоты метилирования CpG-островка гена mir-125bl с со стадией HMPJI и наличием метастазов в региональных лимфоузлах, и гена mir-137 - со стадией HMPJI.
5. Составлены системы информативных маркеров, позволяющие с высокой чувствительностью и специфичностью определять опухоль легкого и толстой кишки, причем в панель маркеров HMPJI входят пять генов, исследованных в первичных опухолях легкого впервые (mir-129-2, mir-137, mir-125bl, mir-375 и mir-1258).
Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Рыков, Сергей Викторович, 2013 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Катохин A.B., Кузнецова Т.Н., Омельянчук H.A. МиРНК - новые регуляторы активности генов у эукариот. Вестник ВОГиС, 2006,10, 241-272.
2. Макарова Ю.А., Крамеров Д.А. Некодирующие РНК. Биохимия, 2007, 72, 1427-1448.
3. Мукерия А.Ф., Заридзе Д.Г. Эпидемиология и профилактика рака легкого. Вестник РОНЦим. Н.Н.Блохина РАМН, 2010, 21, 3-12.
4. Паткин E.JL, Квинн Д. Эпигенетические механизмы предрасположенности к комплексным патологиям человека. Экологическая генетика, 2010, 8, 44-56.
5. Пендина A.A., Гринкевич В.В., Кузнецова Т.В., Баранов B.C. Метилирование ДНК-универсальный механизм регуляции активности генов. Экологическая генетика, 2004, 2, 27-37.
6. Ходырев Д.С., Пронина И.В., Рыков С.В., Береснева Е.В., Фридман М.В., Казубская Т.П., Логинов В.И., Брага Э.А. Метилирование группы генов микроРНК вовлечено в регуляцию экспрессии генов-мишеней RAR-beta2 и NKIRAS1 при раке легкого. Молекулярная биология, 2012, 46,.773-785.
7. Чиссов В.И., Старинский В.В., Петрова Г.В. Злокачественные новообразования в России в 2010 году (заболеваемость и смертность). М.: ФГБУ «МНИОИ им. П.А. Герцена» Минздравсоцразвития России, 2012. 260 с.
8. Agirre X., Vilas-Zornoza A., Jimenez-Velasco A., Martin-Subero J.I., Cordeu L., Garate L., San Jose-Eneriz E., Abizanda G., Rodriguez-Otero P., Fortes P. Epigenetic silencing of the tumor suppressor microRNA Hsa-miR-124a regulates CDK6 expression and confers a poor prognosis in acute lymphoblastic leukemia. Cancer Res., 2009, 69, 4443-4453.
9. Akao Y., Nakagawa Y., Naoe T. Let-7 microRNA functions as a potential growth suppressor in human colon cancer cells. Biol. Pharm. Bull., 2006, 29, 903-906.
10. Alajez N.M., Lenarduzzi M., Ito E. MiR-218 suppresses nasopharyngeal cancer progression through downregulation of survivin and the SLIT2-R0B01 pathway. Cancer Res., 2011, 71,2381-2391.
11. Althoff К., Beckers A., Odersky A., Mestdagh P., Köster J., Bray I.M., Bryan K., Vandesompele J., Speleman F., Stallings R.L., Schramm A., Eggert A., Spriissel A., Schulte J.H. MiR-137 functions as a tumor suppressor in neuroblastoma by downregulating KDM1 A. Int. J. Cancer, 2013.
12. Ando Т., Yoshida Т., Enomoto S., Asada K., Tatematsu M., Ichinose M., Sugiyama Т., Ushijima T. DNA methylation of microRNA genes in gastric mucosae of gastric cancer patients: its possible involvement in the formation of epigenetic field defect. Int. J. Cancer, 2009,124, 2367-2374.
13. Anwar S.L., Albat C., Krech Т., Hasemeier В., Schipper E., Schweitzer N., Vogel A., Kreipe H., Lehmann U. Concordant hypermethylation of intergenic microRNA genes in human hepatocellular carcinoma as new diagnostic and prognostic marker. Int. J. Cancer, 2013.
14. Arora H., Qureshi R., Jin S., Park A.K., Park W.Y. miR-9 and let-7g enhance the sensitivity to ionizing radiation by suppression of NF-kappaBl. Exp. Mol. Med., 2011,43, 298-304.
15. Arroyo J.D., Chevillet J.R., Kroh E.M., Ruf I.K., Pritchard C.C., Gibson D.F. Argonaute2 complexes carry a population of circulating microRNAs independent of vesicles in human plasma. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, .2011,108, 5003-5008.
16. Balaguer F., Link A., Lozano J.J., Cuatrecasas M., Nagasaka T., Boland C.R., Goel A. Epigenetic silencing of miR-137 is an early event in colorectal carcinogenesis. Cancer Res., 2010, 70, 6609-6618.
17. Bal?a-Silva J., Sousa Neves S., Gon?alves A.C., Abrantes A.M., Casalta-Lopes J., Botelho M.F., Sarmento-Ribeiro A.B., Silva H.C. Effect of miR-34b overexpression on the radiosensitivity of non-small cell lung cancer cell lines. Anticancer Res., 2012, 32, 1603-1609.
18. Ball M.P., Li J.B., Gao Y., Lee J.H., LeProust E.M., Park I.H., Xie B., Daley G.Q., Church G.M. Targeted and genome-scale strategies reveal gene body methylation signatures in human cells. Nat. Biotechnol., 2009, 27, 361—368.
19. Bandres E., Agirre X., Bitarte N., Ramirez N., Zarate R., Roman-Gomez J., Prosper F., Garcia-Foncillas J. Epigenetic regulation of microRNA expression in colorectal cancer. Int. J. Cancer, 2009,125, 2737-2743.
20. Bank S. An intronic microRNA silences genes that are functionally antagonistic to its host gene. Nucleic Acids Res., 2008, 36,5232-5241.
21. Bartel D.P. MicroRNAs: Genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell, 2004,116, 281-297.
22. Bartel D.P. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions. Cell. 2009, 136,215-233.
23. Baskerville S., Bartel D.P. Microarray profiling of microRNAs reveals frequent coexpression with neighboring miRNAs and host genes. RNA, 2005,11, 241-7.
24. Berdasco M., Esteller M. Aberrant epigenetic landscape in cancer: how cellular identity goes awry. Dev. Cell, 2010,19, 698-711.
25. Bestor T.H. Unanswered questions about the role of promoter methylation in carcinogenesis. Ann. N. Y. Acad. Sci., 2003, 983, 22-27.
26. Bo J., Yang G., Huo K., Jiang H., Zhang L., Liu D., Huang Y. microRNA-203 suppresses bladder cancer development by repressing bcl-w expression. FEBS J., 2011,278, 786-792.
27. Bogdanovic O., Veenstra G.J. DNA methylation and methyl-CpG binding proteins: developmental requirements and function. Chromosoma, 2009, 118, 549-565.
28. Borchert G.M., Lanier W., Davidson B.L. RNA polymerase III transcribes human microRNAs. Nat. Struct. Mol. Biol., 2006,13, 1097-1101.
29. Brenton J.D., Viville S., Surani M.A. Genomic imprinting and cancer. Cancer Surv., 1995, 25, 161-171.
30. Brueckner B., Stresemann C., Kuner R., Mund C., Musch T., Meister M., Sultmann H., Lyko F. The human let-7a-3 locus contains an epigenetically regulated microRNA gene with oncogenic function. Cancer Res., 2007, 67, 14191423.
31. Bueno M.J., Perez de Castro I., Gomez de Cedron M., Santos J., Calin G.A., Cigudosa J.C., Croce C.M., Fernandez-Piqueras J., Malumbres M. Genetic and epigenetic silencing of microRNA-203 enhances ABL1 and BCR-ABL1 oncogene expression. Cancer Cell, 2008,13, 496-506.
32. Cairo S., Wang Y., de Reynies A., Duroure K., Dahan J., Redon M.J., Fabre M., McClelland M., Wang X.W., Croce C.M., Buendia M.A. Stem cell-like micro-
RNA signature driven by Мус in aggressive liver cancer. Proc. Natl. Acad. Sci. U SA., 2010,107, 20471-20476.
33. Calin G.A., Cimmino A., Fabbri M., Ferracin M., Wojcik S.E., Shimizu M. miR-15a and miR-16-1 cluster functions in human leukemia. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2008,105,5166-5171.
34. Calin G.A., Croce C.M. MicroRNA signatures in human cancers. Nat. Rev. Cancer, 2006, 6, 857-66.
35. Calin G.A., Dumitru C.D., Shimizu M., Bichi R., Zupo S., Noch E., Aldler H., Rattan S., Keating M., Rai K., Rassenti L., Kipps Т., Negrini M., Bullrich F., Croce C.M. Frequent deletions and down-regulation of microRNA genes miR15 and miR16 at 13ql4 in chronic lymphocytic leukemia. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99,15524-15529.
36. Calin G.A., Ferracin M., Cimmino A., Di Leva G., Shimizu M., Wojcik S.E. A microRNA signature associated with prognosis and progression in chronic lymphocytic leukemia. N. Engl. J. Med., 2005, 353, 1793-1801.
37. Calin G.A., Sevignani C., Dumitru C.D., Hyslop Т., Noch E., Yendamuri S. Human microRNA genes are frequently located at fragile sites and genomic regions involved in cancers. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004,101, 2999-3004.
38. Cannell I.G., Bushell M. Regulation of Мус by miR-34c: A mechanism to prevent genomic instability? Cell Cycle, 2010, 9, 2726-2730.
39. Ceppi P., Mudduluru G., Kumarswamy R., Rapa I., Scagliotti G.V., Papotti M., Allgayer H. Loss of miR-200c expression induces an aggressive, invasive, and chemoresistant phenotype in non-small cell lung cancer. Mol. Cancer Res., 2010, 8, 1207-1216.
40. Chan J.A., Krichevsky A.M., Kosik K.S. MicroRNA-21 is an antiapoptotic factor in human glioblastoma cells. Cancer Res., 2005, 65, 6029-6033.
41. Chang T.C., Yu D., Lee Y.S., Wentzel E.A., Arking D.E., West K.M. Widespread microRNA repression by Мус contributes to tumorigenesis. Nat. Genet., 2008, 40, 43-50.
42. Chen H.Y., Han Z.B., Fan J.W., Xia J., Wu J.Y., Qiu G.Q., Tang H.M., Peng Z.H. miR-203 expression predicts outcome after liver transplantation for hepatocellular carcinoma in cirrhotic liver. Med. Oncol., 2012, 29, 1859-1865.
43. Chen L., Wang X., Wang H., Li Y., Yan W., Han L., Zhang K., Zhang J., Wang Y., Feng Y., Pu P., Jiang Т., Kang C., Jiang C. miR-137 is frequently down-regulated in glioblastoma and is a negative regulator of Cox-2. Eur. J. Cancer, 2012, 48,3104-3111.
44. Chen P.S., Su J.L., Cha S.T., Tarn W.Y., Wang M.Y., Hsu H.C., Lin M.T., Chu C.Y., Hua K.T., Chen C.N., Kuo T.C., Chang K.J., Hsiao M., Chang Y.W., Chen J.S., Yang P.C., Kuo M.L. miR-107 promotes tumor progression by targeting the let-7 microRNA in mice and humans. J. Clin. Invest., 2011,121, 3442-3455.
45. Chen Q., Chen X., Zhang M., Fan Q., Luo S., Cao X. miR-137 is frequently down-regulated in gastric cancer and is a negative regulator of Cdc42. Dig Dis Sci., 2011,56, 2009-2016.
46. Chen R., Alvero A.B., Silasi D.A., Kelly M.G., Fest S., Visintin I. Regulation of IKKb by miR-199a affects NF-kB activity in ovarian cancer cells. Oncogene, 2008, 27, 4712—4723.
47. Chen X., Hu H., Guan X., Xiong G., Wang Y., Wang K., Li J., Xu X., Yang K., Bai Y. CpG island methylation status of miRNAs in esophageal squamous cell carcinoma. Int. J. Cancer, 2012,130, 1607-1613.
48. Chen X., Wang J., Shen H., Lu J., Li C., Hu D.N., Dong X.D., Yan D., Tu L. Epigenetics, microRNAs, and carcinogenesis: functional role of microRNA-137 in uveal melanoma. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci., 2011, 52, 1193-1199.
49. Chen X., Zhang L., Zhang T., Hao M., Zhang X., Zhang J., Xie Q., Wang Y., Guo M., Zhuang H., Lu F. Methylation-mediated repression of microRNA 129-2 enhances oncogenic SOX4 expression in HCC. Liver Int., 2013, 33, 476-486.
50. Chen Z., Jin Y., Yu D., Wang A., Mahjabeen I., Wang C., Liu X., Zhou X. Down-regulation of the microRNA-99 family members in head and neck squamous cell carcinoma. Oral Oncol., 2012, 48, 686-691.
51. Cheng A.M., Byrom M.W., Shelton J., Ford L.P. Antisense inhibition of human miRNAs and indications for an involvement of miRNA in cell growth and apoptosis. Nucleic Acids Res., 2005, 33, 1290-1297.
52. Cheung H.H., Davis A.J., Lee T.L., Pang A.L., Nagrani S., Rennert O.M. Methylation of an intronic region regulates miR-199a in testicular tumor malignancy. Oncogene, 2011, 30, 3404-3415.
53. Chiang Y., Song Y., Wang Z., Chen Y., Yue Z., Xu H., Xing C., Liu Z. Aberrant expression of miR-203 and its clinical significance in gastric and colorectal cancers. J. Gastrointest. Surg., 2011,15, 63-70.
54. Chim C.S., Wan T.S., Wong K.Y., Fung T.K., Drexler H.G., Wong K.F. Methylation of miR-34a, miR-34b/c, miR-124-1 and miR-203 in Ph-negative myeloproliferative neoplasms. J. Transl. Med., 2011, 9,197.
55. Chim C.S., Wong K.Y., Qi Y., Loong F., Lam W.L., Wong L.G., Jin D.Y., Costello J.F., Liang R. Epigenetic inactivation of the miR-34a in hematological malignancies. Carcinogenesis, 2010, 31, 745-750.
56. Corcoran D.L., Pandit K.V., Gordon B., Bhattachaijee A., Kaminski N., Benos P.V. Features of mammalian microRNA promoters emerge from polymerase II chromatin immunoprecipitation data. PLoS ONE, 2009, 4, e5279.
57. Corney D.C., Hwang C.I., Matoso A., Vogt M., Flesken-Nikitin A., Godwin A.K., Kamat A.A., Sood A.K., Ellenson L.H., Hermeking H, Nikitin A.Y. Frequent downregulation of miR-34 family in human ovarian cancers. Clin. Cancer Res., 2010,16, 1119-1128.
58. Costello J.F., Fruhwald M.C., Smiraglia D.J., Rush L.J., Robertson G.P., Gao X., Wright F.A., Feramisco J.D., Peltomaki P., Lang J.C., Schuller D.E., Yu L., Bloomfield C.D., Caligiuri M.A., Yates A., Nishikawa R., Su Huang H., Petrelli N.J., Zhang X., O'Dorisio M.S. Held W.A., Cavenee W.K., Plass C., Aberrant CpG-island methylation has nonrandom and tumour-type-specific patterns. Nat. Genet., 2000, 24, 132-138.
59. Craig J.M., Bickmore W.A. The distribution of CpG islands in mammalian chromosomes. Nat. Genet., 1994, 7, 376-381.
60. Craig V.J., Cogliatti S.B., Rehrauer H., Wundisch T., Muller A. Epigenetic silencing of microRNA-203 dysregulates ABL1 expression and drives Helicobacter-associated gastric lymphomagenesis. Cancer Res., 2011, 71, 36163624.
61. Crawford M., Brawner E., Batte K., Yu L., Hunter M.G., Otterson G.A., Nuovo G., Marsh C.B., Nana-Sinkam S.P.. MicroRNA-126 inhibits invasion in non-small
cell lung carcinoma cell lines. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2008, 373, 607612.
62. Csankovszki G., Nagy A., Jaenisch R. Synergism of Xist RNA, DNA methylation, and histone hypoacetylation in maintaining X chromosome inactivation. J. Cell Biol., 2001,153, 773-784.
63. Cui H., Cruz-Correa M., Giardiello F.M., Hutcheon D.F., Kafonek D.R., Brandenburg S., Wu Y., He X., Powe N.R., Feinberg A.P. Loss of IGF2 imprinting: a potential marker of colorectal cancer risk. Science, 2003, 299, 17531755.
64. Cullen B.R. Transcription and processing of human microRNA precursors // Mol. Cell, 2004,16, 861-865.
65. Dacic S., Kelly L., Shuai Y., Nikiforova M.N. miRNA expression profiling of lung adenocarcinomas: correlation with mutational status. Mod. Pathol., 2010, 23, 1577-1582
66. Datta J., Smith A., Lang J.C., Islam M., Dutt D., Teknos T.N., Pan Q. microRNA-107 functions as a candidate tumor-suppressor gene in head and neck squamous cell carcinoma by downregulation of protein kinase CD. Oncogene, 2012, 31, 4045-4053.
67. Davalos V., Moutinho C., Villanueva A., Boque R., Silva P., Carneiro F., Esteller M. Dynamic epigenetic regulation of the microRNA-200 family mediates epithelial and mesenchymal transitions in human tumorigenesis. Oncogene, 2012, 31, 2062-2074.
68. De Smet C., Lurquin C., Lethe B., Martelange V., Boon T. DNA methylation is the primary silencing mechanism for a set of germ line- and tumor-specific genes with a CpG-rich promoter. Mol. Cell Biol., 1999,19, 7327-7335.
69. de Souza Rocha Simonini P., Breiling A., Gupta N., Malekpour M., Youns M., Omranipour R., Malekpour F., Volinia S., Croce C.M., Najmabadi H., Diederichs S., Sahin O., Mayer D., Lyko F., Hoheisel J.D., Riazalhosseini Y. Epigenetically deregulated microRNA-375 is involved in a positive feedback loop with estrogen receptor alpha in breast cancer cells. Cancer Res., 2010, 70, 9175-9184.
70. Deaton A.M., Bird A. CpG islands and the regulation of transcription. Genes Dev., 2011,25, 1010-1022.
71. Deng G., Kakar S., Kim Y.S. MicroRNA-124a and microRNA-34b/c are frequently methylated in all histological types of colorectal cancer and polyps, and in the adjacent normal mucosa. Oncol. Lett., 2011, 2, 175-180.
72. Deng S., Calin G.A., Croce C.M., Coukos G., Zhang L. Mechanisms of microRNA deregulation in human cancer. Cell Cycle, 2008, 7,2643-2646.
73. Dickinson R.E., Dallol A., Bieche I. Epigenetic inactivation of SLIT3 and SLIT1 genes in human cancers. Br. J. Cancer, 2004, 91, 2071-2078
74. Doi A., Park I.H., Wen B., Murakami P., Aryee M.J., Irizarry R., Herb B., Ladd-Acosta C., Rho J., Loewer S. Differential methylation of tissue- and cancer-specific CpG island shores distinguishes human induced pluripotent stem cells, embryonic stem cells and fibroblasts. Nat. Genet., 2009, 41, 1350-1353.
75. Du Y., Liu Z., Gu L., Zhou J., Zhu B.D., Ji J., Deng D. Characterization of human gastric carcinoma-related methylation of 9 miR CpG islands and repression of their expressions in vitro and in vivo. BMC Cancer, 2012,12, 249.
76. Dyrskjot L., Ostenfeld M.S., Bramsen J.B., Silahtaroglu A.N., Lamy P., Ramanathan R., Fristrup N., Jensen J.L., Andersen C.L., Zieger K., Kauppinen S.,
Ulhi B.P., Kjems J., Borre M., Orntoft T.F. Genomic profiling of microRNAs in bladder cancer: miR-129 is associated with poor outcome and promotes cell death in vitro. Cancer Res., 2009, 69, 4851-4860.
77. Eden A., Gaudet F., Waghmare A., Jaenisch R. Chromosomal instability and tumors promoted by DNA hypomethylation. Science, 2003, 300, 455.
78. Elgaaen B.V., Olstad O.K., Sandvik L., Odegaard E., Sauer T., Staff A.C., Gautvik K.M. ZNF385B and VEGFA are strongly differentially expressed in serous ovarian carcinomas and correlate with survival. PLoS One, 2012, 7.
79. Esquela-Kerscher A., Slack F.J. Oncomirs: microRNAs with a role in cancer. Nat. Rev. Cancer, 2006, 6, 259-69
80. Esteller M. Cancer epigenomics: DNA methylomes and histone-modification maps. Nat. Rev. Genet., 2007, 8, 286-298.
81. Esteller M., Corn P.G., Baylin S.B., Herman J.G. A gene hypermethylation profile of human cancer. Cancer Res., 2001, 61, 3225-3229.
82. Fabbri M., Garzon R., Cimmino A., Liu Z., Zanesi N., Callegari E. MicroRNA-29 family reverts aberrant methylation in lung cancer by targeting DNA methyltransferases 3A and 3B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2007, 104, 1580515810.
83. Feinberg A.P. Mendel stayed home. Genomic imprinting, environmental disease susceptibility. Trends Genet., 1999,15, 46.
84. Feinberg A.P., Gehrke C.W., Kuo K.C., Ehrlich M. Reduced genomic 5-methylcytosine content in human colonic neoplasia. Cancer Res., 1988, 48, 1159— 1161.
85. Feinberg A.P., Vogelstein B. Hypomethylation distinguishes genes of some human cancers from their normal counterparts. Nature, 1983, 301, 89-92.
86. Feller S.M. Crk family adaptors-signalling complex formation and biological roles. Oncogene, 2001, 20, 6348-6371.
87. Feng L., Xie Y., Zhang H., Wu Y. miR-107 targets cyclin-dependent kinase 6 expression, induces cell cycle G1 arrest and inhibits invasion in gastric cancer cells. Med. Oncol., 2012, 29, 856-863.
88. Finnerty J.R., Wang W.X., Hébert S.S., Wilfred B.R., Mao G., Nelson P.T. The miR-15/107 group of microRNA genes: evolutionary biology, cellular functions, and roles in human diseases. J. Mol. Biol., 2010, 402, 491-509.
89. Fraga M.F., Herranz M., Espada J., Ballestar E., Paz M.F., Ropero S., Erkek E., Bozdogan O., Peinado H., Niveleau A. A mouse skin multistage carcinogenesis model reflects the aberrant DNA methylation patterns of human tumors. Cancer Res., 2004, 64, 5527-5534.
90. Friboulet L., Barrios-Gonzales D., Commo F., Olaussen K.A., Vagner S., Adam J., Goubar A., Dorvault N., Lazar V., Job B., Besse B., Validire P., Girard P., Lacroix L., Hasmats J., Dufour F., André F., Soria J.C. Molecular Characteristics of ERCC1-Negative versus ERCC1-Positive Tumors in Resected NSCLC. Clin. Cancer Res., 2011,17, 5562-5572.
91. Friedman R.C., Farh K.K., Burge C.B., Bartel D.P. Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs. Genome Res., 2009,19, 92-105.
92. Furuta M., Kozaki K.I., Tanaka S., Arii S., Imoto I., Inazawa J. MiR-124 and miR-203 are epigenetically silenced tumor-suppressive microRNAs in hepatocellular carcinoma. Carcinogenesis, 2010, 31, 766—776.
93. Futscher B.W., Oshiro M.M., Wozniak R.J., Holtan N., Hanigan C.L., Duan H., Domann F.E. Role for DNA methylation in the control of cell type specific maspin expression. Nat. Genet., 2002, 31, 175-179.
94. Gallardo E., Navarro A., Vinolas N., Marrades R.M., Diaz T., Gel B., Quera A., Bandres E., Garcia-Foncillas J., Ramirez J., Monzo M. miR-34a as a prognostic marker of relapse in surgically resected non-small-cell lung cancer. Carcinogenesis, 2009, 30, 1903-1909.
95. Gao X.N., Lin J., Li Y.H., Gao L., Wang X.R., Wang W., Kang H.Y., Yan G.T., Wang L.L., Yu L. MicroRNA-193a represses c-kit expression and functions as a methylation-silenced tumor suppressor in acute myeloid leukemia. Oncogene, 2011,30, 3416-3428.
96. Gardiner-Garden M. and Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes. J. Mol. Biol., 1987,196, 261-282.
97. Girault I., Tozlu S., Lidereau R., Bieche I. Expression analysis of DNA methyltransferases 1, 3A, and 3B in sporadic breast carcinomas. Clin. Cancer Res., 2003, 9,4415-4422.
98. Godfrey K. M., Lillycrop K. A., Burdge G. C., Gluckman P. D., Hanson M. A. Epigenetic mechanisms and the mismatch concept of the developmental origins of health and disease. Pediatr. Res., 2007, 61, 5R-10R.
99. Grady W.M., Parkin R.K., Mitchell P.S. Epigenetic silencing of the intronic microRNA hsa-miR-342 and its host gene EVL in colorectal cancer. Oncogene,
2008, 27, 3880-3888.
100. Griffiths-Jones S., Bateman A., Marshall M. Rfam: an RNA family database. Nucl. Acids Res., 2004, 31, 439-441.
101. Griffiths-Jones S., Saini H.K., van Dongen S., Enright A.J. miRBase: Tools for microRNA genomics. Nucleic Acids Res., 2008, 36, D154-D158.
102. Guo L.M., Pu Y., Han Z., Liu T., Li Y.X., Liu M., Li X., Tang H. MicroRNA-9 inhibits ovarian cancer cell growth through regulation of NF-kappaB 1. FEBS J.,
2009, 276, 5537-5546.
103. Gupta A., Godwin A.K., Vanderveer L., Lu A., Liu J. Hypomethylation of the synuclein gamma gene CpG island promotes its aberrant expression in breast carcinoma and ovarian carcinoma. Cancer Res., 2003, 63, 664-673.
104. Han L., Witmer P.D., Casey E., Valle D., Sukumar S. DNA methylation regulates MicroRNA expression. Cancer Biol. Ther., 2007, 6, 1284-1288.
105. Hanahan D., Weinberg R.A. Hallmarks of cancer: the next generation. Cell, 2011, 144, 646-674.
106. Hashimshony T., Zhang J., Keshet I., Bustin M., Cedar H. The role of DNA methylation in setting up chromatin structure during development. Nature Genet., 2003,34, 187-192.
107. Hayashita Y., OsadaH., Tatematsu Y., Yamada H., YanagisawaK., Tomida S., Yatabe Y., Kawahara K., Sekido Y., Takahashi T. A polycistronic microRNA cluster, miR-17-92, is overexpressed in human lung cancers and enhances cell proliferation. Cancer Res., 2005, 65, 9628-9632.
108. Hayatsu H. Discovery of bisulfite-mediated cytosine conversion to uracil, the key reaction of DNA methylation analysis - A persional account. Proc. Jpn. Acad., 2008, 84, 321-330.
109. He L., He X., Lim L.P., de Stanchina E., Xuan Z., Liang Y., Xue W., Zender L., Magnus J., Ridzon D. A microRNA component of the p53 tumour suppressor network. Nature, 2007, 447, 1130-1134.
110. He L., He X., Lowe S.W., Hannon G.J. microRNAs join the p53 network - another piece in the tumour suppression puzzle. Nat. Rev. Cancer, 2007, 7,819-822.
111. Heller G., Weinzierl M., Noll C., Babinsky V., Ziegler B., Altenberger C., Minichsdorfer C., Lang G., Dome B., End-Pfutzenreuter A., Arns B.M., Grin Y., Klepetko W., Zielinski C.C., Zochbauer-Miiller S. Genome-wide miRNA expression profiling identifies miR-9-3 and miR-193a as targets for DNA methylation in non-small cell lung cancers. Clin. Cancer Res., 2012, 18, 16191629.
112. Herman J.G., Graff J.R., Myohanen S., Nelkin B.D., Baylin S.B. Methylation-specific PCR: a novel PCR assay for methylation status of CpG islands. Proc.Natl.Acad.Sci., 1996,93, 9821-9826.
113. Hermeking H. The miR-34 family in cancer and apoptosis. Cell Death Differ., 2010,17, 193-199.
114. Hildebrandt M.A., Gu J., Lin J. Hsa-miR-9 methylation status is associated with cancer development and metastatic recurrence in patients with clear cell renal cell carcinoma. Oncogene, 2010, 29, 5724-8572.
115. Howard G., Eiges R., Gaudet F., Jaenisch R., Eden A. Activation and transposition of endogenous retroviral elements in hypomethylation induced tumors in mice. Oncogene, 2008, 27, 404^08.
116. Huang H.Y., Cheng Y.Y., Liao W.C., Tien Y.W., Yang C.H., Hsu S.M., Huang P.H. SOX4 transcriptionally regulates multiple SEMA3/plexin family members and promotes tumor growth in pancreatic cancer. PLoS One, 2012, 7, e48637.
117. Huang J., Wang Y., Guo Y., Sun S.. Downregulated microRNA-152 induces aberrant DNA methylation in hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma by targeting DNA methyltransferase 1. Hepatology, 2010, 52, 60-70.
118. Huang Y.W., Liu J.C., Deatherage D.E., Luo J., Mutch D.G., Goodfellow P.J., Miller D.S., Huang T.H. Epigenetic repression of microRNA-129-2 leads to overexpression of SOX4 oncogene in endometrial cancer. Cancer Res., 2009, 69, 9038-9046.
119. Hur K., Toiyama Y., Takahashi M., Balaguer F., Nagasaka T., Koike J., Hemmi H., Koi M., Boland C.R., Goel A. MicroRNA-200c modulates epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) in human colorectal cancer metastasis. Gut. 2012.
120. Hutvagner G., Zamore P.D. RNAi: nature abhors a doublestrand. Curr. Opin. Genet. Dev., 2002,12, 225-232.
121. Hwang H.W., Mendell J.T. MicroRNAs in cell proliferation, cell death, and tumorigenesis. Br. J. Cancer, 2006, 94, 776-780.
122. Iijima K., Yamada H., Miharu M., Imadome K., Miyagawa Y., Akimoto S., Kobayashi K., Okita H., Nakazawa A., Fujiwara S., Fujimoto J., Kiyokawa N. ZNF385B is characteristically expressed in germinal center B cells and involved in B-cell apoptosis. Eur. J. Immunol., 2012, 42, 3405-3415.
123. Iizasa H., Wulff B.E., Alia N.R., Maragkakis M., Megraw M., Hatzigeorgiou A. Editing of Epstein-Barr-virusencoded BART6 microRNAs controls their dicer targeting and consequently affects viral latency. J. Biol. Chem., 2010, 285, 3335833370.
124. Ikegami K., Ohgane J., Tanaka S., Yagi S., Shiota K. Interplay between DNA methylation, histone modification and chromatin remodeling in stem cells and during development. Int. J. Dev. Biol., 2009, 53, 203-214.
125. Ikenaga N., Ohuchida K., Mizumoto K., Yu J., Kayashima T., Sakai H., Fujita H., Nakata K., Tanaka M. MicroRNA-203 expression as a new prognostic marker of pancreatic adenocarcinoma. Ann. Surg. Oncol., 2010,17, 3120-3128.
126. Iliopoulos D., Rotem A., Struhl K. Inhibition of miR-193a expression by Max and RXR{alpha} activates K-Ras and PLAU to mediate distinct aspects of cellular transformation. Cancer Res., 2011, 71, 5144-5153.
127. Illingworth R., Kerr A., Desousa D., Jorgensen H., Ellis P., Stalker J., Jackson D., Clee C., Plumb R., Rogers J., Humphray S., Cox T., Langford C., Bird A. A novel CpG island set identifies tissue-specific methylation at developmental gene loci. PLoSBiol., 2008, 6.
128. Illingworth R.S., Bird A.P. CpG islands-'a rough guide'. FEBS Lett., 2009, 583, 1713-1720.
129. Illingworth R.S., Gruenewald-Schneider U., Webb S., Kerr A.R., James K.D., Turner D.J., Smith C., Harrison D.J., Andrews R., Bird A.P. Orphan CpG islands identify numerous conserved promoters in the mammalian genome. PLoS Genet., 2010, 6, el001134.
130. Incoronato M., Garofalo M., Urso L., Romano G., Quintavalle C., Zanca C., Iaboni M., Nuovo G., Croce C.M., Condorelli G. miR-212 increases tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand sensitivity in non-small cell lung cancer by targeting the antiapoptotic protein PED. Cancer Res., 2010, 70, 36384366.
131. Incoronato M., Urso L., Portela A., Laukkanen M.O., Soini Y., Quintavalle C., Keller S., Esteller M., Condorelli G. Epigenetic regulation of miR-212 expression in lung cancer. PLoS One, 2011, 6, e27722.
132. Inoue T., Iinuma H., Ogawa E., Inaba T., Fukushima R. Clinicopathological and prognostic significance of microRNA-107 and its relationship to DICER1 mRNA expression in gastric cancer. Oncol. Rep., 2012, 27, 1759-1764.
133. Iorio M.V., Ferracin M., Liu C.G., Veronese A., Spizzo R., Sabbioni S., Magri E., Pedriali M., Fabbri M., Campiglio M., Menard S., Palazzo J.P., Rosenberg A., Musiani P., Volinia S., Nenci I., Calin G.A., Querzoli P., Negrini M., Croce C.M. MicroRNA gene expression deregulation in human breast cancer. Cancer Res., 2005, 65, 7065-7070.
134. Iorio M.V., Visone R., Di Leva G., Donati V., Petrocca F., Casalini P., Taccioli C., Volinia S., Liu C.G., Alder H., Calin G.A., Menard S., Croce C.M. MicroRNA signatures in human ovarian cancer. Cancer Res., 2007, 67, 8699-8707.
135. Irizarry R.A., Ladd-Acosta C., Wen B., Wu Z., Montano C., Onyango P., Cui H., Gabo K., Rongione M., Webster M. The human colon cancer methylome shows similar hypo- and hypermethylation at conserved tissue-specific CpG island shores. Nat. Genet., 2009, 41, 178-186.
136. Izzotti A., Calin G.A., Arrigo P., Steele V.E., Croce C.M., De Flora S. Downregulation of microRNA expression in the lungs of rats exposed to cigarette smoke. FASEB J., 2009, 23, 806-812.
137. Jassem J., Skrzypski M. Markers and methods for determining risk of distant recurrence of non-small cell lung cancer in stage I-IIIA patients. 2012. Patent US2012309638 (Al).
138. Jeronimo C., Usadel H., Henrique R., Oliveira J., Lopes C., Nelson W.G., Sidransky D. Quantitation of GSTP1 methylation in non-neoplastic prostatic tissue and organ-confined prostate adenocarcinoma. J. Natl. Cancer. Inst., 2001, 93, 1747-1752
139. Jin J., Deng J., Wang F., Xia X., Qiu T., Lu W., Li X., Zhang H., Gu X., Liu Y., Cao W., Shao W. The expression and function of microRNA-203 in lung cancer. Tumour Biol., 2013, 34, 349-357.
140. Johnson S.M., Grosshans H., Shingara J., Byrom M., Jarvis R., Cheng A. RAS is regulated by the let-7 microRNA family. Cell, 2005,120, 635-647.
141. Jones P.A. Functions of DNA methylation: islands, start sites, gene bodies and beyond. Nat. Rev. Genet., 2012,13, 484-492.
142. Jones P. A., Baylin S.B. The epigenetics of cancer. Cell, 2007,128, 683-692.
143. Kalejs M., Erenpreisa J. Cancer/testis antigens and gametogenesis: a review and "brain-storming" session. Cancer Cell Int., 2005, 5: 4.
144. Karpf A.R., Matsui S. Genetic disruption of cytosine DNA methyltransferase enzymes induces chromosomal instability in human cancer cells. Cancer Res., 2005, 65, 8635-8639.
145. Kashuba V.I., Li J., Wang F. RBSP3 (HYA22) is a tumor suppressor gene implicated in major epithelial malignancies. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101,4906-4911.
146. Kass S.U., Landsberger N., Wolffe A.P. DNA methylation directs a time-dependent repression of transcription initiation. Curr. Biol., 1997, 7, 157-165.
147. Katada T., Ishiguro H., Kuwabara Y., Kimura M., Mitui A., Mori Y., Ogawa R., Harata K., Fujii Y. microRNA expression profile in undifferentiated gastric cancer. Int. J. Oncol., 2009,34, 537-542.
148. Keshet I., Schlesinger Y., Farkash S., Rand E., Hecht M., Segal E., Pikarski E., Young R.A., Niveleau A., Cedar H., Simon I. Evidence for an instructive mechanism of de novo methylation in cancer cells. Nat. Genet., 2006, 38, 149153.
149. Kim J.K., Noh J.H., Jung K.H., Eun J.W., Bae H.J., Kim M.G., Chang Y.G., Shen Q., Park W.S., Lee J.Y., Borlak J., Nam S.W. Sirtuin7 oncogenic potential in human hepatocellular carcinoma and its regulation by the tumor suppressors MiR-125a-5p and MiR-125b. Hepatology, 2012, 57, 1055-1067.
150. Kim N.H., Kim H.S., Kim N.G., Lee I., Choi H.S., Li X.Y., Kang S.E., Cha S.Y., Ryu J.K., Na J.M., Park C., Kim K., Lee S., Gumbiner B.M., Yook J.I., Weiss S.J. p53 and microRNA-34 are suppressors of canonical Wnt signaling. Sci. Signal., 2011,4.
151. Kindler T., Breitenbuecher F., Marx A., Beck J., Hess G., Weinkauf B. Efficacy and safety of imatinib in adult patients with c-kit-positive acute myeloid leukemia. Blood, 2004,103, 3644-3654.
152. Kitano K., Watanabe K., Emoto N., Kage H., Hamano E., Nagase T., Sano A., Murakawa T., Nakajima J., Goto A., Fukayama M., Yatomi Y., Ohishi N., Takai D. CpG island methylation of microRNAs is associated with tumor size and recurrence of non-small-cell lung cancer. Cancer Sci., 2011,102, 2126-2131.
153. Kong K.L., Kwong D.L., Chan T.H., Law S.Y., Chen L., Li Y., Qin Y.R., Guan X.Y. MicroRNA-375 inhibits tumour growth and metastasis in oesophageal squamous cell carcinoma through repressing insulin-like growth factor 1 receptor. Gut, 2012, 61, 33-42.
154. Kozaki K., Imoto I., Mogi S., Omura K., Inazawa J. Exploration of tumor-suppressive microRNAs silenced by DNA hypermethylation in oral cancer. Cancer Res., 2008, 68, 2094-2105.
155. Kozaki K., Inazawa J. Tumor-suppressive microRNA silenced by tumor-specific DNA hypermethylation in cancer cells. Cancer Set, 2012,103, 837-845.
156. Krek A., Grun D., Poy M.N., Wolf R., Rosenberg L., Epstein E.J. Combinatorial microRNA target predictions. Nat. Genet., 2005, 37, 495-500.
157. Kumar M.S., Lu J., Mercer K.L., Golub T.R., Jacks T. Impaired microRNA processing enhances cellular transformation and tumorigenesis. Nat. Genet., 2007, 39,673-677.
158. Kunej T., Godnic I., Ferdin J., Horvat S., Dove P., Calin G.A. Epigenetic regulation of microRNAs in cancer: an integrated review of literature. Mutat. Res., 2011,717, 77-84.
159. Ladeiro Y., Couchy G., Balabaud C., Bioulac-Sage P., Pelletier L., Rebouissou S., Zucman-Rossi J. MicroRNA profiling in hepatocellular tumors is associated with clinical features and oncogene/tumor suppressor gene mutations. Hepatology, 2008, 47, 1955-1963.
160. Lagos-Quintana M., Rauhut R., Lendeckel W., Tuschl T. Identification of novel genes coding for small expressed RNAs. Science, 2001, 294, 853-858.
161. Lai E.C. MicroRNAs are complementary to 3'UTR sequence motifs that mediate negative post-transcriptional regulation. Nat. Genet., 2002, 30, 363-364.
162. Lai K.W., Koh K.X., Loh M., Tada K., Subramaniam M.M., Lim X.Y., Vaithilingam A., Salto-Tellez M., Iacopetta B., Ito Y., Soong R. MicroRNA-130b regulates the tumour suppressor RUNX3 in gastric cancer. Eur. J. Cancer, 2010, 46, 1456-1463.
163. Laios A., O'Toole S., Flavin R., Martin C., Kelly L. Potential role of miR-9 and miR-223 in recurrent ovarian cancer. Mol. Cancer, 2008, 7, 35-49.
164. Landi M.T., Zhao Y., Rotunno M., Koshiol J., Liu H., Bergen A.W., Rubagotti M., Goldstein A.M., Linnoila I., Marineóla F.M., Tucker M.A., Bertazzi P.A., Pesatori A.C., Caporaso N.E., McShane L.M., Wang E. MicroRNA expression differentiates histology and predicts survival of lung cancer. Clin. Cancer Res., 2010,16, 430—441
165. Langevin S.M., Stone R.A., Bunker C.H., Grandis J.R., Sobol R.W., Taioli E. MicroRNA-137 promoter methylation in oral rinses from patients with squamous cell carcinoma of the head and neck is associated with gender and body mass index. Carcinogenesis, 2010, 31, 864-870.
166. Langevin S.M., Stone R.A., Bunker C.H., Lyons-Weiler M.A., LaFramboise W.A., Kelly L., Seethala R.R., Grandis J.R., Sobol R.W., Taioli E. MicroRNA-137 promoter methylation is associated with poorer overall survival in patients with squamous cell carcinoma of the head and neck. Cancer, 2011, 117, 14541462.
167. Lau N., Lim L., Weinstein E., Bartel D. An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in C. elegans. Science, 2001, 294, 858-862.
168. Laurent L., Wong E., Li G., Huynh T., Tsirigos A., Ong C.T., Low H.M., Kin Sung K.W., Rigoutsos I., Loring J., Wei C.L. Dynamic changes in the human methylome during differentiation. Genome Res., 2010, 20, 320-331.
169. Le M.T., Shyh-Chang N., Khaw S.L., Chin L., Teh C., Tay J., O'Day E., Korzh V., Yang H., Lai A., Lieberman J., Lodish H.F., Lim B. Conserved regulation of p53
network dosage by microRNA-125b occurs through evolving miRNA-target gene pairs. PLoS Genet., 2011, 7.
170. Le M.T., Xie H., Zhou B., Chia P.H., Rizk P., Um M., Udolph G., Yang H., Lim B., Lodish H.F. MicroRNA-125b promotes neuronal differentiation in human cells by repressing multiple targets. Mol. Cell Biol., 2009, 29, 5290-5305.
171. Lebanony D., Benjamin H,. Gilad S., Ezagouri M., Dov A., Ashkenazi K., Gefen N., Izraeli S., Rechavi G., Pass H., Nonaka D., Li J., Spector Y., Rosenfeld N., Chajut A., Cohen D., Aharonov R., Mansukhani M. Diagnostic assay based on hsa-miR-205 expression distinguishes squamous from nonsquamous non-small-cell lung carcinoma. J. Clin. Oncol, 2009, 27, 2030-2037
172. Lee K.H., Lotterman C., Karikari C., Omura N., Feldmann G., Habbe N., Goggins M.G., Mendell J.T., Maitra A. Epigenetic silencing of MicroRNA miR-107 regulates cyclin-dependent kinase 6 expression in pancreatic cancer. Pancreatology, 2009, 9, 293-301
173. Lee R., Feinbaum R., Ambros V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell, 1993, 75, 843-854.
174. Lee Y., Kim M., Han J., Yeom K.H., Lee S., Baek S.H. MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II. EMBOJ., 2004, 23, 4051-4060.
175. Lehmann U., Hasemeier B., Christgen M., Muller M., Romermann D., Langer F., Kreipe H. Epigenetic inactivation of microRNA gene hsa-mir-9-1 in human breast cancer. J. Pathol., 2008, 214, 17-24.
176. Lewis B.P., Shih I.H., Jones-Rhoades M.W., Bartel D.P., Bürge C.B. Prediction of mammalian microRNA targets. Cell, 2003,115,787-798.
177. Li B.L., Lu C., Lu W., Yang T.T., Qu J., Hong X., Wan X.P. miR-130b is an EMT-related microRNA that targets DICER 1 for aggression in endometrial cancer. Med. Oncol, 2013, 30, 484.
178. Li J., Chen Y., Zhao J., Kong F., Zhang Y. miR-203 reverses chemoresistance in p53-mutated colon cancer cells through downregulation of Akt2 expression. Cancer Lett., 2011, 304, 52-59.
179. Li W., Xie L., He X., Li J., Tu K., Wei L., Wu J., Guo Y., Ma X., Zhang P., Pan Z., Hu X., Zhao Y., Xie H., Jiang G., Chen T., Wang J., Zheng S., Cheng J., Wan D., Yang S., Li Y., Gu J. Diagnostic and prognostic implications of microRNAs in human hepatocellular carcinoma. Int. J. Cancer, 2008,123, 1616-1622.
180. Li X., Lin R., Li J. Epigenetic silencing of microRNA-375 regulates PDK1 expression in esophageal cancer. Dig. Dis. Sei., 2011, 56, 2849-2856.
181. Li Y., Gao L., Luo X., Wang L., Gao X., Wang W., Sun J., Dou L., Li J., Xu C., Wang L., Zhou M., Jiang M., Zhou J., Caligiuri M.A., Nervi C., Bloomfield C.D., Marcucci G., Yu L. Epigenetic silencing of microRNA-193a contributes to leukemogenesis in t(8;21) acute myeloid leukemia by activating the PTEN/PI3K signal pathway. Blood, 2013,121, 499-509.
182. Li Y., Jiang Q., Xia N., Yang H., Hu C. Decreased Expression of MicroRNA-375 in Nonsmall Cell Lung Cancer and its Clinical Significance. J. Int. Med. Res., 2012, 40, 1662-1669.
183. Li Y., Zhang D., Chen C., Ruan Z., Li Y., Huang Y. MicroRNA-212 displays tumor-promoting properties in non-small cell lung cancer cells and targets the hedgehog pathway receptor PTCH1. Mol Bio.l Cell, 2012, 23, 1423-1434.
184. Lim P.K., Bliss S.A., Patel S.A., Taborga M., Dave M.A., Gregory L.A. Gap junction-mediated import of microRNA from bone marrow stromal cells can elicit cell cycle-quiescence in breast cancer cells. Cancer Res., 2011, 71, 1550-1560.
185. Liu A.M., Yao T.J., Wang W., Wong K.F., Lee N.P., Fan S.T., Poon R.T., Gao C., Luk J.M. Circulating miR-15b and miR-130b in serum as potential markers for detecting hepatocellular carcinoma: a retrospective cohort study. BMJ Open, 2012, 2, e000825.
186. Liu H., Chen X., Gao W., Jiang G. The expression of heparanase and microRNA-1258 in human non-small cell lung cancer. Tumour Biol., 2012, 33, 1327-1334.
187. Liu X.H., Lu K.H., Wang K.M., Sun M., Zhang E.B., Yang J.S., Yin D.D., Liu Z.L., Zhou J., Liu Z.J., De W., Wang Z.X. MicroRNA-196a promotes non-small cell lung cancer cell proliferation and invasion through targeting HOXA5. BMC Cancer, 2012,12, 348.
188. Lodygin D., Tarasov V., Epanchintsev A., Berking C., Knyazeva T., Körner H., Knyazev P., Diebold J., Hermeking H. Inactivation of miR-34a by aberrant CpG methylation in multiple types of cancer. Cell Cycle, 2008, 7 , 2591-2600.
189. Lopez-Serra P., Esteller M. DNA methylation-associated silencing of tumor-suppressor microRNAs in cancer. Oncogene, 2012, 31, 1609-1622.
190. Lujambio A., Calin G.A., Villanueva A., Ropero S., Sanchez-Cespedes M., Blanco D., Montuenga L.M., Rossi S., Nicoloso M.S., Faller W.J., Gallagher W.M., Eccles S.A., Croce C.M., Esteller M.A. microRNA DNA methylation signature for human cancer metastasis. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 2008, 105, 13556-13561.
191. Lujambio A., Esteller M. Diagnosis and treatment of tumours. 2010. Patent W02010020787 (Al).
192. Lujambio A., Esteller M. How epigenetics can explain human metastasis: a new role for microRNAs. Cell Cycle, 2009, 8, 377-382.
193. Lujambio A., Ropero S., Ballestar E., Fraga M.F., Cerrato C., Setien F., Casado S., Suarez-Gauthier A., Sanchez-Cespedes M., Git A., Spiteri I., Das P.P., Caldas C., Miska E., Esteller M. Genetic unmasking of an epigenetically silenced microRNA in human cancer cells. Cancer Res., 2007, 67, 1424-1429.
194. Ma K., He Y., Zhang H., Fei Q., Niu D., Wang D., Ding X., Xu H., Chen X., Zhu J. DNA methylation-regulated miR-193a-3p dictates resistance of hepatocellular carcinoma to 5-fluorouracil via repression of SRSF2 expression. J. Biol. Chem., 2012, 287, 5639-5649.
195. Ma L., Young J., Prabhala H., Pan E., Mestdagh P., Muth D. miR-9, a MYC/MYCN-activated microRNA, regulates E-cadherin and cancer metastasis. Nat. Cell Biol., 2010,12, 247-256.
196. Macfarlane L.A., Murphy P.R. MicroRNA: Biogenesis, Function and Role in Cancer. Curr. Genomics, 2010,11, 537-561.
197. Maiorano N.A,. Mallamaci A. The pro-differentiating role of miR-124: Indicating the road to become a neuron. RNA Biol., 2010, 7, 528-533.
198. Malzkorn B., Wolter M., Liesenberg F., Grzendowski M., Stühler K., Meyer H.E. Identification and functional characterization of microRNAs involved in the malignant progression of gliomas. Brain Pathol., 2010, 20, 539-550.
199. Maunakea A.K., Nagarajan R.P., Bilenky M., Ballinger T.J., D'Souza C., Fouse S.D., Johnson B.E., Hong C., Nielsen C., Zhao Y., Turecki G., Delaney A., Varhol R., Thiessen N., Shchors K., Heine V.M., Rowitch D.H., Xing X., Fiore C.,
Schillebeeckx M., Jones S.J., Haussler D., Marra M.A., Hirst M., Wang T., Costello J.F. Conserved role of intragenic DNA methylation in regulating alternative promoters. Nature, 2010, 466, 253-257.
200. Mayer W., Niveleau A., Walter J., Fundele R., Haaf T. Demethylation of the zygotic paternal genome. Nature, 2000, 403, 501-502.
201. Mazar J., DeBlasio D., Govindarajan S.S., Zhang S., Perera R.J. Epigenetic regulation of microRNA-375 and its role in melanoma development in humans. FEBSLett., 2011, 585, 2467-2476.
202. Mears R., Craven R.A., Hanrahan S., Totty N., Upton C., Young S.L. Proteomic analysis of melanoma-derived exosomes by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis and mass spectrometry. Proteomics, 2004, 4, 4019—4031.
203. Melo S.A., Esteller M. Dysregulation of microRNAs in cancer: playing with fire. FEBS Lett., 2011, 585, 2087-2099.
204. Minor J., Wang X., Zhang F., Song J., Jimeno A., Wang X.J., Lu X., Gross N., Kulesz-Martin M., Wang D., Lu S.L. Methylation of microRNA-9 is a specific and sensitive biomarker for oral and oropharyngeal squamous cell carcinomas. Oral Oncol., 2012, 48, 73-78.
205. Mudduluru G., Ceppi P., Kumarswamy R., Scagliotti G.V., Papotti M., Allgayer H. Regulation of Axl receptor tyrosine kinase expression by miR-34a and miR-199a/b in solid cancer. Oncogene, 2011, 30, 2888-2899.
206. Mudduluru G., Medved F., Grobholz R., Jost C., Gruber A., Leupold J.H., Post S., Jansen A., Colburn N.H., Allgayer H. Loss of programmed cell death 4 expression marks adenoma-carcinoma transition, correlates inversely with phosphorylated protein kinase B, and is an independent prognostic factor in resected colorectal cancer. Cancer, 2007,110, 1697-1707.
207. Mulero-Navarro S., Esteller M. Epigenetic biomarkers for human cancer: the time is now. Crit. Rev. Oncol. Hematol, 2008, 68, 1-11.
208. Neves R., Scheel C., Weinhold S., Honisch E., Iwaniuk K.M., Trompeter H.I. Role of DNA methylation in miR-200c/141 cluster silencing in invasive breast cancer cells. BMC Res. Notes, 2010, 3, 219.
209. Nguyen C., Liang G., Nguyen T.T., Tsao-Wei D., Groshen S., Liibbert M., Zhou J.H., Benedict W.F., Jones P.A. Susceptibility of nonpromoter CpG islands to de novo methylation in normal and neoplastic cells. J.Natl. Cancer Inst., 2001, 93, 1465-1472.
210. Nguyen C.T., Gonzales F.A., Jones P.A. Altered chromatin structure associated with methylation-induced gene silencing in cancer cells: correlation of accessibility, methylation, MeCP2 binding and acetylation. Nucleic Acids Res., 2001,29, 4598-4606.
211. Nie K., Gomez M., Landgraf P., Garcia J.F., Liu Y., Tan L.H. MicroRNA-mediated downregulation of PRDM1/Blimp-1 in Hodgkin/Reed-Sternberg cells: a potential pathogenetic lesion in Hodgkin lymphomas. Am. J. Pathol., 2008, 173, 242-252.
212. Nishikawa E., Osada H., Okazaki Y., Arima C., Tomida S., Tatematsu Y., Taguchi A., Shimada Y., Yanagisawa K., Yatabe Y., Toyokuni S., Sekido Y., Takahashi T. miR-375 is activated by ASH1 and inhibits YAP1 in a lineage-dependent manner in lung cancer. Cancer Res., 2011, 71, 6165-6173.
213. Okano M., Bell D.W., Haber D.A., Li E. DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development. Cell, 1999, 99, 247-257.
214. Omura N., Li C.P., Li A., Hong S.M., Walter K., Jimeno A., Hidalgo M., Goggins M. Genome-wide profiling of methylated promoters in pancreatic adenocarcinoma. Cancer Biol. Ther., 2008, 7, 1146-1156.
215. 0rom U.A., Nielsen F.C., Lund A.H. MicroRNA-lOa binds the 5'UTR of ribosomal protein mRNAs and enhances their translation. Mol. Cell, .2008, 30, 460-471.
216. Oshimo Y., Nakayama H., Ito R., Kitadai Y., Yoshida K., Chayama K., Yasui W. Promoter methylation of cyclin D2 gene in gastric carcinoma. Int. J. Oncol., 2003, 23, 1663-1670.
217. Ota A., Tagawa H., Karnan S., Tsuzuki S., Karpas A., Kira S., Yoshida Y., Seto M. Identification and characterization of a novel gene, C13orf25, as a target for 13q31-q32 amplification in malignant lymphoma. Cancer Res., 2004, 64, 30873095.
218. Pagano J.S. Viruses and lymphomas. N. Engl. J. Med., 2002, 347, 79-79.
219. Pallasch C.P., Patz M., Park Y.J., Hagist S., Eggle D., Claus R., Debey-Pascher S., Schulz A., Frenzel L.P., Claasen J., Kutsch N., Krause G., Mayr C., Rosenwald A., Plass C., Schultze J.L., Hallek M., Wendtner C.M. miRNA deregulation by epigenetic silencing disrupts suppression of the oncogene PLAG1 in chronic lymphocytic leukemia. Blood. 2009,114, 3255-3264.
220. Park J.K., Henry J.C., Jiang J., Esau C., Gusev Y., Lerner M.R., Postier R.G., Brackett D.J., Schmittgen T.D. miR-132 and miR-212 are increased in pancreatic cancer and target the retinoblastoma tumor suppressor. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2011, 406, 518-523.
221. Park S.M., Gaur A.B., Lengyel E., Peter M.E. The miR-200 family determines the epithelial phenotype of cancer cells by targeting the E-cadherin repressors ZEB1 and ZEB2. Genes Dev., 2008, 22, 894-907.
222. Patkin E. L. Epigenetic mechanisms for primary differentiation in mammalian embryos. Internat. Rev.Cytology, 2002, 216, 81-130.
223. Pei L., Xia J.Z., Huang H.Y., Zhang R.R. Role of miR-124a methylation in patients with gastric cancer. Zhonghua Wei Chang Wai Ke Za Zhi, 2011, 14, 136139.
224. Pfeifer G.P., Dammann R. Methylation of the Tumor Suppressor Gene RASSF1A in Human Tumors. Biochemistry (Mosc.), 2005, 70, 576-583.
225. Pillai R.S., Bhattacharyya S.N., Artus C.G., Zoller T., Cougot N., Basyuk E. Inhibition of translational initiation by Let-7 microRNA in human cells. Science, 2005, 309, 1573-1576
226. Png K.J., Yoshida M., Zhang X.H., Shu W., Lee H., Rimner A. MicroRNA-335 inhibits tumor reinitiation and is silenced through genetic and epigenetic mechanisms in human breast cancer. Genes Dev., 2011, 25, 226-231.
227. Poy M.N., Hausser J., Trajkovski M., Braun M., Collins S., Rorsman P., Zavolan M., Stoffel M. miR-375 maintains normal pancreatic alpha- and beta-cell mass. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2009,106, 5813-5818.
228. Puissegur M.P., Eichner R., Quelen C., Coyaud E., Mari B., Lebrigand K., Broccardo C., Nguyen-Khac F., Bousquet M., Brousset P. B-cell regulator of immunoglobulin heavy-chain transcription (Bright)/ARID3 a is a direct target of
the oncomir microRNA-125b in progenitor B-cells. Leukemia, 2012, 26, 22242232.
229. Qu Y., Mu G., Wu Y., Dai X., Zhou F. Overexpression of DNA methyltransferases 1, 3a, and 3b significantly correlates with retinoblastoma tumorigenesis. Am J Clin Pathol, 2010,134, 826-834.
230. Rabinowits G., Gercel-Taylor C., Day J.M., Taylor D.D., Kloecker G.H. Exosomal microRNA: a diagnostic marker for lung cancer. Clin. Lung Cancer, 2009,10, 42-46.
231. Ramsahoye B.H., Biniszkiewicz D., Lyko F., Clark V., Bird A.P., Jaenisch R. Non-CpG methylation is prevalent in embryonic stem cells and may be mediated by DNA methyltransferase 3a. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 2000, 97, 5237-5242.
232. Reik W., Dean W., Walter J. Epigenetic reprogramming in mammalian development. Science, 2001, 293, 1089-1093.
233. Reik W., Walter J. Genomic imprinting: parental influence on the genome. Nat. Rev. Genet., 2001, 2, 21-32.
234. Ren Y., Wu Y., Lu S., Zhu H., Li Z., Li J., Huang W. Compositions and methods for microRNA expression profiling in plasma of lung cancer. 2011. Patent W02011076144 (Al).
235. Rodriguez A., Griffiths-Jones S., Ashurst J.L., Bradley A. Identification of mammalian microRNA host genes and transcription units. Genome Res., 2004,14, 1902-1910.
236. Rodriguez J., Frigola J., Vendrell E., Risques R.A., Fraga M.F., Morales C., Moreno V., Esteller M., Capella G., Ribas M., Peinado M.A. Chromosomal instability correlates with genomewide DNA demethylation in human primary colorectal cancers. Cancer Res., 2006, 66, 8462-9468.
237. Rodríguez-Paredes M., Esteller M. Cancer epigenetics reaches mainstream oncology. Nat. Med., 2011,17, 330-339.
238. Roman-Gomez J., Agirre X., Jiménez-Velasco A., Arqueros V., Vilas-Zornoza A., Rodriguez-Otero P., Martin-Subero I., Garate L., Cordeu L., San José-Eneriz E., Martin V., Castillejo J.A., Bandrés E., Calasanz M.J., Siebert R., Heiniger A., Torres A., Prosper F. Epigenetic regulation of microRNAs in acute lymphoblastic leukemia. J. Clin. Oncol., 2009, 27, 1316-1322.
239. Ross J.P., Rand K.N., Molloy P.L. Hypomethylation of repeated DNA sequences in cancer. Epigenomics, 2010, 2, 245-269.
240. Rotkrua P., Akiyama Y., Hashimoto Y., Otsubo T., Yuasal Y. MiR-9 down-regulates CDX2 expression in gastric cancer cells. Int. J. Cancer, 2011, 129, 2611-2620.
241. Ru P., Steele R., Hsueh E.C., Ray R.B. Anti-miR-203 Upregulates SOCS3 Expression in Breast Cancer Cells and Enhances Cisplatin Chemosensitivity. Genes Cancer, 2011, 2, 720-727.
242. Ruo-Kai L., Han-Shui H., Jer-Wei C., Chih-Yi C., Jung-Ta C. Alteration of DNA methyltransferases contributes to 5'CpG methylation and poor prognosis in lung cancer. Lung Cancer, 2007, 55, 205-213.
243. Saini H.K., Griffiths-Jones S., Enright A.J. Genomic analysis of human microRNA transcripts. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 2007,104, 17719-17724.
244. Saito Y., Friedman J.M., Chihara Y., Egger G., Chuang J.C., Liang G. Epigenetic therapy upregulates the tumor suppressor microRNA-126 and its host gene
EGFL7 in human cancer cells. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2009, 379, 726731.
245. Saito Y., Kanai Y., Nakagawa T., Sakamoto M., Saito H. Increased protein expression of DNA methyltransferase (DNMT) 1 is significantly correlated with the malignant potential and poor prognosis of human hepatocellular carcinomas. Int. J. Cancer, 2003,105, 527-532.
246. Saito Y., Saito H. Role of CTCF in the regulation of microRNA expression. Front. Genet., 2012, 3, 186.
247. Sambrook J., Fritsh E.F., Maniatis T. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor, Cold Spring Harbor Press, 1989.
248. Sand M., Skrygan M., Sand D., Georgas D., Gambichler T., Hahn S.A., Altmeyer P., Bechara F.G. Comparative microarray analysis of microRNA expression profiles in primary cutaneous malignant melanoma, cutaneous malignant melanoma metastases, and benign melanocytic nevi. Cell Tissue Res., 2013, 351, 85-98.
249. Saxonov S., Berg P., Brutlag D.L. A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2006,103, 1412-1417.
250. Scapoli L., Palmieri A., Lo Muzio L., Pezzetti F., Rubini C., Girardi A., Farinella F., Mazzotta M., Carinci F. MicroRNA expression profiling of oral carcinoma identifies new markers of tumor progression. Int. J. Immunopathol. Pharmacol., 2010,23, 1229-1234.
251. Schultz N.A., Andersen K.K., Roslind A., Willenbrock H., Wojdemann M., Johansen J.S. Prognostic microRNAs in cancer tissue from patients operated for pancreatic cancer—five microRNAs in a prognostic index. World J. Surg., 2012, 36, 2699-2707.
252. Shaham L., Binder V., Gefen N., Borkhardt A., Izraeli S. MiR-125 in normal and malignant hematopoiesis. Leukemia, 2012, 26, 2011-2018.
253. Shen R., Pan S., Qi S., Lin X., Cheng S. Epigenetic repression of microRNA-129-2 leads to overexpression of SOX4 in gastric cancer. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2010, 394, 1047-1052.
254. Shibata M., Nakao H., Kiyonari H., Abe T., Aizawa S. MicroRNA-9 regulates neurogenesis in mouse telencephalon by targeting multiple transcription factors. J.Neurosci., 2011, 31,3407-3422.
255. Shimizu T., Suzuki H., Nojima M., Kitamura H., Yamamoto E., Maruyama R., Ashida M., Hatahira T., Kai M., Masumori N., Tokino T., Imai K., Tsukamoto T., Toyota M. Methylation of a Panel of MicroRNA Genes Is a Novel Biomarker for Detection of Bladder Cancer. Eur. Urol., 2012,12.
256. Si M.L., Zhu S., Wu H., Lu Z., Wu F., Mo Y.Y. miR-21-mediated tumor growth. Oncogene, 2007, 26, 2799-2803.
257. Silber J., Lim D.A., Petritsch C., Persson A.I., Maunakea A.K., Vandenberg S.R. miR-124 and miR-137 inhibit proliferation of glioblastoma multiforme cells and induce differentiation of brain tumor stem cells. BCMMed., 2008, 6, 14—31.
258. Sinha S., Singh R.K., Alam N., Roy A., Roychoudhury S., Panda C.K. Frequent alterations of hMLHl and RBSP3/HYA22 at chromosomal 3p22.3 region in early and late-onset breast carcinoma: clinical and prognostic significance. Cancer Sci., 2008, 99, 1984-1991.
259. Sleutels F., Zwart R., Barlow D.P. The non-coding Air RNA is required for silencing autosomal imprinted genes. Nature, 2002, 415, 810-813.
260. Soto-Reyes E., González-Barrios R., Cisneros-Soberanis F., Herrera-Goepfert R., Pérez V., Cantú D., Prada D., Castro C., Recillas-Targa F., Herrera LA. Disruption of CTCF at the miR-125bl locus in gynecological cancers. BMC Cancer, 2012, 12, 40.
261. Sun G., Ye P., Murai K., Lang M.F., Li S., Zhang H., Li W., Fu C., Yin J., Wang A., Ma X., Shi Y. miR-137 forms a regulatory loop with nuclear receptor TLX and LSD1 in neural stem cells. Nat Commun., 2011, 2, 529.
262. Suzuki H., Yamamoto E., Nojima M. Methylation-associated silencing of microRNA-34b/c in gastric cancer and its involvement in an epigenetic field defect. Carcinogenesis, 2010, 31, 2066-2073.
263. Suzuki M.M., Bird A. DNA methylation landscapes: provocative insights from epigenomics. Nat. Rev. Genet., 2008, 9, 465^476
264. Takahashi Y., Forrest A.R., Maeno E., Hashimoto T., Daub C.O., Yasuda J. MiR-107 and MiR-185 can induce cell cycle arrest in human non small cell lung cancer cell lines. PLoS One, 2009, 4, e6677.
265. Takamizawa J., Konishi H., Yanagisawa K., Tomida S., Osada H., Endoh H. Reduced expression of the let-7 microRNAs in human lung cancers in association with shortened postoperative survival. Cancer res., 2004, 64, 3753-3756.
266. Talotta F., Cimmino A., Matarazzo M.R., Casalino L., De Vita G., D'Esposito M., Di Lauro R., Verde P. An autoregulatory loop mediated by miR-21 and PDCD4 controls the AP-1 activity in RAS transformation. Oncogene, 2009, 28, 73-84.
267. Tan W., Gu J., Hildebrandt M., Huang M., Wistuba I.I., Roth J.A., Spitz M.R., Wu X. Aberrant miRNA methylation in tumors from surgically resected lung cancer patients and association with survival. Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research, Washington, Apr 17-21 2010, Cancer Res., 2010, 70,Abstract nr. 4092.
268. Tanaka N., Toyooka S., Soh J., Kubo T., Yamamoto H., Maki Y., Muraoka T., Shien K., Furukawa M., Ueno T., Asano H., Tsukuda K., Aoe K., Miyoshi S. Frequent methylation and oncogenic role of microRNA-34b/c in small-cell lung cancer. Lung Cancer, 2012, 76, 32-38.
269. Tanaka T., Arai M., Wu S., Kanda T., Miyauchi H., Imazeki F., Matsubara H., Yokosuka O. Epigenetic silencing of microRNA-373 plays an important role in regulating cell proliferation in colon cancer. Oncol. Rep., 2011, 26, 1329-1235.
270. Tang D., Zhang Q., Zhao S., Wang J., Lu K., Song Y., Zhao L., Kang X., Wang J., Xu S., Tian L. The expression and clinical significance of microRNA-1258 and heparanase in human breast cancer. Clin. Biochem., 2013.
271. Tang J.T., Wang J.L., Du W., Hong J., Zhao S.L., Wang Y.C., Xiong H., Chen H.M., Fang J.Y. MicroRNA 345, a methylation-sensitive microRNA is involved in cell proliferation and invasion in human colorectal cancer. Carcinogenesis, 2011,32, 1207-1215.
272. Tang X., Muniappan L., Tang G., Ozcan S. Identification of glucose-regulated miRNAs from pancreatic {beta} cells reveals a role for miR-30d in insulin transcription. RNA, 2009,15, 287-293.
273. Tarasov V., Jung P., Verdoodt B., Lodygin D., Epanchintsev A., Menssen A., Meister G., Hermeking H. Differential regulation of microRNAs by p53 revealed
by massively parallel sequencing: miR-34a is a p53 target that induces apoptosis and G1-arrest. Cell Cycle, 2007, 6, 1586-1593.
274. Tavazoie S.F., Alarcon C., Oskarsson T., Padua D., Wang Q., Bos P.D., Gerald W.L., Massague J. Endogenous human microRNAs that suppress breast cancer metastasis. Nature, 2008, 451, 147-152.
275. Tellez C.S., Juri D.E., Do K., Bernauer A.M., Thomas C.L., Damiani L.A., Tessema M., Leng S., Belinsky S.A. EMT and stem cell-like properties associated with miR-205 and miR-200 epigenetic silencing are early manifestations during carcinogen-induced transformation of human lung epithelial cells. Cancer Res., 2011,71,3087-3097.
276. Thatcher E., Bond J., Paydar I., Patton J. Genomic organization of zebrafish microRNAs. BMC Genomics, 2008, 9, 253.
277. Tili E., Michaille J.J., Luo Z., Volinia S., Rassenti L.Z., Kipps T.J., Croce C.M. The down-regulation of miR-125b in chronic lymphocytic leukemias leads to metabolic adaptation of cells to a transformed state. Blood, 2012,120, 2631-2638.
278. Toyota M., Suzuki H., Sasaki Y., Maruyama R. Epigenetic silencing of microRNA-34b/c and B-cell translocation gene 4 is associated with CpG island methylation in colorectal cancer. Cancer Res., 2008, 68, 4123-4132.
279. Ueda T., Volinia S., Okumura H., Shimizu M., Taccioli C., Rossi S. Relation between microRNA expression and progression and prognosis of gastric cancer: a microRNA expression analysis. Lancet Oncol, 2010,11, 136-146.
280. Valen E., Sandelin A. Genomic and chromatin signals underlying transcription start-site selection. Trends Genet., 2011, 27, 475-485.
281. van Rooij E., Sutherland L.B., Qi X., Richardson J.A., Hill J., Olson E.N. Control of stress-dependent cardiac growth and gene expression by a microRNA. Science, 2007, 316, 575-579.
282. Vinci S., Gelmini S., Mancini I., Malentacchi F., Pazzagli M., Beltrami C., Pinzani P., Orlando C. Genetic and epigenetic factors in regulation of microRNA in colorectal cancers. Methods, 2013, 59, 138-146.
283. Viticchie G., Lena A.M., Latina A., Formosa A., Gregersen L.H., Lund A.H., Bernardini S., Mauriello A., Miaño R., Spagnoli L.G., Knight R.A., Candi E., Melino G. MiR-203 controls proliferation, migration and invasive potential of prostate cancer cell lines. Cell Cycle, 2011,10,1121-1131.
284. Vogt M., Munding J., Gruner M., Liffers S.T., Verdoodt B., Hauk J., Steinstraesser L., Tannapfel A., Hermeking H. Frequent concomitant inactivation of miR-34a and miR-34b/c by CpG methylation in colorectal, pancreatic, mammary, ovarian, urothelial, and renal cell carcinomas and soft tissue sarcomas. Virchows Arch., 2011, 458, 313-322.
285. Vrba L., Muñoz-Rodríguez J.L., Stampfer M.R., Futscher B.W. miRNA Gene Promoters Are Frequent Targets of Aberrant DNA Methylation in Human Breast Cancer. PLoS One, 2013, 8, e54398.
286. Wanet A., Tacheny A., Arnould T., Renard P. miR-212/132 expression and functions: within and beyond the neuronal compartment. Nucleic Acids Res., 2012, 40, 4742-4753.
287. Wang D., Lu M., Miao J., Li T., Wang E., Cui Q. Cepred: predicting the co-expression patterns of the human intronic microRNAs with their host genes. PLoS One, 2009, 4, e4421.
288. Wang G., Wang Y., Shen C. RNA polymerase II binding patterns reveal genomic regions involved in microRNA gene regulation. PLoS ONE, 2010, 5, el3798.
289. Wang H., Wu J., Meng X. MicroRNA-342 inhibits colorectal cancer cell proliferation and invasion by directly targeting DNA methyltransferase 1. Carcinogenesis, 2011, 32, 1033-1042.
290. Wang S., Tang Y., Cui H., Zhao X., Luo X., Pan W. Let-7/miR-98 regulate Fas and Fas-mediated apoptosis. Genes Immun., 2011,12, 149-154.
291. Wang W.X., Wilfred B.R., Xie K., Jennings M.H., Hu Y.H., Stromberg A.J., Nelson P.T. Individual microRNAs (miRNAs) display distinct mRNA targeting "rules". RNA Biol., 2010, 7, 373-380.
292. Wang Z., Chen Z., Gao Y., Li N., Li B., Tan F., Tan X., Lu N., Sun Y., Sun J., Sun N., He J. DNA hypermethylation of microRNA-34b/c has prognostic value for stage I non-small cell lung cancer. Cancer Biol. Ther., 2011,11, 490-496.
293. Watanabe K., Emoto N., Hamano E., Sunohara M., Kawakami M., Kage H., Kitano K., Nakajima J., Goto A., Fukayama M., Nagase T., Yatomi Y., Ohishi N., Takai D. Genome structure-based screening identified epigenetically silenced microRNA associated with invasiveness in non-small-cell lung cancer. Int. J. Cancer, 2012,130, 2580-2590.
294. Watson J.A., Bryan K., Williams R., Popov S., Vujanic G., Coulomb A., Boccon-Gibod L., Graf N., Pritchard-Jones K., O'Sullivan M. miRNA Profiles as a Predictor of Chemoresponsiveness in Wilms' Tumor Blastema. PLoS One, 2013, 8,e53417.
295. Wightman B., Ha I., Ruvkun G. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans. Cell, 1993, 75, 855-862.
296. Wiklund E.D., Gao S., Hulf T., Sibbritt T., Nair S., Costea D.E., Villadsen S.B., Bakholdt V., Bramsen J.B., Srensen J.A., Krogdahl A., Clark S.J., Kjems J. MicroRNA alterations and associated aberrant DNA methylation patterns across multiple sample types in oral squamous cell carcinoma. PLoS One, 2011, 6, e27840.
297. Wilting S.M., van Boerdonk R.A., Henken F.E., Meijer C.J., Diosdado B., Meijer G.A. Methylation-mediated silencing and tumour suppressive function of hsa-miR-124 in cervical cancer. Mol. Cancer, 2010, 9, 167-181.
298. Wilting S.M., Verlaat W., Jaspers A., Makazaji N.A., Agami R., Meijer C.J., Snijders P.J., Steenbergen R.D. Methylation-mediated transcriptional repression of microRNAs during cervical carcinogenesis. Epigenetics, 2013, 8, 220-228.
299. Wong T.S., Liu X.B., Wong B.Y., Ng R.W., Yuen A.P., Wei W.I. Mature miR-184 as Potential Oncogenic microRNA of Squamous Cell Carcinoma of Tongue. Clin. Cancer Res., 2008,14, 2588-2592.
300. Wu J., Qian J., Li C., Kwok L., Cheng F., Liu P., Perdomo C., Kotton D., Vaziri C., Anderlind C., Spira A., Cardoso W.V., Lu J. miR-129 regulates cell proliferation by downregulating Cdk6 expression. Cell Cycle, 2010, 9, 1809-1818.
301. Wu X., Weng L., Li X., Guo C., Pal S.K., Jin J.M., Li Y., Nelson R.A., Mu B., Onami S.H., Wu J.J., Ruel N.H., Wilczynski S.P., Gao H., Covarrubias M., Figlin R.A., Weiss L.M., Wu H. Identification of a 4-microRNA signature for clear cell renal cell carcinoma metastasis and prognosis. PLoS One, 2012, 7, e35661.
302. Wu Y., Lu S., Huang W., Zhu H., Li J. Tissue-based microRNA methods for diagnisis of different subtypes of lung cancer. 2011. Patent W02011076145 (Al).
303. Xu J., Wong C. A computational screen for mouse signaling pathways targeted by microRNA clusters. RNA, 2008,14,1276-1283.
304. Xu L., Wang F., Xu X.F., Mo W.H., Xia Y.J., Wan R., Wang X.P., Guo C.Y. Down-regulation of miR-212 expression by DNA hypermethylation in human gastric cancer cells. Med. Oncol., 2010, 28, 189-196.
305. Xu Y., Pasche B. TGF-beta signaling alterations and susceptibility to colorectal cancer. Hum. Mol. Genet., 2007,16, R14-20.
306. Yagi S., Hirabayashi K., Sato S. DNA methylation profile of tissue-dependent and differentially methylated regions (T-DMRs) in mouse promoter regions demonstrating tissue-specific gene expression. Genome Res., 2008, 18, 19691978.
307. Yanaihara N., Caplen N., Bowman E., Seike M., Kumamoto K., Yi M. Unique microRNA molecular profiles in lung cancer diagnosis and prognosis. Cancer Cell, 2006, 9, 189-198.
308. Yang C., Cai J., Wang Q., Tang H., Cao J., Wu L., Wang Z. Epigenetic silencing of miR-130b in ovarian cancer promotes the development of multidrug resistance by targeting colony-stimulating factor 1. Gynecol. Oncol., 2012,124, 325-334.
309. Yang Y., Li X., Yang Q., Wang X., Zhou Y., Jiang T., Ma Q., Wang Y.J. The role of microRNA in human lung squamous cell carcinoma. Cancer Genet. Cytogenet,. 2010, 200, 127-133.
310. Yantiss R.K., Goodarzi M., Zhou X.K., Rennert H., Pirog E.C., Banner B.F., Chen Y.T. Clinical, pathologic, and molecular features of early-onset colorectal carcinoma. Am. J. Surg. Pathol., 2009, 33, 572-582.
311. Yeh A., Wei M,, Golub S.B., Yamashiro D.J., Murty V.V., Tycko B. Chromosome arm 16q in Wilms tumors: unbalanced chromosomal translocations, loss of heterozygosity, and assessment of the CTCF gene. Genes Chromosomes Cancer, 2002,35,156-163.
312. Yen R.W., Vertino P.M., Nelkin B.D., Yu J.J., el-Deiry W., Cumaraswamy A., Lennon G.G., Trask B J., Celano P., Baylin S.B. Isolation and characterization of the cDNA encoding human DNA methyltransferase. Nucleic Acids Res., 1992, 20, 2287-2291.
313. Yi R., Poy M.N., Stoffel M., Fuchs E. A skin microRNA promotes differentiation by repressing 'sternness'. Nature, 2008, 452, 225-229.
314. Yin G., Chen R., Alvero A.B., Fu H.H., Holmberg J., Glackin C. TWIST Ting sternness, inflammation and proliferation of epithelial ovarian cell through MIR199A2/214. Oncogene, 2010, 29, 3545-3553.
315. Yip L., Kelly L., Shuai Y., Armstrong M.J., Nikiforov Y.E., Carty S.E., Nikiforova M.N. MicroRNA signature distinguishes the degree of aggressiveness of papillary thyroid carcinoma. Ann. Surg. Oncol, 2011,18, 2035-2041.
316. Yu C.C., Chen Y.W., Chiou G.Y., Tsai L.L., Huang P.I., Chang C.Y. MicroRNA let-7a represses chemoresistance and tumourigenicity in head and neck cancer via stem-like properties ablation. Oral Oncol, 2011, 47, 202-210.
317. Yu L., Todd N.W., Xing L., Xie Y., Zhang H., Liu Z., Fang H., Zhang J., Katz R.L., Jiang F. Early detection of lung adenocarcinoma in sputum by a panel of microRNA markers. Int. J. Cancer, 2010,127, 2870-2878.
318. Yuan X., Liu C,. Yang P., He S., Liao Q., Kang S., Zhao Y. Clustered microRNAs' coordination in regulating protein-protein interaction network. BMC Syst. Biol, 2009, 3, 65.
319. Zhang L., Sullivan P.S., Goodman J.C., Gunaratne P.H., Marchetti D. MicroRNA-1258 suppresses breast cancer brain metastasis by targeting heparanase. Cancer Res., 2011,71,645-654.
320. Zhang Y., Yan L.X., Wu Q.N., Du Z.M., Chen J., Liao D.Z., Huang M.Y., Hou J.H., Wu Q.L., Zeng M.S., Huang W.L., Zeng Y.X., Shao J.Y. miR-125b is methylated and functions as a tumor suppressor by regulating the ETS1 proto-oncogene in human invasive breast cancer. Cancer Res., 2011, 71, 3552-3562.
321. Zhang Z., Zhang B., Li W., Fu L., Fu L., Zhu Z., Dong J.T. Epigenetic Silencing of miR-203 Upregulates SNAI2 and Contributes to the Invasiveness of Malignant Breast Cancer Cells. Genes Cancer, 2011, 2, 782-791.
322. Zhao H., Zhu L., Jin Y., Ji H., Yan X., Zhu X. miR-375 is highly expressed and possibly transactivated by achaete-scute complex homolog 1 in small-cell lung cancer cells. Acta Biochim. Biophys. Sin., 2012, 44, 177-182.
323. Zhao J.J., Yang J., Lin J., Yao N., Zhu Y., Zheng J., Xu J., Cheng J.Q., Lin J.Y., Ma X. Identification of miRNAs associated with tumorigenesis of retinoblastoma by miRNA microarray analysis. Childs Nerv. Syst., 2009, 25, 13-20.
324. Zhu J., He F., Hu S., Yu J. On the nature of human housekeeping genes. Trends Genet., 2008, 24, 481-484.
325. Zhu L., Chen H., Zhou D., Li D., Bai R., Zheng S., Ge W. MicroRNA-9 up-regulation is involved in colorectal cancer metastasis via promoting cell motility. Med. Oncol., 2012, 29, 1037-1043.
326. Zhu X., Li Y., Shen H., Li H., Long L., Hui L., Xu W. miR-137 inhibits the proliferation of lung cancer cells by targeting Cdc42 and Cdk6. FEBS Lett., 2013, 587, 73-81.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.